MicrobesOnline Operon Predictions for Mesorhizobium sp. BNC1

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column	Description
Gene1	VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1	Systematic name of 1st gene in pair
Name1	Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2	VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2	Systematic name of 2nd gene in pair
Name2	Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp	Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp	Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep	Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore	Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore	Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim	Whether the genes share a COG category or not
ExprSim	Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

Gene1	Gene2	SysName1	SysName2	Name1	Name2	bOp	pOp	Sep	MOGScore	GOScore	COGSim	ExprSim
1778910	1778911	Meso_0001	Meso_0002			TRUE	0.779	188.000	0.328	1.000	Y	NA
1778911	1778912	Meso_0002	Meso_0003			TRUE	0.998	-3.000	0.318	1.000	Y	NA
1778912	1778913	Meso_0003	Meso_0004			TRUE	0.428	47.000	0.019	1.000	N	NA
1778914	1778915	Meso_0005	Meso_0006			FALSE	0.372	36.000	0.000	NA		NA
1778915	1778916	Meso_0006	Meso_0007			FALSE	0.079	190.000	0.000	NA		NA
1778916	1778917	Meso_0007	Meso_0008			TRUE	0.978	-3.000	0.052	1.000	N	NA
1778917	1778918	Meso_0008	Meso_0009			TRUE	0.977	6.000	0.058	1.000	Y	NA
1778920	1778921	Meso_0011	Meso_0012			FALSE	0.118	121.000	0.000	NA	N	NA
1778927	1778928	Meso_0018	Meso_0019			FALSE	0.176	98.000	0.000	1.000	N	NA
1778928	1778929	Meso_0019	Meso_0020			FALSE	0.295	49.000	0.000	NA		NA
1778929	1778930	Meso_0020	Meso_0021			FALSE	0.362	60.000	0.025	NA		NA
1778930	1778931	Meso_0021	Meso_0022			TRUE	0.989	19.000	0.562	1.000	Y	NA
1778931	1778932	Meso_0022	Meso_0023			TRUE	0.948	36.000	0.247	1.000	Y	NA
1778932	1778933	Meso_0023	Meso_0024			FALSE	0.085	197.000	0.000	1.000	N	NA
1778934	1778935	Meso_0025	Meso_0026			FALSE	0.119	206.000	0.019	1.000		NA
1778935	1778936	Meso_0026	Meso_0027			TRUE	0.989	0.000	0.274	NA		NA
1778937	1778938	Meso_0028	Meso_0029			TRUE	0.997	-3.000	0.460	1.000		NA
1778938	1778939	Meso_0029	Meso_0030			FALSE	0.217	97.000	0.008	1.000		NA
1778940	1778941	Meso_0031	Meso_0032			TRUE	0.997	0.000	0.751	1.000	N	NA
1778944	1778945	Meso_0035	Meso_0036			TRUE	0.971	2.000	0.115	1.000		NA
1778945	1778946	Meso_0036	Meso_0037			TRUE	0.999	-7.000	0.870	0.085	Y	NA
1778946	1778947	Meso_0037	Meso_0038			TRUE	0.922	65.000	0.192	0.085	Y	NA
1778947	1778948	Meso_0038	Meso_0039			FALSE	0.151	543.000	0.000	1.000	Y	NA
1778948	1778949	Meso_0039	Meso_0040			TRUE	0.996	3.000	0.364	1.000	Y	NA
1778949	1778950	Meso_0040	Meso_0041			TRUE	0.998	2.000	0.455	0.085	Y	NA
1778950	1778951	Meso_0041	Meso_0042			TRUE	0.624	32.000	0.039	1.000		NA
1778951	1778952	Meso_0042	Meso_0043			TRUE	0.977	-3.000	0.059	NA		NA
1778953	1778954	Meso_0044	Meso_0045			FALSE	0.295	49.000	0.000	NA		NA
1778955	1778956	Meso_0046	Meso_0047			TRUE	0.942	-3.000	0.000	NA		NA
1778956	1778957	Meso_0047	Meso_0048			FALSE	0.119	465.000	0.000	0.003		NA
1778957	1778958	Meso_0048	Meso_0049			FALSE	0.038	430.000	0.000	1.000		NA
1778958	1778959	Meso_0049	Meso_0050			FALSE	0.151	117.000	0.000	1.000	N	NA
1778959	1778960	Meso_0050	Meso_0051			FALSE	0.178	97.000	0.000	1.000	N	NA
1778961	1778962	Meso_0052	Meso_0053			TRUE	0.950	-3.000	0.000	1.000	N	NA
1778962	1778963	Meso_0053	Meso_0054			TRUE	0.707	56.000	0.000	1.000	Y	NA
1778963	1778964	Meso_0054	Meso_0055			TRUE	0.950	-3.000	0.000	1.000	N	NA
1778964	1778965	Meso_0055	Meso_0056			TRUE	0.950	-3.000	0.000	1.000	N	NA
1778966	1778967	Meso_0057	Meso_0058			FALSE	0.150	118.000	0.000	1.000	N	NA
1778967	1778968	Meso_0058	Meso_0059			TRUE	0.742	138.000	0.025	0.001	Y	NA
1778968	1778969	Meso_0059	Meso_0060			TRUE	0.994	23.000	0.525	0.001	Y	NA
1778969	1778970	Meso_0060	Meso_0061			FALSE	0.082	186.000	0.000	NA		NA
1778971	1778972	Meso_0062	Meso_0063			FALSE	0.145	132.000	0.000	1.000		NA
1778972	1778973	Meso_0063	Meso_0064			TRUE	0.999	-3.000	0.500	0.012		NA
1778973	1778974	Meso_0064	Meso_0065			TRUE	0.998	3.000	0.560	1.000	Y	NA
1778974	1778975	Meso_0065	Meso_0066			TRUE	0.999	0.000	0.779	0.084	Y	NA
1778975	1778976	Meso_0066	Meso_0067			TRUE	0.790	117.000	0.097	0.084	Y	NA
1778977	1778978	Meso_0068	Meso_0069			FALSE	0.040	385.000	0.000	1.000		NA
1778982	1778983	Meso_0073	Meso_0074			FALSE	0.075	217.000	0.000	1.000	N	NA
1778983	1778984	Meso_0074	Meso_0075			TRUE	0.999	4.000	0.667	0.084	Y	NA
1778984	1778985	Meso_0075	Meso_0076			TRUE	0.950	-3.000	0.000	1.000	N	NA
1778985	1778986	Meso_0076	Meso_0077			TRUE	0.985	-3.000	0.000	0.007	N	NA
1778986	1778987	Meso_0077	Meso_0078			TRUE	0.979	-3.000	0.067	NA		NA
1778987	1778988	Meso_0078	Meso_0079			TRUE	0.452	26.000	0.000	NA		NA
1778989	1778990	Meso_0080	Meso_0081			FALSE	0.022	1116.000	0.000	NA		NA
1778990	1778991	Meso_0081	Meso_0082			FALSE	0.024	623.000	0.000	NA		NA
1778991	1778992	Meso_0082	Meso_0083			FALSE	0.126	124.000	0.000	NA		NA
1778992	1778993	Meso_0083	Meso_0084			FALSE	0.113	141.000	0.000	NA		NA
1778994	1778995	Meso_0085	Meso_0086			TRUE	0.838	-21.000	0.000	NA		NA
1778996	1778997	Meso_0087	Meso_0088			FALSE	0.113	141.000	0.000	NA		NA
1779000	1779001	Meso_0091	Meso_0092			TRUE	0.688	111.000	0.367	NA		NA
1779002	1779003	Meso_0093	Meso_0094			TRUE	0.985	-3.000	0.108	NA		NA
1501850	1779006	Meso_R0003	Meso_0097			FALSE	0.137	113.000	0.000	NA		NA
1779007	1779008	Meso_0098	Meso_0099			FALSE	0.055	289.000	0.000	1.000		NA
1779008	1779009	Meso_0099	Meso_0100			FALSE	0.079	190.000	0.000	NA		NA
1779009	1779010	Meso_0100	Meso_0101			FALSE	0.170	91.000	0.000	NA		NA
1779010	1779011	Meso_0101	Meso_0102			TRUE	0.942	-3.000	0.000	NA		NA
1779011	1779012	Meso_0102	Meso_0103			TRUE	0.942	-3.000	0.000	NA		NA
1779012	1779013	Meso_0103	Meso_0104			TRUE	0.907	0.000	0.000	NA		NA
1779013	1779014	Meso_0104	Meso_0105			TRUE	0.942	-3.000	0.000	NA		NA
1779014	1779015	Meso_0105	Meso_0106			TRUE	0.808	5.000	0.000	NA		NA
1779015	1779016	Meso_0106	Meso_0107			TRUE	0.983	0.000	0.000	NA	Y	NA
1779016	1779017	Meso_0107	Meso_0108			TRUE	0.898	-7.000	0.000	NA		NA
1779017	1779018	Meso_0108	Meso_0109			TRUE	0.852	3.000	0.000	NA		NA
1779018	1779019	Meso_0109	Meso_0110			TRUE	0.885	-13.000	0.000	1.000		NA
1779019	1779020	Meso_0110	Meso_0111			TRUE	0.822	64.000	0.000	0.010	Y	NA
1779020	1779021	Meso_0111	Meso_0112			TRUE	0.974	3.000	0.000	1.000	Y	NA
1779021	1779022	Meso_0112	Meso_0113			TRUE	0.991	-3.000	0.000	1.000	Y	NA
1779022	1779023	Meso_0113	Meso_0114			FALSE	0.219	306.000	0.000	1.000	Y	NA
1779023	1779024	Meso_0114	Meso_0115			TRUE	0.414	101.000	0.000	0.012		NA
1779024	1779025	Meso_0115	Meso_0116			TRUE	0.942	-3.000	0.000	NA		NA
1779025	1779026	Meso_0116	Meso_0117			TRUE	0.417	31.000	0.000	NA		NA
1779026	1779027	Meso_0117	Meso_0118			FALSE	0.360	129.000	0.000	0.010		NA
1779027	1779028	Meso_0118	Meso_0119			TRUE	0.809	21.000	0.000	0.010		NA
1779028	1779029	Meso_0119	Meso_0120			FALSE	0.041	306.000	0.000	NA		NA
1779029	1779030	Meso_0120	Meso_0121			FALSE	0.142	109.000	0.000	NA		NA
1779031	1779032	Meso_0122	Meso_0123			FALSE	0.295	49.000	0.000	NA		NA
1779032	1779033	Meso_0123	Meso_0124			FALSE	0.092	168.000	0.000	NA		NA
1779033	1779034	Meso_0124	Meso_0125			TRUE	0.594	14.000	0.000	NA		NA
1779034	1779035	Meso_0125	Meso_0126			FALSE	0.100	176.000	0.000	1.000	N	NA
1779035	1779036	Meso_0126	Meso_0127			TRUE	0.991	-3.000	0.000	1.000	Y	NA
1779037	1779038	Meso_0128	Meso_0129			TRUE	0.985	-10.000	0.236	1.000	N	NA
1779038	1779039	Meso_0129	Meso_0130			TRUE	0.981	11.000	0.545	1.000		NA
1779039	1779040	Meso_0130	Meso_0131			TRUE	0.998	-3.000	0.547	1.000		NA
1779040	1779041	Meso_0131	Meso_0132			TRUE	0.972	2.000	0.019	0.007	N	NA
1779043	1779044	Meso_0134	Meso_0135			TRUE	0.997	-3.000	0.091	0.084	Y	NA
1779044	1779045	Meso_0135	Meso_0136			TRUE	0.990	-7.000	0.052	1.000	Y	NA
1779045	1779046	Meso_0136	Meso_0137			FALSE	0.028	765.000	0.000	1.000		NA
1779048	1779049	Meso_0139	Meso_0140			TRUE	0.594	18.000	0.000	1.000		NA
1779050	1779051	Meso_0141	Meso_0142			FALSE	0.108	176.000	0.000	1.000		NA
1779051	1779052	Meso_0142	Meso_0143			TRUE	0.643	12.000	0.000	NA		NA
1779052	1779053	Meso_0143	Meso_0144			FALSE	0.024	542.000	0.000	NA	N	NA
1779053	1779054	Meso_0144	Meso_0145			TRUE	0.884	9.000	0.071	NA	N	NA
1779054	1779055	Meso_0145	Meso_0146			TRUE	0.999	-3.000	0.500	NA	Y	NA
1779055	1779056	Meso_0146	Meso_0147			TRUE	0.987	4.000	0.400	NA		NA
1779056	1779057	Meso_0147	Meso_0148			FALSE	0.267	106.000	0.043	NA		NA
1779059	1779060	Meso_0150	Meso_0151			TRUE	0.546	21.000	0.000	1.000	N	NA
1779062	1779063	Meso_0153	Meso_0154			FALSE	0.175	106.000	0.000	1.000		NA
1779064	1779065	Meso_0155	Meso_0156			TRUE	0.942	-3.000	0.000	NA		NA
1779066	1779067	Meso_0157	Meso_0158			TRUE	0.896	61.000	0.202	1.000	Y	NA
1779067	1779068	Meso_0158	Meso_0159			TRUE	0.989	0.000	0.032	1.000	Y	NA
1779068	1779069	Meso_0159	Meso_0160			FALSE	0.230	182.000	0.074	1.000	N	NA
1779069	1779070	Meso_0160	Meso_0161			TRUE	0.948	101.000	0.706	1.000	Y	NA
1779070	1779071	Meso_0161	Meso_0162			FALSE	0.164	115.000	0.000	1.000		NA
1779072	1779073	Meso_0163	Meso_0164			TRUE	0.957	67.000	0.541	1.000	Y	NA
1779073	1779074	Meso_0164	Meso_0165			TRUE	0.998	3.000	0.545	1.000	Y	NA
1779074	1779075	Meso_0165	Meso_0166			TRUE	0.999	3.000	0.758	0.084	Y	NA
1779078	1779079	Meso_0169	Meso_0170			TRUE	0.788	61.000	0.000	0.084	Y	NA
1779079	1779080	Meso_0170	Meso_0171			FALSE	0.136	174.000	0.017	1.000	N	NA
1779081	1501927	Meso_0172	Meso_R0004			FALSE	0.065	220.000	0.000	NA		NA
1501927	1779082	Meso_R0004	Meso_0173			FALSE	0.030	424.000	0.000	NA		NA
1779084	1779085	Meso_0175	Meso_0176			TRUE	0.994	-3.000	0.268	1.000	N	NA
1779085	1779086	Meso_0176	Meso_0177			FALSE	0.121	256.000	0.056	NA		NA
1779086	1779087	Meso_0177	Meso_0178			FALSE	0.333	133.000	0.098	NA		NA
1779087	1779088	Meso_0178	Meso_0179			TRUE	0.942	10.000	0.195	NA		NA
1779088	1779089	Meso_0179	Meso_0180			TRUE	0.440	150.000	0.000	1.000	Y	NA
1779090	1779091	Meso_0181	Meso_0182			FALSE	0.138	112.000	0.000	NA		NA
1779091	1779092	Meso_0182	Meso_0183			FALSE	0.171	113.000	0.005	1.000	N	NA
1779094	1779095	Meso_0185	Meso_0186			TRUE	0.949	4.000	0.102	NA		NA
1779095	1779096	Meso_0186	Meso_0187			TRUE	0.878	21.000	0.207	NA	N	NA
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1779996	1779997	Meso_1095	Meso_1096			TRUE	0.998	-3.000	0.104	0.075	Y	NA
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1780165	1780166	Meso_1265	Meso_1266			FALSE	0.193	75.000	0.000	NA	N	NA
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1780169	1780170	Meso_1269	Meso_1270			FALSE	0.056	287.000	0.005	1.000	N	NA
1780170	1780171	Meso_1270	Meso_1271			FALSE	0.169	85.000	0.000	NA	N	NA
1780172	1780173	Meso_1272	Meso_1273			FALSE	0.339	185.000	0.147	1.000	N	NA
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1780176	1780177	Meso_1276	Meso_1277			TRUE	0.725	28.000	0.093	NA	N	NA
1780177	1780178	Meso_1277	Meso_1278			FALSE	0.337	47.000	0.006	NA		NA
1780178	1780179	Meso_1278	Meso_1279			TRUE	0.936	0.000	0.020	NA		NA
1780179	1780180	Meso_1279	Meso_1280			TRUE	0.986	60.000	0.656	0.001	Y	NA
1780180	1780181	Meso_1280	Meso_1281			TRUE	0.986	19.000	0.460	1.000	Y	NA
1780185	1780186	Meso_1285	Meso_1286			FALSE	0.159	100.000	0.003	NA		NA
1780186	1780187	Meso_1286	Meso_1287			TRUE	0.452	26.000	0.000	NA		NA
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1780189	1780190	Meso_1289	Meso_1290			TRUE	0.842	20.000	0.117	1.000		NA
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1781107	1781108	Meso_2211	Meso_2212			FALSE	0.175	89.000	0.000	NA		NA
1781110	1781111	Meso_2214	Meso_2215			FALSE	0.064	222.000	0.000	NA		NA
1781115	1781116	Meso_2219	Meso_2220			FALSE	0.026	817.000	0.000	1.000	N	NA
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1781117	1781118	Meso_2221	Meso_2222			FALSE	0.291	50.000	0.000	NA		NA
1781118	1781119	Meso_2222	Meso_2223			TRUE	0.996	-10.000	0.125	0.013	Y	NA
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1781121	1781122	Meso_2226	Meso_2227			FALSE	0.246	76.000	0.000	1.000		NA
1781124	1781125	Meso_2229	Meso_2230			FALSE	0.152	100.000	0.000	NA		NA
1781126	1781127	Meso_2231	Meso_2232			TRUE	0.584	17.000	0.000	1.000	N	NA
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1781129	1781130	Meso_2234	Meso_2235			FALSE	0.305	54.000	0.000	1.000	N	NA
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1781132	1781133	Meso_2237	Meso_2238			TRUE	0.509	26.000	0.000	1.000		NA
1781134	1781135	Meso_2239	Meso_2240			TRUE	0.991	2.000	0.100	1.000	Y	NA
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1782029	1782030	Meso_3153	Meso_3154			FALSE	0.331	52.000	0.000	1.000		NA
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