For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.
Also see:
Column | Description |
Gene1 | VIMSS id of 1st gene in pair |
SysName1 | Systematic name of 1st gene in pair |
Name1 | Ordinary name of 1st gene in pair |
Gene2 | VIMSS id of 2nd gene in pair |
SysName2 | Systematic name of 2nd gene in pair |
Name2 | Ordinary name of 2nd gene in pair |
bOp | Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not |
pOp | Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions. |
Sep | Distance between the two genes, in base pairs |
MOGScore | Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved) |
GOScore | Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized |
COGSim | Whether the genes share a COG category or not |
ExprSim | Correlation of expression patterns (not available for most genomes) |
Gene1 | Gene2 | SysName1 | SysName2 | Name1 | Name2 | bOp | pOp | Sep | MOGScore | GOScore | COGSim | ExprSim |
6795186 | 6795187 | SZO_00010 | SZO_00020 | TRUE | 0.942 | 157.000 | 0.328 | 1.000 | Y | NA | ||
6795187 | 6795188 | SZO_00020 | SZO_00030 | FALSE | 0.313 | 78.000 | 0.009 | NA | NA | |||
6795188 | 6795189 | SZO_00030 | SZO_00040 | FALSE | 0.285 | 124.000 | 0.000 | NA | NA | |||
6795189 | 6795190 | SZO_00040 | SZO_00050 | FALSE | 0.113 | 84.000 | 0.000 | 1.000 | N | NA | ||
6795190 | 6795191 | SZO_00050 | SZO_00060 | TRUE | 0.905 | 158.000 | 0.184 | 1.000 | Y | NA | ||
6795191 | 6795192 | SZO_00060 | SZO_00070 | TRUE | 0.952 | 3.000 | 0.137 | 1.000 | N | NA | ||
6795192 | 6795193 | SZO_00070 | SZO_00080 | TRUE | 0.900 | -31.000 | 0.033 | 1.000 | NA | |||
6795193 | 6795194 | SZO_00080 | SZO_00090 | TRUE | 0.718 | 31.000 | 0.034 | 1.000 | NA | |||
6795194 | 6795195 | SZO_00090 | SZO_00100 | TRUE | 0.900 | -13.000 | 0.053 | 1.000 | N | NA | ||
6795195 | 6795196 | SZO_00100 | SZO_00110 | TRUE | 0.892 | 10.000 | 0.011 | NA | NA | |||
6795196 | 6795197 | SZO_00110 | SZO_00120 | TRUE | 0.948 | 13.000 | 0.132 | NA | NA | |||
6795197 | 6795198 | SZO_00120 | SZO_00130 | TRUE | 0.892 | -3.000 | 0.014 | NA | N | NA | ||
6795198 | 6795199 | SZO_00130 | SZO_00140 | TRUE | 0.945 | 5.000 | 0.067 | 0.068 | N | NA | ||
6795199 | 6795200 | SZO_00140 | SZO_00150 | TRUE | 0.890 | 22.000 | 0.192 | 1.000 | N | NA | ||
6795200 | 6795201 | SZO_00150 | SZO_00160 | FALSE | 0.161 | 90.000 | 0.009 | 1.000 | N | NA | ||
6795201 | 6795202 | SZO_00160 | SZO_r01 | FALSE | 0.086 | 269.000 | 0.000 | NA | NA | |||
6795202 | 6795203 | SZO_r01 | SZO_t01 | TRUE | 0.405 | 52.000 | 0.000 | NA | NA | |||
6795203 | 6795204 | SZO_t01 | SZO_r02 | FALSE | 0.068 | 295.000 | 0.000 | NA | NA | |||
6795204 | 6795205 | SZO_r02 | SZO_r03 | FALSE | 0.260 | 81.000 | 0.000 | NA | NA | |||
6795205 | 6795206 | SZO_r03 | SZO_t02 | TRUE | 0.836 | 13.000 | 0.000 | NA | NA | |||
6795206 | 6795207 | SZO_t02 | SZO_t03 | TRUE | 0.828 | 14.000 | 0.000 | NA | NA | |||
6795207 | 6795208 | SZO_t03 | SZO_t04 | TRUE | 0.890 | 4.000 | 0.000 | NA | NA | |||
6795208 | 6795209 | SZO_t04 | SZO_t05 | TRUE | 0.880 | 6.000 | 0.000 | NA | NA | |||
6795209 | 6795210 | SZO_t05 | SZO_t06 | TRUE | 0.875 | 8.000 | 0.000 | NA | NA | |||
6795210 | 6795211 | SZO_t06 | SZO_t07 | TRUE | 0.844 | 12.000 | 0.000 | NA | NA | |||
6795211 | 6795212 | SZO_t07 | SZO_t08 | TRUE | 0.871 | 9.000 | 0.000 | NA | NA | |||
6795212 | 6795213 | SZO_t08 | SZO_t09 | TRUE | 0.814 | 15.000 | 0.000 | NA | NA | |||
6795213 | 6795214 | SZO_t09 | SZO_t10 | TRUE | 0.877 | 7.000 | 0.000 | NA | NA | |||
6795214 | 6795215 | SZO_t10 | SZO_t11 | TRUE | 0.851 | 11.000 | 0.000 | NA | NA | |||
6795215 | 6795216 | SZO_t11 | SZO_t12 | TRUE | 0.721 | 21.000 | 0.000 | NA | NA | |||
6795216 | 6795217 | SZO_t12 | SZO_t13 | TRUE | 0.875 | 8.000 | 0.000 | NA | NA | |||
6795217 | 6795218 | SZO_t13 | SZO_t14 | TRUE | 0.844 | 12.000 | 0.000 | NA | NA | |||
6795218 | 6795219 | SZO_t14 | SZO_t15 | TRUE | 0.670 | 25.000 | 0.000 | NA | NA | |||
6795219 | 6795220 | SZO_t15 | SZO_t16 | TRUE | 0.880 | 6.000 | 0.000 | NA | NA | |||
6795220 | 6795221 | SZO_t16 | SZO_t17 | TRUE | 0.616 | 30.000 | 0.000 | NA | NA | |||
6795221 | 6795222 | SZO_t17 | SZO_t18 | TRUE | 0.862 | 10.000 | 0.000 | NA | NA | |||
6795222 | 6795223 | SZO_t18 | SZO_00170 | FALSE | 0.350 | 59.000 | 0.000 | NA | NA | |||
6795223 | 6795224 | SZO_00170 | SZO_00180 | TRUE | 0.996 | 3.000 | 0.550 | 0.005 | NA | |||
6795224 | 6795225 | SZO_00180 | SZO_00190 | FALSE | 0.348 | 96.000 | 0.021 | NA | NA | |||
6795227 | 6795228 | SZO_00210 | SZO_00220 | FALSE | 0.013 | 360.000 | 0.000 | 1.000 | N | NA | ||
6795228 | 6795229 | SZO_00220 | SZO_00230 | FALSE | 0.186 | 116.000 | 0.011 | 1.000 | N | NA | ||
6795229 | 6795230 | SZO_00230 | SZO_00240 | TRUE | 0.995 | -7.000 | 0.017 | 0.009 | Y | NA | ||
6795230 | 6795231 | SZO_00240 | SZO_00250 | FALSE | 0.196 | 149.000 | 0.017 | 1.000 | N | NA | ||
6795231 | 6795232 | SZO_00250 | SZO_00260 | TRUE | 0.831 | 113.000 | 0.043 | 1.000 | Y | NA | ||
6795232 | 6795233 | SZO_00260 | SZO_00270 | TRUE | 0.801 | 97.000 | 0.024 | 1.000 | Y | NA | ||
6795233 | 6795234 | SZO_00270 | SZO_00280 | TRUE | 0.956 | 57.000 | 0.248 | 1.000 | Y | NA | ||
6795234 | 6795235 | SZO_00280 | SZO_00290 | TRUE | 0.999 | -3.000 | 0.238 | 0.003 | Y | NA | ||
6795235 | 6795236 | SZO_00290 | SZO_00300 | TRUE | 0.926 | 147.000 | 0.225 | 1.000 | Y | NA | ||
6795238 | 6795239 | SZO_00320 | SZO_00330 | TRUE | 0.668 | 228.000 | 0.044 | 1.000 | Y | NA | ||
6795239 | 6795240 | SZO_00330 | SZO_00340 | TRUE | 0.992 | -13.000 | 0.000 | 0.002 | Y | NA | ||
6795240 | 6795241 | SZO_00340 | SZO_00350 | TRUE | 0.814 | 15.000 | 0.000 | NA | NA | |||
6795241 | 6795242 | SZO_00350 | SZO_00360 | TRUE | 0.686 | 24.000 | 0.000 | NA | NA | |||
6795242 | 6795243 | SZO_00360 | SZO_00370 | TRUE | 0.512 | 40.000 | 0.000 | NA | NA | |||
6795243 | 6795244 | SZO_00370 | SZO_00380 | FALSE | 0.107 | 247.000 | 0.000 | NA | NA | |||
6795244 | 6795245 | SZO_00380 | SZO_00390 | FALSE | 0.065 | 299.000 | 0.005 | 1.000 | NA | |||
6795245 | 6795246 | SZO_00390 | SZO_00400 | FALSE | 0.150 | 215.000 | 0.002 | 1.000 | NA | |||
6795246 | 6795247 | SZO_00400 | SZO_00410 | FALSE | 0.056 | 241.000 | 0.005 | 1.000 | N | NA | ||
6795247 | 6795248 | SZO_00410 | SZO_00420 | TRUE | 0.917 | 6.000 | 0.019 | NA | NA | |||
6795248 | 6795249 | SZO_00420 | SZO_00430 | TRUE | 0.992 | -3.000 | 0.351 | NA | NA | |||
6795249 | 6795250 | SZO_00430 | SZO_00440 | FALSE | 0.008 | 419.000 | 0.000 | 1.000 | N | NA | ||
6795250 | 6795251 | SZO_00440 | SZO_00450 | FALSE | 0.022 | 465.000 | 0.000 | 0.002 | N | NA | ||
6795251 | 6795252 | SZO_00450 | SZO_00460 | FALSE | 0.338 | 201.000 | 0.000 | 0.002 | NA | |||
6795252 | 6795253 | SZO_00460 | SZO_00470 | FALSE | 0.006 | 805.000 | 0.003 | 1.000 | NA | |||
6795253 | 6795254 | SZO_00470 | SZO_00480 | TRUE | 0.399 | 31.000 | 0.003 | 1.000 | N | NA | ||
6795254 | 6795255 | SZO_00480 | SZO_00490 | FALSE | 0.010 | 380.000 | 0.000 | 1.000 | N | NA | ||
6795255 | 6795256 | SZO_00490 | SZO_00500 | TRUE | 0.864 | 298.000 | 0.467 | 0.042 | Y | NA | ||
6795256 | 6795257 | SZO_00500 | SZO_00510 | TRUE | 0.996 | 25.000 | 0.544 | 0.032 | Y | NA | ||
6795257 | 6795258 | SZO_00510 | SZO_00520 | TRUE | 0.999 | 0.000 | 0.307 | 0.032 | Y | NA | ||
6795258 | 6795259 | SZO_00520 | SZO_00530 | TRUE | 0.999 | 18.000 | 0.849 | 0.039 | Y | NA | ||
6795259 | 6795260 | SZO_00530 | SZO_00540 | TRUE | 0.988 | 112.000 | 0.820 | 0.042 | Y | NA | ||
6795260 | 6795261 | SZO_00540 | SZO_00550 | TRUE | 0.999 | 16.000 | 0.769 | 0.042 | Y | NA | ||
6795261 | 6795262 | SZO_00550 | SZO_00560 | TRUE | 0.999 | 13.000 | 0.719 | 0.042 | Y | NA | ||
6795262 | 6795263 | SZO_00560 | SZO_00570 | TRUE | 0.999 | 4.000 | 0.828 | 0.042 | Y | NA | ||
6795263 | 6795264 | SZO_00570 | SZO_00580 | TRUE | 0.999 | 10.000 | 0.802 | 0.032 | Y | NA | ||
6795264 | 6795265 | SZO_00580 | SZO_00590 | TRUE | 0.998 | 28.000 | 0.828 | 0.032 | Y | NA | ||
6795265 | 6795266 | SZO_00590 | SZO_00600 | TRUE | 0.998 | 25.000 | 0.791 | 0.042 | Y | NA | ||
6795266 | 6795267 | SZO_00600 | SZO_00610 | TRUE | 0.987 | 84.000 | 0.810 | 0.042 | Y | NA | ||
6795267 | 6795268 | SZO_00610 | SZO_00620 | TRUE | 0.998 | 24.000 | 0.758 | 0.032 | Y | NA | ||
6795268 | 6795269 | SZO_00620 | SZO_00630 | TRUE | 0.998 | 16.000 | 0.496 | 0.032 | Y | NA | ||
6795269 | 6795270 | SZO_00630 | SZO_00640 | TRUE | 0.831 | 332.000 | 0.473 | 0.032 | Y | NA | ||
6795270 | 6795271 | SZO_00640 | SZO_00650 | TRUE | 0.920 | 322.000 | 0.808 | 0.032 | Y | NA | ||
6795271 | 6795272 | SZO_00650 | SZO_00660 | TRUE | 0.987 | 103.000 | 0.815 | 0.032 | Y | NA | ||
6795272 | 6795273 | SZO_00660 | SZO_00670 | TRUE | 0.998 | 19.000 | 0.814 | 0.042 | Y | NA | ||
6795273 | 6795274 | SZO_00670 | SZO_00680 | TRUE | 0.999 | 15.000 | 0.789 | 0.042 | Y | NA | ||
6795274 | 6795275 | SZO_00680 | SZO_00690 | TRUE | 0.973 | 203.000 | 0.653 | 0.005 | Y | NA | ||
6795275 | 6795276 | SZO_00690 | SZO_00700 | TRUE | 0.985 | 17.000 | 0.730 | 1.000 | N | NA | ||
6795276 | 6795277 | SZO_00700 | SZO_00710 | TRUE | 0.617 | 152.000 | 0.241 | 1.000 | N | NA | ||
6795277 | 6795278 | SZO_00710 | SZO_00720 | FALSE | 0.324 | 118.000 | 0.059 | 1.000 | N | NA | ||
6795278 | 6795279 | SZO_00720 | SZO_00730 | TRUE | 0.967 | 26.000 | 0.067 | 1.000 | Y | NA | ||
6795279 | 6795280 | SZO_00730 | SZO_00740 | TRUE | 0.988 | 18.000 | 0.086 | 0.032 | Y | NA | ||
6795280 | 6795281 | SZO_00740 | SZO_00750 | TRUE | 0.999 | 18.000 | 0.810 | 0.032 | Y | NA | ||
6795281 | 6795282 | SZO_00750 | SZO_00760 | TRUE | 0.825 | 47.000 | 0.308 | 1.000 | N | NA | ||
6795282 | 6795283 | SZO_00760 | SZO_00770 | TRUE | 0.991 | 15.000 | 0.873 | 1.000 | N | NA | ||
6795285 | 6795286 | SZO_00790 | SZO_00800 | TRUE | 0.901 | -10.000 | 0.000 | NA | NA | |||
6795286 | 6795287 | SZO_00800 | SZO_00810 | TRUE | 0.721 | 21.000 | 0.000 | NA | NA | |||
6795287 | 6795288 | SZO_00810 | SZO_r04 | FALSE | 0.017 | 456.000 | 0.000 | NA | NA | |||
6795288 | 6795289 | SZO_r04 | SZO_t19 | TRUE | 0.405 | 52.000 | 0.000 | NA | NA | |||
6795289 | 6795290 | SZO_t19 | SZO_r05 | FALSE | 0.068 | 295.000 | 0.000 | NA | NA | |||
6795290 | 6795291 | SZO_r05 | SZO_r06 | FALSE | 0.260 | 81.000 | 0.000 | NA | NA | |||
6795291 | 6795292 | SZO_r06 | SZO_t20 | TRUE | 0.836 | 13.000 | 0.000 | NA | NA | |||
6795292 | 6795293 | SZO_t20 | SZO_t21 | TRUE | 0.880 | 6.000 | 0.000 | NA | NA | |||
6795293 | 6795294 | SZO_t21 | SZO_t22 | TRUE | 0.616 | 30.000 | 0.000 | NA | NA | |||
6795294 | 6795295 | SZO_t22 | SZO_t23 | TRUE | 0.836 | 13.000 | 0.000 | NA | NA | |||
6795295 | 6795296 | SZO_t23 | SZO_t24 | TRUE | 0.851 | 11.000 | 0.000 | NA | NA | |||
6795296 | 6795297 | SZO_t24 | SZO_t25 | TRUE | 0.844 | 12.000 | 0.000 | NA | NA | |||
6795297 | 6795298 | SZO_t25 | SZO_t26 | TRUE | 0.670 | 25.000 | 0.000 | NA | NA | |||
6795298 | 6795299 | SZO_t26 | SZO_t27 | TRUE | 0.735 | 20.000 | 0.000 | NA | NA | |||
6795299 | 6795300 | SZO_t27 | SZO_t28 | TRUE | 0.877 | 7.000 | 0.000 | NA | NA | |||
6795300 | 6795301 | SZO_t28 | SZO_t29 | TRUE | 0.844 | 12.000 | 0.000 | NA | NA | |||
6795301 | 6795302 | SZO_t29 | SZO_t30 | TRUE | 0.871 | 9.000 | 0.000 | NA | NA | |||
6795302 | 6795303 | SZO_t30 | SZO_t31 | TRUE | 0.751 | 19.000 | 0.000 | NA | NA | |||
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6796133 | 6796134 | SZO_08700 | SZO_08710 | FALSE | 0.007 | 446.000 | 0.000 | 1.000 | N | NA | ||
6796134 | 6796135 | SZO_08710 | SZO_08720 | FALSE | 0.144 | 214.000 | 0.000 | 1.000 | NA | |||
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6796137 | 6796138 | SZO_08740 | SZO_08750 | TRUE | 0.956 | -7.000 | 0.056 | 1.000 | NA | |||
6796138 | 6796139 | SZO_08750 | SZO_08760 | FALSE | 0.291 | 105.000 | 0.008 | 1.000 | NA | |||
6796139 | 6796140 | SZO_08760 | SZO_08770 | TRUE | 1.000 | 0.000 | 0.846 | 0.012 | Y | NA | ||
6796140 | 6796141 | SZO_08770 | SZO_08780 | FALSE | 0.309 | 141.000 | 0.059 | 1.000 | N | NA | ||
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