For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.
Also see:
Column | Description |
Gene1 | VIMSS id of 1st gene in pair |
SysName1 | Systematic name of 1st gene in pair |
Name1 | Ordinary name of 1st gene in pair |
Gene2 | VIMSS id of 2nd gene in pair |
SysName2 | Systematic name of 2nd gene in pair |
Name2 | Ordinary name of 2nd gene in pair |
bOp | Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not |
pOp | Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions. |
Sep | Distance between the two genes, in base pairs |
MOGScore | Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved) |
GOScore | Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized |
COGSim | Whether the genes share a COG category or not |
ExprSim | Correlation of expression patterns (not available for most genomes) |
Gene1 | Gene2 | SysName1 | SysName2 | Name1 | Name2 | bOp | pOp | Sep | MOGScore | GOScore | COGSim | ExprSim |
1953679 | 1953680 | Acel_0001 | Acel_0002 | FALSE | 0.462 | 404.000 | 0.328 | 1.000 | Y | NA | ||
1953680 | 1953681 | Acel_0002 | Acel_0003 | TRUE | 0.983 | 13.000 | 0.318 | 1.000 | Y | NA | ||
1953681 | 1953682 | Acel_0003 | Acel_0004 | TRUE | 0.970 | -10.000 | 0.099 | NA | NA | |||
1953682 | 1953683 | Acel_0004 | Acel_0005 | FALSE | 0.109 | 248.000 | 0.022 | NA | NA | |||
1953683 | 1953684 | Acel_0005 | Acel_0006 | TRUE | 0.977 | 39.000 | 0.306 | 0.003 | Y | NA | ||
1953684 | 1953685 | Acel_0006 | Acel_0007 | FALSE | 0.130 | 95.000 | 0.000 | NA | NA | |||
1953685 | 1377539 | Acel_0007 | Acel_R0001 | FALSE | 0.161 | 71.000 | 0.000 | NA | NA | |||
1377539 | 1377540 | Acel_R0001 | Acel_R0002 | FALSE | 0.048 | 188.000 | 0.000 | NA | NA | |||
1377540 | 1953686 | Acel_R0002 | Acel_0008 | FALSE | 0.031 | 233.000 | 0.000 | NA | NA | |||
1953686 | 1953687 | Acel_0008 | Acel_0009 | FALSE | 0.317 | 29.000 | 0.000 | NA | NA | |||
1953687 | 1953688 | Acel_0009 | Acel_0010 | TRUE | 0.810 | -3.000 | 0.000 | NA | NA | |||
1953690 | 1953691 | Acel_0012 | Acel_0013 | TRUE | 0.940 | 4.000 | 0.091 | 1.000 | NA | |||
1953693 | 1953694 | Acel_0015 | Acel_0016 | TRUE | 0.982 | -3.000 | 0.176 | NA | NA | |||
1953694 | 1953695 | Acel_0016 | Acel_0017 | TRUE | 0.975 | 5.000 | 0.448 | NA | NA | |||
1953695 | 1953696 | Acel_0017 | Acel_0018 | TRUE | 0.578 | 83.000 | 0.092 | NA | NA | |||
1953697 | 1953698 | Acel_0019 | Acel_0020 | TRUE | 0.962 | -3.000 | 0.000 | 0.004 | N | NA | ||
1953698 | 1953699 | Acel_0020 | Acel_0021 | TRUE | 0.989 | -3.000 | 0.250 | 1.000 | N | NA | ||
1953699 | 1953700 | Acel_0021 | Acel_0022 | TRUE | 0.987 | -3.000 | 0.180 | 1.000 | N | NA | ||
1953700 | 1953701 | Acel_0022 | Acel_0023 | TRUE | 0.833 | 47.000 | 0.267 | NA | NA | |||
1953701 | 1953702 | Acel_0023 | Acel_0024 | TRUE | 0.978 | 9.000 | 0.629 | NA | NA | |||
1953703 | 1953704 | Acel_0025 | Acel_0026 | FALSE | 0.317 | 29.000 | 0.000 | NA | NA | |||
1953704 | 1953705 | Acel_0026 | Acel_0027 | FALSE | 0.009 | 597.000 | 0.000 | NA | NA | |||
1953705 | 1953706 | Acel_0027 | Acel_0028 | FALSE | 0.046 | 192.000 | 0.000 | NA | NA | |||
1953708 | 1953709 | Acel_0030 | Acel_0031 | TRUE | 0.767 | 31.000 | 0.060 | 1.000 | NA | |||
1953709 | 1953710 | Acel_0031 | Acel_0032 | TRUE | 0.993 | 25.000 | 0.860 | 0.069 | Y | NA | ||
1953710 | 1953711 | Acel_0032 | Acel_0033 | TRUE | 0.999 | 1.000 | 0.917 | 0.003 | Y | NA | ||
1953711 | 1953712 | Acel_0033 | Acel_0034 | FALSE | 0.019 | 296.000 | 0.000 | NA | NA | |||
1953712 | 1953713 | Acel_0034 | Acel_0035 | FALSE | 0.020 | 292.000 | 0.000 | NA | NA | |||
1377570 | 1377571 | Acel_R0004 | Acel_R0005 | FALSE | 0.070 | 154.000 | 0.000 | NA | NA | |||
1377571 | 1953714 | Acel_R0005 | Acel_0036 | FALSE | 0.056 | 169.000 | 0.000 | NA | NA | |||
1953715 | 1953716 | Acel_0037 | Acel_0038 | FALSE | 0.091 | 130.000 | 0.000 | NA | NA | |||
1953719 | 1953720 | Acel_0041 | Acel_0042 | FALSE | 0.164 | 142.000 | 0.000 | 1.000 | N | NA | ||
1953720 | 1953721 | Acel_0042 | Acel_0043 | FALSE | 0.118 | 131.000 | 0.000 | 1.000 | NA | |||
1953721 | 1953722 | Acel_0043 | Acel_0044 | FALSE | 0.150 | 107.000 | 0.000 | 1.000 | NA | |||
1953722 | 1953723 | Acel_0044 | Acel_0045 | TRUE | 0.964 | -16.000 | 0.036 | 1.000 | N | NA | ||
1953723 | 1953724 | Acel_0045 | Acel_0046 | FALSE | 0.107 | 115.000 | 0.000 | NA | NA | |||
1953726 | 1953727 | Acel_0048 | Acel_0049 | FALSE | 0.201 | 121.000 | 0.000 | 1.000 | N | NA | ||
1953727 | 1953728 | Acel_0049 | Acel_0050 | TRUE | 0.575 | 11.000 | 0.000 | 1.000 | NA | |||
1953728 | 1953729 | Acel_0050 | Acel_0051 | TRUE | 0.936 | 9.000 | 0.150 | 1.000 | NA | |||
1953730 | 1953731 | Acel_0052 | Acel_0053 | FALSE | 0.127 | 163.000 | 0.000 | 1.000 | N | NA | ||
1953731 | 1953732 | Acel_0053 | Acel_0054 | TRUE | 0.627 | 4.000 | 0.000 | NA | NA | |||
1953732 | 1953733 | Acel_0054 | Acel_0055 | TRUE | 0.974 | -3.000 | 0.099 | NA | NA | |||
1953733 | 1953734 | Acel_0055 | Acel_0056 | TRUE | 0.680 | 2.000 | 0.000 | NA | NA | |||
1953735 | 1953736 | Acel_0057 | Acel_0058 | TRUE | 0.995 | -3.000 | 0.697 | NA | NA | |||
1953736 | 1953737 | Acel_0058 | Acel_0059 | FALSE | 0.011 | 446.000 | 0.000 | NA | NA | |||
1953737 | 1953738 | Acel_0059 | Acel_0060 | TRUE | 0.989 | 0.000 | 0.557 | 1.000 | NA | |||
1953738 | 1953739 | Acel_0060 | Acel_0061 | FALSE | 0.013 | 470.000 | 0.000 | 1.000 | NA | |||
1953739 | 1953740 | Acel_0061 | Acel_0062 | TRUE | 0.962 | -3.000 | 0.036 | 1.000 | NA | |||
1953741 | 1953742 | Acel_0063 | Acel_0064 | FALSE | 0.110 | 111.000 | 0.000 | NA | NA | |||
1953745 | 1953746 | Acel_0067 | Acel_0068 | TRUE | 0.779 | -13.000 | 0.000 | NA | NA | |||
1953746 | 1953747 | Acel_0068 | Acel_0069 | TRUE | 0.519 | 10.000 | 0.000 | NA | NA | |||
1953747 | 1953748 | Acel_0069 | Acel_0070 | TRUE | 0.555 | 8.000 | 0.000 | NA | NA | |||
1953748 | 1953749 | Acel_0070 | Acel_0071 | FALSE | 0.363 | 23.000 | 0.000 | NA | NA | |||
1953751 | 1953752 | Acel_0073 | Acel_0074 | FALSE | 0.220 | 64.000 | 0.000 | 1.000 | NA | |||
1953752 | 1953753 | Acel_0074 | Acel_0075 | FALSE | 0.092 | 155.000 | 0.000 | 1.000 | NA | |||
1953754 | 1953755 | Acel_0076 | Acel_0077 | TRUE | 0.519 | 10.000 | 0.000 | NA | NA | |||
1953756 | 1953757 | Acel_0078 | Acel_0079 | FALSE | 0.227 | 245.000 | 0.126 | NA | NA | |||
1953757 | 1953758 | Acel_0079 | Acel_0080 | TRUE | 0.976 | -3.000 | 0.108 | NA | NA | |||
1953758 | 1953759 | Acel_0080 | Acel_0081 | TRUE | 0.997 | -3.000 | 0.419 | 1.000 | Y | NA | ||
1953759 | 1953760 | Acel_0081 | Acel_0082 | TRUE | 0.716 | 43.000 | 0.037 | 1.000 | N | NA | ||
1953760 | 1953761 | Acel_0082 | Acel_0083 | TRUE | 0.936 | 29.000 | 0.088 | 1.000 | Y | NA | ||
1953763 | 1953764 | Acel_0085 | Acel_0086 | FALSE | 0.058 | 166.000 | 0.000 | NA | NA | |||
1953764 | 1953765 | Acel_0086 | Acel_0087 | FALSE | 0.137 | 88.000 | 0.000 | NA | NA | |||
1953765 | 1953766 | Acel_0087 | Acel_0088 | FALSE | 0.020 | 288.000 | 0.000 | NA | NA | |||
1953766 | 1953767 | Acel_0088 | Acel_0089 | TRUE | 0.890 | 134.000 | 0.437 | 1.000 | Y | NA | ||
1953768 | 1953769 | Acel_0090 | Acel_0091 | TRUE | 0.552 | 97.000 | 0.000 | NA | Y | NA | ||
1953769 | 1953770 | Acel_0091 | Acel_0092 | TRUE | 0.958 | 8.000 | 0.000 | 0.004 | Y | NA | ||
1953770 | 1953771 | Acel_0092 | Acel_0093 | TRUE | 0.997 | -3.000 | 0.172 | 0.004 | Y | NA | ||
1953771 | 1953772 | Acel_0093 | Acel_0094 | TRUE | 0.998 | -7.000 | 0.373 | 0.004 | Y | NA | ||
1953773 | 1953774 | Acel_0095 | Acel_0096 | TRUE | 0.515 | 28.000 | 0.000 | 1.000 | N | NA | ||
1953775 | 1953776 | Acel_0097 | Acel_0098 | TRUE | 0.817 | 23.000 | 0.078 | NA | NA | |||
1953776 | 1953777 | Acel_0098 | Acel_0099 | TRUE | 0.823 | 10.000 | 0.021 | NA | NA | |||
1953777 | 1953778 | Acel_0099 | Acel_0100 | FALSE | 0.019 | 605.000 | 0.000 | 1.000 | N | NA | ||
1953778 | 1953779 | Acel_0100 | Acel_0101 | FALSE | 0.090 | 199.000 | 0.000 | 1.000 | N | NA | ||
1953781 | 1953782 | Acel_0103 | Acel_0104 | FALSE | 0.093 | 196.000 | 0.000 | 1.000 | N | NA | ||
1953783 | 1953784 | Acel_0105 | Acel_0106 | TRUE | 0.987 | -3.000 | 0.257 | 1.000 | NA | |||
1953784 | 1953785 | Acel_0106 | Acel_0107 | TRUE | 0.968 | -3.000 | 0.067 | NA | NA | |||
1953786 | 1953787 | Acel_0108 | Acel_0109 | FALSE | 0.027 | 248.000 | 0.000 | NA | NA | |||
1953787 | 1953788 | Acel_0109 | Acel_0110 | TRUE | 0.964 | 6.000 | 0.208 | 1.000 | N | NA | ||
1953788 | 1953789 | Acel_0110 | Acel_0111 | FALSE | 0.390 | 111.000 | 0.007 | 1.000 | N | NA | ||
1953790 | 1953791 | Acel_0112 | Acel_0113 | TRUE | 0.771 | 5.000 | 0.000 | 1.000 | N | NA | ||
1953791 | 1953792 | Acel_0113 | Acel_0114 | FALSE | 0.457 | 38.000 | 0.000 | 1.000 | N | NA | ||
1953792 | 1953793 | Acel_0114 | Acel_0115 | TRUE | 0.546 | 161.000 | 0.179 | 1.000 | N | NA | ||
1953795 | 1953796 | Acel_0117 | Acel_0118 | FALSE | 0.473 | 102.000 | 0.059 | NA | NA | |||
1953797 | 1953798 | Acel_0119 | Acel_0120 | FALSE | 0.287 | 36.000 | 0.000 | NA | NA | |||
1953798 | 1953799 | Acel_0120 | Acel_0121 | FALSE | 0.236 | 45.000 | 0.000 | NA | NA | |||
1953799 | 1953800 | Acel_0121 | Acel_0122 | TRUE | 0.570 | 7.000 | 0.000 | NA | NA | |||
1953800 | 1953801 | Acel_0122 | Acel_0123 | FALSE | 0.179 | 60.000 | 0.000 | NA | NA | |||
1953804 | 1953805 | Acel_0127 | Acel_0128 | FALSE | 0.034 | 326.000 | 0.000 | 1.000 | N | NA | ||
1953807 | 1953808 | Acel_0130 | Acel_0131 | TRUE | 0.955 | 125.000 | 0.667 | 0.038 | Y | NA | ||
1953808 | 1953809 | Acel_0131 | Acel_0132 | TRUE | 0.961 | 108.000 | 0.667 | 0.038 | Y | NA | ||
1953809 | 1953810 | Acel_0132 | Acel_0133 | TRUE | 0.998 | -3.000 | 0.667 | 1.000 | Y | NA | ||
1953813 | 1953814 | Acel_0136 | Acel_0137 | FALSE | 0.056 | 168.000 | 0.000 | NA | NA | |||
1953815 | 1953816 | Acel_0138 | Acel_0139 | FALSE | 0.051 | 212.000 | 0.000 | 1.000 | NA | |||
1953816 | 1953817 | Acel_0139 | Acel_0140 | FALSE | 0.044 | 286.000 | 0.000 | 1.000 | N | NA | ||
1953818 | 1953819 | Acel_0141 | Acel_0142 | FALSE | 0.095 | 128.000 | 0.000 | NA | NA | |||
1953819 | 1953820 | Acel_0142 | Acel_0143 | FALSE | 0.056 | 168.000 | 0.000 | NA | NA | |||
1953821 | 1953822 | Acel_0144 | Acel_0145 | FALSE | 0.065 | 236.000 | 0.000 | 1.000 | N | NA | ||
1953822 | 1953823 | Acel_0145 | Acel_0146 | FALSE | 0.017 | 399.000 | 0.000 | 1.000 | NA | |||
1953823 | 1953824 | Acel_0146 | Acel_0147 | TRUE | 0.575 | 11.000 | 0.000 | 1.000 | NA | |||
1953824 | 1953825 | Acel_0147 | Acel_0148 | FALSE | 0.090 | 277.000 | 0.000 | 0.057 | N | NA | ||
1953826 | 1953827 | Acel_0149 | Acel_0150 | FALSE | 0.074 | 150.000 | 0.000 | NA | NA | |||
1953829 | 1953830 | Acel_0152 | Acel_0153 | TRUE | 0.853 | -3.000 | 0.000 | 1.000 | NA | |||
1953830 | 1377691 | Acel_0153 | Acel_R0009 | FALSE | 0.009 | 599.000 | 0.000 | NA | NA | |||
1377691 | 1953831 | Acel_R0009 | Acel_0154 | FALSE | 0.008 | 702.000 | 0.000 | NA | NA | |||
1953833 | 1953834 | Acel_0156 | Acel_0157 | FALSE | 0.060 | 164.000 | 0.000 | NA | NA | |||
1953834 | 1953835 | Acel_0157 | Acel_0158 | FALSE | 0.113 | 108.000 | 0.000 | NA | NA | |||
1953836 | 1953837 | Acel_0159 | Acel_0160 | TRUE | 0.865 | 15.000 | 0.000 | NA | Y | NA | ||
1953838 | 1953839 | Acel_0161 | Acel_0162 | FALSE | 0.127 | 97.000 | 0.000 | NA | NA | |||
1953839 | 1953840 | Acel_0162 | Acel_0163 | FALSE | 0.136 | 90.000 | 0.000 | NA | NA | |||
1953840 | 1953841 | Acel_0163 | Acel_0164 | TRUE | 0.951 | -3.000 | 0.002 | 1.000 | N | NA | ||
1953842 | 1953843 | Acel_0165 | Acel_0166 | FALSE | 0.169 | 138.000 | 0.000 | 1.000 | N | NA | ||
1953843 | 1953844 | Acel_0166 | Acel_0167 | TRUE | 0.988 | -3.000 | 0.214 | 1.000 | N | NA | ||
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1955023 | 1955024 | Acel_1349 | Acel_1350 | FALSE | 0.317 | 29.000 | 0.000 | NA | NA | |||
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1955032 | 1955033 | Acel_1358 | Acel_1359 | FALSE | 0.030 | 358.000 | 0.000 | 1.000 | N | NA | ||
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1955191 | 1955192 | Acel_1517 | Acel_1518 | TRUE | 0.995 | -3.000 | 0.759 | NA | NA | |||
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1955326 | 1955327 | Acel_1652 | Acel_1653 | FALSE | 0.014 | 363.000 | 0.000 | NA | NA | |||
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1955332 | 1955333 | Acel_1658 | Acel_1659 | FALSE | 0.022 | 460.000 | 0.000 | 1.000 | N | NA | ||
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