MicrobesOnline Operon Predictions for Rickettsia bellii RML369-C

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column	Description
Gene1	VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1	Systematic name of 1st gene in pair
Name1	Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2	VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2	Systematic name of 2nd gene in pair
Name2	Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp	Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp	Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep	Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore	Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore	Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim	Whether the genes share a COG category or not
ExprSim	Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

Gene1	Gene2	SysName1	SysName2	Name1	Name2	bOp	pOp	Sep	MOGScore	GOScore	COGSim	ExprSim
1284425	1284426	RBE_0001	RBE_0002		trxA	TRUE	0.907	27.000	0.053	NA		NA
1284426	1284427	RBE_0002	RBE_0003	trxA	rfbE	TRUE	0.994	12.000	0.778	1.000		NA
1284427	1284428	RBE_0003	RBE_0004	rfbE	rfbA	TRUE	0.996	-3.000	0.304	1.000	Y	NA
1284428	1284429	RBE_0004	RBE_0005	rfbA	gltD	TRUE	0.991	-3.000	0.088	1.000	N	NA
1284430	1284431	RBE_0006	RBE_0007	lexA		FALSE	0.372	67.000	0.000	1.000	N	NA
1284431	1284432	RBE_0007	RBE_0008			TRUE	0.497	31.000	0.000	NA		NA
1284432	1284433	RBE_0008	RBE_0009			FALSE	0.187	94.000	0.000	NA		NA
1284433	1284434	RBE_0009	RBE_0010		pgsA	TRUE	0.867	19.000	0.005	1.000		NA
1284434	1284435	RBE_0010	RBE_0011	pgsA	yidC	TRUE	0.882	24.000	0.008	1.000	N	NA
1284435	1284436	RBE_0011	RBE_0012	yidC		FALSE	0.228	294.000	0.008	1.000		NA
1284436	1284437	RBE_0012	RBE_0013			TRUE	0.968	5.000	0.000	0.077		NA
1284438	1284439	RBE_0014	RBE_0015	lgt		TRUE	0.973	-21.000	0.170	NA		NA
1284440	1284441	RBE_0016	RBE_0017		kefB	TRUE	0.976	-7.000	0.039	NA		NA
1284441	1284442	RBE_0017	RBE_0018	kefB		TRUE	0.928	11.000	0.008	NA		NA
1284444	1284445	RBE_RNA01	RBE_0020		proP1	FALSE	0.093	267.000	0.000	NA		NA
1284445	1284446	RBE_0020	RBE_0021	proP1	sam	TRUE	0.995	-3.000	0.444	1.000		NA
1284447	1284448	RBE_0022	RBE_0023	ompW		FALSE	0.035	428.000	0.000	1.000	N	NA
1284448	1284449	RBE_0023	RBE_0024		pntB	FALSE	0.319	99.000	0.000	1.000	N	NA
1284449	1284450	RBE_0024	RBE_0025	pntB		TRUE	0.757	55.000	0.047	NA		NA
1284452	1284453	RBE_0027	RBE_0028		ftsY	FALSE	0.070	305.000	0.000	NA	N	NA
1284455	1284456	RBE_0030	RBE_0031			FALSE	0.194	80.000	0.000	NA		NA
1284456	1284457	RBE_0031	RBE_0032		folKP	FALSE	0.014	461.000	0.000	NA		NA
1284457	1284458	RBE_0032	RBE_0033	folKP	folA	TRUE	0.939	9.000	0.000	1.000	Y	NA
1284458	1284459	RBE_0033	RBE_0034	folA	recF	TRUE	0.832	18.000	0.000	1.000	N	NA
1284460	1284461	RBE_0035	RBE_0036			TRUE	0.972	6.000	0.000	0.027		NA
1284461	1284462	RBE_0036	RBE_0037		trmE	FALSE	0.278	89.000	0.000	1.000		NA
1284463	1284464	RBE_0038	RBE_0039			TRUE	0.967	-25.000	0.120	NA		NA
1284464	1284465	RBE_0039	RBE_0040			TRUE	0.989	3.000	0.115	NA		NA
1284465	1284466	RBE_0040	RBE_0041			FALSE	0.215	210.000	0.000	NA		NA
1284466	1284467	RBE_0041	RBE_0042		proP5	FALSE	0.063	298.000	0.000	NA		NA
1284467	1284468	RBE_0042	RBE_0043	proP5		FALSE	0.311	104.000	0.000	1.000		NA
1284469	1284470	RBE_0044	RBE_0045	pntA2	pntA1	TRUE	0.985	159.000	0.829	0.003		NA
1284471	1284472	RBE_0046	RBE_RNA02	lolA		TRUE	0.697	19.000	0.000	NA		NA
1284472	1284473	RBE_RNA02	RBE_0047		dnaX	FALSE	0.331	136.000	0.000	NA		NA
1284473	1284474	RBE_0047	RBE_0048	dnaX		TRUE	0.988	12.000	0.411	NA		NA
1284475	1284476	RBE_0049	RBE_0050			TRUE	0.663	21.000	0.000	NA		NA
1284476	1284477	RBE_0050	RBE_0051			FALSE	0.190	84.000	0.000	NA		NA
1284477	1284478	RBE_0051	RBE_0052		lipB	TRUE	0.934	-3.000	0.003	NA		NA
1284478	1284479	RBE_0052	RBE_0053	lipB	greA	TRUE	0.779	22.000	0.000	1.000	N	NA
1284480	1284481	RBE_0054	RBE_0055	sec59	dnaG	TRUE	0.973	4.000	0.008	1.000	N	NA
1284481	1284482	RBE_0055	RBE_0056	dnaG	rpoD	TRUE	0.844	83.000	0.299	1.000	N	NA
1284482	1284483	RBE_0056	RBE_0057	rpoD		TRUE	0.644	29.000	0.000	1.000		NA
1284483	1284484	RBE_0057	RBE_0058			TRUE	0.923	-36.000	0.000	0.006		NA
1284484	1284485	RBE_0058	RBE_0059			FALSE	0.280	86.000	0.000	1.000		NA
1284485	1284486	RBE_0059	RBE_0060		truA	FALSE	0.295	77.000	0.000	1.000		NA
1284486	1284487	RBE_0060	RBE_0061	truA		FALSE	0.294	56.000	0.000	NA		NA
1284487	1284488	RBE_0061	RBE_0062			FALSE	0.281	121.000	0.000	NA		NA
1284489	1284490	RBE_0063	RBE_0064			TRUE	0.902	0.000	0.000	NA		NA
1284490	1284491	RBE_0064	RBE_0065			FALSE	0.335	49.000	0.000	NA		NA
1284491	1284492	RBE_0065	RBE_0066		proP6	FALSE	0.150	235.000	0.000	NA		NA
1284494	1284495	RBE_0068	RBE_0069			TRUE	0.997	-3.000	1.000	NA		NA
1284495	1284496	RBE_0069	RBE_0070			TRUE	0.943	39.000	0.556	NA		NA
1284497	1284498	RBE_0071	RBE_0072	alaS		FALSE	0.196	214.000	0.000	NA		NA
1284498	1284499	RBE_0072	RBE_0073			TRUE	0.850	9.000	0.000	NA		NA
1284500	1284501	RBE_0074	RBE_0075	dnaE	udg	TRUE	0.697	165.000	0.007	1.000	N	NA
1284502	1284503	RBE_0076	RBE_0077		ampG3	TRUE	0.988	2.000	0.079	NA		NA
1284503	1284504	RBE_0077	RBE_0078	ampG3	tatC	TRUE	0.615	76.000	0.033	NA		NA
1284504	1284505	RBE_0078	RBE_0079	tatC	serS	TRUE	0.977	-13.000	0.065	NA	N	NA
1284505	1284506	RBE_0079	RBE_0080	serS	virB4-2	FALSE	0.071	304.000	0.000	NA	N	NA
1284506	1284507	RBE_0080	RBE_0081	virB4-2		TRUE	0.867	201.000	0.375	NA		NA
1284507	1284508	RBE_0081	RBE_0082		terC	TRUE	0.984	4.000	0.051	NA		NA
1284508	1284509	RBE_0082	RBE_0083	terC		TRUE	0.895	45.000	0.037	0.099		NA
1284509	1284510	RBE_0083	RBE_0084			TRUE	0.966	154.000	0.857	1.000		NA
1284510	1284511	RBE_0084	RBE_0085		nuoJ	TRUE	0.658	122.000	0.012	1.000		NA
1284511	1284512	RBE_0085	RBE_0086	nuoJ	nuoK	TRUE	0.996	-22.000	0.484	0.008	Y	NA
1284512	1284513	RBE_0086	RBE_0087	nuoK	nuoL1	TRUE	0.998	3.000	0.451	0.021	Y	NA
1284513	1284514	RBE_0087	RBE_0088	nuoL1	nuoM	TRUE	0.893	250.000	0.251	0.008	Y	NA
1284514	1284515	RBE_0088	RBE_0089	nuoM	ccmA	FALSE	0.026	481.000	0.000	1.000	N	NA
1284515	1284516	RBE_0089	RBE_0090	ccmA		FALSE	0.344	211.000	0.000	1.000	N	NA
1284516	1284517	RBE_0090	RBE_0091		lpdA1	TRUE	0.580	90.000	0.014	1.000	N	NA
1284517	1284518	RBE_0091	RBE_0092	lpdA1	atpH	TRUE	0.962	11.000	0.007	1.000	Y	NA
1284518	1284519	RBE_0092	RBE_0093	atpH		TRUE	0.958	90.000	0.864	0.011		NA
1284519	1284520	RBE_0093	RBE_0094			TRUE	0.916	-91.000	0.006	0.011		NA
1284520	1284521	RBE_0094	RBE_0095		atpG	TRUE	0.983	163.000	0.846	0.010		NA
1284521	1284522	RBE_0095	RBE_0096	atpG	atpD	TRUE	0.983	175.000	0.724	0.010	Y	NA
1284522	1284523	RBE_0096	RBE_0097	atpD	atpC	TRUE	0.984	184.000	0.837	0.010	Y	NA
1284523	1284524	RBE_0097	RBE_0098	atpC	acnA	FALSE	0.156	345.000	0.005	1.000	Y	NA
1284524	1284525	RBE_0098	RBE_0099	acnA		TRUE	0.558	27.000	0.000	NA		NA
1284525	1284526	RBE_0099	RBE_0100			TRUE	0.814	12.000	0.000	NA		NA
1284526	1284527	RBE_0100	RBE_0101		nuoG	TRUE	0.722	176.000	0.021	NA		NA
1284527	1284528	RBE_0101	RBE_0102	nuoG	nuoH	TRUE	0.980	147.000	0.515	0.021	Y	NA
1284528	1284529	RBE_0102	RBE_0103	nuoH	nuoI	TRUE	0.970	126.000	0.500	0.021	Y	NA
1284529	1284530	RBE_0103	RBE_0104	nuoI		TRUE	0.820	-13.000	0.000	NA		NA
1284531	1284532	RBE_0105	RBE_0106		phrB	FALSE	0.279	88.000	0.000	1.000		NA
1284532	1284533	RBE_0106	RBE_0107	phrB	blaD	FALSE	0.136	292.000	0.000	1.000	N	NA
1284533	1284534	RBE_0107	RBE_0108	blaD	mrcA	TRUE	0.975	21.000	0.022	0.006	N	NA
1284534	1284535	RBE_0108	RBE_0109	mrcA		TRUE	0.387	157.000	0.000	NA		NA
1284535	1284536	RBE_0109	RBE_0110			FALSE	0.378	43.000	0.000	NA		NA
1284536	1284537	RBE_0110	RBE_0111		miaB	FALSE	0.128	249.000	0.000	NA		NA
1284537	1284538	RBE_0111	RBE_0112	miaB		FALSE	0.014	462.000	0.000	NA		NA
1284538	1284539	RBE_0112	RBE_0113		uup	FALSE	0.363	95.000	0.007	NA		NA
1284539	1284540	RBE_0113	RBE_0114	uup	fabF	FALSE	0.025	454.000	0.000	1.000		NA
1284540	1284541	RBE_0114	RBE_0115	fabF	acpP	TRUE	0.927	39.000	0.106	1.000	Y	NA
1284541	1284542	RBE_0115	RBE_0116	acpP	fabG	TRUE	0.973	138.000	0.321	0.007	Y	NA
1284542	1284543	RBE_0116	RBE_0117	fabG	recA	TRUE	0.967	-7.000	0.008	1.000	N	NA
1284544	1284545	RBE_0118	RBE_0119			TRUE	0.839	10.000	0.000	NA		NA
1284546	1284547	RBE_0120	RBE_0121	rplI	rpsR	TRUE	0.995	16.000	0.499	0.043	Y	NA
1284547	1284548	RBE_0121	RBE_0122	rpsR	rpsF	TRUE	0.975	39.000	0.319	0.043	Y	NA
1284549	1284550	RBE_0123	RBE_0124		aco1	FALSE	0.311	92.000	0.000	1.000	N	NA
1284550	1284551	RBE_0124	RBE_0125	aco1		FALSE	0.045	386.000	0.000	1.000		NA
1284553	1284554	RBE_0127	RBE_0128	rpmF	fabH	TRUE	0.959	13.000	0.014	1.000	N	NA
1284554	1284555	RBE_0128	RBE_0129	fabH	pal	FALSE	0.059	374.000	0.000	1.000	N	NA
1284555	1284556	RBE_0129	RBE_RNA03	pal		FALSE	0.045	327.000	0.000	NA		NA
1284556	1284557	RBE_RNA03	RBE_0130			FALSE	0.034	365.000	0.000	NA		NA
1284557	1284558	RBE_0130	RBE_0131		mreB	TRUE	0.595	177.000	0.005	1.000		NA
1284558	1284559	RBE_0131	RBE_0132	mreB	mreC	TRUE	0.997	3.000	0.689	1.000	N	NA
1284559	1284560	RBE_0132	RBE_0133	mreC		FALSE	0.014	752.000	0.000	1.000		NA
1284560	1284561	RBE_0133	RBE_0134		gmk	TRUE	0.963	6.000	0.008	1.000		NA
1284564	1284565	RBE_0137	RBE_0138			TRUE	0.997	0.000	1.000	NA		NA
1284565	1284566	RBE_0138	RBE_0139		paaJ	FALSE	0.316	51.000	0.000	NA		NA
1284566	1284567	RBE_0139	RBE_0140	paaJ	phbC	TRUE	0.748	217.000	0.085	NA	Y	NA
1284568	1284569	RBE_0141	RBE_0142	tlc5		FALSE	0.009	727.000	0.000	NA		NA
1284570	1284571	RBE_0143	RBE_0144	maf	infA	TRUE	0.992	3.000	0.207	NA	N	NA
1284574	1284575	RBE_0146	RBE_0147			FALSE	0.188	88.000	0.000	NA		NA
1284575	1284576	RBE_0147	RBE_0148			TRUE	0.732	-25.000	0.000	NA		NA
1284576	1284577	RBE_0148	RBE_0149			FALSE	0.008	849.000	0.000	NA		NA
1284578	1284579	RBE_0150	RBE_0151			FALSE	0.347	175.000	0.000	NA		NA
1284581	1284582	RBE_0153	RBE_0154		ftsK	FALSE	0.198	258.000	0.000	1.000	N	NA
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1285603	1285604	RBE_1146	RBE_1147		ffh	FALSE	0.172	223.000	0.000	NA		NA
1285604	1285605	RBE_1147	RBE_1148	ffh	holB	FALSE	0.026	488.000	0.000	1.000	N	NA
1285605	1285606	RBE_1148	RBE_1149	holB	hupA	TRUE	0.821	136.000	0.020	1.000	Y	NA
1285607	1285608	RBE_1150	RBE_1151	acrF		TRUE	0.848	133.000	0.179	NA		NA
1285609	1285610	RBE_1152	RBE_1153	rpoC	rpoB	TRUE	0.958	229.000	0.851	0.001		NA
1285610	1285611	RBE_1153	RBE_1154	rpoB	rplL	FALSE	0.145	625.000	0.223	1.000		NA
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