MicrobesOnline Operon Predictions for Holdemania filiformis DSM 12042

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column Description
Gene1 VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1 Systematic name of 1st gene in pair
Name1 Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2 VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2 Systematic name of 2nd gene in pair
Name2 Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim Whether the genes share a COG category or not
ExprSim Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

 Gene1 Gene2 SysName1 SysName2 Name1 Name2 bOp pOp Sep MOGScore GOScore COGSim ExprSim
 6370404 6370405 HOLDEFILI_00002 HOLDEFILI_00003     TRUE 0.393 62.000 0.000 1.000   NA
 6370406 6370407 HOLDEFILI_00004 HOLDEFILI_00005     TRUE 0.999 -3.000 0.600 1.000   NA
 6370407 6370408 HOLDEFILI_00005 HOLDEFILI_00006     TRUE 0.945 0.000 0.000 NA   NA
 6370408 6370409 HOLDEFILI_00006 HOLDEFILI_00007     FALSE 0.025 253.000 0.000 NA   NA
 6370409 6370410 HOLDEFILI_00007 HOLDEFILI_00008     TRUE 0.962 -6.000 0.000 1.000   NA
 6370410 6370411 HOLDEFILI_00008 HOLDEFILI_00009     TRUE 0.983 3.000 0.000 0.004   NA
 6370411 6370412 HOLDEFILI_00009 HOLDEFILI_00010     TRUE 1.000 -3.000 0.444 0.005 Y NA
 6370412 6370413 HOLDEFILI_00010 HOLDEFILI_00011     FALSE 0.119 171.000 0.000 1.000   NA
 6370413 6370414 HOLDEFILI_00011 HOLDEFILI_00012     TRUE 0.954 -3.000 0.000 NA   NA
 6370415 6370416 HOLDEFILI_00013 HOLDEFILI_00014     TRUE 0.932 10.000 0.000 NA   NA
 6370416 6370417 HOLDEFILI_00014 HOLDEFILI_00015     FALSE 0.174 112.000 0.000 NA   NA
 6370417 6370418 HOLDEFILI_00015 HOLDEFILI_00016     TRUE 0.263 65.000 0.000 NA   NA
 6370418 6370419 HOLDEFILI_00016 HOLDEFILI_00017     TRUE 0.376 52.000 0.000 NA   NA
 6370419 6370420 HOLDEFILI_00017 HOLDEFILI_00018     TRUE 0.340 55.000 0.000 NA   NA
 6370420 6370421 HOLDEFILI_00018 HOLDEFILI_00020     FALSE 0.049 195.000 0.000 NA   NA
 6370423 6370424 HOLDEFILI_00021 HOLDEFILI_00022     FALSE 0.056 185.000 0.000 NA   NA
 6370424 6370425 HOLDEFILI_00022 HOLDEFILI_00023     TRUE 0.531 41.000 0.000 NA   NA
 6370425 6370426 HOLDEFILI_00023 HOLDEFILI_00024     FALSE 0.247 72.000 0.000 NA   NA
 6370426 6370427 HOLDEFILI_00024 HOLDEFILI_00025     TRUE 0.932 10.000 0.000 NA   NA
 6370427 6370428 HOLDEFILI_00025 HOLDEFILI_00026     TRUE 0.955 -7.000 0.000 1.000   NA
 6370428 6370429 HOLDEFILI_00026 HOLDEFILI_00027     TRUE 0.955 -7.000 0.000 1.000   NA
 6370429 6370430 HOLDEFILI_00027 HOLDEFILI_00028     TRUE 0.999 -25.000 0.917 0.084 Y NA
 6370430 6370431 HOLDEFILI_00028 HOLDEFILI_00029     TRUE 0.999 19.000 0.917 0.088 Y NA
 6370431 6370432 HOLDEFILI_00029 HOLDEFILI_00030     TRUE 0.825 21.000 0.000 NA   NA
 6370435 6370436 HOLDEFILI_00033 HOLDEFILI_00034     FALSE 0.008 460.000 0.000 NA   NA
 6370438 6370439 HOLDEFILI_00036 HOLDEFILI_00037     FALSE 0.105 149.000 0.000 NA   NA
 6370441 6370442 HOLDEFILI_00039 HOLDEFILI_00040     TRUE 0.955 -7.000 0.000 1.000   NA
 6370442 6370443 HOLDEFILI_00040 HOLDEFILI_00041     TRUE 0.999 2.000 0.286 1.000 Y NA
 6370443 6370444 HOLDEFILI_00041 HOLDEFILI_00042     TRUE 0.934 6.000 0.000 NA   NA
 6370444 6370445 HOLDEFILI_00042 HOLDEFILI_00043     TRUE 0.763 -34.000 0.000 NA   NA
 6370445 6370446 HOLDEFILI_00043 HOLDEFILI_00044     TRUE 0.998 19.000 0.667 1.000   NA
 6370446 6370447 HOLDEFILI_00044 HOLDEFILI_00045     FALSE 0.038 260.000 0.000 1.000   NA
 6370449 6370450 HOLDEFILI_00047 HOLDEFILI_00048     FALSE 0.203 99.000 0.000 NA   NA
 6370454 6370455 HOLDEFILI_00052 HOLDEFILI_00053     FALSE 0.209 93.000 0.000 NA   NA
 6370455 6370456 HOLDEFILI_00053 HOLDEFILI_00054     TRUE 0.972 -3.000 0.000 1.000   NA
 6370456 6370457 HOLDEFILI_00054 HOLDEFILI_00055     TRUE 0.999 3.000 0.143 1.000 Y NA
 6370457 6370458 HOLDEFILI_00055 HOLDEFILI_00056     TRUE 1.000 -3.000 0.783 0.037 Y NA
 6370458 6370459 HOLDEFILI_00056 HOLDEFILI_00057     TRUE 1.000 -7.000 0.522 0.037 Y NA
 6370460 6370461 HOLDEFILI_00058 HOLDEFILI_00059     FALSE 0.178 110.000 0.000 NA   NA
 6370462 6370463 HOLDEFILI_00060 HOLDEFILI_00061     TRUE 0.871 18.000 0.000 NA   NA
 6370464 6370465 HOLDEFILI_00062 HOLDEFILI_00063     TRUE 0.954 -3.000 0.000 NA   NA
 6370465 6370466 HOLDEFILI_00063 HOLDEFILI_00064     FALSE 0.018 279.000 0.000 NA   NA
 6370466 6370467 HOLDEFILI_00064 HOLDEFILI_00065     TRUE 0.847 -18.000 0.000 NA   NA
 6370467 6370468 HOLDEFILI_00065 HOLDEFILI_00066     FALSE 0.029 236.000 0.000 NA   NA
 6370469 6370470 HOLDEFILI_00067 HOLDEFILI_00068     TRUE 0.967 0.000 0.000 1.000   NA
 6370470 6370471 HOLDEFILI_00068 HOLDEFILI_00069     TRUE 0.263 65.000 0.000 NA   NA
 6370472 6370473 HOLDEFILI_00070 HOLDEFILI_00071     FALSE 0.247 72.000 0.000 NA   NA
 6370473 6370474 HOLDEFILI_00071 HOLDEFILI_00072     FALSE 0.144 159.000 0.000 1.000   NA
 6370474 6370475 HOLDEFILI_00072 HOLDEFILI_00073     TRUE 0.902 51.000 0.132 NA   NA
 6370475 6370476 HOLDEFILI_00073 HOLDEFILI_00074     TRUE 0.915 14.000 0.000 NA   NA
 6370476 6370477 HOLDEFILI_00074 HOLDEFILI_00075     TRUE 0.999 19.000 1.000 0.087 Y NA
 6370477 6370478 HOLDEFILI_00075 HOLDEFILI_00076     TRUE 1.000 3.000 1.000 0.084 Y NA
 6370479 6370480 HOLDEFILI_00077 HOLDEFILI_00078     TRUE 0.903 -10.000 0.000 NA   NA
 6370480 6370481 HOLDEFILI_00078 HOLDEFILI_00079     TRUE 0.998 -3.000 0.329 NA   NA
 6370481 6370482 HOLDEFILI_00079 HOLDEFILI_00080     FALSE 0.143 129.000 0.000 NA   NA
 6370482 6370483 HOLDEFILI_00080 HOLDEFILI_00081     FALSE 0.159 120.000 0.000 NA   NA
 6370483 6370484 HOLDEFILI_00081 HOLDEFILI_00082     TRUE 0.920 13.000 0.000 NA   NA
 6370484 6370485 HOLDEFILI_00082 HOLDEFILI_00083     FALSE 0.170 114.000 0.000 NA   NA
 6370485 6370486 HOLDEFILI_00083 HOLDEFILI_00084     TRUE 0.463 46.000 0.000 NA   NA
 6370486 6370487 HOLDEFILI_00084 HOLDEFILI_00085     TRUE 0.847 -18.000 0.000 NA   NA
 6370487 6370488 HOLDEFILI_00085 HOLDEFILI_00086     TRUE 0.999 -3.000 0.500 NA   NA
 6370488 6370489 HOLDEFILI_00086 HOLDEFILI_00087     FALSE 0.133 201.000 0.000 NA Y NA
 6370489 6370490 HOLDEFILI_00087 HOLDEFILI_00088     FALSE 0.233 123.000 0.000 1.000   NA
 6370490 6370491 HOLDEFILI_00088 HOLDEFILI_00089     FALSE 0.036 217.000 0.000 NA   NA
 6370492 6370493 HOLDEFILI_00090 HOLDEFILI_00091     TRUE 0.937 -6.000 0.000 NA   NA
 6370493 6370494 HOLDEFILI_00091 HOLDEFILI_00093     TRUE 0.859 -16.000 0.000 NA   NA
 6370496 6370497 HOLDEFILI_00094 HOLDEFILI_00095     TRUE 0.967 24.000 0.000 0.037 Y NA
 6370497 6370498 HOLDEFILI_00095 HOLDEFILI_00096     TRUE 0.995 25.000 0.087 0.037 Y NA
 6370499 6370500 HOLDEFILI_00097 HOLDEFILI_00098     TRUE 0.920 13.000 0.000 NA   NA
 6370501 6370502 HOLDEFILI_00099 HOLDEFILI_00100     TRUE 0.926 -7.000 0.000 NA   NA
 6370502 6370503 HOLDEFILI_00100 HOLDEFILI_00101     TRUE 0.934 5.000 0.000 NA   NA
 6370503 6370504 HOLDEFILI_00101 HOLDEFILI_00102     FALSE 0.094 157.000 0.000 NA   NA
 6370504 6370505 HOLDEFILI_00102 HOLDEFILI_00103     TRUE 0.993 22.000 0.077 1.000 Y NA
 6370506 6370507 HOLDEFILI_00104 HOLDEFILI_00105     TRUE 0.954 -3.000 0.000 NA   NA
 6370508 6370509 HOLDEFILI_00106 HOLDEFILI_00107     TRUE 0.934 5.000 0.000 NA   NA
 6370509 6370510 HOLDEFILI_00107 HOLDEFILI_00108     FALSE 0.213 86.000 0.000 NA   NA
 6370512 6370513 HOLDEFILI_00110 HOLDEFILI_00111     TRUE 0.284 103.000 0.000 1.000   NA
 6370513 6370514 HOLDEFILI_00111 HOLDEFILI_00112     FALSE 0.256 114.000 0.000 1.000   NA
 6370514 6370515 HOLDEFILI_00112 HOLDEFILI_00113     TRUE 0.969 2.000 0.000 1.000 N NA
 6370515 6370516 HOLDEFILI_00113 HOLDEFILI_00114     TRUE 1.000 15.000 0.851 0.001 Y NA
 6370516 6370517 HOLDEFILI_00114 HOLDEFILI_00115     TRUE 0.632 101.000 0.008 1.000 N NA
 6370517 6370518 HOLDEFILI_00115 HOLDEFILI_00116     TRUE 0.918 59.000 0.050 1.000 Y NA
 6370518 6370519 HOLDEFILI_00116 HOLDEFILI_00117     TRUE 0.999 28.000 0.884 0.015 Y NA
 6370519 6370520 HOLDEFILI_00117 HOLDEFILI_00118     TRUE 0.920 177.000 0.302 0.020 Y NA
 6370520 6370521 HOLDEFILI_00118 HOLDEFILI_00119     TRUE 1.000 16.000 0.838 0.020 Y NA
 6370521 6370522 HOLDEFILI_00119 HOLDEFILI_00120     FALSE 0.162 162.000 0.000 1.000 N NA
 6370524 6370525 HOLDEFILI_00122 HOLDEFILI_00123     TRUE 0.688 30.000 0.000 NA   NA
 6370527 6370528 HOLDEFILI_00125 HOLDEFILI_00126     TRUE 0.954 -3.000 0.000 NA   NA
 6370530 6370531 HOLDEFILI_00128 HOLDEFILI_00129     TRUE 0.967 0.000 0.000 1.000   NA
 6370531 6370532 HOLDEFILI_00129 HOLDEFILI_00130     TRUE 1.000 13.000 0.500 0.083 Y NA
 6370532 6370533 HOLDEFILI_00130 HOLDEFILI_00131     TRUE 1.000 13.000 0.667 0.087 Y NA
 6370533 6370534 HOLDEFILI_00131 HOLDEFILI_00132     TRUE 0.991 4.000 0.000 0.087 Y NA
 6370534 6370535 HOLDEFILI_00132 HOLDEFILI_00133     TRUE 0.412 113.000 0.000 0.087 N NA
 6370535 6370536 HOLDEFILI_00133 HOLDEFILI_00134     TRUE 0.937 -6.000 0.000 NA   NA
 6370536 6370537 HOLDEFILI_00134 HOLDEFILI_00135     TRUE 0.391 51.000 0.000 NA   NA
 6370537 6370538 HOLDEFILI_00135 HOLDEFILI_00136     TRUE 0.273 63.000 0.000 NA   NA
 6370538 6370539 HOLDEFILI_00136 HOLDEFILI_00137     TRUE 0.999 4.000 0.843 1.000   NA
 6370539 6370540 HOLDEFILI_00137 HOLDEFILI_00138     TRUE 0.994 13.000 0.080 1.000   NA
 6370540 6370541 HOLDEFILI_00138 HOLDEFILI_00139     TRUE 0.290 102.000 0.000 1.000   NA
 6370541 6370542 HOLDEFILI_00139 HOLDEFILI_00140     TRUE 0.977 15.000 0.002 1.000   NA
 6370544 6370545 HOLDEFILI_00142 HOLDEFILI_00143     TRUE 0.997 0.000 0.129 1.000   NA
 6370545 6370546 HOLDEFILI_00143 HOLDEFILI_00144     FALSE 0.031 232.000 0.000 NA   NA
 6370547 6370548 HOLDEFILI_00145 HOLDEFILI_00146     FALSE 0.034 223.000 0.000 NA   NA
 6370548 6370549 HOLDEFILI_00146 HOLDEFILI_00147     TRUE 0.954 -3.000 0.000 NA   NA
 6370549 6370550 HOLDEFILI_00147 HOLDEFILI_00148     TRUE 0.300 59.000 0.000 NA   NA
 6370550 6370551 HOLDEFILI_00148 HOLDEFILI_00149     TRUE 0.781 57.000 0.000 0.086 Y NA
 6370551 6370552 HOLDEFILI_00149 HOLDEFILI_00150     TRUE 0.992 0.000 0.000 0.082 Y NA
 6370552 6370553 HOLDEFILI_00150 HOLDEFILI_00151     TRUE 0.556 99.000 0.000 1.000 Y NA
 6370554 6370555 HOLDEFILI_00152 HOLDEFILI_00153     TRUE 0.401 61.000 0.000 1.000   NA
 6370555 6370556 HOLDEFILI_00153 HOLDEFILI_00154     FALSE 0.256 114.000 0.000 1.000   NA
 6370557 6370558 HOLDEFILI_00155 HOLDEFILI_00156     TRUE 0.284 61.000 0.000 NA   NA
 6370558 6370559 HOLDEFILI_00156 HOLDEFILI_00157     TRUE 0.998 11.000 0.667 NA   NA
 6370559 6370560 HOLDEFILI_00157 HOLDEFILI_00158     TRUE 0.999 -3.000 0.400 NA   NA
 6370560 6370561 HOLDEFILI_00158 HOLDEFILI_00159     TRUE 0.954 -3.000 0.000 NA   NA
 6370561 6370562 HOLDEFILI_00159 HOLDEFILI_00160     TRUE 0.391 51.000 0.000 NA   NA
 6370562 6370563 HOLDEFILI_00160 HOLDEFILI_00161     TRUE 0.954 -3.000 0.000 NA   NA
 6370563 6370564 HOLDEFILI_00161 HOLDEFILI_00162     TRUE 0.933 8.000 0.000 NA   NA
 6370564 6370565 HOLDEFILI_00162 HOLDEFILI_00163     TRUE 0.954 -3.000 0.000 NA   NA
 6370566 6370567 HOLDEFILI_00164 HOLDEFILI_00165     TRUE 1.000 4.000 0.688 0.008 Y NA
 6370569 6370570 HOLDEFILI_00167 HOLDEFILI_00168     TRUE 0.763 -34.000 0.000 NA   NA
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