MicrobesOnline Operon Predictions for Wolbachia endosymbiont of Culex quinquefasciatus Pel

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column Description
Gene1 VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1 Systematic name of 1st gene in pair
Name1 Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2 VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2 Systematic name of 2nd gene in pair
Name2 Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim Whether the genes share a COG category or not
ExprSim Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

 Gene1 Gene2 SysName1 SysName2 Name1 Name2 bOp pOp Sep MOGScore GOScore COGSim ExprSim
 5851879 5851880 WPa_0001 WPa_0002 dnaA secF FALSE 0.077 158.000 0.000 1.000 N NA
 5851882 5851883 WPa_0004 WPa_0005   ribH TRUE 0.952 -22.000 0.011 1.000 N NA
 5851883 5851884 WPa_0005 WPa_0006 ribH nusB TRUE 0.995 0.000 0.347 1.000 N NA
 5851885 5851886 WPa_0007 WPa_0008   dut FALSE 0.065 69.000 0.002 NA   NA
 5851887 5851888 WPa_0009 WPa_0010     FALSE 0.071 157.000 0.000 NA   NA
 5851888 5851889 WPa_0010 WPa_0011     FALSE 0.082 103.000 0.000 NA   NA
 5851889 5851890 WPa_0011 WPa_0012     FALSE 0.055 283.000 0.000 NA   NA
 5851890 5851891 WPa_0012 WPa_0013     TRUE 0.993 -25.000 0.500 NA   NA
 5851891 5851892 WPa_0013 WPa_0014     TRUE 0.741 59.000 0.400 NA   NA
 5851893 5851894 WPa_0015 WPa_0016 acpS proS TRUE 0.971 -3.000 0.011 1.000 N NA
 5851894 5851895 WPa_0016 WPa_0017 proS   FALSE 0.081 107.000 0.000 NA   NA
 5851898 5851899 WPa_0020 WPa_0021 nrdB   FALSE 0.092 76.000 0.000 NA   NA
 5851899 5851900 WPa_0021 WPa_0022     FALSE 0.081 115.000 0.000 NA   NA
 5851900 5851901 WPa_0022 WPa_0023     FALSE 0.104 67.000 0.000 NA   NA
 5851902 5851903 WPa_0024 WPa_0025     FALSE 0.111 63.000 0.000 NA   NA
 5851904 5851905 WPa_0026 WPa_0027 groES groEL TRUE 0.627 90.000 0.036 1.000 Y NA
 5851905 5851906 WPa_0027 WPa_0028 groEL   FALSE 0.068 202.000 0.000 1.000   NA
 5851906 5851907 WPa_0028 WPa_0029     TRUE 0.999 -3.000 1.000 1.000   NA
 5851907 5851908 WPa_0029 WPa_0030     FALSE 0.066 178.000 0.000 NA   NA
 5851909 5851910 WPa_0031 WPa_0032     FALSE 0.053 309.000 0.000 NA   NA
 5851914 5851915 WPa_0036 WPa_0037   infA TRUE 0.971 -3.000 0.012 NA N NA
 5851915 5851916 WPa_0037 WPa_0038 infA   FALSE 0.099 72.000 0.000 NA   NA
 5851916 5851917 WPa_0038 WPa_0039   purA FALSE 0.070 159.000 0.000 NA   NA
 5851919 5851920 WPa_0041 WPa_0042 argB   TRUE 0.983 5.000 0.046 1.000   NA
 5851921 5851922 WPa_0043 WPa_0044 prfA   FALSE 0.080 119.000 0.000 NA   NA
 5851923 5851924 WPa_0045 WPa_0046     FALSE 0.061 254.000 0.000 1.000   NA
 5851926 5851927 WPa_0048 WPa_0049   murC FALSE 0.058 250.000 0.000 NA   NA
 5851928 5851929 WPa_0050 WPa_0051     FALSE 0.050 427.000 0.000 NA   NA
 5851931 5851932 WPa_0053 WPa_0054 ubiH   FALSE 0.057 251.000 0.000 NA   NA
 5851933 5851934 WPa_0055 WPa_0056     FALSE 0.055 374.000 0.000 1.000   NA
 5851934 5851935 WPa_0056 WPa_t01     FALSE 0.118 61.000 0.000 NA   NA
 5851936 5851937 WPa_0057 WPa_0058 coaD   TRUE 0.356 72.000 0.023 NA   NA
 5851938 5851939 WPa_0059 WPa_0060 cdsA uppS TRUE 0.997 -10.000 0.400 1.000 Y NA
 5851939 5851940 WPa_0060 WPa_0061 uppS   FALSE 0.056 277.000 0.000 NA   NA
 5851941 5851942 WPa_0062 WPa_0063 sucB   FALSE 0.190 48.000 0.000 NA   NA
 5851942 5851943 WPa_0063 WPa_0064     FALSE 0.055 293.000 0.000 NA   NA
 5851943 5851944 WPa_0064 WPa_0065     FALSE 0.081 108.000 0.000 NA   NA
 5851944 5851945 WPa_0065 WPa_0066   fabI FALSE 0.050 419.000 0.000 NA   NA
 5851946 5851947 WPa_0067 WPa_0068     FALSE 0.086 90.000 0.000 NA   NA
 5851949 5851950 WPa_0070 WPa_0071   glpX FALSE 0.186 141.000 0.009 NA   NA
 5851953 5851954 WPa_0073 WPa_0074     TRUE 0.474 141.000 0.176 1.000   NA
 5851954 5851955 WPa_0074 WPa_0075     FALSE 0.078 127.000 0.000 NA   NA
 5851955 5851956 WPa_0075 WPa_0076     FALSE 0.081 115.000 0.000 NA   NA
 5851956 5851957 WPa_0076 WPa_0077   cysS TRUE 0.893 -7.000 0.000 NA   NA
 5851957 5851958 WPa_0077 WPa_0078 cysS   TRUE 0.809 -31.000 0.003 NA   NA
 5851959 5851960 WPa_0079 WPa_0080   rnhA TRUE 0.970 -7.000 0.014 NA   NA
 5851960 5851961 WPa_0080 WPa_0081 rnhA ctaB FALSE 0.070 176.000 0.003 1.000 N NA
 5851961 5851962 WPa_0081 WPa_0082 ctaB coxA TRUE 0.991 2.000 0.153 0.065 N NA
 5851962 5851963 WPa_0082 WPa_0083 coxA coxB TRUE 0.996 16.000 0.741 0.004 Y NA
 5851963 5851964 WPa_0083 WPa_0084 coxB   FALSE 0.057 557.000 0.000 0.065 N NA
 5851964 5851965 WPa_0084 WPa_0085     FALSE 0.071 155.000 0.000 NA   NA
 5851966 5851967 WPa_0086 WPa_0087 pdhA gatB FALSE 0.068 206.000 0.000 1.000 N NA
 5851967 5851968 WPa_0087 WPa_0088 gatB   TRUE 0.788 12.000 0.000 NA   NA
 5851969 5851970 WPa_0089 WPa_0091     TRUE 0.840 -1225.000 0.000 NA   NA
 5851970 5851971 WPa_0091 WPa_0092     FALSE 0.049 1135.000 0.000 1.000   NA
 5851971 5851972 WPa_0092 WPa_0093   lpdA TRUE 0.963 3.000 0.008 1.000 N NA
 5851972 5851973 WPa_0093 WPa_0094 lpdA   TRUE 0.972 -7.000 0.015 NA   NA
 5851976 5851977 WPa_0097 WPa_0098 valS   TRUE 0.245 42.000 0.000 NA   NA
 5851979 5851980 WPa_0100 WPa_0101   pyrF TRUE 0.226 44.000 0.000 NA   NA
 5851980 5851981 WPa_0101 WPa_0102 pyrF   FALSE 0.046 752.000 0.000 NA   NA
 5851981 5851982 WPa_0102 WPa_0103     FALSE 0.094 75.000 0.000 NA   NA
 5851982 5851983 WPa_0103 WPa_0104     FALSE 0.076 134.000 0.000 NA   NA
 5851983 5851984 WPa_0104 WPa_0105     FALSE 0.080 121.000 0.000 NA   NA
 5851984 5851985 WPa_0105 WPa_0106     FALSE 0.053 313.000 0.000 NA   NA
 5851985 5851986 WPa_0106 WPa_0107     FALSE 0.091 77.000 0.000 NA   NA
 5851986 5851987 WPa_0107 WPa_0108   dapB FALSE 0.059 289.000 0.000 1.000   NA
 5851987 5851988 WPa_0108 WPa_0109 dapB pstB TRUE 0.966 -3.000 0.009 1.000 N NA
 5851988 5851989 WPa_0109 WPa_0110 pstB   FALSE 0.102 69.000 0.000 NA   NA
 5851989 5851990 WPa_0110 WPa_0111     FALSE 0.106 66.000 0.000 NA   NA
 5851990 5851991 WPa_0111 WPa_0112     FALSE 0.178 49.000 0.000 NA   NA
 5851992 5851993 WPa_0113 WPa_0114 dxr   TRUE 0.434 28.000 0.004 NA   NA
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 5851998 5851999 WPa_0119 WPa_0120     FALSE 0.088 82.000 0.000 NA   NA
 5852001 5852002 WPa_0122 WPa_0123   pyrC FALSE 0.095 85.000 0.000 1.000 N NA
 5852002 5852003 WPa_0123 WPa_0124 pyrC   FALSE 0.155 54.000 0.000 NA   NA
 5852003 5852004 WPa_0124 WPa_0125     TRUE 0.289 38.000 0.000 NA   NA
 5852004 5852005 WPa_0125 WPa_0126     TRUE 0.506 24.000 0.000 NA   NA
 5852005 5852006 WPa_0126 WPa_0127     FALSE 0.086 92.000 0.000 NA   NA
 5852006 5852007 WPa_0127 WPa_t03     TRUE 0.538 23.000 0.000 NA   NA
 5852008 5852009 WPa_0128 WPa_0129 dnaB   FALSE 0.057 348.000 0.000 1.000 N NA
 5852010 5852011 WPa_0130 WPa_0131     TRUE 0.833 30.000 0.105 NA   NA
 5852011 5852012 WPa_0131 WPa_0132     FALSE 0.197 100.000 0.008 NA   NA
 5852012 5852013 WPa_0132 WPa_0133     TRUE 0.852 18.000 0.010 NA   NA
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 5852015 5852016 WPa_0135 WPa_0136 miaA   FALSE 0.056 349.000 0.000 1.000   NA
 5852017 5852018 WPa_0137 WPa_0138 murE metC TRUE 0.941 -31.000 0.008 0.062 N NA
 5852018 5852019 WPa_0138 WPa_0139 metC   TRUE 0.966 8.000 0.018 NA N NA
 5852019 5852020 WPa_0139 WPa_0140   dnaK FALSE 0.075 73.000 0.003 NA N NA
 5852020 5852021 WPa_0140 WPa_0141 dnaK   FALSE 0.217 74.000 0.008 1.000 N NA
 5852022 5852023 WPa_0142 WPa_0143 rpmG   FALSE 0.060 223.000 0.000 NA   NA
 5852023 5852024 WPa_0143 WPa_0144     FALSE 0.057 254.000 0.000 NA   NA
 5852026 5852027 WPa_0146 WPa_0147     TRUE 0.980 -3.000 0.022 1.000   NA
 5852030 5852031 WPa_0150 WPa_0151 trxB   TRUE 0.991 -13.000 0.024 1.000 Y NA
 5852031 5852032 WPa_0151 WPa_0152     FALSE 0.070 158.000 0.000 NA   NA
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 5852033 5852034 WPa_0153 WPa_0154     FALSE 0.049 500.000 0.000 NA   NA
 5852034 5852035 WPa_0154 WPa_0155     FALSE 0.071 156.000 0.000 NA   NA
 5852035 5852036 WPa_0155 WPa_0156   gap TRUE 0.973 4.000 0.014 NA N NA
 5852036 5852037 WPa_0156 WPa_0157 gap   FALSE 0.072 150.000 0.000 NA   NA
 5852037 5852038 WPa_0157 WPa_0158     TRUE 0.693 16.000 0.000 NA   NA
 5852038 5852039 WPa_0158 WPa_0159     TRUE 0.999 -3.000 1.000 1.000   NA
 5852040 5852041 WPa_0160 WPa_0161     FALSE 0.051 368.000 0.000 NA   NA
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 5852058 5852059 WPa_0178 WPa_0179 fdx   FALSE 0.059 238.000 0.000 NA   NA
 5852061 5852062 WPa_0181 WPa_0182   dnaG FALSE 0.086 99.000 0.000 NA N NA
 5852063 5852064 WPa_0183 WPa_0184     FALSE 0.089 108.000 0.000 1.000 N NA
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 5852069 5852070 WPa_0189 WPa_0190   ccmB FALSE 0.090 78.000 0.000 NA   NA
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 5852074 5852075 WPa_0194 WPa_0195     TRUE 0.398 28.000 0.000 NA   NA
 5852075 5852076 WPa_0195 WPa_0196   ispG FALSE 0.062 251.000 0.000 1.000   NA
 5852076 5852077 WPa_0196 WPa_0197 ispG   TRUE 0.857 17.000 0.009 NA   NA
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 5852079 5852080 WPa_0199 WPa_0200     TRUE 0.981 1.000 0.021 1.000   NA
 5852084 5852085 WPa_0204 WPa_0205   eno TRUE 0.954 -12.000 0.009 1.000   NA
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