MicrobesOnline Operon Predictions for Gordonia bronchialis DSM 43247

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column	Description
Gene1	VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1	Systematic name of 1st gene in pair
Name1	Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2	VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2	Systematic name of 2nd gene in pair
Name2	Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp	Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp	Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep	Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore	Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore	Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim	Whether the genes share a COG category or not
ExprSim	Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

Gene1	Gene2	SysName1	SysName2	Name1	Name2	bOp	pOp	Sep	MOGScore	GOScore	COGSim	ExprSim
7538083	7538084	Gbro_0001	Gbro_0002			FALSE	0.316	587.000	0.328	1.000	Y	NA
7538084	7538085	Gbro_0002	Gbro_0003			TRUE	0.919	28.000	0.318	1.000	Y	NA
7538085	7538086	Gbro_0003	Gbro_0004			TRUE	0.705	20.000	0.099	NA		NA
7538086	7538087	Gbro_0004	Gbro_0005			FALSE	0.037	345.000	0.022	NA		NA
7538087	7538088	Gbro_0005	Gbro_0006			TRUE	0.901	49.000	0.306	0.001	Y	NA
7538088	7538089	Gbro_0006	Gbro_0007			FALSE	0.076	186.000	0.053	NA		NA
7538089	7538090	Gbro_0007	Gbro_R0001			FALSE	0.108	63.000	0.000	NA		NA
7538090	7538091	Gbro_R0001	Gbro_R0002			FALSE	0.099	66.000	0.000	NA		NA
7538091	7538092	Gbro_R0002	Gbro_0008			FALSE	0.019	318.000	0.000	NA		NA
7538092	7538093	Gbro_0008	Gbro_0009			FALSE	0.040	116.000	0.000	NA		NA
7538095	7538096	Gbro_0011	Gbro_0012			FALSE	0.214	40.000	0.000	NA		NA
7538096	7538097	Gbro_0012	Gbro_0013			FALSE	0.106	64.000	0.000	NA		NA
7538097	7538098	Gbro_0013	Gbro_0014			TRUE	0.736	-3.000	0.000	NA		NA
7538098	7538099	Gbro_0014	Gbro_0015			FALSE	0.081	71.000	0.000	NA		NA
7538099	7538100	Gbro_0015	Gbro_0016			FALSE	0.041	110.000	0.000	NA		NA
7538104	7538105	Gbro_0020	Gbro_0021			TRUE	0.762	19.000	0.114	1.000		NA
7538106	7538107	Gbro_0022	Gbro_0023			FALSE	0.287	82.000	0.181	NA		NA
7538109	7538110	Gbro_0025	Gbro_0026			TRUE	0.986	-3.000	0.426	0.004		NA
7538110	7538111	Gbro_0026	Gbro_0027			TRUE	0.988	-3.000	0.574	1.000	N	NA
7538111	7538112	Gbro_0027	Gbro_0028			TRUE	0.968	-3.000	0.250	1.000	N	NA
7538112	7538113	Gbro_0028	Gbro_0029			TRUE	0.954	-3.000	0.145	1.000	N	NA
7538113	7538114	Gbro_0029	Gbro_0030			TRUE	0.981	-3.000	0.216	NA	Y	NA
7538114	7538115	Gbro_0030	Gbro_0031			FALSE	0.026	196.000	0.000	NA		NA
7538118	7538119	Gbro_0033	Gbro_0034			TRUE	0.954	-3.000	0.188	1.000		NA
7538119	7538120	Gbro_0034	Gbro_0035			TRUE	0.736	-3.000	0.000	NA		NA
7538124	7538125	Gbro_0039	Gbro_0040			FALSE	0.081	151.000	0.000	0.092		NA
7538125	7538126	Gbro_0040	Gbro_0041			FALSE	0.206	43.000	0.000	NA		NA
7538126	7538127	Gbro_0041	Gbro_0042			TRUE	0.736	-3.000	0.000	NA		NA
7538128	7538129	Gbro_0043	Gbro_0044			FALSE	0.043	105.000	0.000	NA		NA
7538129	7538130	Gbro_0044	Gbro_0045			FALSE	0.040	119.000	0.000	NA		NA
7538131	7538132	Gbro_0046	Gbro_0047			FALSE	0.315	25.000	0.000	NA		NA
7538132	7538133	Gbro_0047	Gbro_0048			FALSE	0.285	28.000	0.000	NA		NA
7538134	7538135	Gbro_0049	Gbro_0050			TRUE	0.755	2.000	0.000	NA		NA
7538137	7538138	Gbro_0052	Gbro_0053			FALSE	0.031	161.000	0.000	NA		NA
7538141	7538142	Gbro_0056	Gbro_0057			FALSE	0.279	124.000	0.000	0.046	Y	NA
7538142	7538143	Gbro_0057	Gbro_0058			FALSE	0.244	83.000	0.133	NA		NA
7538145	7538146	Gbro_0060	Gbro_0061			TRUE	0.736	-3.000	0.000	NA		NA
7538146	7538147	Gbro_0061	Gbro_0062			FALSE	0.016	514.000	0.000	NA		NA
7538149	7538150	Gbro_0064	Gbro_0065			FALSE	0.037	314.000	0.000	1.000	N	NA
7538150	7538151	Gbro_0065	Gbro_0066			FALSE	0.016	537.000	0.000	NA		NA
7538151	7538152	Gbro_0066	Gbro_0067			FALSE	0.033	150.000	0.000	NA		NA
7538152	7538153	Gbro_0067	Gbro_0068			FALSE	0.397	32.000	0.000	1.000	N	NA
7538158	7538159	Gbro_0073	Gbro_0074			FALSE	0.025	205.000	0.000	NA		NA
7538165	7538166	Gbro_0080	Gbro_0081			FALSE	0.063	80.000	0.000	NA		NA
7538173	7538174	Gbro_0088	Gbro_0089			TRUE	0.747	50.000	0.333	1.000	N	NA
7538174	7538175	Gbro_0089	Gbro_0090			FALSE	0.444	14.000	0.000	NA		NA
7538175	7538176	Gbro_0090	Gbro_0091			FALSE	0.057	85.000	0.000	NA		NA
7538176	7538177	Gbro_0091	Gbro_0092			FALSE	0.060	157.000	0.000	1.000	N	NA
7538177	7538178	Gbro_0092	Gbro_0093			TRUE	0.987	-3.000	0.600	1.000		NA
7538178	7538179	Gbro_0093	Gbro_0094			FALSE	0.045	100.000	0.000	NA		NA
7538179	7538180	Gbro_0094	Gbro_0095			FALSE	0.031	158.000	0.000	NA		NA
7538180	7538181	Gbro_0095	Gbro_0096			FALSE	0.189	64.000	0.000	1.000	N	NA
7538182	7538183	Gbro_0097	Gbro_0098			TRUE	0.960	-7.000	0.778	NA		NA
7538183	7538184	Gbro_0098	Gbro_0099			TRUE	0.935	0.000	0.065	1.000		NA
7538184	7538185	Gbro_0099	Gbro_0100			TRUE	0.943	0.000	0.081	1.000		NA
7538185	7538186	Gbro_0100	Gbro_0101			TRUE	0.905	-3.000	0.067	NA		NA
7538186	7538187	Gbro_0101	Gbro_0102			TRUE	0.989	-3.000	0.722	NA		NA
7538187	7538188	Gbro_0102	Gbro_0103			FALSE	0.137	55.000	0.000	NA		NA
7538193	7538194	Gbro_0108	Gbro_0109			FALSE	0.028	299.000	0.000	1.000		NA
7538194	7538195	Gbro_0109	Gbro_0110			TRUE	0.527	19.000	0.014	NA		NA
7538198	7538199	Gbro_0113	Gbro_0114			TRUE	0.744	5.000	0.000	1.000		NA
7538199	7538200	Gbro_0114	Gbro_0115			FALSE	0.120	59.000	0.000	NA		NA
7538200	7538201	Gbro_0115	Gbro_0116			FALSE	0.239	34.000	0.000	NA		NA
7538201	7538202	Gbro_0116	Gbro_0117			FALSE	0.295	27.000	0.000	NA		NA
7538203	7538204	Gbro_0118	Gbro_0119			TRUE	0.920	-7.000	0.043	0.001	Y	NA
7538206	7538207	Gbro_0121	Gbro_0122			FALSE	0.019	322.000	0.000	NA		NA
7538209	7538210	Gbro_0124	Gbro_0125			FALSE	0.021	255.000	0.000	NA		NA
7538212	7538213	Gbro_0127	Gbro_0128			TRUE	0.929	-3.000	0.114	NA		NA
7538213	7538214	Gbro_0128	Gbro_0129			FALSE	0.078	72.000	0.000	NA		NA
7538216	7538217	Gbro_0131	Gbro_0132			FALSE	0.028	176.000	0.000	NA		NA
7538217	7538218	Gbro_0132	Gbro_0133			FALSE	0.206	43.000	0.000	NA		NA
7538218	7538219	Gbro_0133	Gbro_0134			FALSE	0.060	82.000	0.000	NA		NA
7538219	7538220	Gbro_0134	Gbro_0135			FALSE	0.024	213.000	0.000	NA		NA
7538220	7538221	Gbro_0135	Gbro_0136			FALSE	0.039	127.000	0.000	NA		NA
7538221	7538222	Gbro_0136	Gbro_0137			FALSE	0.347	30.000	0.000	NA	N	NA
7538222	7538223	Gbro_0137	Gbro_0138			FALSE	0.087	99.000	0.000	1.000	N	NA
7538223	7538224	Gbro_0138	Gbro_0139			FALSE	0.073	128.000	0.000	1.000	N	NA
7538224	7538225	Gbro_0139	Gbro_0140			TRUE	0.934	2.000	0.111	NA		NA
7538226	7538227	Gbro_0141	Gbro_0142			FALSE	0.259	-40.000	0.000	NA		NA
7538230	7538231	Gbro_0145	Gbro_0146			TRUE	0.744	5.000	0.000	1.000		NA
7538232	7538233	Gbro_0147	Gbro_0148			FALSE	0.092	68.000	0.000	NA		NA
7538236	7538237	Gbro_0151	Gbro_0152			FALSE	0.250	32.000	0.000	NA		NA
7538237	7538238	Gbro_0152	Gbro_0153			FALSE	0.361	-9.000	0.000	NA		NA
7538239	7538240	Gbro_0154	Gbro_0155			FALSE	0.059	107.000	0.000	1.000		NA
7538240	7538241	Gbro_0155	Gbro_0156			FALSE	0.069	119.000	0.008	NA		NA
7538242	7538243	Gbro_0157	Gbro_0158			TRUE	0.962	-3.000	0.240	1.000		NA
7538243	7538244	Gbro_0158	Gbro_0159			FALSE	0.187	47.000	0.000	NA		NA
7538244	7538245	Gbro_0159	Gbro_0160			TRUE	0.784	0.000	0.000	NA		NA
7538246	7538247	Gbro_0161	Gbro_0162			FALSE	0.023	220.000	0.000	NA		NA
7538248	7538249	Gbro_0163	Gbro_0164			TRUE	0.608	7.000	0.000	NA		NA
7538251	7538252	Gbro_0166	Gbro_0167			FALSE	0.025	395.000	0.000	NA	N	NA
7538252	7538253	Gbro_0167	Gbro_0168			FALSE	0.225	204.000	0.333	NA		NA
7538253	7538254	Gbro_0168	Gbro_0169			TRUE	0.918	-3.000	0.087	NA		NA
7538254	7538255	Gbro_0169	Gbro_0170			TRUE	0.524	44.000	0.100	NA		NA
7538256	7538257	Gbro_0171	Gbro_0172			FALSE	0.128	107.000	0.042	NA	N	NA
7538257	7538258	Gbro_0172	Gbro_0173			FALSE	0.069	548.000	0.111	NA		NA
7538258	7538259	Gbro_0173	Gbro_0174			TRUE	0.619	46.000	0.200	NA		NA
7538260	7538261	Gbro_0175	Gbro_0176			TRUE	0.951	0.000	0.079	1.000	N	NA
7538262	7538263	Gbro_0177	Gbro_0178			TRUE	0.965	5.000	0.387	NA		NA
7538264	7538265	Gbro_0179	Gbro_0180			FALSE	0.053	89.000	0.000	NA		NA
7538265	7538266	Gbro_0180	Gbro_0181			FALSE	0.099	66.000	0.000	NA		NA
7538266	7538267	Gbro_0181	Gbro_0182			FALSE	0.075	73.000	0.000	NA		NA
7538268	7538269	Gbro_0183	Gbro_0184			FALSE	0.052	132.000	0.000	1.000		NA
7538271	7538272	Gbro_0186	Gbro_0187			TRUE	0.652	88.000	0.667	1.000		NA
7538272	7538273	Gbro_0187	Gbro_0188			FALSE	0.399	17.000	0.000	NA		NA
7538273	7538274	Gbro_0188	Gbro_0189			FALSE	0.035	137.000	0.000	NA		NA
7538274	7538275	Gbro_0189	Gbro_0190			TRUE	0.736	-3.000	0.000	NA		NA
7538276	7538277	Gbro_0191	Gbro_0192			TRUE	0.840	24.000	0.000	0.002	Y	NA
7538277	7538278	Gbro_0192	Gbro_0193			TRUE	0.800	-3.000	0.000	1.000		NA
7538279	7538280	Gbro_0194	Gbro_0195			TRUE	0.534	10.000	0.000	NA		NA
7538280	7538281	Gbro_0195	Gbro_0196			FALSE	0.027	186.000	0.000	NA		NA
7538283	7538284	Gbro_0198	Gbro_0199			FALSE	0.052	91.000	0.000	NA		NA
7538284	7538285	Gbro_0199	Gbro_0200			FALSE	0.442	-6.000	0.000	NA		NA
7538285	7538286	Gbro_0200	Gbro_0201			TRUE	0.736	-3.000	0.000	NA		NA
7538286	7538287	Gbro_0201	Gbro_0202			TRUE	0.905	-3.000	0.068	NA		NA
7538287	7538288	Gbro_0202	Gbro_0203			TRUE	0.891	-3.000	0.051	NA		NA
7538289	7538290	Gbro_0204	Gbro_0205			TRUE	0.936	1.000	0.105	NA		NA
7538290	7538291	Gbro_0205	Gbro_0206			TRUE	0.889	-19.000	0.500	NA		NA
7538291	7538292	Gbro_0206	Gbro_0207			TRUE	0.945	-3.000	0.136	1.000		NA
7538292	7538293	Gbro_0207	Gbro_0208			TRUE	0.657	-13.000	0.086	NA		NA
7538293	7538294	Gbro_0208	Gbro_0209			FALSE	0.018	340.000	0.000	NA		NA
7538294	7538295	Gbro_0209	Gbro_0210			FALSE	0.020	276.000	0.000	NA		NA
7538295	7538296	Gbro_0210	Gbro_0211			TRUE	0.542	113.000	0.643	NA		NA
7538296	7538297	Gbro_0211	Gbro_0212			TRUE	0.967	5.000	0.409	NA		NA
7538297	7538298	Gbro_0212	Gbro_0213			FALSE	0.084	241.000	0.091	NA		NA
7538298	7538299	Gbro_0213	Gbro_0214			FALSE	0.154	286.000	0.231	NA	N	NA
7538299	7538300	Gbro_0214	Gbro_0215			TRUE	0.687	109.000	0.520	1.000	Y	NA
7538300	7538301	Gbro_0215	Gbro_0216			TRUE	0.921	45.000	0.800	1.000	N	NA
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