MicrobesOnline Operon Predictions for Helicobacter pullorum MIT 98-5489

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column Description
Gene1 VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1 Systematic name of 1st gene in pair
Name1 Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2 VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2 Systematic name of 2nd gene in pair
Name2 Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim Whether the genes share a COG category or not
ExprSim Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

 Gene1 Gene2 SysName1 SysName2 Name1 Name2 bOp pOp Sep MOGScore GOScore COGSim ExprSim
 6154355 6154356 HpulM9_010100000005 HpulM9_010100000010     FALSE 0.376 0.000 0.000 NA   NA
 6154356 6154357 HpulM9_010100000010 HpulM9_010100000015     FALSE 0.344 7.000 0.000 NA   NA
 6154357 6154358 HpulM9_010100000015 HpulM9_010100000020     FALSE 0.034 78.000 0.000 NA   NA
 6154358 6154359 HpulM9_010100000020 HpulM9_010100000025     TRUE 0.918 3.000 0.094 NA   NA
 6154360 6154361 HpulM9_010100000030 HpulM9_010100000035     FALSE 0.003 330.000 0.000 NA   NA
 6154362 6154363 HpulM9_010100000040 HpulM9_010100000045     FALSE 0.006 178.000 0.000 NA   NA
 6154363 6154364 HpulM9_010100000045 HpulM9_010100000050     FALSE 0.144 27.000 0.000 NA   NA
 6154364 6154365 HpulM9_010100000050 HpulM9_010100000055     FALSE 0.003 296.000 0.000 NA   NA
 6154365 6154366 HpulM9_010100000055 HpulM9_010100000060     TRUE 0.979 -3.000 0.863 NA   NA
 6154366 6154367 HpulM9_010100000060 HpulM9_010100000065     TRUE 0.883 -3.000 0.067 NA   NA
 6154367 6154368 HpulM9_010100000065 HpulM9_010100000070     TRUE 0.916 0.000 0.075 NA   NA
 6154368 6154369 HpulM9_010100000070 HpulM9_010100000075     TRUE 0.980 8.000 0.821 NA   NA
 6154369 6154370 HpulM9_010100000075 HpulM9_010100000080     FALSE 0.053 67.000 0.000 NA   NA
 6154372 6154373 HpulM9_010100000090 HpulM9_010100000095     TRUE 0.949 -10.000 0.462 NA   NA
 6154373 6154374 HpulM9_010100000095 HpulM9_010100000100     TRUE 0.903 -7.000 0.122 NA   NA
 6154374 6154375 HpulM9_010100000100 HpulM9_010100000105     FALSE 0.304 12.000 0.000 NA   NA
 6154375 6154376 HpulM9_010100000105 HpulM9_010100000110     FALSE 0.116 37.000 0.000 NA   NA
 6154376 6154377 HpulM9_010100000110 HpulM9_010100000115     FALSE 0.239 -12.000 0.000 NA   NA
 6154377 6154378 HpulM9_010100000115 HpulM9_010100000120     FALSE 0.332 4.000 0.000 NA   NA
 6154378 6154379 HpulM9_010100000120 HpulM9_010100000125     FALSE 0.315 -3.000 0.000 NA   NA
 6154379 6154380 HpulM9_010100000125 HpulM9_010100000130     FALSE 0.248 -10.000 0.000 NA   NA
 6154381 6154382 HpulM9_010100000135 HpulM9_010100000140     TRUE 0.867 0.000 0.042 NA   NA
 6154382 6154383 HpulM9_010100000140 HpulM9_010100000145     TRUE 0.933 -16.000 0.396 NA   NA
 6154384 6154385 HpulM9_010100000150 HpulM9_010100000155     FALSE 0.315 -3.000 0.000 NA   NA
 6154385 6154386 HpulM9_010100000155 HpulM9_010100000160     FALSE 0.003 355.000 0.000 NA   NA
 6154386 6154387 HpulM9_010100000160 HpulM9_010100000165     TRUE 0.986 0.000 1.000 NA   NA
 6154387 6154388 HpulM9_010100000165 HpulM9_010100000170     TRUE 0.982 -3.000 1.000 NA   NA
 6154388 6154389 HpulM9_010100000170 HpulM9_010100000175     FALSE 0.315 -3.000 0.000 NA   NA
 6154389 6154390 HpulM9_010100000175 HpulM9_010100000180     FALSE 0.008 147.000 0.000 NA   NA
 6154391 6154392 HpulM9_010100000185 HpulM9_010100000190     TRUE 0.973 -12.000 1.000 NA   NA
 6154392 6154393 HpulM9_010100000190 HpulM9_010100000195     FALSE 0.101 44.000 0.000 NA   NA
 6154393 6154394 HpulM9_010100000195 HpulM9_010100000200     FALSE 0.304 12.000 0.000 NA   NA
 6154395 6154396 HpulM9_010100000205 HpulM9_010100000210     TRUE 0.977 -7.000 1.000 NA   NA
 6154396 6154397 HpulM9_010100000210 HpulM9_010100000215     FALSE 0.329 11.000 0.000 NA   NA
 6154397 6154398 HpulM9_010100000215 HpulM9_010100000220     FALSE 0.231 -13.000 0.000 NA   NA
 6154399 6154400 HpulM9_010100000225 HpulM9_010100000230     FALSE 0.209 -24.000 0.000 NA   NA
 6154400 6154401 HpulM9_010100000230 HpulM9_010100000235     FALSE 0.108 41.000 0.000 NA   NA
 6154401 6154402 HpulM9_010100000235 HpulM9_010100000240     FALSE 0.002 851.000 0.000 NA   NA
 6154402 6154403 HpulM9_010100000240 HpulM9_010100000245     FALSE 0.231 -13.000 0.000 NA   NA
 6154403 6154404 HpulM9_010100000245 HpulM9_010100000250     FALSE 0.352 3.000 0.000 NA   NA
 6154404 6154405 HpulM9_010100000250 HpulM9_010100000255     FALSE 0.315 -3.000 0.000 NA   NA
 6154405 6154406 HpulM9_010100000255 HpulM9_010100000260     FALSE 0.355 10.000 0.000 NA   NA
 6154406 6154407 HpulM9_010100000260 HpulM9_010100000265     FALSE 0.190 19.000 0.000 NA   NA
 6154407 6154408 HpulM9_010100000265 HpulM9_010100000270     FALSE 0.355 10.000 0.000 NA   NA
 6154408 6154409 HpulM9_010100000270 HpulM9_010100000275     FALSE 0.015 107.000 0.000 NA   NA
 6154409 6154410 HpulM9_010100000275 HpulM9_010100000280     FALSE 0.011 127.000 0.000 NA   NA
 6154410 6154411 HpulM9_010100000280 HpulM9_010100000285     FALSE 0.010 132.000 0.000 NA   NA
 6154411 6154412 HpulM9_010100000285 HpulM9_010100000290     FALSE 0.066 60.000 0.000 NA   NA
 6154412 6154413 HpulM9_010100000290 HpulM9_010100000295     FALSE 0.008 149.000 0.000 NA   NA
 6154413 6154414 HpulM9_010100000295 HpulM9_010100000300     FALSE 0.181 20.000 0.000 NA   NA
 6154414 6154415 HpulM9_010100000300 HpulM9_010100000305     FALSE 0.352 3.000 0.000 NA   NA
 6154415 6154416 HpulM9_010100000305 HpulM9_010100000310     FALSE 0.285 13.000 0.000 NA   NA
 6154416 6154417 HpulM9_010100000310 HpulM9_010100000315     FALSE 0.015 107.000 0.000 NA   NA
 6154417 6154418 HpulM9_010100000315 HpulM9_010100000320     FALSE 0.008 157.000 0.000 NA   NA
 6154418 6154419 HpulM9_010100000320 HpulM9_010100000325     FALSE 0.007 166.000 0.000 NA   NA
 6154419 6154420 HpulM9_010100000325 HpulM9_010100000330     FALSE 0.247 15.000 0.000 NA   NA
 6154420 6154421 HpulM9_010100000330 HpulM9_010100000335     FALSE 0.304 12.000 0.000 NA   NA
 6154421 6154422 HpulM9_010100000335 HpulM9_010100000340     FALSE 0.304 12.000 0.000 NA   NA
 6154422 6154423 HpulM9_010100000340 HpulM9_010100000345     FALSE 0.008 148.000 0.000 NA   NA
 6154423 6154424 HpulM9_010100000345 HpulM9_010100000350     FALSE 0.005 210.000 0.000 NA   NA
 6154424 6154425 HpulM9_010100000350 HpulM9_010100000355     FALSE 0.128 31.000 0.000 NA   NA
 6154425 6154426 HpulM9_010100000355 HpulM9_010100000360     FALSE 0.346 9.000 0.000 NA   NA
 6154426 6154427 HpulM9_010100000360 HpulM9_010100000365     FALSE 0.047 69.000 0.000 NA   NA
 6154427 6154428 HpulM9_010100000365 HpulM9_010100000370     FALSE 0.018 102.000 0.000 NA   NA
 6154428 6154429 HpulM9_010100000370 HpulM9_010100000375     FALSE 0.006 178.000 0.000 NA   NA
 6154431 6154432 HpulM9_010100000385 HpulM9_010100000390     FALSE 0.006 169.000 0.000 NA   NA
 6154432 6154433 HpulM9_010100000390 HpulM9_010100000395     FALSE 0.003 435.000 0.000 NA   NA
 6154433 6154434 HpulM9_010100000395 HpulM9_010100000400     FALSE 0.002 616.000 0.000 NA   NA
 6154435 6154436 HpulM9_010100000405 HpulM9_010100000410     FALSE 0.019 101.000 0.000 NA   NA
 6154437 6154438 HpulM9_010100t00432 HpulM9_010100t00434     FALSE 0.154 24.000 0.000 NA   NA
 6154438 6154439 HpulM9_010100t00434 HpulM9_010100t00436     FALSE 0.267 14.000 0.000 NA   NA
 6154439 6154440 HpulM9_010100t00436 HpulM9_010100t00438     FALSE 0.123 33.000 0.000 NA   NA
 6154441 6154442 HpulM9_010100000415 HpulM9_010100000420     TRUE 0.904 56.000 1.000 NA   NA
 6154442 6154443 HpulM9_010100000420 HpulM9_010100000425     FALSE 0.479 0.000 0.002 1.000   NA
 6154446 6154447 HpulM9_010100000448 HpulM9_010100000453     FALSE 0.003 270.000 0.000 NA   NA
 6154447 6154448 HpulM9_010100000453 HpulM9_010100000458     FALSE 0.282 -6.000 0.000 NA   NA
 6154448 6154449 HpulM9_010100000458 HpulM9_010100000463     FALSE 0.004 252.000 0.000 NA   NA
 6154449 6154450 HpulM9_010100000463 HpulM9_010100000468     TRUE 0.876 2.000 0.049 NA   NA
 6154450 6154451 HpulM9_010100000468 HpulM9_010100000473     TRUE 0.975 9.000 0.277 1.000 Y NA
 6154451 6154452 HpulM9_010100000473 HpulM9_010100000478     TRUE 0.979 11.000 0.270 0.051 Y NA
 6154452 6154453 HpulM9_010100000478 HpulM9_010100000483     TRUE 0.994 1.000 0.951 0.002 Y NA
 6154453 6154454 HpulM9_010100000483 HpulM9_010100000488     FALSE 0.012 166.000 0.003 1.000 N NA
 6154454 6154455 HpulM9_010100000488 HpulM9_010100000493     TRUE 0.977 4.000 0.689 1.000 N NA
 6154455 6154456 HpulM9_010100000493 HpulM9_010100000498   clpX TRUE 0.691 21.000 0.034 1.000 N NA
 6154456 6154457 HpulM9_010100000498 HpulM9_010100000503 clpX   TRUE 0.803 -3.000 0.027 1.000 N NA
 6154457 6154458 HpulM9_010100000503 HpulM9_010100000508   fabZ TRUE 0.961 1.000 0.264 1.000 N NA
 6154458 6154459 HpulM9_010100000508 HpulM9_010100000513 fabZ   FALSE 0.159 55.000 0.004 1.000 N NA
 6154459 6154460 HpulM9_010100000513 HpulM9_010100000518     TRUE 0.949 14.000 0.404 NA   NA
 6154461 6154462 HpulM9_010100000523 HpulM9_010100000528     TRUE 0.967 13.000 0.667 NA   NA
 6154462 6154463 HpulM9_010100000528 HpulM9_010100000533   cysS FALSE 0.007 183.000 0.002 1.000 N NA
 6154463 6154464 HpulM9_010100000533 HpulM9_010100000538 cysS   FALSE 0.197 -15.000 0.002 NA   NA
 6154464 6154465 HpulM9_010100000538 HpulM9_010100000543     FALSE 0.031 121.000 0.007 NA   NA
 6154465 6154466 HpulM9_010100000543 HpulM9_010100000548     TRUE 0.986 0.000 1.000 NA   NA
 6154466 6154467 HpulM9_010100000548 HpulM9_010100000553     TRUE 0.934 -3.000 0.172 NA   NA
 6154467 6154468 HpulM9_010100000553 HpulM9_010100000558     FALSE 0.318 15.000 0.003 NA   NA
 6154468 6154469 HpulM9_010100000558 HpulM9_010100000563     FALSE 0.021 110.000 0.000 1.000 N NA
 6154469 6154470 HpulM9_010100000563 HpulM9_010100000568     TRUE 0.973 17.000 0.759 NA Y NA
 6154470 6154471 HpulM9_010100000568 HpulM9_010100000573     FALSE 0.002 277.000 0.000 NA N NA
 6154471 6154472 HpulM9_010100000573 HpulM9_010100000578     TRUE 0.988 -7.000 0.815 0.033 Y NA
 6154472 6154473 HpulM9_010100000578 HpulM9_010100000583     TRUE 0.875 -34.000 0.074 0.097 N NA
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 6154883 6154884 HpulM9_010100002654 HpulM9_010100002659     TRUE 0.940 -7.000 0.128 NA Y NA
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 6154889 6154890 HpulM9_010100002679 HpulM9_010100002684     FALSE 0.146 49.000 0.000 1.000   NA
 6154891 6154892 HpulM9_010100002691 HpulM9_010100002696   hemC FALSE 0.146 49.000 0.000 1.000   NA
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 6154898 6154899 HpulM9_010100002726 HpulM9_010100002731   hisD TRUE 0.689 4.000 0.013 NA   NA
 6154899 6154900 HpulM9_010100002731 HpulM9_010100002736 hisD   FALSE 0.236 26.000 0.004 NA   NA
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 6155075 6155076 HpulM9_010100003607 HpulM9_010100003612     FALSE 0.346 -13.000 0.000 1.000   NA
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 6155746 6155747 HpulM9_010100006980 HpulM9_010100006985     TRUE 0.954 7.000 0.217 1.000   NA
 6155747 6155748 HpulM9_010100006985 HpulM9_010100006990     TRUE 0.867 -3.000 0.048 1.000   NA
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 6156138 6156139 HpulM9_010100008950 HpulM9_010100008955     FALSE 0.282 -6.000 0.000 NA   NA
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 6156144 6156145 HpulM9_010100008980 HpulM9_010100008985     FALSE 0.315 -3.000 0.000 NA   NA
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