MicrobesOnline Operon Predictions for Salmonella enterica, Typhi Ty2

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column Description
Gene1 VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1 Systematic name of 1st gene in pair
Name1 Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2 VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2 Systematic name of 2nd gene in pair
Name2 Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim Whether the genes share a COG category or not
ExprSim Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

 Gene1 Gene2 SysName1 SysName2 Name1 Name2 bOp pOp Sep MOGScore GOScore COGSim ExprSim
 345206 345207 t0001 t0002 thrL thrA FALSE 0.256 82.000 0.043 1.000   NA
 345207 345208 t0002 t0003 thrA thrB TRUE 0.986 2.000 0.133 1.000 Y NA
 345208 345209 t0003 t0004 thrB thrC TRUE 0.990 4.000 0.233 1.000 Y NA
 345210 345211 t0005 t0006 yaaA yaaJ FALSE 0.205 79.000 0.028 NA   NA
 345212 345213 t0007 t0008 talB mog FALSE 0.102 111.000 0.042 1.000 N NA
 345214 345215 t0009 t0010 yaaH   FALSE 0.162 150.000 0.000 NA   NA
 345215 345216 t0010 t0011   yaaI TRUE 0.566 36.000 0.000 NA   NA
 345217 345218 t0012 t0013 dnaK dnaJ TRUE 0.916 86.000 0.236 0.004 Y NA
 345218 345219 t0013 t0014 dnaJ   FALSE 0.009 285.000 0.000 1.000 N NA
 345219 345220 t0014 t0015     TRUE 0.747 127.000 0.600 NA   NA
 345221 345222 t0016 t0017     TRUE 0.969 17.000 0.600 NA   NA
 345223 345224 t0018 t0019     TRUE 0.603 32.000 0.000 NA   NA
 345224 345225 t0019 t0020     TRUE 0.510 43.000 0.000 NA   NA
 345225 345226 t0020 t0021     FALSE 0.017 281.000 0.000 NA   NA
 345226 345227 t0021 t0022   bcfA FALSE 0.006 428.000 0.000 NA   NA
 345227 345228 t0022 t0023 bcfA bcfB TRUE 0.898 101.000 0.500 1.000 Y NA
 345228 2200549 t0023 t0024 bcfB bcfC TRUE 0.895 5.000 0.000 NA   NA
 2200549 345229 t0024 t0025 bcfC bcfD TRUE 0.917 1.000 0.000 NA   NA
 345229 345230 t0025 t0026 bcfD bcfE TRUE 0.996 1.000 0.500 NA Y NA
 345230 345231 t0026 t0027 bcfE bcfF TRUE 0.996 16.000 0.667 0.010 Y NA
 345231 345232 t0027 t0028 bcfF bcfG TRUE 0.994 -7.000 0.500 1.000 Y NA
 345232 345233 t0028 t0029 bcfG   TRUE 0.710 65.000 0.167 0.016 N NA
 345233 345234 t0029 t0030     TRUE 0.543 39.000 0.000 NA   NA
 345239 345240 t0035 t0036     FALSE 0.291 99.000 0.000 NA   NA
 345241 345242 t0037 t0038     TRUE 0.636 99.000 0.286 1.000   NA
 345242 345243 t0038 t0039     FALSE 0.017 288.000 0.000 1.000   NA
 345243 345244 t0039 t0040     FALSE 0.237 127.000 0.000 NA   NA
 345244 345245 t0040 t0041   nhaA FALSE 0.122 163.000 0.000 NA   NA
 345245 345246 t0041 t0042 nhaA nhaR TRUE 0.661 62.000 0.292 1.000 N NA
 345247 345248 t0043 t0044     TRUE 0.923 40.000 0.231 1.000 Y NA
 345248 345249 t0044 t0045   rpsT FALSE 0.003 457.000 0.000 1.000 N NA
 345250 345251 t0046 t0047   ribF TRUE 0.785 8.000 0.019 NA   NA
 345251 345252 t0047 t0048 ribF ileS TRUE 0.724 45.000 0.254 1.000 N NA
 345252 345253 t0048 t0049 ileS lspA TRUE 0.796 0.000 0.045 1.000 N NA
 345253 345254 t0049 t0050 lspA fkpB FALSE 0.198 155.000 0.154 1.000 N NA
 345254 345255 t0050 t0051 fkpB lytB TRUE 0.987 3.000 0.626 1.000 N NA
 345255 345256 t0051 t0052 lytB   FALSE 0.055 200.000 0.000 NA   NA
 345256 345257 t0052 t0053   yaaF TRUE 0.785 16.000 0.000 NA   NA
 345258 345259 t0054 t0055 citB citA TRUE 0.998 2.000 1.000 1.000 Y NA
 345259 345260 t0055 t0056 citA oadB FALSE 0.132 135.000 0.068 1.000 N NA
 345260 345261 t0056 t0057 oadB oadA TRUE 0.998 13.000 0.886 0.002 Y NA
 345261 345262 t0057 t0058 oadA oadG TRUE 0.997 16.000 0.720 0.002 Y NA
 345262 345263 t0058 t0059 oadG citC FALSE 0.385 159.000 0.060 1.000 Y NA
 345264 345265 t0060 t0061 citC citD TRUE 0.968 30.000 0.426 1.000 Y NA
 345265 345266 t0061 t0062 citD citE TRUE 0.995 -3.000 0.537 0.002 N NA
 345266 345267 t0062 t0063 citE citF TRUE 0.987 11.000 0.373 0.001 N NA
 345267 345268 t0063 t0064 citF citX TRUE 0.967 0.000 0.231 1.000 N NA
 345268 345269 t0064 t0065 citX citG TRUE 0.989 -22.000 0.400 1.000 Y NA
 345269 345270 t0065 t0066 citG dapB FALSE 0.009 180.000 0.002 1.000 N NA
 345270 345271 t0066 t0067 dapB carA FALSE 0.012 853.000 0.034 1.000 Y NA
 345271 345272 t0067 t0068 carA carB TRUE 0.993 16.000 0.345 0.001 Y NA
 345272 345273 t0068 t0069 carB caiF FALSE 0.019 274.000 0.000 NA   NA
 345274 345275 t0070 t0071 caiE caiD FALSE 0.296 112.000 0.069 1.000   NA
 345275 345276 t0071 t0072 caiD caiC TRUE 0.881 54.000 0.000 0.028 Y NA
 345276 345277 t0072 t0073 caiC caiB TRUE 0.701 63.000 0.154 0.028 N NA
 345277 345278 t0073 t0074 caiB caiA TRUE 0.709 112.000 0.529 1.000 N NA
 345278 345279 t0074 t0075 caiA caiT FALSE 0.430 35.000 0.000 1.000 N NA
 345280 345281 t0076 t0077 fixA fixB TRUE 0.972 16.000 0.000 0.021 Y NA
 345281 345282 t0077 t0078 fixB fixC TRUE 0.883 50.000 0.000 0.059 Y NA
 345282 345283 t0078 t0079 fixC fixX TRUE 0.991 -3.000 0.000 0.059 Y NA
 345283 345284 t0079 t0080 fixX yaaU FALSE 0.104 148.000 0.000 1.000 N NA
 345284 345285 t0080 t0081 yaaU   FALSE 0.297 89.000 0.000 NA   NA
 345285 345286 t0081 t0082     FALSE 0.016 285.000 0.000 NA   NA
 345288 345289 t0084 t0085     FALSE 0.005 494.000 0.000 NA   NA
 345289 345290 t0085 t0086     FALSE 0.455 52.000 0.000 NA   NA
 345290 345291 t0086 t0087     TRUE 0.924 -3.000 0.000 NA   NA
 345291 345292 t0087 t0088   yabF FALSE 0.007 407.000 0.000 NA   NA
 345292 345293 t0088 t0089 yabF kefC TRUE 0.987 -7.000 0.560 1.000   NA
 345293 345294 t0089 t0090 kefC folA FALSE 0.007 199.000 0.012 1.000 N NA
 345295 345296 t0091 t0092 apaH apaG TRUE 0.939 11.000 0.267 NA N NA
 345296 345297 t0092 t0093 apaG ksgA TRUE 0.854 3.000 0.078 NA N NA
 345297 345298 t0093 t0094 ksgA pdxA TRUE 0.959 -3.000 0.197 1.000 N NA
 345298 345299 t0094 t0095 pdxA surA TRUE 0.988 0.000 0.561 1.000 N NA
 345299 345300 t0095 t0096 surA imp TRUE 0.582 54.000 0.182 1.000 N NA
 345302 345303 t0098 t0099 rluA hepA TRUE 0.942 12.000 0.294 1.000 N NA
 345303 345304 t0099 t0100 hepA polB TRUE 0.529 174.000 0.098 0.071 Y NA
 345304 2200550 t0100 t0103 polB   TRUE 0.485 47.000 0.000 NA   NA
 2200550 345305 t0103 t0101     TRUE 0.805 -733.000 0.000 NA   NA
 345306 345307 t0102 t0104     FALSE 0.004 992.000 0.000 NA   NA
 345308 345309 t0105 t0106 araD araA FALSE 0.436 141.000 0.017 1.000 Y NA
 345309 345310 t0106 t0107 araA araB TRUE 0.884 11.000 0.138 1.000 N NA
 345311 345312 t0108 t0109 araC yabI FALSE 0.441 119.000 0.167 NA   NA
 345313 345314 t0110 t0111 yabJ yabK TRUE 0.986 -16.000 0.522 0.019 N NA
 345314 345315 t0111 t0112 yabK tbpA TRUE 0.988 -24.000 0.697 0.079 N NA
 345315 345316 t0112 t0113 tbpA yabN FALSE 0.209 178.000 0.000 0.079   NA
 345316 345317 t0113 t0114 yabN leuD FALSE 0.005 550.000 0.000 1.000   NA
 345317 345318 t0114 t0115 leuD leuC TRUE 0.995 11.000 0.309 0.001 Y NA
 345318 345319 t0115 t0116 leuC leuB TRUE 0.997 3.000 0.275 0.002 Y NA
 345319 345320 t0116 t0117 leuB leuA TRUE 0.995 0.000 0.126 0.002 Y NA
 345320 345321 t0117 t0118 leuA leuL TRUE 0.556 88.000 0.010 0.002   NA
 345322 345323 t0119 t0120 leuO ilvI FALSE 0.006 322.000 0.000 1.000 N NA
 345323 345324 t0120 t0121 ilvI ilvH TRUE 0.998 0.000 0.371 0.002 Y NA
 345324 345325 t0121 t0122 ilvH fruR FALSE 0.008 284.000 0.063 1.000 N NA
 345325 345326 t0122 t0123 fruR yabB FALSE 0.004 606.000 0.000 NA   NA
 345326 345327 t0123 t0124 yabB yabC TRUE 0.991 2.000 0.635 NA   NA
 345327 345328 t0124 t0125 yabC ftsL TRUE 0.966 -3.000 0.227 1.000 N NA
 345328 345329 t0125 t0126 ftsL ftsI TRUE 0.810 16.000 0.124 1.000 N NA
 345329 345330 t0126 t0127 ftsI murE TRUE 0.962 -13.000 0.059 1.000 Y NA
 345330 345331 t0127 t0128 murE murF TRUE 0.999 -3.000 0.569 0.002 Y NA
 345331 345332 t0128 t0129 murF mraY TRUE 0.996 -6.000 0.309 0.005 Y NA
 345332 345333 t0129 t0130 mraY murD TRUE 0.998 3.000 0.647 0.005 Y NA
 345333 345334 t0130 t0131 murD ftsW TRUE 0.991 0.000 0.297 0.003 N NA
 345334 345335 t0131 t0132 ftsW murG TRUE 0.990 -3.000 0.647 1.000 N NA
 345335 345336 t0132 t0133 murG murC TRUE 0.808 119.000 0.283 1.000 Y NA
 345336 345337 t0133 t0134 murC ddlB TRUE 0.993 -7.000 0.153 0.005 Y NA
 345337 345338 t0134 t0135 ddlB ftsQ TRUE 0.994 2.000 0.372 NA Y NA
 345338 345339 t0135 t0136 ftsQ ftsA TRUE 0.980 -3.000 0.389 NA N NA
 345339 345340 t0136 t0137 ftsA ftsZ TRUE 0.926 61.000 0.460 1.000 Y NA
 345340 345341 t0137 t0138 ftsZ lpxC FALSE 0.344 101.000 0.134 1.000 N NA
 345341 345342 t0138 t0139 lpxC yacA FALSE 0.019 281.000 0.000 1.000   NA
 345342 345343 t0139 t0140 yacA secA FALSE 0.399 62.000 0.065 1.000   NA
 345343 345344 t0140 t0141 secA mutT FALSE 0.209 156.000 0.168 1.000 N NA
 345347 345348 t0144 t0145 yacG yacF TRUE 0.972 10.000 0.356 NA   NA
 345348 345349 t0145 t0146 yacF yacE TRUE 0.950 0.000 0.110 NA   NA
 345351 345352 t0148 t0149 hofC hofB TRUE 0.994 -10.000 0.571 1.000 Y NA
 345352 345353 t0149 t0150 hofB ppdD TRUE 0.994 10.000 0.556 NA Y NA
 345353 345354 t0150 t0151 ppdD nadC FALSE 0.003 222.000 0.015 NA N NA
 345355 345356 t0152 t0153 ampD ampE TRUE 0.992 -3.000 0.249 1.000 Y NA
 345357 345358 t0154 t0155     TRUE 0.984 0.000 0.333 1.000   NA
 345358 345359 t0155 t0156   aroP FALSE 0.249 164.000 0.238 1.000 N NA
 345360 345361 t0157 t0158 pdhR aceE FALSE 0.298 160.000 0.276 1.000 N NA
 345361 345362 t0158 t0159 aceE aceF TRUE 0.976 15.000 0.220 1.000 Y NA
 345362 345363 t0159 t0160 aceF lpdA TRUE 0.539 199.000 0.463 1.000 Y NA
 345363 345364 t0160 t0161 lpdA   FALSE 0.016 289.000 0.000 NA   NA
 345365 345366 t0162 t0163   yacH TRUE 0.827 13.000 0.000 NA   NA
 345367 345368 t0164 t0165 acnB   FALSE 0.074 188.000 0.068 NA   NA
 345368 345369 t0165 t0166   kdgT FALSE 0.030 235.000 0.000 NA   NA
 345369 345370 t0166 t0167 kdgT ygbK TRUE 0.924 -3.000 0.000 NA   NA
 345370 345371 t0167 t0168 ygbK   TRUE 0.973 -10.000 0.361 NA   NA
 345371 345372 t0168 t0169     TRUE 0.977 10.000 0.533 1.000 N NA
 345373 345374 t0170 t0171 speD speE TRUE 0.949 21.000 0.162 1.000 Y NA
 345374 345375 t0171 t0172 speE yacC TRUE 0.682 107.000 0.354 NA   NA
 345380 345381 t0178 t0177 yadG yadH TRUE 0.997 -3.000 0.688 1.000 Y NA
 345381 345382 t0177 t0179 yadH yadI FALSE 0.093 105.000 0.037 1.000 N NA
 345382 345383 t0179 t0180 yadI yadE TRUE 0.849 68.000 0.222 1.000 Y NA
 345384 345385 t0181 t0182 panD panC TRUE 0.857 95.000 0.342 1.000 Y NA
 345385 345386 t0182 t0183 panC panB TRUE 0.934 126.000 0.395 0.001 Y NA
 345386 345387 t0183 t0184 panB staG FALSE 0.183 110.000 0.000 1.000 N NA
 345387 345388 t0184 t0185 staG staF TRUE 0.929 37.000 0.000 0.010 Y NA
 345388 345389 t0185 t0186 staF staE TRUE 0.996 0.000 0.571 0.010   NA
 345389 345390 t0186 t0187 staE staD TRUE 0.993 9.000 0.571 0.010   NA
 345390 345391 t0187 t0188 staD staC TRUE 0.983 -13.000 0.571 1.000   NA
 345391 345392 t0188 t0189 staC staB TRUE 0.955 75.000 1.000 1.000 Y NA
 345392 345393 t0189 t0190 staB staA TRUE 0.676 179.000 0.500 1.000 Y NA
 345393 345394 t0190 t0191 staA folK FALSE 0.004 395.000 0.000 1.000 N NA
 345394 345395 t0191 t0192 folK pcnB TRUE 0.967 -3.000 0.234 1.000 N NA
 345395 345396 t0192 t0193 pcnB yadB TRUE 0.623 141.000 0.131 1.000 Y NA
 345396 345397 t0193 t0194 yadB dksA TRUE 0.570 69.000 0.231 1.000 N NA
 345397 345398 t0194 t0195 dksA sfsA FALSE 0.177 177.000 0.151 NA   NA
 345398 345399 t0195 t0196 sfsA ligT TRUE 0.696 17.000 0.045 NA   NA
 345400 345401 t0197 t0198 hrpB mrcB FALSE 0.271 141.000 0.158 1.000 N NA
 345401 2200551 t0198 t0199 mrcB fhuA FALSE 0.015 293.000 0.000 NA   NA
 2200551 345402 t0199 t0200 fhuA fhuC TRUE 0.472 49.000 0.000 NA   NA
 345402 345403 t0200 t0201 fhuC fhuD TRUE 0.979 0.000 0.047 1.000 Y NA
 345403 345404 t0201 t0202 fhuD fhuB TRUE 0.984 -3.000 0.087 1.000 Y NA
 345406 345407 t0204 t0205 yadQ yadR FALSE 0.417 37.000 0.031 NA   NA
 345408 345409 t0206 t0207 yadS btuF TRUE 0.789 37.000 0.213 NA   NA
 345409 345410 t0207 t0208 btuF mtn TRUE 0.833 -7.000 0.073 1.000 N NA
 345411 345412 t0209 t0210 dgt htrA FALSE 0.217 130.000 0.101 1.000 N NA
 345412 345413 t0210 t0211 htrA yaeG FALSE 0.098 153.000 0.080 NA N NA
 345415 345416 t0214 t0215 dapD glnD TRUE 0.591 30.000 0.097 1.000 N NA
 345416 345417 t0215 t0216 glnD map TRUE 0.486 113.000 0.243 1.000 N NA
 345418 345419 t0217 t0218 rpsB tsf FALSE 0.426 258.000 0.748 1.000 Y NA
 345419 345420 t0218 t0219 tsf pyrH TRUE 0.515 145.000 0.416 1.000 N NA
 345420 345421 t0219 t0220 pyrH frr TRUE 0.623 147.000 0.626 1.000 N NA
 345421 345422 t0220 t0221 frr dxr FALSE 0.050 142.000 0.032 1.000 N NA
 345422 345423 t0221 t0222 dxr   FALSE 0.038 313.000 0.025 1.000 Y NA
 345423 345424 t0222 t0223   cdsA TRUE 0.988 13.000 0.400 1.000 Y NA
 345424 345425 t0223 t0224 cdsA yaeL TRUE 0.779 12.000 0.080 1.000 N NA
 345425 345426 t0224 t0225 yaeL yaeT TRUE 0.932 32.000 0.204 1.000 Y NA
 345426 345427 t0225 t0226 yaeT ompH TRUE 0.834 123.000 0.354 1.000 Y NA
 345427 345428 t0226 t0227 ompH lpxD TRUE 0.997 4.000 0.814 1.000 Y NA
 345428 345429 t0227 t0228 lpxD fabZ TRUE 0.808 106.000 0.796 1.000 N NA
 345429 345430 t0228 t0229 fabZ lpxA TRUE 0.990 4.000 0.850 1.000 N NA
 345430 345431 t0229 t0230 lpxA lpxB TRUE 0.993 0.000 0.289 1.000 Y NA
 345431 345432 t0230 t0231 lpxB rnhB TRUE 0.957 -3.000 0.186 1.000 N NA
 345432 345433 t0231 t0232 rnhB dnaE TRUE 0.923 24.000 0.104 1.000 Y NA
 345433 345434 t0232 t0233 dnaE accA TRUE 0.845 13.000 0.122 1.000 N NA
 345434 345435 t0233 t0234 accA tnpA FALSE 0.038 192.000 0.000 1.000 N NA
 345435 2200553 t0234 t0235 tnpA   FALSE 0.026 243.000 0.000 NA   NA
 2200553 345436 t0235 t0236   ldcC FALSE 0.338 73.000 0.000 NA   NA
 345436 345437 t0236 t0237 ldcC   TRUE 0.725 56.000 0.039 1.000 Y NA
 345437 345438 t0237 t0238   mesJ FALSE 0.075 63.000 0.015 1.000 N NA
 345439 345440 t0239 t0240 rof yaeP TRUE 0.953 -7.000 0.179 NA   NA
 345441 345442 t0241 t0242 yaeQ yaeJ TRUE 0.889 -3.000 0.034 1.000   NA
 345442 345443 t0242 t0243 yaeJ cutF FALSE 0.449 32.000 0.027 NA   NA
 345444 345445 t0244 t0245 tnpA proS FALSE 0.022 219.000 0.000 1.000 N NA
 345445 345446 t0245 t0246 proS yaeB FALSE 0.224 111.000 0.048 NA   NA
 345446 345447 t0246 t0247 yaeB rcsF TRUE 0.977 -3.000 0.247 NA   NA
 345447 345448 t0247 t0248 rcsF yaeC TRUE 0.725 119.000 0.500 NA   NA
 345448 345449 t0248 t0249 yaeC yaeE TRUE 0.953 39.000 0.411 NA Y NA
 345449 345450 t0249 t0250 yaeE abc TRUE 0.995 8.000 0.584 1.000 Y NA
 345451 2200554 t0251 t0252 yaeD   FALSE 0.008 378.000 0.000 NA   NA
 2200554 400769 t0252 t0253   tRNA-Glu FALSE 0.302 87.000 0.000 NA   NA
 400769 2200555 t0253 t0254 tRNA-Glu   FALSE 0.063 194.000 0.000 NA   NA
 2200555 406782 t0254 t4650   rrf FALSE 0.292 101.000 0.000 NA   NA
 406782 345452 t4650 t0255 rrf   FALSE 0.006 423.000 0.000 NA   NA
 345452 345453 t0255 t0256   kgtP FALSE 0.242 104.000 0.051 NA   NA
 345454 345455 t0257 t0258 yfiM pssA TRUE 0.563 45.000 0.089 NA   NA
 345455 345456 t0258 t0259 pssA   TRUE 0.508 115.000 0.121 0.063 N NA
 345456 345457 t0259 t0260     TRUE 0.712 54.000 0.222 NA   NA
 345457 345458 t0260 t0261   yfiG FALSE 0.383 73.000 0.084 NA   NA
 345466 345467 t0270 t0271 rpoE rseA TRUE 0.929 32.000 0.705 NA N NA
 345467 345468 t0271 t0272 rseA rseB TRUE 0.998 0.000 0.856 NA Y NA
 345468 345469 t0272 t0273 rseB rseC TRUE 0.997 -3.000 0.609 NA Y NA
 345469 345470 t0273 t0274 rseC lepA FALSE 0.006 259.000 0.045 NA N NA
 345470 345471 t0274 t0275 lepA lepB TRUE 0.901 17.000 0.187 1.000   NA
 345471 345472 t0275 t0277 lepB rnc FALSE 0.033 274.000 0.117 1.000   NA
 345472 345473 t0277 t0276 rnc era TRUE 0.981 -3.000 0.127 0.059   NA
 345473 345474 t0276 t0278 era recO TRUE 0.897 12.000 0.109 1.000   NA
 345474 345475 t0278 t0279 recO pdxJ TRUE 0.890 12.000 0.166 1.000 N NA
 345475 345476 t0279 t0280 pdxJ acpS TRUE 0.977 0.000 0.326 1.000 N NA
 345477 345478 t0281 t0282     TRUE 0.469 53.000 0.000 1.000   NA
 345479 345480 t0283 t0284     TRUE 0.566 22.000 0.000 1.000 N NA
 345482 345483 t0286 t0287     TRUE 0.917 11.000 0.125 1.000   NA
 345483 345484 t0287 t0288   yfhB TRUE 0.908 4.000 0.125 NA N NA
 345484 345485 t0288 t0289 yfhB yfhC FALSE 0.461 25.000 0.062 NA N NA
 345487 345488 t0291 t0292 purL   FALSE 0.002 695.000 0.000 1.000 N NA
 345488 345489 t0292 t0294   yfhG TRUE 0.914 2.000 0.000 NA   NA
 345489 345490 t0294 t0293 yfhG yfhA TRUE 0.924 -3.000 0.000 NA   NA
 345490 345491 t0293 t0295 yfhA glnB FALSE 0.400 77.000 0.146 1.000 N NA
 345492 345493 t0296 t0297   cadA TRUE 0.927 56.000 0.400 1.000 Y NA
 345493 345494 t0297 t0298 cadA cadB TRUE 0.669 83.000 0.000 1.000 Y NA
 345494 345495 t0298 t0299 cadB cadC FALSE 0.005 349.000 0.000 1.000 N NA
 345495 345496 t0299 t0300 cadC hmpA FALSE 0.050 181.000 0.000 1.000 N NA
 345497 345498 t0301 t0302 glyA hcaT FALSE 0.063 185.000 0.044 1.000   NA
 345500 2200557 t0304 t0305     TRUE 0.478 48.000 0.000 NA   NA
 345501 345502 t0306 t0307 asrC asrB TRUE 0.997 11.000 0.636 0.035 Y NA
 345502 345503 t0307 t0308 asrB asrA TRUE 0.989 4.000 0.318 0.035   NA
 345503 345504 t0308 t0309 asrA   FALSE 0.084 182.000 0.000 NA   NA
 345504 345505 t0309 t0310   suhB FALSE 0.087 145.000 0.003 NA   NA
 345506 345507 t0311 t0312   yfhP FALSE 0.031 242.000 0.126 1.000 N NA
 345507 345508 t0312 t0313 yfhP   FALSE 0.312 181.000 0.424 1.000 N NA
 345508 345509 t0313 t0314   nifU TRUE 0.901 28.000 0.448 1.000 N NA
 345509 345510 t0314 t0315 nifU yfhF TRUE 0.962 29.000 0.359 0.002   NA
 345510 345511 t0315 t0316 yfhF yfhE FALSE 0.331 197.000 0.500 1.000   NA
 345511 345512 t0316 t0317 yfhE hscA TRUE 0.993 13.000 0.634 1.000 Y NA
 345512 345513 t0317 t0318 hscA fdx TRUE 0.991 2.000 0.794 1.000 N NA
 345513 345514 t0318 t0319 fdx yfhJ TRUE 0.982 12.000 0.625 1.000   NA
 345514 345515 t0319 t0320 yfhJ yfhI TRUE 0.665 54.000 0.171 1.000   NA
 345515 345516 t0320 t0321 yfhI sseB TRUE 0.598 101.000 0.253 NA   NA
 345517 345518 t0322 t0323   sseA FALSE 0.024 247.000 0.000 NA   NA
 345519 345520 t0324 t0325   pbpC TRUE 0.993 1.000 0.711 1.000   NA
 345520 2200558 t0325 t0326 pbpC   FALSE 0.140 156.000 0.000 NA   NA
 2200558 345521 t0326 t0327     TRUE 0.924 -3.000 0.000 NA   NA
 345521 345522 t0327 t0328     TRUE 0.989 -7.000 0.667 1.000   NA
 345522 345523 t0328 t0329     TRUE 0.965 0.000 0.154 1.000   NA
 345523 345524 t0329 t0330   ndk FALSE 0.032 121.000 0.002 1.000 N NA
 345524 345525 t0330 t0331 ndk yfgB FALSE 0.105 207.000 0.156 1.000   NA
 345525 345526 t0331 t0332 yfgB yfgA FALSE 0.008 294.000 0.020 1.000   NA
 345526 345527 t0332 t0333 yfgA gcpE TRUE 0.867 27.000 0.233 1.000   NA
 345527 345528 t0333 t0334 gcpE hisS FALSE 0.443 111.000 0.207 1.000 N NA
 345528 345529 t0334 t0335 hisS   TRUE 0.945 14.000 0.259 1.000   NA
 345529 345530 t0335 t0336     TRUE 0.978 11.000 0.492 1.000   NA
 345530 345531 t0336 t0337     TRUE 0.506 119.000 0.203 1.000   NA
 345531 345532 t0337 t0338     FALSE 0.157 89.000 0.009 NA   NA
 345532 2200559 t0338 t0339   sivH FALSE 0.010 346.000 0.000 NA   NA
 2200559 345533 t0339 t0340 sivH sinI FALSE 0.391 61.000 0.000 NA   NA
 345533 345534 t0340 t0341 sinI ratA TRUE 0.548 120.000 0.250 NA   NA
 345534 2200560 t0341 t0342 ratA ratB FALSE 0.277 112.000 0.000 NA   NA
 2200560 345535 t0342 t0343 ratB ratC TRUE 0.887 7.000 0.000 NA   NA
 345535 2200561 t0343 t0344 ratC shdA FALSE 0.004 566.000 0.000 NA   NA
 345537 345538 t0346 t0347 guaB guaA TRUE 0.929 70.000 0.190 0.001 Y NA
 345538 345539 t0347 t0348 guaA   FALSE 0.299 88.000 0.000 NA   NA
 345540 345541 t0349 t0350     FALSE 0.033 229.000 0.000 NA   NA
 345541 2200562 t0350 t0351     TRUE 0.785 16.000 0.000 NA   NA
 345542 345543 t0352 t0353     FALSE 0.345 71.000 0.000 NA   NA
 345543 345544 t0353 t0354     FALSE 0.289 97.000 0.000 NA   NA
 345545 345546 t0355 t0356 ppx ppk TRUE 0.994 5.000 0.486 1.000 Y NA
 345546 345547 t0356 t0357 ppk purN FALSE 0.011 189.000 0.017 1.000 N NA
 345547 345548 t0357 t0358 purN purM TRUE 0.997 0.000 0.230 0.002 Y NA
 345549 345550 t0359 t0360 upp uraA TRUE 0.707 88.000 0.101 1.000 Y NA
 345550 345551 t0360 t0361 uraA   FALSE 0.154 71.000 0.048 1.000 N NA
 345552 345553 t0362 t0363     TRUE 0.817 40.000 0.259 1.000   NA
 345554 2200563 t0364 t0365     FALSE 0.018 277.000 0.000 NA   NA
 2200563 345555 t0365 t0366     FALSE 0.360 68.000 0.000 NA   NA
 345555 345556 t0366 t0367     TRUE 0.990 6.000 0.295 1.000 Y NA
 345557 345558 t0368 t0369 bcp gcvR TRUE 0.919 0.000 0.102 1.000 N NA
 345559 345560 t0370 t0371 dapA nlpB TRUE 0.974 17.000 0.267 1.000 Y NA
 345560 345561 t0371 t0372 nlpB purC FALSE 0.016 175.000 0.019 1.000 N NA
 345561 345562 t0372 t0373 purC   FALSE 0.128 132.000 0.006 1.000   NA
 345562 345563 t0373 t0374     TRUE 0.695 16.000 0.029 1.000   NA
 345564 345565 t0375 t0376   dapE TRUE 0.479 28.000 0.025 NA   NA
 345565 345566 t0376 t0377 dapE yffB TRUE 0.966 4.000 0.292 1.000 N NA
 345566 345567 t0377 t0378 yffB acrD FALSE 0.002 646.000 0.000 1.000 N NA
 345567 345568 t0378 t0379 acrD narQ FALSE 0.046 185.000 0.000 1.000 N NA
 345571 345572 t0382 t0383 yffH   TRUE 0.605 125.000 0.333 NA   NA
 345572 345573 t0383 t0384     FALSE 0.235 128.000 0.000 NA   NA
 345574 345575 t0385 t0386 tktB talA TRUE 0.989 20.000 0.739 1.000 Y NA
 345576 345577 t0387 t0388 maeB tnpA FALSE 0.042 189.000 0.000 1.000 N NA
 345577 345578 t0388 t0389 tnpA eutS FALSE 0.003 481.000 0.000 1.000 N NA
 345578 345579 t0389 t0390 eutS eutP TRUE 0.937 13.000 0.017 1.000 Y NA
 345579 345580 t0390 t0391 eutP eutQ TRUE 0.937 -22.000 0.017 NA Y NA
 345580 345581 t0391 t0392 eutQ   TRUE 0.991 -3.000 0.214 NA Y NA
 345581 345582 t0392 t0393   eutD TRUE 0.807 -3.000 0.048 1.000 N NA
 345582 345583 t0393 t0394 eutD eutN TRUE 0.899 41.000 0.182 NA Y NA
 345583 345584 t0394 t0395 eutN eutE TRUE 0.957 12.000 0.000 NA Y NA
 345584 345585 t0395 t0396 eutE eutJ TRUE 0.767 11.000 0.000 1.000 N NA
 345585 345586 t0396 t0397 eutJ eutG TRUE 0.794 -10.000 0.000 1.000 N NA
 345586 345587 t0397 t0398 eutG eutH FALSE 0.441 119.000 0.222 1.000 N NA
 345587 345588 t0398 t0399 eutH eutA TRUE 0.981 -3.000 0.000 NA Y NA
 345588 345589 t0399 t0400 eutA eutB TRUE 0.957 12.000 0.000 NA Y NA
 345589 345590 t0400 t0401 eutB eutC TRUE 0.974 19.000 0.000 0.001 Y NA
 345590 345591 t0401 t0402 eutC eutL TRUE 0.960 10.000 0.043 1.000 Y NA
 345591 345592 t0402 t0403 eutL eutK TRUE 0.700 13.000 0.000 NA N NA
 345592 345593 t0403 t0404 eutK yfeG FALSE 0.310 48.000 0.000 NA N NA
 345594 345595 t0405 t0406     FALSE 0.362 129.000 0.133 NA   NA
 345595 345596 t0406 t0407   hemF TRUE 0.711 21.000 0.000 NA   NA
 345596 345597 t0407 t0408 hemF amiA TRUE 0.638 3.000 0.025 1.000 N NA
 345598 345599 t0409 t0410     TRUE 0.843 -13.000 0.059 NA   NA
 345599 345600 t0410 t0411     TRUE 0.639 62.000 0.204 NA   NA
 345600 345601 t0411 t0412     TRUE 0.662 95.000 0.333 NA   NA
 345601 345602 t0412 t0413   yfeF FALSE 0.014 237.000 0.000 NA N NA
 345602 345603 t0413 t0414 yfeF cysP FALSE 0.078 158.000 0.000 1.000 N NA
 345603 345604 t0414 t0415 cysP cysU TRUE 0.994 0.000 0.479 0.002 N NA
 345604 345605 t0415 t0416 cysU cysW TRUE 0.996 0.000 0.583 0.001 N NA
 345605 345606 t0416 t0417 cysW cysA TRUE 0.983 -10.000 0.180 1.000 Y NA
 345606 345607 t0417 t0418 cysA cysM FALSE 0.106 121.000 0.049 1.000 N NA
 345608 345609 t0419 t0420     FALSE 0.404 59.000 0.000 NA   NA
 345609 345610 t0420 t0421   ptsJ TRUE 0.658 15.000 0.059 1.000 N NA
 345611 345612 t0423 t0422 pdxK   TRUE 0.964 -3.000 0.160 NA   NA
 345613 345614 t0424 t0425 crr   TRUE 0.956 41.000 0.203 0.011 Y NA
 345614 345615 t0425 t0426   ptsH TRUE 0.943 49.000 0.187 0.011 Y NA
 345615 345616 t0426 t0427 ptsH cysK FALSE 0.001 384.000 0.019 1.000 N NA
 345616 345617 t0427 t0428 cysK cysZ FALSE 0.048 373.000 0.122 1.000 Y NA
 345618 345619 t0429 t0431   ligA FALSE 0.335 72.000 0.106 1.000 N NA
 345619 345620 t0431 t0430 ligA ypeB TRUE 0.795 -7.000 0.017 NA   NA
 345624 345625 t0435 t0436 xapA xapB TRUE 0.564 55.000 0.111 1.000   NA
 345625 345626 t0436 t0437 xapB xapR FALSE 0.037 269.000 0.130 1.000   NA
 400846 400845 t0438 t0439 tRNA-Lys tRNA-Val TRUE 0.895 5.000 0.000 NA   NA
 400845 400844 t0439 t0440 tRNA-Val tRNA-Val TRUE 0.517 42.000 0.000 NA   NA
 400844 400843 t0440 t0441 tRNA-Val tRNA-Val TRUE 0.492 46.000 0.000 NA   NA
 345628 345629 t0443 t0444 yfeD yfeC TRUE 0.990 2.000 0.250 0.007   NA
 400770 400771 t0445 t0446 tRNA-Ala tRNA-Ala TRUE 0.510 43.000 0.000 NA   NA
 400771 345630 t0446 t0447 tRNA-Ala yfeA FALSE 0.067 191.000 0.000 NA   NA
 345633 345634 t0450 t0451     TRUE 0.525 114.000 0.214 NA   NA
 345637 345638 t0454 t0455 glk   FALSE 0.002 723.000 0.000 1.000 N NA
 345638 345639 t0455 t0456   tnpA FALSE 0.052 179.000 0.000 1.000 N NA
 345643 345644 t0460 t0461 pgtC pgtB TRUE 0.993 -3.000 0.909 1.000 N NA
 345644 345645 t0461 t0462 pgtB pgtA TRUE 0.996 -10.000 0.500 0.100 Y NA
 345645 345646 t0462 t0463 pgtA pgtE FALSE 0.011 268.000 0.000 1.000 N NA
 345646 2200564 t0463 t0464 pgtE   FALSE 0.037 222.000 0.000 NA   NA
 2200564 2200565 t0464 t0465     FALSE 0.007 397.000 0.000 NA   NA
 345647 2200566 t0466 t0467   gtrB FALSE 0.447 53.000 0.000 NA   NA
 2200566 345648 t0467 t0468 gtrB gtrA TRUE 0.822 -31.000 0.000 NA   NA
 400842 345649 t0470 t0471 tRNA-Arg yfdC FALSE 0.330 76.000 0.000 NA   NA
 345652 345653 t0474 t0475     FALSE 0.084 178.000 0.061 NA   NA
 345653 345654 t0475 t0476     TRUE 0.996 0.000 0.430 1.000 Y NA
 345654 345655 t0476 t0477     FALSE 0.027 209.000 0.000 1.000 N NA
 345657 345658 t0479 t0480   aroC TRUE 0.477 36.000 0.081 1.000 N NA
 345658 345659 t0480 t0481 aroC mepA TRUE 0.616 4.000 0.025 1.000 N NA
 345659 345660 t0481 t0482 mepA yfcA TRUE 0.964 0.000 0.160 NA   NA
 345660 2200568 t0482 t0483 yfcA   TRUE 0.924 0.000 0.000 NA   NA
 2200568 345661 t0483 t0484     TRUE 0.590 33.000 0.000 NA   NA
 345663 345664 t0486 t0487 fabB   FALSE 0.290 98.000 0.000 NA   NA
 345665 345666 t0488 t0489     TRUE 0.924 0.000 0.000 NA   NA
 345666 345667 t0489 t0490     FALSE 0.106 169.000 0.000 NA   NA
 345668 345669 t0491 t0492     FALSE 0.095 180.000 0.000 1.000   NA
 345671 345672 t0494 t0495 pdxB usg TRUE 0.873 68.000 0.097 0.011 Y NA
 345672 345673 t0495 t0496 usg truA TRUE 0.768 0.000 0.040 1.000 N NA
 345673 345674 t0496 t0497 truA dedA FALSE 0.358 49.000 0.038 NA   NA
 345674 345675 t0497 t0498 dedA accD FALSE 0.087 150.000 0.020 NA   NA
 345675 345676 t0498 t0499 accD folC TRUE 0.708 68.000 0.383 1.000 N NA
 345676 345677 t0499 t0500 folC dedD TRUE 0.954 -10.000 0.216 NA   NA
 345677 345678 t0500 t0501 dedD cvpA FALSE 0.020 311.000 0.116 NA   NA
 345678 345679 t0501 t0502 cvpA purF TRUE 0.828 38.000 0.262 1.000   NA
 345681 345682 t0504 t0505     TRUE 0.693 91.000 0.095 1.000 Y NA
 345682 345683 t0505 t0506     TRUE 0.996 2.000 0.500 1.000 Y NA
 345683 345684 t0506 t0507     TRUE 0.929 64.000 0.500 1.000 Y NA
 345684 345685 t0507 t0508   ubiX FALSE 0.115 144.000 0.000 1.000 N NA
 345685 345686 t0508 t0509 ubiX argT FALSE 0.009 289.000 0.000 1.000 N NA
 345686 345687 t0509 t0510 argT hisJ FALSE 0.219 238.000 0.000 0.015 Y NA
 345687 345688 t0510 t0511 hisJ hisQ TRUE 0.853 183.000 0.833 0.062 Y NA
 345688 345689 t0511 t0512 hisQ hisM TRUE 0.999 -3.000 0.900 0.018 Y NA
 345689 345690 t0512 t0513 hisM hisP TRUE 0.994 11.000 0.643 1.000 Y NA
 345691 345692 t0514 t0515     FALSE 0.245 124.000 0.000 NA   NA
 345693 345694 t0516 t0517     TRUE 0.502 56.000 0.092 NA   NA
 345694 345695 t0517 t0518     TRUE 0.796 57.000 0.143 0.013   NA
 345697 345698 t0520 t0521     TRUE 0.862 81.000 0.117 0.011 Y NA
 345698 345699 t0521 t0522   ulaA TRUE 0.920 15.000 0.052 0.016   NA
 345699 345700 t0522 t0523 ulaA   TRUE 0.967 -3.000 0.167 1.000   NA
 345700 345701 t0523 t0524     TRUE 0.999 -7.000 0.742 0.001 Y NA
 345702 345703 t0525 t0526   pta FALSE 0.043 218.000 0.000 1.000   NA
 345703 345704 t0526 t0527 pta ackA TRUE 0.837 77.000 0.634 1.000   NA
 345705 345706 t0528 t0529     TRUE 0.584 83.000 0.221 NA   NA
 345706 345707 t0529 t0530     TRUE 0.970 11.000 0.375 NA   NA
 345707 345708 t0530 t0531     TRUE 0.693 76.000 0.308 1.000   NA
 345709 345710 t0532 t0533     FALSE 0.395 94.000 0.104 1.000   NA
 345711 345712 t0534 t0535 lrhA   FALSE 0.318 80.000 0.000 NA   NA
 345712 345713 t0535 t0536   nuoA FALSE 0.007 393.000 0.000 NA   NA
 345713 345714 t0536 t0537 nuoA nuoB TRUE 0.993 16.000 0.377 0.004 Y NA
 345714 345715 t0537 t0538 nuoB nuoC TRUE 0.968 87.000 0.691 0.004 Y NA
 345715 345716 t0538 t0539 nuoC nuoE TRUE 0.997 3.000 0.407 0.006 Y NA
 345716 345717 t0539 t0540 nuoE nuoF TRUE 0.996 -3.000 0.186 0.006 Y NA
 345717 345718 t0540 t0541 nuoF nuoG TRUE 0.975 25.000 0.180 0.004 Y NA
 345718 345719 t0541 t0542 nuoG nuoH TRUE 0.999 -3.000 0.664 0.006 Y NA
 345719 345720 t0542 t0543 nuoH nuoI TRUE 0.994 15.000 0.423 0.006 Y NA
 345720 345721 t0543 t0544 nuoI nuoJ TRUE 0.996 11.000 0.428 0.006 Y NA
 345721 345722 t0544 t0545 nuoJ nuoK TRUE 0.997 -3.000 0.269 0.004 Y NA
 345722 345723 t0545 t0546 nuoK nuoL TRUE 0.996 -3.000 0.211 0.006 Y NA
 345723 345724 t0546 t0547 nuoL nuoM TRUE 0.486 314.000 0.713 0.002 Y NA
 345724 345725 t0547 t0548 nuoM nuoN TRUE 0.997 7.000 0.437 0.002 Y NA
 345726 345727 t0549 t0550     FALSE 0.455 66.000 0.091 1.000   NA
 345728 345729 t0551 t0552     TRUE 0.499 49.000 0.077 NA   NA
 345729 345730 t0552 t0553   menF FALSE 0.219 101.000 0.043 NA   NA
 345730 345731 t0553 t0554 menF menD TRUE 0.842 86.000 0.281 1.000 Y NA
 345731 345732 t0554 t0555 menD yfbB TRUE 0.985 -3.000 0.355 NA   NA
 345732 345733 t0555 t0556 yfbB menB TRUE 0.942 15.000 0.280 NA   NA
 345733 345734 t0556 t0557 menB menC TRUE 0.996 0.000 0.171 0.002 Y NA
 345734 345735 t0557 t0558 menC menE TRUE 0.991 -3.000 0.283 0.002 N NA
 345735 345736 t0558 t0559 menE pmrD FALSE 0.149 98.000 0.005 NA   NA
 345737 345738 t0560 t0561     TRUE 0.992 0.000 0.613 NA   NA
 345738 345739 t0561 t0562   pqaB TRUE 0.941 -3.000 0.091 NA   NA
 345739 345740 t0562 t0563 pqaB   TRUE 0.714 -3.000 0.031 1.000 N NA
 345740 345741 t0563 t0564     TRUE 0.996 -3.000 0.447 1.000 Y NA
 345741 345742 t0564 t0565   pmrF TRUE 0.991 -3.000 0.220 NA Y NA
 345742 345743 t0565 t0566 pmrF   TRUE 0.994 3.000 0.378 NA Y NA
 345746 345747 t0569 t0570     FALSE 0.154 115.000 0.005 1.000   NA
 345747 345748 t0570 t0571     FALSE 0.026 250.000 0.000 1.000   NA
 345748 345749 t0571 t0572     TRUE 0.896 2.000 0.090 1.000 N NA
 345749 345750 t0572 t0573     FALSE 0.264 56.000 0.060 1.000 N NA
 345750 345751 t0573 t0574     TRUE 0.834 26.000 0.250 1.000 N NA
 345751 345752 t0574 t0575     TRUE 0.979 6.000 0.400 NA   NA
 345753 345754 t0576 t0577     TRUE 0.873 -10.000 0.000 NA   NA
 345754 345755 t0577 t0578   glpC FALSE 0.014 302.000 0.000 NA   NA
 345755 345756 t0578 t0579 glpC glpB TRUE 0.993 -3.000 0.547 0.057 N NA
 345756 345757 t0579 t0580 glpB glpA TRUE 0.994 -10.000 0.650 0.001 N NA
 345758 345759 t0581 t0582 glpT glpQ TRUE 0.974 5.000 0.396 1.000 N NA
 345762 345763 t0585 t0586 yfaE nrdB TRUE 0.738 0.000 0.034 1.000 N NA
 345763 345764 t0586 t0587 nrdB nrdA TRUE 0.860 113.000 0.100 0.001 Y NA
 345764 345765 t0587 t0588 nrdA ubiG FALSE 0.005 355.000 0.000 1.000 N NA
 345765 345766 t0588 t0589 ubiG   FALSE 0.044 83.000 0.004 1.000 N NA
 2200569 345767 t0590 t0591     TRUE 0.806 15.000 0.000 NA   NA
 345767 345768 t0591 t0592   gyrA FALSE 0.004 410.000 0.000 1.000 N NA
 345768 345769 t0592 t0593 gyrA tnpA FALSE 0.272 186.000 0.000 1.000 Y NA
 345769 345770 t0593 t0594 tnpA rcsC FALSE 0.045 186.000 0.000 1.000 N NA
 345771 345772 t0595 t0596 rcsB yojN TRUE 0.988 17.000 0.558 1.000 Y NA
 345772 2200570 t0596 t4642 yojN micF FALSE 0.013 303.000 0.000 NA   NA
 345773 345774 t0597 t0598 ompC yojL FALSE 0.163 115.000 0.066 1.000 N NA
 345774 345775 t0598 t0599 yojL ada FALSE 0.064 81.000 0.019 1.000 N NA
 345775 345776 t0599 t0600 ada alkB TRUE 0.829 3.000 0.068 NA N NA
 345776 345777 t0600 t0601 alkB yojI FALSE 0.216 76.000 0.076 NA N NA
 345779 345780 t0604 t0603 napF yojF TRUE 0.952 -10.000 0.209 NA   NA
 345780 345781 t0603 t0605 yojF napA TRUE 0.992 -3.000 0.875 NA N NA
 345781 345782 t0605 t0606 napA napG TRUE 0.987 7.000 0.243 0.004   NA
 345782 345783 t0606 t0607 napG napH TRUE 0.994 -13.000 0.795 0.019   NA
 345783 345784 t0607 t0608 napH napB TRUE 0.913 116.000 0.316 0.009 Y NA
 345784 345785 t0608 t0609 napB napC TRUE 0.997 10.000 0.490 0.005 Y NA
 345785 345786 t0609 t0610 napC ccmA FALSE 0.420 21.000 0.043 1.000 N NA
 345786 345787 t0610 t0611 ccmA ccmB TRUE 0.998 -3.000 0.503 0.005 Y NA
 345787 345788 t0611 t0612 ccmB ccmC TRUE 0.979 52.000 0.501 0.002 Y NA
 345788 345789 t0612 t0613 ccmC ccmD TRUE 0.987 -3.000 0.501 1.000 N NA
 345789 345790 t0613 t0614 ccmD ccmE TRUE 0.979 -3.000 0.344 1.000 N NA
 345790 345791 t0614 t0615 ccmE ccmF TRUE 0.996 -3.000 0.211 0.005 Y NA
 345791 345792 t0615 t0616 ccmF dsbE TRUE 0.999 -3.000 0.804 0.005 Y NA
 345792 345793 t0616 t0617 dsbE ccmH TRUE 0.997 -3.000 0.578 1.000 Y NA
 2200571 2200572 t0621 t0622     FALSE 0.013 309.000 0.000 NA   NA
 2200572 345797 t0622 t0623   sspH FALSE 0.106 169.000 0.000 NA   NA
 345797 2200573 t0623 t0624 sspH   FALSE 0.292 107.000 0.000 NA   NA
 400841 345798 t0625 t0626 tRNA-Pro yejM FALSE 0.335 74.000 0.000 NA   NA
 345798 345799 t0626 t0627 yejM yejL TRUE 0.492 32.000 0.040 NA   NA
 345800 345801 t0628 t0629 yejK   TRUE 0.638 28.000 0.000 NA   NA
 345802 345803 t0630 t0631 rplY yejH FALSE 0.315 125.000 0.024 0.015 N NA
 345804 345805 t0632 t0633 yejD bcr TRUE 0.758 28.000 0.182 1.000 N NA
 345805 345806 t0633 t0634 bcr   TRUE 0.924 -3.000 0.000 NA   NA
 345806 345807 t0634 t0635   yejG FALSE 0.014 296.000 0.000 NA   NA
 345808 345809 t0636 t0637 yejF yejE TRUE 0.993 2.000 0.758 1.000   NA
 345809 345810 t0637 t0638 yejE yejB TRUE 0.997 0.000 0.833 0.062   NA
 345810 345811 t0638 t0639 yejB yejA TRUE 0.994 10.000 0.848 0.062   NA
 345811 345812 t0639 t0640 yejA rtn TRUE 0.630 107.000 0.394 NA N NA
 345812 345813 t0640 t0641 rtn   FALSE 0.023 326.000 0.219 NA N NA
 345813 345814 t0641 t0642     FALSE 0.006 414.000 0.000 NA   NA
 345814 345815 t0642 t0643   yeiR TRUE 0.864 30.000 0.275 NA   NA
 345815 345816 t0643 t0644 yeiR yeiP FALSE 0.053 213.000 0.085 NA   NA
 345816 345817 t0644 t0645 yeiP   FALSE 0.137 135.000 0.034 NA   NA
 345818 345819 t0646 t0647     TRUE 0.914 2.000 0.000 NA   NA
 345821 345822 t0650 t0649 fruB fruK TRUE 0.986 0.000 0.112 1.000 Y NA
 345822 345823 t0649 t0651 fruK fruA TRUE 0.988 17.000 0.562 1.000 Y NA
 345824 345825 t0652 t0653 nfo yeiH FALSE 0.233 79.000 0.040 NA   NA
 345826 345827 t0654 t0655 yeiE lysP FALSE 0.040 190.000 0.000 1.000 N NA
 345827 345828 t0655 t0656 lysP cirA FALSE 0.005 346.000 0.000 1.000 N NA
 2200574 345829 t0657 t0658     TRUE 0.590 33.000 0.000 NA   NA
 345830 345831 t0659 t0660 sdaC   TRUE 0.981 5.000 0.400 1.000   NA
 345833 345834 t0662 t0663 folE yeiB TRUE 0.980 15.000 0.719 NA   NA
 345834 345835 t0663 t0664 yeiB galS TRUE 0.595 150.000 0.500 NA   NA
 345835 345836 t0664 t0665 galS mglB FALSE 0.002 499.000 0.000 NA N NA
 345836 2200575 t0665 t0666 mglB mglA FALSE 0.218 134.000 0.000 NA   NA
 2200575 345837 t0666 t0667 mglA mglC TRUE 0.785 16.000 0.000 NA   NA
 2200576 345838 t0668 t0669 yeiA   TRUE 0.901 -6.000 0.000 NA   NA
 345838 345839 t0669 t0670     FALSE 0.031 205.000 0.036 NA   NA
 345839 345840 t0670 t0671   sanA TRUE 0.855 -3.000 0.019 NA   NA
 345840 345841 t0671 t0672 sanA cdd FALSE 0.068 177.000 0.045 NA   NA
 345841 345842 t0672 t0673 cdd yohK FALSE 0.239 154.000 0.198 NA N NA
 345842 345843 t0673 t0674 yohK yohJ TRUE 0.984 -3.000 0.340 NA   NA
 345843 345844 t0674 t0675 yohJ   FALSE 0.157 132.000 0.031 1.000   NA
 345845 345846 t0676 t0677     TRUE 0.975 12.000 0.600 1.000 N NA
 345846 345847 t0677 t0678     TRUE 0.942 16.000 0.000 1.000 Y NA
 345847 345848 t0678 t0679     TRUE 0.939 9.000 0.000 0.026 N NA
 345848 345849 t0679 t0680     TRUE 0.822 15.000 0.120 1.000 N NA
 345849 345850 t0680 t0681   yohI FALSE 0.048 109.000 0.013 1.000 N NA
 345852 345853 t0683 t0684 yohG yohF FALSE 0.247 66.000 0.000 1.000 N NA
 345855 2200577 t0686 t0687 yohC pbpG FALSE 0.110 166.000 0.000 NA   NA
 345857 345858 t0689 t0690 bglX yehZ FALSE 0.076 182.000 0.099 1.000 N NA
 345858 345859 t0690 t0692 yehZ yehY TRUE 0.991 4.000 0.521 0.061 N NA
 345859 345860 t0692 t0691 yehY yehX TRUE 0.994 -7.000 0.489 1.000 Y NA
 345860 345861 t0691 t0693 yehX yehW TRUE 0.992 -16.000 0.542 1.000 Y NA
 345862 345863 t0694 t0695   yehV TRUE 0.877 60.000 0.667 NA   NA
 345864 345865 t0696 t0697 yehU yehT TRUE 0.999 -3.000 0.877 0.017 Y NA
 345865 345866 t0697 t0698 yehT yehS FALSE 0.420 47.000 0.051 NA   NA
 345867 345868 t0699 t0700   yehR FALSE 0.102 172.000 0.000 NA   NA
 345868 345869 t0700 t0701 yehR metG FALSE 0.027 241.000 0.000 NA   NA
 345870 345871 t0702 t0703 mrp yehE FALSE 0.018 278.000 0.000 NA   NA
 345871 345872 t0703 t0704 yehE stcA FALSE 0.017 279.000 0.000 NA   NA
 345872 345873 t0704 t0705 stcA stcB TRUE 0.914 56.000 0.333 1.000 Y NA
 345873 2200578 t0705 t0706 stcB stcC TRUE 0.818 14.000 0.000 NA   NA
 2200578 345874 t0706 t0707 stcC stcD TRUE 0.785 16.000 0.000 NA   NA
 345876 345877 t0709 t0710   thiD TRUE 0.982 -13.000 0.037 0.004 Y NA
 345877 345878 t0710 t0711 thiD   FALSE 0.317 36.000 0.049 1.000 N NA
 345879 345880 t0712 t0713     TRUE 0.988 -3.000 0.600 NA N NA
 345880 345881 t0713 t0714     TRUE 0.985 -3.000 0.364 NA   NA
 345883 345884 t0717 t0718     FALSE 0.008 365.000 0.000 NA   NA
 345884 345885 t0718 t0719     FALSE 0.249 122.000 0.000 NA   NA
 345887 345888 t0721 t0722     TRUE 0.668 25.000 0.000 NA   NA
 345888 345889 t0722 t0723     FALSE 0.289 97.000 0.000 NA   NA
 345889 345890 t0723 t0724     FALSE 0.027 240.000 0.000 NA   NA
 345890 2200580 t0724 t0725     FALSE 0.113 165.000 0.000 NA   NA
 2200580 2200581 t0725 t0726     FALSE 0.241 125.000 0.000 NA   NA
 2200581 345891 t0726 t0727     TRUE 0.827 13.000 0.000 NA   NA
 345891 345892 t0727 t0728     FALSE 0.229 131.000 0.000 NA   NA
 345892 345893 t0728 t0729     FALSE 0.345 71.000 0.000 NA   NA
 345893 345894 t0729 t0730     TRUE 0.823 -30.000 0.000 NA   NA
 345894 345895 t0730 t0731     FALSE 0.355 69.000 0.000 NA   NA
 345895 345896 t0731 t0732     FALSE 0.286 110.000 0.000 NA   NA
 345896 345897 t0732 t0733     FALSE 0.360 68.000 0.000 NA   NA
 345897 345898 t0733 t0734     FALSE 0.265 116.000 0.000 NA   NA
 345898 345899 t0734 t0735     FALSE 0.293 102.000 0.000 NA   NA
 345900 345901 t0736 t0737     TRUE 0.895 5.000 0.000 NA   NA
 345901 345902 t0737 t0738     TRUE 0.970 11.000 0.375 NA   NA
 345902 345903 t0738 t0739     TRUE 0.991 10.000 1.000 NA   NA
 345903 345904 t0739 t0740     TRUE 0.924 0.000 0.000 NA   NA
 345904 345905 t0740 t0741   baeR FALSE 0.019 269.000 0.000 NA   NA
 345905 345906 t0741 t0742 baeR baeS TRUE 0.998 -3.000 0.591 0.017 Y NA
 345906 345907 t0742 t0743 baeS yegB TRUE 0.940 0.000 0.139 1.000 N NA
 345907 345908 t0743 t0744 yegB   TRUE 0.984 -3.000 0.438 1.000 N NA
 345908 345909 t0744 t0745   yegN TRUE 0.979 1.000 0.000 NA Y NA
 345909 345910 t0745 t0746 yegN   TRUE 0.856 0.000 0.000 NA N NA
 345910 345911 t0746 t0747   yegD FALSE 0.003 441.000 0.000 1.000 N NA
 345914 345915 t0750 t0751 udk dcd TRUE 0.696 91.000 0.098 1.000 Y NA
 345915 345916 t0751 t0752 dcd asmA FALSE 0.313 39.000 0.057 NA N NA
 345918 345919 t0754 t0755 wza wzb TRUE 0.960 6.000 0.286 1.000 N NA
 345919 345920 t0755 t0756 wzb wzc TRUE 0.990 -3.000 0.667 1.000 N NA
 345920 345921 t0756 t0757 wzc wcaA TRUE 0.811 87.000 0.231 NA Y NA
 345921 345922 t0757 t0758 wcaA wcaB TRUE 0.962 3.000 0.259 NA N NA
 345922 345923 t0758 t0759 wcaB wcaC TRUE 0.970 -3.000 0.259 1.000 N NA
 345923 2200582 t0759 t0760 wcaC wcaD TRUE 0.831 -25.000 0.000 NA   NA
 2200582 345924 t0760 t0761 wcaD wcaE TRUE 0.827 13.000 0.000 NA   NA
 345924 345925 t0761 t0762 wcaE wcaF TRUE 0.803 16.000 0.077 NA   NA
 345925 345926 t0762 t0763 wcaF gmd TRUE 0.698 24.000 0.000 1.000   NA
 345926 345927 t0763 t0765 gmd fcl TRUE 0.991 3.000 0.000 0.008 Y NA
 345927 345928 t0765 t0764 fcl wcaH TRUE 0.964 -3.000 0.217 1.000 N NA
 345928 345929 t0764 t0766 wcaH wcaI TRUE 0.923 -3.000 0.108 1.000 N NA
 345929 345930 t0766 t0767 wcaI manC TRUE 0.987 -3.000 0.123 1.000 Y NA
 345930 345931 t0767 t0768 manC manB TRUE 0.832 111.000 1.000 1.000 N NA
 345931 345932 t0768 t0769 manB wcaJ TRUE 0.831 54.000 0.538 NA N NA
 345932 345933 t0769 t0770 wcaJ wzxC TRUE 0.640 102.000 0.304 NA   NA
 345933 2200583 t0770 t0771 wzxC wcaK TRUE 0.699 22.000 0.000 NA   NA
 2200583 345934 t0771 t0772 wcaK   TRUE 0.924 -3.000 0.000 NA   NA
 345934 345935 t0772 t0773     TRUE 0.962 11.000 0.292 1.000   NA
 345935 345936 t0773 t0774   galF FALSE 0.280 178.000 0.259 1.000   NA
 345936 345937 t0774 t0775 galF rfbB FALSE 0.034 377.000 0.000 1.000 Y NA
 345937 345938 t0775 t0776 rfbB rfbD TRUE 0.994 0.000 0.084 0.003 Y NA
 345938 345939 t0776 t0777 rfbD rfbA TRUE 0.906 48.000 0.053 0.003 Y NA
 345939 345940 t0777 t0778 rfbA rfbC TRUE 0.990 1.000 0.211 1.000 Y NA
 345940 345941 t0778 t0779 rfbC rfbI TRUE 0.820 6.000 0.000 1.000 N NA
 345941 345942 t0779 t0780 rfbI rfbF TRUE 0.485 16.000 0.038 1.000 N NA
 345942 345943 t0780 t0781 rfbF rfbG TRUE 0.996 5.000 0.624 1.000 Y NA
 345943 345944 t0781 t0782 rfbG rfbH TRUE 0.952 27.000 0.247 1.000 Y NA
 345944 345945 t0782 t0783 rfbH rfbS TRUE 0.903 35.000 0.018 0.026 Y NA
 345945 345946 t0783 t0784 rfbS rfbE TRUE 0.994 -3.000 0.111 0.004 Y NA
 345946 345947 t0784 t0785 rfbE rfbX TRUE 0.546 71.000 0.167 NA   NA
 345947 345948 t0785 t0786 rfbX rfbV TRUE 0.947 2.000 0.118 NA   NA
 345948 345949 t0786 t0787 rfbV rfbU FALSE 0.018 575.000 0.000 NA Y NA
 345949 345950 t0787 t0788 rfbU rfbN TRUE 0.971 1.000 0.023 NA Y NA
 345950 345951 t0788 t0789 rfbN rfbM TRUE 0.971 1.000 0.023 NA Y NA
 345951 345952 t0789 t0790 rfbM rfbK TRUE 0.772 -13.000 0.000 1.000 N NA
 345952 345953 t0790 t0791 rfbK rfbP FALSE 0.225 72.000 0.000 1.000 N NA
 345953 345954 t0791 t0792 rfbP gnd FALSE 0.013 164.000 0.005 1.000 N NA
 345954 345955 t0792 t0793 gnd ugd FALSE 0.016 237.000 0.000 1.000 N NA
 345955 345956 t0793 t0794 ugd cld TRUE 0.723 143.000 0.250 1.000 Y NA
 345957 345958 t0795 t0796 hisI hisF TRUE 0.998 -6.000 0.430 0.003 Y NA
 345958 345959 t0796 t0797 hisF hisA TRUE 0.996 -18.000 0.433 0.003 Y NA
 345959 345960 t0797 t0798 hisA hisH TRUE 0.996 0.000 0.210 0.003 Y NA
 345960 345961 t0798 t0799 hisH hisB TRUE 0.995 0.000 0.128 0.003 Y NA
 345961 345962 t0799 t0800 hisB hisC TRUE 0.998 -3.000 0.341 0.003 Y NA
 345962 345963 t0800 t0801 hisC hisD TRUE 0.997 -3.000 0.294 0.003 Y NA
 345963 345964 t0801 t0802 hisD hisG TRUE 0.892 103.000 0.171 0.003 Y NA
 345964 345965 t0802 t0803 hisG hisL FALSE 0.364 147.000 0.003 0.003   NA
 345966 345967 t0804 t0805     FALSE 0.114 46.000 0.015 1.000 N NA
 345967 345968 t0805 t0806   yeeF FALSE 0.010 280.000 0.000 1.000 N NA
 345969 2200584 t0807 t0808 sbcB sopA FALSE 0.008 367.000 0.000 NA   NA
 345970 345971 t0809 t0810 phsA phsB TRUE 0.992 15.000 0.400 0.056 Y NA
 345971 345972 t0810 t0811 phsB phsC TRUE 0.998 -3.000 0.600 0.056 Y NA
 345972 2200585 t0811 t0812 phsC yeeC FALSE 0.245 124.000 0.000 NA   NA
 2200585 345973 t0812 t0813 yeeC sbmC FALSE 0.157 151.000 0.000 NA   NA
 345973 345974 t0813 t0814 sbmC yeeA FALSE 0.324 119.000 0.096 NA   NA
 345974 345975 t0814 t0815 yeeA   FALSE 0.061 245.000 0.180 NA   NA
 345976 345977 t0816 t0817 pduX   TRUE 0.689 58.000 0.080 0.003 N NA
 345977 345978 t0817 t0818   pduV TRUE 0.946 -15.000 0.292 1.000 N NA
 345978 345979 t0818 t0819 pduV   TRUE 0.987 5.000 0.200 1.000 Y NA
 345979 345980 t0819 t0820   pduT TRUE 0.934 0.000 0.133 NA N NA
 345980 345981 t0820 t0821 pduT pduS TRUE 0.997 3.000 0.714 NA Y NA
 345981 345982 t0821 t0822 pduS pduQ TRUE 0.960 24.000 0.259 1.000 Y NA
 345982 345983 t0822 t0823 pduQ pduP TRUE 0.980 12.000 0.000 0.034 Y NA
 345983 345984 t0823 t0824 pduP pduO TRUE 0.930 -3.000 0.000 1.000   NA
 345984 2200586 t0824 t0825 pduO pduN TRUE 0.870 10.000 0.000 NA   NA
 2200586 345985 t0825 t0826 pduN pduM TRUE 0.902 4.000 0.000 NA   NA
 345985 345986 t0826 t0827 pduM pduL TRUE 0.976 -3.000 0.242 NA   NA
 345986 345987 t0827 t0828 pduL pduK TRUE 0.992 0.000 0.242 NA Y NA
 345987 345988 t0828 t0829 pduK pduJ TRUE 0.996 4.000 0.645 NA Y NA
 345988 345989 t0829 t0830 pduJ pduH TRUE 0.723 20.000 0.000 NA   NA
 345989 345990 t0830 t0831 pduH pduG TRUE 0.873 -10.000 0.000 NA   NA
 345990 345991 t0831 t0832 pduG pduE FALSE 0.280 207.000 0.500 NA   NA
 345991 345992 t0832 t0833 pduE pduD TRUE 0.993 15.000 0.759 0.001   NA
 345992 345993 t0833 t0834 pduD pduC TRUE 0.986 11.000 0.273 0.001   NA
 345993 345994 t0834 t0835 pduC pduB TRUE 0.721 19.000 0.100 1.000 N NA
 345994 345995 t0835 t0836 pduB pduA FALSE 0.209 108.000 0.083 NA N NA
 345996 345997 t0837 t0838 pduF pocR FALSE 0.092 217.000 0.231 1.000 N NA
 345997 345998 t0838 t0840 pocR cbiA FALSE 0.003 552.000 0.000 1.000 N NA
 345998 345999 t0840 t0839 cbiA cbiB TRUE 0.994 -3.000 0.124 0.008 Y NA
 345999 2200587 t0839 t0841 cbiB cbiC TRUE 0.854 11.000 0.000 NA   NA
 2200587 346000 t0841 t0842 cbiC cbiD TRUE 0.924 0.000 0.000 NA   NA
 346000 346001 t0842 t0843 cbiD cbiE TRUE 0.993 -6.000 0.126 0.008 Y NA
 346001 346002 t0843 t0844 cbiE cbiT TRUE 0.996 -10.000 0.300 0.001 Y NA
 346002 346003 t0844 t0845 cbiT cbiF TRUE 0.982 -16.000 0.056 0.008 Y NA
 346003 346004 t0845 t0846 cbiF cbiG TRUE 0.995 -19.000 0.397 0.008 Y NA
 346004 346005 t0846 t0847 cbiG cbiH TRUE 0.998 0.000 0.352 0.008 Y NA
 346005 2200588 t0847 t0848 cbiH cbiJ TRUE 0.924 -3.000 0.000 NA   NA
 2200588 2200589 t0848 t0849 cbiJ cbiK TRUE 0.909 3.000 0.000 NA   NA
 2200589 346006 t0849 t0850 cbiK cbiL TRUE 0.924 -3.000 0.000 NA   NA
 346006 2200590 t0850 t0851 cbiL cbiM TRUE 0.924 -3.000 0.000 NA   NA
 2200590 346007 t0851 t0852 cbiM cbiN TRUE 0.914 2.000 0.000 NA   NA
 346007 346008 t0852 t0853 cbiN cbiQ TRUE 0.998 -13.000 0.804 0.001 Y NA
 346008 346009 t0853 t0854 cbiQ cbiO TRUE 0.993 9.000 0.152 0.002 Y NA
 346009 346010 t0854 t0855 cbiO cbiP TRUE 0.728 -3.000 0.033 1.000 N NA
 346010 346011 t0855 t0856 cbiP cobU TRUE 0.973 -3.000 0.003 1.000 Y NA
 346011 346012 t0856 t0857 cobU cobS TRUE 0.973 -3.000 0.003 1.000 Y NA
 346012 346013 t0857 t0858 cobS cobT TRUE 0.948 27.000 0.056 0.008 Y NA
 346013 346014 t0858 t0859 cobT erfK FALSE 0.182 78.000 0.015 NA   NA
 346014 346015 t0859 t0860 erfK   FALSE 0.462 51.000 0.000 NA   NA
 346016 400772 t0862 t0863   tRNA-Asn FALSE 0.199 141.000 0.000 NA   NA
 400772 346017 t0863 t0864 tRNA-Asn   FALSE 0.006 421.000 0.000 NA   NA
 346017 346018 t0864 t0865     TRUE 0.924 -3.000 0.000 NA   NA
 346018 346019 t0865 t0866     TRUE 0.992 -6.000 0.800 NA   NA
 346021 346022 t0868 t0869 amn   FALSE 0.004 905.000 0.000 NA   NA
 346023 346024 t0870 t0871     FALSE 0.003 8206.000 0.000 NA   NA
 346024 346025 t0871 t0872     TRUE 0.870 10.000 0.000 NA   NA
 346025 400839 t0872 t0873   tRNA-Asn FALSE 0.003 4540.000 0.000 NA   NA
 346026 346027 t0874 t0875     TRUE 0.909 3.000 0.000 NA   NA
 400838 346028 t0876 t0877 tRNA-Asn   FALSE 0.292 101.000 0.000 NA   NA
 400773 346029 t0878 t0879 tRNA-Ser   FALSE 0.013 303.000 0.000 NA   NA
 346029 346030 t0879 t0880   umuD FALSE 0.237 127.000 0.000 NA   NA
 346030 346031 t0880 t0881 umuD umuC TRUE 0.849 3.000 0.000 1.000 N NA
 346031 346032 t0881 t0882 umuC cspB FALSE 0.003 446.000 0.000 1.000 N NA
 346034 346035 t0884 t0885   yedJ FALSE 0.300 80.000 0.062 NA   NA
 346035 346036 t0885 t0886 yedJ dcm FALSE 0.355 74.000 0.000 1.000   NA
 346036 346037 t0886 t0887 dcm vsr TRUE 0.978 -19.000 0.000 0.066 Y NA
 2200591 346039 t0889 t0890     TRUE 0.767 17.000 0.000 NA   NA
 346039 346040 t0890 t0891     FALSE 0.266 165.000 0.208 NA   NA
 346044 346045 t0895 t0896 rcsA fliR FALSE 0.009 282.000 0.000 1.000 N NA
 346045 346046 t0896 t0897 fliR fliQ TRUE 0.986 9.000 0.028 0.002 Y NA
 346046 346047 t0897 t0898 fliQ fliP TRUE 0.998 10.000 0.827 0.011 Y NA
 346047 346048 t0898 t0899 fliP fliO TRUE 0.991 0.000 0.203 1.000 Y NA
 346048 346049 t0899 t0900 fliO fliN TRUE 0.996 0.000 0.443 1.000 Y NA
 346049 346050 t0900 t0901 fliN fliM TRUE 0.996 -3.000 0.137 0.001 Y NA
 346050 346051 t0901 t0902 fliM fliL TRUE 0.999 5.000 0.957 0.001 Y NA
 346051 346052 t0902 t0903 fliL fliK TRUE 0.720 105.000 0.119 1.000 Y NA
 346052 346053 t0903 t0904 fliK fliJ TRUE 0.997 -3.000 0.317 0.006 Y NA
 346053 346054 t0904 t0905 fliJ fliI TRUE 0.963 22.000 0.073 0.007 Y NA
 346054 346055 t0905 t0906 fliI fliH TRUE 0.993 0.000 0.000 0.004 Y NA
 346055 346056 t0906 t0907 fliH fliG TRUE 0.985 -7.000 0.005 0.004 Y NA
 346056 346057 t0907 t0908 fliG fliF TRUE 0.995 -7.000 0.220 0.006 Y NA
 346059 346060 t0910 t0911   yedF FALSE 0.014 298.000 0.000 NA   NA
 346060 346061 t0911 t0912 yedF yedE TRUE 0.994 -3.000 0.844 NA   NA
 346063 346064 t0914 t0915 amyA fliT TRUE 0.474 72.000 0.115 1.000   NA
 346064 346065 t0915 t0916 fliT fliS TRUE 0.983 0.000 0.324 1.000   NA
 346065 346066 t0916 t0917 fliS fliD TRUE 0.992 15.000 0.284 0.002 Y NA
 346067 2200593 t0918 t0919 fliC   FALSE 0.321 79.000 0.000 NA   NA
 2200593 346068 t0919 t0920   fliA FALSE 0.058 197.000 0.000 NA   NA
 346068 346069 t0920 t0921 fliA fliZ TRUE 0.529 59.000 0.108 1.000   NA
 346069 346070 t0921 t0922 fliZ fliY TRUE 0.469 147.000 0.280 1.000   NA
 346070 346071 t0922 t0923 fliY   TRUE 0.776 154.000 0.469 1.000 Y NA
 346071 346072 t0923 t0924   yecS TRUE 0.904 21.000 0.050 1.000 Y NA
 346072 346073 t0924 t0925 yecS   TRUE 0.989 -3.000 0.150 1.000 Y NA
 346073 346074 t0925 t0926   sdiA FALSE 0.019 233.000 0.071 1.000 N NA
 346075 346076 t0927 t0928 yecF   TRUE 0.924 -3.000 0.000 NA   NA
 346077 346078 t0929 t0930 sirA uvrC TRUE 0.968 -3.000 0.086 0.026 N NA
 346078 346079 t0930 t0931 uvrC pgsA TRUE 0.631 57.000 0.227 1.000 N NA
 346079 400774 t0931 t0932 pgsA tRNA-Gly FALSE 0.155 152.000 0.000 NA   NA
 400774 400775 t0932 t0933 tRNA-Gly tRNA-Cys FALSE 0.447 53.000 0.000 NA   NA
 400775 400776 t0933 t0934 tRNA-Cys tRNA-Leu TRUE 0.839 12.000 0.000 NA   NA
 400776 346080 t0934 t0935 tRNA-Leu   FALSE 0.024 250.000 0.000 NA   NA
 346080 346081 t0935 t0936     TRUE 0.891 -7.000 0.000 NA   NA
 346081 346082 t0936 t0937     FALSE 0.038 220.000 0.000 NA   NA
 346082 346083 t0937 t0938     FALSE 0.044 213.000 0.000 NA   NA
 346083 346084 t0938 t0939     TRUE 0.753 18.000 0.000 NA   NA
 346084 346085 t0939 t0940   yecA FALSE 0.028 239.000 0.000 NA   NA
 346088 346089 t0943 t0944 ftnA   FALSE 0.015 240.000 0.029 NA   NA
 346089 346090 t0944 t0945   yecI FALSE 0.010 331.000 0.000 NA   NA
 346091 2200594 t0946 t0947   araH FALSE 0.033 229.000 0.000 NA   NA
 2200594 346092 t0947 t0948 araH otsB FALSE 0.122 163.000 0.000 NA   NA
 346092 346093 t0948 t0949 otsB otsA TRUE 0.985 -25.000 0.068 0.001 Y NA
 346094 346095 t0950 t0951 yecG   TRUE 0.924 -3.000 0.000 NA   NA
 346096 346097 t0952 t0953 flhD flhC TRUE 0.983 -3.000 0.000 0.001   NA
 346097 346098 t0953 t0954 flhC motA TRUE 0.662 128.000 0.408 1.000   NA
 346098 346099 t0954 t0955 motA motB TRUE 0.996 -3.000 0.429 1.000 Y NA
 346099 346100 t0955 t0956 motB cheA TRUE 0.997 5.000 0.913 1.000 Y NA
 346100 346101 t0956 t0957 cheA cheW TRUE 0.991 21.000 0.447 0.005 Y NA
 346101 346102 t0957 t0958 cheW tar FALSE 0.214 237.000 0.043 0.005 Y NA
 346102 346103 t0958 t0959 tar cheR FALSE 0.335 161.000 0.037 1.000 Y NA
 346103 346104 t0959 t0960 cheR cheB TRUE 0.984 -3.000 0.087 1.000 Y NA
 346104 346105 t0960 t0961 cheB cheY TRUE 0.992 18.000 0.467 0.014 Y NA
 346105 346106 t0961 t0962 cheY cheZ TRUE 0.963 11.000 0.000 1.000 Y NA
 346106 346107 t0962 t0963 cheZ flhB FALSE 0.231 194.000 0.000 1.000 Y NA
 346107 346108 t0963 t0964 flhB flhA TRUE 0.995 -7.000 0.287 0.010 Y NA
 346108 346109 t0964 t0965 flhA flhE TRUE 0.989 0.000 0.158 0.002   NA
 346109 346110 t0965 t0966 flhE   FALSE 0.030 240.000 0.000 1.000   NA
 2200595 346111 t0967 t0968   argS FALSE 0.072 189.000 0.000 NA   NA
 346112 346113 t0969 t0970   cutC TRUE 0.709 20.000 0.057 1.000   NA
 346114 346115 t0971 t0972     TRUE 0.982 -3.000 0.315 NA   NA
 346115 346116 t0972 t0973     TRUE 0.591 41.000 0.089 NA   NA
 346116 346117 t0973 t0974   yecE TRUE 0.592 53.000 0.126 NA   NA
 346117 346118 t0974 t0975 yecE yecD TRUE 0.940 -3.000 0.089 NA   NA
 346119 346120 t0976 t0977 aspS ntpA FALSE 0.134 103.000 0.050 1.000 N NA
 346120 346121 t0977 t0978 ntpA yebC TRUE 0.492 30.000 0.035 NA   NA
 346121 346122 t0978 t0979 yebC ruvC TRUE 0.832 37.000 0.277 NA   NA
 346124 346125 t0981 t0982   ruvA FALSE 0.008 360.000 0.000 NA   NA
 346125 346126 t0982 t0983 ruvA ruvB TRUE 0.998 9.000 0.549 0.002 Y NA
 346127 346128 t0984 t0985 yebI znuC TRUE 0.999 -3.000 0.755 0.094 Y NA
 346129 346130 t0986 t0987 znuA yebA TRUE 0.820 16.000 0.131 1.000 N NA
 346130 346131 t0987 t0988 yebA msbB TRUE 0.819 117.000 0.299 1.000 Y NA
 346132 346133 t0989 t0990 pykA hexR FALSE 0.160 124.000 0.071 1.000 N NA
 346134 346135 t0991 t0992 zwf edd FALSE 0.101 235.000 0.041 1.000 Y NA
 346135 346136 t0992 t0993 edd   TRUE 0.966 38.000 0.523 1.000 Y NA
 346138 346139 t0995 t0996 yebG yebF FALSE 0.360 68.000 0.000 NA   NA
 346139 346140 t0996 t0997 yebF yebE FALSE 0.290 94.000 0.000 NA   NA
 346140 346141 t0997 t0998 yebE opdB FALSE 0.056 214.000 0.092 NA   NA
 346142 346143 t0999 t1000 exoX   TRUE 0.960 24.000 0.667 1.000   NA
 346143 346144 t1000 t1001   holE TRUE 0.576 108.000 0.222 1.000   NA
 346145 346146 t1002 t1003     TRUE 0.991 1.000 0.613 1.000   NA
 346146 346147 t1003 t1004     TRUE 0.974 17.000 0.704 NA   NA
 346147 346148 t1004 t1005     FALSE 0.391 61.000 0.000 NA   NA
 2200596 2200597 t1006 t1007     FALSE 0.318 80.000 0.000 NA   NA
 2200598 346149 t1008 t1009     TRUE 0.699 22.000 0.000 NA   NA
 346150 346151 t1010 t1011     FALSE 0.208 137.000 0.000 NA   NA
 346153 346154 t1013 t1014     FALSE 0.055 200.000 0.000 NA   NA
 346154 346155 t1014 t1015     TRUE 0.870 10.000 0.000 NA   NA
 346155 346156 t1015 t1016     FALSE 0.223 133.000 0.000 NA   NA
 346157 346158 t1018 t1019     FALSE 0.223 133.000 0.000 NA   NA
 346160 346161 t1021 t1022     FALSE 0.011 329.000 0.000 NA   NA
 2200600 346162 t1023 t1024 sopE   FALSE 0.016 285.000 0.000 NA   NA
 346162 346163 t1024 t1025   pphA FALSE 0.035 224.000 0.000 NA   NA
 346164 346165 t1026 t1027     TRUE 0.671 111.000 0.353 NA   NA
 346165 346166 t1027 t1028     FALSE 0.385 115.000 0.121 NA   NA
 346166 346167 t1028 t1029     TRUE 0.749 78.000 0.420 NA   NA
 346167 346168 t1029 t1030     TRUE 0.984 -37.000 0.840 NA   NA
 346169 346170 t1031 t1032   proP TRUE 0.655 98.000 0.081 NA Y NA
 346170 346171 t1032 t1033 proP prc TRUE 0.887 20.000 0.304 NA N NA
 346171 346172 t1033 t1034 prc htpX FALSE 0.100 193.000 0.042 0.023 N NA
 346175 346176 t1038 t1039     TRUE 0.800 71.000 0.500 NA   NA
 346176 346177 t1039 t1040     FALSE 0.004 649.000 0.000 NA   NA
 346177 346178 t1040 t1041   cspC TRUE 0.934 13.000 0.214 NA   NA
 346178 346179 t1041 t1042 cspC ftsI FALSE 0.022 220.000 0.000 1.000 N NA
 346179 346180 t1042 t1043 ftsI rrmA FALSE 0.316 66.000 0.045 1.000   NA
 346181 346182 t1044 t1045     FALSE 0.009 356.000 0.000 NA   NA
 346182 346183 t1045 t1046   manZ TRUE 0.893 59.000 0.755 NA   NA
 346183 346184 t1046 t1047 manZ manY TRUE 0.999 4.000 0.939 0.012 Y NA
 346184 346185 t1047 t1048 manY manX TRUE 0.911 53.000 0.106 0.012 Y NA
 346187 346188 t1050 t1051   sdaA TRUE 0.517 138.000 0.389 NA N NA
 346188 346189 t1051 t1052 sdaA   FALSE 0.089 264.000 0.409 1.000 N NA
 346189 346190 t1052 t1053   pabB TRUE 0.908 4.000 0.116 1.000 N NA
 346193 346194 t1056 t1057     FALSE 0.335 58.000 0.082 1.000 N NA
 346194 346195 t1057 t1058     FALSE 0.084 71.000 0.024 1.000 N NA
 346195 346196 t1058 t1059   fadD FALSE 0.080 205.000 0.169 1.000 N NA
 346196 346197 t1059 t1060 fadD rnd FALSE 0.351 73.000 0.115 1.000 N NA
 346198 346199 t1061 t1062 minE minD TRUE 0.996 4.000 0.618 NA Y NA
 346199 346200 t1062 t1063 minD minC TRUE 0.977 24.000 0.466 1.000 Y NA
 346201 346202 t1064 t1065     FALSE 0.424 50.000 0.056 NA   NA
 346202 346203 t1065 t1066     FALSE 0.342 93.000 0.088 NA   NA
 346203 346204 t1066 t1067     FALSE 0.009 352.000 0.000 NA   NA
 346204 346205 t1067 t1068     FALSE 0.066 192.000 0.000 NA   NA
 346206 346207 t1069 t1070   dsbB FALSE 0.071 108.000 0.036 NA N NA
 346207 346208 t1070 t1071 dsbB nhaB TRUE 0.693 142.000 0.723 1.000 N NA
 346211 346212 t1074 t1075 dadA dadX TRUE 0.880 14.000 0.168 1.000 N NA
 346213 346214 t1076 t1077     FALSE 0.259 97.000 0.103 NA N NA
 2200602 346218 t1081 t1082 treA gdhA FALSE 0.043 214.000 0.000 NA   NA
 346218 346219 t1082 t1083 gdhA appB FALSE 0.002 603.000 0.000 1.000 N NA
 346219 2200603 t1083 t1084 appB appC TRUE 0.839 12.000 0.000 NA   NA
 2200603 346220 t1084 t1085 appC hyaF FALSE 0.332 75.000 0.000 NA   NA
 346220 346221 t1085 t1086 hyaF hyaE TRUE 0.931 -3.000 0.077 NA   NA
 346221 346222 t1086 t1087 hyaE hyaD TRUE 0.905 -10.000 0.096 NA   NA
 346222 346223 t1087 t1088 hyaD hyaC TRUE 0.990 -3.000 0.177 1.000 Y NA
 346223 346224 t1088 t1089 hyaC   TRUE 0.987 19.000 0.355 0.054 Y NA
 346224 2200604 t1089 t1090   hyaA TRUE 0.924 -3.000 0.000 NA   NA
 346226 346227 t1092 t1093   pth TRUE 0.751 117.000 0.184 1.000 Y NA
 346229 346230 t1095 t1096   prsA FALSE 0.056 125.000 0.027 1.000 N NA
 346230 346231 t1096 t1097 prsA ipk FALSE 0.003 266.000 0.018 1.000 N NA
 346231 346232 t1097 t1098 ipk hemM TRUE 0.675 -3.000 0.024 1.000 N NA
 346233 346234 t1099 t1100 hemA prfA TRUE 0.817 41.000 0.171 0.049 N NA
 346234 346235 t1100 t1101 prfA hemK TRUE 0.996 0.000 0.229 0.049 Y NA
 346235 346236 t1101 t1102 hemK   TRUE 0.950 -3.000 0.109 NA   NA
 346236 346237 t1102 t1103     TRUE 0.961 4.000 0.195 NA   NA
 346237 346238 t1103 t1104   kdsA TRUE 0.633 38.000 0.089 1.000   NA
 346238 346239 t1104 t1105 kdsA tnpA FALSE 0.036 194.000 0.000 1.000 N NA
 346239 346240 t1105 t1106 tnpA   FALSE 0.005 505.000 0.000 NA   NA
 346240 346241 t1106 t1107     FALSE 0.003 1041.000 0.000 NA   NA
 346241 346242 t1107 t1108     TRUE 0.923 17.000 0.000 0.007   NA
 346242 346243 t1108 t1109     FALSE 0.066 192.000 0.000 NA   NA
 346244 346245 t1110 t1111   cdtB FALSE 0.338 73.000 0.000 NA   NA
 346246 346247 t1113 t1114 msgA envE FALSE 0.067 191.000 0.000 NA   NA
 346247 346248 t1114 t1115 envE cspH FALSE 0.006 418.000 0.000 NA   NA
 346248 346249 t1115 t1116 cspH pagD FALSE 0.227 132.000 0.000 NA   NA
 346250 346251 t1117 t1118     FALSE 0.306 86.000 0.000 NA   NA
 346251 346252 t1118 t1119   pagC FALSE 0.008 378.000 0.000 NA   NA
 400777 346254 t1121 t1122 tRNA-Arg   FALSE 0.023 252.000 0.000 NA   NA
 346256 346257 t1124 t1125     FALSE 0.434 55.000 0.000 NA   NA
 346257 346258 t1125 t1126     FALSE 0.330 76.000 0.000 NA   NA
 346258 346259 t1126 t1127     FALSE 0.055 200.000 0.000 NA   NA
 346259 346260 t1127 t1128     FALSE 0.061 195.000 0.000 NA   NA
 346263 346264 t1131 t1132     FALSE 0.167 149.000 0.000 NA   NA
 346265 346266 t1133 t1135     TRUE 0.998 -3.000 0.500 0.058 Y NA
 346266 346267 t1135 t1134     TRUE 0.983 -10.000 0.000 0.058 Y NA
 346267 346268 t1134 t1136     TRUE 0.909 -6.000 0.000 1.000   NA
 346268 346269 t1136 t1137     TRUE 0.967 -6.000 0.000 0.016   NA
 346271 400778 t1139 t1140   tRNA-Arg TRUE 0.879 9.000 0.000 NA   NA
 400778 346272 t1140 t1141 tRNA-Arg   FALSE 0.288 109.000 0.000 NA   NA
 346272 346273 t1141 t1142   aadA FALSE 0.307 109.000 0.000 1.000   NA
 346273 346274 t1142 t1143 aadA   FALSE 0.198 145.000 0.000 1.000   NA
 346274 346275 t1143 t1144     TRUE 0.601 69.000 0.000 0.065   NA
 346276 346277 t1145 t1146     FALSE 0.321 79.000 0.000 NA   NA
 346278 346279 t1147 t1148 aroQ   FALSE 0.222 196.000 0.000 1.000 Y NA
 346279 346280 t1148 t1149     FALSE 0.052 173.000 0.000 NA N NA
 346280 346281 t1149 t1150     TRUE 0.909 3.000 0.000 NA   NA
 346281 346282 t1150 t1151     FALSE 0.035 224.000 0.000 NA   NA
 346282 346283 t1151 t1152     FALSE 0.252 121.000 0.000 NA   NA
 346283 346284 t1152 t1153     TRUE 0.883 8.000 0.000 NA   NA
 346284 346285 t1153 t1154   tnpA FALSE 0.067 195.000 0.000 1.000   NA
 346285 346286 t1154 t1155 tnpA   FALSE 0.005 491.000 0.000 NA   NA
 346286 346287 t1155 t1156     FALSE 0.320 69.000 0.057 NA   NA
 346288 346289 t1157 t1158     FALSE 0.131 119.000 0.007 NA   NA
 346291 346292 t1160 t1161     FALSE 0.006 304.000 0.018 NA   NA
 346292 2200606 t1161 t1162     TRUE 0.528 41.000 0.000 NA   NA
 2200606 346293 t1162 t1163     FALSE 0.004 650.000 0.000 NA   NA
 346293 346294 t1163 t1164     TRUE 0.788 123.000 0.683 NA   NA
 346295 2200607 t1165 t1166     FALSE 0.015 290.000 0.000 NA   NA
 2200607 346296 t1166 t1167     FALSE 0.290 98.000 0.000 NA   NA
 2200608 346297 t1168 t1169 yeaD gapA FALSE 0.011 329.000 0.000 NA   NA
 346298 346299 t1170 t1171     TRUE 0.763 42.000 0.216 NA   NA
 346300 346301 t1172 t1173 pncA ansA FALSE 0.333 27.000 0.040 1.000 N NA
 346301 346302 t1173 t1174 ansA sppA FALSE 0.296 96.000 0.113 1.000 N NA
 346303 346304 t1175 t1176   selD FALSE 0.073 118.000 0.033 1.000 N NA
 346304 346305 t1176 t1177 selD topB TRUE 0.705 5.000 0.041 1.000 N NA
 346308 346309 t1180 t1181   xthA FALSE 0.181 73.000 0.056 1.000 N NA
 346310 2200609 t1182 t1183 astC astA TRUE 0.881 -9.000 0.000 NA   NA
 2200609 346311 t1183 t1184 astA astD TRUE 0.924 -3.000 0.000 NA   NA
 346311 346312 t1184 t1185 astD astB FALSE 0.200 189.000 0.306 1.000 N NA
 346312 346313 t1185 t1186 astB astE TRUE 0.982 -7.000 0.126 1.000 Y NA
 346313 346314 t1186 t1187 astE   FALSE 0.005 336.000 0.000 NA N NA
 346315 346316 t1188 t1189   nadE FALSE 0.045 94.000 0.010 1.000 N NA
 346317 346318 t1190 t1191 osmE celA FALSE 0.015 301.000 0.000 1.000   NA
 346318 346319 t1191 t1192 celA celB TRUE 0.886 83.000 0.167 0.010 Y NA
 346319 346320 t1192 t1193 celB celC TRUE 0.985 51.000 0.833 0.010 Y NA
 346320 346321 t1193 t1194 celC celD TRUE 0.982 11.000 0.727 1.000 N NA
 346321 346322 t1194 t1195 celD celF TRUE 0.711 125.000 0.625 1.000 N NA
 346322 346323 t1195 t1196 celF   TRUE 0.985 13.000 0.429 0.019   NA
 346323 346324 t1196 t1197   tnpA FALSE 0.091 182.000 0.000 1.000   NA
 346327 346328 t1200 t1201     FALSE 0.278 137.000 0.102 NA   NA
 346328 346329 t1201 t1202     FALSE 0.162 150.000 0.068 NA   NA
 346331 346332 t1204 t1205     FALSE 0.162 107.000 0.016 NA   NA
 346332 346333 t1205 t1206   pfkB FALSE 0.175 97.000 0.025 NA   NA
 346336 2200610 t1209 t1210     TRUE 0.924 -3.000 0.000 NA   NA
 2200610 346337 t1210 t1211     FALSE 0.100 173.000 0.000 NA   NA
 346339 346340 t1213 t1214 thrS infC TRUE 0.987 4.000 0.186 1.000 Y NA
 346340 346341 t1214 t1215 infC rpmI TRUE 0.921 96.000 0.652 1.000 Y NA
 346341 346342 t1215 t1216 rpmI rplT TRUE 0.986 51.000 0.928 0.014 Y NA
 346342 346343 t1216 t1217 rplT pheM FALSE 0.252 121.000 0.000 NA   NA
 346343 346344 t1217 t1218 pheM pheS FALSE 0.208 137.000 0.000 NA   NA
 346344 346345 t1218 t1219 pheS pheT TRUE 0.996 16.000 0.574 0.001 Y NA
 346345 346346 t1219 t1220 pheT himA TRUE 0.946 5.000 0.208 1.000 N NA
 346346 346347 t1220 t1221 himA btuC FALSE 0.009 203.000 0.023 1.000 N NA
 346347 346348 t1221 t1222 btuC btuE FALSE 0.233 92.000 0.084 1.000 N NA
 346348 346349 t1222 t1223 btuE btuD TRUE 0.872 0.000 0.000 1.000 N NA
 346349 346350 t1223 t1224 btuD nlpC FALSE 0.192 77.000 0.000 NA N NA
 346350 346351 t1224 t1225 nlpC   FALSE 0.006 314.000 0.000 NA N NA
 346351 346352 t1225 t1226     FALSE 0.261 62.000 0.031 NA   NA
 346353 346354 t1227 t1228   aroH FALSE 0.051 157.000 0.054 NA N NA
 346354 346355 t1228 t1229 aroH   FALSE 0.279 156.000 0.165 1.000   NA
 346357 346358 t1231 t1232 aroD   FALSE 0.009 353.000 0.000 NA   NA
 346359 346360 t1233 t1234     TRUE 0.824 15.000 0.129 NA N NA
 346360 346361 t1234 t1235     FALSE 0.272 60.000 0.032 NA   NA
 346363 346364 t1237 t1238     TRUE 0.826 9.000 0.041 NA   NA
 346364 346365 t1238 t1239     TRUE 0.985 17.000 0.466 1.000 Y NA
 346365 346366 t1239 t1240     TRUE 0.990 -25.000 0.482 1.000 Y NA
 346366 346367 t1240 t1241     TRUE 0.958 -3.000 0.193 1.000 N NA
 346367 346368 t1241 t1242     TRUE 0.924 13.000 0.183 NA   NA
 346368 2200611 t1242 t1243   ynhG FALSE 0.145 155.000 0.000 NA   NA
 346369 346370 t1244 t1245 lppB lppA TRUE 0.792 83.000 0.032 0.007 Y NA
 346370 346371 t1245 t1246 lppA pykF FALSE 0.007 311.000 0.000 1.000 N NA
 346371 346372 t1246 t1247 pykF   FALSE 0.004 402.000 0.000 1.000 N NA
 346372 2200612 t1247 t1248     TRUE 0.478 48.000 0.000 NA   NA
 2200612 346373 t1248 t1249     FALSE 0.404 59.000 0.000 NA   NA
 346373 2200613 t1249 t1250     TRUE 0.839 12.000 0.000 NA   NA
 2200613 346374 t1250 t1251   ttrA FALSE 0.011 323.000 0.000 NA   NA
 346374 346375 t1251 t1252 ttrA ttrC TRUE 0.891 -7.000 0.000 NA   NA
 346375 346376 t1252 t1253 ttrC ttrB TRUE 0.979 1.000 0.000 NA Y NA
 346377 346378 t1254 t1255 ttrS ttrR TRUE 0.992 -25.000 0.600 1.000 Y NA
 346378 346379 t1255 t1256 ttrR ydhZ FALSE 0.290 98.000 0.000 NA   NA
 346380 346381 t1257 t1258     FALSE 0.102 172.000 0.000 NA   NA
 346381 346382 t1258 t1259   ssrB FALSE 0.454 179.000 0.000 0.064 Y NA
 346382 346383 t1259 t1260 ssrB ssrA TRUE 0.940 31.000 0.000 0.014 Y NA
 346384 346385 t1261 t1262 spiC spiA TRUE 0.955 2.000 0.143 NA   NA
 346385 346386 t1262 t1263 spiA ssaD TRUE 0.952 -19.000 0.268 NA   NA
 346386 346387 t1263 t1264 ssaD ssaE TRUE 0.939 8.000 0.146 NA   NA
 346387 346388 t1264 t1265 ssaE sseA FALSE 0.162 203.000 0.250 NA   NA
 346388 346389 t1265 t1266 sseA sseB TRUE 0.988 7.000 0.667 NA   NA
 346389 346390 t1266 t1267 sseB sscA TRUE 0.924 -3.000 0.000 NA   NA
 346390 346391 t1267 t1268 sscA sseC TRUE 0.991 3.000 0.632 1.000   NA
 346391 346392 t1268 t1269 sseC sseD TRUE 0.914 16.000 0.211 NA   NA
 346392 346393 t1269 t1270 sseD sseE TRUE 0.909 3.000 0.000 NA   NA
 346393 346394 t1270 t1271 sseE sscB FALSE 0.455 52.000 0.000 NA   NA
 346394 346395 t1271 t1272 sscB sseF TRUE 0.785 16.000 0.000 NA   NA
 346395 346396 t1272 t1273 sseF sseG TRUE 0.924 -3.000 0.000 NA   NA
 346396 346397 t1273 t1274 sseG ssaG FALSE 0.290 94.000 0.000 NA   NA
 346397 346398 t1274 t1275 ssaG ssaH TRUE 0.921 41.000 0.650 NA   NA
 346398 346399 t1275 t1276 ssaH ssaI TRUE 0.969 12.000 0.407 NA   NA
 346399 346400 t1276 t1277 ssaI ssaJ TRUE 0.994 -3.000 0.407 0.010   NA
 346400 346401 t1277 t1278 ssaJ   TRUE 0.975 18.000 0.786 NA   NA
 346401 346402 t1278 t1279     TRUE 0.990 -3.000 0.538 NA   NA
 346402 346403 t1279 t1280   ssaL TRUE 0.979 -10.000 0.462 NA   NA
 346403 346404 t1280 t1281 ssaL ssaM TRUE 0.791 58.000 0.364 NA   NA
 346404 346405 t1281 t1282 ssaM ssaV TRUE 0.983 -15.000 0.636 NA   NA
 346405 346406 t1282 t1283 ssaV ssaN TRUE 0.998 -10.000 0.647 0.008 Y NA
 346406 346407 t1283 t1284 ssaN ssaO TRUE 0.909 3.000 0.000 NA   NA
 346407 346408 t1284 t1285 ssaO ssaP TRUE 0.840 -19.000 0.000 NA   NA
 346408 346409 t1285 t1286 ssaP ssaQ TRUE 0.917 -19.000 0.154 NA   NA
 346409 346410 t1286 t1287 ssaQ yscR TRUE 0.805 68.000 0.154 1.000 Y NA
 346410 346411 t1287 t1288 yscR ssaS TRUE 0.993 -3.000 0.091 0.010 Y NA
 346411 346412 t1288 t1289 ssaS ssaT TRUE 0.998 1.000 0.516 0.092 Y NA
 346412 346413 t1289 t1290 ssaT ssaU TRUE 0.997 -3.000 0.406 0.092 Y NA
 400837 400836 t1291 t1292 tRNA-Val tRNA-Val TRUE 0.854 11.000 0.000 NA   NA
 400836 346414 t1292 t1293 tRNA-Val ydhE FALSE 0.155 152.000 0.000 NA   NA
 346416 346417 t1295 t1296 cfa ydhC FALSE 0.009 289.000 0.000 1.000 N NA
 346419 346420 t1298 t1299 purR sodB FALSE 0.003 468.000 0.000 1.000 N NA
 346420 346421 t1299 t1300 sodB   FALSE 0.024 127.000 0.015 NA N NA
 346423 346424 t1302 t1303 rnt gloA FALSE 0.346 101.000 0.136 1.000 N NA
 346424 346425 t1303 t1304 gloA nemA FALSE 0.194 69.000 0.057 1.000 N NA
 346425 346426 t1304 t1305 nemA   TRUE 0.733 59.000 0.362 1.000 N NA
 346427 346428 t1306 t1307     FALSE 0.376 51.000 0.045 NA   NA
 346428 346429 t1307 t1308   sodC FALSE 0.232 80.000 0.033 1.000   NA
 346430 346431 t1309 t1310     TRUE 0.944 0.000 0.088 1.000   NA
 346431 346432 t1310 t1311     TRUE 0.983 -6.000 0.412 NA   NA
 346435 346436 t1314 t1315   ydhA FALSE 0.200 88.000 0.034 NA   NA
 346436 346437 t1315 t1316 ydhA pdxH FALSE 0.140 134.000 0.034 NA   NA
 346437 346438 t1316 t1317 pdxH tyrS FALSE 0.112 127.000 0.054 1.000 N NA
 346438 346439 t1317 t1318 tyrS pdxY FALSE 0.157 60.000 0.041 1.000 N NA
 346440 346441 t1319 t1320 gst   TRUE 0.611 105.000 0.344 1.000 N NA
 346441 346442 t1320 t1321   nth FALSE 0.002 601.000 0.000 1.000 N NA
 346442 346443 t1321 t1322 nth ydgQ TRUE 0.924 0.000 0.109 1.000 N NA
 346443 346444 t1322 t1323 ydgQ   TRUE 0.999 3.000 0.908 0.052 Y NA
 346444 346445 t1323 t1324     TRUE 0.999 4.000 0.924 0.052 Y NA
 346445 346446 t1324 t1325     TRUE 0.999 1.000 0.814 0.052 Y NA
 346446 346447 t1325 t1326     TRUE 0.997 -7.000 0.537 0.019 Y NA
 346447 346448 t1326 t1327     TRUE 0.998 0.000 0.564 0.052 Y NA
 346448 346449 t1327 t1328     TRUE 0.497 77.000 0.148 NA   NA
 346449 346450 t1328 t1329     FALSE 0.417 89.000 0.120 NA   NA
 346452 2200614 t1331 t1332 add malY FALSE 0.034 226.000 0.000 NA   NA
 2200614 2200615 t1332 t1333 malY malX TRUE 0.870 10.000 0.000 NA   NA
 2200615 346453 t1333 t1334 malX   FALSE 0.106 169.000 0.000 NA   NA
 346453 346454 t1334 t1335   manA TRUE 0.839 103.000 0.778 NA   NA
 346455 346456 t1336 t1337 fumA fumC TRUE 0.618 168.000 0.000 0.001 Y NA
 346457 346458 t1338 t1339 tus rstB TRUE 0.588 76.000 0.200 1.000   NA
 346458 346459 t1339 t1340 rstB   FALSE 0.309 108.000 0.000 1.000   NA
 346459 346460 t1340 t1341     FALSE 0.164 153.000 0.000 1.000   NA
 346464 346465 t1345 t1346     FALSE 0.010 281.000 0.000 1.000 N NA
 346467 346468 t1351 t1352     TRUE 0.969 3.000 0.222 NA   NA
 346468 346469 t1352 t1353     TRUE 0.891 -7.000 0.000 NA   NA
 346469 346470 t1353 t1354     TRUE 0.881 -9.000 0.000 NA   NA
 346470 346471 t1354 t1355     TRUE 0.536 57.000 0.111 NA   NA
 346471 346472 t1355 t1356     TRUE 0.995 -3.000 1.000 NA   NA
 346472 346473 t1356 t1357     TRUE 0.931 -12.000 0.154 NA   NA
 346473 346474 t1357 t1358     TRUE 0.975 -3.000 0.231 NA   NA
 346474 346475 t1358 t1359     TRUE 0.991 0.000 0.600 NA   NA
 346475 346476 t1359 t1360     TRUE 0.536 176.000 0.667 NA   NA
 346476 346477 t1360 t1361     TRUE 0.756 98.000 0.500 NA   NA
 346477 346478 t1361 t1362     TRUE 0.935 3.000 0.100 NA   NA
 346478 346479 t1362 t1363     TRUE 0.965 0.000 0.167 NA   NA
 346479 346480 t1363 t1364     TRUE 0.990 -10.000 0.833 NA   NA
 346480 346481 t1364 t1365     TRUE 0.983 -3.000 0.333 NA   NA
 346481 346482 t1365 t1366     TRUE 0.900 0.000 0.049 NA   NA
 346482 346483 t1366 t1367     TRUE 0.970 2.000 0.220 NA   NA
 346483 346484 t1367 t1368     TRUE 0.870 10.000 0.000 NA   NA
 346484 346485 t1368 t1369     TRUE 0.806 15.000 0.000 NA   NA
 346485 346486 t1369 t1370     FALSE 0.042 215.000 0.000 NA   NA
 346486 346487 t1370 t1371     TRUE 0.993 3.000 0.818 NA   NA
 346487 346488 t1371 t1372     TRUE 0.840 -19.000 0.000 NA   NA
 346488 346489 t1372 t1373     TRUE 0.924 0.000 0.000 NA   NA
 346489 346490 t1373 t1374     TRUE 0.924 -3.000 0.000 NA   NA
 346490 346491 t1374 t1375     TRUE 0.989 0.000 0.500 NA   NA
 346491 346492 t1375 t1376     TRUE 0.994 0.000 0.800 NA   NA
 346492 346493 t1376 t1377     TRUE 0.986 -3.000 0.400 NA   NA
 346493 346495 t1377 t1378     TRUE 0.846 -16.000 0.000 NA   NA
 346494 346496 t1379 t1380     TRUE 0.987 3.000 0.500 NA   NA
 346495 346494 t1378 t1379     TRUE 0.806 -230.000 0.000 NA   NA
 346496 346497 t1380 t1381     FALSE 0.026 244.000 0.000 NA   NA
 346498 346499 t1382 t1383     TRUE 0.870 10.000 0.000 NA   NA
 346499 346500 t1383 t1384     TRUE 0.902 4.000 0.000 NA   NA
 346500 2200616 t1384 t1385   eha FALSE 0.049 207.000 0.000 NA   NA
 2200616 346501 t1385 t1386 eha   TRUE 0.909 3.000 0.000 NA   NA
 346501 346502 t1386 t1387   gam TRUE 0.912 28.000 0.400 NA   NA
 346502 346503 t1387 t1388 gam   FALSE 0.290 98.000 0.000 NA   NA
 346503 346504 t1388 t1389     TRUE 0.924 -3.000 0.000 NA   NA
 346504 346505 t1389 t1390     TRUE 0.986 10.000 0.667 NA   NA
 346505 346506 t1390 t1391     TRUE 0.924 -3.000 0.000 NA   NA
 346506 346507 t1391 t1392     TRUE 0.891 -7.000 0.000 NA   NA
 346507 346508 t1392 t1393     TRUE 0.924 -3.000 0.000 NA   NA
 346508 346509 t1393 t1394     TRUE 0.924 -3.000 0.000 NA   NA
 346509 346510 t1394 t1395     TRUE 0.873 -10.000 0.000 NA   NA
 346510 346511 t1395 t1396     TRUE 0.913 -10.000 0.107 NA   NA
 346511 346512 t1396 t1397     TRUE 0.934 -28.000 0.214 NA   NA
 346514 346515 t1399 t1400 pntA pntB TRUE 0.998 11.000 0.745 0.001 Y NA
 346517 346518 t1402 t1403     TRUE 0.997 -13.000 0.869 0.090 Y NA
 346519 346520 t1404 t1405   asr FALSE 0.019 269.000 0.000 NA   NA
 346523 346524 t1408 t1409     TRUE 0.583 188.000 0.408 1.000 Y NA
 346524 346525 t1409 t1410     TRUE 0.622 126.000 0.455 1.000 N NA
 346526 346527 t1411 t1412     FALSE 0.173 172.000 0.079 0.096 N NA
 346527 346528 t1412 t1413     TRUE 0.999 0.000 0.903 0.096 Y NA
 346528 346529 t1413 t1414     TRUE 0.978 10.000 0.313 0.056 N NA
 346529 346530 t1414 t1415     TRUE 0.938 29.000 0.403 0.056 N NA
 346530 346531 t1415 t1416     FALSE 0.014 305.000 0.000 1.000   NA
 346531 346532 t1416 t1417   dmsC TRUE 0.663 43.000 0.125 1.000   NA
 346532 346533 t1417 t1418 dmsC dmsB TRUE 0.982 2.000 0.333 1.000   NA
 346533 346534 t1418 t1419 dmsB dmsA TRUE 0.997 11.000 0.667 0.051 Y NA
 346534 346535 t1419 t1420 dmsA dmsA TRUE 0.922 102.000 0.231 0.001 Y NA
 346535 2200617 t1420 t1421 dmsA   FALSE 0.136 157.000 0.000 NA   NA
 346537 346538 t1423 t1424 speG   TRUE 0.518 36.000 0.055 NA   NA
 346539 346540 t1425 t1426   rspA FALSE 0.266 122.000 0.000 1.000   NA
 346540 346541 t1426 t1427 rspA rspB TRUE 0.767 11.000 0.000 1.000 N NA
 346541 346542 t1427 t1428 rspB   TRUE 0.601 54.000 0.195 1.000 N NA
 346542 2200618 t1428 t1429     FALSE 0.188 144.000 0.000 NA   NA
 346543 346544 t1430 t1431     FALSE 0.342 181.000 0.375 NA   NA
 346544 346545 t1431 t1432     FALSE 0.194 130.000 0.047 1.000   NA
 346546 346547 t1433 t1434 dcp   FALSE 0.010 345.000 0.000 NA   NA
 346552 346553 t1439 t1440 marB marA TRUE 0.948 29.000 0.667 NA   NA
 346553 346554 t1440 t1441 marA marR TRUE 0.993 20.000 0.667 0.051 Y NA
 346556 346557 t1443 t1444     FALSE 0.064 116.000 0.027 1.000 N NA
 346558 346559 t1445 t1446     FALSE 0.064 73.000 0.016 1.000 N NA
 346559 346560 t1446 t1447     TRUE 0.881 0.000 0.037 NA   NA
 346560 346561 t1447 t1448     FALSE 0.036 223.000 0.000 NA   NA
 346563 346564 t1451 t1452   hyaF TRUE 0.865 -12.000 0.000 NA   NA
 346564 346565 t1452 t1453 hyaF hyaE TRUE 0.974 18.000 0.769 NA   NA
 346565 346566 t1453 t1454 hyaE   TRUE 0.981 -3.000 0.308 NA   NA
 346566 346567 t1454 t1455   hyaD TRUE 0.977 0.000 0.250 NA   NA
 346567 346568 t1455 t1456 hyaD hyaC TRUE 0.985 6.000 0.177 1.000 Y NA
 346568 2200620 t1456 t1457 hyaC hyaB TRUE 0.819 -34.000 0.000 NA   NA
 2200620 346569 t1457 t1458 hyaB hyaA TRUE 0.909 3.000 0.000 NA   NA
 346570 346571 t1459 t1460     FALSE 0.321 46.000 0.000 NA N NA
 346572 346573 t1461 t1462     TRUE 0.947 -25.000 0.333 1.000 N NA
 346573 346574 t1462 t1463   pqaA FALSE 0.094 177.000 0.000 NA   NA
 346574 346575 t1463 t1464 pqaA   FALSE 0.350 70.000 0.000 NA   NA
 346575 2200621 t1464 t1465     TRUE 0.873 -10.000 0.000 NA   NA
 346576 346577 t1466 t1467     FALSE 0.049 182.000 0.000 1.000 N NA
 2200622 346579 t1469 t1470     TRUE 0.815 -40.000 0.000 NA   NA
 346580 346581 t1471 t1472 glgX   TRUE 0.859 57.000 0.015 0.004 Y NA
 346581 346582 t1472 t1473     TRUE 0.997 -3.000 0.263 0.004 Y NA
 346582 346583 t1473 t1474     FALSE 0.233 129.000 0.000 NA   NA
 346583 346584 t1474 t1475     FALSE 0.191 143.000 0.000 NA   NA
 346585 346586 t1476 t1477   hlyE FALSE 0.241 125.000 0.000 NA   NA
 346588 346589 t1479 t1480   rpsV TRUE 0.786 95.000 0.571 NA   NA
 346589 346590 t1480 t1481 rpsV sfcA TRUE 0.571 177.000 0.750 1.000   NA
 346590 346591 t1481 t1482 sfcA adhP FALSE 0.018 282.000 0.000 1.000   NA
 346593 346594 t1486 t1487   narU FALSE 0.045 215.000 0.000 1.000   NA
 346594 346595 t1487 t1488 narU narZ TRUE 0.735 92.000 0.556 1.000 N NA
 346595 346596 t1488 t1489 narZ narY TRUE 0.999 -3.000 0.833 0.001 Y NA
 346596 2200625 t1489 t1490 narY narW TRUE 0.924 0.000 0.000 NA   NA
 2200625 346597 t1490 t1491 narW   FALSE 0.292 106.000 0.000 NA   NA
 346598 346599 t1492 t1493     FALSE 0.016 283.000 0.000 NA   NA
 346601 346602 t1495 t1496     TRUE 0.464 145.000 0.273 NA   NA
 346604 346605 t1498 t1499     FALSE 0.011 334.000 0.000 1.000   NA
 346606 346607 t1500 t1501     TRUE 0.926 0.000 0.070 NA   NA
 346609 346610 t1503 t1504 srfA srfB TRUE 0.951 5.000 0.167 NA   NA
 346610 346611 t1504 t1505 srfB srfC TRUE 0.979 -3.000 0.278 NA   NA
 346612 346613 t1506 t1507     FALSE 0.131 136.000 0.000 1.000 N NA
 346613 346614 t1507 t1508   pcgL FALSE 0.131 136.000 0.000 1.000 N NA
 346614 346615 t1508 t1509 pcgL   FALSE 0.021 263.000 0.000 NA   NA
 346615 346616 t1509 t1510   ugtL TRUE 0.590 33.000 0.000 NA   NA
 346617 346618 t1511 t1512 sifB   FALSE 0.019 274.000 0.000 NA   NA
 346619 346620 t1513 t1514     FALSE 0.233 79.000 0.032 1.000   NA
 346622 346623 t1516 t1517   tehB FALSE 0.172 156.000 0.088 NA   NA
 346623 346624 t1517 t1518 tehB tehA TRUE 0.940 -13.000 0.175 1.000   NA
 346627 346628 t1521 t1522     TRUE 0.986 -3.000 0.111 1.000 Y NA
 346628 346629 t1522 t1523     TRUE 0.989 11.000 0.148 0.011 Y NA
 346629 346630 t1523 t1524     TRUE 0.973 14.000 0.500 1.000   NA
 346630 346631 t1524 t1525     TRUE 0.700 132.000 0.500 1.000   NA
 346631 346632 t1525 t1526     TRUE 0.959 12.000 0.000 1.000 Y NA
 346632 346633 t1526 t1527     TRUE 0.942 16.000 0.000 1.000 Y NA
 346633 346634 t1527 t1528   aac TRUE 0.930 0.000 0.000 1.000   NA
 346635 346636 t1529 t1530     TRUE 0.839 12.000 0.000 NA   NA
 346636 346637 t1530 t1531     FALSE 0.060 196.000 0.000 NA   NA
 346637 346638 t1531 t1532     FALSE 0.013 250.000 0.000 1.000 N NA
 346638 2200626 t1532 t1533     TRUE 0.472 49.000 0.000 NA   NA
 346640 346641 t1536 t1537     TRUE 0.983 7.000 0.044 0.055 Y NA
 346641 346642 t1537 t1538     TRUE 0.900 25.000 0.000 1.000 Y NA
 346642 346643 t1538 t1539     TRUE 0.982 -3.000 0.000 1.000 Y NA
 346643 346644 t1539 t1540     FALSE 0.208 137.000 0.000 NA   NA
 346644 346645 t1540 t1541     FALSE 0.004 689.000 0.000 NA   NA
 346646 346647 t1542 t1543     FALSE 0.026 243.000 0.000 NA   NA
 346647 346648 t1543 t1544   hrpA FALSE 0.378 64.000 0.000 NA   NA
 346650 346651 t1546 t1547     FALSE 0.191 143.000 0.000 NA   NA
 346651 346652 t1547 t1548     TRUE 0.989 8.000 0.726 NA   NA
 346652 2200628 t1548 t1549     TRUE 0.924 0.000 0.000 NA   NA
 346653 346654 t1550 t1551 ldhA hslJ FALSE 0.026 111.000 0.012 NA N NA
 346659 346660 t1556 t1557     FALSE 0.005 547.000 0.000 NA   NA
 2200629 346662 t1559 t1560 dbpA   FALSE 0.005 487.000 0.000 NA   NA
 346662 346663 t1560 t1561     FALSE 0.180 146.000 0.019 0.094 N NA
 346663 346664 t1561 t1562     FALSE 0.006 411.000 0.000 NA   NA
 346665 346666 t1563 t1564 ogt fnr FALSE 0.035 196.000 0.000 1.000 N NA
 346666 346667 t1564 t1565 fnr   TRUE 0.836 151.000 0.619 1.000 Y NA
 346671 346672 t1569 t1570     TRUE 0.638 28.000 0.000 NA   NA
 346673 346674 t1571 t1572     FALSE 0.291 99.000 0.000 NA   NA
 346674 346675 t1572 t1573     TRUE 0.711 21.000 0.000 NA   NA
 346675 346676 t1573 t1574     TRUE 0.745 75.000 0.400 NA   NA
 346677 346678 t1575 t1576     FALSE 0.053 202.000 0.000 NA   NA
 346679 346680 t1577 t1578     FALSE 0.233 129.000 0.000 NA   NA
 346682 346683 t1580 t1581     FALSE 0.020 277.000 0.000 1.000   NA
 346688 346689 t1586 t1587 tpx tnpA FALSE 0.018 234.000 0.000 1.000 N NA
 346690 346691 t1588 t1589 tyrR   FALSE 0.284 148.000 0.137 NA   NA
 346691 346692 t1589 t1590     TRUE 0.994 -3.000 0.791 NA   NA
 346692 346693 t1590 t1591   pspE FALSE 0.084 149.000 0.013 NA   NA
 346693 346694 t1591 t1592 pspE pspD TRUE 0.479 76.000 0.133 NA   NA
 346694 346695 t1592 t1593 pspD pspC TRUE 0.835 23.000 0.167 NA   NA
 346695 346696 t1593 t1594 pspC pspB TRUE 0.995 0.000 0.913 NA   NA
 346696 346697 t1594 t1595 pspB pspA TRUE 0.888 60.000 0.739 NA   NA
 346698 346699 t1596 t1597 pspF sapA TRUE 0.636 112.000 0.402 1.000 N NA
 346699 346700 t1597 t1598 sapA sapB TRUE 0.986 -3.000 0.264 0.055 N NA
 346701 2200630 t1599 t1600     FALSE 0.292 106.000 0.000 NA   NA
 2200630 2200631 t1600 t1601     FALSE 0.094 177.000 0.000 NA   NA
 2200631 346702 t1601 t1602     FALSE 0.404 59.000 0.000 NA   NA
 346702 2200632 t1602 t1603     TRUE 0.809 -70.000 0.000 NA   NA
 2200632 346703 t1603 t1604     FALSE 0.009 355.000 0.000 NA   NA
 346704 346705 t1605 t1606     FALSE 0.215 135.000 0.000 NA   NA
 346706 346707 t1608 t1609 sapC sapD TRUE 0.997 0.000 0.667 1.000 Y NA
 346707 346708 t1609 t1610 sapD sapF TRUE 0.998 2.000 0.684 0.015 Y NA
 346709 346710 t1611 t1612     FALSE 0.005 467.000 0.000 NA   NA
 346711 346712 t1613 t1614 fabI   FALSE 0.047 200.000 0.057 NA   NA
 346712 346713 t1614 t1615   rnb FALSE 0.020 302.000 0.105 NA   NA
 346713 346714 t1615 t1616 rnb   FALSE 0.012 262.000 0.000 1.000 N NA
 346714 346715 t1616 t1617     FALSE 0.013 388.000 0.000 0.081 N NA
 346715 346716 t1617 t1618   osmB FALSE 0.021 261.000 0.000 NA   NA
 346717 346718 t1619 t1620   pyrF TRUE 0.798 0.000 0.045 1.000 N NA
 346718 346719 t1620 t1621 pyrF   FALSE 0.079 191.000 0.125 1.000 N NA
 346719 346720 t1621 t1622     TRUE 0.986 7.000 0.576 NA   NA
 346720 346721 t1622 t1623   pgpB FALSE 0.276 150.000 0.143 NA   NA
 346723 346724 t1625 t1626 acnA cysB FALSE 0.002 977.000 0.000 1.000 N NA
 346724 346725 t1626 t1627 cysB topA FALSE 0.001 411.000 0.008 1.000 N NA
 346728 346729 t1630 t1631   btuR TRUE 0.816 -3.000 0.050 1.000 N NA
 346730 346731 t1632 t1633     TRUE 0.647 101.000 0.075 NA Y NA
 346731 346732 t1633 t1634   trpH TRUE 0.968 8.000 0.281 NA   NA
 346733 346734 t1635 t1636 trpE trpD TRUE 0.992 0.000 0.010 0.001 Y NA
 346734 346735 t1636 t1637 trpD trpC TRUE 0.991 4.000 0.293 1.000 Y NA
 346735 346736 t1637 t1638 trpC trpB TRUE 0.995 10.000 0.221 0.001 Y NA
 346736 346737 t1638 t1639 trpB trpA TRUE 0.999 0.000 0.947 0.001 Y NA
 346737 346738 t1639 t1640 trpA   FALSE 0.005 480.000 0.000 NA   NA
 346738 346739 t1640 t1641     FALSE 0.295 90.000 0.000 NA   NA
 346739 346740 t1641 t1642     TRUE 0.748 74.000 0.115 0.002   NA
 346740 346741 t1642 t1643     TRUE 0.939 20.000 0.115 0.002   NA
 346743 346744 t1645 t1646   yciC TRUE 0.819 26.000 0.169 NA   NA
 346744 346745 t1646 t1647 yciC ispZ FALSE 0.400 57.000 0.061 NA   NA
 346745 346746 t1647 t1648 ispZ yciA FALSE 0.175 161.000 0.167 NA N NA
 346748 346749 t1650 t1651   cls FALSE 0.008 360.000 0.000 NA   NA
 346749 346750 t1651 t1652 cls   TRUE 0.820 34.000 0.231 NA   NA
 346751 346752 t1653 t1654   oppF TRUE 0.767 48.000 0.042 1.000 Y NA
 346752 346753 t1654 t1655 oppF oppD TRUE 0.998 -3.000 0.420 0.002 Y NA
 346753 2200634 t1655 t1656 oppD oppC TRUE 0.839 12.000 0.000 NA   NA
 2200634 346754 t1656 t1657 oppC oppB TRUE 0.806 15.000 0.000 NA   NA
 346754 346755 t1657 t1658 oppB oppA TRUE 0.819 122.000 0.151 0.054 Y NA
 346755 346756 t1658 t1659 oppA   FALSE 0.002 659.000 0.000 NA N NA
 346760 346761 t1663 t1664 galU   FALSE 0.118 203.000 0.235 1.000 N NA
 346761 346762 t1664 t1665     FALSE 0.252 91.000 0.048 1.000   NA
 2200635 346763 t1666 t1667   purU FALSE 0.462 51.000 0.000 NA   NA
 346764 346765 t1668 t1669     FALSE 0.007 387.000 0.000 NA   NA
 346765 346766 t1669 t1670   narI FALSE 0.029 242.000 0.000 1.000   NA
 346766 346767 t1670 t1671 narI narJ TRUE 0.998 0.000 0.500 0.004 Y NA
 346767 346768 t1671 t1672 narJ narH TRUE 0.999 -3.000 0.588 0.004 Y NA
 346768 346769 t1672 t1673 narH narG TRUE 0.998 -3.000 0.471 0.001 Y NA
 346769 346770 t1673 t1674 narG narK FALSE 0.004 388.000 0.000 1.000 N NA
 346771 346772 t1676 t1675 narX narL TRUE 0.997 -7.000 0.521 0.015 Y NA
 346777 346778 t1681 t1682 tnpA icdA FALSE 0.035 196.000 0.000 1.000 N NA
 346779 346780 t1683 t1684 rluB   TRUE 0.924 -3.000 0.000 NA   NA
 346780 346781 t1684 t1685     TRUE 0.839 12.000 0.000 NA   NA
 346781 346782 t1685 t1686   trmU TRUE 0.543 54.000 0.158 1.000 N NA
 346782 346783 t1686 t1687 trmU   TRUE 0.533 81.000 0.180 NA   NA
 346783 346784 t1687 t1688   purB TRUE 0.926 4.000 0.093 NA   NA
 346784 346785 t1688 t1689 purB phoP FALSE 0.037 124.000 0.011 1.000 N NA
 346785 346786 t1689 t1690 phoP phoQ TRUE 0.998 0.000 0.940 1.000 Y NA
 346786 346787 t1690 t1691 phoQ   TRUE 0.737 81.000 0.408 NA   NA
 346788 346789 t1692 t1693   pepT TRUE 0.909 4.000 0.000 1.000   NA
 346790 346791 t1694 t1695 potA potB TRUE 0.995 -16.000 0.789 1.000 Y NA
 346791 346792 t1695 t1696 potB sifA FALSE 0.011 329.000 0.000 NA   NA
 346792 346793 t1696 t1697 sifA potC FALSE 0.012 316.000 0.000 NA   NA
 346793 346794 t1697 t1698 potC potD TRUE 0.926 25.000 0.007 0.054 Y NA
 346795 346796 t1699 t1700 cobB   TRUE 0.946 19.000 0.119 1.000 Y NA
 346796 346797 t1700 t1701     TRUE 0.796 29.000 0.225 1.000 N NA
 346797 346798 t1701 t1702     TRUE 0.972 0.000 0.125 0.067 N NA
 346798 346799 t1702 t1703     TRUE 0.969 -7.000 0.175 0.067 N NA
 346800 346801 t1704 t1705 mfd   FALSE 0.094 148.000 0.006 1.000   NA
 346804 346805 t1708 t1709   ndh FALSE 0.106 177.000 0.071 1.000   NA
 346805 346806 t1709 t1710 ndh   FALSE 0.019 255.000 0.057 NA   NA
 346806 346807 t1710 t1711     TRUE 0.726 25.000 0.091 NA   NA
 346807 346808 t1711 t1712     TRUE 0.769 11.000 0.069 1.000 N NA
 346808 346809 t1712 t1713     TRUE 0.958 -19.000 0.310 NA   NA
 346809 346810 t1713 t1714     TRUE 0.973 14.000 0.516 NA   NA
 346810 346811 t1714 t1715     TRUE 0.886 3.000 0.051 NA   NA
 346812 346813 t1717 t1718 ptsG   FALSE 0.001 295.000 0.004 NA N NA
 346813 346814 t1718 t1719   holB TRUE 0.970 11.000 0.110 NA Y NA
 346814 346815 t1719 t1720 holB tmk TRUE 0.962 -3.000 0.211 1.000 N NA
 346815 346816 t1720 t1721 tmk   TRUE 0.951 -10.000 0.209 NA   NA
 346816 346817 t1721 t1722   pabC TRUE 0.966 3.000 0.204 NA   NA
 346817 346818 t1722 t1723 pabC fabF FALSE 0.374 124.000 0.187 1.000 N NA
 346818 346819 t1723 t1724 fabF acpP TRUE 0.868 86.000 0.346 1.000 Y NA
 346819 346820 t1724 t1725 acpP fabG TRUE 0.838 156.000 0.321 0.004 Y NA
 346820 346821 t1725 t1726 fabG fabD TRUE 0.995 13.000 0.432 0.004 Y NA
 346821 346822 t1726 t1727 fabD fabH TRUE 0.987 16.000 0.182 0.004 Y NA
 346822 346823 t1727 t1728 fabH plsX TRUE 0.946 80.000 0.380 0.004 Y NA
 346823 346824 t1728 t1729 plsX rpmF TRUE 0.570 134.000 0.418 1.000 N NA
 346824 346825 t1729 t1730 rpmF   TRUE 0.887 52.000 0.599 NA   NA
 346827 346828 t1732 t1733 rluC   FALSE 0.031 190.000 0.005 NA   NA
 346830 346831 t1735 t1736 tnpA flgL FALSE 0.021 222.000 0.000 1.000 N NA
 346831 346832 t1736 t1737 flgL flgK TRUE 0.988 15.000 0.142 0.001 Y NA
 346832 346833 t1737 t1738 flgK flgJ TRUE 0.979 65.000 0.705 0.002 Y NA
 346833 346834 t1738 t1739 flgJ flgI TRUE 0.991 0.000 0.036 0.006 Y NA
 346834 346835 t1739 t1740 flgI flgH TRUE 0.989 6.000 0.073 0.006 Y NA
 346835 346836 t1740 t1741 flgH flgG TRUE 0.953 55.000 0.268 0.005 Y NA
 346836 346837 t1741 t1742 flgG flgF TRUE 0.995 14.000 0.420 0.001 Y NA
 346837 346838 t1742 t1743 flgF flgE TRUE 0.992 21.000 0.476 0.003 Y NA
 346838 346839 t1743 t1744 flgE flgD TRUE 0.915 27.000 0.116 NA Y NA
 346839 346840 t1744 t1745 flgD flgC TRUE 0.977 12.000 0.186 NA Y NA
 346840 346841 t1745 t1746 flgC flgB TRUE 0.999 4.000 0.824 0.003 Y NA
 346842 346843 t1747 t1748 flgA flgM TRUE 0.845 92.000 0.330 NA Y NA
 346843 346844 t1748 t1749 flgM flgN TRUE 0.997 5.000 0.361 0.002 Y NA
 346845 346846 t1750 t1751 mviN mviM FALSE 0.006 346.000 0.022 1.000   NA
 346846 346847 t1751 t1752 mviM   TRUE 0.940 2.000 0.103 NA   NA
 346847 346848 t1752 t1753   rimJ TRUE 0.682 36.000 0.116 NA   NA
 346849 346850 t1754 t1755   grxB FALSE 0.362 64.000 0.103 1.000 N NA
 346850 346851 t1755 t1756 grxB yceB FALSE 0.444 58.000 0.078 NA   NA
 346851 346852 t1756 t1757 yceB pyrC FALSE 0.172 104.000 0.022 NA   NA
 346852 346853 t1757 t1758 pyrC dinI FALSE 0.219 74.000 0.031 NA   NA
 346853 346854 t1758 t1759 dinI bssS FALSE 0.015 290.000 0.000 NA   NA
 346854 346855 t1759 t1760 bssS solA TRUE 0.703 113.000 0.423 NA   NA
 346855 346856 t1760 t1761 solA   TRUE 0.810 41.000 0.269 NA   NA
 346856 2200637 t1761 t1762   yceJ FALSE 0.021 263.000 0.000 NA   NA
 2200637 346857 t1762 t1763 yceJ   TRUE 0.924 -3.000 0.000 NA   NA
 346859 346860 t1765 t1766 htrB yceE TRUE 0.765 155.000 0.857 0.087 N NA
 346860 346861 t1766 t1767 yceE msyB TRUE 0.687 82.000 0.333 NA   NA
 346862 346863 t1768 t1769   mdoH TRUE 0.488 74.000 0.135 NA   NA
 346863 346864 t1769 t1770 mdoH mdoG TRUE 0.978 -7.000 0.469 1.000 N NA
 346866 346867 t1772 t1773     TRUE 0.753 -64.000 0.046 NA   NA
 346867 346868 t1773 t1774     FALSE 0.237 67.000 0.028 NA   NA
 346868 346869 t1774 t1775     TRUE 0.653 132.000 0.429 NA   NA
 346869 346870 t1775 t1776   csgA TRUE 0.873 62.000 0.667 NA   NA
 346870 346871 t1776 t1777 csgA csgB TRUE 0.927 42.000 0.333 0.008   NA
 346872 346873 t1778 t1779 csgD csgE TRUE 0.806 29.000 0.176 NA   NA
 346873 346874 t1779 t1780 csgE csgF TRUE 0.957 27.000 0.723 NA   NA
 346874 346875 t1780 t1781 csgF csgG TRUE 0.695 27.000 0.085 NA   NA
 346876 346877 t1782 t1783     TRUE 0.619 53.000 0.145 NA   NA
 346877 346878 t1783 t1784     TRUE 0.932 24.000 0.417 1.000   NA
 346878 346879 t1784 t1785     TRUE 0.779 85.000 0.169 1.000 Y NA
 346880 346881 t1787 t1788     TRUE 0.923 14.000 0.182 1.000   NA
 346881 346882 t1788 t1789     FALSE 0.046 283.000 0.000 0.054   NA
 346882 346883 t1789 t1790     TRUE 0.842 46.000 0.375 NA   NA
 346884 346885 t1791 t1792     FALSE 0.011 337.000 0.000 1.000   NA
 346885 346886 t1792 t1793     TRUE 0.517 113.000 0.000 0.054   NA
 346886 346887 t1793 t1794     FALSE 0.017 286.000 0.000 1.000   NA
 346888 346889 t1795 t1796 phoH putP FALSE 0.002 827.000 0.000 1.000 N NA
 346890 346891 t1797 t1798 putA   TRUE 0.480 59.000 0.094 NA   NA
 346892 346893 t1799 t1800     FALSE 0.125 137.000 0.028 NA   NA
 346894 346895 t1801 t1802 wrbA   TRUE 0.909 21.000 0.290 NA   NA
 346896 346897 t1803 t1804 agp scsD FALSE 0.238 133.000 0.000 1.000   NA
 346897 346898 t1804 t1805 scsD scsC TRUE 0.995 -10.000 0.298 0.003 Y NA
 346898 346899 t1805 t1806 scsC scsB TRUE 0.997 -3.000 0.317 0.003 Y NA
 346899 346900 t1806 t1807 scsB scsA TRUE 0.855 49.000 0.438 NA   NA
 346901 346902 t1808 t1809 cbpA yccD TRUE 0.990 0.000 0.512 NA   NA
 346903 346904 t1810 t1811   hpaA TRUE 0.827 14.000 0.067 1.000   NA
 346904 346905 t1811 t1812 hpaA hpaX TRUE 0.942 10.000 0.233 1.000 N NA
 346905 346906 t1812 t1813 hpaX hpcH TRUE 0.809 72.000 0.175 1.000 Y NA
 346906 346907 t1813 t1814 hpcH hpcG TRUE 0.967 11.000 0.439 1.000 N NA
 346907 346908 t1814 t1815 hpcG hpcD FALSE 0.404 144.000 0.282 1.000 N NA
 346908 346909 t1815 t1816 hpcD hpcB TRUE 0.970 10.000 0.330 1.000   NA
 346909 2200638 t1816 t1817 hpcB hpcC TRUE 0.914 2.000 0.000 NA   NA
 2200638 346910 t1817 t1818 hpcC hpaG TRUE 0.924 -3.000 0.000 NA   NA
 346911 346912 t1819 t1820 hpcR hpaB TRUE 0.581 106.000 0.000 0.001 N NA
 346912 346913 t1820 t1821 hpaB hpaC TRUE 0.970 18.000 0.226 0.001   NA
 346915 346916 t1823 t1824 copR copS TRUE 0.999 -7.000 0.857 0.001 Y NA
 346916 346917 t1824 t1825 copS pipD FALSE 0.059 173.000 0.000 1.000 N NA
 346917 346918 t1825 t1826 pipD   FALSE 0.288 109.000 0.000 NA   NA
 346920 346921 t1828 t1829 sigD sigE TRUE 0.940 17.000 0.333 NA   NA
 346921 346922 t1829 t1830 sigE pipB FALSE 0.005 548.000 0.000 NA   NA
 346922 346923 t1830 t1831 pipB pipA FALSE 0.036 223.000 0.000 NA   NA
 346924 400835 t1832 t1833 tnpA tRNA-Ser FALSE 0.084 182.000 0.000 NA   NA
 346925 346926 t1834 t1835     FALSE 0.192 87.000 0.018 1.000   NA
 346927 2200639 t1836 t1838     TRUE 0.472 49.000 0.000 NA   NA
 2200639 346928 t1838 t1837   tnpA TRUE 0.805 -802.000 0.000 NA   NA
 346928 2200640 t1837 t1839 tnpA   FALSE 0.008 370.000 0.000 NA   NA
 346929 346930 t1840 t1841     TRUE 0.491 58.000 0.094 NA   NA
 346932 346933 t1843 t1844   mgsA FALSE 0.250 95.000 0.055 NA   NA
 346935 346936 t1846 t1847 yccF   TRUE 0.787 19.000 0.090 NA   NA
 346938 346939 t1849 t1850 sulA ompA FALSE 0.005 355.000 0.000 1.000 N NA
 346941 346942 t1852 t1853   fabA TRUE 0.625 69.000 0.290 1.000 N NA
 346943 346944 t1854 t1855 rmf   FALSE 0.023 254.000 0.000 NA   NA
 346944 346945 t1855 t1856   pqiB TRUE 0.990 -3.000 0.531 NA   NA
 346945 346946 t1856 t1857 pqiB pqiA TRUE 0.991 5.000 0.819 NA   NA
 346946 346947 t1857 t1858 pqiA   TRUE 0.771 15.000 0.054 NA   NA
 346947 346948 t1858 t1859     TRUE 0.827 13.000 0.061 1.000   NA
 346950 346951 t1861 t1862   pyrD FALSE 0.140 163.000 0.081 NA   NA
 346951 346952 t1862 t1863 pyrD pepN FALSE 0.006 208.000 0.014 1.000 N NA
 346953 346954 t1864 t1865     FALSE 0.012 313.000 0.000 NA   NA
 2200641 346955 t1866 t1867     FALSE 0.004 585.000 0.000 NA   NA
 346955 346956 t1867 t1868     TRUE 0.806 15.000 0.000 NA   NA
 346956 346957 t1868 t1869     TRUE 0.924 0.000 0.000 NA   NA
 346957 346958 t1869 t1870     TRUE 0.994 -3.000 0.792 NA   NA
 346958 346959 t1870 t1871     TRUE 0.941 1.000 0.100 NA   NA
 346959 346960 t1871 t1872     TRUE 0.785 16.000 0.000 NA   NA
 346960 346961 t1872 t1873     FALSE 0.299 88.000 0.000 NA   NA
 346961 346962 t1873 t1874     FALSE 0.404 59.000 0.000 NA   NA
 346962 346963 t1874 t1875     TRUE 0.924 0.000 0.000 NA   NA
 346963 346964 t1875 t1876     FALSE 0.061 195.000 0.000 NA   NA
 346964 346965 t1876 t1877     TRUE 0.924 -3.000 0.000 NA   NA
 346965 346966 t1877 t1878     TRUE 0.909 3.000 0.000 NA   NA
 346966 346967 t1878 t1879     TRUE 0.902 4.000 0.000 NA   NA
 346967 346968 t1879 t1880     TRUE 0.924 0.000 0.000 NA   NA
 346968 346969 t1880 t1881     FALSE 0.091 178.000 0.000 NA   NA
 346969 346970 t1881 t1882     TRUE 0.990 4.000 0.667 NA   NA
 346970 346971 t1882 t1883     TRUE 0.914 12.000 0.150 NA   NA
 346971 346972 t1883 t1884     TRUE 0.902 4.000 0.000 NA   NA
 346972 346973 t1884 t1885     TRUE 0.873 -10.000 0.000 NA   NA
 346973 346974 t1885 t1886     TRUE 0.858 -13.000 0.000 NA   NA
 346974 346975 t1886 t1887     TRUE 0.924 -3.000 0.000 NA   NA
 346975 346976 t1887 t1888     TRUE 0.819 -34.000 0.000 NA   NA
 346976 346977 t1888 t1889     TRUE 0.517 42.000 0.000 NA   NA
 346977 346978 t1889 t1890     TRUE 0.839 12.000 0.000 NA   NA
 346978 346979 t1890 t1891     TRUE 0.895 5.000 0.000 NA   NA
 346979 346980 t1891 t1892     TRUE 0.806 15.000 0.000 NA   NA
 346980 346981 t1892 t1893     FALSE 0.292 92.000 0.000 NA   NA
 346981 346982 t1893 t1894     TRUE 0.924 0.000 0.000 NA   NA
 346982 346983 t1894 t1895     TRUE 0.819 -34.000 0.000 NA   NA
 346983 346984 t1895 t1896     FALSE 0.295 90.000 0.000 NA   NA
 346984 346985 t1896 t1897     FALSE 0.378 64.000 0.000 NA   NA
 346985 346986 t1897 t1898     TRUE 0.510 43.000 0.000 NA   NA
 346986 346987 t1898 t1899     TRUE 0.924 -3.000 0.000 NA   NA
 346987 346988 t1899 t1900     TRUE 0.924 0.000 0.000 NA   NA
 346988 346989 t1900 t1901     TRUE 0.975 -13.000 0.429 NA   NA
 346991 346992 t1903 t1904     FALSE 0.007 399.000 0.000 NA   NA
 346992 346993 t1904 t1905     FALSE 0.223 133.000 0.000 NA   NA
 346993 346994 t1905 t1906     FALSE 0.046 209.000 0.000 NA   NA
 346994 346995 t1906 t1907     TRUE 0.537 40.000 0.000 NA   NA
 346995 346996 t1907 t1908     TRUE 0.981 -10.000 0.500 NA   NA
 346996 346997 t1908 t1909     FALSE 0.080 185.000 0.000 NA   NA
 346997 346998 t1909 t1910     TRUE 0.728 11.000 0.013 NA   NA
 346998 346999 t1910 t1911     FALSE 0.215 135.000 0.000 NA   NA
 346999 347000 t1911 t1912     FALSE 0.313 82.000 0.000 NA   NA
 347000 2200642 t1912 t1913     FALSE 0.290 94.000 0.000 NA   NA
 2200642 347001 t1913 t1914     TRUE 0.902 4.000 0.000 NA   NA
 347001 347002 t1914 t1915     TRUE 0.924 0.000 0.000 NA   NA
 347002 347003 t1915 t1916     TRUE 0.924 -3.000 0.000 NA   NA
 347003 347004 t1916 t1917     TRUE 0.966 11.000 0.333 NA   NA
 347004 347005 t1917 t1918     TRUE 0.916 3.000 0.000 1.000   NA
 347005 347006 t1918 t1919     FALSE 0.327 85.000 0.000 1.000   NA
 347007 347008 t1920 t1921     FALSE 0.016 289.000 0.000 NA   NA
 347008 347009 t1921 t1922   gam FALSE 0.293 91.000 0.000 NA   NA
 347009 347010 t1922 t1923 gam betA TRUE 0.838 6.000 0.040 NA   NA
 347010 347011 t1923 t1924 betA exo TRUE 0.971 -3.000 0.000 0.058   NA
 347011 347012 t1924 t1925 exo   FALSE 0.323 78.000 0.000 NA   NA
 347012 347013 t1925 t1926     TRUE 0.924 -3.000 0.000 NA   NA
 347013 347014 t1926 t1927     TRUE 0.924 0.000 0.000 NA   NA
 347014 347015 t1927 t1928   xis TRUE 0.528 41.000 0.000 NA   NA
 347015 347016 t1928 t1929 xis int TRUE 0.989 -3.000 0.500 NA   NA
 347016 347017 t1929 t1930 int pncB FALSE 0.035 195.000 0.000 1.000 N NA
 347018 2200643 t1931 t1932     FALSE 0.025 246.000 0.000 NA   NA
 347019 347020 t1933 t1934   asnS FALSE 0.006 201.000 0.005 1.000 N NA
 347020 347021 t1934 t1935 asnS ompF FALSE 0.002 606.000 0.000 1.000 N NA
 347021 347022 t1935 t1936 ompF aspC FALSE 0.039 185.000 0.060 1.000 N NA
 347023 347024 t1937 t1938 ycbL   TRUE 0.697 28.000 0.089 NA   NA
 347024 347025 t1938 t1939   ycbB FALSE 0.106 260.000 0.372 NA   NA
 347025 347026 t1939 t1940 ycbB mukB FALSE 0.011 345.000 0.000 1.000   NA
 347026 347027 t1940 t1941 mukB mukE TRUE 0.994 0.000 0.000 0.001 Y NA
 347027 347028 t1941 t1942 mukE mukF TRUE 0.961 8.000 0.036 NA Y NA
 347028 347029 t1942 t1943 mukF smtA TRUE 0.964 -7.000 0.325 NA N NA
 347031 347032 t1945 t1946   kdsB FALSE 0.023 211.000 0.023 NA   NA
 347032 347033 t1946 t1947 kdsB   TRUE 0.979 -3.000 0.265 NA   NA
 347033 2200644 t1947 t1948   ycaQ FALSE 0.455 52.000 0.000 NA   NA
 2200644 347034 t1948 t1949 ycaQ lpxK TRUE 0.503 44.000 0.000 NA   NA
 347034 347035 t1949 t1950 lpxK msbA TRUE 0.960 -3.000 0.205 1.000 N NA
 347035 347036 t1950 t1951 msbA ycaI TRUE 0.776 37.000 0.075 0.085   NA
 347036 347037 t1951 t1952 ycaI himD FALSE 0.016 230.000 0.003 1.000   NA
 347037 347038 t1952 t1953 himD rpsA FALSE 0.333 156.000 0.292 1.000 N NA
 347038 347039 t1953 t1954 rpsA cmk TRUE 0.521 114.000 0.281 1.000 N NA
 347039 347040 t1954 t1955 cmk   FALSE 0.011 173.000 0.004 1.000 N NA
 347040 347041 t1955 t1956   aroA FALSE 0.023 143.000 0.003 1.000 N NA
 347041 347042 t1956 t1957 aroA serC TRUE 0.640 71.000 0.033 1.000 Y NA
 347042 347043 t1957 t1958 serC   FALSE 0.037 186.000 0.014 NA   NA
 347044 347045 t1959 t1960   focA FALSE 0.007 405.000 0.000 NA   NA
 347045 347046 t1960 t1961 focA pflB TRUE 0.714 60.000 0.345 1.000 N NA
 347047 347048 t1963 t1964   pflA FALSE 0.031 234.000 0.000 NA   NA
 347049 347050 t1965 t1966 ycaM ycaD FALSE 0.023 218.000 0.000 1.000 N NA
 347050 347051 t1966 t1967 ycaD   FALSE 0.044 213.000 0.000 NA   NA
 347051 347052 t1967 t1968   dmsC TRUE 0.621 30.000 0.000 NA   NA
 347052 347053 t1968 t1969 dmsC dmsB TRUE 0.921 2.000 0.000 1.000   NA
 347053 347054 t1969 t1970 dmsB dmsA TRUE 0.989 11.000 0.172 0.048 Y NA
 347054 347055 t1970 t1971 dmsA serS FALSE 0.016 237.000 0.000 1.000 N NA
 347055 347056 t1971 t1972 serS ycaJ FALSE 0.040 259.000 0.078 0.083 N NA
 347056 347057 t1972 t1973 ycaJ lolA TRUE 0.915 10.000 0.167 1.000 N NA
 347057 347058 t1973 t1974 lolA ftsK FALSE 0.439 142.000 0.305 1.000 N NA
 347058 347059 t1974 t1975 ftsK lrp TRUE 0.511 135.000 0.345 1.000 N NA
 347060 347061 t1976 t1977 trxB cydD TRUE 0.585 114.000 0.049 1.000 Y NA
 347061 347062 t1977 t1978 cydD cydC TRUE 0.999 1.000 0.631 0.005 Y NA
 347062 347063 t1978 t1979 cydC aat TRUE 0.791 45.000 0.049 1.000 Y NA
 347063 347064 t1979 t1980 aat infA FALSE 0.002 312.000 0.020 1.000 N NA
 347066 347067 t1982 t1983     TRUE 0.926 20.000 0.333 NA   NA
 347067 400780 t1983 t1984   tRNA-Ser FALSE 0.167 149.000 0.000 NA   NA
 400780 347068 t1984 t1985 tRNA-Ser   TRUE 0.492 46.000 0.000 NA   NA
 347068 347069 t1985 t1986     FALSE 0.292 107.000 0.000 NA   NA
 347069 347070 t1986 t1987     FALSE 0.124 162.000 0.000 NA   NA
 347071 347072 t1988 t1989 clpA   TRUE 0.937 31.000 0.596 NA   NA
 347074 347075 t1991 t1992 ybjZ ybjY TRUE 0.995 -3.000 0.789 0.090 N NA
 347078 347079 t1995 t1996     FALSE 0.134 144.000 0.043 NA   NA
 347079 347080 t1996 t1997   hcr TRUE 0.985 9.000 0.059 0.016 Y NA
 347080 347081 t1997 t1998 hcr poxB FALSE 0.027 158.000 0.025 1.000 N NA
 347081 347082 t1998 t1999 poxB ybjU TRUE 0.810 39.000 0.041 1.000 Y NA
 347082 347083 t1999 t2000 ybjU   TRUE 0.783 11.000 0.074 1.000 N NA
 347083 347084 t2000 t2001     TRUE 0.776 96.000 0.022 0.004 Y NA
 347085 347086 t2002 t2003     TRUE 0.881 -3.000 0.037 NA   NA
 347087 347088 t2004 t2005   artP FALSE 0.038 229.000 0.081 NA   NA
 347088 347089 t2005 t2006 artP artI TRUE 0.976 18.000 0.323 1.000 Y NA
 347089 347090 t2006 t2007 artI artQ TRUE 0.994 7.000 0.260 0.052 Y NA
 347090 347091 t2007 t2008 artQ artM TRUE 0.999 0.000 0.714 0.015 Y NA
 347091 347092 t2008 t2009 artM artJ FALSE 0.282 237.000 0.143 0.052 Y NA
 347093 347094 t2010 t2011     TRUE 0.986 10.000 0.800 1.000 N NA
 347094 347095 t2011 t2012     TRUE 0.977 32.000 0.800 0.013   NA
 347095 347096 t2012 t2013     TRUE 0.879 9.000 0.000 NA   NA
 347096 347097 t2013 t2014   ybjF FALSE 0.326 77.000 0.000 NA   NA
 347097 347098 t2014 t2015 ybjF   TRUE 0.769 43.000 0.226 NA   NA
 347098 347099 t2015 t2016   potI TRUE 0.653 74.000 0.264 NA   NA
 347099 347100 t2016 t2017 potI potH TRUE 0.998 -3.000 0.528 0.052 Y NA
 347100 347101 t2017 t2018 potH potG TRUE 0.996 10.000 0.857 1.000 Y NA
 347101 347102 t2018 t2019 potG potF TRUE 0.929 88.000 0.679 1.000 Y NA
 347102 347103 t2019 t2020 potF   FALSE 0.009 349.000 0.000 NA   NA
 347103 347104 t2020 t2021   rimK TRUE 0.474 97.000 0.161 NA   NA
 347104 347105 t2021 t2022 rimK nfsA FALSE 0.424 58.000 0.114 1.000 N NA
 347105 347106 t2022 t2023 nfsA ybjC TRUE 0.923 -16.000 0.159 NA   NA
 347111 347112 t2028 t2029     TRUE 0.930 -3.000 0.000 1.000   NA
 347114 347115 t2031 t2032 ybjG deoR TRUE 0.648 72.000 0.235 1.000   NA
 347118 347119 t2035 t2036 yliI   FALSE 0.200 119.000 0.047 NA   NA
 347121 347122 t2038 t2039 yliD yliC TRUE 0.998 3.000 0.689 0.052 Y NA
 347122 347123 t2039 t2040 yliC yliB TRUE 0.976 61.000 0.803 0.052 Y NA
 347123 347124 t2040 t2041 yliB   TRUE 0.611 33.000 0.000 1.000   NA
 347124 347125 t2041 t2042   ybiK TRUE 0.865 11.000 0.000 1.000   NA
 347126 347127 t2043 t2044 moeA moeB TRUE 0.997 0.000 0.323 0.003 Y NA
 347127 347128 t2044 t2045 moeB ybiY FALSE 0.010 278.000 0.000 1.000 N NA
 347128 347129 t2045 t2046 ybiY ybiW TRUE 0.961 6.000 0.000 0.002 N NA
 347134 347135 t2051 t2052 ybiR   TRUE 0.611 -3.000 0.014 1.000 N NA
 347137 347138 t2054 t2055 tnpA ompX FALSE 0.038 192.000 0.000 1.000 N NA
 347139 347140 t2056 t2057 ybiF dps FALSE 0.010 303.000 0.044 1.000   NA
 347140 347141 t2057 t2058 dps glnH FALSE 0.003 477.000 0.000 1.000 N NA
 347141 347142 t2058 t2059 glnH glnP TRUE 0.651 146.000 0.000 0.064 Y NA
 347142 347143 t2059 t2060 glnP glnQ TRUE 0.975 -3.000 0.026 1.000 Y NA
 347143 347144 t2060 t2061 glnQ   FALSE 0.084 119.000 0.039 1.000 N NA
 347145 347146 t2063 t2064 ybiI   FALSE 0.132 158.000 0.000 NA   NA
 347146 347147 t2064 t2065   ybiJ TRUE 0.858 -13.000 0.000 NA   NA
 2200647 2200648 t2066 t2067 ybiB   TRUE 0.621 30.000 0.000 NA   NA
 2200648 347148 t2067 t2068   rhlE FALSE 0.048 208.000 0.000 NA   NA
 347149 347150 t2069 t2070 ybiH   TRUE 0.968 0.000 0.236 1.000 N NA
 347150 347151 t2070 t2071   ybhF TRUE 0.987 -7.000 0.545 1.000   NA
 347151 347152 t2071 t2072 ybhF   TRUE 0.992 -7.000 0.547 0.083   NA
 347152 347153 t2072 t2073     TRUE 0.956 116.000 0.609 0.005 Y NA
 347155 347156 t2075 t2076 ybhP ybhO TRUE 0.924 -3.000 0.000 NA   NA
 347156 347157 t2076 t2077 ybhO ybhN TRUE 0.924 0.000 0.000 NA   NA
 2200649 347158 t2078 t2079     FALSE 0.070 190.000 0.000 NA   NA
 347158 2200650 t2079 t2080   ybhL FALSE 0.175 147.000 0.000 NA   NA
 2200650 347159 t2080 t2081 ybhL moaE TRUE 0.478 48.000 0.000 NA   NA
 347159 347160 t2081 t2082 moaE moaD TRUE 0.998 2.000 0.501 0.003 Y NA
 347160 347161 t2082 t2083 moaD moaC TRUE 0.994 -7.000 0.175 0.003 Y NA
 347161 347162 t2083 t2084 moaC moaB TRUE 0.993 3.000 0.109 0.003 Y NA
 347162 347163 t2084 t2085 moaB moaA TRUE 0.972 22.000 0.108 0.003 Y NA
 2200651 347165 t2087 t2088 slrP   TRUE 0.883 8.000 0.000 NA   NA
 347165 347166 t2088 t2089   uvrB FALSE 0.013 309.000 0.000 NA   NA
 347166 347167 t2089 t2090 uvrB bioD FALSE 0.007 651.000 0.000 0.083 N NA
 347167 347168 t2090 t2091 bioD bioC TRUE 0.989 -7.000 0.054 0.002 Y NA
 347168 347169 t2091 t2092 bioC bioF TRUE 0.990 -16.000 0.133 0.002 Y NA
 347169 347170 t2092 t2093 bioF bioB TRUE 0.996 -3.000 0.168 0.002 Y NA
 347171 347172 t2094 t2095 bioA ybhB FALSE 0.231 58.000 0.003 NA   NA
 347173 347174 t2096 t2097 hutH hutU TRUE 0.997 2.000 0.315 0.001 Y NA
 347174 347175 t2097 t2098 hutU hutC FALSE 0.016 196.000 0.037 1.000 N NA
 347175 347176 t2098 t2099 hutC hutG FALSE 0.331 45.000 0.062 1.000 N NA
 347176 347177 t2099 t2100 hutG hutI TRUE 0.953 -3.000 0.171 1.000 N NA
 347181 347182 t2104 t2105 modC modB TRUE 0.998 3.000 0.537 0.001 Y NA
 347182 347183 t2105 t2106 modB modA TRUE 0.999 0.000 0.627 0.001 Y NA
 347183 347184 t2106 t2107 modA ybhT FALSE 0.114 167.000 0.072 NA   NA
 347185 347186 t2108 t2109 modE modF TRUE 0.594 68.000 0.000 0.083   NA
 347186 347187 t2109 t2110 modF   FALSE 0.103 171.000 0.000 NA   NA
 347187 347188 t2110 t2111   galE FALSE 0.036 223.000 0.000 NA   NA
 347188 347189 t2111 t2112 galE galT TRUE 0.945 11.000 0.053 0.001 N NA
 347189 347190 t2112 t2113 galT galK TRUE 0.992 3.000 0.370 0.001 N NA
 347190 347191 t2113 t2114 galK galM TRUE 0.993 -6.000 0.083 0.001 Y NA
 347191 347192 t2114 t2115 galM gpmA FALSE 0.099 224.000 0.009 1.000 Y NA
 347193 347194 t2116 t2117     TRUE 0.998 0.000 0.833 1.000 Y NA
 347194 347195 t2117 t2118   aroG FALSE 0.091 153.000 0.000 1.000 N NA
 347196 347197 t2119 t2120   ybgR FALSE 0.253 111.000 0.057 NA   NA
 347198 347199 t2121 t2122 pnuC nadA TRUE 0.866 25.000 0.023 1.000 Y NA
 347199 400834 t2122 t2123 nadA tRNA-Lys FALSE 0.015 294.000 0.000 NA   NA
 400834 400833 t2123 t2124 tRNA-Lys tRNA-Lys FALSE 0.215 135.000 0.000 NA   NA
 400833 400832 t2124 t2125 tRNA-Lys tRNA-Lys FALSE 0.191 143.000 0.000 NA   NA
 400832 347200 t2125 t2126 tRNA-Lys ybgF FALSE 0.113 165.000 0.000 NA   NA
 347200 347201 t2126 t2127 ybgF pal TRUE 0.903 10.000 0.088 1.000   NA
 347201 347202 t2127 t2128 pal tolB TRUE 0.907 35.000 0.592 1.000 N NA
 347202 347203 t2128 t2129 tolB tolA FALSE 0.092 124.000 0.051 NA N NA
 347203 347204 t2129 t2130 tolA tolR FALSE 0.361 65.000 0.114 NA N NA
 347204 347205 t2130 t2131 tolR tolQ TRUE 0.997 4.000 0.556 0.064 Y NA
 347205 347206 t2131 t2132 tolQ ybgC TRUE 0.992 -3.000 0.593 1.000   NA
 347206 347207 t2132 t2133 ybgC   FALSE 0.044 229.000 0.095 NA   NA
 347207 347208 t2133 t2134     TRUE 0.537 137.000 0.310 NA   NA
 347208 347209 t2134 t2135   cydB TRUE 0.894 15.000 0.149 NA   NA
 347209 347210 t2135 t2136 cydB cydA TRUE 0.971 16.000 0.000 0.048 Y NA
 347210 347211 t2136 t2137 cydA sucD FALSE 0.015 1588.000 0.000 1.000 Y NA
 347211 347212 t2137 t2138 sucD sucC TRUE 0.999 0.000 0.806 0.001 Y NA
 347212 347213 t2138 t2139 sucC sucB TRUE 0.624 142.000 0.136 1.000 Y NA
 347213 347214 t2139 t2140 sucB sucA TRUE 0.992 15.000 0.667 1.000 Y NA
 347214 347215 t2140 t2141 sucA sdhB FALSE 0.020 526.000 0.067 1.000 Y NA
 347215 347216 t2141 t2142 sdhB sdhA TRUE 0.997 14.000 0.604 0.002 Y NA
 347216 347217 t2142 t2143 sdhA sdhD TRUE 0.999 0.000 0.705 0.002 Y NA
 347217 347218 t2143 t2144 sdhD sdhC TRUE 0.998 -6.000 0.453 0.001 Y NA
 347218 347219 t2144 t2145 sdhC   FALSE 0.006 409.000 0.000 NA   NA
 347220 347221 t2146 t2147 gltA   FALSE 0.102 137.000 0.005 NA   NA
 347222 347223 t2148 t2149 nei   TRUE 0.580 34.000 0.000 NA   NA
 347223 2200652 t2149 t2150     FALSE 0.360 68.000 0.000 NA   NA
 2200652 347224 t2150 t2151     TRUE 0.902 4.000 0.000 NA   NA
 347224 2200653 t2151 t2152     FALSE 0.065 193.000 0.000 NA   NA
 2200653 347225 t2152 t2153     FALSE 0.290 94.000 0.000 NA   NA
 347225 2200654 t2153 t2154     TRUE 0.902 4.000 0.000 NA   NA
 2200654 347226 t2154 t2155     FALSE 0.233 129.000 0.000 NA   NA
 347226 347227 t2155 t2156     TRUE 0.707 13.000 0.022 NA   NA
 347227 347228 t2156 t2157     FALSE 0.198 83.000 0.028 NA   NA
 347228 347229 t2157 t2158     FALSE 0.022 259.000 0.000 NA   NA
 347229 347230 t2158 t2159     TRUE 0.914 2.000 0.000 NA   NA
 347230 347231 t2159 t2160     FALSE 0.091 178.000 0.000 NA   NA
 347231 347232 t2160 t2161     FALSE 0.396 60.000 0.000 NA   NA
 347232 347233 t2161 t2162     FALSE 0.011 324.000 0.000 NA   NA
 347233 347234 t2162 t2163     TRUE 0.952 -10.000 0.211 NA   NA
 347234 347235 t2163 t2164     TRUE 0.993 -6.000 0.379 NA Y NA
 347235 347236 t2164 t2165     TRUE 0.736 16.000 0.050 NA   NA
 347238 347239 t2167 t2168 phrB ybfA FALSE 0.143 111.000 0.004 NA   NA
 347240 347241 t2169 t2170 kdpA kdpB TRUE 0.959 21.000 0.201 0.001   NA
 347241 347242 t2170 t2171 kdpB kdpC TRUE 0.997 6.000 0.877 0.001   NA
 347242 347243 t2171 t2173 kdpC kdpD TRUE 0.965 -3.000 0.100 0.089 N NA
 347243 347244 t2173 t2172 kdpD kdpE TRUE 0.995 -3.000 0.385 1.000 Y NA
 347244 2200655 t2172 t2174 kdpE speF FALSE 0.004 762.000 0.000 NA   NA
 2200655 347245 t2174 t2175 speF potE TRUE 0.924 -3.000 0.000 NA   NA
 347245 347246 t2175 t2176 potE   FALSE 0.334 65.000 0.050 1.000   NA
 347247 347248 t2177 t2178 pgm seqA TRUE 0.740 25.000 0.151 1.000 N NA
 347249 347250 t2179 t2180 ybfF ybfE TRUE 0.520 134.000 0.276 NA   NA
 347250 347251 t2180 t2181 ybfE fldA TRUE 0.581 151.000 0.473 1.000   NA
 347251 347252 t2181 t2182 fldA fur FALSE 0.025 282.000 0.156 1.000 N NA
 347252 347253 t2182 t2183 fur   FALSE 0.300 115.000 0.020 0.058 N NA
 347253 347254 t2183 t2184     FALSE 0.138 98.000 0.053 1.000 N NA
 347254 347255 t2184 t2185   citB TRUE 0.983 -13.000 0.618 NA   NA
 347255 347256 t2185 t2186 citB citA FALSE 0.464 51.000 0.069 NA   NA
 347257 347258 t2187 t2188   ybfM TRUE 0.467 50.000 0.000 NA   NA
 347258 347259 t2188 t2189 ybfM glnS FALSE 0.006 452.000 0.000 1.000   NA
 347259 347260 t2189 t2190 glnS nagE FALSE 0.005 211.000 0.006 1.000 N NA
 347261 347262 t2191 t2192 nagB nagA TRUE 0.977 60.000 0.557 0.001 Y NA
 347262 347263 t2192 t2193 nagA nagC TRUE 0.995 5.000 0.571 1.000 Y NA
 347263 347264 t2193 t2194 nagC nagD TRUE 0.810 47.000 0.070 1.000 Y NA
 347264 347265 t2194 t2195 nagD asnB FALSE 0.009 290.000 0.000 1.000 N NA
 347265 400781 t2195 t2196 asnB tRNA-Met FALSE 0.037 222.000 0.000 NA   NA
 400781 400782 t2196 t2197 tRNA-Met tRNA-Leu TRUE 0.879 9.000 0.000 NA   NA
 400782 400783 t2197 t2198 tRNA-Leu tRNA-Gln TRUE 0.679 24.000 0.000 NA   NA
 400783 400784 t2198 t2199 tRNA-Gln tRNA-Gln TRUE 0.566 36.000 0.000 NA   NA
 400784 400785 t2199 t2200 tRNA-Gln tRNA-Met TRUE 0.785 16.000 0.000 NA   NA
 400785 400786 t2200 t2201 tRNA-Met tRNA-Gln TRUE 0.485 47.000 0.000 NA   NA
 347267 347268 t2203 t2204 miaB ybeZ FALSE 0.216 166.000 0.220 1.000 N NA
 347268 347269 t2204 t2205 ybeZ   TRUE 0.988 -3.000 0.457 NA   NA
 347269 347270 t2205 t2206     FALSE 0.236 158.000 0.150 NA   NA
 347270 347271 t2206 t2207   lnt TRUE 0.947 20.000 0.557 1.000 N NA
 347271 347272 t2207 t2208 lnt ybeJ FALSE 0.004 400.000 0.000 1.000 N NA
 347272 347273 t2208 t2209 ybeJ gltJ TRUE 0.569 160.000 0.000 0.051 Y NA
 347273 347274 t2209 t2210 gltJ gltK TRUE 0.999 0.000 0.933 0.015 Y NA
 347274 347275 t2210 t2211 gltK gltL TRUE 0.995 0.000 0.379 1.000 Y NA
 347275 347276 t2211 t2212 gltL ybeK FALSE 0.389 117.000 0.195 NA N NA
 347276 2200656 t2212 t2213 ybeK   TRUE 0.603 32.000 0.000 NA   NA
 347277 347278 t2214 t2215 ybeL   FALSE 0.309 93.000 0.000 1.000   NA
 347278 347279 t2215 t2216     FALSE 0.381 68.000 0.000 1.000   NA
 347279 347280 t2216 t2217     TRUE 0.489 50.000 0.000 1.000   NA
 347280 347281 t2217 t2218     TRUE 0.984 17.000 0.409 0.001   NA
 347282 347283 t2219 t2220 leuS rlpB TRUE 0.874 15.000 0.182 NA N NA
 347283 347284 t2220 t2221 rlpB holA TRUE 0.956 0.000 0.199 NA N NA
 347284 347285 t2221 t2222 holA   TRUE 0.773 2.000 0.045 1.000 N NA
 347287 347288 t2224 t2225 cobC ybeB FALSE 0.011 329.000 0.000 NA   NA
 347288 347289 t2225 t2226 ybeB ybeA TRUE 0.976 4.000 0.307 NA   NA
 347289 347290 t2226 t2227 ybeA pbpA TRUE 0.471 31.000 0.031 NA   NA
 347290 347291 t2227 t2228 pbpA mrdB TRUE 0.770 3.000 0.046 1.000 N NA
 347291 347292 t2228 t2229 mrdB rlpA TRUE 0.510 11.000 0.035 NA N NA
 347292 347293 t2229 t2230 rlpA dacA TRUE 0.832 139.000 0.475 NA Y NA
 347293 347294 t2230 t2231 dacA ybeD FALSE 0.324 108.000 0.081 NA   NA
 347294 347295 t2231 t2232 ybeD lipB TRUE 0.558 100.000 0.219 NA   NA
 347295 347296 t2232 t2233 lipB ybeF FALSE 0.008 302.000 0.000 1.000 N NA
 347296 347297 t2233 t2234 ybeF lipA FALSE 0.005 206.000 0.005 1.000 N NA
 347298 2200657 t2235 t2236 tatE   FALSE 0.235 128.000 0.000 NA   NA
 347300 347301 t2238 t2239 cspE pagP FALSE 0.287 188.000 0.333 1.000   NA
 347303 347304 t2241 t2242 dpiA dpiB TRUE 0.975 -31.000 0.000 0.076 Y NA
 347305 347306 t2243 t2244 citC citD TRUE 0.982 -3.000 0.000 1.000 Y NA
 347306 347307 t2244 t2245 citD citE TRUE 0.995 -3.000 0.537 0.002 N NA
 347307 347308 t2245 t2246 citE citF TRUE 0.988 10.000 0.373 0.001 N NA
 347308 347309 t2246 t2247 citF citX TRUE 0.797 30.000 0.231 1.000 N NA
 347309 347310 t2247 t2248 citX citG TRUE 0.988 -28.000 0.400 1.000 Y NA
 347310 347311 t2248 t2249 citG citT TRUE 0.700 38.000 0.194 1.000 N NA
 347311 347312 t2249 t2250 citT rna FALSE 0.064 110.000 0.024 1.000 N NA
 347312 347313 t2250 t2251 rna rnk FALSE 0.004 235.000 0.018 1.000 N NA
 347316 347317 t2254 t2255     TRUE 0.995 0.000 1.000 1.000   NA
 347317 347318 t2255 t2256     TRUE 0.998 -3.000 0.444 0.047 Y NA
 347318 347319 t2256 t2257     TRUE 0.903 71.000 0.556 0.047   NA
 347319 347320 t2257 t2258   tnpA FALSE 0.020 276.000 0.000 1.000   NA
 347320 347321 t2258 t2259 tnpA ahpF FALSE 0.007 310.000 0.000 1.000 N NA
 347321 347322 t2259 t2260 ahpF ahpC FALSE 0.396 242.000 0.551 1.000 Y NA
 347323 347324 t2261 t2262 dsbG ybdO FALSE 0.006 317.000 0.000 NA N NA
 347324 347325 t2262 t2264 ybdO   FALSE 0.119 166.000 0.000 1.000   NA
 347325 347326 t2264 t2263     TRUE 0.961 -27.000 0.333 1.000   NA
 347329 347330 t2267 t2268   cstA TRUE 0.745 64.000 0.333 NA   NA
 347330 347331 t2268 t2269 cstA ybdB FALSE 0.163 182.000 0.222 NA N NA
 347331 347332 t2269 t2270 ybdB entA TRUE 0.976 3.000 0.065 NA Y NA
 347332 347333 t2270 t2271 entA entB TRUE 0.975 0.000 0.024 1.000 Y NA
 347333 347334 t2271 t2272 entB entE TRUE 0.953 14.000 0.000 1.000 Y NA
 347334 347335 t2272 t2273 entE entC TRUE 0.972 7.000 0.000 1.000 Y NA
 347338 347339 t2276 t2277 fepD fepG TRUE 0.997 0.000 0.300 0.051 Y NA
 347339 347340 t2277 t2278 fepG fepC TRUE 0.983 -3.000 0.077 1.000 Y NA
 2200658 347341 t2279 t2280 fepE entF FALSE 0.024 250.000 0.000 NA   NA
 347341 347342 t2280 t2281 entF ybdZ TRUE 0.924 -3.000 0.000 NA   NA
 347342 347343 t2281 t2282 ybdZ fes TRUE 0.879 31.000 0.320 NA   NA
 347344 347345 t2283 t2284 fepA entD TRUE 0.895 47.000 0.700 1.000 N NA
 347345 347346 t2284 t2285 entD   TRUE 0.851 12.000 0.000 1.000   NA
 347346 347347 t2285 t2286     TRUE 0.903 67.000 1.000 NA   NA
 347349 347350 t2288 t2289   ybdF TRUE 0.972 0.000 0.208 NA   NA
 347350 347351 t2289 t2290 ybdF nfnB TRUE 0.815 97.000 0.667 NA   NA
 347355 347356 t2294 t2295     TRUE 0.668 25.000 0.000 NA   NA
 347357 347358 t2296 t2297 ykgB   TRUE 0.765 13.000 0.043 NA   NA
 347358 347359 t2297 t2298   ykgC TRUE 0.630 157.000 0.667 NA   NA
 2200660 347361 t2300 t2302 cusS   FALSE 0.106 169.000 0.000 NA   NA
 347361 347362 t2302 t2303   gtrA FALSE 0.007 403.000 0.000 NA   NA
 347362 347363 t2303 t2305 gtrA gtrB TRUE 0.924 -3.000 0.000 NA   NA
 347363 347364 t2305 t2304 gtrB   TRUE 0.891 -7.000 0.000 NA   NA
 347364 2200661 t2304 t2306     FALSE 0.008 380.000 0.000 NA   NA
 2200661 2200662 t2306 t2307     TRUE 0.909 3.000 0.000 NA   NA
 2200662 2200663 t2307 t2308     TRUE 0.580 34.000 0.000 NA   NA
 2200663 2200664 t2308 t2309     TRUE 0.831 -25.000 0.000 NA   NA
 347365 347366 t2311 t2312 fimW   FALSE 0.124 162.000 0.000 NA   NA
 347366 347367 t2312 t2313   fimY TRUE 0.738 19.000 0.000 NA   NA
 347367 347368 t2313 t2314 fimY fimZ FALSE 0.013 604.000 0.000 0.022   NA
 347369 347370 t2315 t2316 fimF fimH TRUE 0.996 10.000 0.875 NA Y NA
 347370 347371 t2316 t2317 fimH fimD TRUE 0.994 15.000 0.875 NA Y NA
 347371 347372 t2317 t2318 fimD fimC TRUE 0.984 31.000 0.875 1.000 Y NA
 347372 347373 t2318 t2319 fimC fimI TRUE 0.970 44.000 0.714 1.000 Y NA
 347373 347374 t2319 t2320 fimI fimA TRUE 0.972 75.000 0.750 0.008 Y NA
 347375 347376 t2321 t2322 folD ybcJ TRUE 0.907 2.000 0.055 1.000   NA
 347376 347377 t2322 t2323 ybcJ ybcI FALSE 0.167 84.000 0.011 NA   NA
 347379 347380 t2325 t2326 ppiB ybbF TRUE 0.973 3.000 0.237 1.000   NA
 347380 347381 t2326 t2327 ybbF purE FALSE 0.160 118.000 0.016 1.000   NA
 347381 347382 t2327 t2328 purE purK TRUE 0.996 -3.000 0.136 0.001 Y NA
 347383 347384 t2329 t2330 arcC   TRUE 0.981 4.000 0.375 NA   NA
 347384 347385 t2330 t2331     TRUE 0.951 12.000 0.265 NA   NA
 347385 347386 t2331 t2332   fdrA TRUE 0.935 22.000 0.412 NA   NA
 347387 347388 t2333 t2334 allD allC TRUE 0.798 22.000 0.174 1.000 N NA
 347388 347389 t2334 t2335 allC   TRUE 0.837 11.000 0.059 NA   NA
 347390 347391 t2336 t2337 glxK   TRUE 0.737 23.000 0.133 1.000 N NA
 347391 347392 t2337 t2338   allB TRUE 0.837 59.000 0.161 1.000 Y NA
 347392 2200665 t2338 t2339 allB ybbW FALSE 0.321 79.000 0.000 NA   NA
 2200665 347393 t2339 t2340 ybbW   FALSE 0.289 96.000 0.000 NA   NA
 347393 347394 t2340 t2341   garR FALSE 0.183 66.000 0.051 1.000 N NA
 347394 347395 t2341 t2342 garR hyi FALSE 0.376 101.000 0.154 1.000 N NA
 347395 347396 t2342 t2343 hyi gcl TRUE 0.831 13.000 0.065 1.000   NA
 347396 347397 t2343 t2344 gcl allR FALSE 0.283 85.000 0.054 1.000   NA
 347397 2200666 t2344 t2345 allR   FALSE 0.321 79.000 0.000 NA   NA
 347398 347399 t2346 t2347   ybbB FALSE 0.196 70.000 0.012 NA   NA
 347400 347401 t2348 t2349 sfbC sfbB TRUE 0.997 -7.000 0.957 1.000 Y NA
 347401 347402 t2349 t2350 sfbB sfbA TRUE 0.932 37.000 0.261 NA Y NA
 347402 347403 t2350 t2351 sfbA   FALSE 0.011 257.000 0.000 NA N NA
 347403 347404 t2351 t2352     FALSE 0.088 186.000 0.034 0.087 N NA
 347404 347405 t2352 t2354   ybbA TRUE 0.996 -3.000 0.535 1.000 Y NA
 347406 347407 t2353 t2355 tesA ybbO FALSE 0.162 155.000 0.072 1.000   NA
 347407 347408 t2355 t2356 ybbO ybbN TRUE 0.541 60.000 0.118 1.000   NA
 347409 347410 t2357 t2358     TRUE 0.916 -13.000 0.127 NA   NA
 347411 347412 t2359 t2360     TRUE 0.994 -3.000 0.313 NA Y NA
 347414 347415 t2362 t2363 ybaR   FALSE 0.009 354.000 0.000 NA   NA
 347415 347416 t2363 t2364     FALSE 0.326 77.000 0.000 NA   NA
 347416 347417 t2364 t2365     FALSE 0.028 201.000 0.022 NA   NA
 347418 347419 t2367 t2368 fsr ybaL FALSE 0.070 215.000 0.000 0.082 N NA
 347422 347423 t2371 t2372 hemH adk FALSE 0.004 230.000 0.013 1.000 N NA
 347423 347424 t2372 t2373 adk htpG FALSE 0.007 416.000 0.035 0.081 N NA
 347424 347425 t2373 t2374 htpG recR FALSE 0.078 87.000 0.028 1.000 N NA
 347425 347426 t2374 t2375 recR ybaB TRUE 0.992 0.000 0.604 NA   NA
 347426 347427 t2375 t2376 ybaB dnaX TRUE 0.856 46.000 0.411 NA   NA
 347427 347428 t2376 t2377 dnaX apt FALSE 0.223 114.000 0.088 1.000 N NA
 347428 347429 t2377 t2378 apt ybaN FALSE 0.108 153.000 0.043 NA   NA
 2200668 347430 t2379 t2380 priC ybaM TRUE 0.818 14.000 0.000 NA   NA
 347430 347431 t2380 t2381 ybaM   FALSE 0.248 70.000 0.037 NA   NA
 347432 347433 t2382 t2383   acrR FALSE 0.163 119.000 0.000 1.000 N NA
 347434 347435 t2384 t2385 acrA acrB TRUE 0.921 23.000 0.458 1.000 N NA
 347435 347436 t2385 t2386 acrB ybaJ FALSE 0.005 496.000 0.000 NA   NA
 347436 347437 t2386 t2387 ybaJ hha TRUE 0.638 28.000 0.000 NA   NA
 347437 347438 t2387 t2388 hha maA FALSE 0.097 179.000 0.076 NA   NA
 347438 347439 t2388 t2389 maA   FALSE 0.339 118.000 0.101 NA   NA
 347440 347441 t2390 t2391 rpmJ rpmE TRUE 0.968 6.000 0.083 0.012   NA
 347446 347447 t2396 t2397 amtB glnK TRUE 0.693 32.000 0.156 1.000 N NA
 347447 347448 t2397 t2398 glnK mdlB FALSE 0.009 213.000 0.028 1.000 N NA
 347448 347449 t2398 t2399 mdlB mdlA TRUE 0.999 -7.000 0.911 0.005 Y NA
 347449 347450 t2399 t2400 mdlA ybaO TRUE 0.661 41.000 0.179 1.000 N NA
 347452 347453 t2402 t2403 tnpA   FALSE 0.081 187.000 0.000 1.000   NA
 347454 347455 t2404 t2405 ybaE ybaX FALSE 0.249 65.000 0.019 1.000   NA
 347456 347457 t2406 t2407   ybaV FALSE 0.201 104.000 0.027 1.000   NA
 347457 347458 t2407 t2408 ybaV ppiD FALSE 0.041 150.000 0.033 1.000 N NA
 347458 347459 t2408 t2409 ppiD hupB FALSE 0.008 291.000 0.000 1.000 N NA
 347459 347460 t2409 t2410 hupB lon FALSE 0.027 209.000 0.000 1.000 N NA
 347460 347461 t2410 t2411 lon clpX TRUE 0.568 186.000 0.201 0.081 Y NA
 347461 347462 t2411 t2412 clpX clpP FALSE 0.265 252.000 0.352 1.000 Y NA
 347462 347463 t2412 t2413 clpP tig FALSE 0.275 247.000 0.351 1.000 Y NA
 347463 347464 t2413 t2414 tig bolA FALSE 0.005 347.000 0.000 NA N NA
 347465 347466 t2415 t2416 yajG ampG TRUE 0.718 44.000 0.256 NA N NA
 347466 347467 t2416 t2417 ampG cyoA FALSE 0.010 453.000 0.000 0.082 N NA
 347467 347468 t2417 t2418 cyoA cyoB TRUE 0.982 11.000 0.041 0.004 Y NA
 347468 347469 t2418 t2419 cyoB cyoC TRUE 0.998 -10.000 0.697 0.047 Y NA
 347469 347470 t2419 t2420 cyoC cyoD TRUE 0.998 0.000 0.485 0.047 Y NA
 347470 347471 t2420 t2421 cyoD cyoE TRUE 0.932 12.000 0.118 0.082 N NA
 347472 347473 t2422 t2423     TRUE 0.745 52.000 0.000 0.010   NA
 347473 347474 t2423 t2424     TRUE 0.839 12.000 0.000 NA   NA
 347474 347475 t2424 t2425     FALSE 0.289 96.000 0.000 NA   NA
 347475 347476 t2425 t2426     TRUE 0.936 -87.000 0.000 0.010   NA
 347479 347480 t2430 t2429 apbA thiJ TRUE 0.905 -37.000 0.155 NA   NA
 347481 347482 t2431 t2432 phnX phnW TRUE 0.984 10.000 0.315 0.050   NA
 347483 347484 t2433 t2434 phnR phnS FALSE 0.079 198.000 0.152 1.000 N NA
 347484 347485 t2434 t2435 phnS phnT TRUE 0.991 6.000 0.576 0.051 N NA
 347485 347486 t2435 t2436 phnT phnU TRUE 0.991 3.000 0.500 0.051 N NA
 347486 347487 t2436 t2437 phnU phnV TRUE 0.987 -6.000 0.375 0.051 N NA
 347489 347490 t2439 t2440 xseB ispA TRUE 0.720 1.000 0.035 1.000 N NA
 347490 347491 t2440 t2441 ispA dxs TRUE 0.899 24.000 0.060 1.000 Y NA
 347491 347492 t2441 t2442 dxs   FALSE 0.077 57.000 0.009 1.000 N NA
 347493 347494 t2443 t2444     TRUE 0.911 -22.000 0.206 1.000 N NA
 347494 347495 t2444 t2445   nusB TRUE 0.521 79.000 0.225 1.000 N NA
 347495 347496 t2445 t2446 nusB ribH TRUE 0.904 21.000 0.347 1.000 N NA
 347496 347497 t2446 t2447 ribH ribD TRUE 0.819 89.000 0.034 0.001 Y NA
 347497 347498 t2447 t2448 ribD ybaD TRUE 0.962 4.000 0.277 NA N NA
 347499 347500 t2449 t2450 yajI tsx FALSE 0.014 300.000 0.000 NA   NA
 347500 347501 t2450 t2451 tsx   FALSE 0.441 54.000 0.000 NA   NA
 347502 347503 t2452 t2453 yajD   FALSE 0.113 170.000 0.000 1.000   NA
 347503 347504 t2453 t2454     TRUE 0.929 26.000 0.452 NA   NA
 347504 347505 t2454 t2455   secF FALSE 0.090 147.000 0.015 NA   NA
 347505 347506 t2455 t2456 secF secD TRUE 0.993 11.000 0.206 0.001 Y NA
 347506 347507 t2456 t2457 secD yajC TRUE 0.861 28.000 0.045 NA Y NA
 347507 347508 t2457 t2458 yajC tgt TRUE 0.879 23.000 0.325 NA N NA
 347508 347509 t2458 t2459 tgt queA TRUE 0.722 197.000 0.360 0.001 Y NA
 347510 347511 t2460 t2461 yajB   FALSE 0.025 210.000 0.014 1.000   NA
 347512 347513 t2462 t2463 malZ proY FALSE 0.141 162.000 0.123 1.000 N NA
 347513 347514 t2463 t2464 proY tnpA FALSE 0.135 134.000 0.000 1.000 N NA
 347514 347515 t2464 t2465 tnpA brnQ FALSE 0.036 194.000 0.000 1.000 N NA
 347515 347516 t2465 t2466 brnQ phoR FALSE 0.004 409.000 0.000 1.000 N NA
 347516 347517 t2466 t2467 phoR phoB TRUE 0.954 70.000 0.453 0.014 Y NA
 347518 347519 t2468 t2469 sbcD sbcC TRUE 0.992 -3.000 0.021 0.001 Y NA
 347519 2200670 t2469 t2470 sbcC araJ FALSE 0.051 204.000 0.000 NA   NA
 347522 2200671 t2473 t2474 yaiE aroM FALSE 0.345 71.000 0.000 NA   NA
 2200671 347523 t2474 t2475 aroM yaiA FALSE 0.023 251.000 0.000 NA   NA
 347523 347524 t2475 t2476 yaiA aroL TRUE 0.649 27.000 0.000 NA   NA
 347524 347525 t2476 t2477 aroL yaiI FALSE 0.036 185.000 0.007 NA   NA
 347527 347528 t2479 t2480 adrA psiF TRUE 0.594 92.000 0.250 NA   NA
 347528 347529 t2480 t2481 psiF yaiB FALSE 0.009 352.000 0.000 NA   NA
 347529 347530 t2481 t2482 yaiB   FALSE 0.031 291.000 0.154 NA   NA
 347530 347531 t2482 t2483     FALSE 0.134 169.000 0.090 NA   NA
 347535 347536 t2487 t2488 yaiW sbmA TRUE 0.766 15.000 0.045 1.000   NA
 347538 347539 t2490 t2491     FALSE 0.177 86.000 0.000 NA N NA
 347541 347542 t2493 t2494 prpE prpD TRUE 0.806 41.000 0.038 0.001   NA
 347542 347543 t2494 t2495 prpD prpC TRUE 0.797 38.000 0.216 1.000   NA
 347543 347544 t2495 t2496 prpC prpB TRUE 0.668 123.000 0.502 1.000 N NA
 347548 347549 t2500 t2501 foxA   FALSE 0.280 164.000 0.280 1.000 N NA
 347549 347550 t2501 t2502     FALSE 0.289 96.000 0.000 NA   NA
 347550 347551 t2502 t2503     TRUE 0.767 17.000 0.000 NA   NA
 347551 347552 t2503 t2504     TRUE 0.997 -3.000 0.333 0.046 Y NA
 347552 347553 t2504 t2505     FALSE 0.268 115.000 0.000 NA   NA
 347553 2200672 t2505 t2506   res FALSE 0.018 276.000 0.000 NA   NA
 2200672 347554 t2506 t2507 res mod TRUE 0.887 7.000 0.000 NA   NA
 347554 347555 t2507 t2508 mod   FALSE 0.042 189.000 0.000 1.000 N NA
 347556 347557 t2509 t2510     TRUE 0.812 -54.000 0.000 NA   NA
 347557 2200673 t2510 t2511     TRUE 0.924 -3.000 0.000 NA   NA
 347558 347559 t2512 t2513     FALSE 0.414 58.000 0.000 NA   NA
 347559 347560 t2513 t2514     TRUE 0.854 11.000 0.000 NA   NA
 347560 347561 t2514 t2515     FALSE 0.012 260.000 0.000 1.000 N NA
 347561 347562 t2515 t2516     FALSE 0.010 341.000 0.000 NA   NA
 347562 347563 t2516 t2517     TRUE 0.987 -27.000 1.000 NA   NA
 347563 347564 t2517 t2518     FALSE 0.422 100.000 0.182 1.000 N NA
 347564 347565 t2518 t2519     FALSE 0.012 312.000 0.000 NA   NA
 347565 347566 t2519 t2520     TRUE 0.783 145.000 1.000 NA   NA
 347567 347568 t2521 t2522 stbA stbB TRUE 0.913 62.000 0.385 1.000 Y NA
 347568 2200674 t2522 t2523 stbB stbC TRUE 0.846 -16.000 0.000 NA   NA
 2200674 347569 t2523 t2524 stbC stbD TRUE 0.895 5.000 0.000 NA   NA
 347569 347570 t2524 t2525 stbD stbE TRUE 0.832 -34.000 0.000 1.000   NA
 347571 400830 t2526 t2527   tRNA-Thr FALSE 0.035 224.000 0.000 NA   NA
 400830 347572 t2527 t2528 tRNA-Thr proA FALSE 0.265 116.000 0.000 NA   NA
 347572 347573 t2528 t2529 proA proB TRUE 0.982 12.000 0.026 0.001 Y NA
 347575 347576 t2531 t2532 crl yafA FALSE 0.414 58.000 0.000 NA   NA
 347576 347577 t2532 t2533 yafA gpt FALSE 0.172 89.000 0.000 NA N NA
 347579 347580 t2535 t2536 prfH   TRUE 0.981 -3.000 0.303 NA   NA
 347580 347581 t2536 t2537   dinP FALSE 0.039 219.000 0.000 NA   NA
 347583 347584 t2539 t2540 yafJ gmhA FALSE 0.314 164.000 0.229 1.000   NA
 347585 347586 t2541 t2542     FALSE 0.209 109.000 0.033 1.000   NA
 347586 347587 t2542 t2543     FALSE 0.013 310.000 0.000 NA   NA
 347587 347588 t2543 t2544     FALSE 0.005 325.000 0.000 NA N NA
 347589 347590 t2545 t2546   tinR FALSE 0.201 140.000 0.000 NA   NA
 347590 347591 t2546 t2547 tinR tcfD FALSE 0.223 133.000 0.000 NA   NA
 347591 347592 t2547 t2548 tcfD tsaC TRUE 0.690 23.000 0.000 NA   NA
 347592 347593 t2548 t2549 tsaC tcfB TRUE 0.814 109.000 0.667 NA   NA
 347593 347594 t2549 t2550 tcfB tcfA TRUE 0.882 51.000 0.556 NA   NA
 2200676 347595 t2552 t2553     FALSE 0.302 87.000 0.000 NA   NA
 347595 347596 t2553 t2554   sinR FALSE 0.255 120.000 0.000 NA   NA
 347596 2200677 t2554 t2555 sinR   FALSE 0.050 206.000 0.000 NA   NA
 2200677 347597 t2555 t2556     FALSE 0.005 481.000 0.000 NA   NA
 347597 347598 t2556 t2557   safD FALSE 0.007 408.000 0.000 1.000   NA
 347598 347599 t2557 t2558 safD safC TRUE 0.975 22.000 1.000 1.000   NA
 347599 347600 t2558 t2559 safC safB TRUE 0.982 24.000 0.600 1.000 Y NA
 347600 2200678 t2559 t2560 safB safE FALSE 0.332 75.000 0.000 NA   NA
 2200678 347601 t2560 t2561 safE safA FALSE 0.223 133.000 0.000 NA   NA
 347601 2200679 t2561 t2562 safA   FALSE 0.004 756.000 0.000 NA   NA
 347603 347604 t2564 t2565     TRUE 0.964 2.000 0.182 NA   NA
 347604 347605 t2565 t2566     FALSE 0.321 79.000 0.000 NA   NA
 347605 347606 t2566 t2567     FALSE 0.289 96.000 0.000 NA   NA
 347606 347607 t2567 t2568     TRUE 0.738 19.000 0.000 NA   NA
 347607 347608 t2568 t2569     TRUE 0.909 3.000 0.000 NA   NA
 347608 347609 t2569 t2570     TRUE 0.738 19.000 0.000 NA   NA
 347609 347610 t2570 t2571     TRUE 0.679 24.000 0.000 NA   NA
 347610 347611 t2571 t2572     FALSE 0.008 363.000 0.000 NA   NA
 347611 347612 t2572 t2573     TRUE 0.883 8.000 0.000 NA   NA
 347612 347613 t2573 t2574     TRUE 0.934 27.000 0.500 NA   NA
 347613 347614 t2574 t2575     FALSE 0.235 128.000 0.000 NA   NA
 347614 347615 t2575 t2576     TRUE 0.850 -15.000 0.000 NA   NA
 347615 347616 t2576 t2577     TRUE 0.510 43.000 0.000 NA   NA
 347616 2200680 t2577 t2578     TRUE 0.924 0.000 0.000 NA   NA
 2200680 347617 t2578 t2579     FALSE 0.029 237.000 0.000 NA   NA
 347617 347618 t2579 t2580     TRUE 0.603 32.000 0.000 NA   NA
 347618 347619 t2580 t2581     TRUE 0.895 5.000 0.000 NA   NA
 347619 347620 t2581 t2582     TRUE 0.924 -3.000 0.000 NA   NA
 347620 347621 t2582 t2583     TRUE 0.902 4.000 0.000 NA   NA
 347621 347622 t2583 t2584     TRUE 0.842 67.000 0.583 NA   NA
 347622 347623 t2584 t2585     FALSE 0.029 237.000 0.000 NA   NA
 347623 347624 t2585 t2586     TRUE 0.825 -28.000 0.000 NA   NA
 347624 2200681 t2586 t2587     FALSE 0.447 53.000 0.000 NA   NA
 2200681 347625 t2587 t2588     TRUE 0.679 24.000 0.000 NA   NA
 347625 347626 t2588 t2589     FALSE 0.378 64.000 0.000 NA   NA
 347626 347627 t2589 t2590     TRUE 0.909 3.000 0.000 NA   NA
 347627 347628 t2590 t2591     TRUE 0.850 -15.000 0.000 NA   NA
 347629 347630 t2592 t2593     TRUE 0.879 9.000 0.000 NA   NA
 347630 347631 t2593 t2594     TRUE 0.858 -13.000 0.000 NA   NA
 347631 347632 t2594 t2595     TRUE 0.962 -3.000 0.154 NA   NA
 347632 347633 t2595 t2597     TRUE 0.785 16.000 0.000 NA   NA
 347633 347634 t2597 t2596     TRUE 0.924 -3.000 0.000 NA   NA
 347634 347635 t2596 t2598     TRUE 0.989 11.000 1.000 NA   NA
 347635 347636 t2598 t2599     TRUE 0.924 0.000 0.000 NA   NA
 400829 347637 t2600 t2601 tRNA-Asp dnaQ FALSE 0.218 134.000 0.000 NA   NA
 347640 347641 t2604 t2605 gloB mltD TRUE 0.646 72.000 0.233 1.000   NA
 347642 347643 t2606 t2607 yafE yafD FALSE 0.316 78.000 0.066 NA   NA
 347643 347644 t2607 t2608 yafD   FALSE 0.090 153.000 0.029 NA   NA
 347646 400828 t2610 t2611 yafB tRNA-Asp FALSE 0.113 165.000 0.000 NA   NA
 400828 406783 t2611 t4649 tRNA-Asp rrf FALSE 0.447 53.000 0.000 NA   NA
 406783 2200682 t4649 t2612 rrf   FALSE 0.292 101.000 0.000 NA   NA
 2200682 400827 t2612 t2613   tRNA-Ala FALSE 0.081 183.000 0.000 NA   NA
 400827 400826 t2613 t2614 tRNA-Ala tRNA-Ile FALSE 0.277 112.000 0.000 NA   NA
 400826 2200683 t2614 t2615 tRNA-Ile   FALSE 0.345 71.000 0.000 NA   NA
 2200683 347647 t2615 t2616   clpB FALSE 0.005 463.000 0.000 NA   NA
 347647 347648 t2616 t2617 clpB yfiH FALSE 0.315 130.000 0.108 NA   NA
 347648 347649 t2617 t2618 yfiH sfhB TRUE 0.966 -3.000 0.168 NA   NA
 347650 347651 t2619 t2620   yfiA FALSE 0.008 272.000 0.004 NA   NA
 347651 347652 t2620 t2621 yfiA   FALSE 0.293 104.000 0.000 NA   NA
 347652 347653 t2621 t2622   pheA FALSE 0.291 100.000 0.000 NA   NA
 347654 347655 t2623 t2624   tyrA FALSE 0.257 58.000 0.000 NA N NA
 347655 347656 t2624 t2625 tyrA aroF TRUE 0.968 10.000 0.000 1.000 Y NA
 347657 347658 t2626 t2627   yfiN TRUE 0.983 -7.000 0.475 NA   NA
 347659 347660 t2628 t2629 rplS trmD TRUE 0.965 41.000 0.567 1.000 Y NA
 347660 347661 t2629 t2630 trmD yfjA TRUE 0.968 45.000 0.672 1.000 Y NA
 347661 347662 t2630 t2631 yfjA rpsP TRUE 0.988 19.000 0.342 0.012 Y NA
 347662 347663 t2631 t2632 rpsP ffh FALSE 0.039 344.000 0.361 1.000 N NA
 347664 347665 t2633 t2634 corE corB TRUE 0.673 110.000 0.349 NA   NA
 347665 347666 t2634 t2635 corB   FALSE 0.128 121.000 0.008 NA   NA
 347668 347669 t2637 t2638 yfjB recN FALSE 0.421 86.000 0.170 1.000 N NA
 347669 347670 t2638 t2639 recN smpA FALSE 0.067 149.000 0.049 1.000 N NA
 347671 347672 t2640 t2641     TRUE 0.923 -10.000 0.124 NA   NA
 347673 347674 t2642 t2643 smpB   FALSE 0.005 620.000 0.000 1.000   NA
 347674 347675 t2643 t2644     TRUE 0.695 64.000 0.250 1.000   NA
 347675 347676 t2644 t2645     TRUE 0.986 -3.000 0.500 1.000 N NA
 347676 347677 t2645 t2646     TRUE 0.929 32.000 0.417 0.080 N NA
 347677 2200684 t2646 t4643   ssrA TRUE 0.819 -34.000 0.000 NA   NA
 2200684 347678 t4643 t2647 ssrA   FALSE 0.009 355.000 0.000 NA   NA
 347679 347680 t2648 t2649     TRUE 0.890 74.000 1.000 NA   NA
 347680 347681 t2649 t2650     FALSE 0.011 330.000 0.000 NA   NA
 347682 347683 t2651 t2652     TRUE 0.588 183.000 1.000 NA   NA
 347683 347684 t2652 t2653     TRUE 0.992 -7.000 1.000 NA   NA
 347684 347685 t2653 t2654     TRUE 0.992 -7.000 1.000 NA   NA
 347685 347686 t2654 t2655     FALSE 0.211 136.000 0.000 NA   NA
 347686 347687 t2655 t2656     TRUE 0.806 15.000 0.000 NA   NA
 347688 347689 t2657 t2658     TRUE 0.822 -31.000 0.000 NA   NA
 347689 347690 t2658 t2659     FALSE 0.024 247.000 0.000 NA   NA
 347690 347691 t2659 t2660     FALSE 0.293 91.000 0.000 NA   NA
 347691 347692 t2660 t2661     TRUE 0.995 -3.000 1.000 NA   NA
 347692 347693 t2661 t2662     TRUE 0.983 -3.000 0.333 NA   NA
 347693 347694 t2662 t2663     TRUE 0.891 -7.000 0.000 NA   NA
 347694 347695 t2663 t2664     TRUE 0.806 15.000 0.000 NA   NA
 347695 347696 t2664 t2665     FALSE 0.434 55.000 0.000 NA   NA
 347696 347697 t2665 t2666     TRUE 0.870 10.000 0.000 NA   NA
 347697 347698 t2666 t2667     TRUE 0.792 143.000 1.000 NA   NA
 347699 347700 t2668 t2669 iroB iroC TRUE 0.729 81.000 0.500 1.000 N NA
 347700 347701 t2669 t2670 iroC iroD FALSE 0.164 110.000 0.000 NA N NA
 347701 347702 t2670 t2671 iroD iroE TRUE 0.589 32.000 0.065 NA   NA
 347706 347707 t2675 t2676 virK mig-14 FALSE 0.015 294.000 0.000 NA   NA
 2200685 347708 t2677 t2678   tctE FALSE 0.223 133.000 0.000 NA   NA
 347708 347709 t2678 t2679 tctE tctD TRUE 0.997 -13.000 0.765 0.084 Y NA
 347710 347711 t2680 t2681     TRUE 0.924 -3.000 0.000 NA   NA
 347711 347712 t2681 t2682     TRUE 0.963 15.000 0.426 NA   NA
 347712 347713 t2682 t2683     TRUE 0.905 11.000 0.115 NA   NA
 347713 347714 t2683 t2684     FALSE 0.013 303.000 0.000 NA   NA
 347714 347715 t2684 t2685   ygaF TRUE 0.658 26.000 0.000 NA   NA
 347715 347716 t2685 t2686 ygaF gabD TRUE 0.718 22.000 0.000 1.000   NA
 347716 347717 t2686 t2687 gabD gabT TRUE 0.930 15.000 0.303 1.000 N NA
 347717 2200686 t2687 t2688 gabT gabP FALSE 0.230 130.000 0.000 NA   NA
 2200686 347718 t2688 t2689 gabP ygaE TRUE 0.517 42.000 0.000 NA   NA
 2200687 347719 t2690 t2691 ygaU   FALSE 0.291 100.000 0.000 NA   NA
 347720 347721 t2692 t2693     TRUE 0.812 10.000 0.083 NA N NA
 347721 347722 t2693 t2694     FALSE 0.131 134.000 0.028 NA   NA
 347727 347728 t2700 t2701     TRUE 0.924 -3.000 0.000 NA   NA
 347728 347729 t2701 t2702   nrdH FALSE 0.291 99.000 0.000 NA   NA
 347729 347730 t2702 t2703 nrdH nrdI TRUE 0.606 -3.000 0.026 NA N NA
 347730 347731 t2703 t2704 nrdI nrdE TRUE 0.972 -27.000 0.162 NA Y NA
 347731 347732 t2704 t2705 nrdE nrdF TRUE 0.992 11.000 0.167 0.001 Y NA
 347732 2200689 t2705 t2706 nrdF proV FALSE 0.009 355.000 0.000 NA   NA
 2200689 347733 t2706 t2707 proV proW TRUE 0.891 -7.000 0.000 NA   NA
 347733 347734 t2707 t2708 proW proX TRUE 0.969 70.000 0.695 0.049 Y NA
 347734 347735 t2708 t2709 proX   FALSE 0.339 165.000 0.174 0.049 N NA
 347735 347736 t2709 t2710   emrR FALSE 0.003 497.000 0.000 1.000 N NA
 347736 347737 t2710 t2711 emrR emrA FALSE 0.233 127.000 0.107 1.000 N NA
 347737 347738 t2711 t2712 emrA emrB TRUE 0.980 17.000 0.875 1.000   NA
 347739 347740 t2713 t2714   luxS FALSE 0.010 346.000 0.000 NA   NA
 347740 347741 t2714 t2715 luxS gshA FALSE 0.128 150.000 0.087 1.000 N NA
 347741 347742 t2715 t2716 gshA   FALSE 0.334 77.000 0.071 NA   NA
 347742 347743 t2716 t2717     TRUE 0.922 -3.000 0.067 NA   NA
 347743 400825 t2717 t2719   tRNA-Arg FALSE 0.008 371.000 0.000 NA   NA
 400825 400824 t2719 t2721 tRNA-Arg tRNA-Arg FALSE 0.058 197.000 0.000 NA   NA
 400824 400823 t2721 t2723 tRNA-Arg tRNA-Arg FALSE 0.384 63.000 0.000 NA   NA
 400823 400822 t2723 t2725 tRNA-Arg tRNA-Arg FALSE 0.384 63.000 0.000 NA   NA
 400822 400821 t2725 t2726 tRNA-Arg tRNA-Ser TRUE 0.902 4.000 0.000 NA   NA
 400821 347748 t2726 t2727 tRNA-Ser csrA FALSE 0.013 304.000 0.000 NA   NA
 347748 347749 t2727 t2728 csrA alaS FALSE 0.005 235.000 0.020 1.000 N NA
 347749 347750 t2728 t2729 alaS oraA FALSE 0.039 236.000 0.085 1.000   NA
 347750 347751 t2729 t2730 oraA recA TRUE 0.612 117.000 0.296 1.000   NA
 347751 347752 t2730 t2731 recA ygaD FALSE 0.345 85.000 0.082 NA   NA
 347752 347753 t2731 t2732 ygaD mltB FALSE 0.003 466.000 0.026 NA   NA
 347754 347755 t2733 t2734 srlA srlE TRUE 0.997 -3.000 0.349 0.010 Y NA
 347755 347756 t2734 t2735 srlE srlB TRUE 0.996 12.000 0.533 0.010 Y NA
 347756 347757 t2735 t2736 srlB srlD TRUE 0.934 12.000 0.260 1.000 N NA
 347757 347758 t2736 t2737 srlD srlM TRUE 0.466 77.000 0.197 NA N NA
 347758 347759 t2737 t2738 srlM   FALSE 0.366 67.000 0.000 NA   NA
 347759 347760 t2738 t2739   srlR TRUE 0.738 19.000 0.000 NA   NA
 347760 347761 t2739 t2740 srlR gutQ TRUE 0.983 -7.000 0.562 1.000 N NA
 347763 347764 t2742 t2743     TRUE 0.980 -3.000 0.111 0.045   NA
 347765 347766 t2744 t2745 hypf hydN FALSE 0.030 146.000 0.018 1.000 N NA
 347766 347767 t2745 t2746 hydN   FALSE 0.054 201.000 0.000 NA   NA
 347767 347768 t2746 t2747   hycI FALSE 0.271 57.000 0.022 NA   NA
 347768 347769 t2747 t2748 hycI hycH TRUE 0.977 -7.000 0.360 NA   NA
 347769 347770 t2748 t2749 hycH hycG TRUE 0.943 -3.000 0.094 NA   NA
 347770 347771 t2749 t2750 hycG hycF TRUE 0.982 0.000 0.067 1.000 Y NA
 347771 347772 t2750 t2751 hycF hycE TRUE 0.968 10.000 0.000 1.000 Y NA
 347772 347773 t2751 t2752 hycE hycD TRUE 0.931 18.000 0.000 1.000 Y NA
 347773 347774 t2752 t2753 hycD hycC TRUE 0.994 3.000 0.382 1.000 Y NA
 347774 347775 t2753 t2754 hycC hycB TRUE 0.989 0.000 0.154 1.000 Y NA
 347775 347776 t2754 t2755 hycB hycA TRUE 0.703 146.000 0.667 NA   NA
 347777 347778 t2756 t2757 hypA hypB TRUE 0.872 70.000 0.306 0.002   NA
 347778 347779 t2757 t2758 hypB hypC TRUE 0.969 -9.000 0.000 NA Y NA
 347779 347780 t2758 t2759 hypC hypD TRUE 0.981 0.000 0.000 NA Y NA
 347780 347781 t2759 t2760 hypD hypE TRUE 0.948 39.000 0.353 1.000 Y NA
 347781 347782 t2760 t2761 hypE fhlA FALSE 0.006 219.000 0.019 1.000 N NA
 347784 347785 t2763 t2764 sitA sitB TRUE 0.998 -3.000 0.894 1.000 Y NA
 347785 347786 t2764 t2765 sitB sitC TRUE 0.999 -3.000 0.857 0.078 Y NA
 347786 347787 t2765 t2766 sitC sitD TRUE 0.997 -9.000 0.525 0.005 Y NA
 347787 347788 t2766 t2767 sitD   TRUE 0.825 -28.000 0.000 NA   NA
 347789 347790 t2768 t2769 sprB sprA FALSE 0.066 385.000 0.000 0.021 Y NA
 347790 347791 t2769 t2770 sprA   FALSE 0.010 346.000 0.000 NA   NA
 347791 347792 t2770 t2771   orgA TRUE 0.956 16.000 0.400 NA   NA
 347792 347793 t2771 t2772 orgA orgA TRUE 0.986 -43.000 1.000 NA   NA
 347793 347794 t2772 t2773 orgA prgK TRUE 0.967 -7.000 0.238 1.000   NA
 347794 347795 t2773 t2774 prgK prgJ TRUE 0.980 -3.000 0.286 NA   NA
 347795 347796 t2774 t2775 prgJ prgI TRUE 0.968 19.000 0.667 NA   NA
 347796 347797 t2775 t2776 prgI prgH TRUE 0.956 25.000 0.667 NA   NA
 347798 347799 t2777 t2778   iagA FALSE 0.029 1087.000 0.000 0.053 Y NA
 347799 347800 t2778 t2779 iagA iagB TRUE 0.769 18.000 0.000 1.000   NA
 347801 347802 t2780 t2781 stpA sicP TRUE 0.868 -13.000 0.000 1.000   NA
 347802 347803 t2781 t2782 sicP   FALSE 0.355 69.000 0.000 NA   NA
 347803 347804 t2782 t2783   sipF TRUE 0.503 44.000 0.000 NA   NA
 347804 347805 t2783 t2784 sipF sipA TRUE 0.816 19.000 0.111 NA   NA
 347805 347806 t2784 t2785 sipA sipD TRUE 0.847 19.000 0.143 NA   NA
 347806 347807 t2785 t2786 sipD sipC TRUE 0.849 70.000 0.286 0.006   NA
 347807 347808 t2786 t2787 sipC sipB TRUE 0.905 28.000 0.125 0.006   NA
 347808 347809 t2787 t2788 sipB spaT TRUE 0.983 3.000 0.375 1.000   NA
 347809 347810 t2788 t2789 spaT spaS TRUE 0.625 138.000 0.409 1.000   NA
 347810 347811 t2789 t2790 spaS spaR TRUE 0.997 -13.000 0.682 0.079 Y NA
 347811 347812 t2790 t2791 spaR spaQ TRUE 0.999 4.000 1.000 0.079 Y NA
 347812 347813 t2791 t2792 spaQ spaP TRUE 0.993 26.000 0.833 0.009 Y NA
 347813 347814 t2792 t2793 spaP spaO TRUE 0.995 -10.000 0.625 1.000 Y NA
 347814 347815 t2793 t2794 spaO spaN TRUE 0.969 0.000 0.188 NA   NA
 347815 347816 t2794 t2795 spaN spaM TRUE 0.991 0.000 0.571 NA   NA
 347816 347817 t2795 t2796 spaM spaI TRUE 0.956 -22.000 0.300 NA   NA
 347817 347818 t2796 t2797 spaI spak TRUE 0.972 -3.000 0.200 1.000   NA
 347818 347819 t2797 t2798 spak invA TRUE 0.957 24.000 0.300 0.009   NA
 347819 347820 t2798 t2799 invA invE TRUE 0.906 25.000 0.320 1.000   NA
 347820 347821 t2799 t2800 invE invG TRUE 0.985 -3.000 0.360 1.000   NA
 347821 347822 t2800 t2801 invG invF TRUE 0.981 -3.000 0.385 1.000 N NA
 347823 2200690 t2802 t2803 invH   FALSE 0.007 395.000 0.000 NA   NA
 2200690 347824 t2803 t2804     FALSE 0.020 265.000 0.000 NA   NA
 347824 347825 t2804 t2805     TRUE 0.989 -3.000 0.483 1.000   NA
 347827 347828 t2808 t2809     TRUE 0.879 9.000 0.000 NA   NA
 347830 347831 t2811 t2812     TRUE 0.840 84.000 0.714 NA   NA
 347833 347834 t2814 t2815     TRUE 0.990 -3.000 0.186 1.000 Y NA
 347834 347835 t2815 t2816   hyi TRUE 0.842 40.000 0.071 1.000 Y NA
 347835 347836 t2816 t2817 hyi   TRUE 0.990 5.000 0.265 1.000 Y NA
 347836 2200692 t2817 t2818     FALSE 0.290 108.000 0.000 NA   NA
 2200692 2200693 t2818 t2819   ygbJ TRUE 0.873 -10.000 0.000 NA   NA
 347839 347840 t2822 t2823     TRUE 0.992 0.000 0.250 NA Y NA
 347840 347841 t2823 t2824     TRUE 0.975 11.000 0.444 NA   NA
 347842 347843 t2825 t2826 rpoS nlpD FALSE 0.452 63.000 0.142 1.000 N NA
 347843 347844 t2826 t2827 nlpD pcm FALSE 0.021 176.000 0.030 1.000 N NA
 347844 347845 t2827 t2828 pcm surE TRUE 0.980 -6.000 0.353 1.000   NA
 347845 347846 t2828 t2829 surE   TRUE 0.949 -19.000 0.235 1.000   NA
 347846 347847 t2829 t2830   ygbB TRUE 0.969 -3.000 0.173 1.000   NA
 347847 347848 t2830 t2831 ygbB ygbP TRUE 0.995 0.000 0.419 1.000 Y NA
 347848 347849 t2831 t2832 ygbP   TRUE 0.836 19.000 0.185 1.000 N NA
 347849 347850 t2832 t2833   ygbE FALSE 0.038 191.000 0.028 NA   NA
 347850 347851 t2833 t2834 ygbE cysC TRUE 0.892 18.000 0.198 NA   NA
 347851 347852 t2834 t2835 cysC cysN TRUE 0.989 -13.000 0.340 1.000 Y NA
 347852 347853 t2835 t2836 cysN cysD TRUE 0.993 10.000 0.574 0.001 N NA
 347855 347856 t2838 t2839 ygbF   TRUE 0.988 3.000 0.509 NA   NA
 347856 347857 t2839 t2840     TRUE 0.991 0.000 0.589 NA   NA
 347857 347858 t2840 t2841     TRUE 0.980 0.000 0.282 NA   NA
 347858 347859 t2841 t2842     TRUE 0.988 10.000 0.780 NA   NA
 347859 347860 t2842 t2843     TRUE 0.927 17.000 0.276 NA   NA
 347860 347861 t2843 t2844     TRUE 0.942 17.000 0.336 NA   NA
 347862 347863 t2845 t2846   sopD FALSE 0.004 874.000 0.000 NA   NA
 347864 347865 t2847 t2848 cysH cysI FALSE 0.345 76.000 0.116 1.000 N NA
 347865 347866 t2848 t2849 cysI cysJ TRUE 0.999 0.000 0.791 0.000 Y NA
 347868 347869 t2851 t2852     FALSE 0.006 484.000 0.000 1.000   NA
 347869 347870 t2852 t2853   eno FALSE 0.030 136.000 0.010 1.000 N NA
 347870 347871 t2853 t2854 eno pyrG FALSE 0.202 83.000 0.068 1.000 N NA
 347871 347872 t2854 t2855 pyrG   FALSE 0.020 228.000 0.025 1.000   NA
 2200694 347873 t2856 t2857 steA steB FALSE 0.315 81.000 0.000 NA   NA
 347873 347874 t2857 t2858 steB steC TRUE 0.955 13.000 0.000 1.000 Y NA
 347874 347875 t2858 t2859 steC steD TRUE 0.921 20.000 0.000 1.000 Y NA
 347875 347876 t2859 t2860 steD steE TRUE 0.978 15.000 0.000 0.007 Y NA
 347876 347877 t2860 t2861 steE steF TRUE 0.992 -3.000 0.000 0.007 Y NA
 347877 347878 t2861 t2862 steF   FALSE 0.404 59.000 0.000 NA   NA
 347878 347879 t2862 t2863     FALSE 0.004 595.000 0.000 NA   NA
 347880 347881 t2864 t2865   relA TRUE 0.666 85.000 0.000 1.000 Y NA
 347881 347882 t2865 t2866 relA ygcA FALSE 0.372 52.000 0.082 1.000 N NA
 347884 347885 t2868 t2869   ygcX FALSE 0.107 78.000 0.037 1.000 N NA
 347885 347886 t2869 t2870 ygcX ygcY TRUE 0.972 21.000 0.000 0.000 Y NA
 347886 347887 t2870 t2871 ygcY ygcZ TRUE 0.872 -3.000 0.000 1.000 N NA
 347887 347888 t2871 t2872 ygcZ   FALSE 0.003 481.000 0.000 1.000 N NA
 347888 347889 t2872 t2873   yqcB TRUE 0.853 19.000 0.209 1.000 N NA
 347889 347890 t2873 t2874 yqcB yqcC TRUE 0.990 0.000 0.518 NA   NA
 347890 2200695 t2874 t4644 yqcC csrB TRUE 0.551 38.000 0.000 NA   NA
 2200695 347891 t4644 t2875 csrB syd FALSE 0.041 217.000 0.000 NA   NA
 347892 347893 t2876 t2877   ygdH FALSE 0.296 114.000 0.079 NA   NA
 347893 347894 t2877 t2878 ygdH sdaC FALSE 0.004 565.000 0.000 NA   NA
 347894 347895 t2878 t2879 sdaC sdaB TRUE 0.878 59.000 0.238 1.000 Y NA
 347895 347896 t2879 t2880 sdaB exo FALSE 0.110 111.000 0.044 1.000 N NA
 347897 347898 t2881 t2882 fucO fucA TRUE 0.634 17.000 0.066 1.000 N NA
 347899 347900 t2883 t2884 fucP fucI TRUE 0.897 32.000 0.104 1.000 Y NA
 347900 347901 t2884 t2885 fucI fucK TRUE 0.718 146.000 0.269 1.000 Y NA
 347901 347902 t2885 t2886 fucK fucU TRUE 0.990 2.000 0.211 1.000 Y NA
 347902 347903 t2886 t2887 fucU fucR TRUE 0.903 58.000 0.308 1.000 Y NA
 347904 347905 t2888 t2889 ygdE ygdD TRUE 0.942 -7.000 0.144 NA   NA
 347905 347906 t2889 t2890 ygdD gcvA TRUE 0.769 19.000 0.081 NA   NA
 347906 347907 t2890 t2891 gcvA   FALSE 0.009 347.000 0.000 NA   NA
 347908 347909 t2892 t2893     TRUE 0.988 0.000 0.122 0.001   NA
 347909 347910 t2893 t2894     FALSE 0.021 273.000 0.000 1.000   NA
 347911 347912 t2895 t2896   mltA FALSE 0.185 109.000 0.000 1.000 N NA
 400787 400788 t2897 t2898 tRNA-Met tRNA-Met TRUE 0.621 30.000 0.000 NA   NA
 347915 347916 t2901 t2902 recD recB TRUE 0.999 -3.000 0.688 0.001 Y NA
 347916 347917 t2902 t2903 recB ptr TRUE 0.873 -7.000 0.092 1.000 N NA
 347917 347918 t2903 t2904 ptr recC FALSE 0.077 178.000 0.092 1.000 N NA
 347918 347919 t2904 t2905 recC ppdC TRUE 0.675 16.000 0.076 NA N NA
 347919 347920 t2905 t2906 ppdC ygdB TRUE 0.980 -15.000 0.538 NA   NA
 347920 347921 t2906 t2907 ygdB ppdB TRUE 0.985 -3.000 0.373 NA   NA
 347921 347922 t2907 t2908 ppdB ppdA TRUE 0.991 -9.000 0.368 NA Y NA
 347922 347923 t2908 t2909 ppdA tnpA FALSE 0.012 246.000 0.000 NA N NA
 347923 347924 t2909 t2910 tnpA thyA FALSE 0.038 192.000 0.000 1.000 N NA
 347924 347925 t2910 t2911 thyA lgt TRUE 0.924 7.000 0.164 1.000 N NA
 347925 347926 t2911 t2912 lgt ptsP FALSE 0.025 213.000 0.000 1.000 N NA
 347926 347927 t2912 t2913 ptsP   TRUE 0.728 13.000 0.000 1.000 N NA
 347928 347929 t2914 t2915 mutH   FALSE 0.034 182.000 0.052 1.000 N NA
 347929 347930 t2915 t2916     FALSE 0.425 171.000 0.429 NA   NA
 347930 347931 t2916 t2917     FALSE 0.046 191.000 0.043 NA   NA
 347932 347933 t2918 t2919 ygeD aas TRUE 0.935 -7.000 0.124 NA   NA
 347933 347934 t2919 t2920 aas tnpA FALSE 0.032 200.000 0.000 1.000 N NA
 347935 347936 t2921 t2922 galR   TRUE 0.990 11.000 0.200 0.044 Y NA
 347939 347940 t2925 t2926 ygeA araE FALSE 0.043 113.000 0.011 1.000 N NA
 347940 347941 t2926 t2927 araE kduD FALSE 0.005 354.000 0.000 1.000 N NA
 347941 347942 t2927 t2928 kduD kduI TRUE 0.683 55.000 0.269 1.000 N NA
 347942 347943 t2928 t2929 kduI yqeF FALSE 0.003 430.000 0.000 1.000 N NA
 347943 347944 t2929 t2930 yqeF   FALSE 0.108 123.000 0.050 1.000 N NA
 347945 347946 t2931 t2932     FALSE 0.290 142.000 0.119 NA   NA
 347948 347949 t2935 t2936     TRUE 0.979 -13.000 0.500 NA   NA
 347949 347950 t2936 t2937     TRUE 0.631 145.000 0.500 NA   NA
 347950 347951 t2937 t2938   stdC TRUE 0.990 -3.000 0.500 1.000   NA
 347951 347952 t2938 t2939 stdC stdB TRUE 0.833 41.000 0.000 1.000 Y NA
 347952 347953 t2939 t2940 stdB stdA TRUE 0.604 120.000 0.000 1.000 Y NA
 347953 347954 t2940 t2941 stdA   FALSE 0.004 719.000 0.000 NA   NA
 347954 347955 t2941 t2942     TRUE 0.485 47.000 0.000 NA   NA
 347955 347956 t2942 t2943     FALSE 0.004 807.000 0.000 NA   NA
 347956 347957 t2943 t2944     TRUE 0.993 0.000 0.727 NA   NA
 347958 347959 t2945 t2946     FALSE 0.017 281.000 0.000 NA   NA
 347960 347961 t2947 t2948     TRUE 0.573 35.000 0.000 NA   NA
 347961 347962 t2948 t2949     TRUE 0.759 102.000 0.500 NA   NA
 347962 347963 t2949 t2950     FALSE 0.235 128.000 0.000 NA   NA
 347963 347964 t2950 t2951     TRUE 0.978 4.000 0.333 NA   NA
 347964 347965 t2951 t2952     TRUE 0.472 49.000 0.000 NA   NA
 347965 347966 t2952 t2953     FALSE 0.004 561.000 0.000 NA   NA
 347966 400820 t2953 t2955   tRNA-Gly FALSE 0.015 291.000 0.000 NA   NA
 400820 347968 t2955 t2956 tRNA-Gly   FALSE 0.318 80.000 0.000 NA   NA
 347970 347971 t2958 t2959 lysS prfB TRUE 0.990 10.000 0.162 0.040 Y NA
 347971 347972 t2959 t2960 prfB recJ FALSE 0.074 105.000 0.028 1.000 N NA
 347972 347973 t2960 t2961 recJ dsbC TRUE 0.852 6.000 0.082 1.000 N NA
 347973 347974 t2961 t2962 dsbC xerD TRUE 0.588 24.000 0.079 1.000 N NA
 347976 347977 t2964 t2965     TRUE 0.551 35.000 0.061 NA   NA
 347979 347980 t2967 t2968     FALSE 0.175 164.000 0.113 NA   NA
 347982 347983 t2970 t2971   gcvP FALSE 0.005 510.000 0.000 NA   NA
 347983 347984 t2971 t2972 gcvP gcvH TRUE 0.601 163.000 0.249 1.000 Y NA
 347984 347985 t2972 t2973 gcvH gcvT TRUE 0.988 23.000 0.317 0.001 Y NA
 347985 347986 t2973 t2974 gcvT   FALSE 0.001 455.000 0.004 1.000 N NA
 347986 347987 t2974 t2975   visB TRUE 0.942 129.000 0.474 0.001 Y NA
 347987 347988 t2975 t2976 visB pepP TRUE 0.872 -3.000 0.000 1.000 N NA
 347988 347989 t2976 t2977 pepP   TRUE 0.658 26.000 0.000 NA   NA
 347990 2200697 t2978 t4645   ssrS TRUE 0.517 42.000 0.000 NA   NA
 2200697 347991 t4645 t2979 ssrS   FALSE 0.350 70.000 0.000 NA   NA
 347992 347993 t2980 t2981 serA rpiA FALSE 0.004 266.000 0.029 1.000 N NA
 347995 347996 t2983 t2984     FALSE 0.308 94.000 0.075 NA   NA
 347996 347997 t2984 t2985     FALSE 0.045 201.000 0.049 1.000   NA
 347997 347998 t2985 t2986   tnpA FALSE 0.009 290.000 0.000 1.000 N NA
 347998 347999 t2986 t2987 tnpA fba FALSE 0.040 190.000 0.000 1.000 N NA
 347999 348000 t2987 t2988 fba pgk TRUE 0.812 102.000 0.056 0.004 Y NA
 348000 348001 t2988 t2989 pgk epd TRUE 0.964 22.000 0.070 0.004 Y NA
 348002 348003 t2990 t2991     TRUE 0.739 26.000 0.103 NA   NA
 348003 348004 t2991 t2992     TRUE 0.930 34.000 0.605 NA   NA
 348004 348005 t2992 t2993     TRUE 0.966 -18.000 0.093 1.000 Y NA
 348005 348006 t2993 t2994     TRUE 0.995 -6.000 0.214 0.013 Y NA
 348007 348008 t2995 t2996 tnpA tktA FALSE 0.042 189.000 0.000 1.000 N NA
 348010 348011 t2998 t2999 speB speA FALSE 0.122 228.000 0.055 1.000 Y NA
 348011 348012 t2999 t3000 speA   TRUE 0.762 9.000 0.009 NA   NA
 348013 348014 t3001 t3002   metK FALSE 0.079 149.000 0.004 NA   NA
 348014 348015 t3002 t3003 metK galP FALSE 0.003 493.000 0.000 1.000 N NA
 348015 348016 t3003 t3004 galP   FALSE 0.259 79.000 0.042 1.000   NA
 348016 348017 t3004 t3005   endA TRUE 0.554 96.000 0.210 1.000   NA
 348017 348018 t3005 t3006 endA   TRUE 0.572 77.000 0.201 NA   NA
 348018 348019 t3006 t3007   gshB TRUE 0.863 20.000 0.173 NA   NA
 348019 348020 t3007 t3008 gshB   FALSE 0.042 216.000 0.120 NA N NA
 348020 348021 t3008 t3009     TRUE 0.969 0.000 0.263 NA N NA
 348022 348023 t3010 t3011 kdgR pilT FALSE 0.144 130.000 0.000 1.000 N NA
 348024 348025 t3012 t3013     TRUE 0.881 19.000 0.189 NA   NA
 348025 348026 t3013 t3014     TRUE 0.934 -3.000 0.081 NA   NA
 348026 348027 t3014 t3015     TRUE 0.779 8.000 0.016 NA   NA
 348027 348028 t3015 t3016     TRUE 0.948 -7.000 0.218 1.000 N NA
 348029 348030 t3017 t3018   ansB FALSE 0.120 133.000 0.018 NA   NA
 348032 348033 t3020 t3021     TRUE 0.652 50.000 0.155 NA   NA
 348033 348034 t3021 t3022     TRUE 0.942 0.000 0.092 NA   NA
 348035 348036 t3023 t3024 mutY   TRUE 0.698 28.000 0.150 NA N NA
 348036 348037 t3024 t3025   mltC FALSE 0.295 113.000 0.128 NA N NA
 348037 348038 t3025 t3026 mltC nupG FALSE 0.034 217.000 0.056 NA   NA
 348039 400789 t3028 t3029 yqgA tRNA-Phe FALSE 0.292 106.000 0.000 NA   NA
 400789 2200699 t3029 t3030 tRNA-Phe   FALSE 0.126 161.000 0.000 NA   NA
 2200699 2200700 t3030 t3031     TRUE 0.559 37.000 0.000 NA   NA
 2200700 348040 t3031 t3032     FALSE 0.034 228.000 0.000 NA   NA
 348040 348041 t3032 t3033     FALSE 0.046 209.000 0.000 NA   NA
 348041 348042 t3033 t3034     TRUE 0.873 -10.000 0.000 NA   NA
 348042 2200701 t3034 t3035     FALSE 0.043 214.000 0.000 NA   NA
 2200701 348043 t3035 t3036     TRUE 0.924 -3.000 0.000 NA   NA
 348043 2200702 t3036 t3037     FALSE 0.378 64.000 0.000 NA   NA
 2200702 348044 t3037 t3038     TRUE 0.753 18.000 0.000 NA   NA
 348044 348045 t3038 t3039     FALSE 0.007 403.000 0.000 NA   NA
 348045 348046 t3039 t3040     FALSE 0.022 259.000 0.000 NA   NA
 348046 348047 t3040 t3041     FALSE 0.058 197.000 0.000 NA   NA
 348047 348048 t3041 t3042     TRUE 0.914 2.000 0.000 NA   NA
 348053 348054 t3047 t3048     TRUE 0.988 11.000 0.864 NA   NA
 348054 348055 t3048 t3049     FALSE 0.055 209.000 0.083 NA   NA
 348055 348056 t3049 t3050   ordL FALSE 0.369 122.000 0.125 NA   NA
 348058 348059 t3052 t3053     FALSE 0.004 726.000 0.000 NA   NA
 348059 348060 t3053 t3054     TRUE 0.829 39.000 0.000 0.003   NA
 348060 348061 t3054 t3055   exuT FALSE 0.005 599.000 0.000 1.000   NA
 348062 348063 t3056 t3057 uxuA uxuB TRUE 0.639 111.000 0.070 1.000 Y NA
 348063 348064 t3057 t3058 uxuB uxaC TRUE 0.993 12.000 0.647 1.000 Y NA
 348065 348066 t3059 t3060   gsp FALSE 0.004 670.000 0.000 1.000   NA
 348068 348069 t3062 t3063     TRUE 0.990 -3.000 0.182 NA Y NA
 348069 348070 t3063 t3064   hybG FALSE 0.266 76.000 0.091 NA N NA
 348070 348071 t3064 t3065 hybG hybF TRUE 0.950 28.000 0.667 NA   NA
 348071 348072 t3065 t3066 hybF hybE TRUE 0.870 -7.000 0.055 NA   NA
 348072 348073 t3066 t3067 hybE hybD TRUE 0.971 -7.000 0.291 NA   NA
 348073 348074 t3067 t3068 hybD hybC TRUE 0.998 0.000 0.828 1.000 Y NA
 348074 348075 t3068 t3069 hybC hybB TRUE 0.981 -3.000 0.000 NA Y NA
 348075 348076 t3069 t3070 hybB hybA TRUE 0.967 -10.000 0.000 NA Y NA
 348076 348077 t3070 t3071 hybA hyb0 TRUE 0.998 3.000 0.615 0.014 Y NA
 348077 348078 t3071 t3072 hyb0   FALSE 0.077 190.000 0.077 NA   NA
 348078 2200703 t3072 t3073     FALSE 0.308 85.000 0.000 NA   NA
 2200703 348079 t3073 t3074     FALSE 0.013 307.000 0.000 NA   NA
 348080 348081 t3075 t3076     TRUE 0.981 17.000 1.000 NA   NA
 348081 348082 t3076 t3077     FALSE 0.267 124.000 0.078 NA   NA
 348083 348084 t3078 t3079 exbD exbB TRUE 0.998 7.000 0.810 0.058 Y NA
 348084 348085 t3079 t3080 exbB   TRUE 0.857 -7.000 0.048 NA   NA
 348086 348087 t3081 t3082 metC yghB FALSE 0.425 140.000 0.212 NA   NA
 348089 2200704 t3084 t3085     FALSE 0.292 106.000 0.000 NA   NA
 2200704 348090 t3085 t3086     FALSE 0.058 197.000 0.000 NA   NA
 348090 348091 t3086 t3087     FALSE 0.357 45.000 0.000 1.000 N NA
 348092 348093 t3088 t3089     FALSE 0.218 134.000 0.000 NA   NA
 348093 348094 t3089 t3090     FALSE 0.372 65.000 0.000 NA   NA
 348094 348095 t3090 t3091     TRUE 0.785 16.000 0.000 NA   NA
 348095 348096 t3091 t3092     FALSE 0.004 622.000 0.000 NA   NA
 348096 348097 t3092 t3093   sufI FALSE 0.027 240.000 0.000 NA   NA
 348097 348098 t3093 t3094 sufI plsC FALSE 0.423 74.000 0.154 1.000 N NA
 348098 348099 t3094 t3095 plsC parC FALSE 0.007 257.000 0.043 1.000 N NA
 348099 348100 t3095 t3096 parC   TRUE 0.540 111.000 0.005 1.000 Y NA
 348100 348101 t3096 t3097     FALSE 0.293 72.000 0.053 NA   NA
 348102 348103 t3098 t3099     TRUE 0.996 -3.000 0.526 1.000 Y NA
 348103 2200705 t3099 t3100     FALSE 0.292 107.000 0.000 NA   NA
 2200705 348104 t3100 t3101     TRUE 0.603 32.000 0.000 NA   NA
 348105 348106 t3102 t3103 parE   TRUE 0.843 28.000 0.217 NA   NA
 348106 348107 t3103 t3104   icc TRUE 0.987 0.000 0.427 NA   NA
 348107 348108 t3104 t3105 icc   TRUE 0.929 25.000 0.433 NA   NA
 348108 348109 t3105 t3106     TRUE 0.988 -3.000 0.443 NA   NA
 348110 348111 t3107 t3108 tolC   FALSE 0.247 213.000 0.480 NA   NA
 348111 348112 t3108 t3109     TRUE 0.988 6.000 0.632 NA   NA
 348114 348115 t3111 t3112   assT FALSE 0.004 643.000 0.000 1.000   NA
 348115 348116 t3112 t3113 assT dsbA TRUE 0.954 20.000 0.500 1.000   NA
 348116 348117 t3113 t3114 dsbA dsbB TRUE 0.983 15.000 0.375 0.005   NA
 348121 348122 t3118 t3119     TRUE 0.966 19.000 0.641 NA   NA
 348123 348124 t3120 t3121 rfaE glnE FALSE 0.397 48.000 0.083 1.000 N NA
 348124 348125 t3121 t3122 glnE   FALSE 0.237 118.000 0.053 1.000   NA
 348126 348127 t3123 t3124   cca FALSE 0.354 63.000 0.106 NA N NA
 348128 348129 t3125 t3126 bacA folB FALSE 0.332 98.000 0.128 1.000 N NA
 348132 348133 t3129 t3130 rpsU dnaG FALSE 0.016 236.000 0.067 1.000 N NA
 348133 348134 t3130 t3131 dnaG rpoD TRUE 0.929 15.000 0.299 1.000 N NA
 348138 348139 t3136 t3137 cheM air FALSE 0.077 388.000 0.000 0.004 Y NA
 348140 2200706 t3138 t3139     FALSE 0.103 171.000 0.000 NA   NA
 348142 348143 t3141 t3142   ygjQ FALSE 0.082 152.000 0.019 NA   NA
 348143 348144 t3142 t3143 ygjQ   FALSE 0.288 52.000 0.019 NA   NA
 348144 348145 t3143 t3144     FALSE 0.021 268.000 0.000 1.000   NA
 348145 348146 t3144 t3145     FALSE 0.013 255.000 0.000 1.000 N NA
 348146 348147 t3145 t3146     FALSE 0.006 450.000 0.000 NA   NA
 348147 348148 t3146 t3147     TRUE 0.987 4.000 0.529 NA   NA
 348148 348149 t3147 t3148     TRUE 0.719 145.000 0.684 NA   NA
 348149 348150 t3148 t3149     TRUE 0.912 42.000 0.609 NA   NA
 348150 348151 t3149 t3150     TRUE 0.963 3.000 0.185 NA   NA
 348151 348152 t3150 t3151     TRUE 0.969 -3.000 0.185 NA   NA
 348152 348153 t3151 t3152     FALSE 0.272 155.000 0.161 NA   NA
 348153 348154 t3152 t3153     FALSE 0.360 68.000 0.000 NA   NA
 348154 348155 t3153 t3154     FALSE 0.261 124.000 0.000 1.000   NA
 348157 348158 t3156 t3157     TRUE 0.475 24.000 0.005 NA   NA
 348159 2200707 t3158 t3159     TRUE 0.658 26.000 0.000 NA   NA
 2200707 348160 t3159 t3160   tdcG FALSE 0.008 378.000 0.000 NA   NA
 348160 348161 t3160 t3161 tdcG tdcE FALSE 0.232 70.000 0.000 1.000 N NA
 348161 348162 t3161 t3162 tdcE tdcD TRUE 0.944 34.000 0.286 1.000 Y NA
 348162 2200708 t3162 t3163 tdcD tdcC FALSE 0.366 67.000 0.000 NA   NA
 2200708 348163 t3163 t3164 tdcC tdcB TRUE 0.711 21.000 0.000 NA   NA
 348163 348164 t3164 t3165 tdcB tdcA FALSE 0.065 98.000 0.023 1.000 N NA
 348164 2200709 t3165 t4646 tdcA rnpB FALSE 0.003 1044.000 0.000 NA   NA
 2200709 348165 t4646 t3166 rnpB   TRUE 0.807 -191.000 0.000 NA   NA
 348165 348166 t3166 t3167     TRUE 0.924 -3.000 0.000 NA   NA
 348166 348167 t3167 t3168   garR FALSE 0.369 98.000 0.152 1.000 N NA
 348167 348168 t3168 t3169 garR garL TRUE 0.903 26.000 0.424 1.000 N NA
 348170 348171 t3171 t3172     TRUE 0.976 11.000 0.150 NA Y NA
 348172 348173 t3173 t3174 gatY   TRUE 0.963 11.000 0.000 1.000 Y NA
 348173 348174 t3174 t3175     TRUE 0.947 27.000 0.217 1.000 Y NA
 348174 348175 t3175 t3176     TRUE 0.986 -13.000 0.087 0.008 Y NA
 348175 2200710 t3176 t3177     FALSE 0.057 198.000 0.000 NA   NA
 2200710 348176 t3177 t3178   gatA TRUE 0.806 15.000 0.000 NA   NA
 348176 348177 t3178 t3179 gatA gatB TRUE 0.992 31.000 0.800 0.008 Y NA
 348177 348178 t3179 t3180 gatB gatC TRUE 0.995 4.000 0.214 0.012 Y NA
 348178 348179 t3180 t3181 gatC gatD FALSE 0.362 44.000 0.000 1.000 N NA
 348179 348180 t3181 t3182 gatD gatR FALSE 0.180 111.000 0.000 1.000 N NA
 348182 348183 t3184 t3185   yraN TRUE 0.913 -42.000 0.172 NA   NA
 348183 348184 t3185 t3186 yraN   TRUE 0.812 22.000 0.187 1.000 N NA
 348184 348185 t3186 t3187     TRUE 0.985 10.000 0.613 NA   NA
 348190 348191 t3192 t3193     TRUE 0.976 -6.000 0.295 1.000   NA
 348192 348193 t3194 t3195   yhbV TRUE 0.999 9.000 0.948 0.003 Y NA
 348193 348194 t3195 t3196 yhbV   FALSE 0.022 178.000 0.041 NA N NA
 348195 348196 t3197 t3198     FALSE 0.020 154.000 0.009 1.000 N NA
 348196 348197 t3198 t3199     FALSE 0.078 179.000 0.053 1.000   NA
 348197 348198 t3199 t3200   pnp FALSE 0.311 110.000 0.071 1.000   NA
 348198 348199 t3200 t3201 pnp rpsO FALSE 0.284 242.000 0.335 1.000 Y NA
 348199 348200 t3201 t3202 rpsO truB TRUE 0.638 151.000 0.211 1.000 Y NA
 348200 348201 t3202 t3203 truB rbfA TRUE 0.994 0.000 0.318 1.000 Y NA
 348201 348202 t3203 t3204 rbfA infB TRUE 0.475 221.000 0.530 1.000 Y NA
 348202 348203 t3204 t3205 infB nusA TRUE 0.883 25.000 0.342 1.000 N NA
 348203 348204 t3205 t3206 nusA   TRUE 0.956 28.000 0.759 NA   NA
 348204 400819 t3206 t3207   tRNA-Met FALSE 0.048 208.000 0.000 NA   NA
 400818 348206 t3209 t3210 tRNA-Leu secG TRUE 0.818 14.000 0.000 NA   NA
 348206 348207 t3210 t3211 secG   FALSE 0.005 223.000 0.016 1.000 N NA
 348207 348208 t3211 t3212   folP TRUE 0.957 -7.000 0.260 1.000 N NA
 348208 348209 t3212 t3213 folP ftsH TRUE 0.590 105.000 0.325 1.000 N NA
 348209 348210 t3213 t3214 ftsH ftsJ FALSE 0.372 104.000 0.152 1.000 N NA
 348214 348215 t3218 t3219     TRUE 0.661 16.000 0.015 1.000   NA
 348215 348216 t3219 t3220   rpmA FALSE 0.143 130.000 0.019 1.000   NA
 348216 348217 t3220 t3221 rpmA rplU TRUE 0.994 20.000 0.667 0.011 Y NA
 348218 348219 t3222 t3223 ispB nlp FALSE 0.018 233.000 0.000 1.000 N NA
 348220 348221 t3224 t3225 murA   TRUE 0.665 54.000 0.258 NA N NA
 348221 348222 t3225 t3226     TRUE 0.576 149.000 0.453 NA   NA
 348222 348223 t3226 t3227     TRUE 0.981 0.000 0.308 NA   NA
 348223 348224 t3227 t3228     TRUE 0.881 19.000 0.188 NA   NA
 348224 348225 t3228 t3229     TRUE 0.987 5.000 0.562 NA   NA
 348225 348226 t3229 t3230     TRUE 0.994 8.000 0.530 NA Y NA
 348227 348228 t3231 t3232     TRUE 0.913 14.000 0.226 1.000 N NA
 348228 348229 t3232 t3233     TRUE 0.960 21.000 0.598 1.000   NA
 348229 348230 t3233 t3234     TRUE 0.992 -3.000 0.617 NA   NA
 348230 348231 t3234 t3235     TRUE 0.983 5.000 0.459 NA   NA
 348231 348232 t3235 t3236     TRUE 0.985 7.000 0.543 NA   NA
 348232 348233 t3236 t3237   rpoN TRUE 0.685 48.000 0.163 1.000   NA
 348233 348234 t3237 t3238 rpoN   TRUE 0.957 23.000 0.820 NA N NA
 348234 348235 t3238 t3239   ptsN TRUE 0.759 118.000 0.728 NA N NA
 348235 348236 t3239 t3240 ptsN   TRUE 0.714 46.000 0.186 NA   NA
 348236 348237 t3240 t3241   ptsO TRUE 0.968 -3.000 0.182 NA   NA
 348237 348238 t3241 t3242 ptsO   FALSE 0.025 245.000 0.000 NA   NA
 348239 348240 t3243 t3244 mtgA   TRUE 0.921 -3.000 0.066 NA   NA
 348240 348241 t3244 t3245   arcB FALSE 0.017 227.000 0.000 NA N NA
 348241 348242 t3245 t3246 arcB   FALSE 0.412 93.000 0.113 1.000   NA
 348243 348244 t3247 t3248 gltB gltD TRUE 0.991 10.000 0.096 0.000 Y NA
 348244 348245 t3248 t3249 gltD   FALSE 0.048 208.000 0.000 NA   NA
 348245 348246 t3249 t3250   codB FALSE 0.263 117.000 0.000 NA   NA
 348246 348247 t3250 t3251 codB codA TRUE 0.985 -13.000 0.250 1.000 Y NA
 348248 348249 t3252 t3253     TRUE 0.991 -3.000 0.222 NA Y NA
 348249 2200711 t3253 t3254     TRUE 0.924 -3.000 0.000 NA   NA
 2200711 348250 t3254 t3255   nanT TRUE 0.485 47.000 0.000 NA   NA
 348250 348251 t3255 t3256 nanT nanA TRUE 0.550 116.000 0.318 1.000 N NA
 348251 348252 t3256 t3257 nanA   FALSE 0.183 135.000 0.091 1.000 N NA
 348252 348253 t3257 t3258   sspB FALSE 0.151 109.000 0.009 NA   NA
 348253 348254 t3258 t3259 sspB sspA TRUE 0.991 6.000 0.831 NA   NA
 348254 348255 t3259 t3260 sspA rpsI FALSE 0.002 315.000 0.014 1.000 N NA
 348255 348256 t3260 t3261 rpsI rplM TRUE 0.995 16.000 0.601 0.011 Y NA
 348256 348257 t3261 t3262 rplM   FALSE 0.006 301.000 0.003 NA   NA
 348258 348259 t3263 t3264   degQ FALSE 0.250 157.000 0.154 NA   NA
 348259 348260 t3264 t3265 degQ degS TRUE 0.923 93.000 0.262 0.002 Y NA
 348261 348262 t3266 t3267 oadB oadA TRUE 0.998 13.000 0.886 0.001 Y NA
 348262 348263 t3267 t3268 oadA oadG TRUE 0.997 16.000 0.720 0.001 Y NA
 348263 348264 t3268 t3269 oadG ttdB FALSE 0.345 156.000 0.025 1.000 Y NA
 348264 348265 t3269 t3270 ttdB ttdA TRUE 0.997 0.000 0.667 1.000 Y NA
 348265 348266 t3270 t3271 ttdA   FALSE 0.391 33.000 0.057 1.000 N NA
 348266 348267 t3271 t3272     TRUE 0.529 127.000 0.333 1.000 N NA
 348267 348268 t3272 t3273     TRUE 0.976 47.000 0.429 0.003 Y NA
 348268 348269 t3273 t3274   mdh FALSE 0.051 120.000 0.020 1.000 N NA
 348270 348271 t3275 t3276 argR   FALSE 0.008 365.000 0.000 NA   NA
 348271 348272 t3276 t3277     TRUE 0.805 104.000 0.625 NA   NA
 348273 348274 t3278 t3279   yhcP FALSE 0.057 172.000 0.027 NA   NA
 348274 348275 t3279 t3280 yhcP yhcQ TRUE 0.890 6.000 0.000 NA   NA
 348275 348276 t3280 t3281 yhcQ   TRUE 0.883 8.000 0.000 NA   NA
 348278 348279 t3283 t3284 tldD   FALSE 0.147 145.000 0.050 NA   NA
 348279 348280 t3284 t3285   rnG TRUE 0.622 111.000 0.296 NA   NA
 348280 348281 t3285 t3286 rnG yhdE TRUE 0.969 -10.000 0.417 NA N NA
 348281 348282 t3286 t3287 yhdE mreD TRUE 0.932 9.000 0.206 NA N NA
 348282 348283 t3287 t3288 mreD mreC TRUE 0.999 0.000 0.550 0.002 Y NA
 348283 348284 t3288 t3289 mreC mreB TRUE 0.841 65.000 0.689 1.000 N NA
 348284 348285 t3289 t3290 mreB yhdA FALSE 0.007 308.000 0.000 1.000 N NA
 348286 348287 t3291 t3292 yhdH   FALSE 0.266 113.000 0.059 1.000   NA
 348287 348288 t3292 t3293     TRUE 0.996 1.000 0.790 0.042   NA
 348288 348289 t3293 t3294   accB FALSE 0.008 394.000 0.000 1.000   NA
 348289 348290 t3294 t3295 accB accC TRUE 0.995 11.000 0.275 0.001 Y NA
 348290 348291 t3295 t3296 accC   FALSE 0.374 109.000 0.103 NA   NA
 348291 348292 t3296 t3297   panF TRUE 0.987 -10.000 0.682 NA   NA
 348292 348293 t3297 t3298 panF prmA TRUE 0.596 12.000 0.041 1.000 N NA
 348293 348294 t3298 t3299 prmA yhdG FALSE 0.013 780.000 0.042 1.000 Y NA
 348294 348295 t3299 t3300 yhdG fis TRUE 0.746 26.000 0.161 1.000 N NA
 348295 348296 t3300 t3301 fis yhdJ TRUE 0.577 86.000 0.016 1.000 Y NA
 348296 348297 t3301 t3302 yhdJ   FALSE 0.004 398.000 0.000 1.000 N NA
 348297 2200712 t3302 t3303   acrE TRUE 0.819 -34.000 0.000 NA   NA
 2200712 2200713 t3303 t3304 acrE acrF TRUE 0.839 12.000 0.000 NA   NA
 2200713 348298 t3304 t3305 acrF yhdV FALSE 0.029 237.000 0.000 NA   NA
 406784 400817 t4656 t3306 rrfF tRNA-Thr TRUE 0.551 38.000 0.000 NA   NA
 400817 406785 t3306 t4651 tRNA-Thr rrf FALSE 0.167 149.000 0.000 NA   NA
 406785 2200714 t4651 t3307 rrf   FALSE 0.292 101.000 0.000 NA   NA
 2200714 400816 t3307 t3308   tRNA-Ala FALSE 0.077 186.000 0.000 NA   NA
 400816 400815 t3308 t3309 tRNA-Ala tRNA-Ile FALSE 0.277 112.000 0.000 NA   NA
 400815 2200715 t3309 t3310 tRNA-Ile   FALSE 0.345 71.000 0.000 NA   NA
 2200715 348299 t3310 t3311   hemG FALSE 0.007 388.000 0.000 NA   NA
 348299 348300 t3311 t3312 hemG trkH TRUE 0.965 12.000 0.455 1.000 N NA
 348300 348301 t3312 t3313 trkH yigZ TRUE 0.778 39.000 0.202 1.000   NA
 348301 348302 t3313 t3314 yigZ pepQ TRUE 0.959 0.000 0.127 1.000   NA
 348303 348304 t3315 t3316 fadB fadA TRUE 0.994 10.000 0.607 1.000 Y NA
 348305 348306 t3317 t3318   ubiB FALSE 0.023 254.000 0.000 NA   NA
 348306 348307 t3318 t3319 ubiB yigC TRUE 0.687 86.000 0.090 NA Y NA
 348309 348310 t3321 t3322 tatD tatC TRUE 0.526 42.000 0.121 NA N NA
 348310 348311 t3322 t3323 tatC tatB TRUE 0.977 3.000 0.000 NA Y NA
 348311 348312 t3323 t3324 tatB tatA TRUE 0.990 4.000 0.000 0.006 Y NA
 348312 348313 t3324 t3325 tatA aarF FALSE 0.039 206.000 0.044 1.000   NA
 348313 348314 t3325 t3326 aarF yigP TRUE 0.988 -3.000 0.432 1.000   NA
 348314 348315 t3326 t3327 yigP ubiE TRUE 0.934 10.000 0.145 1.000   NA
 348315 348316 t3327 t3328 ubiE yigN FALSE 0.228 96.000 0.047 NA   NA
 348316 348317 t3328 t3329 yigN udp FALSE 0.141 140.000 0.041 NA   NA
 348319 348320 t3331 t3332   metE FALSE 0.011 335.000 0.000 1.000   NA
 348322 348323 t3334 t3335 yigM yigL FALSE 0.330 81.000 0.067 1.000   NA
 348323 348324 t3335 t3336 yigL pldB TRUE 0.969 16.000 0.524 1.000   NA
 348326 348327 t3338 t3339 rhtC recQ FALSE 0.156 64.000 0.043 1.000 N NA
 348327 348328 t3339 t3340 recQ pldA FALSE 0.195 69.000 0.057 1.000 N NA
 348329 348330 t3341 t3342 yigI   TRUE 0.592 44.000 0.099 NA   NA
 348330 348331 t3342 t3343     FALSE 0.367 35.000 0.006 NA   NA
 348331 348332 t3343 t3344   yigF TRUE 0.909 16.000 0.200 NA   NA
 348333 348334 t3345 t3346 corA uvrD FALSE 0.001 472.000 0.021 1.000 N NA
 348334 348335 t3346 t3347 uvrD yigB FALSE 0.343 136.000 0.128 1.000   NA
 348335 348336 t3347 t3348 yigB xerC TRUE 0.986 0.000 0.367 1.000   NA
 348336 348337 t3348 t3349 xerC yigA TRUE 0.993 -3.000 0.714 NA   NA
 348337 348338 t3349 t3350 yigA dapF TRUE 0.967 -3.000 0.175 NA   NA
 348338 348339 t3350 t3351 dapF yifL FALSE 0.116 37.000 0.021 NA N NA
 348340 348341 t3352 t3353     TRUE 0.806 15.000 0.000 NA   NA
 348341 348342 t3353 t3354   cyaY FALSE 0.350 70.000 0.000 NA   NA
 348343 348344 t3355 t3356     TRUE 0.839 12.000 0.000 NA   NA
 348344 348345 t3356 t3357     FALSE 0.077 186.000 0.000 NA   NA
 348345 348346 t3357 t3358   cyaA FALSE 0.290 108.000 0.000 NA   NA
 348347 348348 t3359 t3360 hemC hemD TRUE 0.997 -3.000 0.205 0.001 Y NA
 348348 348349 t3360 t3361 hemD hemX TRUE 0.984 22.000 0.600 1.000 Y NA
 348349 348350 t3361 t3362 hemX hemY TRUE 0.988 0.000 0.144 1.000 Y NA
 400814 400813 t3363 t3364 tRNA-Pro tRNA-Leu TRUE 0.510 43.000 0.000 NA   NA
 400813 400812 t3364 t3365 tRNA-Leu tRNA-His TRUE 0.711 21.000 0.000 NA   NA
 400812 400811 t3365 t3366 tRNA-His tRNA-Arg FALSE 0.434 55.000 0.000 NA   NA
 400811 348351 t3366 t3367 tRNA-Arg yifK FALSE 0.293 103.000 0.000 NA   NA
 348351 348352 t3367 t3368 yifK rffM FALSE 0.008 207.000 0.019 1.000 N NA
 348352 348353 t3368 t3369 rffM rffT TRUE 0.959 -3.000 0.126 1.000   NA
 348353 348354 t3369 t3370 rffT   TRUE 0.993 -3.000 0.684 1.000   NA
 348354 348355 t3370 t3371     TRUE 0.992 -3.000 0.605 1.000   NA
 348355 348356 t3371 t3372   rffA TRUE 0.972 2.000 0.218 1.000   NA
 348356 348357 t3372 t3373 rffA rffC TRUE 0.969 5.000 0.248 1.000   NA
 348357 348358 t3373 t3374 rffC rffH TRUE 0.468 107.000 0.145 1.000   NA
 348358 348359 t3374 t3375 rffH rffG TRUE 0.991 33.000 0.739 0.002 Y NA
 348359 348360 t3375 t3376 rffG rffD TRUE 0.993 0.000 0.273 1.000 Y NA
 348360 348361 t3376 t3377 rffD wecB TRUE 0.995 -3.000 0.348 1.000 Y NA
 348361 348362 t3377 t3378 wecB   TRUE 0.982 56.000 0.677 0.003 Y NA
 348362 348363 t3378 t3379   rfe TRUE 0.998 12.000 0.735 0.003 Y NA
 348363 348364 t3379 t3380 rfe rho FALSE 0.018 230.000 0.000 1.000 N NA
 348364 348365 t3380 t3381 rho trxA FALSE 0.005 419.000 0.087 1.000 N NA
 348366 348367 t3382 t3383 rhlB gppA TRUE 0.615 119.000 0.406 1.000 N NA
 348368 348369 t3384 t3385 rep   FALSE 0.048 100.000 0.012 1.000 N NA
 348369 348370 t3385 t3386     TRUE 0.966 -3.000 0.227 1.000 N NA
 348370 348371 t3386 t3387     TRUE 0.613 28.000 0.098 1.000 N NA
 348375 348376 t3391 t3392     TRUE 0.986 -3.000 0.385 NA   NA
 348376 348377 t3392 t3393   ilvA FALSE 0.030 236.000 0.000 NA   NA
 348377 348378 t3393 t3394 ilvA ilvD TRUE 0.983 3.000 0.106 1.000 Y NA
 348378 348379 t3394 t3395 ilvD ilvE FALSE 0.424 157.000 0.075 1.000 Y NA
 348379 348380 t3395 t3396 ilvE ilvM TRUE 0.900 18.000 0.205 1.000   NA
 348380 348381 t3396 t3397 ilvM ilvG TRUE 0.998 0.000 0.943 0.001   NA
 348381 348382 t3397 t3398 ilvG ilvL TRUE 0.564 140.000 0.091 0.002   NA
 348383 348384 t3400 t3401     FALSE 0.118 164.000 0.000 NA   NA
 348384 348385 t3401 t3402   cI TRUE 0.835 80.000 0.667 NA   NA
 348386 348387 t3403 t3404   cII TRUE 0.753 33.000 0.154 NA   NA
 348387 348388 t3404 t3405 cII   FALSE 0.098 175.000 0.000 NA   NA
 348388 348389 t3405 t3406     TRUE 0.929 23.000 0.400 NA   NA
 348389 348390 t3406 t3407     TRUE 0.768 68.000 0.400 NA   NA
 348390 348391 t3407 t3408     TRUE 0.995 0.000 1.000 NA   NA
 348391 348392 t3408 t3409     TRUE 0.993 -3.000 1.000 1.000 N NA
 348392 348393 t3409 t3410     TRUE 0.995 -3.000 1.000 NA   NA
 348393 348394 t3410 t3411     TRUE 0.570 154.000 0.500 NA   NA
 348395 348396 t3412 t3413     FALSE 0.288 109.000 0.000 NA   NA
 348397 348398 t3414 t3415     TRUE 0.989 -3.000 0.500 NA   NA
 348399 348400 t3416 t3417     TRUE 0.992 0.000 0.667 NA   NA
 348401 348402 t3418 t3419     TRUE 0.782 17.000 0.000 1.000   NA
 348402 348403 t3419 t3420     TRUE 0.909 4.000 0.000 1.000   NA
 348403 348404 t3420 t3421     TRUE 0.984 33.000 1.000 0.002   NA
 348404 348405 t3421 t3422     TRUE 0.995 0.000 1.000 NA   NA
 348405 348406 t3422 t3423   nucE TRUE 0.993 4.000 1.000 NA   NA
 348406 348407 t3423 t3424 nucE nucD TRUE 0.966 20.000 0.667 NA   NA
 348407 348408 t3424 t3425 nucD   TRUE 0.991 2.000 0.667 NA   NA
 348408 348409 t3425 t3426     TRUE 0.995 -3.000 1.000 NA   NA
 348409 348410 t3426 t3427     TRUE 0.867 96.000 1.000 NA   NA
 348410 348411 t3427 t3428     TRUE 0.992 -7.000 1.000 NA   NA
 348411 348412 t3428 t3429     TRUE 0.898 69.000 1.000 NA   NA
 348412 348413 t3429 t3430     TRUE 0.924 -3.000 0.000 NA   NA
 348413 348414 t3430 t3431     TRUE 0.858 -13.000 0.000 NA   NA
 348414 348415 t3431 t3432     TRUE 0.992 -7.000 1.000 NA   NA
 348415 348416 t3432 t3433     TRUE 0.995 -3.000 1.000 NA   NA
 348416 348417 t3433 t3434     TRUE 0.924 0.000 0.000 NA   NA
 2200717 348419 t3436 t3437   pin FALSE 0.414 58.000 0.000 NA   NA
 348419 348420 t3437 t3438 pin   TRUE 0.792 143.000 1.000 NA   NA
 348420 348421 t3438 t3439     TRUE 0.870 10.000 0.000 NA   NA
 348421 348422 t3439 t3440     FALSE 0.434 55.000 0.000 NA   NA
 348422 348423 t3440 t3441     TRUE 0.806 15.000 0.000 NA   NA
 348423 348424 t3441 t3442     TRUE 0.891 -7.000 0.000 NA   NA
 348424 348425 t3442 t3443     TRUE 0.983 -3.000 0.333 NA   NA
 348425 348426 t3443 t3444     TRUE 0.995 -3.000 1.000 NA   NA
 348426 348427 t3444 t3445     FALSE 0.293 91.000 0.000 NA   NA
 348427 348428 t3445 t3447   tnpA FALSE 0.004 1582.000 0.000 1.000   NA
 400810 400809 t3450 t3451 tRNA-Trp tRNA-Asp TRUE 0.879 9.000 0.000 NA   NA
 400809 406786 t3451 t4652 tRNA-Asp rrf FALSE 0.447 53.000 0.000 NA   NA
 406786 2200718 t4652 t3452 rrf   FALSE 0.292 101.000 0.000 NA   NA
 2200718 400808 t3452 t3453   tRNA-Glu FALSE 0.063 194.000 0.000 NA   NA
 400808 2200719 t3453 t3454 tRNA-Glu   FALSE 0.302 87.000 0.000 NA   NA
 348431 348432 t3455 t3456 purH purD TRUE 0.975 16.000 0.238 1.000 Y NA
 348433 348434 t3457 t3458 hydG hydH TRUE 0.986 6.000 0.000 0.072 Y NA
 348436 348437 t3460 t3461 yjaH hupA TRUE 0.966 12.000 0.375 NA   NA
 348437 348438 t3461 t3462 hupA yjaG FALSE 0.298 187.000 0.355 NA   NA
 348438 348439 t3462 t3463 yjaG nfi TRUE 0.570 42.000 0.086 NA   NA
 348439 348440 t3463 t3464 nfi hemE TRUE 0.566 10.000 0.028 1.000 N NA
 348440 348441 t3464 t3465 hemE yjaD FALSE 0.234 41.000 0.040 1.000 N NA
 348442 348443 t3466 t3467 rsD thiC FALSE 0.005 364.000 0.000 1.000 N NA
 348443 348444 t3467 t3468 thiC thiE TRUE 0.993 0.000 0.063 0.003 Y NA
 348444 348445 t3468 t3469 thiE thiF TRUE 0.989 -7.000 0.242 1.000 Y NA
 348445 348446 t3469 t3470 thiF thiS TRUE 0.995 8.000 0.548 1.000 Y NA
 348446 348447 t3470 t3471 thiS thiG TRUE 0.982 2.000 0.087 1.000 Y NA
 348447 348448 t3471 t3472 thiG thiH TRUE 0.997 -3.000 0.277 0.003 Y NA
 348449 348450 t3473 t3474 rpoC rpoB TRUE 0.953 77.000 0.851 0.000   NA
 348450 348451 t3474 t3475 rpoB rplL FALSE 0.037 318.000 0.223 1.000   NA
 348451 348452 t3475 t3476 rplL rplJ TRUE 0.979 67.000 0.884 0.011 Y NA
 348452 348453 t3476 t3477 rplJ rplA FALSE 0.140 416.000 0.302 0.014 Y NA
 348453 348454 t3477 t3478 rplA rplK TRUE 0.999 4.000 0.838 0.014 Y NA
 348454 348455 t3478 t3479 rplK nusG TRUE 0.571 158.000 0.681 1.000 N NA
 348455 348456 t3479 t3480 nusG secE TRUE 0.728 2.000 0.037 1.000 N NA
 348456 348457 t3480 t3481 secE tufB FALSE 0.003 230.000 0.002 1.000 N NA
 348457 400807 t3481 t3482 tufB tRNA-Thr FALSE 0.265 116.000 0.000 NA   NA
 400807 400806 t3482 t3483 tRNA-Thr tRNA-Gly TRUE 0.887 7.000 0.000 NA   NA
 400806 400805 t3483 t3484 tRNA-Gly tRNA-Tyr FALSE 0.263 117.000 0.000 NA   NA
 400805 400804 t3484 t3485 tRNA-Tyr tRNA-Thr TRUE 0.879 9.000 0.000 NA   NA
 348458 348459 t3486 t3487   coaA FALSE 0.021 209.000 0.007 NA   NA
 348460 348461 t3488 t3489 birA murB TRUE 0.962 -3.000 0.211 1.000 N NA
 348461 406787 t3489 t4653 murB rrf FALSE 0.024 249.000 0.000 NA   NA
 406787 2200720 t4653 t3490 rrf   FALSE 0.292 101.000 0.000 NA   NA
 2200720 400803 t3490 t3491   tRNA-Ala FALSE 0.081 183.000 0.000 NA   NA
 400803 400802 t3491 t3492 tRNA-Ala tRNA-Ile FALSE 0.277 112.000 0.000 NA   NA
 400802 2200721 t3492 t3493 tRNA-Ile   FALSE 0.345 71.000 0.000 NA   NA
 2200721 348462 t3493 t3494   murI FALSE 0.007 390.000 0.000 NA   NA
 348462 348463 t3494 t3495 murI btuB FALSE 0.432 -55.000 0.025 1.000 N NA
 348465 348466 t3497 t3498 yijD yijC TRUE 0.967 16.000 0.508 NA   NA
 348469 348470 t3501 t3502 argH argB TRUE 0.523 118.000 0.017 1.000 Y NA
 348470 348471 t3502 t3503 argB argC TRUE 0.989 11.000 0.097 0.002 Y NA
 348472 348473 t3504 t3505 argE ppc FALSE 0.003 369.000 0.053 1.000 N NA
 348473 348474 t3505 t3506 ppc yijP FALSE 0.057 202.000 0.000 1.000   NA
 348474 348475 t3506 t3507 yijP yijO FALSE 0.222 161.000 0.130 1.000   NA
 348475 348476 t3507 t3508 yijO talC FALSE 0.013 255.000 0.000 1.000 N NA
 348476 348477 t3508 t3509 talC gldA TRUE 0.975 12.000 0.600 1.000 N NA
 348478 348479 t3510 t3511 katG metF FALSE 0.015 165.000 0.010 1.000 N NA
 348481 348482 t3513 t3514     TRUE 0.639 -3.000 0.019 1.000 N NA
 348482 348483 t3514 t3515     FALSE 0.015 244.000 0.000 1.000 N NA
 348485 348486 t3517 t3518 metL metB TRUE 0.995 3.000 0.428 1.000 Y NA
 348487 2200723 t3519 t3520 metJ   FALSE 0.005 501.000 0.000 NA   NA
 2200723 348488 t3520 t3521     FALSE 0.054 201.000 0.000 NA   NA
 348490 348491 t3523 t3524 priA cytR FALSE 0.021 155.000 0.013 1.000 N NA
 348491 348492 t3524 t3525 cytR ftsN TRUE 0.492 94.000 0.245 NA N NA
 348492 348493 t3525 t3526 ftsN hslV FALSE 0.300 92.000 0.122 NA N NA
 348493 348494 t3526 t3527 hslV hslU TRUE 0.996 10.000 0.752 1.000 Y NA
 348494 348495 t3527 t3528 hslU menA FALSE 0.179 67.000 0.051 1.000 N NA
 348495 348496 t3528 t3529 menA menG TRUE 0.745 93.000 0.158 NA Y NA
 348498 348499 t3531 t3532 glpF glpK TRUE 0.580 21.000 0.000 1.000 N NA
 348499 348500 t3532 t3533 glpK glpX FALSE 0.063 112.000 0.025 1.000 N NA
 348500 348501 t3533 t3534 glpX fpr FALSE 0.305 97.000 0.117 1.000 N NA
 348503 348504 t3536 t3537 yiiQ tpiA FALSE 0.246 113.000 0.058 NA   NA
 348505 348506 t3538 t3539     TRUE 0.770 10.000 0.007 1.000   NA
 348506 348507 t3539 t3540   yneB TRUE 0.525 44.000 0.000 1.000   NA
 348507 348508 t3540 t3541 yneB   TRUE 0.878 29.000 0.000 NA Y NA
 348508 348509 t3541 t3542   ydeZ TRUE 0.984 29.000 0.844 NA Y NA
 348509 348510 t3542 t3543 ydeZ   TRUE 0.999 -3.000 0.788 0.045 Y NA
 348510 348511 t3543 t3544     TRUE 0.997 -6.000 0.818 1.000 Y NA
 348512 348513 t3545 t3546 ydeW ydeV FALSE 0.196 87.000 0.000 1.000 N NA
 348513 348514 t3546 t3547 ydeV   FALSE 0.290 98.000 0.000 NA   NA
 2200724 2200725 t3548 t3549 cdh   TRUE 0.614 31.000 0.000 NA   NA
 2200725 348515 t3549 t3550     FALSE 0.290 98.000 0.000 NA   NA
 348515 348516 t3550 t3551     FALSE 0.234 63.000 0.000 NA N NA
 348516 348517 t3551 t3552     TRUE 0.766 10.000 0.000 NA N NA
 348517 348518 t3552 t3553     TRUE 0.854 11.000 0.000 NA   NA
 348518 348519 t3553 t3554     FALSE 0.330 76.000 0.000 NA   NA
 348519 348520 t3554 t3555   cdh FALSE 0.035 266.000 0.000 0.077 N NA
 348520 348521 t3555 t3556 cdh sbp FALSE 0.305 101.000 0.115 1.000 N NA
 348521 348522 t3556 t3557 sbp pfkA FALSE 0.019 204.000 0.049 1.000 N NA
 348522 348523 t3557 t3558 pfkA yiiP FALSE 0.023 185.000 0.040 1.000 N NA
 348523 348524 t3558 t3559 yiiP cpxP FALSE 0.395 148.000 0.031 NA Y NA
 348525 348526 t3560 t3561 cpxR cpxA TRUE 0.998 -3.000 0.791 1.000 Y NA
 348527 348528 t3562 t3563   yiiM TRUE 0.839 12.000 0.000 NA   NA
 348528 348529 t3563 t3564 yiiM sodA TRUE 0.513 70.000 0.129 1.000   NA
 2200726 348530 t3565 t3566     TRUE 0.738 19.000 0.000 NA   NA
 348530 348531 t3566 t3567     TRUE 0.972 -7.000 0.000 NA Y NA
 348534 348535 t3570 t3571 rhaR rhaS TRUE 0.924 153.000 0.800 0.019 Y NA
 348536 348537 t3572 t3573 rhaB rhaA TRUE 0.995 -3.000 0.387 1.000 Y NA
 348537 2200727 t3573 t3574 rhaA rhaD FALSE 0.414 58.000 0.000 NA   NA
 2200727 348538 t3574 t3575 rhaD   FALSE 0.237 127.000 0.000 NA   NA
 348538 348539 t3575 t3576   yiiL TRUE 0.918 -3.000 0.063 NA   NA
 348541 348542 t3578 t3579     TRUE 0.993 0.000 0.675 NA   NA
 348546 348547 t3583 t3584 fdoG fdoH TRUE 0.998 13.000 0.833 0.001 Y NA
 348547 348548 t3584 t3585 fdoH fdoI TRUE 0.999 -3.000 0.944 0.001 Y NA
 348548 348549 t3585 t3586 fdoI fdhE TRUE 0.952 -3.000 0.182 NA N NA
 348550 348551 t3587 t3588   yiiF TRUE 0.954 0.000 0.120 NA   NA
 348552 348553 t3589 t3590   ygjN FALSE 0.306 86.000 0.000 NA   NA
 348553 348554 t3590 t3591 ygjN ygjM TRUE 0.985 -3.000 0.375 NA   NA
 348555 348556 t3592 t3593 yiiD yihZ TRUE 0.926 -3.000 0.065 1.000   NA
 348556 348557 t3593 t3594 yihZ rbn TRUE 0.930 -3.000 0.069 1.000   NA
 348557 348558 t3594 t3595 rbn yihX TRUE 0.854 -6.000 0.031 1.000   NA
 348558 348559 t3595 t3596 yihX yihW FALSE 0.073 191.000 0.000 1.000   NA
 348559 348560 t3596 t3597 yihW yihV TRUE 0.861 34.000 0.000 1.000 Y NA
 348561 348562 t3598 t3599 yihU yihT TRUE 0.853 23.000 0.250 1.000 N NA
 348562 2200728 t3599 t3600 yihT yihS TRUE 0.785 16.000 0.000 NA   NA
 2200728 348563 t3600 t3601 yihS yihR TRUE 0.902 4.000 0.000 NA   NA
 348563 348564 t3601 t3602 yihR yihQ TRUE 0.709 148.000 0.000 0.003 Y NA
 348564 348565 t3602 t3603 yihQ yihP TRUE 0.812 46.000 0.000 1.000 Y NA
 348565 348566 t3603 t3604 yihP   TRUE 0.986 46.000 0.750 0.006 Y NA
 348566 348567 t3604 t3605     TRUE 0.849 68.000 0.625 NA   NA
 348567 348568 t3605 t3606     FALSE 0.136 157.000 0.000 NA   NA
 348568 348569 t3606 t3607     TRUE 0.912 13.000 0.158 NA   NA
 348569 348570 t3607 t3608     FALSE 0.223 133.000 0.000 NA   NA
 348570 348571 t3608 t3609     TRUE 0.982 -7.000 0.417 1.000   NA
 348571 2200729 t3609 t3610     TRUE 0.914 2.000 0.000 NA   NA
 2200729 348572 t3610 t3611     TRUE 0.924 -3.000 0.000 NA   NA
 348572 348573 t3611 t3612     TRUE 0.877 -15.000 0.087 NA   NA
 348575 348576 t3614 t3615 glnA glnL FALSE 0.007 275.000 0.053 1.000 N NA
 348576 348577 t3615 t3616 glnL glnG TRUE 0.997 9.000 0.587 0.066 Y NA
 348578 348579 t3617 t3618 hemN yihI FALSE 0.106 189.000 0.107 NA   NA
 348579 348580 t3618 t3619 yihI   FALSE 0.258 119.000 0.000 NA   NA
 2200730 348582 t4648 t3621 spf polA FALSE 0.162 150.000 0.000 NA   NA
 348584 348585 t3623 t3624 dsbA yihE TRUE 0.837 17.000 0.111 NA   NA
 348585 348586 t3624 t3625 yihE yihD FALSE 0.421 77.000 0.106 NA   NA
 348587 348588 t3626 t3627 mobA mobB TRUE 0.993 -3.000 0.064 0.003 Y NA
 406788 2200731 t4654 t3628 rrf   FALSE 0.292 101.000 0.000 NA   NA
 2200731 400801 t3628 t3629   tRNA-Glu FALSE 0.063 194.000 0.000 NA   NA
 400801 2200732 t3629 t3630 tRNA-Glu   FALSE 0.302 87.000 0.000 NA   NA
 348589 2200733 t3631 t3632   yieO TRUE 0.839 12.000 0.000 NA   NA
 348590 348591 t3633 t3634 rbsR rbsK TRUE 0.982 4.000 0.500 1.000 N NA
 348591 348592 t3634 t3635 rbsK rbsB TRUE 0.804 133.000 0.347 NA Y NA
 348592 348593 t3635 t3636 rbsB rbsC TRUE 0.987 25.000 0.847 NA Y NA
 348593 348594 t3636 t3637 rbsC rbsA TRUE 0.998 6.000 0.504 0.000 Y NA
 348594 348595 t3637 t3638 rbsA rbsD TRUE 0.991 8.000 0.337 1.000 Y NA
 348595 348596 t3638 t3639 rbsD kup FALSE 0.023 217.000 0.000 1.000 N NA
 348597 348598 t3640 t3641 yieN   TRUE 0.984 -6.000 0.443 NA   NA
 348600 348601 t3643 t3644 asnC mioC FALSE 0.394 90.000 0.165 1.000 N NA
 348601 348602 t3644 t3645 mioC gidA FALSE 0.004 379.000 0.000 1.000 N NA
 348602 348603 t3645 t3646 gidA gidB TRUE 0.689 103.000 0.466 1.000 N NA
 348603 348604 t3646 t3647 gidB atpI FALSE 0.000 614.000 0.005 1.000 N NA
 348604 348605 t3647 t3648 atpI atpB TRUE 0.995 9.000 0.291 0.003 Y NA
 348605 348606 t3648 t3649 atpB atpE TRUE 0.982 47.000 0.557 0.003 Y NA
 348606 348607 t3649 t3650 atpE atpF TRUE 0.978 60.000 0.666 0.003 Y NA
 348607 348608 t3650 t3651 atpF atpH TRUE 0.991 15.000 0.242 0.003 Y NA
 348608 348609 t3651 t3652 atpH atpA TRUE 0.998 13.000 0.864 0.003 Y NA
 348609 348610 t3652 t3653 atpA atpG TRUE 0.987 51.000 0.846 0.003 Y NA
 348610 348611 t3653 t3654 atpG atpD TRUE 0.993 27.000 0.724 0.003 Y NA
 348611 348612 t3654 t3655 atpD atpC TRUE 0.995 21.000 0.837 0.003 Y NA
 348612 348613 t3655 t3656 atpC   FALSE 0.033 229.000 0.000 NA   NA
 348613 348614 t3656 t3657   glmU FALSE 0.011 320.000 0.000 NA   NA
 348614 348615 t3657 t3658 glmU glmS FALSE 0.238 189.000 0.055 1.000 Y NA
 348615 348616 t3658 t3659 glmS stgA FALSE 0.004 411.000 0.000 1.000 N NA
 348616 348617 t3659 t3660 stgA stgB TRUE 0.946 98.000 1.000 1.000 Y NA
 348617 2200734 t3660 t3661 stgB stgC TRUE 0.699 22.000 0.000 NA   NA
 2200734 348618 t3661 t3662 stgC stgD TRUE 0.839 12.000 0.000 NA   NA
 348620 348621 t3664 t3665     FALSE 0.334 49.000 0.000 1.000 N NA
 348621 348622 t3665 t3666   pstS FALSE 0.065 166.000 0.000 1.000 N NA
 348622 348623 t3666 t3667 pstS pstC TRUE 0.843 136.000 0.145 0.001 Y NA
 348623 348624 t3667 t3668 pstC pstA TRUE 0.999 0.000 0.537 0.001 Y NA
 348624 348625 t3668 t3669 pstA pstB TRUE 0.963 87.000 0.526 0.001 Y NA
 348625 348626 t3669 t3670 pstB phoU TRUE 0.982 15.000 0.317 NA Y NA
 348629 348630 t3673 t3674   yieE TRUE 0.766 18.000 0.074 NA   NA
 348630 348631 t3674 t3675 yieE yidZ FALSE 0.136 158.000 0.114 1.000 N NA
 348631 348632 t3675 t3676 yidZ yidY TRUE 0.967 -31.000 0.526 1.000 N NA
 348632 348633 t3676 t3677 yidY thdF FALSE 0.088 183.000 0.000 1.000   NA
 348633 348634 t3677 t3678 thdF yidC FALSE 0.445 142.000 0.221 1.000   NA
 348634 348635 t3678 t3679 yidC rnpA FALSE 0.034 224.000 0.105 1.000 N NA
 348635 348636 t3679 t3680 rnpA rpmH TRUE 0.978 17.000 0.787 1.000   NA
 348637 348638 t3681 t3682 dnaA dnaN TRUE 0.992 5.000 0.328 1.000 Y NA
 348638 348639 t3682 t3683 dnaN recF FALSE 0.450 198.000 0.318 1.000 Y NA
 348639 348640 t3683 t3684 recF gyrB TRUE 0.978 29.000 0.249 0.003 Y NA
 348641 348642 t3685 t3686     FALSE 0.171 115.000 0.000 1.000 N NA
 348642 348643 t3686 t3687     TRUE 0.716 14.000 0.000 1.000 N NA
 348644 348645 t3688 t3689 yidA   FALSE 0.053 202.000 0.000 NA   NA
 348645 348646 t3689 t3690     TRUE 0.941 -3.000 0.091 NA   NA
 348646 348647 t3690 t3691     TRUE 0.993 -3.000 0.679 NA   NA
 348650 348651 t3695 t3696 torC torA TRUE 0.994 -10.000 0.263 0.041 Y NA
 348651 348652 t3696 t3697 torA torD TRUE 0.964 -7.000 0.077 0.041   NA
 348652 348653 t3697 t3698 torD yhjA FALSE 0.186 190.000 0.000 0.041   NA
 348653 348654 t3698 t3699 yhjA ccmA TRUE 0.820 6.000 0.000 1.000 N NA
 348654 348655 t3699 t3700 ccmA ccmB TRUE 0.998 -3.000 0.503 0.003 Y NA
 348655 348656 t3700 t3701 ccmB ccmC TRUE 0.983 43.000 0.501 0.002 Y NA
 348656 348657 t3701 t3702 ccmC ccmD TRUE 0.987 -3.000 0.501 1.000 N NA
 348657 348658 t3702 t3703 ccmD ccmE TRUE 0.979 -3.000 0.344 1.000 N NA
 348658 348659 t3703 t3704 ccmE ccmF TRUE 0.996 -3.000 0.211 0.003 Y NA
 348659 348660 t3704 t3705 ccmF dsbE TRUE 0.999 -3.000 0.804 0.003 Y NA
 348660 348661 t3705 t3706 dsbE ccmH TRUE 0.997 -3.000 0.578 1.000 Y NA
 348661 348662 t3706 t3707 ccmH yidR FALSE 0.249 122.000 0.000 NA   NA
 348664 348665 t3709 t3710 hslT hslS TRUE 0.679 110.000 0.099 NA Y NA
 348665 348666 t3710 t3711 hslS yidE FALSE 0.064 194.000 0.069 NA   NA
 348666 2200736 t3711 t3712 yidE yidH FALSE 0.006 443.000 0.000 NA   NA
 2200736 348667 t3712 t3713 yidH yidG TRUE 0.873 -10.000 0.000 NA   NA
 348667 348668 t3713 t3714 yidG yidF TRUE 0.987 -3.000 0.429 NA   NA
 348669 348670 t3715 t3716 dsdA dsdX TRUE 0.938 18.000 0.083 1.000 Y NA
 348671 348672 t3717 t3718 dsdC   FALSE 0.423 64.000 0.077 1.000   NA
 348673 2200737 t3719 t3720 emrD   FALSE 0.052 203.000 0.000 NA   NA
 348674 348675 t3721 t3722 ivbL ilvB TRUE 0.555 107.000 0.216 NA   NA
 348675 348676 t3722 t3723 ilvB ilvN TRUE 0.996 4.000 0.649 0.001   NA
 348678 348679 t3725 t3726     TRUE 0.936 31.000 0.209 1.000 Y NA
 348679 348680 t3726 t3727     TRUE 0.974 12.000 0.464 1.000   NA
 348680 348681 t3727 t3728   uhpA FALSE 0.169 154.000 0.074 1.000   NA
 348681 348682 t3728 t3729 uhpA uhpB TRUE 0.992 0.000 0.000 0.012 Y NA
 348682 348683 t3729 t3730 uhpB uhpC TRUE 0.923 10.000 0.000 0.072 N NA
 348683 348684 t3730 t3731 uhpC uhpT TRUE 0.685 143.000 0.000 0.045 Y NA
 348684 348685 t3731 t3732 uhpT yicN FALSE 0.097 187.000 0.091 NA   NA
 348685 348686 t3732 t3733 yicN   FALSE 0.009 353.000 0.000 NA   NA
 348686 348687 t3733 t3734     TRUE 0.810 18.000 0.150 1.000 N NA
 348687 348688 t3734 t3735     TRUE 0.906 90.000 0.231 0.008 Y NA
 348688 348689 t3735 t3736     TRUE 0.952 76.000 0.444 0.009 Y NA
 348689 348690 t3736 t3737     TRUE 0.990 -7.000 0.273 1.000 Y NA
 348690 2200738 t3737 t3738     FALSE 0.384 63.000 0.000 NA   NA
 2200738 348691 t3738 t3739     TRUE 0.870 10.000 0.000 NA   NA
 348692 2200739 t3740 t3741     TRUE 0.914 2.000 0.000 NA   NA
 348694 348695 t3743 t3744     FALSE 0.292 106.000 0.000 NA   NA
 2200740 348696 t3745 t3746     FALSE 0.037 222.000 0.000 NA   NA
 348696 348697 t3746 t3747     TRUE 0.997 11.000 0.667 0.009 Y NA
 348697 348698 t3747 t3749     TRUE 0.906 146.000 0.500 0.011 Y NA
 348698 348699 t3749 t3748     TRUE 0.998 0.000 0.500 0.011 Y NA
 348699 348700 t3748 t3750     TRUE 0.974 4.000 0.364 1.000 N NA
 348700 348701 t3750 t3751     TRUE 0.977 -13.000 0.455 1.000   NA
 348701 348702 t3751 t3752     FALSE 0.030 236.000 0.000 NA   NA
 348704 348705 t3754 t3755 mgtC mgtB FALSE 0.042 220.000 0.000 1.000   NA
 348705 2200741 t3755 t3756 mgtB cigR FALSE 0.012 315.000 0.000 NA   NA
 2200742 348707 t3758 t3759 marT fidL TRUE 0.854 11.000 0.000 NA   NA
 2200743 348708 t3760 t3761 misL rmbA FALSE 0.332 75.000 0.000 NA   NA
 348708 2200744 t3761 t3762 rmbA   FALSE 0.004 733.000 0.000 NA   NA
 348709 2200746 t3764 t3765     FALSE 0.223 133.000 0.000 NA   NA
 2200746 348710 t3765 t3766     FALSE 0.167 149.000 0.000 NA   NA
 348712 348713 t3769 t3770 yicJ   TRUE 0.983 12.000 0.250 1.000 Y NA
 348714 348715 t3771 t3772 yicH   TRUE 0.550 121.000 0.257 NA   NA
 348717 348718 t3774 t3775 recG trmH TRUE 0.839 6.000 0.076 1.000 N NA
 348718 348719 t3775 t3776 trmH spoT TRUE 0.880 5.000 0.095 1.000 N NA
 348719 348720 t3776 t3777 spoT rpoZ TRUE 0.972 19.000 0.291 1.000 Y NA
 348720 348721 t3777 t3778 rpoZ gmk TRUE 0.806 55.000 0.471 1.000 N NA
 348722 348723 t3780 t3781     FALSE 0.024 248.000 0.000 NA   NA
 348726 348727 t3784 t3785 rph pyrE FALSE 0.070 79.000 0.022 1.000 N NA
 348728 348729 t3786 t3787 ttk dut FALSE 0.165 108.000 0.060 1.000 N NA
 348729 348730 t3787 t3788 dut dfp TRUE 0.912 -19.000 0.201 1.000 N NA
 348731 348732 t3789 t3790 radC rpmB FALSE 0.004 218.000 0.002 1.000 N NA
 348732 348733 t3790 t3791 rpmB rpmG TRUE 0.986 21.000 0.332 0.011 Y NA
 348733 348734 t3791 t3792 rpmG mutM FALSE 0.086 98.000 0.034 1.000 N NA
 348735 348736 t3793 t3794 coaD kdtA TRUE 0.531 9.000 0.020 1.000 N NA
 348737 348738 t3795 t3796 waaQ waaG TRUE 0.983 -3.000 0.079 1.000 Y NA
 348738 348739 t3796 t3797 waaG waaP TRUE 0.937 -7.000 0.121 1.000   NA
 348739 348740 t3797 t3798 waaP   TRUE 0.528 41.000 0.000 NA   NA
 348740 348741 t3798 t3799     TRUE 0.679 24.000 0.000 NA   NA
 348741 348742 t3799 t3800   waaB FALSE 0.396 60.000 0.000 NA   NA
 348742 348743 t3800 t3801 waaB waaI TRUE 0.984 6.000 0.167 1.000 Y NA
 348743 348744 t3801 t3802 waaI waaJ TRUE 0.997 18.000 0.833 0.001 Y NA
 348744 348745 t3802 t3803 waaJ waaY TRUE 0.928 23.000 0.375 1.000   NA
 348745 348746 t3803 t3804 waaY waaZ FALSE 0.366 150.000 0.214 NA   NA
 348746 348747 t3804 t3805 waaZ waaK TRUE 0.550 99.000 0.214 NA   NA
 348748 348749 t3806 t3807 waaL waaC TRUE 0.791 40.000 0.036 NA Y NA
 348749 348750 t3807 t3808 waaC waaF TRUE 0.997 0.000 0.205 0.001 Y NA
 348750 348751 t3808 t3809 waaF rfaD TRUE 0.986 3.000 0.146 1.000 Y NA
 348752 348753 t3810 t3811 kbl tdh TRUE 0.978 10.000 0.547 1.000 N NA
 348753 348754 t3811 t3812 tdh   FALSE 0.002 495.000 0.000 NA N NA
 348755 348756 t3813 t3814     TRUE 0.927 4.000 0.088 1.000   NA
 348756 348757 t3814 t3815     TRUE 0.917 10.000 0.170 1.000 N NA
 348758 348759 t3816 t3817   grxC FALSE 0.112 86.000 0.048 NA N NA
 348759 348760 t3817 t3818 grxC secB FALSE 0.209 44.000 0.038 1.000 N NA
 348760 348761 t3818 t3819 secB gpsA TRUE 0.961 0.000 0.206 1.000 N NA
 348761 348762 t3819 t3820 gpsA cysE TRUE 0.701 78.000 0.429 1.000 N NA
 2200748 348763 t3821 t3822     FALSE 0.335 74.000 0.000 NA   NA
 348765 348766 t3824 t3825 yibK lctD FALSE 0.085 65.000 0.020 1.000 N NA
 348766 348767 t3825 t3826 lctD lctR TRUE 0.975 -3.000 0.309 1.000 N NA
 348767 348768 t3826 t3827 lctR lldP TRUE 0.990 -3.000 0.652 1.000 N NA
 348768 348769 t3827 t3828 lldP sapB FALSE 0.008 299.000 0.000 1.000 N NA
 348769 348770 t3828 t3829 sapB   TRUE 0.803 44.000 0.286 NA   NA
 348770 348771 t3829 t3830   yibL FALSE 0.005 488.000 0.000 NA   NA
 348773 348774 t3832 t3833 mtlR mtlD TRUE 0.964 -3.000 0.230 NA N NA
 348774 348775 t3833 t3834 mtlD mtlA FALSE 0.328 221.000 0.292 1.000 Y NA
 348776 348777 t3835 t3836   selA FALSE 0.079 99.000 0.040 NA N NA
 348777 348778 t3836 t3837 selA selB TRUE 0.996 -3.000 0.569 0.001 N NA
 348783 348784 t3842 t3843 yiaS yiaR TRUE 0.988 -6.000 0.200 1.000 Y NA
 348784 348785 t3843 t3844 yiaR yiaQ TRUE 0.992 -7.000 0.360 1.000 Y NA
 348785 348786 t3844 t3845 yiaQ lyxK TRUE 0.998 -3.000 0.900 1.000 Y NA
 348787 348788 t3847 t3848 yiaN yiaM TRUE 0.997 3.000 0.864 NA Y NA
 348788 348789 t3848 t3849 yiaM   FALSE 0.253 139.000 0.091 NA   NA
 348789 348790 t3849 t3850   yiaL TRUE 0.801 24.000 0.136 NA   NA
 348790 348791 t3850 t3851 yiaL   TRUE 0.692 12.000 0.062 NA N NA
 348792 348793 t3852 t3853 yiaJ   FALSE 0.167 117.000 0.000 1.000 N NA
 348794 348795 t3854 t3855 avtA malS FALSE 0.075 174.000 0.085 1.000 N NA
 348798 348799 t3858 t3859 xylA xylB TRUE 0.582 100.000 0.034 1.000 Y NA
 348799 348800 t3859 t3860 xylB yiaB FALSE 0.176 175.000 0.143 NA   NA
 348801 348802 t3862 t3863   glyQ FALSE 0.102 139.000 0.010 NA   NA
 348802 348803 t3863 t3864 glyQ glyS TRUE 0.998 10.000 0.651 0.000 Y NA
 348803 2200751 t3864 t3865 glyS   FALSE 0.008 360.000 0.000 NA   NA
 2200751 348804 t3865 t3866   yafP FALSE 0.184 145.000 0.000 NA   NA
 348804 348805 t3866 t3867 yafP   FALSE 0.099 178.000 0.000 1.000   NA
 348805 348806 t3867 t3868     TRUE 0.988 -12.000 0.800 NA   NA
 348807 348808 t3869 t3870   cspA FALSE 0.096 176.000 0.000 NA   NA
 348808 348809 t3870 t3871 cspA   FALSE 0.293 213.000 0.000 0.048 Y NA
 348811 348812 t3873 t3874 yiaE yiaD FALSE 0.022 219.000 0.000 1.000 N NA
 348814 348815 t3876 t3877 yiaC tag TRUE 0.760 -22.000 0.028 1.000   NA
 348816 348817 t3878 t3879 yhjY yhjW FALSE 0.034 231.000 0.000 1.000   NA
 348817 400791 t3879 t3880 yhjW tRNA-Pro FALSE 0.293 91.000 0.000 NA   NA
 348818 348819 t3881 t3882     TRUE 0.924 -3.000 0.000 NA   NA
 348820 2200752 t3883 t3884     FALSE 0.414 58.000 0.000 NA   NA
 2200752 348821 t3884 t3885   dppA FALSE 0.005 556.000 0.000 NA   NA
 348821 348822 t3885 t3886 dppA dppB TRUE 0.622 157.000 0.087 0.044 Y NA
 348822 348823 t3886 t3887 dppB dppC TRUE 0.998 10.000 0.779 0.044 Y NA
 348823 348824 t3887 t3888 dppC dppD TRUE 0.993 11.000 0.560 1.000 Y NA
 348824 348825 t3888 t3889 dppD dppF TRUE 0.999 -3.000 0.500 0.001 Y NA
 348826 2200753 t3890 t3892 yhjV   FALSE 0.252 121.000 0.000 NA   NA
 348828 348829 t3893 t3894 yhjU   TRUE 0.948 -3.000 0.105 NA   NA
 348829 348830 t3894 t3895   yhjS TRUE 0.943 -3.000 0.095 NA   NA
 348831 348832 t3896 t3897   yhjQ TRUE 0.987 1.000 0.464 NA   NA
 348832 348833 t3897 t3898 yhjQ yhjO TRUE 0.987 -3.000 0.545 NA N NA
 348833 348834 t3898 t3899 yhjO yhjN TRUE 0.965 11.000 0.000 0.001   NA
 348834 348835 t3899 t3900 yhjN yhjM TRUE 0.909 4.000 0.000 1.000   NA
 348835 2200754 t3900 t3901 yhjM yhjL FALSE 0.291 93.000 0.000 NA   NA
 2200754 348836 t3901 t3902 yhjL yhjK FALSE 0.049 207.000 0.000 NA   NA
 348836 348837 t3902 t3903 yhjK dctA FALSE 0.214 201.000 0.229 0.075 N NA
 348837 348838 t3903 t3904 dctA yhjJ FALSE 0.052 220.000 0.088 1.000   NA
 348840 348841 t3906 t3907 yhjH   FALSE 0.164 110.000 0.000 NA N NA
 348842 348843 t3908 t3909 yhjE yhjD FALSE 0.010 351.000 0.000 1.000   NA
 348843 348844 t3909 t3910 yhjD yhjC FALSE 0.436 73.000 0.098 1.000   NA
 348849 348850 t3915 t3916     FALSE 0.242 176.000 0.286 1.000 N NA
 348850 2200755 t3916 t3917     TRUE 0.810 -67.000 0.000 NA   NA
 348851 348852 t3918 t3919 gor   FALSE 0.391 105.000 0.100 1.000   NA
 348852 348853 t3919 t3920     FALSE 0.252 121.000 0.000 NA   NA
 348854 348855 t3921 t3922   prlC FALSE 0.122 163.000 0.000 NA   NA
 348855 348856 t3922 t3923 prlC   TRUE 0.917 7.000 0.098 NA   NA
 348857 348858 t3924 t3925   uspA FALSE 0.006 325.000 0.000 1.000 N NA
 348861 348862 t3928 t3929     FALSE 0.291 100.000 0.000 NA   NA
 2200756 348863 t3930 t3931     FALSE 0.434 55.000 0.000 NA   NA
 348863 348864 t3931 t3932     TRUE 0.543 39.000 0.000 NA   NA
 348864 348865 t3932 t3933     TRUE 0.766 10.000 0.000 NA N NA
 348865 348866 t3933 t3934     TRUE 0.673 16.000 0.000 1.000 N NA
 348867 348868 t3935 t3936     TRUE 0.970 -3.000 0.000 0.075   NA
 348868 2200757 t3936 t3937     TRUE 0.924 0.000 0.000 NA   NA
 348869 348870 t3938 t3939 nikR   FALSE 0.046 91.000 0.010 1.000 N NA
 348870 348871 t3939 t3940     FALSE 0.455 52.000 0.000 NA   NA
 348873 348874 t3942 t3943     FALSE 0.330 73.000 0.066 NA   NA
 348876 348877 t3945 t3946     FALSE 0.034 197.000 0.000 1.000 N NA
 348877 348878 t3946 t3947     TRUE 0.807 81.000 0.325 0.071   NA
 348880 348881 t3949 t3950   yhhF TRUE 0.849 -13.000 0.063 NA   NA
 348882 348883 t3951 t3952 ftsY ftsE TRUE 0.964 3.000 0.117 0.070 N NA
 348883 348884 t3952 t3953 ftsE ftsX TRUE 0.981 -7.000 0.121 1.000 Y NA
 348884 348885 t3953 t3954 ftsX rpoH FALSE 0.010 246.000 0.051 1.000 N NA
 348885 2200758 t3954 t3955 rpoH livJ FALSE 0.011 328.000 0.000 NA   NA
 348886 348887 t3956 t3957   yhhK TRUE 0.836 -22.000 0.000 NA   NA
 348888 348889 t3958 t3959 livK livH TRUE 0.864 60.000 0.217 1.000 Y NA
 348889 348890 t3959 t3960 livH livM TRUE 0.998 -3.000 0.574 0.044 Y NA
 348890 348891 t3960 t3961 livM livG TRUE 0.997 -3.000 0.574 1.000 Y NA
 348891 348892 t3961 t3962 livG livF TRUE 0.999 2.000 0.967 0.012 Y NA
 348892 348893 t3962 t3963 livF   FALSE 0.118 164.000 0.000 NA   NA
 348893 348894 t3963 t3964   ugpB FALSE 0.031 232.000 0.000 NA   NA
 348894 348895 t3964 t3965 ugpB ugpA TRUE 0.964 105.000 0.793 0.044 Y NA
 348895 348896 t3965 t3966 ugpA ugpE TRUE 0.997 -3.000 0.306 0.044 Y NA
 348896 348897 t3966 t3967 ugpE ugpC TRUE 0.996 3.000 0.272 0.044 Y NA
 348897 348898 t3967 t3968 ugpC ugpQ TRUE 0.892 -3.000 0.080 1.000 N NA
 348901 348902 t3971 t3972     TRUE 0.922 -3.000 0.067 NA   NA
 348902 348903 t3972 t3973     FALSE 0.441 54.000 0.000 NA   NA
 348903 348904 t3973 t3974     TRUE 0.785 16.000 0.000 NA   NA
 348904 348905 t3974 t3975     FALSE 0.012 265.000 0.000 1.000 N NA
 348906 348907 t3976 t3977     FALSE 0.245 124.000 0.000 NA   NA
 348907 348908 t3977 t3978   gntR FALSE 0.008 367.000 0.000 NA   NA
 348908 348909 t3978 t3980 gntR gntK FALSE 0.126 139.000 0.000 1.000 N NA
 348909 348910 t3980 t3979 gntK gntU TRUE 0.982 -3.000 0.000 1.000 Y NA
 348910 348911 t3979 t3981 gntU asd FALSE 0.026 423.000 0.000 1.000 Y NA
 348911 348912 t3981 t3982 asd glgB FALSE 0.004 376.000 0.000 1.000 N NA
 348912 348913 t3982 t3983 glgB glgX TRUE 0.994 -3.000 0.098 0.003 Y NA
 348913 348914 t3983 t3984 glgX glgC TRUE 0.977 15.000 0.228 1.000 Y NA
 348914 348915 t3984 t3985 glgC glgA TRUE 0.994 0.000 0.307 1.000 Y NA
 348915 348916 t3985 t3986 glgA glgP TRUE 0.964 20.000 0.228 1.000 Y NA
 348918 348919 t3988 t3989 glpE glpG TRUE 0.757 76.000 0.405 1.000   NA
 348919 348920 t3989 t3990 glpG glpR TRUE 0.535 93.000 0.190 1.000   NA
 348922 348923 t3992 t3993 malP malQ TRUE 0.990 10.000 0.137 0.014 Y NA
 348924 348925 t3994 t3995 gntT   FALSE 0.009 377.000 0.000 1.000   NA
 348925 348926 t3995 t3996     FALSE 0.418 59.000 0.066 1.000   NA
 348928 348929 t3998 t3999   yhgG FALSE 0.030 235.000 0.000 NA   NA
 348929 348930 t3999 t4000 yhgG feoB TRUE 0.970 13.000 0.455 NA   NA
 348930 348931 t4000 t4001 feoB feoA TRUE 0.959 19.000 0.177 1.000 Y NA
 348931 348932 t4001 t4002 feoA   FALSE 0.003 437.000 0.000 1.000 N NA
 348932 348933 t4002 t4003   greB TRUE 0.723 99.000 0.123 1.000 Y NA
 348934 348935 t4004 t4005 ompR envZ TRUE 0.997 -3.000 0.584 1.000 Y NA
 348938 348939 t4008 t4009   hslR TRUE 0.724 25.000 0.140 1.000 N NA
 348939 348940 t4009 t4010 hslR yrfG TRUE 0.845 11.000 0.056 1.000   NA
 348940 348941 t4010 t4011 yrfG yrfF TRUE 0.805 23.000 0.122 1.000   NA
 348944 348945 t4014 t4016 yrfD yrfC TRUE 0.994 0.000 0.870 NA   NA
 348945 348946 t4016 t4015 yrfC yrfB TRUE 0.966 -16.000 0.348 NA   NA
 348946 348947 t4015 t4017 yrfB yrfA TRUE 0.979 -10.000 0.444 NA   NA
 348947 348948 t4017 t4018 yrfA hofQ TRUE 0.817 -85.000 0.072 NA   NA
 348948 348949 t4018 t4019 hofQ aroK FALSE 0.018 465.000 0.319 1.000 N NA
 348949 348950 t4019 t4020 aroK aroB TRUE 0.871 57.000 0.208 1.000 Y NA
 348950 348951 t4020 t4021 aroB damX FALSE 0.170 98.000 0.022 NA   NA
 348951 348952 t4021 t4022 damX dam FALSE 0.240 181.000 0.234 NA   NA
 348952 348953 t4022 t4023 dam rpe FALSE 0.452 18.000 0.040 1.000 N NA
 348953 348954 t4023 t4025 rpe gph TRUE 0.937 -7.000 0.120 1.000   NA
 348954 348955 t4025 t4024 gph trpS TRUE 0.936 -7.000 0.118 1.000   NA
 348956 2200759 t4026 t4027 yhfL bigA FALSE 0.063 194.000 0.000 NA   NA
 2200759 348957 t4027 t4028 bigA cysG FALSE 0.011 327.000 0.000 NA   NA
 348957 348958 t4028 t4029 cysG nirC TRUE 0.799 12.000 0.087 1.000 N NA
 348958 348959 t4029 t4030 nirC nirD TRUE 0.525 182.000 0.283 1.000 Y NA
 348959 348960 t4030 t4031 nirD nirB TRUE 0.997 -3.000 0.829 0.000 N NA
 348960 348961 t4031 t4032 nirB yhfC FALSE 0.007 317.000 0.000 1.000 N NA
 348962 348963 t4033 t4034 ppiA yhfG TRUE 0.685 109.000 0.364 NA   NA
 348963 348964 t4034 t4035 yhfG fic TRUE 0.965 -10.000 0.286 NA   NA
 348964 348965 t4035 t4036 fic pabA FALSE 0.145 32.000 0.008 1.000 N NA
 348965 348966 t4036 t4037 pabA argD TRUE 0.694 86.000 0.088 1.000 Y NA
 2200760 348967 t4038 t4039 yhfK crp TRUE 0.472 49.000 0.000 NA   NA
 348969 348970 t4041 t4042 prkB yheU TRUE 0.781 52.000 0.303 NA   NA
 348970 2200761 t4042 t4043 yheU yheT TRUE 0.924 -3.000 0.000 NA   NA
 348971 348972 t4044 t4045     FALSE 0.312 83.000 0.000 NA   NA
 348974 348975 t4047 t4048 yheR kefB TRUE 0.995 0.000 0.927 1.000   NA
 348975 348976 t4048 t4049 kefB yheV TRUE 0.976 10.000 0.400 1.000   NA
 348976 348977 t4049 t4050 yheV slyD TRUE 0.699 95.000 0.370 1.000   NA
 348979 348980 t4052 t4053 fkpA yheO FALSE 0.075 277.000 0.310 NA   NA
 348980 348981 t4053 t4054 yheO yheN TRUE 0.974 0.000 0.220 NA   NA
 348981 348982 t4054 t4055 yheN yheM TRUE 0.998 0.000 0.790 NA Y NA
 348982 348983 t4055 t4056 yheM yheL TRUE 0.996 8.000 0.804 NA Y NA
 348983 348984 t4056 t4057 yheL rpsL FALSE 0.109 126.000 0.058 NA N NA
 348984 348985 t4057 t4058 rpsL rpsG TRUE 0.965 96.000 0.620 0.002 Y NA
 348985 348986 t4058 t4059 rpsG fusA TRUE 0.912 97.000 0.579 1.000 Y NA
 348986 348987 t4059 t4060 fusA tufA TRUE 0.960 72.000 0.400 0.001 Y NA
 348987 348988 t4060 t4061 tufA yheA FALSE 0.005 185.000 0.007 NA N NA
 348988 348989 t4061 t4062 yheA bfr TRUE 0.620 73.000 0.033 NA Y NA
 348991 348992 t4064 t4065 rpsJ rplC TRUE 0.974 33.000 0.307 0.014 Y NA
 348992 348993 t4065 t4066 rplC rplD TRUE 0.996 11.000 0.486 0.011 Y NA
 348993 348994 t4066 t4067 rplD rplW TRUE 0.998 -3.000 0.513 0.011 Y NA
 348994 348995 t4067 t4068 rplW rplB TRUE 0.996 18.000 0.849 0.013 Y NA
 348995 348996 t4068 t4069 rplB rpsS TRUE 0.996 17.000 0.820 0.014 Y NA
 348996 348997 t4069 t4070 rpsS rplV TRUE 0.996 15.000 0.769 0.014 Y NA
 348997 348998 t4070 t4071 rplV rpsC TRUE 0.995 18.000 0.719 0.014 Y NA
 348998 348999 t4071 t4072 rpsC rplP TRUE 0.997 13.000 0.828 0.014 Y NA
 348999 349000 t4072 t4073 rplP rpmC TRUE 0.999 0.000 0.802 0.011 Y NA
 349000 349001 t4073 t4074 rpmC rpsQ TRUE 0.999 0.000 0.828 0.011 Y NA
 349001 349002 t4074 t4075 rpsQ rplN TRUE 0.902 164.000 0.791 0.014 Y NA
 349002 349003 t4075 t4076 rplN rplX TRUE 0.998 11.000 0.810 0.014 Y NA
 349003 349004 t4076 t4077 rplX rplE TRUE 0.997 15.000 0.758 0.011 Y NA
 349004 349005 t4077 t4078 rplE rpsN TRUE 0.994 15.000 0.496 0.011 Y NA
 349005 349006 t4078 t4079 rpsN rpsH TRUE 0.983 34.000 0.473 0.011 Y NA
 349006 349007 t4079 t4080 rpsH rplF TRUE 0.997 13.000 0.808 0.011 Y NA
 349007 349008 t4080 t4081 rplF rplR TRUE 0.980 10.000 0.008 0.011 Y NA
 349008 349009 t4081 t4082 rplR rpsE TRUE 0.967 15.000 0.007 0.014 Y NA
 349009 349010 t4082 t4083 rpsE rpmD TRUE 0.998 4.000 0.789 0.014 Y NA
 349010 349011 t4083 t4084 rpmD rplO TRUE 0.998 4.000 0.653 0.002 Y NA
 349011 349012 t4084 t4085 rplO prlA TRUE 0.986 8.000 0.730 1.000 N NA
 349012 349013 t4085 t4086 prlA rpmJ FALSE 0.268 32.000 0.036 1.000 N NA
 349013 349014 t4086 t4087 rpmJ rpsM TRUE 0.708 147.000 0.086 0.011 Y NA
 349014 349015 t4087 t4088 rpsM rpsK TRUE 0.996 17.000 0.810 0.011 Y NA
 349015 349016 t4088 t4089 rpsK rpsD TRUE 0.984 34.000 0.509 0.014 Y NA
 349016 349017 t4089 t4090 rpsD rpoA TRUE 0.928 26.000 0.549 1.000 N NA
 349017 349018 t4090 t4091 rpoA rplQ TRUE 0.927 41.000 0.873 1.000 N NA
 349018 349019 t4091 t4092 rplQ yhdN FALSE 0.157 107.000 0.012 NA   NA
 349019 349020 t4092 t4093 yhdN zntR TRUE 0.890 11.000 0.095 NA   NA
 349021 349022 t4094 t4095 mscL trkA FALSE 0.055 142.000 0.035 1.000 N NA
 349022 349023 t4095 t4096 trkA sun TRUE 0.725 22.000 0.122 1.000 N NA
 349023 349024 t4096 t4097 sun fmt TRUE 0.915 52.000 0.305 1.000 Y NA
 349024 349025 t4097 t4098 fmt fms TRUE 0.970 16.000 0.058 0.016 Y NA
 349026 349027 t4099 t4100   smg TRUE 0.892 -28.000 0.124 NA   NA
 349027 349028 t4100 t4101 smg yrdD TRUE 0.896 27.000 0.331 NA   NA
 349028 349029 t4101 t4102 yrdD yrdC TRUE 0.911 5.000 0.137 NA N NA
 349029 349030 t4102 t4103 yrdC aroE TRUE 0.854 5.000 0.087 NA N NA
 349030 349031 t4103 t4104 aroE yrdB TRUE 0.889 -3.000 0.043 NA   NA
 2200762 400792 t4106 t4107   tRNA-Glu FALSE 0.302 87.000 0.000 NA   NA
 400792 2200763 t4107 t4108 tRNA-Glu   FALSE 0.063 194.000 0.000 NA   NA
 2200763 406789 t4108 t4655   rrf FALSE 0.292 101.000 0.000 NA   NA
 349034 349035 t4110 t4111 metA aceB FALSE 0.011 269.000 0.000 1.000 N NA
 349035 349036 t4111 t4112 aceB aceA TRUE 0.909 32.000 0.129 1.000 Y NA
 349036 349037 t4112 t4113 aceA aceK FALSE 0.053 101.000 0.016 1.000 N NA
 349039 349040 t4115 t4116 metH yjbB FALSE 0.002 257.000 0.006 1.000 N NA
 349042 349043 t4118 t4119     TRUE 0.573 35.000 0.000 NA   NA
 349043 349044 t4119 t4120   yjbC TRUE 0.485 47.000 0.000 NA   NA
 349045 349046 t4121 t4122     FALSE 0.384 63.000 0.000 NA   NA
 349046 349047 t4122 t4123     TRUE 0.868 -13.000 0.000 1.000   NA
 349047 349048 t4123 t4124     TRUE 0.909 17.000 0.000 0.043   NA
 349048 349049 t4124 t4125     TRUE 0.679 24.000 0.000 NA   NA
 349049 349050 t4125 t4126   lysC FALSE 0.002 508.000 0.000 NA N NA
 349051 349052 t4127 t4128 pgi   FALSE 0.006 441.000 0.000 NA   NA
 349052 349053 t4128 t4129     TRUE 0.884 64.000 0.778 NA   NA
 349053 349054 t4129 t4130     TRUE 0.995 -3.000 1.000 NA   NA
 349054 349055 t4130 t4131     TRUE 0.959 0.000 0.140 NA   NA
 349055 349056 t4131 t4132     FALSE 0.191 143.000 0.000 NA   NA
 349057 349058 t4133 t4134 malG malF TRUE 0.996 15.000 0.814 0.043 Y NA
 349058 349059 t4134 t4135 malF malE TRUE 0.552 132.000 0.060 1.000 Y NA
 349060 349061 t4136 t4137 malK lamB TRUE 0.843 90.000 0.133 0.053 Y NA
 349061 349062 t4137 t4138 lamB malM FALSE 0.252 164.000 0.171 1.000   NA
 349062 349063 t4138 t4139 malM ubiC FALSE 0.047 181.000 0.025 NA   NA
 349063 349064 t4139 t4140 ubiC ubiA TRUE 0.979 14.000 0.248 NA Y NA
 349066 349067 t4142 t4143 dgkA lexA FALSE 0.347 109.000 0.141 1.000 N NA
 349067 349068 t4143 t4144 lexA dinF FALSE 0.021 179.000 0.033 1.000 N NA
 349068 349069 t4144 t4145 dinF   TRUE 0.924 0.000 0.000 NA   NA
 349069 349070 t4145 t4146     TRUE 0.738 19.000 0.000 NA   NA
 349072 349073 t4148 t4149   yjbN FALSE 0.188 88.000 0.017 1.000   NA
 349073 349074 t4149 t4150 yjbN yjbO FALSE 0.111 168.000 0.070 NA   NA
 349076 349077 t4152 t4153 dnaB alr TRUE 0.835 32.000 0.317 1.000 N NA
 349077 349078 t4153 t4154 alr tyrB FALSE 0.128 186.000 0.181 1.000 N NA
 349078 349079 t4154 t4155 tyrB aphA FALSE 0.047 187.000 0.026 1.000   NA
 349079 349080 t4155 t4156 aphA   FALSE 0.118 129.000 0.009 NA   NA
 349080 349081 t4156 t4157     TRUE 0.828 3.000 0.018 NA   NA
 349082 349083 t4158 t4159     TRUE 0.990 -13.000 1.000 NA   NA
 349083 349084 t4159 t4160   uvrA FALSE 0.111 132.000 0.003 NA   NA
 349085 349086 t4161 t4162 ssb   FALSE 0.003 1053.000 0.000 NA   NA
 349086 349087 t4162 t4163     TRUE 0.924 -3.000 0.000 NA   NA
 349087 349088 t4163 t4164     TRUE 0.901 -10.000 0.091 NA   NA
 349088 349089 t4164 t4165     TRUE 0.990 -3.000 0.667 1.000 N NA
 349089 349090 t4165 t4166     TRUE 0.898 17.000 0.000 0.074   NA
 349090 349091 t4166 t4167     TRUE 0.733 58.000 0.000 0.004   NA
 349091 349092 t4167 t4168     TRUE 0.559 40.000 0.000 1.000   NA
 349096 349097 t4172 t4173 soxR   FALSE 0.002 293.000 0.028 NA N NA
 349097 349098 t4173 t4174     FALSE 0.009 347.000 0.000 NA   NA
 349098 349099 t4174 t4175     FALSE 0.449 105.000 0.130 1.000   NA
 349101 349102 t4177 t4178     TRUE 0.992 -7.000 0.840 1.000   NA
 349103 349104 t4179 t4180     TRUE 0.993 -3.000 0.733 NA   NA
 349104 349105 t4180 t4181   acs FALSE 0.055 239.000 0.147 NA   NA
 349106 349107 t4182 t4183   nrfA FALSE 0.291 99.000 0.000 NA   NA
 349107 349108 t4183 t4184 nrfA nrfB TRUE 0.643 112.000 0.000 0.001   NA
 349108 349109 t4184 t4185 nrfB nrfC TRUE 0.983 -3.000 0.000 0.001   NA
 349109 349110 t4185 t4186 nrfC nrfD TRUE 0.997 -3.000 0.927 0.001 N NA
 349110 349111 t4186 t4187 nrfD   TRUE 0.973 -7.000 0.400 1.000 N NA
 349111 349112 t4187 t4188     TRUE 0.984 -10.000 0.214 NA Y NA
 349112 349113 t4188 t4189   nrfG TRUE 0.996 -3.000 0.464 NA Y NA
 349113 349114 t4189 t4190 nrfG gltP FALSE 0.006 345.000 0.000 1.000 N NA
 349115 349116 t4191 t4192 yjcO fdhF FALSE 0.102 177.000 0.000 1.000   NA
 349116 349117 t4192 t4193 fdhF   FALSE 0.011 339.000 0.000 1.000   NA
 349117 349118 t4193 t4194   phnO FALSE 0.012 258.000 0.000 1.000 N NA
 349118 349119 t4194 t4195 phnO phnB FALSE 0.249 122.000 0.000 NA   NA
 349119 349120 t4195 t4196 phnB phnA FALSE 0.135 120.000 0.013 NA   NA
 349122 349123 t4198 t4199 pmrB pmrA TRUE 0.989 1.000 0.000 0.074 Y NA
 349123 349124 t4199 t4200 pmrA   TRUE 0.930 -3.000 0.000 1.000   NA
 349124 349125 t4200 t4201     FALSE 0.234 134.000 0.000 1.000   NA
 349125 349126 t4201 t4202   adiY FALSE 0.286 140.000 0.167 1.000 N NA
 349126 349127 t4202 t4203 adiY adi FALSE 0.008 297.000 0.000 1.000 N NA
 349127 349128 t4203 t4204 adi melR FALSE 0.018 230.000 0.000 1.000 N NA
 349129 349130 t4205 t4206 melA melB TRUE 0.811 84.000 0.214 1.000 Y NA
 349131 349132 t4207 t4208 fumB dcuB FALSE 0.190 96.000 0.022 1.000   NA
 349132 349133 t4208 t4209 dcuB   FALSE 0.175 147.000 0.000 NA   NA
 349133 349134 t4209 t4210   dcuR FALSE 0.012 317.000 0.000 NA   NA
 349134 349135 t4210 t4211 dcuR dcuS TRUE 0.991 -3.000 0.086 0.064 Y NA
 2200764 2200765 t4212 t4213 dmsA dmsB TRUE 0.818 14.000 0.000 NA   NA
 2200765 349136 t4213 t4214 dmsB dmsC TRUE 0.903 -4.000 0.000 NA   NA
 349136 349137 t4214 t4215 dmsC   TRUE 0.974 -18.000 0.444 1.000   NA
 349140 349141 t4218 t4219     TRUE 0.865 -12.000 0.000 NA   NA
 349141 349142 t4219 t4220     TRUE 0.690 23.000 0.000 NA   NA
 349142 349143 t4220 t4221     TRUE 0.974 -3.000 0.000 0.019   NA
 349143 349144 t4221 t4222     FALSE 0.020 266.000 0.000 NA   NA
 349145 349146 t4223 t4224     TRUE 0.930 -3.000 0.000 1.000   NA
 349148 349149 t4226 t4227     TRUE 0.917 -3.000 0.100 1.000 N NA
 349149 349150 t4227 t4228     TRUE 0.961 -7.000 0.000 0.047   NA
 349150 349151 t4228 t4229     FALSE 0.106 169.000 0.000 NA   NA
 349151 349152 t4229 t4230     FALSE 0.235 128.000 0.000 NA   NA
 349152 349153 t4230 t4231     FALSE 0.308 85.000 0.000 NA   NA
 349153 349154 t4231 t4232     FALSE 0.025 245.000 0.000 NA   NA
 349154 349155 t4232 t4233     FALSE 0.004 586.000 0.000 NA   NA
 349155 349156 t4233 t4234   topB TRUE 0.697 111.000 0.400 NA   NA
 349156 349157 t4234 t4235 topB   FALSE 0.004 668.000 0.000 NA   NA
 349157 349158 t4235 t4236     TRUE 0.579 81.000 0.214 NA   NA
 349158 349159 t4236 t4237   ssb TRUE 0.827 13.000 0.000 NA   NA
 349159 2200766 t4237 t4238 ssb   FALSE 0.369 66.000 0.000 NA   NA
 2200766 349160 t4238 t4239   pilL FALSE 0.113 165.000 0.000 NA   NA
 349160 349161 t4239 t4240 pilL pilM TRUE 0.909 3.000 0.000 NA   NA
 2200768 349162 t4242 t4243 pilN' pilO TRUE 0.891 -7.000 0.000 NA   NA
 349162 349163 t4243 t4244 pilO pilP FALSE 0.290 98.000 0.000 NA   NA
 349163 349164 t4244 t4245 pilP pilQ TRUE 0.870 10.000 0.000 NA   NA
 349164 349165 t4245 t4246 pilQ pilR TRUE 0.982 -3.000 0.000 1.000 Y NA
 349165 349166 t4246 t4247 pilR pilS TRUE 0.924 0.000 0.000 NA   NA
 349166 349167 t4247 t4248 pilS pilT TRUE 0.870 10.000 0.000 NA   NA
 349167 349168 t4248 t4249 pilT pilU TRUE 0.924 -3.000 0.000 NA   NA
 349168 349169 t4249 t4250 pilU pilV TRUE 0.924 -3.000 0.000 NA   NA
 349169 349170 t4250 t4252 pilV rci FALSE 0.009 348.000 0.000 NA   NA
 349170 349171 t4252 t4253 rci pilK FALSE 0.289 97.000 0.000 NA   NA
 349171 349172 t4253 t4254 pilK   FALSE 0.045 212.000 0.000 NA   NA
 349172 349173 t4254 t4255     FALSE 0.005 507.000 0.000 NA   NA
 349173 349174 t4255 t4256     TRUE 0.898 19.000 0.222 NA   NA
 349174 349175 t4256 t4257     TRUE 0.686 114.000 0.400 NA   NA
 349175 349176 t4257 t4258     TRUE 0.566 36.000 0.000 NA   NA
 349176 349177 t4258 t4259     TRUE 0.870 10.000 0.000 NA   NA
 349177 349178 t4259 t4260     TRUE 0.740 20.000 0.000 1.000   NA
 349178 349179 t4260 t4261     TRUE 0.924 -3.000 0.000 NA   NA
 349179 349180 t4261 t4262     FALSE 0.039 219.000 0.000 NA   NA
 349180 349181 t4262 t4263     TRUE 0.924 0.000 0.000 NA   NA
 349181 349182 t4263 t4264     TRUE 0.621 30.000 0.000 NA   NA
 349182 349183 t4264 t4265     FALSE 0.008 381.000 0.000 NA   NA
 349183 349184 t4265 t4266     TRUE 0.924 0.000 0.000 NA   NA
 349184 349185 t4266 t4268     TRUE 0.873 -10.000 0.000 NA   NA
 349185 349186 t4268 t4267     TRUE 0.891 -7.000 0.000 NA   NA
 349186 349187 t4267 t4269     TRUE 0.955 -3.000 0.125 NA   NA
 349187 349188 t4269 t4270     TRUE 0.924 -3.000 0.000 NA   NA
 349188 349189 t4270 t4271     TRUE 0.483 155.000 0.375 NA   NA
 349189 349190 t4271 t4272     FALSE 0.145 155.000 0.000 NA   NA
 349190 349191 t4272 t4273     TRUE 0.924 -3.000 0.000 NA   NA
 349191 349192 t4273 t4274     TRUE 0.976 15.000 0.611 NA   NA
 349192 349193 t4274 t4275     TRUE 0.988 -3.000 0.444 NA   NA
 349193 349194 t4275 t4276     TRUE 0.966 4.000 0.222 NA   NA
 349194 349195 t4276 t4277     FALSE 0.028 239.000 0.000 NA   NA
 349195 349196 t4277 t4278     TRUE 0.851 12.000 0.000 1.000   NA
 349198 349199 t4280 t4281     FALSE 0.005 517.000 0.000 NA   NA
 349199 349200 t4281 t4282     FALSE 0.289 96.000 0.000 NA   NA
 349200 349201 t4282 t4283     FALSE 0.005 466.000 0.000 NA   NA
 349201 349202 t4283 t4284     TRUE 0.989 -3.000 0.500 NA   NA
 349202 349203 t4284 t4285     TRUE 0.784 78.000 0.500 NA   NA
 349203 349204 t4285 t4286     TRUE 0.600 89.000 0.250 NA   NA
 349204 349205 t4286 t4287     TRUE 0.647 72.000 0.250 NA   NA
 349205 349206 t4287 t4288     TRUE 0.845 74.000 0.667 NA   NA
 349206 349207 t4288 t4289     TRUE 0.517 42.000 0.000 NA   NA
 349208 349209 t4290 t4291   samB FALSE 0.227 132.000 0.000 NA   NA
 349209 2200769 t4291 t4339 samB samA TRUE 0.924 0.000 0.000 NA   NA
 349211 349212 t4294 t4295     TRUE 0.730 68.000 0.333 NA   NA
 349212 349213 t4295 t4296     TRUE 0.993 -3.000 0.750 NA   NA
 349213 349214 t4296 t4297     TRUE 0.989 0.000 0.500 NA   NA
 349214 349215 t4297 t4298     TRUE 0.989 -7.000 0.667 NA   NA
 349215 349216 t4298 t4299     TRUE 0.806 15.000 0.000 NA   NA
 349216 349217 t4299 t4300     FALSE 0.434 55.000 0.000 NA   NA
 349217 349218 t4300 t4301     TRUE 0.870 10.000 0.000 NA   NA
 349218 2200770 t4301 t4302   'pin FALSE 0.293 103.000 0.000 NA   NA
 349220 349221 t4304 t4305     TRUE 0.887 7.000 0.000 NA   NA
 349221 349222 t4305 t4306     TRUE 0.924 -3.000 0.000 NA   NA
 349222 349223 t4306 t4307     TRUE 0.891 -7.000 0.000 NA   NA
 349223 349224 t4307 t4308     TRUE 0.858 -13.000 0.000 NA   NA
 349224 349225 t4308 t4309     TRUE 0.989 -3.000 0.500 NA   NA
 349225 349226 t4309 t4310     TRUE 0.856 69.000 0.667 NA   NA
 349227 349228 t4312 t4313     TRUE 0.924 0.000 0.000 NA   NA
 349228 349229 t4313 t4314   nucD TRUE 0.895 5.000 0.000 NA   NA
 349229 349230 t4314 t4315 nucD nucE TRUE 0.723 20.000 0.000 NA   NA
 349230 349231 t4315 t4316 nucE   TRUE 0.986 4.000 0.500 NA   NA
 349231 349232 t4316 t4317     TRUE 0.924 0.000 0.000 NA   NA
 349232 349233 t4317 t4318     TRUE 0.638 94.000 0.000 0.002   NA
 349233 349234 t4318 t4319     TRUE 0.909 4.000 0.000 1.000   NA
 349234 349235 t4319 t4320     TRUE 0.782 17.000 0.000 1.000   NA
 349236 349237 t4322 t4321     TRUE 0.924 -3.000 0.000 NA   NA
 349238 349239 t4323 t4324     TRUE 0.723 20.000 0.000 NA   NA
 349239 349240 t4324 t4325     TRUE 0.924 -3.000 0.000 NA   NA
 349240 349241 t4325 t4326     TRUE 0.870 10.000 0.000 NA   NA
 349241 2200772 t4326 t4327     FALSE 0.291 99.000 0.000 NA   NA
 2200772 349242 t4327 t4328     FALSE 0.108 168.000 0.000 NA   NA
 349242 349243 t4328 t4329     TRUE 0.881 -9.000 0.000 NA   NA
 349243 349244 t4329 t4330     TRUE 0.992 -3.000 0.000 0.011 Y NA
 349244 349245 t4330 t4331     TRUE 0.872 -3.000 0.000 1.000 N NA
 349245 349246 t4331 t4332     TRUE 0.924 0.000 0.000 NA   NA
 349246 349247 t4332 t4333     FALSE 0.360 68.000 0.000 NA   NA
 349247 349248 t4333 t4334     TRUE 0.817 -36.000 0.000 NA   NA
 349248 349249 t4334 t4335   cII TRUE 0.983 8.000 0.500 NA   NA
 349249 349250 t4335 t4336 cII apl TRUE 0.873 33.000 0.333 NA   NA
 349251 349252 t4337 t4338 cI   TRUE 0.988 4.000 0.400 0.047 N NA
 349252 349253 t4338 t4340     FALSE 0.004 728.000 0.000 NA   NA
 349253 349254 t4340 t4341     FALSE 0.030 236.000 0.000 NA   NA
 349254 349255 t4341 t4342     TRUE 0.874 11.000 0.082 NA   NA
 349255 349256 t4342 t4343   yjhP TRUE 0.960 0.000 0.038 0.005 N NA
 349257 349258 t4344 t4345 vexE vexD TRUE 0.740 20.000 0.000 1.000   NA
 349258 349259 t4345 t4346 vexD vexC TRUE 0.555 23.000 0.000 1.000 N NA
 349259 349260 t4346 t4347 vexC vexB TRUE 0.486 26.000 0.000 NA N NA
 349260 349261 t4347 t4348 vexB vexA TRUE 0.966 10.000 0.000 NA Y NA
 349261 349262 t4348 t4349 vexA tviE TRUE 0.828 45.000 0.080 1.000 Y NA
 349262 349263 t4349 t4350 tviE tviD TRUE 0.930 0.000 0.000 1.000   NA
 349263 349264 t4350 t4351 tviD tviC TRUE 0.698 24.000 0.000 1.000   NA
 349264 349265 t4351 t4352 tviC tviB TRUE 0.990 3.000 0.212 1.000 Y NA
 349265 349266 t4352 t4353 tviB tviA FALSE 0.025 245.000 0.000 NA   NA
 349267 349268 t4354 t4355     FALSE 0.241 125.000 0.000 NA   NA
 349268 349269 t4355 t4356     TRUE 0.846 -16.000 0.000 NA   NA
 349269 349270 t4356 t4357     FALSE 0.118 164.000 0.000 NA   NA
 349270 349271 t4357 t4358     FALSE 0.006 427.000 0.000 1.000   NA
 349271 349272 t4358 t4359     TRUE 0.930 -3.000 0.000 1.000   NA
 349273 349274 t4360 t4361     FALSE 0.004 637.000 0.000 NA   NA
 349274 349275 t4361 t4362     FALSE 0.315 81.000 0.000 NA   NA
 349276 349277 t4363 t4364   cII TRUE 0.924 -3.000 0.000 NA   NA
 349278 349279 t4365 t4366     FALSE 0.041 216.000 0.000 NA   NA
 349282 349283   t4371   int FALSE 0.012 311.000 0.000 NA   NA
 349283 400799 t4371 t4372 int tRNA-Phe FALSE 0.128 160.000 0.000 NA   NA
 400799 349284 t4372 t4373 tRNA-Phe yjdC FALSE 0.265 116.000 0.000 NA   NA
 349284 349285 t4373 t4374 yjdC dsbD TRUE 0.803 37.000 0.217 1.000   NA
 349285 349286 t4374 t4375 dsbD cutA TRUE 0.806 -24.000 0.092 1.000 N NA
 349286 349287 t4375 t4376 cutA dcuA FALSE 0.166 121.000 0.024 1.000   NA
 349287 349288 t4376 t4377 dcuA aspA TRUE 0.511 115.000 0.195 1.000   NA
 349288 349289 t4377 t4378 aspA   FALSE 0.400 33.000 0.015 NA   NA
 349292 349293 t4381 t4382 groES groEL TRUE 0.984 44.000 0.631 0.005 Y NA
 349293 349294 t4382 t4383 groEL yjeI FALSE 0.032 226.000 0.062 NA   NA
 349295 349296 t4384 t4385 yjeJ yjeK FALSE 0.017 282.000 0.000 NA   NA
 349297 349298 t4386 t4387 efp ecnA FALSE 0.245 61.000 0.007 1.000   NA
 349298 349299 t4387 t4388 ecnA ecnB TRUE 0.811 108.000 0.212 0.000   NA
 349302 349303 t4391 t4392 blc frdD FALSE 0.075 112.000 0.031 1.000 N NA
 349303 349304 t4392 t4393 frdD frdC TRUE 0.998 11.000 0.787 0.002 Y NA
 349304 349305 t4393 t4394 frdC frdB TRUE 0.996 11.000 0.454 0.002 Y NA
 349305 349306 t4394 t4395 frdB frdA TRUE 0.998 -7.000 0.470 0.002 Y NA
 349307 349308 t4396 t4397 yjeA yjeM FALSE 0.004 226.000 0.009 1.000 N NA
 349308 349309 t4397 t4398 yjeM yjeN TRUE 0.978 8.000 0.400 NA   NA
 349310 349311 t4399 t4400 yjeP psd TRUE 0.796 19.000 0.148 1.000 N NA
 349311 349312 t4400 t4401 psd yjeQ FALSE 0.378 92.000 0.095 1.000   NA
 400793 400794 t4404 t4405 tRNA-Gly tRNA-Gly FALSE 0.136 157.000 0.000 NA   NA
 349316 349317 t4406 t4408 yjeF yjeE TRUE 0.888 -28.000 0.118 NA   NA
 349317 349318 t4408 t4409 yjeE amiB TRUE 0.836 17.000 0.109 NA   NA
 349318 349319 t4409 t4410 amiB mutL TRUE 0.847 10.000 0.092 1.000 N NA
 349319 349320 t4410 t4411 mutL miaA TRUE 0.971 -7.000 0.188 0.067 N NA
 349320 349321 t4411 t4412 miaA hfQ TRUE 0.797 83.000 0.531 1.000   NA
 349321 349322 t4412 t4413 hfQ hflX TRUE 0.517 72.000 0.141 1.000   NA
 349322 349323 t4413 t4414 hflX hflK FALSE 0.192 215.000 0.184 0.068   NA
 349323 349324 t4414 t4415 hflK hflC TRUE 0.999 3.000 0.947 0.009 Y NA
 349324 349325 t4415 t4416 hflC yjeT TRUE 0.707 79.000 0.348 NA   NA
 349325 349326 t4416 t4417 yjeT purA FALSE 0.243 103.000 0.051 NA   NA
 349326 349327 t4417 t4418 purA yjeB FALSE 0.002 222.000 0.010 NA N NA
 349327 349328 t4418 t4419 yjeB rnr TRUE 0.802 38.000 0.038 NA Y NA
 349328 349329 t4419 t4420 rnr yjfH TRUE 0.619 91.000 0.147 0.012 N NA
 349329 349330 t4420 t4421 yjfH yjfI FALSE 0.110 132.000 0.002 NA   NA
 349330 2200774 t4421 t4422 yjfI yjfJ TRUE 0.806 15.000 0.000 NA   NA
 2200774 2200775 t4422 t4423 yjfJ   TRUE 0.924 0.000 0.000 NA   NA
 2200775 349331 t4423 t4424   yjfK TRUE 0.828 -27.000 0.000 NA   NA
 349331 349332 t4424 t4425 yjfK yjfL TRUE 0.945 18.000 0.379 NA   NA
 349332 349333 t4425 t4426 yjfL yjfM TRUE 0.979 10.000 0.470 NA   NA
 349333 349334 t4426 t4427 yjfM yjfC TRUE 0.909 3.000 0.000 NA   NA
 349334 349335 t4427 t4428 yjfC aidB FALSE 0.220 67.000 0.000 NA N NA
 349336 349337 t4429 t4430 yjfN yjfO TRUE 0.808 83.000 0.588 NA   NA
 349339 349340 t4432 t4433 yjfQ yjfR FALSE 0.320 105.000 0.071 1.000   NA
 349341 349342 t4434 t4435 ulaA sgaB TRUE 0.934 -216.000 0.000 0.011   NA
 349342 349343 t4435 t4436 sgaB sgaA TRUE 0.989 10.000 0.115 0.008 Y NA
 349343 349344 t4436 t4437 sgaA sgaH TRUE 0.984 14.000 0.328 1.000 Y NA
 349344 349345 t4437 t4438 sgaH sgaU TRUE 0.987 10.000 0.250 1.000 Y NA
 349345 349346 t4438 t4439 sgaU sgaE TRUE 0.991 0.000 0.200 1.000 Y NA
 349348 349349 t4441 t4442   rpsF FALSE 0.345 71.000 0.000 NA   NA
 349349 349350 t4442 t4443 rpsF priB TRUE 0.900 7.000 0.122 1.000 N NA
 349350 349351 t4443 t4444 priB rpsR TRUE 0.912 5.000 0.128 1.000 N NA
 349351 349352 t4444 t4445 rpsR rplI TRUE 0.979 42.000 0.499 0.010 Y NA
 349352 349353 t4445 t4446 rplI   FALSE 0.021 148.000 0.006 1.000 N NA
 349355 349356 t4448 t4449 fklB cycA FALSE 0.008 296.000 0.000 1.000 N NA
 349356 349357 t4449 t4450 cycA   FALSE 0.010 338.000 0.000 NA   NA
 349357 349358 t4450 t4451     TRUE 0.985 15.000 1.000 NA   NA
 349359 349360 t4452 t4453 ytfE ytfF FALSE 0.207 103.000 0.039 NA   NA
 349360 349361 t4453 t4454 ytfF ytfG FALSE 0.227 81.000 0.031 1.000   NA
 349367 349368 t4460 t4461 tnpA ytfL FALSE 0.057 198.000 0.000 NA   NA
 349368 349369 t4461 t4462 ytfL msrA FALSE 0.047 190.000 0.042 NA   NA
 349370 349371 t4463 t4464 ytfM ytfN TRUE 0.991 -3.000 0.575 NA   NA
 349371 349372 t4464 t4465 ytfN ytfP TRUE 0.958 3.000 0.167 NA   NA
 349373 349374 t4466 t4467     TRUE 0.930 -3.000 0.000 1.000   NA
 349374 349375 t4467 t4468   ppa FALSE 0.007 410.000 0.000 1.000   NA
 349375 349376 t4468 t4469 ppa fbp FALSE 0.011 227.000 0.043 1.000 N NA
 349379 349380 t4472 t4473 pmbA cybC FALSE 0.182 98.000 0.028 NA   NA
 349380 349381 t4473 t4474 cybC   FALSE 0.019 278.000 0.000 1.000   NA
 349381 349382 t4474 t4475     TRUE 0.988 11.000 0.821 NA   NA
 349382 349383 t4475 t4476     TRUE 0.994 0.000 0.893 NA   NA
 349383 349384 t4476 t4477     TRUE 0.971 23.000 0.897 NA   NA
 349384 349385 t4477 t4478     TRUE 0.988 12.000 0.966 NA   NA
 349385 349386 t4478 t4479     TRUE 0.828 59.000 0.475 NA   NA
 349386 349387 t4479 t4480     TRUE 0.986 -16.000 0.750 1.000   NA
 349387 349388 t4480 t4481     TRUE 0.993 -3.000 0.679 1.000   NA
 349388 349389 t4481 t4482     TRUE 0.929 -43.000 0.208 1.000   NA
 349389 349390 t4482 t4483   relB FALSE 0.428 78.000 0.172 NA N NA
 349390 349391 t4483 t4484 relB relE TRUE 0.987 -10.000 0.875 NA N NA
 349392 349393 t4485 t4486 nrdG nrdD TRUE 0.641 121.000 0.464 1.000 N NA
 349395 349396 t4488 t4489 treC treB TRUE 0.962 50.000 0.650 1.000 Y NA
 349396 349397 t4489 t4490 treB treR FALSE 0.297 138.000 0.168 1.000 N NA
 349399 349400 t4492 t4493   yjgF FALSE 0.299 75.000 0.057 NA   NA
 349400 349401 t4493 t4494 yjgF pyrI FALSE 0.243 77.000 0.084 NA N NA
 349401 349402 t4494 t4495 pyrI pyrB TRUE 0.992 13.000 0.197 0.000 Y NA
 349402 349403 t4495 t4496 pyrB pyrL FALSE 0.394 36.000 0.005 1.000   NA
 349403 349404 t4496 t4497 pyrL   TRUE 0.638 91.000 0.286 1.000   NA
 349404 349405 t4497 t4498     FALSE 0.146 187.000 0.143 1.000   NA
 349405 349406 t4498 t4499     TRUE 0.791 56.000 0.333 1.000   NA
 349406 349407 t4499 t4500     TRUE 0.879 112.000 0.444 1.000 Y NA
 349407 349408 t4500 t4501     TRUE 0.995 11.000 0.750 1.000 Y NA
 349411 349412 t4504 t4505   miaE FALSE 0.432 59.000 0.078 NA   NA
 349413 349414 t4506 t4507     FALSE 0.318 80.000 0.000 NA   NA
 349414 349415 t4507 t4508     FALSE 0.292 107.000 0.000 NA   NA
 349417 349418 t4510 t4511 valS holC TRUE 0.906 0.000 0.089 1.000 N NA
 349418 349419 t4511 t4512 holC   TRUE 0.696 98.000 0.494 1.000 N NA
 349420 349421 t4513 t4514     TRUE 0.996 0.000 0.631 0.068   NA
 349422 2200776 t4515 t4516     FALSE 0.378 64.000 0.000 NA   NA
 400795 349423 t4517 t4518 tRNA-Leu   FALSE 0.118 164.000 0.000 NA   NA
 349424 349425 t4519 t4520     TRUE 0.999 -3.000 0.500 0.000 Y NA
 349425 349426 t4520 t4521     TRUE 0.989 -25.000 0.429 1.000 Y NA
 349426 349427 t4521 t4522     FALSE 0.018 276.000 0.000 NA   NA
 349427 349428 t4522 t4523     TRUE 0.956 16.000 0.400 NA   NA
 349428 349429 t4523 t4524     TRUE 0.902 4.000 0.000 NA   NA
 349430 349431 t4525 t4526   cI FALSE 0.292 101.000 0.000 NA   NA
 349431 349432 t4526 t4527 cI   TRUE 0.924 -3.000 0.000 NA   NA
 349432 349433 t4527 t4528     TRUE 0.924 -3.000 0.000 NA   NA
 349433 2200777 t4528 t4529     TRUE 0.806 15.000 0.000 NA   NA
 2200777 349434 t4529 t4530     FALSE 0.037 222.000 0.000 NA   NA
 349434 349435 t4530 t4531     FALSE 0.295 90.000 0.000 NA   NA
 349435 2200778 t4531 t4532     FALSE 0.012 311.000 0.000 NA   NA
 2200778 2200779 t4532 t4533   sefA FALSE 0.006 447.000 0.000 NA   NA
 2200779 349436 t4533 t4534 sefA sefB FALSE 0.241 125.000 0.000 NA   NA
 349436 349437 t4534 t4536 sefB sefC TRUE 0.974 5.000 0.000 1.000 Y NA
 349437 2200780 t4536 t4535 sefC sefD TRUE 0.924 -3.000 0.000 NA   NA
 349438 349439 t4538 t4539     TRUE 0.861 -15.000 0.000 1.000   NA
 349439 2200782 t4539 t4540     FALSE 0.025 245.000 0.000 NA   NA
 2200782 349440 t4540 t4541     FALSE 0.070 190.000 0.000 NA   NA
 349440 2200783 t4541 t4542     FALSE 0.021 263.000 0.000 NA   NA
 349441 349442 t4543 t4544     TRUE 0.811 38.000 0.000 0.010   NA
 349442 349443 t4544 t4545     TRUE 0.846 13.000 0.080 NA   NA
 349444 349445 t4546 t4547     FALSE 0.323 78.000 0.000 NA   NA
 349445 349446 t4547 t4548     FALSE 0.124 162.000 0.000 NA   NA
 349447 349448 t4549 t4550     FALSE 0.006 413.000 0.000 NA   NA
 349448 349449 t4550 t4551     TRUE 0.883 8.000 0.000 NA   NA
 349450 349451 t4552 t4553     FALSE 0.008 361.000 0.000 NA   NA
 349451 349452 t4553 t4554     FALSE 0.045 211.000 0.000 NA   NA
 349456 349457 t4558 t4559     FALSE 0.019 269.000 0.000 NA   NA
 349457 349458 t4559 t4560     FALSE 0.028 239.000 0.000 NA   NA
 349459 349460 t4561 t4562   iadA FALSE 0.081 119.000 0.037 1.000 N NA
 349460 349461 t4562 t4563 iadA   TRUE 0.748 13.000 0.028 1.000   NA
 349461 349462 t4563 t4564     TRUE 0.976 -3.000 0.019 0.001   NA
 349462 349463 t4564 t4565     FALSE 0.016 285.000 0.000 NA   NA
 349463 349464 t4565 t4566     FALSE 0.201 140.000 0.000 NA   NA
 349464 349465 t4566 t4567     FALSE 0.038 220.000 0.000 NA   NA
 349465 349466 t4567 t4568     FALSE 0.302 87.000 0.000 NA   NA
 349467 2200784 t4569 t4570     FALSE 0.086 181.000 0.000 NA   NA
 349468 349469 t4571 t4572     FALSE 0.050 206.000 0.000 NA   NA
 349469 349470 t4572 t4573   yjiW FALSE 0.335 74.000 0.000 NA   NA
 349470 349471 t4573 t4574 yjiW hsdS FALSE 0.100 165.000 0.059 NA   NA
 349471 2200785 t4574 t4575 hsdS hsdM TRUE 0.924 -3.000 0.000 NA   NA
 2200785 349472 t4575 t4576 hsdM hsdR FALSE 0.132 158.000 0.000 NA   NA
 349473 349474 t4577 t4578 mrr   FALSE 0.023 253.000 0.000 NA   NA
 349474 349475 t4578 t4579     TRUE 0.984 -13.000 0.654 NA   NA
 349476 349477 t4580 t4581     TRUE 0.945 11.000 0.212 NA   NA
 349477 349478 t4581 t4582   cstA TRUE 0.772 95.000 0.531 NA   NA
 349479 349480 t4584 t4585 mdoB yjjA FALSE 0.016 283.000 0.000 NA   NA
 349480 349481 t4585 t4586 yjjA dnaC TRUE 0.793 58.000 0.368 NA   NA
 349481 349482 t4586 t4587 dnaC dnaT TRUE 0.992 3.000 0.778 NA   NA
 349482 349483 t4587 t4588 dnaT   FALSE 0.227 93.000 0.046 NA   NA
 349483 349484 t4588 t4589     TRUE 0.988 -9.000 0.704 NA   NA
 349485 349486 t4590 t4591     TRUE 0.998 9.000 0.889 0.018 Y NA
 349487 349488 t4592 t4593     FALSE 0.157 151.000 0.000 NA   NA
 349488 349489 t4593 t4594     FALSE 0.340 121.000 0.108 NA   NA
 400798 400797 t4596 t4597 tRNA-Leu tRNA-Leu TRUE 0.603 32.000 0.000 NA   NA
 400797 400796 t4597 t4598 tRNA-Leu tRNA-Leu TRUE 0.638 28.000 0.000 NA   NA
 400796 349491 t4598 t4599 tRNA-Leu   FALSE 0.067 191.000 0.000 NA   NA
 349492 349493 t4600 t4601 holD rimI TRUE 0.887 -55.000 0.121 1.000   NA
 349493 349494 t4601 t4602 rimI   TRUE 0.607 19.000 0.018 1.000   NA
 349494 349495 t4602 t4603   prfC FALSE 0.177 92.000 0.012 1.000   NA
 349495 349496 t4603 t4604 prfC osmY FALSE 0.007 402.000 0.000 NA   NA
 349496 349497 t4604 t4605 osmY   FALSE 0.189 111.000 0.035 NA   NA
 349497 349498 t4605 t4606     TRUE 0.484 124.000 0.211 NA   NA
 349498 349499 t4606 t4607     TRUE 0.912 -3.000 0.057 NA   NA
 349500 349501 t4608 t4609     TRUE 0.984 -28.000 0.810 NA   NA
 349502 349503 t4610 t4611 deoC deoA TRUE 0.801 123.000 0.286 1.000 Y NA
 349503 349504 t4611 t4612 deoA deoB TRUE 0.786 52.000 0.398 1.000 N NA
 349504 349505 t4612 t4613 deoB deoD FALSE 0.183 210.000 0.414 1.000 N NA
 349505 349506 t4613 t4614 deoD yafM FALSE 0.028 207.000 0.000 1.000 N NA
 349507 349508 t4615 t4616 lplA smp TRUE 0.571 34.000 0.066 NA   NA
 349509 349510 t4617 t4618 serB radA FALSE 0.072 84.000 0.024 1.000 N NA
 349510 349511 t4618 t4619 radA nadR FALSE 0.029 151.000 0.021 1.000 N NA
 349513 349514 t4621 t4622 slt trpR TRUE 0.534 58.000 0.167 1.000 N NA
 349517 349518 t4626 t4627 creA creB TRUE 0.748 13.000 0.038 NA   NA
 349518 349519 t4627 t4628 creB creC TRUE 0.998 0.000 0.776 1.000 Y NA
 349519 349520 t4628 t4629 creC creD TRUE 0.688 58.000 0.311 NA N NA
 2200788 349521 t4630 t4631 sthE sthD TRUE 0.528 41.000 0.000 NA   NA
 349521 2200789 t4631 t4632 sthD sthC TRUE 0.711 21.000 0.000 NA   NA
 2200789 349522 t4632 t4633 sthC sthB TRUE 0.492 46.000 0.000 NA   NA
 349522 349523 t4633 t4634 sthB sthA TRUE 0.958 71.000 1.000 1.000 Y NA
 349523 349524 t4634 t4635 sthA   FALSE 0.010 339.000 0.000 NA   NA
 349524 349525 t4635 t4636     FALSE 0.056 199.000 0.000 NA   NA
 349525 349526 t4636 t4637   arcA FALSE 0.022 267.000 0.000 1.000   NA
 349527 349528 t4638 t4639   lasT FALSE 0.007 400.000 0.000 NA   NA
 349528 345206 t4639 t0001 lasT thrL FALSE 0.046 214.000 0.000 1.000   NA