MicrobesOnline Operon Predictions for Shewanella amazonensis SB2B

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column Description
Gene1 VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1 Systematic name of 1st gene in pair
Name1 Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2 VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2 Systematic name of 2nd gene in pair
Name2 Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim Whether the genes share a COG category or not
ExprSim Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

 Gene1 Gene2 SysName1 SysName2 Name1 Name2 bOp pOp Sep MOGScore GOScore COGSim ExprSim
 6935785 6935786 Sama_0003 Sama_0004     TRUE 0.951 10.000 0.107 1.000   NA
 6935787 6935788 Sama_0005 Sama_0006     FALSE 0.057 128.000 0.000 NA   NA
 6935788 6935789 Sama_0006 Sama_0007     FALSE 0.082 109.000 0.000 NA   NA
 6935790 6935791 Sama_0008 Sama_0009 trmE   TRUE 0.617 88.000 0.221 1.000   NA
 6935791 6935792 Sama_0009 Sama_0010     TRUE 0.992 5.000 0.461 NA   NA
 6935792 6935793 Sama_0010 Sama_0011     TRUE 0.988 -33.000 0.540 NA   NA
 6935793 6935794 Sama_0011 Sama_0012   rpmH TRUE 0.987 17.000 0.787 1.000   NA
 6935795 6935796 Sama_0013 Sama_0014 dnaA   TRUE 0.981 20.000 0.328 1.000 Y NA
 6935796 6935797 Sama_0014 Sama_0015   recF TRUE 0.966 28.000 0.318 1.000 Y NA
 6935797 6935798 Sama_0015 Sama_0016 recF   TRUE 0.895 93.000 0.249 0.005 Y NA
 6935799 6935800 Sama_0017 Sama_0018     TRUE 0.822 0.000 0.000 1.000 N NA
 6935800 6935801 Sama_0018 Sama_0019     TRUE 0.978 12.000 0.300 NA   NA
 6935801 6935802 Sama_0019 Sama_0020     TRUE 0.997 -3.000 0.939 NA   NA
 6935802 6935803 Sama_0020 Sama_0021     TRUE 0.962 -10.000 0.173 NA   NA
 6935803 6935804 Sama_0021 Sama_0022     TRUE 0.975 -7.000 0.211 1.000   NA
 6935804 6935805 Sama_0022 Sama_0023     TRUE 0.998 2.000 0.379 0.008 Y NA
 6935807 6935808 Sama_0025 Sama_0026 glyS glyQ TRUE 0.994 26.000 0.651 0.001 Y NA
 6935810 6935811 Sama_0028 Sama_0029     FALSE 0.054 144.000 0.009 1.000   NA
 6935813 6935814 Sama_0031 Sama_0032 fadA fadB TRUE 0.990 20.000 0.607 1.000 Y NA
 6935815 6935816 Sama_0033 Sama_0034     TRUE 0.970 3.000 0.127 1.000   NA
 6935816 6935817 Sama_0034 Sama_0035     FALSE 0.408 125.000 0.202 1.000   NA
 6935817 6935818 Sama_0035 Sama_0036     TRUE 0.965 0.000 0.118 1.000 N NA
 6935821 6935822 Sama_0039 Sama_0040   trkA TRUE 0.995 3.000 0.126 0.004 Y NA
 6935822 6935823 Sama_0040 Sama_0041 trkA   TRUE 0.878 18.000 0.122 1.000 N NA
 6935823 6935824 Sama_0041 Sama_0042     TRUE 0.995 0.000 0.305 1.000 Y NA
 6935824 6935825 Sama_0042 Sama_0043   def TRUE 0.981 16.000 0.105 0.026 Y NA
 6935826 6935827 Sama_0044 Sama_0045     FALSE 0.286 85.000 0.048 1.000   NA
 6935827 6935828 Sama_0045 Sama_0046     TRUE 0.966 3.000 0.124 NA   NA
 6935830 6935831 Sama_0048 Sama_0049     FALSE 0.408 98.000 0.151 NA N NA
 6935831 6935832 Sama_0049 Sama_0050     TRUE 0.847 14.000 0.066 NA N NA
 6935834 6935835 Sama_0052 Sama_0053     TRUE 0.945 3.000 0.078 NA   NA
 6935837 6935838 Sama_R0001 Sama_R0002     FALSE 0.005 267.000 0.000 NA   NA
 6935838 6935839 Sama_R0002 Sama_R0003     FALSE 0.019 172.000 0.000 NA   NA
 6935839 6935840 Sama_R0003 Sama_0055     FALSE 0.035 149.000 0.000 NA   NA
 6935840 6935841 Sama_0055 Sama_0056     TRUE 0.896 16.000 0.118 NA   NA
 6935842 6935843 Sama_0057 Sama_0058     TRUE 0.753 22.000 0.060 1.000   NA
 6935843 6935844 Sama_0058 Sama_0059     TRUE 0.731 31.000 0.036 0.050 N NA
 6935844 6935845 Sama_0059 Sama_0060     TRUE 0.972 6.000 0.170 1.000 N NA
 6935846 6935847 Sama_0061 Sama_0062     FALSE 0.052 220.000 0.158 NA N NA
 6935847 6935848 Sama_0062 Sama_0063   gpsA TRUE 0.978 7.000 0.206 1.000 N NA
 6935848 6935849 Sama_0063 Sama_0064 gpsA   FALSE 0.206 71.000 0.017 NA   NA
 6935849 6935850 Sama_0064 Sama_0065     FALSE 0.001 567.000 0.000 NA   NA
 6935850 6935851 Sama_0065 Sama_0066     TRUE 0.765 15.000 0.041 NA N NA
 6935851 6935852 Sama_0066 Sama_0067     TRUE 0.942 0.000 0.082 NA N NA
 6935852 6935853 Sama_0067 Sama_0068   mogA FALSE 0.068 117.000 0.006 1.000 N NA
 6935853 6935854 Sama_0068 Sama_0069 mogA   FALSE 0.184 47.000 0.014 NA N NA
 6935855 6935856 Sama_0070 Sama_0071     FALSE 0.460 24.000 0.000 NA   NA
 6935856 6935857 Sama_0071 Sama_0072   pbpG TRUE 0.863 2.000 0.000 1.000   NA
 6935857 6935858 Sama_0072 Sama_0073 pbpG   FALSE 0.116 89.000 0.000 NA   NA
 6935858 6935859 Sama_0073 Sama_0074     FALSE 0.144 106.000 0.029 NA   NA
 6935860 6935861 Sama_0075 Sama_0076     FALSE 0.004 298.000 0.000 1.000   NA
 6935864 6935865 Sama_0079 Sama_0080     FALSE 0.010 207.000 0.000 NA   NA
 6935866 6935867 Sama_0081 Sama_0082     FALSE 0.005 250.000 0.000 1.000 N NA
 6935868 6935869 Sama_0083 Sama_0084     TRUE 0.791 44.000 0.262 NA   NA
 6935873 6935874 Sama_0088 Sama_0089     TRUE 0.984 17.000 0.679 NA   NA
 6935874 6935875 Sama_0089 Sama_0090     FALSE 0.258 37.000 0.000 NA   NA
 6935875 6935876 Sama_0090 Sama_0091     FALSE 0.001 774.000 0.000 1.000   NA
 6935880 6935881 Sama_0095 Sama_0096     TRUE 0.992 0.000 0.405 1.000   NA
 6935881 6935882 Sama_0096 Sama_0097   tdh FALSE 0.196 127.000 0.089 1.000 N NA
 6935882 6935883 Sama_0097 Sama_0098 tdh   TRUE 0.969 22.000 0.547 1.000 N NA
 6935883 6935884 Sama_0098 Sama_0099     FALSE 0.005 259.000 0.000 1.000 N NA
 6935887 6935888 Sama_0102 Sama_0103     TRUE 0.820 5.000 0.000 NA   NA
 6935888 6935889 Sama_0103 Sama_0104     TRUE 0.983 -3.000 0.250 NA   NA
 6935890 6935891 Sama_0105 Sama_0106     TRUE 0.698 51.000 0.200 NA   NA
 6935891 6935892 Sama_0106 Sama_0107     TRUE 0.988 -3.000 0.333 NA   NA
 6935892 6935893 Sama_0107 Sama_0108     TRUE 0.807 8.000 0.000 NA   NA
 6935893 6935894 Sama_0108 Sama_0109     FALSE 0.460 24.000 0.000 NA   NA
 6935895 6935896 Sama_0110 Sama_0111     TRUE 0.610 19.000 0.015 NA   NA
 6935896 6935897 Sama_0111 Sama_0112     FALSE 0.048 137.000 0.000 NA   NA
 6935897 6935898 Sama_0112 Sama_0113     TRUE 0.991 -3.000 0.444 NA   NA
 6935898 6935899 Sama_0113 Sama_0114     TRUE 0.987 9.000 0.333 NA   NA
 6935899 6935900 Sama_0114 Sama_0115     FALSE 0.023 175.000 0.000 1.000   NA
 6935901 6935902 Sama_0116 Sama_0117     FALSE 0.024 165.000 0.000 NA   NA
 6935902 6935903 Sama_0117 Sama_0118     FALSE 0.434 29.000 0.018 NA   NA
 6935903 6935904 Sama_0118 Sama_0119     TRUE 0.820 62.000 0.400 NA   NA
 6935904 6935905 Sama_0119 Sama_0120     TRUE 0.997 10.000 0.303 0.005 Y NA
 6935905 6935906 Sama_0120 Sama_0121     TRUE 0.976 17.000 0.073 0.005 Y NA
 6935906 6935907 Sama_0121 Sama_0122     TRUE 0.844 -16.000 0.038 1.000 N NA
 6935907 6935908 Sama_0122 Sama_0123     TRUE 0.991 0.000 0.389 1.000 N NA
 6935908 6935909 Sama_0123 Sama_0124     TRUE 0.997 -3.000 0.524 NA Y NA
 6935910 6935911 Sama_0125 Sama_0126     TRUE 0.976 3.000 0.000 1.000 Y NA
 6935912 6935913 Sama_0127 Sama_0128     FALSE 0.197 82.000 0.023 NA   NA
 6935916 6935917 Sama_0131 Sama_0132     TRUE 0.958 -3.000 0.105 1.000   NA
 6935917 6935918 Sama_0132 Sama_0133     TRUE 0.969 -3.000 0.140 1.000   NA
 6935918 6935919 Sama_0133 Sama_0134     TRUE 0.994 -10.000 0.778 NA   NA
 6935919 6935920 Sama_0134 Sama_0135     TRUE 0.991 0.000 0.393 NA   NA
 6935920 6935921 Sama_0135 Sama_0136     FALSE 0.002 445.000 0.000 NA   NA
 6935922 6935923 Sama_0137 Sama_0138     TRUE 0.998 6.000 0.323 0.005 Y NA
 6935923 6935924 Sama_0138 Sama_0139     FALSE 0.044 137.000 0.000 1.000 N NA
 6935924 6935925 Sama_0139 Sama_0140     TRUE 0.745 -3.000 0.000 NA N NA
 6935927 6935928 Sama_0142 Sama_0143     FALSE 0.002 327.000 0.000 1.000 N NA
 6935929 6935930 Sama_0144 Sama_0145     TRUE 0.915 -3.000 0.052 1.000 N NA
 6935930 6935931 Sama_0145 Sama_0146     TRUE 0.800 -3.000 0.000 1.000 N NA
 6935931 6935932 Sama_0146 Sama_0147     TRUE 0.973 -3.000 0.000 1.000 Y NA
 6935932 6935933 Sama_0147 Sama_0148     FALSE 0.213 55.000 0.000 1.000   NA
 6935933 6935934 Sama_0148 Sama_0149     FALSE 0.002 458.000 0.000 1.000   NA
 6935934 6935935 Sama_0149 Sama_0150     FALSE 0.004 298.000 0.000 1.000   NA
 6935935 6935936 Sama_0150 Sama_0151     FALSE 0.003 324.000 0.000 1.000   NA
 6935936 6935937 Sama_0151 Sama_0152     FALSE 0.147 77.000 0.000 NA   NA
 6935937 6935938 Sama_0152 Sama_0153     TRUE 0.829 3.000 0.000 NA   NA
 6935938 6935939 Sama_0153 Sama_0154     TRUE 0.835 0.000 0.000 NA   NA
 6935939 6935940 Sama_0154 Sama_0155     TRUE 0.976 3.000 0.000 1.000 Y NA
 6935940 6935941 Sama_0155 Sama_0156     FALSE 0.003 314.000 0.000 1.000 N NA
 6935943 6935944 Sama_0158 Sama_0159     FALSE 0.008 227.000 0.000 NA   NA
 6935944 6935945 Sama_0159 Sama_0160     FALSE 0.047 138.000 0.000 NA   NA
 6935946 6935947 Sama_0161 Sama_0162     FALSE 0.002 408.000 0.000 1.000 N NA
 6935947 6935948 Sama_0162 Sama_0163     FALSE 0.004 318.000 0.000 1.000   NA
 6935948 6935949 Sama_0163 Sama_0164     FALSE 0.161 69.000 0.000 NA   NA
 6935949 6935950 Sama_0164 Sama_0165     FALSE 0.139 80.000 0.000 NA   NA
 6935950 6935951 Sama_0165 Sama_0166   hslO FALSE 0.026 200.000 0.048 1.000 N NA
 6935951 6935952 Sama_0166 Sama_0167 hslO   TRUE 0.911 16.000 0.140 1.000 N NA
 6935953 6935954 Sama_0168 Sama_0169     TRUE 0.991 27.000 0.575 0.006 Y NA
 6935954 6935955 Sama_0169 Sama_0170     TRUE 0.999 11.000 0.776 0.006 Y NA
 6935955 6935956 Sama_0170 Sama_0171     TRUE 0.999 4.000 0.653 0.006 Y NA
 6935956 6935957 Sama_0171 Sama_0172     TRUE 0.983 38.000 0.599 0.006 Y NA
 6935957 6935958 Sama_0172 Sama_0173     TRUE 0.992 13.000 0.425 0.006   NA
 6935958 6935959 Sama_0173 Sama_0174     TRUE 0.986 23.000 0.605 0.006   NA
 6935959 6935960 Sama_0174 Sama_0175     TRUE 0.995 -19.000 0.569 0.006   NA
 6935960 6935961 Sama_0175 Sama_0176     TRUE 0.997 0.000 0.461 1.000 Y NA
 6935961 6935962 Sama_0176 Sama_0177     TRUE 0.967 53.000 0.537 0.068 Y NA
 6935962 6935963 Sama_0177 Sama_0178     TRUE 0.998 2.000 0.811 1.000 Y NA
 6935963 6935964 Sama_0178 Sama_0179     TRUE 0.979 20.000 0.649 1.000   NA
 6935965 6935966 Sama_0180 Sama_0181     FALSE 0.167 62.000 0.000 NA   NA
 6935966 6935967 Sama_0181 Sama_0182     FALSE 0.150 76.000 0.000 NA   NA
 6935968 6935969 Sama_0183 Sama_0184 nudE   TRUE 0.856 45.000 0.373 1.000   NA
 6935969 6935970 Sama_0184 Sama_0185     TRUE 0.896 -13.000 0.054 1.000   NA
 6935970 6935971 Sama_0185 Sama_0186     FALSE 0.191 119.000 0.062 1.000   NA
 6935971 6935972 Sama_0186 Sama_0187     TRUE 0.952 -3.000 0.090 1.000   NA
 6935972 6935973 Sama_0187 Sama_0188     FALSE 0.122 101.000 0.017 NA   NA
 6935974 6935975 Sama_0189 Sama_0190     TRUE 0.979 -3.000 0.214 NA   NA
 6935975 6935976 Sama_0190 Sama_0191     FALSE 0.167 89.000 0.025 1.000 N NA
 6935981 6935982 Sama_R0004 Sama_R0005     FALSE 0.158 71.000 0.000 NA   NA
 6935982 6935983 Sama_R0005 Sama_R0006     FALSE 0.066 120.000 0.000 NA   NA
 6935983 6935984 Sama_R0006 Sama_R0007     FALSE 0.004 277.000 0.000 NA   NA
 6935984 6935985 Sama_R0007 Sama_R0008     FALSE 0.163 66.000 0.000 NA   NA
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