MicrobesOnline Operon Predictions for Providencia rettgeri DSM 1131

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column Description
Gene1 VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1 Systematic name of 1st gene in pair
Name1 Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2 VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2 Systematic name of 2nd gene in pair
Name2 Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim Whether the genes share a COG category or not
ExprSim Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

 Gene1 Gene2 SysName1 SysName2 Name1 Name2 bOp pOp Sep MOGScore GOScore COGSim ExprSim
 6382760 6382761 PROVRETT_00001 PROVRETT_00002     FALSE 0.016 370.000 0.000 NA   NA
 6382761 6382762 PROVRETT_00002 PROVRETT_00003     FALSE 0.020 350.000 0.000 1.000 N NA
 6382762 6382763 PROVRETT_00003 PROVRETT_00004     TRUE 0.900 57.000 0.118 1.000 Y NA
 6382763 6382764 PROVRETT_00004 PROVRETT_00005     TRUE 0.773 119.000 0.455 1.000 N NA
 6382765 6382766 PROVRETT_00006 PROVRETT_00007     TRUE 0.989 28.000 0.523 1.000 Y NA
 6382767 6382768 PROVRETT_00008 PROVRETT_00009     FALSE 0.013 436.000 0.000 NA   NA
 6382768 6382769 PROVRETT_00009 PROVRETT_00010     FALSE 0.018 543.000 0.000 1.000   NA
 6382772 6382773 PROVRETT_00013 PROVRETT_00014     FALSE 0.255 70.000 0.000 NA   NA
 6382773 6382774 PROVRETT_00014 PROVRETT_00015     FALSE 0.096 159.000 0.000 NA   NA
 6382776 6382777 PROVRETT_00017 PROVRETT_00018     FALSE 0.016 420.000 0.000 1.000 N NA
 6382777 6382778 PROVRETT_00018 PROVRETT_00019     TRUE 0.905 110.000 0.248 1.000 Y NA
 6382780 6382781 PROVRETT_00021 PROVRETT_00022     FALSE 0.412 137.000 0.141 1.000 N NA
 6382783 6382784 PROVRETT_00024 PROVRETT_00025     FALSE 0.338 79.000 0.000 1.000   NA
 6382784 6382785 PROVRETT_00025 PROVRETT_00026     TRUE 0.967 -16.000 0.400 NA   NA
 6382785 6382786 PROVRETT_00026 PROVRETT_00027     FALSE 0.252 74.000 0.000 NA   NA
 6382786 6382787 PROVRETT_00027 PROVRETT_00028     TRUE 0.821 14.000 0.000 1.000   NA
 6382787 6382788 PROVRETT_00028 PROVRETT_00029     TRUE 0.973 87.000 0.667 1.000 Y NA
 6382788 6382789 PROVRETT_00029 PROVRETT_00030     TRUE 0.929 46.000 0.667 NA   NA
 6382789 6382790 PROVRETT_00030 PROVRETT_00031     TRUE 0.901 45.000 0.500 NA   NA
 6382790 6382791 PROVRETT_00031 PROVRETT_00032     FALSE 0.269 86.000 0.015 1.000 N NA
 6382792 6382793 PROVRETT_00033 PROVRETT_00034     TRUE 0.990 1.000 0.500 NA   NA
 6382793 6382794 PROVRETT_00034 PROVRETT_00035     FALSE 0.015 449.000 0.000 1.000 N NA
 6382794 6382795 PROVRETT_00035 PROVRETT_00036     FALSE 0.204 133.000 0.034 1.000 N NA
 6382795 6382796 PROVRETT_00036 PROVRETT_00037     TRUE 0.906 -3.000 0.034 1.000   NA
 6382796 6382797 PROVRETT_00037 PROVRETT_00038     TRUE 0.949 12.000 0.123 1.000   NA
 6382797 6382798 PROVRETT_00038 PROVRETT_00039     TRUE 0.999 -3.000 0.862 1.000 Y NA
 6382798 6382799 PROVRETT_00039 PROVRETT_00040     TRUE 0.997 -3.000 0.422 1.000 Y NA
 6382800 6382801 PROVRETT_00041 PROVRETT_00042     FALSE 0.018 386.000 0.000 1.000 N NA
 6382801 6382802 PROVRETT_00042 PROVRETT_00043     TRUE 0.999 0.000 1.000 1.000 Y NA
 6382803 6382804 PROVRETT_00044 PROVRETT_00045     TRUE 0.713 -13.000 0.000 NA   NA
 6382804 6382805 PROVRETT_00045 PROVRETT_00046     TRUE 0.993 4.000 0.667 NA   NA
 6382805 6382806 PROVRETT_00046 PROVRETT_00047     TRUE 0.982 -19.000 0.600 1.000   NA
 6382806 6382807 PROVRETT_00047 PROVRETT_00048     TRUE 0.994 5.000 0.800 NA   NA
 6382807 6382808 PROVRETT_00048 PROVRETT_00049     TRUE 0.996 2.000 1.000 NA   NA
 6382810 6382811 PROVRETT_00051 PROVRETT_00052     FALSE 0.019 321.000 0.000 NA   NA
 6382811 6382812 PROVRETT_00052 PROVRETT_00053     TRUE 0.917 35.000 0.400 1.000 N NA
 6382812 6382813 PROVRETT_00053 PROVRETT_00054     FALSE 0.061 186.000 0.000 NA   NA
 6382814 6382815 PROVRETT_00055 PROVRETT_00056     FALSE 0.300 78.000 0.004 1.000   NA
 6382816 6382817 PROVRETT_00057 PROVRETT_00058     TRUE 0.905 15.000 0.111 1.000 N NA
 6382818 6382819 PROVRETT_00059 PROVRETT_00060     TRUE 0.981 72.000 0.564 0.058 Y NA
 6382819 6382820 PROVRETT_00060 PROVRETT_00061     TRUE 0.997 0.000 0.239 0.058 Y NA
 6382820 6382821 PROVRETT_00061 PROVRETT_00062     FALSE 0.212 100.000 0.000 NA   NA
 6382821 6382822 PROVRETT_00062 PROVRETT_00063     FALSE 0.011 588.000 0.000 NA   NA
 6382822 6382823 PROVRETT_00063 PROVRETT_00064     TRUE 0.775 -7.000 0.000 NA   NA
 6382824 6382825 PROVRETT_00065 PROVRETT_00066     FALSE 0.111 149.000 0.000 NA   NA
 6382825 6382826 PROVRETT_00066 PROVRETT_00067     FALSE 0.019 322.000 0.000 NA   NA
 6382826 6382827 PROVRETT_00067 PROVRETT_00068     FALSE 0.011 600.000 0.000 NA   NA
 6382827 6382828 PROVRETT_00068 PROVRETT_00069     TRUE 0.724 15.000 0.000 NA   NA
 6382828 6382829 PROVRETT_00069 PROVRETT_00070     FALSE 0.121 143.000 0.000 NA   NA
 6382829 6382830 PROVRETT_00070 PROVRETT_00071     TRUE 0.643 -25.000 0.000 NA   NA
 6382830 6382831 PROVRETT_00071 PROVRETT_00072     FALSE 0.011 659.000 0.000 NA   NA
 6382831 6382832 PROVRETT_00072 PROVRETT_00073     TRUE 0.854 0.000 0.000 NA   NA
 6382832 6382833 PROVRETT_00073 PROVRETT_00074     TRUE 0.775 -7.000 0.000 NA   NA
 6382833 6382834 PROVRETT_00074 PROVRETT_00075     TRUE 0.689 -16.000 0.000 NA   NA
 6382834 6382835 PROVRETT_00075 PROVRETT_00076     TRUE 0.775 -7.000 0.000 NA   NA
 6382835 6382836 PROVRETT_00076 PROVRETT_00077     TRUE 0.775 -7.000 0.000 NA   NA
 6382836 6382837 PROVRETT_00077 PROVRETT_00078     TRUE 0.854 0.000 0.000 NA   NA
 6382837 6382838 PROVRETT_00078 PROVRETT_00079     FALSE 0.137 136.000 0.000 NA   NA
 6382838 6382839 PROVRETT_00079 PROVRETT_00080     FALSE 0.202 107.000 0.000 NA   NA
 6382839 6382840 PROVRETT_00080 PROVRETT_00081     FALSE 0.082 168.000 0.000 NA   NA
 6382841 6382842 PROVRETT_00082 PROVRETT_00083     TRUE 0.938 23.000 0.286 1.000   NA
 6382843 6382844 PROVRETT_00084 PROVRETT_00085     FALSE 0.303 55.000 0.000 NA   NA
 6382844 6382845 PROVRETT_00085 PROVRETT_00086     FALSE 0.316 51.000 0.000 NA   NA
 6382847 6382848 PROVRETT_00088 PROVRETT_00089     FALSE 0.266 65.000 0.000 NA   NA
 6382848 6382849 PROVRETT_00089 PROVRETT_00090     TRUE 0.538 26.000 0.000 NA   NA
 6382849 6382850 PROVRETT_00090 PROVRETT_00091     FALSE 0.078 170.000 0.000 NA   NA
 6382853 6382854 PROVRETT_00094 PROVRETT_00095     FALSE 0.026 268.000 0.000 NA   NA
 6382854 6382855 PROVRETT_00095 PROVRETT_00096     TRUE 0.713 -13.000 0.000 NA   NA
 6382856 6382857 PROVRETT_00097 PROVRETT_00098     FALSE 0.266 65.000 0.000 NA   NA
 6382857 6382858 PROVRETT_00098 PROVRETT_00099     FALSE 0.334 47.000 0.000 NA   NA
 6382858 6382859 PROVRETT_00099 PROVRETT_00100     TRUE 0.799 12.000 0.000 NA   NA
 6382859 6382860 PROVRETT_00100 PROVRETT_00101     FALSE 0.128 140.000 0.000 NA   NA
 6382860 6382861 PROVRETT_00101 PROVRETT_00102     FALSE 0.011 585.000 0.000 NA   NA
 6382861 6382862 PROVRETT_00102 PROVRETT_00103     FALSE 0.026 264.000 0.000 NA   NA
 6382862 6382863 PROVRETT_00103 PROVRETT_00104     FALSE 0.227 92.000 0.000 NA   NA
 6382863 6382864 PROVRETT_00104 PROVRETT_00105     FALSE 0.309 53.000 0.000 NA   NA
 6382868 6382869 PROVRETT_00108 PROVRETT_00110     TRUE 0.649 19.000 0.000 NA   NA
 6382869 6382870 PROVRETT_00110 PROVRETT_00111     TRUE 0.983 -34.000 0.867 NA   NA
 6382870 6382871 PROVRETT_00111 PROVRETT_00112     FALSE 0.048 201.000 0.000 NA   NA
 6382871 6382872 PROVRETT_00112 PROVRETT_00113     TRUE 0.953 -10.000 0.231 NA   NA
 6382876 6382877 PROVRETT_00117 PROVRETT_00118     TRUE 0.566 24.000 0.000 NA   NA
 6382877 6382878 PROVRETT_00118 PROVRETT_00119     TRUE 0.830 -3.000 0.000 NA   NA
 6382878 6382879 PROVRETT_00119 PROVRETT_00120     FALSE 0.047 204.000 0.000 NA   NA
 6382879 6382880 PROVRETT_00120 PROVRETT_00121     FALSE 0.064 183.000 0.000 NA   NA
 6382881 6382882 PROVRETT_00122 PROVRETT_00123     TRUE 0.996 0.000 0.631 0.086   NA
 6382885 6382886 PROVRETT_00126 PROVRETT_00127     TRUE 0.900 14.000 0.089 1.000 N NA
 6382886 6382887 PROVRETT_00127 PROVRETT_00128     FALSE 0.128 159.000 0.008 1.000   NA
 6382890 6382891 PROVRETT_00131 PROVRETT_00132     TRUE 0.983 10.000 0.315 1.000   NA
 6382892 6382893 PROVRETT_00133 PROVRETT_00134     TRUE 0.464 128.000 0.152 1.000 N NA
 6382893 6382894 PROVRETT_00134 PROVRETT_00135     TRUE 0.992 13.000 0.576 0.057 N NA
 6382894 6382895 PROVRETT_00135 PROVRETT_00136     TRUE 0.995 2.000 0.500 0.057 N NA
 6382895 6382896 PROVRETT_00136 PROVRETT_00137     TRUE 0.992 3.000 0.375 0.057 N NA
 6382898 6382899 PROVRETT_00139 PROVRETT_00140     TRUE 0.619 -36.000 0.000 NA   NA
 6382899 6382900 PROVRETT_00140 PROVRETT_00141     FALSE 0.244 57.000 0.002 NA   NA
 6382900 6382901 PROVRETT_00141 PROVRETT_00142     TRUE 0.996 13.000 0.197 0.002 Y NA
 6382901 6382902 PROVRETT_00142 PROVRETT_00143     FALSE 0.169 163.000 0.084 NA N NA
 6382903 6382904 PROVRETT_00144 PROVRETT_00145     TRUE 0.783 125.000 0.464 1.000   NA
 6382905 6382906 PROVRETT_00146 PROVRETT_00147     FALSE 0.020 308.000 0.000 NA   NA
 6382908 6382909 PROVRETT_00149 PROVRETT_00150     TRUE 0.978 -6.000 0.295 1.000   NA
 6382910 6382911 PROVRETT_00151 PROVRETT_00152     TRUE 0.999 18.000 0.948 0.003 Y NA
 6382912 6382913 PROVRETT_00153 PROVRETT_00154     TRUE 0.862 -19.000 0.100 NA   NA
 6382914 6382915 PROVRETT_00155 PROVRETT_00156     TRUE 0.939 0.000 0.086 NA   NA
 6382915 6382916 PROVRETT_00156 PROVRETT_00157     TRUE 0.997 12.000 0.538 NA Y NA
 6382917 6382918 PROVRETT_00158 PROVRETT_00159     FALSE 0.014 422.000 0.000 NA   NA
 6382918 6382919 PROVRETT_00159 PROVRETT_00160     TRUE 0.998 20.000 0.877 0.016 Y NA
 6382920 6382921 PROVRETT_00161 PROVRETT_00162     TRUE 0.964 -10.000 0.300 NA   NA
 6382921 6382922 PROVRETT_00162 PROVRETT_00163     FALSE 0.198 109.000 0.000 NA   NA
 6382922 6382923 PROVRETT_00163 PROVRETT_00164     FALSE 0.169 171.000 0.053 1.000   NA
 6382923 6382924 PROVRETT_00164 PROVRETT_00165     FALSE 0.284 145.000 0.071 1.000   NA
 6382924 6382925 PROVRETT_00165 PROVRETT_00166     FALSE 0.440 404.000 0.335 1.000 Y NA
 6382925 6382926 PROVRETT_00166 PROVRETT_00167     TRUE 0.887 113.000 0.211 1.000 Y NA
 6382926 6382927 PROVRETT_00167 PROVRETT_00168     TRUE 0.997 0.000 0.318 1.000 Y NA
 6382927 6382928 PROVRETT_00168 PROVRETT_00169     TRUE 0.964 87.000 0.530 1.000 Y NA
 6382928 6382929 PROVRETT_00169 PROVRETT_00170     TRUE 0.940 24.000 0.342 1.000 N NA
 6382929 6382930 PROVRETT_00170 PROVRETT_00171     TRUE 0.975 24.000 0.759 NA   NA
 6382930 6382931 PROVRETT_00171 PROVRETT_00172     FALSE 0.057 190.000 0.000 NA   NA
 6382931 6382932 PROVRETT_00172 PROVRETT_00173     FALSE 0.288 59.000 0.000 NA   NA
 6382932 6382933 PROVRETT_00173 PROVRETT_00174     FALSE 0.181 116.000 0.000 NA   NA
 6382935 6382936 PROVRETT_00176 PROVRETT_00177     TRUE 0.980 5.000 0.260 1.000 N NA
 6382936 6382937 PROVRETT_00177 PROVRETT_00178     TRUE 0.796 67.000 0.325 1.000 N NA
 6382937 6382938 PROVRETT_00178 PROVRETT_00179     TRUE 0.665 58.000 0.152 1.000 N NA
 6382942 6382943 PROVRETT_00183 PROVRETT_00184     TRUE 0.668 139.000 0.335 1.000   NA
 6382943 6382944 PROVRETT_00184 PROVRETT_00185     TRUE 0.997 20.000 0.667 0.013 Y NA
 6382946 6382947 PROVRETT_00187 PROVRETT_00188     TRUE 0.910 133.000 0.667 0.007   NA
 6382949 6382950 PROVRETT_00190 PROVRETT_00191     TRUE 0.928 26.000 0.043 NA Y NA
 6382953 6382954 PROVRETT_00194 PROVRETT_00195     FALSE 0.154 137.000 0.025 NA   NA
 6382956 6382957 PROVRETT_00197 PROVRETT_00198     FALSE 0.078 206.000 0.043 1.000 N NA
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