MicrobesOnline Operon Predictions for Salmonella enterica subsp. enterica serovar Typhi str. J185

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column Description
Gene1 VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1 Systematic name of 1st gene in pair
Name1 Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2 VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2 Systematic name of 2nd gene in pair
Name2 Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim Whether the genes share a COG category or not
ExprSim Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

 Gene1 Gene2 SysName1 SysName2 Name1 Name2 bOp pOp Sep MOGScore GOScore COGSim ExprSim
 6480889 6480890 SentesTy_010100000010 SentesTy_010100000015 infB nusA TRUE 0.928 25.000 0.342 1.000   NA
 6480890 6480891 SentesTy_010100000015 SentesTy_010100000020 nusA   TRUE 0.960 28.000 0.759 NA   NA
 6480891 6480892 SentesTy_010100000020 SentesTy_010100t00062     FALSE 0.040 208.000 0.000 NA   NA
 6480894 6480895 SentesTy_010100t00064 SentesTy_010100000030   secG TRUE 0.604 14.000 0.000 NA   NA
 6480895 6480896 SentesTy_010100000030 SentesTy_010100000035 secG glmM FALSE 0.002 223.000 0.016 1.000 N NA
 6480896 6480897 SentesTy_010100000035 SentesTy_010100000040 glmM folP TRUE 0.867 -7.000 0.260 1.000 N NA
 6480897 6480898 SentesTy_010100000040 SentesTy_010100000045 folP folP TRUE 0.914 -64.000 0.006 0.001   NA
 6480901 6480902 SentesTy_010100000064 SentesTy_010100000069     TRUE 0.740 68.000 0.000 0.051   NA
 6480902 6480903 SentesTy_010100000069 SentesTy_010100000074     FALSE 0.020 337.000 0.000 1.000   NA
 6480904 6480905 SentesTy_010100000079 SentesTy_010100000084     TRUE 0.869 46.000 0.375 NA   NA
 6480905 6480906 SentesTy_010100000084 SentesTy_010100000089     FALSE 0.114 283.000 0.000 0.051   NA
 6480908 6480909 SentesTy_010100000099 SentesTy_010100000104     TRUE 0.994 15.000 0.423 0.005 Y NA
 6480909 6480910 SentesTy_010100000104 SentesTy_010100000109     TRUE 0.995 11.000 0.428 0.005 Y NA
 6480910 6480911 SentesTy_010100000109 SentesTy_010100000114     TRUE 0.992 -3.000 0.269 0.003 Y NA
 6480911 6480912 SentesTy_010100000114 SentesTy_010100000119     TRUE 0.990 -3.000 0.211 0.005 Y NA
 6480912 6480913 SentesTy_010100000119 SentesTy_010100000124     TRUE 0.771 314.000 0.713 0.001 Y NA
 6480913 6480914 SentesTy_010100000124 SentesTy_010100000129     TRUE 0.996 7.000 0.437 0.001 Y NA
 6480915 6480916 SentesTy_010100000134 SentesTy_010100000139     FALSE 0.543 66.000 0.091 1.000   NA
 6480917 6480918 SentesTy_010100000144 SentesTy_010100000149     FALSE 0.474 55.000 0.077 NA   NA
 6480918 6480919 SentesTy_010100000149 SentesTy_010100000154     FALSE 0.175 100.000 0.043 NA   NA
 6480921 6480922 SentesTy_010100000164 SentesTy_010100000169     TRUE 0.905 32.000 0.074 0.033   NA
 6480923 6480924 SentesTy_010100000174 SentesTy_010100000179     TRUE 0.844 28.000 0.217 NA   NA
 6480924 6480925 SentesTy_010100000179 SentesTy_010100000184     TRUE 0.951 0.000 0.427 NA   NA
 6480925 6480926 SentesTy_010100000184 SentesTy_010100000199   nudF FALSE 0.023 464.000 0.092 1.000   NA
 6480927 6480928 SentesTy_010100000204 SentesTy_010100000209 tolC   FALSE 0.331 213.000 0.480 NA   NA
 6480928 6480929 SentesTy_010100000209 SentesTy_010100000214     TRUE 0.970 6.000 0.632 NA   NA
 6480933 6480934 SentesTy_010100000234 SentesTy_010100000239     TRUE 0.956 20.000 0.500 1.000   NA
 6480934 6480935 SentesTy_010100000239 SentesTy_010100000244     TRUE 0.984 15.000 0.375 0.007   NA
 6480939 6480940 SentesTy_010100000264 SentesTy_010100000269     TRUE 0.961 19.000 0.641 NA   NA
 6480941 6480942 SentesTy_010100000274 SentesTy_010100000279     FALSE 0.432 48.000 0.083 1.000 N NA
 6480942 6480943 SentesTy_010100000279 SentesTy_010100000284     FALSE 0.276 118.000 0.053 1.000   NA
 6480944 6480945 SentesTy_010100000289 SentesTy_010100000294   cca FALSE 0.507 63.000 0.106 NA   NA
 6480948 6480949 SentesTy_010100000309 SentesTy_010100000314     TRUE 0.972 50.000 0.650 1.000 Y NA
 6480952 6480953 SentesTy_010100000329 SentesTy_010100000334     TRUE 0.947 -7.000 0.143 0.034   NA
 6480955 6480956 SentesTy_010100000344 SentesTy_010100000359     FALSE 0.002 1147.000 0.000 1.000 N NA
 6480956 6480957 SentesTy_010100000359 SentesTy_010100000364     FALSE 0.031 277.000 0.000 1.000   NA
 6480959 6480960 SentesTy_010100000374 SentesTy_010100000379     FALSE 0.044 204.000 0.000 NA   NA
 6480961 6480962 SentesTy_010100000384 SentesTy_010100000389     FALSE 0.021 256.000 0.000 NA   NA
 6480963 6480964 SentesTy_010100000394 SentesTy_010100000399     TRUE 0.776 75.000 0.400 NA   NA
 6480964 6480965 SentesTy_010100000399 SentesTy_010100000404     FALSE 0.514 27.000 0.000 NA   NA
 6480965 6480966 SentesTy_010100000404 SentesTy_010100000409     FALSE 0.137 138.000 0.000 NA   NA
 6480967 6480968 SentesTy_010100000414 SentesTy_010100000419     FALSE 0.505 28.000 0.000 NA   NA
 6480973 6480974 SentesTy_010100000444 SentesTy_010100000449     FALSE 0.155 129.000 0.000 NA   NA
 6480974 6480975 SentesTy_010100000449 SentesTy_010100000454     TRUE 0.608 13.000 0.000 NA   NA
 6480975 6480976 SentesTy_010100000454 SentesTy_010100000459     TRUE 0.859 57.000 0.429 NA   NA
 6480976 6480977 SentesTy_010100000459 SentesTy_010100000464     TRUE 0.972 -3.000 0.786 NA   NA
 6480977 6480978 SentesTy_010100000464 SentesTy_010100000469     TRUE 0.950 -7.000 0.545 NA   NA
 6480978 6480979 SentesTy_010100000469 SentesTy_010100000474     TRUE 0.965 15.000 0.625 NA   NA
 6480979 6480980 SentesTy_010100000474 SentesTy_010100000479     TRUE 0.948 0.000 0.400 NA   NA
 6480980 6480981 SentesTy_010100000479 SentesTy_010100000484     TRUE 0.971 0.000 0.667 NA   NA
 6480981 6480982 SentesTy_010100000484 SentesTy_010100000489     FALSE 0.134 140.000 0.000 NA   NA
 6480982 6480983 SentesTy_010100000489 SentesTy_010100000494   fieF FALSE 0.040 208.000 0.000 NA   NA
 6480983 6480984 SentesTy_010100000494 SentesTy_010100000499 fieF   FALSE 0.024 185.000 0.040 1.000 N NA
 6480984 6480985 SentesTy_010100000499 SentesTy_010100000514     FALSE 0.002 1295.000 0.000 1.000 N NA
 6480985 6480986 SentesTy_010100000514 SentesTy_010100000519     FALSE 0.030 223.000 0.000 NA   NA
 6480989 6480990 SentesTy_010100000544 SentesTy_010100000549     FALSE 0.085 129.000 0.000 1.000 N NA
 6480990 6480991 SentesTy_010100000549 SentesTy_010100000554     TRUE 0.604 14.000 0.000 NA   NA
 6480992 6480993 SentesTy_010100000559 SentesTy_010100000564     FALSE 0.587 16.000 0.000 NA   NA
 6480993 6480994 SentesTy_010100000564 SentesTy_010100000569     FALSE 0.014 298.000 0.000 NA   NA
 6480994 6480995 SentesTy_010100000569 SentesTy_010100000574     FALSE 0.062 28.000 0.000 NA N NA
 6480995 6480996 SentesTy_010100000574 SentesTy_010100000579     FALSE 0.098 10.000 0.000 NA N NA
 6480997 6480998 SentesTy_010100000594 SentesTy_010100000599     TRUE 0.597 70.000 0.129 1.000   NA
 6481000 6481001 SentesTy_010100000619 SentesTy_010100000624     FALSE 0.508 -13.000 0.000 NA   NA
 6481001 6481002 SentesTy_010100000624 SentesTy_010100000629     TRUE 0.955 -3.000 0.500 NA   NA
 6481002 6481003 SentesTy_010100000629 SentesTy_010100000634     TRUE 0.881 69.000 0.667 NA   NA
 6481003 6481004 SentesTy_010100000634 SentesTy_010100000639     TRUE 0.960 -7.000 0.667 NA   NA
 6481009 6481010 SentesTy_010100000664 SentesTy_010100000669     TRUE 0.981 4.000 1.000 NA   NA
 6481010 6481011 SentesTy_010100000669 SentesTy_010100000674     TRUE 0.950 -19.000 0.667 NA   NA
 6481011 6481012 SentesTy_010100000674 SentesTy_010100000679     TRUE 0.972 2.000 0.667 NA   NA
 6481012 6481013 SentesTy_010100000679 SentesTy_010100000684     TRUE 0.978 -3.000 1.000 NA   NA
 6481014 6481015 SentesTy_010100000689 SentesTy_010100000694     TRUE 0.626 0.000 0.000 NA   NA
 6481015 6481016 SentesTy_010100000694 SentesTy_010100000699     TRUE 0.629 5.000 0.000 NA   NA
 6481016 6481017 SentesTy_010100000699 SentesTy_010100000704     FALSE 0.487 -19.000 0.000 NA   NA
 6481017 6481018 SentesTy_010100000704 SentesTy_010100000709     TRUE 0.960 4.000 0.500 NA   NA
 6481019 6481020 SentesTy_010100000714 SentesTy_010100000719     TRUE 0.598 -3.000 0.000 NA   NA
 6481020 6481021 SentesTy_010100000719 SentesTy_010100000724     TRUE 0.917 69.000 1.000 NA   NA
 6481021 6481022 SentesTy_010100000724 SentesTy_010100000729     TRUE 0.973 -7.000 1.000 NA   NA
 6481025 6481026 SentesTy_010100000744 SentesTy_010100000749     FALSE 0.468 -31.000 0.000 NA   NA
 6481030 6481031 SentesTy_010100000769 SentesTy_010100000774     FALSE 0.324 65.000 0.019 1.000   NA
 6481032 6481033 SentesTy_010100000779 SentesTy_010100000784     FALSE 0.225 104.000 0.027 1.000   NA
 6481033 6481034 SentesTy_010100000784 SentesTy_010100000789     FALSE 0.029 150.000 0.033 1.000 N NA
 6481034 6481035 SentesTy_010100000789 SentesTy_010100000794     FALSE 0.008 291.000 0.000 1.000 N NA
 6481035 6481036 SentesTy_010100000794 SentesTy_010100000799     FALSE 0.067 209.000 0.000 1.000   NA
 6481036 6481037 SentesTy_010100000799 SentesTy_010100000814   clpX FALSE 0.023 2080.000 0.201 1.000   NA
 6481037 6481038 SentesTy_010100000814 SentesTy_010100000819 clpX   FALSE 0.413 252.000 0.352 1.000 Y NA
 6481038 6481039 SentesTy_010100000819 SentesTy_010100000824   tig FALSE 0.425 246.000 0.351 1.000 Y NA
 6481039 6481040 SentesTy_010100000824 SentesTy_010100000829 tig   FALSE 0.001 347.000 0.000 NA N NA
 6481042 6481043 SentesTy_010100000839 SentesTy_010100000844   phoR FALSE 0.004 408.000 0.000 1.000 N NA
 6481044 6481045 SentesTy_010100000849 SentesTy_010100000854     TRUE 0.984 13.000 0.429 0.029   NA
 6481045 6481046 SentesTy_010100000854 SentesTy_010100000859     TRUE 0.752 125.000 0.625 1.000 N NA
 6481046 6481047 SentesTy_010100000859 SentesTy_010100000864     TRUE 0.967 14.000 0.727 1.000 N NA
 6481047 6481048 SentesTy_010100000864 SentesTy_010100000869     TRUE 0.992 51.000 0.833 0.010 Y NA
 6481048 6481049 SentesTy_010100000869 SentesTy_010100000874     TRUE 0.755 189.000 0.167 0.010 Y NA
 6481049 6481050 SentesTy_010100000874 SentesTy_010100000879     FALSE 0.025 301.000 0.000 1.000   NA
 6481051 6481052 SentesTy_010100000884 SentesTy_010100000889 nadE   FALSE 0.169 121.000 0.010 1.000   NA
 6481053 6481054 SentesTy_010100000894 SentesTy_010100000899     TRUE 0.641 150.000 0.500 NA   NA
 6481054 6481055 SentesTy_010100000899 SentesTy_010100000904   folE TRUE 0.970 15.000 0.719 NA   NA
 6481057 6481058 SentesTy_010100000914 SentesTy_010100000919     TRUE 0.958 5.000 0.400 1.000   NA
 6481062 6481063 SentesTy_010100000949 SentesTy_010100000954 dppF dppD TRUE 0.996 -3.000 0.500 0.002 Y NA
 6481063 6481064 SentesTy_010100000954 SentesTy_010100000959 dppD   TRUE 0.988 11.000 0.560 1.000 Y NA
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