MicrobesOnline Operon Predictions for Coprothermobacter proteolyticus DSM 5265

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column Description
Gene1 VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1 Systematic name of 1st gene in pair
Name1 Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2 VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2 Systematic name of 2nd gene in pair
Name2 Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim Whether the genes share a COG category or not
ExprSim Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

 Gene1 Gene2 SysName1 SysName2 Name1 Name2 bOp pOp Sep MOGScore GOScore COGSim ExprSim
 5467856 5467857 COPRO5265_0001 COPRO5265_0002     FALSE 0.040 190.000 0.000 NA   NA
 5467857 5467858 COPRO5265_0002 COPRO5265_0003     FALSE 0.073 85.000 0.000 NA   NA
 5467858 5467859 COPRO5265_0003 COPRO5265_0004   thiD FALSE 0.506 90.000 0.000 1.000 Y NA
 5467859 5467860 COPRO5265_0004 COPRO5265_0005 thiD thiM TRUE 0.997 29.000 0.015 0.004 Y NA
 5467860 5467861 COPRO5265_0005 COPRO5265_0006 thiM thiE TRUE 1.000 5.000 0.146 0.004 Y NA
 5467861 5467862 COPRO5265_0006 COPRO5265_0007 thiE nrdD FALSE 0.121 114.000 0.000 1.000 N NA
 5467862 5467863 COPRO5265_0007 COPRO5265_0008 nrdD   TRUE 0.999 18.000 0.178 1.000 N NA
 5467863 5467864 COPRO5265_0008 COPRO5265_0009     FALSE 0.092 201.000 0.000 1.000 N NA
 5467864 5467865 COPRO5265_0009 COPRO5265_0010     TRUE 0.985 -40.000 0.056 NA   NA
 5467867 5467868 COPRO5265_0012 COPRO5265_0013     TRUE 0.996 -3.000 0.004 0.002   NA
 5467868 5467869 COPRO5265_0013 COPRO5265_0015     TRUE 0.998 -3.000 0.010 1.000 Y NA
 5467871 5467872 COPRO5265_0016 COPRO5265_0017     TRUE 0.994 -13.000 0.068 NA   NA
 5467872 5467873 COPRO5265_0017 COPRO5265_0018     TRUE 0.993 -13.000 0.051 1.000   NA
 5467873 5467874 COPRO5265_0018 COPRO5265_0019   asd TRUE 0.988 30.000 0.009 1.000 Y NA
 5467874 5467875 COPRO5265_0019 COPRO5265_0020 asd   FALSE 0.041 172.000 0.000 NA   NA
 5467875 5467876 COPRO5265_0020 COPRO5265_0021     FALSE 0.515 -12.000 0.000 NA   NA
 5467876 5467877 COPRO5265_0021 COPRO5265_0023     FALSE 0.448 -16.000 0.000 NA   NA
 5467879 5467880 COPRO5265_0024 COPRO5265_0025     TRUE 0.734 -3.000 0.000 NA   NA
 5467880 5467881 COPRO5265_0025 COPRO5265_0026     TRUE 0.734 -3.000 0.000 NA   NA
 5467881 5467882 COPRO5265_0026 COPRO5265_0027   ptsN FALSE 0.050 127.000 0.000 NA   NA
 5467882 5467883 COPRO5265_0027 COPRO5265_0028 ptsN   TRUE 0.871 17.000 0.000 0.015   NA
 5467883 5467884 COPRO5265_0028 COPRO5265_0029   sgaB1 TRUE 0.999 23.000 0.194 0.015   NA
 5467884 5467885 COPRO5265_0029 COPRO5265_0030 sgaB1   FALSE 0.084 478.000 0.000 1.000 N NA
 5467885 5467886 COPRO5265_0030 COPRO5265_0031     TRUE 0.976 12.000 0.000 0.009 Y NA
 5467886 5467887 COPRO5265_0031 COPRO5265_0032     TRUE 0.989 1.000 0.000 0.007 Y NA
 5467889 5467890 COPRO5265_0034 COPRO5265_0035 trpB trpA TRUE 1.000 26.000 0.248 0.002 Y NA
 5467890 5467891 COPRO5265_0035 COPRO5265_0036 trpA   FALSE 0.125 107.000 0.000 1.000 N NA
 5467892 5467893 COPRO5265_0037 COPRO5265_0038     TRUE 0.999 12.000 0.281 NA   NA
 5467894 5467895 COPRO5265_0039 COPRO5265_0040     TRUE 0.725 1.000 0.000 NA   NA
 5467895 5467896 COPRO5265_0040 COPRO5265_0041     FALSE 0.037 290.000 0.000 NA   NA
 5467896 5467897 COPRO5265_0041 COPRO5265_0042     TRUE 0.571 14.000 0.000 NA   NA
 5467897 5467898 COPRO5265_0042 COPRO5265_0043     FALSE 0.210 40.000 0.000 NA   NA
 5467898 5467899 COPRO5265_0043 COPRO5265_0044     FALSE 0.065 94.000 0.000 NA   NA
 5467899 5467900 COPRO5265_0044 COPRO5265_0045     FALSE 0.036 397.000 0.000 NA   NA
 5467902 5467903 COPRO5265_0047 COPRO5265_0048     TRUE 0.642 3.000 0.000 NA   NA
 5467903 5467904 COPRO5265_0048 COPRO5265_0049     FALSE 0.037 273.000 0.000 NA   NA
 5467904 5467905 COPRO5265_0049 COPRO5265_0050     FALSE 0.050 127.000 0.000 NA   NA
 5467905 5467906 COPRO5265_0050 COPRO5265_0051     FALSE 0.047 135.000 0.000 NA   NA
 5467906 5467907 COPRO5265_0051 COPRO5265_0052   fimA FALSE 0.521 25.000 0.000 1.000   NA
 5467907 5467908 COPRO5265_0052 COPRO5265_0053 fimA   FALSE 0.062 210.000 0.000 1.000   NA
 5467908 5467909 COPRO5265_0053 COPRO5265_0054     FALSE 0.061 218.000 0.000 1.000   NA
 5467909 5467910 COPRO5265_0054 COPRO5265_0055     TRUE 1.000 -3.000 0.082 0.002 Y NA
 5467910 5467911 COPRO5265_0055 COPRO5265_0056     FALSE 0.085 315.000 0.000 1.000 N NA
 5467911 5467912 COPRO5265_0056 COPRO5265_0057   pcrA TRUE 0.605 -24.000 0.000 1.000 N NA
 5467913 5467914 COPRO5265_0058 COPRO5265_0059     TRUE 0.705 -13.000 0.000 1.000 N NA
 5467914 5467915 COPRO5265_0059 COPRO5265_0060     FALSE 0.041 173.000 0.000 NA   NA
 5467915 5467916 COPRO5265_0060 COPRO5265_0061     TRUE 1.000 0.000 0.375 NA   NA
 5467918 5467919 COPRO5265_0063 COPRO5265_0064     FALSE 0.065 94.000 0.000 NA   NA
 5467919 5467920 COPRO5265_0064 COPRO5265_0065     FALSE 0.113 59.000 0.000 NA   NA
 5467921 5467922 COPRO5265_0066 COPRO5265_0067 dnaN   TRUE 0.990 1.000 0.006 1.000   NA
 5467922 5467923 COPRO5265_0067 COPRO5265_0068   norM FALSE 0.058 280.000 0.000 1.000   NA
 5467923 5467924 COPRO5265_0068 COPRO5265_0069 norM   FALSE 0.115 127.000 0.000 1.000 N NA
 5467924 5467925 COPRO5265_0069 COPRO5265_0070     TRUE 0.982 137.000 0.077 1.000 Y NA
 5467925 5467926 COPRO5265_0070 COPRO5265_0071   malG TRUE 1.000 7.000 0.065 0.022 Y NA
 5467926 5467927 COPRO5265_0071 COPRO5265_0072 malG   FALSE 0.096 68.000 0.000 NA   NA
 5467927 5467928 COPRO5265_0072 COPRO5265_0073     FALSE 0.416 -19.000 0.000 NA   NA
 5467930 5467931 COPRO5265_0075 COPRO5265_0076     FALSE 0.303 231.000 0.000 NA Y NA
 5467931 5467932 COPRO5265_0076 COPRO5265_0077     TRUE 0.999 40.000 0.524 NA Y NA
 5467932 5467933 COPRO5265_0077 COPRO5265_0078     TRUE 0.621 -13.000 0.000 NA N NA
 5467933 5467934 COPRO5265_0078 COPRO5265_0079     FALSE 0.066 93.000 0.000 NA   NA
 5467934 5467935 COPRO5265_0079 COPRO5265_0081     FALSE 0.038 223.000 0.000 NA   NA
 5467937 5467938 COPRO5265_0082 COPRO5265_0083     FALSE 0.051 126.000 0.000 NA   NA
 5467938 5467939 COPRO5265_0083 COPRO5265_0085     FALSE 0.036 369.000 0.000 NA   NA
 5467939 5467940 COPRO5265_0085 COPRO5265_0086     FALSE 0.038 227.000 0.000 NA   NA
 5467940 5467941 COPRO5265_0086 COPRO5265_0087     FALSE 0.037 238.000 0.000 NA   NA
 5467941 5467942 COPRO5265_0087 COPRO5265_0088     FALSE 0.307 -55.000 0.000 NA   NA
 5467942 5467943 COPRO5265_0088 COPRO5265_0089     FALSE 0.041 173.000 0.000 NA   NA
 5467943 5467944 COPRO5265_0089 COPRO5265_0090     FALSE 0.084 533.000 0.000 1.000 N NA
 5467944 5467945 COPRO5265_0090 COPRO5265_0091     FALSE 0.236 60.000 0.000 1.000 N NA
 5467945 5467946 COPRO5265_0091 COPRO5265_0092     FALSE 0.489 21.000 0.000 NA   NA
 5467946 5467947 COPRO5265_0092 COPRO5265_0093     FALSE 0.146 50.000 0.000 NA   NA
 5467948 5467949 COPRO5265_0094 COPRO5265_0095     FALSE 0.475 -28.000 0.000 1.000   NA
 5467949 5467950 COPRO5265_0095 COPRO5265_0096     TRUE 0.995 6.000 0.052 1.000   NA
 5467950 5467951 COPRO5265_0096 COPRO5265_0097     FALSE 0.128 54.000 0.000 NA   NA
 5467951 5467952 COPRO5265_0097 COPRO5265_0098     FALSE 0.529 8.000 0.000 NA   NA
 5467952 5467953 COPRO5265_0098 COPRO5265_0099     TRUE 0.734 -3.000 0.000 NA   NA
 5467955 5467956 COPRO5265_0100 COPRO5265_0102 pspC   TRUE 0.928 -10.000 0.000 NA Y NA
 5467958 5467959 COPRO5265_0103 COPRO5265_0105     FALSE 0.449 23.000 0.000 NA   NA
 5467959 5467960 COPRO5265_0105 COPRO5265_0107     FALSE 0.330 28.000 0.000 NA   NA
 5467960 5467961 COPRO5265_0107 COPRO5265_0108     FALSE 0.231 38.000 0.000 NA   NA
 5467962 5467963 COPRO5265_0109 COPRO5265_0110     FALSE 0.039 213.000 0.000 NA   NA
 5467963 5467964 COPRO5265_0110 COPRO5265_0111     TRUE 0.734 -3.000 0.000 NA   NA
 5467964 5467965 COPRO5265_0111 COPRO5265_0112     TRUE 0.570 6.000 0.000 NA   NA
 5467965 5467966 COPRO5265_0112 COPRO5265_0114     FALSE 0.382 114.000 0.000 NA Y NA
 5467967 5467968 COPRO5265_0113 COPRO5265_0115     FALSE 0.148 93.000 0.000 1.000 N NA
 5467969 5467970 COPRO5265_0116 COPRO5265_0117   guaB FALSE 0.036 930.000 0.000 NA   NA
 5467970 5467971 COPRO5265_0117 COPRO5265_0118 guaB   TRUE 1.000 8.000 0.190 0.002 Y NA
 5467972 5467973 COPRO5265_0119 COPRO5265_0120     TRUE 0.661 7.000 0.000 1.000   NA
 5467973 5467974 COPRO5265_0120 COPRO5265_0121     FALSE 0.529 8.000 0.000 NA   NA
 5467974 5467975 COPRO5265_0121 COPRO5265_0122     FALSE 0.493 -13.000 0.000 NA   NA
 5467976 5467977 COPRO5265_0123 COPRO5265_0124     TRUE 0.552 12.000 0.000 NA   NA
 5467977 5467978 COPRO5265_0124 COPRO5265_0126     FALSE 0.373 -25.000 0.000 NA   NA
 5467979 5467980 COPRO5265_0125 COPRO5265_0127     TRUE 1.000 -3.000 0.492 0.003 Y NA
 5467980 5467981 COPRO5265_0127 COPRO5265_0128     TRUE 1.000 6.000 0.643 0.003   NA
 5467981 5467982 COPRO5265_0128 COPRO5265_0129     FALSE 0.064 185.000 0.000 1.000   NA
 5467982 5467983 COPRO5265_0129 COPRO5265_0130     TRUE 0.565 159.000 0.000 0.022 Y NA
 5467983 5467984 COPRO5265_0130 COPRO5265_0131     FALSE 0.066 169.000 0.000 1.000   NA
 5467984 5467985 COPRO5265_0131 COPRO5265_0132   ligA TRUE 0.718 -7.000 0.000 1.000   NA
 5467985 5467986 COPRO5265_0132 COPRO5265_0133 ligA   FALSE 0.083 78.000 0.000 NA   NA
 5467986 5467987 COPRO5265_0133 COPRO5265_0134     TRUE 0.999 -18.000 0.420 NA   NA
 5467988 5467989 COPRO5265_0135 COPRO5265_0136     FALSE 0.036 673.000 0.000 NA   NA
 5467989 5467990 COPRO5265_0136 COPRO5265_0137     FALSE 0.343 -31.000 0.000 NA   NA
 5467990 5467991 COPRO5265_0137 COPRO5265_0139     TRUE 0.783 2.000 0.000 1.000   NA
 5467992 5467993 COPRO5265_0138 COPRO5265_0140     TRUE 0.993 -3.000 0.011 1.000   NA
 5467993 5467994 COPRO5265_0140 COPRO5265_0141     TRUE 0.622 216.000 0.000 0.002 Y NA
 5467994 5467995 COPRO5265_0141 COPRO5265_0142     TRUE 0.996 18.000 0.072 NA   NA
 5467996 5467997 COPRO5265_0143 COPRO5265_0144   ahcY TRUE 0.869 39.000 0.003 1.000   NA
 5468000 5468001 COPRO5265_0147 COPRO5265_0148 trmE   FALSE 0.108 62.000 0.000 NA   NA
 5468001 5468002 COPRO5265_0148 COPRO5265_0149     FALSE 0.470 22.000 0.000 NA   NA
 5468002 5468003 COPRO5265_0149 COPRO5265_0150     FALSE 0.036 294.000 0.000 NA   NA
 5468003 5468004 COPRO5265_0150 COPRO5265_0151     TRUE 0.999 -3.000 1.000 NA   NA
 5468004 5468005 COPRO5265_0151 COPRO5265_0152     FALSE 0.071 146.000 0.000 1.000   NA
 5468007 5468008 COPRO5265_0154 COPRO5265_0155     TRUE 1.000 -42.000 0.750 0.002 Y NA
 5468009 5468010 COPRO5265_0156 COPRO5265_0157     FALSE 0.421 50.000 0.000 0.073   NA
 5468010 5468011 COPRO5265_0157 COPRO5265_0158     FALSE 0.072 142.000 0.000 1.000   NA
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