MicrobesOnline Operon Predictions for Shewanella baltica OS155

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column Description
Gene1 VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1 Systematic name of 1st gene in pair
Name1 Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2 VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2 Systematic name of 2nd gene in pair
Name2 Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim Whether the genes share a COG category or not
ExprSim Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

 Gene1 Gene2 SysName1 SysName2 Name1 Name2 bOp pOp Sep MOGScore GOScore COGSim ExprSim
 6931262 6931263 Sbal_0001 Sbal_0002 dnaA   TRUE 0.984 20.000 0.328 1.000 Y NA
 6931263 6931264 Sbal_0002 Sbal_0003   recF TRUE 0.709 202.000 0.318 1.000 Y NA
 6931264 6931265 Sbal_0003 Sbal_0004 recF   TRUE 0.991 17.000 0.249 0.005 Y NA
 6931267 6931268 Sbal_0006 Sbal_0007     TRUE 0.984 2.000 0.063 0.055   NA
 6931268 6931269 Sbal_0007 Sbal_0008     TRUE 0.992 0.000 0.180 0.055   NA
 6931269 6931270 Sbal_0008 Sbal_0009     TRUE 0.994 -3.000 0.300 0.009   NA
 6931273 6931274 Sbal_0012 Sbal_0013 glyS glyQ TRUE 0.999 11.000 0.651 0.001 Y NA
 6931276 6931277 Sbal_0015 Sbal_0016     FALSE 0.119 54.000 0.000 NA N NA
 6931277 6931278 Sbal_0016 Sbal_0017     FALSE 0.020 263.000 0.000 NA   NA
 6931278 6931279 Sbal_0017 Sbal_0018     FALSE 0.412 49.000 0.043 1.000   NA
 6931279 6931280 Sbal_0018 Sbal_0019     FALSE 0.101 171.000 0.000 NA   NA
 6931280 6931281 Sbal_0019 Sbal_0020   fadA FALSE 0.026 244.000 0.000 NA   NA
 6931281 6931282 Sbal_0020 Sbal_0021 fadA fadB TRUE 0.989 23.000 0.607 1.000 Y NA
 6931283 6931284 Sbal_0022 Sbal_0023     TRUE 0.805 28.000 0.127 1.000   NA
 6931284 6931285 Sbal_0023 Sbal_0024     TRUE 0.515 162.000 0.202 1.000   NA
 6931285 6931286 Sbal_0024 Sbal_0025     TRUE 0.970 3.000 0.118 1.000 N NA
 6931289 6931290 Sbal_0028 Sbal_0029   trkA TRUE 0.980 21.000 0.126 0.005 Y NA
 6931290 6931291 Sbal_0029 Sbal_0030 trkA   TRUE 0.878 16.000 0.122 1.000 N NA
 6931291 6931292 Sbal_0030 Sbal_0031     TRUE 0.997 2.000 0.305 1.000 Y NA
 6931292 6931293 Sbal_0031 Sbal_0032   def TRUE 0.995 9.000 0.105 0.021 Y NA
 6931294 6931295 Sbal_0033 Sbal_0034     FALSE 0.366 84.000 0.048 1.000   NA
 6931295 6931296 Sbal_0034 Sbal_0035     TRUE 0.978 3.000 0.124 NA   NA
 6931296 6931297 Sbal_0035 Sbal_0036     TRUE 0.767 114.000 0.331 NA   NA
 6931297 6931298 Sbal_0036 Sbal_0037     FALSE 0.448 127.000 0.151 NA N NA
 6931298 6931299 Sbal_0037 Sbal_0038     TRUE 0.594 26.000 0.066 NA N NA
 6931301 6931302 Sbal_0040 Sbal_0041 aroE   TRUE 0.957 6.000 0.078 NA   NA
 6931304 6931305 Sbal_R0001 Sbal_R0002     FALSE 0.006 369.000 0.000 NA   NA
 6931305 6931306 Sbal_R0002 Sbal_R0003     FALSE 0.142 141.000 0.000 NA   NA
 6931306 6931307 Sbal_R0003 Sbal_0043     FALSE 0.014 289.000 0.000 NA   NA
 6931308 6931309 Sbal_0044 Sbal_0045     TRUE 0.754 96.000 0.262 NA   NA
 6931311 6931312 Sbal_0047 Sbal_0048     FALSE 0.109 298.000 0.244 NA   NA
 6931312 6931313 Sbal_0048 Sbal_0049     TRUE 0.918 75.000 0.679 NA   NA
 6931313 6931314 Sbal_0049 Sbal_0050     TRUE 0.811 91.000 0.333 NA   NA
 6931314 6931315 Sbal_0050 Sbal_0051     FALSE 0.004 821.000 0.069 NA   NA
 6931319 6931320 Sbal_0055 Sbal_0056     TRUE 0.990 -3.000 0.405 1.000   NA
 6931320 6931321 Sbal_0056 Sbal_0057   tdh FALSE 0.373 102.000 0.089 1.000 N NA
 6931321 6931322 Sbal_0057 Sbal_0058 tdh   TRUE 0.990 12.000 0.547 1.000 N NA
 6931322 6931323 Sbal_0058 Sbal_0059     FALSE 0.004 288.000 0.011 1.000 N NA
 6931326 6931327 Sbal_0062 Sbal_0063     TRUE 0.887 10.000 0.029 NA   NA
 6931327 6931328 Sbal_0063 Sbal_0064     FALSE 0.494 -15.000 0.000 NA   NA
 6931328 6931329 Sbal_0064 Sbal_0065     FALSE 0.389 33.000 0.000 NA   NA
 6931330 6931331 Sbal_0066 Sbal_0067     TRUE 0.983 0.000 0.000 1.000 Y NA
 6931332 6931333 Sbal_0068 Sbal_0069 coaD   FALSE 0.207 91.000 0.015 NA   NA
 6931334 6931335 Sbal_0070 Sbal_0071     TRUE 0.978 24.000 0.333 1.000 Y NA
 6931336 6931337 Sbal_0072 Sbal_0073     TRUE 0.967 21.000 0.444 NA   NA
 6931337 6931338 Sbal_0073 Sbal_0074     FALSE 0.259 64.000 0.000 NA   NA
 6931339 6931340 Sbal_0075 Sbal_0076     FALSE 0.352 36.000 0.018 NA   NA
 6931340 6931341 Sbal_0076 Sbal_0077     TRUE 0.839 90.000 0.400 NA   NA
 6931341 6931342 Sbal_0077 Sbal_0078     TRUE 0.993 17.000 0.303 0.004 Y NA
 6931342 6931343 Sbal_0078 Sbal_0079     TRUE 0.935 34.000 0.073 0.004 Y NA
 6931343 6931344 Sbal_0079 Sbal_0080     FALSE 0.446 -16.000 0.038 1.000 N NA
 6931344 6931345 Sbal_0080 Sbal_0081     TRUE 0.993 4.000 0.389 1.000 N NA
 6931345 6931346 Sbal_0081 Sbal_0082     TRUE 0.997 -3.000 0.524 NA Y NA
 6931347 6931348 Sbal_0083 Sbal_0084     TRUE 0.997 2.000 0.273 1.000 Y NA
 6931349 6931350 Sbal_0085 Sbal_0086     FALSE 0.225 101.000 0.023 NA   NA
 6931353 6931354 Sbal_0089 Sbal_0090     TRUE 0.975 2.000 0.105 1.000   NA
 6931354 6931355 Sbal_0090 Sbal_0091     TRUE 0.895 -10.000 0.140 1.000   NA
 6931355 6931356 Sbal_0091 Sbal_0092     TRUE 0.991 -7.000 0.778 NA   NA
 6931356 6931357 Sbal_0092 Sbal_0093     TRUE 0.927 30.000 0.393 NA   NA
 6931357 6931358 Sbal_0093 Sbal_0094     TRUE 0.597 21.000 0.000 NA   NA
 6931358 6931359 Sbal_0094 Sbal_0095     TRUE 0.894 39.000 0.357 NA   NA
 6931359 6931360 Sbal_0095 Sbal_0096     FALSE 0.030 234.000 0.000 NA   NA
 6931360 6931361 Sbal_0096 Sbal_0097     FALSE 0.388 113.000 0.080 NA   NA
 6931362 6931363 Sbal_0098 Sbal_0099     TRUE 0.992 -3.000 0.514 NA   NA
 6931363 6931364 Sbal_0099 Sbal_0100     TRUE 0.992 2.000 0.286 NA   NA
 6931364 6931365 Sbal_0100 Sbal_0101     TRUE 0.987 -3.000 0.318 NA   NA
 6931366 6931367 Sbal_0102 Sbal_0103     FALSE 0.165 126.000 0.000 NA   NA
 6931368 6931369 Sbal_0104 Sbal_0105     FALSE 0.014 287.000 0.000 NA   NA
 6931370 6931371 Sbal_0106 Sbal_0107     FALSE 0.003 561.000 0.000 NA   NA
 6931372 6931373 Sbal_0108 Sbal_0109     TRUE 0.992 -3.000 0.480 NA   NA
 6931373 6931374 Sbal_0109 Sbal_0110     TRUE 0.843 -3.000 0.000 NA   NA
 6931374 6931375 Sbal_0110 Sbal_0111     TRUE 0.719 -7.000 0.000 NA   NA
 6931375 6931376 Sbal_0111 Sbal_0112     TRUE 0.997 5.000 0.853 NA N NA
 6931376 6931377 Sbal_0112 Sbal_0113     FALSE 0.487 28.000 0.000 1.000   NA
 6931377 6931378 Sbal_0113 Sbal_0114     FALSE 0.351 41.000 0.000 1.000   NA
 6931378 6931379 Sbal_0114 Sbal_0115     FALSE 0.002 403.000 0.000 1.000 N NA
 6931379 6931380 Sbal_0115 Sbal_0116     TRUE 0.875 49.000 0.015 0.002 Y NA
 6931380 6931381 Sbal_0116 Sbal_0117     TRUE 0.996 12.000 0.500 1.000 Y NA
 6931381 6931382 Sbal_0117 Sbal_0118     FALSE 0.008 344.000 0.000 NA   NA
 6931382 6931383 Sbal_0118 Sbal_0119     TRUE 0.978 6.000 0.147 NA   NA
 6931383 6931384 Sbal_0119 Sbal_0120     TRUE 0.992 7.000 0.353 NA   NA
 6931384 6931385 Sbal_0120 Sbal_0121     FALSE 0.102 170.000 0.000 NA   NA
 6931385 6931386 Sbal_0121 Sbal_0122     FALSE 0.110 180.000 0.029 NA   NA
 6931386 6931387 Sbal_0122 Sbal_0123     TRUE 0.781 168.000 0.625 NA   NA
 6931388 6931389 Sbal_0124 Sbal_0125     FALSE 0.092 185.000 0.024 NA   NA
 6931393 6931394 Sbal_0129 Sbal_0130     TRUE 0.948 -24.000 0.521 1.000   NA
 6931394 6931395 Sbal_0130 Sbal_0131     FALSE 0.146 146.000 0.000 1.000   NA
 6931395 6931396 Sbal_0131 Sbal_0132     FALSE 0.280 60.000 0.000 1.000   NA
 6931400 6931401 Sbal_0136 Sbal_0137     TRUE 0.643 164.000 0.123 1.000 Y NA
 6931401 6931402 Sbal_0137 Sbal_0138     FALSE 0.008 218.000 0.007 1.000 N NA
 6931403 6931404 Sbal_0139 Sbal_0140     FALSE 0.352 62.000 0.039 NA   NA
 6931405 6931406 Sbal_0141 Sbal_0142     FALSE 0.064 242.000 0.066 1.000   NA
 6931407 6931408 Sbal_0143 Sbal_0144     FALSE 0.069 81.000 0.009 1.000 N NA
 6931410 6931411 Sbal_0146 Sbal_0147     TRUE 0.601 48.000 0.099 1.000   NA
 6931411 6931412 Sbal_0147 Sbal_0148     TRUE 0.989 15.000 0.321 1.000 Y NA
 6931412 6931413 Sbal_0148 Sbal_0149     TRUE 0.989 0.000 0.255 NA   NA
 6931413 6931414 Sbal_0149 Sbal_0150     TRUE 0.916 92.000 0.722 NA   NA
 6931414 6931415 Sbal_0150 Sbal_0151     FALSE 0.059 222.000 0.041 NA   NA
 6931415 6931416 Sbal_0151 Sbal_0152     TRUE 0.992 -3.000 0.536 1.000 N NA
 6931416 6931417 Sbal_0152 Sbal_0153     TRUE 0.989 2.000 0.268 1.000 N NA
 6931417 6931418 Sbal_0153 Sbal_0154     TRUE 0.999 10.000 0.741 0.004 Y NA
 6931418 6931419 Sbal_0154 Sbal_0155     FALSE 0.006 403.000 0.000 1.000   NA
 6931419 6931420 Sbal_0155 Sbal_0156     TRUE 0.932 -3.000 0.071 1.000   NA
 6931421 6931422 Sbal_0157 Sbal_0158     TRUE 0.960 0.000 0.103 1.000 N NA
 6931422 6931423 Sbal_0158 Sbal_0159     FALSE 0.467 150.000 0.160 NA   NA
 6931424 6931425 Sbal_0160 Sbal_0161     FALSE 0.003 354.000 0.000 1.000 N NA
 6931425 6931426 Sbal_0161 Sbal_0162     FALSE 0.017 209.000 0.012 1.000 N NA
 6931426 6931427 Sbal_0162 Sbal_0163     TRUE 0.940 10.000 0.095 1.000 N NA
 6931427 6931428 Sbal_0163 Sbal_0164     TRUE 0.987 22.000 1.000 NA   NA
 6931428 6931429 Sbal_0164 Sbal_0165     FALSE 0.018 268.000 0.000 NA   NA
 6931429 6931430 Sbal_0165 Sbal_0166     TRUE 0.948 74.000 1.000 NA   NA
 6931430 6931431 Sbal_0166 Sbal_0167     TRUE 0.939 101.000 1.000 NA   NA
 6931433 6931434 Sbal_0169 Sbal_0170     FALSE 0.345 -25.000 0.010 NA   NA
 6931435 6931436 Sbal_0171 Sbal_0172     TRUE 0.973 4.000 0.000 0.010 N NA
 6931436 6931437 Sbal_0172 Sbal_0173     TRUE 0.987 -3.000 0.121 NA Y NA
 6931437 6931438 Sbal_0173 Sbal_0174     FALSE 0.040 225.000 0.051 NA N NA
 6931439 6931440 Sbal_0175 Sbal_0176     TRUE 0.996 1.000 0.283 0.002 N NA
 6931440 6931441 Sbal_0176 Sbal_0177     TRUE 0.598 28.000 0.042 1.000   NA
 6931441 6931442 Sbal_0177 Sbal_0178     TRUE 0.993 0.000 0.355 1.000   NA
 6931442 6931443 Sbal_0178 Sbal_0179     FALSE 0.018 182.000 0.005 1.000 N NA
 6931444 6931445 Sbal_0180 Sbal_0181     FALSE 0.238 78.000 0.000 NA   NA
 6931445 6931446 Sbal_0181 Sbal_0182     TRUE 0.863 10.000 0.000 NA   NA
 6931446 6931447 Sbal_0182 Sbal_0183     TRUE 0.996 -3.000 0.927 NA N NA
 6931452 6931453 Sbal_0188 Sbal_0189     TRUE 0.584 101.000 0.145 NA   NA
 6931454 6931455 Sbal_0190 Sbal_0191     TRUE 0.873 34.000 0.269 NA   NA
 6931457 6931458 Sbal_0193 Sbal_0194     FALSE 0.071 403.000 0.000 0.019 Y NA
 6931464 6931465 Sbal_0200 Sbal_0201     TRUE 0.541 108.000 0.133 NA   NA
 6931466 6931467 Sbal_0202 Sbal_0203     TRUE 0.988 -3.000 0.333 NA   NA
 6931468 6931469 Sbal_0204 Sbal_0205     FALSE 0.002 888.000 0.000 NA   NA
 6931469 6931470 Sbal_0205 Sbal_0206     FALSE 0.002 628.000 0.000 NA   NA
 6931470 6931471 Sbal_0206 Sbal_0207     TRUE 0.763 138.000 0.227 0.038   NA
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