MicrobesOnline Operon Predictions for Prochlorococcus marinus, SS120

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column Description
Gene1 VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1 Systematic name of 1st gene in pair
Name1 Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2 VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2 Systematic name of 2nd gene in pair
Name2 Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim Whether the genes share a COG category or not
ExprSim Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

 Gene1 Gene2 SysName1 SysName2 Name1 Name2 bOp pOp Sep MOGScore GOScore COGSim ExprSim
 563403 563404 Pro0001 Pro0002 dnaN   FALSE 0.627 2.000 0.022 NA   NA
 563404 563405 Pro0002 Pro0003   purL TRUE 0.694 3.000 0.039 NA   NA
 563405 563406 Pro0003 Pro0004 purL purF TRUE 0.848 43.000 0.019 1.000 Y NA
 563407 563408 Pro0005 Pro0006 gyrA   FALSE 0.218 80.000 0.000 1.000 N NA
 563408 563409 Pro0006 Pro0007     TRUE 0.716 0.000 0.000 1.000 N NA
 563410 563411 Pro0008 Pro0009   nusB FALSE 0.511 22.000 0.029 NA   NA
 563411 563412 Pro0009 Pro0010 nusB ftsY FALSE 0.416 39.000 0.004 1.000 N NA
 563412 563413 Pro0010 Pro0011 ftsY rsbU FALSE 0.371 49.000 0.018 1.000 N NA
 563413 563414 Pro0011 Pro0012 rsbU argH FALSE 0.376 51.000 0.021 1.000 N NA
 563414 563415 Pro0012 Pro0013 argH   FALSE 0.094 121.000 0.019 1.000   NA
 563417 563418 Pro0015 Pro0016   grpE FALSE 0.569 105.000 0.021 1.000 Y NA
 563418 563419 Pro0016 Pro0017 grpE dnaJ TRUE 0.943 46.000 0.168 0.016 Y NA
 563419 563420 Pro0017 Pro0018 dnaJ sirA TRUE 0.838 0.000 0.067 1.000   NA
 563420 563421 Pro0018 Pro0019 sirA   TRUE 0.862 -13.000 0.058 1.000   NA
 563422 563423 Pro0020 Pro0021   murB FALSE 0.452 34.000 0.030 NA   NA
 563423 563424 Pro0021 Pro0022 murB murC TRUE 0.976 5.000 0.136 0.008 Y NA
 563426 563427 Pro0024 Pro0025 thiL ppiB TRUE 0.824 -7.000 0.031 1.000 N NA
 1204517 563428   Pro0026   efp FALSE 0.263 42.000 0.000 NA   NA
 563428 563429 Pro0026 Pro0027 efp accB TRUE 0.756 6.000 0.120 1.000 N NA
 563434 563435 Pro0032 Pro0033 mcrA   FALSE 0.037 126.000 0.000 NA   NA
 563436 563437 Pro0034 Pro0035     FALSE 0.003 371.000 0.000 NA   NA
 563439 563440 Pro0037 Pro0038 cbiD guaA FALSE 0.365 54.000 0.023 1.000 N NA
 563440 563441 Pro0038 Pro0039 guaA   FALSE 0.002 955.000 0.004 NA   NA
 563441 563442 Pro0039 Pro0040     TRUE 0.887 10.000 0.650 NA   NA
 563442 563443 Pro0040 Pro0041   ftsI FALSE 0.548 31.000 0.047 NA   NA
 563444 563445 Pro0042 Pro0043     FALSE 0.009 204.000 0.000 NA   NA
 563445 563446 Pro0043 Pro0044   dfa3 TRUE 0.755 47.000 0.458 NA   NA
 563446 563447 Pro0044 Pro0045 dfa3 dfa1 TRUE 0.992 0.000 0.457 0.004 Y NA
 563447 563448 Pro0045 Pro0046 dfa1   FALSE 0.154 116.000 0.044 1.000   NA
 563448 563449 Pro0046 Pro0047   hepA TRUE 0.849 6.000 0.311 1.000   NA
 563456 563457 Pro0054 Pro0055 argJ hupE FALSE 0.003 403.000 0.000 NA   NA
 563461 563462 Pro0059 Pro0060 arnT wcaA FALSE 0.393 79.000 0.172 NA   NA
 563462 563463 Pro0060 Pro0061 wcaA   TRUE 0.737 1.000 0.047 NA   NA
 563463 563464 Pro0061 Pro0062   arnT FALSE 0.066 110.000 0.000 NA   NA
 563464 563465 Pro0062 Pro0063 arnT gmd TRUE 0.663 87.000 0.000 1.000 Y NA
 563465 563466 Pro0063 Pro0064 gmd wcaG TRUE 0.972 6.000 0.169 0.015 Y NA
 563469 563470 Pro0066 Pro0067     TRUE 0.933 1.000 0.522 NA   NA
 563471 563472 Pro0068 Pro0069     FALSE 0.027 145.000 0.000 NA   NA
 563472 563473 Pro0069 Pro0070     FALSE 0.172 58.000 0.000 NA   NA
 563473 563474 Pro0070 Pro0071   smc FALSE 0.165 118.000 0.150 NA   NA
 563474 563475 Pro0071 Pro0072 smc   FALSE 0.424 65.000 0.177 NA   NA
 563476 563477 Pro0073       FALSE 0.370 13.000 0.000 NA   NA
 563480 563481 Pro0076 Pro0077 psbX   FALSE 0.604 87.000 0.556 NA   NA
 563482 563483 Pro0078 Pro0079 hli5   TRUE 0.899 9.000 0.576 1.000   NA
 563483 563484 Pro0079 Pro0080   hit FALSE 0.019 207.000 0.016 1.000   NA
 563484 563485 Pro0080 Pro0081 hit def FALSE 0.022 195.000 0.013 1.000 N NA
 563487 563488 Pro0083 Pro0084 csdB sufB TRUE 0.712 9.000 0.081 1.000 N NA
 563488 563489 Pro0084 Pro0085 sufB sufC TRUE 0.963 8.000 0.482 1.000 Y NA
 563489 563490 Pro0085 Pro0086 sufC sufB TRUE 0.984 -3.000 0.466 1.000 Y NA
 563491 563492 Pro0087 Pro0088     FALSE 0.004 297.000 0.000 NA   NA
 563492 563493 Pro0088 Pro0089     FALSE 0.374 22.000 0.000 NA   NA
 563493 563494 Pro0089 Pro0090   pgm FALSE 0.172 58.000 0.000 NA   NA
 563494 563495 Pro0090 Pro0091 pgm mGS1 FALSE 0.471 34.000 0.009 1.000 N NA
 563498 563499 Pro0094 Pro0095   cysH TRUE 0.740 3.000 0.026 1.000 N NA
 563500 563501 Pro0096 Pro0097 ndh citT FALSE 0.426 102.000 0.296 1.000 N NA
 563501 563502 Pro0097 Pro0098 citT trkG TRUE 0.958 54.000 0.500 0.003 Y NA
 563502 563503 Pro0098 Pro0099 trkG trkA TRUE 0.993 -3.000 0.438 0.003 Y NA
 563503 563504 Pro0099 Pro0100 trkA   FALSE 0.574 1.000 0.017 NA N NA
 563506 563507 Pro0102 Pro0103     TRUE 0.851 33.000 0.533 NA   NA
 563511 563512 Pro0107 Pro0108     FALSE 0.222 48.000 0.000 NA   NA
 563512 563513 Pro0108 Pro0109     TRUE 0.791 58.000 1.000 NA   NA
 563513 563514 Pro0109 Pro0110   hli4 FALSE 0.559 82.000 0.421 NA   NA
 563514 563515 Pro0110 Pro0111 hli4 xseA FALSE 0.444 38.000 0.000 1.000   NA
 563515 563516 Pro0111 Pro0112 xseA xseB TRUE 0.885 34.000 0.059 0.002   NA
 563517 563518 Pro0113 Pro0114   rbn TRUE 0.886 4.000 0.379 NA   NA
 563518 563519 Pro0114 Pro0115 rbn   FALSE 0.144 140.000 0.154 1.000   NA
 563519 563520 Pro0115 Pro0116   tolC TRUE 0.652 11.000 0.038 1.000 N NA
 563520 563521 Pro0116 Pro0117 tolC   TRUE 0.855 -25.000 0.051 1.000 N NA
 563522 563523 Pro0118 Pro0119   nadB FALSE 0.378 19.000 0.000 NA   NA
 563527 563528 Pro0123 Pro0124 folP   FALSE 0.058 160.000 0.095 NA   NA
 563528 563529 Pro0124 Pro0125     TRUE 0.887 23.000 0.667 NA   NA
 563529 563530 Pro0125 Pro0126   ribD TRUE 0.790 -3.000 0.050 NA   NA
 563530 563531 Pro0126 Pro0127 ribD   TRUE 0.956 7.000 0.370 1.000 Y NA
 563533 563534 Pro0129 Pro0130   gst FALSE 0.625 12.000 0.073 NA   NA
 563535 563536 Pro0131 Pro0132   rbfA TRUE 0.656 3.000 0.030 NA   NA
 563536 563537 Pro0132 Pro0133 rbfA cglX TRUE 0.738 3.000 0.025 1.000 N NA
 563537 563538 Pro0133 Pro0134 cglX hemD FALSE 0.528 34.000 0.022 1.000 N NA
 563539 563540 Pro0135 Pro0136   crtQ TRUE 0.946 2.000 0.800 NA   NA
 563541 563542 Pro0137 Pro0138 iscA   FALSE 0.496 43.000 0.075 NA   NA
 563542 563543 Pro0138 Pro0139     TRUE 0.830 2.000 0.167 NA   NA
 563546 563547 Pro0142 Pro0143 cbpA cysK TRUE 0.905 24.000 0.714 1.000 N NA
 563548 563549 Pro0144 Pro0145   cbiO TRUE 0.693 6.000 0.117 NA   NA
 563549 563550 Pro0145   cbiO   FALSE 0.250 44.000 0.000 NA   NA
 563551 563552 Pro0146 Pro0147     FALSE 0.257 43.000 0.000 NA   NA
 563552 563553 Pro0147 Pro0148     FALSE 0.128 78.000 0.000 NA   NA
 563553 563554 Pro0148 Pro0149     FALSE 0.379 9.000 0.000 NA   NA
 563556 563557 Pro0151 Pro0152 holB tmk TRUE 0.926 -13.000 0.254 1.000 N NA
 563557 563558 Pro0152 Pro0153 tmk zntA TRUE 0.782 -3.000 0.020 1.000 N NA
 563561 563562 Pro0156 Pro0157 ompR plsX FALSE 0.615 11.000 0.026 1.000 N NA
 563562 563563 Pro0157 Pro0158 plsX fabH TRUE 0.932 63.000 0.380 0.007 Y NA
 563563 563564 Pro0158 Pro0159 fabH fabD TRUE 0.960 28.000 0.043 0.007 Y NA
 563564 563565 Pro0159 Pro0160 fabD plsC TRUE 0.807 69.000 0.218 1.000 Y NA
 563566 563567 Pro0161 Pro0162     FALSE 0.424 6.000 0.014 NA   NA
 563567 563568 Pro0162 Pro0163   ycf34 TRUE 0.702 -3.000 0.023 NA   NA
 563569 563570 Pro0164 Pro0165 pcnB   FALSE 0.526 63.000 0.191 1.000   NA
 563571 563572 Pro0166 Pro0167 crtB pds TRUE 0.865 39.000 0.691 1.000   NA
 563573 563574 Pro0168 Pro0169     TRUE 0.887 -3.000 0.205 NA   NA
 563576 563577 Pro0171 Pro0172   ndhF FALSE 0.488 35.000 0.041 NA   NA
 563577 563578 Pro0172 Pro0173 ndhF ndhD TRUE 0.822 101.000 0.050 0.003 Y NA
 563578 563579 Pro0173 Pro0174 ndhD   FALSE 0.006 244.000 0.009 NA   NA
 563579 1204525 Pro0174       FALSE 0.378 19.000 0.000 NA   NA
 1204525 563580   Pro0175   GCD1 FALSE 0.621 -130.000 0.000 NA   NA
 563583 563584 Pro0178 Pro0179     FALSE 0.254 93.000 0.090 NA   NA
 563584 563585 Pro0179 Pro0180     TRUE 0.804 0.000 0.101 NA   NA
 563585 563586 Pro0180 Pro0181   ndhE TRUE 0.702 17.000 0.071 1.000 N NA
 563586 563587 Pro0181 Pro0182 ndhE ndhG TRUE 0.979 33.000 0.506 0.004 Y NA
 563587 563588 Pro0182 Pro0183 ndhG ndhI TRUE 0.989 -3.000 0.192 0.012 Y NA
 563588 563589 Pro0183 Pro0184 ndhI ndhA TRUE 0.722 124.000 0.242 0.012 Y NA
 563589 563590 Pro0184 Pro0185 ndhA gltA TRUE 0.913 34.000 0.137 1.000 Y NA
 563590 563591 Pro0185 Pro0186 gltA   FALSE 0.130 75.000 0.000 NA   NA
 563594 563595 Pro0189 Pro0190 SUI1 cysC FALSE 0.344 69.000 0.047 1.000 N NA
 563597 563598 Pro0192 Pro0193 nagA chlM TRUE 0.718 29.000 0.128 1.000 N NA
 563602 563603 Pro0197 Pro0198 ndhH fcbC TRUE 0.756 6.000 0.182 NA   NA
 563604 563605 Pro0199 Pro0200 menE menC TRUE 0.965 -3.000 0.104 0.002 N NA
 563605 563606 Pro0200 Pro0201 menC menA TRUE 0.702 9.000 0.066 1.000 N NA
 563608 563609 Pro0203 Pro0204 rimK grxC FALSE 0.645 6.000 0.028 1.000 N NA
 563610 563611 Pro0205 Pro0206 prfB   FALSE 0.519 6.000 0.025 NA   NA
 563611 563612 Pro0206 Pro0207     TRUE 0.732 0.000 0.039 NA   NA
 563612 563613 Pro0207 Pro0208   dgkA TRUE 0.821 0.000 0.123 NA   NA
 563613 563614 Pro0208 Pro0209 dgkA pabA TRUE 0.806 13.000 0.231 1.000 N NA
 563614 563615 Pro0209 Pro0210 pabA   TRUE 0.769 15.000 0.231 NA   NA
 563616 563617 Pro0211 Pro0212 hisC argS TRUE 0.730 0.000 0.015 1.000 N NA
 563617 563618 Pro0212 Pro0213 argS nadC FALSE 0.564 7.000 0.014 1.000 N NA
 563618 563619 Pro0213 Pro0214 nadC thdF FALSE 0.101 116.000 0.014 1.000   NA
 563621 563622 Pro0216 Pro0217   spoT FALSE 0.178 56.000 0.008 NA   NA
 563624 563625 Pro0219 Pro0220 rluA   TRUE 0.746 0.000 0.018 1.000   NA
 563629 563630 Pro0224 Pro0225 hisC pyrD TRUE 0.776 -9.000 0.016 1.000 N NA
 563630 563631 Pro0225 Pro0226 pyrD rnhA TRUE 0.825 -10.000 0.031 1.000 N NA
 563631 563632 Pro0226 Pro0227 rnhA rplL FALSE 0.220 77.000 0.008 1.000 N NA
 563632 563633 Pro0227 Pro0228 rplL rplJ TRUE 0.919 60.000 0.884 1.000 Y NA
 563633 563634 Pro0228 Pro0229 rplJ rplA FALSE 0.170 239.000 0.302 1.000 Y NA
 563634 563635 Pro0229 Pro0230 rplA rplK TRUE 0.925 91.000 0.838 0.043 Y NA
 563635 563636 Pro0230 Pro0231 rplK nusG FALSE 0.380 126.000 0.681 1.000 N NA
 563636 563637 Pro0231 Pro0232 nusG secE TRUE 0.851 47.000 0.843 1.000 N NA
 563637 563638 Pro0232 Pro0233 secE clpA FALSE 0.248 84.000 0.023 1.000 N NA
 563638 563639 Pro0233 Pro0234 clpA gloA TRUE 0.714 6.000 0.061 1.000 N NA
 563641 563642 Pro0236 Pro0237 aarF   TRUE 0.949 -3.000 0.576 NA   NA
 563642 563643 Pro0237 Pro0238     FALSE 0.510 45.000 0.105 NA   NA
 563645 563646 Pro0240 Pro0241     TRUE 0.759 5.000 0.152 NA   NA
 563646 563647 Pro0241 Pro0242   SUL1 FALSE 0.584 23.000 0.048 NA   NA
 563648 563649 Pro0243 Pro0244 hemB   FALSE 0.426 51.000 0.033 1.000 N NA
 563649 563650 Pro0244 Pro0245     TRUE 0.670 20.000 0.044 1.000 N NA
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