MicrobesOnline Operon Predictions for Gardnerella vaginalis 409-05

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column Description
Gene1 VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1 Systematic name of 1st gene in pair
Name1 Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2 VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2 Systematic name of 2nd gene in pair
Name2 Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim Whether the genes share a COG category or not
ExprSim Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

 Gene1 Gene2 SysName1 SysName2 Name1 Name2 bOp pOp Sep MOGScore GOScore COGSim ExprSim
 10326026 10326027 HMPREF0424_0001 HMPREF0424_0002 lysR ahpF TRUE 0.760 42.000 0.041 1.000 N NA
 10326027 10326028 HMPREF0424_0002 HMPREF0424_0003 ahpF ahpC TRUE 0.926 130.000 0.551 1.000 Y NA
 10326029 10326030 HMPREF0424_0004 HMPREF0424_0005     FALSE 0.045 346.000 0.000 0.002   NA
 10326031 10326032 HMPREF0424_1351 HMPREF0424_0007     FALSE 0.228 131.000 0.000 NA   NA
 10326032 10326033 HMPREF0424_0007 HMPREF0424_0008     TRUE 0.754 106.000 0.010 1.000 N NA
 10326033 10326034 HMPREF0424_0008 HMPREF0424_0009     FALSE 0.197 293.000 0.026 1.000 N NA
 10326034 10326035 HMPREF0424_0009 HMPREF0424_0010     FALSE 0.038 337.000 0.000 NA   NA
 10326035 10326036 HMPREF0424_0010 HMPREF0424_1352     FALSE 0.042 307.000 0.000 NA   NA
 10326036 10326037 HMPREF0424_1352 HMPREF0424_1353     TRUE 0.566 25.000 0.000 NA   NA
 10326037 10326038 HMPREF0424_1353 HMPREF0424_0013     FALSE 0.254 127.000 0.000 NA   NA
 10326038 10326039 HMPREF0424_0013 HMPREF0424_0014     TRUE 0.807 58.000 0.077 NA   NA
 10326039 10326040 HMPREF0424_0014 HMPREF0424_0015     TRUE 0.565 77.000 0.000 NA   NA
 10326040 10326041 HMPREF0424_0015 HMPREF0424_0016     TRUE 0.989 -3.000 0.545 NA   NA
 10326041 10326042 HMPREF0424_0016 HMPREF0424_0017   cah FALSE 0.444 56.000 0.000 NA   NA
 10326042 10326043 HMPREF0424_0017 HMPREF0424_0018 cah ppc FALSE 0.142 229.000 0.000 1.000 N NA
 10326050 10326051 HMPREF0424_0025 HMPREF0424_0026     FALSE 0.065 257.000 0.000 NA   NA
 10326053 10326054 HMPREF0424_0028 HMPREF0424_0029     TRUE 0.831 46.000 0.216 NA   NA
 10326055 10326056 HMPREF0424_0030 HMPREF0424_0031     TRUE 0.996 -3.000 0.368 0.005 Y NA
 10326056 10326057 HMPREF0424_0031 HMPREF0424_0032     TRUE 0.985 -3.000 0.162 1.000 N NA
 10326057 10326058 HMPREF0424_0032 HMPREF0424_0033     TRUE 0.975 -7.000 0.064 1.000 N NA
 10326058 10326059 HMPREF0424_0033 HMPREF0424_0034     TRUE 0.986 -3.000 0.180 1.000 N NA
 10326059 10326060 HMPREF0424_0034 HMPREF0424_0035     TRUE 0.979 4.000 0.267 NA   NA
 10326060 10326061 HMPREF0424_0035 HMPREF0424_0036     TRUE 0.915 34.000 0.629 NA   NA
 10326062 10326063 HMPREF0424_0037 HMPREF0424_0038   mscL TRUE 0.606 24.000 0.000 1.000   NA
 10326064 10326065 HMPREF0424_0039 HMPREF0424_0040   gyrA FALSE 0.454 150.000 0.053 NA   NA
 10326065 10326066 HMPREF0424_0040 HMPREF0424_0041 gyrA gyrB TRUE 0.973 70.000 0.306 0.005 Y NA
 10326066 10326067 HMPREF0424_0041 HMPREF0424_0042 gyrB   FALSE 0.369 181.000 0.028 NA   NA
 10326067 10326068 HMPREF0424_0042 HMPREF0424_0043   recF TRUE 0.972 0.000 0.089 NA   NA
 10326068 10326069 HMPREF0424_0043 HMPREF0424_0044 recF dnaN TRUE 0.962 99.000 0.318 1.000 Y NA
 10326069 10326070 HMPREF0424_0044 HMPREF0424_0045 dnaN dnaA FALSE 0.434 431.000 0.328 1.000 Y NA
 10326071 10326072 HMPREF0424_0046 HMPREF0424_0047 rpmH   TRUE 0.918 112.000 0.787 1.000   NA
 10326072 10326073 HMPREF0424_0047 HMPREF0424_0048     FALSE 0.144 181.000 0.000 NA   NA
 10326073 10326074 HMPREF0424_0048 HMPREF0424_0049   yidC FALSE 0.449 32.000 0.000 NA   NA
 10326074 10326075 HMPREF0424_0049 HMPREF0424_0050 yidC   TRUE 0.486 137.000 0.026 1.000   NA
 10326075 10326076 HMPREF0424_0050 HMPREF0424_0051   gidB TRUE 0.864 79.000 0.070 1.000   NA
 10326076 10326077 HMPREF0424_0051 HMPREF0424_0052 gidB   FALSE 0.154 906.000 0.339 1.000 N NA
 10326077 10326078 HMPREF0424_0052 HMPREF0424_0053     TRUE 0.994 0.000 0.827 1.000 N NA
 10326079 10326080 HMPREF0424_0054 HMPREF0424_0055 trxB   TRUE 0.597 35.000 0.006 NA   NA
 10326080 10326081 HMPREF0424_0055 HMPREF0424_0056     TRUE 0.566 166.000 0.143 NA   NA
 10326081 10326082 HMPREF0424_0056 HMPREF0424_0057     TRUE 0.869 -3.000 0.000 NA   NA
 10326082 10326083 HMPREF0424_0057 HMPREF0424_0058     FALSE 0.374 45.000 0.000 NA   NA
 10326083 10326084 HMPREF0424_0058 HMPREF0424_0059     TRUE 0.834 -19.000 0.000 NA   NA
 10326086 10326087 HMPREF0424_0061 HMPREF0424_0062   ksgA FALSE 0.237 130.000 0.000 NA   NA
 10326087 10326088 HMPREF0424_0062 HMPREF0424_0063 ksgA   TRUE 0.615 44.000 0.009 1.000   NA
 10326088 10326089 HMPREF0424_0063 HMPREF0424_1354     FALSE 0.023 449.000 0.000 NA   NA
 10326090 10326091 HMPREF0424_0065 HMPREF0424_0066     TRUE 0.690 133.000 0.192 NA   NA
 10326093 10326094 HMPREF0424_0068 HMPREF0424_0069     FALSE 0.389 250.000 0.233 1.000   NA
 10326095 10326096 HMPREF0424_1355 HMPREF0424_0071     TRUE 0.548 72.000 0.000 NA   NA
 10326097 10326098 HMPREF0424_0072 HMPREF0424_0073 ftsY   FALSE 0.350 163.000 0.010 1.000   NA
 10326098 10326099 HMPREF0424_0073 HMPREF0424_0074     FALSE 0.028 421.000 0.000 1.000   NA
 10326099 10326100 HMPREF0424_0074 HMPREF0424_0075   dnaB TRUE 0.833 81.000 0.006 1.000 N NA
 10326100 10326101 HMPREF0424_0075 HMPREF0424_0076 dnaB   TRUE 0.943 16.000 0.049 1.000 N NA
 10326101 10326102 HMPREF0424_0076 HMPREF0424_0077     TRUE 0.988 6.000 0.796 1.000   NA
 10326102 10326103 HMPREF0424_0077 HMPREF0424_0078     FALSE 0.052 278.000 0.000 NA   NA
 10326104 10326105 HMPREF0424_0079 HMPREF0424_0080 upp   FALSE 0.040 319.000 0.000 NA   NA
 10326105 10326106 HMPREF0424_0080 HMPREF0424_0081     FALSE 0.381 47.000 0.000 NA   NA
 10326107 10326108 HMPREF0424_0082 HMPREF0424_0083 dcm_1 mutH TRUE 0.822 110.000 0.121 0.077   NA
 10326109 10326110 HMPREF0424_0084 HMPREF0424_0085 ppk   TRUE 0.841 -16.000 0.000 NA   NA
 10326111 10326112 HMPREF0424_0086 HMPREF0424_0087 gla   TRUE 0.465 101.000 0.000 1.000   NA
 10326112 10326113 HMPREF0424_0087 HMPREF0424_0088     TRUE 0.617 35.000 0.008 NA   NA
 10326113 10326114 HMPREF0424_0088 HMPREF0424_0089     TRUE 0.800 22.000 0.008 NA   NA
 10326115 10326116 HMPREF0424_0090 HMPREF0424_0091     TRUE 0.805 8.000 0.000 NA   NA
 10326117 10326118 HMPREF0424_0092 HMPREF0424_0093 clpB   FALSE 0.036 344.000 0.000 NA   NA
 10326118 10326119 HMPREF0424_0093 HMPREF0424_0094     FALSE 0.386 48.000 0.000 NA   NA
 10326119 10326120 HMPREF0424_0094 HMPREF0424_0095     TRUE 0.548 72.000 0.000 NA   NA
 10326120 10326121 HMPREF0424_0095 HMPREF0424_0096     TRUE 0.854 -10.000 0.000 NA   NA
 10326121 10326122 HMPREF0424_0096 HMPREF0424_0097   rmuC FALSE 0.421 55.000 0.000 NA   NA
 10326122 10326123 HMPREF0424_0097 HMPREF0424_0098 rmuC   TRUE 0.701 58.000 0.011 NA   NA
 10326123 10326124 HMPREF0424_0098 HMPREF0424_0099     TRUE 0.753 58.000 0.034 NA   NA
 10326124 10326125 HMPREF0424_0099 HMPREF0424_0100     TRUE 0.497 146.000 0.014 1.000 N NA
 10326125 10326126 HMPREF0424_0100 HMPREF0424_0101     TRUE 0.869 -3.000 0.000 NA   NA
 10326127 10326128 HMPREF0424_0102 HMPREF0424_0103     FALSE 0.015 713.000 0.000 NA   NA
 10326129 10326130 HMPREF0424_0104 HMPREF0424_0105 gatC gatA TRUE 0.996 3.000 0.643 0.004 Y NA
 10326130 10326131 HMPREF0424_0105 HMPREF0424_0106 gatA gatB TRUE 0.967 33.000 0.492 0.004 Y NA
 10326131 10326132 HMPREF0424_0106 HMPREF0424_0107 gatB   FALSE 0.392 257.000 0.005 1.000 Y NA
 10326132 10326133 HMPREF0424_0107 HMPREF0424_0108     TRUE 0.976 0.000 0.120 NA   NA
 10326133 10326134 HMPREF0424_0108 HMPREF0424_0109     TRUE 0.814 92.000 0.060 NA   NA
 10326134 10326135 HMPREF0424_0109 HMPREF0424_0110   rho FALSE 0.068 338.000 0.000 1.000 N NA
 10326137 10326138 HMPREF0424_0112 HMPREF0424_0113     TRUE 0.965 6.000 0.056 1.000 N NA
 10326138 10326139 HMPREF0424_0113 HMPREF0424_0114   fbaA FALSE 0.286 147.000 0.000 1.000 N NA
 10326139 10326140 HMPREF0424_0114 HMPREF0424_0115 fbaA purA TRUE 0.689 116.000 0.016 1.000 N NA
 10326140 10326141 HMPREF0424_0115 HMPREF0424_0116 purA   FALSE 0.248 179.000 0.000 1.000 N NA
 10326141 10326142 HMPREF0424_0116 HMPREF0424_0117     TRUE 0.975 0.000 0.000 0.099 Y NA
 10326142 10326143 HMPREF0424_0117 HMPREF0424_0118     TRUE 0.536 40.000 0.000 0.099 N NA
 10326143 10326144 HMPREF0424_0118 HMPREF0424_0119     FALSE 0.276 124.000 0.000 NA   NA
 10326144 10326145 HMPREF0424_0119 HMPREF0424_0120     TRUE 0.990 -13.000 0.776 NA   NA
 10326145 10326146 HMPREF0424_0120 HMPREF0424_0121     TRUE 0.796 30.000 0.059 NA   NA
 10326146 10326147 HMPREF0424_0121 HMPREF0424_0122     TRUE 0.984 4.000 0.429 NA   NA
 10326147 10326148 HMPREF0424_0122 HMPREF0424_0123     TRUE 0.651 136.000 0.143 NA   NA
 10326148 10326149 HMPREF0424_0123 HMPREF0424_0124     TRUE 0.524 183.000 0.143 NA   NA
 10326149 10326150 HMPREF0424_0124 HMPREF0424_0125     TRUE 0.966 -3.000 0.059 NA   NA
 10326150 10326151 HMPREF0424_0125 HMPREF0424_0126   dnaX TRUE 0.703 106.000 0.020 NA   NA
 10326151 10326152 HMPREF0424_0126 HMPREF0424_0127 dnaX recR TRUE 0.960 7.000 0.000 1.000 Y NA
 10326152 10326153 HMPREF0424_0127 HMPREF0424_0128 recR   FALSE 0.237 130.000 0.000 NA   NA
 10326153 10326154 HMPREF0424_0128 HMPREF0424_0129     TRUE 0.523 64.000 0.000 NA   NA
 10326154 10326155 HMPREF0424_0129 HMPREF0424_0130   asd TRUE 0.559 85.000 0.000 NA   NA
 10326155 10326156 HMPREF0424_0130 HMPREF0424_0131 asd   TRUE 0.607 53.000 0.005 NA   NA
 10326156 10326157 HMPREF0424_0131 HMPREF0424_0132     FALSE 0.399 110.000 0.000 NA   NA
 10326157 10326158 HMPREF0424_0132 HMPREF0424_0133     TRUE 0.967 14.000 0.120 1.000 N NA
 10326158 10326159 HMPREF0424_0133 HMPREF0424_0134     TRUE 0.896 88.000 0.083 1.000 N NA
 10326159 10326160 HMPREF0424_0134 HMPREF0424_0135     TRUE 0.520 37.000 0.000 1.000 N NA
 10326162 10326163 HMPREF0424_0137 HMPREF0424_0138     TRUE 0.984 2.000 0.333 NA   NA
 10326163 10326164 HMPREF0424_0138 HMPREF0424_0139     TRUE 0.681 44.000 0.035 NA   NA
 10326166 10326167 HMPREF0424_0141 HMPREF0424_0142 metA atpB FALSE 0.175 203.000 0.000 1.000 N NA
 10326167 10326168 HMPREF0424_0142 HMPREF0424_0143 atpB   TRUE 0.933 101.000 0.628 0.009   NA
 10326168 10326169 HMPREF0424_0143 HMPREF0424_0144   atpF TRUE 0.874 61.000 0.121 0.009   NA
 10326169 10326170 HMPREF0424_0144 HMPREF0424_0145 atpF atpH TRUE 0.930 100.000 0.067 0.009 Y NA
 10326170 10326171 HMPREF0424_0145 HMPREF0424_0146 atpH atpA TRUE 0.994 17.000 0.864 0.009 Y NA
 10326171 10326172 HMPREF0424_0146 HMPREF0424_0147 atpA atpG TRUE 0.997 4.000 0.846 0.009 Y NA
 10326172 10326173 HMPREF0424_0147 HMPREF0424_0148 atpG atpD TRUE 0.996 7.000 0.724 0.009 Y NA
 10326173 10326174 HMPREF0424_0148 HMPREF0424_0149 atpD   TRUE 0.966 84.000 0.837 0.009   NA
 10326174 10326175 HMPREF0424_0149 HMPREF0424_0150     FALSE 0.014 740.000 0.000 NA   NA
 10326175 10326176 HMPREF0424_0150 HMPREF0424_0151     TRUE 0.950 19.000 0.250 NA   NA
 10326176 10326177 HMPREF0424_0151 HMPREF0424_0152     FALSE 0.058 295.000 0.000 0.002   NA
 10326177 10326178 HMPREF0424_0152 HMPREF0424_0153     TRUE 0.486 31.000 0.000 1.000   NA
 10326179 10326180 HMPREF0424_0154 HMPREF0424_0155     TRUE 0.977 79.000 0.357 1.000 Y NA
 10326181 10326182 HMPREF0424_0156 HMPREF0424_0157 bcrA   TRUE 0.982 -3.000 0.222 NA   NA
 10326182 10326183 HMPREF0424_0157 HMPREF0424_0158     TRUE 0.969 14.000 0.286 NA   NA
 10326183 10326184 HMPREF0424_0158 HMPREF0424_0159     FALSE 0.434 104.000 0.000 NA   NA
 10326184 10326185 HMPREF0424_0159 HMPREF0424_0160     FALSE 0.073 242.000 0.000 NA   NA
 10326185 10326186 HMPREF0424_0160 HMPREF0424_0161     TRUE 0.958 96.000 0.238 NA Y NA
 10326186 10326187 HMPREF0424_0161 HMPREF0424_0162     TRUE 0.933 73.000 0.386 NA   NA
 10326187 10326188 HMPREF0424_0162 HMPREF0424_0163     TRUE 0.950 13.000 0.089 NA   NA
 10326188 10326189 HMPREF0424_0163 HMPREF0424_0164     TRUE 0.970 -10.000 0.080 0.097   NA
 10326189 10326190 HMPREF0424_0164 HMPREF0424_0165     TRUE 0.815 41.000 0.175 1.000   NA
 10326190 10326191 HMPREF0424_0165 HMPREF0424_0166     TRUE 0.706 46.000 0.041 1.000   NA
 10326192 10326193 HMPREF0424_0167 HMPREF0424_0168     FALSE 0.137 183.000 0.000 NA   NA
 10326194 10326195 HMPREF0424_0169 HMPREF0424_0170     TRUE 0.863 -6.000 0.000 NA   NA
 10326196 10326197 HMPREF0424_0171 HMPREF0424_0172     FALSE 0.122 190.000 0.000 NA   NA
 10326198 10326199 HMPREF0424_0173 HMPREF0424_0174     TRUE 0.863 -6.000 0.000 NA   NA
 10326200 10326201 HMPREF0424_0175 HMPREF0424_0176     FALSE 0.031 381.000 0.000 NA   NA
 10326201 10326202 HMPREF0424_0176 HMPREF0424_0177     TRUE 0.963 83.000 0.107 0.002 Y NA
 10326202 10326203 HMPREF0424_0177 HMPREF0424_0178   nrdI TRUE 0.984 86.000 0.750 NA Y NA
 10326203 10326204 HMPREF0424_0178 HMPREF0424_0179 nrdI   TRUE 0.991 4.000 0.667 NA N NA
 10326206 10326207 HMPREF0424_0181 HMPREF0424_0182     FALSE 0.386 48.000 0.000 NA   NA
 10326207 10326208 HMPREF0424_0182 HMPREF0424_0183   pgl FALSE 0.392 51.000 0.000 NA   NA
 10326208 10326209 HMPREF0424_0183 HMPREF0424_0184 pgl   TRUE 0.962 55.000 0.463 NA Y NA
 10326209 10326210 HMPREF0424_0184 HMPREF0424_0185   zwf TRUE 0.996 -3.000 0.583 NA Y NA
 10326210 10326211 HMPREF0424_0185 HMPREF0424_0186 zwf   TRUE 0.591 104.000 0.000 1.000 N NA
 10326214 10326215 HMPREF0424_0189 HMPREF0424_0190   nth TRUE 0.963 0.000 0.010 1.000 N NA
 10326215 10326216 HMPREF0424_0190 HMPREF0424_0191 nth   TRUE 0.545 131.000 0.010 1.000 N NA
 10326216 10326217 HMPREF0424_0191 HMPREF0424_0192   valS TRUE 0.854 49.000 0.127 1.000 N NA
 10326218 10326219 HMPREF0424_0193 HMPREF0424_0194     TRUE 0.973 -16.000 0.143 NA   NA
 10326220 10326221 HMPREF0424_0195 HMPREF0424_0196 argS brnQ FALSE 0.127 243.000 0.000 1.000 N NA
 10326223 10326224 HMPREF0424_0198 HMPREF0424_0199     FALSE 0.386 35.000 0.000 NA   NA
 10326224 10326225 HMPREF0424_0199 HMPREF0424_0200     TRUE 0.792 29.000 0.044 NA   NA
 10326225 10326226 HMPREF0424_0200 HMPREF0424_0201   gltX TRUE 0.716 66.000 0.004 NA   NA
 10326226 10326227 HMPREF0424_0201 HMPREF0424_0202 gltX   FALSE 0.390 49.000 0.000 NA   NA
 10326227 10326228 HMPREF0424_0202 HMPREF0424_1357     TRUE 0.851 3.000 0.000 NA   NA
 10326228 10326229 HMPREF0424_1357 HMPREF0424_1358     FALSE 0.361 38.000 0.000 NA   NA
 10326229 10326230 HMPREF0424_1358 HMPREF0424_0205     FALSE 0.019 529.000 0.000 NA   NA
 10326230 10326231 HMPREF0424_0205 HMPREF0424_0206   murA TRUE 0.505 92.000 0.000 NA   NA
 10326231 10326232 HMPREF0424_0206 HMPREF0424_0207 murA   FALSE 0.204 191.000 0.000 1.000 N NA
 10326232 10326233 HMPREF0424_0207 HMPREF0424_0208     FALSE 0.372 36.000 0.000 NA   NA
 10326234 10326235 HMPREF0424_1359 HMPREF0424_0210     FALSE 0.324 116.000 0.000 NA   NA
 10326236 10326237 HMPREF0424_0211 HMPREF0424_0212   rpsO FALSE 0.397 131.000 0.003 NA   NA
 10326237 10326238 HMPREF0424_0212 HMPREF0424_0213 rpsO gpsI FALSE 0.273 346.000 0.011 1.000 Y NA
 10326238 10326239 HMPREF0424_0213 HMPREF0424_0214 gpsI   FALSE 0.124 247.000 0.000 1.000 N NA
 10326239 10326240 HMPREF0424_0214 HMPREF0424_0215     TRUE 0.757 15.000 0.000 NA   NA
 10326240 10326241 HMPREF0424_0215 HMPREF0424_0216     FALSE 0.151 177.000 0.000 NA   NA
 10326241 10326242 HMPREF0424_0216 HMPREF0424_0217     TRUE 0.894 112.000 0.571 NA   NA
 10326242 10326243 HMPREF0424_0217 HMPREF0424_0218     FALSE 0.399 199.000 0.000 1.000 Y NA
 10326243 10326244 HMPREF0424_0218 HMPREF0424_0219     FALSE 0.344 114.000 0.000 NA   NA
 10326244 10326245 HMPREF0424_0219 HMPREF0424_0220   mtnN TRUE 0.860 -7.000 0.000 NA   NA
 10326245 10326246 HMPREF0424_0220 HMPREF0424_0221 mtnN pstS FALSE 0.168 207.000 0.000 1.000 N NA
 10326246 10326247 HMPREF0424_0221 HMPREF0424_0222 pstS pstC TRUE 0.964 50.000 0.529 0.004 Y NA
 10326247 10326248 HMPREF0424_0222 HMPREF0424_0223 pstC pstA TRUE 0.994 1.000 0.172 0.004 Y NA
 10326248 10326249 HMPREF0424_0223 HMPREF0424_0224 pstA pstB TRUE 0.976 69.000 0.373 0.004 Y NA
 10326249 10326250 HMPREF0424_0224 HMPREF0424_0225 pstB   FALSE 0.080 254.000 0.000 0.094   NA
 10326250 10326251 HMPREF0424_0225 HMPREF0424_0226   rplJ FALSE 0.031 392.000 0.000 1.000   NA
 10326251 10326252 HMPREF0424_0226 HMPREF0424_0227 rplJ rplL TRUE 0.982 98.000 0.884 0.040 Y NA
 10326252 10326253 HMPREF0424_0227 HMPREF0424_0228 rplL   FALSE 0.028 878.000 0.002 NA   NA
 10326253 10326254 HMPREF0424_0228 HMPREF0424_0229     TRUE 0.888 21.000 0.070 NA   NA
 10326254 10326255 HMPREF0424_0229 HMPREF0424_0230     TRUE 0.972 -3.000 0.085 NA   NA
 10326256 10326257 HMPREF0424_0231 HMPREF0424_0232     FALSE 0.361 38.000 0.000 NA   NA
 10326258 10326259 HMPREF0424_0233 HMPREF0424_0234   groS FALSE 0.404 173.000 0.039 NA   NA
 10326259 10326260 HMPREF0424_0234 HMPREF0424_0235 groS hisC FALSE 0.191 194.000 0.000 1.000 N NA
 10326260 10326261 HMPREF0424_0235 HMPREF0424_1360 hisC   FALSE 0.389 111.000 0.000 NA   NA
 10326261 10326262 HMPREF0424_1360 HMPREF0424_1361     TRUE 0.859 2.000 0.000 NA   NA
 10326262 10326263 HMPREF0424_1361 HMPREF0424_1362     TRUE 0.826 5.000 0.000 NA   NA
 10326263 10326264 HMPREF0424_1362 HMPREF0424_0239   rpmG FALSE 0.392 51.000 0.000 NA   NA
 10326264 10326265 HMPREF0424_0239 HMPREF0424_0240 rpmG   TRUE 0.639 125.000 0.022 1.000 N NA
 10326265 10326266 HMPREF0424_0240 HMPREF0424_0241     FALSE 0.187 291.000 0.017 1.000 N NA
 10326266 10326267 HMPREF0424_0241 HMPREF0424_0242     TRUE 0.871 123.000 0.471 1.000 N NA
 10326269 10326270 HMPREF0424_0244 HMPREF0424_1363     FALSE 0.359 113.000 0.000 NA   NA
 10326272 10326273 HMPREF0424_0247 HMPREF0424_0248     FALSE 0.133 184.000 0.000 NA   NA
 10326273 10326274 HMPREF0424_0248 HMPREF0424_0249     TRUE 0.738 16.000 0.000 NA   NA
 10326274 10326275 HMPREF0424_0249 HMPREF0424_0250     TRUE 0.912 11.000 0.009 1.000   NA
 10326275 10326276 HMPREF0424_0250 HMPREF0424_0251   malQ_1 TRUE 0.976 18.000 0.700 1.000   NA
 10326276 10326277 HMPREF0424_0251 HMPREF0424_0252 malQ_1 rplM FALSE 0.111 261.000 0.000 1.000 N NA
 10326277 10326278 HMPREF0424_0252 HMPREF0424_0253 rplM rpsI TRUE 0.991 18.000 0.601 0.040 Y NA
 10326278 10326279 HMPREF0424_0253 HMPREF0424_0254 rpsI adh FALSE 0.061 357.000 0.000 1.000 N NA
 10326279 10326280 HMPREF0424_0254 HMPREF0424_0255 adh rplC FALSE 0.030 649.000 0.000 1.000 N NA
 10326280 10326281 HMPREF0424_0255 HMPREF0424_0256 rplC rplD TRUE 0.994 6.000 0.361 0.040 Y NA
 10326281 10326282 HMPREF0424_0256 HMPREF0424_0257 rplD rplW TRUE 0.994 6.000 0.513 1.000 Y NA
 10326282 10326283 HMPREF0424_0257 HMPREF0424_0258 rplW rplB TRUE 0.973 35.000 0.849 1.000 Y NA
 10326283 10782149 HMPREF0424_0258 HMPREF0424_0258a rplB   TRUE 0.994 16.000 0.820 0.053 Y NA
 10782149 10326284 HMPREF0424_0258a HMPREF0424_0259   rplV TRUE 0.993 17.000 0.769 0.053 Y NA
 10326284 10326285 HMPREF0424_0259 HMPREF0424_0260 rplV rpsC TRUE 0.997 3.000 0.719 0.053 Y NA
 10326285 10326286 HMPREF0424_0260 HMPREF0424_0261 rpsC rplP TRUE 0.996 5.000 0.828 0.053 Y NA
 10326286 10326287 HMPREF0424_0261 HMPREF0424_0262 rplP rpmC TRUE 0.997 0.000 0.802 0.040 Y NA
 10326287 10326288 HMPREF0424_0262 HMPREF0424_0263 rpmC rplX FALSE 0.081 730.000 0.000 0.040 Y NA
 10326288 10326289 HMPREF0424_0263 HMPREF0424_0264 rplX   TRUE 0.997 -3.000 0.758 0.040 Y NA
 10326289 10782150 HMPREF0424_0264 HMPREF0424_0264a     TRUE 0.996 2.000 0.496 0.040 Y NA
 10782150 10326290 HMPREF0424_0264a HMPREF0424_0265   rpsH TRUE 0.979 87.000 0.473 0.040 Y NA
 10326290 10326291 HMPREF0424_0265 HMPREF0424_0266 rpsH rplF TRUE 0.993 17.000 0.808 0.040 Y NA
 10326291 10326292 HMPREF0424_0266 HMPREF0424_0267 rplF rplR TRUE 0.997 2.000 0.815 0.040 Y NA
 10326292 10326293 HMPREF0424_0267 HMPREF0424_0268 rplR rpsE TRUE 0.988 24.000 0.814 0.053 Y NA
 10326293 10326294 HMPREF0424_0268 HMPREF0424_0269 rpsE rpmD TRUE 0.997 0.000 0.789 0.053 Y NA
 10326294 10326295 HMPREF0424_0269 HMPREF0424_0270 rpmD rplO TRUE 0.997 3.000 0.653 0.007 Y NA
 10326295 10326296 HMPREF0424_0270 HMPREF0424_0271 rplO secY TRUE 0.744 195.000 0.730 1.000 N NA
 10326296 10326297 HMPREF0424_0271 HMPREF0424_0272 secY   TRUE 0.857 29.000 0.057 1.000 N NA
 10326297 10326298 HMPREF0424_0272 HMPREF0424_0273   infA FALSE 0.190 143.000 0.000 NA   NA
 10326298 10326299 HMPREF0424_0273 HMPREF0424_0274 infA rpmJ TRUE 0.633 21.000 0.000 NA   NA
 10326299 10326300 HMPREF0424_0274 HMPREF0424_0275 rpmJ rpsM TRUE 0.657 145.000 0.194 0.040   NA
 10326300 10326301 HMPREF0424_0275 HMPREF0424_0276 rpsM rpsK TRUE 0.986 84.000 0.810 0.040 Y NA
 10326301 10326302 HMPREF0424_0276 HMPREF0424_0277 rpsK rpoA TRUE 0.947 80.000 0.308 1.000 N NA
 10326302 10326303 HMPREF0424_0277 HMPREF0424_0278 rpoA rplQ TRUE 0.973 78.000 0.873 1.000 N NA
 10326303 10326304 HMPREF0424_0278 HMPREF0424_0279 rplQ   FALSE 0.249 128.000 0.000 NA   NA
 10326304 10326305 HMPREF0424_0279 HMPREF0424_0280   truA FALSE 0.301 119.000 0.000 NA   NA
 10326305 10326306 HMPREF0424_0280 HMPREF0424_1364 truA   TRUE 0.518 91.000 0.000 NA   NA
 10326306 10326307 HMPREF0424_1364 HMPREF0424_0282     FALSE 0.449 32.000 0.000 NA   NA
 10326309 10326310 HMPREF0424_0284 HMPREF0424_0285 nusA infB FALSE 0.379 319.000 0.342 1.000 N NA
 10326310 10326311 HMPREF0424_0285 HMPREF0424_0286 infB rbfA TRUE 0.996 3.000 0.530 1.000 Y NA
 10326311 10326312 HMPREF0424_0286 HMPREF0424_0287 rbfA truB TRUE 0.950 49.000 0.318 1.000 Y NA
 10326312 10326313 HMPREF0424_0287 HMPREF0424_0288 truB   TRUE 0.828 62.000 0.019 1.000 N NA
 10326313 10326314 HMPREF0424_0288 HMPREF0424_0289     TRUE 0.517 112.000 0.000 NA N NA
 10326314 10326315 HMPREF0424_0289 HMPREF0424_0290     TRUE 0.874 55.000 0.147 NA N NA
 10326315 10326316 HMPREF0424_0290 HMPREF0424_0291     TRUE 0.940 80.000 0.250 NA N NA
 10326316 10326317 HMPREF0424_0291 HMPREF0424_0292     TRUE 0.861 43.000 0.182 1.000 N NA
 10326319 10326320 HMPREF0424_0294 HMPREF0424_0295     FALSE 0.020 499.000 0.000 NA   NA
 10326321 10326322 HMPREF0424_0296 HMPREF0424_0297 rpiA rnhA FALSE 0.137 347.000 0.014 1.000 N NA
 10326322 10326323 HMPREF0424_0297 HMPREF0424_0298 rnhA pgm TRUE 0.694 36.000 0.007 1.000 N NA
 10326323 10326324 HMPREF0424_0298 HMPREF0424_0299 pgm   TRUE 0.684 36.000 0.005 1.000 N NA
 10326325 10326326 HMPREF0424_0300 HMPREF0424_0301     TRUE 0.802 9.000 0.000 NA   NA
 10326326 10326327 HMPREF0424_0301 HMPREF0424_0302     TRUE 0.772 114.000 0.125 NA   NA
 10326327 10326328 HMPREF0424_0302 HMPREF0424_0303     FALSE 0.258 170.000 0.000 1.000 N NA
 10326328 10326329 HMPREF0424_0303 HMPREF0424_0304     TRUE 0.876 59.000 0.095 1.000 N NA
 10326331 10326332 HMPREF0424_0306 HMPREF0424_0307     FALSE 0.019 513.000 0.000 NA   NA
 10326332 10326333 HMPREF0424_0307 HMPREF0424_0308   rpsF FALSE 0.028 414.000 0.000 NA   NA
 10326333 10326334 HMPREF0424_0308 HMPREF0424_0309 rpsF   FALSE 0.432 151.000 0.007 1.000 N NA
 10326334 10326335 HMPREF0424_0309 HMPREF0424_0310   rpsR TRUE 0.507 136.000 0.007 1.000 N NA
 10326335 10326336 HMPREF0424_0310 HMPREF0424_0311 rpsR rplI TRUE 0.990 17.000 0.499 0.039 Y NA
 10326336 10326337 HMPREF0424_0311 HMPREF0424_0312 rplI mvk FALSE 0.092 280.000 0.000 1.000 N NA
 10326337 10326338 HMPREF0424_0312 HMPREF0424_0313 mvk mvaD TRUE 0.891 136.000 0.281 0.007 Y NA
 10326338 10326339 HMPREF0424_0313 HMPREF0424_0314 mvaD fni TRUE 0.893 10.000 0.000 0.007 N NA
 10326339 10326340 HMPREF0424_0314 HMPREF0424_0315 fni rpmB FALSE 0.379 129.000 0.000 1.000 N NA
 10326340 10326341 HMPREF0424_0315 HMPREF0424_0316 rpmB   FALSE 0.452 152.000 0.010 1.000 N NA
 10326341 10326342 HMPREF0424_0316 HMPREF0424_0317     FALSE 0.082 290.000 0.000 NA N NA
 10326342 10326343 HMPREF0424_0317 HMPREF0424_0318     FALSE 0.198 141.000 0.000 NA   NA
 10326343 10326344 HMPREF0424_0318 HMPREF0424_0319     FALSE 0.421 55.000 0.000 NA   NA
 10326344 10326345 HMPREF0424_0319 HMPREF0424_0320     TRUE 0.806 119.000 0.306 NA   NA
 10326345 10326346 HMPREF0424_0320 HMPREF0424_0321     FALSE 0.066 255.000 0.000 NA   NA
 10326347 10326348 HMPREF0424_0322 HMPREF0424_0323   trmD FALSE 0.027 418.000 0.000 NA   NA
 10326348 10326349 HMPREF0424_0323 HMPREF0424_0324 trmD rimM TRUE 0.965 42.000 0.672 1.000 Y NA
 10326349 10326350 HMPREF0424_0324 HMPREF0424_0325 rimM   TRUE 0.985 2.000 0.324 1.000   NA
 10326350 10326351 HMPREF0424_0325 HMPREF0424_0326   rpsP TRUE 0.985 3.000 0.385 1.000   NA
 10326351 10326352 HMPREF0424_0326 HMPREF0424_0327 rpsP   FALSE 0.316 117.000 0.000 NA   NA
 10326352 10326353 HMPREF0424_0327 HMPREF0424_0328   ffh TRUE 0.939 -3.000 0.005 NA   NA
 10326353 10326354 HMPREF0424_0328 HMPREF0424_0329 ffh cysS TRUE 0.706 108.000 0.003 1.000 N NA
 10326355 10326356 HMPREF0424_0330 HMPREF0424_0331     FALSE 0.228 235.000 0.034 NA   NA
 10326356 10326357 HMPREF0424_0331 HMPREF0424_0332   coaD TRUE 0.583 127.000 0.053 NA   NA
 10326357 10326358 HMPREF0424_0332 HMPREF0424_0333 coaD   TRUE 0.936 16.000 0.083 NA   NA
 10326358 10326359 HMPREF0424_0333 HMPREF0424_0334     TRUE 0.952 3.000 0.027 NA   NA
 10326359 10326360 HMPREF0424_0334 HMPREF0424_0335   rpmF TRUE 0.841 125.000 0.599 NA   NA
 10326361 10326362 HMPREF0424_0336 HMPREF0424_0337 rnc   FALSE 0.361 41.000 0.000 NA   NA
 10326363 10326364 HMPREF0424_0338 HMPREF0424_0339   rph TRUE 0.548 67.000 0.000 1.000   NA
 10326364 10326365 HMPREF0424_0339 HMPREF0424_0340 rph   TRUE 0.886 23.000 0.030 1.000 N NA
 10326366 10326367 HMPREF0424_1365 HMPREF0424_1366     TRUE 0.540 71.000 0.000 NA   NA
 10326368 10326369 HMPREF0424_0343 HMPREF0424_0345 pgi   FALSE 0.024 437.000 0.000 NA   NA
 10326369 10326370 HMPREF0424_0345 HMPREF0424_0346     FALSE 0.063 260.000 0.000 NA   NA
 10326370 10326371 HMPREF0424_0346 HMPREF0424_0347     TRUE 0.952 60.000 0.625 1.000 N NA
 10326371 10326372 HMPREF0424_0347 HMPREF0424_0348   rplS FALSE 0.123 248.000 0.000 1.000 N NA
 10326372 10326373 HMPREF0424_0348 HMPREF0424_0349 rplS lepB TRUE 0.786 30.000 0.009 1.000 N NA
 10326373 10326374 HMPREF0424_0349 HMPREF0424_0350 lepB rnhB TRUE 0.540 135.000 0.011 1.000 N NA
 10326374 10326375 HMPREF0424_0350 HMPREF0424_0351 rnhB   TRUE 0.922 14.000 0.003 1.000 N NA
 10326375 10326376 HMPREF0424_0351 HMPREF0424_0352     FALSE 0.062 270.000 0.000 1.000   NA
 10326376 10326377 HMPREF0424_0352 HMPREF0424_0353     FALSE 0.396 52.000 0.000 NA   NA
 10326378 10326379 HMPREF0424_0354 HMPREF0424_0355     FALSE 0.170 164.000 0.000 1.000   NA
 10326379 10326380 HMPREF0424_0355 HMPREF0424_0356   trxA TRUE 0.723 149.000 0.455 1.000   NA
 10326381 10326382 HMPREF0424_0357 HMPREF0424_1368 serS   FALSE 0.107 197.000 0.000 NA   NA
 10326385 10326386 HMPREF0424_0360 HMPREF0424_0362     TRUE 0.956 87.000 0.098 1.000 Y NA
 10326389 10326390 HMPREF0424_0365 HMPREF0424_0366     FALSE 0.385 143.000 0.010 NA   NA
 10326390 10326391 HMPREF0424_0366 HMPREF0424_0367     TRUE 0.860 39.000 0.346 NA   NA
 10326391 10326392 HMPREF0424_0367 HMPREF0424_0368     TRUE 0.996 3.000 0.615 1.000 Y NA
 10326392 10326393 HMPREF0424_0368 HMPREF0424_0369   rpsD FALSE 0.079 437.000 0.002 1.000 N NA
 10326393 10326394 HMPREF0424_0369 HMPREF0424_0370 rpsD   FALSE 0.449 32.000 0.000 NA   NA
 10326394 10326395 HMPREF0424_0370 HMPREF0424_0371     FALSE 0.386 48.000 0.000 NA   NA
 10326395 10326396 HMPREF0424_0371 HMPREF0424_0372     TRUE 0.616 151.000 0.208 NA   NA
 10326396 10326397 HMPREF0424_0372 HMPREF0424_0373     TRUE 0.981 0.000 0.208 NA   NA
 10326399 10326400 HMPREF0424_0375 HMPREF0424_0376 alaS   TRUE 0.854 55.000 0.103 1.000 N NA
 10326400 10326401 HMPREF0424_0376 HMPREF0424_0377     TRUE 0.694 46.000 0.039 NA   NA
 10326401 10326402 HMPREF0424_0377 HMPREF0424_0378     TRUE 0.619 173.000 0.265 NA   NA
 10326402 10326403 HMPREF0424_0378 HMPREF0424_0379   aroC TRUE 0.623 50.000 0.008 NA   NA
 10326403 10326404 HMPREF0424_0379 HMPREF0424_0380 aroC aroB TRUE 0.993 -3.000 0.110 0.005 Y NA
 10326404 10326405 HMPREF0424_0380 HMPREF0424_0381 aroB aroQ TRUE 0.967 20.000 0.052 0.005 Y NA
 10326405 10326406 HMPREF0424_0381 HMPREF0424_0382 aroQ pyrG TRUE 0.785 63.000 0.002 1.000 N NA
 10326406 10326407 HMPREF0424_0382 HMPREF0424_0383 pyrG sufB FALSE 0.260 213.000 0.003 1.000 N NA
 10326407 10326408 HMPREF0424_0383 HMPREF0424_0384 sufB sufD TRUE 0.995 0.000 0.266 0.003 Y NA
 10326408 10326409 HMPREF0424_0384 HMPREF0424_0385 sufD sufC TRUE 0.993 10.000 0.482 1.000 Y NA
 10326409 10326410 HMPREF0424_0385 HMPREF0424_0386 sufC sufS TRUE 0.909 77.000 0.093 1.000 N NA
 10326410 10326411 HMPREF0424_0386 HMPREF0424_0387 sufS   TRUE 0.935 87.000 0.249 1.000 N NA
 10326411 10326412 HMPREF0424_0387 HMPREF0424_0388     TRUE 0.840 33.000 0.152 NA   NA
 10326412 10326413 HMPREF0424_0388 HMPREF0424_0390     FALSE 0.390 49.000 0.000 NA   NA
 10326414 10326415 HMPREF0424_0389 HMPREF0424_0391     TRUE 0.990 0.000 0.643 NA   NA
 10326415 10326416 HMPREF0424_0391 HMPREF0424_1369     FALSE 0.093 210.000 0.000 NA   NA
 10326417 10326418 HMPREF0424_0393 HMPREF0424_0394 lysS   FALSE 0.268 156.000 0.000 1.000 N NA
 10326422 10326423 HMPREF0424_0398 HMPREF0424_0399     TRUE 0.828 114.000 0.273 NA   NA
 10326423 10326424 HMPREF0424_0399 HMPREF0424_0400     TRUE 0.762 142.000 0.318 NA N NA
 10326424 10326425 HMPREF0424_0400 HMPREF0424_0401     FALSE 0.025 422.000 0.000 NA   NA
 10326426 10326427 HMPREF0424_0402 HMPREF0424_0403     TRUE 0.650 93.000 0.000 1.000 N NA
 10326428 10326429 HMPREF0424_0404 HMPREF0424_0405 thyA folA TRUE 0.927 61.000 0.295 1.000 N NA
 10326429 10326430 HMPREF0424_0405 HMPREF0424_0406 folA   TRUE 0.738 47.000 0.015 1.000 N NA
 10326430 10326431 HMPREF0424_0406 HMPREF0424_0407     TRUE 0.757 15.000 0.000 NA   NA
 10326431 10326432 HMPREF0424_0407 HMPREF0424_0408     TRUE 0.527 66.000 0.000 NA   NA
 10326432 10326433 HMPREF0424_0408 HMPREF0424_0409     FALSE 0.458 209.000 0.214 NA   NA
 10326433 10326434 HMPREF0424_0409 HMPREF0424_0410     FALSE 0.237 130.000 0.000 NA   NA
 10326434 10326435 HMPREF0424_0410 HMPREF0424_0412     FALSE 0.023 443.000 0.000 NA   NA
 10326435 10326436 HMPREF0424_0412 HMPREF0424_0414     TRUE 0.881 55.000 0.326 NA   NA
 10326438 10326439 HMPREF0424_1371 HMPREF0424_0416     FALSE 0.153 174.000 0.000 NA   NA
 10326439 10326440 HMPREF0424_0416 HMPREF0424_0417     FALSE 0.155 172.000 0.000 NA   NA
 10326440 10326441 HMPREF0424_0417 HMPREF0424_0418     FALSE 0.025 428.000 0.000 NA   NA
 10326441 10326442 HMPREF0424_0418 HMPREF0424_0419     FALSE 0.366 43.000 0.000 NA   NA
 10326442 10326443 HMPREF0424_0419 HMPREF0424_0420     TRUE 0.502 62.000 0.000 NA   NA
 10326443 10326444 HMPREF0424_0420 HMPREF0424_0421     FALSE 0.377 46.000 0.000 NA   NA
 10326444 10326445 HMPREF0424_0421 HMPREF0424_0422     FALSE 0.366 43.000 0.000 NA   NA
 10326445 10326446 HMPREF0424_0422 HMPREF0424_0423     FALSE 0.012 903.000 0.000 NA   NA
 10326448 10326449 HMPREF0424_0425 HMPREF0424_0426     TRUE 0.869 -3.000 0.000 NA   NA
 10326449 10326450 HMPREF0424_0426 HMPREF0424_0427     TRUE 0.518 91.000 0.000 NA   NA
 10326450 10326451 HMPREF0424_0427 HMPREF0424_1372     FALSE 0.013 774.000 0.000 NA   NA
 10326451 10326452 HMPREF0424_1372 HMPREF0424_0429   xseA FALSE 0.459 58.000 0.000 NA   NA
 10326452 10326453 HMPREF0424_0429 HMPREF0424_0430 xseA xseB TRUE 0.894 49.000 0.412 0.002   NA
 10326453 10326454 HMPREF0424_0430 HMPREF0424_1373 xseB   FALSE 0.371 44.000 0.000 NA   NA
 10326454 10326455 HMPREF0424_1373 HMPREF0424_0432     FALSE 0.101 203.000 0.000 NA   NA
 10326455 10326456 HMPREF0424_0432 HMPREF0424_0433   ileS FALSE 0.059 347.000 0.000 NA N NA
 10326457 10326458 HMPREF0424_0434 HMPREF0424_0435     TRUE 0.961 -22.000 0.083 NA   NA
 10326459 10326460 HMPREF0424_0436 HMPREF0424_0437     TRUE 0.997 -3.000 0.667 0.043 Y NA
 10326460 10326461 HMPREF0424_0437 HMPREF0424_0438     TRUE 0.921 174.000 1.000 0.043 Y NA
 10326461 10326462 HMPREF0424_0438 HMPREF0424_0439     TRUE 0.989 7.000 0.833 1.000   NA
 10326462 10326463 HMPREF0424_0439 HMPREF0424_0440   murI TRUE 0.533 63.000 0.000 1.000   NA
 10326466 10326467 HMPREF0424_0443 HMPREF0424_0444     TRUE 0.851 64.000 0.084 NA   NA
 10326472 10326473 HMPREF0424_0449 HMPREF0424_0450   recO FALSE 0.449 32.000 0.000 NA   NA
 10326473 10326474 HMPREF0424_0450 HMPREF0424_0451 recO uppS TRUE 0.976 3.000 0.076 1.000 N NA
 10326475 10326476 HMPREF0424_0452 HMPREF0424_0453     TRUE 0.559 75.000 0.000 NA   NA
 10326477 10326478 HMPREF0424_0454 HMPREF0424_0455 glyS   TRUE 0.932 85.000 0.013 1.000 Y NA
 10326478 10326479 HMPREF0424_0455 HMPREF0424_0456   ftsZ FALSE 0.307 203.000 0.008 1.000 N NA
 10326479 10326480 HMPREF0424_0456 HMPREF0424_0457 ftsZ   TRUE 0.788 25.000 0.012 NA   NA
 10326480 10326481 HMPREF0424_0457 HMPREF0424_0458   trmB FALSE 0.161 159.000 0.000 NA   NA
 10326481 10326482 HMPREF0424_0458 HMPREF0424_1375 trmB   FALSE 0.406 108.000 0.000 NA   NA
 10326482 10326483 HMPREF0424_1375 HMPREF0424_0460     FALSE 0.144 181.000 0.000 NA   NA
 10326483 10326484 HMPREF0424_0460 HMPREF0424_1376     FALSE 0.344 114.000 0.000 NA   NA
 10326485 10326486 HMPREF0424_0462 HMPREF0424_0463     FALSE 0.090 286.000 0.000 1.000 N NA
 10326488 10326489 HMPREF0424_0465 HMPREF0424_0466     TRUE 0.777 36.000 0.104 1.000   NA
 10326489 10326490 HMPREF0424_0466 HMPREF0424_0467   murE TRUE 0.590 135.000 0.080 1.000   NA
 10326490 10326491 HMPREF0424_0467 HMPREF0424_0468 murE   TRUE 0.606 32.000 0.000 1.000 N NA
 10326493 10326494 HMPREF0424_0470 HMPREF0424_0471 ybaK   FALSE 0.358 179.000 0.016 1.000   NA
 10326494 10326495 HMPREF0424_0471 HMPREF0424_0473     FALSE 0.128 338.000 0.007 1.000 N NA
 10326496 10326497 HMPREF0424_0474 HMPREF0424_0475 asnB infC FALSE 0.140 231.000 0.000 1.000 N NA
 10326497 10326498 HMPREF0424_0475 HMPREF0424_0476 infC rpmI TRUE 0.988 -19.000 0.652 1.000   NA
 10326498 10326499 HMPREF0424_0476 HMPREF0424_0477 rpmI rplT TRUE 0.963 68.000 0.928 0.037   NA
 10326499 10326500 HMPREF0424_0477 HMPREF0424_0478 rplT xerD TRUE 0.775 95.000 0.006 1.000 N NA
 10326500 10326501 HMPREF0424_0478 HMPREF0424_0479 xerD   TRUE 0.798 49.000 0.058 1.000 N NA
 10326501 10326502 HMPREF0424_0479 HMPREF0424_0480   typA FALSE 0.204 191.000 0.000 1.000 N NA
 10326502 10326503 HMPREF0424_0480 HMPREF0424_0481 typA   TRUE 0.483 125.000 0.009 NA   NA
 10326503 10326504 HMPREF0424_0481 HMPREF0424_0482     TRUE 0.480 138.000 0.032 NA   NA
 10326504 10326505 HMPREF0424_0482 HMPREF0424_0483     TRUE 0.989 -6.000 0.054 1.000 Y NA
 10326507 10326508 HMPREF0424_0485 HMPREF0424_0486 xerC   FALSE 0.055 387.000 0.000 1.000 N NA
 10326508 10326509 HMPREF0424_0486 HMPREF0424_0487     FALSE 0.407 202.000 0.000 0.043 Y NA
 10326509 10326510 HMPREF0424_0487 HMPREF0424_0488     TRUE 0.995 13.000 0.811 0.043 Y NA
 10326510 10326511 HMPREF0424_0488 HMPREF0424_0489     TRUE 0.959 25.000 0.725 1.000   NA
 10326511 10326512 HMPREF0424_0489 HMPREF0424_0490     FALSE 0.325 180.000 0.010 1.000   NA
 10326512 10326513 HMPREF0424_0490 HMPREF0424_0491     FALSE 0.342 180.000 0.015 NA   NA
 10326513 10326514 HMPREF0424_0491 HMPREF0424_0492     TRUE 0.906 25.000 0.169 NA   NA
 10326514 10326515 HMPREF0424_0492 HMPREF0424_0493     TRUE 0.644 38.000 0.020 NA   NA
 10326515 10326516 HMPREF0424_0493 HMPREF0424_0494     FALSE 0.067 325.000 0.000 NA N NA
 10326516 10326517 HMPREF0424_0494 HMPREF0424_0495     TRUE 0.854 -10.000 0.000 NA   NA
 10326517 10326518 HMPREF0424_0495 HMPREF0424_0496     FALSE 0.019 541.000 0.000 NA   NA
 10326518 10326519 HMPREF0424_0496 HMPREF0424_0497     TRUE 0.548 72.000 0.000 NA   NA
 10326519 10326520 HMPREF0424_0497 HMPREF0424_0498     FALSE 0.023 481.000 0.000 1.000   NA
 10326520 10326521 HMPREF0424_0498 HMPREF0424_0499     TRUE 0.602 99.000 0.000 NA N NA
 10326521 10326522 HMPREF0424_0499 HMPREF0424_0500     FALSE 0.014 739.000 0.000 NA   NA
 10326522 10326523 HMPREF0424_0500 HMPREF0424_0501     TRUE 0.869 -3.000 0.000 NA   NA
 10326523 10326524 HMPREF0424_0501 HMPREF0424_0502     FALSE 0.051 280.000 0.000 NA   NA
 10326524 10326525 HMPREF0424_0502 HMPREF0424_0503     TRUE 0.782 13.000 0.000 NA   NA
 10326525 10326526 HMPREF0424_0503 HMPREF0424_0504     FALSE 0.125 188.000 0.000 NA   NA
 10326526 10326527 HMPREF0424_0504 HMPREF0424_0505     TRUE 0.774 35.000 0.000 NA Y NA
 10326527 10326528 HMPREF0424_0505 HMPREF0424_0506     TRUE 0.518 91.000 0.000 NA   NA
 10326528 10326529 HMPREF0424_0506 HMPREF0424_0507     TRUE 0.869 -3.000 0.000 NA   NA
 10326529 10326530 HMPREF0424_0507 HMPREF0424_0508     TRUE 0.860 -7.000 0.000 NA   NA
 10326532 10326533 HMPREF0424_0510 HMPREF0424_0511     FALSE 0.012 1289.000 0.000 NA   NA
 10326535 10326536 HMPREF0424_0513 HMPREF0424_0514     FALSE 0.364 37.000 0.000 NA   NA
 10326536 10326537 HMPREF0424_0514 HMPREF0424_0515     TRUE 0.613 22.000 0.000 NA   NA
 10326538 10326539 HMPREF0424_0516 HMPREF0424_0517     TRUE 0.982 -3.000 0.217 NA   NA
 10326540 10326541 HMPREF0424_0518 HMPREF0424_0519     TRUE 0.819 6.000 0.000 NA   NA
 10326541 10326542 HMPREF0424_0519 HMPREF0424_0520     FALSE 0.044 302.000 0.000 NA   NA
 10326542 10326543 HMPREF0424_0520 HMPREF0424_0521     FALSE 0.043 304.000 0.000 NA   NA
 10326543 10326544 HMPREF0424_0521 HMPREF0424_0522     FALSE 0.060 266.000 0.000 NA   NA
 10326544 10326545 HMPREF0424_0522 HMPREF0424_0523     FALSE 0.028 415.000 0.000 NA   NA
 10326545 10326546 HMPREF0424_0523 HMPREF0424_0524     TRUE 0.983 11.000 0.611 NA   NA
 10326546 10326547 HMPREF0424_0524 HMPREF0424_0525     TRUE 0.984 -3.000 0.273 NA   NA
 10326547 10326548 HMPREF0424_0525 HMPREF0424_0526     FALSE 0.156 169.000 0.000 NA   NA
 10326548 10326549 HMPREF0424_0526 HMPREF0424_0527     FALSE 0.014 730.000 0.000 NA   NA
 10326549 10326550 HMPREF0424_0527 HMPREF0424_0528     TRUE 0.555 74.000 0.000 NA   NA
 10326550 10326551 HMPREF0424_0528 HMPREF0424_0529     TRUE 0.661 20.000 0.000 NA   NA
 10326551 10326552 HMPREF0424_0529 HMPREF0424_0530     FALSE 0.019 548.000 0.000 NA   NA
 10326552 10326553 HMPREF0424_0530 HMPREF0424_0531     FALSE 0.058 270.000 0.000 NA   NA
 10326553 10326554 HMPREF0424_0531 HMPREF0424_0532     FALSE 0.025 430.000 0.000 NA   NA
 10326554 10326555 HMPREF0424_0532 HMPREF0424_0533     FALSE 0.020 504.000 0.000 NA   NA
 10326555 10326556 HMPREF0424_0533 HMPREF0424_0534     TRUE 0.859 27.000 0.077 0.063   NA
 10326556 10326557 HMPREF0424_0534 HMPREF0424_0535   dcm_2 TRUE 0.991 1.000 0.077 0.003 Y NA
 10326557 10326558 HMPREF0424_0535 HMPREF0424_0536 dcm_2   TRUE 0.921 -7.000 0.000 1.000 N NA
 10326558 10326559 HMPREF0424_0536 HMPREF0424_0537     TRUE 0.979 14.000 0.552 NA   NA
 10326561 10326562 HMPREF0424_0539 HMPREF0424_0540     FALSE 0.020 502.000 0.000 NA   NA
 10326562 10326563 HMPREF0424_0540 HMPREF0424_0541     TRUE 0.782 13.000 0.000 NA   NA
 10326563 10326564 HMPREF0424_0541 HMPREF0424_0542     FALSE 0.082 224.000 0.000 NA   NA
 10326564 10326565 HMPREF0424_0542 HMPREF0424_0543     FALSE 0.016 683.000 0.000 NA   NA
 10326565 10326566 HMPREF0424_0543 HMPREF0424_0544     TRUE 0.599 23.000 0.000 NA   NA
 10326566 10326567 HMPREF0424_0544 HMPREF0424_0545     FALSE 0.137 183.000 0.000 NA   NA
 10326567 10326568 HMPREF0424_0545 HMPREF0424_0546     FALSE 0.265 125.000 0.000 NA   NA
 10326568 10326569 HMPREF0424_0546 HMPREF0424_0547     FALSE 0.161 158.000 0.000 NA   NA
 10326570 10326571 HMPREF0424_0548 HMPREF0424_0549   cysK FALSE 0.249 128.000 0.000 NA   NA
 10326572 10326573 HMPREF0424_0550 HMPREF0424_0551     FALSE 0.186 147.000 0.000 1.000   NA
 10326573 10326574 HMPREF0424_0551 HMPREF0424_0552     FALSE 0.127 243.000 0.000 1.000 N NA
 10326574 10326575 HMPREF0424_0552 HMPREF0424_0553     FALSE 0.056 271.000 0.000 NA   NA
 10326575 10326576 HMPREF0424_0553 HMPREF0424_0554     TRUE 0.529 27.000 0.000 NA   NA
 10326576 10326577 HMPREF0424_0554 HMPREF0424_0555     TRUE 0.889 81.000 0.111 NA   NA
 10326577 10326578 HMPREF0424_0555 HMPREF0424_0556     FALSE 0.119 191.000 0.000 NA   NA
 10326578 10326579 HMPREF0424_0556 HMPREF0424_0557     TRUE 0.869 -3.000 0.000 NA   NA
 10326581 10326582 HMPREF0424_0559 HMPREF0424_0560     TRUE 0.854 -10.000 0.000 NA   NA
 10326583 10326584 HMPREF0424_0561 HMPREF0424_0562     FALSE 0.155 187.000 0.000 0.015   NA
 10326587 10326588 HMPREF0424_0565 HMPREF0424_0566     FALSE 0.032 375.000 0.000 NA   NA
 10326588 10326589 HMPREF0424_0566 HMPREF0424_0567     FALSE 0.155 172.000 0.000 NA   NA
 10326589 10326590 HMPREF0424_0567 HMPREF0424_0568     TRUE 0.973 -10.000 0.119 NA   NA
 10326590 10326591 HMPREF0424_0568 HMPREF0424_0569     TRUE 0.649 29.000 0.000 1.000 N NA
 10326591 10326592 HMPREF0424_0569 HMPREF0424_0570     FALSE 0.297 281.000 0.189 1.000   NA
 10326592 10326593 HMPREF0424_0570 HMPREF0424_0571     TRUE 0.911 72.000 0.216 1.000   NA
 10326595 10326596 HMPREF0424_0573 HMPREF0424_0574 lysM   FALSE 0.364 37.000 0.000 NA   NA
 10326596 10326597 HMPREF0424_0574 HMPREF0424_0575   nrdR TRUE 0.540 71.000 0.000 NA   NA
 10326599 10326600 HMPREF0424_0577 HMPREF0424_0578     TRUE 0.753 131.000 0.333 NA   NA
 10326603 10326604 HMPREF0424_0581 HMPREF0424_0582 hrpA   TRUE 0.845 63.000 0.027 1.000 N NA
 10326605 10326606 HMPREF0424_0583 HMPREF0424_0584 hflX   FALSE 0.385 144.000 0.009 1.000   NA
 10326606 10326607 HMPREF0424_0584 HMPREF0424_0585     FALSE 0.397 126.000 0.000 1.000 N NA
 10326607 10326608 HMPREF0424_0585 HMPREF0424_0586   whiB TRUE 0.507 187.000 0.136 1.000   NA
 10326609 10326610 HMPREF0424_0587 HMPREF0424_0588     FALSE 0.075 236.000 0.000 NA   NA
 10326610 10326611 HMPREF0424_0588 HMPREF0424_0589     TRUE 0.908 105.000 0.048 NA Y NA
 10326612 10326613 HMPREF0424_0590 HMPREF0424_0591     TRUE 0.988 -13.000 0.606 NA   NA
 10326615 10326616 HMPREF0424_0593 HMPREF0424_0595     TRUE 0.848 92.000 0.087 1.000   NA
 10326617 10326618 HMPREF0424_0594 HMPREF0424_0596     TRUE 0.985 88.000 0.842 1.000 Y NA
 10326618 10326619 HMPREF0424_0596 HMPREF0424_0597   glgB TRUE 0.942 17.000 0.065 1.000 N NA
 10326622 10326623 HMPREF0424_0600 HMPREF0424_0601   rpsA TRUE 0.529 147.000 0.034 1.000 N NA
 10326623 10326624 HMPREF0424_0601 HMPREF0424_0602 rpsA   FALSE 0.068 251.000 0.000 NA   NA
 10326624 10326625 HMPREF0424_0602 HMPREF0424_0603     TRUE 0.540 71.000 0.000 NA   NA
 10326625 10326626 HMPREF0424_0603 HMPREF0424_0604     FALSE 0.084 221.000 0.000 NA   NA
 10326626 10326627 HMPREF0424_0604 HMPREF0424_0605   coaE TRUE 0.535 70.000 0.000 NA   NA
 10326627 10326628 HMPREF0424_0605 HMPREF0424_0606 coaE uvrB TRUE 0.898 21.000 0.026 1.000 N NA
 10326628 10326629 HMPREF0424_0606 HMPREF0424_0607 uvrB pyk FALSE 0.133 236.000 0.000 1.000 N NA
 10326629 10326630 HMPREF0424_0607 HMPREF0424_1377 pyk   FALSE 0.078 233.000 0.000 NA   NA
 10326630 10326631 HMPREF0424_1377 HMPREF0424_0609     FALSE 0.209 137.000 0.000 NA   NA
 10326631 10326632 HMPREF0424_0609 HMPREF0424_0610   pulA_1 FALSE 0.292 260.000 0.000 0.012 Y NA
 10326632 10326633 HMPREF0424_0610 HMPREF0424_0611 pulA_1   FALSE 0.016 670.000 0.000 NA   NA
 10326633 10326634 HMPREF0424_0611 HMPREF0424_0612     TRUE 0.532 144.000 0.080 NA   NA
 10326634 10326635 HMPREF0424_0612 HMPREF0424_0613     FALSE 0.401 220.000 0.160 NA   NA
 10326635 10326636 HMPREF0424_0613 HMPREF0424_0614     TRUE 0.877 60.000 0.167 1.000   NA
 10326636 10326637 HMPREF0424_0614 HMPREF0424_0615   menA TRUE 0.579 55.000 0.000 1.000 N NA
 10326637 10326638 HMPREF0424_0615 HMPREF0424_0616 menA   FALSE 0.100 272.000 0.000 1.000 N NA
 10326638 10326639 HMPREF0424_0616 HMPREF0424_0617   polA TRUE 0.855 79.000 0.013 1.000 N NA
 10326639 10326640 HMPREF0424_0617 HMPREF0424_0618 polA   TRUE 0.810 22.000 0.010 NA   NA
 10326640 10326641 HMPREF0424_0618 HMPREF0424_0619   glgX TRUE 0.571 82.000 0.000 NA   NA
 10326643 10326644 HMPREF0424_1378 HMPREF0424_0622   aroA TRUE 0.475 59.000 0.000 NA   NA
 10326645 10326646 HMPREF0424_0623 HMPREF0424_0624 ackA pta TRUE 0.845 152.000 0.271 1.000 Y NA
 10326646 10326647 HMPREF0424_0624 HMPREF0424_0625 pta xfp FALSE 0.342 288.000 0.136 0.036 N NA
 10326648 10326649 HMPREF0424_0626 HMPREF0424_0627 guaA   FALSE 0.017 587.000 0.000 NA   NA
 10326649 10326650 HMPREF0424_0627 HMPREF0424_0628     FALSE 0.099 204.000 0.000 NA   NA
 10326650 10326651 HMPREF0424_0628 HMPREF0424_0629     TRUE 0.965 20.000 0.333 1.000 N NA
 10326652 10326653 HMPREF0424_0630 HMPREF0424_0631     TRUE 0.822 -76.000 0.000 NA   NA
 10326653 10326654 HMPREF0424_0631 HMPREF0424_0632     FALSE 0.036 342.000 0.000 NA   NA
 10326655 10326656 HMPREF0424_0633 HMPREF0424_0634   ubiC FALSE 0.096 215.000 0.000 1.000   NA
 10326657 10326658 HMPREF0424_1379 HMPREF0424_0636     FALSE 0.331 115.000 0.000 NA   NA
 10326658 10326659 HMPREF0424_0636 HMPREF0424_0637   dprA TRUE 0.662 41.000 0.002 1.000 N NA
 10326659 10326660 HMPREF0424_0637 HMPREF0424_0638 dprA   TRUE 0.966 -3.000 0.011 1.000 N NA
 10326660 10326661 HMPREF0424_0638 HMPREF0424_0639     TRUE 0.967 0.000 0.013 1.000 N NA
 10326662 10326663 HMPREF0424_0640 HMPREF0424_0641     FALSE 0.103 270.000 0.000 1.000 N NA
 10326663 10326664 HMPREF0424_0641 HMPREF0424_0642     TRUE 0.979 18.000 0.606 1.000 N NA
 10326664 10326665 HMPREF0424_0642 HMPREF0424_0643     FALSE 0.030 386.000 0.000 NA   NA
 10326666 10326667 HMPREF0424_0644 HMPREF0424_0645     TRUE 0.991 13.000 0.323 0.009 Y NA
 10326668 10326669 HMPREF0424_0646 HMPREF0424_0647   proC TRUE 0.572 127.000 0.041 1.000   NA
 10326669 10326670 HMPREF0424_0647 HMPREF0424_0648 proC ychF TRUE 0.728 55.000 0.006 1.000 N NA
 10326670 10326671 HMPREF0424_0648 HMPREF0424_0649 ychF   FALSE 0.175 147.000 0.000 NA   NA
 10326673 10326674 HMPREF0424_0651 HMPREF0424_0652     FALSE 0.037 339.000 0.000 NA   NA
 10326674 10326675 HMPREF0424_0652 HMPREF0424_0653     FALSE 0.042 322.000 0.000 1.000   NA
 10326677 10326678 HMPREF0424_0655 HMPREF0424_0656   pth FALSE 0.310 140.000 0.000 NA N NA
 10326678 10326679 HMPREF0424_0656 HMPREF0424_0657 pth mfd TRUE 0.982 -10.000 0.137 1.000 N NA
 10326680 10326681 HMPREF0424_0658 HMPREF0424_0659     TRUE 0.810 151.000 0.136 1.000 Y NA
 10326681 10326682 HMPREF0424_0659 HMPREF0424_0660     TRUE 0.812 155.000 0.136 0.040 Y NA
 10326683 10326684 HMPREF0424_0662 HMPREF0424_0663 eno   FALSE 0.177 211.000 0.000 0.008 N NA
 10326684 10326685 HMPREF0424_0663 HMPREF0424_0664   folK FALSE 0.110 262.000 0.000 1.000 N NA
 10326685 10326686 HMPREF0424_0664 HMPREF0424_0665 folK folP TRUE 0.831 56.000 0.000 0.005 Y NA
 10326686 10326687 HMPREF0424_0665 HMPREF0424_0666 folP   FALSE 0.124 192.000 0.000 1.000   NA
 10326687 10326688 HMPREF0424_0666 HMPREF0424_0667     TRUE 0.571 82.000 0.000 NA   NA
 10326688 10326689 HMPREF0424_0667 HMPREF0424_1381     FALSE 0.366 43.000 0.000 NA   NA
 10326689 10326690 HMPREF0424_1381 HMPREF0424_0669     FALSE 0.078 232.000 0.000 NA   NA
 10326690 10326691 HMPREF0424_0669 HMPREF0424_0670     TRUE 0.515 113.000 0.000 1.000 N NA
 10326691 10326692 HMPREF0424_0670 HMPREF0424_0671   pheS TRUE 0.985 -16.000 0.026 1.000 Y NA
 10326692 10326693 HMPREF0424_0671 HMPREF0424_0672 pheS pheT TRUE 0.995 6.000 0.574 0.002 Y NA
 10326693 10326694 HMPREF0424_0672 HMPREF0424_0673 pheT   FALSE 0.191 194.000 0.000 1.000 N NA
 10326694 10326695 HMPREF0424_0673 HMPREF0424_0674   argG FALSE 0.254 277.000 0.054 1.000 N NA
 10326695 10326696 HMPREF0424_0674 HMPREF0424_0675 argG argH TRUE 0.942 37.000 0.278 1.000 Y NA
 10326696 10326697 HMPREF0424_0675 HMPREF0424_0676 argH tyrS FALSE 0.403 167.000 0.004 1.000 N NA
 10326697 10326698 HMPREF0424_0676 HMPREF0424_0677 tyrS   FALSE 0.440 153.000 0.042 1.000   NA
 10326698 10326699 HMPREF0424_0677 HMPREF0424_0678     TRUE 0.750 145.000 0.500 1.000   NA
 10326699 10326700 HMPREF0424_0678 HMPREF0424_0679   rrmJ TRUE 0.969 -3.000 0.019 1.000 N NA
 10326700 10326701 HMPREF0424_0679 HMPREF0424_0680 rrmJ   TRUE 0.905 91.000 0.120 1.000 N NA
 10326701 10326702 HMPREF0424_0680 HMPREF0424_0681   recN TRUE 0.850 55.000 0.094 1.000 N NA
 10326702 10326703 HMPREF0424_0681 HMPREF0424_0682 recN   TRUE 0.941 -16.000 0.012 1.000   NA
 10326705 10326706 HMPREF0424_0684 HMPREF0424_0685 raiA secA TRUE 0.516 188.000 0.094 NA N NA
 10326708 10326709 HMPREF0424_0687 HMPREF0424_0688     TRUE 0.832 -21.000 0.000 NA   NA
 10326710 10326711 HMPREF0424_0689 HMPREF0424_0690     TRUE 0.872 98.000 0.096 1.000 N NA
 10326712 10326713 HMPREF0424_0691 HMPREF0424_0692   rpoD TRUE 0.533 130.000 0.037 NA   NA
 10326713 10326714 HMPREF0424_0692 HMPREF0424_0693 rpoD   TRUE 0.865 107.000 0.122 1.000 N NA
 10326714 10326715 HMPREF0424_0693 HMPREF0424_0694     FALSE 0.452 117.000 0.000 NA N NA
 10326715 10326716 HMPREF0424_0694 HMPREF0424_0695     FALSE 0.166 152.000 0.000 NA   NA
 10326716 10326717 HMPREF0424_0695 HMPREF0424_0696     TRUE 0.869 -3.000 0.000 NA   NA
 10326717 10326718 HMPREF0424_0696 HMPREF0424_0697     TRUE 0.973 7.000 0.222 NA   NA
 10326718 10326719 HMPREF0424_0697 HMPREF0424_0698     FALSE 0.290 121.000 0.000 NA   NA
 10326723 10326724 HMPREF0424_0702 HMPREF0424_0703   dut TRUE 0.947 1.000 0.012 NA   NA
 10326724 10326725 HMPREF0424_0703 HMPREF0424_0704 dut relA TRUE 0.632 123.000 0.012 1.000 N NA
 10326726 10326727 HMPREF0424_0705 HMPREF0424_0706 hup   TRUE 0.461 206.000 0.196 NA   NA
 10326727 10326728 HMPREF0424_0706 HMPREF0424_0707   purB TRUE 0.878 16.000 0.008 NA   NA
 10326728 10326729 HMPREF0424_0707 HMPREF0424_0708 purB   TRUE 0.514 63.000 0.000 NA   NA
 10326729 10326730 HMPREF0424_0708 HMPREF0424_0709     FALSE 0.044 301.000 0.000 NA   NA
 10326730 10326731 HMPREF0424_0709 HMPREF0424_0710     TRUE 0.969 -3.000 0.074 NA   NA
 10326731 10326732 HMPREF0424_0710 HMPREF0424_0711     TRUE 0.967 -3.000 0.066 NA   NA
 10326732 10326733 HMPREF0424_0711 HMPREF0424_0712     TRUE 0.991 0.000 0.700 NA   NA
 10326733 10326734 HMPREF0424_0712 HMPREF0424_0713     TRUE 0.990 2.000 0.692 NA   NA
 10326734 10326735 HMPREF0424_0713 HMPREF0424_0714     TRUE 0.986 -3.000 0.345 NA   NA
 10326735 10326736 HMPREF0424_0714 HMPREF0424_0715   ung TRUE 0.894 82.000 0.113 1.000   NA
 10326737 10326738 HMPREF0424_0716 HMPREF0424_0717   groL FALSE 0.103 201.000 0.000 NA   NA
 10326740 10326741 HMPREF0424_0719 HMPREF0424_0720     TRUE 0.898 79.000 0.132 NA   NA
 10326741 10326742 HMPREF0424_0720 HMPREF0424_0721     TRUE 0.997 3.000 0.824 1.000 Y NA
 10326742 10326743 HMPREF0424_0721 HMPREF0424_0722     TRUE 0.517 192.000 0.107 1.000 N NA
 10326743 10326744 HMPREF0424_0722 HMPREF0424_0723     TRUE 0.985 0.000 0.317 NA   NA
 10326744 10326745 HMPREF0424_0723 HMPREF0424_0724   clpC FALSE 0.166 152.000 0.000 NA   NA
 10326746 10326747 HMPREF0424_0725 HMPREF0424_0726     TRUE 0.529 27.000 0.000 NA   NA
 10326747 10326748 HMPREF0424_0726 HMPREF0424_0727     FALSE 0.042 308.000 0.000 NA   NA
 10326749 10326750 HMPREF0424_0728 HMPREF0424_0729     TRUE 0.529 27.000 0.000 NA   NA
 10326750 10326751 HMPREF0424_0729 HMPREF0424_0730     FALSE 0.014 762.000 0.000 NA   NA
 10326751 10326752 HMPREF0424_0730 HMPREF0424_0731     FALSE 0.244 129.000 0.000 NA   NA
 10326752 10326753 HMPREF0424_0731 HMPREF0424_0732     FALSE 0.015 769.000 0.000 1.000   NA
 10326753 10326754 HMPREF0424_0732 HMPREF0424_0733     FALSE 0.019 704.000 0.000 0.015   NA
 10326754 10326755 HMPREF0424_0733 HMPREF0424_0734     TRUE 0.684 72.000 0.000 NA N NA
 10326755 10326756 HMPREF0424_0734 HMPREF0424_0735     FALSE 0.017 597.000 0.000 NA   NA
 10326756 10326757 HMPREF0424_0735 HMPREF0424_0736     TRUE 0.796 10.000 0.000 NA   NA
 10326757 10326758 HMPREF0424_0736 HMPREF0424_0737     FALSE 0.021 465.000 0.000 NA   NA
 10326758 10326759 HMPREF0424_0737 HMPREF0424_0738     FALSE 0.105 199.000 0.000 NA   NA
 10326759 10326760 HMPREF0424_0738 HMPREF0424_0739     FALSE 0.044 300.000 0.000 NA   NA
 10326762 10326763 HMPREF0424_0741 HMPREF0424_0742     FALSE 0.022 458.000 0.000 NA   NA
 10326763 10326764 HMPREF0424_0742 HMPREF0424_0743     FALSE 0.160 164.000 0.000 NA   NA
 10326764 10326765 HMPREF0424_0743 HMPREF0424_0744     TRUE 0.535 70.000 0.000 NA   NA
 10326765 10326766 HMPREF0424_0744 HMPREF0424_0745     FALSE 0.061 262.000 0.000 NA   NA
 10326767 10326768 HMPREF0424_0746 HMPREF0424_0747     TRUE 0.979 -3.000 0.154 NA   NA
 10326769 10326770 HMPREF0424_0748 HMPREF0424_0749     FALSE 0.013 886.000 0.000 NA   NA
 10326770 10326771 HMPREF0424_0749 HMPREF0424_0750     TRUE 0.969 -22.000 0.125 NA   NA
 10326771 10326772 HMPREF0424_0750 HMPREF0424_0751     TRUE 0.770 14.000 0.000 NA   NA
 10326772 10326773 HMPREF0424_0751 HMPREF0424_0752     TRUE 0.948 19.000 0.235 NA   NA
 10326773 10326774 HMPREF0424_0752 HMPREF0424_0753     FALSE 0.151 177.000 0.000 NA   NA
 10326776 10326777 HMPREF0424_0755 HMPREF0424_0756     TRUE 0.527 66.000 0.000 NA   NA
 10326777 10326778 HMPREF0424_0756 HMPREF0424_0757     FALSE 0.093 210.000 0.000 NA   NA
 10326778 10326779 HMPREF0424_0757 HMPREF0424_0758     FALSE 0.159 165.000 0.000 NA   NA
 10326779 10326780 HMPREF0424_0758 HMPREF0424_0759   cas3 FALSE 0.018 557.000 0.000 NA   NA
 10326780 10326781 HMPREF0424_0759 HMPREF0424_0760 cas3 casA TRUE 0.979 -3.000 0.147 NA   NA
 10326781 10326782 HMPREF0424_0760 HMPREF0424_0761 casA casB TRUE 0.905 22.000 0.112 NA   NA
 10326782 10326783 HMPREF0424_0761 HMPREF0424_0762 casB casC TRUE 0.904 88.000 0.216 NA   NA
 10326783 10326784 HMPREF0424_0762 HMPREF0424_0763 casC casD TRUE 0.899 59.000 0.318 NA   NA
 10326784 10326785 HMPREF0424_0763 HMPREF0424_0764 casD casE TRUE 0.987 1.000 0.444 NA   NA
 10326785 10326786 HMPREF0424_0764 HMPREF0424_0765 casE cas2 TRUE 0.896 36.000 0.589 NA   NA
 10326786 10326787 HMPREF0424_0765 HMPREF0424_0766 cas2 cas1 TRUE 0.987 2.000 0.036 NA Y NA
 10326789 10326790 HMPREF0424_1383 HMPREF0424_1384     TRUE 0.544 26.000 0.000 NA   NA
 10326790 10326791 HMPREF0424_1384 HMPREF0424_1385     TRUE 0.510 28.000 0.000 NA   NA
 10326791 10326792 HMPREF0424_1385 HMPREF0424_1386     FALSE 0.360 40.000 0.000 NA   NA
 10326792 10326793 HMPREF0424_1386 HMPREF0424_0773     FALSE 0.020 494.000 0.000 NA   NA
 10326793 10326794 HMPREF0424_0773 HMPREF0424_0774   ncs FALSE 0.076 310.000 0.000 1.000 N NA
 10326794 10326795 HMPREF0424_0774 HMPREF0424_0775 ncs allB TRUE 0.991 2.000 0.097 1.000 Y NA
 10326795 10326796 HMPREF0424_0775 HMPREF0424_0776 allB thiS_1 TRUE 0.647 61.000 0.000 1.000 N NA
 10326796 10326797 HMPREF0424_0776 HMPREF0424_0777 thiS_1 thiF TRUE 0.995 1.000 0.346 1.000 Y NA
 10326797 10326798 HMPREF0424_0777 HMPREF0424_0778 thiF thiG_1 TRUE 0.986 -22.000 0.054 1.000 Y NA
 10326798 10326799 HMPREF0424_0778 HMPREF0424_1388 thiG_1   FALSE 0.185 144.000 0.000 NA   NA
 10326799 10326800 HMPREF0424_1388 HMPREF0424_0780     FALSE 0.113 193.000 0.000 NA   NA
 10326800 10326801 HMPREF0424_0780 HMPREF0424_0781   ligA FALSE 0.439 134.000 0.010 1.000   NA
 10326801 10326802 HMPREF0424_0781 HMPREF0424_0782 ligA   TRUE 0.950 4.000 0.006 1.000 N NA
 10326804 10326805 HMPREF0424_0784 HMPREF0424_0785 hisS aspS TRUE 0.926 92.000 0.020 0.044 Y NA
 10326805 10326806 HMPREF0424_0785 HMPREF0424_0786 aspS   FALSE 0.286 147.000 0.000 1.000 N NA
 10326806 10326807 HMPREF0424_0786 HMPREF0424_0787     TRUE 0.970 71.000 0.276 1.000 Y NA
 10326807 10326808 HMPREF0424_0787 HMPREF0424_0788     TRUE 0.995 2.000 0.370 0.036 Y NA
 10326808 10326809 HMPREF0424_0788 HMPREF0424_0789     TRUE 0.996 6.000 0.674 0.009 Y NA
 10326809 10326810 HMPREF0424_0789 HMPREF0424_0790     FALSE 0.163 210.000 0.000 1.000 N NA
 10326810 10326811 HMPREF0424_0790 HMPREF0424_0791     FALSE 0.369 293.000 0.265 NA N NA
 10326811 10326812 HMPREF0424_0791 HMPREF0424_0792     TRUE 0.992 3.000 1.000 NA   NA
 10326812 10326813 HMPREF0424_0792 HMPREF0424_0793     TRUE 0.866 28.000 0.116 NA   NA
 10326813 10326814 HMPREF0424_0793 HMPREF0424_0794     TRUE 0.792 110.000 0.105 NA   NA
 10326814 10326815 HMPREF0424_0794 HMPREF0424_0795     TRUE 0.960 -7.000 0.047 NA   NA
 10326816 10326817 HMPREF0424_0796 HMPREF0424_0797     TRUE 0.826 5.000 0.000 NA   NA
 10326817 10326818 HMPREF0424_0797 HMPREF0424_0798     TRUE 0.971 -22.000 0.081 NA N NA
 10326818 10326819 HMPREF0424_0798 HMPREF0424_0799     TRUE 0.944 19.000 0.192 NA   NA
 10326819 10326820 HMPREF0424_0799 HMPREF0424_0800     TRUE 0.983 4.000 0.409 NA   NA
 10326820 10326821 HMPREF0424_0800 HMPREF0424_0801     TRUE 0.985 3.000 0.409 NA   NA
 10326821 10326822 HMPREF0424_0801 HMPREF0424_0802     TRUE 0.923 20.000 0.114 NA   NA
 10326822 10326823 HMPREF0424_0802 HMPREF0424_0803   rpe FALSE 0.405 125.000 0.000 1.000 N NA
 10326823 10326824 HMPREF0424_0803 HMPREF0424_0804 rpe lgt TRUE 0.919 80.000 0.111 1.000 N NA
 10326824 10326825 HMPREF0424_0804 HMPREF0424_0805 lgt cdsA TRUE 0.543 43.000 0.000 0.071 N NA
 10326825 10326826 HMPREF0424_0805 HMPREF0424_0806 cdsA frr TRUE 0.827 34.000 0.076 1.000 N NA
 10326826 10326827 HMPREF0424_0806 HMPREF0424_0807 frr pyrH TRUE 0.976 20.000 0.626 1.000 N NA
 10326827 10326828 HMPREF0424_0807 HMPREF0424_0808 pyrH tsf TRUE 0.743 176.000 0.416 1.000 N NA
 10326828 10326829 HMPREF0424_0808 HMPREF0424_0809 tsf rpsB TRUE 0.976 101.000 0.748 1.000 Y NA
 10326831 10326832 HMPREF0424_0811 HMPREF0424_0812 def_1   TRUE 0.943 66.000 0.345 1.000 N NA
 10326832 10326833 HMPREF0424_0812 HMPREF0424_0813     TRUE 0.467 288.000 0.700 NA   NA
 10326833 10326834 HMPREF0424_0813 HMPREF0424_0814     FALSE 0.111 367.000 0.038 NA   NA
 10326834 10326835 HMPREF0424_0814 HMPREF0424_0815   uvrC TRUE 0.549 68.000 0.000 1.000   NA
 10326835 10326836 HMPREF0424_0815 HMPREF0424_0816 uvrC uvrA TRUE 0.919 103.000 0.043 0.003 Y NA
 10326837 10326838 HMPREF0424_0817 HMPREF0424_0818     FALSE 0.381 47.000 0.000 NA   NA
 10326839 10326840 HMPREF0424_0819 HMPREF0424_0820     TRUE 0.938 94.000 0.075 1.000 Y NA
 10326840 10326841 HMPREF0424_0820 HMPREF0424_0821     TRUE 0.750 94.000 0.019 NA   NA
 10326842 10326843 HMPREF0424_0823 HMPREF0424_0824     TRUE 0.858 48.000 0.300 NA   NA
 10326843 10326844 HMPREF0424_0824 HMPREF0424_0825     FALSE 0.320 169.000 0.008 NA   NA
 10326845 10326846 HMPREF0424_0826 HMPREF0424_0827     TRUE 0.923 88.000 0.010 1.000 Y NA
 10326846 10326847 HMPREF0424_0827 HMPREF0424_0828   engA FALSE 0.410 51.000 0.000 1.000   NA
 10326847 10326848 HMPREF0424_0828 HMPREF0424_0829 engA   TRUE 0.951 -3.000 0.011 1.000   NA
 10326850 10326851 HMPREF0424_0831 HMPREF0424_0832     FALSE 0.195 142.000 0.000 NA   NA
 10326851 10326852 HMPREF0424_0832 HMPREF0424_0833     TRUE 0.837 34.000 0.172 NA   NA
 10326852 10326853 HMPREF0424_0833 HMPREF0424_0834     TRUE 0.527 90.000 0.000 NA   NA
 10326853 10326854 HMPREF0424_0834 HMPREF0424_0835   yajC TRUE 0.513 141.000 0.013 NA N NA
 10326854 10326855 HMPREF0424_0835 HMPREF0424_0836 yajC ruvB TRUE 0.851 60.000 0.063 NA N NA
 10326855 10326856 HMPREF0424_0836 HMPREF0424_0837 ruvB ruvA TRUE 0.960 38.000 0.549 0.003 Y NA
 10326856 10326857 HMPREF0424_0837 HMPREF0424_0838 ruvA ruvC TRUE 0.978 88.000 0.451 0.014 Y NA
 10326857 10326858 HMPREF0424_0838 HMPREF0424_0839 ruvC   TRUE 0.975 7.000 0.277 NA   NA
 10326858 10326859 HMPREF0424_0839 HMPREF0424_0840     TRUE 0.705 63.000 0.003 NA   NA
 10326859 10326860 HMPREF0424_0840 HMPREF0424_0841   thrS FALSE 0.334 216.000 0.030 1.000 N NA
 10326860 10326861 HMPREF0424_0841 HMPREF0424_0842 thrS   FALSE 0.232 183.000 0.000 1.000 N NA
 10326861 10326862 HMPREF0424_0842 HMPREF0424_0843     TRUE 0.997 1.000 0.889 0.009 Y NA
 10326862 10326863 HMPREF0424_0843 HMPREF0424_0844     TRUE 0.996 7.000 0.889 1.000 Y NA
 10326863 10326864 HMPREF0424_0844 HMPREF0424_0845     TRUE 0.911 124.000 0.259 1.000 Y NA
 10326865 10326866 HMPREF0424_0846 HMPREF0424_0847     FALSE 0.364 37.000 0.000 NA   NA
 10326866 10326867 HMPREF0424_0847 HMPREF0424_0848     TRUE 0.670 99.000 0.006 NA   NA
 10326867 10326868 HMPREF0424_0848 HMPREF0424_0849     TRUE 0.666 181.000 0.400 1.000   NA
 10326868 10326869 HMPREF0424_0849 HMPREF0424_0850     FALSE 0.088 216.000 0.000 NA   NA
 10326870 10326871 HMPREF0424_0851 HMPREF0424_0852     FALSE 0.459 58.000 0.000 NA   NA
 10326871 10326872 HMPREF0424_0852 HMPREF0424_0853   lepA TRUE 0.967 9.000 0.083 1.000 N NA
 10326874 10326875 HMPREF0424_0855 HMPREF0424_0856     FALSE 0.156 169.000 0.000 NA   NA
 10326875 10326876 HMPREF0424_0856 HMPREF0424_0857     FALSE 0.013 860.000 0.000 NA   NA
 10326876 10326877 HMPREF0424_0857 HMPREF0424_0858   ilvE TRUE 0.530 126.000 0.021 NA   NA
 10326877 10326878 HMPREF0424_0858 HMPREF0424_0859 ilvE   FALSE 0.125 246.000 0.000 1.000 N NA
 10326880 10326881 HMPREF0424_0861 HMPREF0424_0862 era   TRUE 0.892 23.000 0.089 1.000   NA
 10326881 10326882 HMPREF0424_0862 HMPREF0424_0863   ybeY TRUE 0.935 21.000 0.222 NA   NA
 10326882 10326883 HMPREF0424_0863 HMPREF0424_0864 ybeY   TRUE 0.984 4.000 0.457 NA   NA
 10326883 10326884 HMPREF0424_0864 HMPREF0424_0865     TRUE 0.964 4.000 0.032 1.000 N NA
 10326884 10326885 HMPREF0424_0865 HMPREF0424_0866     TRUE 0.666 113.000 0.034 NA   NA
 10326887 10326888 HMPREF0424_0868 HMPREF0424_0869     TRUE 0.684 52.000 0.024 NA   NA
 10326888 10326889 HMPREF0424_0869 HMPREF0424_0870     FALSE 0.043 306.000 0.000 NA   NA
 10326889 10326890 HMPREF0424_0870 HMPREF0424_0871     TRUE 0.495 93.000 0.000 NA   NA
 10326891 10326892 HMPREF0424_0872 HMPREF0424_0873     TRUE 0.625 120.000 0.042 1.000   NA
 10326892 10326893 HMPREF0424_0873 HMPREF0424_0874     FALSE 0.013 932.000 0.000 1.000   NA
 10326893 10326894 HMPREF0424_0874 HMPREF0424_0875     FALSE 0.026 419.000 0.000 NA   NA
 10326894 10326895 HMPREF0424_0875 HMPREF0424_0876     FALSE 0.064 258.000 0.000 NA   NA
 10326896 10326897 HMPREF0424_1390 HMPREF0424_0878   clpP_1 FALSE 0.163 154.000 0.000 NA   NA
 10326897 10326898 HMPREF0424_0878 HMPREF0424_0879 clpP_1 clpP_2 TRUE 0.996 3.000 0.512 0.002 Y NA
 10326900 10326901 HMPREF0424_0881 HMPREF0424_0882   tig FALSE 0.422 150.000 0.004 1.000 N NA
 10326901 10326902 HMPREF0424_0882 HMPREF0424_0883 tig   TRUE 0.732 54.000 0.009 1.000 N NA
 10326902 10326903 HMPREF0424_0883 HMPREF0424_0884     FALSE 0.116 192.000 0.000 NA   NA
 10326903 10326904 HMPREF0424_0884 HMPREF0424_0885   pflA FALSE 0.175 147.000 0.000 NA   NA
 10326904 10326905 HMPREF0424_0885 HMPREF0424_0886 pflA pflB TRUE 0.811 111.000 0.071 1.000 N NA
 10326905 10326906 HMPREF0424_0886 HMPREF0424_0887 pflB nadE FALSE 0.325 118.000 0.000 1.000   NA
 10326907 10326908 HMPREF0424_0888 HMPREF0424_0889     TRUE 0.752 193.000 0.214 NA Y NA
 10326908 10326909 HMPREF0424_0889 HMPREF0424_0890     TRUE 0.997 3.000 0.800 1.000 Y NA
 10326909 10326910 HMPREF0424_0890 HMPREF0424_0892   thiC FALSE 0.261 168.000 0.000 1.000 N NA
 10326911 10326912 HMPREF0424_0893 HMPREF0424_0894     FALSE 0.081 236.000 0.000 1.000   NA
 10326912 10326913 HMPREF0424_0894 HMPREF0424_0895     FALSE 0.066 255.000 0.000 NA   NA
 10326915 10326916 HMPREF0424_0896 HMPREF0424_0898   serB FALSE 0.144 227.000 0.000 1.000 N NA
 10326916 10326917 HMPREF0424_0898 HMPREF0424_0899 serB fmt TRUE 0.949 5.000 0.008 1.000 N NA
 10326917 10326918 HMPREF0424_0899 HMPREF0424_0900 fmt   TRUE 0.538 47.000 0.000 1.000 N NA
 10326918 10326919 HMPREF0424_0900 HMPREF0424_0901   hrcA TRUE 0.873 91.000 0.064 1.000 N NA
 10326920 10326921 HMPREF0424_0902 HMPREF0424_0903 tkt tal TRUE 0.490 269.000 0.071 1.000 Y NA
 10326922 10326923 HMPREF0424_0904 HMPREF0424_0905     FALSE 0.062 261.000 0.000 NA   NA
 10326923 10326924 HMPREF0424_0905 HMPREF0424_0906   secG TRUE 0.640 107.000 0.006 1.000   NA
 10326924 10326925 HMPREF0424_0906 HMPREF0424_0907 secG tpiA TRUE 0.753 53.000 0.064 1.000   NA
 10326925 10326926 HMPREF0424_0907 HMPREF0424_0908 tpiA pgk TRUE 0.750 165.000 0.075 1.000 Y NA
 10326926 10326927 HMPREF0424_0908 HMPREF0424_0909 pgk   FALSE 0.030 1027.000 0.008 NA   NA
 10326927 10326928 HMPREF0424_0909 HMPREF0424_0910     FALSE 0.219 274.000 0.076 NA   NA
 10326928 10326929 HMPREF0424_0910 HMPREF0424_0911     TRUE 0.954 -3.000 0.019 NA   NA
 10326929 10326930 HMPREF0424_0911 HMPREF0424_0912     TRUE 0.727 23.000 0.000 NA N NA
 10326930 10326931 HMPREF0424_0912 HMPREF0424_0913   metK TRUE 0.887 73.000 0.068 NA N NA
 10326931 10326932 HMPREF0424_0913 HMPREF0424_0914 metK rpoZ TRUE 0.491 139.000 0.007 1.000 N NA
 10326932 10326933 HMPREF0424_0914 HMPREF0424_0915 rpoZ gmk TRUE 0.958 83.000 0.471 1.000 N NA
 10326933 10326934 HMPREF0424_0915 HMPREF0424_0916 gmk pyrF_1 TRUE 0.968 16.000 0.013 1.000 Y NA
 10326934 10326935 HMPREF0424_0916 HMPREF0424_0917 pyrF_1 carB TRUE 0.988 4.000 0.075 1.000 Y NA
 10326935 10326936 HMPREF0424_0917 HMPREF0424_0918 carB carA TRUE 0.962 33.000 0.345 0.002 Y NA
 10326936 10326937 HMPREF0424_0918 HMPREF0424_0919 carA nusB TRUE 0.830 87.000 0.010 1.000 N NA
 10326937 10326938 HMPREF0424_0919 HMPREF0424_0920 nusB efp TRUE 0.571 168.000 0.078 1.000 N NA
 10326940 10326941 HMPREF0424_0921 HMPREF0424_0923 pyrE   TRUE 0.921 97.000 0.041 1.000 Y NA
 10326941 10326942 HMPREF0424_0923 HMPREF0424_0924     TRUE 0.989 6.000 0.592 1.000 N NA
 10326942 10326943 HMPREF0424_0924 HMPREF0424_0925   pyrF_2 TRUE 0.888 95.000 0.112 1.000 N NA
 10326943 10326944 HMPREF0424_0925 HMPREF0424_0926 pyrF_2   TRUE 0.903 35.000 0.064 1.000 Y NA
 10326944 10326945 HMPREF0424_0926 HMPREF0424_0927   pyrB TRUE 0.966 56.000 0.452 1.000 Y NA
 10326945 10326946 HMPREF0424_0927 HMPREF0424_0928 pyrB   FALSE 0.185 144.000 0.000 NA   NA
 10326946 10326947 HMPREF0424_0928 HMPREF0424_0929     FALSE 0.108 196.000 0.000 NA   NA
 10326947 10326948 HMPREF0424_0929 HMPREF0424_0930   glnE TRUE 0.573 81.000 0.000 NA   NA
 10326948 10326949 HMPREF0424_0930 HMPREF0424_0931 glnE   FALSE 0.048 297.000 0.000 1.000   NA
 10326951 10326952 HMPREF0424_0933 HMPREF0424_0934 metF metE TRUE 0.987 4.000 0.050 0.002 Y NA
 10326952 10326953 HMPREF0424_0934 HMPREF0424_0935 metE   FALSE 0.060 590.000 0.007 NA N NA
 10326953 10326954 HMPREF0424_0935 HMPREF0424_0936     TRUE 0.962 10.000 0.069 NA N NA
 10326954 10326955 HMPREF0424_0936 HMPREF0424_0937     TRUE 0.527 44.000 0.000 1.000 N NA
 10326955 10326956 HMPREF0424_0937 HMPREF0424_0938   rimI TRUE 0.874 22.000 0.056 1.000   NA
 10326956 10326957 HMPREF0424_0938 HMPREF0424_0939 rimI yeaZ TRUE 0.843 26.000 0.062 1.000   NA
 10326957 10326958 HMPREF0424_0939 HMPREF0424_0940 yeaZ   FALSE 0.344 114.000 0.000 NA   NA
 10326958 10326959 HMPREF0424_0940 HMPREF0424_0941     TRUE 0.548 72.000 0.000 NA   NA
 10326959 10326960 HMPREF0424_0941 HMPREF0424_0942     TRUE 0.891 69.000 0.163 NA   NA
 10326960 10326961 HMPREF0424_0942 HMPREF0424_0943     TRUE 0.965 8.000 0.130 NA   NA
 10326961 10326962 HMPREF0424_0943 HMPREF0424_0944   leuS FALSE 0.076 383.000 0.008 1.000   NA
 10326963 10326964 HMPREF0424_0945 HMPREF0424_0946     TRUE 0.559 75.000 0.000 NA   NA
 10326964 10326965 HMPREF0424_0946 HMPREF0424_0947     FALSE 0.381 47.000 0.000 NA   NA
 10326965 10326966 HMPREF0424_0947 HMPREF0424_0948     FALSE 0.276 124.000 0.000 NA   NA
 10326967 10326968 HMPREF0424_0949 HMPREF0424_0950     TRUE 0.569 143.000 0.103 NA   NA
 10326969 10326970 HMPREF0424_1392 HMPREF0424_0953     FALSE 0.141 182.000 0.000 NA   NA
 10326973 10326974 HMPREF0424_0957 HMPREF0424_0958     FALSE 0.027 416.000 0.000 NA   NA
 10326975 10326976 HMPREF0424_0959 HMPREF0424_0960     FALSE 0.301 119.000 0.000 NA   NA
 10326976 10326977 HMPREF0424_0960 HMPREF0424_0961     FALSE 0.022 458.000 0.000 NA   NA
 10326979 10326980 HMPREF0424_0963 HMPREF0424_0964     FALSE 0.028 409.000 0.000 NA   NA
 10326980 10326981 HMPREF0424_0964 HMPREF0424_0965     TRUE 0.566 25.000 0.000 NA   NA
 10326981 10326982 HMPREF0424_0965 HMPREF0424_0966     FALSE 0.041 314.000 0.000 NA   NA
 10326982 10326983 HMPREF0424_0966 HMPREF0424_0967     TRUE 0.869 -3.000 0.000 NA   NA
 10326983 10326984 HMPREF0424_0967 HMPREF0424_0968     FALSE 0.016 685.000 0.000 NA   NA
 10326984 10326985 HMPREF0424_0968 HMPREF0424_0969     TRUE 0.869 -3.000 0.000 NA   NA
 10326985 10326986 HMPREF0424_0969 HMPREF0424_0970     TRUE 0.869 -3.000 0.000 NA   NA
 10326986 10326987 HMPREF0424_0970 HMPREF0424_0971     FALSE 0.016 642.000 0.000 NA   NA
 10326987 10326988 HMPREF0424_0971 HMPREF0424_0972     FALSE 0.032 375.000 0.000 NA   NA
 10326988 10326989 HMPREF0424_0972 HMPREF0424_0973     TRUE 0.854 -10.000 0.000 NA   NA
 10326989 10326990 HMPREF0424_0973 HMPREF0424_0974     TRUE 0.867 0.000 0.000 NA   NA
 10326990 10326991 HMPREF0424_0974 HMPREF0424_0975     TRUE 0.782 13.000 0.000 NA   NA
 10326992 10326993 HMPREF0424_0976 HMPREF0424_0977     FALSE 0.033 361.000 0.000 NA   NA
 10326993 10326994 HMPREF0424_0977 HMPREF0424_0978     TRUE 0.789 12.000 0.000 NA   NA
 10326994 10326995 HMPREF0424_0978 HMPREF0424_0979     FALSE 0.038 337.000 0.000 NA   NA
 10326995 10326996 HMPREF0424_0979 HMPREF0424_0980     FALSE 0.361 38.000 0.000 NA   NA
 10326997 10326998 HMPREF0424_0981 HMPREF0424_0982     TRUE 0.993 -7.000 1.000 NA   NA
 10326998 10326999 HMPREF0424_0982 HMPREF0424_0983     FALSE 0.386 48.000 0.000 NA   NA
 10326999 10327000 HMPREF0424_0983 HMPREF0424_0984     TRUE 0.869 -3.000 0.000 NA   NA
 10327000 10327001 HMPREF0424_0984 HMPREF0424_0985     TRUE 0.854 -10.000 0.000 NA   NA
 10327001 10327002 HMPREF0424_0985 HMPREF0424_0986     TRUE 0.510 28.000 0.000 NA   NA
 10327002 10327003 HMPREF0424_0986 HMPREF0424_0987     TRUE 0.698 18.000 0.000 NA   NA
 10327003 10327004 HMPREF0424_0987 HMPREF0424_0988     TRUE 0.851 3.000 0.000 NA   NA
 10327004 10327005 HMPREF0424_0988 HMPREF0424_0989     TRUE 0.869 -3.000 0.000 NA   NA
 10327005 10327006 HMPREF0424_0989 HMPREF0424_0990     TRUE 0.992 -13.000 1.000 NA   NA
 10327006 10327007 HMPREF0424_0990 HMPREF0424_0991     TRUE 0.993 -3.000 1.000 NA   NA
 10327007 10327008 HMPREF0424_0991 HMPREF0424_0992     TRUE 0.983 9.000 0.600 NA   NA
 10327008 10327009 HMPREF0424_0992 HMPREF0424_0993     FALSE 0.190 143.000 0.000 NA   NA
 10327009 10327010 HMPREF0424_0993 HMPREF0424_0994     FALSE 0.033 366.000 0.000 NA   NA
 10327010 10327011 HMPREF0424_0994 HMPREF0424_0995     TRUE 0.983 4.000 0.400 NA   NA
 10327011 10327012 HMPREF0424_0995 HMPREF0424_0996     TRUE 0.836 4.000 0.000 NA   NA
 10327012 10327013 HMPREF0424_0996 HMPREF0424_0997     TRUE 0.869 -3.000 0.000 NA   NA
 10327013 10327014 HMPREF0424_0997 HMPREF0424_0998     TRUE 0.738 16.000 0.000 NA   NA
 10327014 10327015 HMPREF0424_0998 HMPREF0424_0999     TRUE 0.854 -10.000 0.000 NA   NA
 10327015 10327016 HMPREF0424_0999 HMPREF0424_1000     TRUE 0.860 -7.000 0.000 NA   NA
 10327016 10327017 HMPREF0424_1000 HMPREF0424_1001     TRUE 0.796 10.000 0.000 NA   NA
 10327017 10327018 HMPREF0424_1001 HMPREF0424_1002     FALSE 0.017 590.000 0.000 NA   NA
 10327018 10327019 HMPREF0424_1002 HMPREF0424_1003     TRUE 0.661 20.000 0.000 NA   NA
 10327020 10327021 HMPREF0424_1004 HMPREF0424_1394     TRUE 0.789 12.000 0.000 NA   NA
 10327021 10327022 HMPREF0424_1394 HMPREF0424_1006     FALSE 0.158 167.000 0.000 NA   NA
 10327022 10327023 HMPREF0424_1006 HMPREF0424_1007     FALSE 0.119 191.000 0.000 NA   NA
 10327025 10327026 HMPREF0424_1009 HMPREF0424_1010     FALSE 0.375 112.000 0.000 NA   NA
 10327026 10327027 HMPREF0424_1010 HMPREF0424_1011     FALSE 0.204 139.000 0.000 NA   NA
 10327027 10327028 HMPREF0424_1011 HMPREF0424_1012     TRUE 0.765 25.000 0.008 NA   NA
 10327028 10327029 HMPREF0424_1012 HMPREF0424_1013   glmU TRUE 0.615 37.000 0.011 NA   NA
 10327029 10327030 HMPREF0424_1013 HMPREF0424_1395 glmU   FALSE 0.331 115.000 0.000 NA   NA
 10327030 10327031 HMPREF0424_1395 HMPREF0424_1015   prs_1 TRUE 0.505 92.000 0.000 NA   NA
 10327031 10327032 HMPREF0424_1015 HMPREF0424_1016 prs_1 nadD TRUE 0.828 85.000 0.007 1.000 N NA
 10327032 10327033 HMPREF0424_1016 HMPREF0424_1017 nadD   TRUE 0.943 -10.000 0.011 NA   NA
 10327033 10327034 HMPREF0424_1017 HMPREF0424_1018   proA TRUE 0.614 39.000 0.011 NA   NA
 10327036 10327037 HMPREF0424_1020 HMPREF0424_1021 recX recA TRUE 0.890 32.000 0.296 1.000   NA
 10327037 10327038 HMPREF0424_1021 HMPREF0424_1022 recA   FALSE 0.355 206.000 0.083 NA   NA
 10327038 10327039 HMPREF0424_1022 HMPREF0424_1023   pgsA TRUE 0.890 70.000 0.151 NA   NA
 10327039 10327040 HMPREF0424_1023 HMPREF0424_1024 pgsA   TRUE 0.877 82.000 0.025 0.039 N NA
 10327040 10327041 HMPREF0424_1024 HMPREF0424_1025     FALSE 0.145 217.000 0.000 NA N NA
 10327041 10327042 HMPREF0424_1025 HMPREF0424_1026     TRUE 0.527 90.000 0.000 NA   NA
 10327042 10327043 HMPREF0424_1026 HMPREF0424_1027     FALSE 0.077 234.000 0.000 NA   NA
 10327043 10327044 HMPREF0424_1027 HMPREF0424_1396     FALSE 0.022 462.000 0.000 NA   NA
 10327045 10327046 HMPREF0424_1029 HMPREF0424_1030   purC TRUE 0.654 176.000 0.011 1.000 Y NA
 10327046 10327047 HMPREF0424_1030 HMPREF0424_1031 purC   TRUE 0.758 143.000 0.043 1.000 Y NA
 10327047 10327048 HMPREF0424_1031 HMPREF0424_1032   purF TRUE 0.939 84.000 0.024 1.000 Y NA
 10327048 10327049 HMPREF0424_1032 HMPREF0424_1033 purF purM TRUE 0.972 81.000 0.248 1.000 Y NA
 10327049 10327050 HMPREF0424_1033 HMPREF0424_1034 purM purD TRUE 0.943 80.000 0.027 1.000 Y NA
 10327052 10327053 HMPREF0424_1036 HMPREF0424_1037     TRUE 0.920 107.000 0.647 NA   NA
 10327053 10327054 HMPREF0424_1037 HMPREF0424_1038   purE TRUE 0.573 81.000 0.000 NA   NA
 10327054 10327055 HMPREF0424_1038 HMPREF0424_1039 purE purK TRUE 0.986 -16.000 0.024 0.002 Y NA
 10327055 10327056 HMPREF0424_1039 HMPREF0424_1040 purK   TRUE 0.940 21.000 0.122 1.000 N NA
 10327057 10327058 HMPREF0424_1397 HMPREF0424_1042     TRUE 0.573 80.000 0.000 NA   NA
 10327061 10327062 HMPREF0424_1045 HMPREF0424_1046     TRUE 0.916 55.000 0.605 NA   NA
 10327062 10327063 HMPREF0424_1046 HMPREF0424_1047     TRUE 0.841 -16.000 0.000 NA   NA
 10327063 10327064 HMPREF0424_1047 HMPREF0424_1048     TRUE 0.841 -16.000 0.000 NA   NA
 10327065 10327066 HMPREF0424_1049 HMPREF0424_1050   dnaG TRUE 0.670 91.000 0.000 1.000 N NA
 10327066 10327067 HMPREF0424_1050 HMPREF0424_1051 dnaG   TRUE 0.972 -6.000 0.037 1.000 N NA
 10327067 10327068 HMPREF0424_1051 HMPREF0424_1052   alr TRUE 0.855 63.000 0.041 1.000 N NA
 10327068 10327069 HMPREF0424_1052 HMPREF0424_1053 alr   TRUE 0.800 86.000 0.021 NA   NA
 10327069 10327070 HMPREF0424_1053 HMPREF0424_1054   luxS TRUE 0.710 55.000 0.026 NA   NA
 10327070 10327071 HMPREF0424_1054 HMPREF0424_1055 luxS   FALSE 0.333 117.000 0.000 1.000   NA
 10327071 10327072 HMPREF0424_1055 HMPREF0424_1056     TRUE 0.976 -3.000 0.110 1.000   NA
 10327072 10327073 HMPREF0424_1056 HMPREF0424_1057     TRUE 0.972 43.000 0.829 0.033 Y NA
 10327073 10327074 HMPREF0424_1057 HMPREF0424_1058     TRUE 0.659 220.000 0.114 0.033 Y NA
 10327075 10327076 HMPREF0424_1059 HMPREF0424_1060   pdxT TRUE 0.995 3.000 0.488 NA Y NA
 10327076 10327077 HMPREF0424_1060 HMPREF0424_1061 pdxT   FALSE 0.053 386.000 0.000 NA N NA
 10327078 10327079 HMPREF0424_1062 HMPREF0424_1063     FALSE 0.116 192.000 0.000 NA   NA
 10327079 10327080 HMPREF0424_1063 HMPREF0424_1064     FALSE 0.405 183.000 0.011 1.000 N NA
 10327080 10327081 HMPREF0424_1064 HMPREF0424_1065   glmS TRUE 0.544 35.000 0.000 1.000 N NA
 10327081 10327082 HMPREF0424_1065 HMPREF0424_1066 glmS   TRUE 0.631 96.000 0.000 1.000 N NA
 10327082 10327083 HMPREF0424_1066 HMPREF0424_1067     TRUE 0.976 85.000 0.344 1.000 Y NA
 10327083 10327084 HMPREF0424_1067 HMPREF0424_1068     TRUE 0.574 145.000 0.000 0.033 Y NA
 10327084 10327085 HMPREF0424_1068 HMPREF0424_1069   smpB FALSE 0.096 277.000 0.000 1.000 N NA
 10327085 10327086 HMPREF0424_1069 HMPREF0424_1070 smpB   FALSE 0.390 134.000 0.004 NA   NA
 10327086 10327087 HMPREF0424_1070 HMPREF0424_1071     FALSE 0.342 147.000 0.007 NA   NA
 10327087 10327088 HMPREF0424_1071 HMPREF0424_1072   ftsE TRUE 0.991 0.000 0.431 1.000 N NA
 10327088 10327089 HMPREF0424_1072 HMPREF0424_1073 ftsE prfB TRUE 0.868 64.000 0.053 1.000 N NA
 10327089 10327090 HMPREF0424_1073 HMPREF0424_1074 prfB map TRUE 0.884 81.000 0.000 1.000 Y NA
 10327091 10327092 HMPREF0424_1075 HMPREF0424_1076     FALSE 0.086 1462.000 0.101 1.000 N NA
 10327093 10327094 HMPREF0424_1077 HMPREF0424_1078     FALSE 0.157 168.000 0.000 NA   NA
 10327094 10327095 HMPREF0424_1078 HMPREF0424_1079   proS FALSE 0.015 686.000 0.000 NA   NA
 10327095 10327096 HMPREF0424_1079 HMPREF0424_1080 proS   FALSE 0.307 163.000 0.002 1.000   NA
 10327096 10327097 HMPREF0424_1080 HMPREF0424_1081     TRUE 0.709 58.000 0.011 1.000   NA
 10327097 10327098 HMPREF0424_1081 HMPREF0424_1082   guaB FALSE 0.411 155.000 0.004 1.000 N NA
 10327098 10327099 HMPREF0424_1082 HMPREF0424_1083 guaB   FALSE 0.235 238.000 0.008 1.000 N NA
 10327099 10327100 HMPREF0424_1083 HMPREF0424_1084     TRUE 0.674 128.000 0.065 NA N NA
 10327100 10327101 HMPREF0424_1084 HMPREF0424_1085   prmC TRUE 0.863 114.000 0.031 NA Y NA
 10327101 10327102 HMPREF0424_1085 HMPREF0424_1086 prmC prfA TRUE 0.895 40.000 0.069 1.000 Y NA
 10327102 10327103 HMPREF0424_1086 HMPREF0424_1087 prfA rpmE TRUE 0.825 140.000 0.110 1.000 Y NA
 10327103 10327104 HMPREF0424_1087 HMPREF0424_1088 rpmE   FALSE 0.161 158.000 0.000 NA   NA
 10327107 10327108 HMPREF0424_1091 HMPREF0424_1092     TRUE 0.503 185.000 0.136 NA   NA
 10327109 10327110 HMPREF0424_1093 HMPREF0424_1094     TRUE 0.555 74.000 0.000 NA   NA
 10327112 10327113 HMPREF0424_1096 HMPREF0424_1097 fusA rpsG TRUE 0.960 43.000 0.579 1.000 Y NA
 10327113 10327114 HMPREF0424_1097 HMPREF0424_1098 rpsG rpsL TRUE 0.996 4.000 0.620 0.005 Y NA
 10327114 10327115 HMPREF0424_1098 HMPREF0424_1099 rpsL ftsQ FALSE 0.101 268.000 0.000 NA N NA
 10327115 10327116 HMPREF0424_1099 HMPREF0424_1100 ftsQ murC TRUE 0.931 53.000 0.134 NA Y NA
 10327116 10327117 HMPREF0424_1100 HMPREF0424_1101 murC   TRUE 0.994 0.000 0.270 1.000 Y NA
 10327117 10327118 HMPREF0424_1101 HMPREF0424_1102     TRUE 0.868 51.000 0.167 1.000 N NA
 10327118 10327119 HMPREF0424_1102 HMPREF0424_1103   murD TRUE 0.975 -16.000 0.081 1.000 N NA
 10327119 10327120 HMPREF0424_1103 HMPREF0424_1104 murD mraY TRUE 0.985 25.000 0.647 0.007 Y NA
 10327120 10327121 HMPREF0424_1104 HMPREF0424_1105 mraY murF TRUE 0.957 79.000 0.071 0.007 Y NA
 10327121 10327122 HMPREF0424_1105 HMPREF0424_1106 murF   TRUE 0.880 71.000 0.118 NA   NA
 10327122 10327123 HMPREF0424_1106 HMPREF0424_1107     TRUE 0.712 43.000 0.059 NA   NA
 10327123 10327124 HMPREF0424_1107 HMPREF0424_1108     TRUE 0.968 0.000 0.072 NA   NA
 10327124 10327125 HMPREF0424_1108 HMPREF0424_1109   mraW TRUE 0.945 2.000 0.011 NA   NA
 10327125 10327126 HMPREF0424_1109 HMPREF0424_1110 mraW mraZ TRUE 0.990 0.000 0.635 NA   NA
 10327128 10327129 HMPREF0424_1112 HMPREF0424_1113 glnA_1   FALSE 0.105 199.000 0.000 NA   NA
 10327129 10327130 HMPREF0424_1113 HMPREF0424_1114   dnaE TRUE 0.571 82.000 0.000 NA   NA
 10327130 10327131 HMPREF0424_1114 HMPREF0424_1115 dnaE   TRUE 0.737 47.000 0.014 1.000 N NA
 10327131 10327132 HMPREF0424_1115 HMPREF0424_1116   lspA TRUE 0.970 -34.000 0.073 1.000 N NA
 10327132 10327133 HMPREF0424_1116 HMPREF0424_1117 lspA   TRUE 0.829 82.000 0.036 NA   NA
 10327133 10327134 HMPREF0424_1117 HMPREF0424_1118     FALSE 0.330 153.000 0.008 NA   NA
 10327136 10327137 HMPREF0424_1399 HMPREF0424_1400     FALSE 0.361 41.000 0.000 NA   NA
 10327137 10327138 HMPREF0424_1400 HMPREF0424_1122     FALSE 0.440 103.000 0.000 NA   NA
 10327138 10327139 HMPREF0424_1122 HMPREF0424_1123     TRUE 0.988 3.000 0.048 0.008 Y NA
 10327139 10327140 HMPREF0424_1123 HMPREF0424_1124   nrdG FALSE 0.025 859.000 0.000 1.000 N NA
 10327140 10327141 HMPREF0424_1124 HMPREF0424_1125 nrdG nrdD TRUE 0.521 221.000 0.240 1.000 N NA
 10327143 10327144 HMPREF0424_1127 HMPREF0424_1128     TRUE 0.514 63.000 0.000 NA   NA
 10327144 10327145 HMPREF0424_1128 HMPREF0424_1129     TRUE 0.530 89.000 0.000 NA   NA
 10327145 10327146 HMPREF0424_1129 HMPREF0424_1130     FALSE 0.204 139.000 0.000 NA   NA
 10327146 10327147 HMPREF0424_1130 HMPREF0424_1131     TRUE 0.739 99.000 0.025 NA   NA
 10327147 10327148 HMPREF0424_1131 HMPREF0424_1132   hflB FALSE 0.056 272.000 0.000 NA   NA
 10327148 10327149 HMPREF0424_1132 HMPREF0424_1133 hflB hpt TRUE 0.836 62.000 0.026 1.000 N NA
 10327149 10327150 HMPREF0424_1133 HMPREF0424_1134 hpt tilS TRUE 0.951 -31.000 0.007 0.039 N NA
 10327150 10327151 HMPREF0424_1134 HMPREF0424_1135 tilS   TRUE 0.743 47.000 0.017 1.000 N NA
 10327151 10327152 HMPREF0424_1135 HMPREF0424_1136     TRUE 0.834 75.000 0.048 NA   NA
 10327152 10327153 HMPREF0424_1136 HMPREF0424_1137     TRUE 0.976 15.000 0.508 NA   NA
 10327153 10327154 HMPREF0424_1137 HMPREF0424_1138     FALSE 0.080 691.000 0.051 NA N NA
 10327154 10327155 HMPREF0424_1138 HMPREF0424_1139     TRUE 0.983 -12.000 0.321 NA   NA
 10327157 10327158 HMPREF0424_1141 HMPREF0424_1142     TRUE 0.961 121.000 0.917 1.000 Y NA
 10327158 10327159 HMPREF0424_1142 HMPREF0424_1143     TRUE 0.950 75.000 0.333 0.064 N NA
 10327159 10327160 HMPREF0424_1143 HMPREF0424_1144     FALSE 0.017 612.000 0.000 NA   NA
 10327160 10327161 HMPREF0424_1144 HMPREF0424_1145     TRUE 0.478 30.000 0.000 NA   NA
 10327161 10327162 HMPREF0424_1145 HMPREF0424_1146     FALSE 0.133 184.000 0.000 NA   NA
 10327162 10327163 HMPREF0424_1146 HMPREF0424_1147   def_2 FALSE 0.242 131.000 0.000 1.000   NA
 10327163 10327164 HMPREF0424_1147 HMPREF0424_1148 def_2 glmM FALSE 0.457 178.000 0.019 1.000 N NA
 10327164 10327165 HMPREF0424_1148 HMPREF0424_1149 glmM pepN FALSE 0.066 342.000 0.000 1.000 N NA
 10327165 10327166 HMPREF0424_1149 HMPREF0424_1150 pepN   TRUE 0.842 97.000 0.107 1.000   NA
 10327166 10327167 HMPREF0424_1150 HMPREF0424_1151     FALSE 0.163 155.000 0.000 NA   NA
 10327167 10327168 HMPREF0424_1151 HMPREF0424_1152     TRUE 0.937 62.000 0.600 NA   NA
 10327168 10327169 HMPREF0424_1152 HMPREF0424_1153     FALSE 0.361 182.000 0.022 1.000   NA
 10327169 10327170 HMPREF0424_1153 HMPREF0424_1154     TRUE 0.969 3.000 0.074 0.004   NA
 10327170 10327171 HMPREF0424_1154 HMPREF0424_1155     FALSE 0.371 44.000 0.000 NA   NA
 10327171 10327172 HMPREF0424_1155 HMPREF0424_1156     FALSE 0.424 33.000 0.000 NA   NA
 10327174 10327175 HMPREF0424_1159 HMPREF0424_1160 thiD   FALSE 0.021 488.000 0.000 NA   NA
 10327175 10327176 HMPREF0424_1160 HMPREF0424_1161     FALSE 0.375 112.000 0.000 NA   NA
 10327178 10327179 HMPREF0424_1163 HMPREF0424_1164     FALSE 0.024 442.000 0.000 NA   NA
 10327179 10327180 HMPREF0424_1164 HMPREF0424_1165     FALSE 0.016 709.000 0.000 1.000   NA
 10327180 10327181 HMPREF0424_1165 HMPREF0424_1166     TRUE 0.860 -7.000 0.000 NA   NA
 10327181 10327182 HMPREF0424_1166 HMPREF0424_1167     FALSE 0.016 669.000 0.000 NA   NA
 10327182 10327183 HMPREF0424_1167 HMPREF0424_1168   rpoC FALSE 0.019 576.000 0.000 1.000   NA
 10327183 10327184 HMPREF0424_1168 HMPREF0424_1169 rpoC rpoB TRUE 0.987 71.000 0.851 0.002 Y NA
 10327185 10327186 HMPREF0424_1170 HMPREF0424_1171     TRUE 0.740 34.000 0.010 1.000 N NA
 10327186 10327187 HMPREF0424_1171 HMPREF0424_1172     FALSE 0.448 130.000 0.009 NA   NA
 10327188 10327189 HMPREF0424_1173 HMPREF0424_1174     TRUE 0.887 39.000 0.569 NA   NA
 10327189 10327190 HMPREF0424_1174 HMPREF0424_1175   prs_2 TRUE 0.591 104.000 0.000 1.000 N NA
 10327190 10327191 HMPREF0424_1175 HMPREF0424_1176 prs_2   TRUE 0.716 118.000 0.000 1.000 Y NA
 10327193 10327194 HMPREF0424_1402 HMPREF0424_1179   glf FALSE 0.051 279.000 0.000 NA   NA
 10327194 10327195 HMPREF0424_1179 HMPREF0424_1180 glf   TRUE 0.721 107.000 0.036 NA   NA
 10327195 10327196 HMPREF0424_1180 HMPREF0424_1181     TRUE 0.971 0.000 0.083 NA   NA
 10327196 10327197 HMPREF0424_1181 HMPREF0424_1182     TRUE 0.828 58.000 0.000 1.000 Y NA
 10327197 10327198 HMPREF0424_1182 HMPREF0424_1183     TRUE 0.996 0.000 0.500 1.000 Y NA
 10327198 10327199 HMPREF0424_1183 HMPREF0424_1184     TRUE 0.729 24.000 0.000 1.000 N NA
 10327199 10327200 HMPREF0424_1184 HMPREF0424_1185     TRUE 0.568 83.000 0.000 NA   NA
 10327200 10327201 HMPREF0424_1185 HMPREF0424_1186     TRUE 0.570 79.000 0.000 NA   NA
 10327201 10327202 HMPREF0424_1186 HMPREF0424_1187     FALSE 0.446 101.000 0.000 NA   NA
 10327202 10327203 HMPREF0424_1187 HMPREF0424_1188     TRUE 0.986 4.000 0.500 1.000   NA
 10327204 10327205 HMPREF0424_1189 HMPREF0424_1191     TRUE 0.488 94.000 0.000 NA   NA
 10327206 10327207 HMPREF0424_1190 HMPREF0424_1403     FALSE 0.156 169.000 0.000 NA   NA
 10327207 10327208 HMPREF0424_1403 HMPREF0424_1194     FALSE 0.290 121.000 0.000 NA   NA
 10327208 10327209 HMPREF0424_1194 HMPREF0424_1195     TRUE 0.495 93.000 0.000 NA   NA
 10327211 10327212 HMPREF0424_1197 HMPREF0424_1198 maoC   TRUE 0.904 128.000 0.250 0.002 Y NA
 10327212 10327213 HMPREF0424_1198 HMPREF0424_1199     TRUE 0.996 -3.000 0.579 1.000 Y NA
 10327216 10327217 HMPREF0424_1202 HMPREF0424_1203     TRUE 0.948 16.000 0.127 NA   NA
 10327219 10327220 HMPREF0424_1205 HMPREF0424_1206     TRUE 0.530 68.000 0.000 NA   NA
 10327221 10327222 HMPREF0424_1207 HMPREF0424_1208     FALSE 0.029 402.000 0.000 NA   NA
 10327222 10327223 HMPREF0424_1208 HMPREF0424_1209   rplA FALSE 0.013 859.000 0.000 NA   NA
 10327223 10782151 HMPREF0424_1209 HMPREF0424_1209a rplA   TRUE 0.995 15.000 0.838 0.036 Y NA
 10782151 10327224 HMPREF0424_1209a HMPREF0424_1210     FALSE 0.027 416.000 0.000 NA   NA
 10327224 10327225 HMPREF0424_1210 HMPREF0424_1211     FALSE 0.137 183.000 0.000 NA   NA
 10327225 10327226 HMPREF0424_1211 HMPREF0424_1212     TRUE 0.481 95.000 0.000 NA   NA
 10327226 10327227 HMPREF0424_1212 HMPREF0424_1213     FALSE 0.034 347.000 0.000 NA   NA
 10327227 10327228 HMPREF0424_1213 HMPREF0424_1214     FALSE 0.128 187.000 0.000 NA   NA
 10327228 10327229 HMPREF0424_1214 HMPREF0424_1215     FALSE 0.164 153.000 0.000 NA   NA
 10327229 10327230 HMPREF0424_1215 HMPREF0424_1216     FALSE 0.072 243.000 0.000 NA   NA
 10327230 10327231 HMPREF0424_1216 HMPREF0424_1217   nusG FALSE 0.031 382.000 0.000 NA   NA
 10327231 10327232 HMPREF0424_1217 HMPREF0424_1218 nusG secE TRUE 0.922 42.000 0.843 1.000   NA
 10327232 10327233 HMPREF0424_1218 HMPREF0424_1404 secE   FALSE 0.364 37.000 0.000 NA   NA
 10327233 10327234 HMPREF0424_1404 HMPREF0424_1220     FALSE 0.161 159.000 0.000 NA   NA
 10327234 10327235 HMPREF0424_1220 HMPREF0424_1221   proB TRUE 0.896 103.000 0.014 1.000 Y NA
 10327235 10327236 HMPREF0424_1221 HMPREF0424_1222 proB cgtA TRUE 0.907 26.000 0.206 1.000   NA
 10327236 10327237 HMPREF0424_1222 HMPREF0424_1223 cgtA rpmA TRUE 0.746 136.000 0.335 1.000   NA
 10327237 10327238 HMPREF0424_1223 HMPREF0424_1224 rpmA   FALSE 0.099 529.000 0.000 1.000 Y NA
 10327240 10327241 HMPREF0424_1226 HMPREF0424_1227     TRUE 0.782 13.000 0.000 NA   NA
 10327241 10327242 HMPREF0424_1227 HMPREF0424_1228     FALSE 0.022 457.000 0.000 NA   NA
 10327242 10327243 HMPREF0424_1228 HMPREF0424_1229   maf FALSE 0.028 410.000 0.000 NA   NA
 10327243 10327244 HMPREF0424_1229 HMPREF0424_1230 maf thrB TRUE 0.751 34.000 0.013 1.000 N NA
 10327244 10327245 HMPREF0424_1230 HMPREF0424_1231 thrB   TRUE 0.961 20.000 0.036 1.000 Y NA
 10327245 10327246 HMPREF0424_1231 HMPREF0424_1232     TRUE 0.527 66.000 0.000 NA   NA
 10327246 10327247 HMPREF0424_1232 HMPREF0424_1233     TRUE 0.563 76.000 0.000 NA   NA
 10327247 10327248 HMPREF0424_1233 HMPREF0424_1234     TRUE 0.902 72.000 0.088 1.000 N NA
 10327248 10327249 HMPREF0424_1234 HMPREF0424_1235     TRUE 0.641 142.000 0.083 1.000 N NA
 10327249 10327250 HMPREF0424_1235 HMPREF0424_1236     TRUE 0.786 20.000 0.000 1.000 N NA
 10327250 10327251 HMPREF0424_1236 HMPREF0424_1237     TRUE 0.997 0.000 0.824 1.000 Y NA
 10327251 10327252 HMPREF0424_1237 HMPREF0424_1238     TRUE 0.931 21.000 0.176 1.000   NA
 10327252 10327253 HMPREF0424_1238 HMPREF0424_1239     TRUE 0.898 52.000 0.529 NA   NA
 10327253 10327254 HMPREF0424_1239 HMPREF0424_1240     TRUE 0.834 -19.000 0.000 NA   NA
 10327254 10327255 HMPREF0424_1240 HMPREF0424_1241     FALSE 0.386 35.000 0.000 NA   NA
 10327255 10327256 HMPREF0424_1241 HMPREF0424_1242     FALSE 0.080 229.000 0.000 NA   NA
 10327256 10327257 HMPREF0424_1242 HMPREF0424_1405   rrfA FALSE 0.018 564.000 0.000 NA   NA
 10327257 10327258 HMPREF0424_1405 HMPREF0424_1406 rrfA rrlA FALSE 0.133 184.000 0.000 NA   NA
 10327258 10327259 HMPREF0424_1406 HMPREF0424_1407 rrlA rrsA FALSE 0.023 443.000 0.000 NA   NA
 10327259 10327260 HMPREF0424_1407 HMPREF0424_1246 rrsA   FALSE 0.021 483.000 0.000 NA   NA
 10327260 10327261 HMPREF0424_1246 HMPREF0424_1247     TRUE 0.606 24.000 0.000 1.000   NA
 10327261 10327262 HMPREF0424_1247 HMPREF0424_1248     FALSE 0.253 165.000 0.000 NA N NA
 10327262 10327263 HMPREF0424_1248 HMPREF0424_1249     TRUE 0.565 55.000 0.000 NA N NA
 10327263 10327264 HMPREF0424_1249 HMPREF0424_1250     TRUE 0.997 3.000 0.941 0.008 Y NA
 10327264 10327265 HMPREF0424_1250 HMPREF0424_1251     FALSE 0.263 180.000 0.000 0.043 N NA
 10327265 10327266 HMPREF0424_1251 HMPREF0424_1252     FALSE 0.042 324.000 0.000 1.000   NA
 10327266 10327267 HMPREF0424_1252 HMPREF0424_1253     TRUE 0.631 22.000 0.000 1.000   NA
 10327267 10327268 HMPREF0424_1253 HMPREF0424_1254     TRUE 0.987 25.000 0.812 0.031 Y NA
 10327271 10327272 HMPREF0424_1257 HMPREF0424_1258     TRUE 0.988 -9.000 0.545 NA   NA
 10327275 10327276 HMPREF0424_1261 HMPREF0424_1262 fhs   TRUE 0.579 229.000 0.400 1.000 N NA
 10327276 10327277 HMPREF0424_1262 HMPREF0424_1263     FALSE 0.375 112.000 0.000 NA   NA
 10327277 10327278 HMPREF0424_1263 HMPREF0424_1264     FALSE 0.083 223.000 0.000 NA   NA
 10327278 10327279 HMPREF0424_1264 HMPREF0424_1265     TRUE 0.661 20.000 0.000 NA   NA
 10327279 10327280 HMPREF0424_1265 HMPREF0424_1266     TRUE 0.841 -16.000 0.000 NA   NA
 10327280 10327281 HMPREF0424_1266 HMPREF0424_1267     TRUE 0.942 64.000 0.048 0.001 Y NA
 10327281 10327282 HMPREF0424_1267 HMPREF0424_1268   ptsP TRUE 0.823 105.000 0.000 0.003 Y NA
 10327283 10327284 HMPREF0424_1269 HMPREF0424_1270     TRUE 0.610 100.000 0.000 1.000 N NA
 10327285 10327286 HMPREF0424_1271 HMPREF0424_1272   tmk TRUE 0.799 55.000 0.037 1.000 N NA
 10327286 10327287 HMPREF0424_1272 HMPREF0424_1273 tmk topA TRUE 0.743 48.000 0.015 1.000 N NA
 10327287 10327288 HMPREF0424_1273 HMPREF0424_1274 topA   TRUE 0.465 132.000 0.012 1.000   NA
 10327288 10327289 HMPREF0424_1274 HMPREF0424_1408   srpB FALSE 0.374 45.000 0.000 NA   NA
 10327289 10327290 HMPREF0424_1408 HMPREF0424_1276 srpB   FALSE 0.363 42.000 0.000 NA   NA
 10327292 10327293 HMPREF0424_1278 HMPREF0424_1279     TRUE 0.485 140.000 0.034 1.000   NA
 10327293 10327294 HMPREF0424_1279 HMPREF0424_1280   dnaJ TRUE 0.938 88.000 0.286 1.000 N NA
 10327294 10327295 HMPREF0424_1280 HMPREF0424_1281 dnaJ grpE TRUE 0.909 125.000 0.248 0.007 Y NA
 10327295 10327296 HMPREF0424_1281 HMPREF0424_1282 grpE dnaK TRUE 0.991 0.000 0.074 0.007 Y NA
 10327296 10327297 HMPREF0424_1282 HMPREF0424_1283 dnaK   FALSE 0.094 278.000 0.000 1.000 N NA
 10327297 10327298 HMPREF0424_1283 HMPREF0424_1284   thiG_2 TRUE 0.874 36.000 0.014 0.020 Y NA
 10327298 10327299 HMPREF0424_1284 HMPREF0424_1285 thiG_2 thiS_2 TRUE 0.923 52.000 0.104 1.000 Y NA
 10327299 10327300 HMPREF0424_1285 HMPREF0424_1286 thiS_2 thiO TRUE 0.889 124.000 0.625 1.000 N NA
 10327300 10327301 HMPREF0424_1286 HMPREF0424_1288 thiO   FALSE 0.022 490.000 0.000 1.000   NA
 10327301 10327302 HMPREF0424_1288 HMPREF0424_1289     FALSE 0.408 111.000 0.000 1.000   NA
 10327302 10327303 HMPREF0424_1289 HMPREF0424_1290     TRUE 0.995 -3.000 0.250 0.031 Y NA
 10327303 10327304 HMPREF0424_1290 HMPREF0424_1291     TRUE 0.971 48.000 0.750 0.031 Y NA
 10327306 10327307 HMPREF0424_1293 HMPREF0424_1294     TRUE 0.567 78.000 0.000 NA   NA
 10327308 10327309 HMPREF0424_1295 HMPREF0424_1296     TRUE 0.850 160.000 0.278 0.031 Y NA
 10327309 10327310 HMPREF0424_1296 HMPREF0424_1297     TRUE 0.997 -3.000 0.615 0.031 Y NA
 10327310 10327311 HMPREF0424_1297 HMPREF0424_1298   pulA_2 FALSE 0.195 312.000 0.000 1.000 Y NA
 10327311 10327312 HMPREF0424_1298 HMPREF0424_1299 pulA_2 malQ_2 FALSE 0.256 277.000 0.000 0.010 Y NA
 10327313 10327314 HMPREF0424_1300 HMPREF0424_1301     FALSE 0.123 189.000 0.000 NA   NA
 10327314 10327315 HMPREF0424_1301 HMPREF0424_1302     TRUE 0.541 188.000 0.222 NA   NA
 10327315 10327316 HMPREF0424_1302 HMPREF0424_1303     TRUE 0.992 -3.000 0.094 0.031 Y NA
 10327318 10327319 HMPREF0424_1305 HMPREF0424_1306     FALSE 0.240 273.000 0.000 NA Y NA
 10327319 10327320 HMPREF0424_1306 HMPREF0424_1307     FALSE 0.444 187.000 0.000 NA Y NA
 10327321 10327322 HMPREF0424_1308 HMPREF0424_1309     TRUE 0.975 -49.000 0.233 NA   NA
 10327325 10327326 HMPREF0424_1312 HMPREF0424_1313     TRUE 0.634 30.000 0.000 1.000 N NA
 10327326 10327327 HMPREF0424_1313 HMPREF0424_1314     TRUE 0.972 33.000 0.667 1.000 Y NA
 10327327 10327328 HMPREF0424_1314 HMPREF0424_1315     TRUE 0.997 0.000 0.667 0.031 Y NA
 10327328 10327329 HMPREF0424_1315 HMPREF0424_1316     TRUE 0.981 85.000 0.500 0.031 Y NA
 10327329 10327330 HMPREF0424_1316 HMPREF0424_1317     FALSE 0.374 208.000 0.000 1.000 Y NA
 10327332 10327333 HMPREF0424_1319 HMPREF0424_1320     TRUE 0.510 28.000 0.000 NA   NA
 10327333 10327334 HMPREF0424_1320 HMPREF0424_1321     TRUE 0.841 -16.000 0.000 NA   NA
 10327334 10327335 HMPREF0424_1321 HMPREF0424_1322     TRUE 0.869 -3.000 0.000 NA   NA
 10327335 10327336 HMPREF0424_1322 HMPREF0424_1323     TRUE 0.698 18.000 0.000 NA   NA
 10327336 10327337 HMPREF0424_1323 HMPREF0424_1324     FALSE 0.026 421.000 0.000 NA   NA
 10327337 10327338 HMPREF0424_1324 HMPREF0424_1325     TRUE 0.757 15.000 0.000 NA   NA
 10327338 10327339 HMPREF0424_1325 HMPREF0424_1326     FALSE 0.109 195.000 0.000 NA   NA
 10327339 10327340 HMPREF0424_1326 HMPREF0424_1327     FALSE 0.171 149.000 0.000 NA   NA
 10327340 10327341 HMPREF0424_1327 HMPREF0424_1410   rrfB FALSE 0.237 130.000 0.000 NA   NA
 10327341 10327342 HMPREF0424_1410 HMPREF0424_1411 rrfB rrlB FALSE 0.133 184.000 0.000 NA   NA
 10327342 10327343 HMPREF0424_1411 HMPREF0424_1412 rrlB rrsB FALSE 0.023 443.000 0.000 NA   NA
 10327345 10327346 HMPREF0424_1332 HMPREF0424_1333     FALSE 0.158 214.000 0.000 1.000 N NA
 10327346 10327347 HMPREF0424_1333 HMPREF0424_1334     FALSE 0.127 243.000 0.000 1.000 N NA
 10327347 10327348 HMPREF0424_1334 HMPREF0424_1335     TRUE 0.822 32.000 0.000 1.000 Y NA
 10327348 10327349 HMPREF0424_1335 HMPREF0424_1336     FALSE 0.319 295.000 0.010 NA Y NA
 10327349 10327350 HMPREF0424_1336 HMPREF0424_1337     FALSE 0.421 264.000 0.021 NA Y NA
 10327350 10327351 HMPREF0424_1337 HMPREF0424_1338     TRUE 0.865 172.000 0.435 1.000 Y NA
 10327351 10327352 HMPREF0424_1338 HMPREF0424_1339     FALSE 0.153 217.000 0.000 1.000 N NA
 10327352 10327353 HMPREF0424_1339 HMPREF0424_1340     FALSE 0.054 391.000 0.000 1.000 N NA
 10327353 10327354 HMPREF0424_1340 HMPREF0424_1341     TRUE 0.559 75.000 0.000 NA   NA
 10327354 10327355 HMPREF0424_1341 HMPREF0424_1413     TRUE 0.553 86.000 0.000 NA   NA
 10327355 10327356 HMPREF0424_1413 HMPREF0424_1343   tgt TRUE 0.563 76.000 0.000 NA   NA
 10327358 10327359 HMPREF0424_1345 HMPREF0424_1346     FALSE 0.228 131.000 0.000 NA   NA
 10327360 10327361 HMPREF0424_1347 HMPREF0424_1348   dcd FALSE 0.156 289.000 0.005 1.000 N NA
 10327361 10327362 HMPREF0424_1348 HMPREF0424_1349 dcd trpB FALSE 0.033 576.000 0.000 1.000 N NA
 10327363 10326026 HMPREF0424_1350 HMPREF0424_0001   lysR TRUE 0.527 66.000 0.000 NA   NA