MicrobesOnline Operon Predictions for Ignicoccus hospitalis KIN4/I

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column	Description
Gene1	VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1	Systematic name of 1st gene in pair
Name1	Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2	VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2	Systematic name of 2nd gene in pair
Name2	Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp	Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp	Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep	Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore	Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore	Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim	Whether the genes share a COG category or not
ExprSim	Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

Gene1	Gene2	SysName1	SysName2	Name1	Name2	bOp	pOp	Sep	MOGScore	GOScore	COGSim	ExprSim
3777954	3777955	Igni_0001	Igni_R0001			FALSE	0.095	34.000	0.000	NA		NA
3777955	3777956	Igni_R0001	Igni_0002			FALSE	0.095	34.000	0.000	NA		NA
3777956	3777957	Igni_0002	Igni_0003			FALSE	0.338	11.000	0.000	NA		NA
3777958	3777959	Igni_R0002	Igni_0004			FALSE	0.247	14.000	0.000	NA		NA
3777960	3777961	Igni_0005	Igni_0006			TRUE	0.491	5.000	0.000	NA		NA
3777961	3777962	Igni_0006	Igni_0007			FALSE	0.113	39.000	0.000	NA		NA
3777964	3777965	Igni_0009	Igni_0010			FALSE	0.338	11.000	0.000	NA		NA
3777966	3777967	Igni_0011	Igni_0012			FALSE	0.289	-22.000	0.000	NA		NA
3777968	3777969	Igni_0013	Igni_0014			FALSE	0.344	-52.000	0.000	1.000	N	NA
3777969	3777970	Igni_0014	Igni_0015			FALSE	0.289	-21.000	0.000	NA		NA
3777971	3777972	Igni_0016	Igni_0017			FALSE	0.212	20.000	0.000	1.000		NA
3777972	3777973	Igni_0017	Igni_0018			TRUE	0.371	-16.000	0.000	1.000		NA
3777975	3777976	Igni_0020	Igni_0021			TRUE	0.898	-3.000	0.034	NA		NA
3777978	3777979	Igni_0023	Igni_0024			FALSE	0.169	53.000	0.000	NA		NA
3777979	3777980	Igni_0024	Igni_0025			FALSE	0.094	35.000	0.000	NA		NA
3777980	3777981	Igni_0025	Igni_0026			FALSE	0.072	540.000	0.000	NA		NA
3777982	3777983	Igni_0027	Igni_0028			FALSE	0.127	84.000	0.000	NA		NA
3777984	3777985	Igni_0029	Igni_0030			TRUE	0.966	-19.000	0.023	0.012	Y	NA
3777986	3777987	Igni_0031	Igni_R0003			FALSE	0.170	51.000	0.000	NA		NA
3777988	3777989	Igni_0032	Igni_0033			FALSE	0.356	-3.000	0.000	NA		NA
3777990	3777991	Igni_0034	Igni_0035			FALSE	0.092	139.000	0.000	NA		NA
3777991	3777992	Igni_0035	Igni_0036			FALSE	0.138	71.000	0.000	NA		NA
3777992	3777993	Igni_0036	Igni_0037			FALSE	0.099	121.000	0.000	NA		NA
3777993	3777994	Igni_0037	Igni_0038			TRUE	0.478	6.000	0.000	NA		NA
3777995	3777996	Igni_0039	Igni_0040			FALSE	0.134	75.000	0.000	NA		NA
3777996	3777997	Igni_0040	Igni_0041			TRUE	0.372	-6.000	0.000	1.000	N	NA
3777998	3777999	Igni_0042	Igni_0043			TRUE	0.930	7.000	0.008	1.000	N	NA
3777999	3778000	Igni_0043	Igni_0044			TRUE	0.985	2.000	0.197	0.002	Y	NA
3778003	3778004	Igni_0047	Igni_0048			FALSE	0.146	66.000	0.000	NA		NA
3778004	3778005	Igni_0048	Igni_0049			FALSE	0.288	-24.000	0.000	NA		NA
3778005	3778006	Igni_0049	Igni_0050			TRUE	0.466	0.000	0.000	NA		NA
3778006	3778007	Igni_0050	Igni_0051			FALSE	0.356	-3.000	0.000	NA		NA
3778008	3778009	Igni_0052	Igni_0053			FALSE	0.203	19.000	0.000	1.000	N	NA
3778009	3778010	Igni_0053	Igni_0054			FALSE	0.199	21.000	0.000	1.000		NA
3778013	3778014	Igni_0057	Igni_0058			FALSE	0.201	47.000	0.000	1.000	N	NA
3778016	3778018	Igni_R0004	Igni_0060			FALSE	0.141	43.000	0.000	NA		NA
3778018	3778019	Igni_0060	Igni_0061			FALSE	0.218	58.000	0.000	1.000		NA
3778020	3778021	Igni_0062	Igni_0063			FALSE	0.124	40.000	0.000	NA		NA
3778022	3778023	Igni_0064	Igni_0065			FALSE	0.094	35.000	0.000	NA		NA
3778024	3778025	Igni_R0005	Igni_0066			FALSE	0.108	30.000	0.000	NA		NA
3778025	3778026	Igni_0066	Igni_0067			FALSE	0.132	64.000	0.000	NA	N	NA
3778029	3778030	Igni_0070	Igni_0071			TRUE	0.478	6.000	0.000	NA		NA
3778031	3778032	Igni_0072	Igni_0073			FALSE	0.082	220.000	0.000	NA		NA
3778032	3778033	Igni_0073	Igni_0074			FALSE	0.356	-3.000	0.000	NA		NA
3778033	3778034	Igni_0074	Igni_0075			TRUE	0.657	4.000	0.000	0.030		NA
3778034	3778035	Igni_0075	Igni_0076			FALSE	0.151	62.000	0.000	NA		NA
3778035	3778036	Igni_0076	Igni_0077			FALSE	0.309	-7.000	0.000	NA		NA
3778038	3778039	Igni_0079	Igni_0080			FALSE	0.134	41.000	0.000	NA		NA
3778041	3778042	Igni_0082	Igni_0083			TRUE	0.782	15.000	0.695	NA		NA
3778042	3778043	Igni_0083	Igni_0084			TRUE	0.973	-3.000	0.429	0.015	Y	NA
3778043	3778044	Igni_0084	Igni_0085			FALSE	0.185	64.000	0.000	1.000	N	NA
3778044	3778045	Igni_0085	Igni_0086			TRUE	0.927	18.000	0.537	0.002	Y	NA
3778046	3778047	Igni_0087	Igni_0088			FALSE	0.338	11.000	0.000	NA		NA
3778047	3778048	Igni_0088	Igni_0089			FALSE	0.169	49.000	0.000	NA		NA
3778048	3778049	Igni_0089	Igni_0090			TRUE	0.964	-12.000	0.056	1.000	Y	NA
3778049	3778050	Igni_0090	Igni_0091			FALSE	0.147	21.000	0.000	NA		NA
3778053	3778054	Igni_0093	Igni_0094			FALSE	0.100	32.000	0.000	NA		NA
3778054	3778055	Igni_0094	Igni_0095			FALSE	0.226	49.000	0.000	1.000		NA
3778056	3778057	Igni_0096	Igni_0097			FALSE	0.166	48.000	0.000	NA		NA
3778057	3778058	Igni_0097	Igni_0098			TRUE	0.494	4.000	0.000	NA		NA
3778059	3778060	Igni_0099	Igni_0100			TRUE	0.372	-6.000	0.000	1.000	N	NA
3778060	3778061	Igni_0100	Igni_0101			FALSE	0.203	19.000	0.000	1.000	N	NA
3778061	3778062	Igni_0101	Igni_0102			FALSE	0.171	71.000	0.000	1.000	N	NA
3778063	3778064	Igni_0103	Igni_0104			FALSE	0.161	83.000	0.000	1.000	N	NA
3778065	3778066	Igni_0105	Igni_0106			TRUE	0.466	0.000	0.000	NA		NA
3778066	3778067	Igni_0106	Igni_0107			TRUE	0.855	-10.000	0.000	0.054	Y	NA
3778067	3778068	Igni_0107	Igni_0108			TRUE	0.966	-7.000	0.043	1.000	Y	NA
3778068	3778069	Igni_0108	Igni_0109			FALSE	0.204	62.000	0.000	1.000		NA
3778069	3778070	Igni_0109	Igni_0110			TRUE	0.583	3.000	0.000	1.000		NA
3778070	3778071	Igni_0110	Igni_0111			FALSE	0.096	37.000	0.000	NA		NA
3778071	3778072	Igni_0111	Igni_0112			FALSE	0.308	11.000	0.000	NA	N	NA
3778072	3778073	Igni_0112	Igni_0113			FALSE	0.097	33.000	0.000	NA		NA
3778073	3778074	Igni_0113	Igni_0114			FALSE	0.294	-13.000	0.000	NA		NA
3778074	3778075	Igni_0114	Igni_0115			FALSE	0.356	-3.000	0.000	NA		NA
3778075	3778076	Igni_0115	Igni_0116			TRUE	0.392	-7.000	0.000	1.000		NA
3778076	3778077	Igni_0116	Igni_0117			FALSE	0.287	-100.000	0.000	NA		NA
3778077	3778078	Igni_0117	Igni_0118			FALSE	0.301	-10.000	0.000	NA		NA
3778078	3778079	Igni_0118	Igni_0119			FALSE	0.128	26.000	0.000	NA		NA
3778079	3778080	Igni_0119	Igni_0120			TRUE	0.857	-15.000	0.355	NA		NA
3778080	3778081	Igni_0120	Igni_0121			TRUE	0.934	4.000	0.355	NA		NA
3778082	3778083	Igni_0122	Igni_0123			TRUE	0.369	-19.000	0.000	1.000		NA
3778084	3778085	Igni_0124	Igni_0125			FALSE	0.108	30.000	0.000	NA		NA
3778086	3778087	Igni_0126	Igni_0127			FALSE	0.096	37.000	0.000	NA		NA
3778088	3778089	Igni_0128	Igni_0129			FALSE	0.213	15.000	0.000	NA		NA
3778091	3778092	Igni_0131	Igni_0132			FALSE	0.139	22.000	0.000	NA		NA
3778093	3778094	Igni_0133	Igni_0134			FALSE	0.103	31.000	0.000	NA		NA
3778094	3778095	Igni_0134	Igni_0135			FALSE	0.288	-49.000	0.000	NA		NA
3778095	3778096	Igni_0135	Igni_0136			TRUE	0.493	3.000	0.000	NA		NA
3778096	3778097	Igni_0136	Igni_0137			FALSE	0.309	-7.000	0.000	NA		NA
3778097	3778098	Igni_0137	Igni_0138			FALSE	0.288	-36.000	0.000	NA		NA
3778099	3778100	Igni_0139	Igni_0140			TRUE	0.689	52.000	0.000	NA	Y	NA
3778101	3778102	Igni_0141	Igni_0142			FALSE	0.170	51.000	0.000	NA		NA
3778102	3778103	Igni_0142	Igni_0143			TRUE	0.487	2.000	0.000	NA		NA
3778103	3778104	Igni_0143	Igni_0144			TRUE	0.491	5.000	0.000	NA		NA
3778106	3778107	Igni_0146	Igni_0147			TRUE	0.983	5.000	0.273	1.000	Y	NA
3778107	3778108	Igni_0147	Igni_0148			FALSE	0.141	43.000	0.000	NA		NA
3778110	3778111	Igni_0150	Igni_0151			FALSE	0.155	40.000	0.000	1.000	N	NA
3778111	3778112	Igni_0151	Igni_0152			TRUE	0.491	5.000	0.000	NA		NA
3778112	3778113	Igni_0152	Igni_0153			TRUE	0.478	6.000	0.000	NA		NA
3778114	3778115	Igni_0154	Igni_0155			FALSE	0.288	-28.000	0.000	NA		NA
3778115	3778116	Igni_0155	Igni_0156			TRUE	0.962	-7.000	0.055	NA	Y	NA
3778117	3778118	Igni_0157	Igni_0158			TRUE	0.894	11.000	0.120	1.000	N	NA
3778120	3778121	Igni_0160	Igni_0161			FALSE	0.115	209.000	0.000	1.000		NA
3778121	3778122	Igni_0161	Igni_0162			FALSE	0.169	73.000	0.000	1.000	N	NA
3778122	3778123	Igni_0162	Igni_0163			FALSE	0.344	-25.000	0.000	1.000	N	NA
3778125	3778126	Igni_0165	Igni_0166			FALSE	0.165	57.000	0.000	NA		NA
3778126	3778127	Igni_0166	Igni_0167			FALSE	0.356	-3.000	0.000	NA		NA
3778127	3778128	Igni_0167	Igni_0168			TRUE	0.443	-3.000	0.000	1.000		NA
3778128	3778129	Igni_0168	Igni_R0007			FALSE	0.131	80.000	0.000	NA		NA
3778130	3778131	Igni_0169	Igni_0170			FALSE	0.163	47.000	0.000	NA		NA
3778131	3778132	Igni_0170	Igni_R0008			FALSE	0.151	62.000	0.000	NA		NA
3778133	3778134	Igni_0171	Igni_0172			FALSE	0.221	57.000	0.000	1.000		NA
3778134	3778135	Igni_0172	Igni_0173			TRUE	0.444	-18.000	0.000	0.031		NA
3778135	3778136	Igni_0173	Igni_0174			FALSE	0.120	34.000	0.000	1.000	N	NA
3778136	3778137	Igni_0174	Igni_0175			TRUE	0.716	59.000	0.588	NA		NA
3778138	3778139	Igni_0176	Igni_0177			TRUE	0.494	4.000	0.000	NA		NA
3778140	3778141	Igni_0178	Igni_0179			TRUE	0.372	-6.000	0.000	1.000	N	NA
3778141	3778142	Igni_0179	Igni_0180			FALSE	0.106	207.000	0.000	1.000	N	NA
3778142	3778143	Igni_0180	Igni_0181			TRUE	0.962	12.000	0.512	0.071	Y	NA
3778143	3778144	Igni_0181	Igni_0182			TRUE	0.927	20.000	0.073	0.071	Y	NA
3778144	3778145	Igni_0182	Igni_0183			TRUE	0.943	4.000	0.058	1.000	N	NA
3778145	3778146	Igni_0183	Igni_0184			TRUE	0.919	8.000	0.031	1.000	N	NA
3778146	3778147	Igni_0184	Igni_0185			TRUE	0.973	11.000	0.075	0.005	Y	NA
3778147	3778148	Igni_0185	Igni_0186			TRUE	0.981	0.000	0.515	0.071	Y	NA
3778148	3778149	Igni_0186	Igni_0187			TRUE	0.882	11.000	0.536	1.000	N	NA
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