MicrobesOnline Operon Predictions for Helicobacter acinonychis str. Sheeba

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column Description
Gene1 VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1 Systematic name of 1st gene in pair
Name1 Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2 VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2 Systematic name of 2nd gene in pair
Name2 Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim Whether the genes share a COG category or not
ExprSim Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

 Gene1 Gene2 SysName1 SysName2 Name1 Name2 bOp pOp Sep MOGScore GOScore COGSim ExprSim
 2042591 2042592 Hac_0001 Hac_0002 dnaA   FALSE 0.095 225.000 0.000 NA   NA
 2042594 2042595 Hac_0004 Hac_0005     TRUE 0.959 4.000 1.000 NA   NA
 2042596 2042597 Hac_0006 Hac_0007 recG mod fragment 1 TRUE 0.925 51.000 0.087 0.086 Y NA
 2042597 2042598 Hac_0007 Hac_0008 mod fragment 1 mod fragment 2 TRUE 0.992 -3.000 0.571 0.020   NA
 2042598 2042599 Hac_0008 Hac_0009 mod fragment 2 res TRUE 0.868 1.000 0.000 1.000   NA
 2042599 2042600 Hac_0009 Hac_0011 res ECO57IR fragment 1 FALSE 0.185 185.000 0.000 1.000   NA
 2042600 2042601 Hac_0011 Hac_0012 ECO57IR fragment 1 ECO57IR fragment 2 TRUE 0.616 118.000 0.000 0.020   NA
 2042602 2042603 Hac_0013 Hac_0014 trpA trpB TRUE 0.997 12.000 0.947 0.002 Y NA
 2042603 2042604 Hac_0014 Hac_0015 trpB trpC TRUE 0.994 2.000 0.221 0.003 Y NA
 2042604 2042605 Hac_0015 Hac_0016 trpC trpD TRUE 0.972 -7.000 0.293 1.000 Y NA
 2042605 2042606 Hac_0016 Hac_0017 trpD trpG TRUE 0.971 -3.000 0.083 1.000 Y NA
 2042606 2042607 Hac_0017 Hac_0018 trpG trpE TRUE 0.997 -3.000 0.703 0.002 Y NA
 2042607 2042608 Hac_0018 Hac_0019 trpE fragment 2 FALSE 0.237 144.000 0.000 1.000   NA
 2042608 2042609 Hac_0019 Hac_0020 fragment 2 fragment 1 TRUE 0.833 62.000 0.000 0.006   NA
 2042609 2042610 Hac_0020 Hac_0021 fragment 1 rfaJ TRUE 0.892 12.000 0.000 1.000   NA
 2042610 2042611 Hac_0021 Hac_0022 rfaJ miaA TRUE 0.913 4.000 0.021 1.000 N NA
 2042611 2042612 Hac_0022 Hac_0023 miaA   FALSE 0.280 101.000 0.009 NA   NA
 2042613 1460530 Hac_0024 23S_rRNA_copy_I   23S rRNA copy I FALSE 0.042 1116.000 0.000 NA   NA
 1460530 1460531 23S_rRNA_copy_I 5S_rRNA_copy_I 23S rRNA copy I 5S rRNA copy I FALSE 0.095 225.000 0.000 NA   NA
 2042614 2042615 Hac_0029 Hac_0030   llm FALSE 0.047 606.000 0.000 NA   NA
 2042616 2042617 Hac_0031 Hac_0032 pdxJ pdxA TRUE 0.992 2.000 0.048 0.002 Y NA
 2042617 2042618 Hac_0032 Hac_0033 pdxA fragment 1 FALSE 0.311 70.000 0.000 NA   NA
 2042618 2042619 Hac_0033 Hac_0034 fragment 1 fragment 2 TRUE 0.637 -33.000 0.000 NA   NA
 2042620 2042621 Hac_0035 Hac_0036 omp1 fragment 4 omp1 fragment 3 FALSE 0.357 57.000 0.000 NA   NA
 2042621 2042622 Hac_0036 Hac_0037 omp1 fragment 3 omp1 fragment 2 FALSE 0.347 60.000 0.000 NA   NA
 2042622 2042623 Hac_0037 Hac_0038 omp1 fragment 2 omp1 fragment 1 FALSE 0.194 116.000 0.000 NA   NA
 2042623 2042624 Hac_0038 Hac_0040 omp1 fragment 1 gltA FALSE 0.072 295.000 0.000 NA   NA
 2042625 2042626 Hac_0041 Hac_0042 icdA   TRUE 0.571 45.000 0.021 NA   NA
 2042628 2042629 Hac_0044 Hac_0045     TRUE 0.871 2.000 0.021 NA   NA
 2042629 2042630 Hac_0045 Hac_0046   clpA TRUE 0.962 0.000 0.596 NA   NA
 2042630 2042631 Hac_0046 Hac_0047 clpA panD TRUE 0.908 2.000 0.014 1.000 N NA
 2042631 2042632 Hac_0047 Hac_0048 panD   TRUE 0.921 11.000 0.029 NA   NA
 2042632 2042633 Hac_0048 Hac_0049     TRUE 0.872 0.000 0.017 NA   NA
 2042633 2042634 Hac_0049 Hac_0050     TRUE 0.973 8.000 0.533 1.000   NA
 2042634 2042635 Hac_0050 Hac_0052   comB1 TRUE 0.601 160.000 0.750 NA Y NA
 2042635 2042636 Hac_0052 Hac_0053 comB1 comB2 TRUE 0.978 0.000 1.000 NA Y NA
 2042636 2042637 Hac_0053 Hac_0054 comB2 comB3 TRUE 0.852 -7.000 0.000 NA Y NA
 2042637 2042638 Hac_0054 Hac_0055 comB3 algA TRUE 0.637 50.000 0.014 1.000 N NA
 2042638 2042639 Hac_0055 Hac_0056 algA gmd TRUE 0.970 10.000 0.054 1.000 Y NA
 2042639 2042640 Hac_0056 Hac_0057 gmd wbcJ TRUE 0.994 -7.000 0.381 0.005 Y NA
 2042641 2042642 Hac_0058 Hac_0059 tyrA lon TRUE 0.903 2.000 0.011 1.000 N NA
 2042642 2042643 Hac_0059 Hac_0060 lon comL TRUE 0.783 41.000 0.062 1.000   NA
 2042644 2042645 Hac_0061 Hac_0062   fabZ FALSE 0.195 171.000 0.017 NA   NA
 2042645 2042646 Hac_0062 Hac_0063 fabZ lpxA TRUE 0.899 3.000 0.013 1.000 N NA
 2042646 2042647 Hac_0063 Hac_0064 lpxA clpX TRUE 0.889 2.000 0.006 1.000 N NA
 2042647 2042648 Hac_0064 Hac_0065 clpX mreB TRUE 0.719 53.000 0.034 1.000 N NA
 2042648 2042649 Hac_0065 Hac_0066 mreB mreC TRUE 0.972 5.000 0.689 1.000 N NA
 2042649 2042650 Hac_0066 Hac_0067 mreC fragment 1 TRUE 0.552 45.000 0.000 1.000   NA
 2042650 2042651 Hac_0067 Hac_0068 fragment 1 fragment 2 TRUE 0.984 -19.000 0.167 0.006   NA
 2042652 2042653 Hac_0069 Hac_0070 nusA selA TRUE 0.526 66.000 0.007 1.000 N NA
 2042653 2042654 Hac_0070 Hac_0072 selA frpB FALSE 0.177 217.000 0.000 1.000 N NA
 2042654 2042655 Hac_0072 Hac_0073 frpB   TRUE 0.546 153.000 1.000 NA   NA
 2042655 2042656 Hac_0073 Hac_0074   folB TRUE 0.864 -16.000 0.049 NA   NA
 2042656 2042657 Hac_0074 Hac_0075 folB   TRUE 0.959 -3.000 0.096 1.000   NA
 2042660 2042661 Hac_0078 Hac_0079 gltS ribD TRUE 0.969 -3.000 0.219 1.000 N NA
 2042661 2042662 Hac_0079 Hac_0080 ribD   TRUE 0.872 -18.000 0.026 1.000   NA
 2042662 2042663 Hac_0080 Hac_0081   copA TRUE 0.941 11.000 0.023 1.000   NA
 2042664 2042665 Hac_0082 Hac_0083 hypE hypF TRUE 0.962 3.000 0.079 1.000 Y NA
 2042665 2042666 Hac_0083 Hac_0084 hypF   TRUE 0.935 -3.000 0.023 1.000 N NA
 2042666 2042667 Hac_0084 Hac_0085   dpnA fragment 3 TRUE 0.678 70.000 0.061 1.000   NA
 2042667 2042668 Hac_0085 Hac_0087 dpnA fragment 3 dpnA fragment 2 FALSE 0.442 40.000 0.000 NA   NA
 2042668 2042669 Hac_0087 Hac_0089 dpnA fragment 2 dpnA fragment 1 FALSE 0.125 173.000 0.000 NA   NA
 2042669 2042670 Hac_0089 Hac_0091 dpnA fragment 1 DDEM fragment 4 TRUE 0.774 63.000 0.000 0.026   NA
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 2042671 2042672 Hac_0092 Hac_0093 DDEM fragment 3 DDEM fragment 2 TRUE 0.963 -10.000 0.000 0.008   NA
 2042672 2042673 Hac_0093 Hac_0094 DDEM fragment 2 DDEM fragment 1 TRUE 0.772 83.000 0.000 0.008   NA
 2042675 2042676 Hac_0096 Hac_0097     TRUE 0.918 97.000 0.078 0.005 Y NA
 2042676 2042677 Hac_0097 Hac_0098     TRUE 0.733 56.000 0.068 1.000   NA
 2042678 2042679 Hac_0099 Hac_0101     FALSE 0.056 437.000 0.000 NA   NA
 2042680 2042681 Hac_0104 Hac_0105 murB fliQ TRUE 0.945 4.000 0.066 1.000 N NA
 2042681 2042682 Hac_0105 Hac_0106 fliQ fliI TRUE 0.979 11.000 0.145 1.000 Y NA
 2042682 2042683 Hac_0106 Hac_0107 fliI virB11 TRUE 0.974 1.000 0.216 1.000 Y NA
 2042683 2042684 Hac_0107 Hac_0108 virB11 ileS TRUE 0.952 17.000 0.242 1.000 N NA
 2042684 2042685 Hac_0108 Hac_0109 ileS   TRUE 0.808 28.000 0.013 1.000 Y NA
 2042688 2042689 Hac_0113 Hac_0114 ksgA   TRUE 0.737 37.000 0.028 1.000   NA
 2042689 2042690 Hac_0114 Hac_0115     TRUE 0.937 -16.000 0.222 1.000   NA
 2042690 2042691 Hac_0115 Hac_0116     TRUE 0.902 -3.000 0.009 1.000   NA
 2042692 2042693 Hac_0118 Hac_0120   maf FALSE 0.194 116.000 0.000 NA   NA
 2042693 2042694 Hac_0120 Hac_0121 maf alaS TRUE 0.866 2.000 0.015 NA N NA
 2042697 2042698 Hac_0124 Hac_0125 dnaE yciL TRUE 0.915 -3.000 0.010 1.000 N NA
 2042698 2042699 Hac_0125 Hac_0126 yciL trxA TRUE 0.782 64.000 0.206 1.000 N NA
 2042699 2042700 Hac_0126 Hac_0127 trxA   FALSE 0.083 250.000 0.000 NA   NA
 2042700 2042701 Hac_0127 Hac_0128     TRUE 0.540 27.000 0.000 NA   NA
 2042701 2042702 Hac_0128 Hac_0129     FALSE 0.236 100.000 0.000 NA   NA
 2042702 2042703 Hac_0129 Hac_0130     FALSE 0.144 152.000 0.000 NA   NA
 2042703 2042704 Hac_0130 Hac_0131   fumC FALSE 0.343 61.000 0.000 NA   NA
 2042704 2042705 Hac_0131 Hac_0132 fumC rnhB FALSE 0.082 722.000 0.000 1.000 N NA
 2042706 2042707 Hac_0133 Hac_0134     FALSE 0.157 220.000 0.000 1.000   NA
 2042708 2042709 Hac_0135 Hac_0136 rpsJ rplC TRUE 0.967 34.000 0.467 0.046 Y NA
 2042709 2042710 Hac_0136 Hac_0137 rplC rplD TRUE 0.968 34.000 0.361 0.034 Y NA
 2042710 2042711 Hac_0137 Hac_0138 rplD rplW TRUE 0.975 4.000 0.513 1.000 Y NA
 2042711 2042712 Hac_0138 Hac_0139 rplW rplB TRUE 0.978 16.000 0.849 1.000 Y NA
 2042712 2042713 Hac_0139 Hac_0140 rplB rpsS TRUE 0.995 12.000 0.820 0.046 Y NA
 2042713 2042714 Hac_0140 Hac_0141 rpsS rplV TRUE 0.994 10.000 0.769 0.046 Y NA
 2042714 2042715 Hac_0141 Hac_0142 rplV rpsC TRUE 0.991 4.000 0.719 0.046 Y NA
 2042715 2042716 Hac_0142 Hac_0143 rpsC rplP TRUE 0.992 3.000 0.828 0.046 Y NA
 2042716 2042717 Hac_0143 Hac_0144 rplP rpmC TRUE 0.993 2.000 0.802 0.034 Y NA
 2042717 2042718 Hac_0144 Hac_0145 rpmC rpsQ TRUE 0.994 14.000 0.828 0.034 Y NA
 2042718 2042719 Hac_0145 Hac_0146 rpsQ rplN TRUE 0.992 3.000 0.791 0.046 Y NA
 2042719 2042720 Hac_0146 Hac_0147 rplN rplX TRUE 0.994 0.000 0.810 0.046 Y NA
 2042720 2042721 Hac_0147 Hac_0148 rplX rplE TRUE 0.995 12.000 0.758 0.034 Y NA
 2042721 10712400 Hac_0148 Hac_1800 rplE   TRUE 0.994 10.000 0.496 0.034 Y NA
 10712400 2042722 Hac_1800 Hac_0149   rpsH TRUE 0.994 10.000 0.473 0.034 Y NA
 2042722 2042723 Hac_0149 Hac_0150 rpsH rplF TRUE 0.995 11.000 0.808 0.034 Y NA
 2042723 2042724 Hac_0150 Hac_0151 rplF rplR TRUE 0.994 14.000 0.815 0.034 Y NA
 2042724 2042725 Hac_0151 Hac_0152 rplR rpsE TRUE 0.994 -3.000 0.814 0.046 Y NA
 2042725 2042726 Hac_0152 Hac_0153 rpsE rplO TRUE 0.983 18.000 0.148 0.046 Y NA
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 2042728 2042729 Hac_0155 Hac_0156 map infA TRUE 0.964 0.000 0.051 1.000 Y NA
 2042729 2042730 Hac_0156 Hac_0157 infA rpsM TRUE 0.746 195.000 0.075 0.030 Y NA
 2042730 2042731 Hac_0157 Hac_0158 rpsM rpsK TRUE 0.983 24.000 0.810 0.034 Y NA
 2042731 2042732 Hac_0158 Hac_0159 rpsK rpsD TRUE 0.994 10.000 0.509 0.046 Y NA
 2042732 2042733 Hac_0159 Hac_0160 rpsD rpoA TRUE 0.978 12.000 0.549 1.000 N NA
 2042733 2042734 Hac_0160 Hac_0161 rpoA rplQ TRUE 0.978 0.000 0.873 1.000 N NA
 2042734 2042735 Hac_0161 Hac_0162 rplQ   FALSE 0.110 338.000 0.000 1.000   NA
 2042735 2042736 Hac_0162 Hac_0163     TRUE 0.956 13.000 0.302 NA   NA
 2042736 2042737 Hac_0163 Hac_0164   lpp20 TRUE 0.842 22.000 0.063 NA   NA
 2042737 2042738 Hac_0164 Hac_0165 lpp20   TRUE 0.967 7.000 1.000 NA   NA
 2042738 2042739 Hac_0165 Hac_0166     TRUE 0.967 0.000 0.889 NA   NA
 2042740 2042741 Hac_0167 Hac_0168 thdF   TRUE 0.903 -7.000 0.049 NA   NA
 2042741 2042742 Hac_0168 Hac_0169     TRUE 0.943 11.000 0.061 NA   NA
 2042742 2042743 Hac_0169 Hac_0170     TRUE 0.955 6.000 0.461 NA   NA
 2042743 2042744 Hac_0170 Hac_0171   rnpA TRUE 0.969 11.000 0.540 NA   NA
 2042744 2042745 Hac_0171 Hac_0172 rnpA exbD FALSE 0.234 179.000 0.003 1.000 N NA
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 2043554 2043555 Hac_1069 Hac_1070 slt   TRUE 0.938 9.000 0.080 NA   NA
 2043555 2043556 Hac_1070 Hac_1071   gltX TRUE 0.958 -3.000 0.088 1.000   NA
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 2043727 2043728 Hac_1255 Hac_1256 vacA fragment 3 vacA fragment 4 TRUE 0.927 22.000 0.000 0.015   NA
 2043728 2043729 Hac_1256 Hac_1257 vacA fragment 4 vacA fragment 5 TRUE 0.970 13.000 0.000 0.015   NA
 2043729 2043730 Hac_1257 Hac_1258 vacA fragment 5 vacA fragment 6 TRUE 0.774 70.000 0.000 0.015   NA
 2043730 2043731 Hac_1258 Hac_1260 vacA fragment 6 vacA fragment 7 TRUE 0.475 204.000 0.000 0.015   NA
 2043731 2043732 Hac_1260 Hac_1261 vacA fragment 7 vacA fragment 8 TRUE 0.953 17.000 0.000 0.015   NA
 2043732 2043733 Hac_1261 Hac_1262 vacA fragment 8 vacA fragment 9 TRUE 0.575 146.000 0.000 0.015   NA
 2043733 2043734 Hac_1262 Hac_1263 vacA fragment 9 vacA fragment 10 TRUE 0.770 71.000 0.000 0.015   NA
 2043734 2043735 Hac_1263 Hac_1264 vacA fragment 10 vacA fragment 11 TRUE 0.841 16.000 0.000 1.000   NA
 2043735 2043736 Hac_1264 Hac_1265 vacA fragment 11 vacA fragment 12 TRUE 0.570 25.000 0.000 NA   NA
 2043736 2043737 Hac_1265 Hac_1266 vacA fragment 12 vacA fragment 13 FALSE 0.261 87.000 0.000 NA   NA
 2043738 2043739 Hac_1267 Hac_1268 cst cst TRUE 0.812 -3.000 0.000 NA   NA
 2043739 2043740 Hac_1268 Hac_1269 cst neuA TRUE 0.714 -13.000 0.000 NA   NA
 2043740 2043741 Hac_1269 Hac_1270 neuA neuC TRUE 0.993 -3.000 0.111 0.009 Y NA
 2043741 2043742 Hac_1270 Hac_1271 neuC neuB TRUE 0.977 10.000 0.124 1.000 Y NA
 2043742 2043743 Hac_1271 Hac_1272 neuB fecE FALSE 0.278 134.000 0.000 1.000 N NA
 2043743 2043744 Hac_1272 Hac_1273 fecE fecD TRUE 0.984 0.000 1.000 1.000 Y NA
 2043744 2043745 Hac_1273 Hac_1274 fecD vdlC TRUE 0.965 0.000 0.222 1.000   NA
 2043747 2043748 Hac_1276 Hac_1278   omp20 fragment 2 FALSE 0.049 570.000 0.000 NA   NA
 2043748 2043749 Hac_1278 Hac_1281 omp20 fragment 2 omp20 fragment 1 FALSE 0.047 616.000 0.000 NA   NA
 2043749 1461691 Hac_1281 Hac_trna_0021 omp20 fragment 1   FALSE 0.053 470.000 0.000 NA   NA
 1461691 1461692 Hac_trna_0021 Hac_trna_0022     TRUE 0.521 29.000 0.000 NA   NA
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 2043752 2043753 Hac_1287 Hac_1288 hypC hypB TRUE 0.972 0.000 0.463 NA Y NA
 2043753 2043754 Hac_1288 Hac_1289 hypB ackA FALSE 0.138 276.000 0.000 1.000 N NA
 2043754 2043755 Hac_1289 Hac_1290 ackA pta TRUE 0.975 10.000 0.103 1.000 Y NA
 2043756 2043757 Hac_1293 Hac_1294   flgD FALSE 0.388 51.000 0.000 NA   NA
 2043757 2043758 Hac_1294 Hac_1295 flgD flgE TRUE 0.971 -3.000 0.368 NA Y NA
 2043758 2043759 Hac_1295 Hac_1296 flgE   TRUE 0.770 57.000 0.571 NA   NA
 2043759 2043760 Hac_1296 Hac_1297   HINDIIM TRUE 0.929 -7.000 0.127 NA   NA
 2043760 2043761 Hac_1297 Hac_1298 HINDIIM rep TRUE 0.987 9.000 0.048 0.062 Y NA
 2043761 2043762 Hac_1298 Hac_1300 rep omp21 FALSE 0.043 991.000 0.000 NA   NA
 2043762 2043763 Hac_1300 Hac_1301 omp21 omp22 TRUE 0.626 22.000 0.000 NA   NA
 2043766 2043767 Hac_1305 Hac_1306 yckJ yckK TRUE 0.993 2.000 0.594 0.027 Y NA
 2043767 2043768 Hac_1306 Hac_1307 yckK   FALSE 0.064 359.000 0.000 NA   NA
 2043768 2043769 Hac_1307 Hac_1309     FALSE 0.052 486.000 0.000 NA   NA
 2043769 1461713 Hac_1309 Hac_trna_0023     FALSE 0.177 127.000 0.000 NA   NA
 1461713 1461714 Hac_trna_0023 Hac_trna_0024     TRUE 0.493 32.000 0.000 NA   NA
 1461714 1461715 Hac_trna_0024 Hac_trna_0025     FALSE 0.328 66.000 0.000 NA   NA
 1461715 1461716 Hac_trna_0025 Hac_trna_0026     FALSE 0.092 233.000 0.000 NA   NA
 2043770 2043771 Hac_1310 Hac_1311   dadA TRUE 0.914 23.000 0.667 NA N NA
 2043771 2043772 Hac_1311 Hac_1312 dadA dagA TRUE 0.884 44.000 0.267 1.000 Y NA
 2043772 2043773 Hac_1312 Hac_1313 dagA   TRUE 0.970 8.000 0.267 1.000 N NA
 2043774 2043775 Hac_1314 Hac_1315 rplS trmD TRUE 0.955 22.000 0.567 1.000 Y NA
 2043775 2043776 Hac_1315 Hac_1316 trmD rimM TRUE 0.976 16.000 0.672 1.000 Y NA
 2043776 2043777 Hac_1316 Hac_1317 rimM   TRUE 0.969 8.000 0.324 1.000   NA
 2043777 2043778 Hac_1317 Hac_1318   rpsP TRUE 0.960 16.000 0.385 1.000   NA
 2043778 2043779 Hac_1318 Hac_1319 rpsP ffh TRUE 0.784 72.000 0.361 1.000 N NA
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 2043782 2043783 Hac_1322 Hac_1323 murG omp24 FALSE 0.314 110.000 0.020 NA   NA
 2043783 2043784 Hac_1323 Hac_1324 omp24 omp25 TRUE 0.626 22.000 0.000 NA   NA
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 2043785 2043786 Hac_1325 Hac_1326 proC fic TRUE 0.872 31.000 0.151 1.000 N NA
 2043787 2043788 Hac_1327 Hac_1328   fldA FALSE 0.364 67.000 0.007 NA   NA
 2043788 2043789 Hac_1328 Hac_1329 fldA   TRUE 0.589 103.000 0.281 NA   NA
 2043790 2043791 Hac_1330 Hac_1331   trxB TRUE 0.942 11.000 0.043 NA N NA
 2043792 2043793 Hac_1332 Hac_1333 permease fragment 4 permease fragment 3 TRUE 0.896 -31.000 0.250 NA   NA
 2043795 2043796 Hac_1335 Hac_1336 Hac prophage I orf2 Hac prophage I orf3 FALSE 0.212 107.000 0.000 NA   NA
 2043796 2043797 Hac_1336 Hac_1337 Hac prophage I orf3 Hac prophage I orf4 FALSE 0.074 681.000 0.000 1.000   NA
 2043797 2043798 Hac_1337 Hac_1339 Hac prophage I orf4 Hac prophage I orf5 FALSE 0.111 337.000 0.000 1.000   NA
 2043798 2043799 Hac_1339 Hac_1340 Hac prophage I orf5 Hac prophage I orf6 FALSE 0.103 211.000 0.000 NA   NA
 2043799 2043800 Hac_1340 Hac_1341 Hac prophage I orf6 Hac prophage I orf7 FALSE 0.046 634.000 0.000 NA   NA
 2043800 2043801 Hac_1341 Hac_1342 Hac prophage I orf7 Hac prophage I orf8 FALSE 0.042 1503.000 0.000 NA   NA
 2043801 2043802 Hac_1342 Hac_1343 Hac prophage I orf8 Hac prophage I orf9 FALSE 0.081 256.000 0.000 NA   NA
 2043802 2043803 Hac_1343 Hac_1344 Hac prophage I orf9 permease fragment 2 FALSE 0.071 306.000 0.000 NA   NA
 2043803 2043804 Hac_1344 Hac_1345 permease fragment 2 permease fragment 1 TRUE 0.505 127.000 0.250 NA   NA
 2043805 2043806 Hac_1346 Hac_1347 pgi   TRUE 0.727 17.000 0.000 NA   NA
 2043806 2043807 Hac_1347 Hac_1348     TRUE 0.972 11.000 0.727 NA   NA
 2043808 2043809 Hac_1349 Hac_1350 xseA   TRUE 0.916 13.000 0.011 1.000 N NA
 2043809 2043810 Hac_1350 Hac_1351     TRUE 0.902 0.000 0.010 1.000   NA
 2043810 2043811 Hac_1351 Hac_1352     TRUE 0.922 -7.000 0.093 NA   NA
 2043811 2043812 Hac_1352 Hac_1353   purA TRUE 0.849 -3.000 0.009 NA   NA
 2043812 2043813 Hac_1353 Hac_1354 purA omp26 FALSE 0.352 76.000 0.009 NA   NA
 2043813 2043814 Hac_1354 Hac_1355 omp26 omp27 TRUE 0.953 13.000 0.250 NA   NA
 1461762 2043815 Hac_trna_0027 Hac_1357   oppC fragment 1 FALSE 0.207 109.000 0.000 NA   NA
 2043815 2043816 Hac_1357 Hac_1358 oppC fragment 1 oppC fragment 2 TRUE 0.809 13.000 0.000 NA   NA
 2043816 2043817 Hac_1358 Hac_1359 oppC fragment 2 oppC fragment 3 TRUE 0.591 24.000 0.000 NA   NA
 2043817 2043818 Hac_1359 Hac_1360 oppC fragment 3 oppC fragment 4 TRUE 0.633 -36.000 0.000 NA   NA
 2043818 2043819 Hac_1360 Hac_1361 oppC fragment 4 oppC fragment 5 TRUE 0.806 0.000 0.000 NA   NA
 2043819 2043820 Hac_1361 Hac_1362 oppC fragment 5 oppD fragment 1 TRUE 0.778 15.000 0.000 NA   NA
 2043820 2043821 Hac_1362 Hac_1363 oppD fragment 1 oppD fragment 2 TRUE 0.615 -57.000 0.000 NA   NA
 2043821 2043822 Hac_1363 Hac_1365 oppD fragment 2 oppD fragment 3 FALSE 0.224 103.000 0.000 NA   NA
 2043822 2043823 Hac_1365 Hac_1366 oppD fragment 3 oppD fragment 4 TRUE 0.793 1.000 0.000 NA   NA
 2043824 2043825 Hac_1368 Hac_1369     TRUE 0.941 7.000 0.119 NA   NA
 2043825 2043826 Hac_1369 Hac_1370   deaD TRUE 0.933 19.000 0.119 1.000 N NA
 2043827 2043828 Hac_1371 Hac_1372 flgI   TRUE 0.963 -3.000 0.569 NA   NA
 2043828 2043829 Hac_1372 Hac_1373   atoS TRUE 0.959 -3.000 0.406 NA   NA
 2043829 2043830 Hac_1373 Hac_1375 atoS napA FALSE 0.109 393.000 0.000 1.000 N NA
 2043830 2043831 Hac_1375 Hac_1376 napA   TRUE 0.905 18.000 0.121 NA   NA
 2043831 2043832 Hac_1376 Hac_1377     TRUE 0.930 17.000 0.286 NA   NA
 2043832 2043833 Hac_1377 Hac_1378   ispB TRUE 0.891 10.000 0.017 NA   NA
 2043833 2043834 Hac_1378 Hac_1379 ispB hemA TRUE 0.964 0.000 0.051 1.000 Y NA
 2043834 2043835 Hac_1379 Hac_1380 hemA proS TRUE 0.977 4.000 0.040 0.041 N NA
 2043835 2043836 Hac_1380 Hac_1381 proS hemC TRUE 0.930 11.000 0.010 1.000 N NA
 2043836 2043837 Hac_1381 Hac_1382 hemC   TRUE 0.896 0.000 0.008 1.000   NA
 2043837 2043838 Hac_1382 Hac_1383     TRUE 0.623 108.000 0.167 1.000   NA
 2043838 2043839 Hac_1383 Hac_1385     FALSE 0.194 116.000 0.000 NA   NA
 2043839 2043840 Hac_1385 Hac_1386   omp28 fragment 1 FALSE 0.220 104.000 0.000 NA   NA
 2043840 2043841 Hac_1386 Hac_1387 omp28 fragment 1 omp28 fragment 2 FALSE 0.300 73.000 0.000 NA   NA
 2043841 2043842 Hac_1387 Hac_1388 omp28 fragment 2 omp28 fragment 3 TRUE 0.696 -15.000 0.000 NA   NA
 2043842 2043843 Hac_1388 Hac_1389 omp28 fragment 3 omp28 fragment 4 FALSE 0.285 79.000 0.000 NA   NA
 2043843 2043844 Hac_1389 Hac_1390 omp28 fragment 4   FALSE 0.129 170.000 0.000 NA   NA
 2043844 2043845 Hac_1390 Hac_1391     FALSE 0.049 540.000 0.000 NA   NA
 2043845 2043846 Hac_1391 Hac_1392     TRUE 0.946 0.000 0.047 1.000   NA
 2043847 2043848 Hac_1393 Hac_1394 vacA paralog   TRUE 0.840 162.000 0.600 0.011   NA
 2043848 2043849 Hac_1394 Hac_1395   acrB TRUE 0.988 -3.000 0.281 0.050   NA
 2043849 2043850 Hac_1395 Hac_1396 acrB   TRUE 0.979 13.000 0.844 1.000 N NA
 2043850 2043851 Hac_1396 Hac_1397   tolC TRUE 0.980 14.000 0.655 1.000 Y NA
 2043851 2043852 Hac_1397 Hac_1398 tolC hemE TRUE 0.913 13.000 0.010 1.000 N NA
 2043852 2043853 Hac_1398 Hac_1400 hemE   FALSE 0.228 126.000 0.010 NA   NA
 2043853 2043854 Hac_1400 Hac_1401     TRUE 0.920 -3.000 0.042 NA   NA
 2043854 2043855 Hac_1401 Hac_1403   flaA FALSE 0.216 412.000 0.042 1.000 N NA
 2043856 2043857 Hac_1404 Hac_1405 fragment 1 fragment 2 FALSE 0.086 247.000 0.000 NA   NA
 2043857 2043858 Hac_1405 Hac_1406 fragment 2 fragment 3 FALSE 0.255 91.000 0.000 NA   NA
 2043858 2043859 Hac_1406 Hac_1407 fragment 3 fragment 4 FALSE 0.311 70.000 0.000 NA   NA
 2043859 2043860 Hac_1407 Hac_1409 fragment 4 mcp FALSE 0.334 64.000 0.000 NA   NA
 2043860 2043861 Hac_1409 Hac_1410 mcp bioF TRUE 0.939 14.000 0.033 1.000 N NA
 2043861 2043862 Hac_1410 Hac_1411 bioF pbp TRUE 0.948 1.000 0.050 1.000 N NA
 2043865 2043866 Hac_1414 Hac_1415     TRUE 0.941 9.000 0.095 NA   NA
 2043866 2043867 Hac_1415 Hac_1417   mod FALSE 0.212 107.000 0.000 NA   NA
 2043867 2043868 Hac_1417 Hac_1418 mod res TRUE 0.985 17.000 0.667 0.060 N NA
 2043868 2043869 Hac_1418 Hac_1420 res oorC TRUE 0.534 149.000 0.139 1.000 N NA
 2043869 2043870 Hac_1420 Hac_1421 oorC oorB TRUE 0.996 0.000 0.324 0.003 Y NA
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 2043871 2043872 Hac_1422 Hac_1423 oorA oorD TRUE 0.996 0.000 0.316 0.003 Y NA
 2043872 2043873 Hac_1423 Hac_1424 oorD pabC FALSE 0.166 180.000 0.012 NA   NA
 2043874 2043875 Hac_1425 Hac_1426   feoA TRUE 0.957 -3.000 0.303 NA   NA
 2043875 2043876 Hac_1426 Hac_1427 feoA nth TRUE 0.901 2.000 0.011 1.000 N NA
 2043876 2043877 Hac_1427 Hac_1428 nth fliN TRUE 0.489 78.000 0.009 1.000 N NA
 2043877 2043878 Hac_1428 Hac_1429 fliN   TRUE 0.956 -3.000 0.281 NA   NA
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 2044035 2044036 Hac_1604 Hac_1606 Hac prophage II orf2 Hac prophage II orf3 FALSE 0.216 106.000 0.000 NA   NA
 2044036 2044037 Hac_1606 Hac_1607 Hac prophage II orf3 Hac prophage II orf4 TRUE 0.952 0.000 0.250 NA   NA
 2044037 2044038 Hac_1607 Hac_1608 Hac prophage II orf4 Hac prophage II orf5 TRUE 0.782 2.000 0.000 NA   NA
 2044038 2044039 Hac_1608 Hac_1609 Hac prophage II orf5 Hac prophage II orf6 TRUE 0.976 -3.000 0.000 0.007   NA
 2044039 2044040 Hac_1609 Hac_1610 Hac prophage II orf6 Hac prophage II orf7 FALSE 0.110 198.000 0.000 NA   NA
 2044040 2044041 Hac_1610 Hac_1611 Hac prophage II orf7 Hac prophage II orf8 TRUE 0.803 7.000 0.000 NA   NA
 2044041 2044042 Hac_1611 Hac_1612 Hac prophage II orf8 Hac prophage II orf9 TRUE 0.882 13.000 0.000 NA Y NA
 2044042 2044043 Hac_1612 Hac_1614 Hac prophage II orf9 Hac prophage II orf10 FALSE 0.091 234.000 0.000 NA   NA
 2044043 2044044 Hac_1614 Hac_1615 Hac prophage II orf10 Hac prophage II orf11 FALSE 0.311 70.000 0.000 NA   NA
 2044044 2044045 Hac_1615 Hac_1616 Hac prophage II orf11 Hac prophage II orf12 FALSE 0.328 66.000 0.000 NA   NA
 2044045 2044046 Hac_1616 Hac_1617 Hac prophage II orf12 Hac prophage II orf13 TRUE 0.812 -3.000 0.000 NA   NA
 2044046 2044047 Hac_1617 Hac_1618 Hac prophage II orf13 Hac prophage II orf14 TRUE 0.829 10.000 0.000 NA   NA
 2044047 2044048 Hac_1618 Hac_1619 Hac prophage II orf14 Hac prophage II orf15 TRUE 0.812 -3.000 0.000 NA   NA
 2044048 2044049 Hac_1619 Hac_1620 Hac prophage II orf15 Hac prophage II orf16 FALSE 0.089 237.000 0.000 NA   NA
 2044049 2044050 Hac_1620 Hac_1621 Hac prophage II orf16 Hac prophage II orf17 TRUE 0.829 10.000 0.000 NA   NA
 2044050 2044051 Hac_1621 Hac_1622 Hac prophage II orf17 Hac prophage II orf18 TRUE 0.778 15.000 0.000 NA   NA
 2044051 2044052 Hac_1622 Hac_1623 Hac prophage II orf18 Hac prophage II orf19 TRUE 0.829 10.000 0.000 NA   NA
 2044052 2044053 Hac_1623 Hac_1624 Hac prophage II orf19 Hac prophage II orf20 FALSE 0.322 67.000 0.000 NA   NA
 2044053 2044054 Hac_1624 Hac_1625 Hac prophage II orf20 Hac prophage II orf21 TRUE 0.790 14.000 0.000 NA   NA
 2044054 2044055 Hac_1625 Hac_1626 Hac prophage II orf21 Hac prophage II orf22 TRUE 0.768 3.000 0.000 NA   NA
 2044055 2044056 Hac_1626 Hac_1627 Hac prophage II orf22 Hac prophage II orf23 TRUE 0.809 13.000 0.000 NA   NA
 2044056 2044057 Hac_1627 Hac_1628 Hac prophage II orf23 Hac prophage II orf24 TRUE 0.776 5.000 0.000 NA   NA
 2044057 2044058 Hac_1628 Hac_1629 Hac prophage II orf24 Hac prophage II orf25 TRUE 0.812 -3.000 0.000 NA   NA
 2044058 2044059 Hac_1629 Hac_1630 Hac prophage II orf25 Hac prophage II orf26 FALSE 0.393 50.000 0.000 NA   NA
 2044059 2044060 Hac_1630 Hac_1631 Hac prophage II orf26 Hac prophage II orf27 TRUE 0.782 2.000 0.000 NA   NA
 2044060 2044061 Hac_1631 Hac_1632 Hac prophage II orf27 Hac prophage II orf28 TRUE 0.776 5.000 0.000 NA   NA
 2044061 2044062 Hac_1632 Hac_1633 Hac prophage II orf28 Hac prophage II orf29 FALSE 0.447 39.000 0.000 NA   NA
 2044062 2044063 Hac_1633 Hac_1634 Hac prophage II orf29 Hac prophage II orf30 FALSE 0.350 59.000 0.000 NA   NA
 2044063 2044064 Hac_1634 Hac_1635 Hac prophage II orf30 Hac prophage II orf31 TRUE 0.829 10.000 0.000 NA   NA
 2044064 2044065 Hac_1635 Hac_1636 Hac prophage II orf31 Hac prophage II orf32 TRUE 0.806 0.000 0.000 NA   NA
 2044066 2044067 Hac_1638 Hac_1639 pyrA   TRUE 0.916 0.000 0.041 NA   NA
 2044067 2044068 Hac_1639 Hac_1640     TRUE 0.583 97.000 0.174 NA   NA
 2044068 2044069 Hac_1640 Hac_1641     TRUE 0.932 -9.000 0.211 NA   NA
 2044071 2044072 Hac_1643 Hac_1644 folP holB TRUE 0.948 0.000 0.054 1.000   NA
 2044072 2044073 Hac_1644 Hac_1645 holB   TRUE 0.927 -3.000 0.053 NA   NA
 2044073 2044074 Hac_1645 Hac_1646   lysC TRUE 0.926 -3.000 0.050 NA   NA
 2044074 2044075 Hac_1646 Hac_1647 lysC nudA TRUE 0.945 -6.000 0.051 1.000 N NA
 2044075 2044076 Hac_1647 Hac_1648 nudA   FALSE 0.332 158.000 0.019 1.000 N NA
 2044078 2044079 Hac_1650 Hac_1651 czcA   TRUE 0.955 3.000 0.526 NA N NA
 2044079 2044080 Hac_1651 Hac_1652     TRUE 0.974 -3.000 0.562 NA Y NA
 2044080 2044081 Hac_1652 Hac_1653     TRUE 0.955 5.000 0.625 NA   NA
 2044081 2044082 Hac_1653 Hac_1655   fragment 2 FALSE 0.050 519.000 0.000 NA   NA
 2044082 2044083 Hac_1655 Hac_1656 fragment 2 fragment 1 TRUE 0.644 -31.000 0.000 NA   NA
 2044083 2044084 Hac_1656 Hac_1657 fragment 1 purU FALSE 0.442 109.000 0.024 1.000   NA
 2044084 2044085 Hac_1657 Hac_1658 purU pspA TRUE 0.930 2.000 0.028 1.000 N NA
 2044086 2044087 Hac_1659 Hac_1661   N-terminal fragment FALSE 0.168 133.000 0.000 NA   NA
 2044088 2044089 Hac_1663 Hac_1665 ftsI, pbpB fliE TRUE 0.565 158.000 0.303 1.000 N NA
 2044089 2044090 Hac_1665 Hac_1666 fliE flgC TRUE 0.923 108.000 0.271 0.006 Y NA
 2044090 2044091 Hac_1666 Hac_1667 flgC flgB TRUE 0.996 14.000 0.804 0.006 Y NA
 2044094 2044095 Hac_1670 Hac_1671 ahpC   FALSE 0.259 140.000 0.016 NA N NA
 2044096 2044097 Hac_1672 Hac_1673 pbp2   TRUE 0.881 5.000 0.027 NA   NA
 2044097 2044098 Hac_1673 Hac_1674     TRUE 0.867 12.000 0.010 NA   NA
 2044098 2044099 Hac_1674 Hac_1675     TRUE 0.919 -3.000 0.041 NA   NA
 2044099 2044100 Hac_1675 Hac_1676     TRUE 0.914 0.000 0.038 NA   NA
 2044100 2044101 Hac_1676 Hac_1677     TRUE 0.916 -25.000 0.471 NA   NA
 2044101 2044102 Hac_1677 Hac_1678   rlpA TRUE 0.920 -3.000 0.042 NA   NA
 2044102 2044103 Hac_1678 Hac_1679 rlpA dniR TRUE 0.960 0.000 0.115 NA Y NA
 2044103 2044104 Hac_1679 Hac_1680 dniR   FALSE 0.449 92.000 0.028 NA N NA
 2044105 2044106 Hac_1681 Hac_1682 ribC   TRUE 0.889 1.000 0.009 1.000   NA
 2044106 2044107 Hac_1682 Hac_1683   abc TRUE 0.944 15.000 0.066 1.000   NA
 2044107 2044108 Hac_1683 Hac_1684 abc yaeE TRUE 0.974 2.000 0.274 1.000 Y NA
 2044108 2044109 Hac_1684 Hac_1686 yaeE   FALSE 0.310 364.000 0.000 0.025   NA
 2044109 2044110 Hac_1686 Hac_1687     TRUE 0.968 6.000 0.429 1.000   NA
 2044111 2044112 Hac_1688 Hac_1689 nspC cheV TRUE 0.951 -3.000 0.042 1.000 N NA
 2044112 2044113 Hac_1689 Hac_1690 cheV   TRUE 0.506 100.000 0.071 NA   NA
 2044113 2044114 Hac_1690 Hac_1691   virB4 FALSE 0.115 188.000 0.000 NA   NA
 2044114 2044115 Hac_1691 Hac_1692 virB4   TRUE 0.963 2.000 1.000 NA   NA
 2044115 2044116 Hac_1692 Hac_1693     TRUE 0.968 0.000 1.000 NA   NA
 2044116 2044117 Hac_1693 Hac_1694     TRUE 0.486 133.000 0.235 NA   NA
 2044117 2044118 Hac_1694 Hac_1695   trmU FALSE 0.330 91.000 0.012 NA   NA
 2044118 2044119 Hac_1695 Hac_1696 trmU dnaG TRUE 0.948 -3.000 0.035 1.000 N NA
 2044120 2044121 Hac_1697 Hac_1698 groES GroEL TRUE 0.986 23.000 0.356 0.008 Y NA
 2044121 2044122 Hac_1698 Hac_1699 GroEL   FALSE 0.119 182.000 0.000 NA   NA
 2044122 2044123 Hac_1699 Hac_1700   omp31 fragment 1 FALSE 0.080 264.000 0.000 NA   NA
 2044123 2044124 Hac_1700 Hac_1705 omp31 fragment 1 omp31 fragment 2 FALSE 0.047 616.000 0.000 NA   NA
 2044124 2044125 Hac_1705 Hac_1706 omp31 fragment 2 omp31 fragment 3 TRUE 0.624 -42.000 0.000 NA   NA
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 2044127 2044128 Hac_1708 Hac_1709     FALSE 0.442 40.000 0.000 NA   NA
 2044129 2044130 Hac_1711 Hac_1712   parA FALSE 0.079 267.000 0.000 NA   NA
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 2044136 2044137 Hac_1718 Hac_1719 omp32 polA FALSE 0.272 101.000 0.008 NA   NA
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 2044151 2044152 Hac_1734 Hac_1735 tmk kdtB TRUE 0.937 2.000 0.034 1.000 N NA
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