MicrobesOnline Operon Predictions for Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi str. E02-1180

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column Description
Gene1 VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1 Systematic name of 1st gene in pair
Name1 Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2 VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2 Systematic name of 2nd gene in pair
Name2 Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim Whether the genes share a COG category or not
ExprSim Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

 Gene1 Gene2 SysName1 SysName2 Name1 Name2 bOp pOp Sep MOGScore GOScore COGSim ExprSim
 6461831 6461832 SentesTyphi_010100000005 SentesTyphi_010100000010   ansB TRUE 0.761 19.000 0.000 NA   NA
 6461833 6461834 SentesTyphi_010100000025 SentesTyphi_010100000030     TRUE 0.890 8.000 0.000 NA   NA
 6461834 6461835 SentesTyphi_010100000030 SentesTyphi_010100000035     TRUE 0.898 -3.000 0.081 NA   NA
 6461836 6461837 SentesTyphi_010100000050 SentesTyphi_010100000055     FALSE 0.161 130.000 0.000 1.000 N NA
 6461838 6461839 SentesTyphi_010100000060 SentesTyphi_010100000065     TRUE 0.964 0.000 0.263 NA N NA
 6461839 6461840 SentesTyphi_010100000065 SentesTyphi_010100000070     FALSE 0.089 216.000 0.120 NA N NA
 6461840 6461841 SentesTyphi_010100000070 SentesTyphi_010100000075     TRUE 0.903 20.000 0.173 NA   NA
 6461841 6461842 SentesTyphi_010100000075 SentesTyphi_010100000080     TRUE 0.855 29.000 0.201 NA   NA
 6461842 6461843 SentesTyphi_010100000080 SentesTyphi_010100000085     TRUE 0.559 96.000 0.210 NA   NA
 6461843 6461844 SentesTyphi_010100000085 SentesTyphi_010100000090     FALSE 0.253 79.000 0.042 NA   NA
 6461844 6461845 SentesTyphi_010100000090 SentesTyphi_010100000095     FALSE 0.024 479.000 0.000 1.000 N NA
 6461845 6461846 SentesTyphi_010100000095 SentesTyphi_010100000100     FALSE 0.086 149.000 0.004 NA   NA
 6461847 6461848 SentesTyphi_010100000105 SentesTyphi_010100000110     FALSE 0.272 228.000 0.055 1.000 Y NA
 6461852 6461853 SentesTyphi_010100000130 SentesTyphi_010100000135     FALSE 0.041 270.000 0.000 NA   NA
 6461854 6461855 SentesTyphi_010100000140 SentesTyphi_010100000165   pntB FALSE 0.086 1977.000 0.000 0.084 N NA
 6461855 6461856 SentesTyphi_010100000165 SentesTyphi_010100000170 pntB pntA TRUE 0.999 11.000 0.745 0.001 Y NA
 6461858 6461859 SentesTyphi_010100000200 SentesTyphi_010100000205     FALSE 0.113 83.000 0.004 1.000 N NA
 6461859 6461860 SentesTyphi_010100000205 SentesTyphi_010100000210     FALSE 0.026 356.000 0.000 1.000 N NA
 6461860 6461861 SentesTyphi_010100000210 SentesTyphi_010100000225     FALSE 0.023 1244.000 0.000 1.000 N NA
 6461864 6461865 SentesTyphi_010100000240 SentesTyphi_010100000245 glpQ glpT TRUE 0.982 5.000 0.396 1.000 N NA
 6461866 6461867 SentesTyphi_010100000250 SentesTyphi_010100000255 glpA   TRUE 0.995 -10.000 0.650 0.001 N NA
 6461867 6461868 SentesTyphi_010100000255 SentesTyphi_010100000270     FALSE 0.029 1612.000 0.000 NA   NA
 6461869 6461870 SentesTyphi_010100000275 SentesTyphi_010100000280     TRUE 0.984 6.000 0.400 NA   NA
 6461870 6461871 SentesTyphi_010100000280 SentesTyphi_010100000285     TRUE 0.874 26.000 0.250 NA N NA
 6461871 6461872 SentesTyphi_010100000285 SentesTyphi_010100000290     FALSE 0.293 56.000 0.060 NA N NA
 6461878 6461879 SentesTyphi_010100000330 SentesTyphi_010100000335     TRUE 0.889 10.000 0.000 NA   NA
 6461879 6461880 SentesTyphi_010100000335 SentesTyphi_010100000340     FALSE 0.187 133.000 0.000 NA   NA
 6461881 6461882 SentesTyphi_010100000345 SentesTyphi_010100000350     FALSE 0.031 376.000 0.000 NA   NA
 6461884 6461885 SentesTyphi_010100000360 SentesTyphi_010100000365     FALSE 0.270 79.000 0.000 NA   NA
 6461888 6461889 SentesTyphi_010100000380 SentesTyphi_010100000385     FALSE 0.034 329.000 0.000 NA   NA
 6461890 6461891 SentesTyphi_010100000400 SentesTyphi_010100000405   pphA FALSE 0.053 227.000 0.000 NA   NA
 6461892 6461893 SentesTyphi_010100000410 SentesTyphi_010100000415     TRUE 0.665 110.000 0.353 NA   NA
 6461893 6461894 SentesTyphi_010100000415 SentesTyphi_010100000420   yebU FALSE 0.381 115.000 0.121 NA   NA
 6461894 6461895 SentesTyphi_010100000420 SentesTyphi_010100000425 yebU   TRUE 0.967 -24.000 0.420 NA   NA
 6461896 6461897 SentesTyphi_010100000440 SentesTyphi_010100000445     TRUE 0.693 98.000 0.081 NA Y NA
 6461897 6461898 SentesTyphi_010100000445 SentesTyphi_010100000450     TRUE 0.927 20.000 0.304 NA N NA
 6461898 6461899 SentesTyphi_010100000450 SentesTyphi_010100000455     FALSE 0.243 196.000 0.042 0.021 N NA
 6461903 6461904 SentesTyphi_010100000475 SentesTyphi_010100000480     TRUE 0.808 71.000 0.500 NA   NA
 6461904 6461905 SentesTyphi_010100000480 SentesTyphi_010100000485     FALSE 0.028 806.000 0.000 NA   NA
 6461905 6461906 SentesTyphi_010100000485 SentesTyphi_010100000490     FALSE 0.046 220.000 0.000 1.000 N NA
 6461906 6461907 SentesTyphi_010100000490 SentesTyphi_010100000495   rrmA FALSE 0.382 66.000 0.045 1.000   NA
 6461909 6461910 SentesTyphi_010100000505 SentesTyphi_010100000510   umuC FALSE 0.126 161.000 0.000 NA   NA
 6461911 6461912 SentesTyphi_010100t00727 SentesTyphi_010100000515     FALSE 0.286 74.000 0.000 NA   NA
 6461912 6461913 SentesTyphi_010100000515 SentesTyphi_010100000520     TRUE 0.554 32.000 0.040 NA   NA
 6461914 6461915 SentesTyphi_010100000525 SentesTyphi_010100000530     TRUE 0.628 28.000 0.000 NA   NA
 6461916 6461917 SentesTyphi_010100000535 SentesTyphi_010100000540     FALSE 0.445 125.000 0.024 0.023 N NA
 6461918 6461919 SentesTyphi_010100000545 SentesTyphi_010100000550     FALSE 0.224 110.000 0.000 NA   NA
 6461919 6461920 SentesTyphi_010100000550 SentesTyphi_010100000555     TRUE 0.834 28.000 0.182 1.000 N NA
 6461920 6461921 SentesTyphi_010100000555 SentesTyphi_010100000560     FALSE 0.031 391.000 0.000 NA   NA
 6461922 6461923 SentesTyphi_010100000575 SentesTyphi_010100000580     TRUE 0.997 0.000 0.833 0.054   NA
 6461923 6461924 SentesTyphi_010100000580 SentesTyphi_010100000585     TRUE 0.997 10.000 0.848 0.054   NA
 6461924 6461925 SentesTyphi_010100000585 SentesTyphi_010100000590     TRUE 0.642 107.000 0.394 NA N NA
 6461925 6461926 SentesTyphi_010100000590 SentesTyphi_010100000595   spr FALSE 0.097 326.000 0.219 NA N NA
 6461926 6461927 SentesTyphi_010100000595 SentesTyphi_010100000600 spr   FALSE 0.030 414.000 0.000 NA   NA
 6461927 6461928 SentesTyphi_010100000600 SentesTyphi_010100000605     TRUE 0.864 36.000 0.275 NA   NA
 6461928 6461929 SentesTyphi_010100000605 SentesTyphi_010100000610     FALSE 0.099 213.000 0.085 NA   NA
 6461930 6461931 SentesTyphi_010100000615 SentesTyphi_010100000620     FALSE 0.029 539.000 0.000 NA   NA
 6461933 6461934 SentesTyphi_010100000640 SentesTyphi_010100000645   fruK TRUE 0.985 0.000 0.112 1.000 Y NA
 6461934 6461935 SentesTyphi_010100000645 SentesTyphi_010100000650 fruK   TRUE 0.993 17.000 0.562 1.000 Y NA
 6461936 6461937 SentesTyphi_010100000655 SentesTyphi_010100000660     FALSE 0.247 79.000 0.040 NA   NA
 6461938 6461939 SentesTyphi_010100000665 SentesTyphi_010100000670     FALSE 0.071 190.000 0.000 1.000 N NA
 6461939 6461940 SentesTyphi_010100000670 SentesTyphi_010100000675     FALSE 0.025 387.000 0.000 1.000 N NA
 6461942 6461943 SentesTyphi_010100000695 SentesTyphi_010100000700     TRUE 0.986 5.000 0.400 1.000   NA
 6461945 6461946 SentesTyphi_010100000710 SentesTyphi_010100000715 folE   TRUE 0.987 15.000 0.719 NA   NA
 6461946 6461947 SentesTyphi_010100000715 SentesTyphi_010100000720     TRUE 0.639 150.000 0.500 NA   NA
 6461950 6461951 SentesTyphi_010100000737 SentesTyphi_010100000742   ligA FALSE 0.416 73.000 0.106 1.000 N NA
 6461951 6461952 SentesTyphi_010100000742 SentesTyphi_010100000747 ligA   TRUE 0.826 2.000 0.017 NA   NA
 6461956 6461957 SentesTyphi_010100000767 SentesTyphi_010100000772     TRUE 0.611 55.000 0.111 1.000   NA
 6461957 6461958 SentesTyphi_010100000772 SentesTyphi_010100000777     FALSE 0.112 268.000 0.130 1.000   NA
 6461959 6461960 SentesTyphi_010100t00784 SentesTyphi_010100t00786     TRUE 0.889 5.000 0.000 NA   NA
 6461960 6461961 SentesTyphi_010100t00786 SentesTyphi_010100t00788     TRUE 0.490 42.000 0.000 NA   NA
 6461961 6461962 SentesTyphi_010100t00788 SentesTyphi_010100t00790     TRUE 0.454 46.000 0.000 NA   NA
 6461963 6461964 SentesTyphi_010100000790 SentesTyphi_010100000795     FALSE 0.015 385.000 0.019 1.000 N NA
 6461964 6461965 SentesTyphi_010100000795 SentesTyphi_010100000800     TRUE 0.962 50.000 0.187 0.013 Y NA
 6461965 6461966 SentesTyphi_010100000800 SentesTyphi_010100000805     TRUE 0.974 41.000 0.203 0.013 Y NA
 6461967 6461968 SentesTyphi_010100000810 SentesTyphi_010100000815   pdxK FALSE 0.207 193.000 0.160 NA   NA
 6461969 6461970 SentesTyphi_010100000820 SentesTyphi_010100000825     TRUE 0.829 15.000 0.059 1.000 N NA
 6461970 6461971 SentesTyphi_010100000825 SentesTyphi_010100000830     FALSE 0.379 55.000 0.000 NA   NA
 6461972 6461973 SentesTyphi_010100000835 SentesTyphi_010100000840 cysM   FALSE 0.175 121.000 0.049 1.000 N NA
 6461973 6461974 SentesTyphi_010100000840 SentesTyphi_010100000845   cysW TRUE 0.982 -10.000 0.180 1.000 Y NA
 6461974 6461975 SentesTyphi_010100000845 SentesTyphi_010100000850 cysW   TRUE 0.954 62.000 0.583 0.001 N NA
 6461975 6461976 SentesTyphi_010100000850 SentesTyphi_010100000855     TRUE 0.995 0.000 0.479 0.002 N NA
 6461976 6461977 SentesTyphi_010100000855 SentesTyphi_010100000860     FALSE 0.108 158.000 0.000 1.000 N NA
 6461977 6461978 SentesTyphi_010100000860 SentesTyphi_010100000865     FALSE 0.026 236.000 0.000 NA N NA
 6461978 6461979 SentesTyphi_010100000865 SentesTyphi_010100000870     TRUE 0.678 95.000 0.333 NA   NA
 6461979 6461980 SentesTyphi_010100000870 SentesTyphi_010100000875     TRUE 0.655 62.000 0.204 NA   NA
 6461980 6461981 SentesTyphi_010100000875 SentesTyphi_010100000880     TRUE 0.829 -13.000 0.059 NA   NA
 6461982 6461983 SentesTyphi_010100000885 SentesTyphi_010100000890     TRUE 0.774 -40.000 0.000 NA   NA
 6461983 6461984 SentesTyphi_010100000890 SentesTyphi_010100000895     TRUE 0.803 3.000 0.025 1.000 N NA
 6461984 6461985 SentesTyphi_010100000895 SentesTyphi_010100000900     FALSE 0.101 181.000 0.000 NA   NA
 6461985 6461986 SentesTyphi_010100000900 SentesTyphi_010100000905     FALSE 0.139 213.000 0.133 NA   NA
 6461987 6461988 SentesTyphi_010100000910 SentesTyphi_010100000915     FALSE 0.286 48.000 0.000 NA N NA
 6461988 6461989 SentesTyphi_010100000915 SentesTyphi_010100000920     TRUE 0.754 13.000 0.000 NA N NA
 6461989 6461990 SentesTyphi_010100000920 SentesTyphi_010100000925     TRUE 0.980 10.000 0.043 1.000 Y NA
 6461990 6461991 SentesTyphi_010100000925 SentesTyphi_010100000930     TRUE 0.988 19.000 0.000 0.001 Y NA
 6461991 6461992 SentesTyphi_010100000930 SentesTyphi_010100000935   eutA TRUE 0.973 12.000 0.000 NA Y NA
 6461992 6461993 SentesTyphi_010100000935 SentesTyphi_010100000940 eutA   TRUE 0.968 -3.000 0.000 NA Y NA
 6461993 6461994 SentesTyphi_010100000940 SentesTyphi_010100000945     TRUE 0.498 119.000 0.222 1.000 N NA
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