MicrobesOnline Operon Predictions for Vibrio angustum S14

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column Description
Gene1 VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1 Systematic name of 1st gene in pair
Name1 Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2 VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2 Systematic name of 2nd gene in pair
Name2 Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim Whether the genes share a COG category or not
ExprSim Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

 Gene1 Gene2 SysName1 SysName2 Name1 Name2 bOp pOp Sep MOGScore GOScore COGSim ExprSim
 2790596 2790597 VAS14_t15846 VAS14_09109     FALSE 0.003 639.000 0.000 NA   NA
 2790597 2790598 VAS14_09109 VAS14_09114     FALSE 0.041 160.000 0.000 NA   NA
 2790599 2790600 VAS14_09119 VAS14_09124     FALSE 0.013 229.000 0.000 NA   NA
 2790601 2790602 VAS14_09129 VAS14_09134     FALSE 0.443 42.000 0.033 1.000   NA
 2790602 2790603 VAS14_09134 VAS14_09139     FALSE 0.008 355.000 0.000 1.000   NA
 2790604 2790605 VAS14_09144 VAS14_09149     FALSE 0.030 174.000 0.000 NA   NA
 2790605 2790606 VAS14_09149 VAS14_09154     FALSE 0.087 143.000 0.000 1.000   NA
 2790607 2790608 VAS14_09159 VAS14_09164     FALSE 0.026 208.000 0.000 1.000   NA
 2790608 2790609 VAS14_09164 VAS14_09169     FALSE 0.229 66.000 0.000 1.000   NA
 2790611 2790612 VAS14_09179 VAS14_09184     FALSE 0.065 97.000 0.010 NA   NA
 2790612 2790613 VAS14_09184 VAS14_09189     FALSE 0.280 38.000 0.000 NA   NA
 2790613 2790614 VAS14_09189 VAS14_09194     FALSE 0.427 33.000 0.000 1.000   NA
 2790614 2790615 VAS14_09194 VAS14_09199     FALSE 0.131 89.000 0.000 1.000 N NA
 2790617 2790618 VAS14_09209 VAS14_09214     FALSE 0.016 214.000 0.000 NA   NA
 2790618 2790619 VAS14_09214 VAS14_09219     FALSE 0.050 150.000 0.000 NA   NA
 2790619 2790620 VAS14_09219 VAS14_09224     FALSE 0.003 389.000 0.000 NA N NA
 2790623 2790624 VAS14_09239 VAS14_09244     FALSE 0.116 87.000 0.000 NA   NA
 2790625 2790626 VAS14_09249 VAS14_09254   mogA FALSE 0.060 148.000 0.000 1.000 N NA
 2790630 2790631 VAS14_09274 VAS14_09279     FALSE 0.027 178.000 0.000 NA   NA
 2790632 2790633 VAS14_09284 VAS14_09289     FALSE 0.166 64.000 0.000 NA   NA
 2790633 2790634 VAS14_09289 VAS14_09294     FALSE 0.180 58.000 0.000 NA   NA
 2790634 2790635 VAS14_09294 VAS14_09299     FALSE 0.122 82.000 0.000 NA   NA
 2790637 2790638 VAS14_09309 VAS14_09314     FALSE 0.003 972.000 0.000 NA   NA
 2790643 2790644 VAS14_09339 VAS14_09344     FALSE 0.009 329.000 0.000 1.000   NA
 2790644 2790645 VAS14_09344 VAS14_09349     FALSE 0.184 80.000 0.000 1.000   NA
 2790645 2790646 VAS14_09349 VAS14_09354     TRUE 0.997 0.000 0.600 1.000 N NA
 2790646 2790647 VAS14_09354 VAS14_09359     FALSE 0.007 328.000 0.000 1.000 N NA
 2790647 2790648 VAS14_09359 VAS14_09364     FALSE 0.011 242.000 0.000 NA   NA
 2790650 2790651 VAS14_09374 VAS14_09379     TRUE 0.710 90.000 0.038 1.000 Y NA
 2790651 2790652 VAS14_09379 VAS14_09384     TRUE 0.999 13.000 0.827 1.000 Y NA
 2790652 2790653 VAS14_09384 VAS14_09389     TRUE 0.830 96.000 0.354 0.093 N NA
 2790653 2790654 VAS14_09389 VAS14_09394     TRUE 0.994 -19.000 0.263 0.024 Y NA
 2790654 2790655 VAS14_09394 VAS14_t15848     FALSE 0.081 120.000 0.000 NA   NA
 2790655 2790656 VAS14_t15848 VAS14_t15850     FALSE 0.244 44.000 0.000 NA   NA
 2790657 2790658 VAS14_09399 VAS14_09404     TRUE 0.858 23.000 0.115 1.000   NA
 2790658 2790659 VAS14_09404 VAS14_09409     FALSE 0.322 142.000 0.115 1.000   NA
 2790660 2790661 VAS14_09414 VAS14_09419     FALSE 0.146 71.000 0.000 NA   NA
 2790661 2790662 VAS14_09419 VAS14_t15852     FALSE 0.062 138.000 0.000 NA   NA
 2790663 2790664 VAS14_09424 VAS14_09429     FALSE 0.006 342.000 0.000 NA   NA
 2790667 2790668 VAS14_09439 VAS14_09444     TRUE 0.529 18.000 0.000 NA   NA
 2790671 2790672 VAS14_09459 VAS14_09464     FALSE 0.007 400.000 0.000 1.000   NA
 2790673 2790674 VAS14_09469 VAS14_09474     FALSE 0.153 68.000 0.000 NA   NA
 2790674 2790675 VAS14_09474 VAS14_09479     FALSE 0.005 350.000 0.000 NA   NA
 2790675 2790676 VAS14_09479 VAS14_09484     FALSE 0.035 189.000 0.000 1.000   NA
 2790676 2790677 VAS14_09484 VAS14_09489     FALSE 0.114 89.000 0.000 NA   NA
 2790678 2790679 VAS14_09494 VAS14_09499     TRUE 0.984 47.000 0.625 1.000 Y NA
 2790681 2790682 VAS14_09509 VAS14_09514     FALSE 0.004 543.000 0.000 1.000 N NA
 2790682 2790683 VAS14_09514 VAS14_09519     TRUE 0.587 16.000 0.000 NA   NA
 2790686 2790687 VAS14_09534 VAS14_09539     TRUE 0.997 -7.000 1.000 NA   NA
 2790688 2790689 VAS14_09544 VAS14_09549     FALSE 0.020 196.000 0.000 NA   NA
 2790691 2790692 VAS14_09559 VAS14_09564     FALSE 0.005 368.000 0.000 NA   NA
 2790692 2790693 VAS14_09564 VAS14_09569     TRUE 0.493 20.000 0.000 NA   NA
 2790693 2790694 VAS14_09569 VAS14_09574     TRUE 0.897 -7.000 0.057 NA   NA
 2790694 2790695 VAS14_09574 VAS14_09579     TRUE 0.986 -7.000 0.314 NA   NA
 2790695 2790696 VAS14_09579 VAS14_09584     TRUE 0.979 4.000 0.143 NA   NA
 2790696 2790697 VAS14_09584 VAS14_09589     TRUE 0.995 -3.000 0.500 NA   NA
 2790697 2790698 VAS14_09589 VAS14_09594     FALSE 0.008 382.000 0.000 1.000   NA
 2790699 2790700 VAS14_09599 VAS14_09604     TRUE 0.917 49.000 0.133 1.000 Y NA
 2790700 2790701 VAS14_09604 VAS14_09609     TRUE 0.917 71.000 0.652 NA   NA
 2790701 2790702 VAS14_09609 VAS14_09614     FALSE 0.374 28.000 0.000 NA   NA
 2790702 2790703 VAS14_09614 VAS14_09619     TRUE 0.596 -19.000 0.000 NA   NA
 2790703 2790704 VAS14_09619 VAS14_09624     FALSE 0.022 200.000 0.000 1.000 N NA
 2790704 2790705 VAS14_09624 VAS14_09629     FALSE 0.267 40.000 0.000 NA   NA
 2790705 2790706 VAS14_09629 VAS14_09634     FALSE 0.089 111.000 0.000 NA   NA
 2790706 2790707 VAS14_09634 VAS14_09639     FALSE 0.117 86.000 0.000 NA   NA
 2790708 2790709 VAS14_09644 VAS14_09649     FALSE 0.085 116.000 0.000 NA   NA
 2790709 2790710 VAS14_09649 VAS14_09654     FALSE 0.088 112.000 0.000 NA   NA
 2790710 2790711 VAS14_09654 VAS14_09659     FALSE 0.051 148.000 0.000 NA   NA
 2790711 2790712 VAS14_09659 VAS14_09664     FALSE 0.031 172.000 0.000 NA   NA
 2790712 2790713 VAS14_09664 VAS14_09669     FALSE 0.018 177.000 0.000 NA N NA
 2790713 2790714 VAS14_09669 VAS14_09674     TRUE 0.987 5.000 0.227 NA N NA
 2790715 2790716 VAS14_09679 VAS14_09684     FALSE 0.019 201.000 0.000 NA   NA
 2790718 2790719 VAS14_09694 VAS14_09699     TRUE 0.971 98.000 0.600 0.055 Y NA
 2790719 2790720 VAS14_09699 VAS14_09704     TRUE 0.999 -3.000 0.455 0.001 Y NA
 2790720 2790721 VAS14_09704 VAS14_09709     FALSE 0.010 270.000 0.000 1.000 N NA
 2790721 2790722 VAS14_09709 VAS14_09714     TRUE 0.981 85.000 0.909 1.000 Y NA
 2790722 2790723 VAS14_09714 VAS14_09719     TRUE 0.989 -7.000 0.367 1.000 N NA
 2790723 2790724 VAS14_09719 VAS14_09724     FALSE 0.370 39.000 0.000 1.000   NA
 2790726 2790727 VAS14_09734 VAS14_09739     FALSE 0.139 81.000 0.023 NA   NA
 2790727 2790728 VAS14_09739 VAS14_09744     FALSE 0.013 231.000 0.000 NA   NA
 2790728 2790729 VAS14_09744 VAS14_09749     FALSE 0.018 203.000 0.000 NA   NA
 2790729 2790730 VAS14_09749 VAS14_09754     FALSE 0.010 252.000 0.000 NA   NA
 2790730 2790731 VAS14_09754 VAS14_09759     FALSE 0.111 91.000 0.000 NA   NA
 2790731 2790732 VAS14_09759 VAS14_09764     FALSE 0.120 83.000 0.000 NA   NA
 2790735 2790736 VAS14_09779 VAS14_09784     FALSE 0.086 919.000 0.000 0.002 Y NA
 2790736 2790737 VAS14_09784 VAS14_09789     FALSE 0.005 566.000 0.000 1.000   NA
 2790737 2790738 VAS14_09789 VAS14_09794     FALSE 0.275 54.000 0.000 1.000   NA
 2790741 2790742 VAS14_09809 VAS14_09814     TRUE 0.956 45.000 0.676 NA   NA
 2790743 2790744 VAS14_09819 VAS14_09824     FALSE 0.079 122.000 0.000 NA   NA
 2790745 2790746 VAS14_09829 VAS14_09834     TRUE 0.817 -3.000 0.000 NA   NA
 2790747 2790748 VAS14_09839 VAS14_09844     TRUE 0.529 70.000 0.113 NA   NA
 2790748 2790749 VAS14_09844 VAS14_09849     TRUE 0.982 31.000 0.585 0.003   NA
 2790749 2790750 VAS14_09849 VAS14_09854     FALSE 0.037 366.000 0.113 1.000   NA
 2790751 2790752 VAS14_09859 VAS14_09864     TRUE 1.000 3.000 0.972 0.007 Y NA
 2790752 2790753 VAS14_09864 VAS14_09869     TRUE 1.000 0.000 0.914 NA Y NA
 2790753 2790754 VAS14_09869 VAS14_09874     TRUE 0.985 71.000 0.970 NA Y NA
 2790754 2790755 VAS14_09874 VAS14_09879     TRUE 0.999 13.000 1.000 0.007 Y NA
 2790755 2790756 VAS14_09879 VAS14_09884     TRUE 0.997 36.000 0.971 0.002 Y NA
 2790756 2790757 VAS14_09884 VAS14_09889     TRUE 1.000 10.000 0.941 0.011 Y NA
 2790757 2790758 VAS14_09889 VAS14_09894     TRUE 1.000 0.000 0.912 0.014 Y NA
 2790758 2790759 VAS14_09894 VAS14_09899     TRUE 0.993 10.000 0.457 NA   NA
 2790759 2790760 VAS14_09899 VAS14_09904     TRUE 0.995 6.000 0.457 NA   NA
 2790760 2790761 VAS14_09904 VAS14_09909     TRUE 0.990 11.000 0.000 0.002 Y NA
 2790761 2790762 VAS14_09909 VAS14_09914     TRUE 0.632 15.000 0.000 NA   NA
 2790765 2790766 VAS14_09929 VAS14_09934     FALSE 0.143 72.000 0.000 NA   NA
 2790767 2790768 VAS14_09939 VAS14_09944     FALSE 0.031 173.000 0.000 NA   NA
 2790769 2790770 VAS14_09949 VAS14_09954     TRUE 0.853 27.000 0.154 NA   NA
 2790770 2790771 VAS14_09954 VAS14_09959     TRUE 1.000 0.000 0.846 1.000 Y NA
 2790771 2790772 VAS14_09959 VAS14_09964     TRUE 0.994 10.000 0.500 1.000 N NA
 2790772 2790773 VAS14_09964 VAS14_09969     TRUE 0.926 11.000 0.072 1.000 N NA
 2790773 2790774 VAS14_09969 VAS14_09974     TRUE 0.756 25.000 0.072 1.000   NA
 2790774 2790775 VAS14_09974 VAS14_09979     TRUE 0.845 4.000 0.000 NA   NA
 2790775 2790776 VAS14_09979 VAS14_09984     TRUE 0.644 -13.000 0.000 NA   NA
 2790776 2790777 VAS14_09984 VAS14_09989     TRUE 0.999 14.000 0.865 0.004 Y NA
 2790777 2790778 VAS14_09989 VAS14_09994     TRUE 0.817 -3.000 0.000 NA   NA
 2790778 2790779 VAS14_09994 VAS14_09999     FALSE 0.176 59.000 0.000 NA   NA
 2790779 2790780 VAS14_09999 VAS14_10004     FALSE 0.011 240.000 0.000 NA   NA
 2790780 2790781 VAS14_10004 VAS14_10009     TRUE 0.877 33.000 0.217 NA   NA
 2790781 2790782 VAS14_10009 VAS14_10014     TRUE 0.992 40.000 0.667 0.012 Y NA
 2790782 2790783 VAS14_10014 VAS14_10019     TRUE 0.999 -3.000 1.000 1.000 Y NA
 2790783 2790784 VAS14_10019 VAS14_10024     TRUE 0.999 0.000 0.424 0.003 Y NA
 2790784 2790785 VAS14_10024 VAS14_10029     TRUE 0.995 19.000 0.394 0.012 Y NA
 2790785 2790786 VAS14_10029 VAS14_10034     TRUE 0.958 64.000 0.368 1.000 Y NA
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 2790994 2790995 VAS14_11074 VAS14_11079     TRUE 0.825 22.000 0.007 0.001   NA
 2790996 2790997 VAS14_11084 VAS14_11089     FALSE 0.016 462.000 0.000 0.090   NA
 2790997 2790998 VAS14_11089 VAS14_11094     FALSE 0.310 178.000 0.000 1.000 Y NA
 2790999 2791000 VAS14_11099 VAS14_11104     TRUE 0.854 16.000 0.078 NA   NA
 2791000 2791001 VAS14_11104 VAS14_11109     FALSE 0.048 160.000 0.000 1.000 N NA
 2791002 2791003 VAS14_11114 VAS14_11119     FALSE 0.052 169.000 0.000 1.000   NA
 2791003 2791004 VAS14_11119 VAS14_11124     FALSE 0.066 143.000 0.000 1.000 N NA
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 2791971 2791972 VAS14_02573 VAS14_02578     TRUE 0.791 -13.000 0.038 1.000 N NA
 2791972 2791973 VAS14_02578 VAS14_02583     TRUE 0.979 16.000 0.389 1.000 N NA
 2791973 2791974 VAS14_02583 VAS14_02588     TRUE 0.949 129.000 0.524 0.048 Y NA
 2791975 2791976 VAS14_02593 VAS14_02598     TRUE 0.957 60.000 0.273 0.095 Y NA
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 2791981 2791982 VAS14_02623 VAS14_02628     TRUE 0.996 -10.000 0.901 NA   NA
 2791982 2791983 VAS14_02628 VAS14_02633     FALSE 0.083 302.000 0.195 NA   NA
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 2792175 2792176 VAS14_03593 VAS14_03598     FALSE 0.103 98.000 0.000 NA   NA
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 2794901 2794902 VAS14_21787 VAS14_21792     TRUE 0.996 -7.000 0.321 1.000 Y NA
 2794902 2794903 VAS14_21792 VAS14_21797     TRUE 0.850 45.000 0.255 NA   NA
 2794903 2794904 VAS14_21797 VAS14_21802     TRUE 0.997 -3.000 0.722 NA   NA
 2794906 2794907 VAS14_21812 VAS14_21817     TRUE 0.988 -16.000 0.536 1.000 N NA
 2794907 2794908 VAS14_21817 VAS14_21822     TRUE 0.988 9.000 0.268 1.000 N NA
 2794908 2794909 VAS14_21822 VAS14_21827     TRUE 0.999 13.000 0.741 0.001 Y NA
 2794909 2794910 VAS14_21827 VAS14_21832     FALSE 0.003 366.000 0.000 NA N NA
 2794910 2794911 VAS14_21832 VAS14_21837     FALSE 0.205 140.000 0.083 NA N NA
 2794913 2794914 VAS14_21847 VAS14_21852     TRUE 0.996 -6.000 0.248 NA Y NA
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 2794918 2794919 VAS14_21872 VAS14_21877     FALSE 0.065 185.000 0.051 1.000 N NA
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