MicrobesOnline Operon Predictions for Mycoplasma hyopneumoniae J

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column Description
Gene1 VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1 Systematic name of 1st gene in pair
Name1 Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2 VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2 Systematic name of 2nd gene in pair
Name2 Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim Whether the genes share a COG category or not
ExprSim Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

 Gene1 Gene2 SysName1 SysName2 Name1 Name2 bOp pOp Sep MOGScore GOScore COGSim ExprSim
 867263 867264 MHJ_0001 MHJ_0002 dnaA dnaN TRUE 0.667 145.000 0.004 1.000 Y NA
 867264 867265 MHJ_0002 MHJ_0003 dnaN gidA FALSE 0.136 131.000 0.000 1.000 N NA
 867265 867266 MHJ_0003 MHJ_0004 gidA   TRUE 0.970 12.000 0.010 NA   NA
 867266 867267 MHJ_0004 MHJ_0005     TRUE 0.944 14.000 0.004 NA   NA
 867267 867268 MHJ_0005 MHJ_0006     TRUE 0.995 2.000 0.583 0.011   NA
 867268 867269 MHJ_0006 MHJ_0007     TRUE 0.646 28.000 0.000 NA   NA
 867269 867270 MHJ_0007 MHJ_0008   ftsY FALSE 0.218 90.000 0.000 NA   NA
 867270 867271 MHJ_0008 MHJ_0009 ftsY   FALSE 0.065 166.000 0.000 1.000   NA
 867271 867272 MHJ_0009 MHJ_0010   hrcA FALSE 0.119 85.000 0.000 1.000   NA
 867272 867273 MHJ_0010 MHJ_0011 hrcA grpE TRUE 0.993 -3.000 0.015 1.000 N NA
 867273 867274 MHJ_0011 MHJ_0012 grpE argS TRUE 0.964 -16.000 0.002 1.000 N NA
 867274 867275 MHJ_0012 MHJ_0013 argS   TRUE 0.973 5.000 0.010 1.000   NA
 867275 867276 MHJ_0013 MHJ_0014   fba TRUE 0.879 73.000 0.043 1.000   NA
 867276 867277 MHJ_0014 MHJ_0015 fba rluC TRUE 0.961 7.000 0.005 1.000 N NA
 867278 867279 MHJ_0016 MHJ_0017     FALSE 0.133 390.000 0.000 NA   NA
 867279 867280 MHJ_0017 MHJ_0018     FALSE 0.142 146.000 0.000 NA   NA
 867280 867281 MHJ_0018 MHJ_0019     FALSE 0.080 194.000 0.000 0.057 N NA
 867281 867282 MHJ_0019 MHJ_0020     TRUE 0.436 74.000 0.000 0.057 Y NA
 867282 867283 MHJ_0020 MHJ_0021     TRUE 0.918 -13.000 0.000 NA   NA
 867284 867285 MHJ_0022 MHJ_0023 sipS gatC FALSE 0.066 163.000 0.000 1.000   NA
 867285 867286 MHJ_0023 MHJ_0024 gatC gatA TRUE 0.997 -10.000 0.643 0.007   NA
 867286 867287 MHJ_0024 MHJ_0025 gatA gatB TRUE 0.999 -7.000 0.492 0.007 Y NA
 867287 867288 MHJ_0025 MHJ_0026 gatB   FALSE 0.127 231.000 0.000 NA   NA
 867289 867290 MHJ_0027 MHJ_0028 lsp ileS TRUE 0.949 44.000 0.019 1.000 N NA
 867290 867291 MHJ_0028 MHJ_0029 ileS parC TRUE 0.974 -3.000 0.003 1.000 N NA
 867291 867292 MHJ_0029 MHJ_0030 parC parE TRUE 0.999 -7.000 0.552 0.009 Y NA
 867293 867294 MHJ_0031 MHJ_0032 gap   FALSE 0.191 99.000 0.000 NA   NA
 867295 867296 MHJ_0033 MHJ_0034 vacB cls FALSE 0.115 299.000 0.000 1.000 N NA
 867296 867297 MHJ_0034 MHJ_0035 cls recA TRUE 0.930 5.000 0.002 1.000 N NA
 867298 867299 MHJ_0036 MHJ_0037 licA obg TRUE 0.918 2.000 0.002 1.000   NA
 867299 867300 MHJ_0037 MHJ_0038 obg   FALSE 0.183 103.000 0.000 NA   NA
 867300 867301 MHJ_0038 MHJ_0039     TRUE 0.846 4.000 0.000 NA   NA
 867301 867302 MHJ_0039 MHJ_0040     TRUE 0.997 2.000 0.600 NA   NA
 867302 867303 MHJ_0040 MHJ_0041   dinP TRUE 0.654 27.000 0.000 NA   NA
 867303 867304 MHJ_0041 MHJ_0042 dinP   TRUE 0.825 5.000 0.000 NA   NA
 867304 867305 MHJ_0042 MHJ_0043   atpB TRUE 0.984 -3.000 0.005 NA   NA
 867305 867306 MHJ_0043 MHJ_0044 atpB atpE TRUE 0.988 28.000 0.085 0.020 Y NA
 867306 867307 MHJ_0044 MHJ_0045 atpE atpF TRUE 0.992 30.000 0.500 0.020 Y NA
 867307 867308 MHJ_0045 MHJ_0046 atpF atpH TRUE 0.992 6.000 0.022 0.020 Y NA
 867308 867309 MHJ_0046 MHJ_0047 atpH atpA-1 TRUE 0.993 16.000 0.864 0.020 Y NA
 867309 867310 MHJ_0047 MHJ_0048 atpA-1 atpG TRUE 0.990 29.000 0.846 0.020 Y NA
 867310 867311 MHJ_0048 MHJ_0049 atpG atpD TRUE 0.994 18.000 0.724 0.020 Y NA
 867311 867312 MHJ_0049 MHJ_0050 atpD   FALSE 0.063 356.000 0.000 1.000   NA
 867312 867313 MHJ_0050 MHJ_0051   rpsB FALSE 0.061 277.000 0.000 1.000   NA
 867313 867314 MHJ_0051 MHJ_0052 rpsB tsf TRUE 0.992 31.000 0.748 1.000 Y NA
 867314 867315 MHJ_0052 MHJ_0053 tsf ffh TRUE 0.371 85.000 0.002 1.000 N NA
 867315 867316 MHJ_0053 MHJ_0054 ffh glyS TRUE 0.792 25.000 0.002 1.000 N NA
 867316 867317 MHJ_0054 MHJ_0055 glyS dnaG TRUE 0.995 -7.000 0.019 1.000 N NA
 867317 867318 MHJ_0055 MHJ_0056 dnaG rpoD TRUE 0.867 582.000 0.205 1.000 N NA
 867318 867319 MHJ_0056 MHJ_0057 rpoD   TRUE 0.985 7.000 0.016 NA   NA
 867319 867320 MHJ_0057 MHJ_0058   nfo TRUE 0.982 -6.000 0.004 NA   NA
 867320 867321 MHJ_0058 MHJ_0059 nfo tyrS TRUE 0.931 16.000 0.004 1.000 N NA
 867321 867322 MHJ_0059 MHJ_0060 tyrS   FALSE 0.120 407.000 0.000 1.000 N NA
 867322 867323 MHJ_0060 MHJ_0061     FALSE 0.061 243.000 0.000 1.000   NA
 867325 867326 MHJ_0063 MHJ_0064 dnaK dnaJ FALSE 0.213 211.000 0.000 0.009 Y NA
 867326 867327 MHJ_0064 MHJ_0065 dnaJ cmk TRUE 0.358 59.000 0.000 1.000 N NA
 867327 867328 MHJ_0065 MHJ_0066 cmk engA TRUE 0.978 15.000 0.060 0.036   NA
 867328 867329 MHJ_0066 MHJ_0067 engA himA TRUE 0.828 34.000 0.002 NA   NA
 867329 867330 MHJ_0067 MHJ_0068 himA   TRUE 0.861 3.000 0.000 NA   NA
 867330 867331 MHJ_0068 MHJ_0069   lepA TRUE 0.891 1.000 0.000 NA   NA
 867331 867332 MHJ_0069 MHJ_0070 lepA   TRUE 0.549 62.000 0.002 NA   NA
 867333 867334 MHJ_0071 MHJ_0072 fusA rpsG TRUE 0.996 10.000 0.579 1.000 Y NA
 867334 867335 MHJ_0072 MHJ_0073 rpsG rpsL TRUE 0.981 52.000 0.224 0.018 Y NA
 867335 867336 MHJ_0073 MHJ_0074 rpsL   FALSE 0.151 131.000 0.000 NA   NA
 867336 867337 MHJ_0074 MHJ_0075     TRUE 0.996 4.000 0.500 NA   NA
 867337 867338 MHJ_0075 MHJ_0076     TRUE 0.993 12.000 0.667 NA   NA
 867339 867340 MHJ_0077 MHJ_0078   nox FALSE 0.061 215.000 0.000 1.000   NA
 867341 867342 MHJ_0079 MHJ_0080 deoA deoD TRUE 0.992 5.000 0.013 1.000 Y NA
 867342 867343 MHJ_0080 MHJ_0081 deoD   TRUE 0.933 89.000 0.500 NA   NA
 867343 867344 MHJ_0081 MHJ_0082   secA TRUE 0.738 157.000 0.017 NA   NA
 867344 867345 MHJ_0082 MHJ_0677 secA   FALSE 0.129 311.000 0.000 NA   NA
 867345 867346 MHJ_0677 MHJ_0678     TRUE 0.880 2.000 0.000 NA   NA
 867346 867347 MHJ_0678 MHJ_0679     TRUE 0.861 3.000 0.000 NA   NA
 867347 867348 MHJ_0679 MHJ_0680     TRUE 0.453 52.000 0.000 NA   NA
 867348 867349 MHJ_0680 MHJ_0681     TRUE 0.825 5.000 0.000 NA   NA
 867349 867350 MHJ_0681 MHJ_0682     TRUE 0.432 56.000 0.000 NA   NA
 867350 867351 MHJ_0682 MHJ_0683     TRUE 0.825 5.000 0.000 NA   NA
 867351 867352 MHJ_0683 MHJ_0684     TRUE 0.796 7.000 0.000 NA   NA
 867352 867353 MHJ_0684 MHJ_0685     FALSE 0.237 82.000 0.000 NA   NA
 867355 867356 MHJ_0084 MHJ_0085     TRUE 0.569 38.000 0.000 NA   NA
 867357 867358 MHJ_0086 MHJ_0087     FALSE 0.199 97.000 0.000 NA   NA
 867359 867360 MHJ_0088 MHJ_0089 uvrA   TRUE 0.776 23.000 0.002 1.000   NA
 867360 867361 MHJ_0089 MHJ_0090     FALSE 0.128 208.000 0.000 NA   NA
 867364 867365 MHJ_0686 MHJ_0093   tpx FALSE 0.146 139.000 0.000 NA   NA
 867365 867366 MHJ_0093 MHJ_0094 tpx lgt FALSE 0.127 574.000 0.000 1.000 N NA
 867366 867367 MHJ_0094 MHJ_0095 lgt trxB TRUE 0.834 159.000 0.101 1.000 N NA
 867367 867368 MHJ_0095 MHJ_0096 trxB   TRUE 0.972 25.000 0.017 NA   NA
 867368 867369 MHJ_0096 MHJ_0097     FALSE 0.191 99.000 0.000 NA   NA
 867371 867372 MHJ_0099 MHJ_0100 tpiA rpsO TRUE 0.310 119.000 0.002 1.000 N NA
 867372 867373 MHJ_0100 MHJ_0101 rpsO rnpB FALSE 0.151 131.000 0.000 NA   NA
 867373 867374 MHJ_0101 MHJ_0102 rnpB   FALSE 0.144 619.000 0.000 NA   NA
 867375 867376 MHJ_0103 MHJ_0104     FALSE 0.127 227.000 0.000 NA   NA
 867376 867377 MHJ_0104 MHJ_0105     TRUE 0.695 21.000 0.000 NA   NA
 867377 867378 MHJ_0105 MHJ_0106   gyrB FALSE 0.128 278.000 0.000 NA   NA
 867378 867379 MHJ_0106 MHJ_0107 gyrB pfkA FALSE 0.123 474.000 0.000 1.000 N NA
 867379 867380 MHJ_0107 MHJ_0687 pfkA   TRUE 0.355 62.000 0.000 NA   NA
 867380 867381 MHJ_0687 MHJ_0688     TRUE 0.846 4.000 0.000 NA   NA
 867382 867383 MHJ_0108 MHJ_0109     TRUE 0.959 64.000 0.667 NA   NA
 867383 867384 MHJ_0109 MHJ_0110   apt TRUE 0.677 19.000 0.000 1.000 N NA
 867384 867385 MHJ_0110 MHJ_0111 apt pdhA FALSE 0.117 190.000 0.000 1.000 N NA
 867385 867386 MHJ_0111 MHJ_0112 pdhA pdhB TRUE 0.998 0.000 0.458 0.004 Y NA
 867388 867389 MHJ_0113 MHJ_0114     TRUE 0.771 9.000 0.000 NA   NA
 867391 867392 MHJ_0116 MHJ_0117     TRUE 0.825 5.000 0.000 NA   NA
 867393 867394 MHJ_0118 MHJ_0119 rpmB rplT TRUE 0.796 56.000 0.002 0.076 Y NA
 867394 867395 MHJ_0119 MHJ_0120 rplT rpmI TRUE 0.951 45.000 0.928 0.076   NA
 867395 867396 MHJ_0120 MHJ_0121 rpmI infC TRUE 0.997 -7.000 0.652 1.000   NA
 867396 867397 MHJ_0121 MHJ_0122 infC pyk FALSE 0.115 227.000 0.000 1.000 N NA
 867397 867398 MHJ_0122 MHJ_0123 pyk   TRUE 0.801 105.000 0.019 NA   NA
 867400 867401 MHJ_0125 MHJ_0126   ung TRUE 0.966 52.000 0.125 1.000 N NA
 867402 867403 MHJ_0127 MHJ_0128 rplU rpmA TRUE 0.996 9.000 0.667 0.076 Y NA
 867405 867406 MHJ_0130 MHJ_0131 scr   TRUE 0.369 60.000 0.000 NA   NA
 867406 867407 MHJ_0131 MHJ_0132     FALSE 0.127 233.000 0.000 NA   NA
 867407 867408 MHJ_0132 MHJ_0133   ldh TRUE 0.902 125.000 0.133 NA N NA
 867410 867411 MHJ_0134 MHJ_0135   prfA FALSE 0.172 68.000 0.000 1.000   NA
 867411 867412 MHJ_0135 MHJ_0136 prfA hemK TRUE 0.998 -7.000 0.081 1.000 Y NA
 867412 867413 MHJ_0136 MHJ_0137 hemK gltX TRUE 0.632 58.000 0.000 1.000 Y NA
 867413 867414 MHJ_0137 MHJ_0138 gltX   TRUE 0.728 15.000 0.000 NA   NA
 867414 867415 MHJ_0138 MHJ_0139     FALSE 0.258 77.000 0.000 NA   NA
 867415 867416 MHJ_0139 MHJ_0140     TRUE 0.995 -4.000 0.014 0.006 Y NA
 867418 867419 MHJ_0141 MHJ_0142     TRUE 0.999 -16.000 0.273 0.004 Y NA
 867419 867420 MHJ_0142 MHJ_0143     TRUE 0.985 10.000 0.061 1.000   NA
 867420 867421 MHJ_0143 MHJ_0144     TRUE 0.535 16.000 0.000 1.000   NA
 867421 867422 MHJ_0144 MHJ_0145   tig TRUE 0.438 214.000 0.002 0.012 Y NA
 867423 867424 MHJ_0146 MHJ_0147   rpe TRUE 0.741 13.000 0.000 NA   NA
 867424 867425 MHJ_0147 MHJ_0148 rpe   TRUE 0.990 -7.000 0.012 1.000   NA
 867425 867426 MHJ_0148 MHJ_0149   gmk TRUE 0.951 1.000 0.002 1.000   NA
 867426 867427 MHJ_0149 MHJ_0150 gmk   TRUE 0.993 -19.000 0.009 NA N NA
 867427 867428 MHJ_0150 MHJ_0151     TRUE 0.954 27.000 0.002 NA Y NA
 867428 867429 MHJ_0151 MHJ_0152   era TRUE 0.794 480.000 0.108 1.000   NA
 867429 867430 MHJ_0152 MHJ_0153 era cdd TRUE 0.964 7.000 0.009 1.000   NA
 867430 867431 MHJ_0153 MHJ_0154 cdd   TRUE 0.982 0.000 0.004 NA   NA
 867431 867432 MHJ_0154 MHJ_0155     TRUE 0.887 18.000 0.002 NA   NA
 867432 867433 MHJ_0155 MHJ_0156     TRUE 0.995 2.000 0.077 NA   NA
 867434 867435 MHJ_0157 MHJ_0158 deoB   FALSE 0.117 328.000 0.000 1.000 N NA
 867435 867436 MHJ_0158 MHJ_0159   tlyA TRUE 0.364 434.000 0.003 0.052 N NA
 867436 867437 MHJ_0159 MHJ_0160 tlyA nifS TRUE 0.990 -7.000 0.010 1.000 N NA
 867437 867438 MHJ_0160 MHJ_0161 nifS   TRUE 0.997 -10.000 0.053 1.000 N NA
 867438 867439 MHJ_0161 MHJ_0162   rluB TRUE 0.985 -10.000 0.004 1.000 N NA
 867440 867441 MHJ_0163 MHJ_0164 rplQ rpoA TRUE 0.995 3.000 0.873 1.000 N NA
 867441 867442 MHJ_0164 MHJ_0165 rpoA rpsK TRUE 0.994 7.000 0.308 1.000 N NA
 867442 867443 MHJ_0165 MHJ_0166 rpsK rpsM TRUE 0.997 3.000 0.810 0.074 Y NA
 867443 867444 MHJ_0166 MHJ_0167 rpsM rpmJ TRUE 0.801 146.000 0.194 0.074   NA
 867444 867445 MHJ_0167 MHJ_0168 rpmJ infA TRUE 0.959 45.000 0.104 1.000   NA
 867445 867446 MHJ_0168 MHJ_0169 infA map TRUE 0.994 10.000 0.051 1.000 Y NA
 867446 867447 MHJ_0169 MHJ_0170 map adk TRUE 0.996 -9.000 0.041 1.000 N NA
 867447 867448 MHJ_0170 MHJ_0171 adk secY TRUE 0.944 46.000 0.019 1.000 N NA
 867448 867449 MHJ_0171 MHJ_0172 secY rplO TRUE 0.984 0.000 0.005 1.000 N NA
 867449 867450 MHJ_0172 MHJ_0173 rplO rpsE TRUE 0.933 119.000 0.148 1.000 Y NA
 867450 867451 MHJ_0173 MHJ_0174 rpsE rplR TRUE 0.998 2.000 0.814 1.000 Y NA
 867451 867452 MHJ_0174 MHJ_0175 rplR rplF TRUE 0.998 0.000 0.815 0.074 Y NA
 867452 867453 MHJ_0175 MHJ_0176 rplF rpsH TRUE 0.996 7.000 0.808 0.074 Y NA
 867453 867454 MHJ_0176 MHJ_0177 rpsH rpsN TRUE 0.997 6.000 0.473 0.074 Y NA
 867454 867455 MHJ_0177 MHJ_0178 rpsN rplE TRUE 0.985 47.000 0.496 0.074 Y NA
 867455 867456 MHJ_0178 MHJ_0179 rplE rplX TRUE 0.996 7.000 0.758 0.074 Y NA
 867456 867457 MHJ_0179 MHJ_0180 rplX rplN TRUE 0.997 5.000 0.810 1.000 Y NA
 867457 867458 MHJ_0180 MHJ_0181 rplN rpsQ TRUE 0.998 2.000 0.791 1.000 Y NA
 867458 867459 MHJ_0181 MHJ_0182 rpsQ rpmC TRUE 0.995 8.000 0.828 0.074 Y NA
 867459 867460 MHJ_0182 MHJ_0183 rpmC rplP TRUE 0.997 5.000 0.802 0.074 Y NA
 867460 867461 MHJ_0183 MHJ_0184 rplP rpsC TRUE 0.998 3.000 0.828 1.000 Y NA
 867461 867462 MHJ_0184 MHJ_0185 rpsC rplV TRUE 0.999 0.000 0.719 1.000 Y NA
 867462 867463 MHJ_0185 MHJ_0186 rplV rpsS TRUE 0.991 35.000 0.769 1.000 Y NA
 867463 867464 MHJ_0186 MHJ_0187 rpsS rplB TRUE 0.998 0.000 0.820 1.000 Y NA
 867464 867465 MHJ_0187 MHJ_0188 rplB rplW TRUE 0.910 123.000 0.849 0.052 Y NA
 867465 867466 MHJ_0188 MHJ_0189 rplW rplD TRUE 0.997 4.000 0.307 0.074 Y NA
 867466 867467 MHJ_0189 MHJ_0190 rplD rplC TRUE 0.995 17.000 0.544 0.074 Y NA
 867467 867468 MHJ_0190 MHJ_0191 rplC rpsJ TRUE 0.998 2.000 0.467 1.000 Y NA
 867470 867471 MHJ_0193 MHJ_0194     FALSE 0.134 412.000 0.000 NA   NA
 867471 867472 MHJ_0194 MHJ_0195     TRUE 0.695 21.000 0.000 NA   NA
 867474 867475 MHJ_0197 MHJ_0198 alaS   TRUE 0.983 15.000 0.032 1.000 N NA
 867475 867476 MHJ_0198 MHJ_0199     TRUE 0.807 6.000 0.000 NA   NA
 867476 867477 MHJ_0199 MHJ_0200   pth TRUE 0.611 34.000 0.000 NA   NA
 867477 867478 MHJ_0200 MHJ_0201 pth   TRUE 0.985 11.000 0.025 1.000 N NA
 867478 867479 MHJ_0201 MHJ_0202   ftsH TRUE 0.973 37.000 0.051 1.000 N NA
 867479 867480 MHJ_0202 MHJ_0203 ftsH lysS TRUE 0.441 119.000 0.003 1.000 N NA
 867480 867481 MHJ_0203 MHJ_0204 lysS   TRUE 0.975 2.000 0.005 1.000   NA
 867482 867483 MHJ_0205 MHJ_0206 trmE   TRUE 0.734 44.000 0.003 1.000   NA
 867484 867485 MHJ_0207 MHJ_0208   oppB-1 FALSE 0.136 459.000 0.000 NA   NA
 867485 867486 MHJ_0208 MHJ_0209 oppB-1 oppC-1 TRUE 0.991 18.000 1.000 0.040 Y NA
 867486 867487 MHJ_0209 MHJ_0210 oppC-1 oppD-1 TRUE 0.960 86.000 0.692 1.000 Y NA
 867487 867488 MHJ_0210 MHJ_0211 oppD-1 oppF-1 TRUE 0.782 176.000 0.769 0.008   NA
 867488 867489 MHJ_0211 MHJ_0212 oppF-1   TRUE 0.995 2.000 0.167 1.000   NA
 867489 867490 MHJ_0212 MHJ_0213     TRUE 0.985 20.000 0.167 1.000   NA
 867491 867492 MHJ_0214 MHJ_0215   nrdE FALSE 0.153 938.000 0.000 NA   NA
 867492 867493 MHJ_0215 MHJ_0216 nrdE nrdI TRUE 0.965 77.000 1.000 NA Y NA
 867493 867494 MHJ_0216 MHJ_0217 nrdI nrdF TRUE 0.999 2.000 0.643 NA Y NA
 867494 867495 MHJ_0217 MHJ_0218 nrdF glyA FALSE 0.131 699.000 0.000 1.000 N NA
 867496 867497 MHJ_0219 MHJ_0220   iolC TRUE 0.887 0.000 0.000 1.000 N NA
 867497 867498 MHJ_0220 MHJ_0221 iolC iolB TRUE 0.993 5.000 0.241 1.000   NA
 867498 867499 MHJ_0221 MHJ_0222 iolB   TRUE 0.985 8.000 0.042 1.000   NA
 867499 867500 MHJ_0222 MHJ_0223   iolD TRUE 0.996 0.000 0.140 1.000   NA
 867500 867501 MHJ_0223 MHJ_0224 iolD iolE TRUE 0.990 9.000 0.081 1.000 N NA
 867501 867502 MHJ_0224 MHJ_0225 iolE mglA TRUE 0.787 36.000 0.000 1.000 Y NA
 867502 867503 MHJ_0225 MHJ_0226 mglA   TRUE 0.307 835.000 0.000 1.000 Y NA
 867503 867504 MHJ_0226 MHJ_0227   rbsB TRUE 0.891 23.000 0.000 NA Y NA
 867504 867505 MHJ_0227 MHJ_0228 rbsB   TRUE 0.678 23.000 0.000 NA   NA
 867506 867507 MHJ_0229 MHJ_0230     TRUE 0.846 4.000 0.000 NA   NA
 867507 867508 MHJ_0230 MHJ_0231     FALSE 0.132 378.000 0.000 NA   NA
 867508 867509 MHJ_0231 MHJ_0232     TRUE 0.755 11.000 0.000 NA   NA
 867510 867511 MHJ_0233 MHJ_0234 secD hisS TRUE 0.537 89.000 0.003 1.000 N NA
 867511 867512 MHJ_0234 MHJ_0235 hisS aspS TRUE 0.995 11.000 0.161 0.076 Y NA
 867512 867513 MHJ_0235 MHJ_0236 aspS   TRUE 0.382 75.000 0.000 NA N NA
 867513 867514 MHJ_0236 MHJ_0237   rpsT FALSE 0.144 140.000 0.000 NA   NA
 867515 867516 MHJ_0238 MHJ_0239     TRUE 0.303 45.000 0.000 1.000   NA
 867516 867517 MHJ_0239 MHJ_0240     TRUE 0.981 39.000 1.000 NA N NA
 867517 867518 MHJ_0240 MHJ_0241   smf FALSE 0.193 308.000 0.000 NA N NA
 867519 867520 MHJ_0242 MHJ_0243 eno serS TRUE 0.926 9.000 0.003 1.000 N NA
 867520 867521 MHJ_0243 MHJ_0244 serS   FALSE 0.243 80.000 0.000 NA   NA
 867522 867523 MHJ_0245 MHJ_0246 lip lplA TRUE 0.996 1.000 0.400 1.000   NA
 867523 867524 MHJ_0246 MHJ_0247 lplA   TRUE 0.992 14.000 0.333 NA   NA
 867525 867526 MHJ_0248 MHJ_0249 dnaX   TRUE 0.977 38.000 0.100 NA   NA
 867526 867527 MHJ_0249 MHJ_0250   recR TRUE 0.997 3.000 0.604 NA   NA
 867527 867528 MHJ_0250 MHJ_0251 recR tmk TRUE 0.993 -3.000 0.015 1.000 N NA
 867528 867529 MHJ_0251 MHJ_0252 tmk   TRUE 0.973 41.000 0.254 1.000   NA
 867529 867530 MHJ_0252 MHJ_0253     TRUE 0.681 130.000 0.016 1.000   NA
 867530 867531 MHJ_0253 MHJ_0254   hpt TRUE 0.419 33.000 0.000 1.000   NA
 867531 867532 MHJ_0254 MHJ_0255 hpt   TRUE 0.951 30.000 0.011 1.000 N NA
 867532 867533 MHJ_0255 MHJ_0256     TRUE 0.999 -27.000 0.713 0.048 Y NA
 867533 867534 MHJ_0256 MHJ_0257     TRUE 0.998 -10.000 0.095 1.000 Y NA
 867534 867535 MHJ_0257 MHJ_0258   lig TRUE 0.983 1.000 0.005 1.000 N NA
 867535 867536 MHJ_0258 MHJ_0259 lig   TRUE 0.301 70.000 0.000 NA   NA
 867538 867539 MHJ_0261 MHJ_0262 smpB   TRUE 0.958 0.000 0.002 1.000 N NA
 867540 867541 MHJ_0263 MHJ_0264     FALSE 0.191 99.000 0.000 NA   NA
 867542 867543 MHJ_0265 MHJ_0266 pheS pheT TRUE 0.961 11.000 0.004 0.004 Y NA
 867543 867544 MHJ_0266 MHJ_0267 pheT rpmF TRUE 0.612 59.000 0.000 1.000 Y NA
 867544 867545 MHJ_0267 MHJ_0692 rpmF   FALSE 0.167 119.000 0.000 NA   NA
 867545 867546 MHJ_0692 MHJ_0693     TRUE 0.846 4.000 0.000 NA   NA
 867546 867547 MHJ_0693 MHJ_0694     TRUE 0.783 8.000 0.000 NA   NA
 867547 867548 MHJ_0694 MHJ_0695     TRUE 0.825 5.000 0.000 NA   NA
 867548 867549 MHJ_0695 MHJ_0696     TRUE 0.596 36.000 0.000 NA   NA
 867549 867550 MHJ_0696 MHJ_0268   truB TRUE 0.310 69.000 0.000 NA   NA
 867550 867551 MHJ_0268 MHJ_0269 truB   TRUE 0.991 2.000 0.022 1.000   NA
 867551 867552 MHJ_0269 MHJ_0270     TRUE 0.994 -7.000 0.037 1.000   NA
 867555 867556 MHJ_0273 MHJ_0274 pgsA   TRUE 0.861 3.000 0.000 NA   NA
 867556 867557 MHJ_0274 MHJ_0275   topA TRUE 0.627 31.000 0.000 NA   NA
 867557 867558 MHJ_0275 MHJ_0276 topA rplS TRUE 0.902 -7.000 0.000 1.000 N NA
 867558 867559 MHJ_0276 MHJ_0277 rplS trmD TRUE 0.986 54.000 0.567 1.000 Y NA
 867559 867560 MHJ_0277 MHJ_0278 trmD rpsP TRUE 0.990 22.000 0.033 1.000 Y NA
 867560 867561 MHJ_0278 MHJ_0279 rpsP   FALSE 0.128 288.000 0.000 NA   NA
 867561 867562 MHJ_0279 MHJ_0280     FALSE 0.137 160.000 0.000 NA   NA
 867562 867563 MHJ_0280 MHJ_0281     FALSE 0.127 238.000 0.000 NA   NA
 867563 867564 MHJ_0281 MHJ_0282     TRUE 0.846 4.000 0.000 NA   NA
 867566 867567 MHJ_0284 MHJ_0285 ychF rpsR TRUE 0.941 10.000 0.002 1.000 Y NA
 867567 867568 MHJ_0285 MHJ_0286 rpsR ssb TRUE 0.953 18.000 0.008 1.000 N NA
 867568 867569 MHJ_0286 MHJ_0287 ssb rpsF TRUE 0.683 18.000 0.000 1.000 N NA
 867569 867570 MHJ_0287 MHJ_0288 rpsF   FALSE 0.146 706.000 0.000 NA   NA
 867570 867571 MHJ_0288 MHJ_0289     TRUE 0.551 39.000 0.000 NA   NA
 867572 867573 MHJ_0290 MHJ_0291     FALSE 0.152 851.000 0.000 NA   NA
 867573 867574 MHJ_0291 MHJ_0292     FALSE 0.139 156.000 0.000 NA   NA
 867574 867575 MHJ_0292 MHJ_0293     TRUE 0.386 59.000 0.000 NA   NA
 867575 867576 MHJ_0293 MHJ_0294     FALSE 0.139 153.000 0.000 NA   NA
 867576 867577 MHJ_0294 MHJ_0295   ugpQ TRUE 0.998 -7.000 0.778 1.000 N NA
 867577 867578 MHJ_0295 MHJ_0296 ugpQ   TRUE 0.825 5.000 0.000 NA   NA
 867579 867580 MHJ_0297 MHJ_0298     FALSE 0.163 77.000 0.000 0.024 N NA
 867580 867581 MHJ_0298 MHJ_0299     TRUE 0.920 -34.000 0.000 NA   NA
 867583 867584 MHJ_0301 MHJ_0302 baiH lplA-1 TRUE 0.995 3.000 0.100 1.000 N NA
 867584 867585 MHJ_0302 MHJ_0303 lplA-1   TRUE 0.994 3.000 0.071 1.000 N NA
 867585 867586 MHJ_0303 MHJ_0304     TRUE 0.997 2.000 0.214 1.000 N NA
 867587 867588 MHJ_0305 MHJ_0306     TRUE 0.861 3.000 0.000 NA   NA
 867588 867589 MHJ_0306 MHJ_0307     TRUE 0.339 92.000 0.000 0.024 Y NA
 867589 867590 MHJ_0307 MHJ_0308     FALSE 0.140 150.000 0.000 NA   NA
 867590 867591 MHJ_0308 MHJ_0309     TRUE 0.825 5.000 0.000 NA   NA
 867593 867594 MHJ_0311 MHJ_0312     TRUE 0.701 20.000 0.000 NA   NA
 867594 867595 MHJ_0312 MHJ_0313     FALSE 0.136 454.000 0.000 NA   NA
 867596 867597 MHJ_0314 MHJ_0315     TRUE 0.825 5.000 0.000 NA   NA
 867599 867600 MHJ_0317 MHJ_0318     TRUE 0.341 63.000 0.000 NA   NA
 867600 867601 MHJ_0318 MHJ_0319     TRUE 0.994 9.000 0.400 NA   NA
 867601 867602 MHJ_0319 MHJ_0320     FALSE 0.141 148.000 0.000 NA   NA
 867602 867603 MHJ_0320 MHJ_0321     TRUE 0.901 88.000 1.000 NA   NA
 867603 867604 MHJ_0321 MHJ_0322     TRUE 0.880 2.000 0.000 NA   NA
 867607 867608 MHJ_0325 MHJ_0326     TRUE 0.955 70.000 0.500 NA   NA
 867611 867612 MHJ_0329 MHJ_0330     FALSE 0.151 848.000 0.000 NA   NA
 867612 867613 MHJ_0330 MHJ_0331     FALSE 0.128 215.000 0.000 NA   NA
 867613 867614 MHJ_0331 MHJ_0332     FALSE 0.144 643.000 0.000 NA   NA
 867614 867615 MHJ_0332 MHJ_0333     FALSE 0.071 708.000 0.000 1.000   NA
 867615 867616 MHJ_0333 MHJ_0334     TRUE 0.918 -13.000 0.000 NA   NA
 867616 867617 MHJ_0334 MHJ_0335     TRUE 0.596 36.000 0.000 NA   NA
 867619 867620 MHJ_0337 MHJ_0338     FALSE 0.143 583.000 0.000 NA   NA
 867621 867622 MHJ_0339 MHJ_0340     TRUE 0.861 3.000 0.000 NA   NA
 867622 867623 MHJ_0340 MHJ_0341     TRUE 0.695 21.000 0.000 NA   NA
 867624 867625 MHJ_0697 MHJ_0698     TRUE 0.762 10.000 0.000 NA   NA
 867625 867626 MHJ_0698 MHJ_0342     TRUE 0.318 68.000 0.000 NA   NA
 867626 867627 MHJ_0342 MHJ_0343     FALSE 0.140 546.000 0.000 NA   NA
 867627 867628 MHJ_0343 MHJ_0344     FALSE 0.131 177.000 0.000 NA   NA
 867628 867629 MHJ_0344 MHJ_0345     FALSE 0.136 163.000 0.000 NA   NA
 867629 867630 MHJ_0345 MHJ_0346     TRUE 0.990 3.000 0.016 NA   NA
 867631 867632 MHJ_0347 MHJ_0348     TRUE 0.991 16.000 0.778 NA   NA
 867632 867633 MHJ_0348 MHJ_0349   hit TRUE 0.983 32.000 0.111 NA   NA
 867634 867635 MHJ_0350 MHJ_0351     FALSE 0.175 111.000 0.000 NA   NA
 867635 867636 MHJ_0351 MHJ_0352     TRUE 0.771 9.000 0.000 NA   NA
 867638 867639 MHJ_0354 MHJ_0355 glpF glpK TRUE 0.990 14.000 0.125 1.000 N NA
 867640 867641 MHJ_0356 MHJ_0357     TRUE 0.997 -16.000 0.133 1.000   NA
 867641 867642 MHJ_0357 MHJ_0358     TRUE 0.966 -22.000 0.000 1.000 Y NA
 867642 867643 MHJ_0358 MHJ_0359     FALSE 0.178 108.000 0.000 NA   NA
 867643 867644 MHJ_0359 MHJ_0360     TRUE 0.898 18.000 0.002 NA   NA
 867644 867645 MHJ_0360 MHJ_0361     TRUE 0.991 12.000 0.163 NA   NA
 867645 867646 MHJ_0361 MHJ_0362     FALSE 0.131 333.000 0.000 NA   NA
 867646 867647 MHJ_0362 MHJ_0363     TRUE 0.958 57.000 1.000 NA   NA
 867647 867648 MHJ_0363 MHJ_0364     TRUE 0.983 27.000 0.091 NA   NA
 867648 867649 MHJ_0364 MHJ_0365     TRUE 0.991 14.000 0.200 1.000 N NA
 867649 867650 MHJ_0365 MHJ_0366     TRUE 0.992 9.000 0.611 0.035 N NA
 867650 867651 MHJ_0366 MHJ_0367     TRUE 0.999 -37.000 0.204 0.035 Y NA
 867652 867653 MHJ_0368 MHJ_0369     TRUE 0.741 13.000 0.000 NA   NA
 867653 867654 MHJ_0369 MHJ_0370   sgaA FALSE 0.064 171.000 0.000 1.000   NA
 867654 867655 MHJ_0370 MHJ_0371 sgaA   TRUE 0.992 25.000 0.279 0.019 Y NA
 867655 867656 MHJ_0371 MHJ_0372   sgaT TRUE 0.812 423.000 0.431 0.024   NA
 867656 867657 MHJ_0372 MHJ_0373 sgaT   TRUE 0.859 98.000 0.118 1.000   NA
 867657 867658 MHJ_0373 MHJ_0374     FALSE 0.131 186.000 0.000 NA   NA
 867659 867660 MHJ_0375 MHJ_0376     TRUE 0.941 -4.000 0.000 NA N NA
 867660 867661 MHJ_0376 MHJ_0377     TRUE 0.999 -4.000 0.400 NA Y NA
 867661 867662 MHJ_0377 MHJ_0378     TRUE 0.751 70.000 0.005 NA   NA
 867662 867663 MHJ_0378 MHJ_0379     FALSE 0.176 110.000 0.000 NA   NA
 867664 867665 MHJ_0380 MHJ_0381   proS TRUE 0.298 67.000 0.000 1.000 N NA
 867665 867666 MHJ_0381 MHJ_0699 proS   TRUE 0.493 45.000 0.000 NA   NA
 867666 867667 MHJ_0699 MHJ_0700     TRUE 0.825 5.000 0.000 NA   NA
 867668 867669 MHJ_0382 MHJ_0383     TRUE 0.445 53.000 0.000 NA   NA
 867669 867670 MHJ_0383 MHJ_0384     TRUE 0.991 18.000 0.074 0.082 Y NA
 867671 867674 MHJ_0385 MHJ_0388     FALSE 0.154 1059.000 0.000 NA   NA
 867676 867679 MHJ_0390 MHJ_0393     FALSE 0.154 1021.000 0.000 NA   NA
 867679 867680 MHJ_0393 MHJ_0394     FALSE 0.146 139.000 0.000 NA   NA
 867680 867681 MHJ_0394 MHJ_0395     TRUE 0.669 24.000 0.000 NA   NA
 867681 867682 MHJ_0395 MHJ_0396     FALSE 0.130 191.000 0.000 NA   NA
 867682 867683 MHJ_0396 MHJ_0397     TRUE 0.880 2.000 0.000 NA   NA
 867683 867684 MHJ_0397 MHJ_0398     FALSE 0.131 343.000 0.000 NA   NA
 867685 867687 MHJ_0399 MHJ_0401     FALSE 0.130 332.000 0.000 NA   NA
 867687 867688 MHJ_0401 MHJ_0402     TRUE 0.536 41.000 0.000 NA   NA
 867690 867691 MHJ_0404 MHJ_0405     TRUE 0.997 2.000 0.635 NA   NA
 867691 867692 MHJ_0405 MHJ_0406   ftsZ TRUE 0.719 49.000 0.002 1.000 N NA
 867692 867693 MHJ_0406 MHJ_0407 ftsZ   FALSE 0.114 229.000 0.000 1.000 N NA
 867693 867694 MHJ_0407 MHJ_0408     TRUE 0.952 8.000 0.006 1.000   NA
 867694 867695 MHJ_0408 MHJ_0409   metS TRUE 0.989 -7.000 0.011 1.000   NA
 867696 867697 MHJ_0410 MHJ_0411   rnc FALSE 0.129 201.000 0.000 NA   NA
 867697 867698 MHJ_0411 MHJ_0412 rnc   TRUE 0.332 65.000 0.000 NA   NA
 867699 867700 MHJ_0413 MHJ_0414   asnS FALSE 0.067 493.000 0.000 1.000   NA
 867700 867701 MHJ_0414 MHJ_0415 asnS   TRUE 0.355 62.000 0.000 NA   NA
 867701 867702 MHJ_0415 MHJ_0416   pcrA TRUE 0.715 17.000 0.000 NA   NA
 867702 867703 MHJ_0416 MHJ_0417 pcrA   TRUE 0.981 2.000 0.005 NA   NA
 867703 867704 MHJ_0417 MHJ_0418   ruvA TRUE 0.451 104.000 0.002 NA   NA
 867704 867705 MHJ_0418 MHJ_0419 ruvA ruvB TRUE 0.999 -4.000 0.549 0.005 Y NA
 867706 867707 MHJ_0420 MHJ_0421     TRUE 0.922 96.000 0.333 NA   NA
 867707 867708 MHJ_0421 MHJ_0422     FALSE 0.127 257.000 0.000 NA   NA
 867708 867709 MHJ_0422 MHJ_0423     FALSE 0.155 126.000 0.000 NA   NA
 867709 867710 MHJ_0423 MHJ_0424     FALSE 0.132 359.000 0.000 NA   NA
 867711 867712 MHJ_0425 MHJ_0426 efp tkt TRUE 0.734 38.000 0.002 1.000 N NA
 867712 867713 MHJ_0426 MHJ_0427 tkt   FALSE 0.067 158.000 0.000 1.000   NA
 867713 867714 MHJ_0427 MHJ_0428   trmU TRUE 0.965 0.000 0.003 1.000   NA
 867715 867716 MHJ_0429 MHJ_0430     FALSE 0.128 202.000 0.000 NA   NA
 867716 867717 MHJ_0430 MHJ_0431     FALSE 0.128 205.000 0.000 NA   NA
 867717 867718 MHJ_0431 MHJ_0432     TRUE 0.901 123.000 0.500 NA   NA
 867718 867719 MHJ_0432 MHJ_0433     TRUE 0.997 2.000 0.400 NA   NA
 867719 867720 MHJ_0433 MHJ_0434   sgaE TRUE 0.977 38.000 0.286 1.000   NA
 867720 867721 MHJ_0434 MHJ_0435 sgaE sgaU TRUE 0.999 -10.000 0.750 1.000 Y NA
 867721 867722 MHJ_0435 MHJ_0436 sgaU sgaH TRUE 0.999 -19.000 0.750 1.000 Y NA
 867722 867723 MHJ_0436 MHJ_0437 sgaH   FALSE 0.129 315.000 0.000 NA   NA
 867723 867724 MHJ_0437 MHJ_0438     FALSE 0.129 200.000 0.000 NA   NA
 867725 867726 MHJ_0439 MHJ_0440     FALSE 0.276 75.000 0.000 NA   NA
 867727 867728 MHJ_0441 MHJ_0442     FALSE 0.147 721.000 0.000 NA   NA
 867728 867729 MHJ_0442 MHJ_0443     TRUE 0.465 51.000 0.000 NA   NA
 867729 867730 MHJ_0443 MHJ_0444     FALSE 0.186 101.000 0.000 NA   NA
 867730 867731 MHJ_0444 MHJ_0445     TRUE 0.669 24.000 0.000 NA   NA
 867731 867732 MHJ_0445 MHJ_0446     FALSE 0.130 316.000 0.000 NA   NA
 867732 867733 MHJ_0446 MHJ_0447     FALSE 0.131 184.000 0.000 NA   NA
 867733 867734 MHJ_0447 MHJ_0701     FALSE 0.148 133.000 0.000 NA   NA
 867734 867735 MHJ_0701 MHJ_0448   metK FALSE 0.206 95.000 0.000 NA   NA
 867735 867736 MHJ_0448 MHJ_0449 metK   FALSE 0.190 93.000 0.000 1.000 N NA
 867736 867737 MHJ_0449 MHJ_0450     TRUE 0.864 121.000 0.333 1.000   NA
 867738 867739 MHJ_0451 MHJ_0452 acpD acpD-1 TRUE 0.995 14.000 0.667 0.005 Y NA
 867739 867740 MHJ_0452 MHJ_0453 acpD-1 rpmE TRUE 0.753 59.000 0.004 1.000 N NA
 867740 867741 MHJ_0453 MHJ_0454 rpmE napA TRUE 0.917 21.000 0.004 1.000 N NA
 867741 867742 MHJ_0454 MHJ_0455 napA rluD TRUE 0.818 23.000 0.002 1.000 N NA
 867743 867744 MHJ_0456 MHJ_0457 rplA rplK TRUE 0.998 2.000 0.838 0.083 Y NA
 867744 867745 MHJ_0457 MHJ_0702 rplK   FALSE 0.172 115.000 0.000 NA   NA
 867745 867746 MHJ_0702 MHJ_0703     TRUE 0.807 6.000 0.000 NA   NA
 867747 867748 MHJ_0458 MHJ_0459     FALSE 0.131 337.000 0.000 NA   NA
 867748 867749 MHJ_0459 MHJ_0460     FALSE 0.135 423.000 0.000 NA   NA
 867750 867751 MHJ_0461 MHJ_0462 pepA   TRUE 0.483 162.000 0.007 1.000   NA
 867751 867752 MHJ_0462 MHJ_0463     TRUE 0.946 24.000 0.007 NA   NA
 867752 867753 MHJ_0463 MHJ_0464     TRUE 0.899 126.000 0.500 NA   NA
 867753 867754 MHJ_0464 MHJ_0465     TRUE 0.996 5.000 0.500 NA   NA
 867754 867755 MHJ_0465 MHJ_0466     TRUE 0.998 -3.000 0.250 NA   NA
 867755 867756 MHJ_0466 MHJ_0467     TRUE 0.980 43.000 0.250 NA   NA
 867757 867758 MHJ_0468 MHJ_0469   ptsI FALSE 0.253 75.000 0.000 1.000 N NA
 867758 867759 MHJ_0469 MHJ_0470 ptsI nadE FALSE 0.119 175.000 0.000 1.000 N NA
 867759 867760 MHJ_0470 MHJ_0471 nadE   TRUE 0.993 0.000 0.015 NA   NA
 867761 867762 MHJ_0472 MHJ_0473 pfs nadD TRUE 0.975 8.000 0.010 1.000 N NA
 867762 867763 MHJ_0473 MHJ_0474 nadD   TRUE 0.933 4.000 0.002 1.000   NA
 867763 867764 MHJ_0474 MHJ_0475   atpD-1 FALSE 0.068 563.000 0.000 1.000   NA
 867764 867765 MHJ_0475 MHJ_0476 atpD-1 atpA TRUE 0.997 3.000 0.750 0.014 Y NA
 867765 867766 MHJ_0476 MHJ_0477 atpA   TRUE 0.998 0.000 0.500 NA   NA
 867766 867767 MHJ_0477 MHJ_0478     TRUE 0.916 77.000 1.000 NA   NA
 867767 867768 MHJ_0478 MHJ_0479     TRUE 0.958 1.000 0.002 NA   NA
 867768 867769 MHJ_0479 MHJ_0480     TRUE 0.879 16.000 0.002 NA   NA
 867769 867770 MHJ_0480 MHJ_0481     TRUE 0.989 13.000 1.000 NA   NA
 867772 867773 MHJ_0483 MHJ_0484   mgtE TRUE 0.914 101.000 0.333 NA   NA
 867773 867774 MHJ_0484 MHJ_0485 mgtE   TRUE 0.992 16.000 0.600 NA   NA
 867774 867775 MHJ_0485 MHJ_0486     FALSE 0.127 233.000 0.000 NA   NA
 867776 867777 MHJ_0487 MHJ_0488 pgk   FALSE 0.133 175.000 0.000 NA   NA
 867777 867778 MHJ_0488 MHJ_0489   fruA FALSE 0.170 117.000 0.000 NA   NA
 867778 867779 MHJ_0489 MHJ_0490 fruA   TRUE 0.898 0.000 0.000 NA   NA
 867779 867780 MHJ_0490 MHJ_0491     TRUE 0.748 12.000 0.000 NA   NA
 867780 867781 MHJ_0491 MHJ_0492     FALSE 0.116 304.000 0.000 1.000 N NA
 867782 867783 MHJ_0493 MHJ_0494     TRUE 0.850 127.000 1.000 NA   NA
 867783 867784 MHJ_0494 MHJ_0495     FALSE 0.128 291.000 0.000 NA   NA
 867784 867785 MHJ_0495 MHJ_0496     TRUE 0.982 38.000 0.182 NA   NA
 867785 867786 MHJ_0496 MHJ_0497     TRUE 0.922 2.000 0.000 NA N NA
 867786 867787 MHJ_0497 MHJ_0498   oppF FALSE 0.116 302.000 0.000 1.000 N NA
 867787 867788 MHJ_0498 MHJ_0499 oppF oppD TRUE 0.945 -3.000 0.000 0.006 Y NA
 867788 867789 MHJ_0499 MHJ_0500 oppD oppC TRUE 0.998 0.000 0.875 1.000 Y NA
 867789 867790 MHJ_0500 MHJ_0501 oppC oppB TRUE 0.998 -7.000 0.889 0.031 Y NA
 867790 867791 MHJ_0501 MHJ_0502 oppB   TRUE 0.994 6.000 0.222 NA   NA
 867792 867793 MHJ_0503 MHJ_0504 pdhC pdhD TRUE 0.999 0.000 0.214 1.000 Y NA
 867794 867795 MHJ_0505 MHJ_0506 ackA pta TRUE 0.998 0.000 0.111 1.000 Y NA
 867795 867796 MHJ_0506 MHJ_0507 pta   FALSE 0.163 120.000 0.000 NA   NA
 867796 867797 MHJ_0507 MHJ_0508     TRUE 0.825 5.000 0.000 NA   NA
 867797 867798 MHJ_0508 MHJ_0509     FALSE 0.127 225.000 0.000 NA   NA
 867798 867799 MHJ_0509 MHJ_0510     TRUE 0.880 2.000 0.000 NA   NA
 867800 867801 MHJ_0511 MHJ_0512   xylG TRUE 0.958 120.000 0.667 NA Y NA
 867801 867802 MHJ_0512 MHJ_0513 xylG xylH TRUE 0.999 0.000 0.667 1.000 Y NA
 867802 867803 MHJ_0513 MHJ_0514 xylH   TRUE 0.825 5.000 0.000 NA   NA
 867803 867804 MHJ_0514 MHJ_0515   glck TRUE 0.755 11.000 0.000 NA   NA
 867807 867808 MHJ_0518 MHJ_0519     FALSE 0.143 144.000 0.000 NA   NA
 867808 867809 MHJ_0519 MHJ_0520     TRUE 0.386 59.000 0.000 NA   NA
 867809 867810 MHJ_0520 MHJ_0521     FALSE 0.127 259.000 0.000 NA   NA
 867810 867811 MHJ_0521 MHJ_0522   pepF FALSE 0.140 552.000 0.000 NA   NA
 867813 867814 MHJ_0524 MHJ_0525 tufA lon FALSE 0.115 299.000 0.000 1.000 N NA
 867814 867815 MHJ_0525 MHJ_0526 lon   TRUE 0.834 165.000 0.097 NA   NA
 867815 867816 MHJ_0526 MHJ_0527   upp TRUE 0.980 3.000 0.006 NA   NA
 867816 867817 MHJ_0527 MHJ_0528 upp deoC TRUE 0.837 93.000 0.010 1.000 Y NA
 867819 867820 MHJ_0530 MHJ_0531 pmsR   FALSE 0.268 76.000 0.000 NA   NA
 867820 867821 MHJ_0531 MHJ_0532   pgiB TRUE 0.418 57.000 0.000 NA   NA
 867821 867822 MHJ_0532 MHJ_0533 pgiB polC FALSE 0.131 139.000 0.000 1.000 N NA
 867822 867823 MHJ_0533 MHJ_0534 polC   TRUE 0.947 34.000 0.011 1.000 N NA
 867823 867824 MHJ_0534 MHJ_0535   frr TRUE 0.993 2.000 0.020 1.000 N NA
 867824 867825 MHJ_0535 MHJ_0536 frr pyrH TRUE 0.982 40.000 0.626 1.000 N NA
 867826 867827 MHJ_0537 MHJ_0538     TRUE 0.596 36.000 0.000 NA   NA
 867828 867829 MHJ_0539 MHJ_0540     FALSE 0.134 171.000 0.000 NA   NA
 867829 867830 MHJ_0540 MHJ_0541     TRUE 0.695 21.000 0.000 NA   NA
 867830 867831 MHJ_0541 MHJ_0542   potC TRUE 0.961 30.000 0.013 NA   NA
 867831 867832 MHJ_0542 MHJ_0543 potC potB TRUE 0.999 -7.000 0.492 0.031 Y NA
 867832 867833 MHJ_0543 MHJ_0544 potB potA TRUE 0.985 38.000 0.928 0.031 Y NA
 867835 867836 MHJ_0546 MHJ_0547     TRUE 0.627 31.000 0.000 NA   NA
 867839 867840 MHJ_0550 MHJ_0551     FALSE 0.128 269.000 0.000 NA   NA
 867840 867841 MHJ_0551 MHJ_0552   mtlF FALSE 0.134 419.000 0.000 NA   NA
 867841 867842 MHJ_0552 MHJ_0553 mtlF mtlD TRUE 0.997 -9.000 0.019 1.000 Y NA
 867842 867843 MHJ_0553 MHJ_0554 mtlD mtlA TRUE 0.998 -9.000 0.025 1.000 Y NA
 867845 867846 MHJ_0556 MHJ_0557     TRUE 0.986 16.000 0.500 0.017   NA
 867846 867847 MHJ_0557 MHJ_0558     TRUE 0.999 -10.000 0.667 0.017 Y NA
 867847 867848 MHJ_0558 MHJ_0559     FALSE 0.131 341.000 0.000 NA   NA
 867848 867849 MHJ_0559 MHJ_0560     FALSE 0.143 615.000 0.000 NA   NA
 867849 867850 MHJ_0560 MHJ_0561     FALSE 0.149 762.000 0.000 NA   NA
 867850 867851 MHJ_0561 MHJ_0562     TRUE 0.355 62.000 0.000 NA   NA
 867851 867852 MHJ_0562 MHJ_0563     FALSE 0.148 723.000 0.000 NA   NA
 867854 867855 MHJ_0565 MHJ_0566     TRUE 0.355 62.000 0.000 NA   NA
 867855 867856 MHJ_0566 MHJ_0567     FALSE 0.148 723.000 0.000 NA   NA
 867858 867859 MHJ_0569 MHJ_0570     TRUE 0.616 8.000 0.000 1.000   NA
 867859 867860 MHJ_0570 MHJ_0571     FALSE 0.178 66.000 0.000 1.000   NA
 867860 867861 MHJ_0571 MHJ_0572   pdhD-1 FALSE 0.061 254.000 0.000 1.000   NA
 867863 867864 MHJ_0574 MHJ_0575 fba-1   TRUE 0.996 9.000 0.286 1.000 Y NA
 867864 867865 MHJ_0575 MHJ_0576   nagB TRUE 0.956 96.000 0.364 1.000 Y NA
 867866 867867 MHJ_0577 MHJ_0578 rpsD rpiB FALSE 0.157 114.000 0.000 1.000 N NA
 867867 867868 MHJ_0578 MHJ_0579 rpiB fpg TRUE 0.974 0.000 0.003 1.000 N NA
 867869 867870 MHJ_0580 MHJ_0581   mnuA TRUE 0.654 27.000 0.000 NA   NA
 867870 867871 MHJ_0581 MHJ_0582 mnuA   TRUE 0.687 22.000 0.000 NA   NA
 867871 867872 MHJ_0582 MHJ_0583   dnaE TRUE 0.997 3.000 0.119 0.012 Y NA
 867872 867873 MHJ_0583 MHJ_0584 dnaE rbfA TRUE 0.435 51.000 0.000 1.000 N NA
 867873 867874 MHJ_0584 MHJ_0585 rbfA infB TRUE 0.996 12.000 0.530 1.000 Y NA
 867874 867875 MHJ_0585 MHJ_0586 infB nusA TRUE 0.866 267.000 0.342 1.000 N NA
 867877 867878 MHJ_0588 MHJ_0589 glpD thrS FALSE 0.066 491.000 0.000 1.000   NA
 867878 867879 MHJ_0589 MHJ_0590 thrS trpS TRUE 0.992 4.000 0.014 0.058 Y NA
 867880 867881 MHJ_0591 MHJ_0592     TRUE 0.979 43.000 0.304 1.000 N NA
 867881 867882 MHJ_0592 MHJ_0593   rnhB TRUE 0.996 -10.000 0.011 1.000 Y NA
 867882 867883 MHJ_0593 MHJ_0594 rnhB   TRUE 0.944 38.000 0.011 NA   NA
 867883 867884 MHJ_0594 MHJ_0595   pgm TRUE 0.943 8.000 0.003 NA   NA
 867884 867885 MHJ_0595 MHJ_0596 pgm   FALSE 0.141 147.000 0.000 NA   NA
 867885 867886 MHJ_0596 MHJ_0597     TRUE 0.509 44.000 0.000 NA   NA
 867886 867887 MHJ_0597 MHJ_0598     FALSE 0.134 168.000 0.000 NA   NA
 867887 867888 MHJ_0598 MHJ_0599     FALSE 0.258 77.000 0.000 NA   NA
 867888 867889 MHJ_0599 MHJ_0600     FALSE 0.127 244.000 0.000 NA   NA
 867889 867890 MHJ_0600 MHJ_0601     FALSE 0.129 195.000 0.000 NA   NA
 867890 867891 MHJ_0601 MHJ_0602     FALSE 0.146 139.000 0.000 NA   NA
 867891 867892 MHJ_0602 MHJ_0704     FALSE 0.130 191.000 0.000 NA   NA
 867892 867893 MHJ_0704 MHJ_0603     TRUE 0.741 13.000 0.000 NA   NA
 867893 867894 MHJ_0603 MHJ_0604     TRUE 0.990 2.000 0.012 NA   NA
 867894 867895 MHJ_0604 MHJ_0605   ppa TRUE 0.954 51.000 0.035 NA   NA
 867895 867896 MHJ_0605 MHJ_0606 ppa xylF FALSE 0.061 267.000 0.000 1.000   NA
 867896 867897 MHJ_0606 MHJ_0607 xylF   TRUE 0.746 165.000 0.048 1.000   NA
 867897 867898 MHJ_0607 MHJ_0608     TRUE 0.995 3.000 0.438 1.000   NA
 867898 867899 MHJ_0608 MHJ_0609     TRUE 0.991 6.000 0.720 0.029   NA
 867899 867900 MHJ_0609 MHJ_0610   tdk TRUE 0.714 59.000 0.004 1.000   NA
 867900 867901 MHJ_0610 MHJ_0705 tdk   FALSE 0.247 79.000 0.000 NA   NA
 867901 867902 MHJ_0705 MHJ_0611   ptsH FALSE 0.199 97.000 0.000 NA   NA
 867902 867903 MHJ_0611 MHJ_0612 ptsH   FALSE 0.217 194.000 0.000 0.018 Y NA
 867904 867905 MHJ_0613 MHJ_0614     FALSE 0.186 101.000 0.000 NA   NA
 867905 867906 MHJ_0614 MHJ_0615   ddem FALSE 0.139 512.000 0.000 NA   NA
 867906 867907 MHJ_0615 MHJ_0616 ddem   FALSE 0.128 301.000 0.000 NA   NA
 867907 867908 MHJ_0616 MHJ_0617   rpoC TRUE 0.917 7.000 0.002 NA   NA
 867908 867909 MHJ_0617 MHJ_0618 rpoC rpoB TRUE 0.935 57.000 0.851 0.004   NA
 867909 867910 MHJ_0618 MHJ_0619 rpoB rplL TRUE 0.856 215.000 0.223 1.000 N NA
 867910 867911 MHJ_0619 MHJ_0620 rplL rplJ TRUE 0.995 12.000 0.884 1.000 Y NA
 867912 867913 MHJ_0621 MHJ_0622     FALSE 0.293 71.000 0.000 NA   NA
 867915 867916 MHJ_0624 MHJ_0625     TRUE 0.851 11.000 0.000 0.012 Y NA
 867917 867918 MHJ_0626 MHJ_0627     FALSE 0.132 176.000 0.000 NA   NA
 867919 867920 MHJ_0628 MHJ_0629     TRUE 0.987 42.000 0.667 0.012 Y NA
 867921 867922 MHJ_0630 MHJ_0631     FALSE 0.145 75.000 0.000 1.000   NA
 867923 867924 MHJ_0632 MHJ_0633 plsC   TRUE 0.972 30.000 0.019 NA   NA
 867924 867925 MHJ_0633 MHJ_0634     TRUE 0.997 2.000 0.570 NA   NA
 867925 867926 MHJ_0634 MHJ_0635     TRUE 0.914 22.000 0.003 NA   NA
 867929 867930 MHJ_0637 MHJ_0638 nusG   TRUE 0.984 20.000 0.843 1.000   NA
 867930 867931 MHJ_0638 MHJ_0639     FALSE 0.109 91.000 0.000 1.000   NA
 867931 867932 MHJ_0639 MHJ_0640     TRUE 0.920 12.000 0.004 1.000   NA
 867932 867933 MHJ_0640 MHJ_0641   cysS TRUE 0.965 34.000 0.009 1.000 Y NA
 867933 867934 MHJ_0641 MHJ_0642 cysS   TRUE 0.814 -4.000 0.000 1.000   NA
 867934 867935 MHJ_0642 MHJ_0643     TRUE 0.989 5.000 0.043 1.000   NA
 867935 867936 MHJ_0643 MHJ_0644   dnaB TRUE 0.993 0.000 0.024 1.000   NA
 867936 867937 MHJ_0644 MHJ_0645 dnaB rplI TRUE 0.997 -7.000 0.100 1.000 N NA
 867937 867938 MHJ_0645 MHJ_0646 rplI   TRUE 0.997 -19.000 0.119 1.000 N NA
 867938 867939 MHJ_0646 MHJ_0647   leuS TRUE 0.917 4.000 0.002 1.000 N NA
 867940 867941 MHJ_0648 MHJ_0649 uvrB   TRUE 0.891 22.000 0.002 NA N NA
 867942 867943 MHJ_0707 MHJ_0650   rpsI FALSE 0.293 71.000 0.000 NA   NA
 867943 867944 MHJ_0650 MHJ_0651 rpsI rplM TRUE 0.997 4.000 0.601 0.054 Y NA
 867944 867945 MHJ_0651 MHJ_0652 rplM ksgA TRUE 0.434 133.000 0.002 1.000 Y NA
 867945 867946 MHJ_0652 MHJ_0653 ksgA   TRUE 0.854 8.000 0.000 NA N NA
 867947 867948 MHJ_0654 MHJ_0655 prsA gidB TRUE 0.953 23.000 0.009 1.000 N NA
 867948 867949 MHJ_0655 MHJ_0656 gidB   FALSE 0.071 139.000 0.000 1.000   NA
 867949 867950 MHJ_0656 MHJ_0657     FALSE 0.062 198.000 0.000 1.000   NA
 867950 867951 MHJ_0657 MHJ_0658   rpmG FALSE 0.144 122.000 0.000 1.000 N NA
 867951 867952 MHJ_0658 MHJ_0659 rpmG pepP TRUE 0.990 2.000 0.014 1.000 N NA
 867952 867953 MHJ_0659 MHJ_0660 pepP   TRUE 0.586 37.000 0.000 NA   NA
 867953 867954 MHJ_0660 MHJ_0661     TRUE 0.406 58.000 0.000 NA   NA
 867955 867956 MHJ_0662 MHJ_0663     FALSE 0.196 98.000 0.000 NA   NA
 867959 867960 MHJ_0708 MHJ_0709     FALSE 0.138 492.000 0.000 NA   NA
 867961 867962 MHJ_0666 MHJ_0667   greA TRUE 0.536 41.000 0.000 NA   NA
 867962 867963 MHJ_0667 MHJ_0668 greA   TRUE 0.907 69.000 0.031 1.000 N NA
 867963 867964 MHJ_0668 MHJ_0669     FALSE 0.240 81.000 0.000 NA   NA
 867964 867965 MHJ_0669 MHJ_0670     TRUE 0.741 13.000 0.000 NA   NA
 867965 867966 MHJ_0670 MHJ_0671   valS TRUE 0.916 11.000 0.002 NA   NA
 867967 867968 MHJ_0672 MHJ_0673     TRUE 0.432 56.000 0.000 NA   NA
 867968 867969 MHJ_0673 MHJ_0674     FALSE 0.128 79.000 0.000 1.000   NA
 867969 867970 MHJ_0674 MHJ_0675   rnpA TRUE 0.995 -10.000 0.021 1.000 N NA
 867970 867971 MHJ_0675 MHJ_0676 rnpA rpmH TRUE 0.986 18.000 0.787 1.000   NA