MicrobesOnline Operon Predictions for Prochlorococcus marinus str. MIT 9312

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column Description
Gene1 VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1 Systematic name of 1st gene in pair
Name1 Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2 VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2 Systematic name of 2nd gene in pair
Name2 Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim Whether the genes share a COG category or not
ExprSim Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

 Gene1 Gene2 SysName1 SysName2 Name1 Name2 bOp pOp Sep MOGScore GOScore COGSim ExprSim
 1045137 1045138 PMT9312_0001 PMT9312_0002 dnaN   FALSE 0.423 2.000 0.022 NA   NA
 1045138 1045139 PMT9312_0002 PMT9312_0003     FALSE 0.422 4.000 0.039 NA   NA
 1045139 1045140 PMT9312_0003 PMT9312_0004   purF TRUE 0.764 48.000 0.019 1.000 Y NA
 1045141 1045142 PMT9312_0005 PMT9312_0006     FALSE 0.200 78.000 0.053 1.000 N NA
 1045142 1045143 PMT9312_0006 PMT9312_0007     FALSE 0.258 5.000 0.034 1.000 N NA
 1045144 1045145 PMT9312_0008 PMT9312_0009   nusB FALSE 0.349 4.000 0.016 NA   NA
 1045145 1045146 PMT9312_0009 PMT9312_0010 nusB ftsY FALSE 0.319 59.000 0.005 1.000   NA
 1045146 1045147 PMT9312_0010 PMT9312_0011 ftsY rsbU FALSE 0.132 67.000 0.018 1.000 N NA
 1045147 1045148 PMT9312_0011 PMT9312_0012 rsbU argH FALSE 0.150 63.000 0.021 1.000 N NA
 1045148 1045149 PMT9312_0012 PMT9312_0013 argH   FALSE 0.156 113.000 0.019 1.000   NA
 1045151 1045152 PMT9312_0015 PMT9312_0016   grpE TRUE 0.762 76.000 0.021 1.000 Y NA
 1045152 1045153 PMT9312_0016 PMT9312_0017 grpE dnaJ TRUE 0.907 30.000 0.168 0.018 Y NA
 1045153 1045154 PMT9312_0017 PMT9312_0018 dnaJ   TRUE 0.595 0.000 0.067 1.000   NA
 1045154 1045155 PMT9312_0018 PMT9312_0019     TRUE 0.677 -10.000 0.058 1.000   NA
 1045156 1045157 PMT9312_0020 PMT9312_0021   murB FALSE 0.227 18.000 0.030 NA   NA
 1045157 1045158 PMT9312_0021 PMT9312_0022 murB murC TRUE 0.932 9.000 0.136 0.009 Y NA
 1045160 1045161 PMT9312_0024 PMT9312_0025 thiL   FALSE 0.418 -7.000 0.031 1.000 N NA
 1045162 1045163 PMT9312_0026 PMT9312_0027 efp accB FALSE 0.391 0.000 0.120 1.000 N NA
 1045164 1045165 PMT9312_0028 PMT9312_0029 pdxA   FALSE 0.099 24.000 0.020 1.000 N NA
 1045167 1045168 PMT9312_0031 PMT9312_0032     FALSE 0.110 144.000 0.250 NA   NA
 1045168 1045169 PMT9312_0032 PMT9312_0033     FALSE 0.290 57.000 0.091 NA   NA
 1045172 1045173 PMT9312_0036 PMT9312_0037 cbiD   FALSE 0.154 55.000 0.023 1.000 N NA
 1045175 1045176 PMT9312_0039 PMT9312_0040     TRUE 0.481 82.000 0.300 NA   NA
 1045176 1204361 PMT9312_0040       FALSE 0.181 109.000 0.150 NA   NA
 1204361 1045177   PMT9312_0041     FALSE 0.220 12.000 0.012 NA   NA
 1045178 1045179 PMT9312_0042 PMT9312_0043     TRUE 0.527 18.000 0.458 NA   NA
 1045179 1045180 PMT9312_0043 PMT9312_0044     TRUE 0.942 17.000 0.457 0.004 Y NA
 1204362 1045190   PMT9312_R0001   ssrA FALSE 0.030 153.000 0.000 NA   NA
 1045192 1045193 PMT9312_0055 PMT9312_0056     TRUE 0.795 2.000 0.522 NA   NA
 1045193 1204363 PMT9312_0056       FALSE 0.074 167.000 0.250 NA   NA
 1045194 1045195 PMT9312_0057 PMT9312_0058     TRUE 0.524 80.000 0.350 NA   NA
 1045195 1045196 PMT9312_0058 PMT9312_0059   smc FALSE 0.356 77.000 0.150 NA   NA
 1045196 1045197 PMT9312_0059 PMT9312_0060 smc   FALSE 0.387 46.000 0.177 NA   NA
 1045198 1045199 PMT9312_0061 PMT9312_R0002   tRNA-Leu4 FALSE 0.142 26.000 0.000 NA   NA
 1045202 1045203 PMT9312_0064 PMT9312_0065     TRUE 0.672 81.000 0.556 NA   NA
 1045204 1045205 PMT9312_0066 PMT9312_0067     TRUE 0.732 9.000 0.576 1.000   NA
 1045205 1045206 PMT9312_0067 PMT9312_0068     FALSE 0.391 43.000 0.182 NA   NA
 1045206 1045207 PMT9312_0068 PMT9312_0069   hit FALSE 0.241 48.000 0.010 NA   NA
 1045207 1045208 PMT9312_0069 PMT9312_0070 hit def FALSE 0.165 5.000 0.013 1.000 N NA
 1045210 1045211 PMT9312_0072 PMT9312_0073     FALSE 0.339 0.000 0.081 1.000 N NA
 1045211 1045212 PMT9312_0073 PMT9312_0074   sufC TRUE 0.929 2.000 0.482 1.000 Y NA
 1045212 1045213 PMT9312_0074 PMT9312_0075 sufC   TRUE 0.809 22.000 0.466 1.000 Y NA
 1045214 1045215 PMT9312_0076 PMT9312_0077     FALSE 0.009 271.000 0.000 NA   NA
 1045215 1045216 PMT9312_0077 PMT9312_0078     TRUE 0.764 13.000 0.947 NA   NA
 1045216 1045217 PMT9312_0078 PMT9312_0079   pgm FALSE 0.219 33.000 0.017 NA   NA
 1045217 1045218 PMT9312_0079 PMT9312_0080 pgm mgs1 FALSE 0.093 33.000 0.009 1.000 N NA
 1045221 1045222 PMT9312_0083 PMT9312_0084   cysH FALSE 0.132 16.000 0.026 1.000 N NA
 1045223 1045224 PMT9312_0085 PMT9312_0086   citT FALSE 0.407 50.000 0.296 1.000 N NA
 1045224 1045225 PMT9312_0086 PMT9312_0087 citT trkG TRUE 0.970 6.000 0.500 0.004 Y NA
 1045225 1045226 PMT9312_0087 PMT9312_0088 trkG   TRUE 0.936 19.000 0.438 0.004 Y NA
 1045228 1045229 PMT9312_0090 PMT9312_0091     TRUE 0.638 36.000 0.533 NA   NA
 1045230 1204364 PMT9312_0092       TRUE 0.557 -3.000 0.111 NA   NA
 1045231 1204365 PMT9312_0093       FALSE 0.050 164.000 0.128 NA   NA
 1045233 1045234 PMT9312_0095 PMT9312_0096     TRUE 0.698 100.000 1.000 NA   NA
 1045234 1045235 PMT9312_0096 PMT9312_0097     TRUE 0.577 66.000 0.421 NA   NA
 1045236 1045237 PMT9312_0098 PMT9312_0099   rbn TRUE 0.540 2.000 0.172 NA   NA
 1045237 1045238 PMT9312_0099 PMT9312_0100 rbn   FALSE 0.391 90.000 0.154 1.000   NA
 1045238 1045239 PMT9312_0100 PMT9312_0101     FALSE 0.385 -3.000 0.096 1.000 N NA
 1045239 1045240 PMT9312_0101 PMT9312_0102     TRUE 0.476 -7.000 0.128 1.000 N NA
 1045241 1045242 PMT9312_0103 PMT9312_0104   nadB TRUE 0.477 0.000 0.024 NA   NA
 1204366 1045245   PMT9312_0107     FALSE 0.432 65.000 0.238 NA   NA
 1045245 1045246 PMT9312_0107 PMT9312_0108     FALSE 0.431 62.000 0.238 NA   NA
 1045246 1045247 PMT9312_0108 PMT9312_0109     FALSE 0.254 18.000 0.125 NA   NA
 1045247 1045248 PMT9312_0109 PMT9312_0110     TRUE 0.937 -3.000 0.370 1.000 Y NA
 1045252 1294380 PMT9312_0113       FALSE 0.258 27.000 0.129 NA   NA
 1045253 1045254 PMT9312_0114 PMT9312_0115   rbfA TRUE 0.496 0.000 0.030 NA   NA
 1045254 1045255 PMT9312_0115 PMT9312_0116 rbfA hemD FALSE 0.269 -13.000 0.006 1.000 N NA
 1045256 1045257 PMT9312_0117 PMT9312_0118   crtQ TRUE 0.839 4.000 0.800 NA   NA
 1045258 1045259 PMT9312_0119 PMT9312_0120     FALSE 0.354 7.000 0.050 NA   NA
 1045259 1045260 PMT9312_0120 PMT9312_0121     FALSE 0.470 2.000 0.111 NA   NA
 1045260 1045261 PMT9312_0121 PMT9312_0122     TRUE 0.917 -28.000 0.778 NA   NA
 1045264 1045265 PMT9312_0125 PMT9312_0126     TRUE 0.707 17.000 0.714 1.000   NA
 1045266 1045267 PMT9312_0127 PMT9312_0128     FALSE 0.333 9.000 0.117 NA   NA
 1045267 1045268 PMT9312_0128 PMT9312_R0003   tRNA-Asn1 FALSE 0.195 50.000 0.000 NA   NA
 1045271 1045272 PMT9312_0131 PMT9312_0132 holB tmk TRUE 0.619 -3.000 0.254 1.000 N NA
 1045272 1045273 PMT9312_0132 PMT9312_0133 tmk zntA FALSE 0.267 1.000 0.020 1.000 N NA
 1045276 1045277 PMT9312_0136 PMT9312_0137   plsX FALSE 0.305 1.000 0.026 1.000 N NA
 1045277 1045278 PMT9312_0137 PMT9312_0138 plsX fabH TRUE 0.946 56.000 0.380 0.007 Y NA
 1045278 1045279 PMT9312_0138 PMT9312_0139 fabH fabD TRUE 0.894 19.000 0.043 0.007 Y NA
 1045279 1045280 PMT9312_0139 PMT9312_0140 fabD   TRUE 0.844 6.000 0.218 1.000 Y NA
 1045281 1045282 PMT9312_0141 PMT9312_0142   ycf34 FALSE 0.277 10.000 0.023 NA   NA
 1045283 1045284 PMT9312_0143 PMT9312_0144     FALSE 0.378 60.000 0.074 1.000   NA
 1045285 1045286 PMT9312_0145 PMT9312_0146 crtB,pys pds TRUE 0.754 38.000 0.691 1.000   NA
 1045287 1045288 PMT9312_0147 PMT9312_0148     FALSE 0.398 72.000 0.205 NA   NA
 1045290 1045291 PMT9312_0150 PMT9312_0151   ndhF FALSE 0.291 36.000 0.041 NA   NA
 1045291 1045292 PMT9312_0151 PMT9312_0152 ndhF   TRUE 0.794 122.000 0.050 0.003 Y NA
 1045292 1045293 PMT9312_0152 PMT9312_0153     FALSE 0.074 124.000 0.009 NA   NA
 1045293 1045294 PMT9312_0153 PMT9312_0154     FALSE 0.308 49.000 0.034 NA   NA
 1204345 1045297   PMT9312_0157     FALSE 0.293 63.000 0.090 NA   NA
 1045297 1045298 PMT9312_0157 PMT9312_0158     TRUE 0.479 1.000 0.101 NA   NA
 1045298 1045299 PMT9312_0158 PMT9312_0159   ndhE FALSE 0.183 10.000 0.071 1.000 N NA
 1045299 1045300 PMT9312_0159 PMT9312_0160 ndhE ndhG TRUE 0.947 16.000 0.506 0.005 Y NA
 1045300 1045301 PMT9312_0160 PMT9312_0161 ndhG ndhI TRUE 0.916 13.000 0.192 0.012 Y NA
 1045301 1045302 PMT9312_0161 PMT9312_0162 ndhI ndhA TRUE 0.934 69.000 0.242 0.012 Y NA
 1045302 1045303 PMT9312_0162 PMT9312_0163 ndhA gltA TRUE 0.781 76.000 0.137 1.000 Y NA
 1045303 1045304 PMT9312_0163 PMT9312_0164 gltA   FALSE 0.094 125.000 0.094 NA   NA
 1045307 1045308 PMT9312_0167 PMT9312_0168 sui1 cysC FALSE 0.080 31.000 0.006 1.000 N NA
 1045314 1045315 PMT9312_0174 PMT9312_0175 ndhH   FALSE 0.387 10.000 0.182 NA   NA
 1045316 1045317 PMT9312_0176 PMT9312_0177 menE menC TRUE 0.949 -15.000 0.283 0.002 N NA
 1045317 1045318 PMT9312_0177 PMT9312_0178 menC menA TRUE 0.904 -3.000 0.096 1.000 Y NA
 1045320 1045321 PMT9312_0180 PMT9312_0181 gshB grxC FALSE 0.220 6.000 0.028 1.000 N NA
 1045322 1045323 PMT9312_0182 PMT9312_0183 prfB   FALSE 0.386 4.000 0.025 NA   NA
 1045323 1045324 PMT9312_0183 PMT9312_0184     FALSE 0.356 7.000 0.039 NA   NA
 1045324 1045325 PMT9312_0184 PMT9312_0185   dgkA FALSE 0.369 7.000 0.123 NA   NA
 1045325 1045326 PMT9312_0185 PMT9312_0186 dgkA pabA FALSE 0.295 13.000 0.231 1.000 N NA
 1045326 1045327 PMT9312_0186 PMT9312_0187 pabA   FALSE 0.327 21.000 0.231 NA   NA
 1045328 1045329 PMT9312_0188 PMT9312_0189   argS FALSE 0.252 0.000 0.015 1.000 N NA
 1045329 1045330 PMT9312_0189 PMT9312_0190 argS nadC FALSE 0.092 28.000 0.014 1.000 N NA
 1045330 1045331 PMT9312_0190 PMT9312_0191 nadC thdF FALSE 0.333 83.000 0.014 1.000   NA
 1045335 1045336 PMT9312_0195 PMT9312_0196 rluD   TRUE 0.631 -9.000 0.018 1.000   NA
 1045340 1045341 PMT9312_0200 PMT9312_0201   pyrD FALSE 0.095 17.000 0.016 1.000 N NA
 1045341 1045342 PMT9312_0201 PMT9312_0202 pyrD rnhA FALSE 0.217 7.000 0.031 1.000 N NA
 1045342 1045343 PMT9312_0202 PMT9312_0203 rnhA rplL FALSE 0.110 48.000 0.008 1.000 N NA
 1045343 1045344 PMT9312_0203 PMT9312_0204 rplL rplJ TRUE 0.901 29.000 0.884 1.000 Y NA
 1045344 1045345 PMT9312_0204 PMT9312_0205 rplJ rplA FALSE 0.243 192.000 0.302 1.000 Y NA
 1045345 1045346 PMT9312_0205 PMT9312_0206 rplA rplK TRUE 0.966 67.000 0.838 0.044 Y NA
 1045346 1045347 PMT9312_0206 PMT9312_0207 rplK nusG TRUE 0.696 68.000 0.681 1.000 N NA
 1045347 1045348 PMT9312_0207 PMT9312_0208 nusG secE TRUE 0.750 58.000 0.843 1.000 N NA
 1045348 1045349 PMT9312_0208 PMT9312_0209 secE clpB2 FALSE 0.157 62.000 0.023 1.000 N NA
 1045351 1045352 PMT9312_0211 PMT9312_0212     TRUE 0.835 0.000 0.576 NA   NA
 1045354 1045355 PMT9312_0214 PMT9312_0215     TRUE 0.501 3.000 0.152 NA   NA
 1045355 1045356 PMT9312_0215 PMT9312_0216     FALSE 0.357 7.000 0.048 NA   NA
 1045357 1045358 PMT9312_0217 PMT9312_0218 hemB   FALSE 0.389 64.000 0.033 1.000   NA
 1045358 1045359 PMT9312_0218 PMT9312_0219     FALSE 0.336 15.000 0.044 1.000   NA
 1045359 1045360 PMT9312_0219 PMT9312_0220   obg FALSE 0.325 40.000 0.008 1.000   NA
 1045360 1045361 PMT9312_0220 PMT9312_0221 obg   FALSE 0.203 86.000 0.005 NA   NA
 1045362 1045363 PMT9312_0222 PMT9312_0223   ecm4 FALSE 0.127 124.000 0.152 NA   NA
 1045365 1045366 PMT9312_0225 PMT9312_0226   aroC FALSE 0.144 109.000 0.000 1.000   NA
 1045367 1045368 PMT9312_0227 PMT9312_0228 eda   FALSE 0.417 19.000 0.415 1.000 N NA
 1045368 1045369 PMT9312_0228 PMT9312_0229   met3 FALSE 0.195 47.000 0.061 1.000 N NA
 1045369 1045370 PMT9312_0229 PMT9312_0230 met3 psbO FALSE 0.381 75.000 0.064 1.000   NA
 1045370 1045371 PMT9312_0230 PMT9312_0231 psbO dfp FALSE 0.021 219.000 0.004 1.000   NA
 1045371 1045372 PMT9312_0231 PMT9312_0232 dfp   TRUE 0.576 -10.000 0.030 NA   NA
 1045373 1045374 PMT9312_0233 PMT9312_0234     FALSE 0.436 12.000 0.278 NA   NA
 1045375 1045376 PMT9312_0235 PMT9312_1810 pyrB   FALSE 0.136 22.000 0.000 NA   NA
 1045379 1045380 PMT9312_R0004 PMT9312_0239 tRNA-Leu1   FALSE 0.190 73.000 0.000 NA   NA
 1045380 1045381 PMT9312_0239 PMT9312_0240   ileS FALSE 0.071 122.000 0.003 NA   NA
 1045386 1045387 PMT9312_0245 PMT9312_0246 thy1 dcd TRUE 0.872 2.000 0.042 1.000 Y NA
 1045387 1045388 PMT9312_0246 PMT9312_0247 dcd   FALSE 0.239 5.000 0.091 1.000 N NA
 1045389 1045390 PMT9312_0248 PMT9312_0249 ntcA   TRUE 0.705 40.000 0.612 NA   NA
 1045390 1045391 PMT9312_0249 PMT9312_0250     FALSE 0.358 7.000 0.047 NA   NA
 1045392 1045393 PMT9312_0251 PMT9312_0252   pth FALSE 0.374 4.000 0.022 NA   NA
 1045393 1045394 PMT9312_0252 PMT9312_0253 pth psbH FALSE 0.069 143.000 0.006 1.000   NA
 1045395 1045396 PMT9312_0254 PMT9312_0255 psbN psbI TRUE 0.687 108.000 0.216 0.006   NA
 1045396 1045397 PMT9312_0255 PMT9312_0256 psbI   FALSE 0.236 18.000 0.107 NA   NA
 1045398 1045399 PMT9312_0257 PMT9312_0258 leuD leuC TRUE 0.981 -3.000 0.268 0.002 Y NA
 1045399 1045400 PMT9312_0258 PMT9312_0259 leuC cinA FALSE 0.338 13.000 0.032 1.000   NA
 1045400 1045401 PMT9312_0259 PMT9312_0260 cinA glyA TRUE 0.597 -3.000 0.018 1.000   NA
 1045401 1045402 PMT9312_0260 PMT9312_R0005 glyA tRNA-Arg4 FALSE 0.193 77.000 0.000 NA   NA
 1045403 1045404 PMT9312_0261 PMT9312_0262     TRUE 0.670 14.000 0.667 NA   NA
 1045406 1045407 PMT9312_0264 PMT9312_0265 sfsA amtB FALSE 0.037 180.000 0.040 NA   NA
 1045407 1045408 PMT9312_0265 PMT9312_0266 amtB lytB FALSE 0.351 90.000 0.286 1.000 N NA
 1045408 1045409 PMT9312_0266 PMT9312_0267 lytB   FALSE 0.198 105.000 0.143 NA   NA
 1045415 1045416 PMT9312_0273 PMT9312_0274 tgt psbK FALSE 0.357 35.000 0.034 1.000   NA
 1045417 1045418 PMT9312_0275 PMT9312_0276     FALSE 0.292 51.000 0.078 NA   NA
 1045418 1045419 PMT9312_0276 PMT9312_R0006   tRNA-Met3 FALSE 0.140 19.000 0.000 NA   NA
 1045420 1045421 PMT9312_0277 PMT9312_0278 pyrE   FALSE 0.359 12.000 0.034 1.000   NA
 1045423 1045424 PMT9312_0280 PMT9312_0281     FALSE 0.234 3.000 0.020 1.000 N NA
 1045425 1045426 PMT9312_0282 PMT9312_0283     FALSE 0.142 73.000 0.020 1.000 N NA
 1045426 1045427 PMT9312_0283 PMT9312_0284   fabI FALSE 0.104 21.000 0.021 1.000 N NA
 1045428 1045429 PMT9312_0285 PMT9312_0286   degT FALSE 0.387 54.000 0.057 1.000   NA
 1045430 1045431 PMT9312_0287 PMT9312_0288 phrB   TRUE 0.906 -3.000 0.038 1.000 Y NA
 1045431 1045432 PMT9312_0288 PMT9312_0289   folK FALSE 0.196 48.000 0.033 1.000 N NA
 1045434 1045435 PMT9312_0291 PMT9312_0292     TRUE 0.917 6.000 0.690 NA Y NA
 1045437 1045438 PMT9312_0294 PMT9312_0295 ndhJ ndhK TRUE 0.979 0.000 0.406 0.005 Y NA
 1045438 1045439 PMT9312_0295 PMT9312_0296 ndhK ndhC TRUE 0.966 5.000 0.428 0.005 Y NA
 1045440 1045441 PMT9312_0297 PMT9312_0298 rub   TRUE 0.664 10.000 0.521 NA   NA
 1045441 1045442 PMT9312_0298 PMT9312_0299   psbE FALSE 0.351 130.000 0.625 NA   NA
 1045442 1045443 PMT9312_0299 PMT9312_0300 psbE psbF TRUE 0.966 3.000 0.837 0.004   NA
 1045443 1045444 PMT9312_0300 PMT9312_0301 psbF psbL TRUE 0.930 12.000 0.872 0.006   NA
 1045444 1045445 PMT9312_0301 PMT9312_0302 psbL psbJ TRUE 0.939 10.000 0.878 0.006   NA
 1045448 1045449 PMT9312_0305 PMT9312_0306   uvrD FALSE 0.206 6.000 0.025 1.000 N NA
 1045449 1204368 PMT9312_0306   uvrD   FALSE 0.174 23.000 0.012 NA   NA
 1045451 1045452 PMT9312_0308 PMT9312_0309 cpeS   TRUE 0.742 -25.000 0.259 NA   NA
 1045452 1045453 PMT9312_0309 PMT9312_0310     FALSE 0.262 119.000 0.375 NA   NA
 1045455 1045456 PMT9312_0312 PMT9312_0313     FALSE 0.206 9.000 0.000 NA   NA
 1045456 1045457 PMT9312_0313 PMT9312_0314     TRUE 0.650 3.000 0.333 NA   NA
 1045457 1045458 PMT9312_0314 PMT9312_0315     FALSE 0.362 0.000 0.000 NA   NA
 1045458 1045459 PMT9312_0315 PMT9312_R0007   tRNA-Phe1 FALSE 0.006 348.000 0.000 NA   NA
 1045459 1045460 PMT9312_R0007 PMT9312_0316 tRNA-Phe1 xylB FALSE 0.166 90.000 0.000 NA   NA
 1045460 1045461 PMT9312_0316 PMT9312_0317 xylB metK FALSE 0.147 13.000 0.028 1.000 N NA
 1045461 1045462 PMT9312_0317 PMT9312_0318 metK rps1a, rpsA1 FALSE 0.094 131.000 0.008 1.000   NA
 1045462 1045463 PMT9312_0318 PMT9312_0319 rps1a, rpsA1   FALSE 0.246 100.000 0.025 1.000   NA
 1045463 1045464 PMT9312_0319 PMT9312_0320   psbT FALSE 0.247 101.000 0.028 1.000   NA
 1045464 1045465 PMT9312_0320 PMT9312_0321 psbT psbB TRUE 0.846 24.000 0.651 0.074   NA
 1045466 1045467 PMT9312_0322 PMT9312_0323 fdx psbM TRUE 0.498 103.000 0.472 1.000   NA
 1045467 1045468 PMT9312_0323 PMT9312_0324 psbM hemK FALSE 0.364 12.000 0.111 1.000   NA
 1045468 1045469 PMT9312_0324 PMT9312_0325 hemK sua5 TRUE 0.782 24.000 0.444 NA Y NA
 1045470 1045471 PMT9312_R0008 PMT9312_0326 tRNA-Thr3 minE FALSE 0.194 66.000 0.000 NA   NA
 1045471 1045472 PMT9312_0326 PMT9312_0327 minE minD TRUE 0.889 3.000 0.347 NA Y NA
 1045472 1045473 PMT9312_0327 PMT9312_0328 minD minC FALSE 0.309 118.000 0.368 1.000   NA
 1045473 1045474 PMT9312_0328 PMT9312_0329 minC   FALSE 0.380 11.000 0.038 1.000   NA
 1045474 1045475 PMT9312_0329 PMT9312_0330     FALSE 0.389 45.000 0.071 1.000   NA
 1045476 1045477 PMT9312_0331 PMT9312_0332 petB petD TRUE 0.840 34.000 0.471 0.074   NA
 1045479 1045480 PMT9312_R0009 PMT9312_R0010   tRNA-Ile1 FALSE 0.055 126.000 0.000 NA   NA
 1045480 1045481 PMT9312_R0010 PMT9312_R0011 tRNA-Ile1 tRNA-Ala1 FALSE 0.163 13.000 0.000 NA   NA
 1045481 1045482 PMT9312_R0011 PMT9312_R0012 tRNA-Ala1   FALSE 0.009 257.000 0.000 NA   NA
 1045482 1045483 PMT9312_R0012 PMT9312_R0013     FALSE 0.194 67.000 0.000 NA   NA
 1045484 1045485 PMT9312_0334 PMT9312_0335 mutM psaE TRUE 0.487 5.000 0.040 1.000   NA
 1045485 1045486 PMT9312_0335 PMT9312_0336 psaE   FALSE 0.436 81.000 0.152 1.000   NA
 1045486 1045487 PMT9312_0336 PMT9312_0337     TRUE 0.491 62.000 0.227 1.000   NA
 1045492 1045493 PMT9312_0342 PMT9312_0343     FALSE 0.452 -18.000 0.000 NA   NA
 1204374 1045494   PMT9312_0344     FALSE 0.399 90.000 0.250 NA   NA
 1204347 1045495   PMT9312_0345     FALSE 0.138 122.000 0.167 NA   NA
 1045495 1204348 PMT9312_0345       FALSE 0.306 44.000 0.100 NA   NA
 1045499 1045500 PMT9312_0349 PMT9312_0350     TRUE 0.867 -70.000 0.500 NA   NA
 1045500 1045501 PMT9312_0350 PMT9312_0351     TRUE 0.704 90.000 0.714 NA   NA
 1045503 1045504 PMT9312_0353 PMT9312_0354     FALSE 0.291 68.000 0.086 NA   NA
 1045505 1204376 PMT9312_0355       FALSE 0.420 6.000 0.150 NA   NA
 1204376 1045506   PMT9312_0356     TRUE 0.482 118.000 0.750 NA   NA
 1045507 1045508 PMT9312_0357 PMT9312_0358     FALSE 0.223 73.000 0.007 NA   NA
 1204377 1045509   PMT9312_0359     FALSE 0.265 21.000 0.150 NA   NA
 1045509 1294398 PMT9312_0359       FALSE 0.278 18.000 0.150 NA   NA
 1294398 1204378         FALSE 0.013 209.000 0.000 NA   NA
 1204379 1045510   PMT9312_0360     FALSE 0.003 696.000 0.000 NA   NA
 1045511 1045512 PMT9312_0361 PMT9312_0362   thiD FALSE 0.372 51.000 0.263 1.000 N NA
 1204380 1045514   PMT9312_0364     FALSE 0.281 84.000 0.088 NA   NA
 1045514 1045515 PMT9312_0364 PMT9312_0365     FALSE 0.312 72.000 0.118 NA   NA
 1045516 1045517 PMT9312_0366 PMT9312_0367     FALSE 0.123 98.000 0.000 NA   NA
 1045517 1045518 PMT9312_0367 PMT9312_0368     FALSE 0.163 13.000 0.000 NA   NA
 1045519 1204351 PMT9312_0369       TRUE 0.843 0.000 0.600 NA   NA
 1045522 1045523 PMT9312_0372 PMT9312_0373 vsr   FALSE 0.295 55.000 0.032 NA   NA
 1045523 1045524 PMT9312_0373 PMT9312_0374     TRUE 0.572 55.000 0.423 NA   NA
 1045524 1045525 PMT9312_0374 PMT9312_0375     FALSE 0.342 8.000 0.048 NA   NA
 1045525 1045526 PMT9312_0375 PMT9312_0376     TRUE 0.688 7.000 0.500 NA   NA
 1045526 1045527 PMT9312_0376 PMT9312_0377     TRUE 0.845 3.000 0.750 NA   NA
 1045528 1045529 PMT9312_0378 PMT9312_0379 dcm   TRUE 0.758 -3.000 0.357 NA   NA
 1045529 1045530 PMT9312_0379 PMT9312_0380     TRUE 0.921 -3.000 1.000 NA   NA
 1045530 1045531 PMT9312_0380 PMT9312_0381     TRUE 0.804 3.000 0.600 NA   NA
 1045531 1045532 PMT9312_0381 PMT9312_0382     FALSE 0.128 165.000 0.429 NA   NA
 1045532 1045533 PMT9312_0382 PMT9312_R0014   tRNA-Thr2 FALSE 0.004 492.000 0.000 NA   NA
 1045533 1045534 PMT9312_R0014 PMT9312_R0015 tRNA-Thr2 tRNA-Tyr1 FALSE 0.183 11.000 0.000 NA   NA
 1045535 1045536 PMT9312_0383 PMT9312_0384 aroQ miaE FALSE 0.353 1.000 0.039 1.000 N NA
 1045536 1045537 PMT9312_0384 PMT9312_0385 miaE cobI/cbiL FALSE 0.106 22.000 0.022 1.000 N NA
 1045537 1045538 PMT9312_0385 PMT9312_0386 cobI/cbiL   FALSE 0.437 0.000 0.015 NA   NA
 1045538 1045539 PMT9312_0386 PMT9312_0387     FALSE 0.237 75.000 0.011 NA   NA
 1045539 1045540 PMT9312_0387 PMT9312_0388   cbiQ TRUE 0.592 0.000 0.029 1.000   NA
 1045540 1045541 PMT9312_0388 PMT9312_0389 cbiQ   TRUE 0.506 19.000 0.447 NA   NA
 1045541 1045542 PMT9312_0389 PMT9312_0390     FALSE 0.405 4.000 0.065 NA   NA
 1045542 1045543 PMT9312_0390 PMT9312_0391     FALSE 0.079 151.000 0.194 NA   NA
 1045543 1045544 PMT9312_0391 PMT9312_0392   proC FALSE 0.452 8.000 0.224 NA   NA
 1045545 1045546 PMT9312_0393 PMT9312_0394   recO FALSE 0.100 85.000 0.009 1.000 N NA
 1045546 1045547 PMT9312_0394 PMT9312_0395 recO deoC FALSE 0.192 1.000 0.007 1.000 N NA
 1045547 1045548 PMT9312_0395 PMT9312_0396 deoC lrtA FALSE 0.018 13.000 0.017 NA N NA
 1045549 1045550 PMT9312_0397 PMT9312_0398 lipB fadD FALSE 0.136 28.000 0.029 1.000 N NA
 1045550 1045551 PMT9312_0398 PMT9312_0399 fadD   TRUE 0.546 39.000 0.388 NA   NA
 1045551 1045552 PMT9312_0399 PMT9312_0400   odhB FALSE 0.029 215.000 0.176 NA   NA
 1045552 1045553 PMT9312_0400 PMT9312_0401 odhB queA FALSE 0.146 7.000 0.014 1.000 N NA
 1045554 1045555 PMT9312_0402 PMT9312_0403     TRUE 0.905 85.000 0.095 0.023 Y NA
 1045555 1045556 PMT9312_0403 PMT9312_0404   metB TRUE 0.966 4.000 0.250 0.002 Y NA
 1045556 1045557 PMT9312_0404 PMT9312_0405 metB rpsD FALSE 0.102 77.000 0.008 1.000 N NA
 1045558 1045559 PMT9312_0406 PMT9312_0407     FALSE 0.360 5.000 0.025 NA   NA
 1045559 1045560 PMT9312_0407 PMT9312_0408   murE FALSE 0.399 10.000 0.049 1.000   NA
 1045560 1045561 PMT9312_0408 PMT9312_0409 murE   FALSE 0.337 82.000 0.014 1.000   NA
 1045562 1045563 PMT9312_0410 PMT9312_0411     TRUE 0.679 37.000 0.082 0.051 N NA
 1045563 1045564 PMT9312_0411 PMT9312_0412     FALSE 0.292 77.000 0.086 NA   NA
 1045567 1045568 PMT9312_0415 PMT9312_0416 mqo lepA FALSE 0.319 56.000 0.007 1.000   NA
 1045568 1045569 PMT9312_0416 PMT9312_0417 lepA dppC FALSE 0.051 104.000 0.006 1.000 N NA
 1045571 1045572 PMT9312_0419 PMT9312_0420     FALSE 0.026 197.000 0.028 NA   NA
 1045572 1045573 PMT9312_0420 PMT9312_0421     FALSE 0.426 3.000 0.084 NA   NA
 1045573 1045574 PMT9312_0421 PMT9312_0422     FALSE 0.403 4.000 0.031 NA   NA
 1045574 1045575 PMT9312_0422 PMT9312_0423     FALSE 0.459 3.000 0.120 NA   NA
 1045575 1045576 PMT9312_0423 PMT9312_0424     FALSE 0.132 105.000 0.013 NA   NA
 1045576 1045577 PMT9312_0424 PMT9312_0425   sun FALSE 0.012 214.000 0.000 NA   NA
 1045578 1045579 PMT9312_0426 PMT9312_0427 mrcB chlG TRUE 0.705 2.000 0.452 1.000 N NA
 1045579 1045580 PMT9312_0427 PMT9312_0428 chlG   FALSE 0.337 9.000 0.119 NA   NA
 1045581 1045582 PMT9312_0429 PMT9312_0430 hisF ubiE FALSE 0.120 41.000 0.012 1.000 N NA
 1045585 1045586 PMT9312_0433 PMT9312_0434 salX ndhB FALSE 0.165 20.000 0.134 1.000 N NA
 1045587 1045588 PMT9312_0435 PMT9312_0436 topA   FALSE 0.339 5.000 0.020 NA   NA
 1045588 1045589 PMT9312_0436 PMT9312_0437     FALSE 0.221 23.000 0.105 NA   NA
 1045589 1045590 PMT9312_0437 PMT9312_0438   cobT FALSE 0.305 14.000 0.155 NA   NA
 1045590 1045591 PMT9312_0438 PMT9312_0439 cobT   TRUE 0.514 1.000 0.130 NA   NA
 1045594 1045595 PMT9312_0442 PMT9312_0443   ctaE TRUE 0.693 101.000 1.000 NA   NA
 1045595 1045596 PMT9312_0443 PMT9312_0444 ctaE cyoB TRUE 0.970 7.000 0.500 0.002 Y NA
 1045596 1045597 PMT9312_0444 PMT9312_0445 cyoB cyoA TRUE 0.987 -3.000 0.500 0.002 Y NA
 1045598 1045599 PMT9312_0446 PMT9312_0447 ctaA cyoE TRUE 0.903 -3.000 0.090 1.000 Y NA
 1045599 1045600 PMT9312_0447 PMT9312_0448 cyoE ccmA FALSE 0.183 38.000 0.033 1.000 N NA
 1045600 1045601 PMT9312_0448 PMT9312_0449 ccmA   FALSE 0.429 49.000 0.321 1.000 N NA
 1045601 1045602 PMT9312_0449 PMT9312_0450     TRUE 0.639 8.000 0.455 NA   NA
 1045607 1045608 PMT9312_0455 PMT9312_0456   ubiA FALSE 0.210 10.000 0.043 1.000 N NA
 1045610 1045611 PMT9312_0458 PMT9312_0459   cobM FALSE 0.349 47.000 0.016 1.000   NA
 1045611 1045612 PMT9312_0459 PMT9312_0460 cobM lgt FALSE 0.426 -7.000 0.061 1.000 N NA
 1045612 1045613 PMT9312_0460 PMT9312_0461 lgt petA TRUE 0.619 13.000 0.476 1.000   NA
 1045613 1045614 PMT9312_0461 PMT9312_0462 petA petC TRUE 0.949 4.000 0.881 0.057   NA
 1045616 1045617 PMT9312_0464 PMT9312_0465 tatC   FALSE 0.095 124.000 0.027 NA   NA
 1045617 1045618 PMT9312_0465 PMT9312_0466     FALSE 0.218 30.000 0.020 NA   NA
 1045620 1045621 PMT9312_0468 PMT9312_0469 psaJ psaF TRUE 0.842 30.000 0.455 0.022   NA
 1045622 1045623 PMT9312_0470 PMT9312_0471 qri7   FALSE 0.302 6.000 0.015 NA   NA
 1045623 1045624 PMT9312_0471 PMT9312_0472   nhaP FALSE 0.047 159.000 0.034 NA   NA
 1045625 1045626 PMT9312_0473 PMT9312_R0016 gltX tRNA-Asp1 FALSE 0.144 18.000 0.000 NA   NA
 1045626 1045627 PMT9312_R0016 PMT9312_0474 tRNA-Asp1   FALSE 0.032 149.000 0.000 NA   NA
 1045627 1045628 PMT9312_0474 PMT9312_R0017   tRNA-Trp1 FALSE 0.176 36.000 0.000 NA   NA
 1045628 1045629 PMT9312_R0017 PMT9312_0475 tRNA-Trp1 rplS FALSE 0.191 54.000 0.000 NA   NA
 1045629 1045630 PMT9312_0475 PMT9312_0476 rplS   FALSE 0.212 33.000 0.013 NA   NA
 1045633 1045634 PMT9312_0479 PMT9312_0480 pta   FALSE 0.296 26.000 0.177 NA   NA
 1045634 1045635 PMT9312_0480 PMT9312_0481     FALSE 0.270 68.000 0.021 NA   NA
 1045635 1045636 PMT9312_0481 PMT9312_0482     FALSE 0.203 26.000 0.021 NA   NA
 1045636 1045637 PMT9312_0482 PMT9312_0483   hflC FALSE 0.344 111.000 0.429 NA   NA
 1045638 1045639 PMT9312_0484 PMT9312_0485 hemL xthA FALSE 0.003 227.000 0.000 1.000 N NA
 1045640 1045641 PMT9312_0486 PMT9312_0487     FALSE 0.303 28.000 0.174 NA   NA
 1045641 1045642 PMT9312_0487 PMT9312_0488     FALSE 0.313 53.000 0.042 NA   NA
 1045642 1045643 PMT9312_0488 PMT9312_0489     TRUE 0.564 -3.000 0.042 NA   NA
 1045644 1045645 PMT9312_0490 PMT9312_0491 thiP   FALSE 0.238 27.000 0.053 NA   NA
 1045645 1045646 PMT9312_0491 PMT9312_0492     FALSE 0.256 39.000 0.020 NA   NA
 1045646 1045647 PMT9312_0492 PMT9312_0493     FALSE 0.253 38.000 0.020 NA   NA
 1045648 1045649 PMT9312_0494 PMT9312_0495     FALSE 0.351 63.000 0.246 1.000 N NA
 1045650 1045651 PMT9312_0496 PMT9312_0497 hemC   FALSE 0.073 97.000 0.009 1.000 N NA
 1045653 1045654 PMT9312_0499 PMT9312_0500   argB FALSE 0.379 4.000 0.023 NA   NA
 1045654 1045655 PMT9312_0500 PMT9312_0501 argB   FALSE 0.289 64.000 0.027 NA   NA
 1045658 1045659 PMT9312_0504 PMT9312_0505 cobK cutA FALSE 0.072 7.000 0.000 1.000 N NA
 1045660 1045661 PMT9312_0506 PMT9312_0507   purA FALSE 0.116 16.000 0.021 1.000 N NA
 1045661 1045662 PMT9312_0507 PMT9312_0508 purA psb27 FALSE 0.270 82.000 0.022 NA   NA
 1045662 1045663 PMT9312_0508 PMT9312_0509 psb27 proS FALSE 0.201 24.000 0.023 NA   NA
 1045664 1045665 PMT9312_0510 PMT9312_0511     FALSE 0.353 97.000 0.273 NA   NA
 1045665 1045666 PMT9312_0511 PMT9312_0512     TRUE 0.601 -10.000 0.041 NA   NA
 1045666 1045667 PMT9312_0512 PMT9312_0513   arsC FALSE 0.422 -3.000 0.045 1.000 N NA
 1045667 1045668 PMT9312_0513 PMT9312_0514 arsC   FALSE 0.147 30.000 0.030 1.000 N NA
 1045670 1045671 PMT9312_0516 PMT9312_0517     FALSE 0.346 96.000 0.250 NA   NA
 1045671 1045672 PMT9312_0517 PMT9312_0518     TRUE 0.520 0.000 0.039 NA   NA
 1045672 1045673 PMT9312_0518 PMT9312_0519   tal FALSE 0.184 92.000 0.131 1.000 N NA
 1045674 1045675 PMT9312_0520 PMT9312_0521 fixC frr FALSE 0.338 -3.000 0.022 1.000 N NA
 1045675 1045676 PMT9312_0521 PMT9312_0522 frr pyrH TRUE 0.574 23.000 0.626 1.000 N NA
 1045676 1045677 PMT9312_0522 PMT9312_0523 pyrH cobO FALSE 0.030 126.000 0.010 1.000 N NA
 1045677 1045678 PMT9312_0523 PMT9312_0524 cobO   TRUE 0.735 34.000 0.024 0.039   NA
 1045679 1045680 PMT9312_0525 PMT9312_0526 hemH ilvB FALSE 0.380 137.000 0.031 1.000 Y NA
 1045680 1045681 PMT9312_0526 PMT9312_0527 ilvB   FALSE 0.352 66.000 0.149 NA   NA
 1045682 1045683 PMT9312_0528 PMT9312_0529     FALSE 0.291 8.000 0.020 NA   NA
 1045683 1045684 PMT9312_0529 PMT9312_0530   rps1b, rpsA2, nbp1 TRUE 0.844 -3.000 0.513 NA   NA
 1045685 1045686 PMT9312_0531 PMT9312_0532     TRUE 0.599 92.000 0.465 1.000   NA
 1045686 1045687 PMT9312_0532 PMT9312_0533     TRUE 0.772 110.000 0.659 0.039   NA
 1045687 1045688 PMT9312_0533 PMT9312_0534   accA TRUE 0.477 5.000 0.033 1.000   NA
 1045688 1045689 PMT9312_0534 PMT9312_0535 accA   TRUE 0.922 -25.000 0.033 1.000 Y NA
 1045689 1045690 PMT9312_0535 PMT9312_0536   folE FALSE 0.092 154.000 0.348 1.000 N NA
 1045694 1045695 PMT9312_0540 PMT9312_0541     TRUE 0.554 82.000 0.395 NA   NA
 1045695 1045696 PMT9312_0541 PMT9312_0542     FALSE 0.462 54.000 0.274 NA   NA
 1045697 1045698 PMT9312_0543 PMT9312_0544 chlL chlB FALSE 0.251 193.000 0.226 0.002 N NA
 1045698 1045699 PMT9312_0544 PMT9312_0545 chlB chlN TRUE 0.977 5.000 0.591 0.002 Y NA
 1045699 1045700 PMT9312_0545 PMT9312_0546 chlN   FALSE 0.047 158.000 0.068 NA   NA
 1045703 1045704 PMT9312_0549 PMT9312_0550 ccmK rbcL FALSE 0.404 70.000 0.373 NA N NA
 1045704 1045705 PMT9312_0550 PMT9312_0551 rbcL rbcS TRUE 0.825 95.000 0.392 0.001 N NA
 1045705 1045706 PMT9312_0551 PMT9312_0552 rbcS csoS2 TRUE 0.624 80.000 0.474 NA   NA
 1045706 1045707 PMT9312_0552 PMT9312_0553 csoS2 csoS3 TRUE 0.817 8.000 0.925 NA   NA
 1045707 1045708 PMT9312_0553 PMT9312_0554 csoS3   TRUE 0.876 3.000 0.925 NA   NA
 1045708 1045709 PMT9312_0554 PMT9312_0555     TRUE 0.876 20.000 0.868 NA Y NA
 1045709 1045710 PMT9312_0555 PMT9312_0556     FALSE 0.346 75.000 0.147 NA   NA
 1045711 1045712 PMT9312_0557 PMT9312_0558   tdcF FALSE 0.286 86.000 0.051 NA   NA
 1045712 1045713 PMT9312_0558 PMT9312_0559 tdcF   FALSE 0.195 25.000 0.020 NA   NA
 1045714 1045715 PMT9312_0560 PMT9312_0561 hisG   FALSE 0.124 13.000 0.021 1.000 N NA
 1045715 1045716 PMT9312_0561 PMT9312_0562     TRUE 0.693 0.000 0.222 1.000   NA
 1045717 1045718 PMT9312_0563 PMT9312_0564     FALSE 0.399 6.000 0.135 NA   NA
 1045723 1045724 PMT9312_0569 PMT9312_R0018   tRNA-Leu2 FALSE 0.101 105.000 0.000 NA   NA
 1045724 1045725 PMT9312_R0018 PMT9312_0570 tRNA-Leu2   FALSE 0.195 79.000 0.000 NA   NA
 1045725 1045726 PMT9312_0570 PMT9312_0571     TRUE 0.849 5.000 0.925 NA   NA
 1045726 1045727 PMT9312_0571 PMT9312_0572   trpA FALSE 0.231 27.000 0.100 NA   NA
 1045730 1045731 PMT9312_0575 PMT9312_0576     TRUE 0.529 1.000 0.143 NA   NA
 1045731 1045732 PMT9312_0576 PMT9312_0577     TRUE 0.786 38.000 0.905 NA   NA
 1045732 1045733 PMT9312_0577 PMT9312_0578   hisI FALSE 0.012 162.000 0.006 1.000 N NA
 1045735 1045736 PMT9312_0580 PMT9312_0581 clpB petE FALSE 0.192 59.000 0.106 1.000 N NA
 1045736 1045737 PMT9312_0581 PMT9312_0582 petE   TRUE 0.505 60.000 0.404 1.000 N NA
 1045737 1045738 PMT9312_0582 PMT9312_0583   hemE FALSE 0.200 9.000 0.032 1.000 N NA
 1045738 1045739 PMT9312_0583 PMT9312_0584 hemE glgB FALSE 0.049 124.000 0.024 1.000 N NA
 1045739 1045740 PMT9312_0584 PMT9312_0585 glgB   TRUE 0.482 53.000 0.220 1.000   NA
 1045740 1045741 PMT9312_0585 PMT9312_0586     TRUE 0.779 8.000 0.760 NA   NA
 1045741 1045742 PMT9312_0586 PMT9312_0587     TRUE 0.734 65.000 0.684 NA   NA
 1045742 1045743 PMT9312_0587 PMT9312_0588     FALSE 0.462 12.000 0.317 NA   NA
 1045743 1294355 PMT9312_0588       FALSE 0.236 19.000 0.049 NA   NA
 1045744 1045745 PMT9312_0589 PMT9312_0590   proA FALSE 0.224 68.000 0.006 NA   NA
 1045745 1045746 PMT9312_0590 PMT9312_0591 proA folB FALSE 0.141 12.000 0.023 1.000 N NA
 1045746 1045747 PMT9312_0591 PMT9312_0592 folB   FALSE 0.465 6.000 0.047 1.000   NA
 1045748 1045749 PMT9312_0593 PMT9312_0594 prlC   FALSE 0.436 21.000 0.444 1.000 N NA
 1045749 1045750 PMT9312_0594 PMT9312_0595   thrB FALSE 0.188 79.000 0.031 1.000 N NA
 1045750 1045751 PMT9312_0595 PMT9312_0596 thrB glk FALSE 0.172 7.000 0.020 1.000 N NA
 1045751 1045752 PMT9312_0596 PMT9312_0597 glk thrS FALSE 0.135 11.000 0.020 1.000 N NA
 1045752 1045753 PMT9312_0597 PMT9312_0598 thrS trpS TRUE 0.934 4.000 0.016 0.059 Y NA
 1045753 1045754 PMT9312_0598 PMT9312_0599 trpS   TRUE 0.590 -10.000 0.034 NA   NA
 1045755 1045756 PMT9312_0600 PMT9312_0601     FALSE 0.219 20.000 0.065 NA   NA
 1045756 1045757 PMT9312_0601 PMT9312_0602     TRUE 0.952 4.000 0.894 1.000 Y NA
 1045757 1045758 PMT9312_0602 PMT9312_0603     TRUE 0.906 13.000 0.857 1.000 Y NA
 1045758 1045759 PMT9312_0603 PMT9312_0604     TRUE 0.494 0.000 0.085 NA   NA
 1045760 1045761 PMT9312_0605 PMT9312_0606     TRUE 0.557 46.000 0.381 NA   NA
 1045762 1045763 PMT9312_0607 PMT9312_0608 menD menB TRUE 0.938 37.000 0.147 0.001 Y NA
 1045763 1045764 PMT9312_0608 PMT9312_0609 menB glgA FALSE 0.138 36.000 0.022 1.000 N NA
 1045764 1045765 PMT9312_0609 PMT9312_0610 glgA murF FALSE 0.249 13.000 0.182 1.000 N NA
 1045766 1045767 PMT9312_0611 PMT9312_0612 glmU   FALSE 0.197 25.000 0.021 NA   NA
 1045767 1045768 PMT9312_0612 PMT9312_0613   aroA FALSE 0.216 13.000 0.017 NA   NA
 1045769 1045770 PMT9312_0614 PMT9312_0615     FALSE 0.341 31.000 0.051 1.000   NA
 1045770 1045771 PMT9312_0615 PMT9312_0616   amiC TRUE 0.606 0.000 0.051 1.000   NA
 1045771 1045772 PMT9312_0616 PMT9312_0617 amiC murI TRUE 0.901 -3.000 0.022 1.000 Y NA
 1045772 1045773 PMT9312_0617 PMT9312_0618 murI sds FALSE 0.121 28.000 0.024 1.000 N NA
 1045773 1045774 PMT9312_0618 PMT9312_0619 sds acs FALSE 0.129 95.000 0.080 1.000 N NA
 1045778 1045779 PMT9312_0623 PMT9312_0624 hisS   FALSE 0.183 15.000 0.007 NA   NA
 1045779 1045780 PMT9312_0624 PMT9312_0625     TRUE 0.838 3.000 0.714 NA   NA
 1045780 1045781 PMT9312_0625 PMT9312_0626     FALSE 0.401 137.000 0.857 NA   NA
 1045782 1045783 PMT9312_0627 PMT9312_0628     FALSE 0.292 98.000 0.132 1.000   NA
 1045783 1045784 PMT9312_0628 PMT9312_0629     FALSE 0.400 39.000 0.211 NA   NA
 1045787 1045788 PMT9312_0632 PMT9312_0633     TRUE 0.528 8.000 0.235 1.000   NA
 1045793 1045794 PMT9312_0638 PMT9312_0639   stpA FALSE 0.397 45.000 0.059 1.000   NA
 1045795 1045796 PMT9312_0640 PMT9312_0641     FALSE 0.371 93.000 0.250 NA   NA
 1045796 1045797 PMT9312_0641 PMT9312_0642   MET17 FALSE 0.347 72.000 0.149 NA   NA
 1045797 1045798 PMT9312_0642 PMT9312_0643 MET17 metA TRUE 0.924 -46.000 0.048 1.000 Y NA
 1045799 1045800 PMT9312_0644 PMT9312_0645     TRUE 0.686 31.000 0.800 1.000 N NA
 1045801 1045802 PMT9312_0646 PMT9312_0647     FALSE 0.006 351.000 0.000 NA   NA
 1045805 1045806 PMT9312_0650 PMT9312_0651     TRUE 0.781 3.000 0.538 NA   NA
 1045806 1045807 PMT9312_0651 PMT9312_0652   gloA FALSE 0.008 292.000 0.000 NA   NA
 1045809 1045810 PMT9312_0654 PMT9312_0655     TRUE 0.674 8.000 0.500 NA   NA
 1045810 1204352 PMT9312_0655       TRUE 0.674 54.000 0.571 NA   NA
 1045812 1045813 PMT9312_0657 PMT9312_0658     FALSE 0.085 110.000 0.000 NA   NA
 1045813 1045814 PMT9312_0658 PMT9312_0659     FALSE 0.452 -18.000 0.000 NA   NA
 1045814 1045815 PMT9312_0659 PMT9312_R0019   tRNA-Ser4 FALSE 0.006 328.000 0.000 NA   NA
 1045815 1204353 PMT9312_R0019   tRNA-Ser4   FALSE 0.015 199.000 0.000 NA   NA
 1045816 1045817 PMT9312_0660 PMT9312_0661   nrdJ FALSE 0.300 89.000 0.132 NA   NA
 1045818 1045819 PMT9312_0662 PMT9312_0663   prfC FALSE 0.128 33.000 0.021 1.000 N NA
 1045819 1045820 PMT9312_0663 PMT9312_0664 prfC   FALSE 0.335 52.000 0.012 1.000   NA
 1045821 1045822 PMT9312_0665 PMT9312_0666     FALSE 0.282 -10.000 0.009 1.000 N NA
 1045823 1045824 PMT9312_0667 PMT9312_0668     TRUE 0.555 10.000 0.388 NA   NA
 1045824 1045825 PMT9312_0668 PMT9312_0669     FALSE 0.337 7.000 0.095 NA   NA
 1045826 1045827 PMT9312_0670 PMT9312_0671 tesA   FALSE 0.377 50.000 0.264 1.000 N NA
 1045827 1045828 PMT9312_0671 PMT9312_0672     TRUE 0.932 5.000 0.696 1.000 Y NA
 1045828 1045829 PMT9312_0672 PMT9312_0673   phnD TRUE 0.964 -3.000 0.690 1.000 Y NA
 1045829 1045830 PMT9312_0673 PMT9312_0674 phnD aspC FALSE 0.290 14.000 0.238 1.000 N NA
 1045831 1045832 PMT9312_0675 PMT9312_0676   gcpE FALSE 0.138 35.000 0.022 1.000 N NA
 1045832 1045833 PMT9312_0676 PMT9312_0677 gcpE   FALSE 0.169 63.000 0.026 1.000 N NA
 1204388 1204389         FALSE 0.077 113.000 0.000 NA   NA
 1204389 1045840   PMT9312_0685     FALSE 0.004 463.000 0.000 NA   NA
 1045840 1045841 PMT9312_0685 PMT9312_0686     FALSE 0.321 2.000 0.000 NA   NA
 1045841 1204390 PMT9312_0686       FALSE 0.009 248.000 0.000 NA   NA
 1204390 1045842   PMT9312_0687     FALSE 0.362 0.000 0.000 NA   NA
 1045842 1045843 PMT9312_0687 PMT9312_0688     FALSE 0.362 0.000 0.000 NA   NA
 1045848 1204391 PMT9312_0693       TRUE 0.864 -3.000 0.600 NA   NA
 1204391 1294382         TRUE 0.856 -10.000 0.500 NA   NA
 1294364 1045849   PMT9312_0694     FALSE 0.401 0.000 0.003 NA   NA
 1045849 1294378 PMT9312_0694       FALSE 0.377 1.000 0.003 NA   NA
 1294378 1045850   PMT9312_0695     FALSE 0.412 110.000 0.500 NA   NA
 1045850 1045851 PMT9312_0695 PMT9312_0696     FALSE 0.374 70.000 0.176 NA   NA
 1045852 1045853 PMT9312_0697 PMT9312_0698     FALSE 0.302 3.000 0.000 NA   NA
 1204392 1045854   PMT9312_0699     TRUE 0.610 7.000 0.400 NA   NA
 1045854 1045855 PMT9312_0699 PMT9312_0700     TRUE 0.572 93.000 0.500 NA   NA
 1045855 1204393 PMT9312_0700       FALSE 0.006 349.000 0.000 NA   NA
 1204393 1045856   PMT9312_0701     TRUE 0.776 52.000 0.833 NA   NA
 1045856 1045857 PMT9312_0701 PMT9312_0702     FALSE 0.217 99.000 0.128 NA   NA
 1045857 1045858 PMT9312_0702 PMT9312_0703     FALSE 0.030 185.000 0.077 NA   NA
 1045858 1045859 PMT9312_0703 PMT9312_0704     TRUE 0.546 11.000 0.400 NA   NA
 1045859 1204394 PMT9312_0704       TRUE 0.562 62.000 0.400 NA   NA
 1204395 1045861   PMT9312_0706     FALSE 0.007 294.000 0.000 NA   NA
 1045861 1045862 PMT9312_0706 PMT9312_0707     TRUE 0.897 0.000 0.857 NA   NA
 1045862 1045863 PMT9312_0707 PMT9312_0708     TRUE 0.704 90.000 0.714 NA   NA
 1045863 1045864 PMT9312_0708 PMT9312_0709     TRUE 0.622 19.000 0.625 NA   NA
 1045864 1204396 PMT9312_0709       FALSE 0.007 298.000 0.000 NA   NA
 1045865 1045866 PMT9312_0710 PMT9312_0711     FALSE 0.344 23.000 0.250 NA   NA
 1204397 1045867   PMT9312_0712     TRUE 0.671 97.000 0.800 NA   NA
 1045868 1204398 PMT9312_0713       TRUE 0.484 97.000 0.444 NA   NA
 1204398 1045869   PMT9312_0714     FALSE 0.449 121.000 0.714 NA   NA
 1045869 1204354 PMT9312_0714       TRUE 0.743 78.000 0.714 NA   NA
 1204354 1045870   PMT9312_0715     FALSE 0.031 184.000 0.065 NA   NA
 1045870 1045871 PMT9312_0715 PMT9312_0716     FALSE 0.367 55.000 0.026 1.000   NA
 1045871 1045872 PMT9312_0716 PMT9312_0717   phoB FALSE 0.027 196.000 0.000 1.000   NA
 1045872 1204399 PMT9312_0717   phoB   TRUE 0.529 -19.000 0.013 NA   NA
 1204399 1045873   PMT9312_0718   phoR TRUE 0.599 -97.000 0.080 NA   NA
 1045874 1045875 PMT9312_0719 PMT9312_0720     TRUE 0.725 79.000 0.667 NA   NA
 1045875 1045876 PMT9312_0720 PMT9312_0721     FALSE 0.056 148.000 0.000 1.000   NA
 1045878 1045879 PMT9312_0723 PMT9312_0724 chrA   FALSE 0.248 31.000 0.030 NA   NA
 1045879 1045880 PMT9312_0724 PMT9312_0725   gap3 TRUE 0.708 12.000 0.689 NA   NA
 1045882 1045883 PMT9312_0727 PMT9312_0728 pstC pstA TRUE 0.970 7.000 0.541 0.003 Y NA
 1045883 1045884 PMT9312_0728 PMT9312_0729 pstA pstB TRUE 0.989 1.000 0.952 0.003 Y NA
 1045884 1204401 PMT9312_0729   pstB   FALSE 0.013 207.000 0.000 NA   NA
 1204401 1204402         TRUE 0.569 11.000 0.429 NA   NA
 1045885 1045886 PMT9312_0730 PMT9312_0731     FALSE 0.012 211.000 0.000 NA   NA
 1045886 1045887 PMT9312_0731 PMT9312_0732     TRUE 0.804 1.000 0.460 1.000   NA
 1045887 1045888 PMT9312_0732 PMT9312_0733     TRUE 0.919 -3.000 0.214 0.036   NA
 1045888 1045889 PMT9312_0733 PMT9312_0734     TRUE 0.823 3.000 0.751 1.000 N NA
 1045889 1045890 PMT9312_0734 PMT9312_0735     FALSE 0.283 36.000 0.035 NA   NA
 1045890 1045891 PMT9312_0735 PMT9312_0736     TRUE 0.564 85.000 0.429 NA   NA
 1045891 1045892 PMT9312_0736 PMT9312_0737     FALSE 0.193 99.000 0.098 NA   NA
 1045892 1045893 PMT9312_0737 PMT9312_0738     FALSE 0.078 133.000 0.082 NA   NA
 1294373 1045898   PMT9312_0743     TRUE 0.697 10.000 0.600 NA   NA
 1045898 1045899 PMT9312_0743 PMT9312_0744     TRUE 0.676 43.000 0.556 NA   NA
 1045899 1045900 PMT9312_0744 PMT9312_0745     TRUE 0.636 89.000 0.556 NA   NA
 1204404 1045902   PMT9312_0747     FALSE 0.297 40.000 0.098 NA   NA
 1045908 1045909 PMT9312_0753 PMT9312_0754     TRUE 0.955 -6.000 0.352 0.005   NA
 1045910 1045911 PMT9312_0755 PMT9312_0756 pcyA   TRUE 0.816 0.000 0.455 1.000   NA
 1045911 1045912 PMT9312_0756 PMT9312_0757     TRUE 0.948 0.000 0.769 0.062 N NA
 1045912 1045913 PMT9312_0757 PMT9312_0758     TRUE 0.927 7.000 0.769 1.000 Y NA
 1045913 1045914 PMT9312_0758 PMT9312_0759     TRUE 0.687 19.000 0.800 NA   NA
 1045914 1045915 PMT9312_0759 PMT9312_0760     FALSE 0.428 64.000 0.234 NA   NA
 1045915 1045916 PMT9312_0760 PMT9312_0761   rpsB FALSE 0.072 128.000 0.017 NA   NA
 1045916 1045917 PMT9312_0761 PMT9312_0762 rpsB tsf TRUE 0.781 45.000 0.748 1.000   NA
 1045917 1045918 PMT9312_0762 PMT9312_0763 tsf   FALSE 0.301 5.000 0.008 NA   NA
 1045918 1045919 PMT9312_0763 PMT9312_0764   recG FALSE 0.178 23.000 0.016 NA   NA
 1045919 1045920 PMT9312_0764 PMT9312_0765 recG ddpX FALSE 0.196 58.000 0.036 1.000 N NA
 1045924 1045925 PMT9312_0769 PMT9312_0770   typA FALSE 0.103 129.000 0.011 1.000   NA
 1045925 1045926 PMT9312_0770 PMT9312_0771 typA   FALSE 0.234 12.000 0.019 NA   NA
 1045926 1045927 PMT9312_0771 PMT9312_0772     FALSE 0.241 79.000 0.011 NA   NA
 1045927 1045928 PMT9312_0772 PMT9312_0773   ccmC FALSE 0.138 115.000 0.008 1.000   NA
 1045930 1045931 PMT9312_0775 PMT9312_0776 glpX hemA FALSE 0.146 19.000 0.038 1.000 N NA
 1045931 1045932 PMT9312_0776 PMT9312_0777 hemA glgC FALSE 0.043 131.000 0.027 1.000 N NA
 1045932 1045933 PMT9312_0777 PMT9312_0778 glgC gnd TRUE 0.702 95.000 0.042 1.000 Y NA
 1045933 1045934 PMT9312_0778 PMT9312_0779 gnd   TRUE 0.979 -12.000 0.046 0.003 Y NA
 1045934 1045935 PMT9312_0779 PMT9312_0780     FALSE 0.440 31.000 0.321 NA   NA
 1045935 1045936 PMT9312_0780 PMT9312_0781     TRUE 0.788 -10.000 0.358 NA   NA
 1045937 1045938 PMT9312_0782 PMT9312_0783 ilvD   FALSE 0.278 24.000 0.165 NA   NA
 1045938 1045939 PMT9312_0783 PMT9312_0784   upp FALSE 0.227 30.000 0.023 NA   NA
 1045940 1045941 PMT9312_0785 PMT9312_0786   cobW FALSE 0.317 10.000 0.039 NA   NA
 1045941 1204405 PMT9312_0786   cobW   FALSE 0.292 47.000 0.026 NA   NA
 1204405 1045942   PMT9312_0787   purS FALSE 0.220 98.000 0.008 1.000   NA
 1045942 1045943 PMT9312_0787 PMT9312_0788 purS   TRUE 0.985 2.000 0.656 0.002 Y NA
 1045944 1045945 PMT9312_0789 PMT9312_0790 cbbA   FALSE 0.372 93.000 0.169 1.000   NA
 1045945 1045946 PMT9312_0790 PMT9312_0791     FALSE 0.428 3.000 0.092 NA   NA
 1045946 1045947 PMT9312_0791 PMT9312_0792   accD FALSE 0.354 3.000 0.009 NA   NA
 1045947 1045948 PMT9312_0792 PMT9312_0793 accD prkB FALSE 0.019 145.000 0.010 1.000 N NA
 1045948 1045949 PMT9312_0793 PMT9312_0794 prkB leuB TRUE 0.726 91.000 0.074 1.000 Y NA
 1045949 1045950 PMT9312_0794 PMT9312_0795 leuB lpxD FALSE 0.158 29.000 0.052 1.000 N NA
 1045950 1045951 PMT9312_0795 PMT9312_0796 lpxD proB FALSE 0.126 21.000 0.029 1.000 N NA
 1045951 1045952 PMT9312_0796 PMT9312_0797 proB   FALSE 0.441 -3.000 0.003 NA   NA
 1045952 1045953 PMT9312_0797 PMT9312_0798     FALSE 0.342 6.000 0.026 NA   NA
 1045953 1045954 PMT9312_0798 PMT9312_0799     FALSE 0.245 28.000 0.038 NA   NA
 1045954 1045955 PMT9312_0799 PMT9312_0800     TRUE 0.564 -3.000 0.042 NA   NA
 1045955 1045956 PMT9312_0800 PMT9312_0801     TRUE 0.820 -3.000 0.467 NA   NA
 1045956 1045957 PMT9312_0801 PMT9312_0802     FALSE 0.256 15.000 0.111 NA   NA
 1045957 1045958 PMT9312_0802 PMT9312_0803     FALSE 0.275 15.000 0.131 NA   NA
 1045958 1045959 PMT9312_0803 PMT9312_0804   hisA FALSE 0.243 80.000 0.011 NA   NA
 1045963 1045964 PMT9312_0808 PMT9312_0809     FALSE 0.367 27.000 0.256 NA   NA
 1045964 1045965 PMT9312_0809 PMT9312_0810   nth FALSE 0.101 36.000 0.010 1.000 N NA
 1045966 1045967 PMT9312_0811 PMT9312_0812 potA   FALSE 0.003 245.000 0.000 1.000 N NA
 1045968 1045969 PMT9312_0813 PMT9312_0814     TRUE 0.570 5.000 0.294 NA   NA
 1045971 1045972 PMT9312_0816 PMT9312_0817     FALSE 0.257 105.000 0.143 1.000   NA
 1045972 1045973 PMT9312_0817 PMT9312_0818     FALSE 0.130 158.000 0.400 NA   NA
 1045975 1204410 PMT9312_0820       TRUE 0.564 85.000 0.429 NA   NA
 1045976 1045977 PMT9312_0821 PMT9312_0822     FALSE 0.462 133.000 1.000 NA   NA
 1045977 1045978 PMT9312_0822 PMT9312_0823     FALSE 0.004 471.000 0.000 NA   NA
 1045978 1204411 PMT9312_0823       TRUE 0.739 9.000 0.667 NA   NA
 1204411 1045979   PMT9312_0824     FALSE 0.282 139.000 0.600 NA   NA
 1045980 1045981 PMT9312_0825 PMT9312_0826 livF urtD TRUE 0.884 3.000 0.126 0.019   NA
 1045981 1045982 PMT9312_0826 PMT9312_0827 urtD urtC TRUE 0.694 -7.000 0.137 1.000   NA
 1045982 1045983 PMT9312_0827 PMT9312_0828 urtC livH TRUE 0.988 0.000 0.888 0.018 Y NA
 1045983 1045984 PMT9312_0828 PMT9312_0829 livH   TRUE 0.840 81.000 0.429 NA Y NA
 1045984 1045985 PMT9312_0829 PMT9312_0830   ureG FALSE 0.013 129.000 0.079 NA N NA
 1045985 1045986 PMT9312_0830 PMT9312_0831 ureG ureF TRUE 0.975 4.000 0.550 0.005 Y NA
 1045986 1045987 PMT9312_0831 PMT9312_0832 ureF ureE TRUE 0.988 -7.000 0.560 0.005 Y NA
 1045988 1045989 PMT9312_0833 PMT9312_0834 ureD ureA TRUE 0.899 51.000 0.664 0.005 N NA
 1045989 1045990 PMT9312_0834 PMT9312_0835 ureA ureB TRUE 0.982 3.000 0.595 0.002 Y NA
 1045990 1045991 PMT9312_0835 PMT9312_0836 ureB ureC TRUE 0.974 5.000 0.486 0.002 Y NA
 1045993 1045994 PMT9312_0838 PMT9312_0839     TRUE 0.578 2.000 0.126 1.000   NA
 1045994 1045995 PMT9312_0839 PMT9312_0840     FALSE 0.393 5.000 0.050 NA   NA
 1045995 1045996 PMT9312_0840 PMT9312_0841     FALSE 0.314 91.000 0.162 NA   NA
 1045996 1045997 PMT9312_0841 PMT9312_0842     FALSE 0.008 279.000 0.000 NA   NA
 1045997 1045998 PMT9312_0842 PMT9312_0843   bacA FALSE 0.066 119.000 0.000 NA   NA
 1045999 1046000 PMT9312_R0020 PMT9312_0844 tRNA-Pro2   FALSE 0.148 28.000 0.000 NA   NA
 1046000 1046001 PMT9312_0844 PMT9312_0845     FALSE 0.128 37.000 0.019 1.000 N NA
 1046002 1046003 PMT9312_0846 PMT9312_0847     FALSE 0.213 33.000 0.014 NA   NA
 1046003 1046004 PMT9312_0847 PMT9312_0848   carA TRUE 0.884 0.000 0.021 1.000 Y NA
 1046004 1046005 PMT9312_0848 PMT9312_1812 carA   FALSE 0.007 302.000 0.000 NA   NA
 1046005 1046006 PMT9312_1812 PMT9312_0850     TRUE 0.476 -3.000 0.013 NA   NA
 1046006 1046007 PMT9312_0850 PMT9312_0851     TRUE 0.872 5.000 0.150 0.007   NA
 1046007 1046008 PMT9312_0851 PMT9312_0852     FALSE 0.056 148.000 0.031 NA   NA
 1046008 1046009 PMT9312_0852 PMT9312_0853   gatA FALSE 0.236 33.000 0.022 NA   NA
 1046009 1046010 PMT9312_0853 PMT9312_0854 gatA dnaE FALSE 0.112 91.000 0.019 1.000 N NA
 1046011 1046012 PMT9312_0855 PMT9312_0856   rpsO FALSE 0.311 10.000 0.037 NA   NA
 1046012 1046013 PMT9312_0856 PMT9312_0857 rpsO ruvA FALSE 0.129 33.000 0.021 1.000 N NA
 1046013 1046014 PMT9312_0857 PMT9312_0858 ruvA   TRUE 0.515 1.000 0.010 1.000   NA
 1046014 1046015 PMT9312_0858 PMT9312_0859     TRUE 0.512 4.000 0.113 1.000   NA
 1046017 1046018 PMT9312_0861 PMT9312_0862   umuC FALSE 0.443 11.000 0.267 NA   NA
 1046018 1046019 PMT9312_0862 PMT9312_0863 umuC umuD TRUE 0.850 -3.000 0.625 1.000 N NA
 1046019 1046020 PMT9312_0863 PMT9312_0864 umuD   FALSE 0.119 107.000 0.011 NA   NA
 1046020 1046021 PMT9312_0864 PMT9312_0865     FALSE 0.165 20.000 0.008 NA   NA
 1046022 1046023 PMT9312_0866 PMT9312_0867 ksgA ispE FALSE 0.176 5.000 0.016 1.000 N NA
 1046023 1046024 PMT9312_0867 PMT9312_0868 ispE   TRUE 0.542 26.000 0.488 NA   NA
 1046024 1046025 PMT9312_0868 PMT9312_0869   pdhB FALSE 0.031 180.000 0.024 NA   NA
 1046025 1046026 PMT9312_0869 PMT9312_0870 pdhB secD FALSE 0.259 4.000 0.091 1.000 N NA
 1046026 1046027 PMT9312_0870 PMT9312_0871 secD secF TRUE 0.948 23.000 0.516 0.002 Y NA
 1046027 1046028 PMT9312_0871 PMT9312_0872 secF   FALSE 0.221 19.000 0.069 NA   NA
 1046029 1046030 PMT9312_0873 PMT9312_0874   psb28 TRUE 0.571 14.000 0.488 NA   NA
 1046030 1046031 PMT9312_0874 PMT9312_0875 psb28   FALSE 0.291 60.000 0.077 NA   NA
 1046032 1046033 PMT9312_0876 PMT9312_0877   rsbW FALSE 0.395 50.000 0.194 NA   NA
 1046034 1046035 PMT9312_0878 PMT9312_0879     FALSE 0.294 13.000 0.137 NA   NA
 1046035 1046036 PMT9312_0879 PMT9312_0880   glnA FALSE 0.087 102.000 0.022 1.000 N NA
 1046039 1204412 PMT9312_0883   gadB   FALSE 0.431 3.000 0.030 NA   NA
 1046040 1046041 PMT9312_0884 PMT9312_0885   lspA TRUE 0.588 2.000 0.138 1.000   NA
 1046041 1046042 PMT9312_0885 PMT9312_0886 lspA   TRUE 0.827 0.000 0.554 NA   NA
 1046042 1046043 PMT9312_0886 PMT9312_0887   salY FALSE 0.278 16.000 0.140 NA   NA
 1046043 1046044 PMT9312_0887 PMT9312_0888 salY pykF TRUE 0.501 29.000 0.476 1.000 N NA
 1046046 1046047 PMT9312_0890 PMT9312_0891     FALSE 0.269 36.000 0.029 NA   NA
 1046047 1046048 PMT9312_0891 PMT9312_0892   ilvA FALSE 0.019 112.000 0.028 NA N NA
 1046050 1046051 PMT9312_0894 PMT9312_0895 psaK   TRUE 0.529 67.000 0.357 NA   NA
 1046051 1046052 PMT9312_0895 PMT9312_0896     TRUE 0.885 -7.000 0.625 NA   NA
 1046052 1046053 PMT9312_0896 PMT9312_0897     FALSE 0.470 5.000 0.180 NA   NA
 1046053 1046054 PMT9312_0897 PMT9312_0898   rpmB FALSE 0.170 6.000 0.018 1.000 N NA
 1046054 1046055 PMT9312_0898 PMT9312_0899 rpmB htpG FALSE 0.138 40.000 0.019 1.000 N NA
 1046055 1046056 PMT9312_0899 PMT9312_0900 htpG hisZ FALSE 0.033 120.000 0.008 1.000 N NA
 1046056 1046057 PMT9312_0900 PMT9312_0901 hisZ suhB FALSE 0.134 24.000 0.032 1.000 N NA
 1046057 1046058 PMT9312_0901 PMT9312_0902 suhB   FALSE 0.257 6.000 0.042 1.000 N NA
 1046059 1046060 PMT9312_R0021 PMT9312_0903 tRNA-Ser1   FALSE 0.012 214.000 0.000 NA   NA
 1046060 1046061 PMT9312_0903 PMT9312_0904     TRUE 0.987 -49.000 0.488 0.008 Y NA
 1046061 1046062 PMT9312_0904 PMT9312_0905     TRUE 0.595 34.000 0.488 NA   NA
 1046062 1046063 PMT9312_0905 PMT9312_0906     FALSE 0.298 37.000 0.045 NA   NA
 1046069 1046070 PMT9312_0912 PMT9312_0913 dapF   TRUE 0.884 0.000 0.021 1.000 Y NA
 1046070 1046071 PMT9312_0913 PMT9312_0914     TRUE 0.704 0.000 0.324 NA   NA
 1046071 1046072 PMT9312_0914 PMT9312_0915   dacB, pbp FALSE 0.426 8.000 0.195 NA   NA
 1046074 1046075 PMT9312_0917 PMT9312_0918   uvrC FALSE 0.343 10.000 0.015 1.000   NA
 1046075 1046076 PMT9312_0918 PMT9312_0919 uvrC   FALSE 0.204 89.000 0.008 NA   NA
 1046076 1046077 PMT9312_0919 PMT9312_0920     TRUE 0.593 -7.000 0.044 NA   NA
 1046079 1046080 PMT9312_0922 PMT9312_0923 ilvE metH TRUE 0.723 15.000 0.036 1.000 Y NA
 1046082 1046083 PMT9312_0925 PMT9312_0926   apa2 FALSE 0.310 49.000 0.035 NA   NA
 1046086 1046087 PMT9312_0929 PMT9312_0930   pheT FALSE 0.119 105.000 0.005 NA   NA
 1046088 1046089 PMT9312_0931 PMT9312_0932 rpmG rpsR TRUE 0.749 13.000 0.037 0.026   NA
 1046089 1046090 PMT9312_0932 PMT9312_0933 rpsR   FALSE 0.382 46.000 0.027 1.000   NA
 1046090 1046091 PMT9312_0933 PMT9312_0934   metG FALSE 0.336 69.000 0.013 1.000   NA
 1046091 1046092 PMT9312_0934 PMT9312_0935 metG   FALSE 0.219 35.000 0.013 NA   NA
 1046094 1046095 PMT9312_0937 PMT9312_0938   cobU FALSE 0.245 11.000 0.019 NA   NA
 1046095 1046096 PMT9312_0938 PMT9312_0939 cobU cspR FALSE 0.316 3.000 0.039 1.000 N NA
 1046096 1046097 PMT9312_0939 PMT9312_R0022 cspR tRNA-Met1 FALSE 0.157 30.000 0.000 NA   NA
 1046097 1046098 PMT9312_R0022 PMT9312_0940 tRNA-Met1   FALSE 0.192 69.000 0.000 NA   NA
 1204355 1046101   PMT9312_0943     FALSE 0.194 64.000 0.000 NA   NA
 1204415 1294356         FALSE 0.150 93.000 0.000 NA   NA
 1046103 1046104 PMT9312_0945 PMT9312_0946     FALSE 0.373 40.000 0.172 NA   NA
 1046106 1046107 PMT9312_0948 PMT9312_0949     TRUE 0.599 -13.000 0.035 NA   NA
 1046108 1046109 PMT9312_0950 PMT9312_0951     TRUE 0.552 -3.000 0.058 NA   NA
 1046109 1046110 PMT9312_0951 PMT9312_0952     TRUE 0.872 1.000 0.097 0.059   NA
 1046110 1046111 PMT9312_0952 PMT9312_0953   vacB TRUE 0.640 81.000 0.439 1.000   NA
 1046111 1046112 PMT9312_0953 PMT9312_0954 vacB   FALSE 0.293 62.000 0.073 NA   NA
 1046112 1046113 PMT9312_0954 PMT9312_0955     FALSE 0.190 71.000 0.000 NA   NA
 1046113 1046114 PMT9312_0955 PMT9312_0956   PNIL34,AT103 FALSE 0.290 81.000 0.028 NA   NA
 1046114 1046115 PMT9312_0956 PMT9312_0957 PNIL34,AT103 tldD FALSE 0.262 32.000 0.034 NA   NA
 1046115 1046116 PMT9312_0957 PMT9312_0958 tldD pmbA FALSE 0.460 4.000 0.146 NA   NA
 1046116 1046117 PMT9312_0958 PMT9312_0959 pmbA fmt TRUE 0.489 -3.000 0.018 NA   NA
 1046119 1204356 PMT9312_0961   mfd   FALSE 0.226 61.000 0.006 NA   NA
 1046120 1046121 PMT9312_0962 PMT9312_0963     TRUE 0.590 91.000 0.500 NA   NA
 1046121 1046122 PMT9312_0963 PMT9312_0964     TRUE 0.676 2.000 0.343 NA   NA
 1046122 1046123 PMT9312_0964 PMT9312_0965     FALSE 0.044 183.000 0.171 NA   NA
 1046123 1046124 PMT9312_0965 PMT9312_0966   ubiH TRUE 0.691 6.000 0.485 NA   NA
 1046124 1046125 PMT9312_0966 PMT9312_0967 ubiH   FALSE 0.305 20.000 0.200 NA   NA
 1046125 1046126 PMT9312_0967 PMT9312_0968   dapB FALSE 0.441 2.000 0.027 NA   NA
 1046128 1046129 PMT9312_0970 PMT9312_0971 folP tpi TRUE 0.473 -25.000 0.039 1.000 N NA
 1046129 1046130 PMT9312_0971 PMT9312_0972 tpi   FALSE 0.396 53.000 0.042 1.000   NA
 1046131 1046132 PMT9312_0973 PMT9312_0974     FALSE 0.266 32.000 0.037 NA   NA
 1046134 1046135 PMT9312_0976 PMT9312_0977     TRUE 0.554 -16.000 0.021 NA   NA
 1046135 1046136 PMT9312_0977 PMT9312_0978     TRUE 0.607 -49.000 0.033 NA   NA
 1046136 1046137 PMT9312_0978 PMT9312_0979   ansA TRUE 0.878 1.000 0.810 NA   NA
 1046137 1046138 PMT9312_0979 PMT9312_R0023 ansA tRNA-Met2 FALSE 0.199 46.000 0.000 NA   NA
 1046138 1204417 PMT9312_R0023   tRNA-Met2   FALSE 0.005 374.000 0.000 NA   NA
 1204417 1046139   PMT9312_0980     TRUE 0.761 71.000 0.800 NA   NA
 1046139 1046140 PMT9312_0980 PMT9312_0981     FALSE 0.306 76.000 0.055 NA   NA
 1046140 1046141 PMT9312_0981 PMT9312_0982     TRUE 0.890 -10.000 0.648 NA   NA
 1046141 1046142 PMT9312_0982 PMT9312_0983     TRUE 0.681 -3.000 0.239 NA   NA
 1046143 1046144 PMT9312_0984 PMT9312_0985     TRUE 0.852 0.000 0.625 NA   NA
 1046144 1046145 PMT9312_0985 PMT9312_0986     FALSE 0.005 452.000 0.000 NA   NA
 1294399 1046147   PMT9312_0988     TRUE 0.726 10.000 0.667 NA   NA
 1204357 1046148   PMT9312_0989     FALSE 0.136 21.000 0.000 NA   NA
 1046148 1046149 PMT9312_0989 PMT9312_0990     FALSE 0.011 225.000 0.000 NA   NA
 1046149 1204418 PMT9312_0990       TRUE 0.748 75.000 0.750 NA   NA
 1204418 1046150   PMT9312_0991     TRUE 0.689 2.000 0.357 NA   NA
 1046150 1046151 PMT9312_0991 PMT9312_0992     TRUE 0.851 -3.000 0.556 NA   NA
 1046151 1046152 PMT9312_0992 PMT9312_0993   rpsU FALSE 0.442 52.000 0.250 NA   NA
 1046155 1046156 PMT9312_0996 PMT9312_0997     FALSE 0.250 28.000 0.043 NA   NA
 1046156 1046157 PMT9312_0997 PMT9312_0998     TRUE 0.635 33.000 0.571 NA   NA
 1046160 1046161 PMT9312_1001 PMT9312_1002     FALSE 0.434 10.000 0.238 NA   NA
 1046161 1204419 PMT9312_1002       TRUE 0.548 113.000 0.833 NA   NA
 1204419 1046162   PMT9312_1003     TRUE 0.720 93.000 0.833 NA   NA
 1294366 1046163   PMT9312_1004     FALSE 0.017 187.000 0.000 NA   NA
 1046163 1046164 PMT9312_1004 PMT9312_1005     FALSE 0.080 112.000 0.000 NA   NA
 1046165 1046166 PMT9312_1006 PMT9312_1007     FALSE 0.231 106.000 0.207 NA   NA
 1046166 1046167 PMT9312_1007 PMT9312_1008     TRUE 0.514 43.000 0.333 NA   NA
 1046167 1046168 PMT9312_1008 PMT9312_1009     FALSE 0.330 67.000 0.128 NA   NA
 1046168 1046169 PMT9312_1009 PMT9312_1010     FALSE 0.051 152.000 0.077 NA   NA
 1046169 1046170 PMT9312_1010 PMT9312_1011   pepN FALSE 0.248 51.000 0.015 NA   NA
 1046170 1046171 PMT9312_1011 PMT9312_1012 pepN   FALSE 0.005 392.000 0.000 NA   NA
 1046172 1046173 PMT9312_1013 PMT9312_1014   purT FALSE 0.241 94.000 0.038 NA   NA
 1046173 1046174 PMT9312_1014 PMT9312_1015 purT   FALSE 0.258 13.000 0.032 NA   NA
 1046176 1046177 PMT9312_1017 PMT9312_1018     TRUE 0.683 48.000 0.571 NA   NA
 1046178 1046179 PMT9312_1019 PMT9312_1020     FALSE 0.165 19.000 0.006 NA   NA
 1204420 1046180   PMT9312_1021     TRUE 0.736 39.000 0.714 NA   NA
 1046180 1046181 PMT9312_1021 PMT9312_1022     TRUE 0.523 102.000 0.571 NA   NA
 1046182 1046183 PMT9312_1023 PMT9312_1024     FALSE 0.347 43.000 0.140 NA   NA
 1046183 1046184 PMT9312_1024 PMT9312_1025     TRUE 0.663 29.000 0.667 NA   NA
 1046184 1204421 PMT9312_1025       FALSE 0.010 238.000 0.000 NA   NA
 1204421 1362709       pseudo FALSE 0.192 82.000 0.000 NA   NA
 1204422 1046186   PMT9312_1028     FALSE 0.372 137.000 0.800 NA   NA
 1046186 1046187 PMT9312_1028 PMT9312_1029     FALSE 0.006 336.000 0.000 NA   NA
 1046187 1204423 PMT9312_1029       FALSE 0.222 136.000 0.444 NA   NA
 1204424 1204425         TRUE 0.617 86.000 0.500 NA   NA
 1204425 1204426         FALSE 0.022 169.000 0.000 NA   NA
 1046188 1046189 PMT9312_1030 PMT9312_1031     TRUE 0.617 86.000 0.500 NA   NA
 1046189 1046190 PMT9312_1031 PMT9312_1032     FALSE 0.168 131.000 0.300 NA   NA
 1204427 1046191   PMT9312_1033     TRUE 0.622 97.000 0.667 NA   NA
 1046192 1046193 PMT9312_1034 PMT9312_1035     FALSE 0.008 291.000 0.000 NA   NA
 1046193 1046194 PMT9312_1035 PMT9312_1036     FALSE 0.077 136.000 0.033 NA   NA
 1046194 1204428 PMT9312_1036       FALSE 0.153 29.000 0.000 NA   NA
 1046195 1046196 PMT9312_1037 PMT9312_1038     FALSE 0.303 140.000 0.667 NA   NA
 1204430 1204431         TRUE 0.807 78.000 1.000 NA   NA
 1204431 1046197   PMT9312_1039     TRUE 0.697 10.000 0.600 NA   NA
 1046197 1204432 PMT9312_1039       TRUE 0.798 84.000 1.000 NA   NA
 1046201 1046202 PMT9312_1043 PMT9312_1044 lraI   FALSE 0.412 78.000 0.214 NA   NA
 1046202 1046203 PMT9312_1044 PMT9312_1045     TRUE 0.789 -12.000 0.357 NA   NA
 1362710 1204433     pseudo   FALSE 0.009 274.000 0.000 NA   NA
 1046205 1046206 PMT9312_1047 PMT9312_1048     FALSE 0.435 32.000 0.308 NA   NA
 1204434 1046207   PMT9312_1049     FALSE 0.177 95.000 0.011 NA   NA
 1046207 1046208 PMT9312_1049 PMT9312_1050     TRUE 0.868 2.000 0.805 NA   NA
 1046208 1046209 PMT9312_1050 PMT9312_1051     FALSE 0.267 12.000 0.075 NA   NA
 1046209 1046210 PMT9312_1051 PMT9312_1052     FALSE 0.066 176.000 0.256 NA   NA
 1046210 1046211 PMT9312_1052 PMT9312_1053     FALSE 0.406 84.000 0.222 NA   NA
 1046212 1204436 PMT9312_1054       TRUE 0.805 5.000 0.714 NA   NA
 1204436 1046213   PMT9312_1055     FALSE 0.242 17.000 0.109 NA   NA
 1046217 1046218 PMT9312_1059 PMT9312_1060 dppB ddpA TRUE 0.979 -7.000 0.267 0.016 Y NA
 1046218 1046219 PMT9312_1060 PMT9312_1061 ddpA   FALSE 0.254 18.000 0.125 NA   NA
 1046219 1046220 PMT9312_1061 PMT9312_1062   thrA FALSE 0.315 71.000 0.119 NA   NA
 1046220 1046221 PMT9312_1062 PMT9312_1063 thrA   FALSE 0.390 45.000 0.180 NA   NA
 1046221 1046222 PMT9312_1063 PMT9312_1064     FALSE 0.230 40.000 0.008 NA   NA
 1046222 1046223 PMT9312_1064 PMT9312_1065   ruvC FALSE 0.129 10.000 0.016 1.000 N NA
 1046223 1046224 PMT9312_1065 PMT9312_1066 ruvC chlI FALSE 0.210 6.000 0.026 1.000 N NA
 1046224 1046225 PMT9312_1066 PMT9312_1067 chlI lasT FALSE 0.031 121.000 0.007 1.000 N NA
 1046225 1046226 PMT9312_1067 PMT9312_1068 lasT cytM TRUE 0.650 -3.000 0.041 1.000   NA
 1046228 1046229 PMT9312_1070 PMT9312_1071     FALSE 0.119 14.000 0.021 1.000 N NA
 1046229 1046230 PMT9312_1071 PMT9312_1072     FALSE 0.429 7.000 0.069 1.000   NA
 1046230 1046231 PMT9312_1072 PMT9312_1073   guaB FALSE 0.028 232.000 0.038 1.000   NA
 1046232 1046233 PMT9312_1074 PMT9312_1075     FALSE 0.104 30.000 0.017 1.000 N NA
 1046235 1046236 PMT9312_1077 PMT9312_1078 leuA   FALSE 0.229 82.000 0.008 NA   NA
 1046238 1046239 PMT9312_1080 PMT9312_1081 folD ispA TRUE 0.804 38.000 0.250 1.000 Y NA
 1046239 1046240 PMT9312_1081 PMT9312_1082 ispA   FALSE 0.350 14.000 0.214 NA   NA
 1046242 1046243 PMT9312_1084 PMT9312_1085   zwf TRUE 0.926 3.000 0.583 NA Y NA
 1046243 1046244 PMT9312_1085 PMT9312_1086 zwf petH FALSE 0.204 110.000 0.117 1.000   NA
 1046246 1046247 PMT9312_R0024 PMT9312_1088 tRNA-Glu1   FALSE 0.195 41.000 0.000 NA   NA
 1046248 1046249 PMT9312_1089 PMT9312_1090     TRUE 0.750 33.000 0.850 NA   NA
 1046252 1046253 PMT9312_1093 PMT9312_1094     FALSE 0.148 121.000 0.073 1.000   NA
 1046254 1046255 PMT9312_1095 PMT9312_1096 cad cdsA FALSE 0.285 16.000 0.019 1.000   NA
 1046256 1046257 PMT9312_1097 PMT9312_1098 todF gldA TRUE 0.530 9.000 0.250 1.000   NA
 1046257 1046258 PMT9312_1098 PMT9312_1099 gldA clpC FALSE 0.284 15.000 0.237 1.000 N NA
 1046258 1046259 PMT9312_1099 PMT9312_1100 clpC   FALSE 0.049 180.000 0.032 1.000   NA
 1046260 1046261 PMT9312_1101 PMT9312_1102 lysA   FALSE 0.257 29.000 0.040 NA   NA
 1046261 1046262 PMT9312_1102 PMT9312_1103   uppS FALSE 0.425 4.000 0.043 NA   NA
 1046262 1046263 PMT9312_1103 PMT9312_1104 uppS bioB FALSE 0.177 7.000 0.021 1.000 N NA
 1046263 1046264 PMT9312_1104 PMT9312_1105 bioB   TRUE 0.517 -3.000 0.024 NA   NA
 1046264 1046265 PMT9312_1105 PMT9312_1106     FALSE 0.279 12.000 0.034 NA   NA
 1046266 1046267 PMT9312_1107 PMT9312_1108   recR FALSE 0.219 4.000 0.021 1.000 N NA
 1046269 1046270 PMT9312_1110 PMT9312_1111     FALSE 0.278 11.000 0.083 NA   NA
 1046270 1046271 PMT9312_1111 PMT9312_1112   srmB FALSE 0.243 10.000 0.011 NA   NA
 1046271 1046272 PMT9312_1112 PMT9312_1113 srmB recD FALSE 0.324 139.000 0.017 0.098   NA
 1046272 1046273 PMT9312_1113 PMT9312_1114 recD recB TRUE 0.917 2.000 0.120 0.002   NA
 1046273 1046274 PMT9312_1114 PMT9312_1115 recB   FALSE 0.155 13.000 0.096 1.000 N NA
 1046274 1046275 PMT9312_1115 PMT9312_1116   recC FALSE 0.280 4.000 0.034 1.000 N NA
 1046275 1046276 PMT9312_1116 PMT9312_1117 recC   FALSE 0.196 18.000 0.019 NA   NA
 1046276 1046277 PMT9312_1117 PMT9312_1118   pdxJ FALSE 0.332 9.000 0.046 NA   NA
 1046278 1046279 PMT9312_1119 PMT9312_1120     TRUE 0.664 44.000 0.459 1.000   NA
 1046279 1046280 PMT9312_1120 PMT9312_1121     FALSE 0.252 13.000 0.092 NA   NA
 1046280 1046281 PMT9312_1121 PMT9312_1122     FALSE 0.327 4.000 0.220 NA N NA
 1046284 1046285 PMT9312_1125 PMT9312_1126   crtH FALSE 0.269 12.000 0.096 NA   NA
 1046285 1046286 PMT9312_1126 PMT9312_1127 crtH gid FALSE 0.132 25.000 0.031 1.000 N NA
 1046286 1046287 PMT9312_1127 PMT9312_1128 gid psbY FALSE 0.318 12.000 0.018 1.000   NA
 1046288 1046289 PMT9312_R0025 PMT9312_1129 tRNA-Lys1   FALSE 0.004 484.000 0.000 NA   NA
 1046290 1046291 PMT9312_1130 PMT9312_1131     TRUE 0.611 166.000 1.000 0.016   NA
 1046291 1204439 PMT9312_1131       FALSE 0.013 207.000 0.000 NA   NA
 1294370 1204440         FALSE 0.191 58.000 0.000 NA   NA
 1046292 1046293 PMT9312_1132 PMT9312_1133   apt FALSE 0.037 142.000 0.000 NA   NA
 1046293 1046294 PMT9312_1133 PMT9312_1134 apt   FALSE 0.005 452.000 0.000 NA   NA
 1046295 1046296 PMT9312_1135 PMT9312_R0026   tRNA-Pro1 FALSE 0.038 140.000 0.000 NA   NA
 1046299 1046300 PMT9312_1138 PMT9312_1139     FALSE 0.004 521.000 0.000 NA   NA
 1046300 1204441 PMT9312_1139       FALSE 0.321 2.000 0.000 NA   NA
 1204441 1046301   PMT9312_1140     FALSE 0.194 64.000 0.000 NA   NA
 1046301 1046302 PMT9312_1140 PMT9312_1141     FALSE 0.401 -3.000 0.000 NA   NA
 1046302 1046303 PMT9312_1141 PMT9312_1142     FALSE 0.004 602.000 0.000 NA   NA
 1046303 1046304 PMT9312_1142 PMT9312_1143     FALSE 0.023 168.000 0.000 NA   NA
 1046306 1204442 PMT9312_1145       FALSE 0.256 5.000 0.000 NA   NA
 1204442 1046307   PMT9312_1146     FALSE 0.277 4.000 0.000 NA   NA
 1046307 1046308 PMT9312_1146 PMT9312_1147     FALSE 0.277 4.000 0.000 NA   NA
 1046308 1046309 PMT9312_1147 PMT9312_1148     FALSE 0.151 16.000 0.000 NA   NA
 1046310 1046311 PMT9312_1149 PMT9312_1150     TRUE 0.576 -3.000 0.125 NA   NA
 1046311 1046312 PMT9312_1150 PMT9312_1151     TRUE 0.628 2.000 0.188 1.000   NA
 1046312 1046313 PMT9312_1151 PMT9312_1152     FALSE 0.183 11.000 0.000 NA   NA
 1046314 1046315 PMT9312_1153 PMT9312_1154     FALSE 0.157 14.000 0.000 NA   NA
 1046315 1046316 PMT9312_1154 PMT9312_1155     FALSE 0.193 51.000 0.000 NA   NA
 1046316 1046317 PMT9312_1155 PMT9312_1156     FALSE 0.074 115.000 0.000 NA   NA
 1046317 1046318 PMT9312_1156 PMT9312_1157     FALSE 0.010 233.000 0.000 NA   NA
 1294358 1046319   PMT9312_1158     FALSE 0.256 5.000 0.000 NA   NA
 1046319 1204443 PMT9312_1158       FALSE 0.240 6.000 0.000 NA   NA
 1204443 1046320   PMT9312_1159     FALSE 0.021 171.000 0.000 NA   NA
 1046320 1046321 PMT9312_1159 PMT9312_1160     FALSE 0.174 12.000 0.000 NA   NA
 1046321 1204358 PMT9312_1160       FALSE 0.029 154.000 0.000 NA   NA
 1046323 1046324 PMT9312_R0027 PMT9312_R0027 tRNA-Pseudo1 tRNA-Pseudo1 FALSE 0.463 -70.000 0.000 NA   NA
 1046325 1046326 PMT9312_1162 PMT9312_1163     FALSE 0.005 373.000 0.000 NA   NA
 1046326 1046327 PMT9312_1163 PMT9312_1164     FALSE 0.005 401.000 0.000 NA   NA
 1046327 1046328 PMT9312_1164 PMT9312_1165   glnQ FALSE 0.007 469.000 0.000 1.000   NA
 1046328 1046329 PMT9312_1165 PMT9312_1166 glnQ   TRUE 0.836 11.000 0.382 1.000 Y NA
 1046329 1046330 PMT9312_1166 PMT9312_1167     TRUE 0.951 8.000 0.356 0.009 Y NA
 1046330 1046331 PMT9312_1167 PMT9312_1168     TRUE 0.924 20.000 0.424 0.016 Y NA
 1046331 1294383 PMT9312_1168       FALSE 0.003 670.000 0.000 NA   NA
 1294383 1204446         FALSE 0.008 283.000 0.000 NA   NA
 1204446 1046332   PMT9312_1169     FALSE 0.003 623.000 0.000 NA   NA
 1046332 1046333 PMT9312_1169 PMT9312_1170     FALSE 0.005 433.000 0.000 NA   NA
 1046333 1046334 PMT9312_1170 PMT9312_1171     FALSE 0.012 217.000 0.000 NA   NA
 1046334 1204448 PMT9312_1171       FALSE 0.464 -75.000 0.000 NA   NA
 1204448 1046335   PMT9312_1172     FALSE 0.003 648.000 0.000 NA   NA
 1046335 1046336 PMT9312_1172 PMT9312_1173     FALSE 0.014 201.000 0.000 NA   NA
 1046336 1204450 PMT9312_1173       FALSE 0.009 277.000 0.000 NA   NA
 1204450 1046337   PMT9312_1174     FALSE 0.006 350.000 0.000 NA   NA
 1046337 1046338 PMT9312_1174 PMT9312_1175     FALSE 0.194 63.000 0.000 NA   NA
 1046338 1204451 PMT9312_1175       FALSE 0.004 602.000 0.000 NA   NA
 1204451 1046339   PMT9312_1176     TRUE 0.716 14.000 0.800 NA   NA
 1046342 1046343 PMT9312_1179 PMT9312_1180     TRUE 0.744 4.000 0.500 NA   NA
 1046345 1046346 PMT9312_1182 PMT9312_1183     TRUE 0.868 32.000 0.600 1.000 Y NA
 1046347 1046348 PMT9312_1184 PMT9312_1185     FALSE 0.090 108.000 0.000 NA   NA
 1046350 1046351 PMT9312_1187 PMT9312_1188   pilT TRUE 0.844 6.000 0.218 1.000 Y NA
 1046351 1046352 PMT9312_1188 PMT9312_1189 pilT   TRUE 0.970 -3.000 0.037 0.020 Y NA
 1046353 1046354 PMT9312_1190 PMT9312_1191     TRUE 0.921 -3.000 1.000 NA   NA
 1046354 1046355 PMT9312_1191 PMT9312_1192     TRUE 0.931 -9.000 1.000 NA   NA
 1046355 1046356 PMT9312_1192 PMT9312_1193     TRUE 0.921 -3.000 1.000 NA   NA
 1046356 1046357 PMT9312_1193 PMT9312_1194     FALSE 0.224 97.000 0.040 NA   NA
 1046358 1046359 PMT9312_1195 PMT9312_1196     TRUE 0.858 -12.000 0.500 NA   NA
 1046359 1046360 PMT9312_1196 PMT9312_1197     TRUE 0.908 0.000 1.000 NA   NA
 1046360 1046361 PMT9312_1197 PMT9312_1198     TRUE 0.892 2.000 1.000 NA   NA
 1046361 1046362 PMT9312_1198 PMT9312_1199     TRUE 0.804 75.000 1.000 NA   NA
 1046362 1046363 PMT9312_1199 PMT9312_1200     FALSE 0.193 77.000 0.000 NA   NA
 1046363 1046364 PMT9312_1200 PMT9312_1201     FALSE 0.193 61.000 0.000 NA   NA
 1046366 1046367 PMT9312_1203 PMT9312_1204   rsuA FALSE 0.001 352.000 0.000 1.000 N NA
 1046369 1362711 PMT9312_1206     pseudo FALSE 0.026 160.000 0.000 NA   NA
 1362711 1046370   PMT9312_1207 pseudo   FALSE 0.025 164.000 0.000 NA   NA
 1204359 1362712       pseudo FALSE 0.009 264.000 0.000 NA   NA
 1362712 1046371   PMT9312_1208 pseudo   FALSE 0.163 13.000 0.000 NA   NA
 1046371 1204454 PMT9312_1208       FALSE 0.136 22.000 0.000 NA   NA
 1362713 1046372   PMT9312_1209 pseudo   FALSE 0.194 63.000 0.000 NA   NA
 1204455 1204456         TRUE 0.811 0.000 0.500 NA   NA
 1204456 1046373   PMT9312_1210     TRUE 0.835 -3.000 0.500 NA   NA
 1046373 1294371 PMT9312_1210       TRUE 0.628 3.000 0.300 NA   NA
 1294371 1046374   PMT9312_1813     FALSE 0.023 168.000 0.000 NA   NA
 1046374 1046375 PMT9312_1813 PMT9312_1212     TRUE 0.568 48.000 0.400 NA   NA
 1046375 1046376 PMT9312_1212 PMT9312_1213     TRUE 0.493 107.000 0.600 NA   NA
 1046376 1046377 PMT9312_1213 PMT9312_1214     TRUE 0.795 1.000 0.500 NA   NA
 1046378 1204458 PMT9312_1215       TRUE 0.484 108.000 0.600 NA   NA
 1204458 1046379   PMT9312_1216     FALSE 0.267 155.000 0.750 NA   NA
 1046379 1204459 PMT9312_1216       FALSE 0.153 191.000 0.667 NA   NA
 1204459 1046380   PMT9312_1217     FALSE 0.157 189.000 0.667 NA   NA
 1204461 1046381   PMT9312_1218     FALSE 0.123 183.000 0.500 NA   NA
 1046381 1204462 PMT9312_1218       TRUE 0.533 97.000 0.500 NA   NA
 1046382 1204463 PMT9312_1219   mntH   FALSE 0.201 18.000 0.020 NA   NA
 1204463 1204464         TRUE 0.654 28.000 0.667 NA   NA
 1204464 1046383   PMT9312_1220     TRUE 0.551 101.000 0.600 NA   NA
 1046383 1046384 PMT9312_1220 PMT9312_1221     TRUE 0.683 84.000 0.600 NA   NA
 1046384 1046385 PMT9312_1221 PMT9312_1222     TRUE 0.622 17.000 0.600 NA   NA
 1046386 1046387 PMT9312_1223 PMT9312_1224     FALSE 0.007 303.000 0.000 NA   NA
 1046388 1204465 PMT9312_1225       TRUE 0.720 54.000 0.667 NA   NA
 1204465 1046389   PMT9312_1226     TRUE 0.774 73.000 0.833 NA   NA
 1046390 1046391 PMT9312_1227 PMT9312_1228     FALSE 0.011 229.000 0.000 NA   NA
 1046391 1046392 PMT9312_1228 PMT9312_1229     TRUE 0.670 30.000 0.667 NA   NA
 1046392 1046393 PMT9312_1229 PMT9312_1230     FALSE 0.170 34.000 0.000 NA   NA
 1046393 1046394 PMT9312_1230 PMT9312_1231     FALSE 0.321 2.000 0.000 NA   NA
 1204466 1046395   PMT9312_1232     TRUE 0.805 59.000 1.000 NA   NA
 1046395 1046396 PMT9312_1232 PMT9312_1233     TRUE 0.691 54.000 0.600 NA   NA
 1204467 1204468         TRUE 0.908 0.000 1.000 NA   NA
 1046398 1046399 PMT9312_1235 PMT9312_1236 acrA polA FALSE 0.295 -3.000 0.017 1.000 N NA
 1046399 1046400 PMT9312_1236 PMT9312_1237 polA cysS FALSE 0.087 25.000 0.014 1.000 N NA
 1046400 1046401 PMT9312_1237 PMT9312_1238 cysS dxr FALSE 0.098 83.000 0.007 1.000 N NA
 1046401 1204469 PMT9312_1238   dxr   FALSE 0.005 376.000 0.000 NA   NA
 1046404 1046405 PMT9312_1241 PMT9312_1242   pntB TRUE 0.792 -19.000 0.354 NA   NA
 1046405 1046406 PMT9312_1242 PMT9312_1243 pntB pntA-2 TRUE 0.854 9.000 0.072 0.002   NA
 1046406 1046407 PMT9312_1243 PMT9312_1244 pntA-2 pntA TRUE 0.931 13.000 0.829 0.002   NA
 1046408 1046409 PMT9312_1245 PMT9312_1246     FALSE 0.065 155.000 0.158 NA   NA
 1046409 1046410 PMT9312_1246 PMT9312_1247     FALSE 0.222 81.000 0.004 NA   NA
 1046411 1046412 PMT9312_1248 PMT9312_1249 infA   FALSE 0.188 93.000 0.011 NA   NA
 1046412 1046413 PMT9312_1249 PMT9312_1250     TRUE 0.551 56.000 0.392 NA   NA
 1046413 1046414 PMT9312_1250 PMT9312_1251     TRUE 0.602 58.000 0.392 1.000   NA
 1046415 1046416 PMT9312_1252 PMT9312_1253   ilvN TRUE 0.542 -3.000 0.065 NA   NA
 1046417 1046418 PMT9312_1254 PMT9312_1255     FALSE 0.411 48.000 0.122 1.000   NA
 1046419 1046420 PMT9312_1256 PMT9312_1257 psbD psbC TRUE 0.983 -16.000 0.878 0.003   NA
 1046422 1046423 PMT9312_1259 PMT9312_1260 cobQ   TRUE 0.623 -3.000 0.026 1.000   NA
 1046424 1046425 PMT9312_R0028 PMT9312_1261 tRNA-Ser3 afuA FALSE 0.193 62.000 0.000 NA   NA
 1046426 1046427 PMT9312_1262 PMT9312_1263 piuC   TRUE 0.497 73.000 0.326 NA   NA
 1046428 1046429 PMT9312_1264 PMT9312_1265   glyQ FALSE 0.061 153.000 0.013 1.000   NA
 1046429 1046430 PMT9312_1265 PMT9312_1266 glyQ   FALSE 0.013 218.000 0.005 NA   NA
 1046430 1046431 PMT9312_1266 PMT9312_1267     FALSE 0.226 24.000 0.109 NA   NA
 1046431 1204470 PMT9312_1267       FALSE 0.426 3.000 0.087 NA   NA
 1046432 1046433 PMT9312_1268 PMT9312_1269     FALSE 0.131 97.000 0.000 NA   NA
 1046434 1046435 PMT9312_1270 PMT9312_1271     TRUE 0.707 76.000 0.625 NA   NA
 1046435 1046436 PMT9312_1271 PMT9312_1272   isiB FALSE 0.214 146.000 0.455 1.000   NA
 1046437 1046438 PMT9312_1273 PMT9312_1274     FALSE 0.274 18.000 0.147 NA   NA
 1046438 1046439 PMT9312_1274 PMT9312_1275     TRUE 0.503 54.000 0.333 NA   NA
 1046439 1046440 PMT9312_1275 PMT9312_1276     FALSE 0.024 205.000 0.105 NA   NA
 1046440 1046441 PMT9312_1276 PMT9312_1277     FALSE 0.420 88.000 0.263 NA   NA
 1046442 1046443 PMT9312_1278 PMT9312_1279     TRUE 0.818 16.000 0.432 1.000 Y NA
 1046443 1046444 PMT9312_1279 PMT9312_1280     FALSE 0.430 29.000 0.243 1.000   NA
 1046445 1046446 PMT9312_1281 PMT9312_1282 sppA aroH FALSE 0.236 19.000 0.207 1.000 N NA
 1046446 1046447 PMT9312_1282 PMT9312_1283 aroH   FALSE 0.309 71.000 0.114 NA   NA
 1046447 1046448 PMT9312_1283 PMT9312_1284   rpl34, rpmH FALSE 0.242 31.000 0.027 NA   NA
 1046448 1046449 PMT9312_1284 PMT9312_1285 rpl34, rpmH rnpA TRUE 0.749 13.000 0.787 1.000   NA
 1046449 1046450 PMT9312_1285 PMT9312_1286 rnpA   TRUE 0.563 -3.000 0.041 NA   NA
 1046450 1046451 PMT9312_1286 PMT9312_1287   yidC FALSE 0.312 73.000 0.043 NA   NA
 1046451 1046452 PMT9312_1287 PMT9312_1288 yidC   FALSE 0.091 16.000 0.012 1.000 N NA
 1046453 1046454 PMT9312_1289 PMT9312_1290 serS   FALSE 0.162 10.000 0.024 1.000 N NA
 1046454 1046455 PMT9312_1290 PMT9312_1291   rpsN FALSE 0.143 61.000 0.020 1.000 N NA
 1046455 1046456 PMT9312_1291 PMT9312_1292 rpsN   FALSE 0.217 175.000 0.019 1.000 Y NA
 1046458 1046459 PMT9312_1294 PMT9312_1295     FALSE 0.157 21.000 0.004 NA   NA
 1046461 1046462 PMT9312_R0029 PMT9312_1297 tRNA-Arg1   FALSE 0.256 5.000 0.000 NA   NA
 1046462 1046463 PMT9312_1297 PMT9312_1298     FALSE 0.144 18.000 0.000 NA   NA
 1046463 1046464 PMT9312_1298 PMT9312_1299   wecC TRUE 0.749 44.000 0.000 1.000 Y NA
 1046464 1046465 PMT9312_1299 PMT9312_1300 wecC   TRUE 0.731 13.000 0.060 0.042   NA
 1046465 1046466 PMT9312_1300 PMT9312_1301     FALSE 0.401 4.000 0.000 1.000   NA
 1046466 1046467 PMT9312_1301 PMT9312_1302     FALSE 0.048 91.000 0.000 1.000 N NA
 1046467 1046468 PMT9312_1302 PMT9312_1303     TRUE 0.976 -3.000 0.026 0.002 Y NA
 1046468 1046469 PMT9312_1303 PMT9312_1304     FALSE 0.064 9.000 0.000 1.000 N NA
 1046469 1046470 PMT9312_1304 PMT9312_1305   wcaJ TRUE 0.903 -3.000 0.027 1.000 Y NA
 1046470 1046471 PMT9312_1305 PMT9312_1306 wcaJ   TRUE 0.766 8.000 0.000 1.000 Y NA
 1046472 1046473 PMT9312_1307 PMT9312_1308     FALSE 0.142 26.000 0.000 NA   NA
 1046474 1046475 PMT9312_1309 PMT9312_1310     FALSE 0.191 56.000 0.000 NA   NA
 1046475 1046476 PMT9312_1310 PMT9312_1311     FALSE 0.194 81.000 0.000 NA   NA
 1046476 1046477 PMT9312_1311 PMT9312_1312   ugd FALSE 0.406 127.000 0.000 1.000 Y NA
 1046478 1046479 PMT9312_1313 PMT9312_1314   manC TRUE 0.628 105.000 0.136 1.000 Y NA
 1046479 1046480 PMT9312_1314 PMT9312_1315 manC   FALSE 0.251 158.000 0.000 1.000 Y NA
 1046480 1046481 PMT9312_1315 PMT9312_1316   gmd TRUE 0.929 69.000 0.169 0.009 Y NA
 1046481 1046482 PMT9312_1316 PMT9312_1317 gmd galE FALSE 0.448 202.000 0.000 0.001 Y NA
 1046484 1046485 PMT9312_1319 PMT9312_1320 rfe   TRUE 0.839 3.000 0.000 1.000 Y NA
 1046486 1046487 PMT9312_1321 PMT9312_1322     FALSE 0.362 0.000 0.000 NA   NA
 1046487 1046488 PMT9312_1322 PMT9312_1323     FALSE 0.193 61.000 0.000 NA   NA
 1046488 1046489 PMT9312_1323 PMT9312_1324   asnB FALSE 0.092 4.000 0.000 1.000 N NA
 1046489 1046490 PMT9312_1324 PMT9312_1325 asnB   FALSE 0.077 134.000 0.000 1.000   NA
 1046490 1046491 PMT9312_1325 PMT9312_1326     FALSE 0.339 1.000 0.000 NA   NA
 1046491 1046492 PMT9312_1326 PMT9312_1327     FALSE 0.190 71.000 0.000 NA   NA
 1046493 1046494 PMT9312_1328 PMT9312_1814     FALSE 0.162 32.000 0.000 NA   NA
 1046495 1046496 PMT9312_1329 PMT9312_1330     FALSE 0.291 56.000 0.000 1.000   NA
 1046496 1046497 PMT9312_1330 PMT9312_1331     FALSE 0.449 -15.000 0.000 NA   NA
 1046498 1046499 PMT9312_1332 PMT9312_1333     FALSE 0.008 278.000 0.000 NA   NA
 1046499 1046500 PMT9312_1333 PMT9312_1334     FALSE 0.196 49.000 0.000 NA   NA
 1046500 1046501 PMT9312_1334 PMT9312_1335     TRUE 0.740 53.000 0.000 1.000 Y NA
 1046501 1046502 PMT9312_1335 PMT9312_1336     TRUE 0.577 -10.000 0.000 1.000   NA
 1046502 1046503 PMT9312_1336 PMT9312_1337   gmhA TRUE 0.539 -3.000 0.000 1.000   NA
 1046503 1046504 PMT9312_1337 PMT9312_1338 gmhA   FALSE 0.302 3.000 0.000 NA   NA
 1046505 1046506 PMT9312_1339 PMT9312_1340     FALSE 0.004 550.000 0.000 NA   NA
 1046506 1046507 PMT9312_1340 PMT9312_1341     TRUE 0.851 2.000 0.000 1.000 Y NA
 1046507 1046508 PMT9312_1341 PMT9312_R0030   tRNA-Ala2 FALSE 0.007 297.000 0.000 NA   NA
 1046508 1046509 PMT9312_R0030 PMT9312_1342 tRNA-Ala2   FALSE 0.023 168.000 0.000 NA   NA
 1046509 1046510 PMT9312_1342 PMT9312_R0031   tRNA-Pseudo2 FALSE 0.050 130.000 0.000 NA   NA
 1046510 1046511 PMT9312_R0031 PMT9312_R0031 tRNA-Pseudo2 tRNA-Pseudo2 FALSE 0.462 -68.000 0.000 NA   NA
 1046511 1046512 PMT9312_R0031 PMT9312_1343 tRNA-Pseudo2   FALSE 0.007 294.000 0.000 NA   NA
 1046514 1046515 PMT9312_1345 PMT9312_1346   spsE FALSE 0.008 287.000 0.000 NA   NA
 1046515 1046516 PMT9312_1346 PMT9312_1347 spsE gmhA FALSE 0.131 0.000 0.000 1.000 N NA
 1046516 1046517 PMT9312_1347 PMT9312_1348 gmhA   TRUE 0.886 -7.000 0.000 NA Y NA
 1046517 1046518 PMT9312_1348 PMT9312_1349     FALSE 0.060 -3.000 0.000 NA N NA
 1046518 1046519 PMT9312_1349 PMT9312_1350     FALSE 0.119 1.000 0.000 1.000 N NA
 1046519 1046520 PMT9312_1350 PMT9312_1351     TRUE 0.961 -3.000 0.000 0.029 Y NA
 1046520 1046521 PMT9312_1351 PMT9312_1352     TRUE 0.947 4.000 0.182 0.029 Y NA
 1046521 1046522 PMT9312_1352 PMT9312_1353     FALSE 0.458 -43.000 0.000 NA   NA
 1046523 1046524 PMT9312_1354 PMT9312_1355 frdA gumC FALSE 0.021 113.000 0.000 1.000 N NA
 1046525 1046526 PMT9312_1356 PMT9312_1357 lexA argF FALSE 0.141 60.000 0.020 1.000 N NA
 1046526 1046527 PMT9312_1357 PMT9312_1358 argF   FALSE 0.122 29.000 0.022 1.000 N NA
 1046527 1046528 PMT9312_1358 PMT9312_1359     TRUE 0.481 116.000 0.010 0.012 N NA
 1046528 1046529 PMT9312_1359 PMT9312_1360     FALSE 0.214 16.000 0.021 NA   NA
 1046529 1046530 PMT9312_1360 PMT9312_1361     TRUE 0.480 32.000 0.360 NA   NA
 1046532 1046533 PMT9312_1363 PMT9312_1364   pheS FALSE 0.115 71.000 0.011 1.000 N NA
 1046536 1046537 PMT9312_1367 PMT9312_1368 ribF thiE TRUE 0.916 -34.000 0.012 1.000 Y NA
 1046537 1046538 PMT9312_1368 PMT9312_1369 thiE thiS TRUE 0.953 -10.000 0.452 1.000 Y NA
 1046538 1046539 PMT9312_1369 PMT9312_1370 thiS   FALSE 0.140 113.000 0.119 NA   NA
 1046539 1046540 PMT9312_1370 PMT9312_1371     FALSE 0.410 68.000 0.214 NA   NA
 1046541 1046542 PMT9312_1372 PMT9312_1373     TRUE 0.539 -3.000 0.070 NA   NA
 1046542 1046543 PMT9312_1373 PMT9312_1374   ispF TRUE 0.480 -3.000 0.016 NA   NA
 1046543 1046544 PMT9312_1374 PMT9312_1375 ispF wza FALSE 0.037 169.000 0.000 1.000   NA
 1046544 1046545 PMT9312_1375 PMT9312_1376 wza trmD FALSE 0.104 125.000 0.002 1.000   NA
 1046545 1046546 PMT9312_1376 PMT9312_1377 trmD era TRUE 0.877 1.000 0.010 0.023   NA
 1046548 1046549 PMT9312_1379 PMT9312_1380   phoH FALSE 0.275 73.000 0.024 NA   NA
 1046549 1046550 PMT9312_1380 PMT9312_1381 phoH rpsP FALSE 0.130 37.000 0.019 1.000 N NA
 1046550 1046551 PMT9312_1381 PMT9312_1382 rpsP ffh FALSE 0.462 55.000 0.361 1.000 N NA
 1046551 1046552 PMT9312_1382 PMT9312_1383 ffh   FALSE 0.348 48.000 0.016 1.000   NA
 1046554 1046555 PMT9312_1385 PMT9312_1386     FALSE 0.004 142.000 0.021 NA N NA
 1046558 1046559 PMT9312_1389 PMT9312_1390     FALSE 0.384 79.000 0.096 1.000   NA
 1046559 1046560 PMT9312_1390 PMT9312_1391     FALSE 0.423 84.000 0.154 1.000   NA
 1046561 1046562 PMT9312_1392 PMT9312_1393   trpC FALSE 0.360 56.000 0.023 1.000   NA
 1046562 1046563 PMT9312_1393 PMT9312_1394 trpC lpd FALSE 0.166 13.000 0.057 1.000 N NA
 1046563 1046564 PMT9312_1394 PMT9312_1395 lpd   FALSE 0.227 8.000 0.115 1.000 N NA
 1046565 1046566 PMT9312_1396 PMT9312_R0032 murA tRNA-Leu3 FALSE 0.004 541.000 0.000 NA   NA
 1046566 1046567 PMT9312_R0032 PMT9312_1397 tRNA-Leu3 argD FALSE 0.463 -72.000 0.000 NA   NA
 1046567 1046568 PMT9312_1397 PMT9312_1398 argD folC FALSE 0.262 12.000 0.181 1.000 N NA
 1046569 1046570 PMT9312_1399 PMT9312_1400   codA FALSE 0.346 39.000 0.246 1.000 N NA
 1046571 1046572 PMT9312_R0033 PMT9312_1401 tRNA-His1   FALSE 0.190 72.000 0.000 NA   NA
 1046572 1046573 PMT9312_1401 PMT9312_1402   ddlA FALSE 0.116 14.000 0.020 1.000 N NA
 1046573 1046574 PMT9312_1402 PMT9312_1403 ddlA   FALSE 0.301 11.000 0.046 NA   NA
 1046574 1046575 PMT9312_1403 PMT9312_1404   ftsQ TRUE 0.519 -3.000 0.024 NA   NA
 1046575 1046576 PMT9312_1404 PMT9312_1405 ftsQ ftsZ FALSE 0.034 180.000 0.067 NA   NA
 1046579 1046580 PMT9312_1407 PMT9312_1408   hemN FALSE 0.007 312.000 0.000 NA   NA
 1046581 1046582 PMT9312_1409 PMT9312_1410     FALSE 0.294 41.000 0.084 NA   NA
 1046582 1046583 PMT9312_1410 PMT9312_1411     TRUE 0.960 27.000 0.745 0.004 Y NA
 1046583 1046584 PMT9312_1411 PMT9312_1412   ilvC FALSE 0.055 111.000 0.019 1.000 N NA
 1046584 1046585 PMT9312_1412 PMT9312_1413 ilvC cbiB TRUE 0.913 -12.000 0.017 1.000 Y NA
 1046585 1046586 PMT9312_1413 PMT9312_1414 cbiB   FALSE 0.359 51.000 0.021 1.000   NA
 1046586 1046587 PMT9312_1414 PMT9312_1415     TRUE 0.650 3.000 0.333 NA   NA
 1046588 1046589 PMT9312_1416 PMT9312_1417     TRUE 0.669 59.000 0.556 NA   NA
 1046589 1046590 PMT9312_1417 PMT9312_1418     TRUE 0.804 55.000 1.000 NA   NA
 1046590 1046591 PMT9312_1418 PMT9312_1419   himA FALSE 0.098 141.000 0.200 NA   NA
 1362714 1046592   PMT9312_1420 pseudo glgX FALSE 0.005 362.000 0.000 NA   NA
 1046594 1046595 PMT9312_1421 PMT9312_1422 melB   TRUE 0.691 12.000 0.833 NA N NA
 1046595 1046596 PMT9312_1422 PMT9312_1423     TRUE 0.687 5.000 0.452 NA   NA
 1046596 1046597 PMT9312_1423 PMT9312_1424     TRUE 0.734 36.000 0.762 NA   NA
 1046597 1046598 PMT9312_1424 PMT9312_1425     TRUE 0.608 6.000 0.369 NA   NA
 1046599 1046600 PMT9312_1426 PMT9312_1427 pyrF tyrS FALSE 0.203 7.000 0.027 1.000 N NA
 1046600 1046601 PMT9312_1427 PMT9312_1428 tyrS   FALSE 0.298 20.000 0.034 1.000   NA
 1046602 1046603 PMT9312_1429 PMT9312_1430   pepB FALSE 0.290 25.000 0.176 NA   NA
 1046604 1046605 PMT9312_1431 PMT9312_1432   lpxB FALSE 0.148 17.000 0.034 1.000 N NA
 1046605 1046606 PMT9312_1432 PMT9312_1433 lpxB lpxA TRUE 0.904 -3.000 0.062 1.000 Y NA
 1046606 1046607 PMT9312_1433 PMT9312_1434 lpxA fabZ FALSE 0.242 5.000 0.071 1.000 N NA
 1046607 1046608 PMT9312_1434 PMT9312_1435 fabZ lpxC FALSE 0.222 6.000 0.083 1.000 N NA
 1046608 1046609 PMT9312_1435 PMT9312_1436 lpxC   TRUE 0.880 1.000 0.052 1.000 Y NA
 1046609 1046610 PMT9312_1436 PMT9312_1437   purC FALSE 0.199 47.000 0.058 1.000 N NA
 1046611 1046612 PMT9312_1438 PMT9312_1439 purD nblS TRUE 0.770 4.000 0.025 0.088 N NA
 1046613 1046614 PMT9312_1440 PMT9312_1441 kaiC kaiB TRUE 0.668 106.000 0.927 1.000   NA
 1046615 1046616 PMT9312_1442 PMT9312_1443 rplU rpmA TRUE 0.963 10.000 0.667 0.022 Y NA
 1046620 1046621 PMT9312_1447 PMT9312_1448 elaC   FALSE 0.237 75.000 0.011 NA   NA
 1046622 1046623 PMT9312_1449 PMT9312_1450     TRUE 0.646 81.000 0.500 NA   NA
 1046623 1046624 PMT9312_1450 PMT9312_1451   prmA FALSE 0.038 136.000 0.027 1.000 N NA
 1046624 1046625 PMT9312_1451 PMT9312_1452 prmA serA FALSE 0.144 19.000 0.053 1.000 N NA
 1046626 1046627 PMT9312_1453 PMT9312_1454     TRUE 0.758 1.000 0.442 NA   NA
 1046627 1046628 PMT9312_1454 PMT9312_R0036   tRNA-Val1 FALSE 0.195 50.000 0.000 NA   NA
 1046628 1046629 PMT9312_R0036 PMT9312_1455 tRNA-Val1   FALSE 0.194 67.000 0.000 NA   NA
 1046629 1046630 PMT9312_1455 PMT9312_1456     TRUE 0.657 -7.000 0.028 1.000   NA
 1046630 1204477 PMT9312_1456       FALSE 0.285 39.000 0.028 NA   NA
 1046631 1046632 PMT9312_1457 PMT9312_1458     FALSE 0.076 138.000 0.043 NA   NA
 1046635 1046636 PMT9312_1461 PMT9312_1462 murD   FALSE 0.088 117.000 0.008 NA   NA
 1046637 1204478 PMT9312_1463       TRUE 0.692 82.000 0.600 NA   NA
 1204478 1046638   PMT9312_1464     FALSE 0.277 84.000 0.027 NA   NA
 1046638 1046639 PMT9312_1464 PMT9312_1465     TRUE 0.563 -3.000 0.045 NA   NA
 1046639 1046640 PMT9312_1465 PMT9312_1466     FALSE 0.236 93.000 0.068 NA   NA
 1046640 1046641 PMT9312_1466 PMT9312_1467     FALSE 0.137 103.000 0.011 NA   NA
 1204360 1046642   PMT9312_1468     FALSE 0.054 149.000 0.079 NA   NA
 1046642 1294359 PMT9312_1468       FALSE 0.306 79.000 0.105 NA   NA
 1046643 1204479 PMT9312_1469       TRUE 0.498 94.000 0.429 NA   NA
 1204481 1204482         FALSE 0.003 613.000 0.000 NA   NA
 1204482 1046644   PMT9312_1470     FALSE 0.428 42.000 0.227 NA   NA
 1046646 1204483 PMT9312_1472       FALSE 0.412 118.000 0.600 NA   NA
 1204483 1046647   PMT9312_1473     FALSE 0.390 85.000 0.214 NA   NA
 1046648 1046649 PMT9312_1474 PMT9312_1475     TRUE 0.869 -7.000 0.571 NA   NA
 1046650 1204487 PMT9312_1476       TRUE 0.487 102.000 0.500 NA   NA
 1046651 1046652 PMT9312_1477 PMT9312_1478     FALSE 0.236 51.000 0.009 NA   NA
 1046653 1046654 PMT9312_1479 PMT9312_1480     FALSE 0.362 0.000 0.000 NA   NA
 1046654 1294391 PMT9312_1480       FALSE 0.004 475.000 0.000 NA   NA
 1046657 1204489 PMT9312_1483       FALSE 0.102 125.000 0.038 NA   NA
 1046661 1294381 PMT9312_1487       TRUE 0.701 44.000 0.600 NA   NA
 1362715 1294388     pseudo   FALSE 0.003 616.000 0.000 NA   NA
 1294388 1204491         FALSE 0.213 145.000 0.500 NA   NA
 1204491 1204492         TRUE 0.855 -3.000 0.571 NA   NA
 1204492 1046663   PMT9312_1489     FALSE 0.345 98.000 0.286 NA   NA
 1046664 1204494 PMT9312_1490       FALSE 0.006 352.000 0.000 NA   NA
 1046665 1294363 PMT9312_1491       FALSE 0.003 727.000 0.000 NA   NA
 1046666 1204496 PMT9312_1492       FALSE 0.014 201.000 0.000 NA   NA
 1204496 1046667   PMT9312_1493     TRUE 0.693 76.000 0.600 NA   NA
 1046667 1046668 PMT9312_1493 PMT9312_1494     FALSE 0.284 50.000 0.025 NA   NA
 1046668 1046669 PMT9312_1494 PMT9312_1495     FALSE 0.396 49.000 0.054 1.000   NA
 1046671 1204497 PMT9312_1497       FALSE 0.193 51.000 0.000 NA   NA
 1204497 1204498         FALSE 0.003 662.000 0.000 NA   NA
 1204498 1046672   PMT9312_1498     FALSE 0.193 40.000 0.000 NA   NA
 1046672 1046673 PMT9312_1498 PMT9312_1499     FALSE 0.046 134.000 0.000 NA   NA
 1046673 1046674 PMT9312_1499 PMT9312_1500     FALSE 0.054 127.000 0.000 NA   NA
 1046674 1046675 PMT9312_1500 PMT9312_1501     FALSE 0.339 1.000 0.000 NA   NA
 1046676 1046677 PMT9312_1502 PMT9312_1503     FALSE 0.173 87.000 0.000 NA   NA
 11530800 1294363         FALSE NA 8229.000 0.000 NA   NA
 11673163 1294363         FALSE NA 8229.000 0.000 NA   NA
 11815555 1294363         FALSE NA 8229.000 0.000 NA   NA
 11530801 1294363         FALSE NA 8250.000 0.000 NA   NA
 11673164 1294363         FALSE NA 8250.000 0.000 NA   NA
 11815556 1294363         FALSE NA 8250.000 0.000 NA   NA
 11530802 1294363         FALSE NA 8274.000 0.000 NA   NA
 11673165 1294363         FALSE NA 8274.000 0.000 NA   NA
 11815557 1294363         FALSE NA 8274.000 0.000 NA   NA
 11530803 1294363         FALSE NA 8295.000 0.000 NA   NA
 11673166 1294363         FALSE NA 8295.000 0.000 NA   NA
 11815558 1294363         FALSE NA 8295.000 0.000 NA   NA
 11530804 1294363         FALSE NA 8325.000 0.000 NA   NA
 11673167 1294363         FALSE NA 8325.000 0.000 NA   NA
 11815559 1294363         FALSE NA 8325.000 0.000 NA   NA
 11530805 1294363         FALSE NA 8346.000 0.000 NA   NA
 11673168 1294363         FALSE NA 8346.000 0.000 NA   NA
 11815560 1294363         FALSE NA 8346.000 0.000 NA   NA
 11530806 1294363         FALSE NA 8376.000 0.000 NA   NA
 11673169 1294363         FALSE NA 8376.000 0.000 NA   NA
 11815561 1294363         FALSE NA 8376.000 0.000 NA   NA
 1046677 1204499 PMT9312_1503       FALSE 0.069 118.000 0.000 NA   NA
 1204499 1046678   PMT9312_1504     FALSE 0.192 76.000 0.000 NA   NA
 1046679 1046680 PMT9312_1505 PMT9312_1506     FALSE 0.150 93.000 0.000 NA   NA
 1046681 1046682 PMT9312_1507 PMT9312_1508     TRUE 0.622 97.000 0.667 NA   NA
 1046682 1046683 PMT9312_1508 PMT9312_1509     TRUE 0.768 33.000 0.000 0.005   NA
 1046683 1046684 PMT9312_1509 PMT9312_1510   hli7 TRUE 0.607 110.000 0.000 0.005   NA
 1046684 1046685 PMT9312_1510 PMT9312_1511 hli7   FALSE 0.362 0.000 0.000 NA   NA
 1046685 1046686 PMT9312_1511 PMT9312_1512     FALSE 0.005 366.000 0.000 NA   NA
 1046688 1046689 PMT9312_1514 PMT9312_1515     FALSE 0.074 136.000 0.000 1.000   NA
 1046690 1046691 PMT9312_1516 PMT9312_1517     FALSE 0.214 8.000 0.000 NA   NA
 1046691 1046692 PMT9312_1517 PMT9312_1518     FALSE 0.035 145.000 0.000 NA   NA
 1046692 1046693 PMT9312_1518 PMT9312_1519     FALSE 0.160 31.000 0.000 NA   NA
 1204500 1046694   PMT9312_1520     FALSE 0.017 189.000 0.000 NA   NA
 1046696 1046697 PMT9312_1522 PMT9312_1523     FALSE 0.007 315.000 0.000 NA   NA
 1046697 1046698 PMT9312_1523 PMT9312_1524   rpoZ TRUE 0.860 3.000 0.024 0.027   NA
 1046701 1046702 PMT9312_1527 PMT9312_1528 gpmI secG FALSE 0.148 24.000 0.041 1.000 N NA
 1046703 1046704 PMT9312_1529 PMT9312_1530 groEL groES TRUE 0.973 52.000 0.905 0.011 Y NA
 1046705 1046706 PMT9312_1531 PMT9312_1532 atpD atpC TRUE 0.975 42.000 0.837 0.004 Y NA
 1046707 1046708 PMT9312_1533 PMT9312_1534     FALSE 0.191 106.000 0.146 NA   NA
 1046708 1046709 PMT9312_1534 PMT9312_1535   pepP FALSE 0.304 56.000 0.037 NA   NA
 1046710 1046711 PMT9312_1536 PMT9312_1537     FALSE 0.424 4.000 0.046 NA   NA
 1046711 1046712 PMT9312_1537 PMT9312_1538   nadD FALSE 0.339 9.000 0.006 1.000   NA
 1046712 1046713 PMT9312_1538 PMT9312_1539 nadD nadE TRUE 0.973 -3.000 0.023 0.004 Y NA
 1046714 1046715 PMT9312_1540 PMT9312_1541     FALSE 0.278 31.000 0.125 NA   NA
 1046715 1046716 PMT9312_1541 PMT9312_1542     TRUE 0.616 -3.000 0.158 NA   NA
 1046716 1046717 PMT9312_1542 PMT9312_1543     TRUE 0.662 21.000 0.003 1.000 Y NA
 1046717 1046718 PMT9312_1543 PMT9312_1544   atpA TRUE 0.962 20.000 0.846 0.004 Y NA
 1046718 1046719 PMT9312_1544 PMT9312_1545 atpA atpH TRUE 0.969 31.000 0.864 0.004 Y NA
 1046719 1046720 PMT9312_1545 PMT9312_1546 atpH   TRUE 0.971 0.000 0.132 0.004 Y NA
 1046720 1046721 PMT9312_1546 PMT9312_1547     TRUE 0.987 -3.000 0.569 0.004 Y NA
 1046721 1046722 PMT9312_1547 PMT9312_1548   atpE TRUE 0.950 69.000 0.368 0.004 Y NA
 1046722 1046723 PMT9312_1548 PMT9312_1549 atpE atpB TRUE 0.755 166.000 0.679 0.005 Y NA
 1046723 1046724 PMT9312_1549 PMT9312_1550 atpB atp1 FALSE 0.268 24.000 0.151 NA   NA
 1046725 1046726 PMT9312_1551 PMT9312_1552   ccdA FALSE 0.303 83.000 0.202 1.000 N NA
 1046726 1046727 PMT9312_1552 PMT9312_1553 ccdA resB TRUE 0.909 1.000 0.371 NA Y NA
 1046729 1046730 PMT9312_1555 PMT9312_1556   glnB TRUE 0.649 25.000 0.682 NA   NA
 1046732 1046733 PMT9312_1558 PMT9312_1559 purB fumC FALSE 0.118 49.000 0.011 1.000 N NA
 1046735 1046736 PMT9312_1561 PMT9312_1562 bioF   TRUE 0.595 -3.000 0.143 NA   NA
 1046736 1046737 PMT9312_1562 PMT9312_1563     TRUE 0.472 -7.000 0.004 NA   NA
 1046737 1046738 PMT9312_1563 PMT9312_1564   bioD TRUE 0.903 -3.000 0.030 1.000 Y NA
 1046738 1046739 PMT9312_1564 PMT9312_1565 bioD bioA TRUE 0.970 1.000 0.124 0.002 Y NA
 1046740 1046741 PMT9312_1566 PMT9312_1567     TRUE 0.681 17.000 0.744 NA   NA
 1046743 1046744 PMT9312_1569 PMT9312_1570   fer FALSE 0.462 9.000 0.163 1.000   NA
 1046744 1046745 PMT9312_1570 PMT9312_1571 fer   TRUE 0.670 10.000 0.550 NA   NA
 1046745 1046746 PMT9312_1571 PMT9312_1572     TRUE 0.934 -13.000 1.000 NA   NA
 1046746 1046747 PMT9312_1572 PMT9312_1573     FALSE 0.054 150.000 0.100 NA   NA
 1046747 1204501 PMT9312_1573       FALSE 0.239 19.000 0.118 NA   NA
 1204501 1046748   PMT9312_1574     FALSE 0.222 70.000 0.006 NA   NA
 1046748 1046749 PMT9312_1574 PMT9312_1575   hli3 FALSE 0.225 30.000 0.022 NA   NA
 1046749 1046750 PMT9312_1575 PMT9312_1576 hli3 rpoC2 TRUE 0.621 54.000 0.476 NA   NA
 1046750 1046751 PMT9312_1576 PMT9312_1577 rpoC2 rpoC1 TRUE 0.926 34.000 0.031 0.002 Y NA
 1046751 1046752 PMT9312_1577 PMT9312_1578 rpoC1 rpoB TRUE 0.976 39.000 0.851 0.002 Y NA
 1046752 1046753 PMT9312_1578 PMT9312_1579 rpoB tatD FALSE 0.001 238.000 0.012 NA N NA
 1046753 1046754 PMT9312_1579 PMT9312_1580 tatD rpsT FALSE 0.052 18.000 0.034 NA N NA
 1046756 1046757 PMT9312_1582 PMT9312_1583 rpiA   FALSE 0.186 47.000 0.030 1.000 N NA
 1046758 1046759 PMT9312_1584 PMT9312_1585   nusA TRUE 0.733 36.000 0.759 NA   NA
 1046759 1046760 PMT9312_1585 PMT9312_1586 nusA   TRUE 0.922 -3.000 0.323 NA Y NA
 1046760 1046761 PMT9312_1586 PMT9312_1587   infB FALSE 0.173 48.000 0.171 NA N NA
 1046763 1046764 PMT9312_R0037 PMT9312_1589 tRNA-Thr1   FALSE 0.040 139.000 0.000 NA   NA
 1046764 1046765 PMT9312_1589 PMT9312_1590     FALSE 0.029 107.000 0.100 NA N NA
 1046766 1046767 PMT9312_1591 PMT9312_1592     FALSE 0.269 33.000 0.110 NA   NA
 1046768 1046769 PMT9312_1593 PMT9312_1594 rne rnhB TRUE 0.909 -43.000 0.033 0.021 N NA
 1046772 1046773 PMT9312_1597 PMT9312_1598     TRUE 0.585 1.000 0.047 1.000   NA
 1046773 1046774 PMT9312_1598 PMT9312_1599   rpsJ FALSE 0.365 57.000 0.025 1.000   NA
 1046774 1046775 PMT9312_1599 PMT9312_1600 rpsJ tufA TRUE 0.709 103.000 0.318 1.000 Y NA
 1046775 1046776 PMT9312_1600 PMT9312_1601 tufA fusA TRUE 0.959 46.000 0.400 0.002 Y NA
 1046776 1046777 PMT9312_1601 PMT9312_1602 fusA rpsG TRUE 0.821 98.000 0.579 1.000 Y NA
 1046777 1046778 PMT9312_1602 PMT9312_1603 rpsG rpsL TRUE 0.953 26.000 0.620 0.004 Y NA
 1046779 1046780 PMT9312_1604 PMT9312_1605 gltB   FALSE 0.319 8.000 0.086 NA   NA
 1046782 1046783 PMT9312_1607 PMT9312_1608     TRUE 0.828 2.000 0.625 NA   NA
 1046786 1046787 PMT9312_1611 PMT9312_1612 psaL   TRUE 0.883 31.000 0.583 0.015   NA
 1046789 1046790 PMT9312_1614 PMT9312_1615   psaB FALSE 0.267 105.000 0.154 1.000   NA
 1046790 1046791 PMT9312_1615 PMT9312_1616 psaB psaA TRUE 0.879 28.000 0.513 0.004   NA
 1046792 1046793 PMT9312_1617 PMT9312_1618 cobJ   FALSE 0.316 93.000 0.062 1.000   NA
 1046794 1046795 PMT9312_1619 PMT9312_R0038   tRNA-Ser2 FALSE 0.008 285.000 0.000 NA   NA
 1046795 1046796 PMT9312_R0038 PMT9312_1620 tRNA-Ser2 alr FALSE 0.193 62.000 0.000 NA   NA
 1046798 1046799 PMT9312_1622 PMT9312_1623 prfA rpmE TRUE 0.720 29.000 0.110 1.000 Y NA
 1046799 1046800 PMT9312_1623 PMT9312_1624 rpmE rpsI TRUE 0.975 -46.000 0.062 0.021 Y NA
 1046800 1046801 PMT9312_1624 PMT9312_1625 rpsI rplM TRUE 0.960 10.000 0.601 0.021 Y NA
 1046801 1046802 PMT9312_1625 PMT9312_1626 rplM truA TRUE 0.525 116.000 0.058 1.000 Y NA
 1046802 1046803 PMT9312_1626 PMT9312_1627 truA rplQ TRUE 0.767 39.000 0.102 1.000 Y NA
 1046803 1046804 PMT9312_1627 PMT9312_1628 rplQ rpoA TRUE 0.705 16.000 0.873 1.000 N NA
 1046804 1046805 PMT9312_1628 PMT9312_1629 rpoA rpsK FALSE 0.413 59.000 0.308 1.000 N NA
 1046805 1046806 PMT9312_1629 PMT9312_1630 rpsK rpsM TRUE 0.970 45.000 0.810 0.021 Y NA
 1046806 1046807 PMT9312_1630   rpsM rpl36 TRUE 0.796 42.000 0.067 0.021   NA
 1046807 1046808   PMT9312_1631 rpl36 adk FALSE 0.331 46.000 0.007 1.000   NA
 1046808 1046809 PMT9312_1631 PMT9312_1632 adk secY FALSE 0.278 0.000 0.019 1.000 N NA
 1046809 1046810 PMT9312_1632 PMT9312_1633 secY rplO TRUE 0.663 31.000 0.730 1.000 N NA
 1046810 1046811 PMT9312_1633 PMT9312_1634 rplO rpsE TRUE 0.935 6.000 0.148 0.027 Y NA
 1046811 1046812 PMT9312_1634 PMT9312_1635 rpsE rplR TRUE 0.955 16.000 0.814 0.027 Y NA
 1046812 1046813 PMT9312_1635 PMT9312_1636 rplR rplF TRUE 0.958 16.000 0.815 0.021 Y NA
 1046813 1046814 PMT9312_1636 PMT9312_1637 rplF rpsH TRUE 0.961 13.000 0.808 0.021 Y NA
 1046814 1046815 PMT9312_1637 PMT9312_1638 rpsH rplE TRUE 0.917 10.000 0.059 0.021 Y NA
 1046815 1046816 PMT9312_1638 PMT9312_1639 rplE rplX TRUE 0.966 75.000 0.758 0.021 Y NA
 1046816 1046817 PMT9312_1639 PMT9312_1640 rplX rplN TRUE 0.984 1.000 0.810 0.027 Y NA
 1046817 1046818 PMT9312_1640 PMT9312_1641 rplN rpsQ TRUE 0.987 -3.000 0.791 0.027 Y NA
 1046818 1046819 PMT9312_1641 PMT9312_1642 rpsQ rpmC TRUE 0.921 11.000 0.828 0.021   NA
 1046819 1046820 PMT9312_1642 PMT9312_1643 rpmC rplP TRUE 0.971 -3.000 0.802 0.021   NA
 1046820 1046821 PMT9312_1643 PMT9312_1644 rplP rpsC TRUE 0.962 12.000 0.828 0.027 Y NA
 1046821 1046822 PMT9312_1644 PMT9312_1645 rpsC rplV TRUE 0.984 0.000 0.719 0.027 Y NA
 1046822 1046823 PMT9312_1645 PMT9312_1646 rplV rpsS TRUE 0.987 -3.000 0.769 0.027 Y NA
 1046823 1046824 PMT9312_1646 PMT9312_1647 rpsS rplB TRUE 0.965 38.000 0.820 0.027 Y NA
 1046824 1046825 PMT9312_1647 PMT9312_1648 rplB rplW TRUE 0.966 12.000 0.849 0.021 Y NA
 1046825 1046826 PMT9312_1648 PMT9312_1649 rplW rplD TRUE 0.983 -3.000 0.513 0.021 Y NA
 1046826 1046827 PMT9312_1649 PMT9312_1650 rplD rplC TRUE 0.978 -3.000 0.361 0.021 Y NA
 1046828 1046829 PMT9312_1651 PMT9312_1652   hycB TRUE 0.772 6.000 0.595 1.000   NA
 1046829 1046830 PMT9312_1652 PMT9312_R0039 hycB tRNA-Gln1 FALSE 0.140 95.000 0.000 NA   NA
 1046830 1046831 PMT9312_R0039 PMT9312_1653 tRNA-Gln1   FALSE 0.148 17.000 0.000 NA   NA
 1046831 1046832 PMT9312_1653 PMT9312_1654   recA FALSE 0.130 107.000 0.019 NA   NA
 1046833 1046834 PMT9312_1655 PMT9312_1656   dinG FALSE 0.245 30.000 0.072 NA   NA
 1046842 1046843 PMT9312_1664 PMT9312_1665   recF FALSE 0.159 54.000 0.024 1.000 N NA
 1046845 1046846 PMT9312_1666 PMT9312_1667   ppc TRUE 0.744 4.000 0.500 NA   NA
 1046846 1046847 PMT9312_1667 PMT9312_1668 ppc   TRUE 0.651 54.000 0.457 1.000   NA
 1046847 1046848 PMT9312_1668 PMT9312_1669     TRUE 0.577 1.000 0.059 1.000   NA
 1046848 1046849 PMT9312_1669 PMT9312_1670   psaD FALSE 0.378 60.000 0.091 1.000   NA
 1046849 1046850 PMT9312_1670 PMT9312_1671 psaD   FALSE 0.352 112.000 0.381 1.000   NA
 1046850 1046851 PMT9312_1671 PMT9312_1672     TRUE 0.578 0.000 0.024 1.000   NA
 1046851 1046852 PMT9312_1672 PMT9312_1673   mrp TRUE 0.847 4.000 0.041 1.000 Y NA
 1046856 1046857 PMT9312_1677 PMT9312_1678     TRUE 0.663 29.000 0.667 NA   NA
 1046858 1362716 PMT9312_R0041   tRNA-Cys1 pseudo FALSE 0.004 534.000 0.000 NA   NA
 1046859 1046860 PMT9312_1679 PMT9312_1680     TRUE 0.763 -13.000 0.308 NA   NA
 1046860 1046861 PMT9312_1680 PMT9312_1681   purM FALSE 0.066 133.000 0.018 NA   NA
 1046863 1046864 PMT9312_1683 PMT9312_1684 wzb pebB FALSE 0.300 33.000 0.015 1.000   NA
 1046864 1046865 PMT9312_1684 PMT9312_1685 pebB pebA TRUE 0.973 1.000 0.808 0.001   NA
 1046865 1046866 PMT9312_1685 PMT9312_1686 pebA ho1 TRUE 0.652 6.000 0.360 1.000   NA
 1046866 1046867 PMT9312_1686 PMT9312_1687 ho1   TRUE 0.792 58.000 0.900 NA   NA
 1046869 1046870 PMT9312_1689 PMT9312_1690   galM FALSE 0.246 14.000 0.096 NA   NA
 1046870 1046871 PMT9312_1690 PMT9312_1691 galM   TRUE 0.572 10.000 0.339 1.000   NA
 1046871 1046872 PMT9312_1691 PMT9312_1692   kefB FALSE 0.462 44.000 0.179 1.000   NA
 1046874 1046875 PMT9312_1694 PMT9312_1695     TRUE 0.763 32.000 0.950 NA   NA
 1046875 1046876 PMT9312_1695 PMT9312_R0042   tRNA-Arg3 FALSE 0.195 79.000 0.000 NA   NA
 1046877 1046878 PMT9312_R0043 PMT9312_1696 rnpB rnc FALSE 0.185 38.000 0.000 NA   NA
 1046881 1046882 PMT9312_1699 PMT9312_1700 glmS psaC FALSE 0.384 81.000 0.031 1.000   NA
 1046883 1046884 PMT9312_1701 PMT9312_1702 acpP fabF TRUE 0.860 7.000 0.346 1.000 Y NA
 1046884 1046885 PMT9312_1702 PMT9312_1703 fabF tktA FALSE 0.194 44.000 0.062 1.000 N NA
 1046886 1046887 PMT9312_1704 PMT9312_1705 thiC   FALSE 0.018 197.000 0.006 NA   NA
 1046887 1046888 PMT9312_1705 PMT9312_1706     TRUE 0.765 -3.000 0.365 NA   NA
 1046888 1046889 PMT9312_1706 PMT9312_1707     TRUE 0.698 4.000 0.365 1.000   NA
 1046889 1046890 PMT9312_1707 PMT9312_1708   ruvB TRUE 0.645 -13.000 0.019 1.000   NA
 1046892 1046893 PMT9312_1710 PMT9312_1711   lysS FALSE 0.236 30.000 0.026 NA   NA
 1046893 1046894 PMT9312_1711 PMT9312_1712 lysS   FALSE 0.174 51.000 0.027 1.000 N NA
 1046894 1046895 PMT9312_1712 PMT9312_1713     FALSE 0.064 182.000 0.273 NA   NA
 1046895 1046896 PMT9312_1713 PMT9312_1714   mreC TRUE 0.519 -3.000 0.024 NA   NA
 1046896 1046897 PMT9312_1714 PMT9312_1715 mreC mreB FALSE 0.274 5.000 0.043 1.000 N NA
 1046899 1046900 PMT9312_1717 PMT9312_1718 dedA sam1 TRUE 0.512 3.000 0.024 1.000   NA
 1046904 1046905 PMT9312_1722 PMT9312_1723   mgtE FALSE 0.230 69.000 0.135 1.000 N NA
 1046905 1046906 PMT9312_1723 PMT9312_1724 mgtE   FALSE 0.424 45.000 0.135 1.000   NA
 1046906 1046907 PMT9312_1724 PMT9312_1725     TRUE 0.925 -3.000 0.278 0.046   NA
 1046907 1046908 PMT9312_1725 PMT9312_1726     TRUE 0.861 4.000 0.900 NA   NA
 1046908 1046909 PMT9312_1726 PMT9312_1727   gyrB TRUE 0.499 -3.000 0.020 NA   NA
 1046910 1046911 PMT9312_1728 PMT9312_1729 miaA infC TRUE 0.757 56.000 0.020 1.000 Y NA
 1046911 1046912 PMT9312_1729 PMT9312_1730 infC   FALSE 0.104 79.000 0.008 1.000 N NA
 1046912 1046913 PMT9312_1730 PMT9312_1731   cysE TRUE 0.660 4.000 0.452 1.000 N NA
 1046916 1046917 PMT9312_1734 PMT9312_R0044   tRNA-Gly1 FALSE 0.199 46.000 0.000 NA   NA
 1046917 1046918 PMT9312_R0044 PMT9312_1735 tRNA-Gly1 ribH FALSE 0.193 61.000 0.000 NA   NA
 1046918 1046919 PMT9312_1735 PMT9312_1736 ribH   FALSE 0.395 50.000 0.037 1.000   NA
 1046922 1046923 PMT9312_1739 PMT9312_1740 holA lysC FALSE 0.125 40.000 0.015 1.000 N NA
 1046924 1046925 PMT9312_1741 PMT9312_1742 uvrB   FALSE 0.245 30.000 0.000 1.000   NA
 1046927 1046928 PMT9312_1744 PMT9312_1745   dapA TRUE 0.737 81.000 0.605 1.000   NA
 1046928 1046929 PMT9312_1745 PMT9312_1746 dapA asd TRUE 0.905 -3.000 0.052 1.000 Y NA
 1046930 1046931 PMT9312_1747 PMT9312_1748 tig   TRUE 0.766 51.000 0.025 1.000 Y NA
 1046931 1046932 PMT9312_1748 PMT9312_1749   clpX TRUE 0.617 105.000 0.037 1.000 Y NA
 1046932 1046933 PMT9312_1749 PMT9312_1750 clpX dnaX TRUE 0.660 59.000 0.008 0.081 N NA
 1046934 1046935 PMT9312_1751 PMT9312_1752     FALSE 0.230 13.000 0.164 1.000 N NA
 1046936 1046937 PMT9312_1753 PMT9312_1754 rpmI rplT TRUE 0.964 29.000 0.928 0.020 Y NA
 1046937 1046938 PMT9312_1754 PMT9312_1755 rplT   FALSE 0.299 37.000 0.003 1.000   NA
 1046938 1046939 PMT9312_1755 PMT9312_1756   thiG FALSE 0.457 3.000 0.005 1.000   NA
 1046939 1046940 PMT9312_1756 PMT9312_1757 thiG sqdB FALSE 0.193 171.000 0.009 0.020 N NA
 1046940 1046941 PMT9312_1757 PMT9312_1758 sqdB   TRUE 0.741 28.000 0.194 1.000 Y NA
 1046943 1046944 PMT9312_1760 PMT9312_1761 gcvP gcvH TRUE 0.951 44.000 0.249 0.001 Y NA
 1046944 1046945 PMT9312_1761 PMT9312_1762 gcvH   FALSE 0.299 3.000 0.060 1.000 N NA
 1046945 1046946 PMT9312_1762 PMT9312_1763     FALSE 0.417 4.000 0.037 NA   NA
 1046947 1046948 PMT9312_1764 PMT9312_1765 ole1 rplI FALSE 0.064 21.000 0.005 1.000 N NA
 1046948 1046949 PMT9312_1765 PMT9312_1766 rplI dnaB FALSE 0.203 59.000 0.048 1.000 N NA
 1046949 1046950 PMT9312_1766 PMT9312_1767 dnaB gidA FALSE 0.095 14.000 0.012 1.000 N NA
 1046950 1046951 PMT9312_1767 PMT9312_1768 gidA ubiC FALSE 0.134 102.000 0.008 NA   NA
 1046952 1046953 PMT9312_1769 PMT9312_1770     TRUE 0.538 84.000 0.387 NA   NA
 1046954 1046955 PMT9312_1771 PMT9312_1772     FALSE 0.238 25.000 0.043 NA   NA
 1046955 1046956 PMT9312_1772 PMT9312_1773     FALSE 0.125 118.000 0.043 NA   NA
 1046957 1046958 PMT9312_1774 PMT9312_1775   valS FALSE 0.352 3.000 0.008 NA   NA
 1046958 1046959 PMT9312_1775 PMT9312_1776 valS   FALSE 0.152 97.000 0.004 NA   NA
 1046959 1046960 PMT9312_1776 PMT9312_R0045   tRNA-Val2 FALSE 0.457 -29.000 0.000 NA   NA
 1046961 1046962 PMT9312_1777 PMT9312_1778   speE FALSE 0.364 8.000 0.011 1.000   NA
 1046962 1046963 PMT9312_1778 PMT9312_1779 speE speB TRUE 0.869 2.000 0.064 1.000 Y NA
 1046963 1046964 PMT9312_1779 PMT9312_1780 speB gcvT TRUE 0.754 51.000 0.010 1.000 Y NA
 1046964 1046965 PMT9312_1780 PMT9312_1781 gcvT aspS TRUE 0.687 56.000 0.018 0.040 N NA
 1046965 1046966 PMT9312_1781 PMT9312_1782 aspS pyrG FALSE 0.103 76.000 0.008 1.000 N NA
 1046966 1046967 PMT9312_1782 PMT9312_1783 pyrG nrdG FALSE 0.090 19.000 0.016 1.000 N NA
 1046967 1046968 PMT9312_1783 PMT9312_1784 nrdG   TRUE 0.573 7.000 0.270 1.000   NA
 1046968 1046969 PMT9312_1784 PMT9312_1785     TRUE 0.645 -3.000 0.037 1.000   NA
 1046969 1046970 PMT9312_1785 PMT9312_1786     TRUE 0.915 -3.000 0.180 1.000 Y NA
 1046972 1046973 PMT9312_1788 PMT9312_1789   ppk TRUE 0.606 0.000 0.037 1.000   NA
 1046973 1046974 PMT9312_1789 PMT9312_1790 ppk   FALSE 0.008 209.000 0.019 1.000 N NA
 1046974 1046975 PMT9312_1790 PMT9312_1791   SEC59 FALSE 0.467 6.000 0.292 1.000 N NA
 1046977 1046978 PMT9312_1793 PMT9312_1794 acnB eriC FALSE 0.192 10.000 0.062 1.000 N NA
 1046982 1046983 PMT9312_1798 PMT9312_1799 aroE rpsF FALSE 0.049 105.000 0.006 1.000 N NA
 1046985 1046986 PMT9312_1801 PMT9312_1802   mraY TRUE 0.578 -16.000 0.027 NA   NA
 1046986 1046987 PMT9312_1802 PMT9312_1816 mraY   FALSE 0.229 11.000 0.011 NA   NA
 1046988 1046989 PMT9312_1803 PMT9312_1804   uvrA FALSE 0.006 203.000 0.003 1.000 N NA
 1046989 1046990 PMT9312_1804 PMT9312_1805 uvrA recN TRUE 0.896 58.000 0.021 0.081 Y NA
 1046991 1046992 PMT9312_1806 PMT9312_1807     TRUE 0.751 2.000 0.452 NA   NA
 1046992 1046993 PMT9312_1807 PMT9312_1808   thrC FALSE 0.354 7.000 0.050 NA   NA
 1046993 1045137 PMT9312_1808 PMT9312_0001 thrC dnaN FALSE 0.002 340.000 0.000 1.000 N NA