MicrobesOnline Operon Predictions for Streptococcus mitis B6

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column	Description
Gene1	VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1	Systematic name of 1st gene in pair
Name1	Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2	VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2	Systematic name of 2nd gene in pair
Name2	Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp	Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp	Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep	Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore	Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore	Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim	Whether the genes share a COG category or not
ExprSim	Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

Gene1	Gene2	SysName1	SysName2	Name1	Name2	bOp	pOp	Sep	MOGScore	GOScore	COGSim	ExprSim
10161687	10161688	smi_0001	smi_0002	dnaA	dnaN	TRUE	0.514	159.000	0.328	1.000	Y	NA
10161688	10161689	smi_0002	smi_0003	dnaN		TRUE	0.926	11.000	0.009	NA		NA
10161689	10161690	smi_0003	smi_0004			TRUE	0.642	85.000	0.064	NA		NA
10161690	10161691	smi_0004	smi_0005		pth	TRUE	0.845	72.000	0.184	1.000	Y	NA
10161691	10161692	smi_0005	smi_0006	pth	mfd	TRUE	0.963	1.000	0.137	1.000	N	NA
10161692	10161693	smi_0006	smi_0007	mfd		TRUE	0.486	58.000	0.024	1.000	N	NA
10161693	10161694	smi_0007	smi_0008			TRUE	0.953	-7.000	0.053	1.000	N	NA
10161694	10161695	smi_0008	smi_0009			FALSE	0.171	120.000	0.011	NA	N	NA
10161695	10161696	smi_0009	smi_0010			TRUE	0.950	-3.000	0.014	NA	N	NA
10161696	10161697	smi_0010	smi_0011		hgt	TRUE	0.986	5.000	0.067	0.062	N	NA
10161697	10161698	smi_0011	smi_0012	hgt	ftsH	TRUE	0.921	16.000	0.192	1.000	N	NA
10161698	10161699	smi_0012	smi_0013	ftsH	comX1	FALSE	0.140	119.000	0.006	1.000		NA
10161701	10161702	smi_0015	smi_0016	tRNA-Glu	16S_rRNA	FALSE	0.067	252.000	0.000	NA		NA
10161702	10161703	smi_0016	smi_0017	16S_rRNA	tRNA-Ala	TRUE	0.587	50.000	0.000	NA		NA
10161703	10161704	smi_0017	smi_0018	tRNA-Ala	23S_rRNA	FALSE	0.201	108.000	0.000	NA		NA
10161704	10161705	smi_0018	smi_0019	23S_rRNA	5S_rRNA	FALSE	0.358	79.000	0.000	NA		NA
10161705	10161706	smi_0019	smi_0020	5S_rRNA	tRNA-Asn	TRUE	0.884	6.000	0.000	NA		NA
10161706	10161707	smi_0020	smi_0021	tRNA-Asn		FALSE	0.071	398.000	0.000	NA		NA
10161707	10161708	smi_0021	smi_0022		purA	FALSE	0.069	231.000	0.000	NA		NA
10161708	10161709	smi_0022	smi_0023	purA	ccnC	TRUE	0.609	47.000	0.000	NA		NA
10161709	10161710	smi_0023	smi_0024	ccnC		TRUE	0.541	56.000	0.000	NA		NA
10161710	10161711	smi_0024	smi_0025		ffs	TRUE	0.626	44.000	0.000	NA		NA
10161711	10161712	smi_0025	smi_0026	ffs	dut	TRUE	0.940	-39.000	0.000	NA		NA
10161712	10161713	smi_0026	smi_0027	dut		TRUE	0.624	44.000	0.005	NA	N	NA
10161713	10161714	smi_0027	smi_0028		RadA	FALSE	0.073	182.000	0.003	NA	N	NA
10161714	10161715	smi_0028	smi_0029	RadA		TRUE	0.421	72.000	0.000	NA		NA
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10161719	10161720	smi_0033	smi_0034	prsA		FALSE	0.146	119.000	0.000	NA		NA
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10161722	10161723	smi_0036	smi_0037		cbp1	FALSE	0.070	376.000	0.000	NA		NA
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10161725	10161726	smi_0039	smi_0040			FALSE	0.164	162.000	0.000	NA	Y	NA
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10161729	10161730	smi_0043	smi_0043.1			FALSE	0.121	128.000	0.000	NA		NA
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10161731	10161732	smi_0044	smi_0045			FALSE	0.067	275.000	0.000	NA		NA
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10161735	10161736	smi_0048	smi_0049	polI		TRUE	0.459	83.000	0.005	NA		NA
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10161740	10161741	smi_0053	smi_0054	plsX	acpP	TRUE	0.991	6.000	0.017	0.009		NA
10161741	10161742	smi_0054	smi_0055	acpP	cbp3	FALSE	0.074	452.000	0.000	NA		NA
10161744	10161745	smi_0057	smi_0057.1	cbp4		FALSE	0.091	153.000	0.000	NA		NA
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10161746	10161747	smi_0058	smi_0059			TRUE	0.967	-3.000	0.000	NA	Y	NA
10161747	10161748	smi_0059	smi_0059.1			FALSE	0.032	483.000	0.000	1.000		NA
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10161755	10161756	smi_0064	smi_0065	comA	comB	TRUE	0.995	13.000	0.444	0.060		NA
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10161758	10161759	smi_0067	smi_0068	purL	purF	TRUE	0.522	94.000	0.024	1.000	Y	NA
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10161763	10161764	smi_0072	smi_0073	purH	purD	TRUE	0.593	122.000	0.238	1.000	Y	NA
10161764	10161765	smi_0073	smi_0074	purD	purE	FALSE	0.226	409.000	0.044	1.000	Y	NA
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10161767	10161768	smi_0076	smi_0077	purB		FALSE	0.003	434.000	0.000	1.000	N	NA
10161770	10161771	smi_0079	smi_0080	bgaC	PTS-EIIB	TRUE	0.991	-3.000	0.190	1.000	Y	NA
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10161772	10161773	smi_0081	smi_0082	PTS-EIIC	PTS-EIID	TRUE	0.998	-13.000	0.118	0.018	Y	NA
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10161774	10161775	smi_0083	smi_0084	PTS-EII	agaS	FALSE	0.061	210.000	0.022	1.000	N	NA
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10161779	10161780	smi_0087	smi_0088		trkG1	FALSE	0.081	34.000	0.000	1.000	N	NA
10161780	10161781	smi_0088	smi_0089	trkG1	trkA1	TRUE	0.998	14.000	0.490	0.005	Y	NA
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10161803	10161804	smi_0111	smi_0112	tktN	tktC	TRUE	1.000	-3.000	0.742	0.002	Y	NA
10161804	10161805	smi_0112	smi_0113	tktC	ilvD	FALSE	0.080	231.000	0.000	1.000	Y	NA
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10161819	10161820	smi_0127	smi_0128	aspS		TRUE	0.974	-22.000	0.016	NA		NA
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10161829	10161830	smi_0137	smi_0138		ctpC	TRUE	0.991	2.000	0.363	NA		NA
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10161970	10161971	smi_0278	smi_0279		folP	FALSE	0.069	231.000	0.000	NA		NA
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