MicrobesOnline Operon Predictions for Marinobacter aqueolei

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column	Description
Gene1	VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1	Systematic name of 1st gene in pair
Name1	Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2	VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2	Systematic name of 2nd gene in pair
Name2	Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp	Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp	Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep	Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore	Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore	Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim	Whether the genes share a COG category or not
ExprSim	Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

Gene1	Gene2	SysName1	SysName2	Name1	Name2	bOp	pOp	Sep	MOGScore	GOScore	COGSim	ExprSim
3521488	3521489	Maqu_0001	Maqu_0002	dnaA		TRUE	0.907	61.000	0.328	1.000	Y	NA
3521489	3521490	Maqu_0002	Maqu_0003			FALSE	0.444	19.000	0.003	1.000		NA
3521490	3521491	Maqu_0003	Maqu_0004			FALSE	0.069	104.000	0.004	1.000		NA
3521491	3521492	Maqu_0004	Maqu_0005		gyrB	TRUE	0.905	68.000	0.249	0.007	Y	NA
3521493	3521494	Maqu_0006	Maqu_0007			FALSE	0.192	107.000	0.035	NA		NA
3521494	3521495	Maqu_0007	Maqu_0008			FALSE	0.084	89.000	0.012	1.000	N	NA
3521497	3521498	Maqu_0010	Maqu_0011			TRUE	0.998	-3.000	0.688	0.001	Y	NA
3521498	3521499	Maqu_0011	Maqu_0012			TRUE	0.997	-3.000	0.542	0.001	Y	NA
3521499	3521500	Maqu_0012	Maqu_0013			FALSE	0.008	409.000	0.000	NA		NA
3521501	3521502	Maqu_0014	Maqu_0015			TRUE	0.977	-3.000	0.254	NA		NA
3521502	3521503	Maqu_0015	Maqu_0016			FALSE	0.085	130.000	0.000	1.000		NA
3521503	3521504	Maqu_0016	Maqu_0017			FALSE	0.088	122.000	0.000	1.000		NA
3521504	3521505	Maqu_0017	Maqu_0018			TRUE	0.924	-7.000	0.071	1.000		NA
3521505	3521506	Maqu_0018	Maqu_0019			TRUE	0.893	2.000	0.000	0.005		NA
3521508	3521509	Maqu_0021	Maqu_0022			FALSE	0.068	139.000	0.000	NA		NA
3521509	3521510	Maqu_0022	Maqu_0023			TRUE	0.666	11.000	0.000	NA		NA
3521510	3521511	Maqu_0023	Maqu_0024			FALSE	0.134	70.000	0.000	NA		NA
3521512	3521513	Maqu_0025	Maqu_0026			TRUE	0.988	-13.000	0.222	1.000	Y	NA
3521513	3521514	Maqu_0026	Maqu_0027			FALSE	0.102	82.000	0.000	NA		NA
3521514	3521515	Maqu_0027	Maqu_0028			TRUE	0.993	2.000	0.684	NA		NA
3521515	3521516	Maqu_0028	Maqu_0029			TRUE	0.611	13.000	0.000	NA		NA
3521516	3521517	Maqu_0029	Maqu_0030			FALSE	0.018	251.000	0.000	NA		NA
3521517	3521518	Maqu_0030	Maqu_0031			TRUE	0.992	0.000	0.267	1.000	Y	NA
3521519	3521520	Maqu_0032	Maqu_0033			TRUE	0.642	12.000	0.000	NA		NA
3521521	3521522	Maqu_0034	Maqu_0035			FALSE	0.039	182.000	0.000	NA		NA
3521522	3521523	Maqu_0035	Maqu_0036			TRUE	0.992	-3.000	0.667	NA		NA
3521523	3521524	Maqu_0036	Maqu_R0001			FALSE	0.051	162.000	0.000	NA		NA
3521526	3521527	Maqu_0038	Maqu_0039		glyQ	TRUE	0.998	3.000	0.651	0.001	Y	NA
3521527	3521528	Maqu_0039	Maqu_0040	glyQ	trkA	FALSE	0.080	63.000	0.003	1.000	N	NA
3521528	3521529	Maqu_0040	Maqu_0041	trkA		TRUE	0.950	-3.000	0.122	1.000	N	NA
3521529	3521530	Maqu_0041	Maqu_0042			TRUE	0.992	3.000	0.305	1.000	Y	NA
3521530	3521531	Maqu_0042	Maqu_0043			TRUE	0.757	81.000	0.105	0.024	Y	NA
3521532	3521533	Maqu_0044	Maqu_0045			TRUE	0.544	34.000	0.033	1.000		NA
3521533	3521534	Maqu_0045	Maqu_0046			TRUE	0.636	16.000	0.023	NA	N	NA
3521534	3521535	Maqu_0046	Maqu_0047			TRUE	0.884	9.000	0.058	NA	N	NA
3521535	3521536	Maqu_0047	Maqu_0048			TRUE	0.932	-7.000	0.093	1.000	N	NA
3521536	3521537	Maqu_0048	Maqu_0049			FALSE	0.219	39.000	0.009	1.000	N	NA
3521537	3521538	Maqu_0049	Maqu_0050			TRUE	0.969	4.000	0.051	1.000	Y	NA
3521538	3521539	Maqu_0050	Maqu_0051			FALSE	0.080	126.000	0.000	NA		NA
3521540	3521541	Maqu_0052	Maqu_0053			FALSE	0.035	191.000	0.000	NA		NA
3521542	3521543	Maqu_0054	Maqu_0055			TRUE	0.683	57.000	0.173	NA		NA
3521544	3521545	Maqu_0056	Maqu_0057			FALSE	0.129	115.000	0.021	NA		NA
3521547	3521548	Maqu_0059	Maqu_0060			FALSE	0.399	81.000	0.087	NA		NA
3521548	3521549	Maqu_0060	Maqu_0061			FALSE	0.061	153.000	0.012	NA		NA
3521550	3521551	Maqu_0062	Maqu_0063			TRUE	0.975	58.000	0.741	0.002	Y	NA
3521551	3521552	Maqu_0063	Maqu_0064			TRUE	0.957	14.000	0.268	1.000	N	NA
3521552	3521553	Maqu_0064	Maqu_0065			TRUE	0.973	17.000	0.536	1.000	N	NA
3521555	3521556	Maqu_0067	Maqu_0068			TRUE	0.991	-19.000	0.722	NA		NA
3521556	3521557	Maqu_0068	Maqu_0069			TRUE	0.951	16.000	0.255	NA		NA
3521557	3521558	Maqu_0069	Maqu_0070			TRUE	0.993	-3.000	0.321	1.000	Y	NA
3521558	3521559	Maqu_0070	Maqu_0071			TRUE	0.764	33.000	0.099	1.000		NA
3521559	3521560	Maqu_0071	Maqu_0072			FALSE	0.273	83.000	0.044	1.000		NA
3521560	3521561	Maqu_0072	Maqu_0073			FALSE	0.251	44.000	0.000	1.000		NA
3521562	3521563	Maqu_0074	Maqu_0075			FALSE	0.179	55.000	0.000	NA		NA
3521564	3521565	Maqu_0076	Maqu_0077			FALSE	0.047	170.000	0.014	1.000	N	NA
3521566	3521567	Maqu_0078	Maqu_0079		ectC	TRUE	0.753	12.000	0.020	1.000		NA
3521567	3521568	Maqu_0079	Maqu_0080	ectC		FALSE	0.298	51.000	0.020	1.000		NA
3521568	3521569	Maqu_0080	Maqu_0081			TRUE	0.995	-3.000	0.904	1.000		NA
3521570	3521571	Maqu_0082	Maqu_0083			FALSE	0.017	254.000	0.000	NA		NA
3521571	3521572	Maqu_0083	Maqu_0084			FALSE	0.242	136.000	0.061	1.000		NA
3521572	3521573	Maqu_0084	Maqu_0085			FALSE	0.010	313.000	0.000	1.000	N	NA
3521573	3521574	Maqu_0085	Maqu_0086			TRUE	0.942	115.000	1.000	NA	Y	NA
3521574	3521575	Maqu_0086	Maqu_0087			TRUE	0.994	0.000	0.375	NA	Y	NA
3521575	3521576	Maqu_0087	Maqu_0088			TRUE	0.969	14.000	0.125	1.000	Y	NA
3521576	3521577	Maqu_0088	Maqu_0089			TRUE	0.991	17.000	0.500	0.061	Y	NA
3521577	3521578	Maqu_0089	Maqu_0090			FALSE	0.005	466.000	0.000	1.000	N	NA
3521579	3521580	Maqu_0091	Maqu_0092			TRUE	0.736	5.000	0.000	1.000		NA
3521580	3521581	Maqu_0092	Maqu_0093			FALSE	0.161	61.000	0.000	NA		NA
3521581	3521582	Maqu_0093	Maqu_0094			TRUE	0.989	3.000	0.571	NA	N	NA
3521582	3521583	Maqu_0094	Maqu_0095			TRUE	0.989	3.000	0.155	0.059	Y	NA
3521584	3521585	Maqu_0096	Maqu_0097			FALSE	0.267	72.000	0.038	1.000	N	NA
3521585	3521586	Maqu_0097	Maqu_0098			FALSE	0.091	90.000	0.000	NA		NA
3521588	3521589	Maqu_0100	Maqu_0101			TRUE	0.982	-10.000	0.400	NA		NA
3521589	3521590	Maqu_0101	Maqu_0102			TRUE	0.967	27.000	0.667	NA		NA
3521594	3521595	Maqu_0106	Maqu_0107			TRUE	0.980	0.000	0.270	1.000		NA
3521596	3521597	Maqu_0108	Maqu_0109			TRUE	0.628	125.000	0.333	1.000	N	NA
3521597	3521598	Maqu_0109	Maqu_0110			TRUE	0.627	97.000	0.286	NA		NA
3521598	3521599	Maqu_0110	Maqu_0111			TRUE	0.982	10.000	0.429	NA		NA
3521600	3521601	Maqu_0112	Maqu_0113			FALSE	0.041	163.000	0.000	1.000	N	NA
3521601	3521602	Maqu_0113	Maqu_0114			TRUE	0.942	4.000	0.107	1.000	N	NA
3521602	3521603	Maqu_0114	Maqu_0115			FALSE	0.022	231.000	0.000	NA		NA
3521603	3521604	Maqu_0115	Maqu_0116			FALSE	0.176	53.000	0.008	NA		NA
3521604	3521605	Maqu_0116	Maqu_0117			FALSE	0.433	25.000	0.000	NA		NA
3521605	3521606	Maqu_0117	Maqu_0118			FALSE	0.480	22.000	0.000	NA		NA
3521606	3521607	Maqu_0118	Maqu_0119			TRUE	0.968	28.000	0.330	NA	Y	NA
3521608	3521609	Maqu_0120	Maqu_0121			FALSE	0.026	213.000	0.000	NA		NA
3521609	3521610	Maqu_0121	Maqu_0122			FALSE	0.279	120.000	0.067	NA		NA
3521612	3521613	Maqu_0123	Maqu_0124			TRUE	0.997	-13.000	0.800	1.000	Y	NA
3521614	3521615	Maqu_0125	Maqu_0126			TRUE	0.821	87.000	0.500	0.003	N	NA
3521615	3521616	Maqu_0126	Maqu_0127			TRUE	0.995	6.000	0.750	0.003	N	NA
3521616	3521617	Maqu_0127	Maqu_0128			FALSE	0.386	150.000	0.167	NA		NA
3521617	3521618	Maqu_0128	Maqu_0129			TRUE	0.961	12.000	0.222	NA		NA
3521618	3521619	Maqu_0129	Maqu_0130			TRUE	0.892	28.000	0.222	NA		NA
3521619	3521620	Maqu_0130	Maqu_0131			TRUE	0.977	-7.000	0.286	NA		NA
3521621	3521622	Maqu_0132	Maqu_0133			FALSE	0.061	148.000	0.000	NA		NA
3521623	3521624	Maqu_0134	Maqu_0135			TRUE	0.998	6.000	1.000	1.000	Y	NA
3521624	3521625	Maqu_0135	Maqu_0136			TRUE	0.995	0.000	1.000	1.000	N	NA
3521627	3521628	Maqu_0138	Maqu_0139			TRUE	0.809	16.000	0.048	NA		NA
3521630	3521631	Maqu_0141	Maqu_0142			FALSE	0.072	134.000	0.000	NA		NA
3521632	3521633	Maqu_0143	Maqu_0144			FALSE	0.082	113.000	0.000	NA		NA
3521634	3521635	Maqu_0145	Maqu_0146			TRUE	0.854	14.000	0.057	1.000		NA
3521635	3521636	Maqu_0146	Maqu_0147			FALSE	0.006	508.000	0.000	1.000		NA
3521636	3521637	Maqu_0147	Maqu_0148			TRUE	0.793	182.000	0.793	0.001		NA
3521637	3521638	Maqu_0148	Maqu_0149			TRUE	0.599	51.000	0.010	1.000	Y	NA
3521638	3521639	Maqu_0149	Maqu_0150			FALSE	0.014	257.000	0.000	1.000	N	NA
3521640	3521641	Maqu_0151	Maqu_0152			TRUE	0.733	-3.000	0.000	NA		NA
3521641	3521642	Maqu_0152	Maqu_0153			FALSE	0.169	58.000	0.000	NA		NA
3521642	3521643	Maqu_0153	Maqu_0154			TRUE	0.616	11.000	0.000	1.000	N	NA
3521643	3521644	Maqu_0154	Maqu_0155			FALSE	0.528	62.000	0.000	1.000	Y	NA
3521645	3521646	Maqu_0156	Maqu_0157			FALSE	0.400	27.000	0.000	NA		NA
3521646	3521647	Maqu_0157	Maqu_0158			FALSE	0.085	130.000	0.000	1.000		NA
3521647	3521648	Maqu_0158	Maqu_0159			TRUE	0.583	92.000	0.222	1.000		NA
3521648	3521649	Maqu_0159	Maqu_0160			FALSE	0.198	54.000	0.000	1.000		NA
3521649	3521650	Maqu_0160	Maqu_0161			FALSE	0.081	121.000	0.000	NA		NA
3521650	3521651	Maqu_0161	Maqu_0162			FALSE	0.033	195.000	0.000	NA		NA
3521651	3521652	Maqu_0162	Maqu_0163			FALSE	0.179	59.000	0.000	1.000		NA
3521652	3521653	Maqu_0163	Maqu_0164			FALSE	0.098	96.000	0.000	1.000		NA
3521655	3521656	Maqu_0166	Maqu_0167			FALSE	0.083	108.000	0.000	NA		NA
3521657	3521658	Maqu_0168	Maqu_0169			FALSE	0.087	102.000	0.000	NA		NA
3521660	3521661	Maqu_0171	Maqu_0172			TRUE	0.754	170.000	0.656	0.001	N	NA
3521661	3521662	Maqu_0172	Maqu_0173			TRUE	0.962	28.000	0.406	0.001		NA
3521664	3521665	Maqu_0175	Maqu_0176			TRUE	0.546	193.000	0.219	1.000	Y	NA
3521665	3521666	Maqu_0176	Maqu_0177			TRUE	0.995	14.000	0.767	NA	Y	NA
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3521669	3521670	Maqu_0180	Maqu_0181			FALSE	0.028	208.000	0.000	NA		NA
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