MicrobesOnline Operon Predictions for Lactococcus lactis subsp. cremoris MG1363

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column Description
Gene1 VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1 Systematic name of 1st gene in pair
Name1 Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2 VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2 Systematic name of 2nd gene in pair
Name2 Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim Whether the genes share a COG category or not
ExprSim Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

 Gene1 Gene2 SysName1 SysName2 Name1 Name2 bOp pOp Sep MOGScore GOScore COGSim ExprSim
 2125444 2125445 llmg_0001 llmg_0002 dnaA dnaN TRUE 0.968 157.000 0.328 1.000 Y 0.916
 2125445 2125446 llmg_0002 llmg_0003 dnaN rexB TRUE 0.803 106.000 0.000 NA Y 0.184
 2125446 2125447 llmg_0003 llmg_0004 rexB rexA TRUE 0.990 -7.000 0.070 NA Y 0.904
 2125447 2125448 llmg_0004 llmg_0005 rexA   TRUE 0.707 35.000 0.000 NA   -0.687
 2125450 2125451 llmg_0007 llmg_0008     FALSE 0.368 112.000 0.000 1.000 N 0.550
 2125451 2125452 llmg_0008 llmg_0009     FALSE 0.266 413.000 0.000 NA   0.797
 2125452 2125453 llmg_0009 llmg_0010     FALSE 0.343 100.000 0.000 NA   NA
 2125453 2125454 llmg_0010 llmg_0011     FALSE 0.147 235.000 0.000 NA   NA
 2125454 2125455 llmg_0011 llmg_0012   pth FALSE 0.390 4.000 0.000 1.000 N 0.039
 2125455 2125456 llmg_0012 llmg_0013 pth mfd TRUE 0.865 1.000 0.137 1.000 N 0.173
 2125456 2125457 llmg_0013 llmg_0015 mfd   FALSE 0.062 317.000 0.024 1.000 N -0.420
 2125457 2125458 llmg_0015 llmg_0016     TRUE 0.664 31.000 0.053 1.000 N -0.039
 2125458 2125459 llmg_0016 llmg_0017     TRUE 0.752 0.000 0.000 1.000   -0.044
 2125459 2125460 llmg_0017 llmg_0018     TRUE 0.591 162.000 0.000 1.000   0.926
 2125460 2125461 llmg_0018 llmg_0019   mesJ TRUE 0.880 -3.000 0.014 1.000 N 0.962
 2125461 2125462 llmg_0019 llmg_0020 mesJ hpt TRUE 0.964 -19.000 0.067 0.064 N 0.595
 2125462 2125463 llmg_0020 llmg_0021 hpt ftsH FALSE 0.429 206.000 0.192 1.000 N 0.193
 2125463 2125464 llmg_0021 llmg_tRNA_01 ftsH tRNA-Glu FALSE 0.164 221.000 0.000 NA   NA
 2125464 2125465 llmg_tRNA_01 llmg_tRNA_02 tRNA-Glu tRNA-Ser TRUE 0.724 6.000 0.000 NA   NA
 2125465 2125466 llmg_tRNA_02 llmg_tRNA_03 tRNA-Ser tRNA-Met TRUE 0.729 11.000 0.000 NA   NA
 2125466 2125467 llmg_tRNA_03 llmg_tRNA_04 tRNA-Met tRNA-Phe TRUE 0.724 6.000 0.000 NA   NA
 2125467 2125468 llmg_tRNA_04 llmg_tRNA_05 tRNA-Phe tRNA-Gly TRUE 0.728 12.000 0.000 NA   NA
 2125468 2125469 llmg_tRNA_05 llmg_tRNA_06 tRNA-Gly tRNA-Ile TRUE 0.714 15.000 0.000 NA   NA
 2125469 3678314 llmg_tRNA_06 llmg_tRNA_06a tRNA-Ile   TRUE 0.725 3.000 0.000 NA   NA
 3678314 2125470 llmg_tRNA_06a llmg_tRNA_07   tRNA-Asn TRUE 0.725 7.000 0.000 NA   NA
 2125470 2125471 llmg_tRNA_07 llmg_0022 tRNA-Asn mtlA FALSE 0.298 150.000 0.000 NA   NA
 2125471 2125472 llmg_0022 llmg_0023 mtlA mtlR TRUE 0.971 60.000 0.336 0.011 N 0.974
 2125472 2125473 llmg_0023 llmg_0024 mtlR mtlF TRUE 0.958 47.000 0.131 0.011 N 0.893
 2125473 2125474 llmg_0024 llmg_0025 mtlF mtlD TRUE 0.925 149.000 0.062 1.000 Y 0.823
 2125475 2125476 llmg_0026 llmg_0027 ps130 ps129 TRUE 0.858 101.000 0.000 0.006   0.796
 2125476 2125477 llmg_0027 llmg_0028 ps129 ps128 TRUE 0.959 28.000 0.000 0.006   0.870
 2125477 2125478 llmg_0028 llmg_0029 ps128 ps127 FALSE 0.128 317.000 0.000 NA   -0.613
 2125478 2125479 llmg_0029 llmg_0030 ps127 ps126 FALSE 0.422 236.000 0.000 NA   0.782
 2125479 2125480 llmg_0030 llmg_0031 ps126 ps125 TRUE 0.729 11.000 0.000 NA   NA
 2125480 2125481 llmg_0031 llmg_0032 ps125 ps124 TRUE 0.752 -3.000 0.000 NA   NA
 2125481 2125482 llmg_0032 llmg_0033 ps124 ps123 TRUE 0.752 -3.000 0.000 NA   NA
 2125482 2125483 llmg_0033 llmg_0034 ps123 ps122 TRUE 0.752 -3.000 0.000 NA   NA
 2125483 2125484 llmg_0034 llmg_0035 ps122 ps121 TRUE 0.620 42.000 0.000 NA   NA
 2125484 2125485 llmg_0035 llmg_0036 ps121 ps120 TRUE 0.728 12.000 0.000 NA   NA
 2125485 2125486 llmg_0036 llmg_0037 ps120 ps119 TRUE 0.724 5.000 0.000 NA   NA
 2125486 2125487 llmg_0037 llmg_0038 ps119 ps118 FALSE 0.350 116.000 0.000 NA   NA
 2125490 2125491 llmg_0041 llmg_0042 ps115 ps114 TRUE 0.893 30.000 0.000 NA   0.797
 2125491 2125492 llmg_0042 llmg_0043 ps114 ps113 TRUE 0.644 111.000 0.000 NA   0.671
 2125492 2125493 llmg_0043 llmg_0044 ps113 ps112 TRUE 0.761 73.000 0.000 NA   0.846
 2125493 2125494 llmg_0044 llmg_0045 ps112 ps111 FALSE 0.073 624.000 0.000 NA   -0.142
 2125494 2125495 llmg_0045 llmg_0046 ps111 ps110 FALSE 0.408 82.000 0.000 NA   -0.267
 2125495 2125496 llmg_0046 llmg_0047 ps110 ps109 FALSE 0.071 490.000 0.000 NA   NA
 2125496 2125497 llmg_0047 llmg_0048 ps109 ps108 FALSE 0.332 136.000 0.000 NA   NA
 2125497 2125498 llmg_0048 llmg_0049 ps108 tnp712 FALSE 0.064 664.000 0.000 NA   NA
 2125498 2125499 llmg_0049 llmg_0050 tnp712   TRUE 0.945 12.000 0.000 1.000 Y NA
 2125499 2125500 llmg_0050 llmg_0051   ps105 FALSE 0.341 102.000 0.000 NA   NA
 2125500 2125501 llmg_0051 llmg_0052 ps105 ps104 FALSE 0.069 508.000 0.000 NA   NA
 2125501 2125502 llmg_0052 llmg_0053 ps104 ps103 FALSE 0.361 89.000 0.000 NA   NA
 2125502 2125503 llmg_0053 llmg_0054 ps103 ps102 FALSE 0.346 122.000 0.000 NA   NA
 2125503 2125504 llmg_0054 llmg_0055 ps102 ps101 FALSE 0.173 250.000 0.000 NA   -0.639
 2125506 2125507 llmg_0057 llmg_0059     FALSE 0.149 405.000 0.000 NA   0.458
 2125507 2125508 llmg_0059 llmg_0060     FALSE 0.100 513.000 0.000 NA   0.280
 2125508 2125509 llmg_0060 llmg_0061     FALSE 0.104 342.000 0.000 NA   -0.238
 2125509 2125510 llmg_0061 llmg_0062     TRUE 0.696 121.000 0.000 NA   0.874
 2125511 2125512 llmg_0063 llmg_0064   tnp905 FALSE 0.026 210.000 0.000 1.000 N NA
 2125513 2125514 llmg_0065 llmg_tRNA_08   tRNA-Lys FALSE 0.344 109.000 0.000 NA   NA
 2125514 2125515 llmg_tRNA_08 llmg_0066 tRNA-Lys araT FALSE 0.305 148.000 0.000 NA   NA
 2125515 2125516 llmg_0066 llmg_0067 araT recO FALSE 0.194 98.000 0.012 1.000 N 0.115
 2125516 2125517 llmg_0067 llmg_0069 recO   FALSE 0.372 114.000 0.000 1.000   0.014
 2125517 2125518 llmg_0069 llmg_0070     FALSE 0.451 111.000 0.000 1.000   0.347
 2125519 2125520 llmg_0071 llmg_0072 pdhD pdhC TRUE 0.979 219.000 0.948 1.000 Y 0.933
 2125520 2125521 llmg_0072 llmg_0073 pdhC pdhB TRUE 0.999 -7.000 0.883 0.071 Y 0.987
 2125521 2125522 llmg_0073 llmg_0074 pdhB pdhA TRUE 0.999 3.000 0.484 0.001 Y 0.933
 2125522 2125523 llmg_0074 llmg_0075 pdhA lplL TRUE 0.649 89.000 0.039 1.000 N 0.953
 2125523 2125524 llmg_0075 llmg_0076 lplL   FALSE 0.068 193.000 0.000 1.000 N -0.590
 2125524 2125525 llmg_0076 llmg_0077     FALSE 0.402 79.000 0.000 1.000   -0.284
 2125525 2125526 llmg_0077 llmg_0078     TRUE 0.600 50.000 0.000 NA   -0.242
 2125526 2125527 llmg_0078 llmg_0079   trpS FALSE 0.421 93.000 0.000 NA   -0.654
 2125528 2125529 llmg_0080 llmg_0081 osmC   FALSE 0.111 162.000 0.000 1.000 N 0.193
 2125529 2125530 llmg_0081 llmg_0082     TRUE 0.814 60.000 0.000 NA   0.884
 2125531 2125532 llmg_0083 llmg_0084 plsX   FALSE 0.440 103.000 0.000 1.000   0.336
 2125532 2125533 llmg_0084 llmg_0085     FALSE 0.109 376.000 0.000 1.000   0.201
 2125536 2125537 llmg_0088 llmg_pseudo_01   tnp1077 FALSE 0.364 87.000 0.000 NA   NA
 2125538 2125539 llmg_0089 llmg_0090     TRUE 0.516 188.000 0.000 NA   0.729
 2125539 2125540 llmg_0090 llmg_0091   cysD FALSE 0.164 257.000 0.000 NA   0.121
 2125540 2125541 llmg_0091 llmg_0092 cysD   FALSE 0.126 253.000 0.000 1.000 N 0.505
 2125542 2125543 llmg_0093 llmg_0094     FALSE 0.372 126.000 0.000 NA   -0.301
 2125543 2125544 llmg_0094 llmg_0095     TRUE 0.682 36.000 0.000 NA   0.046
 2125544 2125545 llmg_0095 llmg_0096     TRUE 0.546 68.000 0.000 NA   0.215
 2125545 2125546 llmg_0096 llmg_0097     TRUE 0.924 11.000 0.025 NA   0.674
 2125547 2125548 llmg_0098 llmg_0099 rpmG rpmF TRUE 0.970 30.000 0.012 0.033 Y NA
 2125549 2125550 llmg_0100 llmg_0101 cadA   FALSE 0.274 187.000 0.000 NA   -0.799
 2125551 2125552 llmg_0102 llmg_0103 parA cshA TRUE 0.847 55.000 0.000 0.097 N 0.795
 2125552 2125553 llmg_0103 llmg_0104 cshA   TRUE 0.629 44.000 0.047 1.000 N -0.707
 2125554 2125555 llmg_0105 llmg_0106     TRUE 0.689 30.000 0.000 NA   -0.104
 2125555 2125556 llmg_0106 llmg_0107     FALSE 0.468 75.000 0.000 NA   -0.578
 2125556 2125557 llmg_0107 llmg_0108     FALSE 0.445 82.000 0.000 NA   -0.645
 2125557 2125558 llmg_0108 llmg_0109     TRUE 0.820 -16.000 0.000 NA   0.066
 2125558 2125559 llmg_0109 llmg_0110   prmA TRUE 0.910 13.000 0.000 NA   0.719
 2125559 2125560 llmg_0110 llmg_0111 prmA   TRUE 0.782 120.000 0.227 NA   -0.030
 2125560 2125561 llmg_0111 llmg_0112     TRUE 0.690 30.000 0.000 NA   -0.086
 2125561 2125562 llmg_0112 llmg_0113   relA FALSE 0.147 201.000 0.000 1.000 N 0.448
 2125564 2125565 llmg_0115 llmg_0116 dtd   TRUE 0.935 -7.000 0.000 NA   0.805
 2125565 2125566 llmg_0116 llmg_0117     TRUE 0.769 3.000 0.000 NA   0.117
 2125566 2125567 llmg_0117 llmg_0118   ctrA FALSE 0.411 134.000 0.000 1.000   0.265
 2125567 2125568 llmg_0118 llmg_0119 ctrA   FALSE 0.089 149.000 0.000 1.000 N -0.398
 2125570 2125571 llmg_0121 llmg_0122   tnp904 TRUE 0.871 96.000 0.000 0.097 Y NA
 2125573 2125574 llmg_0124 llmg_0125 secA aroF TRUE 0.507 130.000 0.000 1.000 N 0.952
 2125574 2125575 llmg_0125 llmg_0126 aroF ptsH FALSE 0.260 249.000 0.000 1.000 N 0.807
 2125575 2125576 llmg_0126 llmg_0127 ptsH ptsI TRUE 0.994 3.000 0.240 0.011 Y -0.756
 2125579 2125580 llmg_tRNA_09 llmg_0130 tRNA-Leu   FALSE 0.367 85.000 0.000 NA   NA
 2125581 2125582 llmg_0131 llmg_0132   sugE FALSE 0.425 186.000 0.000 NA   0.574
 2125582 2125583 llmg_0132 llmg_0133 sugE blt FALSE 0.458 123.000 0.000 0.071 N -0.309
 2125583 2125584 llmg_0133 llmg_0134 blt   FALSE 0.037 304.000 0.000 NA N -0.540
 2125584 2125585 llmg_0134 llmg_0135     TRUE 0.918 -16.000 0.075 NA   -0.319
 2125585 2125586 llmg_0135 llmg_0136     FALSE 0.107 394.000 0.000 NA   -0.688
 2125586 2125587 llmg_0136 llmg_0137     TRUE 0.553 67.000 0.000 NA   -0.814
 2125589 2125590 llmg_0138 llmg_0139 argG argH TRUE 0.992 29.000 0.278 1.000 Y 0.975
 2125592 2125593 llmg_0141 llmg_0142     FALSE 0.243 157.000 0.000 1.000 N 0.479
 2125593 2125594 llmg_0142 llmg_0143     TRUE 0.923 -3.000 0.052 1.000 N 0.785
 2125594 2125595 llmg_0143 llmg_0144     TRUE 0.842 88.000 0.106 1.000   0.785
 2125595 2125596 llmg_0144 llmg_0145   rpmH TRUE 0.635 132.000 0.002 1.000   0.682
 2125596 2125597 llmg_0145 llmg_0146 rpmH   FALSE 0.455 175.000 0.000 1.000   0.594
 2125597 2125598 llmg_0146 llmg_0147     TRUE 0.646 61.000 0.000 1.000   0.430
 2125598 2125599 llmg_0147 llmg_0148     FALSE 0.260 189.000 0.000 NA   0.175
 2125599 2125600 llmg_0148 llmg_0149     FALSE 0.408 83.000 0.000 NA   -0.067
 2125600 2125601 llmg_0149 llmg_0150     FALSE 0.147 295.000 0.000 NA   -0.761
 2125601 2125602 llmg_0150 llmg_0151     TRUE 0.926 0.000 0.144 NA   0.035
 2125602 2125603 llmg_0151 llmg_0152     TRUE 0.829 101.000 0.094 NA   0.900
 2125604 2125605 llmg_0153 llmg_0154   cbr FALSE 0.412 90.000 0.000 NA   0.096
 2125605 2125606 llmg_0154 llmg_0155 cbr   TRUE 0.813 20.000 0.000 NA   0.441
 2125606 2125607 llmg_0155 llmg_0156   dltE TRUE 0.920 10.000 0.000 NA   0.794
 2125609 2125610 llmg_0158 llmg_0159 glgB   FALSE 0.434 121.000 0.000 NA   -0.854
 2125611 2125612 llmg_0160 llmg_0161     TRUE 0.733 43.000 0.000 1.000 N 0.687
 2125612 2125613 llmg_0161 llmg_0162     FALSE 0.078 456.000 0.000 1.000   -0.106
 2125613 2125614 llmg_0162 llmg_0163   epsR TRUE 0.911 13.000 0.000 1.000   0.745
 2125615 2125616 llmg_tRNA_11 llmg_0164 tRNA-Thr tgt TRUE 0.488 63.000 0.000 NA   NA
 2125618 2125619 llmg_pseudo_02 llmg_0167     FALSE 0.224 182.000 0.000 NA   NA
 2125620 2125621 llmg_0168 llmg_0169     FALSE 0.098 390.000 0.000 NA   0.027
 2125621 2125622 llmg_0169 llmg_0170     FALSE 0.387 198.000 0.000 NA   0.564
 2125622 2125623 llmg_0170 llmg_0171   aspC TRUE 0.681 129.000 0.000 NA   0.932
 2125623 2125624 llmg_0171 llmg_0172 aspC codY TRUE 0.526 153.000 0.015 1.000 N 0.808
 2125624 2125625 llmg_0172 llmg_0173 codY   FALSE 0.371 107.000 0.000 NA   -0.265
 2125625 2125626 llmg_0173 llmg_0174   gatC TRUE 0.557 52.000 0.000 NA   NA
 2125626 2125627 llmg_0174 llmg_0175 gatC gatA TRUE 0.998 0.000 0.643 0.002 Y NA
 2125627 2125628 llmg_0175 llmg_0176 gatA gatB TRUE 0.997 25.000 0.492 0.002 Y 0.137
 2125628 2125629 llmg_0176 llmg_0177 gatB   TRUE 0.781 124.000 0.000 1.000 Y -0.113
 2125630 2125631 llmg_0178 llmg_0180 dinF cspE FALSE 0.126 180.000 0.000 1.000 N 0.322
 2125632 2125633 llmg_0181 llmg_0182     TRUE 0.879 -10.000 0.037 1.000   -0.601
 2125633 2125634 llmg_0182 llmg_0183     FALSE 0.428 99.000 0.000 NA   -0.827
 2125634 2125635 llmg_0183 llmg_0184     TRUE 0.876 21.000 0.000 NA   0.650
 2125635 2125636 llmg_0184 llmg_0185     TRUE 0.686 111.000 0.000 1.000   0.872
 2125636 2125637 llmg_0185 llmg_0186     FALSE 0.119 349.000 0.000 1.000   0.239
 2125637 2125638 llmg_0186 llmg_0187   celB TRUE 0.500 100.000 0.000 1.000   0.458
 2125638 2125639 llmg_0187 llmg_0188 celB   TRUE 0.872 126.000 0.176 NA   0.763
 2125639 2125640 llmg_0188 llmg_0189     TRUE 0.752 -3.000 0.000 NA   NA
 2125640 2125641 llmg_0189 llmg_0190   bglS FALSE 0.339 129.000 0.000 NA   NA
 2125641 2125642 llmg_0190 llmg_0191 bglS dut FALSE 0.173 66.000 0.000 1.000 N 0.004
 2125642 2125643 llmg_0191 llmg_0192 dut   TRUE 0.792 93.000 0.000 1.000 Y -0.046
 2125643 2125644 llmg_0192 llmg_0193     TRUE 0.985 15.000 0.347 NA   0.885
 2125644 2125645 llmg_0193 llmg_0194     FALSE 0.285 192.000 0.016 NA   -0.315
 2125645 2125646 llmg_0194 llmg_0195     FALSE 0.185 248.000 0.000 1.000   -0.918
 2125646 2125647 llmg_0195 llmg_0196     FALSE 0.127 151.000 0.000 1.000 N -0.753
 2125647 2125648 llmg_0196 llmg_0197   menA TRUE 0.969 197.000 0.562 1.000 Y 0.809
 2125649 2125650 llmg_0198 llmg_0199   feoB FALSE 0.206 474.000 0.000 NA   0.663
 2125650 2125651 llmg_0199 llmg_0200 feoB feoA TRUE 0.991 103.000 0.871 1.000 Y 0.817
 2125653 2125654 llmg_0202 llmg_0203     TRUE 0.980 0.000 0.567 NA   0.224
 2125654 2125655 llmg_0203 llmg_0204   rpmB FALSE 0.269 274.000 0.044 NA   0.267
 2125656 2125657 llmg_0205 llmg_0206   rmlA FALSE 0.270 195.000 0.000 NA   0.276
 2125657 2125658 llmg_0206 llmg_0207 rmlA rmlC TRUE 0.981 0.000 0.149 1.000 Y 0.066
 2125658 2125659 llmg_0207 llmg_0208 rmlC   TRUE 0.738 0.000 0.000 NA   NA
 2125659 2125660 llmg_0208 llmg_0209   rmlB TRUE 0.627 40.000 0.000 NA   NA
 2125660 2125661 llmg_0209 llmg_0210 rmlB rmlD TRUE 0.979 188.000 0.273 0.002 Y 0.958
 2125661 2125662 llmg_0210 llmg_0211 rmlD rgpA TRUE 0.818 163.000 0.000 1.000 Y 0.604
 2125662 2125663 llmg_0211 llmg_0212 rgpA rgpB TRUE 0.938 -10.000 0.000 NA   0.836
 2125663 2125664 llmg_0212 llmg_0213 rgpB rgpC TRUE 0.985 -3.000 0.289 NA   0.913
 2125664 2125665 llmg_0213 llmg_0214 rgpC rgpD TRUE 0.996 15.000 0.500 1.000 Y 0.609
 2125665 2125666 llmg_0214 llmg_0215 rgpD   TRUE 0.825 -22.000 0.000 NA   0.056
 2125666 2125667 llmg_0215 llmg_0216   rgpE TRUE 0.919 8.000 0.000 NA   0.823
 2125667 2125668 llmg_0216 llmg_0217 rgpE rgpF TRUE 0.976 -10.000 0.154 NA   0.963
 2125668 2125669 llmg_0217 llmg_0218 rgpF   TRUE 0.525 82.000 0.030 NA   -0.341
 2125669 2125670 llmg_0218 llmg_0219     TRUE 0.946 0.000 0.212 NA   -0.465
 2125670 2125671 llmg_0219 llmg_0220     TRUE 0.806 36.000 0.044 NA   -0.525
 2125671 2125672 llmg_0220 llmg_0221     TRUE 0.915 6.000 0.000 NA   0.946
 2125672 2125673 llmg_0221 llmg_0222   wefC TRUE 0.928 -7.000 0.000 NA   0.973
 2125673 2125674 llmg_0222 llmg_0223 wefC   TRUE 0.871 67.000 0.061 NA   0.847
 2125674 2125675 llmg_0223 llmg_0224   glf1 TRUE 0.810 0.000 0.012 NA   0.119
 2125675 2125676 llmg_0224 llmg_0225 glf1 rfbX TRUE 0.945 -3.000 0.032 1.000   0.817
 2125676 2125677 llmg_0225 llmg_0226 rfbX   TRUE 0.894 29.000 0.000 NA   0.910
 2125677 2125678 llmg_0226 llmg_0227     TRUE 0.919 2.000 0.000 NA   0.916
 2125678 2125679 llmg_0227 llmg_0228     TRUE 0.777 -3.000 0.000 NA   -0.085
 2125681 2125682 llmg_0230 llmg_0231 guaB   FALSE 0.176 226.000 0.000 1.000   -0.524
 2125682 2125683 llmg_0231 llmg_0232     TRUE 0.639 95.000 0.000 1.000   0.669
 2125683 2125684 llmg_0232 llmg_0233   hflX FALSE 0.394 83.000 0.000 1.000   -0.393
 2125686 2125687 llmg_0235 llmg_0236   nadD1 TRUE 0.649 75.000 0.150 NA N -0.600
 2125687 2125688 llmg_0236 llmg_0237 nadD1   TRUE 0.993 -7.000 0.199 1.000 Y 0.994
 2125688 2125689 llmg_0237 llmg_0238     FALSE 0.375 47.000 0.000 1.000 N -0.924
 2125689 2125690 llmg_0238 llmg_0239     TRUE 0.594 167.000 0.000 NA   0.791
 2125690 2125691 llmg_0239 llmg_0240     TRUE 0.808 100.000 0.085 NA   0.975
 2125691 2125692 llmg_0240 llmg_0241     TRUE 0.924 50.000 0.094 NA   0.763
 2125692 2125693 llmg_0241 llmg_0242     TRUE 0.645 153.000 0.003 NA   0.831
 2125693 2125694 llmg_0242 llmg_pseudo_03     TRUE 0.480 65.000 0.000 NA   NA
 2125694 2125695 llmg_pseudo_03 llmg_0244   ung TRUE 0.752 -3.000 0.000 NA   NA
 2125696 2125697 llmg_0245 llmg_0246     FALSE 0.370 23.000 0.000 1.000 N 0.100
 2125697 2125698 llmg_0246 llmg_0247     TRUE 0.939 22.000 0.000 1.000 Y 0.101
 2125701 2125702 llmg_0250 llmg_0251 rmeC rpsU FALSE 0.398 81.000 0.000 1.000   -0.081
 2125702 2125703 llmg_0251 llmg_0252 rpsU   FALSE 0.372 108.000 0.000 1.000   -0.492
 2125703 2125704 llmg_0252 llmg_0253   pgk FALSE 0.196 202.000 0.000 1.000   -0.260
 2125704 2125705 llmg_0253 llmg_0254 pgk hadL TRUE 0.536 58.000 0.000 1.000   -0.380
 2125705 2125706 llmg_0254 llmg_0255 hadL dhaK FALSE 0.433 120.000 0.000 1.000   0.283
 2125708 2125709 llmg_pseudo_05 llmg_0257 dhaL dhaM TRUE 0.728 10.000 0.000 NA   NA
 2125709 2125710 llmg_0257 llmg_0258 dhaM   TRUE 0.766 -3.000 0.000 1.000   -0.044
 2125710 2125711 llmg_0258 llmg_pseudo_06   glpF1 TRUE 0.728 10.000 0.000 NA   NA
 2125713 2125714 llmg_pseudo_07 llmg_0262     TRUE 0.752 -3.000 0.000 NA   NA
 2125714 2125715 llmg_0262 llmg_0263     FALSE 0.419 123.000 0.000 1.000   0.255
 2125715 2125716 llmg_0263 llmg_0264   fbp FALSE 0.370 165.000 0.000 1.000   0.390
 2125717 2125718 llmg_tRNA_12 llmg_0265 tRNA-Leu   FALSE 0.468 67.000 0.000 NA   NA
 2125719 2125720 llmg_0266 llmg_0267     TRUE 0.482 71.000 0.000 NA   -0.409
 2125720 2125721 llmg_0267 llmg_0268     FALSE 0.197 252.000 0.000 NA   0.303
 2125721 2125722 llmg_0268 llmg_0269     TRUE 0.995 -3.000 0.222 0.010 Y 0.390
 2125722 2125723 llmg_0269 llmg_0270     FALSE 0.387 91.000 0.000 NA   -0.240
 2125724 2125725 llmg_0271 llmg_0272     TRUE 0.789 -16.000 0.000 NA   NA
 2125725 2125726 llmg_0272 llmg_0273   luxS FALSE 0.193 199.000 0.000 NA   NA
 2125727 2125728 llmg_0274 llmg_0275     FALSE 0.359 91.000 0.000 NA   NA
 2125728 2125729 llmg_0275 llmg_0276     FALSE 0.468 67.000 0.000 NA   NA
 2125729 2125730 llmg_0276 llmg_0277     FALSE 0.174 240.000 0.000 1.000   0.170
 2125730 2125731 llmg_0277 llmg_0278     TRUE 0.693 115.000 0.000 NA   0.767
 2125731 2125732 llmg_0278 llmg_0279     TRUE 0.990 -3.000 1.000 NA   -0.465
 2125734 2125735 llmg_0281 llmg_0282   nrdG TRUE 0.950 3.000 0.240 1.000 N 0.583
 2125737 2125738 llmg_0284 llmg_pseudo_08   enoB FALSE 0.179 212.000 0.000 NA   NA
 2125739 2125740 llmg_0286 llmg_tRNA_13   tRNA-Ser FALSE 0.066 570.000 0.000 NA   NA
 2125741 2125742 llmg_0287 llmg_0288 cbiO3 cbiO2 TRUE 0.994 132.000 0.713 0.026 Y 0.944
 2125742 2125743 llmg_0288 llmg_0289 cbiO2 cbiQ2 TRUE 0.991 0.000 0.136 1.000 Y 0.899
 2125743 2125744 llmg_0289 llmg_0290 cbiQ2   TRUE 0.900 22.000 0.000 NA   0.771
 2125744 2125745 llmg_0290 llmg_0291   dapD FALSE 0.364 213.000 0.000 NA   0.571
 2125745 2125746 llmg_0291 llmg_0292 dapD hipO1 TRUE 0.924 138.000 0.372 1.000   0.738
 2125746 2125747 llmg_0292 llmg_0293 hipO1 xynD FALSE 0.431 157.000 0.000 1.000   0.464
 2125747 2125748 llmg_0293 llmg_tRNA_14 xynD tRNA-Arg FALSE 0.323 141.000 0.000 NA   NA
 2125748 2125749 llmg_tRNA_14 llmg_tRNA_15 tRNA-Arg tRNA-Pro FALSE 0.215 186.000 0.000 NA   NA
 2125749 2125750 llmg_tRNA_15 llmg_0294 tRNA-Pro   FALSE 0.261 164.000 0.000 NA   NA
 2125750 2125751 llmg_0294 llmg_0295     FALSE 0.341 127.000 0.000 NA   NA
 2125751 2125752 llmg_0295 llmg_0296   rpsD FALSE 0.209 211.000 0.000 NA   -0.484
 2125752 2125753 llmg_0296 llmg_0297 rpsD tex FALSE 0.106 128.000 0.000 1.000 N -0.416
 2125753 2125754 llmg_0297 llmg_0298 tex   TRUE 0.803 133.000 0.215 NA   0.390
 2125754 2125755 llmg_0298 llmg_0299   add FALSE 0.125 301.000 0.000 NA   -0.382
 2125756 2125757 llmg_0300 llmg_0301     TRUE 0.689 36.000 0.000 NA   -0.546
 2125757 2125758 llmg_0301 llmg_0302     TRUE 0.618 152.000 0.000 1.000   0.745
 2125758 2125759 llmg_0302 llmg_0304     TRUE 0.858 194.000 0.576 NA   0.499
 2125760 2125761 llmg_0305 llmg_0306     FALSE 0.443 96.000 0.000 NA   0.259
 2125761 2125762 llmg_0306 llmg_0307     TRUE 0.952 -46.000 0.026 1.000   0.718
 2125762 2125763 llmg_0307 llmg_0308   rimI2 TRUE 0.979 -3.000 0.013 0.001   0.742
 2125763 2125764 llmg_0308 llmg_0309 rimI2 gcp TRUE 0.936 3.000 0.030 1.000   0.853
 2125764 2125765 llmg_0309 llmg_0310 gcp   TRUE 0.714 15.000 0.000 NA   NA
 2125767 2125768 llmg_0312 llmg_0313 phnD phnC TRUE 0.936 116.000 0.212 NA Y 0.267
 2125768 2125769 llmg_0313 llmg_0314 phnC phnB TRUE 0.994 1.000 0.192 0.002 Y 0.003
 2125769 2125770 llmg_0314 llmg_0315 phnB   TRUE 0.997 20.000 0.222 0.001 Y 0.864
 2125770 2125771 llmg_0315 llmg_0316   cpdC TRUE 0.889 4.000 0.182 1.000 N 0.131
 2125771 2125772 llmg_0316 llmg_0317 cpdC   FALSE 0.319 144.000 0.000 NA   NA
 2125772 2125773 llmg_0317 llmg_0318   tpx TRUE 0.488 63.000 0.000 NA   NA
 2125773 2125774 llmg_0318 llmg_0319 tpx pepN FALSE 0.311 169.000 0.000 1.000 N 0.615
 2125775 2125776 llmg_0320 llmg_0321 napC napB FALSE 0.405 482.000 0.462 1.000 N -0.865
 2125776 2125777 llmg_0321 llmg_0322 napB   TRUE 0.855 -3.000 0.000 1.000 N 0.963
 2125778 2125779 llmg_0323 llmg_0324   lmrC FALSE 0.216 303.000 0.000 NA N 0.795
 2125779 2125780 llmg_0324 llmg_0325 lmrC lmrD TRUE 0.998 4.000 0.720 0.010 Y 0.226
 2125780 2125781 llmg_0325 llmg_0326 lmrD murA1 FALSE 0.109 174.000 0.000 1.000 N 0.239
 2125781 2125782 llmg_0326 llmg_0327 murA1   TRUE 0.862 46.000 0.000 NA   0.901
 2125782 2125783 llmg_0327 llmg_0328     FALSE 0.142 264.000 0.000 NA   -0.177
 2125783 2125784 llmg_0328 llmg_0329     TRUE 0.973 2.000 0.429 NA   0.209
 2125784 2125785 llmg_0329 llmg_0330     TRUE 0.619 153.000 0.000 0.060   0.276
 2125786 2125787 llmg_0331 llmg_0332     TRUE 0.895 24.000 0.000 NA   0.734
 2125787 2125788 llmg_0332 llmg_0333     TRUE 0.676 111.000 0.000 NA   0.722
 2125788 2125789 llmg_0333 llmg_0334     TRUE 0.751 63.000 0.010 NA   0.596
 2125790 2125791 llmg_0335 llmg_0336 plpA plpB TRUE 0.892 145.000 0.000 NA Y 0.828
 2125791 2125792 llmg_0336 llmg_0338 plpB plpC TRUE 0.811 146.000 0.000 NA Y 0.408
 2125792 2125793 llmg_0338 llmg_0339 plpC dar FALSE 0.399 69.000 0.000 NA N 0.444
 2125793 2125794 llmg_0339 llmg_0340 dar plpD TRUE 0.848 16.000 0.000 NA N 0.849
 2125794 2125795 llmg_0340 llmg_0341 plpD   TRUE 0.903 124.000 0.000 NA Y 0.787
 2125795 2125796 llmg_0341 llmg_0342     TRUE 0.999 0.000 0.938 1.000 Y 0.872
 2125796 2125797 llmg_0342 llmg_0343     TRUE 0.856 43.000 0.000 NA   0.985
 2125797 2125798 llmg_0343 llmg_0344   cbiO TRUE 0.917 119.000 0.435 NA   0.558
 2125798 2125799 llmg_0344 llmg_0345 cbiO cbiQ TRUE 0.992 -7.000 0.530 1.000   0.868
 2125799 2125800 llmg_0345 llmg_0346 cbiQ fhuC FALSE 0.457 529.000 0.000 1.000 Y 0.554
 2125800 2125801 llmg_0346 llmg_0347 fhuC fhuB TRUE 0.973 -7.000 0.000 1.000 Y 0.519
 2125801 2125802 llmg_0347 llmg_0348 fhuB fhuG TRUE 0.839 1.000 0.000 0.045 N 0.118
 2125802 2125803 llmg_0348 llmg_0349 fhuG fhuD FALSE 0.298 84.000 0.000 1.000 N 0.444
 2125803 2125804 llmg_0349 llmg_0350 fhuD fhuR FALSE 0.167 62.000 0.000 1.000 N -0.140
 2125805 2125806 llmg_0351 llmg_0352 araJ   TRUE 0.912 13.000 0.000 1.000   0.928
 2125807 2125808 llmg_0353 llmg_0354     FALSE 0.372 44.000 0.000 NA N -0.682
 2125808 2125809 llmg_0354 llmg_0355   pmg FALSE 0.070 179.000 0.000 NA N -0.164
 2125809 2125810 llmg_0355 llmg_0356 pmg ahpC FALSE 0.212 178.000 0.000 1.000 N 0.498
 2125810 2125811 llmg_0356 llmg_0357 ahpC ahpF TRUE 0.980 66.000 0.551 1.000 Y -0.091
 2125811 2125812 llmg_0357 llmg_0358 ahpF pbp2B FALSE 0.349 195.000 0.000 1.000 N 0.795
 2125812 2125813 llmg_0358 llmg_0359 pbp2B recR FALSE 0.373 130.000 0.013 1.000 N 0.503
 2125813 2125814 llmg_0359 llmg_0360 recR   FALSE 0.464 119.000 0.010 1.000 N 0.618
 2125814 2125815 llmg_0360 llmg_0361   murF TRUE 0.813 264.000 0.046 0.007 Y -0.816
 2125815 2125816 llmg_0361 llmg_0362 murF dppA FALSE 0.385 169.000 0.000 1.000 N 0.712
 2125816 2125817 llmg_0362 llmg_pseudo_09 dppA dppP FALSE 0.105 310.000 0.000 NA   NA
 2125817 2125818 llmg_pseudo_09 llmg_0364 dppP dppB FALSE 0.389 79.000 0.000 NA   NA
 2125818 2125819 llmg_0364 llmg_0365 dppB dppC TRUE 0.974 16.000 0.134 0.044   0.573
 2125819 2125820 llmg_0365 llmg_0366 dppC dppD TRUE 0.963 3.000 0.286 1.000   0.311
 2125820 2125821 llmg_0366 llmg_0367 dppD dppF TRUE 0.998 0.000 0.619 0.003 Y -0.463
 2125821 2125822 llmg_0367 llmg_0368 dppF prfC FALSE 0.064 401.000 0.000 1.000 N 0.461
 2125822 2125823 llmg_0368 llmg_0369 prfC rheA TRUE 0.577 322.000 0.000 1.000 Y 0.588
 2125825 2125826 llmg_0371 llmg_0372 eraL asnB FALSE 0.358 98.000 0.000 1.000   -0.252
 2125826 2125827 llmg_0372 llmg_0373 asnB fpg FALSE 0.052 192.000 0.000 1.000 N -0.357
 2125827 2125828 llmg_0373 llmg_0374 fpg recA TRUE 0.738 153.000 0.000 1.000 Y 0.008
 2125829 2125830 llmg_0375 llmg_0376     TRUE 0.967 72.000 0.000 0.008 Y 0.988
 2125831 2125832 llmg_0377 llmg_0378     TRUE 0.983 -25.000 0.500 NA   -0.065
 2125832 2125833 llmg_0378 llmg_0379     FALSE 0.179 224.000 0.000 NA   -0.322
 2125835 2125836 llmg_0381 llmg_0382     FALSE 0.313 188.000 0.000 NA   0.369
 2125836 2125837 llmg_0382 llmg_0383   ppnK TRUE 0.987 -13.000 0.725 1.000   -0.598
 2125837 2125838 llmg_0383 llmg_0384 ppnK rluE TRUE 0.950 0.000 0.150 1.000 N 0.765
 2125840 2125841 llmg_0386 llmg_0387 lysQ   TRUE 0.505 160.000 0.000 NA   0.584
 2125841 2125842 llmg_0387 llmg_0388   apbE TRUE 0.972 -3.000 0.154 NA   0.965
 2125843 2125844 llmg_0389 llmg_0390 lysS rlrG FALSE 0.218 197.000 0.000 1.000 N 0.568
 2125846 2125847 llmg_0392 llmg_0393 ldhB rlrD FALSE 0.052 315.000 0.000 1.000 N 0.314
 2125848 2125849 llmg_0394 llmg_0395   thiI FALSE 0.035 356.000 0.000 1.000 N -0.800
 2125849 2125850 llmg_0395 llmg_0396 thiI   FALSE 0.468 217.000 0.000 NA   0.879
 2125850 2125851 llmg_0396 llmg_0397     TRUE 0.654 144.000 0.000 NA   0.732
 2125851 2125852 llmg_0397 llmg_0398     TRUE 0.535 98.000 0.000 1.000 N 0.889
 2125853 2125854 llmg_0399 llmg_0400 nha   FALSE 0.389 91.000 0.000 NA   -0.289
 2125854 2125855 llmg_0400 llmg_0401   tyrS FALSE 0.372 125.000 0.000 NA   -0.112
 2125858 2125859 llmg_0405 llmg_0406   trxH TRUE 0.634 45.000 0.000 NA   -0.346
 2125859 2125860 llmg_0406 llmg_0407 trxH pheT TRUE 0.798 106.000 0.239 1.000   0.251
 2125860 2125861 llmg_0407 llmg_0408 pheT noxE FALSE 0.302 162.000 0.000 1.000   -0.603
 2125861 2125862 llmg_0408 llmg_0409 noxE ssbA FALSE 0.404 91.000 0.000 1.000   -0.616
 2125862 2125863 llmg_0409 llmg_0410 ssbA groES FALSE 0.456 119.000 0.083 1.000 N -0.541
 2125863 2125864 llmg_0410 llmg_0411 groES groEL2 TRUE 0.981 87.000 0.160 0.007 Y 0.657
 2125865 2125866 llmg_0412 llmg_0413 vicX kinC FALSE 0.357 191.000 0.038 1.000   -0.641
 2125866 2125867 llmg_0413 llmg_0414 kinC llrC TRUE 0.999 -7.000 0.597 0.067 Y 0.846
 2125868 2125869 llmg_0415 llmg_0416 tmk holB TRUE 0.738 133.000 0.254 1.000 N 0.383
 2125869 2125870 llmg_0416 llmg_0417 holB   TRUE 0.936 50.000 0.372 1.000   0.067
 2125870 2125871 llmg_0417 llmg_0418     TRUE 0.978 -7.000 0.183 NA   0.932
 2125871 2125872 llmg_0418 llmg_0419     TRUE 0.885 0.000 0.043 NA   0.302
 2125873 2125874 llmg_0420 llmg_0421   drrB FALSE 0.441 75.000 0.000 NA   -0.273
 2125874 2125875 llmg_0421 llmg_0422 drrB   TRUE 0.722 13.000 0.000 NA   NA
 2125875 2125876 llmg_0422 llmg_0423   drrA TRUE 0.728 10.000 0.000 NA   NA
 2125879 2125880 llmg_0426 llmg_0427 mvaD   TRUE 0.999 -13.000 0.312 0.004 Y 0.764
 2125880 2125881 llmg_0427 llmg_0428   fni TRUE 0.669 123.000 0.097 1.000 N 0.612
 2125881 2125882 llmg_0428 llmg_0429 fni sodA FALSE 0.114 154.000 0.000 1.000 N -0.665
 2125882 2125883 llmg_0429 llmg_0430 sodA cstA FALSE 0.039 251.000 0.000 1.000 N -0.502
 2125885 2125886 llmg_0432 llmg_0433   rheB TRUE 0.754 149.000 0.000 NA Y -0.306
 2125886 2125887 llmg_0433 llmg_0434 rheB   TRUE 0.815 4.000 0.000 NA   0.358
 2125887 2125888 llmg_0434 llmg_0435   hexR TRUE 0.672 116.000 0.000 NA   0.975
 2125888 2125889 llmg_0435 llmg_0436 hexR   TRUE 0.796 -22.000 0.000 NA   NA
 2125889 2125890 llmg_0436 llmg_0437   ptcB FALSE 0.250 169.000 0.000 NA   NA
 2125890 2125891 llmg_0437 llmg_0438 ptcB ptcA TRUE 0.986 83.000 0.500 0.009 Y -0.066
 2125891 2125892 llmg_0438 llmg_0439 ptcA   FALSE 0.107 94.000 0.000 1.000 N -0.055
 2125892 2125893 llmg_0439 llmg_0440   ptcC FALSE 0.169 293.000 0.000 1.000 N 0.670
 2125893 2125894 llmg_0440 llmg_0441 ptcC bglA TRUE 0.841 90.000 0.000 1.000 Y 0.430
 2125894 2125895 llmg_0441 llmg_0442 bglA   FALSE 0.192 286.000 0.000 NA   0.411
 2125895 2125896 llmg_0442 llmg_tRNA_16   tRNA-Cys FALSE 0.273 159.000 0.000 NA   NA
 2125896 2125897 llmg_tRNA_16 llmg_0443 tRNA-Cys   TRUE 0.801 -46.000 0.000 NA   NA
 2125897 2125898 llmg_0443 llmg_0444   ligA TRUE 0.724 6.000 0.000 NA   NA
 2125898 2125899 llmg_0444 llmg_0445 ligA   TRUE 0.555 141.000 0.013 1.000 N 0.814
 2125899 2125900 llmg_0445 llmg_0446   msmK FALSE 0.106 220.000 0.000 1.000 N 0.387
 2125900 2125901 llmg_0446 llmg_0447 msmK nifJ FALSE 0.128 307.000 0.000 1.000 N 0.591
 2125901 2125902 llmg_0447 llmg_0448 nifJ   FALSE 0.317 175.000 0.009 NA   -0.603
 2125902 2125903 llmg_0448 llmg_0449     TRUE 0.982 -10.000 0.502 NA   -0.410
 2125903 2125904 llmg_0449 llmg_0450     TRUE 0.919 18.000 0.013 NA   0.915
 2125904 2125905 llmg_0450 llmg_0451   femD TRUE 0.872 45.000 0.150 NA   -0.297
 2125907 2125908 llmg_0453 llmg_0454     TRUE 0.967 141.000 0.188 0.009 Y 0.353
 2125908 2125909 llmg_0454 llmg_0455   trePP TRUE 0.896 67.000 0.038 1.000 Y -0.082
 2125909 2125910 llmg_0455 llmg_0456 trePP pgmB FALSE 0.298 153.000 0.000 1.000   -0.256
 2125912 2125913 llmg_0458 llmg_0459     TRUE 0.582 159.000 0.000 NA   0.701
 2125913 2125914 llmg_0459 llmg_0460     TRUE 0.948 -3.000 0.033 NA   0.898
 2125914 2125915 llmg_0460 llmg_0461   lytR TRUE 0.739 105.000 0.283 NA N -0.766
 2125915 2125916 llmg_0461 llmg_tRNA_17 lytR tRNA-Arg FALSE 0.220 184.000 0.000 NA   NA
 2125916 2125917 llmg_tRNA_17 llmg_0462 tRNA-Arg truA FALSE 0.319 144.000 0.000 NA   NA
 2125917 2125918 llmg_0462 llmg_0463 truA thiD2 TRUE 0.884 34.000 0.058 1.000 N 0.902
 2125918 2125919 llmg_0463 llmg_0464 thiD2   TRUE 0.968 40.000 0.276 NA   0.972
 2125919 2125920 llmg_0464 llmg_0465     TRUE 0.976 -19.000 0.149 NA   0.972
 2125920 2125921 llmg_0465 llmg_0466   aspC TRUE 0.917 1.000 0.000 NA   0.948
 2125921 2125922 llmg_0466 llmg_0467 aspC pyrG FALSE 0.045 277.000 0.000 1.000 N -0.756
 2125922 2125923 llmg_0467 llmg_0468 pyrG   TRUE 0.483 212.000 0.000 NA   0.805
 2125923 2125924 llmg_0468 llmg_0469     TRUE 0.781 -3.000 0.000 NA   -0.005
 2125924 2125925 llmg_0469 llmg_0470     FALSE 0.309 232.000 0.000 NA   0.546
 2125925 2125926 llmg_0470 llmg_0471     TRUE 0.753 7.000 0.000 NA   -0.377
 2125926 2125927 llmg_0471 llmg_0472     TRUE 0.894 8.000 0.000 NA   0.646
 2125927 2125928 llmg_0472 llmg_0473     FALSE 0.294 360.000 0.000 NA   0.842
 2125928 2125929 llmg_0473 llmg_0474     TRUE 0.918 4.000 0.000 NA   0.893
 2125929 2125930 llmg_0474 llmg_0475     TRUE 0.763 18.000 0.000 NA   -0.777
 2125931 2125932 llmg_0476 llmg_0477     FALSE 0.135 357.000 0.000 NA   0.329
 2125932 2125933 llmg_0477 llmg_0478   ntd TRUE 0.635 56.000 0.000 NA   0.307
 2125933 2125934 llmg_0478 llmg_0479 ntd   TRUE 0.933 -16.000 0.000 NA   0.990
 2125934 2125935 llmg_0479 llmg_0480   dukA TRUE 0.918 0.000 0.000 NA   0.959
 2125936 2125937 llmg_0481 llmg_0482     TRUE 0.819 53.000 0.000 NA   0.989
 2125937 2125938 llmg_0482 llmg_0483   dnaE TRUE 0.670 143.000 0.000 NA   0.825
 2125938 2125939 llmg_0483 llmg_0484 dnaE   TRUE 0.553 88.000 0.000 1.000 N 0.826
 2125939 2125940 llmg_0484 llmg_0485     TRUE 0.555 94.000 0.000 NA   0.503
 2125940 2125941 llmg_0485 llmg_0486     TRUE 0.820 -7.000 0.000 NA   -0.738
 2125941 2125942 llmg_0486 llmg_0487     TRUE 0.873 85.000 0.400 NA   -0.463
 2125942 2125943 llmg_0487 llmg_0488     TRUE 0.963 54.000 0.031 1.000 Y 0.874
 2125943 2125944 llmg_0488 llmg_0489     TRUE 0.979 176.000 0.677 0.043 Y -0.795
 2125944 2125945 llmg_0489 llmg_0490     TRUE 0.999 -19.000 0.825 0.043 Y 0.786
 2125947 2125948 llmg_0492 llmg_0493     TRUE 0.867 55.000 0.203 NA   -0.061
 2125948 2125949 llmg_0493 llmg_0494   nagZ TRUE 0.856 -3.000 0.000 1.000 N 0.961
 2125949 2125950 llmg_0494 llmg_0495 nagZ   TRUE 0.750 9.000 0.000 NA   -0.182
 2125950 2125951 llmg_0495 llmg_0496   hllA TRUE 0.791 105.000 0.156 NA   0.473
 2125953 2125954 llmg_0498 llmg_0499 ogt adaA TRUE 0.942 15.000 0.000 0.002 N 0.670
 2125954 2125955 llmg_0499 llmg_0500 adaA nhoA TRUE 0.848 12.000 0.000 1.000 N 0.757
 2125955 2125956 llmg_0500 llmg_0501 nhoA   FALSE 0.090 147.000 0.000 1.000 N -0.035
 2125956 2125957 llmg_0501 llmg_0502     TRUE 0.790 -3.000 0.000 NA   0.090
 2125957 2125958 llmg_0502 llmg_0503     TRUE 0.596 62.000 0.000 NA   0.278
 2125958 2125959 llmg_0503 llmg_0504     TRUE 0.929 -3.000 0.000 NA   0.812
 2125959 2125960 llmg_0504 llmg_0505   nifZ TRUE 0.503 109.000 0.000 NA   0.434
 2125960 2125961 llmg_0505 llmg_0506 nifZ   TRUE 0.486 151.000 0.000 NA N 0.905
 2125962 2125963 llmg_0507 llmg_0508     TRUE 0.652 192.000 0.000 1.000 Y 0.154
 2125965 2125966 llmg_0510 llmg_0511   ponA TRUE 0.905 1.000 0.000 1.000   0.695
 2125966 2125967 llmg_0511 llmg_0512 ponA recU TRUE 0.970 -13.000 0.319 1.000   0.012
 2125968 2125969 llmg_0513 llmg_0514     TRUE 0.648 145.000 0.000 NA   0.726
 2125969 2125970 llmg_0514 llmg_0515     TRUE 0.587 221.000 0.169 NA   0.446
 2125970 2125971 llmg_0515 llmg_0516   suhB TRUE 0.979 -16.000 0.337 NA   0.325
 2125971 2125972 llmg_0516 llmg_0517 suhB murA2 FALSE 0.148 95.000 0.000 1.000 N -0.647
 2125972 2125973 llmg_0517 llmg_0518 murA2   TRUE 0.904 0.000 0.110 NA   NA
 2125973 2125974 llmg_0518 llmg_0519   tig FALSE 0.233 177.000 0.000 NA   NA
 2125974 2125975 llmg_0519 llmg_rRNA_1 tig 16S_rRNA FALSE 0.080 404.000 0.000 NA   NA
 2125975 2125976 llmg_rRNA_1 llmg_tRNA_18 16S_rRNA tRNA-Ala FALSE 0.357 92.000 0.000 NA   NA
 2125976 2125977 llmg_tRNA_18 llmg_rRNA_2 tRNA-Ala 23S_rRNA FALSE 0.327 139.000 0.000 NA   NA
 2125977 3678315 llmg_rRNA_2 llmg_rRNA_2a 23S_rRNA   FALSE 0.374 83.000 0.000 NA   NA
 3678315 2125978 llmg_rRNA_2a llmg_tRNA_19   tRNA-Val TRUE 0.725 3.000 0.000 NA   NA
 2125978 2125979 llmg_tRNA_19 llmg_tRNA_20 tRNA-Val tRNA-Asp TRUE 0.660 30.000 0.000 NA   NA
 2125979 2125980 llmg_tRNA_20 llmg_tRNA_21 tRNA-Asp tRNA-Lys TRUE 0.700 18.000 0.000 NA   NA
 2125980 2125981 llmg_tRNA_21 llmg_tRNA_22 tRNA-Lys tRNA-Leu TRUE 0.728 10.000 0.000 NA   NA
 2125981 2125982 llmg_tRNA_22 llmg_tRNA_23 tRNA-Leu tRNA-Thr TRUE 0.718 14.000 0.000 NA   NA
 2125982 2125983 llmg_tRNA_23 llmg_tRNA_24 tRNA-Thr tRNA-Gly TRUE 0.673 26.000 0.000 NA   NA
 2125983 2125984 llmg_tRNA_24 llmg_tRNA_25 tRNA-Gly tRNA-Arg TRUE 0.629 39.000 0.000 NA   NA
 2125984 2125985 llmg_tRNA_25 llmg_tRNA_26 tRNA-Arg tRNA-Pro TRUE 0.724 6.000 0.000 NA   NA
 2125985 2125986 llmg_tRNA_26 llmg_tRNA_27 tRNA-Pro tRNA-Met TRUE 0.632 38.000 0.000 NA   NA
 2125986 2125987 llmg_tRNA_27 llmg_tRNA_28 tRNA-Met tRNA-Met TRUE 0.722 13.000 0.000 NA   NA
 2125987 2125988 llmg_tRNA_28 llmg_tRNA_29 tRNA-Met tRNA-Phe TRUE 0.726 8.000 0.000 NA   NA
 2125988 2125989 llmg_tRNA_29 llmg_tRNA_30 tRNA-Phe tRNA-Gly TRUE 0.729 11.000 0.000 NA   NA
 2125989 2125990 llmg_tRNA_30 llmg_tRNA_31 tRNA-Gly tRNA-Ile TRUE 0.673 26.000 0.000 NA   NA
 2125990 2125991 llmg_tRNA_31 llmg_tRNA_32 tRNA-Ile tRNA-Ser TRUE 0.613 43.000 0.000 NA   NA
 2125991 2125992 llmg_tRNA_32 llmg_0520 tRNA-Ser dnaG FALSE 0.215 186.000 0.000 NA   NA
 2125992 2125993 llmg_0520 llmg_0521 dnaG rpoD TRUE 0.801 77.000 0.209 1.000 N 0.582
 2125993 2125994 llmg_0521 llmg_0522 rpoD   TRUE 0.889 98.000 0.000 0.053 Y -0.431
 2125994 2125995 llmg_0522 llmg_0523   glpT FALSE 0.097 157.000 0.000 1.000 N -0.566
 2125995 2125996 llmg_0523 llmg_0524 glpT   TRUE 0.610 156.000 0.000 NA   0.726
 2125996 2125997 llmg_0524 llmg_0525     FALSE 0.468 72.000 0.000 NA   -0.071
 2125997 2125998 llmg_0525 llmg_0526     TRUE 0.774 10.000 0.000 NA   0.126
 2125998 2125999 llmg_0526 llmg_0527     FALSE 0.178 229.000 0.000 NA   0.019
 2125999 2126000 llmg_0527 llmg_0528   clpE TRUE 0.850 46.000 0.000 NA   0.966
 2126003 2126004 llmg_0531 llmg_0532     TRUE 0.709 16.000 0.000 NA   NA
 2126005 2126006 llmg_0533 llmg_0534 nudH uvrB TRUE 0.958 11.000 0.000 1.000 Y 0.347
 2126006 2126007 llmg_0534 llmg_0535 uvrB gltS FALSE 0.086 183.000 0.000 1.000 N 0.175
 2126007 2126008 llmg_0535 llmg_0536 gltS argE TRUE 0.945 15.000 0.000 1.000 Y -0.395
 2126011 2126012 llmg_0540 llmg_0541 oxaA2 pgmA FALSE 0.411 175.000 0.000 1.000   0.515
 2126012 2126013 llmg_0541 llmg_0542 pgmA   TRUE 0.491 95.000 0.000 NA   0.385
 2126013 2126014 llmg_0542 llmg_0543   dfpA TRUE 0.893 17.000 0.019 NA   0.580
 2126014 2126015 llmg_0543 llmg_0544 dfpA dfpB TRUE 0.942 -7.000 0.013 1.000   0.876
 2126015 2126016 llmg_0544 llmg_0546 dfpB xylH FALSE 0.320 147.000 0.000 1.000   -0.180
 2126017 2126018 llmg_0547 llmg_0548 ctpE   TRUE 0.651 32.000 0.000 NA   NA
 2126019 2126020 llmg_0549 llmg_0550 tnp981   TRUE 0.880 12.000 0.000 0.088   NA
 2126021 2126022 llmg_0551 llmg_0552     TRUE 0.650 149.000 0.000 NA   0.851
 2126022 2126023 llmg_0552 llmg_0553     FALSE 0.185 222.000 0.000 NA   -0.417
 2126025 2126026 llmg_0555 llmg_0556 tdk   TRUE 0.779 11.000 0.000 NA   0.153
 2126026 2126027 llmg_0556 llmg_0557   prfA TRUE 0.908 18.000 0.000 NA   0.909
 2126027 2126028 llmg_0557 llmg_0558 prfA   TRUE 0.924 0.000 0.000 NA   0.855
 2126028 2126029 llmg_0558 llmg_0559     TRUE 0.779 70.000 0.000 NA   0.878
 2126029 2126030 llmg_0559 llmg_0560   hemK FALSE 0.437 105.000 0.000 1.000 N 0.647
 2126030 2126031 llmg_0560 llmg_0561 hemK   TRUE 0.771 34.000 0.000 1.000   0.437
 2126031 2126032 llmg_0561 llmg_0562     TRUE 0.929 -3.000 0.000 NA   0.796
 2126032 2126033 llmg_0562 llmg_0563   glyA FALSE 0.082 233.000 0.015 NA N -0.372
 2126033 2126034 llmg_0563 llmg_0564 glyA   FALSE 0.069 181.000 0.000 NA N -0.153
 2126034 2126035 llmg_0564 llmg_0565   serC FALSE 0.405 127.000 0.000 NA N 0.591
 2126035 2126036 llmg_0565 llmg_0566 serC serA TRUE 0.995 -3.000 0.238 1.000 Y 0.869
 2126036 2126037 llmg_0566 llmg_0567 serA serB TRUE 0.962 46.000 0.003 1.000 Y 0.934
 2126041 2126042 llmg_0572 llmg_0573     TRUE 0.913 14.000 0.000 1.000   0.785
 2126043 2126044 llmg_0574 llmg_pseudo_10 fld   FALSE 0.305 148.000 0.000 NA   NA
 2126045 2126046 llmg_0576 llmg_0577   pepM FALSE 0.137 280.000 0.000 1.000 N 0.581
 2126046 2126047 llmg_0577 llmg_0578 pepM   TRUE 0.983 20.000 0.373 1.000   0.915
 2126049 2126050 llmg_0581 llmg_0582   ptsK FALSE 0.422 133.000 0.000 NA   0.251
 2126050 2126051 llmg_0582 llmg_0583 ptsK lgt TRUE 0.810 62.000 0.064 1.000 N 0.850
 2126051 2126052 llmg_0583 llmg_0584 lgt   TRUE 0.562 167.000 0.079 NA   0.303
 2126052 2126053 llmg_0584 llmg_0585     TRUE 0.889 30.000 0.000 NA   0.943
 2126053 2126054 llmg_0585 llmg_0586   gnd FALSE 0.472 134.000 0.000 NA   0.390
 2126054 2126055 llmg_0586 llmg_pseudo_11 gnd kupA FALSE 0.224 182.000 0.000 NA   NA
 2126055 2126056 llmg_pseudo_11 llmg_0588 kupA kupB FALSE 0.174 215.000 0.000 NA   NA
 2126058 2126059 llmg_0590 llmg_0591   miaA FALSE 0.370 131.000 0.000 NA   -0.045
 2126059 2126060 llmg_0591 llmg_0592 miaA   TRUE 0.484 146.000 0.000 NA   0.463
 2126060 2126061 llmg_0592 llmg_0593     TRUE 0.554 165.000 0.000 NA   0.686
 2126061 2126062 llmg_0593 llmg_tRNA_33   tRNA-Arg FALSE 0.349 97.000 0.000 NA   NA
 2126063 2126064 llmg_0594 llmg_0595 ps201 ps202 FALSE 0.445 221.000 0.000 NA   0.743
 2126064 2126065 llmg_0595 llmg_0596 ps202 ps203 FALSE 0.134 276.000 0.000 NA   -0.105
 2126065 2126066 llmg_0596 llmg_0597 ps203 ps204 TRUE 0.493 68.000 0.000 NA   -0.293
 2126066 2126067 llmg_0597 llmg_0598 ps204 ps205 FALSE 0.170 237.000 0.000 NA   -0.466
 2126068 2126069 llmg_0599 llmg_0600     TRUE 0.823 -82.000 0.000 NA   -0.128
 2126070 2126071 llmg_0601 llmg_0602     TRUE 0.878 13.000 0.000 NA   0.589
 2126071 2126072 llmg_0602 llmg_0603     FALSE 0.305 345.000 0.000 NA   0.861
 2126073 2126074 llmg_tRNA_34 llmg_0604 tRNA-Lys   FALSE 0.339 129.000 0.000 NA   NA
 2126074 2126075 llmg_0604 llmg_0605     TRUE 0.971 -55.000 0.074 1.000   0.842
 2126075 2126076 llmg_0605 llmg_0606   recJ TRUE 0.615 173.000 0.016 1.000   0.922
 2126076 2126077 llmg_0606 llmg_0607 recJ apt TRUE 0.762 124.000 0.128 1.000 N 0.789
 2126077 2126078 llmg_0607 llmg_0608 apt rpoE FALSE 0.076 216.000 0.000 1.000 N -0.854
 2126078 2126079 llmg_0608 llmg_0609 rpoE pabC TRUE 0.656 139.000 0.000 NA   0.721
 2126079 2126080 llmg_0609 llmg_0610 pabC greA TRUE 0.756 61.000 0.079 NA   -0.397
 2126080 2126081 llmg_0610 llmg_0611 greA   TRUE 0.736 92.000 0.000 0.087 N 0.823
 2126081 2126082 llmg_0611 llmg_pseudo_12   tnp1077 FALSE 0.197 196.000 0.000 NA   NA
 2126082 2126083 llmg_pseudo_12 llmg_0612 tnp1077   FALSE 0.434 72.000 0.000 NA   NA
 2126083 2126084 llmg_0612 llmg_0613     TRUE 0.872 96.000 0.000 0.087 Y NA
 2126084 2126085 llmg_0613 llmg_0614   ctsR FALSE 0.029 231.000 0.000 NA N NA
 2126085 2126086 llmg_0614 llmg_0615 ctsR clpC TRUE 0.926 -10.000 0.188 NA N -0.831
 2126086 2126087 llmg_0615 llmg_0616 clpC yfiA FALSE 0.183 135.000 0.000 NA N -0.852
 2126087 2126088 llmg_0616 llmg_0617 yfiA enoA FALSE 0.379 188.000 0.000 NA N 0.849
 2126088 2126089 llmg_0617 llmg_0618 enoA xerD FALSE 0.206 89.000 0.003 1.000 N 0.260
 2126089 2126090 llmg_0618 llmg_0619 xerD   FALSE 0.373 127.000 0.000 NA   -0.077
 2126091 2126092 llmg_pseudo_13 llmg_0621 tnpIS-LL6 tnp981 FALSE 0.157 226.000 0.000 NA   NA
 2126092 2126093 llmg_0621 llmg_0622 tnp981   TRUE 0.881 12.000 0.000 0.087   NA
 2126094 2126095 llmg_0623 llmg_pseudo_14 abiP   FALSE 0.103 314.000 0.000 NA   NA
 2126096 2126097 llmg_0624 llmg_0625     TRUE 0.967 2.000 0.667 1.000 N -0.342
 2126097 2126098 llmg_0625 llmg_0626     TRUE 0.526 12.000 0.000 1.000 N -0.897
 2126098 2126099 llmg_0626 llmg_0627   fadD FALSE 0.127 190.000 0.000 1.000 N 0.367
 2126100 2126101 llmg_0628 llmg_0629   pfl FALSE 0.030 260.000 0.000 1.000 N -0.096
 2126101 2126102 llmg_0629 llmg_0630 pfl coaE FALSE 0.421 129.000 0.000 1.000 N 0.631
 2126102 2126103 llmg_0630 llmg_0631 coaE pmrA TRUE 0.872 3.000 0.007 1.000   0.540
 2126103 2126104 llmg_0631 llmg_0632 pmrA rpmGA TRUE 0.779 -3.000 0.012 1.000   NA
 2126104 2126105 llmg_0632 llmg_0633 rpmGA ftsW1 FALSE 0.011 377.000 0.000 1.000 N NA
 2126105 2126106 llmg_0633 llmg_0634 ftsW1 pycA TRUE 0.604 105.000 0.035 1.000 N 0.974
 2126106 2126107 llmg_0634 llmg_0635 pycA gltA TRUE 0.791 126.000 0.000 1.000 Y 0.121
 2126107 2126108 llmg_0635 llmg_0636 gltA citB TRUE 0.961 -3.000 0.000 1.000 Y 0.275
 2126108 2126109 llmg_0636 llmg_0637 citB icd TRUE 0.952 20.000 0.004 1.000 Y 0.361
 2126111 2126112 llmg_0639 llmg_0640   trmA FALSE 0.396 171.000 0.000 NA   0.453
 2126113 2126114 llmg_0641 llmg_0642     FALSE 0.349 97.000 0.000 NA   NA
 2126115 2126116 llmg_0643 llmg_0644 pacL   FALSE 0.072 518.000 0.000 1.000   -0.150
 2126116 2126117 llmg_0644 llmg_0645     TRUE 0.929 18.000 0.000 0.002   -0.757
 2126117 2126118 llmg_0645 llmg_0646   icaA TRUE 0.747 5.000 0.000 1.000   -0.487
 2126119 2126120 llmg_0647 llmg_0648 tnp981   TRUE 0.882 12.000 0.000 0.086   NA
 2126122 2126123 llmg_0650 llmg_0651 brnQ   FALSE 0.366 216.000 0.000 1.000   0.605
 2126123 2126124 llmg_0651 llmg_0652     FALSE 0.239 168.000 0.000 1.000   NA
 2126124 2126125 llmg_0652 llmg_0653     FALSE 0.327 234.000 0.000 0.086   NA
 2126125 2126126 llmg_0653 llmg_0654   tnpIS-LL6 TRUE 0.581 136.000 0.000 0.086   NA
 2126126 2126127 llmg_0654 llmg_0655 tnpIS-LL6   TRUE 0.821 162.000 0.000 0.086 Y NA
 2126127 2126128 llmg_0655 llmg_0656   tnp982 TRUE 0.664 95.000 0.000 0.021   NA
 2126129 2126130 llmg_0658 llmg_0659 hsdR hsdM TRUE 0.986 -18.000 0.039 0.086 Y -0.363
 2126130 2126131 llmg_0659 llmg_0660 hsdM hsdS TRUE 0.995 -34.000 0.072 0.086 Y 0.658
 2126131 2126132 llmg_0660 llmg_0661 hsdS   FALSE 0.371 186.000 0.000 1.000 N 0.909
 2126132 2126133 llmg_0661 llmg_pseudo_15   tnp905 FALSE 0.070 494.000 0.000 NA   NA
 2126133 2126134 llmg_pseudo_15 llmg_0663 tnp905 pcp FALSE 0.149 233.000 0.000 NA   NA
 2126136 2126137 llmg_pseudo_16 llmg_0666 tnp982 oxlT FALSE 0.345 110.000 0.000 NA   NA
 2126137 2126138 llmg_0666 llmg_0668 oxlT   FALSE 0.056 828.000 0.000 1.000   NA
 2126139 2126140 llmg_0669 llmg_0670     TRUE 0.564 51.000 0.000 NA   NA
 2126140 2126141 llmg_0670 llmg_0671     TRUE 0.752 -3.000 0.000 NA   NA
 2126141 2126142 llmg_0671 llmg_pseudo_17   repB FALSE 0.331 137.000 0.000 NA   NA
 2126144 2126145 llmg_0673 llmg_0674   tnp1297 FALSE 0.321 277.000 0.000 NA   0.681
 2126149 2126150 llmg_pseudo_18 llmg_0678     TRUE 0.728 12.000 0.000 NA   NA
 2126151 2126152 llmg_0679 llmg_0680     TRUE 0.557 52.000 0.000 NA   NA
 2126152 2126153 llmg_0680 llmg_0681     FALSE 0.309 147.000 0.000 NA   NA
 2126153 2126154 llmg_0681 llmg_0682   tnp712 FALSE 0.131 249.000 0.000 1.000   NA
 2126154 2126155 llmg_0682 llmg_0683 tnp712   TRUE 0.945 12.000 0.000 1.000 Y NA
 2126155 2126156 llmg_0683 llmg_pseudo_19     FALSE 0.370 84.000 0.000 NA   NA
 2126156 2126157 llmg_pseudo_19 llmg_0684   tnp981 TRUE 0.728 12.000 0.000 NA   NA
 2126157 2126158 llmg_0684 llmg_0685 tnp981   FALSE 0.063 688.000 0.000 NA   NA
 2126158 2126159 llmg_0685 llmg_0686     FALSE 0.079 407.000 0.000 NA   NA
 2126159 2126160 llmg_0686 llmg_0687     FALSE 0.160 584.000 0.000 NA   0.577
 2126160 2126161 llmg_0687 llmg_0688     TRUE 0.901 7.000 0.000 NA   0.674
 2126161 2126162 llmg_0688 llmg_0689     TRUE 0.564 51.000 0.000 NA   NA
 2126162 2126163 llmg_0689 llmg_0690     FALSE 0.425 73.000 0.000 NA   NA
 2126163 2126164 llmg_0690 llmg_0691     FALSE 0.085 386.000 0.000 NA   NA
 2126164 2126165 llmg_0691 llmg_0692     FALSE 0.162 222.000 0.000 NA   NA
 2126165 2126166 llmg_0692 llmg_0693     TRUE 0.648 46.000 0.000 1.000   -0.697
 2126166 2126167 llmg_0693 llmg_0694   flpB TRUE 0.914 86.000 0.333 1.000   0.646
 2126167 2126168 llmg_0694 llmg_0695 flpB   FALSE 0.114 326.000 0.000 NA   0.010
 2126170 2126171 llmg_0697 llmg_0698 oppD oppF TRUE 0.995 -3.000 0.477 0.003   0.995
 2126171 2126172 llmg_0698 llmg_0699 oppF oppB TRUE 0.994 -19.000 0.727 1.000   0.971
 2126172 2126173 llmg_0699 llmg_0700 oppB oppC TRUE 0.999 10.000 0.727 0.041 Y 0.977
 2126173 2126174 llmg_0700 llmg_0701 oppC oppA TRUE 0.945 110.000 0.000 0.041 Y 0.987
 2126174 2126175 llmg_0701 llmg_0702 oppA pepO TRUE 0.527 125.000 0.000 1.000 N 0.773
 2126175 2126176 llmg_0702 llmg_0703 pepO tnp1675 FALSE 0.140 303.000 0.000 1.000   -0.829
 2126176 2126177 llmg_0703 llmg_0704 tnp1675   FALSE 0.082 428.000 0.000 1.000   -0.038
 2126177 2126178 llmg_0704 llmg_0705     TRUE 0.845 -7.000 0.000 NA   0.342
 2126178 2126179 llmg_0705 llmg_0706     FALSE 0.164 409.000 0.000 NA   0.506
 2126180 2126181 llmg_0707 llmg_0708     TRUE 0.985 -22.000 0.226 NA   0.835
 2126182 2126183 llmg_0709 llmg_0710     TRUE 0.953 -3.000 0.111 NA   0.569
 2126183 2126184 llmg_0710 llmg_0711   tnpR FALSE 0.397 235.000 0.000 NA   0.712
 2126185 2126186 llmg_0712 llmg_0713     TRUE 0.751 13.000 0.000 NA   -0.032
 2126186 2126187 llmg_0713 llmg_0714   tnp981 FALSE 0.349 97.000 0.000 NA   NA
 2126187 2126188 llmg_0714 llmg_pseudo_20 tnp981   TRUE 0.728 12.000 0.000 NA   NA
 2126189 2126190 llmg_0715 llmg_0716     FALSE 0.445 219.000 0.000 NA   0.953
 2126191 2126192 llmg_0717 llmg_pseudo_21 tnp946 tnp712 TRUE 0.651 32.000 0.000 NA   NA
 2126193 2126194 llmg_0718 llmg_0719     TRUE 0.922 -7.000 0.000 1.000   0.702
 2126194 2126195 llmg_0719 llmg_0720     TRUE 0.619 37.000 0.000 1.000   NA
 2126195 2126196 llmg_0720 llmg_0721   tnp981 TRUE 0.883 12.000 0.000 0.085   NA
 2126197 2126198 llmg_0722 llmg_0724 serS   FALSE 0.107 399.000 0.003 NA   -0.622
 2126200 2126201 llmg_0726 llmg_0727   ptnD TRUE 0.897 143.000 0.583 NA   0.215
 2126201 2126202 llmg_0727 llmg_0728 ptnD ptnC TRUE 0.998 19.000 0.812 0.012 Y 0.361
 2126202 2126203 llmg_0728 llmg_0729 ptnC ptnAB TRUE 0.997 79.000 0.943 0.008 Y 0.925
 2126203 2126204 llmg_0729 llmg_0730 ptnAB fer FALSE 0.028 270.000 0.000 1.000 N -0.153
 2126205 2126206 llmg_0731 llmg_0732   cmk TRUE 0.649 120.000 0.000 1.000   0.690
 2126206 2126207 llmg_0732 llmg_0733 cmk   FALSE 0.451 80.000 0.000 NA N 0.590
 2126207 2126208 llmg_0733 llmg_0734     FALSE 0.204 239.000 0.000 NA N 0.632
 2126211 2126212 llmg_0737 llmg_0738 malG malF TRUE 0.998 6.000 0.793 0.041 Y -0.636
 2126212 2126213 llmg_0738 llmg_0739 malF malE TRUE 0.995 79.000 0.690 0.041 Y 0.811
 2126214 2126215 llmg_0740 llmg_0741 dexC dexA TRUE 0.695 315.000 0.000 0.012 Y 0.270
 2126215 2126216 llmg_0741 llmg_0742 dexA maa TRUE 0.697 27.000 0.000 1.000   0.067
 2126216 2126217 llmg_0742 llmg_0743 maa amyY TRUE 0.811 -10.000 0.000 1.000   0.143
 2126217 2126218 llmg_0743 llmg_0744 amyY agl TRUE 0.971 43.000 0.000 0.012 Y 0.350
 2126218 2126219 llmg_0744 llmg_0745 agl mapA TRUE 0.988 23.000 0.000 0.029 Y 0.780
 2126219 2126220 llmg_0745 llmg_0746 mapA malR FALSE 0.092 152.000 0.000 1.000 N -0.469
 2126220 2126221 llmg_0746 llmg_0747 malR llrF TRUE 0.896 178.000 0.000 0.062 Y 0.659
 2126221 2126222 llmg_0747 llmg_0748 llrF kinF TRUE 0.966 216.000 0.606 1.000 Y 0.801
 2126222 2126223 llmg_0748 llmg_0749 kinF dxsB FALSE 0.462 149.000 0.000 1.000 N 0.957
 2126223 2126224 llmg_0749 llmg_0750 dxsB   FALSE 0.349 120.000 0.000 NA   NA
 2126224 2126225 llmg_0750 llmg_0751   ascB FALSE 0.350 119.000 0.000 NA   NA
 2126225 2126226 llmg_0751 llmg_0752 ascB pip FALSE 0.220 261.000 0.000 NA   0.422
 2126226 2126227 llmg_0752 llmg_0753 pip ubiE FALSE 0.397 99.000 0.000 NA   0.104
 2126227 2126228 llmg_0753 llmg_0754 ubiE   TRUE 0.878 37.000 0.000 1.000   0.865
 2126228 2126229 llmg_0754 llmg_0755     TRUE 0.786 68.000 0.000 NA   0.797
 2126229 2126230 llmg_0755 llmg_0756     TRUE 0.929 -3.000 0.000 NA   0.872
 2126230 2126231 llmg_0756 llmg_0757     TRUE 0.779 -10.000 0.000 NA   NA
 2126231 2126232 llmg_0757 llmg_0758   eriC FALSE 0.250 169.000 0.000 NA   NA
 2126235 2126236 llmg_tRNA_35 llmg_0761 tRNA-Arg   TRUE 0.516 58.000 0.000 NA   NA
 2126237 2126238 llmg_0762 llmg_0763 udk pta FALSE 0.055 216.000 0.000 1.000 N -0.571
 2126238 2126239 llmg_0763 llmg_0764 pta   FALSE 0.361 138.000 0.000 NA   -0.075
 2126241 2126242 llmg_0766 llmg_0767 ftsK   TRUE 0.870 -3.000 0.000 NA   0.491
 2126242 2126243 llmg_0767 llmg_0768   holA TRUE 0.920 2.000 0.000 NA   0.883
 2126243 2126244 llmg_0768 llmg_0769 holA   TRUE 0.581 57.000 0.000 NA   -0.593
 2126244 2126245 llmg_0769 llmg_0771     FALSE 0.171 636.000 0.000 NA   0.618
 2126245 2126246 llmg_0771 llmg_0772     FALSE 0.382 182.000 0.029 NA   -0.869
 2126248 2126249 llmg_0775 llmg_0776 ccpA trxB2 FALSE 0.101 134.000 0.000 1.000 N -0.026
 2126249 2126250 llmg_0776 llmg_0777 trxB2   FALSE 0.142 298.000 0.000 1.000   0.230
 2126250 2126251 llmg_0777 llmg_0778   mutS TRUE 0.880 44.000 0.070 1.000   0.519
 2126251 2126252 llmg_0778 llmg_0779 mutS trxA FALSE 0.098 97.000 0.000 1.000 N -0.252
 2126252 2126253 llmg_0779 llmg_0781 trxA   FALSE 0.158 243.000 0.000 NA   -0.198
 2126253 2126254 llmg_0781 llmg_tRNA_36   tRNA-Gln FALSE 0.341 105.000 0.000 NA   NA
 2126254 2126255 llmg_tRNA_36 llmg_0782 tRNA-Gln aroD FALSE 0.349 97.000 0.000 NA   NA
 2126255 2126256 llmg_0782 llmg_0783 aroD purB FALSE 0.056 215.000 0.000 1.000 N -0.574
 2126256 2126257 llmg_0783 llmg_0784 purB rbsR FALSE 0.230 135.000 0.000 1.000 N 0.387
 2126257 2126258 llmg_0784 llmg_0785 rbsR rbsK TRUE 0.929 11.000 0.281 1.000 N 0.098
 2126258 2126259 llmg_0785 llmg_0786 rbsK rbsD TRUE 0.983 5.000 0.183 1.000 Y 0.128
 2126259 2126260 llmg_0786 llmg_0787 rbsD rbsD TRUE 0.981 31.000 0.243 1.000 Y -0.391
 2126260 2126261 llmg_0787 llmg_0788 rbsD rbsC TRUE 0.995 -3.000 0.358 1.000 Y 0.584
 2126261 2126262 llmg_0788 llmg_0789 rbsC rbsB TRUE 0.996 12.000 0.847 NA Y 0.138
 2126263 2126264 llmg_0790 llmg_0791 ps301 ps302 TRUE 0.492 126.000 0.000 NA   0.418
 2126264 2126265 llmg_0791 llmg_0792 ps302 ps303 TRUE 0.824 57.000 0.000 NA   0.804
 2126265 2126266 llmg_0792 llmg_0793 ps303 ps304 TRUE 0.923 -3.000 0.000 NA   0.963
 2126266 2126267 llmg_0793 llmg_0794 ps304 ps305 FALSE 0.108 402.000 0.000 NA   -0.759
 2126268 2126269 llmg_0795 llmg_0796 ps306 ps307 TRUE 0.912 15.000 0.000 NA   0.760
 2126269 2126270 llmg_0796 llmg_0797 ps307 ps308 TRUE 0.918 10.000 0.000 NA   0.931
 2126270 2126271 llmg_0797 llmg_0798 ps308 ps309 TRUE 0.722 13.000 0.000 NA   NA
 2126271 2126272 llmg_0798 llmg_0800 ps309 ps310 FALSE 0.284 154.000 0.000 NA   NA
 2126274 2126275 llmg_0802 llmg_0803 ps312 ps313 TRUE 0.808 -3.000 0.000 NA   -0.773
 2126275 2126276 llmg_0803 llmg_0804 ps313 ps314 TRUE 0.550 105.000 0.000 NA   0.517
 2126276 2126277 llmg_0804 llmg_0805 ps314 ps315 TRUE 0.756 9.000 0.000 NA   -0.402
 2126277 2126278 llmg_0805 llmg_0806 ps315 ps316 TRUE 0.779 0.000 0.000 NA   -0.565
 2126278 2126279 llmg_0806 llmg_0807 ps316 ps317 FALSE 0.420 136.000 0.000 NA   -0.876
 2126279 2126280 llmg_0807 llmg_0808 ps317 ps318 TRUE 0.752 10.000 0.000 NA   -0.278
 2126280 2126281 llmg_0808 llmg_0810 ps318 ps319 TRUE 0.927 -3.000 0.000 NA   0.764
 2126281 2126282 llmg_0810 llmg_0811 ps319 ps320 TRUE 0.842 -76.000 0.000 NA   -0.628
 2126282 2126283 llmg_0811 llmg_0812 ps320 ps321 TRUE 0.756 1.000 0.000 NA   -0.272
 2126283 2126284 llmg_0812 llmg_0813 ps321 ps322 FALSE 0.376 106.000 0.000 NA   -0.376
 2126284 2126285 llmg_0813 llmg_0814 ps322 ps323 TRUE 0.753 14.000 0.000 NA   -0.466
 2126285 2126286 llmg_0814 llmg_0815 ps323 ps324 TRUE 0.933 -7.000 0.000 NA   0.931
 2126286 2126287 llmg_0815 llmg_0816 ps324 ps325 TRUE 0.752 -3.000 0.000 NA   NA
 2126287 2126288 llmg_0816 llmg_0817 ps325 ps326 TRUE 0.725 3.000 0.000 NA   NA
 2126288 2126289 llmg_0817 llmg_0818 ps326 ps327 TRUE 0.775 -3.000 0.000 NA   -0.279
 2126289 2126290 llmg_0818 llmg_0819 ps327 ps328 FALSE 0.385 80.000 0.000 NA   NA
 2126290 2126291 llmg_0819 llmg_0820 ps328 ps329 TRUE 0.752 -3.000 0.000 NA   NA
 2126291 2126292 llmg_0820 llmg_0821 ps329 ps330 FALSE 0.090 355.000 0.000 NA   NA
 2126292 2126293 llmg_0821 llmg_0822 ps330 tnp712 FALSE 0.233 177.000 0.000 NA   NA
 2126293 2126294 llmg_0822 llmg_0823 tnp712   TRUE 0.945 12.000 0.000 1.000 Y NA
 2126294 2126295 llmg_0823 llmg_0824   ps333 FALSE 0.375 381.000 0.000 1.000 Y NA
 2126295 2126296 llmg_0824 llmg_0825 ps333 ps334 TRUE 0.957 -10.000 0.000 0.002   0.350
 2126296 2126297 llmg_0825 llmg_0826 ps334 ps335 TRUE 0.943 10.000 0.200 NA   -0.641
 2126297 2126298 llmg_0826 llmg_0830 ps335 ps336 FALSE 0.281 390.000 0.000 NA   0.869
 2126298 2126299 llmg_0830 llmg_0831 ps336 ps337 TRUE 0.808 6.000 0.009 NA   0.221
 2126299 2126300 llmg_0831 llmg_0832 ps337 ps338 TRUE 0.888 33.000 0.000 NA   0.838
 2126300 2126301 llmg_0832 llmg_0833 ps338 ps339 TRUE 0.539 60.000 0.000 NA   -0.315
 2126303 2126304 llmg_0835 llmg_0836 ps341 ps342 TRUE 0.919 12.000 0.000 NA   0.773
 2126304 2126305 llmg_0836 llmg_0837 ps342 ps343 TRUE 0.812 21.000 0.000 NA   0.449
 2126305 2126306 llmg_0837 llmg_0838 ps343 ps344 TRUE 0.962 -19.000 0.214 NA   0.160
 2126306 2126307 llmg_0838 llmg_0839 ps344 ps345 TRUE 0.883 -16.000 0.000 NA   0.457
 2126307 2126308 llmg_0839 llmg_0840 ps345 ps346 TRUE 0.868 0.000 0.000 NA   0.512
 2126308 2126309 llmg_0840 llmg_0841 ps346 ps347 TRUE 0.972 13.000 0.400 NA   0.293
 2126309 2126310 llmg_0841 llmg_0842 ps347 ps348 TRUE 0.966 77.000 0.800 NA   0.628
 2126310 2126311 llmg_0842 llmg_0843 ps348 ps349 TRUE 0.892 87.000 0.500 NA   -0.273
 2126311 2126312 llmg_0843 llmg_0844 ps349 ps350 TRUE 0.776 32.000 0.000 NA   0.417
 2126312 2126313 llmg_0844 llmg_0845 ps350 ps351 TRUE 0.788 12.000 0.000 NA   0.211
 2126313 2126314 llmg_0845 llmg_0846 ps351 ps352 TRUE 0.945 12.000 0.222 NA   -0.010
 2126314 2126315 llmg_0846 llmg_0848 ps352 ps353 FALSE 0.381 134.000 0.000 NA   -0.525
 2126315 2126316 llmg_0848 llmg_0849 ps353 ps354 TRUE 0.635 81.000 0.000 NA   0.595
 2126316 2126317 llmg_0849 llmg_0850 ps354 ps355 TRUE 0.853 -13.000 0.000 NA   0.318
 2126317 2126318 llmg_0850 llmg_0851 ps355 ps356 TRUE 0.774 -3.000 0.000 NA   -0.209
 2126318 2126319 llmg_0851 llmg_0852 ps356 ps357 FALSE 0.263 182.000 0.000 NA N 0.571
 2126319 2126320 llmg_0852 llmg_0853 ps357 ps358 FALSE 0.204 191.000 0.000 NA   NA
 2126320 2126321 llmg_0853 llmg_0854 ps358   FALSE 0.070 505.000 0.000 NA   NA
 2126321 2126322 llmg_0854 llmg_0855     TRUE 0.779 5.000 0.000 NA   0.181
 2126322 2126323 llmg_0855 llmg_0856     FALSE 0.137 360.000 0.000 NA   0.345
 2126325 2126326 llmg_0858 llmg_0859 uxuB uxuA TRUE 0.955 106.000 0.312 1.000 Y 0.377
 2126326 2126327 llmg_0859 llmg_0860 uxuA uxuT TRUE 0.774 185.000 0.000 NA Y 0.570
 2126327 2126328 llmg_0860 llmg_0861 uxuT   TRUE 0.879 60.000 0.000 NA Y -0.068
 2126328 2126329 llmg_0861 llmg_0862   uxaC TRUE 0.949 13.000 0.000 1.000 Y -0.542
 2126329 2126330 llmg_0862 llmg_pseudo_23 uxaC kdgK TRUE 0.752 -3.000 0.000 NA   NA
 2126330 2126331 llmg_pseudo_23 llmg_0864 kdgK kdgA TRUE 0.725 3.000 0.000 NA   NA
 2126331 2126332 llmg_0864 llmg_0865 kdgA   FALSE 0.099 175.000 0.000 1.000 N 0.200
 2126332 2126333 llmg_0865 llmg_0866     TRUE 0.956 2.000 0.156 0.009 N 0.126
 2126333 2126334 llmg_0866 llmg_0867     TRUE 0.916 53.000 0.091 0.012   -0.025
 2126334 2126335 llmg_0867 llmg_0868   tkt FALSE 0.311 168.000 0.000 1.000   0.224
 2126335 2126336 llmg_0868 llmg_0869 tkt   FALSE 0.327 168.000 0.000 NA   -0.832
 2126336 2126337 llmg_0869 llmg_0870     FALSE 0.109 349.000 0.000 NA   -0.503
 2126337 2126338 llmg_0870 llmg_0871   asd FALSE 0.099 96.000 0.000 1.000 N -0.257
 2126338 2126339 llmg_0871 llmg_0872 asd   FALSE 0.368 1.000 0.000 1.000 N -0.074
 2126339 2126340 llmg_0872 llmg_0873     TRUE 0.955 -13.000 0.000 0.022 N 0.723
 2126340 2126341 llmg_0873 llmg_0874   dapA FALSE 0.030 329.000 0.000 1.000 N -0.589
 2126343 2126344 llmg_0876 llmg_0877     TRUE 0.613 49.000 0.000 NA   -0.403
 2126344 2126345 llmg_0877 llmg_0878   ffh TRUE 0.700 79.000 0.000 NA   0.995
 2126346 2126347 llmg_0879 llmg_0880 speG   TRUE 0.485 85.000 0.000 1.000   0.370
 2126348 2126349 llmg_0881 llmg_0882 azlC   TRUE 0.980 -13.000 0.338 NA   0.423
 2126349 2126350 llmg_0882 llmg_0883     FALSE 0.350 117.000 0.000 NA   NA
 2126350 2126351 llmg_0883 llmg_0884     TRUE 0.886 -3.000 0.069 NA   NA
 2126351 2126352 llmg_0884 llmg_0885   proB TRUE 0.483 161.000 0.000 NA   0.550
 2126352 2126353 llmg_0885 llmg_0886 proB proA TRUE 0.987 108.000 0.281 0.002 Y 0.641
 2126354 2126355 llmg_0887 llmg_0888   rarA TRUE 0.847 -10.000 0.000 1.000 N 0.661
 2126356 2126357 llmg_0889 llmg_0890   pyrR FALSE 0.219 276.000 0.000 1.000   0.482
 2126357 2126358 llmg_0890 llmg_0891 pyrR pyrP TRUE 0.954 100.000 0.140 1.000 Y 0.906
 2126358 2126359 llmg_0891 llmg_0893 pyrP pyrB TRUE 0.823 249.000 0.064 1.000 Y 0.773
 2126359 2126360 llmg_0893 llmg_0894 pyrB carA TRUE 0.918 88.000 0.014 1.000 Y 0.918
 2126361 2126362 llmg_0895 llmg_0896     TRUE 0.684 98.000 0.000 NA   0.946
 2126362 2126363 llmg_0896 llmg_0897     TRUE 0.777 69.000 0.000 NA   0.935
 2126364 2126365 llmg_0898 llmg_0899     FALSE 0.414 82.000 0.000 NA   -0.381
 2126365 2126366 llmg_0899 llmg_0900   ymbI FALSE 0.350 118.000 0.000 NA   NA
 2126366 2126367 llmg_0900 llmg_0901 ymbI tnp981 TRUE 0.883 12.000 0.000 0.082   NA
 2126367 2126368 llmg_0901 llmg_tRNA_37 tnp981 tRNA-Ser FALSE 0.073 459.000 0.000 NA   NA
 2126368 2126369 llmg_tRNA_37 llmg_0902 tRNA-Ser arsC FALSE 0.198 195.000 0.000 NA   NA
 2126369 2126370 llmg_0902 llmg_0903 arsC   FALSE 0.453 112.000 0.000 1.000   0.349
 2126370 2126371 llmg_0903 llmg_0904     TRUE 0.601 93.000 0.000 NA   0.582
 2126371 2126372 llmg_0904 llmg_0905     FALSE 0.146 237.000 0.000 NA   NA
 2126372 2126373 llmg_0905 llmg_0906   rpmE FALSE 0.099 324.000 0.000 NA   NA
 2126373 2126374 llmg_0906 llmg_0907 rpmE   TRUE 0.615 133.000 0.000 NA   0.645
 2126374 2126375 llmg_0907 llmg_0908   llrA TRUE 0.664 156.000 0.014 NA   0.881
 2126375 2126376 llmg_0908 llmg_0909 llrA kinA TRUE 0.997 -13.000 0.438 0.072 Y 0.060
 2126376 2126377 llmg_0909 llmg_0910 kinA amtB TRUE 0.591 186.000 0.000 0.072 N 0.787
 2126377 2126378 llmg_0910 llmg_0911 amtB glnB TRUE 0.748 82.000 0.160 1.000 N 0.565
 2126378 2126379 llmg_0911 llmg_0912 glnB murD FALSE 0.372 169.000 0.000 1.000 N 0.696
 2126379 2126380 llmg_0912 llmg_0913 murD murG TRUE 0.825 243.000 0.060 1.000 Y 0.839
 2126380 2126381 llmg_0913 llmg_0914 murG ftsQ TRUE 0.988 1.000 0.072 NA Y 0.934
 2126381 2126382 llmg_0914 llmg_0915 ftsQ obgL TRUE 0.615 150.000 0.000 NA   0.706
 2126382 2126383 llmg_0915 llmg_0916 obgL   TRUE 0.725 28.000 0.009 NA   -0.079
 2126385 2126386 llmg_0918 llmg_pseudo_24     TRUE 0.501 61.000 0.000 NA   NA
 2126386 2126387 llmg_pseudo_24 llmg_0920     TRUE 0.664 29.000 0.000 NA   NA
 2126387 2126388 llmg_0920 llmg_0921     TRUE 0.831 38.000 0.000 NA   0.600
 2126388 2126389 llmg_0921 llmg_0922     TRUE 0.660 38.000 0.000 NA   -0.194
 2126389 2126390 llmg_0922 llmg_pseudo_25     TRUE 0.636 37.000 0.000 NA   NA
 2126390 2126391 llmg_pseudo_25 llmg_0924     FALSE 0.288 153.000 0.000 NA   NA
 2126391 2126392 llmg_0924 llmg_0925     TRUE 0.592 164.000 0.000 NA   0.746
 2126394 2126395 llmg_0927 llmg_0928   nagB FALSE 0.086 174.000 0.000 1.000 N 0.126
 2126397 2126398 llmg_0930 llmg_0931 thiL mvaA TRUE 0.962 48.000 0.098 1.000 Y 0.353
 2126398 2126399 llmg_0931 llmg_0932 mvaA rpsP FALSE 0.322 85.000 0.000 1.000 N 0.473
 2126399 2126400 llmg_0932 llmg_0933 rpsP   TRUE 0.923 96.000 0.385 1.000   0.672
 2126400 2126401 llmg_0933 llmg_0934   hemH FALSE 0.238 200.000 0.000 1.000   -0.803
 2126401 2126402 llmg_0934 llmg_0935 hemH   TRUE 0.813 26.000 0.000 1.000 N 0.922
 2126402 2126403 llmg_0935 llmg_0936   rimM FALSE 0.092 185.000 0.000 1.000 N -0.791
 2126403 2126404 llmg_0936 llmg_0937 rimM trmD TRUE 0.998 -7.000 0.672 1.000 Y 0.922
 2126404 2126405 llmg_0937 llmg_0938 trmD   FALSE 0.401 126.000 0.000 1.000   -0.757
 2126405 2126406 llmg_0938 llmg_0939     TRUE 0.911 17.000 0.000 NA   0.880
 2126406 2126407 llmg_0939 llmg_0940   dapB FALSE 0.409 130.000 0.000 NA   -0.710
 2126407 2126408 llmg_0940 llmg_0941 dapB   TRUE 0.645 66.000 0.000 1.000   0.472
 2126408 2126409 llmg_0941 llmg_0942   papL FALSE 0.245 200.000 0.000 1.000   0.252
 2126409 2126410 llmg_0942 llmg_0943 papL pepDB TRUE 0.511 123.000 0.000 1.000 N 0.958
 2126410 2126411 llmg_0943 llmg_0944 pepDB   FALSE 0.346 111.000 0.000 NA   NA
 2126411 2126412 llmg_0944 llmg_0945     FALSE 0.342 106.000 0.000 NA   NA
 2126412 2126413 llmg_0945 llmg_0947   cmhR FALSE 0.106 84.000 0.000 1.000 N -0.258
 2126413 2126414 llmg_0947 llmg_0948 cmhR   TRUE 0.625 148.000 0.000 1.000   0.724
 2126414 2126415 llmg_0948 llmg_0950     FALSE 0.470 213.000 0.000 1.000   0.871
 2126417 2126418 llmg_0952 llmg_0953 pyrDA   TRUE 0.656 125.000 0.000 NA   0.696
 2126418 2126419 llmg_0953 llmg_0954     TRUE 0.815 60.000 0.000 NA   0.853
 2126419 2126420 llmg_0954 llmg_0955     TRUE 0.496 113.000 0.000 NA   0.411
 2126422 2126423 llmg_0957 llmg_0958 rpe2 rpiB TRUE 0.979 16.000 0.107 1.000 Y 0.397
 2126423 2126424 llmg_0958 llmg_0959 rpiB   TRUE 0.623 53.000 0.000 1.000   0.249
 2126424 2126425 llmg_0959 llmg_0960     FALSE 0.432 328.000 0.000 0.002   0.426
 2126427 2126428 llmg_0962 llmg_0963     FALSE 0.304 218.000 0.000 1.000 N 0.790
 2126428 2126429 llmg_0963 llmg_0964   thyA FALSE 0.215 153.000 0.000 1.000 N 0.425
 2126429 2126430 llmg_0964 llmg_0965 thyA   FALSE 0.097 442.000 0.000 NA   0.168
 2126430 2126431 llmg_0965 llmg_0966   rmaI FALSE 0.170 265.000 0.000 NA   -0.819
 2126431 2126432 llmg_0966 llmg_0967 rmaI   TRUE 0.810 -3.000 0.000 1.000   -0.927
 2126432 2126433 llmg_0967 llmg_0968     FALSE 0.281 221.000 0.000 1.000   0.470
 2126433 2126434 llmg_0968 llmg_0969     TRUE 0.905 17.000 0.000 NA   0.731
 2126434 2126435 llmg_0969 llmg_0970     TRUE 0.687 34.000 0.000 NA   0.047
 2126435 2126436 llmg_0970 llmg_0971   yphI TRUE 0.739 13.000 0.000 1.000   -0.023
 2126436 2126437 llmg_0971 llmg_0972 yphI   TRUE 0.907 16.000 0.000 1.000   0.923
 2126437 2126438 llmg_0972 llmg_0973   purC FALSE 0.368 128.000 0.000 1.000   -0.487
 2126438 2126439 llmg_0973 llmg_0974 purC purS TRUE 0.980 55.000 0.460 1.000 Y NA
 2126439 2126440 llmg_0974 llmg_0975 purS purQ TRUE 0.998 -3.000 0.656 0.001 Y NA
 2126440 2126441 llmg_0975 llmg_0976 purQ purL TRUE 0.980 217.000 0.346 0.001 Y 0.947
 2126441 2126442 llmg_0976 llmg_0977 purL purF TRUE 0.990 -15.000 0.223 1.000 Y 0.202
 2126442 2126443 llmg_0977 llmg_0978 purF   FALSE 0.153 314.000 0.000 NA   0.306
 2126444 2126445 llmg_0979 llmg_0980     TRUE 0.780 9.000 0.000 NA   -0.682
 2126446 2126447 llmg_0981 llmg_pseudo_26   tnp904 FALSE 0.351 96.000 0.000 NA   NA
 2126447 2126448 llmg_pseudo_26 llmg_0983 tnp904   TRUE 0.538 54.000 0.000 NA   NA
 2126448 2126449 llmg_0983 llmg_pseudo_27   tnp1077 FALSE 0.434 72.000 0.000 NA   NA
 2126451 2126452 llmg_0985 llmg_0986   clpB FALSE 0.232 188.000 0.000 NA   -0.286
 2126452 2126453 llmg_0986 llmg_0987 clpB purM FALSE 0.063 184.000 0.000 1.000 N 0.032
 2126453 2126454 llmg_0987 llmg_0988 purM purN TRUE 0.993 29.000 0.238 0.003 Y -0.897
 2126454 2126455 llmg_0988 llmg_0989 purN   FALSE 0.179 140.000 0.000 1.000 N 0.292
 2126456 2126457 llmg_pseudo_28 llmg_0991 tnp905   FALSE 0.255 167.000 0.000 NA   NA
 2126458 2126459 llmg_0992 llmg_0993   hprT FALSE 0.093 135.000 0.000 1.000 N -0.291
 2126459 2126460 llmg_0993 llmg_0994 hprT purH TRUE 0.840 177.000 0.000 1.000 Y 0.888
 2126460 2126461 llmg_0994 llmg_0995 purH   FALSE 0.377 119.000 0.000 1.000   -0.473
 2126462 2126463 llmg_pseudo_29 llmg_0996     FALSE 0.132 259.000 0.000 NA   NA
 2126464 2126465 llmg_0997 llmg_0998 purD   FALSE 0.457 72.000 0.000 1.000   0.007
 2126465 2126466 llmg_0998 llmg_0999   purE TRUE 0.763 -3.000 0.000 1.000   -0.291
 2126466 2126467 llmg_0999 llmg_1000 purE purK TRUE 0.973 56.000 0.000 0.001 Y 0.506
 2126471 2126472 llmg_1004 llmg_1005     TRUE 0.922 42.000 0.182 NA   0.418
 2126472 2126473 llmg_1005 llmg_1006   scrK TRUE 0.857 74.000 0.000 NA Y 0.281
 2126473 2126474 llmg_1006 llmg_1007 scrK   TRUE 0.789 -16.000 0.000 NA   NA
 2126474 2126475 llmg_1007 llmg_1008   guaA FALSE 0.385 80.000 0.000 NA   NA
 2126475 2126476 llmg_1008 llmg_1009 guaA lplB FALSE 0.022 334.000 0.000 1.000 N -0.091
 2126476 2126477 llmg_1009 llmg_1010 lplB lplC TRUE 0.998 11.000 0.800 0.039 Y -0.537
 2126477 2126478 llmg_1010 llmg_1011 lplC lplA TRUE 0.997 72.000 0.818 0.039 Y 0.979
 2126478 2126479 llmg_1011 llmg_1012 lplA   TRUE 0.828 38.000 0.000 NA   0.592
 2126479 2126480 llmg_1012 llmg_1013     FALSE 0.228 201.000 0.000 NA   0.113
 2126480 2126481 llmg_1013 llmg_1014     FALSE 0.144 452.000 0.000 NA   0.469
 2126482 2126483 llmg_1015 llmg_1016 ypbC   FALSE 0.456 99.000 0.000 0.071 N -0.148
 2126484 2126485 llmg_1017 llmg_pseudo_30 rmaE dxsA FALSE 0.129 263.000 0.000 NA   NA
 2126488 2126489 llmg_1021 llmg_pseudo_31   tnp905 FALSE 0.418 74.000 0.000 NA   NA
 2126489 2126490 llmg_pseudo_31 llmg_1023 tnp905 fur FALSE 0.143 243.000 0.000 NA   NA
 2126491 2126492 llmg_1024 llmg_1025     TRUE 0.979 0.000 0.650 NA   NA
 2126492 2126493 llmg_1025 llmg_1026     TRUE 0.732 76.000 0.000 NA   0.732
 2126493 2126494 llmg_1026 llmg_1027   rmaC FALSE 0.409 110.000 0.000 1.000 N 0.606
 2126494 2126495 llmg_1027 llmg_1028 rmaC   TRUE 0.913 12.000 0.154 1.000 N 0.475
 2126495 2126496 llmg_1028 llmg_1029     TRUE 0.763 15.000 0.000 NA   -0.607
 2126496 2126497 llmg_1029 llmg_1030   trpE FALSE 0.161 454.000 0.000 NA   0.524
 2126497 2126498 llmg_1030 llmg_1031 trpE trpG TRUE 0.994 52.000 0.321 0.001 Y 0.378
 2126498 2126499 llmg_1031 llmg_1032 trpG trpD TRUE 0.967 5.000 0.018 1.000 Y 0.407
 2126499 2126500 llmg_1032 llmg_1034 trpD   FALSE 0.061 786.000 0.000 NA   NA
 2126500 2126501 llmg_1034 llmg_1035     TRUE 0.673 26.000 0.000 NA   NA
 2126501 2126502 llmg_1035 llmg_1037     FALSE 0.110 299.000 0.000 NA   NA
 2126502 2126503 llmg_1037 llmg_1038   trpC TRUE 0.757 7.000 0.000 NA   -0.427
 2126503 2126504 llmg_1038 llmg_1039 trpC trpF TRUE 0.998 -10.000 0.264 0.002 Y 0.709
 2126504 2126505 llmg_1039 llmg_1040 trpF   TRUE 0.875 -10.000 0.000 1.000 N 0.725
 2126505 2126506 llmg_1040 llmg_1041   trpB TRUE 0.653 45.000 0.000 1.000 N 0.594
 2126506 2126507 llmg_1041 llmg_1042 trpB trpA TRUE 0.997 0.000 0.248 0.001 Y 0.488
 2126507 2126508 llmg_1042 llmg_pseudo_32 trpA bglR FALSE 0.263 163.000 0.000 NA   NA
 2126510 2126511 llmg_pseudo_34 llmg_1045   bglP FALSE 0.342 101.000 0.000 NA   NA
 2126511 2126512 llmg_1045 llmg_1046 bglP bglH TRUE 0.948 48.000 0.000 1.000 Y 0.623
 2126512 2126513 llmg_1046 llmg_1047 bglH busR FALSE 0.085 166.000 0.000 1.000 N 0.092
 2126513 2126514 llmg_1047 llmg_1048 busR busAA FALSE 0.204 212.000 0.052 1.000 N 0.179
 2126514 2126515 llmg_1048 llmg_1049 busAA busAB TRUE 0.993 -7.000 0.177 0.071 Y 0.053
 2126515 2126516 llmg_1049 llmg_1050 busAB   FALSE 0.265 190.000 0.000 NA   -0.791
 2126518 2126519 llmg_1052 llmg_1053     TRUE 0.717 1.000 0.000 1.000   NA
 2126519 2126520 llmg_1053 llmg_1054     TRUE 0.897 24.000 0.154 1.000   NA
 2126520 2126521 llmg_1054 llmg_1055     TRUE 0.861 30.000 0.000 1.000   0.661
 2126521 2126522 llmg_1055 llmg_1056     FALSE 0.125 282.000 0.000 1.000   -0.030
 2126522 2126523 llmg_1056 llmg_1057     TRUE 0.815 54.000 0.000 1.000   0.962
 2126525 2126526 llmg_1059 llmg_1060 rsmC pdp TRUE 0.699 35.000 0.044 1.000 N 0.332
 2126526 2126527 llmg_1060 llmg_1061 pdp   TRUE 0.743 2.000 0.000 1.000   -0.364
 2126527 2126528 llmg_1061 llmg_1062   deoC TRUE 0.887 13.000 0.000 1.000   0.644
 2126528 2126529 llmg_1062 llmg_1063 deoC cdd TRUE 0.989 -13.000 0.051 1.000 Y 0.719
 2126529 2126530 llmg_1063 llmg_1064 cdd bmpA FALSE 0.131 268.000 0.000 1.000   -0.309
 2126530 2126531 llmg_1064 llmg_1065 bmpA rgrB FALSE 0.270 186.000 0.000 1.000   0.243
 2126532 2126533 llmg_1066 llmg_1067   kinB TRUE 0.631 98.000 0.000 NA   0.649
 2126533 2126534 llmg_1067 llmg_1068 kinB llrB TRUE 0.984 -10.000 0.000 1.000 Y 0.811
 2126535 2126536 llmg_1069 llmg_1070     FALSE 0.085 787.000 0.000 NA   0.247
 2126536 2126537 llmg_1070 llmg_1071     FALSE 0.346 111.000 0.000 NA   NA
 2126537 2126538 llmg_1071 llmg_pseudo_35   tnp1077 FALSE 0.336 132.000 0.000 NA   NA
 2126538 2126539 llmg_pseudo_35 llmg_1072 tnp1077   FALSE 0.418 74.000 0.000 NA   NA
 2126539 2126540 llmg_1072 llmg_1073     TRUE 0.875 96.000 0.000 0.080 Y NA
 2126541 2126542 llmg_1074 llmg_1075   tnp712 TRUE 0.945 12.000 0.000 1.000 Y NA
 2126542 2126543 llmg_1075 llmg_1076 tnp712   FALSE 0.014 307.000 0.000 1.000 N NA
 2126544 2126545 llmg_1077 llmg_1078     TRUE 0.634 146.000 0.000 NA   0.976
 2126547 2126548 llmg_1080 llmg_1081 uspA2   FALSE 0.321 151.000 0.000 NA   -0.139
 2126549 2126550 llmg_1082 llmg_1083     FALSE 0.466 171.000 0.000 NA   0.571
 2126551 2126552 llmg_1084 llmg_1085     FALSE 0.186 220.000 0.000 NA   -0.044
 2126552 2126553 llmg_1085 llmg_1086     FALSE 0.158 259.000 0.000 NA   0.082
 2126555 2126556 llmg_1088 llmg_1089 gpo   FALSE 0.020 350.000 0.000 1.000 N -0.124
 2126556 2126557 llmg_1089 llmg_1090     FALSE 0.213 199.000 0.000 NA   -0.156
 2126557 2126558 llmg_1090 llmg_1091     TRUE 0.728 78.000 0.000 NA   0.747
 2126558 2126559 llmg_1091 llmg_1092     TRUE 0.639 152.000 0.000 NA   0.864
 2126559 2126560 llmg_1092 llmg_1093     TRUE 0.878 12.000 0.000 NA   0.580
 2126560 2126561 llmg_1093 llmg_1094     TRUE 0.732 32.000 0.000 NA   0.257
 2126561 2126562 llmg_1094 llmg_1095     TRUE 0.732 54.000 0.000 NA   0.515
 2126562 2126563 llmg_1095 llmg_1096     TRUE 0.712 78.000 0.000 NA   0.711
 2126564 2126565 llmg_1097 llmg_1098 glpF2 glpD TRUE 0.827 19.000 0.000 1.000 N 0.923
 2126565 2126566 llmg_1098 llmg_1099 glpD glpK TRUE 0.981 53.000 0.086 0.001 Y 0.036
 2126568 2126569 llmg_1101 llmg_1102     TRUE 0.989 -3.000 0.447 NA   0.958
 2126569 2126570 llmg_1102 llmg_1103     TRUE 0.826 214.000 0.323 NA   0.929
 2126571 2126572 llmg_1104 llmg_1105   pyrK FALSE 0.031 250.000 0.000 1.000 N -0.237
 2126572 2126573 llmg_1105 llmg_1106 pyrK pyrDB TRUE 0.927 158.000 0.592 0.001 N 0.161
 2126573 2126574 llmg_1106 llmg_1107 pyrDB pyrF TRUE 0.970 130.000 0.154 0.002 Y 0.345
 2126574 2126575 llmg_1107 llmg_1108 pyrF   TRUE 0.803 2.000 0.000 NA   0.284
 2126576 2126577 llmg_1109 llmg_1110 gidB ispB FALSE 0.409 -3.000 0.000 1.000 N -0.011
 2126577 2126578 llmg_1110 llmg_1111 ispB gerCA TRUE 0.950 -9.000 0.000 0.001   -0.304
 2126578 2126579 llmg_1111 llmg_1112 gerCA   TRUE 0.838 -3.000 0.020 NA   0.038
 2126579 2126580 llmg_1112 llmg_1113   galU TRUE 0.554 71.000 0.000 NA   0.307
 2126580 2126581 llmg_1113 llmg_1114 galU gpsA FALSE 0.218 54.000 0.000 1.000 N 0.030
 2126582 2126583 llmg_1115 llmg_1116   telA1 TRUE 0.929 141.000 0.373 NA   0.842
 2126583 2126584 llmg_1116 llmg_1117 telA1 nagA FALSE 0.427 171.000 0.000 NA N 0.792
 2126584 2126585 llmg_1117 llmg_1118 nagA pfk FALSE 0.413 387.000 0.000 1.000 Y 0.198
 2126585 2126586 llmg_1118 llmg_1119 pfk pyk TRUE 0.981 88.000 0.261 0.005 Y 0.386
 2126586 2126587 llmg_1119 llmg_1120 pyk ldh TRUE 0.540 118.000 0.000 1.000 N 0.873
 2126588 2126589 llmg_1121 llmg_1122 nupC nupB TRUE 0.996 -3.000 0.720 0.038   0.990
 2126589 2126590 llmg_1122 llmg_1123 nupB nupA TRUE 0.987 -7.000 0.438 1.000   0.649
 2126590 2126591 llmg_1123 llmg_1124 nupA   FALSE 0.234 182.000 0.000 1.000   -0.113
 2126591 2126592 llmg_1124 llmg_1125   fbpA TRUE 0.672 42.000 0.000 NA   -0.568
 2126593 2126594 llmg_1126 llmg_1127     FALSE 0.143 343.000 0.000 NA   0.344
 2126594 2126595 llmg_1127 llmg_1128     TRUE 0.923 18.000 0.000 0.001   NA
 2126595 2126596 llmg_1128 llmg_1129     TRUE 0.923 18.000 0.000 0.001   NA
 2126596 2126597 llmg_1129 llmg_1130     FALSE 0.069 748.000 0.000 1.000   0.069
 2126597 2126598 llmg_1130 llmg_1131   panE FALSE 0.047 198.000 0.000 1.000 N -0.242
 2126598 2126599 llmg_1131 llmg_1132 panE sbcD FALSE 0.116 146.000 0.000 1.000 N 0.119
 2126599 2126600 llmg_1132 llmg_1133 sbcD sbcC TRUE 0.999 3.000 0.669 0.002 Y 0.642
 2126600 2126601 llmg_1133 llmg_1134 sbcC   FALSE 0.153 250.000 0.000 NA   -0.190
 2126603 2126604 llmg_1136 llmg_1137 mtsB mtsC TRUE 0.985 7.000 0.043 1.000 Y 0.821
 2126604 2126605 llmg_1137 llmg_1138 mtsC mtsA TRUE 0.985 0.000 0.038 1.000 Y 0.816
 2126605 2126606 llmg_1138 llmg_1139 mtsA   FALSE 0.319 307.000 0.000 NA   0.723
 2126606 2126607 llmg_1139 llmg_1140     TRUE 0.649 53.000 0.000 NA   0.286
 2126607 2126608 llmg_1140 llmg_1141     FALSE 0.235 415.000 0.000 NA   0.698
 2126611 2126612 llmg_1144 llmg_1145 tnp981   TRUE 0.884 12.000 0.000 0.079   NA
 2126613 2126614 llmg_1146 llmg_1147     FALSE 0.074 1227.000 0.000 NA   -0.596
 2126614 2126615 llmg_1147 llmg_1148     FALSE 0.223 230.000 0.000 NA   0.316
 2126615 2126616 llmg_1148 llmg_1149   ocd FALSE 0.247 193.000 0.000 NA   0.152
 2126616 2126617 llmg_1149 llmg_1150 ocd   TRUE 0.955 11.000 0.083 1.000   0.961
 2126619 2126620 llmg_1152 llmg_1153   pabA FALSE 0.104 425.000 0.000 1.000   -0.925
 2126620 2126621 llmg_1153 llmg_1154 pabA pabB TRUE 0.998 5.000 0.375 0.001 Y 0.709
 2126621 2126622 llmg_1154 llmg_1155 pabB   FALSE 0.287 189.000 0.000 1.000 N 0.654
 2126622 2126623 llmg_1155 llmg_1156     TRUE 0.720 59.000 0.000 1.000   0.560
 2126624 2126625 llmg_1158 llmg_1159     TRUE 0.752 -3.000 0.000 NA   NA
 2126626 2126627 llmg_1160 llmg_1161     FALSE 0.186 232.000 0.000 NA   0.137
 2126627 2126628 llmg_1161 llmg_1162     TRUE 0.913 37.000 0.000 0.001   0.145
 2126628 2126629 llmg_1162 llmg_1163     TRUE 0.743 2.000 0.000 1.000   -0.051
 2126629 2126630 llmg_1163 llmg_1164     TRUE 0.995 134.000 0.889 0.038 Y 0.701
 2126630 2126631 llmg_1164 llmg_1165     TRUE 0.989 0.000 0.000 0.038 Y 0.704
 2126631 2126632 llmg_1165 llmg_1166     TRUE 0.962 2.000 0.000 1.000 Y 0.439
 2126632 2126633 llmg_1166 llmg_1167     TRUE 0.926 106.000 0.083 0.001   0.989
 2126633 2126634 llmg_1167 llmg_1168     TRUE 0.726 15.000 0.000 1.000   -0.298
 2126634 2126635 llmg_1168 llmg_1169   aguA TRUE 0.961 31.000 0.000 1.000 Y 0.617
 2126635 2126636 llmg_1169 llmg_1170 aguA   FALSE 0.260 203.000 0.000 1.000   0.340
 2126637 2126638 llmg_1171 llmg_1172   rdrB TRUE 0.925 -7.000 0.049 1.000 N 0.939
 2126639 2126640 llmg_1173 llmg_1174     TRUE 0.584 161.000 0.000 NA   0.713
 2126640 2126641 llmg_1174 llmg_1175     FALSE 0.390 230.000 0.000 1.000   0.700
 2126641 2126642 llmg_1175 llmg_1176   rnhB TRUE 0.702 113.000 0.148 1.000   -0.517
 2126642 2126643 llmg_1176 llmg_1177 rnhB gadR FALSE 0.206 592.000 0.000 1.000   0.716
 2126643 2126644 llmg_1177 llmg_1178 gadR gadC TRUE 0.662 141.000 0.000 1.000   0.884
 2126644 2126645 llmg_1178 llmg_1179 gadC gadB TRUE 0.996 20.000 0.500 1.000 Y 0.750
 2126649 2126650 llmg_1183 llmg_1184 gltB gltD TRUE 0.998 0.000 0.222 0.001 Y 0.921
 2126650 2126651 llmg_1184 llmg_1185 gltD lysA TRUE 0.785 115.000 0.000 1.000 Y -0.178
 2126651 2126652 llmg_1185 llmg_1186 lysA   TRUE 0.595 151.000 0.000 NA   0.683
 2126652 2126653 llmg_1186 llmg_1187   murI FALSE 0.323 176.000 0.014 NA   -0.423
 2126653 2126654 llmg_1187 llmg_1188 murI   TRUE 0.895 1.000 0.034 1.000 N 0.946
 2126654 2126655 llmg_1188 llmg_1189     TRUE 0.880 39.000 0.005 1.000   0.794
 2126655 2126656 llmg_1189 llmg_1190     TRUE 0.919 31.000 0.034 NA   0.925
 2126656 2126657 llmg_1190 llmg_1191   xerD2 TRUE 0.973 -22.000 0.111 NA   0.961
 2126657 2126658 llmg_1191 llmg_1192 xerD2 scpA TRUE 0.906 31.000 0.017 NA   0.736
 2126658 2126659 llmg_1192 llmg_1193 scpA scpB TRUE 0.984 -7.000 0.570 NA   -0.911
 2126659 2126660 llmg_1193 llmg_1194 scpB rluB TRUE 0.942 -67.000 0.224 NA N 0.116
 2126660 2126661 llmg_1194 llmg_1195 rluB   FALSE 0.112 350.000 0.000 NA   0.114
 2126661 2126662 llmg_1195 llmg_1196     FALSE 0.124 311.000 0.000 NA   -0.491
 2126662 2126663 llmg_1196 llmg_1197     TRUE 0.569 54.000 0.000 NA   -0.262
 2126663 2126664 llmg_1197 llmg_1198     TRUE 0.636 37.000 0.000 NA   NA
 2126664 2126665 llmg_1198 llmg_1200     FALSE 0.350 119.000 0.000 NA   NA
 2126665 2126666 llmg_1200 llmg_1201     FALSE 0.443 88.000 0.000 NA   -0.799
 2126666 2126667 llmg_1201 llmg_1202     FALSE 0.366 138.000 0.000 NA   -0.005
 2126667 2126668 llmg_1202 llmg_1203     TRUE 0.999 -16.000 0.911 0.009 Y 0.427
 2126668 2126669 llmg_1203 llmg_1204   hdiR FALSE 0.128 121.000 0.000 1.000 N -0.562
 2126669 2126670 llmg_1204 llmg_1205 hdiR   TRUE 0.761 14.000 0.000 NA   0.097
 2126672 2126673 llmg_1207 llmg_1208 rplJ rplL TRUE 0.996 70.000 0.884 0.020 Y 0.530
 2126673 2126674 llmg_1208 llmg_1209 rplL rmaX FALSE 0.120 450.000 0.000 1.000 N 0.683
 2126674 2126675 llmg_1209 llmg_1210 rmaX   TRUE 0.853 1.000 0.000 1.000 N 0.918
 2126675 2126676 llmg_1210 llmg_1211     TRUE 0.916 -3.000 0.000 NA   0.688
 2126676 2126677 llmg_1211 llmg_pseudo_37   mnaA FALSE 0.069 508.000 0.000 NA   NA
 2126677 2126678 llmg_pseudo_37 llmg_1214 mnaA   TRUE 0.779 -10.000 0.000 NA   NA
 2126678 2126679 llmg_1214 llmg_1215     TRUE 0.914 15.000 0.000 NA   0.784
 2126679 2126680 llmg_1215 llmg_1216   thiM FALSE 0.038 285.000 0.000 NA N 0.051
 2126680 2126681 llmg_1216 llmg_1217 thiM thiD1 TRUE 0.992 13.000 0.007 0.004 Y 0.815
 2126681 2126682 llmg_1217 llmg_1218 thiD1 thiE TRUE 0.988 -7.000 0.024 0.004 Y -0.574
 2126682 2126683 llmg_1218 llmg_1219 thiE dltA FALSE 0.039 339.000 0.000 1.000 N -0.850
 2126683 2126684 llmg_1219 llmg_1220 dltA dltB TRUE 0.975 0.000 0.435 NA N 0.612
 2126684 2126685 llmg_1220 llmg_1221 dltB dltC TRUE 0.954 36.000 0.387 NA   -0.491
 2126685 2126686 llmg_1221 llmg_1222 dltC dltD TRUE 0.977 -10.000 0.409 NA   -0.335
 2126686 2126687 llmg_1222 llmg_1223 dltD mgtA FALSE 0.064 475.000 0.000 NA N 0.470
 2126687 2126688 llmg_1223 llmg_1224 mgtA   FALSE 0.116 93.000 0.000 1.000 N 0.025
 2126688 2126689 llmg_1224 llmg_1225   metE FALSE 0.261 160.000 0.000 1.000 N 0.512
 2126689 2126690 llmg_1225 llmg_1226 metE metF TRUE 0.993 -10.000 0.050 0.002 Y 0.463
 2126690 2126691 llmg_1226 llmg_1227 metF aroH FALSE 0.379 362.000 0.000 1.000 Y NA
 2126693 2126694 llmg_1229 llmg_1230     TRUE 0.652 41.000 0.000 NA   -0.168
 2126695 2126696 llmg_pseudo_38 llmg_1231 tnp1077   FALSE 0.434 72.000 0.000 NA   NA
 2126698 2126699 llmg_1233 llmg_1234 tnp981   TRUE 0.884 12.000 0.000 0.078   NA
 2126699 2126700 llmg_1234 llmg_1235     FALSE 0.064 641.000 0.000 NA   NA
 2126701 2126702 llmg_1236 llmg_1237   ceo FALSE 0.077 546.000 0.000 NA   -0.035
 2126702 2126703 llmg_1237 llmg_1238 ceo cspD2 FALSE 0.013 1004.000 0.000 1.000 N -0.080
 2126705 2126706 llmg_1240 llmg_1241     TRUE 0.773 17.000 0.000 NA   -0.829
 2126706 2126707 llmg_1241 llmg_1242     TRUE 0.881 28.000 0.000 NA   0.701
 2126707 2126708 llmg_1242 llmg_1243     TRUE 0.878 31.000 0.000 NA   0.711
 2126708 2126709 llmg_1243 llmg_1244     TRUE 0.995 -19.000 0.800 1.000   0.785
 2126709 2126710 llmg_1244 llmg_1245     TRUE 0.664 38.000 0.000 1.000   0.072
 2126710 2126711 llmg_1245 llmg_1246   arsR FALSE 0.248 301.000 0.000 1.000   0.595
 2126711 2126712 llmg_1246 llmg_1247 arsR arsD TRUE 0.980 15.000 0.333 1.000   0.681
 2126712 2126713 llmg_1247 llmg_1248 arsD arsA TRUE 0.912 13.000 0.000 1.000   0.932
 2126713 2126714 llmg_1248 llmg_1249 arsA   TRUE 0.867 17.000 0.000 1.000   0.601
 2126714 2126715 llmg_1249 llmg_1250     TRUE 0.898 16.000 0.000 1.000   0.977
 2126715 2126716 llmg_1250 llmg_1251     TRUE 0.726 9.000 0.000 NA   NA
 2126718 2126719 llmg_1253 llmg_tRNA_38   tRNA-Met FALSE 0.066 571.000 0.000 NA   NA
 2126719 2126720 llmg_tRNA_38 llmg_1254 tRNA-Met   FALSE 0.341 104.000 0.000 NA   NA
 2126720 2126721 llmg_1254 llmg_1255   cspC FALSE 0.459 131.000 0.000 NA   0.356
 2126721 2126722 llmg_1255 llmg_1256 cspC cspD TRUE 0.705 278.000 0.000 0.056 Y 0.338
 2126722 2126723 llmg_1256 llmg_1257 cspD   FALSE 0.187 516.000 0.000 1.000   0.651
 2126723 2126724 llmg_1257 llmg_1258     TRUE 0.954 30.000 0.357 NA   -0.260
 2126724 2126725 llmg_1258 llmg_1259     TRUE 0.928 10.000 0.143 NA   0.202
 2126725 2126726 llmg_1259 llmg_1260     TRUE 0.873 21.000 0.000 NA   0.645
 2126727 2126728 llmg_1261 llmg_1262   tnp712 TRUE 0.945 12.000 0.000 1.000 Y NA
 2126729 2126730 llmg_1263 llmg_1264     FALSE 0.083 392.000 0.000 NA   NA
 2126730 2126731 llmg_1264 llmg_1265   tnp981 TRUE 0.885 12.000 0.000 0.077   NA
 2126733 2126734 llmg_1267 llmg_pseudo_41   ceo2 TRUE 0.752 -3.000 0.000 NA   NA
 2126734 2126735 llmg_pseudo_41 llmg_1268 ceo2   FALSE 0.060 865.000 0.000 NA   NA
 2126735 2126736 llmg_1268 llmg_1269     TRUE 0.686 84.000 0.000 NA   0.703
 2126736 2126737 llmg_1269 llmg_1270     FALSE 0.166 483.000 0.000 NA   0.565
 2126738 2126739 llmg_1271 llmg_1272 gidC topA TRUE 0.798 72.000 0.137 1.000 N 0.666
 2126739 2126740 llmg_1272 llmg_1273 topA smf TRUE 0.794 266.000 0.238 1.000 Y -0.578
 2126740 2126741 llmg_1273 llmg_1274 smf aldR FALSE 0.150 148.000 0.000 NA N 0.195
 2126741 2126742 llmg_1274 llmg_1275 aldR aldB TRUE 0.785 40.000 0.000 NA N 0.748
 2126742 2126743 llmg_1275 llmg_1276 aldB ilvA TRUE 0.519 136.000 0.000 1.000 N 0.883
 2126743 2126744 llmg_1276 llmg_1277 ilvA ilvC TRUE 0.960 59.000 0.033 1.000 Y 0.843
 2126744 2126745 llmg_1277 llmg_1278 ilvC ilvN TRUE 0.988 45.000 0.130 0.002 Y 0.301
 2126745 2126746 llmg_1278 llmg_1279 ilvN ilvB TRUE 0.997 -7.000 0.249 0.001 Y 0.254
 2126746 2126747 llmg_1279 llmg_1280 ilvB ilvD TRUE 0.991 15.000 0.000 0.002 Y 0.950
 2126747 2126748 llmg_1280 llmg_1281 ilvD   FALSE 0.314 120.000 0.000 1.000 N 0.485
 2126748 2126749 llmg_1281 llmg_1282   leuD FALSE 0.479 -40.000 0.000 1.000 N -0.002
 2126749 2126750 llmg_1282 llmg_1283 leuD   TRUE 0.640 49.000 0.000 NA   0.155
 2126750 2126751 llmg_1283 llmg_1284   leuC TRUE 0.797 0.000 0.000 NA   0.212
 2126751 2126752 llmg_1284 llmg_pseudo_42 leuC leuB FALSE 0.313 146.000 0.000 NA   NA
 2126752 2126753 llmg_pseudo_42 llmg_pseudo_43 leuB leuA TRUE 0.728 12.000 0.000 NA   NA
 2126755 2126756 llmg_1288 llmg_1289 hisK hisI TRUE 0.985 1.000 0.003 0.005 Y 0.356
 2126756 2126757 llmg_1289 llmg_1290 hisI hisF TRUE 0.997 -3.000 0.430 0.005 Y 0.346
 2126757 2126758 llmg_1290 llmg_1291 hisF hisA TRUE 0.988 -31.000 0.000 0.005 Y 0.283
 2126758 2126759 llmg_1291 llmg_1292 hisA hisH TRUE 0.983 0.000 0.000 0.005 Y 0.185
 2126759 2126760 llmg_1292 llmg_1293 hisH   FALSE 0.274 51.000 0.000 1.000 N 0.121
 2126760 2126761 llmg_1293 llmg_1294   hisB TRUE 0.868 -3.000 0.000 1.000 N 0.895
 2126761 2126762 llmg_1294 llmg_1295 hisB hisD TRUE 0.995 1.000 0.096 0.005 Y 0.965
 2126762 2126763 llmg_1295 llmg_1296 hisD hisG TRUE 0.998 -16.000 0.254 0.005 Y 0.919
 2126763 2126764 llmg_1296 llmg_1297 hisG hisZ TRUE 0.915 229.000 0.239 1.000 Y 0.936
 2126764 2126765 llmg_1297 llmg_1298 hisZ hisC TRUE 0.982 0.000 0.012 1.000 Y 0.913
 2126765 2126766 llmg_1298 llmg_1299 hisC   FALSE 0.111 549.000 0.000 1.000   0.414
 2126766 2126767 llmg_1299 llmg_1300     TRUE 0.765 30.000 0.032 NA   NA
 2126767 2126768 llmg_1300 llmg_1301     TRUE 0.944 -3.000 0.210 NA   NA
 2126768 2126769 llmg_1301 llmg_1302     TRUE 0.979 4.000 0.688 NA   NA
 2126769 2126770 llmg_1302 llmg_1303     FALSE 0.404 76.000 0.000 NA   NA
 2126770 2126771 llmg_1303 llmg_1304   vacB2 FALSE 0.027 320.000 0.000 1.000 N -0.472
 2126771 2126772 llmg_1304 llmg_1305 vacB2   FALSE 0.249 205.000 0.000 1.000   0.297
 2126772 2126773 llmg_1305 llmg_1306     FALSE 0.123 466.000 0.000 1.000   0.425
 2126773 2126774 llmg_1306 llmg_1308     FALSE 0.072 667.000 0.000 NA   -0.303
 2126774 2126775 llmg_1308 llmg_1309   als FALSE 0.069 743.000 0.000 NA   -0.144
 2126775 2126776 llmg_1309 llmg_1310 als   FALSE 0.434 155.000 0.033 1.000 N 0.574
 2126776 2126777 llmg_1310 llmg_1311     TRUE 0.978 28.000 0.324 NA   0.748
 2126777 2126778 llmg_1311 llmg_1313     TRUE 0.792 66.000 0.000 NA   0.925
 2126778 2126779 llmg_1313 llmg_1314     TRUE 0.917 2.000 0.000 1.000   0.816
 2126779 2126780 llmg_1314 llmg_1315     TRUE 0.633 45.000 0.000 1.000   -0.516
 2126780 2126781 llmg_1315 llmg_1316     FALSE 0.225 63.000 0.000 1.000 N -0.618
 2126785 2126786 llmg_1320 llmg_1321     TRUE 0.954 308.000 0.333 0.026 Y 0.777
 2126790 2126791 llmg_1325 llmg_1326 potD potC TRUE 0.990 48.000 0.253 0.037 Y 0.284
 2126791 2126792 llmg_1326 llmg_1327 potC potB TRUE 0.997 2.000 0.492 0.037 Y 0.101
 2126792 2126793 llmg_1327 llmg_1328 potB potA TRUE 0.998 -3.000 0.928 0.037 Y -0.247
 2126793 2126794 llmg_1328 llmg_1329 potA murB FALSE 0.180 461.000 0.041 1.000 N 0.672
 2126794 2126795 llmg_1329 llmg_1330 murB   TRUE 0.868 43.000 0.000 NA   0.758
 2126795 2126796 llmg_1330 llmg_1331   thrB FALSE 0.405 185.000 0.000 NA   0.527
 2126796 2126797 llmg_1331 llmg_1332 thrB hom TRUE 0.984 5.000 0.036 1.000 Y 0.807
 2126797 2126798 llmg_1332 llmg_1333 hom dukB FALSE 0.381 181.000 0.000 1.000 N 0.760
 2126798 2126799 llmg_1333 llmg_1334 dukB folC FALSE 0.361 129.000 0.000 1.000 N 0.553
 2126799 2126800 llmg_1334 llmg_1335 folC   TRUE 0.569 16.000 0.000 1.000 N 0.357
 2126800 2126801 llmg_1335 llmg_1336   folP TRUE 0.971 3.000 0.286 1.000 N 0.867
 2126801 2126802 llmg_1336 llmg_1337 folP folE TRUE 0.993 -3.000 0.000 0.004 Y 0.932
 2126802 2126803 llmg_1337 llmg_1338 folE folB TRUE 0.860 80.000 0.012 1.000 Y 0.382
 2126803 2126804 llmg_1338 llmg_1339 folB engB TRUE 0.607 54.000 0.000 1.000   0.221
 2126804 2126805 llmg_1339 llmg_1340 engB clpX TRUE 0.869 -3.000 0.043 1.000   0.096
 2126805 2126806 llmg_1340 llmg_1342 clpX dfrA FALSE 0.239 249.000 0.000 1.000 N 0.964
 2126807 2126808 llmg_1343 llmg_1344 spoU   FALSE 0.341 218.000 0.000 NA   0.551
 2126809 2126810 llmg_1345 llmg_1346 pbuX xpt TRUE 0.948 58.000 0.000 1.000 Y 0.915
 2126810 2126811 llmg_1346 llmg_1347 xpt   FALSE 0.059 677.000 0.000 1.000   NA
 2126811 2126812 llmg_1347 llmg_1348     TRUE 0.785 -13.000 0.000 NA   NA
 2126812 2126813 llmg_1348 llmg_1349     FALSE 0.076 428.000 0.000 NA   NA
 2126813 2126814 llmg_1349 llmg_1350   telC TRUE 0.667 87.000 0.000 1.000   0.997
 2126814 2126815 llmg_1350 llmg_1351 telC telB TRUE 0.989 16.000 0.000 0.006 Y 0.997
 2126815 2126816 llmg_1351 llmg_1352 telB telA TRUE 0.990 10.000 0.000 0.006 Y 0.990
 2126816 2126817 llmg_1352 llmg_1353 telA   TRUE 0.544 80.000 0.000 NA N 0.992
 2126817 2126818 llmg_1353 llmg_1354     TRUE 0.949 18.000 0.091 NA   0.995
 2126818 2126819 llmg_1354 llmg_1355     TRUE 0.898 26.000 0.013 NA   0.993
 2126819 2126820 llmg_1355 llmg_1356     TRUE 0.981 2.000 0.296 NA   0.992
 2126820 2126821 llmg_1356 llmg_1357     TRUE 0.986 -3.000 0.358 NA   0.995
 2126821 2126822 llmg_1357 llmg_1358     TRUE 0.985 -7.000 0.325 1.000   0.984
 2126822 2126823 llmg_1358 llmg_1359     FALSE 0.068 1312.000 0.000 1.000   0.096
 2126823 2126824 llmg_1359 llmg_1360     TRUE 0.816 -13.000 0.000 NA   -0.492
 2126824 2126825 llmg_1360 llmg_1361     TRUE 0.493 71.000 0.000 NA   -0.522
 2126825 2126826 llmg_1361 llmg_1362     FALSE 0.401 84.000 0.000 NA   -0.102
 2126826 2126827 llmg_1362 llmg_1364     FALSE 0.067 983.000 0.000 NA   -0.191
 2126827 2126828 llmg_1364 llmg_1365     FALSE 0.231 400.000 0.000 NA   0.669
 2126828 2126829 llmg_1365 llmg_1366     FALSE 0.091 445.000 0.000 NA   -0.546
 2126829 2126830 llmg_1366 llmg_1367   tnp981 FALSE 0.079 407.000 0.000 NA   NA
 2126830 2126831 llmg_1367 llmg_1368 tnp981   TRUE 0.885 12.000 0.000 0.076   NA
 2126831 2126832 llmg_1368 llmg_1369     TRUE 0.636 37.000 0.000 NA   NA
 2126832 2126833 llmg_1369 llmg_1369a   mobA_E1 FALSE 0.126 266.000 0.000 NA   NA
 2126833 2126834 llmg_1369a llmg_1371 mobA_E1 matR FALSE 0.360 90.000 0.000 NA   NA
 2126834 2126835 llmg_1371 llmg_1373 matR   FALSE 0.121 1053.000 0.000 NA   0.488
 2126835 2126836 llmg_1373 llmg_1374   ltrE TRUE 0.645 43.000 0.000 NA   -0.087
 2126836 2126837 llmg_1374 llmg_1375 ltrE ltrD FALSE 0.300 285.000 0.000 NA   0.656
 2126837 2126838 llmg_1375 llmg_1376 ltrD ltrC TRUE 0.795 73.000 0.054 NA   0.607
 2126838 2126839 llmg_1376 llmg_1377 ltrC   TRUE 0.834 52.000 0.000 NA   0.954
 2126839 2126840 llmg_1377 llmg_1378     TRUE 0.937 -19.000 0.000 NA   0.716
 2126840 2126841 llmg_1378 llmg_1379     TRUE 0.835 14.000 0.000 NA   0.450
 2126841 2126842 llmg_1379 llmg_1381     TRUE 0.615 62.000 0.000 NA   0.343
 2126842 2126843 llmg_1381 llmg_1382     TRUE 0.589 109.000 0.000 NA   0.582
 2126843 2126844 llmg_1382 llmg_1383   traD TRUE 0.898 26.000 0.000 NA   0.854
 2126844 2126845 llmg_1383 llmg_1384 traD   TRUE 0.989 -3.000 0.750 NA   0.440
 2126845 2126846 llmg_1384 llmg_1385     TRUE 0.795 -21.000 0.000 NA   NA
 2126846 2126847 llmg_1385 llmg_1386     TRUE 0.709 16.000 0.000 NA   NA
 2126847 2126848 llmg_1386 llmg_1387     TRUE 0.835 0.000 0.000 NA   0.396
 2126848 2126849 llmg_1387 llmg_1388     TRUE 0.877 1.000 0.000 NA   0.562
 2126849 2126850 llmg_1388 llmg_1389     TRUE 0.898 26.000 0.000 NA   0.833
 2126850 2126851 llmg_1389 llmg_1390     TRUE 0.915 10.000 0.000 NA   0.957
 2126851 2126852 llmg_1390 llmg_1391     TRUE 0.984 4.000 0.333 NA   0.880
 2126852 2126853 llmg_1391 llmg_1392     TRUE 0.925 98.000 0.333 NA   0.944
 2126853 2126854 llmg_1392 llmg_1393     TRUE 0.913 2.000 0.000 NA   0.967
 2126854 2126855 llmg_1393 llmg_1395     FALSE 0.143 291.000 0.000 NA   0.168
 2126855 2126856 llmg_1395 llmg_1396     TRUE 0.797 -27.000 0.000 NA   NA
 2126856 2126857 llmg_1396 llmg_1397     TRUE 0.694 19.000 0.000 NA   NA
 2126857 2126858 llmg_1397 llmg_1398   cluA TRUE 0.564 51.000 0.000 NA   NA
 2126858 2126859 llmg_1398 llmg_1399 cluA   TRUE 0.482 210.000 0.000 NA   0.922
 2126859 2126860 llmg_1399 llmg_1400     TRUE 0.902 18.000 0.000 NA   0.724
 2126860 2126861 llmg_1400 llmg_1402     FALSE 0.185 634.000 0.000 NA   0.655
 2126861 2126862 llmg_1402 llmg_1403     FALSE 0.180 430.000 0.000 NA   0.573
 2126862 2126863 llmg_1403 llmg_1406     FALSE 0.268 411.000 0.000 NA   0.865
 2126863 2126864 llmg_1406 llmg_1407     TRUE 0.918 5.000 0.000 NA   0.815
 2126864 2126865 llmg_1407 llmg_1408     TRUE 0.858 14.000 0.000 NA   0.518
 2126865 2126866 llmg_1408 llmg_1409     TRUE 0.822 26.000 0.000 NA   0.499
 2126866 2126867 llmg_1409 llmg_1410     TRUE 0.934 -7.000 0.000 NA   0.774
 2126867 2126868 llmg_1410 llmg_1411     FALSE 0.380 260.000 0.000 NA   0.947
 2126868 2126869 llmg_1411 llmg_1412   guaC FALSE 0.129 536.000 0.000 NA   0.461
 2126869 2126870 llmg_1412 llmg_1413 guaC   FALSE 0.206 263.000 0.000 NA   0.377
 2126870 2126871 llmg_1413 llmg_1414   nagD TRUE 0.916 142.000 0.330 NA   0.768
 2126871 2126872 llmg_1414 llmg_1415 nagD   TRUE 0.844 49.000 0.055 1.000 N 0.926
 2126872 2126873 llmg_1415 llmg_1416     TRUE 0.526 102.000 0.000 1.000 N 0.912
 2126873 2126874 llmg_1416 llmg_1417     TRUE 0.527 102.000 0.000 1.000 N 0.782
 2126874 2126875 llmg_1417 llmg_1418   hemN FALSE 0.329 46.000 0.000 1.000 N -0.694
 2126875 2126876 llmg_1418 llmg_1419 hemN   FALSE 0.097 188.000 0.000 1.000 N -0.868
 2126876 2126877 llmg_1419 llmg_1420     TRUE 0.978 -18.000 0.154 1.000   0.817
 2126877 2126878 llmg_1420 llmg_1421     FALSE 0.203 338.000 0.000 NA   0.527
 2126878 2126879 llmg_1421 llmg_1422   pacA FALSE 0.247 232.000 0.000 NA   0.416
 2126879 2126880 llmg_1422 llmg_1424 pacA tpiA FALSE 0.117 166.000 0.000 1.000 N -0.820
 2126880 2126881 llmg_1424 llmg_1425 tpiA   FALSE 0.116 133.000 0.000 1.000 N -0.520
 2126881 2126882 llmg_1425 llmg_1426     TRUE 0.804 62.000 0.250 1.000 N -0.462
 2126882 2126883 llmg_1426 llmg_1427     TRUE 0.927 36.000 0.250 1.000   -0.418
 2126883 2126884 llmg_1427 llmg_1428     TRUE 0.960 -7.000 0.234 1.000   -0.787
 2126884 2126885 llmg_1428 llmg_1429   ldhX TRUE 0.636 150.000 0.000 1.000   0.823
 2126885 2126886 llmg_1429 llmg_1430 ldhX ribC FALSE 0.355 84.000 0.000 1.000 N 0.507
 2126886 2126887 llmg_1430 llmg_1431 ribC truB TRUE 0.933 32.000 0.308 1.000 N 0.466
 2126887 2126888 llmg_1431 llmg_1432 truB   FALSE 0.474 139.000 0.000 NA   0.415
 2126888 2126889 llmg_1432 llmg_1433     FALSE 0.230 190.000 0.000 NA   -0.353
 2126890 2126891 llmg_1434 llmg_1435     TRUE 0.808 62.000 0.000 NA   0.890
 2126892 2126893 llmg_1437 llmg_1438 tnp981   TRUE 0.886 12.000 0.000 0.075   NA
 2126893 2126894 llmg_1438 llmg_1440     FALSE 0.159 225.000 0.000 NA   NA
 2126894 2126895 llmg_1440 llmg_1441   frdC TRUE 0.640 127.000 0.000 NA   0.672
 2126895 2126896 llmg_1441 llmg_1442 frdC   FALSE 0.371 176.000 0.000 NA   0.428
 2126896 2126897 llmg_1442 llmg_pseudo_44   tag FALSE 0.382 81.000 0.000 NA   NA
 2126897 2126898 llmg_pseudo_44 llmg_1444 tag mutX TRUE 0.582 48.000 0.000 NA   NA
 2126898 2126899 llmg_1444 llmg_1445 mutX pcrA TRUE 0.684 25.000 0.000 1.000 N 0.531
 2126901 2126902 llmg_1447 llmg_1448     TRUE 0.855 -13.000 0.000 NA   0.338
 2126902 2126903 llmg_1448 llmg_1449   srtA FALSE 0.191 219.000 0.000 NA   -0.425
 2126903 2126904 llmg_1449 llmg_1450 srtA apbE FALSE 0.240 123.000 0.000 NA N 0.356
 2126904 2126905 llmg_1450 llmg_1451 apbE gyrA TRUE 0.570 82.000 0.000 1.000 N 0.815
 2126905 2126906 llmg_1451 llmg_1452 gyrA   FALSE 0.147 222.000 0.000 1.000 N 0.498
 2126906 2126907 llmg_1452 llmg_1453     FALSE 0.326 173.000 0.000 1.000 N 0.649
 2126907 2126908 llmg_1453 llmg_1454     TRUE 0.786 102.000 0.000 NA Y -0.283
 2126908 2126909 llmg_1454 llmg_1455   bglA2 TRUE 0.966 3.000 0.000 NA Y 0.492
 2126909 2126910 llmg_1455 llmg_1456 bglA2 bglX TRUE 0.986 -3.000 0.000 0.026 Y 0.497
 2126910 2126911 llmg_1456 llmg_1457 bglX   TRUE 0.551 77.000 0.000 1.000 N 0.709
 2126911 2126912 llmg_1457 llmg_1458     TRUE 0.993 0.000 0.500 1.000 Y -0.382
 2126912 2126913 llmg_1458 llmg_1459     TRUE 0.997 2.000 0.571 0.036 Y -0.359
 2126913 2126914 llmg_1459 llmg_1460     TRUE 0.998 0.000 0.667 1.000 Y 0.853
 2126914 2126915 llmg_1460 llmg_1461     TRUE 0.983 73.000 0.727 1.000 Y -0.558
 2126915 2126916 llmg_1461 llmg_1462     FALSE 0.024 392.000 0.000 1.000 N 0.094
 2126916 2126917 llmg_1462 llmg_1463   lepA FALSE 0.180 147.000 0.000 1.000 N 0.324
 2126917 2126918 llmg_1463 llmg_1464 lepA aldC FALSE 0.169 290.000 0.000 1.000 N 0.667
 2126919 2126920 llmg_1465 llmg_1466 murC2 cobQ TRUE 0.985 1.000 0.796 1.000   -0.690
 2126921 2126922 llmg_1467 llmg_1468     TRUE 0.968 4.000 0.438 1.000 N 0.507
 2126922 2126923 llmg_1468 llmg_1470   nadE FALSE 0.060 202.000 0.000 1.000 N 0.097
 2126923 2126924 llmg_1470 llmg_1471 nadE   FALSE 0.433 57.000 0.000 1.000 N 0.432
 2126924 2126925 llmg_1471 llmg_1472   pncB TRUE 0.867 -3.000 0.000 1.000 N 0.903
 2126927 2126928 llmg_1474 llmg_1475     FALSE 0.095 403.000 0.000 NA   0.042
 2126928 2126929 llmg_1475 llmg_1477   glyS TRUE 0.672 107.000 0.020 NA   0.623
 2126929 2126930 llmg_1477 llmg_1478 glyS glyQ TRUE 0.998 0.000 0.651 0.001 Y -0.023
 2126930 2126931 llmg_1478 llmg_1479 glyQ nucA FALSE 0.331 229.000 0.000 1.000   0.598
 2126931 2126932 llmg_1479 llmg_1480 nucA   TRUE 0.682 110.000 0.000 1.000   0.778
 2126932 2126933 llmg_1480 llmg_1481   vanZ TRUE 0.528 66.000 0.000 NA   0.088
 2126933 2126934 llmg_1481 llmg_1482 vanZ   TRUE 0.791 42.000 0.000 NA   0.511
 2126935 2126936 llmg_1483 llmg_1484 comFA comFC TRUE 0.915 0.000 0.130 1.000   -0.107
 2126937 2126938 llmg_1485 llmg_1486   dgkA TRUE 0.910 17.000 0.000 NA   0.897
 2126938 2126939 llmg_1486 llmg_1487 dgkA   TRUE 0.958 -16.000 0.035 NA   0.899
 2126939 2126940 llmg_1487 llmg_1488     FALSE 0.202 230.000 0.000 NA   -0.798
 2126940 2126941 llmg_1488 llmg_1489   phoH FALSE 0.173 70.000 0.000 1.000 N -0.495
 2126941 2126942 llmg_1489 llmg_1490 phoH mntH TRUE 0.609 74.000 0.000 1.000 N 0.805
 2126942 2126943 llmg_1490 llmg_1491 mntH rpmA FALSE 0.027 272.000 0.000 1.000 N -0.228
 2126943 2126944 llmg_1491 llmg_1492 rpmA   TRUE 0.984 2.000 0.203 NA Y 0.038
 2126944 2126945 llmg_1492 llmg_1493   rplU TRUE 0.989 3.000 0.208 NA Y 0.518
 2126945 2126946 llmg_1493 llmg_1494 rplU   TRUE 0.582 170.000 0.000 NA   0.771
 2126946 2126947 llmg_1494 llmg_1495     TRUE 0.878 -7.000 0.000 NA   0.479
 2126948 2126949 llmg_1496 llmg_1497     TRUE 0.868 53.000 0.035 1.000   0.966
 2126949 2126950 llmg_1497 llmg_1498     FALSE 0.365 139.000 0.000 NA   0.009
 2126951 2126952 llmg_1499 llmg_1500     TRUE 0.984 -3.000 0.283 NA   0.908
 2126952 2126953 llmg_1500 llmg_1501   nth TRUE 0.904 -7.000 0.006 NA   0.567
 2126953 2126954 llmg_1501 llmg_1502 nth dnaD TRUE 0.946 22.000 0.007 NA Y -0.597
 2126954 2126955 llmg_1502 llmg_1503 dnaD   FALSE 0.309 266.000 0.000 NA   0.638
 2126957 2126958 llmg_1505 llmg_1506     FALSE 0.222 208.000 0.000 NA   0.125
 2126958 2126959 llmg_1506 llmg_1507     FALSE 0.294 179.000 0.000 1.000   -0.926
 2126959 2126960 llmg_1507 llmg_1508   pyrC FALSE 0.139 258.000 0.000 1.000   -0.255
 2126960 2126961 llmg_1508 llmg_1509 pyrC pyrE TRUE 0.877 152.000 0.003 1.000 Y 0.769
 2126961 2126962 llmg_1509 llmg_1512 pyrE   FALSE 0.088 493.000 0.000 1.000   -0.731
 2126962 2126963 llmg_1512 llmg_1513     FALSE 0.278 173.000 0.000 1.000   -0.598
 2126965 2126966 llmg_1515 llmg_1516 radC glmS FALSE 0.118 118.000 0.000 1.000 N 0.049
 2126966 2126967 llmg_1516 llmg_1517 glmS   FALSE 0.079 182.000 0.000 1.000 N 0.130
 2126967 2126968 llmg_1517 llmg_1518   kinE TRUE 0.933 10.000 0.000 0.066 N 0.946
 2126968 2126969 llmg_1518 llmg_1519 kinE   TRUE 0.918 4.000 0.000 NA   0.894
 2126969 2126970 llmg_1519 llmg_1520   llrE TRUE 0.895 21.000 0.000 NA   0.722
 2126970 2126971 llmg_1520 llmg_1521 llrE   FALSE 0.124 128.000 0.000 NA N -0.031
 2126971 2126972 llmg_1521 llmg_1522     TRUE 0.796 3.000 0.000 NA   0.265
 2126972 2126973 llmg_1522 llmg_1523     FALSE 0.347 143.000 0.000 NA   -0.198
 2126973 2126974 llmg_1523 llmg_1524   rluD FALSE 0.287 158.000 0.000 1.000   -0.299
 2126974 2126975 llmg_1524 llmg_1525 rluD pA TRUE 0.819 63.000 0.082 1.000 N 0.938
 2126975 2126976 llmg_1525 llmg_1526 pA   FALSE 0.133 289.000 0.000 NA   0.044
 2126977 2126978 llmg_1527 llmg_1528     FALSE 0.152 282.000 0.000 NA   -0.738
 2126979 2126980 llmg_1529 llmg_1530   ribA TRUE 0.993 27.000 0.054 0.002 Y 0.749
 2126980 2126981 llmg_1530 llmg_1531 ribA ribB TRUE 0.967 12.000 0.051 1.000 Y -0.424
 2126981 2126982 llmg_1531 llmg_1532 ribB ribD TRUE 0.993 0.000 0.456 1.000 Y 0.137
 2126984 2126985 llmg_1534 llmg_1536 parC elaA FALSE 0.115 325.000 0.000 1.000   0.117
 2126985 2126986 llmg_1536 llmg_1537 elaA dnaQ TRUE 0.823 -3.000 0.000 1.000   0.340
 2126986 2126987 llmg_1537 llmg_1538 dnaQ   TRUE 0.617 -7.000 0.000 1.000 N 0.315
 2126987 2126988 llmg_1538 llmg_1539   parE FALSE 0.266 62.000 0.000 1.000 N 0.212
 2126989 2126990 llmg_1540 llmg_1541   nrdH FALSE 0.254 174.000 0.000 1.000   -0.065
 2126990 2126991 llmg_1541 llmg_1542 nrdH nrdI TRUE 0.926 2.000 0.136 NA N 0.601
 2126991 2126992 llmg_1542 llmg_1543 nrdI nrdE TRUE 0.901 137.000 0.125 NA Y 0.219
 2126992 2126993 llmg_1543 llmg_1544 nrdE nrdF TRUE 0.951 285.000 0.500 0.001 Y -0.374
 2126994 2126995 llmg_1545 llmg_1546 ftsX ftsE TRUE 0.997 -7.000 0.431 1.000 Y 0.957
 2126995 2126996 llmg_1546 llmg_1547 ftsE prfB FALSE 0.098 330.000 0.053 1.000 N -0.156
 2126997 2126998 llmg_1548 llmg_1549     FALSE 0.305 148.000 0.000 NA   NA
 2126998 2126999 llmg_1549 llmg_1550     FALSE 0.261 164.000 0.000 NA   NA
 2127000 2127001 llmg_1551 llmg_1552 fdhC   FALSE 0.475 155.000 0.000 NA N 0.839
 2127001 2127002 llmg_1552 llmg_1553     TRUE 0.990 12.000 0.821 NA N 0.917
 2127004 2127005 llmg_1555 llmg_1556     TRUE 0.945 96.000 0.470 NA   0.916
 2127005 2127006 llmg_1556 llmg_1557     TRUE 0.949 -3.000 0.214 NA   0.012
 2127006 2127007 llmg_1557 llmg_1558   clsA TRUE 0.530 65.000 0.000 NA   0.068
 2127007 2127008 llmg_1558 llmg_1559 clsA flpA FALSE 0.071 192.000 0.000 1.000 N -0.612
 2127008 2127009 llmg_1559 llmg_1560 flpA   TRUE 0.976 -10.000 0.333 1.000   0.324
 2127009 2127010 llmg_1560 llmg_1561     FALSE 0.196 222.000 0.000 1.000   -0.699
 2127010 2127011 llmg_1561 llmg_1562     FALSE 0.076 634.000 0.000 NA   -0.428
 2127011 2127012 llmg_1562 llmg_1563     FALSE 0.187 392.000 0.000 NA   0.549
 2127013 2127014 llmg_1564 llmg_1565   tnp904 TRUE 0.877 96.000 0.000 0.074 Y NA
 2127014 2127015 llmg_1565 llmg_1566 tnp904   TRUE 0.939 54.000 0.000 0.074 Y NA
 2127015 2127016 llmg_1566 llmg_pseudo_45   tnp1077 TRUE 0.802 -51.000 0.000 NA   NA
 2127017 2127018 llmg_1568 llmg_1569 fruA fruC TRUE 0.998 0.000 0.816 1.000 Y 0.814
 2127018 2127019 llmg_1569 llmg_1570 fruC fruR TRUE 0.977 84.000 0.721 1.000 Y -0.059
 2127019 2127020 llmg_1570 llmg_1571 fruR hipO2 FALSE 0.369 122.000 0.000 1.000   -0.433
 2127020 2127021 llmg_1571 llmg_1572 hipO2 mycA TRUE 0.519 67.000 0.000 1.000   -0.644
 2127021 2127022 llmg_1572 llmg_1573 mycA   TRUE 0.498 170.000 0.000 NA   0.618
 2127022 2127023 llmg_1573 llmg_1574   dnaK TRUE 0.514 164.000 0.000 NA   0.618
 2127023 2127024 llmg_1574 llmg_1575 dnaK grpE TRUE 0.972 72.000 0.026 0.006 Y 0.671
 2127024 2127025 llmg_1575 llmg_1576 grpE hrcA TRUE 0.661 30.000 0.051 1.000 N 0.001
 2127025 2127026 llmg_1576 llmg_1577 hrcA   FALSE 0.359 148.000 0.000 NA   0.123
 2127026 2127027 llmg_1577 llmg_1578   dacB TRUE 0.741 15.000 0.000 NA   -0.313
 2127027 2127028 llmg_1578 llmg_1579 dacB gpmB TRUE 0.863 -3.000 0.000 1.000 N 0.935
 2127028 2127029 llmg_1579 llmg_1580 gpmB   TRUE 0.771 71.000 0.000 NA   0.779
 2127029 2127030 llmg_1580 llmg_1581     TRUE 0.698 95.000 0.000 NA   0.921
 2127030 2127031 llmg_1581 llmg_1582     TRUE 0.912 117.000 0.569 NA   0.329
 2127033 2127034 llmg_1584 llmg_1585     TRUE 0.480 78.000 0.000 NA   -0.821
 2127034 2127035 llmg_1585 llmg_1586   vacB1 TRUE 0.533 12.000 0.000 1.000 N -0.952
 2127035 2127036 llmg_1586 llmg_1587 vacB1 secG FALSE 0.193 242.000 0.064 1.000 N 0.207
 2127036 2127037 llmg_1587 llmg_1588 secG trxB1 FALSE 0.089 141.000 0.000 1.000 N -0.138
 2127037 2127038 llmg_1588 llmg_1589 trxB1   TRUE 0.687 198.000 0.117 NA   0.704
 2127038 2127039 llmg_1589 llmg_1590     TRUE 0.979 2.000 0.364 NA   0.529
 2127039 2127040 llmg_1590 llmg_1591     TRUE 0.994 12.000 0.310 1.000 Y 0.633
 2127040 2127041 llmg_1591 llmg_1593     TRUE 0.924 268.000 0.143 0.036 Y 0.909
 2127041 2127042 llmg_1593 llmg_1594     FALSE 0.230 144.000 0.000 NA N 0.373
 2127042 2127043 llmg_1594 llmg_1595   fhs TRUE 0.542 127.000 0.000 NA N 0.884
 2127043 2127044 llmg_1595 llmg_1596 fhs   TRUE 0.607 161.000 0.000 NA   0.921
 2127044 2127045 llmg_1596 llmg_1597     FALSE 0.438 84.000 0.000 NA   -0.673
 2127047 2127048 llmg_1599 llmg_1600 deoD   TRUE 0.764 71.000 0.000 NA   0.944
 2127048 2127049 llmg_1600 llmg_1601   deoB TRUE 0.586 58.000 0.000 NA   0.168
 2127049 2127050 llmg_1601 llmg_1602 deoB   FALSE 0.084 187.000 0.000 NA N -0.585
 2127050 2127051 llmg_1602 llmg_1603   tagB FALSE 0.123 100.000 0.000 NA N -0.367
 2127051 2127052 llmg_1603 llmg_1604 tagB tagF TRUE 0.998 -10.000 0.500 0.001 Y 0.387
 2127052 2127053 llmg_1604 llmg_1605 tagF   TRUE 0.706 23.000 0.000 NA   -0.171
 2127053 2127054 llmg_1605 llmg_1606   tagD2 TRUE 0.792 -3.000 0.000 NA   -0.573
 2127054 2127055 llmg_1606 llmg_1607 tagD2   TRUE 0.659 51.000 0.000 NA   -0.957
 2127055 2127056 llmg_1607 llmg_1608     FALSE 0.405 97.000 0.000 NA   -0.595
 2127056 2127057 llmg_1608 llmg_1609     TRUE 0.820 3.000 0.000 1.000   0.407
 2127057 2127058 llmg_1609 llmg_pseudo_46   glf2 TRUE 0.770 -7.000 0.000 NA   NA
 2127059 2127060 llmg_1611 llmg_1612 tnp712   TRUE 0.945 12.000 0.000 1.000 Y NA
 2127061 2127062 llmg_1613 llmg_1614     TRUE 0.768 15.000 0.000 NA   0.166
 2127062 2127063 llmg_1614 llmg_1615     TRUE 0.877 10.000 0.000 NA   0.573
 2127063 2127064 llmg_1615 llmg_1616   ugd TRUE 0.796 14.000 0.000 1.000   0.342
 2127064 2127065 llmg_1616 llmg_1617 ugd   TRUE 0.833 54.000 0.000 NA   0.797
 2127065 2127066 llmg_1617 llmg_1618     TRUE 0.858 21.000 0.069 NA   -0.189
 2127066 2127067 llmg_1618 llmg_1619     TRUE 0.848 -13.000 0.000 NA   0.293
 2127067 2127068 llmg_1619 llmg_1620     TRUE 0.863 -3.000 0.000 NA   0.464
 2127068 2127069 llmg_1620 llmg_1621     TRUE 0.881 -3.000 0.000 NA   0.528
 2127069 2127070 llmg_1621 llmg_1622   tagG TRUE 0.829 17.000 0.000 NA   0.460
 2127070 2127071 llmg_1622 llmg_1623 tagG tagH TRUE 0.997 11.000 0.808 NA Y 0.490
 2127071 2127072 llmg_1623 llmg_1624 tagH tagL TRUE 0.874 63.000 0.000 NA Y 0.044
 2127072 2127073 llmg_1624 llmg_1625 tagL   FALSE 0.302 324.000 0.000 NA   0.722
 2127073 2127074 llmg_1625 llmg_pseudo_47     TRUE 0.738 0.000 0.000 NA   NA
 2127074 2127075 llmg_pseudo_47 llmg_1627   rmaH TRUE 0.770 -7.000 0.000 NA   NA
 2127075 2127076 llmg_1627 llmg_1628 rmaH   FALSE 0.332 157.000 0.000 NA   -0.607
 2127076 2127077 llmg_1628 llmg_1629     TRUE 0.485 173.000 0.000 NA   0.609
 2127077 2127078 llmg_1629 llmg_1630     FALSE 0.160 224.000 0.000 NA   NA
 2127078 2127079 llmg_1630 llmg_1631   gyrB FALSE 0.347 98.000 0.000 NA   NA
 2127079 2127080 llmg_1631 llmg_1632 gyrB   TRUE 0.551 154.000 0.013 1.000   0.581
 2127080 2127081 llmg_1632 llmg_1633     TRUE 0.689 66.000 0.000 NA   0.528
 2127081 2127082 llmg_1633 llmg_1634     FALSE 0.436 138.000 0.000 NA   0.313
 2127082 2127083 llmg_1634 llmg_1635     TRUE 0.988 -19.000 0.341 NA   0.680
 2127083 2127084 llmg_1635 llmg_1636     TRUE 0.485 123.000 0.000 1.000 N 0.699
 2127084 2127085 llmg_1636 llmg_1637   mleP FALSE 0.345 186.000 0.000 1.000 N 0.719
 2127085 2127086 llmg_1637 llmg_1638 mleP mleS TRUE 0.966 15.000 0.000 1.000 Y 0.539
 2127086 2127087 llmg_1638 llmg_1639 mleS   FALSE 0.147 415.000 0.000 1.000   0.481
 2127087 2127088 llmg_1639 llmg_1640     FALSE 0.346 111.000 0.000 NA   NA
 2127088 2127089 llmg_1640 llmg_1641   butA FALSE 0.121 273.000 0.000 NA   NA
 2127089 2127090 llmg_1641 llmg_1642 butA butB TRUE 0.890 36.000 0.000 0.001 N 0.439
 2127090 2127091 llmg_1642 llmg_1643 butB rodA FALSE 0.025 298.000 0.000 1.000 N -0.100
 2127091 2127092 llmg_1643 llmg_1644 rodA   FALSE 0.198 212.000 0.000 NA   -0.280
 2127092 2127093 llmg_1644 llmg_1645     TRUE 0.928 -3.000 0.000 NA   0.897
 2127093 2127094 llmg_1645 llmg_1646   ppiB TRUE 0.956 -37.000 0.110 1.000 N 0.943
 2127094 2127095 llmg_1646 llmg_1647 ppiB   TRUE 0.662 99.000 0.000 1.000   0.966
 2127095 2127096 llmg_1647 llmg_1648   llrD TRUE 0.909 71.000 0.164 1.000   0.829
 2127096 2127097 llmg_1648 llmg_1649 llrD kinD TRUE 0.998 28.000 0.853 0.004 Y -0.760
 2127097 2127098 llmg_1649 llmg_1650 kinD   TRUE 0.984 -3.000 0.679 NA   -0.640
 2127098 2127099 llmg_1650 llmg_1651     FALSE 0.083 390.000 0.000 NA   NA
 2127099 2127100 llmg_1651 llmg_1652     FALSE 0.062 716.000 0.000 NA   NA
 2127100 2127101 llmg_1652 llmg_1653     FALSE 0.179 332.000 0.000 NA   0.460
 2127101 2127102 llmg_1653 llmg_1654   tnp981 TRUE 0.742 59.000 0.000 NA   0.586
 2127102 2127103 llmg_1654 llmg_1655 tnp981   TRUE 0.906 12.000 0.000 0.073   0.202
 2127105 2127106 llmg_1657 llmg_1658 xerD   TRUE 0.561 135.000 0.000 NA   0.552
 2127106 2127107 llmg_1658 llmg_1659     FALSE 0.420 189.000 0.000 NA   0.588
 2127109 2127110 llmg_1661 llmg_1662 hslB uspA FALSE 0.289 225.000 0.000 1.000 N 0.784
 2127114 2127115 llmg_1666 llmg_1667     FALSE 0.381 231.000 0.000 NA   0.673
 2127115 2127116 llmg_1667 llmg_1668     TRUE 0.799 -7.000 0.000 NA   0.034
 2127117 2127118 llmg_1669 llmg_1670     FALSE 0.307 338.000 0.000 NA   0.776
 2127119 2127120 llmg_1671 llmg_1672 rplS   FALSE 0.314 160.000 0.000 1.000   -0.653
 2127122 2127123 llmg_1674 llmg_1675 mleR   FALSE 0.066 361.000 0.000 1.000 N 0.450
 2127123 2127124 llmg_1675 llmg_1676     TRUE 0.816 108.000 0.222 1.000 N 0.703
 2127124 2127125 llmg_1676 llmg_1677     FALSE 0.328 151.000 0.000 NA   -0.020
 2127125 2127126 llmg_1677 llmg_1678   mraY FALSE 0.263 199.000 0.000 NA   0.275
 2127126 2127127 llmg_1678 llmg_1679 mraY pbpX TRUE 0.874 75.000 0.038 1.000 Y -0.443
 2127127 2127128 llmg_1679 llmg_1680 pbpX ftsL TRUE 0.979 -3.000 0.456 NA N 0.639
 2127128 2127129 llmg_1680 llmg_1681 ftsL mraW FALSE 0.402 156.000 0.077 NA N -0.771
 2127129 2127130 llmg_1681 llmg_1682 mraW   FALSE 0.341 231.000 0.000 1.000   0.623
 2127130 2127131 llmg_1682 llmg_1683     TRUE 0.879 22.000 0.000 0.053   -0.113
 2127131 2127132 llmg_1683 llmg_1684     TRUE 0.553 95.000 0.000 NA   0.500
 2127132 2127133 llmg_1684 llmg_1685   recN FALSE 0.071 702.000 0.000 NA   -0.356
 2127133 2127134 llmg_1685 llmg_1686 recN ahrC FALSE 0.203 180.000 0.037 1.000 N 0.141
 2127134 2127135 llmg_1686 llmg_1687 ahrC   TRUE 0.909 -3.000 0.048 1.000 N 0.986
 2127135 2127136 llmg_1687 llmg_1688     TRUE 0.736 76.000 0.000 1.000   0.864
 2127136 2127137 llmg_1688 llmg_1689   ispA TRUE 0.916 1.000 0.000 1.000   0.935
 2127137 2127138 llmg_1689 llmg_pseudo_49 ispA glxK FALSE 0.233 177.000 0.000 NA   NA
 2127138 2127139 llmg_pseudo_49 llmg_1691 glxK xseB FALSE 0.250 169.000 0.000 NA   NA
 2127139 2127140 llmg_1691 llmg_1692 xseB xseA TRUE 0.997 3.000 0.412 0.001 Y -0.538
 2127140 2127141 llmg_1692 llmg_1693 xseA folD TRUE 0.537 171.000 0.045 1.000 N 0.943
 2127145 2127146 llmg_1698 llmg_1699   choS FALSE 0.198 289.000 0.000 NA   0.436
 2127146 2127147 llmg_1699 llmg_1700 choS choQ TRUE 0.853 -3.000 0.000 1.000 N 0.970
 2127149 2127150 llmg_1702 llmg_1703 gshR   TRUE 0.547 139.000 0.000 0.006 N 0.070
 2127150 2127151 llmg_1703 llmg_1704   alr FALSE 0.074 161.000 0.000 1.000 N -0.371
 2127151 2127152 llmg_1704 llmg_1705 alr acpS TRUE 0.869 44.000 0.093 1.000 N 0.677
 2127152 2127153 llmg_1705 llmg_1706 acpS pepV FALSE 0.207 129.000 0.000 1.000 N 0.340
 2127155 2127156 llmg_1708 llmg_1709   maa2 FALSE 0.222 205.000 0.000 1.000   0.169
 2127156 2127157 llmg_1709 llmg_1710 maa2   TRUE 0.532 184.000 0.000 NA   0.732
 2127159 2127160 llmg_1713 llmg_1714 tnp981   TRUE 0.887 12.000 0.000 0.072   NA
 2127161 2127162 llmg_1715 llmg_1716   tnp904 TRUE 0.878 96.000 0.000 0.072 Y NA
 2127163 2127164 llmg_1717 llmg_1718 mutY uvrC TRUE 0.798 98.000 0.000 1.000 Y 0.169
 2127164 2127165 llmg_1718 llmg_1719 uvrC pnuC1 FALSE 0.184 96.000 0.000 1.000 N 0.263
 2127165 2127166 llmg_1719 llmg_1720 pnuC1 udp TRUE 0.891 18.000 0.039 1.000 N 0.831
 2127166 2127167 llmg_1720 llmg_pseudo_52 udp kinX FALSE 0.327 139.000 0.000 NA   NA
 2127167 2127168 llmg_pseudo_52 llmg_pseudo_53 kinX llrX FALSE 0.092 347.000 0.000 NA   NA
 2127168 2127169 llmg_pseudo_53 llmg_1723 llrX   FALSE 0.348 113.000 0.000 NA   NA
 2127169 2127170 llmg_1723 llmg_1724   rpsA FALSE 0.217 196.000 0.000 NA   -0.231
 2127170 2127171 llmg_1724 llmg_1725 rpsA trmU TRUE 0.728 255.000 0.000 1.000 Y 0.820
 2127172 2127173 llmg_1726 llmg_1727     TRUE 0.490 71.000 0.000 NA   -0.492
 2127173 2127174 llmg_1727 llmg_1728     TRUE 0.779 -10.000 0.000 NA   NA
 2127175 2127176 llmg_1729 llmg_1730 copA merP TRUE 0.918 187.000 0.000 0.001 Y 0.645
 2127176 2127177 llmg_1730 llmg_1731 merP copR FALSE 0.393 19.000 0.000 1.000 N 0.117
 2127177 2127178 llmg_1731 llmg_1732 copR sdaA FALSE 0.202 122.000 0.000 1.000 N 0.313
 2127178 2127179 llmg_1732 llmg_1733 sdaA sdaB TRUE 0.997 20.000 0.221 0.001 Y 0.916
 2127179 2127180 llmg_1733 llmg_1734 sdaB noxB FALSE 0.166 114.000 0.000 1.000 N -0.800
 2127180 2127181 llmg_1734 llmg_1735 noxB noxA TRUE 0.917 144.000 0.000 0.001 Y 0.143
 2127181 2127182 llmg_1735 llmg_1736 noxA   TRUE 0.555 131.000 0.000 NA   0.529
 2127182 2127183 llmg_1736 llmg_1737   cpo FALSE 0.340 160.000 0.000 NA   -0.787
 2127183 2127184 llmg_1737 llmg_1738 cpo   FALSE 0.347 252.000 0.000 1.000   0.683
 2127184 2127185 llmg_1738 llmg_pseudo_54     FALSE 0.367 85.000 0.000 NA   NA
 2127185 2127186 llmg_pseudo_54 llmg_1740     FALSE 0.077 416.000 0.000 NA   NA
 2127186 2127187 llmg_1740 llmg_1741   leuS FALSE 0.176 332.000 0.000 1.000 N 0.731
 2127187 2127188 llmg_1741 llmg_1742 leuS   TRUE 0.745 71.000 0.000 1.000   0.972
 2127188 2127189 llmg_1742 llmg_1743   prsA TRUE 0.483 73.000 0.000 1.000   0.181
 2127189 2127190 llmg_1743 llmg_1744 prsA ftsY FALSE 0.093 177.000 0.000 1.000 N -0.695
 2127190 2127191 llmg_1744 llmg_1745 ftsY   TRUE 0.526 62.000 0.000 NA   -0.209
 2127191 2127192 llmg_1745 llmg_1746     TRUE 0.764 10.000 0.000 NA   0.058
 2127194 2127195 llmg_1748 llmg_1749     TRUE 0.993 -3.000 0.957 NA   0.477
 2127195 2127196 llmg_1749 llmg_1750     FALSE 0.427 91.000 0.000 NA   0.172
 2127196 2127197 llmg_1750 llmg_1751     FALSE 0.450 91.000 0.000 NA   0.256
 2127197 2127198 llmg_1751 llmg_1752   smc FALSE 0.037 242.000 0.000 1.000 N -0.020
 2127198 2127199 llmg_1752 llmg_1753 smc rnc TRUE 0.868 -10.000 0.120 1.000 N -0.347
 2127199 2127200 llmg_1753 llmg_1754 rnc argF FALSE 0.061 175.000 0.000 1.000 N -0.103
 2127200 2127201 llmg_1754 llmg_1755 argF argB TRUE 0.942 28.000 0.000 1.000 Y 0.292
 2127201 2127202 llmg_1755 llmg_1756 argB argD TRUE 0.982 -3.000 0.005 1.000 Y 0.750
 2127202 2127203 llmg_1756 llmg_1757 argD argJ TRUE 0.974 13.000 0.000 1.000 Y 0.681
 2127203 2127204 llmg_1757 llmg_1758 argJ argC TRUE 0.996 12.000 0.303 0.003 Y -0.297
 2127204 2127205 llmg_1758 llmg_1759 argC   FALSE 0.382 141.000 0.000 NA   -0.620
 2127205 2127206 llmg_1759 llmg_1760     FALSE 0.370 104.000 0.000 NA   -0.129
 2127208 2127209 llmg_1762 llmg_1763     TRUE 0.985 17.000 0.710 NA   0.479
 2127209 2127210 llmg_1763 llmg_1764   metS FALSE 0.077 518.000 0.000 NA   -0.089
 2127211 2127212 llmg_1765 llmg_1766 exoA   FALSE 0.103 89.000 0.000 1.000 N -0.141
 2127212 2127213 llmg_1766 llmg_1767   rdrA FALSE 0.287 252.000 0.000 0.052 N 0.406
 2127214 2127215 llmg_1768 llmg_1769     TRUE 0.540 76.000 0.000 NA   0.374
 2127215 2127216 llmg_1769 llmg_1770   noxC TRUE 0.754 27.000 0.000 NA   0.284
 2127216 2127217 llmg_1770 llmg_1771 noxC   TRUE 0.975 -3.000 0.163 NA   0.896
 2127217 2127218 llmg_1771 llmg_1772     TRUE 0.980 11.000 0.000 NA Y 0.866
 2127218 2127219 llmg_1772 llmg_1773     TRUE 0.613 57.000 0.000 NA   0.251
 2127219 2127220 llmg_1773 llmg_1774     TRUE 0.729 2.000 0.000 NA   NA
 2127220 2127221 llmg_1774 llmg_1775   cysK FALSE 0.334 134.000 0.000 NA   NA
 2127221 2127222 llmg_1775 llmg_1776 cysK metC TRUE 0.889 215.000 0.000 0.010 Y 0.983
 2127222 2127223 llmg_1776 llmg_1777 metC accA FALSE 0.109 131.000 0.000 1.000 N -0.452
 2127223 2127224 llmg_1777 llmg_1778 accA accD TRUE 0.996 -7.000 0.234 0.001 Y -0.566
 2127224 2127225 llmg_1778 llmg_1779 accD accC TRUE 0.959 86.000 0.090 0.002 Y -0.562
 2127225 2127226 llmg_1779 llmg_1780 accC   TRUE 0.770 -7.000 0.000 NA   NA
 2127226 2127227 llmg_1780 llmg_1781   fabZ2 FALSE 0.166 219.000 0.000 NA   NA
 2127227 2127228 llmg_1781 llmg_1782 fabZ2 accB TRUE 0.940 127.000 0.047 0.005 Y -0.722
 2127228 2127229 llmg_1782 llmg_1783 accB fabF TRUE 0.988 7.000 0.074 1.000 Y 0.864
 2127229 2127230 llmg_1783 llmg_1784 fabF fabG1 TRUE 0.952 41.000 0.056 1.000 Y -0.544
 2127230 2127231 llmg_1784 llmg_1785 fabG1 fabD TRUE 0.983 129.000 0.432 0.005 Y -0.580
 2127231 2127232 llmg_1785 llmg_1786 fabD acpA FALSE 0.453 286.000 0.010 0.005   0.361
 2127232 2127233 llmg_1786 llmg_1787 acpA fabH TRUE 0.740 181.000 0.065 0.005   0.287
 2127233 2127234 llmg_1787 llmg_1788 fabH rmaG TRUE 0.819 0.000 0.070 1.000 N -0.878
 2127234 2127235 llmg_1788 llmg_1789 rmaG pmi FALSE 0.035 407.000 0.000 1.000 N -0.940
 2127237 2127238 llmg_1791 llmg_1792 rbfA infB TRUE 0.934 246.000 0.530 1.000 Y 0.570
 2127238 2127239 llmg_1792 llmg_1793 infB   TRUE 0.982 21.000 0.223 NA Y -0.311
 2127239 2127240 llmg_1793 llmg_1794     TRUE 0.954 3.000 0.408 NA N -0.795
 2127240 2127241 llmg_1794 llmg_1796   nusA TRUE 0.929 166.000 0.323 NA Y -0.701
 2127241 2127242 llmg_1796 llmg_1797 nusA   TRUE 0.946 168.000 0.759 NA   0.767
 2127243 2127244 llmg_1798 llmg_1799 lrgA lrgB TRUE 0.916 19.000 0.121 1.000   0.367
 2127245 2127246 llmg_1800 llmg_1801   srtC TRUE 0.742 14.000 0.000 NA   -0.249
 2127246 2127247 llmg_1801 llmg_1802 srtC   TRUE 0.632 51.000 0.000 NA   -0.673
 2127247 2127248 llmg_1802 llmg_1803     TRUE 0.586 116.000 0.000 NA   0.568
 2127248 2127249 llmg_1803 llmg_1804     FALSE 0.086 433.000 0.000 1.000   -0.541
 2127249 2127250 llmg_1804 llmg_1805   pgdA TRUE 0.574 105.000 0.000 1.000   0.582
 2127250 2127251 llmg_1805 llmg_1806 pgdA   TRUE 0.621 112.000 0.002 NA   0.622
 2127251 2127252 llmg_1806 llmg_1807     TRUE 0.680 108.000 0.000 NA   0.946
 2127252 2127253 llmg_1807 llmg_1808   dnaI TRUE 0.918 -7.000 0.048 1.000 N 0.973
 2127253 2127254 llmg_1808 llmg_1809 dnaI dnaB TRUE 0.996 0.000 0.817 NA Y -0.444
 2127254 2127255 llmg_1809 llmg_1810 dnaB   TRUE 0.532 83.000 0.109 NA N -0.455
 2127255 2127256 llmg_1810 llmg_1811     FALSE 0.245 188.000 0.000 NA   -0.504
 2127256 2127257 llmg_1811 llmg_1812     TRUE 0.800 126.000 0.154 NA   0.521
 2127257 2127258 llmg_1812 llmg_1813     TRUE 0.528 69.000 0.000 NA   0.171
 2127258 2127259 llmg_1813 llmg_1814   dnaC TRUE 0.481 226.000 0.053 NA   0.591
 2127259 2127260 llmg_1814 llmg_1815 dnaC rplI TRUE 0.914 6.000 0.100 1.000 N 0.628
 2127260 2127261 llmg_1815 llmg_1816 rplI   TRUE 0.848 -3.000 0.119 1.000 N -0.204
 2127261 2127262 llmg_1816 llmg_1817     TRUE 0.679 93.000 0.000 1.000   0.726
 2127263 2127264 llmg_1818 llmg_1819 rmaA   TRUE 0.928 -16.000 0.000 1.000   0.690
 2127264 2127265 llmg_1819 llmg_1820   thrA FALSE 0.227 222.000 0.000 1.000   0.336
 2127266 2127267 llmg_1821 llmg_1822     TRUE 0.602 164.000 0.000 NA   0.807
 2127269 2127270 llmg_1824 llmg_1825     TRUE 0.660 30.000 0.000 NA   NA
 2127270 2127271 llmg_1825 llmg_1826     TRUE 0.691 95.000 0.000 1.000   0.906
 2127271 2127272 llmg_1826 llmg_1827     TRUE 0.988 7.000 0.342 0.051 N 0.911
 2127273 2127274 llmg_1828 llmg_1829 menF menD TRUE 0.967 42.000 0.142 1.000 Y 0.105
 2127274 2127275 llmg_1829 llmg_1830 menD menX TRUE 0.964 -10.000 0.355 1.000 N 0.345
 2127275 2127276 llmg_1830 llmg_1831 menX menB FALSE 0.442 323.000 0.280 1.000 N 0.496
 2127276 2127277 llmg_1831 llmg_1832 menB menE TRUE 0.909 157.000 0.193 0.001 N 0.753
 2127277 2127278 llmg_1832 llmg_1833 menE menC TRUE 0.903 -3.000 0.029 1.000 N 0.857
 2127278 2127279 llmg_1833 llmg_1834 menC   FALSE 0.041 403.000 0.013 NA N 0.021
 2127280 2127281 llmg_1835 llmg_1836 rliC xylS FALSE 0.409 87.000 0.067 1.000 N -0.111
 2127281 2127282 llmg_1836 llmg_1837 xylS   TRUE 0.825 27.000 0.000 NA   0.511
 2127282 2127283 llmg_1837 llmg_1838     FALSE 0.431 78.000 0.000 NA   -0.025
 2127283 2127284 llmg_1838 llmg_1839     TRUE 0.993 63.000 0.714 0.034 Y -0.143
 2127284 2127285 llmg_1839 llmg_1840   tnp981 FALSE 0.035 178.000 0.000 1.000 N NA
 2127285 2127286 llmg_1840 llmg_1841 tnp981   TRUE 0.888 12.000 0.000 0.071   NA
 2127288 2127289 llmg_1843 llmg_1844     TRUE 0.915 1.000 0.000 0.019   -0.233
 2127289 2127290 llmg_1844 llmg_1845     TRUE 0.937 -12.000 0.000 0.019   0.071
 2127290 2127291 llmg_1845 llmg_1846   cspB FALSE 0.217 323.000 0.000 1.000   0.566
 2127291 2127292 llmg_1846 llmg_1847 cspB cspA TRUE 0.833 269.000 0.000 0.052 Y 0.805
 2127292 2127293 llmg_1847 llmg_1848 cspA   FALSE 0.345 123.000 0.000 NA   NA
 2127293 2127294 llmg_1848 llmg_tRNA_39   tRNA-Met FALSE 0.350 119.000 0.000 NA   NA
 2127294 2127295 llmg_tRNA_39 llmg_1849 tRNA-Met metE2 FALSE 0.301 149.000 0.000 NA   NA
 2127298 2127299 llmg_1852 llmg_1853     TRUE 0.786 67.000 0.000 NA   0.925
 2127299 2127300 llmg_1853 llmg_1854   apl FALSE 0.172 275.000 0.000 1.000   0.331
 2127300 2127301 llmg_1854 llmg_1855 apl   FALSE 0.145 314.000 0.000 NA   -0.900
 2127302 2127303 llmg_1856 llmg_1857 lmrA   TRUE 0.603 92.000 0.071 1.000   -0.146
 2127303 2127304 llmg_1857 llmg_1859     FALSE 0.101 352.000 0.000 NA   -0.097
 2127304 2127305 llmg_1859 llmg_1860   rmaB TRUE 0.806 27.000 0.000 NA N 0.963
 2127305 2127306 llmg_1860 llmg_1861 rmaB cydD FALSE 0.025 334.000 0.000 1.000 N 0.039
 2127306 2127307 llmg_1861 llmg_1862 cydD cydC TRUE 0.996 0.000 0.168 0.008 Y 0.993
 2127307 2127308 llmg_1862 llmg_1863 cydC cydB TRUE 0.812 199.000 0.061 1.000 Y 0.512
 2127308 2127309 llmg_1863 llmg_1864 cydB cydA TRUE 0.999 0.000 0.950 0.023 Y 0.888
 2127309 2127310 llmg_1864 llmg_1865 cydA dtpT FALSE 0.113 722.000 0.000 0.063 N 0.187
 2127310 2127311 llmg_1865 llmg_1866 dtpT   FALSE 0.077 536.000 0.000 NA   -0.359
 2127311 2127312 llmg_1866 llmg_1867     TRUE 0.629 39.000 0.000 NA   NA
 2127312 2127313 llmg_1867 llmg_1868     TRUE 0.728 100.000 0.000 0.001   NA
 2127313 2127314 llmg_1868 llmg_1869   apu TRUE 0.555 76.000 0.000 1.000 N 0.705
 2127316 2127317 llmg_1871 llmg_1872 glgP glgA TRUE 0.924 84.000 0.171 1.000 Y 0.066
 2127317 2127318 llmg_1872 llmg_1873 glgA glgD TRUE 0.980 54.000 0.395 1.000 Y 0.042
 2127318 2127319 llmg_1873 llmg_1874 glgD glgC TRUE 0.999 -10.000 0.810 0.001 Y 0.125
 2127319 2127320 llmg_1874 llmg_pseudo_78 glgC malQ FALSE 0.343 100.000 0.000 NA   NA
 2127322 2127323 llmg_pseudo_79 llmg_1878 malQ nusB FALSE 0.159 225.000 0.000 NA   NA
 2127323 2127324 llmg_1878 llmg_1879 nusB   TRUE 0.985 -7.000 0.265 NA   0.831
 2127324 2127325 llmg_1879 llmg_1880   efp TRUE 0.704 147.000 0.031 NA   0.716
 2127325 2127326 llmg_1880 llmg_1881 efp pepP TRUE 0.593 132.000 0.160 1.000 N 0.179
 2127326 2127327 llmg_1881 llmg_1882 pepP ksgA FALSE 0.117 108.000 0.000 1.000 N 0.060
 2127327 2127328 llmg_1882 llmg_1883 ksgA   TRUE 0.726 131.000 0.093 1.000 N 0.907
 2127328 2127329 llmg_1883 llmg_1884   flaR FALSE 0.450 -22.000 0.000 1.000 N -0.312
 2127329 2127330 llmg_1884 llmg_1885 flaR tatD TRUE 0.775 34.000 0.000 NA N 0.699
 2127330 2127331 llmg_1885 llmg_1886 tatD intTn5276 TRUE 0.805 145.000 0.000 NA Y 0.360
 2127331 2127332 llmg_1886 llmg_1887 intTn5276 xisTn5276 FALSE 0.422 83.000 0.000 NA   -0.517
 2127332 2127333 llmg_1887 llmg_1888 xisTn5276 ardA TRUE 0.698 27.000 0.000 NA   -0.298
 2127333 2127334 llmg_1888 llmg_1889 ardA   TRUE 0.711 24.000 0.000 NA   -0.399
 2127334 2127335 llmg_1889 llmg_1890   isp2 TRUE 0.544 95.000 0.000 NA   0.485
 2127336 2127337 llmg_pseudo_56 llmg_1893 tnpIS-LL6 tnp904 FALSE 0.148 234.000 0.000 NA   NA
 2127337 2127338 llmg_1893 llmg_1894 tnp904   FALSE 0.072 218.000 0.000 1.000 N 0.228
 2127339 2127340 llmg_1895 llmg_1896 phoU pstA TRUE 0.943 243.000 0.413 NA Y 0.748
 2127340 2127341 llmg_1896 llmg_1897 pstA pstB TRUE 0.988 208.000 0.542 0.001 Y 0.799
 2127341 2127342 llmg_1897 llmg_1898 pstB pstC TRUE 0.996 33.000 0.490 0.002 Y -0.112
 2127342 2127343 llmg_1898 llmg_1899 pstC pstD TRUE 0.999 0.000 0.907 0.002 Y -0.361
 2127343 2127344 llmg_1899 llmg_1900 pstD pstE TRUE 0.794 141.000 0.000 1.000 Y 0.281
 2127344 2127345 llmg_1900 llmg_1901 pstE pstF TRUE 0.639 340.000 0.000 0.034 Y -0.683
 2127345 2127346 llmg_1901 llmg_1902 pstF smpB FALSE 0.047 213.000 0.000 1.000 N 0.004
 2127346 2127347 llmg_1902 llmg_1903 smpB   FALSE 0.374 65.000 0.000 NA N 0.377
 2127349 2127350 llmg_1905 llmg_1906   alaS FALSE 0.174 97.000 0.000 1.000 N 0.245
 2127350 2127351 llmg_1906 llmg_1907 alaS pmpA FALSE 0.147 263.000 0.000 1.000 N 0.572
 2127351 2127352 llmg_1907 llmg_1908 pmpA   FALSE 0.363 146.000 0.000 1.000   0.174
 2127352 2127353 llmg_1908 llmg_1909   pepF TRUE 0.735 3.000 0.000 1.000   -0.237
 2127353 2127354 llmg_1909 llmg_pseudo_57 pepF coiA FALSE 0.411 75.000 0.000 NA   NA
 2127354 2127355 llmg_pseudo_57 llmg_1911 coiA   FALSE 0.411 75.000 0.000 NA   NA
 2127355 2127356 llmg_1911 llmg_1912     TRUE 0.500 153.000 0.000 NA   0.533
 2127356 2127357 llmg_1912 llmg_1913   pbuO FALSE 0.333 209.000 0.000 NA   0.499
 2127358 2127359 llmg_1914 llmg_1915     TRUE 0.525 182.000 0.000 NA   0.974
 2127359 2127360 llmg_1915 llmg_1916     TRUE 0.999 10.000 0.947 NA Y 0.880
 2127360 2127361 llmg_1916 llmg_1917     TRUE 0.996 3.000 0.500 0.001   0.960
 2127362 2127363 llmg_1918 llmg_1919     FALSE 0.433 114.000 0.000 NA   0.233
 2127363 2127364 llmg_1919 llmg_1920     FALSE 0.278 180.000 0.000 1.000   0.207
 2127366 2127367 llmg_1922 llmg_1923 recD gpmC TRUE 0.725 -3.000 0.041 1.000 N 0.025
 2127367 2127368 llmg_1923 llmg_1924 gpmC pheA TRUE 0.851 3.000 0.000 1.000 N 0.893
 2127368 2127369 llmg_1924 llmg_1925 pheA aroK TRUE 0.979 2.000 0.000 1.000 Y 0.821
 2127369 2127370 llmg_1925 llmg_1926 aroK aroA TRUE 0.972 24.000 0.000 1.000 Y 0.953
 2127370 2127371 llmg_1926 llmg_1927 aroA tyrA TRUE 0.901 120.000 0.069 1.000 Y 0.447
 2127371 2127372 llmg_1927 llmg_1928 tyrA kinG TRUE 0.828 4.000 0.000 1.000 N 0.986
 2127372 2127373 llmg_1928 llmg_1929 kinG llrG TRUE 0.998 -13.000 0.812 1.000 Y 0.984
 2127373 2127374 llmg_1929 llmg_1930 llrG   TRUE 0.855 3.000 0.000 NA N 0.920
 2127374 2127375 llmg_1930 llmg_pseudo_58     FALSE 0.215 186.000 0.000 NA   NA
 2127375 2127376 llmg_pseudo_58 llmg_1932     TRUE 0.770 -7.000 0.000 NA   NA
 2127376 2127377 llmg_1932 llmg_1933     FALSE 0.229 194.000 0.000 NA   -0.450
 2127377 2127378 llmg_1933 llmg_1934   aroC TRUE 0.631 123.000 0.000 NA   0.651
 2127378 2127379 llmg_1934 llmg_pseudo_59 aroC   TRUE 0.655 31.000 0.000 NA   NA
 2127379 2127380 llmg_pseudo_59 llmg_1936     TRUE 0.724 5.000 0.000 NA   NA
 2127380 2127381 llmg_1936 llmg_1937     FALSE 0.290 372.000 0.000 NA   0.791
 2127381 2127382 llmg_1937 llmg_1938   aroB FALSE 0.390 114.000 0.000 NA   -0.456
 2127382 2127383 llmg_1938 llmg_1939 aroB aroE TRUE 0.982 -3.000 0.010 1.000 Y 0.724
 2127383 2127384 llmg_1939 llmg_1941 aroE   FALSE 0.256 178.000 0.000 NA   -0.084
 2127385 2127386 llmg_1942 llmg_1943 glnP glnQ TRUE 0.992 23.000 0.326 1.000 Y 0.618
 2127387 2127388 llmg_1944 llmg_1945   atpC FALSE 0.369 104.000 0.000 NA   -0.145
 2127388 2127389 llmg_1945 llmg_1946 atpC atpD TRUE 0.993 185.000 0.837 0.003 Y 0.859
 2127389 2127390 llmg_1946 llmg_1947 atpD atpG TRUE 0.995 121.000 0.724 0.003 Y 0.985
 2127390 2127391 llmg_1947 llmg_1948 atpG atpA TRUE 0.999 16.000 0.846 0.003 Y 0.917
 2127391 2127392 llmg_1948 llmg_1949 atpA atpH TRUE 0.993 189.000 0.864 0.003 Y 0.940
 2127392 2127393 llmg_1949 llmg_1950 atpH atpF TRUE 0.997 2.000 0.222 0.003 Y 0.972
 2127393 2127394 llmg_1950 llmg_1951 atpF atpB TRUE 0.993 15.000 0.032 0.003 Y 0.751
 2127394 2127395 llmg_1951 llmg_1952 atpB atpE TRUE 0.958 47.000 0.189 0.003   0.070
 2127395 2127396 llmg_1952 llmg_1953 atpE estA TRUE 0.550 183.000 0.000 NA   0.832
 2127396 2127397 llmg_1953 llmg_pseudo_60 estA comEC FALSE 0.116 284.000 0.000 NA   NA
 2127397 2127398 llmg_pseudo_60 llmg_1955 comEC comEA TRUE 0.793 -19.000 0.000 NA   NA
 2127398 2127399 llmg_1955 llmg_1956 comEA   FALSE 0.125 100.000 0.000 NA N -0.033
 2127399 2127400 llmg_1956 llmg_1957     TRUE 0.902 -3.000 0.059 NA   0.241
 2127400 2127401 llmg_1957 llmg_1958     FALSE 0.382 106.000 0.000 NA   0.033
 2127401 2127402 llmg_1958 llmg_1959   bar FALSE 0.123 329.000 0.000 NA   -0.626
 2127402 2127403 llmg_1959 llmg_1960 bar   FALSE 0.072 174.000 0.000 1.000 N -0.463
 2127403 2127404 llmg_1960 llmg_1961   tenA FALSE 0.041 389.000 0.000 1.000 N 0.301
 2127404 2127405 llmg_1961 llmg_1962 tenA   FALSE 0.158 218.000 0.000 1.000   NA
 2127405 2127406 llmg_1962 llmg_1963   birA1 TRUE 0.841 -6.000 0.034 1.000   NA
 2127406 2127407 llmg_1963 llmg_1964 birA1 bioY TRUE 0.886 6.000 0.017 NA   0.504
 2127408 2127409 llmg_1965 llmg_pseudo_61   fadA TRUE 0.779 -10.000 0.000 NA   NA
 2127409 2127410 llmg_pseudo_61 llmg_pseudo_62 fadA tnpIS-LL6 TRUE 0.804 -275.000 0.000 NA   NA
 2127411 2127412 llmg_1966 llmg_1967     TRUE 0.762 0.000 0.000 NA   -0.116
 2127412 2127413 llmg_1967 llmg_1968     TRUE 0.688 108.000 0.118 NA   0.195
 2127413 2127414 llmg_1968 llmg_1969   sufB FALSE 0.102 349.000 0.000 NA   -0.204
 2127414 2127415 llmg_1969 llmg_1970 sufB nifU TRUE 0.925 96.000 0.152 0.001 N 0.831
 2127415 2127416 llmg_1970 llmg_1971 nifU   TRUE 0.664 134.000 0.000 NA   0.962
 2127416 2127417 llmg_1971 llmg_1972     TRUE 0.917 2.000 0.000 NA   0.944
 2127417 2127418 llmg_1972 llmg_1973     TRUE 0.985 0.000 0.606 1.000 N 0.959
 2127418 2127419 llmg_1973 llmg_1974     TRUE 0.936 140.000 0.139 1.000 Y 0.612
 2127420 2127421 llmg_1975 llmg_pseudo_63   tnp1077 FALSE 0.336 132.000 0.000 NA   NA
 2127422 2127423 llmg_1976 llmg_1977     TRUE 0.943 3.000 0.267 NA N 0.414
 2127423 2127424 llmg_1977 llmg_1978   gltQ FALSE 0.425 130.000 0.000 NA N 0.617
 2127424 2127425 llmg_1978 llmg_1979 gltQ gltP TRUE 0.997 0.000 0.640 1.000 Y 0.841
 2127425 2127426 llmg_1979 llmg_1980 gltP   FALSE 0.124 147.000 0.000 1.000 N 0.159
 2127426 2127427 llmg_1980 llmg_1981   rpoC FALSE 0.097 124.000 0.000 1.000 N -0.291
 2127427 2127428 llmg_1981 llmg_1982 rpoC rpoB TRUE 0.997 109.000 0.851 0.001 Y 0.769
 2127428 2127429 llmg_1982 llmg_1983 rpoB codZ TRUE 0.723 269.000 0.000 0.070 Y 0.400
 2127430 2127431 llmg_1984 llmg_1985   pepO2 FALSE 0.464 115.000 0.000 1.000   0.366
 2127432 2127433 llmg_1986 llmg_1988     TRUE 0.638 70.000 0.000 1.000   0.500
 2127435 2127436 llmg_1990 llmg_1991   adhA TRUE 0.685 21.000 0.000 NA   NA
 2127438 2127439 llmg_1993 llmg_1994   pepT TRUE 0.693 282.000 0.000 1.000 Y 0.774
 2127439 2127440 llmg_1994 llmg_1995 pepT   TRUE 0.894 29.000 0.000 NA   0.885
 2127440 2127441 llmg_1995 llmg_1996   ppa TRUE 0.929 0.000 0.015 NA   0.984
 2127441 2127442 llmg_1996 llmg_1997 ppa pflA FALSE 0.122 201.000 0.023 1.000 N -0.499
 2127442 2127443 llmg_1997 llmg_1999 pflA   FALSE 0.267 219.000 0.028 NA   -0.483
 2127443 2127444 llmg_1999 llmg_2000     TRUE 0.666 120.000 0.098 NA   0.117
 2127444 2127445 llmg_2000 llmg_2002     FALSE 0.128 304.000 0.000 NA   0.070
 2127445 2127446 llmg_2002 llmg_2003     TRUE 0.719 -3.000 0.041 1.000 N -0.415
 2127450 2127451 llmg_2007 llmg_2008   uvrA TRUE 0.820 82.000 0.000 NA Y -0.543
 2127451 2127452 llmg_2008 llmg_2009 uvrA   FALSE 0.404 145.000 0.000 NA   0.260
 2127454 2127455 llmg_2011 llmg_2012     FALSE 0.087 400.000 0.000 1.000   -0.069
 2127455 2127456 llmg_2012 llmg_2013   thiN TRUE 0.673 30.000 0.000 1.000   -0.297
 2127456 2127457 llmg_2013 llmg_2014 thiN   TRUE 0.928 -3.000 0.000 NA   0.915
 2127457 2127458 llmg_2014 llmg_2015     TRUE 0.889 32.000 0.000 NA   0.836
 2127460 2127461 llmg_2017 llmg_2018 asnS   TRUE 0.857 48.000 0.000 NA   0.849
 2127461 2127462 llmg_2018 llmg_2019   aspB TRUE 0.825 -7.000 0.000 NA   -0.813
 2127462 2127463 llmg_2019 llmg_2020 aspB   TRUE 0.946 -3.000 0.205 NA   -0.292
 2127463 2127464 llmg_2020 llmg_2021   dinG TRUE 0.876 136.000 0.296 NA   0.548
 2127465 2127466 llmg_2022 llmg_2023     TRUE 0.682 22.000 0.000 NA   NA
 2127467 2127468 llmg_2024 llmg_2025 oppA2 oppC2 TRUE 0.888 113.000 0.000 0.034 Y NA
 2127468 2127469 llmg_2025 llmg_2026 oppC2 oppB2 TRUE 0.997 10.000 0.727 0.034 Y NA
 2127469 2127470 llmg_2026 llmg_pseudo_64 oppB2 oppF2 TRUE 0.793 -19.000 0.000 NA   NA
 2127470 2127471 llmg_pseudo_64 llmg_pseudo_65 oppF2 oppD2 TRUE 0.752 -3.000 0.000 NA   NA
 2127471 2127472 llmg_pseudo_65 llmg_2029 oppD2 rplT FALSE 0.174 215.000 0.000 NA   NA
 2127472 2127473 llmg_2029 llmg_2030 rplT rpmI TRUE 0.970 264.000 0.928 0.018 Y NA
 2127473 2127474 llmg_2030 llmg_2031 rpmI infC TRUE 0.968 128.000 0.652 1.000 Y NA
 2127475 2127476 llmg_2032 llmg_2033     TRUE 0.655 31.000 0.000 NA   NA
 2127477 2127478 llmg_2034 llmg_2035   gidA TRUE 0.573 172.000 0.000 1.000   0.831
 2127478 2127479 llmg_2035 llmg_2036 gidA   FALSE 0.100 385.000 0.000 NA   -0.450
 2127479 2127480 llmg_2036 llmg_2037     TRUE 0.682 133.000 0.000 NA   0.902
 2127480 2127481 llmg_2037 llmg_2039     TRUE 0.692 114.000 0.000 NA   0.924
 2127481 2127482 llmg_2039 llmg_2040   cysS TRUE 0.965 -25.000 0.129 1.000   0.581
 2127482 2127483 llmg_2040 llmg_2041 cysS   TRUE 0.917 13.000 0.000 NA   0.908
 2127483 2127484 llmg_2041 llmg_2042   cysE TRUE 0.864 14.000 0.000 NA   0.539
 2127484 2127485 llmg_2042 llmg_2043 cysE   TRUE 0.666 106.000 0.097 NA   0.183
 2127485 2127486 llmg_2043 llmg_2044   pnpA FALSE 0.157 268.000 0.009 NA   -0.245
 2127486 2127487 llmg_2044 llmg_2045 pnpA prsA FALSE 0.132 281.000 0.000 NA   -0.298
 2127490 2127491 llmg_2048 llmg_2049 nifS   TRUE 0.939 26.000 0.166 NA   0.468
 2127493 2127494 llmg_2051 llmg_2052     TRUE 0.511 59.000 0.000 NA   NA
 2127497 2127498 llmg_2055 llmg_2056     TRUE 0.948 57.000 0.579 1.000   -0.571
 2127498 2127499 llmg_2056 llmg_2057     TRUE 0.865 69.000 0.287 1.000   NA
 2127499 2127500 llmg_2057 llmg_2058     TRUE 0.966 0.000 0.370 NA   NA
 2127500 2127501 llmg_2058 llmg_2059     TRUE 0.959 34.000 0.194 NA   0.990
 2127501 2127502 llmg_2059 llmg_2060   ftsZ TRUE 0.846 -3.000 0.030 NA   -0.027
 2127502 2127503 llmg_2060 llmg_2061 ftsZ ftsA TRUE 0.995 30.000 0.460 1.000 Y 0.947
 2127503 2127504 llmg_2061 llmg_2062 ftsA   FALSE 0.290 162.000 0.000 NA   -0.267
 2127504 2127505 llmg_2062 llmg_2063   trmH TRUE 0.681 117.000 0.002 NA   0.965
 2127505 2127506 llmg_2063 llmg_2064 trmH   FALSE 0.435 164.000 0.000 1.000 N 0.866
 2127506 2127507 llmg_2064 llmg_2065     TRUE 0.834 138.000 0.000 0.027   0.829
 2127507 2127508 llmg_2065 llmg_2066     TRUE 0.897 12.000 0.000 1.000   0.671
 2127508 2127509 llmg_2066 llmg_2067   rlrB FALSE 0.478 115.000 0.000 1.000   0.400
 2127509 2127510 llmg_2067 llmg_2068 rlrB rmeA TRUE 0.988 16.000 0.000 0.041 Y 0.983
 2127510 2127511 llmg_2068 llmg_2069 rmeA pepC TRUE 0.524 80.000 0.000 1.000 N 0.692
 2127511 2127512 llmg_2069 llmg_2070 pepC   TRUE 0.600 75.000 0.000 1.000 N 0.784
 2127512 2127513 llmg_2070 llmg_2071     TRUE 0.742 18.000 0.000 NA   -0.532
 2127513 2127514 llmg_2071 llmg_2072     TRUE 0.801 -46.000 0.000 NA   NA
 2127514 2127515 llmg_2072 llmg_2073   pfs FALSE 0.450 70.000 0.000 NA   NA
 2127515 2127516 llmg_2073 llmg_2074 pfs   TRUE 0.927 28.000 0.041 NA   0.926
 2127516 2127517 llmg_2074 llmg_2075     TRUE 0.949 -7.000 0.025 NA   0.815
 2127517 2127518 llmg_2075 llmg_2076   glmU FALSE 0.189 101.000 0.015 1.000 N -0.157
 2127520 2127521 llmg_2078 llmg_2079 rpsO pknB FALSE 0.188 117.000 0.000 1.000 N -0.971
 2127521 2127522 llmg_2079 llmg_2080 pknB pppL TRUE 0.995 0.000 0.704 1.000 Y -0.846
 2127522 2127523 llmg_2080 llmg_2081 pppL sunL FALSE 0.469 123.000 0.074 1.000 N -0.876
 2127523 2127524 llmg_2081 llmg_2082 sunL ps461 FALSE 0.013 1208.000 0.000 1.000 N -0.361
 2127524 2127525 llmg_2082 llmg_2083 ps461 ps460 TRUE 0.845 2.000 0.000 NA   0.457
 2127525 2127526 llmg_2083 llmg_2084 ps460 ps459 TRUE 0.791 16.000 0.000 NA   0.304
 2127526 2127527 llmg_2084 llmg_2085 ps459 ps458 TRUE 0.752 13.000 0.000 NA   -0.015
 2127527 2127528 llmg_2085 llmg_2086 ps458 ps457 TRUE 0.778 16.000 0.000 NA   0.249
 2127528 2127529 llmg_2086 llmg_2087 ps457 ps455 TRUE 0.940 -3.000 0.000 0.044   0.454
 2127529 2127530 llmg_2087 llmg_2088 ps455 ps454 TRUE 0.841 -76.000 0.000 NA   0.144
 2127530 2127531 llmg_2088 llmg_2089 ps454 ps453 TRUE 0.774 -3.000 0.000 NA   -0.173
 2127531 2127532 llmg_2089 llmg_2090 ps453 ps452 FALSE 0.405 223.000 0.000 NA   0.686
 2127532 2127533 llmg_2090 llmg_2091 ps452 ps451 TRUE 0.913 145.000 0.750 NA   -0.527
 2127533 2127534 llmg_2091 llmg_2092 ps451 ps450 TRUE 0.981 31.000 0.833 NA   -0.085
 2127534 2127535 llmg_2092 llmg_2093 ps450 ps449 TRUE 0.960 -3.000 0.273 NA   -0.033
 2127535 2127536 llmg_2093 llmg_2094 ps449 ps448 TRUE 0.953 2.000 0.250 NA   0.021
 2127536 2127537 llmg_2094 llmg_2095 ps448 ps447 TRUE 0.978 -25.000 0.333 NA   0.275
 2127537 2127538 llmg_2095 llmg_2096 ps447 ps446 TRUE 0.817 201.000 0.263 NA   0.779
 2127538 2127539 llmg_2096 llmg_2097 ps446 ps445 TRUE 0.960 12.000 0.316 NA   -0.189
 2127539 2127540 llmg_2097 llmg_2098 ps445 ps444 TRUE 0.947 46.000 0.333 NA   0.347
 2127540 2127541 llmg_2098 llmg_2099 ps444 ps443 TRUE 0.972 3.000 0.429 NA   -0.624
 2127541 2127542 llmg_2099 llmg_2100 ps443 ps442 TRUE 0.967 -31.000 0.250 NA   -0.456
 2127542 2127543 llmg_2100 llmg_pseudo_66 ps442 tnp905 FALSE 0.361 89.000 0.000 NA   NA
 2127543 2127544 llmg_pseudo_66 llmg_2102 tnp905 ps440 FALSE 0.089 359.000 0.000 NA   NA
 2127544 2127545 llmg_2102 llmg_2103 ps440 ps439 TRUE 0.699 182.000 0.278 NA   -0.071
 2127545 2127546 llmg_2103 llmg_2104 ps439 ps438 TRUE 0.861 4.000 0.000 NA   0.518
 2127546 2127547 llmg_2104 llmg_tRNA_40 ps438 tRNA-Lys TRUE 0.511 59.000 0.000 NA   NA
 2127547 2127548 llmg_tRNA_40 llmg_2105 tRNA-Lys ps437 FALSE 0.141 248.000 0.000 NA   NA
 2127548 2127549 llmg_2105 llmg_2106 ps437 ps436 FALSE 0.411 83.000 0.000 NA   -0.394
 2127549 2127550 llmg_2106 llmg_2107 ps436 ps435 TRUE 0.777 -3.000 0.000 NA   -0.319
 2127550 2127551 llmg_2107 llmg_2108 ps435 ps434 FALSE 0.321 183.000 0.000 NA   0.353
 2127551 2127552 llmg_2108 llmg_2109 ps434   FALSE 0.474 76.000 0.000 NA   -0.677
 2127552 2127553 llmg_2109 llmg_2110   tnp712 TRUE 0.948 12.000 0.000 1.000 Y -0.294
 2127555 2127556 llmg_2112 llmg_2113 ps430 ps429 TRUE 0.694 19.000 0.000 NA   NA
 2127556 2127557 llmg_2113 llmg_2114 ps429 ps428 TRUE 0.768 1.000 0.000 NA   0.058
 2127557 2127558 llmg_2114 llmg_2115 ps428 ps427 TRUE 0.929 -3.000 0.000 NA   0.883
 2127558 2127559 llmg_2115 llmg_2116 ps427 ps426 TRUE 0.734 16.000 0.000 NA   -0.124
 2127559 2127560 llmg_2116 llmg_2117 ps426 ps425 FALSE 0.276 172.000 0.000 NA   -0.008
 2127560 2127561 llmg_2117 llmg_2118 ps425 ps424 TRUE 0.756 1.000 0.000 NA   -0.128
 2127561 2127562 llmg_2118 llmg_2119 ps424 ps423 TRUE 0.823 -19.000 0.000 NA   -0.498
 2127562 2127563 llmg_2119 llmg_2120 ps423 ps422 TRUE 0.774 15.000 0.000 NA   -0.759
 2127563 2127564 llmg_2120 llmg_2121 ps422 ps421 TRUE 0.704 17.000 0.000 NA   NA
 2127564 2127565 llmg_2121 llmg_2122 ps421 ps420 FALSE 0.343 107.000 0.000 NA   NA
 2127565 2127566 llmg_2122 llmg_2123 ps420 ps419 TRUE 0.782 -3.000 0.000 NA   0.010
 2127566 2127567 llmg_2123 llmg_2124 ps419 ps418 TRUE 0.775 -3.000 0.000 NA   -0.124
 2127567 2127568 llmg_2124 llmg_2125 ps418 ps417 TRUE 0.862 0.000 0.000 NA   0.496
 2127568 2127569 llmg_2125 llmg_2126 ps417 ps416 TRUE 0.678 129.000 0.000 NA   0.743
 2127569 2127570 llmg_2126 llmg_2127 ps416   TRUE 0.819 -7.000 0.000 NA   0.189
 2127570 2127571 llmg_2127 llmg_2128   ps415 FALSE 0.169 253.000 0.000 NA   -0.636
 2127571 2127572 llmg_2128 llmg_2129 ps415 ps414 TRUE 0.788 9.000 0.000 NA   0.214
 2127572 2127573 llmg_2129 llmg_2130 ps414 ps413 FALSE 0.382 99.000 0.000 NA   0.007
 2127575 2127576 llmg_2132 llmg_2133 ps411 ps410 FALSE 0.351 96.000 0.000 NA   NA
 2127576 2127577 llmg_2133 llmg_2134 ps410 ps409 TRUE 0.703 14.000 0.000 1.000   NA
 2127577 2127578 llmg_2134 llmg_2135 ps409 ps408 TRUE 0.818 13.000 0.000 1.000   0.410
 2127581 2127582 llmg_2138 llmg_2139 ps405 ps404 FALSE 0.077 645.000 0.000 NA   0.071
 2127582 2127583 llmg_2139 llmg_2140 ps404 ps403 TRUE 0.901 6.000 0.000 1.000   0.690
 2127583 2127584 llmg_2140 llmg_2141 ps403 ps402 TRUE 0.860 14.000 0.000 NA   0.525
 2127584 2127585 llmg_2141 llmg_2142 ps402 ps401 TRUE 0.885 35.000 0.000 NA   0.783
 2127586 2127587 llmg_2143 llmg_2144     TRUE 0.878 10.000 0.000 NA   0.574
 2127587 2127588 llmg_2144 llmg_2145     TRUE 0.935 11.000 0.143 NA   0.329
 2127588 2127589 llmg_2145 llmg_2146     TRUE 0.877 28.000 0.000 NA   0.686
 2127589 2127590 llmg_2146 llmg_2147   fmt FALSE 0.203 235.000 0.000 1.000   0.310
 2127590 2127591 llmg_2147 llmg_2148 fmt   TRUE 0.929 -3.000 0.000 NA   0.841
 2127591 2127592 llmg_2148 llmg_2149     TRUE 0.945 -34.000 0.000 NA   0.826
 2127592 2127593 llmg_2149 llmg_2150     TRUE 0.846 14.000 0.000 NA   0.480
 2127593 2127594 llmg_2150 llmg_2151     TRUE 0.940 -13.000 0.000 NA   0.869
 2127594 2127595 llmg_2151 llmg_2152     TRUE 0.509 133.000 0.015 NA   0.327
 2127595 2127596 llmg_2152 llmg_2153   priA TRUE 0.900 24.000 0.000 NA   0.783
 2127596 2127597 llmg_2153 llmg_2154 priA rpoZ TRUE 0.642 177.000 0.032 0.067 N 0.664
 2127597 2127598 llmg_2154 llmg_2155 rpoZ gmk TRUE 0.879 69.000 0.471 1.000 N 0.180
 2127598 2127599 llmg_2155 llmg_2156 gmk   FALSE 0.352 149.000 0.010 1.000   -0.349
 2127599 2127600 llmg_2156 llmg_2157   nagB2 FALSE 0.340 234.000 0.000 1.000   0.638
 2127600 2127601 llmg_2157 llmg_2158 nagB2   FALSE 0.324 104.000 0.000 1.000   NA
 2127601 2127602 llmg_2158 llmg_2159     TRUE 0.770 78.000 0.000 0.001   NA
 2127602 2127603 llmg_2159 llmg_2160   metK TRUE 0.770 78.000 0.000 0.001   NA
 2127603 2127604 llmg_2160 llmg_2161 metK cfa FALSE 0.128 545.000 0.000 1.000 N 0.945
 2127606 2127607 llmg_2163 llmg_2164     FALSE 0.187 336.000 0.000 NA   0.488
 2127607 2127608 llmg_2164 llmg_2165   acmB FALSE 0.199 211.000 0.000 NA   -0.156
 2127608 2127609 llmg_2165 llmg_pseudo_67 acmB tnp905 FALSE 0.174 215.000 0.000 NA   NA
 2127609 2127610 llmg_pseudo_67 llmg_2167 tnp905 fbaA FALSE 0.113 289.000 0.000 NA   NA
 2127610 2127611 llmg_2167 llmg_tRNA_41 fbaA tRNA-Leu FALSE 0.268 161.000 0.000 NA   NA
 2127611 2127612 llmg_tRNA_41 llmg_tRNA_42 tRNA-Leu tRNA-Gly TRUE 0.644 35.000 0.000 NA   NA
 2127612 2127613 llmg_tRNA_42 llmg_tRNA_43 tRNA-Gly tRNA-Thr TRUE 0.673 26.000 0.000 NA   NA
 2127613 2127614 llmg_tRNA_43 llmg_tRNA_44 tRNA-Thr tRNA-Leu TRUE 0.718 14.000 0.000 NA   NA
 2127614 2127615 llmg_tRNA_44 llmg_tRNA_45 tRNA-Leu tRNA-Lys TRUE 0.728 10.000 0.000 NA   NA
 2127615 2127616 llmg_tRNA_45 llmg_tRNA_46 tRNA-Lys tRNA-Asp TRUE 0.700 18.000 0.000 NA   NA
 2127616 2127617 llmg_tRNA_46 llmg_tRNA_47 tRNA-Asp tRNA-Val TRUE 0.660 30.000 0.000 NA   NA
 2127617 3678316 llmg_tRNA_47 llmg_rRNA_48b tRNA-Val   TRUE 0.725 3.000 0.000 NA   NA
 3678316 3678317 llmg_rRNA_48b llmg_rRNA_48c     FALSE 0.374 83.000 0.000 NA   NA
 3678317 2127619 llmg_rRNA_48c llmg_tRNA_48   tRNA-Ala FALSE 0.327 139.000 0.000 NA   NA
 2127619 3678318 llmg_tRNA_48 llmg_rRNA_48a tRNA-Ala   FALSE 0.357 92.000 0.000 NA   NA
 3678318 2127620 llmg_rRNA_48a llmg_2168     FALSE 0.132 259.000 0.000 NA   NA
 2127620 2127621 llmg_2168 llmg_2169   thrS FALSE 0.373 105.000 0.000 NA   -0.357
 2127621 2127622 llmg_2169 llmg_2170 thrS   FALSE 0.206 699.000 0.000 NA   0.967
 2127622 2127623 llmg_2170 llmg_2171   mntA TRUE 0.554 58.000 0.000 NA   -0.393
 2127623 2127624 llmg_2171 llmg_2172 mntA   TRUE 0.675 106.000 0.000 1.000   0.929
 2127625 2127626 llmg_2173 llmg_2174   tnp904 TRUE 0.880 96.000 0.000 0.067 Y NA
 2127627 2127628 llmg_pseudo_68 llmg_2175 tnp1077   FALSE 0.336 132.000 0.000 NA   NA
 2127628 2127629 llmg_2175 llmg_2176   upp TRUE 0.596 76.000 0.000 1.000 N 0.827
 2127629 2127630 llmg_2176 llmg_2177 upp nah FALSE 0.148 202.000 0.000 1.000 N 0.454
 2127630 2127631 llmg_2177 llmg_pseudo_80 nah patB FALSE 0.122 271.000 0.000 NA   NA
 2127631 2127632 llmg_pseudo_80 llmg_pseudo_81 patB patB TRUE 0.801 -45.000 0.000 NA   NA
 2127632 2127633 llmg_pseudo_81 llmg_2181 patB metB1 FALSE 0.119 277.000 0.000 NA   NA
 2127633 2127634 llmg_2181 llmg_2182 metB1 metA TRUE 0.975 31.000 0.019 1.000 Y 0.937
 2127634 2127635 llmg_2182 llmg_2183 metA   TRUE 0.668 138.000 0.000 1.000   0.899
 2127635 2127636 llmg_2183 llmg_2184     TRUE 0.911 9.000 0.000 1.000   0.952
 2127636 2127637 llmg_2184 llmg_2185   lacX TRUE 0.658 135.000 0.000 1.000   0.951
 2127637 2127638 llmg_2185 llmg_2186 lacX cbf TRUE 0.627 91.000 0.000 1.000   0.643
 2127638 2127639 llmg_2186 llmg_2187 cbf   TRUE 0.797 74.000 0.030 NA   0.949
 2127639 2127640 llmg_2187 llmg_2188     TRUE 0.900 10.000 0.000 NA   0.664
 2127640 2127641 llmg_2188 llmg_2189   tmrB TRUE 0.790 67.000 0.000 NA   0.810
 2127641 2127642 llmg_2189 llmg_2190 tmrB rpe TRUE 0.890 -3.000 0.000 1.000   0.592
 2127642 2127643 llmg_2190 llmg_2191 rpe   FALSE 0.448 74.000 0.000 NA   -0.260
 2127643 2127644 llmg_2191 llmg_2192     TRUE 0.776 -3.000 0.000 NA   -0.096
 2127644 2127645 llmg_2192 llmg_2193     TRUE 0.911 -28.000 0.000 NA   0.560
 2127645 2127646 llmg_2193 llmg_2194     TRUE 0.789 61.000 0.000 1.000   0.719
 2127646 2127647 llmg_2194 llmg_2195   pheT FALSE 0.198 301.000 0.000 1.000   0.474
 2127647 2127648 llmg_2195 llmg_2196 pheT pheS TRUE 0.994 111.000 0.574 0.001 Y 0.685
 2127649 2127650 llmg_2197 llmg_2198 padC padR FALSE 0.223 316.000 0.146 NA N -0.582
 2127650 2127651 llmg_2198 llmg_2199 padR chiC FALSE 0.087 169.000 0.000 NA N 0.009
 2127651 2127652 llmg_2199 llmg_2200 chiC chb TRUE 0.892 21.000 0.000 1.000   0.960
 2127653 2127654 llmg_2201 llmg_2202 purA   FALSE 0.238 175.000 0.000 NA   NA
 2127654 2127655 llmg_2202 llmg_2203   cadD FALSE 0.394 78.000 0.000 NA   NA
 2127656 2127657 llmg_2204 llmg_2205 hslO   TRUE 0.698 55.000 0.000 1.000 N 0.943
 2127657 2127658 llmg_2205 llmg_2206     FALSE 0.297 335.000 0.000 1.000   0.763
 2127658 2127659 llmg_2206 llmg_2207     TRUE 0.751 10.000 0.000 NA   -0.173
 2127659 2127660 llmg_2207 llmg_2208     TRUE 0.679 43.000 0.000 NA   -0.677
 2127660 2127661 llmg_2208 llmg_2209     FALSE 0.387 112.000 0.000 NA   -0.433
 2127661 2127662 llmg_2209 llmg_2210     FALSE 0.475 66.000 0.000 NA   NA
 2127662 2127663 llmg_2210 llmg_2211     FALSE 0.275 158.000 0.000 NA   NA
 2127664 2127665 llmg_2212 llmg_2213     FALSE 0.359 151.000 0.000 NA   0.177
 2127665 2127666 llmg_2213 llmg_2214     TRUE 0.688 104.000 0.000 NA   0.782
 2127666 2127667 llmg_2214 llmg_2215   aspS TRUE 0.953 -19.000 0.016 NA   0.901
 2127667 2127668 llmg_2215 llmg_2216 aspS   TRUE 0.641 64.000 0.000 1.000 N 0.970
 2127668 2127669 llmg_2216 llmg_2217   hisS TRUE 0.806 26.000 0.000 1.000 N 0.948
 2127669 2127670 llmg_2217 llmg_2218 hisS   FALSE 0.130 313.000 0.000 1.000   0.195
 2127670 2127671 llmg_2218 llmg_2219     FALSE 0.142 244.000 0.000 NA   NA
 2127671 2127672 llmg_2219 llmg_2220     TRUE 0.480 65.000 0.000 NA   NA
 2127672 2127673 llmg_2220 llmg_2221     FALSE 0.085 387.000 0.000 NA   NA
 2127673 2127674 llmg_2221 llmg_2222     FALSE 0.345 110.000 0.000 NA   NA
 2127674 2127675 llmg_2222 llmg_2223     TRUE 0.749 4.000 0.000 NA   -0.296
 2127675 2127676 llmg_2223 llmg_2224   pgsA FALSE 0.173 239.000 0.000 NA   0.093
 2127676 2127677 llmg_2224 llmg_2225 pgsA   TRUE 0.930 42.000 0.077 1.000   0.779
 2127677 2127678 llmg_2225 llmg_2226     TRUE 0.505 213.000 0.156 1.000   -0.461
 2127678 2127679 llmg_2226 llmg_2227     TRUE 0.998 -10.000 0.872 0.002   0.995
 2127680 2127681 llmg_2228 llmg_2229   recF TRUE 0.941 0.000 0.209 1.000   -0.270
 2127684 2127685 llmg_2232 llmg_2233   galE FALSE 0.409 112.000 0.000 1.000   0.206
 2127685 2127686 llmg_2233 llmg_2234 galE galT TRUE 0.916 117.000 0.204 0.002 N 0.646
 2127686 2127687 llmg_2234 llmg_2235 galT galK TRUE 0.903 173.000 0.024 0.002 Y 0.272
 2127687 2127688 llmg_2235 llmg_2236 galK galM TRUE 0.989 27.000 0.091 0.002 Y 0.274
 2127688 2127689 llmg_2236 llmg_2237 galM galP TRUE 0.637 206.000 0.000 1.000 Y 0.222
 2127689 2127690 llmg_2237 llmg_2238 galP   FALSE 0.063 307.000 0.000 1.000 N 0.369
 2127692 2127693 llmg_2241 llmg_2242 nadR   TRUE 0.984 -13.000 0.000 1.000 Y 0.925
 2127693 2127694 llmg_2242 llmg_2243     FALSE 0.222 198.000 0.000 1.000 N 0.577
 2127694 2127695 llmg_2243 llmg_2244     TRUE 0.853 324.000 0.156 0.002 Y -0.257
 2127697 2127698 llmg_2246 llmg_2247 rrmA   FALSE 0.070 715.000 0.000 NA   -0.272
 2127698 2127699 llmg_2247 llmg_2248     TRUE 0.985 -7.000 0.714 NA   -0.234
 2127699 2127700 llmg_2248 llmg_2249     FALSE 0.075 447.000 0.000 NA   NA
 2127700 2127701 llmg_2249 llmg_2250   ps519 TRUE 0.738 0.000 0.000 NA   NA
 2127701 2127702 llmg_2250 llmg_2251 ps519 ps518 TRUE 0.684 133.000 0.000 NA   0.815
 2127702 2127703 llmg_2251 llmg_2252 ps518 ps517 FALSE 0.386 217.000 0.000 NA   0.628
 2127703 2127704 llmg_2252 llmg_2253 ps517 ps516 TRUE 0.729 11.000 0.000 NA   NA
 2127704 2127705 llmg_2253 llmg_2254 ps516 ps515 TRUE 0.752 -3.000 0.000 NA   NA
 2127705 2127706 llmg_2254 llmg_2255 ps515 ps514 FALSE 0.450 70.000 0.000 NA   NA
 2127706 2127707 llmg_2255 llmg_2256 ps514 ps513 TRUE 0.632 38.000 0.000 NA   NA
 2127707 2127708 llmg_2256 llmg_2257 ps513 ps512 TRUE 0.805 -7.000 0.000 NA   0.079
 2127708 2127709 llmg_2257 llmg_2258 ps512 ps511 TRUE 0.804 16.000 0.000 NA   0.361
 2127709 2127710 llmg_2258 llmg_2259 ps511 ps510 TRUE 0.798 -7.000 0.000 NA   -0.442
 2127710 2127711 llmg_2259 llmg_2260 ps510 ps509 TRUE 0.859 -3.000 0.000 NA   0.452
 2127711 2127712 llmg_2260 llmg_2261 ps509 ps508 FALSE 0.275 259.000 0.000 NA   0.537
 2127713 2127714 llmg_2262 llmg_2263 ps507 ps506 FALSE 0.201 901.000 0.000 1.000   0.942
 2127714 2127715 llmg_2263 llmg_2264 ps506 ps505 TRUE 0.493 206.000 0.000 NA   0.863
 2127715 2127716 llmg_2264 llmg_2265 ps505 ps504 TRUE 0.538 187.000 0.000 NA   0.836
 2127716 2127717 llmg_2265 llmg_2266 ps504 ps503 FALSE 0.076 652.000 0.000 NA   0.054
 2127717 2127718 llmg_2266 llmg_2267 ps503 ps502 FALSE 0.061 804.000 0.000 NA   NA
 2127718 2127719 llmg_2267 llmg_2268 ps502 ps501 FALSE 0.070 497.000 0.000 NA   NA
 2127719 2127720 llmg_2268 llmg_2269 ps501 cutC FALSE 0.155 213.000 0.000 1.000 N 0.485
 2127721 2127722 llmg_2270 llmg_2271 ecsB ecsA TRUE 0.960 -7.000 0.167 NA N 0.980
 2127722 2127723 llmg_2271 llmg_2272 ecsA   TRUE 0.819 19.000 0.000 1.000 N 0.954
 2127724 2127725 llmg_2273 llmg_2274     TRUE 0.784 15.000 0.000 1.000   0.300
 2127726 2127727 llmg_2275 llmg_2276   rplA TRUE 0.768 63.000 0.000 NA   0.676
 2127727 2127728 llmg_2276 llmg_2277 rplA rplK TRUE 0.949 387.000 0.838 0.023 Y -0.059
 2127728 2127729 llmg_2277 llmg_2278 rplK   FALSE 0.366 136.000 0.000 NA   -0.386
 2127729 2127730 llmg_2278 llmg_2279   bcrA TRUE 0.970 0.000 0.154 NA   0.960
 2127730 2127731 llmg_2279 llmg_2280 bcrA   TRUE 0.516 67.000 0.000 NA   0.059
 2127731 2127732 llmg_2280 llmg_2281   pmsR TRUE 0.754 34.000 0.000 NA   0.357
 2127732 2127733 llmg_2281 llmg_2282 pmsR   FALSE 0.432 176.000 0.000 1.000   0.559
 2127733 2127734 llmg_2282 llmg_2283     TRUE 0.858 45.000 0.000 1.000   0.932
 2127734 2127735 llmg_2283 llmg_2284   frr TRUE 0.688 85.000 0.000 1.000   0.724
 2127735 2127736 llmg_2284 llmg_2285 frr pyrH FALSE 0.466 157.000 0.003 1.000 N 0.837
 2127736 2127737 llmg_2285 llmg_2286 pyrH   TRUE 0.714 85.000 0.000 NA   0.826
 2127737 2127738 llmg_2286 llmg_2288   ackA2 TRUE 0.686 130.000 0.000 NA   0.891
 2127738 2127739 llmg_2288 llmg_2289 ackA2 ackA1 TRUE 0.981 159.000 0.176 0.001 Y 0.903
 2127739 2127740 llmg_2289 llmg_2290 ackA1   FALSE 0.407 192.000 0.130 1.000 N 0.355
 2127740 2127741 llmg_2290 llmg_2291     TRUE 0.580 88.000 0.000 NA   0.526
 2127741 2127742 llmg_2291 llmg_2292   typA TRUE 0.664 101.000 0.015 NA   0.639
 2127742 2127743 llmg_2292 llmg_pseudo_70 typA   FALSE 0.253 168.000 0.000 NA   NA
 2127743 2127744 llmg_pseudo_70 llmg_2293     TRUE 0.664 29.000 0.000 NA   NA
 2127744 2127745 llmg_2293 llmg_2294     TRUE 0.865 12.000 0.000 NA   0.522
 2127745 2127746 llmg_2294 llmg_2295     TRUE 0.883 15.000 0.000 NA   0.623
 2127746 2127747 llmg_2295 llmg_2297     FALSE 0.297 340.000 0.000 NA   0.739
 2127748 2127749 llmg_2298 llmg_2299   glk TRUE 0.983 34.000 0.496 NA   0.972
 2127749 2127750 llmg_2299 llmg_2300 glk   TRUE 0.897 3.000 0.064 NA N 0.638
 2127750 2127751 llmg_2300 llmg_2301     TRUE 0.798 -30.000 0.000 NA   NA
 2127754 2127755 llmg_2305 llmg_2306 dinP   FALSE 0.458 76.000 0.000 NA   -0.557
 2127755 2127756 llmg_2306 llmg_2307   arcD2 TRUE 0.656 76.000 0.000 NA   0.595
 2127756 2127757 llmg_2307 llmg_2308 arcD2 arcT TRUE 0.813 190.000 0.000 1.000 Y 0.749
 2127757 2127758 llmg_2308 llmg_2309 arcT arcC2 TRUE 0.500 264.000 0.000 1.000 Y -0.273
 2127758 2127759 llmg_2309 llmg_2310 arcC2 arcC1 TRUE 0.988 33.000 0.000 0.001 Y 0.991
 2127759 2127760 llmg_2310 llmg_2311 arcC1 arcD1 TRUE 0.973 18.000 0.000 1.000 Y 0.994
 2127760 2127761 llmg_2311 llmg_2312 arcD1 arcB TRUE 0.886 132.000 0.000 1.000 Y 0.990
 2127761 2127762 llmg_2312 llmg_2313 arcB arcA TRUE 0.925 166.000 0.125 1.000 Y 0.957
 2127762 2127763 llmg_2313 llmg_2314 arcA argS FALSE 0.184 301.000 0.000 0.042 N 0.030
 2127765 2127766 llmg_2316 llmg_2318 murC   FALSE 0.216 201.000 0.000 NA   -0.409
 2127766 2127767 llmg_2318 llmg_2319   snf FALSE 0.196 217.000 0.000 NA   -0.448
 2127767 2127768 llmg_2319 llmg_2320 snf   FALSE 0.413 229.000 0.000 1.000   0.728
 2127768 2127769 llmg_2320 llmg_2321   poxL FALSE 0.084 415.000 0.000 1.000   -0.387
 2127769 2127770 llmg_2321 llmg_2322 poxL   FALSE 0.034 250.000 0.000 1.000 N -0.374
 2127770 2127771 llmg_2322 llmg_2323     TRUE 0.874 73.000 0.326 NA   -0.214
 2127771 2127772 llmg_2323 llmg_2324     FALSE 0.234 462.000 0.000 NA   0.721
 2127772 2127773 llmg_2324 llmg_2325     TRUE 0.761 32.000 0.000 NA   0.365
 2127776 2127777 llmg_2328 llmg_2329 pepXP   TRUE 0.914 2.000 0.000 1.000   0.941
 2127777 2127778 llmg_2329 llmg_2330     TRUE 0.502 150.000 0.000 1.000   0.537
 2127779 2127780 llmg_2331 llmg_2332   gltX FALSE 0.171 112.000 0.000 1.000 N -0.829
 2127780 2127781 llmg_2332 llmg_pseudo_71 gltX   FALSE 0.321 142.000 0.000 NA   NA
 2127781 2127782 llmg_pseudo_71 llmg_2333     TRUE 0.724 4.000 0.000 NA   NA
 2127786 2127787 llmg_2337 llmg_2338     TRUE 0.775 -3.000 0.000 NA   -0.262
 2127787 2127788 llmg_2338 llmg_2339     TRUE 0.905 -7.000 0.053 NA   0.233
 2127788 2127789 llmg_2339 llmg_2340     FALSE 0.437 121.000 0.000 NA   -0.874
 2127789 2127790 llmg_2340 llmg_2341     TRUE 0.818 59.000 0.000 NA   0.826
 2127792 2127793 llmg_2343 llmg_2344 radA   FALSE 0.024 619.000 0.000 NA N -0.600
 2127793 2127794 llmg_2344 llmg_2345     TRUE 0.897 -18.000 0.000 NA N 0.846
 2127794 2127795 llmg_2345 llmg_2346   gmhA TRUE 0.860 -3.000 0.000 1.000 N 0.950
 2127795 2127796 llmg_2346 llmg_2347 gmhA   TRUE 0.801 62.000 0.088 1.000   0.368
 2127796 2127797 llmg_2347 llmg_2348     TRUE 0.697 30.000 0.000 NA   0.012
 2127797 2127798 llmg_2348 llmg_2349     TRUE 0.553 74.000 0.000 NA   0.370
 2127798 2127799 llmg_2349 llmg_2350     TRUE 0.775 -3.000 0.000 NA   -0.287
 2127799 2127800 llmg_2350 llmg_2351     TRUE 0.951 19.000 0.000 NA Y 0.297
 2127800 2127801 llmg_2351 llmg_2352   murM TRUE 0.853 7.000 0.000 NA N 0.934
 2127801 2127802 llmg_2352 llmg_tRNA_49 murM tRNA-Thr FALSE 0.073 457.000 0.000 NA   NA
 2127802 2127803 llmg_tRNA_49 llmg_2353 tRNA-Thr rplQ FALSE 0.221 183.000 0.000 NA   NA
 2127803 2127804 llmg_2353 llmg_2354 rplQ rpoA TRUE 0.978 19.000 0.873 1.000 N 0.187
 2127804 2127805 llmg_2354 llmg_2355 rpoA rpsK TRUE 0.899 49.000 0.308 1.000 N 0.382
 2127805 2127806 llmg_2355 llmg_2356 rpsK rpsM TRUE 0.999 21.000 0.810 0.017 Y 0.663
 2127806 2127807 llmg_2356 llmg_2357 rpsM rpmJ TRUE 0.986 18.000 0.086 0.017 Y NA
 2127807 2127808 llmg_2357 llmg_2358 rpmJ infA TRUE 0.930 54.000 0.067 1.000 Y NA
 2127808 2127809 llmg_2358 llmg_2359 infA adk FALSE 0.143 303.000 0.059 1.000 N 0.219
 2127809 2127810 llmg_2359 llmg_2361 adk secY TRUE 0.758 140.000 0.241 1.000 N 0.521
 2127810 2127811 llmg_2361 llmg_2362 secY rplO TRUE 0.951 78.000 0.730 1.000 N 0.732
 2127811 2127812 llmg_2362 llmg_2363 rplO rpmD TRUE 0.977 296.000 0.653 0.003 Y 0.966
 2127812 2127813 llmg_2363 llmg_2364 rpmD rpsE TRUE 0.999 11.000 0.789 0.022 Y 0.664
 2127813 2127814 llmg_2364 llmg_2365 rpsE rplR TRUE 0.998 19.000 0.814 0.022 Y 0.241
 2127814 2127815 llmg_2365 llmg_2366 rplR rplF TRUE 0.968 269.000 0.815 0.017 Y 0.199
 2127815 2127816 llmg_2366 llmg_2367 rplF rpsH TRUE 0.989 217.000 0.808 0.017 Y 0.882
 2127816 2127817 llmg_2367 llmg_2368 rpsH   FALSE 0.184 206.000 0.000 NA   NA
 2127817 2127818 llmg_2368 llmg_2369     TRUE 0.483 64.000 0.000 NA   NA
 2127818 2127819 llmg_2369 llmg_2370   rpsN FALSE 0.332 151.000 0.000 NA   0.031
 2127819 2127820 llmg_2370 llmg_2371 rpsN rplE TRUE 0.996 19.000 0.496 0.017 Y 0.081
 2127820 2127821 llmg_2371 llmg_2372 rplE rplX TRUE 0.998 20.000 0.758 0.017 Y 0.202
 2127821 2127822 llmg_2372 llmg_2373 rplX rplN TRUE 0.994 134.000 0.810 0.022 Y 0.659
 2127822 2127823 llmg_2373 llmg_2374 rplN rpsQ TRUE 0.999 23.000 0.791 0.022 Y 0.925
 2127823 2127824 llmg_2374 llmg_2375 rpsQ rpmC TRUE 0.998 21.000 0.828 0.017 Y NA
 2127824 2127825 llmg_2375 llmg_2376 rpmC rplP TRUE 0.998 0.000 0.802 0.017 Y NA
 2127825 2127826 llmg_2376 llmg_2377 rplP rpsC TRUE 0.998 4.000 0.828 0.022 Y -0.281
 2127826 2127827 llmg_2377 llmg_2378 rpsC rplV TRUE 0.998 13.000 0.719 0.022 Y -0.009
 2127827 2127828 llmg_2378 llmg_2379 rplV rpsS TRUE 0.999 16.000 0.769 0.022 Y 0.943
 2127828 2127829 llmg_2379 llmg_2380 rpsS rplB TRUE 0.992 160.000 0.820 0.022 Y 0.611
 2127829 2127830 llmg_2380 llmg_2381 rplB rplW TRUE 0.998 16.000 0.849 0.021 Y NA
 2127830 2127831 llmg_2381 llmg_2382 rplW rplD TRUE 0.995 0.000 0.307 0.017 Y NA
 2127831 2127832 llmg_2382 llmg_2383 rplD rplC TRUE 0.998 26.000 0.544 0.017 Y 0.660
 2127832 2127833 llmg_2383 llmg_2384 rplC rpsJ TRUE 0.997 19.000 0.467 0.022 Y 0.584
 2127835 2127836 llmg_2386 llmg_2387   thrC TRUE 0.855 -3.000 0.000 1.000 N 0.964
 2127836 2127837 llmg_2387 llmg_2388 thrC nusG FALSE 0.134 99.000 0.000 1.000 N -0.597
 2127837 2127838 llmg_2388 llmg_2389 nusG secE TRUE 0.777 206.000 0.843 1.000 N NA
 2127838 2127839 llmg_2389 llmg_2390 secE rpmGC FALSE 0.401 112.000 0.080 1.000 N NA
 2127839 2127840 llmg_2390 llmg_2391 rpmGC   FALSE 0.168 41.000 0.000 1.000 N NA
 2127840 2127841 llmg_2391 llmg_2392   pbp2A FALSE 0.142 102.000 0.000 1.000 N 0.164
 2127841 2127842 llmg_2392 llmg_2393 pbp2A   FALSE 0.265 387.000 0.000 NA   0.719
 2127842 2127843 llmg_2393 llmg_2394     TRUE 0.957 18.000 0.125 NA   0.973
 2127843 2127844 llmg_2394 llmg_2395     TRUE 0.696 115.000 0.000 NA   0.906
 2127846 2127847 llmg_pseudo_72 llmg_pseudo_73     TRUE 0.802 -51.000 0.000 NA   NA
 2127847 2127848 llmg_pseudo_73 llmg_2398   zitP FALSE 0.425 73.000 0.000 NA   NA
 2127848 2127849 llmg_2398 llmg_2399 zitP zitQ TRUE 0.999 -7.000 0.673 0.090 Y 0.600
 2127849 2127850 llmg_2399 llmg_2400 zitQ zitS TRUE 0.823 179.000 0.000 1.000 Y 0.710
 2127850 2127851 llmg_2400 llmg_2401 zitS zitR TRUE 0.856 -3.000 0.000 1.000 N 0.961
 2127851 2127852 llmg_2401 llmg_2402 zitR   FALSE 0.468 81.000 0.000 NA   -0.823
 2127852 2127853 llmg_2402 llmg_2403     TRUE 0.704 24.000 0.000 NA   -0.270
 2127853 2127854 llmg_2403 llmg_2404     TRUE 0.965 -37.000 0.250 NA   NA
 2127854 2127855 llmg_2404 llmg_2405   comGD TRUE 0.989 -118.000 0.786 NA   NA
 2127855 2127856 llmg_2405 llmg_2406 comGD comGC TRUE 0.939 -52.000 0.110 NA   -0.530
 2127856 2127857 llmg_2406 llmg_2407 comGC comGB TRUE 0.999 18.000 0.861 0.001 Y 0.434
 2127857 2127858 llmg_2407 llmg_2408 comGB comGA TRUE 0.996 -163.000 0.639 1.000 Y 0.256
 2127858 2127859 llmg_2408 llmg_2409 comGA polC FALSE 0.442 114.000 0.000 0.090 N 0.003
 2127859 2127860 llmg_2409 llmg_2410 polC   FALSE 0.314 174.000 0.000 NA   0.249
 2127860 2127861 llmg_2410 llmg_pseudo_74   noxD TRUE 0.725 7.000 0.000 NA   NA
 2127861 2127862 llmg_pseudo_74 llmg_2412 noxD proS TRUE 0.714 15.000 0.000 NA   NA
 2127862 2127863 llmg_2412 llmg_2413 proS   TRUE 0.811 70.000 0.095 1.000 N 0.925
 2127863 2127864 llmg_2413 llmg_2414   cdsA TRUE 0.884 19.000 0.040 1.000 N 0.944
 2127864 2127865 llmg_2414 llmg_2415 cdsA uppS TRUE 0.976 0.000 0.113 1.000 Y NA
 2127865 2127866 llmg_2415 llmg_2416 uppS yajC FALSE 0.021 351.000 0.007 1.000 N NA
 2127866 2127867 llmg_2416 llmg_2417 yajC   FALSE 0.134 95.000 0.000 NA N -0.419
 2127867 2127868 llmg_2417 llmg_2418     TRUE 0.903 18.000 0.000 NA   0.956
 2127869 2127870 llmg_2419 llmg_2420 htrA   TRUE 0.528 120.000 0.000 1.000 N 0.754
 2127870 2127871 llmg_2420 llmg_2421     TRUE 0.990 146.000 0.413 0.008 Y 0.950
 2127871 2127872 llmg_2421 llmg_2422     TRUE 0.683 108.000 0.000 NA   0.942
 2127872 2127873 llmg_2422 llmg_2423     FALSE 0.453 144.000 0.000 NA   0.389
 2127874 2127875 llmg_2424 llmg_2425   polA FALSE 0.474 208.000 0.000 1.000   0.767
 3678319 2127877 llmg_2426a llmg_rRNA_4   23S_rRNA FALSE 0.374 83.000 0.000 NA   NA
 2127877 2127878 llmg_rRNA_4 llmg_tRNA_50 23S_rRNA tRNA-Ala FALSE 0.327 139.000 0.000 NA   NA
 2127878 3678320 llmg_tRNA_50 llmg_rRNA_4a tRNA-Ala   FALSE 0.357 92.000 0.000 NA   NA
 3678320 2127879 llmg_rRNA_4a llmg_2427   comX FALSE 0.093 341.000 0.000 NA   NA
 2127879 2127880 llmg_2427 llmg_2428 comX ezrA FALSE 0.133 265.000 0.000 1.000   -0.139
 2127880 2127881 llmg_2428 llmg_2429 ezrA tsf FALSE 0.097 205.000 0.000 1.000 N 0.304
 2127881 2127882 llmg_2429 llmg_2430 tsf rpsB TRUE 0.983 122.000 0.748 1.000 Y 0.498
 2127883 2127884 llmg_2431 llmg_2432   adhE FALSE 0.030 255.000 0.000 1.000 N -0.156
 2127885 2127886 llmg_2433 llmg_2434     FALSE 0.379 82.000 0.000 NA   NA
 2127886 2127887 llmg_2434 llmg_2435     TRUE 0.835 -13.000 0.000 1.000   0.264
 2127887 2127888 llmg_2435 llmg_2436     TRUE 0.843 -3.000 0.000 1.000   0.418
 2127888 2127889 llmg_2436 llmg_pseudo_75     TRUE 0.770 -7.000 0.000 NA   NA
 2127889 2127890 llmg_pseudo_75 llmg_2438     FALSE 0.341 103.000 0.000 NA   NA
 2127890 2127891 llmg_2438 llmg_2439     TRUE 0.842 52.000 0.000 NA   0.781
 2127891 2127892 llmg_2439 llmg_2440     TRUE 0.984 -3.000 0.667 NA   -0.766
 2127892 2127893 llmg_2440 llmg_2441     TRUE 0.973 68.000 1.000 NA   0.421
 2127893 2127894 llmg_2441 llmg_2442     FALSE 0.143 320.000 0.000 NA   0.270
 2127894 2127895 llmg_2442 llmg_2443   kdtB TRUE 0.813 -16.000 0.052 1.000 N -0.664
 2127895 2127896 llmg_2443 llmg_2444 kdtB   TRUE 0.957 48.000 0.367 1.000 N 0.846
 2127896 2127897 llmg_2444 llmg_2445     FALSE 0.296 173.000 0.000 1.000   -0.798
 2127897 2127898 llmg_2445 llmg_2446   lmrP TRUE 0.883 85.000 0.049 0.031   0.676
 2127899 2127900 llmg_pseudo_76 llmg_2447 sigX   TRUE 0.678 24.000 0.000 NA   NA
 2127903 2127904 llmg_2450 llmg_2451     TRUE 0.841 46.000 0.000 1.000   0.984
 2127904 2127905 llmg_2451 llmg_2452     TRUE 0.522 70.000 0.000 1.000   -0.825
 2127906 2127907 llmg_2453 llmg_2454     FALSE 0.401 117.000 0.000 NA   -0.544
 2127908 2127909 llmg_2455 llmg_2456 valS   TRUE 0.670 36.000 0.000 NA   -0.089
 2127909 2127910 llmg_2456 llmg_2457     TRUE 0.752 -3.000 0.000 NA   NA
 2127910 2127911 llmg_2457 llmg_2458     FALSE 0.204 191.000 0.000 NA   NA
 2127911 2127912 llmg_2458 llmg_2459     FALSE 0.084 478.000 0.000 NA   0.033
 2127912 2127913 llmg_2459 llmg_2460     FALSE 0.471 73.000 0.000 NA   0.048
 2127913 2127914 llmg_2460 llmg_2461     TRUE 0.880 -7.000 0.000 NA   0.488
 2127914 2127915 llmg_2461 llmg_2463     TRUE 0.488 201.000 0.000 1.000   0.911
 2127915 2127916 llmg_2463 llmg_2464     TRUE 0.717 81.000 0.000 1.000   0.901
 2127916 2127917 llmg_2464 llmg_2465     FALSE 0.296 228.000 0.000 1.000   0.521
 3678321 2127919 llmg_2466a llmg_rRNA_5   23S_rRNA FALSE 0.374 83.000 0.000 NA   NA
 2127919 2127920 llmg_rRNA_5 llmg_tRNA_51 23S_rRNA tRNA-Ala FALSE 0.327 139.000 0.000 NA   NA
 2127920 3678322 llmg_tRNA_51 llmg_rRNA_5a tRNA-Ala   FALSE 0.357 92.000 0.000 NA   NA
 3678322 2127921 llmg_rRNA_5a llmg_2467   gntP FALSE 0.104 313.000 0.000 NA   NA
 2127921 2127922 llmg_2467 llmg_2468 gntP gntK TRUE 0.895 137.000 0.000 1.000 Y 0.826
 2127922 2127923 llmg_2468 llmg_2469 gntK gntZ TRUE 0.922 267.000 0.333 1.000 Y 0.788
 2127924 2127925 llmg_2470 llmg_2471 gntR   TRUE 0.714 39.000 0.000 NA   -0.897
 2127926 2127927 llmg_2472 llmg_2473   rpsR FALSE 0.392 131.000 0.000 1.000   -0.701
 2127927 2127928 llmg_2473 llmg_2474 rpsR ssbB FALSE 0.066 172.000 0.000 1.000 N -0.046
 2127928 2127929 llmg_2474 llmg_2475 ssbB rpsF FALSE 0.304 30.000 0.000 1.000 N -0.393
 2127929 2127930 llmg_2475 llmg_2476 rpsF bacA FALSE 0.338 194.000 0.000 1.000 N 0.944
 2127932 2127933 llmg_2478 llmg_2479 dnaX   TRUE 0.631 46.000 0.000 NA   -0.013
 2127933 2127934 llmg_2479 llmg_2480     TRUE 0.881 32.000 0.000 NA   0.961
 2127938 2127939 llmg_2484 llmg_2485 glnA glnR TRUE 0.735 62.000 0.179 1.000 N -0.051
 2127939 2127940 llmg_2485 llmg_2486 glnR ptpL FALSE 0.149 101.000 0.000 1.000 N -0.699
 2127940 2127941 llmg_2486 llmg_2487 ptpL ruvB FALSE 0.459 145.000 0.005 1.000 N 0.684
 2127941 2127942 llmg_2487 llmg_2488 ruvB ruvA TRUE 0.990 148.000 0.549 0.002 Y 0.535
 2127942 2127943 llmg_2488 llmg_2489 ruvA mutL TRUE 0.979 52.000 0.016 0.089 Y 0.736
 2127943 2127944 llmg_2489 llmg_2490 mutL   TRUE 0.617 130.000 0.000 NA   0.644
 2127944 2127945 llmg_2490 llmg_2491   mutS TRUE 0.680 110.000 0.000 NA   0.732
 2127945 2127946 llmg_2491 llmg_2492 mutS   TRUE 0.734 116.000 0.031 NA   0.703
 2127948 2127949 llmg_2494 llmg_2495 ywjF   TRUE 0.613 43.000 0.000 NA   NA
 2127949 2127950 llmg_2495 llmg_tRNA_52   tRNA-Leu TRUE 0.800 -42.000 0.000 NA   NA
 2127950 2127951 llmg_tRNA_52 llmg_2496 tRNA-Leu   FALSE 0.399 77.000 0.000 NA   NA
 2127951 2127952 llmg_2496 llmg_2497     TRUE 0.995 0.000 0.903 NA   0.956
 2127953 2127954 llmg_2498 llmg_2499     TRUE 0.696 120.000 0.000 NA   0.900
 2127955 2127956 llmg_2500 llmg_2502   dnaJ TRUE 0.552 129.000 0.000 1.000   0.545
 2127956 2127957 llmg_2502 llmg_pseudo_77 dnaJ   FALSE 0.346 111.000 0.000 NA   NA
 2127957 2127958 llmg_pseudo_77 llmg_2504   racD TRUE 0.779 -10.000 0.000 NA   NA
 2127958 2127959 llmg_2504 llmg_2505 racD   TRUE 0.863 32.000 0.104 1.000   -0.084
 2127959 2127960 llmg_2505 llmg_2506   asnH TRUE 0.972 12.000 0.206 1.000   0.985
 2127960 2127961 llmg_2506 llmg_2507 asnH usp45 FALSE 0.467 122.000 0.000 NA   0.350
 2127961 2127962 llmg_2507 llmg_2508 usp45   TRUE 0.492 104.000 0.021 NA   -0.658
 2127962 2127963 llmg_2508 llmg_2509   mreC TRUE 0.989 79.000 0.550 0.002 Y -0.263
 2127965 2127966 llmg_2511 llmg_2512 rpiA rcfB FALSE 0.129 84.000 0.000 1.000 N -0.489
 2127966 2127967 llmg_2512 llmg_2513 rcfB   FALSE 0.134 87.000 0.000 1.000 N 0.093
 2127967 2127968 llmg_2513 llmg_2514     TRUE 0.594 63.000 0.000 1.000 N 0.654
 2127968 2127969 llmg_2514 llmg_2515     TRUE 0.905 20.000 0.000 NA   0.810
 2127969 2127970 llmg_2515 llmg_2516     FALSE 0.190 231.000 0.000 NA   0.157
 2127972 2127973 llmg_2518 llmg_2520     TRUE 0.917 9.000 0.000 NA   0.759
 2127975 2127976 llmg_2522 llmg_2523   recG TRUE 0.932 0.000 0.000 0.064   0.445
 2127976 2127977 llmg_2523 llmg_2524 recG phnA FALSE 0.126 139.000 0.000 1.000 N 0.126
 2127977 2127978 llmg_2524 llmg_2525 phnA ps601 TRUE 0.743 50.000 0.000 1.000 N 0.825
 2127978 2127979 llmg_2525 llmg_2526 ps601 ps602 FALSE 0.182 528.000 0.000 1.000   0.646
 2127980 2127981 llmg_2527 llmg_2528 ps603 ps604 FALSE 0.306 254.000 0.000 NA   0.598
 2127981 2127982 llmg_2528 llmg_2529 ps604 ps605 TRUE 0.770 -7.000 0.000 NA   NA
 2127982 2127983 llmg_2529 llmg_2530 ps605 ps606 TRUE 0.613 43.000 0.000 NA   NA
 2127983 2127984 llmg_2530 llmg_2531 ps606   TRUE 0.752 -3.000 0.000 NA   NA
 2127984 2127985 llmg_2531 llmg_2532   ps608 TRUE 0.752 -3.000 0.000 NA   NA
 2127985 2127986 llmg_2532 llmg_2533 ps608 ps609 FALSE 0.392 109.000 0.000 NA   0.076
 2127986 2127987 llmg_2533 llmg_2534 ps609 ps610 TRUE 0.908 11.000 0.000 NA   0.698
 2127987 2127988 llmg_2534 llmg_2535 ps610 ps611 FALSE 0.156 228.000 0.000 NA   NA
 2127988 2127989 llmg_2535 llmg_2536 ps611 ps612 FALSE 0.121 273.000 0.000 NA   NA
 2127989 2127990 llmg_2536 llmg_2537 ps612 ps613 FALSE 0.447 74.000 0.000 NA   -0.229
 2127990 2127991 llmg_2537 llmg_2538 ps613 ps614 TRUE 0.678 24.000 0.000 NA   NA
 2127992 2127993 llmg_2539 llmg_2540 gapB   FALSE 0.133 278.000 0.000 NA   -0.324
 2127996 2127997 llmg_2543 llmg_2544     FALSE 0.255 226.000 0.000 NA   0.410
 2127998 2127999 llmg_tRNA_53 llmg_tRNA_54 tRNA-Leu tRNA-Gln TRUE 0.722 13.000 0.000 NA   NA
 2127999 2128000 llmg_tRNA_54 llmg_tRNA_55 tRNA-Gln tRNA-His TRUE 0.728 10.000 0.000 NA   NA
 2128000 2128001 llmg_tRNA_55 llmg_tRNA_56 tRNA-His tRNA-Trp TRUE 0.728 12.000 0.000 NA   NA
 2128001 2128002 llmg_tRNA_56 llmg_tRNA_57 tRNA-Trp tRNA-Tyr TRUE 0.704 17.000 0.000 NA   NA
 2128002 2128003 llmg_tRNA_57 llmg_tRNA_58 tRNA-Tyr tRNA-Val TRUE 0.640 36.000 0.000 NA   NA
 2128003 3678323 llmg_tRNA_58 llmg_rRNA_6a tRNA-Val   TRUE 0.725 3.000 0.000 NA   NA
 3678323 2128004 llmg_rRNA_6a llmg_rRNA_6   23S_rRNA FALSE 0.374 83.000 0.000 NA   NA
 2128004 2128005 llmg_rRNA_6 llmg_tRNA_59 23S_rRNA tRNA-Ala FALSE 0.327 139.000 0.000 NA   NA
 2128005 3678324 llmg_tRNA_59 llmg_rRNA_6b tRNA-Ala   FALSE 0.357 92.000 0.000 NA   NA
 3678324 2128006 llmg_rRNA_6b llmg_2545   rpsI FALSE 0.087 372.000 0.000 NA   NA
 2128006 2128007 llmg_2545 llmg_2546 rpsI rplM TRUE 0.997 20.000 0.601 0.016 Y 0.252
 2128008 2128009 llmg_2547 llmg_2548     TRUE 0.948 16.000 0.444 1.000 N -0.268
 2128009 2128010 llmg_2548 llmg_2549   rnhA FALSE 0.101 147.000 0.000 1.000 N -0.491
 2128010 2128011 llmg_2549 llmg_2550 rnhA sipL TRUE 0.922 12.000 0.080 1.000 N 0.966
 2128012 2128013 llmg_2551 llmg_2552 purR   FALSE 0.127 288.000 0.000 NA   -0.121
 2128013 2128014 llmg_2552 llmg_2553     TRUE 0.760 25.000 0.000 NA   0.285
 2128014 2128015 llmg_2553 llmg_2554     TRUE 0.749 3.000 0.000 NA   -0.261
 2128015 2128016 llmg_2554 llmg_2555     TRUE 0.762 0.000 0.000 NA   -0.289
 2128016 2128017 llmg_2555 llmg_2556   fusA FALSE 0.116 357.000 0.000 NA   -0.692
 2128017 2128018 llmg_2556 llmg_2557 fusA rpsG TRUE 0.900 261.000 0.579 1.000 Y 0.094
 2128018 2128019 llmg_2557 llmg_2558 rpsG rpsL TRUE 0.993 19.000 0.224 0.003 Y 0.018
 2128019 2128020 llmg_2558 llmg_2559 rpsL   FALSE 0.076 432.000 0.000 NA   NA
 2128022 2128023 llmg_2561 llmg_2562 glcU   TRUE 0.731 126.000 0.015 NA   0.791
 2128023 2128024 llmg_2562 llmg_2563     TRUE 0.930 144.000 0.408 NA   0.871
 2128024 2128025 llmg_2563 llmg_tRNA_60   tRNA-Asn FALSE 0.349 97.000 0.000 NA   NA
 2128025 2128026 llmg_tRNA_60 llmg_tRNA_61 tRNA-Asn tRNA-Glu TRUE 0.636 37.000 0.000 NA   NA
 2128026 3678325 llmg_tRNA_61 llmg_rRNA_60a tRNA-Glu   TRUE 0.728 10.000 0.000 NA   NA
 3678325 2128027 llmg_rRNA_60a llmg_rRNA_7   23S_rRNA FALSE 0.374 83.000 0.000 NA   NA
 2128027 2128028 llmg_rRNA_7 llmg_tRNA_62 23S_rRNA tRNA-Ala FALSE 0.327 139.000 0.000 NA   NA
 2128028 3678326 llmg_tRNA_62 llmg_rRNA_7a tRNA-Ala   FALSE 0.357 92.000 0.000 NA   NA