For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.
Also see:
Column | Description |
Gene1 | VIMSS id of 1st gene in pair |
SysName1 | Systematic name of 1st gene in pair |
Name1 | Ordinary name of 1st gene in pair |
Gene2 | VIMSS id of 2nd gene in pair |
SysName2 | Systematic name of 2nd gene in pair |
Name2 | Ordinary name of 2nd gene in pair |
bOp | Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not |
pOp | Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions. |
Sep | Distance between the two genes, in base pairs |
MOGScore | Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved) |
GOScore | Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized |
COGSim | Whether the genes share a COG category or not |
ExprSim | Correlation of expression patterns (not available for most genomes) |
Gene1 | Gene2 | SysName1 | SysName2 | Name1 | Name2 | bOp | pOp | Sep | MOGScore | GOScore | COGSim | ExprSim |
10205932 | 10205933 | Xcel_0001 | Xcel_0002 | FALSE | 0.244 | 555.000 | 0.328 | 1.000 | Y | NA | ||
10205933 | 10205934 | Xcel_0002 | Xcel_0003 | FALSE | 0.191 | 53.000 | 0.024 | 1.000 | N | NA | ||
10205934 | 10205935 | Xcel_0003 | Xcel_0004 | FALSE | 0.065 | 166.000 | 0.029 | 1.000 | N | NA | ||
10205935 | 10205936 | Xcel_0004 | Xcel_0005 | TRUE | 0.586 | 32.000 | 0.099 | NA | NA | |||
10205936 | 10205937 | Xcel_0005 | Xcel_0006 | FALSE | 0.024 | 295.000 | 0.022 | NA | NA | |||
10205937 | 10205938 | Xcel_0006 | Xcel_0007 | TRUE | 0.877 | 73.000 | 0.306 | 0.002 | Y | NA | ||
10205938 | 10205939 | Xcel_0007 | Xcel_0008 | TRUE | 0.716 | 12.000 | 0.053 | NA | NA | |||
10205939 | 10205940 | Xcel_0008 | Xcel_R0001 | FALSE | 0.089 | 141.000 | 0.000 | NA | NA | |||
10205940 | 10205941 | Xcel_R0001 | Xcel_0009 | FALSE | 0.173 | 94.000 | 0.000 | NA | NA | |||
10205941 | 10205942 | Xcel_0009 | Xcel_R0002 | FALSE | 0.335 | 30.000 | 0.000 | NA | NA | |||
10205944 | 10205945 | Xcel_0011 | Xcel_0012 | TRUE | 0.509 | 88.000 | 0.182 | 1.000 | NA | |||
10205947 | 10205948 | Xcel_0014 | Xcel_0015 | TRUE | 0.967 | -3.000 | 0.176 | NA | NA | |||
10205948 | 10205949 | Xcel_0015 | Xcel_0016 | TRUE | 0.963 | 0.000 | 0.069 | NA | NA | |||
10205949 | 10205950 | Xcel_0016 | Xcel_0017 | TRUE | 0.473 | 28.000 | 0.040 | NA | NA | |||
10205951 | 10205952 | Xcel_0018 | Xcel_0019 | TRUE | 0.985 | 2.000 | 0.368 | 0.002 | NA | |||
10205952 | 10205953 | Xcel_0019 | Xcel_0020 | TRUE | 0.957 | -3.000 | 0.162 | 1.000 | N | NA | ||
10205953 | 10205954 | Xcel_0020 | Xcel_0021 | TRUE | 0.925 | -3.000 | 0.070 | 1.000 | N | NA | ||
10205954 | 10205955 | Xcel_0021 | Xcel_0022 | TRUE | 0.961 | -3.000 | 0.180 | 1.000 | N | NA | ||
10205955 | 10205956 | Xcel_0022 | Xcel_0023 | TRUE | 0.939 | 8.000 | 0.267 | NA | NA | |||
10205956 | 10205957 | Xcel_0023 | Xcel_0024 | TRUE | 0.960 | 11.000 | 0.629 | NA | NA | |||
10205960 | 10205961 | Xcel_0026 | Xcel_0027 | FALSE | 0.200 | 52.000 | 0.000 | NA | NA | |||
10205961 | 10205962 | Xcel_0027 | Xcel_0028 | TRUE | 0.828 | -7.000 | 0.000 | 1.000 | NA | |||
10205962 | 10205963 | Xcel_0028 | Xcel_0029 | FALSE | 0.120 | 92.000 | 0.000 | 1.000 | N | NA | ||
10205963 | 10205964 | Xcel_0029 | Xcel_0030 | TRUE | 0.868 | -3.000 | 0.000 | NA | NA | |||
10205964 | 10205965 | Xcel_0030 | Xcel_0031 | FALSE | 0.101 | 133.000 | 0.000 | NA | NA | |||
10205965 | 10205966 | Xcel_0031 | Xcel_0032 | FALSE | 0.113 | 127.000 | 0.000 | NA | NA | |||
10205968 | 10205969 | Xcel_0034 | Xcel_0035 | FALSE | 0.252 | 41.000 | 0.000 | 1.000 | NA | |||
10205970 | 10205971 | Xcel_0036 | Xcel_0037 | FALSE | 0.372 | 26.000 | 0.000 | NA | NA | |||
10205971 | 10205972 | Xcel_0037 | Xcel_0038 | FALSE | 0.033 | 220.000 | 0.000 | NA | NA | |||
10205973 | 10205974 | Xcel_0039 | Xcel_0040 | FALSE | 0.197 | 61.000 | 0.000 | NA | NA | |||
10205974 | 10205975 | Xcel_0040 | Xcel_0041 | FALSE | 0.363 | 27.000 | 0.000 | NA | NA | |||
10205975 | 10205976 | Xcel_0041 | Xcel_0042 | FALSE | 0.233 | 43.000 | 0.000 | NA | NA | |||
10205976 | 10205977 | Xcel_0042 | Xcel_0043 | FALSE | 0.197 | 62.000 | 0.000 | NA | NA | |||
10205977 | 10205978 | Xcel_0043 | Xcel_0044 | FALSE | 0.010 | 330.000 | 0.000 | 1.000 | N | NA | ||
10205978 | 10205979 | Xcel_0044 | Xcel_0045 | TRUE | 0.946 | 11.000 | 0.032 | 0.001 | Y | NA | ||
10205979 | 10205980 | Xcel_0045 | Xcel_0046 | TRUE | 0.865 | 29.000 | 0.056 | 0.001 | Y | NA | ||
10205980 | 10205981 | Xcel_0046 | Xcel_0047 | FALSE | 0.029 | 198.000 | 0.000 | 1.000 | N | NA | ||
10205981 | 10205982 | Xcel_0047 | Xcel_0048 | FALSE | 0.235 | 90.000 | 0.051 | 1.000 | N | NA | ||
10205986 | 10205987 | Xcel_0052 | Xcel_0053 | FALSE | 0.194 | 117.000 | 0.034 | NA | NA | |||
10205988 | 10205989 | Xcel_0054 | Xcel_0055 | TRUE | 0.782 | 5.000 | 0.000 | NA | NA | |||
10205989 | 10205990 | Xcel_0055 | Xcel_0056 | FALSE | 0.181 | 91.000 | 0.000 | 1.000 | NA | |||
10205991 | 10205992 | Xcel_0057 | Xcel_0058 | TRUE | 0.809 | -3.000 | 0.000 | 1.000 | N | NA | ||
10205992 | 10205993 | Xcel_0058 | Xcel_0059 | FALSE | 0.050 | 151.000 | 0.000 | 1.000 | N | NA | ||
10205995 | 10205996 | Xcel_0061 | Xcel_0062 | FALSE | 0.131 | 68.000 | 0.000 | 1.000 | N | NA | ||
10205996 | 10205997 | Xcel_0062 | Xcel_0063 | TRUE | 0.865 | 55.000 | 0.286 | 1.000 | Y | NA | ||
10205997 | 10205998 | Xcel_0063 | Xcel_0064 | TRUE | 0.992 | 8.000 | 0.571 | 0.073 | Y | NA | ||
10205998 | 10205999 | Xcel_0064 | Xcel_0065 | TRUE | 0.999 | -3.000 | 1.000 | 0.073 | Y | NA | ||
10206000 | 10206001 | Xcel_0066 | Xcel_0067 | FALSE | 0.023 | 209.000 | 0.000 | NA | N | NA | ||
10206002 | 10206003 | Xcel_0068 | Xcel_0069 | FALSE | 0.178 | 94.000 | 0.000 | 1.000 | NA | |||
10206003 | 10206004 | Xcel_0069 | Xcel_0070 | FALSE | 0.402 | 24.000 | 0.000 | 1.000 | NA | |||
10206004 | 10206005 | Xcel_0070 | Xcel_0071 | TRUE | 0.983 | 2.000 | 0.027 | NA | Y | NA | ||
10206006 | 10206007 | Xcel_0072 | Xcel_0073 | TRUE | 0.915 | 0.000 | 0.000 | NA | NA | |||
10206007 | 10206008 | Xcel_0073 | Xcel_0074 | FALSE | 0.188 | 75.000 | 0.000 | NA | NA | |||
10206009 | 10206010 | Xcel_0075 | Xcel_0076 | TRUE | 0.980 | -3.000 | 0.333 | NA | NA | |||
10206010 | 10206011 | Xcel_0076 | Xcel_0077 | FALSE | 0.113 | 127.000 | 0.000 | NA | NA | |||
10206011 | 10206012 | Xcel_0077 | Xcel_0078 | FALSE | 0.110 | 103.000 | 0.000 | 1.000 | N | NA | ||
10206012 | 10206013 | Xcel_0078 | Xcel_0079 | TRUE | 0.584 | 13.000 | 0.018 | 1.000 | NA | |||
10206013 | 10206014 | Xcel_0079 | Xcel_0080 | TRUE | 0.880 | -3.000 | 0.012 | 1.000 | NA | |||
10206014 | 10206015 | Xcel_0080 | Xcel_0081 | TRUE | 0.951 | 10.000 | 0.021 | 0.002 | Y | NA | ||
10206016 | 10206017 | Xcel_0082 | Xcel_0083 | TRUE | 0.963 | 3.000 | 0.206 | 1.000 | NA | |||
10206018 | 10206019 | Xcel_0084 | Xcel_0085 | FALSE | 0.018 | 301.000 | 0.000 | 1.000 | NA | |||
10206019 | 10206020 | Xcel_0085 | Xcel_0086 | FALSE | 0.283 | 36.000 | 0.000 | NA | NA | |||
10206020 | 10206021 | Xcel_0086 | Xcel_0087 | FALSE | 0.187 | 83.000 | 0.000 | NA | NA | |||
10206021 | 10206022 | Xcel_0087 | Xcel_0088 | TRUE | 0.716 | 43.000 | 0.000 | 0.007 | Y | NA | ||
10206022 | 10206023 | Xcel_0088 | Xcel_0089 | FALSE | 0.054 | 176.000 | 0.000 | NA | NA | |||
10206023 | 10206024 | Xcel_0089 | Xcel_0090 | FALSE | 0.139 | 114.000 | 0.000 | NA | NA | |||
10206024 | 10206025 | Xcel_0090 | Xcel_0091 | TRUE | 0.825 | -9.000 | 0.000 | 1.000 | NA | |||
10206025 | 10206026 | Xcel_0091 | Xcel_0092 | TRUE | 0.868 | -3.000 | 0.000 | NA | NA | |||
10206026 | 10206027 | Xcel_0092 | Xcel_0093 | FALSE | 0.302 | 33.000 | 0.000 | NA | NA | |||
10206029 | 10206030 | Xcel_0095 | Xcel_0096 | FALSE | 0.203 | 36.000 | 0.000 | 1.000 | N | NA | ||
10206030 | 10206031 | Xcel_0096 | Xcel_0097 | TRUE | 0.868 | -3.000 | 0.000 | NA | NA | |||
10206031 | 10206032 | Xcel_0097 | Xcel_0098 | TRUE | 0.868 | -3.000 | 0.000 | NA | NA | |||
10206032 | 10206033 | Xcel_0098 | Xcel_0099 | TRUE | 0.823 | -7.000 | 0.000 | NA | NA | |||
10206033 | 10206034 | Xcel_0099 | Xcel_0100 | FALSE | 0.150 | 109.000 | 0.000 | NA | NA | |||
10206034 | 10206035 | Xcel_0100 | Xcel_0101 | TRUE | 0.995 | -3.000 | 0.344 | 1.000 | Y | NA | ||
10206036 | 10206037 | Xcel_0102 | Xcel_0103 | FALSE | 0.034 | 218.000 | 0.000 | NA | NA | |||
10206039 | 10206040 | Xcel_0105 | Xcel_0106 | TRUE | 0.997 | -3.000 | 0.582 | 0.044 | Y | NA | ||
10206040 | 10206041 | Xcel_0106 | Xcel_0107 | TRUE | 0.993 | -10.000 | 0.361 | 1.000 | Y | NA | ||
10206041 | 10206042 | Xcel_0107 | Xcel_0108 | TRUE | 0.980 | 14.000 | 0.528 | 0.073 | Y | NA | ||
10206044 | 10206045 | Xcel_0110 | Xcel_0111 | TRUE | 0.968 | 0.000 | 0.083 | NA | NA | |||
10206045 | 10206046 | Xcel_0111 | Xcel_0112 | FALSE | 0.117 | 124.000 | 0.007 | NA | NA | |||
10206046 | 10206047 | Xcel_0112 | Xcel_0113 | TRUE | 0.768 | 3.000 | 0.000 | 1.000 | N | NA | ||
10206048 | 10206049 | Xcel_0114 | Xcel_0115 | FALSE | 0.126 | 67.000 | 0.000 | NA | N | NA | ||
10206052 | 10206053 | Xcel_0118 | Xcel_0119 | FALSE | 0.142 | 113.000 | 0.000 | NA | NA | |||
10206053 | 10206054 | Xcel_0119 | Xcel_0120 | TRUE | 0.915 | 0.000 | 0.000 | NA | NA | |||
10206055 | 10206056 | Xcel_0121 | Xcel_0122 | FALSE | 0.057 | 174.000 | 0.000 | NA | NA | |||
10206056 | 10206057 | Xcel_0122 | Xcel_0123 | FALSE | 0.199 | 54.000 | 0.000 | NA | NA | |||
10206057 | 10206058 | Xcel_0123 | Xcel_0124 | TRUE | 0.818 | -10.000 | 0.000 | NA | NA | |||
10206061 | 10206062 | Xcel_0127 | Xcel_0128 | FALSE | 0.058 | 170.000 | 0.000 | NA | NA | |||
10206063 | 10206064 | Xcel_0129 | Xcel_0130 | TRUE | 0.868 | -3.000 | 0.000 | NA | NA | |||
10206064 | 10206065 | Xcel_0130 | Xcel_0131 | FALSE | 0.132 | 118.000 | 0.000 | NA | NA | |||
10206065 | 10206066 | Xcel_0131 | Xcel_0132 | FALSE | 0.200 | 52.000 | 0.000 | NA | NA | |||
10206066 | 10206067 | Xcel_0132 | Xcel_0133 | FALSE | 0.152 | 108.000 | 0.000 | NA | NA | |||
10206067 | 10206068 | Xcel_0133 | Xcel_0134 | FALSE | 0.233 | 43.000 | 0.000 | NA | NA | |||
10206068 | 10206069 | Xcel_0134 | Xcel_0135 | FALSE | 0.170 | 193.000 | 0.167 | NA | NA | |||
10206069 | 10206070 | Xcel_0135 | Xcel_0136 | FALSE | 0.189 | 68.000 | 0.000 | NA | NA | |||
10206071 | 10206072 | Xcel_0137 | Xcel_0138 | TRUE | 0.988 | 0.000 | 0.000 | NA | Y | NA | ||
10206072 | 10206073 | Xcel_0138 | Xcel_0139 | FALSE | 0.159 | 104.000 | 0.000 | NA | NA | |||
10206073 | 10206074 | Xcel_0139 | Xcel_0140 | FALSE | 0.188 | 81.000 | 0.000 | NA | NA | |||
10206074 | 10206075 | Xcel_0140 | Xcel_0141 | FALSE | 0.105 | 131.000 | 0.000 | NA | NA | |||
10206076 | 10206077 | Xcel_0142 | Xcel_0143 | FALSE | 0.132 | 118.000 | 0.000 | NA | NA | |||
10206077 | 10206078 | Xcel_0143 | Xcel_0144 | FALSE | 0.402 | 23.000 | 0.000 | NA | NA | |||
10206078 | 10206079 | Xcel_0144 | Xcel_0145 | TRUE | 0.809 | -3.000 | 0.000 | 1.000 | N | NA | ||
10206079 | 10206080 | Xcel_0145 | Xcel_0146 | TRUE | 0.954 | -3.000 | 0.150 | NA | N | NA | ||
10206080 | 10206081 | Xcel_0146 | Xcel_0147 | FALSE | 0.012 | 472.000 | 0.000 | NA | NA | |||
10206081 | 10206082 | Xcel_0147 | Xcel_0148 | FALSE | 0.015 | 520.000 | 0.000 | 0.001 | NA | |||
10206082 | 10206083 | Xcel_0148 | Xcel_0149 | FALSE | 0.033 | 219.000 | 0.000 | NA | NA | |||
10206083 | 10206084 | Xcel_0149 | Xcel_0150 | FALSE | 0.019 | 289.000 | 0.000 | NA | NA | |||
10206084 | 10206085 | Xcel_0150 | Xcel_0151 | TRUE | 0.823 | -7.000 | 0.000 | NA | NA | |||
10206086 | 10206087 | Xcel_0152 | Xcel_0153 | TRUE | 0.921 | -3.000 | 0.045 | NA | NA | |||
10206087 | 10206088 | Xcel_0153 | Xcel_0154 | FALSE | 0.109 | 128.000 | 0.000 | NA | NA | |||
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10207647 | 10207648 | Xcel_1684 | Xcel_1685 | FALSE | 0.222 | 45.000 | 0.000 | NA | NA | |||
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10209344 | 10209345 | Xcel_3349 | Xcel_3350 | FALSE | 0.025 | 255.000 | 0.000 | NA | NA | |||
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10209348 | 10209349 | Xcel_3353 | Xcel_3354 | FALSE | 0.117 | 49.000 | 0.002 | 1.000 | N | NA | ||
10209349 | 10209350 | Xcel_3354 | Xcel_3355 | FALSE | 0.072 | 118.000 | 0.002 | 1.000 | N | NA | ||
10209350 | 10209351 | Xcel_3355 | Xcel_3356 | FALSE | 0.028 | 178.000 | 0.002 | 1.000 | N | NA | ||
10209351 | 10209352 | Xcel_3356 | Xcel_3357 | FALSE | 0.268 | 202.000 | 0.000 | 0.001 | Y | NA | ||
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