MicrobesOnline Operon Predictions for Actinobacillus pleuropneumoniae L20

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column	Description
Gene1	VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1	Systematic name of 1st gene in pair
Name1	Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2	VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2	Systematic name of 2nd gene in pair
Name2	Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp	Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp	Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep	Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore	Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore	Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim	Whether the genes share a COG category or not
ExprSim	Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

Gene1	Gene2	SysName1	SysName2	Name1	Name2	bOp	pOp	Sep	MOGScore	GOScore	COGSim	ExprSim
2123336	2123337	APL_0001	APL_0002	dnaA	dnaN	TRUE	0.997	17.000	0.328	1.000	Y	NA
2123337	2123338	APL_0002	APL_0003	dnaN	recF	TRUE	0.701	334.000	0.318	1.000	Y	NA
2123342	2123343	APL_0007	APL_0008	lpxB	sohB	TRUE	0.676	30.000	0.003	1.000	N	NA
2123343	2123344	APL_0008	APL_0009	sohB		FALSE	0.033	235.000	0.000	NA		NA
2123344	2123345	APL_0009	APL_0010		mraW	TRUE	0.996	26.000	0.635	NA		NA
2123345	2123346	APL_0010	APL_0011	mraW	ftsL	TRUE	0.993	13.000	0.227	1.000	N	NA
2123346	2123347	APL_0011	APL_0012	ftsL	ftsI	TRUE	0.980	4.000	0.044	1.000	N	NA
2123347	2123348	APL_0012	APL_0013	ftsI	murE	TRUE	0.966	24.000	0.022	1.000	Y	NA
2123348	2123349	APL_0013	APL_0014	murE	murF	TRUE	0.945	215.000	0.569	0.004	Y	NA
2123349	2123350	APL_0014	APL_0015	murF	mraY	TRUE	0.978	97.000	0.309	0.008	Y	NA
2123350	2123351	APL_0015	APL_0016	mraY	murD	TRUE	0.993	84.000	0.647	0.008	Y	NA
2123351	2123352	APL_0016	APL_0017	murD	ftsW	TRUE	0.998	2.000	0.297	0.006	N	NA
2123352	2123353	APL_0017	APL_0018	ftsW	murG	TRUE	0.903	155.000	0.647	1.000	N	NA
2123353	2123354	APL_0018	APL_0019	murG	murC	TRUE	0.968	52.000	0.283	1.000	Y	NA
2123354	2123355	APL_0019	APL_0020	murC	ddlB	TRUE	0.950	108.000	0.153	0.008	Y	NA
2123355	2123356	APL_0020	APL_0021	ddlB	ftsQ	TRUE	0.917	141.000	0.372	NA	Y	NA
2123356	2123357	APL_0021	APL_0022	ftsQ	ftsA	TRUE	0.989	26.000	0.389	NA	N	NA
2123357	2123358	APL_0022	APL_0023	ftsA	ftsZ	TRUE	0.991	39.000	0.460	1.000	Y	NA
2123358	2123359	APL_0023	APL_0024	ftsZ	lpxC	TRUE	0.936	34.000	0.134	1.000	N	NA
2123359	2123360	APL_0024	APL_0025	lpxC	recN	FALSE	0.089	162.000	0.002	1.000	N	NA
2123361	2123362	APL_0026	APL_0027			TRUE	0.998	0.000	0.472	1.000		NA
2123362	2123363	APL_0027	APL_0028			TRUE	1.000	3.000	0.558	0.050	Y	NA
2123363	2123364	APL_0028	APL_0029			TRUE	0.983	94.000	0.431	0.050	Y	NA
2123364	2123365	APL_0029	APL_0030		prfC	FALSE	0.023	194.000	0.000	1.000	N	NA
2123366	2123367	APL_0031	APL_0032		yhaH	TRUE	0.631	47.000	0.000	0.095		NA
2123367	2123368	APL_0032	APL_0033	yhaH	pth	FALSE	0.119	127.000	0.000	1.000		NA
2123368	2123369	APL_0033	APL_0034	pth	engD	TRUE	0.911	109.000	0.184	1.000	Y	NA
2123369	2123370	APL_0034	APL_0035	engD		FALSE	0.264	72.000	0.002	NA	N	NA
2123371	2123372	APL_0036	APL_0037		slyB	TRUE	0.960	31.000	0.167	NA		NA
2123372	2123373	APL_0037	APL_0038	slyB		TRUE	0.948	27.000	0.075	NA		NA
2123374	2123375	APL_0039	APL_0040	argS	yhbZ	FALSE	0.145	144.000	0.002	1.000		NA
2123375	2123376	APL_0040	APL_0041	yhbZ		FALSE	0.216	75.000	0.000	NA		NA
2123377	2123378	APL_0042	APL_0043	rlmB	pssA	FALSE	0.260	79.000	0.002	1.000	N	NA
2123378	2123379	APL_0043	APL_0044	pssA	ileS	FALSE	0.111	152.000	0.003	1.000	N	NA
2123379	2123380	APL_0044	APL_0045	ileS	ribF	TRUE	0.895	61.000	0.254	1.000	N	NA
2123381	2123382	APL_0046	APL_0047	nadR		TRUE	0.991	-3.000	0.137	1.000		NA
2123382	2123383	APL_0047	APL_0048		arcA	FALSE	0.256	173.000	0.025	1.000		NA
2123383	2123384	APL_0048	APL_0049	arcA		TRUE	0.691	52.000	0.025	1.000	N	NA
2123385	2123386	APL_0050	APL_0051			FALSE	0.029	238.000	0.000	1.000		NA
2123387	2123388	APL_0052	APL_0053		typA	FALSE	0.054	333.000	0.002	NA		NA
2123388	2123389	APL_0053	APL_0054	typA	grxA	FALSE	0.127	159.000	0.004	1.000	N	NA
2123391	2123392	APL_0056	APL_0057	yicC		TRUE	0.971	9.000	0.016	NA		NA
2123393	2123394	APL_0058	APL_0059	yfhL	narP	FALSE	0.296	146.000	0.015	1.000		NA
2123395	2123396	APL_0060	APL_0061		yibK	TRUE	0.540	58.000	0.012	1.000	N	NA
2123398	2123399	APL_2109	APL_2047			FALSE	0.216	87.000	0.000	NA		NA
2123399	2123400	APL_2047	APL_2048			FALSE	0.308	52.000	0.000	NA		NA
2123400	2123401	APL_2048	APL_2115			FALSE	0.030	267.000	0.000	NA		NA
2123401	2123402	APL_2115	APL_2121			FALSE	0.061	166.000	0.000	NA		NA
2123402	2123403	APL_2121	APL_0063		dppA	FALSE	0.026	381.000	0.000	NA		NA
2123403	2123404	APL_0063	APL_0064	dppA	dppA	TRUE	0.968	168.000	0.667	0.049	Y	NA
2123404	2123405	APL_0064	APL_0065	dppA	dppB	TRUE	0.756	128.000	0.015	0.049	Y	NA
2123405	2123406	APL_0065	APL_0066	dppB	dppC	TRUE	0.994	78.000	0.779	0.049	Y	NA
2123406	2123407	APL_0066	APL_0067	dppC	dppD	TRUE	0.999	11.000	0.560	1.000	Y	NA
2123407	2123408	APL_0067	APL_0068	dppD	dppF	TRUE	1.000	13.000	0.500	0.003	Y	NA
2123409	2123410	APL_0069	APL_0070	psiE		FALSE	0.197	78.000	0.000	1.000		NA
2123410	2123411	APL_0070	APL_0071			FALSE	0.286	55.000	0.000	NA		NA
2123411	2123412	APL_0071	APL_0072		ilvE	TRUE	0.532	87.000	0.017	NA	N	NA
2123412	2123413	APL_0072	APL_0073	ilvE	ydhD	FALSE	0.049	143.000	0.000	1.000	N	NA
2123413	2123414	APL_0073	APL_0074	ydhD	recR	FALSE	0.254	72.000	0.002	1.000	N	NA
2123414	2123415	APL_0074	APL_0075	recR	ybaB	TRUE	0.999	11.000	0.604	NA		NA
2123415	2123416	APL_0075	APL_0076	ybaB	tonB2	FALSE	0.111	169.000	0.002	NA		NA
2123416	2123417	APL_0076	APL_0077	tonB2	exbD2	TRUE	0.999	10.000	0.733	1.000	N	NA
2123417	2123418	APL_0077	APL_0078	exbD2	exbB2	TRUE	0.998	45.000	1.000	0.070	Y	NA
2123419	2123420	APL_0079	APL_0080	glpE		TRUE	0.723	44.000	0.016	1.000	N	NA
2123421	2123422	APL_0081	APL_0082	dhaM	dhaL	TRUE	0.995	9.000	0.221	1.000		NA
2123422	2123423	APL_0082	APL_0083	dhaL	dhaK	TRUE	0.999	2.000	0.226	0.001	Y	NA
2123424	2123425	APL_0084	APL_0085	trxB	kdsB	TRUE	0.531	108.000	0.004	0.071	N	NA
2123425	2123426	APL_0085	APL_0086	kdsB		FALSE	0.391	124.000	0.009	NA		NA
2123427	2123428	APL_0087	APL_0088	nudC	rluE	TRUE	0.907	18.000	0.008	1.000	N	NA
2123428	2123429	APL_0088	APL_0089	rluE	rhaT	TRUE	0.962	4.000	0.008	NA		NA
2123429	2123430	APL_0089	APL_0090	rhaT		TRUE	0.789	30.000	0.006	NA		NA
2123430	2123431	APL_0090	APL_0091		pepQ	TRUE	0.721	23.000	0.000	NA		NA
2123433	2123434	APL_0093	APL_0094		engB	TRUE	0.954	2.000	0.005	NA		NA
2123434	2123435	APL_0094	APL_0095	engB		FALSE	0.064	295.000	0.004	1.000		NA
2123435	2123436	APL_0095	APL_0096			TRUE	0.780	38.000	0.012	1.000		NA
2123436	2123437	APL_0096	APL_0097		ilvD	FALSE	0.120	151.000	0.003	1.000	N	NA
2123437	2123438	APL_0097	APL_0098	ilvD	ilvM	TRUE	0.502	118.000	0.019	1.000		NA
2123438	2123439	APL_0098	APL_0099	ilvM	ilvG	TRUE	0.999	21.000	0.943	0.003		NA
2123440	2123441	APL_0100	APL_0101	nrfA	nrfB	TRUE	1.000	21.000	1.000	0.003		NA
2123441	2123442	APL_0101	APL_0102	nrfB	nrfC	TRUE	0.998	0.000	0.220	0.003		NA
2123442	2123443	APL_0102	APL_0103	nrfC	nrfD	TRUE	1.000	0.000	0.927	0.003	N	NA
2123443	2123444	APL_0103	APL_0104	nrfD		FALSE	0.015	288.000	0.000	1.000	N	NA
2123445	2123446	APL_0105	APL_0106	uraA	putA	FALSE	0.035	160.000	0.000	1.000	N	NA
2123446	2123447	APL_0106	APL_0107	putA	putP	TRUE	0.632	103.000	0.040	1.000	N	NA
2123447	2123448	APL_0107	APL_0108	putP	iclR	FALSE	0.013	575.000	0.000	1.000	N	NA
2123448	2123449	APL_0108	APL_0109	iclR		TRUE	0.767	-3.000	0.000	1.000	N	NA
2123449	2123450	APL_0109	APL_0110			FALSE	0.187	271.000	0.034	NA		NA
2123451	2123452	APL_0111	APL_0112		hemE	FALSE	0.197	106.000	0.000	NA		NA
2123452	2123453	APL_0112	APL_0113	hemE		TRUE	0.402	124.000	0.010	NA		NA
2123453	2123454	APL_0113	APL_0114		hupA	TRUE	0.854	136.000	0.355	NA		NA
2123456	2123457	APL_0116	APL_0117		bioB	FALSE	0.353	96.000	0.003	1.000		NA
2123459	2123460	APL_0119	APL_0120	proQ	prc	TRUE	0.906	92.000	0.304	NA	N	NA
2123460	2123461	APL_0120	APL_0121	prc		TRUE	0.659	97.000	0.033	1.000		NA
2123461	2123462	APL_0121	APL_0122			TRUE	0.754	172.000	0.372	NA		NA
2123462	2123463	APL_0122	APL_0123			TRUE	0.980	18.000	0.089	NA		NA
2123464	2123465	APL_0124	APL_0125			TRUE	0.979	-3.000	0.032	NA		NA
2123465	2123466	APL_0125	APL_0126			TRUE	0.985	2.000	0.051	NA		NA
2123466	2123467	APL_0126	APL_0127		yfeD	FALSE	0.306	72.000	0.003	1.000	N	NA
2123467	2123468	APL_0127	APL_0128	yfeD	yfeC	TRUE	1.000	-7.000	0.525	0.011	Y	NA
2123468	2123469	APL_0128	APL_0129	yfeC	rnhB	TRUE	0.907	1.000	0.002	1.000	N	NA
2123469	2123470	APL_0129	APL_0130	rnhB	engC	TRUE	0.825	23.000	0.002	1.000		NA
2123471	2123472	APL_0131	APL_0132	gcvA		TRUE	0.981	0.000	0.036	1.000		NA
2123472	2123473	APL_0132	APL_0133		cysB	TRUE	0.978	0.000	0.028	1.000		NA
2123473	2123474	APL_0133	APL_0134	cysB		TRUE	0.980	1.000	0.028	NA		NA
2123476	2123477	APL_0136	APL_0137	pyrG		FALSE	0.320	103.000	0.002	NA		NA
2123478	2123479	APL_0138	APL_0139	leuD	leuC	TRUE	0.999	11.000	0.309	0.001	Y	NA
2123480	2123481	APL_0140	APL_0141			TRUE	0.825	128.000	0.290	NA	N	NA
2123481	2123482	APL_0141	APL_0142		glxK	TRUE	0.996	11.000	0.136	1.000	Y	NA
2123482	2123483	APL_0142	APL_0143	glxK		TRUE	0.636	19.000	0.000	1.000	N	NA
2123484	2123485	APL_0144	APL_0145			TRUE	0.960	4.000	0.007	NA		NA
2123485	2123486	APL_0145	APL_0146		dusA	FALSE	0.250	60.000	0.000	NA		NA
2123487	2123488	APL_0147	APL_0148		rnr1	TRUE	0.999	-13.000	0.269	0.003	Y	NA
2123490	2123491	APL_0150	APL_0151	nqrA	nqrB	TRUE	1.000	5.000	0.854	0.004	Y	NA
2123491	2123492	APL_0151	APL_0152	nqrB	nqrC	TRUE	1.000	3.000	0.603	0.004	Y	NA
2123492	2123493	APL_0152	APL_0153	nqrC	nqrD	TRUE	0.999	0.000	0.312	0.004	Y	NA
2123493	2123494	APL_0153	APL_0154	nqrD	nqrE	TRUE	0.999	2.000	0.188	0.004	Y	NA
2123494	2123495	APL_0154	APL_0155	nqrE	nqrF	TRUE	1.000	11.000	0.551	0.004	Y	NA
2123495	2123496	APL_0155	APL_0156	nqrF	apbE	TRUE	0.750	207.000	0.519	1.000	N	NA
2123496	2123497	APL_0156	APL_0157	apbE		TRUE	0.989	13.000	0.113	NA		NA
2123497	2123498	APL_0157	APL_0158		trmU	FALSE	0.117	229.000	0.009	NA		NA
2123499	2123500	APL_0159	APL_0160	hcaT	proC	TRUE	0.981	-3.000	0.037	NA		NA
2123501	2123502	APL_0161	APL_0162	rdgC		TRUE	0.854	10.000	0.000	1.000		NA
2123503	2123504	APL_0163	APL_0164			TRUE	0.987	5.000	0.071	1.000		NA
2123505	2123506	APL_0165	APL_0166	rnfA	rnfB	TRUE	0.999	21.000	0.564	0.055	Y	NA
2123506	2123507	APL_0166	APL_0167	rnfB	rnfC	TRUE	1.000	-7.000	0.537	0.020	Y	NA
2123507	2123508	APL_0167	APL_0168	rnfC		TRUE	0.968	-7.000	0.016	NA		NA
2123508	2123509	APL_0168	APL_0169		rnfD	TRUE	0.939	20.000	0.015	NA		NA
2123509	2123510	APL_0169	APL_0170	rnfD	rnfG	TRUE	1.000	0.000	0.924	0.055	Y	NA
2123510	2123511	APL_0170	APL_0171	rnfG	rnfE	TRUE	1.000	12.000	0.908	0.055	Y	NA
2123511	2123512	APL_0171	APL_0172	rnfE	msbB	TRUE	0.971	9.000	0.023	1.000	N	NA
2123514	2123515	APL_0174	APL_0175	tbpA	dksA	FALSE	0.020	207.000	0.000	1.000	N	NA
2123515	2123516	APL_0175	APL_0176	dksA	pcnB	FALSE	0.320	143.000	0.023	1.000	N	NA
2123516	2123517	APL_0176	APL_0177	pcnB	folK	TRUE	0.869	70.000	0.234	1.000	N	NA
2123518	2123519	APL_0178	APL_0179			TRUE	0.985	-3.000	0.057	NA		NA
2123519	2123520	APL_0179	APL_0180			TRUE	0.924	33.000	0.074	NA		NA
2123521	2123522	APL_0181	APL_0182	gloA	dnaQ	TRUE	0.608	140.000	0.136	1.000	N	NA
2123523	2123524	APL_0183	APL_0184		tyrA	FALSE	0.015	576.000	0.000	NA	N	NA
2123524	2123525	APL_0184	APL_0185	tyrA	aroF	TRUE	0.773	113.000	0.030	1.000	Y	NA
2123525	2123526	APL_0185	APL_0186	aroF		TRUE	0.777	42.000	0.023	1.000	N	NA
2123526	2123527	APL_0186	APL_0187		pykA	TRUE	0.601	88.000	0.029	1.000	N	NA
2123528	2123529	APL_0188	APL_0189	sixA	dus	FALSE	0.018	223.000	0.000	1.000	N	NA
2123529	2123530	APL_0189	APL_0190	dus	fis	TRUE	0.960	28.000	0.161	1.000	N	NA
2123531	2123532	APL_0191	APL_0192		dam	TRUE	0.662	65.000	0.032	1.000		NA
2123532	2123533	APL_0192	APL_0193	dam	aroB	TRUE	0.951	-7.000	0.011	1.000	N	NA
2123533	2123534	APL_0193	APL_0194	aroB	aroK	TRUE	0.930	74.000	0.208	1.000	Y	NA
2123534	2123535	APL_0194	APL_0195	aroK	mrcA	FALSE	0.016	262.000	0.000	1.000	N	NA
2123536	2123537	APL_0196	APL_0197			TRUE	0.912	72.000	0.300	NA		NA
2123537	2123538	APL_0197	APL_0198			TRUE	0.999	3.000	0.667	NA		NA
2123538	2123539	APL_0198	APL_0199			TRUE	0.861	-7.000	0.000	NA		NA
2123539	2123540	APL_0199	APL_0200		hofQ	TRUE	0.958	12.000	0.009	NA		NA
2123540	2123541	APL_0200	APL_0201	hofQ	nusB	FALSE	0.232	126.000	0.004	1.000	N	NA
2123541	2123542	APL_0201	APL_0202	nusB	thiL	TRUE	0.866	68.000	0.225	1.000	N	NA
2123542	2123543	APL_0202	APL_0203	thiL	pgpA	TRUE	0.992	13.000	0.206	1.000	N	NA
2123543	2123544	APL_0203	APL_0204	pgpA		TRUE	0.971	9.000	0.024	1.000	N	NA
2123546	2123547	APL_0206	APL_0207	suhB	dxs	TRUE	0.398	121.000	0.013	1.000	N	NA
2123548	2123549	APL_0208	APL_0209			TRUE	0.524	33.000	0.000	NA		NA
2123549	2123550	APL_0209	APL_0210			TRUE	0.864	12.000	0.000	NA		NA
2123550	2123551	APL_0210	APL_0211		glyA	FALSE	0.123	89.000	0.000	1.000	N	NA
2123551	2123552	APL_0211	APL_0212	glyA	pnnK	FALSE	0.017	231.000	0.000	1.000	N	NA
2123552	2123553	APL_0212	APL_0213	pnnK		FALSE	0.195	91.000	0.000	1.000		NA
2123553	2123554	APL_0213	APL_0214			TRUE	0.999	-3.000	0.707	NA		NA
2123554	2123555	APL_0214	APL_0215			FALSE	0.024	1709.000	0.000	NA		NA
11475556	2123552		APL_0212		pnnK	FALSE	NA	4428.000	0.000	NA		NA
11617919	2123552		APL_0212		pnnK	FALSE	NA	4428.000	0.000	NA		NA
11760311	2123552		APL_0212		pnnK	FALSE	NA	4428.000	0.000	NA		NA
11475557	2123552		APL_0212		pnnK	FALSE	NA	4456.000	0.000	NA		NA
11617920	2123552		APL_0212		pnnK	FALSE	NA	4456.000	0.000	NA		NA
11760312	2123552		APL_0212		pnnK	FALSE	NA	4456.000	0.000	NA		NA
11475558	2123552		APL_0212		pnnK	FALSE	NA	4488.000	0.000	NA		NA
11617921	2123552		APL_0212		pnnK	FALSE	NA	4488.000	0.000	NA		NA
11760313	2123552		APL_0212		pnnK	FALSE	NA	4488.000	0.000	NA		NA
11475559	2123552		APL_0212		pnnK	FALSE	NA	4516.000	0.000	NA		NA
11617922	2123552		APL_0212		pnnK	FALSE	NA	4516.000	0.000	NA		NA
11760314	2123552		APL_0212		pnnK	FALSE	NA	4516.000	0.000	NA		NA
11475560	2123552		APL_0212		pnnK	FALSE	NA	4548.000	0.000	NA		NA
11617923	2123552		APL_0212		pnnK	FALSE	NA	4548.000	0.000	NA		NA
11760315	2123552		APL_0212		pnnK	FALSE	NA	4548.000	0.000	NA		NA
11475561	2123552		APL_0212		pnnK	FALSE	NA	4576.000	0.000	NA		NA
11617924	2123552		APL_0212		pnnK	FALSE	NA	4576.000	0.000	NA		NA
11760316	2123552		APL_0212		pnnK	FALSE	NA	4576.000	0.000	NA		NA
11475562	2123552		APL_0212		pnnK	FALSE	NA	4608.000	0.000	NA		NA
11617925	2123552		APL_0212		pnnK	FALSE	NA	4608.000	0.000	NA		NA
11760317	2123552		APL_0212		pnnK	FALSE	NA	4608.000	0.000	NA		NA
11475563	2123552		APL_0212		pnnK	FALSE	NA	4636.000	0.000	NA		NA
11617926	2123552		APL_0212		pnnK	FALSE	NA	4636.000	0.000	NA		NA
11760318	2123552		APL_0212		pnnK	FALSE	NA	4636.000	0.000	NA		NA
11475564	2123552		APL_0212		pnnK	FALSE	NA	4668.000	0.000	NA		NA
11617927	2123552		APL_0212		pnnK	FALSE	NA	4668.000	0.000	NA		NA
11760319	2123552		APL_0212		pnnK	FALSE	NA	4668.000	0.000	NA		NA
11475565	2123552		APL_0212		pnnK	FALSE	NA	4696.000	0.000	NA		NA
11617928	2123552		APL_0212		pnnK	FALSE	NA	4696.000	0.000	NA		NA
11760320	2123552		APL_0212		pnnK	FALSE	NA	4696.000	0.000	NA		NA
11475566	2123552		APL_0212		pnnK	FALSE	NA	4728.000	0.000	NA		NA
11617929	2123552		APL_0212		pnnK	FALSE	NA	4728.000	0.000	NA		NA
11760321	2123552		APL_0212		pnnK	FALSE	NA	4728.000	0.000	NA		NA
11475567	2123552		APL_0212		pnnK	FALSE	NA	4756.000	0.000	NA		NA
11617930	2123552		APL_0212		pnnK	FALSE	NA	4756.000	0.000	NA		NA
11760322	2123552		APL_0212		pnnK	FALSE	NA	4756.000	0.000	NA		NA
11475568	2123552		APL_0212		pnnK	FALSE	NA	4788.000	0.000	NA		NA
11617931	2123552		APL_0212		pnnK	FALSE	NA	4788.000	0.000	NA		NA
11760323	2123552		APL_0212		pnnK	FALSE	NA	4788.000	0.000	NA		NA
11475569	2123552		APL_0212		pnnK	FALSE	NA	4816.000	0.000	NA		NA
11617932	2123552		APL_0212		pnnK	FALSE	NA	4816.000	0.000	NA		NA
11760324	2123552		APL_0212		pnnK	FALSE	NA	4816.000	0.000	NA		NA
11475570	2123552		APL_0212		pnnK	FALSE	NA	4849.000	0.000	NA		NA
11617933	2123552		APL_0212		pnnK	FALSE	NA	4849.000	0.000	NA		NA
11760325	2123552		APL_0212		pnnK	FALSE	NA	4849.000	0.000	NA		NA
11475571	2123552		APL_0212		pnnK	FALSE	NA	4877.000	0.000	NA		NA
11617934	2123552		APL_0212		pnnK	FALSE	NA	4877.000	0.000	NA		NA
11760326	2123552		APL_0212		pnnK	FALSE	NA	4877.000	0.000	NA		NA
11475572	2123552		APL_0212		pnnK	FALSE	NA	4909.000	0.000	NA		NA
11617935	2123552		APL_0212		pnnK	FALSE	NA	4909.000	0.000	NA		NA
11760327	2123552		APL_0212		pnnK	FALSE	NA	4909.000	0.000	NA		NA
11475573	2123552		APL_0212		pnnK	FALSE	NA	4937.000	0.000	NA		NA
11617936	2123552		APL_0212		pnnK	FALSE	NA	4937.000	0.000	NA		NA
11760328	2123552		APL_0212		pnnK	FALSE	NA	4937.000	0.000	NA		NA
11475574	2123552		APL_0212		pnnK	FALSE	NA	4969.000	0.000	NA		NA
11617937	2123552		APL_0212		pnnK	FALSE	NA	4969.000	0.000	NA		NA
11760329	2123552		APL_0212		pnnK	FALSE	NA	4969.000	0.000	NA		NA
11475575	2123552		APL_0212		pnnK	FALSE	NA	4997.000	0.000	NA		NA
11617938	2123552		APL_0212		pnnK	FALSE	NA	4997.000	0.000	NA		NA
11760330	2123552		APL_0212		pnnK	FALSE	NA	4997.000	0.000	NA		NA
11475576	2123552		APL_0212		pnnK	FALSE	NA	5029.000	0.000	NA		NA
11617939	2123552		APL_0212		pnnK	FALSE	NA	5029.000	0.000	NA		NA
11760331	2123552		APL_0212		pnnK	FALSE	NA	5029.000	0.000	NA		NA
11475577	2123552		APL_0212		pnnK	FALSE	NA	5057.000	0.000	NA		NA
11617940	2123552		APL_0212		pnnK	FALSE	NA	5057.000	0.000	NA		NA
11760332	2123552		APL_0212		pnnK	FALSE	NA	5057.000	0.000	NA		NA
11475578	2123552		APL_0212		pnnK	FALSE	NA	5089.000	0.000	NA		NA
11617941	2123552		APL_0212		pnnK	FALSE	NA	5089.000	0.000	NA		NA
11760333	2123552		APL_0212		pnnK	FALSE	NA	5089.000	0.000	NA		NA
11475579	2123552		APL_0212		pnnK	FALSE	NA	5117.000	0.000	NA		NA
11617942	2123552		APL_0212		pnnK	FALSE	NA	5117.000	0.000	NA		NA
11760334	2123552		APL_0212		pnnK	FALSE	NA	5117.000	0.000	NA		NA
11475580	2123552		APL_0212		pnnK	FALSE	NA	5149.000	0.000	NA		NA
11617943	2123552		APL_0212		pnnK	FALSE	NA	5149.000	0.000	NA		NA
11760335	2123552		APL_0212		pnnK	FALSE	NA	5149.000	0.000	NA		NA
11475581	2123552		APL_0212		pnnK	FALSE	NA	5177.000	0.000	NA		NA
11617944	2123552		APL_0212		pnnK	FALSE	NA	5177.000	0.000	NA		NA
11760336	2123552		APL_0212		pnnK	FALSE	NA	5177.000	0.000	NA		NA
11475582	2123552		APL_0212		pnnK	FALSE	NA	5211.000	0.000	NA		NA
11617945	2123552		APL_0212		pnnK	FALSE	NA	5211.000	0.000	NA		NA
11760337	2123552		APL_0212		pnnK	FALSE	NA	5211.000	0.000	NA		NA
11475583	2123552		APL_0212		pnnK	FALSE	NA	5239.000	0.000	NA		NA
11617946	2123552		APL_0212		pnnK	FALSE	NA	5239.000	0.000	NA		NA
11760338	2123552		APL_0212		pnnK	FALSE	NA	5239.000	0.000	NA		NA
11475584	2123552		APL_0212		pnnK	FALSE	NA	5271.000	0.000	NA		NA
11617947	2123552		APL_0212		pnnK	FALSE	NA	5271.000	0.000	NA		NA
11760339	2123552		APL_0212		pnnK	FALSE	NA	5271.000	0.000	NA		NA
11475585	2123552		APL_0212		pnnK	FALSE	NA	5299.000	0.000	NA		NA
11617948	2123552		APL_0212		pnnK	FALSE	NA	5299.000	0.000	NA		NA
11760340	2123552		APL_0212		pnnK	FALSE	NA	5299.000	0.000	NA		NA
11475586	2123552		APL_0212		pnnK	FALSE	NA	5331.000	0.000	NA		NA
11617949	2123552		APL_0212		pnnK	FALSE	NA	5331.000	0.000	NA		NA
11760341	2123552		APL_0212		pnnK	FALSE	NA	5331.000	0.000	NA		NA
11475587	2123552		APL_0212		pnnK	FALSE	NA	5359.000	0.000	NA		NA
11617950	2123552		APL_0212		pnnK	FALSE	NA	5359.000	0.000	NA		NA
11760342	2123552		APL_0212		pnnK	FALSE	NA	5359.000	0.000	NA		NA
11475588	2123552		APL_0212		pnnK	FALSE	NA	5391.000	0.000	NA		NA
11617951	2123552		APL_0212		pnnK	FALSE	NA	5391.000	0.000	NA		NA
11760343	2123552		APL_0212		pnnK	FALSE	NA	5391.000	0.000	NA		NA
11475589	2123552		APL_0212		pnnK	FALSE	NA	5419.000	0.000	NA		NA
11617952	2123552		APL_0212		pnnK	FALSE	NA	5419.000	0.000	NA		NA
11760344	2123552		APL_0212		pnnK	FALSE	NA	5419.000	0.000	NA		NA
11475590	2123552		APL_0212		pnnK	FALSE	NA	5451.000	0.000	NA		NA
11617953	2123552		APL_0212		pnnK	FALSE	NA	5451.000	0.000	NA		NA
11760345	2123552		APL_0212		pnnK	FALSE	NA	5451.000	0.000	NA		NA
11475591	2123552		APL_0212		pnnK	FALSE	NA	5479.000	0.000	NA		NA
11617954	2123552		APL_0212		pnnK	FALSE	NA	5479.000	0.000	NA		NA
11760346	2123552		APL_0212		pnnK	FALSE	NA	5479.000	0.000	NA		NA
11475592	2123552		APL_0212		pnnK	FALSE	NA	5511.000	0.000	NA		NA
11617955	2123552		APL_0212		pnnK	FALSE	NA	5511.000	0.000	NA		NA
11760347	2123552		APL_0212		pnnK	FALSE	NA	5511.000	0.000	NA		NA
11475593	2123552		APL_0212		pnnK	FALSE	NA	5539.000	0.000	NA		NA
11617956	2123552		APL_0212		pnnK	FALSE	NA	5539.000	0.000	NA		NA
11760348	2123552		APL_0212		pnnK	FALSE	NA	5539.000	0.000	NA		NA
11475594	2123552		APL_0212		pnnK	FALSE	NA	5571.000	0.000	NA		NA
11617957	2123552		APL_0212		pnnK	FALSE	NA	5571.000	0.000	NA		NA
11760349	2123552		APL_0212		pnnK	FALSE	NA	5571.000	0.000	NA		NA
11475595	2123552		APL_0212		pnnK	FALSE	NA	5599.000	0.000	NA		NA
11617958	2123552		APL_0212		pnnK	FALSE	NA	5599.000	0.000	NA		NA
11760350	2123552		APL_0212		pnnK	FALSE	NA	5599.000	0.000	NA		NA
11475596	2123552		APL_0212		pnnK	FALSE	NA	5631.000	0.000	NA		NA
11617959	2123552		APL_0212		pnnK	FALSE	NA	5631.000	0.000	NA		NA
11760351	2123552		APL_0212		pnnK	FALSE	NA	5631.000	0.000	NA		NA
11475597	2123552		APL_0212		pnnK	FALSE	NA	5659.000	0.000	NA		NA
11617960	2123552		APL_0212		pnnK	FALSE	NA	5659.000	0.000	NA		NA
11760352	2123552		APL_0212		pnnK	FALSE	NA	5659.000	0.000	NA		NA
11475598	2123552		APL_0212		pnnK	FALSE	NA	5691.000	0.000	NA		NA
11617961	2123552		APL_0212		pnnK	FALSE	NA	5691.000	0.000	NA		NA
11760353	2123552		APL_0212		pnnK	FALSE	NA	5691.000	0.000	NA		NA
11475599	2123552		APL_0212		pnnK	FALSE	NA	5719.000	0.000	NA		NA
11617962	2123552		APL_0212		pnnK	FALSE	NA	5719.000	0.000	NA		NA
11760354	2123552		APL_0212		pnnK	FALSE	NA	5719.000	0.000	NA		NA
11475600	2123552		APL_0212		pnnK	FALSE	NA	5751.000	0.000	NA		NA
11617963	2123552		APL_0212		pnnK	FALSE	NA	5751.000	0.000	NA		NA
11760355	2123552		APL_0212		pnnK	FALSE	NA	5751.000	0.000	NA		NA
11475601	2123552		APL_0212		pnnK	FALSE	NA	5779.000	0.000	NA		NA
11617964	2123552		APL_0212		pnnK	FALSE	NA	5779.000	0.000	NA		NA
11760356	2123552		APL_0212		pnnK	FALSE	NA	5779.000	0.000	NA		NA
11475602	2123552		APL_0212		pnnK	FALSE	NA	5811.000	0.000	NA		NA
11617965	2123552		APL_0212		pnnK	FALSE	NA	5811.000	0.000	NA		NA
11760357	2123552		APL_0212		pnnK	FALSE	NA	5811.000	0.000	NA		NA
11475603	2123552		APL_0212		pnnK	FALSE	NA	5839.000	0.000	NA		NA
11617966	2123552		APL_0212		pnnK	FALSE	NA	5839.000	0.000	NA		NA
11760358	2123552		APL_0212		pnnK	FALSE	NA	5839.000	0.000	NA		NA
11475604	2123552		APL_0212		pnnK	FALSE	NA	5871.000	0.000	NA		NA
11617967	2123552		APL_0212		pnnK	FALSE	NA	5871.000	0.000	NA		NA
11760359	2123552		APL_0212		pnnK	FALSE	NA	5871.000	0.000	NA		NA
11475605	2123552		APL_0212		pnnK	FALSE	NA	5899.000	0.000	NA		NA
11617968	2123552		APL_0212		pnnK	FALSE	NA	5899.000	0.000	NA		NA
11760360	2123552		APL_0212		pnnK	FALSE	NA	5899.000	0.000	NA		NA
11475606	2123552		APL_0212		pnnK	FALSE	NA	5931.000	0.000	NA		NA
11617969	2123552		APL_0212		pnnK	FALSE	NA	5931.000	0.000	NA		NA
11760361	2123552		APL_0212		pnnK	FALSE	NA	5931.000	0.000	NA		NA
2123555	2123556	APL_0215	APL_0216			TRUE	0.984	3.000	0.043	NA		NA
2123556	2123557	APL_0216	APL_0217			TRUE	0.999	2.000	0.787	NA		NA
2123557	2123558	APL_0217	APL_0218			TRUE	0.999	-3.000	0.895	NA		NA
2123559	2123560	APL_0219	APL_0220	thrS		FALSE	0.051	142.000	0.000	1.000	N	NA
2123560	2123561	APL_0220	APL_0221			TRUE	0.854	10.000	0.000	1.000		NA
2123561	2123562	APL_0221	APL_0222			TRUE	0.864	12.000	0.000	NA		NA
2123562	2123563	APL_0222	APL_0223		infC	FALSE	0.029	278.000	0.000	NA		NA
2123563	2123564	APL_0223	APL_0224	infC	rpmI	TRUE	0.895	249.000	0.652	1.000	Y	NA
2123564	2123565	APL_0224	APL_0225	rpmI	rplT	TRUE	0.996	68.000	0.928	0.024	Y	NA
2123565	2123566	APL_0225	APL_0226	rplT		FALSE	0.317	49.000	0.000	1.000		NA
2123566	2123567	APL_0226	APL_0227			TRUE	0.524	33.000	0.000	NA		NA
2123568	2123569	APL_0228	APL_0229		rluA	FALSE	0.377	44.000	0.000	1.000		NA
2123571	2123572	APL_0231	APL_0232			TRUE	0.926	53.000	0.263	NA	N	NA
2123572	2123573	APL_0232	APL_0233			TRUE	0.973	0.000	0.019	NA		NA
2123573	2123574	APL_0233	APL_0234			FALSE	0.200	175.000	0.013	NA		NA
2123575	2123576	APL_0235	APL_2049	bolA		FALSE	0.186	112.000	0.000	NA		NA
2123577	2123578	APL_0236	APL_0237			TRUE	0.955	20.000	0.027	NA		NA
2123579	2123580	APL_0238	APL_0239		secA	TRUE	0.629	109.000	0.031	NA		NA
2123580	2123581	APL_0239	APL_0240	secA		FALSE	0.286	130.000	0.006	1.000		NA
2123581	2123582	APL_0240	APL_0241		mutT	TRUE	0.964	-3.000	0.013	1.000		NA
2123582	2123583	APL_0241	APL_0242	mutT	argC	FALSE	0.017	235.000	0.000	1.000	N	NA
2123583	2123584	APL_0242	APL_0243	argC	argB	TRUE	0.958	30.000	0.005	0.004	Y	NA
2123584	2123585	APL_0243	APL_0244	argB	argD	TRUE	0.985	14.000	0.022	1.000	Y	NA
2123585	2123586	APL_0244	APL_0245	argD		FALSE	0.033	214.000	0.000	1.000		NA
2123586	2123587	APL_0245	APL_0246			TRUE	0.999	15.000	1.000	1.000		NA
2123588	2123589	APL_0247	APL_0248	rho	cysK	FALSE	0.059	198.000	0.002	1.000	N	NA
2123589	2123590	APL_0248	APL_0249	cysK	thrB	FALSE	0.131	212.000	0.000	1.000	Y	NA
2123590	2123591	APL_0249	APL_0250	thrB	thrA	TRUE	0.996	0.000	0.133	1.000	Y	NA
2123594	10726520	APL_0253	APL_2110	recD		FALSE	0.027	345.000	0.000	NA		NA
10726520	2123596	APL_2110	APL_2050			FALSE	0.070	158.000	0.000	NA		NA
2123596	2123597	APL_2050	APL_2116			FALSE	0.037	217.000	0.000	NA		NA
2123597	2123598	APL_2116	APL_2122			FALSE	0.059	168.000	0.000	NA		NA
2123600	2123601	APL_0255	APL_0256	gpt	gmk	TRUE	0.609	84.000	0.002	1.000	Y	NA
2123601	2123602	APL_0256	APL_0257	gmk		FALSE	0.259	102.000	0.002	1.000	N	NA
2123603	2123604	APL_0258	APL_0259			TRUE	0.990	-7.000	0.124	NA		NA
2123604	2123605	APL_0259	APL_0260		modC	TRUE	0.538	48.000	0.004	NA	N	NA
2123605	2123606	APL_0260	APL_0261	modC	modB	TRUE	1.000	4.000	0.537	0.002	Y	NA
2123606	2123607	APL_0261	APL_0262	modB	modA	TRUE	0.995	60.000	0.627	0.002	Y	NA
2123607	2123608	APL_0262	APL_0263	modA		TRUE	0.439	96.000	0.009	1.000	N	NA
2123608	2123609	APL_0263	APL_0264			TRUE	1.000	4.000	0.688	1.000	Y	NA
2123609	2123610	APL_0264	APL_0265		dnaX	TRUE	0.933	0.000	0.005	1.000	N	NA
2123610	2123611	APL_0265	APL_0266	dnaX	apt	TRUE	0.843	49.000	0.088	1.000	N	NA
2123612	2123613	APL_0267	APL_0268			TRUE	0.995	0.000	0.214	NA		NA
2123613	2123614	APL_0268	APL_0269		thrCA	TRUE	0.981	11.000	0.054	NA	N	NA
2123614	2123615	APL_0269	APL_0270	thrCA		TRUE	0.970	15.000	0.027	NA		NA
2123616	2123617	APL_0271	APL_0272		yfeA	TRUE	1.000	2.000	0.894	1.000	Y	NA
2123617	2123618	APL_0272	APL_0273	yfeA		TRUE	0.832	67.000	0.045	1.000	Y	NA
2123618	2123619	APL_0273	APL_0274			TRUE	0.883	53.000	0.140	NA		NA
2123620	2123621	APL_0275	APL_0276	pgsA	frpB	FALSE	0.092	120.000	0.000	1.000	N	NA
2123621	2123622	APL_0276	APL_0277	frpB	uvrC	FALSE	0.040	153.000	0.000	1.000	N	NA
2123622	2123623	APL_0277	APL_0278	uvrC		TRUE	0.519	69.000	0.000	NA	Y	NA
2123625	2123626	APL_0280	APL_0281	potA	potB	TRUE	1.000	-13.000	0.789	1.000	Y	NA
2123626	2123627	APL_0281	APL_0282	potB	potC	TRUE	0.995	27.000	0.286	0.044	Y	NA
2123627	2123628	APL_0282	APL_0283	potC	ruvA	FALSE	0.051	142.000	0.000	1.000	N	NA
2123628	2123629	APL_0283	APL_0284	ruvA	ruvB	TRUE	0.980	139.000	0.549	0.002	Y	NA
2123631	2123632	APL_0286	APL_0287	gyrA	hsdM	FALSE	0.215	97.000	0.000	NA		NA
2123632	2123633	APL_0287	APL_0289	hsdM		TRUE	0.880	2.000	0.000	NA		NA
2123633	2123634	APL_0289	APL_0290			FALSE	0.060	167.000	0.000	NA		NA
2123634	2123635	APL_0290	APL_0291		prrC	TRUE	0.878	6.000	0.000	NA		NA
2123635	2123636	APL_0291	APL_0293	prrC		TRUE	0.878	6.000	0.000	NA		NA
2123636	2123637	APL_0293	APL_0294		uupA	TRUE	0.751	19.000	0.000	1.000		NA
2123637	2123638	APL_0294	APL_0295	uupA		TRUE	0.948	0.000	0.005	1.000		NA
2123640	2123641	APL_0297	APL_0298	cydA	cydB	TRUE	1.000	14.000	0.714	0.049	Y	NA
2123641	2123642	APL_0298	APL_0299	cydB		FALSE	0.021	568.000	0.000	1.000		NA
2123642	2123643	APL_0299	APL_0300		tolQ	TRUE	0.991	35.000	0.593	1.000		NA
2123643	2123644	APL_0300	APL_0301	tolQ	tolR	TRUE	0.989	79.000	0.556	0.062	Y	NA
2123644	2123645	APL_0301	APL_0302	tolR	tolA	TRUE	0.996	16.000	0.460	NA	N	NA
2123645	2123646	APL_0302	APL_0303	tolA	tolB	TRUE	0.989	18.000	0.215	NA	N	NA
2123646	2123647	APL_0303	APL_0304	tolB	palA	TRUE	0.995	26.000	0.592	1.000	N	NA
2123647	2123648	APL_0304	APL_0305	palA		FALSE	0.045	178.000	0.000	1.000		NA
2123648	2123649	APL_0305	APL_0306		djlA	FALSE	0.198	80.000	0.000	1.000		NA
2123649	2123650	APL_0306	APL_0307	djlA	dusC	TRUE	0.585	85.000	0.025	1.000	N	NA
2123650	2123651	APL_0307	APL_0308	dusC		TRUE	0.686	52.000	0.017	NA		NA
2123653	2123654	APL_0310	APL_0311	moeA	moeB	TRUE	0.999	10.000	0.323	0.004	Y	NA
2123654	2123655	APL_0311	APL_2051	moeB		FALSE	0.217	93.000	0.000	NA		NA
2123657	2123658	APL_0313	APL_0314		hepA	FALSE	0.027	176.000	0.000	1.000	N	NA
2123658	2123659	APL_0314	APL_0315	hepA	rluA	TRUE	0.894	70.000	0.294	1.000	N	NA
2123661	2123662	APL_0317	APL_0318	yhiR	pryE	TRUE	0.446	87.000	0.006	1.000		NA
2123662	2123663	APL_0318	APL_0319	pryE		FALSE	0.053	139.000	0.000	1.000	N	NA
2123664	2123665	APL_0320	APL_0321	metC	dsbB	FALSE	0.123	77.000	0.000	1.000	N	NA
2123665	2123666	APL_0321	APL_0322	dsbB	nhaB	TRUE	0.975	97.000	0.723	1.000	N	NA
2123667	2123668	APL_0323	APL_0324	fadR	phoH	TRUE	0.778	9.000	0.000	1.000	N	NA
2123669	2123670	APL_0325	APL_0326		prfB	FALSE	0.188	72.000	0.000	1.000		NA
2123671	2123672	APL_0327	APL_0328	selD	mutT	TRUE	0.785	5.000	0.000	1.000	N	NA
2123672	2123673	APL_0328	APL_0329	mutT		TRUE	0.772	10.000	0.000	1.000	N	NA
2123674	2123675	APL_0330	APL_0331		hlp	FALSE	0.270	57.000	0.000	NA		NA
2123675	2123676	APL_0331	APL_0332	hlp	hlpB	TRUE	0.929	81.000	0.333	NA		NA
2123676	2123677	APL_0332	APL_0333	hlpB	visC	FALSE	0.367	136.000	0.017	NA		NA
2123677	2123678	APL_0333	APL_0334	visC		FALSE	0.328	124.000	0.006	1.000		NA
2123678	2123679	APL_0334	APL_0335		ptsN	TRUE	0.987	19.000	0.186	1.000		NA
2123679	2123680	APL_0335	APL_0336	ptsN	yhgB	TRUE	0.700	50.000	0.017	1.000		NA
2123680	2123681	APL_0336	APL_0337	yhgB		TRUE	0.998	10.000	0.543	1.000		NA
2123681	2123682	APL_0337	APL_0338			TRUE	0.993	25.000	0.459	NA		NA
2123682	2123683	APL_0338	APL_0339		pepC	FALSE	0.067	160.000	0.000	NA		NA
2123683	2123684	APL_0339	APL_0340	pepC		FALSE	0.037	215.000	0.000	NA		NA
2123684	2123685	APL_0340	APL_0341			TRUE	0.995	-3.000	0.240	NA		NA
2123685	2123686	APL_0341	APL_0342			TRUE	0.849	67.000	0.169	NA		NA
2123686	2123687	APL_0342	APL_0343		fruA	FALSE	0.052	176.000	0.000	NA		NA
2123687	2123688	APL_0343	APL_0344	fruA	fruK	TRUE	0.983	82.000	0.562	1.000	Y	NA
2123688	2123689	APL_0344	APL_0345	fruK	fruB	TRUE	0.988	15.000	0.035	1.000	Y	NA
2123690	2123691	APL_0346	APL_0347	glgB	glgX	TRUE	0.998	7.000	0.098	0.002	Y	NA
2123691	2123692	APL_0347	APL_0348	glgX	glgC	TRUE	0.996	16.000	0.228	1.000	Y	NA
2123692	2123693	APL_0348	APL_0349	glgC	glgA	TRUE	0.952	103.000	0.307	1.000	Y	NA
2123693	2123694	APL_0349	APL_0350	glgA	glgP	TRUE	0.986	30.000	0.228	1.000	Y	NA
2123695	2123696	APL_0351	APL_0352	ndk	metG	FALSE	0.351	59.000	0.003	1.000	N	NA
2123697	2123698	APL_0353	APL_0354	menC	rsuA	FALSE	0.014	314.000	0.000	1.000	N	NA
2123698	2123699	APL_0354	APL_0355	rsuA	proP	TRUE	0.992	0.000	0.182	1.000	N	NA
2123700	2123701	APL_0356	APL_0357			TRUE	0.717	71.000	0.056	NA		NA
2123702	2123703	APL_0358	APL_0359	nfo	nlpC	FALSE	0.323	121.000	0.006	NA	N	NA
2123704	2123705	APL_0360	APL_0361	impA	grcA	FALSE	0.035	226.000	0.000	NA		NA
2123707	2123708	APL_0363	APL_0364		ssa1	FALSE	0.217	95.000	0.000	NA		NA
2123708	2123709	APL_0364	APL_0365	ssa1	hrpA	FALSE	0.032	221.000	0.000	1.000		NA
2123709	2123710	APL_0365	APL_0366	hrpA		FALSE	0.204	170.000	0.012	NA		NA
2123710	2123711	APL_0366	APL_0367		grpE	FALSE	0.188	197.000	0.018	NA		NA
2123712	2123713	APL_0368	APL_0369	potD2	norM	FALSE	0.218	144.000	0.009	1.000	N	NA
2123713	2123714	APL_0369	APL_0370	norM	recB	TRUE	0.923	16.000	0.008	1.000	N	NA
2123715	2123716	APL_0371	APL_0372	lnt	corC	TRUE	0.961	82.000	0.557	1.000	N	NA
2123717	2123718	APL_0373	APL_0374		glpF	FALSE	0.033	236.000	0.000	NA		NA
2123718	2123719	APL_0374	APL_0375	glpF	glpK	TRUE	0.743	35.000	0.010	1.000	N	NA
2123720	2123721	APL_0376	APL_0377	lon	glpT	FALSE	0.165	146.000	0.005	1.000	N	NA
2123721	2123722	APL_0377	APL_0378	glpT	glpQ	TRUE	0.670	203.000	0.396	1.000	N	NA
2123723	2123724	APL_0379	APL_0380	glpA	glpB	TRUE	0.999	-10.000	0.650	0.002	N	NA
2123724	2123725	APL_0380	APL_0381	glpB	glpC	TRUE	0.999	-3.000	0.547	0.002	N	NA
2123725	2123726	APL_0381	APL_0382	glpC	ribD	FALSE	0.029	172.000	0.000	1.000	N	NA
2123726	2123727	APL_0382	APL_0383	ribD	ribE	TRUE	0.958	123.000	0.456	1.000	Y	NA
2123727	2123728	APL_0383	APL_0384	ribE	ribA	TRUE	0.857	61.000	0.051	1.000	Y	NA
2123728	2123729	APL_0384	APL_0385	ribA	ribH	TRUE	0.919	111.000	0.054	0.002	Y	NA
2123730	2123731	APL_0386	APL_0387	greB	kpsF	TRUE	0.960	10.000	0.014	1.000	N	NA
2123731	2123732	APL_0387	APL_0388	kpsF	pepB	TRUE	0.404	128.000	0.022	1.000	N	NA
2123732	2123733	APL_0388	APL_0389	pepB	ompP4	TRUE	0.503	115.000	0.017	1.000		NA
2123735	2123736	APL_0391	APL_0392	macA		FALSE	0.193	97.000	0.000	1.000		NA
2123737	2123738	APL_0393	APL_0394	leuA	rpoE	FALSE	0.014	343.000	0.000	1.000	N	NA
2123738	2123739	APL_0394	APL_0395	rpoE	rseA	TRUE	0.998	20.000	0.705	NA	N	NA
2123739	2123740	APL_0395	APL_0396	rseA	rseC	FALSE	0.270	225.000	0.012	NA	Y	NA
2123740	2123741	APL_0396	APL_0397	rseC	lcfA	TRUE	0.968	12.000	0.022	NA	N	NA
2123741	2123742	APL_0397	APL_0398	lcfA	upp	FALSE	0.279	67.000	0.002	1.000	N	NA
2123743	2123744	APL_0399	APL_0400	ksgA	surA	TRUE	0.600	66.000	0.028	1.000	N	NA
2123744	2123745	APL_0400	APL_0401	surA	pyrR	TRUE	0.529	81.000	0.018	1.000	N	NA
2123745	2123746	APL_0401	APL_0402	pyrR	hldE	TRUE	0.892	16.000	0.004	1.000	N	NA
2123746	2123747	APL_0402	APL_0403	hldE	engA	FALSE	0.348	114.000	0.004	1.000		NA
2123747	2123748	APL_0403	APL_0404	engA	hemA	FALSE	0.116	158.000	0.002	1.000		NA
2123749	2123750	APL_0405	APL_0406	relA	dxr	FALSE	0.323	74.000	0.004	1.000	N	NA
2123751	2123752	APL_0407	APL_0408	lpxA	fabZ	TRUE	0.997	28.000	0.850	1.000	N	NA
2123752	2123753	APL_0408	APL_0409	fabZ	lpxD	TRUE	0.979	69.000	0.796	1.000	N	NA
2123753	2123754	APL_0409	APL_0410	lpxD		TRUE	0.999	0.000	0.814	1.000		NA
2123754	2123755	APL_0410	APL_0411		D15	TRUE	0.911	116.000	0.354	1.000		NA
2123755	2123756	APL_0411	APL_0412	D15	ecfE	TRUE	0.936	62.000	0.204	1.000	Y	NA
2123756	2123757	APL_0412	APL_0413	ecfE	cdsA	TRUE	0.985	7.000	0.080	1.000	N	NA
2123757	2123758	APL_0413	APL_0414	cdsA	uppS	TRUE	0.996	25.000	0.400	1.000	Y	NA
2123758	2123759	APL_0414	APL_0415	uppS	gloB	FALSE	0.113	172.000	0.003	1.000		NA
2123759	2123760	APL_0415	APL_0416	gloB		TRUE	0.459	59.000	0.004	1.000		NA
2123760	2123761	APL_0416	APL_0417		pgpB	TRUE	0.989	3.000	0.091	1.000		NA
2123761	2123762	APL_0417	APL_0418	pgpB		TRUE	0.422	92.000	0.004	NA		NA
2123764	2123765	APL_0420	APL_0421	pbpG	waaQ	FALSE	0.195	84.000	0.000	1.000		NA
2123766	2123767	APL_0422	APL_0423	argG	rnhA	FALSE	0.087	122.000	0.000	1.000	N	NA
2123767	2123768	APL_0423	APL_0424	rnhA	cvpA	FALSE	0.063	157.000	0.000	1.000		NA
2123768	2123769	APL_0424	APL_0425	cvpA	purF	TRUE	0.994	14.000	0.262	1.000		NA
2123770	2123771	APL_0426	APL_0427		gdhA	FALSE	0.217	96.000	0.000	NA		NA
2123771	2123772	APL_0427	APL_0428	gdhA	smpA	FALSE	0.015	304.000	0.000	1.000	N	NA
2123772	2123773	APL_0428	APL_0429	smpA		TRUE	0.700	71.000	0.049	NA		NA
2123774	2123775	APL_0430	APL_0431			TRUE	0.808	28.000	0.005	NA		NA
2123775	2123776	APL_0431	APL_2052			FALSE	0.214	98.000	0.000	NA		NA
2123776	2123777	APL_2052	APL_0432		leuB	FALSE	0.026	391.000	0.000	NA		NA
2123779	2123780	APL_0434	APL_0435	gapA	mreB	FALSE	0.023	196.000	0.000	1.000	N	NA
2123780	2123781	APL_0435	APL_0436	mreB	mreC	TRUE	0.965	117.000	0.689	1.000	N	NA
2123781	2123782	APL_0436	APL_0437	mreC	mreD	TRUE	1.000	0.000	0.550	0.004	Y	NA
2123782	2123783	APL_0437	APL_0438	mreD		TRUE	0.910	13.000	0.003	1.000	N	NA
2123783	2123784	APL_0438	APL_0439		znuB	FALSE	0.285	81.000	0.002	1.000	N	NA
2123784	2123785	APL_0439	APL_0440	znuB		FALSE	0.168	179.000	0.011	1.000		NA
2123787	2123788	APL_0442	APL_0443	sanA		FALSE	0.031	260.000	0.000	NA		NA
2123789	2123790	APL_0444	APL_0445		ykgF	TRUE	0.976	129.000	0.600	0.002		NA
2123790	2123791	APL_0445	APL_0446	ykgF	ykgE	TRUE	0.999	10.000	0.600	NA	Y	NA
2123791	2123792	APL_0446	APL_0447	ykgE	lctP	TRUE	0.895	170.000	0.467	NA	Y	NA
2123792	2123793	APL_0447	APL_0448	lctP	hns	FALSE	0.022	466.000	0.000	1.000		NA
2123794	2123795	APL_0449	APL_0450		mglB	FALSE	0.025	206.000	0.000	NA	N	NA
2123796	2123797	APL_0451	APL_0452	sucD	sucC	TRUE	1.000	3.000	0.806	0.001	Y	NA
2123797	2123798	APL_0452	APL_0453	sucC		FALSE	0.091	144.000	0.000	NA		NA
2123798	2123799	APL_0453	APL_0454		sucB	FALSE	0.202	143.000	0.004	NA		NA
2123799	2123800	APL_0454	APL_0455	sucB	sucA	TRUE	0.982	120.000	0.667	1.000	Y	NA
2123800	2123801	APL_0455	APL_0456	sucA	znuC	FALSE	0.017	243.000	0.000	1.000	N	NA
2123802	2123803	APL_0457	APL_0458		dsbC	TRUE	0.953	19.000	0.033	1.000	N	NA
2123803	2123804	APL_0458	APL_0459	dsbC	recJ	TRUE	0.828	50.000	0.082	1.000	N	NA
2123804	2123805	APL_0459	APL_0460	recJ	plpD	FALSE	0.152	134.000	0.002	1.000	N	NA
2123805	2123806	APL_0460	APL_0461	plpD		TRUE	0.543	82.000	0.013	1.000		NA
2123806	2123807	APL_0461	APL_0462		narQ	TRUE	0.860	0.000	0.000	1.000		NA
2123807	2123808	APL_0462	APL_0463	narQ		TRUE	0.944	23.000	0.039	1.000	N	NA
2123808	2123809	APL_0463	APL_0464			FALSE	0.294	41.000	0.000	1.000	N	NA
2123809	2123810	APL_0464	APL_0465			TRUE	0.800	28.000	0.005	NA		NA
2123812	2123813	APL_0467	APL_0468			FALSE	0.217	90.000	0.000	NA		NA
2123813	2123814	APL_0468	APL_0469		trpB	FALSE	0.230	183.000	0.024	1.000		NA
2123814	2123815	APL_0469	APL_0470	trpB	trpA	TRUE	1.000	2.000	0.947	0.001	Y	NA
2123816	2123817	APL_0471	APL_0472			TRUE	0.998	9.000	0.500	NA		NA
2123818	2123819	APL_0473	APL_0474	polA	lolA	FALSE	0.012	674.000	0.000	1.000	N	NA
2123819	2123820	APL_0474	APL_0475	lolA	trpR	FALSE	0.372	75.000	0.005	1.000	N	NA
2123820	2123821	APL_0475	APL_0476	trpR	mtgA	TRUE	0.888	29.000	0.025	1.000		NA
2123822	2123823	APL_0477	APL_0478			TRUE	0.622	27.000	0.000	NA		NA
2123823	2123824	APL_0478	APL_0479			TRUE	0.831	15.000	0.000	NA		NA
2123824	2123825	APL_0479	APL_0480			TRUE	0.998	11.000	0.429	NA		NA
2123825	2123826	APL_0480	APL_0481			TRUE	0.394	45.000	0.000	NA		NA
2123827	2123828	APL_0482	APL_0483			FALSE	0.122	75.000	0.000	1.000	N	NA
2123828	2123829	APL_0483	APL_0484		rimK	TRUE	0.986	-3.000	0.091	1.000	N	NA
2123831	2123832	APL_0486	APL_0487	maeB	rplY	FALSE	0.025	186.000	0.000	1.000	N	NA
2123833	2123834	APL_0488	APL_0489			FALSE	0.027	262.000	0.000	1.000		NA
2123834	2123835	APL_0489	APL_0490			FALSE	0.034	207.000	0.000	1.000		NA
2123835	2123836	APL_0490	APL_0491			TRUE	0.879	1.000	0.000	NA		NA
2123836	2123837	APL_0491	APL_0492			FALSE	0.031	260.000	0.000	NA		NA
2123837	2123838	APL_0492	APL_0493			TRUE	0.499	35.000	0.000	NA		NA
2123838	2123839	APL_0493	APL_0494		rdgC	FALSE	0.042	199.000	0.000	NA		NA
2123839	2123840	APL_0494	APL_0495	rdgC		FALSE	0.085	3154.000	0.000	1.000	Y	NA
2123840	2123841	APL_0495	APL_0496			TRUE	0.898	45.000	0.100	NA		NA
2123841	2123842	APL_0496	APL_0497			FALSE	0.277	56.000	0.000	NA		NA
2123843	2123844	APL_0498	APL_0499			TRUE	0.513	59.000	0.000	0.062		NA
2123844	2123845	APL_0499	APL_0500			FALSE	0.072	156.000	0.000	NA		NA
2123845	2123846	APL_0500	APL_0501			TRUE	0.879	3.000	0.000	NA		NA
2123846	2123847	APL_0501	APL_0502			FALSE	0.045	195.000	0.000	NA		NA
2123847	2123848	APL_0502	APL_0503		rusA	FALSE	0.210	72.000	0.000	NA		NA
2123848	2123849	APL_0503	APL_0504	rusA		TRUE	0.992	-7.000	0.182	1.000		NA
2123849	2123850	APL_0504	APL_0505			FALSE	0.023	372.000	0.000	1.000		NA
2123850	2123851	APL_0505	APL_0506			TRUE	0.937	92.000	0.375	NA		NA
2123851	2123852	APL_0506	APL_0507			FALSE	0.025	529.000	0.000	NA		NA
2123852	2123853	APL_0507	APL_0508			TRUE	0.999	3.000	0.571	NA		NA
2123853	2123854	APL_0508	APL_0509			FALSE	0.036	221.000	0.000	NA		NA
2123854	2123855	APL_0509	APL_0510			TRUE	0.983	-64.000	0.073	1.000		NA
2123855	2123856	APL_0510	APL_0511			TRUE	0.961	74.000	0.537	NA		NA
2123856	2123857	APL_0511	APL_0512			TRUE	0.984	-7.000	0.061	NA		NA
2123857	2123858	APL_0512	APL_0513			TRUE	0.999	3.000	0.667	NA		NA
2123858	2123859	APL_0513	APL_0514			TRUE	0.999	-3.000	1.000	NA		NA
2123859	2123860	APL_0514	APL_0515			TRUE	0.997	0.000	0.375	NA		NA
2123860	2123861	APL_0515	APL_0516			TRUE	0.984	59.000	0.750	NA		NA
2123861	2123862	APL_0516	APL_0517			TRUE	0.999	24.000	1.000	NA		NA
2123862	2123863	APL_0517	APL_0518			FALSE	0.027	366.000	0.000	NA		NA
2123863	2123864	APL_0518	APL_0519			TRUE	0.664	252.000	0.429	NA		NA
2123864	2123865	APL_0519	APL_0520			FALSE	0.024	853.000	0.000	NA		NA
2123865	2123866	APL_0520	APL_0521			FALSE	0.163	121.000	0.000	NA		NA
2123866	2123867	APL_0521	APL_0522			FALSE	0.065	161.000	0.000	NA		NA
2123867	2123868	APL_0522	APL_0523			TRUE	0.699	24.000	0.000	NA		NA
2123868	2123869	APL_0523	APL_0524			TRUE	0.604	318.000	0.375	NA		NA
2123869	2123870	APL_0524	APL_0525			FALSE	0.259	59.000	0.000	NA		NA
2123870	2123871	APL_0525	APL_0526			FALSE	0.024	961.000	0.000	NA		NA
2123871	2123872	APL_0526	APL_0527			TRUE	0.712	123.000	0.100	NA		NA
2123872	2123873	APL_0527	APL_0528			TRUE	0.746	100.000	0.080	1.000		NA
2123873	2123874	APL_0528	APL_0529			FALSE	0.026	391.000	0.000	NA		NA
2123874	2123875	APL_0529	APL_0531			TRUE	0.861	-7.000	0.000	NA		NA
2123875	2123876	APL_0531	APL_0532			FALSE	0.377	44.000	0.000	1.000		NA
2123876	2123877	APL_0532	APL_0533		thiF	TRUE	0.502	88.000	0.000	0.021		NA
2123877	2123878	APL_0533	APL_0534	thiF	thiS	TRUE	0.991	31.000	0.548	1.000		NA
2123878	2123879	APL_0534	APL_0535	thiS	thiG	FALSE	0.232	436.000	0.087	1.000		NA
2123879	2123880	APL_0535	APL_0536	thiG	thiH	TRUE	0.998	10.000	0.277	0.004		NA
2123880	2123881	APL_0536	APL_0537	thiH		FALSE	0.169	55.000	0.000	1.000	N	NA
2123881	2123882	APL_0537	APL_0538			TRUE	0.981	23.000	0.189	NA	N	NA
2123882	2123883	APL_0538	APL_0539		thiD	FALSE	0.061	166.000	0.000	NA		NA
2123883	2123884	APL_0539	APL_0540	thiD	thiE	TRUE	0.825	14.000	0.000	1.000		NA
2123884	2123885	APL_0540	APL_0541	thiE	lepA	FALSE	0.029	172.000	0.000	1.000	N	NA
2123885	2123886	APL_0541	APL_0542	lepA	lepB	TRUE	0.844	105.000	0.187	1.000		NA
2123886	2123887	APL_0542	APL_0543	lepB	rnc	TRUE	0.798	97.000	0.117	1.000		NA
2123887	2123888	APL_0543	APL_0544	rnc	era	TRUE	0.888	70.000	0.127	0.030		NA
2123888	2123889	APL_0544	APL_0545	era	recO	TRUE	0.989	10.000	0.109	1.000		NA
2123890	2123891	APL_0546	APL_0547	tadG	tadF	TRUE	0.995	24.000	0.500	NA		NA
2123891	2123892	APL_0547	APL_0548	tadF	tadE	TRUE	0.851	-28.000	0.000	NA		NA
2123892	2123893	APL_0548	APL_0549	tadE	tadD	TRUE	0.879	3.000	0.000	NA		NA
2123893	2123894	APL_0549	APL_0550	tadD	tadC	TRUE	0.999	-10.000	0.545	1.000	Y	NA
2123894	2123895	APL_0550	APL_0551	tadC	tadB	TRUE	1.000	0.000	0.909	0.007	Y	NA
2123895	2123896	APL_0551	APL_0552	tadB	tadA	TRUE	1.000	0.000	0.800	1.000	Y	NA
2123896	2123897	APL_0552	APL_0553	tadA	tadZ	TRUE	1.000	9.000	0.727	1.000	Y	NA
2123897	2123898	APL_0553	APL_0554	tadZ	rcpB	TRUE	0.817	163.000	0.455	NA		NA
2123898	2123899	APL_0554	APL_0555	rcpB	rcpA	TRUE	0.998	-3.000	0.556	NA		NA
2123899	2123900	APL_0555	APL_0556	rcpA	rcpC	TRUE	0.999	-10.000	0.889	NA		NA
2123900	2123901	APL_0556	APL_0557	rcpC	tadV	TRUE	0.995	29.000	0.667	NA		NA
2123901	2123902	APL_0557	APL_0558	tadV	flp2	TRUE	0.975	45.000	0.429	NA		NA
2123902	2123903	APL_0558	APL_0559	flp2	flp1	TRUE	0.963	60.000	0.500	NA		NA
2123904	2123905	APL_0560	APL_0561	rhlB		TRUE	0.468	118.000	0.013	NA		NA
2123905	2123906	APL_0561	APL_0562			TRUE	0.611	51.000	0.007	NA		NA
2123906	2123907	APL_0562	APL_0563		afuA_2	FALSE	0.037	200.000	0.000	1.000		NA
2123907	2123908	APL_0563	APL_0564	afuA_2	afuB_2	TRUE	0.982	132.000	0.600	0.042	Y	NA
2123908	2123909	APL_0564	APL_0565	afuB_2	cirA	FALSE	0.194	289.000	0.000	0.059	Y	NA
2123909	2123910	APL_0565	APL_0566	cirA	rpsB	FALSE	0.015	265.000	0.000	1.000	N	NA
2123910	2123911	APL_0566	APL_0567	rpsB	tsf	TRUE	0.989	96.000	0.748	1.000	Y	NA
2123913	2123914	APL_0569	APL_0570	pyrH	frr	TRUE	0.849	184.000	0.626	1.000	N	NA
2123916	2123917	APL_0572	APL_0573	pdxS	pdxT	TRUE	0.999	0.000	0.488	NA	Y	NA
2123918	2123919	APL_0574	APL_0575		deaD	TRUE	0.872	38.000	0.006	1.000	Y	NA
2123919	2123920	APL_0575	APL_0576	deaD	nlpI	FALSE	0.245	222.000	0.053	1.000		NA
2123920	2123921	APL_0576	APL_0577	nlpI	pnp	TRUE	0.767	61.000	0.071	1.000		NA
2123922	2123923	APL_0578	APL_0579	parC	mukF	FALSE	0.063	140.000	0.000	NA	N	NA
2123923	2123924	APL_0579	APL_0580	mukF	mukE	TRUE	0.913	80.000	0.143	NA	Y	NA
2123924	2123925	APL_0580	APL_0581	mukE	mukB	TRUE	1.000	21.000	0.750	0.001	Y	NA
2123925	2123926	APL_0581	APL_0582	mukB	sotB	FALSE	0.123	77.000	0.000	1.000	N	NA
2123927	2123928	APL_0583	APL_0584			TRUE	0.992	3.000	0.133	NA		NA
2123929	2123930	APL_0585	APL_0586			TRUE	0.941	33.000	0.138	1.000	N	NA
2123930	2123931	APL_0586	APL_0587		acrB	TRUE	0.999	13.000	0.900	NA	N	NA
2123931	2123932	APL_0587	APL_0588	acrB	glmU	FALSE	0.023	219.000	0.000	NA	N	NA
2123933	2123934	APL_0589	APL_0590			TRUE	0.879	4.000	0.000	NA		NA
2123936	2123937	APL_0592	APL_0593	guaA	guaB	TRUE	0.753	419.000	0.190	0.001	Y	NA
2123938	2123939	APL_0594	APL_0595	ftsJ	ftsH	TRUE	0.800	104.000	0.152	1.000	N	NA
2123939	2123940	APL_0595	APL_0596	ftsH	tyrP-A	FALSE	0.017	238.000	0.000	1.000	N	NA
2123940	2123941	APL_0596	APL_0597	tyrP-A	tyrP-B	TRUE	0.965	96.000	0.200	0.005	Y	NA
2123941	2123942	APL_0597	APL_0598	tyrP-B	glnD	FALSE	0.109	107.000	0.000	1.000	N	NA
2123944	2123945	APL_0600	APL_0601	rplM	rpsI	TRUE	0.999	17.000	0.601	0.023	Y	NA
2123945	2123946	APL_0601	APL_0602	rpsI		FALSE	0.159	122.000	0.000	NA		NA
2123946	2123947	APL_0602	APL_0603			TRUE	0.972	0.000	0.017	NA		NA
2123947	2123948	APL_0603	APL_0604		fieF	TRUE	0.916	26.000	0.023	NA		NA
2123948	2123949	APL_0604	APL_0605	fieF		TRUE	0.954	-19.000	0.009	NA		NA
2123949	2123950	APL_0605	APL_0606			TRUE	0.526	99.000	0.011	NA		NA
2123952	2123953	APL_0608	APL_0609	pheS	pheT	TRUE	0.993	99.000	0.574	0.001	Y	NA
2123953	2123954	APL_0609	APL_0610	pheT	ihfA	TRUE	0.988	18.000	0.208	1.000	N	NA
2123954	2123955	APL_0610	APL_0611	ihfA		TRUE	0.633	61.000	0.026	NA	N	NA
2123956	2123957	APL_0612	APL_0613			TRUE	0.992	42.000	0.500	NA	Y	NA
2123957	2123958	APL_0613	APL_0614		bioD1	FALSE	0.142	73.000	0.000	NA	N	NA
2123958	2123959	APL_0614	APL_0615	bioD1	mlc	TRUE	0.836	54.000	0.108	NA	N	NA
2123960	2123961	APL_0616	APL_0617	rnd	lrp	TRUE	0.396	85.000	0.006	1.000	N	NA
2123961	2123962	APL_0617	APL_0618	lrp	ftsK	TRUE	0.996	12.000	0.345	1.000	N	NA
2123962	2123963	APL_0618	APL_0619	ftsK		FALSE	0.042	185.000	0.000	1.000		NA
2123963	2123964	APL_0619	APL_0620		aroG	TRUE	0.507	123.000	0.023	1.000		NA
2123964	2123965	APL_0620	APL_0621	aroG		FALSE	0.330	104.000	0.004	1.000	N	NA
2123966	2123967	APL_0622	APL_0623	tdk		TRUE	0.461	60.000	0.004	NA		NA
2123969	2123970	APL_0625	APL_0626		macB	FALSE	0.217	92.000	0.000	NA		NA
2123970	2123971	APL_0626	APL_0627	macB		FALSE	0.181	145.000	0.000	0.089	N	NA
2123971	2123972	APL_0627	APL_0628			FALSE	0.034	229.000	0.000	NA		NA
2123972	2123973	APL_0628	APL_0629		cpxR	FALSE	0.222	65.000	0.000	NA		NA
2123973	2123974	APL_0629	APL_0630	cpxR	mazG	FALSE	0.318	125.000	0.006	1.000		NA
2123975	2123976	APL_0631	APL_0632	accD	folC	TRUE	0.945	57.000	0.383	1.000	N	NA
2123976	2123977	APL_0632	APL_0633	folC	hsdM3	FALSE	0.020	209.000	0.000	1.000	N	NA
2123977	2123978	APL_0633	APL_0634	hsdM3	hsdS3	TRUE	0.444	144.000	0.000	0.060	Y	NA
2123978	2123979	APL_0634	APL_0635	hsdS3		FALSE	0.052	176.000	0.000	NA		NA
2123979	2123980	APL_0635	APL_0636		hsdR3	FALSE	0.107	135.000	0.000	NA		NA
2123980	2123981	APL_0636	APL_2053	hsdR3		FALSE	0.216	88.000	0.000	NA		NA
2123981	2123982	APL_2053	APL_0637			FALSE	0.036	221.000	0.000	NA		NA
2123982	2123983	APL_0637	APL_0638		nusA	TRUE	0.999	17.000	0.759	NA		NA
2123983	2123984	APL_0638	APL_0639	nusA	infB	TRUE	0.991	22.000	0.342	1.000	N	NA
2123984	2123985	APL_0639	APL_0640	infB	rbfA	TRUE	0.909	172.000	0.530	1.000	Y	NA
2123985	2123986	APL_0640	APL_0641	rbfA	truB	TRUE	0.998	1.000	0.318	1.000	Y	NA
2123986	2123987	APL_0641	APL_0642	truB	mltB	TRUE	0.580	46.000	0.005	NA	N	NA
2123987	2123988	APL_0642	APL_0643	mltB		FALSE	0.127	129.000	0.000	NA		NA
2123989	2123990	APL_0644	APL_0645	pta	ackA	TRUE	0.980	56.000	0.634	1.000		NA
2123992	2123993	APL_0648	APL_0649		ompP2	FALSE	0.030	272.000	0.000	NA		NA
2123995	2123996	APL_0651	APL_0652	galU	manB	TRUE	0.915	113.000	0.400	1.000	N	NA
2123996	2123997	APL_0652	APL_0653	manB	csrA	TRUE	0.983	35.000	0.462	1.000	N	NA
2123997	2123998	APL_0653	APL_0654	csrA	alaS	TRUE	0.457	78.000	0.010	1.000	N	NA
2123998	2123999	APL_0654	APL_0655	alaS	uspA	FALSE	0.077	226.000	0.006	1.000	N	NA
2124001	2124002	APL_0657	APL_0658	sspB	sspA	TRUE	0.999	0.000	0.831	NA		NA
2124003	2124004	APL_0659	APL_0660	purE	ansB	TRUE	0.895	10.000	0.002	1.000	N	NA
2124004	2124005	APL_0660	APL_0661	ansB	purK	TRUE	0.435	110.000	0.013	1.000	N	NA
2124005	2124006	APL_0661	APL_0662	purK	aspC	TRUE	0.484	132.000	0.044	1.000	N	NA
2124007	2124008	APL_0663	APL_0664	pepP		FALSE	0.023	409.000	0.000	1.000		NA
2124008	2124009	APL_0664	APL_0665			FALSE	0.104	136.000	0.000	NA		NA
2124009	2124010	APL_0665	APL_0666			TRUE	0.998	1.000	0.487	NA		NA
2124010	2124011	APL_0666	APL_0667		uvrB	FALSE	0.111	134.000	0.000	NA		NA
2124012	2124013	APL_0668	APL_0669			TRUE	1.000	15.000	0.812	NA	Y	NA
2124013	2124014	APL_0669	APL_0670			TRUE	0.978	11.000	0.029	NA		NA
2124015	2124016	APL_0671	APL_0672	trpH		TRUE	0.961	4.000	0.007	NA		NA
2124016	2124017	APL_0672	APL_0673		sbcB	TRUE	0.972	17.000	0.006	NA	Y	NA
2124017	2124018	APL_0673	APL_0674	sbcB		FALSE	0.017	242.000	0.000	1.000	N	NA
2124020	2124021	APL_0676	APL_0677			TRUE	0.603	87.000	0.021	NA		NA
2124022	2124023	APL_0678	APL_0679	efp	glnS	TRUE	0.459	155.000	0.002	0.059	Y	NA
2124024	2124025	APL_0680	APL_0681			FALSE	0.026	182.000	0.000	1.000	N	NA
2124025	2124026	APL_0681	APL_0682		hpt	FALSE	0.390	109.000	0.008	1.000	N	NA
2124026	2124027	APL_0682	APL_0683	hpt	metB	FALSE	0.115	104.000	0.000	1.000	N	NA
2124027	2124028	APL_0683	APL_0684	metB	dapB	TRUE	0.553	114.000	0.002	1.000	Y	NA
2124028	2124029	APL_0684	APL_0685	dapB	mtfA	FALSE	0.316	109.000	0.002	NA		NA
2124029	2124030	APL_0685	APL_0686	mtfA		FALSE	0.333	372.000	0.144	NA		NA
2124032	2124033	APL_0688	APL_0689	torZ	torY	TRUE	0.830	196.000	0.240	0.046	Y	NA
2124034	2124035	APL_0690	APL_0691	moaA	moaC	TRUE	0.565	248.000	0.039	0.004	Y	NA
2124035	2124036	APL_0691	APL_0692	moaC	moaD	TRUE	0.996	22.000	0.175	0.004	Y	NA
2124036	2124037	APL_0692	APL_0693	moaD	moaE	TRUE	1.000	1.000	0.501	0.004	Y	NA
2124037	2124038	APL_0693	APL_0694	moaE		TRUE	0.392	81.000	0.003	NA		NA
2124038	2124039	APL_0694	APL_0695			TRUE	0.955	12.000	0.007	NA		NA
2124042	2124043	APL_0698	APL_0699	argA	aroA	FALSE	0.351	148.000	0.003	1.000	Y	NA
2124043	2124044	APL_0699	APL_0700	aroA	hisC	TRUE	0.988	14.000	0.029	1.000	Y	NA
2124044	2124045	APL_0700	APL_0701	hisC		FALSE	0.298	200.000	0.000	0.016	Y	NA
2124045	2124046	APL_0701	APL_0702		serC	FALSE	0.287	206.000	0.000	0.016	Y	NA
2124046	2124047	APL_0702	APL_0703	serC		FALSE	0.023	194.000	0.000	1.000	N	NA
2124047	2124048	APL_0703	APL_0704			TRUE	0.955	0.000	0.000	0.060		NA
2124048	2124049	APL_0704	APL_0705			TRUE	0.606	402.000	0.278	0.060		NA
2124049	2124050	APL_0705	APL_0706			FALSE	0.015	280.000	0.000	1.000	N	NA
2124050	2124051	APL_0706	APL_0707			TRUE	0.997	10.000	0.385	NA	N	NA
2124051	2124052	APL_0707	APL_0708		ppx	FALSE	0.026	201.000	0.000	NA	N	NA
2124053	2124054	APL_0709	APL_0710		lysC	FALSE	0.025	495.000	0.000	NA		NA
2124055	2124056	APL_0711	APL_0712			TRUE	0.948	0.000	0.004	NA		NA
2124056	2124057	APL_0712	APL_0713		dnaB	TRUE	0.827	38.000	0.020	NA		NA
2124058	2124059	APL_0714	APL_0715			TRUE	0.964	87.000	0.356	1.000	Y	NA
2124059	2124060	APL_0715	APL_0716			TRUE	0.996	63.000	0.870	0.041	Y	NA
2124060	2124061	APL_0716	APL_0717			TRUE	1.000	2.000	0.870	1.000	Y	NA
2124061	2124062	APL_0717	APL_0718			FALSE	0.335	189.000	0.012	NA	Y	NA
2124062	2124063	APL_0718	APL_0719			TRUE	1.000	10.000	0.937	NA	Y	NA
2124063	2124064	APL_0719	APL_0720			TRUE	0.880	64.000	0.233	1.000	N	NA
2124065	2124066	APL_0721	APL_0722			TRUE	0.990	7.000	0.104	NA		NA
2124066	2124067	APL_0722	APL_0723		tgt	TRUE	0.441	73.000	0.005	NA		NA
2124068	2124069	APL_0724	APL_0725		cspD	TRUE	0.470	123.000	0.016	NA		NA
2124069	2124070	APL_0725	APL_0726	cspD		FALSE	0.390	118.000	0.011	1.000	N	NA
2124070	2124071	APL_0726	APL_0727		ilvI	FALSE	0.014	317.000	0.000	1.000	N	NA
2124071	2124072	APL_0727	APL_0728	ilvI	ilvH	TRUE	0.999	-7.000	0.371	0.002	Y	NA
2124074	2124075	APL_0730	APL_0731			TRUE	0.752	45.000	0.014	NA		NA
2124075	2124076	APL_0731	APL_0732		ubiX	TRUE	0.746	60.000	0.047	NA		NA
2124076	2124077	APL_0732	APL_0733	ubiX		TRUE	0.879	3.000	0.000	NA		NA
2124077	2124078	APL_0733	APL_0734			FALSE	0.375	47.000	0.000	NA		NA
2124079	2124080	APL_0735	APL_0736		pyrF	TRUE	0.665	80.000	0.045	1.000	N	NA
2124080	2124081	APL_0736	APL_0737	pyrF		TRUE	0.965	25.000	0.125	1.000	N	NA
2124081	2124082	APL_0737	APL_0738			TRUE	0.999	0.000	0.576	NA		NA
2124082	2124083	APL_0738	APL_0739		ihfB	TRUE	0.872	69.000	0.208	NA		NA
2124083	2124084	APL_0739	APL_0740	ihfB	rpsA	TRUE	0.894	74.000	0.292	1.000	N	NA
2124084	2124085	APL_0740	APL_0741	rpsA	cmkA	TRUE	0.889	97.000	0.281	1.000	N	NA
2124085	2124086	APL_0741	APL_0742	cmkA	degS	TRUE	0.680	30.000	0.004	1.000	N	NA
2124086	2124087	APL_0742	APL_2108	degS		FALSE	0.088	145.000	0.000	NA		NA
2124087	2124088	APL_2108	APL_0743		secG	TRUE	0.775	19.000	0.000	NA		NA
2124088	2124089	APL_0743	APL_0744	secG	topB2	FALSE	0.270	132.000	0.008	1.000	N	NA
2124091	2124092	APL_0747	APL_0748	mepA	aroC	TRUE	0.580	95.000	0.025	1.000	N	NA
2124092	2124093	APL_0748	APL_0749	aroC		TRUE	0.812	22.000	0.003	1.000	N	NA
2124093	2124094	APL_0749	APL_0750			TRUE	0.997	18.000	0.222	0.088	Y	NA
2124094	2124095	APL_0750	APL_0751		menE	TRUE	0.966	-19.000	0.024	1.000	N	NA
2124095	2124096	APL_0751	APL_0752	menE	seqA	TRUE	0.955	18.000	0.029	1.000	N	NA
2124097	2124098	APL_0753	APL_0754		yecO	TRUE	0.968	8.000	0.013	NA		NA
2124098	2124099	APL_0754	APL_0755	yecO	fabI	FALSE	0.130	199.000	0.008	1.000		NA
2124099	2124100	APL_0755	APL_0756	fabI		FALSE	0.025	448.000	0.000	NA		NA
2124100	2124101	APL_0756	APL_0757		rnb	FALSE	0.120	132.000	0.000	NA		NA
2124101	2124102	APL_0757	APL_0758	rnb		FALSE	0.194	75.000	0.000	1.000		NA
2124102	2124103	APL_0758	APL_0759			TRUE	0.851	-3.000	0.000	1.000		NA
2124103	2124104	APL_0759	APL_0760		apaH	TRUE	0.514	25.000	0.000	1.000	N	NA
2124104	2124105	APL_0760	APL_2054	apaH		FALSE	0.227	64.000	0.000	NA		NA
2124107	2124108	APL_0762	APL_0763		perM	FALSE	0.259	59.000	0.000	NA		NA
2124108	2124109	APL_0763	APL_0764	perM		TRUE	0.553	30.000	0.000	NA		NA
2124109	2124110	APL_0764	APL_0765		queA	FALSE	0.362	48.000	0.000	NA		NA
2124111	2124112	APL_0766	APL_0767	rec2		FALSE	0.325	100.000	0.002	1.000		NA
2124113	2124114	APL_0768	APL_0769	dgkA	ushA	TRUE	0.713	81.000	0.070	1.000	N	NA
2124114	2124115	APL_0769	APL_0770	ushA		FALSE	0.022	455.000	0.000	1.000		NA
2124116	2124117	APL_2107	APL_2106			TRUE	0.792	18.000	0.000	NA		NA
2124117	2124118	APL_2106	APL_0771		lpdA	FALSE	0.031	258.000	0.000	NA		NA
2124118	2124119	APL_0771	APL_0772	lpdA	aceF	TRUE	0.973	96.000	0.463	1.000	Y	NA
2124119	2124120	APL_0772	APL_0773	aceF	aceE	TRUE	0.947	60.000	0.220	1.000	Y	NA
2124120	2124121	APL_0773	APL_0774	aceE	pyrD	FALSE	0.014	355.000	0.000	1.000	N	NA
2124121	2124122	APL_0774	APL_0775	pyrD	prsA	TRUE	0.629	74.000	0.003	1.000	Y	NA
2124122	2124123	APL_0775	APL_0776	prsA	ispE	TRUE	0.980	12.000	0.053	1.000	N	NA
2124123	2124124	APL_0776	APL_0777	ispE	lolB	TRUE	0.991	10.000	0.157	1.000	N	NA
2124124	2124125	APL_0777	APL_0778	lolB	msbA	FALSE	0.286	129.000	0.009	1.000	N	NA
2124125	2124126	APL_0778	APL_0779	msbA		FALSE	0.113	105.000	0.000	1.000	N	NA
2124126	2124127	APL_0779	APL_0780			TRUE	0.972	10.000	0.021	1.000		NA
2124127	2124128	APL_0780	APL_0781			TRUE	0.449	67.000	0.006	1.000		NA
2124128	2124129	APL_0781	APL_0782		uvrA	FALSE	0.089	480.000	0.000	1.000	Y	NA
2124131	2124132	APL_0784	APL_0785			FALSE	0.028	324.000	0.000	NA		NA
2124132	2124133	APL_0785	APL_0786			FALSE	0.026	422.000	0.000	NA		NA
2124133	2124134	APL_0786	APL_0787			FALSE	0.215	67.000	0.000	NA		NA
2124134	2124135	APL_0787	APL_0788			FALSE	0.025	313.000	0.000	1.000		NA
2124136	2124137	APL_0789	APL_0790			FALSE	0.025	539.000	0.000	NA		NA
2124138	2124139	APL_0792	APL_0793		sapD	FALSE	0.218	83.000	0.000	NA		NA
2124139	2124140	APL_0793	APL_0794	sapD	sapC	TRUE	0.999	14.000	0.667	1.000	Y	NA
2124140	2124141	APL_0794	APL_0795	sapC	sapB	TRUE	0.997	-10.000	0.111	0.041	Y	NA
2124141	2124142	APL_0795	APL_0796	sapB	sapA	TRUE	0.994	0.000	0.103	0.041	N	NA
2124142	2124143	APL_0796	APL_0797	sapA	tyrR	TRUE	0.991	10.000	0.034	1.000	Y	NA
2124144	2124145	APL_0798	APL_0799	lpcA		FALSE	0.022	492.000	0.000	1.000		NA
2124147	2124148	APL_0801	APL_0802	ftsB	ispD	TRUE	0.988	16.000	0.185	1.000	N	NA
2124148	2124149	APL_0802	APL_0803	ispD	ispF	TRUE	0.999	-3.000	0.419	1.000	Y	NA
2124150	2124151	APL_0804	APL_0805			TRUE	0.823	38.000	0.021	1.000		NA
2124152	2124153	APL_0806	APL_0807	xseB	ispA	TRUE	0.992	9.000	0.177	1.000	N	NA
2124154	2124155	APL_0808	APL_0809		lysS	FALSE	0.209	101.000	0.000	NA		NA
2124155	2124156	APL_0809	APL_0810	lysS	cafA	TRUE	0.493	135.000	0.000	0.058	Y	NA
2124158	2124159	APL_0812	APL_0813	res	mod	TRUE	0.807	140.000	0.209	0.059	N	NA
2124160	2124161	APL_0814	APL_0815			FALSE	0.086	146.000	0.000	NA		NA
2124163	2124164	APL_2055	APL_0817		xseA	FALSE	0.130	128.000	0.000	NA		NA
2124164	2124165	APL_0817	APL_2056	xseA		FALSE	0.031	250.000	0.000	NA		NA
2124167	2124168	APL_0819	APL_0820	purR		TRUE	0.961	23.000	0.056	NA		NA
2124169	2124170	APL_0821	APL_0822	gyrB	ubiA	FALSE	0.019	213.000	0.000	1.000	N	NA
2124170	2124171	APL_0822	APL_0823	ubiA	glpR	TRUE	0.945	0.000	0.007	1.000	N	NA
2124171	2124172	APL_0823	APL_0824	glpR	purB	FALSE	0.243	68.000	0.002	1.000	N	NA
2124172	2124173	APL_0824	APL_0825	purB		TRUE	0.830	57.000	0.093	NA		NA
2124173	2124174	APL_0825	APL_0826		cydC	FALSE	0.186	165.000	0.008	NA		NA
2124174	2124175	APL_0826	APL_0827	cydC	cydD	TRUE	1.000	11.000	0.631	0.009	Y	NA
2124175	2124176	APL_0827	APL_0828	cydD		FALSE	0.225	160.000	0.011	NA		NA
2124176	2124177	APL_0828	APL_0829			TRUE	0.973	61.000	0.575	NA		NA
2124177	2124178	APL_0829	APL_0830			TRUE	0.942	16.000	0.010	1.000		NA
2124178	2124179	APL_0830	APL_0831			TRUE	0.988	0.000	0.088	1.000		NA
2124182	2124183	APL_0834	APL_0835	udk	dcd	TRUE	0.995	9.000	0.098	1.000	Y	NA
2124185	2124186	APL_0837	APL_0838			TRUE	0.999	4.000	0.417	0.087		NA
2124186	2124187	APL_0838	APL_0839			TRUE	0.998	2.000	0.292	0.009		NA
2124187	2124188	APL_0839	APL_0840			TRUE	0.996	17.000	0.308	0.057	N	NA
2124189	2124190	APL_0841	APL_0842	pntB	pntA	TRUE	1.000	11.000	0.745	0.001	Y	NA
2124192	2124193	APL_0844	APL_0845	queF	gmhB	TRUE	0.962	13.000	0.014	1.000		NA
2124193	2124194	APL_0845	APL_0846	gmhB	bcp	TRUE	0.937	3.000	0.005	1.000	N	NA
2124194	2124195	APL_0846	APL_0847	bcp		FALSE	0.322	75.000	0.004	1.000	N	NA
2124196	2124197	APL_0848	APL_0849			TRUE	0.973	99.000	0.299	0.040	Y	NA
2124197	2124198	APL_0849	APL_0850			TRUE	0.991	0.000	0.075	0.087	N	NA
2124198	2124199	APL_0850	APL_0851			TRUE	0.996	4.000	0.132	0.003		NA
2124199	2124200	APL_0851	APL_0852			TRUE	0.798	52.000	0.053	1.000		NA
2124204	2124205	APL_0856	APL_0857	sdaC	sdaA	TRUE	0.928	96.000	0.200	1.000	Y	NA
2124206	2124207	APL_0858	APL_0859		trpCF	FALSE	0.138	205.000	0.000	1.000	Y	NA
2124208	2124209	APL_0860	APL_0861	fic		TRUE	0.876	8.000	0.000	NA		NA
2124209	2124210	APL_0861	APL_0862		truC	TRUE	0.998	1.000	0.518	NA		NA
2124210	2124211	APL_0862	APL_0863	truC		TRUE	0.986	2.000	0.058	NA		NA
2124211	2124212	APL_0863	APL_0864			TRUE	0.982	-3.000	0.042	NA		NA
2124214	2124215	APL_0866	APL_0867		smpB	FALSE	0.205	134.000	0.003	1.000		NA
2124215	2124216	APL_0867	APL_0868	smpB	serS	FALSE	0.277	118.000	0.004	1.000	N	NA
2124217	2124218	APL_0869	APL_0870	abgB		TRUE	0.688	94.000	0.043	1.000		NA
2124218	2124219	APL_0870	APL_0871		pepE	TRUE	0.967	11.000	0.022	1.000	N	NA
2124220	2124221	APL_0872	APL_0873	leuS	rlpB	TRUE	0.822	108.000	0.182	NA	N	NA
2124221	2124222	APL_0873	APL_0874	rlpB	holA	TRUE	0.831	109.000	0.199	NA	N	NA
2124223	2124224	APL_0875	APL_0876	yacG	coaE	TRUE	0.976	-18.000	0.033	1.000		NA
2124224	2124225	APL_0876	APL_0877	coaE	apfD	TRUE	0.850	22.000	0.003	1.000		NA
2124225	2124226	APL_0877	APL_0878	apfD	apfC	TRUE	0.955	27.000	0.100	1.000		NA
2124226	2124227	APL_0878	APL_0879	apfC	apfB	TRUE	0.999	-16.000	0.571	1.000	Y	NA
2124227	2124228	APL_0879	APL_0880	apfB	apfA	TRUE	0.999	18.000	0.556	1.000	Y	NA
2124230	2124231	APL_0882	APL_0883		folA	FALSE	0.134	127.000	0.000	NA		NA
2124232	2124233	APL_0884	APL_0885	proB		TRUE	0.962	13.000	0.014	1.000		NA
2124233	2124234	APL_0885	APL_0886		nth	TRUE	0.941	1.000	0.003	1.000		NA
2124234	2124235	APL_0886	APL_0887	nth	fadI	FALSE	0.020	210.000	0.000	1.000	N	NA
2124235	2124236	APL_0887	APL_0888	fadI	fadJ	TRUE	0.999	10.000	0.430	1.000	Y	NA
2124236	2124237	APL_0888	APL_0889	fadJ		TRUE	0.628	91.000	0.024	NA		NA
2124238	2124239	APL_0890	APL_0891		fdhD	TRUE	0.865	2.000	0.000	1.000		NA
2124240	2124241	APL_0892	APL_0893	fdxG	fdxG	TRUE	0.993	49.000	0.600	0.003		NA
2124241	2124242	APL_0893	APL_0894	fdxG	fdxH	TRUE	0.998	0.000	0.238	0.002		NA
2124242	2124243	APL_0894	APL_0895	fdxH	fdnI	TRUE	0.999	-7.000	0.381	0.002	Y	NA
2124243	2124244	APL_0895	APL_0896	fdnI	fdhE	TRUE	0.853	110.000	0.222	NA	N	NA
2124245	2124246	APL_2105	APL_2104			TRUE	0.409	44.000	0.000	NA		NA
2124247	2124248	APL_0897	APL_0898	folD		FALSE	0.233	145.000	0.011	1.000	N	NA
2124249	2124250	APL_0899	APL_0900	dapA	lpxL	TRUE	0.397	159.000	0.009	1.000	Y	NA
2124252	2124253	APL_0902	APL_0903	truA	folE	FALSE	0.316	79.000	0.003	1.000	N	NA
2124255	2124256	APL_0905	APL_0906			TRUE	0.798	59.000	0.075	NA		NA
2124256	2124257	APL_0906	APL_0907			TRUE	0.752	85.000	0.080	1.000		NA
2124259	2124260	APL_0909	APL_0910	plpB	plpA	TRUE	0.469	115.000	0.000	NA	Y	NA
2124260	2124261	APL_0910	APL_0911	plpA	metI	TRUE	0.988	27.000	0.205	NA	Y	NA
2124261	2124262	APL_0911	APL_0912	metI	metN	TRUE	0.994	-10.000	0.112	1.000	Y	NA
2124262	2124263	APL_0912	APL_0913	metN	cysS	FALSE	0.022	198.000	0.000	1.000	N	NA
2124264	2124265	APL_0914	APL_0915	ppiB		TRUE	0.395	104.000	0.008	1.000	N	NA
2124265	2124266	APL_0915	APL_0916			FALSE	0.021	235.000	0.000	NA	N	NA
2124266	2124267	APL_0916	APL_0917			TRUE	0.997	12.000	0.333	NA		NA
2124267	2124268	APL_0917	APL_0918			TRUE	0.850	-34.000	0.000	NA		NA
2124270	2124271	APL_0920	APL_0921			FALSE	0.277	56.000	0.000	NA		NA
2124272	2124273	APL_0922	APL_0923			FALSE	0.021	1416.000	0.000	1.000		NA
2124273	2124274	APL_0923	APL_0924		fdx	TRUE	0.999	0.000	0.625	1.000		NA
2124274	2124275	APL_0924	APL_0925	fdx	hscA	TRUE	0.971	121.000	0.794	1.000	N	NA
2124275	2124276	APL_0925	APL_0926	hscA		TRUE	0.517	119.000	0.019	NA		NA
2124276	2124277	APL_0926	APL_0927			TRUE	0.592	28.000	0.000	NA		NA
2124277	2124278	APL_0927	APL_0928		hscB	FALSE	0.362	48.000	0.000	NA		NA
2124278	2124279	APL_0928	APL_0929	hscB	iscA	TRUE	0.998	10.000	0.500	1.000		NA
2124279	2124280	APL_0929	APL_0930	iscA	nifU	TRUE	0.923	142.000	0.359	0.003		NA
2124280	2124281	APL_0930	APL_0931	nifU	iscS	TRUE	0.877	133.000	0.448	1.000	N	NA
2124281	2124282	APL_0931	APL_0932	iscS		TRUE	0.955	55.000	0.424	NA	N	NA
2124283	2124284	APL_0933	APL_0934	ompP1	ogt	TRUE	0.474	86.000	0.012	1.000	N	NA
2124285	2124286	APL_0935	APL_0936			TRUE	0.417	106.000	0.000	0.086		NA
2124286	2124287	APL_0936	APL_0937			TRUE	0.555	116.000	0.023	NA		NA
2124287	2124288	APL_0937	APL_0938		bioD2	TRUE	0.969	-10.000	0.020	NA		NA
2124288	2124289	APL_0938	APL_0939	bioD2	bioC	TRUE	0.994	0.000	0.081	0.003	N	NA
2124289	2124290	APL_0939	APL_0940	bioC		TRUE	0.984	-12.000	0.065	NA		NA
2124290	2124291	APL_0940	APL_0941		bioF	TRUE	0.997	10.000	0.389	NA		NA
2124291	2124292	APL_0941	APL_0942	bioF	bioA	TRUE	0.986	27.000	0.056	0.015	Y	NA
2124296	2124297	APL_0946	APL_0947			FALSE	0.028	319.000	0.000	NA		NA
2124299	2124300	APL_0949	APL_0950			FALSE	0.159	465.000	0.032	NA		NA
2124300	2124301	APL_0950	APL_0951			FALSE	0.066	154.000	0.000	1.000		NA
2124302	2124303	APL_0952	APL_0953			TRUE	0.876	0.000	0.000	NA		NA
2124304	2124305	APL_0954	APL_0955		apxIIB	TRUE	0.432	42.000	0.000	NA		NA
2124305	2124306	APL_0955	APL_0956	apxIIB	apxIIA	FALSE	0.200	65.000	0.000	1.000		NA
2124306	2124307	APL_0956	APL_0957	apxIIA		FALSE	0.021	697.000	0.000	1.000		NA
2124309	2124310	APL_0959	APL_0961			FALSE	0.362	48.000	0.000	NA		NA
2124310	2124311	APL_0961	APL_0962		ostA	FALSE	0.046	189.000	0.000	NA		NA
2124311	2124312	APL_0962	APL_0963	ostA	hemN	TRUE	0.577	57.000	0.015	1.000	N	NA
2124312	2124313	APL_0963	APL_0964	hemN		TRUE	0.975	30.000	0.244	NA		NA
2124313	2124314	APL_0964	APL_0965			TRUE	0.984	55.000	0.679	NA		NA
2124314	2124315	APL_0965	APL_0966			FALSE	0.081	149.000	0.000	NA		NA
2124317	2124318	APL_0968	APL_0969		glnE	TRUE	0.432	97.000	0.005	NA		NA
2124318	2124319	APL_0969	APL_0970	glnE		TRUE	0.432	75.000	0.005	NA		NA
2124319	2124320	APL_0970	APL_0971			TRUE	0.960	27.000	0.114	NA		NA
2124320	2124321	APL_0971	APL_0972		ispZ	TRUE	0.990	-13.000	0.167	NA	N	NA
2124321	2124322	APL_0972	APL_0973	ispZ		TRUE	0.966	2.000	0.010	NA		NA
2124323	2124324	APL_0974	APL_0975			FALSE	0.152	168.000	0.005	NA		NA
2124324	2124325	APL_0975	APL_0976			FALSE	0.039	207.000	0.000	NA		NA
2124325	2124326	APL_0976	APL_0977		xthA	TRUE	0.619	91.000	0.024	1.000		NA
2124327	2124328	APL_0978	APL_0979	ilvY	lbgB	TRUE	0.786	1.000	0.000	1.000	N	NA
2124328	2124329	APL_0979	APL_0980	lbgB	lbgA	TRUE	0.985	42.000	0.333	1.000	Y	NA
2124332	2124333	APL_0983	APL_0984	tktA		FALSE	0.067	130.000	0.000	1.000	N	NA
2124333	2124334	APL_0984	APL_0985			TRUE	0.997	12.000	0.333	NA		NA
2124334	2124335	APL_0985	APL_0986			TRUE	0.850	-34.000	0.000	NA		NA
2124337	2124338	APL_0988	APL_0989	hktE		FALSE	0.060	167.000	0.000	NA		NA
2124338	2124339	APL_0989	APL_0990			TRUE	0.763	20.000	0.000	NA		NA
2124339	2124340	APL_0990	APL_0991			FALSE	0.164	113.000	0.000	1.000		NA
2124340	2124341	APL_0991	APL_0992		nrdA	FALSE	0.033	213.000	0.000	1.000		NA
2124341	2124342	APL_0992	APL_0993	nrdA	nrdB	FALSE	0.253	297.000	0.000	0.003	Y	NA
2124342	2124343	APL_0993	APL_0994	nrdB	galT	FALSE	0.016	262.000	0.000	1.000	N	NA
2124343	2124344	APL_0994	APL_0995	galT	galK	TRUE	0.993	28.000	0.370	0.002	N	NA
2124344	2124345	APL_0995	APL_0996	galK	galM	TRUE	0.760	58.000	0.009	1.000	Y	NA
2124345	2124346	APL_0996	APL_0997	galM	lacZ	TRUE	0.998	25.000	0.333	0.003	Y	NA
2124347	2124348	APL_0998	APL_0999	apxIVA		TRUE	0.569	29.000	0.000	NA		NA
2124348	2124349	APL_0999	APL_1000		mrp	FALSE	0.043	197.000	0.000	NA		NA
2124349	2124350	APL_1000	APL_1001	mrp		TRUE	0.957	4.000	0.011	1.000	N	NA
2124350	2124351	APL_1001	APL_1002			TRUE	0.944	15.000	0.012	NA	N	NA
2124351	2124352	APL_1002	APL_1003		ppiD	TRUE	0.396	122.000	0.008	NA		NA
2124353	2124354	APL_1004	APL_1005	nhaP	rpsO	FALSE	0.189	122.000	0.002	1.000	N	NA
2124354	2124355	APL_1005	APL_1006	rpsO		FALSE	0.219	78.000	0.000	NA		NA
2124356	2124357	APL_1007	APL_1008	hemY	hemX	TRUE	1.000	12.000	0.765	1.000	Y	NA
2124357	2124358	APL_1008	APL_1009	hemX	hemD	TRUE	0.999	10.000	0.600	1.000	Y	NA
2124358	2124359	APL_1009	APL_1010	hemD	hemC	TRUE	0.999	9.000	0.205	0.003	Y	NA
2124361	2124362	APL_1012	APL_1013	groEL	groES	TRUE	0.993	64.000	0.631	0.010	Y	NA
2124362	2124363	APL_1013	APL_1014	groES	deoD	FALSE	0.020	212.000	0.000	1.000	N	NA
2124363	2124364	APL_1014	APL_1015	deoD	deoC	TRUE	0.785	59.000	0.014	1.000	Y	NA
2124364	2124365	APL_1015	APL_1016	deoC		TRUE	0.506	137.000	0.009	1.000	Y	NA
2124367	2124368	APL_1018	APL_1019	eda	kdgK	TRUE	1.000	15.000	1.000	1.000	Y	NA
2124368	2124369	APL_1019	APL_1020	kdgK	uxaC	TRUE	0.988	13.000	0.118	1.000		NA
2124370	2124371	APL_1021	APL_1022			TRUE	0.986	4.000	0.059	1.000		NA
2124371	2124372	APL_1022	APL_1023			TRUE	0.834	-25.000	0.000	1.000		NA
2124372	2124373	APL_1023	APL_1024			FALSE	0.195	91.000	0.000	1.000		NA
2124374	2124375	APL_1025	APL_1026	lsgF		TRUE	0.988	0.000	0.084	NA		NA
2124375	2124376	APL_1026	APL_1027			TRUE	0.990	-7.000	0.121	NA		NA
2124376	2124377	APL_1027	APL_1028			TRUE	0.997	1.000	0.318	NA		NA
2124377	2124378	APL_1028	APL_1029			TRUE	0.991	-3.000	0.136	NA		NA
2124378	2124379	APL_1029	APL_1030			TRUE	0.946	41.000	0.174	NA		NA
2124381	2124382	APL_1032	APL_1033	priA	pheA	FALSE	0.123	85.000	0.000	1.000	N	NA
2124382	2124383	APL_1033	APL_1034	pheA	prlC	TRUE	0.639	123.000	0.012	1.000	Y	NA
2124383	2124384	APL_1034	APL_1035	prlC	pflA	FALSE	0.204	143.000	0.007	1.000	N	NA
2124384	2124385	APL_1035	APL_1036	pflA	pflB	FALSE	0.379	127.000	0.018	1.000	N	NA
2124385	2124386	APL_1036	APL_1037	pflB	focA	TRUE	0.828	93.000	0.172	1.000	N	NA
2124388	2124389	APL_1039	APL_1040	htpX	dinP	TRUE	0.576	87.000	0.024	1.000	N	NA
2124392	2124393	APL_1043	APL_1044			TRUE	0.689	44.000	0.008	1.000		NA
2124393	2124394	APL_1044	APL_1045			TRUE	0.998	25.000	0.600	0.084		NA
2124394	2124395	APL_1045	APL_1046			TRUE	0.987	-3.000	0.026	0.084		NA
2124396	2124397	APL_1047	APL_1048	hgbA	hugZ	FALSE	0.225	60.000	0.000	1.000		NA
2124397	2124398	APL_1048	APL_1050	hugZ		FALSE	0.041	204.000	0.000	NA		NA
2124398	2124399	APL_1050	APL_1051		nrfX	TRUE	0.876	0.000	0.000	NA		NA
2124399	2124400	APL_1051	APL_1052	nrfX	nrfE	TRUE	0.992	2.000	0.143	1.000		NA
2124400	2124401	APL_1052	APL_1053	nrfE	kefBC	TRUE	0.474	171.000	0.143	1.000	N	NA
2124401	2124402	APL_1053	APL_1054	kefBC	cyaA	TRUE	0.665	89.000	0.049	1.000	N	NA
2124403	2124404	APL_1055	APL_1056	fabB		FALSE	0.023	192.000	0.000	1.000	N	NA
2124404	2124405	APL_1056	APL_1057			TRUE	0.855	-13.000	0.000	NA		NA
2124405	2124406	APL_1057	APL_1058			TRUE	0.864	12.000	0.000	NA		NA
2124406	2124407	APL_1058	APL_1059			TRUE	0.850	-34.000	0.000	NA		NA
2124407	2124408	APL_1059	APL_1060			FALSE	0.084	147.000	0.000	NA		NA
2124408	2124409	APL_1060	APL_1061			FALSE	0.277	56.000	0.000	NA		NA
2124409	2124410	APL_1061	APL_1062			TRUE	0.452	41.000	0.000	NA		NA
2124410	2124411	APL_1062	APL_1063		qseB	FALSE	0.216	89.000	0.000	NA		NA
2124411	2124412	APL_1063	APL_1064	qseB	qseC	TRUE	0.999	-7.000	0.526	1.000	Y	NA
2124414	2124415	APL_1066	APL_1067	yajC	secD	TRUE	0.969	27.000	0.045	NA	Y	NA
2124415	2124416	APL_1067	APL_1068	secD	secF	TRUE	0.999	11.000	0.206	0.001	Y	NA
2124416	2124417	APL_1068	APL_1069	secF	ftnA	FALSE	0.250	147.000	0.015	1.000	N	NA
2124417	2124418	APL_1069	APL_1070	ftnA	ftnB	TRUE	0.999	0.000	0.300	0.001	Y	NA
2124418	2124419	APL_1070	APL_1071	ftnB		FALSE	0.210	240.000	0.043	1.000		NA
2124422	2124423	APL_1074	APL_1075	thiI	purA	FALSE	0.063	187.000	0.002	1.000	N	NA
2124423	2124424	APL_1075	APL_1076	purA	hflC	FALSE	0.168	187.000	0.019	1.000	N	NA
2124424	2124425	APL_1076	APL_1077	hflC	hflK	TRUE	1.000	3.000	0.947	0.012	Y	NA
2124425	2124426	APL_1077	APL_1078	hflK	trxA	FALSE	0.118	175.000	0.004	1.000		NA
2124426	2124427	APL_1078	APL_1079	trxA		FALSE	0.217	136.000	0.004	1.000		NA
2124427	2124428	APL_1079	APL_1080		metK	FALSE	0.033	162.000	0.000	1.000	N	NA
2124429	2124430	APL_1081	APL_1082		arcD	TRUE	0.910	92.000	0.150	1.000	Y	NA
2124430	2124431	APL_1082	APL_1083	arcD	arcD	TRUE	0.769	96.000	0.000	0.002	Y	NA
2124431	2124432	APL_1083	APL_1084	arcD		TRUE	0.874	9.000	0.000	NA		NA
2124432	2124433	APL_1084	APL_1085		argE	TRUE	0.831	15.000	0.000	NA		NA
2124436	2124437	APL_1088	APL_1089		arsC	TRUE	0.996	12.000	0.176	1.000	Y	NA
2124437	2124438	APL_1089	APL_1090	arsC	arsR	TRUE	0.760	60.000	0.081	1.000	N	NA
2124438	2124439	APL_1090	APL_1091	arsR	aspA	FALSE	0.071	128.000	0.000	1.000	N	NA
2124439	2124440	APL_1091	APL_1092	aspA		FALSE	0.303	141.000	0.011	NA		NA
2124440	2124441	APL_1092	APL_1093			FALSE	0.213	74.000	0.000	NA		NA
2124444	2124445	APL_1096	APL_1097		queC	FALSE	0.072	148.000	0.000	1.000		NA
2124445	2124446	APL_1097	APL_1098	queC		TRUE	0.984	-7.000	0.062	1.000		NA
2124446	2124447	APL_1098	APL_1099			TRUE	0.635	93.000	0.037	1.000	N	NA
2124448	2124449	APL_1100	APL_1101		pepA	FALSE	0.024	670.000	0.000	NA		NA
2124450	2124451	APL_1102	APL_1103			FALSE	0.030	271.000	0.000	NA		NA
2124451	2124452	APL_1103	APL_1104			TRUE	0.999	1.000	0.631	0.074		NA
2124452	2124453	APL_1104	APL_1105		dnaE	FALSE	0.071	207.000	0.002	1.000		NA
2124454	2124455	APL_1106	APL_1107	purT	plsB	TRUE	0.413	123.000	0.017	1.000	N	NA
2124456	2124457	APL_1108	APL_1109	lexA	mutH	TRUE	0.711	60.000	0.013	0.057	N	NA
2124457	2124458	APL_1109	APL_1110	mutH		TRUE	0.673	86.000	0.052	1.000	N	NA
2124458	2124459	APL_1110	APL_1111		nagZ	FALSE	0.099	115.000	0.000	1.000	N	NA
2124459	2124460	APL_1111	APL_1112	nagZ	rumA	TRUE	0.536	81.000	0.019	1.000	N	NA
2124460	2124461	APL_1112	APL_1113	rumA	eno	FALSE	0.020	207.000	0.000	1.000	N	NA
2124461	2124462	APL_1113	APL_1114	eno		TRUE	0.514	25.000	0.000	1.000	N	NA
2124462	2124463	APL_1114	APL_1115			TRUE	0.970	14.000	0.023	NA		NA
2124464	2124465	APL_1116	APL_1117	recQ	cyaY	TRUE	0.622	85.000	0.030	NA	N	NA
2124465	2124466	APL_1117	APL_1119	cyaY	lpsA	TRUE	0.874	9.000	0.000	NA		NA
2124466	2124467	APL_1119	APL_1120	lpsA	gcp	TRUE	0.452	41.000	0.000	NA		NA
2124467	2124468	APL_1120	APL_1121	gcp		FALSE	0.320	92.000	0.002	1.000		NA
2124470	2124471	APL_1123	APL_1124		pfkA	FALSE	0.240	61.000	0.000	NA		NA
2124471	2124472	APL_1124	APL_1125	pfkA		TRUE	0.423	110.000	0.011	1.000	N	NA
2124472	2124473	APL_1125	APL_1126			TRUE	0.996	0.000	0.321	1.000	N	NA
2124473	2124474	APL_1126	APL_1127			FALSE	0.124	66.000	0.000	1.000	N	NA
2124474	2124475	APL_1127	APL_1128			FALSE	0.025	467.000	0.000	NA		NA
2124475	2124476	APL_1128	APL_1129			TRUE	0.731	94.000	0.057	NA		NA
2124477	2124478	APL_1130	APL_1131			FALSE	0.180	145.000	0.005	NA	N	NA
2124478	2124479	APL_1131	APL_1132		kdtA	TRUE	0.984	0.000	0.008	NA	Y	NA
2124479	2124480	APL_1132	APL_1133	kdtA	coaD	TRUE	0.969	2.000	0.020	1.000	N	NA
2124480	2124481	APL_1133	APL_1134	coaD	orn	TRUE	0.927	3.000	0.004	1.000	N	NA
2124481	2124482	APL_1134	APL_1135	orn		TRUE	0.955	8.000	0.006	NA		NA
2124482	2124483	APL_1135	APL_1136		amiB	TRUE	0.971	24.000	0.109	NA		NA
2124484	2124485	APL_1137	APL_1138	pgi		TRUE	0.789	37.000	0.010	NA		NA
2124485	2124486	APL_1138	APL_2103			FALSE	0.138	126.000	0.000	NA		NA
2124486	2124487	APL_2103	APL_2102			FALSE	0.347	49.000	0.000	NA		NA
2124487	2124488	APL_2102	APL_2101			FALSE	0.347	49.000	0.000	NA		NA
2124488	2124489	APL_2101	APL_2100			TRUE	0.650	26.000	0.000	NA		NA
2124489	2124490	APL_2100	APL_2099			TRUE	0.879	4.000	0.000	NA		NA
2124490	2124491	APL_2099	APL_1139		aroE	FALSE	0.053	175.000	0.000	NA		NA
2124491	2124492	APL_1139	APL_1140	aroE		TRUE	0.987	7.000	0.087	NA	N	NA
2124492	2124493	APL_1140	APL_1141			FALSE	0.025	523.000	0.000	NA		NA
2124493	2124494	APL_1141	APL_1142		recX	TRUE	0.944	-7.000	0.004	NA		NA
2124494	2124495	APL_1142	APL_1143	recX	recA	TRUE	0.906	71.000	0.296	1.000		NA
2124495	2124496	APL_1143	APL_1144	recA		FALSE	0.258	114.000	0.003	1.000	N	NA
2124496	2124497	APL_1144	APL_1145		pabB	TRUE	0.997	-7.000	0.219	1.000	Y	NA
2124498	2124499	APL_1146	APL_1147	rmuC	trpG	TRUE	0.977	-16.000	0.032	NA		NA
2124499	2124500	APL_1147	APL_1148	trpG		TRUE	0.582	105.000	0.021	NA		NA
2124500	2124501	APL_1148	APL_1149		aspS	FALSE	0.054	173.000	0.000	NA		NA
2124501	2124502	APL_1149	APL_1150	aspS	ntpA	TRUE	0.885	34.000	0.050	1.000	N	NA
2124502	2124503	APL_1150	APL_1151	ntpA		TRUE	0.946	24.000	0.035	NA		NA
2124503	2124504	APL_1151	APL_1152			FALSE	0.111	134.000	0.000	NA		NA
2124504	2124505	APL_1152	APL_1153		ruvC	FALSE	0.217	84.000	0.000	NA		NA
2124506	2124507	APL_1154	APL_1155		metE	FALSE	0.226	158.000	0.000	0.017		NA
2124507	2124508	APL_1155	APL_1157	metE		FALSE	0.034	231.000	0.000	NA		NA
2124510	2124511	APL_1159	APL_1160		rluB	FALSE	0.102	133.000	0.000	1.000		NA
2124511	2124512	APL_1160	APL_1161	rluB		TRUE	0.864	72.000	0.075	NA	Y	NA
2124512	2124513	APL_1161	APL_1162			FALSE	0.015	544.000	0.000	NA	N	NA
2124514	2124515	APL_1163	APL_1164	trpE	trpG	TRUE	1.000	14.000	0.703	0.001	Y	NA
2124515	2124516	APL_1164	APL_1165	trpG	trpD	TRUE	0.898	57.000	0.083	1.000	Y	NA
2124516	2124517	APL_1165	APL_1166	trpD		FALSE	0.266	43.000	0.000	1.000	N	NA
2124520	2124521	APL_1169	APL_1170	rplI	priB	FALSE	0.019	220.000	0.000	1.000	N	NA
2124521	2124522	APL_1170	APL_1171	priB	rpsF	TRUE	0.987	-25.000	0.122	1.000	N	NA
2124524	2124525	APL_1173	APL_1174	pnuC		FALSE	0.341	128.000	0.009	1.000		NA
2124525	2124526	APL_1174	APL_1175		hisS	TRUE	0.993	16.000	0.259	1.000		NA
2124526	2124527	APL_1175	APL_1176	hisS	ispG	TRUE	0.614	158.000	0.207	1.000	N	NA
2124527	2124528	APL_1176	APL_1177	ispG		TRUE	0.995	10.000	0.233	1.000		NA
2124530	2124531	APL_1179	APL_1180	argH		FALSE	0.026	283.000	0.000	1.000		NA
2124532	2124533	APL_1181	APL_1182	kefB		FALSE	0.039	195.000	0.000	1.000		NA
2124533	2124534	APL_1182	APL_1183			FALSE	0.215	97.000	0.000	NA		NA
2124534	2124535	APL_1183	APL_1184			TRUE	0.996	3.000	0.245	NA		NA
2124535	2124536	APL_1184	APL_1185			TRUE	0.978	14.000	0.041	NA		NA
2124542	2124543	APL_1191	APL_1192	namA		TRUE	0.518	70.000	0.000	NA	Y	NA
2124544	2124545	APL_1193	APL_1194			TRUE	0.995	15.000	0.086	0.056	Y	NA
2124545	2124546	APL_1194	APL_1195			TRUE	0.801	-3.000	0.000	NA	N	NA
2124546	2124547	APL_1195	APL_1196			TRUE	0.819	2.000	0.000	NA	N	NA
2124547	2124548	APL_1196	APL_1197			FALSE	0.097	116.000	0.000	1.000	N	NA
2124549	2124550	APL_1198	APL_1199			FALSE	0.048	154.000	0.000	NA	N	NA
2124551	2124552	APL_1200	APL_1201			TRUE	0.978	7.000	0.024	NA		NA
2124552	2124553	APL_1201	APL_1202			TRUE	0.978	16.000	0.059	NA		NA
2124555	2124556	APL_1204	APL_1205			FALSE	0.092	136.000	0.000	1.000		NA
2124556	2124557	APL_1205	APL_1206			FALSE	0.111	134.000	0.000	NA		NA
2124557	2124558	APL_1206	APL_1207			TRUE	0.989	10.000	0.100	NA		NA
2124558	2124559	APL_1207	APL_1208		adhC	FALSE	0.079	150.000	0.000	NA		NA
2124559	2124560	APL_1208	APL_1209	adhC	betT	FALSE	0.039	155.000	0.000	1.000	N	NA
2124561	2124562	APL_1210	APL_1211			TRUE	0.876	0.000	0.000	NA		NA
2124563	2124564	APL_1212	APL_1213	tehA		FALSE	0.191	99.000	0.000	1.000		NA
2124564	2124565	APL_1213	APL_1214			FALSE	0.029	238.000	0.000	1.000		NA
2124565	2124566	APL_1214	APL_1215			FALSE	0.194	87.000	0.000	1.000		NA
2124566	2124567	APL_1215	APL_1216		luxS	FALSE	0.370	106.000	0.006	1.000	N	NA
2124567	2124568	APL_1216	APL_1217	luxS		TRUE	0.592	55.000	0.010	1.000		NA
2124568	2124569	APL_1217	APL_1218		fur	FALSE	0.276	148.000	0.014	1.000		NA
2124569	2124570	APL_1218	APL_1219	fur	fldA	TRUE	0.955	29.000	0.156	1.000	N	NA
2124570	2124571	APL_1219	APL_1220	fldA		TRUE	0.995	22.000	0.473	1.000		NA
2124571	2124572	APL_1220	APL_1221			FALSE	0.037	200.000	0.000	1.000		NA
2124573	2124574	APL_1222	APL_1223			TRUE	0.401	61.000	0.003	1.000		NA
2124574	2124575	APL_1223	APL_1224			TRUE	0.708	110.000	0.065	NA		NA
2124575	2124576	APL_1224	APL_1225			TRUE	0.876	0.000	0.000	NA		NA
2124576	2124577	APL_1225	APL_1227			FALSE	0.032	248.000	0.000	NA		NA
2124578	2124579	APL_1228	APL_1229	infA	aphA	TRUE	0.404	92.000	0.004	NA		NA
2124580	2124581	APL_1230	APL_1231	serB		TRUE	0.614	59.000	0.014	NA		NA
2124581	2124582	APL_1231	APL_1232		malP	FALSE	0.027	354.000	0.000	NA		NA
2124583	2124584	APL_1233	APL_1234	malT		FALSE	0.159	115.000	0.000	1.000		NA
2124584	2124585	APL_1234	APL_1235		lamB1	TRUE	0.791	68.000	0.114	1.000		NA
2124585	2124586	APL_1235	APL_1236	lamB1	malK	TRUE	0.911	70.000	0.067	0.054	Y	NA
2124587	2124588	APL_1237	APL_1238	malE	malF	TRUE	0.829	79.000	0.040	1.000	Y	NA
2124588	2124589	APL_1238	APL_1239	malF	malG	TRUE	0.997	51.000	0.814	0.038	Y	NA
2124589	2124590	APL_1239	APL_1240	malG	malQ	TRUE	0.839	91.000	0.051	1.000	Y	NA
2124590	2124591	APL_1240	APL_1241	malQ		FALSE	0.019	218.000	0.000	1.000	N	NA
2124591	2124592	APL_1241	APL_1242			TRUE	0.424	66.000	0.007	NA	N	NA
2124595	2124596	APL_1245	APL_1246			TRUE	0.601	102.000	0.022	NA		NA
2124596	2124597	APL_1246	APL_1247			TRUE	0.463	163.000	0.091	NA		NA
2124597	2124598	APL_1247	APL_1248			TRUE	0.999	0.000	0.880	NA		NA
2124598	2124599	APL_1248	APL_1249		sapF	TRUE	0.600	74.000	0.026	NA	N	NA
2124599	2124600	APL_1249	APL_1250	sapF	fba	FALSE	0.361	116.000	0.008	1.000	N	NA
2124600	2124601	APL_1250	APL_1251	fba	pgk	TRUE	0.921	101.000	0.056	0.006	Y	NA
2124601	2124602	APL_1251	APL_1252	pgk		FALSE	0.037	158.000	0.000	1.000	N	NA
2124602	2124603	APL_1252	APL_1253			FALSE	0.257	231.000	0.000	0.010	Y	NA
2124603	2124604	APL_1253	APL_1254			FALSE	0.224	305.000	0.000	0.010	Y	NA
2124604	2124605	APL_1254	APL_1255		parE	FALSE	0.023	196.000	0.000	1.000	N	NA
2124605	2124606	APL_1255	APL_1256	parE	phoR	FALSE	0.124	78.000	0.000	1.000	N	NA
2124606	2124607	APL_1256	APL_1257	phoR	phoB	TRUE	0.999	0.000	0.453	0.004	Y	NA
2124607	2124608	APL_1257	APL_1258	phoB	pstB	FALSE	0.318	180.000	0.008	0.003	N	NA
2124608	2124609	APL_1258	APL_1259	pstB	pstA	TRUE	1.000	9.000	0.526	0.002	Y	NA
2124609	2124610	APL_1259	APL_1260	pstA	pstC	TRUE	1.000	0.000	0.537	0.002	Y	NA
2124610	2124611	APL_1260	APL_1261	pstC	pstS	TRUE	0.825	151.000	0.072	0.002	Y	NA
2124611	2124612	APL_1261	APL_1262	pstS		FALSE	0.062	133.000	0.000	1.000	N	NA
2124613	2124614	APL_1263	APL_1264			TRUE	0.792	18.000	0.000	NA		NA
2124614	2124615	APL_1264	APL_1265		copA	TRUE	0.875	239.000	0.333	0.002	Y	NA
2124616	2124617	APL_1266	APL_1267			TRUE	0.913	28.000	0.006	0.022		NA
2124618	2124619	APL_1268	APL_1269	sppA		FALSE	0.057	135.000	0.000	1.000	N	NA
2124619	2124620	APL_1269	APL_1270		sprT	TRUE	0.851	31.000	0.019	1.000		NA
2124620	2124621	APL_1270	APL_1271	sprT	ndh	TRUE	0.522	105.000	0.014	1.000		NA
2124622	2124623	APL_1272	APL_1273			TRUE	0.400	75.000	0.007	1.000	N	NA
2124623	2124624	APL_1273	APL_1274			TRUE	0.808	54.000	0.067	1.000		NA
2124624	2124625	APL_1274	APL_2098			FALSE	0.031	250.000	0.000	NA		NA
2124625	2124626	APL_2098	APL_2097			FALSE	0.322	51.000	0.000	NA		NA
2124626	2124627	APL_2097	APL_2096			FALSE	0.322	51.000	0.000	NA		NA
2124627	2124628	APL_2096	APL_2095			FALSE	0.362	48.000	0.000	NA		NA
2124629	2124630	APL_1275	APL_2057	gltX		FALSE	0.334	50.000	0.000	NA		NA
2124630	2124631	APL_2057	APL_1276			FALSE	0.038	213.000	0.000	NA		NA
2124632	2124633	APL_1277	APL_1278		lpxK	TRUE	0.996	2.000	0.263	NA		NA
2124633	2124634	APL_1278	APL_1279	lpxK	clpX	FALSE	0.258	94.000	0.002	1.000	N	NA
2124634	2124635	APL_1279	APL_1280	clpX	clpP	TRUE	0.998	0.000	0.352	1.000	Y	NA
2124637	2124638	APL_2094	APL_2093			TRUE	0.432	42.000	0.000	NA		NA
2124638	2124639	APL_2093	APL_1282		dnaQ	FALSE	0.206	103.000	0.000	NA		NA
2124639	2124640	APL_1282	APL_1283	dnaQ		FALSE	0.390	87.000	0.004	1.000		NA
2124641	2124642	APL_1284	APL_1285			TRUE	0.861	-7.000	0.000	NA		NA
2124643	2124644	APL_1286	APL_1287	murA		TRUE	0.795	132.000	0.258	NA	N	NA
2124644	2124645	APL_1287	APL_1288			TRUE	0.997	13.000	0.453	NA		NA
2124645	2124646	APL_1288	APL_1289			TRUE	0.996	10.000	0.308	NA		NA
2124646	2124647	APL_1289	APL_1290			TRUE	0.866	78.000	0.188	NA		NA
2124647	2124648	APL_1290	APL_1291			TRUE	0.997	19.000	0.562	NA		NA
2124648	2124649	APL_1291	APL_1292			TRUE	0.981	65.000	0.530	NA	Y	NA
2124651	2124652	APL_1294	APL_1295		argR	TRUE	0.990	0.000	0.118	1.000		NA
2124653	2124654	APL_1296	APL_1297	mdh		FALSE	0.217	90.000	0.000	NA		NA
2124655	2124656	APL_1298	APL_1299	adk		FALSE	0.040	152.000	0.000	1.000	N	NA
2124656	2124657	APL_1299	APL_1300			FALSE	0.052	177.000	0.000	NA		NA
2124657	2124658	APL_1300	APL_1301		galE	TRUE	0.689	139.000	0.160	NA		NA
2124658	2124659	APL_1301	APL_1302	galE	ligA	FALSE	0.279	64.000	0.002	1.000	N	NA
2124659	2124660	APL_1302	APL_1303	ligA	zipA	TRUE	0.773	64.000	0.106	1.000	N	NA
2124662	2124663	APL_1305	APL_1306	gnd		FALSE	0.209	71.000	0.000	NA		NA
2124663	2124664	APL_1306	APL_1308			FALSE	0.235	62.000	0.000	NA		NA
2124664	2124665	APL_1308	APL_1309			FALSE	0.084	147.000	0.000	NA		NA
2124665	2124666	APL_1309	APL_1310		pgl	TRUE	0.516	133.000	0.007	1.000	Y	NA
2124666	2124667	APL_1310	APL_1311	pgl	zwf	TRUE	0.922	72.000	0.188	1.000	Y	NA
2124667	2124668	APL_1311	APL_1312	zwf	cysQ	TRUE	0.723	72.000	0.085	1.000	N	NA
2124668	2124669	APL_1312	APL_1313	cysQ		TRUE	0.997	13.000	0.373	1.000		NA
2124670	2124671	APL_1314	APL_1315	hslR	hslO	TRUE	0.672	131.000	0.140	1.000	N	NA
2124673	2124674	APL_1317	APL_1318	arcB	arcC	TRUE	0.997	22.000	0.483	1.000	Y	NA
2124675	2124676	APL_1319	APL_1320	ptsB	thiQ	FALSE	0.141	191.000	0.013	1.000	N	NA
2124676	2124677	APL_1320	APL_1321	thiQ	thiP	TRUE	0.999	-3.000	0.522	0.022	N	NA
2124678	2124679	APL_1322	APL_1323	ptsH	ptsI	TRUE	0.921	124.000	0.121	0.006	Y	NA
2124679	2124680	APL_1323	APL_1324	ptsI	crr	TRUE	0.954	85.000	0.139	0.006	Y	NA
2124680	2124681	APL_1324	APL_1325	crr		FALSE	0.073	185.000	0.003	1.000	N	NA
2124681	2124682	APL_1325	APL_1326		uvrD	FALSE	0.018	230.000	0.000	1.000	N	NA
2124682	2124683	APL_1326	APL_1327	uvrD	hypB	FALSE	0.021	204.000	0.000	1.000	N	NA
2124683	2124684	APL_1327	APL_1328	hypB	hypD	TRUE	0.987	12.000	0.021	1.000	Y	NA
2124684	2124685	APL_1328	APL_1329	hypD	hypE	TRUE	0.999	2.000	0.353	1.000	Y	NA
2124687	2124688	APL_1331	APL_1332	hyaA	hybA	TRUE	1.000	-7.000	0.615	0.015	Y	NA
2124688	2124689	APL_1332	APL_1333	hybA	hybB	TRUE	0.995	-7.000	0.120	NA	Y	NA
2124689	2124690	APL_1333	APL_1334	hybB	hyaB	TRUE	0.996	-3.000	0.160	NA	Y	NA
2124690	2124691	APL_1334	APL_1335	hyaB	hyaD	TRUE	1.000	0.000	0.828	1.000	Y	NA
2124691	2124692	APL_1335	APL_1336	hyaD	hybE	TRUE	0.996	-7.000	0.291	NA		NA
2124692	2124693	APL_1336	APL_1337	hybE	hybG	TRUE	0.941	28.000	0.073	NA		NA
2124694	2124695	APL_1338	APL_2092	hybF		FALSE	0.124	130.000	0.000	NA		NA
2124695	2124696	APL_2092	APL_2091			FALSE	0.375	47.000	0.000	NA		NA
2124696	2124697	APL_2091	APL_2090			TRUE	0.524	33.000	0.000	NA		NA
2124697	2124698	APL_2090	APL_2089			TRUE	0.721	23.000	0.000	NA		NA
2124698	2124699	APL_2089	APL_2088			TRUE	0.622	27.000	0.000	NA		NA
2124699	2124700	APL_2088	APL_2087			TRUE	0.864	12.000	0.000	NA		NA
2124700	2124701	APL_2087	APL_1339		mfd	FALSE	0.059	168.000	0.000	NA		NA
2124704	2124705	APL_1342	APL_1343	folB	cdd	TRUE	0.488	109.000	0.018	1.000	N	NA
2124706	2124707	APL_1344	APL_1345	fstX	fstE	TRUE	0.995	10.000	0.121	1.000	Y	NA
2124707	2124708	APL_1345	APL_1346	fstE	ftsY	TRUE	0.856	91.000	0.117	0.099	N	NA
2124709	2124710	APL_1347	APL_1348			FALSE	0.373	66.000	0.003	NA		NA
2124710	2124711	APL_1348	APL_1349		hpaC	TRUE	0.972	16.000	0.036	NA		NA
2124711	2124712	APL_1349	APL_1350	hpaC	tehB	FALSE	0.159	115.000	0.000	1.000		NA
2124713	2124714	APL_1351	APL_1352	artM	artQ	TRUE	1.000	0.000	0.714	0.022	Y	NA
2124714	2124715	APL_1352	APL_1353	artQ	artI	TRUE	0.995	6.000	0.026	0.038	Y	NA
2124715	2124716	APL_1353	APL_1354	artI	artP	TRUE	0.981	20.000	0.032	1.000	Y	NA
2124716	2124717	APL_1354	APL_1355	artP		FALSE	0.035	225.000	0.000	NA		NA
2124719	2124720	APL_1357	APL_1358			TRUE	0.853	-19.000	0.000	NA		NA
2124721	2124722	APL_1359	APL_1360	dsbD		TRUE	0.669	58.000	0.023	1.000		NA
2124724	2124725	APL_1362	APL_1363			TRUE	0.992	-25.000	0.172	NA		NA
2124725	2124726	APL_1363	APL_1364		gmhA	TRUE	0.992	9.000	0.187	1.000	N	NA
2124726	2124727	APL_1364	APL_1365	gmhA	hly	TRUE	0.997	22.000	0.613	NA		NA
2124728	2124729	APL_1366	APL_2086			FALSE	0.032	246.000	0.000	NA		NA
2124729	2124730	APL_2086	APL_2085			FALSE	0.212	73.000	0.000	NA		NA
2124730	2124731	APL_2085	APL_2084			TRUE	0.843	14.000	0.000	NA		NA
2124731	2124732	APL_2084	APL_1367		ccmF	FALSE	0.029	292.000	0.000	NA		NA
2124732	2124733	APL_1367	APL_1368	ccmF	ccmE	TRUE	0.999	0.000	0.211	0.004	Y	NA
2124733	2124734	APL_1368	APL_1369	ccmE	ccmD	TRUE	0.675	184.000	0.344	1.000	N	NA
2124734	2124735	APL_1369	APL_1370	ccmD	ccmC	TRUE	0.998	13.000	0.501	1.000	N	NA
2124735	2124736	APL_1370	APL_1371	ccmC	ccmB	TRUE	0.994	51.000	0.501	0.002	Y	NA
2124736	2124737	APL_1371	APL_1372	ccmB	ccmA	TRUE	1.000	-3.000	0.503	0.004	Y	NA
2124737	2124738	APL_1372	APL_1373	ccmA		TRUE	0.445	141.000	0.011	0.098		NA
2124738	2124739	APL_1373	APL_2123			FALSE	0.034	230.000	0.000	NA		NA
2124739	2124740	APL_2123	APL_2117			FALSE	0.065	161.000	0.000	NA		NA
2124740	2124741	APL_2117	APL_2083			FALSE	0.030	263.000	0.000	NA		NA
2124741	2124742	APL_2083	APL_2082			FALSE	0.308	52.000	0.000	NA		NA
2124742	2124743	APL_2082	APL_2111			FALSE	0.219	82.000	0.000	NA		NA
2124744	2124745	APL_1374	APL_1375		oadG	FALSE	0.050	182.000	0.000	NA		NA
2124745	2124746	APL_1375	APL_1376	oadG	oadA	TRUE	1.000	16.000	0.720	0.001	Y	NA
2124746	2124747	APL_1376	APL_1377	oadA	oadB	TRUE	1.000	17.000	0.886	0.001	Y	NA
2124747	2124748	APL_1377	APL_1378	oadB	phnA	FALSE	0.242	133.000	0.007	1.000	N	NA
2124748	2124749	APL_1378	APL_1379	phnA	ccp	FALSE	0.184	172.000	0.000	1.000	Y	NA
2124750	2124751	APL_1380	APL_1381			TRUE	0.995	2.000	0.220	NA		NA
2124751	2124752	APL_1381	APL_1382			FALSE	0.354	122.000	0.005	NA		NA
2124752	2124753	APL_1382	APL_1383			TRUE	0.833	56.000	0.092	NA		NA
2124753	2124754	APL_1383	APL_1384		fabH	TRUE	0.622	48.000	0.006	1.000		NA
2124754	2124755	APL_1384	APL_1385	fabH	plsX	TRUE	0.999	12.000	0.380	0.005	Y	NA
2124755	2124756	APL_1385	APL_1386	plsX	rpmF	TRUE	0.990	25.000	0.418	1.000	N	NA
2124756	2124757	APL_1386	APL_1387	rpmF		TRUE	0.998	18.000	0.599	NA		NA
2124758	2124759	APL_1388	APL_1389			TRUE	0.710	186.000	0.349	NA		NA
2124759	2124760	APL_1389	APL_1390			FALSE	0.026	379.000	0.000	NA		NA
2124760	2124761	APL_1390	APL_1391			FALSE	0.023	388.000	0.000	1.000		NA
2124761	2124762	APL_1391	APL_1392		ptnC	TRUE	0.999	13.000	0.255	0.009	Y	NA
2124762	2124763	APL_1392	APL_1393	ptnC	ptnD	TRUE	1.000	14.000	0.939	0.009	Y	NA
2124763	2124764	APL_1393	APL_1394	ptnD		TRUE	0.980	99.000	0.755	NA		NA
2124764	2124765	APL_1394	APL_1395		manA	TRUE	0.992	-3.000	0.150	NA		NA
2124765	2124766	APL_1395	APL_1396	manA		FALSE	0.235	62.000	0.000	NA		NA
2124767	2124768	APL_1397	APL_1398		tufB	FALSE	0.025	292.000	0.000	1.000		NA
2124768	2124769	APL_1398	APL_1399	tufB	fusA	TRUE	0.988	62.000	0.400	0.001	Y	NA
2124769	2124770	APL_1399	APL_1400	fusA	rpsG	TRUE	0.983	100.000	0.579	1.000	Y	NA
2124770	2124771	APL_1400	APL_1401	rpsG	rpsL	TRUE	0.984	137.000	0.620	0.004	Y	NA
2124771	2124772	APL_1401	APL_1402	rpsL	rfaC	FALSE	0.087	122.000	0.000	1.000	N	NA
2124772	2124773	APL_1402	APL_1403	rfaC	rfaF	TRUE	0.971	76.000	0.205	0.001	Y	NA
2124773	2124774	APL_1403	APL_1404	rfaF	oapB	TRUE	0.500	82.000	0.008	NA		NA
2124774	2124775	APL_1404	APL_1405	oapB	oapA	TRUE	0.866	122.000	0.273	NA		NA
2124776	2124777	APL_1406	APL_1407	comEA	psd	FALSE	0.133	151.000	0.004	1.000	N	NA
2124777	2124778	APL_1407	APL_1408	psd	gshA	FALSE	0.038	156.000	0.000	1.000	N	NA
2124783	2124784	APL_1413	APL_1414		mqo	FALSE	0.044	181.000	0.000	1.000		NA
2124784	2124785	APL_1414	APL_1415	mqo		FALSE	0.194	108.000	0.000	NA		NA
2124786	2124787	APL_1416	APL_1417			TRUE	0.432	42.000	0.000	NA		NA
2124788	2124789	APL_1418	APL_1419	mglC	mglA	TRUE	1.000	17.000	0.905	1.000	Y	NA
2124789	2124790	APL_1419	APL_1420	mglA	mglB	TRUE	0.916	63.000	0.139	NA	Y	NA
2124790	2124791	APL_1420	APL_1421	mglB	ompA	FALSE	0.019	254.000	0.000	NA	N	NA
2124792	2124793	APL_1422	APL_1423			TRUE	0.560	133.000	0.076	NA	N	NA
2124793	2124794	APL_1423	APL_1424		oxaA	FALSE	0.045	301.000	0.003	NA	N	NA
2124795	2124796	APL_1425	APL_1426	napC	napB	TRUE	0.999	12.000	0.490	NA	Y	NA
2124796	2124797	APL_1426	APL_1427	napB	napH	TRUE	0.997	19.000	0.316	NA	Y	NA
2124797	2124798	APL_1427	APL_1428	napH	napG	TRUE	1.000	0.000	0.795	0.014		NA
2124798	2124799	APL_1428	APL_1429	napG	napA	TRUE	0.869	135.000	0.243	0.042		NA
2124799	2124800	APL_1429	APL_1430	napA	napD	TRUE	0.996	32.000	0.875	NA	N	NA
2124800	2124801	APL_1430	APL_1431	napD	napF	TRUE	0.995	3.000	0.209	NA		NA
2124803	2124804	APL_1433	APL_1434			TRUE	0.995	42.000	0.500	0.054	Y	NA
2124804	2124805	APL_1434	APL_1435			FALSE	0.197	106.000	0.000	NA		NA
2124805	2124806	APL_1435	APL_1436		rne	FALSE	0.065	161.000	0.000	NA		NA
2124808	2124809	APL_1438	APL_1439		ubiD	FALSE	0.211	150.000	0.006	NA		NA
2124811	2124812	APL_1441	APL_1442		apxID	FALSE	0.022	431.000	0.000	1.000		NA
2124812	2124813	APL_1442	APL_1443	apxID	apxIB	TRUE	0.999	9.000	0.426	0.007	Y	NA
2124813	2124814	APL_1443	APL_1444	apxIB	apxIA	TRUE	0.816	81.000	0.130	1.000		NA
2124814	2124815	APL_1444	APL_1445	apxIA	apxIC	TRUE	0.854	10.000	0.000	1.000		NA
2124816	2124817	APL_1446	APL_1447	afuA	afuB	TRUE	0.915	105.000	0.074	0.037	Y	NA
2124817	2124818	APL_1447	APL_1448	afuB	afuC	TRUE	0.989	47.000	0.556	0.037	N	NA
2124821	2124822	APL_1451	APL_1452		serA	FALSE	0.022	464.000	0.000	1.000		NA
2124822	2124823	APL_1452	APL_1453	serA	rpiA	FALSE	0.353	144.000	0.029	1.000	N	NA
2124823	2124824	APL_1453	APL_1454	rpiA	mrsA	FALSE	0.379	147.000	0.004	1.000	Y	NA
2124824	2124825	APL_1454	APL_1455	mrsA	ilvA	FALSE	0.278	72.000	0.003	1.000	N	NA
2124825	2124826	APL_1455	APL_1456	ilvA	slyD	FALSE	0.266	127.000	0.006	1.000	N	NA
2124826	2124827	APL_1456	APL_1457	slyD	aqpZ	FALSE	0.014	353.000	0.000	1.000	N	NA
2124827	2124828	APL_1457	APL_1458	aqpZ		FALSE	0.269	146.000	0.010	NA		NA
2124828	2124829	APL_1458	APL_1459			TRUE	0.800	42.000	0.019	NA		NA
2124830	2124831	APL_1460	APL_1461		menA	TRUE	0.876	0.000	0.000	NA		NA
2124833	2124834	APL_1463	APL_1464		wzm	TRUE	1.000	0.000	0.667	0.097	Y	NA
2124834	2124835	APL_1464	APL_1465	wzm		TRUE	0.851	11.000	0.000	1.000		NA
2124835	2124836	APL_1465	APL_1466			FALSE	0.024	894.000	0.000	NA		NA
2124836	2124837	APL_1466	APL_1467		rfbD	TRUE	0.880	2.000	0.000	NA		NA
2124837	2124838	APL_1467	APL_1468	rfbD		FALSE	0.208	63.000	0.000	1.000		NA
2124838	2124839	APL_1468	APL_1469			TRUE	0.867	-3.000	0.000	NA		NA
2124839	2124840	APL_1469	APL_1470			TRUE	0.985	6.000	0.050	NA		NA
2124840	2124841	APL_1470	APL_1471			TRUE	0.969	19.000	0.050	NA		NA
2124841	2124842	APL_1471	APL_1472		rfbB1	TRUE	0.515	83.000	0.000	1.000	Y	NA
2124842	2124843	APL_1472	APL_1473	rfbB1	rpsU	FALSE	0.018	221.000	0.000	1.000	N	NA
2124843	2124844	APL_1473	APL_1474	rpsU	dnaG	FALSE	0.316	180.000	0.067	1.000	N	NA
2124844	2124845	APL_1474	APL_1475	dnaG	rpoD	TRUE	0.891	105.000	0.299	1.000	N	NA
2124846	2124847	APL_1476	APL_1477	tyrS		FALSE	0.027	345.000	0.000	NA		NA
2124847	2124848	APL_1477	APL_1478		vacB	FALSE	0.181	114.000	0.000	NA		NA
2124848	2124849	APL_1478	APL_1479	vacB		FALSE	0.286	68.000	0.003	1.000	N	NA
2124849	2124850	APL_1479	APL_1480			TRUE	0.978	0.000	0.036	1.000	N	NA
2124850	2124851	APL_1480	APL_1481		oxyR	TRUE	0.995	-7.000	0.034	0.028	Y	NA
2124852	2124853	APL_1482	APL_1483			FALSE	0.023	405.000	0.000	1.000		NA
2124854	2124855	APL_1484	APL_1485		pdxY	FALSE	0.026	404.000	0.000	NA		NA
2124857	2124858	APL_1486	APL_1487	accA	sufI	FALSE	0.285	117.000	0.004	1.000	N	NA
2124858	2124859	APL_1487	APL_1488	sufI	plsC	TRUE	0.991	9.000	0.154	1.000	N	NA
2124860	2124861	APL_1489	APL_1490	tpx	trmE	FALSE	0.137	123.000	0.000	1.000		NA
2124862	2124863	APL_1491	APL_1492			TRUE	0.998	13.000	0.569	NA		NA
2124863	2124864	APL_1492	APL_1493			FALSE	0.101	138.000	0.000	NA		NA
2124865	2124866	APL_1494	APL_1495	ftpA		FALSE	0.028	246.000	0.000	1.000		NA
2124866	2124867	APL_1495	APL_1496			FALSE	0.074	147.000	0.000	1.000		NA
2124868	2124869	APL_1497	APL_1498		mgsA	TRUE	0.461	82.000	0.006	NA		NA
2124870	2124871	APL_1499	APL_1500	thrC		FALSE	0.122	86.000	0.000	1.000	N	NA
2124871	2124872	APL_1500	APL_1501			TRUE	0.995	42.000	0.500	0.054	Y	NA
2124873	2124874	APL_1502	APL_1503	valS		FALSE	0.024	743.000	0.000	NA		NA
2124874	2124875	APL_1503	APL_1504			FALSE	0.289	160.000	0.022	NA		NA
2124875	2124876	APL_1504	APL_1505		holC	TRUE	0.956	1.000	0.006	1.000		NA
2124877	2124878	APL_1506	APL_1507		tig	FALSE	0.070	202.000	0.002	1.000		NA
2124878	2124879	APL_1507	APL_1508	tig		FALSE	0.187	133.000	0.003	NA	N	NA
2124879	2124880	APL_1508	APL_1509		secB	TRUE	0.973	25.000	0.158	NA	N	NA
2124880	2124881	APL_1509	APL_1510	secB	gpsA	TRUE	0.514	185.000	0.206	1.000	N	NA
2124881	2124882	APL_1510	APL_1511	gpsA	cysE	TRUE	0.997	12.000	0.429	1.000	N	NA
2124883	2124884	APL_1512	APL_2081	tufB		FALSE	0.181	114.000	0.000	NA		NA
2124884	2124885	APL_2081	APL_2080			TRUE	0.879	4.000	0.000	NA		NA
2124885	2124886	APL_2080	APL_2079			TRUE	0.394	45.000	0.000	NA		NA
2124886	2124887	APL_2079	APL_2078			TRUE	0.485	37.000	0.000	NA		NA
2124888	2124889	APL_1513	APL_1514	coaA	dsbE	FALSE	0.226	135.000	0.007	1.000	N	NA
2124889	2124890	APL_1514	APL_1515	dsbE		TRUE	0.999	5.000	0.578	NA	Y	NA
2124890	2124891	APL_1515	APL_1516			TRUE	1.000	0.000	0.727	NA	Y	NA
2124891	2124892	APL_1516	APL_1517		mog	FALSE	0.118	72.000	0.000	1.000	N	NA
2124892	2124893	APL_1517	APL_1518	mog	glnB	TRUE	0.475	120.000	0.022	1.000	N	NA
2124893	2124894	APL_1518	APL_1519	glnB	lspA	TRUE	0.591	79.000	0.026	1.000	N	NA
2124894	2124895	APL_1519	APL_1520	lspA	ispH	TRUE	0.995	1.000	0.095	1.000	Y	NA
2124895	2124896	APL_1520	APL_1521	ispH		TRUE	0.961	0.000	0.008	NA		NA
2124897	2124898	APL_1522	APL_1523		chuW	TRUE	0.995	0.000	0.261	1.000		NA
2124898	2124899	APL_1523	APL_1524	chuW	gst	FALSE	0.037	157.000	0.000	1.000	N	NA
2124899	2124900	APL_1524	APL_1525	gst	lysA	FALSE	0.124	66.000	0.000	1.000	N	NA
2124900	2124901	APL_1525	APL_1526	lysA	frdD	FALSE	0.013	416.000	0.000	1.000	N	NA
2124901	2124902	APL_1526	APL_1527	frdD	frdC	TRUE	1.000	13.000	0.787	0.002	Y	NA
2124902	2124903	APL_1527	APL_1528	frdC	frdB	TRUE	1.000	9.000	0.454	0.002	Y	NA
2124903	2124904	APL_1528	APL_1529	frdB	frdA	TRUE	0.999	13.000	0.470	0.002	Y	NA
2124908	2124909	APL_1533	APL_1534	crcB		TRUE	0.961	3.000	0.008	NA		NA
2124910	2124911	APL_1535	APL_1536	anmK		TRUE	0.773	54.000	0.041	NA		NA
2124912	2124913	APL_1537	APL_1538	prmA		FALSE	0.217	84.000	0.000	NA		NA
2124913	2124914	APL_1538	APL_1539			TRUE	0.998	4.000	0.533	NA		NA
2124914	2124915	APL_1539	APL_1540		tldD	FALSE	0.163	121.000	0.000	NA		NA
2124917	2124918	APL_1542	APL_2077	xerD		FALSE	0.181	114.000	0.000	NA		NA
2124918	2124919	APL_2077	APL_2076			FALSE	0.334	50.000	0.000	NA		NA
2124919	2124920	APL_2076	APL_2124			TRUE	0.855	13.000	0.000	NA		NA
2124920	3676203	APL_2124	APL_2124a			FALSE	0.286	55.000	0.000	NA		NA
3676203	2124921	APL_2124a	APL_2118			FALSE	0.186	112.000	0.000	NA		NA
2124921	2124922	APL_2118	APL_2075			FALSE	0.037	215.000	0.000	NA		NA
2124922	10726521	APL_2075	APL_2112			FALSE	0.206	103.000	0.000	NA		NA
10726521	2124924	APL_2112	APL_2074			FALSE	0.031	253.000	0.000	NA		NA
2124924	2124925	APL_2074	APL_2073			TRUE	0.569	29.000	0.000	NA		NA
2124925	2124926	APL_2073	APL_2072			TRUE	0.540	31.000	0.000	NA		NA
2124926	2124927	APL_2072	APL_1543		wecG	FALSE	0.067	160.000	0.000	NA		NA
2124927	2124928	APL_1543	APL_1544	wecG		TRUE	0.989	-16.000	0.126	1.000		NA
2124928	2124929	APL_1544	APL_1545		wecF	TRUE	0.999	0.000	0.684	1.000		NA
2124930	2124931	APL_1546	APL_1547	hcp	hcr	TRUE	0.843	123.000	0.025	0.014	Y	NA
2124932	2124933	APL_1548	APL_1549		wecE	TRUE	0.994	-12.000	0.218	1.000		NA
2124933	2124934	APL_1549	APL_1550	wecE	wecD	TRUE	0.862	7.000	0.000	1.000		NA
2124934	2124935	APL_1550	APL_1551	wecD	wecC	TRUE	0.860	0.000	0.000	1.000		NA
2124935	2124936	APL_1551	APL_1552	wecC	wecB	TRUE	0.837	79.000	0.045	1.000	Y	NA
2124936	2124937	APL_1552	APL_1553	wecB		TRUE	0.894	41.000	0.000	0.007	Y	NA
2124937	2124938	APL_1553	APL_1554		wecA	TRUE	0.999	35.000	0.735	0.007	Y	NA
2124940	2124941	APL_1556	APL_1557		mviN	TRUE	0.906	20.000	0.000	0.069		NA
2124943	2124944	APL_1559	APL_1560	trkA	rsmB	TRUE	0.867	50.000	0.122	1.000	N	NA
2124944	2124945	APL_1560	APL_1561	rsmB	selB	TRUE	0.986	14.000	0.003	0.024	Y	NA
2124945	2124946	APL_1561	APL_1562	selB	selA	TRUE	0.999	-3.000	0.569	0.001	N	NA
2124947	2124948	APL_2059	APL_1563		mioC	TRUE	0.763	20.000	0.000	NA		NA
2124949	2124950	APL_1564	APL_1565	lyx		TRUE	0.980	15.000	0.065	1.000		NA
2124950	2124951	APL_1565	APL_1566			FALSE	0.026	375.000	0.000	NA		NA
2124951	2124952	APL_1566	APL_1567		tbpA	FALSE	0.025	494.000	0.000	NA		NA
2124952	2124953	APL_1567	APL_1568	tbpA	tbpB	TRUE	0.999	14.000	0.667	1.000		NA
2124953	2124954	APL_1568	APL_1569	tbpB	exbD	TRUE	0.995	28.000	0.500	0.078		NA
2124954	2124955	APL_1569	APL_1570	exbD	exbB	TRUE	0.999	0.000	0.500	0.052	Y	NA
2124955	2124956	APL_1570	APL_1571	exbB	tonB1	TRUE	0.978	22.000	0.036	0.007	N	NA
2124956	2124957	APL_1571	APL_1572	tonB1		FALSE	0.030	276.000	0.000	NA		NA
2124957	2124958	APL_1572	APL_1573			FALSE	0.060	167.000	0.000	NA		NA
2124960	2124961	APL_1575	APL_1576		kpsF	TRUE	0.792	18.000	0.000	NA		NA
2124961	2124962	APL_1576	APL_1577	kpsF	kdsB	TRUE	0.988	12.000	0.023	1.000	Y	NA
2124962	2124963	APL_1577	APL_1578	kdsB	kdsA	TRUE	0.930	46.000	0.018	0.052	Y	NA
2124963	2124964	APL_1578	APL_1579	kdsA	cps5C	FALSE	0.347	49.000	0.000	NA		NA
2124964	2124965	APL_1579	APL_1580	cps5C	cps5B	TRUE	0.831	15.000	0.000	NA		NA
2124965	2124966	APL_1580	APL_1581	cps5B		TRUE	0.983	3.000	0.041	1.000		NA
2124967	2124968	APL_1582	APL_1583	cpxD	cpxC	TRUE	0.988	26.000	0.088	0.078	Y	NA
2124968	2124969	APL_1583	APL_1584	cpxC	cpxB	TRUE	0.997	0.000	0.083	0.078	Y	NA
2124969	2124970	APL_1584	APL_1585	cpxB	cpxA	TRUE	0.999	-3.000	0.418	0.095	Y	NA
2124971	2124972	APL_1586	APL_1587	modF	fmt	FALSE	0.195	93.000	0.000	1.000		NA
2124972	2124973	APL_1587	APL_1588	fmt		FALSE	0.063	163.000	0.000	NA		NA
2124974	2124975	APL_1589	APL_1590		trkH	TRUE	0.868	81.000	0.202	1.000		NA
2124975	2124976	APL_1590	APL_1591	trkH		TRUE	0.996	15.000	0.455	1.000	N	NA
2124976	2124977	APL_1591	APL_1592		mscL	FALSE	0.115	104.000	0.000	1.000	N	NA
2124978	2124979	APL_1593	APL_1594	lipA	lipB	TRUE	0.980	112.000	0.319	0.001	Y	NA
2124979	2124980	APL_1594	APL_1595	lipB		TRUE	0.969	32.000	0.219	NA		NA
2124980	2124981	APL_1595	APL_1596		dacA	FALSE	0.329	134.000	0.010	NA		NA
2124981	2124982	APL_1596	APL_1597	dacA		TRUE	0.791	96.000	0.023	NA	Y	NA
2124982	2124983	APL_1597	APL_1598		mrdB	FALSE	0.178	175.000	0.014	NA	N	NA
2124983	2124984	APL_1598	APL_1599	mrdB	mrdA	TRUE	0.959	-7.000	0.016	1.000	N	NA
2124984	2124985	APL_1599	APL_1600	mrdA		TRUE	0.557	82.000	0.013	NA		NA
2124985	2124986	APL_1600	APL_1601			TRUE	0.991	23.000	0.307	NA		NA
2124986	2124987	APL_1601	APL_1602		mutS	FALSE	0.067	226.000	0.002	NA		NA
2124987	2124988	APL_1602	APL_1603	mutS		FALSE	0.127	166.000	0.000	0.095	N	NA
2124988	2124989	APL_1603	APL_1604			TRUE	0.997	22.000	0.481	1.000	Y	NA
2124989	2124990	APL_1604	APL_1605			FALSE	0.044	182.000	0.000	1.000		NA
2124992	2124993	APL_1607	APL_1608			FALSE	0.216	88.000	0.000	NA		NA
2124993	2124994	APL_1608	APL_1609			FALSE	0.075	154.000	0.000	NA		NA
2124994	2124995	APL_1609	APL_1610			FALSE	0.048	173.000	0.000	1.000		NA
2124995	2124996	APL_1610	APL_1611		ureD	TRUE	0.796	16.000	0.000	1.000		NA
2124996	2124997	APL_1611	APL_1612	ureD	ureG	TRUE	0.922	169.000	0.337	0.005	Y	NA
2124997	2124998	APL_1612	APL_1613	ureG	ureF	TRUE	0.999	21.000	0.439	0.005	Y	NA
2124998	2124999	APL_1613	APL_1614	ureF	ureE	TRUE	0.999	12.000	0.460	0.005	Y	NA
2124999	2125000	APL_1614	APL_1615	ureE	gst	TRUE	0.463	116.000	0.000	NA	Y	NA
2125000	2125001	APL_1615	APL_1616	gst	ureC	FALSE	0.097	124.000	0.000	NA	N	NA
2125001	2125002	APL_1616	APL_1617	ureC	ureB	TRUE	1.000	11.000	0.486	0.001	Y	NA
2125002	2125003	APL_1617	APL_1618	ureB	ureA	TRUE	0.586	190.000	0.014	0.001	Y	NA
2125003	2125004	APL_1618	APL_1619	ureA	utp	TRUE	0.503	72.000	0.000	1.000	Y	NA
2125004	2125005	APL_1619	APL_1620	utp	cbiO	TRUE	0.567	112.000	0.032	1.000	N	NA
2125005	2125006	APL_1620	APL_1621	cbiO	cbiQ	TRUE	0.990	23.000	0.153	1.000	Y	NA
2125006	2125007	APL_1621	APL_1622	cbiQ	cbiM	TRUE	0.998	7.000	0.100	0.003	Y	NA
2125007	2125008	APL_1622	APL_1623	cbiM	cbiL	TRUE	0.982	1.000	0.037	1.000		NA
2125008	2125009	APL_1623	APL_1624	cbiL	cbiK	TRUE	0.989	0.000	0.091	NA		NA
2125011	2125012	APL_1626	APL_1627			FALSE	0.035	228.000	0.000	NA		NA
2125012	2125013	APL_1627	APL_1628			FALSE	0.164	61.000	0.000	NA	N	NA
2125013	2125014	APL_1628	APL_1629		mtlD	TRUE	0.995	0.000	0.230	NA	N	NA
2125014	2125015	APL_1629	APL_1630	mtlD	mtlA	TRUE	0.952	87.000	0.292	1.000	Y	NA
2125015	2125016	APL_1630	APL_1631	mtlA	glmS	FALSE	0.014	308.000	0.000	1.000	N	NA
2125016	2125017	APL_1631	APL_1632	glmS		TRUE	0.894	124.000	0.412	1.000	N	NA
2125017	2125018	APL_1632	APL_1633			FALSE	0.090	138.000	0.000	1.000		NA
2125018	2125019	APL_1633	APL_1634			FALSE	0.191	99.000	0.000	1.000		NA
2125019	2125020	APL_1634	APL_1635			FALSE	0.347	49.000	0.000	NA		NA
2125020	2125021	APL_1635	APL_1636			TRUE	0.944	16.000	0.009	NA		NA
2125021	2125022	APL_1636	APL_1637		mtn	FALSE	0.093	174.000	0.004	1.000	N	NA
2125022	2125023	APL_1637	APL_1638	mtn	dsbA_2	TRUE	0.978	0.000	0.025	NA		NA
2125023	2125024	APL_1638	APL_1639	dsbA_2	slyX	TRUE	0.490	67.000	0.008	NA		NA
2125025	2125026	APL_1640	APL_1641	fkpA		TRUE	0.906	112.000	0.310	NA		NA
2125026	2125027	APL_1641	APL_1642		tusD	TRUE	0.995	0.000	0.220	NA		NA
2125027	2125028	APL_1642	APL_1643	tusD		TRUE	1.000	3.000	0.790	NA	Y	NA
2125028	2125029	APL_1643	APL_1644			TRUE	1.000	13.000	0.804	NA	Y	NA
2125030	2125031	APL_2125	APL_2119			FALSE	0.065	161.000	0.000	NA		NA
2125031	2125032	APL_2119	APL_2071			FALSE	0.030	263.000	0.000	NA		NA
2125032	2125033	APL_2071	APL_2070			FALSE	0.308	52.000	0.000	NA		NA
2125033	2125034	APL_2070	APL_2113			FALSE	0.219	82.000	0.000	NA		NA
2125034	2125035	APL_2113	APL_1645		atpC	FALSE	0.025	473.000	0.000	NA		NA
2125035	2125036	APL_1645	APL_1646	atpC	atpD	TRUE	0.999	40.000	0.837	0.004	Y	NA
2125036	2125037	APL_1646	APL_1647	atpD	atpG	TRUE	1.000	14.000	0.724	0.004	Y	NA
2125037	2125038	APL_1647	APL_1648	atpG	atpA	TRUE	1.000	23.000	0.846	0.004	Y	NA
2125038	2125039	APL_1648	APL_1649	atpA	atpH	TRUE	1.000	13.000	0.864	0.004	Y	NA
2125039	2125040	APL_1649	APL_1650	atpH	atpF	TRUE	0.999	14.000	0.242	0.004	Y	NA
2125040	2125041	APL_1650	APL_1651	atpF	atpE	TRUE	0.995	60.000	0.666	0.004	Y	NA
2125041	2125042	APL_1651	APL_1652	atpE	atpB	TRUE	0.988	119.000	0.557	0.004	Y	NA
2125042	2125043	APL_1652	APL_1653	atpB		TRUE	0.997	25.000	0.291	0.004	Y	NA
2125043	2125044	APL_1653	APL_1654		gidB	FALSE	0.055	361.000	0.005	1.000	N	NA
2125044	2125045	APL_1654	APL_1655	gidB	gidA	TRUE	0.941	100.000	0.466	1.000	N	NA
2125047	2125048	APL_1657	APL_1658			FALSE	0.038	213.000	0.000	NA		NA
2125048	2125049	APL_1658	APL_1659			TRUE	0.879	3.000	0.000	NA		NA
2125049	2125050	APL_1659	APL_1660			TRUE	0.894	88.000	0.238	NA		NA
2125050	2125051	APL_1660	APL_1661			TRUE	0.999	11.000	0.429	0.009	Y	NA
2125051	2125052	APL_1661	APL_1662			TRUE	0.999	15.000	0.444	0.009	Y	NA
2125052	2125053	APL_1662	APL_1663			FALSE	0.027	176.000	0.000	1.000	N	NA
2125053	2125054	APL_1663	APL_1664			TRUE	0.999	12.000	0.500	0.052	Y	NA
2125054	2125055	APL_1664	APL_1665		gntP_1	FALSE	0.124	82.000	0.000	1.000	N	NA
2125058	2125059	APL_1668	APL_1669	rbsR	rbsD	TRUE	0.415	121.000	0.015	1.000	N	NA
2125059	2125060	APL_1669	APL_1670	rbsD	rbsA	TRUE	0.998	13.000	0.337	1.000	Y	NA
2125060	2125061	APL_1670	APL_1671	rbsA	rbsC	TRUE	0.985	53.000	0.504	1.000	Y	NA
2125061	2125062	APL_1671	APL_1672	rbsC	rbsB	TRUE	0.999	24.000	0.847	NA	Y	NA
2125062	2125063	APL_1672	APL_1673	rbsB	rbsK	TRUE	0.963	73.000	0.347	NA	Y	NA
2125063	2125064	APL_1673	APL_1674	rbsK	dmsA	FALSE	0.017	234.000	0.000	1.000	N	NA
2125064	2125065	APL_1674	APL_1675	dmsA	dmsB	TRUE	0.998	10.000	0.172	0.040	Y	NA
2125065	2125066	APL_1675	APL_1676	dmsB	dmsC	TRUE	0.999	2.000	0.833	1.000		NA
2125066	2125067	APL_1676	APL_1677	dmsC		TRUE	0.985	56.000	0.750	1.000		NA
2125067	2125068	APL_1677	APL_1678			TRUE	0.999	4.000	0.375	0.040		NA
2125069	2125070	APL_1679	APL_1680			TRUE	0.994	-3.000	0.219	NA		NA
2125070	2125071	APL_1680	APL_1681			FALSE	0.027	332.000	0.000	NA		NA
2125071	2125072	APL_1681	APL_1682		purL	FALSE	0.211	68.000	0.000	NA		NA
2125073	2125074	APL_1683	APL_1684	fucR	fucI	FALSE	0.140	203.000	0.000	1.000	Y	NA
2125074	2125075	APL_1684	APL_1685	fucI	fucK	TRUE	0.948	78.000	0.269	1.000	Y	NA
2125075	2125076	APL_1685	APL_1686	fucK	fucU	TRUE	0.886	135.000	0.263	1.000	Y	NA
2125076	2125077	APL_1686	APL_1687	fucU	fucA	TRUE	0.970	51.000	0.286	1.000	Y	NA
2125077	2125078	APL_1687	APL_1688	fucA	fucP	TRUE	0.620	55.000	0.000	NA	Y	NA
2125078	2125079	APL_1688	APL_1689	fucP		FALSE	0.110	120.000	0.000	NA	N	NA
2125079	2125080	APL_1689	APL_1690			FALSE	0.041	204.000	0.000	NA		NA
2125080	2125081	APL_1690	APL_1691			FALSE	0.038	212.000	0.000	NA		NA
2125081	2125082	APL_1691	APL_1692			TRUE	1.000	-10.000	0.841	0.021	Y	NA
2125082	2125083	APL_1692	APL_1693			TRUE	1.000	1.000	0.773	1.000	Y	NA
2125083	2125084	APL_1693	APL_1694			TRUE	0.989	61.000	0.671	1.000	Y	NA
2125084	2125085	APL_1694	APL_1695		kpsC	FALSE	0.062	133.000	0.000	1.000	N	NA
2125085	2125086	APL_1695	APL_1696	kpsC	hcsB	TRUE	0.998	23.000	0.315	0.002	Y	NA
2125087	2125088	APL_1697	APL_1698		ulaD	TRUE	0.855	13.000	0.000	NA		NA
2125088	2125089	APL_1698	APL_1699	ulaD	ulaC	TRUE	0.889	73.000	0.115	1.000	Y	NA
2125089	2125090	APL_1699	APL_1700	ulaC	ulaA	TRUE	0.543	78.000	0.000	0.006		NA
2125091	2125092	APL_1701	APL_1702	ulaG	ulaR	TRUE	0.912	102.000	0.308	1.000		NA
2125092	2125093	APL_1702	APL_1703	ulaR		TRUE	0.942	86.000	0.240	1.000	Y	NA
2125093	2125094	APL_1703	APL_1704			TRUE	0.863	27.000	0.000	1.000	Y	NA
2125096	2125097	APL_1706	APL_1707			FALSE	0.027	346.000	0.000	NA		NA
2125097	2125098	APL_1707	APL_1708			FALSE	0.086	146.000	0.000	NA		NA
2125098	2125099	APL_1708	APL_1709			FALSE	0.186	112.000	0.000	NA		NA
2125100	2125101	APL_1710	APL_1711	hldD	def	FALSE	0.263	140.000	0.012	1.000	N	NA
2125103	2125104	APL_1713	APL_1714		ulaA	FALSE	0.036	222.000	0.000	NA		NA
2125104	2125105	APL_1714	APL_1715	ulaA	sgaB	TRUE	0.992	9.000	0.039	0.009		NA
2125106	2125107	APL_1716	APL_1717	secE	nusG	TRUE	0.995	35.000	0.843	1.000	N	NA
2125107	2125108	APL_1717	APL_1718	nusG	rplK	TRUE	0.796	289.000	0.681	1.000	N	NA
2125108	2125109	APL_1718	APL_1719	rplK	rplA	TRUE	1.000	5.000	0.838	0.025	Y	NA
2125109	2125110	APL_1719	APL_1720	rplA	rplJ	TRUE	0.809	289.000	0.302	0.025	Y	NA
2125110	2125111	APL_1720	APL_1721	rplJ	rplL	TRUE	0.997	61.000	0.884	0.019	Y	NA
2125111	2125112	APL_1721	APL_1722	rplL		FALSE	0.055	164.000	0.000	1.000		NA
2125112	2125113	APL_1722	APL_1723			TRUE	0.999	5.000	0.636	NA		NA
2125113	2125114	APL_1723	APL_1724			FALSE	0.026	388.000	0.000	NA		NA
2125114	2125115	APL_1724	APL_1725			FALSE	0.024	807.000	0.000	NA		NA
2125115	2125116	APL_1725	APL_1726			FALSE	0.201	105.000	0.000	NA		NA
2125116	2125117	APL_1726	APL_1727		rpoB	FALSE	0.026	420.000	0.000	NA		NA
2125117	2125118	APL_1727	APL_1728	rpoB	rpoC	TRUE	0.990	126.000	0.851	0.001		NA
2125118	2125119	APL_1728	APL_1729	rpoC		FALSE	0.201	105.000	0.000	NA		NA
2125119	2125120	APL_1729	APL_1730			FALSE	0.024	731.000	0.000	NA		NA
2125120	2125121	APL_1730	APL_1731			TRUE	0.999	12.000	0.727	NA		NA
2125124	2125125	APL_1734	APL_1735		hslU	FALSE	0.212	73.000	0.000	NA		NA
2125125	2125126	APL_1735	APL_1736	hslU	hslV	TRUE	0.993	55.000	0.752	1.000	Y	NA
2125126	2125127	APL_1736	APL_1737	hslV	sfsA	FALSE	0.220	79.000	0.000	NA		NA
2125127	2125128	APL_1737	APL_1738	sfsA		FALSE	0.031	258.000	0.000	NA		NA
2125129	2125130	APL_1739	APL_1740	mutY		TRUE	0.992	4.000	0.150	NA	N	NA
2125130	2125131	APL_1740	APL_1741		mltC	TRUE	0.964	18.000	0.043	NA	N	NA
2125131	2125132	APL_1741	APL_2060	mltC		FALSE	0.143	125.000	0.000	NA		NA
2125132	2125133	APL_2060	APL_2061			TRUE	0.878	6.000	0.000	NA		NA
2125133	2125134	APL_2061	APL_2062			FALSE	0.116	133.000	0.000	NA		NA
2125134	2125135	APL_2062	APL_2063			TRUE	0.878	6.000	0.000	NA		NA
2125135	2125136	APL_2063	APL_1742		srp54	FALSE	0.026	423.000	0.000	NA		NA
2125137	2125138	APL_1743	APL_1744		ubiF	FALSE	0.023	192.000	0.000	1.000	N	NA
2125138	2125139	APL_1744	APL_1745	ubiF		FALSE	0.347	34.000	0.000	1.000	N	NA
2125139	2125140	APL_1745	APL_1746			TRUE	0.992	-27.000	0.172	NA		NA
2125141	2125142	APL_1747	APL_1748	comM		FALSE	0.127	125.000	0.000	1.000		NA
2125143	2125144	APL_1749	APL_1750		menD	TRUE	0.997	0.000	0.355	NA		NA
2125145	2125146	APL_1751	APL_1752		nanE	TRUE	0.931	38.000	0.143	1.000	N	NA
2125146	2125147	APL_1752	APL_1753	nanE	nanK	TRUE	0.998	10.000	0.286	1.000	Y	NA
2125147	2125148	APL_1753	APL_1754	nanK	nanA	TRUE	0.607	21.000	0.000	1.000	N	NA
2125148	2125149	APL_1754	APL_1755	nanA	nagB	TRUE	0.830	50.000	0.083	1.000	N	NA
2125149	2125150	APL_1755	APL_1756	nagB	nagA	TRUE	0.995	52.000	0.557	0.001	Y	NA
2125151	2125152	APL_1757	APL_1758	fumC		FALSE	0.156	155.000	0.005	NA	N	NA
2125153	2125154	APL_1759	APL_1760	rpsJ	rplC	TRUE	0.996	26.000	0.307	0.025	Y	NA
2125154	2125155	APL_1760	APL_1761	rplC	rplD	TRUE	0.999	16.000	0.486	0.019	Y	NA
2125155	2125156	APL_1761	APL_1762	rplD	rplW	TRUE	1.000	-3.000	0.513	0.019	Y	NA
2125156	2125157	APL_1762	APL_1763	rplW	rplB	TRUE	1.000	21.000	0.849	0.023	Y	NA
2125157	2125158	APL_1763	APL_1764	rplB	rpsS	TRUE	0.999	28.000	0.820	0.025	Y	NA
2125158	2125159	APL_1764	APL_1765	rpsS	rplV	TRUE	1.000	11.000	0.769	0.025	Y	NA
2125159	2125160	APL_1765	APL_1766	rplV	rpsC	TRUE	0.999	19.000	0.719	0.025	Y	NA
2125160	2125161	APL_1766	APL_1767	rpsC	rplP	TRUE	1.000	14.000	0.828	0.025	Y	NA
2125161	2125162	APL_1767	APL_1768	rplP	rpmC	TRUE	0.995	0.000	0.029	0.019	Y	NA
2125162	2125163	APL_1768	APL_1769	rpmC	rpsQ	TRUE	0.995	0.000	0.029	0.019	Y	NA
2125163	2125164	APL_1769	APL_1770	rpsQ	rplX	FALSE	0.191	622.000	0.000	0.019	Y	NA
2125164	2125165	APL_1770	APL_1771	rplX	rplE	TRUE	1.000	18.000	0.758	0.019	Y	NA
2125165	2125166	APL_1771	APL_1772	rplE	rpsN	TRUE	0.999	12.000	0.496	0.019	Y	NA
2125166	2125167	APL_1772	APL_1773	rpsN	rpsH	TRUE	0.996	37.000	0.473	0.019	Y	NA
2125167	2125168	APL_1773	APL_1774	rpsH	rplF	TRUE	1.000	17.000	0.808	0.019	Y	NA
2125168	2125169	APL_1774	APL_1775	rplF	rplR	TRUE	1.000	15.000	0.815	0.019	Y	NA
2125169	2125170	APL_1775	APL_1776	rplR	rpsE	TRUE	1.000	15.000	0.814	0.025	Y	NA
2125170	2125171	APL_1776	APL_1777	rpsE	rpmD	TRUE	1.000	7.000	0.789	0.025	Y	NA
2125171	2125172	APL_1777	APL_1778	rpmD	rplO	TRUE	1.000	5.000	0.653	0.003	Y	NA
2125172	2125173	APL_1778	APL_1779	rplO	secY	TRUE	0.999	4.000	0.730	1.000	N	NA
2125173	2125174	APL_1779	APL_1780	secY	rpmJ	TRUE	0.957	26.000	0.089	1.000		NA
2125174	2125175	APL_1780	APL_1781	rpmJ	rpsM	TRUE	0.839	137.000	0.194	0.019		NA
2125175	2125176	APL_1781	APL_1782	rpsM	rpsK	TRUE	1.000	17.000	0.810	0.019	Y	NA
2125176	2125177	APL_1782	APL_1783	rpsK	rpsD	TRUE	0.997	29.000	0.509	0.025	Y	NA
2125177	2125178	APL_1783	APL_1784	rpsD	rpoA	TRUE	0.959	66.000	0.549	1.000	N	NA
2125178	2125179	APL_1784	APL_1785	rpoA	rplQ	TRUE	0.982	106.000	0.873	1.000	N	NA
2125179	2125180	APL_1785	APL_1786	rplQ	rpsP	FALSE	0.243	237.000	0.000	0.019	Y	NA
2125180	2125181	APL_1786	APL_1787	rpsP	rimM	TRUE	0.995	34.000	0.342	0.019	Y	NA
2125181	2125182	APL_1787	APL_1788	rimM	trmD	TRUE	0.990	58.000	0.672	1.000	Y	NA
2125182	2125183	APL_1788	APL_1789	trmD	rplS	TRUE	0.997	26.000	0.567	1.000	Y	NA
2125185	2125186	APL_1791	APL_1792			TRUE	0.997	3.000	0.182	1.000	Y	NA
2125186	2125187	APL_1792	APL_1793			TRUE	1.000	16.000	0.692	0.093	Y	NA
2125187	2125188	APL_1793	APL_1794			TRUE	0.991	10.000	0.154	1.000	N	NA
2125188	2125189	APL_1794	APL_1795			TRUE	0.778	9.000	0.000	1.000	N	NA
2125189	2125190	APL_1795	APL_1796			FALSE	0.251	56.000	0.000	1.000		NA
2125191	2125192	APL_1797	APL_1798	torD	torA	TRUE	0.995	0.000	0.108	0.040		NA
2125192	2125193	APL_1798	APL_1799	torA	torC	TRUE	0.998	10.000	0.286	0.040		NA
2125194	2125195	APL_1800	APL_1801	sygA		TRUE	0.564	47.000	0.003	1.000		NA
2125195	2125196	APL_1801	APL_1802			FALSE	0.025	473.000	0.000	NA		NA
2125196	2125197	APL_1802	APL_1803		sygB	TRUE	0.473	38.000	0.000	NA		NA
2125197	2125198	APL_1803	APL_1804	sygB		FALSE	0.330	116.000	0.003	NA		NA
2125198	2125199	APL_1804	APL_1805		xerC	TRUE	0.971	1.000	0.014	NA		NA
2125200	2125201	APL_1806	APL_1807			FALSE	0.227	64.000	0.000	NA		NA
2125201	2125202	APL_1807	APL_1808		lpxH	TRUE	0.686	42.000	0.005	NA		NA
2125202	2125203	APL_1808	APL_1809	lpxH		TRUE	0.788	33.000	0.008	NA		NA
2125203	2125204	APL_1809	APL_1810			TRUE	0.817	35.000	0.013	NA		NA
2125206	2125207	APL_1813	APL_1814		macA	FALSE	0.035	224.000	0.000	NA		NA
2125207	2125208	APL_1814	APL_1815	macA		TRUE	0.435	296.000	0.088	NA	Y	NA
2125208	2125209	APL_1815	APL_1816		holB	FALSE	0.017	331.000	0.000	NA	N	NA
2125209	2125210	APL_1816	APL_1817	holB	tmk	TRUE	0.994	3.000	0.211	1.000	N	NA
2125210	2125211	APL_1817	APL_1818	tmk		TRUE	0.995	4.000	0.209	NA		NA
2125211	2125212	APL_1818	APL_2069			FALSE	0.166	120.000	0.000	NA		NA
2125212	2125213	APL_2069	APL_2068			TRUE	0.499	35.000	0.000	NA		NA
2125213	2125214	APL_2068	APL_2067			TRUE	0.699	24.000	0.000	NA		NA
2125214	2125215	APL_2067	APL_1819		acpP	FALSE	0.045	195.000	0.000	NA		NA
2125215	2125216	APL_1819	APL_1820	acpP	rpe	FALSE	0.015	264.000	0.000	1.000	N	NA
2125217	2125218	APL_1821	APL_1822	rpmE	rpmJ	TRUE	0.992	14.000	0.083	0.019		NA
2125219	2125220	APL_1823	APL_1824	pbpB	menB	FALSE	0.125	79.000	0.000	1.000	N	NA
2125220	2125221	APL_1824	APL_1825	menB	spoT	FALSE	0.207	135.000	0.005	1.000	N	NA
2125221	2125222	APL_1825	APL_1826	spoT	rpoZ	TRUE	0.948	103.000	0.291	1.000	Y	NA
2125222	2125223	APL_1826	APL_1827	rpoZ	recG	TRUE	0.650	127.000	0.003	0.051	Y	NA
2125223	2125224	APL_1827	APL_1828	recG		FALSE	0.148	124.000	0.000	NA		NA
2125224	2125225	APL_1828	APL_1829			FALSE	0.231	63.000	0.000	NA		NA
2125228	2125229	APL_1832	APL_1833			TRUE	1.000	0.000	0.790	0.039		NA
2125230	2125231	APL_1834	APL_1835	rpoH	glpT	FALSE	0.042	149.000	0.000	1.000	N	NA
2125234	2125235	APL_1838	APL_1839	asnC	udp	FALSE	0.165	189.000	0.019	1.000	N	NA
2125235	2125236	APL_1839	APL_1840	udp	ubiC	FALSE	0.140	70.000	0.000	NA	N	NA
2125236	2125237	APL_1840	APL_1841	ubiC	murI	FALSE	0.368	72.000	0.005	NA	N	NA
2125237	10726522	APL_1841	APL_2114	murI		FALSE	0.028	321.000	0.000	NA		NA
10726522	2125239	APL_2114	APL_2064			FALSE	0.039	208.000	0.000	NA		NA
2125239	2125240	APL_2064	APL_2120			FALSE	0.037	215.000	0.000	NA		NA
2125240	2125241	APL_2120	APL_2126			FALSE	0.065	161.000	0.000	NA		NA
2125242	2125243	APL_1842	APL_1843	cysI	cysJ	TRUE	0.999	28.000	0.791	0.001	Y	NA
2125243	2125244	APL_1843	APL_1844	cysJ	cysN	FALSE	0.117	301.000	0.015	1.000		NA
2125245	2125246	APL_1845	APL_1846	sbp	cysT	TRUE	0.988	19.000	0.066	0.001	N	NA
2125246	2125247	APL_1846	APL_1847	cysT	cysW	TRUE	1.000	13.000	0.935	0.001	N	NA
2125247	2125248	APL_1847	APL_1848	cysW	cysA	TRUE	0.999	13.000	0.587	1.000	Y	NA
2125249	2125250	APL_1849	APL_1850	lldD	birA	FALSE	0.026	182.000	0.000	1.000	N	NA
2125250	2125251	APL_1850	APL_1851	birA	murB	TRUE	0.994	9.000	0.211	1.000	N	NA
2125251	2125252	APL_1851	APL_1852	murB	ompA	FALSE	0.248	150.000	0.000	1.000	Y	NA
2125252	2125253	APL_1852	APL_1853	ompA	ilvC	FALSE	0.013	389.000	0.000	1.000	N	NA
2125254	2125255	APL_1854	APL_1855	pqiA		FALSE	0.052	177.000	0.000	NA		NA
2125255	2125256	APL_1855	APL_1856			TRUE	0.987	-28.000	0.092	NA		NA
2125256	2125257	APL_1856	APL_1857		merP	TRUE	0.996	-3.000	0.300	1.000		NA
2125258	2125259	APL_1858	APL_1859			TRUE	0.779	40.000	0.000	0.008		NA
2125260	2125261	APL_1860	APL_1861	lysR	dapD	FALSE	0.021	204.000	0.000	1.000	N	NA
2125261	2125262	APL_1861	APL_1862	dapD	aroQ	TRUE	0.522	65.000	0.000	1.000	Y	NA
2125262	2125263	APL_1862	APL_1863	aroQ		TRUE	0.925	-7.000	0.004	NA	N	NA
2125263	2125264	APL_1863	APL_1864		accB	FALSE	0.036	171.000	0.000	NA	N	NA
2125264	2125265	APL_1864	APL_1865	accB	accC	TRUE	0.979	77.000	0.275	0.001	Y	NA
2125267	2125268	APL_1867	APL_1868		dsbA	TRUE	0.942	44.000	0.196	NA		NA
2125269	2125270	APL_1869	APL_1870			FALSE	0.025	477.000	0.000	NA		NA
2125270	2125271	APL_1870	APL_1871			TRUE	0.499	112.000	0.013	NA		NA
2125271	2125272	APL_1871	APL_1872			TRUE	0.943	18.000	0.013	NA		NA
2125272	2125273	APL_1872	APL_1873		dapE	TRUE	0.991	19.000	0.163	0.026	N	NA
2125273	2125274	APL_1873	APL_1874	dapE	arsC	TRUE	0.988	23.000	0.292	1.000	N	NA
2125276	2125277	APL_1876	APL_1877	folP	rluC	FALSE	0.384	62.000	0.005	1.000	N	NA
2125278	2125279	APL_1878	APL_1880		mscS	FALSE	0.072	156.000	0.000	NA		NA
2125279	2125280	APL_1880	APL_1881	mscS		FALSE	0.023	196.000	0.000	1.000	N	NA
2125280	2125281	APL_1881	APL_1882			TRUE	0.978	12.000	0.029	NA		NA
2125282	2125283	APL_1883	APL_1884	ptrA	recC	TRUE	0.987	9.000	0.092	1.000	N	NA
2125283	2125284	APL_1884	APL_1885	recC		TRUE	0.668	105.000	0.038	NA		NA
2125284	2125285	APL_1885	APL_1886			TRUE	0.999	-10.000	1.000	NA		NA
2125285	2125286	APL_1886	APL_1887		pulJ	TRUE	0.986	10.000	0.068	NA		NA
2125286	2125287	APL_1887	APL_1888	pulJ	pulG	TRUE	0.602	125.000	0.051	NA		NA
2125287	2125288	APL_1888	APL_1889	pulG	fabA	TRUE	0.580	88.000	0.017	NA		NA
2125288	2125289	APL_1889	APL_1890	fabA	lonH	TRUE	0.875	111.000	0.290	1.000	N	NA
2125291	2125292	APL_1892	APL_1893	trpS	gph	FALSE	0.300	304.000	0.118	1.000		NA
2125292	2125293	APL_1893	APL_1894	gph		FALSE	0.057	170.000	0.000	NA		NA
2125293	2125294	APL_1894	APL_1895		lgt	FALSE	0.068	159.000	0.000	NA		NA
2125294	2125295	APL_1895	APL_1896	lgt		TRUE	0.764	53.000	0.038	1.000		NA
2125295	2125296	APL_1896	APL_1897		nudH	TRUE	0.975	-3.000	0.024	1.000		NA
2125296	2125297	APL_1897	APL_1898	nudH	ap2029	FALSE	0.013	546.000	0.000	1.000	N	NA
2125297	2125298	APL_1898	APL_1899	ap2029	ppa	TRUE	0.503	96.000	0.015	1.000	N	NA
2125301	2125302	APL_1902	APL_1903	yrhG		FALSE	0.057	171.000	0.000	NA		NA
2125303	2125304	APL_1904	APL_1905		dnaJ	FALSE	0.027	259.000	0.000	1.000		NA
2125304	2125305	APL_1905	APL_1906	dnaJ	dnaK	TRUE	0.820	230.000	0.236	0.004	Y	NA
2125305	2125306	APL_1906	APL_1907	dnaK	xylB	FALSE	0.015	275.000	0.000	1.000	N	NA
2125306	2125307	APL_1907	APL_1908	xylB	xylA	FALSE	0.317	198.000	0.013	1.000	Y	NA
2125308	2125309	APL_1909	APL_1910	xylF	xylG	TRUE	0.980	64.000	0.518	NA	Y	NA
2125309	2125310	APL_1910	APL_1911	xylG	xylH	TRUE	0.999	4.000	0.469	1.000	Y	NA
2125310	2125311	APL_1911	APL_1912	xylH	xylR	TRUE	0.718	125.000	0.146	1.000	N	NA
2125311	2125312	APL_1912	APL_1913	xylR	pepO	TRUE	0.785	5.000	0.000	1.000	N	NA
2125312	2125313	APL_1913	APL_1914	pepO		FALSE	0.216	75.000	0.000	NA		NA
2125314	2125315	APL_1915	APL_1916	panF	ap2048	TRUE	0.763	20.000	0.000	NA		NA
2125315	2125316	APL_1916	APL_1917	ap2048	metJ	FALSE	0.308	52.000	0.000	NA		NA
2125317	2125318	APL_1918	APL_1919	vacJ		FALSE	0.122	75.000	0.000	1.000	N	NA
2125318	2125319	APL_1919	APL_1920			FALSE	0.093	125.000	0.000	NA	N	NA
2125319	2125320	APL_1920	APL_1921		pgaA	FALSE	0.024	750.000	0.000	NA		NA
2125320	2125321	APL_1921	APL_1922	pgaA	pgaB	TRUE	0.999	15.000	0.696	1.000		NA
2125321	2125322	APL_1922	APL_1923	pgaB	pgaC	TRUE	0.991	9.000	0.152	NA	N	NA
2125322	2125323	APL_1923	APL_1924	pgaC	pgaD	TRUE	0.998	2.000	0.444	NA		NA
2125325	2125326	APL_1926	APL_1927	truD	surE	TRUE	0.995	0.000	0.235	1.000		NA
2125326	2125327	APL_1927	APL_1928	surE		TRUE	0.983	0.000	0.038	NA		NA
2125327	2125328	APL_1928	APL_1929			TRUE	0.978	12.000	0.030	NA		NA
2125328	2125329	APL_1929	APL_1930			TRUE	0.410	317.000	0.054	0.002		NA
2125329	2125330	APL_1930	APL_1931		tagI	FALSE	0.123	89.000	0.000	1.000	N	NA
2125331	2125332	APL_1933	APL_1934			TRUE	0.843	14.000	0.000	NA		NA
2125332	2125333	APL_1934	APL_1935			TRUE	0.997	-3.000	0.159	0.001		NA
2125333	2125334	APL_1935	APL_1936			FALSE	0.209	70.000	0.000	NA		NA
2125334	2125335	APL_1936	APL_1937		hemH	FALSE	0.051	178.000	0.000	NA		NA
2125336	2125337	APL_1938	APL_1939	rpmH	rnpA	TRUE	0.981	93.000	0.787	1.000		NA
2125337	2125338	APL_1939	APL_1940	rnpA		TRUE	0.998	-39.000	0.540	NA		NA
2125339	2125340	APL_1941	APL_1942	glnA	icc	FALSE	0.023	358.000	0.000	1.000		NA
2125340	2125341	APL_1942	APL_1943	icc		FALSE	0.338	207.000	0.092	1.000		NA
2125341	2125342	APL_1943	APL_1944			TRUE	0.963	10.000	0.011	1.000		NA
2125342	2125343	APL_1944	APL_1945			TRUE	0.981	-7.000	0.045	1.000		NA
2125343	2125344	APL_1945	APL_1946			TRUE	0.631	60.000	0.021	1.000		NA
2125345	2125346	APL_1947	APL_1948	nhaA		TRUE	0.423	143.000	0.031	NA		NA
2125347	2125348	APL_1949	APL_1950	dtd	rbn	TRUE	0.985	-3.000	0.069	1.000		NA
2125348	2125349	APL_1950	APL_1951	rbn	proA	TRUE	0.769	18.000	0.000	1.000		NA
2125351	2125352	APL_1956	APL_1957			TRUE	0.792	18.000	0.000	NA		NA
2125353	2125354	APL_1958	APL_1959	mutL	adhI	FALSE	0.036	202.000	0.000	1.000		NA
2125354	2125355	APL_1959	APL_1960	adhI	miaA	FALSE	0.056	162.000	0.000	1.000		NA
2125355	2125356	APL_1960	APL_1961	miaA	hfq	TRUE	0.961	65.000	0.531	1.000		NA
2125356	2125357	APL_1961	APL_1962	hfq	hflX	TRUE	0.471	182.000	0.141	1.000		NA
2125360	2125361	APL_1965	APL_1966	crp		TRUE	0.764	72.000	0.087	NA		NA
2125361	2125362	APL_1966	APL_1967		slmA	TRUE	0.986	6.000	0.058	NA		NA
2125362	2125363	APL_1967	APL_1968	slmA	dut	TRUE	0.672	106.000	0.060	1.000	N	NA
2125363	2125364	APL_1968	APL_1969	dut	dfp	TRUE	0.993	9.000	0.201	1.000	N	NA
2125365	2125366	APL_1970	APL_1971	radC	rpmB	FALSE	0.089	169.000	0.003	1.000	N	NA
2125366	2125367	APL_1971	APL_1972	rpmB	rpmG	TRUE	0.999	12.000	0.332	0.019	Y	NA
2125367	2125368	APL_1972	APL_1973	rpmG		FALSE	0.026	413.000	0.000	NA		NA
2125368	2125369	APL_1973	APL_1974		argD	FALSE	0.027	350.000	0.000	NA		NA
2125369	2125370	APL_1974	APL_1975	argD	ddc	TRUE	0.974	129.000	0.459	0.013	Y	NA
2125371	2125372	APL_1976	APL_1977	yedF	yedE	TRUE	0.999	18.000	0.844	NA		NA
2125373	2125374	APL_1978	APL_1979		trmA	FALSE	0.375	163.000	0.049	NA		NA
2125374	2125375	APL_1979	APL_2065	trmA		FALSE	0.197	106.000	0.000	NA		NA
2125375	2125376	APL_2065	APL_2066			FALSE	0.217	84.000	0.000	NA		NA
2125377	2125378	APL_1980	APL_1981		corA	FALSE	0.022	461.000	0.000	1.000		NA
2125379	2125380	APL_1982	APL_1983	ubiE		TRUE	0.970	26.000	0.145	1.000		NA
2125380	2125381	APL_1983	APL_1984		ubiB	TRUE	0.997	-3.000	0.432	1.000		NA
2125381	2125382	APL_1984	APL_1985	ubiB	tatA	TRUE	0.656	92.000	0.032	1.000		NA
2125382	2125383	APL_1985	APL_1986	tatA	tatB	TRUE	0.997	4.000	0.188	1.000	Y	NA
2125383	2125384	APL_1986	APL_1987	tatB	tatC	TRUE	0.858	164.000	0.333	NA	Y	NA
2125384	2125385	APL_1987	APL_1988	tatC	hemB	TRUE	0.607	60.000	0.021	NA	N	NA
2125385	2125386	APL_1988	APL_1989	hemB		FALSE	0.216	87.000	0.000	NA		NA
2125387	2125388	APL_1990	APL_1991	mutM	brnQ	FALSE	0.371	63.000	0.004	1.000	N	NA
2125388	2125389	APL_1991	APL_1992	brnQ	fabG	FALSE	0.252	126.000	0.005	1.000	N	NA
2125389	2125390	APL_1992	APL_1993	fabG	fabD	TRUE	0.981	119.000	0.432	0.004	Y	NA
2125390	2125391	APL_1993	APL_1994	fabD		TRUE	0.409	67.000	0.004	NA		NA
2125391	2125392	APL_1994	APL_1995		ispB	TRUE	0.812	37.000	0.014	NA		NA
2125393	2125394	APL_1996	APL_1997	rssA		FALSE	0.062	164.000	0.000	NA		NA
2125394	2125395	APL_1997	APL_1998			FALSE	0.042	201.000	0.000	NA		NA
2125395	2125396	APL_1998	APL_1999		rplU	FALSE	0.027	353.000	0.000	NA		NA
2125396	2125397	APL_1999	APL_2000	rplU	rpmA	TRUE	0.999	21.000	0.667	0.019	Y	NA
2125397	2125398	APL_2000	APL_2001	rpmA		TRUE	0.586	80.000	0.019	1.000		NA
2125399	2125400	APL_2002	APL_2003		ap2140	FALSE	0.156	116.000	0.000	1.000		NA
2125403	2125404	APL_2006	APL_2007	holD	rimI	TRUE	0.989	-7.000	0.121	1.000		NA
2125404	2125405	APL_2007	APL_2008	rimI	srmB	TRUE	0.856	23.000	0.004	1.000		NA
2125405	2125406	APL_2008	APL_2009	srmB	pdxH	FALSE	0.347	75.000	0.004	1.000	N	NA
2125407	2125408	APL_2010	APL_2011	hbpA	aldA	FALSE	0.024	191.000	0.000	1.000	N	NA
2125408	2125409	APL_2011	APL_2012	aldA		FALSE	0.125	206.000	0.000	0.032		NA
2125410	2125411	APL_2013	APL_2014	fhuC		TRUE	0.857	117.000	0.109	1.000	Y	NA
2125411	2125412	APL_2014	APL_2015		fhuB	TRUE	0.999	-6.000	0.391	1.000	Y	NA
2125412	2125413	APL_2015	APL_2016	fhuB		TRUE	0.738	185.000	0.130	0.074	Y	NA
2125413	2125414	APL_2016	APL_2017			FALSE	0.215	67.000	0.000	NA		NA
2125416	2125417	APL_2019	APL_2020	hisG	hisD	TRUE	0.950	116.000	0.171	0.004	Y	NA
2125417	2125418	APL_2020	APL_2021	hisD	hisC	TRUE	0.965	124.000	0.294	0.004	Y	NA
2125418	2125419	APL_2021	APL_2022	hisC		FALSE	0.075	126.000	0.000	1.000	N	NA
2125419	2125420	APL_2022	APL_2023		hisB	FALSE	0.065	132.000	0.000	1.000	N	NA
2125420	2125421	APL_2023	APL_2024	hisB		FALSE	0.024	817.000	0.000	NA		NA
2125421	2125422	APL_2024	APL_2025		hisH	FALSE	0.138	126.000	0.000	NA		NA
2125422	2125423	APL_2025	APL_2026	hisH	hisA	TRUE	0.956	121.000	0.210	0.004	Y	NA
2125423	2125424	APL_2026	APL_2027	hisA	hisF	TRUE	0.783	123.000	0.006	0.004	Y	NA
2125424	2125425	APL_2027	APL_2028	hisF	hisI	TRUE	0.743	129.000	0.006	0.004	Y	NA
2125425	2125426	APL_2028	APL_2029	hisI		FALSE	0.163	121.000	0.000	NA		NA
2125426	2125427	APL_2029	APL_2030		map	TRUE	0.456	107.000	0.008	NA		NA
2125428	2125429	APL_2031	APL_2032		scrR	TRUE	0.524	33.000	0.000	NA		NA
2125429	2125430	APL_2032	APL_2033	scrR	scrB	TRUE	0.765	71.000	0.115	1.000	N	NA
2125430	2125431	APL_2033	APL_2034	scrB	scrK	TRUE	0.921	54.000	0.104	1.000	Y	NA
2125433	2125434	APL_2036	APL_2037	lolE	lolD	TRUE	0.994	0.000	0.125	0.049	N	NA
2125434	2125435	APL_2037	APL_2038	lolD	lolC	TRUE	0.897	68.000	0.175	0.049	N	NA
2125435	2125436	APL_2038	APL_2039	lolC	ldhA	TRUE	0.612	125.000	0.080	1.000	N	NA
2125436	2125437	APL_2039	APL_2040	ldhA	kdsA	TRUE	0.540	56.000	0.011	1.000	N	NA
2125437	2125438	APL_2040	APL_2041	kdsA		TRUE	0.851	51.000	0.089	1.000		NA
2125438	2125439	APL_2041	APL_2042		hemK	TRUE	0.986	1.000	0.059	1.000		NA
2125439	2125440	APL_2042	APL_2043	hemK		TRUE	0.880	2.000	0.000	NA		NA
2125440	2125441	APL_2043	APL_2044		prfA	FALSE	0.231	63.000	0.000	NA		NA
2125441	2125442	APL_2044	APL_2045	prfA	sseA	FALSE	0.017	233.000	0.000	1.000	N	NA
2125442	2125443	APL_2045	APL_2046	sseA		TRUE	0.987	9.000	0.070	NA		NA