MicrobesOnline Operon Predictions for Magnetococcus sp. MC-1

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column	Description
Gene1	VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1	Systematic name of 1st gene in pair
Name1	Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2	VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2	Systematic name of 2nd gene in pair
Name2	Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp	Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp	Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep	Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore	Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore	Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim	Whether the genes share a COG category or not
ExprSim	Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

Gene1	Gene2	SysName1	SysName2	Name1	Name2	bOp	pOp	Sep	MOGScore	GOScore	COGSim	ExprSim
2133263	2133264	Mmc1_0001	Mmc1_0002			TRUE	0.993	46.000	0.328	1.000	Y	NA
2133264	2133265	Mmc1_0002	Mmc1_0003			TRUE	0.993	11.000	0.318	1.000	Y	NA
2133265	2133266	Mmc1_0003	Mmc1_0004			TRUE	0.794	0.000	0.000	1.000		NA
2133266	2133267	Mmc1_0004	Mmc1_0005			TRUE	0.827	-3.000	0.000	NA		NA
2133267	2133268	Mmc1_0005	Mmc1_0006			TRUE	0.701	7.000	0.000	NA		NA
2133269	2133270	Mmc1_0007	Mmc1_0008			FALSE	0.079	460.000	0.000	NA		NA
2133271	2133272	Mmc1_0009	Mmc1_0010			TRUE	0.929	11.000	0.000	0.003	Y	NA
2133272	2133273	Mmc1_0010	Mmc1_0011			TRUE	0.942	31.000	0.000	0.051	Y	NA
2133273	2133274	Mmc1_0011	Mmc1_0012			FALSE	0.238	169.000	0.000	1.000		NA
2133274	2133275	Mmc1_0012	Mmc1_0013			TRUE	0.931	105.000	0.085	1.000		NA
2133276	2133277	Mmc1_0014	Mmc1_0015			FALSE	0.112	281.000	0.000	1.000	N	NA
2133280	2133281	Mmc1_0018	Mmc1_0019			TRUE	0.777	14.000	0.000	1.000		NA
2133282	2133283	Mmc1_0020	Mmc1_0021			TRUE	0.973	2.000	0.005	1.000	N	NA
2133283	2133284	Mmc1_0021	Mmc1_0022			FALSE	0.103	308.000	0.000	1.000	N	NA
2133284	2133285	Mmc1_0022	Mmc1_0023			TRUE	0.727	12.000	0.000	NA		NA
2133286	2133287	Mmc1_0024	Mmc1_0025			FALSE	0.086	399.000	0.000	NA		NA
2133287	2133288	Mmc1_0025	Mmc1_0026			TRUE	0.950	0.000	0.000	0.003	Y	NA
2133288	2133289	Mmc1_0026	Mmc1_0027			FALSE	0.449	263.000	0.000	0.003	Y	NA
2133289	2133290	Mmc1_0027	Mmc1_0028			TRUE	0.766	0.000	0.000	1.000	N	NA
2133290	2133291	Mmc1_0028	Mmc1_0029			TRUE	0.521	71.000	0.000	1.000	N	NA
2133291	2133292	Mmc1_0029	Mmc1_0030			FALSE	0.349	116.000	0.000	NA		NA
2133292	2133293	Mmc1_0030	Mmc1_0031			FALSE	0.411	100.000	0.000	NA		NA
2133293	2133294	Mmc1_0031	Mmc1_0032			TRUE	0.529	73.000	0.000	NA		NA
2133294	2133295	Mmc1_0032	Mmc1_0033			TRUE	0.827	-3.000	0.000	NA		NA
2133295	2133296	Mmc1_0033	Mmc1_0034			TRUE	0.980	53.000	0.022	0.002		NA
2133296	2133297	Mmc1_0034	Mmc1_0035			TRUE	0.784	28.000	0.000	NA		NA
2133297	2133298	Mmc1_0035	Mmc1_0036			TRUE	0.827	-3.000	0.000	NA		NA
2133298	2133299	Mmc1_0036	Mmc1_0037			TRUE	0.969	135.000	0.124	0.002	Y	NA
2133300	2133301	Mmc1_0038	Mmc1_0039			FALSE	0.203	196.000	0.000	1.000		NA
2133301	2133302	Mmc1_0039	Mmc1_0040			TRUE	0.995	9.000	0.395	0.001	Y	NA
2133302	2133303	Mmc1_0040	Mmc1_0041			TRUE	0.862	58.000	0.000	1.000	Y	NA
2133303	2133304	Mmc1_0041	Mmc1_0042			TRUE	0.605	66.000	0.000	1.000		NA
2133305	2133306	Mmc1_0043	Mmc1_0044			TRUE	0.838	-3.000	0.000	1.000		NA
2133306	2133307	Mmc1_0044	Mmc1_0045			TRUE	0.962	123.000	0.149	1.000	Y	NA
2133307	2133308	Mmc1_0045	Mmc1_0046			TRUE	0.996	0.000	0.109	0.002	Y	NA
2133310	2133311	Mmc1_0048	Mmc1_0049			TRUE	0.692	327.000	0.083	1.000	N	NA
2133311	2133312	Mmc1_0049	Mmc1_0050			TRUE	0.974	108.000	0.766	0.064	Y	NA
2133312	2133313	Mmc1_0050	Mmc1_0051			TRUE	0.742	1.000	0.000	1.000	N	NA
2133313	2133314	Mmc1_0051	Mmc1_0052			FALSE	0.243	153.000	0.000	1.000	N	NA
2133314	2133315	Mmc1_0052	Mmc1_0053			FALSE	0.419	93.000	0.000	1.000	N	NA
2133315	2133316	Mmc1_0053	Mmc1_0054			FALSE	0.214	166.000	0.000	1.000	N	NA
2133316	2133317	Mmc1_0054	Mmc1_0055			FALSE	0.156	217.000	0.000	1.000	N	NA
2133319	2133320	Mmc1_0057	Mmc1_0058			TRUE	0.781	0.000	0.000	NA		NA
2133320	2133321	Mmc1_0058	Mmc1_0059			FALSE	0.078	470.000	0.000	NA		NA
2133321	2133322	Mmc1_0059	Mmc1_0060			FALSE	0.285	143.000	0.000	NA		NA
2133322	2133323	Mmc1_0060	Mmc1_0061			TRUE	0.810	-13.000	0.000	NA		NA
2133323	2133324	Mmc1_0061	Mmc1_0062			FALSE	0.272	148.000	0.000	NA		NA
2133324	2133325	Mmc1_0062	Mmc1_0063			FALSE	0.479	129.000	0.000	0.007		NA
2133325	2133326	Mmc1_0063	Mmc1_0064			FALSE	0.116	1051.000	0.000	0.007		NA
2133326	2133327	Mmc1_0064	Mmc1_0065			TRUE	0.532	204.000	0.000	0.007	Y	NA
2133327	2133328	Mmc1_0065	Mmc1_0066			TRUE	0.532	204.000	0.000	0.007	Y	NA
2133330	2133331	Mmc1_0068	Mmc1_0069			FALSE	0.290	532.000	0.000	0.007	Y	NA
2133331	2133332	Mmc1_0069	Mmc1_0070			FALSE	0.286	548.000	0.000	0.007	Y	NA
2133332	2133333	Mmc1_0070	Mmc1_0071			FALSE	0.467	245.000	0.000	0.007	Y	NA
2133333	2133334	Mmc1_0071	Mmc1_0072			FALSE	0.274	635.000	0.000	0.007	Y	NA
2133334	2133335	Mmc1_0072	Mmc1_0073			FALSE	0.276	624.000	0.000	0.007	Y	NA
2133335	2133336	Mmc1_0073	Mmc1_0074			FALSE	0.435	94.000	0.000	NA		NA
2133338	2133339	Mmc1_0076	Mmc1_0077			FALSE	0.188	324.000	0.000	0.007		NA
2133341	2133342	Mmc1_0079	Mmc1_0080			TRUE	0.948	23.000	0.000	0.012	Y	NA
2133342	2133343	Mmc1_0080	Mmc1_0081			TRUE	0.780	31.000	0.000	NA		NA
2133343	2133344	Mmc1_0081	Mmc1_0082			FALSE	0.161	223.000	0.000	NA		NA
2133344	2133345	Mmc1_0082	Mmc1_0083			TRUE	0.975	68.000	0.011	NA	Y	NA
2133345	2133346	Mmc1_0083	Mmc1_0084			TRUE	0.991	55.000	0.298	NA	Y	NA
2133346	2133347	Mmc1_0084	Mmc1_0085			TRUE	0.973	98.000	0.025	0.003	Y	NA
2133347	2133348	Mmc1_0085	Mmc1_0086			TRUE	0.971	104.000	0.025	0.003	Y	NA
2133348	2133349	Mmc1_0086	Mmc1_0087			TRUE	0.688	49.000	0.000	NA		NA
1494377	2133350	Mmc1_R0001	Mmc1_0088			FALSE	0.473	85.000	0.000	NA		NA
2133351	2133352	Mmc1_0089	Mmc1_0090			TRUE	0.827	-3.000	0.000	NA		NA
2133352	2133353	Mmc1_0090	Mmc1_0091			FALSE	0.065	710.000	0.000	NA		NA
2133360	2133361	Mmc1_0098	Mmc1_0099			FALSE	0.182	203.000	0.000	NA		NA
2133361	2133362	Mmc1_0099	Mmc1_0100			TRUE	0.986	13.000	0.667	NA		NA
2133362	2133363	Mmc1_0100	Mmc1_0101			TRUE	0.992	-3.000	0.222	NA		NA
2133363	2133364	Mmc1_0101	Mmc1_0102			FALSE	0.224	169.000	0.000	NA		NA
2133364	2133365	Mmc1_0102	Mmc1_0103			TRUE	0.996	-3.000	0.452	1.000	Y	NA
2133365	2133366	Mmc1_0103	Mmc1_0104			TRUE	0.992	50.000	0.247	1.000	Y	NA
2133367	2133368	Mmc1_0105	Mmc1_0106			FALSE	0.327	125.000	0.000	NA		NA
2133369	2133370	Mmc1_0107	Mmc1_0108			TRUE	0.827	-3.000	0.000	NA		NA
2133371	2133372	Mmc1_0109	Mmc1_0110			FALSE	0.076	485.000	0.000	NA		NA
2133372	2133373	Mmc1_0110	Mmc1_0111			TRUE	0.986	23.000	0.073	NA		NA
2133373	2133374	Mmc1_0111	Mmc1_0112			FALSE	0.083	423.000	0.000	NA		NA
2133374	2133375	Mmc1_0112	Mmc1_0113			TRUE	0.980	5.000	0.857	NA		NA
1494404	1494405	Mmc1_0114	Mmc1_0115			TRUE	0.827	-3.000	0.000	NA		NA
2133377	2133378	Mmc1_0117	Mmc1_0118			TRUE	0.981	5.000	0.164	NA	N	NA
2133378	2133379	Mmc1_0118	Mmc1_0119			TRUE	0.982	39.000	0.071	NA		NA
2133379	2133380	Mmc1_0119	Mmc1_0120			TRUE	0.975	80.000	0.529	0.002		NA
2133380	2133381	Mmc1_0120	Mmc1_0121			TRUE	0.991	14.000	0.794	0.002		NA
2133381	2133382	Mmc1_0121	Mmc1_0122			FALSE	0.061	1438.000	0.000	NA		NA
2133383	2133384	Mmc1_0123	Mmc1_0124			FALSE	0.071	566.000	0.000	NA		NA
2133384	2133385	Mmc1_0124	Mmc1_0125			FALSE	0.139	252.000	0.000	NA		NA
2133385	2133386	Mmc1_0125	Mmc1_0126			TRUE	0.565	68.000	0.000	NA		NA
2133386	2133387	Mmc1_0126	Mmc1_0127			FALSE	0.063	1045.000	0.000	NA		NA
2133388	2133389	Mmc1_0128	Mmc1_0129			FALSE	0.161	223.000	0.000	NA		NA
2133389	2133390	Mmc1_0129	Mmc1_0130			TRUE	0.992	-3.000	0.347	NA		NA
2133390	2133391	Mmc1_0130	Mmc1_0131			TRUE	0.990	-3.000	0.102	NA		NA
2133391	2133392	Mmc1_0131	Mmc1_0132			TRUE	0.827	-3.000	0.000	NA		NA
2133392	2133393	Mmc1_0132	Mmc1_0133			FALSE	0.497	79.000	0.000	NA		NA
2133393	2133394	Mmc1_0133	Mmc1_0134			TRUE	0.780	18.000	0.000	NA		NA
2133394	2133395	Mmc1_0134	Mmc1_0135			FALSE	0.082	385.000	0.000	1.000	N	NA
2133395	2133396	Mmc1_0135	Mmc1_0136			FALSE	0.096	329.000	0.000	1.000	N	NA
2133396	2133397	Mmc1_0136	Mmc1_0137			TRUE	0.865	164.000	0.115	1.000	N	NA
2133400	2133401	Mmc1_0140	Mmc1_0141			FALSE	0.100	345.000	0.000	NA		NA
2133401	2133402	Mmc1_0141	Mmc1_0142			FALSE	0.082	438.000	0.000	NA		NA
2133402	2133403	Mmc1_0142	Mmc1_0143			TRUE	0.996	-3.000	0.033	0.029	Y	NA
2133403	2133404	Mmc1_0143	Mmc1_0144			TRUE	0.891	112.000	0.021	1.000	N	NA
2133405	2133406	Mmc1_0145	Mmc1_0146			FALSE	0.159	237.000	0.000	1.000		NA
2133406	2133407	Mmc1_0146	Mmc1_0147			FALSE	0.253	162.000	0.000	1.000		NA
2133408	2133409	Mmc1_0148	Mmc1_0149			TRUE	0.780	31.000	0.000	NA		NA
2133409	2133410	Mmc1_0149	Mmc1_0150			TRUE	0.781	0.000	0.000	NA		NA
2133410	2133411	Mmc1_0150	Mmc1_0151			TRUE	0.810	-13.000	0.000	NA		NA
2133411	2133412	Mmc1_0151	Mmc1_0152			FALSE	0.168	216.000	0.000	NA		NA
2133412	2133413	Mmc1_0152	Mmc1_0153			FALSE	0.127	270.000	0.000	NA		NA
2133413	2133414	Mmc1_0153	Mmc1_0154			FALSE	0.064	800.000	0.000	NA		NA
2133417	2133418	Mmc1_0157	Mmc1_0158			FALSE	0.066	1179.000	0.000	1.000		NA
2133418	2133419	Mmc1_0158	Mmc1_0159			FALSE	0.184	179.000	0.000	NA	N	NA
2133419	2133420	Mmc1_0159	Mmc1_0160			TRUE	0.920	29.000	0.000	NA	Y	NA
2133420	2133421	Mmc1_0160	Mmc1_0161			FALSE	0.482	83.000	0.000	NA		NA
2133421	2133422	Mmc1_0161	Mmc1_0162			FALSE	0.115	297.000	0.000	NA		NA
2133422	2133423	Mmc1_0162	Mmc1_0163			FALSE	0.066	1340.000	0.000	1.000		NA
2133423	2133424	Mmc1_0163	Mmc1_0164			TRUE	0.985	3.000	0.225	1.000	N	NA
2133424	2133425	Mmc1_0164	Mmc1_0165			TRUE	0.984	10.000	0.347	1.000	N	NA
2133425	2133426	Mmc1_0165	Mmc1_0166			TRUE	0.993	19.000	0.002	0.002	Y	NA
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2136274	2136275	Mmc1_3050	Mmc1_3051			TRUE	0.784	29.000	0.000	NA		NA
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2136858	2136859	Mmc1_3640	Mmc1_3641			TRUE	0.996	14.000	0.201	0.075	Y	NA
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