MicrobesOnline Operon Predictions for Desulfitobacterium hafniense DCB-2

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column	Description
Gene1	VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1	Systematic name of 1st gene in pair
Name1	Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2	VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2	Systematic name of 2nd gene in pair
Name2	Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp	Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp	Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep	Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore	Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore	Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim	Whether the genes share a COG category or not
ExprSim	Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

Gene1	Gene2	SysName1	SysName2	Name1	Name2	bOp	pOp	Sep	MOGScore	GOScore	COGSim	ExprSim
6819948	6819949	Dhaf_0001	Dhaf_0002			TRUE	0.802	256.000	0.328	1.000	Y	NA
6819949	6819950	Dhaf_0002	Dhaf_0003			TRUE	0.997	15.000	0.318	1.000	Y	NA
6819950	6819951	Dhaf_0003	Dhaf_0004			TRUE	0.992	4.000	0.047	NA		NA
6819951	6819952	Dhaf_0004	Dhaf_0005			TRUE	0.619	152.000	0.034	NA		NA
6819952	6819953	Dhaf_0005	Dhaf_0006			TRUE	0.998	14.000	0.306	0.002	Y	NA
6819953	6819954	Dhaf_0006	Dhaf_0007			FALSE	0.283	115.000	0.000	NA	N	NA
6819954	6819955	Dhaf_0007	Dhaf_0008			TRUE	0.921	31.000	0.010	NA	N	NA
6819955	6819956	Dhaf_0008	Dhaf_R0001			FALSE	0.261	102.000	0.000	NA		NA
6819956	6819957	Dhaf_R0001	Dhaf_R0002			FALSE	0.308	83.000	0.000	NA		NA
6819957	6819958	Dhaf_R0002	Dhaf_0009			TRUE	0.796	16.000	0.000	NA		NA
6819958	6819959	Dhaf_0009	Dhaf_R0003			TRUE	0.398	58.000	0.000	NA		NA
6819959	6819960	Dhaf_R0003	Dhaf_0010			FALSE	0.034	318.000	0.000	NA		NA
6819964	6819965	Dhaf_0014	Dhaf_0015			FALSE	0.125	166.000	0.000	NA		NA
6819965	6819966	Dhaf_0015	Dhaf_0016			TRUE	0.995	14.000	0.828	NA		NA
6819966	6819967	Dhaf_0016	Dhaf_0017			FALSE	0.032	343.000	0.000	NA		NA
6819969	6819970	Dhaf_0019	Dhaf_0020			TRUE	0.957	-3.000	0.000	NA		NA
6819970	6819971	Dhaf_0020	Dhaf_0021			TRUE	0.503	40.000	0.000	NA		NA
6819971	6819972	Dhaf_0021	Dhaf_0022			FALSE	0.096	183.000	0.000	NA		NA
6819972	6819973	Dhaf_0022	Dhaf_0023			FALSE	0.059	220.000	0.000	NA		NA
6819973	6819974	Dhaf_0023	Dhaf_0024			TRUE	0.676	25.000	0.000	NA		NA
6819974	6819975	Dhaf_0024	Dhaf_0025			FALSE	0.031	354.000	0.000	NA		NA
6819975	6819976	Dhaf_0025	Dhaf_0026			TRUE	0.926	183.000	0.667	1.000	Y	NA
6819976	6819977	Dhaf_0026	Dhaf_0027			TRUE	1.000	0.000	0.667	1.000	Y	NA
6819978	6819979	Dhaf_0028	Dhaf_0029			FALSE	0.132	173.000	0.000	1.000		NA
6819980	6819981	Dhaf_0030	Dhaf_0031			TRUE	0.999	12.000	0.898	1.000	Y	NA
6819981	6819982	Dhaf_0031	Dhaf_0032			TRUE	0.999	2.000	0.432	1.000	Y	NA
6819982	6819983	Dhaf_0032	Dhaf_0033			TRUE	1.000	-16.000	0.443	0.014	Y	NA
6819983	6819984	Dhaf_0033	Dhaf_0034			TRUE	0.651	27.000	0.000	NA		NA
6819984	6819985	Dhaf_0034	Dhaf_0035			FALSE	0.026	474.000	0.000	NA		NA
6819985	6819986	Dhaf_0035	Dhaf_0036			TRUE	0.970	120.000	0.333	0.042	Y	NA
6819986	6819987	Dhaf_0036	Dhaf_0037			TRUE	1.000	-6.000	1.000	0.042	Y	NA
6819987	6819988	Dhaf_0037	Dhaf_0038			TRUE	0.998	13.000	0.222	1.000	Y	NA
6819988	6819989	Dhaf_0038	Dhaf_0039			TRUE	1.000	0.000	1.000	0.039	Y	NA
6819990	6819991	Dhaf_0040	Dhaf_0041			TRUE	1.000	-7.000	0.333	1.000	Y	NA
6819992	6819993	Dhaf_0042	Dhaf_0043			TRUE	0.999	11.000	0.438	1.000	Y	NA
6819993	6819994	Dhaf_0043	Dhaf_0044			TRUE	1.000	-28.000	0.375	1.000	Y	NA
6819994	6819995	Dhaf_0044	Dhaf_0045			TRUE	0.771	68.000	0.000	1.000	Y	NA
6819995	6819996	Dhaf_0045	Dhaf_0046			TRUE	0.851	87.000	0.079	NA		NA
6819996	6819997	Dhaf_0046	Dhaf_0047			TRUE	0.996	5.000	0.184	NA		NA
6819997	6819998	Dhaf_0047	Dhaf_0048			TRUE	0.998	2.000	0.545	NA		NA
6819998	6819999	Dhaf_0048	Dhaf_0049			TRUE	0.448	48.000	0.000	NA		NA
6819999	6820000	Dhaf_0049	Dhaf_R0004			FALSE	0.288	91.000	0.000	NA		NA
6820000	6820001	Dhaf_R0004	Dhaf_R0005		ffs	FALSE	0.083	190.000	0.000	NA		NA
6820001	6820002	Dhaf_R0005	Dhaf_0050	ffs		FALSE	0.103	180.000	0.000	NA		NA
6820002	6820003	Dhaf_0050	Dhaf_0051			TRUE	0.930	23.000	0.004	NA		NA
6820003	6820004	Dhaf_0051	Dhaf_0052			TRUE	0.996	11.000	0.604	NA		NA
6820004	6820005	Dhaf_0052	Dhaf_0053			TRUE	0.736	90.000	0.014	NA		NA
6820005	6820006	Dhaf_0053	Dhaf_0054			FALSE	0.030	378.000	0.000	NA		NA
6820006	6820007	Dhaf_0054	Dhaf_0055			FALSE	0.128	175.000	0.000	1.000		NA
6820007	6820008	Dhaf_0055	Dhaf_0056			TRUE	0.387	72.000	0.000	1.000		NA
6820008	6820009	Dhaf_0056	Dhaf_0057			FALSE	0.087	199.000	0.000	1.000		NA
6820009	6820010	Dhaf_0057	Dhaf_0058			TRUE	0.973	1.000	0.000	0.006		NA
6820010	6820011	Dhaf_0058	Dhaf_0059			TRUE	0.938	12.000	0.000	0.006		NA
6820011	6820012	Dhaf_0059	Dhaf_0060			TRUE	0.403	68.000	0.000	1.000		NA
6820012	6820013	Dhaf_0060	Dhaf_0061			TRUE	0.990	2.000	0.003	1.000	N	NA
6820013	6820014	Dhaf_0061	Dhaf_0062			TRUE	0.993	14.000	0.372	NA		NA
6820014	6820015	Dhaf_0062	Dhaf_0063			TRUE	0.998	-3.000	0.183	NA		NA
6820015	6820016	Dhaf_0063	Dhaf_0064			TRUE	0.965	21.000	0.043	NA		NA
6820018	6820019	Dhaf_0066	Dhaf_0067			FALSE	0.186	132.000	0.000	NA		NA
6820019	6820020	Dhaf_0067	Dhaf_0068			TRUE	0.998	-3.000	0.221	NA	N	NA
6820020	6820021	Dhaf_0068	Dhaf_0069			FALSE	0.060	218.000	0.000	NA		NA
6820021	6820022	Dhaf_0069	Dhaf_0070			TRUE	0.500	94.000	0.000	0.001		NA
6820022	6820023	Dhaf_0070	Dhaf_0071			FALSE	0.074	212.000	0.000	1.000		NA
6820023	6820024	Dhaf_0071	Dhaf_0072			FALSE	0.068	222.000	0.000	1.000		NA
6820024	6820025	Dhaf_0072	Dhaf_0073			FALSE	0.207	136.000	0.000	1.000		NA
6820025	6820026	Dhaf_0073	Dhaf_0074			TRUE	0.979	-37.000	0.000	1.000	N	NA
6820026	6820027	Dhaf_0074	Dhaf_0075			FALSE	0.223	116.000	0.000	NA		NA
6820027	6820028	Dhaf_0075	Dhaf_0076			FALSE	0.335	75.000	0.000	NA		NA
6820030	6820031	Dhaf_0078	Dhaf_0079			FALSE	0.318	233.000	0.000	0.016	Y	NA
6820032	6820033	Dhaf_0080	Dhaf_0081			FALSE	0.299	86.000	0.000	NA		NA
6820036	6820037	Dhaf_0084	Dhaf_0085			TRUE	0.925	120.000	0.605	1.000	N	NA
6820037	6820038	Dhaf_0085	Dhaf_0086			FALSE	0.063	229.000	0.000	1.000		NA
6820038	6820039	Dhaf_0086	Dhaf_0087			FALSE	0.084	201.000	0.000	1.000		NA
6820039	6820040	Dhaf_0087	Dhaf_0088			TRUE	0.997	-7.000	0.057	1.000	N	NA
6820040	6820041	Dhaf_0088	Dhaf_0089			TRUE	0.984	12.000	0.017	1.000	N	NA
6820041	6820042	Dhaf_0089	Dhaf_0090			FALSE	0.069	248.000	0.000	1.000	N	NA
6820042	6820043	Dhaf_0090	Dhaf_0091			TRUE	0.652	188.000	0.003	1.000	Y	NA
6820043	6820044	Dhaf_0091	Dhaf_0092			TRUE	0.986	15.000	0.069	1.000	N	NA
6820046	6820047	Dhaf_0094	Dhaf_0095			TRUE	0.999	-10.000	0.217	NA		NA
6820047	6820048	Dhaf_0095	Dhaf_0096			TRUE	0.919	4.000	0.000	NA		NA
6820048	6820049	Dhaf_0096	Dhaf_0097			FALSE	0.029	382.000	0.000	NA		NA
6820049	6820050	Dhaf_0097	Dhaf_0098			TRUE	0.997	7.000	1.000	NA		NA
6820050	6820051	Dhaf_0098	Dhaf_0099			TRUE	0.999	-19.000	1.000	1.000	N	NA
6820051	6820052	Dhaf_0099	Dhaf_0100			TRUE	0.989	54.000	1.000	1.000	Y	NA
6820054	6820055	Dhaf_0102	Dhaf_0103			FALSE	0.130	162.000	0.000	NA		NA
6820055	6820056	Dhaf_0103	Dhaf_0104			TRUE	0.999	-6.000	0.571	NA		NA
6820056	6820057	Dhaf_0104	Dhaf_0105			FALSE	0.077	196.000	0.000	NA		NA
6820057	6820058	Dhaf_0105	Dhaf_0106			FALSE	0.250	139.000	0.000	1.000	N	NA
6820058	6820059	Dhaf_0106	Dhaf_0107			TRUE	0.964	-7.000	0.000	NA		NA
6820059	6820060	Dhaf_0107	Dhaf_0108			FALSE	0.213	120.000	0.000	NA		NA
6820062	6820063	Dhaf_0110	Dhaf_0111			TRUE	0.987	16.000	0.158	NA		NA
6820063	6820064	Dhaf_0111	Dhaf_0112			TRUE	0.981	26.000	0.263	NA		NA
6820064	6820065	Dhaf_0112	Dhaf_0113			TRUE	0.994	38.000	0.625	0.014	Y	NA
6820065	6820066	Dhaf_0113	Dhaf_0114			FALSE	0.185	166.000	0.000	1.000	N	NA
6820066	6820067	Dhaf_0114	Dhaf_0115			TRUE	0.919	11.000	0.000	1.000	N	NA
6820068	6820069	Dhaf_0116	Dhaf_0117			FALSE	0.308	83.000	0.000	NA		NA
6820069	6820070	Dhaf_0117	Dhaf_0118			FALSE	0.064	209.000	0.000	NA		NA
6820071	6820072	Dhaf_0119	Dhaf_0120			TRUE	0.420	63.000	0.000	1.000		NA
6820072	6820073	Dhaf_0120	Dhaf_0121			FALSE	0.052	231.000	0.000	NA		NA
6820073	6820074	Dhaf_0121	Dhaf_0122			TRUE	0.365	67.000	0.000	NA		NA
6820074	6820075	Dhaf_0122	Dhaf_0123			TRUE	0.967	-16.000	0.000	NA		NA
6820079	6820080	Dhaf_0127	Dhaf_0128			TRUE	0.999	14.000	0.667	0.085	Y	NA
6820080	6820081	Dhaf_0128	Dhaf_0129			TRUE	0.840	15.000	0.000	1.000		NA
6820081	6820082	Dhaf_0129	Dhaf_0130			TRUE	0.353	70.000	0.000	NA		NA
6820082	6820083	Dhaf_0130	Dhaf_0131			TRUE	0.540	135.000	0.002	NA		NA
6820083	6820084	Dhaf_0131	Dhaf_0132			TRUE	0.879	39.000	0.002	1.000	N	NA
6820084	6820085	Dhaf_0132	Dhaf_0133			FALSE	0.044	325.000	0.000	NA	N	NA
6820085	6820086	Dhaf_0133	Dhaf_0134			TRUE	0.629	127.000	0.014	NA		NA
6820086	6820087	Dhaf_0134	Dhaf_0135			TRUE	0.805	58.000	0.004	1.000		NA
6820087	6820088	Dhaf_0135	Dhaf_0136			TRUE	0.749	88.000	0.003	1.000	N	NA
6820090	6820091	Dhaf_0138	Dhaf_0139			FALSE	0.122	167.000	0.000	NA		NA
6820091	6820092	Dhaf_0139	Dhaf_0140			FALSE	0.064	209.000	0.000	NA		NA
6820092	6820093	Dhaf_0140	Dhaf_0141			TRUE	0.972	-25.000	0.000	1.000		NA
6820093	6820094	Dhaf_0141	Dhaf_0142			TRUE	0.747	123.000	0.044	1.000		NA
6820094	6820095	Dhaf_0142	Dhaf_0143			FALSE	0.061	271.000	0.000	1.000	N	NA
6820095	6820096	Dhaf_0143	Dhaf_0144			TRUE	0.968	23.000	0.041	1.000	N	NA
6820096	6820097	Dhaf_0144	Dhaf_0145			TRUE	0.732	143.000	0.051	1.000	N	NA
6820097	6820098	Dhaf_0145	Dhaf_0146			TRUE	0.983	12.000	0.012	1.000	N	NA
6820098	6820099	Dhaf_0146	Dhaf_0147			TRUE	0.689	87.000	0.002	NA		NA
6820099	6820100	Dhaf_0147	Dhaf_0148			TRUE	0.996	0.000	0.111	NA		NA
6820100	6820101	Dhaf_0148	Dhaf_0149			TRUE	0.448	183.000	0.019	NA		NA
6820101	6820102	Dhaf_0149	Dhaf_0150			TRUE	0.607	157.000	0.029	1.000		NA
6820102	6820103	Dhaf_0150	Dhaf_0151			TRUE	0.952	32.000	0.067	1.000		NA
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6820104	6820105	Dhaf_0152	Dhaf_0153			TRUE	0.999	-3.000	0.037	1.000	Y	NA
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