MicrobesOnline Operon Predictions for Rickettsia bellii OSU 85-389

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column	Description
Gene1	VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1	Systematic name of 1st gene in pair
Name1	Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2	VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2	Systematic name of 2nd gene in pair
Name2	Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp	Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp	Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep	Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore	Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore	Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim	Whether the genes share a COG category or not
ExprSim	Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

Gene1	Gene2	SysName1	SysName2	Name1	Name2	bOp	pOp	Sep	MOGScore	GOScore	COGSim	ExprSim
3595474	3595475	A1I_00005	A1I_00010			TRUE	0.834	34.000	0.053	NA		NA
3595475	3595476	A1I_00010	A1I_00015			TRUE	0.986	12.000	0.778	1.000		NA
3595476	3595477	A1I_00015	A1I_00020			TRUE	0.995	-3.000	0.304	1.000	Y	NA
3595477	3595478	A1I_00020	A1I_00025			TRUE	0.989	-3.000	0.088	1.000	N	NA
3595479	3595480	A1I_00030	A1I_00035			FALSE	0.343	67.000	0.000	1.000	N	NA
3595480	3595481	A1I_00035	A1I_00040			FALSE	0.407	31.000	0.000	NA		NA
3595481	3595482	A1I_00040	A1I_00045			FALSE	0.315	106.000	0.000	NA		NA
3595482	3595483	A1I_00045	A1I_00050			TRUE	0.794	19.000	0.005	1.000		NA
3595483	3595484	A1I_00050	A1I_00055			TRUE	0.843	24.000	0.008	1.000	N	NA
3595484	3595485	A1I_00055	A1I_00060			FALSE	0.310	294.000	0.008	1.000	N	NA
3595486	3595487	A1I_00065	A1I_00070			TRUE	0.958	-21.000	0.170	NA		NA
3595488	3595489	A1I_00075	A1I_00080			TRUE	0.973	-7.000	0.039	NA		NA
3595489	3595490	A1I_00080	A1I_00085			TRUE	0.882	11.000	0.008	NA		NA
3595492	3595493	A1I_t07957	A1I_00095			FALSE	0.370	123.000	0.000	NA		NA
3595493	3595494	A1I_00095	A1I_00100			TRUE	0.627	16.000	0.000	NA		NA
3595494	3595495	A1I_00100	A1I_00105			TRUE	0.994	-3.000	0.444	1.000		NA
3595496	3595497	A1I_00110	A1I_00115			FALSE	0.035	425.000	0.000	NA		NA
3595497	3595498	A1I_00115	A1I_00120			TRUE	0.810	6.000	0.000	NA		NA
3595498	3595499	A1I_00120	A1I_00125			FALSE	0.357	99.000	0.000	1.000		NA
3595499	3595500	A1I_00125	A1I_00130			TRUE	0.735	55.000	0.047	NA		NA
3595502	3595503	A1I_00140	A1I_00145			FALSE	0.097	305.000	0.000	NA	N	NA
3595503	3595504	A1I_00145	A1I_00160			FALSE	0.028	1039.000	0.000	1.000		NA
3595504	3595505	A1I_00160	A1I_00165			FALSE	0.211	75.000	0.000	NA		NA
3595505	3595506	A1I_00165	A1I_00170			FALSE	0.030	461.000	0.000	NA		NA
3595506	3595507	A1I_00170	A1I_00175			TRUE	0.897	9.000	0.000	1.000	Y	NA
3595507	3595508	A1I_00175	A1I_00180		recF	TRUE	0.740	18.000	0.000	1.000	N	NA
3595509	3595510	A1I_00185	A1I_00190			FALSE	0.354	181.000	0.000	NA		NA
3595510	3595511	A1I_00190	A1I_00195		trmE	FALSE	0.302	89.000	0.000	1.000		NA
3595511	3595512	A1I_00195	A1I_00200	trmE		FALSE	0.292	81.000	0.000	1.000		NA
3595512	3595513	A1I_00200	A1I_00205			TRUE	0.810	6.000	0.000	NA		NA
3595514	3595515	A1I_00210	A1I_00215			TRUE	0.503	25.000	0.000	NA		NA
3595515	3595516	A1I_00215	A1I_00220			FALSE	0.096	287.000	0.000	NA		NA
3595516	3595517	A1I_00220	A1I_00225		gltA	FALSE	0.319	45.000	0.000	NA		NA
3595517	3595518	A1I_00225	A1I_00230	gltA	obgE	TRUE	0.551	112.000	0.002	1.000		NA
3595518	3595519	A1I_00230	A1I_00235	obgE		FALSE	0.245	60.000	0.000	NA		NA
3595519	3595520	A1I_00235	A1I_00250			FALSE	0.018	1433.000	0.000	NA		NA
3595521	3595522	A1I_00255	A1I_00260			TRUE	0.685	107.000	0.009	1.000		NA
3595523	3595524	A1I_00265	A1I_00270			TRUE	0.974	4.000	0.019	1.000		NA
3595524	3595525	A1I_00270	A1I_00275			FALSE	0.299	86.000	0.000	1.000		NA
3595525	3595526	A1I_00275	A1I_00290			FALSE	0.018	1434.000	0.000	NA		NA
3595527	3595528	A1I_00295	A1I_00300			FALSE	0.084	295.000	0.000	NA		NA
3595528	3595529	A1I_00300	A1I_00305			TRUE	0.705	-16.000	0.000	NA		NA
3595529	3595530	A1I_00305	A1I_00310			TRUE	0.976	9.000	0.222	NA		NA
3595530	3595531	A1I_00310	A1I_00315			FALSE	0.358	79.000	0.004	NA		NA
3595531	3595532	A1I_00315	A1I_00320		glyA	TRUE	0.965	-7.000	0.009	1.000	N	NA
3595532	3595533	A1I_00320	A1I_00325	glyA		TRUE	0.904	161.000	0.182	NA		NA
3595533	3595534	A1I_00325	A1I_00330			TRUE	0.905	105.000	0.538	NA		NA
3595536	3595537	A1I_00340	A1I_00345			TRUE	0.607	138.000	0.003	NA		NA
3595537	3595538	A1I_00345	A1I_00350			TRUE	0.851	49.000	0.222	NA		NA
3595538	3595539	A1I_00350	A1I_00355		argS	TRUE	0.704	162.000	0.008	NA		NA
3595539	3595540	A1I_00355	A1I_00360	argS		TRUE	0.970	10.000	0.062	1.000	N	NA
3595540	3595541	A1I_00360	A1I_00365			TRUE	0.474	192.000	0.000	1.000	N	NA
3595544	3595545	A1I_00380	A1I_00385	dcd		TRUE	0.840	133.000	0.015	1.000	N	NA
3595545	3595546	A1I_00385	A1I_00390			TRUE	0.454	232.000	0.005	1.000	N	NA
3595546	3595547	A1I_00390	A1I_00395		queF	TRUE	0.850	173.000	0.038	1.000		NA
3595548	3595549	A1I_00400	A1I_00405			TRUE	0.998	3.000	0.863	0.010	Y	NA
3595549	3595550	A1I_00405	A1I_00410			TRUE	0.974	19.000	0.278	0.010		NA
3595550	3595551	A1I_00410	A1I_00415			TRUE	0.964	33.000	0.628	0.009		NA
3595551	3595552	A1I_00415	A1I_00420			TRUE	0.985	5.000	0.195	NA		NA
3595552	3595553	A1I_00420	A1I_00425			TRUE	0.982	0.000	0.043	NA		NA
3595557	3595558	A1I_00445	A1I_00450		tsf	FALSE	0.026	541.000	0.000	NA		NA
3595558	3595559	A1I_00450	A1I_00455	tsf	rpsB	TRUE	0.960	43.000	0.748	1.000	Y	NA
3595559	3595560	A1I_00455	A1I_00460	rpsB	cysS	FALSE	0.259	276.000	0.000	1.000	Y	NA
3595561	3595562	A1I_00465	A1I_00470		rpmB	TRUE	0.553	148.000	0.000	1.000		NA
3595562	3595563	A1I_00470	A1I_00475	rpmB		TRUE	0.987	-3.000	0.009	0.047	Y	NA
3595563	3595564	A1I_00475	A1I_t07959			FALSE	0.069	314.000	0.000	NA		NA
3595564	3595565	A1I_t07959	A1I_00480			FALSE	0.129	258.000	0.000	NA		NA
3595565	3595566	A1I_00480	A1I_00485			TRUE	0.894	-52.000	0.046	1.000		NA
3595566	3595567	A1I_00485	A1I_00490			TRUE	0.462	56.000	0.004	NA	N	NA
3595569	3595570	A1I_00500	A1I_00505			TRUE	0.546	-31.000	0.000	NA		NA
3595571	3595572	A1I_00510	A1I_00515			FALSE	0.223	214.000	0.000	NA		NA
3595572	3595573	A1I_00515	A1I_00520			FALSE	0.231	92.000	0.000	NA		NA
3595574	3595575	A1I_00535	A1I_00540			TRUE	0.968	19.000	0.556	NA		NA
3595575	3595576	A1I_00540	A1I_00545			TRUE	0.995	-3.000	1.000	NA		NA
3595576	3595577	A1I_00545	A1I_00560			FALSE	0.017	1667.000	0.000	NA		NA
3595577	3595578	A1I_00560	A1I_00565			FALSE	0.178	235.000	0.000	NA		NA
3595578	3595579	A1I_00565	A1I_00570			FALSE	0.296	49.000	0.000	NA		NA
3595579	3595580	A1I_00570	A1I_00575			FALSE	0.388	33.000	0.000	NA		NA
3595581	3595582	A1I_00580	A1I_00585			FALSE	0.362	121.000	0.000	NA		NA
3595582	3595583	A1I_00585	A1I_00590		truA	FALSE	0.259	56.000	0.000	NA		NA
3595583	3595584	A1I_00590	A1I_00595	truA		FALSE	0.286	77.000	0.000	1.000		NA
3595584	3595585	A1I_00595	A1I_00600			FALSE	0.299	86.000	0.000	1.000		NA
3595585	3595586	A1I_00600	A1I_00605			TRUE	0.895	-15.000	0.000	0.003		NA
3595586	3595587	A1I_00605	A1I_00610			TRUE	0.514	131.000	0.000	1.000		NA
3595587	3595588	A1I_00610	A1I_00615			TRUE	0.521	41.000	0.004	NA		NA
3595588	3595589	A1I_00615	A1I_00620			TRUE	0.869	-13.000	0.004	NA		NA
3595589	3595590	A1I_00620	A1I_00625		dnaG	TRUE	0.860	83.000	0.299	1.000	N	NA
3595590	3595591	A1I_00625	A1I_00630	dnaG		TRUE	0.965	4.000	0.008	1.000	N	NA
3595592	3595593	A1I_00635	A1I_00640	greA	lipB	TRUE	0.683	22.000	0.000	1.000	N	NA
3595593	3595594	A1I_00640	A1I_00645	lipB		TRUE	0.926	-3.000	0.003	NA		NA
3595595	3595596	A1I_00660	A1I_00665			TRUE	0.976	12.000	0.411	NA		NA
3595596	3595597	A1I_00665	A1I_00670			FALSE	0.277	237.000	0.000	1.000	N	NA
3595598	3595599	A1I_00675	A1I_00680			TRUE	0.977	159.000	0.829	0.003		NA
3595600	3595601	A1I_00685	A1I_00690			TRUE	0.496	32.000	0.000	1.000		NA
3595601	3595602	A1I_00690	A1I_00695			FALSE	0.065	323.000	0.000	NA		NA
3595602	3595603	A1I_00695	A1I_00700			TRUE	0.955	3.000	0.008	NA		NA
3595603	3595604	A1I_00700	A1I_00705			TRUE	0.982	4.000	0.077	NA		NA
3595604	3595605	A1I_00705	A1I_00710			TRUE	0.985	3.000	0.115	NA		NA
3595606	3595607	A1I_00715	A1I_00720			FALSE	0.182	234.000	0.000	NA		NA
3595608	3595609	A1I_00725	A1I_00730			TRUE	0.482	26.000	0.000	NA		NA
3595610	3595611	A1I_00735	A1I_00740	tig		FALSE	0.404	169.000	0.000	NA		NA
3595611	3595612	A1I_00740	A1I_00745			TRUE	0.988	-3.000	0.154	NA		NA
3595612	3595613	A1I_00745	A1I_00750		glyQ	FALSE	0.353	87.000	0.003	NA		NA
3595613	3595614	A1I_00750	A1I_00755	glyQ	glyS	TRUE	0.997	-7.000	0.651	0.002	Y	NA
3595614	3595615	A1I_00755	A1I_00760	glyS		TRUE	0.979	-3.000	0.013	NA	Y	NA
3595617	3595618	A1I_00770	A1I_00775			FALSE	0.335	76.000	0.000	1.000	N	NA
3595618	3595619	A1I_00775	A1I_00780			TRUE	0.945	63.000	0.875	0.051	N	NA
3595619	3595620	A1I_00780	A1I_00785		ndk	TRUE	0.761	29.000	0.007	1.000	N	NA
3595620	3595621	A1I_00785	A1I_00790	ndk		TRUE	0.960	4.000	0.007	1.000	N	NA
3595621	3595622	A1I_00790	A1I_00795		gidB	TRUE	0.982	-19.000	0.466	1.000	N	NA
3595622	3595623	A1I_00795	A1I_00800	gidB		TRUE	0.994	-3.000	0.339	1.000	N	NA
3595623	3595624	A1I_00800	A1I_00805			TRUE	0.994	-10.000	0.827	1.000	N	NA
3595624	3595625	A1I_00805	A1I_00810			TRUE	0.792	21.000	0.006	1.000		NA
3595625	3595626	A1I_00810	A1I_00815			TRUE	0.964	3.000	0.013	NA		NA
3595626	3595627	A1I_00815	A1I_00820		secG	FALSE	0.285	102.000	0.000	NA		NA
3595627	3595628	A1I_00820	A1I_00825	secG		TRUE	0.752	17.000	0.000	1.000	N	NA
3595628	3595629	A1I_00825	A1I_00830			TRUE	0.903	3.000	0.000	1.000		NA
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