MicrobesOnline Operon Predictions for Rickettsia sibirica 246

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column Description
Gene1 VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1 Systematic name of 1st gene in pair
Name1 Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2 VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2 Systematic name of 2nd gene in pair
Name2 Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim Whether the genes share a COG category or not
ExprSim Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

 Gene1 Gene2 SysName1 SysName2 Name1 Name2 bOp pOp Sep MOGScore GOScore COGSim ExprSim
 2269643 2269644     rsib_orf.02 rsib_orf.03 TRUE 0.612 133.000 0.005 1.000 N NA
 2269644 2269645     rsib_orf.03 rsib_orf.04 TRUE 0.630 136.000 0.005 1.000 N NA
 2269645 2269646     rsib_orf.04 rsib_orf.05 TRUE 0.604 151.000 0.007 NA   NA
 2269646 2269647     rsib_orf.05 rsib_orf.06 TRUE 0.960 -13.000 0.194 NA   NA
 2269647 2269648     rsib_orf.06 rsib_orf.07 TRUE 0.985 4.000 0.500 NA   NA
 2269648 2269649     rsib_orf.07 rsib_orf.08 FALSE 0.132 296.000 0.000 NA   NA
 2269649 2269650     rsib_orf.08 rsib_orf.09 TRUE 0.683 47.000 0.000 NA   NA
 2269650 2269651     rsib_orf.09 rsib_orf.10 FALSE 0.206 271.000 0.000 NA   NA
 2269651 2269652     rsib_orf.10 rsib_orf.11 FALSE 0.438 236.000 0.000 1.000   NA
 2269652 2269653     rsib_orf.11 rsib_orf.12 TRUE 0.845 -16.000 0.000 NA   NA
 2269653 2269654     rsib_orf.12 rsib_orf.14 FALSE 0.073 329.000 0.007 NA   NA
 2269654 2269655     rsib_orf.14 rsib_orf.15 TRUE 0.768 171.000 0.013 1.000 N NA
 2269655 2269656     rsib_orf.15 rsib_orf.16 TRUE 0.621 183.000 0.004 NA   NA
 2269659 2269660     rsib_orf.20 rsib_orf.21 FALSE 0.102 314.000 0.000 NA   NA
 2269660 2269661     rsib_orf.21 rsib_orf.22 FALSE 0.360 236.000 0.000 NA   NA
 2269662 2269663     rsib_orf.23 rsib_orf.24 TRUE 0.976 4.000 0.250 NA   NA
 2269663 2269664     rsib_orf.24 rsib_orf.25 FALSE 0.551 211.000 0.000 NA N NA
 2269664 2269665     rsib_orf.25 rsib_orf.26 FALSE 0.120 293.000 0.004 NA   NA
 2269669 2269670     rsib_orf.30 rsib_orf.31 FALSE 0.141 293.000 0.000 NA   NA
 2269671 2269672     rsib_orf.32 rsib_orf.33 TRUE 0.939 39.000 0.211 1.000 Y NA
 2269672 2269673     rsib_orf.33 rsib_orf.34 TRUE 0.930 148.000 0.335 1.000 Y NA
 2269673 2269674     rsib_orf.34 rsib_orf.35 TRUE 0.662 200.000 0.006 1.000 N NA
 2269674 2269675     rsib_orf.35 rsib_orf.36 TRUE 0.965 6.000 0.115 NA   NA
 2269675 2269676     rsib_orf.36 rsib_orf.37 TRUE 0.942 -31.000 0.144 NA   NA
 2269676 2269677     rsib_orf.37 rsib_orf.38 TRUE 0.937 187.000 0.543 NA   NA
 2269677 2269678     rsib_orf.38 rsib_orf.39 TRUE 0.743 171.000 0.009 1.000   NA
 2269678 2269679     rsib_orf.39 rsib_orf.41 FALSE 0.032 533.000 0.007 1.000 N NA
 2269680 2269681     rsib_orf.44 rsib_orf.45 FALSE 0.014 1019.000 0.000 NA   NA
 2269681 2269682     rsib_orf.45 rsib_orf.46 TRUE 0.845 149.000 0.065 1.000   NA
 2269682 2269683     rsib_orf.46 rsib_orf.47 FALSE 0.261 256.000 0.000 NA   NA
 2269683 2269684     rsib_orf.47 rsib_orf.48 TRUE 0.807 -46.000 0.000 NA   NA
 2269684 2269685     rsib_orf.48 rsib_orf.49 FALSE 0.515 98.000 0.000 NA   NA
 2269685 2269686     rsib_orf.49 rsib_orf.51 FALSE 0.013 1294.000 0.000 NA   NA
 2269686 2269687     rsib_orf.51 rsib_orf.53 FALSE 0.075 339.000 0.000 NA   NA
 2269687 2269688     rsib_orf.53 rsib_orf.54 TRUE 0.823 -28.000 0.000 NA   NA
 2269688 2269689     rsib_orf.54 rsib_orf.55 TRUE 0.832 19.000 0.000 NA   NA
 2269689 2269690     rsib_orf.55 rsib_orf.56 FALSE 0.029 493.000 0.000 NA   NA
 2269691 2269692     rsib_orf.58 rsib_orf.59 TRUE 0.766 143.000 0.026 1.000 N NA
 2269693 2269694     rsib_orf.60 rsib_orf.61 TRUE 0.850 17.000 0.000 NA   NA
 2269694 2269695     rsib_orf.61 rsib_orf.62 TRUE 0.905 0.000 0.013 NA   NA
 2269695 2269696     rsib_orf.62 rsib_orf.63 FALSE 0.350 252.000 0.020 NA   NA
 2269696 2269697     rsib_orf.63 rsib_orf.66 FALSE 0.013 1718.000 0.000 NA   NA
 2269697 2269698     rsib_orf.66 rsib_orf.67 FALSE 0.061 359.000 0.000 NA   NA
 2269698 2269699     rsib_orf.67 rsib_orf.68 FALSE 0.018 677.000 0.000 NA   NA
 2269701 2269702     rsib_orf.70 rsib_orf.71 FALSE 0.059 364.000 0.000 NA   NA
 2269702 2269703     rsib_orf.71 rsib_orf.72 TRUE 0.577 66.000 0.005 NA   NA
 2269703 2269704     rsib_orf.72 rsib_orf.73 TRUE 0.573 78.000 0.012 NA N NA
 2269704 2269705     rsib_orf.73 rsib_orf.75 TRUE 0.826 130.000 0.182 NA   NA
 2269705 2269706     rsib_orf.75 rsib_orf.76 FALSE 0.456 245.000 0.040 NA   NA
 2269706 2269707     rsib_orf.76 rsib_orf.77 FALSE 0.038 428.000 0.000 NA   NA
 2269707 2269708     rsib_orf.77 rsib_orf.79 FALSE 0.097 321.000 0.000 NA   NA
 2269708 2269709     rsib_orf.79 rsib_orf.80 FALSE 0.467 220.000 0.000 NA   NA
 2269709 2269710     rsib_orf.80 rsib_orf.81 TRUE 0.572 202.000 0.007 NA   NA
 2269710 2269711     rsib_orf.81 rsib_orf.82 TRUE 0.825 69.000 0.096 NA   NA
 2269711 2269712     rsib_orf.82 rsib_orf.83 FALSE 0.419 225.000 0.000 NA   NA
 2269712 2269713     rsib_orf.83 rsib_orf.84 TRUE 0.764 140.000 0.029 1.000   NA
 2269714 2269715     rsib_orf.85 rsib_orf.86 TRUE 0.675 176.000 0.000 NA   NA
 2269715 2269716     rsib_orf.86 rsib_orf.87 TRUE 0.793 -84.000 0.000 NA   NA
 2269716 2269717     rsib_orf.87 rsib_orf.88 TRUE 0.795 -66.000 0.000 NA   NA
 2269718 2269719     rsib_orf.90 rsib_orf.91 TRUE 0.632 158.000 0.006 NA   NA
 2269720 2269721     rsib_orf.92 rsib_orf.93 TRUE 0.887 4.000 0.007 NA   NA
 2269721 2269722     rsib_orf.93 rsib_orf.94 FALSE 0.016 749.000 0.000 NA   NA
 2269722 2269723     rsib_orf.94 rsib_orf.95 FALSE 0.085 327.000 0.000 NA   NA
 2269723 2269724     rsib_orf.95 rsib_orf.96 TRUE 0.657 88.000 0.018 1.000   NA
 2269724 2269725     rsib_orf.96 rsib_orf.97 TRUE 0.826 167.000 0.028 1.000   NA
 2269725 2269726     rsib_orf.97 rsib_orf.98 FALSE 0.228 260.000 0.000 NA   NA
 2269726 2269727     rsib_orf.98 rsib_orf.99 TRUE 0.974 -13.000 0.400 NA   NA
 2269727 2269728     rsib_orf.99 rsib_orf.100 TRUE 0.732 33.000 0.006 NA   NA
 2269728 2269729     rsib_orf.100 rsib_orf.101 TRUE 0.982 176.000 0.256 0.003 Y NA
 2269730 2269731     rsib_orf.102 rsib_orf.103 TRUE 0.650 133.000 0.007 1.000 Y NA
 2269731 2269732     rsib_orf.103 rsib_orf.104 TRUE 0.917 -3.000 0.008 1.000 N NA
 2269732 2269733     rsib_orf.104 rsib_orf.105 TRUE 0.887 186.000 0.087 1.000 Y NA
 2269734 2269735     rsib_orf.106 rsib_orf.107 TRUE 0.985 -16.000 0.592 1.000 Y NA
 2269735 2269736     rsib_orf.107 rsib_orf.108 TRUE 0.732 173.000 0.006 1.000 N NA
 2269736 2269737     rsib_orf.108 rsib_orf.109 TRUE 0.975 -40.000 0.400 1.000 Y NA
 2269737 2269738     rsib_orf.109 rsib_orf.110 TRUE 0.922 -3.000 0.011 1.000 N NA
 2269738 2269739     rsib_orf.110 rsib_orf.111 TRUE 0.726 150.000 0.015 1.000   NA
 2269739 2269740     rsib_orf.111 rsib_orf.112 FALSE 0.038 428.000 0.000 NA   NA
 2269741 2269742     rsib_orf.113 rsib_orf.114 TRUE 0.724 129.000 0.051 NA   NA
 2269742 2269743     rsib_orf.114 rsib_orf.116 FALSE 0.044 369.000 0.002 NA   NA
 2269743 2269744     rsib_orf.116 rsib_orf.117 TRUE 0.932 5.000 0.015 1.000 N NA
 2269744 2269745     rsib_orf.117 rsib_orf.118 TRUE 0.997 -3.000 0.574 0.003 Y NA
 2269745 2269746     rsib_orf.118 rsib_orf.119 FALSE 0.426 241.000 0.007 1.000 Y NA
 2269746 2269747     rsib_orf.119 rsib_orf.120 TRUE 0.965 -10.000 0.109 1.000 N NA
 2269748 2269749     rsib_orf.121 rsib_orf.122 TRUE 0.683 47.000 0.000 NA   NA
 2269749 2269750     rsib_orf.122 rsib_orf.123 TRUE 0.717 40.000 0.000 NA   NA
 2269750 2269751     rsib_orf.123 rsib_orf.124 TRUE 0.899 0.000 0.000 NA   NA
 2269751 2269752     rsib_orf.124 rsib_orf.125 FALSE 0.056 417.000 0.000 1.000   NA
 2269752 2269753     rsib_orf.125 rsib_orf.126 TRUE 0.916 43.000 0.000 0.036   NA
 2269753 2269754     rsib_orf.126 rsib_orf.127 TRUE 0.750 166.000 0.000 1.000   NA
 2269754 2269755     rsib_orf.127 rsib_orf.128 TRUE 0.926 172.000 0.000 0.009   NA
 2269755 2269756     rsib_orf.128 rsib_orf.129 FALSE 0.090 325.000 0.000 NA   NA
 2269756 2269757     rsib_orf.129 rsib_orf.130 FALSE 0.515 93.000 0.000 NA   NA
 2269757 2269758     rsib_orf.130 rsib_orf.131 FALSE 0.548 81.000 0.000 NA   NA
 2269758 2269759     rsib_orf.131 rsib_orf.132 TRUE 0.672 48.000 0.000 NA   NA
 2269759 2269760     rsib_orf.132 rsib_orf.133 TRUE 0.795 25.000 0.000 NA   NA
 2269761 2269762     rsib_orf.136 rsib_orf.137 FALSE 0.045 395.000 0.000 NA   NA
 2269762 2269763     rsib_orf.137 rsib_orf.138 TRUE 0.990 -3.000 0.647 1.000 N NA
 2269763 2269764     rsib_orf.138 rsib_orf.139 TRUE 0.972 132.000 0.297 0.002 N NA
 2269764 2269765     rsib_orf.139 rsib_orf.140 TRUE 0.657 171.000 0.006 NA   NA
 2269765 2269766     rsib_orf.140 rsib_orf.141 TRUE 0.803 153.000 0.054 NA   NA
 2269766 2269767     rsib_orf.141 rsib_orf.142 TRUE 0.924 194.000 0.031 0.041 Y NA
 2269768 2269769     rsib_orf.143 rsib_orf.144 TRUE 0.758 171.000 0.000 1.000 N NA
 2269769 2269770     rsib_orf.144 rsib_orf.146 TRUE 0.708 193.000 0.000 1.000   NA
 2269770 2269771     rsib_orf.146 rsib_orf.147 TRUE 0.921 6.000 0.000 1.000   NA
 2269771 2269772     rsib_orf.147 rsib_orf.148 FALSE 0.542 221.000 0.012 1.000   NA
 2269775 2269776     rsib_orf.151 rsib_orf.152 TRUE 0.936 194.000 0.571 NA   NA
 2269776 2269777     rsib_orf.152 rsib_orf.153 TRUE 0.678 89.000 0.041 NA   NA
 2269777 2269778     rsib_orf.153 rsib_orf.154 TRUE 0.563 217.000 0.006 1.000 N NA
 2269778 2269779     rsib_orf.154 rsib_orf.155 TRUE 0.924 2.000 0.008 1.000 N NA
 2269779 2269780     rsib_orf.155 rsib_orf.156 TRUE 0.860 165.000 0.042 1.000 Y NA
 2269780 2269781     rsib_orf.156 rsib_orf.157 TRUE 0.747 208.000 0.026 1.000 N NA
 2269782 2269783     rsib_orf.158 rsib_orf.159 TRUE 0.641 191.000 0.000 NA   NA
 2269783 2269784     rsib_orf.159 rsib_orf.160 TRUE 0.986 10.000 0.629 NA   NA
 2269784 2269785     rsib_orf.160 rsib_orf.161 TRUE 0.852 30.000 0.027 NA N NA
 2269785 2269786     rsib_orf.161 rsib_orf.162 FALSE 0.405 233.000 0.014 NA   NA
 2269786 2269787     rsib_orf.162 rsib_orf.163 TRUE 0.894 -22.000 0.029 NA   NA
 2269788 2269789     rsib_orf.164 rsib_orf.165 TRUE 0.958 177.000 0.625 1.000   NA
 2269789 2269790     rsib_orf.165 rsib_orf.166 TRUE 0.867 194.000 0.010 0.054   NA
 2269790 2269791     rsib_orf.166 rsib_orf.167 TRUE 0.904 -7.000 0.007 1.000 N NA
 2269791 2269792     rsib_orf.167 rsib_orf.168 FALSE 0.523 76.000 0.004 NA   NA
 2269792 2269793     rsib_orf.168 rsib_orf.169 FALSE 0.020 655.000 0.000 NA   NA
 2269793 2269794     rsib_orf.169 rsib_orf.170 TRUE 0.883 5.000 0.007 NA   NA
 2269794 2269795     rsib_orf.170 rsib_orf.171 TRUE 0.763 191.000 0.034 NA   NA
 2269795 2269796     rsib_orf.171 rsib_orf.172 TRUE 0.610 213.000 0.000 1.000   NA
 2269796 2269797     rsib_orf.172 rsib_orf.173 TRUE 0.888 165.000 0.008 0.064 N NA
 2269797 2269798     rsib_orf.173 rsib_orf.174 TRUE 0.965 -7.000 0.092 1.000   NA
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 2269800 2269801     rsib_orf.176 rsib_orf.177 TRUE 0.943 3.000 0.019 1.000 N NA
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