MicrobesOnline Operon Predictions for Clostridium botulinum F str. Langeland

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column	Description
Gene1	VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1	Systematic name of 1st gene in pair
Name1	Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2	VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2	Systematic name of 2nd gene in pair
Name2	Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp	Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp	Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep	Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore	Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore	Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim	Whether the genes share a COG category or not
ExprSim	Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

Gene1	Gene2	SysName1	SysName2	Name1	Name2	bOp	pOp	Sep	MOGScore	GOScore	COGSim	ExprSim
3745037	3745038	CLI_0001	CLI_0002	dnaA	dnaN	FALSE	0.572	263.000	0.328	1.000	Y	NA
3745038	3745039	CLI_0002	CLI_0003	dnaN		TRUE	0.966	19.000	0.103	1.000		NA
3745039	3745040	CLI_0003	CLI_0004		recF	TRUE	0.849	79.000	0.209	1.000		NA
3745040	3745041	CLI_0004	CLI_0005	recF		TRUE	0.928	21.000	0.024	NA		NA
3745041	3745042	CLI_0005	CLI_0006		gyrB	TRUE	0.928	18.000	0.017	NA		NA
3745042	3745043	CLI_0006	CLI_0007	gyrB	gyrA	TRUE	0.993	26.000	0.306	0.002	Y	NA
3745043	3745044	CLI_0007	CLI_0008	gyrA		FALSE	0.335	97.000	0.000	NA		NA
3745044	3745045	CLI_0008	CLI_0009		rrsA	FALSE	0.085	202.000	0.000	NA		NA
3745045	3745046	CLI_0009	CLI_0012	rrsA	rrlA	FALSE	0.191	158.000	0.000	NA		NA
3745046	3745047	CLI_0012	CLI_0013	rrlA	rrfA	FALSE	0.335	94.000	0.000	NA		NA
3745047	3745048	CLI_0013	CLI_0016	rrfA		TRUE	0.862	8.000	0.000	NA		NA
3745048	3745049	CLI_0016	CLI_0015			TRUE	0.626	-77.000	0.000	NA		NA
3745049	3745050	CLI_0015	CLI_0018			TRUE	0.859	3.000	0.000	NA		NA
3745050	3745051	CLI_0018	CLI_0017			TRUE	0.642	-76.000	0.000	NA		NA
3745051	3745052	CLI_0017	CLI_0019			FALSE	0.101	195.000	0.000	NA		NA
3745052	3745053	CLI_0019	CLI_0020			TRUE	0.945	16.000	0.029	NA		NA
3745053	3745054	CLI_0020	CLI_0021			TRUE	0.949	2.000	0.014	1.000		NA
3745054	3745055	CLI_0021	CLI_0022			TRUE	0.950	5.000	0.011	1.000		NA
3745055	3745056	CLI_0022	CLI_0023			FALSE	0.537	137.000	0.016	NA		NA
3745056	3745057	CLI_0023	CLI_0024			TRUE	0.968	25.000	0.214	NA		NA
3745057	3745058	CLI_0024	CLI_0025			TRUE	0.982	17.000	0.370	NA		NA
3745058	3745059	CLI_0025	CLI_0026		serS-1	FALSE	0.008	370.000	0.000	NA		NA
3745059	3745060	CLI_0026	CLI_0028	serS-1		FALSE	0.026	276.000	0.000	NA		NA
3745060	3745061	CLI_0028	CLI_0027			FALSE	0.609	-91.000	0.000	NA		NA
3745061	3745062	CLI_0027	CLI_0030			TRUE	0.788	20.000	0.000	NA		NA
3745062	3745063	CLI_0030	CLI_0029			FALSE	0.609	-91.000	0.000	NA		NA
3745063	3745064	CLI_0029	CLI_0031			FALSE	0.024	281.000	0.000	NA		NA
3745064	3745065	CLI_0031	CLI_0033			FALSE	0.320	115.000	0.000	NA		NA
3745065	3745066	CLI_0033	CLI_0032			FALSE	0.609	-91.000	0.000	NA		NA
3745066	3745067	CLI_0032	CLI_0035			TRUE	0.788	20.000	0.000	NA		NA
3745067	3745068	CLI_0035	CLI_0034			FALSE	0.609	-91.000	0.000	NA		NA
3745068	3745069	CLI_0034	CLI_0037			FALSE	0.340	84.000	0.000	NA		NA
3745069	3745070	CLI_0037	CLI_0036			TRUE	0.626	-77.000	0.000	NA		NA
3745071	3745072	CLI_0038	CLI_0039	psd		TRUE	0.654	103.000	0.026	NA		NA
3745072	3745073	CLI_0039	CLI_0040			FALSE	0.369	76.000	0.000	NA		NA
3745074	3745075	CLI_0041	CLI_0042			FALSE	0.277	133.000	0.000	NA		NA
3745075	3745076	CLI_0042	CLI_0043		megL	TRUE	0.799	160.000	0.034	1.000	Y	NA
3745076	3745077	CLI_0043	CLI_0044	megL		FALSE	0.399	124.000	0.000	1.000	N	NA
3745077	3745078	CLI_0044	CLI_0046			FALSE	0.168	165.000	0.000	NA		NA
3745078	3745079	CLI_0046	CLI_0045			FALSE	0.613	-90.000	0.000	NA		NA
3745079	10195472	CLI_0045	CLI_3894		srpB	FALSE	0.299	124.000	0.000	NA		NA
10195472	3745080	CLI_3894	CLI_0047	srpB	dnaX	FALSE	0.171	164.000	0.000	NA		NA
3745080	3745081	CLI_0047	CLI_0048	dnaX		TRUE	0.822	65.000	0.100	NA		NA
3745081	3745082	CLI_0048	CLI_0049		recR	TRUE	0.971	33.000	0.604	NA		NA
3745082	3745083	CLI_0049	CLI_0050	recR		TRUE	0.817	57.000	0.071	NA		NA
3745083	3745084	CLI_0050	CLI_0051		bofA	TRUE	0.805	150.000	0.417	NA		NA
3745084	3745085	CLI_0051	CLI_0052	bofA	sfsA	FALSE	0.412	151.000	0.005	NA		NA
3745085	3745086	CLI_0052	CLI_0053	sfsA		TRUE	0.713	56.000	0.015	NA		NA
3745086	3745087	CLI_0053	CLI_0054			FALSE	0.337	118.000	0.000	1.000		NA
3745087	3745088	CLI_0054	CLI_0055			FALSE	0.298	134.000	0.000	1.000		NA
3745088	3745089	CLI_0055	CLI_0056			TRUE	0.975	19.000	0.222	NA		NA
3745089	3745090	CLI_0056	CLI_0057			FALSE	0.007	383.000	0.000	NA		NA
3745090	3745091	CLI_0057	CLI_0058			TRUE	0.641	83.000	0.007	1.000	N	NA
3745091	3745092	CLI_0058	CLI_0059			TRUE	0.925	29.000	0.035	1.000	N	NA
3745092	3745093	CLI_0059	CLI_0060		rrsB	FALSE	0.007	387.000	0.000	NA		NA
3745093	3745094	CLI_0060	CLI_0063	rrsB	rrlB	FALSE	0.061	222.000	0.000	NA		NA
3745094	3745095	CLI_0063	CLI_0064	rrlB	rrfB	FALSE	0.475	52.000	0.000	NA		NA
3745095	3745096	CLI_0064	CLI_0066	rrfB		TRUE	0.862	6.000	0.000	NA		NA
3745096	3745097	CLI_0066	CLI_0065			TRUE	0.642	-76.000	0.000	NA		NA
3745099	3745100	CLI_0068	CLI_0071	rrsC	rrlI-1	FALSE	0.191	158.000	0.000	NA		NA
3745100	3745101	CLI_0071	CLI_0072	rrlI-1	rrfC	FALSE	0.483	51.000	0.000	NA		NA
3745101	3745102	CLI_0072	CLI_0074	rrfC		TRUE	0.862	6.000	0.000	NA		NA
3745102	3745103	CLI_0074	CLI_0073			TRUE	0.642	-76.000	0.000	NA		NA
3745103	3745104	CLI_0073	CLI_0075			FALSE	0.011	343.000	0.000	NA		NA
3745104	3745105	CLI_0075	CLI_0076			TRUE	0.989	-3.000	0.800	NA		NA
3745105	3745106	CLI_0076	CLI_0077		rrsD	FALSE	0.002	645.000	0.000	NA		NA
3745106	3745107	CLI_0077	CLI_0080	rrsD	rrlD	FALSE	0.061	222.000	0.000	NA		NA
3745107	3745108	CLI_0080	CLI_0081	rrlD	rrfD	FALSE	0.475	52.000	0.000	NA		NA
3745108	3745109	CLI_0081	CLI_t01	rrfD		TRUE	0.862	8.000	0.000	NA		NA
3745109	3745110	CLI_t01	CLI_0088			FALSE	0.075	209.000	0.000	NA		NA
3745110	3745111	CLI_0088	CLI_0085			FALSE	0.602	-191.000	0.000	NA		NA
3745111	3745112	CLI_0085	CLI_0086			FALSE	0.035	255.000	0.000	NA		NA
3745112	3745113	CLI_0086	CLI_0089		rrsE	FALSE	0.002	1302.000	0.000	NA		NA
3745113	3745114	CLI_0089	CLI_0092	rrsE	rrlE	FALSE	0.191	158.000	0.000	NA		NA
3745114	3745115	CLI_0092	CLI_0093	rrlE	rrfE	FALSE	0.483	51.000	0.000	NA		NA
3745115	3745116	CLI_0093	CLI_t02	rrfE		TRUE	0.862	8.000	0.000	NA		NA
3745116	3745117	CLI_t02	CLI_0097			FALSE	0.255	141.000	0.000	NA		NA
3745117	3745118	CLI_0097	CLI_0098		rrsF	FALSE	0.003	521.000	0.000	NA		NA
3745118	3745119	CLI_0098	CLI_0101	rrsF	rrlH-1	FALSE	0.191	158.000	0.000	NA		NA
3745119	3745120	CLI_0101	CLI_0102	rrlH-1	rrfF	FALSE	0.483	51.000	0.000	NA		NA
3745120	3745121	CLI_0102	CLI_0103	rrfF		FALSE	0.009	357.000	0.000	NA		NA
3745121	3745122	CLI_0103	CLI_0104			FALSE	0.348	82.000	0.000	NA		NA
3745123	3745124	CLI_0105	CLI_0106			TRUE	0.894	36.000	0.039	NA	N	NA
3745127	3745128	CLI_0109	CLI_0110			TRUE	0.948	-21.000	0.120	NA		NA
3745128	3745129	CLI_0110	CLI_0111			TRUE	0.944	24.000	0.034	1.000	N	NA
3745129	3745130	CLI_0111	CLI_0112			TRUE	0.698	81.000	0.034	NA		NA
3745130	3745131	CLI_0112	CLI_0113			TRUE	0.929	18.000	0.018	NA		NA
3745131	3745132	CLI_0113	CLI_0114			TRUE	0.987	2.000	0.372	NA		NA
3745132	3745133	CLI_0114	CLI_0115			TRUE	0.945	12.000	0.011	NA		NA
3745133	3745134	CLI_0115	CLI_0116			TRUE	0.873	82.000	0.333	1.000		NA
3745134	3745135	CLI_0116	CLI_0117			FALSE	0.550	121.000	0.006	1.000		NA
3745135	3745136	CLI_0117	CLI_0118			TRUE	0.967	20.000	0.078	0.009		NA
3745136	3745137	CLI_0118	CLI_0119			FALSE	0.362	156.000	0.002	NA		NA
3745139	3745140	CLI_0121	CLI_0122		arcA-1	FALSE	0.006	422.000	0.000	1.000		NA
3745141	3745142	CLI_0123	CLI_0124	ispF		FALSE	0.579	76.000	0.003	NA		NA
3745145	3745146	CLI_0127	CLI_0128	spmA		TRUE	0.992	13.000	0.655	0.003		NA
3745148	3745149	CLI_0130	CLI_0131	udgA		TRUE	0.903	29.000	0.016	1.000	N	NA
3745149	3745150	CLI_0131	CLI_0132		metG	FALSE	0.012	382.000	0.000	1.000	N	NA
3745150	3745151	CLI_0132	CLI_0133	metG		FALSE	0.045	295.000	0.003	NA		NA
3745151	3745152	CLI_0133	CLI_0134			FALSE	0.405	151.000	0.004	NA		NA
3745152	3745153	CLI_0134	CLI_0135			FALSE	0.053	228.000	0.000	NA		NA
3745153	3745154	CLI_0135	CLI_0136			TRUE	0.688	73.000	0.020	1.000		NA
3745154	3745155	CLI_0136	CLI_0137		ksgA	TRUE	0.979	2.000	0.093	1.000	N	NA
3745155	3745156	CLI_0137	CLI_0138	ksgA		FALSE	0.612	79.000	0.010	NA		NA
3745156	3745157	CLI_0138	CLI_0139			TRUE	0.737	157.000	0.278	NA		NA
3745157	3745158	CLI_0139	CLI_0140			TRUE	0.653	165.000	0.188	NA		NA
3745158	3745159	CLI_0140	CLI_0141			TRUE	0.626	168.000	0.167	NA		NA
3745159	3745160	CLI_0141	CLI_0142			TRUE	0.989	11.000	0.350	1.000	N	NA
3745160	3745161	CLI_0142	CLI_0143			TRUE	0.994	-3.000	0.349	NA	Y	NA
3745161	3745162	CLI_0143	CLI_0144			TRUE	0.683	82.000	0.019	NA	N	NA
3745162	3745163	CLI_0144	CLI_0145			FALSE	0.292	137.000	0.000	1.000		NA
3745165	3745166	CLI_0147	CLI_0148			TRUE	0.772	57.000	0.037	NA		NA
3745166	3745167	CLI_0148	CLI_0149		nrdD	FALSE	0.021	290.000	0.000	NA		NA
3745167	3745168	CLI_0149	CLI_0150	nrdD	nrdG	TRUE	0.987	17.000	0.315	0.001	N	NA
3745169	3745170	CLI_0151	CLI_0152			TRUE	0.977	2.000	0.111	NA		NA
3745170	3745171	CLI_0152	CLI_0153			FALSE	0.305	121.000	0.000	NA		NA
3745172	3745173	CLI_0154	CLI_0155	ileS		FALSE	0.498	151.000	0.009	1.000	N	NA
3745173	3745174	CLI_0155	CLI_0156			FALSE	0.226	216.000	0.017	1.000	N	NA
3745174	3745175	CLI_0156	CLI_0157			TRUE	0.859	75.000	0.160	1.000	N	NA
3745175	3745176	CLI_0157	CLI_0158			FALSE	0.012	336.000	0.000	NA		NA
3745176	3745177	CLI_0158	CLI_0159			TRUE	0.972	5.000	0.066	NA		NA
3745177	3745178	CLI_0159	CLI_0160			TRUE	0.974	20.000	0.210	1.000		NA
3745178	3745179	CLI_0160	CLI_0161			FALSE	0.063	225.000	0.000	1.000		NA
3745179	3745180	CLI_0161	CLI_0162			TRUE	0.618	187.000	0.333	1.000		NA
3745182	3745183	CLI_0164	CLI_0165			TRUE	0.975	15.000	0.143	NA		NA
3745183	3745184	CLI_0165	CLI_0166			TRUE	0.967	27.000	0.250	NA		NA
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3745187	3745188	CLI_0169	CLI_0170	cotS		TRUE	0.764	124.000	0.119	NA		NA
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3745864	3745865	CLI_0854	CLI_0855	thyA		TRUE	0.961	12.000	0.017	1.000	N	NA
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3746031	3746032	CLI_1022	CLI_1023		cbiD	TRUE	0.847	13.000	0.000	NA		NA
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3746040	3746041	CLI_1031	CLI_1032			FALSE	0.421	60.000	0.000	NA		NA
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3746042	3746043	CLI_1033	CLI_1034			FALSE	0.491	50.000	0.000	NA		NA
3746043	3746044	CLI_1034	CLI_1035		cobI	FALSE	0.335	91.000	0.000	NA		NA
3746044	3746045	CLI_1035	CLI_1036	cobI	cobM	FALSE	0.505	288.000	0.291	0.011	Y	NA
3746045	3746046	CLI_1036	CLI_1037	cobM	cbiG	TRUE	0.992	-22.000	0.397	0.011	Y	NA
3746046	3746047	CLI_1037	CLI_1038	cbiG	cobJ	FALSE	0.560	278.000	0.352	0.011	Y	NA
3746047	3746048	CLI_1038	CLI_1039	cobJ	cobK	TRUE	0.895	177.000	0.423	0.011	Y	NA
3746048	3746049	CLI_1039	CLI_1040	cobK		FALSE	0.589	80.000	0.006	NA		NA
3746049	3746050	CLI_1040	CLI_1041			TRUE	0.770	23.000	0.000	NA		NA
3746050	3746051	CLI_1041	CLI_1042		cbiK	FALSE	0.151	171.000	0.000	NA		NA
3746051	3746052	CLI_1042	CLI_1043	cbiK		TRUE	0.968	13.000	0.040	1.000	N	NA
3746052	3746053	CLI_1043	CLI_1044		cobO	FALSE	0.308	150.000	0.000	1.000	N	NA
3746053	3746054	CLI_1044	CLI_1045	cobO		FALSE	0.055	253.000	0.000	1.000	N	NA
3746054	3746055	CLI_1045	CLI_1046			TRUE	0.835	90.000	0.152	1.000	N	NA
3746055	3746056	CLI_1046	CLI_1047		asrA	TRUE	0.975	17.000	0.174	1.000		NA
3746056	3746057	CLI_1047	CLI_1048	asrA	asrB	TRUE	0.985	-13.000	0.750	0.039		NA
3746057	3746058	CLI_1048	CLI_1049	asrB	arsC	TRUE	0.997	13.000	0.720	0.039	Y	NA
3746058	3746059	CLI_1049	CLI_1050	arsC		FALSE	0.011	350.000	0.000	1.000		NA
3746061	3746062	CLI_1052	CLI_1053			TRUE	0.987	21.000	0.833	NA		NA
3746062	3746063	CLI_1053	CLI_1054			TRUE	0.992	4.000	0.833	NA		NA
3746063	3746064	CLI_1054	CLI_1055			FALSE	0.019	649.000	0.154	NA		NA
3746064	3746065	CLI_1055	CLI_1056			TRUE	0.995	-10.000	0.765	1.000	Y	NA
3746065	3746066	CLI_1056	CLI_1057			FALSE	0.013	323.000	0.000	NA		NA
3746067	3746068	CLI_1058	CLI_1059			TRUE	0.997	1.000	0.625	1.000	Y	NA
3746068	3746069	CLI_1059	CLI_1060			TRUE	0.996	13.000	0.375	1.000	Y	NA
3746069	3746070	CLI_1060	CLI_1061		dhaKL	FALSE	0.004	558.000	0.000	1.000	N	NA
3746070	3746071	CLI_1061	CLI_1062	dhaKL	dhaD	TRUE	0.974	11.000	0.053	1.000	N	NA
3746071	3746072	CLI_1062	CLI_1063	dhaD		FALSE	0.159	317.000	0.250	1.000	N	NA
3746073	3746074	CLI_1064	CLI_1065			FALSE	0.463	102.000	0.000	0.013		NA
3746074	3746075	CLI_1065	CLI_1066			FALSE	0.212	153.000	0.000	NA		NA
3746075	3746076	CLI_1066	CLI_1067			FALSE	0.403	64.000	0.000	NA		NA
3746076	3746077	CLI_1067	CLI_1068			FALSE	0.303	122.000	0.000	NA		NA
3746077	3746078	CLI_1068	CLI_1069			TRUE	0.828	101.000	0.200	NA		NA
3746078	3746079	CLI_1069	CLI_1070			TRUE	0.852	46.000	0.061	NA		NA
3746079	3746080	CLI_1070	CLI_1071			FALSE	0.056	225.000	0.000	NA		NA
3746082	3746083	CLI_1073	CLI_1074			TRUE	0.983	27.000	0.833	NA		NA
3746085	3746086	CLI_1076	CLI_1077		recQ	FALSE	0.029	268.000	0.000	NA		NA
3746086	3746087	CLI_1077	CLI_1078	recQ		FALSE	0.213	172.000	0.000	1.000	N	NA
3746089	3746090	CLI_1080	CLI_1081			FALSE	0.346	115.000	0.000	1.000		NA
3746090	3746091	CLI_1081	CLI_1082			FALSE	0.004	448.000	0.000	NA		NA
3746091	3746092	CLI_1082	CLI_1083			TRUE	0.988	2.000	0.444	NA		NA
3746092	3746093	CLI_1083	CLI_1084			TRUE	0.978	0.000	0.167	NA		NA
3746093	3746094	CLI_1084	CLI_1085			TRUE	0.991	14.000	0.077	1.000	Y	NA
3746094	3746095	CLI_1085	CLI_1086			TRUE	0.974	15.000	0.135	NA		NA
3746095	3746096	CLI_1086	CLI_1087		lctP	FALSE	0.004	478.000	0.000	NA		NA
3746096	3746097	CLI_1087	CLI_1088	lctP		TRUE	0.941	29.000	0.098	NA		NA
3746097	3746098	CLI_1088	CLI_1089			TRUE	0.891	43.000	0.098	NA		NA
3746098	3746099	CLI_1089	CLI_1090			TRUE	0.994	32.000	0.875	0.022	Y	NA
3746099	3746100	CLI_1090	CLI_1091			TRUE	0.983	61.000	0.875	0.010	Y	NA
3746100	3746101	CLI_1091	CLI_1092			FALSE	0.028	269.000	0.000	NA		NA
3746101	3746102	CLI_1092	CLI_1093			FALSE	0.292	127.000	0.000	NA		NA
3746102	3746103	CLI_1093	CLI_1094			FALSE	0.099	196.000	0.000	NA		NA
3746103	3746104	CLI_1094	CLI_1095			TRUE	0.966	2.000	0.051	NA		NA
3746105	3746106	CLI_1096	CLI_1097			FALSE	0.002	949.000	0.000	NA		NA
3746107	3746108	CLI_1098	CLI_1099			FALSE	0.144	303.000	0.000	0.064	Y	NA
3746108	3746109	CLI_1099	CLI_1100			FALSE	0.068	215.000	0.000	NA		NA
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3746121	3746122	CLI_1112	CLI_1113			FALSE	0.335	93.000	0.000	NA		NA
3746122	3746123	CLI_1113	CLI_1114			FALSE	0.197	157.000	0.000	NA		NA
3746123	3746124	CLI_1114	CLI_1115			FALSE	0.003	636.000	0.000	1.000		NA
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3746125	3746126	CLI_1116	CLI_1117		feoB-2	TRUE	0.993	32.000	0.871	1.000	Y	NA
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3746127	3746128	CLI_1118	CLI_1119			FALSE	0.067	216.000	0.000	NA		NA
3746130	3746131	CLI_1121	CLI_1122		tlp	FALSE	0.019	298.000	0.000	NA		NA
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3746140	3746141	CLI_1131	CLI_1132			FALSE	0.006	411.000	0.000	NA		NA
3746141	3746142	CLI_1132	CLI_1133			FALSE	0.028	270.000	0.000	NA		NA
3746142	3746143	CLI_1133	CLI_1134			TRUE	0.997	0.000	0.833	1.000	Y	NA
3746144	3746145	CLI_1135	CLI_1136			FALSE	0.064	236.000	0.000	NA	N	NA
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3746147	3746148	CLI_1138	CLI_1139			TRUE	0.997	-3.000	0.870	1.000	Y	NA
3746148	3746149	CLI_1139	CLI_1140			TRUE	0.952	74.000	0.196	1.000	Y	NA
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3746155	3746156	CLI_1146	CLI_1147			FALSE	0.336	88.000	0.000	NA		NA
3746157	3746158	CLI_1148	CLI_1149			FALSE	0.180	188.000	0.000	0.005		NA
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3746171	3746172	CLI_1162	CLI_1163	glpT	argS	FALSE	0.004	583.000	0.000	1.000	N	NA
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3746186	3746187	CLI_1177	CLI_1178			FALSE	0.053	228.000	0.000	NA		NA
3746187	3746188	CLI_1178	CLI_1179			FALSE	0.002	701.000	0.000	1.000		NA
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3746198	3746199	CLI_1189	CLI_1190			FALSE	0.026	597.000	0.000	0.003	Y	NA
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3746201	3746202	CLI_1192	CLI_1193			FALSE	0.006	419.000	0.000	1.000		NA
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3746203	3746204	CLI_1194	CLI_1195			FALSE	0.002	882.000	0.000	NA		NA
3746204	3746205	CLI_1195	CLI_1196			TRUE	0.983	2.000	0.217	NA		NA
3746205	3746206	CLI_1196	CLI_1197			TRUE	0.987	26.000	0.084	0.033	Y	NA
3746206	3746207	CLI_1197	CLI_1198			TRUE	0.990	12.000	0.308	0.033	N	NA
3746207	3746208	CLI_1198	CLI_1199			FALSE	0.018	302.000	0.000	NA		NA
3746208	3746209	CLI_1199	CLI_1200			TRUE	0.629	104.000	0.020	NA		NA
3746209	3746210	CLI_1200	CLI_1201			TRUE	0.874	10.000	0.000	1.000		NA
3746210	3746211	CLI_1201	CLI_1202			FALSE	0.369	76.000	0.000	NA		NA
3746211	3746212	CLI_1202	CLI_1203			TRUE	0.964	1.000	0.050	NA		NA
3746212	3746213	CLI_1203	CLI_1204		maa	FALSE	0.022	289.000	0.000	NA		NA
3746215	3746216	CLI_1206	CLI_1207			FALSE	0.029	277.000	0.000	1.000		NA
3746216	3746217	CLI_1207	CLI_1208			FALSE	0.438	160.000	0.017	1.000		NA
3746219	3746220	CLI_1210	CLI_1211		mgtE	FALSE	0.003	501.000	0.000	NA		NA
3746220	3746221	CLI_1211	CLI_1212	mgtE		FALSE	0.004	1002.000	0.000	0.058	N	NA
3746221	3746222	CLI_1212	CLI_1213		serA	TRUE	0.639	225.000	0.110	0.058	Y	NA
3746222	3746223	CLI_1213	CLI_1214	serA		TRUE	0.932	-22.000	0.072	NA		NA
3746223	3746224	CLI_1214	CLI_1215			FALSE	0.003	588.000	0.000	NA		NA
3746224	3746225	CLI_1215	CLI_1216			FALSE	0.564	158.000	0.056	1.000		NA
3746227	3746228	CLI_1218	CLI_1219			TRUE	0.793	111.000	0.118	1.000		NA
3746228	3746229	CLI_1219	CLI_1220			FALSE	0.021	299.000	0.000	1.000		NA
3746229	3746230	CLI_1220	CLI_1221			FALSE	0.413	158.000	0.004	NA	N	NA
3746230	3746231	CLI_1221	CLI_1222			FALSE	0.369	76.000	0.000	NA		NA
3746231	3746232	CLI_1222	CLI_1223			FALSE	0.025	277.000	0.000	NA		NA
3746232	3746233	CLI_1223	CLI_1224			FALSE	0.504	177.000	0.091	NA		NA
3746233	3746234	CLI_1224	CLI_1225		xpt-2	FALSE	0.441	161.000	0.009	1.000	N	NA
3746234	3746235	CLI_1225	CLI_1226	xpt-2		FALSE	0.019	298.000	0.000	NA		NA
3746235	3746236	CLI_1226	CLI_1227			FALSE	0.016	310.000	0.000	NA		NA
3746236	3746237	CLI_1227	CLI_1228			TRUE	0.671	196.000	0.667	NA		NA
3746237	3746238	CLI_1228	CLI_1229			FALSE	0.011	344.000	0.000	NA		NA
3746238	3746239	CLI_1229	CLI_1230			FALSE	0.128	180.000	0.000	NA		NA
3746239	3746240	CLI_1230	CLI_1231			TRUE	0.670	137.000	0.065	NA		NA
3746242	3746243	CLI_1233	CLI_1234			TRUE	0.765	182.000	1.000	NA		NA
3746243	3746244	CLI_1234	CLI_1235			FALSE	0.007	392.000	0.000	NA		NA
3746244	3746245	CLI_1235	CLI_1236			TRUE	0.997	2.000	0.667	0.032	Y	NA
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3746248	3746249	CLI_1239	CLI_1240		rpsA	FALSE	0.006	399.000	0.000	NA		NA
3746249	3746250	CLI_1240	CLI_1241	rpsA		FALSE	0.283	183.000	0.008	1.000		NA
3746250	3746251	CLI_1241	CLI_1242			FALSE	0.494	172.000	0.067	NA		NA
3746251	3746252	CLI_1242	CLI_1243			FALSE	0.002	869.000	0.000	NA		NA
3746252	3746253	CLI_1243	CLI_1244			TRUE	0.991	0.000	0.857	NA		NA
3746253	3746254	CLI_1244	CLI_1245			TRUE	0.958	-37.000	0.231	1.000		NA
3746254	3746255	CLI_1245	CLI_1246			FALSE	0.012	330.000	0.000	NA		NA
3746255	3746256	CLI_1246	CLI_1247		asdA	FALSE	0.005	433.000	0.000	NA		NA
3746258	3746259	CLI_1249	CLI_1250			FALSE	0.062	221.000	0.000	NA		NA
3746259	3746260	CLI_1250	CLI_1251			TRUE	0.932	-6.000	0.012	NA	N	NA
3746260	3746261	CLI_1251	CLI_1252		panE	FALSE	0.005	492.000	0.000	NA	N	NA
3746261	3746262	CLI_1252	CLI_1253	panE	fchA	FALSE	0.024	310.000	0.000	1.000	N	NA
3746262	3746263	CLI_1253	CLI_1254	fchA	folD	TRUE	0.980	0.000	0.082	0.001	N	NA
3746263	3746264	CLI_1254	CLI_1255	folD		FALSE	0.015	320.000	0.000	1.000		NA
3746266	3746267	CLI_1257	CLI_1258			TRUE	0.844	116.000	0.286	NA		NA
3746267	3746268	CLI_1258	CLI_1259			FALSE	0.566	120.000	0.012	NA		NA
3746268	3746269	CLI_1259	CLI_1260			FALSE	0.003	672.000	0.000	NA	N	NA
3746269	3746270	CLI_1260	CLI_1261		cysK-2	FALSE	0.082	333.000	0.083	NA	N	NA
3746270	3746271	CLI_1261	CLI_1262	cysK-2		TRUE	0.981	45.000	0.400	1.000	Y	NA
3746271	3746272	CLI_1262	CLI_1263			TRUE	0.989	35.000	0.400	0.032	Y	NA
3746272	3746273	CLI_1263	CLI_1264		iscS-1	TRUE	0.952	101.000	0.286	1.000	Y	NA
3746273	3746274	CLI_1264	CLI_1265	iscS-1		FALSE	0.411	72.000	0.000	1.000		NA
3746274	3746275	CLI_1265	CLI_1266			FALSE	0.020	387.000	0.008	NA		NA
3746275	3746276	CLI_1266	CLI_1267		trmU-1	FALSE	0.529	116.000	0.004	NA		NA
3746280	3746281	CLI_1271	CLI_1272		bcrA	FALSE	0.011	376.000	0.000	NA	N	NA
3746281	3746282	CLI_1272	CLI_1273	bcrA		TRUE	0.853	2.000	0.000	NA		NA
3746282	3746283	CLI_1273	CLI_1274			FALSE	0.003	602.000	0.000	NA		NA
3746283	3746284	CLI_1274	CLI_1275			FALSE	0.010	356.000	0.000	NA		NA
3746286	3746287	CLI_1277	CLI_1278			TRUE	0.992	6.000	0.556	1.000	N	NA
3746287	3746288	CLI_1278	CLI_1279			FALSE	0.006	413.000	0.000	NA		NA
3746288	3746289	CLI_1279	CLI_1280			FALSE	0.003	581.000	0.000	NA		NA
3746291	3746292	CLI_1282	CLI_1283			TRUE	0.887	14.000	0.000	1.000	N	NA
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3746293	3746294	CLI_1284	CLI_1285			TRUE	0.980	3.000	0.000	NA	Y	NA
3746294	3746295	CLI_1285	CLI_1286		amyB	FALSE	0.004	673.000	0.000	0.005		NA
3746295	10195477	CLI_1286	CLI_3915	amyB		FALSE	0.274	134.000	0.000	NA		NA
10195477	3746296	CLI_3915	CLI_1287		tyrS-1	FALSE	0.003	540.000	0.000	NA		NA
3746296	3746297	CLI_1287	CLI_1288	tyrS-1		FALSE	0.034	286.000	0.000	1.000	N	NA
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3746298	3746299	CLI_1289	CLI_1290			TRUE	0.984	1.000	0.278	NA		NA
3746301	3746302	CLI_1292	CLI_1293			FALSE	0.113	186.000	0.000	NA		NA
3746302	3746303	CLI_1293	CLI_1294			FALSE	0.362	78.000	0.000	NA		NA
3746303	3746304	CLI_1294	CLI_1295			FALSE	0.537	174.000	0.095	1.000		NA
3746304	3746305	CLI_1295	CLI_1296			TRUE	0.666	-49.000	0.000	NA		NA
3746305	3746306	CLI_1296	CLI_1297		sdhB	FALSE	0.012	331.000	0.000	NA		NA
3746306	3746307	CLI_1297	CLI_1298	sdhB	sdhA	TRUE	0.995	13.000	0.146	0.001	Y	NA
3746307	3746308	CLI_1298	CLI_1300	sdhA		FALSE	0.005	425.000	0.000	NA		NA
3746310	3746311	CLI_1302	CLI_1303			FALSE	0.468	53.000	0.000	NA		NA
3746312	3746313	CLI_1304	CLI_1305			FALSE	0.024	313.000	0.000	0.037		NA
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3746314	3746315	CLI_1306	CLI_1307			TRUE	0.809	107.000	0.154	NA		NA
3746315	3746316	CLI_1307	CLI_1308			TRUE	0.984	2.000	0.231	NA		NA
3746316	3746317	CLI_1308	CLI_1309			TRUE	0.947	37.000	0.286	NA		NA
3746317	3746318	CLI_1309	CLI_1310			TRUE	0.649	154.000	0.071	1.000	N	NA
3746318	3746319	CLI_1310	CLI_1311			TRUE	0.998	6.000	0.786	0.032	Y	NA
3746319	3746320	CLI_1311	CLI_1312			TRUE	0.878	198.000	0.688	0.032	Y	NA
3746321	3746322	CLI_1313	CLI_1314		cotJB	TRUE	0.933	34.000	0.125	NA		NA
3746322	3746323	CLI_1314	CLI_1315	cotJB	cotJC	TRUE	0.908	31.000	0.047	NA		NA
3746323	3746324	CLI_1315	CLI_1316	cotJC		FALSE	0.071	230.000	0.000	NA	N	NA
3746324	3746325	CLI_1316	CLI_1317			TRUE	0.987	17.000	0.667	NA		NA
3746325	3746326	CLI_1317	CLI_1318			FALSE	0.003	595.000	0.000	NA		NA
3746329	3746330	CLI_1321	CLI_1322			FALSE	0.003	514.000	0.000	NA		NA
3746333	3746334	CLI_1325	CLI_1326			FALSE	0.007	430.000	0.000	NA	N	NA
3746334	3746335	CLI_1326	CLI_1327			TRUE	0.985	15.000	0.400	NA		NA
3746335	3746336	CLI_1327	CLI_1328			TRUE	0.988	-3.000	0.667	NA		NA
3746336	3746337	CLI_1328	CLI_1329			TRUE	0.988	-3.000	0.667	NA		NA
3746337	3746338	CLI_1329	CLI_1330			FALSE	0.036	252.000	0.000	NA		NA
3746340	3746341	CLI_1332	CLI_1333			FALSE	0.002	999.000	0.000	NA		NA
3746341	3746342	CLI_1333	CLI_1334			FALSE	0.002	662.000	0.000	NA		NA
3746342	3746343	CLI_1334	CLI_1335			FALSE	0.312	118.000	0.000	NA		NA
3746343	3746344	CLI_1335	CLI_1336			FALSE	0.002	630.000	0.000	NA		NA
3746344	3746345	CLI_1336	CLI_1337			FALSE	0.023	284.000	0.000	NA		NA
3746345	3746346	CLI_1337	CLI_1338			FALSE	0.014	319.000	0.000	NA		NA
3746347	3746348	CLI_1339	CLI_1340			TRUE	0.838	40.000	0.014	1.000	N	NA
3746349	3746350	CLI_1341	CLI_1342	grdX	grdE	TRUE	0.875	91.000	0.400	NA		NA
3746350	3746351	CLI_1342	CLI_1343	grdE	grdB	TRUE	0.961	33.000	0.222	0.003		NA
3746351	3746352	CLI_1343	CLI_1344	grdB	trxB	FALSE	0.185	165.000	0.000	1.000		NA
3746352	3746353	CLI_1344	CLI_1345	trxB		TRUE	0.985	34.000	0.226	1.000	Y	NA
3746353	3746354	CLI_1345	CLI_1346		grdA	FALSE	0.364	86.000	0.000	1.000		NA
3746354	3746355	CLI_1346	CLI_1347	grdA	grdC	FALSE	0.290	225.000	0.054	0.003		NA
3746355	3746356	CLI_1347	CLI_1348	grdC	grdD	TRUE	0.990	16.000	0.622	0.003		NA
3746356	3746357	CLI_1348	CLI_1349	grdD		FALSE	0.008	427.000	0.000	1.000	N	NA
3746357	3746358	CLI_1349	CLI_1350			FALSE	0.509	66.000	0.000	0.055		NA
3746360	3746361	CLI_1352	CLI_1353	mtnK	mtnA	TRUE	0.720	140.000	0.104	1.000		NA
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3746362	3746363	CLI_1354	CLI_1355			TRUE	0.806	17.000	0.000	NA		NA
3746363	3746364	CLI_1355	CLI_1356			FALSE	0.537	44.000	0.000	NA		NA
3746364	3746365	CLI_1356	CLI_1357			TRUE	0.754	-10.000	0.000	NA		NA
3746365	3746366	CLI_1357	CLI_1358			FALSE	0.016	309.000	0.000	NA		NA
3746368	3746369	CLI_1360	CLI_1361			FALSE	0.560	162.000	0.074	NA		NA
3746369	3746370	CLI_1361	CLI_1362			FALSE	0.595	142.000	0.038	NA		NA
3746370	3746371	CLI_1362	CLI_1363			TRUE	0.972	-3.000	0.135	NA		NA
3746371	3746372	CLI_1363	CLI_1364			FALSE	0.007	383.000	0.000	NA		NA
3746372	3746373	CLI_1364	CLI_1365			TRUE	0.862	48.000	0.080	NA		NA
3746374	3746375	CLI_1366	CLI_1367			FALSE	0.008	381.000	0.000	NA		NA
3746376	3746377	CLI_1368	CLI_1369			TRUE	0.979	28.000	0.667	NA		NA
3746377	3746378	CLI_1369	CLI_1370			TRUE	0.896	52.000	0.200	NA		NA
3746378	3746379	CLI_1370	CLI_1371			TRUE	0.997	14.000	0.500	0.001	Y	NA
3746379	3746380	CLI_1371	CLI_1372			TRUE	0.992	32.000	0.667	0.050	Y	NA
3746380	3746381	CLI_1372	CLI_1373			TRUE	0.795	116.000	0.100	1.000	N	NA
3746381	3746382	CLI_1373	CLI_1374		topB	FALSE	0.011	389.000	0.000	1.000	N	NA
3746382	3746383	CLI_1374	CLI_1375	topB		FALSE	0.004	453.000	0.000	NA		NA
3746383	3746384	CLI_1375	CLI_1376			FALSE	0.397	66.000	0.000	NA		NA
3746386	3746387	CLI_1378	CLI_1379			FALSE	0.007	399.000	0.000	1.000		NA
3746387	3746388	CLI_1379	CLI_1380			FALSE	0.019	305.000	0.000	1.000		NA
3746388	3746389	CLI_1380	CLI_1381			FALSE	0.023	315.000	0.000	1.000	N	NA
3746389	3746390	CLI_1381	CLI_1382			TRUE	0.955	-7.000	0.067	1.000		NA
3746390	3746391	CLI_1382	CLI_1383			TRUE	0.963	6.000	0.033	NA		NA
3746391	3746392	CLI_1383	CLI_1384			TRUE	0.866	72.000	0.230	NA		NA
3746392	10195478	CLI_1384	CLI_3917			FALSE	0.606	-102.000	0.000	NA		NA
10195478	3746393	CLI_3917	CLI_1385			FALSE	0.004	450.000	0.000	NA		NA
3746393	3746394	CLI_1385	CLI_1386			FALSE	0.053	228.000	0.000	NA		NA
3746394	3746395	CLI_1386	CLI_1387			FALSE	0.012	335.000	0.000	NA		NA
3746395	3746396	CLI_1387	CLI_1388			FALSE	0.025	277.000	0.000	NA		NA
3746396	3746397	CLI_1388	CLI_1389			TRUE	0.947	37.000	0.287	NA		NA
3746397	3746398	CLI_1389	CLI_1390		copZ	TRUE	0.894	123.000	0.024	0.001	Y	NA
3746398	3746399	CLI_1390	CLI_1391	copZ		FALSE	0.039	433.000	0.000	1.000	Y	NA
3746399	3746400	CLI_1391	CLI_1392			FALSE	0.006	479.000	0.000	1.000	N	NA
3746400	3746401	CLI_1392	CLI_1393			FALSE	0.011	339.000	0.000	NA		NA
3746401	3746402	CLI_1393	CLI_1394			FALSE	0.481	164.000	0.040	NA		NA
3746402	3746403	CLI_1394	CLI_1395			FALSE	0.028	271.000	0.000	NA		NA
3746403	3746404	CLI_1395	CLI_1396			TRUE	0.995	-3.000	0.500	1.000	Y	NA
3746404	3746405	CLI_1396	CLI_1397			FALSE	0.105	213.000	0.000	1.000	N	NA
3746405	3746406	CLI_1397	CLI_1398			TRUE	0.991	12.000	0.500	NA	N	NA
3746406	3746407	CLI_1398	CLI_1399			FALSE	0.010	349.000	0.000	NA		NA
3746409	3746410	CLI_1401	CLI_1402			FALSE	0.073	210.000	0.000	NA		NA
3746410	3746411	CLI_1402	CLI_1403			FALSE	0.294	126.000	0.000	NA		NA
3746411	3746412	CLI_1403	CLI_1404			TRUE	0.835	14.000	0.000	NA		NA
3746412	3746413	CLI_1404	CLI_1405			FALSE	0.191	158.000	0.000	NA		NA
3746413	3746414	CLI_1405	CLI_1406			FALSE	0.004	452.000	0.000	NA		NA
3746414	3746415	CLI_1406	CLI_1407			TRUE	0.855	38.000	0.032	NA		NA
3746417	3746418	CLI_1409	CLI_1410			FALSE	0.003	600.000	0.000	NA		NA
3746418	3746419	CLI_1410	CLI_1411		trkA	FALSE	0.002	788.000	0.000	NA		NA
3746419	3746420	CLI_1411	CLI_1412	trkA	trkH	TRUE	0.994	-3.000	0.163	0.004	Y	NA
3746420	3746421	CLI_1412	CLI_1413	trkH		FALSE	0.006	403.000	0.000	NA		NA
3746421	3746422	CLI_1413	CLI_1414			TRUE	0.712	-19.000	0.000	NA		NA
3746423	3746424	CLI_1415	CLI_1416			TRUE	0.976	15.000	0.158	NA		NA
3746424	3746425	CLI_1416	CLI_1417			FALSE	0.005	459.000	0.000	1.000		NA
3746426	3746427	CLI_1418	CLI_1419		rbr	FALSE	0.013	324.000	0.000	NA		NA
3746427	3746428	CLI_1419	CLI_1420	rbr		FALSE	0.005	486.000	0.000	NA	N	NA
3746430	3746431	CLI_1422	CLI_1423			FALSE	0.247	143.000	0.000	NA		NA
3746431	3746432	CLI_1423	CLI_1424			FALSE	0.286	129.000	0.000	NA		NA
3746432	3746433	CLI_1424	CLI_1425			FALSE	0.020	295.000	0.000	NA		NA
3746433	3746434	CLI_1425	CLI_1426			FALSE	0.592	197.000	0.312	NA	N	NA
3746434	3746435	CLI_1426	CLI_1427			TRUE	0.891	146.000	0.077	0.049	Y	NA
3746435	3746436	CLI_1427	CLI_1428		noxA	FALSE	0.468	200.000	0.111	0.049		NA
3746436	3746437	CLI_1428	CLI_1429	noxA		FALSE	0.170	170.000	0.000	1.000		NA
3746437	3746438	CLI_1429	CLI_1430			TRUE	0.985	-12.000	0.079	1.000	Y	NA
3746438	3746439	CLI_1430	CLI_1431			TRUE	0.891	66.000	0.333	NA		NA
3746439	3746440	CLI_1431	CLI_1432			TRUE	0.991	6.000	0.600	NA		NA
3746441	3746442	CLI_1433	CLI_1434			FALSE	0.007	392.000	0.000	NA		NA
3746442	3746443	CLI_1434	CLI_1435			FALSE	0.226	149.000	0.000	NA		NA
3746444	3746445	CLI_1436	CLI_1437			FALSE	0.027	303.000	0.000	1.000	N	NA
3746445	3746446	CLI_1437	CLI_1438			TRUE	0.992	22.000	0.214	1.000	Y	NA
3746446	3746447	CLI_1438	CLI_1439			TRUE	0.996	3.000	0.255	1.000	Y	NA
3746448	3746449	CLI_1440	CLI_1441			TRUE	0.826	75.000	0.133	NA		NA
3746450	3746451	CLI_1442	CLI_1443			FALSE	0.043	280.000	0.000	0.004		NA
3746451	3746452	CLI_1443	CLI_1444			TRUE	0.782	113.000	0.107	1.000		NA
3746452	3746453	CLI_1444	CLI_1445			FALSE	0.034	426.000	0.089	1.000		NA
3746453	3746454	CLI_1445	CLI_1446			FALSE	0.012	332.000	0.000	NA		NA
3746454	3746455	CLI_1446	CLI_1447			FALSE	0.023	283.000	0.000	NA		NA
3746455	3746456	CLI_1447	CLI_1448			FALSE	0.017	306.000	0.000	NA		NA
3746456	3746457	CLI_1448	CLI_1449			TRUE	0.933	53.000	0.500	NA		NA
3746457	3746458	CLI_1449	CLI_1450			TRUE	0.982	0.000	0.250	NA		NA
3746460	3746461	CLI_1452	CLI_1453			FALSE	0.009	407.000	0.000	1.000	N	NA
3746461	3746462	CLI_1453	CLI_1454			TRUE	0.994	-3.000	0.235	0.031	Y	NA
3746462	3746463	CLI_1454	CLI_1455			TRUE	0.997	9.000	0.353	0.031	Y	NA
3746463	3746464	CLI_1455	CLI_1456			TRUE	0.932	99.000	0.118	1.000	Y	NA
3746464	3746465	CLI_1456	CLI_1457			TRUE	0.963	-6.000	0.059	0.032		NA
3746465	3746466	CLI_1457	CLI_1458			FALSE	0.004	458.000	0.000	NA		NA
3746467	3746468	CLI_1459	CLI_1460			TRUE	0.994	0.000	0.231	1.000	Y	NA
3746471	3746472	CLI_1463	CLI_1464			TRUE	0.633	135.000	0.025	1.000	N	NA
3746472	3746473	CLI_1464	CLI_1465			FALSE	0.003	912.000	0.000	1.000	N	NA
3746473	3746474	CLI_1465	CLI_1466			TRUE	0.992	-28.000	0.646	1.000	Y	NA
3746474	3746475	CLI_1466	CLI_1467			TRUE	0.930	140.000	0.270	1.000	Y	NA
3746475	3746476	CLI_1467	CLI_1468			FALSE	0.174	279.000	0.000	1.000	Y	NA
3746476	3746477	CLI_1468	CLI_1469			TRUE	0.920	-30.000	0.035	0.061		NA
3746477	3746478	CLI_1469	CLI_1470			TRUE	0.650	127.000	0.035	1.000		NA
3746478	3746479	CLI_1470	CLI_1471			FALSE	0.528	45.000	0.000	NA		NA
3746479	3746480	CLI_1471	CLI_1472		rnz	FALSE	0.286	129.000	0.000	NA		NA
3746480	3746481	CLI_1472	CLI_1473	rnz		FALSE	0.012	345.000	0.000	1.000		NA
3746481	3746482	CLI_1473	CLI_1474			FALSE	0.245	144.000	0.000	NA		NA
3746482	3746483	CLI_1474	CLI_1475			TRUE	0.945	13.000	0.015	NA		NA
3746483	3746484	CLI_1475	CLI_1476			TRUE	0.634	285.000	0.800	0.020	Y	NA
3746484	3746485	CLI_1476	CLI_1477			TRUE	0.784	171.000	0.600	1.000	N	NA
3746485	3746486	CLI_1477	CLI_1478			TRUE	0.972	106.000	1.000	NA	Y	NA
3746486	3746487	CLI_1478	CLI_1479			TRUE	0.990	2.000	0.600	NA		NA
3746487	3746488	CLI_1479	CLI_1480			TRUE	0.984	19.000	0.500	NA		NA
3746489	3746490	CLI_1481	CLI_1482			FALSE	0.003	558.000	0.000	NA		NA
3746490	3746491	CLI_1482	CLI_1483			TRUE	0.675	168.000	0.250	NA		NA
3746492	3746493	CLI_1484	CLI_1485	pepD-1		FALSE	0.458	58.000	0.000	1.000		NA
3746493	3746494	CLI_1485	CLI_1486		pdxK	FALSE	0.033	268.000	0.000	1.000		NA
3746496	3746497	CLI_1488	CLI_1489			TRUE	0.979	-13.000	0.500	1.000		NA
3746497	3746498	CLI_1489	CLI_1490			TRUE	0.710	177.000	0.500	NA		NA
3746498	3746499	CLI_1490	CLI_1491			FALSE	0.005	443.000	0.000	NA		NA
3746499	3746500	CLI_1491	CLI_1492			TRUE	0.998	2.000	1.000	1.000	Y	NA
3746500	3746501	CLI_1492	CLI_1493			TRUE	0.918	74.000	0.500	1.000	N	NA
3746501	3746502	CLI_1493	CLI_1494			TRUE	0.969	-10.000	0.222	NA		NA
3746502	3746503	CLI_1494	CLI_1495			FALSE	0.389	69.000	0.000	NA		NA
3746503	3746504	CLI_1495	CLI_1496			FALSE	0.010	347.000	0.000	NA		NA
3746504	3746505	CLI_1496	CLI_1497			FALSE	0.007	383.000	0.000	NA		NA
3746505	3746506	CLI_1497	CLI_1498			TRUE	0.664	187.000	0.024	1.000	Y	NA
3746506	3746507	CLI_1498	CLI_1499			TRUE	0.998	13.000	0.833	0.031	Y	NA
3746507	3746508	CLI_1499	CLI_1500			TRUE	0.994	19.000	0.400	1.000	Y	NA
3746508	3746509	CLI_1500	CLI_1501			FALSE	0.006	425.000	0.000	1.000		NA
3746513	3746514	CLI_1505	CLI_1506			FALSE	0.007	384.000	0.000	NA		NA
3746514	3746515	CLI_1506	CLI_1507			TRUE	0.728	173.000	0.500	NA		NA
3746517	3746518	CLI_1509	CLI_1510			TRUE	0.997	2.000	0.643	0.031	Y	NA
3746518	3746519	CLI_1510	CLI_1511			TRUE	0.644	130.000	0.041	NA		NA
3746519	3746520	CLI_1511	CLI_1512			TRUE	0.697	95.000	0.041	NA		NA
3746520	3746521	CLI_1512	CLI_1513			FALSE	0.010	351.000	0.000	NA		NA
3746521	3746522	CLI_1513	CLI_1514			FALSE	0.083	203.000	0.000	NA		NA
3746522	3746523	CLI_1514	CLI_1515			TRUE	0.763	89.000	0.079	1.000		NA
3746523	3746524	CLI_1515	CLI_1516			FALSE	0.475	56.000	0.000	1.000		NA
3746524	3746525	CLI_1516	CLI_1517			FALSE	0.006	480.000	0.000	1.000	N	NA
3746525	3746526	CLI_1517	CLI_1518		spoVB-1	TRUE	0.943	32.000	0.137	1.000		NA
3746530	3746531	CLI_1522	CLI_1523			FALSE	0.014	360.000	0.000	1.000	N	NA
3746532	3746533	CLI_1524	CLI_1525		npr-1	FALSE	0.157	169.000	0.000	NA		NA
3746533	3746534	CLI_1525	CLI_1526	npr-1	npr-2	TRUE	0.940	170.000	1.000	0.005	Y	NA
3746534	3746535	CLI_1526	CLI_1527	npr-2	npr-3	TRUE	0.825	116.000	0.000	0.005	Y	NA
3746535	3746536	CLI_1527	CLI_1528	npr-3	npr-4	TRUE	0.975	116.000	1.000	0.005	Y	NA
3746536	3746537	CLI_1528	CLI_1529	npr-4	npr-5	TRUE	0.820	120.000	0.000	0.005	Y	NA
3746537	3746538	CLI_1529	CLI_1530	npr-5		TRUE	0.818	121.000	0.000	0.005	Y	NA
3746538	3746539	CLI_1530	CLI_1531		nadC	FALSE	0.004	605.000	0.000	1.000	N	NA
3746539	3746540	CLI_1531	CLI_1532	nadC	nadB	TRUE	0.979	-19.000	0.046	1.000	Y	NA
3746540	3746541	CLI_1532	CLI_1533	nadB	nadA	TRUE	0.991	3.000	0.042	1.000	Y	NA
3746543	3746544	CLI_1535	CLI_1536	hlyIII	ychF	FALSE	0.569	121.000	0.002	0.052		NA
3746545	3746546	CLI_1537	CLI_1538	mraZ	mraW	TRUE	0.908	80.000	0.635	NA		NA
3746546	3746547	CLI_1538	CLI_1539	mraW		FALSE	0.605	82.000	0.008	1.000		NA
3746547	3746548	CLI_1539	CLI_1540			TRUE	0.969	16.000	0.096	1.000		NA
3746548	3746549	CLI_1540	CLI_1541		murE	TRUE	0.671	231.000	0.265	1.000	Y	NA
3746549	3746550	CLI_1541	CLI_1542	murE	murF	TRUE	0.993	26.000	0.328	0.003	Y	NA
3746550	3746551	CLI_1542	CLI_1543	murF	mraY-2	TRUE	0.969	36.000	0.024	0.004	Y	NA
3746551	3746552	CLI_1543	CLI_1544	mraY-2		TRUE	0.736	79.000	0.014	0.004	N	NA
3746552	3746553	CLI_1544	CLI_1545			FALSE	0.050	319.000	0.015	NA	N	NA
3746553	3746554	CLI_1545	CLI_1546			TRUE	0.949	11.000	0.014	NA		NA
3746554	3746555	CLI_1546	CLI_1547		sbp	TRUE	0.901	34.000	0.053	NA		NA
3746555	3746556	CLI_1547	CLI_1548	sbp		TRUE	0.965	1.000	0.053	NA		NA
3746556	3746557	CLI_1548	CLI_1549			TRUE	0.621	93.000	0.017	NA		NA
3746557	3746558	CLI_1549	CLI_1550			TRUE	0.936	21.000	0.032	NA		NA
3746558	3746559	CLI_1550	CLI_1551			TRUE	0.978	17.000	0.246	NA		NA
3746559	3746560	CLI_1551	CLI_1552			TRUE	0.976	1.000	0.118	NA		NA
3746560	3746561	CLI_1552	CLI_1553		divIVA	TRUE	0.987	16.000	0.579	1.000		NA
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3746566	3746567	CLI_1558	CLI_1559		lspA	FALSE	0.034	407.000	0.050	1.000	N	NA
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3746568	3746569	CLI_1560	CLI_1561		pyrR-1	FALSE	0.020	497.000	0.048	1.000	N	NA
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3746706	3746707	CLI_1699	CLI_1700	metF		FALSE	0.504	176.000	0.045	0.002		NA
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3746713	3746714	CLI_1706	CLI_1707		acoA	TRUE	0.952	21.000	0.065	NA		NA
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3746716	3746717	CLI_1709	CLI_1710	acoX	acoC	TRUE	0.924	36.000	0.081	0.054		NA
3746717	3746718	CLI_1710	CLI_1711	acoC	acoL	TRUE	0.994	13.000	0.148	1.000	Y	NA
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3746722	3746723	CLI_1715	CLI_1716	thrC	thrB	TRUE	0.996	10.000	0.233	1.000	Y	NA
3746723	3746724	CLI_1716	CLI_1717	thrB		TRUE	0.845	127.000	0.008	1.000	Y	NA
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3746727	3746728	CLI_1720	CLI_1721			FALSE	0.097	329.000	0.000	1.000	Y	NA
3746728	3746729	CLI_1721	CLI_1722		gltA-1	TRUE	0.992	0.000	0.667	0.048	N	NA
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3746736	3746737	CLI_1729	CLI_1730			FALSE	0.407	63.000	0.000	NA		NA
3746737	3746738	CLI_1730	CLI_1731			FALSE	0.002	825.000	0.000	NA		NA
3746738	3746739	CLI_1731	CLI_1732			FALSE	0.002	741.000	0.000	NA		NA
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3746740	3746741	CLI_1733	CLI_1734		alr-1	FALSE	0.004	451.000	0.000	NA		NA
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3746905	3746906	CLI_1899	CLI_1900			FALSE	0.412	62.000	0.000	NA		NA
3746906	3746907	CLI_1900	CLI_1901			TRUE	0.763	24.000	0.000	NA		NA
3746907	3746908	CLI_1901	CLI_1902			TRUE	0.991	1.000	0.750	NA		NA
3746908	3746909	CLI_1902	CLI_1903			TRUE	0.826	148.000	0.500	NA		NA
3746909	3746910	CLI_1903	CLI_1904			FALSE	0.361	93.000	0.000	1.000		NA
3746910	3746911	CLI_1904	CLI_1905			TRUE	0.982	-13.000	0.750	NA		NA
3746911	3746912	CLI_1905	CLI_1906			TRUE	0.975	-19.000	0.500	NA		NA
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3746914	3746915	CLI_1908	CLI_1909			FALSE	0.296	125.000	0.000	NA		NA
3746915	3746916	CLI_1909	CLI_1910			FALSE	0.483	51.000	0.000	NA		NA
3746916	3746917	CLI_1910	CLI_1911			FALSE	0.339	85.000	0.000	NA		NA
3746917	3746918	CLI_1911	CLI_1912			TRUE	0.686	30.000	0.000	NA		NA
3746918	3746919	CLI_1912	CLI_1913			TRUE	0.845	1.000	0.000	NA		NA
3746919	3746920	CLI_1913	CLI_1914			FALSE	0.373	75.000	0.000	NA		NA
3746920	3746921	CLI_1914	CLI_1915			FALSE	0.037	249.000	0.000	NA		NA
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3746922	3746923	CLI_1916	CLI_1917			FALSE	0.018	302.000	0.000	NA		NA
3746923	3746924	CLI_1917	CLI_1918			FALSE	0.380	73.000	0.000	NA		NA
3746924	3746925	CLI_1918	CLI_1919			FALSE	0.009	358.000	0.000	NA		NA
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3746926	3746927	CLI_1920	CLI_1921			FALSE	0.517	46.000	0.000	NA		NA
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3746928	3746929	CLI_1922	CLI_1923			FALSE	0.517	46.000	0.000	NA		NA
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3746934	3746935	CLI_1928	CLI_1929			FALSE	0.218	151.000	0.000	NA		NA
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3746946	3746947	CLI_1940	CLI_1941		recN	FALSE	0.028	299.000	0.000	1.000	N	NA
3746947	3746948	CLI_1941	CLI_1942	recN	argR	TRUE	0.977	13.000	0.086	1.000	N	NA
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3746953	3746954	CLI_1947	CLI_1948	ispA	xseB	TRUE	0.724	125.000	0.053	1.000	N	NA
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3746996	3746997	CLI_1990	CLI_1991			TRUE	0.995	-3.000	0.500	1.000	Y	NA
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3747002	3747003	CLI_1996	CLI_1997			TRUE	0.997	-3.000	0.933	0.006	Y	NA
3747004	3747005	CLI_1998	CLI_1999		bltD	FALSE	0.351	113.000	0.000	1.000		NA
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3747007	3747008	CLI_2001	CLI_2002	moaD	aor	FALSE	0.094	283.000	0.033	1.000		NA
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3747045	3747046	CLI_2039	CLI_2040			TRUE	0.708	161.000	0.250	NA		NA
3747047	3747048	CLI_2041	CLI_2042			FALSE	0.480	83.000	0.000	0.006		NA
3747048	3747049	CLI_2042	CLI_2043			TRUE	0.984	-10.000	0.500	0.006		NA
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3747050	3747051	CLI_2044	CLI_2045			TRUE	0.955	42.000	0.400	0.006		NA
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3747054	3747055	CLI_2048	CLI_2049			FALSE	0.138	181.000	0.000	1.000		NA
3747056	3747057	CLI_2050	CLI_2051		hsp90	FALSE	0.004	600.000	0.000	1.000	N	NA
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3747063	3747064	CLI_2057	CLI_2058			TRUE	0.671	-40.000	0.000	NA		NA
3747064	3747065	CLI_2058	CLI_2059			TRUE	0.995	1.000	0.217	1.000	Y	NA
3747065	3747066	CLI_2059	CLI_2060			TRUE	0.994	20.000	0.400	1.000	Y	NA
3747066	3747067	CLI_2060	CLI_2061			FALSE	0.545	200.000	0.222	1.000	N	NA
3747067	3747068	CLI_2061	CLI_2062			FALSE	0.339	85.000	0.000	NA		NA
3747072	3747073	CLI_2066	CLI_2067			FALSE	0.283	130.000	0.000	NA		NA
3747073	3747074	CLI_2067	CLI_2068			TRUE	0.796	-6.000	0.000	NA		NA
3747074	3747075	CLI_2068	CLI_2069			FALSE	0.400	65.000	0.000	NA		NA
3747075	3747076	CLI_2069	CLI_2070			FALSE	0.009	357.000	0.000	NA		NA
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3747079	3747080	CLI_2073	CLI_2074			FALSE	0.005	442.000	0.000	1.000		NA
3747080	3747081	CLI_2074	CLI_2075			FALSE	0.047	234.000	0.000	NA		NA
3747081	3747082	CLI_2075	CLI_2076			FALSE	0.033	260.000	0.000	NA		NA
3747083	3747084	CLI_2077	CLI_2078			FALSE	0.014	320.000	0.000	NA		NA
3747087	3747088	CLI_2081	CLI_2082	aspB-2		TRUE	0.989	20.000	0.088	1.000	Y	NA
3747088	3747089	CLI_2082	CLI_2083			TRUE	0.994	-13.000	0.640	1.000	Y	NA
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3747092	3747093	CLI_2086	CLI_2087		cat-2	FALSE	0.428	113.000	0.000	1.000	N	NA
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3747095	3747096	CLI_2089	CLI_2090			FALSE	0.003	575.000	0.000	NA		NA
3747096	3747097	CLI_2090	CLI_2091			FALSE	0.056	225.000	0.000	NA		NA
3747097	3747098	CLI_2091	CLI_2092			TRUE	0.980	-7.000	0.400	NA		NA
3747098	3747099	CLI_2092	CLI_2093			FALSE	0.005	434.000	0.000	NA		NA
3747099	3747100	CLI_2093	CLI_2094			FALSE	0.140	311.000	0.000	0.002	Y	NA
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3747105	3747106	CLI_2099	CLI_2100			FALSE	0.603	37.000	0.000	NA		NA
3747106	3747107	CLI_2100	CLI_2101			FALSE	0.006	416.000	0.000	1.000		NA
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3747108	3747109	CLI_2102	CLI_2103			TRUE	0.988	15.000	0.600	NA		NA
3747109	3747110	CLI_2103	CLI_2104			TRUE	0.987	-3.000	0.600	NA		NA
3747110	3747111	CLI_2104	CLI_2105			TRUE	0.873	122.000	0.500	NA		NA
3747111	3747112	CLI_2105	CLI_2106			FALSE	0.159	304.000	0.231	1.000		NA
3747112	3747113	CLI_2106	CLI_2107			FALSE	0.178	162.000	0.000	NA		NA
3747113	3747114	CLI_2107	CLI_2109			FALSE	0.003	574.000	0.000	NA		NA
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3747117	3747118	CLI_2112	CLI_2113			TRUE	0.671	92.000	0.027	1.000		NA
3747118	3747119	CLI_2113	CLI_2114			FALSE	0.517	46.000	0.000	NA		NA
3747120	3747121	CLI_2115	CLI_2116		rfbB	TRUE	0.967	42.000	0.087	1.000	Y	NA
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3747122	3747123	CLI_2117	CLI_2118			FALSE	0.528	45.000	0.000	NA		NA
3747123	3747124	CLI_2118	CLI_2119			FALSE	0.037	251.000	0.000	NA		NA
3747125	3747126	CLI_2120	CLI_2121			FALSE	0.004	477.000	0.000	NA		NA
3747126	3747127	CLI_2121	CLI_2122			FALSE	0.002	973.000	0.000	NA		NA
3747127	3747128	CLI_2122	CLI_2123			FALSE	0.327	141.000	0.000	NA	N	NA
3747128	3747129	CLI_2123	CLI_2124			TRUE	0.977	-7.000	0.312	NA		NA
3747129	3747130	CLI_2124	CLI_2125		codA	FALSE	0.125	181.000	0.000	NA		NA
3747130	3747131	CLI_2125	CLI_2126	codA		TRUE	0.977	44.000	0.250	1.000	Y	NA
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3747134	3747135	CLI_2129	CLI_2130			FALSE	0.002	652.000	0.000	NA		NA
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3747136	3747137	CLI_2131	CLI_2132			TRUE	0.987	-3.000	0.609	NA		NA
3747137	3747138	CLI_2132	CLI_2133			TRUE	0.975	-16.000	0.423	NA		NA
3747138	3747139	CLI_2133	CLI_2134			TRUE	0.956	35.000	0.338	NA		NA
3747139	3747140	CLI_2134	CLI_2135			FALSE	0.002	633.000	0.000	NA		NA
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3747142	3747143	CLI_2137	CLI_2140			FALSE	0.063	220.000	0.000	NA		NA
3747143	3747144	CLI_2140	CLI_2141			FALSE	0.168	165.000	0.000	NA		NA
3747144	3747145	CLI_2141	CLI_2142			FALSE	0.004	447.000	0.000	NA		NA
3747146	3747147	CLI_2143	CLI_2144			TRUE	0.949	39.000	0.385	NA		NA
3747148	3747149	CLI_2145	CLI_2146			FALSE	0.004	516.000	0.000	1.000		NA
3747149	3747150	CLI_2146	CLI_2147		cadA-2	FALSE	0.003	535.000	0.000	1.000		NA
3747150	3747151	CLI_2147	CLI_2148	cadA-2		TRUE	0.669	182.000	0.417	NA		NA
3747151	3747152	CLI_2148	CLI_2149			FALSE	0.301	123.000	0.000	NA		NA
3747152	3747153	CLI_2149	CLI_2150			TRUE	0.967	75.000	0.500	NA	Y	NA
3747153	3747154	CLI_2150	CLI_2151		eutE	TRUE	0.992	0.000	0.769	1.000	N	NA
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3747161	3747162	CLI_2158	CLI_2159			TRUE	0.992	-3.000	0.118	1.000	Y	NA
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3747167	3747168	CLI_2164	CLI_2165			FALSE	0.380	73.000	0.000	NA		NA
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3747209	3747210	CLI_2206	CLI_2207			FALSE	0.437	57.000	0.000	NA		NA
3747211	3747212	CLI_2208	CLI_2209			TRUE	0.985	7.000	0.222	1.000		NA
3747213	3747214	CLI_2210	CLI_2211			FALSE	0.003	592.000	0.000	NA		NA
3747215	3747216	CLI_2212	CLI_2213	enr		TRUE	0.766	97.000	0.059	1.000	N	NA
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3747217	3747218	CLI_2214	CLI_2215		cmr6	FALSE	0.005	434.000	0.000	NA		NA
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3747703	3747704	CLI_2707	CLI_2708		fliA	TRUE	0.906	29.000	0.029	1.000		NA
3747704	3747705	CLI_2708	CLI_2709	fliA		TRUE	0.970	14.000	0.062	NA	N	NA
3747705	3747706	CLI_2709	CLI_2710		flhG	TRUE	0.973	15.000	0.094	NA	N	NA
3747706	3747707	CLI_2710	CLI_2711	flhG	flhF	TRUE	0.984	-6.000	0.382	1.000	N	NA
3747707	3747708	CLI_2711	CLI_2712	flhF	flhA	TRUE	0.995	-3.000	0.440	1.000	Y	NA
3747708	3747709	CLI_2712	CLI_2713	flhA		TRUE	0.990	28.000	0.207	0.002	Y	NA
3747709	3747710	CLI_2713	CLI_2714		fliQ	TRUE	0.983	34.000	0.114	0.002	Y	NA
3747710	3747711	CLI_2714	CLI_2715	fliQ	fliP	TRUE	0.995	12.000	0.162	0.003	Y	NA
3747711	3747712	CLI_2715	CLI_2716	fliP		TRUE	0.992	-16.000	0.386	1.000	Y	NA
3747712	3747713	CLI_2716	CLI_2717		fliL	TRUE	0.906	73.000	0.023	1.000	Y	NA
3747713	3747714	CLI_2717	CLI_2718	fliL	motB-2	TRUE	0.994	-3.000	0.314	1.000	Y	NA
3747714	3747715	CLI_2718	CLI_2719	motB-2	motA-2	TRUE	0.994	-7.000	0.350	1.000	Y	NA
3747715	3747716	CLI_2719	CLI_2720	motA-2		TRUE	0.994	-3.000	0.301	NA	Y	NA
3747716	3747717	CLI_2720	CLI_2721		flgE	FALSE	0.523	234.000	0.077	NA	Y	NA
3747717	3747718	CLI_2721	CLI_2722	flgE		TRUE	0.788	82.000	0.100	NA		NA
3747718	3747719	CLI_2722	CLI_2723		flgD	TRUE	0.963	15.000	0.064	NA		NA
3747719	3747720	CLI_2723	CLI_2724	flgD	fliK	TRUE	0.864	30.000	0.012	NA		NA
3747720	3747721	CLI_2724	CLI_2725	fliK		TRUE	0.959	6.000	0.006	0.004		NA
3747721	3747722	CLI_2725	CLI_2726		fliI	TRUE	0.956	104.000	0.241	0.006	Y	NA
3747722	3747723	CLI_2726	CLI_2727	fliI	fliH	TRUE	0.983	40.000	0.379	NA	Y	NA
3747723	3747724	CLI_2727	CLI_2728	fliH	fliG	TRUE	0.990	-16.000	0.308	NA	Y	NA
3747724	3747725	CLI_2728	CLI_2729	fliG		TRUE	0.862	7.000	0.000	NA		NA
3747725	3747726	CLI_2729	CLI_2730		fliE	TRUE	0.814	16.000	0.000	NA		NA
3747726	3747727	CLI_2730	CLI_2731	fliE	flgC	TRUE	0.994	12.000	0.095	0.003	Y	NA
3747727	3747728	CLI_2731	CLI_2732	flgC	flgB	TRUE	0.975	98.000	0.804	0.003	Y	NA
3747728	3747729	CLI_2732	CLI_2733	flgB		FALSE	0.005	574.000	0.000	0.004		NA
3747729	3747730	CLI_2733	CLI_2734			TRUE	0.784	130.000	0.182	NA		NA
3747730	3747731	CLI_2734	CLI_2735		argH	FALSE	0.003	541.000	0.000	NA		NA
3747731	3747732	CLI_2735	CLI_2736	argH	argG	TRUE	0.993	22.000	0.278	1.000	Y	NA
3747732	3747733	CLI_2736	CLI_2737	argG		FALSE	0.020	294.000	0.000	NA		NA
3747733	3747734	CLI_2737	CLI_2738			TRUE	0.984	23.000	0.667	NA		NA
3747734	3747735	CLI_2738	CLI_2739		cls	FALSE	0.009	360.000	0.000	NA		NA
3747737	3747738	CLI_2741	CLI_2742			FALSE	0.020	295.000	0.000	NA		NA
3747738	3747739	CLI_2742	CLI_2743			FALSE	0.037	251.000	0.000	NA		NA
3747739	3747740	CLI_2743	CLI_2744			FALSE	0.601	40.000	0.000	1.000		NA
3747740	3747741	CLI_2744	CLI_2745			TRUE	0.951	29.000	0.000	1.000	Y	NA
3747741	3747742	CLI_2745	CLI_2746			TRUE	0.975	32.000	0.051	1.000	Y	NA
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3747743	3747744	CLI_2747	CLI_2748			TRUE	0.642	34.000	0.000	NA		NA
3747744	3747745	CLI_2748	CLI_2749			TRUE	0.729	27.000	0.000	NA		NA
3747745	3747746	CLI_2749	CLI_2750		glf	TRUE	0.936	0.000	0.012	NA		NA
3747746	3747747	CLI_2750	CLI_2751	glf		TRUE	0.871	105.000	0.012	NA	Y	NA
3747747	3747748	CLI_2751	CLI_2752			FALSE	0.100	211.000	0.000	NA	N	NA
3747748	3747749	CLI_2752	CLI_2753			TRUE	0.857	19.000	0.000	1.000	N	NA
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3747750	3747751	CLI_2754	CLI_2755			TRUE	0.964	35.000	0.400	NA	N	NA
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3747753	3747754	CLI_2757	CLI_2758			FALSE	0.305	121.000	0.000	NA		NA
3747754	3747755	CLI_2758	CLI_2759			FALSE	0.004	485.000	0.000	NA		NA
3747755	3747756	CLI_2759	CLI_2760		fliC	TRUE	0.868	77.000	0.250	1.000		NA
3747756	3747757	CLI_2760	CLI_2763	fliC		FALSE	0.044	239.000	0.000	NA		NA
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3747758	3747759	CLI_2764	CLI_2765			TRUE	0.756	25.000	0.000	NA		NA
3747759	3747760	CLI_2765	CLI_2766			FALSE	0.380	73.000	0.000	NA		NA
3747760	3747761	CLI_2766	CLI_2767			FALSE	0.008	367.000	0.000	NA		NA
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3747771	3747772	CLI_2777	CLI_2778			TRUE	0.982	33.000	0.131	1.000	Y	NA
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3747774	3747775	CLI_2780	CLI_2781			FALSE	0.292	242.000	0.200	NA		NA
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3747777	3747778	CLI_2783	CLI_2784	fliD	fliS	TRUE	0.978	54.000	0.370	0.002	Y	NA
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3747783	3747784	CLI_2789	CLI_2790	flgL	flgK	TRUE	0.991	18.000	0.071	0.001	Y	NA
3747784	3747785	CLI_2790	CLI_2791	flgK		FALSE	0.178	277.000	0.082	0.002		NA
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3747786	3747787	CLI_2792	CLI_2793		fliN	FALSE	0.003	589.000	0.000	1.000		NA
3747787	3747788	CLI_2793	CLI_2794	fliN	fliM	TRUE	0.996	-7.000	0.508	0.001	Y	NA
3747788	3747789	CLI_2794	CLI_2795	fliM		TRUE	0.982	28.000	0.039	0.010	Y	NA
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3747791	3747792	CLI_2797	CLI_2798	cheC	cheA	TRUE	0.989	26.000	0.176	NA	Y	NA
3747792	3747793	CLI_2798	CLI_2799	cheA	cheR	TRUE	0.992	13.000	0.081	1.000	Y	NA
3747793	3747794	CLI_2799	CLI_2800	cheR	cheB	TRUE	0.992	15.000	0.107	1.000	Y	NA
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3747797	3747798	CLI_2803	CLI_2804			FALSE	0.050	253.000	0.000	NA	N	NA
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3747804	3747805	CLI_2810	CLI_2811		murG	FALSE	0.004	633.000	0.000	1.000	N	NA
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3747839	3747840	CLI_2845	CLI_2846	gerAC		TRUE	0.780	-46.000	0.000	0.006		NA
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3748162	3748163	CLI_3168	CLI_3169			TRUE	0.734	178.000	0.037	1.000	Y	NA
3748163	3748164	CLI_3169	CLI_3170			TRUE	0.898	199.000	1.000	0.002	Y	NA
3748164	3748165	CLI_3170	CLI_3171			FALSE	0.218	190.000	0.000	0.003	N	NA
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3748172	3748173	CLI_3178	CLI_3179			FALSE	0.034	452.000	0.000	1.000	Y	NA
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3748221	3748222	CLI_3227	CLI_3228	folC	valS	FALSE	0.011	576.000	0.006	0.099	N	NA
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3748331	3748332	CLI_3337	CLI_3338		bcd	TRUE	0.990	13.000	0.364	0.038	N	NA
3748332	3748333	CLI_3338	CLI_3339	bcd		TRUE	0.854	194.000	0.500	1.000	Y	NA
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3748334	3748335	CLI_3340	CLI_3341	hbd		TRUE	0.995	20.000	0.486	1.000	Y	NA
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3748340	3748341	CLI_3346	CLI_3347		lgt	FALSE	0.008	388.000	0.000	1.000		NA
3748341	3748342	CLI_3347	CLI_3348	lgt		FALSE	0.083	209.000	0.000	1.000		NA
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3748367	3748368	CLI_3373	CLI_3374		pyrE	FALSE	0.069	214.000	0.000	NA		NA
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3748373	3748374	CLI_3379	CLI_3380	pyrI	pyrB	TRUE	0.996	2.000	0.197	0.001	Y	NA
3748374	3748375	CLI_3380	CLI_3381	pyrB		FALSE	0.049	255.000	0.000	NA	N	NA
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3748397	3748398	CLI_3404	CLI_3405			FALSE	0.397	66.000	0.000	NA		NA
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3748410	3748411	CLI_3417	CLI_3418			FALSE	0.394	67.000	0.000	NA		NA
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3748445	3748446	CLI_3452	CLI_3453		ldhA-1	FALSE	0.006	544.000	0.000	0.042	N	NA
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3748454	3748455	CLI_3461	CLI_3462	fldI	fldA	TRUE	0.988	0.000	0.429	NA	N	NA
3748455	3748456	CLI_3462	CLI_3463	fldA		TRUE	0.947	55.000	0.500	0.029	N	NA
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3748457	3748458	CLI_3464	CLI_3465		guaA	FALSE	0.006	459.000	0.000	1.000	N	NA
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3748464	3748465	CLI_3470	CLI_3472			FALSE	0.004	453.000	0.000	NA		NA
3748465	3748466	CLI_3472	CLI_3473			FALSE	0.392	173.000	0.024	1.000		NA
3748466	3748467	CLI_3473	CLI_3474		gltA-2	FALSE	0.545	150.000	0.018	1.000	N	NA
3748467	3748468	CLI_3474	CLI_3475	gltA-2		TRUE	0.992	0.000	0.667	0.037	N	NA
3748468	3748469	CLI_3475	CLI_3476			FALSE	0.057	231.000	0.000	1.000		NA
3748471	3748472	CLI_3478	CLI_3479			TRUE	0.997	1.000	0.444	0.015	Y	NA
3748474	3748475	CLI_3481	CLI_3482		pyc	FALSE	0.003	562.000	0.000	1.000		NA
3748475	3748476	CLI_3482	CLI_3483	pyc		FALSE	0.006	460.000	0.000	1.000	N	NA
3748477	3748478	CLI_3484	CLI_3485			FALSE	0.046	236.000	0.000	NA		NA
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3748481	3748482	CLI_3488	CLI_3489			FALSE	0.099	196.000	0.000	NA		NA
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