MicrobesOnline Operon Predictions for Cand. Carsonella ruddii PV

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column Description
Gene1 VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1 Systematic name of 1st gene in pair
Name1 Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2 VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2 Systematic name of 2nd gene in pair
Name2 Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim Whether the genes share a COG category or not
ExprSim Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

 Gene1 Gene2 SysName1 SysName2 Name1 Name2 bOp pOp Sep MOGScore GOScore COGSim ExprSim
 2059374 2059375 CRP_001 CRP_002     TRUE 0.827 -3.000 0.000 1.000   NA
 2059375 2059376 CRP_002 CRP_003     FALSE 0.520 -31.000 0.000 1.000 N NA
 2059376 2059377 CRP_003 CRP_004     TRUE 0.980 9.000 0.557 0.033 Y NA
 2059377 2059378 CRP_004 CRP_005     FALSE 0.542 2.000 0.000 NA   NA
 2059378 2059379 CRP_005 CRP_006     TRUE 0.836 -7.000 0.000 NA   NA
 2059379 2059380 CRP_006 CRP_007     TRUE 0.747 -10.000 0.000 NA   NA
 2059380 2059381 CRP_007 CRP_008     TRUE 0.995 -3.000 0.846 0.033 Y NA
 2059381 2059382 CRP_008 CRP_009     TRUE 0.995 -3.000 0.724 0.033 Y NA
 2059382 2059383 CRP_009 CRP_010     TRUE 0.988 -3.000 0.837 0.033   NA
 2059383 2059384 CRP_010 CRP_011     TRUE 0.703 -13.000 0.000 1.000   NA
 2059385 2059386 CRP_012 CRP_013     FALSE 0.512 -24.000 0.000 1.000 N NA
 2059387 2059388 CRP_014 CRP_015     TRUE 0.703 -13.000 0.000 1.000   NA
 2059390 2059391 CRP_017 CRP_018     TRUE 0.980 0.000 0.005 1.000 Y NA
 2059391 2059392 CRP_018 CRP_019     TRUE 0.768 -6.000 0.000 1.000 N NA
 2059393 2059394 CRP_020 CRP_021     TRUE 0.991 -6.000 0.748 NA   NA
 2059394 2059395 CRP_021 CRP_022     TRUE 0.988 -7.000 0.021 NA   NA
 2059395 2059396 CRP_022 CRP_023     TRUE 0.836 -7.000 0.000 NA   NA
 2059396 2059397 CRP_023 CRP_024     TRUE 0.827 -3.000 0.000 NA   NA
 2059397 2059398 CRP_024 CRP_025     FALSE 0.544 46.000 0.000 NA   NA
 2059398 2059399 CRP_025 CRP_026     FALSE 0.376 139.000 0.000 NA N NA
 2059399 2059400 CRP_026 CRP_027     FALSE 0.513 -22.000 0.000 NA N NA
 2059400 2059401 CRP_027 CRP_028     TRUE 0.988 -19.000 0.005 1.000 Y NA
 2059401 2059402 CRP_028 CRP_029     TRUE 0.874 -46.000 0.000 1.000 Y NA
 2059402 2059403 CRP_029 CRP_030     TRUE 0.836 -7.000 0.000 NA   NA
 2059403 2059404 CRP_030 CRP_031     TRUE 0.747 -10.000 0.000 NA   NA
 2059404 2059405 CRP_031 CRP_032     FALSE 0.376 121.000 0.000 1.000 N NA
 2059405 2059406 CRP_032 CRP_033     TRUE 0.995 -3.000 0.466 1.000 Y NA
 2059406 2059407 CRP_033 CRP_034     TRUE 0.779 -9.000 0.000 NA   NA
 2059407 2059408 CRP_034 CRP_035     TRUE 0.827 -3.000 0.000 NA   NA
 2059409 2059410 CRP_036 CRP_037     TRUE 0.799 0.000 0.000 1.000 Y NA
 1417117 1417118 CRP_tRNA02 CRP_tRNA03     FALSE 0.542 1.000 0.000 NA   NA
 1417118 1417119 CRP_tRNA03 CRP_tRNA04     FALSE 0.542 1.000 0.000 NA   NA
 2059411 2059412 CRP_038 CRP_039     TRUE 0.827 -3.000 0.000 1.000   NA
 1417123 2059413 CRP_tRNA06 CRP_040     FALSE 0.544 9.000 0.000 NA   NA
 2059415 2059416 CRP_042 CRP_043     TRUE 0.976 -13.000 0.492 0.012   NA
 2059416 2059417 CRP_043 CRP_044     TRUE 0.827 -3.000 0.000 NA   NA
 2059418 2059419 CRP_045 CRP_046     TRUE 0.988 -3.000 0.231 NA   NA
 2059419 2059420 CRP_046 CRP_047     FALSE 0.544 121.000 0.000 NA   NA
 2059420 2059421 CRP_047 CRP_048     TRUE 0.747 -10.000 0.000 1.000   NA
 2059421 2059422 CRP_048 CRP_049     TRUE 0.987 -3.000 0.035 1.000   NA
 2059422 2059423 CRP_049 CRP_050     TRUE 0.685 -16.000 0.000 1.000   NA
 2059424 2059425 CRP_051 CRP_052     TRUE 0.902 -10.000 0.000 0.024 Y NA
 1417137 1417138 CRP_tRNA07 CRP_tRNA08     FALSE 0.544 9.000 0.000 NA   NA
 1417138 2059426 CRP_tRNA08 CRP_053     FALSE 0.544 204.000 0.000 NA   NA
 2059426 2059427 CRP_053 CRP_054     TRUE 0.747 -10.000 0.000 NA   NA
 2059427 2059428 CRP_054 CRP_055     TRUE 0.868 -6.000 0.000 NA   NA
 2059428 2059429 CRP_055 CRP_056     TRUE 0.677 -28.000 0.000 NA   NA
 2059429 2059430 CRP_056 CRP_057     TRUE 0.676 -22.000 0.000 NA   NA
 2059430 2059431 CRP_057 CRP_058     TRUE 0.827 -3.000 0.000 NA   NA
 2059431 2059432 CRP_058 CRP_059     TRUE 0.988 -3.000 0.299 1.000   NA
 2059432 1417146 CRP_059 CRP_tRNA09     FALSE 0.544 12.000 0.000 NA   NA
 1417146 1417147 CRP_tRNA09 CRP_tRNA10     FALSE 0.544 125.000 0.000 NA   NA
 1417147 1417148 CRP_tRNA10 CRP_tRNA11     FALSE 0.542 1.000 0.000 NA   NA
 1417148 1417149 CRP_tRNA11 CRP_tRNA12     FALSE 0.544 4.000 0.000 NA   NA
 2059434 2059435 CRP_061 CRP_062     TRUE 0.789 55.000 0.000 0.023 Y NA
 2059435 2059436 CRP_062 CRP_063     FALSE 0.544 57.000 0.000 NA   NA
 2059436 2059437 CRP_063 CRP_064     TRUE 0.836 -7.000 0.000 NA   NA
 2059437 2059438 CRP_064 CRP_065     TRUE 0.991 -6.000 0.034 1.000   NA
 2059438 2059439 CRP_065 CRP_066     TRUE 0.836 -7.000 0.000 1.000   NA
 2059439 2059440 CRP_066 CRP_067     TRUE 0.988 -7.000 0.009 0.011   NA
 2059440 1417158 CRP_067 CRP_tRNA13     FALSE 0.542 1.000 0.000 NA   NA
 1417158 2059441 CRP_tRNA13 CRP_068     FALSE 0.544 19.000 0.000 NA   NA
 2059441 2059442 CRP_068 CRP_069     TRUE 0.677 -28.000 0.000 NA   NA
 2059442 2059443 CRP_069 CRP_070     TRUE 0.827 -3.000 0.000 NA   NA
 2059443 2059444 CRP_070 CRP_071     TRUE 0.687 -40.000 0.000 1.000   NA
 2059444 1417163 CRP_071 CRP_tRNA14     FALSE 0.544 40.000 0.000 NA   NA
 1417163 1417164 CRP_tRNA14 CRP_tRNA15     FALSE 0.542 1.000 0.000 NA   NA
 1417164 1417165 CRP_tRNA15 CRP_tRNA16     FALSE 0.544 3.000 0.000 NA   NA
 1417165 2059445 CRP_tRNA16 CRP_072     FALSE 0.544 27.000 0.000 NA   NA
 2059445 2059446 CRP_072 CRP_073     TRUE 0.988 -25.000 0.352 1.000 Y NA
 2059446 2059447 CRP_073 CRP_074     FALSE 0.544 763.000 0.000 1.000   NA
 2059447 2059448 CRP_074 CRP_075     TRUE 0.827 -3.000 0.000 1.000   NA
 2059448 1417170 CRP_075 CRP_tRNA17     FALSE 0.544 14.000 0.000 NA   NA
 1417170 2059449 CRP_tRNA17 CRP_076     FALSE 0.544 54.000 0.000 NA   NA
 2059451 2059452 CRP_078 CRP_079     TRUE 0.941 -7.000 0.000 1.000 Y NA
 2059452 2059453 CRP_079 CRP_080     TRUE 0.941 -7.000 0.000 1.000 Y NA
 2059453 2059454 CRP_080 CRP_081     TRUE 0.988 -16.000 0.023 0.011 Y NA
 2059454 2059455 CRP_081 CRP_082     TRUE 0.938 -3.000 0.000 0.017 Y NA
 2059455 2059456 CRP_082 CRP_083     TRUE 0.941 -7.000 0.000 1.000 Y NA
 2059456 2059457 CRP_083 CRP_084     FALSE 0.544 11.000 0.000 1.000   NA
 2059457 1417180 CRP_084 CRP_tRNA18     TRUE 0.678 -20.000 0.000 NA   NA
 1417180 2059458 CRP_tRNA18 CRP_085     FALSE 0.544 34.000 0.000 NA   NA
 2059459 2059460 CRP_086 CRP_087     TRUE 0.827 -3.000 0.000 NA   NA
 2059460 2059461 CRP_087 CRP_088     TRUE 0.827 -3.000 0.000 NA   NA
 2059461 2059462 CRP_088 CRP_089     TRUE 0.836 -7.000 0.000 NA   NA
 2059462 2059463 CRP_089 CRP_090     TRUE 0.953 402.000 0.202 1.000   NA
 2059463 2059464 CRP_090 CRP_091     TRUE 0.789 118.000 0.000 1.000 Y NA
 2059464 2059465 CRP_091 CRP_092     FALSE 0.392 0.000 0.000 1.000 N NA
 2059465 2059466 CRP_092 CRP_093     FALSE 0.544 37.000 0.000 NA   NA
 2059466 2059467 CRP_093 CRP_094     TRUE 0.827 -3.000 0.000 NA   NA
 2059467 2059468 CRP_094 CRP_095     TRUE 0.718 -12.000 0.000 1.000   NA
 2059469 2059470 CRP_096 CRP_097     TRUE 0.675 -25.000 0.000 NA   NA
 2059470 2059471 CRP_097 CRP_098     TRUE 0.703 -13.000 0.000 NA   NA
 2059472 2059473 CRP_099 CRP_100     TRUE 0.938 -3.000 0.000 0.011 Y NA
 2059473 2059474 CRP_100 CRP_101     TRUE 0.827 -3.000 0.000 1.000   NA
 2059474 1417198 CRP_101 CRP_tRNA19     FALSE 0.544 14.000 0.000 NA   NA
 2059475 2059476 CRP_102 CRP_103     TRUE 0.747 -10.000 0.000 1.000   NA
 1417202 1417203 CRP_tRNA20 CRP_tRNA21     FALSE 0.542 1.000 0.000 NA   NA
 2059478 1417205 CRP_105 CRP_tRNA22     FALSE 0.544 33.000 0.000 NA   NA
 1417205 2059479 CRP_tRNA22 CRP_106     TRUE 0.779 -9.000 0.000 NA   NA
 1417208 1417209 CRP_tRNA23 CRP_tRNA24     FALSE 0.542 2.000 0.000 NA   NA
 1417209 2059481 CRP_tRNA24 CRP_108     TRUE 0.703 -13.000 0.000 NA   NA
 2059481 2059482 CRP_108 CRP_109     TRUE 0.988 -3.000 0.065 1.000   NA
 2059482 2059483 CRP_109 CRP_110     TRUE 0.827 -3.000 0.000 1.000   NA
 2059484 2059485 CRP_111 CRP_112     TRUE 0.677 -28.000 0.000 1.000   NA
 2059486 1417216 CRP_113 CRP_5SrRNA     FALSE 0.544 60.000 0.000 NA   NA
 1417216 1417217 CRP_5SrRNA CRP_23SrRNA     FALSE 0.544 15.000 0.000 NA   NA
 1417217 1417218 CRP_23SrRNA CRP_16SrRNA     FALSE 0.544 46.000 0.000 NA   NA
 1417218 2059487 CRP_16SrRNA CRP_114     FALSE 0.544 75.000 0.000 NA   NA
 2059487 2059488 CRP_114 CRP_115     TRUE 0.827 -3.000 0.000 NA   NA
 2059488 2059489 CRP_115 CRP_116     TRUE 0.977 -12.000 0.332 NA   NA
 2059489 2059490 CRP_116 CRP_117     FALSE 0.542 1.000 0.000 NA   NA
 2059490 2059491 CRP_117 CRP_118     FALSE 0.544 3.000 0.000 NA   NA
 2059491 2059492 CRP_118 CRP_119     TRUE 0.938 -3.000 0.000 1.000 Y NA
 2059492 2059493 CRP_119 CRP_120     TRUE 0.708 -3.000 0.000 1.000 N NA
 2059493 2059494 CRP_120 CRP_121     TRUE 0.799 0.000 0.000 1.000 Y NA
 2059494 2059495 CRP_121 CRP_122     TRUE 0.827 -3.000 0.000 NA   NA
 2059495 2059496 CRP_122 CRP_123     TRUE 0.682 -31.000 0.000 NA   NA
 2059496 2059497 CRP_123 CRP_124     TRUE 0.827 -3.000 0.000 NA   NA
 2059498 2059499 CRP_125 CRP_126     FALSE 0.544 18.000 0.000 NA   NA
 2059499 2059500 CRP_126 CRP_127     TRUE 0.677 -28.000 0.000 NA   NA
 2059500 2059501 CRP_127 CRP_128     TRUE 0.708 -3.000 0.000 1.000 N NA
 2059501 2059502 CRP_128 CRP_129     TRUE 0.995 -7.000 0.005 1.000 Y NA
 2059502 2059503 CRP_129 CRP_130     TRUE 0.747 -10.000 0.000 NA   NA
 2059503 2059504 CRP_130 CRP_131     TRUE 0.691 -15.000 0.000 NA   NA
 2059504 2059505 CRP_131 CRP_132     TRUE 0.980 -10.000 0.335 NA   NA
 2059505 2059506 CRP_132 CRP_133     TRUE 0.953 3.000 0.667 NA   NA
 2059506 2059507 CRP_133 CRP_134     TRUE 0.827 -3.000 0.000 NA   NA
 2059507 2059508 CRP_134 CRP_135     TRUE 0.747 -10.000 0.000 NA   NA
 2059508 2059509 CRP_135 CRP_136     TRUE 0.982 -3.000 0.549 1.000 N NA
 2059509 2059510 CRP_136 CRP_137     TRUE 0.995 -3.000 0.509 NA Y NA
 2059510 2059511 CRP_137 CRP_138     TRUE 0.990 -13.000 0.810 NA Y NA
 2059511 2059512 CRP_138 CRP_139     TRUE 0.988 -3.000 0.194 NA   NA
 2059512 2059513 CRP_139 CRP_140     TRUE 0.827 -3.000 0.000 NA   NA
 2059513 2059514 CRP_140 CRP_141     TRUE 0.955 0.000 0.148 1.000   NA
 2059514 2059515 CRP_141 CRP_142     TRUE 0.677 -28.000 0.000 NA   NA
 2059515 2059516 CRP_142 CRP_143     TRUE 0.827 -3.000 0.000 NA   NA
 2059516 2059517 CRP_143 CRP_144     TRUE 0.988 -48.000 0.003 NA Y NA
 2059517 2059518 CRP_144 CRP_145     TRUE 0.996 -6.000 0.295 NA Y NA
 2059518 2059519 CRP_145 CRP_146     TRUE 0.979 2.000 0.309 NA Y NA
 2059519 2059520 CRP_146 CRP_147     TRUE 0.994 -3.000 0.003 NA Y NA
 2059520 2059521 CRP_147 CRP_148     TRUE 0.995 -3.000 0.791 NA Y NA
 2059521 2059522 CRP_148 CRP_149     TRUE 0.995 -7.000 0.009 NA Y NA
 2059522 2059523 CRP_149 CRP_150     TRUE 0.992 -10.000 0.828 NA Y NA
 2059523 2059524 CRP_150 CRP_151     TRUE 0.973 -16.000 0.109 NA   NA
 2059524 2059525 CRP_151 CRP_152     TRUE 0.988 -3.000 0.119 NA   NA
 2059525 2059526 CRP_152 CRP_153     TRUE 0.995 -3.000 0.820 1.000 Y NA
 2059526 2059527 CRP_153 CRP_154     TRUE 0.938 -3.000 0.000 NA Y NA
 2059527 2059528 CRP_154 CRP_155     TRUE 0.988 -3.000 0.486 NA   NA
 2059528 2059529 CRP_155 CRP_156     TRUE 0.988 -3.000 0.307 NA   NA
 2059529 2059530 CRP_156 CRP_157     TRUE 0.995 -7.000 0.318 1.000 Y NA
 2059530 2059531 CRP_157 CRP_158     TRUE 0.789 3.000 0.000 0.010 Y NA
 2059531 2059532 CRP_158 CRP_159     TRUE 0.938 -3.000 0.000 1.000 Y NA
 2059532 2059533 CRP_159 CRP_160     TRUE 0.799 0.000 0.000 0.029 Y NA
 2059533 2059534 CRP_160 CRP_161     TRUE 0.931 2.000 0.122 1.000 N NA
 2059534 2059535 CRP_161 CRP_162     TRUE 0.995 -3.000 0.851 0.015 Y NA
 2059535 2059536 CRP_162 CRP_163     TRUE 0.982 -3.000 0.223 NA N NA
 2059536 2059537 CRP_163 CRP_164     TRUE 0.676 -22.000 0.000 NA   NA
 2059537 2059538 CRP_164 CRP_165     TRUE 0.827 -3.000 0.000 NA   NA
 2059538 2059539 CRP_165 CRP_166     TRUE 0.973 -19.000 0.838 NA   NA
 2059539 1417273 CRP_166 CRP_tRNA26     FALSE 0.544 32.000 0.000 NA   NA
 1417273 1417274 CRP_tRNA26 CRP_tRNA27     FALSE 0.544 23.000 0.000 NA   NA
 1417274 1417275 CRP_tRNA27 CRP_tRNA28     FALSE 0.544 5.000 0.000 NA   NA
 1417275 2059540 CRP_tRNA28 CRP_167     FALSE 0.544 70.000 0.000 NA   NA
 2059540 2059541 CRP_167 CRP_168     TRUE 0.685 -33.000 0.000 NA   NA
 2059541 2059542 CRP_168 CRP_169     TRUE 0.995 -7.000 0.697 0.019 Y NA
 2059542 2059543 CRP_169 CRP_170     TRUE 0.995 -3.000 0.122 0.010 Y NA
 2059544 2059545 CRP_171 CRP_172     TRUE 0.836 -7.000 0.000 NA   NA
 2059545 2059546 CRP_172 CRP_173     FALSE 0.376 11.000 0.000 1.000 N NA
 2059546 2059547 CRP_173 CRP_174     TRUE 0.676 -22.000 0.000 NA   NA
 2059547 2059548 CRP_174 CRP_175     TRUE 0.691 -15.000 0.000 NA   NA
 2059548 2059549 CRP_175 CRP_176     TRUE 0.827 -3.000 0.000 1.000   NA
 2059549 2059550 CRP_176 CRP_177     TRUE 0.987 -3.000 0.009 1.000   NA
 2059550 2059551 CRP_177 CRP_178     TRUE 0.995 -7.000 0.104 0.014 Y NA
 2059551 2059552 CRP_178 CRP_179     TRUE 0.708 -3.000 0.000 1.000 N NA
 2059552 2059553 CRP_179 CRP_180     TRUE 0.827 -3.000 0.000 NA   NA
 2059554 2059555 CRP_181 CRP_182     FALSE 0.544 46.000 0.000 NA   NA