MicrobesOnline Operon Predictions for Vibrio fischeri ES114

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column Description
Gene1 VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1 Systematic name of 1st gene in pair
Name1 Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2 VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2 Systematic name of 2nd gene in pair
Name2 Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim Whether the genes share a COG category or not
ExprSim Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

 Gene1 Gene2 SysName1 SysName2 Name1 Name2 bOp pOp Sep MOGScore GOScore COGSim ExprSim
 945561 945562 VF_A0001 VF_A0002   yoaB FALSE 0.006 350.000 0.000 NA   NA
 945562 945563 VF_A0002 VF_A0003 yoaB   FALSE 0.007 310.000 0.000 NA   NA
 945565 945566 VF_A0005 VF_A0006     FALSE 0.086 101.000 0.000 NA   NA
 945568 945569 VF_A0008 VF_A0009   katA FALSE 0.231 55.000 0.042 1.000   NA
 945569 945570 VF_A0009 VF_A0010 katA   FALSE 0.260 26.000 0.000 NA   NA
 945570 945571 VF_A0010 VF_A0011     FALSE 0.111 78.000 0.000 NA   NA
 945573 945574 VF_A0013 VF_A0014     FALSE 0.018 210.000 0.000 1.000   NA
 945574 945575 VF_A0014 VF_A0015     FALSE 0.012 251.000 0.000 1.000   NA
 945575 945576 VF_A0015 VF_A0016     FALSE 0.105 86.000 0.000 1.000   NA
 945578 945579 VF_A0018 VF_A0019     FALSE 0.014 230.000 0.000 1.000   NA
 945579 945580 VF_A0019 VF_A0020     FALSE 0.133 60.000 0.000 NA   NA
 5488641 5488642 VF_A1173 VF_A1174     FALSE 0.051 144.000 0.000 NA   NA
 5488643 945581 VF_A1175 VF_A0021     FALSE 0.007 334.000 0.000 NA   NA
 945582 945583 VF_A0022 VF_A0023     FALSE 0.121 70.000 0.000 NA   NA
 945587 945588 VF_A0027 VF_A0028   setC FALSE 0.006 140.000 0.000 1.000 N NA
 945589 945590 VF_A0029 VF_A0030     FALSE 0.008 116.000 0.000 NA N NA
 945593 945594 VF_A0033 VF_A0034     FALSE 0.113 76.000 0.000 NA   NA
 945596 945597 VF_A0036 VF_A0037     TRUE 0.972 -3.000 0.286 NA   NA
 945598 5488644 VF_A0038 VF_A1176     FALSE 0.045 149.000 0.000 NA   NA
 945599 945600 VF_A0039 VF_A0040 uhpC uhpB TRUE 0.994 9.000 0.929 0.082 N NA
 945600 945601 VF_A0040 VF_A0041 uhpB uhpA TRUE 0.979 39.000 0.444 0.027 Y NA
 945601 945602 VF_A0041 VF_A0042 uhpA uhpT FALSE 0.429 148.000 0.273 1.000 N NA
 945602 945603 VF_A0042 VF_A0043 uhpT   FALSE 0.001 274.000 0.000 1.000 N NA
 945604 945605 VF_A0044 VF_A0045     TRUE 0.999 0.000 1.000 0.015 Y NA
 945605 945606 VF_A0045 VF_A0046     TRUE 0.993 0.000 0.833 NA N NA
 945608 945609 VF_A0048 VF_A0049     TRUE 0.911 6.000 0.167 NA   NA
 945609 945610 VF_A0049 VF_A0050     FALSE 0.521 56.000 0.125 NA   NA
 945614 945615 VF_A0054 VF_A0055     TRUE 0.901 12.000 0.209 NA   NA
 945617 945618 VF_A0057 VF_A0058     TRUE 0.630 -3.000 0.000 NA   NA
 945618 945619 VF_A0058 VF_A0059     TRUE 0.594 3.000 0.000 NA   NA
 945620 945621 VF_A0060 VF_A0061 cmtB cmtA TRUE 0.964 14.000 0.083 0.011 Y NA
 945621 945622 VF_A0061 VF_A0062 cmtA yggP TRUE 0.847 51.000 0.458 1.000 N NA
 945622 945623 VF_A0062 VF_A0063 yggP yggD TRUE 0.686 59.000 0.250 NA N NA
 945623 945624 VF_A0063 VF_A0064 yggD yggC TRUE 0.973 10.000 0.588 NA N NA
 945627 945628 VF_A0067 VF_A0068     TRUE 0.973 10.000 0.500 NA   NA
 945631 945632 VF_A0071 VF_A0072 hnoX   TRUE 0.614 19.000 0.077 1.000   NA
 945633 945634 VF_A0073 VF_A0074     FALSE 0.010 265.000 0.000 NA   NA
 945634 945635 VF_A0074 VF_A0075   mshQ2 FALSE 0.281 23.000 0.000 NA   NA
 945635 945636 VF_A0075 VF_A0076 mshQ2 mshP2 TRUE 0.591 -7.000 0.000 NA   NA
 945636 945637 VF_A0076 VF_A0077 mshP2 mshO2 TRUE 0.978 -28.000 0.548 NA   NA
 945637 945638 VF_A0077 VF_A0078 mshO2 mshD2 TRUE 0.995 0.000 0.871 NA   NA
 945638 945639 VF_A0078 VF_A0079 mshD2 mshC2 TRUE 0.979 -10.000 0.433 NA   NA
 945639 945640 VF_A0079 VF_A0080 mshC2 dmsC FALSE 0.006 372.000 0.000 NA   NA
 945640 945641 VF_A0080 VF_A0081 dmsC ynfG TRUE 0.995 2.000 0.889 1.000   NA
 945641 945642 VF_A0081 VF_A0082 ynfG dmsA TRUE 0.989 11.000 0.310 0.049 Y NA
 945643 945644 VF_A0083 VF_A0084 dmsD   TRUE 0.980 0.000 0.188 0.049   NA
 945645 945646 VF_A0085 VF_A0086   ggt FALSE 0.030 168.000 0.000 1.000   NA
 945646 945647 VF_A0086 VF_A0087 ggt   FALSE 0.035 162.000 0.000 NA   NA
 945648 945649 VF_A0088 VF_A0089     FALSE 0.068 123.000 0.000 1.000   NA
 945650 945651 VF_A0090 VF_A0091     FALSE 0.026 899.000 0.000 0.029   NA
 945651 945652 VF_A0091 VF_A0092     FALSE 0.005 148.000 0.000 1.000 N NA
 945654 945655 VF_A0094 VF_A0095 ynjF ynjD TRUE 0.977 -7.000 0.359 1.000   NA
 945655 945656 VF_A0095 VF_A0096 ynjD   TRUE 0.970 14.000 0.602 1.000   NA
 945656 945657 VF_A0096 VF_A0097   ynjB TRUE 0.982 18.000 0.627 0.057   NA
 945657 945658 VF_A0097 VF_A0098 ynjB ydjX FALSE 0.012 241.000 0.000 NA   NA
 945658 945659 VF_A0098 VF_A0099 ydjX   TRUE 0.831 16.000 0.167 NA   NA
 945659 945660 VF_A0099 VF_A0100   yeiT TRUE 0.874 -3.000 0.083 1.000   NA
 945660 945661 VF_A0100 VF_A0101 yeiT   FALSE 0.330 30.000 0.067 1.000 N NA
 945662 945663 VF_A0102 VF_A0103     TRUE 0.995 9.000 0.750 1.000 Y NA
 945663 945664 VF_A0103 VF_A0104   yraR FALSE 0.011 94.000 0.000 NA N NA
 945664 945665 VF_A0104 VF_A0105 yraR   FALSE 0.013 79.000 0.000 NA N NA
 945667 945668 VF_A0107 VF_A0108     FALSE 0.011 253.000 0.000 NA   NA
 945670 945671 VF_A0110 VF_A0111 ybhG ybhF TRUE 0.996 5.000 0.752 1.000 Y NA
 945671 945672 VF_A0111 VF_A0112 ybhF ybhS TRUE 0.990 -3.000 0.671 1.000 N NA
 945672 5488645 VF_A0112 VF_A1177 ybhS   FALSE 0.005 451.000 0.000 NA   NA
 945674 945675 VF_A0114 VF_A0115     FALSE 0.519 76.000 0.147 1.000   NA
 945675 945676 VF_A0115 VF_A0116   yceM FALSE 0.020 197.000 0.000 1.000   NA
 945677 945678 VF_A0117 VF_A0118     FALSE 0.247 64.000 0.051 NA   NA
 945678 945679 VF_A0118 VF_A0119     FALSE 0.208 21.000 0.042 1.000 N NA
 945680 945681 VF_A0120 VF_A0121     FALSE 0.392 12.000 0.000 NA   NA
 945683 945684 VF_A0123 VF_A0124 ybgH tppB FALSE 0.205 345.000 0.000 0.001 Y NA
 945684 945685 VF_A0124 VF_A0125 tppB   FALSE 0.002 186.000 0.000 NA N NA
 945687 945688 VF_A0127 VF_A0128     FALSE 0.008 291.000 0.000 NA   NA
 945688 945689 VF_A0128 VF_A0129   ulaA TRUE 0.974 16.000 0.377 0.013   NA
 945689 945690 VF_A0129 VF_A0130 ulaA   TRUE 0.939 -15.000 0.074 0.013   NA
 945690 945691 VF_A0130 VF_A0131     FALSE 0.037 159.000 0.000 NA   NA
 945691 945692 VF_A0131 VF_A0132     FALSE 0.032 165.000 0.000 NA   NA
 945693 945694 VF_A0133 VF_A0134     FALSE 0.084 104.000 0.000 NA   NA
 945694 945695 VF_A0134 VF_A0135     FALSE 0.468 -31.000 0.000 NA   NA
 945697 945698 VF_A0137 VF_A0138     FALSE 0.030 167.000 0.000 NA   NA
 945698 945699 VF_A0138 VF_A0139     FALSE 0.023 184.000 0.000 NA   NA
 5488646 945702 VF_A0141 VF_A0142     FALSE 0.006 356.000 0.000 NA   NA
 945709 945710 VF_A0149 VF_A0150   yeeN TRUE 0.531 96.000 0.184 NA   NA
 945710 945711 VF_A0150 VF_A0151 yeeN rhlE FALSE 0.040 155.000 0.000 NA   NA
 945711 945712 VF_A0151 VF_A0152 rhlE   FALSE 0.001 237.000 0.000 1.000 N NA
 945712 945713 VF_A0152 VF_A0153   emrD FALSE 0.001 251.000 0.000 1.000 N NA
 945715 945716 VF_A0155 VF_A0156     TRUE 0.941 79.000 1.000 NA   NA
 945718 945719 VF_A0158 VF_A0159 fhuC fhuD TRUE 0.851 39.000 0.125 1.000 Y NA
 945719 945720 VF_A0159 VF_A0160 fhuD fhuB TRUE 0.993 13.000 0.800 1.000 Y NA
 945720 945721 VF_A0160 VF_A0161 fhuB iucA FALSE 0.005 149.000 0.000 1.000 N NA
 945721 945722 VF_A0161 VF_A0162 iucA iucB TRUE 0.988 -7.000 0.609 1.000   NA
 945722 945723 VF_A0162 VF_A0163 iucB iucC TRUE 0.970 0.000 0.250 1.000   NA
 945723 945724 VF_A0163 VF_A0164 iucC iucD TRUE 0.969 29.000 0.417 1.000 Y NA
 945724 945725 VF_A0164 VF_A0165 iucD iutA FALSE 0.155 104.000 0.075 1.000 N NA
 945725 945726 VF_A0165 VF_A0166 iutA qmcA FALSE 0.003 183.000 0.012 NA N NA
 945726 945727 VF_A0166 VF_A0167 qmcA   TRUE 0.982 10.000 0.313 NA Y NA
 945727 945728 VF_A0167 VF_A0168     FALSE 0.001 237.000 0.000 NA N NA
 945728 945729 VF_A0168 VF_A0169     FALSE 0.117 425.000 0.000 0.021 Y NA
 945729 945730 VF_A0169 VF_A0170     FALSE 0.108 461.000 0.000 0.021 Y NA
 945733 945734 VF_A0173 VF_A0174     FALSE 0.044 151.000 0.000 NA   NA
 945734 945735 VF_A0174 VF_A0175     FALSE 0.016 217.000 0.000 NA   NA
 945736 945737 VF_A0176 VF_A0177   ogt FALSE 0.212 24.000 0.044 1.000 N NA
 945738 945739 VF_A0178 VF_A0179 cusS cusR TRUE 0.999 5.000 1.000 0.001 Y NA
 945739 945740 VF_A0179 VF_A0180 cusR   TRUE 0.802 104.000 0.500 NA   NA
 945741 945742 VF_A0181 VF_A0182     TRUE 0.989 6.000 0.364 1.000 Y NA
 945742 945743 VF_A0182 VF_A0183     FALSE 0.013 236.000 0.000 NA   NA
 945743 945744 VF_A0183 VF_A0184     FALSE 0.446 10.000 0.000 NA   NA
 945744 945745 VF_A0184 VF_A0185     FALSE 0.529 -15.000 0.000 1.000   NA
 945745 945746 VF_A0185 VF_A0186   motA2 TRUE 0.941 -3.000 0.000 0.007   NA
 945746 945747 VF_A0186 VF_A0187 motA2 motB2 TRUE 0.998 1.000 0.913 1.000 Y NA
 945748 945749 VF_A0188 VF_A0189 torZ torY TRUE 0.992 13.000 0.481 0.049 Y NA
 945749 945750 VF_A0189 VF_A0190 torY   FALSE 0.059 134.000 0.000 NA   NA
 945751 945752 VF_A0191 VF_A0192     FALSE 0.526 111.000 0.200 NA   NA
 945752 945753 VF_A0192 VF_A0193     TRUE 0.625 2.000 0.000 NA   NA
 945753 945754 VF_A0193 VF_A0194     TRUE 0.994 0.000 0.200 0.017 Y NA
 945754 945755 VF_A0194 VF_A0195     TRUE 0.995 -3.000 0.300 0.073 Y NA
 945755 945756 VF_A0195 VF_A0196     TRUE 0.967 0.000 0.286 1.000 N NA
 945756 945757 VF_A0196 VF_A0197     TRUE 0.938 -3.000 0.154 1.000   NA
 945758 945759 VF_A0198 VF_A0199     TRUE 0.983 0.000 0.400 1.000   NA
 945759 945760 VF_A0199 VF_A0200     TRUE 0.998 -3.000 0.857 0.004   NA
 945764 945765 VF_A0204 VF_A0205   yeiH FALSE 0.069 119.000 0.000 NA   NA
 945767 945768 VF_A0207 VF_A0208     FALSE 0.106 82.000 0.000 NA   NA
 945769 945770 VF_A0209 VF_A0210   eptA FALSE 0.063 129.000 0.000 1.000   NA
 945770 945771 VF_A0210 VF_A0211 eptA   FALSE 0.290 100.000 0.087 1.000   NA
 945771 945772 VF_A0211 VF_A0212     TRUE 0.991 -12.000 0.391 1.000 Y NA
 945773 5488647 VF_A0213 VF_A1178     FALSE 0.446 -103.000 0.000 NA   NA
 5488647 945774 VF_A1178 VF_A0214     FALSE 0.075 113.000 0.000 NA   NA
 945775 945776 VF_A0215 VF_A0216     TRUE 0.989 -10.000 0.667 1.000   NA
 945776 945777 VF_A0216 VF_A0217     FALSE 0.468 -31.000 0.000 NA   NA
 945777 945778 VF_A0217 VF_A0218   flp2 FALSE 0.006 351.000 0.000 NA   NA
 945778 5488648 VF_A0218 VF_A1179 flp2   TRUE 0.973 10.000 0.500 NA   NA
 5488648 945779 VF_A1179 VF_A0219     TRUE 0.995 9.000 0.750 NA Y NA
 945779 945780 VF_A0219 VF_A0220     TRUE 0.996 11.000 1.000 NA Y NA
 945780 945781 VF_A0220 VF_A0221     TRUE 0.992 -3.000 0.667 NA   NA
 945781 945782 VF_A0221 VF_A0222     TRUE 0.991 2.000 0.667 NA   NA
 945782 945783 VF_A0222 VF_A0223   tadA2 TRUE 0.998 3.000 1.000 1.000 Y NA
 945783 945784 VF_A0223 VF_A0224 tadA2 tadB2 TRUE 0.997 -3.000 0.667 1.000 Y NA
 945784 945785 VF_A0224 VF_A0225 tadB2 tadC2 TRUE 0.998 -30.000 1.000 0.015 Y NA
 945785 945786 VF_A0225 VF_A0226 tadC2 tadD2 TRUE 0.996 -10.000 0.667 1.000 Y NA
 945786 945787 VF_A0226 VF_A0227 tadD2 tadE2 TRUE 0.990 5.000 0.750 NA   NA
 945787 945788 VF_A0227 VF_A0228 tadE2 tadF2 TRUE 0.979 -16.000 0.500 NA   NA
 945788 945789 VF_A0228 VF_A0229 tadF2 tadG2 TRUE 0.962 2.000 0.222 NA   NA
 945789 945790 VF_A0229 VF_A0230 tadG2   FALSE 0.175 40.000 0.000 NA   NA
 945790 945791 VF_A0230 VF_A0231     FALSE 0.070 121.000 0.000 1.000   NA
 945791 945792 VF_A0231 VF_A0232     FALSE 0.455 -46.000 0.000 NA   NA
 945793 945794 VF_A0233 VF_A0234     TRUE 0.984 19.000 0.667 0.024   NA
 945795 945796 VF_A0235 VF_A0236 glpF glpK FALSE 0.024 66.000 0.032 1.000 N NA
 945798 945799 VF_A0238 VF_A0239 glpR glpD FALSE 0.083 178.000 0.104 1.000 N NA
 945805 945806 VF_A0245 VF_A0246     FALSE 0.063 128.000 0.000 NA   NA
 945807 945808 VF_A0247 VF_A0248   glpC FALSE 0.001 278.000 0.000 1.000 N NA
 945808 945809 VF_A0248 VF_A0249 glpC glpB TRUE 0.993 -3.000 0.547 0.048 N NA
 945809 945810 VF_A0249 VF_A0250 glpB glpA TRUE 0.996 -3.000 0.650 0.001 N NA
 945813 945814 VF_A0253 VF_A0254 pepT   FALSE 0.059 135.000 0.000 1.000   NA
 945815 945816 VF_A0255 VF_A0256 yeaM   FALSE 0.011 262.000 0.000 NA   NA
 945819 945820 VF_A0259 VF_A0260     FALSE 0.001 430.000 0.000 1.000 N NA
 945820 945821 VF_A0260 VF_A0261     TRUE 0.981 8.000 0.590 1.000   NA
 945821 945822 VF_A0261 VF_A0262     FALSE 0.226 116.000 0.080 1.000   NA
 945822 945823 VF_A0262 VF_A0263     FALSE 0.004 159.000 0.005 1.000   NA
 945823 945824 VF_A0263 VF_A0264   ycbX FALSE 0.061 133.000 0.000 1.000   NA
 945824 945825 VF_A0264 VF_A0265 ycbX   FALSE 0.321 12.000 0.021 1.000   NA
 945825 945826 VF_A0265 VF_A0266     TRUE 0.996 -25.000 0.923 1.000 Y NA
 945827 945828 VF_A0267 VF_A0268   yedI FALSE 0.010 144.000 0.008 NA   NA
 945836 5488650 VF_A0276 VF_AT0001     FALSE 0.005 448.000 0.000 NA   NA
 5488650 5488651 VF_AT0001 VF_AT0002     FALSE 0.175 40.000 0.000 NA   NA
 5488651 945839 VF_AT0002 VF_A0277     FALSE 0.105 83.000 0.000 NA   NA
 945839 945840 VF_A0277 VF_A0278   alx FALSE 0.006 146.000 0.015 1.000 N NA
 945843 945844 VF_A0281 VF_A0282 nrdD nrdG TRUE 0.983 0.000 0.464 1.000 N NA
 945844 945845 VF_A0282 VF_A0283 nrdG   FALSE 0.104 91.000 0.054 1.000 N NA
 945845 945846 VF_A0283 VF_A0284     TRUE 0.712 65.000 0.288 1.000 N NA
 945847 945848 VF_A0285 VF_A0286     TRUE 0.987 91.000 1.000 0.012 Y NA
 945848 945849 VF_A0286 VF_A0287     FALSE 0.010 265.000 0.000 NA   NA
 945849 945850 VF_A0287 VF_A0288     TRUE 0.937 84.000 1.000 NA   NA
 945851 945852 VF_A0289 VF_A0290 cobQ modA FALSE 0.066 12.000 0.014 1.000 N NA
 945852 945853 VF_A0290 VF_A0291 modA modB TRUE 0.999 -3.000 0.627 0.001 Y NA
 945853 945854 VF_A0291 VF_A0292 modB modC TRUE 0.998 4.000 0.537 0.001 Y NA
 945854 945855 VF_A0292 VF_A0293 modC yjjG FALSE 0.127 11.000 0.008 1.000   NA
 945856 945857 VF_A0294 VF_A0295   yaiL FALSE 0.526 5.000 0.026 NA   NA
 945858 945859 VF_A0296 VF_A0297     FALSE 0.007 332.000 0.000 NA   NA
 945859 945860 VF_A0297 VF_A0298   torC TRUE 0.715 58.000 0.069 NA Y NA
 945860 945861 VF_A0298 VF_A0299 torC torA TRUE 0.989 24.000 0.500 0.048 Y NA
 945861 945862 VF_A0299 VF_A0300 torA   FALSE 0.001 238.000 0.000 1.000 N NA
 945862 945863 VF_A0300 VF_A0301     FALSE 0.001 397.000 0.000 1.000 N NA
 945863 945864 VF_A0301 VF_A0302     FALSE 0.002 220.000 0.000 1.000 N NA
 945864 945865 VF_A0302 VF_A0303     TRUE 0.557 -10.000 0.000 NA   NA
 945866 945867 VF_A0304 VF_A0305   sapF FALSE 0.451 10.000 0.026 1.000   NA
 945867 945868 VF_A0305 VF_A0306 sapF sapD TRUE 0.998 -16.000 0.684 0.004 Y NA
 945868 945869 VF_A0306 VF_A0307 sapD sapC TRUE 0.997 0.000 0.667 1.000 Y NA
 945869 945870 VF_A0307 VF_A0308 sapC sapB TRUE 0.990 -13.000 0.210 0.056 Y NA
 945870 945871 VF_A0308 VF_A0309 sapB sapA TRUE 0.975 0.000 0.195 0.056 N NA
 945871 945872 VF_A0309 VF_A0310 sapA pspF TRUE 0.771 78.000 0.402 1.000 N NA
 945873 945874 VF_A0311 VF_A0312 pspA pspB TRUE 0.924 64.000 0.739 NA   NA
 945874 945875 VF_A0312 VF_A0313 pspB pspC TRUE 0.995 0.000 0.913 NA   NA
 945875 945876 VF_A0313 VF_A0314 pspC ycjX TRUE 0.546 96.000 0.190 NA   NA
 945876 945877 VF_A0314 VF_A0315 ycjX ycjF TRUE 0.994 -3.000 0.791 NA   NA
 945877 945878 VF_A0315 VF_A0316 ycjF thiD FALSE 0.011 261.000 0.000 NA   NA
 945878 945879 VF_A0316 VF_A0317 thiD   TRUE 0.937 -7.000 0.204 1.000 N NA
 945879 945880 VF_A0317 VF_A0318   tauC TRUE 0.997 -7.000 0.741 1.000 Y NA
 945880 945881 VF_A0318 VF_A0319 tauC   TRUE 0.963 28.000 0.196 0.056 Y NA
 945881 945882 VF_A0319 VF_A0320     TRUE 0.802 19.000 0.189 1.000 N NA
 945882 945883 VF_A0320 VF_A0321   thiM FALSE 0.030 33.000 0.022 1.000 N NA
 945883 945884 VF_A0321 VF_A0322 thiM   TRUE 0.986 11.000 0.190 0.004 Y NA
 945885 945886 VF_A0323 VF_A0324     FALSE 0.002 188.000 0.000 1.000 N NA
 945890 945891 VF_A0328 VF_A0329 yiaD   FALSE 0.007 152.000 0.007 NA   NA
 945891 945892 VF_A0329 VF_A0330     TRUE 0.992 3.000 0.750 NA   NA
 945892 945893 VF_A0330 VF_A0331     FALSE 0.245 29.000 0.000 NA   NA
 945893 945894 VF_A0331 VF_A0332     FALSE 0.081 10.000 0.000 1.000 N NA
 945894 945895 VF_A0332 VF_A0333   ptrB TRUE 0.957 17.000 0.600 1.000 N NA
 945895 945896 VF_A0333 VF_A0334 ptrB   FALSE 0.001 240.000 0.000 1.000 N NA
 945897 945898 VF_A0335 VF_A0336     TRUE 0.648 19.000 0.086 NA   NA
 945900 945901 VF_A0338 VF_A0339   ygjJ TRUE 0.847 131.000 0.750 1.000   NA
 945901 945902 VF_A0339 VF_A0340 ygjJ   FALSE 0.006 364.000 0.000 1.000   NA
 945902 945903 VF_A0340 VF_A0341     FALSE 0.004 765.000 0.000 NA   NA
 945904 945905 VF_A0342 VF_A0343     TRUE 0.973 -10.000 0.000 0.015 Y NA
 945905 945906 VF_A0343 VF_A0344     TRUE 0.990 6.000 0.400 NA Y NA
 945907 945908 VF_A0345 VF_A0346 ygjI ebgC FALSE 0.431 174.000 0.412 1.000 N NA
 945908 945909 VF_A0346 VF_A0347 ebgC ebgA TRUE 0.999 0.000 0.682 0.001 Y NA
 945909 945910 VF_A0347 VF_A0348 ebgA ebgR FALSE 0.034 350.000 0.136 1.000 N NA
 945910 945911 VF_A0348 VF_A0349 ebgR   FALSE 0.301 102.000 0.000 0.050 N NA
 945911 945912 VF_A0349 VF_A0350     TRUE 0.992 4.000 1.000 1.000 N NA
 945912 945913 VF_A0350 VF_A0351   yidK FALSE 0.054 141.000 0.000 1.000   NA
 945914 945915 VF_A0352 VF_A0353 galE galT FALSE 0.279 138.000 0.007 0.002 N NA
 945915 945917 VF_A0353 VF_A0355 galT galK TRUE 0.595 194.000 0.370 0.002 N NA
 945917 945918 VF_A0355 VF_A0356 galK galM TRUE 0.973 10.000 0.051 0.002 Y NA
 945919 945920 VF_A0357 VF_A0358     TRUE 0.938 4.000 0.227 NA N NA
 945921 945922 VF_A0359 VF_A0360     FALSE 0.163 148.000 0.000 0.095 N NA
 945924 945925 VF_A0362 VF_A0363 ygjH   FALSE 0.011 260.000 0.000 1.000   NA
 945925 945926 VF_A0363 VF_A0364     FALSE 0.108 80.000 0.000 NA   NA
 945926 945927 VF_A0364 VF_A0365     FALSE 0.107 81.000 0.000 NA   NA
 945927 945928 VF_A0365 VF_A0366     FALSE 0.001 364.000 0.000 1.000 N NA
 945928 945929 VF_A0366 VF_A0367     FALSE 0.014 74.000 0.011 NA N NA
 945929 945930 VF_A0367 VF_A0368     FALSE 0.002 219.000 0.000 NA N NA
 945930 945931 VF_A0368 VF_A0369     FALSE 0.088 281.000 0.000 1.000 Y NA
 945931 945932 VF_A0369 VF_A0370     TRUE 0.997 18.000 1.000 0.011 Y NA
 945934 945935 VF_A0372 VF_A0373 ybdG   FALSE 0.312 155.000 0.000 NA Y NA
 945935 945936 VF_A0373 VF_A0374     FALSE 0.001 244.000 0.000 NA N NA
 945936 945937 VF_A0374 VF_A0375     FALSE 0.009 275.000 0.000 NA   NA
 945937 945938 VF_A0375 VF_A0376     TRUE 0.974 4.000 0.364 NA   NA
 945938 945939 VF_A0376 VF_A0377     TRUE 0.981 11.000 0.679 NA   NA
 945940 945941 VF_A0378 VF_A0379   yiaV FALSE 0.002 190.000 0.000 1.000 N NA
 945941 945942 VF_A0379 VF_A0380 yiaV yiaW TRUE 0.936 0.000 0.143 NA   NA
 945942 945943 VF_A0380 VF_A0381 yiaW   FALSE 0.030 167.000 0.000 NA   NA
 5488652 945944 VF_A1180 VF_A0382     FALSE 0.136 57.000 0.000 NA   NA
 945946 945947 VF_A0384 VF_A0385 deaD speG FALSE 0.088 281.000 0.000 1.000 Y NA
 945949 945950 VF_A0387 VF_A0388     FALSE 0.090 96.000 0.000 NA   NA
 945950 945951 VF_A0388 VF_A0389     FALSE 0.020 194.000 0.000 NA   NA
 945952 945953 VF_A0390 VF_A0391     TRUE 0.998 4.000 0.771 0.055 Y NA
 945953 945954 VF_A0391 VF_A0392   glnP TRUE 0.996 15.000 0.771 0.055 Y NA
 945954 945955 VF_A0392 VF_A0393 glnP   TRUE 0.996 2.000 0.548 1.000 Y NA
 945958 945959 VF_A0396 VF_A0397     FALSE 0.004 462.000 0.000 NA   NA
 945960 945961 VF_A0398 VF_A0399     TRUE 0.930 2.000 0.000 0.017   NA
 945961 945962 VF_A0399 VF_A0400   lsrR FALSE 0.069 122.000 0.000 1.000   NA
 945962 945963 VF_A0400 VF_A0401 lsrR   FALSE 0.508 9.000 0.029 1.000   NA
 945963 945964 VF_A0401 VF_A0402   deoD2 TRUE 0.908 58.000 0.636 1.000   NA
 945965 945966 VF_A0403 VF_A0404     TRUE 0.998 -3.000 0.524 0.005 Y NA
 945967 945968 VF_A0405 VF_A0406 ynaI   FALSE 0.046 19.000 0.023 NA N NA
 945968 945969 VF_A0406 VF_A0407     TRUE 0.981 16.000 0.244 0.048 Y NA
 945970 945971 VF_A0408 VF_A0409   ypeB FALSE 0.289 -10.000 0.011 NA   NA
 945975 5488653 VF_A0413 VF_AT0003     FALSE 0.043 152.000 0.000 NA   NA
 5488653 945977 VF_AT0003 VF_A0414     FALSE 0.032 165.000 0.000 NA   NA
 945977 945978 VF_A0414 VF_A0415     FALSE 0.022 196.000 0.029 NA   NA
 945979 945980 VF_A0416 VF_A0417   tdh FALSE 0.013 83.000 0.008 NA N NA
 945980 945981 VF_A0417 VF_A0418 tdh kbl TRUE 0.986 0.000 0.547 1.000 N NA
 945982 945983 VF_A0419 VF_A0420     TRUE 0.531 -13.000 0.000 NA   NA
 945983 5488654 VF_A0420 VF_AR0001     FALSE 0.005 442.000 0.000 NA   NA
 5488654 5488655 VF_AR0001 VF_AT0004     FALSE 0.101 88.000 0.000 NA   NA
 5488655 5488656 VF_AT0004 VF_AT0005     TRUE 0.594 3.000 0.000 NA   NA
 5488656 5488657 VF_AT0005 VF_AT0006     FALSE 0.130 62.000 0.000 NA   NA
 5488657 5488658 VF_AT0006 VF_AR0002     FALSE 0.005 415.000 0.000 NA   NA
 5488658 5488659 VF_AR0002 VF_AR0003     FALSE 0.062 129.000 0.000 NA   NA
 5488659 5488660 VF_AR0003 VF_AT0007     FALSE 0.131 61.000 0.000 NA   NA
 5488660 945991 VF_AT0007 VF_A0421     FALSE 0.007 335.000 0.000 NA   NA
 5488661 945992 VF_A1181 VF_A0422     FALSE 0.011 256.000 0.000 NA   NA
 945993 945994 VF_A0423 VF_A0424 ycaI msbA TRUE 0.733 35.000 0.075 0.078   NA
 945994 945995 VF_A0424 VF_A0425 msbA lpxK TRUE 0.950 0.000 0.205 1.000 N NA
 945995 945996 VF_A0425 VF_A0426 lpxK   TRUE 0.991 2.000 0.263 0.001   NA
 945996 945997 VF_A0426 VF_A0427   kdsB TRUE 0.951 -18.000 0.265 1.000   NA
 945999 946000 VF_A0429 VF_A0430 smtA mukF TRUE 0.877 26.000 0.325 NA N NA
 946000 946001 VF_A0430 VF_A0431 mukF mukE TRUE 0.942 -19.000 0.071 NA Y NA
 946001 946002 VF_A0431 VF_A0432 mukE mukB TRUE 0.999 3.000 0.800 0.001 Y NA
 946002 946004 VF_A0432 VF_A0434 mukB   FALSE 0.075 114.000 0.000 1.000   NA
 946005 946006 VF_A0435 VF_A0436     TRUE 0.996 -19.000 0.783 1.000 Y NA
 946008 946009 VF_A0438 VF_A0439 nagE2 nnrS FALSE 0.005 155.000 0.026 1.000 N NA
 946012 946013 VF_A0442 VF_A0443   cusC FALSE 0.169 176.000 0.133 NA   NA
 946013 946014 VF_A0443 VF_A0444 cusC cusB TRUE 0.951 11.000 0.133 1.000 Y NA
 946014 946015 VF_A0444 VF_A0445 cusB cusA TRUE 0.995 -3.000 1.000 1.000 N NA
 946015 946016 VF_A0445 VF_A0446 cusA cusF TRUE 0.667 98.000 0.286 NA   NA
 946017 946018 VF_A0447 VF_A0448     FALSE 0.296 219.000 0.000 0.021 Y NA
 946018 946019 VF_A0448 VF_A0449     FALSE 0.023 184.000 0.000 NA   NA
 946019 946020 VF_A0449 VF_A0450   hutH FALSE 0.078 111.000 0.000 NA   NA
 946020 946021 VF_A0450 VF_A0451 hutH hutU TRUE 0.976 42.000 0.315 0.001 Y NA
 946021 946022 VF_A0451 VF_A0452 hutU hutG TRUE 0.971 19.000 0.114 0.001 Y NA
 946022 946023 VF_A0452 VF_A0453 hutG hutI TRUE 0.876 -25.000 0.171 1.000 N NA
 946023 946024 VF_A0453 VF_A0454 hutI hutC FALSE 0.062 184.000 0.090 1.000 N NA
 946026 946027 VF_A0456 VF_A0457     TRUE 0.838 25.000 0.209 NA   NA
 946027 946028 VF_A0457 VF_A0458     FALSE 0.082 107.000 0.000 NA   NA
 946028 946030 VF_A0458 VF_A0460   mfd FALSE 0.259 90.000 0.071 NA   NA
 946030 946031 VF_A0460 VF_A0461 mfd   FALSE 0.453 16.000 0.039 NA   NA
 946032 946033 VF_A0462 VF_A0463 lolC lolD TRUE 0.964 -7.000 0.175 0.071 N NA
 946033 946034 VF_A0463 VF_A0464 lolD lolE TRUE 0.959 0.000 0.125 0.071 N NA
 946034 946035 VF_A0464 VF_A0465 lolE   FALSE 0.047 165.000 0.035 1.000   NA
 946035 5488662 VF_A0465 VF_A0466     TRUE 0.643 0.000 0.000 NA   NA
 5488662 946037 VF_A0466 VF_A0467     FALSE 0.513 6.000 0.000 NA   NA
 946037 946038 VF_A0467 VF_A0468   zwf FALSE 0.006 138.000 0.029 1.000 N NA
 946038 946039 VF_A0468 VF_A0469 zwf   TRUE 0.985 -3.000 0.188 1.000 Y NA
 946039 946040 VF_A0469 VF_A0470   gnd TRUE 0.908 37.000 0.039 0.002 Y NA
 946042 946043 VF_A0472 VF_A0473   tcpP FALSE 0.008 311.000 0.000 1.000   NA
 946043 946044 VF_A0473 VF_A0474 tcpP tcpH TRUE 0.630 -3.000 0.000 NA   NA
 946044 946045 VF_A0474 VF_A0475 tcpH   FALSE 0.141 53.000 0.000 NA   NA
 946045 946046 VF_A0475 VF_A0476     TRUE 0.832 51.000 0.000 0.015 Y NA
 946046 946047 VF_A0476 VF_A0477     FALSE 0.376 121.000 0.000 0.015   NA
 946047 946048 VF_A0477 VF_A0478     TRUE 0.643 0.000 0.000 NA   NA
 946048 946049 VF_A0478 VF_A0479     FALSE 0.103 6.000 0.000 NA N NA
 946049 946050 VF_A0479 VF_A0480     FALSE 0.123 69.000 0.000 NA   NA
 946050 946051 VF_A0480 VF_A0481     FALSE 0.146 51.000 0.000 NA   NA
 946052 946053 VF_A0482 VF_A0483     FALSE 0.145 156.000 0.000 0.078 N NA
 946053 946054 VF_A0483 VF_A0484     FALSE 0.002 187.000 0.000 1.000 N NA
 946054 946055 VF_A0484 VF_A0485     TRUE 0.986 -19.000 0.133 0.004 Y NA
 946055 946056 VF_A0485 VF_A0486     FALSE 0.042 135.000 0.021 1.000   NA
 946056 946057 VF_A0486 VF_A0487   ompU2 FALSE 0.036 146.000 0.021 1.000   NA
 946057 946058 VF_A0487 VF_A0488 ompU2   FALSE 0.147 174.000 0.118 NA   NA
 946058 946059 VF_A0488 VF_A0489     FALSE 0.031 166.000 0.000 NA   NA
 946060 946061 VF_A0490 VF_A0491     TRUE 0.948 10.000 0.300 NA   NA
 946064 946065 VF_A0494 VF_A0495 pykA ygcF FALSE 0.010 102.000 0.004 1.000 N NA
 946068 946069 VF_A0498 VF_A0499 ravA viaA FALSE 0.368 19.000 0.033 NA   NA
 946070 946071 VF_A0500 VF_A0501     FALSE 0.299 44.000 0.051 NA   NA
 946074 946075 VF_A0504 VF_A0505     FALSE 0.297 42.000 0.049 NA   NA
 946075 946076 VF_A0505 VF_A0506     TRUE 0.930 23.000 0.412 NA   NA
 946077 946078 VF_A0507 VF_A0508 gltS   FALSE 0.015 221.000 0.000 NA   NA
 946078 946079 VF_A0508 VF_A0509     FALSE 0.026 177.000 0.000 NA   NA
 946082 946083 VF_A0512 VF_A0513     TRUE 0.747 33.000 0.000 0.003   NA
 946086 946087 VF_A0516 VF_A0517     FALSE 0.306 19.000 0.000 NA   NA
 946087 946088 VF_A0517 VF_A0518     FALSE 0.012 243.000 0.000 NA   NA
 946088 946089 VF_A0518 VF_A0519     FALSE 0.004 471.000 0.000 NA   NA
 946089 946090 VF_A0519 VF_A0520     FALSE 0.090 96.000 0.000 NA   NA
 946090 946091 VF_A0520 VF_A0521     FALSE 0.127 65.000 0.000 NA   NA
 946091 946092 VF_A0521 VF_A0522     TRUE 0.643 0.000 0.000 NA   NA
 946093 946094 VF_A0523 VF_A0524     TRUE 0.829 93.000 0.600 1.000 N NA
 946094 946095 VF_A0524 VF_A0525     FALSE 0.001 425.000 0.000 1.000 N NA
 946095 946096 VF_A0525 VF_A0526     FALSE 0.032 31.000 0.000 NA N NA
 946096 946097 VF_A0526 VF_A0527     FALSE 0.086 283.000 0.000 NA Y NA
 946097 946098 VF_A0527 VF_A0528     FALSE 0.117 429.000 0.000 0.020 Y NA
 946098 946099 VF_A0528 VF_A0529   pnuC FALSE 0.000 562.000 0.000 1.000 N NA
 946099 946100 VF_A0529 VF_A0530 pnuC   TRUE 0.955 -3.000 0.227 1.000 N NA
 946100 946101 VF_A0530 VF_A0531     TRUE 0.532 131.000 0.294 NA N NA
 946101 946102 VF_A0531 VF_A0532     FALSE 0.021 190.000 0.000 NA   NA
 946102 946103 VF_A0532 VF_A0533     FALSE 0.095 92.000 0.000 NA   NA
 946103 946104 VF_A0533 VF_A0534     FALSE 0.008 292.000 0.000 NA   NA
 946104 946105 VF_A0534 VF_A0535   hsdM TRUE 0.975 -3.000 0.167 0.049   NA
 946105 946106 VF_A0535 VF_A0536 hsdM   TRUE 0.676 -3.000 0.031 NA   NA
 946106 946107 VF_A0536 VF_A0537     TRUE 0.676 -3.000 0.031 NA   NA
 946107 946108 VF_A0537 VF_A0538     TRUE 0.989 0.000 0.117 0.049 Y NA
 946108 946109 VF_A0538 VF_A0539     TRUE 0.995 3.000 0.216 0.001 Y NA
 946109 946110 VF_A0539 VF_A0540     FALSE 0.267 25.000 0.000 NA   NA
 946110 946111 VF_A0540 VF_A0541     FALSE 0.005 393.000 0.000 NA   NA
 946111 946112 VF_A0541 VF_A0542     FALSE 0.528 5.000 0.000 NA   NA
 946112 946113 VF_A0542 VF_A0543     TRUE 0.951 -3.000 0.000 0.002   NA
 946113 946114 VF_A0543 VF_A0544     TRUE 0.605 -6.000 0.000 NA   NA
 946114 946115 VF_A0544 VF_A0545     FALSE 0.417 11.000 0.000 NA   NA
 946115 946116 VF_A0545 VF_A0546     TRUE 0.557 -10.000 0.000 NA   NA
 946116 946117 VF_A0546 VF_A0547     TRUE 0.591 -7.000 0.000 NA   NA
 946118 946119 VF_A0548 VF_A0549 intA   FALSE 0.006 357.000 0.000 NA   NA
 946119 946120 VF_A0549 VF_A0550     TRUE 0.984 13.000 0.833 NA   NA
 946120 946121 VF_A0550 VF_A0551     FALSE 0.007 315.000 0.000 NA   NA
 946121 946122 VF_A0551 VF_A0552     FALSE 0.044 151.000 0.000 NA   NA
 946124 946125 VF_A0554 VF_A0555     FALSE 0.130 62.000 0.000 NA   NA
 946125 946126 VF_A0555 VF_A0556     FALSE 0.016 63.000 0.000 NA N NA
 946129 946130 VF_A0559 VF_A0560     FALSE 0.060 132.000 0.000 NA   NA
 946130 946131 VF_A0560 VF_A0561     TRUE 0.997 -25.000 0.944 1.000 Y NA
 946131 946132 VF_A0561 VF_A0562     TRUE 0.875 5.000 0.118 NA   NA
 946132 946133 VF_A0562 VF_A0563     TRUE 0.765 0.000 0.042 NA   NA
 946133 946134 VF_A0563 VF_A0564     FALSE 0.362 167.000 0.250 NA   NA
 946134 946135 VF_A0564 VF_A0565   mog FALSE 0.110 79.000 0.000 NA   NA
 946137 5488663 VF_A0567 VF_A1183 ydaM   FALSE 0.086 101.000 0.000 NA   NA
 946139 946140 VF_A0569 VF_A0570   ddlA FALSE 0.018 52.000 0.004 NA   NA
 946142 946143 VF_A0572 VF_A0573   yciH FALSE 0.270 40.000 0.041 NA   NA
 946144 946145 VF_A0574 VF_A0575     FALSE 0.005 451.000 0.000 NA   NA
 946145 946146 VF_A0575 VF_A0576   zot FALSE 0.004 519.000 0.000 NA   NA
 946146 946147 VF_A0576 VF_A0577 zot ace TRUE 0.630 -3.000 0.000 NA   NA
 946147 946148 VF_A0577 VF_A0578 ace orfU FALSE 0.501 7.000 0.000 NA   NA
 946148 5488664 VF_A0578 VF_A1184 orfU cep FALSE 0.071 116.000 0.000 NA   NA
 5488664 946150 VF_A1184 VF_A0580 cep rstB FALSE 0.052 143.000 0.000 NA   NA
 946150 946151 VF_A0580 VF_A0581 rstB rstA TRUE 0.594 3.000 0.000 NA   NA
 946152 5488665 VF_A0582 VF_A1185 rstR   FALSE 0.003 990.000 0.000 NA   NA
 946154 946155 VF_A0584 VF_A0585   pntB FALSE 0.017 213.000 0.000 NA   NA
 946155 946156 VF_A0585 VF_A0586 pntB pntA TRUE 0.998 12.000 0.745 0.001 Y NA
 946156 946157 VF_A0586 VF_A0587 pntA   FALSE 0.011 259.000 0.000 NA   NA
 946157 946158 VF_A0587 VF_A0588     FALSE 0.154 80.000 0.036 NA   NA
 946158 946159 VF_A0588 VF_A0589     FALSE 0.087 110.000 0.029 NA   NA
 946159 946160 VF_A0589 VF_A0590     TRUE 0.990 4.000 0.743 NA   NA
 946160 946161 VF_A0590 VF_A0591     TRUE 0.989 20.000 0.729 NA Y NA
 946161 946162 VF_A0591 VF_A0592     TRUE 0.974 5.000 0.464 1.000 N NA
 946162 946163 VF_A0592 VF_A0593   luxT FALSE 0.092 96.000 0.000 1.000   NA
 946166 946167 VF_A0596 VF_A0597     FALSE 0.250 28.000 0.000 NA   NA
 946170 946171 VF_A0600 VF_A0601     FALSE 0.253 7.000 0.011 NA   NA
 946173 946174 VF_A0603 VF_A0604 yhbQ yceH TRUE 0.876 0.000 0.082 NA   NA
 946175 946176 VF_A0605 VF_A0606     FALSE 0.112 100.000 0.033 NA   NA
 946177 946178 VF_A0607 VF_A0608     TRUE 0.997 0.000 0.902 0.091   NA
 946178 946179 VF_A0608 VF_A0609     FALSE 0.080 136.000 0.035 NA   NA
 946179 946180 VF_A0609 VF_A0610     FALSE 0.007 326.000 0.000 NA   NA
 946181 946182 VF_A0611 VF_A0612 yhjX   FALSE 0.124 110.000 0.039 NA   NA
 946182 946183 VF_A0612 VF_A0613     FALSE 0.034 164.000 0.000 NA   NA
 946184 946185 VF_A0614 VF_A0615     FALSE 0.020 193.000 0.000 NA   NA
 946185 946186 VF_A0615 VF_A0616     FALSE 0.077 179.000 0.071 NA   NA
 946187 946188 VF_A0617 VF_A0618     FALSE 0.008 302.000 0.000 NA   NA
 946191 946192 VF_A0621 VF_A0622     FALSE 0.019 196.000 0.000 NA   NA
 946192 946193 VF_A0622 VF_A0623     FALSE 0.007 314.000 0.000 NA   NA
 946193 946194 VF_A0623 VF_A0624   ygeA FALSE 0.004 658.000 0.000 NA   NA
 946194 946195 VF_A0624 VF_A0625 ygeA   FALSE 0.058 135.000 0.000 NA   NA
 946195 946196 VF_A0625 VF_A0626     FALSE 0.130 62.000 0.000 NA   NA
 946196 946197 VF_A0626 VF_A0627     FALSE 0.012 251.000 0.000 1.000   NA
 5488667 946199 VF_A1187 VF_A0629     FALSE 0.227 32.000 0.000 NA   NA
 946199 946200 VF_A0629 VF_A0630     FALSE 0.004 696.000 0.000 NA   NA
 946200 946201 VF_A0630 VF_A0631     FALSE 0.045 149.000 0.000 NA   NA
 946201 946202 VF_A0631 VF_A0632     FALSE 0.008 290.000 0.000 NA   NA
 946202 946203 VF_A0632 VF_A0633     FALSE 0.007 314.000 0.000 NA   NA
 946203 946204 VF_A0633 VF_A0634     FALSE 0.010 270.000 0.000 NA   NA
 946204 946205 VF_A0634 VF_A0635     FALSE 0.085 103.000 0.000 NA   NA
 946205 946206 VF_A0635 VF_A0636     FALSE 0.082 106.000 0.000 NA   NA
 946206 946207 VF_A0636 VF_A0637     FALSE 0.003 1356.000 0.000 NA   NA
 946207 946208 VF_A0637 VF_A0638     FALSE 0.009 274.000 0.000 NA   NA
 946208 946209 VF_A0638 VF_A0639     FALSE 0.036 160.000 0.000 NA   NA
 946209 946210 VF_A0639 VF_A0640     FALSE 0.031 166.000 0.000 NA   NA
 946210 946211 VF_A0640 VF_A0641     FALSE 0.012 246.000 0.000 NA   NA
 946215 946216 VF_A0645 VF_A0646     FALSE 0.334 142.000 0.000 0.009   NA
 946216 946217 VF_A0646 VF_A0647     FALSE 0.040 155.000 0.000 NA   NA
 946217 946218 VF_A0647 VF_A0648     FALSE 0.373 13.000 0.000 NA   NA
 946218 946219 VF_A0648 VF_A0649     FALSE 0.039 156.000 0.000 NA   NA
 946219 946220 VF_A0649 VF_A0650     TRUE 0.954 -9.000 0.222 NA   NA
 946221 946222 VF_A0651 VF_A0652     FALSE 0.325 17.000 0.000 NA   NA
 946223 946224 VF_A0653 VF_A0654     FALSE 0.044 150.000 0.000 NA   NA
 946224 946225 VF_A0654 VF_A0655     FALSE 0.070 118.000 0.000 NA   NA
 946225 946226 VF_A0655 VF_A0656     FALSE 0.004 727.000 0.000 NA   NA
 946230 946231 VF_A0660 VF_A0661     FALSE 0.010 271.000 0.000 NA   NA
 946231 946232 VF_A0661 VF_A0662     FALSE 0.019 198.000 0.000 NA   NA
 946234 946235 VF_A0664 VF_A0665     TRUE 0.985 3.000 0.500 NA   NA
 946235 946236 VF_A0665 VF_A0666   ydiI FALSE 0.412 23.000 0.071 NA N NA
 946238 946239 VF_A0668 VF_A0669     FALSE 0.004 585.000 0.000 NA   NA
 946239 946240 VF_A0669 VF_A0670     FALSE 0.006 374.000 0.000 NA   NA
 946240 946241 VF_A0670 VF_A0671     FALSE 0.006 380.000 0.000 NA   NA
 946241 946242 VF_A0671 VF_A0672     FALSE 0.004 562.000 0.000 1.000   NA
 946242 946243 VF_A0672 VF_A0673   sbmA FALSE 0.157 -3.000 0.000 1.000 N NA
 946243 946244 VF_A0673 VF_A0674 sbmA   FALSE 0.078 233.000 0.000 0.075   NA
 946244 946245 VF_A0674 VF_A0675     FALSE 0.004 569.000 0.000 NA   NA
 946248 946249 VF_A0678 VF_A0679     TRUE 0.887 49.000 0.500 NA   NA
 946249 946250 VF_A0679 VF_A0680     TRUE 0.993 0.000 0.738 NA   NA
 946250 946251 VF_A0680 VF_A0681     TRUE 0.978 -7.000 0.370 NA   NA
 946251 946252 VF_A0681 VF_A0682     TRUE 0.850 -7.000 0.082 1.000   NA
 946252 946253 VF_A0682 VF_A0683     TRUE 0.605 -6.000 0.000 NA   NA
 946255 946256 VF_A0685 VF_A0686 talB tktB FALSE 0.139 314.000 0.105 1.000 Y NA
 946257 946258 VF_A0687 VF_A0688 htrB1   FALSE 0.015 221.000 0.000 1.000   NA
 946259 946260 VF_A0689 VF_A0690     TRUE 0.926 33.000 0.500 NA   NA
 946261 946262 VF_A0691 VF_A0692 nfsB   FALSE 0.012 90.000 0.000 1.000 N NA
 946263 946264 VF_A0693 VF_A0694     FALSE 0.020 193.000 0.000 NA   NA
 946269 946270 VF_A0699 VF_A0700   gcvT FALSE 0.001 441.000 0.000 1.000 N NA
 946270 946271 VF_A0700 VF_A0701 gcvT   FALSE 0.016 66.000 0.006 1.000 N NA
 946272 946273 VF_A0702 VF_A0703 gcvH gcvP TRUE 0.952 24.000 0.249 1.000 Y NA
 946274 946275 VF_A0704 VF_A0705     TRUE 0.975 -31.000 0.500 NA   NA
 946277 946278 VF_A0707 VF_A0708   yijO FALSE 0.106 82.000 0.000 NA   NA
 946278 5488668 VF_A0708 VF_A1188 yijO   TRUE 0.573 -9.000 0.000 NA   NA
 946279 946280 VF_A0709 VF_A0710   manA TRUE 0.910 72.000 0.333 1.000 Y NA
 946281 946282 VF_A0711 VF_A0712     TRUE 0.999 0.000 0.679 0.010 Y NA
 5488669 946287 VF_AT0008 VF_A0716     FALSE 0.011 257.000 0.000 NA   NA
 946287 946288 VF_A0716 VF_A0717     FALSE 0.006 342.000 0.000 NA   NA
 946288 946289 VF_A0717 VF_A0718     TRUE 0.643 0.000 0.000 NA   NA
 946289 946290 VF_A0718 VF_A0719     FALSE 0.097 91.000 0.000 NA   NA
 946290 946291 VF_A0719 VF_A0720     TRUE 0.643 0.000 0.000 NA   NA
 946291 946292 VF_A0720 VF_A0721     FALSE 0.528 5.000 0.000 NA   NA
 946292 946293 VF_A0721 VF_A0722     FALSE 0.011 252.000 0.000 NA   NA
 946297 946298 VF_A0726 VF_A0727     FALSE 0.255 31.000 0.029 NA   NA
 946298 946299 VF_A0727 VF_A0728     FALSE 0.112 77.000 0.000 NA   NA
 946299 946300 VF_A0728 VF_A0729     FALSE 0.171 41.000 0.000 NA   NA
 946300 946301 VF_A0729 VF_A0730   abgR FALSE 0.103 85.000 0.000 NA   NA
 946303 946304 VF_A0732 VF_A0733     TRUE 0.996 -3.000 0.317 0.025 Y NA
 946304 946305 VF_A0733 VF_A0734     TRUE 0.735 77.000 0.293 NA   NA
 946305 946306 VF_A0734 VF_A0735     TRUE 0.988 3.000 0.579 NA   NA
 946306 946307 VF_A0735 VF_A0736     TRUE 0.992 -7.000 0.737 NA   NA
 946307 946308 VF_A0736 VF_A0737     TRUE 0.990 -12.000 0.824 NA N NA
 946308 946309 VF_A0737 VF_A0738     TRUE 0.989 10.000 0.882 NA   NA
 946311 946312 VF_A0740 VF_A0741 ybiI   FALSE 0.003 184.000 0.010 1.000 N NA
 946312 946313 VF_A0741 VF_A0742     FALSE 0.066 123.000 0.000 NA   NA
 946313 946314 VF_A0742 VF_A0743     TRUE 0.983 13.000 0.818 NA   NA
 946316 946317 VF_A0745 VF_A0746 bioD bioC TRUE 0.926 -7.000 0.028 0.002 N NA
 946317 946318 VF_A0746 VF_A0747 bioC bioF TRUE 0.957 7.000 0.133 0.002 N NA
 946318 5488670 VF_A0747 VF_A1189 bioF bioB TRUE 0.990 -16.000 0.168 0.002 Y NA
 946320 946321 VF_A0749 VF_A0750   rimJ FALSE 0.030 144.000 0.017 NA   NA
 946321 946322 VF_A0750 VF_A0751 rimJ tyrR TRUE 0.747 12.000 0.122 1.000 N NA
 946323 946324 VF_A0752 VF_A0753 ybgA phr TRUE 0.700 -10.000 0.042 NA   NA
 946324 946325 VF_A0753 VF_A0754 phr   FALSE 0.018 51.000 0.004 1.000   NA
 946328 946329 VF_A0757 VF_A0758     TRUE 0.983 0.000 0.395 NA   NA
 946329 946330 VF_A0758 VF_A0759     TRUE 0.963 -52.000 0.387 NA   NA
 946330 946331 VF_A0759 VF_A0760   cfa TRUE 0.863 86.000 0.588 NA   NA
 946331 946332 VF_A0760 VF_A0761 cfa   TRUE 0.955 9.000 0.311 NA   NA
 946332 946333 VF_A0761 VF_A0762     TRUE 0.993 -3.000 0.722 NA   NA
 946333 946334 VF_A0762 VF_A0763     TRUE 0.967 -42.000 0.217 0.024   NA
 946334 946335 VF_A0763 VF_A0764     TRUE 0.988 -3.000 0.533 NA   NA
 946335 946336 VF_A0764 VF_A0765   chrR FALSE 0.113 76.000 0.000 NA   NA
 946336 946337 VF_A0765 VF_A0766 chrR rpoE4 TRUE 0.993 -7.000 0.898 NA N NA
 946339 946340 VF_A0768 VF_A0769     TRUE 0.948 -16.000 0.242 NA   NA
 946340 946341 VF_A0769 VF_A0770     FALSE 0.014 230.000 0.000 NA   NA
 946342 946343 VF_A0771 VF_A0772     FALSE 0.011 95.000 0.022 1.000 N NA
 946346 946347 VF_A0775 VF_A0776     TRUE 0.990 -3.000 0.625 1.000   NA
 946347 946348 VF_A0776 VF_A0777     TRUE 0.972 0.000 0.312 1.000 N NA
 946348 946349 VF_A0777 VF_A0778     TRUE 0.995 -3.000 0.600 0.068   NA
 946349 946350 VF_A0778 VF_A0779     TRUE 0.986 0.000 0.231 0.016   NA
 946350 946351 VF_A0779 VF_A0780     TRUE 0.994 2.000 0.846 NA   NA
 946351 946352 VF_A0780 VF_A0781     TRUE 0.562 73.000 0.167 NA   NA
 946352 946353 VF_A0781 VF_A0782     TRUE 0.972 3.000 0.118 1.000 Y NA
 946353 946354 VF_A0782 VF_A0783     TRUE 0.996 -6.000 0.650 1.000 Y NA
 946354 946355 VF_A0783 VF_A0784   fhuA TRUE 0.625 114.000 0.100 1.000 Y NA
 946355 946356 VF_A0784 VF_A0785 fhuA   FALSE 0.432 145.000 0.211 1.000   NA
 946356 946357 VF_A0785 VF_A0786     FALSE 0.055 140.000 0.000 1.000   NA
 946357 946358 VF_A0786 VF_A0787   ybiT FALSE 0.008 294.000 0.000 1.000   NA
 946358 946359 VF_A0787 VF_A0788 ybiT   FALSE 0.045 149.000 0.000 NA   NA
 946359 946360 VF_A0788 VF_A0789     FALSE 0.014 230.000 0.000 NA   NA
 946360 946361 VF_A0789 VF_A0790     FALSE 0.031 167.000 0.000 1.000   NA
 946366 946367 VF_A0795 VF_A0796   adrA TRUE 0.966 0.000 0.066 1.000 Y NA
 946368 946369 VF_A0797 VF_A0798 malG malF TRUE 0.985 69.000 0.814 0.052 Y NA
 946369 946370 VF_A0798 VF_A0799 malF malE FALSE 0.393 146.000 0.040 1.000 Y NA
 946371 946372 VF_A0800 VF_A0801 malK glgX FALSE 0.468 113.000 0.000 1.000 Y NA
 946375 946376 VF_A0804 VF_A0805   glgA FALSE 0.113 128.000 0.043 NA   NA
 946376 946377 VF_A0805 VF_A0806 glgA glgC TRUE 0.924 -46.000 0.055 1.000 Y NA
 946379 946380 VF_A0808 VF_A0809 glgB malQ TRUE 0.952 54.000 0.235 0.006 Y NA
 946380 946381 VF_A0809 VF_A0810 malQ malP TRUE 0.986 17.000 0.314 0.019 Y NA
 946382 946383 VF_A0811 VF_A0812 malT   FALSE 0.067 91.000 0.020 NA   NA
 946384 946385 VF_A0813 VF_A0814 focA   FALSE 0.029 169.000 0.000 NA   NA
 946385 946386 VF_A0814 VF_A0815   tag FALSE 0.018 51.000 0.004 NA   NA
 946387 946388 VF_A0816 VF_A0817     TRUE 0.990 -3.000 0.615 NA   NA
 946388 946389 VF_A0817 VF_A0818     TRUE 0.925 -19.000 0.194 NA   NA
 946389 946390 VF_A0818 VF_A0819     FALSE 0.032 165.000 0.000 NA   NA
 946391 946392 VF_A0820 VF_A0821 rpoE3   TRUE 0.547 111.000 0.250 1.000 N NA
 946392 946393 VF_A0821 VF_A0822     FALSE 0.056 137.000 0.000 NA   NA
 946393 946394 VF_A0822 VF_A0823     FALSE 0.085 103.000 0.000 NA   NA
 946394 946395 VF_A0823 VF_A0824   vctC TRUE 0.864 12.000 0.018 NA Y NA
 946395 946396 VF_A0824 VF_A0825 vctC   TRUE 0.996 9.000 0.870 1.000 Y NA
 946396 946397 VF_A0825 VF_A0826   vctD TRUE 0.989 51.000 0.870 0.052 Y NA
 946397 946398 VF_A0826 VF_A0827 vctD vctP TRUE 0.914 74.000 0.356 1.000 Y NA
 946398 5488671 VF_A0827 VF_A1190 vctP   FALSE 0.017 212.000 0.000 NA   NA
 5488671 946399 VF_A1190 VF_A0828     FALSE 0.010 268.000 0.000 NA   NA
 946399 946400 VF_A0828 VF_A0829   putP FALSE 0.002 186.000 0.000 1.000 N NA
 946400 946401 VF_A0829 VF_A0830 putP   FALSE 0.119 110.000 0.037 1.000   NA
 946401 946403 VF_A0830 VF_A0832   putA TRUE 0.887 15.000 0.037 0.001   NA
 946403 946404 VF_A0832 VF_A0833 putA   FALSE 0.004 160.000 0.000 1.000 N NA
 946405 946406 VF_A0834 VF_A0835   ybbM FALSE 0.039 156.000 0.000 NA   NA
 946406 946407 VF_A0835 VF_A0836 ybbM tas FALSE 0.201 36.000 0.000 NA   NA
 946410 946411 VF_A0839 VF_A0840 speB speA TRUE 0.945 0.000 0.015 1.000 Y NA
 946413 946414 VF_A0842 VF_A0843 blc   FALSE 0.103 85.000 0.000 NA   NA
 946423 946424 VF_A0852 VF_A0853 ydcR   TRUE 0.721 37.000 0.026 1.000 Y NA
 946425 946427 VF_A0854 VF_A0856     FALSE 0.101 87.000 0.000 NA   NA
 946428 946429 VF_A0857 VF_A0858     TRUE 0.605 91.000 0.250 1.000 N NA
 946431 946432 VF_A0860 VF_A0861     TRUE 0.594 3.000 0.000 NA   NA
 946432 946433 VF_A0861 VF_A0862   norR2 FALSE 0.101 88.000 0.000 NA   NA
 946433 946434 VF_A0862 VF_A0863 norR2 hcp FALSE 0.048 241.000 0.115 1.000 N NA
 946434 946435 VF_A0863 VF_A0864 hcp hcr TRUE 0.984 95.000 0.885 0.014 Y NA
 946436 946437 VF_A0865 VF_A0866   tcpF FALSE 0.005 401.000 0.000 NA   NA
 946437 946438 VF_A0866 VF_A0867 tcpF tcpE TRUE 0.552 4.000 0.000 NA   NA
 946438 946439 VF_A0867 VF_A0868 tcpE tcpT TRUE 0.993 -46.000 0.636 1.000 Y NA
 946439 946440 VF_A0868 VF_A0869 tcpT tcpS TRUE 0.981 -3.000 0.364 NA   NA
 946440 946441 VF_A0869 VF_A0870 tcpS tcpD TRUE 0.981 14.000 0.800 NA   NA
 946441 946442 VF_A0870 VF_A0871 tcpD   TRUE 0.540 -12.000 0.000 NA   NA
 946442 946443 VF_A0871 VF_A0872   tcpC TRUE 0.531 -13.000 0.000 NA   NA
 946443 946444 VF_A0872 VF_A0873 tcpC tcpQ TRUE 0.984 5.000 0.583 NA   NA
 946444 946445 VF_A0873 VF_A0874 tcpQ tcpB TRUE 0.980 5.000 0.500 NA   NA
 946445 946446 VF_A0874 VF_A0875 tcpB tcpA FALSE 0.297 20.000 0.000 NA   NA
 946452 946453 VF_A0881 VF_A0882   bcsZ TRUE 0.879 -9.000 0.105 1.000   NA
 946453 946454 VF_A0882 VF_A0883 bcsZ bcsB TRUE 0.994 0.000 0.778 1.000   NA
 946454 946455 VF_A0883 VF_A0884 bcsB bcsA TRUE 0.965 14.000 0.205 0.001   NA
 946455 946456 VF_A0884 VF_A0885 bcsA   TRUE 0.980 4.000 0.545 NA N NA
 946457 5488672 VF_A0886 VF_A1191 bcsE   TRUE 0.932 5.000 0.190 NA   NA
 5488672 946458 VF_A1191 VF_A0887   bcsG TRUE 0.963 0.000 0.211 NA   NA
 946460 946461 VF_A0889 VF_A0890 tagD   TRUE 0.984 0.000 0.004 0.001 Y NA
 946462 946463 VF_A0891 VF_A0892   yjgK FALSE 0.000 1024.000 0.000 NA N NA
 946464 946465 VF_A0893 VF_A0894     FALSE 0.086 102.000 0.000 NA   NA
 946465 946466 VF_A0894 VF_A0895     FALSE 0.019 197.000 0.000 NA   NA
 946466 946467 VF_A0895 VF_A0896     TRUE 0.995 -7.000 1.000 NA   NA
 946469 946470 VF_A0898 VF_A0899     FALSE 0.146 51.000 0.000 NA   NA
 946470 946471 VF_A0899 VF_A0900   aslB TRUE 0.862 66.000 0.286 0.051   NA
 946471 946472 VF_A0900 VF_A0901 aslB   TRUE 0.867 30.000 0.286 1.000   NA
 946472 946473 VF_A0901 VF_A0902     TRUE 0.992 8.000 1.000 NA   NA
 946473 946474 VF_A0902 VF_A0903     TRUE 0.594 3.000 0.000 NA   NA
 946474 5488673 VF_A0903 VF_A1192     TRUE 0.995 -7.000 1.000 NA   NA
 5488673 946475 VF_A1192 VF_A0904     TRUE 0.990 -7.000 0.667 NA   NA
 946475 946476 VF_A0904 VF_A0905     TRUE 0.992 0.000 0.667 NA   NA
 946476 946477 VF_A0905 VF_A0906     FALSE 0.015 223.000 0.000 NA   NA
 946477 946478 VF_A0906 VF_A0907     TRUE 0.922 22.000 0.429 1.000 N NA
 946478 946479 VF_A0907 VF_A0908     FALSE 0.088 99.000 0.000 NA   NA
 946480 946481 VF_A0909 VF_A0910     FALSE 0.046 149.000 0.000 1.000   NA
 946483 946484 VF_A0912 VF_A0913     TRUE 0.982 0.000 0.375 NA   NA
 946485 946486 VF_A0914 VF_A0915 ytfL   FALSE 0.024 243.000 0.048 1.000   NA
 946486 946487 VF_A0915 VF_A0916     FALSE 0.083 108.000 0.000 1.000   NA
 946489 946490 VF_A0918 VF_A0919 luxG luxE TRUE 0.919 10.000 0.053 1.000 Y NA
 946490 946491 VF_A0919 VF_A0920 luxE luxB TRUE 0.782 79.000 0.158 0.001 N NA
 946491 946492 VF_A0920 VF_A0921 luxB luxA TRUE 0.998 11.000 0.875 0.001 Y NA
 946492 946493 VF_A0921 VF_A0922 luxA luxD TRUE 0.978 23.000 0.889 1.000   NA
 946493 946494 VF_A0922 VF_A0923 luxD luxC TRUE 0.972 16.000 0.667 1.000   NA
 946494 946495 VF_A0923 VF_A0924 luxC luxI FALSE 0.192 38.000 0.000 1.000   NA
 946497 946498 VF_A0926 VF_A0927     FALSE 0.024 182.000 0.000 NA   NA
 946499 946500 VF_A0928 VF_A0929 yjiH yjiG TRUE 0.982 0.000 0.159 0.003   NA
 946500 946501 VF_A0929 VF_A0930 yjiG   TRUE 0.796 10.000 0.097 1.000   NA
 946502 946503 VF_A0931 VF_A0932   ybhB TRUE 0.779 24.000 0.161 NA   NA
 946503 946504 VF_A0932 VF_A0933 ybhB   FALSE 0.054 140.000 0.000 NA   NA
 946505 946506 VF_A0934 VF_A0935 ygbA   TRUE 0.630 -3.000 0.000 NA   NA
 946506 946507 VF_A0935 VF_A0936     FALSE 0.053 16.000 0.000 1.000 N NA
 946508 946509 VF_A0937 VF_A0938     FALSE 0.042 154.000 0.000 1.000   NA
 946511 946512 VF_A0940 VF_A0941 fruA fruK TRUE 0.977 31.000 0.562 1.000 Y NA
 946512 946513 VF_A0941 VF_A0942 fruK fruB TRUE 0.970 4.000 0.130 1.000 Y NA
 946513 946514 VF_A0942 VF_A0944 fruB   FALSE 0.022 186.000 0.000 NA   NA
 946516 946517 VF_A0945 VF_A0946     FALSE 0.513 6.000 0.000 NA   NA
 946517 946518 VF_A0946 VF_A0947     FALSE 0.013 237.000 0.000 NA   NA
 946518 946519 VF_A0947 VF_A0948     FALSE 0.162 43.000 0.000 NA   NA
 946519 946520 VF_A0948 VF_A0949     FALSE 0.513 6.000 0.000 NA   NA
 946520 946521 VF_A0949 VF_A0950     TRUE 0.630 -3.000 0.000 NA   NA
 946521 946522 VF_A0950 VF_A0951     FALSE 0.024 181.000 0.000 NA   NA
 946522 946523 VF_A0951 VF_A0952     TRUE 0.928 -3.000 0.133 NA   NA
 946523 946524 VF_A0952 VF_A0953     TRUE 0.894 5.000 0.133 NA   NA
 946524 946525 VF_A0953 VF_A0954     TRUE 0.875 143.000 1.000 NA   NA
 946525 946526 VF_A0954 VF_A0955     FALSE 0.013 239.000 0.000 NA   NA
 946528 946529 VF_A0957 VF_A0958 yihN glpQ TRUE 0.739 42.000 0.250 NA N NA
 946529 946530 VF_A0958 VF_A0959 glpQ mifB FALSE 0.001 381.000 0.000 1.000 N NA
 946530 946531 VF_A0959 VF_A0960 mifB mifC TRUE 0.853 -3.000 0.103 NA N NA
 946532 946533 VF_A0961 VF_A0962 yjjI yjjW TRUE 0.989 9.000 0.810 NA   NA
 5488675 946535 VF_A1194 VF_A0964 psrN   FALSE 0.227 32.000 0.000 NA   NA
 946535 946536 VF_A0964 VF_A0965   nfsA FALSE 0.017 103.000 0.008 NA   NA
 946536 946537 VF_A0965 VF_A0966 nfsA   FALSE 0.016 65.000 0.000 1.000 N NA
 946537 946538 VF_A0966 VF_A0967     FALSE 0.002 232.000 0.000 1.000 N NA
 946538 946539 VF_A0967 VF_A0968   deoD3 TRUE 0.967 23.000 0.333 1.000 Y NA
 946539 946540 VF_A0968 VF_A0969 deoD3 guaD TRUE 0.628 58.000 0.000 1.000 Y NA
 946540 946541 VF_A0969 VF_A0970 guaD   FALSE 0.006 138.000 0.000 NA N NA
 946542 946543 VF_A0971 VF_A0972 fecE fecD TRUE 0.994 -3.000 0.423 1.000 Y NA
 946543 946544 VF_A0972 VF_A0973 fecD   TRUE 0.995 0.000 0.500 1.000 Y NA
 946545 946546 VF_A0974 VF_A0975     TRUE 0.557 -10.000 0.000 NA   NA
 946546 946547 VF_A0975 VF_A0976     FALSE 0.014 234.000 0.000 1.000   NA
 946549 946550 VF_A0978 VF_A0979     FALSE 0.017 212.000 0.000 NA   NA
 946550 946551 VF_A0979 VF_A0980     FALSE 0.008 306.000 0.000 NA   NA
 946552 946553 VF_A0981 VF_A0982     TRUE 0.972 21.000 0.750 NA   NA
 946553 946554 VF_A0982 VF_A0983     FALSE 0.337 16.000 0.000 NA   NA
 946555 946556 VF_A0984 VF_A0985 yfhD   FALSE 0.392 12.000 0.000 NA   NA
 946557 946558 VF_A0986 VF_A0987     TRUE 0.878 -10.000 0.111 NA   NA
 946558 946559 VF_A0987 VF_A0988   kdgK TRUE 0.998 -10.000 1.000 1.000 Y NA
 946559 946560 VF_A0988 VF_A0989 kdgK kbaY TRUE 0.722 97.000 0.130 1.000 Y NA
 946560 946561 VF_A0989 VF_A0990 kbaY   FALSE 0.001 257.000 0.000 1.000 N NA
 946561 946562 VF_A0990 VF_A0991     FALSE 0.017 212.000 0.000 NA   NA
 946562 946563 VF_A0991 VF_A0992   ydeN TRUE 0.917 71.000 0.727 NA   NA
 946563 946564 VF_A0992 VF_A0993 ydeN   TRUE 0.960 41.000 0.615 0.050   NA
 946565 946566 VF_A0994 VF_A0995     FALSE 0.040 155.000 0.000 NA   NA
 946567 946568 VF_A0996 VF_A0997   kduD TRUE 0.934 26.000 0.462 1.000   NA
 946568 946569 VF_A0997 VF_A0998 kduD kduI TRUE 0.566 70.000 0.192 1.000 N NA
 946569 946570 VF_A0998 VF_A0999 kduI nagA3 TRUE 0.615 102.000 0.075 1.000 Y NA
 946570 946571 VF_A0999 VF_A1000 nagA3   TRUE 0.973 2.000 0.104 1.000 Y NA
 946571 946572 VF_A1000 VF_A1001   agaD TRUE 0.985 89.000 0.833 0.010 Y NA
 946572 946573 VF_A1001 VF_A1002 agaD agaC TRUE 0.999 -10.000 0.917 0.010 Y NA
 946573 946574 VF_A1002 VF_A1003 agaC agaV TRUE 0.998 11.000 0.909 0.010 Y NA
 946574 946575 VF_A1003 VF_A1004 agaV agaS TRUE 0.771 15.000 0.150 1.000 N NA
 946575 946576 VF_A1004 VF_A1005 agaS kbaZ TRUE 0.957 -3.000 0.240 1.000 N NA
 946576 946577 VF_A1005 VF_A1006 kbaZ agaR TRUE 0.943 48.000 0.400 1.000 Y NA
 946578 946579 VF_A1007 VF_A1008 yidJ   TRUE 0.636 80.000 0.211 NA   NA
 5488676 5488677 VF_AT0009 VF_AT0010     FALSE 0.245 29.000 0.000 NA   NA
 5488677 5488678 VF_AT0010 VF_AT0011     FALSE 0.154 48.000 0.000 NA   NA
 5488678 946586 VF_AT0011 VF_A1012   ydeH FALSE 0.037 159.000 0.000 NA   NA
 946588 946589 VF_A1014 VF_A1015   rpoQ FALSE 0.470 47.000 0.125 1.000 N NA
 946590 946591 VF_A1016 VF_A1017     TRUE 0.859 10.000 0.000 0.021   NA
 946592 946593 VF_A1018 VF_A1019     TRUE 0.983 -37.000 0.667 NA   NA
 946594 946595 VF_A1020 VF_A1021 sypA sypB FALSE 0.019 49.000 0.000 NA N NA
 946595 946596 VF_A1021 VF_A1022 sypB sypC TRUE 0.981 5.000 0.214 1.000 Y NA
 946596 946597 VF_A1022 VF_A1023 sypC sypD TRUE 0.967 0.000 0.286 NA N NA
 946597 946598 VF_A1023 VF_A1024 sypD sypE TRUE 0.907 3.000 0.158 NA N NA
 946598 946599 VF_A1024 VF_A1025 sypE sypF TRUE 0.967 28.000 0.200 0.021 Y NA
 946599 946600 VF_A1025 VF_A1026 sypF sypG TRUE 0.936 43.000 0.176 0.021 Y NA
 946600 946601 VF_A1026 VF_A1027 sypG sypH TRUE 0.888 -16.000 0.170 1.000 N NA
 946601 946602 VF_A1027 VF_A1028 sypH sypI TRUE 0.693 161.000 0.132 0.016 Y NA
 946602 946603 VF_A1028 VF_A1029 sypI sypJ TRUE 0.997 -7.000 0.429 0.016 Y NA
 946603 946604 VF_A1029 VF_A1030 sypJ sypK TRUE 0.911 -3.000 0.115 1.000   NA
 946604 946605 VF_A1030 VF_A1031 sypK sypL TRUE 0.834 -3.000 0.066 1.000   NA
 946605 946606 VF_A1031 VF_A1032 sypL sypM FALSE 0.049 147.000 0.000 1.000   NA
 946606 946607 VF_A1032 VF_A1033 sypM sypN TRUE 0.952 -10.000 0.226 1.000   NA
 946607 946608 VF_A1033 VF_A1034 sypN sypO TRUE 0.992 -3.000 0.323 1.000 Y NA
 946608 946609 VF_A1034 VF_A1035 sypO sypP TRUE 0.724 156.000 0.296 1.000 Y NA
 946609 946610 VF_A1035 VF_A1036 sypP sypQ TRUE 0.978 -3.000 0.128 NA Y NA
 946610 946611 VF_A1036 VF_A1037 sypQ sypR TRUE 0.905 15.000 0.080 NA Y NA
 946611 946612 VF_A1037 VF_A1038 sypR   FALSE 0.002 221.000 0.000 NA N NA
 946612 946613 VF_A1038 VF_A1039     FALSE 0.066 73.000 0.017 NA   NA
 946613 946614 VF_A1039 VF_A1040     FALSE 0.171 41.000 0.000 NA   NA
 946615 946616 VF_A1041 VF_A1042   ybbP FALSE 0.006 348.000 0.000 NA   NA
 946616 946617 VF_A1042 VF_A1043 ybbP ybbA TRUE 0.985 2.000 0.535 NA N NA
 946620 946621 VF_A1046 VF_A1047 hdfR   FALSE 0.001 361.000 0.017 1.000 N NA
 946623 946624 VF_A1049 VF_A1050 nemA   FALSE 0.157 -3.000 0.000 1.000 N NA
 946625 946626 VF_A1051 VF_A1052     TRUE 0.795 11.000 0.133 1.000 N NA
 946628 946629 VF_A1054 VF_A1055 yjaB   FALSE 0.140 54.000 0.000 NA   NA
 946633 946634 VF_A1059 VF_A1060     FALSE 0.306 19.000 0.000 NA   NA
 946637 946638 VF_A1063 VF_A1064     FALSE 0.088 101.000 0.000 1.000   NA
 946639 946640 VF_A1065 VF_A1066     FALSE 0.013 239.000 0.000 1.000   NA
 946642 946643 VF_A1068 VF_A1069 pepE   FALSE 0.001 386.000 0.000 1.000 N NA
 946643 946644 VF_A1069 VF_A1070     FALSE 0.175 40.000 0.000 NA   NA
 946644 946645 VF_A1070 VF_A1071     FALSE 0.108 80.000 0.000 NA   NA
 946646 946647 VF_A1072 VF_A1073     FALSE 0.158 330.000 0.000 0.019 Y NA
 946647 946648 VF_A1073 VF_A1074   acfC FALSE 0.249 29.000 0.000 1.000   NA
 946649 946650 VF_A1075 VF_A1076     FALSE 0.048 18.000 0.000 NA N NA
 946652 946653 VF_A1078 VF_A1079   ydiK FALSE 0.064 122.000 0.026 NA   NA
 946653 946654 VF_A1079 VF_A1080 ydiK   FALSE 0.130 87.000 0.033 NA   NA
 946654 946655 VF_A1080 VF_A1081     FALSE 0.005 438.000 0.000 NA   NA
 946656 946657 VF_A1082 VF_A1083     FALSE 0.004 597.000 0.000 NA   NA
 946657 946658 VF_A1083 VF_A1084     FALSE 0.004 476.000 0.000 NA   NA
 946661 946662 VF_A1087 VF_A1088     TRUE 0.973 10.000 0.500 1.000   NA
 946662 946663 VF_A1088 VF_A1089     TRUE 0.974 -3.000 0.290 1.000   NA
 946663 946664 VF_A1089 VF_A1090     TRUE 0.995 -13.000 0.774 0.050   NA
 946664 946665 VF_A1090 VF_A1091   afuC TRUE 0.996 0.000 0.360 0.050 Y NA
 946665 946666 VF_A1091 VF_A1092 afuC   TRUE 0.976 3.000 0.139 1.000 Y NA
 946667 946668 VF_A1093 VF_A1094   cspG FALSE 0.014 232.000 0.000 NA   NA
 946668 946669 VF_A1094 VF_A1095 cspG hvnA FALSE 0.006 350.000 0.000 NA   NA
 946669 946670 VF_A1095 VF_A1096 hvnA   FALSE 0.337 16.000 0.000 NA   NA
 946670 946671 VF_A1096 VF_A1097     FALSE 0.092 95.000 0.000 NA   NA
 946671 946672 VF_A1097 VF_A1098     FALSE 0.097 91.000 0.000 NA   NA
 946672 946673 VF_A1098 VF_A1099     FALSE 0.054 140.000 0.000 NA   NA
 946673 946674 VF_A1099 VF_A1100   ompA TRUE 0.625 2.000 0.000 NA   NA
 946674 946675 VF_A1100 VF_A1101 ompA   FALSE 0.059 134.000 0.000 NA   NA
 946675 946676 VF_A1101 VF_A1102     FALSE 0.005 447.000 0.000 NA   NA
 946677 946678 VF_A1103 VF_A1104     TRUE 0.990 -3.000 0.600 1.000   NA
 946678 946679 VF_A1104 VF_A1105   hvnC FALSE 0.028 170.000 0.000 NA   NA
 946679 946680 VF_A1105 VF_A1106 hvnC   FALSE 0.040 155.000 0.000 NA   NA
 946681 946682 VF_A1107 VF_A1108     FALSE 0.013 237.000 0.000 NA   NA
 946682 946683 VF_A1108 VF_A1110     FALSE 0.075 113.000 0.000 NA   NA
 946685 946686 VF_A1111 VF_A1112     FALSE 0.097 92.000 0.000 1.000   NA
 946689 946690 VF_A1115 VF_A1116     FALSE 0.013 83.000 0.000 1.000 N NA
 946691 946692 VF_A1117 VF_A1118     TRUE 0.985 15.000 0.933 NA   NA
 946692 946693 VF_A1118 VF_A1119     FALSE 0.049 371.000 0.000 0.011   NA
 946694 946695 VF_A1120 VF_A1121     FALSE 0.103 6.000 0.000 1.000 N NA
 946695 946696 VF_A1121 VF_A1122   ectA FALSE 0.011 264.000 0.000 1.000   NA
 946696 946697 VF_A1122 VF_A1123 ectA ectB TRUE 0.991 21.000 0.793 0.001   NA
 946697 946698 VF_A1123 VF_A1124 ectB ectC TRUE 0.967 15.000 0.572 1.000   NA
 946698 946699 VF_A1124 VF_A1125 ectC   FALSE 0.487 89.000 0.149 1.000   NA
 946699 946700 VF_A1125 VF_A1126     FALSE 0.000 454.000 0.000 1.000 N NA
 946700 946701 VF_A1126 VF_A1127     FALSE 0.182 39.000 0.000 NA   NA
 946701 946702 VF_A1127 VF_A1128     FALSE 0.373 13.000 0.000 NA   NA
 946702 5488680 VF_A1128 VF_A1196     FALSE 0.102 86.000 0.000 NA   NA
 946703 946704 VF_A1129 VF_A1130     FALSE 0.005 401.000 0.000 NA   NA
 946704 946705 VF_A1130 VF_A1131     FALSE 0.250 28.000 0.000 NA   NA
 946705 946706 VF_A1131 VF_A1132     FALSE 0.014 232.000 0.000 NA   NA
 946706 946707 VF_A1132 VF_A1133     TRUE 0.819 32.000 0.222 NA   NA
 946707 946708 VF_A1133 VF_A1134     TRUE 0.766 40.000 0.222 NA   NA
 946708 946709 VF_A1134 VF_A1135     TRUE 0.775 39.000 0.222 NA   NA
 946709 946710 VF_A1135 VF_A1136     TRUE 0.813 33.000 0.222 NA   NA
 946710 946711 VF_A1136 VF_A1137     TRUE 0.795 36.000 0.222 NA   NA
 946711 946712 VF_A1137 VF_A1138     FALSE 0.102 86.000 0.000 NA   NA
 946712 946713 VF_A1138 VF_A1139     FALSE 0.035 161.000 0.000 NA   NA
 946714 946715 VF_A1140 VF_A1141     FALSE 0.227 32.000 0.000 NA   NA
 946718 946719 VF_A1144 VF_A1145     FALSE 0.017 208.000 0.000 NA   NA
 946721 946722 VF_A1147 VF_A1148 ybiV ycjZ FALSE 0.091 97.000 0.000 1.000   NA
 946722 946723 VF_A1148 VF_A1149 ycjZ acrF FALSE 0.002 193.000 0.000 1.000 N NA
 946723 946726 VF_A1149 VF_A1152 acrF acrA TRUE 0.994 2.000 0.889 1.000 N NA
 946726 946727 VF_A1152 VF_A1153 acrA ybiN FALSE 0.007 178.000 0.010 1.000   NA
 946727 946728 VF_A1153 VF_A1154 ybiN yibL FALSE 0.020 113.000 0.010 NA   NA
 946729 946730 VF_A1155 VF_A1156 yaeJ   FALSE 0.164 0.000 0.005 1.000   NA
 946730 946732 VF_A1156 VF_A1158     FALSE 0.086 110.000 0.028 1.000   NA
 946735 946736 VF_A1161 VF_A1162 pdxH rtxA2 FALSE 0.071 119.000 0.000 1.000   NA
 946737 946738 VF_A1163 VF_A1164     TRUE 0.994 3.000 0.500 1.000 Y NA
 946739 946740 VF_A1165 VF_A1166 rtxB   TRUE 0.924 -22.000 0.234 1.000 N NA
 946740 946741 VF_A1166 VF_A1167     TRUE 0.979 7.000 0.514 NA   NA
 946741 946742 VF_A1167 VF_A1168   rtxD TRUE 0.832 24.000 0.200 NA   NA
 946742 946743 VF_A1168 VF_A1169 rtxD ypfI FALSE 0.018 206.000 0.000 NA   NA
 946745 946746 VF_A1171 VF_A1172     TRUE 0.990 4.000 0.800 1.000 N NA
 942845 942846 VF_0001 VF_0002 mioC trmE FALSE 0.104 70.000 0.023 1.000   NA
 942846 942847 VF_0002 VF_0003 trmE yidC TRUE 0.599 97.000 0.221 1.000   NA
 942847 942848 VF_0003 VF_0004 yidC rnpA FALSE 0.049 227.000 0.105 1.000 N NA
 942848 942849 VF_0004 VF_0005 rnpA rpmH TRUE 0.979 16.000 0.787 1.000   NA
 942849 942850 VF_0005 VF_0006 rpmH yecC FALSE 0.003 186.000 0.006 1.000   NA
 942850 942851 VF_0006 VF_0007 yecC yecS TRUE 0.995 -3.000 0.455 1.000 Y NA
 942851 942852 VF_0007 VF_0008 yecS fliY TRUE 0.963 125.000 0.704 0.050 Y NA
 942853 942854 VF_0009 VF_0010 dnaA dnaN TRUE 0.954 33.000 0.328 1.000 Y NA
 942854 942855 VF_0010 VF_0011 dnaN recF TRUE 0.975 14.000 0.318 1.000 Y NA
 942855 942856 VF_0011 VF_0012 recF gyrB TRUE 0.984 18.000 0.249 0.005 Y NA
 942856 942857 VF_0012 VF_0013 gyrB ibpA FALSE 0.001 424.000 0.000 NA N NA
 942859 942860 VF_0015 VF_0016 glyQ glyS TRUE 0.999 3.000 0.651 0.001 Y NA
 942860 942861 VF_0016 VF_0017 glyS malS FALSE 0.006 146.000 0.003 1.000 N NA
 942861 942862 VF_0017 VF_0018 malS   FALSE 0.063 135.000 0.029 NA   NA
 942864 942865 VF_0020 VF_0021     TRUE 0.639 147.000 0.423 NA   NA
 942865 942866 VF_0021 VF_0022   yiaA FALSE 0.065 125.000 0.000 NA   NA
 942867 942868 VF_0023 VF_0024 yhdH fadA FALSE 0.001 760.000 0.032 1.000 N NA
 942868 942869 VF_0024 VF_0025 fadA fadB TRUE 0.992 -52.000 0.607 1.000 Y NA
 942870 942871 VF_0026 VF_0027 yigZ trkH TRUE 0.679 57.000 0.202 1.000   NA
 942871 942872 VF_0027 VF_0028 trkH hemG TRUE 0.900 33.000 0.455 1.000 N NA
 942872 5488683 VF_0028 VF_T0001 hemG   FALSE 0.069 119.000 0.000 NA   NA
 5488683 942874 VF_T0001 VF_0029   pqqL FALSE 0.005 434.000 0.000 NA   NA
 942874 942875 VF_0029 VF_0030 pqqL   FALSE 0.107 81.000 0.000 NA   NA
 942875 942876 VF_0030 VF_0031     FALSE 0.008 299.000 0.000 NA   NA
 942876 942877 VF_0031 VF_0032   thiC FALSE 0.000 601.000 0.000 1.000 N NA
 942877 942878 VF_0032 VF_0033 thiC thiE TRUE 0.856 71.000 0.063 0.004 Y NA
 942878 942879 VF_0033 VF_0034 thiE thiF TRUE 0.987 -7.000 0.242 1.000 Y NA
 942879 5488684 VF_0034 VF_2576 thiF thiS TRUE 0.995 -7.000 0.548 1.000 Y NA
 5488684 942880 VF_2576 VF_0035 thiS thiG TRUE 0.969 2.000 0.087 1.000 Y NA
 942880 942881 VF_0035 VF_0036 thiG thiH TRUE 0.990 11.000 0.277 0.004 Y NA
 942882 942883 VF_0037 VF_0038     FALSE 0.011 260.000 0.000 1.000   NA
 942883 942885 VF_0038 VF_0040   yidZ FALSE 0.148 105.000 0.074 1.000 N NA
 942886 942887 VF_0041 VF_0042 mdtL   TRUE 0.814 122.000 0.625 NA   NA
 942889 942891 VF_0044 VF_0046 rmuC ubiE FALSE 0.241 58.000 0.047 NA   NA
 942891 942892 VF_0046 VF_0047 ubiE yigP TRUE 0.843 12.000 0.145 1.000   NA
 942892 942893 VF_0047 VF_0048 yigP ubiB TRUE 0.984 -3.000 0.432 1.000   NA
 942893 942894 VF_0048 VF_0049 ubiB tatA FALSE 0.046 52.000 0.010 1.000   NA
 942894 942895 VF_0049 VF_0050 tatA tatB TRUE 0.978 4.000 0.043 0.006 Y NA
 942895 942896 VF_0050 VF_0051 tatB tatC TRUE 0.991 3.000 0.333 NA Y NA
 942896 5488685 VF_0051 VF_2577 tatC csrB2 FALSE 0.006 338.000 0.000 NA   NA
 942899 942901 VF_0054 VF_0056 gpp rhlB TRUE 0.880 34.000 0.406 1.000 N NA
 942902 942903 VF_0057 VF_0058 trxA rho FALSE 0.051 240.000 0.087 1.000   NA
 942903 942904 VF_0058 VF_0059 rho   FALSE 0.004 158.000 0.002 1.000   NA
 942904 942905 VF_0059 VF_0060   ubiD FALSE 0.012 102.000 0.006 1.000   NA
 942905 942906 VF_0060 VF_0061 ubiD   FALSE 0.004 164.000 0.000 1.000 N NA
 942906 942907 VF_0061 VF_0062   fre TRUE 0.715 97.000 0.000 0.043 Y NA
 942908 942909 VF_0063 VF_0064 hemY hemX TRUE 0.997 -3.000 0.765 1.000 Y NA
 942909 942910 VF_0064 VF_0065 hemX hemD TRUE 0.996 -3.000 0.600 1.000 Y NA
 942910 942911 VF_0065 VF_0066 hemD hemC TRUE 0.994 3.000 0.205 0.002 Y NA
 942912 942913 VF_0067 VF_0068 cyaA uvrD FALSE 0.012 85.000 0.022 1.000 N NA
 942915 942916 VF_0070 VF_0071 recQ   TRUE 0.747 4.000 0.054 NA   NA
 942918 5488686 VF_0073 VF_2578 yhhQ ryhB FALSE 0.027 174.000 0.000 NA   NA
 5488686 942919 VF_2578 VF_0074 ryhB polA FALSE 0.005 420.000 0.000 NA   NA
 942919 5488687 VF_0074 VF_2579 polA spf FALSE 0.013 234.000 0.000 NA   NA
 942921 942922 VF_0076 VF_0077 cycA   FALSE 0.114 155.000 0.069 NA   NA
 942922 942923 VF_0077 VF_0078   yihI TRUE 0.979 0.000 0.333 NA   NA
 942923 942924 VF_0078 VF_0079 yihI   TRUE 0.991 3.000 0.679 NA   NA
 942924 942925 VF_0079 VF_0080   hemN TRUE 0.603 109.000 0.244 NA   NA
 942929 942930 VF_0084 VF_0085 ftnA uspB TRUE 0.666 81.000 0.235 NA   NA
 942930 942931 VF_0085 VF_0086 uspB yhiN FALSE 0.162 49.000 0.028 NA   NA
 942931 942932 VF_0086 VF_0087 yhiN   FALSE 0.072 117.000 0.000 1.000   NA
 942933 942934 VF_0088 VF_0089     TRUE 0.996 0.000 1.000 NA   NA
 942938 942939 VF_0093 VF_0094 add   FALSE 0.235 165.000 0.189 1.000 N NA
 942939 942940 VF_0094 VF_0095   ntrC FALSE 0.504 117.000 0.046 1.000 Y NA
 942940 942941 VF_0095 VF_0096 ntrC ntrB TRUE 0.983 39.000 0.587 0.084 Y NA
 942941 942942 VF_0096 VF_0097 ntrB   FALSE 0.029 77.000 0.009 NA   NA
 942942 942943 VF_0097 VF_0098   glnA FALSE 0.012 250.000 0.000 NA   NA
 942944 942945 VF_0099 VF_0100 typA yihY FALSE 0.001 297.000 0.006 1.000   NA
 942945 942946 VF_0100 VF_0101 yihY dtd TRUE 0.737 -28.000 0.069 1.000   NA
 942946 942947 VF_0101 VF_0102 dtd yiiD FALSE 0.012 518.000 0.065 1.000   NA
 942948 942949 VF_0103 VF_0104 trmH spoT FALSE 0.034 252.000 0.095 1.000 N NA
 942949 942950 VF_0104 VF_0105 spoT rpoZ TRUE 0.915 51.000 0.291 1.000 Y NA
 942950 942951 VF_0105 VF_0106 rpoZ gmk TRUE 0.746 109.000 0.471 1.000 N NA
 942952 942953 VF_0107 VF_0108     FALSE 0.034 197.000 0.042 NA   NA
 942953 942954 VF_0108 VF_0109   yedA FALSE 0.014 232.000 0.000 NA   NA
 942956 942957 VF_0111 VF_0112 rph pyrE FALSE 0.043 243.000 0.108 1.000 N NA
 942959 942960 VF_0114 VF_0115 ompR envZ FALSE 0.411 433.000 0.584 1.000 Y NA
 942961 942962 VF_0116 VF_0117 yicE gntX FALSE 0.006 364.000 0.000 1.000   NA
 942963 942964 VF_0118 VF_0119 bioH   FALSE 0.442 27.000 0.053 NA   NA
 942965 942966 VF_0120 VF_0121 yhgF greB FALSE 0.267 228.000 0.123 1.000 Y NA
 942966 942967 VF_0121 VF_0122 greB htrB2 FALSE 0.046 19.000 0.010 1.000 N NA
 942967 942969 VF_0122 VF_0124 htrB2 slmA FALSE 0.038 25.000 0.016 1.000 N NA
 942969 942970 VF_0124 VF_0125 slmA dfp FALSE 0.005 155.000 0.016 1.000 N NA
 942971 942972 VF_0126 VF_0127 yicR rpmB FALSE 0.002 196.000 0.006 1.000 N NA
 942972 942973 VF_0127 VF_0128 rpmB rpmG TRUE 0.989 15.000 0.332 0.014 Y NA
 942973 942974 VF_0128 VF_0129 rpmG   FALSE 0.000 461.000 0.004 NA   NA
 942974 942975 VF_0129 VF_0130   mutM FALSE 0.010 240.000 0.022 NA   NA
 942975 942976 VF_0130 VF_0131 mutM   FALSE 0.038 25.000 0.004 1.000 N NA
 942977 942978 VF_0132 VF_0133 coaD   FALSE 0.136 -7.000 0.005 1.000 N NA
 942978 942979 VF_0133 VF_0134     TRUE 0.948 3.000 0.040 NA Y NA
 942979 942980 VF_0134 VF_0135     TRUE 0.922 10.000 0.058 NA Y NA
 942981 942982 VF_0136 VF_0137 wavC   FALSE 0.077 109.000 0.025 1.000   NA
 942983 942984 VF_0138 VF_0139 waaA rfaF TRUE 0.956 -3.000 0.040 1.000 Y NA
 942985 942986 VF_0140 VF_0141     TRUE 0.971 24.000 0.383 1.000 Y NA
 942986 942987 VF_0141 VF_0142   neuC TRUE 0.910 35.000 0.190 1.000 Y NA
 942987 942988 VF_0142 VF_0143 neuC neuB TRUE 0.992 8.000 0.549 1.000 Y NA
 942988 942989 VF_0143 VF_0144 neuB neuD TRUE 0.969 -7.000 0.292 1.000   NA
 942989 942990 VF_0144 VF_0145 neuD   TRUE 0.821 16.000 0.156 1.000   NA
 942990 942991 VF_0145 VF_0146     TRUE 0.722 6.000 0.054 1.000   NA
 942991 942992 VF_0146 VF_0147   neuA TRUE 0.655 16.000 0.078 1.000   NA
 942992 942993 VF_0147 VF_0148 neuA ptmA TRUE 0.904 0.000 0.131 1.000 N NA
 942993 942994 VF_0148 VF_0149 ptmA   FALSE 0.089 9.000 0.000 1.000 N NA
 942995 942996 VF_0150 VF_0151   waaL TRUE 0.552 4.000 0.000 NA   NA
 942996 942997 VF_0151 VF_0152 waaL rfaD TRUE 0.782 28.000 0.000 NA Y NA
 942998 942999 VF_0153 VF_0154 rjg   FALSE 0.102 86.000 0.000 NA   NA
 942999 943000 VF_0154 VF_0155     FALSE 0.066 123.000 0.000 NA   NA
 943002 943003 VF_0157 VF_0158 wbfB   TRUE 0.975 4.000 0.380 NA   NA
 943003 943005 VF_0158 VF_0160   wbfD TRUE 0.875 43.000 0.429 NA   NA
 943005 943006 VF_0160 VF_0161 wbfD   FALSE 0.065 124.000 0.000 NA   NA
 943007 943008 VF_0162 VF_0163 gfcE   FALSE 0.244 161.000 0.154 NA   NA
 943008 943009 VF_0163 VF_0164   etp FALSE 0.006 355.000 0.000 NA   NA
 943009 943010 VF_0164 VF_0165 etp wzc FALSE 0.353 285.000 0.700 1.000 N NA
 943010 943011 VF_0165 VF_0166 wzc rffG TRUE 0.714 82.000 0.100 1.000 Y NA
 943011 943012 VF_0166 VF_0167 rffG rffH TRUE 0.998 0.000 0.444 0.002 Y NA
 943012 943013 VF_0167 VF_0168 rffH rfbC TRUE 0.951 0.000 0.000 1.000 Y NA
 943013 943014 VF_0168 VF_0169 rfbC rmlB TRUE 0.939 2.000 0.012 1.000 Y NA
 943014 943015 VF_0169 VF_0170 rmlB rfbX TRUE 0.558 4.000 0.000 1.000   NA
 943015 943016 VF_0170 VF_0171 rfbX   FALSE 0.292 22.000 0.000 1.000   NA
 943016 943017 VF_0171 VF_0172     FALSE 0.503 -19.000 0.000 1.000   NA
 943017 943018 VF_0172 VF_0173     FALSE 0.528 5.000 0.000 NA   NA
 943018 5488688 VF_0173 VF_2581     TRUE 0.591 -7.000 0.000 NA   NA
 5488688 943019 VF_2581 VF_0174     TRUE 0.643 0.000 0.000 NA   NA
 943019 943020 VF_0174 VF_0175     FALSE 0.484 -24.000 0.000 NA   NA
 943020 943021 VF_0175 VF_0176     FALSE 0.373 13.000 0.000 NA   NA
 943021 943022 VF_0176 VF_0177     TRUE 0.754 3.000 0.048 1.000   NA
 943022 943023 VF_0177 VF_0178     TRUE 0.914 4.000 0.018 0.005   NA
 943023 943024 VF_0178 VF_0179   kpsF TRUE 0.947 1.000 0.023 1.000 Y NA
 943024 943025 VF_0179 VF_0180 kpsF rfe FALSE 0.114 246.000 0.000 1.000 Y NA
 943025 943026 VF_0180 VF_0181 rfe ddhD FALSE 0.000 575.000 0.000 1.000 N NA
 943026 943027 VF_0181 VF_0182 ddhD ddhA FALSE 0.140 23.000 0.038 1.000 N NA
 943027 943028 VF_0182 VF_0183 ddhA ddhB TRUE 0.995 4.000 0.624 1.000 Y NA
 943028 943029 VF_0183 VF_0184 ddhB ddhC TRUE 0.989 0.000 0.247 1.000 Y NA
 943029 943030 VF_0184 VF_0185 ddhC   TRUE 0.617 16.000 0.097 1.000 N NA
 943030 943031 VF_0185 VF_0186     FALSE 0.512 -22.000 0.054 1.000 N NA
 943031 943032 VF_0186 VF_0187     FALSE 0.115 74.000 0.000 NA   NA
 943032 943033 VF_0187 VF_0188     FALSE 0.206 35.000 0.000 NA   NA
 943033 943034 VF_0188 VF_0189     TRUE 0.531 -13.000 0.000 NA   NA
 943034 943035 VF_0189 VF_0190     TRUE 0.905 -10.000 0.133 NA   NA
 943035 943036 VF_0190 VF_0191   fnlA FALSE 0.111 78.000 0.000 NA   NA
 943036 943037 VF_0191 VF_0192 fnlA fnlB TRUE 0.979 0.000 0.162 0.016   NA
 943037 943038 VF_0192 VF_0193 fnlB rffE TRUE 0.989 10.000 0.477 1.000 Y NA
 943038 943039 VF_0193 VF_0194 rffE wbjE TRUE 0.909 -31.000 0.031 1.000 Y NA
 943039 943040 VF_0194 VF_0195 wbjE   TRUE 0.942 -3.000 0.014 1.000 Y NA
 943040 943041 VF_0195 VF_0196     TRUE 0.991 -3.000 0.297 NA Y NA
 943041 943042 VF_0196 VF_0197     TRUE 0.877 15.000 0.046 NA Y NA
 943042 5488689 VF_0197 VF_0198   ugd FALSE 0.007 334.000 0.000 NA   NA
 5488689 943045 VF_0198 VF_0200 ugd   FALSE 0.017 209.000 0.000 NA   NA
 943045 943046 VF_0200 VF_0201     FALSE 0.224 123.000 0.083 1.000   NA
 943047 943048 VF_0202 VF_0203 gpmM   FALSE 0.001 373.000 0.000 1.000 N NA
 943049 943050 VF_0204 VF_0205 groS groL TRUE 0.979 78.000 0.631 0.009 Y NA
 943053 943054 VF_0208 VF_0209   glpX FALSE 0.004 725.000 0.000 NA   NA
 943056 943057 VF_0211 VF_0212 rraA menA TRUE 0.681 125.000 0.158 NA Y NA
 943057 943059 VF_0212 VF_0214 menA prkB FALSE 0.013 83.000 0.007 1.000 N NA
 943059 943060 VF_0214 VF_0215 prkB   TRUE 0.682 103.000 0.303 1.000   NA
 943060 943061 VF_0215 VF_0216   yheT TRUE 0.837 28.000 0.222 NA   NA
 943061 943062 VF_0216 VF_0217 yheT   TRUE 0.722 6.000 0.056 NA   NA
 943062 943063 VF_0217 VF_0218   yheS TRUE 0.965 -16.000 0.333 NA   NA
 943064 943065 VF_0219 VF_0220 kefG kefB TRUE 0.995 0.000 0.927 1.000   NA
 943065 943067 VF_0220 VF_0222 kefB   TRUE 0.892 36.000 0.400 NA   NA
 943067 943068 VF_0222 VF_0223   slyD TRUE 0.826 57.000 0.370 NA   NA
 943069 943070 VF_0224 VF_0225 slyX   TRUE 0.609 0.000 0.024 NA   NA
 943071 943072 VF_0226 VF_0227 fkpA yheO FALSE 0.259 171.000 0.190 NA   NA
 943072 943073 VF_0227 VF_0228 yheO tusD TRUE 0.963 -3.000 0.220 NA   NA
 943073 943074 VF_0228 VF_0229 tusD tusC TRUE 0.984 35.000 0.790 NA Y NA
 943074 5488690 VF_0229 VF_2582 tusC tusB TRUE 0.998 1.000 0.804 NA Y NA
 5488690 943075 VF_2582 VF_0230 tusB rpsL FALSE 0.041 164.000 0.058 NA N NA
 943075 943076 VF_0230 VF_0231 rpsL rpsG TRUE 0.976 95.000 0.620 0.003 Y NA
 943076 5488691 VF_0231 VF_2583 rpsG   FALSE 0.464 -34.000 0.000 NA   NA
 5488691 943077 VF_2583 VF_0232   fusA FALSE 0.487 -22.000 0.000 NA   NA
 943077 943078 VF_0232 VF_0233 fusA tufB TRUE 0.959 109.000 0.400 0.001 Y NA
 943078 943079 VF_0233 VF_0234 tufB rpsJ FALSE 0.262 413.000 0.318 1.000 Y NA
 943079 943080 VF_0234 VF_0235 rpsJ rplC TRUE 0.988 13.000 0.307 0.018 Y NA
 943080 943082 VF_0235 VF_0237 rplC rplD TRUE 0.991 18.000 0.486 0.014 Y NA
 943082 943083 VF_0237 VF_0238 rplD rplW TRUE 0.998 -3.000 0.513 0.014 Y NA
 943083 943084 VF_0238 VF_0239 rplW rplB TRUE 0.996 16.000 0.849 0.018 Y NA
 943084 943085 VF_0239 VF_0240 rplB rpsS TRUE 0.996 20.000 0.820 0.018 Y NA
 943085 943086 VF_0240 VF_0241 rpsS rplV TRUE 0.997 11.000 0.769 0.018 Y NA
 943086 943087 VF_0241 VF_0242 rplV rpsC TRUE 0.995 20.000 0.719 0.018 Y NA
 943087 943088 VF_0242 VF_0243 rpsC rplP TRUE 0.997 12.000 0.828 0.018 Y NA
 943088 943089 VF_0243 VF_0244 rplP rpmC TRUE 0.999 0.000 0.802 0.014 Y NA
 943089 943090 VF_0244 VF_0245 rpmC rpsQ TRUE 0.999 0.000 0.828 0.014 Y NA
 943090 943091 VF_0245 VF_0246 rpsQ rplN TRUE 0.943 165.000 0.791 0.018 Y NA
 943091 943093 VF_0246 VF_0248 rplN rplX TRUE 0.997 14.000 0.810 0.018 Y NA
 943093 943094 VF_0248 VF_0249 rplX rplE TRUE 0.996 15.000 0.758 0.014 Y NA
 943094 943095 VF_0249 VF_0250 rplE rpsN TRUE 0.990 22.000 0.496 0.014 Y NA
 943095 943096 VF_0250 VF_0251 rpsN rpsH TRUE 0.987 30.000 0.473 0.014 Y NA
 943096 943097 VF_0251 VF_0252 rpsH rplF TRUE 0.997 13.000 0.808 0.014 Y NA
 943097 943098 VF_0252 VF_0253 rplF rplR TRUE 0.998 10.000 0.815 0.014 Y NA
 943098 943099 VF_0253 VF_0254 rplR rpsE TRUE 0.996 15.000 0.814 0.018 Y NA
 943099 943100 VF_0254 VF_0255 rpsE rpmD TRUE 0.998 6.000 0.789 0.018 Y NA
 943100 943101 VF_0255 VF_0256 rpmD rplO TRUE 0.998 6.000 0.653 0.002 Y NA
 943101 943102 VF_0256 VF_0257 rplO secY TRUE 0.965 21.000 0.730 1.000 N NA
 943102 943103 VF_0257 VF_0258 secY rpmJ TRUE 0.573 31.000 0.089 1.000   NA
 943103 943104 VF_0258 VF_0259 rpmJ rpsM TRUE 0.607 150.000 0.194 0.014   NA
 943104 943105 VF_0259 VF_0260 rpsM rpsK TRUE 0.995 22.000 0.810 0.014 Y NA
 943105 943106 VF_0260 VF_0261 rpsK rpsD TRUE 0.987 32.000 0.509 0.018 Y NA
 943106 943107 VF_0261 VF_0262 rpsD rpoA TRUE 0.940 24.000 0.549 1.000 N NA
 943107 943108 VF_0262 VF_0263 rpoA rplQ TRUE 0.956 37.000 0.873 1.000 N NA
 943110 943111 VF_0265 VF_0266 mpl ubiX TRUE 0.949 3.000 0.235 1.000 N NA
 943111 943112 VF_0266 VF_0267 ubiX thiB FALSE 0.152 215.000 0.000 1.000 Y NA
 943112 943113 VF_0267 VF_0268 thiB thiP TRUE 0.959 42.000 0.697 0.064 N NA
 943113 943114 VF_0268 VF_0269 thiP thiQ TRUE 0.994 0.000 0.522 0.016 N NA
 943114 943115 VF_0269 VF_0270 thiQ hepA FALSE 0.002 194.000 0.000 1.000 N NA
 943115 943116 VF_0270 VF_0271 hepA rluA TRUE 0.579 115.000 0.294 1.000 N NA
 943117 943118 VF_0272 VF_0273     TRUE 0.598 52.000 0.154 NA   NA
 943118 943119 VF_0273 VF_0274     FALSE 0.027 294.000 0.073 NA   NA
 943119 943120 VF_0274 VF_0275   argR FALSE 0.007 331.000 0.000 NA   NA
 943123 943124 VF_0278 VF_0279 rplU rpmA TRUE 0.995 18.000 0.667 0.014 Y NA
 943124 943125 VF_0279 VF_0280 rpmA obgE FALSE 0.262 237.000 0.335 1.000   NA
 943125 943126 VF_0280 VF_0281 obgE yjjP FALSE 0.061 134.000 0.027 NA   NA
 943126 943128 VF_0281 VF_0283 yjjP   TRUE 0.991 -7.000 0.704 NA   NA
 943128 943129 VF_0283 VF_0284   folA TRUE 0.579 35.000 0.104 NA   NA
 943130 943131 VF_0285 VF_0286 apaH ksgA FALSE 0.014 73.000 0.025 1.000 N NA
 943131 943132 VF_0286 VF_0287 ksgA pdxA TRUE 0.943 -3.000 0.197 1.000 N NA
 943132 943133 VF_0287 VF_0288 pdxA surA TRUE 0.976 -22.000 0.561 1.000 N NA
 943133 943134 VF_0288 VF_0289 surA imp TRUE 0.538 68.000 0.182 1.000 N NA
 943136 943137 VF_0291 VF_0292   leuD FALSE 0.452 123.000 0.186 NA   NA
 943137 943138 VF_0292 VF_0293 leuD leuC TRUE 0.992 13.000 0.309 0.001 Y NA
 943138 943139 VF_0293 VF_0294 leuC leuB TRUE 0.989 16.000 0.275 0.001 Y NA
 943139 943140 VF_0294 VF_0295 leuB leuA TRUE 0.908 82.000 0.126 0.001 Y NA
 943140 5488692 VF_0295 VF_2584 leuA leuL FALSE 0.077 112.000 0.000 NA   NA
 943141 943142 VF_0296 VF_0297     TRUE 0.909 -13.000 0.154 NA   NA
 943142 943143 VF_0297 VF_0298     TRUE 0.966 -3.000 0.240 NA   NA
 943146 943147 VF_0301 VF_0302 dnaB alr TRUE 0.921 13.000 0.317 1.000 N NA
 943147 943148 VF_0302 VF_0303 alr   TRUE 0.962 0.000 0.208 1.000   NA
 943148 943149 VF_0303 VF_0304   pgi FALSE 0.017 215.000 0.000 1.000   NA
 943150 943151 VF_0305 VF_0306 cheX zur TRUE 0.566 28.000 0.112 NA N NA
 943152 943153 VF_0307 VF_0308     FALSE 0.008 119.000 0.006 NA   NA
 943153 943154 VF_0308 VF_0309     FALSE 0.220 172.000 0.169 NA   NA
 943154 943155 VF_0309 VF_0310   cysJ FALSE 0.251 136.000 0.109 NA   NA
 943155 943156 VF_0310 VF_0311 cysJ cysI TRUE 0.999 0.000 0.791 0.001 Y NA
 943156 943157 VF_0311 VF_0312 cysI cysH TRUE 0.857 -7.000 0.116 1.000 N NA
 943158 943159 VF_0313 VF_0314   fklB FALSE 0.362 124.000 0.141 NA   NA
 943161 943162 VF_0316 VF_0317   elaA TRUE 0.925 2.000 0.132 NA   NA
 943162 943163 VF_0317 VF_0318 elaA   FALSE 0.295 67.000 0.066 NA   NA
 943163 943164 VF_0318 VF_0319   cpdB FALSE 0.208 117.000 0.104 NA N NA
 943165 943166 VF_0320 VF_0321 cysD cysN TRUE 0.977 30.000 0.574 0.001 N NA
 943166 943167 VF_0321 VF_0322 cysN yfbS TRUE 0.964 12.000 0.200 1.000 Y NA
 943167 943168 VF_0322 VF_0323 yfbS cysC TRUE 0.971 15.000 0.291 1.000 Y NA
 943169 943170 VF_0324 VF_0325     FALSE 0.010 272.000 0.000 NA   NA
 943170 943171 VF_0325 VF_0326     TRUE 0.915 12.000 0.238 NA   NA
 943171 943172 VF_0326 VF_0327     TRUE 0.996 -3.000 0.605 1.000 Y NA
 943172 943173 VF_0327 VF_0328     TRUE 0.867 37.000 0.336 NA   NA
 5488693 5488694 VF_2585 VF_2586     TRUE 0.591 -7.000 0.000 NA   NA
 943177 943178 VF_0332 VF_0333 ytfM ytfN TRUE 0.989 -3.000 0.575 NA   NA
 943178 5488695 VF_0333 VF_R0001 ytfN   FALSE 0.004 499.000 0.000 NA   NA
 5488695 5488696 VF_R0001 VF_T0002     FALSE 0.124 68.000 0.000 NA   NA
 5488696 5488697 VF_T0002 VF_R0002     FALSE 0.009 276.000 0.000 NA   NA
 5488697 5488698 VF_R0002 VF_R0003     FALSE 0.093 94.000 0.000 NA   NA
 5488698 5488699 VF_R0003 VF_R0004     FALSE 0.005 398.000 0.000 NA   NA
 5488699 5488700 VF_R0004 VF_T0003     FALSE 0.121 70.000 0.000 NA   NA
 5488700 5488701 VF_T0003 VF_T0004     FALSE 0.188 38.000 0.000 NA   NA
 5488701 5488702 VF_T0004 VF_R0005     FALSE 0.009 274.000 0.000 NA   NA
 5488702 5488703 VF_R0005 VF_R0006     FALSE 0.100 89.000 0.000 NA   NA
 5488703 5488704 VF_R0006 VF_T0005     FALSE 0.238 30.000 0.000 NA   NA
 943195 943196 VF_0340 VF_0341   uvrA FALSE 0.011 97.000 0.013 NA N NA
 943196 943197 VF_0341 VF_0342 uvrA galU FALSE 0.003 172.000 0.002 1.000 N NA
 943197 943198 VF_0342 VF_0343 galU   FALSE 0.071 181.000 0.069 NA   NA
 943198 943199 VF_0343 VF_0344     TRUE 0.951 -13.000 0.241 NA   NA
 943199 943200 VF_0344 VF_0345     TRUE 0.996 5.000 0.459 0.016 Y NA
 943200 943201 VF_0345 VF_0346     TRUE 0.985 -3.000 0.189 NA Y NA
 943201 943202 VF_0346 VF_0347     TRUE 0.982 -7.000 0.438 NA   NA
 943202 943203 VF_0347 VF_0348     TRUE 0.988 3.000 0.600 NA   NA
 943203 943204 VF_0348 VF_0349     TRUE 0.913 5.000 0.161 NA   NA
 943204 943205 VF_0349 VF_0350     TRUE 0.980 4.000 0.194 1.000 Y NA
 943205 943206 VF_0350 VF_0351     TRUE 0.952 1.000 0.184 1.000   NA
 943206 943207 VF_0351 VF_0352   wcaJ TRUE 0.906 -16.000 0.158 NA   NA
 5488705 943208 VF_2587 VF_0353   ssb FALSE 0.050 145.000 0.000 NA   NA
 943210 943211 VF_0355 VF_0356 csrD mshI FALSE 0.047 120.000 0.020 NA   NA
 943211 943212 VF_0356 VF_0357 mshI mshJ TRUE 0.656 -7.000 0.033 NA   NA
 943212 943213 VF_0357 VF_0358 mshJ   TRUE 0.979 2.000 0.344 NA   NA
 943213 943214 VF_0358 VF_0359   mshL TRUE 0.949 12.000 0.356 NA   NA
 943214 943215 VF_0359 VF_0360 mshL mshM TRUE 0.994 13.000 0.846 1.000 Y NA
 943215 943216 VF_0360 VF_0361 mshM mshN TRUE 0.967 -15.000 0.338 1.000   NA
 943216 943217 VF_0361 VF_0362 mshN mshE TRUE 0.979 0.000 0.328 1.000   NA
 943217 943218 VF_0362 VF_0363 mshE mshG TRUE 0.994 10.000 0.740 1.000 Y NA
 943218 943219 VF_0363 VF_0364 mshG   TRUE 0.703 3.000 0.039 NA   NA
 943219 943220 VF_0364 VF_0365   mshB TRUE 0.645 87.000 0.231 NA   NA
 943220 943221 VF_0365 VF_0366 mshB mshA TRUE 0.808 166.000 0.538 NA Y NA
 943221 943222 VF_0366 VF_0367 mshA mshC TRUE 0.551 127.000 0.250 NA   NA
 943222 943223 VF_0367 VF_0368 mshC mshD TRUE 0.699 -3.000 0.033 NA   NA
 943223 943224 VF_0368 VF_0369 mshD mshO TRUE 0.995 0.000 0.871 NA   NA
 943224 943225 VF_0369 VF_0370 mshO mshP TRUE 0.759 32.000 0.177 NA   NA
 943225 943226 VF_0370 VF_0371 mshP mshQ TRUE 0.952 0.000 0.182 NA   NA
 943226 943227 VF_0371 VF_0372 mshQ mreB FALSE 0.008 123.000 0.005 1.000   NA
 943227 943228 VF_0372 VF_0373 mreB mreC TRUE 0.959 24.000 0.689 1.000 N NA
 943228 943229 VF_0373 VF_0374 mreC mreD TRUE 0.998 -10.000 0.550 0.002 Y NA
 943229 943230 VF_0374 VF_0375 mreD yhdE TRUE 0.882 11.000 0.206 NA N NA
 943230 943231 VF_0375 VF_0376 yhdE rng TRUE 0.925 19.000 0.417 NA N NA
 943231 943232 VF_0376 VF_0377 rng yhdP TRUE 0.803 48.000 0.296 NA   NA
 943232 943233 VF_0377 VF_0378 yhdP   TRUE 0.940 15.000 0.358 NA   NA
 943233 943234 VF_0378 VF_0379   tldD TRUE 0.657 94.000 0.259 NA   NA
 943237 943238 VF_0382 VF_0383     FALSE 0.209 151.000 0.140 1.000 N NA
 943238 943239 VF_0383 VF_0384   yhbJ TRUE 0.832 19.000 0.182 NA   NA
 943239 943240 VF_0384 VF_0385 yhbJ ptsN TRUE 0.815 24.000 0.186 NA   NA
 943240 943241 VF_0385 VF_0386 ptsN hpf TRUE 0.991 2.000 0.728 NA N NA
 943241 943242 VF_0386 VF_0387 hpf rpoN TRUE 0.972 20.000 0.820 NA N NA
 943242 943243 VF_0387 VF_0388 rpoN lptB TRUE 0.783 24.000 0.163 1.000   NA
 943243 943244 VF_0388 VF_0389 lptB lptA TRUE 0.986 3.000 0.543 NA   NA
 943244 943245 VF_0389 VF_0390 lptA   TRUE 0.975 -19.000 0.459 NA   NA
 943245 943246 VF_0390 VF_0391   kdsC TRUE 0.990 -3.000 0.617 NA   NA
 943246 943247 VF_0391 VF_0392 kdsC kdsD TRUE 0.990 0.000 0.598 1.000   NA
 943247 943248 VF_0392 VF_0393 kdsD yrbG FALSE 0.219 186.000 0.226 1.000 N NA
 943249 943250 VF_0394 VF_0395 yrbF yrbE TRUE 0.995 -7.000 0.530 NA Y NA
 943250 943251 VF_0395 VF_0396 yrbE yrbD TRUE 0.985 4.000 0.562 NA   NA
 943251 943252 VF_0396 VF_0397 yrbD yrbC TRUE 0.956 0.000 0.188 NA   NA
 943252 943254 VF_0397 VF_0399 yrbC yrbB TRUE 0.977 0.000 0.308 NA   NA
 943254 943255 VF_0399 VF_0400 yrbB yrbA TRUE 0.986 0.000 0.453 NA   NA
 943255 943256 VF_0400 VF_0401 yrbA murA TRUE 0.904 12.000 0.258 NA N NA
 943256 943257 VF_0401 VF_0402 murA plsC FALSE 0.014 115.000 0.033 1.000 N NA
 943257 943258 VF_0402 VF_0403 plsC idi TRUE 0.557 72.000 0.013 1.000 Y NA
 943259 943260 VF_0404 VF_0405 yjgF pyrI FALSE 0.074 139.000 0.063 NA N NA
 943260 943261 VF_0405 VF_0406 pyrI pyrB TRUE 0.986 14.000 0.197 0.001 Y NA
 943261 5488706 VF_0406 VF_2588 pyrB pyrL FALSE 0.297 20.000 0.000 NA   NA
 5488706 943262 VF_2588 VF_0407 pyrL argI FALSE 0.056 137.000 0.000 NA   NA
 943262 943263 VF_0407 VF_0408 argI sagP TRUE 0.906 113.000 0.500 1.000 Y NA
 943264 943265 VF_0409 VF_0410 rraB   TRUE 0.541 71.000 0.151 NA   NA
 943266 943267 VF_0411 VF_0412 valS holC FALSE 0.189 111.000 0.089 1.000 N NA
 943267 943268 VF_0412 VF_0413 holC pepA TRUE 0.808 80.000 0.494 1.000 N NA
 943269 943270 VF_0414 VF_0415 yjgP yjgQ TRUE 0.994 -7.000 0.631 0.068   NA
 943273 943274 VF_0417 VF_0418   dgkA FALSE 0.298 34.000 0.038 NA   NA
 943274 5488708 VF_0418 VF_T0007 dgkA   FALSE 0.078 111.000 0.000 NA   NA
 5488708 5488709 VF_T0007 VF_T0008     FALSE 0.501 7.000 0.000 NA   NA
 5488709 5488710 VF_T0008 VF_T0009     FALSE 0.488 8.000 0.000 NA   NA
 5488710 5488711 VF_T0009 VF_T0010     FALSE 0.115 74.000 0.000 NA   NA
 5488711 5488712 VF_T0010 VF_T0011     FALSE 0.213 34.000 0.000 NA   NA
 5488712 5488713 VF_T0011 VF_T0012     FALSE 0.166 42.000 0.000 NA   NA
 5488713 5488714 VF_T0012 VF_T0013     FALSE 0.501 7.000 0.000 NA   NA
 5488714 5488715 VF_T0013 VF_T0014     FALSE 0.488 8.000 0.000 NA   NA
 5488715 5488716 VF_T0014 VF_T0015     FALSE 0.113 76.000 0.000 NA   NA
 5488716 943285 VF_T0015 VF_0420   mltC FALSE 0.038 157.000 0.000 NA   NA
 943285 943286 VF_0420 VF_0421 mltC yggX FALSE 0.101 109.000 0.060 NA N NA
 943286 943287 VF_0421 VF_0422 yggX mutY TRUE 0.901 3.000 0.150 NA N NA
 5488717 943288 VF_2589 VF_0423 trmB yneH FALSE 0.103 84.000 0.026 1.000   NA
 943289 943290 VF_0424 VF_0425 yggW rdgB TRUE 0.935 4.000 0.218 1.000 N NA
 943290 943291 VF_0425 VF_0426 rdgB   TRUE 0.610 11.000 0.050 NA   NA
 943291 943292 VF_0426 VF_0427   yggU FALSE 0.327 70.000 0.076 NA   NA
 943292 943293 VF_0427 VF_0428 yggU yggT TRUE 0.785 8.000 0.081 NA   NA
 943293 943294 VF_0428 VF_0429 yggT proC FALSE 0.522 49.000 0.117 NA   NA
 943294 943295 VF_0429 VF_0430 proC yggS FALSE 0.443 84.000 0.125 NA   NA
 943296 943297 VF_0431 VF_0432 pilT pilU TRUE 0.997 3.000 0.436 0.043 Y NA
 943298 943299 VF_0433 VF_0434 yqgF yqgE TRUE 0.962 -3.000 0.263 NA N NA
 943299 943300 VF_0434 VF_0435 yqgE gshB FALSE 0.264 113.000 0.120 NA N NA
 943300 943301 VF_0435 VF_0436 gshB rsmE TRUE 0.854 14.000 0.173 NA   NA
 943301 943302 VF_0436 VF_0437 rsmE endA TRUE 0.635 74.000 0.201 NA   NA
 943302 943303 VF_0437 VF_0438 endA yggI TRUE 0.602 92.000 0.210 1.000   NA
 943303 943304 VF_0438 VF_0439 yggI metK FALSE 0.038 166.000 0.030 1.000   NA
 943305 943306 VF_0440 VF_0441 tktA epd FALSE 0.337 145.000 0.016 1.000 Y NA
 943306 943307 VF_0441 VF_0442 epd pgk TRUE 0.583 167.000 0.070 0.005 Y NA
 943307 943308 VF_0442 VF_0443 pgk fbaA TRUE 0.623 156.000 0.056 0.005 Y NA
 943309 943310 VF_0444 VF_0445 srmB yfiC TRUE 0.871 89.000 0.333 0.016   NA
 943313 943314 VF_0448 VF_0449 xerD dsbC FALSE 0.222 75.000 0.079 1.000 N NA
 943314 943315 VF_0449 VF_0450 dsbC recJ FALSE 0.244 71.000 0.082 1.000 N NA
 943315 943317 VF_0450 VF_0452 recJ prfB FALSE 0.001 270.000 0.028 1.000 N NA
 943317 943318 VF_0452 VF_0453 prfB lysU TRUE 0.974 14.000 0.162 0.043 Y NA
 943318 943319 VF_0453 VF_0454 lysU vpsR FALSE 0.021 388.000 0.000 0.099 N NA
 943321 943322 VF_0456 VF_0457 nudH ptsP FALSE 0.024 39.000 0.005 1.000 N NA
 943322 943323 VF_0457 VF_0458 ptsP   TRUE 0.867 0.000 0.077 1.000   NA
 943323 943324 VF_0458 VF_0459   lgt FALSE 0.511 12.000 0.038 1.000   NA
 943324 943325 VF_0459 VF_0460 lgt thyA FALSE 0.483 73.000 0.164 1.000 N NA
 943327 943328 VF_0462 VF_0463 nhaR hlyU TRUE 0.926 64.000 0.210 0.056 Y NA
 943330 943331 VF_0465 VF_0466 yceN ribF FALSE 0.520 91.000 0.169 1.000   NA
 943331 943332 VF_0466 VF_0467 ribF ileS TRUE 0.779 37.000 0.254 1.000 N NA
 943332 943333 VF_0467 VF_0468 ileS lspA TRUE 0.917 0.000 0.147 1.000 N NA
 943333 943334 VF_0468 VF_0469 lspA fkpB TRUE 0.791 72.000 0.417 1.000 N NA
 943334 943335 VF_0469 VF_0470 fkpB ispH TRUE 0.948 25.000 0.626 1.000 N NA
 943335 943336 VF_0470 VF_0471 ispH dapB FALSE 0.014 73.000 0.009 1.000 N NA
 943336 943337 VF_0471 VF_0472 dapB carA FALSE 0.044 595.000 0.034 1.000 Y NA
 943337 943338 VF_0472 VF_0473 carA carB TRUE 0.991 18.000 0.345 0.001 Y NA
 943339 943340 VF_0474 VF_0475 dacB ompU FALSE 0.366 143.000 0.025 1.000 Y NA
 943343 943344 VF_0478 VF_0479 rrmJ hflB FALSE 0.419 86.000 0.152 NA N NA
 943344 943345 VF_0479 VF_0480 hflB folP TRUE 0.741 69.000 0.325 1.000 N NA
 943345 943346 VF_0480 VF_0481 folP glmM TRUE 0.727 49.000 0.260 1.000 N NA
 943346 943348 VF_0481 VF_0483 glmM secG FALSE 0.005 152.000 0.016 1.000 N NA
 943348 5488718 VF_0483 VF_T0016 secG   FALSE 0.446 10.000 0.000 NA   NA
 5488718 943350 VF_T0016 VF_0484     FALSE 0.007 311.000 0.000 NA   NA
 943350 943351 VF_0484 VF_0485   nusA TRUE 0.976 18.000 0.759 NA   NA
 943351 943352 VF_0485 VF_0486 nusA infB TRUE 0.889 25.000 0.342 1.000 N NA
 943352 943353 VF_0486 VF_0487 infB rbfA TRUE 0.914 112.000 0.530 1.000 Y NA
 943353 943354 VF_0487 VF_0488 rbfA truB TRUE 0.992 0.000 0.318 1.000 Y NA
 943354 943355 VF_0488 VF_0489 truB rpsO TRUE 0.610 164.000 0.211 1.000 Y NA
 943355 943356 VF_0489 VF_0490 rpsO pnp FALSE 0.330 339.000 0.335 1.000 Y NA
 943356 943357 VF_0490 VF_0491 pnp nlpI FALSE 0.192 121.000 0.071 1.000   NA
 943358 943359 VF_0492 VF_0493 yhbV yhbU TRUE 0.998 10.000 0.948 0.003 Y NA
 943359 943360 VF_0493 VF_0494 yhbU gmr FALSE 0.058 218.000 0.112 1.000 N NA
 943361 943362 VF_0495 VF_0496 yhbT yhbS TRUE 0.966 -10.000 0.295 1.000   NA
 943364 943365 VF_0498 VF_0499 holD rimI TRUE 0.891 -10.000 0.121 1.000   NA
 943365 943366 VF_0499 VF_0500 rimI prfC FALSE 0.088 97.000 0.026 1.000   NA
 943366 5488719 VF_0500 VF_2590 prfC   FALSE 0.008 146.000 0.008 NA   NA
 5488719 943367 VF_2590 VF_0501   yjjV FALSE 0.164 0.000 0.003 NA   NA
 943367 943368 VF_0501 VF_0502 yjjV yeiM FALSE 0.002 199.000 0.000 NA N NA
 943368 943369 VF_0502 VF_0503 yeiM   FALSE 0.009 286.000 0.000 NA   NA
 943369 943370 VF_0503 VF_0504   deoC FALSE 0.009 277.000 0.000 NA   NA
 943370 943371 VF_0504 VF_0505 deoC deoA TRUE 0.823 116.000 0.286 1.000 Y NA
 943371 943372 VF_0505 VF_0506 deoA deoB TRUE 0.949 11.000 0.398 1.000 N NA
 943372 943373 VF_0506 VF_0507 deoB deoD TRUE 0.790 72.000 0.414 1.000 N NA
 943375 943376 VF_0509 VF_0510 serB   FALSE 0.011 260.000 0.000 NA   NA
 943376 943377 VF_0510 VF_0511     FALSE 0.392 12.000 0.000 NA   NA
 943377 943378 VF_0511 VF_0512   flp1 TRUE 0.911 8.000 0.000 NA Y NA
 943378 943379 VF_0512 VF_0513 flp1   TRUE 0.930 4.000 0.000 NA Y NA
 943379 943380 VF_0513 VF_0514     TRUE 0.992 -3.000 0.667 NA   NA
 943380 943381 VF_0514 VF_0515     TRUE 0.924 50.000 0.667 NA   NA
 943381 943382 VF_0515 VF_0516   tadA1 FALSE 0.099 7.000 0.000 1.000 N NA
 943382 943383 VF_0516 VF_0517 tadA1 tadB1 TRUE 0.951 0.000 0.000 1.000 Y NA
 943383 943384 VF_0517 VF_0518 tadB1 tadC1 TRUE 0.999 0.000 1.000 0.013 Y NA
 943384 943385 VF_0518 VF_0519 tadC1 tadD1 TRUE 0.996 -7.000 0.667 1.000 Y NA
 943385 943386 VF_0519 VF_0520 tadD1 tadE1 FALSE 0.472 9.000 0.000 NA   NA
 943386 943387 VF_0520 VF_0521 tadE1 tadF1 FALSE 0.481 -25.000 0.000 NA   NA
 943387 943388 VF_0521 VF_0522 tadF1 tadG1 TRUE 0.992 -3.000 0.667 NA   NA
 943388 943389 VF_0522 VF_0523 tadG1   FALSE 0.337 16.000 0.000 NA   NA
 943390 943391 VF_0524 VF_0525 phoQ2 phoQ1 TRUE 0.977 7.000 0.041 0.002 Y NA
 943391 943392 VF_0525 VF_0526 phoQ1 phoP TRUE 0.998 3.000 0.940 1.000 Y NA
 943392 943393 VF_0526 VF_0527 phoP   FALSE 0.074 114.000 0.000 NA   NA
 943394 943395 VF_0528 VF_0529 radA fusA2 FALSE 0.002 196.000 0.002 1.000 N NA
 943396 943397 VF_0530 VF_0531   codA FALSE 0.035 93.000 0.012 NA   NA
 943397 943398 VF_0531 VF_0532 codA codB TRUE 0.972 12.000 0.250 1.000 Y NA
 943398 943399 VF_0532 VF_0533 codB   FALSE 0.000 939.000 0.000 1.000 N NA
 943399 943400 VF_0533 VF_0534   mutS FALSE 0.002 210.000 0.000 1.000 N NA
 5488720 943401 VF_2591 VF_0535 cinA recA FALSE 0.178 141.000 0.082 NA   NA
 943401 943402 VF_0535 VF_0536 recA alaS FALSE 0.067 243.000 0.054 0.099 N NA
 943402 943403 VF_0536 VF_0537 alaS   FALSE 0.473 13.000 0.065 1.000 N NA
 943403 943404 VF_0537 VF_0538   csrA FALSE 0.207 82.000 0.079 1.000 N NA
 943404 5488721 VF_0538 VF_T0017 csrA   FALSE 0.016 216.000 0.000 NA   NA
 5488721 5488722 VF_T0017 VF_T0018     FALSE 0.140 54.000 0.000 NA   NA
 5488722 5488723 VF_T0018 VF_T0019     FALSE 0.175 40.000 0.000 NA   NA
 5488723 5488724 VF_T0019 VF_T0020     FALSE 0.146 51.000 0.000 NA   NA
 5488724 5488725 VF_T0020 VF_T0021     FALSE 0.124 68.000 0.000 NA   NA
 5488725 5488726 VF_T0021 VF_T0022     FALSE 0.124 68.000 0.000 NA   NA
 5488726 5488727 VF_T0022 VF_T0023     FALSE 0.124 68.000 0.000 NA   NA
 5488727 5488728 VF_T0023 VF_T0024     FALSE 0.004 547.000 0.000 NA   NA
 5488728 5488729 VF_T0024 VF_T0025     FALSE 0.127 65.000 0.000 NA   NA
 5488729 5488730 VF_T0025 VF_2592   oadC FALSE 0.007 324.000 0.000 NA   NA
 5488730 943414 VF_2592 VF_0539 oadC oadA TRUE 0.994 37.000 0.810 0.001 Y NA
 943414 943415 VF_0539 VF_0540 oadA oadB TRUE 0.998 16.000 0.976 0.001 Y NA
 943415 943416 VF_0540 VF_0541 oadB yqaA FALSE 0.116 34.000 0.016 NA   NA
 943416 943417 VF_0541 VF_0542 yqaA   FALSE 0.456 10.000 0.027 NA   NA
 943417 943418 VF_0542 VF_0543   gshA FALSE 0.051 132.000 0.048 1.000 N NA
 943418 943419 VF_0543 VF_0544 gshA   FALSE 0.426 67.000 0.103 NA   NA
 943419 943420 VF_0544 VF_0545   luxS FALSE 0.321 32.000 0.039 NA   NA
 943421 943422 VF_0546 VF_0547 corB   TRUE 0.723 104.000 0.349 NA   NA
 943423 943424 VF_0548 VF_0549 ffh rpsP FALSE 0.208 258.000 0.361 1.000 N NA
 943424 943425 VF_0549 VF_0550 rpsP rimM TRUE 0.983 28.000 0.342 0.013 Y NA
 943425 943426 VF_0550 VF_0551 rimM trmD TRUE 0.987 23.000 0.672 1.000 Y NA
 943426 943427 VF_0551 VF_0552 trmD rplS TRUE 0.966 42.000 0.567 1.000 Y NA
 943427 943428 VF_0552 VF_0553 rplS aroF FALSE 0.002 217.000 0.000 1.000 N NA
 943428 943429 VF_0553 VF_0554 aroF tyrA TRUE 0.905 7.000 0.015 1.000 Y NA
 943430 943431 VF_0555 VF_0556     TRUE 0.612 25.000 0.088 NA   NA
 943431 943432 VF_0556 VF_0557   yjjK FALSE 0.092 115.000 0.033 NA   NA
 943433 943434 VF_0558 VF_0559 slt trpR FALSE 0.419 96.000 0.167 1.000 N NA
 943435 943436 VF_0560 VF_0561 yjjX pheA FALSE 0.351 23.000 0.034 NA   NA
 943436 943437 VF_0561 VF_0562 pheA raiA FALSE 0.008 115.000 0.015 NA N NA
 943437 943438 VF_0562 VF_0563 raiA yfiO FALSE 0.001 439.000 0.004 NA   NA
 943439 943440 VF_0564 VF_0565 rluD yfiH TRUE 0.935 3.000 0.168 NA   NA
 943440 943441 VF_0565 VF_0566 yfiH clpB FALSE 0.331 106.000 0.108 NA   NA
 943441 5488731 VF_0566 VF_R0007 clpB   FALSE 0.005 441.000 0.000 NA   NA
 5488731 5488732 VF_R0007 VF_R0008     FALSE 0.006 361.000 0.000 NA   NA
 5488732 5488733 VF_R0008 VF_R0009     FALSE 0.094 93.000 0.000 NA   NA
 5488733 5488734 VF_R0009 VF_T0026     FALSE 0.108 80.000 0.000 NA   NA
 5488734 5488735 VF_T0026 VF_T0027     FALSE 0.194 37.000 0.000 NA   NA
 943448 943449 VF_0568 VF_0569     TRUE 0.977 -10.000 0.410 NA   NA
 943449 943450 VF_0569 VF_0570     TRUE 0.994 0.000 0.824 NA   NA
 943450 943451 VF_0570 VF_0571     FALSE 0.455 -46.000 0.000 NA   NA
 943455 943456 VF_0575 VF_0576     FALSE 0.130 117.000 0.044 1.000   NA
 943456 943457 VF_0576 VF_0577     FALSE 0.015 218.000 0.000 NA   NA
 943460 943461 VF_0580 VF_0581   recC FALSE 0.013 82.000 0.011 1.000 N NA
 943461 943462 VF_0581 VF_0582 recC recB TRUE 0.760 292.000 0.542 0.001 Y NA
 943462 943463 VF_0582 VF_0583 recB recD TRUE 0.999 -7.000 0.688 0.001 Y NA
 943463 943464 VF_0583 VF_0584 recD emrE FALSE 0.002 211.000 0.000 1.000 N NA
 943466 943467 VF_0586 VF_0587   mltA TRUE 0.733 191.000 1.000 NA   NA
 943467 943468 VF_0587 VF_0588 mltA ygdL FALSE 0.011 94.000 0.005 1.000 N NA
 943469 943470 VF_0589 VF_0590 csdE csdA TRUE 0.934 24.000 0.164 0.001   NA
 943471 943472 VF_0591 VF_0592 gcvA ygdD TRUE 0.848 -7.000 0.081 NA   NA
 943472 943473 VF_0592 VF_0593 ygdD ygdE TRUE 0.933 -3.000 0.144 NA   NA
 943474 943475 VF_0594 VF_0595 xni ygdH FALSE 0.521 95.000 0.178 NA   NA
 943475 943476 VF_0595 VF_0596 ygdH   FALSE 0.148 152.000 0.082 NA   NA
 943476 943477 VF_0596 VF_0597     FALSE 0.508 176.000 0.450 1.000   NA
 943477 943478 VF_0597 VF_0598   queF FALSE 0.420 72.000 0.104 1.000   NA
 943479 943480 VF_0599 VF_0600 syd   TRUE 0.817 82.000 0.443 NA   NA
 943481 943482 VF_0601 VF_0602 yaiI   TRUE 0.643 0.000 0.000 NA   NA
 5488736 943483 VF_2593 VF_0603 csrB1   FALSE 0.014 229.000 0.000 NA   NA
 943483 943484 VF_0603 VF_0604     TRUE 0.980 33.000 0.333 0.009 Y NA
 943484 943485 VF_0604 VF_0605   bglA TRUE 0.975 40.000 0.667 1.000 Y NA
 943485 943486 VF_0605 VF_0606 bglA   TRUE 0.874 27.000 0.095 1.000 Y NA
 943486 943487 VF_0606 VF_0607     TRUE 0.929 12.000 0.095 1.000 Y NA
 943487 943488 VF_0607 VF_0608   ascG TRUE 0.887 70.000 0.667 1.000 N NA
 943488 943489 VF_0608 VF_0609 ascG   FALSE 0.001 261.000 0.000 1.000 N NA
 943490 943491 VF_0610 VF_0611     TRUE 0.976 4.000 0.402 NA   NA
 943492 943493 VF_0612 VF_0613   truC TRUE 0.987 2.000 0.518 NA   NA
 943495 943496 VF_0615 VF_0616 trmJ iscR FALSE 0.304 108.000 0.126 1.000 N NA
 943496 943497 VF_0616 VF_0617 iscR iscS TRUE 0.970 -13.000 0.424 1.000 N NA
 943497 943498 VF_0617 VF_0618 iscS iscU TRUE 0.890 35.000 0.448 1.000 N NA
 943498 943499 VF_0618 VF_0619 iscU iscA TRUE 0.854 125.000 0.359 0.002   NA
 943499 943500 VF_0619 VF_0620 iscA hscB TRUE 0.958 16.000 0.500 1.000   NA
 943500 943501 VF_0620 VF_0621 hscB hscA TRUE 0.974 39.000 0.634 1.000 Y NA
 943501 943502 VF_0621 VF_0622 hscA fdx TRUE 0.991 3.000 0.794 1.000 N NA
 943502 943503 VF_0622 VF_0623 fdx iscX TRUE 0.813 123.000 0.625 1.000   NA
 943503 943504 VF_0623 VF_0624 iscX pepB FALSE 0.126 231.000 0.171 1.000   NA
 943504 943505 VF_0624 VF_0625 pepB ndk FALSE 0.001 289.000 0.017 1.000 N NA
 943505 943506 VF_0625 VF_0626 ndk yfgB FALSE 0.109 234.000 0.156 1.000   NA
 943506 943507 VF_0626 VF_0627 yfgB   FALSE 0.477 31.000 0.067 1.000   NA
 943507 943508 VF_0627 VF_0628   yfgA FALSE 0.394 120.000 0.153 1.000   NA
 943508 943509 VF_0628 VF_0629 yfgA ispG TRUE 0.907 13.000 0.233 1.000   NA
 943509 943510 VF_0629 VF_0630 ispG hisS TRUE 0.704 39.000 0.207 1.000 N NA
 943510 943511 VF_0630 VF_0631 hisS yfgM TRUE 0.924 12.000 0.259 1.000   NA
 943511 943512 VF_0631 VF_0632 yfgM yfgL TRUE 0.968 11.000 0.492 1.000   NA
 943512 943513 VF_0632 VF_0633 yfgL der FALSE 0.246 182.000 0.203 1.000   NA
 943513 943514 VF_0633 VF_0634 der   FALSE 0.058 80.000 0.016 NA   NA
 943514 943515 VF_0634 VF_0635     FALSE 0.007 318.000 0.000 NA   NA
 943517 943518 VF_0637 VF_0638 guaB guaA TRUE 0.690 202.000 0.190 0.001 Y NA
 943518 943519 VF_0638 VF_0639 guaA   FALSE 0.001 276.000 0.000 NA N NA
 943520 943521 VF_0640 VF_0641   yhaM TRUE 0.638 60.000 0.186 NA   NA
 943521 943522 VF_0641 VF_0642 yhaM   TRUE 0.802 26.000 0.186 NA   NA
 943524 943525 VF_0644 VF_0645 yeiG frmA FALSE 0.146 218.000 0.179 1.000   NA
 5488737 943526 VF_2594 VF_0646     TRUE 0.733 61.000 0.250 NA   NA
 943527 943528 VF_0647 VF_0648     FALSE 0.171 199.000 0.000 1.000 Y NA
 943529 943530 VF_0649 VF_0650 yafC   FALSE 0.158 1.000 0.008 1.000 N NA
 943532 943533 VF_0652 VF_0653 purL   FALSE 0.001 241.000 0.000 1.000 N NA
 943533 943534 VF_0653 VF_0654     FALSE 0.029 169.000 0.000 NA   NA
 943537 943538 VF_0657 VF_0658   rimK TRUE 0.813 -40.000 0.102 1.000   NA
 943538 943539 VF_0658 VF_0659 rimK rimK2 TRUE 0.873 0.000 0.109 1.000 N NA
 943541 943542 VF_0661 VF_0662     TRUE 0.984 0.000 0.421 NA   NA
 943542 943543 VF_0662 VF_0663   nanA FALSE 0.153 115.000 0.053 NA   NA
 943546 943547 VF_0666 VF_0667 nanE nanK TRUE 0.934 -3.000 0.003 1.000 Y NA
 943547 943548 VF_0667 VF_0668 nanK nanT FALSE 0.055 60.000 0.037 1.000 N NA
 943548 943549 VF_0668 VF_0669 nanT yhcH FALSE 0.054 56.000 0.037 NA N NA
 943550 943551 VF_0670 VF_0671 ureG ureF TRUE 0.997 10.000 0.550 0.002 Y NA
 943551 943552 VF_0671 VF_0672 ureF ureE TRUE 0.996 12.000 0.560 0.002 Y NA
 943552 943553 VF_0672 VF_0673 ureE ureC TRUE 0.906 62.000 0.315 0.001 N NA
 943553 943554 VF_0673 VF_0674 ureC ureB TRUE 0.998 0.000 0.486 0.001 Y NA
 943554 943555 VF_0674 VF_0675 ureB ureA TRUE 0.997 11.000 0.595 0.001 Y NA
 943555 943556 VF_0675 VF_0676 ureA ureD TRUE 0.986 17.000 0.664 0.002 N NA
 943556 943557 VF_0676 VF_0677 ureD   FALSE 0.001 370.000 0.000 1.000 N NA
 943557 943558 VF_0677 VF_0678     TRUE 0.958 -49.000 0.000 0.018 Y NA
 943558 943559 VF_0678 VF_0679     TRUE 0.932 -10.000 0.000 1.000 Y NA
 943559 943560 VF_0679 VF_0680     TRUE 0.996 19.000 1.000 0.046 Y NA
 943560 943561 VF_0680 VF_0681     TRUE 0.998 -21.000 1.000 0.046 Y NA
 943561 943562 VF_0681 VF_0682   proS FALSE 0.001 356.000 0.000 1.000 N NA
 943562 943563 VF_0682 VF_0683 proS yaeB FALSE 0.112 137.000 0.048 1.000   NA
 943563 943564 VF_0683 VF_0684 yaeB metQ FALSE 0.045 80.000 0.013 NA   NA
 943564 943565 VF_0684 VF_0685 metQ metI TRUE 0.941 39.000 0.321 NA Y NA
 943565 943566 VF_0685 VF_0686 metI metN TRUE 0.995 -10.000 0.584 1.000 Y NA
 943567 5488738 VF_0687 VF_2595 gmhB   FALSE 0.016 216.000 0.000 NA   NA
 5488738 943568 VF_2595 VF_0688   yejB FALSE 0.008 295.000 0.000 NA   NA
 943568 943569 VF_0688 VF_0689 yejB yejE TRUE 0.996 3.000 0.742 0.046   NA
 943569 943570 VF_0689 VF_0690 yejE   TRUE 0.559 106.000 0.097 0.046   NA
 943570 943571 VF_0690 VF_0691     TRUE 0.701 88.000 0.100 1.000 Y NA
 943571 943572 VF_0691 VF_0692     TRUE 0.995 -3.000 0.200 0.002 Y NA
 943572 943573 VF_0692 VF_0693     FALSE 0.111 78.000 0.000 NA   NA
 943575 943576 VF_0695 VF_0696 glyA acfD FALSE 0.008 303.000 0.000 NA   NA
 943577 943578 VF_0697 VF_0698     TRUE 0.602 85.000 0.200 NA   NA
 943579 943580 VF_0699 VF_0700 nrdR ribD TRUE 0.963 2.000 0.277 NA N NA
 943580 943581 VF_0700 VF_0701 ribD ribE TRUE 0.992 4.000 0.456 1.000 Y NA
 943581 943582 VF_0701 VF_0702 ribE ribB TRUE 0.763 41.000 0.065 1.000 Y NA
 943582 943583 VF_0702 VF_0703 ribB ribH TRUE 0.654 154.000 0.049 0.002 Y NA
 943583 943584 VF_0703 VF_0704 ribH nusB TRUE 0.976 0.000 0.347 1.000 N NA
 943584 943585 VF_0704 VF_0705 nusB thiL TRUE 0.583 85.000 0.225 1.000 N NA
 943585 943586 VF_0705 VF_0706 thiL pgpA TRUE 0.948 -3.000 0.206 1.000 N NA
 943586 943587 VF_0706 VF_0707 pgpA luxP FALSE 0.164 0.000 0.000 NA N NA
 943587 943588 VF_0707 VF_0708 luxP luxQ FALSE 0.138 3.000 0.000 NA N NA
 943591 943592 VF_0711 VF_0712 dxs ispA TRUE 0.955 22.000 0.246 1.000 Y NA
 943592 943593 VF_0712 VF_0713 ispA xseB TRUE 0.894 -16.000 0.177 1.000 N NA
 943594 943595 VF_0714 VF_0715 motA1 motB1 TRUE 0.986 16.000 0.566 1.000 Y NA
 943595 943596 VF_0715 VF_0716 motB1 thiI FALSE 0.004 160.000 0.029 1.000 N NA
 943597 943598 VF_0717 VF_0718 yajL panE TRUE 0.630 -3.000 0.000 NA   NA
 943598 943599 VF_0718 VF_0719 panE yfeN FALSE 0.090 96.000 0.000 NA   NA
 943599 943600 VF_0719 VF_0720 yfeN ampG FALSE 0.009 282.000 0.000 NA   NA
 943600 943601 VF_0720 VF_0721 ampG   TRUE 0.822 87.000 0.467 1.000   NA
 943601 943602 VF_0721 VF_0722     TRUE 0.946 0.000 0.198 NA N NA
 943602 943603 VF_0722 VF_0723   rlmG TRUE 0.881 15.000 0.248 NA N NA
 943604 943605 VF_0724 VF_0725 bolA nqrA FALSE 0.001 337.000 0.000 NA N NA
 943605 943606 VF_0725 VF_0726 nqrA nqrB TRUE 0.999 4.000 0.854 0.002 Y NA
 943606 943607 VF_0726 VF_0727 nqrB nqrC TRUE 0.998 -10.000 0.603 0.002 Y NA
 943607 943608 VF_0727 VF_0728 nqrC nqrD TRUE 0.997 0.000 0.312 0.002 Y NA
 943608 943609 VF_0728 VF_0729 nqrD nqrE TRUE 0.990 8.000 0.188 0.002 Y NA
 943609 943611 VF_0729 VF_0731 nqrE nqrF TRUE 0.991 30.000 0.551 0.002 Y NA
 943611 943612 VF_0731 VF_0732 nqrF apbE TRUE 0.601 158.000 0.519 1.000 N NA
 943612 943613 VF_0732 VF_0733 apbE   TRUE 0.964 12.000 0.481 NA   NA
 943613 943614 VF_0733 VF_0734   dinB FALSE 0.182 113.000 0.063 NA   NA
 943614 943615 VF_0734 VF_0735 dinB   FALSE 0.002 190.000 0.000 1.000 N NA
 943617 943618 VF_0737 VF_0738 yieG gpt FALSE 0.171 38.000 0.024 1.000   NA
 943618 943619 VF_0738 VF_0739 gpt frsA FALSE 0.083 145.000 0.040 NA   NA
 943619 943620 VF_0739 VF_0740 frsA proB FALSE 0.124 169.000 0.095 NA   NA
 943620 943621 VF_0740 VF_0741 proB proA TRUE 0.904 30.000 0.002 0.002 Y NA
 943622 943623 VF_0742 VF_0743 lipA lipB TRUE 0.997 -7.000 0.319 0.001 Y NA
 943623 943624 VF_0743 VF_0744 lipB ybeD FALSE 0.480 135.000 0.219 NA   NA
 943624 943625 VF_0744 VF_0745 ybeD dacA FALSE 0.008 136.000 0.007 NA   NA
 943625 943626 VF_0745 VF_0746 dacA rlpA FALSE 0.088 281.000 0.000 NA Y NA
 943626 943627 VF_0746 VF_0747 rlpA mrdB TRUE 0.541 0.000 0.043 NA N NA
 943627 943628 VF_0747 VF_0748 mrdB mrdA FALSE 0.164 0.000 0.003 1.000 N NA
 943628 943629 VF_0748 VF_0749 mrdA ybeA FALSE 0.119 4.000 0.003 NA   NA
 943629 943630 VF_0749 VF_0750 ybeA ybeB TRUE 0.963 5.000 0.307 NA   NA
 943630 943631 VF_0750 VF_0751 ybeB holA FALSE 0.068 48.000 0.013 NA   NA
 943631 943632 VF_0751 VF_0752 holA rlpB TRUE 0.935 3.000 0.199 NA N NA
 943632 943633 VF_0752 VF_0753 rlpB leuS FALSE 0.109 228.000 0.182 NA N NA
 943635 943636 VF_0755 VF_0756 lnt ybeX TRUE 0.808 96.000 0.557 1.000 N NA
 943636 943637 VF_0756 VF_0757 ybeX ybeY TRUE 0.547 68.000 0.150 NA   NA
 943637 943638 VF_0757 VF_0758 ybeY   TRUE 0.950 17.000 0.457 NA   NA
 943638 943639 VF_0758 VF_0759   miaB TRUE 0.747 36.000 0.220 1.000 N NA
 5488739 5488740 VF_T0028 VF_T0029     FALSE 0.260 26.000 0.000 NA   NA
 5488740 5488741 VF_T0029 VF_T0030     FALSE 0.102 86.000 0.000 NA   NA
 5488741 5488742 VF_T0030 VF_T0031     FALSE 0.417 11.000 0.000 NA   NA
 5488742 5488743 VF_T0031 VF_T0032     FALSE 0.107 81.000 0.000 NA   NA
 5488743 5488744 VF_T0032 VF_T0033     FALSE 0.238 30.000 0.000 NA   NA
 5488744 5488745 VF_T0033 VF_T0034     FALSE 0.417 11.000 0.000 NA   NA
 5488745 5488746 VF_T0034 VF_T0035     FALSE 0.107 81.000 0.000 NA   NA
 5488746 5488747 VF_T0035 VF_T0036     FALSE 0.260 26.000 0.000 NA   NA
 5488747 5488748 VF_T0036 VF_T0037     FALSE 0.107 81.000 0.000 NA   NA
 5488748 5488749 VF_T0037 VF_T0038     FALSE 0.260 26.000 0.000 NA   NA
 5488749 5488750 VF_T0038 VF_T0039     FALSE 0.107 81.000 0.000 NA   NA
 5488750 5488751 VF_T0039 VF_T0040     FALSE 0.260 26.000 0.000 NA   NA
 5488751 5488752 VF_T0040 VF_T0041     FALSE 0.110 79.000 0.000 NA   NA
 5488752 943656 VF_T0041 VF_0762   ychF FALSE 0.008 308.000 0.000 NA   NA
 943656 943657 VF_0762 VF_0763 ychF pth TRUE 0.940 20.000 0.184 1.000 Y NA
 943657 943658 VF_0763 VF_0764 pth prs FALSE 0.001 301.000 0.011 1.000 N NA
 943658 943659 VF_0764 VF_0765 prs ispE TRUE 0.546 -12.000 0.053 1.000 N NA
 943659 943660 VF_0765 VF_0766 ispE lolB TRUE 0.919 -3.000 0.157 1.000 N NA
 943661 943662 VF_0767 VF_0768 hemA prfA TRUE 0.808 40.000 0.171 0.042 N NA
 943662 943663 VF_0768 VF_0769 prfA prmC TRUE 0.994 0.000 0.229 0.042 Y NA
 943663 943664 VF_0769 VF_0770 prmC   TRUE 0.743 16.000 0.109 1.000   NA
 943664 943665 VF_0770 VF_0771   ychA TRUE 0.949 3.000 0.195 1.000   NA
 943665 943666 VF_0771 VF_0772 ychA kdsA TRUE 0.742 12.000 0.089 1.000   NA
 943667 943668 VF_0773 VF_0774 cobA   FALSE 0.077 129.000 0.059 1.000 N NA
 943668 943669 VF_0774 VF_0775   nirD TRUE 0.581 110.000 0.069 1.000 Y NA
 943669 943670 VF_0775 VF_0776 nirD nirB TRUE 0.997 3.000 0.829 0.001 N NA
 943670 943671 VF_0776 VF_0777 nirB   FALSE 0.001 297.000 0.000 1.000 N NA
 943675 943676 VF_0780 VF_0781 copG copA FALSE 0.348 103.000 0.111 NA   NA
 943678 943679 VF_0783 VF_0784 ybbN ybbO FALSE 0.029 329.000 0.118 1.000 N NA
 943679 943680 VF_0784 VF_0785 ybbO proX FALSE 0.003 185.000 0.000 1.000 N NA
 943680 943681 VF_0785 VF_0786 proX proW TRUE 0.998 3.000 0.695 0.046 Y NA
 943681 943682 VF_0786 VF_0787 proW proV TRUE 0.995 4.000 0.630 1.000 Y NA
 943682 943683 VF_0787 VF_0788 proV yfcH FALSE 0.006 390.000 0.000 1.000   NA
 943685 943686 VF_0790 VF_0791 toxS toxR TRUE 0.573 -9.000 0.000 NA   NA
 943687 943688 VF_0792 VF_0793 htpG adk FALSE 0.047 262.000 0.035 0.096 N NA
 943688 943689 VF_0793 VF_0794 adk hemH FALSE 0.313 86.000 0.113 1.000 N NA
 943689 943690 VF_0794 VF_0795 hemH tig FALSE 0.001 342.000 0.000 1.000 N NA
 943690 943691 VF_0795 VF_0796 tig clpP TRUE 0.878 106.000 0.351 1.000 Y NA
 943691 943692 VF_0796 VF_0797 clpP clpX TRUE 0.901 87.000 0.352 1.000 Y NA
 943692 943693 VF_0797 VF_0798 clpX lon TRUE 0.830 132.000 0.201 0.096 Y NA
 943693 943694 VF_0798 VF_0799 lon hupB FALSE 0.005 149.000 0.030 1.000 N NA
 943694 943695 VF_0799 VF_0800 hupB ppiD FALSE 0.017 205.000 0.051 1.000 N NA
 943695 943696 VF_0800 VF_0801 ppiD comE FALSE 0.029 188.000 0.033 1.000   NA
 943699 943700 VF_0804 VF_0805 asnB   FALSE 0.001 290.000 0.027 1.000 N NA
 943700 943701 VF_0805 VF_0806   nagC TRUE 0.537 85.000 0.200 1.000 N NA
 943701 943702 VF_0806 VF_0807 nagC nagA1 TRUE 0.996 2.000 0.571 1.000 Y NA
 943703 943704 VF_0808 VF_0809 nagE glnS FALSE 0.003 176.000 0.018 1.000 N NA
 943707 943708 VF_0812 VF_0813 fldA   TRUE 0.633 60.000 0.183 NA   NA
 943708 943709 VF_0813 VF_0814   ybfF TRUE 0.549 88.000 0.179 NA   NA
 943710 943711 VF_0815 VF_0816 seqA pgm TRUE 0.530 49.000 0.151 1.000 N NA
 943711 943712 VF_0816 VF_0817 pgm ybgI FALSE 0.021 65.000 0.007 NA   NA
 943714 943715 VF_0819 VF_0820 sdhC sdhD TRUE 0.998 -6.000 0.453 0.001 Y NA
 943715 943716 VF_0820 VF_0821 sdhD sdhA TRUE 0.999 0.000 0.705 0.002 Y NA
 943716 943717 VF_0821 VF_0822 sdhA sdhB TRUE 0.996 13.000 0.604 0.002 Y NA
 943717 943718 VF_0822 VF_0823 sdhB sucA TRUE 0.606 98.000 0.067 1.000 Y NA
 943718 943719 VF_0823 VF_0824 sucA sucB TRUE 0.987 20.000 0.667 1.000 Y NA
 943719 943720 VF_0824 VF_0825 sucB sucC TRUE 0.551 153.000 0.136 1.000 Y NA
 943720 943721 VF_0825 VF_0826 sucC sucD TRUE 0.999 0.000 0.806 0.001 Y NA
 943721 943722 VF_0826 VF_0827 sucD   FALSE 0.002 188.000 0.000 1.000 N NA
 943723 943724 VF_0828 VF_0829 znuB znuC TRUE 0.999 -3.000 0.755 0.096 Y NA
 943725 943726 VF_0830 VF_0831 znuA yebA TRUE 0.583 -3.000 0.023 1.000   NA
 943726 943727 VF_0831 VF_0832 yebA   FALSE 0.046 149.000 0.000 1.000   NA
 943727 943728 VF_0832 VF_0833   feoA FALSE 0.000 625.000 0.000 1.000 N NA
 943728 943729 VF_0833 VF_0834 feoA feoB TRUE 0.997 2.000 0.778 1.000 Y NA
 943729 943730 VF_0834 VF_0835 feoB   TRUE 0.973 -3.000 0.288 NA   NA
 943731 943732 VF_0836 VF_0837 pta ackA TRUE 0.857 100.000 0.634 1.000   NA
 943736 943737 VF_0841 VF_0842     FALSE 0.270 100.000 0.081 1.000   NA
 943737 943738 VF_0842 VF_0843     FALSE 0.089 104.000 0.028 NA   NA
 943739 943740 VF_0844 VF_0845     TRUE 0.986 5.000 0.636 NA   NA
 943740 943741 VF_0845 VF_0846     TRUE 0.939 -31.000 0.245 1.000   NA
 943741 943742 VF_0846 VF_0847     TRUE 0.961 12.000 0.169 0.001   NA
 943742 943743 VF_0847 VF_0848     TRUE 0.985 0.000 0.422 1.000   NA
 943743 943744 VF_0848 VF_0849     TRUE 0.987 -39.000 0.758 1.000   NA
 943744 943745 VF_0849 VF_0850     TRUE 0.979 14.000 0.368 NA Y NA
 943745 943746 VF_0850 VF_0851     TRUE 0.970 3.000 0.297 NA   NA
 943746 943747 VF_0851 VF_0852     TRUE 0.971 -10.000 0.333 1.000   NA
 943747 943748 VF_0852 VF_0853     TRUE 0.957 12.000 0.413 1.000   NA
 943748 943749 VF_0853 VF_0854     TRUE 0.986 -7.000 0.532 1.000   NA
 943749 943750 VF_0854 VF_0855     FALSE 0.254 522.000 0.732 1.000   NA
 943750 943751 VF_0855 VF_0856     TRUE 0.967 -10.000 0.305 1.000   NA
 943751 943752 VF_0856 VF_0857     TRUE 0.974 6.000 0.422 1.000   NA
 943752 943753 VF_0857 VF_0858     TRUE 0.994 -9.000 0.514 NA Y NA
 943753 943754 VF_0858 VF_0859     TRUE 0.974 20.000 0.397 NA Y NA
 943754 943755 VF_0859 VF_0860     TRUE 0.995 -3.000 0.486 1.000 Y NA
 943756 943757 VF_0861 VF_0862 hslJ rplY FALSE 0.001 316.000 0.000 NA N NA
 943761 943762 VF_0866 VF_0867     TRUE 0.957 51.000 1.000 NA   NA
 943764 943765 VF_0869 VF_0870     FALSE 0.095 92.000 0.000 NA   NA
 943765 943766 VF_0870 VF_0871     TRUE 0.895 21.000 0.286 1.000   NA
 943766 943767 VF_0871 VF_0872     FALSE 0.011 259.000 0.000 1.000   NA
 943769 943770 VF_0874 VF_0875 secF2 secD2 TRUE 0.997 4.000 0.366 0.001 Y NA
 943770 943771 VF_0875 VF_0876 secD2   FALSE 0.242 131.000 0.099 NA   NA
 943771 943772 VF_0876 VF_0877     FALSE 0.101 87.000 0.000 NA   NA
 943773 943774 VF_0878 VF_0879 emrK emrB TRUE 0.990 3.000 0.650 1.000   NA
 943774 943775 VF_0879 VF_0880 emrB rsuA FALSE 0.168 73.000 0.036 1.000   NA
 943775 943776 VF_0880 VF_0881 rsuA bcr FALSE 0.018 215.000 0.055 1.000 N NA
 943776 943777 VF_0881 VF_0882 bcr   TRUE 0.985 1.000 0.452 NA   NA
 943779 943780 VF_0884 VF_0885     TRUE 0.988 -19.000 0.842 NA N NA
 943780 943781 VF_0885 VF_0886     TRUE 0.972 0.000 0.271 NA   NA
 943781 943782 VF_0886 VF_0887   nhaA FALSE 0.040 165.000 0.031 1.000   NA
 943782 943783 VF_0887 VF_0888 nhaA   FALSE 0.004 554.000 0.000 NA   NA
 943784 943785 VF_0889 VF_0890 ybjL grxA FALSE 0.048 147.000 0.026 1.000   NA
 943785 943786 VF_0890 VF_0891 grxA yebK FALSE 0.009 112.000 0.000 1.000 N NA
 943786 943787 VF_0891 VF_0892 yebK   FALSE 0.001 322.000 0.000 1.000 N NA
 943787 943788 VF_0892 VF_0893     FALSE 0.285 175.000 0.212 NA   NA
 943788 943789 VF_0893 VF_0894   ybjE FALSE 0.160 137.000 0.071 NA   NA
 943789 943790 VF_0894 VF_0895 ybjE   FALSE 0.386 91.000 0.113 NA   NA
 943793 943794 VF_0898 VF_0899   serC FALSE 0.002 198.000 0.004 NA   NA
 943795 943796 VF_0900 VF_0901 cydC cydD TRUE 0.998 -7.000 0.631 0.004 Y NA
 943796 943797 VF_0901 VF_0902 cydD trxB FALSE 0.374 153.000 0.049 1.000 Y NA
 943797 943798 VF_0902 VF_0903 trxB ald FALSE 0.180 148.000 0.018 0.039 N NA
 943799 943800 VF_0904 VF_0905 lrp ftsK FALSE 0.249 223.000 0.345 1.000 N NA
 943800 943801 VF_0905 VF_0906 ftsK lolA TRUE 0.867 26.000 0.305 1.000 N NA
 943801 943802 VF_0906 VF_0907 lolA rarA TRUE 0.663 34.000 0.167 1.000 N NA
 943802 943803 VF_0907 VF_0908 rarA serS FALSE 0.361 122.000 0.078 0.095 N NA
 943804 943805 VF_0909 VF_0910 trxC yciU FALSE 0.041 172.000 0.036 NA   NA
 943807 943808 VF_0912 VF_0913 yeaD gapA FALSE 0.381 195.000 0.154 1.000 Y NA
 943811 5488754 VF_0916 VF_2596     FALSE 0.032 147.000 0.020 NA   NA
 943814 943815 VF_0919 VF_0920     FALSE 0.135 223.000 0.175 NA   NA
 943815 943816 VF_0920 VF_0921   sodB FALSE 0.016 203.000 0.024 NA   NA
 943818 943819 VF_0923 VF_0924     FALSE 0.029 170.000 0.000 1.000   NA
 943819 943820 VF_0924 VF_0925   rnt FALSE 0.431 47.000 0.084 1.000   NA
 943822 943823 VF_0927 VF_0928   gloA FALSE 0.101 142.000 0.047 NA   NA
 943823 943824 VF_0928 VF_0929 gloA nth FALSE 0.058 14.000 0.013 1.000 N NA
 943824 943825 VF_0929 VF_0930 nth rnfE FALSE 0.341 71.000 0.109 1.000 N NA
 943825 943826 VF_0930 VF_0931 rnfE rnfG TRUE 0.999 0.000 0.908 0.039 Y NA
 943826 943827 VF_0931 VF_0932 rnfG rnfD TRUE 0.999 5.000 0.924 0.039 Y NA
 943827 943828 VF_0932 VF_0933 rnfD rnfC TRUE 0.987 63.000 0.814 0.039 Y NA
 943828 943829 VF_0933 VF_0934 rnfC rnfB TRUE 0.997 4.000 0.537 0.017 Y NA
 943829 943830 VF_0934 VF_0935 rnfB rnfA TRUE 0.998 3.000 0.564 0.039 Y NA
 943830 5488755 VF_0935 VF_T0043 rnfA   FALSE 0.058 135.000 0.000 NA   NA
 5488755 5488756 VF_T0043 VF_T0044     FALSE 0.133 60.000 0.000 NA   NA
 943834 943835 VF_0937 VF_0938 luxO luxU TRUE 0.988 -10.000 0.654 NA   NA
 943837 943838 VF_0940 VF_0941 moaA moaC TRUE 0.958 13.000 0.039 0.003 Y NA
 943838 943839 VF_0941 VF_0942 moaC moaD TRUE 0.994 -3.000 0.175 0.003 Y NA
 943839 943840 VF_0942 VF_0943 moaD moaE TRUE 0.998 2.000 0.501 0.003 Y NA
 943841 943842 VF_0944 VF_0945     TRUE 0.993 4.000 0.923 NA   NA
 943842 943843 VF_0945 VF_0946     FALSE 0.521 109.000 0.192 NA   NA
 943843 943844 VF_0946 VF_0947   cmoB FALSE 0.124 80.000 0.030 NA   NA
 943844 943845 VF_0947 VF_0948 cmoB   TRUE 0.853 37.000 0.315 NA   NA
 943846 943847 VF_0949 VF_0950 aspS ruvC FALSE 0.180 153.000 0.015 0.015 N NA
 943847 943848 VF_0950 VF_0951 ruvC ruvA TRUE 0.956 106.000 0.451 0.008 Y NA
 943848 943849 VF_0951 VF_0952 ruvA ruvB TRUE 0.992 28.000 0.549 0.001 Y NA
 943849 943850 VF_0952 VF_0953 ruvB cydA FALSE 0.001 379.000 0.000 1.000 N NA
 943850 943851 VF_0953 VF_0954 cydA cydB TRUE 0.997 18.000 1.000 0.039 Y NA
 943851 943852 VF_0954 VF_0955 cydB ybgT FALSE 0.325 13.000 0.023 NA   NA
 943852 943853 VF_0955 VF_0956 ybgT   TRUE 0.972 -7.000 0.310 NA   NA
 943853 943854 VF_0956 VF_0957   ybgC FALSE 0.108 178.000 0.095 NA   NA
 943854 943855 VF_0957 VF_0958 ybgC tolQ TRUE 0.986 -10.000 0.593 1.000   NA
 943855 943856 VF_0958 VF_0959 tolQ tolR TRUE 0.998 0.000 0.556 0.059 Y NA
 943856 943857 VF_0959 VF_0960 tolR tolA TRUE 0.804 17.000 0.183 NA N NA
 943857 943859 VF_0960 VF_0962 tolA tolB TRUE 0.663 11.000 0.089 NA N NA
 943859 943860 VF_0962 VF_0963 tolB pal TRUE 0.920 36.000 0.592 1.000 N NA
 943860 943861 VF_0963 VF_0964 pal ybgF TRUE 0.874 26.000 0.278 1.000   NA
 943861 943862 VF_0964 VF_0965 ybgF nadA FALSE 0.026 132.000 0.013 1.000   NA
 943864 5488758 VF_0967 VF_T0045 ygaW   FALSE 0.025 179.000 0.000 NA   NA
 5488758 943866 VF_T0045 VF_0968     FALSE 0.004 657.000 0.000 NA   NA
 943866 943867 VF_0968 VF_0969     FALSE 0.004 455.000 0.000 NA   NA
 943867 943868 VF_0969 VF_0970     FALSE 0.227 32.000 0.000 NA   NA
 943868 943869 VF_0970 VF_0971     FALSE 0.018 206.000 0.000 1.000   NA
 943869 943870 VF_0971 VF_0972   rpoE2 FALSE 0.026 177.000 0.000 1.000   NA
 943870 943871 VF_0972 VF_0973 rpoE2 gshA2 FALSE 0.004 157.000 0.012 1.000 N NA
 943871 943872 VF_0973 VF_0974 gshA2 mdlA FALSE 0.109 5.000 0.012 1.000 N NA
 943872 943873 VF_0974 VF_0975 mdlA mdlB TRUE 0.999 -7.000 0.911 0.004 Y NA
 943873 943874 VF_0975 VF_0976 mdlB   TRUE 0.656 25.000 0.018 0.095   NA
 943874 5488759 VF_0976 VF_2598     FALSE 0.061 130.000 0.000 NA   NA
 5488759 943875 VF_2598 VF_0977     FALSE 0.125 67.000 0.000 NA   NA
 943876 943877 VF_0978 VF_0979 qor   FALSE 0.111 132.000 0.045 NA   NA
 943877 943878 VF_0979 VF_0980   ycaD FALSE 0.200 64.000 0.040 NA   NA
 943880 943881 VF_0982 VF_0983 yigM   FALSE 0.068 121.000 0.000 NA   NA
 943881 943882 VF_0983 VF_0984     FALSE 0.250 28.000 0.000 NA   NA
 943886 943887 VF_0988 VF_0989   mifA FALSE 0.002 187.000 0.000 NA N NA
 943888 943889 VF_0990 VF_0991     TRUE 0.996 -3.000 0.625 1.000 Y NA
 943889 943891 VF_0991 VF_0993   icmF TRUE 0.921 -3.000 0.125 NA   NA
 943891 943892 VF_0993 VF_0994 icmF   TRUE 0.980 11.000 0.667 NA   NA
 943892 943893 VF_0994 VF_0995     TRUE 0.991 2.000 0.667 NA   NA
 943893 943894 VF_0995 VF_0996     TRUE 0.978 12.000 0.667 NA   NA
 943894 943895 VF_0996 VF_0997     TRUE 0.700 37.000 0.167 NA   NA
 943895 5488761 VF_0997 VF_2600     TRUE 0.552 4.000 0.000 NA   NA
 5488761 943896 VF_2600 VF_0998     TRUE 0.594 3.000 0.000 NA   NA
 943896 943897 VF_0998 VF_0999     TRUE 0.870 6.000 0.000 0.013 N NA
 943897 943898 VF_0999 VF_1000     TRUE 0.956 -3.000 0.196 1.000   NA
 943898 943899 VF_1000 VF_1001     TRUE 0.691 -36.000 0.059 NA   NA
 943899 943900 VF_1001 VF_1002     TRUE 0.794 -3.000 0.052 NA   NA
 943900 943901 VF_1002 VF_1003     TRUE 0.870 90.000 0.627 NA   NA
 943901 943902 VF_1003 VF_1004     TRUE 0.590 4.000 0.030 NA   NA
 943902 943903 VF_1004 VF_1005     FALSE 0.463 16.000 0.040 NA   NA
 943903 943904 VF_1005 VF_1006     FALSE 0.015 223.000 0.000 NA   NA
 943904 943905 VF_1006 VF_1007     TRUE 0.984 -7.000 0.474 NA   NA
 943905 943906 VF_1007 VF_1008   yfcA TRUE 0.964 11.000 0.434 NA   NA
 943906 943907 VF_1008 VF_1009 yfcA dinG TRUE 0.627 69.000 0.189 1.000   NA
 943908 943909 VF_1010 VF_1011     FALSE 0.025 638.000 0.000 0.045   NA
 943909 5488762 VF_1011 VF_2601   hisL FALSE 0.019 197.000 0.000 NA   NA
 5488762 943910 VF_2601 VF_1012 hisL hisG FALSE 0.015 221.000 0.000 NA   NA
 943910 943911 VF_1012 VF_1013 hisG hisD TRUE 0.990 6.000 0.171 0.003 Y NA
 943911 943912 VF_1013 VF_1014 hisD hisC TRUE 0.992 10.000 0.294 0.003 Y NA
 943912 943913 VF_1014 VF_1015 hisC hisB TRUE 0.717 238.000 0.341 0.003 Y NA
 943913 943914 VF_1015 VF_1016 hisB hisH TRUE 0.985 9.000 0.128 0.003 Y NA
 943914 943915 VF_1016 VF_1017 hisH hisA TRUE 0.900 115.000 0.210 0.003 Y NA
 943915 943916 VF_1017 VF_1018 hisA hisF TRUE 0.996 -18.000 0.433 0.003 Y NA
 943916 943917 VF_1018 VF_1019 hisF hisI TRUE 0.998 -3.000 0.430 0.003 Y NA
 943917 943918 VF_1019 VF_1020 hisI   FALSE 0.010 109.000 0.000 1.000 N NA
 943918 943919 VF_1020 VF_1021     TRUE 0.921 -3.000 0.125 NA   NA
 943920 943921 VF_1022 VF_1023   yciI FALSE 0.510 26.000 0.067 NA   NA
 943921 943922 VF_1023 VF_1024 yciI yciA FALSE 0.350 105.000 0.114 NA   NA
 943922 943923 VF_1024 VF_1025 yciA yciB FALSE 0.488 73.000 0.167 1.000 N NA
 943923 943924 VF_1025 VF_1026 yciB gltP FALSE 0.003 170.000 0.000 1.000 N NA
 943924 943925 VF_1026 VF_1027 gltP trpA FALSE 0.001 281.000 0.000 1.000 N NA
 943925 943926 VF_1027 VF_1028 trpA trpB TRUE 0.999 0.000 0.947 0.001 Y NA
 943926 943927 VF_1028 VF_1029 trpB trpC TRUE 0.990 11.000 0.221 0.001 Y NA
 943927 943929 VF_1029 VF_1031 trpC trpG TRUE 0.986 5.000 0.293 1.000 Y NA
 943929 943930 VF_1031 VF_1032 trpG trpD TRUE 0.929 11.000 0.083 1.000 Y NA
 943930 943931 VF_1032 VF_1033 trpD trpE TRUE 0.998 0.000 0.703 0.001   NA
 943931 943928 VF_1033 VF_2602 trpE trpE2 TRUE 0.909 -157.000 0.023 0.001   NA
 943928 5488763 VF_2602 VF_2603 trpE2 trpL FALSE 0.018 200.000 0.000 NA   NA
 943932 943933 VF_1034 VF_1035 trpH yciO TRUE 0.722 74.000 0.281 NA   NA
 943934 943935 VF_1036 VF_1037 ainR ainS TRUE 0.966 12.000 0.500 NA   NA
 943938 943939 VF_1040 VF_1041 sohB   FALSE 0.006 367.000 0.000 NA   NA
 943939 943940 VF_1041 VF_1042     FALSE 0.097 91.000 0.000 NA   NA
 943940 943941 VF_1042 VF_1043     FALSE 0.030 167.000 0.000 NA   NA
 943941 943942 VF_1043 VF_1044   rrt FALSE 0.005 443.000 0.000 NA   NA
 943942 943943 VF_1044 VF_1045 rrt   TRUE 0.557 -10.000 0.000 NA   NA
 943943 943944 VF_1045 VF_1046     FALSE 0.078 111.000 0.000 NA   NA
 943944 943945 VF_1046 VF_1047     FALSE 0.059 133.000 0.000 NA   NA
 943947 943948 VF_1049 VF_1050     FALSE 0.004 452.000 0.000 NA   NA
 943949 943950 VF_1051 VF_1052 topA   FALSE 0.005 148.000 0.000 1.000 N NA
 943950 943951 VF_1052 VF_1053     TRUE 0.910 4.000 0.143 1.000   NA
 943951 943952 VF_1053 VF_1054     TRUE 0.931 -13.000 0.188 1.000   NA
 943955 943956 VF_1057 VF_1058   ycgM FALSE 0.003 170.000 0.010 1.000 N NA
 943957 943958 VF_1059 VF_1060     FALSE 0.032 166.000 0.000 1.000   NA
 943958 943959 VF_1060 VF_1061     TRUE 0.757 3.000 0.078 1.000 N NA
 943961 943962 VF_1063 VF_1064   gadA FALSE 0.001 276.000 0.000 1.000 N NA
 943962 943963 VF_1064 VF_1065 gadA   TRUE 0.668 91.000 0.256 1.000   NA
 943965 943966 VF_1067 VF_1068 yqjF   FALSE 0.126 10.000 0.008 NA   NA
 943967 943968 VF_1069 VF_1070     FALSE 0.047 148.000 0.000 NA   NA
 943968 943969 VF_1070 VF_1071     TRUE 0.566 25.000 0.077 NA   NA
 943971 943972 VF_1073 VF_1074     FALSE 0.101 90.000 0.000 1.000   NA
 943972 943973 VF_1074 VF_1075     FALSE 0.138 3.000 0.000 1.000 N NA
 943973 943974 VF_1075 VF_1076     FALSE 0.452 10.000 0.000 1.000   NA
 943974 943975 VF_1076 VF_1077     TRUE 0.921 14.000 0.286 NA   NA
 943975 943976 VF_1077 VF_1078     TRUE 0.774 -3.000 0.047 NA   NA
 943976 943977 VF_1078 VF_1079     FALSE 0.091 -27.000 0.005 NA   NA
 943980 943981 VF_1082 VF_1083 yfcG   TRUE 0.885 45.000 0.000 0.001 Y NA
 943981 943982 VF_1083 VF_1084     FALSE 0.001 434.000 0.000 1.000 N NA
 5488765 943984 VF_2605 VF_1086     FALSE 0.022 186.000 0.000 NA   NA
 943984 943985 VF_1086 VF_1087     TRUE 0.573 -9.000 0.000 NA   NA
 943985 943986 VF_1087 VF_1088     FALSE 0.010 273.000 0.000 NA   NA
 943986 943987 VF_1088 VF_1089     FALSE 0.012 243.000 0.000 NA   NA
 943987 943988 VF_1089 VF_1090     FALSE 0.510 87.000 0.159 NA   NA
 943989 943990 VF_1091 VF_1092     FALSE 0.164 326.000 0.000 0.017 Y NA
 943991 943992 VF_1093 VF_1094     FALSE 0.102 89.000 0.000 1.000   NA
 943992 943993 VF_1094 VF_1095     FALSE 0.016 62.000 0.000 1.000 N NA
 943993 943994 VF_1095 VF_1096     FALSE 0.001 271.000 0.000 1.000 N NA
 943995 943996 VF_1097 VF_1098     FALSE 0.145 146.000 0.071 1.000   NA
 943996 943997 VF_1098 VF_1099     TRUE 0.616 -31.000 0.071 1.000 N NA
 943997 943998 VF_1099 VF_1100     FALSE 0.081 51.000 0.040 1.000 N NA
 943998 943999 VF_1100 VF_1101   yajD FALSE 0.017 192.000 0.023 1.000   NA
 944000 944001 VF_1102 VF_1103     FALSE 0.077 112.000 0.000 NA   NA
 944001 944002 VF_1103 VF_1104     FALSE 0.075 113.000 0.000 NA   NA
 944002 944003 VF_1104 VF_1105     TRUE 0.970 16.000 0.649 NA   NA
 944003 944004 VF_1105 VF_1106     TRUE 0.997 -10.000 0.760 NA Y NA
 944004 944005 VF_1106 VF_1107     TRUE 0.954 10.000 0.390 NA N NA
 944005 944006 VF_1107 VF_1108     FALSE 0.008 123.000 0.000 1.000 N NA
 944006 944007 VF_1108 VF_1109     FALSE 0.182 39.000 0.000 NA   NA
 944010 944011 VF_1112 VF_1113   yfeT FALSE 0.075 114.000 0.000 1.000   NA
 944012 944013 VF_1114 VF_1115 murQ murP TRUE 0.870 87.000 0.609 1.000   NA
 944013 5488766 VF_1115 VF_2606 murP   FALSE 0.006 343.000 0.000 NA   NA
 5488766 944014 VF_2606 VF_1116     FALSE 0.007 329.000 0.000 NA   NA
 944014 944015 VF_1116 VF_1117     FALSE 0.013 84.000 0.000 1.000 N NA
 944015 944016 VF_1117 VF_1118   yaeQ FALSE 0.081 110.000 0.000 1.000   NA
 944016 944017 VF_1118 VF_1119 yaeQ   FALSE 0.081 110.000 0.000 1.000   NA
 944017 944018 VF_1119 VF_1120     FALSE 0.109 82.000 0.000 1.000   NA
 944020 944021 VF_1122 VF_1123     FALSE 0.007 310.000 0.000 NA   NA
 944023 944024 VF_1125 VF_1126     FALSE 0.004 821.000 0.000 NA   NA
 944024 944025 VF_1126 VF_1127     TRUE 0.987 -3.000 0.500 NA   NA
 944025 944026 VF_1127 VF_1128     TRUE 0.643 0.000 0.000 NA   NA
 944027 944028 VF_1129 VF_1130     FALSE 0.098 35.000 0.014 NA   NA
 944029 944030 VF_1131 VF_1132     FALSE 0.020 164.000 0.017 NA   NA
 944032 944033 VF_1134 VF_1135 hinT   FALSE 0.103 68.000 0.022 1.000   NA
 944033 944034 VF_1135 VF_1136     TRUE 0.982 0.000 0.372 NA   NA
 944034 944035 VF_1136 VF_1137     TRUE 0.779 117.000 0.516 NA   NA
 944039 944040 VF_1141 VF_1142 thiK ycfP FALSE 0.368 127.000 0.151 NA   NA
 944040 944041 VF_1142 VF_1143 ycfP ndh FALSE 0.015 364.000 0.057 NA   NA
 944041 944042 VF_1143 VF_1144 ndh   FALSE 0.003 167.000 0.029 1.000 N NA
 944042 944043 VF_1144 VF_1145     TRUE 0.682 10.000 0.061 NA   NA
 944043 944044 VF_1145 VF_1146     FALSE 0.005 390.000 0.000 NA   NA
 944045 944046 VF_1147 VF_1148 cstA yehT TRUE 0.550 161.000 0.169 1.000 Y NA
 944046 944047 VF_1148 VF_1149 yehT yehU TRUE 0.999 -7.000 0.877 0.021 Y NA
 944050 944051 VF_1152 VF_1153 htpX yehS FALSE 0.006 194.000 0.010 1.000   NA
 944052 944053 VF_1154 VF_1155     FALSE 0.171 114.000 0.059 NA   NA
 944054 944055 VF_1156 VF_1157   ycbB FALSE 0.077 113.000 0.000 1.000   NA
 944055 944056 VF_1157 VF_1158 ycbB ycbK FALSE 0.508 165.000 0.372 NA   NA
 944058 944059 VF_1160 VF_1161 sscR   FALSE 0.001 423.000 0.000 1.000 N NA
 944059 944060 VF_1161 VF_1162     TRUE 0.949 -7.000 0.042 1.000 Y NA
 944060 944061 VF_1162 VF_1163     TRUE 0.938 -3.000 0.188 NA N NA
 944061 944062 VF_1163 VF_1164     TRUE 0.997 4.000 0.889 NA Y NA
 944062 944063 VF_1164 VF_1165   macB TRUE 0.998 -7.000 0.895 NA Y NA
 944065 944066 VF_1167 VF_1168 sbcD sbcC TRUE 0.997 -3.000 0.669 0.001 N NA
 944066 944067 VF_1168 VF_1169 sbcC   FALSE 0.030 33.000 0.005 1.000 N NA
 944067 944068 VF_1169 VF_1170     FALSE 0.029 169.000 0.000 NA   NA
 944068 944069 VF_1170 VF_1171     FALSE 0.004 496.000 0.000 NA   NA
 944069 944070 VF_1171 VF_1172     TRUE 0.727 112.000 0.000 0.005 Y NA
 944070 944071 VF_1172 VF_1173     FALSE 0.119 72.000 0.000 NA   NA
 944071 944072 VF_1173 VF_1174     TRUE 0.846 31.000 0.250 NA   NA
 944073 944074 VF_1175 VF_1176   sdaA FALSE 0.017 209.000 0.000 NA   NA
 944074 944075 VF_1176 VF_1177 sdaA sdaC TRUE 0.933 96.000 0.567 1.000 Y NA
 944075 944076 VF_1177 VF_1178 sdaC nudL FALSE 0.050 181.000 0.049 1.000   NA
 944076 944077 VF_1178 VF_1179 nudL pabB TRUE 0.829 17.000 0.169 1.000   NA
 944078 944079 VF_1180 VF_1181 fumB   FALSE 0.060 132.000 0.000 NA   NA
 944079 944080 VF_1181 VF_1182     FALSE 0.331 104.000 0.105 NA   NA
 944080 944081 VF_1182 VF_1183     TRUE 0.999 3.000 0.950 0.012 Y NA
 944081 944082 VF_1183 VF_1184     TRUE 0.849 -3.000 0.100 1.000 N NA
 944082 944083 VF_1184 VF_1185     FALSE 0.063 127.000 0.000 NA   NA
 944085 944086 VF_1187 VF_1188   yiaY FALSE 0.012 242.000 0.000 NA   NA
 944086 944087 VF_1188 VF_1189 yiaY ribA FALSE 0.004 160.000 0.000 1.000 N NA
 944087 944088 VF_1189 VF_1190 ribA   FALSE 0.042 211.000 0.086 NA N NA
 944088 944089 VF_1190 VF_1191     FALSE 0.429 180.000 0.436 NA N NA
 944089 944090 VF_1191 VF_1192     TRUE 0.983 11.000 0.713 NA   NA
 944090 944091 VF_1192 VF_1193     TRUE 0.983 -19.000 0.620 NA   NA
 944091 944092 VF_1193 VF_1194   ycbL FALSE 0.020 45.000 0.004 NA   NA
 944092 944093 VF_1194 VF_1195 ycbL   FALSE 0.018 203.000 0.000 NA   NA
 944094 944095 VF_1196 VF_1197   tyrP FALSE 0.134 149.000 0.071 NA   NA
 944097 944098 VF_1199 VF_1200     FALSE 0.013 79.000 0.000 1.000 N NA
 944099 944100 VF_1201 VF_1202 nrdB nrdA TRUE 0.906 173.000 0.500 0.001 Y NA
 944100 944101 VF_1202 VF_1203 nrdA ubiG FALSE 0.000 495.000 0.000 1.000 N NA
 5488768 944103 VF_2608 VF_1205     FALSE 0.023 184.000 0.000 NA   NA
 944104 944105 VF_1206 VF_1207   yegD FALSE 0.037 63.000 0.009 1.000   NA
 944105 944106 VF_1207 VF_1208 yegD yqfB FALSE 0.031 72.000 0.009 NA   NA
 944106 944107 VF_1208 VF_1209 yqfB   FALSE 0.305 19.000 0.026 NA   NA
 944107 944108 VF_1209 VF_1210     FALSE 0.148 50.000 0.026 NA   NA
 944109 944110 VF_1211 VF_1212     FALSE 0.269 22.000 0.025 1.000   NA
 944110 944111 VF_1212 VF_1213     FALSE 0.376 100.000 0.118 NA   NA
 944112 944114 VF_1214 VF_1216 thrS infC TRUE 0.812 85.000 0.186 1.000 Y NA
 944114 944115 VF_1216 VF_1217 infC rpmI TRUE 0.939 108.000 0.652 1.000 Y NA
 944115 944116 VF_1217 VF_1218 rpmI rplT TRUE 0.993 42.000 0.928 0.012 Y NA
 944116 944117 VF_1218 VF_1219 rplT   FALSE 0.002 211.000 0.000 1.000 N NA
 944118 944119 VF_1220 VF_1221 hmuV hmuU TRUE 0.942 0.000 0.010 1.000 Y NA
 944119 944120 VF_1221 VF_1222 hmuU hmuT TRUE 0.995 10.000 0.852 1.000 Y NA
 944120 944121 VF_1222 VF_1223 hmuT exbD1 TRUE 0.877 -3.000 0.117 1.000 N NA
 944121 944122 VF_1223 VF_1224 exbD1 exbB1 TRUE 0.998 -3.000 0.551 0.058 Y NA
 944122 944123 VF_1224 VF_1225 exbB1 tonB1 TRUE 0.969 22.000 0.473 0.014 N NA
 944124 944125 VF_1226 VF_1227 hutW huvX TRUE 0.915 -16.000 0.203 NA N NA
 944125 944126 VF_1227 VF_1228 huvX hutZ TRUE 0.930 53.000 0.355 NA Y NA
 944126 944127 VF_1228 VF_1229 hutZ   FALSE 0.005 388.000 0.000 NA   NA
 944127 944128 VF_1229 VF_1230     TRUE 0.643 0.000 0.000 NA   NA
 944128 944129 VF_1230 VF_1231     TRUE 0.986 -3.000 0.467 NA   NA
 944129 944130 VF_1231 VF_1232     TRUE 0.531 -13.000 0.000 NA   NA
 944130 944131 VF_1232 VF_1233     TRUE 0.976 30.000 1.000 NA   NA
 944133 944134 VF_1235 VF_1236 pheS pheT TRUE 0.995 18.000 0.574 0.001 Y NA
 944134 944135 VF_1236 VF_1237 pheT ihfA FALSE 0.040 590.000 0.208 1.000 N NA
 944135 944136 VF_1237 VF_1238 ihfA astE FALSE 0.001 342.000 0.000 1.000 N NA
 944136 944137 VF_1238 VF_1239 astE   FALSE 0.475 99.000 0.014 1.000 Y NA
 944138 944139 VF_1240 VF_1241 yajQ aroH FALSE 0.435 17.000 0.038 NA   NA
 5488769 5488770 VF_T0046 VF_T0047     FALSE 0.111 78.000 0.000 NA   NA
 944148 5488771 VF_1248 VF_2609     FALSE 0.026 176.000 0.000 NA   NA
 944149 944150 VF_1249 VF_1250     TRUE 0.995 0.000 1.000 1.000 N NA
 944150 944151 VF_1250 VF_1251     TRUE 0.738 9.000 0.069 1.000   NA
 944151 944152 VF_1251 VF_1252   allD TRUE 0.718 10.000 0.069 1.000   NA
 944153 944154 VF_1253 VF_1254     FALSE 0.217 73.000 0.077 1.000 N NA
 944154 944155 VF_1254 VF_1255     TRUE 0.603 137.000 0.385 1.000 N NA
 944160 944161 VF_1260 VF_1261     FALSE 0.029 34.000 0.014 1.000 N NA
 944161 944162 VF_1261 VF_1262     FALSE 0.003 179.000 0.010 1.000 N NA
 944162 944163 VF_1262 VF_1263     FALSE 0.330 2.000 0.010 1.000   NA
 944163 944164 VF_1263 VF_1264   ssnA FALSE 0.046 149.000 0.000 1.000   NA
 944164 944165 VF_1264 VF_1265 ssnA   FALSE 0.054 140.000 0.000 NA   NA
 944166 5488772 VF_1266 VF_1268 yeeO umuC FALSE 0.027 174.000 0.000 NA   NA
 5488772 944169 VF_1268 VF_1269 umuC umuD TRUE 0.643 0.000 0.000 NA   NA
 944169 944170 VF_1269 VF_1270 umuD   FALSE 0.094 93.000 0.000 NA   NA
 944171 944172 VF_1271 VF_1272   yeiP FALSE 0.141 86.000 0.034 1.000   NA
 944173 944174 VF_1273 VF_1274   rsmF FALSE 0.117 88.000 0.030 NA   NA
 944174 944175 VF_1274 VF_1275 rsmF pqiB FALSE 0.362 216.000 0.420 NA   NA
 944175 944176 VF_1275 VF_1276 pqiB pqiA TRUE 0.990 -22.000 0.840 NA   NA
 944176 944177 VF_1276 VF_1277 pqiA   FALSE 0.297 18.000 0.025 NA   NA
 944178 944179 VF_1278 VF_1279 yebR proQ TRUE 0.616 106.000 0.081 NA Y NA
 944179 944180 VF_1279 VF_1280 proQ prc TRUE 0.894 18.000 0.304 NA N NA
 944180 944181 VF_1280 VF_1281 prc   FALSE 0.059 52.000 0.013 NA   NA
 944181 944182 VF_1281 VF_1282   pepN FALSE 0.055 138.000 0.000 NA   NA
 944182 944183 VF_1282 VF_1283 pepN   FALSE 0.291 112.000 0.099 NA   NA
 944183 944184 VF_1283 VF_1284     FALSE 0.279 159.000 0.169 NA   NA
 944184 944185 VF_1284 VF_1285   pyrD FALSE 0.007 270.000 0.045 1.000 N NA
 944185 944186 VF_1285 VF_1286 pyrD ycbW FALSE 0.188 136.000 0.081 NA   NA
 944186 944187 VF_1286 VF_1287 ycbW rlmL FALSE 0.004 634.000 0.000 NA   NA
 944187 944188 VF_1287 VF_1288 rlmL   FALSE 0.125 7.000 0.007 NA   NA
 944188 944189 VF_1288 VF_1289   uup TRUE 0.819 -19.000 0.092 NA   NA
 944189 944190 VF_1289 VF_1290 uup   TRUE 0.805 9.000 0.094 NA   NA
 944190 944191 VF_1290 VF_1291     FALSE 0.270 201.000 0.278 NA   NA
 944192 944193 VF_1292 VF_1293 fabA   TRUE 0.712 66.000 0.290 1.000 N NA
 944195 944196 VF_1295 VF_1296     FALSE 0.004 528.000 0.000 NA   NA
 944196 944197 VF_1296 VF_1297     FALSE 0.446 10.000 0.000 NA   NA
 944197 944198 VF_1297 VF_1298     FALSE 0.088 98.000 0.000 NA   NA
 944199 944200 VF_1299 VF_1300 ccoN ccoO TRUE 0.991 13.000 0.700 0.001 N NA
 944200 944201 VF_1300 VF_1301 ccoO ccoQ TRUE 0.992 11.000 0.667 0.001 N NA
 944201 944202 VF_1301 VF_1302 ccoQ ccoP TRUE 0.996 -3.000 0.636 0.001 N NA
 944202 944203 VF_1302 VF_1303 ccoP   TRUE 0.797 83.000 0.404 NA   NA
 944203 944204 VF_1303 VF_1304     TRUE 0.849 19.000 0.197 NA   NA
 944204 944206 VF_1304 VF_1306   ccoS TRUE 0.997 -7.000 0.713 NA Y NA
 944206 944207 VF_1306 VF_1307 ccoS   TRUE 0.960 -10.000 0.266 NA   NA
 944207 944208 VF_1307 VF_1308   fnr FALSE 0.445 96.000 0.141 1.000   NA
 944208 944210 VF_1308 VF_1310 fnr uspE TRUE 0.879 151.000 0.619 1.000 Y NA
 944210 944211 VF_1310 VF_1311 uspE ttcA FALSE 0.146 135.000 0.091 NA N NA
 944212 944213 VF_1312 VF_1313   bax TRUE 0.985 2.000 0.448 NA   NA
 944213 944214 VF_1313 VF_1314 bax   TRUE 0.955 9.000 0.313 NA   NA
 944215 944216 VF_1315 VF_1316 potA potB TRUE 0.996 -16.000 0.789 1.000 Y NA
 944216 944217 VF_1316 VF_1317 potB potC TRUE 0.995 0.000 0.286 0.044 Y NA
 944217 944218 VF_1317 VF_1318 potC potD2 TRUE 0.678 125.000 0.047 0.044 Y NA
 944218 944219 VF_1318 VF_1319 potD2 potD1 FALSE 0.366 202.000 0.000 0.009 Y NA
 944221 944222 VF_1321 VF_1322     FALSE 0.001 240.000 0.000 1.000 N NA
 944223 944224 VF_1323 VF_1324     FALSE 0.141 53.000 0.000 NA   NA
 944224 944225 VF_1324 VF_1325     FALSE 0.014 229.000 0.000 NA   NA
 944225 944226 VF_1325 VF_1326     FALSE 0.065 125.000 0.000 NA   NA
 944226 944227 VF_1326 VF_1327     FALSE 0.213 34.000 0.000 NA   NA
 944227 944228 VF_1327 VF_1328     FALSE 0.095 92.000 0.000 NA   NA
 944228 944229 VF_1328 VF_1329     FALSE 0.038 25.000 0.000 1.000 N NA
 944231 944232 VF_1331 VF_1332     FALSE 0.095 92.000 0.000 NA   NA
 944233 944234 VF_1333 VF_1334     FALSE 0.074 115.000 0.000 1.000   NA
 944235 944236 VF_1335 VF_1336 yedJ   TRUE 0.540 -12.000 0.000 NA   NA
 944236 944237 VF_1336 VF_1337   maa FALSE 0.018 203.000 0.000 NA   NA
 944237 944238 VF_1337 VF_1338 maa rhtB FALSE 0.079 112.000 0.000 1.000   NA
 944242 944243 VF_1342 VF_1343     TRUE 0.643 0.000 0.000 NA   NA
 944243 944244 VF_1343 VF_1344     FALSE 0.131 61.000 0.000 NA   NA
 944244 944245 VF_1344 VF_1345   rimL TRUE 0.941 -3.000 0.000 0.007   NA
 944245 944246 VF_1345 VF_1346 rimL   FALSE 0.166 42.000 0.000 NA   NA
 944246 944247 VF_1346 VF_1347   phnA FALSE 0.227 32.000 0.000 NA   NA
 944247 944248 VF_1347 VF_1348 phnA   FALSE 0.052 142.000 0.000 NA   NA
 944248 944249 VF_1348 VF_1349     FALSE 0.020 193.000 0.000 NA   NA
 944251 944252 VF_1351 VF_1352     FALSE 0.008 305.000 0.000 NA   NA
 944252 5488773 VF_1352 VF_2610     FALSE 0.194 37.000 0.000 NA   NA
 5488773 944253 VF_2610 VF_1353     FALSE 0.014 226.000 0.000 NA   NA
 944253 944254 VF_1353 VF_1354     FALSE 0.108 257.000 0.000 NA Y NA
 944254 944255 VF_1354 VF_1355     FALSE 0.201 36.000 0.000 NA   NA
 944255 5488774 VF_1355 VF_2611     FALSE 0.029 169.000 0.000 NA   NA
 5488774 944256 VF_2611 VF_1356     FALSE 0.194 37.000 0.000 NA   NA
 944256 944258 VF_1356 VF_1358   fdnI FALSE 0.004 585.000 0.000 1.000   NA
 944258 944259 VF_1358 VF_1359 fdnI fdnH TRUE 0.985 17.000 0.217 0.001 Y NA
 944259 944260 VF_1359 VF_1360 fdnH fdnG TRUE 0.997 14.000 0.750 0.001 Y NA
 944260 944261 VF_1360 VF_1361 fdnG   TRUE 0.979 13.000 0.708 NA   NA
 944261 944262 VF_1361 VF_1362     TRUE 0.602 85.000 0.200 NA   NA
 944262 944263 VF_1362 VF_1363     TRUE 0.986 5.000 0.347 0.038   NA
 944263 944264 VF_1363 VF_1364     FALSE 0.239 180.000 0.195 NA   NA
 944264 944265 VF_1364 VF_1365     TRUE 0.991 -19.000 0.901 NA   NA
 944267 944268 VF_1367 VF_1368     FALSE 0.482 140.000 0.286 NA N NA
 944268 944269 VF_1368 VF_1369     FALSE 0.001 241.000 0.000 NA N NA
 944269 944270 VF_1369 VF_1370     FALSE 0.007 128.000 0.000 1.000 N NA
 944270 944271 VF_1370 VF_1371     TRUE 0.937 12.000 0.300 1.000   NA
 944271 944272 VF_1371 VF_1372     TRUE 0.990 10.000 0.939 NA   NA
 944272 944273 VF_1372 VF_1373     FALSE 0.018 204.000 0.000 NA   NA
 944273 944274 VF_1373 VF_1374   ybgK FALSE 0.013 82.000 0.032 NA N NA
 944274 944275 VF_1374 VF_1375 ybgK ybgJ TRUE 0.997 -16.000 0.909 NA Y NA
 944275 944276 VF_1375 VF_1376 ybgJ ybgL TRUE 0.995 0.000 0.909 1.000   NA
 944276 944277 VF_1376 VF_1377 ybgL   FALSE 0.220 49.000 0.038 NA   NA
 944279 944280 VF_1379 VF_1380     FALSE 0.519 -16.000 0.000 1.000   NA
 944280 944281 VF_1380 VF_1381     FALSE 0.053 141.000 0.000 NA   NA
 944281 944282 VF_1381 VF_1382     FALSE 0.239 63.000 0.049 NA   NA
 944282 944283 VF_1382 VF_1383     FALSE 0.006 145.000 0.000 1.000 N NA
 944285 944286 VF_1385 VF_1386     FALSE 0.503 90.000 0.000 0.007   NA
 944286 5488775 VF_1386 VF_2612     TRUE 0.557 -10.000 0.000 NA   NA
 5488775 5488776 VF_2612 VF_2613     TRUE 0.643 0.000 0.000 NA   NA
 5488776 944287 VF_2613 VF_1387   sseA FALSE 0.327 35.000 0.043 NA   NA
 944287 944288 VF_1387 VF_1388 sseA yeeZ FALSE 0.040 24.000 0.004 1.000 N NA
 944288 944289 VF_1388 VF_1389 yeeZ   FALSE 0.302 20.000 0.000 1.000   NA
 944291 944292 VF_1391 VF_1392     FALSE 0.025 179.000 0.000 NA   NA
 944292 5488777 VF_1392 VF_2614     TRUE 0.575 146.000 0.333 NA   NA
 5488777 944293 VF_2614 VF_1393     TRUE 0.593 101.000 0.222 NA   NA
 944293 944294 VF_1393 VF_1394     FALSE 0.081 109.000 0.000 NA   NA
 944295 944296 VF_1395 VF_1396     TRUE 0.826 39.000 0.287 NA   NA
 944296 944297 VF_1396 VF_1397     TRUE 0.933 19.000 0.160 1.000 Y NA
 944298 944299 VF_1398 VF_1399     TRUE 0.639 21.000 0.088 NA   NA
 944300 944301 VF_1400 VF_1401     TRUE 0.994 -3.000 0.273 0.091 Y NA
 944302 944303 VF_1402 VF_1403 modA2 modB2 TRUE 0.994 4.000 0.524 NA Y NA
 944303 944304 VF_1403 VF_1404 modB2 modC2 TRUE 0.698 14.000 0.115 1.000 N NA
 944304 944305 VF_1404 VF_1405 modC2 mobA FALSE 0.229 -22.000 0.035 1.000 N NA
 944305 944306 VF_1405 VF_1406 mobA mobB TRUE 0.988 -3.000 0.073 0.003 Y NA
 944306 944307 VF_1406 VF_1407 mobB   FALSE 0.055 138.000 0.000 NA   NA
 944308 944309 VF_1408 VF_1409 nagK yfiP FALSE 0.397 126.000 0.167 NA   NA
 944313 5488780 VF_1413 VF_2617 yniA   FALSE 0.013 236.000 0.000 NA   NA
 944316 944317 VF_1416 VF_1417     TRUE 0.748 54.000 0.250 1.000   NA
 944319 944320 VF_1419 VF_1420     FALSE 0.110 79.000 0.000 NA   NA
 944320 944321 VF_1420 VF_1421     TRUE 0.643 0.000 0.000 NA   NA
 944321 944322 VF_1421 VF_1422     TRUE 0.968 -7.000 0.286 NA   NA
 944322 944323 VF_1422 VF_1423     TRUE 0.988 -10.000 0.636 NA   NA
 944323 944324 VF_1423 VF_1424     TRUE 0.991 -3.000 0.636 NA   NA
 944324 944325 VF_1424 VF_1425     TRUE 0.990 9.000 0.875 NA   NA
 944325 944326 VF_1425 VF_1426     TRUE 0.714 81.000 0.286 1.000   NA
 944326 944327 VF_1426 VF_1427   aslA FALSE 0.217 201.000 0.214 1.000   NA
 944328 944329 VF_1428 VF_1429     TRUE 0.861 69.000 0.500 1.000   NA
 944329 944330 VF_1429 VF_1430     FALSE 0.025 181.000 0.000 1.000   NA
 5488781 944331 VF_2618 VF_1431     FALSE 0.488 8.000 0.000 NA   NA
 944332 944333 VF_1432 VF_1433     TRUE 0.900 0.000 0.100 NA   NA
 944333 944334 VF_1433 VF_1434     TRUE 0.976 -3.000 0.314 NA   NA
 944335 944336 VF_1435 VF_1436   yccF FALSE 0.079 110.000 0.000 NA   NA
 944336 5488782 VF_1436 VF_2619 yccF   FALSE 0.032 56.000 0.009 NA   NA
 944338 944339 VF_1438 VF_1439     FALSE 0.087 100.000 0.000 NA   NA
 944339 944340 VF_1439 VF_1440     FALSE 0.054 140.000 0.000 NA   NA
 944340 944341 VF_1440 VF_1441     FALSE 0.220 33.000 0.000 NA   NA
 944344 944345 VF_1444 VF_1445 rbsD rbsA TRUE 0.978 13.000 0.337 1.000 Y NA
 944345 944346 VF_1445 VF_1446 rbsA rbsC TRUE 0.998 -3.000 0.504 0.001 Y NA
 944346 944347 VF_1446 VF_1447 rbsC rbsB TRUE 0.945 132.000 0.847 NA Y NA
 944347 944348 VF_1447 VF_1448 rbsB rbsK TRUE 0.624 192.000 0.347 NA Y NA
 944348 944349 VF_1448 VF_1449 rbsK rbsR TRUE 0.838 66.000 0.500 1.000 N NA
 944352 944353 VF_1452 VF_1453     FALSE 0.042 153.000 0.000 NA   NA
 944353 5488783 VF_1453 VF_2620     TRUE 0.932 75.000 0.867 NA   NA
 5488785 944357 VF_2622 VF_1457     FALSE 0.131 165.000 0.091 NA   NA
 944357 944358 VF_1457 VF_1458     FALSE 0.154 213.000 0.000 1.000 Y NA
 944358 944359 VF_1458 VF_1459     TRUE 0.611 3.000 0.054 NA N NA
 944360 944361 VF_1460 VF_1461     FALSE 0.032 420.000 0.000 0.051   NA
 944361 944362 VF_1461 VF_1462     TRUE 0.989 -3.000 0.556 NA   NA
 944362 944363 VF_1462 VF_1463     TRUE 0.992 -3.000 0.700 NA   NA
 944364 944365 VF_1464 VF_1465     FALSE 0.465 112.000 0.000 0.003   NA
 944365 944366 VF_1465 VF_1466     FALSE 0.010 273.000 0.000 NA   NA
 944366 944367 VF_1466 VF_1467     FALSE 0.431 124.000 0.000 NA Y NA
 944369 944370 VF_1469 VF_1470 hipB hipA TRUE 0.992 0.000 0.675 NA   NA
 944371 944372 VF_1471 VF_1472     TRUE 0.597 38.000 0.120 NA   NA
 944373 944374 VF_1473 VF_1474     TRUE 0.915 2.000 0.121 NA   NA
 944376 944377 VF_1476 VF_1477     FALSE 0.037 160.000 0.000 1.000   NA
 944377 944378 VF_1477 VF_1478     FALSE 0.056 137.000 0.000 NA   NA
 944379 944380 VF_1479 VF_1480 aqpZ   FALSE 0.008 294.000 0.000 NA   NA
 944381 944382 VF_1481 VF_1482   sbcB FALSE 0.002 192.000 0.000 1.000 N NA
 944382 944383 VF_1482 VF_1483 sbcB   TRUE 0.877 -3.000 0.086 1.000   NA
 944383 944384 VF_1483 VF_1484   yohK TRUE 0.980 0.000 0.340 NA   NA
 944384 944385 VF_1484 VF_1485 yohK cdd FALSE 0.305 152.000 0.198 NA N NA
 944387 944388 VF_1487 VF_1488 purT aspC FALSE 0.003 180.000 0.024 1.000 N NA
 944389 944390 VF_1489 VF_1490   cysB TRUE 0.567 33.000 0.094 NA   NA
 944394 944395 VF_1494 VF_1495     FALSE 0.011 253.000 0.000 NA   NA
 944395 944396 VF_1495 VF_1496     TRUE 0.838 66.000 0.500 1.000 N NA
 944396 944397 VF_1496 VF_1497     TRUE 0.534 40.000 0.105 NA   NA
 944399 944400 VF_1499 VF_1500     FALSE 0.115 110.000 0.036 1.000   NA
 944403 944404 VF_1503 VF_1504     FALSE 0.184 299.000 0.000 0.016 Y NA
 944404 944405 VF_1504 VF_1505     FALSE 0.034 164.000 0.000 1.000   NA
 944408 944409 VF_1508 VF_1509 dcuD iadA FALSE 0.494 11.000 0.062 1.000 N NA
 944411 944412 VF_1511 VF_1512   tpm FALSE 0.020 194.000 0.000 1.000   NA
 944414 944415 VF_1514 VF_1515     FALSE 0.229 91.000 0.063 1.000   NA
 944416 944417 VF_1516 VF_1517     TRUE 0.994 0.000 0.800 NA   NA
 944417 944418 VF_1517 VF_1518     FALSE 0.347 189.000 0.032 0.090 Y NA
 944418 5488786 VF_1518 VF_2623     TRUE 0.824 161.000 1.000 NA   NA
 944421 944422 VF_1521 VF_1522 udp zntA FALSE 0.002 231.000 0.000 1.000 N NA
 944422 944423 VF_1522 VF_1523 zntA   FALSE 0.369 147.000 0.075 0.043   NA
 944423 944424 VF_1523 VF_1524     FALSE 0.063 129.000 0.000 1.000   NA
 944424 944425 VF_1524 VF_1525   ydiJ FALSE 0.036 157.000 0.025 1.000   NA
 944428 944429 VF_1528 VF_1529     FALSE 0.074 114.000 0.000 NA   NA
 944430 944431 VF_1530 VF_1531     TRUE 0.604 9.000 0.069 1.000 N NA
 944432 944433 VF_1532 VF_1533   aapQ TRUE 0.965 91.000 0.548 0.043 Y NA
 944433 944434 VF_1533 VF_1534 aapQ aapM TRUE 0.999 3.000 0.815 0.014 Y NA
 944434 944435 VF_1534 VF_1535 aapM aapP TRUE 0.986 28.000 0.734 1.000 Y NA
 944435 944436 VF_1535 VF_1536 aapP yccA FALSE 0.016 219.000 0.000 1.000   NA
 944438 944439 VF_1538 VF_1539     TRUE 0.625 2.000 0.000 NA   NA
 944439 944440 VF_1539 VF_1540     FALSE 0.094 139.000 0.042 NA   NA
 944441 944442 VF_1541 VF_1542     TRUE 0.980 8.000 0.556 1.000   NA
 944442 944443 VF_1542 VF_1543     FALSE 0.073 116.000 0.000 1.000   NA
 944446 944447 VF_1546 VF_1547     TRUE 0.891 42.000 0.467 1.000   NA
 944448 944449 VF_1548 VF_1549 nrfF   TRUE 0.996 0.000 0.538 NA Y NA
 944449 944450 VF_1549 VF_1550   nrfE TRUE 0.997 -3.000 0.357 0.003 Y NA
 944450 944451 VF_1550 VF_1551 nrfE nrfD TRUE 0.773 75.000 0.400 1.000 N NA
 944451 944452 VF_1551 VF_1552 nrfD nfrC TRUE 0.998 2.000 0.927 0.001 N NA
 944452 944453 VF_1552 VF_1553 nfrC nrfB TRUE 0.990 2.000 0.244 0.001   NA
 944455 5488787 VF_1555 VF_2624 nrfG   TRUE 0.630 -3.000 0.000 NA   NA
 5488787 944456 VF_2624 VF_1556   pldA FALSE 0.110 79.000 0.000 NA   NA
 944456 944457 VF_1556 VF_1557 pldA   FALSE 0.350 96.000 0.105 1.000   NA
 944458 944459 VF_1558 VF_1559 maeA   FALSE 0.477 111.000 0.178 NA   NA
 944459 944460 VF_1559 VF_1560   sanA FALSE 0.467 27.000 0.058 NA   NA
 944461 944462 VF_1561 VF_1562     FALSE 0.008 297.000 0.000 NA   NA
 944464 944465 VF_1564 VF_1565     TRUE 0.984 -10.000 0.530 1.000   NA
 944465 944466 VF_1565 VF_1566     TRUE 0.979 4.000 0.435 NA   NA
 944466 944467 VF_1566 VF_1567     FALSE 0.038 157.000 0.000 NA   NA
 944467 5488788 VF_1567 VF_T0048     FALSE 0.008 292.000 0.000 NA   NA
 5488788 5488789 VF_T0048 VF_T0049     FALSE 0.111 78.000 0.000 NA   NA
 5488789 5488790 VF_T0049 VF_T0050     FALSE 0.351 15.000 0.000 NA   NA
 5488790 5488791 VF_T0050 VF_T0051     FALSE 0.171 41.000 0.000 NA   NA
 5488791 5488792 VF_T0051 VF_T0052     FALSE 0.075 113.000 0.000 NA   NA
 5488792 5488793 VF_T0052 VF_T0053     FALSE 0.360 14.000 0.000 NA   NA
 5488793 944474 VF_T0053 VF_1568   rluF FALSE 0.063 128.000 0.000 NA   NA
 944474 944475 VF_1568 VF_1569 rluF   FALSE 0.051 113.000 0.020 NA   NA
 944475 944476 VF_1569 VF_1570   torR FALSE 0.042 180.000 0.041 NA   NA
 944477 944478 VF_1571 VF_1572 torD purR FALSE 0.009 281.000 0.000 1.000   NA
 944478 944479 VF_1572 VF_1573 purR tfoX2 FALSE 0.044 491.000 0.000 NA Y NA
 944485 944486 VF_1579 VF_1580   queC FALSE 0.033 130.000 0.016 1.000   NA
 944487 944488 VF_1581 VF_1582     FALSE 0.138 3.000 0.000 NA N NA
 5488794 5488795 VF_T0054 VF_T0055     FALSE 0.105 83.000 0.000 NA   NA
 5488795 5488796 VF_T0055 VF_T0056     FALSE 0.105 83.000 0.000 NA   NA
 5488796 5488797 VF_T0056 VF_T0057     FALSE 0.105 83.000 0.000 NA   NA
 5488797 5488798 VF_T0057 VF_T0058     FALSE 0.105 83.000 0.000 NA   NA
 5488798 944494 VF_T0058 VF_1583   xthA FALSE 0.004 491.000 0.000 NA   NA
 944494 944495 VF_1583 VF_1584 xthA grxB FALSE 0.020 75.000 0.032 1.000 N NA
 944496 944497 VF_1585 VF_1586 hisM hisQ TRUE 0.999 3.000 0.903 0.014 Y NA
 944497 944498 VF_1586 VF_1587 hisQ argT TRUE 0.947 127.000 0.571 0.055 Y NA
 944498 944499 VF_1587 VF_1588 argT hisP TRUE 0.944 74.000 0.533 1.000 Y NA
 944500 944501 VF_1589 VF_1590   pflB FALSE 0.031 287.000 0.080 NA   NA
 944501 944502 VF_1590 VF_1591 pflB pflA FALSE 0.094 163.000 0.092 1.000 N NA
 944502 944503 VF_1591 VF_1592 pflA ycfD FALSE 0.041 30.000 0.007 NA   NA
 944504 944505 VF_1593 VF_1594 oppF oppD TRUE 0.985 0.000 0.025 0.002 Y NA
 944505 944506 VF_1594 VF_1595 oppD oppC TRUE 0.959 51.000 0.554 1.000 Y NA
 944506 944507 VF_1595 VF_1596 oppC oppB TRUE 0.997 15.000 0.870 0.042 Y NA
 944507 944508 VF_1596 VF_1597 oppB oppA TRUE 0.799 106.000 0.096 0.042 Y NA
 944510 944511 VF_1599 VF_1600 tdk cysS FALSE 0.251 82.000 0.008 0.089 N NA
 944512 944513 VF_1601 VF_1602 ppiB lpxH TRUE 0.717 61.000 0.237 1.000   NA
 944513 944514 VF_1602 VF_1603 lpxH   FALSE 0.009 114.000 0.005 NA   NA
 944514 944515 VF_1603 VF_1604   ychJ TRUE 0.976 13.000 0.667 NA   NA
 944519 944520 VF_1608 VF_1609 moeA moeB TRUE 0.992 11.000 0.323 0.003 Y NA
 944520 944521 VF_1609 VF_1610 moeB pstS2 FALSE 0.001 258.000 0.000 1.000 N NA
 944521 944522 VF_1610 VF_1611 pstS2 pstC2 TRUE 0.615 76.000 0.040 1.000 Y NA
 944522 944523 VF_1611 VF_1612 pstC2 pstA2 TRUE 0.993 5.000 0.219 0.002 Y NA
 944523 944524 VF_1612 VF_1613 pstA2 pstB2 TRUE 0.975 65.000 0.428 0.002 Y NA
 944526 944527 VF_1615 VF_1616     TRUE 0.931 92.000 1.000 NA   NA
 944527 944528 VF_1616 VF_1617     FALSE 0.267 25.000 0.000 NA   NA
 944529 944530 VF_1618 VF_1619   torS FALSE 0.423 134.000 0.033 1.000 Y NA
 944531 944532 VF_1620 VF_1621 torT   TRUE 0.571 97.000 0.049 NA Y NA
 944534 944535 VF_1623 VF_1624 yccS   FALSE 0.061 130.000 0.000 NA   NA
 5488799 5488800 VF_T0059 VF_T0060     FALSE 0.213 34.000 0.000 NA   NA
 5488800 5488801 VF_T0060 VF_T0061     FALSE 0.111 78.000 0.000 NA   NA
 5488801 5488802 VF_T0061 VF_T0062     FALSE 0.297 20.000 0.000 NA   NA
 5488802 944540 VF_T0062 VF_1625   pgsA FALSE 0.007 316.000 0.000 NA   NA
 944540 944541 VF_1625 VF_1626 pgsA uvrC TRUE 0.697 46.000 0.227 1.000 N NA
 944541 944542 VF_1626 VF_1627 uvrC gacA TRUE 0.954 0.000 0.086 0.015 N NA
 944542 944543 VF_1627 VF_1628 gacA polB FALSE 0.003 177.000 0.018 1.000 N NA
 944543 944544 VF_1628 VF_1629 polB   TRUE 0.710 29.000 0.133 NA   NA
 944544 944545 VF_1629 VF_1630     FALSE 0.294 109.000 0.095 NA   NA
 944547 944548 VF_1632 VF_1633 mipA fadR FALSE 0.013 83.000 0.000 1.000 N NA
 944549 944550 VF_1634 VF_1635 nhaB dsbB TRUE 0.902 69.000 0.723 1.000 N NA
 944552 944553 VF_1637 VF_1638   dusC FALSE 0.018 52.000 0.008 NA N NA
 944554 944555 VF_1639 VF_1640     FALSE 0.152 125.000 0.059 NA   NA
 944555 944556 VF_1640 VF_1641   topB FALSE 0.114 65.000 0.025 NA   NA
 944556 944557 VF_1641 VF_1642 topB fadH FALSE 0.017 54.000 0.017 1.000 N NA
 944558 944559 VF_1643 VF_1644 sppA ansA FALSE 0.291 93.000 0.113 1.000 N NA
 944562 944563 VF_1647 VF_1648   yejK FALSE 0.201 141.000 0.091 NA   NA
 944564 944565 VF_1649 VF_1650   yejM FALSE 0.499 20.000 0.053 NA   NA
 944565 5488803 VF_1650 VF_T0063 yejM   FALSE 0.018 203.000 0.000 NA   NA
 5488803 5488804 VF_T0063 VF_T0064     FALSE 0.182 39.000 0.000 NA   NA
 5488804 944568 VF_T0064 VF_1651     FALSE 0.010 272.000 0.000 NA   NA
 944568 5488805 VF_1651 VF_T0065     FALSE 0.077 112.000 0.000 NA   NA
 5488805 5488806 VF_T0065 VF_T0066     FALSE 0.007 337.000 0.000 NA   NA
 5488806 944571 VF_T0066 VF_1652     FALSE 0.004 471.000 0.000 NA   NA
 944572 944573 VF_1653 VF_1654   yjgM FALSE 0.049 81.000 0.013 1.000   NA
 944574 944575 VF_1655 VF_1656     FALSE 0.491 2.000 0.042 NA N NA
 944578 944579 VF_1659 VF_1660     TRUE 0.643 0.000 0.000 NA   NA
 944581 944582 VF_1662 VF_1663     FALSE 0.008 147.000 0.007 1.000   NA
 944583 944584 VF_1664 VF_1665     TRUE 0.585 30.000 0.090 1.000   NA
 944585 944586 VF_1666 VF_1667 menE menC TRUE 0.985 -12.000 0.283 0.001 N NA
 944586 944588 VF_1667 VF_1669 menC menB TRUE 0.931 76.000 0.171 0.001 Y NA
 944588 944589 VF_1669 VF_1670 menB yfbB TRUE 0.964 -9.000 0.280 NA   NA
 944589 944590 VF_1670 VF_1671 yfbB menD TRUE 0.968 -16.000 0.355 NA   NA
 944590 944591 VF_1671 VF_1672 menD menF TRUE 0.990 -3.000 0.281 1.000 Y NA
 944598 944599 VF_1679 VF_1680     FALSE 0.025 179.000 0.000 NA   NA
 944599 944600 VF_1680 VF_1681     FALSE 0.197 95.000 0.083 NA N NA
 944604 944605 VF_1685 VF_1686 recR ybaB TRUE 0.845 102.000 0.604 NA   NA
 944605 944606 VF_1686 VF_1687 ybaB dnaX TRUE 0.753 106.000 0.411 NA   NA
 944606 944607 VF_1687 VF_1688 dnaX apt FALSE 0.199 104.000 0.088 1.000 N NA
 5488808 5488809 VF_2626 VF_2627     FALSE 0.287 22.000 0.000 NA   NA
 944610 944611 VF_1691 VF_1692 purF cvpA TRUE 0.833 35.000 0.262 1.000   NA
 944611 944612 VF_1692 VF_1693 cvpA   FALSE 0.476 62.000 0.116 NA   NA
 944612 944613 VF_1693 VF_1694   folC TRUE 0.922 10.000 0.216 NA   NA
 944613 944614 VF_1694 VF_1695 folC accD TRUE 0.707 101.000 0.383 1.000 N NA
 944614 5488810 VF_1695 VF_2628 accD   TRUE 0.531 -13.000 0.000 NA   NA
 5488810 944615 VF_2628 VF_1696   truA TRUE 0.591 -7.000 0.000 NA   NA
 944615 944616 VF_1696 VF_1697 truA   FALSE 0.012 87.000 0.021 NA N NA
 944616 944617 VF_1697 VF_1698   usg FALSE 0.002 191.000 0.009 NA N NA
 944617 944618 VF_1698 VF_1699 usg pdxB TRUE 0.990 0.000 0.097 0.005 Y NA
 944618 944619 VF_1699 VF_1700 pdxB fabB FALSE 0.060 161.000 0.069 1.000 N NA
 944621 944622 VF_1702 VF_1703 mltB ycgL TRUE 0.911 27.000 0.363 NA   NA
 944623 944624 VF_1704 VF_1705 minC minD TRUE 0.975 26.000 0.466 1.000 Y NA
 944624 944625 VF_1705 VF_1706 minD minE TRUE 0.996 3.000 0.618 NA Y NA
 944626 944627 VF_1707 VF_1708 rnd fadD FALSE 0.214 129.000 0.115 1.000 N NA
 944627 944628 VF_1708 VF_1709 fadD   FALSE 0.208 186.000 0.184 1.000   NA
 944628 944629 VF_1709 VF_1710     FALSE 0.328 7.000 0.015 1.000   NA
 944629 944630 VF_1710 VF_1711     FALSE 0.437 72.000 0.111 NA   NA
 944630 944631 VF_1711 VF_1712   yeaZ FALSE 0.083 60.000 0.018 NA   NA
 944631 944632 VF_1712 VF_1713 yeaZ yoaA TRUE 0.693 8.000 0.082 1.000 N NA
 944634 944635 VF_1715 VF_1716     FALSE 0.033 165.000 0.000 1.000   NA
 944637 944638 VF_1718 VF_1719 malY malX TRUE 0.735 123.000 0.531 1.000 N NA
 944639 5488811 VF_1720 VF_2629 malI   FALSE 0.071 119.000 0.000 1.000   NA
 5488812 944642 VF_2630 VF_1723     TRUE 0.868 68.000 0.516 NA   NA
 944643 944644 VF_1724 VF_1725 dcuC   FALSE 0.019 199.000 0.000 NA   NA
 944644 944645 VF_1725 VF_1726   ygiQ FALSE 0.005 392.000 0.000 NA   NA
 944648 944649 VF_1729 VF_1730     FALSE 0.006 372.000 0.000 1.000   NA
 944649 5488814 VF_1730 VF_2632     TRUE 0.625 2.000 0.000 NA   NA
 5488814 944650 VF_2632 VF_1731     FALSE 0.090 96.000 0.000 NA   NA
 944651 944652 VF_1732 VF_1733 ptsG ycfH FALSE 0.000 450.000 0.004 NA N NA
 944652 944653 VF_1733 VF_1734 ycfH holB TRUE 0.966 -10.000 0.110 NA Y NA
 944653 944654 VF_1734 VF_1735 holB tmk FALSE 0.251 169.000 0.211 1.000 N NA
 944654 944655 VF_1735 VF_1736 tmk yceG TRUE 0.953 3.000 0.209 NA   NA
 944655 944656 VF_1736 VF_1737 yceG pabC TRUE 0.676 59.000 0.204 NA   NA
 944656 944657 VF_1737 VF_1738 pabC fabF FALSE 0.417 113.000 0.187 1.000 N NA
 944657 944658 VF_1738 VF_1739 fabF acpP TRUE 0.892 92.000 0.346 1.000 Y NA
 944658 944659 VF_1739 VF_1740 acpP fabG TRUE 0.836 170.000 0.321 0.004 Y NA
 944659 944660 VF_1740 VF_1741 fabG fabD TRUE 0.992 17.000 0.432 0.004 Y NA
 944660 944661 VF_1741 VF_1742 fabD fabH TRUE 0.921 77.000 0.182 0.004 Y NA
 944661 944662 VF_1742 VF_1743 fabH plsX TRUE 0.996 6.000 0.380 0.004 Y NA
 944662 944663 VF_1743 VF_1744 plsX rpmF TRUE 0.953 11.000 0.418 1.000 N NA
 944663 944664 VF_1744 VF_1745 rpmF yceD TRUE 0.964 17.000 0.599 NA   NA
 944667 944668 VF_1748 VF_1749 rne   FALSE 0.007 177.000 0.034 1.000 N NA
 944668 944669 VF_1749 VF_1750   btuR FALSE 0.010 101.000 0.000 1.000 N NA
 944670 944671 VF_1751 VF_1752 asmA udk FALSE 0.009 175.000 0.037 NA N NA
 944671 944672 VF_1752 VF_1753 udk mrp FALSE 0.406 105.000 0.073 0.088 N NA
 944674 944675 VF_1755 VF_1756 pyrF yciM FALSE 0.289 112.000 0.125 1.000 N NA
 944675 944676 VF_1756 VF_1757 yciM   TRUE 0.981 8.000 0.576 NA   NA
 944676 944677 VF_1757 VF_1758   ihfB FALSE 0.369 155.000 0.208 NA   NA
 944677 944678 VF_1758 VF_1759 ihfB rpsA TRUE 0.724 61.000 0.292 1.000 N NA
 944678 944679 VF_1759 VF_1760 rpsA cmk TRUE 0.610 96.000 0.281 1.000 N NA
 944679 944680 VF_1760 VF_1761 cmk aroA FALSE 0.295 159.000 0.209 1.000 N NA
 944681 944682 VF_1762 VF_1763 aat   TRUE 0.990 -3.000 0.285 1.000 Y NA
 944682 944683 VF_1763 VF_1764   infA FALSE 0.190 90.000 0.078 1.000 N NA
 944684 944685 VF_1765 VF_1766 clpA clpS TRUE 0.916 43.000 0.596 NA   NA
 944686 944687 VF_1767 VF_1768 cspD   FALSE 0.043 110.000 0.016 NA   NA
 944688 5488815 VF_1769 VF_T0067 ydiU   FALSE 0.077 112.000 0.000 NA   NA
 944690 944691 VF_1770 VF_1771 folD prkA FALSE 0.002 186.000 0.006 1.000 N NA
 944691 944693 VF_1771 VF_1773 prkA yeaH TRUE 0.828 131.000 0.683 NA   NA
 944693 944694 VF_1773 VF_1774 yeaH ycgB TRUE 0.984 11.000 0.761 NA   NA
 944696 5488816 VF_1776 VF_2633 rluE   FALSE 0.085 103.000 0.000 NA   NA
 944699 944700 VF_1779 VF_1780 tehB fpr FALSE 0.020 46.000 0.000 NA N NA
 944700 944701 VF_1780 VF_1781 fpr norW TRUE 0.790 14.000 0.019 0.036   NA
 944701 944702 VF_1781 VF_1782 norW norV TRUE 0.964 12.000 0.250 0.036   NA
 944703 944704 VF_1783 VF_1784 norR1 mnmA FALSE 0.166 117.000 0.003 0.087 N NA
 944704 944705 VF_1784 VF_1785 mnmA hflD TRUE 0.875 12.000 0.180 NA   NA
 944705 944706 VF_1785 VF_1786 hflD purB FALSE 0.389 70.000 0.093 NA   NA
 944709 944710 VF_1789 VF_1790     FALSE 0.007 126.000 0.000 1.000 N NA
 944711 944712 VF_1791 VF_1792 rssA ybaK FALSE 0.036 27.000 0.004 1.000   NA
 944713 944714 VF_1793 VF_1794 fhs yfbU FALSE 0.142 104.000 0.042 NA   NA
 944716 944717 VF_1796 VF_1797 rrmA   FALSE 0.012 252.000 0.000 1.000   NA
 944718 944719 VF_1798 VF_1799 clcA msbB FALSE 0.001 272.000 0.000 1.000 N NA
 944721 944722 VF_1801 VF_1802   yfcM TRUE 0.971 8.000 0.425 NA   NA
 944723 944724 VF_1803 VF_1804   yicG FALSE 0.039 106.000 0.014 NA   NA
 944730 944731 VF_1810 VF_1811 fadJ fadI TRUE 0.994 0.000 0.430 1.000 Y NA
 944732 944733 VF_1812 VF_1813     FALSE 0.115 518.000 0.000 0.010 Y NA
 944733 944734 VF_1813 VF_1814   yjdF FALSE 0.047 162.000 0.033 NA   NA
 944735 944736 VF_1815 VF_1816 vacJ ccmI FALSE 0.329 160.000 0.239 NA N NA
 944736 944737 VF_1816 VF_1817 ccmI ccmH TRUE 0.997 -3.000 0.727 NA Y NA
 944737 944738 VF_1817 VF_1818 ccmH ccmG TRUE 0.996 0.000 0.578 NA Y NA
 944738 944739 VF_1818 VF_1819 ccmG ccmF TRUE 0.999 4.000 0.804 0.003 Y NA
 944739 944740 VF_1819 VF_1820 ccmF ccmE TRUE 0.995 -3.000 0.211 0.003 Y NA
 944740 944741 VF_1820 VF_1821 ccmE ccmD TRUE 0.974 -3.000 0.344 1.000 N NA
 944741 944742 VF_1821 VF_1822 ccmD ccmC TRUE 0.934 24.000 0.501 1.000 N NA
 944742 944743 VF_1822 VF_1823 ccmC ccmB TRUE 0.906 44.000 0.054 0.001 Y NA
 944743 944744 VF_1823 VF_1824 ccmB ccmA TRUE 0.988 1.000 0.074 0.003 Y NA
 944744 944745 VF_1824 VF_1825 ccmA   FALSE 0.006 280.000 0.021 NA   NA
 944745 944746 VF_1825 VF_1826   cheW TRUE 0.993 0.000 0.743 NA   NA
 944746 944748 VF_1826 VF_1828 cheW   TRUE 0.987 29.000 0.886 0.016   NA
 944748 944749 VF_1828 VF_1829     TRUE 0.986 0.000 0.454 1.000   NA
 944749 944750 VF_1829 VF_1830   cheB TRUE 0.871 9.000 0.170 1.000 N NA
 944750 944751 VF_1830 VF_1831 cheB cheA TRUE 0.988 16.000 0.327 0.016 Y NA
 944751 944752 VF_1831 VF_1832 cheA cheZ TRUE 0.984 10.000 0.341 1.000 Y NA
 944752 944753 VF_1832 VF_1833 cheZ cheY TRUE 0.973 32.000 0.516 1.000 Y NA
 944753 944754 VF_1833 VF_1834 cheY fliA TRUE 0.854 49.000 0.283 0.071 N NA
 944754 944755 VF_1834 VF_1835 fliA flhG TRUE 0.980 -7.000 0.482 1.000 N NA
 944755 944756 VF_1835 VF_1836 flhG flhF TRUE 0.984 -3.000 0.241 0.012 N NA
 944756 944757 VF_1836 VF_1837 flhF flhA TRUE 0.906 34.000 0.178 1.000 Y NA
 944759 944760 VF_1839 VF_1840 flhB fliR TRUE 0.904 46.000 0.240 1.000 Y NA
 944760 944761 VF_1840 VF_1841 fliR fliQ TRUE 0.992 38.000 0.719 0.002 Y NA
 944761 944762 VF_1841 VF_1842 fliQ fliP TRUE 0.997 10.000 0.702 0.011 Y NA
 944762 944763 VF_1842 VF_1843 fliP fliO TRUE 0.966 -13.000 0.122 1.000 Y NA
 944763 944764 VF_1843 VF_1844 fliO fliN TRUE 0.975 24.000 0.443 1.000 Y NA
 944764 944765 VF_1844 VF_1845 fliN fliM TRUE 0.996 23.000 0.741 0.001 Y NA
 944765 944766 VF_1845 VF_1846 fliM fliL1 TRUE 0.993 8.000 0.241 0.001 Y NA
 944766 944767 VF_1846 VF_1847 fliL1 fliK TRUE 0.841 65.000 0.182 1.000 Y NA
 944767 944768 VF_1847 VF_1848 fliK fliJ TRUE 0.826 172.000 0.317 0.005 Y NA
 944768 944769 VF_1848 VF_1849 fliJ fliI TRUE 0.979 11.000 0.127 0.008 Y NA
 944769 944770 VF_1849 VF_1850 fliI fliH TRUE 0.996 0.000 0.248 0.004 Y NA
 944770 944771 VF_1850 VF_1851 fliH fliG TRUE 0.941 104.000 0.320 0.004 Y NA
 944771 944772 VF_1851 VF_1852 fliG fliF TRUE 0.993 -7.000 0.189 0.005 Y NA
 944772 944773 VF_1852 VF_1853 fliF fliE TRUE 0.997 18.000 0.910 0.005 Y NA
 944773 944774 VF_1853 VF_1854 fliE flrC TRUE 0.746 101.000 0.446 1.000 N NA
 944774 944775 VF_1854 VF_1855 flrC flrB TRUE 0.998 4.000 0.679 0.071 Y NA
 944775 944776 VF_1855 VF_1856 flrB flrA TRUE 0.861 159.000 0.377 0.071 Y NA
 944776 944778 VF_1856 VF_1858 flrA fliS FALSE 0.002 189.000 0.022 1.000 N NA
 944778 944779 VF_1858 VF_1859 fliS flaI TRUE 0.961 16.000 0.533 NA   NA
 944779 944780 VF_1859 VF_1860 flaI fliD TRUE 0.974 32.000 1.000 NA   NA
 944780 944781 VF_1860 VF_1861 fliD flaG FALSE 0.461 25.000 0.053 NA   NA
 944781 944782 VF_1861 VF_1862 flaG flaE FALSE 0.431 124.000 0.000 NA Y NA
 944782 944783 VF_1862 VF_1863 flaE flaD FALSE 0.457 186.000 0.000 0.002 Y NA
 944783 944784 VF_1863 VF_1864 flaD flaC FALSE 0.164 396.000 0.000 0.002 Y NA
 944784 944785 VF_1864 VF_1865 flaC flaB FALSE 0.161 398.000 0.000 0.002 Y NA
 944785 944786 VF_1865 VF_1866 flaB flaA FALSE 0.208 319.000 0.000 0.002 Y NA
 944786 944787 VF_1866 VF_1867 flaA flgL FALSE 0.111 619.000 0.000 0.004 Y NA
 944787 944788 VF_1867 VF_1868 flgL flgK TRUE 0.981 18.000 0.182 0.001 Y NA
 944788 944789 VF_1868 VF_1869 flgK flgJ TRUE 0.842 270.000 0.705 0.002 Y NA
 944789 944790 VF_1869 VF_1870 flgJ flgI TRUE 0.957 94.000 0.405 0.008 Y NA
 944790 944791 VF_1870 VF_1871 flgI flgH TRUE 0.997 3.000 0.457 0.008 Y NA
 944791 944792 VF_1871 VF_1872 flgH flgG TRUE 0.998 13.000 0.909 0.005 Y NA
 944792 944793 VF_1872 VF_1873 flgG flgF TRUE 0.978 55.000 0.446 0.002 Y NA
 944793 944794 VF_1873 VF_1874 flgF flgE TRUE 0.855 215.000 0.594 0.004 Y NA
 944794 944795 VF_1874 VF_1875 flgE flgD TRUE 0.911 161.000 0.875 NA Y NA
 944795 944796 VF_1875 VF_1876 flgD flgC TRUE 0.983 16.000 0.478 NA Y NA
 944796 944797 VF_1876 VF_1877 flgC flgB TRUE 0.998 3.000 0.889 1.000 Y NA
 944797 944798 VF_1877 VF_1878 flgB cheR TRUE 0.571 196.000 0.309 1.000 Y NA
 944798 944799 VF_1878 VF_1879 cheR cheV1 TRUE 0.969 84.000 0.838 1.000 Y NA
 944800 944801 VF_1880 VF_1881 flgA flgM TRUE 0.578 216.000 0.371 NA Y NA
 944801 944802 VF_1881 VF_1882 flgM flgN TRUE 0.976 47.000 0.361 0.002 Y NA
 944803 944804 VF_1883 VF_1884     TRUE 0.924 12.000 0.260 NA   NA
 944805 944806 VF_1885 VF_1886     FALSE 0.052 142.000 0.000 NA   NA
 944806 5488819 VF_1886 VF_2636     FALSE 0.106 82.000 0.000 NA   NA
 944807 944808 VF_1887 VF_1888 gltX   FALSE 0.003 170.000 0.004 NA   NA
 944808 944809 VF_1888 VF_1889   chiP TRUE 0.745 89.000 0.333 NA   NA
 944809 944810 VF_1889 VF_1890 chiP ligA FALSE 0.000 528.000 0.000 1.000 N NA
 944810 944811 VF_1890 VF_1891 ligA zipA FALSE 0.278 92.000 0.106 1.000 N NA
 944812 944813 VF_1892 VF_1893 cysZ cysK TRUE 0.617 131.000 0.122 1.000 Y NA
 944813 944814 VF_1893 VF_1894 cysK ptsH FALSE 0.001 321.000 0.019 1.000 N NA
 944814 944815 VF_1894 VF_1895 ptsH ptsI TRUE 0.826 56.000 0.022 0.009 Y NA
 944815 944817 VF_1895 VF_1897 ptsI crr TRUE 0.798 75.000 0.025 0.009 Y NA
 944818 944819 VF_1898 VF_1899 yfeX   FALSE 0.194 83.000 0.048 NA   NA
 944819 944820 VF_1899 VF_1900     TRUE 0.622 17.000 0.074 NA   NA
 944822 944823 VF_1902 VF_1903   napC TRUE 0.982 10.000 0.667 NA   NA
 944823 944824 VF_1903 VF_1904 napC napB TRUE 0.978 33.000 0.245 0.001 Y NA
 944824 944825 VF_1904 VF_1905 napB napA TRUE 0.955 76.000 0.643 1.000 Y NA
 944825 944826 VF_1905 VF_1906 napA napD TRUE 0.975 -3.000 0.348 NA N NA
 944826 944827 VF_1906 VF_1907 napD napF TRUE 0.956 -6.000 0.209 NA   NA
 944828 944829 VF_1908 VF_1909 narQ narP TRUE 0.924 21.000 0.034 0.020 Y NA
 944829 944830 VF_1909 VF_1910 narP   TRUE 0.625 2.000 0.000 NA   NA
 944831 944832 VF_1911 VF_1912     FALSE 0.101 167.000 0.077 NA   NA
 944833 944834 VF_1913 VF_1914 yffB dapE TRUE 0.825 34.000 0.292 1.000 N NA
 944834 944835 VF_1914 VF_1915 dapE   TRUE 0.750 59.000 0.163 0.021 N NA
 944835 944836 VF_1915 VF_1916     TRUE 0.966 3.000 0.273 NA   NA
 944837 944838 VF_1917 VF_1918 nlpB dapA TRUE 0.973 12.000 0.267 NA Y NA
 944839 944840 VF_1919 VF_1920 gcvR bcp FALSE 0.246 99.000 0.102 1.000 N NA
 944841 5488820 VF_1921 VF_2637 yfgO   TRUE 0.916 9.000 0.190 NA   NA
 944842 944843 VF_1922 VF_1923 yfgC yfgD TRUE 0.906 16.000 0.259 1.000   NA
 944843 944844 VF_1923 VF_1924 yfgD   FALSE 0.507 65.000 0.127 NA   NA
 944848 944849 VF_1928 VF_1929 purM purN TRUE 0.904 124.000 0.230 0.002 Y NA
 944850 944851 VF_1930 VF_1931 yafJ lpcA TRUE 0.681 73.000 0.229 1.000   NA
 5488821 944854 VF_2638 VF_1934     FALSE 0.041 173.000 0.037 NA   NA
 944854 944855 VF_1934 VF_1935   dnaQ TRUE 0.779 11.000 0.098 1.000   NA
 944858 944859 VF_1938 VF_1939   mltD TRUE 0.633 92.000 0.233 1.000   NA
 944859 944860 VF_1939 VF_1940 mltD   TRUE 0.763 -3.000 0.043 NA   NA
 944861 944862 VF_1941 VF_1942 yafD glnB FALSE 0.280 118.000 0.103 NA   NA
 944862 944863 VF_1942 VF_1943 glnB   FALSE 0.060 143.000 0.056 1.000 N NA
 944863 944865 VF_1943 VF_1945   tilS FALSE 0.018 52.000 0.015 1.000 N NA
 944865 944866 VF_1945 VF_1946 tilS accA FALSE 0.390 71.000 0.123 1.000 N NA
 944866 944867 VF_1946 VF_1947 accA dnaE FALSE 0.435 52.000 0.122 1.000 N NA
 944867 944868 VF_1947 VF_1948 dnaE rnhB TRUE 0.975 0.000 0.104 1.000 Y NA
 944868 944869 VF_1948 VF_1949 rnhB lpxB TRUE 0.908 5.000 0.186 1.000 N NA
 944869 944870 VF_1949 VF_1950 lpxB lpxA TRUE 0.897 69.000 0.289 1.000 Y NA
 944870 944871 VF_1950 VF_1951 lpxA fabZ TRUE 0.992 3.000 0.850 1.000 N NA
 944871 944872 VF_1951 VF_1952 fabZ lpxD TRUE 0.837 128.000 0.796 1.000 N NA
 944872 944873 VF_1952 VF_1953 lpxD skp TRUE 0.996 9.000 0.814 1.000 Y NA
 944873 944874 VF_1953 VF_1954 skp yaeT TRUE 0.534 75.000 0.009 1.000 Y NA
 944874 944875 VF_1954 VF_1955 yaeT rseP TRUE 0.723 30.000 0.002 1.000 Y NA
 944875 944876 VF_1955 VF_1956 rseP dxr TRUE 0.984 3.000 0.568 1.000 N NA
 944876 944877 VF_1956 VF_1957 dxr cdsA TRUE 0.884 107.000 0.372 1.000 Y NA
 944877 944878 VF_1957 VF_1958 cdsA ispU TRUE 0.931 64.000 0.400 1.000 Y NA
 944878 944879 VF_1958 VF_1959 ispU frr TRUE 0.664 122.000 0.409 1.000 N NA
 944879 944880 VF_1959 VF_1960 frr pyrH TRUE 0.927 36.000 0.626 1.000 N NA
 944880 944881 VF_1960 VF_1961 pyrH tsf TRUE 0.550 153.000 0.416 1.000 N NA
 944881 944882 VF_1961 VF_1962 tsf rpsB TRUE 0.932 134.000 0.748 1.000 Y NA
 944883 944884 VF_1963 VF_1964 map glnD TRUE 0.675 59.000 0.243 1.000 N NA
 944884 944885 VF_1964 VF_1965 glnD yaeH FALSE 0.066 140.000 0.031 NA   NA
 944886 944887 VF_1966 VF_1967 secF secD TRUE 0.973 13.000 0.080 0.001 Y NA
 944887 944888 VF_1967 VF_1968 secD yajC TRUE 0.616 54.000 0.018 NA Y NA
 944888 944889 VF_1968 VF_1969 yajC tgt TRUE 0.671 95.000 0.325 NA N NA
 944889 944890 VF_1969 VF_1970 tgt queA TRUE 0.802 214.000 0.360 0.001 Y NA
 944892 944893 VF_1972 VF_1973 aceA aceB TRUE 0.934 15.000 0.129 1.000 Y NA
 944893 944894 VF_1973 VF_1974 aceB   FALSE 0.000 575.000 0.000 1.000 N NA
 944895 944896 VF_1975 VF_1976 ahpC cutC FALSE 0.001 281.000 0.000 1.000 N NA
 944897 944898 VF_1977 VF_1978     TRUE 0.838 57.000 0.400 NA   NA
 944899 944900 VF_1979 VF_1980     FALSE 0.071 519.000 0.250 NA   NA
 944901 944902 VF_1981 VF_1982   phoU FALSE 0.005 189.000 0.009 NA   NA
 944902 944903 VF_1982 VF_1983 phoU pstB TRUE 0.940 40.000 0.330 NA Y NA
 944903 944904 VF_1983 VF_1984 pstB pstA TRUE 0.997 5.000 0.511 0.002 Y NA
 944904 944905 VF_1984 VF_1985 pstA pstC TRUE 0.968 11.000 0.489 1.000   NA
 944905 944906 VF_1985 VF_1986 pstC pstS TRUE 0.729 110.000 0.211 0.054   NA
 944906 944907 VF_1986 VF_1987 pstS phoR TRUE 0.799 15.000 0.168 1.000 N NA
 944907 944908 VF_1987 VF_1988 phoR phoB TRUE 0.987 27.000 0.453 0.020 Y NA
 944909 944910 VF_1989 VF_1990 rdgC yegQ FALSE 0.005 155.000 0.000 1.000 N NA
 944910 944911 VF_1990 VF_1991 yegQ yfhL TRUE 0.851 4.000 0.093 1.000   NA
 944912 944913 VF_1992 VF_1993   dnaJ FALSE 0.025 178.000 0.000 NA   NA
 944913 944914 VF_1993 VF_1994 dnaJ dnaK FALSE 0.421 381.000 0.236 0.003 Y NA
 944914 944915 VF_1994 VF_1995 dnaK   FALSE 0.015 221.000 0.000 NA   NA
 944915 944916 VF_1995 VF_1996   grpE FALSE 0.014 229.000 0.000 NA   NA
 944917 944918 VF_1997 VF_1998 nadK recN FALSE 0.362 118.000 0.170 1.000 N NA
 944918 944919 VF_1998 VF_1999 recN   FALSE 0.014 216.000 0.049 1.000 N NA
 944920 944921 VF_2000 VF_2001 yfjF yfjG TRUE 0.884 -13.000 0.124 NA   NA
 944922 5488822 VF_2002 VF_2639 smpB ssrA FALSE 0.115 74.000 0.000 NA   NA
 944923 944924 VF_2003 VF_2004     FALSE 0.004 560.000 0.000 NA   NA
 944924 944925 VF_2004 VF_2005     FALSE 0.026 176.000 0.000 NA   NA
 944925 944926 VF_2005 VF_2006     TRUE 0.591 -7.000 0.000 NA   NA
 944926 944927 VF_2006 VF_2007     FALSE 0.325 17.000 0.000 NA   NA
 944927 944928 VF_2007 VF_2008     TRUE 0.966 26.000 0.720 NA   NA
 944928 5488823 VF_2008 VF_2640     TRUE 0.978 0.000 0.320 NA   NA
 5488823 944929 VF_2640 VF_2009     TRUE 0.950 1.000 0.182 NA   NA
 944929 944930 VF_2009 VF_2010     TRUE 0.994 -9.000 1.000 NA   NA
 944930 944931 VF_2010 VF_2011     TRUE 0.846 0.000 0.068 NA   NA
 944931 944932 VF_2011 VF_2012     FALSE 0.204 112.000 0.068 1.000   NA
 944932 944933 VF_2012 VF_2013     TRUE 0.895 63.000 0.600 1.000   NA
 944934 944935 VF_2014 VF_2015     TRUE 0.932 42.000 0.667 NA   NA
 944936 5488824 VF_2016 VF_2641     TRUE 0.995 2.000 1.000 NA   NA
 5488824 944937 VF_2641 VF_2017     TRUE 0.991 -6.000 0.667 NA   NA
 944937 944938 VF_2017 VF_2018     TRUE 0.625 2.000 0.000 NA   NA
 944938 944939 VF_2018 VF_2019     FALSE 0.057 136.000 0.000 NA   NA
 944939 944940 VF_2019 VF_2020     TRUE 0.643 0.000 0.000 NA   NA
 944940 944941 VF_2020 VF_2021     TRUE 0.630 -3.000 0.000 NA   NA
 944941 5488825 VF_2021 VF_2642     FALSE 0.351 15.000 0.000 NA   NA
 5488825 944942 VF_2642 VF_2022     TRUE 0.986 -18.000 0.667 NA   NA
 944942 944943 VF_2022 VF_2023     TRUE 0.978 -3.000 0.333 NA   NA
 944943 944944 VF_2023 VF_2024     TRUE 0.630 -3.000 0.000 NA   NA
 944944 944945 VF_2024 VF_2025     TRUE 0.594 3.000 0.000 NA   NA
 944945 944946 VF_2025 VF_2026     TRUE 0.990 -7.000 0.667 NA   NA
 944946 944947 VF_2026 VF_2027     TRUE 0.853 -3.000 0.074 NA   NA
 944947 944948 VF_2027 VF_2028     FALSE 0.004 563.000 0.000 NA   NA
 944948 944949 VF_2028 VF_2029     TRUE 0.625 2.000 0.000 NA   NA
 944949 944950 VF_2029 VF_2030     FALSE 0.102 86.000 0.000 NA   NA
 944950 5488826 VF_2030 VF_2643     FALSE 0.417 11.000 0.000 NA   NA
 5488826 944951 VF_2643 VF_2031     FALSE 0.446 10.000 0.000 NA   NA
 944951 944952 VF_2031 VF_2032     FALSE 0.245 29.000 0.000 NA   NA
 944952 944953 VF_2032 VF_2033     FALSE 0.007 312.000 0.000 NA   NA
 944953 5488827 VF_2033 VF_2644     TRUE 0.552 4.000 0.000 NA   NA
 5488827 5488828 VF_2644 VF_2645     TRUE 0.594 3.000 0.000 NA   NA
 5488828 944954 VF_2645 VF_2034     TRUE 0.974 0.000 0.286 NA   NA
 944954 944955 VF_2034 VF_2035     TRUE 0.972 -3.000 0.286 NA   NA
 944955 944956 VF_2035 VF_2036     FALSE 0.417 11.000 0.000 NA   NA
 944956 5488829 VF_2036 VF_2646     FALSE 0.250 28.000 0.000 NA   NA
 5488829 5488830 VF_2646 VF_2647     FALSE 0.337 16.000 0.000 NA   NA
 944957 5488831 VF_2037 VF_2648     FALSE 0.206 35.000 0.000 NA   NA
 5488831 944958 VF_2648 VF_2038     FALSE 0.392 12.000 0.000 NA   NA
 944958 944959 VF_2038 VF_2039     FALSE 0.156 47.000 0.000 NA   NA
 944959 944960 VF_2039 VF_2040     TRUE 0.895 -13.000 0.133 NA   NA
 944960 5488832 VF_2040 VF_2649     TRUE 0.928 -3.000 0.133 NA   NA
 5488832 944961 VF_2649 VF_2041     FALSE 0.124 68.000 0.000 NA   NA
 944961 944962 VF_2041 VF_2042     FALSE 0.001 329.000 0.000 1.000 N NA
 944962 944963 VF_2042 VF_2043   malE2 FALSE 0.001 423.000 0.000 1.000 N NA
 944963 944964 VF_2043 VF_2044 malE2 malF2 TRUE 0.746 113.000 0.069 0.041 Y NA
 944964 944965 VF_2044 VF_2045 malF2 malG2 TRUE 0.992 0.000 0.171 0.041 Y NA
 944965 944966 VF_2045 VF_2046 malG2 malK2 TRUE 0.984 0.000 0.057 0.041 Y NA
 944966 944967 VF_2046 VF_2047 malK2   TRUE 0.540 131.000 0.250 NA   NA
 944967 944968 VF_2047 VF_2048     FALSE 0.098 90.000 0.000 NA   NA
 944968 944969 VF_2048 VF_2049   malZ TRUE 0.746 34.000 0.000 1.000 Y NA
 944969 944971 VF_2049 VF_2051 malZ   FALSE 0.015 70.000 0.000 1.000 N NA
 944973 944974 VF_2053 VF_2054     TRUE 0.993 0.000 0.700 NA   NA
 944975 944976 VF_2055 VF_2056 yhjA pdxY FALSE 0.001 318.000 0.000 1.000 N NA
 944976 944977 VF_2056 VF_2057 pdxY cadA FALSE 0.014 77.000 0.029 1.000 N NA
 944977 944978 VF_2057 VF_2058 cadA cadB TRUE 0.735 121.000 0.188 1.000 Y NA
 944980 944981 VF_2060 VF_2061 cadC   FALSE 0.004 523.000 0.000 NA   NA
 944981 944982 VF_2061 VF_2062     FALSE 0.417 11.000 0.000 NA   NA
 944983 944984 VF_2063 VF_2064 metA dcuB FALSE 0.011 265.000 0.000 1.000   NA
 944987 944988 VF_2067 VF_2068 rpoS nlpD FALSE 0.396 55.000 0.115 1.000 N NA
 944988 944989 VF_2068 VF_2069 nlpD pcm FALSE 0.292 5.000 0.037 1.000 N NA
 944989 944990 VF_2069 VF_2070 pcm surE TRUE 0.981 0.000 0.353 1.000   NA
 944990 944991 VF_2070 VF_2071 surE truD TRUE 0.941 8.000 0.235 1.000   NA
 944991 944992 VF_2071 VF_2072 truD ispF TRUE 0.871 12.000 0.173 1.000   NA
 944992 944993 VF_2072 VF_2073 ispF ispD TRUE 0.994 0.000 0.419 1.000 Y NA
 944993 944994 VF_2073 VF_2074 ispD ftsB TRUE 0.914 4.000 0.185 1.000 N NA
 944994 944995 VF_2074 VF_2075 ftsB eno FALSE 0.270 173.000 0.241 1.000 N NA
 944995 944996 VF_2075 VF_2076 eno pyrG FALSE 0.169 79.000 0.068 1.000 N NA
 944996 944998 VF_2076 VF_2078 pyrG mazG FALSE 0.055 132.000 0.025 1.000   NA
 944998 944999 VF_2078 VF_2079 mazG flaF FALSE 0.011 95.000 0.003 1.000   NA
 944999 945000 VF_2079 VF_2080 flaF relA TRUE 0.684 194.000 1.000 1.000 N NA
 945000 945001 VF_2080 VF_2081 relA rumA FALSE 0.015 67.000 0.004 1.000 N NA
 945003 945004 VF_2083 VF_2084 acpS pdxJ TRUE 0.974 0.000 0.326 1.000 N NA
 945004 945005 VF_2084 VF_2085 pdxJ recO TRUE 0.923 -3.000 0.166 1.000 N NA
 945005 945006 VF_2085 VF_2086 recO era FALSE 0.256 135.000 0.109 1.000   NA
 945006 945007 VF_2086 VF_2087 era rnc TRUE 0.972 0.000 0.127 0.036   NA
 945007 945008 VF_2087 VF_2088 rnc lepB TRUE 0.753 11.000 0.117 1.000 N NA
 945008 945009 VF_2088 VF_2089 lepB lepA FALSE 0.387 123.000 0.187 1.000 N NA
 945009 945010 VF_2089 VF_2090 lepA rseC FALSE 0.071 90.000 0.045 NA N NA
 945010 945011 VF_2090 VF_2091 rseC rseB TRUE 0.994 6.000 0.609 NA Y NA
 945011 945012 VF_2091 VF_2092 rseB rseA TRUE 0.979 52.000 0.856 NA Y NA
 945012 945013 VF_2092 VF_2093 rseA rpoE TRUE 0.953 30.000 0.705 NA N NA
 945015 945016 VF_2095 VF_2096     FALSE 0.090 -28.000 0.005 NA   NA
 945017 945018 VF_2097 VF_2098 ygfZ   FALSE 0.465 -10.000 0.021 NA   NA
 945020 945021 VF_2100 VF_2101 visC ubiH TRUE 0.998 3.000 0.474 0.001 Y NA
 945021 945022 VF_2101 VF_2102 ubiH ygfB TRUE 0.942 0.000 0.156 NA   NA
 945023 5488834 VF_2103 VF_2651   ssrS FALSE 0.232 31.000 0.000 NA   NA
 5488834 945024 VF_2651 VF_2104 ssrS ygfA TRUE 0.625 2.000 0.000 NA   NA
 945024 945025 VF_2104 VF_2105 ygfA rpiA FALSE 0.006 141.000 0.027 1.000 N NA
 945025 945026 VF_2105 VF_2106 rpiA serA FALSE 0.002 195.000 0.029 1.000 N NA
 945027 945028 VF_2107 VF_2108 yggE mscS FALSE 0.037 131.000 0.018 NA   NA
 945028 945029 VF_2108 VF_2109 mscS yaaA FALSE 0.012 241.000 0.000 NA   NA
 945029 945030 VF_2109 VF_2110 yaaA yaaJ FALSE 0.008 115.000 0.004 NA   NA
 945032 945033 VF_2112 VF_2113   ung TRUE 0.573 90.000 0.190 NA   NA
 945033 945034 VF_2113 VF_2114 ung nfo FALSE 0.198 176.000 0.012 1.000 Y NA
 945036 945037 VF_2116 VF_2117 thrC thrB TRUE 0.988 -3.000 0.233 1.000 Y NA
 945037 945038 VF_2117 VF_2118 thrB thrA TRUE 0.978 2.000 0.133 1.000 Y NA
 945038 5488835 VF_2118 VF_2652 thrA thrL FALSE 0.028 170.000 0.000 NA   NA
 5488835 945039 VF_2652 VF_2119 thrL rraA2 FALSE 0.034 163.000 0.000 NA   NA
 945041 945042 VF_2121 VF_2122   arcB TRUE 0.535 9.000 0.033 NA   NA
 945042 945043 VF_2122 VF_2123 arcB yhcC FALSE 0.486 55.000 0.113 1.000   NA
 945044 945045 VF_2124 VF_2125 gltB gltD TRUE 0.985 0.000 0.010 0.001 Y NA
 945045 945046 VF_2125 VF_2126 gltD   FALSE 0.007 333.000 0.000 NA   NA
 5488836 5488837 VF_T0068 VF_R0010     FALSE 0.238 30.000 0.000 NA   NA
 5488837 5488838 VF_R0010 VF_R0011     FALSE 0.100 89.000 0.000 NA   NA
 5488838 5488839 VF_R0011 VF_T0069     FALSE 0.006 349.000 0.000 NA   NA
 5488839 5488840 VF_T0069 VF_R0012     FALSE 0.124 68.000 0.000 NA   NA
 945053 945054 VF_2128 VF_2129 mtn   FALSE 0.380 67.000 0.117 1.000 N NA
 945054 945055 VF_2129 VF_2130   yadS FALSE 0.194 43.000 0.032 NA   NA
 945055 945056 VF_2130 VF_2131 yadS   FALSE 0.005 185.000 0.009 NA   NA
 945057 945058 VF_2132 VF_2133     TRUE 0.724 10.000 0.100 NA N NA
 945058 945059 VF_2133 VF_2134   yadR FALSE 0.035 134.000 0.017 NA   NA
 945060 945061 VF_2135 VF_2136 hemL   FALSE 0.008 309.000 0.000 NA   NA
 945061 945062 VF_2136 VF_2137   rsmC FALSE 0.197 118.000 0.071 NA   NA
 945062 945063 VF_2137 VF_2138 rsmC chiS FALSE 0.004 166.000 0.000 1.000 N NA
 945063 945064 VF_2138 VF_2139 chiS   FALSE 0.019 620.000 0.000 0.040 N NA
 945064 945065 VF_2139 VF_2140     TRUE 0.952 149.000 0.727 0.040 Y NA
 945065 945066 VF_2140 VF_2141     TRUE 0.999 3.000 0.818 0.040 Y NA
 945066 945067 VF_2141 VF_2142     TRUE 0.998 2.000 0.895 1.000 Y NA
 945067 945068 VF_2142 VF_2143     TRUE 0.996 23.000 0.739 0.002 Y NA
 945068 945069 VF_2143 VF_2144     TRUE 0.852 49.000 0.395 1.000   NA
 945069 945070 VF_2144 VF_2145     TRUE 0.973 3.000 0.316 1.000   NA
 945070 945071 VF_2145 VF_2146     TRUE 0.970 18.000 0.316 1.000 Y NA
 945071 945072 VF_2146 VF_2147     TRUE 0.988 39.000 0.654 0.014 Y NA
 945072 945073 VF_2147 VF_2148     TRUE 0.939 81.000 0.266 0.014 Y NA
 945074 945075 VF_2149 VF_2150     TRUE 0.986 0.000 0.303 0.040 N NA
 945075 945076 VF_2150 VF_2151     TRUE 0.961 68.000 0.374 0.040 Y NA
 945076 945077 VF_2151 VF_2152   amtB TRUE 0.617 169.000 0.130 0.053 Y NA
 945077 945078 VF_2152 VF_2153 amtB glnK TRUE 0.910 18.000 0.339 1.000 N NA
 945078 945079 VF_2153 VF_2154 glnK yacL FALSE 0.227 163.000 0.145 NA   NA
 945080 945081 VF_2155 VF_2156 cdaR gntP TRUE 0.532 128.000 0.290 NA N NA
 945081 945082 VF_2156 VF_2157 gntP   TRUE 0.974 13.000 0.295 1.000 Y NA
 945083 945084 VF_2158 VF_2159 acnB   FALSE 0.001 268.000 0.000 1.000 N NA
 945084 5488841 VF_2159 VF_T0070     FALSE 0.005 411.000 0.000 NA   NA
 5488841 5488842 VF_T0070 VF_R0013     FALSE 0.238 30.000 0.000 NA   NA
 5488842 5488843 VF_R0013 VF_R0014     FALSE 0.100 89.000 0.000 NA   NA
 5488843 5488844 VF_R0014 VF_T0071     FALSE 0.006 378.000 0.000 NA   NA
 5488844 5488845 VF_T0071 VF_T0072     FALSE 0.188 38.000 0.000 NA   NA
 5488845 5488846 VF_T0072 VF_R0015     FALSE 0.121 70.000 0.000 NA   NA
 5488847 5488848 VF_T0073 VF_T0074     FALSE 0.238 30.000 0.000 NA   NA
 5488848 5488849 VF_T0074 VF_T0075     FALSE 0.141 53.000 0.000 NA   NA
 5488849 945096 VF_T0075 VF_2162   mrcB FALSE 0.013 236.000 0.000 NA   NA
 945096 945097 VF_2162 VF_2163 mrcB hrpB TRUE 0.709 25.000 0.158 1.000 N NA
 945098 945099 VF_2164 VF_2165 sfsA dksA FALSE 0.218 166.000 0.151 NA   NA
 945099 5488850 VF_2165 VF_2653 dksA yadB TRUE 0.648 65.000 0.231 1.000 N NA
 5488850 945100 VF_2653 VF_2166 yadB pcnB TRUE 0.917 21.000 0.131 1.000 Y NA
 945100 945102 VF_2166 VF_2168 pcnB folK TRUE 0.956 -3.000 0.234 1.000 N NA
 945102 945103 VF_2168 VF_2169 folK panB TRUE 0.903 23.000 0.117 1.000 Y NA
 945103 945104 VF_2169 VF_2170 panB panC TRUE 0.995 10.000 0.395 0.001 Y NA
 945105 945106 VF_2171 VF_2172 yadH yadG TRUE 0.998 0.000 0.688 0.084 Y NA
 945106 945107 VF_2172 VF_2173 yadG ychM FALSE 0.005 153.000 0.026 1.000 N NA
 945109 945110 VF_2175 VF_2176   hpt FALSE 0.004 532.000 0.000 NA   NA
 945112 945113 VF_2178 VF_2179 lpd aceF FALSE 0.508 275.000 0.463 1.000 Y NA
 945113 945115 VF_2179 VF_2181 aceF aceE TRUE 0.807 28.000 0.040 1.000 Y NA
 945115 945116 VF_2181 VF_2182 aceE pdhR FALSE 0.327 56.000 0.095 1.000 N NA
 945116 945117 VF_2182 VF_2183 pdhR ampD FALSE 0.001 287.000 0.000 1.000 N NA
 945118 945119 VF_2184 VF_2185 nadC pilA FALSE 0.001 342.000 0.000 1.000 N NA
 945119 945120 VF_2185 VF_2186 pilA pilB TRUE 0.971 7.000 0.169 1.000 Y NA
 945120 945121 VF_2186 VF_2187 pilB pilC TRUE 0.988 20.000 0.362 0.012 Y NA
 945121 945122 VF_2187 VF_2188 pilC pilD TRUE 0.906 105.000 0.454 1.000 Y NA
 945122 945123 VF_2188 VF_2189 pilD coaE TRUE 0.888 -3.000 0.122 1.000 N NA
 945123 945124 VF_2189 VF_2190 coaE yacF FALSE 0.409 80.000 0.110 NA   NA
 945124 945125 VF_2190 VF_2191 yacF   TRUE 0.965 8.000 0.356 NA   NA
 945126 945127 VF_2192 VF_2193 mutT secA FALSE 0.435 92.000 0.168 1.000 N NA
 945129 945130 VF_2195 VF_2196 lpxC ftsZ FALSE 0.333 106.000 0.134 1.000 N NA
 945130 945131 VF_2196 VF_2197 ftsZ ftsA TRUE 0.968 33.000 0.460 1.000 Y NA
 945131 945133 VF_2197 VF_2199 ftsA ftsQ TRUE 0.977 2.000 0.389 NA N NA
 945133 945134 VF_2199 VF_2200 ftsQ murC FALSE 0.329 207.000 0.134 NA Y NA
 945134 945135 VF_2200 VF_2201 murC murG TRUE 0.968 16.000 0.283 1.000 Y NA
 945135 945136 VF_2201 VF_2202 murG ftsW TRUE 0.982 -16.000 0.647 1.000 N NA
 945136 945137 VF_2202 VF_2203 ftsW murD TRUE 0.869 75.000 0.297 0.003 N NA
 945137 945138 VF_2203 VF_2204 murD mraY TRUE 0.973 111.000 0.647 0.003 Y NA
 945138 945139 VF_2204 VF_2205 mraY murF TRUE 0.997 0.000 0.309 0.003 Y NA
 945139 945140 VF_2205 VF_2206 murF murE TRUE 0.998 -3.000 0.569 0.002 Y NA
 945140 945141 VF_2206 VF_2207 murE ftsI TRUE 0.946 8.000 0.083 1.000 Y NA
 945141 945142 VF_2207 VF_2208 ftsI ftsL TRUE 0.930 -3.000 0.173 1.000 N NA
 945142 945143 VF_2208 VF_2209 ftsL mraW TRUE 0.955 -3.000 0.227 1.000 N NA
 945143 5488851 VF_2209 VF_2654 mraW rnpB FALSE 0.031 166.000 0.000 NA   NA
 5488851 945144 VF_2654 VF_2210 rnpB yraL FALSE 0.134 59.000 0.000 NA   NA
 945145 945146 VF_2211 VF_2212 yraM yraN TRUE 0.911 -19.000 0.172 NA   NA
 945146 945147 VF_2212 VF_2213 yraN diaA TRUE 0.916 4.000 0.187 1.000 N NA
 945147 945148 VF_2213 VF_2214 diaA yraP TRUE 0.985 5.000 0.613 NA   NA
 945149 945150 VF_2215 VF_2216 sspB sspA TRUE 0.995 0.000 0.831 NA   NA
 945150 945151 VF_2216 VF_2217 sspA   TRUE 0.566 144.000 0.370 NA N NA
 945151 945152 VF_2217 VF_2218     TRUE 0.999 -3.000 0.630 0.001 Y NA
 945152 945154 VF_2218 VF_2220     TRUE 0.996 0.000 0.233 0.001 Y NA
 945154 945155 VF_2220 VF_2221   rpsI FALSE 0.001 395.000 0.006 1.000 N NA
 945155 945156 VF_2221 VF_2222 rpsI rplM TRUE 0.994 16.000 0.601 0.011 Y NA
 945156 945157 VF_2222 VF_2223 rplM yhcM FALSE 0.001 280.000 0.002 NA   NA
 945158 945159 VF_2224 VF_2225 yhcB degP TRUE 0.578 80.000 0.183 NA   NA
 945159 945160 VF_2225 VF_2226 degP degS TRUE 0.935 115.000 0.310 0.002 Y NA
 945161 945162 VF_2227 VF_2228 parC parE TRUE 0.990 3.000 0.106 0.002 Y NA
 945162 945163 VF_2228 VF_2229 parE yqiA FALSE 0.445 144.000 0.217 NA   NA
 945163 945164 VF_2229 VF_2230 yqiA cpdA TRUE 0.985 0.000 0.427 NA   NA
 945164 945165 VF_2230 VF_2231 cpdA yqiB TRUE 0.949 16.000 0.433 NA   NA
 945165 945166 VF_2231 VF_2232 yqiB nudF TRUE 0.970 -37.000 0.443 NA   NA
 945168 945169 VF_2234 VF_2235 rfaE glnE FALSE 0.127 136.000 0.083 1.000 N NA
 945169 945170 VF_2235 VF_2236 glnE   FALSE 0.160 206.000 0.025 1.000 Y NA
 945173 945174 VF_2239 VF_2240   pitA TRUE 0.976 28.000 0.937 NA   NA
 945174 945175 VF_2240 VF_2241 pitA htrG FALSE 0.331 169.000 0.233 1.000   NA
 945176 945177 VF_2242 VF_2243   gspA TRUE 0.990 2.000 0.605 NA   NA
 945179 945180 VF_2245 VF_2246 bacA   TRUE 0.798 10.000 0.125 1.000 N NA
 945180 945181 VF_2246 VF_2247   folB TRUE 0.995 -3.000 0.500 1.000 Y NA
 945184 945185 VF_2250 VF_2251 rpsU   TRUE 0.897 30.000 0.173 0.016   NA
 945185 945186 VF_2251 VF_2252   dnaG FALSE 0.502 76.000 0.137 1.000   NA
 945186 945188 VF_2252 VF_2254 dnaG rpoD TRUE 0.633 100.000 0.299 1.000 N NA
 945188 5488852 VF_2254 VF_T0076 rpoD   FALSE 0.041 154.000 0.000 NA   NA
 945190 945191 VF_2255 VF_2256     FALSE 0.050 146.000 0.000 1.000   NA
 945191 945192 VF_2256 VF_2257     FALSE 0.423 83.000 0.118 NA   NA
 945192 945193 VF_2257 VF_2258   pykF FALSE 0.006 386.000 0.000 NA   NA
 945193 945194 VF_2258 VF_2259 pykF csiR FALSE 0.223 141.000 0.130 1.000 N NA
 945195 945196 VF_2260 VF_2261     FALSE 0.429 126.000 0.182 NA   NA
 945196 945197 VF_2261 VF_2262   ilvH FALSE 0.007 133.000 0.011 1.000 N NA
 945197 945198 VF_2262 VF_2263 ilvH ilvI TRUE 0.998 0.000 0.371 0.001 Y NA
 945198 945199 VF_2263 VF_2264 ilvI   FALSE 0.001 274.000 0.000 1.000 N NA
 945199 945200 VF_2264 VF_2265   leuO FALSE 0.011 247.000 0.050 1.000 N NA
 945200 945201 VF_2265 VF_2266 leuO metL FALSE 0.001 326.000 0.000 1.000 N NA
 945201 945202 VF_2266 VF_2267 metL metB TRUE 0.994 0.000 0.428 1.000 Y NA
 945203 945204 VF_2268 VF_2269 metJ   FALSE 0.001 237.000 0.000 1.000 N NA
 945204 945205 VF_2269 VF_2270     FALSE 0.052 411.000 0.000 1.000 Y NA
 945205 945206 VF_2270 VF_2271     TRUE 0.933 74.000 0.857 1.000   NA
 945207 945208 VF_2272 VF_2273 maeB rpmE FALSE 0.001 266.000 0.009 1.000 N NA
 945209 945210 VF_2274 VF_2275 priA cytR FALSE 0.002 192.000 0.013 1.000 N NA
 945210 945211 VF_2275 VF_2276 cytR ftsN FALSE 0.399 148.000 0.245 NA N NA
 945211 945212 VF_2276 VF_2277 ftsN hslV FALSE 0.240 124.000 0.122 NA N NA
 945212 945213 VF_2277 VF_2278 hslV hslU TRUE 0.990 20.000 0.752 1.000 Y NA
 945216 945217 VF_2281 VF_2282   astD TRUE 0.873 12.000 0.176 NA   NA
 945217 945218 VF_2282 VF_2283 astD astA TRUE 0.973 13.000 0.680 1.000 N NA
 945218 945219 VF_2283 VF_2284 astA argD TRUE 0.960 68.000 0.640 1.000 Y NA
 945219 945220 VF_2284 VF_2285 argD pabA FALSE 0.078 305.000 0.000 1.000 Y NA
 945220 945221 VF_2285 VF_2286 pabA trpS FALSE 0.012 89.000 0.013 1.000 N NA
 945221 945222 VF_2286 VF_2287 trpS gph FALSE 0.319 120.000 0.118 1.000   NA
 945222 945223 VF_2287 VF_2288 gph rpe TRUE 0.871 6.000 0.120 1.000   NA
 945223 945224 VF_2288 VF_2289 rpe dam FALSE 0.015 168.000 0.040 1.000 N NA
 945224 945225 VF_2289 VF_2290 dam   FALSE 0.523 83.000 0.191 NA N NA
 945225 945226 VF_2290 VF_2291   aroB FALSE 0.089 9.000 0.023 NA N NA
 945226 945227 VF_2291 VF_2292 aroB aroK TRUE 0.913 37.000 0.208 1.000 Y NA
 945227 945228 VF_2292 VF_2293 aroK pilQ FALSE 0.226 225.000 0.319 1.000 N NA
 945228 945229 VF_2293 VF_2294 pilQ pilP TRUE 0.985 27.000 0.668 NA Y NA
 945229 945230 VF_2294 VF_2295 pilP pilO TRUE 0.996 -7.000 0.680 NA Y NA
 945230 945231 VF_2295 VF_2296 pilO pilN TRUE 0.998 0.000 0.770 NA Y NA
 945231 945232 VF_2296 VF_2297 pilN pilM TRUE 0.994 -15.000 0.616 NA Y NA
 945235 945236 VF_2300 VF_2301     TRUE 0.756 95.000 0.204 0.006 N NA
 945236 945237 VF_2301 VF_2302     FALSE 0.081 102.000 0.026 NA   NA
 945238 945239 VF_2303 VF_2304 argH argG FALSE 0.316 298.000 0.278 1.000 Y NA
 945239 945240 VF_2304 VF_2305 argG argB TRUE 0.855 57.000 0.029 0.002 Y NA
 945240 945241 VF_2305 VF_2306 argB argC TRUE 0.969 16.000 0.097 0.002 Y NA
 945242 945243 VF_2307 VF_2308 argE ppc FALSE 0.026 180.000 0.053 1.000 N NA
 945244 945245 VF_2309 VF_2310 metF rplI FALSE 0.001 268.000 0.000 1.000 N NA
 945245 945246 VF_2310 VF_2311 rplI rpsR TRUE 0.982 41.000 0.499 0.011 Y NA
 945246 5488854 VF_2311 VF_2656 rpsR   TRUE 0.784 16.000 0.128 NA   NA
 5488854 945247 VF_2656 VF_2312   rpsF FALSE 0.206 158.000 0.122 NA   NA
 945247 945248 VF_2312 VF_2313 rpsF rlmB FALSE 0.100 255.000 0.017 1.000 Y NA
 945248 945249 VF_2313 VF_2314 rlmB rnr TRUE 0.731 67.000 0.147 0.015 N NA
 945249 945250 VF_2314 VF_2315 rnr nsrR TRUE 0.557 94.000 0.038 NA Y NA
 945252 945253 VF_2317 VF_2318 motX purA FALSE 0.005 258.000 0.013 1.000   NA
 945253 945254 VF_2318 VF_2319 purA   FALSE 0.054 178.000 0.051 NA   NA
 945254 945255 VF_2319 VF_2320   hflC TRUE 0.732 98.000 0.348 NA   NA
 945255 945256 VF_2320 VF_2321 hflC hflK TRUE 0.999 3.000 0.947 0.007 Y NA
 945256 945257 VF_2321 VF_2322 hflK hflX TRUE 0.859 37.000 0.184 0.057   NA
 945257 945258 VF_2322 VF_2323 hflX hfq TRUE 0.631 40.000 0.141 1.000   NA
 945258 945259 VF_2323 VF_2324 hfq miaA TRUE 0.813 105.000 0.531 1.000   NA
 945259 945260 VF_2324 VF_2325 miaA mutL TRUE 0.967 -7.000 0.188 0.084 N NA
 945260 945261 VF_2325 VF_2326 mutL amiB TRUE 0.652 12.000 0.092 1.000 N NA
 945261 945262 VF_2326 VF_2327 amiB yjeE TRUE 0.896 -6.000 0.109 NA   NA
 5488855 5488856 VF_T0077 VF_T0078     FALSE 0.220 33.000 0.000 NA   NA
 5488856 5488857 VF_T0078 VF_T0079     FALSE 0.131 61.000 0.000 NA   NA
 5488857 5488858 VF_T0079 VF_T0080     FALSE 0.220 33.000 0.000 NA   NA
 5488858 5488859 VF_T0080 VF_T0081     FALSE 0.131 61.000 0.000 NA   NA
 5488859 5488860 VF_T0081 VF_T0082     FALSE 0.220 33.000 0.000 NA   NA
 5488860 5488861 VF_T0082 VF_T0083     FALSE 0.119 72.000 0.000 NA   NA
 5488861 945271 VF_T0083 VF_2329   orn FALSE 0.055 138.000 0.000 NA   NA
 945272 945273 VF_2330 VF_2331 rsgA psd FALSE 0.365 80.000 0.095 1.000   NA
 945273 945274 VF_2331 VF_2332 psd   FALSE 0.054 93.000 0.017 NA   NA
 945276 945277 VF_2334 VF_2335 frdA frdB TRUE 0.998 0.000 0.470 0.002 Y NA
 945277 945278 VF_2335 VF_2336 frdB frdC TRUE 0.998 3.000 0.454 0.002 Y NA
 945278 945279 VF_2336 VF_2337 frdC frdD TRUE 0.998 -48.000 0.787 0.002 Y NA
 945282 945283 VF_2340 VF_2341 pfkA fieF FALSE 0.007 221.000 0.040 1.000 N NA
 945283 945284 VF_2341 VF_2342 fieF cpxP FALSE 0.040 159.000 0.028 NA   NA
 945285 945286 VF_2343 VF_2344 cpxR cpxA TRUE 0.997 4.000 0.791 1.000 Y NA
 945286 945287 VF_2344 VF_2345 cpxA yibK FALSE 0.008 122.000 0.007 1.000 N NA
 945289 945290 VF_2347 VF_2348 cysE gpsA TRUE 0.928 19.000 0.429 1.000 N NA
 945290 945291 VF_2348 VF_2349 gpsA secB FALSE 0.327 151.000 0.206 1.000 N NA
 945291 945292 VF_2349 VF_2350 secB yibN FALSE 0.303 130.000 0.158 NA N NA
 945295 945296 VF_2353 VF_2354 aspA dcuA FALSE 0.033 165.000 0.000 1.000   NA
 945298 945299 VF_2356 VF_2357 dipZ nagB FALSE 0.010 109.000 0.024 1.000 N NA
 945300 945301 VF_2358 VF_2359     FALSE 0.380 69.000 0.089 NA   NA
 945301 945302 VF_2359 VF_2360   gapA2 TRUE 0.699 29.000 0.167 1.000 N NA
 945302 945303 VF_2360 VF_2361 gapA2 arsR TRUE 0.649 13.000 0.096 1.000 N NA
 945309 945310 VF_2367 VF_2368 znuC2 znuB2 TRUE 0.998 -10.000 0.755 0.083 Y NA
 945310 945311 VF_2368 VF_2369 znuB2   FALSE 0.143 54.000 0.000 1.000   NA
 945311 945312 VF_2369 VF_2370   yeiR FALSE 0.121 -10.000 0.006 NA   NA
 945314 945315 VF_2372 VF_2373 glmS srlR TRUE 0.741 93.000 0.412 1.000 N NA
 945316 945317 VF_2374 VF_2375   ychE FALSE 0.007 125.000 0.012 NA N NA
 945317 945318 VF_2375 VF_2376 ychE   FALSE 0.014 184.000 0.018 NA   NA
 945318 945319 VF_2376 VF_2377     TRUE 0.987 12.000 0.916 NA   NA
 945321 945322 VF_2379 VF_2380   hcaT FALSE 0.452 120.000 0.076 0.052   NA
 945323 945324 VF_2381 VF_2382     TRUE 0.982 4.000 0.588 1.000 N NA
 945324 945325 VF_2382 VF_2383   acs FALSE 0.002 205.000 0.000 1.000 N NA
 945325 945327 VF_2383 VF_2385 acs   FALSE 0.001 408.000 0.000 1.000 N NA
 945327 945328 VF_2385 VF_2386   accB TRUE 0.816 31.000 0.254 1.000 N NA
 945328 945329 VF_2386 VF_2387 accB accC TRUE 0.991 12.000 0.275 0.001 Y NA
 945329 945330 VF_2387 VF_2388 accC prmA FALSE 0.327 117.000 0.152 1.000 N NA
 945330 945331 VF_2388 VF_2389 prmA dusB TRUE 0.541 105.000 0.042 1.000 Y NA
 945331 945333 VF_2389 VF_2391 dusB fis TRUE 0.849 -55.000 0.161 1.000 N NA
 945334 945335 VF_2392 VF_2393   zntR FALSE 0.122 90.000 0.032 NA   NA
 945336 945337 VF_2394 VF_2395 purH purD FALSE 0.292 294.000 0.238 1.000 Y NA
 945338 945339 VF_2396 VF_2397   hupA TRUE 0.868 40.000 0.375 NA   NA
 945343 945344 VF_2401 VF_2402   hemE FALSE 0.025 38.000 0.002 NA   NA
 945344 945345 VF_2402 VF_2403 hemE nudC FALSE 0.006 242.000 0.040 1.000 N NA
 945347 945348 VF_2405 VF_2406 csgG csgF TRUE 0.530 22.000 0.064 NA   NA
 945348 945349 VF_2406 VF_2407 csgF csgE TRUE 0.985 10.000 0.723 NA   NA
 945349 945350 VF_2407 VF_2408 csgE vpsT TRUE 0.816 -3.000 0.059 NA   NA
 945351 945352 VF_2409 VF_2410 csgB csgA TRUE 0.825 25.000 0.000 0.001   NA
 945354 945356 VF_2412 VF_2414   rpoB TRUE 0.976 72.000 0.851 0.001   NA
 945356 945357 VF_2414 VF_2415 rpoB rplL FALSE 0.169 238.000 0.223 1.000   NA
 945357 945358 VF_2415 VF_2416 rplL rplJ TRUE 0.979 55.000 0.884 1.000 Y NA
 945358 945360 VF_2416 VF_2418 rplJ rplA FALSE 0.286 356.000 0.302 1.000 Y NA
 945360 945361 VF_2418 VF_2419 rplA rplK TRUE 0.998 5.000 0.838 0.011 Y NA
 945361 945363 VF_2419 VF_2421 rplK nusG TRUE 0.817 121.000 0.681 1.000 N NA
 945363 945364 VF_2421 VF_2422 nusG secE FALSE 0.190 13.000 0.037 1.000 N NA
 945364 945355 VF_2422 VF_2657 secE   FALSE 0.144 53.000 0.000 1.000   NA
 945355 945365 VF_2657 VF_2423   tufA FALSE 0.136 60.000 0.000 1.000   NA
 945365 5488862 VF_2423 VF_T0084 tufA   FALSE 0.088 99.000 0.000 NA   NA
 5488862 5488863 VF_T0084 VF_T0085     FALSE 0.373 13.000 0.000 NA   NA
 5488863 5488864 VF_T0085 VF_T0086     FALSE 0.201 36.000 0.000 NA   NA
 5488864 5488865 VF_T0086 VF_T0087     FALSE 0.213 34.000 0.000 NA   NA
 945371 945372 VF_2425 VF_2426 birA murB TRUE 0.922 -16.000 0.211 1.000 N NA
 945373 945374 VF_2427 VF_2428   pssA FALSE 0.439 73.000 0.011 0.039   NA
 5488866 5488867 VF_T0088 VF_R0016     FALSE 0.238 30.000 0.000 NA   NA
 5488867 5488868 VF_R0016 VF_R0017     FALSE 0.093 94.000 0.000 NA   NA
 5488868 5488869 VF_R0017 VF_T0089     FALSE 0.009 282.000 0.000 NA   NA
 5488869 5488870 VF_T0089 VF_T0090     FALSE 0.227 32.000 0.000 NA   NA
 5488870 5488871 VF_T0090 VF_T0091     FALSE 0.267 25.000 0.000 NA   NA
 5488871 5488872 VF_T0091 VF_T0092     TRUE 0.594 3.000 0.000 NA   NA
 5488872 5488873 VF_T0092 VF_R0018     FALSE 0.090 96.000 0.000 NA   NA
 5488873 5488874 VF_R0018 VF_R0019     FALSE 0.005 397.000 0.000 NA   NA
 5488874 5488875 VF_R0019 VF_R0020     FALSE 0.098 90.000 0.000 NA   NA
 5488875 5488876 VF_R0020 VF_T0093     FALSE 0.010 268.000 0.000 NA   NA
 5488876 5488877 VF_T0093 VF_T0094     FALSE 0.188 38.000 0.000 NA   NA
 5488877 5488878 VF_T0094 VF_R0021     FALSE 0.121 70.000 0.000 NA   NA
 5488878 5488879 VF_R0021 VF_R0022     FALSE 0.005 398.000 0.000 NA   NA
 5488879 5488880 VF_R0022 VF_R0023     FALSE 0.093 94.000 0.000 NA   NA
 5488880 5488881 VF_R0023 VF_T0095     FALSE 0.009 285.000 0.000 NA   NA
 5488881 5488882 VF_T0095 VF_R0024     FALSE 0.124 68.000 0.000 NA   NA
 945396 945397 VF_2433 VF_2434 murI   FALSE 0.034 66.000 0.009 NA   NA
 945397 945398 VF_2434 VF_2435   btuB FALSE 0.278 49.000 0.050 NA   NA
 945400 945401 VF_2437 VF_2438 yijD   TRUE 0.683 51.000 0.194 1.000   NA
 945403 945404 VF_2440 VF_2441 dinF   FALSE 0.030 126.000 0.039 NA N NA
 945404 945405 VF_2441 VF_2442   lexA FALSE 0.142 126.000 0.083 NA N NA
 945407 945408 VF_2444 VF_2445 ubiA ubiC TRUE 0.989 -3.000 0.248 NA Y NA
 945410 945411 VF_2447 VF_2448 glpG glpE TRUE 0.971 7.000 0.405 1.000   NA
 945411 945413 VF_2448 VF_2450 glpE rpoH FALSE 0.000 480.000 0.000 1.000 N NA
 945413 945414 VF_2450 VF_2451 rpoH ftsX FALSE 0.016 216.000 0.051 1.000 N NA
 945414 945415 VF_2451 VF_2452 ftsX ftsE TRUE 0.972 -7.000 0.121 1.000 Y NA
 945415 945416 VF_2452 VF_2453 ftsE ftsY TRUE 0.936 4.000 0.117 0.083 N NA
 945417 945418 VF_2454 VF_2455 rsmD   TRUE 0.827 1.000 0.063 NA   NA
 945418 945419 VF_2455 VF_2456     FALSE 0.177 145.000 0.085 NA   NA
 945422 945423 VF_2459 VF_2460   recG FALSE 0.042 22.000 0.004 NA   NA
 945424 945425 VF_2461 VF_2462 gntY cysQ FALSE 0.022 119.000 0.010 1.000   NA
 945425 945426 VF_2462 VF_2463 cysQ nudE TRUE 0.963 6.000 0.373 1.000 N NA
 945426 945427 VF_2463 VF_2464 nudE gspN FALSE 0.456 11.000 0.029 1.000   NA
 945427 945428 VF_2464 VF_2465 gspN gspM TRUE 0.991 -3.000 0.649 1.000   NA
 945428 945429 VF_2465 VF_2466 gspM gspL TRUE 0.998 0.000 0.811 1.000 Y NA
 945429 945430 VF_2466 VF_2467 gspL gspK TRUE 0.995 -31.000 0.537 0.056 Y NA
 945430 945431 VF_2467 VF_2468 gspK gspJ TRUE 0.995 0.000 0.461 1.000 Y NA
 945431 945432 VF_2468 VF_2469 gspJ gspI TRUE 0.993 -13.000 0.569 0.004   NA
 945432 945433 VF_2469 VF_2470 gspI gspH TRUE 0.995 -10.000 0.605 0.004   NA
 945433 945434 VF_2470 VF_2471 gspH gspG TRUE 0.973 23.000 0.425 0.004   NA
 945434 945435 VF_2471 VF_2472 gspG gspF TRUE 0.982 62.000 0.599 0.004 Y NA
 945435 945436 VF_2472 VF_2473 gspF gspE TRUE 0.999 1.000 0.653 0.004 Y NA
 945436 945437 VF_2473 VF_2474 gspE gspD TRUE 0.999 0.000 0.776 0.004 Y NA
 945437 945438 VF_2474 VF_2475 gspD gspC TRUE 0.985 45.000 0.575 0.004 Y NA
 945439 945440 VF_2476 VF_2477 hslR hslO FALSE 0.373 93.000 0.140 1.000 N NA
 945440 945441 VF_2477 VF_2478 hslO pck FALSE 0.005 337.000 0.048 1.000 N NA
 945441 945442 VF_2478 VF_2479 pck yicH FALSE 0.024 183.000 0.027 NA   NA
 945444 945445 VF_2481 VF_2482 pldB yigL TRUE 0.798 168.000 1.000 1.000   NA
 945446 5488884 VF_2483 VF_2659 xerC   TRUE 0.991 -7.000 0.714 NA   NA
 5488884 945447 VF_2659 VF_2484   dapF TRUE 0.947 -3.000 0.175 NA   NA
 945447 945448 VF_2484 VF_2485 dapF lysA TRUE 0.895 81.000 0.104 0.001 Y NA
 945448 5488885 VF_2485 VF_2660 lysA yifL FALSE 0.129 63.000 0.000 NA   NA
 945451 945452 VF_2488 VF_2489 yhiR gor FALSE 0.074 218.000 0.100 1.000   NA
 945452 945453 VF_2489 VF_2490 gor   FALSE 0.034 164.000 0.000 1.000   NA
 945453 945454 VF_2490 VF_2491     FALSE 0.028 171.000 0.000 NA   NA
 945455 945456 VF_2492 VF_2493     TRUE 0.983 25.000 0.298 0.005 Y NA
 945456 945457 VF_2493 VF_2494     TRUE 0.963 18.000 0.083 0.002 Y NA
 945457 5488886 VF_2494 VF_2661     TRUE 0.765 57.000 0.286 NA   NA
 5488886 945458 VF_2661 VF_2495     FALSE 0.103 85.000 0.000 NA   NA
 945459 945460 VF_2496 VF_2497     TRUE 0.796 30.000 0.194 NA   NA
 945460 945461 VF_2497 VF_2498   rpoE5 TRUE 0.963 12.000 0.462 NA   NA
 945461 945462 VF_2498 VF_2499 rpoE5   TRUE 0.970 7.000 0.385 NA   NA
 945464 945465 VF_2501 VF_2502     FALSE 0.007 321.000 0.000 NA   NA
 945465 945466 VF_2502 VF_2503     TRUE 0.994 2.000 0.821 1.000   NA
 945466 945467 VF_2503 VF_2504     TRUE 0.991 7.000 0.893 NA   NA
 945467 945468 VF_2504 VF_2505     TRUE 0.947 57.000 0.897 NA   NA
 945468 945469 VF_2505 VF_2506     TRUE 0.982 19.000 0.966 NA   NA
 945469 945470 VF_2506 VF_2507     TRUE 0.866 58.000 0.475 NA   NA
 945470 945471 VF_2507 VF_2508     TRUE 0.989 -16.000 0.750 1.000   NA
 945471 945472 VF_2508 VF_2509     TRUE 0.978 13.000 0.679 1.000   NA
 945472 945473 VF_2509 VF_2510     FALSE 0.209 199.000 0.208 1.000   NA
 945474 945475 VF_2511 VF_2512     TRUE 0.985 -25.000 0.667 NA   NA
 945476 945477 VF_2513 VF_2514     TRUE 0.948 10.000 0.348 1.000 N NA
 945478 945479 VF_2515 VF_2516 betT dppC FALSE 0.062 239.000 0.000 0.039 N NA
 945479 945480 VF_2516 VF_2517 dppC dppB TRUE 0.999 3.000 1.000 0.039 Y NA
 945480 945481 VF_2517 VF_2518 dppB dppA TRUE 0.966 145.000 0.848 0.039 Y NA
 945481 945482 VF_2518 VF_2519 dppA dppD TRUE 0.807 79.000 0.408 1.000   NA
 945482 5488887 VF_2519 VF_T0096 dppD   FALSE 0.004 534.000 0.000 NA   NA
 5488887 5488888 VF_T0096 VF_T0097     FALSE 0.117 73.000 0.000 NA   NA
 5488888 5488889 VF_T0097 VF_T0098     FALSE 0.166 42.000 0.000 NA   NA
 5488889 5488890 VF_T0098 VF_T0099     FALSE 0.117 73.000 0.000 NA   NA
 5488890 5488891 VF_T0099 VF_T0100     FALSE 0.201 36.000 0.000 NA   NA
 945490 945491 VF_2522 VF_2523     TRUE 0.914 19.000 0.362 1.000 N NA
 945491 945492 VF_2523 VF_2524     TRUE 0.626 12.000 0.087 NA N NA
 945492 945493 VF_2524 VF_2525   yqiC FALSE 0.011 111.000 0.007 NA   NA
 5488892 5488893 VF_R0025 VF_T0101     FALSE 0.337 16.000 0.000 NA   NA
 5488893 5488894 VF_T0101 VF_R0026     FALSE 0.130 62.000 0.000 NA   NA
 5488894 5488895 VF_R0026 VF_R0027     FALSE 0.100 89.000 0.000 NA   NA
 5488895 5488896 VF_R0027 VF_T0102     FALSE 0.010 268.000 0.000 NA   NA
 5488896 5488897 VF_T0102 VF_T0103     FALSE 0.227 32.000 0.000 NA   NA
 5488897 5488898 VF_T0103 VF_T0104     TRUE 0.594 3.000 0.000 NA   NA
 5488898 5488899 VF_T0104 VF_R0028     FALSE 0.090 96.000 0.000 NA   NA
 5488899 5488900 VF_R0028 VF_R0029     FALSE 0.005 397.000 0.000 NA   NA
 5488900 5488901 VF_R0029 VF_R0030     FALSE 0.098 90.000 0.000 NA   NA
 5488901 5488902 VF_R0030 VF_T0105     FALSE 0.010 268.000 0.000 NA   NA
 5488902 5488903 VF_T0105 VF_T0106     FALSE 0.227 32.000 0.000 NA   NA
 5488903 5488904 VF_T0106 VF_T0107     TRUE 0.594 3.000 0.000 NA   NA
 5488904 5488905 VF_T0107 VF_R0031     FALSE 0.090 96.000 0.000 NA   NA
 5488905 5488906 VF_R0031 VF_R0032     FALSE 0.005 397.000 0.000 NA   NA
 5488906 5488907 VF_R0032 VF_R0033     FALSE 0.100 89.000 0.000 NA   NA
 5488907 5488908 VF_R0033 VF_R0034     FALSE 0.007 325.000 0.000 NA   NA
 945519 945520 VF_2534 VF_2535   aroE TRUE 0.724 11.000 0.078 NA   NA
 945520 945521 VF_2535 VF_2536 aroE rimN FALSE 0.259 73.000 0.087 NA N NA
 945522 945523 VF_2537 VF_2538 purE purK TRUE 0.992 3.000 0.136 0.001 Y NA
 945524 945525 VF_2539 VF_2540 yrdD smg TRUE 0.949 11.000 0.331 NA   NA
 945525 945526 VF_2540 VF_2541 smg dprA TRUE 0.908 3.000 0.124 NA   NA
 945526 945527 VF_2541 VF_2542 dprA   TRUE 0.631 9.000 0.043 1.000   NA
 945528 945529 VF_2543 VF_2544 def fmt TRUE 0.944 18.000 0.058 0.016 Y NA
 945529 945530 VF_2544 VF_2545 fmt rsmB TRUE 0.858 105.000 0.305 1.000 Y NA
 945530 945531 VF_2545 VF_2546 rsmB trkA TRUE 0.623 25.000 0.122 1.000 N NA
 945531 945532 VF_2546 VF_2547 trkA trkH2 TRUE 0.990 3.000 0.126 0.004 Y NA
 945533 945534 VF_2548 VF_2549 yqfA   FALSE 0.119 100.000 0.034 NA   NA
 5488909 945535 VF_2662 VF_2550   yihD FALSE 0.044 151.000 0.000 NA   NA
 945535 945536 VF_2550 VF_2551 yihD   FALSE 0.024 212.000 0.036 NA   NA
 945536 945537 VF_2551 VF_2552   rdoA TRUE 0.540 51.000 0.125 NA   NA
 945537 945538 VF_2552 VF_2553 rdoA dsbA FALSE 0.443 41.000 0.082 NA   NA
 945539 945540 VF_2554 VF_2555 yihG   FALSE 0.012 88.000 0.014 1.000 N NA
 5488910 945541 VF_2663 VF_2556 ivbL ilvB FALSE 0.121 70.000 0.000 NA   NA
 945541 945542 VF_2556 VF_2557 ilvB ilvM TRUE 0.998 0.000 0.943 0.001   NA
 945542 945543 VF_2557 VF_2558 ilvM ilvE TRUE 0.890 13.000 0.205 1.000   NA
 945543 945544 VF_2558 VF_2559 ilvE ilvD TRUE 0.888 18.000 0.075 1.000 Y NA
 945544 945545 VF_2559 VF_2560 ilvD ilvA TRUE 0.961 5.000 0.106 1.000 Y NA
 945545 945546 VF_2560 VF_2561 ilvA   FALSE 0.001 277.000 0.000 1.000 N NA
 945547 945548 VF_2562 VF_2563 glmU atpC FALSE 0.024 218.000 0.067 1.000 N NA
 945548 945549 VF_2563 VF_2564 atpC atpD TRUE 0.997 19.000 0.837 0.003 Y NA
 945549 945550 VF_2564 VF_2565 atpD atpG TRUE 0.993 34.000 0.724 0.003 Y NA
 945550 945551 VF_2565 VF_2566 atpG atpA TRUE 0.992 46.000 0.846 0.003 Y NA
 945551 945552 VF_2566 VF_2567 atpA atpH TRUE 0.997 14.000 0.864 0.003 Y NA
 945552 945553 VF_2567 VF_2568 atpH atpF TRUE 0.984 18.000 0.242 0.003 Y NA
 945553 945554 VF_2568 VF_2569 atpF atpE TRUE 0.985 62.000 0.666 0.003 Y NA
 945554 945555 VF_2569 VF_2570 atpE atpB TRUE 0.982 58.000 0.557 0.003 Y NA
 945555 945556 VF_2570 VF_2571 atpB atpI TRUE 0.993 9.000 0.291 0.003 Y NA
 945556 945557 VF_2571 VF_2572 atpI   FALSE 0.025 189.000 0.056 1.000 N NA
 945557 945558 VF_2572 VF_2573     TRUE 0.992 -7.000 0.827 1.000 N NA
 945558 945559 VF_2573 VF_2574   gidB TRUE 0.917 16.000 0.339 1.000 N NA
 945559 945560 VF_2574 VF_2575 gidB mnmG TRUE 0.982 2.000 0.466 1.000 N NA
 945560 942845 VF_2575 VF_0001 mnmG mioC FALSE 0.001 424.000 0.000 1.000 N NA
 946747 946748 VFB01 VFB02     FALSE 0.006 345.000 0.000 NA   NA
 946748 946749 VFB02 VFB03     FALSE 0.004 636.000 0.000 NA   NA
 946749 946750 VFB03 VFB04     FALSE 0.297 20.000 0.000 NA   NA
 946750 946751 VFB04 VFB05     TRUE 0.594 3.000 0.000 NA   NA
 946751 946752 VFB05 VFB06     FALSE 0.255 27.000 0.000 NA   NA
 946752 946753 VFB06 VFB07     TRUE 0.897 77.000 0.667 NA   NA
 946753 946754 VFB07 VFB08     FALSE 0.008 306.000 0.000 NA   NA
 946754 946755 VFB08 VFB09     FALSE 0.004 805.000 0.000 NA   NA
 946755 946756 VFB09 VFB10     FALSE 0.182 39.000 0.000 NA   NA
 946756 946757 VFB10 VFB11     FALSE 0.373 13.000 0.000 NA   NA
 946757 946758 VFB11 VFB12     FALSE 0.028 171.000 0.000 NA   NA
 946758 946759 VFB12 VFB13     TRUE 0.643 0.000 0.000 NA   NA
 946759 946760 VFB13 VFB14     FALSE 0.472 9.000 0.000 NA   NA
 946762 946763 VFB16 VFB17     FALSE 0.004 792.000 0.000 NA   NA
 946763 946764 VFB17 VFB18     FALSE 0.005 407.000 0.000 NA   NA
 946764 946765 VFB18 VFB19     FALSE 0.158 46.000 0.000 NA   NA
 946766 946767 VFB20 VFB21     FALSE 0.010 265.000 0.000 NA   NA
 946767 946768 VFB21 VFB22     FALSE 0.009 278.000 0.000 NA   NA
 946768 946769 VFB22 VFB23     FALSE 0.446 10.000 0.000 NA   NA
 946769 946770 VFB23 VFB24     FALSE 0.201 36.000 0.000 NA   NA
 946770 946771 VFB24 VFB25     TRUE 0.992 0.000 0.667 NA   NA
 946771 946772 VFB25 VFB26     TRUE 0.992 0.000 0.667 1.000   NA
 946772 946773 VFB26 VFB27     TRUE 0.984 9.000 0.667 NA   NA
 946773 946774 VFB27 VFB28     TRUE 0.989 -10.000 0.667 NA   NA
 946774 946775 VFB28 VFB29     TRUE 0.972 -16.000 0.400 NA   NA
 946775 946776 VFB29 VFB30     TRUE 0.998 0.000 0.800 NA Y NA
 946776 946777 VFB30 VFB31     TRUE 0.995 1.000 1.000 NA   NA
 946777 946778 VFB31 VFB32     TRUE 0.985 3.000 0.500 NA   NA
 946778 946779 VFB32 VFB33     TRUE 0.969 11.000 0.500 NA   NA
 946779 946780 VFB33 VFB34     FALSE 0.360 14.000 0.000 NA   NA
 946780 946781 VFB34 VFB35     FALSE 0.027 173.000 0.000 NA   NA
 946781 946782 VFB35 VFB36     FALSE 0.475 -28.000 0.000 NA   NA
 946782 946783 VFB36 VFB37     FALSE 0.106 82.000 0.000 NA   NA
 946783 946784 VFB37 VFB38     FALSE 0.078 111.000 0.000 NA   NA
 946784 5488681 VFB38 VF_B0056     TRUE 0.988 12.000 1.000 NA   NA
 5488681 946785 VF_B0056 VFB39     TRUE 0.992 4.000 0.444 NA Y NA
 946785 5488682 VFB39 VF_B0057     FALSE 0.475 -28.000 0.000 NA   NA
 5488682 946786 VF_B0057 VFB40     TRUE 0.557 -10.000 0.000 NA   NA
 946786 946787 VFB40 VFB41     TRUE 0.915 7.000 0.000 NA Y NA
 946787 946788 VFB41 VFB42     TRUE 0.948 -3.000 0.000 NA Y NA
 946788 946789 VFB42 VFB43     TRUE 0.997 3.000 0.750 1.000 Y NA
 946789 946790 VFB43 VFB44     TRUE 0.578 77.000 0.000 1.000 Y NA
 946790 946791 VFB44 VFB45     FALSE 0.343 16.000 0.000 1.000   NA
 946791 946792 VFB45 VFB46     FALSE 0.140 56.000 0.000 1.000   NA
 946792 946793 VFB46 VFB47     FALSE 0.020 46.000 0.000 1.000 N NA
 946793 946794 VFB47 VFB48     FALSE 0.220 33.000 0.000 NA   NA
 946794 946795 VFB48 VFB49     FALSE 0.447 -57.000 0.000 NA   NA
 946795 946796 VFB49 VFB50     TRUE 0.557 -10.000 0.000 NA   NA
 946796 946797 VFB50 VFB51     FALSE 0.014 233.000 0.000 NA   NA
 946797 946798 VFB51 VFB52     FALSE 0.398 12.000 0.000 1.000   NA
 946798 946799 VFB52 VFB53     TRUE 0.552 4.000 0.000 NA   NA
 946799 946800 VFB53 VFB54     FALSE 0.009 286.000 0.000 NA   NA
 946800 946801 VFB54 VFB55     TRUE 0.868 3.000 0.091 NA   NA