MicrobesOnline Operon Predictions for Mycobacterium tuberculosis H37Rv

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column Description
Gene1 VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1 Systematic name of 1st gene in pair
Name1 Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2 VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2 Systematic name of 2nd gene in pair
Name2 Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim Whether the genes share a COG category or not
ExprSim Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

 Gene1 Gene2 SysName1 SysName2 Name1 Name2 bOp pOp Sep MOGScore GOScore COGSim ExprSim
 31772 31773 Rv0001 Rv0002 dnaA dnaN FALSE 0.104 528.000 0.328 1.000 Y 0.287
 31773 31774 Rv0002 Rv0003 dnaN recF TRUE 0.925 20.000 0.318 1.000 Y 0.389
 31774 31775 Rv0003 Rv0004 recF   TRUE 0.935 -3.000 0.099 NA   0.268
 31775 31776 Rv0004 Rv0005   gyrB FALSE 0.176 126.000 0.022 NA   0.268
 31776 31777 Rv0005 Rv0006 gyrB gyrA TRUE 0.951 35.000 0.306 0.001 Y 0.123
 31777 31778 Rv0006 Rv0007 gyrA   FALSE 0.135 96.000 0.009 NA   0.038
 31778 1935657 Rv0007 Rvnt01     FALSE 0.011 59.000 0.000 NA   NA
 1935657 1935658 Rvnt01 Rvnt02     FALSE 0.003 152.000 0.000 NA   NA
 31781 31782 Rv0010c Rv0011c     FALSE 0.139 156.000 0.181 NA   0.069
 31783 1935659 Rv0012 Rv0013   trpG FALSE 0.366 37.000 0.098 NA   0.069
 31785 31786 Rv0014c Rv0015c pknB pknA TRUE 0.996 -3.000 0.426 0.005 Y -0.177
 31786 31787 Rv0015c Rv0016c pknA pbpA TRUE 0.983 -3.000 0.574 1.000 N 0.501
 31787 31788 Rv0016c Rv0017c pbpA rodA TRUE 0.954 -3.000 0.250 1.000 N 0.303
 31788 31789 Rv0017c Rv0018c rodA ppp TRUE 0.920 -3.000 0.145 1.000 N 0.210
 31789 31790 Rv0018c Rv0019c ppp   TRUE 0.707 89.000 0.216 NA Y 0.191
 31790 31791 Rv0019c Rv0020c   TB39.8 FALSE 0.280 124.000 0.069 NA   0.614
 31792 31793 Rv0021c Rv0022c   whiB5 FALSE 0.066 142.000 0.000 1.000   0.019
 31794 31795 Rv0023 Rv0024     TRUE 0.983 -3.000 0.600 NA   0.277
 31795 31796 Rv0024 Rv0025     TRUE 0.807 38.000 0.750 NA   0.236
 31796 31797 Rv0025 Rv0026     TRUE 0.672 115.000 1.000 NA   0.155
 31797 31798 Rv0026 Rv0027     FALSE 0.444 121.000 0.600 NA   -0.117
 31798 31799 Rv0027 Rv0028     TRUE 0.928 8.000 0.800 NA   -0.159
 31799 31800 Rv0028 Rv0029     FALSE 0.001 238.000 0.000 NA   -0.262
 31800 31801 Rv0029 Rv0030     TRUE 0.753 70.000 1.000 NA   0.005
 31801 31802 Rv0030 Rv0031     FALSE 0.268 29.000 0.000 NA   0.220
 31802 31803 Rv0031 Rv0032   bioF2 FALSE 0.007 501.000 0.000 NA   0.303
 31803 31804 Rv0032 Rv0033 bioF2 acpA TRUE 0.836 -3.000 0.000 1.000 N 0.305
 31804 31805 Rv0033 Rv0034 acpA   TRUE 0.801 -3.000 0.000 NA   0.155
 31805 1935661 Rv0034 Rv0035   fadD34 TRUE 0.889 -3.000 0.000 NA   0.351
 31807 31808 Rv0036c Rv0037c     FALSE 0.392 48.000 0.174 NA   0.065
 31810 1935662 Rv0039c Rv0040c   mtc28 TRUE 0.773 82.000 0.875 NA   0.330
 31813 31814 Rv0042c Rv0043c     TRUE 0.574 159.000 0.000 0.035 Y 0.303
 31814 31815 Rv0043c Rv0044c     FALSE 0.251 133.000 0.412 NA N -0.053
 31815 31816 Rv0044c Rv0045c     FALSE 0.521 16.000 0.235 NA   -0.213
 31816 31817 Rv0045c Rv0046c   ino1 FALSE 0.395 82.000 0.059 1.000   0.398
 31817 31818 Rv0046c Rv0047c ino1   TRUE 0.712 61.000 0.608 NA N 0.825
 31818 31819 Rv0047c Rv0048c     FALSE 0.265 101.000 0.122 NA   0.157
 31820 1935663 Rv0049 Rv0050   ponA1 FALSE 0.014 419.000 0.200 NA   -0.019
 1935663 31822 Rv0050 Rv0051 ponA1   TRUE 0.919 -3.000 0.204 NA   -0.061
 31822 31823 Rv0051 Rv0052     FALSE 0.208 32.000 0.061 NA   -0.169
 31823 31824 Rv0052 Rv0053   rpsF FALSE 0.013 219.000 0.002 NA   -0.090
 31824 31825 Rv0053 Rv0054 rpsF ssb FALSE 0.202 104.000 0.029 1.000 N 0.288
 31825 1935664 Rv0054 Rv0055 ssb rpsR FALSE 0.249 42.000 0.030 1.000 N 0.182
 1935664 31827 Rv0055 Rv0056 rpsR rplI TRUE 0.965 33.000 0.499 0.019 Y 0.543
 31827 31828 Rv0056 Rv0057 rplI   FALSE 0.096 29.000 0.000 NA   -0.057
 31828 31829 Rv0057 Rv0058   dnaB TRUE 0.714 -21.000 0.000 NA   0.654
 31829 31830 Rv0058 Rv0059 dnaB   FALSE 0.039 180.000 0.000 NA   0.187
 31830 31831 Rv0059 Rv0060     TRUE 0.771 17.000 0.317 NA   0.364
 31831 31832 Rv0060 Rv0061     FALSE 0.213 24.000 0.000 NA   0.086
 31832 1935665 Rv0061 Rv0062   celA1 FALSE 0.036 136.000 0.000 NA   -0.015
 1935665 31834 Rv0062 Rv0063 celA1   FALSE 0.001 229.000 0.000 1.000 N -0.272
 31834 31835 Rv0063 Rv0064     FALSE 0.033 258.000 0.000 1.000   0.318
 31835 31836 Rv0064 Rv0065     FALSE 0.021 262.000 0.000 NA   0.268
 31837 31838 Rv0066c Rv0067c icd2   FALSE 0.030 118.000 0.000 1.000 N 0.046
 31840 31841 Rv0069c Rv0070c sdaA glyA2 TRUE 0.985 -3.000 0.118 1.000 Y 0.150
 31842 31843 Rv0071 Rv0072     FALSE 0.001 431.000 0.000 1.000 N 0.013
 31843 31844 Rv0072 Rv0073     TRUE 0.978 3.000 1.000 1.000 N 0.074
 31844 31845 Rv0073 Rv0074     FALSE 0.009 80.000 0.000 1.000 N -0.127
 31845 31846 Rv0074 Rv0075     FALSE 0.326 13.000 0.000 1.000 N 0.221
 31847 31848 Rv0076c Rv0077c     FALSE 0.209 64.000 0.000 NA   0.252
 31850 31851 Rv0079 Rv0080     TRUE 0.916 -3.000 0.000 NA   0.914
 31851 31852 Rv0080 Rv0081     FALSE 0.309 95.000 0.000 1.000   0.914
 31852 31853 Rv0081 Rv0082     TRUE 0.852 5.000 0.043 1.000 N 0.744
 31853 31854 Rv0082 Rv0083     TRUE 0.996 -3.000 0.085 0.007 Y 0.801
 31854 31855 Rv0083 Rv0084   hycD TRUE 0.984 6.000 0.398 1.000 Y 0.757
 31855 31856 Rv0084 Rv0085 hycD hycP TRUE 0.978 11.000 0.679 NA Y 0.702
 31856 31857 Rv0085 Rv0086 hycP hycQ TRUE 0.997 0.000 0.864 NA Y 0.701
 31857 31858 Rv0086 Rv0087 hycQ hycE TRUE 0.999 -3.000 0.659 0.007 Y 0.740
 31858 31859 Rv0087 Rv0088 hycE   FALSE 0.376 35.000 0.000 NA   0.581
 31859 31860 Rv0088 Rv0089     FALSE 0.087 157.000 0.000 NA   0.335
 31860 31861 Rv0089 Rv0090     FALSE 0.069 129.000 0.000 NA   0.104
 31861 31862 Rv0090 Rv0091   mtn FALSE 0.002 434.000 0.000 NA   -0.061
 31862 31863 Rv0091 Rv0092 mtn ctpA FALSE 0.127 132.000 0.000 1.000 N 0.528
 31864 31865 Rv0093c Rv0094c     FALSE 0.136 47.000 0.000 NA   0.048
 31865 31866 Rv0094c Rv0095c     FALSE 0.048 142.000 0.000 NA   0.061
 1935667 31868 Rv0096 Rv0097 PPE1   FALSE 0.515 19.000 0.167 NA N 0.298
 31868 31869 Rv0097 Rv0098     TRUE 0.984 -3.000 0.500 NA   0.783
 31869 31870 Rv0098 Rv0099   fadD10 TRUE 0.957 5.000 0.444 NA   0.525
 31870 31871 Rv0099 Rv0100 fadD10   TRUE 0.977 5.000 0.800 1.000   0.319
 31871 31872 Rv0100 Rv0101   nrp TRUE 0.956 -18.000 0.364 0.012   0.060
 31872 31873 Rv0101 Rv0102 nrp   FALSE 0.044 175.000 0.000 NA   0.201
 31878 31879 Rv0107c Rv0108c ctpI   FALSE 0.003 354.000 0.000 NA   -0.027
 1935669 31881 Rv0109 Rv0110 PE_PGRS1   FALSE 0.122 148.000 0.091 NA   0.097
 31881 31882 Rv0110 Rv0111     FALSE 0.021 181.000 0.000 1.000   -0.127
 31882 31883 Rv0111 Rv0112   gca FALSE 0.006 282.000 0.000 1.000 N 0.148
 31883 31884 Rv0112 Rv0113 gca gmhA FALSE 0.229 74.000 0.000 1.000 N 0.571
 31884 31885 Rv0113 Rv0114 gmhA gmhB FALSE 0.228 32.000 0.000 1.000 N 0.282
 31885 31886 Rv0114 Rv0115 gmhB hddA TRUE 0.897 0.000 0.000 1.000   0.286
 31891 31892 Rv0120c Rv0121c fusA2   FALSE 0.121 137.000 0.009 1.000   0.094
 31893 31894 Rv0122 Rv0123     TRUE 0.653 -3.000 0.000 NA   -0.031
 31894 1935670 Rv0123 Rv0124   PE_PGRS2 FALSE 0.021 309.000 0.000 NA   0.546
 1935670 31896 Rv0124 Rv0125 PE_PGRS2 pepA FALSE 0.073 152.000 0.000 NA   0.239
 31896 31897 Rv0125 Rv0126 pepA treS FALSE 0.102 109.000 0.013 1.000 N 0.118
 31897 31898 Rv0126 Rv0127 treS   TRUE 0.596 103.000 0.071 NA Y 0.089
 31898 31899 Rv0127 Rv0128     FALSE 0.228 68.000 0.136 NA   -0.127
 31902 31903 Rv0131c Rv0132c fadE1 fgd2 TRUE 0.572 42.000 0.286 NA N 0.529
 31904 31905 Rv0133 Rv0134   ephF FALSE 0.003 297.000 0.000 1.000   -0.211
 31909 31910 Rv0138 Rv0139     TRUE 0.963 1.000 0.538 NA   -0.097
 31910 31911 Rv0139 Rv0140     FALSE 0.039 61.000 0.034 NA   -0.557
 31915 31916 Rv0144 Rv0145     TRUE 0.549 89.000 0.571 NA N 0.212
 31916 31917 Rv0145 Rv0146     TRUE 0.920 43.000 0.556 NA Y 0.587
 31917 31918 Rv0146 Rv0147     FALSE 0.459 95.000 0.444 NA N 0.183
 31918 31919 Rv0147 Rv0148     TRUE 0.735 75.000 0.875 1.000 N 0.207
 31919 31920 Rv0148 Rv0149     TRUE 0.955 7.000 0.700 1.000 N 0.523
 31921 1935672 Rv0150c Rv0151c   PE1 FALSE 0.003 591.000 0.000 NA   0.059
 1935672 1935673 Rv0151c Rv0152c PE1 PE2 FALSE 0.487 10.000 0.000 NA   0.190
 1935673 31924 Rv0152c Rv0153c PE2 ptbB FALSE 0.008 259.000 0.000 NA   0.018
 31924 31925 Rv0153c Rv0154c ptbB fadE2 TRUE 0.865 2.000 0.226 1.000 N -0.133
 31926 31927 Rv0155 Rv0156 pntAa pntAb TRUE 0.995 1.000 0.829 0.001   0.026
 31927 31928 Rv0156 Rv0157 pntAb pntB TRUE 0.991 -3.000 0.321 0.001   0.147
 1935675 1935676 Rv0159c Rv0160c PE3 PE4 FALSE 0.026 92.000 0.000 NA   -0.121
 31934 1935678 Rv0163 Rv0164   TB18.5 FALSE 0.168 54.000 0.020 NA   -0.043
 31937 31938 Rv0166 Rv0167 fadD5 yrbE1A FALSE 0.247 204.000 0.000 NA Y 0.835
 31938 31939 Rv0167 Rv0168 yrbE1A yrbE1B TRUE 0.996 2.000 1.000 NA Y 0.693
 31939 1935680 Rv0168 Rv0169 yrbE1B mce1A TRUE 0.994 5.000 1.000 NA Y 0.566
 1935680 31941 Rv0169 Rv0170 mce1A mce1B TRUE 0.998 -3.000 0.500 0.010 Y 0.628
 31941 31942 Rv0170 Rv0171 mce1B mce1C TRUE 0.999 -3.000 1.000 0.010 Y 0.669
 31942 31943 Rv0171 Rv0172 mce1C mce1D TRUE 0.999 -3.000 1.000 0.010 Y 0.578
 31943 31944 Rv0172 Rv0173 mce1D lprK TRUE 0.998 -3.000 0.500 0.010 Y 0.643
 31944 31945 Rv0173 Rv0174 lprK mce1F TRUE 0.997 -6.000 0.800 0.010 Y 0.494
 31945 31946 Rv0174 Rv0175 mce1F   TRUE 0.638 36.000 0.286 NA   0.356
 31946 31947 Rv0175 Rv0176     TRUE 0.985 -3.000 0.750 NA   0.156
 31947 31948 Rv0176 Rv0177     TRUE 0.987 -3.000 1.000 NA   0.010
 31948 31949 Rv0177 Rv0178     TRUE 0.957 -33.000 1.000 NA   0.302
 31950 31951 Rv0179c Rv0180c lprO   FALSE 0.442 80.000 0.333 NA   -0.004
 31951 31952 Rv0180c Rv0181c     FALSE 0.106 27.000 0.000 NA   -0.048
 31952 31953 Rv0181c Rv0182c   sigG FALSE 0.219 17.000 0.000 NA   0.037
 1935681 31955 Rv0183 Rv0184     FALSE 0.426 42.000 0.068 NA   0.291
 31955 31956 Rv0184 Rv0185     TRUE 0.977 -3.000 0.600 NA   0.033
 31956 31957 Rv0185 Rv0186   bglS FALSE 0.444 45.000 0.273 1.000   -0.226
 31957 31958 Rv0186 Rv0187 bglS   FALSE 0.004 361.000 0.000 1.000   -0.089
 31958 31959 Rv0187 Rv0188     FALSE 0.014 119.000 0.000 NA   -0.139
 31961 31962 Rv0190 Rv0191     FALSE 0.079 128.000 0.125 NA   -0.394
 31962 31963 Rv0191 Rv0192     FALSE 0.515 34.000 0.375 NA   -0.264
 31963 1935682 Rv0192 Rv0192A     TRUE 0.653 -345.000 0.000 NA   0.970
 31965 31966 Rv0194 Rv0195     FALSE 0.008 437.000 0.000 1.000 N 0.482
 31966 31967 Rv0195 Rv0196     FALSE 0.378 113.000 0.000 0.058   0.205
 31967 31968 Rv0196 Rv0197     TRUE 0.974 0.000 0.276 1.000   0.660
 31970 31971 Rv0199 Rv0200     TRUE 0.983 -3.000 1.000 NA   -0.277
 31972 31973 Rv0201c Rv0202c   mmpL11 TRUE 0.979 -3.000 0.750 1.000   -0.383
 31977 31978 Rv0206c Rv0207c mmpL3   FALSE 0.533 66.000 0.217 NA   0.658
 31978 31979 Rv0207c Rv0208c   trmB TRUE 0.910 3.000 0.040 NA   0.696
 31980 31981 Rv0209 Rv0210     TRUE 0.984 -3.000 0.529 NA   0.483
 31981 31982 Rv0210 Rv0211   pckA FALSE 0.046 184.000 0.026 NA   0.037
 31983 31984 Rv0212c Rv0213c nadR   TRUE 0.884 -3.000 0.000 1.000 N 0.541
 31989 31990 Rv0218 Rv0219     TRUE 0.956 2.000 0.273 NA   0.401
 31990 31991 Rv0219 Rv0220   lipC TRUE 0.700 10.000 0.182 NA   0.007
 31991 31992 Rv0220 Rv0221 lipC   TRUE 0.817 44.000 1.000 NA   0.082
 31992 31993 Rv0221 Rv0222   echA1 TRUE 0.663 31.000 0.333 NA   0.248
 31994 31995 Rv0223c Rv0224c     FALSE 0.261 99.000 0.104 1.000   -0.002
 31997 31998 Rv0226c Rv0227c     TRUE 0.661 10.000 0.265 NA   -0.413
 32000 32001 Rv0229c Rv0230c   php TRUE 0.858 -3.000 0.000 NA   0.243
 32002 32003 Rv0231 Rv0232 fadE4   FALSE 0.213 135.000 0.250 1.000 N 0.110
 32003 32004 Rv0232 Rv0233   nrdB TRUE 0.974 -3.000 0.357 1.000 N 0.657
 1935683 32006 Rv0234c Rv0235c gabD1   FALSE 0.221 26.000 0.000 NA   0.145
 32006 32007 Rv0235c Rv0236c     FALSE 0.503 35.000 0.053 NA   0.696
 32007 1935684 Rv0236c Rv0236A     TRUE 0.677 47.000 0.526 NA   0.076
 1935685 32009 Rv0237 Rv0238 lpqI   FALSE 0.309 76.000 0.185 1.000 N 0.168
 32009 32010 Rv0238 Rv0239     FALSE 0.010 62.000 0.000 NA   -0.420
 32010 32011 Rv0239 Rv0240     FALSE 0.059 8.000 0.000 NA   -0.332
 32012 32013 Rv0241c Rv0242c   fabG TRUE 0.969 11.000 0.412 1.000 Y 0.550
 32016 32017 Rv0245 Rv0246     FALSE 0.005 316.000 0.000 NA   0.019
 32018 32019 Rv0247c Rv0248c     TRUE 0.998 1.000 0.826 0.004 Y 0.228
 32019 32020 Rv0248c Rv0249c     TRUE 0.871 31.000 0.860 NA   0.504
 32020 32021 Rv0249c Rv0250c     FALSE 0.158 80.000 0.171 NA   -0.436
 32021 32022 Rv0250c Rv0251c   hsp FALSE 0.041 145.000 0.091 NA   -0.516
 32023 32024 Rv0252 Rv0253 nirB nirD TRUE 0.891 26.000 0.286 0.001 N 0.591
 32025 1935686 Rv0254c Rv0255c cobU cobQ1 TRUE 0.844 25.000 0.031 1.000 Y 0.421
 1935686 1935687 Rv0255c Rv0256c cobQ1 PPE2 FALSE 0.314 19.000 0.000 NA N 0.492
 32029 32030 Rv0258c Rv0259c     FALSE 0.530 25.000 0.071 1.000   0.225
 32030 32031 Rv0259c Rv0260c     TRUE 0.943 -3.000 0.173 1.000   0.126
 32031 32032 Rv0260c Rv0261c   narK3 FALSE 0.085 100.000 0.000 NA N 0.295
 32032 32033 Rv0261c Rv0262c narK3 aac FALSE 0.127 141.000 0.000 NA   0.429
 32033 32034 Rv0262c Rv0263c aac   TRUE 0.797 10.000 0.101 NA   0.544
 32034 32035 Rv0263c Rv0264c     TRUE 0.955 17.000 0.551 NA Y 0.677
 32035 1935689 Rv0264c Rv0265c     FALSE 0.116 96.000 0.050 1.000 N -0.018
 1935689 32037 Rv0265c Rv0266c   oplA FALSE 0.025 22.000 0.000 1.000 N -0.037
 32039 32040 Rv0268c Rv0269c     FALSE 0.146 65.000 0.000 NA N 0.372
 32042 32043 Rv0271c Rv0272c fadE6   FALSE 0.047 114.000 0.000 NA   -0.020
 32043 32044 Rv0272c Rv0273c     TRUE 0.985 -3.000 0.833 NA   0.003
 32048 1935691 Rv0277c Rv0278c   PE_PGRS3 FALSE 0.010 301.000 0.000 NA   0.186
 1935691 1935692 Rv0278c Rv0279c PE_PGRS3 PE_PGRS4 FALSE 0.005 250.000 0.000 NA   -0.078
 11400659 32045   Rv0274     FALSE NA 2578.000 0.000 NA   NA
 11543022 32045   Rv0274     FALSE NA 2578.000 0.000 NA   NA
 11685414 32045   Rv0274     FALSE NA 2578.000 0.000 NA   NA
 11400660 32045   Rv0274     FALSE NA 2599.000 0.000 NA   NA
 11543023 32045   Rv0274     FALSE NA 2599.000 0.000 NA   NA
 11685415 32045   Rv0274     FALSE NA 2599.000 0.000 NA   NA
 11400661 32045   Rv0274     FALSE NA 2623.000 0.000 NA   NA
 11543024 32045   Rv0274     FALSE NA 2623.000 0.000 NA   NA
 11685416 32045   Rv0274     FALSE NA 2623.000 0.000 NA   NA
 11400662 32045   Rv0274     FALSE NA 2644.000 0.000 NA   NA
 11543025 32045   Rv0274     FALSE NA 2644.000 0.000 NA   NA
 11685417 32045   Rv0274     FALSE NA 2644.000 0.000 NA   NA
 11400663 32045   Rv0274     FALSE NA 2672.000 0.000 NA   NA
 11543026 32045   Rv0274     FALSE NA 2672.000 0.000 NA   NA
 11685418 32045   Rv0274     FALSE NA 2672.000 0.000 NA   NA
 11400664 32045   Rv0274     FALSE NA 2693.000 0.000 NA   NA
 11543027 32045   Rv0274     FALSE NA 2693.000 0.000 NA   NA
 11685419 32045   Rv0274     FALSE NA 2693.000 0.000 NA   NA
 11400665 32045   Rv0274     FALSE NA 2717.000 0.000 NA   NA
 11543028 32045   Rv0274     FALSE NA 2717.000 0.000 NA   NA
 11685420 32045   Rv0274     FALSE NA 2717.000 0.000 NA   NA
 11400666 32045   Rv0274     FALSE NA 2738.000 0.000 NA   NA
 11543029 32045   Rv0274     FALSE NA 2738.000 0.000 NA   NA
 11685421 32045   Rv0274     FALSE NA 2738.000 0.000 NA   NA
 11400667 32045   Rv0274     FALSE NA 2762.000 0.000 NA   NA
 11543030 32045   Rv0274     FALSE NA 2762.000 0.000 NA   NA
 11685422 32045   Rv0274     FALSE NA 2762.000 0.000 NA   NA
 11400668 32045   Rv0274     FALSE NA 2783.000 0.000 NA   NA
 11543031 32045   Rv0274     FALSE NA 2783.000 0.000 NA   NA
 11685423 32045   Rv0274     FALSE NA 2783.000 0.000 NA   NA
 11400669 32045   Rv0274     FALSE NA 2810.000 0.000 NA   NA
 11543032 32045   Rv0274     FALSE NA 2810.000 0.000 NA   NA
 11685424 32045   Rv0274     FALSE NA 2810.000 0.000 NA   NA
 11400670 32045   Rv0274     FALSE NA 2831.000 0.000 NA   NA
 11543033 32045   Rv0274     FALSE NA 2831.000 0.000 NA   NA
 11685425 32045   Rv0274     FALSE NA 2831.000 0.000 NA   NA
 11400671 32045   Rv0274     FALSE NA 2867.000 0.000 NA   NA
 11543034 32045   Rv0274     FALSE NA 2867.000 0.000 NA   NA
 11685426 32045   Rv0274     FALSE NA 2867.000 0.000 NA   NA
 11400672 32045   Rv0274     FALSE NA 2888.000 0.000 NA   NA
 11543035 32045   Rv0274     FALSE NA 2888.000 0.000 NA   NA
 11685427 32045   Rv0274     FALSE NA 2888.000 0.000 NA   NA
 11400673 32045   Rv0274     FALSE NA 2915.000 0.000 NA   NA
 11543036 32045   Rv0274     FALSE NA 2915.000 0.000 NA   NA
 11685428 32045   Rv0274     FALSE NA 2915.000 0.000 NA   NA
 11400674 32045   Rv0274     FALSE NA 2936.000 0.000 NA   NA
 11543037 32045   Rv0274     FALSE NA 2936.000 0.000 NA   NA
 11685429 32045   Rv0274     FALSE NA 2936.000 0.000 NA   NA
 11400675 32045   Rv0274     FALSE NA 2963.000 0.000 NA   NA
 11543038 32045   Rv0274     FALSE NA 2963.000 0.000 NA   NA
 11685430 32045   Rv0274     FALSE NA 2963.000 0.000 NA   NA
 11400676 32045   Rv0274     FALSE NA 2984.000 0.000 NA   NA
 11543039 32045   Rv0274     FALSE NA 2984.000 0.000 NA   NA
 11685431 32045   Rv0274     FALSE NA 2984.000 0.000 NA   NA
 11400677 32045   Rv0274     FALSE NA 3008.000 0.000 NA   NA
 11543040 32045   Rv0274     FALSE NA 3008.000 0.000 NA   NA
 11685432 32045   Rv0274     FALSE NA 3008.000 0.000 NA   NA
 11400678 32045   Rv0274     FALSE NA 3029.000 0.000 NA   NA
 11543041 32045   Rv0274     FALSE NA 3029.000 0.000 NA   NA
 11685433 32045   Rv0274     FALSE NA 3029.000 0.000 NA   NA
 11400679 32045   Rv0274     FALSE NA 3062.000 0.000 NA   NA
 11543042 32045   Rv0274     FALSE NA 3062.000 0.000 NA   NA
 11685434 32045   Rv0274     FALSE NA 3062.000 0.000 NA   NA
 11400680 32045   Rv0274     FALSE NA 3083.000 0.000 NA   NA
 11543043 32045   Rv0274     FALSE NA 3083.000 0.000 NA   NA
 11685435 32045   Rv0274     FALSE NA 3083.000 0.000 NA   NA
 11400681 32045   Rv0274     FALSE NA 3134.000 0.000 NA   NA
 11543044 32045   Rv0274     FALSE NA 3134.000 0.000 NA   NA
 11685436 32045   Rv0274     FALSE NA 3134.000 0.000 NA   NA
 11400682 32045   Rv0274     FALSE NA 3155.000 0.000 NA   NA
 11543045 32045   Rv0274     FALSE NA 3155.000 0.000 NA   NA
 11685437 32045   Rv0274     FALSE NA 3155.000 0.000 NA   NA
 11400683 32045   Rv0274     FALSE NA 3197.000 0.000 NA   NA
 11543046 32045   Rv0274     FALSE NA 3197.000 0.000 NA   NA
 11685438 32045   Rv0274     FALSE NA 3197.000 0.000 NA   NA
 11400684 32045   Rv0274     FALSE NA 3218.000 0.000 NA   NA
 11543047 32045   Rv0274     FALSE NA 3218.000 0.000 NA   NA
 11685439 32045   Rv0274     FALSE NA 3218.000 0.000 NA   NA
 11400685 32045   Rv0274     FALSE NA 3242.000 0.000 NA   NA
 11543048 32045   Rv0274     FALSE NA 3242.000 0.000 NA   NA
 11685440 32045   Rv0274     FALSE NA 3242.000 0.000 NA   NA
 11400686 32045   Rv0274     FALSE NA 3263.000 0.000 NA   NA
 11543049 32045   Rv0274     FALSE NA 3263.000 0.000 NA   NA
 11685441 32045   Rv0274     FALSE NA 3263.000 0.000 NA   NA
 11400687 32045   Rv0274     FALSE NA 3290.000 0.000 NA   NA
 11543050 32045   Rv0274     FALSE NA 3290.000 0.000 NA   NA
 11685442 32045   Rv0274     FALSE NA 3290.000 0.000 NA   NA
 11400688 32045   Rv0274     FALSE NA 3311.000 0.000 NA   NA
 11543051 32045   Rv0274     FALSE NA 3311.000 0.000 NA   NA
 11685443 32045   Rv0274     FALSE NA 3311.000 0.000 NA   NA
 11400689 32045   Rv0274     FALSE NA 3332.000 0.000 NA   NA
 11543052 32045   Rv0274     FALSE NA 3332.000 0.000 NA   NA
 11685444 32045   Rv0274     FALSE NA 3332.000 0.000 NA   NA
 11400690 32045   Rv0274     FALSE NA 3353.000 0.000 NA   NA
 11543053 32045   Rv0274     FALSE NA 3353.000 0.000 NA   NA
 11685445 32045   Rv0274     FALSE NA 3353.000 0.000 NA   NA
 11400691 32045   Rv0274     FALSE NA 3380.000 0.000 NA   NA
 11543054 32045   Rv0274     FALSE NA 3380.000 0.000 NA   NA
 11685446 32045   Rv0274     FALSE NA 3380.000 0.000 NA   NA
 11400692 32045   Rv0274     FALSE NA 3401.000 0.000 NA   NA
 11543055 32045   Rv0274     FALSE NA 3401.000 0.000 NA   NA
 11685447 32045   Rv0274     FALSE NA 3401.000 0.000 NA   NA
 11400693 32045   Rv0274     FALSE NA 3425.000 0.000 NA   NA
 11543056 32045   Rv0274     FALSE NA 3425.000 0.000 NA   NA
 11685448 32045   Rv0274     FALSE NA 3425.000 0.000 NA   NA
 1935693 32052 Rv0280 Rv0281 PPE3   TRUE 0.825 24.000 0.667 NA N 0.534
 32052 32053 Rv0281 Rv0282     FALSE 0.002 224.000 0.000 NA   -0.164
 32053 32054 Rv0282 Rv0283     TRUE 0.992 -3.000 1.000 NA   0.524
 32054 32055 Rv0283 Rv0284     TRUE 0.989 -3.000 0.750 NA   0.526
 32055 1935694 Rv0284 Rv0285   PE5 TRUE 0.969 -3.000 0.333 NA   0.250
 1935694 1935695 Rv0285 Rv0286 PE5 PPE4 TRUE 0.952 3.000 0.500 NA   -0.062
 1935695 32058 Rv0286 Rv0287 PPE4 esxG FALSE 0.330 49.000 0.000 NA   0.522
 32058 32059 Rv0287 Rv0288 esxG esxH FALSE 0.346 30.000 0.000 NA   0.355
 32059 32060 Rv0288 Rv0289 esxH   TRUE 0.624 11.000 0.000 NA   0.500
 32060 32061 Rv0289 Rv0290     TRUE 0.841 47.000 0.818 NA   0.541
 32061 32062 Rv0290 Rv0291   mycP3 TRUE 0.985 -3.000 0.556 NA   0.640
 32062 32063 Rv0291 Rv0292 mycP3   TRUE 0.982 -3.000 0.556 NA   0.309
 32066 1935696 Rv0295c Rv0296c     TRUE 0.626 10.000 0.118 NA   -0.037
 1935697 32069 Rv0297 Rv0298 PE_PGRS5   FALSE 0.165 143.000 0.000 1.000   0.591
 32069 32070 Rv0298 Rv0299     TRUE 0.832 -3.000 0.000 NA   0.201
 32070 32071 Rv0299 Rv0300     FALSE 0.217 48.000 0.000 NA   0.219
 32071 32072 Rv0300 Rv0301     TRUE 0.980 -3.000 0.444 NA   0.414
 32072 32073 Rv0301 Rv0302     FALSE 0.075 136.000 0.000 NA   0.188
 32073 32074 Rv0302 Rv0303     TRUE 0.847 -3.000 0.000 1.000 N 0.330
 1935698 1935699 Rv0304c Rv0305c PPE5 PPE6 TRUE 0.685 56.000 0.000 NA Y 0.360
 32079 32080 Rv0308 Rv0309     FALSE 0.218 102.000 0.067 NA   0.137
 32082 32083 Rv0311 Rv0312     FALSE 0.244 155.000 0.333 1.000   -0.031
 32083 32084 Rv0312 Rv0313     FALSE 0.030 72.000 0.000 NA   -0.124
 32086 32087 Rv0315 Rv0316     FALSE 0.535 49.000 0.286 1.000 N 0.275
 32088 1935700 Rv0317c Rvnt04 glpQ2   FALSE 0.001 261.000 0.000 NA   NA
 1935700 1935701 Rvnt04 Rv0318c     FALSE 0.015 31.000 0.000 NA   NA
 32090 32091 Rv0319 Rv0320 pcp   FALSE 0.226 72.000 0.000 NA   0.323
 32091 32092 Rv0320 Rv0321   dcd FALSE 0.135 32.000 0.007 NA   -0.122
 32092 32093 Rv0321 Rv0322 dcd udgA FALSE 0.064 106.000 0.000 1.000 N 0.162
 32095 32096 Rv0324 Rv0325     FALSE 0.445 7.000 0.000 NA   0.034
 32096 32097 Rv0325 Rv0326     FALSE 0.133 10.000 0.000 NA   -0.127
 32100 32101 Rv0329c Rv0330c     FALSE 0.487 27.000 0.000 1.000   0.715
 32102 32103 Rv0331 Rv0332     FALSE 0.100 75.000 0.000 NA   0.043
 32103 32104 Rv0332 Rv0333     TRUE 0.654 27.000 0.368 NA   0.070
 32104 32105 Rv0333 Rv0334   rmlA TRUE 0.656 30.000 0.273 NA   0.372
 32108 32109 Rv0337c Rv0338c aspC   FALSE 0.412 31.000 0.023 1.000 N 0.495
 32109 32110 Rv0338c Rv0339c     FALSE 0.116 109.000 0.057 1.000 N 0.014
 32111 32112 Rv0340 Rv0341   iniB FALSE 0.210 189.000 0.286 NA   0.659
 32112 32113 Rv0341 Rv0342 iniB iniA TRUE 0.805 37.000 0.500 1.000   0.835
 32113 32114 Rv0342 Rv0343 iniA iniC TRUE 0.995 -3.000 0.583 0.007   0.675
 32118 32119 Rv0347 Rv0348     FALSE 0.133 3.000 0.000 NA   -0.518
 32119 32120 Rv0348 Rv0349     TRUE 0.736 3.000 0.000 NA   0.181
 32120 32121 Rv0349 Rv0350   dnaK FALSE 0.041 227.000 0.000 NA   0.432
 32121 32122 Rv0350 Rv0351 dnaK grpE TRUE 0.996 -3.000 0.074 0.005 Y 0.697
 32122 1935704 Rv0351 Rv0352 grpE dnaJ1 TRUE 0.931 36.000 0.068 0.005 Y 0.743
 1935704 32124 Rv0352 Rv0353 dnaJ1 hspR TRUE 0.932 0.000 0.074 1.000 N 0.532
 1935705 1935706 Rv0354c Rv0355c PPE7 PPE8 FALSE 0.268 83.000 0.000 NA   0.696
 1935706 32127 Rv0355c Rv0356c PPE8   FALSE 0.021 151.000 0.000 NA   -0.056
 32127 32128 Rv0356c Rv0357c   purA TRUE 0.938 -3.000 0.052 NA   0.437
 32129 32130 Rv0358 Rv0359     TRUE 0.541 11.000 0.020 NA   0.147
 32132 32133 Rv0361 Rv0362   mgtE FALSE 0.001 222.000 0.000 NA   -0.195
 32136 32137 Rv0365c Rv0366c     TRUE 0.637 25.000 0.000 0.047   0.129
 32137 32138 Rv0366c Rv0367c     FALSE 0.243 29.000 0.000 NA   0.193
 32138 32139 Rv0367c Rv0368c     FALSE 0.242 81.000 0.000 NA   0.417
 32139 32140 Rv0368c Rv0369c     TRUE 0.864 6.000 0.208 NA   0.230
 32140 32141 Rv0369c Rv0370c     FALSE 0.341 101.000 0.250 NA   0.045
 32141 32142 Rv0370c Rv0371c     TRUE 0.951 -3.000 0.200 NA   0.272
 32142 32143 Rv0371c Rv0372c     TRUE 0.975 -3.000 0.333 NA   0.507
 32143 32144 Rv0372c Rv0373c     TRUE 0.784 19.000 0.750 NA N -0.033
 32144 32145 Rv0373c Rv0374c     TRUE 0.998 -3.000 0.818 0.068 Y 0.119
 32145 32146 Rv0374c Rv0375c     TRUE 0.986 15.000 0.909 0.068 Y 0.242
 32146 32147 Rv0375c Rv0376c     FALSE 0.408 76.000 0.250 NA N 0.347
 32148 32149 Rv0377 Rv0378     FALSE 0.034 251.000 0.000 NA   0.524
 32149 1935707 Rv0378 Rv0379   secE2 FALSE 0.006 119.000 0.000 NA   -0.332
 32151 32152 Rv0380c Rv0381c     FALSE 0.223 96.000 0.055 NA   0.160
 32152 1935708 Rv0381c Rv0382c   pyrE FALSE 0.358 18.000 0.012 NA   0.097
 1935708 32154 Rv0382c Rv0383c pyrE   FALSE 0.219 81.000 0.006 NA   0.226
 32154 32155 Rv0383c Rv0384c   clpB FALSE 0.180 141.000 0.009 NA   0.720
 32156 32157 Rv0385 Rv0386     FALSE 0.007 104.000 0.000 1.000 N -0.221
 32158 1935709 Rv0387c Rv0388c   PPE9 FALSE 0.153 53.000 0.000 NA   0.132
 32160 32161 Rv0389 Rv0390 purT   FALSE 0.197 -3.000 0.019 NA N -0.195
 32161 32162 Rv0390 Rv0391   metZ TRUE 0.834 -3.000 0.092 NA N 0.063
 32166 32167 Rv0395 Rv0396     TRUE 0.787 6.000 0.000 NA   0.860
 32167 32168 Rv0396 Rv0397     FALSE 0.051 74.000 0.000 NA   -0.071
 32169 32170 Rv0398c Rv0399c   lpqK TRUE 0.737 7.000 0.250 NA   -0.309
 32170 32171 Rv0399c Rv0400c lpqK fadE7 FALSE 0.047 10.000 0.000 1.000 N -0.173
 32173 32174 Rv0402c Rv0403c mmpL1 mmpS1 TRUE 0.988 -3.000 1.000 NA   0.084
 32175 32176 Rv0404 Rv0405 fadD30 pks6 TRUE 0.997 -3.000 1.000 1.000 Y 0.198
 32178 32179 Rv0407 Rv0408 fgd1 pta TRUE 0.767 -7.000 0.021 1.000   0.159
 32179 32180 Rv0408 Rv0409 pta ackA TRUE 0.792 -7.000 0.185 1.000   -0.160
 32181 32182 Rv0410c Rv0411c pknG glnH TRUE 0.996 0.000 0.622 1.000 Y 0.585
 32182 32183 Rv0411c Rv0412c glnH   TRUE 0.991 0.000 0.895 NA   0.566
 32186 32187 Rv0415 Rv0416 thiO thiS TRUE 0.984 -3.000 0.625 1.000 N 0.499
 32187 32188 Rv0416 Rv0417 thiS thiG TRUE 0.958 -7.000 0.104 1.000 Y 0.187
 32188 32189 Rv0417 Rv0418 thiG lpqL FALSE 0.007 372.000 0.000 1.000   0.049
 32189 32190 Rv0418 Rv0419 lpqL lpqM FALSE 0.466 88.000 0.000 0.032   0.178
 32191 32192 Rv0420c Rv0421c     FALSE 0.003 161.000 0.000 NA   -0.343
 32192 32193 Rv0421c Rv0422c   thiD TRUE 0.811 -3.000 0.059 NA   -0.159
 32193 32194 Rv0422c Rv0423c thiD thiC TRUE 0.901 27.000 0.015 0.006 Y 0.066
 32194 32195 Rv0423c Rv0424c thiC   FALSE 0.026 152.000 0.000 NA   -0.026
 32195 32196 Rv0424c Rv0425c   ctpH TRUE 0.692 50.000 0.500 NA   0.234
 32196 32197 Rv0425c Rv0426c ctpH   TRUE 0.574 52.000 0.250 NA   0.409
 32197 32198 Rv0426c Rv0427c   xthA FALSE 0.020 201.000 0.015 NA   -0.113
 32198 32199 Rv0427c Rv0428c xthA   TRUE 0.861 3.000 0.088 NA   0.116
 32199 32200 Rv0428c Rv0429c   def TRUE 0.977 0.000 0.488 NA   0.263
 32201 32202 Rv0430 Rv0431     FALSE 0.448 32.000 0.176 NA   0.101
 32202 32203 Rv0431 Rv0432   sodC TRUE 0.773 33.000 0.500 NA   0.437
 32203 32204 Rv0432 Rv0433 sodC   TRUE 0.901 2.000 0.128 1.000   0.023
 32204 32205 Rv0433 Rv0434     FALSE 0.420 60.000 0.010 1.000   0.547
 32206 32207 Rv0435c Rv0436c   pssA TRUE 0.899 -3.000 0.025 1.000 N 0.321
 32207 32208 Rv0436c Rv0437c pssA psd TRUE 0.993 -3.000 0.466 1.000 Y 0.091
 32208 1935710 Rv0437c Rv0438c psd moeA2 FALSE 0.011 61.000 0.018 1.000 N -0.315
 1935710 32210 Rv0438c Rv0439c moeA2   FALSE 0.418 19.000 0.188 1.000   -0.456
 32212 1935711 Rv0441c Rv0442c   PPE10 FALSE 0.172 27.000 0.000 NA   0.045
 32215 32216 Rv0444c Rv0445c   sigK FALSE 0.252 44.000 0.091 NA   -0.112
 32216 32217 Rv0445c Rv0446c sigK   FALSE 0.294 49.000 0.065 1.000   -0.066
 32217 32218 Rv0446c Rv0447c   ufaA1 TRUE 0.674 9.000 0.081 1.000   -0.069
 32218 32219 Rv0447c Rv0448c ufaA1   TRUE 0.786 -3.000 0.067 NA   -0.230
 32219 32220 Rv0448c Rv0449c     TRUE 0.770 60.000 0.722 NA   0.330
 32220 32221 Rv0449c Rv0450c   mmpL4 FALSE 0.319 40.000 0.007 1.000   0.138
 32221 32222 Rv0450c Rv0451c mmpL4 mmpS4 TRUE 0.981 -3.000 0.667 NA   0.040
 32223 1935712 Rv0452 Rv0453   PPE11 FALSE 0.001 322.000 0.000 NA   -0.129
 1935712 32225 Rv0453 Rv0454 PPE11   FALSE 0.007 105.000 0.000 NA   -0.289
 32226 32227 Rv0455c Rv0456c   echA2 FALSE 0.149 68.000 0.039 NA   -0.101
 32227 1935713 Rv0456c Rv0456A echA2   FALSE 0.001 273.000 0.000 1.000   NA
 1935713 32228 Rv0456A Rv0457c     FALSE 0.001 229.000 0.000 1.000   -0.985
 32229 32230 Rv0458 Rv0459     TRUE 0.932 0.000 0.021 NA   0.649
 32230 32231 Rv0459 Rv0460     FALSE 0.413 60.000 0.042 NA   0.604
 32231 32232 Rv0460 Rv0461     TRUE 0.810 38.000 1.000 NA   -0.029
 32232 32233 Rv0461 Rv0462   lpd FALSE 0.023 64.000 0.017 NA   -0.446
 32233 32234 Rv0462 Rv0463 lpd   FALSE 0.514 8.000 0.028 NA   -0.080
 32235 32236 Rv0464c Rv0465c     TRUE 0.966 -3.000 0.286 NA   0.313
 32237 1935714 Rv0466 Rv0467   icl FALSE 0.023 275.000 0.000 1.000 N 0.697
 1935714 32239 Rv0467 Rv0468 icl fadB2 FALSE 0.309 82.000 0.036 1.000 N 0.634
 32239 1935715 Rv0468 Rv0469 fadB2 umaA FALSE 0.172 133.000 0.130 1.000 N 0.217
 1935716 1935717 Rv0470c Rv0470A pcaA   FALSE 0.004 143.000 0.000 1.000   -0.971
 1935717 32242 Rv0470A Rv0471c     FALSE 0.046 -69.000 0.000 NA   -0.427
 32242 32243 Rv0471c Rv0472c     FALSE 0.418 10.000 0.000 NA   0.093
 32244 32245 Rv0473 Rv0474     FALSE 0.098 87.000 0.047 NA   -0.202
 32245 32246 Rv0474 Rv0475   hbhA FALSE 0.041 354.000 0.282 NA   0.301
 32246 32247 Rv0475 Rv0476 hbhA   FALSE 0.335 112.000 0.270 NA   0.152
 32247 32248 Rv0476 Rv0477     TRUE 0.661 5.000 0.143 NA   -0.389
 32248 32249 Rv0477 Rv0478   deoC TRUE 0.813 0.000 0.030 NA   -0.054
 32250 1935718 Rv0479c Rv0480c     TRUE 0.899 -3.000 0.091 NA   0.036
 1935718 32252 Rv0480c Rv0481c     FALSE 0.021 182.000 0.061 NA   -0.349
 32253 32254 Rv0482 Rv0483 murB lprQ FALSE 0.104 62.000 0.036 NA   -0.213
 32256 32257 Rv0485 Rv0486     FALSE 0.215 48.000 0.082 NA N 0.129
 32257 32258 Rv0486 Rv0487     TRUE 0.961 -3.000 0.541 NA   -0.540
 32258 32259 Rv0487 Rv0488     FALSE 0.006 326.000 0.000 NA   0.085
 32259 1935719 Rv0488 Rv0489   gpm1 FALSE 0.120 157.000 0.000 1.000   0.376
 1935719 32261 Rv0489 Rv0490 gpm1 senX3 FALSE 0.061 174.000 0.196 1.000 N -0.149
 32261 32262 Rv0490 Rv0491 senX3 regX3 FALSE 0.359 228.000 0.437 1.000 Y -0.018
 1935720 1935721 Rv0492c Rv0492A     TRUE 0.913 -3.000 0.300 NA   NA
 1935721 32264 Rv0492A Rv0493c     TRUE 0.847 -3.000 0.200 NA   NA
 32267 32268 Rv0496 Rv0497     TRUE 0.922 -3.000 0.286 NA   -0.291
 32268 32269 Rv0497 Rv0498     FALSE 0.410 16.000 0.127 NA   -0.161
 32269 32270 Rv0498 Rv0499     FALSE 0.431 16.000 0.076 NA   -0.036
 32270 32271 Rv0499 Rv0500   proC FALSE 0.312 25.000 0.143 1.000   -0.641
 32271 1935723 Rv0500 Rv0500A proC   FALSE 0.306 141.000 0.186 1.000   0.467
 1935723 1935724 Rv0500A Rv0500B     FALSE 0.381 128.000 0.233 NA   0.792
 1935724 1935725 Rv0500B Rv0501   galE2 FALSE 0.345 78.000 0.356 NA   -0.592
 1935725 32273 Rv0501 Rv0502 galE2   TRUE 0.946 7.000 0.796 1.000 N 0.178
 32274 32275 Rv0503c Rv0504c cmaA2   TRUE 0.706 23.000 0.400 1.000   -0.039
 32275 1935726 Rv0504c Rv0505c   serB1 FALSE 0.108 162.000 0.145 1.000   -0.090
 32277 32278 Rv0506 Rv0507 mmpS2 mmpL2 TRUE 0.992 -3.000 1.000 NA   0.676
 32278 32279 Rv0507 Rv0508 mmpL2   TRUE 0.780 -7.000 0.007 NA   0.337
 32279 32280 Rv0508 Rv0509   hemA FALSE 0.036 50.000 0.012 NA   -0.344
 32280 32281 Rv0509 Rv0510 hemA hemC TRUE 0.984 10.000 0.178 0.002 Y 0.588
 32281 1935727 Rv0510 Rv0511 hemC hemD TRUE 0.932 33.000 0.044 0.002 Y 0.413
 1935727 32283 Rv0511 Rv0512 hemD hemB TRUE 0.932 86.000 0.429 0.002 Y 0.176
 32283 32284 Rv0512 Rv0513 hemB   FALSE 0.466 13.000 0.039 NA   0.036
 32284 32285 Rv0513 Rv0514     TRUE 0.966 -3.000 0.389 NA   0.080
 32285 32286 Rv0514 Rv0515     FALSE 0.007 103.000 0.000 NA   -0.321
 32288 32289 Rv0517 Rv0518     FALSE 0.322 132.000 0.333 1.000 N 0.215
 32291 1935728 Rv0520 Rv0521     TRUE 0.729 -7.000 0.000 NA   0.342
 1935728 1935729 Rv0521 Rv0522   gabP FALSE 0.134 135.000 0.000 NA   0.386
 32295 32296 Rv0524 Rv0525 hemL   TRUE 0.918 0.000 0.204 NA N 0.224
 32296 32297 Rv0525 Rv0526     FALSE 0.383 15.000 0.035 NA N 0.232
 32297 1935730 Rv0526 Rv0527   ccdA TRUE 0.994 -3.000 0.500 1.000 Y 0.190
 1935730 32299 Rv0527 Rv0528 ccdA   TRUE 0.718 33.000 0.131 NA Y -0.164
 32299 1935731 Rv0528 Rv0529   ccsA TRUE 0.981 -3.000 0.082 NA Y 0.084
 1935731 32301 Rv0529 Rv0530 ccsA   FALSE 0.347 42.000 0.308 1.000 N -0.438
 32301 32302 Rv0530 Rv0531     FALSE 0.017 205.000 0.000 NA   0.044
 32302 1935732 Rv0531 Rv0532   PE_PGRS6 FALSE 0.077 147.000 0.000 NA   0.237
 32304 32305 Rv0533c Rv0534c fabH menA FALSE 0.045 82.000 0.011 1.000 N -0.102
 32306 1935733 Rv0535 Rv0536 pnp galE3 FALSE 0.197 -3.000 0.008 1.000 N -0.567
 32309 32310 Rv0538 Rv0539     FALSE 0.398 57.000 0.048 NA   0.404
 32310 32311 Rv0539 Rv0540     TRUE 0.951 -3.000 0.109 NA   0.503
 32312 32313 Rv0541c Rv0542c   menE TRUE 0.625 12.000 0.008 NA   0.381
 32313 32314 Rv0542c Rv0543c menE   FALSE 0.081 69.000 0.024 NA   -0.219
 32314 32315 Rv0543c Rv0544c     FALSE 0.244 60.000 0.000 NA   0.312
 32315 32316 Rv0544c Rv0545c   pitA TRUE 0.889 -3.000 0.000 NA   0.349
 32316 32317 Rv0545c Rv0546c pitA   FALSE 0.219 120.000 0.167 NA   0.095
 32317 32318 Rv0546c Rv0547c     FALSE 0.170 63.000 0.069 NA   -0.156
 32318 32319 Rv0547c Rv0548c   menB FALSE 0.061 96.000 0.008 1.000   -0.366
 32319 32320 Rv0548c Rv0549c menB   FALSE 0.007 272.000 0.000 NA   0.005
 32320 32321 Rv0549c Rv0550c     TRUE 0.899 -3.000 0.000 NA   0.410
 32321 32322 Rv0550c Rv0551c   fadD8 FALSE 0.006 192.000 0.000 NA   -0.122
 32323 32324 Rv0552 Rv0553   menC TRUE 0.883 -3.000 0.028 1.000   -0.008
 32324 32325 Rv0553 Rv0554 menC bpoC TRUE 0.962 -3.000 0.038 0.045   -0.083
 32325 32326 Rv0554 Rv0555 bpoC menD FALSE 0.236 43.000 0.022 1.000   -0.099
 32326 32327 Rv0555 Rv0556 menD   TRUE 0.879 -3.000 0.055 NA   0.038
 32327 32328 Rv0556 Rv0557   pimB FALSE 0.339 62.000 0.259 NA   -0.200
 32328 1935734 Rv0557 Rv0558 pimB menH FALSE 0.363 17.000 0.013 1.000 N 0.209
 32330 32331 Rv0559c Rv0560c     FALSE 0.371 34.000 0.222 NA   -0.189
 32331 32332 Rv0560c Rv0561c     FALSE 0.137 25.000 0.029 1.000 N -0.107
 32333 32334 Rv0562 Rv0563 grcC1 htpX FALSE 0.153 101.000 0.042 1.000 N 0.150
 32335 32336 Rv0564c Rv0565c gpsA   FALSE 0.257 61.000 0.133 1.000 N 0.040
 32336 32337 Rv0565c Rv0566c     FALSE 0.255 78.000 0.005 NA   0.295
 1935735 32338 Rvnt05 Rv0567     FALSE 0.005 132.000 0.000 NA   NA
 32338 32339 Rv0567 Rv0568   cyp135B1 FALSE 0.006 110.000 0.000 1.000 N -0.289
 32339 32340 Rv0568 Rv0569 cyp135B1   FALSE 0.004 135.000 0.000 NA   -0.236
 32340 32341 Rv0569 Rv0570   nrdZ TRUE 0.720 26.000 0.286 NA   0.846
 32342 32343 Rv0571c Rv0572c     FALSE 0.050 224.000 0.000 NA   0.812
 32343 32344 Rv0572c Rv0573c     FALSE 0.008 468.000 0.000 NA   0.371
 32344 32345 Rv0573c Rv0574c     FALSE 0.489 10.000 0.000 NA N 0.438
 32345 32346 Rv0574c Rv0575c     FALSE 0.032 185.000 0.000 NA N 0.373
 32347 32348 Rv0576 Rv0577   TB27.3 FALSE 0.398 14.000 0.080 NA   -0.154
 32352 32353 Rv0581 Rv0582     TRUE 0.863 -3.000 0.182 NA   -0.308
 32357 32358 Rv0586 Rv0587   yrbE2A TRUE 0.861 -3.000 0.019 NA N 0.324
 32358 32359 Rv0587 Rv0588 yrbE2A yrbE2B TRUE 0.985 2.000 0.333 NA Y 0.024
 32359 1935737 Rv0588 Rv0589 yrbE2B mce2A TRUE 0.990 6.000 1.000 NA Y 0.214
 1935737 32361 Rv0589 Rv0590 mce2A mce2B TRUE 0.999 -3.000 1.000 0.009 Y 0.405
 32361 1935738 Rv0590 Rv0590A mce2B   TRUE 0.686 -51.000 0.000 NA   0.873
 1935738 32362 Rv0590A Rv0591   mce2C FALSE 0.197 -3.000 0.000 NA   NA
 32362 32363 Rv0591 Rv0592 mce2C mce2D TRUE 0.998 -3.000 0.667 0.009 Y 0.182
 32363 32364 Rv0592 Rv0593 mce2D lprL TRUE 0.997 -3.000 0.333 0.009 Y 0.213
 32364 32365 Rv0593 Rv0594 lprL mce2F TRUE 0.996 5.000 0.500 0.009 Y 0.688
 32366 32367 Rv0595c Rv0596c     TRUE 0.905 -3.000 0.000 NA   0.484
 32367 32368 Rv0596c Rv0597c     FALSE 0.008 183.000 0.000 NA   -0.108
 32368 32369 Rv0597c Rv0598c     FALSE 0.002 251.000 0.000 NA   -0.149
 32369 32370 Rv0598c Rv0599c     TRUE 0.978 -3.000 0.400 NA   0.443
 32370 1935739 Rv0599c Rv0600c     FALSE 0.007 104.000 0.000 NA   -0.356
 1935739 32372 Rv0600c Rv0601c     FALSE 0.526 114.000 0.000 0.001   0.193
 32372 32373 Rv0601c Rv0602c   tcrA FALSE 0.280 44.000 0.000 1.000   0.202
 32374 32375 Rv0603 Rv0604   lpqO FALSE 0.181 72.000 0.000 NA   0.228
 32375 32376 Rv0604 Rv0605 lpqO   FALSE 0.001 217.000 0.000 NA   -0.238
 32376 32377 Rv0605 Rv0606     TRUE 0.717 2.000 0.000 NA   0.089
 32377 32378 Rv0606 Rv0607     FALSE 0.076 54.000 0.000 NA   -0.042
 32378 32379 Rv0607 Rv0608     FALSE 0.021 45.000 0.000 NA   -0.159
 32379 32380 Rv0608 Rv0609     TRUE 0.939 -3.000 0.273 NA   -0.065
 32380 1935740 Rv0609 Rv0609A     FALSE 0.046 -57.000 0.000 NA   -0.925
 32381 32382 Rv0610c Rv0611c     FALSE 0.012 52.000 0.000 NA   -0.178
 32385 32386 Rv0614 Rv0615     FALSE 0.197 -3.000 0.000 NA   -0.262
 32388 1935741 Rv0617 Rv0618   galTa FALSE 0.038 129.000 0.000 NA   -0.030
 1935741 1935742 Rv0618 Rv0619 galTa galTb TRUE 0.921 -57.000 0.000 0.001   0.396
 1935742 32391 Rv0619 Rv0620 galTb galK TRUE 0.995 -3.000 0.370 0.001   0.748
 32391 32392 Rv0620 Rv0621 galK   FALSE 0.014 395.000 0.000 NA   0.671
 32392 1935743 Rv0621 Rv0622     FALSE 0.491 104.000 0.333 NA   0.286
 1935743 32394 Rv0622 Rv0623     FALSE 0.066 93.000 0.000 NA   -0.010
 32394 32395 Rv0623 Rv0624     TRUE 0.937 0.000 0.200 NA   0.178
 32397 32398 Rv0626 Rv0627     TRUE 0.986 -3.000 1.000 NA   -0.095
 32399 32400 Rv0628c Rv0629c   recD FALSE 0.049 93.000 0.000 NA   -0.056
 32400 32401 Rv0629c Rv0630c recD recB TRUE 0.998 -3.000 0.688 0.001 Y -0.005
 32401 32402 Rv0630c Rv0631c recB recC TRUE 0.998 0.000 0.542 0.001 Y 0.143
 32402 32403 Rv0631c Rv0632c recC echA3 FALSE 0.011 277.000 0.000 1.000 N 0.246
 32403 32404 Rv0632c Rv0633c echA3   FALSE 0.301 49.000 0.067 NA   0.075
 32404 32405 Rv0633c Rv0634c     FALSE 0.051 154.000 0.006 NA   0.004
 1935744 1935745 Rv0634A Rvnt06     FALSE 0.005 130.000 0.000 NA   NA
 1935745 1935746 Rvnt06 Rvnt07     FALSE 0.014 37.000 0.000 NA   NA
 1935746 1935747 Rvnt07 Rv0634B   rpmG2 FALSE 0.014 36.000 0.000 NA   NA
 1935747 32406 Rv0634B Rv0635 rpmG2   FALSE 0.466 51.000 0.079 NA   0.510
 32406 32407 Rv0635 Rv0636     TRUE 0.965 -13.000 0.818 NA   0.522
 32407 32408 Rv0636 Rv0637     TRUE 0.992 4.000 0.818 NA Y 0.183
 32408 1935748 Rv0637 Rvnt08     FALSE 0.002 199.000 0.000 NA   NA
 1935748 1935749 Rvnt08 Rv0638   secE1 FALSE 0.004 141.000 0.000 NA   NA
 1935749 32410 Rv0638 Rv0639 secE1 nusG FALSE 0.349 32.000 0.006 1.000 N 0.382
 32410 32411 Rv0639 Rv0640 nusG rplK TRUE 0.713 52.000 0.681 1.000 N 0.181
 32411 32412 Rv0640 Rv0641 rplK rplA TRUE 0.956 67.000 0.838 0.022 Y 0.046
 32413 32414 Rv0642c Rv0643c mmaA4 mmaA3 TRUE 0.939 65.000 0.286 0.004 Y 0.607
 32414 32415 Rv0643c Rv0644c mmaA3 mmaA2 TRUE 0.904 148.000 0.667 0.004 Y 0.369
 32415 32416 Rv0644c Rv0645c mmaA2 mmaA1 TRUE 0.830 167.000 0.400 0.004 Y 0.642
 32416 32417 Rv0645c Rv0646c mmaA1 lipG TRUE 0.733 47.000 0.444 NA   0.614
 32417 32418 Rv0646c Rv0647c lipG   TRUE 0.820 12.000 0.243 NA   0.817
 32419 1935750 Rv0648 Rv0649   fabD2 TRUE 0.987 -3.000 0.857 1.000   -0.029
 1935750 32421 Rv0649 Rv0650 fabD2   TRUE 0.846 0.000 0.000 1.000   0.126
 32421 32422 Rv0650 Rv0651   rplJ FALSE 0.002 331.000 0.000 1.000 N 0.013
 32422 32423 Rv0651 Rv0652 rplJ rplL TRUE 0.980 37.000 0.884 0.017 Y 0.555
 32425 32426 Rv0654 Rv0655   mkl FALSE 0.035 12.000 0.038 NA N -0.176
 32427 32428 Rv0656c Rv0657c     FALSE 0.203 95.000 0.000 NA   0.345
 32428 32429 Rv0657c Rv0658c     FALSE 0.009 76.000 0.000 NA   -0.219
 32429 32430 Rv0658c Rv0659c     FALSE 0.001 276.000 0.000 NA   -0.179
 32430 32431 Rv0659c Rv0660c     TRUE 0.782 -13.000 0.000 1.000   0.593
 32431 32432 Rv0660c Rv0661c     FALSE 0.068 110.000 0.000 NA   0.035
 32432 32433 Rv0661c Rv0662c     TRUE 0.582 -3.000 0.000 NA   -0.072
 32434 32435 Rv0663 Rv0664 atsD   FALSE 0.025 32.000 0.000 NA   -0.158
 32435 32436 Rv0664 Rv0665     TRUE 0.816 -3.000 0.000 NA   0.180
 32436 32437 Rv0665 Rv0666     TRUE 0.893 -3.000 0.000 NA   0.368
 32437 32438 Rv0666 Rv0667   rpoB FALSE 0.000 498.000 0.000 NA   -0.163
 32438 32439 Rv0667 Rv0668 rpoB rpoC TRUE 0.982 45.000 0.851 0.001 Y 0.377
 32441 32442 Rv0670 Rv0671 end lpqP FALSE 0.015 32.000 0.004 1.000 N -0.506
 32442 32443 Rv0671 Rv0672 lpqP fadE8 FALSE 0.161 60.000 0.071 1.000 N -0.067
 32443 32444 Rv0672 Rv0673 fadE8 echA4 TRUE 0.959 11.000 0.286 1.000 Y 0.530
 32444 32445 Rv0673 Rv0674 echA4   TRUE 0.941 3.000 0.292 NA N 0.599
 32445 1935751 Rv0674 Rv0675   echA5 TRUE 0.924 -3.000 0.083 NA N 0.557
 32447 32448 Rv0676c Rv0677c mmpL5 mmpS5 TRUE 0.992 -3.000 1.000 NA   0.815
 32450 32451 Rv0679c Rv0680c     TRUE 0.978 2.000 0.778 NA   0.047
 32452 32453 Rv0681 Rv0682   rpsL FALSE 0.006 249.000 0.000 1.000 N 0.065
 32453 32454 Rv0682 Rv0683 rpsL rpsG TRUE 0.998 0.000 0.620 0.003 Y 0.390
 32454 1935752 Rv0683 Rv0684 rpsG fusA1 TRUE 0.884 81.000 0.579 1.000 Y 0.315
 1935752 32456 Rv0684 Rv0685 fusA1 tuf TRUE 0.709 231.000 0.400 0.001 Y 0.426
 32456 32457 Rv0685 Rv0686 tuf   FALSE 0.127 138.000 0.000 NA   0.394
 32457 32458 Rv0686 Rv0687     FALSE 0.157 153.000 0.333 NA   -0.361
 32458 32459 Rv0687 Rv0688     TRUE 0.818 14.000 0.214 0.055   -0.140
 32460 32461 Rv0689c Rv0690c     FALSE 0.008 613.000 0.000 NA   0.641
 32461 32462 Rv0690c Rv0691c     TRUE 0.951 -3.000 0.088 NA   0.699
 32463 32464 Rv0692 Rv0693   pqqE TRUE 0.983 -3.000 0.484 NA   0.810
 32464 32465 Rv0693 Rv0694 pqqE lldD1 TRUE 0.980 3.000 0.548 1.000   0.817
 32465 32466 Rv0694 Rv0695 lldD1   FALSE 0.167 190.000 0.464 1.000   -0.278
 32466 32467 Rv0695 Rv0696     TRUE 0.718 49.000 0.440 NA   0.512
 32467 32468 Rv0696 Rv0697     TRUE 0.972 2.000 0.667 NA   0.006
 32468 32469 Rv0697 Rv0698     FALSE 0.010 461.000 0.000 NA   0.493
 32469 32470 Rv0698 Rv0699     FALSE 0.044 185.000 0.000 NA   0.231
 32470 32471 Rv0699 Rv0700   rpsJ FALSE 0.000 637.000 0.000 NA   -0.159
 32471 32472 Rv0700 Rv0701 rpsJ rplC TRUE 0.969 17.000 0.467 0.022 Y 0.162
 32472 32473 Rv0701 Rv0702 rplC rplD TRUE 0.996 0.000 0.361 0.017 Y 0.193
 32473 32474 Rv0702 Rv0703 rplD rplW TRUE 0.998 0.000 0.513 0.017 Y 0.307
 32474 32475 Rv0703 Rv0704 rplW rplB TRUE 0.964 93.000 0.849 0.014 Y 0.570
 32475 32476 Rv0704 Rv0705 rplB rpsS TRUE 0.977 41.000 0.820 0.022 Y 0.549
 32476 32477 Rv0705 Rv0706 rpsS rplV TRUE 0.999 -3.000 0.769 0.022 Y 0.660
 32477 32478 Rv0706 Rv0707 rplV rpsC TRUE 0.998 0.000 0.719 0.022 Y 0.561
 32478 32479 Rv0707 Rv0708 rpsC rplP TRUE 0.998 4.000 0.828 0.022 Y 0.596
 32479 32480 Rv0708 Rv0709 rplP rpmC TRUE 0.998 0.000 0.802 0.017 Y 0.303
 32480 32481 Rv0709 Rv0710 rpmC rpsQ TRUE 0.999 -3.000 0.828 0.017 Y 0.346
 32481 32482 Rv0710 Rv0711 rpsQ atsA FALSE 0.038 169.000 0.005 1.000 N 0.140
 32482 32483 Rv0711 Rv0712 atsA   TRUE 0.612 48.000 0.250 NA   0.610
 32483 32484 Rv0712 Rv0713     FALSE 0.119 301.000 0.600 NA   0.326
 32484 32485 Rv0713 Rv0714   rplN FALSE 0.001 486.000 0.000 NA   -0.141
 32485 32486 Rv0714 Rv0715 rplN rplX TRUE 0.998 1.000 0.810 0.022 Y 0.434
 32486 32487 Rv0715 Rv0716 rplX rplE TRUE 0.998 0.000 0.758 0.017 Y 0.228
 32487 1935753 Rv0716 Rv0717 rplE rpsN1 TRUE 0.994 5.000 0.496 0.017 Y 0.261
 1935753 32489 Rv0717 Rv0718 rpsN1 rpsH TRUE 0.818 164.000 0.473 0.017 Y 0.405
 32489 32490 Rv0718 Rv0719 rpsH rplF TRUE 0.982 24.000 0.808 0.017 Y 0.393
 32490 32491 Rv0719 Rv0720 rplF rplR TRUE 0.997 3.000 0.815 0.017 Y 0.043
 32491 32492 Rv0720 Rv0721 rplR rpsE TRUE 0.982 20.000 0.814 0.022 Y 0.273
 32492 32493 Rv0721 Rv0722 rpsE rpmD TRUE 0.997 3.000 0.789 0.022 Y 0.264
 32493 32494 Rv0722 Rv0723 rpmD rplO TRUE 0.999 0.000 0.653 0.002 Y 0.438
 32494 32495 Rv0723 Rv0724 rplO sppA FALSE 0.106 33.000 0.000 1.000 N 0.108
 1935754 32496 Rv0724A Rv0725c     FALSE 0.042 -327.000 0.000 NA   NA
 32496 32497 Rv0725c Rv0726c     TRUE 0.626 93.000 0.000 NA Y 0.524
 32497 32498 Rv0726c Rv0727c   fucA FALSE 0.002 203.000 0.000 NA N -0.329
 32498 32499 Rv0727c Rv0728c fucA serA2 TRUE 0.918 -3.000 0.058 1.000 N 0.345
 32500 32501 Rv0729 Rv0730 xylB   FALSE 0.507 13.000 0.018 1.000   0.030
 32503 32504 Rv0732 Rv0733 secY adk TRUE 0.924 -3.000 0.057 1.000 N 0.402
 32504 1935755 Rv0733 Rv0734 adk mapA TRUE 0.970 3.000 0.606 1.000 N 0.295
 1935755 32506 Rv0734 Rv0735 mapA sigL FALSE 0.088 73.000 0.099 1.000 N -0.282
 32506 32507 Rv0735 Rv0736 sigL   TRUE 0.918 64.000 0.697 NA Y 0.556
 32507 32508 Rv0736 Rv0737     FALSE 0.130 315.000 0.065 NA Y 0.609
 32508 32509 Rv0737 Rv0738     FALSE 0.016 358.000 0.000 NA   0.630
 32509 32510 Rv0738 Rv0739     FALSE 0.035 245.000 0.000 NA   0.506
 32510 32511 Rv0739 Rv0740     FALSE 0.066 115.000 0.000 NA   0.044
 32511 32512 Rv0740 Rv0741     FALSE 0.022 231.000 0.000 NA   0.205
 32512 1935756 Rv0741 Rv0742   PE_PGRS8 FALSE 0.098 133.000 0.000 NA   0.233
 32514 32515 Rv0743c Rv0744c     TRUE 0.905 -3.000 0.000 NA   0.472
 32516 1935757 Rv0745 Rv0746   PE_PGRS9 FALSE 0.300 20.000 0.000 NA   0.196
 1935757 1935758 Rv0746 Rv0747 PE_PGRS9 PE_PGRS10 FALSE 0.010 399.000 0.000 NA   0.319
 1935758 32519 Rv0747 Rv0748 PE_PGRS10   FALSE 0.262 91.000 0.000 1.000   0.362
 32519 32520 Rv0748 Rv0749     FALSE 0.088 24.000 0.000 NA   -0.084
 32522 32523 Rv0751c Rv0752c mmsB fadE9 TRUE 0.929 11.000 0.051 1.000 Y 0.438
 32523 32524 Rv0752c Rv0753c fadE9 mmsA TRUE 0.859 7.000 0.197 1.000 N 0.596
 1935761 1935762 Rv0755c Rv0755A PPE12   FALSE 0.001 302.000 0.000 NA   -0.924
 1935762 1935763 Rv0755A Rvnt09     FALSE 0.006 115.000 0.000 NA   NA
 1935763 32527 Rvnt09 Rv0756c     FALSE 0.017 28.000 0.000 NA   NA
 32528 32529 Rv0757 Rv0758 phoP phoR TRUE 0.965 45.000 0.824 0.051 Y 0.178
 32530 32531 Rv0759c Rv0760c     FALSE 0.284 110.000 0.014 1.000   0.403
 32531 1935764 Rv0760c Rv0761c   adhB TRUE 0.919 13.000 0.750 1.000   0.250
 1935764 32533 Rv0761c Rv0762c adhB   FALSE 0.395 99.000 0.400 NA   -0.185
 32533 32534 Rv0762c Rv0763c     TRUE 0.983 3.000 0.800 NA   0.415
 32534 32535 Rv0763c Rv0764c   cyp51 TRUE 0.976 3.000 0.733 NA N 0.486
 32535 32536 Rv0764c Rv0765c cyp51   TRUE 0.963 0.000 0.212 1.000   0.351
 32536 32537 Rv0765c Rv0766c   cyp123 TRUE 0.968 0.000 0.231 1.000   0.480
 32537 32538 Rv0766c Rv0767c cyp123   TRUE 0.973 -3.000 0.571 1.000 N 0.054
 32539 32540 Rv0768 Rv0769 aldA   TRUE 0.830 31.000 0.812 1.000 N 0.317
 32540 32541 Rv0769 Rv0770     TRUE 0.846 98.000 0.480 1.000 Y 0.282
 32541 32542 Rv0770 Rv0771     TRUE 0.980 -3.000 0.560 1.000   0.070
 32542 32543 Rv0771 Rv0772   purD TRUE 0.679 12.000 0.003 1.000   0.420
 32544 1935765 Rv0773c Rv0774c ggtA   FALSE 0.373 51.000 0.073 1.000   0.116
 32548 32549 Rv0777 Rv0778 purB cyp126 TRUE 0.650 5.000 0.006 1.000 N 0.172
 32551 1935766 Rv0780 Rv0781 hemH ptrBa TRUE 0.874 -3.000 0.035 1.000   -0.060
 1935766 1935767 Rv0781 Rv0782 ptrBa ptrBb TRUE 0.901 -211.000 0.031 0.001   0.018
 32555 32556 Rv0784 Rv0785     TRUE 0.657 16.000 0.048 1.000   0.398
 32558 1935768 Rv0787 Rv0787A     FALSE 0.007 106.000 0.000 NA   NA
 1935768 32560 Rv0787A Rv0788   purQ TRUE 0.999 -3.000 0.656 0.001 Y 0.532
 32561 32562 Rv0789c Rv0790c     FALSE 0.396 22.000 0.000 NA   0.343
 32562 32563 Rv0790c Rv0791c     TRUE 0.949 -3.000 0.070 NA   0.790
 32563 32564 Rv0791c Rv0792c     TRUE 0.958 -3.000 0.250 NA N 0.878
 32567 32568 Rv0795 Rv0796     TRUE 0.987 -3.000 0.308 0.071   0.293
 32568 32569 Rv0796 Rv0797     TRUE 0.847 55.000 0.000 0.071 Y 0.476
 32570 32571 Rv0798c Rv0799c cfp29   TRUE 0.970 -3.000 0.267 NA   0.633
 32572 32573 Rv0800 Rv0801 pepC   TRUE 0.541 12.000 0.038 NA   0.153
 32575 32576 Rv0803 Rv0804 purL   TRUE 0.922 -3.000 0.000 1.000   0.427
 32576 32577 Rv0804 Rv0805     FALSE 0.005 121.000 0.000 1.000   -0.429
 32579 32580 Rv0807 Rv0808   purF FALSE 0.165 87.000 0.034 NA   0.015
 32580 32581 Rv0808 Rv0809 purF purM TRUE 0.880 31.000 0.248 1.000 Y 0.405
 32582 32583 Rv0810c Rv0811c     FALSE 0.157 147.000 0.017 NA   0.465
 32585 32586 Rv0813c Rv0814c   sseC2 FALSE 0.134 163.000 0.043 NA   0.416
 32586 32587 Rv0814c Rv0815c sseC2 cysA2 TRUE 0.982 2.000 0.557 1.000   0.565
 32587 32588 Rv0815c Rv0816c cysA2 thiX FALSE 0.027 293.000 0.000 1.000   0.401
 32588 32589 Rv0816c Rv0817c thiX   TRUE 0.976 -3.000 0.371 NA   0.425
 32590 32591 Rv0818 Rv0819     TRUE 0.896 -3.000 0.196 1.000   -0.388
 32591 32592 Rv0819 Rv0820   phoT FALSE 0.261 43.000 0.016 1.000   -0.032
 32593 32594 Rv0821c Rv0822c phoY2   FALSE 0.499 58.000 0.579 NA N -0.234
 32594 32595 Rv0822c Rv0823c     FALSE 0.006 166.000 0.005 NA N -0.007
 32595 1935771 Rv0823c Rv0824c   desA1 FALSE 0.338 88.000 0.004 1.000   0.522
 1935771 32597 Rv0824c Rv0825c desA1   FALSE 0.218 162.000 0.375 1.000   -0.136
 32599 32600 Rv0827c Rv0828c     FALSE 0.089 58.000 0.000 1.000 N 0.137
 32601 32602 Rv0829 Rv0830     FALSE 0.091 105.000 0.000 NA   0.083
 32603 1935772 Rv0831c Rvnt10     FALSE 0.008 94.000 0.000 NA   NA
 1935773 1935774 Rvnt11 Rvnt12     FALSE 0.014 38.000 0.000 NA   NA
 1935774 1935775 Rvnt12 Rvnt13     FALSE 0.016 30.000 0.000 NA   NA
 1935775 1935776 Rvnt13 Rv0832   PE_PGRS12 FALSE 0.000 665.000 0.000 NA   NA
 1935776 1935777 Rv0832 Rv0833 PE_PGRS12 PE_PGRS13 TRUE 0.853 -3.000 0.000 NA   0.233
 32608 32609 Rv0836c Rv0837c     FALSE 0.285 71.000 0.000 NA   0.566
 32610 32611 Rv0838 Rv0839 lpqR   FALSE 0.244 87.000 0.033 1.000 N 0.338
 1935779 32614 Rv0841 Rv0842     FALSE 0.001 277.000 0.000 NA   NA
 32614 32615 Rv0842 Rv0843     TRUE 0.756 -16.000 0.000 1.000   0.439
 32619 1935780 Rv0847 Rv0848 lpqS cysK2 FALSE 0.031 203.000 0.000 NA   0.213
 1935780 32621 Rv0848 Rv0849 cysK2   TRUE 0.978 0.000 0.500 1.000   0.158
 32621 32622 Rv0849 Rv0850     TRUE 0.884 -3.000 0.000 NA   0.328
 32626 32627 Rv0854 Rv0855   far TRUE 0.885 6.000 0.333 NA   0.015
 32627 32628 Rv0855 Rv0856 far   FALSE 0.178 114.000 0.000 NA   0.412
 32628 1935781 Rv0856 Rv0857     FALSE 0.214 28.000 0.000 NA   0.151
 32631 32632 Rv0859 Rv0860 fadA fadB TRUE 0.993 5.000 0.750 1.000 Y 0.801
 32633 32634 Rv0861c Rv0862c ercc3   FALSE 0.142 191.000 0.206 NA   0.354
 32635 32636 Rv0863 Rv0864   moaC TRUE 0.704 10.000 0.012 NA   0.393
 32636 32637 Rv0864 Rv0865 moaC mog TRUE 0.993 -3.000 0.016 0.005 Y 0.099
 32637 32638 Rv0865 Rv0866 mog moaE2 TRUE 0.993 -3.000 0.015 0.005 Y 0.191
 32639 32640 Rv0867c Rv0868c rpfA moaD2 FALSE 0.001 448.000 0.000 1.000   -0.291
 32640 32641 Rv0868c Rv0869c moaD2 moaA2 TRUE 0.981 4.000 0.410 1.000 Y -0.147
 32641 32642 Rv0869c Rv0870c moaA2   TRUE 0.642 -3.000 0.026 NA   -0.267
 32646 32647 Rv0874c Rv0875c     FALSE 0.132 100.000 0.000 NA   0.197
 32647 32648 Rv0875c Rv0876c     TRUE 0.967 -3.000 0.432 NA   -0.002
 1935783 32651 Rv0878c Rv0879c PPE13   FALSE 0.001 278.000 0.000 NA   -0.244
 32652 32653 Rv0880 Rv0881     TRUE 0.746 -3.000 0.029 1.000 N -0.044
 32653 32654 Rv0881 Rv0882     TRUE 0.830 -3.000 0.075 NA   -0.169
 32655 32656 Rv0883c Rv0884c   serC FALSE 0.171 157.000 0.214 NA   0.179
 32657 32658 Rv0885 Rv0886   fprB TRUE 0.917 19.000 0.846 1.000   0.600
 32661 32662 Rv0889c Rv0890c citA   FALSE 0.090 87.000 0.000 1.000   -0.085
 32662 32663 Rv0890c Rv0891c     TRUE 0.808 2.000 0.000 1.000   0.123
 32666 32667 Rv0894 Rv0895     FALSE 0.284 77.000 0.000 NA   0.721
 32667 32668 Rv0895 Rv0896   gltA2 FALSE 0.060 173.000 0.000 NA   0.265
 32669 32670 Rv0897c Rv0898c     FALSE 0.421 26.000 0.091 NA   0.103
 32671 32672 Rv0899 Rv0900 ompA   TRUE 0.699 13.000 0.286 NA   -0.029
 32672 32673 Rv0900 Rv0901     TRUE 0.983 0.000 0.667 NA   0.237
 32674 32675 Rv0902c Rv0903c prrB prrA TRUE 0.960 11.000 0.333 1.000 Y 0.340
 32675 32676 Rv0903c Rv0904c prrA accD3 FALSE 0.005 131.000 0.000 1.000 N -0.082
 32677 32678 Rv0905 Rv0906 echA6   TRUE 0.924 6.000 0.314 NA   0.418
 32678 32679 Rv0906 Rv0907     FALSE 0.325 74.000 0.171 NA   0.071
 32679 32680 Rv0907 Rv0908   ctpE TRUE 0.930 -3.000 0.119 1.000 N 0.313
 32680 32681 Rv0908 Rv0909 ctpE   FALSE 0.003 557.000 0.000 NA   0.063
 32681 32682 Rv0909 Rv0910     TRUE 0.855 6.000 0.182 NA   0.243
 32682 32683 Rv0910 Rv0911     FALSE 0.097 98.000 0.000 NA   0.079
 32683 32684 Rv0911 Rv0912     FALSE 0.357 65.000 0.071 NA   0.275
 32685 32686 Rv0913c Rv0914c     TRUE 0.942 2.000 0.417 NA N 0.126
 32686 1935784 Rv0914c Rv0915c   PPE14 FALSE 0.008 93.000 0.000 NA N -0.004
 1935784 1935785 Rv0915c Rv0916c PPE14 PE7 FALSE 0.427 15.000 0.000 NA   0.259
 32689 32690 Rv0917 Rv0918 betP   FALSE 0.009 343.000 0.000 1.000   0.096
 32690 32691 Rv0918 Rv0919     TRUE 0.960 -3.000 0.091 1.000   0.755
 1935786 32692 Rvnt14 Rv0920c     FALSE 0.007 104.000 0.000 NA   NA
 32693 32694 Rv0921 Rv0922     TRUE 0.958 0.000 0.000 NA Y -0.171
 32695 1935787 Rv0923c Rv0924c   mntH TRUE 0.868 1.000 0.029 NA   0.189
 1935787 32697 Rv0924c Rv0925c mntH   FALSE 0.098 32.000 0.014 NA   -0.219
 32697 32698 Rv0925c Rv0926c     FALSE 0.281 77.000 0.018 NA   0.297
 32698 32699 Rv0926c Rv0927c     TRUE 0.743 54.000 0.500 1.000   0.362
 1935788 32701 Rv0928 Rv0929 pstS3 pstC2 TRUE 0.967 13.000 0.200 0.004 Y 0.175
 32701 1935789 Rv0929 Rv0930 pstC2 pstA1 TRUE 0.995 -3.000 0.037 0.004 Y 0.321
 32703 1935790 Rv0931c Rv0932c pknD pstS2 TRUE 0.850 22.000 0.667 1.000 N 0.483
 32705 1935791 Rv0933 Rv0934 pstB pstS1 TRUE 0.922 21.000 0.000 0.004 Y 0.237
 1935791 1935792 Rv0934 Rv0935 pstS1 pstC1 TRUE 0.972 60.000 1.000 0.004 Y 0.147
 1935792 32708 Rv0935 Rv0936 pstC1 pstA2 TRUE 0.997 2.000 0.636 0.004 Y 0.091
 32710 32711 Rv0938 Rv0939     TRUE 0.850 -3.000 0.043 1.000 N 0.116
 32712 32713 Rv0940c Rv0941c     FALSE 0.392 85.000 0.182 NA   0.296
 32716 32717 Rv0944 Rv0945     TRUE 0.609 6.000 0.082 1.000   -0.540
 32718 32719 Rv0946c Rv0947c pgi   FALSE 0.005 618.000 0.000 NA   0.283
 32719 32720 Rv0947c Rv0948c     FALSE 0.176 116.000 0.000 NA   0.427
 32723 32724 Rv0951 Rv0952 sucC sucD TRUE 0.987 13.000 0.382 0.001 Y 0.721
 32726 32727 Rv0954 Rv0955     TRUE 0.553 40.000 0.218 NA   0.306
 32727 32728 Rv0955 Rv0956   purN FALSE 0.143 116.000 0.044 NA   0.055
 32728 32729 Rv0956 Rv0957 purN purH TRUE 0.984 -3.000 0.225 1.000 Y -0.178
 32729 32730 Rv0957 Rv0958 purH   FALSE 0.097 107.000 0.002 1.000 N 0.158
 32730 32731 Rv0958 Rv0959     TRUE 0.955 -7.000 0.645 1.000   0.181
 32731 32732 Rv0959 Rv0960     FALSE 0.008 272.000 0.000 NA   0.019
 32732 32733 Rv0960 Rv0961     FALSE 0.005 146.000 0.000 NA   -0.165
 32734 32735 Rv0962c Rv0963c lprP   FALSE 0.007 183.000 0.000 NA   -0.115
 32735 32736 Rv0963c Rv0964c     FALSE 0.113 99.000 0.000 NA   0.157
 32736 32737 Rv0964c Rv0965c     FALSE 0.008 100.000 0.000 NA   -0.234
 32737 1935794 Rv0965c Rv0966c     FALSE 0.310 36.000 0.000 NA   0.330
 32739 32740 Rv0967 Rv0968     FALSE 0.392 57.000 0.012 NA   0.722
 32740 32741 Rv0968 Rv0969   ctpV TRUE 0.718 56.000 0.500 NA   0.402
 32741 32742 Rv0969 Rv0970 ctpV   TRUE 0.988 -3.000 0.667 NA   0.655
 32743 32744 Rv0971c Rv0972c echA7 fadE12 TRUE 0.991 0.000 0.203 1.000 Y 0.683
 32744 32745 Rv0972c Rv0973c fadE12 accA2 TRUE 0.997 -3.000 0.812 1.000 Y 0.551
 32745 32746 Rv0973c Rv0974c accA2 accD2 TRUE 0.997 6.000 0.875 0.003 Y 0.464
 32746 32747 Rv0974c Rv0975c accD2 fadE13 TRUE 0.993 3.000 0.548 1.000 Y 0.438
 32747 32748 Rv0975c Rv0976c fadE13   TRUE 0.981 -3.000 0.562 NA   0.244
 1935796 1935797 Rv0978c Rv0979c PE_PGRS17   FALSE 0.016 314.000 0.000 NA   0.356
 32753 32754 Rv0981 Rv0982 mprA mprB TRUE 0.998 0.000 0.655 0.007 Y 0.682
 32754 32755 Rv0982 Rv0983 mprB pepD TRUE 0.627 44.000 0.424 1.000 N 0.213
 32755 32756 Rv0983 Rv0984 pepD moaB2 TRUE 0.963 0.000 0.423 1.000 N 0.117
 32758 32759 Rv0986 Rv0987     TRUE 0.947 -7.000 0.210 1.000 Y -0.303
 32759 32760 Rv0987 Rv0988     TRUE 0.824 7.000 0.152 1.000   0.165
 32761 32762 Rv0989c Rv0990c grcC2   FALSE 0.036 61.000 0.000 NA   -0.118
 32762 32763 Rv0990c Rv0991c     FALSE 0.323 73.000 0.022 NA   0.378
 32763 32764 Rv0991c Rv0992c     FALSE 0.316 74.000 0.041 NA   0.310
 32765 1935800 Rv0993 Rv0994 galU moeA1 FALSE 0.436 77.000 0.196 1.000 N 0.534
 1935800 32767 Rv0994 Rv0995 moeA1 rimJ TRUE 0.644 63.000 0.427 1.000 N 0.522
 32767 32768 Rv0995 Rv0996 rimJ   FALSE 0.182 161.000 0.183 NA   0.311
 32768 1935801 Rv0996 Rvnt15     FALSE 0.012 51.000 0.000 NA   NA
 1935801 32769 Rvnt15 Rv0997     FALSE 0.000 710.000 0.000 NA   NA
 32769 32770 Rv0997 Rv0998     FALSE 0.345 24.000 0.000 NA   0.281
 32770 32771 Rv0998 Rv0999     FALSE 0.485 18.000 0.000 NA   0.577
 32777 32778 Rv1004c Rv1005c   pabB FALSE 0.280 74.000 0.006 NA   0.334
 32781 32782 Rv1008 Rv1009 tatD rpfB FALSE 0.003 208.000 0.008 NA   -0.354
 32782 32783 Rv1009 Rv1010 rpfB ksgA TRUE 0.788 -27.000 0.008 1.000   0.667
 32783 32784 Rv1010 Rv1011 ksgA ispE FALSE 0.308 86.000 0.068 1.000 N 0.431
 32784 32785 Rv1011 Rv1012 ispE   FALSE 0.210 17.000 0.000 NA   0.026
 32785 32786 Rv1012 Rv1013   pks16 FALSE 0.030 204.000 0.000 NA   0.205
 32787 32788 Rv1014c Rv1015c pth rplY TRUE 0.984 13.000 0.496 0.024 Y 0.659
 32788 32789 Rv1015c Rv1016c rplY lpqT FALSE 0.002 217.000 0.000 NA   -0.155
 32789 32790 Rv1016c Rv1017c lpqT prsA FALSE 0.014 36.000 0.000 NA   -0.341
 32790 32791 Rv1017c Rv1018c prsA glmU FALSE 0.130 92.000 0.026 1.000 N 0.072
 32791 1935803 Rv1018c Rvnt16 glmU   FALSE 0.026 16.000 0.000 NA   NA
 32792 32793 Rv1019 Rv1020   mfd TRUE 0.809 59.000 0.013 0.049 Y 0.005
 32793 32794 Rv1020 Rv1021 mfd   TRUE 0.774 0.000 0.026 1.000   -0.267
 32794 32795 Rv1021 Rv1022   lpqU FALSE 0.156 88.000 0.000 NA   0.224
 32795 32796 Rv1022 Rv1023 lpqU eno FALSE 0.008 97.000 0.012 NA N -0.084
 32796 32797 Rv1023 Rv1024 eno   TRUE 0.771 5.000 0.043 1.000 N 0.227
 32797 32798 Rv1024 Rv1025     TRUE 0.734 17.000 0.252 NA   0.377
 32798 32799 Rv1025 Rv1026     TRUE 0.841 -9.000 0.243 NA   0.073
 32800 32801 Rv1027c Rv1028c kdpE kdpD TRUE 0.994 -3.000 0.429 1.000 Y 0.390
 1935804 32802 Rv1028A Rv1029 kdpF kdpA TRUE 0.976 0.000 0.152 0.001   NA
 32802 32803 Rv1029 Rv1030 kdpA kdpB TRUE 0.993 -3.000 0.124 0.001 Y -0.371
 32803 32804 Rv1030 Rv1031 kdpB kdpC TRUE 0.993 0.000 0.015 0.001 Y -0.023
 32805 32806 Rv1032c Rv1033c trcS trcR TRUE 0.992 8.000 0.556 0.049 Y 0.585
 32806 32807 Rv1033c Rv1034c trcR   FALSE 0.018 182.000 0.000 NA N 0.241
 32807 32808 Rv1034c Rv1035c     FALSE 0.070 68.000 0.000 NA   -0.033
 32808 32809 Rv1035c Rv1036c     FALSE 0.354 34.000 0.000 NA   0.435
 32809 32810 Rv1036c Rv1037c   esxI FALSE 0.035 111.000 0.000 NA   -0.069
 32810 32811 Rv1037c Rv1038c esxI esxJ FALSE 0.420 27.000 0.000 NA   0.618
 32811 1935805 Rv1038c Rv1039c esxJ PPE15 FALSE 0.005 146.000 0.000 NA   -0.164
 1935805 1935806 Rv1039c Rv1040c PPE15 PE8 TRUE 0.565 77.000 0.667 NA   -0.346
 1935806 32814 Rv1040c Rv1041c PE8   FALSE 0.000 1196.000 0.000 NA   -0.278
 32814 32815 Rv1041c Rv1042c     TRUE 0.932 -343.000 0.250 NA Y 0.165
 32815 32816 Rv1042c Rv1043c     FALSE 0.008 282.000 0.000 NA   0.057
 32817 32818 Rv1044 Rv1045     FALSE 0.197 -3.000 0.000 NA   -0.237
 32822 32823 Rv1049 Rv1050     FALSE 0.396 49.000 0.000 1.000   0.579
 1935808 1935809 Rv1054 Rv1055     TRUE 0.873 -3.000 0.000 NA   0.288
 1935809 1935810 Rv1055 Rvnt17     FALSE 0.019 23.000 0.000 NA   NA
 1935810 32829 Rvnt17 Rv1056     FALSE 0.003 159.000 0.000 NA   NA
 32829 32830 Rv1056 Rv1057     FALSE 0.000 1004.000 0.000 NA   -0.205
 32830 32831 Rv1057 Rv1058   fadD14 FALSE 0.090 107.000 0.125 NA   -0.597
 32831 32832 Rv1058 Rv1059 fadD14   FALSE 0.335 76.000 0.286 1.000   -0.459
 32832 32833 Rv1059 Rv1060     FALSE 0.499 53.000 0.286 NA   0.120
 32833 32834 Rv1060 Rv1061     TRUE 0.687 34.000 0.333 NA   0.388
 32834 32835 Rv1061 Rv1062     TRUE 0.886 5.000 0.250 1.000   -0.041
 32836 32837 Rv1063c Rv1064c   lpqV FALSE 0.303 81.000 0.016 NA   0.392
 32838 32839 Rv1065 Rv1066     TRUE 0.977 -3.000 0.429 NA   0.297
 1935811 1935812 Rv1067c Rv1068c PE_PGRS19 PE_PGRS20 FALSE 0.006 333.000 0.000 NA   0.099
 1935812 32842 Rv1068c Rv1069c PE_PGRS20   FALSE 0.005 362.000 0.000 NA   0.079
 32842 32843 Rv1069c Rv1070c   echA8 TRUE 0.964 -3.000 0.259 NA   0.334
 32843 32844 Rv1070c Rv1071c echA8 echA9 TRUE 0.965 12.000 0.128 0.007 Y 0.218
 32845 32846 Rv1072 Rv1073     FALSE 0.167 116.000 0.000 NA   0.381
 32847 32848 Rv1074c Rv1075c fadA3   FALSE 0.175 53.000 0.000 1.000 N 0.262
 32849 1935813 Rv1076 Rv1077 lipU cbs FALSE 0.347 57.000 0.017 1.000 N 0.657
 1935813 32851 Rv1077 Rv1078 cbs pra FALSE 0.087 202.000 0.034 NA   0.546
 32851 32852 Rv1078 Rv1079 pra metB FALSE 0.457 32.000 0.028 NA   0.437
 32853 32854 Rv1080c Rv1081c greA   FALSE 0.076 186.000 0.250 NA   -0.242
 32855 32856 Rv1082 Rv1083 mca   TRUE 0.749 -3.000 0.099 NA   -0.585
 32856 32857 Rv1083 Rv1084     FALSE 0.446 -13.000 0.011 NA   -0.106
 32859 1935814 Rv1086 Rv1087   PE_PGRS21 FALSE 0.024 177.000 0.000 NA   0.028
 1935814 1935815 Rv1087 Rv1087A PE_PGRS21   FALSE 0.002 177.000 0.000 NA   NA
 1935815 1935816 Rv1087A Rv1088   PE9 FALSE 0.003 153.000 0.000 NA   NA
 1935816 1935817 Rv1088 Rv1089 PE9 PE10 FALSE 0.395 -178.000 0.000 NA   0.089
 1935817 1935818 Rv1089 Rv1089A PE10 celA2a FALSE 0.000 386.000 0.000 1.000   NA
 1935818 32863 Rv1089A Rv1090 celA2a celA2b TRUE 0.847 -22.000 0.000 0.001   NA
 32863 1935819 Rv1090 Rv1091 celA2b PE_PGRS22 FALSE 0.002 415.000 0.000 NA   -0.072
 1935820 32867 Rv1093 Rv1094 glyA1 desA2 FALSE 0.322 105.000 0.143 1.000   0.186
 32867 32868 Rv1094 Rv1095 desA2 phoH2 FALSE 0.055 211.000 0.046 1.000   0.074
 32868 32869 Rv1095 Rv1096 phoH2   FALSE 0.215 87.000 0.108 1.000 N 0.108
 32870 32871 Rv1097c Rv1098c   fumC TRUE 0.888 -3.000 0.014 NA   0.208
 32871 32872 Rv1098c Rv1099c fumC   FALSE 0.487 31.000 0.071 1.000 N 0.605
 32874 32875 Rv1101c Rv1102c     FALSE 0.132 112.000 0.000 NA   0.245
 32875 32876 Rv1102c Rv1103c     TRUE 0.973 0.000 0.286 1.000   0.452
 32877 1935821 Rv1104 Rv1105     FALSE 0.016 321.000 0.000 NA   0.362
 32879 32880 Rv1106c Rv1107c   xseB TRUE 0.675 10.000 0.009 1.000 N 0.530
 32880 32881 Rv1107c Rv1108c xseB xseA TRUE 0.994 -10.000 0.412 0.001 Y 0.417
 32881 32882 Rv1108c Rv1109c xseA   TRUE 0.664 -3.000 0.024 NA   -0.239
 32885 32886 Rv1112 Rv1113     FALSE 0.118 88.000 0.000 NA   0.155
 32886 32887 Rv1113 Rv1114     TRUE 0.981 -3.000 0.689 NA   0.036
 32887 32888 Rv1114 Rv1115     FALSE 0.039 203.000 0.000 NA   0.266
 32888 32889 Rv1115 Rv1116     FALSE 0.015 118.000 0.000 NA   -0.135
 32891 32892 Rv1118c Rv1119c     FALSE 0.265 33.000 0.000 NA   0.240
 32892 32893 Rv1119c Rv1120c     TRUE 0.980 -3.000 0.000 0.004   0.457
 1935825 32895 Rv1121 Rv1122 zwf1 gnd2 TRUE 0.870 22.000 0.062 1.000 Y 0.469
 32897 32898 Rv1124 Rv1125 ephC   TRUE 0.856 5.000 0.070 NA   0.308
 32899 32900 Rv1126c Rv1127c   ppdK TRUE 0.988 -3.000 0.750 NA   0.366
 32900 32901 Rv1127c Rv1128c ppdK   FALSE 0.001 213.000 0.000 NA   -0.205
 32901 32902 Rv1128c Rv1129c     FALSE 0.162 102.000 0.000 NA   0.257
 32903 32904 Rv1130 Rv1131   gltA1 TRUE 0.971 -3.000 0.216 1.000   0.974
 32904 32905 Rv1131 Rv1132 gltA1   FALSE 0.107 12.000 0.000 NA   -0.123
 1935827 32909 Rv1135A Rv1136     FALSE 0.012 50.000 0.000 1.000   NA
 32910 32911 Rv1137c Rv1138c     FALSE 0.511 17.000 0.000 NA   0.694
 32911 32912 Rv1138c Rv1139c     TRUE 0.960 -3.000 0.176 1.000   0.342
 32914 32915 Rv1141c Rv1142c echA11 echA10 TRUE 0.606 143.000 0.000 0.007 Y 0.008
 32916 32917 Rv1143 Rv1144 mcr   TRUE 0.869 12.000 0.636 1.000 N 0.151
 32917 32918 Rv1144 Rv1145   mmpL13a FALSE 0.012 515.000 0.000 1.000   0.542
 32918 32919 Rv1145 Rv1146 mmpL13a mmpL13b TRUE 0.708 21.000 0.000 0.048   0.247
 32919 32920 Rv1146 Rv1147 mmpL13b   FALSE 0.240 133.000 0.080 1.000   0.263
 32922 32923 Rv1149 Rv1150     FALSE 0.340 -31.000 0.000 NA   0.005
 32926 32927 Rv1153c Rv1154c omt   TRUE 0.900 -3.000 0.091 NA   0.039
 32928 32929 Rv1155 Rv1156     FALSE 0.007 434.000 0.000 1.000   0.165
 32930 32931 Rv1157c Rv1158c     TRUE 0.835 8.000 0.222 NA   0.232
 32933 32934 Rv1160 Rv1161 mutT2 narG FALSE 0.004 308.000 0.000 1.000 N 0.126
 32934 32935 Rv1161 Rv1162 narG narH TRUE 0.932 39.000 0.227 0.001 Y -0.021
 32935 32936 Rv1162 Rv1163 narH narJ TRUE 0.917 57.000 0.182 0.002 Y 0.204
 32936 32937 Rv1163 Rv1164 narJ narI TRUE 0.993 3.000 0.059 0.002 Y 0.319
 32937 32938 Rv1164 Rv1165 narI typA FALSE 0.434 22.000 0.002 1.000 N 0.478
 32938 32939 Rv1165 Rv1166 typA lpqW FALSE 0.147 98.000 0.025 1.000 N 0.170
 32940 1935829 Rv1167c Rv1168c   PPE17 FALSE 0.131 72.000 0.000 NA N 0.355
 1935829 1935830 Rv1168c Rv1169c PPE17 PE11 FALSE 0.498 18.000 0.000 NA   0.739
 32943 1935831 Rv1170 Rv1171 mshB   FALSE 0.407 92.000 0.387 NA   -0.146
 32947 32948 Rv1174c Rv1175c TB8.4 fadH FALSE 0.061 201.000 0.000 NA   0.542
 32948 32949 Rv1175c Rv1176c fadH   TRUE 0.929 -3.000 0.093 NA N 0.661
 32950 32951 Rv1177 Rv1178 fdxC   FALSE 0.372 33.000 0.029 1.000 N 0.350
 32953 32954 Rv1180 Rv1181 pks3 pks4 TRUE 0.809 43.000 0.333 0.019   0.118
 32954 32955 Rv1181 Rv1182 pks4 papA3 TRUE 0.548 53.000 0.250 NA   0.326
 32955 32956 Rv1182 Rv1183 papA3 mmpL10 TRUE 0.800 67.000 1.000 NA   0.240
 32957 32958 Rv1184c Rv1185c   fadD21 FALSE 0.076 165.000 0.000 NA   0.339
 32958 32959 Rv1185c Rv1186c fadD21   FALSE 0.233 177.000 0.000 NA Y 0.091
 32960 32961 Rv1187 Rv1188 rocA   TRUE 0.933 0.000 0.181 1.000 N 0.265
 32961 32962 Rv1188 Rv1189   sigI FALSE 0.009 82.000 0.000 1.000 N -0.085
 32962 32963 Rv1189 Rv1190 sigI   FALSE 0.363 16.000 0.000 NA   0.216
 32963 32964 Rv1190 Rv1191     FALSE 0.051 73.000 0.000 NA   -0.072
 32964 32965 Rv1191 Rv1192     FALSE 0.064 82.000 0.000 NA   -0.027
 32965 32966 Rv1192 Rv1193   fadD36 FALSE 0.451 40.000 0.000 0.041   -0.243
 1935833 1935834 Rv1195 Rv1196 PE13 PPE18 FALSE 0.312 47.000 0.000 NA   0.398
 1935834 32970 Rv1196 Rv1197 PPE18 esxK FALSE 0.159 135.000 0.000 NA   0.668
 32970 32971 Rv1197 Rv1198 esxK esxL FALSE 0.345 51.000 0.000 NA   0.840
 32976 32977 Rv1203c Rv1204c     FALSE 0.116 31.000 0.000 1.000   -0.158
 32978 32979 Rv1205 Rv1206   fadD6 TRUE 0.544 50.000 0.324 NA   0.106
 32979 32980 Rv1206 Rv1207 fadD6 folP2 FALSE 0.229 66.000 0.172 1.000 N -0.077
 32980 32981 Rv1207 Rv1208 folP2   TRUE 0.800 -3.000 0.136 NA   -0.472
 32981 32982 Rv1208 Rv1209     FALSE 0.349 39.000 0.045 NA   0.198
 32982 32983 Rv1209 Rv1210   tagA TRUE 0.893 -3.000 0.013 NA   0.224
 32983 32984 Rv1210 Rv1211 tagA   FALSE 0.063 107.000 0.021 NA   -0.185
 1935836 32988 Rv1214c Rv1215c PE14   FALSE 0.020 134.000 0.000 NA   -0.096
 32988 32989 Rv1215c Rv1216c     FALSE 0.284 28.000 0.080 1.000   -0.280
 32989 32990 Rv1216c Rv1217c     TRUE 0.719 9.000 0.111 NA N 0.364
 32990 32991 Rv1217c Rv1218c     TRUE 0.946 -3.000 0.185 NA N 0.815
 32991 32992 Rv1218c Rv1219c     TRUE 0.794 -10.000 0.000 1.000   0.582
 32992 32993 Rv1219c Rv1220c     FALSE 0.153 142.000 0.000 1.000   0.410
 32994 32995 Rv1221 Rv1222 sigE   FALSE 0.157 158.000 0.224 NA   0.058
 32995 1935837 Rv1222 Rv1223   htrA TRUE 0.731 67.000 0.607 NA   0.389
 1935837 32997 Rv1223 Rv1224 htrA tatB TRUE 0.937 2.000 0.242 1.000 N 0.318
 32998 32999 Rv1225c Rv1226c     FALSE 0.209 111.000 0.054 NA   0.217
 32999 33000 Rv1226c Rv1227c     TRUE 0.978 -3.000 0.542 NA   0.187
 33002 33003 Rv1229c Rv1230c mrp   TRUE 0.674 13.000 0.089 1.000 N 0.535
 33003 33004 Rv1230c Rv1231c     FALSE 0.140 125.000 0.139 NA   -0.108
 33004 33005 Rv1231c Rv1232c     TRUE 0.982 -3.000 0.806 NA   -0.120
 33005 33006 Rv1232c Rv1233c     FALSE 0.010 62.000 0.000 NA   -0.317
 33007 33008 Rv1234 Rv1235   lpqY TRUE 0.558 21.000 0.211 NA   0.069
 33008 33009 Rv1235 Rv1236 lpqY sugA TRUE 0.996 -3.000 0.252 0.022 Y 0.513
 33009 33010 Rv1236 Rv1237 sugA sugB TRUE 0.995 5.000 0.723 0.022 Y 0.059
 33010 33011 Rv1237 Rv1238 sugB sugC TRUE 0.986 5.000 0.191 0.022 Y 0.140
 33013 33014 Rv1240 Rv1241 mdh   FALSE 0.263 76.000 0.000 NA   0.474
 33014 33015 Rv1241 Rv1242     TRUE 0.990 -3.000 0.800 NA   0.534
 33018 33019 Rv1245c Rv1246c     FALSE 0.123 57.000 0.000 NA   0.052
 33019 33020 Rv1246c Rv1247c     TRUE 0.979 -3.000 0.000 NA Y 0.348
 33020 33021 Rv1247c Rv1248c   kgd FALSE 0.014 113.000 0.000 NA N 0.151
 33021 33022 Rv1248c Rv1249c kgd   FALSE 0.094 142.000 0.013 NA   0.159
 33024 33025 Rv1251c Rv1252c   lprE FALSE 0.483 56.000 0.133 NA   0.486
 33026 33027 Rv1253 Rv1254 deaD   FALSE 0.197 -3.000 0.006 1.000 N -0.190
 33028 33029 Rv1255c Rv1256c   cyp130 TRUE 0.976 0.000 0.833 1.000 N -0.298
 33029 33030 Rv1256c Rv1257c cyp130   FALSE 0.494 114.000 0.500 1.000 N 0.244
 33030 33031 Rv1257c Rv1258c     TRUE 0.964 -3.000 0.143 1.000   0.755
 33032 33033 Rv1259 Rv1260     FALSE 0.539 2.000 0.016 NA N 0.031
 33034 33035 Rv1261c Rv1262c     TRUE 0.632 5.000 0.136 NA   -0.472
 33036 33037 Rv1263 Rv1264 amiB2   FALSE 0.085 75.000 0.000 1.000 N 0.164
 33037 33038 Rv1264 Rv1265     FALSE 0.078 173.000 0.000 NA   0.385
 33039 33040 Rv1266c Rv1267c pknH embR FALSE 0.069 341.000 0.000 1.000 Y 0.194
 33040 33041 Rv1267c Rv1268c embR   FALSE 0.026 311.000 0.000 1.000   0.546
 33041 33042 Rv1268c Rv1269c     FALSE 0.009 223.000 0.000 NA   -0.034
 33042 33043 Rv1269c Rv1270c   lprA TRUE 0.694 61.000 0.667 NA   0.060
 33043 33044 Rv1270c Rv1271c lprA   FALSE 0.005 213.000 0.000 NA   -0.118
 33044 33045 Rv1271c Rv1272c     FALSE 0.007 108.000 0.000 NA   -0.246
 33045 33046 Rv1272c Rv1273c     TRUE 0.999 -3.000 1.000 0.004 Y 0.324
 33047 33048 Rv1274 Rv1275 lprB lprC TRUE 0.982 -3.000 0.692 NA   0.092
 33050 33051 Rv1277 Rv1278     TRUE 0.990 -3.000 0.312 NA Y 0.170
 33051 33052 Rv1278 Rv1279     FALSE 0.399 21.000 0.017 NA N 0.448
 33053 33054 Rv1280c Rv1281c oppA oppD TRUE 0.967 -7.000 0.242 1.000 Y 0.156
 33054 33055 Rv1281c Rv1282c oppD oppC TRUE 0.987 -3.000 0.303 1.000 Y -0.144
 33055 33056 Rv1282c Rv1283c oppC oppB TRUE 0.998 -3.000 0.846 0.022 Y 0.083
 33057 33058 Rv1284 Rv1285   cysD FALSE 0.310 94.000 0.136 1.000 N 0.312
 33058 33059 Rv1285 Rv1286 cysD cysN TRUE 0.993 0.000 0.483 0.001 N 0.361
 33059 33060 Rv1286 Rv1287 cysN   FALSE 0.322 54.000 0.073 NA N 0.383
 33060 33061 Rv1287 Rv1288     FALSE 0.011 58.000 0.000 NA   -0.275
 33061 33062 Rv1288 Rv1289     FALSE 0.012 49.000 0.000 NA   -0.208
 33064 1935840 Rv1291c Rvnt18     FALSE 0.000 359.000 0.000 NA   NA
 33065 33066 Rv1292 Rv1293 argS lysA TRUE 0.929 -3.000 0.071 1.000 N 0.409
 33066 33067 Rv1293 Rv1294 lysA thrA TRUE 0.971 4.000 0.071 1.000 Y 0.216
 33067 33068 Rv1294 Rv1295 thrA thrC TRUE 0.982 -3.000 0.194 1.000 Y -0.166
 33068 33069 Rv1295 Rv1296 thrC thrB FALSE 0.288 218.000 0.221 1.000 Y 0.076
 33069 33070 Rv1296 Rv1297 thrB rho FALSE 0.072 257.000 0.000 0.084 N 0.448
 33070 33071 Rv1297 Rv1298 rho rpmE FALSE 0.063 151.000 0.115 1.000 N -0.107
 33071 33072 Rv1298 Rv1299 rpmE prfA TRUE 0.619 90.000 0.110 1.000 Y -0.117
 33072 33073 Rv1299 Rv1300 prfA hemK TRUE 0.986 -3.000 0.069 1.000 Y 0.260
 33073 33074 Rv1300 Rv1301 hemK   TRUE 0.948 16.000 0.583 NA Y 0.216
 33074 33075 Rv1301 Rv1302   rfe FALSE 0.409 84.000 0.248 NA N 0.483
 33075 33076 Rv1302 Rv1303 rfe   FALSE 0.016 257.000 0.000 1.000   0.035
 33076 33077 Rv1303 Rv1304   atpB TRUE 0.761 -7.000 0.021 1.000   0.140
 33077 33078 Rv1304 Rv1305 atpB atpE TRUE 0.970 49.000 0.557 0.003 Y 0.543
 33078 33079 Rv1305 Rv1306 atpE atpF TRUE 0.927 31.000 0.012 0.003 Y 0.430
 33079 33080 Rv1306 Rv1307 atpF atpH TRUE 0.982 7.000 0.008 0.003 Y 0.411
 33080 33081 Rv1307 Rv1308 atpH atpA TRUE 0.971 45.000 0.864 0.003 Y -0.059
 33081 33082 Rv1308 Rv1309 atpA atpG TRUE 0.996 7.000 0.846 0.003 Y 0.405
 33082 33083 Rv1309 Rv1310 atpG atpD TRUE 0.975 40.000 0.724 0.003 Y 0.278
 33083 33084 Rv1310 Rv1311 atpD atpC TRUE 0.991 14.000 0.837 0.003 Y 0.348
 33084 33085 Rv1311 Rv1312 atpC   TRUE 0.549 8.000 0.054 NA   -0.108
 33086 33087 Rv1313c Rv1314c     FALSE 0.115 166.000 0.000 1.000   0.485
 33088 1935841 Rv1315 Rvnr01 murA rrs FALSE 0.001 269.000 0.000 NA   NA
 1935841 1935842 Rvnr01 Rvnr02 rrs rrl FALSE 0.001 276.000 0.000 NA   NA
 1935842 1935843 Rvnr02 Rvnr03 rrl rrf FALSE 0.007 104.000 0.000 NA   NA
 33089 33090 Rv1316c Rv1317c ogt alkA TRUE 0.995 -3.000 0.093 0.001 Y 0.091
 33090 33091 Rv1317c Rv1318c alkA   FALSE 0.009 81.000 0.000 1.000 N -0.259
 33091 33092 Rv1318c Rv1319c     TRUE 0.877 70.000 0.000 0.002 Y 0.411
 33092 33093 Rv1319c Rv1320c     TRUE 0.961 13.000 0.000 0.002 Y 0.451
 33094 33095 Rv1321 Rv1322     FALSE 0.491 23.000 0.141 NA   0.140
 33096 33097 Rv1323 Rv1324 fadA4   FALSE 0.051 130.000 0.035 1.000 N -0.079
 1935845 33099 Rv1325c Rv1326c PE_PGRS24 glgB FALSE 0.108 152.000 0.000 NA   0.432
 33099 1935846 Rv1326c Rv1327c glgB glgE TRUE 0.979 8.000 0.159 0.004 Y 0.063
 33102 1935847 Rv1329c Rv1330c dinG   FALSE 0.439 24.000 0.080 1.000 N 0.235
 33104 33105 Rv1331 Rv1332 clpS   TRUE 0.936 -40.000 0.823 NA   0.133
 33105 33106 Rv1332 Rv1333     FALSE 0.257 17.000 0.093 NA   -0.369
 33106 33107 Rv1333 Rv1334     FALSE 0.259 8.000 0.044 NA   -0.487
 33107 33108 Rv1334 Rv1335     FALSE 0.402 22.000 0.093 NA   -0.010
 33108 33109 Rv1335 Rv1336   cysM FALSE 0.382 10.000 0.052 1.000 N -0.098
 33109 33110 Rv1336 Rv1337 cysM   TRUE 0.723 -9.000 0.032 1.000   0.026
 33110 33111 Rv1337 Rv1338   murI TRUE 0.916 -3.000 0.024 1.000   0.200
 33111 33112 Rv1338 Rv1339 murI   FALSE 0.219 27.000 0.054 1.000   -0.373
 33112 33113 Rv1339 Rv1340   rph TRUE 0.645 17.000 0.053 1.000   0.412
 33113 33114 Rv1340 Rv1341 rph   FALSE 0.467 39.000 0.262 1.000 N 0.077
 1935848 33116 Rv1342c Rv1343c   lprD TRUE 0.972 -3.000 0.286 NA   0.663
 33117 33118 Rv1344 Rv1345   fadD33 TRUE 0.973 -7.000 0.286 1.000 Y 0.201
 33118 33119 Rv1345 Rv1346 fadD33 fadE14 TRUE 0.987 0.000 0.200 1.000 Y 0.186
 1935849 33121 Rvnt19 Rv1348     FALSE 0.001 236.000 0.000 NA   NA
 33121 33122 Rv1348 Rv1349     TRUE 0.998 -3.000 0.686 0.004 Y 0.208
 33122 33123 Rv1349 Rv1350   fabG FALSE 0.076 129.000 0.000 1.000 N 0.240
 33123 33124 Rv1350 Rv1351 fabG   TRUE 0.770 -3.000 0.000 NA   0.073
 33124 33125 Rv1351 Rv1352     FALSE 0.012 203.000 0.000 NA   -0.031
 33126 33127 Rv1353c Rv1354c     FALSE 0.404 20.000 0.000 1.000 N 0.555
 33127 33128 Rv1354c Rv1355c   moeY TRUE 0.627 9.000 0.000 1.000 N 0.502
 33128 33129 Rv1355c Rv1356c moeY   TRUE 0.962 -3.000 0.200 NA   0.553
 33129 33130 Rv1356c Rv1357c     FALSE 0.002 473.000 0.000 NA   -0.004
 33131 33132 Rv1358 Rv1359     TRUE 0.546 82.000 0.000 0.004   0.140
 33132 33133 Rv1359 Rv1360     FALSE 0.001 423.000 0.000 NA N 0.192
 1935850 33135 Rv1361c Rv1362c PPE19   FALSE 0.004 315.000 0.000 NA   -0.024
 33135 33136 Rv1362c Rv1363c     TRUE 0.856 -3.000 0.000 NA   0.240
 33136 1935851 Rv1363c Rv1364c     FALSE 0.009 291.000 0.000 NA   0.127
 1935851 33138 Rv1364c Rv1365c   rsfA FALSE 0.403 139.000 0.000 1.000 Y 0.145
 33142 33143 Rv1369c Rv1370c     TRUE 0.754 51.000 0.308 0.066   0.151
 33144 1935852 Rv1371 Rv1372     TRUE 0.911 -3.000 0.028 1.000 N 0.384
 1935852 33146 Rv1372 Rv1373     FALSE 0.212 6.000 0.000 1.000   -0.289
 33148 33149 Rv1375 Rv1376     TRUE 0.929 -3.000 0.282 NA   -0.186
 33150 33151 Rv1377c Rv1378c     FALSE 0.040 11.000 0.000 NA   -0.470
 33152 33153 Rv1379 Rv1380 pyrR pyrB TRUE 0.992 -3.000 0.247 1.000 Y 0.558
 33153 33154 Rv1380 Rv1381 pyrB pyrC TRUE 0.995 -3.000 0.452 1.000 Y 0.600
 33154 33155 Rv1381 Rv1382 pyrC   TRUE 0.945 -3.000 0.057 NA   0.627
 33155 33156 Rv1382 Rv1383   carA TRUE 0.912 -3.000 0.050 NA   0.220
 33156 1935854 Rv1383 Rv1384 carA carB TRUE 0.998 0.000 0.345 0.001 Y 0.406
 1935854 33158 Rv1384 Rv1385 carB pyrF TRUE 0.986 -3.000 0.075 1.000 Y 0.296
 33158 1935855 Rv1385 Rv1386 pyrF PE15 FALSE 0.009 195.000 0.000 NA   -0.079
 1935855 1935856 Rv1386 Rv1387 PE15 PPE20 TRUE 0.988 -3.000 0.667 NA   0.749
 1935856 33161 Rv1387 Rv1388 PPE20 mihF FALSE 0.022 306.000 0.000 NA   0.660
 33161 33162 Rv1388 Rv1389 mihF gmk FALSE 0.148 135.000 0.054 1.000   0.035
 33162 33163 Rv1389 Rv1390 gmk rpoZ FALSE 0.527 66.000 0.471 1.000 N -0.011
 33163 33164 Rv1390 Rv1391 rpoZ dfp FALSE 0.492 16.000 0.192 1.000 N -0.020
 33164 33165 Rv1391 Rv1392 dfp metK FALSE 0.499 128.000 0.059 1.000 Y -0.031
 33166 1935857 Rv1393c Rv1394c   cyp132 TRUE 0.954 -3.000 0.000 0.059 N 0.311
 1935859 33170 Rv1396c Rv1397c PE_PGRS25   FALSE 0.020 255.000 0.000 NA   0.226
 33170 33171 Rv1397c Rv1398c     TRUE 0.879 -3.000 0.000 NA   0.312
 33171 33172 Rv1398c Rv1399c   lipH FALSE 0.155 83.000 0.000 1.000   0.066
 33172 33173 Rv1399c Rv1400c lipH lipI TRUE 0.931 25.000 0.250 0.024 Y 0.035
 33174 33175 Rv1401 Rv1402   priA FALSE 0.147 81.000 0.050 NA   -0.093
 33179 33180 Rv1406 Rv1407 fmt fmu TRUE 0.993 -3.000 0.305 1.000 Y 0.655
 33180 33181 Rv1407 Rv1408 fmu rpe FALSE 0.318 25.000 0.056 1.000 N 0.110
 33181 33182 Rv1408 Rv1409 rpe ribG TRUE 0.906 -3.000 0.028 1.000 N 0.350
 33183 33184 Rv1410c Rv1411c   lprG TRUE 0.770 6.000 0.143 NA   0.002
 33185 33186 Rv1412 Rv1413 ribC   FALSE 0.044 214.000 0.000 NA   0.376
 33186 33187 Rv1413 Rv1414     FALSE 0.068 -10.000 0.000 NA   -0.233
 33187 33188 Rv1414 Rv1415   ribA2 FALSE 0.007 105.000 0.000 NA   -0.196
 33188 33189 Rv1415 Rv1416 ribA2 ribH TRUE 0.950 15.000 0.041 0.002 Y 0.077
 33189 33190 Rv1416 Rv1417 ribH   TRUE 0.922 -3.000 0.014 NA   0.379
 33190 33191 Rv1417 Rv1418   lprH FALSE 0.294 25.000 0.143 NA   -0.260
 33191 33192 Rv1418 Rv1419 lprH   FALSE 0.068 180.000 0.000 NA   0.367
 33192 33193 Rv1419 Rv1420   uvrC FALSE 0.213 64.000 0.000 NA   0.259
 33193 33194 Rv1420 Rv1421 uvrC   TRUE 0.903 -3.000 0.073 NA   0.102
 33194 33195 Rv1421 Rv1422     TRUE 0.963 -3.000 0.259 NA   0.323
 33195 33196 Rv1422 Rv1423   whiA TRUE 0.980 -3.000 0.470 NA   0.377
 33199 33200 Rv1426c Rv1427c lipO fadD12 TRUE 0.995 0.000 0.857 1.000 Y -0.226
 33200 33201 Rv1427c Rv1428c fadD12   TRUE 0.986 4.000 0.429 1.000 Y 0.181
 33202 1935860 Rv1429 Rv1430   PE16 FALSE 0.001 240.000 0.000 NA   -0.236
 1935860 33204 Rv1430 Rv1431 PE16   FALSE 0.112 111.000 0.000 NA   0.202
 33204 33205 Rv1431 Rv1432     TRUE 0.979 -3.000 0.500 NA   0.257
 33205 33206 Rv1432 Rv1433     FALSE 0.013 164.000 0.000 NA   -0.081
 33206 33207 Rv1433 Rv1434     TRUE 0.753 7.000 0.000 NA   0.695
 33209 33210 Rv1436 Rv1437 gap pgk TRUE 0.993 3.000 0.055 0.003 Y 0.481
 33210 33211 Rv1437 Rv1438 pgk tpi TRUE 0.988 -3.000 0.075 1.000 Y 0.400
 33216 33217 Rv1443c Rv1444c     FALSE 0.006 595.000 0.000 NA   0.332
 33217 33218 Rv1444c Rv1445c   devB TRUE 0.564 17.000 0.038 NA   0.361
 33218 33219 Rv1445c Rv1446c devB opcA TRUE 0.980 -3.000 0.179 NA Y -0.096
 33219 33220 Rv1446c Rv1447c opcA zwf2 TRUE 0.677 53.000 0.104 NA Y -0.075
 33220 33221 Rv1447c Rv1448c zwf2 tal TRUE 0.983 -3.000 0.067 1.000 Y 0.124
 33221 33222 Rv1448c Rv1449c tal tkt TRUE 0.866 17.000 0.090 1.000 Y 0.192
 33222 1935863 Rv1449c Rv1450c tkt PE_PGRS27 FALSE 0.010 439.000 0.000 NA   0.472
 33229 33230 Rv1456c Rv1457c     FALSE 0.512 112.000 0.022 0.046   0.373
 33230 33231 Rv1457c Rv1458c     TRUE 0.962 -3.000 0.186 1.000   0.356
 33231 33232 Rv1458c Rv1459c     FALSE 0.380 103.000 0.357 NA   -0.112
 1935866 33234 Rv1460 Rv1461     TRUE 0.940 -3.000 0.100 1.000 N 0.498
 33234 33235 Rv1461 Rv1462     TRUE 0.987 -3.000 0.266 0.001 N 0.183
 33235 33236 Rv1462 Rv1463     TRUE 0.995 -3.000 0.482 1.000 Y 0.450
 33236 33237 Rv1463 Rv1464   csd TRUE 0.922 2.000 0.093 1.000 N 0.637
 33237 33238 Rv1464 Rv1465 csd   TRUE 0.960 -3.000 0.249 1.000 N 0.455
 33238 33239 Rv1465 Rv1466     TRUE 0.823 -25.000 0.152 NA   0.462
 33240 1935867 Rv1467c Rv1468c fadE15 PE_PGRS29 FALSE 0.295 107.000 0.222 NA   0.048
 33242 33243 Rv1469 Rv1470 ctpD trxA FALSE 0.013 44.000 0.018 1.000 N -0.242
 33243 1935868 Rv1470 Rv1471 trxA trxB1 TRUE 0.964 16.000 0.222 0.003 Y 0.186
 1935868 33245 Rv1471 Rv1472 trxB1 echA12 TRUE 0.767 22.000 0.636 1.000 N 0.018
 33245 33246 Rv1472 Rv1473 echA12   TRUE 0.565 36.000 0.090 1.000   0.479
 33246 1935869 Rv1473 Rv1473A     FALSE 0.452 97.000 0.191 NA   0.975
 33247 33248 Rv1474c Rv1475c   acn TRUE 0.662 11.000 0.256 1.000 N -0.081
 33249 33250 Rv1476 Rv1477     FALSE 0.001 226.000 0.000 NA   -0.247
 33250 33251 Rv1477 Rv1478     TRUE 0.746 11.000 0.250 NA   0.054
 33251 1935870 Rv1478 Rv1479   moxR1 FALSE 0.078 139.000 0.120 NA   -0.250
 1935870 33253 Rv1479 Rv1480 moxR1   TRUE 0.989 -3.000 0.920 NA   0.261
 33253 33254 Rv1480 Rv1481     TRUE 0.920 11.000 0.760 NA   0.167
 33256 33257 Rv1483 Rv1484 fabG1 inhA TRUE 0.887 19.000 0.078 1.000 Y 0.591
 33257 33258 Rv1484 Rv1485 inhA hemZ TRUE 0.789 6.000 0.038 1.000 N 0.393
 33260 33261 Rv1487 Rv1488     TRUE 0.904 22.000 0.259 NA Y 0.563
 33261 1935873 Rv1488 Rv1489     FALSE 0.212 10.000 0.049 NA   -0.652
 1935873 1935874 Rv1489 Rv1489A     FALSE 0.395 34.000 0.000 NA   0.976
 1935874 33263 Rv1489A Rv1490     FALSE 0.003 150.000 0.000 NA   NA
 33265 33266 Rv1492 Rv1493 mutA mutB TRUE 0.996 1.000 0.115 0.001 Y 0.563
 33266 33267 Rv1493 Rv1494 mutB   FALSE 0.362 14.000 0.000 NA   0.184
 33267 33268 Rv1494 Rv1495     TRUE 0.907 -3.000 0.000 NA   0.522
 33268 33269 Rv1495 Rv1496     TRUE 0.878 -3.000 0.000 1.000 N 0.479
 33269 33270 Rv1496 Rv1497   lipL FALSE 0.012 53.000 0.011 1.000 N -0.418
 33271 1935875 Rv1498c Rv1498A     FALSE 0.048 214.000 0.000 NA   0.441
 1935876 33273 Rv1499 Rv1500     FALSE 0.170 45.000 0.000 NA   0.137
 33273 33274 Rv1500 Rv1501     FALSE 0.295 12.000 0.167 NA N -0.217
 33274 33275 Rv1501 Rv1502     FALSE 0.099 213.000 0.105 NA   0.551
 33276 33277 Rv1503c Rv1504c     TRUE 0.967 1.000 0.000 0.015   0.326
 33277 33278 Rv1504c Rv1505c     FALSE 0.199 137.000 0.027 1.000   0.322
 33278 33279 Rv1505c Rv1506c     TRUE 0.706 -3.000 0.004 1.000   -0.271
 33279 33280 Rv1506c Rv1507c     FALSE 0.001 284.000 0.000 NA   -0.260
 1935878 33282 Rv1508A Rv1509     TRUE 0.733 -16.000 0.000 NA   0.709
 33282 33283 Rv1509 Rv1510     FALSE 0.057 202.000 0.000 NA   0.471
 33283 33284 Rv1510 Rv1511   gmdA FALSE 0.006 481.000 0.000 NA   0.224
 33284 33285 Rv1511 Rv1512 gmdA epiA TRUE 0.994 -3.000 0.160 0.003 Y -0.081
 33285 33286 Rv1512 Rv1513 epiA   TRUE 0.674 -3.000 0.000 NA   -0.019
 33287 33288 Rv1514c Rv1515c     FALSE 0.014 35.000 0.000 NA   -0.390
 33288 1935879 Rv1515c Rv1516c     TRUE 0.656 3.000 0.000 NA   0.052
 33290 33291 Rv1517 Rv1518     TRUE 0.614 9.000 0.000 NA   0.294
 33291 33292 Rv1518 Rv1519     FALSE 0.005 130.000 0.000 NA   -0.236
 33292 33293 Rv1519 Rv1520     FALSE 0.185 26.000 0.000 NA   0.056
 33293 33294 Rv1520 Rv1521   fadD25 FALSE 0.001 234.000 0.000 NA N 0.090
 33296 33297 Rv1523 Rv1524     FALSE 0.016 30.000 0.000 1.000 N -0.173
 33297 33298 Rv1524 Rv1525   wbbL2 FALSE 0.252 47.000 0.000 NA   0.263
 33299 33300 Rv1526c Rv1527c   pks5 FALSE 0.080 23.000 0.000 1.000 N 0.025
 33300 33301 Rv1527c Rv1528c pks5 papA4 FALSE 0.002 544.000 0.000 NA   0.014
 33302 33303 Rv1529 Rv1530 fadD24 adh FALSE 0.006 117.000 0.000 1.000 N -0.286
 33303 33304 Rv1530 Rv1531 adh   TRUE 0.943 -3.000 0.300 NA   -0.087
 33306 33307 Rv1533 Rv1534     TRUE 0.710 -3.000 0.000 1.000   -0.127
 33307 33308 Rv1534 Rv1535     FALSE 0.004 565.000 0.000 NA   0.212
 33308 33309 Rv1535 Rv1536   ileS FALSE 0.022 307.000 0.000 NA   0.608
 33309 33310 Rv1536 Rv1537 ileS dinX FALSE 0.012 197.000 0.014 1.000 N -0.084
 33312 33313 Rv1539 Rv1540 lspA   TRUE 0.813 -7.000 0.073 1.000 N 0.368
 33314 33315 Rv1541c Rv1542c lprI glbN FALSE 0.087 55.000 0.050 NA   -0.360
 33316 33317 Rv1543 Rv1544     TRUE 0.987 5.000 0.750 0.049   0.238
 33317 33318 Rv1544 Rv1545     FALSE 0.140 22.000 0.000 NA   -0.028
 33318 33319 Rv1545 Rv1546     FALSE 0.293 49.000 0.000 NA   0.363
 33319 33320 Rv1546 Rv1547   dnaE1 FALSE 0.188 68.000 0.003 NA   0.149
 1935881 33323 Rv1549 Rv1550 fadD11.1 fadD11 TRUE 0.807 -321.000 0.000 0.040   0.091
 33323 33324 Rv1550 Rv1551 fadD11 plsB1 TRUE 0.913 14.000 0.333 1.000 Y -0.175
 33324 33325 Rv1551 Rv1552 plsB1 frdA FALSE 0.000 371.000 0.000 1.000 N -0.076
 33325 33326 Rv1552 Rv1553 frdA frdB TRUE 0.997 3.000 0.470 0.003 Y 0.358
 33326 33327 Rv1553 Rv1554 frdB frdC TRUE 0.998 -3.000 0.454 0.003 Y 0.553
 33327 33328 Rv1554 Rv1555 frdC frdD TRUE 0.999 -3.000 0.787 0.003 Y 0.639
 33328 33329 Rv1555 Rv1556 frdD   FALSE 0.043 68.000 0.000 1.000 N 0.027
 33329 33330 Rv1556 Rv1557   mmpL6 FALSE 0.053 139.000 0.000 1.000   -0.057
 33330 33331 Rv1557 Rv1558 mmpL6   FALSE 0.047 10.000 0.000 NA   -0.225
 33331 33332 Rv1558 Rv1559   ilvA FALSE 0.281 35.000 0.033 NA   0.054
 33332 33333 Rv1559 Rv1560 ilvA   FALSE 0.030 38.000 0.000 NA N 0.146
 33333 33334 Rv1560 Rv1561     FALSE 0.077 6.000 0.000 NA   -0.448
 1935882 1935883 Rv1562c Rv1563c treZ treY TRUE 0.984 -7.000 0.263 0.004 Y -0.234
 1935883 1935884 Rv1563c Rv1564c treY treX TRUE 0.990 4.000 0.061 0.004 Y 0.312
 1935884 33338 Rv1564c Rv1565c treX   FALSE 0.411 39.000 0.073 1.000 N 0.345
 33338 33339 Rv1565c Rv1566c     FALSE 0.487 99.000 0.400 NA N 0.346
 33339 33340 Rv1566c Rv1567c     FALSE 0.038 240.000 0.000 NA   0.539
 33341 1935885 Rv1568 Rv1569 bioA bioF1 TRUE 0.994 -3.000 0.033 0.001 Y -0.053
 1935885 33343 Rv1569 Rv1570 bioF1 bioD TRUE 0.997 -3.000 0.214 0.001 Y 0.262
 33343 33344 Rv1570 Rv1571 bioD   TRUE 0.832 0.000 0.036 1.000   -0.168
 33346 33347 Rv1573 Rv1574     FALSE 0.001 206.000 0.000 NA   -0.179
 33347 1935887 Rv1574 Rv1575     FALSE 0.357 -42.000 0.000 NA   0.028
 33349 33350 Rv1576c Rv1577c     FALSE 0.059 8.000 0.000 NA   -0.244
 33350 33351 Rv1577c Rv1578c     FALSE 0.036 174.000 0.000 NA   0.140
 33351 33352 Rv1578c Rv1579c     FALSE 0.069 81.000 0.000 NA   -0.018
 33352 33353 Rv1579c Rv1580c     FALSE 0.197 -3.000 0.000 NA   -0.218
 33353 33354 Rv1580c Rv1581c     FALSE 0.344 14.000 0.000 NA   0.164
 33354 33355 Rv1581c Rv1582c     FALSE 0.024 196.000 0.000 NA   0.091
 33355 33356 Rv1582c Rv1583c     TRUE 0.595 0.000 0.000 NA   -0.058
 33356 33357 Rv1583c Rv1584c     TRUE 0.868 -3.000 0.000 NA   0.271
 33357 33358 Rv1584c Rv1585c     FALSE 0.098 56.000 0.000 NA   0.003
 33358 33359 Rv1585c Rv1586c     TRUE 0.769 -3.000 0.000 NA   0.071
 33359 1935888 Rv1586c Rv1587c     FALSE 0.424 -343.000 0.000 NA   0.165
 1935888 33361 Rv1587c Rv1588c     FALSE 0.401 5.000 0.000 NA   -0.058
 33362 33363 Rv1589 Rv1590 bioB   TRUE 0.780 1.000 0.041 NA   -0.092
 33363 33364 Rv1590 Rv1591     TRUE 0.952 -3.000 0.361 NA   -0.144
 33365 33366 Rv1592c Rv1593c     FALSE 0.104 257.000 0.273 NA   0.734
 33367 33368 Rv1594 Rv1595 nadA nadB TRUE 0.997 0.000 0.210 0.002 Y 0.665
 33368 33369 Rv1595 Rv1596 nadB nadC TRUE 0.997 0.000 0.223 0.002 Y 0.696
 33369 33370 Rv1596 Rv1597 nadC   FALSE 0.396 49.000 0.000 1.000   0.576
 33372 1935889 Rv1599 Rv1600 hisD hisC1 TRUE 0.996 -3.000 0.112 0.003 Y 0.437
 1935889 33374 Rv1600 Rv1601 hisC1 hisB TRUE 0.998 -3.000 0.341 0.003 Y 0.526
 33374 33375 Rv1601 Rv1602 hisB hisH TRUE 0.995 -3.000 0.046 0.003 Y 0.392
 33375 33376 Rv1602 Rv1603 hisH hisA TRUE 0.988 10.000 0.491 0.003 Y 0.161
 33376 33377 Rv1603 Rv1604 hisA impA TRUE 0.768 8.000 0.266 1.000 N -0.025
 33377 33378 Rv1604 Rv1605 impA hisF TRUE 0.786 2.000 0.021 1.000 N 0.158
 33378 1935890 Rv1605 Rv1606 hisF hisI TRUE 0.998 -3.000 0.430 0.003 Y 0.351
 1935890 33380 Rv1606 Rv1607 hisI chaA FALSE 0.024 181.000 0.002 1.000 N 0.052
 33382 33383 Rv1609 Rv1610 trpE   TRUE 0.955 -10.000 0.690 NA   0.306
 33383 33384 Rv1610 Rv1611   trpC FALSE 0.175 90.000 0.070 NA   -0.050
 33384 33385 Rv1611 Rv1612 trpC trpB TRUE 0.910 69.000 0.070 0.001 Y 0.350
 33385 33386 Rv1612 Rv1613 trpB trpA TRUE 0.996 0.000 0.153 0.001 Y 0.204
 33386 33387 Rv1613 Rv1614 trpA lgt TRUE 0.888 0.000 0.011 1.000 N 0.346
 33387 33388 Rv1614 Rv1615 lgt   FALSE 0.003 676.000 0.000 NA   0.119
 33388 33389 Rv1615 Rv1616     TRUE 0.765 -10.000 0.111 NA   0.134
 33389 33390 Rv1616 Rv1617   pykA FALSE 0.171 108.000 0.083 1.000   -0.163
 33390 33391 Rv1617 Rv1618 pykA tesB1 TRUE 0.885 8.000 0.361 1.000 N 0.296
 33391 33392 Rv1618 Rv1619 tesB1   FALSE 0.408 58.000 0.214 NA   0.084
 33393 33394 Rv1620c Rv1621c cydC cydD TRUE 0.998 -3.000 0.631 0.003 Y -0.003
 33394 33395 Rv1621c Rv1622c cydD cydB TRUE 0.739 87.000 0.151 1.000 Y 0.315
 33395 1935891 Rv1622c Rv1623c cydB cydA TRUE 0.979 30.000 0.925 0.045 Y 0.389
 1935891 33397 Rv1623c Rv1624c cydA   FALSE 0.209 111.000 0.104 NA   0.094
 33397 1935892 Rv1624c Rv1625c   cya TRUE 0.580 29.000 0.176 NA   0.366
 1935892 1935893 Rv1625c Rvnt20 cya   FALSE 0.010 70.000 0.000 NA   NA
 33400 33401 Rv1627c Rv1628c     TRUE 0.987 -3.000 0.850 NA   0.162
 33402 33403 Rv1629 Rv1630 polA rpsA FALSE 0.039 163.000 0.005 1.000 N 0.125
 33403 33404 Rv1630 Rv1631 rpsA coaE FALSE 0.252 26.000 0.024 1.000 N 0.096
 33406 33407 Rv1633 Rv1634 uvrB   TRUE 0.920 -3.000 0.006 1.000   0.268
 1935894 33412 Rv1638A Rv1639c     TRUE 0.540 16.000 0.000 NA   0.990
 33412 33413 Rv1639c Rv1640c   lysS FALSE 0.273 59.000 0.057 NA   0.100
 33414 33415 Rv1641 Rv1642 infC rpmI TRUE 0.929 50.000 0.652 1.000 Y 0.483
 33415 33416 Rv1642 Rv1643 rpmI rplT TRUE 0.974 62.000 0.928 0.015 Y 0.477
 33416 33417 Rv1643 Rv1644 rplT tsnR TRUE 0.879 33.000 0.057 0.012 Y -0.052
 1935895 33420 Rv1646 Rv1647 PE17   FALSE 0.288 78.000 0.143 NA   0.052
 33420 33421 Rv1647 Rv1648     TRUE 0.662 7.000 0.214 NA   -0.463
 33421 33422 Rv1648 Rv1649   pheS FALSE 0.016 196.000 0.002 NA   -0.100
 33422 33423 Rv1649 Rv1650 pheS pheT TRUE 0.998 0.000 0.574 0.001 Y 0.248
 33425 33426 Rv1652 Rv1653 argC argJ TRUE 0.998 -3.000 0.303 0.002 Y 0.723
 33426 33427 Rv1653 Rv1654 argJ argB TRUE 0.997 -3.000 0.239 0.002 Y 0.714
 33427 33428 Rv1654 Rv1655 argB argD TRUE 0.989 -3.000 0.105 1.000 Y 0.714
 33428 33429 Rv1655 Rv1656 argD argF TRUE 0.989 -3.000 0.091 1.000 Y 0.790
 33429 33430 Rv1656 Rv1657 argF argR TRUE 0.943 -3.000 0.088 1.000 N 0.826
 33430 33431 Rv1657 Rv1658 argR argG TRUE 0.764 9.000 0.054 1.000 N 0.793
 33431 33432 Rv1658 Rv1659 argG argH TRUE 0.825 80.000 0.278 1.000 Y 0.474
 33432 33433 Rv1659 Rv1660 argH pks10 FALSE 0.053 109.000 0.003 1.000 N -0.007
 33433 33434 Rv1660 Rv1661 pks10 pks7 TRUE 0.953 83.000 1.000 0.018 Y -0.012
 33434 33435 Rv1661 Rv1662 pks7 pks8 TRUE 0.981 20.000 1.000 0.009 Y -0.084
 33435 33436 Rv1662 Rv1663 pks8 pks17 TRUE 0.991 0.000 0.000 0.009 Y 0.173
 33436 33437 Rv1663 Rv1664 pks17 pks9 TRUE 0.977 6.000 0.000 0.005 Y 0.214
 33437 33438 Rv1664 Rv1665 pks9 pks11 TRUE 0.873 147.000 0.750 0.018 Y 0.071
 33439 33440 Rv1666c Rv1667c cyp139   FALSE 0.339 15.000 0.008 1.000   -0.127
 33440 33441 Rv1667c Rv1668c     TRUE 0.943 -6.000 0.008 0.014   0.315
 33442 33443 Rv1669 Rv1670     FALSE 0.015 33.000 0.000 NA   -0.354
 33443 33444 Rv1670 Rv1671     FALSE 0.508 8.000 0.000 NA   0.157
 33445 33446 Rv1672c Rv1673c     FALSE 0.028 93.000 0.000 NA N 0.174
 33446 33447 Rv1673c Rv1674c     FALSE 0.017 28.000 0.000 NA N -0.456
 33447 33448 Rv1674c Rv1675c     FALSE 0.031 325.000 0.000 0.026 N 0.092
 33449 33450 Rv1676 Rv1677   dsbF TRUE 0.963 -3.000 0.000 0.003   -0.158
 33450 33451 Rv1677 Rv1678 dsbF   FALSE 0.007 101.000 0.000 NA   -0.473
 33451 33452 Rv1678 Rv1679   fadE16 TRUE 0.789 0.000 0.037 NA   -0.120
 33452 33453 Rv1679 Rv1680 fadE16   FALSE 0.507 9.000 0.222 NA N -0.249
 33453 33454 Rv1680 Rv1681   moeX TRUE 0.941 -3.000 0.047 NA   0.544
 33454 33455 Rv1681 Rv1682 moeX   FALSE 0.109 161.000 0.000 NA   0.746
 33455 33456 Rv1682 Rv1683     FALSE 0.029 274.000 0.000 NA   0.572
 33456 33457 Rv1683 Rv1684     TRUE 0.823 -7.000 0.013 NA   0.577
 33458 33459 Rv1685c Rv1686c     TRUE 0.959 2.000 0.400 1.000   0.014
 33459 33460 Rv1686c Rv1687c     TRUE 0.870 72.000 0.089 0.080 Y 0.594
 33461 33462 Rv1688 Rv1689 mpg tyrS FALSE 0.141 12.000 0.067 1.000 N -0.361
 33462 33463 Rv1689 Rv1690 tyrS lprJ FALSE 0.002 651.000 0.000 NA   -0.010
 33463 33464 Rv1690 Rv1691 lprJ   FALSE 0.079 39.000 0.000 NA   -0.063
 33464 33465 Rv1691 Rv1692     TRUE 0.982 -3.000 0.500 1.000   0.266
 33465 33466 Rv1692 Rv1693     TRUE 0.887 -3.000 0.083 1.000   -0.145
 33466 33467 Rv1693 Rv1694   tlyA TRUE 0.638 8.000 0.014 1.000   0.004
 33467 33468 Rv1694 Rv1695 tlyA ppnK TRUE 0.797 0.000 0.120 1.000 N -0.172
 33468 33469 Rv1695 Rv1696 ppnK recN TRUE 0.600 14.000 0.094 1.000 N 0.292
 33469 33470 Rv1696 Rv1697 recN   FALSE 0.480 96.000 0.049 0.080   0.092
 33470 33471 Rv1697 Rv1698     TRUE 0.891 22.000 0.798 NA   0.642
 33471 33472 Rv1698 Rv1699   pyrG FALSE 0.186 140.000 0.014 NA   0.649
 33472 33473 Rv1699 Rv1700 pyrG   TRUE 0.854 -7.000 0.055 1.000   0.340
 33473 33474 Rv1700 Rv1701     TRUE 0.952 -3.000 0.063 1.000   0.462
 33475 33476 Rv1702c Rv1703c     FALSE 0.001 556.000 0.000 NA   -0.121
 33476 33477 Rv1703c Rv1704c   cycA FALSE 0.195 65.000 0.000 1.000   0.122
 33477 1935897 Rv1704c Rv1705c cycA PPE22 FALSE 0.014 41.000 0.000 NA N 0.062
 1935897 1935898 Rv1705c Rv1706c PPE22 PPE23 TRUE 0.654 40.000 0.000 NA Y 0.091
 1935898 1935899 Rv1706c Rv1706A PPE23   FALSE 0.000 604.000 0.000 NA   NA
 33480 33481 Rv1707 Rv1708     FALSE 0.394 18.000 0.000 1.000 N 0.446
 33481 33482 Rv1708 Rv1709     TRUE 0.870 -3.000 0.065 NA   -0.020
 33482 33483 Rv1709 Rv1710     TRUE 0.980 -3.000 0.570 NA   0.209
 33483 33484 Rv1710 Rv1711     TRUE 0.915 -3.000 0.224 NA N 0.139
 33484 33485 Rv1711 Rv1712   cmk TRUE 0.897 -3.000 0.042 1.000 N 0.264
 33485 33486 Rv1712 Rv1713 cmk engA TRUE 0.979 -3.000 0.060 0.014   0.241
 33486 33487 Rv1713 Rv1714 engA   FALSE 0.106 174.000 0.000 1.000   0.490
 33487 1935900 Rv1714 Rv1715   fadB3 TRUE 0.959 -6.000 0.000 1.000 Y 0.688
 1935900 33489 Rv1715 Rv1716 fadB3   TRUE 0.890 3.000 0.105 NA   0.218
 33489 33490 Rv1716 Rv1717     TRUE 0.870 0.000 0.000 NA   0.302
 33490 33491 Rv1717 Rv1718     FALSE 0.143 53.000 0.000 NA   0.091
 33491 33492 Rv1718 Rv1719     FALSE 0.439 14.000 0.000 1.000   0.161
 33492 1935901 Rv1719 Rvnt21     FALSE 0.002 193.000 0.000 NA   NA
 33493 1935902 Rv1720c Rv1721c     TRUE 0.946 -3.000 0.167 NA   0.282
 33495 33496 Rv1722 Rv1723     TRUE 0.899 -3.000 0.121 1.000 N 0.133
 33497 33498 Rv1724c Rv1725c     TRUE 0.704 -10.000 0.000 NA   0.351
 33499 33500 Rv1726 Rv1727     FALSE 0.189 33.000 0.000 NA   0.135
 33501 33502 Rv1728c Rv1729c     TRUE 0.892 -3.000 0.000 NA   0.363
 33502 33503 Rv1729c Rv1730c     FALSE 0.103 123.000 0.000 NA N 0.525
 33505 33506 Rv1732c Rv1733c     FALSE 0.077 64.000 0.000 NA   -0.026
 33506 33507 Rv1733c Rv1734c     FALSE 0.009 287.000 0.000 NA   0.093
 33507 33508 Rv1734c Rv1735c     FALSE 0.016 275.000 0.000 1.000   0.106
 33508 33509 Rv1735c Rv1736c   narX FALSE 0.007 440.000 0.000 1.000   0.157
 33509 33510 Rv1736c Rv1737c narX narK2 TRUE 0.894 -3.000 0.000 1.000 N 0.951
 33513 33514 Rv1740 Rv1741     FALSE 0.416 0.000 0.000 NA   -0.127
 33514 33515 Rv1741 Rv1742     TRUE 0.690 8.000 0.000 NA   0.402
 33515 33516 Rv1742 Rv1743   pknE FALSE 0.212 94.000 0.000 NA   0.366
 33517 33518 Rv1744c Rv1745c   idi FALSE 0.068 -10.000 0.000 NA   -0.527
 33519 33520 Rv1746 Rv1747 pknF   FALSE 0.233 62.000 0.000 0.080 N -0.250
 33520 33521 Rv1747 Rv1748     FALSE 0.000 373.000 0.000 NA   -0.286
 33522 33523 Rv1749c Rv1750c   fadD1 FALSE 0.191 84.000 0.000 NA   0.288
 33524 33525 Rv1751 Rv1752     FALSE 0.005 127.000 0.000 NA   -0.303
 1935904 33527 Rv1753c Rv1754c PPE24   FALSE 0.056 204.000 0.000 NA   0.503
 33527 33528 Rv1754c Rv1755c   plcD FALSE 0.026 184.000 0.000 NA   0.060
 33528 33529 Rv1755c Rv1756c plcD   FALSE 0.136 49.000 0.000 1.000   -0.075
 33529 33530 Rv1756c Rv1757c     TRUE 0.714 51.000 0.308 0.063   -0.081
 33534 33535 Rv1761c Rv1762c     TRUE 0.985 0.000 1.000 NA   -0.072
 33536 33537 Rv1763 Rv1764     TRUE 0.735 51.000 0.308 0.063   0.019
 33538 1935906 Rv1765c Rv1765A     FALSE 0.000 627.000 0.000 1.000   NA
 1935907 33540 Rv1766 Rv1767     FALSE 0.079 68.000 0.000 NA   -0.016
 33540 1935908 Rv1767 Rv1768   PE_PGRS31 FALSE 0.082 181.000 0.087 NA   0.155
 1935908 33542 Rv1768 Rv1769 PE_PGRS31   FALSE 0.156 156.000 0.025 NA   0.571
 33542 33543 Rv1769 Rv1770     TRUE 0.770 8.000 0.016 NA   0.472
 33543 33544 Rv1770 Rv1771     TRUE 0.943 -3.000 0.016 1.000   0.484
 33544 33545 Rv1771 Rv1772     FALSE 0.015 189.000 0.000 NA   -0.025
 33547 33548 Rv1774 Rv1775     TRUE 0.945 0.000 0.080 NA   0.557
 33551 33552 Rv1778c Rv1779c     FALSE 0.120 156.000 0.000 NA   0.860
 33555 33556 Rv1782 Rv1783     TRUE 0.990 -3.000 1.000 NA   0.223
 33556 33557 Rv1783 Rv1784     FALSE 0.119 70.000 0.000 NA   0.075
 33559 1935909 Rv1786 Rv1787   PPE25 FALSE 0.001 270.000 0.000 NA N -0.087
 1935909 1935910 Rv1787 Rv1788 PPE25 PE18 FALSE 0.089 79.000 0.000 NA   0.025
 1935910 1935911 Rv1788 Rv1789 PE18 PPE26 TRUE 0.844 14.000 0.667 NA   -0.099
 1935911 1935912 Rv1789 Rv1790 PPE26 PPE27 FALSE 0.034 454.000 0.000 NA Y 0.080
 1935912 1935913 Rv1790 Rv1791 PPE27 PE19 FALSE 0.008 427.000 0.000 NA   0.276
 1935913 33565 Rv1791 Rv1792 PE19 esxM FALSE 0.075 144.000 0.000 NA   0.221
 33565 1935914 Rv1792 Rv1793 esxM esxN FALSE 0.202 51.000 0.000 NA   0.212
 1935914 33567 Rv1793 Rv1794 esxN   TRUE 0.602 88.000 0.429 NA   0.378
 33567 33568 Rv1794 Rv1795     FALSE 0.022 272.000 0.000 NA   0.315
 33568 33569 Rv1795 Rv1796   mycP5 TRUE 0.951 -22.000 1.000 NA   0.114
 33569 33570 Rv1796 Rv1797 mycP5   TRUE 0.987 -3.000 1.000 NA   -0.023
 33570 33571 Rv1797 Rv1798     TRUE 0.982 -3.000 0.667 NA   0.141
 33571 33572 Rv1798 Rv1799   lppT FALSE 0.001 627.000 0.000 NA   -0.078
 33572 1935915 Rv1799 Rv1800 lppT PPE28 FALSE 0.218 103.000 0.000 NA   0.446
 1935915 1935916 Rv1800 Rv1801 PPE28 PPE29 FALSE 0.027 581.000 0.000 NA Y 0.054
 1935916 1935917 Rv1801 Rv1802 PPE29 PPE30 FALSE 0.422 112.000 0.000 NA Y -0.023
 1935918 33577 Rv1803c Rv1804c PE_PGRS32   FALSE 0.022 181.000 0.000 NA   0.022
 33577 33578 Rv1804c Rv1805c     FALSE 0.010 338.000 0.000 NA   0.231
 1935919 1935920 Rv1806 Rv1807 PE20 PPE31 FALSE 0.411 27.000 0.000 NA   0.538
 1935920 1935921 Rv1807 Rv1808 PPE31 PPE32 FALSE 0.092 324.000 0.000 NA Y 0.668
 1935921 1935922 Rv1808 Rv1809 PPE32 PPE33 TRUE 0.829 132.000 0.667 NA Y 0.583
 1935922 33583 Rv1809 Rv1810 PPE33   FALSE 0.271 245.000 1.000 NA   0.251
 33583 33584 Rv1810 Rv1811   mgtC FALSE 0.077 154.000 0.014 NA   0.135
 33585 33586 Rv1812c Rv1813c     FALSE 0.020 322.000 0.000 NA   0.670
 33587 33588 Rv1814 Rv1815 erg3   FALSE 0.134 105.000 0.045 NA   -0.047
 33588 33589 Rv1815 Rv1816     FALSE 0.349 63.000 0.000 1.000   0.509
 33589 33590 Rv1816 Rv1817     FALSE 0.001 635.000 0.000 1.000 N 0.017
 1935923 33592 Rv1818c Rv1819c PE_PGRS33   FALSE 0.004 135.000 0.000 NA   -0.266
 33593 33594 Rv1820 Rv1821 ilvG secA2 FALSE 0.133 15.000 0.082 1.000 N -0.428
 33594 33595 Rv1821 Rv1822 secA2 pgsA2 FALSE 0.035 197.000 0.038 1.000 N 0.097
 33595 33596 Rv1822 Rv1823 pgsA2   TRUE 0.788 -7.000 0.114 NA   0.116
 33596 33597 Rv1823 Rv1824     TRUE 0.763 29.000 0.409 NA   0.584
 33597 33598 Rv1824 Rv1825     TRUE 0.787 17.000 0.409 NA   0.246
 33598 33599 Rv1825 Rv1826   gcvH TRUE 0.628 38.000 0.434 NA   -0.001
 33599 33600 Rv1826 Rv1827 gcvH cfp17 FALSE 0.070 240.000 0.242 NA N 0.399
 33600 33601 Rv1827 Rv1828 cfp17   TRUE 0.985 -3.000 0.707 NA N 0.631
 33601 33602 Rv1828 Rv1829     FALSE 0.153 119.000 0.133 NA   -0.076
 33602 33603 Rv1829 Rv1830     FALSE 0.010 404.000 0.043 NA   0.115
 33603 33604 Rv1830 Rv1831     FALSE 0.244 53.000 0.028 NA   0.083
 33604 33605 Rv1831 Rv1832   gcvB FALSE 0.208 49.000 0.002 NA   0.096
 33608 33609 Rv1835c Rv1836c     FALSE 0.368 16.000 0.000 NA   0.219
 33609 33610 Rv1836c Rv1837c   glcB FALSE 0.287 120.000 0.089 NA   0.479
 33610 33611 Rv1837c Rv1838c glcB   FALSE 0.025 276.000 0.000 NA   0.432
 33611 33612 Rv1838c Rv1839c     TRUE 0.915 -3.000 0.000 NA   0.753
 33612 1935924 Rv1839c Rv1840c   PE_PGRS34 FALSE 0.194 59.000 0.000 NA   0.218
 1935924 33614 Rv1840c Rv1841c PE_PGRS34   FALSE 0.006 163.000 0.000 NA   -0.143
 11400694 33608   Rv1835c     FALSE NA 5694.000 0.000 NA   NA
 11543057 33608   Rv1835c     FALSE NA 5694.000 0.000 NA   NA
 11685449 33608   Rv1835c     FALSE NA 5694.000 0.000 NA   NA
 11400695 33608   Rv1835c     FALSE NA 5714.000 0.000 NA   NA
 11543058 33608   Rv1835c     FALSE NA 5714.000 0.000 NA   NA
 11685450 33608   Rv1835c     FALSE NA 5714.000 0.000 NA   NA
 11400696 33608   Rv1835c     FALSE NA 5763.000 0.000 NA   NA
 11543059 33608   Rv1835c     FALSE NA 5763.000 0.000 NA   NA
 11685451 33608   Rv1835c     FALSE NA 5763.000 0.000 NA   NA
 11400697 33608   Rv1835c     FALSE NA 5783.000 0.000 NA   NA
 11543060 33608   Rv1835c     FALSE NA 5783.000 0.000 NA   NA
 11685452 33608   Rv1835c     FALSE NA 5783.000 0.000 NA   NA
 11400698 33608   Rv1835c     FALSE NA 5802.000 0.000 NA   NA
 11543061 33608   Rv1835c     FALSE NA 5802.000 0.000 NA   NA
 11685453 33608   Rv1835c     FALSE NA 5802.000 0.000 NA   NA
 11400699 33608   Rv1835c     FALSE NA 5822.000 0.000 NA   NA
 11543062 33608   Rv1835c     FALSE NA 5822.000 0.000 NA   NA
 11685454 33608   Rv1835c     FALSE NA 5822.000 0.000 NA   NA
 11400700 33608   Rv1835c     FALSE NA 5853.000 0.000 NA   NA
 11543063 33608   Rv1835c     FALSE NA 5853.000 0.000 NA   NA
 11685455 33608   Rv1835c     FALSE NA 5853.000 0.000 NA   NA
 11400701 33608   Rv1835c     FALSE NA 5873.000 0.000 NA   NA
 11543064 33608   Rv1835c     FALSE NA 5873.000 0.000 NA   NA
 11685456 33608   Rv1835c     FALSE NA 5873.000 0.000 NA   NA
 11400702 33608   Rv1835c     FALSE NA 5892.000 0.000 NA   NA
 11543065 33608   Rv1835c     FALSE NA 5892.000 0.000 NA   NA
 11685457 33608   Rv1835c     FALSE NA 5892.000 0.000 NA   NA
 11400703 33608   Rv1835c     FALSE NA 5912.000 0.000 NA   NA
 11543066 33608   Rv1835c     FALSE NA 5912.000 0.000 NA   NA
 11685458 33608   Rv1835c     FALSE NA 5912.000 0.000 NA   NA
 11400704 33608   Rv1835c     FALSE NA 5937.000 0.000 NA   NA
 11543067 33608   Rv1835c     FALSE NA 5937.000 0.000 NA   NA
 11685459 33608   Rv1835c     FALSE NA 5937.000 0.000 NA   NA
 33614 33615 Rv1841c Rv1842c     TRUE 0.993 0.000 0.815 0.038   0.007
 33615 33616 Rv1842c Rv1843c   guaB1 FALSE 0.155 174.000 0.038 0.097   -0.174
 33616 1935925 Rv1843c Rv1844c guaB1 gnd1 FALSE 0.223 33.000 0.023 1.000 N 0.110
 1935925 33618 Rv1844c Rv1845c gnd1   FALSE 0.321 30.000 0.023 1.000 N 0.243
 33618 33619 Rv1845c Rv1846c     TRUE 0.901 15.000 0.850 1.000 N 0.271
 33620 33621 Rv1847 Rv1848   ureA FALSE 0.201 49.000 0.222 NA N -0.209
 33621 33622 Rv1848 Rv1849 ureA ureB TRUE 0.995 -3.000 0.052 0.001 Y 0.193
 33622 33623 Rv1849 Rv1850 ureB ureC TRUE 0.997 0.000 0.486 0.001 Y -0.136
 33623 33624 Rv1850 Rv1851 ureC ureF TRUE 0.974 0.000 0.061 0.002 N 0.075
 33624 33625 Rv1851 Rv1852 ureF ureG TRUE 0.988 11.000 0.439 0.002 Y 0.338
 33625 33626 Rv1852 Rv1853 ureG ureD TRUE 0.930 8.000 0.032 0.002   0.185
 33627 33628 Rv1854c Rv1855c ndh   TRUE 0.736 142.000 0.500 1.000 Y 0.253
 33628 33629 Rv1855c Rv1856c     TRUE 0.695 39.000 0.571 1.000 N 0.162
 33630 33631 Rv1857 Rv1858 modA modB TRUE 0.998 3.000 0.578 0.001 Y 0.365
 33631 33632 Rv1858 Rv1859 modB modC TRUE 0.903 7.000 0.018 1.000 Y -0.303
 33632 1935926 Rv1859 Rv1860 modC apa FALSE 0.400 53.000 0.052 1.000   0.240
 1935926 33634 Rv1860 Rv1861 apa   FALSE 0.026 452.000 0.238 1.000   0.220
 33634 33635 Rv1861 Rv1862   adhA FALSE 0.466 74.000 0.189 1.000   0.273
 33636 33637 Rv1863c Rv1864c     TRUE 0.754 -7.000 0.000 NA   0.414
 33637 33638 Rv1864c Rv1865c     TRUE 0.852 -3.000 0.000 1.000   0.115
 33639 33640 Rv1866 Rv1867     FALSE 0.023 288.000 0.143 1.000 N 0.119
 33640 33641 Rv1867 Rv1868     FALSE 0.308 99.000 0.214 1.000 N 0.189
 33642 33643 Rv1869c Rv1870c     FALSE 0.116 100.000 0.000 1.000   0.000
 33643 33644 Rv1870c Rv1871c     FALSE 0.240 65.000 0.000 NA   0.325
 33644 33645 Rv1871c Rv1872c   lldD2 FALSE 0.197 23.000 0.000 NA   0.052
 33646 33647 Rv1873 Rv1874     FALSE 0.259 73.000 0.000 NA   0.423
 33647 33648 Rv1874 Rv1875     TRUE 0.793 11.000 0.188 NA   0.413
 33648 33649 Rv1875 Rv1876   bfrA FALSE 0.002 516.000 0.000 1.000   -0.165
 33649 33650 Rv1876 Rv1877 bfrA   FALSE 0.309 85.000 0.135 1.000 N 0.283
 33650 33651 Rv1877 Rv1878   glnA3 FALSE 0.091 55.000 0.000 1.000 N 0.136
 33651 33652 Rv1878 Rv1879 glnA3   TRUE 0.946 3.000 0.364 1.000   -0.014
 33653 33654 Rv1880c Rv1881c cyp140 lppE FALSE 0.409 50.000 0.273 NA   -0.127
 33654 33655 Rv1881c Rv1882c lppE   FALSE 0.264 41.000 0.070 NA   -0.052
 33655 33656 Rv1882c Rv1883c     FALSE 0.326 28.000 0.093 NA   -0.068
 33656 33657 Rv1883c Rv1884c   rpfC TRUE 0.704 39.000 0.375 NA   0.422
 33657 33658 Rv1884c Rv1885c rpfC   TRUE 0.578 12.000 0.018 1.000   0.147
 33658 33659 Rv1885c Rv1886c   fbpB TRUE 0.565 18.000 0.018 NA   0.564
 33661 1935927 Rv1888c Rv1888A     FALSE 0.000 365.000 0.000 NA   -0.995
 1935927 33662 Rv1888A Rv1889c     FALSE 0.013 44.000 0.000 NA   -0.930
 33662 33663 Rv1889c Rv1890c     FALSE 0.265 59.000 0.000 NA   0.353
 33664 33665 Rv1891 Rv1892     TRUE 0.799 17.000 0.333 NA   0.579
 33665 33666 Rv1892 Rv1893     TRUE 0.899 10.000 0.375 NA   0.544
 33669 33670 Rv1896c Rv1897c     FALSE 0.206 5.000 0.004 NA N 0.004
 33672 33673 Rv1899c Rv1900c lppD lipJ TRUE 0.778 0.000 0.000 NA   0.121
 33676 33677 Rv1903 Rv1904     FALSE 0.017 186.000 0.000 NA   -0.007
 33678 33679 Rv1905c Rv1906c aao   FALSE 0.512 30.000 0.143 NA   0.264
 33679 33680 Rv1906c Rv1907c     FALSE 0.007 340.000 0.000 NA   0.148
 33680 33681 Rv1907c Rv1908c   katG TRUE 0.624 7.000 0.000 NA   0.231
 33681 33682 Rv1908c Rv1909c katG furA TRUE 0.829 38.000 0.057 1.000 Y 0.726
 33682 33683 Rv1909c Rv1910c furA   FALSE 0.160 105.000 0.000 NA   0.271
 33683 33684 Rv1910c Rv1911c   lppC FALSE 0.130 83.000 0.000 NA   0.172
 33684 33685 Rv1911c Rv1912c lppC fadB5 FALSE 0.194 100.000 0.000 NA   0.336
 33688 33689 Rv1915 Rv1916 aceAa aceAb TRUE 0.981 0.000 0.000 0.001   0.306
 1935928 1935929 Rv1917c Rv1918c PPE34 PPE35 FALSE 0.040 338.000 0.000 NA Y -0.194
 1935929 33692 Rv1918c Rv1919c PPE35   FALSE 0.005 449.000 0.000 NA   0.166
 33695 33696 Rv1922 Rv1923   lipD TRUE 0.992 -9.000 0.333 0.004 Y 0.481
 33701 33702 Rv1928c Rv1929c     FALSE 0.294 45.000 0.000 NA   0.342
 33702 33703 Rv1929c Rv1930c     FALSE 0.202 12.000 0.000 NA   -0.046
 33703 33704 Rv1930c Rv1931c     FALSE 0.243 18.000 0.000 NA   0.084
 33706 33707 Rv1933c Rv1934c fadE18 fadE17 TRUE 0.996 2.000 0.800 0.011 Y -0.496
 33707 33708 Rv1934c Rv1935c fadE17 echA13 TRUE 0.964 15.000 0.600 1.000 Y 0.380
 33709 33710 Rv1936 Rv1937     TRUE 0.983 3.000 0.500 NA Y -0.296
 33710 33711 Rv1937 Rv1938   ephB TRUE 0.906 12.000 1.000 1.000   -0.356
 33711 33712 Rv1938 Rv1939 ephB   TRUE 0.965 -3.000 0.333 1.000   0.030
 33712 1935930 Rv1939 Rv1940   ribA1 TRUE 0.931 -3.000 0.036 1.000   0.252
 1935930 33714 Rv1940 Rv1941 ribA1   TRUE 0.892 -3.000 0.036 1.000 N 0.256
 33715 33716 Rv1942c Rv1943c     TRUE 0.984 -3.000 0.750 NA   0.086
 33716 33717 Rv1943c Rv1944c     FALSE 0.465 -3.000 0.000 NA   -0.117
 33721 33722 Rv1948c Rv1949c     TRUE 0.642 11.000 0.000 NA   0.659
 33722 33723 Rv1949c Rv1950c     TRUE 0.682 -36.000 0.000 NA   0.610
 33723 33724 Rv1950c Rv1951c     FALSE 0.163 1.000 0.000 NA   -0.197
 33725 33726 Rv1952 Rv1953     TRUE 0.696 -3.000 0.000 NA   -0.002
 33728 33729 Rv1955 Rv1956     FALSE 0.013 42.000 0.000 NA   -0.252
 33729 33730 Rv1956 Rv1957     TRUE 0.768 -3.000 0.000 1.000   -0.062
 33731 33732 Rv1958c Rv1959c     FALSE 0.078 49.000 0.000 NA   -0.048
 33732 33733 Rv1959c Rv1960c     TRUE 0.969 -3.000 0.385 NA   0.195
 33735 33736 Rv1962c Rv1963c   mce3R FALSE 0.005 309.000 0.000 NA   0.009
 33737 33738 Rv1964 Rv1965 yrbE3A yrbE3B TRUE 0.981 10.000 1.000 NA Y 0.105
 33738 1935931 Rv1965 Rv1966 yrbE3B mce3A TRUE 0.991 5.000 0.750 NA Y 0.315
 1935931 33740 Rv1966 Rv1967 mce3A mce3B TRUE 0.998 -3.000 0.750 0.007 Y 0.018
 33740 33741 Rv1967 Rv1968 mce3B mce3C TRUE 0.998 -3.000 0.750 0.007 Y 0.085
 33741 33742 Rv1968 Rv1969 mce3C mce3D TRUE 0.998 -3.000 0.750 0.007 Y 0.185
 33742 33743 Rv1969 Rv1970 mce3D lprM TRUE 0.998 -3.000 0.500 0.007 Y 0.578
 33743 33744 Rv1970 Rv1971 lprM mce3F TRUE 0.997 1.000 0.400 0.007 Y 0.495
 33744 33745 Rv1971 Rv1972 mce3F   TRUE 0.801 22.000 0.400 NA   0.728
 33745 33746 Rv1972 Rv1973     TRUE 0.984 -3.000 0.500 NA   0.796
 33746 33747 Rv1973 Rv1974     TRUE 0.579 13.000 0.000 NA   0.598
 33747 33748 Rv1974 Rv1975     FALSE 0.501 16.000 0.000 NA   0.452
 33750 33751 Rv1977 Rv1978     FALSE 0.011 108.000 0.000 1.000 N -0.029
 33752 33753 Rv1979c Rv1980c   mpt64 FALSE 0.020 179.000 0.000 NA   -0.002
 33753 1935932 Rv1980c Rv1981c mpt64 nrdF1 FALSE 0.002 191.000 0.000 NA   -0.471
 1935932 33755 Rv1981c Rv1982c nrdF1   FALSE 0.022 225.000 0.000 NA   0.192
 33757 33758 Rv1984c Rv1985c cfp21   FALSE 0.001 430.000 0.000 1.000   -0.230
 33759 33760 Rv1986 Rv1987     FALSE 0.004 416.000 0.000 1.000   -0.092
 33760 33761 Rv1987 Rv1988     FALSE 0.014 226.000 0.000 1.000   -0.083
 33762 33763 Rv1989c Rv1990c     TRUE 0.985 -3.000 1.000 NA   -0.142
 33763 1935934 Rv1990c Rv1990A     FALSE 0.039 244.000 0.000 NA   0.654
 1935934 33764 Rv1990A Rv1991c     FALSE 0.008 89.000 0.000 NA   -0.694
 33764 33765 Rv1991c Rv1992c   ctpG FALSE 0.003 342.000 0.000 1.000 N 0.104
 33765 33766 Rv1992c Rv1993c ctpG   TRUE 0.904 -3.000 0.000 NA   0.466
 33766 33767 Rv1993c Rv1994c     FALSE 0.182 53.000 0.000 NA   0.190
 33768 33769 Rv1995 Rv1996     FALSE 0.052 96.000 0.000 NA   -0.045
 33769 33770 Rv1996 Rv1997   ctpF FALSE 0.050 202.000 0.000 1.000 N 0.795
 33771 33772 Rv1998c Rv1999c     FALSE 0.142 95.000 0.000 1.000 N 0.305
 33773 33774 Rv2000 Rv2001     FALSE 0.519 10.000 0.118 NA   -0.221
 33774 33775 Rv2001 Rv2002   fabG3 FALSE 0.491 76.000 0.000 1.000 Y -0.293
 33776 33777 Rv2003c Rv2004c     FALSE 0.384 58.000 0.000 1.000   0.824
 33777 33778 Rv2004c Rv2005c     FALSE 0.534 22.000 0.000 1.000   0.858
 33780 33781 Rv2007c Rv2008c fdxA   FALSE 0.083 189.000 0.000 1.000   0.435
 33782 33783 Rv2009 Rv2010     TRUE 0.890 1.000 0.000 NA   0.592
 33785 1935936 Rv2012 Rv2013     FALSE 0.003 845.000 0.000 NA   0.174
 1935936 1935937 Rv2013 Rv2014     TRUE 0.851 -46.000 0.000 0.012   0.098
 33789 33790 Rv2016 Rv2017     FALSE 0.197 -3.000 0.000 NA   -0.186
 33790 33791 Rv2017 Rv2018     FALSE 0.003 242.000 0.000 NA   -0.117
 33791 33792 Rv2018 Rv2019     TRUE 0.857 -10.000 0.294 NA   0.053
 33793 33794 Rv2020c Rv2021c     FALSE 0.067 85.000 0.000 NA   -0.017
 33794 33795 Rv2021c Rv2022c     TRUE 0.860 9.000 0.375 NA   0.055
 33795 33796 Rv2022c Rv2023c     FALSE 0.129 25.000 0.000 NA   -0.027
 33796 1935938 Rv2023c Rv2023A     FALSE 0.003 160.000 0.000 NA   NA
 1935938 33797 Rv2023A Rv2024c     FALSE 0.050 -33.000 0.000 NA   NA
 33797 33798 Rv2024c Rv2025c     FALSE 0.005 510.000 0.000 1.000   0.121
 33798 33799 Rv2025c Rv2026c     FALSE 0.166 115.000 0.000 1.000 N 0.805
 33799 33800 Rv2026c Rv2027c     TRUE 0.603 40.000 0.000 1.000 Y -0.236
 33800 33801 Rv2027c Rv2028c     FALSE 0.500 61.000 0.000 1.000 Y -0.687
 33801 33802 Rv2028c Rv2029c   pfkB TRUE 0.894 -3.000 0.000 1.000 N 0.946
 33802 33803 Rv2029c Rv2030c pfkB   TRUE 0.674 17.000 0.050 1.000   0.939
 33803 33804 Rv2030c Rv2031c   hspX TRUE 0.847 12.000 0.300 NA   0.929
 33807 33808 Rv2034 Rv2035     TRUE 0.952 -3.000 0.200 NA   0.281
 33808 33809 Rv2035 Rv2036     TRUE 0.907 -3.000 0.150 NA   -0.014
 33810 33811 Rv2037c Rv2038c     TRUE 0.972 2.000 0.444 1.000   0.243
 33811 33812 Rv2038c Rv2039c     TRUE 0.994 3.000 0.211 0.020 Y 0.519
 33812 33813 Rv2039c Rv2040c     TRUE 0.979 -13.000 0.211 0.020 Y 0.059
 33813 33814 Rv2040c Rv2041c     TRUE 0.996 -3.000 0.235 0.020 Y 0.413
 33814 33815 Rv2041c Rv2042c     TRUE 0.701 38.000 0.118 0.027   0.072
 33815 33816 Rv2042c Rv2043c   pncA TRUE 0.891 0.000 0.005 1.000   0.173
 33816 33817 Rv2043c Rv2044c pncA   FALSE 0.305 41.000 0.000 NA   0.340
 33817 33818 Rv2044c Rv2045c   lipT FALSE 0.258 86.000 0.000 NA   0.615
 33820 33821 Rv2047c Rv2048c   pks12 TRUE 0.968 5.000 1.000 1.000 N 0.038
 33821 33822 Rv2048c Rv2049c pks12   FALSE 0.001 307.000 0.000 NA   -0.189
 33824 33825 Rv2051c Rv2052c ppm1   FALSE 0.296 158.000 0.041 0.003   -0.170
 33825 33826 Rv2052c Rv2053c     TRUE 0.833 5.000 0.037 1.000   0.198
 33828 33829 Rv2055c Rv2056c rpsR rpsN2 TRUE 0.990 1.000 0.024 0.014 Y 0.053
 33829 1935939 Rv2056c Rv2057c rpsN2 rpmG1 TRUE 0.990 2.000 0.052 0.014 Y 0.087
 1935939 33831 Rv2057c Rv2058c rpmG1 rpmB2 TRUE 0.997 0.000 0.332 0.014 Y 0.433
 33832 33833 Rv2059 Rv2060     TRUE 0.601 -430.000 0.000 1.000   0.262
 33834 33835 Rv2061c Rv2062c   cobN FALSE 0.144 84.000 0.045 1.000   -0.219
 1935940 33837 Rv2063 Rv2064   cobG FALSE 0.000 387.000 0.000 1.000   NA
 33837 33838 Rv2064 Rv2065 cobG cobH TRUE 0.843 10.000 0.255 1.000 N 0.562
 33838 33839 Rv2065 Rv2066 cobH cobI TRUE 0.992 -3.000 0.096 0.008 Y -0.123
 33840 33841 Rv2067c Rv2068c   blaC TRUE 0.560 16.000 0.000 1.000   0.427
 33843 33844 Rv2070c Rv2071c cobK cobM TRUE 0.994 -3.000 0.076 0.008 Y 0.163
 33844 33845 Rv2071c Rv2072c cobM cobL TRUE 0.994 -3.000 0.065 0.008 Y 0.284
 33845 33846 Rv2072c Rv2073c cobL   FALSE 0.530 68.000 0.364 1.000   -0.030
 33848 33849 Rv2075c