MicrobesOnline Operon Predictions for Bradyrhizobium sp. ORS278

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column Description
Gene1 VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1 Systematic name of 1st gene in pair
Name1 Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2 VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2 Systematic name of 2nd gene in pair
Name2 Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim Whether the genes share a COG category or not
ExprSim Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

 Gene1 Gene2 SysName1 SysName2 Name1 Name2 bOp pOp Sep MOGScore GOScore COGSim ExprSim
 3662227 3662228 BRADO0001 BRADO0002 dnaA dnaN FALSE 0.403 293.000 0.328 1.000 Y NA
 3662228 3662229 BRADO0002 BRADO0003 dnaN recF TRUE 0.749 221.000 0.318 0.045 Y NA
 3662229 3662230 BRADO0003 BRADO0004 recF gyrB FALSE 0.495 300.000 0.249 0.003 Y NA
 3662230 3662231 BRADO0004 BRADO0005 gyrB murA FALSE 0.056 165.000 0.000 1.000 N NA
 3662231 3662232 BRADO0005 BRADO0006 murA   FALSE 0.264 147.000 0.010 1.000   NA
 3662233 3662234 BRADO0007 BRADO0008     FALSE 0.006 196.000 0.000 NA N NA
 3662238 3662239 BRADO0012 BRADO0013     FALSE 0.078 142.000 0.000 1.000 N NA
 3662240 3662241 BRADO0014 BRADO0015     FALSE 0.472 40.000 0.016 NA   NA
 3662243 3662244 BRADO0018 BRADO0019     FALSE 0.069 119.000 0.000 NA   NA
 3662245 3662246 BRADO0020 BRADO0021     FALSE 0.279 92.000 0.009 1.000   NA
 3662246 3662247 BRADO0021 BRADO0022     FALSE 0.131 91.000 0.000 1.000   NA
 3662249 3662250 BRADO0024 BRADO0025     FALSE 0.068 124.000 0.000 NA   NA
 3662251 3662252 BRADO0026 BRADO0027     FALSE 0.065 98.000 0.000 NA   NA
 3662253 3662254 BRADO0028 BRADO0029 gabD   TRUE 0.812 160.000 0.889 NA   NA
 3662257 3662258 BRADO0032 BRADO0033   trpS TRUE 0.589 50.000 0.078 1.000   NA
 3662258 3662259 BRADO0033 BRADO0034 trpS   FALSE 0.072 222.000 0.004 1.000 N NA
 3662259 3662260 BRADO0034 BRADO0035     FALSE 0.286 109.000 0.026 1.000 N NA
 3662262 3662263 BRADO0037 BRADO0038     TRUE 0.938 -3.000 0.209 1.000   NA
 3662263 3662264 BRADO0038 BRADO0039     TRUE 0.599 44.000 0.061 1.000   NA
 3662264 3662265 BRADO0039 BRADO0040     TRUE 0.901 -7.000 0.082 1.000   NA
 3662265 3662266 BRADO0040 BRADO0041     TRUE 0.649 56.000 0.008 0.046   NA
 3662266 3662267 BRADO0041 BRADO0042     TRUE 0.910 5.000 0.220 1.000 N NA
 3662267 3662268 BRADO0042 BRADO0043     TRUE 0.900 28.000 0.457 NA   NA
 3662268 3662269 BRADO0043 BRADO0044     TRUE 0.931 -3.000 0.222 NA   NA
 3662269 3662270 BRADO0044 BRADO0045   lnt TRUE 0.928 -3.000 0.213 NA   NA
 3662270 3662271 BRADO0045 BRADO0046 lnt   FALSE 0.197 233.000 0.231 1.000 N NA
 3662271 3662272 BRADO0046 BRADO0047     FALSE 0.006 325.000 0.000 1.000 N NA
 3662272 3662273 BRADO0047 BRADO0048   trmB TRUE 0.841 -3.000 0.006 1.000   NA
 3662275 3662276 BRADO0050 BRADO0051   nusA TRUE 0.968 15.000 0.759 NA   NA
 3662276 3662277 BRADO0051 BRADO0052 nusA   TRUE 0.878 70.000 0.323 NA Y NA
 3662277 3662278 BRADO0052 BRADO0053   infB FALSE 0.415 80.000 0.171 NA N NA
 3662278 3662279 BRADO0053 BRADO0054 infB rbfA TRUE 0.880 164.000 0.530 1.000 Y NA
 3662279 3662280 BRADO0054 BRADO0055 rbfA truB TRUE 0.987 0.000 0.318 1.000 Y NA
 3662280 3662281 BRADO0055 BRADO0056 truB rpsO TRUE 0.981 3.000 0.211 1.000 Y NA
 3662281 3662282 BRADO0056 BRADO0057 rpsO pnp FALSE 0.274 357.000 0.335 1.000 Y NA
 3662282 3662283 BRADO0057 BRADO0058 pnp   FALSE 0.053 206.000 0.000 1.000   NA
 3662283 3662284 BRADO0058 BRADO0059     FALSE 0.068 132.000 0.000 NA   NA
 3662285 3662286 BRADO0060 BRADO0061   fabI FALSE 0.034 233.000 0.000 1.000   NA
 3662286 3662287 BRADO0061 BRADO0062 fabI fabB TRUE 0.844 133.000 0.265 1.000 Y NA
 3662287 3662288 BRADO0062 BRADO0063 fabB fabA TRUE 0.908 77.000 0.451 1.000 Y NA
 3662295 3662296 BRADO0070 BRADO0071     FALSE 0.006 430.000 0.000 1.000   NA
 3662297 3662298 BRADO0073 BRADO0074   mutM FALSE 0.301 61.000 0.003 1.000 N NA
 3662299 3662300 BRADO0075 BRADO0076 ubiE ubiB TRUE 0.915 -3.000 0.115 1.000   NA
 3662300 3662301 BRADO0076 BRADO0077 ubiB coaBC FALSE 0.043 306.000 0.025 1.000   NA
 3662301 3662302 BRADO0077 BRADO0078 coaBC dut TRUE 0.927 -3.000 0.201 1.000 N NA
 3662302 3662303 BRADO0078 BRADO0079 dut   FALSE 0.109 193.000 0.002 1.000 N NA
 3662303 3662304 BRADO0079 BRADO0080     TRUE 0.817 -3.000 0.015 NA   NA
 3662304 3662305 BRADO0080 BRADO0081     FALSE 0.033 306.000 0.026 NA   NA
 3662305 3662306 BRADO0081 BRADO0082     FALSE 0.223 157.000 0.025 NA   NA
 3662306 3662307 BRADO0082 BRADO0083     FALSE 0.022 478.000 0.196 NA N NA
 3662307 3662308 BRADO0083 BRADO0084     TRUE 0.996 -3.000 0.863 NA Y NA
 3662308 3662309 BRADO0084 BRADO0085   trxA FALSE 0.433 100.000 0.173 1.000 N NA
 3662309 3662310 BRADO0085 BRADO0086 trxA ligC FALSE 0.011 275.000 0.000 1.000 N NA
 3662311 3662312 BRADO0087 BRADO0088     TRUE 0.732 14.000 0.009 1.000   NA
 3662312 3662313 BRADO0088 BRADO0089   accD TRUE 0.962 -3.000 0.383 1.000 N NA
 3662313 3662314 BRADO0089 BRADO0090 accD trpA FALSE 0.503 95.000 0.232 1.000 N NA
 3662314 3662315 BRADO0090 BRADO0091 trpA trpB TRUE 0.995 -3.000 0.344 0.000 Y NA
 3662315 3662316 BRADO0091 BRADO0092 trpB trpF TRUE 0.995 -3.000 0.375 0.001 Y NA
 3662316 3662317 BRADO0092 BRADO0093 trpF   FALSE 0.271 79.000 0.017 NA   NA
 3662317 3662318 BRADO0093 BRADO0094   ihfB FALSE 0.386 79.000 0.085 NA   NA
 3662318 3662319 BRADO0094 BRADO0095 ihfB   FALSE 0.310 168.000 0.142 1.000 N NA
 3662319 3662320 BRADO0095 BRADO0096   rpsA FALSE 0.019 424.000 0.057 1.000 N NA
 3662320 3662321 BRADO0096 BRADO0097 rpsA cmk FALSE 0.012 270.000 0.000 1.000 N NA
 3662321 3662322 BRADO0097 BRADO0098 cmk aroA TRUE 0.552 -3.000 0.000 1.000 N NA
 3662323 3662324 BRADO0099 BRADOtRNA1     FALSE 0.073 82.000 0.000 NA   NA
 3662324 3662325 BRADOtRNA1 BRADO0100     FALSE 0.018 226.000 0.000 NA   NA
 3662327 3662328 BRADO0102 BRADO0103 ohr   FALSE 0.290 157.000 0.067 1.000 N NA
 3662328 3662329 BRADO0103 BRADO0104     FALSE 0.123 268.000 0.214 1.000 N NA
 3662329 3662330 BRADO0104 BRADO0105     TRUE 0.856 72.000 0.063 0.086 Y NA
 3662330 3662331 BRADO0105 BRADO0106     TRUE 0.995 0.000 0.559 0.086 Y NA
 3662331 3662332 BRADO0106 BRADO0107     TRUE 0.931 112.000 0.464 0.086 Y NA
 3662332 3662333 BRADO0107 BRADO0108     FALSE 0.273 135.000 0.056 NA N NA
 3662333 3662334 BRADO0108 BRADO0109     TRUE 0.914 59.000 0.955 NA   NA
 3662334 3662335 BRADO0109 BRADO0110     FALSE 0.231 151.000 0.022 NA   NA
 3662336 3662337 BRADO0111 BRADO0112 ptsN   FALSE 0.092 331.000 0.353 NA N NA
 3662337 3662338 BRADO0112 BRADO0113   rpoN FALSE 0.291 91.000 0.070 NA N NA
 3662338 3662339 BRADO0113 BRADO0114 rpoN   FALSE 0.119 212.000 0.011 1.000   NA
 3662339 3662340 BRADO0114 BRADO0115     FALSE 0.127 364.000 0.543 NA   NA
 3662340 3662341 BRADO0115 BRADO0116     TRUE 0.877 5.000 0.144 NA   NA
 3662341 3662342 BRADO0116 BRADO0117     FALSE 0.345 159.000 0.151 NA   NA
 3662343 3662344 BRADO0118 BRADO0119     TRUE 0.938 109.000 0.756 NA Y NA
 3662344 3662345 BRADO0119 BRADO0120     TRUE 0.988 -9.000 0.341 NA Y NA
 3662346 3662347 BRADO0121 BRADO0122     FALSE 0.140 83.000 0.000 1.000   NA
 3662347 3662348 BRADO0122 BRADO0123     FALSE 0.011 605.000 0.000 0.092   NA
 3662350 3662351 BRADO0125 BRADOtRNA50     FALSE 0.001 1303.000 0.000 NA   NA
 3662354 3662355 BRADO0130 BRADO0131     FALSE 0.451 150.000 0.213 1.000 N NA
 3662359 3662360 BRADO0137 BRADO0138 rpmI rplT TRUE 0.980 73.000 0.928 0.011 Y NA
 3662360 3662361 BRADO0138 BRADO0139 rplT pheS TRUE 0.807 144.000 0.202 1.000 Y NA
 3662361 3662362 BRADO0139 BRADO0140 pheS   FALSE 0.504 -3.000 0.000 NA   NA
 3662362 3662363 BRADO0140 BRADO0141   pheT FALSE 0.504 -3.000 0.000 NA   NA
 3662363 3662364 BRADO0141 BRADO0142 pheT   TRUE 0.834 -3.000 0.003 1.000   NA
 3662364 3662365 BRADO0142 BRADO0143     TRUE 0.695 34.000 0.077 1.000   NA
 3662369 3662370 BRADO0147 BRADO0148 actP   FALSE 0.140 211.000 0.000 0.065 N NA
 3662371 3662372 BRADO0149 BRADO0150     TRUE 0.944 -3.000 0.044 0.065   NA
 3662372 3662373 BRADO0150 BRADO0151     TRUE 0.680 33.000 0.059 1.000   NA
 3662373 3662374 BRADO0151 BRADO0152   nth FALSE 0.004 383.000 0.000 1.000 N NA
 3662375 3662376 BRADO0153 BRADO0154     FALSE 0.030 391.000 0.142 NA   NA
 3662377 3662378 BRADO0155 BRADO0156     FALSE 0.004 350.000 0.000 NA   NA
 3662378 3662379 BRADO0156 BRADO0157   gpmA FALSE 0.002 464.000 0.000 NA   NA
 3662379 3662380 BRADO0157 BRADO0158 gpmA dapB TRUE 0.665 25.000 0.038 1.000 N NA
 3662380 3662381 BRADO0158 BRADO0159 dapB   FALSE 0.241 82.000 0.010 NA   NA
 3662381 3662382 BRADO0159 BRADO0160   pyrF TRUE 0.596 34.000 0.044 NA   NA
 3662382 3662383 BRADO0160 BRADO0161 pyrF   TRUE 0.801 7.000 0.012 1.000   NA
 3662383 3662384 BRADO0161 BRADO0162   pmtA TRUE 0.889 13.000 0.208 1.000   NA
 3662384 3662385 BRADO0162 BRADO0163 pmtA dnaJ FALSE 0.130 218.000 0.057 1.000 N NA
 3662385 3662386 BRADO0163 BRADO0164 dnaJ dnaK TRUE 0.902 143.000 0.236 0.003 Y NA
 3662389 3662390 BRADO0168 BRADO0169     TRUE 0.681 -3.000 0.000 1.000   NA
 3662391 3662392 BRADO0170 BRADO0171   grpE FALSE 0.007 295.000 0.000 NA   NA
 3662392 3662393 BRADO0171 BRADO0172 grpE hrcA FALSE 0.399 131.000 0.120 1.000 N NA
 3662394 3662395 BRADO0173 BRADO0174 rph   TRUE 0.810 33.000 0.262 1.000 N NA
 3662395 3662396 BRADO0174 BRADO0175     TRUE 0.926 -13.000 0.218 1.000 N NA
 3662398 3662399 BRADO0178 BRADO0179     TRUE 0.919 -13.000 0.165 1.000   NA
 3662399 3662400 BRADO0179 BRADO0180   gshB TRUE 0.636 34.000 0.064 1.000 N NA
 3662400 3662401 BRADO0180 BRADO0181 gshB   FALSE 0.003 435.000 0.000 1.000 N NA
 3662402 3662403 BRADO0182 BRADO0183     TRUE 0.526 94.000 0.261 NA   NA
 3662404 3662405 BRADO0184 BRADO0185     TRUE 0.637 23.000 0.024 NA   NA
 3662409 3662410 BRADO0189 BRADO0190 leuS   TRUE 0.880 -13.000 0.090 NA   NA
 3662410 3662411 BRADO0190 BRADO0191   holA TRUE 0.768 19.000 0.097 NA   NA
 3662412 3662413 BRADO0192 BRADO0193 parB parA TRUE 0.608 219.000 0.827 1.000 N NA
 3662413 3662414 BRADO0193 BRADO0194 parA gidB TRUE 0.856 32.000 0.339 1.000 N NA
 3662414 3662415 BRADO0194 BRADO0195 gidB gidA TRUE 0.945 13.000 0.466 1.000 N NA
 3662415 3662416 BRADO0195 BRADO0196 gidA trmE FALSE 0.262 226.000 0.266 1.000   NA
 3662416 3662417 BRADO0196 BRADO0197 trmE rho FALSE 0.042 322.000 0.050 1.000   NA
 3662417 3662418 BRADO0197 BRADO0198 rho   FALSE 0.069 243.000 0.024 NA   NA
 3662419 3662420 BRADO0199 BRADO0200     TRUE 0.847 11.000 0.135 NA   NA
 3662420 3662421 BRADO0200 BRADO0201   coaE TRUE 0.564 29.000 0.011 1.000 N NA
 3662421 3662422 BRADO0201 BRADO0202 coaE dnaQ TRUE 0.673 34.000 0.092 1.000 N NA
 3662424 3662425 BRADO0204 BRADO0205     TRUE 0.623 140.000 0.324 1.000   NA
 3662425 3662426 BRADO0205 BRADO0206     TRUE 0.916 13.000 0.332 NA   NA
 3662427 3662428 BRADO0207 BRADO0208   hslU FALSE 0.022 218.000 0.000 NA   NA
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 3662429 3662430 BRADO0209 BRADO0210     TRUE 0.807 14.000 0.103 NA   NA
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 3663728 3663729 BRADO1580 BRADO1581     TRUE 0.990 -3.000 0.133 0.003 Y NA
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 3663888 3663889 BRADO1743 BRADO1744 dppA   FALSE 0.018 285.000 0.000 1.000   NA
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 3664318 3664319 BRADO2202 BRADO2203     TRUE 0.552 -3.000 0.000 1.000 N NA
 3664320 3664321 BRADO2204 BRADO2205     FALSE 0.475 0.000 0.000 NA   NA
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 3664323 3664324 BRADO2207 BRADO2208     FALSE 0.038 179.000 0.000 NA   NA
 3664324 3664325 BRADO2208 BRADO2209     FALSE 0.261 23.000 0.000 NA   NA
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 3665318 3665319 BRADO3244 BRADO3245     TRUE 0.995 -15.000 0.556 0.091 Y NA
 3665319 3665320 BRADO3245 BRADO3246     TRUE 0.787 83.000 0.000 0.012 Y NA
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 3665322 3665323 BRADO3248 BRADO3249     FALSE 0.240 106.000 0.014 NA   NA
 3665323 3665324 BRADO3249 BRADO3250     TRUE 0.510 111.000 0.050 0.077 N NA
 3665324 3665325 BRADO3250 BRADO3251     TRUE 0.779 12.000 0.041 1.000 N NA
 3665327 3665328 BRADO3253 BRADO3254     TRUE 0.896 17.000 0.320 NA   NA
 3665328 3665329 BRADO3254 BRADO3255     TRUE 0.946 -3.000 0.286 NA   NA
 3665330 3665331 BRADO3256 BRADO3257     TRUE 0.907 119.000 0.286 0.052 Y NA
 3665334 3665335 BRADO3260 BRADOtRNA14     FALSE 0.068 136.000 0.000 NA   NA
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