MicrobesOnline Operon Predictions for Corynebacterium amycolatum SK46

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column Description
Gene1 VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1 Systematic name of 1st gene in pair
Name1 Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2 VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2 Systematic name of 2nd gene in pair
Name2 Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim Whether the genes share a COG category or not
ExprSim Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

 Gene1 Gene2 SysName1 SysName2 Name1 Name2 bOp pOp Sep MOGScore GOScore COGSim ExprSim
 6348099 6348100 CORAM0001_0904 CORAM0001_0903     FALSE 0.028 169.000 0.000 NA   NA
 6348100 6348101 CORAM0001_0903 CORAM0001_0902     FALSE 0.331 -3.000 0.000 NA   NA
 6348101 6348102 CORAM0001_0902 CORAM0001_0901     FALSE 0.265 -7.000 0.000 NA   NA
 6348104 6348105 CORAM0001_0899 CORAM0001_0898     FALSE 0.330 144.000 0.098 NA   NA
 6348105 6348106 CORAM0001_0898 CORAM0001_0897   msrB TRUE 0.876 -7.000 0.217 NA   NA
 6348107 6348108 CORAM0001_0896 CORAM0001_0895   hemG TRUE 0.610 85.000 0.158 NA   NA
 6348108 6348109 CORAM0001_0895 CORAM0001_0894 hemG hemE TRUE 0.829 106.000 0.049 0.004 Y NA
 6348110 6348111 CORAM0001_0893 CORAM0001_0892     TRUE 0.712 41.000 0.115 NA   NA
 6348112 6348113 CORAM0001_0891 CORAM0001_0890     FALSE 0.143 135.000 0.007 NA   NA
 6348113 6348114 CORAM0001_0890 CORAM0001_0889     FALSE 0.375 119.000 0.078 NA   NA
 6348119 6348120 CORAM0001_0884 CORAM0001_0883     FALSE 0.237 396.000 0.075 1.000 Y NA
 6348121 6348122 CORAM0001_0882 CORAM0001_0881     FALSE 0.122 60.000 0.000 NA   NA
 6348122 6348123 CORAM0001_0881 CORAM0001_0880     FALSE 0.023 290.000 0.000 0.082   NA
 6348123 6348124 CORAM0001_0880 CORAM0001_0879     FALSE 0.229 40.000 0.000 1.000   NA
 6348124 6348125 CORAM0001_0879 CORAM0001_0878     TRUE 0.902 -3.000 0.198 NA   NA
 6348126 6348127 CORAM0001_0877 CORAM0001_0876     TRUE 0.767 39.000 0.174 NA   NA
 6348127 6348128 CORAM0001_0876 CORAM0001_0875   dtd TRUE 0.753 1.000 0.013 1.000   NA
 6348128 6348129 CORAM0001_0875 CORAM0001_0874 dtd   FALSE 0.258 137.000 0.008 1.000 N NA
 6348131 6348132 CORAM0001_0872 CORAM0001_0871   galE TRUE 0.905 -3.000 0.111 1.000 N NA
 6348134 6348135 CORAM0001_0869 CORAM0001_0868     TRUE 0.698 19.000 0.035 1.000   NA
 6348137 6348138 CORAM0001_0866 CORAM0001_0865     TRUE 0.881 6.000 0.095 1.000   NA
 6348139 6348140 CORAM0001_0864 CORAM0001_0863     FALSE 0.042 143.000 0.000 NA   NA
 6348141 6348142 CORAM0001_0862 CORAM0001_0861     FALSE 0.119 62.000 0.000 NA   NA
 6348142 6348143 CORAM0001_0861 CORAM0001_0859   hrpA FALSE 0.081 94.000 0.000 NA   NA
 6348144 6348145 CORAM0001_0860 CORAM0001_0858     FALSE 0.151 45.000 0.000 NA   NA
 6348146 6348147 CORAM0001_0857 CORAM0001_0856 lexA   TRUE 0.807 94.000 0.012 0.042 Y NA
 6348147 6348148 CORAM0001_0856 CORAM0001_0855   pfkB TRUE 0.974 -3.000 0.118 1.000 Y NA
 6348148 6348149 CORAM0001_0855 CORAM0001_0854 pfkB   TRUE 0.952 36.000 0.200 1.000 Y NA
 6348149 6348150 CORAM0001_0854 CORAM0001_0853     TRUE 0.956 54.000 0.273 0.004 Y NA
 6348151 6348152 CORAM0001_0852 CORAM0001_0851     FALSE 0.270 97.000 0.009 1.000   NA
 6348154 6348155 CORAM0001_0849 CORAM0001_0848     TRUE 0.766 43.000 0.167 1.000   NA
 6348157 6348158 CORAM0001_0846 CORAM0001_0845 dapF miaA FALSE 0.181 32.000 0.000 NA   NA
 6348158 6348159 CORAM0001_0845 CORAM0001_0844 miaA   FALSE 0.057 118.000 0.000 NA   NA
 6348159 6348160 CORAM0001_0844 CORAM0001_0843     FALSE 0.022 184.000 0.000 NA   NA
 6348162 6348163 CORAM0001_0841 CORAM0001_0840   miaB TRUE 0.581 26.000 0.024 NA   NA
 6348163 6348164 CORAM0001_0840 CORAM0001_0839 miaB   FALSE 0.270 107.000 0.016 1.000   NA
 6348164 6348165 CORAM0001_0839 CORAM0001_0838   recA TRUE 0.832 44.000 0.296 1.000   NA
 6348165 6348166 CORAM0001_0838 CORAM0001_0837 recA   FALSE 0.083 197.000 0.017 NA   NA
 6348167 6348168 CORAM0001_0836 CORAM0001_0835     TRUE 0.735 34.000 0.117 NA   NA
 6348168 6348169 CORAM0001_0835 CORAM0001_0834     TRUE 0.991 -3.000 0.729 1.000 Y NA
 6348170 6348171 CORAM0001_0833 CORAM0001_0832     TRUE 0.511 142.000 0.260 NA   NA
 6348171 6348172 CORAM0001_0832 CORAM0001_0831     TRUE 0.750 52.000 0.208 NA   NA
 6348172 6348173 CORAM0001_0831 CORAM0001_0830   pgsA TRUE 0.555 25.000 0.018 NA   NA
 6348173 6348174 CORAM0001_0830 CORAM0001_0829 pgsA   TRUE 0.657 32.000 0.005 0.069 N NA
 6348174 6348175 CORAM0001_0829 CORAM0001_0828     FALSE 0.087 206.000 0.000 0.069 N NA
 6348175 6348176 CORAM0001_0828 CORAM0001_0827     FALSE 0.416 106.000 0.065 1.000   NA
 6348176 6348177 CORAM0001_0827 CORAM0001_0826     TRUE 0.631 90.000 0.172 1.000   NA
 6348177 6348178 CORAM0001_0826 CORAM0001_0825   dapA TRUE 0.964 0.000 0.550 1.000   NA
 6348178 6348179 CORAM0001_0825 CORAM0001_0824 dapA thyX TRUE 0.617 59.000 0.037 1.000 N NA
 6348179 6348180 CORAM0001_0824 CORAM0001_0823 thyX dapB TRUE 0.689 21.000 0.010 1.000 N NA
 6348182 6348183 CORAM0001_0821 CORAM0001_0820     FALSE 0.331 -3.000 0.000 NA   NA
 6348183 6348184 CORAM0001_0820 CORAM0001_0819     TRUE 0.739 17.000 0.059 NA   NA
 6348184 6348185 CORAM0001_0819 CORAM0001_0818     FALSE 0.110 284.000 0.118 1.000   NA
 6348185 6348186 CORAM0001_0818 CORAM0001_0817   pnp FALSE 0.034 157.000 0.000 NA   NA
 6348186 6348187 CORAM0001_0817 CORAM0001_0816 pnp rpsO FALSE 0.004 507.000 0.000 NA   NA
 6348187 6348188 CORAM0001_0816 CORAM0001_0815 rpsO ribF FALSE 0.479 142.000 0.119 1.000 N NA
 6348190 6348191 CORAM0001_0813 CORAM0001_0812     TRUE 0.661 -21.000 0.006 1.000 N NA
 6348191 6348192 CORAM0001_0812 CORAM0001_0811     TRUE 0.843 5.000 0.054 1.000   NA
 6348192 6348193 CORAM0001_0811 CORAM0001_0810   rbfA TRUE 0.772 43.000 0.173 1.000   NA
 6348193 6348194 CORAM0001_0810 CORAM0001_0809 rbfA   FALSE 0.005 363.000 0.000 NA   NA
 6348194 6348195 CORAM0001_0809 CORAM0001_0808     FALSE 0.122 60.000 0.000 NA   NA
 6348195 6348196 CORAM0001_0808 CORAM0001_0807     TRUE 0.552 130.000 0.171 NA N NA
 6348196 6348197 CORAM0001_0807 CORAM0001_0806   nusA TRUE 0.768 172.000 0.323 NA Y NA
 6348197 6348198 CORAM0001_0806 CORAM0001_0805 nusA   TRUE 0.962 -3.000 0.759 NA   NA
 6348202 6348203 CORAM0001_0802 CORAM0001_0800     FALSE 0.224 -16.000 0.000 NA   NA
 6348203 6348204 CORAM0001_0800 CORAM0001_0799   cobB TRUE 0.975 11.000 0.145 1.000 Y NA
 6348204 6348205 CORAM0001_0799 CORAM0001_0798 cobB cobO TRUE 0.972 -6.000 0.114 0.016 Y NA
 6348205 6348206 CORAM0001_0798 CORAM0001_0797 cobO   FALSE 0.211 -37.000 0.000 NA   NA
 6348206 6348207 CORAM0001_0797 CORAM0001_0796     FALSE 0.032 161.000 0.000 NA   NA
 6348207 6348208 CORAM0001_0796 CORAM0001_0795   mqo FALSE 0.088 88.000 0.000 NA   NA
 6348209 6348210 CORAM0001_0794 CORAM0001_0792   mtr TRUE 0.800 83.000 0.341 NA N NA
 6348211 6348212 CORAM0001_0793 CORAM0001_0791 cobQ map TRUE 0.853 4.000 0.021 1.000 N NA
 6348212 6348213 CORAM0001_0791 CORAM0001_0790 map   TRUE 0.733 69.000 0.139 1.000 N NA
 6348213 6348214 CORAM0001_0790 CORAM0001_0789     TRUE 0.541 174.000 0.024 1.000 Y NA
 6348218 6348219 CORAM0001_0785 CORAM0001_0784 cdsA frr TRUE 0.752 40.000 0.076 1.000 N NA
 6348219 6348220 CORAM0001_0784 CORAM0001_0783 frr pyrH TRUE 0.862 84.000 0.626 1.000 N NA
 6348220 6348221 CORAM0001_0783 CORAM0001_0782 pyrH tsf TRUE 0.520 182.000 0.416 1.000 N NA
 6348221 6348222 CORAM0001_0782 CORAM0001_0781 tsf rpsB TRUE 0.970 56.000 0.748 1.000 Y NA
 6348224 6348225 CORAM0001_0780 CORAM0001_0778     FALSE 0.416 232.000 0.037 1.000 Y NA
 6348225 6348226 CORAM0001_0778 CORAM0001_0777     TRUE 0.753 30.000 0.053 1.000 N NA
 6348228 6348229 CORAM0001_0775 CORAM0001_0774   rnhB TRUE 0.573 55.000 0.067 NA   NA
 6348229 6348230 CORAM0001_0774 CORAM0001_0773 rnhB lepB TRUE 0.573 62.000 0.024 1.000 N NA
 6348230 6348231 CORAM0001_0773 CORAM0001_0772 lepB rplS TRUE 0.502 75.000 0.018 1.000 N NA
 6348231 6348232 CORAM0001_0772 CORAM0001_0771 rplS   FALSE 0.067 140.000 0.000 1.000   NA
 6348236 6348237 CORAM0001_0768 CORAM0001_0766   trmD TRUE 0.485 0.000 0.000 1.000   NA
 6348237 6348238 CORAM0001_0766 CORAM0001_0765 trmD rimM TRUE 0.990 -3.000 0.672 1.000 Y NA
 6348238 6348239 CORAM0001_0765 CORAM0001_0764 rimM   TRUE 0.898 130.000 0.342 0.028 Y NA
 6348242 6348243 CORAM0001_0761 CORAM0001_0760     FALSE 0.004 468.000 0.000 NA   NA
 6348244 6348245 CORAM0001_0759 CORAM0001_0758   smc TRUE 0.831 48.000 0.165 0.016 N NA
 6348245 6348246 CORAM0001_0758 CORAM0001_0757 smc   FALSE 0.278 89.000 0.000 1.000 N NA
 6348246 6348247 CORAM0001_0757 CORAM0001_0756     FALSE 0.043 256.000 0.000 1.000 N NA
 6348247 6348248 CORAM0001_0756 CORAM0001_0755     TRUE 0.716 -10.000 0.011 1.000 N NA
 6348248 6348249 CORAM0001_0755 CORAM0001_0754   mutM TRUE 0.700 19.000 0.009 1.000 N NA
 6348249 6348250 CORAM0001_0754 CORAM0001_0753 mutM rnc TRUE 0.900 0.000 0.068 1.000 N NA
 6348250 6348251 CORAM0001_0753 CORAM0001_0752 rnc   TRUE 0.514 43.000 0.026 NA   NA
 6348251 6348252 CORAM0001_0752 CORAM0001_0751     TRUE 0.590 30.000 0.029 NA   NA
 6348252 6348253 CORAM0001_0751 CORAM0001_0750   coaD TRUE 0.781 11.000 0.014 NA N NA
 6348253 6348254 CORAM0001_0750 CORAM0001_0749 coaD   TRUE 0.886 45.000 0.367 1.000 N NA
 6348254 6348255 CORAM0001_0749 CORAM0001_0748     TRUE 0.688 1.000 0.003 1.000   NA
 6348255 6348256 CORAM0001_0748 CORAM0001_0747     TRUE 0.698 25.000 0.055 1.000   NA
 6348256 6348257 CORAM0001_0747 CORAM0001_0746     TRUE 0.907 5.000 0.144 1.000   NA
 6348257 6348258 CORAM0001_0746 CORAM0001_0745   ung TRUE 0.796 7.000 0.029 1.000   NA
 6348258 6348259 CORAM0001_0745 CORAM0001_0744 ung thiL TRUE 0.628 51.000 0.028 1.000 N NA
 6348261 6348262 CORAM0001_0742 CORAM0001_0741     TRUE 0.777 36.000 0.088 1.000 N NA
 6348264 6348265 CORAM0001_0739 CORAM0001_0738     TRUE 0.966 3.000 0.618 NA   NA
 6348265 6348266 CORAM0001_0738 CORAM0001_0737   leuD FALSE 0.059 116.000 0.000 NA   NA
 6348266 6348267 CORAM0001_0737 CORAM0001_0736 leuD leuC TRUE 0.966 63.000 0.477 0.001 Y NA
 6348268 6348269 CORAM0001_0735 CORAM0001_0733     TRUE 0.673 0.000 0.000 NA N NA
 6348270 6348271 CORAM0001_0734 CORAM0001_0732     TRUE 0.988 -3.000 0.353 0.035 Y NA
 6348271 6348272 CORAM0001_0732 CORAM0001_0731     TRUE 0.552 97.000 0.137 NA   NA
 6348272 6348273 CORAM0001_0731 CORAM0001_0730     FALSE 0.331 -3.000 0.000 NA   NA
 6348273 6348274 CORAM0001_0730 CORAM0001_0729     FALSE 0.331 -3.000 0.000 NA   NA
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 6348276 6348277 CORAM0001_0727 CORAM0001_0725     FALSE 0.308 -16.000 0.000 1.000   NA
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 6349131 6349132 CORAM0001_2057 CORAM0001_2058 glpK   FALSE 0.129 143.000 0.000 NA N NA
 6349132 6349133 CORAM0001_2058 CORAM0001_2059     FALSE 0.035 258.000 0.000 NA N NA
 6349133 6349134 CORAM0001_2059 CORAM0001_2060     TRUE 0.971 -3.000 1.000 NA   NA
 6349135 6349136 CORAM0001_2061 CORAM0001_2062 serS   FALSE 0.410 47.000 0.000 1.000 N NA
 6349137 6349138 CORAM0001_2063 CORAM0001_2064     TRUE 0.877 32.000 0.387 NA   NA
 6349138 6349139 CORAM0001_2064 CORAM0001_2065     FALSE 0.045 139.000 0.000 NA   NA
 6349140 6349141 CORAM0001_2066 CORAM0001_2067     TRUE 0.902 4.000 0.079 NA N NA
 6349145 6349146 CORAM0001_2071 CORAM0001_2072     FALSE 0.142 49.000 0.000 NA   NA
 6349146 6349147 CORAM0001_2072 CORAM0001_2073     FALSE 0.051 130.000 0.000 NA   NA
 6349147 6349148 CORAM0001_2073 CORAM0001_2074     FALSE 0.405 139.000 0.065 1.000 N NA
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 6349150 6349151 CORAM0001_2076 CORAM0001_2077     FALSE 0.098 171.000 0.000 1.000 N NA
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 6349154 6349155 CORAM0001_2080 CORAM0001_2081     FALSE 0.006 349.000 0.000 NA   NA
 6349155 6349156 CORAM0001_2081 CORAM0001_2082     FALSE 0.019 197.000 0.000 NA   NA
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 6349197 6349198 CORAM0001_0476 CORAM0001_0475     FALSE 0.094 83.000 0.000 NA   NA
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 6349202 6349203 CORAM0001_0471 CORAM0001_0470     FALSE 0.083 92.000 0.000 NA   NA
 6349203 6349204 CORAM0001_0470 CORAM0001_0469   merA FALSE 0.306 12.000 0.000 NA   NA
 6349204 6349205 CORAM0001_0469 CORAM0001_0468 merA   TRUE 0.791 -3.000 0.051 NA   NA
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 6349208 6349209 CORAM0001_0465 CORAM0001_0464   xseA FALSE 0.166 107.000 0.002 NA   NA
 6349209 6349210 CORAM0001_0464 CORAM0001_0463 xseA xseB TRUE 0.964 60.000 0.412 0.001 Y NA
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 6349213 6349214 CORAM0001_0460 CORAM0001_0459     FALSE 0.086 187.000 0.010 1.000   NA
 6349214 6349215 CORAM0001_0459 CORAM0001_0458     TRUE 0.885 -10.000 0.250 1.000   NA
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 6349218 6349219 CORAM0001_0455 CORAM0001_0454     FALSE 0.175 34.000 0.000 NA   NA
 6349219 6349220 CORAM0001_0454 CORAM0001_0453     FALSE 0.005 636.000 0.000 1.000   NA
 6349220 6349221 CORAM0001_0453 CORAM0001_0452     FALSE 0.012 300.000 0.000 1.000   NA
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 6349230 6349231 CORAM0001_0443 CORAM0001_0442   mca TRUE 0.781 28.000 0.141 NA   NA
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 6349235 6349236 CORAM0001_0438 CORAM0001_0437     FALSE 0.049 134.000 0.000 NA   NA
 6349237 6349238 CORAM0001_0436 CORAM0001_0435     FALSE 0.106 72.000 0.000 NA   NA
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 6349242 6349243 CORAM0001_0431 CORAM0001_0430   eno TRUE 0.693 104.000 0.241 1.000 N NA
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 6349252 6349253 CORAM0001_0421 CORAM0001_0420     FALSE 0.246 -10.000 0.000 NA   NA
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 6349260 6349261 CORAM0001_0413 CORAM0001_0412 lys1   FALSE 0.285 -49.000 0.000 1.000   NA
 6349261 6349262 CORAM0001_0412 CORAM0001_0411     FALSE 0.322 11.000 0.000 NA   NA
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 6349263 6349264 CORAM0001_0410 CORAM0001_0409     FALSE 0.331 -3.000 0.000 NA   NA
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 6349269 6349270 CORAM0001_0404 CORAM0001_0402 prfC   FALSE 0.206 25.000 0.000 NA   NA
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 6349296 6349297 CORAM0001_0908 CORAM0001_0909 rpoZ coaBC TRUE 0.866 28.000 0.192 1.000 N NA
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 6349302 6349303 CORAM0001_0914 CORAM0001_0915 fmt   TRUE 0.988 1.000 0.305 1.000 Y NA
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 6349304 6349305 CORAM0001_0916 CORAM0001_0917 rpe ribD TRUE 0.775 18.000 0.028 1.000 N NA
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 6349307 6349308 CORAM0001_0919 CORAM0001_0920   ribH TRUE 0.970 1.000 0.012 0.003 Y NA
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 6350006 6350007 CORAM0001_1431 CORAM0001_1432 thiS thiO TRUE 0.887 14.000 0.192 1.000   NA
 6350009 6350010 CORAM0001_1435 CORAM0001_1436     TRUE 0.986 -7.000 0.447 0.005 Y NA
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 6350016 6350017 CORAM0001_1442 CORAM0001_1443     FALSE 0.246 -10.000 0.000 NA   NA
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 6350022 6350023 CORAM0001_1698 CORAM0001_1699   gyrA TRUE 0.825 5.000 0.053 NA   NA
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