MicrobesOnline Operon Predictions for Staphylococcus aureus subsp. aureus ED98

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column Description
Gene1 VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1 Systematic name of 1st gene in pair
Name1 Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2 VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2 Systematic name of 2nd gene in pair
Name2 Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim Whether the genes share a COG category or not
ExprSim Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

 Gene1 Gene2 SysName1 SysName2 Name1 Name2 bOp pOp Sep MOGScore GOScore COGSim ExprSim
 10448709 10448710 SAAV_0001 SAAV_0002 dnaA dnaN FALSE 0.438 278.000 0.328 1.000 Y NA
 10448710 10448711 SAAV_0002 SAAV_0003 dnaN   FALSE 0.083 381.000 0.103 1.000   NA
 10448711 10448712 SAAV_0003 SAAV_0004   recF TRUE 0.964 -3.000 0.209 1.000   NA
 10448712 10448713 SAAV_0004 SAAV_0005 recF gyrB TRUE 0.984 10.000 0.249 0.006 Y NA
 10448713 10448714 SAAV_0005 SAAV_0006 gyrB gyrA TRUE 0.971 37.000 0.306 0.002 Y NA
 10448716 10448717 SAAV_0008 SAAV_0010 hutH serS FALSE 0.096 379.000 0.000 0.060 N NA
 10448717 10448718 SAAV_0010 SAAV_0011 serS   FALSE 0.021 651.000 0.000 NA N NA
 10448718 10448719 SAAV_0011 SAAV_0012     TRUE 0.966 -3.000 0.338 NA   NA
 10448719 10448720 SAAV_0012 SAAV_0014     FALSE 0.025 363.000 0.000 NA   NA
 10448720 10448721 SAAV_0014 SAAV_0015     FALSE 0.044 308.000 0.011 NA   NA
 10448721 10448722 SAAV_0015 SAAV_0016     TRUE 0.779 15.000 0.039 NA   NA
 10448722 10448723 SAAV_0016 SAAV_0017   rplI TRUE 0.928 -3.000 0.008 1.000 N NA
 10448723 10448724 SAAV_0017 SAAV_0018 rplI dnaB TRUE 0.773 32.000 0.064 1.000 N NA
 10448724 10448725 SAAV_0018 SAAV_0019 dnaB purA FALSE 0.090 278.000 0.018 1.000 N NA
 10448725 10448726 SAAV_0019 SAAV_0020 purA   FALSE 0.021 429.000 0.000 NA   NA
 10448726 10448727 SAAV_0020 SAAV_0021     TRUE 0.630 8.000 0.000 NA   NA
 10448727 10448728 SAAV_0021 SAAV_0022   yycF FALSE 0.017 617.000 0.000 NA   NA
 10448728 10448729 SAAV_0022 SAAV_0023 yycF yycG TRUE 0.989 13.000 0.597 0.014 Y NA
 10448729 10448730 SAAV_0023 SAAV_0024 yycG yycH TRUE 0.981 -7.000 0.575 NA   NA
 10448730 10448731 SAAV_0024 SAAV_0025 yycH yycI TRUE 0.970 1.000 0.890 NA   NA
 10448731 10448732 SAAV_0025 SAAV_0026 yycI yycJ FALSE 0.080 389.000 0.176 NA   NA
 10448732 10448733 SAAV_0026 SAAV_0027 yycJ   FALSE 0.071 227.000 0.000 1.000   NA
 10448735 10448736 SAAV_0029 SAAV_0030     FALSE 0.110 147.000 0.000 NA   NA
 10448737 10448738 SAAV_0031 SAAV_0032     FALSE 0.034 434.000 0.000 1.000   NA
 10448738 10448739 SAAV_0032 SAAV_0033     TRUE 0.792 0.000 0.000 NA   NA
 10448740 10448741 SAAV_0034 SAAV_0035     TRUE 0.620 31.000 0.000 1.000   NA
 10448741 10448742 SAAV_0035 SAAV_0036     TRUE 0.743 19.000 0.000 1.000   NA
 10448744 10448745 SAAV_0038 SAAV_0039     FALSE 0.357 49.000 0.000 NA   NA
 10448745 10448746 SAAV_0039 SAAV_0040     FALSE 0.050 208.000 0.000 NA   NA
 10448746 10448747 SAAV_0040 SAAV_0041     FALSE 0.038 267.000 0.000 NA   NA
 10448747 10448748 SAAV_0041 SAAV_0042     FALSE 0.313 57.000 0.000 NA   NA
 10448748 10448749 SAAV_0042 SAAV_0043   plc FALSE 0.050 206.000 0.000 NA   NA
 10448749 10448750 SAAV_0043 SAAV_0044 plc   FALSE 0.045 221.000 0.000 NA   NA
 10448750 10448751 SAAV_0044 SAAV_0045     FALSE 0.343 52.000 0.000 NA   NA
 10448751 10448752 SAAV_0045 SAAV_0046     FALSE 0.255 68.000 0.000 NA   NA
 10448753 10448754 SAAV_0047 SAAV_0048     TRUE 0.976 -34.000 0.000 0.068   NA
 10448754 10448755 SAAV_0048 SAAV_0049     FALSE 0.165 112.000 0.000 NA   NA
 10448755 10448756 SAAV_0049 SAAV_0050     FALSE 0.357 49.000 0.000 NA   NA
 10448756 10448757 SAAV_0050 SAAV_0051     TRUE 0.633 7.000 0.000 NA   NA
 10448757 10448758 SAAV_0051 SAAV_0052     TRUE 0.893 -10.000 0.000 NA   NA
 10448758 10448759 SAAV_0052 SAAV_0053     TRUE 0.659 16.000 0.000 NA   NA
 10448759 10448760 SAAV_0053 SAAV_0054     TRUE 0.626 13.000 0.000 NA   NA
 10448760 10448761 SAAV_0054 SAAV_0055     FALSE 0.306 58.000 0.000 NA   NA
 10448763 10448764 SAAV_0057 SAAV_0058     FALSE 0.453 35.000 0.000 NA   NA
 10448764 10448765 SAAV_0058 SAAV_0059     TRUE 0.640 6.000 0.000 NA   NA
 10448765 10448766 SAAV_0059 SAAV_0060     TRUE 0.656 5.000 0.000 NA   NA
 10448766 10448767 SAAV_0060 SAAV_0061     FALSE 0.192 91.000 0.000 NA   NA
 10448767 10448768 SAAV_0061 SAAV_0062     FALSE 0.067 180.000 0.000 NA   NA
 10448768 10448769 SAAV_0062 SAAV_0063     TRUE 0.681 4.000 0.000 NA   NA
 10448769 10448770 SAAV_0063 SAAV_0064     FALSE 0.413 39.000 0.000 NA   NA
 10448770 10448771 SAAV_0064 SAAV_0065     FALSE 0.096 157.000 0.000 NA   NA
 10448772 10448773 SAAV_0066 SAAV_0067     FALSE 0.197 89.000 0.000 NA   NA
 10448773 10448774 SAAV_0067 SAAV_0068     FALSE 0.260 67.000 0.000 NA   NA
 10448774 10448775 SAAV_0068 SAAV_0069     FALSE 0.123 136.000 0.000 NA   NA
 10448775 10448776 SAAV_0069 SAAV_0070     FALSE 0.159 151.000 0.000 1.000   NA
 10448776 10448777 SAAV_0070 SAAV_0071     TRUE 0.740 2.000 0.000 NA   NA
 10448778 10448779 SAAV_0072 SAAV_0073     FALSE 0.029 325.000 0.000 NA   NA
 10448779 10448780 SAAV_0073 SAAV_0074     FALSE 0.075 174.000 0.000 NA   NA
 10448781 10448782 SAAV_0075 SAAV_0076     FALSE 0.059 190.000 0.000 NA   NA
 10448782 10448783 SAAV_0076 SAAV_0077     FALSE 0.038 262.000 0.000 NA   NA
 10448784 10448785 SAAV_0078 SAAV_0080 spa sarS FALSE 0.017 577.000 0.000 NA   NA
 10448785 10448786 SAAV_0080 SAAV_0081 sarS sirC FALSE 0.039 369.000 0.000 1.000   NA
 10448786 10448787 SAAV_0081 SAAV_0082 sirC sirB TRUE 0.991 -3.000 0.091 0.037 Y NA
 10448787 10448788 SAAV_0082 SAAV_0083 sirB sirA TRUE 0.964 16.000 0.111 1.000 Y NA
 10448789 10448790 SAAV_0084 SAAV_0085     TRUE 0.973 9.000 0.333 1.000 Y NA
 10448790 10448791 SAAV_0085 SAAV_0086     TRUE 0.897 21.000 0.171 1.000 N NA
 10448791 10448792 SAAV_0086 SAAV_0087     TRUE 0.974 -7.000 0.171 1.000 N NA
 10448792 10448793 SAAV_0087 SAAV_0088     TRUE 0.983 -10.000 0.278 1.000 N NA
 10448793 10448794 SAAV_0088 SAAV_0089     TRUE 0.998 -91.000 0.172 0.001 Y NA
 10448794 10448795 SAAV_0089 SAAV_0090     TRUE 0.988 -25.000 0.355 1.000 N NA
 10448795 10448796 SAAV_0090 SAAV_0091     TRUE 0.955 0.000 0.185 1.000 N NA
 10448796 10448797 SAAV_0091 SAAV_0092     TRUE 0.871 4.000 0.037 1.000 N NA
 10448797 10448798 SAAV_0092 SAAV_0093     FALSE 0.054 196.000 0.000 NA   NA
 10448798 10448799 SAAV_0093 SAAV_0094     FALSE 0.048 212.000 0.000 NA   NA
 10448799 10448800 SAAV_0094 SAAV_0095     FALSE 0.113 144.000 0.000 NA   NA
 10448800 10448801 SAAV_0095 SAAV_0096     FALSE 0.215 79.000 0.000 NA   NA
 10448801 10448802 SAAV_0096 SAAV_0097     TRUE 0.986 -37.000 0.000 NA Y NA
 10448802 10448803 SAAV_0097 SAAV_0098     FALSE 0.250 210.000 0.000 NA Y NA
 10448803 10448804 SAAV_0098 SAAV_0099     TRUE 0.907 -19.000 0.000 NA   NA
 10448804 10448805 SAAV_0099 SAAV_0100     TRUE 0.893 -10.000 0.000 NA   NA
 10448805 10448806 SAAV_0100 SAAV_0101   sodA1 FALSE 0.060 268.000 0.000 1.000   NA
 10448806 10448807 SAAV_0101 SAAV_0102 sodA1   FALSE 0.039 368.000 0.000 1.000   NA
 10448809 10448810 SAAV_0104 SAAV_0105 deoD1   TRUE 0.879 7.000 0.100 1.000 N NA
 10448810 10448811 SAAV_0105 SAAV_0106   deoC1 FALSE 0.410 81.000 0.013 1.000 N NA
 10448811 10448812 SAAV_0106 SAAV_0107 deoC1 deoB TRUE 0.838 28.000 0.000 0.059 N NA
 10448813 10448814 SAAV_0108 SAAV_0109     TRUE 0.997 -3.000 0.689 0.002 Y NA
 10448814 10448815 SAAV_0109 SAAV_0110     TRUE 0.994 2.000 0.654 0.002 Y NA
 10448815 10448816 SAAV_0110 SAAV_0111     TRUE 0.723 195.000 0.308 0.002 Y NA
 10448817 10448818 SAAV_0112 SAAV_0113     TRUE 0.585 51.000 0.091 NA   NA
 10448818 10448819 SAAV_0113 SAAV_0114     FALSE 0.096 157.000 0.000 NA   NA
 10448819 10448820 SAAV_0114 SAAV_0115     TRUE 0.869 6.000 0.182 NA   NA
 10448820 10448821 SAAV_0115 SAAV_0116     FALSE 0.045 385.000 0.000 1.000 N NA
 10448821 10448822 SAAV_0116 SAAV_0117   cap5A FALSE 0.052 343.000 0.000 1.000 N NA
 10448822 10448823 SAAV_0117 SAAV_0118 cap5A cap5B TRUE 0.794 16.000 0.000 1.000 N NA
 10448823 10448824 SAAV_0118 SAAV_0119 cap5B cap5C TRUE 0.831 3.000 0.000 1.000 N NA
 10448824 10448825 SAAV_0119 SAAV_0120 cap5C cap5D TRUE 0.981 20.000 0.667 1.000 Y NA
 10448825 10448826 SAAV_0120 SAAV_0121 cap5D cap5E TRUE 0.991 -10.000 1.000 1.000   NA
 10448826 10448827 SAAV_0121 SAAV_0122 cap5E cap5F TRUE 0.795 13.000 0.019 1.000   NA
 10448827 10448828 SAAV_0122 SAAV_0123 cap5F cap5G TRUE 0.991 4.000 0.477 0.004 Y NA
 10448828 10448829 SAAV_0123 SAAV_0124 cap5G cap5H TRUE 0.833 3.000 0.005 1.000   NA
 10448829 10448830 SAAV_0124 SAAV_0125 cap5H cap5I TRUE 0.791 5.000 0.002 1.000   NA
 10448830 10448831 SAAV_0125 SAAV_0126 cap5I cap5J TRUE 0.917 14.000 0.000 NA Y NA
 10448831 10448832 SAAV_0126 SAAV_0127 cap5J cap5K TRUE 0.874 -7.000 0.000 NA   NA
 10448832 10448833 SAAV_0127 SAAV_0128 cap5K cap5L TRUE 0.761 1.000 0.000 NA   NA
 10448833 10448834 SAAV_0128 SAAV_0129 cap5L cap5M TRUE 0.930 11.000 0.015 NA Y NA
 10448834 10448835 SAAV_0129 SAAV_0130 cap5M cap5N TRUE 0.985 0.000 0.297 NA Y NA
 10448835 10448836 SAAV_0130 SAAV_0131 cap5N cap5O TRUE 0.823 54.000 0.009 1.000 Y NA
 10448836 10448837 SAAV_0131 SAAV_0132 cap5O cap5P TRUE 0.793 77.000 0.105 1.000 Y NA
 10448838 10448839 SAAV_0133 SAAV_0134     TRUE 0.633 7.000 0.000 NA   NA
 10448840 10448841 SAAV_0135 SAAV_0136 aldA1   FALSE 0.033 647.000 0.000 1.000 N NA
 10448843 10448844 SAAV_0138 SAAV_0139     FALSE 0.027 342.000 0.000 NA   NA
 10448844 10448845 SAAV_0139 SAAV_0140     TRUE 0.953 14.000 0.130 NA Y NA
 10448845 10448846 SAAV_0140 SAAV_0141     TRUE 0.992 -3.000 0.652 NA Y NA
 10448846 10448847 SAAV_0141 SAAV_0142     TRUE 0.836 13.000 0.032 1.000 N NA
 10448847 10448848 SAAV_0142 SAAV_0143     FALSE 0.033 289.000 0.000 NA   NA
 10448848 10448849 SAAV_0143 SAAV_0145     FALSE 0.227 75.000 0.000 NA   NA
 10448849 10448850 SAAV_0145 SAAV_0146     FALSE 0.023 386.000 0.000 NA   NA
 10448850 10448851 SAAV_0146 SAAV_0147     FALSE 0.043 429.000 0.049 NA   NA
 10448851 10448852 SAAV_0147 SAAV_0148     TRUE 0.928 13.000 0.333 1.000 N NA
 10448853 10448854 SAAV_0149 SAAV_0150   argB FALSE 0.040 255.000 0.000 NA   NA
 10448854 10448855 SAAV_0150 SAAV_0151 argB argJ TRUE 0.975 16.000 0.008 0.003 Y NA
 10448855 10448856 SAAV_0151 SAAV_0152 argJ argC TRUE 0.986 12.000 0.303 0.003 Y NA
 10448856 10448857 SAAV_0152 SAAV_0153 argC rocD1 TRUE 0.865 39.000 0.004 1.000 Y NA
 10448857 10448858 SAAV_0153 SAAV_0154 rocD1 brnQ1 FALSE 0.250 259.000 0.000 1.000 Y NA
 10448858 10448859 SAAV_0154 SAAV_0155 brnQ1 entB FALSE 0.067 279.000 0.000 1.000 N NA
 10448859 10448860 SAAV_0155 SAAV_0156 entB ipdC FALSE 0.238 127.000 0.000 1.000 N NA
 10448863 10448864 SAAV_0159 SAAV_0160   murQ TRUE 0.955 0.000 0.234 1.000   NA
 10448864 10448865 SAAV_0160 SAAV_0161 murQ   TRUE 0.908 12.000 0.250 1.000   NA
 10448865 10448866 SAAV_0161 SAAV_0162     TRUE 0.912 3.000 0.100 1.000 N NA
 10448866 10448867 SAAV_0162 SAAV_0163     FALSE 0.032 688.000 0.000 1.000 N NA
 10448869 10448870 SAAV_0165 SAAV_0166     FALSE 0.021 674.000 0.000 NA N NA
 10448870 10448871 SAAV_0166 SAAV_0167     FALSE 0.050 207.000 0.000 NA   NA
 10448871 10448872 SAAV_0167 SAAV_0168     FALSE 0.243 71.000 0.000 NA   NA
 10448872 10448873 SAAV_0168 SAAV_0169     FALSE 0.255 68.000 0.000 NA   NA
 10448873 10448874 SAAV_0169 SAAV_0170     TRUE 0.630 12.000 0.000 NA   NA
 10448876 10448877 SAAV_0172 SAAV_0173     TRUE 0.990 6.000 0.833 0.037 Y NA
 10448877 10448878 SAAV_0173 SAAV_0174     TRUE 0.974 17.000 0.833 0.037   NA
 10448878 10448879 SAAV_0174 SAAV_0175   ggt TRUE 0.543 38.000 0.000 1.000   NA
 10448880 10448881 SAAV_0176 SAAV_0177   acpD FALSE 0.061 189.000 0.000 NA   NA
 10448882 10448883 SAAV_0178 SAAV_0179     FALSE 0.038 384.000 0.000 1.000   NA
 10448883 10448884 SAAV_0179 SAAV_0180     TRUE 0.932 13.000 0.000 1.000 Y NA
 10448884 10448885 SAAV_0180 SAAV_0181     TRUE 0.988 3.000 0.800 1.000 Y NA
 10448885 10448886 SAAV_0181 SAAV_0182     TRUE 0.994 2.000 0.909 0.037 Y NA
 10448886 10448887 SAAV_0182 SAAV_0183     FALSE 0.332 74.000 0.000 1.000   NA
 10448887 10448888 SAAV_0183 SAAV_0184     TRUE 0.856 25.000 0.000 0.021   NA
 10448888 10448889 SAAV_0184 SAAV_0185     TRUE 0.579 55.000 0.111 NA   NA
 10448892 10448893 SAAV_0188 SAAV_0189     TRUE 0.986 -7.000 0.167 0.014   NA
 10448893 10448894 SAAV_0189 SAAV_0190     TRUE 0.965 -3.000 0.167 1.000 N NA
 10448895 10448896 SAAV_0191 SAAV_0192 pflB pflA TRUE 0.874 23.000 0.135 1.000 N NA
 10448896 10448897 SAAV_0192 SAAV_0193 pflA   FALSE 0.057 322.000 0.000 1.000 N NA
 10448900 10448901 SAAV_0196 SAAV_0197     TRUE 0.962 30.000 0.588 NA Y NA
 10448901 10448902 SAAV_0197 SAAV_0198     FALSE 0.387 186.000 0.012 1.000 Y NA
 10448902 10448903 SAAV_0198 SAAV_0199     TRUE 0.693 112.000 0.046 1.000 Y NA
 10448903 10448904 SAAV_0199 SAAV_0200     TRUE 0.960 26.000 0.046 0.066 Y NA
 10448906 10448907 SAAV_0202 SAAV_0203     FALSE 0.054 198.000 0.000 NA   NA
 10448907 10448908 SAAV_0203 SAAV_0204     FALSE 0.096 157.000 0.000 NA   NA
 10448908 10448909 SAAV_0204 SAAV_0205     TRUE 0.915 26.000 0.667 NA   NA
 10448911 10448912 SAAV_0207 SAAV_0208     TRUE 0.558 27.000 0.000 NA   NA
 10448913 10448914 SAAV_0209 SAAV_0210     FALSE 0.035 338.000 0.000 NA N NA
 10448914 10448915 SAAV_0210 SAAV_0211     TRUE 0.993 -15.000 0.308 0.014 N NA
 10448915 10448916 SAAV_0211 SAAV_0212     TRUE 0.977 23.000 0.148 0.011 Y NA
 10448918 10448919 SAAV_0214 SAAV_0215     TRUE 0.887 18.000 0.103 1.000 N NA
 10448919 10448920 SAAV_0215 SAAV_0216     TRUE 0.887 2.000 0.103 NA   NA
 10448920 10448921 SAAV_0216 SAAV_0217     TRUE 0.587 24.000 0.000 NA   NA
 10448921 10448922 SAAV_0217 SAAV_0219   ispD FALSE 0.018 528.000 0.000 NA   NA
 10448922 10448923 SAAV_0219 SAAV_0220 ispD   TRUE 0.982 -7.000 0.367 1.000 N NA
 10448923 10448924 SAAV_0220 SAAV_0221     TRUE 0.885 22.000 0.148 1.000 N NA
 10448924 10448925 SAAV_0221 SAAV_0222     FALSE 0.279 428.000 0.000 0.003 Y NA
 10448925 10448926 SAAV_0222 SAAV_0223   ispD_1 FALSE 0.069 276.000 0.000 1.000 N NA
 10448926 10448927 SAAV_0223 SAAV_0224 ispD_1   TRUE 0.982 -7.000 0.367 1.000 N NA
 10448927 10448928 SAAV_0224 SAAV_0225     TRUE 0.885 22.000 0.148 1.000 N NA
 10448928 10448929 SAAV_0225 SAAV_0226     TRUE 0.703 36.000 0.125 NA   NA
 10448929 10448930 SAAV_0226 SAAV_0227   scdA FALSE 0.113 144.000 0.000 NA   NA
 10448930 10448931 SAAV_0227 SAAV_0228 scdA lytS FALSE 0.050 260.000 0.000 NA N NA
 10448931 10448932 SAAV_0228 SAAV_0229 lytS lytR TRUE 0.992 3.000 0.538 0.014 Y NA
 10448932 10448933 SAAV_0229 SAAV_0230 lytR lrgA TRUE 0.486 113.000 0.178 1.000   NA
 10448933 10448934 SAAV_0230 SAAV_0231 lrgA lrgB TRUE 0.988 -7.000 0.869 1.000   NA
 10448936 10448937 SAAV_0233 SAAV_0234   bglA TRUE 0.940 16.000 0.000 1.000 Y NA
 10448938 10448939 SAAV_0235 SAAV_0236   rbsK FALSE 0.077 251.000 0.000 1.000 N NA
 10448939 10448940 SAAV_0236 SAAV_0237 rbsK   TRUE 0.926 28.000 0.030 1.000 Y NA
 10448940 10448941 SAAV_0237 SAAV_0238     TRUE 0.979 15.000 0.045 0.002 Y NA
 10448941 10448942 SAAV_0238 SAAV_0239     FALSE 0.083 232.000 0.000 1.000 N NA
 10448943 10448944 SAAV_0240 SAAV_0241     FALSE 0.353 50.000 0.000 NA   NA
 10448946 10448947 SAAV_0243 SAAV_0244   lytM FALSE 0.047 326.000 0.000 1.000   NA
 10448948 10448949 SAAV_0245 SAAV_0246     TRUE 0.941 14.000 0.833 NA   NA
 10448949 10448950 SAAV_0246 SAAV_0247     TRUE 0.974 -3.000 0.571 NA   NA
 10448950 10448951 SAAV_0247 SAAV_0248     TRUE 0.662 72.000 0.429 NA   NA
 10448951 10448952 SAAV_0248 SAAV_0249     FALSE 0.028 331.000 0.000 NA   NA
 10448953 10448954 SAAV_0250 SAAV_0251     FALSE 0.337 83.000 0.041 NA   NA
 10448954 10448955 SAAV_0251 SAAV_0252     TRUE 0.949 0.000 0.286 NA   NA
 10448955 10448956 SAAV_0252 SAAV_0253     TRUE 0.979 -28.000 0.237 NA   NA
 10448956 10448957 SAAV_0253 SAAV_0254     TRUE 0.940 13.000 0.833 NA   NA
 10448957 10448958 SAAV_0254 SAAV_0255   yukA TRUE 0.923 22.000 0.623 NA   NA
 10448958 10448959 SAAV_0255 SAAV_0256 yukA   TRUE 0.516 30.000 0.000 NA   NA
 10448959 10448960 SAAV_0256 SAAV_0257     TRUE 0.659 16.000 0.000 NA   NA
 10448960 10448961 SAAV_0257 SAAV_0258     TRUE 0.792 0.000 0.000 NA   NA
 10448961 10448962 SAAV_0258 SAAV_0259     TRUE 0.792 0.000 0.000 NA   NA
 10448962 10448963 SAAV_0259 SAAV_0260     TRUE 0.629 10.000 0.000 NA   NA
 10448963 10448964 SAAV_0260 SAAV_0261     FALSE 0.243 71.000 0.000 NA   NA
 10448964 10448965 SAAV_0261 SAAV_0262     FALSE 0.052 203.000 0.000 NA   NA
 10448965 10448966 SAAV_0262 SAAV_0263     FALSE 0.111 146.000 0.000 NA   NA
 10448966 10448967 SAAV_0263 SAAV_0264     FALSE 0.124 135.000 0.000 NA   NA
 10448967 10448968 SAAV_0264 SAAV_0265     FALSE 0.128 132.000 0.000 NA   NA
 10448968 10448969 SAAV_0265 SAAV_0266     TRUE 0.610 71.000 0.286 NA   NA
 10448969 10448970 SAAV_0266 SAAV_0267     TRUE 0.892 11.000 0.286 NA   NA
 10448970 10448971 SAAV_0267 SAAV_0268     TRUE 0.730 49.000 0.286 NA   NA
 10448971 10448972 SAAV_0268 SAAV_0269     TRUE 0.892 11.000 0.286 NA   NA
 10448972 10448973 SAAV_0269 SAAV_0270     FALSE 0.017 625.000 0.000 NA   NA
 10448973 10448974 SAAV_0270 SAAV_0271     FALSE 0.106 150.000 0.000 NA   NA
 10448975 10448976 SAAV_0272 SAAV_0273   brnQ2 FALSE 0.081 237.000 0.000 1.000 N NA
 10448977 10448978 SAAV_0274 SAAV_0275     FALSE 0.065 249.000 0.000 1.000   NA
 10448978 10448979 SAAV_0275 SAAV_0276     TRUE 0.928 13.000 0.333 1.000 N NA
 10448979 10448980 SAAV_0276 SAAV_0277   pfoR FALSE 0.063 208.000 0.000 NA N NA
 10448980 10448981 SAAV_0277 SAAV_0278 pfoR   FALSE 0.151 343.000 0.000 NA Y NA
 10448981 10448982 SAAV_0278 SAAV_0279     TRUE 0.969 -25.000 0.085 NA N NA
 10448982 10448983 SAAV_0279 SAAV_0280     TRUE 0.743 11.000 0.008 NA N NA
 10448984 10448985 SAAV_0281 SAAV_0282   nanA TRUE 0.908 40.000 0.130 1.000 Y NA
 10448991 10448992 SAAV_0288 SAAV_0289     TRUE 0.570 73.000 0.000 0.064 N NA
 10448993 10448994 SAAV_0290 SAAV_0291     FALSE 0.161 114.000 0.000 NA   NA
 10448994 10448995 SAAV_0291 SAAV_0292     TRUE 0.657 94.000 0.571 NA N NA
 10448995 10448996 SAAV_0292 SAAV_0293     TRUE 0.899 1.000 0.107 NA   NA
 10448996 10448997 SAAV_0293 SAAV_0294     TRUE 0.976 -10.000 0.286 NA   NA
 10448997 10448998 SAAV_0294 SAAV_0295     TRUE 0.985 -22.000 0.250 1.000 N NA
 10448998 10448999 SAAV_0295 SAAV_0296     FALSE 0.058 316.000 0.000 1.000 N NA
 10449000 10449001 SAAV_0297 SAAV_0298 ulaA   TRUE 0.950 15.000 0.182 0.016   NA
 10449001 10449002 SAAV_0298 SAAV_0299     TRUE 0.983 2.000 0.026 0.011 Y NA
 10449002 10449003 SAAV_0299 SAAV_0300     TRUE 0.957 5.000 0.182 0.014 N NA
 10449004 10449005 SAAV_0301 SAAV_0302     TRUE 0.719 107.000 0.800 1.000 N NA
 10449005 10449006 SAAV_0302 SAAV_0303     FALSE 0.176 104.000 0.000 NA   NA
 10449008 10449009 SAAV_0305 SAAV_0306     TRUE 0.631 14.000 0.000 NA   NA
 10449009 10449010 SAAV_0306 SAAV_0307     TRUE 0.888 14.000 0.259 NA   NA
 10449012 10449013 SAAV_0309 SAAV_0310     TRUE 0.626 13.000 0.000 NA   NA
 10449013 10449014 SAAV_0310 SAAV_0311     FALSE 0.048 267.000 0.000 NA N NA
 10449014 10449015 SAAV_0311 SAAV_0312     TRUE 0.993 -3.000 0.812 NA Y NA
 10449015 10449016 SAAV_0312 SAAV_0313     TRUE 0.991 -19.000 0.119 NA Y NA
 10449017 10449018 SAAV_0314 SAAV_0315     TRUE 0.789 113.000 0.393 NA Y NA
 10449018 10449019 SAAV_0315 SAAV_0316     FALSE 0.170 109.000 0.000 NA   NA
 10449020 10449021 SAAV_0317 SAAV_0318     TRUE 0.967 -3.000 0.362 NA   NA
 10449021 10449022 SAAV_0318 SAAV_0319     TRUE 0.816 25.000 0.143 NA   NA
 10449022 10449023 SAAV_0319 SAAV_0320     TRUE 0.957 0.000 0.371 NA   NA
 10449026 10449027 SAAV_0323 SAAV_0324   metE TRUE 0.476 43.000 0.011 NA   NA
 10449027 10449028 SAAV_0324 SAAV_0325 metE   TRUE 0.982 -3.000 0.030 1.000 Y NA
 10449028 10449029 SAAV_0325 SAAV_0326     TRUE 0.994 -31.000 0.162 1.000 Y NA
 10449029 10449030 SAAV_0326 SAAV_0327     TRUE 0.996 -3.000 0.600 0.006 Y NA
 10449031 10449032 SAAV_0328 SAAV_0329     FALSE 0.215 154.000 0.007 1.000 N NA
 10449032 10449033 SAAV_0329 SAAV_0330     TRUE 0.795 30.000 0.171 NA   NA
 10449033 10449034 SAAV_0330 SAAV_0331     TRUE 0.799 12.000 0.064 NA   NA
 10449036 10449037 SAAV_0333 SAAV_0334 rpsF ssb2 TRUE 0.798 21.000 0.007 1.000 N NA
 10449037 10449038 SAAV_0334 SAAV_0335 ssb2 rpsR TRUE 0.562 52.000 0.007 1.000 N NA
 10449039 10449040 SAAV_0336 SAAV_0337     FALSE 0.021 422.000 0.000 NA   NA
 10449041 10449042 SAAV_0338 SAAV_0339     FALSE 0.024 369.000 0.000 NA   NA
 10449042 10449043 SAAV_0339 SAAV_0340     FALSE 0.049 211.000 0.000 NA   NA
 10449045 10449046 SAAV_0342 SAAV_0343     FALSE 0.034 426.000 0.000 1.000   NA
 10449047 10449048 SAAV_0344 SAAV_0345     FALSE 0.037 270.000 0.000 NA   NA
 10449048 10449049 SAAV_0345 SAAV_0346     FALSE 0.236 73.000 0.000 NA   NA
 10449049 10449050 SAAV_0346 SAAV_0347   ahpF FALSE 0.067 180.000 0.000 NA   NA
 10449050 10449051 SAAV_0347 SAAV_0348 ahpF ahpC TRUE 0.981 16.000 0.551 1.000 Y NA
 10449053 10449054 SAAV_0350 SAAV_0351     FALSE 0.016 978.000 0.000 NA   NA
 10449054 10449055 SAAV_0351 SAAV_0352     TRUE 0.635 118.000 0.857 NA   NA
 10449055 10449056 SAAV_0352 SAAV_0353     TRUE 0.556 143.000 0.857 NA   NA
 10449057 10449058 SAAV_0355 SAAV_0356 xpt pbuX TRUE 0.976 0.000 0.037 1.000 Y NA
 10449058 10449059 SAAV_0356 SAAV_0357 pbuX guaB TRUE 0.903 38.000 1.000 1.000   NA
 10449059 10449060 SAAV_0357 SAAV_0358 guaB guaA TRUE 0.908 25.000 0.007 0.001   NA
 10449061 10449062 SAAV_0359 SAAV_0360     FALSE 0.023 392.000 0.000 NA   NA
 10449062 10449063 SAAV_0360 SAAV_0361     FALSE 0.079 399.000 0.000 0.063   NA
 10449063 10449064 SAAV_0361 SAAV_0362     FALSE 0.039 261.000 0.000 NA   NA
 10449064 10449065 SAAV_0362 SAAV_0363     FALSE 0.018 532.000 0.000 NA   NA
 10449065 10449066 SAAV_0363 SAAV_0364     TRUE 0.637 19.000 0.000 NA   NA
 10449067 10449068 SAAV_0365 SAAV_0366     FALSE 0.134 286.000 0.000 0.019   NA
 10449068 10449069 SAAV_0366 SAAV_0367     FALSE 0.131 291.000 0.000 0.019   NA
 10449069 10449070 SAAV_0367 SAAV_0368     FALSE 0.101 364.000 0.000 0.019   NA
 10449070 10449071 SAAV_0368 SAAV_0369     FALSE 0.101 364.000 0.000 0.019   NA
 10449071 10449072 SAAV_0369 SAAV_0370     FALSE 0.084 446.000 0.000 0.019   NA
 10449072 10449073 SAAV_0370 SAAV_0371     FALSE 0.111 339.000 0.000 0.019   NA
 10449073 10449074 SAAV_0371 SAAV_0372     FALSE 0.098 377.000 0.000 0.019   NA
 10449074 10449075 SAAV_0372 SAAV_0373     FALSE 0.101 366.000 0.000 0.019   NA
 10449075 10449076 SAAV_0373 SAAV_0374   hsdM1 FALSE 0.061 264.000 0.000 1.000   NA
 10449076 10449077 SAAV_0374 SAAV_0375 hsdM1 hsdS1 TRUE 0.993 -7.000 0.083 0.063 Y NA
 10449077 10449078 SAAV_0375 SAAV_0376 hsdS1   FALSE 0.038 383.000 0.000 1.000   NA
 10449078 10449079 SAAV_0376 SAAV_0377     TRUE 0.717 22.000 0.000 1.000   NA
 10449081 10449082 SAAV_0379 SAAV_0380     TRUE 0.497 31.000 0.000 NA   NA
 10449082 10449083 SAAV_0380 SAAV_0381     FALSE 0.377 45.000 0.000 NA   NA
 10449083 10449084 SAAV_0381 SAAV_0382     FALSE 0.377 45.000 0.000 NA   NA
 10449084 10449085 SAAV_0382 SAAV_0383     FALSE 0.291 61.000 0.000 NA   NA
 10449085 10449086 SAAV_0383 SAAV_0384     TRUE 0.637 19.000 0.000 NA   NA
 10449086 10449087 SAAV_0384 SAAV_0385     FALSE 0.313 57.000 0.000 NA   NA
 10449087 10449088 SAAV_0385 SAAV_0386     FALSE 0.343 52.000 0.000 NA   NA
 10449088 10449089 SAAV_0386 SAAV_0387     TRUE 0.637 19.000 0.000 NA   NA
 10449089 10449090 SAAV_0387 SAAV_0388     FALSE 0.040 257.000 0.000 NA   NA
 10449090 10449091 SAAV_0388 SAAV_0389     TRUE 0.893 -10.000 0.000 NA   NA
 10449091 10449092 SAAV_0389 SAAV_0391     TRUE 0.837 -3.000 0.000 NA   NA
 10449092 10449093 SAAV_0391 SAAV_0392     TRUE 0.637 19.000 0.000 NA   NA
 10449095 10449096 SAAV_0394 SAAV_0395   nuoF FALSE 0.015 1588.000 0.000 NA   NA
 10449096 10449097 SAAV_0395 SAAV_0396 nuoF   TRUE 0.895 13.000 0.303 NA   NA
 10449097 10449098 SAAV_0396 SAAV_0397     FALSE 0.193 162.000 0.076 NA   NA
 10449100 10449101 SAAV_0399 SAAV_0400     TRUE 0.821 37.000 0.273 1.000   NA
 10449101 10449102 SAAV_0400 SAAV_0401     FALSE 0.039 372.000 0.000 1.000   NA
 10449102 10449103 SAAV_0401 SAAV_0402     FALSE 0.106 217.000 0.024 1.000   NA
 10449103 10449104 SAAV_0402 SAAV_0403     TRUE 0.997 -7.000 0.690 0.019 Y NA
 10449104 10449105 SAAV_0403 SAAV_0404     FALSE 0.062 295.000 0.000 1.000 N NA
 10449105 10449106 SAAV_0404 SAAV_0405     TRUE 0.982 4.000 0.487 1.000 Y NA
 10449106 10449107 SAAV_0405 SAAV_0406     TRUE 0.830 37.000 0.000 NA Y NA
 10449107 10449108 SAAV_0406 SAAV_0407     FALSE 0.028 332.000 0.000 NA   NA
 10449110 10449111 SAAV_0409 SAAV_0410     TRUE 0.974 -10.000 0.150 1.000   NA
 10449112 10449113 SAAV_0411 SAAV_0412     TRUE 0.981 -3.000 0.957 NA   NA
 10449113 10449114 SAAV_0412 SAAV_0413     FALSE 0.325 121.000 0.106 NA   NA
 10449115 10449116 SAAV_0414 SAAV_0415 gltB gltD TRUE 0.986 18.000 0.222 0.002 Y NA
 10449116 10449117 SAAV_0415 SAAV_0416 gltD   FALSE 0.037 269.000 0.000 NA   NA
 10449117 10449118 SAAV_0416 SAAV_0417     FALSE 0.020 469.000 0.000 NA   NA
 10449118 10449119 SAAV_0417 SAAV_0418     TRUE 0.918 64.000 0.650 1.000 Y NA
 10449119 10449120 SAAV_0418 SAAV_0419     TRUE 0.914 25.000 0.336 1.000 N NA
 10449120 10449121 SAAV_0419 SAAV_0420   srpB FALSE 0.067 180.000 0.000 NA   NA
 10449121 10449122 SAAV_0420 SAAV_0421 srpB   FALSE 0.025 363.000 0.000 NA   NA
 10449122 10449123 SAAV_0421 SAAV_0422   dnaX TRUE 0.552 69.000 0.103 1.000   NA
 10449123 10449124 SAAV_0422 SAAV_0423 dnaX   FALSE 0.369 90.000 0.071 NA   NA
 10449124 10449125 SAAV_0423 SAAV_0424   recR TRUE 0.930 7.000 0.604 NA   NA
 10449125 10449126 SAAV_0424 SAAV_0425 recR   FALSE 0.016 860.000 0.000 NA   NA
 10449126 10449127 SAAV_0425 SAAV_0425a     FALSE 0.025 365.000 0.000 NA   NA
 10449127 10449128 SAAV_0425a SAAV_0426     FALSE 0.088 162.000 0.000 NA   NA
 10449128 10449129 SAAV_0426 SAAV_0427     FALSE 0.016 903.000 0.000 NA   NA
 10449129 10449130 SAAV_0427 SAAV_0428   tmk TRUE 0.879 2.000 0.010 1.000 N NA
 10449130 10449131 SAAV_0428 SAAV_0429 tmk   TRUE 0.695 28.000 0.038 NA   NA
 10449131 10449132 SAAV_0429 SAAV_0430     FALSE 0.074 214.000 0.021 NA   NA
 10449132 10449133 SAAV_0430 SAAV_0431     TRUE 0.949 1.000 0.372 NA   NA
 10449133 10449134 SAAV_0431 SAAV_0432     TRUE 0.878 17.000 0.183 NA   NA
 10449134 10449135 SAAV_0432 SAAV_0433     FALSE 0.127 274.000 0.193 NA   NA
 10449135 10449136 SAAV_0433 SAAV_0434     TRUE 0.973 -7.000 0.209 1.000   NA
 10449136 10449137 SAAV_0434 SAAV_0435     TRUE 0.888 2.000 0.041 1.000   NA
 10449139 10449140 SAAV_0437 SAAV_0438 metS   TRUE 0.824 31.000 0.221 NA N NA
 10449140 10449141 SAAV_0438 SAAV_0439     FALSE 0.467 167.000 0.058 NA Y NA
 10449141 10449142 SAAV_0439 SAAV_0440   ksgA TRUE 0.874 11.000 0.093 1.000 N NA
 10449142 10449143 SAAV_0440 SAAV_0441 ksgA   FALSE 0.291 100.000 0.035 NA   NA
 10449143 10449144 SAAV_0441 SAAV_0442   ipk FALSE 0.060 311.000 0.046 NA   NA
 10449144 10449145 SAAV_0442 SAAV_0443 ipk purR TRUE 0.862 14.000 0.062 1.000 N NA
 10449145 10449146 SAAV_0443 SAAV_0444 purR   TRUE 0.903 17.000 0.227 NA N NA
 10449146 10449147 SAAV_0444 SAAV_0445   spoVG TRUE 0.528 72.000 0.131 NA N NA
 10449147 10449148 SAAV_0445 SAAV_0446 spoVG glmU FALSE 0.187 365.000 0.003 1.000 Y NA
 10449148 10449149 SAAV_0446 SAAV_0447 glmU prsA FALSE 0.318 147.000 0.069 1.000 N NA
 10449149 10449150 SAAV_0447 SAAV_0448 prsA rplY FALSE 0.257 150.000 0.027 1.000 N NA
 10449150 10449151 SAAV_0448 SAAV_0449 rplY pth TRUE 0.570 311.000 0.496 0.035 Y NA
 10449151 10449152 SAAV_0449 SAAV_0450 pth mfd TRUE 0.948 0.000 0.137 1.000 N NA
 10449152 10449153 SAAV_0450 SAAV_0451 mfd   TRUE 0.956 -10.000 0.033 1.000   NA
 10449153 10449154 SAAV_0451 SAAV_0452     TRUE 0.923 0.000 0.058 1.000   NA
 10449154 10449155 SAAV_0452 SAAV_0453     TRUE 0.940 -3.000 0.054 1.000   NA
 10449155 10449156 SAAV_0453 SAAV_0454     TRUE 0.865 18.000 0.053 1.000 N NA
 10449156 10449157 SAAV_0454 SAAV_0455     TRUE 0.498 105.000 0.134 1.000 N NA
 10449157 10449158 SAAV_0455 SAAV_0456     FALSE 0.177 180.000 0.031 1.000 N NA
 10449158 10449159 SAAV_0456 SAAV_0457   hpt TRUE 0.931 5.000 0.067 0.055 N NA
 10449159 10449160 SAAV_0457 SAAV_0458 hpt   FALSE 0.189 257.000 0.192 1.000 N NA
 10449160 10449161 SAAV_0458 SAAV_0459   hslO FALSE 0.338 228.000 0.041 1.000 Y NA
 10449161 10449162 SAAV_0459 SAAV_0460 hslO cysK FALSE 0.206 179.000 0.053 1.000 N NA
 10449162 10449163 SAAV_0460 SAAV_0461 cysK folP FALSE 0.105 216.000 0.005 1.000 N NA
 10449163 10449164 SAAV_0461 SAAV_0462 folP folB TRUE 0.990 -22.000 0.024 1.000 Y NA
 10449164 10449165 SAAV_0462 SAAV_0463 folB folK TRUE 0.987 -3.000 0.142 1.000 Y NA
 10449165 10449166 SAAV_0463 SAAV_0464 folK   FALSE 0.023 394.000 0.000 NA   NA
 10449166 10449167 SAAV_0464 SAAV_0465   lysS FALSE 0.336 53.000 0.000 NA   NA
 10449167 10449168 SAAV_0465 SAAV_0485a lysS   FALSE 0.018 558.000 0.000 NA   NA
 10449168 10449169 SAAV_0485a SAAV_0466     TRUE 0.626 13.000 0.000 NA   NA
 10449169 10449170 SAAV_0466 SAAV_0467     TRUE 0.658 17.000 0.000 NA   NA
 10449170 10449171 SAAV_0467 SAAV_0468     TRUE 0.640 6.000 0.000 NA   NA
 10449171 10449172 SAAV_0468 SAAV_0469     TRUE 0.516 30.000 0.000 NA   NA
 10449172 10449173 SAAV_0469 SAAV_0470     TRUE 0.633 7.000 0.000 NA   NA
 10449173 10449174 SAAV_0470 SAAV_0471     TRUE 0.656 5.000 0.000 NA   NA
 10449174 10449175 SAAV_0471 SAAV_0472     TRUE 0.618 21.000 0.000 NA   NA
 10449175 10449176 SAAV_0472 SAAV_0473     TRUE 0.626 20.000 0.000 NA   NA
 10449176 10449177 SAAV_0473 SAAV_0474     FALSE 0.150 120.000 0.000 NA   NA
 10449177 10449178 SAAV_0474 SAAV_0475     FALSE 0.190 92.000 0.000 NA   NA
 10449178 10449179 SAAV_0475 SAAV_0476     FALSE 0.083 167.000 0.000 NA   NA
 10449179 10449180 SAAV_0476 SAAV_0477     FALSE 0.088 162.000 0.000 NA   NA
 10449180 10449181 SAAV_0477 SAAV_0478     FALSE 0.091 161.000 0.000 NA   NA
 10449183 10449184 SAAV_0480 SAAV_0481     TRUE 0.978 4.000 0.488 NA Y NA
 10449186 10449187 SAAV_0483 SAAV_0484 ctsR   TRUE 0.936 19.000 0.681 NA   NA
 10449187 10449188 SAAV_0484 SAAV_0485     TRUE 0.990 -10.000 0.848 1.000   NA
 10449188 10449189 SAAV_0485 SAAV_0486     TRUE 0.937 14.000 0.425 1.000 N NA
 10449189 10449190 SAAV_0486 SAAV_0487   radA FALSE 0.311 485.000 0.062 0.013 Y NA
 10449190 10449191 SAAV_0487 SAAV_0488 radA   TRUE 0.751 25.000 0.056 NA   NA
 10449191 10449192 SAAV_0488 SAAV_0489   gltX FALSE 0.028 557.000 0.021 NA   NA
 10449192 10449193 SAAV_0489 SAAV_0490 gltX cysE FALSE 0.051 429.000 0.008 1.000 N NA
 10449193 10449194 SAAV_0490 SAAV_0491 cysE cysS TRUE 0.983 -16.000 0.039 0.054 N NA
 10449194 10449195 SAAV_0491 SAAV_0492 cysS   TRUE 0.966 -7.000 0.129 1.000   NA
 10449195 10449196 SAAV_0492 SAAV_0493     TRUE 0.946 8.000 0.150 0.004   NA
 10449196 10449197 SAAV_0493 SAAV_0494     TRUE 0.915 0.000 0.109 NA   NA
 10449197 10449198 SAAV_0494 SAAV_0495     FALSE 0.333 81.000 0.036 NA   NA
 10449198 10449199 SAAV_0495 SAAV_0496   rpmG FALSE 0.373 115.000 0.037 1.000 N NA
 10449199 10449200 SAAV_0496 SAAV_0497 rpmG secE TRUE 0.649 56.000 0.080 1.000 N NA
 10449200 10449201 SAAV_0497 SAAV_0498 secE nusG TRUE 0.956 13.000 0.843 1.000 N NA
 10449201 10449202 SAAV_0498 SAAV_0499 nusG rplK FALSE 0.443 181.000 0.681 1.000 N NA
 10449202 10449203 SAAV_0499 SAAV_0500 rplK rplA TRUE 0.744 208.000 0.838 0.030 Y NA
 10449203 10449204 SAAV_0500 SAAV_0502 rplA rplJ TRUE 0.567 272.000 0.302 0.030 Y NA
 10449204 10449205 SAAV_0502 SAAV_0503 rplJ rplL TRUE 0.974 43.000 0.884 0.022 Y NA
 10449205 10449206 SAAV_0503 SAAV_0504 rplL   TRUE 0.474 175.000 0.050 1.000 Y NA
 10449206 10449207 SAAV_0504 SAAV_0505   rpoB FALSE 0.109 215.000 0.008 1.000 N NA
 10449207 10449208 SAAV_0505 SAAV_0506 rpoB rpoC TRUE 0.908 137.000 0.851 0.002 Y NA
 10449208 10449209 SAAV_0506 SAAV_0507 rpoC   FALSE 0.274 137.000 0.065 NA N NA
 10449209 10449210 SAAV_0507 SAAV_0508   rpsL TRUE 0.774 98.000 0.239 NA Y NA
 10449210 10449211 SAAV_0508 SAAV_0509 rpsL rpsG TRUE 0.928 66.000 0.224 0.004 Y NA
 10449211 10449212 SAAV_0509 SAAV_0510 rpsG fusA TRUE 0.823 123.000 0.579 1.000 Y NA
 10449212 10449213 SAAV_0510 SAAV_0511 fusA tuf TRUE 0.720 217.000 0.400 0.001 Y NA
 10449215 10449216 SAAV_0513 SAAV_0514     FALSE 0.037 270.000 0.000 NA   NA
 10449216 10449217 SAAV_0514 SAAV_0515     FALSE 0.093 159.000 0.000 NA   NA
 10449217 10449218 SAAV_0515 SAAV_0516     FALSE 0.090 214.000 0.000 1.000 N NA
 10449218 10449219 SAAV_0516 SAAV_0517   ilvE FALSE 0.054 336.000 0.000 1.000 N NA
 10449219 10449220 SAAV_0517 SAAV_0518 ilvE   FALSE 0.065 250.000 0.000 1.000   NA
 10449221 10449222 SAAV_0519 SAAV_0520     TRUE 0.996 -7.000 0.255 0.002 Y NA
 10449223 10449224 SAAV_0521 SAAV_0522     FALSE 0.397 147.000 0.013 0.020   NA
 10449224 10449225 SAAV_0522 SAAV_0523     TRUE 0.844 22.000 0.159 NA   NA
 10449225 10449226 SAAV_0523 SAAV_0524   sdrC FALSE 0.021 430.000 0.000 NA   NA
 10449226 10449227 SAAV_0524 SAAV_0525 sdrC sdrD FALSE 0.115 367.000 0.000 0.004   NA
 10449227 10449228 SAAV_0525 SAAV_0526 sdrD sdrE FALSE 0.107 394.000 0.000 0.004   NA
 10449228 10449229 SAAV_0526 SAAV_0527 sdrE   FALSE 0.221 121.000 0.000 1.000   NA
 10449230 10449231 SAAV_0528 SAAV_0529     FALSE 0.055 282.000 0.000 1.000   NA
 10449231 10449232 SAAV_0529 SAAV_0530     TRUE 0.742 13.000 0.026 NA   NA
 10449232 10449233 SAAV_0530 SAAV_0531     TRUE 0.932 14.000 0.644 NA   NA
 10449234 10449235 SAAV_0532 SAAV_0533 nagB hxlA TRUE 0.890 77.000 0.600 1.000 Y NA
 10449235 10449236 SAAV_0533 SAAV_0534 hxlA   TRUE 0.970 2.000 0.667 1.000 N NA
 10449236 10449237 SAAV_0534 SAAV_0535     FALSE 0.243 113.000 0.000 1.000   NA
 10449237 10449238 SAAV_0535 SAAV_0536   proP FALSE 0.030 502.000 0.000 1.000   NA
 10449238 10449239 SAAV_0536 SAAV_0537 proP   FALSE 0.029 544.000 0.000 1.000   NA
 10449239 10449240 SAAV_0537 SAAV_0538   atoB TRUE 0.988 2.000 0.576 1.000 Y NA
 10449240 10449241 SAAV_0538 SAAV_0539 atoB   TRUE 0.966 -25.000 0.101 NA   NA
 10449241 10449242 SAAV_0539 SAAV_0540     TRUE 0.944 3.000 0.500 NA   NA
 10449243 10449244 SAAV_0541 SAAV_0542   thiD1 FALSE 0.018 507.000 0.000 NA   NA
 10449245 10449246 SAAV_0543 SAAV_0544 ung   TRUE 0.966 1.000 0.800 NA   NA
 10449246 10449247 SAAV_0544 SAAV_0545     FALSE 0.194 133.000 0.024 NA   NA
 10449247 10449248 SAAV_0545 SAAV_0546     FALSE 0.217 121.000 0.021 NA   NA
 10449249 10449250 SAAV_0547 SAAV_0548     TRUE 0.946 13.000 1.000 NA   NA
 10449250 10449251 SAAV_0548 SAAV_0549     FALSE 0.018 549.000 0.000 NA   NA
 10449252 10449253 SAAV_0550 SAAV_0551 eutD   TRUE 0.918 3.000 0.123 1.000 N NA
 10449253 10449254 SAAV_0551 SAAV_0552   mvk FALSE 0.034 587.000 0.000 1.000 N NA
 10449254 10449255 SAAV_0552 SAAV_0553 mvk mvaD TRUE 0.987 5.000 0.281 0.004 Y NA
 10449255 10449256 SAAV_0553 SAAV_0554 mvaD   TRUE 0.986 13.000 0.312 0.004 Y NA
 10449256 10449257 SAAV_0554 SAAV_0555     FALSE 0.119 177.000 0.030 NA   NA
 10449258 10449259 SAAV_0556 SAAV_0558     TRUE 0.901 -13.000 0.000 NA   NA
 10449260 10449261 SAAV_0559 SAAV_0560     FALSE 0.020 466.000 0.000 NA   NA
 10449261 10449262 SAAV_0560 SAAV_0561     TRUE 0.681 4.000 0.000 NA   NA
 10449262 10449263 SAAV_0561 SAAV_0562     FALSE 0.151 119.000 0.000 NA   NA
 10449263 10449264 SAAV_0562 SAAV_0563     FALSE 0.117 140.000 0.000 NA   NA
 10449264 10449265 SAAV_0563 SAAV_0564     FALSE 0.020 448.000 0.000 NA   NA
 10449265 10449266 SAAV_0564 SAAV_0565     FALSE 0.048 446.000 0.071 NA   NA
 10449266 10449267 SAAV_0565 SAAV_0566     FALSE 0.160 168.000 0.051 NA   NA
 10449267 10449268 SAAV_0566 SAAV_0567     TRUE 0.628 40.000 0.025 1.000   NA
 10449268 10449269 SAAV_0567 SAAV_0568     TRUE 0.521 43.000 0.028 NA   NA
 10449269 10449270 SAAV_0568 SAAV_0569   adhP FALSE 0.019 499.000 0.000 NA   NA
 10449270 10449271 SAAV_0569 SAAV_0570 adhP   FALSE 0.036 276.000 0.000 NA   NA
 10449271 10449272 SAAV_0570 SAAV_0571   argS TRUE 0.928 -3.000 0.079 NA   NA
 10449272 10449273 SAAV_0571 SAAV_0572 argS   FALSE 0.084 270.000 0.004 1.000 N NA
 10449273 10449274 SAAV_0572 SAAV_0573     FALSE 0.058 312.000 0.000 1.000 N NA
 10449274 10449275 SAAV_0573 SAAV_0574     TRUE 0.577 149.000 0.046 1.000 Y NA
 10449275 10449276 SAAV_0574 SAAV_0575     TRUE 0.787 55.000 0.412 1.000   NA
 10449276 10449277 SAAV_0575 SAAV_0576     TRUE 0.986 -16.000 0.412 1.000   NA
 10449277 10449278 SAAV_0576 SAAV_0577     TRUE 0.505 136.000 0.556 NA   NA
 10449278 10449279 SAAV_0577 SAAV_0578     FALSE 0.418 162.000 0.571 NA   NA
 10449279 10449280 SAAV_0578 SAAV_0579     FALSE 0.300 169.000 0.286 NA   NA
 10449281 10449282 SAAV_0580 SAAV_0581 sarA   FALSE 0.108 148.000 0.000 NA   NA
 10449282 10449283 SAAV_0581 SAAV_0582     FALSE 0.016 681.000 0.000 NA   NA
 10449283 10449284 SAAV_0582 SAAV_0583     FALSE 0.044 231.000 0.000 NA   NA
 10449284 10449285 SAAV_0583 SAAV_0584     TRUE 0.892 17.000 0.233 NA   NA
 10449286 10449287 SAAV_0585 SAAV_0586     TRUE 0.954 19.000 0.857 1.000   NA
 10449287 10449288 SAAV_0586 SAAV_0587     TRUE 0.995 -13.000 0.636 NA Y NA
 10449288 10449289 SAAV_0587 SAAV_0588     TRUE 0.992 -3.000 0.636 NA Y NA
 10449289 10449290 SAAV_0588 SAAV_0589     TRUE 0.998 -10.000 1.000 0.004 Y NA
 10449290 10449291 SAAV_0589 SAAV_0590     TRUE 0.988 1.000 0.500 1.000 Y NA
 10449291 10449292 SAAV_0590 SAAV_0591     TRUE 0.995 -3.000 0.429 0.065 Y NA
 10449292 10449293 SAAV_0591 SAAV_0592     TRUE 0.995 -25.000 0.273 1.000 Y NA
 10449293 10449294 SAAV_0592 SAAV_0593     FALSE 0.186 340.000 0.000 1.000 Y NA
 10449295 10449296 SAAV_0594 SAAV_0595     TRUE 0.988 -3.000 0.154 1.000 Y NA
 10449296 10449297 SAAV_0595 SAAV_0596     TRUE 0.992 -6.000 0.286 1.000 Y NA
 10449302 10449303 SAAV_0601 SAAV_0602   tagB TRUE 0.839 99.000 0.138 0.085 Y NA
 10449303 10449304 SAAV_0602 SAAV_0603 tagB tagX TRUE 0.837 -3.000 0.000 NA   NA
 10449304 10449305 SAAV_0603 SAAV_0604 tagX tagD FALSE 0.281 63.000 0.000 NA   NA
 10449307 10449308 SAAV_0606 SAAV_0607 abcA   FALSE 0.106 357.000 0.000 0.042 N NA
 10449308 10449309 SAAV_0607 SAAV_0608     FALSE 0.018 525.000 0.000 NA   NA
 10449309 10449310 SAAV_0608 SAAV_0609     FALSE 0.034 282.000 0.000 NA   NA
 10449310 10449311 SAAV_0609 SAAV_0610     TRUE 0.929 36.000 0.179 1.000 Y NA
 10449311 10449312 SAAV_0610 SAAV_0611     TRUE 0.997 -3.000 0.857 0.034 Y NA
 10449312 10449313 SAAV_0611 SAAV_0612     FALSE 0.081 237.000 0.000 1.000 N NA
 10449313 10449314 SAAV_0612 SAAV_0613     TRUE 0.967 42.000 0.316 0.002 Y NA
 10449314 10449315 SAAV_0613 SAAV_0614     TRUE 0.969 -7.000 0.155 1.000   NA
 10449315 10449316 SAAV_0614 SAAV_0615     TRUE 0.701 62.000 0.385 NA   NA
 10449316 10449317 SAAV_0615 SAAV_0616     FALSE 0.020 457.000 0.000 NA   NA
 10449317 10449318 SAAV_0616 SAAV_0617     FALSE 0.264 151.000 0.135 NA   NA
 10449318 10449319 SAAV_0617 SAAV_0618     FALSE 0.029 329.000 0.000 NA   NA
 10449321 10449322 SAAV_0620 SAAV_0621     TRUE 0.899 16.000 0.208 NA N NA
 10449322 10449323 SAAV_0621 SAAV_0622     TRUE 0.996 -7.000 0.958 1.000 Y NA
 10449323 10449324 SAAV_0622 SAAV_0623     FALSE 0.453 144.000 0.250 1.000 N NA
 10449324 10449325 SAAV_0623 SAAV_0624     TRUE 0.989 -10.000 0.714 1.000   NA
 10449325 10449326 SAAV_0624 SAAV_0625     FALSE 0.016 725.000 0.000 NA   NA
 10449326 10449327 SAAV_0625 SAAV_0626     TRUE 0.944 16.000 0.033 NA Y NA
 10449329 10449330 SAAV_0628 SAAV_0629     FALSE 0.016 697.000 0.000 NA   NA
 10449330 10449331 SAAV_0629 SAAV_0630   sarX TRUE 0.729 80.000 0.875 NA   NA
 10449331 10449332 SAAV_0630 SAAV_0631 sarX   FALSE 0.075 190.000 0.002 NA   NA
 10449332 10449333 SAAV_0631 SAAV_0632     TRUE 0.843 0.000 0.009 NA   NA
 10449333 10449334 SAAV_0632 SAAV_0633     FALSE 0.190 92.000 0.000 NA   NA
 10449334 10449335 SAAV_0633 SAAV_0634     FALSE 0.111 145.000 0.000 NA   NA
 10449335 10449336 SAAV_0634 SAAV_0635     FALSE 0.350 116.000 0.114 NA   NA
 10449336 10449337 SAAV_0635 SAAV_0636     FALSE 0.370 132.000 0.159 NA N NA
 10449337 10449338 SAAV_0636 SAAV_0637     TRUE 0.905 -3.000 0.034 NA   NA
 10449340 10449341 SAAV_0639 SAAV_0640     FALSE 0.260 67.000 0.000 NA   NA
 10449341 10449342 SAAV_0640 SAAV_0641     FALSE 0.397 138.000 0.286 NA   NA
 10449342 10449343 SAAV_0641 SAAV_0642     FALSE 0.350 80.000 0.043 NA   NA
 10449344 10449345 SAAV_0643 SAAV_0644     TRUE 0.815 2.000 0.017 NA   NA
 10449345 10449346 SAAV_0644 SAAV_0645     TRUE 0.771 3.000 0.007 NA   NA
 10449346 10449347 SAAV_0645 SAAV_0646   uppP FALSE 0.076 172.000 0.000 NA   NA
 10449348 10449349 SAAV_0647 SAAV_0648     TRUE 0.994 -3.000 0.222 0.005 Y NA
 10449351 10449352 SAAV_0650 SAAV_0651     FALSE 0.241 103.000 0.012 NA   NA
 10449352 10449353 SAAV_0651 SAAV_0652     TRUE 0.550 35.000 0.012 NA   NA
 10449353 10449354 SAAV_0652 SAAV_0653     FALSE 0.034 283.000 0.000 NA   NA
 10449354 10449355 SAAV_0653 SAAV_0654     FALSE 0.389 86.000 0.010 1.000 N NA
 10449356 10449357 SAAV_0655 SAAV_0656     FALSE 0.063 183.000 0.000 NA   NA
 10449358 10449359 SAAV_0657 SAAV_0658 norA   FALSE 0.033 293.000 0.000 NA   NA
 10449359 10449360 SAAV_0658 SAAV_0659     FALSE 0.103 174.000 0.010 NA   NA
 10449360 10449361 SAAV_0659 SAAV_0660     FALSE 0.157 250.000 0.004 0.054   NA
 10449361 10449362 SAAV_0660 SAAV_0661   fruK TRUE 0.984 -3.000 0.063 1.000 Y NA
 10449362 10449363 SAAV_0661 SAAV_0662 fruK   TRUE 0.985 6.000 0.889 1.000 Y NA
 10449363 10449364 SAAV_0662 SAAV_0663   nagA FALSE 0.206 308.000 0.000 1.000 Y NA
 10449364 10449365 SAAV_0663 SAAV_0664 nagA   FALSE 0.072 221.000 0.000 1.000   NA
 10449365 10449366 SAAV_0664 SAAV_0665     FALSE 0.148 222.000 0.100 1.000   NA
 10449366 10449367 SAAV_0665 SAAV_0666     FALSE 0.285 132.000 0.100 NA   NA
 10449368 10449369 SAAV_0667 SAAV_0668 saeS saeR TRUE 0.990 0.000 0.500 1.000 Y NA
 10449369 10449370 SAAV_0668 SAAV_0669 saeR   TRUE 0.979 -25.000 0.250 NA   NA
 10449370 10449371 SAAV_0669 SAAV_0670     FALSE 0.027 343.000 0.000 NA   NA
 10449371 10449372 SAAV_0670 SAAV_0671     FALSE 0.035 280.000 0.000 NA   NA
 10449372 10449373 SAAV_0671 SAAV_0672     FALSE 0.359 99.000 0.080 NA   NA
 10449373 10449374 SAAV_0672 SAAV_0673     TRUE 0.940 4.000 0.307 1.000 N NA
 10449374 10449375 SAAV_0673 SAAV_0674     TRUE 0.888 2.000 0.041 1.000   NA
 10449376 10449377 SAAV_0675 SAAV_0676 pabA   TRUE 0.995 -16.000 0.027 0.017 Y NA
 10449377 10449378 SAAV_0676 SAAV_0677     TRUE 0.985 0.000 0.219 1.000 Y NA
 10449378 10449379 SAAV_0677 SAAV_0678     FALSE 0.175 360.000 0.000 1.000 Y NA
 10449379 10449380 SAAV_0678 SAAV_0679     TRUE 0.992 -16.000 0.194 NA Y NA
 10449380 10449381 SAAV_0679 SAAV_0680     FALSE 0.025 474.000 0.000 NA N NA
 10449381 10449382 SAAV_0680 SAAV_0681     FALSE 0.058 276.000 0.000 1.000   NA
 10449382 10449383 SAAV_0681 SAAV_0682   recQ1 TRUE 0.804 12.000 0.022 1.000   NA
 10449383 10449384 SAAV_0682 SAAV_0683 recQ1   FALSE 0.122 222.000 0.029 1.000 N NA
 10449384 10449385 SAAV_0683 SAAV_0684     TRUE 0.983 -7.000 0.382 1.000 N NA
 10449385 10449386 SAAV_0684 SAAV_0685   hisC FALSE 0.114 240.000 0.027 1.000 N NA
 10449386 10449387 SAAV_0685 SAAV_0686 hisC   FALSE 0.072 339.000 0.102 NA   NA
 10449388 10449389 SAAV_0687 SAAV_0688     FALSE 0.121 270.000 0.057 1.000 N NA
 10449389 10449390 SAAV_0688 SAAV_0689     FALSE 0.043 343.000 0.000 1.000   NA
 10449390 10449391 SAAV_0689 SAAV_0690     TRUE 0.773 20.000 0.005 1.000   NA
 10449392 10449393 SAAV_0691 SAAV_0692   nrdI FALSE 0.106 150.000 0.000 NA   NA
 10449393 10449394 SAAV_0692 SAAV_0693 nrdI nrdE TRUE 0.996 -37.000 0.533 NA Y NA
 10449394 10449395 SAAV_0693 SAAV_0694 nrdE nrdF TRUE 0.934 118.000 0.875 0.001 Y NA
 10449395 10449396 SAAV_0694 SAAV_0695 nrdF   FALSE 0.047 375.000 0.000 1.000 N NA
 10449396 10449397 SAAV_0695 SAAV_0696     TRUE 0.998 -13.000 0.870 0.033 Y NA
 10449397 10449398 SAAV_0696 SAAV_0697     TRUE 0.995 -3.000 0.870 1.000 Y NA
 10449398 10449399 SAAV_0697 SAAV_0698     TRUE 0.652 119.000 0.031 1.000 Y NA
 10449400 10449401 SAAV_0699 SAAV_0700   murB TRUE 0.804 18.000 0.014 1.000   NA
 10449401 10449402 SAAV_0700 SAAV_0701 murB   FALSE 0.191 127.000 0.014 NA   NA
 10449403 10449404 SAAV_0702 SAAV_0703     FALSE 0.211 154.000 0.069 NA   NA
 10449404 10449405 SAAV_0703 SAAV_0704     FALSE 0.021 424.000 0.000 NA   NA
 10449406 10449407 SAAV_0705 SAAV_0706 pepT   TRUE 0.839 14.000 0.127 NA   NA
 10449407 10449408 SAAV_0706 SAAV_0707     TRUE 0.948 18.000 0.875 NA   NA
 10449408 10449409 SAAV_0707 SAAV_0708     FALSE 0.119 196.000 0.067 NA   NA
 10449412 10449413 SAAV_0711 SAAV_0712     FALSE 0.071 508.000 0.214 NA   NA
 10449413 10449414 SAAV_0712 SAAV_0713     TRUE 0.966 -7.000 0.130 1.000   NA
 10449414 10449415 SAAV_0713 SAAV_0714     TRUE 0.508 61.000 0.080 NA   NA
 10449415 10449416 SAAV_0714 SAAV_0715   secA FALSE 0.049 414.000 0.041 NA N NA
 10449416 10449417 SAAV_0715 SAAV_0716 secA   FALSE 0.393 42.000 0.000 NA   NA
 10449417 10449418 SAAV_0716 SAAV_0717   prfB FALSE 0.034 284.000 0.000 NA   NA
 10449418 10449419 SAAV_0717 SAAV_0718 prfB   FALSE 0.035 409.000 0.000 1.000   NA
 10449419 10449420 SAAV_0718 SAAV_0719     FALSE 0.148 174.000 0.010 1.000   NA
 10449420 10449421 SAAV_0719 SAAV_0720     TRUE 0.931 -3.000 0.093 NA   NA
 10449421 10449422 SAAV_0720 SAAV_0721   uvrB FALSE 0.050 269.000 0.007 NA   NA
 10449422 10449423 SAAV_0721 SAAV_0722 uvrB uvrA TRUE 0.983 8.000 0.154 0.002 Y NA
 10449423 10449424 SAAV_0722 SAAV_0723 uvrA hprK FALSE 0.038 664.000 0.002 1.000 N NA
 10449424 10449425 SAAV_0723 SAAV_0724 hprK lgt TRUE 0.943 6.000 0.494 1.000 N NA
 10449425 10449426 SAAV_0724 SAAV_0725 lgt   TRUE 0.830 8.000 0.045 1.000   NA
 10449426 10449427 SAAV_0725 SAAV_0726     TRUE 0.890 8.000 0.169 1.000   NA
 10449427 10449428 SAAV_0726 SAAV_0727   trxB TRUE 0.635 67.000 0.183 1.000   NA
 10449430 10449431 SAAV_0729 SAAV_0730     TRUE 0.955 -3.000 0.214 NA   NA
 10449431 10449432 SAAV_0730 SAAV_0731     TRUE 0.567 111.000 0.470 NA   NA
 10449438 10449439 SAAV_0737 SAAV_0738 gapR gapA1 TRUE 0.662 53.000 0.076 1.000 N NA
 10449439 10449440 SAAV_0738 SAAV_0739 gapA1 pgk TRUE 0.714 139.000 0.006 0.006 Y NA
 10449440 10449441 SAAV_0739 SAAV_0740 pgk tpiA TRUE 0.714 122.000 0.141 1.000 Y NA
 10449441 10449442 SAAV_0740 SAAV_0741 tpiA pgm TRUE 0.973 3.000 0.138 1.000 Y NA
 10449442 10449443 SAAV_0741 SAAV_0742 pgm eno TRUE 0.691 130.000 0.136 1.000 Y NA
 10449443 10449444 SAAV_0742 SAAV_0743 eno   FALSE 0.036 339.000 0.005 NA   NA
 10449444 10449445 SAAV_0743 SAAV_0744   secG FALSE 0.325 67.000 0.007 NA   NA
 10449445 10449446 SAAV_0744 SAAV_0745 secG est FALSE 0.326 116.000 0.032 1.000   NA
 10449446 10449447 SAAV_0745 SAAV_0746 est   TRUE 0.731 34.000 0.060 1.000   NA
 10449447 10449448 SAAV_0746 SAAV_0747   smpB TRUE 0.937 22.000 0.143 0.023 N NA
 10449448 10449449 SAAV_0747 SAAV_0749 smpB   FALSE 0.192 91.000 0.000 NA   NA
 10449449 10449450 SAAV_0749 SAAV_0750     FALSE 0.029 323.000 0.000 NA   NA
 10449451 10449452 SAAV_0751 SAAV_0752     TRUE 0.659 16.000 0.000 NA   NA
 10449452 10449453 SAAV_0752 SAAV_0753     FALSE 0.058 192.000 0.000 NA   NA
 10449454 10449455 SAAV_0754 SAAV_0755     FALSE 0.336 53.000 0.000 NA   NA
 10449455 10449456 SAAV_0755 SAAV_0756     FALSE 0.118 139.000 0.000 NA   NA
 10449456 10449457 SAAV_0756 SAAV_0757   clfA FALSE 0.060 269.000 0.000 1.000   NA
 10449457 10449458 SAAV_0757 SAAV_0758 clfA   FALSE 0.045 221.000 0.000 NA   NA
 10449458 10449459 SAAV_0758 SAAV_0759   empbp FALSE 0.026 353.000 0.000 NA   NA
 10449459 10449460 SAAV_0759 SAAV_0760 empbp   FALSE 0.028 335.000 0.000 NA   NA
 10449460 10449461 SAAV_0760 SAAV_0761   nuc FALSE 0.027 341.000 0.000 NA   NA
 10449461 10449462 SAAV_0761 SAAV_0762 nuc   FALSE 0.050 357.000 0.000 1.000 N NA
 10449463 10449464 SAAV_0763 SAAV_0764     TRUE 0.766 62.000 0.667 NA   NA
 10449464 10449465 SAAV_0764 SAAV_0765     FALSE 0.199 88.000 0.000 NA   NA
 10449465 10449466 SAAV_0765 SAAV_0766     FALSE 0.294 188.000 0.444 NA   NA
 10449466 10449467 SAAV_0766 SAAV_0767     TRUE 0.858 29.000 0.333 NA   NA
 10449467 10449468 SAAV_0767 SAAV_0768     FALSE 0.031 305.000 0.000 NA   NA
 10449472 10449473 SAAV_0772 SAAV_0773     FALSE 0.340 155.000 0.167 1.000   NA
 10449473 10449474 SAAV_0773 SAAV_0774     FALSE 0.036 399.000 0.000 1.000   NA
 10449475 10449476 SAAV_0775 SAAV_0776 aroD   FALSE 0.422 83.000 0.022 1.000 N NA
 10449478 10449479 SAAV_0778 SAAV_0779     FALSE 0.017 602.000 0.000 NA   NA
 10449479 10449480 SAAV_0779 SAAV_0780     TRUE 0.740 2.000 0.000 NA   NA
 10449480 10449481 SAAV_0780 SAAV_0781     FALSE 0.016 794.000 0.000 NA   NA
 10449481 10449482 SAAV_0781 SAAV_0782     TRUE 0.978 -7.000 0.443 NA   NA
 10449482 10449483 SAAV_0782 SAAV_0784     FALSE 0.040 250.000 0.000 NA   NA
 10449483 10449484 SAAV_0784 SAAV_0785     TRUE 0.995 -7.000 0.642 1.000 Y NA
 10449484 10449485 SAAV_0785 SAAV_0786     TRUE 0.951 18.000 0.085 NA Y NA
 10449486 10449487 SAAV_0787 SAAV_0788     TRUE 0.738 14.000 0.000 1.000   NA
 10449487 10449488 SAAV_0788 SAAV_0789     TRUE 0.675 27.000 0.000 1.000   NA
 10449489 10449490 SAAV_0790 SAAV_0791     TRUE 0.761 1.000 0.000 NA   NA
 10449490 10449491 SAAV_0791 SAAV_0792     TRUE 0.630 12.000 0.000 NA   NA
 10449491 10449492 SAAV_0792 SAAV_0793     TRUE 0.874 -7.000 0.000 NA   NA
 10449492 10449493 SAAV_0793 SAAV_0794     TRUE 0.740 2.000 0.000 NA   NA
 10449493 10449494 SAAV_0794 SAAV_0795     TRUE 0.761 1.000 0.000 NA   NA
 10449494 10449495 SAAV_0795 SAAV_0796     FALSE 0.275 64.000 0.000 NA   NA
 10449495 10449496 SAAV_0796 SAAV_0797     TRUE 0.631 14.000 0.000 NA   NA
 10449496 10449497 SAAV_0797 SAAV_0798     FALSE 0.028 330.000 0.000 NA   NA
 10449497 10449498 SAAV_0798 SAAV_0799     TRUE 0.837 -3.000 0.000 NA   NA
 10449498 10449499 SAAV_0799 SAAV_0800     FALSE 0.026 347.000 0.000 NA   NA
 10449499 10449500 SAAV_0800 SAAV_0801     TRUE 0.630 12.000 0.000 NA   NA
 10449500 10449501 SAAV_0801 SAAV_0802     TRUE 0.647 18.000 0.000 NA   NA
 10449501 10449502 SAAV_0802 SAAV_0803     FALSE 0.350 51.000 0.000 NA   NA
 10449502 10449503 SAAV_0803 SAAV_0804     TRUE 0.711 3.000 0.000 NA   NA
 10449503 10449504 SAAV_0804 SAAV_0805     TRUE 0.894 -3.000 0.000 1.000   NA
 10449505 10449506 SAAV_0806 SAAV_0807     FALSE 0.155 117.000 0.000 NA   NA
 10449506 10449507 SAAV_0807 SAAV_0808     TRUE 0.740 2.000 0.000 NA   NA
 10449508 10449509 SAAV_0809 SAAV_0810     FALSE 0.072 175.000 0.000 NA   NA
 10449509 10449510 SAAV_0810 SAAV_0811     FALSE 0.017 600.000 0.000 NA   NA
 10449512 10449513 SAAV_0813 SAAV_0814   sufD TRUE 0.770 98.000 0.139 1.000 Y NA
 10449513 10449514 SAAV_0814 SAAV_0815 sufD   TRUE 0.668 115.000 0.606 1.000 N NA
 10449514 10449515 SAAV_0815 SAAV_0816     TRUE 0.983 -10.000 0.292 1.000 N NA
 10449515 10449516 SAAV_0816 SAAV_0817   sufB TRUE 0.595 151.000 0.152 0.002 N NA
 10449517 10449518 SAAV_0818 SAAV_0819     TRUE 0.612 61.000 0.000 0.058   NA
 10449518 10449519 SAAV_0819 SAAV_0820     TRUE 0.544 131.000 0.146 0.058   NA
 10449519 10449520 SAAV_0820 SAAV_0821     FALSE 0.197 89.000 0.000 NA   NA
 10449520 10449521 SAAV_0821 SAAV_0822     TRUE 0.630 12.000 0.000 NA   NA
 10449522 10449523 SAAV_0823 SAAV_0824     TRUE 0.626 13.000 0.000 NA   NA
 10449523 10449524 SAAV_0824 SAAV_0825     TRUE 0.648 15.000 0.000 NA   NA
 10449526 10449527 SAAV_0827 SAAV_0828     FALSE 0.400 41.000 0.000 NA   NA
 10449529 10449530 SAAV_0830 SAAV_0831     FALSE 0.041 248.000 0.000 NA   NA
 10449530 10449531 SAAV_0831 SAAV_0832     TRUE 0.630 8.000 0.000 NA   NA
 10449531 10449532 SAAV_0832 SAAV_0833     TRUE 0.874 -7.000 0.000 NA   NA
 10449532 10449533 SAAV_0833 SAAV_0834     TRUE 0.792 0.000 0.000 NA   NA
 10449533 10449534 SAAV_0834 SAAV_0835   ssb1 TRUE 0.792 0.000 0.000 NA   NA
 10449534 10449535 SAAV_0835 SAAV_0836 ssb1   FALSE 0.016 685.000 0.000 NA   NA
 10449537 10449538 SAAV_0838 SAAV_0839     TRUE 0.629 10.000 0.000 NA   NA
 10449538 10449539 SAAV_0839 SAAV_0840     TRUE 0.967 -6.000 0.286 NA   NA
 10449539 10449540 SAAV_0840 SAAV_0841     FALSE 0.041 244.000 0.000 NA   NA
 10449540 10449541 SAAV_0841 SAAV_0842     FALSE 0.195 90.000 0.000 NA   NA
 10449541 10449542 SAAV_0842 SAAV_0843     TRUE 0.761 1.000 0.000 NA   NA
 10449542 10449543 SAAV_0843 SAAV_0844     FALSE 0.039 261.000 0.000 NA   NA
 10449543 10449544 SAAV_0844 SAAV_0845     TRUE 0.874 -7.000 0.000 NA   NA
 10449544 10449545 SAAV_0845 SAAV_0846     FALSE 0.430 37.000 0.000 NA   NA
 10449545 10449546 SAAV_0846 SAAV_0847     TRUE 0.837 -3.000 0.000 NA   NA
 10449546 10449547 SAAV_0847 SAAV_0848     TRUE 0.837 -3.000 0.000 NA   NA
 10449547 10449548 SAAV_0848 SAAV_0849     FALSE 0.031 305.000 0.000 NA   NA
 10449548 10449549 SAAV_0849 SAAV_0850     TRUE 0.837 -3.000 0.000 NA   NA
 10449549 10449550 SAAV_0850 SAAV_0851     TRUE 0.596 23.000 0.000 NA   NA
 10449550 10449551 SAAV_0851 SAAV_0852     FALSE 0.159 115.000 0.000 NA   NA
 10449551 10449552 SAAV_0852 SAAV_0853     TRUE 0.633 7.000 0.000 NA   NA
 10449552 10449553 SAAV_0853 SAAV_0854     FALSE 0.167 128.000 0.000 NA N NA
 10449553 10449554 SAAV_0854 SAAV_0855     TRUE 0.916 0.000 0.111 NA   NA
 10449554 10449555 SAAV_0855 SAAV_0856     TRUE 0.631 14.000 0.000 NA   NA
 10449555 10449556 SAAV_0856 SAAV_0857     FALSE 0.267 66.000 0.000 NA   NA
 10449556 10449557 SAAV_0857 SAAV_0858     TRUE 0.979 -7.000 0.500 NA   NA
 10449557 10449558 SAAV_0858 SAAV_0859     TRUE 0.495 88.000 0.200 NA   NA
 10449558 10449559 SAAV_0859 SAAV_0860     FALSE 0.442 36.000 0.000 NA   NA
 10449559 10449560 SAAV_0860 SAAV_0861     TRUE 0.629 9.000 0.000 NA   NA
 10449560 10449561 SAAV_0861 SAAV_0862     FALSE 0.029 322.000 0.000 NA   NA
 10449561 10449562 SAAV_0862 SAAV_0863     TRUE 0.837 -3.000 0.000 NA   NA
 10449562 10449563 SAAV_0863 SAAV_0864     TRUE 0.761 1.000 0.000 NA   NA
 10449563 10449564 SAAV_0864 SAAV_0865     FALSE 0.271 65.000 0.000 NA   NA
 10449564 10449565 SAAV_0865 SAAV_0866     FALSE 0.298 60.000 0.000 NA   NA
 10449565 10449566 SAAV_0866 SAAV_0867     FALSE 0.319 56.000 0.000 NA   NA
 10449566 10449567 SAAV_0867 SAAV_0868     TRUE 0.792 0.000 0.000 NA   NA
 10449567 10449568 SAAV_0868 SAAV_0869     TRUE 0.853 16.000 0.125 NA   NA
 10449568 10449569 SAAV_0869 SAAV_0870     TRUE 0.874 -7.000 0.000 NA   NA
 10449569 10449570 SAAV_0870 SAAV_0871     FALSE 0.372 46.000 0.000 NA   NA
 10449570 10449571 SAAV_0871 SAAV_0872     FALSE 0.319 56.000 0.000 NA   NA
 10449571 10449572 SAAV_0872 SAAV_0873     FALSE 0.018 530.000 0.000 NA   NA
 10449572 10449573 SAAV_0873 SAAV_0874     TRUE 0.988 -13.000 0.750 NA   NA
 10449575 10449576 SAAV_0876 SAAV_0877     FALSE 0.243 71.000 0.000 NA   NA
 10449576 10449577 SAAV_0877 SAAV_0878     TRUE 0.901 -13.000 0.000 NA   NA
 10449579 10449580 SAAV_0880 SAAV_0881     TRUE 0.815 14.000 0.085 NA   NA
 10449580 10449581 SAAV_0881 SAAV_0882     FALSE 0.056 385.000 0.079 NA   NA
 10449581 10449582 SAAV_0882 SAAV_0883     TRUE 0.895 13.000 0.303 NA   NA
 10449582 10449583 SAAV_0883 SAAV_0884     TRUE 0.890 27.000 0.299 1.000   NA
 10449583 10449584 SAAV_0884 SAAV_0885   lipA FALSE 0.398 84.000 0.012 1.000 N NA
 10449584 10449585 SAAV_0885 SAAV_0886 lipA   FALSE 0.196 130.000 0.021 NA   NA
 10449587 10449588 SAAV_0888 SAAV_0889     TRUE 0.943 0.000 0.237 NA   NA
 10449588 10449589 SAAV_0889 SAAV_0890     TRUE 0.606 108.000 0.082 0.056 N NA
 10449589 10449590 SAAV_0890 SAAV_0891     FALSE 0.040 257.000 0.000 NA   NA
 10449590 10449591 SAAV_0891 SAAV_0892     FALSE 0.362 48.000 0.000 NA   NA
 10449591 10449592 SAAV_0892 SAAV_0893   dltA TRUE 0.933 16.000 0.549 NA   NA
 10449592 10449593 SAAV_0893 SAAV_0894 dltA dltB TRUE 0.973 -3.000 0.435 NA N NA
 10449593 10449594 SAAV_0894 SAAV_0895 dltB dltC TRUE 0.915 18.000 0.387 NA   NA
 10449594 10449595 SAAV_0895 SAAV_0896 dltC dltD TRUE 0.923 -3.000 0.064 NA   NA
 10449599 10449600 SAAV_0900 SAAV_0901     TRUE 0.711 13.000 0.012 NA   NA
 10449600 10449601 SAAV_0901 SAAV_0902     FALSE 0.020 454.000 0.000 NA   NA
 10449601 10449602 SAAV_0902 SAAV_0903     FALSE 0.383 131.000 0.097 1.000 N NA
 10449602 10449603 SAAV_0903 SAAV_0904     FALSE 0.037 411.000 0.025 NA   NA
 10449603 10449604 SAAV_0904 SAAV_0905     TRUE 0.790 19.000 0.052 NA   NA
 10449605 10449606 SAAV_0906 SAAV_0907   mnhG FALSE 0.212 249.000 0.364 NA N NA
 10449606 10449607 SAAV_0907 SAAV_0908 mnhG mnhF TRUE 0.995 -22.000 0.244 1.000 Y NA
 10449607 10449608 SAAV_0908 SAAV_0909 mnhF mnhE TRUE 0.995 0.000 0.829 0.060 Y NA
 10449608 10449609 SAAV_0909 SAAV_0910 mnhE mnhD TRUE 0.995 2.000 0.842 0.005 Y NA
 10449609 10449610 SAAV_0910 SAAV_0911 mnhD mnhC TRUE 0.996 -7.000 0.211 0.003 Y NA
 10449610 10449611 SAAV_0911 SAAV_0912 mnhC mnhB TRUE 0.959 12.000 0.195 NA Y NA
 10449611 10449612 SAAV_0912 SAAV_0913 mnhB mnhA TRUE 0.993 -7.000 0.439 NA Y NA
 10449612 10449613 SAAV_0913 SAAV_0914 mnhA kapB FALSE 0.375 131.000 0.206 NA   NA
 10449614 10449615 SAAV_0915 SAAV_0916     FALSE 0.087 415.000 0.110 1.000 N NA
 10449615 10449616 SAAV_0916 SAAV_0917     FALSE 0.070 362.000 0.027 1.000 N NA
 10449616 10449617 SAAV_0917 SAAV_0918   rocD FALSE 0.060 308.000 0.000 1.000 N NA
 10449617 10449618 SAAV_0918 SAAV_0919 rocD gluD TRUE 0.669 109.000 0.019 1.000 Y NA
 10449619 10449620 SAAV_0920 SAAV_0921   argH FALSE 0.094 242.000 0.003 1.000 N NA
 10449620 10449621 SAAV_0921 SAAV_0922 argH argG TRUE 0.994 -10.000 0.278 1.000 Y NA
 10449622 10449623 SAAV_0923 SAAV_0924 pgi   FALSE 0.038 325.000 0.005 NA   NA
 10449623 10449624 SAAV_0924 SAAV_0925   lepB TRUE 0.847 5.000 0.115 NA   NA
 10449624 10449625 SAAV_0925 SAAV_0926 lepB spsB TRUE 0.987 16.000 0.184 0.001 Y NA
 10449625 10449626 SAAV_0926 SAAV_0927 spsB rexB FALSE 0.266 160.000 0.057 1.000 N NA
 10449626 10449627 SAAV_0927 SAAV_0928 rexB rexA TRUE 0.991 4.000 0.408 0.002 Y NA
 10449627 10449628 SAAV_0928 SAAV_0929 rexA   FALSE 0.262 166.000 0.075 1.000 N NA
 10449628 10449629 SAAV_0929 SAAV_0930     FALSE 0.049 329.000 0.028 NA   NA
 10449630 10449631 SAAV_0931 SAAV_0932     TRUE 0.715 52.000 0.171 1.000   NA
 10449632 10449633 SAAV_0933 SAAV_0934     FALSE 0.018 548.000 0.000 NA   NA
 10449633 10449634 SAAV_0934 SAAV_0935   clpB FALSE 0.099 203.000 0.000 1.000 N NA
 10449636 10449637 SAAV_0937 SAAV_0939     TRUE 0.905 -16.000 0.000 NA   NA
 10449637 10449638 SAAV_0939 SAAV_0940     TRUE 0.874 -7.000 0.000 NA   NA
 10449638 10449639 SAAV_0940 SAAV_0941     TRUE 0.910 -22.000 0.000 NA   NA
 10449639 10449640 SAAV_0941 SAAV_0942     FALSE 0.030 311.000 0.000 NA   NA
 10449642 10449643 SAAV_0944 SAAV_0945 fabH fabF TRUE 0.933 12.000 0.000 1.000 Y NA
 10449645 10449646 SAAV_0947 SAAV_0948 oppB oppC TRUE 0.988 0.000 0.062 0.031 Y NA
 10449646 10449647 SAAV_0948 SAAV_0949 oppC oppD TRUE 0.985 16.000 0.857 1.000 Y NA
 10449647 10449648 SAAV_0949 SAAV_0950 oppD oppF TRUE 0.996 -10.000 0.111 0.002 Y NA
 10449648 10449649 SAAV_0950 SAAV_0951 oppF   TRUE 0.957 19.000 0.074 1.000 Y NA
 10449649 10449650 SAAV_0951 SAAV_0952     FALSE 0.422 212.000 0.000 0.031 Y NA
 10449650 10449651 SAAV_0952 SAAV_0953     TRUE 0.814 51.000 0.000 1.000 Y NA
 10449651 10449652 SAAV_0953 SAAV_0954     TRUE 0.992 3.000 0.333 0.001 Y NA
 10449652 10449653 SAAV_0954 SAAV_0955     TRUE 0.987 -7.000 0.045 1.000 Y NA
 10449653 10449654 SAAV_0955 SAAV_0956     TRUE 0.978 12.000 0.159 0.031 Y NA
 10449657 10449658 SAAV_0959 SAAV_0960     TRUE 0.985 -31.000 0.400 NA   NA
 10449659 10449660 SAAV_0961 SAAV_0962     FALSE 0.317 121.000 0.098 NA   NA
 10449660 10449661 SAAV_0962 SAAV_0963   pepF TRUE 0.583 48.000 0.075 NA   NA
 10449662 10449663 SAAV_0964 SAAV_0965     TRUE 0.823 23.000 0.138 NA   NA
 10449663 10449664 SAAV_0965 SAAV_0966     FALSE 0.407 104.000 0.063 1.000   NA
 10449665 10449666 SAAV_0967 SAAV_0968   relA1 TRUE 0.902 17.000 0.283 NA   NA
 10449666 10449667 SAAV_0968 SAAV_0969 relA1 ppnK TRUE 0.954 17.000 0.725 1.000   NA
 10449667 10449668 SAAV_0969 SAAV_0970 ppnK   TRUE 0.979 -3.000 0.480 1.000 N NA
 10449668 10449669 SAAV_0970 SAAV_0971   mgtE TRUE 0.895 21.000 0.163 1.000 N NA
 10449669 10449670 SAAV_0971 SAAV_0972 mgtE   TRUE 0.957 10.000 0.094 1.000 Y NA
 10449670 10449671 SAAV_0972 SAAV_0973   fabI FALSE 0.089 278.000 0.016 1.000 N NA
 10449673 10449674 SAAV_0975 SAAV_0976     FALSE 0.139 145.000 0.000 NA N NA
 10449674 10449675 SAAV_0976 SAAV_0977     FALSE 0.248 194.000 0.287 NA N NA
 10449676 10449677 SAAV_0978 SAAV_0979   ypfP TRUE 0.981 -22.000 0.239 NA N NA
 10449678 10449679 SAAV_0980 SAAV_0981     TRUE 0.925 -10.000 0.012 NA   NA
 10449679 10449680 SAAV_0981 SAAV_0982     TRUE 0.843 0.000 0.009 NA   NA
 10449680 10449681 SAAV_0982 SAAV_0984     FALSE 0.062 302.000 0.000 1.000 N NA
 10449681 10449682 SAAV_0984 SAAV_0985     FALSE 0.166 219.000 0.095 1.000 N NA
 10449682 10449683 SAAV_0985 SAAV_0986     TRUE 0.889 17.000 0.096 1.000 N NA
 10449683 10449684 SAAV_0986 SAAV_0987     FALSE 0.335 139.000 0.068 1.000 N NA
 10449685 10449686 SAAV_0988 SAAV_0989     TRUE 0.740 2.000 0.000 NA   NA
 10449686 10449687 SAAV_0989 SAAV_0990     FALSE 0.116 142.000 0.000 NA   NA
 10449690 10449691 SAAV_0993 SAAV_0994     TRUE 0.869 15.000 0.167 NA   NA
 10449691 10449692 SAAV_0994 SAAV_0995     FALSE 0.015 1343.000 0.000 NA   NA
 10449692 10449693 SAAV_0995 SAAV_0996     TRUE 0.711 3.000 0.000 NA   NA
 10449693 10449694 SAAV_0996 SAAV_0997     TRUE 0.973 -3.000 0.500 NA   NA
 10449699 10449700 SAAV_1002 SAAV_1003     FALSE 0.275 64.000 0.000 NA   NA
 10449703 10449704 SAAV_1006 SAAV_1007   menD TRUE 0.993 -13.000 0.142 1.000 Y NA
 10449704 10449705 SAAV_1007 SAAV_1008 menD   TRUE 0.981 -13.000 0.355 NA   NA
 10449705 10449706 SAAV_1008 SAAV_1009   menB TRUE 0.971 -7.000 0.280 NA   NA
 10449707 10449708 SAAV_1010 SAAV_1011 sspC sspB1 TRUE 0.543 38.000 0.000 1.000   NA
 10449708 10449709 SAAV_1011 SAAV_1012 sspB1 sspA FALSE 0.208 82.000 0.000 NA   NA
 10449709 10449710 SAAV_1012 SAAV_1014 sspA   FALSE 0.018 528.000 0.000 NA   NA
 10449710 10449711 SAAV_1014 SAAV_1015     FALSE 0.229 196.000 0.158 1.000 N NA
 10449713 10449714 SAAV_1017 SAAV_1018 atl   FALSE 0.071 228.000 0.000 1.000   NA
 10449714 10449715 SAAV_1018 SAAV_1019     FALSE 0.383 155.000 0.364 NA   NA
 10449715 10449716 SAAV_1019 SAAV_1020     TRUE 0.836 48.000 0.800 NA   NA
 10449718 10449719 SAAV_1022 SAAV_1023 qoxD qoxC TRUE 0.984 9.000 0.959 1.000 Y NA
 10449719 10449720 SAAV_1023 SAAV_1024 qoxC qoxA TRUE 0.998 -10.000 0.957 0.025 Y NA
 10449720 10449721 SAAV_1024 SAAV_1025 qoxA qoxB TRUE 0.995 0.000 0.489 0.003 Y NA
 10449723 10449724 SAAV_1027 SAAV_1028   folD FALSE 0.016 864.000 0.000 NA   NA
 10449725 10449726 SAAV_1029 SAAV_1030 purE purK TRUE 0.995 -13.000 0.008 0.001 Y NA
 10449726 10449727 SAAV_1030 SAAV_1031 purK purC TRUE 0.954 4.000 0.015 1.000 Y NA
 10449727 10449728 SAAV_1031 SAAV_1032 purC purS TRUE 0.990 0.000 0.460 1.000 Y NA
 10449728 10449729 SAAV_1032 SAAV_1033 purS purQ TRUE 0.995 2.000 0.656 0.001 Y NA
 10449729 10449730 SAAV_1033 SAAV_1034 purQ purL TRUE 0.997 -7.000 0.346 0.001 Y NA
 10449730 10449731 SAAV_1034 SAAV_1035 purL purF TRUE 0.994 -21.000 0.223 1.000 Y NA
 10449731 10449732 SAAV_1035 SAAV_1036 purF purM TRUE 0.992 -7.000 0.248 1.000 Y NA
 10449732 10449733 SAAV_1036 SAAV_1037 purM purN TRUE 0.989 3.000 0.238 0.003 Y NA
 10449733 10449734 SAAV_1037 SAAV_1038 purN purH TRUE 0.971 15.000 0.225 1.000 Y NA
 10449734 10449735 SAAV_1038 SAAV_1039 purH purD TRUE 0.966 22.000 0.238 1.000 Y NA
 10449736 10449737 SAAV_1040 SAAV_1041     TRUE 0.983 -7.000 0.469 1.000   NA
 10449737 10449738 SAAV_1041 SAAV_1042     TRUE 0.891 15.000 0.241 NA   NA
 10449738 10449739 SAAV_1042 SAAV_1044     FALSE 0.016 836.000 0.000 NA   NA
 10449740 10449741 SAAV_1045 SAAV_1046     FALSE 0.044 425.000 0.050 NA   NA
 10449741 10449742 SAAV_1046 SAAV_1047     TRUE 0.572 54.000 0.100 NA   NA
 10449742 10449743 SAAV_1047 SAAV_1048   ptsH FALSE 0.187 154.000 0.047 NA   NA
 10449743 10449744 SAAV_1048 SAAV_1049 ptsH ptsI TRUE 0.982 3.000 0.054 0.013 Y NA
 10449746 10449747 SAAV_1051 SAAV_1052 cydA cydB TRUE 0.996 -3.000 0.778 0.025 Y NA
 10449747 10449748 SAAV_1052 SAAV_1053 cydB   FALSE 0.434 133.000 0.163 1.000 N NA
 10449749 10449750 SAAV_1054 SAAV_1055     TRUE 0.966 0.000 0.576 NA   NA
 10449750 10449751 SAAV_1055 SAAV_1056   def FALSE 0.032 482.000 0.025 NA   NA
 10449752 10449753 SAAV_1057 SAAV_1058   pdhA FALSE 0.147 171.000 0.046 NA   NA
 10449753 10449754 SAAV_1058 SAAV_1059 pdhA pdhB TRUE 0.992 4.000 0.484 0.001 Y NA
 10449754 10449755 SAAV_1059 SAAV_1060 pdhB   TRUE 0.931 91.000 0.883 0.055 Y NA
 10449755 10449756 SAAV_1060 SAAV_1061   pdhD TRUE 0.987 4.000 0.948 1.000 Y NA
 10449756 10449757 SAAV_1061 SAAV_1062 pdhD   FALSE 0.193 168.000 0.096 NA   NA
 10449757 10449758 SAAV_1062 SAAV_1063     FALSE 0.191 144.000 0.034 NA   NA
 10449758 10449759 SAAV_1063 SAAV_1064     TRUE 0.926 13.000 0.326 1.000 N NA
 10449759 10449760 SAAV_1064 SAAV_1065     TRUE 0.998 -7.000 0.928 0.031 Y NA
 10449760 10449761 SAAV_1065 SAAV_1066     TRUE 0.987 6.000 0.492 0.031 Y NA
 10449761 10449762 SAAV_1066 SAAV_1067     TRUE 0.992 0.000 0.253 0.031 Y NA
 10449762 10449763 SAAV_1067 SAAV_1068     FALSE 0.440 74.000 0.089 NA   NA
 10449766 10449767 SAAV_1071 SAAV_1072     FALSE 0.115 184.000 0.041 NA   NA
 10449771 10449772 SAAV_1076 SAAV_1077     TRUE 0.913 2.000 0.173 NA   NA
 10449773 10449774 SAAV_1078 SAAV_1079     FALSE 0.030 314.000 0.000 NA   NA
 10449774 10449775 SAAV_1079 SAAV_1080   pyc FALSE 0.034 554.000 0.000 1.000 N NA
 10449777 10449778 SAAV_1082 SAAV_1083 ctaB   TRUE 0.701 25.000 0.027 NA   NA
 10449778 10449779 SAAV_1083 SAAV_1084     FALSE 0.048 212.000 0.000 NA   NA
 10449779 10449780 SAAV_1084 SAAV_1085     TRUE 0.916 -88.000 0.000 NA   NA
 10449780 10449781 SAAV_1085 SAAV_1086     TRUE 0.907 16.000 0.301 NA   NA
 10449785 10449786 SAAV_1090 SAAV_1091   coaD TRUE 0.958 2.000 0.367 1.000 N NA
 10449788 10449789 SAAV_1093 SAAV_1094   rpmF TRUE 0.673 80.000 0.599 NA   NA
 10449790 10449791 SAAV_1095 SAAV_1096 isdB isdA TRUE 0.480 203.000 0.000 0.006 Y NA
 10449792 10449793 SAAV_1097 SAAV_1098 isdC isdD TRUE 0.792 0.000 0.000 NA   NA
 10449793 10449794 SAAV_1098 SAAV_1099 isdD isdE TRUE 0.837 -3.000 0.000 NA   NA
 10449794 10449795 SAAV_1099 SAAV_1100 isdE isdF TRUE 0.984 10.000 0.877 1.000 Y NA
 10449795 10449796 SAAV_1100 SAAV_1101 isdF srtB FALSE 0.286 62.000 0.000 NA   NA
 10449796 10449797 SAAV_1101 SAAV_1102 srtB   TRUE 0.797 19.000 0.058 NA   NA
 10449797 10449798 SAAV_1102 SAAV_1103     FALSE 0.038 384.000 0.000 1.000   NA
 10449798 10449799 SAAV_1103 SAAV_1105   pheS FALSE 0.182 380.000 0.006 1.000 Y NA
 10449799 10449800 SAAV_1105 SAAV_1106 pheS pheT TRUE 0.996 0.000 0.574 0.001 Y NA
 10449802 10449803 SAAV_1108 SAAV_1109     TRUE 0.893 1.000 0.091 NA   NA
 10449803 10449804 SAAV_1109 SAAV_1110     TRUE 0.501 73.000 0.066 1.000   NA
 10449804 10449805 SAAV_1110 SAAV_1111     TRUE 0.959 10.000 0.114 1.000 Y NA
 10449805 10449806 SAAV_1111 SAAV_1112   trxA FALSE 0.158 173.000 0.018 1.000   NA
 10449808 10449809 SAAV_1114 SAAV_1115 uvrC sdhC FALSE 0.056 324.000 0.000 1.000 N NA
 10449809 10449810 SAAV_1115 SAAV_1116 sdhC sdhA TRUE 0.952 52.000 0.184 0.001 Y NA
 10449810 10449811 SAAV_1116 SAAV_1117 sdhA sdhB TRUE 0.994 0.000 0.231 0.001 Y NA
 10449811 10449812 SAAV_1117 SAAV_1118 sdhB murI FALSE 0.096 236.000 0.002 1.000 N NA
 10449812 10449813 SAAV_1118 SAAV_1119 murI   TRUE 0.840 12.000 0.034 1.000 N NA
 10449813 10449814 SAAV_1119 SAAV_1120     TRUE 0.947 -7.000 0.085 NA   NA
 10449814 10449815 SAAV_1120 SAAV_1121     FALSE 0.098 155.000 0.000 NA   NA
 10449815 10449816 SAAV_1121 SAAV_1122     FALSE 0.056 194.000 0.000 NA   NA
 10449816 10449817 SAAV_1122 SAAV_1123     FALSE 0.078 171.000 0.000 NA   NA
 10449819 10449820 SAAV_1125 SAAV_1126   efb FALSE 0.039 260.000 0.000 NA   NA
 10449820 10449821 SAAV_1126 SAAV_1127 efb   FALSE 0.106 150.000 0.000 NA   NA
 10449821 10449822 SAAV_1127 SAAV_1128     FALSE 0.025 362.000 0.000 NA   NA
 10449826 10449827 SAAV_1132 SAAV_1133     TRUE 0.905 -16.000 0.000 NA   NA
 10449828 10449829 SAAV_1134 SAAV_1135     TRUE 0.490 108.000 0.000 0.016   NA
 10449829 10449830 SAAV_1135 SAAV_1136     TRUE 0.516 95.000 0.000 0.016   NA
 10449831 10449832 SAAV_1137 SAAV_1138 arcB1 arcC1 TRUE 0.982 23.000 1.000 1.000 Y NA
 10449832 10449833 SAAV_1138 SAAV_1139 arcC1   FALSE 0.076 172.000 0.000 NA   NA
 10449833 10449834 SAAV_1139 SAAV_1140     FALSE 0.031 307.000 0.000 NA   NA
 10449838 10449839 SAAV_1144 SAAV_1145     TRUE 0.884 57.000 0.500 0.016   NA
 10449839 10449840 SAAV_1145 SAAV_1146     FALSE 0.210 124.000 0.000 1.000   NA
 10449842 10449843 SAAV_1148 SAAV_1149   mraZ FALSE 0.177 144.000 0.025 NA   NA
 10449843 10449844 SAAV_1149 SAAV_1150 mraZ mraW TRUE 0.938 16.000 0.635 NA   NA
 10449844 10449845 SAAV_1150 SAAV_1151 mraW   TRUE 0.869 14.000 0.077 1.000 N NA
 10449845 10449846 SAAV_1151 SAAV_1152   pbp1 TRUE 0.989 -19.000 0.456 1.000 N NA
 10449846 10449847 SAAV_1152 SAAV_1153 pbp1 mraY FALSE 0.270 292.000 0.038 1.000 Y NA
 10449847 10449848 SAAV_1153 SAAV_1154 mraY murD TRUE 0.994 2.000 0.647 0.007 Y NA
 10449848 10449849 SAAV_1154 SAAV_1155 murD divIB TRUE 0.936 16.000 0.008 NA Y NA
 10449849 10449850 SAAV_1155 SAAV_1156 divIB ftsA TRUE 0.581 106.000 0.389 NA N NA
 10449850 10449851 SAAV_1156 SAAV_1157 ftsA ftsZ TRUE 0.957 33.000 0.460 1.000 Y NA
 10449851 10449852 SAAV_1157 SAAV_1158 ftsZ   FALSE 0.093 260.000 0.082 NA   NA
 10449852 10449853 SAAV_1158 SAAV_1159     TRUE 0.807 18.000 0.061 NA   NA
 10449853 10449854 SAAV_1159 SAAV_1160     TRUE 0.873 6.000 0.194 NA   NA
 10449854 10449855 SAAV_1160 SAAV_1161   ylmG TRUE 0.908 12.000 0.370 NA   NA
 10449855 10449856 SAAV_1161 SAAV_1162 ylmG   TRUE 0.621 83.000 0.287 1.000   NA
 10449856 10449857 SAAV_1162 SAAV_1163     TRUE 0.915 24.000 0.579 NA   NA
 10449857 10449858 SAAV_1163 SAAV_1165   ileS FALSE 0.079 221.000 0.012 NA N NA
 10449858 10449859 SAAV_1165 SAAV_1166 ileS   FALSE 0.033 291.000 0.000 NA   NA
 10449859 10449860 SAAV_1166 SAAV_1167   lspA FALSE 0.067 824.000 0.250 NA   NA
 10449860 10449861 SAAV_1167 SAAV_1168 lspA   TRUE 0.904 0.000 0.008 1.000 N NA
 10449861 10449862 SAAV_1168 SAAV_1169   pyrR FALSE 0.071 400.000 0.048 1.000 N NA
 10449862 10449863 SAAV_1169 SAAV_1170 pyrR uraA FALSE 0.418 218.000 0.140 1.000 Y NA
 10449863 10449864 SAAV_1170 SAAV_1171 uraA pyrB TRUE 0.936 28.000 0.064 1.000 Y NA
 10449864 10449865 SAAV_1171 SAAV_1172 pyrB pyrC TRUE 0.978 18.000 0.452 1.000 Y NA
 10449865 10449866 SAAV_1172 SAAV_1173 pyrC carA TRUE 0.978 2.000 0.155 1.000 Y NA
 10449866 10449867 SAAV_1173 SAAV_1174 carA carB TRUE 0.996 -7.000 0.117 0.001 Y NA
 10449867 10449868 SAAV_1174 SAAV_1175 carB pyrF TRUE 0.665 110.000 0.018 1.000 Y NA
 10449868 10449869 SAAV_1175 SAAV_1176 pyrF pyrE TRUE 0.972 0.000 0.006 1.000 Y NA
 10449869 10449870 SAAV_1176 SAAV_1177 pyrE   TRUE 0.516 30.000 0.000 NA   NA
 10449870 10449871 SAAV_1177 SAAV_1178     FALSE 0.021 437.000 0.000 NA   NA
 10449872 10449873 SAAV_1179 SAAV_1180     FALSE 0.223 76.000 0.000 NA   NA
 10449874 10449875 SAAV_1181 SAAV_1182 gmk rpoZ TRUE 0.972 0.000 0.471 1.000 N NA
 10449875 10449876 SAAV_1182 SAAV_1183 rpoZ coaBC FALSE 0.217 216.000 0.192 1.000 N NA
 10449876 10449877 SAAV_1183 SAAV_1184 coaBC priA TRUE 0.941 0.000 0.099 1.000 N NA
 10449877 10449878 SAAV_1184 SAAV_1185 priA   FALSE 0.019 506.000 0.000 NA   NA
 10449880 10449881 SAAV_1187 SAAV_1188 def2 fmt TRUE 0.992 -7.000 0.031 0.030 Y NA
 10449881 10449882 SAAV_1188 SAAV_1189 fmt sun TRUE 0.991 -3.000 0.305 1.000 Y NA
 10449882 10449883 SAAV_1189 SAAV_1190 sun   TRUE 0.911 3.000 0.135 1.000   NA
 10449883 10449884 SAAV_1190 SAAV_1191     TRUE 0.866 7.000 0.105 1.000   NA
 10449884 10449885 SAAV_1191 SAAV_1192     TRUE 0.994 -3.000 0.704 1.000 Y NA
 10449885 10449886 SAAV_1192 SAAV_1193     FALSE 0.190 228.000 0.196 1.000   NA
 10449886 10449887 SAAV_1193 SAAV_1194   rpe TRUE 0.877 1.000 0.013 1.000   NA
 10449887 10449888 SAAV_1194 SAAV_1195 rpe   TRUE 0.824 7.000 0.019 1.000 N NA
 10449890 10449891 SAAV_1197 SAAV_1198     TRUE 0.931 15.000 0.567 NA   NA
 10449891 10449892 SAAV_1198 SAAV_1199   recG FALSE 0.175 190.000 0.074 1.000   NA
 10449892 10449893 SAAV_1199 SAAV_1200 recG   FALSE 0.138 203.000 0.078 NA N NA
 10449893 10449894 SAAV_1200 SAAV_1201   plsX TRUE 0.785 5.000 0.020 NA N NA
 10449894 10449895 SAAV_1201 SAAV_1202 plsX fabD TRUE 0.995 -7.000 0.106 0.005 Y NA
 10449895 10449896 SAAV_1202 SAAV_1203 fabD fabG1 TRUE 0.995 -7.000 0.149 0.005 Y NA
 10449898 10449899 SAAV_1205 SAAV_1206 acpP rnc FALSE 0.412 116.000 0.068 1.000 N NA
 10449899 10449900 SAAV_1206 SAAV_1207 rnc   FALSE 0.357 147.000 0.120 1.000 N NA
 10449900 10449901 SAAV_1207 SAAV_1208     TRUE 0.977 0.000 0.165 0.011 N NA
 10449901 10449902 SAAV_1208 SAAV_1209     TRUE 0.969 -13.000 0.081 1.000   NA
 10449902 10449903 SAAV_1209 SAAV_1210   ffh TRUE 0.855 26.000 0.151 1.000   NA
 10449903 10449904 SAAV_1210 SAAV_1211 ffh rpsP FALSE 0.144 435.000 0.361 1.000 N NA
 10449904 10449905 SAAV_1211 SAAV_1212 rpsP rimM TRUE 0.717 188.000 0.342 0.019 Y NA
 10449905 10449906 SAAV_1212 SAAV_1213 rimM trmD TRUE 0.991 0.000 0.672 1.000 Y NA
 10449906 10449907 SAAV_1213 SAAV_1215 trmD rplS TRUE 0.855 103.000 0.567 1.000 Y NA
 10449909 10449910 SAAV_1217 SAAV_1218 rbgA rnhB TRUE 0.977 -16.000 0.148 1.000   NA
 10449910 10449911 SAAV_1218 SAAV_1219 rnhB sucC FALSE 0.352 109.000 0.015 1.000 N NA
 10449911 10449912 SAAV_1219 SAAV_1220 sucC sucD TRUE 0.983 22.000 0.173 0.001 Y NA
 10449912 10449913 SAAV_1220 SAAV_1221 sucD lytN FALSE 0.110 227.000 0.034 1.000   NA
 10449913 10449914 SAAV_1221 SAAV_1222 lytN eprH TRUE 0.911 28.000 0.500 1.000   NA
 10449914 10449915 SAAV_1222 SAAV_1223 eprH   FALSE 0.060 305.000 0.000 1.000 N NA
 10449915 10449916 SAAV_1223 SAAV_1224   topA TRUE 0.569 180.000 0.238 1.000 Y NA
 10449916 10449917 SAAV_1224 SAAV_1225 topA gid FALSE 0.339 156.000 0.137 1.000 N NA
 10449917 10449918 SAAV_1225 SAAV_1226 gid xerC FALSE 0.086 418.000 0.105 1.000 N NA
 10449918 10449919 SAAV_1226 SAAV_1227 xerC hslV TRUE 0.958 -3.000 0.113 1.000 N NA
 10449919 10449920 SAAV_1227 SAAV_1228 hslV hslU TRUE 0.921 66.000 0.752 1.000 Y NA
 10449920 10449921 SAAV_1228 SAAV_1229 hslU codY TRUE 0.864 25.000 0.131 1.000 N NA
 10449921 10449922 SAAV_1229 SAAV_1230 codY rpsB FALSE 0.061 347.000 0.006 1.000 N NA
 10449922 10449923 SAAV_1230 SAAV_1231 rpsB   FALSE 0.464 34.000 0.000 NA   NA
 10449923 10449924 SAAV_1231 SAAV_1232   tsf FALSE 0.453 35.000 0.000 NA   NA
 10449924 10449925 SAAV_1232 SAAV_1233 tsf pyrH TRUE 0.541 137.000 0.416 1.000 N NA
 10449925 10449926 SAAV_1233 SAAV_1234 pyrH frr TRUE 0.950 19.000 0.626 1.000 N NA
 10449926 10449927 SAAV_1234 SAAV_1235 frr uppS FALSE 0.174 373.000 0.409 1.000 N NA
 10449927 10449928 SAAV_1235 SAAV_1236 uppS cdsA TRUE 0.960 7.000 0.113 1.000 Y NA
 10449928 10449929 SAAV_1236 SAAV_1237 cdsA   FALSE 0.139 212.000 0.040 1.000 N NA
 10449929 10449930 SAAV_1237 SAAV_1238   proS TRUE 0.874 20.000 0.095 1.000 N NA
 10449930 10449931 SAAV_1238 SAAV_1239 proS polC FALSE 0.226 264.000 0.070 0.047 N NA
 10449931 10449932 SAAV_1239 SAAV_1240 polC   FALSE 0.072 290.000 0.059 NA   NA
 10449932 10449933 SAAV_1240 SAAV_1241   nusA TRUE 0.934 21.000 0.759 NA   NA
 10449933 10449934 SAAV_1241 SAAV_1242 nusA   TRUE 0.966 21.000 0.323 NA Y NA
 10449934 10449935 SAAV_1242 SAAV_1243     TRUE 0.972 -3.000 0.408 NA N NA
 10449935 10449936 SAAV_1243 SAAV_1244   infB TRUE 0.972 5.000 0.223 1.000 Y NA
 10449936 10449937 SAAV_1244 SAAV_1245 infB rbfA FALSE 0.388 386.000 0.530 1.000 Y NA
 10449937 10449938 SAAV_1245 SAAV_1246 rbfA truB TRUE 0.549 169.000 0.111 1.000 Y NA
 10449938 10449939 SAAV_1246 SAAV_1247 truB ribF TRUE 0.931 15.000 0.308 1.000 N NA
 10449939 10449940 SAAV_1247 SAAV_1248 ribF rpsO FALSE 0.459 115.000 0.119 1.000 N NA
 10449940 10449941 SAAV_1248 SAAV_1249 rpsO pnp FALSE 0.352 369.000 0.335 1.000 Y NA
 10449941 10449942 SAAV_1249 SAAV_1250 pnp   FALSE 0.045 338.000 0.000 1.000   NA
 10449942 10449943 SAAV_1250 SAAV_1251     FALSE 0.059 383.000 0.031 1.000   NA
 10449943 10449944 SAAV_1251 SAAV_1252     TRUE 0.895 5.000 0.115 1.000 N NA
 10449944 10449945 SAAV_1252 SAAV_1253     TRUE 0.781 31.000 0.093 1.000   NA
 10449945 10449946 SAAV_1253 SAAV_1254     TRUE 0.989 0.000 0.872 0.005   NA
 10449946 10449947 SAAV_1254 SAAV_1255     TRUE 0.966 0.000 0.397 1.000   NA
 10449947 10449948 SAAV_1255 SAAV_1256     TRUE 0.610 105.000 0.114 0.053   NA
 10449948 10449949 SAAV_1256 SAAV_1257     TRUE 0.891 19.000 0.163 1.000   NA
 10449949 10449950 SAAV_1257 SAAV_1258   pgsA TRUE 0.648 34.000 0.009 1.000   NA
 10449950 10449951 SAAV_1258 SAAV_1259 pgsA   FALSE 0.173 224.000 0.151 1.000   NA
 10449951 10449952 SAAV_1259 SAAV_1260   recA FALSE 0.244 165.000 0.083 1.000   NA
 10449952 10449953 SAAV_1260 SAAV_1261 recA   FALSE 0.058 354.000 0.018 1.000   NA
 10449955 10449956 SAAV_1263 SAAV_1264     FALSE 0.238 140.000 0.021 1.000   NA
 10449956 10449957 SAAV_1264 SAAV_1265     TRUE 0.994 1.000 0.437 0.001 Y NA
 10449957 10449958 SAAV_1265 SAAV_1266     FALSE 0.188 94.000 0.000 NA   NA
 10449958 10449959 SAAV_1266 SAAV_1267   miaB FALSE 0.155 134.000 0.002 NA   NA
 10449959 10449960 SAAV_1267 SAAV_1268 miaB   TRUE 0.862 1.000 0.041 NA   NA
 10449960 10449961 SAAV_1268 SAAV_1269     TRUE 0.768 27.000 0.091 NA   NA
 10449961 10449962 SAAV_1269 SAAV_1270   hexA FALSE 0.041 303.000 0.003 NA   NA
 10449962 10449963 SAAV_1270 SAAV_1271 hexA mutL TRUE 0.985 13.000 0.220 0.002 Y NA
 10449963 10449964 SAAV_1271 SAAV_1272 mutL glpP TRUE 0.834 15.000 0.020 1.000 N NA
 10449964 10449965 SAAV_1272 SAAV_1273 glpP glpF FALSE 0.072 475.000 0.083 1.000 N NA
 10449965 10449966 SAAV_1273 SAAV_1274 glpF glpK FALSE 0.354 129.000 0.057 1.000 N NA
 10449966 10449967 SAAV_1274 SAAV_1275 glpK glpD TRUE 0.710 158.000 0.013 0.001 Y NA
 10449967 10449968 SAAV_1275 SAAV_1276 glpD   FALSE 0.259 150.000 0.029 1.000 N NA
 10449968 10449969 SAAV_1276 SAAV_1277   miaA TRUE 0.840 18.000 0.025 1.000 N NA
 10449969 10449970 SAAV_1277 SAAV_1278 miaA   TRUE 0.807 15.000 0.016 1.000   NA
 10449972 10449973 SAAV_1280 SAAV_1281     TRUE 0.850 19.000 0.065 1.000   NA
 10449973 10449974 SAAV_1281 SAAV_1282   glnR FALSE 0.127 243.000 0.046 1.000 N NA
 10449974 10449975 SAAV_1282 SAAV_1283 glnR femC TRUE 0.881 19.000 0.103 1.000 N NA
 10449975 10449976 SAAV_1283 SAAV_1284 femC   FALSE 0.031 493.000 0.000 1.000   NA
 10449976 10449977 SAAV_1284 SAAV_1285     FALSE 0.060 700.000 0.000 0.053   NA
 10449977 10449978 SAAV_1285 SAAV_1286     FALSE 0.032 294.000 0.000 NA   NA
 10449978 10449979 SAAV_1286 SAAV_1287     FALSE 0.016 700.000 0.000 NA   NA
 10449979 10449980 SAAV_1287 SAAV_1288     FALSE 0.021 424.000 0.000 NA   NA
 10449980 10449981 SAAV_1288 SAAV_1289     FALSE 0.018 511.000 0.000 NA   NA
 10449981 10449982 SAAV_1289 SAAV_1290     TRUE 0.916 -45.000 0.000 NA   NA
 10449982 10449983 SAAV_1290 SAAV_1291     TRUE 0.647 18.000 0.000 NA   NA
 10449983 10449984 SAAV_1291 SAAV_1292     FALSE 0.372 46.000 0.000 NA   NA
 10449984 10449985 SAAV_1292 SAAV_1293     FALSE 0.159 115.000 0.000 NA   NA
 10449985 10449986 SAAV_1293 SAAV_1294     FALSE 0.267 66.000 0.000 NA   NA
 10449988 10449989 SAAV_1296 SAAV_1297     TRUE 0.772 57.000 0.571 NA   NA
 10449989 10449990 SAAV_1297 SAAV_1298     FALSE 0.217 175.000 0.057 1.000 N NA
 10449990 10449991 SAAV_1298 SAAV_1299     TRUE 0.987 -31.000 0.136 0.098   NA
 10449991 10449992 SAAV_1299 SAAV_1300     TRUE 0.968 4.000 0.500 0.098   NA
 10449992 10449993 SAAV_1300 SAAV_1301     TRUE 0.997 -3.000 0.857 0.011 Y NA
 10449999 10450000 SAAV_1307 SAAV_1308     FALSE 0.217 78.000 0.000 NA   NA
 10450000 10450001 SAAV_1308 SAAV_1309   thrC TRUE 0.947 6.000 0.021 1.000 Y NA
 10450001 10450002 SAAV_1309 SAAV_1310 thrC thrB TRUE 0.981 2.000 0.221 1.000 Y NA
 10450002 10450003 SAAV_1310 SAAV_1311 thrB   TRUE 0.664 58.000 0.013 0.098   NA
 10450004 10450005 SAAV_1312 SAAV_1313     FALSE 0.282 218.000 0.667 NA   NA
 10450006 10450007 SAAV_1314 SAAV_1315 kataA rpmG FALSE 0.365 91.000 0.006 1.000 N NA
 10450007 10450008 SAAV_1315 SAAV_1316 rpmG rpsN FALSE 0.302 454.000 0.052 0.019 Y NA
 10450008 10450009 SAAV_1316 SAAV_1317 rpsN guaC FALSE 0.220 157.000 0.015 1.000 N NA
 10450013 10450014 SAAV_1321 SAAV_1322     FALSE 0.351 137.000 0.200 NA   NA
 10450014 10450015 SAAV_1322 SAAV_1323   tkt FALSE 0.431 121.000 0.240 NA   NA
 10450015 10450016 SAAV_1323 SAAV_1324 tkt   FALSE 0.057 278.000 0.000 1.000   NA
 10450016 10450017 SAAV_1324 SAAV_1325     FALSE 0.112 179.000 0.026 NA   NA
 10450017 10450018 SAAV_1325 SAAV_1326   sbcD FALSE 0.221 124.000 0.010 NA N NA
 10450018 10450019 SAAV_1326 SAAV_1327 sbcD sbcC TRUE 0.982 4.000 0.669 NA Y NA
 10450023 10450024 SAAV_1331 SAAV_1332 acnA   FALSE 0.139 180.000 0.015 1.000   NA
 10450025 10450026 SAAV_1333 SAAV_1334     FALSE 0.033 376.000 0.008 NA   NA
 10450027 10450028 SAAV_1335 SAAV_1336 parE parC TRUE 0.995 0.000 0.552 0.002 Y NA
 10450028 10450029 SAAV_1336 SAAV_1337 parC   FALSE 0.077 250.000 0.000 1.000 N NA
 10450029 10450030 SAAV_1337 SAAV_1338     FALSE 0.070 500.000 0.119 1.000   NA
 10450030 10450031 SAAV_1338 SAAV_1339     FALSE 0.135 195.000 0.095 NA   NA
 10450031 10450032 SAAV_1339 SAAV_1340   fmtC FALSE 0.029 481.000 0.018 NA   NA
 10450038 10450039 SAAV_1346 SAAV_1349   trpE FALSE 0.037 492.000 0.000 1.000 N NA
 10450039 10450040 SAAV_1349 SAAV_1350 trpE trpG TRUE 0.992 -3.000 0.021 0.001 Y NA
 10450040 10450041 SAAV_1350 SAAV_1351 trpG trpD TRUE 0.942 6.000 0.006 1.000 Y NA
 10450041 10450042 SAAV_1351 SAAV_1352 trpD trpC TRUE 0.981 2.000 0.216 1.000 Y NA
 10450042 10450043 SAAV_1352 SAAV_1353 trpC trpF TRUE 0.995 -3.000 0.264 0.002 Y NA
 10450043 10450044 SAAV_1353 SAAV_1354 trpF trpB TRUE 0.997 -7.000 0.375 0.002 Y NA
 10450044 10450045 SAAV_1354 SAAV_1355 trpB trpA TRUE 0.997 -7.000 0.248 0.001 Y NA
 10450045 10450046 SAAV_1355 SAAV_1356 trpA femA FALSE 0.057 322.000 0.000 1.000 N NA
 10450046 10450047 SAAV_1356 SAAV_1357 femA   TRUE 0.992 19.000 1.000 0.007 Y NA
 10450047 10450048 SAAV_1357 SAAV_1358     FALSE 0.033 289.000 0.000 NA   NA
 10450048 10450049 SAAV_1358 SAAV_1359     FALSE 0.044 230.000 0.000 NA   NA
 10450050 10450051 SAAV_1360 SAAV_1361     FALSE 0.210 124.000 0.000 1.000   NA
 10450051 10450052 SAAV_1361 SAAV_1362     TRUE 0.993 -7.000 0.059 0.023 Y NA
 10450052 10450053 SAAV_1362 SAAV_1363     TRUE 0.995 -13.000 0.353 1.000 Y NA
 10450053 10450054 SAAV_1363 SAAV_1364     TRUE 0.997 -7.000 0.647 0.029 Y NA
 10450054 10450055 SAAV_1364 SAAV_1365     FALSE 0.108 304.000 0.182 NA   NA
 10450057 10450058 SAAV_1367 SAAV_1368     TRUE 0.959 7.000 0.182 NA Y NA
 10450058 10450059 SAAV_1368 SAAV_1369     TRUE 0.948 47.000 0.125 0.002 Y NA
 10450059 10450060 SAAV_1369 SAAV_1370     TRUE 0.994 2.000 0.485 0.002 Y NA
 10450060 10450061 SAAV_1370 SAAV_1371     FALSE 0.440 191.000 0.077 1.000 Y NA
 10450064 10450065 SAAV_1374 SAAV_1376   lysC FALSE 0.025 1062.000 0.000 1.000   NA
 10450065 10450066 SAAV_1376 SAAV_1377 lysC asd TRUE 0.843 64.000 0.119 1.000 Y NA
 10450066 10450067 SAAV_1377 SAAV_1378 asd dapA TRUE 0.965 2.000 0.015 1.000 Y NA
 10450067 10450068 SAAV_1378 SAAV_1379 dapA dapB TRUE 0.925 27.000 0.014 1.000 Y NA
 10450068 10450069 SAAV_1379 SAAV_1380 dapB dapD TRUE 0.932 27.000 0.036 1.000 Y NA
 10450069 10450070 SAAV_1380 SAAV_1381 dapD   TRUE 0.486 143.000 0.372 1.000   NA
 10450070 10450071 SAAV_1381 SAAV_1382     TRUE 0.856 5.000 0.058 1.000   NA
 10450071 10450072 SAAV_1382 SAAV_1383   lysA TRUE 0.954 -10.000 0.008 1.000 N NA
 10450075 10450076 SAAV_1386 SAAV_1387     FALSE 0.190 171.000 0.105 NA   NA
 10450077 10450078 SAAV_1388 SAAV_1389     TRUE 0.763 25.000 0.067 NA   NA
 10450078 10450079 SAAV_1389 SAAV_1390     TRUE 0.842 32.000 0.373 NA   NA
 10450080 10450081 SAAV_1391 SAAV_1392 brnQ3   FALSE 0.144 225.000 0.136 NA N NA
 10450081 10450082 SAAV_1392 SAAV_1393     TRUE 0.940 14.000 0.822 NA   NA
 10450082 10450083 SAAV_1393 SAAV_1394     FALSE 0.193 181.000 0.156 NA   NA
 10450083 10450084 SAAV_1394 SAAV_1395     TRUE 0.843 29.000 0.280 NA   NA
 10450084 10450085 SAAV_1395 SAAV_1396   sucB FALSE 0.017 580.000 0.000 NA   NA
 10450085 10450086 SAAV_1396 SAAV_1397 sucB sucA TRUE 0.981 14.000 0.667 1.000 Y NA
 10450086 10450087 SAAV_1397 SAAV_1398 sucA arlS FALSE 0.079 284.000 0.006 1.000 N NA
 10450087 10450088 SAAV_1398 SAAV_1399 arlS arlR TRUE 0.992 -3.000 0.438 1.000 Y NA
 10450088 10450089 SAAV_1399 SAAV_1400 arlR   FALSE 0.031 788.000 0.000 1.000 N NA
 10450089 10450090 SAAV_1400 SAAV_1401   murG TRUE 0.837 17.000 0.016 1.000 N NA
 10450090 10450091 SAAV_1401 SAAV_1402 murG   TRUE 0.793 12.000 0.014 1.000   NA
 10450091 10450092 SAAV_1402 SAAV_1403     FALSE 0.061 400.000 0.046 1.000   NA
 10450092 10450093 SAAV_1403 SAAV_1404     FALSE 0.111 192.000 0.045 NA   NA
 10450093 10450094 SAAV_1404 SAAV_1405     TRUE 0.905 0.000 0.080 NA   NA
 10450094 10450095 SAAV_1405 SAAV_1406   msrB TRUE 0.897 12.000 0.154 1.000 N NA
 10450095 10450096 SAAV_1406 SAAV_1407 msrB msrA TRUE 0.998 -7.000 0.615 0.002 Y NA
 10450096 10450097 SAAV_1407 SAAV_1408 msrA   FALSE 0.201 86.000 0.000 NA   NA
 10450097 10450098 SAAV_1408 SAAV_1409   folA TRUE 0.648 15.000 0.000 NA   NA
 10450098 10450099 SAAV_1409 SAAV_1410 folA thyA FALSE 0.285 200.000 0.295 1.000 N NA
 10450099 10450100 SAAV_1410 SAAV_1411 thyA   FALSE 0.028 424.000 0.003 NA   NA
 10450100 10450101 SAAV_1411 SAAV_1412     TRUE 0.659 16.000 0.000 NA   NA
 10450101 10450102 SAAV_1412 SAAV_1413     TRUE 0.782 38.000 0.000 0.007   NA
 10450106 10450107 SAAV_1417 SAAV_1418 ebh ebhA FALSE 0.372 46.000 0.000 NA   NA
 10450107 10450108 SAAV_1418 SAAV_1419 ebhA ebhB TRUE 0.918 40.000 0.000 0.013 Y NA
 10450108 10450109 SAAV_1419 SAAV_1420 ebhB   FALSE 0.022 398.000 0.000 NA   NA
 10450109 10450110 SAAV_1420 SAAV_1421     FALSE 0.097 156.000 0.000 NA   NA
 10450110 10450111 SAAV_1421 SAAV_1422   ilvA1 TRUE 0.901 31.000 0.006 1.000 Y NA
 10450111 10450112 SAAV_1422 SAAV_1423 ilvA1 ald1 TRUE 0.687 95.000 0.012 1.000 Y NA
 10450112 10450113 SAAV_1423 SAAV_1424 ald1   FALSE 0.037 476.000 0.000 1.000 N NA
 10450113 10450114 SAAV_1424 SAAV_1425     TRUE 0.734 20.000 0.000 1.000   NA
 10450116 10450117 SAAV_1427 SAAV_1428     FALSE 0.204 84.000 0.000 NA   NA
 10450117 10450118 SAAV_1428 SAAV_1430     FALSE 0.021 434.000 0.000 NA   NA
 10450118 10450119 SAAV_1430 SAAV_1431     FALSE 0.178 101.000 0.000 NA   NA
 10450119 10450120 SAAV_1431 SAAV_1432     TRUE 0.928 14.000 0.579 NA   NA
 10450120 10450121 SAAV_1432 SAAV_1433     TRUE 0.961 -7.000 0.165 NA   NA
 10450121 10450122 SAAV_1433 SAAV_1434     FALSE 0.325 55.000 0.000 NA   NA
 10450123 10450124 SAAV_1435 SAAV_1436   recU TRUE 0.907 -19.000 0.000 NA   NA
 10450124 10450125 SAAV_1436 SAAV_1437 recU pbp2 TRUE 0.972 -3.000 0.319 1.000   NA
 10450126 10450127 SAAV_1438 SAAV_1439   nth TRUE 0.728 5.000 0.009 NA   NA
 10450127 10450128 SAAV_1439 SAAV_1440 nth   TRUE 0.988 -10.000 0.075 NA Y NA
 10450128 10450129 SAAV_1440 SAAV_1441   asnC FALSE 0.126 328.000 0.234 NA N NA
 10450129 10450130 SAAV_1441 SAAV_1442 asnC   FALSE 0.146 322.000 0.030 0.096 N NA
 10450130 10450131 SAAV_1442 SAAV_1443   birA TRUE 0.845 24.000 0.074 1.000 N NA
 10450131 10450132 SAAV_1443 SAAV_1444 birA papS TRUE 0.963 -13.000 0.023 1.000 N NA
 10450132 10450133 SAAV_1444 SAAV_1445 papS   TRUE 0.897 5.000 0.126 1.000 N NA
 10450133 10450134 SAAV_1445 SAAV_1446     FALSE 0.076 244.000 0.038 NA   NA
 10450134 10450135 SAAV_1446 SAAV_1447     FALSE 0.041 336.000 0.013 NA   NA
 10450135 10450136 SAAV_1447 SAAV_1448     TRUE 0.556 54.000 0.083 NA   NA
 10450136 10450137 SAAV_1448 SAAV_1449     TRUE 0.962 -10.000 0.127 NA   NA
 10450137 10450138 SAAV_1449 SAAV_1450     TRUE 0.906 14.000 0.353 NA   NA
 10450138 10450139 SAAV_1450 SAAV_1451   aroA TRUE 0.808 7.000 0.007 1.000 N NA
 10450139 10450140 SAAV_1451 SAAV_1452 aroA aroB TRUE 0.952 10.000 0.051 1.000 Y NA
 10450140 10450141 SAAV_1452 SAAV_1453 aroB aroC TRUE 0.976 26.000 0.110 0.002 Y NA
 10450141 10450142 SAAV_1453 SAAV_1454 aroC   FALSE 0.023 386.000 0.000 NA   NA
 10450142 10450143 SAAV_1454 SAAV_1455     TRUE 0.528 29.000 0.000 NA   NA
 10450143 10450144 SAAV_1455 SAAV_1456   ndk FALSE 0.325 55.000 0.000 NA   NA
 10450144 10450145 SAAV_1456 SAAV_1457 ndk   FALSE 0.451 92.000 0.054 1.000 N NA
 10450145 10450146 SAAV_1457 SAAV_1458   ubiE TRUE 0.950 17.000 0.020 1.000 Y NA
 10450146 10450147 SAAV_1458 SAAV_1459 ubiE   TRUE 0.773 3.000 0.008 NA   NA
 10450147 10450148 SAAV_1459 SAAV_1460   hup FALSE 0.021 431.000 0.000 NA   NA
 10450148 10450149 SAAV_1460 SAAV_1461 hup gpsA FALSE 0.195 171.000 0.025 1.000 N NA
 10450149 10450150 SAAV_1461 SAAV_1462 gpsA engA TRUE 0.863 17.000 0.068 1.000   NA
 10450150 10450151 SAAV_1462 SAAV_1463 engA rpsA FALSE 0.110 222.000 0.032 1.000   NA
 10450151 10450152 SAAV_1463 SAAV_1464 rpsA cmk FALSE 0.052 712.000 0.047 1.000 N NA
 10450154 10450155 SAAV_1466 SAAV_1467     FALSE 0.091 161.000 0.000 NA   NA
 10450155 10450156 SAAV_1467 SAAV_1468     FALSE 0.138 125.000 0.000 NA   NA
 10450156 10450157 SAAV_1468 SAAV_1469   recQ2 FALSE 0.278 153.000 0.079 1.000   NA
 10450157 10450158 SAAV_1469 SAAV_1470 recQ2   TRUE 0.983 -10.000 0.508 NA   NA
 10450160 10450161 SAAV_1472 SAAV_1474     FALSE 0.022 402.000 0.000 NA   NA
 10450163 10450164 SAAV_1476 SAAV_1477     FALSE 0.223 76.000 0.000 NA   NA
 10450164 10450165 SAAV_1477 SAAV_1478     FALSE 0.306 58.000 0.000 NA   NA
 10450165 10450166 SAAV_1478 SAAV_1479     FALSE 0.195 90.000 0.000 NA   NA
 10450166 10450167 SAAV_1479 SAAV_1480     TRUE 0.874 -7.000 0.000 NA   NA
 10450167 10450168 SAAV_1480 SAAV_1481   srrB FALSE 0.032 304.000 0.000 NA   NA
 10450168 10450169 SAAV_1481 SAAV_1482 srrB srrA TRUE 0.993 -19.000 0.111 1.000 Y NA
 10450169 10450170 SAAV_1482 SAAV_1483 srrA rluB FALSE 0.325 133.000 0.046 1.000 N NA
 10450170 10450171 SAAV_1483 SAAV_1484 rluB scpB TRUE 0.971 -7.000 0.224 NA N NA
 10450171 10450172 SAAV_1484 SAAV_1485 scpB scpA TRUE 0.981 -7.000 0.570 NA   NA
 10450174 10450175 SAAV_1487 SAAV_1488 xerD   TRUE 0.621 49.000 0.029 1.000 N NA
 10450175 10450176 SAAV_1488 SAAV_1489     FALSE 0.371 105.000 0.021 1.000 N NA
 10450178 10450179 SAAV_1491 SAAV_1492     TRUE 0.659 16.000 0.000 NA   NA
 10450182 10450183 SAAV_1495 SAAV_1496 zwf   FALSE 0.393 42.000 0.000 NA   NA
 10450183 10450184 SAAV_1496 SAAV_1497     TRUE 0.516 30.000 0.000 NA   NA
 10450185 10450186 SAAV_1498 SAAV_1499 malA malR TRUE 0.949 16.000 0.500 1.000 N NA
 10450186 10450187 SAAV_1499 SAAV_1500 malR   FALSE 0.089 194.000 0.000 1.000   NA
 10450187 10450188 SAAV_1500 SAAV_1501     FALSE 0.020 467.000 0.000 NA   NA
 10450188 10450189 SAAV_1501 SAAV_1502     FALSE 0.166 316.000 0.000 NA Y NA
 10450189 10450190 SAAV_1502 SAAV_1503     TRUE 0.514 68.000 0.035 1.000 N NA
 10450192 10450193 SAAV_1505 SAAV_1506     TRUE 0.822 14.000 0.097 NA   NA
 10450193 10450194 SAAV_1506 SAAV_1507     FALSE 0.236 73.000 0.000 NA   NA
 10450194 10450195 SAAV_1507 SAAV_1508     FALSE 0.067 180.000 0.000 NA   NA
 10450195 10450196 SAAV_1508 SAAV_1509     TRUE 0.990 13.000 0.882 0.051 Y NA
 10450196 10450197 SAAV_1509 SAAV_1510     TRUE 0.997 0.000 0.897 0.001 Y NA
 10450197 10450198 SAAV_1510 SAAV_1511   lpdA TRUE 0.979 16.000 0.414 1.000 Y NA
 10450198 10450199 SAAV_1511 SAAV_1512 lpdA recN FALSE 0.215 151.000 0.002 1.000 N NA
 10450199 10450200 SAAV_1512 SAAV_1513 recN argR TRUE 0.873 16.000 0.056 1.000 N NA
 10450200 10450201 SAAV_1513 SAAV_1514 argR ispA FALSE 0.040 432.000 0.000 1.000 N NA
 10450201 10450202 SAAV_1514 SAAV_1515 ispA xseB TRUE 0.977 -22.000 0.100 1.000 N NA
 10450202 10450203 SAAV_1515 SAAV_1516 xseB xseA TRUE 0.997 -7.000 0.412 0.001 Y NA
 10450203 10450204 SAAV_1516 SAAV_1517 xseA nusB TRUE 0.831 17.000 0.011 1.000 N NA
 10450204 10450205 SAAV_1517 SAAV_1518 nusB   TRUE 0.664 60.000 0.265 NA   NA
 10450205 10450206 SAAV_1518 SAAV_1519   accC TRUE 0.915 15.000 0.373 NA   NA
 10450206 10450207 SAAV_1519 SAAV_1520 accC accB TRUE 0.980 0.000 0.086 1.000 Y NA
 10450207 10450208 SAAV_1520 SAAV_1521 accB efp FALSE 0.081 474.000 0.120 1.000 N NA
 10450208 10450209 SAAV_1521 SAAV_1522 efp   TRUE 0.873 26.000 0.160 1.000 N NA
 10450210 10450211 SAAV_1523 SAAV_1524     TRUE 0.947 14.000 1.000 NA   NA
 10450214 10450215 SAAV_1527 SAAV_1528     TRUE 0.997 -7.000 0.316 0.001 Y NA
 10450215 10450216 SAAV_1528 SAAV_1529   gcvT TRUE 0.981 20.000 0.092 0.001 Y NA
 10450216 10450217 SAAV_1529 SAAV_1531 gcvT aroK TRUE 0.505 159.000 0.019 1.000 Y NA
 10450217 10450218 SAAV_1531 SAAV_1532 aroK   FALSE 0.087 233.000 0.029 NA N NA
 10450218 10450219 SAAV_1532 SAAV_1533     FALSE 0.259 204.000 0.000 NA Y NA
 10450219 10450220 SAAV_1533 SAAV_1534   comGC TRUE 0.985 -22.000 0.000 NA Y NA
 10450220 10450221 SAAV_1534 SAAV_1535 comGC   TRUE 0.980 14.000 0.861 NA Y NA
 10450221 10450222 SAAV_1535 SAAV_1536     TRUE 0.996 -28.000 0.639 NA Y NA
 10450222 10450223 SAAV_1536 SAAV_1537     TRUE 0.540 52.000 0.015 1.000   NA
 10450223 10450224 SAAV_1537 SAAV_1538     TRUE 0.886 -3.000 0.015 NA   NA
 10450224 10450225 SAAV_1538 SAAV_1539   glk TRUE 0.865 0.000 0.024 NA   NA
 10450225 10450226 SAAV_1539 SAAV_1540 glk   TRUE 0.972 -3.000 0.496 NA   NA
 10450226 10450227 SAAV_1540 SAAV_1541     TRUE 0.956 -19.000 0.058 NA   NA
 10450227 10450228 SAAV_1541 SAAV_1542     TRUE 0.776 12.000 0.006 1.000   NA
 10450228 10450229 SAAV_1542 SAAV_1543   rpmG_1 FALSE 0.146 209.000 0.045 1.000 N NA
 10450229 10450230 SAAV_1543 SAAV_1544 rpmG_1 pbp3 FALSE 0.346 113.000 0.019 1.000 N NA
 10450230 10450231 SAAV_1544 SAAV_1545 pbp3 sodA2 FALSE 0.408 121.000 0.085 1.000 N NA
 10450231 10450232 SAAV_1545 SAAV_1546 sodA2   FALSE 0.233 276.000 0.000 1.000 Y NA
 10450232 10450233 SAAV_1546 SAAV_1547     TRUE 0.996 -13.000 0.480 1.000 Y NA
 10450233 10450234 SAAV_1547 SAAV_1548     TRUE 0.939 42.000 0.148 0.095 Y NA
 10450234 10450235 SAAV_1548 SAAV_1549   nfo FALSE 0.291 126.000 0.012 1.000 N NA
 10450235 10450236 SAAV_1549 SAAV_1550 nfo   TRUE 0.958 10.000 0.104 1.000 Y NA
 10450236 10450237 SAAV_1550 SAAV_1551     FALSE 0.258 114.000 0.032 NA   NA
 10450237 10450238 SAAV_1551 SAAV_1552     TRUE 0.922 3.000 0.283 NA   NA
 10450238 10450239 SAAV_1552 SAAV_1553   rpoD FALSE 0.396 131.000 0.239 NA   NA
 10450239 10450240 SAAV_1553 SAAV_1554 rpoD dnaG FALSE 0.217 224.000 0.209 1.000 N NA
 10450240 10450241 SAAV_1554 SAAV_1555 dnaG   FALSE 0.374 61.000 0.011 NA   NA
 10450241 10450242 SAAV_1555 SAAV_1556     TRUE 0.930 11.000 0.621 NA   NA
 10450244 10450245 SAAV_1558 SAAV_1559   era TRUE 0.818 28.000 0.108 1.000   NA
 10450245 10450246 SAAV_1559 SAAV_1560 era cdd TRUE 0.921 1.000 0.098 1.000   NA
 10450246 10450247 SAAV_1560 SAAV_1561 cdd dgkA TRUE 0.880 11.000 0.108 1.000 N NA
 10450247 10450248 SAAV_1561 SAAV_1562 dgkA   TRUE 0.770 3.000 0.007 NA   NA
 10450248 10450249 SAAV_1562 SAAV_1563     TRUE 0.954 1.000 0.457 NA   NA
 10450249 10450250 SAAV_1563 SAAV_1564     FALSE 0.032 304.000 0.000 NA   NA
 10450250 10450251 SAAV_1564 SAAV_1565     TRUE 0.808 17.000 0.055 NA   NA
 10450251 10450252 SAAV_1565 SAAV_1566     TRUE 0.894 18.000 0.258 NA   NA
 10450252 10450253 SAAV_1566 SAAV_1567   rpsU FALSE 0.064 220.000 0.011 NA   NA
 10450253 10450254 SAAV_1567 SAAV_1568 rpsU   FALSE 0.071 293.000 0.016 1.000   NA
 10450254 10450255 SAAV_1568 SAAV_1569     TRUE 0.859 7.000 0.163 NA   NA
 10450255 10450256 SAAV_1569 SAAV_1570   prmA TRUE 0.924 2.000 0.227 NA   NA
 10450256 10450257 SAAV_1570 SAAV_1571 prmA dnaJ TRUE 0.909 4.000 0.133 1.000 N NA
 10450257 10450258 SAAV_1571 SAAV_1572 dnaJ dnaK TRUE 0.845 136.000 0.196 0.001 Y NA
 10450258 10450259 SAAV_1572 SAAV_1573 dnaK grpE TRUE 0.921 69.000 0.224 0.005 Y NA
 10450259 10450260 SAAV_1573 SAAV_1574 grpE hrcA TRUE 0.864 32.000 0.286 1.000 N NA
 10450260 10450261 SAAV_1574 SAAV_1575 hrcA   FALSE 0.462 101.000 0.082 1.000 N NA
 10450261 10450262 SAAV_1575 SAAV_1576   lepA FALSE 0.051 566.000 0.032 1.000 N NA
 10450264 10450265 SAAV_1578 SAAV_1579 holA   TRUE 0.680 57.000 0.163 1.000   NA
 10450265 10450266 SAAV_1579 SAAV_1580     TRUE 0.570 59.000 0.055 1.000   NA
 10450266 10450267 SAAV_1580 SAAV_1581   comEA FALSE 0.408 122.000 0.095 1.000 N NA
 10450267 10450268 SAAV_1581 SAAV_1582 comEA   TRUE 0.593 49.000 0.033 1.000   NA
 10450268 10450269 SAAV_1582 SAAV_1583     TRUE 0.864 3.000 0.085 NA   NA
 10450269 10450270 SAAV_1583 SAAV_1584     TRUE 0.914 1.000 0.149 NA   NA
 10450270 10450271 SAAV_1584 SAAV_1585   nadD TRUE 0.993 -10.000 0.199 1.000 Y NA
 10450271 10450272 SAAV_1585 SAAV_1586 nadD   TRUE 0.905 3.000 0.150 NA N NA
 10450272 10450273 SAAV_1586 SAAV_1587   aroE TRUE 0.866 4.000 0.089 NA N NA
 10450273 10450274 SAAV_1587 SAAV_1588 aroE   TRUE 0.923 14.000 0.336 1.000   NA
 10450274 10450275 SAAV_1588 SAAV_1589     TRUE 0.967 1.000 0.555 1.000   NA
 10450275 10450276 SAAV_1589 SAAV_1590   mtn TRUE 0.796 20.000 0.019 1.000   NA
 10450278 10450279 SAAV_1592 SAAV_1593     FALSE 0.358 149.000 0.000 0.016   NA
 10450279 10450280 SAAV_1593 SAAV_1594     FALSE 0.016 764.000 0.000 NA   NA
 10450280 10450281 SAAV_1594 SAAV_1596     FALSE 0.033 289.000 0.000 NA   NA
 10450281 10450282 SAAV_1596 SAAV_1597     TRUE 0.854 13.000 0.084 1.000   NA
 10450282 10450283 SAAV_1597 SAAV_1598     TRUE 0.924 0.000 0.062 1.000   NA
 10450283 10450284 SAAV_1598 SAAV_1599     TRUE 0.936 14.000 0.031 NA Y NA
 10450284 10450285 SAAV_1599 SAAV_1600     TRUE 0.952 2.000 0.429 NA N NA
 10450285 10450286 SAAV_1600 SAAV_1601     TRUE 0.993 -10.000 0.184 1.000 Y NA
 10450286 10450287 SAAV_1601 SAAV_1602   greA FALSE 0.056 326.000 0.000 1.000 N NA
 10450287 10450288 SAAV_1602 SAAV_1603 greA udk TRUE 0.831 28.000 0.095 1.000 N NA
 10450288 10450289 SAAV_1603 SAAV_1604 udk   TRUE 0.941 0.000 0.100 1.000 N NA
 10450289 10450290 SAAV_1604 SAAV_1605     TRUE 0.984 12.000 0.156 0.001 Y NA
 10450290 10450291 SAAV_1605 SAAV_1606     TRUE 0.913 3.000 0.142 1.000   NA
 10450291 10450292 SAAV_1606 SAAV_1607     FALSE 0.034 285.000 0.000 NA   NA
 10450292 10450293 SAAV_1607 SAAV_1608     TRUE 0.936 15.000 0.651 NA   NA
 10450293 10450294 SAAV_1608 SAAV_1609     TRUE 0.938 4.000 0.537 NA   NA
 10450294 10450295 SAAV_1609 SAAV_1610   alaS TRUE 0.526 63.000 0.110 NA   NA
 10450295 10450296 SAAV_1610 SAAV_1612 alaS   FALSE 0.052 343.000 0.000 1.000 N NA
 10450296 10450297 SAAV_1612 SAAV_1613     TRUE 0.946 2.000 0.281 1.000   NA
 10450297 10450298 SAAV_1613 SAAV_1614   mnmA FALSE 0.043 695.000 0.038 1.000   NA
 10450298 10450299 SAAV_1614 SAAV_1615 mnmA   TRUE 0.924 1.000 0.072 1.000 N NA
 10450301 10450302 SAAV_1617 SAAV_1618     FALSE 0.407 40.000 0.000 NA   NA
 10450302 10450303 SAAV_1618 SAAV_1619     FALSE 0.180 100.000 0.000 NA   NA
 10450305 10450306 SAAV_1621 SAAV_1622     FALSE 0.057 193.000 0.000 NA   NA
 10450306 10450307 SAAV_1622 SAAV_1623   aspS FALSE 0.217 78.000 0.000 NA   NA
 10450307 10450308 SAAV_1623 SAAV_1624 aspS hisS TRUE 0.981 16.000 0.161 0.045 Y NA
 10450308 10450309 SAAV_1624 SAAV_1625 hisS   FALSE 0.039 461.000 0.000 1.000 N NA
 10450309 10450310 SAAV_1625 SAAV_1626     TRUE 0.929 -3.000 0.010 1.000 N NA
 10450310 10450311 SAAV_1626 SAAV_1627   relA2 TRUE 0.903 12.000 0.177 1.000 N NA
 10450311 10450312 SAAV_1627 SAAV_1628 relA2 apt FALSE 0.075 428.000 0.068 1.000 N NA
 10450312 10450313 SAAV_1628 SAAV_1629 apt recJ TRUE 0.877 22.000 0.128 1.000 N NA
 10450313 10450314 SAAV_1629 SAAV_1630 recJ   FALSE 0.119 203.000 0.007 1.000 N NA
 10450314 10450315 SAAV_1630 SAAV_1631   yajC FALSE 0.174 335.000 0.005 NA Y NA
 10450315 10450316 SAAV_1631 SAAV_1632 yajC tgt TRUE 0.912 19.000 0.325 NA N NA
 10450316 10450317 SAAV_1632 SAAV_1633 tgt queA TRUE 0.987 23.000 0.360 0.001 Y NA
 10450317 10450318 SAAV_1633 SAAV_1634 queA ruvB TRUE 0.915 2.000 0.069 1.000 N NA
 10450318 10450319 SAAV_1634 SAAV_1635 ruvB ruvA TRUE 0.981 32.000 0.549 0.002 Y NA
 10450319 10450320 SAAV_1635 SAAV_1636 ruvA   TRUE 0.784 14.000 0.009 1.000   NA
 10450320 10450321 SAAV_1636 SAAV_1637   obgE TRUE 0.805 10.000 0.024 1.000   NA
 10450321 10450322 SAAV_1637 SAAV_1638 obgE rpmA FALSE 0.156 354.000 0.335 1.000   NA
 10450322 10450323 SAAV_1638 SAAV_1639 rpmA   TRUE 0.960 12.000 0.203 NA Y NA
 10450323 10450324 SAAV_1639 SAAV_1640   rplU TRUE 0.962 6.000 0.208 NA Y NA
 10450324 10450325 SAAV_1640 SAAV_1641 rplU   FALSE 0.100 236.000 0.008 1.000 N NA
 10450325 10450326 SAAV_1641 SAAV_1642   mreC TRUE 0.995 0.000 0.550 0.003 Y NA
 10450326 10450327 SAAV_1642 SAAV_1643 mreC   FALSE 0.053 199.000 0.000 NA   NA
 10450327 10450328 SAAV_1643 SAAV_1644     FALSE 0.232 74.000 0.000 NA   NA
 10450328 10450329 SAAV_1644 SAAV_1645     FALSE 0.019 474.000 0.000 NA   NA
 10450329 10450330 SAAV_1645 SAAV_1646   radC FALSE 0.393 68.000 0.037 NA   NA
 10450330 10450331 SAAV_1646 SAAV_1647 radC   TRUE 0.911 -3.000 0.000 1.000 N NA
 10450331 10450332 SAAV_1647 SAAV_1648   folC FALSE 0.071 270.000 0.000 1.000 N NA
 10450332 10450333 SAAV_1648 SAAV_1649 folC valS TRUE 0.890 13.000 0.006 0.094 N NA
 10450337 10450338 SAAV_1654 SAAV_1655 hemL1 hemB TRUE 0.944 48.000 0.126 0.003 Y NA
 10450338 10450339 SAAV_1655 SAAV_1656 hemB hemD TRUE 0.983 3.000 0.042 0.003 Y NA
 10450339 10450340 SAAV_1656 SAAV_1657 hemD hemC TRUE 0.971 22.000 0.020 0.003 Y NA
 10450340 10450341 SAAV_1657 SAAV_1658 hemC   TRUE 0.674 42.000 0.040 1.000 N NA
 10450341 10450342 SAAV_1658 SAAV_1659   hemA TRUE 0.943 22.000 0.613 1.000 N NA
 10450342 10450343 SAAV_1659 SAAV_1660 hemA engB FALSE 0.102 217.000 0.020 1.000   NA
 10450343 10450344 SAAV_1660 SAAV_1661 engB   FALSE 0.157 152.000 0.000 1.000   NA
 10450344 10450345 SAAV_1661 SAAV_1662   clpX FALSE 0.099 203.000 0.000 1.000 N NA
 10450345 10450346 SAAV_1662 SAAV_1663 clpX tig TRUE 0.735 151.000 0.033 0.002 Y NA
 10450346 10450347 SAAV_1663 SAAV_1664 tig   FALSE 0.122 163.000 0.012 NA   NA
 10450347 10450348 SAAV_1664 SAAV_1665     TRUE 0.872 19.000 0.195 NA   NA
 10450348 10450349 SAAV_1665 SAAV_1666   rplT FALSE 0.209 142.000 0.004 1.000   NA
 10450349 10450350 SAAV_1666 SAAV_1667 rplT rpmI TRUE 0.973 47.000 0.928 0.018 Y NA
 10450350 10450351 SAAV_1667 SAAV_1668 rpmI infC TRUE 0.971 29.000 0.652 1.000 Y NA
 10450351 10450352 SAAV_1668 SAAV_1670 infC   FALSE 0.099 229.000 0.004 1.000 N NA
 10450352 10450353 SAAV_1670 SAAV_1672   thrS FALSE 0.041 426.000 0.000 1.000 N NA
 10450353 10450354 SAAV_1672 SAAV_1674 thrS dnaI FALSE 0.085 413.000 0.000 0.093 N NA
 10450354 10450355 SAAV_1674 SAAV_1675 dnaI   TRUE 0.991 0.000 0.817 NA Y NA
 10450355 10450356 SAAV_1675 SAAV_1676   nrdR TRUE 0.912 1.000 0.109 NA N NA
 10450356 10450357 SAAV_1676 SAAV_1677 nrdR gapA2 FALSE 0.077 211.000 0.004 NA N NA
 10450357 10450358 SAAV_1677 SAAV_1678 gapA2 coaE FALSE 0.192 170.000 0.020 1.000 N NA
 10450358 10450359 SAAV_1678 SAAV_1679 coaE fpg TRUE 0.878 16.000 0.066 1.000 N NA
 10450359 10450360 SAAV_1679 SAAV_1680 fpg polA TRUE 0.963 16.000 0.101 1.000 Y NA
 10450360 10450361 SAAV_1680 SAAV_1681 polA   FALSE 0.032 294.000 0.000 NA   NA
 10450361 10450362 SAAV_1681 SAAV_1682     FALSE 0.019 499.000 0.000 NA   NA
 10450362 10450363 SAAV_1682 SAAV_1683   phoP TRUE 0.988 -3.000 0.159 1.000 Y NA
 10450363 10450364 SAAV_1683 SAAV_1684 phoP icd FALSE 0.045 390.000 0.000 1.000 N NA
 10450364 10450365 SAAV_1684 SAAV_1685 icd gltA TRUE 0.892 49.000 0.140 1.000 Y NA
 10450367 10450368 SAAV_1687 SAAV_1688 pyk pfkA TRUE 0.983 22.000 0.261 0.005 Y NA
 10450368 10450369 SAAV_1688 SAAV_1689 pfkA   FALSE 0.036 401.000 0.000 1.000   NA
 10450369 10450370 SAAV_1689 SAAV_1690     FALSE 0.130 131.000 0.000 NA   NA
 10450370 10450371 SAAV_1690 SAAV_1691     FALSE 0.167 111.000 0.000 NA   NA
 10450371 10450372 SAAV_1691 SAAV_1692     FALSE 0.367 47.000 0.000 NA   NA
 10450372 10450373 SAAV_1692 SAAV_1693     TRUE 0.640 6.000 0.000 NA   NA
 10450373 10450374 SAAV_1693 SAAV_1694     TRUE 0.893 -10.000 0.000 NA   NA
 10450374 10450375 SAAV_1694 SAAV_1695     TRUE 0.596 23.000 0.000 NA   NA
 10450375 10450376 SAAV_1695 SAAV_1696     TRUE 0.637 19.000 0.000 NA   NA
 10450376 10450377 SAAV_1696 SAAV_1697     TRUE 0.681 4.000 0.000 NA   NA
 10450377 10450378 SAAV_1697 SAAV_1698     TRUE 0.656 5.000 0.000 NA   NA
 10450378 10450379 SAAV_1698 SAAV_1699     TRUE 0.837 -3.000 0.000 NA   NA
 10450379 10450380 SAAV_1699 SAAV_1700     TRUE 0.681 4.000 0.000 NA   NA
 10450380 10450381 SAAV_1700 SAAV_1701     TRUE 0.630 12.000 0.000 NA   NA
 10450381 10450382 SAAV_1701 SAAV_1702     FALSE 0.453 35.000 0.000 NA   NA
 10450382 10450383 SAAV_1702 SAAV_1703     TRUE 0.640 6.000 0.000 NA   NA
 10450383 10450384 SAAV_1703 SAAV_1704     TRUE 0.656 5.000 0.000 NA   NA
 10450384 10450385 SAAV_1704 SAAV_1705     FALSE 0.091 161.000 0.000 NA   NA
 10450385 10450386 SAAV_1705 SAAV_1706     FALSE 0.067 180.000 0.000 NA   NA
 10450386 10450387 SAAV_1706 SAAV_1707     TRUE 0.681 4.000 0.000 NA   NA
 10450387 10450388 SAAV_1707 SAAV_1708     FALSE 0.407 40.000 0.000 NA   NA
 10450388 10450389 SAAV_1708 SAAV_1709   accA FALSE 0.017 639.000 0.000 NA   NA
 10450389 10450390 SAAV_1709 SAAV_1710 accA accD TRUE 0.994 0.000 0.234 0.001 Y NA
 10450390 10450391 SAAV_1710 SAAV_1711 accD   FALSE 0.130 195.000 0.010 1.000 N NA
 10450391 10450392 SAAV_1711 SAAV_1712   dnaE FALSE 0.087 450.000 0.127 1.000 N NA
 10450392 10450393 SAAV_1712 SAAV_1713 dnaE   TRUE 0.881 21.000 0.159 1.000   NA
 10450393 10450394 SAAV_1713 SAAV_1714     FALSE 0.108 312.000 0.113 1.000   NA
 10450398 10450399 SAAV_1718 SAAV_1719   ald2 FALSE 0.139 124.000 0.000 NA   NA
 10450401 10450402 SAAV_1721 SAAV_1722 ackA   TRUE 0.600 88.000 0.217 1.000 N NA
 10450402 10450403 SAAV_1722 SAAV_1723   tpx FALSE 0.400 123.000 0.089 1.000 N NA
 10450403 10450404 SAAV_1723 SAAV_1724 tpx   FALSE 0.325 98.000 0.009 1.000   NA
 10450404 10450405 SAAV_1724 SAAV_1725   thiI TRUE 0.582 44.000 0.016 1.000   NA
 10450405 10450406 SAAV_1725 SAAV_1726 thiI   TRUE 0.968 0.000 0.349 1.000 N NA
 10450409 10450410 SAAV_1729 SAAV_1730   rpsD FALSE 0.066 244.000 0.005 NA N NA
 10450412 10450413 SAAV_1732 SAAV_1733     FALSE 0.357 115.000 0.027 1.000 N NA
 10450413 10450414 SAAV_1733 SAAV_1734   serA TRUE 0.992 -13.000 0.113 1.000 Y NA
 10450415 10450416 SAAV_1735 SAAV_1736     FALSE 0.325 107.000 0.062 NA   NA
 10450416 10450417 SAAV_1736 SAAV_1737     FALSE 0.310 128.000 0.025 1.000 N NA
 10450421 10450422 SAAV_1741 SAAV_1742   fhs FALSE 0.045 333.000 0.000 1.000   NA
 10450422 10450423 SAAV_1742 SAAV_1743 fhs acs FALSE 0.040 440.000 0.000 1.000 N NA
 10450424 10450425 SAAV_1744 SAAV_1745 acuA acuC TRUE 0.821 25.000 0.075 1.000   NA
 10450426 10450427 SAAV_1746 SAAV_1747 ccpA   FALSE 0.046 540.000 0.017 1.000 N NA
 10450427 10450428 SAAV_1747 SAAV_1748     FALSE 0.016 694.000 0.000 NA   NA
 10450428 10450429 SAAV_1748 SAAV_1749     TRUE 0.559 74.000 0.222 NA   NA
 10450429 10450430 SAAV_1749 SAAV_1750   murC FALSE 0.312 74.000 0.014 NA   NA
 10450430 10450431 SAAV_1750 SAAV_1751 murC   TRUE 0.908 24.000 0.017 0.006 N NA
 10450431 10450432 SAAV_1751 SAAV_1752     TRUE 0.875 21.000 0.143 1.000   NA
 10450432 10450433 SAAV_1752 SAAV_1753     TRUE 0.888 29.000 0.511 NA   NA
 10450433 10450434 SAAV_1753 SAAV_1754     TRUE 0.602 100.000 0.500 NA   NA
 10450434 10450435 SAAV_1754 SAAV_1755   pepA1 TRUE 0.596 65.000 0.081 1.000 N NA
 10450437 10450438 SAAV_1757 SAAV_1758   trmB FALSE 0.072 471.000 0.117 1.000   NA
 10450438 10450439 SAAV_1758 SAAV_1759 trmB   TRUE 0.863 15.000 0.154 NA   NA
 10450439 10450440 SAAV_1759 SAAV_1760   dat FALSE 0.022 616.000 0.000 NA N NA
 10450440 10450441 SAAV_1760 SAAV_1761 dat   TRUE 0.970 4.000 0.143 1.000 Y NA
 10450441 10450442 SAAV_1761 SAAV_1762     FALSE 0.018 558.000 0.000 NA   NA
 10450442 10450443 SAAV_1762 SAAV_1763     TRUE 0.892 17.000 0.233 NA   NA
 10450443 10450444 SAAV_1763 SAAV_1764     TRUE 0.966 -3.000 0.233 1.000   NA
 10450446 10450447 SAAV_1766 SAAV_1767     FALSE 0.037 326.000 0.000 NA N NA
 10450447 10450448 SAAV_1767 SAAV_1768   leuS TRUE 0.721 22.000 0.007 NA N NA
 10450448 10450449 SAAV_1768 SAAV_1770 leuS   FALSE 0.043 288.000 0.000 NA N NA
 10450450 10450451 SAAV_1771 SAAV_1772     TRUE 0.975 -3.000 0.408 1.000   NA
 10450452 10450453 SAAV_1773 SAAV_1774 rot   FALSE 0.019 474.000 0.000 NA   NA
 10450453 10450454 SAAV_1774 SAAV_1775     TRUE 0.711 3.000 0.000 NA   NA
 10450456 10450457 SAAV_1777 SAAV_1778 ribH ribBA TRUE 0.975 13.000 0.022 0.002 Y NA
 10450457 10450458 SAAV_1778 SAAV_1779 ribBA ribE TRUE 0.946 11.000 0.026 1.000 Y NA
 10450458 10450459 SAAV_1779 SAAV_1780 ribE ribD TRUE 0.977 7.000 0.456 1.000 Y NA
 10450459 10450460 SAAV_1780 SAAV_1782 ribD   FALSE 0.019 493.000 0.000 NA   NA
 10450461 10450462 SAAV_1783 SAAV_1784 arsR arsB TRUE 0.884 0.000 0.000 1.000 N NA
 10450463 10450464 SAAV_1785 SAAV_1786     FALSE 0.036 276.000 0.000 NA   NA
 10450465 10450466 SAAV_1787 SAAV_1788     FALSE 0.069 413.000 0.150 NA   NA
 10450470 10450471 SAAV_1792 SAAV_1793   crcB FALSE 0.123 178.000 0.034 NA   NA
 10450471 10450472 SAAV_1793 SAAV_1794 crcB   TRUE 0.990 -3.000 0.069 0.070 Y NA
 10450472 10450473 SAAV_1794 SAAV_1795     FALSE 0.017 648.000 0.000 NA   NA
 10450473 10450474 SAAV_1795 SAAV_1796     FALSE 0.020 439.000 0.000 NA   NA
 10450475 10450476 SAAV_1797 SAAV_1798     FALSE 0.175 212.000 0.222 NA   NA
 10450476 10450477 SAAV_1798 SAAV_1799   metK FALSE 0.266 122.000 0.054 NA   NA
 10450479 10450480 SAAV_1802 SAAV_1803     TRUE 0.903 5.000 0.182 1.000   NA
 10450482 10450483 SAAV_1805 SAAV_1806     TRUE 0.850 5.000 0.029 1.000 N NA
 10450483 10450484 SAAV_1806 SAAV_1807     FALSE 0.093 159.000 0.000 NA   NA
 10450485 10450486 SAAV_1808 SAAV_1809     FALSE 0.210 81.000 0.000 NA   NA
 10450486 10450487 SAAV_1809 SAAV_1810     FALSE 0.227 75.000 0.000 NA   NA
 10450487 10450488 SAAV_1810 SAAV_1811     FALSE 0.400 41.000 0.000 NA   NA
 10450488 10450489 SAAV_1811 SAAV_1812     FALSE 0.178 101.000 0.000 NA   NA
 10450490 10450491 SAAV_1813 SAAV_1814     FALSE 0.058 1031.000 0.000 0.050   NA
 10450491 10450492 SAAV_1814 SAAV_1815   hsdS FALSE 0.075 452.000 0.000 0.050   NA
 10450492 10450493 SAAV_1815 SAAV_1816 hsdS hsdM TRUE 0.991 -7.000 0.011 0.050 Y NA
 10450493 10450494 SAAV_1816 SAAV_1817 hsdM   FALSE 0.049 361.000 0.000 1.000 N NA
 10450494 10450495 SAAV_1817 SAAV_1818     TRUE 0.781 158.000 0.200 0.004 Y NA
 10450495 10450496 SAAV_1818 SAAV_1819   splC TRUE 0.854 121.000 0.200 0.004 Y NA
 10450496 10450497 SAAV_1819 SAAV_1820 splC splB TRUE 0.937 58.000 0.200 0.004 Y NA
 10450497 10450498 SAAV_1820 SAAV_1821 splB splA TRUE 0.845 125.000 0.200 0.004 Y NA
 10450499 10450500 SAAV_1822 SAAV_1823     FALSE 0.106 150.000 0.000 NA   NA
 10450502 10450503 SAAV_1825 SAAV_1826     TRUE 0.840 5.000 0.103 NA   NA
 10450504 10450505 SAAV_1827 SAAV_1828   lukD FALSE 0.040 258.000 0.000 NA   NA
 10450505 10450506 SAAV_1828 SAAV_1829 lukD lukE TRUE 0.937 2.000 0.000 0.004   NA
 10450507 10450508 SAAV_1830 SAAV_1831     FALSE 0.015 980.000 0.000 NA   NA
 10450508 10450509 SAAV_1831 SAAV_1832     FALSE 0.217 78.000 0.000 NA   NA
 10450509 10450510 SAAV_1832 SAAV_1833     TRUE 0.884 21.000 0.276 NA   NA
 10450511 10450512 SAAV_1834 SAAV_1835 seg sen FALSE 0.142 283.000 0.000 0.015   NA
 10450512 10450513 SAAV_1835 SAAV_1836 sen yent1 FALSE 0.134 297.000 0.000 0.015   NA
 10450513 10450514 SAAV_1836 SAAV_1837 yent1 yent2 TRUE 0.980 -25.000 0.000 0.015   NA
 10450514 10450515 SAAV_1837 SAAV_1838 yent2 sei FALSE 0.197 208.000 0.000 0.015   NA
 10450515 10450516 SAAV_1838 SAAV_1839 sei sem TRUE 0.795 35.000 0.000 0.015   NA
 10450516 10450517 SAAV_1839 SAAV_1840 sem seo FALSE 0.143 281.000 0.000 0.015   NA
 10450517 10450518 SAAV_1840 SAAV_1841 seo   FALSE 0.044 229.000 0.000 NA   NA
 10450518 10450519 SAAV_1841 SAAV_1841a     FALSE 0.325 55.000 0.000 NA   NA
 10450519 10450520 SAAV_1841a SAAV_1842     TRUE 0.740 2.000 0.000 NA   NA
 10450520 10450521 SAAV_1842 SAAV_1843     TRUE 0.658 17.000 0.000 NA   NA
 10450521 10450522 SAAV_1843 SAAV_1844     TRUE 0.631 14.000 0.000 NA   NA
 10450522 10450523 SAAV_1844 SAAV_1845     TRUE 0.629 10.000 0.000 NA   NA
 10450523 10450524 SAAV_1845 SAAV_1846     TRUE 0.658 17.000 0.000 NA   NA
 10450524 10450525 SAAV_1846 SAAV_1847     TRUE 0.637 19.000 0.000 NA   NA
 10450525 10450526 SAAV_1847 SAAV_1848     FALSE 0.022 401.000 0.000 NA   NA
 10450528 10450529 SAAV_1850 SAAV_1851 hemG hemH TRUE 0.946 24.000 0.069 1.000 Y NA
 10450529 10450530 SAAV_1851 SAAV_1852 hemH hemE TRUE 0.865 58.000 0.131 1.000 Y NA
 10450530 10450531 SAAV_1852 SAAV_1853 hemE   TRUE 0.893 -10.000 0.000 NA   NA
 10450533 10450534 SAAV_1855 SAAV_1856     TRUE 0.954 -7.000 0.083 NA N NA
 10450535 10450536 SAAV_1857 SAAV_1858     FALSE 0.291 142.000 0.137 NA   NA
 10450536 10450537 SAAV_1858 SAAV_1859     FALSE 0.058 735.000 0.190 NA   NA
 10450537 10450538 SAAV_1859 SAAV_1860     FALSE 0.051 205.000 0.000 NA   NA
 10450539 10450540 SAAV_1861 SAAV_1862 cbf1   TRUE 0.962 -3.000 0.291 NA   NA
 10450540 10450541 SAAV_1862 SAAV_1863     TRUE 0.978 -10.000 0.330 NA   NA
 10450541 10450542 SAAV_1863 SAAV_1864     FALSE 0.040 928.000 0.093 NA   NA
 10450542 10450543 SAAV_1864 SAAV_1865     TRUE 0.635 69.000 0.321 NA   NA
 10450543 10450544 SAAV_1865 SAAV_1866     FALSE 0.115 179.000 0.029 NA   NA
 10450544 10450545 SAAV_1866 SAAV_1867     FALSE 0.296 356.000 0.000 0.015 Y NA
 10450545 10450546 SAAV_1867 SAAV_1868     TRUE 0.987 22.000 0.536 0.010 Y NA
 10450548 10450549 SAAV_1870 SAAV_1871 fumC   FALSE 0.075 196.000 0.009 NA   NA
 10450549 10450550 SAAV_1871 SAAV_1872     FALSE 0.118 548.000 0.571 NA   NA
 10450550 10450551 SAAV_1872 SAAV_1873     TRUE 0.689 25.000 0.021 NA   NA
 10450551 10450552 SAAV_1873 SAAV_1874     FALSE 0.224 159.000 0.021 1.000 N NA
 10450552 10450553 SAAV_1874 SAAV_1875     TRUE 0.881 5.000 0.077 1.000 N NA
 10450553 10450554 SAAV_1875 SAAV_1876     FALSE 0.315 136.000 0.044 1.000 N NA
 10450554 10450555 SAAV_1876 SAAV_1877     TRUE 0.993 -13.000 0.154 1.000 Y NA
 10450555 10450556 SAAV_1877 SAAV_1878     FALSE 0.123 258.000 0.077 1.000   NA
 10450558 10450559 SAAV_1880 SAAV_1881     FALSE 0.413 39.000 0.000 NA   NA
 10450559 10450560 SAAV_1881 SAAV_1882     TRUE 0.631 14.000 0.000 NA   NA
 10450560 10450561 SAAV_1882 SAAV_1883     TRUE 0.631 14.000 0.000 NA   NA
 10450561 10450562 SAAV_1883 SAAV_1884     TRUE 0.659 16.000 0.000 NA   NA
 10450562 10450563 SAAV_1884 SAAV_1885     TRUE 0.630 8.000 0.000 NA   NA
 10450563 10450564 SAAV_1885 SAAV_1886     TRUE 0.711 3.000 0.000 NA   NA
 10450564 10450565 SAAV_1886 SAAV_1887     TRUE 0.630 8.000 0.000 NA   NA
 10450565 10450566 SAAV_1887 SAAV_1888     TRUE 0.761 1.000 0.000 NA   NA
 10450566 10450567 SAAV_1888 SAAV_1889     TRUE 0.629 11.000 0.000 NA   NA
 10450567 10450568 SAAV_1889 SAAV_1890     TRUE 0.656 5.000 0.000 NA   NA
 10450568 10450569 SAAV_1890 SAAV_1891     TRUE 0.681 4.000 0.000 NA   NA
 10450569 10450570 SAAV_1891 SAAV_1892     TRUE 0.647 18.000 0.000 NA   NA
 10450570 10450571 SAAV_1892 SAAV_1893     TRUE 0.647 18.000 0.000 NA   NA
 10450571 10450572 SAAV_1893 SAAV_1894     TRUE 0.626 13.000 0.000 NA   NA
 10450572 10450573 SAAV_1894 SAAV_1895     FALSE 0.430 37.000 0.000 NA   NA
 10450573 10450574 SAAV_1895 SAAV_1896     TRUE 0.640 6.000 0.000 NA   NA
 10450574 10450575 SAAV_1896 SAAV_1897     TRUE 0.640 6.000 0.000 NA   NA
 10450575 10450576 SAAV_1897 SAAV_1898     TRUE 0.568 26.000 0.000 NA   NA
 10450576 10450577 SAAV_1898 SAAV_1899     TRUE 0.618 21.000 0.000 NA   NA
 10450577 10450578 SAAV_1899 SAAV_1900     TRUE 0.631 14.000 0.000 NA   NA
 10450578 10450579 SAAV_1900 SAAV_1901     TRUE 0.640 6.000 0.000 NA   NA
 10450579 10450580 SAAV_1901 SAAV_1902     TRUE 0.658 17.000 0.000 NA   NA
 10450580 10450581 SAAV_1902 SAAV_1902a     TRUE 0.629 10.000 0.000 NA   NA
 10450581 10450582 SAAV_1902a SAAV_1903     TRUE 0.681 4.000 0.000 NA   NA
 10450582 10450583 SAAV_1903 SAAV_1904     TRUE 0.681 4.000 0.000 NA   NA
 10450583 10450584 SAAV_1904 SAAV_1905     TRUE 0.656 5.000 0.000 NA   NA
 10450584 10450585 SAAV_1905 SAAV_1906     TRUE 0.659 16.000 0.000 NA   NA
 10450585 10450586 SAAV_1906 SAAV_1907     TRUE 0.630 12.000 0.000 NA   NA
 10450586 10450587 SAAV_1907 SAAV_1907a     FALSE 0.088 162.000 0.000 NA   NA
 10450587 10450588 SAAV_1907a SAAV_1908     FALSE 0.048 213.000 0.000 NA   NA
 10450588 10450589 SAAV_1908 SAAV_1909     TRUE 0.658 17.000 0.000 NA   NA
 10450589 10450590 SAAV_1909 SAAV_1910     FALSE 0.197 89.000 0.000 NA   NA
 10450590 10450591 SAAV_1910 SAAV_1911     FALSE 0.016 741.000 0.000 NA   NA
 10450591 10450592 SAAV_1911 SAAV_1912     TRUE 0.529 97.000 0.146 1.000 N NA
 10450592 10450593 SAAV_1912 SAAV_1913   bcp TRUE 0.827 6.000 0.017 1.000 N NA
 10450594 10450595 SAAV_1914 SAAV_1915 hemL2   FALSE 0.070 344.000 0.102 NA   NA
 10450596 10450597 SAAV_1916 SAAV_1917     FALSE 0.090 291.000 0.077 NA N NA
 10450597 10450598 SAAV_1917 SAAV_1918   mutY FALSE 0.055 303.000 0.011 NA N NA
 10450600 10450601 SAAV_1920 SAAV_1921     TRUE 0.936 9.000 0.727 NA   NA
 10450601 10450602 SAAV_1921 SAAV_1922     TRUE 0.875 15.000 0.186 NA   NA
 10450602 10450603 SAAV_1922 SAAV_1923   recX TRUE 0.954 -22.000 0.045 NA   NA
 10450603 10450604 SAAV_1923 SAAV_1924 recX   FALSE 0.076 260.000 0.004 1.000   NA
 10450604 10450605 SAAV_1924 SAAV_1925     FALSE 0.044 340.000 0.000 1.000   NA
 10450605 10450606 SAAV_1925 SAAV_1926     FALSE 0.268 131.000 0.074 NA   NA
 10450607 10450608 SAAV_1927 SAAV_1928     FALSE 0.141 123.000 0.000 NA   NA
 10450608 10450609 SAAV_1928 SAAV_1929     FALSE 0.103 151.000 0.000 NA   NA
 10450609 10450610 SAAV_1929 SAAV_1930     TRUE 0.631 14.000 0.000 NA   NA
 10450610 10450611 SAAV_1930 SAAV_1931     FALSE 0.072 175.000 0.000 NA   NA
 10450611 10450612 SAAV_1931 SAAV_1932     FALSE 0.291 61.000 0.000 NA   NA
 10450612 10450613 SAAV_1932 SAAV_1933     TRUE 0.656 5.000 0.000 NA   NA
 10450613 10450614 SAAV_1933 SAAV_1934     TRUE 0.630 12.000 0.000 NA   NA
 10450614 10450615 SAAV_1934 SAAV_1935     FALSE 0.453 35.000 0.000 NA   NA
 10450615 10450616 SAAV_1935 SAAV_1936     FALSE 0.330 54.000 0.000 NA   NA
 10450616 10450617 SAAV_1936 SAAV_1937     TRUE 0.656 5.000 0.000 NA   NA
 10450617 10450618 SAAV_1937 SAAV_1938     TRUE 0.893 -10.000 0.000 NA   NA
 10450618 10450619 SAAV_1938 SAAV_1939     TRUE 0.633 7.000 0.000 NA   NA
 10450619 10450620 SAAV_1939 SAAV_1940     FALSE 0.319 56.000 0.000 NA   NA
 10450620 10450621 SAAV_1940 SAAV_1941     FALSE 0.170 109.000 0.000 NA   NA
 10450621 10450622 SAAV_1941 SAAV_1942     TRUE 0.575 68.000 0.000 0.048   NA
 10450623 10450624 SAAV_1943 SAAV_1944   pepS TRUE 0.659 90.000 0.545 NA N NA
 10450624 10450625 SAAV_1944 SAAV_1945 pepS   TRUE 0.836 12.000 0.125 NA   NA
 10450626 10450627 SAAV_1946 SAAV_1947     TRUE 0.711 7.000 0.010 NA   NA
 10450627 10450628 SAAV_1947 SAAV_1948     FALSE 0.035 278.000 0.000 NA   NA
 10450629 10450630 SAAV_1949 SAAV_1950 vraR vraS TRUE 0.998 -10.000 0.853 0.010 Y NA
 10450630 10450631 SAAV_1950 SAAV_1951 vraS   TRUE 0.977 -3.000 0.679 NA   NA
 10450631 10450632 SAAV_1951 SAAV_1952     TRUE 0.826 15.000 0.086 NA   NA
 10450632 10450633 SAAV_1952 SAAV_1953     FALSE 0.094 217.000 0.051 NA   NA
 10450635 10450636 SAAV_1955 SAAV_1956     FALSE 0.045 225.000 0.000 NA   NA
 10450636 10450637 SAAV_1956 SAAV_1957     TRUE 0.969 2.000 0.796 1.000   NA
 10450641 10450642 SAAV_1961 SAAV_1962 dinP   FALSE 0.061 247.000 0.015 NA   NA
 10450642 10450643 SAAV_1962 SAAV_1963   rumA FALSE 0.152 170.000 0.047 NA   NA
 10450643 10450644 SAAV_1963 SAAV_1964 rumA   TRUE 0.655 81.000 0.299 1.000 N NA
 10450644 10450645 SAAV_1964 SAAV_1965   gatB FALSE 0.047 768.000 0.034 1.000 N NA
 10450645 10450646 SAAV_1965 SAAV_1966 gatB gatA TRUE 0.990 13.000 0.492 0.001 Y NA
 10450646 10450647 SAAV_1966 SAAV_1967 gatA gatC TRUE 0.995 2.000 0.643 0.001 Y NA
 10450649 10450650 SAAV_1969 SAAV_1970 camS ligA TRUE 0.748 13.000 0.030 NA   NA
 10450650 10450651 SAAV_1970 SAAV_1971 ligA pcrA TRUE 0.982 4.000 0.103 0.012 Y NA
 10450651 10450652 SAAV_1971 SAAV_1972 pcrA   TRUE 0.940 -3.000 0.054 1.000   NA
 10450652 10450653 SAAV_1972 SAAV_1973     FALSE 0.176 172.000 0.031 1.000   NA
 10450653 10450654 SAAV_1973 SAAV_1974   purB FALSE 0.296 109.000 0.006 1.000   NA
 10450655 10450656 SAAV_1975 SAAV_1976 sspB2   TRUE 0.620 31.000 0.000 1.000   NA
 10450657 10450658 SAAV_1977 SAAV_1978     TRUE 0.978 -19.000 0.258 NA   NA
 10450658 10450659 SAAV_1978 SAAV_1979   nadE FALSE 0.059 271.000 0.023 NA   NA
 10450659 10450660 SAAV_1979 SAAV_1980 nadE   TRUE 0.996 -7.000 0.194 0.001 Y NA
 10450661 10450662 SAAV_1981 SAAV_1982   pheA TRUE 0.944 20.000 0.022 1.000 Y NA
 10450663 10450664 SAAV_1983 SAAV_1984     FALSE 0.051 205.000 0.000 NA   NA
 10450665 10450666 SAAV_1985 SAAV_1986   ppaC TRUE 0.582 53.000 0.020 1.000 N NA
 10450673 10450674 SAAV_1993 SAAV_1994     TRUE 0.974 -3.000 0.545 NA   NA
 10450674 10450675 SAAV_1994 SAAV_1995     TRUE 0.770 60.000 0.636 NA   NA
 10450677 10450678 SAAV_1997 SAAV_1998     TRUE 0.967 0.000 0.615 NA   NA
 10450678 10450679 SAAV_1998 SAAV_1999     TRUE 0.837 -3.000 0.000 NA   NA
 10450679 10450680 SAAV_1999 SAAV_2000     TRUE 0.761 1.000 0.000 NA   NA
 10450680 10450681 SAAV_2000 SAAV_2001     TRUE 0.973 -3.000 0.292 1.000 N NA
 10450681 10450682 SAAV_2001 SAAV_2002     FALSE 0.110 258.000 0.125 NA   NA
 10450682 10450683 SAAV_2002 SAAV_2003     FALSE 0.190 243.000 0.333 NA   NA
 10450685 10450686 SAAV_2005 SAAV_2006 map map TRUE 0.648 15.000 0.000 NA   NA
 10450688 10450689 SAAV_2008 SAAV_2009     FALSE 0.016 677.000 0.000 NA   NA
 10450689 10450690 SAAV_2009 SAAV_2010     FALSE 0.026 345.000 0.000 NA   NA
 10450690 10450691 SAAV_2010 SAAV_2011     TRUE 0.629 11.000 0.000 NA   NA
 10450691 10450692 SAAV_2011 SAAV_2012     FALSE 0.018 539.000 0.000 NA   NA
 10450692 10450693 SAAV_2012 SAAV_2013     FALSE 0.372 46.000 0.000 NA   NA
 10450693 10450694 SAAV_2013 SAAV_2014     TRUE 0.874 -7.000 0.000 NA   NA