MicrobesOnline Operon Predictions for Mycoplasma mycoides subsp. mycoides SC str. PG1

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column Description
Gene1 VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1 Systematic name of 1st gene in pair
Name1 Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2 VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2 Systematic name of 2nd gene in pair
Name2 Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim Whether the genes share a COG category or not
ExprSim Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

 Gene1 Gene2 SysName1 SysName2 Name1 Name2 bOp pOp Sep MOGScore GOScore COGSim ExprSim
 542957 542958 MSC_0001 MSC_0002 dnaA dnaN TRUE 0.538 162.000 0.005 1.000 Y NA
 542958 542959 MSC_0002 MSC_0003 dnaN   TRUE 0.979 37.000 0.013 1.000 Y NA
 542959 542960 MSC_0003 MSC_0004   ksgA TRUE 0.987 0.000 0.093 1.000 N NA
 542960 542961 MSC_0004 MSC_0005 ksgA   TRUE 0.831 57.000 0.002 NA   NA
 542961 542962 MSC_0005 MSC_0006   gyrB FALSE 0.020 360.000 0.000 NA   NA
 542962 542963 MSC_0006 MSC_0007 gyrB gyrA TRUE 0.991 16.000 0.306 0.007 Y NA
 542964 542965 MSC_0008 MSC_0009 rbsC-2 rbsC-1 TRUE 0.977 0.000 0.007 0.033   NA
 542965 542966 MSC_0009 MSC_0010 rbsC-1 rbsA TRUE 0.983 -10.000 0.012 1.000   NA
 542966 542967 MSC_0010 MSC_0011 rbsA rbsB TRUE 0.981 3.000 0.048 NA   NA
 542967 542968 MSC_0011 MSC_0012 rbsB metS FALSE 0.075 191.000 0.000 NA   NA
 542969 542970 MSC_0013 MSC_0014 lpp p72 TRUE 0.792 33.000 0.000 NA   NA
 542971 542972 MSC_0015 MSC_0016 tnpB tnpA TRUE 0.832 9.000 0.000 1.000   NA
 542972 542973 MSC_0016 MSC_0017 tnpA mtlD TRUE 0.378 76.000 0.000 1.000   NA
 542973 542974 MSC_0017 MSC_0018 mtlD   TRUE 0.981 1.000 0.012 1.000 N NA
 542974 542975 MSC_0018 MSC_0019   EIIA-mtl TRUE 0.801 34.000 0.000 1.000 N NA
 542975 542976 MSC_0019 MSC_0020 EIIA-mtl srlD TRUE 0.986 0.000 0.040 1.000 N NA
 542976 542977 MSC_0020 MSC_0021 srlD EIIBC-mtl TRUE 0.986 0.000 0.040 1.000 N NA
 542977 542978 MSC_0021 MSC_0022 EIIBC-mtl   FALSE 0.033 251.000 0.000 NA   NA
 542978 542979 MSC_0022 MSC_0023   recG TRUE 0.908 -30.000 0.000 NA   NA
 542979 542980 MSC_0023 MSC_0024 recG   TRUE 0.715 47.000 0.000 NA   NA
 542980 542981 MSC_0024 MSC_0025   rpsR FALSE 0.020 354.000 0.000 NA   NA
 542981 542982 MSC_0025 MSC_0026 rpsR ssb TRUE 0.958 20.000 0.003 1.000 N NA
 542982 542983 MSC_0026 MSC_0027 ssb rpsF TRUE 0.947 12.000 0.002 1.000 N NA
 542983 542984 MSC_0027 MSC_0028 rpsF csp FALSE 0.059 206.000 0.000 1.000 N NA
 542986 542987 MSC_0030 MSC_0031 abc hsp33 TRUE 0.924 48.000 0.005 1.000 N NA
 542987 542988 MSC_0031 MSC_0032 hsp33   TRUE 0.223 200.000 0.003 NA   NA
 542989 542990 MSC_0033 MSC_0034   ldh FALSE 0.015 438.000 0.000 1.000   NA
 542990 542991 MSC_0034 MSC_0035 ldh   TRUE 0.980 19.000 0.385 1.000   NA
 542991 542992 MSC_0035 MSC_0036     FALSE 0.021 352.000 0.000 NA   NA
 542992 542993 MSC_0036 MSC_0037     TRUE 0.979 8.000 0.091 NA   NA
 542993 542994 MSC_0037 MSC_0038   tnp FALSE 0.057 204.000 0.000 NA   NA
 542996 542997 MSC_0040 MSC_0041     TRUE 0.287 93.000 0.000 NA   NA
 542998 542999 MSC_0042 MSC_0043     TRUE 0.956 3.000 0.002 1.000 N NA
 542999 543000 MSC_0043 MSC_0044     TRUE 0.915 52.000 0.006 1.000   NA
 543000 543001 MSC_0044 MSC_0045   holB TRUE 0.976 0.000 0.006 1.000   NA
 543001 543002 MSC_0045 MSC_0046 holB tmk TRUE 0.989 -22.000 0.254 1.000   NA
 543002 543003 MSC_0046 MSC_0047 tmk recR FALSE 0.200 233.000 0.015 1.000   NA
 543003 543004 MSC_0047 MSC_0048 recR dnaX TRUE 0.980 -7.000 0.009 0.018   NA
 543004 543005 MSC_0048 MSC_0049 dnaX codA TRUE 0.862 70.000 0.022 1.000 N NA
 543005 543006 MSC_0049 MSC_0050 codA guaC TRUE 0.435 117.000 0.000 1.000 Y NA
 543006 543007 MSC_0050 MSC_0051 guaC   FALSE 0.021 351.000 0.000 NA   NA
 543007 543008 MSC_0051 MSC_0052     FALSE 0.014 528.000 0.000 NA   NA
 543008 543009 MSC_0052 MSC_0053     TRUE 0.427 178.000 0.040 1.000   NA
 543011 543012 MSC_0055 MSC_0056 tnpB tnpA TRUE 0.832 9.000 0.000 1.000   NA
 543012 543013 MSC_0056 MSC_0057 tnpA   TRUE 0.639 56.000 0.000 NA   NA
 543013 543014 MSC_0057 MSC_0058     FALSE 0.084 184.000 0.000 NA   NA
 543014 543015 MSC_0058 MSC_0059     TRUE 0.908 -73.000 0.000 NA   NA
 543018 543019 MSC_0062 MSC_0063     TRUE 0.982 19.000 0.667 NA   NA
 543019 543020 MSC_0063 MSC_0064   ald TRUE 0.273 97.000 0.000 NA   NA
 543020 543021 MSC_0064 MSC_0065 ald   FALSE 0.017 401.000 0.000 NA   NA
 543021 543022 MSC_0065 MSC_0066   serS TRUE 0.662 82.000 0.003 NA   NA
 543022 543023 MSC_0066 MSC_0067 serS   TRUE 0.562 102.000 0.003 NA   NA
 543023 543024 MSC_0067 MSC_0068     TRUE 0.962 2.000 0.002 NA   NA
 543024 543025 MSC_0068 MSC_0069   lysS TRUE 0.990 3.000 0.032 1.000 Y NA
 543026 543027 MSC_0070 MSC_0072 tnp trxA FALSE 0.015 607.000 0.000 1.000 N NA
 543027 543028 MSC_0072 MSC_0073 trxA   TRUE 0.978 11.000 0.200 1.000   NA
 543028 543029 MSC_0073 MSC_rrnA-5S   rrnA-5S FALSE 0.197 120.000 0.000 NA   NA
 543029 543030 MSC_rrnA-5S MSC_rrnA-23S rrnA-5S rrnA-23S TRUE 0.553 63.000 0.000 NA   NA
 543030 543031 MSC_rrnA-23S MSC_rrnA-16S rrnA-23S rrnA-16S FALSE 0.042 225.000 0.000 NA   NA
 543033 543034 MSC_tRNA_r_29 MSC_tRNA_r_28     TRUE 0.866 3.000 0.000 NA   NA
 543035 543036 MSC_0075 MSC_0076   comEC TRUE 0.742 41.000 0.000 NA   NA
 543037 543038 MSC_0077 MSC_0078 phnE phnC TRUE 0.990 4.000 0.058 0.090 Y NA
 543038 543039 MSC_0078 MSC_0079 phnC phnD? TRUE 0.853 14.000 0.000 NA   NA
 543039 543040 MSC_0079 MSC_0080 phnD? asnC FALSE 0.026 291.000 0.000 NA   NA
 543040 543041 MSC_0080 MSC_0081 asnC   TRUE 0.964 9.000 0.007 1.000   NA
 543041 543042 MSC_0081 MSC_0082     TRUE 0.979 11.000 0.400 1.000   NA
 543042 543043 MSC_0082 MSC_0083   gcp TRUE 0.941 23.000 0.002 1.000   NA
 543043 543044 MSC_0083 MSC_0084 gcp   TRUE 0.557 94.000 0.002 NA   NA
 543046 543047 MSC_0086 MSC_0087 rpsT   FALSE 0.030 273.000 0.000 NA   NA
 543047 543048 MSC_0087 MSC_0088     TRUE 0.835 86.000 1.000 NA   NA
 543048 543049 MSC_0088 MSC_0089   secA TRUE 0.741 91.000 0.017 NA   NA
 543050 543051 MSC_0090 MSC_0091 pepQ polA TRUE 0.780 76.000 0.007 NA   NA
 543051 543052 MSC_0091 MSC_0092 polA   FALSE 0.106 160.000 0.000 NA   NA
 543052 543053 MSC_0092 MSC_0093     FALSE 0.015 519.000 0.000 NA   NA
 543053 543054 MSC_0093 MSC_0094     FALSE 0.160 135.000 0.000 NA   NA
 543054 543055 MSC_0094 MSC_0095     FALSE 0.014 564.000 0.000 NA   NA
 543055 543056 MSC_0095 MSC_0096   coaE TRUE 0.972 -10.000 0.003 NA   NA
 543056 543057 MSC_0096 MSC_0097 coaE tnp FALSE 0.118 159.000 0.000 1.000 N NA
 543058 543059 MSC_0098 MSC_0099 tnp hlyA TRUE 0.305 93.000 0.000 1.000 N NA
 543059 543060 MSC_0099 MSC_0100 hlyA xseB TRUE 0.981 0.000 0.012 1.000   NA
 543060 543061 MSC_0100 MSC_0101 xseB xseA TRUE 0.988 -10.000 0.412 0.003   NA
 543061 543062 MSC_0101 MSC_0102 xseA nusB TRUE 0.980 2.000 0.012 1.000 N NA
 543062 543063 MSC_0102 MSC_0103 nusB   TRUE 0.975 12.000 0.027 NA   NA
 543063 543064 MSC_0103 MSC_0104     TRUE 0.658 55.000 0.000 NA   NA
 543064 543065 MSC_0104 MSC_0105   nfo TRUE 0.954 26.000 0.004 NA   NA
 543065 543066 MSC_0105 MSC_0106 nfo ribC/ribF TRUE 0.977 -7.000 0.006 1.000   NA
 543066 543067 MSC_0106 MSC_tRNA_r_27 ribC/ribF   TRUE 0.404 75.000 0.000 NA   NA
 543067 543068 MSC_tRNA_r_27 MSC_0107     TRUE 0.535 64.000 0.000 NA   NA
 543070 543071 MSC_0109 MSC_0110 cps galU FALSE 0.049 403.000 0.000 NA Y NA
 543071 543072 MSC_0110 MSC_0111 galU   FALSE 0.053 209.000 0.000 NA   NA
 543073 543074 MSC_0112 MSC_0113   abc TRUE 0.884 64.000 0.019 1.000   NA
 543074 543075 MSC_0113 MSC_0114 abc ilvA FALSE 0.012 1013.000 0.000 1.000   NA
 543075 543076 MSC_0114 MSC_0115 ilvA   FALSE 0.047 218.000 0.000 NA   NA
 543076 543077 MSC_0115 MSC_0116     TRUE 0.963 12.000 0.006 NA   NA
 543077 543078 MSC_0116 MSC_0117   lpp FALSE 0.028 276.000 0.000 NA   NA
 543078 543079 MSC_0117 MSC_0118 lpp uhpT FALSE 0.023 317.000 0.000 NA   NA
 543079 543080 MSC_0118 MSC_0119 uhpT   FALSE 0.030 271.000 0.000 NA   NA
 543081 543082 MSC_0122 MSC_0123 lppC tnp TRUE 0.359 80.000 0.000 NA   NA
 543082 543083 MSC_0123 MSC_0124 tnp   FALSE 0.014 560.000 0.000 NA   NA
 543084 543085 MSC_0126 MSC_0129   nagB FALSE 0.012 2350.000 0.000 NA   NA
 543085 543086 MSC_0129 MSC_0130 nagB nagE TRUE 0.991 4.000 0.364 1.000 Y NA
 543086 543087 MSC_0130 MSC_0131 nagE gltX TRUE 0.549 131.000 0.008 1.000 N NA
 543087 543088 MSC_0131 MSC_0132 gltX   TRUE 0.980 3.000 0.028 1.000   NA
 543088 543089 MSC_0132 MSC_0133     TRUE 0.965 26.000 0.011 1.000   NA
 543089 543090 MSC_0133 MSC_0134   ctrA TRUE 0.760 91.000 0.029 1.000   NA
 543090 543091 MSC_0134 MSC_0135 ctrA   FALSE 0.038 234.000 0.000 NA   NA
 543091 543092 MSC_0135 MSC_0136     TRUE 0.983 15.000 1.000 NA   NA
 543093 543094 MSC_0137 MSC_0138 tnpB tnpA TRUE 0.840 9.000 0.000 NA   NA
 543095 543096 MSC_0139 MSC_0141 fbaA2 tnpA FALSE 0.012 2011.000 0.000 1.000   NA
 543097 543098 MSC_0143 MSC_0144     FALSE 0.026 300.000 0.000 NA   NA
 543099 543100 MSC_0145 MSC_0146 glpQ rpme TRUE 0.342 161.000 0.004 1.000 N NA
 543100 543101 MSC_0146 MSC_0147 rpme   TRUE 0.904 55.000 0.005 NA   NA
 543101 543102 MSC_0147 MSC_0148   dhh TRUE 0.981 10.000 1.000 NA   NA
 543102 543103 MSC_0148 MSC_0149 dhh tdk TRUE 0.972 2.000 0.006 1.000   NA
 543103 543104 MSC_0149 MSC_0150 tdk prfA TRUE 0.983 3.000 0.062 1.000 N NA
 543104 543105 MSC_0150 MSC_0151 prfA hemK TRUE 0.994 -7.000 0.081 1.000 Y NA
 543105 543106 MSC_0151 MSC_0152 hemK   TRUE 0.967 9.000 0.007 NA   NA
 543106 543107 MSC_0152 MSC_0153     TRUE 0.972 9.000 0.016 NA   NA
 543107 543108 MSC_0153 MSC_0154     TRUE 0.742 89.000 0.011 NA   NA
 543108 543109 MSC_0154 MSC_0155     FALSE 0.040 229.000 0.000 NA   NA
 543109 543110 MSC_0155 MSC_0156   cls TRUE 0.987 0.000 0.154 NA   NA
 543110 543111 MSC_0156 MSC_0157 cls rpsL TRUE 0.664 106.000 0.008 1.000 N NA
 543111 543112 MSC_0157 MSC_0158 rpsL rpsG TRUE 0.899 87.000 0.224 0.012 Y NA
 543112 543113 MSC_0158 MSC_0159 rpsG fusA TRUE 0.990 25.000 0.579 1.000 Y NA
 543113 543114 MSC_0159 MSC_0160 fusA tufA TRUE 0.788 132.000 0.400 0.006 Y NA
 543114 543115 MSC_0160 MSC_0161 tufA ptsG TRUE 0.371 136.000 0.002 1.000   NA
 543115 543116 MSC_0161 MSC_0162 ptsG xylS FALSE 0.090 1322.000 0.048 1.000   NA
 543116 543117 MSC_0162 MSC_0163 xylS pepA TRUE 0.564 153.000 0.167 1.000 N NA
 543117 543118 MSC_0163 MSC_0164 pepA   FALSE 0.012 1253.000 0.000 NA   NA
 543118 543119 MSC_0164 MSC_0165     TRUE 0.306 90.000 0.000 NA   NA
 543120 543121 MSC_0166 MSC_0167   mgtE TRUE 0.978 2.000 0.011 1.000   NA
 543122 543123 MSC_0168 MSC_0169 tnp   FALSE 0.013 987.000 0.000 NA   NA
 543123 543124 MSC_0169 MSC_0170     TRUE 0.603 58.000 0.000 NA   NA
 543124 543125 MSC_0170 MSC_0171     FALSE 0.139 146.000 0.000 NA   NA
 543125 543126 MSC_0171 MSC_0172   tnp FALSE 0.029 274.000 0.000 NA   NA
 543126 543127 MSC_0172 MSC_0173 tnp tnpA TRUE 0.808 27.000 0.000 1.000   NA
 543127 543128 MSC_0173 MSC_0174 tnpA tnpB TRUE 0.832 9.000 0.000 1.000   NA
 543129 543130 MSC_0175 MSC_0176     TRUE 0.987 0.000 0.286 NA   NA
 543130 543131 MSC_0176 MSC_0177   lppC FALSE 0.061 201.000 0.000 NA   NA
 543131 543132 MSC_0177 MSC_0178 lppC alaS TRUE 0.246 106.000 0.000 NA   NA
 543132 543133 MSC_0178 MSC_0179 alaS   TRUE 0.722 72.000 0.002 NA   NA
 543134 543135 MSC_0180 MSC_0181 oppB oppC TRUE 0.991 16.000 0.556 0.029 Y NA
 543135 543136 MSC_0181 MSC_0182 oppC oppD TRUE 0.943 14.000 0.000 1.000 Y NA
 543136 543137 MSC_0182 MSC_0183 oppD oppF TRUE 0.906 -10.000 0.000 0.009 N NA
 543137 543138 MSC_0183 MSC_0184 oppF oppA TRUE 0.979 17.000 0.074 1.000   NA
 543138 543139 MSC_0184 MSC_0185 oppA   FALSE 0.028 273.000 0.000 1.000   NA
 543139 543140 MSC_0185 MSC_0186     TRUE 0.846 16.000 0.000 1.000   NA
 543140 543141 MSC_0186 MSC_0187     FALSE 0.025 306.000 0.000 NA   NA
 543141 543142 MSC_0187 MSC_0188     TRUE 0.603 58.000 0.000 NA   NA
 543142 543143 MSC_0188 MSC_0189     TRUE 0.892 0.000 0.000 NA   NA
 543143 543144 MSC_0189 MSC_0190     TRUE 0.349 82.000 0.000 NA   NA
 543144 543145 MSC_0190 MSC_0191   trsE TRUE 0.848 6.000 0.000 NA   NA
 543145 543146 MSC_0191 MSC_0192 trsE fic FALSE 0.165 128.000 0.000 1.000   NA
 543146 543147 MSC_0192 MSC_0193 fic   TRUE 0.903 -10.000 0.000 NA   NA
 543147 543148 MSC_0193 MSC_0194     FALSE 0.134 149.000 0.000 NA   NA
 543149 543150 MSC_0195 MSC_0196     TRUE 0.786 34.000 0.000 NA   NA
 543150 543151 MSC_0196 MSC_0197     FALSE 0.034 248.000 0.000 NA   NA
 543151 543152 MSC_0197 MSC_0198     TRUE 0.908 -48.000 0.000 NA   NA
 543152 543153 MSC_0198 MSC_0199     FALSE 0.019 368.000 0.000 NA   NA
 543153 543154 MSC_0199 MSC_0200   mod TRUE 0.855 4.000 0.000 NA   NA
 543154 543155 MSC_0200 MSC_0201 mod   TRUE 0.879 1.000 0.000 1.000   NA
 543155 543156 MSC_0201 MSC_0202     TRUE 0.367 79.000 0.000 NA   NA
 543156 543157 MSC_0202 MSC_0203     TRUE 0.575 60.000 0.000 NA   NA
 543157 543158 MSC_0203 MSC_0204     FALSE 0.038 234.000 0.000 NA   NA
 543158 543159 MSC_0204 MSC_0205     TRUE 0.234 108.000 0.000 NA   NA
 543159 543160 MSC_0205 MSC_0206     FALSE 0.153 137.000 0.000 NA   NA
 543160 543161 MSC_0206 MSC_0207     FALSE 0.026 300.000 0.000 NA   NA
 543161 543162 MSC_0207 MSC_0208     TRUE 0.410 74.000 0.000 NA   NA
 543162 543163 MSC_0208 MSC_0209     TRUE 0.676 53.000 0.000 NA   NA
 543163 543164 MSC_0209 MSC_0210     TRUE 0.658 55.000 0.000 NA   NA
 543164 543165 MSC_0210 MSC_0211   tnpB FALSE 0.015 519.000 0.000 NA   NA
 543167 543168 MSC_0215 MSC_0216 sau96I-like dcm TRUE 0.988 -7.000 0.481 1.000   NA
 543168 543169 MSC_0216 MSC_0217 dcm sun TRUE 0.907 -7.000 0.000 1.000 N NA
 543169 543170 MSC_0217 MSC_0218 sun gmk TRUE 0.978 -37.000 0.003 1.000 N NA
 543170 543171 MSC_0218 MSC_0219 gmk   TRUE 0.975 3.000 0.009 1.000 N NA
 543172 543173 MSC_0220 MSC_0221 pdf infC TRUE 0.376 190.000 0.002 1.000 Y NA
 543173 543174 MSC_0221 MSC_0222 infC rpmI TRUE 0.978 26.000 0.652 1.000   NA
 543174 543175 MSC_0222 MSC_0223 rpmI rplT TRUE 0.981 19.000 0.928 0.055   NA
 543175 543176 MSC_0223 MSC_0224 rplT potA FALSE 0.021 365.000 0.000 1.000 N NA
 543176 543177 MSC_0224 MSC_0225 potA potB TRUE 0.994 0.000 0.928 0.029 Y NA
 543177 543178 MSC_0225 MSC_0226 potB potCD TRUE 0.964 -15.000 0.000 0.029 Y NA
 543179 543180 MSC_0227 MSC_0228     TRUE 0.718 45.000 0.000 NA   NA
 543180 543181 MSC_0228 MSC_0229   chrA FALSE 0.013 992.000 0.000 NA   NA
 543184 543185 MSC_0233 MSC_0234     FALSE 0.018 386.000 0.000 NA   NA
 543185 543186 MSC_0234 MSC_0235   pepA FALSE 0.148 141.000 0.000 NA   NA
 543186 543187 MSC_0235 MSC_0236 pepA   TRUE 0.983 16.000 0.667 NA   NA
 543187 543188 MSC_0236 MSC_0237   pepF TRUE 0.987 0.000 0.250 NA   NA
 543188 543189 MSC_0237 MSC_0238 pepF tnpA TRUE 0.408 73.000 0.000 1.000   NA
 543189 543190 MSC_0238 MSC_0239 tnpA tnpB TRUE 0.494 66.000 0.000 1.000   NA
 543190 543191 MSC_0239 MSC_0240 tnpB p72 TRUE 0.239 107.000 0.000 NA   NA
 543193 543194 MSC_0242 MSC_0243     FALSE 0.206 118.000 0.000 NA   NA
 543194 543195 MSC_0243 MSC_0245   tnp FALSE 0.014 606.000 0.000 NA   NA
 543195 543196 MSC_0245 MSC_0246 tnp tnpB FALSE 0.037 646.000 0.000 1.000 Y NA
 543196 543197 MSC_0246 MSC_0247 tnpB   FALSE 0.019 382.000 0.000 NA   NA
 543200 543201 MSC_0250 MSC_0251 pts gntR FALSE 0.217 119.000 0.000 1.000 N NA
 543201 543202 MSC_0251 MSC_0252 gntR   TRUE 0.885 1.000 0.000 NA   NA
 543203 543204 MSC_0253 MSC_0254 eno   TRUE 0.800 67.000 0.003 1.000   NA
 543204 543205 MSC_0254 MSC_0255     TRUE 0.969 2.000 0.004 1.000   NA
 543205 543206 MSC_0255 MSC_0256   hpt TRUE 0.963 6.000 0.004 1.000 N NA
 543207 543208 MSC_0257 MSC_0258 glpF glpK TRUE 0.970 36.000 0.125 1.000 N NA
 543208 543209 MSC_0258 MSC_0259 glpK glpO TRUE 0.982 17.000 0.643 1.000   NA
 543210 543211 MSC_0260 MSC_0261 pfk pyk TRUE 0.921 72.000 0.027 0.013 Y NA
 543211 543212 MSC_0261 MSC_0262 pyk thrS FALSE 0.033 267.000 0.000 1.000 N NA
 543212 543213 MSC_0262 MSC_0263 thrS nox FALSE 0.012 674.000 0.000 0.064   NA
 543213 543214 MSC_0263 MSC_0264 nox lplA TRUE 0.981 3.000 0.070 1.000   NA
 543214 543215 MSC_0264 MSC_0265 lplA pdhA TRUE 0.951 44.000 0.020 1.000 N NA
 543215 543216 MSC_0265 MSC_0266 pdhA pdhB TRUE 0.994 0.000 0.458 0.003 Y NA
 543216 543217 MSC_0266 MSC_0267 pdhB pdhC TRUE 0.985 29.000 0.028 0.054 Y NA
 543217 543218 MSC_0267 MSC_0268 pdhC pdhD TRUE 0.990 19.000 0.143 1.000 Y NA
 543218 543219 MSC_0268 MSC_0269 pdhD pta TRUE 0.985 22.000 0.010 1.000 Y NA
 543219 543220 MSC_0269 MSC_0270 pta ackA TRUE 0.986 13.000 0.010 1.000 Y NA
 543220 543221 MSC_0270 MSC_0271 ackA lpp TRUE 0.883 70.000 0.333 1.000   NA
 543221 543222 MSC_0271 MSC_0272 lpp kdtB TRUE 0.971 10.000 0.015 1.000   NA
 543222 543223 MSC_0272 MSC_0273 kdtB ptsI TRUE 0.732 94.000 0.015 1.000 N NA
 543223 543224 MSC_0273 MSC_0274 ptsI crr TRUE 0.907 80.000 0.105 0.026 Y NA
 543226 543227 MSC_0276 MSC_0277 dhaK2   TRUE 0.988 -13.000 0.118 1.000   NA
 543229 543230 MSC_0279 MSC_0280   thiI TRUE 0.966 8.000 0.007 NA   NA
 543230 543231 MSC_0280 MSC_0281 thiI   TRUE 0.464 133.000 0.005 1.000   NA
 543231 543232 MSC_0281 MSC_0282     FALSE 0.212 117.000 0.000 NA   NA
 543234 543235 MSC_0284 MSC_0285   lpp TRUE 0.837 11.000 0.000 NA   NA
 543235 543236 MSC_0285 MSC_0286 lpp   FALSE 0.013 1174.000 0.000 NA   NA
 543236 543237 MSC_0286 MSC_0287     FALSE 0.117 156.000 0.000 NA   NA
 543237 543238 MSC_0287 MSC_0288     TRUE 0.855 4.000 0.000 NA   NA
 543239 543240 MSC_0289 MSC_0290 ctp   TRUE 0.956 9.000 0.004 1.000   NA
 543240 543241 MSC_0290 MSC_0291     TRUE 0.970 -6.000 0.002 NA   NA
 543241 543242 MSC_0291 MSC_0292     TRUE 0.987 2.000 1.000 NA   NA
 543242 543243 MSC_0292 MSC_0293     TRUE 0.984 3.000 0.667 NA   NA
 543245 543246 MSC_0295 MSC_0296   greA TRUE 0.954 43.000 0.031 1.000   NA
 543246 543247 MSC_0296 MSC_0297 greA uvrC TRUE 0.496 123.000 0.003 1.000 N NA
 543247 543248 MSC_0297 MSC_0298 uvrC   TRUE 0.945 10.000 0.002 NA   NA
 543248 543249 MSC_0298 MSC_0299     TRUE 0.516 65.000 0.000 NA   NA
 543249 543250 MSC_0299 MSC_0300     TRUE 0.241 105.000 0.000 1.000   NA
 543250 543251 MSC_0300 MSC_0301     TRUE 0.609 126.000 0.026 0.053   NA
 543251 543252 MSC_0301 MSC_0302     TRUE 0.975 12.000 0.038 0.053   NA
 543252 543253 MSC_0302 MSC_0303   valS TRUE 0.520 111.000 0.002 1.000 N NA
 543253 543254 MSC_0303 MSC_0304 valS   TRUE 0.638 87.000 0.002 1.000 N NA
 543254 543255 MSC_0304 MSC_0305   rpe TRUE 0.988 -52.000 0.028 1.000 N NA
 543255 543256 MSC_0305 MSC_0306 rpe   TRUE 0.980 2.000 0.018 1.000   NA
 543256 543257 MSC_0306 MSC_0307   pkn TRUE 0.974 10.000 0.024 1.000   NA
 543257 543258 MSC_0307 MSC_0308 pkn   FALSE 0.152 319.000 0.037 1.000   NA
 543258 543259 MSC_0308 MSC_0309     FALSE 0.050 214.000 0.000 NA   NA
 543259 543260 MSC_0309 MSC_0310     FALSE 0.029 274.000 0.000 NA   NA
 543261 543262 MSC_0311 MSC_0312     TRUE 0.960 2.000 0.002 1.000   NA
 543262 543263 MSC_0312 MSC_0313     TRUE 0.854 15.000 0.000 NA   NA
 543264 543265 MSC_0314 MSC_0315     FALSE 0.014 614.000 0.000 NA   NA
 543266 543267 MSC_0316 MSC_0317   lpp TRUE 0.854 15.000 0.000 NA   NA
 543267 543268 MSC_0317 MSC_0318 lpp   TRUE 0.854 15.000 0.000 NA   NA
 543269 543270 MSC_0320 MSC_0321     TRUE 0.903 -10.000 0.000 NA   NA
 543270 543271 MSC_0321 MSC_0322     TRUE 0.900 -7.000 0.000 NA   NA
 543271 543272 MSC_0322 MSC_0323   abc TRUE 0.989 -22.000 0.250 NA   NA
 543272 543273 MSC_0323 MSC_0324 abc abc TRUE 0.866 3.000 0.000 NA   NA
 543274 543275 MSC_0325 MSC_tRNA_f_0     FALSE 0.013 806.000 0.000 NA   NA
 543275 543276 MSC_tRNA_f_0 MSC_0326     FALSE 0.197 120.000 0.000 NA   NA
 543276 543277 MSC_0326 MSC_0327   proS TRUE 0.981 -19.000 0.007 NA   NA
 543277 543278 MSC_0327 MSC_0328 proS rnh TRUE 0.966 13.000 0.007 1.000   NA
 543278 543279 MSC_0328 MSC_0329 rnh   TRUE 0.979 2.000 0.012 NA   NA
 543279 543280 MSC_0329 MSC_0330   lepA TRUE 0.939 24.000 0.002 NA   NA
 543280 543281 MSC_0330 MSC_0331 lepA   TRUE 0.944 27.000 0.003 NA   NA
 543282 543283 MSC_0332 MSC_0333 tnp aspS TRUE 0.243 112.000 0.000 1.000 N NA
 543283 543284 MSC_0333 MSC_0334 aspS hisS TRUE 0.990 9.000 0.161 0.061 Y NA
 543285 543286 MSC_0335 MSC_0336 rbfA truB TRUE 0.976 50.000 0.111 1.000 Y NA
 543286 543287 MSC_0336 MSC_0337 truB ribF TRUE 0.986 -13.000 0.026 1.000   NA
 543287 543288 MSC_0337 MSC_0338 ribF   TRUE 0.847 18.000 0.000 NA   NA
 543288 543289 MSC_0338 MSC_0342   tnp FALSE 0.012 4070.000 0.000 NA   NA
 543290 543291 MSC_0343 MSC_0344     FALSE 0.051 210.000 0.000 NA   NA
 543291 543292 MSC_0344 MSC_0345     TRUE 0.980 25.000 1.000 NA   NA
 543292 543293 MSC_0345 MSC_0346     FALSE 0.013 644.000 0.000 NA   NA
 543294 543295 MSC_0347 MSC_tRNA_f_1 rpsO   TRUE 0.575 60.000 0.000 NA   NA
 543295 543296 MSC_tRNA_f_1 MSC_0348     TRUE 0.264 99.000 0.000 NA   NA
 543297 543298 MSC_0349 MSC_0350 infB   TRUE 0.990 22.000 0.223 NA Y NA
 543298 543299 MSC_0350 MSC_0351     TRUE 0.990 -13.000 0.408 NA N NA
 543299 543300 MSC_0351 MSC_0352   nusA TRUE 0.995 -25.000 0.323 NA Y NA
 543300 543301 MSC_0352 MSC_0353 nusA   TRUE 0.981 9.000 0.759 NA   NA
 543301 543302 MSC_0353 MSC_0354     TRUE 0.508 114.000 0.002 NA   NA
 543302 543303 MSC_0354 MSC_0355   polC TRUE 0.972 13.000 0.010 1.000 N NA
 543303 543304 MSC_0355 MSC_0356 polC cdsA TRUE 0.971 9.000 0.011 1.000 N NA
 543304 543305 MSC_0356 MSC_0357 cdsA pepQ FALSE 0.211 200.000 0.003 1.000 N NA
 543311 543312 MSC_0363 MSC_0364 tnp lpp FALSE 0.012 1341.000 0.000 NA   NA
 543312 543313 MSC_0364 MSC_0367 lpp   FALSE 0.012 2023.000 0.000 NA   NA
 543313 543314 MSC_0367 MSC_0368   lip1 TRUE 0.781 98.000 0.667 NA   NA
 543314 543315 MSC_0368 MSC_0369 lip1   TRUE 0.840 9.000 0.000 NA   NA
 543315 543316 MSC_0369 MSC_0370     TRUE 0.392 76.000 0.000 NA   NA
 543316 543317 MSC_0370 MSC_0371     TRUE 0.493 67.000 0.000 NA   NA
 543317 543318 MSC_0371 MSC_0372   tkt TRUE 0.978 16.000 0.034 NA   NA
 543318 543319 MSC_0372 MSC_0373 tkt   TRUE 0.974 29.000 0.118 NA   NA
 543319 543320 MSC_0373 MSC_0374     TRUE 0.707 122.000 1.000 NA   NA
 543320 543321 MSC_0374 MSC_0375   gidA TRUE 0.618 105.000 0.005 NA   NA
 543321 543322 MSC_0375 MSC_0376 gidA   FALSE 0.028 276.000 0.000 NA   NA
 543323 543324 MSC_0377 MSC_0378     FALSE 0.014 610.000 0.000 NA   NA
 543324 543325 MSC_0378 MSC_0379     TRUE 0.908 -85.000 0.000 NA   NA
 543327 543328 MSC_0383 MSC_0384     TRUE 0.980 18.000 0.105 NA   NA
 543328 543329 MSC_0384 MSC_0385     TRUE 0.959 10.000 0.004 NA   NA
 543329 543330 MSC_0385 MSC_0386     TRUE 0.989 -16.000 0.570 NA   NA
 543330 543331 MSC_0386 MSC_0387   rluB TRUE 0.894 68.000 0.224 NA   NA
 543331 543332 MSC_0387 MSC_0388 rluB   FALSE 0.084 427.000 0.008 1.000   NA
 543332 543333 MSC_0388 MSC_0389     FALSE 0.013 825.000 0.000 NA   NA
 543333 543334 MSC_0389 MSC_0390   vmm FALSE 0.032 263.000 0.000 NA   NA
 543334 543335 MSC_0390 MSC_0391 vmm   FALSE 0.013 865.000 0.000 NA   NA
 543335 543336 MSC_0391 MSC_0392   lpp FALSE 0.013 882.000 0.000 NA   NA
 543336 543337 MSC_0392 MSC_0393 lpp   FALSE 0.017 402.000 0.000 NA   NA
 543337 543338 MSC_0393 MSC_0394   pts FALSE 0.013 636.000 0.000 NA   NA
 543338 543339 MSC_0394 MSC_0395 pts ulaA TRUE 0.978 12.000 0.250 0.022   NA
 543339 543340 MSC_0395 MSC_0396 ulaA rpe TRUE 0.987 0.000 0.250 1.000   NA
 543340 543341 MSC_0396 MSC_0397 rpe lpp FALSE 0.079 188.000 0.000 NA   NA
 543341 543342 MSC_0397 MSC_0398 lpp natA FALSE 0.032 252.000 0.000 NA   NA
 543342 543343 MSC_0398 MSC_0399 natA   TRUE 0.544 160.000 1.000 NA   NA
 543343 543344 MSC_0399 MSC_0400     FALSE 0.119 155.000 0.000 NA   NA
 543344 543345 MSC_0400 MSC_0401   lpp TRUE 0.684 52.000 0.000 NA   NA
 543345 543346 MSC_0401 MSC_0402 lpp   FALSE 0.037 236.000 0.000 NA   NA
 543348 543349 MSC_0405 MSC_0406     TRUE 0.899 69.000 1.000 NA   NA
 543349 543350 MSC_0406 MSC_0407   cmk TRUE 0.950 9.000 0.002 NA   NA
 543350 543351 MSC_0407 MSC_0408 cmk engA TRUE 0.985 0.000 0.060 1.000   NA
 543351 543352 MSC_0408 MSC_0409 engA gpsA TRUE 0.983 2.000 0.068 1.000   NA
 543352 543353 MSC_0409 MSC_0410 gpsA   TRUE 0.962 32.000 0.011 NA N NA
 543353 543354 MSC_0410 MSC_0411     TRUE 0.939 58.000 1.000 NA   NA
 543356 543357 MSC_0417 MSC_0418     FALSE 0.069 195.000 0.000 NA   NA
 543357 543358 MSC_0418 MSC_0419   lpp TRUE 0.257 103.000 0.000 NA   NA
 543358 543359 MSC_0419 MSC_0420 lpp cinA FALSE 0.018 389.000 0.000 NA   NA
 543359 543360 MSC_0420 MSC_0421 cinA recA TRUE 0.964 39.000 0.083 NA   NA
 543360 543361 MSC_0421 MSC_0422 recA   TRUE 0.521 150.000 0.018 1.000 N NA
 543361 543362 MSC_0422 MSC_0423   ffh TRUE 0.929 30.000 0.002 1.000 N NA
 543362 543363 MSC_0423 MSC_0424 ffh   TRUE 0.954 6.000 0.003 NA   NA
 543363 543364 MSC_0424 MSC_0425   rpsP TRUE 0.584 90.000 0.002 NA   NA
 543364 543365 MSC_0425 MSC_0426 rpsP rimM TRUE 0.991 18.000 0.342 0.049 Y NA
 543365 543366 MSC_0426 MSC_0427 rimM trmD TRUE 0.993 2.000 0.672 1.000 Y NA
 543366 543367 MSC_0427 MSC_0428 trmD rplS TRUE 0.993 2.000 0.567 1.000 Y NA
 543367 543368 MSC_0428 MSC_0429 rplS   TRUE 0.749 92.000 0.027 1.000   NA
 543368 543369 MSC_0429 MSC_0430   rnhB TRUE 0.987 -6.000 0.148 1.000   NA
 543370 543371 MSC_0431 MSC_0432 lpp aspS FALSE 0.022 328.000 0.000 NA   NA
 543372 543373 MSC_0433 MSC_0434   abc FALSE 0.043 219.000 0.000 1.000   NA
 543373 543374 MSC_0434 MSC_0435 abc abc TRUE 0.991 9.000 1.000 0.004 Y NA
 543374 543375 MSC_0435 MSC_0436 abc   TRUE 0.967 40.000 0.667 NA   NA
 543375 543376 MSC_0436 MSC_tRNA_f_2     TRUE 0.639 56.000 0.000 NA   NA
 543376 543377 MSC_tRNA_f_2 MSC_0437     TRUE 0.639 56.000 0.000 NA   NA
 543377 543378 MSC_0437 MSC_0438     TRUE 0.989 -25.000 0.300 NA   NA
 543378 543379 MSC_0438 MSC_0439   obgE TRUE 0.845 71.000 0.019 NA   NA
 543379 543380 MSC_0439 MSC_0440 obgE nadE TRUE 0.980 -28.000 0.007 1.000   NA
 543380 543381 MSC_0440 MSC_0441 nadE   TRUE 0.967 18.000 0.007 NA   NA
 543381 543382 MSC_0441 MSC_0442   nadD TRUE 0.952 18.000 0.002 NA   NA
 543382 543383 MSC_0442 MSC_0443 nadD pfs TRUE 0.979 2.000 0.010 1.000 N NA
 543383 543384 MSC_0443 MSC_0444 pfs   TRUE 0.983 22.000 0.006 1.000 Y NA
 543386 543387 MSC_0446 MSC_0447   trmU TRUE 0.605 97.000 0.003 NA   NA
 543387 543388 MSC_0447 MSC_0448 trmU   TRUE 0.930 42.000 0.005 NA   NA
 543388 543389 MSC_0448 MSC_0449     TRUE 0.855 78.000 0.667 NA   NA
 543389 543390 MSC_0449 MSC_0450   fmt TRUE 0.967 -10.000 0.002 NA   NA
 543390 543391 MSC_0450 MSC_0451 fmt efp TRUE 0.772 87.000 0.002 1.000 Y NA
 543391 543392 MSC_0451 MSC_0452 efp   TRUE 0.955 18.000 0.003 NA   NA
 543392 543393 MSC_0452 MSC_0453     TRUE 0.959 17.000 0.003 NA   NA
 543393 543394 MSC_0453 MSC_0454   lon TRUE 0.874 84.000 0.014 1.000 Y NA
 543394 543395 MSC_0454 MSC_0455 lon   TRUE 0.702 117.000 0.097 0.029 N NA
 543397 543398 MSC_0457 MSC_0458     TRUE 0.958 48.000 0.333 NA   NA
 543398 543399 MSC_0458 MSC_0459   abc TRUE 0.987 -7.000 0.077 NA   NA
 543399 543400 MSC_0459 MSC_0460 abc   FALSE 0.018 389.000 0.000 NA   NA
 543400 543401 MSC_0460 MSC_0461     TRUE 0.848 6.000 0.000 NA   NA
 543401 543402 MSC_0461 MSC_0462   era TRUE 0.978 4.000 0.026 NA   NA
 543402 543403 MSC_0462 MSC_0463 era recO TRUE 0.986 0.000 0.108 1.000   NA
 543403 543404 MSC_0463 MSC_0464 recO glyS TRUE 0.904 64.000 0.034 1.000 N NA
 543404 543405 MSC_0464 MSC_0465 glyS dnaG TRUE 0.963 35.000 0.019 1.000 N NA
 543405 543406 MSC_0465 MSC_0466 dnaG rpoD TRUE 0.990 -45.000 0.205 1.000 N NA
 543406 543407 MSC_0466 MSC_0467 rpoD   TRUE 0.985 0.000 0.053 1.000   NA
 543407 543408 MSC_0467 MSC_0468     TRUE 0.989 -13.000 0.283 NA   NA
 543408 543409 MSC_0468 MSC_0469   deaD TRUE 0.976 9.000 0.032 NA   NA
 543409 543410 MSC_0469 MSC_0470 deaD   TRUE 0.750 40.000 0.000 NA   NA
 543410 543411 MSC_0470 MSC_0471     TRUE 0.839 12.000 0.000 NA   NA
 543411 543412 MSC_0471 MSC_0472     TRUE 0.735 115.000 0.667 NA   NA
 543412 543413 MSC_0472 MSC_0473     TRUE 0.908 -148.000 0.000 NA   NA
 543413 543414 MSC_0473 MSC_0474   apt TRUE 0.957 12.000 0.004 1.000   NA
 543414 543415 MSC_0474 MSC_0475 apt relA TRUE 0.764 83.000 0.010 1.000 N NA
 543416 543417 MSC_0476 MSC_0477     FALSE 0.016 447.000 0.000 NA   NA
 543417 543418 MSC_0477 MSC_0478     FALSE 0.036 243.000 0.000 NA   NA
 543418 543419 MSC_0478 MSC_0479   rnc FALSE 0.136 148.000 0.000 NA   NA
 543419 543420 MSC_0479 MSC_0480 rnc plsX TRUE 0.986 -10.000 0.020 1.000 N NA
 543420 543421 MSC_0480 MSC_0481 plsX   TRUE 0.963 33.000 0.021 1.000   NA
 543421 543422 MSC_0481 MSC_0482     TRUE 0.965 26.000 0.010 NA   NA
 543423 543424 MSC_0483 MSC_tRNA_f_3 rpmB   TRUE 0.535 64.000 0.000 NA   NA
 543424 543425 MSC_tRNA_f_3 MSC_0484     TRUE 0.342 83.000 0.000 NA   NA
 543425 543426 MSC_0484 MSC_0485   pstS TRUE 0.796 90.000 0.133 NA   NA
 543426 543427 MSC_0485 MSC_0486 pstS pstCA TRUE 0.963 60.000 0.208 NA Y NA
 543427 543428 MSC_0486 MSC_0487 pstCA pstB TRUE 0.823 106.000 0.021 0.002 Y NA
 543428 543429 MSC_0487 MSC_0488 pstB phoU TRUE 0.987 9.000 0.016 NA Y NA
 543429 543430 MSC_0488 MSC_0489 phoU ftsY TRUE 0.801 67.000 0.003 NA N NA
 543430 543431 MSC_0489 MSC_0490 ftsY   TRUE 0.988 -19.000 0.081 1.000   NA
 543431 543432 MSC_0490 MSC_0491     TRUE 0.981 -15.000 0.008 1.000   NA
 543432 543433 MSC_0491 MSC_0492   metK FALSE 0.205 210.000 0.005 1.000   NA
 543433 543434 MSC_0492 MSC_0493 metK cut TRUE 0.983 -9.000 0.009 1.000 N NA
 543434 543435 MSC_0493 MSC_0494 cut gid TRUE 0.979 -7.000 0.005 1.000 N NA
 543435 543436 MSC_0494 MSC_0495 gid pmi TRUE 0.960 26.000 0.005 1.000 N NA
 543436 543437 MSC_0495 MSC_0496 pmi ung TRUE 0.988 -7.000 0.125 1.000 N NA
 543437 543438 MSC_0496 MSC_0497 ung cbf TRUE 0.838 73.000 0.024 1.000   NA
 543439 543440 MSC_0498 MSC_0499 hit lpp TRUE 0.978 3.000 0.017 NA   NA
 543440 543441 MSC_0499 MSC_0500 lpp   TRUE 0.988 0.000 1.000 NA   NA
 543442 543443 MSC_0501 MSC_0502 nifS nifU TRUE 0.982 3.000 0.053 1.000 N NA
 543443 543444 MSC_0502 MSC_0503 nifU   TRUE 0.974 -7.000 0.003 1.000 N NA
 543444 543445 MSC_0503 MSC_0504     FALSE 0.071 343.000 0.002 1.000 N NA
 543445 543446 MSC_0504 MSC_0505   pgi FALSE 0.049 219.000 0.000 1.000 N NA
 543446 543447 MSC_0505 MSC_0506 pgi   TRUE 0.956 26.000 0.005 NA   NA
 543447 543448 MSC_0506 MSC_0507     TRUE 0.967 40.000 0.667 NA   NA
 543448 543449 MSC_0507 MSC_0508   spoU TRUE 0.970 17.000 0.007 NA   NA
 543449 543450 MSC_0508 MSC_0509 spoU gapN TRUE 0.380 168.000 0.007 1.000 N NA
 543450 543451 MSC_0509 MSC_0510 gapN parE FALSE 0.089 187.000 0.000 1.000 N NA
 543451 543452 MSC_0510 MSC_0511 parE parC TRUE 0.993 2.000 0.552 0.005 Y NA
 543452 543453 MSC_0511 MSC_0512 parC recD TRUE 0.844 96.000 0.017 1.000 Y NA
 543454 543455 MSC_0513 MSC_0514     FALSE 0.113 157.000 0.000 NA   NA
 543455 543456 MSC_0514 MSC_0515     TRUE 0.907 -21.000 0.000 NA   NA
 543457 543458 MSC_0516 MSC_0517 gtsA gtsB TRUE 0.986 -22.000 0.018 NA N NA
 543458 543459 MSC_0517 MSC_0518 gtsB gtsC TRUE 0.995 -22.000 1.000 NA Y NA
 543459 543460 MSC_0518 MSC_0519 gtsC lppB TRUE 0.685 127.000 1.000 NA   NA
 543462 543463 MSC_0521 MSC_0522     FALSE 0.033 251.000 0.000 NA   NA
 543463 543464 MSC_0522 MSC_0523     TRUE 0.900 -7.000 0.000 NA   NA
 543465 543466 MSC_0526 MSC_0527   lplA TRUE 0.987 0.000 0.100 1.000 N NA
 543466 543467 MSC_0527 MSC_0528 lplA   TRUE 0.989 -22.000 0.107 NA N NA
 543467 543468 MSC_0528 MSC_0529   gcdH TRUE 0.986 2.000 0.214 NA N NA
 543469 543470 MSC_0530 MSC_0531 lip2 lip3 TRUE 0.984 3.000 1.000 0.004   NA
 543471 543472 MSC_0532 MSC_0533 ldh nagA TRUE 0.945 52.000 0.028 1.000 N NA
 543474 543475 MSC_0535 MSC_0536     TRUE 0.851 5.000 0.000 NA   NA
 543475 543476 MSC_0536 MSC_0537     FALSE 0.021 344.000 0.000 NA   NA
 543476 543477 MSC_0537 MSC_0538   tnp FALSE 0.021 347.000 0.000 NA   NA
 543480 543481 MSC_0541 MSC_0542 rpsU ruvA TRUE 0.512 108.000 0.002 1.000   NA
 543481 543482 MSC_0542 MSC_0543 ruvA ruvB TRUE 0.940 17.000 0.000 0.007 Y NA
 543482 543483 MSC_0543 MSC_0544 ruvB pdhD TRUE 0.397 78.000 0.000 1.000 N NA
 543484 543485 MSC_0545 MSC_0546     TRUE 0.671 54.000 0.000 NA   NA
 543486 543487 MSC_0547 MSC_0548     TRUE 0.974 9.000 0.023 NA   NA
 543490 543491 MSC_0551 MSC_0552 tnp udk FALSE 0.053 215.000 0.000 1.000 N NA
 543491 543492 MSC_0552 MSC_0553 udk   TRUE 0.960 24.000 0.005 NA   NA
 543492 543493 MSC_0553 MSC_0554     TRUE 0.841 73.000 0.023 NA   NA
 543493 543494 MSC_0554 MSC_0555     TRUE 0.653 120.000 0.023 1.000 N NA
 543494 543495 MSC_0555 MSC_0556     TRUE 0.960 59.000 0.029 NA Y NA
 543495 543496 MSC_0556 MSC_0557     TRUE 0.983 39.000 0.100 NA Y NA
 543496 543497 MSC_0557 MSC_0558     TRUE 0.978 9.000 0.037 NA N NA
 543497 543498 MSC_0558 MSC_0559   nal TRUE 0.993 2.000 0.130 1.000 Y NA
 543498 543499 MSC_0559 MSC_0560 nal rpmA TRUE 0.264 164.000 0.002 1.000 N NA
 543499 543500 MSC_0560 MSC_0561 rpmA   TRUE 0.993 2.000 0.203 NA Y NA
 543500 543501 MSC_0561 MSC_0562   rplU TRUE 0.992 3.000 0.208 NA Y NA
 543501 543502 MSC_0562 MSC_0563 rplU   FALSE 0.197 205.000 0.003 NA   NA
 543502 543503 MSC_0563 MSC_0564     TRUE 0.971 -40.000 0.002 NA   NA
 543503 543504 MSC_0564 MSC_0568     FALSE 0.012 3960.000 0.000 NA   NA
 543506 543507 MSC_0570 MSC_0571 lpp tnp TRUE 0.273 97.000 0.000 NA   NA
 543509 543510 MSC_0573 MSC_0574     TRUE 0.817 27.000 0.000 NA   NA
 543512 543513 MSC_tRNA_r_26 MSC_tRNA_r_25     TRUE 0.837 11.000 0.000 NA   NA
 543513 543514 MSC_tRNA_r_25 MSC_tRNA_r_24     TRUE 0.851 5.000 0.000 NA   NA
 543514 543515 MSC_tRNA_r_24 MSC_tRNA_r_23     TRUE 0.844 8.000 0.000 NA   NA
 543515 543516 MSC_tRNA_r_23 MSC_tRNA_r_22     TRUE 0.845 7.000 0.000 NA   NA
 543516 543517 MSC_tRNA_r_22 MSC_0576     FALSE 0.182 126.000 0.000 NA   NA
 543517 543518 MSC_0576 MSC_0577   plsC TRUE 0.949 49.000 0.043 NA   NA
 543518 543519 MSC_0577 MSC_0578 plsC acpS TRUE 0.566 187.000 0.020 1.000 Y NA
 543521 543522 MSC_0580 MSC_0581   dctD TRUE 0.410 74.000 0.000 NA   NA
 543522 543523 MSC_0581 MSC_0582 dctD   TRUE 0.971 3.000 0.007 NA   NA
 543523 543524 MSC_0582 MSC_0583   rluD TRUE 0.974 -16.000 0.003 NA   NA
 543524 543525 MSC_0583 MSC_0584 rluD lsp TRUE 0.986 -19.000 0.018 1.000 N NA
 543525 543526 MSC_0584 MSC_0585 lsp ileS TRUE 0.985 -9.000 0.019 1.000 N NA
 543526 543527 MSC_0585 MSC_0586 ileS   FALSE 0.015 751.000 0.000 NA N NA
 543527 543528 MSC_0586 MSC_0587     TRUE 0.983 13.000 1.000 NA   NA
 543528 543529 MSC_0587 MSC_0588   ftsZ TRUE 0.957 12.000 0.003 NA   NA
 543529 543530 MSC_0588 MSC_0589 ftsZ   TRUE 0.870 55.000 0.002 NA   NA
 543530 543531 MSC_0589 MSC_0590     TRUE 0.848 6.000 0.000 NA   NA
 543531 543532 MSC_0590 MSC_0591     TRUE 0.970 -21.000 0.002 NA   NA
 543532 543533 MSC_0591 MSC_0592     TRUE 0.981 9.000 0.635 NA   NA
 543533 543534 MSC_0592 MSC_0593   rpmF TRUE 0.588 107.000 0.004 NA   NA
 543534 543535 MSC_0593 MSC_0594 rpmF   TRUE 0.983 15.000 0.599 NA   NA
 543535 543536 MSC_0594 MSC_0595   pheT TRUE 0.972 0.000 0.003 NA   NA
 543536 543537 MSC_0595 MSC_0596 pheT pheS TRUE 0.990 9.000 0.574 0.002 Y NA
 543537 543538 MSC_0596 MSC_0597 pheS   TRUE 0.940 29.000 0.003 NA   NA
 543538 543539 MSC_0597 MSC_0598     TRUE 0.981 9.000 1.000 NA   NA
 543539 543540 MSC_0598 MSC_rrnB-5S   rrnB-5S FALSE 0.206 118.000 0.000 NA   NA
 543540 543541 MSC_rrnB-5S MSC_rrnB-23S rrnB-5S rrnB-23S TRUE 0.561 61.000 0.000 NA   NA
 543541 543542 MSC_rrnB-23S MSC_rrnB-16S rrnB-23S rrnB-16S FALSE 0.043 224.000 0.000 NA   NA
 543542 543543 MSC_rrnB-16S MSC_0599 rrnB-16S argS FALSE 0.049 215.000 0.000 NA   NA
 543543 543544 MSC_0599 MSC_0600 argS frr TRUE 0.984 2.000 0.003 1.000 Y NA
 543544 543545 MSC_0600 MSC_0601 frr pyrH TRUE 0.263 250.000 0.626 1.000 N NA
 543547 543548 MSC_0604 MSC_0605   tnp FALSE 0.019 378.000 0.000 NA   NA
 543548 543549 MSC_0605 MSC_0606 tnp   FALSE 0.025 303.000 0.000 NA   NA
 543549 543550 MSC_0606 MSC_0607   tsf TRUE 0.971 0.000 0.003 NA   NA
 543550 543551 MSC_0607 MSC_0608 tsf rpsB FALSE 0.127 503.000 0.748 1.000   NA
 543551 543552 MSC_0608 MSC_0609 rpsB dnaJ FALSE 0.052 206.000 0.000 1.000   NA
 543552 543553 MSC_0609 MSC_0610 dnaJ dnaK TRUE 0.954 64.000 0.196 0.005 Y NA
 543553 543554 MSC_0610 MSC_0611 dnaK grpE TRUE 0.946 56.000 0.005 0.008 Y NA
 543554 543555 MSC_0611 MSC_0612 grpE hrcA TRUE 0.985 -28.000 0.015 1.000 N NA
 543555 543556 MSC_0612 MSC_0613 hrcA clpB TRUE 0.965 5.000 0.004 1.000 N NA
 543556 543557 MSC_0613 MSC_0614 clpB   TRUE 0.463 163.000 0.051 1.000   NA
 543557 543558 MSC_0614 MSC_0615   spoU TRUE 0.978 -21.000 0.005 1.000   NA
 543558 543559 MSC_0615 MSC_0616 spoU   TRUE 0.971 13.000 0.007 1.000 N NA
 543561 543562 MSC_0618 MSC_0619 atpD atpA TRUE 0.994 0.000 1.000 0.012 Y NA
 543562 543563 MSC_0619 MSC_0620 atpA   TRUE 0.982 5.000 0.429 NA   NA
 543563 543564 MSC_0620 MSC_0621     TRUE 0.986 2.000 0.375 NA   NA
 543564 543565 MSC_0621 MSC_0622     TRUE 0.988 0.000 1.000 NA   NA
 543565 543566 MSC_0622 MSC_0623     TRUE 0.986 2.000 0.500 NA   NA
 543566 543567 MSC_0623 MSC_0624     TRUE 0.990 -25.000 0.500 NA   NA
 543567 543568 MSC_0624 MSC_0625   lpp TRUE 0.973 31.000 0.250 NA   NA
 543568 543569 MSC_0625 MSC_0626 lpp   TRUE 0.981 24.000 1.000 NA   NA
 543569 543570 MSC_0626 MSC_0627   lpp FALSE 0.030 273.000 0.000 NA   NA
 543570 543571 MSC_0627 MSC_0628 lpp   TRUE 0.982 20.000 1.000 NA   NA
 543571 543572 MSC_0628 MSC_0629   tnpB FALSE 0.095 167.000 0.000 NA   NA
 543572 543573 MSC_0629 MSC_0630 tnpB tnpA TRUE 0.832 9.000 0.000 1.000   NA
 543573 543574 MSC_0630 MSC_0631 tnpA   FALSE 0.035 244.000 0.000 NA   NA
 543574 543575 MSC_0631 MSC_0632     FALSE 0.015 519.000 0.000 NA   NA
 543575 543576 MSC_0632 MSC_0633     TRUE 0.983 15.000 1.000 NA   NA
 543576 543577 MSC_0633 MSC_0635   lpp FALSE 0.012 2196.000 0.000 NA   NA
 543577 543578 MSC_0635 MSC_0636 lpp   TRUE 0.982 21.000 1.000 NA   NA
 543578 543579 MSC_0636 MSC_0637     FALSE 0.041 227.000 0.000 NA   NA
 543579 543580 MSC_0637 MSC_0638     FALSE 0.123 152.000 0.000 NA   NA
 543580 543581 MSC_0638 MSC_0639     FALSE 0.123 152.000 0.000 NA   NA
 543581 543582 MSC_0639 MSC_0640     TRUE 0.847 18.000 0.000 NA   NA
 543582 543583 MSC_0640 MSC_0641     FALSE 0.151 138.000 0.000 NA   NA
 543583 543584 MSC_0641 MSC_0642     TRUE 0.902 -9.000 0.000 NA   NA
 543584 543585 MSC_0642 MSC_0643     TRUE 0.984 3.000 0.333 NA   NA
 543585 543586 MSC_0643 MSC_0644   fbaA1 FALSE 0.014 528.000 0.000 NA   NA
 543587 543588 MSC_0645 MSC_0646   pts TRUE 0.987 9.000 0.016 1.000 Y NA
 543588 543589 MSC_0646 MSC_0647 pts fruK TRUE 0.973 13.000 0.015 1.000   NA
 543590 543591 MSC_0648 MSC_0649   recD TRUE 0.257 103.000 0.000 NA   NA
 543591 543592 MSC_0649 MSC_0650 recD   FALSE 0.013 676.000 0.000 NA   NA
 543592 543593 MSC_0650 MSC_0651     FALSE 0.017 401.000 0.000 NA   NA
 543593 543594 MSC_0651 MSC_0652     FALSE 0.017 410.000 0.000 NA   NA
 543594 543595 MSC_0652 MSC_0653   lpp TRUE 0.422 73.000 0.000 NA   NA
 543595 543596 MSC_0653 MSC_0654 lpp   TRUE 0.908 -127.000 0.000 NA   NA
 543597 543598 MSC_0655 MSC_0656     FALSE 0.022 335.000 0.000 NA   NA
 543598 543599 MSC_0656 MSC_0657     TRUE 0.349 82.000 0.000 NA   NA
 543599 543600 MSC_0657 MSC_0658     FALSE 0.092 170.000 0.000 NA   NA
 543600 543601 MSC_0658 MSC_0659     FALSE 0.016 417.000 0.000 1.000   NA
 543601 543602 MSC_0659 MSC_0660     FALSE 0.027 282.000 0.000 NA   NA
 543602 543603 MSC_0660 MSC_0661     FALSE 0.013 990.000 0.000 NA   NA
 543603 543604 MSC_0661 MSC_0662   tnpA TRUE 0.392 76.000 0.000 NA   NA
 543604 543605 MSC_0662 MSC_0663 tnpA tnpB TRUE 0.832 9.000 0.000 1.000   NA
 543606 543607 MSC_0664 MSC_0665     FALSE 0.015 451.000 0.000 1.000   NA
 543607 543608 MSC_0665 MSC_0667     FALSE 0.012 1804.000 0.000 NA   NA
 543608 543609 MSC_0667 MSC_0668     FALSE 0.026 293.000 0.000 NA   NA
 543609 543610 MSC_0668 MSC_0669     FALSE 0.020 365.000 0.000 NA   NA
 543611 543612 MSC_0670 MSC_0671     TRUE 0.817 75.000 0.015 NA   NA
 543613 543614 MSC_0672 MSC_0674 tnp tnpA FALSE 0.012 885.000 0.000 0.064   NA
 543614 543615 MSC_0674 MSC_0675 tnpA   FALSE 0.024 313.000 0.000 NA   NA
 543615 543616 MSC_0675 MSC_0676     TRUE 0.850 17.000 0.000 NA   NA
 543616 543617 MSC_0676 MSC_0677     TRUE 0.575 60.000 0.000 NA   NA
 543617 543618 MSC_0677 MSC_0678   pgk FALSE 0.089 177.000 0.000 NA   NA
 543618 543619 MSC_0678 MSC_0679 pgk gap TRUE 0.690 115.000 0.003 0.010 Y NA
 543619 543620 MSC_0679 MSC_0680 gap dnaI TRUE 0.708 104.000 0.024 1.000   NA
 543620 543621 MSC_0680 MSC_0681 dnaI dnaB TRUE 0.981 10.000 0.817 NA   NA
 543621 543622 MSC_0681 MSC_0682 dnaB fpg TRUE 0.636 157.000 0.012 NA Y NA
 543622 543623 MSC_0682 MSC_0683 fpg polA TRUE 0.989 11.000 0.101 1.000 Y NA
 543623 543624 MSC_0683 MSC_0684 polA dnaE TRUE 0.982 9.000 0.006 0.010 Y NA
 543624 543625 MSC_0684 MSC_0685 dnaE tnp FALSE 0.066 310.000 0.000 1.000 Y NA
 543625 543626 MSC_0685 MSC_0686 tnp tyrS FALSE 0.098 172.000 0.000 1.000 N NA
 543626 543627 MSC_0686 MSC_0687 tyrS pncB TRUE 0.965 9.000 0.006 1.000 N NA
 543627 543628 MSC_0687 MSC_0688 pncB pheT TRUE 0.985 -49.000 0.020 1.000   NA
 543629 543630 MSC_0689 MSC_0690     TRUE 0.990 -16.000 1.000 NA   NA
 543631 543632 MSC_tRNA_r_21 MSC_tRNA_r_20     TRUE 0.768 38.000 0.000 NA   NA
 543632 543633 MSC_tRNA_r_20 MSC_0691   fur TRUE 0.392 76.000 0.000 NA   NA
 543633 543634 MSC_0691 MSC_0692 fur   TRUE 0.987 1.000 0.750 1.000   NA
 543634 543635 MSC_0692 MSC_0693   lpp TRUE 0.980 24.000 0.500 NA   NA
 543635 543636 MSC_0693 MSC_0694 lpp   TRUE 0.990 -13.000 1.000 NA   NA
 543636 543637 MSC_0694 MSC_0695     FALSE 0.013 672.000 0.000 NA   NA
 543637 543638 MSC_0695 MSC_tRNA_r_19     TRUE 0.323 88.000 0.000 NA   NA
 543639 543640 MSC_0696 MSC_0697 pepO tnp FALSE 0.014 731.000 0.000 1.000 N NA
 543640 543641 MSC_0697 MSC_0698 tnp   FALSE 0.013 617.000 0.000 NA   NA
 543641 543642 MSC_0698 MSC_0699   tnp FALSE 0.182 126.000 0.000 NA   NA
 543643 543644 MSC_0700 MSC_0701 arcC   TRUE 0.834 116.000 0.125 1.000 Y NA
 543644 543645 MSC_0701 MSC_0702     FALSE 0.196 530.000 0.059 1.000 Y NA
 543645 543646 MSC_0702 MSC_0703   arcB TRUE 0.988 21.000 0.028 1.000 Y NA
 543647 543648 MSC_0704 MSC_0705 abc   TRUE 0.879 2.000 0.000 NA   NA
 543648 543649 MSC_0705 MSC_0706     TRUE 0.900 -7.000 0.000 NA   NA
 543650 543651 MSC_0707 MSC_0708     TRUE 0.819 89.000 0.667 NA   NA
 543651 543652 MSC_0708 MSC_0709   leuS TRUE 0.787 67.000 0.003 NA   NA
 543652 543653 MSC_0709 MSC_tRNA_r_18 leuS   FALSE 0.202 119.000 0.000 NA   NA
 543653 543654 MSC_tRNA_r_18 MSC_0710     TRUE 0.422 73.000 0.000 NA   NA
 543654 543655 MSC_0710 MSC_0711   lpp TRUE 0.837 11.000 0.000 NA   NA
 543655 543656 MSC_0711 MSC_0712 lpp rpsI FALSE 0.109 159.000 0.000 NA   NA
 543656 543657 MSC_0712 MSC_0713 rpsI rplM TRUE 0.994 0.000 0.601 0.042 Y NA
 543657 543658 MSC_0713 MSC_0714 rplM   TRUE 0.378 130.000 0.002 1.000   NA
 543658 543659 MSC_0714 MSC_0715   truA TRUE 0.739 86.000 0.009 1.000   NA
 543659 543660 MSC_0715 MSC_0716 truA abc TRUE 0.983 3.000 0.076 1.000 N NA
 543660 543661 MSC_0716 MSC_0717 abc abc TRUE 0.990 14.000 0.095 1.000 Y NA
 543661 543662 MSC_0717 MSC_0718 abc abc TRUE 0.991 -12.000 0.007 0.022 Y NA
 543662 543663 MSC_0718 MSC_0720 abc rplQ FALSE 0.048 2071.000 0.003 1.000 N NA
 543663 543664 MSC_0720 MSC_0721 rplQ rpoA TRUE 0.983 20.000 0.873 1.000 N NA
 543664 543665 MSC_0721 MSC_0722 rpoA rpsK TRUE 0.983 4.000 0.308 1.000 N NA
 543665 543666 MSC_0722 MSC_0723 rpsK rpsM TRUE 0.989 26.000 0.810 0.042 Y NA
 543666 10697771 MSC_0723 MSC_1100 rpsM   TRUE 0.443 219.000 0.075 0.034 Y NA
 10697771 543667 MSC_1100 MSC_0724   map TRUE 0.989 12.000 0.051 1.000 Y NA
 543667 543668 MSC_0724 MSC_0725 map adk TRUE 0.900 0.000 0.000 1.000 N NA
 543668 543669 MSC_0725 MSC_0726 adk secY FALSE 0.186 128.000 0.000 1.000 N NA
 543669 543670 MSC_0726 MSC_0727 secY rplO TRUE 0.970 0.000 0.003 1.000 N NA
 543670 543671 MSC_0727 MSC_0728 rplO rpsE TRUE 0.990 19.000 0.148 0.056 Y NA
 543671 543672 MSC_0728 MSC_0729 rpsE rplR TRUE 0.991 19.000 0.814 0.056 Y NA
 543672 543673 MSC_0729 MSC_0730 rplR rplF TRUE 0.989 26.000 0.815 0.042 Y NA
 543673 543674 MSC_0730 MSC_0731 rplF rpsH TRUE 0.991 14.000 0.808 0.042 Y NA
 543674 543675 MSC_0731 MSC_0732 rpsH rplE TRUE 0.776 128.000 0.059 0.042 Y NA
 543677 543678 MSC_0734 MSC_0735 rplX rplN TRUE 0.991 14.000 0.810 0.056 Y NA
 543678 543679 MSC_0735 MSC_0736 rplN rpsQ TRUE 0.991 16.000 0.791 0.056 Y NA
 543679 543680 MSC_0736 MSC_0737 rpsQ rpmC TRUE 0.994 0.000 0.828 0.042 Y NA
 543680 543681 MSC_0737 MSC_0738 rpmC rplP TRUE 0.994 0.000 0.802 0.042 Y NA
 543681 543682 MSC_0738 MSC_0739 rplP rpsC TRUE 0.992 3.000 0.828 0.056 Y NA
 543682 543683 MSC_0739 MSC_0740 rpsC rplV TRUE 0.991 18.000 0.719 0.056 Y NA
 543683 543684 MSC_0740 MSC_0741 rplV rpsS TRUE 0.990 24.000 0.769 0.056 Y NA
 543684 543685 MSC_0741 MSC_0742 rpsS rplB TRUE 0.990 22.000 0.820 0.056 Y NA
 543685 543686 MSC_0742 MSC_0743 rplB rplW TRUE 0.975 55.000 0.849 0.034 Y NA
 543686 543687 MSC_0743 MSC_0744 rplW rplD TRUE 0.994 0.000 0.307 0.042 Y NA
 543687 543688 MSC_0744 MSC_0745 rplD rplC TRUE 0.991 13.000 0.544 0.042 Y NA
 543688 543689 MSC_0745 MSC_0746 rplC rpsJ TRUE 0.925 76.000 0.467 0.056 Y NA
 543689 543690 MSC_0746 MSC_0747 rpsJ dhaK1 FALSE 0.035 252.000 0.000 1.000 N NA
 543690 543691 MSC_0747 MSC_0748 dhaK1 aglA TRUE 0.483 106.000 0.000 1.000 Y NA
 543691 543692 MSC_0748 MSC_0749 aglA pts TRUE 0.456 228.000 0.650 1.000 Y NA
 543692 543693 MSC_0749 MSC_0750 pts   TRUE 0.981 5.000 0.168 NA   NA
 543693 543694 MSC_0750 MSC_0751   lacI FALSE 0.142 144.000 0.000 NA   NA
 543694 543695 MSC_0751 MSC_0752 lacI   TRUE 0.903 -10.000 0.000 NA   NA
 543696 543697 MSC_0753 MSC_0754     TRUE 0.354 81.000 0.000 NA   NA
 543698 543699 MSC_tRNA_r_17 MSC_tRNA_r_16     TRUE 0.848 13.000 0.000 NA   NA
 543699 543700 MSC_tRNA_r_16 MSC_tRNA_r_15     TRUE 0.844 8.000 0.000 NA   NA
 543700 543701 MSC_tRNA_r_15 MSC_tRNA_r_14     TRUE 0.844 8.000 0.000 NA   NA
 543701 543702 MSC_tRNA_r_14 MSC_0755     TRUE 0.262 101.000 0.000 NA   NA
 543702 543703 MSC_0755 MSC_0756     FALSE 0.069 195.000 0.000 NA   NA
 543703 543704 MSC_0756 MSC_0757     TRUE 0.886 72.000 1.000 NA   NA
 543704 543705 MSC_0757 MSC_0758   folD TRUE 0.981 -10.000 0.007 NA   NA
 543705 543706 MSC_0758 MSC_0759 folD   TRUE 0.307 198.000 0.011 1.000 N NA
 543708 543709 MSC_0761 MSC_0762 gatB gatA TRUE 0.995 -31.000 0.492 0.003 Y NA
 543709 543710 MSC_0762 MSC_0763 gatA gatC TRUE 0.994 0.000 0.643 0.003 Y NA
 543710 543711 MSC_0763 MSC_0764 gatC ligA TRUE 0.983 2.000 0.024 1.000 N NA
 543711 543712 MSC_0764 MSC_0765 ligA   TRUE 0.954 4.000 0.002 NA   NA
 543712 543713 MSC_0765 MSC_0766   rluC TRUE 0.972 3.000 0.007 NA   NA
 543713 543714 MSC_0766 MSC_0767 rluC   TRUE 0.972 3.000 0.007 1.000   NA
 543714 543715 MSC_0767 MSC_0768   ptsH TRUE 0.920 57.000 0.023 1.000   NA
 543715 543716 MSC_0768 MSC_0769 ptsH pcrA TRUE 0.863 65.000 0.007 1.000 N NA
 543716 543717 MSC_0769 MSC_0770 pcrA   TRUE 0.976 17.000 0.022 NA   NA
 543717 543718 MSC_0770 MSC_0771   cps TRUE 0.987 0.000 0.300 NA   NA
 543718 543719 MSC_0771 MSC_0772 cps   FALSE 0.027 289.000 0.000 NA   NA
 543719 543720 MSC_0772 MSC_0773     TRUE 0.848 6.000 0.000 NA   NA
 543720 543721 MSC_0773 MSC_0774   msrA FALSE 0.168 334.000 0.200 NA   NA
 543721 543722 MSC_0774 MSC_0775 msrA lpp TRUE 0.719 115.000 0.200 NA   NA
 543722 543723 MSC_0775 MSC_0776 lpp   FALSE 0.034 248.000 0.000 NA   NA
 543723 543724 MSC_0776 MSC_0777     TRUE 0.840 9.000 0.000 NA   NA
 543724 543725 MSC_0777 MSC_0778     FALSE 0.143 435.000 1.000 NA   NA
 543725 543726 MSC_0778 MSC_0779     TRUE 0.866 3.000 0.000 NA   NA
 543726 543727 MSC_0779 MSC_0780     TRUE 0.866 3.000 0.000 NA   NA
 543727 543728 MSC_0780 MSC_0781   tnp TRUE 0.539 63.000 0.000 1.000   NA
 543728 543729 MSC_0781 MSC_0782 tnp lpp FALSE 0.013 1073.000 0.000 NA   NA
 543729 543730 MSC_0782 MSC_0783 lpp   TRUE 0.839 12.000 0.000 NA   NA
 543730 543731 MSC_0783 MSC_0784     FALSE 0.212 117.000 0.000 NA   NA
 543733 543734 MSC_0788 MSC_0789 phnB phnC TRUE 0.995 -36.000 0.385 1.000 Y NA
 543734 543735 MSC_0789 MSC_0790 phnC phnD TRUE 0.979 11.000 0.467 1.000   NA
 543737 543738 MSC_0792 MSC_0793     FALSE 0.069 195.000 0.000 NA   NA
 543739 543740 MSC_0794 MSC_0795 patB   TRUE 0.980 10.000 0.105 NA N NA
 543741 543742 MSC_0796 MSC_0797 tnp tnp FALSE 0.016 395.000 0.000 0.061   NA
 543742 543743 MSC_0797 MSC_0798 tnp lpp FALSE 0.014 590.000 0.000 NA   NA
 543743 543744 MSC_0798 MSC_0799 lpp   TRUE 0.839 12.000 0.000 NA   NA
 543744 543745 MSC_0799 MSC_0800     FALSE 0.212 117.000 0.000 NA   NA
 543745 543746 MSC_0800 MSC_0801   abc FALSE 0.012 1175.000 0.000 NA   NA
 543746 543747 MSC_0801 MSC_0802 abc tnp FALSE 0.217 112.000 0.000 1.000   NA
 543747 543748 MSC_0802 MSC_0803 tnp phnC FALSE 0.200 124.000 0.000 1.000 N NA
 543748 543749 MSC_0803 MSC_0804 phnC abc TRUE 0.979 11.000 0.467 1.000   NA
 543749 543750 MSC_0804 MSC_0805 abc had FALSE 0.039 223.000 0.000 0.030   NA
 543751 543752 MSC_0806 MSC_0807 patB   TRUE 0.980 10.000 0.105 NA N NA
 543753 543754 MSC_0808 MSC_0809 tnp   FALSE 0.013 640.000 0.000 NA   NA
 543754 543755 MSC_0809 MSC_0810     FALSE 0.047 217.000 0.000 NA   NA
 543755 543756 MSC_0810 MSC_0812     FALSE 0.012 2095.000 0.000 NA   NA
 543756 543757 MSC_0812 MSC_0813     FALSE 0.060 202.000 0.000 NA   NA
 543759 543760 MSC_0815 MSC_0816     FALSE 0.017 425.000 0.000 NA   NA
 543760 543761 MSC_0816 MSC_0817     FALSE 0.012 1422.000 0.000 NA   NA
 543761 543762 MSC_0817 MSC_0818     FALSE 0.060 202.000 0.000 NA   NA
 543763 543764 MSC_0819 MSC_0820     FALSE 0.066 197.000 0.000 NA   NA
 543764 543765 MSC_0820 MSC_tRNA_f_4     FALSE 0.069 195.000 0.000 NA   NA
 543765 543766 MSC_tRNA_f_4 MSC_tRNA_f_5     TRUE 0.708 48.000 0.000 NA   NA
 543766 543767 MSC_tRNA_f_5 MSC_tRNA_f_6     TRUE 0.837 11.000 0.000 NA   NA
 543767 543768 MSC_tRNA_f_6 MSC_tRNA_f_7     TRUE 0.848 6.000 0.000 NA   NA
 543768 543769 MSC_tRNA_f_7 MSC_tRNA_f_8     TRUE 0.839 12.000 0.000 NA   NA
 543769 543770 MSC_tRNA_f_8 MSC_tRNA_f_9     TRUE 0.733 43.000 0.000 NA   NA
 543770 543771 MSC_tRNA_f_9 MSC_tRNA_f_10     TRUE 0.837 23.000 0.000 NA   NA
 543771 543772 MSC_tRNA_f_10 MSC_tRNA_f_11     TRUE 0.866 3.000 0.000 NA   NA
 543772 543773 MSC_tRNA_f_11 MSC_tRNA_f_12     TRUE 0.840 9.000 0.000 NA   NA
 543773 543774 MSC_tRNA_f_12 MSC_0821   nagB TRUE 0.239 107.000 0.000 NA   NA
 543774 543775 MSC_0821 MSC_0822 nagB tnp FALSE 0.142 150.000 0.000 1.000 N NA
 543775 543776 MSC_0822 MSC_0823 tnp tpi FALSE 0.081 191.000 0.000 1.000 N NA
 543776 543777 MSC_0823 MSC_0824 tpi   TRUE 0.981 -7.000 0.011 0.039   NA
 543777 543778 MSC_0824 MSC_0825   gpm TRUE 0.966 3.000 0.004 1.000   NA
 543778 543779 MSC_0825 MSC_0826 gpm   TRUE 0.585 98.000 0.003 1.000   NA
 543779 543780 MSC_0826 MSC_0827     FALSE 0.013 697.000 0.000 NA   NA
 543781 543782 MSC_0828 MSC_0829 deoC manB TRUE 0.973 12.000 0.013 1.000 N NA
 543784 543785 MSC_0831 MSC_0832 frvB fruB TRUE 0.992 3.000 0.816 1.000 Y NA
 543785 543786 MSC_0832 MSC_0833 fruB fruR TRUE 0.992 0.000 0.022 1.000 Y NA
 543787 543788 MSC_0834 MSC_0835   pnp FALSE 0.058 203.000 0.000 NA   NA
 543791 543792 MSC_0839 MSC_0840   bgl TRUE 0.894 -7.000 0.000 1.000   NA
 543792 543793 MSC_0840 MSC_0841 bgl suk TRUE 0.967 -55.000 0.000 NA Y NA
 543793 543794 MSC_0841 MSC_0842 suk frvA TRUE 0.966 -13.000 0.000 NA Y NA
 543796 543797 MSC_0845 MSC_0846   frvB TRUE 0.937 12.000 0.000 1.000 Y NA
 543797 543798 MSC_0846 MSC_0847 frvB lpp TRUE 0.854 15.000 0.000 NA   NA
 543798 543799 MSC_0847 MSC_0848 lpp hpt FALSE 0.103 161.000 0.000 NA   NA
 543799 543800 MSC_0848 MSC_0849 hpt purB TRUE 0.960 36.000 0.002 1.000 Y NA
 543800 543801 MSC_0849 MSC_0850 purB purA TRUE 0.994 -16.000 0.038 1.000 Y NA
 543803 543804 MSC_0853 MSC_0854 nrdE nrdI TRUE 0.995 -22.000 1.000 NA Y NA
 543804 543805 MSC_0854 MSC_0855 nrdI nrdF TRUE 0.991 9.000 0.643 NA Y NA
 543806 543807 MSC_0856 MSC_0857 rnr smpB TRUE 0.979 10.000 0.143 0.032 N NA
 543807 543808 MSC_0857 MSC_0858 smpB   TRUE 0.965 0.000 0.002 NA   NA
 543808 543809 MSC_0858 MSC_0859   tnp FALSE 0.079 188.000 0.000 NA   NA
 543809 543810 MSC_0859 MSC_0860 tnp ptsG FALSE 0.017 445.000 0.000 1.000 N NA
 543810 543811 MSC_0860 MSC_0861 ptsG   FALSE 0.034 264.000 0.000 1.000 N NA
 543814 543815 MSC_0864 MSC_0865 arcC   TRUE 0.841 13.000 0.000 1.000   NA
 543815 543816 MSC_0865 MSC_0866     TRUE 0.725 44.000 0.000 NA   NA
 543816 543817 MSC_0866 MSC_0867     TRUE 0.316 89.000 0.000 NA   NA
 543817 543818 MSC_0867 MSC_0868   mgtA FALSE 0.014 526.000 0.000 NA   NA
 543819 543820 MSC_0869 MSC_0870     TRUE 0.684 52.000 0.000 NA   NA
 543822 543823 MSC_0872 MSC_0873   ptsG TRUE 0.694 50.000 0.000 NA   NA
 543823 543824 MSC_0873 MSC_0874 ptsG   FALSE 0.034 264.000 0.000 1.000 N NA
 543824 543825 MSC_0874 MSC_0875   glk FALSE 0.019 401.000 0.000 1.000 N NA
 543826 543827 MSC_0876 MSC_0877 tnp arcC TRUE 0.311 92.000 0.000 1.000 N NA
 543827 543828 MSC_0877 MSC_0878 arcC   TRUE 0.841 13.000 0.000 1.000   NA
 543828 543829 MSC_0878 MSC_0879     TRUE 0.725 44.000 0.000 NA   NA
 543829 543830 MSC_0879 MSC_0880     TRUE 0.316 89.000 0.000 NA   NA
 543830 543831 MSC_0880 MSC_0881   mgtA FALSE 0.012 1418.000 0.000 NA   NA
 543833 543834 MSC_0884 MSC_0885 atpC atpD TRUE 0.994 0.000 0.837 0.010 Y NA
 543834 543835 MSC_0885 MSC_0886 atpD atpG TRUE 0.990 9.000 0.724 0.010 Y NA
 543835 543836 MSC_0886 MSC_0887 atpG atpA TRUE 0.993 2.000 0.846 0.010 Y NA
 543836 543837 MSC_0887 MSC_0888 atpA atpH TRUE 0.990 12.000 0.864 0.010 Y NA
 543837 543838 MSC_0888 MSC_0889 atpH atpF TRUE 0.991 2.000 0.022 0.010 Y NA
 543838 543839 MSC_0889 MSC_0890 atpF atpE TRUE 0.974 29.000 0.500 0.010   NA
 543839 543840 MSC_0890 MSC_0891 atpE atpB TRUE 0.970 30.000 0.085 0.010   NA
 543840 543841 MSC_0891 MSC_0892 atpB   TRUE 0.967 18.000 0.007 NA   NA
 543841 543842 MSC_0892 MSC_0893   upp TRUE 0.428 141.000 0.004 NA   NA
 543842 543843 MSC_0893 MSC_0894 upp glyA TRUE 0.957 40.000 0.021 1.000 N NA
 543843 543844 MSC_0894 MSC_0895 glyA rpiB TRUE 0.987 -16.000 0.028 1.000 N NA
 543847 543848 MSC_0898 MSC_0899 tnpA tnpB TRUE 0.832 9.000 0.000 1.000   NA
 543849 543850 MSC_0900 MSC_0901     TRUE 0.858 78.000 1.000 NA   NA
 543850 543851 MSC_0901 MSC_0902   pyrG FALSE 0.037 236.000 0.000 NA   NA
 543853 543854 MSC_0904 MSC_0905 tnpB tnpA TRUE 0.832 9.000 0.000 1.000   NA
 543855 543856 MSC_0906 MSC_0907   mgtA TRUE 0.903 -82.000 0.000 1.000   NA
 543856 543857 MSC_0907 MSC_0908 mgtA   TRUE 0.937 59.000 1.000 0.058 N NA
 543857 543858 MSC_0908 MSC_0909     TRUE 0.989 -28.000 0.667 1.000   NA
 543858 543859 MSC_0909 MSC_0910     FALSE 0.133 146.000 0.000 1.000   NA
 543859 543860 MSC_0910 MSC_0911   pgsA TRUE 0.380 80.000 0.000 1.000 N NA
 543860 543861 MSC_0911 MSC_0912 pgsA gidB TRUE 0.971 0.000 0.003 1.000   NA
 543861 543862 MSC_0912 MSC_0913 gidB   FALSE 0.113 283.000 0.004 NA   NA
 543862 543863 MSC_0913 MSC_0914     TRUE 0.966 36.000 0.064 NA   NA
 543863 543864 MSC_0914 MSC_0915     TRUE 0.974 -34.000 0.003 1.000   NA
 543864 543865 MSC_0915 MSC_0916     TRUE 0.876 69.000 0.061 1.000   NA
 543865 543866 MSC_0916 MSC_0918     FALSE 0.011 1975.000 0.000 0.004   NA
 543866 543867 MSC_0918 MSC_0919     TRUE 0.753 109.000 1.000 NA   NA
 543867 543868 MSC_0919 MSC_0920     TRUE 0.239 107.000 0.000 NA   NA
 543870 543871 MSC_0922 MSC_0923     TRUE 0.905 -13.000 0.000 NA   NA
 543871 543872 MSC_0923 MSC_0924     TRUE 0.990 -43.000 1.000 NA   NA
 543872 543873 MSC_0924 MSC_0925     TRUE 0.854 79.000 1.000 NA   NA
 543873 543874 MSC_0925 MSC_0926   abc TRUE 0.908 -22.000 0.000 NA   NA
 543874 543875 MSC_0926 MSC_0927 abc   FALSE 0.015 493.000 0.000 NA   NA
 543875 543876 MSC_0927 MSC_0928     FALSE 0.015 517.000 0.000 NA   NA
 543876 543877 MSC_0928 MSC_0929     TRUE 0.908 -25.000 0.000 NA   NA
 543880 543881 MSC_0933 MSC_0934   tnp FALSE 0.022 332.000 0.000 NA   NA
 543881 543882 MSC_0934 MSC_0935 tnp   FALSE 0.015 513.000 0.000 NA   NA
 543882 543883 MSC_0935 MSC_0936     TRUE 0.839 12.000 0.000 NA   NA
 543883 543884 MSC_0936 MSC_0937     FALSE 0.036 239.000 0.000 NA   NA
 543884 543885 MSC_0937 MSC_0938   trxB TRUE 0.978 9.000 0.101 1.000   NA
 543885 543886 MSC_0938 MSC_0939 trxB lgt(-rpoD) TRUE 0.987 -16.000 0.025 1.000 N NA
 543886 543887 MSC_0939 MSC_0940 lgt(-rpoD) ptsK TRUE 0.971 11.000 0.011 1.000 N NA
 543887 543888 MSC_0940 MSC_0941 ptsK   TRUE 0.779 79.000 0.011 NA   NA
 543888 543889 MSC_0941 MSC_0942   folC TRUE 0.977 28.000 0.500 NA   NA
 543889 543890 MSC_0942 MSC_0943 folC uvrA TRUE 0.974 -7.000 0.003 1.000 N NA
 543890 543891 MSC_0943 MSC_0944 uvrA uvrB TRUE 0.989 9.000 0.154 0.003 Y NA
 543892 543893 MSC_0945 MSC_0946     TRUE 0.964 3.000 0.003 NA   NA
 543893 543894 MSC_0946 MSC_tRNA_f_13     FALSE 0.096 166.000 0.000 NA   NA
 543894 543895 MSC_tRNA_f_13 MSC_0947     FALSE 0.157 136.000 0.000 NA   NA
 543895 543896 MSC_0947 MSC_0948     TRUE 0.671 54.000 0.000 NA   NA
 543898 543899 MSC_0950 MSC_0951 dcm dam FALSE 0.016 386.000 0.000 0.006   NA
 543899 543900 MSC_0951 MSC_0952 dam prs FALSE 0.021 325.000 0.000 1.000   NA
 543900 543901 MSC_0952 MSC_0953 prs   TRUE 0.294 90.000 0.000 1.000   NA
 543901 543902 MSC_0953 MSC_0954   pth FALSE 0.081 182.000 0.000 1.000   NA
 543902 543903 MSC_0954 MSC_0955 pth rplI TRUE 0.667 112.000 0.002 0.060 Y NA
 543903 543904 MSC_0955 MSC_0956 rplI dnaC TRUE 0.989 -15.000 0.100 1.000 N NA
 543904 543905 MSC_0956 MSC_0957 dnaC   TRUE 0.860 67.000 0.012 NA   NA
 543905 543906 MSC_0957 MSC_0958     TRUE 0.600 143.000 0.133 NA   NA
 543906 543907 MSC_0958 MSC_0959   cysS TRUE 0.953 9.000 0.003 NA   NA
 543907 543908 MSC_0959 MSC_0960 cysS spoU TRUE 0.992 2.000 0.088 1.000 Y NA
 543908 543909 MSC_0960 MSC_0961 spoU   FALSE 0.042 222.000 0.000 1.000   NA
 543909 543910 MSC_0961 MSC_0962   nusG TRUE 0.949 17.000 0.002 1.000   NA
 543910 543911 MSC_0962 MSC_0963 nusG   FALSE 0.015 440.000 0.000 1.000   NA
 543911 543912 MSC_0963 MSC_0964   oppA TRUE 0.977 10.000 0.083 1.000   NA
 543912 543913 MSC_0964 MSC_0965 oppA oppB TRUE 0.993 0.000 0.167 0.020 Y NA
 543913 543914 MSC_0965 MSC_0966 oppB oppC TRUE 0.993 2.000 1.000 0.020 Y NA
 543914 543915 MSC_0966 MSC_0967 oppC oppD TRUE 0.991 8.000 0.692 1.000 Y NA
 543915 543916 MSC_0967 MSC_0968 oppD oppF TRUE 0.988 -7.000 0.769 0.006   NA
 543917 543918 MSC_0969 MSC_0970 tnp glf FALSE 0.019 390.000 0.000 1.000 N NA
 543918 543919 MSC_0970 MSC_0971 glf galE TRUE 0.941 13.000 0.000 1.000 Y NA
 543920 543921 MSC_0972 MSC_0973   epsG TRUE 0.907 -18.000 0.000 NA   NA
 543924 543925 MSC_0976 MSC_0977 tnp glf FALSE 0.017 470.000 0.000 1.000 N NA
 543925 543926 MSC_0977 MSC_0978 glf galE TRUE 0.941 13.000 0.000 1.000 Y NA
 543927 543928 MSC_0979 MSC_0980   epsG TRUE 0.907 -18.000 0.000 NA   NA
 543928 543929 MSC_0980 MSC_0981 epsG tnp FALSE 0.099 180.000 0.000 NA N NA
 543932 543933 MSC_0984 MSC_0985 glf galE FALSE 0.051 385.000 0.000 1.000 Y NA
 543934 543935 MSC_0986 MSC_0987   epsG TRUE 0.907 -18.000 0.000 NA   NA
 543936 543937 MSC_0988 MSC_0989 cps tnp FALSE 0.018 471.000 0.000 NA N NA
 543937 543938 MSC_0989 MSC_0990 tnp galU FALSE 0.045 226.000 0.000 1.000 N NA
 543938 543939 MSC_0990 MSC_0991 galU   FALSE 0.051 210.000 0.000 NA   NA
 543939 543940 MSC_0991 MSC_0992     TRUE 0.761 39.000 0.000 NA   NA
 543941 543942 MSC_0993 MSC_0994 epsG rplK FALSE 0.023 358.000 0.000 NA N NA
 543942 543943 MSC_0994 MSC_0995 rplK rplA TRUE 0.994 0.000 0.838 0.050 Y NA
 543943 543944 MSC_0995 MSC_0996 rplA   FALSE 0.020 363.000 0.000 NA   NA
 543944 543945 MSC_0996 MSC_0997     FALSE 0.190 123.000 0.000 NA   NA
 543945 543946 MSC_0997 MSC_0998     FALSE 0.113 157.000 0.000 NA   NA
 543946 543947 MSC_0998 MSC_1001   lpp FALSE 0.012 1675.000 0.000 NA   NA
 543949 543950 MSC_1003 MSC_1004 tnp   FALSE 0.015 502.000 0.000 NA   NA
 543950 543951 MSC_1004 MSC_1005   lpp FALSE 0.013 670.000 0.000 NA   NA
 543951 543952 MSC_1005 MSC_1006 lpp rplJ FALSE 0.023 322.000 0.000 NA   NA
 543952 543953 MSC_1006 MSC_1007 rplJ rplL TRUE 0.948 69.000 0.884 1.000 Y NA
 543953 543954 MSC_1007 MSC_1008 rplL rpoB FALSE 0.108 1336.000 0.223 1.000 N NA
 543954 543955 MSC_1008 MSC_1009 rpoB rpoC TRUE 0.990 12.000 0.851 0.003 Y NA
 543955 543956 MSC_1009 MSC_1011 rpoC tnp FALSE 0.015 599.000 0.000 0.094 N NA
 543957 543958 MSC_1012 MSC_1013     TRUE 0.853 14.000 0.000 NA   NA
 543958 543959 MSC_1013 MSC_1014     TRUE 0.892 0.000 0.000 NA   NA
 543959 543960 MSC_1014 MSC_1015   asnA TRUE 0.911 57.000 0.011 NA   NA
 543962 543963 MSC_1017 MSC_1018 gidA   TRUE 0.331 151.000 0.002 1.000   NA
 543963 543964 MSC_1018 MSC_1019   nox TRUE 0.978 20.000 0.085 1.000   NA
 543965 543966 MSC_1020 MSC_1021 pncA lppQ FALSE 0.072 193.000 0.000 NA   NA
 543966 543967 MSC_1021 MSC_1022 lppQ   FALSE 0.025 309.000 0.000 NA   NA
 543968 543969 MSC_1023 MSC_1024     FALSE 0.039 231.000 0.000 NA   NA
 543969 543970 MSC_1024 MSC_1025     FALSE 0.015 452.000 0.000 NA   NA
 543970 543971 MSC_1025 MSC_1026     TRUE 0.839 10.000 0.000 NA   NA
 543971 543972 MSC_1026 MSC_1027     TRUE 0.453 70.000 0.000 NA   NA
 543972 543973 MSC_1027 MSC_1028     FALSE 0.024 316.000 0.000 NA   NA
 543973 543974 MSC_1028 MSC_1029     TRUE 0.885 1.000 0.000 NA   NA
 543975 543976 MSC_1030 MSC_1031   tnp FALSE 0.019 378.000 0.000 NA   NA
 543976 543977 MSC_1031 MSC_1033 tnp lpp FALSE 0.012 2884.000 0.000 NA   NA
 543977 543978 MSC_1033 MSC_1034 lpp   TRUE 0.908 -178.000 0.000 NA   NA
 543978 543979 MSC_1034 MSC_1036   tnp FALSE 0.014 602.000 0.000 NA   NA
 543980 543981 MSC_1037 MSC_1038     TRUE 0.853 14.000 0.000 NA   NA
 543981 543982 MSC_1038 MSC_1039     TRUE 0.892 0.000 0.000 NA   NA
 543982 543983 MSC_1039 MSC_1040   asnA TRUE 0.911 57.000 0.011 NA   NA
 543985 543986 MSC_1042 MSC_1043 gidA   TRUE 0.331 151.000 0.002 1.000   NA
 543986 543987 MSC_1043 MSC_1044   nox TRUE 0.978 20.000 0.085 1.000   NA
 543988 543989 MSC_1045 MSC_1046 pncA lppQ FALSE 0.072 193.000 0.000 NA   NA
 543989 543990 MSC_1046 MSC_1047 lppQ   FALSE 0.025 309.000 0.000 NA   NA
 543991 543992 MSC_1048 MSC_1049     FALSE 0.039 231.000 0.000 NA   NA
 543992 543993 MSC_1049 MSC_1050     FALSE 0.015 452.000 0.000 NA   NA
 543993 543994 MSC_1050 MSC_1051     TRUE 0.839 10.000 0.000 NA   NA
 543994 543995 MSC_1051 MSC_1052     TRUE 0.453 70.000 0.000 NA   NA
 543995 543996 MSC_1052 MSC_1053     FALSE 0.024 316.000 0.000 NA   NA
 543996 543997 MSC_1053 MSC_1054     TRUE 0.885 1.000 0.000 NA   NA
 543998 543999 MSC_1055 MSC_1056   tnp FALSE 0.019 378.000 0.000 NA   NA
 543999 544000 MSC_1056 MSC_1058 tnp lpp FALSE 0.012 2892.000 0.000 NA   NA
 544001 544002 MSC_1061 MSC_1062     TRUE 0.987 -10.000 0.103 1.000   NA
 544002 544003 MSC_1062 MSC_1063     FALSE 0.075 188.000 0.000 1.000   NA
 544003 544004 MSC_1063 MSC_1064     TRUE 0.953 49.000 0.182 1.000   NA
 544004 544005 MSC_1064 MSC_1065     TRUE 0.988 -18.000 0.182 1.000   NA
 544005 544006 MSC_1065 MSC_1066     TRUE 0.836 77.000 0.091 1.000   NA
 544006 544007 MSC_1066 MSC_1067   rnpA TRUE 0.976 18.000 0.021 1.000 N NA
 544007 544008 MSC_1067 MSC_1068 rnpA rpmH TRUE 0.991 7.000 0.787 1.000 Y NA