MicrobesOnline Operon Predictions for Prochlorococcus marinus str. MIT 9313

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column Description
Gene1 VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1 Systematic name of 1st gene in pair
Name1 Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2 VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2 Systematic name of 2nd gene in pair
Name2 Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim Whether the genes share a COG category or not
ExprSim Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

 Gene1 Gene2 SysName1 SysName2 Name1 Name2 bOp pOp Sep MOGScore GOScore COGSim ExprSim
 567091 567092 PMT0001 PMT0002 dnaN   FALSE 0.587 40.000 0.022 NA   NA
 567092 567093 PMT0002 PMT0003   purL FALSE 0.630 58.000 0.039 NA   NA
 567093 567094 PMT0003 PMT0004 purL purF TRUE 0.893 60.000 0.019 1.000 Y NA
 567095 567096 PMT0005 PMT0006     TRUE 0.723 78.000 0.143 1.000 N NA
 567096 567097 PMT0006 PMT0007     TRUE 0.776 10.000 0.042 1.000 N NA
 567098 567099 PMT0008 PMT0009     FALSE 0.526 73.000 0.043 NA   NA
 567099 567100 PMT0009 PMT0010   nusB TRUE 0.811 -3.000 0.016 NA   NA
 567100 567101 PMT0010 PMT0011 nusB ftsY TRUE 0.854 0.000 0.013 1.000   NA
 567101 567102 PMT0011 PMT0012 ftsY rsbU FALSE 0.700 63.000 0.013 1.000 N NA
 567102 567103 PMT0012 PMT0013 rsbU argH TRUE 0.739 30.000 0.021 1.000 N NA
 567103 567104 PMT0013 PMT0014 argH   FALSE 0.137 124.000 0.019 1.000   NA
 567106 567107 PMT0016 PMT0017     FALSE 0.098 -73.000 0.024 1.000   NA
 567108 567109 PMT0018 PMT0019 pilC pilT1 TRUE 0.925 17.000 0.218 1.000 Y NA
 567109 567110 PMT0019 PMT0020 pilT1 gspE1 TRUE 0.911 11.000 0.028 0.004 Y NA
 567111 567112 PMT0021 PMT0022 grpE dnaJ TRUE 0.948 45.000 0.168 0.015 Y NA
 567112 567113 PMT0022 PMT0023 dnaJ   TRUE 0.910 -3.000 0.067 1.000   NA
 567113 567114 PMT0023 PMT0024     FALSE 0.611 -13.000 0.058 1.000   NA
 567115 567116 PMT0025 PMT0026   murB FALSE 0.579 25.000 0.030 NA   NA
 567116 567117 PMT0026 PMT0027 murB murC TRUE 0.850 -24.000 0.136 0.006 Y NA
 567119 567120 PMT0029 PMT0030 thiL   FALSE 0.658 11.000 0.000 1.000 N NA
 567121 567122 PMT0031 PMT0032 efp accB TRUE 0.959 0.000 0.120 1.000 N NA
 567128 567129 PMT0038 PMT0039     FALSE 0.683 63.000 0.091 NA   NA
 567130 567131 PMT0040 PMT0041     TRUE 0.885 38.000 0.471 NA   NA
 567131 567132 PMT0041 PMT0042     FALSE 0.392 135.000 0.588 NA   NA
 567133 567134 RNA_44 PMT0043 tRNA-Gly3 DHSS FALSE 0.404 49.000 0.000 NA   NA
 567135 567136 PMT0044 PMT0045 cbiD guaA TRUE 0.774 41.000 0.023 1.000 N NA
 567136 567137 PMT0045 PMT0046 guaA   FALSE 0.006 470.000 0.004 NA   NA
 567137 567138 PMT0046 PMT0047     TRUE 0.873 16.000 0.650 NA   NA
 567138 567139 PMT0047 PMT0048     FALSE 0.676 6.000 0.047 NA   NA
 567140 567141 PMT0049 PMT0050 sqdX sqdB FALSE 0.565 -54.000 0.194 1.000 Y NA
 567141 567142 PMT0050 PMT0051 sqdB   FALSE 0.689 60.000 0.079 NA   NA
 567142 567143 PMT0051 PMT0052   thiG FALSE 0.410 74.000 0.018 NA   NA
 567145 1295740 PMT0054       FALSE 0.230 77.000 0.000 NA   NA
 1295598 1203818         FALSE 0.204 80.000 0.000 NA   NA
 567146 567147 PMT0055 PMT0056 rpl20 rpl35 TRUE 0.962 72.000 0.928 0.029 Y NA
 1295854 567148   PMT0057     FALSE 0.702 -3.000 0.000 NA   NA
 567148 567149 PMT0057 PMT0058     TRUE 0.835 25.000 0.164 1.000 N NA
 567150 567151 PMT0059 PMT0060 dnaX   FALSE 0.411 24.000 0.005 NA   NA
 567151 567152 PMT0060 PMT0061   clpX FALSE 0.529 5.000 0.003 NA   NA
 567152 567153 PMT0061 PMT0062 clpX clpP2 TRUE 0.789 89.000 0.037 0.006 Y NA
 567153 567154 PMT0062 PMT0063 clpP2 tig TRUE 0.915 47.000 0.025 1.000 Y NA
 567155 1295748 PMT0064   asd   FALSE 0.146 -34.000 0.008 NA   NA
 1295748 567156   PMT0065   dapA TRUE 0.882 -3.000 0.052 NA   NA
 567158 567159 PMT0067 PMT0068   mesJ FALSE 0.112 -39.000 0.007 NA   NA
 567160 567161 PMT0069 PMT0070 ycf23   TRUE 0.728 45.000 0.086 NA   NA
 567161 567162 PMT0070 PMT0071   uvrB FALSE 0.127 105.000 0.003 NA   NA
 567162 1362717 PMT0071   uvrB pseudo FALSE 0.091 107.000 0.000 NA   NA
 1362717 567163   PMT0072 pseudo   FALSE 0.288 71.000 0.000 NA   NA
 567164 567165 PMT0073 PMT0074 lysC holA TRUE 0.759 49.000 0.015 1.000 N NA
 567167 567168 PMT0076 PMT0077     TRUE 0.991 2.000 0.917 0.007 Y NA
 567168 567169 PMT0077 PMT0078     TRUE 0.949 -3.000 0.167 0.004   NA
 567169 567170 PMT0078 PMT0079   mutS FALSE 0.491 54.000 0.000 1.000   NA
 567171 567172 PMT0080 PMT0081 psbZ ribH FALSE 0.692 53.000 0.037 1.000   NA
 567172 567173 PMT0081 RNA_1 ribH tRNA-Gly1 FALSE 0.212 79.000 0.000 NA   NA
 567175 567176 PMT0083 PMT0084 secA   FALSE 0.011 303.000 0.000 1.000   NA
 567176 567177 PMT0084 PMT0085     FALSE 0.380 57.000 0.000 NA   NA
 567177 567178 PMT0085 PMT0086     FALSE 0.003 854.000 0.000 NA   NA
 567180 567181 PMT0088 PMT0089     FALSE 0.518 -7.000 0.000 1.000   NA
 567181 567182 PMT0089 PMT0090     FALSE 0.007 319.000 0.000 NA   NA
 567182 567183 PMT0090 PMT0091     FALSE 0.054 128.000 0.000 NA   NA
 567183 567184 PMT0091 PMT0092     FALSE 0.578 3.000 0.000 NA   NA
 567184 567185 PMT0092 PMT0093     TRUE 0.729 0.000 0.000 NA   NA
 567185 567186 PMT0093 PMT0094     TRUE 0.895 -3.000 0.000 1.000 N NA
 567186 567187 PMT0094 PMT0095     FALSE 0.443 29.000 0.000 1.000   NA
 567187 567188 PMT0095 PMT0096     TRUE 0.976 -3.000 0.678 1.000   NA
 567188 567189 PMT0096 PMT0097     TRUE 0.946 -3.000 0.072 1.000 N NA
 567189 567190 PMT0097 PMT0098     TRUE 0.803 7.000 0.067 NA N NA
 567190 567191 PMT0098 PMT0099   HisH TRUE 0.803 3.000 0.000 NA N NA
 567191 567192 PMT0099 PMT0100 HisH hisF TRUE 0.926 -6.000 0.000 0.007 Y NA
 567192 567193 PMT0100 PMT0101 hisF   TRUE 0.895 -3.000 0.000 1.000 N NA
 567193 567194 PMT0101 PMT0102   spsF FALSE 0.153 132.000 0.000 1.000 N NA
 567194 567195 PMT0102 PMT0103 spsF   FALSE 0.679 75.000 0.039 1.000 N NA
 567195 567196 PMT0103 PMT0104     TRUE 0.875 4.000 0.056 1.000 N NA
 567196 567197 PMT0104 PMT0105     FALSE 0.024 -94.000 0.000 NA   NA
 567197 567198 PMT0105 PMT0106   neuB TRUE 0.729 0.000 0.000 NA   NA
 567199 567200 PMT0107 PMT0108     TRUE 0.779 -3.000 0.000 1.000   NA
 567200 567201 PMT0108 PMT0109   tagG TRUE 0.978 0.000 0.028 1.000 Y NA
 567201 567202 PMT0109 PMT0110 tagG   FALSE 0.459 32.000 0.000 1.000   NA
 567204 567205 PMT0112 PMT0113 rmlA rfbC TRUE 0.952 -10.000 0.450 1.000 Y NA
 567205 567206 PMT0113 PMT0114 rfbC rfbD TRUE 0.984 -3.000 0.197 1.000 Y NA
 1203822 567207   PMT0115   rfbB FALSE 0.004 532.000 0.000 NA   NA
 567207 567208 PMT0115 PMT0116 rfbB   FALSE 0.003 1118.000 0.000 NA   NA
 567211 567212 PMT0119 PMT0120 infC miaA TRUE 0.886 63.000 0.020 1.000 Y NA
 567213 567214 PMT0121 PMT0122 gyrB   TRUE 0.847 0.000 0.020 NA   NA
 567214 567215 PMT0122 PMT0123     TRUE 0.932 -7.000 0.900 NA   NA
 567215 567216 PMT0123 PMT0124     TRUE 0.976 -7.000 0.722 0.081 Y NA
 567218 567219 PMT0126 PMT0127 mgtE   FALSE 0.360 95.000 0.000 1.000 N NA
 567220 567221 PMT0128 PMT0129     TRUE 0.950 -3.000 0.136 NA N NA
 567221 567222 PMT0129 PMT0130     TRUE 0.943 8.000 1.000 NA N NA
 567223 567224 PMT0131 PMT0132   sdhA TRUE 0.916 0.000 0.023 0.002   NA
 567224 567225 PMT0132 PMT0133 sdhA sdhB TRUE 0.976 -3.000 0.019 0.002 Y NA
 567227 567228 PMT0135 PMT0136 mutY   FALSE 0.701 25.000 0.014 1.000 N NA
 567230 567231 PMT0138 PMT0139 ahcY   FALSE 0.481 51.000 0.003 NA   NA
 567231 567232 PMT0139 PMT0140   dedA FALSE 0.697 40.000 0.067 NA   NA
 567234 567235 PMT0142 PMT0143 mreB mreC TRUE 0.836 5.000 0.043 1.000 N NA
 567235 567236 PMT0143 PMT0144 mreC   TRUE 0.866 0.000 0.024 NA   NA
 567236 567237 PMT0144 PMT0145     TRUE 0.736 14.000 0.169 NA   NA
 567237 567238 PMT0145 PMT0146     FALSE 0.265 147.000 0.185 1.000 N NA
 567238 567239 PMT0146 PMT0147   lysS TRUE 0.795 47.000 0.027 1.000 N NA
 567239 567240 PMT0147 PMT0148 lysS   FALSE 0.589 60.000 0.026 NA   NA
 567241 567242 PMT0149 PMT0150     TRUE 0.955 -3.000 0.333 NA   NA
 567242 567243 PMT0150 PMT0151     TRUE 0.883 26.000 0.611 NA   NA
 567243 567244 PMT0151 PMT0152     TRUE 0.910 -3.000 0.097 NA   NA
 567245 567246 PMT0153 PMT0154     FALSE 0.145 93.000 0.000 NA   NA
 567248 567249 PMT0156 PMT0157 ruvB   TRUE 0.921 -3.000 0.019 1.000 N NA
 567249 567250 PMT0157 PMT0158     TRUE 0.962 -3.000 0.365 1.000   NA
 567250 567251 PMT0158 PMT0159     TRUE 0.958 -3.000 0.365 NA   NA
 567251 567252 PMT0159 PMT0160   thiC FALSE 0.013 277.000 0.006 NA   NA
 567252 1203756 PMT0160   thiC   FALSE 0.003 2234.000 0.000 NA   NA
 1203756 1203828         FALSE 0.008 301.000 0.000 NA   NA
 567253 1203829 PMT0161       FALSE 0.003 1406.000 0.000 NA   NA
 1203829 567254   PMT0162     FALSE 0.380 8.000 0.000 NA   NA
 567254 1362718 PMT0162     pseudo FALSE 0.003 1290.000 0.000 NA   NA
 1362718 567255   PMT0163 pseudo aroK FALSE 0.003 738.000 0.000 NA   NA
 567256 567257 PMT0164 PMT0165   ribG TRUE 0.953 9.000 0.370 1.000 Y NA
 567257 567258 PMT0165 PMT0166 ribG   FALSE 0.409 21.000 0.008 NA   NA
 567258 1203831 PMT0166       FALSE 0.668 1.000 0.000 NA   NA
 567260 567261 PMT0168 PMT0169     FALSE 0.017 200.000 0.000 NA   NA
 567261 567262 PMT0169 PMT0170     FALSE 0.013 219.000 0.000 NA   NA
 567262 567263 PMT0170 PMT0171     FALSE 0.074 115.000 0.000 NA   NA
 567263 567264 PMT0171 PMT0172     FALSE 0.006 367.000 0.000 NA   NA
 567266 567267 PMT0174 PMT0175     TRUE 0.833 -3.000 0.020 NA   NA
 567269 567270 PMT0177 PMT0178 nadB psbU FALSE 0.579 71.000 0.036 1.000   NA
 567270 567271 PMT0178 PMT0179 psbU   FALSE 0.400 112.000 0.268 NA   NA
 567272 567273 PMT0180 PMT0181 bacA   TRUE 0.817 52.000 0.055 1.000 N NA
 567273 567274 PMT0181 PMT0182     FALSE 0.650 25.000 0.000 1.000 N NA
 567274 567275 PMT0182 PMT0183     TRUE 0.907 0.000 0.000 1.000 N NA
 567275 1203834 PMT0183       FALSE 0.156 -27.000 0.000 NA   NA
 567276 567277 RNA_45 RNA_53 16S_rRNA   FALSE 0.008 -1464.000 0.000 NA   NA
 567277 807272 RNA_53     rrs FALSE 0.008 -1464.000 0.000 NA   NA
 807272 567278   RNA_2 rrs tRNA-Ile1 FALSE 0.020 183.000 0.000 NA   NA
 567278 1203838 RNA_2   tRNA-Ile1   FALSE 0.115 -32.000 0.000 NA   NA
 1203838 567279   RNA_3   tRNA-Ala1 FALSE 0.014 -114.000 0.000 NA   NA
 567280 807270 RNA_54     rrl FALSE 0.008 -2874.000 0.000 NA   NA
 807270 567281   RNA_55 rrl   FALSE 0.087 108.000 0.000 NA   NA
 567281 807274 RNA_55     rrf FALSE 0.016 -112.000 0.000 NA   NA
 1295616 567282   PMT0184   masA FALSE 0.240 -16.000 0.000 NA   NA
 567282 567283 PMT0184 PMT0185 masA   TRUE 0.960 -3.000 0.174 1.000 N NA
 567283 567284 PMT0185 PMT0186   FPG FALSE 0.685 13.000 0.010 1.000 N NA
 567284 567285 PMT0186 PMT0187 FPG psaE TRUE 0.707 6.000 0.040 1.000   NA
 567286 567287 PMT0188 PMT0189   recQ TRUE 0.756 72.000 0.273 NA   NA
 567288 567289 PMT0190 PMT0191     FALSE 0.617 101.000 0.429 1.000   NA
 567289 1203841 PMT0191       FALSE 0.439 26.000 0.000 1.000   NA
 567291 1362719 PMT0193   alsT pseudo FALSE 0.010 258.000 0.000 NA   NA
 1362719 1203843     pseudo   FALSE 0.380 8.000 0.000 NA   NA
 1203757 1295622         FALSE 0.008 284.000 0.000 NA   NA
 1295622 567292   PMT0194     FALSE 0.404 49.000 0.000 NA   NA
 567293 567294 RNA_43 RNA_42 tRNA-Thr3 tRNA-Tyr1 FALSE 0.380 8.000 0.000 NA   NA
 567295 567296 PMT0195 PMT0196 aroD miaE TRUE 0.935 -3.000 0.039 1.000 N NA
 567298 567299 PMT0198 PMT0199 cobI/cbiL   TRUE 0.729 0.000 0.000 NA   NA
 1295532 567300   PMT0200     FALSE 0.181 -24.000 0.000 NA   NA
 1203845 1203846         FALSE 0.038 140.000 0.000 NA   NA
 1203846 567302   PMT0202     FALSE 0.256 75.000 0.000 NA   NA
 567302 567303 PMT0202 PMT0203     FALSE 0.280 81.000 0.011 NA   NA
 567303 567304 PMT0203 PMT0204   cbiQ TRUE 0.773 4.000 0.029 1.000   NA
 567304 567305 PMT0204 PMT0205 cbiQ   TRUE 0.842 18.000 0.447 NA   NA
 567305 567306 PMT0205 PMT0206     FALSE 0.683 8.000 0.065 NA   NA
 567306 567307 PMT0206 PMT0207     FALSE 0.263 128.000 0.194 NA   NA
 567307 567308 PMT0207 PMT0208   proC TRUE 0.796 -10.000 0.224 1.000   NA
 567309 567310 PMT0209 PMT0210     TRUE 0.863 31.000 0.216 1.000 N NA
 567310 567311 PMT0210 PMT0211   recO FALSE 0.643 -13.000 0.013 1.000 N NA
 567311 567312 PMT0211 PMT0212 recO deoC TRUE 0.916 -3.000 0.016 1.000 N NA
 567312 567313 PMT0212 PMT0213 deoC lrtA TRUE 0.713 16.000 0.039 NA N NA
 567314 567315 PMT0214 PMT0215 lipB fadD TRUE 0.754 27.000 0.029 1.000 N NA
 567315 567316 PMT0215 PMT0216 fadD   TRUE 0.813 70.000 0.388 NA   NA
 567316 567317 PMT0216 PMT0217     FALSE 0.004 519.000 0.000 NA   NA
 1362720 1295564     pseudo   FALSE 0.630 2.000 0.000 NA   NA
 1203847 567320   PMT0220   pdhC FALSE 0.074 -43.000 0.000 NA   NA
 567321 1203850 PMT0221       FALSE 0.244 76.000 0.000 NA   NA
 1203853 567323   PMT0223   queA FALSE 0.036 143.000 0.000 NA   NA
 567324 567325 PMT0224 PMT0225 cysK1   TRUE 0.771 97.000 0.095 0.023 Y NA
 567325 567326 PMT0225 PMT0226   metB TRUE 0.989 0.000 0.250 0.001 Y NA
 567328 567329 PMT0228 PMT0229     TRUE 0.869 0.000 0.025 NA   NA
 567329 567330 PMT0229 PMT0230   murE FALSE 0.664 29.000 0.049 1.000   NA
 567331 567332 PMT0231 PMT0232 yqjL hupE FALSE 0.025 166.000 0.000 NA   NA
 567332 567333 PMT0232 PMT0233 hupE   FALSE 0.004 486.000 0.000 NA   NA
 567334 567335 PMT0234 PMT0235     FALSE 0.391 42.000 0.000 NA   NA
 567335 567336 PMT0235 PMT0236     FALSE 0.702 -3.000 0.000 NA   NA
 567336 1295765 PMT0236       FALSE 0.121 -31.000 0.000 NA   NA
 1295765 1203855         FALSE 0.230 77.000 0.000 NA   NA
 1203855 567337   PMT0237     FALSE 0.039 139.000 0.000 NA   NA
 567338 567339 PMT0238 PMT0239     FALSE 0.013 214.000 0.000 NA   NA
 1203856 1203857         FALSE 0.702 -3.000 0.000 NA   NA
 567342 567343 PMT0242 PMT0243     FALSE 0.210 198.000 0.667 NA   NA
 567343 567344 PMT0243 PMT0244     FALSE 0.163 224.000 0.667 NA   NA
 567345 1203860 PMT0245       FALSE 0.011 240.000 0.000 NA   NA
 1203860 1295690         FALSE 0.100 104.000 0.000 NA   NA
 1295690 567346   PMT0246     FALSE 0.404 51.000 0.000 NA   NA
 567346 567347 PMT0246 PMT0247     FALSE 0.013 218.000 0.000 NA   NA
 567347 567348 PMT0247 PMT0248     FALSE 0.358 10.000 0.000 NA   NA
 567348 567349 PMT0248 PMT0249     FALSE 0.015 204.000 0.000 NA   NA
 567349 567350 PMT0249 PMT0250     FALSE 0.013 452.000 0.000 NA N NA
 567350 567351 PMT0250 PMT0251     FALSE 0.003 632.000 0.000 NA   NA
 567351 1203864 PMT0251       FALSE 0.419 -7.000 0.000 NA   NA
 1203864 1295746         FALSE 0.073 116.000 0.000 NA   NA
 1295746 1295481         FALSE 0.018 192.000 0.000 NA   NA
 567352 567353 PMT0252 PMT0253 lemA   TRUE 0.729 0.000 0.000 NA   NA
 1203865 567357   PMT0257   lepA FALSE 0.006 352.000 0.000 NA   NA
 567359 567360 PMT0259 PMT0260     FALSE 0.337 -10.000 0.000 NA   NA
 567360 567361 PMT0260 PMT0261     TRUE 0.946 -6.000 1.000 NA   NA
 567361 567362 PMT0261 PMT0262     TRUE 0.965 3.000 1.000 NA   NA
 567362 567363 PMT0262 PMT0263     FALSE 0.079 300.000 0.000 NA Y NA
 1295810 1295584         FALSE 0.044 135.000 0.000 NA   NA
 1295584 567364   PMT0264     FALSE 0.033 -76.000 0.000 NA   NA
 567364 567365 PMT0264 PMT0265     FALSE 0.036 468.000 0.333 NA   NA
 567365 567366 PMT0265 PMT0266   dppC FALSE 0.508 -28.000 0.022 0.075 N NA
 567366 567367 PMT0266 PMT0267 dppC   FALSE 0.596 64.000 0.043 NA   NA
 567369 567370 PMT0269 PMT0270   sun TRUE 0.924 0.000 0.014 1.000 N NA
 567371 567372 PMT0271 PMT0272 mrcB chlG TRUE 0.977 -3.000 0.452 1.000 N NA
 567372 567373 PMT0272 PMT0273 chlG   FALSE 0.336 -46.000 0.262 NA   NA
 567374 1203868 PMT0274   hisF   FALSE 0.333 13.000 0.000 NA   NA
 1203868 567375   PMT0275     TRUE 0.729 0.000 0.000 NA   NA
 567375 567376 PMT0275 PMT0276   gerCB FALSE 0.368 -25.000 0.009 0.012   NA
 567376 567377 PMT0276 PMT0277 gerCB   FALSE 0.291 79.000 0.010 NA   NA
 567377 1295574 PMT0277       FALSE 0.005 373.000 0.000 NA   NA
 567378 567379 PMT0278 PMT0279     FALSE 0.009 266.000 0.000 NA   NA
 567383 1203871 PMT0283   glyQ   FALSE 0.075 114.000 0.000 NA   NA
 1203871 567384   PMT0284   som FALSE 0.039 -67.000 0.000 NA   NA
 567385 567386 PMT0285 PMT0286   piuC TRUE 0.855 46.000 0.326 NA   NA
 567388 567389 PMT0288 PMT0289     FALSE 0.352 62.000 0.000 NA   NA
 567389 1295446 PMT0289       FALSE 0.484 6.000 0.002 NA   NA
 1295446 1295844         FALSE 0.216 -18.000 0.000 NA   NA
 1295844 567390   RNA_4   tRNA-Ser1 FALSE 0.380 36.000 0.000 NA   NA
 567390 567391 RNA_4 PMT0290 tRNA-Ser1   FALSE 0.019 187.000 0.000 NA   NA
 1203874 1203875         FALSE 0.333 13.000 0.000 NA   NA
 1203875 567393   PMT0292     FALSE 0.004 448.000 0.000 NA   NA
 1203876 1203877         FALSE 0.121 -31.000 0.000 NA   NA
 1203877 567394   PMT0293     FALSE 0.390 41.000 0.000 NA   NA
 567394 1203878 PMT0293       FALSE 0.388 38.000 0.000 NA   NA
 1203878 567395   PMT0294     FALSE 0.702 -3.000 0.000 NA   NA
 567396 567397 PMT0295 PMT0296     FALSE 0.313 86.000 0.000 0.020   NA
 567398 1203879 PMT0297       FALSE 0.110 -33.000 0.000 NA   NA
 1203879 567399   PMT0298     TRUE 0.729 0.000 0.000 NA   NA
 567399 567400 PMT0298 PMT0299     TRUE 0.973 -3.000 0.667 NA   NA
 567400 1295620 PMT0299       FALSE 0.702 -3.000 0.000 NA   NA
 567401 1362723 PMT0300     pseudo FALSE 0.004 484.000 0.000 NA   NA
 1362723 567402   PMT0301 pseudo   FALSE 0.003 816.000 0.000 NA   NA
 1295667 567405   PMT0304     FALSE 0.380 36.000 0.000 NA   NA
 567406 567407 PMT0305 PMT0306     FALSE 0.212 79.000 0.000 NA   NA
 567407 567408 PMT0306 PMT0307     FALSE 0.702 -3.000 0.000 NA   NA
 567411 567412 PMT0310 PMT0311   wcaJ TRUE 0.948 31.000 0.344 1.000 Y NA
 1203882 567413   PMT0312   cobD FALSE 0.367 9.000 0.000 NA   NA
 567413 567414 PMT0312 PMT0313 cobD ilvC TRUE 0.757 84.000 0.017 1.000 Y NA
 567414 567415 PMT0313 PMT0314 ilvC clpP3 FALSE 0.327 107.000 0.019 1.000 N NA
 567415 567416 PMT0314 PMT0315 clpP3 clpP4 TRUE 0.916 90.000 0.745 0.005 Y NA
 567416 567417 PMT0315 PMT0316 clpP4   FALSE 0.690 31.000 0.084 NA   NA
 807277 567420   RNA_49 ffs srp FALSE 0.022 -96.000 0.000 NA   NA
 567422 567423 PMT0320 PMT0321 ftsQ   TRUE 0.850 -3.000 0.024 NA   NA
 567423 567424 PMT0321 PMT0322   ddlA FALSE 0.583 16.000 0.046 NA   NA
 567424 567425 PMT0322 PMT0323 ddlA   TRUE 0.764 41.000 0.020 1.000 N NA
 567425 567426 PMT0323 PMT0324     FALSE 0.087 108.000 0.000 NA   NA
 567426 1295491 PMT0324       FALSE 0.028 -85.000 0.000 NA   NA
 1295491 567427   RNA_41   tRNA-His1 FALSE 0.013 -118.000 0.000 NA   NA
 567428 567429 PMT0325 PMT0326   codA TRUE 0.957 -3.000 0.357 NA   NA
 567431 567432 PMT0328 PMT0329     FALSE 0.005 388.000 0.000 NA   NA
 567432 567433 PMT0329 PMT0330   folC FALSE 0.571 22.000 0.034 NA   NA
 567433 567434 PMT0330 PMT0331 folC argD TRUE 0.954 1.000 0.181 1.000 N NA
 567434 567435 PMT0331 RNA_40 argD tRNA-Leu5 FALSE 0.041 -66.000 0.000 NA   NA
 567435 567436 RNA_40 PMT0332 tRNA-Leu5 murA FALSE 0.333 24.000 0.000 NA   NA
 567437 567438 RNA_5 PMT0333 tRNA-Leu1   FALSE 0.358 10.000 0.000 NA   NA
 567438 567439 PMT0333 PMT0334   spoU FALSE 0.678 32.000 0.049 1.000   NA
 567439 567440 PMT0334 PMT0335 spoU lpdA TRUE 0.855 6.000 0.115 1.000 N NA
 567440 567441 PMT0335 PMT0336 lpdA trpC TRUE 0.769 64.000 0.057 1.000 N NA
 567441 567442 PMT0336 PMT0337 trpC   FALSE 0.007 304.000 0.000 NA   NA
 567442 567443 PMT0337 PMT0338     FALSE 0.096 105.000 0.000 NA   NA
 567444 567445 PMT0339 PMT0340     FALSE 0.443 11.000 0.000 1.000   NA
 567445 567446 PMT0340 PMT0341   fkpA FALSE 0.479 90.000 0.096 1.000   NA
 567447 567448 PMT0342 PMT0343   lnt FALSE 0.005 416.000 0.000 NA   NA
 567450 567451 PMT0345 PMT0346     FALSE 0.148 113.000 0.021 NA   NA
 567453 567454 PMT0348 PMT0349   ffh FALSE 0.492 70.000 0.016 1.000   NA
 567454 567455 PMT0349 PMT0350 ffh rpsP TRUE 0.791 81.000 0.361 1.000 N NA
 567455 567456 PMT0350 PMT0351 rpsP phoH TRUE 0.743 9.000 0.019 1.000 N NA
 567456 567457 PMT0351 PMT0352 phoH   FALSE 0.419 77.000 0.024 NA   NA
 567457 1295719 PMT0352       FALSE 0.082 110.000 0.000 NA   NA
 1295719 1203886         FALSE 0.702 -3.000 0.000 NA   NA
 1203886 1203760         FALSE 0.408 6.000 0.000 NA   NA
 1203760 1295704         FALSE 0.404 50.000 0.000 NA   NA
 1295704 567458   PMT0353     FALSE 0.393 54.000 0.000 NA   NA
 567460 567461 PMT0355 PMT0356 era trmD FALSE 0.060 178.000 0.010 0.028   NA
 567461 567462 PMT0356 PMT0357 trmD   TRUE 0.831 -3.000 0.011 1.000   NA
 567462 567463 PMT0357 PMT0358     TRUE 0.912 -3.000 0.070 1.000   NA
 567464 567465 PMT0359 PMT0360     TRUE 0.726 66.000 0.167 NA   NA
 567465 567466 PMT0360 PMT0361     FALSE 0.230 129.000 0.150 NA   NA
 567466 567467 PMT0361 PMT0362   thiS TRUE 0.816 26.000 0.310 NA   NA
 567467 567468 PMT0362 PMT0363 thiS thiE TRUE 0.989 -3.000 0.452 1.000 Y NA
 567472 567473 PMT0367 PMT0368 pheS   FALSE 0.343 103.000 0.011 1.000 N NA
 567473 567474 PMT0368 PMT0369     FALSE 0.388 39.000 0.000 NA   NA
 567476 567477 PMT0371 PMT0372     FALSE 0.003 924.000 0.000 NA   NA
 567477 567478 PMT0372 PMT0373     FALSE 0.150 103.000 0.000 1.000   NA
 567478 567479 PMT0373 PMT0374     FALSE 0.684 25.000 0.095 NA   NA
 567479 567480 PMT0374 PMT0375   ribD FALSE 0.696 4.000 0.021 NA   NA
 567481 567482 PMT0376 PMT0377     FALSE 0.004 555.000 0.000 NA   NA
 567482 1295804 PMT0377       FALSE 0.106 103.000 0.000 NA   NA
 1203890 1362725       pseudo FALSE 0.004 465.000 0.000 NA   NA
 1362725 567483   PMT0378 pseudo ftsH3 FALSE 0.013 224.000 0.000 NA   NA
 567483 567484 PMT0378 PMT0379 ftsH3 argF TRUE 0.773 55.000 0.022 1.000 N NA
 567484 567485 PMT0379 PMT0380 argF lexA FALSE 0.180 136.000 0.020 1.000 N NA
 567485 567486 PMT0380 RNA_6 lexA tRNA-Ala2 FALSE 0.352 62.000 0.000 NA   NA
 567486 567487 RNA_6 PMT0381 tRNA-Ala2   FALSE 0.101 -36.000 0.000 NA   NA
 567487 567488 PMT0381 PMT0382     FALSE 0.042 136.000 0.000 NA   NA
 567489 567490 PMT0383 PMT0384   def FALSE 0.010 253.000 0.000 NA   NA
 567490 567491 PMT0384 PMT0385 def   FALSE 0.053 129.000 0.000 NA   NA
 567491 567492 PMT0385 PMT0386   dnaQ FALSE 0.006 364.000 0.000 NA   NA
 567493 567494 PMT0387 PMT0388     FALSE 0.407 -36.000 0.190 NA   NA
 567496 567497 PMT0390 PMT0391     FALSE 0.005 375.000 0.000 NA   NA
 567498 567499 PMT0392 PMT0393 sds murI TRUE 0.727 23.000 0.024 1.000 N NA
 567499 567500 PMT0393 PMT0394 murI amiC TRUE 0.974 -3.000 0.022 1.000 Y NA
 567500 567501 PMT0394 PMT0395 amiC   TRUE 0.754 5.000 0.051 1.000   NA
 567501 567502 PMT0395 PMT0396     TRUE 0.709 43.000 0.051 1.000   NA
 567503 567504 PMT0397 PMT0398 ubiD aroA FALSE 0.097 154.000 0.009 NA N NA
 567504 567505 PMT0398 PMT0399 aroA   FALSE 0.319 -19.000 0.017 NA   NA
 567505 567506 PMT0399 PMT0400   glmU FALSE 0.009 468.000 0.021 NA   NA
 567507 567508 PMT0401 PMT0402 murF   TRUE 0.950 0.000 0.238 NA   NA
 567508 1295861 PMT0402       FALSE 0.408 6.000 0.000 NA   NA
 1295861 567509   PMT0403   glgA FALSE 0.419 -7.000 0.000 NA   NA
 567509 567510 PMT0403 PMT0404 glgA   FALSE 0.629 60.000 0.045 NA   NA
 567510 567511 PMT0404 PMT0405   menB FALSE 0.553 22.000 0.027 NA   NA
 567511 567512 PMT0405 PMT0406 menB menD TRUE 0.949 6.000 0.147 0.001 Y NA
 567513 567514 PMT0407 PMT0408 lepB   TRUE 0.837 16.000 0.423 NA   NA
 567515 567516 PMT0409 PMT0410     FALSE 0.388 55.000 0.000 NA   NA
 567516 567517 PMT0410 PMT0411     FALSE 0.004 574.000 0.000 NA   NA
 567517 567518 PMT0411 PMT0412     FALSE 0.005 399.000 0.000 NA   NA
 567518 567519 PMT0412 PMT0413     TRUE 0.826 -9.000 0.093 1.000 N NA
 567519 567520 PMT0413 PMT0414     TRUE 0.962 2.000 0.350 1.000 N NA
 567520 567521 PMT0414 PMT0415     FALSE 0.328 23.000 0.000 NA   NA
 567521 567522 PMT0415 PMT0416     FALSE 0.012 226.000 0.000 NA   NA
 567522 567523 PMT0416 PMT0417     TRUE 0.993 -3.000 0.857 1.000 Y NA
 567523 567524 PMT0417 PMT0418     TRUE 0.994 0.000 0.894 1.000 Y NA
 567524 567525 PMT0418 PMT0419   psbA FALSE 0.049 147.000 0.000 1.000   NA
 567525 567526 PMT0419 PMT0420 psbA   FALSE 0.027 156.000 0.000 NA   NA
 567527 567528 PMT0421 PMT0422   trpS TRUE 0.744 4.000 0.034 NA   NA
 567528 1295741 PMT0422   trpS   FALSE 0.014 209.000 0.000 NA   NA
 1295741 567529   PMT0423     FALSE 0.012 -136.000 0.000 NA   NA
 567530 1203895 PMT0424   thrS   FALSE 0.372 34.000 0.000 NA   NA
 567531 567532 PMT0425 PMT0426 glk thrB FALSE 0.681 15.000 0.013 1.000 N NA
 567532 567533 PMT0426 PMT0427 thrB ndhD FALSE 0.159 150.000 0.031 1.000 N NA
 567533 567534 PMT0427 PMT0428 ndhD prlC TRUE 0.949 4.000 0.444 1.000 N NA
 567534 567535 PMT0428 PMT0429 prlC   TRUE 0.786 5.000 0.111 NA   NA
 1208228 1203899         FALSE 0.009 267.000 0.000 NA   NA
 1203899 567537   PMT0431     FALSE 0.404 50.000 0.000 NA   NA
 567537 567538 PMT0431 PMT0432     TRUE 0.895 21.000 0.833 NA   NA
 567538 567539 PMT0432 PMT0433     TRUE 0.789 47.000 0.162 NA   NA
 567539 567540 PMT0433 PMT0434     FALSE 0.690 59.000 0.073 NA   NA
 567540 567541 PMT0434 PMT0435   folB FALSE 0.675 43.000 0.027 1.000   NA
 567541 567542 PMT0435 PMT0436 folB proA FALSE 0.400 -33.000 0.023 1.000 N NA
 567542 567543 PMT0436 PMT0437 proA   TRUE 0.729 35.000 0.012 1.000 N NA
 567543 567544 PMT0437 PMT0438     FALSE 0.657 5.000 0.023 NA   NA
 567545 567546 PMT0439 PMT0440     TRUE 0.812 -10.000 0.317 NA   NA
 567546 567547 PMT0440 PMT0441     TRUE 0.879 67.000 0.684 NA   NA
 567547 567548 PMT0441 PMT0442     TRUE 0.895 -10.000 0.760 NA   NA
 567548 567549 PMT0442 PMT0443     FALSE 0.343 -45.000 0.240 NA   NA
 567549 567550 PMT0443 PMT0444   glgB FALSE 0.405 101.000 0.146 NA   NA
 567550 567551 PMT0444 PMT0445 glgB hemE FALSE 0.332 110.000 0.024 1.000 N NA
 567551 567552 PMT0445 PMT0446 hemE   TRUE 0.933 -3.000 0.032 1.000 N NA
 567552 567553 PMT0446 PMT0447   petE TRUE 0.900 29.000 0.404 1.000 N NA
 567553 567554 PMT0447 PMT0448 petE   FALSE 0.048 198.000 0.043 NA   NA
 567554 567555 PMT0448 PMT0449   clpB1 FALSE 0.005 430.000 0.000 NA   NA
 567556 567557 PMT0450 PMT0451     FALSE 0.006 334.000 0.000 NA   NA
 567558 567559 PMT0452 PMT0453   hisI FALSE 0.020 185.000 0.000 NA   NA
 567560 567561 PMT0454 PMT0455     TRUE 0.766 6.000 0.123 NA   NA
 1295681 567562   PMT0456   sigB FALSE 0.028 155.000 0.000 NA   NA
 567562 567563 PMT0456 PMT0457 sigB   FALSE 0.627 111.000 0.905 NA   NA
 567563 567564 PMT0457 PMT0458     TRUE 0.978 0.000 0.714 NA   NA
 567564 567565 PMT0458 PMT0459     TRUE 0.917 6.000 0.688 NA   NA
 567565 567566 PMT0459 PMT0460     TRUE 0.724 30.000 0.126 NA   NA
 567571 567572 PMT0465 PMT0466 trpA   TRUE 0.872 47.000 0.375 NA   NA
 567572 567573 PMT0466 PMT0467     TRUE 0.830 -19.000 0.925 NA   NA
 1295566 567576   PMT0469   ECM27 FALSE 0.052 130.000 0.000 NA   NA
 1295768 1203901         FALSE 0.316 18.000 0.000 NA   NA
 1203901 567578   PMT0471     FALSE 0.067 -45.000 0.000 NA   NA
 567578 567579 PMT0471 PMT0472     TRUE 0.896 0.000 0.054 NA   NA
 567580 567581 PMT0473 PMT0474   gadA FALSE 0.042 -64.000 0.000 NA   NA
 567582 567583 PMT0475 PMT0476     FALSE 0.053 129.000 0.000 NA   NA
 567583 567584 PMT0476 PMT0477     FALSE 0.702 -3.000 0.000 NA   NA
 567584 567585 PMT0477 PMT0478     FALSE 0.031 150.000 0.000 NA   NA
 1203903 567587   PMT0480     FALSE 0.140 94.000 0.000 NA   NA
 567587 567588 PMT0480 PMT0481     FALSE 0.003 902.000 0.000 NA   NA
 567588 567589 PMT0481 PMT0482     FALSE 0.005 385.000 0.000 NA   NA
 567589 567590 PMT0482 PMT0483     FALSE 0.005 384.000 0.000 NA   NA
 567590 1203904 PMT0483       FALSE 0.419 -7.000 0.000 NA   NA
 1203904 1362726       pseudo FALSE 0.003 779.000 0.000 NA   NA
 1362726 567591   PMT0484 pseudo   FALSE 0.449 5.000 0.000 NA   NA
 567591 1295841 PMT0484       FALSE 0.189 82.000 0.000 NA   NA
 567592 567593 PMT0485 PMT0486     FALSE 0.007 327.000 0.000 NA   NA
 567593 1203905 PMT0486       FALSE 0.018 191.000 0.000 NA   NA
 1203905 567594   PMT0487     FALSE 0.009 272.000 0.000 NA   NA
 567594 567595 PMT0487 PMT0488     FALSE 0.380 57.000 0.000 NA   NA
 567596 567597 RNA_39 PMT0489 tRNA-Pro3   FALSE 0.323 15.000 0.000 NA   NA
 567597 1203907 PMT0489       FALSE 0.019 -103.000 0.000 NA   NA
 1203907 1295828         FALSE 0.067 -45.000 0.000 NA   NA
 567598 567599 PMT0490 PMT0491     FALSE 0.373 58.000 0.000 NA   NA
 567600 567601 PMT0492 PMT0493 msrA   FALSE 0.008 1077.000 0.038 NA   NA
 1203909 567602   PMT0494     FALSE 0.006 354.000 0.000 NA   NA
 567602 567603 PMT0494 PMT0495     FALSE 0.004 527.000 0.000 NA   NA
 1295609 567605   PMT0497     FALSE 0.004 495.000 0.000 NA   NA
 567605 567606 PMT0497 PMT0498     TRUE 0.789 11.000 0.235 NA   NA
 567609 567610 PMT0501 PMT0502 futC   TRUE 0.800 0.000 0.000 1.000   NA
 567611 567612 PMT0503 PMT0504   nth FALSE 0.011 235.000 0.000 NA   NA
 567613 1295860 PMT0505       FALSE 0.056 127.000 0.000 NA   NA
 567614 567615 PMT0506 PMT0507 ycf39   TRUE 0.798 27.000 0.256 NA   NA
 1203915 567617   PMT0509   cytA FALSE 0.212 79.000 0.000 NA   NA
 567618 567619 PMT0510 PMT0511 rimI   FALSE 0.106 103.000 0.000 NA   NA
 567619 567620 PMT0511 PMT0512     TRUE 0.921 -3.000 0.132 NA   NA
 567621 567622 PMT0513 PMT0514   MTG10.17 FALSE 0.006 358.000 0.000 NA   NA
 567625 1295614 PMT0517       FALSE 0.401 46.000 0.000 NA   NA
 567628 567629 PMT0520 PMT0521 hisA   FALSE 0.682 66.000 0.014 1.000 N NA
 567629 567630 PMT0521 PMT0522     TRUE 0.818 72.000 0.444 NA   NA
 567630 567631 PMT0522 PMT0523     TRUE 0.739 33.000 0.131 NA   NA
 567631 567632 PMT0523 PMT0524     FALSE 0.513 82.000 0.111 NA   NA
 567633 567634 PMT0525 PMT0526     FALSE 0.668 6.000 0.042 NA   NA
 567634 567635 PMT0526 PMT0527     FALSE 0.571 21.000 0.038 NA   NA
 567635 567636 PMT0527 PMT0528     TRUE 0.841 6.000 0.264 NA   NA
 567636 567637 PMT0528 PMT0529   proB TRUE 0.852 -3.000 0.025 NA   NA
 567637 567638 PMT0529 PMT0530 proB lpxD TRUE 0.782 57.000 0.029 1.000 N NA
 567638 567639 PMT0530 PMT0531 lpxD leuB TRUE 0.805 38.000 0.052 1.000 N NA
 567639 567640 PMT0531 PMT0532 leuB prk TRUE 0.735 98.000 0.074 1.000 Y NA
 567640 567641 PMT0532 PMT0533 prk   FALSE 0.018 386.000 0.000 1.000 N NA
 567641 567642 PMT0533 PMT0534   accD FALSE 0.080 188.000 0.013 1.000 N NA
 567642 567643 PMT0534 PMT0535 accD   FALSE 0.542 45.000 0.016 NA   NA
 567643 567644 PMT0535 PMT0536     TRUE 0.761 10.000 0.169 NA   NA
 567644 567645 PMT0536 PMT0537   cbbA FALSE 0.313 121.000 0.169 1.000   NA
 567646 567647 PMT0538 PMT0539   purQ TRUE 0.717 7.000 0.015 NA N NA
 567647 567648 PMT0539 PMT0540 purQ purS TRUE 0.971 8.000 0.656 0.002 Y NA
 567648 567649 PMT0540 PMT0541 purS   FALSE 0.019 378.000 0.000 1.000 N NA
 567649 1203921 PMT0541       FALSE 0.004 547.000 0.000 NA   NA
 567651 1203922 PMT0543       FALSE 0.384 37.000 0.000 NA   NA
 1203923 567652   PMT0544     FALSE 0.022 180.000 0.000 NA   NA
 1203924 1362727       pseudo FALSE 0.060 124.000 0.000 NA   NA
 1362727 567653   PMT0545 pseudo   FALSE 0.348 11.000 0.000 NA   NA
 567653 1203762 PMT0545       FALSE 0.014 212.000 0.000 NA   NA
 1203925 567654   PMT0546     FALSE 0.003 867.000 0.000 NA   NA
 567654 1203926 PMT0546       FALSE 0.008 281.000 0.000 NA   NA
 1203926 567655   PMT0547     FALSE 0.166 87.000 0.000 NA   NA
 567656 1295545 PMT0548       FALSE 0.398 53.000 0.000 NA   NA
 1295545 567657   PMT0549     FALSE 0.006 356.000 0.000 NA   NA
 567657 567658 PMT0549 PMT0550     FALSE 0.004 476.000 0.000 NA   NA
 567658 1203928 PMT0550       FALSE 0.264 -15.000 0.000 NA   NA
 1203928 567659   PMT0551   sdmt FALSE 0.009 277.000 0.000 NA   NA
 567659 567660 PMT0551 PMT0552 sdmt gsmt TRUE 0.849 45.000 0.191 0.011   NA
 1295557 567661   PMT0553   proV FALSE 0.020 183.000 0.000 NA   NA
 567661 567662 PMT0553 PMT0554 proV proW TRUE 0.992 -3.000 0.600 0.067 Y NA
 567662 567663 PMT0554 PMT0555 proW   TRUE 0.985 -3.000 0.188 0.028 Y NA
 567664 567665 PMT0556 PMT0557 cobW   FALSE 0.333 24.000 0.000 NA   NA
 567666 567667 PMT0558 PMT0559 upp   FALSE 0.544 25.000 0.023 NA   NA
 567667 567668 PMT0559 PMT0560   ilvD TRUE 0.782 41.000 0.165 NA   NA
 567669 567670 PMT0561 PMT0562     FALSE 0.084 264.000 0.358 NA   NA
 567672 567673 PMT0564 PMT0565   gnd TRUE 0.916 11.000 0.046 0.002 Y NA
 567673 1203932 PMT0565   gnd   FALSE 0.273 73.000 0.000 NA   NA
 1203932 567674   PMT0566   glgC FALSE 0.702 -3.000 0.000 NA   NA
 567674 567675 PMT0566 PMT0567 glgC hemA FALSE 0.267 124.000 0.027 1.000 N NA
 567675 567676 PMT0567 PMT0568 hemA glpX TRUE 0.776 32.000 0.038 1.000 N NA
 567678 567679 PMT0570 PMT0571 ccmC   TRUE 0.765 40.000 0.105 1.000   NA
 567679 567680 PMT0571 PMT0572     TRUE 0.880 -3.000 0.026 1.000   NA
 567680 567681 PMT0572 PMT0573     TRUE 0.860 -3.000 0.027 NA   NA
 567681 567682 PMT0573 PMT0574     TRUE 0.705 52.000 0.066 NA   NA
 567682 567683 PMT0574 PMT0575   typA FALSE 0.576 6.000 0.019 NA   NA
 567683 567684 PMT0575 PMT0576 typA   FALSE 0.135 146.000 0.011 1.000 N NA
 1295448 567685   PMT0577   chlP FALSE 0.384 37.000 0.000 NA   NA
 567688 1203933 PMT0580   ddpX   FALSE 0.018 190.000 0.000 NA   NA
 1203933 567689   PMT0581   recG FALSE 0.372 34.000 0.000 NA   NA
 567689 567690 PMT0581 PMT0582 recG   FALSE 0.132 -51.000 0.029 NA   NA
 567690 567691 PMT0582 PMT0583   tsf FALSE 0.459 24.000 0.014 NA   NA
 567691 567692 PMT0583 PMT0584 tsf rps2 TRUE 0.801 83.000 0.748 1.000   NA
 567692 567693 PMT0584 PMT0585 rps2   FALSE 0.066 141.000 0.017 NA   NA
 567693 567694 PMT0585 PMT0586     FALSE 0.564 90.000 0.234 NA   NA
 567694 567695 PMT0586 PMT0587     TRUE 0.916 38.000 0.800 NA   NA
 567695 567696 PMT0587 PMT0588     TRUE 0.972 43.000 0.769 1.000 Y NA
 567696 567697 PMT0588 PMT0589     TRUE 0.993 0.000 0.769 NA Y NA
 567697 567698 PMT0589 PMT0590   pcyA TRUE 0.847 21.000 0.455 NA   NA
 567699 567700 PMT0591 PMT0592     FALSE 0.219 -96.000 0.352 0.006   NA
 567702 567703 PMT0594 PMT0595   lspA TRUE 0.970 -3.000 0.554 NA   NA
 567703 567704 PMT0595 PMT0596 lspA   FALSE 0.014 207.000 0.000 NA   NA
 567704 567705 PMT0596 PMT0597     FALSE 0.702 -3.000 0.000 NA   NA
 1203936 567707   PMT0599   cumB FALSE 0.393 54.000 0.000 NA   NA
 567708 1362728 PMT0600   spt pseudo FALSE 0.015 204.000 0.000 NA   NA
 567710 567711 PMT0602 PMT0603     TRUE 0.970 -3.000 0.550 NA   NA
 567711 567712 PMT0603 PMT0604   psb28 TRUE 0.838 71.000 0.488 NA   NA
 567712 567713 PMT0604 PMT0605 psb28   FALSE 0.670 26.000 0.077 NA   NA
 567714 567715 PMT0606 PMT0607   rsbW TRUE 0.750 65.000 0.194 NA   NA
 567716 567717 PMT0608 PMT0609     FALSE 0.021 181.000 0.000 NA   NA
 567719 567720 PMT0611 PMT0612     FALSE 0.478 97.000 0.196 NA   NA
 1203937 1203938         FALSE 0.167 -25.000 0.000 NA   NA
 567721 1203941 PMT0613       FALSE 0.005 413.000 0.000 NA   NA
 567723 567724 PMT0615 PMT0616   secF TRUE 0.726 -7.000 0.069 NA   NA
 567724 567725 PMT0616 PMT0617 secF secD TRUE 0.981 4.000 0.516 0.001 Y NA
 567725 567726 PMT0617 PMT0618 secD pdhB TRUE 0.892 4.000 0.091 1.000 N NA
 567726 1203763 PMT0618   pdhB   FALSE 0.342 63.000 0.000 NA   NA
 1203763 567727   PMT0619     FALSE 0.401 46.000 0.000 NA   NA
 567727 567728 PMT0619 PMT0620   ispE TRUE 0.968 -3.000 0.488 NA   NA
 567728 567729 PMT0620 PMT0621 ispE ksgA TRUE 0.918 -3.000 0.016 1.000 N NA
 567729 1295508 PMT0621   ksgA   FALSE 0.512 4.000 0.000 NA   NA
 1295480 567731   PMT0623   gdhA FALSE 0.033 147.000 0.000 NA   NA
 567731 567732 PMT0623 PMT0624 gdhA   FALSE 0.036 252.000 0.000 1.000 N NA
 567733 567734 PMT0625 PMT0626     FALSE 0.012 232.000 0.000 NA   NA
 567734 567735 PMT0626 PMT0627     FALSE 0.328 23.000 0.000 NA   NA
 567735 1295562 PMT0627       FALSE 0.009 270.000 0.000 NA   NA
 567738 567739 PMT0630 PMT0631     FALSE 0.007 322.000 0.000 NA   NA
 567740 567741 PMT0632 PMT0633     FALSE 0.006 359.000 0.000 NA   NA
 567741 567742 PMT0633 PMT0634     FALSE 0.013 224.000 0.000 NA   NA
 567742 567743 PMT0634 PMT0635   umuD FALSE 0.026 164.000 0.000 NA   NA
 1295821 567744   PMT0636     FALSE 0.348 11.000 0.000 NA   NA
 567744 567745 PMT0636 PMT0637     FALSE 0.390 41.000 0.000 NA   NA
 567747 567748 PMT0639 PMT0640     TRUE 0.892 40.000 0.500 NA   NA
 567748 567749 PMT0640 PMT0641   dnaG FALSE 0.006 346.000 0.000 NA   NA
 567749 567750 PMT0641 PMT0642 dnaG   FALSE 0.057 186.000 0.000 NA N NA
 1203948 567751   PMT0643     FALSE 0.316 18.000 0.000 NA   NA
 567751 567752 PMT0643 PMT0644   ruvA FALSE 0.004 1285.000 0.000 1.000   NA
 567752 567753 PMT0644 PMT0645 ruvA rps15 TRUE 0.754 59.000 0.021 1.000 N NA
 567753 567754 PMT0645 PMT0646 rps15   FALSE 0.636 37.000 0.037 NA   NA
 567755 567756 PMT0647 PMT0648 dnaE gatA FALSE 0.595 77.000 0.019 1.000 N NA
 567756 567757 PMT0648 PMT0649 gatA   FALSE 0.584 37.000 0.022 NA   NA
 567757 567758 PMT0649 PMT0650     TRUE 0.863 -3.000 0.031 NA   NA
 567758 567759 PMT0650 PMT0651     TRUE 0.780 15.000 0.150 0.007   NA
 567759 567760 PMT0651 PMT0652     TRUE 0.926 -3.000 0.113 1.000   NA
 567760 567761 PMT0652 PMT0653   carA FALSE 0.211 131.000 0.020 1.000 N NA
 567761 567762 PMT0653 PMT0654 carA trpD/G TRUE 0.896 31.000 0.021 1.000 Y NA
 1295728 567763   PMT0655     FALSE 0.010 261.000 0.000 NA   NA
 567767 567768 PMT0659 PMT0660     FALSE 0.045 134.000 0.000 NA   NA
 567770 1203764 PMT0662       FALSE 0.009 -773.000 0.000 NA   NA
 1203764 567771   PMT0663     TRUE 0.805 -6.000 0.123 NA   NA
 567771 567772 PMT0663 PMT0664     FALSE 0.009 278.000 0.000 NA   NA
 567776 567777 PMT0668 PMT0669 lacF purK TRUE 0.796 40.000 0.040 1.000 N NA
 567779 567780 PMT0671 PMT0672     FALSE 0.023 769.000 0.255 NA   NA
 567781 1295479 PMT0673   petN   FALSE 0.630 2.000 0.000 NA   NA
 1295479 1203951         FALSE 0.345 28.000 0.000 NA   NA
 1203951 567782   PMT0674     FALSE 0.011 -145.000 0.000 NA   NA
 567785 567786 PMT0677 PMT0678 ftsH1 salY FALSE 0.083 321.000 0.282 1.000 N NA
 567786 567787 PMT0678 PMT0679 salY pykF TRUE 0.925 7.000 0.476 1.000 N NA
 567788 567789 PMT0680 PMT0681     TRUE 0.942 -3.000 0.231 NA   NA
 567790 567791 PMT0682 PMT0683     FALSE 0.581 27.000 0.029 NA   NA
 567791 567792 PMT0683 PMT0684   ilvA TRUE 0.761 38.000 0.028 NA N NA
 567793 567794 PMT0685 PMT0686 Dxs   TRUE 0.864 5.000 0.090 1.000 N NA
 567795 567796 PMT0687 PMT0688 psaK   TRUE 0.804 69.000 0.357 NA   NA
 567796 567797 PMT0688 PMT0689     TRUE 0.972 -3.000 0.625 NA   NA
 567799 567800 PMT0691 PMT0692     TRUE 0.956 -3.000 0.092 0.027 N NA
 567800 567801 PMT0692 PMT0693     TRUE 0.980 -3.000 0.064 0.027 Y NA
 567801 567802 PMT0693 PMT0694     TRUE 0.993 -3.000 0.692 0.027 Y NA
 567802 1362729 PMT0694     pseudo FALSE 0.578 3.000 0.000 NA   NA
 1362729 567803   PMT0695 pseudo rpl28 FALSE 0.403 47.000 0.000 NA   NA
 567803 567804 PMT0695 PMT0696 rpl28 htpG FALSE 0.693 67.000 0.019 1.000 N NA
 567804 567805 PMT0696 PMT0697 htpG   FALSE 0.442 91.000 0.011 1.000 N NA
 567805 567806 PMT0697 PMT0698   hisS TRUE 0.772 36.000 0.024 1.000 N NA
 567806 567807 PMT0698 PMT0699 hisS suhB TRUE 0.743 23.000 0.032 1.000 N NA
 567809 567810 PMT0700 PMT0701 pstB pstA TRUE 0.967 69.000 0.952 0.003 Y NA
 567810 567811 PMT0701 PMT0702 pstA pstC TRUE 0.988 2.000 0.541 0.003 Y NA
 567812 567813 PMT0703 PMT0704 dnaK dnaJ2 TRUE 0.938 -16.000 0.488 0.006 Y NA
 567813 567814 PMT0704 PMT0705 dnaJ2   TRUE 0.896 52.000 0.488 NA   NA
 567814 567815 PMT0705 PMT0706     TRUE 0.953 3.000 0.634 NA   NA
 567815 567816 PMT0706 PMT0707     FALSE 0.027 263.000 0.022 1.000   NA
 567819 1203955 PMT0710   purN   FALSE 0.404 49.000 0.000 NA   NA
 567820 567821 PMT0711 PMT0712     FALSE 0.379 -18.000 0.013 1.000   NA
 567824 1203765 PMT0715   leuS   FALSE 0.472 58.000 0.009 NA   NA
 567825 1203956 PMT0716   dapF   FALSE 0.135 95.000 0.000 NA   NA
 1203956 567826   PMT0717   nifS FALSE 0.285 -13.000 0.000 NA   NA
 567826 567827 PMT0717 PMT0718 nifS   TRUE 0.846 38.000 0.324 NA   NA
 567827 567828 PMT0718 PMT0719     FALSE 0.061 283.000 0.268 NA   NA
 567828 567829 PMT0719 PMT0720   dacB TRUE 0.904 -3.000 0.083 NA   NA
 567830 567831 PMT0721 PMT0722   coaD FALSE 0.604 21.000 0.055 NA   NA
 567832 567833 PMT0723 PMT0724   uvrC FALSE 0.153 -43.000 0.015 1.000   NA
 567833 567834 PMT0724 PMT0725 uvrC   FALSE 0.399 67.000 0.008 NA   NA
 567834 567835 PMT0725 PMT0726     FALSE 0.681 -7.000 0.044 NA   NA
 567837 567838 PMT0728 PMT0729 ilvE metH TRUE 0.909 58.000 0.036 1.000 Y NA
 1295788 567840   PMT0731     FALSE 0.003 936.000 0.000 NA   NA
 567840 567841 PMT0731 PMT0732   apa2 TRUE 0.850 -10.000 0.212 1.000 N NA
 567841 567842 PMT0732 PMT0733 apa2   FALSE 0.232 86.000 0.000 1.000   NA
 567842 567843 PMT0733 PMT0734     FALSE 0.553 63.000 0.000 0.005   NA
 567843 567844 PMT0734 PMT0735     FALSE 0.017 200.000 0.000 NA   NA
 567844 567845 PMT0735 PMT0736     FALSE 0.348 29.000 0.000 NA   NA
 567845 567846 PMT0736 PMT0737   trmA FALSE 0.004 1260.000 0.000 1.000   NA
 567848 567849 PMT0739 PMT0740 rpl33 rps18 TRUE 0.924 39.000 0.037 0.022 Y NA
 567849 567850 PMT0740 PMT0741 rps18   TRUE 0.931 -3.000 0.027 1.000 N NA
 1295567 567852   PMT0743   metG FALSE 0.006 350.000 0.000 NA   NA
 567852 567853 PMT0743 PMT0744 metG   TRUE 0.835 0.000 0.018 NA   NA
 567855 567856 PMT0746 PMT0747     FALSE 0.372 34.000 0.000 NA   NA
 567856 567857 PMT0747 PMT0748     FALSE 0.348 11.000 0.000 NA   NA
 567857 567858 PMT0748 PMT0749   cobU/cobP FALSE 0.574 -13.000 0.035 1.000   NA
 567858 567859 PMT0749 PMT0750 cobU/cobP cspR TRUE 0.935 -3.000 0.039 1.000 N NA
 567859 567860 PMT0750 PMT0751 cspR   FALSE 0.207 120.000 0.000 1.000 N NA
 567860 567861 PMT0751 RNA_9   tRNA-Met1 FALSE 0.388 38.000 0.000 NA   NA
 567861 567862 RNA_9 PMT0752 tRNA-Met1   FALSE 0.003 691.000 0.000 NA   NA
 567865 567866 PMT0755 PMT0756   ftsH4 FALSE 0.676 18.000 0.048 0.053   NA
 567868 567869 PMT0758 PMT0759     FALSE 0.416 -37.000 0.243 NA   NA
 567869 567870 PMT0759 PMT0760     TRUE 0.887 -3.000 0.059 NA   NA
 567870 1295680 PMT0760       FALSE 0.578 3.000 0.000 NA   NA
 567871 567872 PMT0761 PMT0762 recJ   TRUE 0.909 -3.000 0.009 1.000 N NA
 567872 567873 PMT0762 PMT0763     FALSE 0.056 195.000 0.058 NA   NA
 567873 567874 PMT0763 PMT0764     FALSE 0.680 53.000 0.055 NA   NA
 567874 567875 PMT0764 PMT0765     TRUE 0.731 9.000 0.055 0.063   NA
 567875 567876 PMT0765 PMT0766   zam FALSE 0.484 119.000 0.439 1.000   NA
 567876 567877 PMT0766 PMT0767 zam ubiX TRUE 0.917 4.000 0.188 1.000 N NA
 567877 567878 PMT0767 PMT0768 ubiX   TRUE 0.921 -3.000 0.135 NA   NA
 567878 567879 PMT0768 PMT0769     TRUE 0.706 79.000 0.333 NA   NA
 567879 567880 PMT0769 PMT0770   tldD FALSE 0.033 169.000 0.005 NA   NA
 567880 567881 PMT0770 PMT0771 tldD pmbA TRUE 0.933 0.000 0.146 NA   NA
 567881 567882 PMT0771 PMT0772 pmbA fmt TRUE 0.723 3.000 0.018 NA   NA
 567882 567883 PMT0772 PMT0773 fmt   FALSE 0.015 204.000 0.000 NA   NA
 567883 567884 PMT0773 PMT0774   hcaE FALSE 0.003 897.000 0.000 NA   NA
 567884 567885 PMT0774 PMT0775 hcaE mfd FALSE 0.111 147.000 0.000 1.000 N NA
 567885 1203963 PMT0775   mfd   FALSE 0.244 82.000 0.003 NA   NA
 567886 567887 PMT0776 PMT0777   gcpE TRUE 0.782 38.000 0.026 1.000 N NA
 567887 567888 PMT0777 PMT0778 gcpE   TRUE 0.926 -3.000 0.022 1.000 N NA
 567889 567890 PMT0779 PMT0780 aspC phnD TRUE 0.856 24.000 0.238 1.000 N NA
 567890 567891 PMT0780 PMT0781 phnD   TRUE 0.992 -3.000 0.690 1.000 Y NA
 567891 567892 PMT0781 PMT0782     TRUE 0.992 -3.000 0.696 1.000 Y NA
 567892 567893 PMT0782 PMT0783   tesA TRUE 0.860 23.000 0.264 1.000 N NA
 567893 567894 PMT0783 PMT0784 tesA   TRUE 0.745 74.000 0.100 1.000 N NA
 567896 567897 PMT0786 PMT0787     TRUE 0.857 9.000 0.388 NA   NA
 567899 567900 PMT0789 PMT0790     TRUE 0.824 39.000 0.250 NA   NA
 567900 567901 PMT0790 PMT0791   prfC FALSE 0.308 77.000 0.009 NA   NA
 567901 567902 PMT0791 PMT0792 prfC   FALSE 0.014 378.000 0.021 1.000   NA
 567903 567904 PMT0793 PMT0794 nrdJ   FALSE 0.023 173.000 0.000 NA   NA
 567904 567905 PMT0794 PMT0795     FALSE 0.006 357.000 0.000 NA   NA
 567907 1203967 RNA_10   tRNA-Ser3   FALSE 0.037 -72.000 0.000 NA   NA
 1203967 1295794         FALSE 0.392 7.000 0.000 NA   NA
 567908 567909 PMT0797 PMT0798     FALSE 0.011 804.000 0.000 1.000 N NA
 567909 567910 PMT0798 PMT0799     FALSE 0.003 667.000 0.000 NA   NA
 567910 567911 PMT0799 PMT0800     FALSE 0.220 78.000 0.000 NA   NA
 567913 1203968 PMT0802   som   FALSE 0.039 -67.000 0.000 NA   NA
 1203968 567914   PMT0803     FALSE 0.013 221.000 0.000 NA   NA
 567914 567915 PMT0803 PMT0804     FALSE 0.170 133.000 0.066 1.000   NA
 567915 567916 PMT0804 PMT0805     TRUE 0.994 0.000 0.900 1.000 Y NA
 567918 567919 PMT0807 PMT0808     FALSE 0.050 131.000 0.000 NA   NA
 567919 567920 PMT0808 PMT0809     TRUE 0.956 0.000 0.286 NA   NA
 567922 567923 PMT0811 PMT0812   ubiH TRUE 0.858 22.000 0.485 NA   NA
 567924 567925 PMT0813 PMT0814   dapB FALSE 0.540 18.000 0.027 NA   NA
 567927 567928 PMT0816 PMT0817 folP tpi FALSE 0.291 -46.000 0.039 1.000 N NA
 567928 567929 PMT0817 PMT0818 tpi   FALSE 0.532 34.000 0.005 1.000   NA
 567930 567931 PMT0819 PMT0820     FALSE 0.633 57.000 0.037 NA   NA
 1203970 1203972         FALSE 0.010 244.000 0.000 NA   NA
 1203972 567932   PMT0821     FALSE 0.408 6.000 0.000 NA   NA
 567932 567933 PMT0821 PMT0822   carB FALSE 0.380 36.000 0.000 NA   NA
 567934 567935 PMT0823 PMT0824     FALSE 0.351 -19.000 0.021 NA   NA
 567936 567937 PMT0825 RNA_11 ansA tRNA-Met2 FALSE 0.404 49.000 0.000 NA   NA
 567939 1203973 PMT0827       FALSE 0.384 37.000 0.000 NA   NA
 567941 1362730 PMT0829     pseudo TRUE 0.729 0.000 0.000 NA   NA
 567942 567943 PMT0830 PMT0831     FALSE 0.333 13.000 0.000 NA   NA
 567943 1203766 PMT0831       FALSE 0.003 637.000 0.000 NA   NA
 1203974 567945   PMT0833     FALSE 0.048 132.000 0.000 NA   NA
 567945 567946 PMT0833 PMT0834     FALSE 0.313 67.000 0.000 NA   NA
 567946 567947 PMT0834 PMT0835     FALSE 0.007 310.000 0.000 NA   NA
 567947 1203767 PMT0835       FALSE 0.004 612.000 0.000 NA   NA
 567948 1362731 PMT0836     pseudo FALSE 0.408 6.000 0.000 NA   NA
 567950 1203975 PMT0838       FALSE 0.323 15.000 0.000 NA   NA
 567951 1203976 PMT0839       FALSE 0.266 74.000 0.000 NA   NA
 1295568 567952   PMT0840     FALSE 0.028 -85.000 0.000 NA   NA
 567954 1203978 PMT0842       FALSE 0.004 549.000 0.000 NA   NA
 1203978 567955   PMT0843     FALSE 0.035 145.000 0.000 NA   NA
 567956 1203980 PMT0844       FALSE 0.004 522.000 0.000 NA   NA
 1203980 567957   PMT0845     FALSE 0.702 -3.000 0.000 NA   NA
 1362732 567958   PMT0846 pseudo   FALSE 0.003 3113.000 0.000 NA   NA
 567958 1295579 PMT0846       FALSE 0.007 324.000 0.000 NA   NA
 1295579 567959   PMT0847     FALSE 0.003 703.000 0.000 NA   NA
 567960 567961 PMT0848 PMT0849 ndhF   FALSE 0.008 286.000 0.000 NA   NA
 567962 1295781 PMT0850       FALSE 0.003 684.000 0.000 NA   NA
 1295781 567963   PMT0851     FALSE 0.004 538.000 0.000 NA   NA
 567966 1203986 PMT0854       FALSE 0.005 406.000 0.000 NA   NA
 1203986 567967   PMT0855   pncA FALSE 0.006 341.000 0.000 NA   NA
 567967 567968 PMT0855 PMT0856 pncA mscL FALSE 0.087 163.000 0.000 1.000 N NA
 567969 1203988 PMT0857       FALSE 0.007 313.000 0.000 NA   NA
 1203988 567970   PMT0858   fur FALSE 0.018 -105.000 0.000 NA   NA
 567971 567972 PMT0859 PMT0860     FALSE 0.702 -3.000 0.000 NA   NA
 567974 567975 PMT0862 PMT0863   stpA FALSE 0.014 585.000 0.059 1.000   NA
 567977 567978 PMT0865 PMT0866 sbcC sbcD TRUE 0.951 8.000 0.312 1.000 Y NA
 567979 567980 PMT0867 PMT0868     FALSE 0.003 891.000 0.000 NA   NA
 567980 567981 PMT0868 PMT0869     TRUE 0.863 3.000 0.114 NA   NA
 567981 1295583 PMT0869       FALSE 0.142 -28.000 0.000 NA   NA
 1295583 567982   PMT0870     FALSE 0.323 15.000 0.000 NA   NA
 567982 1362733 PMT0870     pseudo FALSE 0.388 38.000 0.000 NA   NA
 1362733 1203990     pseudo   FALSE 0.342 63.000 0.000 NA   NA
 1203990 567983   PMT0871   F21B7.35 FALSE 0.372 34.000 0.000 NA   NA
 567983 567984 PMT0871 PMT0872 F21B7.35   FALSE 0.037 165.000 0.000 1.000   NA
 567986 567987 PMT0874 PMT0875   cysD TRUE 0.776 44.000 0.149 NA   NA
 567987 567988 PMT0875 PMT0876 cysD metA TRUE 0.893 15.000 0.048 1.000 Y NA
 1203991 1203992         FALSE 0.008 297.000 0.000 NA   NA
 1203993 567991   PMT0879     FALSE 0.016 -112.000 0.000 NA   NA
 567991 1203994 PMT0879       TRUE 0.729 0.000 0.000 NA   NA
 1203994 567992   PMT0880     FALSE 0.110 -33.000 0.000 NA   NA
 567992 1362734 PMT0880     pseudo FALSE 0.362 60.000 0.000 NA   NA
 1362734 567993   PMT0881 pseudo   FALSE 0.063 122.000 0.000 NA   NA
 567994 567995 PMT0882 PMT0883     FALSE 0.004 473.000 0.000 NA   NA
 567995 567996 PMT0883 PMT0884     FALSE 0.016 203.000 0.000 NA   NA
 1295635 567997   PMT0885     FALSE 0.042 136.000 0.000 NA   NA
 1203996 567998   PMT0886     FALSE 0.702 -3.000 0.000 NA   NA
 567999 1295800 PMT0887       FALSE 0.189 82.000 0.000 NA   NA
 1203768 568000   PMT0888     FALSE 0.036 144.000 0.000 NA   NA
 568000 1362735 PMT0888     pseudo FALSE 0.032 149.000 0.000 NA   NA
 1362735 568001   PMT0889 pseudo   FALSE 0.630 2.000 0.000 NA   NA
 568001 568002 PMT0889 PMT0890     FALSE 0.285 -13.000 0.000 NA   NA
 1204000 568003   PMT0891     FALSE 0.012 227.000 0.000 NA   NA
 568003 568004 PMT0891 PMT0892     FALSE 0.044 135.000 0.000 NA   NA
 568005 568006 PMT0893 PMT0894 glnQ   TRUE 0.988 -3.000 0.382 1.000 Y NA
 568007 568008 PMT0895 PMT0896     FALSE 0.702 30.000 0.102 NA   NA
 568008 568009 PMT0896 PMT0897     TRUE 0.961 9.000 0.424 0.025 Y NA
 568010 568011 PMT0898 PMT0899     FALSE 0.010 324.000 0.000 1.000   NA
 568011 568012 PMT0899 PMT0900     TRUE 0.937 33.000 0.800 1.000 N NA
 1204002 568013   PMT0901     FALSE 0.340 25.000 0.000 NA   NA
 568013 1204003 PMT0901       FALSE 0.033 147.000 0.000 NA   NA
 1204003 568014   PMT0902     FALSE 0.074 115.000 0.000 NA   NA
 568017 1204005 PMT0905       FALSE 0.375 -9.000 0.000 NA   NA
 1204005 1204007         FALSE 0.005 374.000 0.000 NA   NA
 1295621 1203769         FALSE 0.164 88.000 0.000 NA   NA
 1203769 1295677         FALSE 0.380 57.000 0.000 NA   NA
 1295677 568019   PMT0907     FALSE 0.181 83.000 0.000 NA   NA
 568020 568021 PMT0908 PMT0909 hflC   FALSE 0.015 648.000 0.000 0.059 N NA
 568021 1362737 PMT0909     pseudo FALSE 0.033 147.000 0.000 NA   NA
 1362737 1295678     pseudo   FALSE 0.106 103.000 0.000 NA   NA
 1208233 1295633         FALSE 0.273 73.000 0.000 NA   NA
 1295633 568022   PMT0910     FALSE 0.090 -37.000 0.000 NA   NA
 568022 1295462 PMT0910       FALSE 0.419 -7.000 0.000 NA   NA
 1295462 568023   PMT0911     FALSE 0.348 11.000 0.000 NA   NA
 568023 1362738 PMT0911     pseudo FALSE 0.100 104.000 0.000 NA   NA
 1362738 1204009     pseudo   FALSE 0.449 5.000 0.000 NA   NA
 1295798 1204010         FALSE 0.333 24.000 0.000 NA   NA
 1204010 568024   PMT0912     FALSE 0.702 -3.000 0.000 NA   NA
 568027 568028 PMT0915 PMT0916     TRUE 0.886 4.000 0.250 NA   NA
 568028 1362739 PMT0916     pseudo FALSE 0.007 311.000 0.000 NA   NA
 1362739 568029   PMT0917 pseudo   FALSE 0.009 278.000 0.000 NA   NA
 568029 1295490 PMT0917       FALSE 0.004 459.000 0.000 NA   NA
 1295490 1295535         FALSE 0.307 68.000 0.000 NA   NA
 568030 1204011 PMT0918       FALSE 0.404 50.000 0.000 NA   NA
 1204012 568031   RNA_12   tRNA-Pro1 FALSE 0.327 14.000 0.000 NA   NA
 568031 568032 RNA_12 PMT0919 tRNA-Pro1   FALSE 0.012 229.000 0.000 NA   NA
 568032 568033 PMT0919 PMT0920     TRUE 0.729 0.000 0.000 NA   NA
 568033 568034 PMT0920 PMT0921     FALSE 0.702 -3.000 0.000 NA   NA
 568035 1203771 PMT0922       FALSE 0.389 40.000 0.000 NA   NA
 1203771 1204013         FALSE 0.016 203.000 0.000 NA   NA
 1204013 568036   PMT0923     FALSE 0.015 206.000 0.000 NA   NA
 568036 1295803 PMT0923       FALSE 0.003 632.000 0.000 NA   NA
 1295803 568037   PMT0924     FALSE 0.009 280.000 0.000 NA   NA
 568037 568038 PMT0924 PMT0925     FALSE 0.026 162.000 0.000 NA   NA
 568038 1295786 PMT0925       FALSE 0.100 104.000 0.000 NA   NA
 568039 568040 PMT0926 PMT0927     FALSE 0.262 176.000 0.667 NA   NA
 568040 1203772 PMT0927       FALSE 0.266 74.000 0.000 NA   NA
 1204017 568041   PMT0928     FALSE 0.015 206.000 0.000 NA   NA
 568041 1295718 PMT0928       FALSE 0.003 632.000 0.000 NA   NA
 1295718 568042   PMT0929     FALSE 0.004 604.000 0.000 NA   NA
 1203773 1204019         TRUE 0.729 0.000 0.000 NA   NA
 1204020 568043   PMT0930     FALSE 0.028 155.000 0.000 NA   NA
 568044 568045 PMT0931 PMT0932     FALSE 0.320 21.000 0.000 NA   NA
 568046 1204022 PMT0933       FALSE 0.040 138.000 0.000 NA   NA
 1204022 1204023         FALSE 0.020 185.000 0.000 NA   NA
 568047 1203774 PMT0934       FALSE 0.296 70.000 0.000 NA   NA
 568049 568050 PMT0936 PMT0937     FALSE 0.313 67.000 0.000 NA   NA
 568051 568052 PMT0938 PMT0939     FALSE 0.004 537.000 0.000 NA   NA
 568052 568053 PMT0939 PMT0940     FALSE 0.376 35.000 0.000 NA   NA
 568053 1203775 PMT0940       FALSE 0.010 -245.000 0.000 NA   NA
 568055 568056 PMT0942 PMT0943     FALSE 0.005 387.000 0.000 NA   NA
 568059 1204026 PMT0946       FALSE 0.014 207.000 0.000 NA   NA
 1204026 1203777         FALSE 0.345 28.000 0.000 NA   NA
 568061 1295674 PMT0948       FALSE 0.067 120.000 0.000 NA   NA
 1295743 1295855         FALSE 0.327 14.000 0.000 NA   NA
 1208234 568062   PMT0949     FALSE 0.038 140.000 0.000 NA   NA
 568062 568063 PMT0949 PMT0950     FALSE 0.013 215.000 0.000 NA   NA
 568063 568064 PMT0950 PMT0951     FALSE 0.352 62.000 0.000 NA   NA
 1203778 568065   PMT0952     FALSE 0.017 201.000 0.000 NA   NA
 568065 1204030 PMT0952       FALSE 0.353 30.000 0.000 NA   NA
 1204030 568066   PMT0953     FALSE 0.212 79.000 0.000 NA   NA
 1203779 568069   PMT0956     FALSE 0.005 371.000 0.000 NA   NA
 568070 568071 PMT0957 PMT0958     FALSE 0.021 181.000 0.000 NA   NA
 1203780 568072   PMT0959     FALSE 0.005 371.000 0.000 NA   NA
 568073 1295630 PMT0960       FALSE 0.021 181.000 0.000 NA   NA
 1295630 568074   PMT0961     FALSE 0.348 11.000 0.000 NA   NA
 1203781 568075   PMT0962     FALSE 0.005 371.000 0.000 NA   NA
 1203782 568077   PMT0964     FALSE 0.345 28.000 0.000 NA   NA
 568077 1204032 PMT0964       FALSE 0.007 330.000 0.000 NA   NA
 568078 568079 PMT0965 PMT0966     TRUE 0.941 0.000 0.182 NA   NA
 568079 568080 PMT0966 PMT0967     TRUE 0.929 6.000 0.889 NA   NA
 568080 568081 PMT0967 PMT0968     FALSE 0.116 101.000 0.000 NA   NA
 568081 568082 PMT0968 PMT0969     FALSE 0.014 212.000 0.000 NA   NA
 568082 1204033 PMT0969       FALSE 0.063 122.000 0.000 NA   NA
 1204033 568083   PMT0970     FALSE 0.630 2.000 0.000 NA   NA
 1295518 568084   PMT0971     FALSE 0.018 -105.000 0.000 NA   NA
 568084 1295525 PMT0971       FALSE 0.072 118.000 0.000 NA   NA
 1295525 568085   PMT0972     FALSE 0.019 187.000 0.000 NA   NA
 568085 1362740 PMT0972     pseudo FALSE 0.012 225.000 0.000 NA   NA
 1362740 568086   PMT0973 pseudo   FALSE 0.007 307.000 0.000 NA   NA
 568087 568088 PMT0974 PMT0975     FALSE 0.065 121.000 0.000 NA   NA
 568090 568091 PMT0977 PMT0978     TRUE 0.992 -3.000 0.667 0.008 Y NA
 568091 568092 PMT0978 PMT0979     TRUE 0.973 -3.000 0.667 NA   NA
 568092 568093 PMT0979 PMT0980     FALSE 0.618 102.000 0.500 NA   NA
 568093 568094 PMT0980 PMT0981     FALSE 0.005 371.000 0.000 NA   NA
 1204037 568095   PMT0982     FALSE 0.050 -52.000 0.000 NA   NA
 1204038 1204039         FALSE 0.337 -10.000 0.000 NA   NA
 1204040 1203784         FALSE 0.348 29.000 0.000 NA   NA
 568097 1295522 PMT0984       FALSE 0.039 -67.000 0.000 NA   NA
 568098 1295789 PMT0985       FALSE 0.009 280.000 0.000 NA   NA
 1295477 568099   PMT0986     FALSE 0.326 65.000 0.000 NA   NA
 568100 1204044 PMT0987       FALSE 0.320 21.000 0.000 NA   NA
 568101 1204045 PMT0988       FALSE 0.018 194.000 0.000 NA   NA
 1295457 568102   PMT0989     FALSE 0.028 -85.000 0.000 NA   NA
 1204047 568103   PMT0990   hli5 FALSE 0.285 -13.000 0.000 NA   NA
 568103 568104 PMT0990 PMT0991 hli5   FALSE 0.004 531.000 0.000 NA   NA
 568105 1208235 PMT0992   hli7   FALSE 0.017 196.000 0.000 NA   NA
 1208235 568106   PMT0993     FALSE 0.022 180.000 0.000 NA   NA
 568106 568107 PMT0993 PMT0994   phoB TRUE 0.895 -3.000 0.000 1.000 N NA
 568107 568108 PMT0994 PMT0995 phoB   FALSE 0.027 156.000 0.000 NA   NA
 568108 568109 PMT0995 PMT0996     FALSE 0.373 58.000 0.000 NA   NA
 568109 568110 PMT0996 PMT0997     FALSE 0.307 68.000 0.000 NA   NA
 568112 568113 PMT0999 PMT1000   gap3 TRUE 0.970 1.000 0.689 NA   NA
 568115 568116 PMT1002 PMT1003     FALSE 0.050 131.000 0.000 NA   NA
 1362743 568117   PMT1004 pseudo   FALSE 0.281 72.000 0.000 NA   NA
 1204051 1295671         FALSE 0.328 23.000 0.000 NA   NA
 1295671 1204052         FALSE 0.006 332.000 0.000 NA   NA
 1295826 568122   PMT1009     FALSE 0.702 -3.000 0.000 NA   NA
 568123 568124 PMT1010 PMT1011   tig FALSE 0.008 301.000 0.000 NA   NA
 568125 568126 PMT1012 PMT1013     FALSE 0.014 207.000 0.000 NA   NA
 568127 1204055 PMT1014       FALSE 0.100 104.000 0.000 NA   NA
 1204055 568128   PMT1015     FALSE 0.007 319.000 0.000 NA   NA
 568128 568129 PMT1015 PMT1016     FALSE 0.003 672.000 0.000 NA   NA
 1295707 568130   PMT1017     FALSE 0.100 104.000 0.000 NA   NA
 1295862 568131   PMT1018     FALSE 0.344 26.000 0.000 NA   NA
 1295456 1295687         FALSE 0.419 -7.000 0.000 NA   NA
 1295687 1204057         FALSE 0.008 288.000 0.000 NA   NA
 1204057 1204058         FALSE 0.045 134.000 0.000 NA   NA
 1204058 1295656         FALSE 0.318 20.000 0.000 NA   NA
 1204059 568132   PMT1019     FALSE 0.037 142.000 0.000 NA   NA
 568132 1204060 PMT1019       FALSE 0.367 9.000 0.000 NA   NA
 1295679 1204061         FALSE 0.054 -51.000 0.000 NA   NA
 568134 1295588 PMT1021       FALSE 0.388 55.000 0.000 NA   NA
 1295588 1295591         FALSE 0.004 479.000 0.000 NA   NA
 568135 1204063 PMT1022   rps21   FALSE 0.402 52.000 0.000 NA   NA
 1204063 1295475         FALSE 0.630 2.000 0.000 NA   NA
 1295475 1204065         FALSE 0.003 786.000 0.000 NA   NA
 1204065 1295594         FALSE 0.006 351.000 0.000 NA   NA
 568137 1362744 PMT1024     pseudo FALSE 0.316 18.000 0.000 NA   NA
 568138 1295529 PMT1025       FALSE 0.702 -3.000 0.000 NA   NA
 1295529 568139   PMT1026   mutT FALSE 0.010 248.000 0.000 NA   NA
 568139 568140 PMT1026 PMT1027 mutT   FALSE 0.014 207.000 0.000 NA   NA
 568140 1295607 PMT1027       FALSE 0.011 236.000 0.000 NA   NA
 1295712 1204067         FALSE 0.003 1539.000 0.000 NA   NA
 1362745 1203785     pseudo   FALSE 0.630 2.000 0.000 NA   NA
 1203785 1362746       pseudo FALSE 0.041 137.000 0.000 NA   NA
 1362746 1204069     pseudo   FALSE 0.131 96.000 0.000 NA   NA
 568143 1295538 PMT1030       FALSE 0.022 178.000 0.000 NA   NA
 1295538 568144   PMT1031   clcD FALSE 0.007 320.000 0.000 NA   NA
 568144 568145 PMT1031 PMT1032 clcD   FALSE 0.244 76.000 0.000 NA   NA
 1295655 1295610         FALSE 0.230 77.000 0.000 NA   NA
 1204074 568149   PMT1036     FALSE 0.054 -51.000 0.000 NA   NA
 568149 568150 PMT1036 PMT1037     FALSE 0.668 1.000 0.000 NA   NA
 1204075 568151   PMT1038     FALSE 0.059 -49.000 0.000 NA   NA
 568151 1204076 PMT1038       FALSE 0.008 284.000 0.000 NA   NA
 1204076 1204077         FALSE 0.702 -3.000 0.000 NA   NA
 568153 568154 PMT1040 PMT1041     FALSE 0.380 36.000 0.000 NA   NA
 1295668 568158   PMT1045     FALSE 0.004 495.000 0.000 NA   NA
 1204078 1204079         FALSE 0.150 92.000 0.000 NA   NA
 1204079 1362748       pseudo FALSE 0.012 228.000 0.000 NA   NA
 568160 1362749 PMT1047     pseudo FALSE 0.004 453.000 0.000 NA   NA
 1203786 568161   RNA_38   tRNA-Lys1 FALSE 0.018 193.000 0.000 NA   NA
 568162 568163 PMT1048 PMT1049 psbY gidA FALSE 0.325 76.000 0.000 1.000   NA
 568163 568164 PMT1049 PMT1050 gidA gidA FALSE 0.657 36.000 0.013 0.008   NA
 568164 568165 PMT1050 PMT1051 gidA crtH FALSE 0.137 133.000 0.031 1.000   NA
 568165 568166 PMT1051 PMT1052 crtH pepN FALSE 0.079 174.000 0.000 1.000 N NA
 568169 568170 PMT1055 PMT1056   BioB TRUE 0.849 -3.000 0.024 NA   NA
 568170 568171 PMT1056 PMT1057 BioB uppS TRUE 0.712 21.000 0.021 1.000 N NA
 568171 568172 PMT1057 PMT1058 uppS   TRUE 0.874 -3.000 0.043 NA   NA
 568172 568173 PMT1058 PMT1059   lysA FALSE 0.590 24.000 0.040 NA   NA
 568174 568175 PMT1060 PMT1061   clpC FALSE 0.072 176.000 0.032 1.000   NA
 568175 568176 PMT1061 PMT1062 clpC gldA TRUE 0.845 17.000 0.237 1.000 N NA
 568176 568177 PMT1062 PMT1063 gldA todF TRUE 0.798 15.000 0.250 1.000   NA
 568177 568178 PMT1063 PMT1064 todF   TRUE 0.932 3.000 0.371 NA   NA
 568179 568180 PMT1065 PMT1066 cdsA cad FALSE 0.696 20.000 0.019 1.000 N NA
 1204084 568181   PMT1067     FALSE 0.012 -127.000 0.000 NA   NA
 568188 568189 PMT1074 PMT1075 kprS F2J10.13 FALSE 0.003 863.000 0.000 NA   NA
 568190 568191 PMT1076 PMT1077 LipA recR TRUE 0.809 5.000 0.021 1.000 N NA
 568193 568194 PMT1079 PMT1080     FALSE 0.017 366.000 0.000 NA N NA
 568195 568196 PMT1081 PMT1082 rbpD   FALSE 0.004 447.000 0.000 NA   NA
 568196 568197 PMT1082 PMT1083   srmB FALSE 0.563 -10.000 0.026 NA   NA
 568197 568198 PMT1083 PMT1084 srmB   TRUE 0.776 52.000 0.021 1.000 N NA
 568198 568199 PMT1084 PMT1085   recD FALSE 0.621 14.000 0.034 1.000   NA
 568199 568200 PMT1085 PMT1086 recD recB TRUE 0.942 -3.000 0.120 0.002   NA
 568200 568201 PMT1086 PMT1087 recB   FALSE 0.017 412.000 0.000 1.000 N NA
 568201 568202 PMT1087 PMT1088   STE14 FALSE 0.018 349.000 0.000 NA N NA
 568202 568203 PMT1088 PMT1089 STE14 recC TRUE 0.756 34.000 0.034 NA N NA
 568203 568204 PMT1089 PMT1090 recC   TRUE 0.727 -6.000 0.025 1.000   NA
 568206 568207 PMT1092 PMT1093     TRUE 0.873 27.000 0.459 1.000   NA
 568207 568208 PMT1093 PMT1094     TRUE 0.718 57.000 0.092 NA   NA
 568208 568209 PMT1094 PMT1095     TRUE 0.834 23.000 0.220 NA N NA
 568209 1295526 PMT1095       FALSE 0.388 38.000 0.000 NA   NA
 1295526 1208237         FALSE 0.373 58.000 0.000 NA   NA
 1295823 1204090         FALSE 0.201 -19.000 0.000 NA   NA
 1295454 568213   PMT1099     FALSE 0.372 34.000 0.000 NA   NA
 568213 568214 PMT1099 RNA_13   tRNA-Glu1 FALSE 0.173 85.000 0.000 NA   NA
 568216 568217 PMT1101 PMT1102 petH zwf FALSE 0.115 172.000 0.117 1.000   NA
 568217 568218 PMT1102 PMT1103 zwf   TRUE 0.965 42.000 0.583 NA Y NA
 568218 568219 PMT1103 PMT1104   cbiA TRUE 0.851 42.000 0.167 NA N NA
 568219 568220 PMT1104 PMT1105 cbiA   FALSE 0.602 70.000 0.000 1.000 N NA
 568220 568221 PMT1105 PMT1106     FALSE 0.591 80.000 0.167 NA   NA
 568222 568223 PMT1107 PMT1108     TRUE 0.897 -3.000 0.069 NA   NA
 568223 568224 PMT1108 PMT1109   crtE TRUE 0.940 -3.000 0.214 NA   NA
 568224 568225 PMT1109 PMT1110 crtE folD TRUE 0.936 25.000 0.250 1.000 Y NA
 568227 568228 PMT1112 PMT1113 rluA   TRUE 0.795 69.000 0.333 NA   NA
 1204093 568229   PMT1114     FALSE 0.353 30.000 0.000 NA   NA
 568229 1295685 PMT1114       FALSE 0.048 132.000 0.000 NA   NA
 568235 568236 PMT1120 PMT1121   leuA TRUE 0.835 4.000 0.018 1.000 N NA
 568238 568239 PMT1123 PMT1124 crtL1 gyrA TRUE 0.720 30.000 0.017 1.000 N NA
 568240 568241 PMT1125 PMT1126   guaB FALSE 0.536 77.000 0.076 NA   NA
 568241 568242 PMT1126 PMT1127 guaB trxA FALSE 0.041 225.000 0.038 1.000   NA
 568242 568243 PMT1127 PMT1128 trxA hisH FALSE 0.402 95.000 0.069 1.000   NA
 568243 568244 PMT1128 PMT1129 hisH   TRUE 0.924 -3.000 0.021 1.000 N NA
 568246 568247 PMT1131 PMT1132 cytM lasT TRUE 0.893 -3.000 0.041 1.000   NA
 568247 568248 PMT1132 PMT1133 lasT penP TRUE 0.779 31.000 0.046 1.000 N NA
 568248 568249 PMT1133 PMT1134 penP   TRUE 0.961 -3.000 0.393 NA   NA
 568249 568250 PMT1134 PMT1135   chlI TRUE 0.914 -3.000 0.111 NA   NA
 568250 568251 PMT1135 PMT1136 chlI ruvC TRUE 0.821 5.000 0.026 1.000 N NA
 568251 568252 PMT1136 PMT1137 ruvC   FALSE 0.676 9.000 0.000 1.000 N NA
 568252 568253 PMT1137 PMT1138     TRUE 0.895 -3.000 0.000 1.000 N NA
 568253 568254 PMT1138 PMT1139     FALSE 0.032 148.000 0.000 NA   NA
 568254 568255 PMT1139 PMT1140     FALSE 0.393 43.000 0.000 NA   NA
 568255 1362751 PMT1140     pseudo FALSE 0.318 20.000 0.000 NA   NA
 1362751 568256   PMT1141 pseudo   FALSE 0.012 228.000 0.000 NA   NA
 568256 568257 PMT1141 PMT1142     FALSE 0.513 10.000 0.018 NA   NA
 568257 568258 PMT1142 PMT1143   thrA TRUE 0.790 38.000 0.180 NA   NA
 568258 568259 PMT1143 PMT1144 thrA   FALSE 0.452 102.000 0.214 NA   NA
 568259 568260 PMT1144 PMT1145   ddpA TRUE 0.802 58.000 0.225 NA   NA
 568260 568261 PMT1145 PMT1146 ddpA dppB TRUE 0.989 0.000 0.267 0.022 Y NA
 1208239 568263   PMT1148     FALSE 0.012 232.000 0.000 NA   NA
 568263 568264 PMT1148 PMT1149     FALSE 0.010 244.000 0.000 NA   NA
 568264 568265 PMT1149 PMT1150   som FALSE 0.003 728.000 0.000 NA   NA
 568265 1203787 PMT1150   som   FALSE 0.009 -569.000 0.000 NA   NA
 568266 1295571 PMT1151       FALSE 0.264 -15.000 0.000 NA   NA
 1295571 568267   PMT1152   hli9 FALSE 0.003 749.000 0.000 NA   NA
 568267 568268 PMT1152 PMT1153 hli9 hli6 FALSE 0.065 156.000 0.000 0.002   NA
 568268 568269 PMT1153 PMT1154 hli6 hli8 FALSE 0.341 12.000 0.000 NA   NA
 568271 568272 PMT1156 PMT1157 acrA polA TRUE 0.709 25.000 0.017 1.000 N NA
 568272 568273 PMT1157 PMT1158 polA   FALSE 0.015 398.000 0.000 NA N NA
 568273 568274 PMT1158 PMT1159   cysRS FALSE 0.643 35.000 0.000 NA N NA
 568276 568277 PMT1161 PMT1162 dxr   TRUE 0.903 -3.000 0.016 NA N NA
 568278 568279 PMT1163 PMT1164   pntB FALSE 0.702 -19.000 0.354 NA   NA
 568279 568280 PMT1164 PMT1165 pntB pntA-2 TRUE 0.940 0.000 0.072 0.001   NA
 568280 568281 PMT1165 PMT1166 pntA-2 pntA-1 TRUE 0.984 0.000 0.829 0.001   NA
 568283 1203788 PMT1168       FALSE 0.383 95.000 0.083 NA   NA
 568286 568287 PMT1171 PMT1172     FALSE 0.603 83.000 0.229 NA   NA
 568287 568288 PMT1172 PMT1173   ycf39 TRUE 0.771 76.000 0.392 NA   NA
 568288 1203789 PMT1173   ycf39   TRUE 0.879 56.000 0.392 1.000   NA
 1203789 568289   PMT1174   F18O21.290 FALSE 0.666 29.000 0.050 1.000   NA
 568290 568291 PMT1175 PMT1176   ilvN TRUE 0.744 6.000 0.065 1.000   NA
 568292 568293 PMT1177 PMT1178 ppiB   TRUE 0.909 4.000 0.317 1.000   NA
 568293 1295752 PMT1178       FALSE 0.337 -10.000 0.000 NA   NA
 568294 568295 PMT1179 PMT1180 psbD psbC TRUE 0.882 -16.000 0.878 0.002   NA
 1295845 568296   PMT1181   maf FALSE 0.313 67.000 0.000 NA   NA
 568297 568298 PMT1182 PMT1183   cobB FALSE 0.590 12.000 0.036 NA   NA
 568298 568299 PMT1183 PMT1184 cobB   TRUE 0.880 -3.000 0.026 1.000   NA
 568299 1295664 PMT1184       FALSE 0.240 -16.000 0.000 NA   NA
 1295664 1295773         FALSE 0.668 1.000 0.000 NA   NA
 1295773 568300   PMT1185     FALSE 0.008 291.000 0.000 NA   NA
 568301 568302 PMT1186 PMT1187   dnaA FALSE 0.538 76.000 0.000 1.000 N NA
 568303 568304 PMT1188 PMT1189     FALSE 0.679 7.000 0.057 NA   NA
 568304 568305 PMT1189 PMT1190     TRUE 0.753 8.000 0.135 NA   NA
 568306 568307 PMT1191 PMT1192     FALSE 0.499 101.000 0.222 1.000   NA
 568307 568308 PMT1192 PMT1193   hisG TRUE 0.933 0.000 0.021 1.000 N NA
 568312 568313 PMT1197 PMT1198 cbbX   FALSE 0.316 -16.000 0.008 NA   NA
 568313 568314 PMT1198 PMT1199   csoS1 FALSE 0.051 144.000 0.008 NA   NA
 568314 568315 PMT1199 PMT1200 csoS1   TRUE 0.812 57.000 0.235 NA   NA
 568315 568316 PMT1200 PMT1201     TRUE 0.993 0.000 0.868 NA Y NA
 568316 568317 PMT1201 PMT1202   csoS3 TRUE 0.971 2.000 0.925 NA   NA
 568317 1204101 PMT1202   csoS3   FALSE 0.021 -97.000 0.000 NA   NA
 1204101 568318   PMT1203   csoS2 FALSE 0.668 1.000 0.000 NA   NA
 568318 568319 PMT1203 PMT1204 csoS2 rbcS FALSE 0.511 112.000 0.474 NA   NA
 568319 568320 PMT1204 PMT1205 rbcS rbcL FALSE 0.649 108.000 0.392 0.001 N NA
 568320 568321 PMT1205 PMT1206 rbcL csoS1 TRUE 0.858 70.000 0.373 NA N NA
 568324 1208240 PMT1209       FALSE 0.702 -3.000 0.000 NA   NA
 1208240 568325   PMT1210   trpF FALSE 0.022 -96.000 0.000 NA   NA
 568325 1204103 PMT1210   trpF   FALSE 0.189 -22.000 0.000 NA   NA
 568326 568327 PMT1211 PMT1212     FALSE 0.007 324.000 0.000 NA   NA
 568327 568328 PMT1212 PMT1213   sbtA TRUE 0.814 5.000 0.152 NA   NA
 568328 568329 PMT1213 PMT1214 sbtA   FALSE 0.048 201.000 0.048 NA   NA
 568330 568331 PMT1215 PMT1216 chlN chlB TRUE 0.970 8.000 0.591 0.001 Y NA
 568331 568332 PMT1216 PMT1217 chlB frxC FALSE 0.171 206.000 0.226 0.002 N NA
 568333 568334 PMT1218 PMT1219 pcr   FALSE 0.637 83.000 0.274 NA   NA
 568334 568335 PMT1219 PMT1220   psaM FALSE 0.261 148.000 0.395 NA   NA
 568335 1204105 PMT1220   psaM   FALSE 0.404 51.000 0.000 NA   NA
 1204105 568336   PMT1221     FALSE 0.385 56.000 0.000 NA   NA
 1295466 568337   PMT1222     FALSE 0.668 1.000 0.000 NA   NA
 568337 568338 PMT1222 PMT1223     FALSE 0.007 303.000 0.000 NA   NA
 568338 1295784 PMT1223       FALSE 0.079 112.000 0.000 NA   NA
 1295784 568339   PMT1224   lplA FALSE 0.021 -97.000 0.000 NA   NA
 1203790 568342   PMT1227   folE FALSE 0.036 143.000 0.000 NA   NA
 568342 568343 PMT1227 PMT1228 folE   TRUE 0.842 12.000 0.348 1.000   NA
 568343 568344 PMT1228 PMT1229   accA FALSE 0.633 25.000 0.033 1.000   NA
 568344 568345 PMT1229 PMT1230 accA   FALSE 0.638 27.000 0.033 1.000   NA
 568345 568346 PMT1230 PMT1231     FALSE 0.320 166.000 0.659 0.025   NA
 568346 568347 PMT1231 PMT1232     TRUE 0.820 75.000 0.465 1.000   NA
 568348 568349 PMT1233 PMT1234 rps1b   TRUE 0.969 -3.000 0.513 NA   NA
 568349 568350 PMT1234 PMT1235     TRUE 0.833 -3.000 0.020 NA   NA
 568351 568352 PMT1236 PMT1237     FALSE 0.266 74.000 0.000 NA   NA
 568353 568354 PMT1238 PMT1239   ilvB TRUE 0.909 0.000 0.050 1.000   NA
 568356 568357 PMT1241 PMT1242     TRUE 0.962 -3.000 0.367 1.000   NA
 568357 568358 PMT1242 PMT1243   cobO TRUE 0.789 44.000 0.026 1.000 N NA
 568358 568359 PMT1243 PMT1244 cobO pyrH FALSE 0.030 312.000 0.010 1.000 N NA
 568359 568360 PMT1244 PMT1245 pyrH frr TRUE 0.937 51.000 0.626 1.000 N NA
 568360 568361 PMT1245 PMT1246 frr fixC TRUE 0.926 -3.000 0.022 1.000 N NA
 568362 1362753 PMT1247     pseudo FALSE 0.328 23.000 0.000 NA   NA
 1362753 568363   PMT1248 pseudo tal FALSE 0.256 75.000 0.000 NA   NA
 568363 568364 PMT1248 PMT1249 tal ftsI FALSE 0.601 93.000 0.131 1.000 N NA
 568364 568365 PMT1249 PMT1250 ftsI   TRUE 0.729 0.000 0.000 NA   NA
 568365 568366 PMT1250 PMT1251     FALSE 0.145 93.000 0.000 NA   NA
 568367 568368 PMT1252 PMT1253 cobC   TRUE 0.795 5.000 0.017 1.000 N NA
 1204110 568370   PMT1255     FALSE 0.398 53.000 0.000 NA   NA
 568371 568372 PMT1256 PMT1257 arsC ppa TRUE 0.794 57.000 0.045 1.000 N NA
 568374 568375 PMT1259 PMT1260 proS psb27 FALSE 0.555 29.000 0.023 NA   NA
 568375 568376 PMT1260 PMT1261 psb27 purA FALSE 0.269 94.000 0.022 NA   NA
 568376 568377 PMT1261 PMT1262 purA   TRUE 0.775 53.000 0.021 1.000 N NA
 568382 568383 PMT1267 PMT1268   argB FALSE 0.508 -13.000 0.027 NA   NA
 568383 568384 PMT1268 PMT1269 argB   FALSE 0.512 4.000 0.000 NA   NA
 568384 568385 PMT1269 PMT1270     FALSE 0.167 -25.000 0.000 NA   NA
 568386 1295493 PMT1271   priA   FALSE 0.010 248.000 0.000 NA   NA
 568387 1204114 PMT1272   sigA   FALSE 0.006 367.000 0.000 NA   NA
 1204114 568388   PMT1273   hemC FALSE 0.014 -114.000 0.000 NA   NA
 568389 568390 PMT1274 PMT1275   ppa TRUE 0.716 50.000 0.070 NA   NA
 568390 1204115 PMT1275   ppa   FALSE 0.035 -73.000 0.000 NA   NA
 1204115 568391   PMT1276     FALSE 0.326 65.000 0.000 NA   NA
 568393 568394 PMT1278 PMT1279   cxp FALSE 0.100 104.000 0.000 NA   NA
 568394 568395 PMT1279 PMT1280 cxp   FALSE 0.140 94.000 0.000 NA   NA
 568396 568397 PMT1281 PMT1282     FALSE 0.419 -7.000 0.000 NA   NA
 568397 568398 PMT1282 PMT1283     FALSE 0.013 274.000 0.000 1.000   NA
 568398 568399 PMT1283 PMT1284     FALSE 0.334 91.000 0.035 NA   NA
 568399 1295760 PMT1284       FALSE 0.281 72.000 0.000 NA   NA
 1295760 568400   PMT1285     FALSE 0.177 84.000 0.000 NA   NA
 568402 1295822 PMT1287   futB   FALSE 0.012 228.000 0.000 NA   NA
 1295822 1204120         FALSE 0.256 75.000 0.000 NA   NA
 1204121 568405   PMT1290     FALSE 0.082 110.000 0.000 NA   NA
 568405 568406 PMT1290 PMT1291     TRUE 0.724 -6.000 0.047 NA   NA
 568406 1204122 PMT1291       FALSE 0.702 -3.000 0.000 NA   NA
 1204122 568407   PMT1292     FALSE 0.668 1.000 0.000 NA   NA
 568412 568413 PMT1297 PMT1298     FALSE 0.303 69.000 0.000 NA   NA
 568413 1204123 PMT1298       FALSE 0.011 -147.000 0.000 NA   NA
 1204123 1362754       pseudo FALSE 0.008 293.000 0.000 NA   NA
 1362754 568414   PMT1299 pseudo   FALSE 0.005 419.000 0.000 NA   NA
 568416 568417 PMT1301 PMT1302   pta FALSE 0.588 26.000 0.032 NA   NA
 568417 568418 PMT1302 PMT1303 pta   TRUE 0.711 33.000 0.097 NA   NA
 1204124 568419   PMT1304     FALSE 0.018 -105.000 0.000 NA   NA
 568420 1362755 PMT1305   map pseudo FALSE 0.019 187.000 0.000 NA   NA
 568421 568422 PMT1306 RNA_14 rpl19 tRNA-Trp1 FALSE 0.333 64.000 0.000 NA   NA
 568422 568423 RNA_14 PMT1307 tRNA-Trp1   FALSE 0.384 37.000 0.000 NA   NA
 568424 568425 RNA_15 PMT1308 tRNA-Asp1 gltX FALSE 0.345 28.000 0.000 NA   NA
 568426 568427 PMT1309 PMT1310 nhaP   FALSE 0.619 -10.000 0.054 NA   NA
 568427 568428 PMT1310 PMT1311     TRUE 0.911 0.000 0.073 NA   NA
 568428 568429 PMT1311 PMT1312   nfrC FALSE 0.114 -76.000 0.073 NA   NA
 568431 568432 PMT1314 PMT1315 hli1 qri7 FALSE 0.522 38.000 0.015 NA   NA
 568433 568434 PMT1316 PMT1317 psaF psaJ TRUE 0.909 46.000 0.455 0.013   NA
 568435 1203792 PMT1318   gmk gmk FALSE 0.009 -608.000 0.000 NA   NA
 568436 568437 PMT1319 PMT1320   tatC FALSE 0.280 119.000 0.033 NA N NA
 568439 568440 PMT1322 PMT1323 petC petA TRUE 0.937 54.000 0.881 0.037   NA
 568440 568441 PMT1323 PMT1324 petA yvoC, lgt, umpA TRUE 0.866 21.000 0.476 1.000   NA
 568441 568442 PMT1324 PMT1325 yvoC, lgt, umpA cobM TRUE 0.948 0.000 0.061 1.000 N NA
 568443 568444 RNA_16 PMT1326 tRNA-Val1   FALSE 0.036 143.000 0.000 NA   NA
 568446 568447 PMT1328 PMT1329 ubiA   TRUE 0.867 4.000 0.043 1.000 N NA
 568447 1204128 PMT1329       FALSE 0.005 443.000 0.000 NA   NA
 1295500 568448   PMT1330   ispD FALSE 0.348 11.000 0.000 NA   NA
 568449 568450 PMT1331 PMT1332     TRUE 0.951 -3.000 0.143 NA N NA
 568450 568451 PMT1332 PMT1333   fabG TRUE 0.867 48.000 0.156 1.000 N NA
 568453 568454 PMT1335 PMT1336     FALSE 0.578 3.000 0.000 NA   NA
 568454 568455 PMT1336 PMT1337     FALSE 0.344 27.000 0.000 NA   NA
 568455 568456 PMT1337 PMT1338   ccmA FALSE 0.670 77.000 0.138 0.077   NA
 568456 568457 PMT1338 PMT1339 ccmA ctaB FALSE 0.494 87.000 0.019 1.000 N NA
 568457 568458 PMT1339 PMT1340 ctaB ctaA TRUE 0.936 -7.000 0.090 1.000 Y NA
 568458 1204129 PMT1340   ctaA   FALSE 0.340 25.000 0.000 NA   NA
 568459 568460 PMT1341 PMT1342 ctaC ctaD TRUE 0.991 -3.000 0.500 0.001 Y NA
 568460 568461 PMT1342 PMT1343 ctaD ctaE TRUE 0.991 -3.000 0.500 0.001 Y NA
 568461 568462 PMT1343 PMT1344 ctaE   TRUE 0.750 96.000 1.000 NA   NA
 568463 568464 PMT1345 PMT1346   ribE FALSE 0.200 93.000 0.009 NA   NA
 568465 568466 PMT1347 PMT1348     TRUE 0.883 -3.000 0.054 NA   NA
 568467 568468 PMT1349 PMT1350   cobT TRUE 0.726 30.000 0.130 NA   NA
 568468 568469 PMT1350 PMT1351 cobT   FALSE 0.488 92.000 0.155 NA   NA
 568469 568470 PMT1351 PMT1352     TRUE 0.912 -3.000 0.105 NA   NA
 568470 568471 PMT1352 PMT1353   topA TRUE 0.848 0.000 0.020 NA   NA
 568472 568473 PMT1354 PMT1355 ndhB salX TRUE 0.827 29.000 0.134 1.000 N NA
 568473 568474 PMT1355 PMT1356 salX   TRUE 0.952 -3.000 0.111 1.000 N NA
 568474 568475 PMT1356 PMT1357     TRUE 0.857 85.000 0.182 0.004 Y NA
 568477 568478 PMT1359 PMT1360 BirA   FALSE 0.363 -37.000 0.027 1.000 N NA
 568478 568479 PMT1360 PMT1361   pspA FALSE 0.251 126.000 0.045 NA N NA
 568481 568482 PMT1363 PMT1364     FALSE 0.250 119.000 0.000 0.049 N NA
 568483 568484 PMT1365 PMT1366 sppA tyrA TRUE 0.963 -3.000 0.207 1.000 N NA
 568484 568485 PMT1366 PMT1367 tyrA   FALSE 0.213 127.000 0.114 NA   NA
 568485 568486 PMT1367 PMT1368   rpl34 FALSE 0.635 49.000 0.027 NA   NA
 568486 568487 PMT1368 PMT1369 rpl34 rnpA TRUE 0.912 61.000 0.787 1.000   NA
 568487 568488 PMT1369 PMT1370 rnpA   TRUE 0.872 -3.000 0.041 NA   NA
 568488 568489 PMT1370 PMT1371   yidC FALSE 0.407 82.000 0.043 NA   NA
 568489 568490 PMT1371 PMT1372 yidC   TRUE 0.799 -3.000 0.014 NA   NA
 568490 568491 PMT1372 PMT1373     TRUE 0.799 -3.000 0.014 NA   NA
 568491 568492 PMT1373 PMT1374   serRS TRUE 0.733 63.000 0.011 0.077 N NA
 568492 568493 PMT1374 PMT1375 serRS   TRUE 0.718 20.000 0.024 1.000 N NA
 568493 1204131 PMT1375       FALSE 0.348 11.000 0.000 NA   NA
 1204131 568494   PMT1376   rps14 FALSE 0.216 -18.000 0.000 NA   NA
 568494 568495 PMT1376 PMT1377 rps14 pnp FALSE 0.221 188.000 0.019 1.000 Y NA
 568497 568498 PMT1379 PMT1380     FALSE 0.526 45.000 0.013 NA   NA
 568502 1203794 PMT1383       FALSE 0.007 312.000 0.000 NA   NA
 1203794 1295721         FALSE 0.363 32.000 0.000 NA   NA
 568504 568505 PMT1385 PMT1386     FALSE 0.380 8.000 0.000 NA   NA
 568506 1295737 PMT1387       FALSE 0.016 202.000 0.000 NA   NA
 1295737 1204135         FALSE 0.005 379.000 0.000 NA   NA
 1204135 568507   PMT1388     FALSE 0.057 126.000 0.000 NA   NA
 568507 1204136 PMT1388       FALSE 0.404 50.000 0.000 NA   NA
 568508 568509 PMT1389 PMT1390     FALSE 0.085 109.000 0.000 NA   NA
 1295556 1203795         FALSE 0.398 53.000 0.000 NA   NA
 1203795 1204138         FALSE 0.005 429.000 0.000 NA   NA
 1204138 568510   PMT1391     FALSE 0.668 1.000 0.000 NA   NA
 568510 1203796 PMT1391       FALSE 0.029 153.000 0.000 NA   NA
 1203796 1204139         FALSE 0.333 13.000 0.000 NA   NA
 568512 1295511 PMT1393       FALSE 0.324 22.000 0.000 NA   NA
 1295511 1204140         FALSE 0.028 -85.000 0.000 NA   NA
 1204140 1203797         FALSE 0.015 204.000 0.000 NA   NA
 1203797 568513   PMT1394     FALSE 0.259 91.000 0.006 1.000   NA
 568513 568514 PMT1394 PMT1395   himA FALSE 0.390 89.000 0.033 1.000   NA
 568514 568515 PMT1395 PMT1396 himA   FALSE 0.224 160.000 0.400 NA   NA
 568518 568519 PMT1398 PMT1399 melB   TRUE 0.983 -3.000 0.833 NA N NA
 1204143 568520   PMT1400     FALSE 0.419 -7.000 0.000 NA   NA
 568520 568521 PMT1400 PMT1401     TRUE 0.864 42.000 0.369 NA   NA
 568522 568523 PMT1402 PMT1403 pyrF tyrS TRUE 0.741 24.000 0.027 1.000 N NA
 568523 568524 PMT1403 PMT1404 tyrS   FALSE 0.455 81.000 0.034 1.000   NA
 568525 568526 PMT1405 PMT1406     FALSE 0.067 120.000 0.000 NA   NA
 568526 568527 PMT1406 PMT1407   pepB TRUE 0.788 39.000 0.176 NA   NA
 1204144 1203798         FALSE 0.358 31.000 0.000 NA   NA
 1203798 568528   PMT1408     FALSE 0.274 113.000 0.114 NA   NA
 568528 568529 PMT1408 PMT1409   lpxB TRUE 0.934 -3.000 0.034 1.000 N NA
 568529 568530 PMT1409 PMT1410 lpxB lpxA TRUE 0.980 0.000 0.062 1.000 Y NA
 568530 568531 PMT1410 PMT1411 lpxA fabZ TRUE 0.835 6.000 0.071 1.000 N NA
 568531 568532 PMT1411 PMT1412 fabZ lpxC TRUE 0.792 24.000 0.083 1.000 N NA
 568532 568533 PMT1412 PMT1413 lpxC   TRUE 0.980 0.000 0.052 1.000 Y NA
 568533 568534 PMT1413 PMT1414   purC TRUE 0.739 70.000 0.058 1.000 N NA
 568534 568535 PMT1414 PMT1415 purC   TRUE 0.835 -3.000 0.021 NA   NA
 568536 568537 PMT1416 PMT1417 purD nblS TRUE 0.772 25.000 0.025 0.075 N NA
 568538 568539 PMT1418 PMT1419 kaiC kaiB TRUE 0.906 67.000 0.927 1.000   NA
 1208245 568540   PMT1420   rpl21 FALSE 0.011 239.000 0.000 NA   NA
 568540 568541 PMT1420 PMT1421 rpl21 rpl27 TRUE 0.973 43.000 0.667 0.017 Y NA
 568541 568542 PMT1421 PMT1422 rpl27 truB TRUE 0.860 64.000 0.000 1.000 Y NA
 568542 568543 PMT1422 PMT1423 truB   FALSE 0.455 72.000 0.012 1.000   NA
 568544 568545 PMT1424 PMT1425   spoIID TRUE 0.977 1.000 0.550 1.000 N NA
 568545 1204145 PMT1425   spoIID   FALSE 0.101 -36.000 0.000 NA   NA
 1204146 1204147         FALSE 0.142 -28.000 0.000 NA   NA
 1204147 1295753         FALSE 0.046 -55.000 0.000 NA   NA
 1295753 1362756       pseudo FALSE 0.004 469.000 0.000 NA   NA
 1362756 568548   PMT1428 pseudo   FALSE 0.316 17.000 0.000 NA   NA
 568548 568549 PMT1428 PMT1429   petF TRUE 0.968 -3.000 0.500 NA   NA
 568549 568550 PMT1429 PMT1430 petF prmA FALSE 0.129 165.000 0.027 1.000 N NA
 568550 568551 PMT1430 PMT1431 prmA serA TRUE 0.758 15.000 0.053 1.000 N NA
 568552 568553 PMT1432 PMT1433     TRUE 0.964 -3.000 0.442 NA   NA
 568553 568554 PMT1433 RNA_18   tRNA-Val2 FALSE 0.212 79.000 0.000 NA   NA
 568554 568555 RNA_18 PMT1434 tRNA-Val2 murD FALSE 0.345 28.000 0.000 NA   NA
 568556 568557 PMT1435 PMT1436     FALSE 0.013 215.000 0.000 NA   NA
 568557 1204149 PMT1436       FALSE 0.019 187.000 0.000 NA   NA
 1204149 568558   PMT1437     FALSE 0.702 -3.000 0.000 NA   NA
 568558 568559 PMT1437 PMT1438     FALSE 0.625 66.000 0.065 NA   NA
 568563 568564 PMT1442 PMT1443 rpoZ   FALSE 0.530 49.000 0.013 NA   NA
 568567 568568 PMT1446 PMT1447 pgmI secG FALSE 0.678 58.000 0.041 1.000   NA
 568568 1204152 PMT1447   secG   FALSE 0.003 740.000 0.000 NA   NA
 1204152 568569   PMT1448     FALSE 0.119 100.000 0.000 NA   NA
 568570 568571 PMT1449 PMT1450 groEL groES TRUE 0.939 82.000 0.905 0.009 Y NA
 568572 568573 PMT1451 PMT1452 atpB atpE TRUE 0.929 85.000 0.837 0.004 Y NA
 568573 568574 PMT1452 PMT1453 atpE mipB TRUE 0.708 34.000 0.002 1.000 N NA
 568575 1295478 PMT1454       FALSE 0.367 33.000 0.000 NA   NA
 568576 1203799 PMT1455   hisB   FALSE 0.333 64.000 0.000 NA   NA
 1203799 1204154         FALSE 0.011 238.000 0.000 NA   NA
 1295582 1203800         FALSE 0.352 62.000 0.000 NA   NA
 1203800 568577   PMT1456   pepP FALSE 0.050 131.000 0.000 NA   NA
 568578 568579 PMT1457 PMT1458     FALSE 0.702 -3.000 0.000 NA   NA
 568579 568580 PMT1458 PMT1459     TRUE 0.914 0.000 0.083 NA   NA
 568580 568581 PMT1459 PMT1460   nadD TRUE 0.834 -3.000 0.011 1.000   NA
 568581 568582 PMT1460 PMT1461 nadD nadE FALSE 0.474 -51.000 0.023 1.000 Y NA
 568582 568583 PMT1461 PMT1462 nadE ald TRUE 0.758 63.000 0.036 1.000 N NA
 568584 568585 PMT1463 PMT1464     TRUE 0.705 13.000 0.125 NA   NA
 568587 568588 PMT1466 PMT1467 atpC atpA TRUE 0.973 31.000 0.846 0.004 Y NA
 568588 568589 PMT1467 PMT1468 atpA atpH TRUE 0.977 52.000 0.864 0.004 Y NA
 568589 568590 PMT1468 PMT1469 atpH atpF TRUE 0.986 0.000 0.132 0.004 Y NA
 568590 568591 PMT1469 PMT1470 atpF atpG TRUE 0.992 -3.000 0.569 0.004 Y NA
 568591 568592 PMT1470 PMT1471 atpG   FALSE 0.589 145.000 0.368 0.004 Y NA
 568592 568593 PMT1471 PMT1472   atpI TRUE 0.975 48.000 0.679 0.004 Y NA
 568593 1204156 PMT1472   atpI   TRUE 0.729 0.000 0.000 NA   NA
 1204156 568594   PMT1473     FALSE 0.337 -10.000 0.000 NA   NA
 568594 568595 PMT1473 PMT1474     TRUE 0.941 -3.000 0.184 1.000   NA
 568595 1204157 PMT1474       FALSE 0.326 65.000 0.000 NA   NA
 568596 568597 PMT1475 PMT1476 ftsW ccdA TRUE 0.880 46.000 0.202 1.000 N NA
 568597 568598 PMT1476 PMT1477 ccdA ycf44 TRUE 0.966 5.000 0.371 1.000 Y NA
 568599 1204159 PMT1478       FALSE 0.050 131.000 0.000 NA   NA
 568600 568601 PMT1479 PMT1480     TRUE 0.873 49.000 0.375 NA   NA
 568601 568602 PMT1480 PMT1481   glnB TRUE 0.910 41.000 0.682 NA   NA
 568605 568606 PMT1484 PMT1485 purB fumC FALSE 0.109 156.000 0.011 1.000 N NA
 568606 568607 PMT1485 PMT1486 fumC   FALSE 0.194 122.000 0.000 1.000 N NA
 568609 568610 PMT1488 PMT1489 bioF   FALSE 0.601 15.000 0.053 NA   NA
 568610 568611 PMT1489 PMT1490     TRUE 0.707 -12.000 0.163 NA   NA
 568611 568612 PMT1490 PMT1491   BioD TRUE 0.862 -3.000 0.030 NA   NA
 568612 1203801 PMT1491   BioD   TRUE 0.889 -3.000 0.061 NA   NA
 568613 1295453 PMT1492       FALSE 0.030 152.000 0.000 NA   NA
 568615 568616 PMT1494 PMT1495     FALSE 0.142 -28.000 0.000 NA   NA
 568618 568619 PMT1497 PMT1498   fer FALSE 0.490 7.000 0.000 1.000   NA
 568619 568620 PMT1498 PMT1499 fer   FALSE 0.316 17.000 0.000 NA   NA
 568620 568621 PMT1499 PMT1500     TRUE 0.982 0.000 1.000 NA   NA
 568621 568622 PMT1500 PMT1501     FALSE 0.611 79.000 0.175 NA   NA
 568622 1203802 PMT1501       TRUE 0.738 35.000 0.118 NA   NA
 1203802 568623   PMT1502   putP TRUE 0.807 55.000 0.213 NA   NA
 568623 568624 PMT1502 PMT1503 putP   FALSE 0.577 43.000 0.011 1.000   NA
 568624 568625 PMT1503 PMT1504   hli3 TRUE 0.870 -3.000 0.022 1.000   NA
 568625 568626 PMT1504 PMT1505 hli3 rpoC2 TRUE 0.888 59.000 0.476 1.000   NA
 568627 568628 PMT1506 PMT1507 rpoC1 rpoB TRUE 0.978 50.000 0.851 0.002 Y NA
 568628 568629 PMT1507 PMT1508 rpoB tatD FALSE 0.030 284.000 0.012 NA N NA
 568629 568630 PMT1508 PMT1509 tatD rpsT TRUE 0.779 48.000 0.034 NA N NA
 568632 568633 PMT1511 PMT1512 rpiA hhoA TRUE 0.792 43.000 0.030 1.000 N NA
 568633 1204164 PMT1512   hhoA   FALSE 0.059 125.000 0.000 NA   NA
 1204164 568634   PMT1513     FALSE 0.008 301.000 0.000 NA   NA
 568634 568635 PMT1513 PMT1514     FALSE 0.389 40.000 0.000 NA   NA
 568636 568637 PMT1515 PMT1516     FALSE 0.354 95.000 0.065 NA   NA
 568637 568638 PMT1516 PMT1517     FALSE 0.030 151.000 0.000 NA   NA
 568638 568639 PMT1517 PMT1518     FALSE 0.402 52.000 0.000 NA   NA
 568639 568640 PMT1518 PMT1519     FALSE 0.065 121.000 0.000 NA   NA
 568640 568641 PMT1519 PMT1520   aslB TRUE 0.962 -3.000 0.400 NA   NA
 568642 568643 PMT1521 PMT1522     TRUE 0.883 27.000 0.600 NA   NA
 568643 568644 PMT1522 PMT1523     FALSE 0.004 446.000 0.000 NA   NA
 568646 568647 PMT1525 PMT1526   nusA TRUE 0.916 54.000 0.759 NA   NA
 568647 568648 PMT1526 PMT1527 nusA   TRUE 0.986 -3.000 0.323 NA Y NA
 568648 1362757 PMT1527     pseudo FALSE 0.342 63.000 0.000 NA   NA
 1362758 568651   PMT1530 pseudo   FALSE 0.344 27.000 0.000 NA   NA
 568651 568652 PMT1530 RNA_19   tRNA-Thr1 FALSE 0.085 109.000 0.000 NA   NA
 568654 568655 PMT1532 PMT1533 psbA   FALSE 0.702 -3.000 0.000 NA   NA
 568660 568661 PMT1538 PMT1539 ecm4 F3H9.20 TRUE 0.948 -3.000 0.265 NA   NA
 568661 568662 PMT1539 PMT1540 F3H9.20   TRUE 0.860 -3.000 0.028 NA   NA
 568662 568663 PMT1540 PMT1541     FALSE 0.027 159.000 0.000 NA   NA
 568663 568664 PMT1541 PMT1542     FALSE 0.344 27.000 0.000 NA   NA
 568665 568666 PMT1543 PMT1544   obg FALSE 0.189 82.000 0.000 NA   NA
 568668 568669 PMT1546 PMT1547 mutS T6C23.6 FALSE 0.374 -28.000 0.000 1.000 N NA
 568669 568670 PMT1547 PMT1548 T6C23.6 dnaJ3 FALSE 0.512 -24.000 0.017 1.000 N NA
 568671 568672 PMT1549 PMT1550   thyX FALSE 0.003 915.000 0.000 NA   NA
 568673 1204175 PMT1551       FALSE 0.393 54.000 0.000 NA   NA
 568677 568678 PMT1555 PMT1556 icc   FALSE 0.012 225.000 0.000 NA   NA
 568678 1204179 PMT1556       FALSE 0.328 23.000 0.000 NA   NA
 1204179 1204180         FALSE 0.004 456.000 0.000 NA   NA
 1204180 568679   PMT1557     FALSE 0.045 134.000 0.000 NA   NA
 568679 568680 PMT1557 PMT1558     FALSE 0.506 18.000 0.000 0.023   NA
 1204181 1362759       pseudo FALSE 0.388 38.000 0.000 NA   NA
 1362759 1204183     pseudo   FALSE 0.003 914.000 0.000 NA   NA
 1204186 1203803         FALSE 0.065 121.000 0.000 NA   NA
 1203803 1295565         FALSE 0.003 626.000 0.000 NA   NA
 568683 1362760 PMT1561     pseudo FALSE 0.318 16.000 0.000 NA   NA
 568686 568687 PMT1564 PMT1565   cyp FALSE 0.009 275.000 0.000 NA   NA
 568687 568688 PMT1565 PMT1566 cyp   FALSE 0.013 219.000 0.000 NA   NA
 568688 1208251 PMT1566       FALSE 0.003 939.000 0.000 NA   NA
 1362761 568689   PMT1567 pseudo   FALSE 0.005 398.000 0.000 NA   NA
 5170807 1204196         FALSE 0.079 112.000 0.000 NA   NA
 1204196 1204198         FALSE 0.007 303.000 0.000 NA   NA
 1204198 568690   PMT1568     FALSE 0.106 103.000 0.000 NA   NA
 568690 568691 PMT1568 PMT1569   phoN FALSE 0.173 85.000 0.000 NA   NA
 568692 568693 PMT1570 PMT1571     FALSE 0.340 25.000 0.000 NA   NA
 568693 568694 PMT1571 PMT1572     FALSE 0.320 21.000 0.000 NA   NA
 568694 568695 PMT1572 PMT1573     FALSE 0.518 -7.000 0.000 1.000   NA
 568695 568696 PMT1573 PMT1574     TRUE 0.752 48.000 0.000 0.046 N NA
 568696 568697 PMT1574 PMT1575     TRUE 0.883 11.000 0.000 0.019 Y NA
 1204199 568698   PMT1576     FALSE 0.003 744.000 0.000 NA   NA
 568698 568699 PMT1576 PMT1577     FALSE 0.333 64.000 0.000 NA   NA
 568699 568700 PMT1577 RNA_48   ffs FALSE 0.005 426.000 0.000 NA   NA
 568702 568703 PMT1579 PMT1580     FALSE 0.006 355.000 0.000 NA   NA
 568703 568704 PMT1580 PMT1581     TRUE 0.973 0.000 0.522 NA   NA
 568704 1204201 PMT1581       FALSE 0.348 29.000 0.000 NA   NA
 1204202 1204203         FALSE 0.342 63.000 0.000 NA   NA
 568706 568707 PMT1583 PMT1584   smc TRUE 0.783 52.000 0.150 NA   NA
 568707 568708 PMT1584 PMT1585 smc   TRUE 0.761 62.000 0.177 NA   NA
 568709 568710 PMT1586 PMT1587     FALSE 0.567 49.000 0.018 NA   NA
 568710 568711 PMT1587 RNA_36   tRNA-Leu4 FALSE 0.318 16.000 0.000 NA   NA
 568714 568715 PMT1590 PMT1591 psbX   FALSE 0.592 105.000 0.556 NA   NA
 568715 568716 PMT1591 PMT1592     FALSE 0.490 39.000 0.010 NA   NA
 568716 568717 PMT1592 PMT1593     FALSE 0.702 -3.000 0.000 NA   NA
 568718 568719 PMT1594 PMT1595 hli4   TRUE 0.976 0.000 0.576 1.000   NA
 568719 568720 PMT1595 PMT1596   hit FALSE 0.551 26.000 0.016 1.000   NA
 1203804 568721   PMT1597     FALSE 0.449 5.000 0.000 NA   NA
 568721 568722 PMT1597 PMT1598     FALSE 0.675 100.000 0.667 NA   NA
 568722 1295645 PMT1598       FALSE 0.081 -39.000 0.000 NA   NA
 1295645 568723   PMT1599     FALSE 0.512 4.000 0.000 NA   NA
 1295763 568724   PMT1600     FALSE 0.016 202.000 0.000 NA   NA
 568724 1208252 PMT1600       TRUE 0.729 0.000 0.000 NA   NA
 568725 1204207 PMT1601   def   FALSE 0.031 -79.000 0.000 NA   NA
 1204208 568726   PMT1602   dap2 FALSE 0.018 -105.000 0.000 NA   NA
 568727 568728 PMT1603 PMT1604     TRUE 0.823 8.000 0.081 1.000 N NA
 568728 568729 PMT1604 PMT1605   sufC TRUE 0.992 0.000 0.482 0.012 Y NA
 568729 568730 PMT1605 PMT1606 sufC   TRUE 0.965 50.000 0.466 1.000 Y NA
 568730 1204209 PMT1606       FALSE 0.393 43.000 0.000 NA   NA
 568731 1208253 PMT1607       FALSE 0.393 43.000 0.000 NA   NA
 1208253 568732   PMT1608     FALSE 0.009 275.000 0.000 NA   NA
 568732 1203805 PMT1608       TRUE 0.900 17.000 0.947 NA   NA
 1203805 1204211         FALSE 0.360 102.000 0.111 NA   NA
 568739 568740 PMT1615 PMT1616     TRUE 0.888 -13.000 1.000 NA   NA
 568740 568741 PMT1616 PMT1617     TRUE 0.942 10.000 1.000 1.000 N NA
 568743 568744 PMT1619 PMT1620     FALSE 0.252 177.000 0.636 NA   NA
 568744 568745 PMT1620 PMT1621     TRUE 0.866 21.000 0.556 NA   NA
 568747 568748 PMT1623 PMT1624   cysH FALSE 0.325 -42.000 0.026 1.000 N NA
 568749 568750 PMT1625 PMT1626     TRUE 0.830 -3.000 0.010 1.000   NA
 568750 568751 PMT1626 PMT1627   citT TRUE 0.734 3.000 0.009 1.000   NA
 568751 568752 PMT1627 PMT1628 citT trkG TRUE 0.835 106.000 0.500 0.002 Y NA
 568752 568753 PMT1628 PMT1629 trkG   TRUE 0.958 25.000 0.438 0.002 Y NA
 568753 568754 PMT1629 PMT1630     TRUE 0.737 6.000 0.017 NA N NA
 568756 568757 PMT1632 PMT1633     FALSE 0.352 62.000 0.000 NA   NA
 568759 1203806 PMT1635       FALSE 0.197 117.000 0.051 NA   NA
 568760 1204216 PMT1636       FALSE 0.323 15.000 0.000 NA   NA
 568761 568762 PMT1637 PMT1638     TRUE 0.924 57.000 1.000 NA   NA
 568762 1204218 PMT1638       FALSE 0.145 93.000 0.000 NA   NA
 1204218 568763   PMT1639   hrpB FALSE 0.189 82.000 0.000 NA   NA
 568763 568764 PMT1639 PMT1640 hrpB hli2 FALSE 0.475 31.000 0.012 NA   NA
 568764 1203807 PMT1640   hli2   FALSE 0.365 126.000 0.357 NA   NA
 1203807 568765   PMT1641   xseA FALSE 0.460 -10.000 0.013 NA   NA
 568765 568766 PMT1641 PMT1642 xseA   TRUE 0.972 -3.000 0.412 0.001   NA
 568766 1208255 PMT1642       FALSE 0.004 471.000 0.000 NA   NA
 1204220 568767   PMT1643     FALSE 0.345 28.000 0.000 NA   NA
 568768 568769 PMT1644 PMT1645     TRUE 0.902 2.000 0.154 NA   NA
 568769 568770 PMT1645 PMT1646   rbn FALSE 0.670 61.000 0.069 NA   NA
 807275 568771   RNA_46 rrf 23S_rRNA FALSE 0.016 -112.000 0.000 NA   NA
 568771 568772 RNA_46 RNA_52 23S_rRNA   FALSE 0.014 -114.000 0.000 NA   NA
 568772 568773 RNA_52 RNA_51     FALSE 0.091 107.000 0.000 NA   NA
 568773 807271 RNA_51     rrl FALSE 0.008 -2874.000 0.000 NA   NA
 1204224 568774   RNA_35   tRNA-Ala4 FALSE 0.014 -114.000 0.000 NA   NA
 568774 568775 RNA_35 RNA_34 tRNA-Ala4 tRNA-Ile2 FALSE 0.358 10.000 0.000 NA   NA
 568775 568776 RNA_34 RNA_50 tRNA-Ile2 tRNA-SeC1 FALSE 0.020 183.000 0.000 NA   NA
 568776 807273 RNA_50   tRNA-SeC1 rrs FALSE 0.008 -1464.000 0.000 NA   NA
 568778 568779 PMT1648 PMT1649 petD petB TRUE 0.731 91.000 0.471 0.045   NA
 568780 568781 PMT1650 PMT1651 ctpA   TRUE 0.912 -3.000 0.071 1.000   NA
 568781 568782 PMT1651 PMT1652   minC FALSE 0.679 36.000 0.038 1.000   NA
 568782 568783 PMT1652 PMT1653 minC minD FALSE 0.509 154.000 0.368 1.000 Y NA
 568783 568784 PMT1653 PMT1654 minD minE TRUE 0.962 5.000 0.347 NA Y NA
 568784 1295847 PMT1654   minE   FALSE 0.363 32.000 0.000 NA   NA
 1295847 568785   PMT1655     FALSE 0.020 -100.000 0.000 NA   NA
 568785 568786 PMT1655 RNA_20   tRNA-Thr2 FALSE 0.375 -9.000 0.000 NA   NA
 1362762 568788   PMT1657 pseudo   FALSE 0.333 13.000 0.000 NA   NA
 568790 568791 PMT1659 PMT1660 sua5 hemK TRUE 0.857 -28.000 0.444 NA Y NA
 568791 568792 PMT1660 PMT1661 hemK smf TRUE 0.708 10.000 0.011 1.000 N NA
 568792 568793 PMT1661 PMT1662 smf   FALSE 0.227 91.000 0.012 NA   NA
 1204231 568794   PMT1663   psbM FALSE 0.090 -37.000 0.000 NA   NA
 568794 568795 PMT1663 PMT1664 psbM fdx FALSE 0.274 156.000 0.472 1.000   NA
 568796 568797 PMT1665 PMT1666 psbB psbT TRUE 0.925 52.000 0.651 0.045   NA
 568797 1204232 PMT1666   psbT   FALSE 0.393 43.000 0.000 NA   NA
 1204232 568798   PMT1667     FALSE 0.367 33.000 0.000 NA   NA
 568798 568799 PMT1667 PMT1668   rps1a FALSE 0.236 102.000 0.025 NA   NA
 568799 568800 PMT1668 PMT1669 rps1a   TRUE 0.709 17.000 0.112 1.000   NA
 568800 568801 PMT1669 PMT1670   metK FALSE 0.683 44.000 0.030 1.000   NA
 568801 568802 PMT1670 PMT1671 metK xylB TRUE 0.780 8.000 0.028 1.000 N NA
 568802 568803 PMT1671 PMT1672 xylB   FALSE 0.051 190.000 0.041 NA   NA
 568803 568804 PMT1672 PMT1673     FALSE 0.266 82.000 0.011 NA   NA
 1204233 1295703         FALSE 0.100 104.000 0.000 NA   NA
 568805 568806 RNA_21 PMT1674 tRNA-Phe1   FALSE 0.380 8.000 0.000 NA   NA
 1295744 568809   PMT1677   cpeS TRUE 0.793 -10.000 0.259 NA   NA
 568809 568810 PMT1677 PMT1678 cpeS cpeT FALSE 0.234 -87.000 0.444 NA   NA
 1208257 568811   PMT1679   cpeY FALSE 0.333 13.000 0.000 NA   NA
 1204236 568812   PMT1680     FALSE 0.003 1705.000 0.000 NA   NA
 568816 1204238 PMT1684       FALSE 0.408 6.000 0.000 NA   NA
 1204238 568817   PMT1685   ho1 FALSE 0.076 113.000 0.000 NA   NA
 568817 1204239 PMT1685   ho1   FALSE 0.256 75.000 0.000 NA   NA
 1204239 568818   PMT1686   pebA FALSE 0.419 -7.000 0.000 NA   NA
 568818 568819 PMT1686 PMT1687 pebA pebB TRUE 0.981 -3.000 0.808 0.001   NA
 568819 1295632 PMT1687   pebB   FALSE 0.393 43.000 0.000 NA   NA
 1295632 568820   PMT1688   wzb FALSE 0.668 1.000 0.000 NA   NA
 568821 568822 PMT1689 PMT1690 panC rlpA FALSE 0.674 30.000 0.012 NA N NA
 568823 568824 PMT1691 PMT1692 purM,purG   FALSE 0.044 171.000 0.018 NA   NA
 568824 1295811 PMT1692       FALSE 0.127 97.000 0.000 NA   NA
 1295811 568825   PMT1693     FALSE 0.033 -76.000 0.000 NA   NA
 568825 568826 PMT1693 PMT1694     TRUE 0.882 5.000 0.346 NA   NA
 568827 1204241 PMT1695       FALSE 0.333 13.000 0.000 NA   NA
 1204241 568828   PMT1696     FALSE 0.345 28.000 0.000 NA   NA
 568828 568829 PMT1696 PMT1697     FALSE 0.011 239.000 0.000 NA   NA
 568829 1204243 PMT1697       TRUE 0.947 1.000 0.333 NA   NA
 1295626 568830   PMT1698     FALSE 0.012 -126.000 0.000 NA   NA
 568830 568831 PMT1698 PMT1699     FALSE 0.398 53.000 0.000 NA   NA
 1295815 1295603         TRUE 0.729 0.000 0.000 NA   NA
 1295603 568832   PMT1700     FALSE 0.011 237.000 0.000 NA   NA
 568834 568835 PMT1701 PMT1702     TRUE 0.907 41.000 0.667 NA   NA
 568836 1204244 PMT1703   rnd   TRUE 0.729 0.000 0.000 NA   NA
 1204244 1204245         FALSE 0.041 137.000 0.000 NA   NA
 568837 568838 PMT1704 PMT1705     TRUE 0.728 73.000 0.238 NA   NA
 568840 568841 PMT1707 PMT1708 mrp rodA TRUE 0.959 3.000 0.041 1.000 Y NA
 568841 568842 PMT1708 PMT1709 rodA   TRUE 0.928 -3.000 0.024 1.000 N NA
 568842 568843 PMT1709 PMT1710   psaD FALSE 0.458 119.000 0.381 1.000   NA
 568843 568844 PMT1710 PMT1711 psaD trpE FALSE 0.700 65.000 0.091 1.000   NA
 568844 568845 PMT1711 PMT1712 trpE   TRUE 0.904 -3.000 0.059 1.000   NA
 568845 568846 PMT1712 PMT1713   ppc TRUE 0.969 -3.000 0.457 1.000   NA
 568846 568847 PMT1713 PMT1714 ppc   FALSE 0.682 -28.000 0.500 NA   NA
 568853 568854 PMT1719 PMT1720 moeB   FALSE 0.461 -28.000 0.108 1.000   NA
 568859 568860 PMT1725 PMT1726 dinG   TRUE 0.708 42.000 0.072 NA   NA
 568861 568862 PMT1727 PMT1728 recA   FALSE 0.056 154.000 0.019 NA   NA
 568862 568863 PMT1728 RNA_31   tRNA-Gln1 FALSE 0.296 70.000 0.000 NA   NA
 568863 568864 RNA_31 PMT1729 tRNA-Gln1   FALSE 0.096 105.000 0.000 NA   NA
 568864 568865 PMT1729 PMT1730   hycB TRUE 0.815 55.000 0.189 1.000   NA
 568865 568866 PMT1730 PMT1731 hycB   TRUE 0.860 72.000 0.595 1.000   NA
 568867 568868 PMT1732 PMT1733 rpl3 rpl4 TRUE 0.990 0.000 0.361 0.015 Y NA
 568868 568869 PMT1733 PMT1734 rpl4 rpl23 TRUE 0.972 -7.000 0.513 0.015 Y NA
 568869 568870 PMT1734 PMT1735 rpl23 rpl2 TRUE 0.967 17.000 0.849 0.017 Y NA
 568870 568871 PMT1735 PMT1736 rpl2 rps19 TRUE 0.974 36.000 0.820 0.020 Y NA
 568871 568872 PMT1736 PMT1737 rps19 rpl22 TRUE 0.980 5.000 0.769 0.020 Y NA
 568872 568873 PMT1737 PMT1738 rpl22 rps3 TRUE 0.964 20.000 0.719 0.020 Y NA
 568873 568874 PMT1738 PMT1739 rps3 rpl16 TRUE 0.966 17.000 0.828 0.020 Y NA
 568874 568875 PMT1739 PMT1740 rpl16 rpl29 TRUE 0.984 4.000 0.802 0.015 Y NA
 568875 568876 PMT1740 PMT1741 rpl29 rps17 TRUE 0.966 18.000 0.828 0.015 Y NA
 568876 568877 PMT1741 PMT1742 rps17 rpl14 TRUE 0.993 -3.000 0.791 0.020 Y NA
 568877 568878 PMT1742 PMT1743 rpl14 rpl24 TRUE 0.974 2.000 0.071 0.020 Y NA
 568879 568880 PMT1744 PMT1745 rpl5 rps8 TRUE 0.915 25.000 0.059 0.015 Y NA
 568880 568881 PMT1745 PMT1746 rps8 rpl6 TRUE 0.966 16.000 0.808 0.015 Y NA
 568881 568882 PMT1746 PMT1747 rpl6 rpl18 TRUE 0.973 34.000 0.815 0.015 Y NA
 568882 568883 PMT1747 PMT1748 rpl18 rpsE TRUE 0.967 15.000 0.814 0.020 Y NA
 568883 568884 PMT1748 PMT1749 rpsE rpl15 TRUE 0.941 8.000 0.148 0.020 Y NA
 568884 568885 PMT1749 PMT1750 rpl15 secY FALSE 0.702 108.000 0.730 1.000 N NA
 568885 568886 PMT1750 PMT1751 secY adk TRUE 0.761 41.000 0.019 1.000 N NA
 568886 568887 PMT1751 PMT1752 adk rpmJ TRUE 0.716 47.000 0.050 1.000   NA
 568887 568888 PMT1752 PMT1753 rpmJ rps13 FALSE 0.446 108.000 0.194 0.015   NA
 568888 568889 PMT1753 PMT1754 rps13 rps11 TRUE 0.968 64.000 0.810 0.015 Y NA
 568889 568890 PMT1754 PMT1755 rps11 rpoA TRUE 0.903 48.000 0.308 1.000 N NA
 568890 568891 PMT1755 PMT1756 rpoA rpl17 TRUE 0.946 40.000 0.873 1.000 N NA
 568891 568892 PMT1756 PMT1757 rpl17 truA TRUE 0.930 39.000 0.102 1.000 Y NA
 568892 568893 PMT1757 PMT1758 truA rpl13 FALSE 0.225 203.000 0.058 1.000 Y NA
 568893 568894 PMT1758 PMT1759 rpl13 rps9 TRUE 0.992 -3.000 0.601 0.015 Y NA
 568894 568895 PMT1759 PMT1760 rps9 rpl31 TRUE 0.935 49.000 0.062 0.015 Y NA
 568895 568896 PMT1760 PMT1761 rpl31 prfA TRUE 0.931 55.000 0.110 1.000 Y NA
 568898 568899 PMT1763 RNA_22 alr tRNA-Ser4 FALSE 0.326 65.000 0.000 NA   NA
 568901 568902 PMT1765 PMT1766 spr   TRUE 0.917 44.000 0.061 NA Y NA
 568903 568904 PMT1767 PMT1768 psaI psaL TRUE 0.922 45.000 0.583 0.011   NA
 568904 1204251 PMT1768   psaL   FALSE 0.240 -16.000 0.000 NA   NA
 568905 568906 PMT1769 PMT1770 psaB psaA TRUE 0.892 22.000 0.513 0.002   NA
 568907 568908 PMT1771 PMT1772   cbiG/cobJ fusion FALSE 0.030 152.000 0.000 NA   NA
 568909 1204253 PMT1773   crtL2   FALSE 0.702 -3.000 0.000 NA   NA
 1204253 568910   PMT1774     FALSE 0.065 121.000 0.000 NA   NA
 568910 568911 PMT1774 RNA_30   tRNA-Pro2 FALSE 0.016 202.000 0.000 NA   NA
 568913 568914 PMT1776 PMT1777   glsF, gltS TRUE 0.810 4.000 0.086 NA   NA
 568916 568917 PMT1779 PMT1780 rps12 rps7 TRUE 0.961 66.000 0.620 0.003 Y NA
 568917 568918 PMT1780 PMT1781 rps7 fusA TRUE 0.885 93.000 0.579 1.000 Y NA
 568918 568919 PMT1781 PMT1782 fusA tufA TRUE 0.965 43.000 0.400 0.001 Y NA
 568919 1295734 PMT1782   tufA   FALSE 0.121 -31.000 0.000 NA   NA
 1295734 568920   PMT1783   rps10 FALSE 0.367 33.000 0.000 NA   NA
 568920 568921 PMT1783 PMT1784 rps10   FALSE 0.640 59.000 0.025 1.000   NA
 568921 568922 PMT1784 PMT1785     FALSE 0.632 21.000 0.047 1.000   NA
 568925 568926 PMT1788 PMT1789 rnhB rne FALSE 0.196 -52.000 0.000 0.017 N NA
 568926 568927 PMT1789 PMT1790 rne   FALSE 0.032 271.000 0.000 1.000 N NA
 568928 568929 PMT1791 PMT1792     FALSE 0.696 25.000 0.110 NA   NA
 568929 568930 PMT1792 PMT1793     TRUE 0.834 57.000 0.289 NA   NA
 1295809 568932   PMT1795   aroC FALSE 0.091 107.000 0.000 NA   NA
 568932 1362763 PMT1795   aroC pseudo FALSE 0.076 113.000 0.000 NA   NA
 568933 568934 PMT1796 PMT1797   eda TRUE 0.818 62.000 0.294 NA   NA
 568934 568935 PMT1797 PMT1798 eda ftsH2 TRUE 0.844 -16.000 0.415 1.000 N NA
 568935 568936 PMT1798 PMT1799 ftsH2 cysD TRUE 0.822 46.000 0.061 1.000 N NA
 568936 568937 PMT1799 PMT1800 cysD psbO FALSE 0.108 155.000 0.064 1.000   NA
 568939 568940 PMT1802 PMT1803 dfp   FALSE 0.574 -10.000 0.030 NA   NA
 568941 1295605 RNA_23   tRNA-Ala3   FALSE 0.256 75.000 0.000 NA   NA
 1295605 568942   PMT1804     FALSE 0.472 -30.000 0.188 NA   NA
 568942 568943 PMT1804 PMT1805     FALSE 0.327 126.000 0.278 NA   NA
 568943 568944 PMT1805 PMT1806     TRUE 0.778 80.000 0.556 NA   NA
 568945 568946 PMT1807 PMT1808 pyrB mpg TRUE 0.920 -3.000 0.019 1.000 N NA
 568946 568947 PMT1808 PMT1809 mpg   FALSE 0.031 181.000 0.000 1.000   NA
 568947 568948 PMT1809 PMT1810     FALSE 0.010 466.000 0.000 0.012   NA
 568948 568949 PMT1810 PMT1811     FALSE 0.166 112.000 0.000 0.012   NA
 1204259 568952   PMT1814     FALSE 0.045 -61.000 0.000 NA   NA
 568952 568953 PMT1814 PMT1815   gatC TRUE 0.805 -3.000 0.015 NA   NA
 568954 568955 PMT1816 RNA_29 crtR tRNA-Leu3 FALSE 0.397 44.000 0.000 NA   NA
 1204260 1204261         FALSE 0.702 -3.000 0.000 NA   NA
 1204261 568957   PMT1818     FALSE 0.358 31.000 0.000 NA   NA
 568958 568959 PMT1819 PMT1820     TRUE 0.859 3.000 0.106 NA   NA
 568959 568960 PMT1820 PMT1821     TRUE 0.949 0.000 0.226 NA   NA
 568960 568961 PMT1821 PMT1822     TRUE 0.968 -3.000 0.324 NA N NA
 1295576 568963   PMT1824     FALSE 0.161 89.000 0.000 NA   NA
 568966 1295733 PMT1827       FALSE 0.333 13.000 0.000 NA   NA
 1295733 568967   PMT1828   dcd FALSE 0.127 97.000 0.000 NA   NA
 568967 568968 PMT1828 PMT1829 dcd   TRUE 0.955 0.000 0.091 1.000 N NA
 568969 568970 PMT1830 PMT1831 rph ntcA FALSE 0.151 141.000 0.015 1.000 N NA
 568970 568971 PMT1831 PMT1832 ntcA   TRUE 0.872 66.000 0.612 NA   NA
 568971 568972 PMT1832 PMT1833     FALSE 0.308 -30.000 0.047 NA   NA
 568973 568974 PMT1834 PMT1835   pth TRUE 0.858 0.000 0.022 NA   NA
 568974 568975 PMT1835 PMT1836 pth   TRUE 0.727 8.000 0.011 1.000 N NA
 568975 568976 PMT1836 PMT1837   psbH TRUE 0.837 35.000 0.262 1.000   NA
 568979 568980 PMT1840 PMT1841 psbI   FALSE 0.080 259.000 0.324 NA   NA
 568981 568982 PMT1842 PMT1843   leuD FALSE 0.568 73.000 0.064 NA   NA
 568982 568983 PMT1843 PMT1844 leuD leuC TRUE 0.951 60.000 0.268 0.001 Y NA
 568983 568984 PMT1844 PMT1845 leuC cinA FALSE 0.635 26.000 0.032 1.000   NA
 568984 568985 PMT1845 PMT1846 cinA rfe FALSE 0.399 -25.000 0.032 1.000   NA
 568985 568986 PMT1846 PMT1847 rfe glyA FALSE 0.635 89.000 0.137 1.000 N NA
 568988 568989 PMT1848 PMT1849     TRUE 0.909 43.000 0.667 NA   NA
 568989 568990 PMT1849 PMT1850     TRUE 0.833 26.000 0.359 NA   NA
 568994 568995 PMT1854 PMT1855 lytB   TRUE 0.760 62.000 0.175 NA   NA
 568995 568996 PMT1855 PMT1856     FALSE 0.326 65.000 0.000 NA   NA
 1204268 569000   PMT1860     FALSE 0.393 43.000 0.000 NA   NA
 569002 569003 PMT1862 PMT1863 tgt psbK FALSE 0.653 31.000 0.034 1.000   NA
 569004 569005 PMT1864 PMT1865 rffM   FALSE 0.032 179.000 0.000 1.000   NA
 569005 569006 PMT1865 PMT1866     TRUE 0.803 4.000 0.078 NA   NA
 569006 569007 PMT1866 PMT1867     FALSE 0.336 101.000 0.077 NA   NA
 569008 569009 PMT1868 PMT1869 pyrE   TRUE 0.888 -3.000 0.034 1.000   NA
 569011 569012 PMT1871 PMT1872     TRUE 0.923 -3.000 0.020 1.000 N NA
 569014 1204270 PMT1874       FALSE 0.318 16.000 0.000 NA   NA
 569015 569016 PMT1875 PMT1876     FALSE 0.345 28.000 0.000 NA   NA
 569016 569017 PMT1876 PMT1877     FALSE 0.240 -16.000 0.000 NA   NA
 569017 569018 PMT1877 PMT1878     FALSE 0.333 13.000 0.000 NA   NA
 569019 569020 PMT1879 PMT1880   hisB FALSE 0.698 67.000 0.020 1.000 N NA
 569020 569021 PMT1880 PMT1881 hisB fabI TRUE 0.734 28.000 0.021 1.000 N NA
 569021 569022 PMT1881 PMT1882 fabI   FALSE 0.119 100.000 0.000 NA   NA
 569023 569024 PMT1883 PMT1884   degT TRUE 0.713 55.000 0.057 1.000   NA
 569025 569026 PMT1885 PMT1886   folK FALSE 0.680 55.000 0.033 1.000   NA
 569028 569029 PMT1888 PMT1889     TRUE 0.992 0.000 0.690 NA Y NA
 569031 569032 PMT1891 PMT1892 ndhJ ndhK TRUE 0.990 -3.000 0.406 0.002 Y NA
 569032 569033 PMT1892 PMT1893 ndhK ndhC TRUE 0.973 5.000 0.428 0.002 Y NA
 569034 569035 PMT1894 PMT1895 rub   TRUE 0.870 13.000 0.521 NA   NA
 569035 569036 PMT1895 PMT1896   psbE FALSE 0.592 107.000 0.625 NA   NA
 569036 569037 PMT1896 PMT1897 psbE psbF TRUE 0.960 4.000 0.837 0.002   NA
 569037 569038 PMT1897 PMT1898 psbF psbL TRUE 0.916 16.000 0.872 0.003   NA
 569038 569039 PMT1898 PMT1899 psbL psbJ TRUE 0.922 13.000 0.878 0.003   NA
 1204272 1204273         FALSE 0.065 121.000 0.000 NA   NA
 1204273 569041   PMT1901     FALSE 0.702 -3.000 0.000 NA   NA
 1204274 1204275         FALSE 0.264 -15.000 0.000 NA   NA
 569043 569044 PMT1903 PMT1904   ugd TRUE 0.982 -3.000 0.157 1.000 Y NA
 569044 569045 PMT1904 PMT1905 ugd hisS FALSE 0.321 104.000 0.008 1.000 N NA
 569045 1295563 PMT1905   hisS   FALSE 0.204 80.000 0.000 NA   NA
 1295563 1204276         FALSE 0.038 140.000 0.000 NA   NA
 1204276 1204278         FALSE 0.006 333.000 0.000 NA   NA
 569047 569048 PMT1907 PMT1908 galE   TRUE 0.853 63.000 0.000 NA Y NA
 1362764 569050   PMT1910 pseudo   FALSE 0.348 29.000 0.000 NA   NA
 569051 569052 PMT1911 PMT1912 kpsF   TRUE 0.886 -3.000 0.031 1.000   NA
 569052 569053 PMT1912 PMT1913     FALSE 0.072 149.000 0.023 NA   NA
 569054 569055 PMT1914 PMT1915 kdsB   FALSE 0.648 6.000 0.020 1.000   NA
 569056 1362766 PMT1916     pseudo TRUE 0.729 0.000 0.000 NA   NA
 1362766 569057   PMT1917 pseudo uvrD FALSE 0.324 22.000 0.000 NA   NA
 569058 569059 PMT1918 PMT1919     FALSE 0.578 3.000 0.000 NA   NA
 569060 569061 PMT1920 PMT1921     TRUE 0.729 0.000 0.000 NA   NA
 569061 569062 PMT1921 PMT1922     FALSE 0.367 33.000 0.000 NA   NA
 569062 569063 PMT1922 PMT1923     FALSE 0.393 54.000 0.000 NA   NA
 569063 569064 PMT1923 PMT1924     FALSE 0.702 -3.000 0.000 NA   NA
 1204281 569065   PMT1925   kdsA FALSE 0.344 27.000 0.000 NA   NA
 1204282 569066   PMT1926     FALSE 0.702 -3.000 0.000 NA   NA
 569066 569067 PMT1926 PMT1927     TRUE 0.898 8.000 0.000 0.013 Y NA
 569067 569068 PMT1927 PMT1928     TRUE 0.984 -3.000 0.133 0.013 Y NA
 569068 569069 PMT1928 PMT1929     TRUE 0.883 6.000 0.200 1.000 N NA
 569069 569070 PMT1929 PMT1930     FALSE 0.227 175.000 0.435 1.000   NA
 569070 569071 PMT1930 PMT1932     TRUE 0.880 29.000 0.478 1.000   NA
 1204284 569072   PMT1933     FALSE 0.702 -3.000 0.000 NA   NA
 569073 1204285 PMT1934       FALSE 0.344 26.000 0.000 NA   NA
 569074 569075 PMT1935 PMT1936 icd   FALSE 0.004 502.000 0.000 NA   NA
 569078 569079 PMT1939 PMT1940 glcE   FALSE 0.004 613.000 0.000 NA   NA
 569079 569080 PMT1940 PMT1941     FALSE 0.408 6.000 0.000 NA   NA
 569081 569082 PMT1942 PMT1943 galM   TRUE 0.860 8.000 0.339 1.000   NA
 569082 569083 PMT1943 PMT1944   kefB FALSE 0.698 75.000 0.179 1.000   NA
 569083 569084 PMT1944 PMT1945 kefB   FALSE 0.046 -55.000 0.000 NA   NA
 569086 569087 PMT1947 PMT1948     TRUE 0.926 38.000 0.950 NA   NA
 569087 569088 PMT1948 RNA_27   tRNA-Arg2 FALSE 0.135 95.000 0.000 NA   NA
 569088 1204288 RNA_27   tRNA-Arg2   FALSE 0.341 12.000 0.000 NA   NA
 569089 807276 RNA_47   rnpB rnpB FALSE 0.010 -397.000 0.000 NA   NA
 807276 1204289     rnpB   FALSE 0.090 -37.000 0.000 NA   NA
 1204289 569090   PMT1949   rnc TRUE 0.729 0.000 0.000 NA   NA
 569092 569093 PMT1951 PMT1952 rimM manC TRUE 0.728 57.000 0.011 1.000 N NA
 569094 569095 PMT1953 PMT1954 glmS psaC FALSE 0.545 86.000 0.031 1.000 N NA
 569096 569097 PMT1955 PMT1956 acpP fabF TRUE 0.950 9.000 0.346 1.000 Y NA
 569097 569098 PMT1956 PMT1957 fabF tktA TRUE 0.821 53.000 0.062 1.000 N NA
 569098 569099 PMT1957 PMT1958 tktA rfbB FALSE 0.450 135.000 0.055 1.000 Y NA
 569099 569100 PMT1958 PMT1959 rfbB   FALSE 0.178 196.000 0.000 1.000 Y NA
 1295779 569101   PMT1960     FALSE 0.009 279.000 0.000 NA   NA
 569101 569102 PMT1960 PMT1961     TRUE 0.705 37.000 0.073 NA   NA
 1204290 569103   PMT1962     FALSE 0.011 242.000 0.000 NA   NA
 569103 569104 PMT1962 PMT1963   rbfA TRUE 0.784 3.000 0.030 NA   NA
 569104 569105 PMT1963 PMT1964 rbfA   TRUE 0.930 -3.000 0.025 1.000 N NA
 569105 569106 PMT1964 PMT1965     FALSE 0.429 -37.000 0.081 1.000 N NA
 569106 569107 PMT1965 PMT1966   hemD TRUE 0.926 -3.000 0.022 1.000 N NA
 1208262 569108   PMT1967     FALSE 0.429 -31.000 0.156 NA   NA
 569108 569109 PMT1967 PMT1968   crtQ TRUE 0.960 3.000 0.800 NA   NA
 569110 569111 PMT1969 PMT1970     TRUE 0.851 60.000 0.375 NA   NA
 569111 569112 PMT1970 PMT1971     TRUE 0.947 2.000 0.389 NA   NA
 569112 569113 PMT1971 PMT1972     FALSE 0.702 -3.000 0.000 NA   NA
 569114 569115 PMT1973 PMT1974     TRUE 0.759 29.000 0.143 1.000   NA
 569117 569118 PMT1976 PMT1977     TRUE 0.962 -3.000 0.364 1.000   NA
 569118 569119 PMT1977 PMT1978   cysK2 TRUE 0.899 24.000 0.714 1.000   NA
 569119 569120 PMT1978 PMT1979 cysK2 som FALSE 0.046 149.000 0.000 1.000   NA
 569120 1295816 PMT1979   som   FALSE 0.082 110.000 0.000 NA   NA
 1295816 1204291         FALSE 0.013 -118.000 0.000 NA   NA
 569121 569122 PMT1980 PMT1981     FALSE 0.008 281.000 0.000 NA   NA
 569122 569123 PMT1981 PMT1982     FALSE 0.397 44.000 0.000 NA   NA
 569123 569124 PMT1982 PMT1983     FALSE 0.490 82.000 0.091 NA   NA