MicrobesOnline Operon Predictions for Aggregatibacter actinomycetemcomitans D11S-1

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column Description
Gene1 VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1 Systematic name of 1st gene in pair
Name1 Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2 VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2 Systematic name of 2nd gene in pair
Name2 Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim Whether the genes share a COG category or not
ExprSim Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

 Gene1 Gene2 SysName1 SysName2 Name1 Name2 bOp pOp Sep MOGScore GOScore COGSim ExprSim
 7763506 7763507 D11S_0002 D11S_0003     TRUE 0.997 -3.000 1.000 NA   NA
 7763507 7763508 D11S_0003 D11S_0004     TRUE 0.586 36.000 0.000 0.003   NA
 7763508 7763509 D11S_0004 D11S_0005     TRUE 0.810 15.000 0.000 0.057   NA
 7763511 7763512 D11S_0007 D11S_0008     FALSE 0.062 139.000 0.000 NA   NA
 7763512 7763513 D11S_0008 D11S_0009     TRUE 0.980 -7.000 0.056 0.017 Y NA
 7763513 7763514 D11S_0009 D11S_0010     TRUE 0.908 -36.000 0.008 0.001   NA
 7763515 7763516 D11S_0011 D11S_0012     TRUE 0.764 26.000 0.034 1.000 N NA
 7763517 7763518 D11S_0013 D11S_0014     TRUE 0.918 -6.000 0.005 0.002   NA
 7763518 7763519 D11S_0014 D11S_0015     TRUE 0.895 2.000 0.000 0.002   NA
 7763520 7763521 D11S_0016 D11S_0017     TRUE 0.995 2.000 0.704 NA   NA
 7763521 7763522 D11S_0017 D11S_0018     TRUE 0.761 40.000 0.104 NA   NA
 7763525 7763526 D11S_0021 D11S_0022     FALSE 0.530 32.000 0.013 NA   NA
 7763526 7763527 D11S_0022 D11S_0023     TRUE 0.974 4.000 0.110 NA Y NA
 7763527 7763528 D11S_0023 D11S_0024     TRUE 0.976 -3.000 0.211 1.000 N NA
 7763528 7763529 D11S_0024 D11S_0025     TRUE 0.975 2.000 0.209 NA   NA
 7763529 7763530 D11S_0025 D11S_0026     FALSE 0.062 139.000 0.000 NA   NA
 7763530 7763531 D11S_0026 D11S_0027     FALSE 0.263 76.000 0.000 1.000 N NA
 7763532 7763533 D11S_0028 D11S_0029     TRUE 0.988 3.000 0.419 NA   NA
 7763533 7763534 D11S_0029 D11S_0030     TRUE 0.948 -3.000 0.096 NA   NA
 7763534 7763535 D11S_0030 D11S_0031     TRUE 0.990 3.000 0.265 1.000 Y NA
 7763535 7763536 D11S_0031 D11S_0032     TRUE 0.895 89.000 0.143 1.000 Y NA
 7763536 7763537 D11S_0032 D11S_0033     TRUE 0.869 25.000 0.107 NA   NA
 7763537 7763538 D11S_0033 D11S_0034     TRUE 0.925 18.000 0.107 NA   NA
 7763538 7763539 D11S_0034 D11S_0035     TRUE 0.839 48.000 0.190 NA   NA
 7763539 7763540 D11S_0035 D11S_0036     FALSE 0.021 196.000 0.000 NA   NA
 7763541 7763542 D11S_0037 D11S_0038     FALSE 0.218 85.000 0.000 NA   NA
 7763542 7763543 D11S_0038 D11S_0039     FALSE 0.025 187.000 0.000 NA   NA
 7763543 7763544 D11S_0039 D11S_0040     TRUE 0.899 2.000 0.030 NA   NA
 7763544 7763545 D11S_0040 D11S_0041     TRUE 0.653 70.000 0.049 NA   NA
 7763545 7763546 D11S_0041 D11S_0042     TRUE 0.762 60.000 0.119 NA   NA
 7763546 7763547 D11S_0042 D11S_0043     TRUE 0.952 19.000 0.196 NA   NA
 7763548 7763549 D11S_0044 D11S_0045     FALSE 0.338 99.000 0.007 NA   NA
 7763549 7763550 D11S_0045 D11S_0046     TRUE 0.839 112.000 0.308 NA   NA
 7763550 7763551 D11S_0046 D11S_0047     TRUE 0.962 3.000 0.035 1.000 Y NA
 7763551 7763552 D11S_0047 D11S_0048     TRUE 0.995 5.000 0.562 1.000 Y NA
 7763552 7763553 D11S_0048 D11S_0049     TRUE 0.715 22.000 0.017 NA   NA
 7763553 7763554 D11S_0049 D11S_0050     FALSE 0.248 35.000 0.000 NA   NA
 7763555 7763556 D11S_0051 D11S_0052     FALSE 0.452 21.000 0.000 NA   NA
 7763557 7763558 D11S_0053 D11S_0054     FALSE 0.225 82.000 0.000 NA   NA
 7763558 7763559 D11S_0054 D11S_0055     FALSE 0.051 146.000 0.000 NA   NA
 7763559 7763560 D11S_0055 D11S_0056     FALSE 0.005 442.000 0.000 1.000   NA
 7763560 7763561 D11S_0056 D11S_0057     TRUE 0.996 2.000 0.843 1.000 N NA
 7763561 7763562 D11S_0057 D11S_0058     TRUE 0.826 156.000 0.681 1.000 N NA
 7763562 7763563 D11S_0058 D11S_0059     TRUE 0.998 5.000 0.838 0.035 Y NA
 7763563 7763564 D11S_0059 D11S_0060     TRUE 0.585 15.000 0.000 NA   NA
 7763564 7763565 D11S_0060 D11S_0061     FALSE 0.032 171.000 0.000 NA   NA
 7763565 7763566 D11S_0061 D11S_0062     TRUE 0.757 52.000 0.002 0.026 Y NA
 7763566 7763567 D11S_0062 D11S_0063     FALSE 0.011 271.000 0.000 1.000   NA
 7763567 7763568 D11S_0063 D11S_0064     TRUE 0.981 105.000 0.851 0.001   NA
 7763569 7763570 D11S_0065 D11S_0066     TRUE 0.976 0.000 0.029 0.035 Y NA
 7763570 7763571 D11S_0066 D11S_0067     TRUE 0.975 0.000 0.029 0.035 Y NA
 7763571 7763572 D11S_0067 D11S_0068     TRUE 0.998 14.000 0.828 0.035 Y NA
 7763572 7763573 D11S_0068 D11S_0069     TRUE 0.998 17.000 0.719 0.035 Y NA
 7763573 7763574 D11S_0069 D11S_0070     TRUE 0.996 11.000 0.769 0.035   NA
 7763574 7763575 D11S_0070 D11S_0071     TRUE 0.908 155.000 0.820 0.035   NA
 7763575 7763576 D11S_0071 D11S_0072     TRUE 0.997 21.000 0.849 0.035 Y NA
 7763576 7763577 D11S_0072 D11S_0073     TRUE 0.997 -3.000 0.513 0.026 Y NA
 7763577 7763578 D11S_0073 D11S_0074     TRUE 0.996 16.000 0.486 0.026 Y NA
 7763578 7763579 D11S_0074 D11S_0075     TRUE 0.992 17.000 0.307 0.035 Y NA
 7763579 7763580 D11S_0075 D11S_0076     FALSE 0.013 252.000 0.000 1.000 N NA
 7763581 7763582 D11S_0077 D11S_0078     TRUE 0.998 12.000 0.600 0.001 Y NA
 7763582 7763583 D11S_0078 D11S_0079     TRUE 0.986 3.000 0.174 1.000 Y NA
 7763583 7763584 D11S_0079 D11S_0080     TRUE 0.962 18.000 0.087 1.000 Y NA
 7763585 7763586 D11S_0081 D11S_0082     TRUE 0.723 91.000 0.103 NA   NA
 7763586 7763587 D11S_0082 D11S_0083     TRUE 0.575 117.000 0.091 NA   NA
 7763587 7763588 D11S_0083 D11S_0084     TRUE 0.993 10.000 0.483 1.000 Y NA
 7763589 7763590 D11S_0085 D11S_0086     TRUE 0.839 3.000 0.008 1.000 N NA
 7763592 7763593 D11S_0088 D11S_0089     TRUE 0.573 34.000 0.019 1.000 N NA
 7763596 7763597 D11S_0092 D11S_0093     TRUE 0.913 -49.000 0.082 NA   NA
 7763598 7763599 D11S_0094 D11S_0095     TRUE 0.631 -22.000 0.000 1.000 N NA
 7763599 7763600 D11S_0095 D11S_0096     FALSE 0.185 127.000 0.006 NA   NA
 7763601 7763602 D11S_0097 D11S_0098     FALSE 0.540 95.000 0.034 NA   NA
 7763602 7763603 D11S_0098 D11S_0099     TRUE 0.612 51.000 0.043 NA   NA
 7763603 7763604 D11S_0099 D11S_0100     FALSE 0.376 95.000 0.008 NA   NA
 7763604 7763605 D11S_0100 D11S_0101     FALSE 0.499 110.000 0.035 1.000 N NA
 7763605 7763606 D11S_0101 D11S_0102     TRUE 0.897 24.000 0.122 1.000 N NA
 7763606 7763607 D11S_0102 D11S_0103     TRUE 0.992 0.000 0.305 1.000 Y NA
 7763607 7763608 D11S_0103 D11S_0104     TRUE 0.892 66.000 0.058 0.039 Y NA
 7763608 7763609 D11S_0104 D11S_0105     FALSE 0.134 115.000 0.000 NA   NA
 7763611 7763612 D11S_0107 D11S_0108     FALSE 0.008 281.000 0.000 NA   NA
 7763612 7763613 D11S_0108 D11S_0109     FALSE 0.209 50.000 0.000 NA   NA
 7763613 7763614 D11S_0109 D11S_0110     FALSE 0.068 137.000 0.000 NA   NA
 7763614 7763615 D11S_0110 D11S_0111     FALSE 0.008 285.000 0.000 NA   NA
 7763616 7763617 D11S_0112 D11S_0113     TRUE 0.977 -10.000 0.112 1.000 Y NA
 7763617 7763618 D11S_0113 D11S_0114     TRUE 0.934 35.000 0.205 NA Y NA
 7763618 7763619 D11S_0114 D11S_0115     FALSE 0.545 106.000 0.048 NA   NA
 7763619 7763620 D11S_0115 D11S_0116     FALSE 0.254 119.000 0.008 NA   NA
 7763621 7763622 D11S_0117 D11S_0118     FALSE 0.555 10.000 0.000 NA   NA
 7763623 7763624 D11S_0119 D11S_0120     FALSE 0.314 115.000 0.008 1.000   NA
 7763624 7763625 D11S_0120 D11S_0121     FALSE 0.269 103.000 0.004 NA   NA
 7763625 7763626 D11S_0121 D11S_0122     FALSE 0.549 9.000 0.000 NA   NA
 7763626 7763627 D11S_0122 D11S_0123     TRUE 0.959 -3.000 0.129 NA   NA
 7763627 7763628 D11S_0123 D11S_0124     FALSE 0.020 215.000 0.000 1.000   NA
 7763628 7763629 D11S_0124 D11S_0125     FALSE 0.332 30.000 0.000 1.000   NA
 7763629 7763630 D11S_0125 D11S_0126     FALSE 0.554 -46.000 0.000 NA   NA
 7763630 7763631 D11S_0126 D11S_0127     FALSE 0.041 160.000 0.000 NA   NA
 7763631 7763632 D11S_0127 D11S_0128     TRUE 0.565 12.000 0.000 NA   NA
 7763633 7763634 D11S_0129 D11S_0130     FALSE 0.084 130.000 0.000 NA   NA
 7763634 7763635 D11S_0130 D11S_0131     TRUE 0.992 10.000 0.529 0.056   NA
 7763635 7763636 D11S_0131 D11S_0132     TRUE 0.567 13.000 0.000 NA   NA
 7763636 7763637 D11S_0132 D11S_0133     TRUE 0.841 121.000 0.400 NA   NA
 7763637 7763638 D11S_0133 D11S_0134     TRUE 0.993 -3.000 0.600 NA   NA
 7763638 7763639 D11S_0134 D11S_0135     TRUE 0.984 -42.000 0.444 NA   NA
 7763639 7763640 D11S_0135 D11S_0136     TRUE 0.990 0.000 0.444 1.000   NA
 7763640 7763641 D11S_0136 D11S_0137     TRUE 0.987 -7.000 0.429 NA   NA
 7763643 7763644 D11S_0139 D11S_0140     TRUE 0.948 -3.000 0.088 1.000   NA
 7763644 7763645 D11S_0140 D11S_0141     FALSE 0.013 251.000 0.000 1.000 N NA
 7763647 7763648 D11S_0143 D11S_0144     TRUE 0.872 18.000 0.042 NA   NA
 7763648 7763649 D11S_0144 D11S_0145     FALSE 0.478 66.000 0.014 NA N NA
 7763649 7763650 D11S_0145 D11S_0146     FALSE 0.265 66.000 0.000 1.000 N NA
 7763650 7763651 D11S_0146 D11S_0147     TRUE 0.995 21.000 0.752 1.000 Y NA
 7763652 7763653 D11S_0148 D11S_0149     FALSE 0.162 103.000 0.000 NA   NA
 7763654 7763655 D11S_0150 D11S_0151     FALSE 0.221 70.000 0.000 NA   NA
 7763655 7763656 D11S_0151 D11S_0152     FALSE 0.008 279.000 0.000 NA   NA
 7763657 7763658 D11S_0153 D11S_0154     FALSE 0.509 76.000 0.015 1.000 N NA
 7763658 7763659 D11S_0154 D11S_0155     FALSE 0.004 680.000 0.000 1.000 N NA
 7763660 7763661 D11S_0156 D11S_0157     FALSE 0.038 175.000 0.000 1.000 N NA
 7763662 7763663 D11S_0158 D11S_0159     FALSE 0.009 287.000 0.000 1.000 N NA
 7763663 7763664 D11S_0159 D11S_0160     TRUE 0.993 18.000 0.333 0.014 Y NA
 7763664 7763665 D11S_0160 D11S_0161     TRUE 0.995 14.000 0.429 0.014 Y NA
 7763665 7763666 D11S_0161 D11S_0162     TRUE 0.646 110.000 0.095 1.000   NA
 7763666 7763667 D11S_0162 D11S_0163     FALSE 0.009 292.000 0.000 1.000   NA
 7763667 7763668 D11S_0163 D11S_0164     TRUE 0.616 126.000 0.041 1.000 Y NA
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