MicrobesOnline Operon Predictions for Burkholderia dolosa AUO158

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column Description
Gene1 VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1 Systematic name of 1st gene in pair
Name1 Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2 VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2 Systematic name of 2nd gene in pair
Name2 Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim Whether the genes share a COG category or not
ExprSim Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

 Gene1 Gene2 SysName1 SysName2 Name1 Name2 bOp pOp Sep MOGScore GOScore COGSim ExprSim
 2554608 2554609 BdolA_01000002 BdolA_01000003     TRUE 0.890 109.000 0.920 NA   NA
 2554609 2554610 BdolA_01000003 BdolA_01000004     TRUE 0.983 9.000 0.943 NA   NA
 2554610 2554611 BdolA_01000004 BdolA_01000005     TRUE 0.978 23.000 0.919 NA   NA
 2554611 2554612 BdolA_01000005 BdolA_01000006     TRUE 0.973 2.000 0.571 NA   NA
 2554613 2554614 BdolA_01000007 BdolA_01000008     TRUE 0.945 20.000 0.383 NA   NA
 2554614 2554615 BdolA_01000008 BdolA_01000009     FALSE 0.025 232.000 0.000 1.000   NA
 2554621 2554622 BdolA_01000015 BdolA_01000016     FALSE 0.006 502.000 0.000 NA   NA
 2554623 2554624 BdolA_01000017 BdolA_01000018     FALSE 0.078 217.000 0.036 NA   NA
 2554624 2554625 BdolA_01000018 BdolA_01000019     TRUE 0.739 -19.000 0.000 NA   NA
 2554625 2554626 BdolA_01000019 BdolA_01000020     FALSE 0.010 339.000 0.000 NA   NA
 2554626 2554627 BdolA_01000020 BdolA_01000021     FALSE 0.005 593.000 0.000 NA   NA
 2554628 2554629 BdolA_01000023 BdolA_01000024     TRUE 0.916 17.000 0.231 NA   NA
 2554632 2554633 BdolA_01000027 BdolA_01000028     FALSE 0.539 80.000 0.165 1.000 N NA
 2554636 2554637 BdolA_01000031 BdolA_01000032     TRUE 0.971 2.000 0.810 1.000 N NA
 2554637 2554638 BdolA_01000032 BdolA_01000033     TRUE 0.991 19.000 0.839 NA Y NA
 2554638 2554639 BdolA_01000033 BdolA_01000034     TRUE 0.971 7.000 0.820 NA N NA
 2554640 2554641 BdolA_01000035 BdolA_01000036     TRUE 0.960 15.000 0.500 NA   NA
 2554642 2554643 BdolA_01000037 BdolA_01000038     TRUE 0.818 105.000 0.769 1.000 N NA
 2554646 2554647 BdolA_01000041 BdolA_01000042     TRUE 0.866 -3.000 0.054 NA   NA
 2554647 2554648 BdolA_01000042 BdolA_01000043     TRUE 0.967 18.000 0.613 NA   NA
 2554651 2554652 BdolA_01000046 BdolA_01000047     TRUE 0.839 -3.000 0.044 1.000   NA
 2554652 2554653 BdolA_01000047 BdolA_01000048     TRUE 0.843 80.000 0.395 1.000   NA
 2554654 2554655 BdolA_01000049 BdolA_01000050     FALSE 0.024 236.000 0.000 1.000   NA
 2554655 2554656 BdolA_01000050 BdolA_01000051     FALSE 0.007 358.000 0.000 1.000   NA
 2554658 2554659 BdolA_01000053 BdolA_01000054     FALSE 0.007 418.000 0.000 NA   NA
 2554661 2554662 BdolA_01000056 BdolA_01000057     FALSE 0.635 81.000 0.245 1.000 N NA
 2554663 2554664 BdolA_01000058 BdolA_01000059     TRUE 0.854 25.000 0.109 NA   NA
 2554664 2554665 BdolA_01000059 BdolA_01000060     FALSE 0.219 168.000 0.042 NA   NA
 2554665 2554666 BdolA_01000060 BdolA_01000061     FALSE 0.002 235.000 0.000 1.000 N NA
 2554666 2554667 BdolA_01000061 BdolA_01000062     TRUE 0.819 15.000 0.193 1.000 N NA
 2554667 2554668 BdolA_01000062 BdolA_01000063     TRUE 0.887 -7.000 0.083 1.000   NA
 2554669 2554670 BdolA_01000064 BdolA_01000065     TRUE 0.864 48.000 0.200 NA   NA
 2554670 2554671 BdolA_01000065 BdolA_01000066     TRUE 0.990 -3.000 0.088 0.015 Y NA
 2554673 2554674 BdolA_01000068 BdolA_01000069     TRUE 0.970 17.000 0.667 NA   NA
 2554674 2554675 BdolA_01000069 BdolA_01000070     FALSE 0.026 240.000 0.000 NA   NA
 2554675 2554676 BdolA_01000070 BdolA_01000071     TRUE 0.992 2.000 0.741 1.000 Y NA
 2554676 2554677 BdolA_01000071 BdolA_01000072     TRUE 0.866 68.000 0.350 1.000   NA
 2554678 2554679 BdolA_01000073 BdolA_01000074     TRUE 0.728 -3.000 0.000 NA   NA
 2554679 2554680 BdolA_01000074 BdolA_01000075     FALSE 0.006 444.000 0.000 NA   NA
 2554681 2554682 BdolA_01000077 BdolA_01000078     TRUE 0.958 37.000 0.106 0.010   NA
 2554682 2554683 BdolA_01000078 BdolA_01000080     FALSE 0.085 332.000 0.000 0.008   NA
 2554684 2554685 BdolA_01000081 BdolA_01000082     TRUE 0.961 34.000 0.647 1.000   NA
 2554685 2554686 BdolA_01000082 BdolA_01000083     TRUE 0.960 27.000 0.824 1.000 N NA
 2554686 2554687 BdolA_01000083 BdolA_01000084     TRUE 0.978 14.000 0.306 1.000 Y NA
 2554687 2554688 BdolA_01000084 BdolA_01000085     FALSE 0.323 181.000 0.204 1.000   NA
 2554688 2554689 BdolA_01000085 BdolA_01000086     TRUE 0.980 89.000 0.938 0.001   NA
 2554693 2554694 BdolA_01000090 BdolA_01000091     FALSE 0.565 103.000 0.118 NA   NA
 2554700 2554701 BdolA_01000097 BdolA_01000098     FALSE 0.587 184.000 0.188 1.000 Y NA
 2554701 2554702 BdolA_01000098 BdolA_01000099     TRUE 0.909 36.000 0.267 NA   NA
 2554703 2554704 BdolA_01000100 BdolA_01000101     FALSE 0.638 19.000 0.000 NA   NA
 2554704 2554705 BdolA_01000101 BdolA_01000102     TRUE 0.997 -3.000 0.600 0.013 Y NA
 2554705 2554706 BdolA_01000102 BdolA_01000103     TRUE 0.996 -3.000 0.500 0.013 Y NA
 2554706 2554707 BdolA_01000103 BdolA_01000104     TRUE 0.941 13.000 0.333 1.000   NA
 2554707 2554708 BdolA_01000104 BdolA_01000105     TRUE 0.979 -3.000 0.667 1.000   NA
 2554708 2554709 BdolA_01000105 BdolA_01000106     TRUE 0.974 -3.000 0.800 1.000 N NA
 2554710 2554711 BdolA_01000107 BdolA_01000108     TRUE 0.942 -3.000 0.235 NA   NA
 2554711 2554712 BdolA_01000108 BdolA_01000109     TRUE 0.900 -3.000 0.100 NA   NA
 2554712 2554713 BdolA_01000109 BdolA_01000110     TRUE 0.845 12.000 0.067 NA   NA
 2554713 2554714 BdolA_01000110 BdolA_01000111     TRUE 0.669 48.000 0.018 NA   NA
 2554714 2554715 BdolA_01000111 BdolA_01000112     TRUE 0.649 46.000 0.018 1.000   NA
 2554715 2554716 BdolA_01000112 BdolA_01000113     FALSE 0.004 691.000 0.000 1.000   NA
 2554716 2554717 BdolA_01000113 BdolA_01000114     FALSE 0.005 710.000 0.000 NA   NA
 2554717 2554718 BdolA_01000114 BdolA_01000115     FALSE 0.048 207.000 0.000 NA   NA
 2554718 2554719 BdolA_01000115 BdolA_01000116     FALSE 0.004 1317.000 0.000 NA   NA
 2554719 2554720 BdolA_01000116 BdolA_01000117     FALSE 0.006 452.000 0.000 NA   NA
 2554722 2554723 BdolA_01000119 BdolA_01000120     FALSE 0.265 244.000 0.556 NA   NA
 2554723 2554724 BdolA_01000120 BdolA_01000121     FALSE 0.005 522.000 0.000 NA   NA
 2554724 2554725 BdolA_01000121 BdolA_01000122     TRUE 0.964 118.000 0.317 0.001 Y NA
 2554725 2554726 BdolA_01000122 BdolA_01000123     TRUE 0.985 64.000 0.249 0.001 Y NA
 2554726 2554727 BdolA_01000123 BdolA_01000124     FALSE 0.212 140.000 0.012 1.000   NA
 2554727 2554728 BdolA_01000124 BdolA_01000125     TRUE 0.971 27.000 0.778 1.000   NA
 2554729 2554730 BdolA_01000126 BdolA_01000127     FALSE 0.004 1601.000 0.000 NA   NA
 2554731 2554732 BdolA_01000128 BdolA_01000129     FALSE 0.039 298.000 0.091 NA   NA
 2554734 2554735 BdolA_01000131 BdolA_01000132     FALSE 0.567 138.000 0.000 0.071   NA
 2554738 2554739 BdolA_01000135 BdolA_01000136     FALSE 0.424 151.000 0.154 NA   NA
 2554740 2554741 BdolA_01000137 BdolA_01000138     TRUE 0.998 -3.000 0.859 0.001 Y NA
 2554741 2554742 BdolA_01000138 BdolA_01000139     TRUE 0.881 122.000 0.407 1.000 Y NA
 2554744 2554745 BdolA_01000141 BdolA_01000142     TRUE 0.907 11.000 0.167 NA   NA
 2554746 2554747 BdolA_01000144 BdolA_01000145     FALSE 0.555 46.000 0.000 NA   NA
 2554747 2554748 BdolA_01000145 BdolA_01000146     TRUE 0.937 69.000 0.250 NA Y NA
 2554749 2554750 BdolA_01000147 BdolA_01000148     TRUE 0.895 17.000 0.333 1.000 N NA
 2554750 2554751 BdolA_01000148 BdolA_01000149     TRUE 0.956 73.000 0.476 1.000 Y NA
 2554751 2554752 BdolA_01000149 BdolA_01000150     FALSE 0.015 265.000 0.000 1.000   NA
 2554753 2554754 BdolA_01000151 BdolA_01000152     FALSE 0.140 152.000 0.000 NA   NA
 2554754 2554755 BdolA_01000152 BdolA_01000153     FALSE 0.063 194.000 0.000 NA   NA
 2554756 2554757 BdolA_01000155 BdolA_01000156     FALSE 0.416 133.000 0.095 NA   NA
 2554758 2554759 BdolA_01000157 BdolA_01000158     FALSE 0.001 369.000 0.000 1.000 N NA
 2554759 2554760 BdolA_01000158 BdolA_01000159     FALSE 0.000 449.000 0.000 1.000 N NA
 2554762 2554763 BdolA_01000161 BdolA_01000162     FALSE 0.001 259.000 0.002 1.000 N NA
 2554763 2554764 BdolA_01000162 BdolA_01000163     TRUE 0.973 148.000 0.837 0.003 Y NA
 2554764 2554765 BdolA_01000163 BdolA_01000164     TRUE 0.990 82.000 0.724 0.003 Y NA
 2554765 2554766 BdolA_01000164 BdolA_01000165     TRUE 0.979 131.000 0.846 0.003 Y NA
 2554766 2554767 BdolA_01000165 BdolA_01000166     TRUE 0.996 45.000 0.864 0.003 Y NA
 2554767 2554768 BdolA_01000166 BdolA_01000167     TRUE 0.987 54.000 0.242 0.003 Y NA
 2554768 2554769 BdolA_01000167 BdolA_01000168     TRUE 0.959 160.000 0.666 0.003 Y NA
 2554769 2554770 BdolA_01000168 BdolA_01000169     TRUE 0.990 70.000 0.557 0.003 Y NA
 2554770 2554771 BdolA_01000169 BdolA_01000170     TRUE 0.962 110.000 0.291 0.003 Y NA
 2554771 2554772 BdolA_01000170 BdolA_01000171     FALSE 0.000 592.000 0.000 1.000 N NA
 2554772 2554773 BdolA_01000171 BdolA_01000172     FALSE 0.123 13.000 0.016 1.000 N NA
 2554773 2554774 BdolA_01000172 BdolA_01000173     TRUE 0.932 59.000 0.827 1.000 N NA
 2554774 2554775 BdolA_01000173 BdolA_01000174     TRUE 0.845 51.000 0.339 1.000 N NA
 2554775 2554776 BdolA_01000174 BdolA_01000175     TRUE 0.898 45.000 0.466 1.000 N NA
 2554776 2554777 BdolA_01000175 BdolA_01000176     FALSE 0.001 322.000 0.009 1.000 N NA
 2554777 2554778 BdolA_01000176 BdolA_01000177     TRUE 0.987 0.000 0.600 0.025 N NA
 2554778 2554779 BdolA_01000177 BdolA_01000178     TRUE 0.978 5.000 0.525 0.097 N NA
 2554779 2554780 BdolA_01000178 BdolA_01000179     TRUE 0.650 190.000 0.320 NA Y NA
 2554780 2554781 BdolA_01000179 BdolA_01000180     FALSE 0.031 1023.000 0.000 NA Y NA
 2554781 2554782 BdolA_01000180 BdolA_01000181     TRUE 0.984 -3.000 0.045 0.097 Y NA
 2554782 2554783 BdolA_01000181 BdolA_01000182     TRUE 0.828 133.000 0.273 NA Y NA
 2554783 2554784 BdolA_01000182 BdolA_01000183     TRUE 0.925 84.000 0.294 NA Y NA
 2554784 2554785 BdolA_01000183 BdolA_01000184     TRUE 0.997 -3.000 0.716 0.025 Y NA
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