MicrobesOnline Operon Predictions for Aeromonas hydrophila hydro. ATCC 7966

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column Description
Gene1 VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1 Systematic name of 1st gene in pair
Name1 Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2 VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2 Systematic name of 2nd gene in pair
Name2 Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim Whether the genes share a COG category or not
ExprSim Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

 Gene1 Gene2 SysName1 SysName2 Name1 Name2 bOp pOp Sep MOGScore GOScore COGSim ExprSim
 2031812 2031813 AHA_0001 AHA_0002 dnaA-1 dnaN TRUE 0.948 84.000 0.328 1.000 Y NA
 2031813 2031814 AHA_0002 AHA_0003 dnaN recF TRUE 0.996 3.000 0.318 1.000 Y NA
 2031814 2031815 AHA_0003 AHA_0004 recF gyrB TRUE 0.998 -3.000 0.249 0.006 Y NA
 2031816 2031817 AHA_0005 AHA_0006     TRUE 0.801 67.000 0.222 NA   NA
 2031818 2031819 AHA_0007 AHA_0008     TRUE 0.841 93.000 0.099 NA Y NA
 2031824 2031825 AHA_0013 AHA_0014     TRUE 0.988 31.000 0.621 1.000 Y NA
 2031825 2031826 AHA_0014 AHA_0015   kdpC FALSE 0.205 104.000 0.020 1.000 N NA
 2031826 2031827 AHA_0015 AHA_0016 kdpC kdpB TRUE 0.996 61.000 0.877 0.001 Y NA
 2031827 2031828 AHA_0016 AHA_0017 kdpB kdpA TRUE 0.950 56.000 0.059 0.001 Y NA
 2031828 2031829 AHA_0017 AHA_0018 kdpA   TRUE 0.714 11.000 0.000 NA   NA
 2031829 2031830 AHA_0018 AHA_0019   gor FALSE 0.025 239.000 0.000 NA   NA
 2031830 2031831 AHA_0019 AHA_0020 gor   FALSE 0.067 77.000 0.000 1.000 N NA
 2031831 2031832 AHA_0020 AHA_0021     FALSE 0.069 93.000 0.000 NA N NA
 2031832 2031833 AHA_0021 AHA_0022     FALSE 0.293 16.000 0.000 NA N NA
 2031833 2031834 AHA_0022 AHA_0023     TRUE 0.921 33.000 0.362 1.000 N NA
 1379772 1379773 AHA_0024 AHA_0025     FALSE 0.257 51.000 0.000 NA   NA
 1379773 1379774 AHA_0025 AHA_0026     TRUE 0.524 21.000 0.000 NA   NA
 1379774 1379775 AHA_0026 AHA_0027     FALSE 0.239 74.000 0.000 NA   NA
 1379775 2031835 AHA_0027 AHA_0028     FALSE 0.019 294.000 0.000 NA   NA
 2031836 2031837 AHA_0029 AHA_0030 pyk-1   TRUE 0.871 68.000 0.133 1.000 Y NA
 2031838 2031839 AHA_0031 AHA_0032     TRUE 0.977 -3.000 0.211 1.000 N NA
 2031839 2031840 AHA_0032 AHA_0033     TRUE 0.994 -16.000 0.316 1.000 Y NA
 2031840 2031841 AHA_0033 AHA_0034     FALSE 0.254 52.000 0.000 NA   NA
 2031842 2031843 AHA_0035 AHA_0036     TRUE 0.587 94.000 0.000 0.085   NA
 2031843 2031844 AHA_0036 AHA_0037     TRUE 0.808 -3.000 0.000 1.000   NA
 2031844 2031845 AHA_0037 AHA_0038     TRUE 0.818 0.000 0.000 1.000   NA
 2031845 2031846 AHA_0038 AHA_0039     FALSE 0.130 195.000 0.095 1.000 N NA
 2031846 2031847 AHA_0039 AHA_0040   rpoZ TRUE 0.848 138.000 0.291 1.000 Y NA
 2031847 2031848 AHA_0040 AHA_0041 rpoZ   FALSE 0.066 80.000 0.000 1.000 N NA
 2031848 2031849 AHA_0041 AHA_0042     FALSE 0.080 44.000 0.000 1.000 N NA
 2031850 2031851 AHA_0043 AHA_0044 kdkA   TRUE 0.474 128.000 0.000 1.000 Y NA
 2031854 2031855 AHA_0047 AHA_0048     TRUE 0.740 -15.000 0.000 NA   NA
 2031857 2031858 AHA_0049 AHA_0051 trpS-1   FALSE 0.009 192.000 0.000 1.000 N NA
 2031861 2031862 AHA_0054 AHA_0055     FALSE 0.349 158.000 0.004 0.037   NA
 2031865 2031866 AHA_0058 AHA_0059     TRUE 0.700 -57.000 0.000 NA   NA
 2031866 2031867 AHA_0059 AHA_0060     TRUE 0.807 3.000 0.000 NA   NA
 2031867 2031868 AHA_0060 AHA_0061     FALSE 0.254 52.000 0.000 NA   NA
 2031868 2031869 AHA_0061 AHA_0062   matB TRUE 0.898 60.000 0.385 NA   NA
 2031870 2031871 AHA_0063 AHA_0064 evgA   TRUE 0.989 3.000 0.000 0.026 Y NA
 2031873 2031874 AHA_0066 AHA_0067     TRUE 0.982 130.000 0.744 0.033 Y NA
 2031874 2031875 AHA_0067 AHA_0068     TRUE 0.581 122.000 0.205 1.000 N NA
 2031876 2031877 AHA_0069 AHA_0070 purK purE-1 TRUE 0.998 -3.000 0.201 0.001 Y NA
 2031877 2031878 AHA_0070 AHA_0071 purE-1   FALSE 0.300 63.000 0.002 NA   NA
 2031878 2031879 AHA_0071 AHA_0072     TRUE 0.969 5.000 0.162 NA   NA
 2031880 2031881 AHA_0073 AHA_0074     FALSE 0.005 265.000 0.000 1.000 N NA
 2031881 2031882 AHA_0074 AHA_0075   murI FALSE 0.038 118.000 0.000 1.000 N NA
 1379825 1379826 AHA_0077 AHA_0078 rrsA   FALSE 0.029 221.000 0.000 NA   NA
 1379826 1379827 AHA_0078 AHA_0079   rrlA FALSE 0.025 240.000 0.000 NA   NA
 1379827 1379828 AHA_0079 AHA_0080 rrlA rrfA FALSE 0.162 112.000 0.000 NA   NA
 1379828 1379829 AHA_0080 AHA_0081 rrfA   FALSE 0.207 98.000 0.000 NA   NA
 1379829 2031884 AHA_0081 AHA_0082   codA FALSE 0.016 398.000 0.000 NA   NA
 2031884 2031885 AHA_0082 AHA_0083 codA crcB FALSE 0.084 49.000 0.000 NA N NA
 2031885 2031886 AHA_0083 AHA_0084 crcB   FALSE 0.071 66.000 0.000 NA N NA
 2031886 2031887 AHA_0084 AHA_0085     TRUE 0.960 9.000 0.145 1.000   NA
 2031887 2031888 AHA_0085 AHA_0086   ubiB TRUE 0.993 0.000 0.432 1.000   NA
 2031888 2031889 AHA_0086 AHA_0087 ubiB tatA FALSE 0.420 41.000 0.010 1.000   NA
 2031889 2031890 AHA_0087 AHA_0088 tatA tatB TRUE 0.993 4.000 0.043 0.009 Y NA
 2031890 2031891 AHA_0088 AHA_0089 tatB tatC TRUE 0.996 -3.000 0.333 NA Y NA
 2031891 2031892 AHA_0089 AHA_0090 tatC   TRUE 0.483 112.000 0.121 NA N NA
 2031892 2031893 AHA_0090 AHA_0091   hemB TRUE 0.854 4.000 0.031 NA N NA
 2031893 2031894 AHA_0091 AHA_0092 hemB prlC FALSE 0.007 223.000 0.000 1.000 N NA
 2031894 2031895 AHA_0092 AHA_0093 prlC   FALSE 0.008 205.000 0.000 1.000 N NA
 2031895 2031896 AHA_0093 AHA_0094     FALSE 0.217 95.000 0.000 NA   NA
 2031897 2031898 AHA_0095 AHA_0096     FALSE 0.037 197.000 0.000 NA   NA
 2031898 2031899 AHA_0096 AHA_0097     TRUE 0.976 15.000 0.406 1.000 N NA
 2031900 2031901 AHA_0098 AHA_0099 trx rho FALSE 0.104 208.000 0.087 1.000 N NA
 2031901 2031902 AHA_0099 AHA_0100 rho   FALSE 0.018 314.000 0.000 NA   NA
 2031902 2031903 AHA_0100 AHA_0101     TRUE 0.496 31.000 0.006 NA   NA
 2031903 2031904 AHA_0101 AHA_0102     FALSE 0.337 169.000 0.009 NA Y NA
 2031907 2031908 AHA_0105 AHA_0106     TRUE 0.992 -3.000 0.405 1.000   NA
 2031910 2031911 AHA_0107 AHA_0109     FALSE 0.468 4.000 0.000 1.000 N NA
 2031911 2031912 AHA_0109 AHA_0110     TRUE 0.999 11.000 0.967 0.024 Y NA
 2031912 2031913 AHA_0110 AHA_0111     TRUE 0.998 -3.000 0.574 1.000 Y NA
 2031913 2031914 AHA_0111 AHA_0112     TRUE 0.999 -3.000 0.574 0.068 Y NA
 2031914 2031915 AHA_0112 AHA_0113     TRUE 0.765 65.000 0.033 1.000 Y NA
 2031917 2031918 AHA_0115 AHA_0116     TRUE 0.996 3.000 0.309 1.000 Y NA
 2031921 2031922 AHA_0119 AHA_0120 norV norW TRUE 0.996 -3.000 0.375 0.061   NA
 2031922 2031923 AHA_0120 AHA_0121 norW   FALSE 0.254 52.000 0.000 NA   NA
 2031923 2031924 AHA_0121 AHA_0122     FALSE 0.038 122.000 0.000 NA N NA
 2031924 2031925 AHA_0122 AHA_0123     FALSE 0.005 288.000 0.000 1.000 N NA
 2031926 2031927 AHA_0124 AHA_0125     FALSE 0.157 114.000 0.000 NA   NA
 2031929 2031930 AHA_0127 AHA_0128 glyS glyQ TRUE 0.999 10.000 0.651 0.001 Y NA
 2031934 2031935 AHA_0132 AHA_0133     FALSE 0.208 22.000 0.000 NA N NA
 2031937 2031938 AHA_0135 AHA_0136     TRUE 0.953 5.000 0.143 1.000 N NA
 2031938 2031939 AHA_0136 AHA_0137     TRUE 0.987 82.000 0.909 1.000 Y NA
 2031939 2031940 AHA_0137 AHA_0138   fadA FALSE 0.004 313.000 0.000 1.000 N NA
 2031940 2031941 AHA_0138 AHA_0139 fadA fadB TRUE 0.993 22.000 0.607 1.000 Y NA
 2031941 2031942 AHA_0139 AHA_0140 fadB   FALSE 0.197 203.000 0.000 1.000 Y NA
 2031943 2031944 AHA_0141 AHA_0142 pepQ   TRUE 0.970 0.000 0.127 1.000   NA
 2031944 2031945 AHA_0142 AHA_0143   trkH TRUE 0.846 37.000 0.202 1.000   NA
 2031945 2031946 AHA_0143 AHA_0144 trkH   TRUE 0.984 -61.000 0.455 1.000 N NA
 2031946 1379893 AHA_0144 AHA_0145   rrsB FALSE 0.015 446.000 0.000 NA   NA
 1379893 1379894 AHA_0145 AHA_0146 rrsB   FALSE 0.038 195.000 0.000 NA   NA
 1379894 1379895 AHA_0146 AHA_0147   rrlB FALSE 0.026 237.000 0.000 NA   NA
 1379895 1379896 AHA_0147 AHA_0148 rrlB rrfB FALSE 0.169 110.000 0.000 NA   NA
 2031947 2031948 AHA_0149 AHA_0150     FALSE 0.238 73.000 0.000 NA   NA
 2031954 2031955 AHA_0156 AHA_0157     FALSE 0.038 187.000 0.011 NA N NA
 2031955 2031956 AHA_0157 AHA_0158     FALSE 0.433 70.000 0.060 1.000 N NA
 2031956 2031957 AHA_0158 AHA_0159   coaBC TRUE 0.786 41.000 0.201 1.000 N NA
 2031958 2031959 AHA_0160 AHA_0161 radC rpmB FALSE 0.059 137.000 0.002 1.000 N NA
 2031959 2031960 AHA_0161 AHA_0162 rpmB rpmG TRUE 0.997 12.000 0.332 0.016 Y NA
 2031960 2031961 AHA_0162 AHA_0163 rpmG   FALSE 0.220 94.000 0.000 NA   NA
 2031961 2031962 AHA_0163 AHA_0164   mutM FALSE 0.395 30.000 0.000 NA   NA
 2031962 2031963 AHA_0164 AHA_0165 mutM   FALSE 0.048 179.000 0.000 NA   NA
 2031967 2031968 AHA_0169 AHA_0170 rfaF waaA TRUE 0.981 2.000 0.040 1.000 Y NA
 2031969 2031970 AHA_0171 AHA_0172     TRUE 0.961 61.000 0.377 0.011   NA
 2031970 2031971 AHA_0172 AHA_0173     TRUE 0.997 -3.000 0.130 0.008 Y NA
 2031972 2031973 AHA_0174 AHA_0175     FALSE 0.130 30.000 0.000 1.000 N NA
 2031973 2031974 AHA_0175 AHA_0176     FALSE 0.274 45.000 0.000 NA   NA
 2031974 2031975 AHA_0176 AHA_0177     FALSE 0.108 133.000 0.000 NA   NA
 2031976 2031977 AHA_0178 AHA_0179   fliL-1 FALSE 0.239 58.000 0.000 NA   NA
 2031978 2031979 AHA_0180 AHA_0181   ubiA TRUE 0.995 -3.000 0.248 NA Y NA
 2031981 2031982 AHA_0183 AHA_0184 lexA   FALSE 0.015 440.000 0.000 NA   NA
 2031984 2031985 AHA_0186 AHA_0187     TRUE 0.838 -10.000 0.009 1.000   NA
 2031986 2031987 AHA_0188 AHA_0189   cpxA FALSE 0.443 33.000 0.028 1.000 N NA
 2031987 2031988 AHA_0189 AHA_0190 cpxA cpxR TRUE 0.999 -3.000 0.791 1.000 Y NA
 2031989 2031990 AHA_0191 AHA_0192 fieF cysE TRUE 0.754 9.000 0.014 1.000 N NA
 2031990 2031991 AHA_0192 AHA_0193 cysE   TRUE 0.697 22.000 0.024 NA   NA
 2031991 2031992 AHA_0193 AHA_0194     FALSE 0.455 46.000 0.023 NA   NA
 1379946 1379947 AHA_0198 AHA_0199 rrsC   FALSE 0.229 67.000 0.000 NA   NA
 1379947 1379948 AHA_0199 AHA_0200     TRUE 0.714 11.000 0.000 NA   NA
 1379948 1379949 AHA_0200 AHA_0201   rrlC FALSE 0.025 241.000 0.000 NA   NA
 1379949 3561976 AHA_0201 AHA_0201a rrlC   FALSE 0.172 109.000 0.000 NA   NA
 3561976 1379950 AHA_0201a AHA_0202     FALSE 0.204 99.000 0.000 NA   NA
 1379950 1379951 AHA_0202 AHA_0203   rrfC TRUE 0.504 22.000 0.000 NA   NA
 1379951 2031996 AHA_0203 AHA_0204 rrfC   FALSE 0.071 152.000 0.000 NA   NA
 2031996 2031997 AHA_0204 AHA_0205     FALSE 0.087 322.000 0.136 1.000 N NA
 2031997 2031998 AHA_0205 AHA_0206     TRUE 0.999 -3.000 0.682 NA Y NA
 2031998 2031999 AHA_0206 AHA_0207     TRUE 0.850 103.000 0.412 NA N NA
 2031999 2032000 AHA_0207 AHA_0208     FALSE 0.398 29.000 0.000 1.000   NA
 2032000 2032001 AHA_0208 AHA_0209     FALSE 0.055 167.000 0.000 1.000   NA
 2032001 2032002 AHA_0209 AHA_0210     FALSE 0.032 212.000 0.000 NA   NA
 2032005 2032006 AHA_0213 AHA_0214     TRUE 0.931 50.000 0.500 1.000   NA
 2032008 2032009 AHA_0216 AHA_0217     TRUE 0.998 3.000 0.720 0.068   NA
 2032009 2032010 AHA_0217 AHA_0218     TRUE 0.756 83.000 0.184 1.000   NA
 2032010 2032011 AHA_0218 AHA_0219     TRUE 0.934 84.000 0.586 1.000   NA
 2032013 2032014 AHA_0221 AHA_0222     TRUE 0.965 -3.000 0.000 0.044   NA
 2032014 2032015 AHA_0222 AHA_0223     TRUE 0.814 -3.000 0.000 NA   NA
 2032017 2032018 AHA_0225 AHA_0226     FALSE 0.014 492.000 0.000 NA   NA
 2032020 2032021 AHA_0228 AHA_0229     FALSE 0.235 81.000 0.000 NA   NA
 2032021 2032022 AHA_0229 AHA_0230     FALSE 0.207 98.000 0.000 NA   NA
 2032024 2032025 AHA_0232 AHA_0233     FALSE 0.452 25.000 0.000 NA   NA
 2032026 2032027 AHA_0234 AHA_0235     FALSE 0.240 76.000 0.000 NA   NA
 2032028 2032029 AHA_0236 AHA_0237     FALSE 0.035 201.000 0.000 NA   NA
 2032031 2032032 AHA_0239 AHA_0240     TRUE 0.990 -16.000 0.545 1.000 N NA
 2032032 2032033 AHA_0240 AHA_0241   rarD-1 FALSE 0.401 68.000 0.023 NA   NA
 2032033 2032034 AHA_0241 AHA_0242 rarD-1   FALSE 0.122 126.000 0.000 NA   NA
 2032034 2032035 AHA_0242 AHA_0243     TRUE 0.759 9.000 0.000 NA   NA
 2032035 2032036 AHA_0243 AHA_0244     FALSE 0.021 262.000 0.011 1.000 N NA
 2032037 2032038 AHA_0245 AHA_0246   mmsA-1 TRUE 0.798 99.000 0.298 1.000 N NA
 2032038 2032039 AHA_0246 AHA_0247 mmsA-1   FALSE 0.340 85.000 0.038 1.000 N NA
 2032039 2032040 AHA_0247 AHA_0248   ald TRUE 0.500 -3.000 0.000 1.000 N NA
 2032040 2032041 AHA_0248 AHA_0249 ald   FALSE 0.041 120.000 0.000 NA N NA
 2032041 2032042 AHA_0249 AHA_0250     FALSE 0.005 300.000 0.000 NA N NA
 2032044 2032045 AHA_0252 AHA_0253     TRUE 0.814 -3.000 0.000 NA   NA
 2032046 2032047 AHA_0254 AHA_0255   trkA TRUE 0.948 97.000 0.126 0.006 Y NA
 2032047 2032048 AHA_0255 AHA_0256 trkA sun FALSE 0.288 148.000 0.122 1.000 N NA
 2032048 2032049 AHA_0256 AHA_0257 sun fmt TRUE 0.946 57.000 0.305 1.000 Y NA
 2032049 2032050 AHA_0257 AHA_0258 fmt def-1 TRUE 0.987 13.000 0.058 0.023 Y NA
 2032051 2032052 AHA_0259 AHA_0260   dprA TRUE 0.919 2.000 0.033 1.000   NA
 2032052 2032053 AHA_0260 AHA_0261 dprA   TRUE 0.959 -7.000 0.124 NA   NA
 2032053 2032054 AHA_0261 AHA_0262     TRUE 0.881 56.000 0.331 NA   NA
 2032054 2032055 AHA_0262 AHA_0263   purE-2 FALSE 0.173 75.000 0.005 1.000 N NA
 2032055 2032056 AHA_0263 AHA_0264 purE-2   FALSE 0.078 135.000 0.006 NA N NA
 2032056 2032057 AHA_0264 AHA_0265   hemF FALSE 0.409 95.000 0.058 NA N NA
 2032057 2032058 AHA_0265 AHA_0266 hemF aroE FALSE 0.456 104.000 0.093 1.000 N NA
 2032058 2032059 AHA_0266 AHA_0267 aroE   TRUE 0.952 -3.000 0.078 NA   NA
 2032061 2032062 AHA_0269 AHA_0270     FALSE 0.013 630.000 0.000 NA   NA
 2032062 2032063 AHA_0270 AHA_0271     TRUE 0.993 12.000 0.679 NA   NA
 2032063 2032064 AHA_0271 AHA_0272   hemN TRUE 0.917 28.000 0.244 NA   NA
 2032065 2032066 AHA_0273 AHA_0274 add-1 ntrC FALSE 0.066 142.000 0.007 1.000 N NA
 2032066 2032067 AHA_0274 AHA_0275 ntrC glnL TRUE 0.997 10.000 0.587 1.000 Y NA
 2032067 2032068 AHA_0275 AHA_0276 glnL   FALSE 0.349 81.000 0.009 NA   NA
 2032068 2032069 AHA_0276 AHA_0277   glnA FALSE 0.222 93.000 0.000 NA   NA
 2032070 2032071 AHA_0278 AHA_0279 typA   FALSE 0.076 174.000 0.006 1.000   NA
 2032071 2032072 AHA_0279 AHA_0281   dtd TRUE 0.559 81.000 0.069 1.000   NA
 2032075 2032076 AHA_0283 AHA_0284   recG FALSE 0.126 143.000 0.004 NA   NA
 2032076 2032077 AHA_0284 AHA_0285 recG pssA FALSE 0.012 177.000 0.000 1.000 N NA
 2032077 2032078 AHA_0285 AHA_0286 pssA   FALSE 0.029 129.000 0.000 1.000 N NA
 2032079 2032080 AHA_0287 AHA_0288 aroK-1 edd TRUE 0.984 -3.000 0.066 1.000 Y NA
 2032080 2032081 AHA_0288 AHA_0289 edd eda TRUE 0.992 21.000 0.523 1.000 Y NA
 2032084 2032085 AHA_0292 AHA_0293 yibP gpmI TRUE 0.951 10.000 0.170 1.000 N NA
 2032086 2032087 AHA_0294 AHA_0295   secB TRUE 0.694 48.000 0.158 NA N NA
 2032087 2032088 AHA_0295 AHA_0296 secB   TRUE 0.974 3.000 0.206 1.000 N NA
 2032089 2032090 AHA_0297 AHA_0298 gntY   TRUE 0.549 81.000 0.066 1.000   NA
 2032091 2032092 AHA_0299 AHA_0300 bioH   FALSE 0.229 72.000 0.000 1.000   NA
 2032092 2032093 AHA_0300 AHA_0301     TRUE 0.814 2.000 0.000 NA   NA
 2032093 2032094 AHA_0301 AHA_0302     FALSE 0.214 96.000 0.000 NA   NA
 2032095 2032096 AHA_0303 AHA_0304   greB TRUE 0.868 72.000 0.123 1.000 Y NA
 2032097 2032098 AHA_0305 AHA_0306   envZ TRUE 0.998 6.000 0.584 1.000 Y NA
 2032100 2032101 AHA_0308 AHA_0309 rpsJ rplC TRUE 0.993 23.000 0.307 0.020 Y NA
 2032101 2032102 AHA_0309 AHA_0310 rplC rplD TRUE 0.997 18.000 0.486 0.016 Y NA
 2032102 2032103 AHA_0310 AHA_0311 rplD rplW TRUE 0.999 -3.000 0.513 0.016 Y NA
 2032103 2032104 AHA_0311 AHA_0312 rplW rplB TRUE 0.999 16.000 0.849 0.019 Y NA
 2032104 2032105 AHA_0312 AHA_0313 rplB rpsS TRUE 0.998 23.000 0.820 0.020 Y NA
 2032105 2032106 AHA_0313 AHA_0314 rpsS rplV TRUE 0.999 11.000 0.769 0.020 Y NA
 2032106 2032107 AHA_0314 AHA_0315 rplV rpsC TRUE 0.999 4.000 0.719 0.020 Y NA
 2032107 2032108 AHA_0315 AHA_0316 rpsC rplP TRUE 0.999 14.000 0.828 0.020 Y NA
 2032108 2032109 AHA_0316 AHA_0317 rplP rpmC TRUE 0.993 -3.000 0.029 0.016 Y NA
 2032109 2032110 AHA_0317 AHA_0318 rpmC rpsQ TRUE 0.993 0.000 0.029 0.016 Y NA
 2032110 2032111 AHA_0318 AHA_0319 rpsQ rplN TRUE 0.977 148.000 0.791 0.020 Y NA
 2032111 2032112 AHA_0319 AHA_0320 rplN rplX TRUE 0.999 12.000 0.810 0.020 Y NA
 2032112 2032113 AHA_0320 AHA_0321 rplX   TRUE 0.999 14.000 0.758 0.016 Y NA
 2032113 2032114 AHA_0321 AHA_0322     TRUE 0.999 11.000 0.496 0.016 Y NA
 2032114 2032115 AHA_0322 AHA_0323   rpsH TRUE 0.996 22.000 0.473 0.016 Y NA
 2032115 2032116 AHA_0323 AHA_0324 rpsH   TRUE 0.999 14.000 0.808 0.016 Y NA
 2032116 2032117 AHA_0324 AHA_0325   rplR TRUE 0.999 10.000 0.815 0.016 Y NA
 2032117 2032118 AHA_0325 AHA_0326 rplR rpsE TRUE 0.999 15.000 0.814 0.020 Y NA
 2032118 2032119 AHA_0326 AHA_0327 rpsE rpmD TRUE 0.999 7.000 0.789 0.020 Y NA
 2032119 2032120 AHA_0327 AHA_0328 rpmD rplO TRUE 1.000 3.000 0.653 0.002 Y NA
 2032120 2032121 AHA_0328 AHA_0329 rplO secY TRUE 0.994 9.000 0.730 1.000 N NA
 2032121 2032122 AHA_0329 AHA_0330 secY rpsM FALSE 0.019 281.000 0.011 1.000 N NA
 2032122 2032123 AHA_0330 AHA_0331 rpsM rpsK TRUE 0.999 15.000 0.810 0.016 Y NA
 2032123 2032124 AHA_0331 AHA_0332 rpsK rpsD TRUE 0.992 40.000 0.509 0.020 Y NA
 2032124 2032125 AHA_0332 AHA_0333 rpsD rpoA TRUE 0.964 26.000 0.549 1.000 N NA
 2032125 2032126 AHA_0333 AHA_0334 rpoA rplQ TRUE 0.966 44.000 0.873 1.000 N NA
 2032126 1380083 AHA_0334 AHA_0335 rplQ rrsD FALSE 0.013 856.000 0.000 NA   NA
 1380083 1380084 AHA_0335 AHA_0336 rrsD   FALSE 0.038 195.000 0.000 NA   NA
 1380084 1380085 AHA_0336 AHA_0337   rrlD FALSE 0.026 237.000 0.000 NA   NA
 1380085 1380086 AHA_0337 AHA_0338 rrlD rrfD FALSE 0.240 76.000 0.000 NA   NA
 1380086 1380087 AHA_0338 AHA_0339 rrfD   FALSE 0.217 95.000 0.000 NA   NA
 2032127 2032128 AHA_0340 AHA_0341     FALSE 0.020 289.000 0.000 NA   NA
 2032128 2032129 AHA_0341 AHA_0342   kefB TRUE 0.814 -3.000 0.000 NA   NA
 2032129 2032130 AHA_0342 AHA_0343 kefB   TRUE 0.650 71.000 0.111 1.000   NA
 2032130 2032131 AHA_0343 AHA_0344     TRUE 0.808 -3.000 0.000 1.000   NA
 2032132 2032133 AHA_0345 AHA_0346     FALSE 0.227 88.000 0.000 NA   NA
 2032133 2032134 AHA_0346 AHA_0347     FALSE 0.259 50.000 0.000 NA   NA
 2032134 2032135 AHA_0347 AHA_0348     FALSE 0.065 159.000 0.000 NA   NA
 2032135 2032136 AHA_0348 AHA_0349     FALSE 0.021 272.000 0.000 NA   NA
 2032136 2032137 AHA_0349 AHA_0350     FALSE 0.379 103.000 0.033 NA   NA
 2032138 2032139 AHA_0351 AHA_0352     TRUE 0.504 22.000 0.000 NA   NA
 2032141 2032142 AHA_0354 AHA_0355     TRUE 0.996 0.000 0.650 1.000   NA
 2032143 2032144 AHA_0356 AHA_0357     FALSE 0.235 57.000 0.000 1.000   NA
 2032146 2032147 AHA_0359 AHA_0360     TRUE 0.511 103.000 0.076 NA   NA
 2032149 2032150 AHA_0362 AHA_0363     TRUE 0.636 15.000 0.000 NA   NA
 2032150 2032151 AHA_0363 AHA_0364     FALSE 0.262 49.000 0.000 NA   NA
 2032151 2032152 AHA_0364 AHA_0365     FALSE 0.006 232.000 0.000 1.000 N NA
 2032154 2032155 AHA_0367 AHA_0368     TRUE 0.992 9.000 0.508 NA   NA
 2032156 2032157 AHA_0369 AHA_0370     FALSE 0.439 111.000 0.063 NA   NA
 2032158 2032159 AHA_0371 AHA_0372   ftsE TRUE 0.569 91.000 0.117 1.000 N NA
 2032159 2032160 AHA_0372 AHA_0373 ftsE   TRUE 0.990 0.000 0.121 NA Y NA
 2032160 2032161 AHA_0373 AHA_0374   rpoH FALSE 0.032 456.000 0.051 NA N NA
 2032161 2032162 AHA_0374 AHA_0375 rpoH   FALSE 0.457 127.000 0.005 0.019 N NA
 2032162 2032163 AHA_0375 AHA_0376   hutC FALSE 0.334 12.000 0.000 1.000 N NA
 2032163 2032164 AHA_0376 AHA_0377 hutC hutI TRUE 0.510 87.000 0.090 1.000 N NA
 2032164 2032165 AHA_0377 AHA_0378 hutI hutG TRUE 0.959 -7.000 0.171 1.000 N NA
 2032165 2032166 AHA_0378 AHA_0379 hutG hutU TRUE 0.963 55.000 0.114 0.001 Y NA
 2032166 2032167 AHA_0379 AHA_0380 hutU hutH TRUE 0.999 5.000 0.315 0.001 Y NA
 2032168 2032169 AHA_0381 AHA_0382     FALSE 0.017 162.000 0.000 NA N NA
 2032172 2032173 AHA_0385 AHA_0386     TRUE 0.814 -3.000 0.000 NA   NA
 2032173 2032174 AHA_0386 AHA_0387     TRUE 0.824 0.000 0.000 NA   NA
 2032174 2032175 AHA_0387 AHA_0388     TRUE 0.994 0.000 0.475 NA   NA
 2032175 2032176 AHA_0388 AHA_0389     FALSE 0.016 390.000 0.000 NA   NA
 2032176 2032177 AHA_0389 AHA_0390     TRUE 0.986 78.000 0.846 1.000 Y NA
 2032177 2032178 AHA_0390 AHA_0391     TRUE 0.865 96.000 0.338 1.000   NA
 2032178 2032179 AHA_0391 AHA_0392     TRUE 0.928 33.000 0.328 1.000   NA
 2032179 2032180 AHA_0392 AHA_0393     TRUE 0.984 54.000 0.740 1.000 Y NA
 2032180 2032181 AHA_0393 AHA_0394     FALSE 0.048 178.000 0.000 NA   NA
 2032181 2032182 AHA_0394 AHA_0395     FALSE 0.239 74.000 0.000 NA   NA
 2032182 2032183 AHA_0395 AHA_0396     FALSE 0.014 500.000 0.000 NA   NA
 2032183 2032184 AHA_0396 AHA_0397   mshD TRUE 0.744 -13.000 0.000 NA   NA
 2032184 2032185 AHA_0397 AHA_0398 mshD   TRUE 0.998 0.000 0.871 NA   NA
 2032185 2032186 AHA_0398 AHA_0399     FALSE 0.014 463.000 0.000 NA   NA
 2032186 2032187 AHA_0399 AHA_0400   mreB FALSE 0.058 205.000 0.009 NA   NA
 2032187 2032188 AHA_0400 AHA_0401 mreB mreC TRUE 0.952 43.000 0.689 1.000 N NA
 2032188 2032189 AHA_0401 AHA_0402 mreC mreD TRUE 0.999 0.000 0.550 0.002 Y NA
 2032189 2032190 AHA_0402 AHA_0403 mreD maf-1 TRUE 0.758 52.000 0.206 NA N NA
 2032190 2032191 AHA_0403 AHA_0404 maf-1   TRUE 0.519 187.000 0.417 NA N NA
 2032191 2032192 AHA_0404 AHA_0405     TRUE 0.924 31.000 0.296 NA   NA
 2032192 2032193 AHA_0405 AHA_0406     FALSE 0.340 35.000 0.000 NA   NA
 2032193 2032194 AHA_0406 AHA_0407     FALSE 0.408 29.000 0.000 NA   NA
 2032194 2032195 AHA_0407 AHA_0408   tldD TRUE 0.526 160.000 0.259 NA   NA
 2032195 2032196 AHA_0408 AHA_0409 tldD   FALSE 0.365 33.000 0.000 NA   NA
 2032197 2032198 AHA_0410 AHA_0411     TRUE 0.832 50.000 0.231 NA   NA
 2032198 2032199 AHA_0411 AHA_0412     TRUE 0.753 102.000 0.261 1.000 N NA
 2032199 2032200 AHA_0412 AHA_0413     TRUE 0.927 100.000 0.609 1.000   NA
 2032200 2032201 AHA_0413 AHA_0414     FALSE 0.022 264.000 0.000 NA   NA
 2032201 2032202 AHA_0414 AHA_0415     FALSE 0.169 110.000 0.000 NA   NA
 2032202 2032203 AHA_0415 AHA_0416     FALSE 0.031 132.000 0.000 NA N NA
 2032205 2032206 AHA_0417 AHA_0419     TRUE 0.980 -61.000 0.000 0.025 Y NA
 2032206 2032207 AHA_0419 AHA_0420     TRUE 0.968 1.000 0.000 1.000 Y NA
 2032207 2032208 AHA_0420 AHA_0421     TRUE 0.771 7.000 0.000 NA   NA
 2032208 2032209 AHA_0421 AHA_0422     TRUE 0.740 10.000 0.000 NA   NA
 2032213 2032214 AHA_0426 AHA_0427     FALSE 0.174 108.000 0.000 NA   NA
 2032215 2032216 AHA_0428 AHA_0429     FALSE 0.042 118.000 0.000 NA N NA
 2032217 2032218 AHA_0430 AHA_0431     FALSE 0.014 472.000 0.000 NA   NA
 2032219 2032220 AHA_0432 AHA_0433 metH   FALSE 0.011 180.000 0.000 1.000 N NA
 2032220 2032221 AHA_0433 AHA_0434   brnQ-1 FALSE 0.004 389.000 0.000 1.000 N NA
 2032222 2032223 AHA_0435 AHA_0436     TRUE 0.990 44.000 0.923 1.000 Y NA
 2032224 2032225 AHA_0437 AHA_0438     FALSE 0.019 295.000 0.000 NA   NA
 2032225 2032226 AHA_0438 AHA_0439     FALSE 0.013 503.000 0.000 1.000   NA
 2032226 2032227 AHA_0439 AHA_0440     TRUE 0.992 -3.000 0.003 0.004 Y NA
 2032227 2032228 AHA_0440 AHA_0441   thiF TRUE 0.757 63.000 0.028 1.000 Y NA
 2032228 2032229 AHA_0441 AHA_0442 thiF thiS TRUE 0.945 -30.000 0.000 1.000 Y NA
 2032229 2032230 AHA_0442 AHA_0443 thiS thiG TRUE 0.973 2.000 0.005 1.000 Y NA
 2032230 2032231 AHA_0443 AHA_0444 thiG thiH TRUE 0.987 36.000 0.277 0.004 Y NA
 2032231 2032232 AHA_0444 AHA_0445 thiH   FALSE 0.013 1111.000 0.000 NA   NA
 2032235 2032236 AHA_0448 AHA_0449     FALSE 0.159 113.000 0.000 NA   NA
 2032237 2032238 AHA_0450 AHA_0451     FALSE 0.003 459.000 0.000 1.000 N NA
 2032240 2032241 AHA_0453 AHA_0455     TRUE 0.808 -3.000 0.000 1.000   NA
 2032244 2032245 AHA_0456 AHA_0458     FALSE 0.122 126.000 0.000 NA   NA
 2032245 2032246 AHA_0458 AHA_0459     TRUE 0.663 13.000 0.000 NA   NA
 2032246 2032247 AHA_0459 AHA_0460     FALSE 0.049 177.000 0.000 NA   NA
 2032247 2032248 AHA_0460 AHA_0461     TRUE 0.889 51.000 0.333 NA   NA
 2032248 2032249 AHA_0461 AHA_0462     FALSE 0.028 227.000 0.000 NA   NA
 2032249 2032250 AHA_0462 AHA_0463     FALSE 0.146 118.000 0.000 NA   NA
 2032251 2032252 AHA_0464 AHA_0465 glpX   FALSE 0.066 158.000 0.000 NA   NA
 2032253 2032254 AHA_0466 AHA_0467     TRUE 0.998 11.000 0.765 1.000 Y NA
 2032254 2032255 AHA_0467 AHA_0468   hemD TRUE 0.998 -3.000 0.600 1.000 Y NA
 2032255 2032256 AHA_0468 AHA_0469 hemD hemC TRUE 0.998 -3.000 0.205 0.002 Y NA
 2032258 2032259 AHA_0471 AHA_0472     TRUE 0.917 -3.000 0.030 NA   NA
 2032260 2032261 AHA_0473 AHA_0474 lysA dapF TRUE 0.953 66.000 0.104 0.002 Y NA
 2032261 2032262 AHA_0474 AHA_0475 dapF   TRUE 0.655 111.000 0.175 NA   NA
 2032262 2032263 AHA_0475 AHA_0476   xerC TRUE 0.996 -7.000 0.714 NA   NA
 2032263 2032264 AHA_0476 AHA_0477 xerC   TRUE 0.916 41.000 0.367 1.000   NA
 2032265 2032266 AHA_0478 AHA_0479     FALSE 0.365 33.000 0.000 NA   NA
 2032268 2032269 AHA_0481 AHA_0482     FALSE 0.016 362.000 0.000 1.000   NA
 2032269 2032270 AHA_0482 AHA_0483     FALSE 0.177 105.000 0.000 1.000   NA
 2032271 2032272 AHA_0484 AHA_0485     TRUE 0.998 -7.000 0.752 1.000 Y NA
 2032272 2032273 AHA_0485 AHA_0486     TRUE 0.911 107.000 0.671 1.000 N NA
 2032274 2032275 AHA_0487 AHA_0488     FALSE 0.228 61.000 0.000 1.000   NA
 2032280 2032281 AHA_0493 AHA_0494     FALSE 0.024 246.000 0.000 1.000   NA
 2032281 2032282 AHA_0494 AHA_0495     FALSE 0.065 70.000 0.000 1.000 N NA
 2032283 2032284 AHA_0496 AHA_0497     FALSE 0.419 28.000 0.000 NA   NA
 2032285 2032286 AHA_0498 AHA_0499     TRUE 0.636 15.000 0.000 NA   NA
 2032286 2032287 AHA_0499 AHA_0500     FALSE 0.242 57.000 0.000 NA   NA
 2032292 2032293 AHA_0505 AHA_0506     FALSE 0.090 40.000 0.000 1.000 N NA
 2032293 2032294 AHA_0506 AHA_0507     FALSE 0.067 157.000 0.000 NA   NA
 2032295 2032296 AHA_0508 AHA_0509     FALSE 0.331 36.000 0.000 NA   NA
 2032296 2032297 AHA_0509 AHA_0510     FALSE 0.375 32.000 0.000 NA   NA
 2032298 2032299 AHA_0511 AHA_0512     TRUE 0.995 -3.000 0.587 1.000   NA
 2032299 2032300 AHA_0512 AHA_0513     FALSE 0.237 80.000 0.000 NA   NA
 2032301 2032302 AHA_0514 AHA_0515     TRUE 0.494 22.000 0.000 1.000   NA
 2032303 2032304 AHA_0516 AHA_0517     FALSE 0.057 167.000 0.000 NA   NA
 2032304 2032305 AHA_0517 AHA_0518     FALSE 0.014 504.000 0.000 NA   NA
 2032306 2032307 AHA_0519 AHA_0520     FALSE 0.234 82.000 0.000 NA   NA
 2032307 2032308 AHA_0520 AHA_0521     FALSE 0.230 68.000 0.000 NA   NA
 2032308 2032309 AHA_0521 AHA_0522     TRUE 0.998 11.000 1.000 1.000 Y NA
 2032309 2032310 AHA_0522 AHA_0523     TRUE 0.776 5.000 0.000 1.000   NA
 2032310 2032311 AHA_0523 AHA_0524     TRUE 0.998 12.000 0.750 0.001   NA
 2032312 2032313 AHA_0525 AHA_0526     TRUE 0.814 -3.000 0.000 NA   NA
 2032313 2032314 AHA_0526 AHA_0527   menE FALSE 0.004 302.000 0.000 1.000 N NA
 2032314 2032315 AHA_0527 AHA_0528 menE menC TRUE 0.992 11.000 0.283 0.002 N NA
 2032315 2032316 AHA_0528 AHA_0529 menC menB TRUE 0.998 0.000 0.171 0.002 Y NA
 2032316 2032317 AHA_0529 AHA_0530 menB   TRUE 0.984 -7.000 0.280 NA   NA
 2032317 2032318 AHA_0530 AHA_0531   menD TRUE 0.987 -10.000 0.355 NA   NA
 2032318 2032319 AHA_0531 AHA_0532 menD menF TRUE 0.962 35.000 0.281 1.000 Y NA
 2032320 2032321 AHA_0533 AHA_0534 menA   FALSE 0.251 53.000 0.000 NA   NA
 2032324 2032325 AHA_0537 AHA_0538     FALSE 0.238 73.000 0.000 NA   NA
 2032327 2032328 AHA_0540 AHA_0541     FALSE 0.222 93.000 0.000 NA   NA
 2032328 2032329 AHA_0541 AHA_0542     TRUE 0.941 49.000 0.562 NA   NA
 2032329 2032330 AHA_0542 AHA_0543     FALSE 0.133 122.000 0.000 NA   NA
 2032331 2032332 AHA_0544 AHA_0545     TRUE 0.853 10.000 0.019 NA   NA
 2032333 2032334 AHA_0546 AHA_0547     FALSE 0.229 64.000 0.000 NA   NA
 2032334 2032335 AHA_0547 AHA_0548     TRUE 0.808 -3.000 0.000 1.000   NA
 2032335 2032336 AHA_0548 AHA_0549   mtlR FALSE 0.450 9.000 0.000 NA N NA
 2032336 2032337 AHA_0549 AHA_0550 mtlR   TRUE 0.693 109.000 0.230 NA N NA
 2032337 2032338 AHA_0550 AHA_0551     TRUE 0.991 -85.000 0.292 1.000 Y NA
 2032338 2032339 AHA_0551 AHA_0552     FALSE 0.015 455.000 0.000 NA   NA
 2032339 2032340 AHA_0552 AHA_0553     TRUE 0.986 22.000 0.714 NA   NA
 2032340 2032341 AHA_0553 AHA_0554   rnb FALSE 0.235 57.000 0.000 1.000   NA
 2032341 2032342 AHA_0554 AHA_0555 rnb   TRUE 0.627 101.000 0.000 1.000 Y NA
 2032342 2032343 AHA_0555 AHA_0556     FALSE 0.005 268.000 0.000 1.000 N NA
 2032344 2032345 AHA_0557 AHA_0558 ahyR   FALSE 0.030 213.000 0.000 1.000   NA
 2032345 2032346 AHA_0558 AHA_0559     FALSE 0.149 115.000 0.000 1.000   NA
 2032347 2032348 AHA_0560 AHA_0561     FALSE 0.093 138.000 0.000 1.000   NA
 2032348 2032349 AHA_0561 AHA_0562     FALSE 0.137 121.000 0.000 NA   NA
 2032349 2032350 AHA_0562 AHA_0563     FALSE 0.251 53.000 0.000 NA   NA
 2032350 2032351 AHA_0563 AHA_0564     FALSE 0.110 34.000 0.000 1.000 N NA
 2032351 2032352 AHA_0564 AHA_0565   pckA FALSE 0.012 176.000 0.000 1.000 N NA
 2032352 2032353 AHA_0565 AHA_0566 pckA hslO FALSE 0.144 150.000 0.048 1.000 N NA
 2032353 2032354 AHA_0566 AHA_0567 hslO   TRUE 0.548 106.000 0.140 1.000 N NA
 2032355 2032356 AHA_0568 AHA_0569 gspC gspD TRUE 0.997 22.000 0.575 0.005 Y NA
 2032356 2032357 AHA_0569 AHA_0570 gspD gspE TRUE 1.000 0.000 0.776 0.005 Y NA
 2032357 2032358 AHA_0570 AHA_0571 gspE gspF TRUE 0.999 2.000 0.653 0.005 Y NA
 2032358 2032359 AHA_0571 AHA_0572 gspF gspG TRUE 0.985 116.000 0.599 0.005 Y NA
 2032359 2032360 AHA_0572 AHA_0573 gspG gspH TRUE 0.863 164.000 0.425 0.005   NA
 2032360 2032361 AHA_0573 AHA_0574 gspH gspI TRUE 0.999 -3.000 0.605 0.005   NA
 2032361 2032362 AHA_0574 AHA_0575 gspI gspJ TRUE 0.977 69.000 0.569 0.005   NA
 2032362 2032363 AHA_0575 AHA_0576 gspJ gspK TRUE 0.964 90.000 0.461 1.000 Y NA
 2032363 2032364 AHA_0576 AHA_0577 gspK gspL TRUE 0.974 120.000 0.537 0.083 Y NA
 2032364 2032365 AHA_0577 AHA_0578 gspL gspM TRUE 0.999 -3.000 0.811 1.000 Y NA
 2032365 2032366 AHA_0578 AHA_0579 gspM gspN TRUE 0.944 62.000 0.649 1.000   NA
 2032370 2032371 AHA_0583 AHA_0584   cysQ-1 TRUE 0.925 38.000 0.373 1.000   NA
 2032371 2032372 AHA_0584 AHA_0585 cysQ-1   FALSE 0.004 412.000 0.000 NA N NA
 2032373 2032374 AHA_0586 AHA_0587     FALSE 0.223 85.000 0.000 1.000   NA
 2032374 2032375 AHA_0587 AHA_0588   metJ TRUE 0.899 36.000 0.000 0.067 Y NA
 2032376 2032377 AHA_0589 AHA_0590 metB   TRUE 0.997 0.000 0.428 1.000 Y NA
 2032378 2032379 AHA_0591 AHA_0592 ppc argE FALSE 0.066 216.000 0.053 1.000 N NA
 2032380 2032381 AHA_0593 AHA_0594 argC argB TRUE 0.983 24.000 0.097 0.002 Y NA
 2032381 2032382 AHA_0594 AHA_0595 argB argF-1 TRUE 0.984 -79.000 0.171 1.000 Y NA
 2032382 2032383 AHA_0595 AHA_0596 argF-1 argG TRUE 0.768 55.000 0.025 1.000 Y NA
 2032383 2032384 AHA_0596 AHA_0597 argG argH TRUE 0.614 210.000 0.278 1.000 Y NA
 2032385 2032386 AHA_0598 AHA_0599     FALSE 0.013 898.000 0.000 NA   NA
 2032386 2032387 AHA_0599 AHA_0600     FALSE 0.035 201.000 0.000 NA   NA
 2032387 2032388 AHA_0600 AHA_0601     FALSE 0.262 49.000 0.000 NA   NA
 2032388 2032389 AHA_0601 AHA_0602     TRUE 0.814 -3.000 0.000 NA   NA
 2032389 2032390 AHA_0602 AHA_0603     FALSE 0.235 81.000 0.000 NA   NA
 2032391 2032392 AHA_0604 AHA_0605     TRUE 0.479 57.000 0.038 NA   NA
 2032392 2032393 AHA_0605 AHA_0606   cysT FALSE 0.069 253.000 0.041 NA   NA
 2032393 2032394 AHA_0606 AHA_0607 cysT cysW TRUE 0.999 -3.000 0.935 0.001 N NA
 2032394 2032395 AHA_0607 AHA_0608 cysW cysA TRUE 0.991 23.000 0.587 1.000 Y NA
 2032395 2032396 AHA_0608 AHA_0609 cysA   FALSE 0.105 177.000 0.053 1.000 N NA
 2032397 2032398 AHA_0610 AHA_0611     FALSE 0.016 354.000 0.000 1.000   NA
 2032399 2032400 AHA_0612 AHA_0613     TRUE 0.683 77.000 0.000 1.000 Y NA
 2032402 2032403 AHA_0615 AHA_0616     TRUE 0.524 21.000 0.000 NA   NA
 2032405 2032406 AHA_0618 AHA_0619     FALSE 0.076 149.000 0.000 NA   NA
 2032406 2032407 AHA_0619 AHA_0620     FALSE 0.014 461.000 0.000 NA   NA
 2032407 2032408 AHA_0620 AHA_0621     TRUE 0.974 38.000 0.810 NA   NA
 2032408 2032409 AHA_0621 AHA_0622     FALSE 0.039 193.000 0.000 NA   NA
 2032410 2032411 AHA_0623 AHA_0624     FALSE 0.065 61.000 0.000 1.000 N NA
 2032411 2032412 AHA_0624 AHA_0625     FALSE 0.054 170.000 0.000 NA   NA
 2032419 2032420 AHA_0632 AHA_0633     FALSE 0.214 96.000 0.000 NA   NA
 2032421 2032422 AHA_0634 AHA_0635     TRUE 0.814 -3.000 0.000 NA   NA
 2032422 2032423 AHA_0635 AHA_0636     FALSE 0.015 410.000 0.000 NA   NA
 2032423 2032424 AHA_0636 AHA_0637     FALSE 0.025 242.000 0.000 NA   NA
 2032424 2032425 AHA_0637 AHA_0638     FALSE 0.060 164.000 0.000 NA   NA
 2032425 2032426 AHA_0638 AHA_0639     FALSE 0.229 64.000 0.000 NA   NA
 2032427 2032428 AHA_0640 AHA_0641     TRUE 0.706 120.000 0.290 NA N NA
 2032428 2032429 AHA_0641 AHA_0642     TRUE 0.993 10.000 0.295 1.000 Y NA
 2032429 2032430 AHA_0642 AHA_0643     FALSE 0.032 211.000 0.000 NA   NA
 2032430 2032431 AHA_0643 AHA_0644     FALSE 0.231 63.000 0.000 NA   NA
 2032431 2032432 AHA_0644 AHA_0645     FALSE 0.065 62.000 0.000 1.000 N NA
 2032432 2032433 AHA_0645 AHA_0646     FALSE 0.011 183.000 0.000 1.000 N NA
 2032434 2032435 AHA_0647 AHA_0648     FALSE 0.343 34.000 0.000 1.000   NA
 2032436 2032437 AHA_0649 AHA_0650     FALSE 0.008 208.000 0.000 1.000 N NA
 2032437 2032438 AHA_0650 AHA_0651   fbpB TRUE 0.985 41.000 0.374 0.065 Y NA
 2032438 2032439 AHA_0651 AHA_0652 fbpB   TRUE 0.918 70.000 0.303 0.065 N NA
 2032439 2032440 AHA_0652 AHA_0653     FALSE 0.358 104.000 0.056 NA N NA
 2032442 2032443 AHA_0655 AHA_0656     TRUE 0.894 26.000 0.032 1.000 Y NA
 2032443 2032444 AHA_0656 AHA_0657     TRUE 0.990 4.000 0.026 0.065 Y NA
 2032444 2032445 AHA_0657 AHA_0658     TRUE 0.999 3.000 0.714 0.017 Y NA
 2032445 2032446 AHA_0658 AHA_0659   mdh FALSE 0.007 222.000 0.000 1.000 N NA
 2032446 2032447 AHA_0659 AHA_0660 mdh   FALSE 0.121 125.000 0.000 1.000   NA
 2032450 2032451 AHA_0663 AHA_0664     TRUE 0.914 41.000 0.349 NA   NA
 2032452 2032453 AHA_0665 AHA_0666 ffh rpsP TRUE 0.481 185.000 0.361 1.000 N NA
 2032453 2032454 AHA_0666 AHA_0667 rpsP rimM TRUE 0.993 25.000 0.342 0.015 Y NA
 2032454 2032455 AHA_0667 AHA_0668 rimM trmD TRUE 0.988 35.000 0.672 1.000 Y NA
 2032455 2032456 AHA_0668 AHA_0669 trmD rplS TRUE 0.985 33.000 0.567 1.000 Y NA
 2032457 2032458 AHA_0670 AHA_0671   mutH FALSE 0.373 83.000 0.017 1.000   NA
 2032459 2032460 AHA_0672 AHA_0673   ptsI-1 TRUE 0.534 15.000 0.005 1.000 N NA
 2032460 2032461 AHA_0673 AHA_0674 ptsI-1 lgt FALSE 0.064 68.000 0.000 1.000 N NA
 2032461 2032462 AHA_0674 AHA_0675 lgt thyA TRUE 0.968 0.000 0.164 1.000 N NA
 2032462 2032463 AHA_0675 AHA_0676 thyA nhaA FALSE 0.021 227.000 0.007 1.000 N NA
 2032463 2032464 AHA_0676 AHA_0677 nhaA nhaR FALSE 0.193 391.000 0.292 1.000 N NA
 2032464 2032465 AHA_0677 AHA_0678 nhaR   TRUE 0.984 26.000 0.210 0.067 Y NA
 2032467 2032468 AHA_0680 AHA_0681 mviN ribF TRUE 0.470 142.000 0.169 1.000   NA
 2032468 2032469 AHA_0681 AHA_0682 ribF ileS TRUE 0.983 0.000 0.254 1.000 N NA
 2032469 2032470 AHA_0682 AHA_0683 ileS lspA TRUE 0.964 0.000 0.147 1.000 N NA
 2032470 2032471 AHA_0683 AHA_0684 lspA fkpB TRUE 0.991 -3.000 0.417 1.000 N NA
 2032471 2032472 AHA_0684 AHA_0685 fkpB ispH TRUE 0.995 0.000 0.626 1.000 N NA
 2032472 2032473 AHA_0685 AHA_0686 ispH   FALSE 0.005 262.000 0.000 1.000 N NA
 2032473 2032474 AHA_0686 AHA_0687   pilV TRUE 0.814 -3.000 0.000 NA   NA
 2032474 2032475 AHA_0687 AHA_0688 pilV   TRUE 0.941 -3.000 0.056 NA   NA
 2032475 2032476 AHA_0688 AHA_0689     TRUE 0.896 11.000 0.051 NA   NA
 2032476 2032477 AHA_0689 AHA_0690     TRUE 0.993 12.000 0.346 NA Y NA
 2032477 2032478 AHA_0690 AHA_0691     TRUE 0.995 9.000 0.346 NA Y NA
 2032480 2032481 AHA_0693 AHA_0694     TRUE 0.761 -9.000 0.000 NA   NA
 2032481 2032482 AHA_0694 AHA_0695     TRUE 0.814 2.000 0.000 NA   NA
 2032482 2032483 AHA_0695 AHA_0696     TRUE 0.994 13.000 0.833 NA   NA
 2032483 2032484 AHA_0696 AHA_0697     FALSE 0.239 74.000 0.000 NA   NA
 2032484 2032485 AHA_0697 AHA_0698   glnB TRUE 0.732 10.000 0.000 1.000   NA
 2032485 2032486 AHA_0698 AHA_0699 glnB   TRUE 0.831 11.000 0.016 NA   NA
 2032486 2032487 AHA_0699 AHA_0700   luxS TRUE 0.790 19.000 0.039 NA   NA
 2032489 2032490 AHA_0702 AHA_0703 rnr   TRUE 0.988 -3.000 0.147 0.019 N NA
 2032490 2032491 AHA_0703 AHA_0704     FALSE 0.393 11.000 0.000 NA N NA
 2032491 2032492 AHA_0704 AHA_0705     FALSE 0.239 58.000 0.000 NA   NA
 2032492 2032493 AHA_0705 AHA_0706     FALSE 0.028 228.000 0.000 NA   NA
 2032493 2032494 AHA_0706 AHA_0707     FALSE 0.146 118.000 0.000 NA   NA
 2032495 2032496 AHA_0708 AHA_0709   mntH FALSE 0.174 108.000 0.000 NA   NA
 2032497 2032498 AHA_0710 AHA_0711 rpsF rpsR TRUE 0.990 31.000 0.319 0.015 Y NA
 2032498 2032499 AHA_0711 AHA_0712 rpsR rplI TRUE 0.989 53.000 0.499 0.015 Y NA
 2032499 2032500 AHA_0712 AHA_0713 rplI   FALSE 0.052 102.000 0.000 1.000 N NA
 2032504 2032505 AHA_0717 AHA_0718     TRUE 0.938 -3.000 0.051 NA   NA
 2032505 2032506 AHA_0718 AHA_0719     TRUE 0.742 20.000 0.027 NA   NA
 2032506 2032507 AHA_0719 AHA_0720   gshA FALSE 0.394 61.000 0.048 1.000 N NA
 2032507 2032508 AHA_0720 AHA_0721 gshA   FALSE 0.023 255.000 0.000 NA   NA
 2032512 2032513 AHA_0725 AHA_0726     TRUE 0.590 188.000 0.443 NA   NA
 2032515 2032516 AHA_0728 AHA_0729     FALSE 0.144 117.000 0.000 1.000   NA
 2032516 2032517 AHA_0729 AHA_0730   prfC FALSE 0.005 258.000 0.000 1.000 N NA
 2032517 2032518 AHA_0730 AHA_0731 prfC   FALSE 0.055 169.000 0.000 NA   NA
 2032521 2032522 AHA_0734 AHA_0735   xenB FALSE 0.032 206.000 0.000 1.000   NA
 2032525 2032526 AHA_0738 AHA_0739     TRUE 0.634 127.000 0.263 1.000 N NA
 2032526 2032527 AHA_0739 AHA_0740     FALSE 0.012 1708.000 0.000 1.000   NA
 2032527 2032528 AHA_0740 AHA_0741     FALSE 0.060 164.000 0.000 NA   NA
 2032529 2032530 AHA_0742 AHA_0743     TRUE 0.615 103.000 0.000 1.000 Y NA
 2032534 2032535 AHA_0747 AHA_0748     FALSE 0.082 146.000 0.000 NA   NA
 2032536 2032537 AHA_0749 AHA_0750     FALSE 0.231 69.000 0.000 NA   NA
 2032537 2032538 AHA_0750 AHA_0751     TRUE 0.814 -3.000 0.000 NA   NA
 2032538 1380500 AHA_0751 AHA_0752   rrsE FALSE 0.014 495.000 0.000 NA   NA
 1380500 1380501 AHA_0752 AHA_0753 rrsE   FALSE 0.037 198.000 0.000 NA   NA
 1380501 1380502 AHA_0753 AHA_0754   rrlE FALSE 0.025 239.000 0.000 NA   NA
 1380502 1380503 AHA_0754 AHA_0755 rrlE rrfE FALSE 0.154 115.000 0.000 NA   NA
 1380503 1380504 AHA_0755 AHA_0756 rrfE   FALSE 0.214 96.000 0.000 NA   NA
 1380504 2032539 AHA_0756 AHA_0757     TRUE 0.482 23.000 0.000 NA   NA
 2032540 2032541 AHA_0758 AHA_0759     TRUE 0.921 57.000 0.216 1.000 Y NA
 2032542 2032543 AHA_0760 AHA_0761     TRUE 0.991 3.000 0.439 1.000 N NA
 2032544 2032545 AHA_0762 AHA_0763     TRUE 0.980 -3.000 0.037 1.000 Y NA
 2032545 2032546 AHA_0763 AHA_0764     TRUE 0.980 -3.000 0.034 1.000 Y NA
 2032546 2032547 AHA_0764 AHA_0765     TRUE 0.995 75.000 0.841 0.016 Y NA
 2032547 2032548 AHA_0765 AHA_0766     TRUE 0.968 -3.000 0.000 1.000 Y NA
 2032549 2032550 AHA_0767 AHA_0768     FALSE 0.009 204.000 0.000 NA N NA
 2032550 2032551 AHA_0768 AHA_0769     FALSE 0.050 176.000 0.000 NA   NA
 2032551 2032552 AHA_0769 AHA_0770     TRUE 0.632 56.000 0.000 0.069   NA
 2032553 2032554 AHA_0771 AHA_0772     FALSE 0.229 72.000 0.000 1.000   NA
 2032554 2032555 AHA_0772 AHA_0773     FALSE 0.044 181.000 0.000 1.000   NA
 2032556 2032557 AHA_0774 AHA_0775     FALSE 0.070 153.000 0.000 NA   NA
 2032557 2032558 AHA_0775 AHA_0776     FALSE 0.006 270.000 0.000 NA N NA
 2032558 2032559 AHA_0776 AHA_0777     FALSE 0.008 201.000 0.000 1.000 N NA
 2032559 2032560 AHA_0777 AHA_0778   hemE TRUE 0.685 20.000 0.040 1.000 N NA
 2032560 2032561 AHA_0778 AHA_0779 hemE   FALSE 0.012 181.000 0.000 NA N NA
 2032561 2032562 AHA_0779 AHA_0780   epd TRUE 0.708 50.000 0.000 NA Y NA
 2032562 2032563 AHA_0780 AHA_0781 epd pgk TRUE 0.936 63.000 0.070 0.006 Y NA
 2032563 2032564 AHA_0781 AHA_0782 pgk fbaA TRUE 0.886 117.000 0.056 0.006 Y NA
 2032564 2032565 AHA_0782 AHA_0783 fbaA   FALSE 0.007 221.000 0.000 1.000 N NA
 2032566 2032567 AHA_0784 AHA_0785   dsbD FALSE 0.125 125.000 0.000 NA   NA
 2032567 2032568 AHA_0785 AHA_0786 dsbD cutA TRUE 0.941 -3.000 0.092 1.000 N NA
 2032573 2032574 AHA_0791 AHA_0792     TRUE 0.544 20.000 0.000 NA   NA
 2032576 2032577 AHA_0794 AHA_0795   rseA TRUE 0.980 23.000 0.705 NA N NA
 2032577 2032578 AHA_0795 AHA_0796 rseA rseB TRUE 0.998 -64.000 0.856 NA Y NA
 2032578 2032579 AHA_0796 AHA_0797 rseB rseC TRUE 0.974 94.000 0.609 NA Y NA
 2032579 2032580 AHA_0797 AHA_0798 rseC lepA FALSE 0.242 121.000 0.045 1.000 N NA
 2032580 2032581 AHA_0798 AHA_0799 lepA lepB TRUE 0.976 4.000 0.187 1.000   NA
 2032581 2032582 AHA_0799 AHA_0800 lepB rnc TRUE 0.966 1.000 0.117 1.000   NA
 2032582 2032583 AHA_0800 AHA_0801 rnc era TRUE 0.989 -3.000 0.127 0.049   NA
 2032583 2032584 AHA_0801 AHA_0802 era recO TRUE 0.964 1.000 0.109 1.000   NA
 2032584 2032585 AHA_0802 AHA_0803 recO pdxJ FALSE 0.298 163.000 0.166 1.000 N NA
 2032586 2032587 AHA_0804 AHA_0805     TRUE 0.624 103.000 0.130 1.000   NA
 2032587 2032588 AHA_0805 AHA_0806   nagA-1 TRUE 0.980 -9.000 0.075 1.000 Y NA
 2032588 2032589 AHA_0806 AHA_0807 nagA-1   TRUE 0.988 1.000 0.104 1.000 Y NA
 2032589 2032590 AHA_0807 AHA_0808     TRUE 0.999 -16.000 0.692 0.011 Y NA
 2032590 2032591 AHA_0808 AHA_0809     TRUE 0.999 -10.000 0.619 0.011 Y NA
 2032591 2032592 AHA_0809 AHA_0810     TRUE 0.999 16.000 0.905 0.011 Y NA
 2032592 2032593 AHA_0810 AHA_0811     TRUE 0.985 0.000 0.286 1.000 N NA
 2032593 2032594 AHA_0811 AHA_0812     TRUE 0.957 13.000 0.240 1.000 N NA
 2032596 2032597 AHA_0814 AHA_0815     TRUE 0.794 4.000 0.000 NA   NA
 2032597 2032598 AHA_0815 AHA_0816     FALSE 0.238 73.000 0.000 NA   NA
 2032599 2032600 AHA_0817 AHA_0818 rumA-1   FALSE 0.014 267.000 0.004 1.000 N NA
 2032600 2032601 AHA_0818 AHA_0819     FALSE 0.298 85.000 0.003 1.000   NA
 2032601 2032602 AHA_0819 AHA_0820   pyrG FALSE 0.181 142.000 0.025 1.000   NA
 2032602 2032603 AHA_0820 AHA_0821 pyrG eno FALSE 0.447 90.000 0.068 1.000 N NA
 2032603 2032604 AHA_0821 AHA_0822 eno   FALSE 0.364 179.000 0.241 1.000 N NA
 2032604 2032605 AHA_0822 AHA_0823   ispD TRUE 0.963 -7.000 0.185 1.000 N NA
 2032605 2032606 AHA_0823 AHA_0824 ispD ispF TRUE 0.997 -3.000 0.419 1.000 Y NA
 2032606 2032607 AHA_0824 AHA_0825 ispF truD TRUE 0.978 0.000 0.173 1.000   NA
 2032607 2032608 AHA_0825 AHA_0826 truD surE TRUE 0.975 -19.000 0.235 1.000   NA
 2032608 2032609 AHA_0826 AHA_0827 surE pcm TRUE 0.989 5.000 0.353 1.000   NA
 2032609 2032610 AHA_0827 AHA_0828 pcm   TRUE 0.938 3.000 0.055 NA   NA
 2032610 2032611 AHA_0828 AHA_0829   nlpD TRUE 0.696 -61.000 0.000 NA   NA
 2032611 2032612 AHA_0829 AHA_0830 nlpD rpoS FALSE 0.257 48.000 0.014 1.000 N NA
 2032614 2032615 AHA_0832 AHA_0833 rpsU   TRUE 0.980 15.000 0.173 0.022   NA
 2032615 2032616 AHA_0833 AHA_0834   dnaG TRUE 0.683 89.000 0.137 1.000   NA
 2032616 2032617 AHA_0834 AHA_0835 dnaG   FALSE 0.315 223.000 0.299 1.000 N NA
 2032617 1380584 AHA_0835 AHA_0836     FALSE 0.037 196.000 0.000 NA   NA
 2032618 2032619 AHA_0837 AHA_0838     FALSE 0.005 276.000 0.000 1.000 N NA
 2032619 2032620 AHA_0838 AHA_0839     TRUE 0.939 -19.000 0.000 0.057   NA
 2032620 2032621 AHA_0839 AHA_0840   purD FALSE 0.021 265.000 0.000 1.000   NA
 2032621 2032622 AHA_0840 AHA_0841 purD purH TRUE 0.890 111.000 0.238 1.000 Y NA
 2032623 2032624 AHA_0842 AHA_0843 zntR   FALSE 0.412 -10.000 0.000 1.000 N NA
 2032624 2032625 AHA_0843 AHA_0844     TRUE 0.729 -19.000 0.000 NA   NA
 2032626 2032627 AHA_0845 AHA_0846   rdgB TRUE 0.534 135.000 0.218 1.000 N NA
 2032628 2032629 AHA_0847 AHA_0848     FALSE 0.166 109.000 0.000 1.000   NA
 2032630 2032631 AHA_0849 AHA_0850     TRUE 0.988 0.000 0.000 0.069 Y NA
 2032635 2032636 AHA_0854 AHA_0855     FALSE 0.034 201.000 0.000 1.000   NA
 2032636 2032637 AHA_0855 AHA_0856   aspA FALSE 0.113 128.000 0.000 1.000   NA
 2032640 2032641 AHA_0859 AHA_0860 groS groL TRUE 0.994 42.000 0.631 0.007 Y NA
 2032641 2032642 AHA_0860 AHA_0861 groL   FALSE 0.093 138.000 0.000 1.000   NA
 2032642 2032643 AHA_0861 AHA_0862     TRUE 0.941 24.000 0.286 1.000   NA
 2032644 2032645 AHA_0863 AHA_0864     TRUE 0.753 110.000 0.294 1.000 N NA
 1380613 1380614 AHA_0865 AHA_0866 rrsF   FALSE 0.037 198.000 0.000 NA   NA
 1380614 1380615 AHA_0866 AHA_0867   rrlF FALSE 0.025 239.000 0.000 NA   NA
 1380615 1380616 AHA_0867 AHA_0868 rrlF rrfF FALSE 0.169 110.000 0.000 NA   NA
 1380616 2032646 AHA_0868 AHA_0869 rrfF   FALSE 0.020 280.000 0.000 NA   NA
 2032646 2032647 AHA_0869 AHA_0870     FALSE 0.033 208.000 0.000 NA   NA
 2032647 2032648 AHA_0870 AHA_0871     TRUE 0.921 11.000 0.081 NA   NA
 2032648 2032649 AHA_0871 AHA_0872     FALSE 0.032 209.000 0.000 NA   NA
 2032650 2032651 AHA_0873 AHA_0874   thiQ FALSE 0.237 60.000 0.000 NA   NA
 2032651 2032652 AHA_0874 AHA_0875 thiQ thiP TRUE 0.964 66.000 0.522 0.016 N NA
 2032652 2032653 AHA_0875 AHA_0876 thiP thiB TRUE 0.998 -3.000 0.697 0.079 N NA
 2032655 2032656 AHA_0878 AHA_0879   leuD FALSE 0.149 117.000 0.000 NA   NA
 2032656 2032657 AHA_0879 AHA_0880 leuD leuC TRUE 0.998 13.000 0.309 0.001 Y NA
 2032657 2032658 AHA_0880 AHA_0881 leuC leuB TRUE 0.989 33.000 0.275 0.002 Y NA
 2032658 2032659 AHA_0881 AHA_0882 leuB leuA-1 TRUE 0.997 3.000 0.126 0.002 Y NA
 2032660 2032661 AHA_0883 AHA_0884     FALSE 0.362 126.000 0.068 1.000   NA
 2032661 2032662 AHA_0884 AHA_0885     TRUE 0.991 0.000 0.336 NA   NA
 2032662 2032663 AHA_0885 AHA_0886     FALSE 0.323 37.000 0.000 NA   NA
 2032663 2032664 AHA_0886 AHA_0887   ilvB-1 FALSE 0.016 390.000 0.000 NA   NA
 2032664 2032665 AHA_0887 AHA_0888 ilvB-1   TRUE 0.720 -27.000 0.000 NA   NA
 2032665 2032666 AHA_0888 AHA_0889   ilvN TRUE 0.814 -3.000 0.000 NA   NA
 2032667 2032668 AHA_0890 AHA_0891   ackA-1 TRUE 0.480 70.000 0.043 1.000   NA
 2032670 2032671 AHA_0893 AHA_0894     FALSE 0.015 415.000 0.000 NA   NA
 2032671 2032672 AHA_0894 AHA_0895     TRUE 0.802 22.000 0.102 1.000 N NA
 2032673 2032674 AHA_0896 AHA_0897 dapA-1   TRUE 0.994 -7.000 0.267 NA Y NA
 2032674 2032675 AHA_0897 AHA_0898   purC FALSE 0.337 54.000 0.031 NA N NA
 2032677 2032678 AHA_0900 AHA_0901     FALSE 0.119 127.000 0.000 NA   NA
 2032678 2032679 AHA_0901 AHA_0902     FALSE 0.238 73.000 0.000 NA   NA
 2032679 2032680 AHA_0902 AHA_0903     FALSE 0.204 99.000 0.000 NA   NA
 2032682 2032683 AHA_0905 AHA_0906     FALSE 0.136 29.000 0.000 1.000 N NA
 2032683 2032684 AHA_0906 AHA_0907     FALSE 0.017 323.000 0.000 NA   NA
 2032684 2032685 AHA_0907 AHA_0908     FALSE 0.074 150.000 0.000 NA   NA
 2032685 2032686 AHA_0908 AHA_0909     TRUE 0.987 5.000 0.000 0.024 Y NA
 2032686 2032687 AHA_0909 AHA_0910     TRUE 0.753 39.000 0.000 1.000 Y NA
 2032688 2032689 AHA_0911 AHA_0912   rfaH TRUE 0.814 2.000 0.000 NA   NA
 2032689 2032690 AHA_0912 AHA_0913 rfaH metQ FALSE 0.078 46.000 0.000 1.000 N NA
 2032690 2032691 AHA_0913 AHA_0914 metQ metI TRUE 0.921 26.000 0.071 1.000 Y NA
 2032691 2032692 AHA_0914 AHA_0915 metI metN TRUE 0.997 -19.000 0.584 1.000 Y NA
 2032694 2032695 AHA_0917 AHA_0918     FALSE 0.185 84.000 0.007 1.000 N NA
 2032696 2032697 AHA_0919 AHA_0920     TRUE 0.953 9.000 0.118 NA   NA
 2032697 2032698 AHA_0920 AHA_0921     TRUE 0.951 -9.000 0.109 NA   NA
 2032698 2032699 AHA_0921 AHA_0922   mutL FALSE 0.093 230.000 0.092 1.000 N NA
 2032699 2032700 AHA_0922 AHA_0923 mutL miaA TRUE 0.698 93.000 0.188 1.000 N NA
 2032700 2032701 AHA_0923 AHA_0924 miaA hfq TRUE 0.927 71.000 0.531 1.000   NA
 2032701 2032702 AHA_0924 AHA_0925 hfq   TRUE 0.691 64.000 0.141 1.000   NA
 2032702 2032703 AHA_0925 AHA_0926   hflK TRUE 0.745 92.000 0.184 1.000   NA
 2032703 2032704 AHA_0926 AHA_0927 hflK hflC TRUE 1.000 4.000 0.947 0.010 Y NA
 2032704 2032705 AHA_0927 AHA_0928 hflC   TRUE 0.829 112.000 0.348 NA   NA
 2032707 2032708 AHA_0930 AHA_0931 rplU rpmA TRUE 0.998 18.000 0.667 0.015 Y NA
 2032708 2032709 AHA_0931 AHA_0932 rpmA   TRUE 0.489 191.000 0.335 1.000   NA
 2032709 2032710 AHA_0932 AHA_0933     FALSE 0.015 395.000 0.000 1.000   NA
 2032710 1380682 AHA_0933 AHA_0934     FALSE 0.052 172.000 0.000 NA   NA
 2032711 2032712 AHA_0935 AHA_0936     FALSE 0.240 77.000 0.000 NA   NA
 2032712 2032713 AHA_0936 AHA_0937     FALSE 0.108 133.000 0.000 NA   NA
 2032714 2032715 AHA_0938 AHA_0939     FALSE 0.007 236.000 0.000 NA N NA
 2032716 2032717 AHA_0940 AHA_0941     TRUE 0.983 7.000 0.267 NA   NA
 2032717 2032718 AHA_0941 AHA_0942   ksgA TRUE 0.919 5.000 0.078 NA N NA
 2032718 2032719 AHA_0942 AHA_0943 ksgA pdxA TRUE 0.974 2.000 0.197 1.000 N NA
 2032719 2032720 AHA_0943 AHA_0944 pdxA surA TRUE 0.994 0.000 0.561 1.000 N NA
 2032720 2032721 AHA_0944 AHA_0945 surA   TRUE 0.822 31.000 0.182 1.000 N NA
 2032722 2032723 AHA_0946 AHA_0947     TRUE 0.996 -3.000 0.642 NA   NA
 2032723 2032724 AHA_0947 AHA_0948   djlA TRUE 0.810 20.000 0.091 1.000 N NA
 2032725 2032726 AHA_0949 AHA_0950     FALSE 0.012 764.000 0.000 1.000   NA
 2032727 2032728 AHA_0951 AHA_0952     TRUE 0.816 61.000 0.233 NA   NA
 2032729 2032730 AHA_0953 AHA_0954 mtnN-1   FALSE 0.012 172.000 0.000 1.000 N NA
 2032730 2032731 AHA_0954 AHA_0955     FALSE 0.042 185.000 0.000 1.000   NA
 2032731 2032732 AHA_0955 AHA_0956     FALSE 0.254 52.000 0.000 NA   NA
 2032732 2032733 AHA_0956 AHA_0957     FALSE 0.037 198.000 0.000 NA   NA
 2032734 2032735 AHA_0958 AHA_0959 xapA   TRUE 0.908 26.000 0.048 1.000 Y NA
 2032735 2032736 AHA_0959 AHA_0960   deoC-1 TRUE 0.672 63.000 0.000 1.000 Y NA
 2032736 2032737 AHA_0960 AHA_0961 deoC-1   FALSE 0.242 57.000 0.000 NA   NA
 2032740 2032741 AHA_0964 AHA_0965 hutD   TRUE 0.923 15.000 0.000 1.000 Y NA
 2032741 2032742 AHA_0965 AHA_0966     TRUE 0.999 0.000 0.852 1.000 Y NA
 2032743 2032744 AHA_0967 AHA_0968     TRUE 0.997 -3.000 0.355 NA Y NA
 2032745 2032746 AHA_0969 AHA_0970     FALSE 0.303 40.000 0.000 NA   NA
 2032746 2032747 AHA_0970 AHA_0971     FALSE 0.235 61.000 0.000 NA   NA
 2032748 2032749 AHA_0972 AHA_0973 hgpB hcaT FALSE 0.093 289.000 0.000 0.078   NA
 2032750 2032751 AHA_0974 AHA_0975     TRUE 0.767 8.000 0.000 NA   NA
 2032752 2032753 AHA_0976 AHA_0977     FALSE 0.004 373.000 0.000 1.000 N NA
 2032753 2032754 AHA_0977 AHA_0978     FALSE 0.238 73.000 0.000 NA   NA
 2032754 2032755 AHA_0978 AHA_0979     TRUE 0.684 -93.000 0.000 NA   NA
 2032756 2032757 AHA_0980 AHA_0981   crp FALSE 0.118 126.000 0.000 1.000   NA
 2032758 2032759 AHA_0982 AHA_0983     FALSE 0.259 50.000 0.000 NA   NA
 2032760 2032761 AHA_0984 AHA_0985     TRUE 0.615 16.000 0.000 NA   NA
 2032761 2032762 AHA_0985 AHA_0986     FALSE 0.048 176.000 0.000 1.000   NA
 2032762 2032763 AHA_0986 AHA_0987     TRUE 0.996 -3.000 0.613 NA   NA
 2032763 2032764 AHA_0987 AHA_0988     TRUE 0.985 0.000 0.227 NA   NA
 2032764 2032765 AHA_0988 AHA_0989     FALSE 0.437 70.000 0.061 1.000 N NA
 2032765 2032766 AHA_0989 AHA_0990     TRUE 0.997 -7.000 0.447 1.000 Y NA
 2032766 2032767 AHA_0990 AHA_0991     TRUE 0.994 -3.000 0.220 NA Y NA
 2032767 2032768 AHA_0991 AHA_0992     TRUE 0.996 7.000 0.378 NA Y NA
 2032772 2032773 AHA_0995 AHA_0997     TRUE 0.714 -31.000 0.000 NA   NA
 2032773 2032774 AHA_0997 AHA_0998     FALSE 0.045 182.000 0.000 NA   NA
 2032775 2032776 AHA_0999 AHA_1000   slyD TRUE 0.699 147.000 0.370 NA   NA
 2032777 2032778 AHA_1001 AHA_1002     TRUE 0.636 15.000 0.000 NA   NA
 2032779 2032780 AHA_1003 AHA_1004 fkpA   FALSE 0.017 152.000 0.000 1.000 N NA
 2032781 2032782 AHA_1005 AHA_1006     FALSE 0.157 114.000 0.000 NA   NA
 2032782 2032783 AHA_1006 AHA_1007     FALSE 0.119 127.000 0.000 NA   NA
 2032783 2032784 AHA_1007 AHA_1008     FALSE 0.228 87.000 0.000 NA   NA
 2032784 2032785 AHA_1008 AHA_1009     FALSE 0.007 233.000 0.000 NA N NA
 2032785 2032786 AHA_1009 AHA_1010     FALSE 0.048 179.000 0.000 NA   NA
 2032787 2032788 AHA_1011 AHA_1012   dnaB FALSE 0.072 151.000 0.000 NA   NA
 2032788 2032789 AHA_1012 AHA_1013 dnaB   FALSE 0.229 67.000 0.000 NA   NA
 2032789 2032790 AHA_1013 AHA_1014     FALSE 0.229 67.000 0.000 NA   NA
 2032790 2032791 AHA_1014 AHA_1015   alr-1 FALSE 0.072 151.000 0.000 NA   NA
 2032792 2032793 AHA_1016 AHA_1017   yegQ TRUE 0.958 2.000 0.093 1.000   NA
 2032793 2032794 AHA_1017 AHA_1018 yegQ   FALSE 0.007 233.000 0.000 NA N NA
 2032795 2032796 AHA_1019 AHA_1020     FALSE 0.395 30.000 0.000 NA   NA
 2032796 2032797 AHA_1020 AHA_1021     FALSE 0.230 80.000 0.000 1.000   NA
 2032797 2032798 AHA_1021 AHA_1022     TRUE 0.544 20.000 0.000 NA   NA
 1380773 1380774 AHA_1026 AHA_1027     FALSE 0.375 32.000 0.000 NA   NA
 1380774 1380775 AHA_1027 AHA_1028     FALSE 0.375 32.000 0.000 NA   NA
 2032802 2032803 AHA_1030 AHA_1031 cheB-1   TRUE 0.989 11.000 0.211 1.000 Y NA
 2032803 2032804 AHA_1031 AHA_1032   cheR-1 TRUE 0.992 11.000 0.289 1.000 Y NA
 2032804 2032805 AHA_1032 AHA_1033 cheR-1   TRUE 0.686 57.000 0.000 1.000 Y NA
 2032805 2032806 AHA_1033 AHA_1034   cheW-1 TRUE 0.990 71.000 0.600 0.019 Y NA
 2032806 2032807 AHA_1034 AHA_1035 cheW-1   TRUE 0.998 13.000 0.600 0.019 Y NA
 2032807 2032808 AHA_1035 AHA_1036   cheA-1 TRUE 0.990 16.000 0.136 0.019 Y NA
 2032808 2032809 AHA_1036 AHA_1037 cheA-1 rsbV TRUE 0.836 27.000 0.000 1.000 Y NA
 2032809 2032810 AHA_1037 AHA_1038 rsbV   TRUE 0.967 15.000 0.000 0.098 Y NA
 2032810 2032811 AHA_1038 AHA_1039     TRUE 0.971 10.000 0.041 1.000 Y NA
 2032811 2032812 AHA_1039 AHA_1040     FALSE 0.004 304.000 0.000 1.000 N NA
 2032813 2032814 AHA_1041 AHA_1042     TRUE 0.841 36.000 0.229 1.000 N NA
 2032814 2032815 AHA_1042 AHA_1043     FALSE 0.051 103.000 0.000 1.000 N NA
 2032815 2032816 AHA_1043 AHA_1044     FALSE 0.219 89.000 0.000 1.000   NA
 2032817 2032818 AHA_1045 AHA_1046     TRUE 0.984 -3.000 0.058 1.000 Y NA
 2032820 2032821 AHA_1048 AHA_1049     FALSE 0.315 38.000 0.000 NA   NA
 2032821 2032822 AHA_1049 AHA_1050     FALSE 0.427 154.000 0.182 NA   NA
 2032822 2032823 AHA_1050 AHA_1051     FALSE 0.108 133.000 0.000 NA   NA
 2032823 2032824 AHA_1051 AHA_1052     FALSE 0.013 588.000 0.000 NA   NA
 2032824 2032825 AHA_1052 AHA_1053     FALSE 0.139 119.000 0.000 1.000   NA
 2032825 2032826 AHA_1053 AHA_1054     FALSE 0.013 507.000 0.000 1.000   NA
 2032826 2032827 AHA_1054 AHA_1055     FALSE 0.042 118.000 0.000 NA N NA
 2032827 2032828 AHA_1055 AHA_1056     TRUE 0.658 95.000 0.000 NA Y NA
 2032828 2032829 AHA_1056 AHA_1057     TRUE 0.993 -3.000 0.186 1.000 Y NA
 2032829 2032830 AHA_1057 AHA_1058     TRUE 0.881 36.000 0.071 1.000 Y NA
 2032830 2032831 AHA_1058 AHA_1059     TRUE 0.995 -3.000 0.265 1.000 Y NA
 2032831 2032832 AHA_1059 AHA_1060     TRUE 0.945 -7.000 0.088 NA   NA
 2032832 2032833 AHA_1060 AHA_1061     TRUE 0.991 -3.000 0.355 NA   NA
 2032836 2032837 AHA_1064 AHA_1065     FALSE 0.041 188.000 0.000 NA   NA
 2032837 2032838 AHA_1065 AHA_1066     FALSE 0.018 312.000 0.000 NA   NA
 2032838 2032839 AHA_1066 AHA_1067     FALSE 0.014 520.000 0.000 NA   NA
 2032839 2032840 AHA_1067 AHA_1068     TRUE 0.814 -3.000 0.000 NA   NA
 2032843 2032844 AHA_1071 AHA_1072     FALSE 0.015 434.000 0.000 NA   NA
 2032844 2032845 AHA_1072 AHA_1073     FALSE 0.380 -19.000 0.000 1.000 N NA
 2032846 2032847 AHA_1074 AHA_1075     TRUE 0.997 -3.000 0.750 NA   NA
 2032847 2032848 AHA_1075 AHA_1076     TRUE 0.994 -97.000 0.750 NA   NA
 2032849 2032850 AHA_1077 AHA_1078     FALSE 0.012 1413.000 0.000 NA   NA
 2032850 2032851 AHA_1078 AHA_1079     FALSE 0.089 142.000 0.000 NA   NA
 2032851 2032852 AHA_1079 AHA_1080     FALSE 0.013 747.000 0.000 NA   NA
 2032852 2032853 AHA_1080 AHA_1081     TRUE 0.544 20.000 0.000 NA   NA
 2032853 2032854 AHA_1081 AHA_1082     FALSE 0.231 84.000 0.000 NA   NA
 2032854 2032855 AHA_1082 AHA_1083     TRUE 0.973 13.000 0.286 NA   NA
 2032857 2032858 AHA_1085 AHA_1086     FALSE 0.097 138.000 0.000 NA   NA
 2032858 2032859 AHA_1086 AHA_1087     FALSE 0.211 95.000 0.000 1.000   NA
 2032859 1380835 AHA_1087 AHA_1088     FALSE 0.026 236.000 0.000 NA   NA
 1380835 2032860 AHA_1088 AHA_1089     FALSE 0.257 51.000 0.000 NA   NA
 2032861 2032862 AHA_1090 AHA_1091     TRUE 0.963 16.000 0.260 NA   NA
 2032863 2032864 AHA_1092 AHA_1093 pheA   FALSE 0.133 122.000 0.000 NA   NA
 2032865 2032866 AHA_1094 AHA_1095     FALSE 0.438 26.000 0.000 NA   NA
 2032866 2032867 AHA_1095 AHA_1096     FALSE 0.271 46.000 0.000 NA   NA
 2032867 2032868 AHA_1096 AHA_1097     FALSE 0.214 96.000 0.000 NA   NA
 2032868 2032869 AHA_1097 AHA_1098     FALSE 0.044 185.000 0.000 NA   NA
 2032869 2032870 AHA_1098 AHA_1099     FALSE 0.051 173.000 0.000 NA   NA
 2032870 2032871 AHA_1099 AHA_1100     FALSE 0.229 64.000 0.000 NA   NA
 2032871 2032872 AHA_1100 AHA_1101   phrB TRUE 0.500 -3.000 0.000 1.000 N NA
 2032872 2032873 AHA_1101 AHA_1102 phrB   TRUE 0.936 2.000 0.048 NA   NA
 2032873 2032874 AHA_1102 AHA_1103     TRUE 0.995 -3.000 0.533 NA   NA
 2032874 2032875 AHA_1103 AHA_1104     TRUE 0.994 -3.000 0.217 0.033   NA
 2032875 2032876 AHA_1104 AHA_1105     TRUE 0.997 -3.000 0.722 NA   NA
 2032876 2032877 AHA_1105 AHA_1106     TRUE 0.990 0.000 0.311 NA   NA
 2032877 2032878 AHA_1106 AHA_1107     FALSE 0.014 479.000 0.000 NA   NA
 2032878 2032879 AHA_1107 AHA_1108     TRUE 0.599 17.000 0.000 NA   NA
 2032879 2032880 AHA_1108 AHA_1109     TRUE 0.993 0.000 0.395 NA   NA
 2032880 2032881 AHA_1109 AHA_1110     FALSE 0.125 125.000 0.000 NA   NA
 2032881 2032882 AHA_1110 AHA_1111     FALSE 0.004 328.000 0.000 1.000 N NA
 2032882 2032883 AHA_1111 AHA_1112     TRUE 0.991 115.000 0.885 0.017 Y NA
 2032883 2032884 AHA_1112 AHA_1113   galE-1 FALSE 0.064 86.000 0.000 1.000 N NA
 2032886 1380863 AHA_1115 AHA_1116     FALSE 0.240 77.000 0.000 NA   NA
 1380863 2032887 AHA_1116 AHA_1117     FALSE 0.014 538.000 0.000 NA   NA
 2032887 2032888 AHA_1117 AHA_1118     FALSE 0.027 231.000 0.000 NA   NA
 2032888 2032889 AHA_1118 AHA_1119     FALSE 0.014 479.000 0.000 NA   NA
 2032889 2032890 AHA_1119 AHA_1120     TRUE 0.814 -3.000 0.000 NA   NA
 2032890 2032891 AHA_1120 AHA_1121     TRUE 0.982 0.000 0.200 NA   NA
 2032891 2032892 AHA_1121 AHA_1122     TRUE 0.824 0.000 0.000 NA   NA
 2032892 2032893 AHA_1122 AHA_1123     FALSE 0.050 175.000 0.000 NA   NA
 2032895 2032896 AHA_1125 AHA_1126 budA alsS TRUE 0.926 28.000 0.323 1.000 N NA
 2032897 2032898 AHA_1127 AHA_1128   panE TRUE 0.818 34.000 0.155 NA   NA
 2032900 2032901 AHA_1130 AHA_1131     FALSE 0.065 157.000 0.000 1.000   NA
 2032901 2032902 AHA_1131 AHA_1132     FALSE 0.013 531.000 0.000 1.000   NA
 2032902 2032903 AHA_1132 AHA_1133     TRUE 0.950 16.000 0.244 NA N NA
 2032903 2032904 AHA_1133 AHA_1134     TRUE 0.907 25.000 0.248 NA N NA
 2032905 2032906 AHA_1135 AHA_1136   nqrA FALSE 0.004 442.000 0.000 NA N NA
 2032906 2032907 AHA_1136 AHA_1137 nqrA nqrB TRUE 1.000 4.000 0.854 0.002 Y NA
 2032907 2032908 AHA_1137 AHA_1138 nqrB nqrC TRUE 0.999 -10.000 0.603 0.002 Y NA
 2032908 2032909 AHA_1138 AHA_1139 nqrC nqrD TRUE 0.998 -7.000 0.312 0.002 Y NA
 2032909 2032910 AHA_1139 AHA_1140 nqrD nqrE-1 TRUE 0.993 4.000 0.010 0.002 Y NA
 2032910 2032911 AHA_1140 AHA_1141 nqrE-1 nqrF TRUE 0.983 18.000 0.029 0.002 Y NA
 2032911 2032912 AHA_1141 AHA_1142 nqrF   TRUE 0.992 4.000 0.519 1.000 N NA
 2032912 2032913 AHA_1142 AHA_1143     TRUE 0.988 12.000 0.481 NA   NA
 2032915 2032916 AHA_1145 AHA_1146 dinB   FALSE 0.064 69.000 0.000 1.000 N NA
 2032916 2032917 AHA_1146 AHA_1147   gcvA FALSE 0.005 284.000 0.000 1.000 N NA
 2032917 2032918 AHA_1147 AHA_1148 gcvA   TRUE 0.772 -7.000 0.000 NA   NA
 2032918 2032919 AHA_1148 AHA_1149     FALSE 0.365 33.000 0.000 NA   NA
 2032919 2032920 AHA_1149 AHA_1150     TRUE 0.963 -7.000 0.144 NA   NA
 2032921 2032922 AHA_1151 AHA_1152     FALSE 0.137 121.000 0.000 NA   NA
 2032922 2032923 AHA_1152 AHA_1153   xni FALSE 0.020 147.000 0.000 1.000 N NA
 2032923 2032924 AHA_1153 AHA_1154 xni   TRUE 0.870 29.000 0.178 NA   NA
 2032924 2032925 AHA_1154 AHA_1155     FALSE 0.268 151.000 0.082 NA   NA
 2032925 2032926 AHA_1155 AHA_1156     TRUE 0.907 91.000 0.450 1.000   NA
 2032926 2032927 AHA_1156 AHA_1157     FALSE 0.397 135.000 0.104 1.000   NA
 2032929 2032930 AHA_1159 AHA_1160     FALSE 0.016 389.000 0.000 NA   NA
 2032930 2032931 AHA_1160 AHA_1161     FALSE 0.407 58.000 0.022 NA   NA
 2032931 2032932 AHA_1161 AHA_1162     TRUE 0.900 70.000 0.402 NA   NA
 2032933 2032934 AHA_1163 AHA_1164     TRUE 0.994 -3.000 0.518 NA   NA
 2032934 2032935 AHA_1164 AHA_1165     TRUE 0.747 77.000 0.209 1.000 N NA
 2032935 2032936 AHA_1165 AHA_1166     FALSE 0.004 412.000 0.000 1.000 N NA
 2032936 2032937 AHA_1166 AHA_1167     FALSE 0.233 77.000 0.000 1.000   NA
 2032937 2032938 AHA_1167 AHA_1168   ptsG FALSE 0.014 432.000 0.000 1.000   NA
 2032939 2032940 AHA_1169 AHA_1170   dapD FALSE 0.262 129.000 0.035 NA   NA
 2032940 2032941 AHA_1170 AHA_1171 dapD glnD FALSE 0.187 167.000 0.097 1.000 N NA
 2032941 2032942 AHA_1171 AHA_1172 glnD map TRUE 0.751 98.000 0.243 1.000 N NA
 2032943 2032944 AHA_1173 AHA_1174 rpsB tsf TRUE 0.976 105.000 0.748 1.000 Y NA
 2032944 2032945 AHA_1174 AHA_1175 tsf pyrH FALSE 0.066 72.000 0.000 1.000 N NA
 2032945 2032946 AHA_1175 AHA_1176 pyrH frr FALSE 0.060 95.000 0.000 1.000 N NA
 2032946 2032947 AHA_1176 AHA_1177 frr uppS TRUE 0.881 73.000 0.409 1.000 N NA
 2032947 2032948 AHA_1177 AHA_1178 uppS cdsA TRUE 0.983 27.000 0.400 1.000 Y NA
 2032948 2032949 AHA_1178 AHA_1179 cdsA dxr TRUE 0.955 64.000 0.372 1.000 Y NA
 2032949 2032950 AHA_1179 AHA_1180 dxr ecfE TRUE 0.916 83.000 0.568 1.000 N NA
 2032950 2032951 AHA_1180 AHA_1181 ecfE   TRUE 0.946 35.000 0.204 1.000 Y NA
 2032951 2032952 AHA_1181 AHA_1182     TRUE 0.848 149.000 0.354 1.000 Y NA
 2032952 2032953 AHA_1182 AHA_1183   lpxD TRUE 0.999 4.000 0.814 1.000 Y NA
 2032953 2032954 AHA_1183 AHA_1184 lpxD fabZ TRUE 0.981 25.000 0.796 1.000 N NA
 2032954 2032955 AHA_1184 AHA_1185 fabZ lpxA TRUE 0.996 6.000 0.850 1.000 N NA
 2032955 2032956 AHA_1185 AHA_1186 lpxA lpxB TRUE 0.994 -7.000 0.289 1.000 Y NA
 2032956 2032957 AHA_1186 AHA_1187 lpxB rnhB TRUE 0.831 31.000 0.186 1.000 N NA
 2032957 2032958 AHA_1187 AHA_1188 rnhB dnaE TRUE 0.893 39.000 0.104 1.000 Y NA
 2032958 2032959 AHA_1188 AHA_1189 dnaE accA TRUE 0.929 -19.000 0.122 1.000 N NA
 2032959 2032960 AHA_1189 AHA_1190 accA   FALSE 0.004 405.000 0.000 1.000 N NA
 2032960 2032961 AHA_1190 AHA_1191   cadB FALSE 0.003 766.000 0.000 1.000 N NA
 2032961 2032962 AHA_1191 AHA_1192 cadB   TRUE 0.683 77.000 0.000 1.000 Y NA
 2032962 2032963 AHA_1192 AHA_1193   pdxY-1 FALSE 0.067 73.000 0.000 1.000 N NA
 2032964 2032965 AHA_1194 AHA_1195     FALSE 0.047 107.000 0.000 1.000 N NA
 2032969 2032970 AHA_1199 AHA_1200     TRUE 0.693 -54.000 0.000 1.000   NA
 2032971 2032972 AHA_1201 AHA_1202     FALSE 0.024 137.000 0.000 1.000 N NA
 2032973 2032974 AHA_1203 AHA_1204     FALSE 0.224 84.000 0.000 1.000   NA
 2032974 2032975 AHA_1204 AHA_1205     FALSE 0.016 365.000 0.000 NA   NA
 2032975 2032976 AHA_1205 AHA_1206     FALSE 0.162 112.000 0.000 NA   NA
 2032980 2032981 AHA_1210 AHA_1211     FALSE 0.133 122.000 0.000 NA   NA
 2032981 2032982 AHA_1211 AHA_1212     TRUE 0.930 123.000 0.846 NA   NA
 2032982 2032983 AHA_1212 AHA_1213     TRUE 0.843 88.000 0.000 0.063 Y NA
 2032985 2032986 AHA_1215 AHA_1216     FALSE 0.032 208.000 0.000 1.000   NA
 2032986 2032987 AHA_1216 AHA_1217     TRUE 0.938 0.000 0.048 1.000   NA
 2032987 2032988 AHA_1217 AHA_1218     TRUE 0.975 -3.000 0.167 NA   NA
 2032988 2032989 AHA_1218 AHA_1219     FALSE 0.242 57.000 0.000 NA   NA
 2032989 2032990 AHA_1219 AHA_1220     FALSE 0.018 314.000 0.000 NA   NA
 2032991 2032992 AHA_1221 AHA_1222     FALSE 0.021 265.000 0.000 1.000   NA
 2032992 2032993 AHA_1222 AHA_1223     TRUE 0.677 151.000 0.372 NA   NA
 2032993 2032994 AHA_1223 AHA_1224     FALSE 0.222 93.000 0.000 NA   NA
 2032995 2032996 AHA_1225 AHA_1226   cysZ FALSE 0.087 143.000 0.000 NA   NA
 2032997 2032998 AHA_1227 AHA_1228 smc zipA TRUE 0.990 16.000 0.115 0.010 Y NA
 2032998 2032999 AHA_1228 AHA_1229 zipA ligA TRUE 0.510 100.000 0.106 1.000 N NA
 2033001 2033002 AHA_1231 AHA_1232 nrdD nrdG TRUE 0.779 130.000 0.464 1.000 N NA
 2033002 2033003 AHA_1232 AHA_1233 nrdG   FALSE 0.307 38.000 0.000 1.000   NA
 2033003 2033004 AHA_1233 AHA_1234     FALSE 0.081 145.000 0.000 1.000   NA
 2033007 2033008 AHA_1236 AHA_1238     FALSE 0.089 142.000 0.000 NA   NA
 2033008 2033009 AHA_1238 AHA_1239     TRUE 0.995 11.000 0.818 NA   NA
 2033009 2033010 AHA_1239 AHA_1240     TRUE 0.987 15.000 0.621 1.000 N NA
 2033011 2033012 AHA_1241 AHA_1242     FALSE 0.014 546.000 0.000 NA   NA
 2033012 2033013 AHA_1242 AHA_1243     TRUE 0.938 12.000 0.000 1.000 Y NA
 2033013 2033014 AHA_1243 AHA_1244     FALSE 0.242 18.000 0.000 1.000 N NA
 2033014 2033015 AHA_1244 AHA_1245     TRUE 0.998 4.000 0.714 1.000 Y NA
 2033019 2033020 AHA_1249 AHA_1250     FALSE 0.063 87.000 0.000 1.000 N NA
 2033020 2033021 AHA_1250 AHA_1251     TRUE 0.516 0.000 0.000 1.000 N NA
 2033021 2033022 AHA_1251 AHA_1252     FALSE 0.101 40.000 0.000 NA N NA
 2033022 2033023 AHA_1252 AHA_1253   phoB FALSE 0.057 103.000 0.000 NA N NA
 2033023 2033024 AHA_1253 AHA_1254 phoB phoR TRUE 0.999 9.000 0.453 0.030 Y NA
 2033024 2033025 AHA_1254 AHA_1255 phoR   FALSE 0.099 377.000 0.168 1.000 N NA
 2033025 2033026 AHA_1255 AHA_1256     FALSE 0.058 164.000 0.000 1.000   NA
 2033026 2033027 AHA_1256 AHA_1257     TRUE 0.739 -12.000 0.000 1.000   NA
 2033027 2033028 AHA_1257 AHA_1258     FALSE 0.163 110.000 0.000 1.000   NA
 2033028 2033029 AHA_1258 AHA_1259     FALSE 0.381 43.000 0.033 1.000 N NA
 2033029 2033030 AHA_1259 AHA_1260     TRUE 0.759 9.000 0.000 NA   NA
 2033030 2033031 AHA_1260 AHA_1261   fklB FALSE 0.043 186.000 0.000 NA   NA
 2033031 2033032 AHA_1261 AHA_1262 fklB   FALSE 0.028 130.000 0.000 1.000 N NA
 2033032 2033033 AHA_1262 AHA_1263     TRUE 0.954 74.000 0.344 1.000 Y NA
 2033033 2033034 AHA_1263 AHA_1264     TRUE 0.814 -3.000 0.000 NA   NA
 2033038 2033039 AHA_1268 AHA_1269     FALSE 0.032 125.000 0.000 1.000 N NA
 2033042 2033043 AHA_1272 AHA_1273   yicE TRUE 0.539 100.000 0.000 0.033 N NA
 2033045 2033046 AHA_1275 AHA_1276     FALSE 0.072 151.000 0.000 NA   NA
 2033047 2033048 AHA_1277 AHA_1278     FALSE 0.064 69.000 0.000 1.000 N NA
 2033049 2033050 AHA_1279 AHA_1280     FALSE 0.451 212.000 0.000 0.006 Y NA
 2033050 2033051 AHA_1280 AHA_1281     FALSE 0.277 432.000 0.000 0.006 Y NA
 2033051 2033052 AHA_1281 AHA_1282     FALSE 0.018 309.000 0.000 NA   NA
 2033053 2033054 AHA_1283 AHA_1284     FALSE 0.033 205.000 0.000 1.000   NA
 2033055 2033056 AHA_1285 AHA_1286     FALSE 0.343 34.000 0.000 1.000   NA
 2033057 2033058 AHA_1287 AHA_1288     TRUE 0.547 0.000 0.000 NA N NA
 2033058 2033059 AHA_1288 AHA_1289     FALSE 0.220 94.000 0.000 NA   NA
 2033059 2033060 AHA_1289 AHA_1290     FALSE 0.097 138.000 0.000 NA   NA
 2033061 2033062 AHA_1291 AHA_1292     TRUE 0.564 19.000 0.000 NA   NA
 2033065 2033066 AHA_1295 AHA_1296     TRUE 0.987 -3.000 0.273 NA   NA
 2033066 2033067 AHA_1296 AHA_1298     TRUE 0.564 19.000 0.000 NA   NA
 2033068 2033069 AHA_1297 AHA_1299     TRUE 0.814 -3.000 0.000 NA   NA
 2033070 2033071 AHA_1300 AHA_1301   ruvC FALSE 0.021 265.000 0.000 1.000   NA
 2033071 2033072 AHA_1301 AHA_1302 ruvC   FALSE 0.004 323.000 0.000 1.000 N NA
 2033073 2033074 AHA_1303 AHA_1304     FALSE 0.048 179.000 0.000 NA   NA
 2033074 2033075 AHA_1304 AHA_1305     FALSE 0.006 231.000 0.000 1.000 N NA
 2033078 2033079 AHA_1308 AHA_1309     FALSE 0.375 96.000 0.022 NA   NA
 2033082 2033083 AHA_1312 AHA_1313     TRUE 0.793 -3.000 0.011 1.000 N NA
 2033084 2033085 AHA_1314 AHA_1315     FALSE 0.076 149.000 0.000 NA   NA
 2033085 2033086 AHA_1315 AHA_1316     FALSE 0.020 272.000 0.000 1.000   NA
 2033087 2033088 AHA_1317 AHA_1318     FALSE 0.419 28.000 0.000 NA   NA
 2033089 2033090 AHA_1320 AHA_1321     TRUE 0.923 16.000 0.182 1.000 N NA
 2033091 2033092 AHA_1322 AHA_1323     TRUE 0.999 -3.000 0.826 1.000 Y NA
 2033093 2033094 AHA_1324 AHA_1325     TRUE 0.999 19.000 1.000 0.078 Y NA
 2033094 2033095 AHA_1325 AHA_1326     TRUE 0.989 20.000 0.750 NA   NA
 2033095 2033096 AHA_1326 AHA_1327     TRUE 0.984 12.000 0.375 NA   NA
 2033096 2033097 AHA_1327 AHA_1328     TRUE 0.997 -3.000 0.375 NA Y NA
 2033097 2033098 AHA_1328 AHA_1329     TRUE 0.960 13.000 0.250 NA N NA
 2033098 2033099 AHA_1329 AHA_1330     TRUE 0.985 75.000 0.815 0.003 N NA
 2033099 2033100 AHA_1330 AHA_1331     FALSE 0.328 1031.000 0.222 1.000 Y NA
 2033100 2033101 AHA_1331 AHA_1332     TRUE 0.994 16.000 0.500 NA Y NA
 2033101 2033102 AHA_1332 AHA_1333   eutE TRUE 0.946 27.000 0.140 NA Y NA
 2033102 2033103 AHA_1333 AHA_1334 eutE   TRUE 0.704 75.000 0.140 NA   NA
 2033103 2033104 AHA_1334 AHA_1335     TRUE 0.995 15.000 1.000 NA   NA
 2033104 2033105 AHA_1335 AHA_1336     TRUE 0.972 17.000 0.333 NA   NA
 2033105 2033106 AHA_1336 AHA_1337     FALSE 0.013 685.000 0.000 NA   NA
 2033106 2033107 AHA_1337 AHA_1338     TRUE 0.992 -36.000 0.625 NA   NA
 2033107 2033108 AHA_1338 AHA_1339     TRUE 0.978 22.000 0.308 0.095   NA
 2033108 2033109 AHA_1339 AHA_1340     FALSE 0.083 382.000 0.000 0.063   NA
 2033110 2033111 AHA_1341 AHA_1342 fdhD-1   TRUE 0.997 -13.000 0.214 0.002 Y NA
 1381090 2033112 AHA_1343 AHA_1344     FALSE 0.229 86.000 0.000 NA   NA
 2033113 2033114 AHA_1345 AHA_1346     TRUE 0.695 49.000 0.164 1.000 N NA
 2033114 2033115 AHA_1346 AHA_1347     FALSE 0.014 171.000 0.000 NA N NA
 2033115 2033116 AHA_1347 AHA_1348     FALSE 0.293 16.000 0.000 NA N NA
 2033117 2033118 AHA_1349 AHA_1350 pyk-2 hexR FALSE 0.137 164.000 0.059 1.000 N NA
 2033120 2033121 AHA_1352 AHA_1353     TRUE 0.856 24.000 0.000 1.000 Y NA
 2033121 2033122 AHA_1353 AHA_1354     FALSE 0.048 106.000 0.000 1.000 N NA
 2033122 2033123 AHA_1354 AHA_1355   rtxD TRUE 0.995 3.000 0.255 0.008   NA
 2033123 2033124 AHA_1355 AHA_1356 rtxD rtxB TRUE 0.996 -3.000 0.277 0.008   NA
 2033125 2033126 AHA_1357 AHA_1358   rtxC TRUE 0.981 33.000 0.846 NA   NA
 2033126 2033127 AHA_1358 AHA_1359 rtxC   FALSE 0.242 18.000 0.000 1.000 N NA
 2033127 2033128 AHA_1359 AHA_1360     FALSE 0.016 355.000 0.000 1.000   NA
 2033130 2033131 AHA_1362 AHA_1363     FALSE 0.028 229.000 0.000 NA   NA
 2033131 2033132 AHA_1363 AHA_1364   fliE FALSE 0.035 202.000 0.000 NA   NA
 2033132 2033133 AHA_1364 AHA_1365 fliE fliF TRUE 0.995 88.000 0.910 0.005 Y NA
 2033133 2033134 AHA_1365 AHA_1366 fliF fliG TRUE 0.997 -7.000 0.189 0.005 Y NA
 2033134 2033135 AHA_1366 AHA_1367 fliG fliH TRUE 0.982 65.000 0.320 0.004 Y NA
 2033135 2033136 AHA_1367 AHA_1368 fliH fliI TRUE 0.977 73.000 0.248 0.004 Y NA
 2033136 2033137 AHA_1368 AHA_1369 fliI fliJ TRUE 0.950 27.000 0.127 0.007   NA
 2033137 2033138 AHA_1369 AHA_1370 fliJ   FALSE 0.194 230.000 0.000 0.005   NA
 2033138 2033139 AHA_1370 AHA_1371   fliL-2 FALSE 0.232 58.000 0.000 1.000   NA
 2033139 2033140 AHA_1371 AHA_1372 fliL-2 fliM TRUE 0.998 10.000 0.241 0.001 Y NA
 2033140 2033141 AHA_1372 AHA_1373 fliM fliN TRUE 0.996 52.000 0.741 0.001 Y NA
 2033141 2033142 AHA_1373 AHA_1374 fliN fliO TRUE 0.997 -3.000 0.443 1.000 Y NA
 2033142 2033143 AHA_1374 AHA_1375 fliO fliP TRUE 0.984 -13.000 0.122 1.000 Y NA
 2033143 2033144 AHA_1375 AHA_1376 fliP fliQ TRUE 0.997 28.000 0.702 0.010 Y NA
 2033144 2033145 AHA_1376 AHA_1377 fliQ fliR TRUE 0.994 68.000 0.719 0.002 Y NA
 2033145 2033146 AHA_1377 AHA_1378 fliR flhB TRUE 0.826 135.000 0.240 1.000 Y NA
 2033146 2033147 AHA_1378 AHA_1379 flhB flhA TRUE 0.955 108.000 0.205 0.010 Y NA
 2033147 2033148 AHA_1379 AHA_1380 flhA flhF TRUE 0.989 17.000 0.178 0.078 Y NA
 2033148 2033149 AHA_1380 AHA_1381 flhF   TRUE 0.991 8.000 0.241 0.016 N NA
 2033149 2033150 AHA_1381 AHA_1382   fliA TRUE 0.990 -7.000 0.482 1.000 N NA
 2033150 2033151 AHA_1382 AHA_1383 fliA cheY TRUE 0.736 112.000 0.145 0.095 N NA
 2033151 2033152 AHA_1383 AHA_1384 cheY cheZ TRUE 0.990 13.000 0.284 1.000 Y NA
 2033152 2033153 AHA_1384 AHA_1385 cheZ cheA-2 TRUE 0.993 12.000 0.341 1.000 Y NA
 2033153 2033154 AHA_1385 AHA_1386 cheA-2 cheB-2 TRUE 0.989 33.000 0.327 0.019 Y NA
 2033154 2033155 AHA_1386 AHA_1387 cheB-2 motA TRUE 0.987 9.000 0.153 1.000 Y NA
 2033155 2033156 AHA_1387 AHA_1388 motA   TRUE 0.994 3.000 0.248 1.000 Y NA
 2033156 2033157 AHA_1388 AHA_1389     TRUE 0.968 5.000 0.199 1.000 N NA
 2033157 2033158 AHA_1389 AHA_1390     TRUE 0.993 -3.000 0.454 1.000   NA
 2033158 2033159 AHA_1390 AHA_1391   cheW-2 TRUE 0.987 70.000 0.886 0.018   NA
 2033159 2033160 AHA_1391 AHA_1392 cheW-2   TRUE 0.989 19.000 0.743 NA   NA
 2033160 2033161 AHA_1392 AHA_1393   ccmA FALSE 0.137 155.000 0.021 NA   NA
 2033161 2033162 AHA_1393 AHA_1394 ccmA ccmB TRUE 0.995 6.000 0.074 0.004 Y NA
 2033162 2033163 AHA_1394 AHA_1395 ccmB ccmC TRUE 0.782 164.000 0.054 0.001 Y NA
 2033163 2033164 AHA_1395 AHA_1396 ccmC   TRUE 0.992 3.000 0.501 1.000 N NA
 2033164 2033165 AHA_1396 AHA_1397   ccmE TRUE 0.988 -3.000 0.344 1.000 N NA
 2033165 2033166 AHA_1397 AHA_1398 ccmE ccmF-1 TRUE 0.972 83.000 0.211 0.004 Y NA
 2033166 2033167 AHA_1398 AHA_1399 ccmF-1 dsbE TRUE 1.000 -3.000 0.804 0.004 Y NA
 2033167 2033168 AHA_1399 AHA_1400 dsbE   TRUE 0.996 12.000 0.578 NA Y NA
 2033168 2033169 AHA_1400 AHA_1401     TRUE 0.999 -3.000 0.727 NA Y NA
 2033169 2033170 AHA_1401 AHA_1402   vacJ TRUE 0.719 105.000 0.239 NA N NA
 2033174 2033175 AHA_1406 AHA_1407     TRUE 0.814 -3.000 0.000 NA   NA
 2033175 2033176 AHA_1407 AHA_1408   pdxH FALSE 0.052 172.000 0.000 NA   NA
 2033176 2033177 AHA_1408 AHA_1409 pdxH   FALSE 0.130 30.000 0.000 1.000 N NA
 2033177 2033178 AHA_1409 AHA_1410     TRUE 0.516 0.000 0.000 1.000 N NA
 2033178 2033179 AHA_1410 AHA_1411     TRUE 0.814 33.000 0.000 0.013   NA
 2033180 2033181 AHA_1412 AHA_1413   purB FALSE 0.079 166.000 0.002 NA   NA
 2033181 2033182 AHA_1413 AHA_1414 purB   FALSE 0.413 128.000 0.093 NA   NA
 2033182 2033183 AHA_1414 AHA_1415   trmU FALSE 0.241 213.000 0.180 NA   NA
 2033183 2033184 AHA_1415 AHA_1416 trmU   FALSE 0.100 319.000 0.158 1.000 N NA
 2033184 2033185 AHA_1416 AHA_1417     TRUE 0.671 96.000 0.182 1.000 N NA
 2033185 2033186 AHA_1417 AHA_1418     FALSE 0.063 67.000 0.000 1.000 N NA
 2033186 2033187 AHA_1418 AHA_1419     TRUE 1.000 1.000 0.679 0.007 Y NA
 2033187 2033188 AHA_1419 AHA_1420     FALSE 0.117 299.000 0.000 1.000 Y NA
 2033188 2033189 AHA_1420 AHA_1421     FALSE 0.211 414.000 0.000 0.077 Y NA
 2033189 2033190 AHA_1421 AHA_1422     FALSE 0.012 1757.000 0.000 1.000   NA
 2033190 2033191 AHA_1422 AHA_1423     FALSE 0.249 54.000 0.000 NA   NA
 2033191 2033192 AHA_1423 AHA_1424     FALSE 0.214 96.000 0.000 NA   NA
 2033195 2033196 AHA_1427 AHA_1428 malX   TRUE 0.913 74.000 0.531 1.000 N NA
 2033197 2033198 AHA_1429 AHA_1430     FALSE 0.064 160.000 0.000 NA   NA
 2033198 2033199 AHA_1430 AHA_1431     FALSE 0.085 144.000 0.000 NA   NA
 2033201 2033202 AHA_1433 AHA_1434   manA FALSE 0.266 48.000 0.000 NA   NA
 2033203 2033204 AHA_1435 AHA_1436   icd FALSE 0.008 203.000 0.000 1.000 N NA
 2033205 2033206 AHA_1437 AHA_1438   dsdA FALSE 0.017 335.000 0.000 NA   NA
 2033207 2033208 AHA_1439 AHA_1440 dsdC   FALSE 0.276 43.000 0.000 1.000   NA
 2033208 2033209 AHA_1440 AHA_1441     TRUE 0.978 -16.000 0.250 NA   NA
 1381189 2033210 AHA_1442 AHA_1443 ssrA smpB FALSE 0.140 120.000 0.000 NA   NA
 2033211 2033212 AHA_1444 AHA_1445     TRUE 0.959 -7.000 0.124 NA   NA
 2033213 2033214 AHA_1446 AHA_1447     FALSE 0.032 125.000 0.000 1.000 N NA
 2033214 2033215 AHA_1447 AHA_1448     FALSE 0.137 121.000 0.000 NA   NA
 2033215 2033216 AHA_1448 AHA_1449     TRUE 0.814 2.000 0.000 NA   NA
 2033217 2033218 AHA_1450 AHA_1451     TRUE 0.814 -3.000 0.000 NA   NA
 2033218 2033219 AHA_1451 AHA_1452     TRUE 0.740 10.000 0.000 NA   NA
 2033219 2033220 AHA_1452 AHA_1453     TRUE 0.979 20.000 0.225 NA Y NA
 2033220 2033221 AHA_1453 AHA_1454     TRUE 0.907 12.000 0.075 NA   NA
 2033221 2033222 AHA_1454 AHA_1455     TRUE 0.949 4.000 0.083 NA   NA
 2033222 2033223 AHA_1455 AHA_1456     TRUE 0.992 0.000 0.167 1.000 Y NA
 2033223 2033224 AHA_1456 AHA_1457     TRUE 0.997 -3.000 0.429 1.000 Y NA
 2033224 2033225 AHA_1457 AHA_1458     TRUE 0.998 4.000 0.240 0.010 Y NA
 2033225 2033226 AHA_1458 AHA_1459     TRUE 0.994 20.000 0.607 1.000 Y NA
 2033226 2033227 AHA_1459 AHA_1460     TRUE 0.949 -3.000 0.071 NA   NA
 2033227 2033228 AHA_1460 AHA_1461     TRUE 0.998 -3.000 1.000 NA   NA
 2033228 2033229 AHA_1461 AHA_1462     TRUE 0.818 1.000 0.000 NA   NA
 2033233 2033234 AHA_1466 AHA_1467     FALSE 0.340 35.000 0.000 NA   NA
 2033235 2033236 AHA_1468 AHA_1469     FALSE 0.408 29.000 0.000 NA   NA
 2033236 2033237 AHA_1469 AHA_1470     FALSE 0.093 140.000 0.000 NA   NA
 2033238 2033239 AHA_1471 AHA_1472     FALSE 0.024 250.000 0.000 NA   NA
 2033240 2033241 AHA_1473 AHA_1474     FALSE 0.332 35.000 0.000 1.000   NA
 2033241 2033242 AHA_1474 AHA_1475   cvrA FALSE 0.276 43.000 0.000 1.000   NA
 2033242 2033243 AHA_1475 AHA_1476 cvrA   FALSE 0.025 243.000 0.000 NA   NA
 2033243 2033244 AHA_1476 AHA_1477     TRUE 0.911 -3.000 0.026 NA   NA
 2033244 2033245 AHA_1477 AHA_1478   dapE TRUE 0.989 -3.000 0.163 0.031 N NA
 2033245 2033246 AHA_1478 AHA_1479 dapE   TRUE 0.933 23.000 0.292 1.000 N NA
 2033246 2033247 AHA_1479 AHA_1480     FALSE 0.325 -204.000 0.000 1.000 N NA
 2033247 2033248 AHA_1480 AHA_1481     FALSE 0.018 317.000 0.000 NA   NA
 2033249 2033250 AHA_1482 AHA_1483     TRUE 0.542 85.000 0.100 1.000 N NA
 2033251 2033252 AHA_1484 AHA_1485   dcuB FALSE 0.101 136.000 0.000 NA   NA
 2033252 2033253 AHA_1485 AHA_1486 dcuB asnS FALSE 0.016 377.000 0.000 1.000   NA
 2033253 2033254 AHA_1486 AHA_1487 asnS   FALSE 0.028 541.000 0.021 1.000   NA
 2033254 2033255 AHA_1487 AHA_1488   bioA FALSE 0.097 136.000 0.000 1.000   NA
 2033256 2033257 AHA_1489 AHA_1490 bioB bioF TRUE 0.998 -3.000 0.168 0.002 Y NA
 2033257 2033258 AHA_1490 AHA_1491 bioF bioC TRUE 0.987 -10.000 0.133 0.002 N NA
 2033258 2033259 AHA_1491 AHA_1492 bioC bioD TRUE 0.692 83.000 0.000 0.002 N NA
 2033259 2033260 AHA_1492 AHA_1493 bioD htpX FALSE 0.041 113.000 0.000 1.000 N NA
 2033261 2033262 AHA_1494 AHA_1495     FALSE 0.028 223.000 0.000 1.000   NA
 2033263 2033264 AHA_1496 AHA_1497   nifJ-1 TRUE 0.993 -3.000 0.219 0.017 N NA
 2033265 2033266 AHA_1498 AHA_1499     FALSE 0.020 287.000 0.000 NA   NA
 2033266 2033267 AHA_1499 AHA_1500     TRUE 0.688 12.000 0.000 NA   NA
 2033267 2033268 AHA_1500 AHA_1501     FALSE 0.020 147.000 0.000 1.000 N NA
 2033268 2033269 AHA_1501 AHA_1502     FALSE 0.235 71.000 0.000 NA   NA
 2033269 2033270 AHA_1502 AHA_1503     TRUE 0.754 -10.000 0.000 NA   NA
 2033271 2033272 AHA_1504 AHA_1505 cysM   FALSE 0.058 166.000 0.000 NA   NA
 2033273 2033274 AHA_1506 AHA_1507     TRUE 0.986 18.000 0.600 NA   NA
 2033274 2033275 AHA_1507 AHA_1508     TRUE 0.729 -19.000 0.000 NA   NA
 2033275 2033276 AHA_1508 AHA_1509     TRUE 0.942 11.000 0.167 1.000 N NA
 2033282 2033283 AHA_1515 AHA_1516     TRUE 0.997 4.000 0.923 NA   NA
 2033283 2033284 AHA_1516 AHA_1517     TRUE 0.939 4.000 0.064 NA   NA
 2033284 2033285 AHA_1517 AHA_1518     FALSE 0.107 125.000 0.009 NA N NA
 2033285 2033286 AHA_1518 AHA_1519     TRUE 0.980 -57.000 0.315 NA   NA
 2033286 2033287 AHA_1519 AHA_1520     FALSE 0.054 394.000 0.055 NA   NA
 2033288 2033289 AHA_1521 AHA_1522 aspS   FALSE 0.442 96.000 0.039 NA   NA
 2033289 2033290 AHA_1522 AHA_1523     FALSE 0.020 283.000 0.000 NA   NA
 2033291 2033292 AHA_1524 AHA_1525 nagC nagA-2 TRUE 0.960 -58.000 0.029 1.000 Y NA
 2033292 2033293 AHA_1525 AHA_1526 nagA-2 nagB TRUE 0.999 10.000 0.557 0.001 Y NA
 2033294 2033295 AHA_1527 AHA_1528 nagE   TRUE 0.633 123.000 0.038 1.000 Y NA
 2033295 2033296 AHA_1528 AHA_1529   glnS FALSE 0.004 350.000 0.000 1.000 N NA
 2033299 2033300 AHA_1532 AHA_1533     TRUE 0.940 40.000 0.473 1.000   NA
 2033300 2033301 AHA_1533 AHA_1534     TRUE 0.952 21.000 0.282 NA   NA
 2033301 2033302 AHA_1534 AHA_1535     TRUE 0.761 56.000 0.179 NA   NA
 2033303 2033304 AHA_1536 AHA_1537   pgm TRUE 0.651 58.000 0.151 1.000 N NA
 2033309 2033310 AHA_1542 AHA_1543 mltB-1   FALSE 0.066 96.000 0.000 NA N NA
 2033310 2033311 AHA_1543 AHA_1544     TRUE 0.978 15.000 0.359 1.000   NA
 2033311 2033312 AHA_1544 AHA_1545     TRUE 0.978 24.000 0.602 1.000   NA
 2033312 2033313 AHA_1545 AHA_1546     TRUE 0.998 0.000 0.627 0.060   NA
 2033313 2033314 AHA_1546 AHA_1547     TRUE 0.878 -90.000 0.049 1.000   NA
 2033314 2033315 AHA_1547 AHA_1548   pcaC TRUE 0.913 0.000 0.025 1.000   NA
 2033315 2033316 AHA_1548 AHA_1549 pcaC   TRUE 0.688 12.000 0.000 NA   NA
 2033318 2033319 AHA_1551 AHA_1552     FALSE 0.234 82.000 0.000 NA   NA
 2033320 2033321 AHA_1553 AHA_1554     TRUE 0.935 80.000 0.575 NA   NA
 1381302 1381303 AHA_1555 AHA_1556     FALSE 0.254 52.000 0.000 NA   NA
 2033324 2033325 AHA_1559 AHA_1560   slt FALSE 0.064 85.000 0.000 1.000 N NA
 2033325 2033326 AHA_1560 AHA_1561 slt   FALSE 0.011 180.000 0.000 1.000 N NA
 2033326 2033327 AHA_1561 AHA_1562     FALSE 0.005 259.000 0.000 1.000 N NA
 2033327 2033328 AHA_1562 AHA_1563     FALSE 0.093 43.000 0.000 NA N NA
 2033331 2033332 AHA_1566 AHA_1567     TRUE 0.814 71.000 0.233 1.000   NA
 2033335 2033336 AHA_1570 AHA_1571 dnaQ   TRUE 0.961 -3.000 0.098 NA   NA
 2033337 2033338 AHA_1572 AHA_1573     FALSE 0.014 167.000 0.000 1.000 N NA
 2033339 2033340 AHA_1574 AHA_1575 gmhA-1   TRUE 0.587 140.000 0.229 1.000   NA
 2033340 2033341 AHA_1575 AHA_1576     FALSE 0.017 322.000 0.000 NA   NA
 2033343 2033344 AHA_1578 AHA_1579     FALSE 0.089 142.000 0.000 NA   NA
 2033345 2033346 AHA_1580 AHA_1581     FALSE 0.177 105.000 0.000 1.000   NA
 2033346 2033347 AHA_1581 AHA_1582   narQ TRUE 0.998 0.000 0.254 0.018 Y NA
 2033348 2033349 AHA_1583 AHA_1584 moaA napF FALSE 0.023 250.000 0.000 1.000   NA
 2033349 2033350 AHA_1584 AHA_1585 napF napD FALSE 0.395 30.000 0.000 NA   NA
 2033350 2033351 AHA_1585 AHA_1586 napD napA FALSE 0.021 149.000 0.000 NA N NA
 2033351 2033352 AHA_1586 AHA_1587 napA   TRUE 0.897 17.000 0.000 0.053   NA
 2033352 2033353 AHA_1587 AHA_1588     TRUE 0.999 -3.000 0.795 0.016   NA
 2033353 2033354 AHA_1588 AHA_1589   napB TRUE 0.996 0.000 0.316 NA Y NA
 2033354 2033355 AHA_1589 AHA_1590 napB   TRUE 0.990 12.000 0.245 NA Y NA
 2033355 2033356 AHA_1590 AHA_1591   moaB FALSE 0.005 263.000 0.000 1.000 N NA
 2033356 2033357 AHA_1591 AHA_1592 moaB moaC TRUE 0.995 10.000 0.109 0.003 Y NA
 2033357 2033358 AHA_1592 AHA_1593 moaC moaD TRUE 0.998 -3.000 0.175 0.003 Y NA
 2033358 2033359 AHA_1593 AHA_1594 moaD moaE TRUE 0.999 3.000 0.501 0.003 Y NA
 2033359 2033360 AHA_1594 AHA_1595 moaE modA FALSE 0.236 103.000 0.026 1.000 N NA
 2033360 2033361 AHA_1595 AHA_1596 modA modB TRUE 0.942 224.000 0.660 0.001 Y NA
 2033361 2033362 AHA_1596 AHA_1597 modB modC TRUE 0.999 -3.000 0.308 0.001 Y NA
 2033362 2033363 AHA_1597 AHA_1598 modC   FALSE 0.226 83.000 0.000 1.000   NA
 2033364 2033365 AHA_1599 AHA_1600 moeB   TRUE 0.999 -3.000 0.323 0.003 Y NA
 2033366 2033367 AHA_1601 AHA_1602 folE   FALSE 0.004 412.000 0.000 1.000 N NA
 2033368 2033369 AHA_1603 AHA_1604   fhs TRUE 0.794 4.000 0.000 NA   NA
 2033372 2033373 AHA_1607 AHA_1608     TRUE 0.824 0.000 0.000 NA   NA
 2033373 2033374 AHA_1608 AHA_1609     FALSE 0.042 187.000 0.000 NA   NA
 2033374 2033375 AHA_1609 AHA_1610     FALSE 0.307 38.000 0.000 1.000   NA
 2033376 2033377 AHA_1611 AHA_1612   pepT FALSE 0.084 143.000 0.000 1.000   NA
 2033378 2033379 AHA_1613 AHA_1614 speA   FALSE 0.020 283.000 0.000 NA   NA
 2033380 2033381 AHA_1615 AHA_1616     FALSE 0.051 171.000 0.000 1.000   NA
 2033381 2033382 AHA_1616 AHA_1617     FALSE 0.101 40.000 0.000 NA N NA
 2033383 2033384 AHA_1618 AHA_1619     TRUE 0.907 23.000 0.186 NA   NA
 2033384 2033385 AHA_1619 AHA_1620     TRUE 0.765 59.000 0.186 NA   NA
 2033385 2033386 AHA_1620 AHA_1621     FALSE 0.084 145.000 0.000 NA   NA
 2033388 2033389 AHA_1623 AHA_1624     FALSE 0.069 154.000 0.000 NA   NA
 2033390 2033391 AHA_1625 AHA_1626     FALSE 0.010 198.000 0.000 NA N NA
 2033392 2033393 AHA_1627 AHA_1628     TRUE 0.754 -10.000 0.000 NA   NA
 2033394 2033395 AHA_1629 AHA_1630     TRUE 0.777 -7.000 0.016 NA N NA
 2033397 2033398 AHA_1632 AHA_1633     FALSE 0.162 112.000 0.000 NA   NA
 2033398 2033399 AHA_1633 AHA_1634     FALSE 0.296 41.000 0.000 NA   NA
 2033399 2033400 AHA_1634 AHA_1635     FALSE 0.234 82.000 0.000 NA   NA
 2033400 2033401 AHA_1635 AHA_1636     TRUE 0.524 21.000 0.000 NA   NA
 2033402 2033403 AHA_1637 AHA_1638     FALSE 0.101 136.000 0.000 NA   NA
 2033405 2033406 AHA_1640 AHA_1641   cydB-1 TRUE 0.989 0.000 0.000 0.053 Y NA
 2033406 2033407 AHA_1641 AHA_1642 cydB-1   FALSE 0.419 28.000 0.000 NA   NA
 2033408 2033409 AHA_1643 AHA_1644     FALSE 0.016 375.000 0.000 1.000   NA
 2033409 2033410 AHA_1644 AHA_1645     FALSE 0.258 48.000 0.000 1.000   NA
 2033410 2033411 AHA_1645 AHA_1646     FALSE 0.048 178.000 0.000 NA   NA
 2033413 2033414 AHA_1648 AHA_1649 glpK glpF FALSE 0.070 55.000 0.000 1.000 N NA
 2033415 2033416 AHA_1650 AHA_1651 glpT glpR TRUE 0.691 102.000 0.016 1.000 Y NA
 2033416 2033417 AHA_1651 AHA_1652 glpR   FALSE 0.067 322.000 0.104 1.000 N NA
 2033417 2033418 AHA_1652 AHA_1653     TRUE 0.615 103.000 0.000 1.000 Y NA
 2033418 2033419 AHA_1653 AHA_1654     FALSE 0.004 319.000 0.000 1.000 N NA
 2033419 2033420 AHA_1654 AHA_1655   tyrA TRUE 0.674 119.000 0.045 1.000 Y NA
 2033421 2033422 AHA_1656 AHA_1657     TRUE 0.987 0.000 0.259 NA   NA
 2033422 2033423 AHA_1657 AHA_1658     FALSE 0.074 150.000 0.000 NA   NA
 2033423 2033424 AHA_1658 AHA_1659     FALSE 0.128 124.000 0.000 NA   NA
 2033424 2033425 AHA_1659 AHA_1660     TRUE 0.998 -3.000 1.000 NA   NA
 2033425 2033426 AHA_1660 AHA_1661     FALSE 0.237 60.000 0.000 NA   NA
 2033426 2033427 AHA_1661 AHA_1662     TRUE 0.730 33.000 0.000 0.031 N NA
 2033427 2033428 AHA_1662 AHA_1663     TRUE 0.995 0.000 0.600 1.000 N NA
 2033428 2033429 AHA_1663 AHA_1664     FALSE 0.018 307.000 0.000 1.000   NA
 2033429 2033430 AHA_1664 AHA_1665     TRUE 0.533 44.000 0.040 NA   NA
 2033431 2033432 AHA_1666 AHA_1667     FALSE 0.016 396.000 0.000 NA   NA
 2033432 2033433 AHA_1667 AHA_1668     TRUE 0.683 76.000 0.000 1.000 Y NA
 2033433 2033434 AHA_1668 AHA_1669     TRUE 0.999 13.000 0.814 0.059 Y NA
 2033434 2033435 AHA_1669 AHA_1670     TRUE 0.849 70.000 0.000 0.059 Y NA
 2033438 2033439 AHA_1673 AHA_1674 mipA   FALSE 0.331 36.000 0.000 NA   NA
 2033439 2033440 AHA_1674 AHA_1675     TRUE 0.946 16.000 0.190 NA   NA
 2033443 2033444 AHA_1678 AHA_1679 arsC-1   TRUE 0.969 -3.000 0.127 NA   NA
 2033444 2033445 AHA_1679 AHA_1680     FALSE 0.020 291.000 0.000 NA   NA
 2033449 2033450 AHA_1684 AHA_1685     TRUE 0.870 66.000 0.133 1.000 Y NA
 2033450 2033451 AHA_1685 AHA_1686     TRUE 0.603 205.000 0.107 0.073 Y NA
 2033451 2033452 AHA_1686 AHA_1687     TRUE 1.000 4.000 0.903 0.015 Y NA
 2033453 2033454 AHA_1688 AHA_1689   pflA TRUE 0.477 87.000 0.043 NA   NA
 2033454 2033455 AHA_1689 AHA_1690 pflA   FALSE 0.063 66.000 0.000 1.000 N NA
 2033456 2033457 AHA_1691 AHA_1692     FALSE 0.220 88.000 0.000 1.000   NA
 2033457 2033458 AHA_1692 AHA_1693   pbpC TRUE 0.994 11.000 0.711 1.000   NA
 2033461 2033462 AHA_1696 AHA_1697     TRUE 0.707 -42.000 0.000 NA   NA
 2033463 2033464 AHA_1698 AHA_1699     FALSE 0.306 579.000 0.000 0.001 Y NA
 2033464 2033465 AHA_1699 AHA_1700     TRUE 0.830 39.000 0.032 NA Y NA
 2033465 2033466 AHA_1700 AHA_1701   fliD TRUE 0.939 27.000 0.117 NA Y NA
 2033466 2033467 AHA_1701 AHA_1702 fliD fliS TRUE 0.992 26.000 0.250 0.002 Y NA
 2033467 2033468 AHA_1702 AHA_1703 fliS   FALSE 0.016 382.000 0.000 NA   NA
 2033469 2033470 AHA_1704 AHA_1705     TRUE 0.952 -7.000 0.148 1.000 N NA
 2033470 2033471 AHA_1705 AHA_1706   mtnN-2 TRUE 0.589 78.000 0.117 1.000 N NA
 2033471 2033472 AHA_1706 AHA_1707 mtnN-2   FALSE 0.046 108.000 0.000 1.000 N NA
 2033472 2033473 AHA_1707 AHA_1708     FALSE 0.062 90.000 0.000 1.000 N NA
 2033476 2033477 AHA_1711 AHA_1712     FALSE 0.039 193.000 0.000 NA   NA
 2033477 2033478 AHA_1712 AHA_1713     FALSE 0.006 251.000 0.000 1.000 N NA
 2033480 2033481 AHA_1715 AHA_1716   ubiH FALSE 0.277 184.000 0.156 NA   NA
 2033481 2033482 AHA_1716 AHA_1717 ubiH   TRUE 0.990 96.000 0.474 0.001 Y NA
 2033482 2033483 AHA_1717 AHA_1718   gcvT FALSE 0.009 479.000 0.004 1.000 N NA
 2033483 2033484 AHA_1718 AHA_1719 gcvT gcvH TRUE 0.980 106.000 0.317 0.001 Y NA
 2033484 2033485 AHA_1719 AHA_1720 gcvH gcvP TRUE 0.512 253.000 0.249 1.000 Y NA
 2033487 2033488 AHA_1722 AHA_1723     TRUE 0.862 72.000 0.000 0.045 Y NA
 2033488 2033489 AHA_1723 AHA_1724     TRUE 0.788 4.000 0.000 1.000   NA
 2033489 2033490 AHA_1724 AHA_1725     TRUE 0.969 69.000 1.000 1.000   NA
 2033490 2033491 AHA_1725 AHA_1726   arsB TRUE 0.636 99.000 0.000 1.000 Y NA
 2033491 2033492 AHA_1726 AHA_1727 arsB arsC-2 TRUE 0.968 -3.000 0.000 1.000 Y NA
 2033492 2033493 AHA_1727 AHA_1728 arsC-2   FALSE 0.089 141.000 0.000 1.000   NA
 2033496 2033497 AHA_1731 AHA_1732     TRUE 0.970 94.000 0.551 1.000 Y NA
 2033497 2033498 AHA_1732 AHA_1733     FALSE 0.013 661.000 0.000 1.000   NA
 2033499 2033500 AHA_1734 AHA_1735 queA tgt TRUE 0.988 71.000 0.360 0.001 Y NA
 2033500 2033501 AHA_1735 AHA_1736 tgt yajC TRUE 0.859 51.000 0.325 NA N NA
 2033501 2033502 AHA_1736 AHA_1737 yajC secD-1 TRUE 0.927 19.000 0.021 NA Y NA
 2033502 2033503 AHA_1737 AHA_1738 secD-1 secF-1 TRUE 0.995 10.000 0.090 0.001 Y NA
 2033503 2033504 AHA_1738 AHA_1739 secF-1   FALSE 0.204 100.000 0.015 NA N NA
 2033504 2033505 AHA_1739 AHA_1740     FALSE 0.148 145.000 0.013 NA   NA
 2033506 2033507 AHA_1741 AHA_1742     TRUE 0.999 13.000 0.948 0.005 Y NA
 2033510 2033511 AHA_1745 AHA_1746   iscR TRUE 0.585 94.000 0.126 1.000 N NA
 2033511 2033512 AHA_1746 AHA_1747 iscR iscS TRUE 0.886 58.000 0.424 1.000 N NA
 2033512 2033513 AHA_1747 AHA_1748 iscS iscU TRUE 0.916 42.000 0.448 1.000 N NA
 2033513 2033514 AHA_1748 AHA_1749 iscU iscA TRUE 0.994 16.000 0.359 0.001   NA
 2033514 2033515 AHA_1749 AHA_1750 iscA hscB TRUE 0.853 123.000 0.500 1.000   NA
 2033515 2033516 AHA_1750 AHA_1751 hscB hscA TRUE 0.990 29.000 0.634 1.000 Y NA
 2033516 2033517 AHA_1751 AHA_1752 hscA fdx TRUE 0.996 2.000 0.794 1.000 N NA
 2033517 2033518 AHA_1752 AHA_1753 fdx pepB FALSE 0.057 158.000 0.010 1.000 N NA
 2033518 2033519 AHA_1753 AHA_1754 pepB   TRUE 0.926 104.000 0.051 0.001 Y NA
 2033519 2033520 AHA_1754 AHA_1755     FALSE 0.022 270.000 0.017 1.000 N NA
 2033520 2033521 AHA_1755 AHA_1756     FALSE 0.322 169.000 0.156 1.000   NA
 2033521 2033522 AHA_1756 AHA_1757   pilF TRUE 0.888 13.000 0.067 1.000   NA
 2033522 2033523 AHA_1757 AHA_1758 pilF   TRUE 0.961 -10.000 0.153 1.000   NA
 2033523 2033524 AHA_1758 AHA_1759   ispG TRUE 0.973 11.000 0.233 1.000   NA
 2033524 2033525 AHA_1759 AHA_1760 ispG hisS TRUE 0.490 139.000 0.207 1.000 N NA
 2033525 2033526 AHA_1760 AHA_1761 hisS   TRUE 0.984 4.000 0.259 1.000   NA
 2033526 2033527 AHA_1761 AHA_1762     TRUE 0.978 20.000 0.492 1.000   NA
 2033527 2033528 AHA_1762 AHA_1763     TRUE 0.785 75.000 0.203 1.000   NA
 2033528 2033529 AHA_1763 AHA_1764     FALSE 0.280 105.000 0.009 NA   NA
 2033532 2033533 AHA_1767 AHA_1768     TRUE 0.921 16.000 0.000 0.016   NA
 2033533 2033534 AHA_1768 AHA_1769     TRUE 0.814 -3.000 0.000 NA   NA
 2033534 2033535 AHA_1769 AHA_1770     FALSE 0.040 190.000 0.000 NA   NA
 2033535 2033536 AHA_1770 AHA_1771     TRUE 0.990 62.000 0.437 0.001 Y NA
 2033536 2033537 AHA_1771 AHA_1772     TRUE 0.995 79.000 0.713 0.001 Y NA
 2033537 2033538 AHA_1772 AHA_1773     TRUE 0.998 -3.000 0.211 0.005 Y NA
 2033538 2033539 AHA_1773 AHA_1774     TRUE 0.999 0.000 0.269 0.003 Y NA
 2033539 2033540 AHA_1774 AHA_1775     TRUE 0.998 11.000 0.428 0.005 Y NA
 2033540 2033541 AHA_1775 AHA_1776     TRUE 0.970 129.000 0.423 0.005 Y NA
 2033541 2033542 AHA_1776 AHA_1777     TRUE 0.999 -3.000 0.664 0.005 Y NA
 2033542 2033543 AHA_1777 AHA_1778   nuoF TRUE 0.966 80.000 0.180 0.005 Y NA
 2033543 2033544 AHA_1778 AHA_1779 nuoF   TRUE 0.998 -3.000 0.186 0.005 Y NA
 2033544 2033545 AHA_1779 AHA_1780     TRUE 0.986 62.000 0.407 0.005 Y NA
 2033545 2033546 AHA_1780 AHA_1781     TRUE 1.000 3.000 0.691 0.003 Y NA
 2033546 2033547 AHA_1781 AHA_1782     TRUE 0.993 30.000 0.377 0.003 Y NA
 2033547 2033548 AHA_1782 AHA_1783     FALSE 0.005 259.000 0.000 1.000 N NA
 2033548 2033549 AHA_1783 AHA_1784     TRUE 0.958 -22.000 0.010 1.000 Y NA
 2033549 1381532 AHA_1784 AHA_1785     FALSE 0.015 453.000 0.000 NA   NA
 1381532 2033550 AHA_1785 AHA_1786     FALSE 0.082 146.000 0.000 NA   NA
 2033550 2033551 AHA_1786 AHA_1787     TRUE 0.963 21.000 0.338 NA   NA
 2033551 2033552 AHA_1787 AHA_1788     TRUE 0.986 -3.000 0.257 NA   NA
 2033552 2033553 AHA_1788 AHA_1789   mepA FALSE 0.239 58.000 0.000 NA   NA
 2033554 2033555 AHA_1790 AHA_1791     FALSE 0.032 211.000 0.000 NA   NA
 2033557 2033558 AHA_1793 AHA_1794     FALSE 0.227 82.000 0.000 1.000   NA
 2033558 2033559 AHA_1794 AHA_1795     FALSE 0.062 91.000 0.000 1.000 N NA
 2033560 2033561 AHA_1796 AHA_1797     TRUE 0.997 3.000 0.902 1.000   NA
 2033561 2033562 AHA_1797 AHA_1798     TRUE 0.534 55.000 0.000 0.092 N NA
 2033562 2033563 AHA_1798 AHA_1799     FALSE 0.239 74.000 0.000 NA   NA
 2033564 2033565 AHA_1800 AHA_1801     FALSE 0.063 89.000 0.000 1.000 N NA
 2033565 2033566 AHA_1801 AHA_1802     FALSE 0.041 189.000 0.000 NA   NA
 2033566 2033567 AHA_1802 AHA_1803     TRUE 0.807 3.000 0.000 NA   NA
 2033569 2033570 AHA_1805 AHA_1806   cysB TRUE 0.853 74.000 0.000 0.061 Y NA
 2033572 2033573 AHA_1808 AHA_1809 cmk rpsA TRUE 0.795 94.000 0.281 1.000 N NA
 2033573 2033574 AHA_1809 AHA_1810 rpsA ihfB TRUE 0.801 96.000 0.292 1.000 N NA
 2033574 2033575 AHA_1810 AHA_1811 ihfB   TRUE 0.468 157.000 0.208 NA   NA
 2033575 2033576 AHA_1811 AHA_1812     TRUE 0.993 10.000 0.576 NA   NA
 2033576 2033577 AHA_1812 AHA_1813   pyrF TRUE 0.545 102.000 0.125 1.000 N NA
 2033579 2033580 AHA_1815 AHA_1816   exsB TRUE 0.482 23.000 0.000 NA   NA
 2033580 2033581 AHA_1816 AHA_1817 exsB   TRUE 0.953 20.000 0.270 1.000   NA
 2033581 2033582 AHA_1817 AHA_1818     TRUE 0.814 2.000 0.000 NA   NA
 2033582 2033583 AHA_1818 AHA_1819     TRUE 0.814 -3.000 0.000 NA   NA
 2033585 2033586 AHA_1821 AHA_1822   tdk FALSE 0.063 87.000 0.000 1.000 N NA
 2033588 1381572 AHA_1824 AHA_1825     FALSE 0.080 147.000 0.000 NA   NA
 1381572 2033589 AHA_1825 AHA_1826     FALSE 0.013 1214.000 0.000 NA   NA
 2033589 2033590 AHA_1826 AHA_1827     FALSE 0.021 278.000 0.000 NA   NA
 2033590 2033591 AHA_1827 AHA_1828     TRUE 0.814 2.000 0.000 NA   NA
 2033591 2033592 AHA_1828 AHA_1829     TRUE 0.740 10.000 0.000 NA   NA
 2033592 2033593 AHA_1829 AHA_1830     FALSE 0.154 115.000 0.000 NA   NA
 2033593 2033594 AHA_1830 AHA_1831     FALSE 0.137 121.000 0.000 NA   NA
 2033594 2033595 AHA_1831 AHA_1832     FALSE 0.013 673.000 0.000 NA   NA
 2033595 2033596 AHA_1832 AHA_1833     TRUE 0.970 45.000 0.821 NA   NA
 2033596 2033597 AHA_1833 AHA_1834     TRUE 0.995 7.000 0.627 NA   NA
 2033597 2033598 AHA_1834 AHA_1835     TRUE 0.994 4.000 0.552 NA   NA
 2033598 2033599 AHA_1835 AHA_1836     TRUE 0.996 -36.000 0.863 NA   NA
 2033599 2033600 AHA_1836 AHA_1837     TRUE 0.928 57.000 0.510 NA   NA
 2033600 2033601 AHA_1837 AHA_1838     TRUE 0.998 0.000 0.862 NA   NA
 2033601 2033602 AHA_1838 AHA_1839     TRUE 0.997 3.000 0.765 NA   NA
 2033602 2033603 AHA_1839 AHA_1840     TRUE 0.946 92.000 0.673 NA   NA
 2033603 2033604 AHA_1840 AHA_1841     TRUE 0.975 21.000 0.471 NA   NA
 2033604 2033605 AHA_1841 AHA_1842     TRUE 0.979 3.000 0.059 0.016 N NA
 2033605 2033606 AHA_1842 AHA_1843     TRUE 0.965 0.000 0.105 NA   NA
 2033606 2033607 AHA_1843 AHA_1844     TRUE 0.995 9.000 0.711 NA   NA
 2033607 2033608 AHA_1844 AHA_1845     TRUE 0.967 42.000 0.750 NA   NA
 2033608 2033609 AHA_1845 AHA_1846     TRUE 0.886 47.000 0.312 NA   NA
 2033609 2033610 AHA_1846 AHA_1847     FALSE 0.023 258.000 0.000 NA   NA
 2033610 2033611 AHA_1847 AHA_1848     TRUE 0.714 11.000 0.000 NA   NA
 2033611 2033612 AHA_1848 AHA_1849     FALSE 0.340 35.000 0.000 NA   NA
 2033612 2033613 AHA_1849 AHA_1850     TRUE 0.807 3.000 0.000 NA   NA
 1381598 1381599 AHA_1851 AHA_1852     FALSE 0.259 50.000 0.000 NA   NA
 1381599 1381600 AHA_1852 AHA_1853     FALSE 0.323 37.000 0.000 NA   NA
 2033616 2033617 AHA_1856 AHA_1857 clpS clpA TRUE 0.938 60.000 0.596 NA   NA
 2033618 2033619 AHA_1858 AHA_1859 infA   TRUE 0.522 49.000 0.078 1.000 N NA
 2033619 2033620 AHA_1859 AHA_1860   aat TRUE 0.995 -3.000 0.285 1.000 Y NA
 2033622 2033623 AHA_1862 AHA_1863   trxB FALSE 0.067 58.000 0.000 1.000 N NA
 2033624 2033625 AHA_1864 AHA_1865 lrp   FALSE 0.409 202.000 0.345 1.000 N NA
 2033625 2033626 AHA_1865 AHA_1866   lolA TRUE 0.832 78.000 0.305 1.000 N NA
 2033626 2033627 AHA_1866 AHA_1867 lolA   TRUE 0.493 124.000 0.167 1.000 N NA
 2033627 2033628 AHA_1867 AHA_1868   serS FALSE 0.134 340.000 0.078 0.099 N NA
 2033628 2033629 AHA_1868 AHA_1869 serS cvpA FALSE 0.041 187.000 0.000 1.000   NA
 2033629 2033630 AHA_1869 AHA_1870 cvpA purF TRUE 0.943 22.000 0.262 1.000   NA
 2033630 2033631 AHA_1870 AHA_1871 purF   FALSE 0.234 186.000 0.000 1.000 Y NA
 2033632 2033633 AHA_1872 AHA_1873 sapF sapD TRUE 0.992 56.000 0.684 0.020 Y NA
 2033633 2033634 AHA_1873 AHA_1874 sapD sapC TRUE 0.999 0.000 0.667 1.000 Y NA
 2033634 2033635 AHA_1874 AHA_1875 sapC sapB TRUE 0.945 36.000 0.062 0.058 Y NA
 2033635 2033636 AHA_1875 AHA_1876 sapB sapA TRUE 0.974 3.000 0.057 0.058 N NA
 2033636 2033637 AHA_1876 AHA_1877 sapA   TRUE 0.785 121.000 0.402 1.000 N NA
 2033638 2033639 AHA_1878 AHA_1879   pspB TRUE 0.910 4.000 0.033 NA   NA
 2033639 2033640 AHA_1879 AHA_1880 pspB   TRUE 0.985 29.000 0.913 NA   NA
 2033640 2033641 AHA_1880 AHA_1881     TRUE 0.697 108.000 0.190 NA   NA
 2033641 2033642 AHA_1881 AHA_1882     TRUE 0.959 67.000 0.791 NA   NA
 2033642 2033643 AHA_1882 AHA_1883   phhA FALSE 0.052 172.000 0.000 NA   NA
 2033643 2033644 AHA_1883 AHA_1884 phhA   TRUE 0.745 55.000 0.203 1.000 N NA
 2033644 2033645 AHA_1884 AHA_1885     TRUE 0.930 20.000 0.000 0.001   NA
 2033645 2033646 AHA_1885 AHA_1886   tyrR FALSE 0.100 135.000 0.000 1.000   NA
 2033646 2033647 AHA_1886 AHA_1887 tyrR   FALSE 0.048 178.000 0.000 NA   NA
 2033647 2033648 AHA_1887 AHA_1888     TRUE 0.994 -3.000 0.475 NA   NA
 2033648 2033649 AHA_1888 AHA_1889     TRUE 0.992 3.000 0.475 1.000 N NA
 2033651 2033652 AHA_1891 AHA_1892     TRUE 0.730 111.000 0.224 NA   NA
 2033652 2033653 AHA_1892 AHA_1893     FALSE 0.207 98.000 0.000 NA   NA
 2033654 2033655 AHA_1894 AHA_1895 cdd   FALSE 0.011 188.000 0.000 NA N NA
 2033655 2033656 AHA_1895 AHA_1896     TRUE 0.954 -3.000 0.082 NA   NA
 2033658 2033659 AHA_1898 AHA_1899     FALSE 0.221 122.000 0.011 NA   NA
 2033659 2033660 AHA_1899 AHA_1900   araA FALSE 0.361 -33.000 0.000 1.000 N NA
 2033660 2033661 AHA_1900 AHA_1901 araA   TRUE 0.972 14.000 0.103 1.000 Y NA
 2033661 2033662 AHA_1901 AHA_1902   araB TRUE 0.944 -3.000 0.096 1.000 N NA
 2033663 2033664 AHA_1903 AHA_1904     TRUE 0.996 73.000 0.917 0.002 Y NA
 2033664 2033665 AHA_1904 AHA_1905     TRUE 0.991 49.000 0.451 0.002 Y NA
 2033665 2033666 AHA_1905 AHA_1906   araC FALSE 0.434 145.000 0.196 1.000 N NA
 2033667 2033668 AHA_1907 AHA_1908     TRUE 0.771 7.000 0.000 NA   NA
 2033670 2033671 AHA_1910 AHA_1911 rpmJ rpmE-1 TRUE 0.987 -3.000 0.083 0.013   NA
 2033673 2033674 AHA_1913 AHA_1914     FALSE 0.452 25.000 0.000 NA   NA
 2033674 2033675 AHA_1914 AHA_1915     FALSE 0.092 141.000 0.000 NA   NA
 2033675 2033676 AHA_1915 AHA_1916     FALSE 0.115 127.000 0.000 1.000   NA
 2033676 2033677 AHA_1916 AHA_1917   dcuC FALSE 0.028 131.000 0.000 1.000 N NA
 2033681 2033682 AHA_1921 AHA_1922   gltA FALSE 0.013 534.000 0.000 1.000   NA
 2033683 2033684 AHA_1923 AHA_1924 sdhC   TRUE 0.999 -6.000 0.453 0.001 Y NA
 2033684 2033685 AHA_1924 AHA_1925   sdhA TRUE 1.000 2.000 0.705 0.002 Y NA
 2033685 2033686 AHA_1925 AHA_1926 sdhA   TRUE 0.998 17.000 0.604 0.002 Y NA
 2033686 2033687 AHA_1926 AHA_1927   sucA TRUE 0.824 57.000 0.067 1.000 Y NA
 2033687 2033688 AHA_1927 AHA_1928 sucA sucB TRUE 0.977 93.000 0.667 1.000 Y NA
 2033688 2033689 AHA_1928 AHA_1929 sucB   FALSE 0.402 224.000 0.136 1.000 Y NA
 2033689 2033690 AHA_1929 AHA_1930     TRUE 1.000 0.000 0.806 0.001 Y NA
 2033690 2033691 AHA_1930 AHA_1931     FALSE 0.013 933.000 0.000 NA   NA
 2033691 2033692 AHA_1931 AHA_1932     FALSE 0.047 180.000 0.000 NA   NA
 2033693 2033694 AHA_1933 AHA_1934     FALSE 0.228 19.000 0.000 1.000 N NA
 2033694 2033695 AHA_1934 AHA_1935     TRUE 0.998 -3.000 0.762 0.058 N NA
 2033695 2033696 AHA_1935 AHA_1936     FALSE 0.080 273.000 0.000 0.058 N NA
 2033696 2033697 AHA_1936 AHA_1937     FALSE 0.035 121.000 0.000 1.000 N NA
 2033698 2033699 AHA_1938 AHA_1939 phnW   TRUE 0.995 -3.000 0.086 0.015 Y NA
 2033699 2033700 AHA_1939 AHA_1940   phnX TRUE 0.911 -7.000 0.042 1.000   NA
 2033701 2033702 AHA_1941 AHA_1942 pflB   TRUE 0.985 7.000 0.345 1.000 N NA
 2033702 2033703 AHA_1942 AHA_1943     FALSE 0.016 381.000 0.000 NA   NA
 2033703 2033704 AHA_1943 AHA_1944     FALSE 0.117 128.000 0.000 NA   NA
 2033705 2033706 AHA_1945 AHA_1946 asd-1   FALSE 0.003 603.000 0.000 1.000 N NA
 2033707 2033708 AHA_1947 AHA_1948     FALSE 0.467 93.000 0.043 1.000   NA
 2033708 2033709 AHA_1948 AHA_1949     FALSE 0.014 461.000 0.000 1.000   NA
 2033712 2033713 AHA_1952 AHA_1953     FALSE 0.122 254.000 0.105 1.000   NA
 2033713 2033714 AHA_1953 AHA_1954     FALSE 0.309 39.000 0.000 NA   NA
 2033721 2033722 AHA_1961 AHA_1962     FALSE 0.068 152.000 0.000 1.000   NA
 2033726 2033727 AHA_1966 AHA_1967     TRUE 0.918 44.000 0.182 1.000 Y NA
 2033727 2033728 AHA_1967 AHA_1968     TRUE 0.999 -64.000 0.818 0.058 Y NA
 2033728 2033729 AHA_1968 AHA_1969     TRUE 0.848 68.000 0.000 0.058 Y NA
 2033729 2033730 AHA_1969 AHA_1970     TRUE 0.949 58.000 0.429 0.058 N NA
 2033732 2033733 AHA_1972 AHA_1973   corA FALSE 0.137 121.000 0.000 NA   NA
 2033733 2033734 AHA_1973 AHA_1974 corA   FALSE 0.015 413.000 0.000 NA   NA
 2033734 2033735 AHA_1974 AHA_1975     TRUE 0.824 0.000 0.000 NA   NA
 2033736 2033737 AHA_1976 AHA_1977     TRUE 0.843 101.000 0.000 0.019 Y NA
 2033737 2033738 AHA_1977 AHA_1978   serC FALSE 0.007 224.000 0.000 1.000 N NA
 2033738 2033739 AHA_1978 AHA_1979 serC aroA TRUE 0.761 88.000 0.033 1.000 Y NA
 2033739 2033740 AHA_1979 AHA_1980 aroA   FALSE 0.179 214.000 0.000 1.000 Y NA
 2033743 2033744 AHA_1983 AHA_1984 xseA   FALSE 0.174 108.000 0.000 NA   NA
 2033744 2033745 AHA_1984 AHA_1985     FALSE 0.095 139.000 0.000 NA   NA
 2033745 2033746 AHA_1985 AHA_1986     TRUE 0.993 0.000 0.044 0.072 Y NA
 2033746 2033747 AHA_1986 AHA_1987   tonB-1 TRUE 0.959 3.000 0.000 0.015 N NA
 2033747 2033748 AHA_1987 AHA_1988 tonB-1   FALSE 0.006 252.000 0.000 1.000 N NA
 2033749 2033750 AHA_1989 AHA_1990 guaB   TRUE 0.974 84.000 0.190 0.001 Y NA
 2033750 2033751 AHA_1990 AHA_1991     FALSE 0.028 229.000 0.000 NA   NA
 2033751 2033752 AHA_1991 AHA_1992     FALSE 0.013 723.000 0.000 NA   NA
 2033753 2033754 AHA_1993 AHA_1994     FALSE 0.287 52.000 0.022 1.000 N NA
 2033755 2033756 AHA_1995 AHA_1996   tpm FALSE 0.029 216.000 0.000 1.000   NA
 2033758 2033759 AHA_1998 AHA_1999 sixA   FALSE 0.125 125.000 0.000 NA   NA
 2033759 2033760 AHA_1999 AHA_2000     FALSE 0.035 201.000 0.000 NA   NA
 2033763 2033764 AHA_2003 AHA_2004 mfd   TRUE 0.893 10.000 0.039 NA   NA
 2033765 2033766 AHA_2005 AHA_2006 lolC lolD TRUE 0.984 -7.000 0.175 0.072 N NA
 2033766 2033767 AHA_2006 AHA_2007 lolD lolE TRUE 0.998 0.000 0.620 0.072 N NA
 2033768 2033769 AHA_2008 AHA_2009     FALSE 0.239 74.000 0.000 NA   NA
 2033770 2033771 AHA_2010 AHA_2011 tig clpP TRUE 0.934 108.000 0.351 1.000 Y NA
 2033771 2033772 AHA_2011 AHA_2012 clpP clpX TRUE 0.855 147.000 0.352 1.000 Y NA
 2033772 2033773 AHA_2012 AHA_2013 clpX lon TRUE 0.872 142.000 0.201 0.099 Y NA
 2033773 2033774 AHA_2013 AHA_2014 lon   FALSE 0.006 241.000 0.000 1.000 N NA
 2033774 2033775 AHA_2014 AHA_2015   ppiD FALSE 0.063 155.000 0.011 1.000 N NA
 2033776 1381764 AHA_2016 AHA_2017     FALSE 0.043 186.000 0.000 NA   NA
 1381764 2033777 AHA_2017 AHA_2018     FALSE 0.087 143.000 0.000 NA   NA
 2033777 2033778 AHA_2018 AHA_2019     FALSE 0.204 99.000 0.000 NA   NA
 2033778 2033779 AHA_2019 AHA_2020     FALSE 0.013 647.000 0.000 NA   NA
 2033779 2033780 AHA_2020 AHA_2021     FALSE 0.045 182.000 0.000 NA   NA
 2033780 2033781 AHA_2021 AHA_2022     FALSE 0.013 782.000 0.000 NA   NA
 2033781 2033782 AHA_2022 AHA_2023     FALSE 0.003 566.000 0.000 1.000 N NA
 2033782 2033783 AHA_2023 AHA_2024     FALSE 0.013 933.000 0.000 NA   NA
 2033783 2033784 AHA_2024 AHA_2025     FALSE 0.028 228.000 0.000 NA   NA
 2033785 2033786 AHA_2026 AHA_2027     FALSE 0.013 662.000 0.000 NA   NA
 2033786 2033787 AHA_2027 AHA_2028     TRUE 0.723 -22.000 0.000 NA   NA
 2033788 2033789 AHA_2029 AHA_2030     FALSE 0.016 395.000 0.000 NA   NA
 2033789 2033790 AHA_2030 AHA_2031     FALSE 0.095 139.000 0.000 NA   NA
 2033791 2033792 AHA_2032 AHA_2033     TRUE 0.989 -21.000 0.462 NA   NA
 2033794 2033795 AHA_2035 AHA_2036     TRUE 0.747 -10.000 0.000 1.000   NA
 2033795 2033796 AHA_2036 AHA_2037     TRUE 0.736 -16.000 0.000 NA   NA
 2033796 2033797 AHA_2037 AHA_2038     FALSE 0.271 46.000 0.000 NA   NA
 2033797 2033798 AHA_2038 AHA_2039     TRUE 0.771 7.000 0.000 NA   NA
 2033798 2033799 AHA_2039 AHA_2040     TRUE 0.814 -3.000 0.000 NA   NA
 2033799 2033800 AHA_2040 AHA_2041     TRUE 0.814 -3.000 0.000 NA   NA
 2033800 2033801 AHA_2041 AHA_2042     TRUE 0.814 -3.000 0.000 NA   NA
 2033802 2033803 AHA_2043 AHA_2044   umuC FALSE 0.180 106.000 0.000 NA   NA
 2033803 2033804 AHA_2044 AHA_2045 umuC umuD FALSE 0.468 4.000 0.000 1.000 N NA
 2033805 2033806 AHA_2046 AHA_2047     FALSE 0.226 83.000 0.000 1.000   NA
 2033806 2033807 AHA_2047 AHA_2048     FALSE 0.231 84.000 0.000 NA   NA
 2033807 2033808 AHA_2048 AHA_2049     TRUE 0.524 21.000 0.000 NA   NA
 2033808 2033809 AHA_2049 AHA_2050     FALSE 0.018 321.000 0.000 NA   NA
 2033809 2033810 AHA_2050 AHA_2052     TRUE 0.680 -174.000 0.000 NA   NA
 2033812 2033813 AHA_2053 AHA_2054     FALSE 0.303 40.000 0.000 NA   NA
 2033813 2033814 AHA_2054 AHA_2055     FALSE 0.230 68.000 0.000 NA   NA
 2033815 2033816 AHA_2056 AHA_2057     TRUE 0.997 -3.000 0.733 NA   NA
 2033816 2033817 AHA_2057 AHA_2058     FALSE 0.169 110.000 0.000 NA   NA
 2033817 2033818 AHA_2058 AHA_2059     TRUE 0.994 3.000 0.588 NA N NA
 2033819 2033820 AHA_2060 AHA_2061     FALSE 0.015 413.000 0.000 1.000   NA
 2033821 2033822 AHA_2062 AHA_2063     TRUE 0.744 -13.000 0.000 NA   NA
 2033822 2033823 AHA_2063 AHA_2064     FALSE 0.224 92.000 0.000 NA   NA
 2033823 2033824 AHA_2064 AHA_2065     FALSE 0.024 250.000 0.000 NA   NA
 2033824 2033825 AHA_2065 AHA_2066     TRUE 0.824 0.000 0.000 NA   NA
 2033825 2033826 AHA_2066 AHA_2067     FALSE 0.230 85.000 0.000 NA   NA
 2033827 2033828 AHA_2068 AHA_2069     TRUE 0.564 19.000 0.000 NA   NA
 2033829 2033830 AHA_2070 AHA_2071     FALSE 0.013 686.000 0.000 NA   NA
 2033830 2033831 AHA_2071 AHA_2072     FALSE 0.255 49.000 0.000 1.000   NA
 2033831 2033832 AHA_2072 AHA_2073     FALSE 0.095 38.000 0.000 1.000 N NA
 2033832 2033833 AHA_2073 AHA_2074     FALSE 0.334 12.000 0.000 1.000 N NA
 2033833 2033834 AHA_2074 AHA_2075     TRUE 0.945 -3.000 0.000 0.061 N NA
 2033834 2033835 AHA_2075 AHA_2076     TRUE 0.941 110.000 0.205 0.061 Y NA
 2033835 2033836 AHA_2076 AHA_2077     TRUE 0.989 10.000 0.189 1.000 Y NA
 2033836 2033837 AHA_2077 AHA_2078     TRUE 0.996 -3.000 0.316 1.000 Y NA
 2033838 2033839 AHA_2079 AHA_2080 mmsA-2   TRUE 0.814 0.000 0.013 1.000 N NA
 2033839 2033840 AHA_2080 AHA_2081     FALSE 0.408 141.000 0.000 1.000 Y NA
 2033840 2033841 AHA_2081 AHA_2082     TRUE 0.900 60.000 0.000 0.002 Y NA
 2033841 2033842 AHA_2082 AHA_2083   mmsB TRUE 0.991 28.000 0.687 1.000 Y NA
 2033842 2033843 AHA_2083 AHA_2084 mmsB   TRUE 0.774 72.000 0.034 1.000 Y NA
 2033843 2033844 AHA_2084 AHA_2085     FALSE 0.004 390.000 0.000 1.000 N NA
 2033844 2033845 AHA_2085 AHA_2086     TRUE 0.602 91.000 0.000 0.073   NA
 2033847 2033848 AHA_2088 AHA_2089     TRUE 0.940 -69.000 0.000 NA Y NA
 2033851 2033852 AHA_2092 AHA_2093     FALSE 0.188 102.000 0.000 1.000   NA
 2033855 2033856 AHA_2096 AHA_2097     FALSE 0.014 165.000 0.000 1.000 N NA
 2033856 2033857 AHA_2097 AHA_2098     FALSE 0.343 34.000 0.000 1.000   NA
 2033859 2033860 AHA_2100 AHA_2101   msbB FALSE 0.075 268.000 0.000 0.073 N NA
 2033860 2033861 AHA_2101 AHA_2102 msbB   TRUE 0.700 169.000 0.026 0.002 Y NA
 2033861 2033862 AHA_2102 AHA_2103     FALSE 0.022 142.000 0.000 1.000 N NA
 2033863 2033864 AHA_2104 AHA_2105     TRUE 0.714 -24.000 0.000 1.000   NA
 2033864 2033865 AHA_2105 AHA_2106     FALSE 0.239 74.000 0.000 NA   NA
 1381855 1381856 AHA_2108 AHA_2109     FALSE 0.315 38.000 0.000 NA   NA
 1381856 1381858 AHA_2109 AHA_2110     TRUE 0.776 6.000 0.000 NA   NA
 1381858 1381859 AHA_2110 AHA_2111     FALSE 0.309 39.000 0.000 NA   NA
 1381859 1381860 AHA_2111 AHA_2112     TRUE 0.583 18.000 0.000 NA   NA
 1381860 1381861 AHA_2112 AHA_2113     TRUE 0.663 13.000 0.000 NA   NA
 1381861 2033867 AHA_2113 AHA_2114     FALSE 0.063 161.000 0.000 NA   NA
 2033867 2033868 AHA_2114 AHA_2115     FALSE 0.131 147.000 0.009 NA   NA
 2033870 2033871 AHA_2117 AHA_2118     FALSE 0.095 139.000 0.000 NA   NA
 2033871 2033872 AHA_2118 AHA_2119   purT FALSE 0.115 127.000 0.000 1.000   NA
 2033872 2033873 AHA_2119 AHA_2120 purT   FALSE 0.222 86.000 0.000 1.000   NA
 2033875 2033876 AHA_2122 AHA_2123     FALSE 0.057 167.000 0.000 NA   NA
 2033876 2033877 AHA_2123 AHA_2124     TRUE 0.814 -3.000 0.000 NA   NA
 2033877 2033878 AHA_2124 AHA_2125     FALSE 0.238 73.000 0.000 NA   NA
 2033879 2033880 AHA_2126 AHA_2127     TRUE 0.688 -84.000 0.000 NA   NA
 2033880 2033881 AHA_2127 AHA_2128     TRUE 0.818 1.000 0.000 NA   NA
 2033882 2033883 AHA_2129 AHA_2130   mtgA FALSE 0.133 122.000 0.000 NA   NA
 2033883 2033884 AHA_2130 AHA_2131 mtgA   FALSE 0.249 54.000 0.000 NA   NA
 2033884 2033885 AHA_2131 AHA_2132   minE FALSE 0.033 208.000 0.000 NA   NA
 2033885 2033886 AHA_2132 AHA_2133 minE minD TRUE 0.998 3.000 0.618 NA Y NA
 2033886 2033887 AHA_2133 AHA_2134 minD minC TRUE 0.992 19.000 0.466 1.000 Y NA
 2033888 2033889 AHA_2135 AHA_2136     TRUE 0.991 -3.000 0.363 NA   NA
 2033890 2033891 AHA_2137 AHA_2138 sdaA-1 sdaA-2 FALSE 0.407 278.000 0.000 0.001 Y NA
 2033891 2033892 AHA_2138 AHA_2139 sdaA-2   FALSE 0.034 204.000 0.000 NA   NA
 2033896 2033897 AHA_2142 AHA_2144     FALSE 0.032 130.000 0.000 NA N NA
 2033897 2033898 AHA_2144 AHA_2145     FALSE 0.313 254.000 0.000 0.057 Y NA
 2033898 2033899 AHA_2145 AHA_2146     FALSE 0.015 411.000 0.000 NA   NA
 2033899 2033900 AHA_2146 AHA_2147     TRUE 0.997 -7.000 0.946 NA   NA
 2033900 2033901 AHA_2147 AHA_2148     FALSE 0.352 34.000 0.000 NA   NA
 2033901 2033902 AHA_2148 AHA_2149     TRUE 0.814 -3.000 0.000 NA   NA
 2033902 2033903 AHA_2149 AHA_2150     TRUE 0.818 0.000 0.000 1.000   NA
 2033903 2033904 AHA_2150 AHA_2151     FALSE 0.013 563.000 0.000 NA   NA
 2033904 2033905 AHA_2151 AHA_2152     TRUE 0.729 -19.000 0.000 NA   NA
 2033906 2033907 AHA_2153 AHA_2154 fadI fadJ TRUE 0.997 0.000 0.430 1.000 Y NA
 2033907 2033908 AHA_2154 AHA_2155 fadJ   FALSE 0.019 296.000 0.000 NA   NA
 2033908 2033909 AHA_2155 AHA_2156     FALSE 0.200 100.000 0.000 NA   NA
 2033909 2033910 AHA_2156 AHA_2157     TRUE 0.679 12.000 0.000 1.000   NA
 2033912 2033913 AHA_2159 AHA_2160     FALSE 0.254 52.000 0.000 NA   NA
 2033913 2033914 AHA_2160 AHA_2161     FALSE 0.003 429.000 0.000 1.000 N NA
 2033914 2033915 AHA_2161 AHA_2162     TRUE 0.859 128.000 0.265 1.000 Y NA
 2033915 2033916 AHA_2162 AHA_2163     TRUE 0.820 124.000 0.188 1.000 Y NA
 2033916 2033917 AHA_2163 AHA_2164   hydA FALSE 0.265 119.000 0.050 1.000 N NA
 2033917 2033918 AHA_2164 AHA_2165 hydA arcC-1 FALSE 0.287 96.000 0.031 1.000 N NA
 2033918 2033919 AHA_2165 AHA_2166 arcC-1   FALSE 0.244 183.000 0.000 NA Y NA
 2033920 2033921 AHA_2167 AHA_2168     TRUE 0.950 20.000 0.119 0.097   NA
 2033922 2033923 AHA_2169 AHA_2170     FALSE 0.015 421.000 0.000 NA   NA
 2033923 2033924 AHA_2170 AHA_2171     TRUE 0.942 31.000 0.443 1.000 N NA
 2033924 2033925 AHA_2171 AHA_2172     FALSE 0.448 81.000 0.066 1.000 N NA
 2033925 2033926 AHA_2172 AHA_2173     TRUE 1.000 0.000 0.800 0.030 Y NA
 2033926 2033927 AHA_2173 AHA_2174     FALSE 0.058 96.000 0.000 1.000 N NA
 2033927 2033928 AHA_2174 AHA_2175     TRUE 0.849 25.000 0.000 1.000 Y NA
 2033928 2033929 AHA_2175 AHA_2176     FALSE 0.019 282.000 0.000 1.000   NA
 2033929 2033930 AHA_2176 AHA_2177     FALSE 0.016 330.000 0.000 1.000   NA
 2033930 2033931 AHA_2177 AHA_2178     TRUE 0.999 -7.000 0.500 0.001 Y NA
 2033931 2033932 AHA_2178 AHA_2179     TRUE 0.999 -3.000 0.667 0.051 Y NA
 2033932 2033933 AHA_2179 AHA_2180     FALSE 0.013 533.000 0.000 1.000   NA
 2033937 2033938 AHA_2184 AHA_2185     FALSE 0.245 56.000 0.000 NA   NA
 2033939 2033940 AHA_2186 AHA_2187   hisF TRUE 0.999 -7.000 0.430 0.002 Y NA
 2033940 2033941 AHA_2187 AHA_2188 hisF   FALSE 0.011 181.000 0.000 1.000 N NA
 2033941 2033942 AHA_2188 AHA_2189     TRUE 0.990 -3.000 0.000 0.015 Y NA
 2033942 2033943 AHA_2189 AHA_2190     TRUE 0.986 -7.000 0.000 0.028 Y NA
 2033943 2033944 AHA_2190 AHA_2191   hisA FALSE 0.014 166.000 0.000 1.000 N NA
 2033944 2033945 AHA_2191 AHA_2192 hisA hisH TRUE 0.998 6.000 0.210 0.002 Y NA
 2033945 2033946 AHA_2192 AHA_2193 hisH   TRUE 0.997 0.000 0.128 0.002 Y NA
 2033946 2033947 AHA_2193 AHA_2194   hisC TRUE 0.997 16.000 0.341 0.002 Y NA
 2033947 2033948 AHA_2194 AHA_2195 hisC hisD TRUE 0.999 -3.000 0.294 0.002 Y NA
 2033948 2033949 AHA_2195 AHA_2196 hisD hisG TRUE 0.995 13.000 0.171 0.002 Y NA
 2033949 2033950 AHA_2196 AHA_2197 hisG   FALSE 0.114 129.000 0.000 NA   NA
 2033951 2033952 AHA_2198 AHA_2199     FALSE 0.230 68.000 0.000 NA   NA
 2033952 2033953 AHA_2199 AHA_2200     TRUE 0.814 -3.000 0.000 NA   NA
 2033953 2033954 AHA_2200 AHA_2201     FALSE 0.395 30.000 0.000 NA   NA
 2033954 2033955 AHA_2201 AHA_2202     FALSE 0.258 95.000 0.024 1.000 N NA
 2033955 2033956 AHA_2202 AHA_2203     TRUE 0.787 18.000 0.066 1.000 N NA
 2033956 2033957 AHA_2203 AHA_2204     TRUE 0.529 199.000 0.184 1.000 Y NA
 2033957 2033958 AHA_2204 AHA_2205   rnd TRUE 0.575 70.000 0.115 1.000 N NA
 2033959 2033960 AHA_2206 AHA_2207     FALSE 0.211 95.000 0.000 1.000   NA
 2033960 2033961 AHA_2207 AHA_2208     FALSE 0.200 98.000 0.000 1.000   NA
 2033962 2033963 AHA_2209 AHA_2210   apt TRUE 0.669 30.000 0.043 NA   NA
 2033963 2033964 AHA_2210 AHA_2211 apt dnaX FALSE 0.138 183.000 0.088 1.000 N NA
 2033964 2033965 AHA_2211 AHA_2212 dnaX   TRUE 0.844 116.000 0.411 NA   NA
 2033967 2033968 AHA_2214 AHA_2215     FALSE 0.014 544.000 0.000 NA   NA
 2033968 2033969 AHA_2215 AHA_2216     TRUE 0.671 85.000 0.000 1.000 Y NA
 2033969 2033970 AHA_2216 AHA_2217   hrpA FALSE 0.007 218.000 0.000 1.000 N NA
 2033970 2033971 AHA_2217 AHA_2218 hrpA   FALSE 0.222 67.000 0.000 1.000   NA
 2033971 2033972 AHA_2218 AHA_2219     FALSE 0.429 26.000 0.000 1.000   NA
 2033972 2033973 AHA_2219 AHA_2220     FALSE 0.009 194.000 0.000 1.000 N NA
 2033973 2033974 AHA_2220 AHA_2222     TRUE 0.989 -3.000 0.000 0.021 Y NA
 2033975 2033976 AHA_2221 AHA_2223     FALSE 0.419 28.000 0.000 NA   NA
 2033976 2033977 AHA_2223 AHA_2224   selD TRUE 0.983 -3.000 0.214 NA   NA
 2033977 2033978 AHA_2224 AHA_2225 selD   FALSE 0.004 386.000 0.000 1.000 N NA
 2033987 2033988 AHA_2234 AHA_2235   udk TRUE 0.643 110.000 0.073 0.097 N NA
 2033988 2033989 AHA_2235 AHA_2236 udk dcd TRUE 0.844 64.000 0.098 1.000 Y NA
 2033993 2033994 AHA_2240 AHA_2241     TRUE 0.992 0.000 0.389 1.000   NA
 2033996 2033997 AHA_2243 AHA_2244     TRUE 0.487 3.000 0.000 1.000 N NA
 2033997 2033998 AHA_2244 AHA_2245     FALSE 0.233 70.000 0.000 NA   NA
 2033998 2033999 AHA_2245 AHA_2246     FALSE 0.024 249.000 0.000 NA   NA
 2033999 2034000 AHA_2246 AHA_2247   rpmF TRUE 0.983 20.000 0.599 NA   NA
 2034000 2034001 AHA_2247 AHA_2248 rpmF plsX TRUE 0.986 10.000 0.418 1.000 N NA
 2034001 2034002 AHA_2248 AHA_2249 plsX fabH TRUE 0.999 8.000 0.380 0.004 Y NA
 2034002 2034003 AHA_2249 AHA_2250 fabH fabD TRUE 0.967 70.000 0.182 0.004 Y NA
 2034003 2034004 AHA_2250 AHA_2251 fabD fabG TRUE 0.998 14.000 0.432 0.004 Y NA
 2034004 2034005 AHA_2251 AHA_2252 fabG acpP TRUE 0.929 158.000 0.321 0.004 Y NA
 2034005 2034006 AHA_2252 AHA_2253 acpP   TRUE 0.952 83.000 0.346 1.000 Y NA
 2034006 2034007 AHA_2253 AHA_2254     TRUE 0.905 20.000 0.187 1.000 N NA
 2034007 2034008 AHA_2254 AHA_2255     TRUE 0.786 80.000 0.204 NA   NA
 2034008 2034009 AHA_2255 AHA_2256   tmk TRUE 0.983 0.000 0.209 NA   NA
 2034009 2034010 AHA_2256 AHA_2257 tmk holB TRUE 0.985 -15.000 0.211 0.097 N NA
 2034010 2034011 AHA_2257 AHA_2258 holB   TRUE 0.952 22.000 0.110 NA Y NA
 2034011 2034012 AHA_2258 AHA_2259     FALSE 0.118 300.000 0.000 NA Y NA
 2034015 2034016 AHA_2262 AHA_2263     TRUE 0.987 -52.000 0.420 NA   NA
 2034016 1382012 AHA_2263 AHA_2264     FALSE 0.235 61.000 0.000 NA   NA
 2034017 2034018 AHA_2265 AHA_2266 prpB   TRUE 0.986 12.000 0.502 1.000 N NA
 2034018 2034019 AHA_2266 AHA_2267   prpD TRUE 0.618 130.000 0.216 1.000   NA
 2034021 2034022 AHA_2269 AHA_2270     FALSE 0.020 281.000 0.000 NA   NA
 2034023 2034024 AHA_2271 AHA_2272     TRUE 0.748 43.000 0.140 1.000   NA
 2034024 2034025 AHA_2272 AHA_2273     TRUE 0.938 2.000 0.053 1.000   NA
 2034025 2034026 AHA_2273 AHA_2274     TRUE 0.737 89.000 0.174 NA   NA
 2034029 2034030 AHA_2277 AHA_2278     FALSE 0.020 279.000 0.000 NA   NA
 2034030 2034031 AHA_2278 AHA_2279     FALSE 0.007 212.000 0.000 1.000 N NA
 2034031 2034032 AHA_2279 AHA_2280   fabA TRUE 0.816 82.000 0.290 1.000 N NA
 2034033 2034034 AHA_2281 AHA_2282     TRUE 0.530 164.000 0.278 NA   NA
 2034034 2034035 AHA_2282 AHA_2283   uup TRUE 0.944 9.000 0.094 NA   NA
 2034035 2034036 AHA_2283 AHA_2284 uup   TRUE 0.624 75.000 0.092 NA   NA
 2034036 2034037 AHA_2284 AHA_2285     TRUE 0.824 0.000 0.000 NA   NA
 2034037 2034038 AHA_2285 AHA_2286     FALSE 0.013 706.000 0.000 NA   NA
 2034038 2034039 AHA_2286 AHA_2287   pyrD TRUE 0.578 88.000 0.081 NA   NA
 2034039 2034040 AHA_2287 AHA_2288 pyrD   FALSE 0.388 77.000 0.045 1.000 N NA
 2034040 2034041 AHA_2288 AHA_2289     FALSE 0.161 279.000 0.169 NA   NA
 2034041 2034042 AHA_2289 AHA_2290   pepN TRUE 0.636 73.000 0.099 NA   NA
 2034042 2034043 AHA_2290 AHA_2291 pepN prc TRUE 0.521 135.000 0.050 0.029 N NA
 2034043 2034044 AHA_2291 AHA_2292 prc proQ TRUE 0.980 9.000 0.304 NA N NA
 2034044 2034045 AHA_2292 AHA_2293 proQ   TRUE 0.794 102.000 0.081 NA Y NA
 2034045 2034046 AHA_2293 AHA_2294     FALSE 0.165 111.000 0.000 NA   NA
 2034047 2034048 AHA_2295 AHA_2296 ccoN ccoO TRUE 0.997 17.000 0.700 0.001 N NA
 2034048 2034049 AHA_2296 AHA_2297 ccoO ccoQ TRUE 0.998 13.000 0.667 0.001   NA
 2034049 2034050 AHA_2297 AHA_2298 ccoQ ccoP TRUE 0.999 0.000 0.636 0.001   NA
 2034050 2034051 AHA_2298 AHA_2299 ccoP   TRUE 0.833 119.000 0.404 NA   NA
 2034051 2034052 AHA_2299 AHA_2300     TRUE 0.763 93.000 0.197 NA   NA
 2034052 2034053 AHA_2300 AHA_2301   ccoS TRUE 0.957 129.000 0.713 NA Y NA
 2034053 2034054 AHA_2301 AHA_2302 ccoS   TRUE 0.979 -16.000 0.266 NA   NA
 2034054 2034055 AHA_2302 AHA_2303   fnr TRUE 0.697 69.000 0.141 NA   NA
 2034055 2034056 AHA_2303 AHA_2304 fnr   TRUE 0.940 135.000 0.619 1.000 Y NA
 2034056 2034057 AHA_2304 AHA_2305     TRUE 0.519 68.000 0.091 NA N NA
 2034058 2034059 AHA_2306 AHA_2307     TRUE 0.632 72.000 0.098 NA   NA
 2034060 2034061 AHA_2308 AHA_2309   rbsD FALSE 0.008 206.000 0.000 1.000 N NA
 2034061 2034062 AHA_2309 AHA_2310 rbsD rbsA TRUE 0.972 34.000 0.337 1.000 Y NA
 2034062 2034063 AHA_2310 AHA_2311 rbsA rbsC TRUE 0.998 -3.000 0.504 1.000 Y NA
 2034063 2034064 AHA_2311 AHA_2312 rbsC rbsB TRUE 0.996 22.000 0.847 NA Y NA
 2034064 2034065 AHA_2312 AHA_2313 rbsB rbsK TRUE 0.934 108.000 0.347 NA Y NA
 2034065 2034066 AHA_2313 AHA_2314 rbsK   TRUE 0.516 0.000 0.000 1.000 N NA
 2034067 2034068 AHA_2315 AHA_2316     TRUE 0.808 -3.000 0.000 1.000   NA
 2034068 2034069 AHA_2316 AHA_2317     FALSE 0.219 90.000 0.000 1.000   NA
 2034069 2034070 AHA_2317 AHA_2318     FALSE 0.223 85.000 0.000 1.000   NA
 2034070 2034071 AHA_2318 AHA_2319     TRUE 0.788 4.000 0.000 1.000   NA
 2034071 2034072 AHA_2319 AHA_2320     TRUE 0.967 2.000 0.000 0.021   NA
 2034072 2034073 AHA_2320 AHA_2321   ihfA FALSE 0.062 91.000 0.000 1.000 N NA
 2034073 2034074 AHA_2321 AHA_2322 ihfA pheT TRUE 0.973 4.000 0.208 1.000 N NA
 2034074 2034075 AHA_2322 AHA_2323 pheT pheS TRUE 0.999 13.000 0.574 0.001 Y NA
 2034075 2034076 AHA_2323 AHA_2324 pheS rplT FALSE 0.377 317.000 0.202 1.000 Y NA
 2034076 2034077 AHA_2324 AHA_2325 rplT rpmI TRUE 0.999 16.000 0.928 0.013 Y NA
 2034077 2034078 AHA_2325 AHA_2326 rpmI infC TRUE 0.977 87.000 0.652 1.000 Y NA
 2034078 2034079 AHA_2326 AHA_2327 infC thrS TRUE 0.736 145.000 0.186 1.000 Y NA
 2034079 2034080 AHA_2327 AHA_2328 thrS   FALSE 0.025 237.000 0.000 1.000   NA
 2034083 2034084 AHA_2331 AHA_2332 ubiG gph-1 TRUE 0.987 0.000 0.259 1.000   NA
 2034084 2034085 AHA_2332 AHA_2333 gph-1 nrdA FALSE 0.013 543.000 0.000 1.000   NA
 2034085 2034086 AHA_2333 AHA_2334 nrdA nrdB TRUE 0.906 67.000 0.000 0.001 Y NA
 2034086 2034087 AHA_2334 AHA_2335 nrdB   FALSE 0.066 72.000 0.000 1.000 N NA
 2034090 2034091 AHA_2338 AHA_2339     TRUE 0.956 86.000 0.375 1.000 Y NA
 2034091 2034092 AHA_2339 AHA_2340     TRUE 1.000 0.000 0.889 0.009 Y NA
 2034092 2034093 AHA_2340 AHA_2341     TRUE 0.997 13.000 0.286 0.009 Y NA
 2034093 2034094 AHA_2341 AHA_2342     TRUE 0.997 10.000 0.250 0.007 Y NA
 2034094 2034095 AHA_2342 AHA_2343     TRUE 0.983 6.000 0.085 NA Y NA
 2034097 2034098 AHA_2345 AHA_2346   fruA FALSE 0.225 189.000 0.000 1.000 Y NA
 2034098 2034099 AHA_2346 AHA_2347 fruA   TRUE 0.998 -3.000 0.562 1.000 Y NA
 2034099 2034100 AHA_2347 AHA_2348     TRUE 0.990 0.000 0.130 1.000 Y NA
 2034101 2034102 AHA_2349 AHA_2350 fruR   FALSE 0.004 307.000 0.000 1.000 N NA
 2034102 2034103 AHA_2350 AHA_2351     FALSE 0.022 262.000 0.000 NA   NA
 2034103 2034104 AHA_2351 AHA_2352     TRUE 0.983 0.000 0.208 NA   NA
 2034107 2034108 AHA_2355 AHA_2356 aroC   TRUE 0.861 13.000 0.081 1.000 N NA
 2034112 2034113 AHA_2360 AHA_2361     TRUE 0.661 50.000 0.000 0.060   NA
 2034113 2034114 AHA_2361 AHA_2362     FALSE 0.099 137.000 0.000 NA   NA
 2034114 2034115 AHA_2362 AHA_2363     FALSE 0.015 456.000 0.000 NA   NA
 2034115 2034116 AHA_2363 AHA_2364     FALSE 0.018 317.000 0.000 NA   NA
 2034117 2034118 AHA_2365 AHA_2366     FALSE 0.025 242.000 0.000 NA   NA
 2034118 2034119 AHA_2366 AHA_2367     FALSE 0.017 322.000 0.000 NA   NA
 2034120 2034121 AHA_2368 AHA_2369     FALSE 0.014 481.000 0.000 NA   NA
 2034121 2034122 AHA_2369 AHA_2370     TRUE 0.814 -3.000 0.000 NA   NA
 2034122 2034123 AHA_2370 AHA_2371     TRUE 0.722 53.000 0.000 0.012   NA
 2034123 2034124 AHA_2371 AHA_2372     FALSE 0.230 68.000 0.000 NA   NA
 2034124 2034125 AHA_2372 AHA_2373   def-2 FALSE 0.229 65.000 0.000 NA   NA
 2034125 2034126 AHA_2373 AHA_2374 def-2   FALSE 0.419 27.000 0.000 1.000   NA
 2034126 2034127 AHA_2374 AHA_2375     FALSE 0.018 304.000 0.000 1.000   NA
 2034127 2034128 AHA_2375 AHA_2376     FALSE 0.395 30.000 0.000 NA   NA
 2034128 2034129 AHA_2376 AHA_2377     FALSE 0.039 193.000 0.000 NA   NA
 2034129 2034130 AHA_2377 AHA_2378     TRUE 0.998 28.000 0.667 0.001 Y NA
 2034130 2034131 AHA_2378 AHA_2379     TRUE 0.968 -19.000 0.036 NA Y NA
 2034131 2034132 AHA_2379 AHA_2380     TRUE 0.847 78.000 0.325 NA N NA
 2034133 2034134 AHA_2381 AHA_2382   tpiA-1 FALSE 0.150 136.000 0.005 NA   NA
 2034134 2034135 AHA_2382 AHA_2383 tpiA-1 pfkA FALSE 0.468 148.000 0.027 1.000 Y NA
 2034135 2034136 AHA_2383 AHA_2384 pfkA   FALSE 0.012 1202.000 0.000 1.000   NA
 2034137 2034138 AHA_2385 AHA_2386     TRUE 0.752 9.000 0.000 1.000   NA
 2034138 1382135 AHA_2386 AHA_2387     FALSE 0.051 173.000 0.000 NA   NA
 1382135 1382136 AHA_2387 AHA_2388     FALSE 0.207 98.000 0.000 NA   NA
 1382136 1382137 AHA_2388 AHA_2389     FALSE 0.210 97.000 0.000 NA   NA
 1382137 1382138 AHA_2389 AHA_2390     FALSE 0.210 97.000 0.000 NA   NA
 1382138 1382139 AHA_2390 AHA_2391     FALSE 0.210 97.000 0.000 NA   NA
 1382139 1382140 AHA_2391 AHA_2392     FALSE 0.210 97.000 0.000 NA   NA
 1382140 1382141 AHA_2392 AHA_2393     FALSE 0.210 97.000 0.000 NA   NA
 1382141 1382142 AHA_2393 AHA_2394     FALSE 0.222 93.000 0.000 NA   NA
 2034140 2034141 AHA_2396 AHA_2397     FALSE 0.032 210.000 0.000 NA   NA
 2034141 2034142 AHA_2397 AHA_2398     FALSE 0.006 262.000 0.000 NA N NA
 2034143 2034144 AHA_2399 AHA_2400     FALSE 0.075 58.000 0.000 NA N NA
 2034145 2034146 AHA_2401 AHA_2402     FALSE 0.033 208.000 0.000 NA   NA
 2034148 2034149 AHA_2404 AHA_2405     FALSE 0.008 201.000 0.000 1.000 N NA
 2034150 2034151 AHA_2406 AHA_2407     FALSE 0.015 160.000 0.000 1.000 N NA
 2034152 2034153 AHA_2408 AHA_2409     TRUE 0.915 18.000 0.000 0.012   NA
 2034153 2034154 AHA_2409 AHA_2410     FALSE 0.352 34.000 0.000 NA   NA
 2034154 2034155 AHA_2410 AHA_2411     FALSE 0.051 173.000 0.000 NA   NA
 2034156 2034157 AHA_2412 AHA_2413     TRUE 0.698 -42.000 0.000 1.000   NA
 2034157 2034158 AHA_2413 AHA_2414     FALSE 0.052 170.000 0.000 1.000   NA
 2034158 2034159 AHA_2414 AHA_2415     TRUE 0.631 61.000 0.000 0.060   NA
 2034159 2034160 AHA_2415 AHA_2416     FALSE 0.144 117.000 0.000 1.000   NA
 2034161 2034162 AHA_2417 AHA_2418 pdxY-2   FALSE 0.013 607.000 0.000 NA   NA
 2034162 2034163 AHA_2418 AHA_2419     FALSE 0.238 79.000 0.000 NA   NA
 2034164 2034165 AHA_2420 AHA_2421     TRUE 0.750 94.000 0.187 NA   NA
 2034165 2034166 AHA_2421 AHA_2422     TRUE 0.980 -3.000 0.037 1.000 Y NA
 2034166 2034167 AHA_2422 AHA_2423     FALSE 0.039 190.000 0.000 1.000   NA
 2034168 2034169 AHA_2424 AHA_2425     FALSE 0.227 88.000 0.000 NA   NA
 2034169 2034170 AHA_2425 AHA_2426     TRUE 0.814 -3.000 0.000 NA   NA
 2034170 2034171 AHA_2426 AHA_2427     TRUE 0.814 -3.000 0.000 NA   NA
 2034171 2034172 AHA_2427 AHA_2428     FALSE 0.253 142.000 0.000 0.095 N NA
 2034173 2034174 AHA_2429 AHA_2430     FALSE 0.014 166.000 0.000 1.000 N NA
 2034175 2034176 AHA_2431 AHA_2432     FALSE 0.016 386.000 0.000 NA   NA
 2034179 2034180 AHA_2435 AHA_2436 pabB   TRUE 0.766 48.000 0.169 1.000   NA
 2034180 2034181 AHA_2436 AHA_2437     FALSE 0.029 216.000 0.000 1.000   NA
 2034183 2034184 AHA_2439 AHA_2440     FALSE 0.013 566.000 0.000 NA   NA
 2034184 2034185 AHA_2440 AHA_2441     TRUE 0.982 24.000 0.683 NA   NA
 2034185 2034186 AHA_2441 AHA_2442     TRUE 0.995 11.000 0.761 NA   NA
 2034188 2034189 AHA_2444 AHA_2445 nhaB dsbB TRUE 0.942 86.000 0.723 1.000 N NA
 2034190 2034191 AHA_2446 AHA_2447     FALSE 0.066 158.000 0.000 NA   NA
 2034191 2034192 AHA_2447 AHA_2448   uvrB TRUE 0.814 -3.000 0.000 NA   NA
 1382197 2034193 AHA_2449 AHA_2450     FALSE 0.013 776.000 0.000 NA   NA
 2034193 2034194 AHA_2450 AHA_2451     FALSE 0.029 218.000 0.000 1.000   NA
 2034194 2034195 AHA_2451 AHA_2452     FALSE 0.165 231.000 0.000 0.018   NA
 2034195 2034196 AHA_2452 AHA_2453     TRUE 0.962 43.000 0.690 NA   NA
 2034196 2034197 AHA_2453 AHA_2454     TRUE 0.996 10.000 0.844 NA   NA
 2034198 2034199 AHA_2455 AHA_2456   dpiB TRUE 0.968 1.000 0.000 1.000 Y NA
 2034199 2034200 AHA_2456 AHA_2457 dpiB   TRUE 0.532 -3.000 0.000 NA N NA
 2034200 2034201 AHA_2457 AHA_2458     FALSE 0.052 108.000 0.000 NA N NA
 2034202 2034203 AHA_2459 AHA_2460     FALSE 0.037 194.000 0.000 1.000   NA
 2034203 2034204 AHA_2460 AHA_2461     TRUE 0.998 -10.000 0.650 0.001 N NA
 2034204 2034205 AHA_2461 AHA_2462   glpC TRUE 0.978 52.000 0.547 0.001 N NA
 2034207 2034208 AHA_2464 AHA_2465 nrfA   TRUE 0.792 52.000 0.000 0.001   NA
 2034208 2034209 AHA_2465 AHA_2466     TRUE 0.980 -3.000 0.000 0.001   NA
 2034209 2034210 AHA_2466 AHA_2467     TRUE 0.999 -3.000 0.927 0.001 N NA
 2034210 2034211 AHA_2467 AHA_2468   ccmF-2 FALSE 0.241 150.000 0.100 1.000 N NA
 2034211 2034212 AHA_2468 AHA_2469 ccmF-2   TRUE 0.992 -3.000 0.000 0.003 Y NA
 2034212 2034213 AHA_2469 AHA_2470     TRUE 0.968 -3.000 0.000 1.000 Y NA
 2034213 2034214 AHA_2470 AHA_2471     FALSE 0.024 138.000 0.000 1.000 N NA
 2034214 2034215 AHA_2471 AHA_2472     FALSE 0.004 403.000 0.000 1.000 N NA
 2034216 2034217 AHA_2473 AHA_2474     TRUE 0.999 -3.000 0.500 0.002 Y NA
 2034217 2034218 AHA_2474 AHA_2475     TRUE 0.654 117.000 0.032 1.000 Y NA
 2034218 2034219 AHA_2475 AHA_2476     TRUE 0.867 30.000 0.024 1.000 Y NA
 2034219 2034220 AHA_2476 AHA_2477     TRUE 0.999 -3.000 0.429 0.002 Y NA
 2034220 2034221 AHA_2477 AHA_2478     TRUE 0.961 24.000 0.172 1.000 Y NA
 2034221 2034222 AHA_2478 AHA_2479     TRUE 0.937 77.000 0.276 1.000 Y NA
 2034223 2034224 AHA_2480 AHA_2481     FALSE 0.082 146.000 0.000 NA   NA
 2034227 2034228 AHA_2483 AHA_2485     FALSE 0.055 169.000 0.000 NA   NA
 2034228 2034229 AHA_2485 AHA_2486     FALSE 0.042 187.000 0.000 NA   NA
 2034229 2034230 AHA_2486 AHA_2487     FALSE 0.047 180.000 0.000 NA   NA
 2034230 2034231 AHA_2487 AHA_2488   hemH FALSE 0.238 73.000 0.000 NA   NA
 2034231 2034232 AHA_2488 AHA_2489 hemH   TRUE 0.567 64.000 0.113 1.000 N NA
 2034232 2034233 AHA_2489 AHA_2490   htpG FALSE 0.131 255.000 0.035 0.095 N NA
 2034233 2034234 AHA_2490 AHA_2491 htpG recR FALSE 0.036 234.000 0.028 1.000 N NA
 2034234 2034235 AHA_2491 AHA_2492 recR fdhD-2 FALSE 0.031 126.000 0.000 1.000 N NA
 2034235 2034236 AHA_2492 AHA_2493 fdhD-2   TRUE 0.989 12.000 0.600 1.000 N NA
 2034236 2034237 AHA_2493 AHA_2494     FALSE 0.017 355.000 0.000 NA   NA
 2034237 2034238 AHA_2494 AHA_2495   fdhA FALSE 0.234 82.000 0.000 NA   NA
 2034238 2034239 AHA_2495 AHA_2496 fdhA   TRUE 0.930 47.000 0.231 0.050   NA
 2034240 2034241 AHA_2497 AHA_2498   kup FALSE 0.014 473.000 0.000 NA   NA
 2034241 2034242 AHA_2498 AHA_2499 kup hyfA FALSE 0.003 589.000 0.000 1.000 N NA
 2034242 2034243 AHA_2499 AHA_2500 hyfA   TRUE 0.970 0.000 0.000 1.000 Y NA
 2034243 2034244 AHA_2500 AHA_2501     TRUE 0.997 2.000 0.382 1.000 Y NA
 2034244 2034245 AHA_2501 AHA_2502     TRUE 0.838 81.000 0.088 1.000 Y NA
 2034245 2034246 AHA_2502 AHA_2503     TRUE 0.972 10.000 0.044 1.000 Y NA
 2034246 2034247 AHA_2503 AHA_2504     TRUE 0.994 0.000 0.222 1.000 Y NA
 2034247 2034248 AHA_2504 AHA_2505     TRUE 0.982 -7.000 0.250 NA   NA
 2034248 2034249 AHA_2505 AHA_2506     TRUE 0.992 0.000 0.360 NA   NA
 2034249 1382255 AHA_2506 AHA_2507     FALSE 0.038 194.000 0.000 NA   NA
 1382255 2034250 AHA_2507 AHA_2508   selA FALSE 0.021 274.000 0.000 NA   NA
 2034250 2034251 AHA_2508 AHA_2509 selA selB TRUE 0.998 5.000 0.569 0.001 N NA
 2034251 2034252 AHA_2509 AHA_2510 selB hypF TRUE 0.500 -3.000 0.000 1.000 N NA
 2034252 2034253 AHA_2510 AHA_2511 hypF hypC TRUE 0.978 6.000 0.046 NA Y NA
 2034253 2034254 AHA_2511 AHA_2512 hypC hypD TRUE 0.996 -6.000 0.342 NA Y NA
 2034254 2034255 AHA_2512 AHA_2513 hypD hypE TRUE 0.984 -3.000 0.058 1.000 Y NA
 2034255 2034256 AHA_2513 AHA_2514 hypE hypA FALSE 0.314 70.000 0.005 1.000   NA
 2034256 2034257 AHA_2514 AHA_2515 hypA   TRUE 0.991 2.000 0.083 0.001   NA
 2034258 2034259 AHA_2516 AHA_2517     TRUE 0.970 0.000 0.000 0.019   NA
 2034259 2034260 AHA_2517 AHA_2518     FALSE 0.180 104.000 0.000 1.000   NA
 2034260 2034261 AHA_2518 AHA_2519     TRUE 0.983 -10.000 0.000 0.055 Y NA
 2034261 2034262 AHA_2519 AHA_2520     TRUE 0.998 -15.000 0.500 0.055 Y NA
 2034262 2034263 AHA_2520 AHA_2521     FALSE 0.174 108.000 0.000 NA   NA
 2034263 2034264 AHA_2521 AHA_2522   hybD TRUE 0.981 -18.000 0.291 NA   NA
 2034264 2034265 AHA_2522 AHA_2523 hybD hybC TRUE 0.999 0.000 0.828 1.000 Y NA
 2034265 2034266 AHA_2523 AHA_2524 hybC   TRUE 0.995 -3.000 0.280 NA Y NA
 2034266 2034267 AHA_2524 AHA_2525     TRUE 0.994 -7.000 0.280 NA Y NA
 2034267 2034268 AHA_2525 AHA_2526     TRUE 0.999 3.000 0.615 0.015 Y NA
 2034269 2034270 AHA_2527 AHA_2528     TRUE 0.994 -3.000 0.500 NA   NA
 2034270 2034271 AHA_2528 AHA_2529     TRUE 0.991 -13.000 0.500 NA   NA
 2034271 2034272 AHA_2529 AHA_2530     TRUE 0.993 44.000 0.667 0.017 Y NA
 2034272 2034273 AHA_2530 AHA_2531   cheW-3 TRUE 0.999 10.000 0.600 0.017 Y NA
 2034273 2034274 AHA_2531 AHA_2532 cheW-3 cheR-2 TRUE 0.997 3.000 0.400 1.000 Y NA
 2034274 2034275 AHA_2532 AHA_2533 cheR-2 cheB-3 TRUE 0.998 -3.000 0.667 1.000 Y NA
 2034275 2034276 AHA_2533 AHA_2534 cheB-3   TRUE 0.999 3.000 0.667 0.021 Y NA
 2034276 2034277 AHA_2534 AHA_2535     TRUE 0.568 112.000 0.000 1.000 Y NA
 2034277 2034278 AHA_2535 AHA_2536   alr-2 FALSE 0.003 479.000 0.000 1.000 N NA
 1382287 2034281 AHA_2539 AHA_2540     FALSE 0.044 184.000 0.000 NA   NA
 1382289 1382290 AHA_2541 AHA_2542     TRUE 0.807 3.000 0.000 NA   NA
 1382290 2034282 AHA_2542 AHA_2543     FALSE 0.085 144.000 0.000 NA   NA
 2034282 2034283 AHA_2543 AHA_2544     FALSE 0.146 118.000 0.000 NA   NA
 2034283 2034284 AHA_2544 AHA_2545     FALSE 0.233 83.000 0.000 NA   NA
 2034284 2034285 AHA_2545 AHA_2546     TRUE 0.824 0.000 0.000 NA   NA
 2034285 2034286 AHA_2546 AHA_2547     FALSE 0.176 25.000 0.000 NA N NA
 2034286 2034287 AHA_2547 AHA_2548     TRUE 0.712 148.000 0.400 NA   NA
 2034287 2034288 AHA_2548 AHA_2549     TRUE 0.503 180.000 0.308 NA   NA
 2034288 2034289 AHA_2549 AHA_2550     FALSE 0.254 52.000 0.000 NA   NA
 2034291 2034292 AHA_2552 AHA_2553     FALSE 0.088 46.000 0.000 NA N NA
 2034292 2034293 AHA_2553 AHA_2554     TRUE 0.814 -3.000 0.000 NA   NA
 2034294 2034295 AHA_2555 AHA_2556     FALSE 0.013 1243.000 0.000 NA   NA
 2034295 2034296 AHA_2556 AHA_2557     TRUE 0.982 0.000 0.203 1.000   NA
 2034296 2034297 AHA_2557 AHA_2558     TRUE 0.999 2.000 0.639 0.001   NA
 2034297 2034298 AHA_2558 AHA_2559     TRUE 0.998 -7.000 0.657 1.000 Y NA
 2034298 2034299 AHA_2559 AHA_2560     TRUE 0.927 14.000 0.000 1.000 Y NA
 2034300 2034301 AHA_2561 AHA_2562     FALSE 0.229 67.000 0.000 NA   NA
 2034302 2034303 AHA_2563 AHA_2564     FALSE 0.067 154.000 0.000 1.000   NA
 2034304 2034305 AHA_2565 AHA_2566     TRUE 0.814 -3.000 0.000 NA   NA
 2034305 2034306 AHA_2566 AHA_2567     FALSE 0.352 34.000 0.000 NA   NA
 2034308 2034309 AHA_2569 AHA_2570 argA   FALSE 0.094 422.000 0.000 1.000 Y NA
 2034313 2034314 AHA_2574 AHA_2575     FALSE 0.035 199.000 0.000 1.000   NA
 2034314 2034315 AHA_2575 AHA_2576     TRUE 0.996 2.000 0.318 0.030   NA
 2034315 2034316 AHA_2576 AHA_2577     TRUE 0.999 12.000 0.636 0.030 Y NA
 2034316 2034317 AHA_2577 AHA_2578     FALSE 0.012 173.000 0.000 1.000 N NA
 2034318 2034319 AHA_2579 AHA_2580     FALSE 0.021 273.000 0.000 NA   NA
 2034320 2034321 AHA_2581 AHA_2582     FALSE 0.452 25.000 0.000 NA   NA
 2034321 2034322 AHA_2582 AHA_2583     FALSE 0.271 46.000 0.000 NA   NA
 2034323 2034324 AHA_2584 AHA_2585     TRUE 0.537 79.000 0.057 NA   NA
 2034326 2034327 AHA_2587 AHA_2588     TRUE 0.879 94.000 0.000 0.005 Y NA
 2034327 2034328 AHA_2588 AHA_2589     FALSE 0.045 182.000 0.000 NA   NA
 2034330 2034331 AHA_2591 AHA_2592 secF-2 secD-2 TRUE 0.987 20.000 0.070 0.001 Y NA
 2034331 2034332 AHA_2592 AHA_2593 secD-2   FALSE 0.210 97.000 0.000 NA   NA
 2034332 2034333 AHA_2593 AHA_2594     FALSE 0.229 67.000 0.000 NA   NA
 2034333 2034334 AHA_2594 AHA_2595     FALSE 0.439 62.000 0.032 NA   NA
 2034334 2034335 AHA_2595 AHA_2596     TRUE 0.532 173.000 0.310 NA   NA
 2034335 2034336 AHA_2596 AHA_2597     TRUE 0.995 0.000 0.516 NA   NA
 2034336 2034337 AHA_2597 AHA_2598     TRUE 0.890 69.000 0.372 NA   NA
 2034337 2034338 AHA_2598 AHA_2599     FALSE 0.409 75.000 0.022 1.000   NA
 2034341 1382351 AHA_2602 AHA_2603     FALSE 0.027 233.000 0.000 NA   NA
 1382351 2034342 AHA_2603 AHA_2604     FALSE 0.229 65.000 0.000 NA   NA
 2034342 2034343 AHA_2604 AHA_2605     FALSE 0.224 92.000 0.000 NA   NA
 2034346 2034347 AHA_2608 AHA_2609     FALSE 0.119 294.000 0.000 1.000 Y NA
 2034347 2034348 AHA_2609 AHA_2610     TRUE 0.999 1.000 0.420 0.002 Y NA
 2034348 2034349 AHA_2610 AHA_2611     TRUE 0.966 101.000 0.554 1.000 Y NA
 2034349 2034350 AHA_2611 AHA_2612     TRUE 0.999 15.000 0.870 0.055 Y NA
 2034350 2034351 AHA_2612 AHA_2613     TRUE 0.875 98.000 0.027 0.055 Y NA
 2034351 2034352 AHA_2613 AHA_2614     FALSE 0.005 280.000 0.000 NA N NA
 2034353 2034354 AHA_2615 AHA_2616     FALSE 0.019 296.000 0.000 NA   NA
 2034354 2034355 AHA_2616 AHA_2617     FALSE 0.044 110.000 0.000 1.000 N NA
 2034355 2034356 AHA_2617 AHA_2618     FALSE 0.104 354.000 0.000 1.000 Y NA
 2034356 2034357 AHA_2618 AHA_2619     TRUE 0.995 58.000 0.877 0.027 Y NA
 2034357 2034358 AHA_2619 AHA_2620     TRUE 0.732 141.000 0.169 1.000 Y NA
 2034358 2034359 AHA_2620 AHA_2621     FALSE 0.020 290.000 0.000 NA   NA
 2034359 2034360 AHA_2621 AHA_2622     TRUE 0.794 4.000 0.000 NA   NA
 2034360 2034361 AHA_2622 AHA_2623     FALSE 0.040 115.000 0.000 1.000 N NA
 2034361 2034362 AHA_2623 AHA_2624   dacB FALSE 0.027 132.000 0.000 1.000 N NA
 2034362 2034363 AHA_2624 AHA_2625 dacB grxA FALSE 0.021 143.000 0.000 1.000 N NA
 2034366 2034367 AHA_2628 AHA_2629     FALSE 0.058 164.000 0.000 1.000   NA
 2034368 2034369 AHA_2630 AHA_2632     FALSE 0.323 37.000 0.000 NA   NA
 2034370 2034371 AHA_2631 AHA_2633     FALSE 0.257 51.000 0.000 NA   NA
 2034372 2034373 AHA_2634 AHA_2635 rnfA rnfB TRUE 0.999 5.000 0.564 0.049 Y NA
 2034373 2034374 AHA_2635 AHA_2636 rnfB rnfC TRUE 0.999 7.000 0.537 0.018 Y NA
 2034374 2034375 AHA_2636 AHA_2637 rnfC rnfD TRUE 0.999 4.000 0.814 0.049 Y NA
 2034375 2034376 AHA_2637 AHA_2638 rnfD rnfG TRUE 0.997 35.000 0.924 0.049 Y NA
 2034376 2034377 AHA_2638 AHA_2639 rnfG rnfE TRUE 0.997 32.000 0.908 0.049 Y NA
 2034377 2034378 AHA_2639 AHA_2640 rnfE nth TRUE 0.882 15.000 0.109 1.000 N NA
 2034378 2034379 AHA_2640 AHA_2641 nth gloA FALSE 0.065 133.000 0.002 1.000 N NA
 2034380 2034381 AHA_2642 AHA_2643     FALSE 0.228 81.000 0.000 1.000   NA
 2034382 2034383 AHA_2644 AHA_2645 rnt   FALSE 0.107 248.000 0.084 1.000   NA
 2034384 2034385 AHA_2646 AHA_2647     FALSE 0.021 148.000 0.000 NA N NA
 2034385 2034386 AHA_2647 AHA_2648     FALSE 0.119 127.000 0.000 NA   NA
 2034386 2034387 AHA_2648 AHA_2649     TRUE 0.824 0.000 0.000 NA   NA
 2034388 2034389 AHA_2650 AHA_2651     FALSE 0.017 313.000 0.000 1.000   NA
 2034389 2034390 AHA_2651 AHA_2652     FALSE 0.193 189.000 0.000 0.059   NA
 2034392 2034393 AHA_2654 AHA_2655     FALSE 0.065 70.000 0.000 1.000 N NA
 2034393 2034394 AHA_2655 AHA_2656     FALSE 0.122 126.000 0.000 NA   NA
 2034394 2034395 AHA_2656 AHA_2657   asnB FALSE 0.038 194.000 0.000 NA   NA
 2034395 2034396 AHA_2657 AHA_2658 asnB   FALSE 0.045 180.000 0.000 1.000   NA
 2034396 2034397 AHA_2658 AHA_2659     FALSE 0.128 122.000 0.000 1.000   NA
 2034398 2034399 AHA_2660 AHA_2661 maiA   TRUE 0.988 10.000 0.495 1.000 N NA
 2034399 2034400 AHA_2661 AHA_2662   hmgA TRUE 0.986 12.000 0.195 1.000 Y NA
 2034400 2034401 AHA_2662 AHA_2663 hmgA hppD TRUE 0.629 48.000 0.119 1.000 N NA
 2034401 2034402 AHA_2663 AHA_2664 hppD   FALSE 0.154 238.000 0.000 NA Y NA
 2034402 2034403 AHA_2664 AHA_2665     TRUE 0.532 -3.000 0.000 NA N NA
 2034405 2034406 AHA_2667 AHA_2668     FALSE 0.066 158.000 0.000 NA   NA
 2034406 2034407 AHA_2668 AHA_2669     TRUE 0.941 10.000 0.100 NA   NA
 2034407 2034408 AHA_2669 AHA_2670     FALSE 0.014 478.000 0.000 NA   NA
 2034409 2034410 AHA_2671 AHA_2672     FALSE 0.229 86.000 0.000 NA   NA
 2034411 2034412 AHA_2674 AHA_2675     FALSE 0.060 164.000 0.000 NA   NA
 2034412 2034413 AHA_2675 AHA_2676     TRUE 0.524 21.000 0.000 NA   NA
 2034414 2034415 AHA_2677 AHA_2678   folC TRUE 0.803 75.000 0.216 NA   NA
 2034415 2034416 AHA_2678 AHA_2679 folC accD TRUE 0.975 15.000 0.383 1.000 N NA
 2034416 2034417 AHA_2679 AHA_2680 accD truA FALSE 0.240 120.000 0.044 1.000 N NA
 2034417 2034418 AHA_2680 AHA_2681 truA   FALSE 0.049 180.000 0.016 NA N NA
 2034418 2034419 AHA_2681 AHA_2682   asd-2 FALSE 0.016 276.000 0.006 NA N NA
 2034419 2034420 AHA_2682 AHA_2683 asd-2   TRUE 0.842 143.000 0.097 0.009 Y NA
 2034423 2034424 AHA_2686 AHA_2687     FALSE 0.014 478.000 0.000 1.000   NA
 2034424 2034425 AHA_2687 AHA_2688     TRUE 0.583 18.000 0.000 NA   NA
 2034425 2034426 AHA_2688 AHA_2689     FALSE 0.097 138.000 0.000 NA   NA
 2034427 2034428 AHA_2690 AHA_2691   ppsA FALSE 0.328 -103.000 0.000 1.000 N NA
 2034432 2034433 AHA_2695 AHA_2696     FALSE 0.290 42.000 0.000 NA   NA
 2034433 2034434 AHA_2696 AHA_2697     FALSE 0.228 87.000 0.000 NA   NA
 2034434 2034435 AHA_2697 AHA_2698     FALSE 0.065 157.000 0.000 1.000   NA
 2034435 2034436 AHA_2698 AHA_2699     FALSE 0.003 885.000 0.000 1.000 N NA
 2034436 2034437 AHA_2699 AHA_2700     TRUE 0.948 36.000 0.033 0.007 Y NA
 2034437 2034438 AHA_2700 AHA_2701     TRUE 0.995 -7.000 0.447 0.070 N NA
 2034438 2034439 AHA_2701 AHA_2702     FALSE 0.015 404.000 0.000 1.000   NA
 2034440 2034441 AHA_2703 AHA_2704     TRUE 0.994 13.000 0.118 0.001 Y NA
 2034442 2034443 AHA_2705 AHA_2706     TRUE 0.998 -3.000 0.481 1.000 Y NA
 2034443 2034444 AHA_2706 AHA_2707     TRUE 0.993 37.000 0.594 0.055 Y NA
 2034444 2034445 AHA_2707 AHA_2708     FALSE 0.022 268.000 0.000 NA   NA
 2034445 2034446 AHA_2708 AHA_2709     TRUE 0.740 10.000 0.000 NA   NA
 2034446 2034447 AHA_2709 AHA_2710   soxR FALSE 0.224 69.000 0.000 1.000   NA
 2034449 2034450 AHA_2712 AHA_2713     TRUE 0.726 68.000 0.167 NA   NA
 2034450 2034451 AHA_2713 AHA_2714     FALSE 0.021 273.000 0.000 NA   NA
 2034451 2034452 AHA_2714 AHA_2715     TRUE 0.625 100.000 0.121 NA   NA
 2034452 2034453 AHA_2715 AHA_2716     FALSE 0.109 321.000 0.000 1.000 Y NA
 2034453 2034454 AHA_2716 AHA_2717     FALSE 0.200 100.000 0.000 NA   NA
 2034454 2034455 AHA_2717 AHA_2718     FALSE 0.027 231.000 0.000 NA   NA
 2034456 2034457 AHA_2719 AHA_2720     FALSE 0.100 135.000 0.000 1.000   NA
 2034458 2034459 AHA_2721 AHA_2722   leuA-2 FALSE 0.216 93.000 0.000 1.000   NA
 2034459 2034460 AHA_2722 AHA_2723 leuA-2 carB FALSE 0.089 486.000 0.000 1.000 Y NA
 2034460 2034461 AHA_2723 AHA_2724 carB carA TRUE 0.997 17.000 0.345 0.001 Y NA
 2034461 2034462 AHA_2724 AHA_2725 carA dapB FALSE 0.127 689.000 0.034 1.000 Y NA
 2034463 2034464 AHA_2726 AHA_2727     FALSE 0.027 133.000 0.000 1.000 N NA
 2034464 2034465 AHA_2727 AHA_2728   rpiA FALSE 0.056 186.000 0.027 1.000 N NA
 2034465 2034466 AHA_2728 AHA_2729 rpiA   TRUE 0.979 3.000 0.000 0.001   NA
 2034466 2034467 AHA_2729 AHA_2730     TRUE 0.965 -31.000 0.000 0.001   NA
 2034467 2034468 AHA_2730 AHA_2731     FALSE 0.180 104.000 0.000 1.000   NA
 2034470 2034471 AHA_2733 AHA_2734     TRUE 0.764 7.000 0.000 1.000   NA
 2034472 2034473 AHA_2735 AHA_2736     TRUE 0.948 23.000 0.111 1.000 Y NA
 2034473 2034474 AHA_2736 AHA_2737     TRUE 0.504 101.000 0.000 0.055 N NA
 2034475 2034476 AHA_2738 AHA_2739     FALSE 0.235 61.000 0.000 NA   NA
 2034476 2034477 AHA_2739 AHA_2740   glgC-2 FALSE 0.005 284.000 0.000 1.000 N NA
 2034477 2034478 AHA_2740 AHA_2741 glgC-2   FALSE 0.229 67.000 0.000 NA   NA
 2034479 2034480 AHA_2742 AHA_2743   feoB TRUE 0.988 -3.000 0.288 NA   NA
 2034480 2034481 AHA_2743 AHA_2744 feoB   TRUE 0.985 56.000 0.778 1.000 Y NA
 2034482 2034483 AHA_2745 AHA_2746 yciH   FALSE 0.023 257.000 0.000 NA   NA
 2034483 2034484 AHA_2746 AHA_2747     FALSE 0.375 32.000 0.000 NA   NA
 2034484 2034485 AHA_2747 AHA_2748     TRUE 0.985 -7.000 0.297 NA   NA
 2034485 2034486 AHA_2748 AHA_2749     TRUE 0.970 -3.000 0.137 NA   NA
 2034486 2034487 AHA_2749 AHA_2750     FALSE 0.239 74.000 0.000 NA   NA
 2034487 2034488 AHA_2750 AHA_2751     TRUE 0.842 102.000 0.000 0.018 Y NA
 2034489 2034490 AHA_2752 AHA_2753     FALSE 0.013 687.000 0.000 NA   NA
 2034492 2034493 AHA_2755 AHA_2756   cysS TRUE 0.638 127.000 0.004 0.001   NA
 2034494 2034495 AHA_2757 AHA_2758 ppiB   TRUE 0.754 -10.000 0.000 NA   NA
 2034495 2034496 AHA_2758 AHA_2759   lpxH TRUE 0.814 -3.000 0.000 NA   NA
 2034497 2034498 AHA_2760 AHA_2761     TRUE 0.966 49.000 0.927 1.000 N NA
 2034498 2034499 AHA_2761 AHA_2762     TRUE 0.972 -3.000 0.146 NA   NA
 2034499 2034500 AHA_2762 AHA_2763     FALSE 0.074 150.000 0.000 NA   NA
 2034501 2034502 AHA_2764 AHA_2765     TRUE 0.941 57.000 0.600 NA   NA
 2034502 2034503 AHA_2765 AHA_2766     TRUE 0.994 12.000 0.750 NA   NA
 1382517 1382518 AHA_2769 AHA_2770     FALSE 0.290 42.000 0.000 NA   NA
 1382518 1382519 AHA_2770 AHA_2771     FALSE 0.340 35.000 0.000 NA   NA
 1382519 2034506 AHA_2771 AHA_2772   pgsA FALSE 0.045 182.000 0.000 NA   NA
 2034506 2034507 AHA_2772 AHA_2773 pgsA uvrC FALSE 0.166 304.000 0.227 1.000 N NA
 2034507 2034508 AHA_2773 AHA_2774 uvrC uvrY FALSE 0.364 189.000 0.086 0.017 N NA
 2034508 2034509 AHA_2774 AHA_2775 uvrY kdsB FALSE 0.007 213.000 0.000 1.000 N NA
 2034509 2034510 AHA_2775 AHA_2776 kdsB   TRUE 0.987 -3.000 0.265 NA   NA
 2034510 2034511 AHA_2776 AHA_2777   lpxK TRUE 0.718 122.000 0.263 NA   NA
 2034511 2034512 AHA_2777 AHA_2778 lpxK msbA TRUE 0.977 0.000 0.205 1.000 N NA
 2034512 2034513 AHA_2778 AHA_2779 msbA   FALSE 0.256 233.000 0.075 0.069   NA
 2034514 2034515 AHA_2780 AHA_2781     TRUE 0.783 -6.000 0.000 NA   NA
 2034515 2034516 AHA_2781 AHA_2782     FALSE 0.130 123.000 0.000 NA   NA
 2034517 2034518 AHA_2783 AHA_2784 aspC   FALSE 0.106 176.000 0.024 NA   NA
 2034518 2034519 AHA_2784 AHA_2785     FALSE 0.019 297.000 0.000 NA   NA
 2034520 2034521 AHA_2786 AHA_2787     FALSE 0.051 174.000 0.000 NA   NA
 2034521 2034522 AHA_2787 AHA_2788     TRUE 0.504 22.000 0.000 NA   NA
 2034523 2034524 AHA_2789 AHA_2790     FALSE 0.081 373.000 0.000 0.069   NA
 2034525 2034526 AHA_2791 AHA_2792     TRUE 0.999 12.000 0.600 0.001 Y NA
 2034526 2034527 AHA_2792 AHA_2793     TRUE 0.935 51.000 0.526 NA   NA
 2034527 2034528 AHA_2793 AHA_2794     FALSE 0.249 54.000 0.000 NA   NA
 2034528 2034529 AHA_2794 AHA_2795   rnk FALSE 0.006 233.000 0.000 1.000 N NA
 2034529 2034530 AHA_2795 AHA_2796 rnk   FALSE 0.416 190.000 0.000 0.085 Y NA
 2034530 2034531 AHA_2796 AHA_2797   uhpB TRUE 0.989 -3.000 0.000 0.026 Y NA
 2034531 2034532 AHA_2797 AHA_2798 uhpB   TRUE 0.730 28.000 0.000 0.069 N NA
 2034534 2034535 AHA_2800 AHA_2801     TRUE 0.952 70.000 0.179 0.067 Y NA
 2034535 2034536 AHA_2801 AHA_2802     TRUE 0.995 -16.000 0.357 1.000 Y NA
 2034537 2034538 AHA_2803 AHA_2804     FALSE 0.024 251.000 0.000 NA   NA
 2034540 2034541 AHA_2806 AHA_2807     TRUE 0.986 10.000 0.150 1.000 Y NA
 2034541 2034542 AHA_2807 AHA_2808     FALSE 0.021 270.000 0.000 NA   NA
 2034542 2034543 AHA_2808 AHA_2809     FALSE 0.438 26.000 0.000 NA   NA
 2034543 2034544 AHA_2809 AHA_2810   phoU FALSE 0.039 193.000 0.000 NA   NA
 2034544 2034545 AHA_2810 AHA_2811 phoU pstB TRUE 0.924 111.000 0.330 NA Y NA
 2034545 2034546 AHA_2811 AHA_2812 pstB   TRUE 0.988 110.000 0.511 0.001 Y NA
 2034546 2034547 AHA_2812 AHA_2813   pstC TRUE 0.955 33.000 0.489 1.000   NA
 2034547 2034548 AHA_2813 AHA_2814 pstC   FALSE 0.032 207.000 0.000 1.000   NA
 1382563 2034549 AHA_2815 AHA_2816   aceB FALSE 0.013 1151.000 0.000 NA   NA
 2034549 2034550 AHA_2816 AHA_2817 aceB aceA TRUE 0.875 76.000 0.129 1.000 Y NA
 2034551 2034552 AHA_2818 AHA_2819 dnaA-2   TRUE 0.610 120.000 0.174 NA   NA
 2034552 2034553 AHA_2819 AHA_2820   upp FALSE 0.085 144.000 0.000 NA   NA
 2034554 2034555 AHA_2821 AHA_2822 purM purN TRUE 0.993 21.000 0.230 0.002 Y NA
 2034556 2034557 AHA_2823 AHA_2824     FALSE 0.078 148.000 0.000 NA   NA
 2034557 2034558 AHA_2824 AHA_2825     TRUE 0.990 62.000 0.679 0.084 Y NA
 2034558 2034559 AHA_2825 AHA_2826     TRUE 0.971 107.000 0.377 0.084 Y NA
 2034559 2034560 AHA_2826 AHA_2827     FALSE 0.019 282.000 0.000 1.000   NA
 2034561 2034562 AHA_2828 AHA_2829   ppk FALSE 0.397 76.000 0.048 1.000 N NA
 2034562 2034563 AHA_2829 AHA_2830 ppk   TRUE 0.997 -10.000 0.486 1.000 Y NA
 2034564 2034565 AHA_2831 AHA_2832 mgtE-1 flgL FALSE 0.003 505.000 0.000 1.000 N NA
 2034565 2034566 AHA_2832 AHA_2833 flgL flgK TRUE 0.995 5.000 0.057 0.001 Y NA
 2034566 2034567 AHA_2833 AHA_2834 flgK flgJ TRUE 1.000 4.000 0.705 0.002 Y NA
 2034567 2034568 AHA_2834 AHA_2835 flgJ flgI TRUE 0.985 87.000 0.405 0.007 Y NA
 2034568 2034569 AHA_2835 AHA_2836 flgI flgH TRUE 0.999 9.000 0.457 0.007 Y NA
 2034569 2034570 AHA_2836 AHA_2837 flgH flgG TRUE 0.999 15.000 0.909 0.004 Y NA
 2034570 2034571 AHA_2837 AHA_2838 flgG flgF TRUE 0.998 15.000 0.446 0.001 Y NA
 2034571 2034572 AHA_2838 AHA_2839 flgF flgE TRUE 0.977 136.000 0.594 0.004 Y NA
 2034572 2034573 AHA_2839 AHA_2840 flgE flgD TRUE 0.998 11.000 0.875 NA Y NA
 2034573 2034574 AHA_2840 AHA_2841 flgD flgC TRUE 0.994 16.000 0.478 NA Y NA
 2034574 2034575 AHA_2841 AHA_2842 flgC flgB TRUE 1.000 0.000 0.889 0.003 Y NA
 2034575 2034576 AHA_2842 AHA_2843 flgB cheR-3 TRUE 0.943 64.000 0.309 1.000 Y NA
 2034576 2034577 AHA_2843 AHA_2844 cheR-3   TRUE 0.997 19.000 0.838 1.000 Y NA
 2034578 2034579 AHA_2845 AHA_2846 flgA flgM TRUE 0.886 91.000 0.371 NA   NA
 2034579 2034580 AHA_2846 AHA_2847 flgM flgN TRUE 0.989 0.000 0.062 0.002   NA
 2034581 2034582 AHA_2848 AHA_2849     TRUE 0.706 11.000 0.000 1.000   NA
 2034586 2034587 AHA_2852 AHA_2854     FALSE 0.200 100.000 0.000 NA   NA
 2034588 2034589 AHA_2855 AHA_2856     TRUE 0.954 53.000 0.316 0.002 N NA
 2034589 2034590 AHA_2856 AHA_2857     TRUE 0.485 93.000 0.083 1.000 N NA
 2034590 2034591 AHA_2857 AHA_2858     TRUE 0.940 -70.000 0.000 NA Y NA
 2034591 2034592 AHA_2858 AHA_2859     TRUE 0.515 122.000 0.000 NA Y NA
 2034593 2034594 AHA_2860 AHA_2861     FALSE 0.220 94.000 0.000 NA   NA
 2034596 2034597 AHA_2862 AHA_2864     FALSE 0.262 49.000 0.000 NA   NA
 2034597 2034598 AHA_2864 AHA_2865     FALSE 0.008 205.000 0.000 1.000 N NA
 2034598 2034599 AHA_2865 AHA_2866     TRUE 0.999 -3.000 0.556 0.058 Y NA
 2034599 2034600 AHA_2866 AHA_2867     TRUE 0.999 -3.000 0.458 0.001 Y NA
 2034600 2034601 AHA_2867 AHA_2868     FALSE 0.077 282.000 0.000 0.058 N NA
 2034601 2034602 AHA_2868 AHA_2869     FALSE 0.021 276.000 0.000 NA   NA
 2034604 2034605 AHA_2871 AHA_2872     FALSE 0.031 215.000 0.000 NA   NA
 2034605 2034606 AHA_2872 AHA_2873     FALSE 0.071 152.000 0.000 NA   NA
 2034606 2034607 AHA_2873 AHA_2874     FALSE 0.222 93.000 0.000 NA   NA
 2034607 2034608 AHA_2874 AHA_2875     TRUE 0.715 30.000 0.060 NA   NA
 2034608 2034609 AHA_2875 AHA_2876     TRUE 0.995 -3.000 0.600 NA   NA
 2034609 2034610 AHA_2876 AHA_2877     FALSE 0.015 447.000 0.000 NA   NA
 2034610 2034611 AHA_2877 AHA_2878     TRUE 0.961 63.000 1.000 1.000 N NA
 2034611 2034612 AHA_2878 AHA_2879     FALSE 0.006 237.000 0.000 1.000 N NA
 2034612 2034613 AHA_2879 AHA_2880     FALSE 0.105 336.000 0.000 1.000 Y NA
 2034613 2034614 AHA_2880 AHA_2881     TRUE 0.931 13.000 0.000 1.000 Y NA
 2034614 2034615 AHA_2881 AHA_2882     FALSE 0.466 24.000 0.000 NA   NA
 2034615 2034616 AHA_2882 AHA_2883     FALSE 0.428 27.000 0.000 NA   NA
 2034616 2034617 AHA_2883 AHA_2884     TRUE 0.942 2.000 0.057 NA   NA
 2034617 2034618 AHA_2884 AHA_2885     TRUE 0.794 4.000 0.000 NA   NA
 2034618 2034619 AHA_2885 AHA_2886     FALSE 0.224 63.000 0.000 1.000   NA
 2034619 2034620 AHA_2886 AHA_2887     TRUE 0.808 2.000 0.000 1.000   NA
 2034620 2034621 AHA_2887 AHA_2888     TRUE 0.765 -7.000 0.000 1.000   NA
 2034621 2034622 AHA_2888 AHA_2889   wecA FALSE 0.231 59.000 0.000 1.000   NA
 2034622 2034623 AHA_2889 AHA_2890 wecA   FALSE 0.004 457.000 0.000 NA N NA
 2034623 2034624 AHA_2890 AHA_2891     FALSE 0.070 91.000 0.000 NA N NA
 2034624 2034625 AHA_2891 AHA_2892     TRUE 0.976 -3.000 0.014 1.000 Y NA
 2034625 2034626 AHA_2892 AHA_2893     TRUE 0.995 0.000 0.250 1.000 Y NA
 2034626 2034627 AHA_2893 AHA_2894     TRUE 0.959 -34.000 0.019 1.000 Y NA
 2034627 2034628 AHA_2894 AHA_2895     FALSE 0.373 -22.000 0.000 1.000 N NA
 2034628 2034629 AHA_2895 AHA_2896     FALSE 0.285 15.000 0.000 1.000 N NA
 2034629 2034630 AHA_2896 AHA_2897     TRUE 0.959 5.000 0.120 1.000   NA
 2034630 2034631 AHA_2897 AHA_2898     TRUE 0.998 -9.000 0.667 0.013   NA
 2034631 2034632 AHA_2898 AHA_2899     TRUE 0.994 -3.000 0.500 1.000   NA
 2034632 2034633 AHA_2899 AHA_2900     TRUE 0.995 -3.000 0.130 0.092 Y NA
 2034633 2034634 AHA_2900 AHA_2901     TRUE 0.833 65.000 0.087 1.000 Y NA
 2034634 2034635 AHA_2901 AHA_2902   gmd TRUE 0.966 3.000 0.000 1.000 Y NA
 2034635 2034636 AHA_2902 AHA_2903 gmd   FALSE 0.285 15.000 0.000 1.000 N NA
 2034636 2034637 AHA_2903 AHA_2904     FALSE 0.455 31.000 0.027 1.000 N NA
 2034637 2034638 AHA_2904 AHA_2905   rfbC-1 TRUE 0.991 3.000 0.000 0.003 Y NA
 2034638 2034639 AHA_2905 AHA_2906 rfbC-1 rfbA TRUE 0.919 57.000 0.211 1.000 Y NA
 2034639 2034640 AHA_2906 AHA_2907 rfbA rfbD TRUE 0.899 113.000 0.053 0.003 Y NA
 2034640 2034641 AHA_2907 AHA_2908 rfbD rfbB TRUE 0.996 0.000 0.084 0.003 Y NA
 2034641 2034642 AHA_2908 AHA_2909 rfbB   FALSE 0.082 762.000 0.000 1.000 Y NA
 2034642 2034643 AHA_2909 AHA_2910     TRUE 0.998 -7.000 0.750 0.054 N NA
 2034643 2034644 AHA_2910 AHA_2911   acrA TRUE 0.988 18.000 0.750 1.000 N NA
 2034645 2034646 AHA_2912 AHA_2913     TRUE 0.669 -444.000 0.000 1.000   NA
 2034646 2034647 AHA_2913 AHA_2914     FALSE 0.036 196.000 0.000 1.000   NA
 2034648 2034649 AHA_2915 AHA_2916   tesB FALSE 0.157 114.000 0.000 NA   NA
 2034649 2034650 AHA_2916 AHA_2917 tesB   FALSE 0.008 201.000 0.000 1.000 N NA
 2034650 2034651 AHA_2917 AHA_2918   scpB TRUE 0.970 -7.000 0.210 NA N NA
 2034651 2034652 AHA_2918 AHA_2919 scpB   TRUE 0.704 36.000 0.083 NA   NA
 2034652 2034653 AHA_2919 AHA_2920     TRUE 0.876 -52.000 0.040 NA   NA
 2034653 2034654 AHA_2920 AHA_2921     TRUE 0.906 34.000 0.281 NA   NA
 2034655 2034656 AHA_2922 AHA_2923   trpE FALSE 0.024 251.000 0.000 NA   NA
 2034656 2034657 AHA_2923 AHA_2924 trpE   TRUE 1.000 -7.000 0.703 0.001 Y NA
 2034657 2034658 AHA_2924 AHA_2925   trpD TRUE 0.994 11.000 0.083 0.001 Y NA
 2034658 2034659 AHA_2925 AHA_2926 trpD trpCF TRUE 0.912 111.000 0.293 1.000 Y NA
 2034659 2034660 AHA_2926 AHA_2927 trpCF trpB TRUE 0.978 81.000 0.221 0.001 Y NA
 2034660 2034661 AHA_2927 AHA_2928 trpB trpA TRUE 1.000 -3.000 0.947 0.001 Y NA
 2034661 2034662 AHA_2928 AHA_2929 trpA   FALSE 0.012 1104.000 0.000 1.000   NA
 2034664 2034665 AHA_2931 AHA_2932     FALSE 0.037 198.000 0.000 NA   NA
 2034666 2034667 AHA_2933 AHA_2934     FALSE 0.045 183.000 0.000 NA   NA
 2034668 2034669 AHA_2935 AHA_2936   tauA FALSE 0.114 373.000 0.000 0.012   NA
 2034669 2034670 AHA_2936 AHA_2937 tauA   TRUE 0.916 24.000 0.047 1.000 Y NA
 2034670 2034671 AHA_2937 AHA_2938   tauC TRUE 0.999 -3.000 0.728 1.000 Y NA
 2034671 2034672 AHA_2938 AHA_2939 tauC   TRUE 0.977 -3.000 0.214 1.000 N NA
 2034672 2034673 AHA_2939 AHA_2940     FALSE 0.024 252.000 0.000 NA   NA
 2034674 2034675 AHA_2941 AHA_2942   cyoE FALSE 0.265 190.000 0.061 0.069 N NA
 2034675 2034676 AHA_2942 AHA_2943 cyoE   TRUE 0.966 12.000 0.118 0.069 N NA
 2034676 2034677 AHA_2943 AHA_2944   cyoC TRUE 0.999 1.000 0.485 0.048 Y NA
 2034677 2034678 AHA_2944 AHA_2945 cyoC   TRUE 0.999 5.000 0.697 0.048 Y NA
 2034678 2034679 AHA_2945 AHA_2946     TRUE 0.996 0.000 0.082 0.007 Y NA
 2034680 2034681 AHA_2947 AHA_2948     TRUE 0.975 -3.000 0.167 1.000   NA
 2034682 2034683 AHA_2949 AHA_2950     FALSE 0.099 137.000 0.000 NA   NA
 2034685 2034686 AHA_2952 AHA_2953   azu FALSE 0.039 192.000 0.000 NA   NA
 2034689 2034690 AHA_2956 AHA_2957     FALSE 0.247 55.000 0.000 NA   NA
 2034690 2034691 AHA_2957 AHA_2958   xth FALSE 0.162 112.000 0.000 NA   NA
 2034691 2034692 AHA_2958 AHA_2959 xth   FALSE 0.004 339.000 0.000 1.000 N NA
 2034692 2034693 AHA_2959 AHA_2960     TRUE 0.996 10.000 0.945 1.000 N NA
 2034693 2034694 AHA_2960 AHA_2961     TRUE 0.615 16.000 0.000 NA   NA
 2034694 2034695 AHA_2961 AHA_2962     FALSE 0.019 302.000 0.000 NA   NA
 2034695 2034696 AHA_2962 AHA_2963     FALSE 0.067 74.000 0.000 1.000 N NA
 2034696 2034697 AHA_2963 AHA_2964     TRUE 0.783 5.000 0.000 NA   NA
 2034698 2034699 AHA_2965 AHA_2966     FALSE 0.028 228.000 0.000 NA   NA
 2034699 2034700 AHA_2966 AHA_2967     FALSE 0.010 189.000 0.000 1.000 N NA
 2034702 2034703 AHA_2969 AHA_2970     TRUE 0.977 -7.000 0.259 NA N NA
 2034703 2034704 AHA_2970 AHA_2971     FALSE 0.314 37.000 0.000 1.000   NA
 2034704 2034705 AHA_2971 AHA_2972     TRUE 0.783 5.000 0.000 NA   NA
 2034705 2034706 AHA_2972 AHA_2973     TRUE 0.824 0.000 0.000 NA   NA
 2034707 2034708 AHA_2974 AHA_2975     FALSE 0.015 418.000 0.000 NA   NA
 2034708 2034709 AHA_2975 AHA_2976     FALSE 0.034 204.000 0.000 NA   NA
 2034710 2034711 AHA_2977 AHA_2978     TRUE 0.943 28.000 0.400 1.000 N NA
 2034711 2034712 AHA_2978 AHA_2979     TRUE 0.998 0.000 0.475 1.000 Y NA
 2034712 2034713 AHA_2979 AHA_2980     TRUE 0.810 84.000 0.062 1.000 Y NA
 2034713 2034714 AHA_2980 AHA_2981     TRUE 0.549 116.000 0.000 1.000 Y NA
 2034714 2034715 AHA_2981 AHA_2982   dnaJ FALSE 0.005 264.000 0.000 1.000 N NA
 2034715 2034716 AHA_2982 AHA_2983 dnaJ dnaK TRUE 0.762 255.000 0.236 0.003 Y NA
 2034716 2034717 AHA_2983 AHA_2984 dnaK grpE FALSE 0.323 304.000 0.000 0.006 Y NA
 2034718 2034719 AHA_2985 AHA_2986   recN TRUE 0.569 112.000 0.170 1.000 N NA
 2034719 2034720 AHA_2986 AHA_2987 recN   FALSE 0.003 582.000 0.000 1.000 N NA
 2034720 2034721 AHA_2987 AHA_2988     FALSE 0.016 361.000 0.000 1.000   NA
 2034721 2034722 AHA_2988 AHA_2989     FALSE 0.029 215.000 0.000 1.000   NA
 2034722 2034723 AHA_2989 AHA_2990     TRUE 0.996 -3.000 0.789 1.000 N NA
 2034723 2034724 AHA_2990 AHA_2991     TRUE 0.977 -3.000 0.216 1.000 N NA
 2034724 2034725 AHA_2991 AHA_2992     FALSE 0.014 172.000 0.000 NA N NA
 2034725 2034726 AHA_2992 AHA_2993     FALSE 0.008 214.000 0.000 NA N NA
 2034727 2034728 AHA_2994 AHA_2995     FALSE 0.015 417.000 0.000 1.000   NA
 2034732 2034733 AHA_2999 AHA_3000     FALSE 0.237 52.000 0.011 1.000 N NA
 2034734 2034735 AHA_3001 AHA_3002   gabT FALSE 0.177 150.000 0.067 1.000 N NA
 2034735 2034736 AHA_3002 AHA_3003 gabT   FALSE 0.103 358.000 0.000 1.000 Y NA
 2034736 2034737 AHA_3003 AHA_3004     FALSE 0.278 507.000 0.000 0.003 Y NA
 2034739 2034740 AHA_3006 AHA_3007     FALSE 0.054 168.000 0.000 1.000   NA
 2034740 2034741 AHA_3007 AHA_3008     FALSE 0.015 387.000 0.000 1.000   NA
 2034741 2034742 AHA_3008 AHA_3009     FALSE 0.058 164.000 0.000 1.000   NA
 2034743 2034744 AHA_3010 AHA_3011 deoD-1   FALSE 0.020 287.000 0.000 NA   NA
 2034748 2034749 AHA_3015 AHA_3016   thrC FALSE 0.014 424.000 0.000 1.000   NA
 2034749 2034750 AHA_3016 AHA_3017 thrC thrB TRUE 0.994 -3.000 0.233 1.000 Y NA
 2034750 2034751 AHA_3017 AHA_3018 thrB   TRUE 0.989 3.000 0.133 1.000 Y NA
 2034751 2034752 AHA_3018 AHA_3019     FALSE 0.128 124.000 0.000 NA   NA
 2034752 2034753 AHA_3019 AHA_3020     FALSE 0.249 54.000 0.000 NA   NA
 2034757 2034758 AHA_3024 AHA_3025 rraA-1   TRUE 0.819 43.000 0.200 NA   NA
 1382775 1382776 AHA_3027 AHA_3028     FALSE 0.217 95.000 0.000 NA   NA
 2034760 2034761 AHA_3029 AHA_3030     TRUE 0.999 -7.000 0.631 0.005 Y NA
 2034761 2034762 AHA_3030 AHA_3031     FALSE 0.024 254.000 0.000 NA   NA
 2034762 2034763 AHA_3031 AHA_3032     TRUE 0.482 23.000 0.000 NA   NA
 2034766 2034767 AHA_3035 AHA_3036     FALSE 0.245 56.000 0.000 NA   NA
 2034767 2034768 AHA_3036 AHA_3037     TRUE 0.992 4.000 0.431 NA   NA
 2034769 2034770 AHA_3038 AHA_3039 cysK ptsH FALSE 0.016 443.000 0.019 1.000 N NA
 2034770 2034771 AHA_3039 AHA_3040 ptsH ptsI-2 TRUE 0.927 45.000 0.022 0.007 Y NA
 2034771 2034772 AHA_3040 AHA_3041 ptsI-2 crr TRUE 0.930 44.000 0.025 0.007 Y NA
 2034773 2034774 AHA_3042 AHA_3043     TRUE 0.711 -34.000 0.000 NA   NA
 2034776 2034777 AHA_3045 AHA_3046     TRUE 0.982 83.000 0.669 0.001 N NA
 2034777 2034778 AHA_3046 AHA_3047     FALSE 0.052 102.000 0.000 1.000 N NA
 2034779 2034780 AHA_3048 AHA_3049     FALSE 0.011 180.000 0.000 1.000 N NA
 2034780 2034781 AHA_3049 AHA_3050     FALSE 0.004 387.000 0.000 1.000 N NA
 2034781 2034782 AHA_3050 AHA_3051     FALSE 0.276 43.000 0.000 1.000   NA
 2034782 2034783 AHA_3051 AHA_3052   pyk-3 FALSE 0.013 568.000 0.000 1.000   NA
 2034783 2034784 AHA_3052 AHA_3053 pyk-3 kefA FALSE 0.122 150.000 0.037 NA N NA
 2034784 2034785 AHA_3053 AHA_3054 kefA   FALSE 0.032 210.000 0.000 NA   NA
 2034785 2034786 AHA_3054 AHA_3055     FALSE 0.222 65.000 0.000 1.000   NA
 2034788 2034789 AHA_3057 AHA_3058     TRUE 0.814 -3.000 0.000 NA   NA
 2034792 2034793 AHA_3061 AHA_3062     TRUE 0.998 -3.000 0.217 0.002 Y NA
 2034793 2034794 AHA_3062 AHA_3063     TRUE 1.000 5.000 0.750 0.002 Y NA
 2034794 2034795 AHA_3063 AHA_3064     TRUE 0.983 24.000 0.708 NA   NA
 2034795 2034796 AHA_3064 AHA_3065     TRUE 0.776 70.000 0.200 NA   NA
 2034796 2034797 AHA_3065 AHA_3066     TRUE 0.994 11.000 0.347 0.048   NA
 2034797 2034798 AHA_3066 AHA_3067     TRUE 0.713 105.000 0.195 NA   NA
 2034798 2034799 AHA_3067 AHA_3068     TRUE 0.995 -82.000 0.901 NA   NA
 2034799 2034800 AHA_3068 AHA_3069     FALSE 0.021 275.000 0.000 NA   NA
 2034801 2034802 AHA_3070 AHA_3071     TRUE 0.614 96.000 0.150 1.000 N NA
 2034803 2034804 AHA_3072 AHA_3073 atoS   TRUE 0.983 32.000 0.273 0.091 Y NA
 2034805 2034806 AHA_3074 AHA_3075     TRUE 0.987 68.000 0.524 0.053 Y NA
 2034806 2034807 AHA_3075 AHA_3076     TRUE 0.931 116.000 0.389 1.000 Y NA
 2034807 2034808 AHA_3076 AHA_3077   mobA TRUE 0.967 -28.000 0.038 1.000 Y NA
 2034808 2034809 AHA_3077 AHA_3078 mobA   TRUE 0.996 -3.000 0.073 0.003 Y NA
 2034809 2034810 AHA_3078 AHA_3079     FALSE 0.229 64.000 0.000 NA   NA
 2034811 2034812 AHA_3080 AHA_3081     FALSE 0.227 88.000 0.000 NA   NA
 2034812 2034813 AHA_3081 AHA_3082     FALSE 0.114 129.000 0.000 NA   NA
 2034813 2034814 AHA_3082 AHA_3083     FALSE 0.028 221.000 0.000 1.000   NA
 2034814 2034815 AHA_3083 AHA_3084     FALSE 0.238 79.000 0.000 NA   NA
 2034815 2034816 AHA_3084 AHA_3085     TRUE 0.987 6.000 0.321 NA   NA
 2034816 2034817 AHA_3085 AHA_3086     TRUE 0.940 -7.000 0.080 NA   NA
 2034817 2034818 AHA_3086 AHA_3087     TRUE 0.636 72.000 0.100 NA   NA
 2034818 2034819 AHA_3087 AHA_3088     FALSE 0.017 359.000 0.000 NA   NA
 1382838 1382839 AHA_3090 AHA_3091     FALSE 0.245 56.000 0.000 NA   NA
 2034821 2034822 AHA_3092 AHA_3093     FALSE 0.004 403.000 0.000 1.000 N NA
 2034822 2034823 AHA_3093 AHA_3094     TRUE 0.758 120.000 0.000 0.053 Y NA
 2034823 2034824 AHA_3094 AHA_3095     TRUE 1.000 2.000 0.818 0.053 Y NA
 2034824 2034825 AHA_3095 AHA_3096     TRUE 0.999 -3.000 0.895 1.000 Y NA
 2034825 2034826 AHA_3096 AHA_3097     TRUE 0.999 12.000 0.739 0.002 Y NA
 2034826 2034827 AHA_3097 AHA_3098     TRUE 0.869 103.000 0.395 1.000   NA
 2034827 2034828 AHA_3098 AHA_3099     TRUE 0.987 -7.000 0.316 NA   NA
 2034828 2034829 AHA_3099 AHA_3100     TRUE 0.798 161.000 0.316 NA Y NA
 2034829 2034830 AHA_3100 AHA_3101     FALSE 0.007 217.000 0.000 1.000 N NA
 2034830 2034831 AHA_3101 AHA_3102     FALSE 0.064 68.000 0.000 1.000 N NA
 2034832 2034833 AHA_3103 AHA_3104   topA TRUE 0.818 1.000 0.000 NA   NA
 2034836 2034837 AHA_3107 AHA_3108     FALSE 0.054 100.000 0.000 1.000 N NA
 2034839 2034840 AHA_3110 AHA_3111     TRUE 0.871 -106.000 0.044 NA   NA
 2034842 2034843 AHA_3113 AHA_3114 purA   FALSE 0.031 215.000 0.000 NA   NA
 2034843 2034844 AHA_3114 AHA_3115     TRUE 0.950 12.000 0.161 NA   NA
 2034844 2034845 AHA_3115 AHA_3116     FALSE 0.042 185.000 0.000 1.000   NA
 2034847 2034848 AHA_3118 AHA_3119     FALSE 0.441 141.000 0.184 NA N NA
 2034850 2034851 AHA_3121 AHA_3122     FALSE 0.013 569.000 0.000 NA   NA
 2034853 2034854 AHA_3124 AHA_3125 metK sprT FALSE 0.429 70.000 0.030 1.000   NA
 2034854 2034855 AHA_3125 AHA_3126 sprT   TRUE 0.975 9.000 0.210 1.000   NA
 2034855 2034856 AHA_3126 AHA_3127     TRUE 0.775 64.000 0.201 NA   NA
 2034856 2034857 AHA_3127 AHA_3128   gshB TRUE 0.634 115.000 0.173 NA   NA
 2034859 2034860 AHA_3130 AHA_3131     TRUE 0.826 47.000 0.263 NA N NA
 2034861 2034862 AHA_3132 AHA_3133     FALSE 0.003 552.000 0.000 1.000 N NA
 2034862 2034863 AHA_3133 AHA_3134     FALSE 0.049 177.000 0.000 NA   NA
 2034863 2034864 AHA_3134 AHA_3135     FALSE 0.012 1247.000 0.000 NA   NA
 2034865 2034866 AHA_3136 AHA_3137     TRUE 0.997 0.000 0.739 NA   NA
 2034866 2034867 AHA_3137 AHA_3138     TRUE 0.995 -13.000 0.727 NA   NA
 2034870 2034871 AHA_3141 AHA_3142   ung FALSE 0.437 158.000 0.190 NA   NA
 2034873 2034874 AHA_3144 AHA_3145   kdsA FALSE 0.004 307.000 0.000 1.000 N NA
 2034874 2034875 AHA_3145 AHA_3146 kdsA   FALSE 0.207 176.000 0.089 1.000   NA
 2034875 2034876 AHA_3146 AHA_3147     TRUE 0.961 12.000 0.195 NA   NA
 2034876 2034877 AHA_3147 AHA_3148     TRUE 0.699 44.000 0.109 NA   NA
 2034877 2034878 AHA_3148 AHA_3149   prfA TRUE 0.995 0.000 0.229 1.000 Y NA
 2034878 2034879 AHA_3149 AHA_3150 prfA hemA TRUE 0.875 52.000 0.171 0.041 N NA
 2034880 2034881 AHA_3151 AHA_3152 lolB ispE TRUE 0.695 27.000 0.077 1.000 N NA
 2034881 1382901 AHA_3152 AHA_3153 ispE   TRUE 0.725 -20.000 0.000 NA   NA
 1382901 2034882 AHA_3153 AHA_3154     FALSE 0.025 241.000 0.000 NA   NA
 2034882 2034883 AHA_3154 AHA_3155     TRUE 0.615 103.000 0.000 1.000 Y NA
 2034883 2034884 AHA_3155 AHA_3156   pth FALSE 0.009 198.000 0.000 1.000 N NA
 2034884 2034885 AHA_3156 AHA_3157 pth ychF FALSE 0.448 235.000 0.184 1.000 Y NA
 2034885 1382906 AHA_3157 AHA_3158 ychF   FALSE 0.026 236.000 0.000 NA   NA
 1382906 1382907 AHA_3158 AHA_3159     TRUE 0.759 9.000 0.000 NA   NA
 1382907 1382908 AHA_3159 AHA_3160     FALSE 0.080 147.000 0.000 NA   NA
 1382908 1382909 AHA_3160 AHA_3161     FALSE 0.290 42.000 0.000 NA   NA
 1382909 1382910 AHA_3161 AHA_3162     FALSE 0.309 39.000 0.000 NA   NA
 1382910 1382911 AHA_3162 AHA_3163     FALSE 0.271 46.000 0.000 NA   NA
 1382911 1382912 AHA_3163 AHA_3164     FALSE 0.323 37.000 0.000 NA   NA
 1382912 1382913 AHA_3164 AHA_3165     TRUE 0.759 9.000 0.000 NA   NA
 2034887 2034888 AHA_3167 AHA_3168     TRUE 0.979 -3.000 0.227 1.000 N NA
 2034888 2034889 AHA_3168 AHA_3169     TRUE 0.817 89.000 0.294 NA N NA
 2034889 2034890 AHA_3169 AHA_3170     FALSE 0.277 44.000 0.000 NA   NA
 2034890 2034891 AHA_3170 AHA_3171     FALSE 0.207 98.000 0.000 NA   NA
 2034891 2034892 AHA_3171 AHA_3172     FALSE 0.395 30.000 0.000 NA   NA
 2034892 2034893 AHA_3172 AHA_3173     FALSE 0.015 410.000 0.000 NA   NA
 2034893 2034894 AHA_3173 AHA_3174   nifJ-2 FALSE 0.014 488.000 0.000 NA   NA
 2034897 2034898 AHA_3177 AHA_3178     TRUE 0.523 110.000 0.095 NA   NA
 2034898 2034899 AHA_3178 AHA_3179   astA TRUE 0.777 71.000 0.240 1.000 N NA
 2034899 2034900 AHA_3179 AHA_3180 astA   TRUE 0.683 76.000 0.000 1.000 Y NA
 2034900 2034901 AHA_3180 AHA_3181     FALSE 0.126 278.000 0.000 1.000 Y NA
 2034901 2034902 AHA_3181 AHA_3182     TRUE 0.524 21.000 0.000 NA   NA
 2034902 2034903 AHA_3182 AHA_3183   trpS-2 FALSE 0.179 124.000 0.004 NA   NA
 2034903 2034904 AHA_3183 AHA_3184 trpS-2 gph-2 TRUE 0.734 40.000 0.118 1.000   NA
 2034904 2034905 AHA_3184 AHA_3185 gph-2 rpe TRUE 0.949 -13.000 0.120 1.000   NA
 2034905 2034906 AHA_3185 AHA_3186 rpe   FALSE 0.042 252.000 0.040 1.000 N NA
 2034906 2034907 AHA_3186 AHA_3187     FALSE 0.235 71.000 0.000 NA   NA
 2034907 2034908 AHA_3187 AHA_3188   aroB TRUE 0.816 -10.000 0.002 NA   NA
 2034908 2034909 AHA_3188 AHA_3189 aroB aroK-2 TRUE 0.984 15.000 0.208 1.000 Y NA
 2034909 2034910 AHA_3189 AHA_3190 aroK-2 pilQ FALSE 0.412 192.000 0.319 1.000 N NA
 2034910 2034911 AHA_3190 AHA_3191 pilQ   TRUE 0.996 15.000 0.668 NA Y NA
 2034911 2034912 AHA_3191 AHA_3192   pilO TRUE 0.999 -3.000 0.680 NA Y NA
 2034912 2034913 AHA_3192 AHA_3193 pilO pilN TRUE 0.999 -3.000 0.770 NA Y NA
 2034913 2034914 AHA_3193 AHA_3194 pilN pilM TRUE 0.998 -12.000 0.616 NA Y NA
 2034916 2034917 AHA_3196 AHA_3197     FALSE 0.201 21.000 0.000 1.000 N NA
 2034917 2034918 AHA_3197 AHA_3198     FALSE 0.008 223.000 0.000 NA N NA
 2034918 2034919 AHA_3198 AHA_3199     TRUE 0.719 81.000 0.157 NA   NA
 2034922 2034923 AHA_3202 AHA_3203     FALSE 0.076 149.000 0.000 NA   NA
 2034925 2034926 AHA_3205 AHA_3206     TRUE 0.843 23.000 0.145 NA N NA
 2034926 2034927 AHA_3206 AHA_3207     FALSE 0.031 126.000 0.000 1.000 N NA
 2034927 2034928 AHA_3207 AHA_3208   frdA FALSE 0.003 518.000 0.000 1.000 N NA
 2034928 2034929 AHA_3208 AHA_3209 frdA   TRUE 0.999 -7.000 0.470 0.002 Y NA
 2034929 2034930 AHA_3209 AHA_3210     TRUE 0.998 17.000 0.454 0.002 Y NA
 2034930 2034931 AHA_3210 AHA_3211     TRUE 0.992 113.000 0.787 0.002 Y NA
 2034934 2034935 AHA_3214 AHA_3215     FALSE 0.242 57.000 0.000 NA   NA
 2034935 2034936 AHA_3215 AHA_3216     FALSE 0.106 134.000 0.000 NA   NA
 2034937 2034938 AHA_3217 AHA_3218     TRUE 0.998 -3.000 0.923 NA   NA
 2034938 2034939 AHA_3218 AHA_3219     TRUE 0.996 -3.000 0.610 NA   NA
 2034939 2034940 AHA_3219 AHA_3220     TRUE 0.994 -3.000 0.500 NA   NA
 2034940 2034941 AHA_3220 AHA_3221     TRUE 0.808 2.000 0.000 1.000   NA
 2034941 2034942 AHA_3221 AHA_3222     FALSE 0.226 83.000 0.000 1.000   NA
 2034942 2034943 AHA_3222 AHA_3223     TRUE 0.999 -3.000 0.917 1.000 Y NA
 2034945 2034946 AHA_3225 AHA_3226 guaC   FALSE 0.217 95.000 0.000 NA   NA
 2034946 2034947 AHA_3226 AHA_3227   efp TRUE 0.627 44.000 0.074 NA   NA
 2034947 2034948 AHA_3227 AHA_3228 efp   FALSE 0.089 142.000 0.000 NA   NA
 2034948 2034949 AHA_3228 AHA_3229     FALSE 0.230 68.000 0.000 NA   NA
 2034949 2034950 AHA_3229 AHA_3230     FALSE 0.146 118.000 0.000 NA   NA
 2034951 2034952 AHA_3231 AHA_3232     FALSE 0.031 210.000 0.000 1.000   NA
 2034954 2034955 AHA_3234 AHA_3235     TRUE 0.814 -3.000 0.000 NA   NA
 2034957 2034958 AHA_3237 AHA_3238     FALSE 0.015 162.000 0.000 1.000 N NA
 2034958 2034959 AHA_3238 AHA_3239     FALSE 0.038 117.000 0.000 1.000 N NA
 2034959 2034960 AHA_3239 AHA_3240     FALSE 0.110 34.000 0.000 1.000 N NA
 2034961 2034962 AHA_3241 AHA_3242 miaB   TRUE 0.766 56.000 0.220 1.000 N NA
 2034962 2034963 AHA_3242 AHA_3243     TRUE 0.993 -3.000 0.457 NA   NA
 2034963 2034964 AHA_3243 AHA_3244   corC TRUE 0.686 96.000 0.150 NA   NA
 2034964 2034965 AHA_3244 AHA_3245 corC lnt TRUE 0.518 220.000 0.557 1.000 N NA
 2034967 2034968 AHA_3247 AHA_3248 leuS rlpB TRUE 0.657 100.000 0.182 NA N NA
 2034968 2034969 AHA_3248 AHA_3249 rlpB   TRUE 0.903 25.000 0.199 NA   NA
 2034969 2034970 AHA_3249 AHA_3250   holA TRUE 0.981 0.000 0.005 0.003   NA
 2034970 2034971 AHA_3250 AHA_3251 holA nadD FALSE 0.264 41.000 0.010 1.000 N NA
 2034971 2034972 AHA_3251 AHA_3252 nadD   FALSE 0.375 186.000 0.221 NA   NA
 2034972 2034973 AHA_3252 AHA_3253     TRUE 0.950 23.000 0.307 NA   NA
 2034973 2034974 AHA_3253 AHA_3254     FALSE 0.242 106.000 0.003 NA   NA
 2034974 2034975 AHA_3254 AHA_3255   mrdB TRUE 0.569 -85.000 0.003 1.000 N NA
 2034975 2034976 AHA_3255 AHA_3256 mrdB   TRUE 0.975 -3.000 0.000 0.004   NA
 2034976 2034977 AHA_3256 AHA_3257   mltB-2 FALSE 0.214 96.000 0.000 NA   NA
 2034977 2034978 AHA_3257 AHA_3258 mltB-2 rlpA TRUE 0.958 -58.000 0.021 NA Y NA
 2034978 2034979 AHA_3258 AHA_3259 rlpA   FALSE 0.259 195.000 0.010 NA Y NA
 2034979 2034980 AHA_3259 AHA_3260     FALSE 0.019 293.000 0.000 NA   NA
 2034980 2034981 AHA_3260 AHA_3261   lipB TRUE 0.778 97.000 0.219 NA   NA
 2034981 2034982 AHA_3261 AHA_3262 lipB   TRUE 0.814 -3.000 0.000 NA   NA
 2034982 2034983 AHA_3262 AHA_3263   lipA TRUE 0.814 -3.000 0.000 NA   NA
 2034983 2034984 AHA_3263 AHA_3264 lipA   FALSE 0.068 152.000 0.000 1.000   NA
 2034984 2034985 AHA_3264 AHA_3265     FALSE 0.095 139.000 0.000 NA   NA
 2034986 2034987 AHA_3266 AHA_3267 nqrE-2   FALSE 0.068 155.000 0.000 NA   NA
 2034987 2034988 AHA_3267 AHA_3268     FALSE 0.194 102.000 0.000 NA   NA
 2034988 2034989 AHA_3268 AHA_3269     TRUE 0.634 40.000 0.067 1.000   NA
 2034989 2034990 AHA_3269 AHA_3270   recJ FALSE 0.344 -60.000 0.000 1.000 N NA
 2034990 2034991 AHA_3270 AHA_3271 recJ dsbC FALSE 0.359 -34.000 0.000 1.000 N NA
 2034992 2034993 AHA_3272 AHA_3274 mscL   FALSE 0.004 329.000 0.000 1.000 N NA
 2034995 2034996 AHA_3275 AHA_3276     FALSE 0.018 313.000 0.000 NA   NA
 2034996 2034997 AHA_3276 AHA_3277     TRUE 0.967 0.000 0.114 NA   NA
 2034997 2034998 AHA_3277 AHA_3278     FALSE 0.038 194.000 0.000 NA   NA
 2034999 2035000 AHA_3279 AHA_3280     FALSE 0.020 279.000 0.000 1.000   NA
 2035000 2035001 AHA_3280 AHA_3281     TRUE 0.967 0.000 0.160 1.000 N NA
 2035001 2035002 AHA_3281 AHA_3282     TRUE 0.997 11.000 0.630 NA Y NA
 2035002 2035003 AHA_3282 AHA_3283     FALSE 0.013 556.000 0.000 NA   NA
 2035005 2035006 AHA_3285 AHA_3286     TRUE 0.969 0.000 0.120 NA   NA
 2035006 2035007 AHA_3286 AHA_3287     TRUE 0.978 -10.000 0.233 NA   NA
 2035008 2035009 AHA_3288 AHA_3289     TRUE 0.968 -3.000 0.000 1.000 Y NA
 2035009 2035010 AHA_3289 AHA_3290   lytS FALSE 0.381 225.000 0.000 0.026 Y NA
 2035010 2035011 AHA_3290 AHA_3291 lytS   TRUE 1.000 -6.000 0.877 0.026 Y NA
 2035011 2035012 AHA_3291 AHA_3292     FALSE 0.249 216.000 0.031 1.000 Y NA
 2035012 2035013 AHA_3292 AHA_3293   pepE FALSE 0.009 193.000 0.000 1.000 N NA
 2035013 2035014 AHA_3293 AHA_3294 pepE fumC FALSE 0.067 74.000 0.000 1.000 N NA
 2035016 2035017 AHA_3296 AHA_3297     FALSE 0.029 135.000 0.000 NA N NA
 2035018 2035019 AHA_3298 AHA_3299     FALSE 0.028 130.000 0.000 1.000 N NA
 2035019 2035020 AHA_3299 AHA_3300   rpsO TRUE 0.788 168.000 0.335 1.000 Y NA
 2035020 2035021 AHA_3300 AHA_3301 rpsO   TRUE 0.768 145.000 0.211 1.000 Y NA
 2035021 2035022 AHA_3301 AHA_3302   rbfA TRUE 0.993 -37.000 0.318 1.000 Y NA
 2035022 2035023 AHA_3302 AHA_3303 rbfA   TRUE 0.972 56.000 0.530 1.000 Y NA
 2035023 2035024 AHA_3303 AHA_3304     TRUE 0.954 21.000 0.342 1.000 N NA
 2035024 2035025 AHA_3304 AHA_3305     TRUE 0.992 15.000 0.759 NA   NA
 2035025 1383054 AHA_3305 AHA_3306     FALSE 0.204 99.000 0.000 NA   NA
 1383054 1383055 AHA_3306 AHA_3307     FALSE 0.222 93.000 0.000 NA   NA
 1383055 2035026 AHA_3307 AHA_3308   secG TRUE 0.767 8.000 0.000 NA   NA
 2035026 2035027 AHA_3308 AHA_3309 secG tpiA-2 TRUE 0.972 1.000 0.184 1.000 N NA
 2035027 2035028 AHA_3309 AHA_3310 tpiA-2 glmM TRUE 0.664 132.000 0.082 1.000 Y NA
 2035028 2035029 AHA_3310 AHA_3311 glmM folP TRUE 0.946 18.000 0.260 1.000 N NA
 2035029 2035030 AHA_3311 AHA_3312 folP hflB TRUE 0.840 63.000 0.325 1.000 N NA
 2035030 2035031 AHA_3312 AHA_3313 hflB rrmJ TRUE 0.689 46.000 0.152 1.000 N NA
 2035032 2035033 AHA_3314 AHA_3315     FALSE 0.183 105.000 0.000 NA   NA
 2035034 2035035 AHA_3316 AHA_3317     FALSE 0.016 155.000 0.000 1.000 N NA
 2035035 2035036 AHA_3317 AHA_3318     TRUE 0.997 9.000 0.566 1.000 Y NA
 2035037 2035038 AHA_3319 AHA_3320     TRUE 0.970 1.000 0.177 1.000 N NA
 2035038 2035039 AHA_3320 AHA_3321   dxs TRUE 0.977 22.000 0.246 1.000 Y NA
 2035040 2035041 AHA_3322 AHA_3323     TRUE 1.000 4.000 1.000 0.052 Y NA
 2035041 2035042 AHA_3323 AHA_3324     TRUE 0.992 100.000 0.848 0.052 Y NA
 2035042 2035043 AHA_3324 AHA_3325     TRUE 0.902 71.000 0.408 1.000   NA
 2035043 2035044 AHA_3325 AHA_3326     FALSE 0.013 511.000 0.000 1.000   NA
 2035044 2035045 AHA_3326 AHA_3327   thiL TRUE 0.976 -3.000 0.206 1.000 N NA
 2035045 2035046 AHA_3327 AHA_3328 thiL nusB TRUE 0.762 61.000 0.225 1.000 N NA
 2035046 2035047 AHA_3328 AHA_3329 nusB ribE-2 TRUE 0.971 15.000 0.347 1.000 N NA
 2035049 2035050 AHA_3331 AHA_3332   ribE-3 FALSE 0.437 142.000 0.002 1.000 Y NA
 2035050 2035051 AHA_3332 AHA_3333 ribE-3 ribD TRUE 0.968 55.000 0.456 1.000 Y NA
 2035051 2035052 AHA_3333 AHA_3334 ribD nrdR TRUE 0.783 97.000 0.277 NA N NA
 2035052 2035053 AHA_3334 AHA_3335 nrdR   FALSE 0.106 134.000 0.000 NA   NA
 2035053 2035054 AHA_3335 AHA_3336   glyA FALSE 0.223 85.000 0.000 1.000   NA
 2035055 2035056 AHA_3337 AHA_3338     FALSE 0.073 149.000 0.000 1.000   NA
 2035056 2035057 AHA_3338 AHA_3339     TRUE 0.767 8.000 0.000 NA   NA
 2035057 2035058 AHA_3339 AHA_3340     FALSE 0.054 170.000 0.000 NA   NA
 2035058 2035059 AHA_3340 AHA_3341     TRUE 0.718 -28.000 0.000 NA   NA
 2035059 2035060 AHA_3341 AHA_3342     FALSE 0.180 106.000 0.000 NA   NA
 2035062 2035063 AHA_3344 AHA_3345 acsA aroQ FALSE 0.005 267.000 0.000 1.000 N NA
 2035063 2035064 AHA_3345 AHA_3346 aroQ accB TRUE 0.854 37.000 0.254 1.000 N NA
 2035064 2035065 AHA_3346 AHA_3347 accB accC TRUE 0.997 16.000 0.275 0.001 Y NA
 2035065 2035066 AHA_3347 AHA_3348 accC   FALSE 0.430 128.000 0.103 NA   NA
 2035066 2035067 AHA_3348 AHA_3349   panF TRUE 0.995 -10.000 0.682 NA   NA
 2035067 2035068 AHA_3349 AHA_3350 panF   FALSE 0.067 78.000 0.000 1.000 N NA
 2035070 2035071 AHA_3352 AHA_3353   prmA FALSE 0.003 516.000 0.000 1.000 N NA
 2035071 2035072 AHA_3353 AHA_3354 prmA   FALSE 0.009 196.000 0.000 1.000 N NA
 2035072 2035073 AHA_3354 AHA_3355     FALSE 0.232 74.000 0.000 1.000   NA
 2035074 2035075 AHA_3356 AHA_3357     TRUE 0.855 107.000 0.022 0.047 Y NA
 2035077 2035078 AHA_3359 AHA_3360     TRUE 0.764 7.000 0.000 1.000   NA
 2035079 2035080 AHA_3361 AHA_3362 gap-1   FALSE 0.296 41.000 0.000 NA   NA
 2035081 2035082 AHA_3363 AHA_3364     TRUE 0.759 9.000 0.000 NA   NA
 2035082 2035083 AHA_3364 AHA_3365     FALSE 0.021 268.000 0.000 1.000   NA
 2035086 2035087 AHA_3368 AHA_3369 prfB lysS TRUE 0.982 25.000 0.162 0.040 Y NA
 2035089 2035090 AHA_3371 AHA_3372   cysI TRUE 1.000 0.000 0.791 0.001 Y NA
 2035090 2035091 AHA_3372 AHA_3373 cysI cysH TRUE 0.932 -10.000 0.116 1.000 N NA
 2035092 2035093 AHA_3374 AHA_3375     TRUE 0.999 -3.000 0.695 0.052 Y NA
 2035093 2035094 AHA_3375 AHA_3376     TRUE 0.998 -3.000 0.630 1.000 Y NA
 2035094 2035095 AHA_3376 AHA_3377   folA FALSE 0.003 502.000 0.000 1.000 N NA
 2035095 2035096 AHA_3377 AHA_3378 folA   TRUE 0.826 25.000 0.104 NA   NA
 2035096 2035097 AHA_3378 AHA_3379     TRUE 0.997 -3.000 0.704 NA   NA
 2035097 2035098 AHA_3379 AHA_3380     FALSE 0.026 236.000 0.000 NA   NA
 2035100 2035101 AHA_3382 AHA_3383     TRUE 0.998 -3.000 0.486 1.000 Y NA
 2035101 2035102 AHA_3383 AHA_3384     TRUE 0.995 10.000 0.397 NA Y NA
 2035102 2035103 AHA_3384 AHA_3385     TRUE 0.959 -7.000 0.000 NA Y NA
 2035103 2035104 AHA_3385 AHA_3386     TRUE 0.814 -3.000 0.000 NA   NA
 2035104 2035105 AHA_3386 AHA_3387     TRUE 0.989 -3.000 0.305 NA   NA
 2035105 2035106 AHA_3387 AHA_3388     TRUE 0.960 51.000 0.732 NA   NA
 2035106 2035107 AHA_3388 AHA_3389     TRUE 0.995 -3.000 0.532 NA   NA
 2035107 2035108 AHA_3389 AHA_3390     TRUE 0.955 29.000 0.413 NA   NA
 2035108 2035109 AHA_3390 AHA_3391     TRUE 0.985 -13.000 0.333 1.000   NA
 2035109 2035110 AHA_3391 AHA_3392     TRUE 0.989 -3.000 0.297 NA   NA
 2035110 2035111 AHA_3392 AHA_3393     TRUE 0.987 -16.000 0.368 NA   NA
 2035111 2035112 AHA_3393 AHA_3394     TRUE 0.997 -3.000 0.758 NA   NA
 2035112 2035113 AHA_3394 AHA_3395     TRUE 0.987 -31.000 0.422 NA   NA
 2035113 2035114 AHA_3395 AHA_3396     TRUE 0.996 4.000 0.117 0.002 Y NA
 2035114 2035115 AHA_3396 AHA_3397     TRUE 0.992 -3.000 0.170 1.000 Y NA
 2035115 2035116 AHA_3397 AHA_3398     TRUE 0.994 -15.000 0.636 NA   NA
 2035117 2035118 AHA_3399 AHA_3400     TRUE 0.946 19.000 0.222 NA   NA
 2035118 2035119 AHA_3400 AHA_3401     FALSE 0.266 48.000 0.000 NA   NA
 2035120 2035121 AHA_3402 AHA_3403     FALSE 0.006 244.000 0.000 1.000 N NA
 2035123 2035124 AHA_3405 AHA_3406     TRUE 0.483 -6.000 0.000 NA N NA
 2035124 2035125 AHA_3406 AHA_3407     FALSE 0.005 302.000 0.000 NA N NA
 2035125 2035126 AHA_3407 AHA_3408   nirB-1 TRUE 0.971 48.000 0.406 0.001 N NA
 2035126 2035127 AHA_3408 AHA_3409 nirB-1   TRUE 0.633 26.000 0.052 1.000 N NA
 2035127 2035128 AHA_3409 AHA_3410     TRUE 0.957 32.000 0.219 1.000 Y NA
 2035128 2035129 AHA_3410 AHA_3411     TRUE 0.997 15.000 0.767 NA Y NA
 2035129 2035130 AHA_3411 AHA_3412     FALSE 0.019 297.000 0.000 NA   NA
 2035130 2035131 AHA_3412 AHA_3413   cobA FALSE 0.093 140.000 0.000 NA   NA
 2035131 2035132 AHA_3413 AHA_3414 cobA   FALSE 0.092 170.000 0.039 1.000 N NA
 2035133 2035134 AHA_3415 AHA_3416     TRUE 0.754 -10.000 0.000 NA   NA
 2035137 2035138 AHA_3419 AHA_3420   proA FALSE 0.069 154.000 0.000 NA   NA
 2035138 2035139 AHA_3420 AHA_3421 proA proB TRUE 0.914 93.000 0.003 0.001 Y NA
 2035139 2035140 AHA_3421 AHA_3422 proB crl FALSE 0.179 161.000 0.048 1.000   NA
 2035140 2035141 AHA_3422 AHA_3423 crl   TRUE 0.894 62.000 0.381 NA   NA
 2035141 2035142 AHA_3423 AHA_3424   gpt FALSE 0.329 120.000 0.040 NA   NA
 2035142 2035143 AHA_3424 AHA_3425 gpt   FALSE 0.015 437.000 0.000 NA   NA
 2035144 2035145 AHA_3426 AHA_3427 pepD   FALSE 0.017 342.000 0.000 NA   NA
 2035146 2035147 AHA_3428 AHA_3429     TRUE 0.999 -3.000 0.400 0.002 Y NA
 2035147 2035148 AHA_3429 AHA_3430     TRUE 0.842 26.000 0.000 1.000 Y NA
 2035148 2035149 AHA_3430 AHA_3431     TRUE 0.643 83.000 0.000 0.052   NA
 2035149 2035150 AHA_3431 AHA_3432     TRUE 0.999 3.000 0.742 0.052   NA
 2035151 2035152 AHA_3433 AHA_3434     TRUE 0.637 111.000 0.167 NA   NA
 2035152 2035153 AHA_3434 AHA_3435     TRUE 0.994 -3.000 0.500 NA   NA
 2035153 2035154 AHA_3435 AHA_3436     TRUE 0.991 11.000 0.242 0.013   NA
 2035154 2035155 AHA_3436 AHA_3437     TRUE 0.941 68.000 0.333 0.064   NA
 2035155 2035156 AHA_3437 AHA_3438     TRUE 0.817 134.000 0.588 1.000 N NA
 2035156 2035157 AHA_3438 AHA_3439     TRUE 0.977 12.000 0.294 1.000   NA
 1383190 1383191 AHA_3442 AHA_3443     FALSE 0.340 35.000 0.000 NA   NA
 1383191 1383192 AHA_3443 AHA_3444     FALSE 0.262 49.000 0.000 NA   NA
 1383192 1383193 AHA_3444 AHA_3445     FALSE 0.229 64.000 0.000 NA   NA
 1383193 1383194 AHA_3445 AHA_3446     FALSE 0.408 29.000 0.000 NA   NA
 1383194 2035160 AHA_3446 AHA_3447   gltX FALSE 0.026 238.000 0.000 NA   NA
 2035161 2035162 AHA_3448 AHA_3449     FALSE 0.055 99.000 0.000 1.000 N NA
 2035162 2035163 AHA_3449 AHA_3450     FALSE 0.005 273.000 0.000 1.000 N NA
 1383200 1383201 AHA_3451 AHA_3452     FALSE 0.229 64.000 0.000 NA   NA
 1383201 1383202 AHA_3452 AHA_3453     FALSE 0.452 25.000 0.000 NA   NA
 1383202 1383203 AHA_3453 AHA_3454     FALSE 0.452 25.000 0.000 NA   NA
 1383203 1383204 AHA_3454 AHA_3455     FALSE 0.452 25.000 0.000 NA   NA
 1383204 1383205 AHA_3455 AHA_3456     FALSE 0.452 25.000 0.000 NA   NA
 1383205 1383206 AHA_3456 AHA_3457     FALSE 0.352 34.000 0.000 NA   NA
 1383206 1383207 AHA_3457 AHA_3458     FALSE 0.438 26.000 0.000 NA   NA
 1383207 2035164 AHA_3458 AHA_3459   orn FALSE 0.048 178.000 0.000 NA   NA
 2035165 2035166 AHA_3460 AHA_3461 rsgA psd TRUE 0.920 -94.000 0.095 1.000   NA
 2035166 2035167 AHA_3461 AHA_3462 psd   TRUE 0.814 -3.000 0.000 NA   NA
 2035167 2035168 AHA_3462 AHA_3463     TRUE 0.783 5.000 0.000 NA   NA
 2035168 2035169 AHA_3463 AHA_3464     TRUE 0.807 3.000 0.000 NA   NA
 2035170 2035171 AHA_3465 AHA_3466     FALSE 0.284 43.000 0.000 NA   NA
 2035176 1383221 AHA_3471 AHA_3472     FALSE 0.044 185.000 0.000 NA   NA
 1383221 1383222 AHA_3472 AHA_3473     TRUE 0.783 5.000 0.000 NA   NA
 2035178 2035179 AHA_3475 AHA_3476     FALSE 0.194 100.000 0.000 1.000   NA
 2035180 2035181 AHA_3477 AHA_3478     FALSE 0.234 82.000 0.000 NA   NA
 2035181 2035182 AHA_3478 AHA_3479     FALSE 0.036 120.000 0.000 1.000 N NA
 2035182 2035183 AHA_3479 AHA_3480     FALSE 0.136 29.000 0.000 1.000 N NA
 2035183 2035184 AHA_3480 AHA_3481     TRUE 0.564 113.000 0.123 NA   NA
 2035184 2035185 AHA_3481 AHA_3482   trmB TRUE 0.901 15.000 0.092 NA   NA
 2035186 2035187 AHA_3483 AHA_3484     FALSE 0.043 183.000 0.000 1.000   NA
 2035190 2035191 AHA_3487 AHA_3488     TRUE 0.998 -3.000 0.535 NA Y NA
 2035193 2035194 AHA_3490 AHA_3491     FALSE 0.018 296.000 0.000 1.000   NA
 2035194 2035195 AHA_3491 AHA_3492     FALSE 0.027 229.000 0.000 1.000   NA
 2035195 2035196 AHA_3492 AHA_3493     FALSE 0.139 119.000 0.000 1.000   NA
 2035197 2035198 AHA_3494 AHA_3495   ispZ FALSE 0.049 105.000 0.000 1.000 N NA
 2035198 2035199 AHA_3495 AHA_3496 ispZ   TRUE 0.914 26.000 0.224 NA   NA
 2035201 2035202 AHA_3498 AHA_3499   galU FALSE 0.253 114.000 0.012 1.000   NA
 2035202 2035203 AHA_3499 AHA_3500 galU   FALSE 0.007 214.000 0.000 1.000 N NA
 2035204 2035205 AHA_3501 AHA_3502     FALSE 0.017 326.000 0.000 NA   NA
 2035206 2035207 AHA_3503 AHA_3504     TRUE 0.907 70.000 0.429 NA   NA
 2035207 2035208 AHA_3504 AHA_3505     FALSE 0.029 129.000 0.000 1.000 N NA
 2035209 2035210 AHA_3506 AHA_3507     TRUE 0.942 104.000 0.743 NA   NA
 2035210 2035211 AHA_3507 AHA_3508     TRUE 0.999 0.000 0.729 NA Y NA
 2035211 2035212 AHA_3508 AHA_3509     TRUE 0.898 74.000 0.464 1.000 N NA
 2035213 2035214 AHA_3510 AHA_3511   fis FALSE 0.151 26.000 0.000 1.000 N NA
 2035215 1383262 AHA_3512 AHA_3513   rrfG FALSE 0.017 323.000 0.000 NA   NA
 1383262 1383263 AHA_3513 AHA_3514 rrfG rrlG FALSE 0.154 115.000 0.000 NA   NA
 1383263 1383264 AHA_3514 AHA_3515 rrlG   FALSE 0.026 237.000 0.000 NA   NA
 1383264 1383265 AHA_3515 AHA_3516   rrsG FALSE 0.036 200.000 0.000 NA   NA
 1383265 2035216 AHA_3516 AHA_3517 rrsG   FALSE 0.014 479.000 0.000 NA   NA
 2035216 2035217 AHA_3517 AHA_3518     FALSE 0.424 37.000 0.005 NA   NA
 2035217 2035218 AHA_3518 AHA_3519     FALSE 0.228 87.000 0.000 NA   NA
 2035219 2035220 AHA_3520 AHA_3521 hemL   FALSE 0.032 210.000 0.000 NA   NA
 2035221 2035222 AHA_3522 AHA_3523     FALSE 0.022 257.000 0.000 1.000   NA
 2035224 2035225 AHA_3525 AHA_3526     TRUE 0.759 115.000 0.000 0.080 Y NA
 2035226 2035227 AHA_3527 AHA_3528     TRUE 0.999 -12.000 0.869 0.065 Y NA
 2035228 2035229 AHA_3529 AHA_3530   mrcB FALSE 0.093 43.000 0.000 NA N NA
 2035229 2035230 AHA_3530 AHA_3531 mrcB hrpB FALSE 0.131 252.000 0.158 1.000 N NA
 2035231 2035232 AHA_3532 AHA_3533   sfsA TRUE 0.559 43.000 0.045 NA   NA
 2035232 2035233 AHA_3533 AHA_3534 sfsA dksA TRUE 0.569 120.000 0.151 NA   NA
 2035233 2035234 AHA_3534 AHA_3535 dksA   TRUE 0.640 120.000 0.231 1.000 N NA
 2035234 2035235 AHA_3535 AHA_3536     FALSE 0.285 322.000 0.131 1.000 Y NA
 2035235 2035236 AHA_3536 AHA_3537   folK-1 TRUE 0.961 12.000 0.234 1.000 N NA
 2035236 2035237 AHA_3537 AHA_3538 folK-1 panB TRUE 0.989 -3.000 0.117 1.000 Y NA
 2035237 2035238 AHA_3538 AHA_3539 panB panC TRUE 0.929 188.000 0.395 0.000 Y NA
 2035239 2035240 AHA_3540 AHA_3541     TRUE 0.814 2.000 0.000 NA   NA
 2035240 2035241 AHA_3541 AHA_3542     FALSE 0.019 302.000 0.000 NA   NA
 2035241 2035242 AHA_3542 AHA_3543     TRUE 0.900 10.000 0.078 NA N NA
 2035242 2035243 AHA_3543 AHA_3544     FALSE 0.005 310.000 0.000 NA N NA
 2035243 2035244 AHA_3544 AHA_3545     TRUE 0.999 -3.000 0.688 0.087 Y NA
 2035244 2035245 AHA_3545 AHA_3546   hpt FALSE 0.193 112.000 0.023 1.000 N NA
 2035247 2035248 AHA_3548 AHA_3549   mpl TRUE 0.980 -3.000 0.235 1.000 N NA
 2035251 2035252 AHA_3552 AHA_3553     FALSE 0.180 106.000 0.000 NA   NA
 2035252 2035253 AHA_3553 AHA_3554     FALSE 0.023 258.000 0.000 NA   NA
 2035253 2035254 AHA_3554 AHA_3555     FALSE 0.274 45.000 0.000 NA   NA
 2035254 2035255 AHA_3555 AHA_3556     FALSE 0.331 36.000 0.000 NA   NA
 2035255 2035256 AHA_3556 AHA_3557     TRUE 0.988 5.000 0.336 NA   NA
 2035256 2035257 AHA_3557 AHA_3558     TRUE 0.989 -6.000 0.145 NA Y NA
 2035257 2035258 AHA_3558 AHA_3559     TRUE 0.744 30.000 0.076 NA   NA
 2035258 2035259 AHA_3559 AHA_3560     FALSE 0.027 233.000 0.000 NA   NA
 2035259 2035260 AHA_3560 AHA_3561     FALSE 0.022 264.000 0.000 NA   NA
 2035260 2035261 AHA_3561 AHA_3562     FALSE 0.012 1054.000 0.000 1.000   NA
 2035261 2035262 AHA_3562 AHA_3563     FALSE 0.014 432.000 0.000 1.000   NA
 2035263 2035264 AHA_3564 AHA_3565 cysC   TRUE 0.818 147.000 0.291 1.000 Y NA
 2035264 2035265 AHA_3565 AHA_3566     TRUE 0.992 5.000 0.200 1.000 Y NA
 2035265 2035266 AHA_3566 AHA_3567     TRUE 0.992 25.000 0.574 0.000 N NA
 2035266 2035267 AHA_3567 AHA_3568     TRUE 0.944 109.000 0.417 1.000 Y NA
 2035268 2035269 AHA_3569 AHA_3570     TRUE 0.996 -3.000 0.313 NA Y NA
 2035271 2035272 AHA_3572 AHA_3573     TRUE 0.983 11.000 0.333 NA   NA
 2035272 2035273 AHA_3573 AHA_3574     TRUE 0.783 -6.000 0.000 NA   NA
 2035277 2035278 AHA_3578 AHA_3579     FALSE 0.017 336.000 0.000 NA   NA
 2035278 2035279 AHA_3579 AHA_3580     FALSE 0.076 76.000 0.000 NA N NA
 2035279 2035280 AHA_3580 AHA_3581     FALSE 0.018 310.000 0.000 NA   NA
 2035281 2035282 AHA_3582 AHA_3583   putP FALSE 0.019 301.000 0.000 NA   NA
 2035282 2035283 AHA_3583 AHA_3584 putP   FALSE 0.019 289.000 0.000 1.000   NA
 2035283 2035284 AHA_3584 AHA_3585     FALSE 0.237 80.000 0.000 NA   NA
 2035284 2035285 AHA_3585 AHA_3586   ackA-2 FALSE 0.030 134.000 0.000 NA N NA
 2035285 2035286 AHA_3586 AHA_3587 ackA-2   FALSE 0.014 175.000 0.000 NA N NA
 2035286 2035287 AHA_3587 AHA_3588     FALSE 0.018 311.000 0.000 NA   NA
 2035287 2035288 AHA_3588 AHA_3589     FALSE 0.061 161.000 0.000 1.000   NA
 2035288 2035289 AHA_3589 AHA_3590     FALSE 0.005 257.000 0.000 1.000 N NA
 2035289 2035290 AHA_3590 AHA_3591     FALSE 0.020 145.000 0.000 1.000 N NA
 2035291 2035292 AHA_3592 AHA_3593     FALSE 0.284 43.000 0.000 NA   NA
 2035292 2035293 AHA_3593 AHA_3594     FALSE 0.235 61.000 0.000 NA   NA
 2035293 2035294 AHA_3594 AHA_3596     TRUE 0.715 -30.000 0.000 NA   NA
 2035299 2035300 AHA_3600 AHA_3601     FALSE 0.029 215.000 0.000 1.000   NA
 2035302 2035303 AHA_3603 AHA_3604     FALSE 0.018 303.000 0.000 1.000   NA
 2035304 2035305 AHA_3605 AHA_3606     FALSE 0.114 309.000 0.000 NA Y NA
 2035306 2035307 AHA_3607 AHA_3608     FALSE 0.082 146.000 0.000 NA   NA
 2035307 2035308 AHA_3608 AHA_3609     FALSE 0.352 34.000 0.000 NA   NA
 2035309 2035310 AHA_3610 AHA_3611     FALSE 0.445 83.000 0.034 1.000   NA
 2035310 2035311 AHA_3611 AHA_3612     FALSE 0.172 107.000 0.000 1.000   NA
 2035311 2035312 AHA_3612 AHA_3613     FALSE 0.007 227.000 0.000 1.000 N NA
 2035313 2035314 AHA_3614 AHA_3615 msrB glgX-2 FALSE 0.364 57.000 0.039 1.000 N NA
 2035314 2035315 AHA_3615 AHA_3616 glgX-2 glgB TRUE 0.997 0.000 0.098 0.003 Y NA
 2035315 2035316 AHA_3616 AHA_3617 glgB malQ TRUE 0.975 83.000 0.235 0.005 Y NA
 2035317 2035318 AHA_3618 AHA_3619 gap-2   TRUE 0.816 116.000 0.154 1.000 Y NA
 1383371 1383372 AHA_3622 AHA_3623     TRUE 0.583 18.000 0.000 NA   NA
 1383372 1383373 AHA_3623 AHA_3624     TRUE 0.482 23.000 0.000 NA   NA
 1383373 1383374 AHA_3624 AHA_3625     TRUE 0.583 18.000 0.000 NA   NA
 1383374 1383375 AHA_3625 AHA_3626     FALSE 0.466 24.000 0.000 NA   NA
 1383375 1383376 AHA_3626 AHA_3627     TRUE 0.599 17.000 0.000 NA   NA
 1383376 1383377 AHA_3627 AHA_3628     FALSE 0.452 25.000 0.000 NA   NA
 1383377 1383378 AHA_3628 AHA_3629     TRUE 0.599 17.000 0.000 NA   NA
 1383378 1383379 AHA_3629 AHA_3630     TRUE 0.482 23.000 0.000 NA   NA
 1383379 1383380 AHA_3630 AHA_3631     TRUE 0.583 18.000 0.000 NA   NA
 1383380 1383381 AHA_3631 AHA_3632     FALSE 0.466 24.000 0.000 NA   NA
 1383381 1383382 AHA_3632 AHA_3633     TRUE 0.504 22.000 0.000 NA   NA
 1383382 1383383 AHA_3633 AHA_3634     FALSE 0.262 49.000 0.000 NA   NA
 1383383 1383384 AHA_3634 AHA_3635     FALSE 0.375 32.000 0.000 NA   NA
 1383384 2035321 AHA_3635 AHA_3636     FALSE 0.050 175.000 0.000 NA   NA
 2035321 2035322 AHA_3636 AHA_3637   pal TRUE 0.581 150.000 0.278 1.000   NA
 2035322 2035323 AHA_3637 AHA_3638 pal tolB TRUE 0.930 50.000 0.592 1.000 N NA
 2035323 2035324 AHA_3638 AHA_3639 tolB tolA TRUE 0.498 95.000 0.089 NA N NA
 2035324 2035325 AHA_3639 AHA_3640 tolA tolR TRUE 0.964 6.000 0.183 NA N NA
 2035325 2035326 AHA_3640 AHA_3641 tolR tolQ TRUE 0.999 0.000 0.556 0.063 Y NA
 2035326 2035327 AHA_3641 AHA_3642 tolQ   TRUE 0.993 -10.000 0.593 1.000   NA
 2035327 2035328 AHA_3642 AHA_3643     TRUE 0.543 106.000 0.095 NA   NA
 2035328 2035329 AHA_3643 AHA_3644     TRUE 0.980 -58.000 0.310 NA   NA
 2035329 2035330 AHA_3644 AHA_3645   cydB-2 TRUE 0.947 15.000 0.184 NA   NA
 2035330 2035331 AHA_3645 AHA_3646 cydB-2 cydA TRUE 0.991 13.000 0.125 0.045 Y NA
 2035331 2035332 AHA_3646 AHA_3647 cydA ruvB FALSE 0.003 937.000 0.000 1.000 N NA
 2035332 2035333 AHA_3647 AHA_3648 ruvB ruvA TRUE 0.999 9.000 0.549 0.001 Y NA
 2035334 2035335 AHA_3649 AHA_3650   proS FALSE 0.025 136.000 0.000 1.000 N NA
 2035336 2035337 AHA_3651 AHA_3652     FALSE 0.229 65.000 0.000 NA   NA
 2035337 2035338 AHA_3652 AHA_3653     FALSE 0.443 96.000 0.039 NA   NA
 2035343 2035344 AHA_3658 AHA_3659     TRUE 0.783 5.000 0.000 NA   NA
 2035345 2035346 AHA_3660 AHA_3661     TRUE 0.853 19.000 0.076 NA   NA
 2035346 2035347 AHA_3661 AHA_3662     TRUE 0.940 0.000 0.048 NA   NA
 2035347 2035348 AHA_3662 AHA_3663   proC TRUE 0.512 41.000 0.029 NA   NA
 2035348 2035349 AHA_3663 AHA_3664 proC   TRUE 0.621 59.000 0.092 NA   NA
 2035350 2035351 AHA_3665 AHA_3666     TRUE 0.993 29.000 0.436 0.038 Y NA
 2035351 2035352 AHA_3666 AHA_3667     TRUE 0.491 32.000 0.007 NA   NA
 2035354 2035355 AHA_3669 AHA_3670   brnQ-2 FALSE 0.038 192.000 0.000 1.000   NA
 2035355 2035356 AHA_3670 AHA_3671 brnQ-2 brnQ-3 FALSE 0.359 337.000 0.000 0.001 Y NA
 2035357 2035358 AHA_3672 AHA_3673     TRUE 0.718 -28.000 0.000 NA   NA
 2035358 2035359 AHA_3673 AHA_3674   zur TRUE 0.932 -10.000 0.112 NA N NA
 2035360 2035361 AHA_3675 AHA_3676 dusA   TRUE 0.807 3.000 0.000 NA   NA
 2035362 2035363 AHA_3677 AHA_3678     FALSE 0.194 102.000 0.000 NA   NA
 2035364 2035365 AHA_3679 AHA_3680 algQ   FALSE 0.194 102.000 0.000 NA   NA
 1383431 2035367 AHA_3682 AHA_3683     TRUE 0.705 -45.000 0.000 NA   NA
 2035368 2035369 AHA_3684 AHA_3685     FALSE 0.212 50.000 0.007 NA N NA
 2035371 2035372 AHA_3687 AHA_3688 deoD-2 deoB TRUE 0.883 78.000 0.414 1.000 N NA
 2035372 2035373 AHA_3688 AHA_3689 deoB deoA TRUE 0.975 15.000 0.398 1.000 N NA
 2035373 2035374 AHA_3689 AHA_3690 deoA deoC-2 TRUE 0.911 110.000 0.286 1.000 Y NA
 2035374 2035375 AHA_3690 AHA_3691 deoC-2   FALSE 0.083 686.000 0.000 1.000 Y NA
 2035375 2035376 AHA_3691 AHA_3692     FALSE 0.042 214.000 0.027 NA N NA
 2035378 2035379 AHA_3694 AHA_3695 rumA-2 amt FALSE 0.004 335.000 0.000 1.000 N NA
 2035379 1383445 AHA_3695 AHA_3696 amt   FALSE 0.015 453.000 0.000 NA   NA
 2035381 2035382 AHA_3698 AHA_3699     TRUE 0.922 142.000 0.631 0.064   NA
 2035383 2035384 AHA_3700 AHA_3701 pepA   TRUE 0.662 163.000 0.494 1.000 N NA
 2035384 2035385 AHA_3701 AHA_3702   valS TRUE 0.936 3.000 0.089 1.000 N NA
 2035385 2035386 AHA_3702 AHA_3703 valS   TRUE 0.663 13.000 0.000 NA   NA
 2035386 2035387 AHA_3703 AHA_3704     TRUE 0.564 19.000 0.000 NA   NA
 2035387 2035388 AHA_3704 AHA_3705     FALSE 0.093 140.000 0.000 NA   NA
 1383455 1383456 AHA_3706 AHA_3707     FALSE 0.408 29.000 0.000 NA   NA
 1383456 1383457 AHA_3707 AHA_3708     FALSE 0.408 29.000 0.000 NA   NA
 1383457 1383458 AHA_3708 AHA_3709     FALSE 0.428 27.000 0.000 NA   NA
 1383458 1383459 AHA_3709 AHA_3710     FALSE 0.200 100.000 0.000 NA   NA
 1383459 1383460 AHA_3710 AHA_3711     TRUE 0.794 4.000 0.000 NA   NA
 1383460 2035389 AHA_3711 AHA_3712   csrA FALSE 0.031 215.000 0.000 NA   NA
 2035389 2035390 AHA_3712 AHA_3713 csrA   FALSE 0.467 94.000 0.079 1.000 N NA
 2035390 2035391 AHA_3713 AHA_3714   alaS TRUE 0.797 17.000 0.065 1.000 N NA
 2035391 2035392 AHA_3714 AHA_3715 alaS recX FALSE 0.067 451.000 0.085 1.000   NA
 2035392 2035393 AHA_3715 AHA_3716 recX recA TRUE 0.888 42.000 0.296 1.000   NA
 2035393 2035394 AHA_3716 AHA_3717 recA   TRUE 0.593 80.000 0.082 NA   NA
 2035396 2035397 AHA_3719 AHA_3720     TRUE 0.981 10.000 0.286 NA   NA
 2035402 2035403 AHA_3725 AHA_3727     TRUE 0.824 0.000 0.000 NA   NA
 2035404 2035405 AHA_3726 AHA_3728   znuA FALSE 0.229 86.000 0.000 NA   NA
 2035406 2035407 AHA_3729 AHA_3730 znuC znuB TRUE 0.997 22.000 0.755 0.086 Y NA
 2035414 2035415 AHA_3737 AHA_3738     FALSE 0.284 43.000 0.000 NA   NA
 2035415 2035416 AHA_3738 AHA_3739     TRUE 0.981 3.000 0.042 NA Y NA
 2035416 2035417 AHA_3739 AHA_3740   plsC FALSE 0.009 208.000 0.000 NA N NA
 2035418 2035419 AHA_3741 AHA_3742     TRUE 0.989 -16.000 0.438 NA   NA
 2035419 2035420 AHA_3742 AHA_3743     TRUE 0.998 11.000 0.317 0.004 Y NA
 2035420 2035421 AHA_3743 AHA_3744     TRUE 0.688 12.000 0.000 NA   NA
 2035421 2035422 AHA_3744 AHA_3745     TRUE 0.863 76.000 0.298 NA   NA
 2035422 2035423 AHA_3745 AHA_3746     FALSE 0.041 187.000 0.000 1.000   NA
 2035423 2035424 AHA_3746 AHA_3747     TRUE 0.988 24.000 0.857 NA   NA
 2035424 2035425 AHA_3747 AHA_3748     TRUE 0.995 13.000 0.875 NA   NA
 2035425 2035426 AHA_3748 AHA_3749     TRUE 0.996 12.000 1.000 NA   NA
 2035426 2035427 AHA_3749 AHA_3750     FALSE 0.033 207.000 0.000 NA   NA
 2035427 2035428 AHA_3750 AHA_3751     FALSE 0.238 59.000 0.000 NA   NA
 2035431 2035432 AHA_3754 AHA_3755   parC FALSE 0.242 57.000 0.000 NA   NA
 2035432 2035433 AHA_3755 AHA_3756 parC parE TRUE 0.959 84.000 0.106 0.001 Y NA
 2035433 2035434 AHA_3756 AHA_3757 parE   FALSE 0.154 115.000 0.000 NA   NA
 2035434 2035435 AHA_3757 AHA_3758     TRUE 0.957 2.000 0.088 NA   NA
 2035435 2035436 AHA_3758 AHA_3759     TRUE 0.990 -7.000 0.412 NA   NA
 2035436 2035437 AHA_3759 AHA_3760     FALSE 0.229 67.000 0.000 NA   NA
 2035437 2035438 AHA_3760 AHA_3761     FALSE 0.307 38.000 0.000 1.000   NA
 2035438 2035439 AHA_3761 AHA_3762     TRUE 0.807 3.000 0.000 NA   NA
 2035439 2035440 AHA_3762 AHA_3763     TRUE 0.989 10.000 0.427 NA   NA
 2035440 2035441 AHA_3763 AHA_3764     TRUE 0.961 27.000 0.433 NA   NA
 2035441 2035442 AHA_3764 AHA_3765     TRUE 0.993 2.000 0.443 NA   NA
 2035445 2035446 AHA_3768 AHA_3769 htrB   FALSE 0.067 153.000 0.000 1.000   NA
 2035448 2035449 AHA_3771 AHA_3772     TRUE 0.989 24.000 0.937 NA   NA
 2035449 2035450 AHA_3772 AHA_3773     FALSE 0.075 148.000 0.000 1.000   NA
 2035451 2035452 AHA_3774 AHA_3775     FALSE 0.028 225.000 0.000 NA   NA
 2035452 2035453 AHA_3775 AHA_3776     FALSE 0.412 -10.000 0.000 1.000 N NA
 2035453 2035454 AHA_3776 AHA_3777     FALSE 0.242 18.000 0.000 1.000 N NA
 2035457 2035458 AHA_3780 AHA_3781     TRUE 0.997 -7.000 0.840 NA   NA
 2035458 2035459 AHA_3781 AHA_3782     FALSE 0.210 97.000 0.000 NA   NA
 2035459 2035460 AHA_3782 AHA_3783     FALSE 0.240 77.000 0.000 NA   NA
 2035462 2035463 AHA_3785 AHA_3786 exeA   TRUE 0.996 0.000 0.605 NA   NA
 2035463 2035464 AHA_3786 AHA_3787   mutY FALSE 0.037 198.000 0.000 NA   NA
 2035464 2035465 AHA_3787 AHA_3788 mutY   TRUE 0.950 9.000 0.150 NA N NA
 2035465 2035466 AHA_3788 AHA_3789     TRUE 0.500 4.000 0.000 NA N NA
 2035471 2035472 AHA_3794 AHA_3795     TRUE 0.995 0.000 0.531 NA   NA
 2035472 2035473 AHA_3795 AHA_3796     TRUE 0.996 -7.000 0.819 NA   NA
 2035475 2035476 AHA_3798 AHA_3799     TRUE 0.720 -27.000 0.000 NA   NA
 2035476 2035477 AHA_3799 AHA_3800     TRUE 0.961 5.000 0.000 NA Y NA
 2035477 2035478 AHA_3800 AHA_3801   dapA-2 FALSE 0.060 95.000 0.000 1.000 N NA
 2035479 2035480 AHA_3802 AHA_3803   glgC-3 FALSE 0.059 150.000 0.008 1.000 N NA
 2035480 2035481 AHA_3803 AHA_3804 glgC-3   TRUE 0.966 -10.000 0.016 1.000 Y NA
 2035481 1383554 AHA_3804 AHA_3805     FALSE 0.149 117.000 0.000 NA   NA
 1383554 1383555 AHA_3805 AHA_3806     FALSE 0.245 56.000 0.000 NA   NA
 1383555 1383556 AHA_3806 AHA_3807     FALSE 0.274 45.000 0.000 NA   NA
 1383556 1383557 AHA_3807 AHA_3808     FALSE 0.271 46.000 0.000 NA   NA
 1383557 1383558 AHA_3808 AHA_3809     FALSE 0.236 72.000 0.000 NA   NA
 1383558 2035482 AHA_3809 AHA_3811     FALSE 0.408 29.000 0.000 NA   NA
 2035484 2035485 AHA_3812 AHA_3813 nhaC   FALSE 0.048 106.000 0.000 1.000 N NA
 2035485 2035486 AHA_3813 AHA_3814     FALSE 0.237 200.000 0.196 1.000 N NA
 2035486 2035487 AHA_3814 AHA_3815     TRUE 0.990 73.000 0.609 0.050 Y NA
 2035487 2035488 AHA_3815 AHA_3816     TRUE 0.999 -3.000 0.643 0.050 Y NA
 2035488 2035489 AHA_3816 AHA_3817     TRUE 0.992 99.000 0.821 0.050 Y NA
 2035489 2035490 AHA_3817 AHA_3818     TRUE 0.939 30.000 0.405 1.000 N NA
 2035491 2035492 AHA_3819 AHA_3820     FALSE 0.017 336.000 0.000 NA   NA
 2035494 2035495 AHA_3822 AHA_3823   treC TRUE 0.788 4.000 0.000 1.000   NA
 2035495 2035496 AHA_3823 AHA_3824 treC treP TRUE 0.978 69.000 0.650 1.000 Y NA
 2035496 2035497 AHA_3824 AHA_3825 treP treR TRUE 0.618 102.000 0.168 1.000 N NA
 2035498 2035499 AHA_3826 AHA_3827     FALSE 0.223 68.000 0.000 1.000   NA
 2035499 2035500 AHA_3827 AHA_3828     FALSE 0.027 133.000 0.000 1.000 N NA
 2035503 2035504 AHA_3831 AHA_3832 mgsA   TRUE 0.736 -16.000 0.000 NA   NA
 2035504 2035505 AHA_3832 AHA_3833   bfr FALSE 0.035 203.000 0.000 NA   NA
 2035505 2035506 AHA_3833 AHA_3834 bfr   TRUE 0.614 143.000 0.086 NA Y NA
 2035507 2035508 AHA_3835 AHA_3837     TRUE 0.814 -3.000 0.000 NA   NA
 2035511 2035512 AHA_3839 AHA_3840     FALSE 0.240 77.000 0.000 NA   NA
 2035512 2035513 AHA_3840 AHA_3841     FALSE 0.014 473.000 0.000 NA   NA
 2035513 1383591 AHA_3841 AHA_3842     FALSE 0.023 259.000 0.000 NA   NA
 1383591 1383592 AHA_3842 AHA_3843     FALSE 0.271 46.000 0.000 NA   NA
 1383592 1383593 AHA_3843 AHA_3844     TRUE 0.794 4.000 0.000 NA   NA
 1383593 1383594 AHA_3844 AHA_3845     FALSE 0.251 53.000 0.000 NA   NA
 1383594 2035514 AHA_3845 AHA_3846     FALSE 0.266 48.000 0.000 NA   NA
 2035515 2035516 AHA_3847 AHA_3848 folB folK-2 TRUE 0.998 0.000 0.500 1.000 Y NA
 2035516 2035517 AHA_3848 AHA_3849 folK-2   FALSE 0.133 122.000 0.000 NA   NA
 2035518 2035519 AHA_3850 AHA_3851     FALSE 0.232 62.000 0.000 NA   NA
 2035519 2035520 AHA_3851 AHA_3852     TRUE 0.564 19.000 0.000 NA   NA
 2035520 2035521 AHA_3852 AHA_3853     FALSE 0.032 124.000 0.000 1.000 N NA
 2035523 2035524 AHA_3855 AHA_3856   acnB FALSE 0.014 165.000 0.000 1.000 N NA
 2035524 2035525 AHA_3856 AHA_3857 acnB   FALSE 0.006 229.000 0.000 1.000 N NA
 2035526 2035527 AHA_3858 AHA_3859     TRUE 0.948 26.000 0.000 0.015 Y NA
 2035527 2035528 AHA_3859 AHA_3860     FALSE 0.085 144.000 0.000 NA   NA
 2035529 2035530 AHA_3861 AHA_3862 lpdA aceF TRUE 0.881 150.000 0.463 1.000 Y NA
 2035530 2035531 AHA_3862 AHA_3863 aceF   TRUE 0.616 114.000 0.009 1.000 Y NA
 2035531 2035532 AHA_3863 AHA_3864     FALSE 0.253 80.000 0.019 1.000 N NA
 2035532 2035533 AHA_3864 AHA_3865     FALSE 0.005 276.000 0.000 1.000 N NA
 2035534 2035535 AHA_3866 AHA_3867   nadC TRUE 0.860 6.000 0.011 1.000   NA
 2035535 2035536 AHA_3867 AHA_3868 nadC   FALSE 0.004 323.000 0.000 1.000 N NA
 2035536 2035537 AHA_3868 AHA_3869   pilB TRUE 0.991 -6.000 0.013 0.012 Y NA
 2035537 2035538 AHA_3869 AHA_3870 pilB pilC TRUE 0.972 116.000 0.362 0.012 Y NA
 2035538 2035539 AHA_3870 AHA_3871 pilC gspO TRUE 0.988 23.000 0.454 1.000 Y NA
 2035539 2035540 AHA_3871 AHA_3872 gspO coaE TRUE 0.940 20.000 0.122 0.085 N NA
 2035540 2035541 AHA_3872 AHA_3873 coaE   TRUE 0.939 -28.000 0.110 NA   NA
 2035541 2035542 AHA_3873 AHA_3874     TRUE 0.986 10.000 0.356 NA   NA
 2035543 2035544 AHA_3875 AHA_3876     FALSE 0.441 6.000 0.000 1.000 N NA
 2035544 2035545 AHA_3876 AHA_3877   secA TRUE 0.683 75.000 0.000 1.000 Y NA
 2035545 2035546 AHA_3877 AHA_3878 secA   FALSE 0.230 60.000 0.000 1.000   NA
 2035546 2035547 AHA_3878 AHA_3879   lpxC FALSE 0.089 141.000 0.000 1.000   NA
 2035547 2035548 AHA_3879 AHA_3880 lpxC ftsZ TRUE 0.562 102.000 0.134 1.000 N NA
 2035548 2035549 AHA_3880 AHA_3881 ftsZ ftsA TRUE 0.975 41.000 0.460 1.000 Y NA
 2035549 2035550 AHA_3881 AHA_3882 ftsA ftsQ TRUE 0.984 -19.000 0.389 NA N NA
 2035550 2035551 AHA_3882 AHA_3883 ftsQ murC TRUE 0.579 167.000 0.134 NA Y NA
 2035551 2035552 AHA_3883 AHA_3884 murC murG TRUE 0.995 -3.000 0.283 1.000 Y NA
 2035552 2035553 AHA_3884 AHA_3885 murG ftsW TRUE 0.995 0.000 0.647 1.000 N NA
 2035553 2035554 AHA_3885 AHA_3886 ftsW murD TRUE 0.959 42.000 0.297 0.002 N NA
 2035554 2035555 AHA_3886 AHA_3887 murD mraY TRUE 0.999 4.000 0.647 0.003 Y NA
 2035555 2035556 AHA_3887 AHA_3888 mraY murF TRUE 0.998 -6.000 0.309 0.003 Y NA
 2035556 2035557 AHA_3888 AHA_3889 murF murE TRUE 0.999 -3.000 0.569 0.002 Y NA
 2035557 2035558 AHA_3889 AHA_3890 murE ftsI TRUE 0.978 -19.000 0.083 1.000 Y NA
 2035558 2035559 AHA_3890 AHA_3891 ftsI ftsL TRUE 0.969 -3.000 0.173 1.000 N NA
 2035559 2035560 AHA_3891 AHA_3892 ftsL mraW TRUE 0.976 4.000 0.227 1.000 N NA
 2035560 2035561 AHA_3892 AHA_3893 mraW mraZ TRUE 0.996 1.000 0.635 1.000   NA
 2035561 2035562 AHA_3893 AHA_3894 mraZ   FALSE 0.012 963.000 0.000 1.000   NA
 2035563 2035564 AHA_3895 AHA_3896     TRUE 0.955 -79.000 0.172 NA   NA
 2035564 2035565 AHA_3896 AHA_3897   gmhA-2 TRUE 0.958 10.000 0.187 1.000 N NA
 2035565 2035566 AHA_3897 AHA_3898 gmhA-2   TRUE 0.992 -43.000 0.613 NA   NA
 2035567 2035568 AHA_3899 AHA_3900 sspB   TRUE 0.997 3.000 0.831 NA   NA
 2035568 2035569 AHA_3900 AHA_3901     TRUE 0.861 88.000 0.370 NA N NA
 2035569 2035570 AHA_3901 AHA_3902   petB TRUE 1.000 -3.000 0.630 0.001 Y NA
 2035570 2035571 AHA_3902 AHA_3903 petB petA TRUE 0.998 3.000 0.233 0.001 Y NA
 2035571 2035572 AHA_3903 AHA_3904 petA rpsI FALSE 0.014 296.000 0.006 1.000 N NA
 2035572 2035573 AHA_3904 AHA_3905 rpsI rplM TRUE 0.998 16.000 0.601 0.012 Y NA
 2035573 2035574 AHA_3905 AHA_3906 rplM   FALSE 0.030 267.000 0.002 NA   NA
 2035575 2035576 AHA_3907 AHA_3908   degQ FALSE 0.227 82.000 0.000 1.000   NA
 2035576 2035577 AHA_3908 AHA_3909 degQ degS TRUE 0.982 90.000 0.310 0.003 Y NA
 2035577 2035578 AHA_3909 AHA_3910 degS   FALSE 0.018 309.000 0.000 1.000   NA
 2035578 2035579 AHA_3910 AHA_3911     TRUE 0.997 1.000 0.821 NA   NA
 2035579 2035580 AHA_3911 AHA_3912     TRUE 0.998 0.000 0.893 NA   NA
 2035580 2035581 AHA_3912 AHA_3913     TRUE 0.895 146.000 0.897 NA   NA
 2035581 2035582 AHA_3913 AHA_3914     TRUE 0.996 12.000 0.966 NA   NA
 2035582 2035583 AHA_3914 AHA_3915     TRUE 0.933 44.000 0.475 NA   NA
 2035583 2035584 AHA_3915 AHA_3916     TRUE 0.995 -16.000 0.750 1.000   NA
 2035584 2035585 AHA_3916 AHA_3917     TRUE 0.996 0.000 0.679 1.000   NA
 2035585 2035586 AHA_3917 AHA_3918     TRUE 0.729 105.000 0.208 1.000   NA
 2035587 2035588 AHA_3919 AHA_3920     TRUE 0.918 21.000 0.182 NA   NA
 2035588 2035589 AHA_3920 AHA_3921     TRUE 0.807 43.000 0.186 NA   NA
 2035589 2035590 AHA_3921 AHA_3922   yfiA-2 TRUE 0.996 3.000 0.728 NA N NA
 2035590 2035591 AHA_3922 AHA_3923 yfiA-2 rpoN TRUE 0.986 22.000 0.820 NA N NA
 2035591 2035592 AHA_3923 AHA_3924 rpoN   TRUE 0.718 66.000 0.163 1.000   NA
 2035592 2035593 AHA_3924 AHA_3925     TRUE 0.994 4.000 0.543 NA   NA
 2035593 2035594 AHA_3925 AHA_3926     TRUE 0.988 -49.000 0.459 NA   NA
 2035594 2035595 AHA_3926 AHA_3927     TRUE 0.996 -3.000 0.617 NA   NA
 2035595 2035596 AHA_3927 AHA_3928   kdsD TRUE 0.996 0.000 0.598 1.000   NA
 2035597 2035598 AHA_3929 AHA_3930     TRUE 0.998 0.000 0.530 NA Y NA
 2035598 2035599 AHA_3930 AHA_3931     TRUE 0.993 8.000 0.562 NA   NA
 2035599 2035600 AHA_3931 AHA_3932   ttg2D TRUE 0.823 10.000 0.007 NA   NA
 2035600 2035601 AHA_3932 AHA_3933 ttg2D   FALSE 0.356 -150.000 0.000 NA N NA
 2035601 2035602 AHA_3933 AHA_3934     TRUE 0.927 0.000 0.067 NA N NA
 2035602 2035603 AHA_3934 AHA_3935   murA TRUE 0.946 18.000 0.258 NA N NA
 2035606 2035607 AHA_3938 AHA_3939     FALSE 0.030 217.000 0.000 NA   NA
 2035607 1383689 AHA_3939 AHA_3940   rrfH FALSE 0.023 255.000 0.000 NA   NA
 1383689 1383690 AHA_3940 AHA_3941 rrfH rrlH FALSE 0.240 76.000 0.000 NA   NA
 1383690 1383691 AHA_3941 AHA_3942 rrlH   FALSE 0.025 239.000 0.000 NA   NA
 1383691 1383692 AHA_3942 AHA_3943     TRUE 0.714 11.000 0.000 NA   NA
 1383692 1383693 AHA_3943 AHA_3944   rrsH FALSE 0.231 69.000 0.000 NA   NA
 2035610 2035611 AHA_3947 AHA_3948     FALSE 0.072 151.000 0.000 NA   NA
 2035614 2035615 AHA_3951 AHA_3952     TRUE 0.951 9.000 0.158 1.000 N NA
 2035615 2035616 AHA_3952 AHA_3953     FALSE 0.007 220.000 0.000 1.000 N NA
 2035616 2035617 AHA_3953 AHA_3954     FALSE 0.003 447.000 0.000 1.000 N NA
 2035617 2035618 AHA_3954 AHA_3955   uvrA FALSE 0.005 279.000 0.000 1.000 N NA
 2035618 2035619 AHA_3955 AHA_3956 uvrA   FALSE 0.060 95.000 0.000 1.000 N NA
 2035620 2035621 AHA_3957 AHA_3958 ssb   FALSE 0.013 168.000 0.000 1.000 N NA
 2035623 2035624 AHA_3960 AHA_3961     FALSE 0.059 165.000 0.000 NA   NA
 2035624 2035625 AHA_3961 AHA_3962     FALSE 0.016 400.000 0.000 NA   NA
 2035625 2035626 AHA_3962 AHA_3963     FALSE 0.004 409.000 0.000 1.000 N NA
 2035627 2035628 AHA_3964 AHA_3965     TRUE 0.610 104.000 0.000 1.000 Y NA
 2035628 2035629 AHA_3965 AHA_3966     TRUE 0.997 5.000 0.500 1.000 Y NA
 2035630 2035631 AHA_3967 AHA_3968     FALSE 0.030 220.000 0.000 NA   NA
 2035632 2035633 AHA_3969 AHA_3970     FALSE 0.064 160.000 0.000 NA   NA
 2035633 2035634 AHA_3970 AHA_3971     FALSE 0.133 189.000 0.000 0.077 N NA
 2035635 2035636 AHA_3972 AHA_3973     FALSE 0.034 206.000 0.000 NA   NA
 2035637 2035638 AHA_3974 AHA_3975 recD recB TRUE 1.000 -3.000 0.688 0.001 Y NA
 2035638 2035639 AHA_3975 AHA_3976 recB recC TRUE 0.999 0.000 0.542 0.001 Y NA
 2035639 2035640 AHA_3976 AHA_3977 recC   FALSE 0.028 229.000 0.000 NA   NA
 2035640 2035641 AHA_3977 AHA_3978     TRUE 0.711 -34.000 0.000 NA   NA
 2035641 2035642 AHA_3978 AHA_3979     FALSE 0.384 31.000 0.000 NA   NA
 2035643 2035644 AHA_3980 AHA_3981     FALSE 0.014 452.000 0.000 1.000   NA
 2035646 2035647 AHA_3983 AHA_3984     TRUE 0.922 71.000 0.500 1.000   NA
 2035647 2035648 AHA_3984 AHA_3985     TRUE 0.989 0.000 0.290 1.000   NA
 2035648 2035649 AHA_3985 AHA_3986     TRUE 0.998 -7.000 0.774 0.049   NA
 2035649 2035650 AHA_3986 AHA_3987     TRUE 0.998 7.000 0.360 0.049 Y NA
 2035650 2035651 AHA_3987 AHA_3988     TRUE 0.748 40.000 0.000 1.000 Y NA
 2035653 2035654 AHA_3990 AHA_3991     FALSE 0.078 148.000 0.000 NA   NA
 2035655 2035656 AHA_3992 AHA_3993     TRUE 0.500 -3.000 0.000 1.000 N NA
 2035659 2035660 AHA_3996 AHA_3997     FALSE 0.064 160.000 0.000 NA   NA
 2035662 2035663 AHA_3999 AHA_4000     TRUE 0.807 3.000 0.000 NA   NA
 2035664 2035665 AHA_4001 AHA_4002     FALSE 0.016 389.000 0.000 NA   NA
 2035666 2035667 AHA_4003 AHA_4004     TRUE 0.851 89.000 0.000 0.051 Y NA
 2035668 2035669 AHA_4005 AHA_4006 gldA   FALSE 0.091 139.000 0.000 1.000   NA
 2035669 2035670 AHA_4006 AHA_4007     TRUE 0.983 2.000 0.221 1.000   NA
 2035670 2035671 AHA_4007 AHA_4008   dhaK TRUE 0.990 16.000 0.226 0.000   NA
 2035671 2035672 AHA_4008 AHA_4009 dhaK   FALSE 0.026 232.000 0.000 1.000   NA
 1383760 1383761 AHA_4011 AHA_4012   rrfI FALSE 0.207 98.000 0.000 NA   NA
 1383761 1383762 AHA_4012 AHA_4013 rrfI rrlI FALSE 0.240 76.000 0.000 NA   NA
 1383762 1383763 AHA_4013 AHA_4014 rrlI   FALSE 0.025 239.000 0.000 NA   NA
 1383763 1383764 AHA_4014 AHA_4015     TRUE 0.714 11.000 0.000 NA   NA
 1383764 1383765 AHA_4015 AHA_4016   rrsI FALSE 0.231 69.000 0.000 NA   NA
 1383765 2035674 AHA_4016 AHA_4017 rrsI   FALSE 0.016 400.000 0.000 NA   NA
 2035674 2035675 AHA_4017 AHA_4018   tuf-1 FALSE 0.067 74.000 0.000 1.000 N NA
 2035675 2035676 AHA_4018 AHA_4019 tuf-1 fusA TRUE 0.990 55.000 0.400 0.001 Y NA
 2035676 2035677 AHA_4019 AHA_4020 fusA rpsG TRUE 0.975 76.000 0.579 1.000 Y NA
 2035677 2035678 AHA_4020 AHA_4021 rpsG rpsL TRUE 0.992 94.000 0.620 0.002 Y NA
 2035678 2035679 AHA_4021 AHA_4022 rpsL   FALSE 0.104 184.000 0.058 NA N NA
 2035679 2035680 AHA_4022 AHA_4023     TRUE 0.998 -22.000 0.804 NA Y NA
 2035680 2035681 AHA_4023 AHA_4024     TRUE 0.998 10.000 0.790 NA Y NA
 2035681 2035682 AHA_4024 AHA_4025     FALSE 0.255 87.000 0.020 NA N NA
 2035682 2035683 AHA_4025 AHA_4026     FALSE 0.438 26.000 0.000 NA   NA
 2035683 2035684 AHA_4026 AHA_4027   rpoC FALSE 0.037 198.000 0.000 NA   NA
 2035684 2035685 AHA_4027 AHA_4028 rpoC rpoB TRUE 0.990 92.000 0.851 0.000   NA
 2035685 2035686 AHA_4028 AHA_4029 rpoB rplL TRUE 0.472 162.000 0.223 1.000   NA
 2035686 2035687 AHA_4029 AHA_4030 rplL   TRUE 0.996 52.000 0.884 0.011 Y NA
 2035687 2035688 AHA_4030 AHA_4031   rplA TRUE 0.783 257.000 0.302 0.015 Y NA
 2035688 2035689 AHA_4031 AHA_4032 rplA rplK TRUE 1.000 5.000 0.838 0.015 Y NA
 2035689 2035690 AHA_4032 AHA_4033 rplK nusG TRUE 0.852 134.000 0.681 1.000 N NA
 2035690 2035691 AHA_4033 AHA_4034 nusG secE TRUE 0.828 10.000 0.037 1.000 N NA
 2035691 1383784 AHA_4034 AHA_4035 secE   FALSE 0.235 61.000 0.000 NA   NA
 1383784 2035692 AHA_4035 AHA_4036   tuf-2 FALSE 0.249 54.000 0.000 NA   NA
 2035692 1383786 AHA_4036 AHA_4037 tuf-2   FALSE 0.052 172.000 0.000 NA   NA
 1383786 1383787 AHA_4037 AHA_4038     FALSE 0.309 39.000 0.000 NA   NA
 2035694 2035695 AHA_4040 AHA_4041   murB TRUE 0.977 -3.000 0.211 1.000 N NA
 2035696 2035697 AHA_4042 AHA_4043     TRUE 0.999 -3.000 0.524 0.004 Y NA
 2035699 2035700 AHA_4045 AHA_4046     TRUE 0.888 14.000 0.071 NA   NA
 2035702 2035703 AHA_4048 AHA_4049     TRUE 0.998 23.000 0.750 0.044 Y NA
 2035704 2035705 AHA_4050 AHA_4051     FALSE 0.290 42.000 0.000 NA   NA
 2035705 2035706 AHA_4051 AHA_4052     TRUE 0.921 38.000 0.160 1.000 Y NA
 2035706 2035707 AHA_4052 AHA_4053     TRUE 0.846 87.000 0.287 NA   NA
 2035709 2035710 AHA_4055 AHA_4056     TRUE 0.996 20.000 0.790 0.044   NA
 2035710 2035711 AHA_4056 AHA_4057     FALSE 0.236 72.000 0.000 NA   NA
 2035713 2035714 AHA_4059 AHA_4060     TRUE 0.814 -3.000 0.000 NA   NA
 2035714 2035715 AHA_4060 AHA_4061     TRUE 0.759 9.000 0.000 NA   NA
 2035723 2035724 AHA_4069 AHA_4070     FALSE 0.229 86.000 0.000 NA   NA
 2035724 2035725 AHA_4070 AHA_4071   clpB FALSE 0.228 61.000 0.000 1.000   NA
 2035725 2035726 AHA_4071 AHA_4072 clpB   FALSE 0.248 172.000 0.108 NA   NA
 2035726 2035727 AHA_4072 AHA_4073     TRUE 0.603 119.000 0.168 NA   NA
 2035729 2035730 AHA_4075 AHA_4076     TRUE 0.575 94.000 0.085 1.000   NA
 2035730 2035731 AHA_4076 AHA_4077     FALSE 0.101 166.000 0.011 NA   NA
 2035731 2035732 AHA_4077 AHA_4078     FALSE 0.018 306.000 0.000 NA   NA
 2035732 2035733 AHA_4078 AHA_4079   pntB FALSE 0.057 97.000 0.000 1.000 N NA
 2035733 2035734 AHA_4079 AHA_4080 pntB pntA TRUE 0.999 12.000 0.745 0.000 Y NA
 2035734 2035735 AHA_4080 AHA_4081 pntA   FALSE 0.087 508.000 0.000 1.000 Y NA
 2035737 2035738 AHA_4083 AHA_4084     FALSE 0.006 251.000 0.000 1.000 N NA
 2035738 1383834 AHA_4084 AHA_4085     FALSE 0.019 293.000 0.000 NA   NA
 2035739 2035740 AHA_4086 AHA_4087   pyrB FALSE 0.022 266.000 0.000 NA   NA
 2035740 2035741 AHA_4087 AHA_4088 pyrB pyrI TRUE 0.995 17.000 0.197 0.001 Y NA
 2035741 2035742 AHA_4088 AHA_4089 pyrI   FALSE 0.024 137.000 0.000 1.000 N NA
 2035743 2035744 AHA_4090 AHA_4091   argF-2 FALSE 0.124 124.000 0.000 1.000   NA
 2035744 2035745 AHA_4091 AHA_4092 argF-2 arcC-2 FALSE 0.458 131.000 0.000 1.000 Y NA
 2035745 2035746 AHA_4092 AHA_4093 arcC-2 arcA-2 TRUE 0.670 64.000 0.000 1.000 Y NA
 2035747 2035748 AHA_4094 AHA_4095     FALSE 0.197 101.000 0.000 NA   NA
 2035748 2035749 AHA_4095 AHA_4096     TRUE 0.814 2.000 0.000 NA   NA
 2035750 2035751 AHA_4097 AHA_4098   mglC TRUE 0.657 52.000 0.027 0.099 N NA
 2035751 2035752 AHA_4098 AHA_4099 mglC mglA TRUE 0.997 17.000 0.905 1.000 Y NA
 2035752 2035753 AHA_4099 AHA_4100 mglA mglB TRUE 0.936 55.000 0.250 NA Y NA
 2035753 2035754 AHA_4100 AHA_4101 mglB   FALSE 0.158 235.000 0.000 NA Y NA
 2035754 2035755 AHA_4101 AHA_4102   galR FALSE 0.007 219.000 0.000 1.000 N NA
 2035756 2035757 AHA_4103 AHA_4104 galE-2 galT TRUE 0.690 107.000 0.007 0.001 N NA
 2035757 2035758 AHA_4104 AHA_4105 galT galK TRUE 0.997 -3.000 0.370 0.001 N NA
 2035758 2035759 AHA_4105 AHA_4106 galK galM TRUE 0.993 -79.000 0.083 0.001 Y NA
 2035759 2035760 AHA_4106 AHA_4107 galM   FALSE 0.010 186.000 0.000 1.000 N NA
 2035760 2035761 AHA_4107 AHA_4108     FALSE 0.011 181.000 0.000 1.000 N NA
 2035762 2035763 AHA_4109 AHA_4110     TRUE 0.996 -7.000 0.898 NA N NA
 2035763 2035764 AHA_4110 AHA_4111     TRUE 0.818 22.000 0.077 1.000   NA
 2035765 2035766 AHA_4112 AHA_4113 argS   TRUE 0.898 4.000 0.052 NA N NA
 2035766 2035767 AHA_4113 AHA_4114   hslV FALSE 0.171 189.000 0.122 NA N NA
 2035767 2035768 AHA_4114 AHA_4115 hslV hslU TRUE 0.982 93.000 0.752 1.000 Y NA
 2035770 2035771 AHA_4117 AHA_4118   nirB-2 FALSE 0.005 255.000 0.000 1.000 N NA
 2035771 2035772 AHA_4118 AHA_4119 nirB-2 nirD TRUE 0.982 107.000 0.829 0.001 N NA
 2035772 2035773 AHA_4119 AHA_4120 nirD   TRUE 0.944 52.000 0.283 1.000 Y NA
 2035773 2035774 AHA_4120 AHA_4121     TRUE 0.897 13.000 0.000 0.049 N NA
 2035774 2035775 AHA_4121 AHA_4122   mgtE-2 FALSE 0.067 73.000 0.000 1.000 N NA
 2035778 2035779 AHA_4125 AHA_4126     FALSE 0.202 133.000 0.019 NA   NA
 2035779 2035780 AHA_4126 AHA_4127     TRUE 0.852 -25.000 0.022 NA   NA
 2035783 2035784 AHA_4130 AHA_4131     FALSE 0.125 125.000 0.000 NA   NA
 1383881 2035785 AHA_4132 AHA_4133     FALSE 0.078 148.000 0.000 NA   NA
 2035785 2035786 AHA_4133 AHA_4134   potI FALSE 0.263 46.000 0.000 1.000   NA
 2035786 2035787 AHA_4134 AHA_4135 potI potH TRUE 0.989 -3.000 0.000 0.049 Y NA
 2035787 2035788 AHA_4135 AHA_4136 potH   TRUE 0.970 0.000 0.000 1.000 Y NA
 2035788 2035789 AHA_4136 AHA_4137   potD TRUE 0.945 76.000 0.300 1.000 Y NA
 2035789 2035790 AHA_4137 AHA_4138 potD potF TRUE 0.796 118.000 0.000 0.016 Y NA
 2035790 2035791 AHA_4138 AHA_4139 potF   FALSE 0.070 55.000 0.000 1.000 N NA
 2035791 2035792 AHA_4139 AHA_4140     FALSE 0.221 188.000 0.167 1.000 N NA
 2035793 2035794 AHA_4141 AHA_4142     FALSE 0.053 171.000 0.000 NA   NA
 2035794 2035795 AHA_4142 AHA_4143     FALSE 0.254 52.000 0.000 NA   NA
 2035795 2035796 AHA_4143 AHA_4144     TRUE 0.504 22.000 0.000 NA   NA
 2035796 2035797 AHA_4144 AHA_4145     FALSE 0.239 78.000 0.000 NA   NA
 2035797 2035798 AHA_4145 AHA_4146     FALSE 0.062 92.000 0.000 1.000 N NA
 2035798 2035799 AHA_4146 AHA_4147     TRUE 0.946 -28.000 0.000 NA Y NA
 2035799 2035800 AHA_4147 AHA_4148     FALSE 0.074 71.000 0.000 NA N NA
 2035800 2035801 AHA_4148 AHA_4149     FALSE 0.046 114.000 0.000 NA N NA
 2035801 2035802 AHA_4149 AHA_4150     FALSE 0.028 223.000 0.000 1.000   NA
 2035802 2035803 AHA_4150 AHA_4151   flmB TRUE 0.996 -3.000 0.678 1.000   NA
 2035804 2035805 AHA_4152 AHA_4153     TRUE 0.995 7.000 0.679 1.000   NA
 2035805 2035806 AHA_4153 AHA_4154     TRUE 0.964 -3.000 0.111 1.000   NA
 2035806 2035807 AHA_4154 AHA_4155     TRUE 0.808 -3.000 0.000 1.000   NA
 2035807 2035808 AHA_4155 AHA_4156     TRUE 0.814 -3.000 0.000 NA   NA
 2035808 2035809 AHA_4156 AHA_4157     TRUE 0.824 0.000 0.000 NA   NA
 2035809 2035810 AHA_4157 AHA_4158     FALSE 0.266 48.000 0.000 NA   NA
 2035810 2035811 AHA_4158 AHA_4159     FALSE 0.194 102.000 0.000 NA   NA
 2035811 2035812 AHA_4159 AHA_4160     FALSE 0.165 111.000 0.000 NA   NA
 2035812 2035813 AHA_4160 AHA_4161     FALSE 0.159 113.000 0.000 NA   NA
 2035813 2035814 AHA_4161 AHA_4162     TRUE 0.835 20.000 0.107 NA N NA
 2035814 2035815 AHA_4162 AHA_4163     TRUE 0.953 -3.000 0.081 NA   NA
 2035815 2035816 AHA_4163 AHA_4164   rfbC-2 TRUE 0.993 -3.000 0.457 NA   NA
 2035816 2035817 AHA_4164 AHA_4165 rfbC-2 rfbG TRUE 0.990 -3.000 0.139 1.000 Y NA
 2035817 2035818 AHA_4165 AHA_4166 rfbG rfbF TRUE 0.998 -3.000 0.624 1.000 Y NA
 2035818 2035819 AHA_4166 AHA_4167 rfbF   TRUE 0.736 42.000 0.000 1.000 Y NA
 2035819 2035820 AHA_4167 AHA_4168     TRUE 0.856 24.000 0.000 1.000 Y NA
 2035820 2035821 AHA_4168 AHA_4169     FALSE 0.343 34.000 0.000 1.000   NA
 2035821 2035822 AHA_4169 AHA_4170     FALSE 0.012 1217.000 0.000 1.000   NA
 2035822 2035823 AHA_4170 AHA_4171     TRUE 0.767 37.000 0.000 NA Y NA
 2035823 2035824 AHA_4171 AHA_4172     FALSE 0.065 159.000 0.000 NA   NA
 2035824 2035825 AHA_4172 AHA_4173     TRUE 0.985 -3.000 0.014 0.001   NA
 2035825 2035826 AHA_4173 AHA_4174     TRUE 0.841 0.000 0.020 1.000 N NA
 2035826 2035827 AHA_4174 AHA_4175     TRUE 0.999 0.000 0.400 0.052 Y NA
 2035827 2035828 AHA_4175 AHA_4176     TRUE 0.993 0.000 0.429 1.000   NA
 2035828 2035829 AHA_4176 AHA_4177     TRUE 0.988 -3.000 0.286 NA   NA
 2035830 2035831 AHA_4178 AHA_4179     TRUE 0.954 -10.000 0.000 1.000 Y NA
 2035831 2035832 AHA_4179 AHA_4180   nueB TRUE 0.958 7.000 0.000 1.000 Y NA
 2035832 2035833 AHA_4180 AHA_4181 nueB   TRUE 0.772 -7.000 0.000 NA   NA
 2035833 2035834 AHA_4181 AHA_4182     TRUE 0.814 -3.000 0.000 NA   NA
 2035834 2035835 AHA_4182 AHA_4184     FALSE 0.331 36.000 0.000 NA   NA
 2035836 2035837 AHA_4183 AHA_4185     TRUE 0.814 -3.000 0.000 NA   NA
 2035837 2035838 AHA_4185 AHA_4186     FALSE 0.443 -10.000 0.000 NA N NA
 2035838 2035839 AHA_4186 AHA_4187     TRUE 0.814 -3.000 0.000 NA   NA
 2035839 2035840 AHA_4187 AHA_4188     TRUE 0.993 -7.000 0.500 NA   NA
 2035840 2035841 AHA_4188 AHA_4189     FALSE 0.186 104.000 0.000 NA   NA
 2035841 2035842 AHA_4189 AHA_4190     FALSE 0.227 88.000 0.000 NA   NA
 2035843 2035844 AHA_4191 AHA_4192 trmA   FALSE 0.009 190.000 0.000 1.000 N NA
 2035844 2035845 AHA_4192 AHA_4193     TRUE 0.836 117.000 0.181 1.000 Y NA
 2035845 2035846 AHA_4193 AHA_4194     TRUE 0.740 10.000 0.000 NA   NA
 2035847 2035848 AHA_4195 AHA_4196     FALSE 0.011 182.000 0.000 1.000 N NA
 2035848 2035849 AHA_4196 AHA_4197   rpmE-2 FALSE 0.021 144.000 0.000 1.000 N NA
 2035851 2035852 AHA_4199 AHA_4200     FALSE 0.049 177.000 0.000 NA   NA
 2035852 2035853 AHA_4200 AHA_4201   ilvA FALSE 0.006 248.000 0.000 1.000 N NA
 2035853 2035854 AHA_4201 AHA_4202 ilvA ilvD TRUE 0.987 4.000 0.106 1.000 Y NA
 2035854 2035855 AHA_4202 AHA_4203 ilvD ilvE TRUE 0.952 19.000 0.075 1.000 Y NA
 2035855 2035856 AHA_4203 AHA_4204 ilvE ilvB-2 FALSE 0.136 261.000 0.000 1.000 Y NA
 2035856 2035857 AHA_4204 AHA_4205 ilvB-2   FALSE 0.228 87.000 0.000 NA   NA
 2035858 2035859 AHA_4206 AHA_4207     FALSE 0.035 121.000 0.000 1.000 N NA
 2035859 2035860 AHA_4207 AHA_4209     TRUE 0.998 -84.000 0.333 0.004 Y NA
 2035861 2035862 AHA_4208 AHA_4210     FALSE 0.207 98.000 0.000 NA   NA
 2035863 2035864 AHA_4211 AHA_4212   pncB FALSE 0.350 102.000 0.053 1.000 N NA
 2035864 2035865 AHA_4212 AHA_4213 pncB phnD FALSE 0.032 125.000 0.000 1.000 N NA
 2035865 2035866 AHA_4213 AHA_4214 phnD phnC TRUE 1.000 -3.000 0.690 0.001 Y NA
 2035866 2035867 AHA_4214 AHA_4215 phnC phnE TRUE 0.996 0.000 0.038 0.001 Y NA
 2035868 2035869 AHA_4216 AHA_4217 dsbA   FALSE 0.180 138.000 0.019 1.000   NA
 2035869 2035870 AHA_4217 AHA_4218   ccoG TRUE 0.662 92.000 0.125 1.000   NA
 2035870 2035871 AHA_4218 AHA_4219 ccoG   FALSE 0.093 200.000 0.036 NA   NA
 2035871 2035872 AHA_4219 AHA_4220     FALSE 0.384 31.000 0.000 NA   NA
 2035872 2035873 AHA_4220 AHA_4221   cueR FALSE 0.014 166.000 0.000 1.000 N NA
 2035873 2035874 AHA_4221 AHA_4222 cueR copA TRUE 0.870 11.000 0.067 1.000 N NA
 2035874 2035875 AHA_4222 AHA_4223 copA pyrE FALSE 0.011 181.000 0.000 1.000 N NA
 2035875 2035876 AHA_4223 AHA_4224 pyrE rph TRUE 0.572 75.000 0.108 1.000 N NA
 2035877 2035878 AHA_4225 AHA_4227     FALSE 0.057 167.000 0.000 NA   NA
 1383976 2035879 AHA_4226 AHA_4228     FALSE 0.245 56.000 0.000 NA   NA
 2035879 2035880 AHA_4228 AHA_4229     FALSE 0.255 179.000 0.000 1.000 Y NA
 2035880 2035881 AHA_4229 AHA_4230     TRUE 0.814 -3.000 0.000 NA   NA
 2035881 2035882 AHA_4230 AHA_4231     TRUE 0.794 4.000 0.000 NA   NA
 2035882 2035883 AHA_4231 AHA_4232   rfaD TRUE 0.968 23.000 0.022 0.012 Y NA
 2035884 2035885 AHA_4233 AHA_4234   kbl FALSE 0.136 116.000 0.011 1.000 N NA
 2035885 2035886 AHA_4234 AHA_4235 kbl tdh TRUE 0.916 57.000 0.547 1.000 N NA
 2035886 2035887 AHA_4235 AHA_4236 tdh   FALSE 0.006 243.000 0.000 1.000 N NA
 2035887 2035888 AHA_4236 AHA_4237     FALSE 0.324 86.000 0.035 1.000 N NA
 2035890 2035891 AHA_4239 AHA_4240     TRUE 0.954 -49.000 0.164 1.000   NA
 2035892 1383991 AHA_4241 AHA_4242     FALSE 0.080 147.000 0.000 NA   NA
 1383991 1383992 AHA_4242 AHA_4243   rrfJ FALSE 0.207 98.000 0.000 NA   NA
 1383992 1383993 AHA_4243 AHA_4244 rrfJ rrlJ FALSE 0.154 115.000 0.000 NA   NA
 1383993 1383994 AHA_4244 AHA_4245 rrlJ   FALSE 0.026 238.000 0.000 NA   NA
 1383994 1383995 AHA_4245 AHA_4246   rrsJ FALSE 0.037 197.000 0.000 NA   NA
 1383995 2035893 AHA_4246 AHA_4247 rrsJ   FALSE 0.015 408.000 0.000 NA   NA
 2035893 2035894 AHA_4247 AHA_4248   tonB-2 FALSE 0.224 63.000 0.000 1.000   NA
 2035894 2035895 AHA_4248 AHA_4249 tonB-2   TRUE 0.937 -3.000 0.000 0.098 N NA
 2035895 2035896 AHA_4249 AHA_4250     TRUE 0.988 -3.000 0.000 0.060 Y NA
 2035896 2035897 AHA_4250 AHA_4251     TRUE 0.991 -3.000 0.000 0.012 Y NA
 2035897 2035898 AHA_4251 AHA_4252     TRUE 0.814 -3.000 0.000 NA   NA
 2035900 2035901 AHA_4254 AHA_4255 glmS srlR TRUE 0.884 57.000 0.412 1.000 N NA
 2035902 2035903 AHA_4256 AHA_4257     TRUE 0.999 -3.000 0.776 1.000 Y NA
 2035903 2035904 AHA_4257 AHA_4258     FALSE 0.064 84.000 0.000 1.000 N NA
 2035904 2035905 AHA_4258 AHA_4259     TRUE 0.537 119.000 0.000 NA Y NA
 2035906 2035907 AHA_4260 AHA_4261 glmU atpC FALSE 0.431 95.000 0.067 1.000 N NA
 2035907 2035908 AHA_4261 AHA_4262 atpC atpD TRUE 0.998 28.000 0.837 0.002 Y NA
 2035908 2035909 AHA_4262 AHA_4263 atpD atpG TRUE 0.997 34.000 0.724 0.002 Y NA
 2035909 2035910 AHA_4263 AHA_4264 atpG atpA TRUE 0.997 44.000 0.846 0.002 Y NA
 2035910 2035911 AHA_4264 AHA_4265 atpA atpH TRUE 0.999 16.000 0.864 0.002 Y NA
 2035911 2035912 AHA_4265 AHA_4266 atpH atpF TRUE 0.996 14.000 0.242 0.002 Y NA
 2035912 2035913 AHA_4266 AHA_4267 atpF atpE TRUE 0.994 53.000 0.666 0.002 Y NA
 2035913 2035914 AHA_4267 AHA_4268 atpE atpB TRUE 0.992 59.000 0.557 0.002 Y NA
 2035914 2035915 AHA_4268 AHA_4269 atpB atpI TRUE 0.998 9.000 0.291 0.002 Y NA
 2035915 2035916 AHA_4269 AHA_4270 atpI   FALSE 0.073 209.000 0.056 1.000 N NA
 2035916 2035917 AHA_4270 AHA_4271     TRUE 0.997 -3.000 0.827 1.000 N NA
 2035917 2035918 AHA_4271 AHA_4272   gidB TRUE 0.983 9.000 0.339 1.000 N NA
 2035918 2035919 AHA_4272 AHA_4273 gidB gidA TRUE 0.969 21.000 0.466 1.000 N NA
 2035919 2035920 AHA_4273 AHA_4274 gidA   FALSE 0.060 510.000 0.000 0.043 N NA
 2035921 2035922 AHA_4275 AHA_4276     TRUE 0.679 80.000 0.000 1.000 Y NA
 2035922 2035923 AHA_4276 AHA_4277     TRUE 0.941 23.000 0.000 0.082 Y NA
 2035923 2035924 AHA_4277 AHA_4278     TRUE 0.942 19.000 0.047 1.000 Y NA
 2035924 2035925 AHA_4278 AHA_4279     TRUE 0.990 -3.000 0.130 1.000 Y NA
 2035926 2035927 AHA_4280 AHA_4281 trmE   TRUE 0.729 110.000 0.221 1.000   NA
 2035927 2035928 AHA_4281 AHA_4282     TRUE 0.992 6.000 0.461 NA   NA
 2035928 2035929 AHA_4282 AHA_4283   rnpA TRUE 0.992 -12.000 0.540 NA   NA
 2035929 2035930 AHA_4283 AHA_4284 rnpA rpmH TRUE 0.997 0.000 0.787 1.000   NA
 2035930 2035931 AHA_4284 AHA_4285 rpmH   FALSE 0.021 270.000 0.000 1.000   NA
 2035931 2035932 AHA_4285 AHA_4286     TRUE 0.931 13.000 0.000 1.000 Y NA
 2035932 2035933 AHA_4286 AHA_4287     TRUE 0.999 1.000 0.704 0.048 Y NA