MicrobesOnline Operon Predictions for Delftia acidovorans SPH-1

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column	Description
Gene1	VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1	Systematic name of 1st gene in pair
Name1	Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2	VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2	Systematic name of 2nd gene in pair
Name2	Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp	Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp	Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep	Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore	Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore	Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim	Whether the genes share a COG category or not
ExprSim	Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

Gene1	Gene2	SysName1	SysName2	Name1	Name2	bOp	pOp	Sep	MOGScore	GOScore	COGSim	ExprSim
3600415	3600416	Daci_0001	Daci_0002			TRUE	0.787	122.000	0.328	1.000	Y	NA
3600416	3600417	Daci_0002	Daci_0003			FALSE	0.275	203.000	0.114	1.000	Y	NA
3600419	3600420	Daci_0005	Daci_0006			FALSE	0.300	54.000	0.000	1.000		NA
3600420	3600421	Daci_0006	Daci_0007			TRUE	0.827	11.000	0.000	1.000		NA
3600421	3600422	Daci_0007	Daci_0008			TRUE	0.989	-3.000	0.514	1.000	N	NA
3600422	3600423	Daci_0008	Daci_0009			TRUE	0.999	-10.000	0.886	0.004	Y	NA
3600424	3600425	Daci_0010	Daci_0011			TRUE	0.784	95.000	1.000	NA	N	NA
3600426	3600427	Daci_0012	Daci_0013			TRUE	0.977	12.000	0.500	1.000		NA
3600427	3600428	Daci_0013	Daci_0014			TRUE	0.851	11.000	0.000	NA		NA
3600429	3600430	Daci_0015	Daci_0016			TRUE	0.982	5.000	0.058	1.000	Y	NA
3600430	3600431	Daci_0016	Daci_0017			FALSE	0.239	147.000	0.154	1.000	N	NA
3600431	3600432	Daci_0017	Daci_0018			TRUE	0.984	-13.000	0.231	1.000	N	NA
3600432	3600433	Daci_0018	Daci_0019			TRUE	0.898	22.000	0.364	1.000	N	NA
3600434	3600435	Daci_0020	Daci_0021			FALSE	0.093	166.000	0.000	NA		NA
3600436	3600437	Daci_0022	Daci_0023			FALSE	0.274	176.000	0.214	NA		NA
3600439	3600440	Daci_0025	Daci_0026			TRUE	0.718	100.000	0.000	0.061	Y	NA
3600440	3600441	Daci_0026	Daci_0027			TRUE	0.992	10.000	0.182	0.061	Y	NA
3600441	3600442	Daci_0027	Daci_0028			TRUE	0.611	146.000	0.909	1.000	N	NA
3600442	3600443	Daci_0028	Daci_0029			TRUE	0.979	26.000	0.625	NA	Y	NA
3600443	3600444	Daci_0029	Daci_0030			TRUE	0.962	38.000	0.688	NA	Y	NA
3600444	3600445	Daci_0030	Daci_0031			TRUE	0.979	23.000	0.196	0.079	Y	NA
3600445	3600446	Daci_0031	Daci_0032			TRUE	0.994	-3.000	0.161	1.000	Y	NA
3600448	3600449	Daci_0034	Daci_0035			TRUE	0.526	45.000	0.129	1.000	N	NA
3600451	3600452	Daci_0037	Daci_0038			FALSE	0.271	82.000	0.000	NA		NA
3600452	3600453	Daci_0038	Daci_0039			TRUE	0.884	5.000	0.000	NA		NA
3600453	3600454	Daci_0039	Daci_0040			FALSE	0.208	101.000	0.000	1.000		NA
3600454	3600455	Daci_0040	Daci_0041			TRUE	0.826	13.000	0.000	NA		NA
3600455	3600456	Daci_0041	Daci_0042			TRUE	0.814	14.000	0.000	NA		NA
3600458	3600459	Daci_0044	Daci_0045			TRUE	0.549	54.000	0.042	NA		NA
3600460	3600461	Daci_0046	Daci_0047			TRUE	0.988	-3.000	0.466	1.000	N	NA
3600461	3600462	Daci_0047	Daci_0048			FALSE	0.132	107.000	0.009	1.000	N	NA
3600462	3600463	Daci_0048	Daci_0049			TRUE	0.692	14.000	0.011	1.000	N	NA
3600463	3600464	Daci_0049	Daci_0050			FALSE	0.128	172.000	0.011	NA		NA
3600464	3600465	Daci_0050	Daci_0051			TRUE	0.881	14.000	0.012	NA		NA
3600465	3600466	Daci_0051	Daci_0052			FALSE	0.059	196.000	0.002	1.000		NA
3600466	3600467	Daci_0052	Daci_0053			FALSE	0.070	189.000	0.004	1.000		NA
3600468	3600469	Daci_0054	Daci_0055			TRUE	0.669	87.000	0.054	0.069		NA
3600469	3600470	Daci_0055	Daci_0056			FALSE	0.430	72.000	0.018	NA		NA
3600470	3600471	Daci_0056	Daci_0057			TRUE	0.996	-3.000	0.750	NA		NA
3600471	3600472	Daci_0057	Daci_0058			TRUE	0.809	57.000	0.111	1.000	Y	NA
3600473	3600474	Daci_0059	Daci_0060			FALSE	0.011	158.000	0.000	1.000	N	NA
3600475	3600476	Daci_0061	Daci_0062			TRUE	0.818	72.000	0.667	1.000		NA
3600478	3600479	Daci_0064	Daci_0065			FALSE	0.235	83.000	0.000	1.000		NA
3600480	3600481	Daci_0066	Daci_0067			FALSE	0.442	54.000	0.005	NA		NA
3600481	3600482	Daci_0067	Daci_0068			FALSE	0.088	168.000	0.000	NA		NA
3600484	3600485	Daci_0070	Daci_0071			TRUE	0.881	15.000	0.143	1.000	N	NA
3600486	3600487	Daci_0072	Daci_0073			TRUE	0.960	27.000	0.889	1.000		NA
3600487	3600488	Daci_0073	Daci_0074			TRUE	0.928	39.000	1.000	1.000		NA
3600488	3600489	Daci_0074	Daci_0075			FALSE	0.114	194.000	0.222	1.000	N	NA
3600490	3600491	Daci_0076	Daci_0077			FALSE	0.466	59.000	0.111	NA	N	NA
3600491	3600492	Daci_0077	Daci_0078			TRUE	0.921	51.000	0.500	NA	Y	NA
3600492	3600493	Daci_0078	Daci_0079			TRUE	0.996	4.000	0.385	0.079	Y	NA
3600493	3600494	Daci_0079	Daci_0080			TRUE	0.997	-7.000	0.385	1.000	Y	NA
3600494	3600495	Daci_0080	Daci_0081			TRUE	0.999	-7.000	0.833	0.030	Y	NA
3600496	3600497	Daci_0082	Daci_0083			TRUE	0.993	-3.000	0.444	NA		NA
3600497	3600498	Daci_0083	Daci_0084			FALSE	0.234	108.000	0.000	NA		NA
3600498	3600499	Daci_0084	Daci_0085			FALSE	0.171	139.000	0.040	NA	N	NA
3600499	3600500	Daci_0085	Daci_0086			FALSE	0.004	208.000	0.000	1.000	N	NA
3600501	3600502	Daci_0087	Daci_0088			TRUE	0.554	89.000	0.000	1.000	Y	NA
3600502	3600503	Daci_0088	Daci_0089			TRUE	0.576	169.000	0.308	0.009		NA
3600503	3600504	Daci_0089	Daci_0090			TRUE	0.908	24.000	0.250	1.000		NA
3600504	3600505	Daci_0090	Daci_0091			FALSE	0.029	100.000	0.000	1.000	N	NA
3600505	3600506	Daci_0091	Daci_0092			TRUE	0.912	50.000	0.466	1.000	Y	NA
3600506	3600507	Daci_0092	Daci_0093			TRUE	0.994	7.000	0.618	NA	Y	NA
3600508	3600509	Daci_0094	Daci_0095			TRUE	0.960	-18.000	0.000	NA		NA
3600509	3600510	Daci_0095	Daci_0096			FALSE	0.037	211.000	0.000	NA		NA
3600510	3600511	Daci_0096	Daci_0097			FALSE	0.044	191.000	0.000	1.000		NA
3600511	3600512	Daci_0097	Daci_0098			FALSE	0.474	45.000	0.000	0.064	N	NA
3600512	3600513	Daci_0098	Daci_0099			TRUE	0.508	75.000	0.000	0.001	N	NA
3600513	3600514	Daci_0099	Daci_0100			FALSE	0.213	19.000	0.000	1.000	N	NA
3600514	3600515	Daci_0100	Daci_0101			FALSE	0.430	46.000	0.000	0.092	N	NA
3600515	3600516	Daci_0101	Daci_0102			TRUE	0.967	2.000	0.282	1.000	N	NA
3600516	3600517	Daci_0102	Daci_0103			TRUE	0.943	1.000	0.019	1.000		NA
3600517	3600518	Daci_0103	Daci_0104			TRUE	0.984	2.000	0.333	NA		NA
3600518	3600519	Daci_0104	Daci_0105			TRUE	0.716	21.000	0.000	NA		NA
3600519	3600520	Daci_0105	Daci_0106			FALSE	0.337	46.000	0.000	1.000		NA
3600520	3600521	Daci_0106	Daci_0107			TRUE	0.938	29.000	0.510	0.092	N	NA
3600521	3600522	Daci_0107	Daci_0108			TRUE	0.999	-3.000	0.618	0.000	Y	NA
3600522	3600523	Daci_0108	Daci_0109			FALSE	0.065	174.000	0.000	1.000		NA
3600523	3600524	Daci_0109	Daci_0110			FALSE	0.034	204.000	0.000	1.000		NA
3600524	3600525	Daci_0110	Daci_0111			TRUE	0.798	64.000	0.545	1.000		NA
3600525	3600526	Daci_0111	Daci_0112			TRUE	0.662	49.000	0.111	NA		NA
3600528	3600529	Daci_0114	Daci_0115			FALSE	0.010	326.000	0.000	NA		NA
3600529	3600530	Daci_0115	Daci_0116			FALSE	0.366	91.000	0.012	NA		NA
3600531	3600532	Daci_0117	Daci_0118			FALSE	0.037	139.000	0.000	NA	N	NA
3600533	3600534	Daci_0119	Daci_0120			TRUE	0.905	46.000	0.357	1.000	Y	NA
3600536	3600537	Daci_0122	Daci_0123			TRUE	0.999	-15.000	1.000	1.000	Y	NA
3600537	3600538	Daci_0123	Daci_0124			FALSE	0.019	134.000	0.000	1.000	N	NA
3600539	3600540	Daci_0125	Daci_0126			TRUE	0.996	-3.000	0.333	NA	Y	NA
3600540	3600541	Daci_0126	Daci_0127			TRUE	0.940	16.000	0.375	NA	N	NA
3600541	3600542	Daci_0127	Daci_0128			TRUE	0.997	-3.000	0.500	1.000	Y	NA
3600542	3600543	Daci_0128	Daci_0129			TRUE	0.953	-7.000	0.038	1.000	N	NA
3600543	3600544	Daci_0129	Daci_0130			TRUE	0.972	-3.000	0.038	1.000		NA
3600544	3600545	Daci_0130	Daci_0131			TRUE	0.992	-10.000	0.241	NA		NA
3600545	3600546	Daci_0131	Daci_0132			TRUE	0.518	165.000	0.583	NA		NA
3600546	3600547	Daci_0132	Daci_0133			TRUE	0.993	-7.000	0.333	NA		NA
3600548	3600549	Daci_0134	Daci_0135			FALSE	0.428	78.000	0.034	1.000		NA
3600549	3600550	Daci_0135	Daci_0136			TRUE	0.987	-18.000	0.086	NA		NA
3600550	3600551	Daci_0136	Daci_0137			TRUE	0.960	8.000	0.118	NA		NA
3600552	3600553	Daci_0138	Daci_0139			FALSE	0.066	173.000	0.000	1.000		NA
3600553	3600554	Daci_0139	Daci_0140			TRUE	0.982	7.000	0.429	NA		NA
3600555	3600556	Daci_0141	Daci_0142			FALSE	0.024	119.000	0.000	1.000	N	NA
3600556	3600557	Daci_0142	Daci_0143			TRUE	0.979	11.000	0.800	1.000	N	NA
3600558	3600559	Daci_0144	Daci_0145			FALSE	0.003	275.000	0.000	NA	N	NA
3600559	3600560	Daci_0145	Daci_0146			TRUE	0.995	13.000	0.514	0.079	Y	NA
3600560	3600561	Daci_0146	Daci_0147			TRUE	0.996	0.000	0.657	1.000	Y	NA
3600561	3600562	Daci_0147	Daci_0148			TRUE	0.953	10.000	0.310	1.000	N	NA
3600562	3600563	Daci_0148	Daci_0149			FALSE	0.178	114.000	0.028	1.000	N	NA
3600563	3600564	Daci_0149	Daci_0150			TRUE	0.970	40.000	0.315	0.000	Y	NA
3600564	3600565	Daci_0150	Daci_0151			TRUE	0.957	6.000	0.077	NA		NA
3600565	3600566	Daci_0151	Daci_0152			TRUE	0.731	30.000	0.026	NA		NA
3600566	3600567	Daci_0152	Daci_0153			TRUE	0.711	11.000	0.005	1.000	N	NA
3600567	3600568	Daci_0153	Daci_0154			TRUE	0.970	-3.000	0.143	1.000	N	NA
3600568	3600569	Daci_0154	Daci_0155			TRUE	0.905	-3.000	0.013	1.000	N	NA
3600569	3600570	Daci_0155	Daci_0156			TRUE	0.877	15.000	0.133	1.000	N	NA
3600572	3600573	Daci_0158	Daci_0159			TRUE	0.549	32.000	0.000	NA		NA
3600574	3600575	Daci_0160	Daci_0161			FALSE	0.010	308.000	0.000	1.000		NA
3600575	3600576	Daci_0161	Daci_0162			TRUE	0.909	32.000	0.500	1.000		NA
3600577	3600578	Daci_0163	Daci_0164			TRUE	0.971	14.000	0.750	1.000	N	NA
3600578	3600579	Daci_0164	Daci_0165			TRUE	0.995	-7.000	0.440	0.079	N	NA
3600579	3600580	Daci_0165	Daci_0166			FALSE	0.014	150.000	0.000	1.000	N	NA
3600580	3600581	Daci_0166	Daci_0167			FALSE	0.310	62.000	0.000	NA		NA
3600581	3600582	Daci_0167	Daci_0168			FALSE	0.339	54.000	0.000	NA		NA
3600582	3600583	Daci_0168	Daci_0169			FALSE	0.043	192.000	0.000	1.000		NA
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3601477	3601478	Daci_1044	Daci_1045			TRUE	0.995	19.000	0.810	0.011	Y	NA
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3605863	3605864	Daci_5369	Daci_5370			FALSE	0.247	116.000	0.045	NA	N	NA
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