MicrobesOnline Operon Predictions for Legionella longbeachae NSW150

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column Description
Gene1 VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1 Systematic name of 1st gene in pair
Name1 Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2 VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2 Systematic name of 2nd gene in pair
Name2 Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim Whether the genes share a COG category or not
ExprSim Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

<
 Gene1 Gene2 SysName1 SysName2 Name1 Name2 bOp pOp Sep MOGScore GOScore COGSim ExprSim
 10428920 10428921 LLO_0001 LLO_0002 dnaA dnaN TRUE 0.916 79.000 0.328 1.000 Y NA
 10428921 10428922 LLO_0002 LLO_0003 dnaN recF TRUE 0.999 -3.000 0.318 1.000 Y NA
 10428922 10428923 LLO_0003 LLO_0004 recF gyrB TRUE 0.683 229.000 0.249 0.006 Y NA
 10428923 10428924 LLO_0004 LLO_0005 gyrB   FALSE 0.007 612.000 0.000 1.000 N NA
 10428924 10428925 LLO_0005 LLO_0006     FALSE 0.004 491.000 0.000 NA   NA
 10428925 10428926 LLO_0006 LLO_0007     FALSE 0.005 408.000 0.000 NA   NA
 10428926 10428927 LLO_0007 LLO_0008     TRUE 0.976 16.000 0.250 NA   NA
 10428927 10428928 LLO_0008 LLO_0009     TRUE 0.850 -6.000 0.000 NA   NA
 10428928 10428929 LLO_0009 LLO_0010     FALSE 0.122 103.000 0.000 NA   NA
 10428929 10428930 LLO_0010 LLO_0011   icmD FALSE 0.006 350.000 0.000 NA   NA
 10428931 10428932 LLO_0012 LLO_0013   speA TRUE 0.995 2.000 0.012 1.000 Y NA
 10428932 10428933 LLO_0013 LLO_0014 speA   TRUE 0.871 22.000 0.006 1.000   NA
 10428933 10428934 LLO_0014 LLO_0015     FALSE 0.124 73.000 0.000 NA   NA
 10428935 10428936 LLO_0016 LLO_0017 hfq hflX FALSE 0.441 142.000 0.002 1.000   NA
 10428937 10428938 LLO_0018 LLO_0019   tdk FALSE 0.128 67.000 0.000 NA   NA
 10428939 10428940 LLO_0020 LLO_0021     FALSE 0.141 59.000 0.000 NA   NA
 10428940 10428941 LLO_0021 LLO_0022     FALSE 0.003 522.000 0.000 NA   NA
 10428941 10428942 LLO_0022 LLO_0023     FALSE 0.030 217.000 0.000 NA   NA
 10428942 10428943 LLO_0023 LLO_0024     TRUE 0.889 1.000 0.000 NA   NA
 10428944 10428945 LLO_0025 LLO_0026     FALSE 0.219 78.000 0.000 NA N NA
 10428946 10428947 LLO_0027a LLO_0027b     FALSE 0.483 -24.000 0.000 NA   NA
 10428947 10428948 LLO_0027b LLO_mr0001     FALSE 0.121 79.000 0.000 NA   NA
 10428950 10428951 LLO_0029 LLO_0030 hrpB   FALSE 0.409 -37.000 0.000 NA   NA
 10428951 10428952 LLO_0030 LLO_0031     FALSE 0.279 -96.000 0.000 NA   NA
 10428953 10428954 LLO_0032 LLO_0033     TRUE 0.703 11.000 0.000 NA   NA
 10428954 10428955 LLO_0033 LLO_0034     TRUE 0.675 12.000 0.000 NA   NA
 10428956 10428957 LLO_0035a LLO_0035b     TRUE 0.889 1.000 0.000 NA   NA
 10428957 10428958 LLO_0035b LLO_0036     FALSE 0.116 95.000 0.000 NA   NA
 10428959 10428960 LLO_0037 LLO_0038     FALSE 0.124 73.000 0.000 NA   NA
 10428961 10428962 LLO_0039 LLO_0040     FALSE 0.123 104.000 0.000 NA   NA
 10428962 10428963 LLO_0040 LLO_0041     TRUE 0.898 -3.000 0.000 NA   NA
 10428965 10428966 LLO_0043 LLO_0044     FALSE 0.117 120.000 0.000 NA   NA
 10428966 10428967 LLO_0044 LLO_0045     FALSE 0.017 256.000 0.000 NA   NA
 10428969 10428970 LLO_0046 LLO_0047     TRUE 0.601 82.000 0.010 NA   NA
 10428970 10428971 LLO_0047 LLO_0048   ycbY TRUE 0.898 -3.000 0.000 NA   NA
 10428971 10428972 LLO_0048 LLO_0049 ycbY   FALSE 0.086 171.000 0.000 1.000   NA
 10428972 10428973 LLO_0049 LLO_0050     TRUE 0.648 15.000 0.000 1.000   NA
 10428974 10428975 LLO_0051 LLO_0052     FALSE 0.123 104.000 0.000 NA   NA
 10428976 10428977 LLO_0053 LLO_0054     FALSE 0.004 428.000 0.000 NA   NA
 10428977 10428978 LLO_0054 LLO_0055     FALSE 0.491 18.000 0.000 NA   NA
 10428978 10428979 LLO_0055 LLO_0056     FALSE 0.504 -22.000 0.000 NA   NA
 10428980 10428981 LLO_0057 LLO_0058 pit   TRUE 0.897 23.000 0.008 1.000 N NA
 10428981 10428982 LLO_0058 LLO_0059   argD TRUE 0.620 22.000 0.000 1.000 N NA
 10428982 10428983 LLO_0059 LLO_0060 argD sodB FALSE 0.112 338.000 0.015 1.000 N NA
 10428984 10428985 LLO_0061 LLO_0062 grlA ahpC TRUE 0.637 177.000 0.014 1.000 Y NA
 10428986 10428987 LLO_0063 LLO_0064 rnsT pyrC TRUE 0.987 -10.000 0.068 1.000 N NA
 10428988 10428989 LLO_0065 LLO_0066     TRUE 0.825 164.000 1.000 NA   NA
 10428989 10428990 LLO_0066 LLO_0067   mompS TRUE 0.898 68.000 1.000 NA   NA
 10428990 10428991 LLO_0067 LLO_0068 mompS   FALSE 0.048 187.000 0.000 NA   NA
 10428991 10428992 LLO_0068 LLO_0069   nfeD FALSE 0.018 251.000 0.000 NA   NA
 10428992 10428993 LLO_0069 LLO_0070 nfeD   TRUE 0.998 3.000 0.330 NA Y NA
 10428996 10428997 LLO_0073 LLO_0074 himD   FALSE 0.117 120.000 0.000 NA   NA
 10428998 10428999 LLO_0075a LLO_0075b     TRUE 0.707 -12.000 0.000 NA   NA
 10429005 10429006 LLO_0081 LLO_0082 rsmE trxA FALSE 0.236 40.000 0.000 NA   NA
 10429006 10429007 LLO_0082 LLO_0083 trxA rho TRUE 0.593 178.000 0.087 1.000   NA
 10429007 10429008 LLO_0083 LLO_0084 rho ubiD FALSE 0.118 335.000 0.025 NA N NA
 10429008 10429009 LLO_0084 LLO_0085 ubiD   TRUE 0.991 -3.000 0.006 NA N NA
 10429009 10429010 LLO_0085 LLO_0086     TRUE 0.947 38.000 0.667 NA   NA
 10429010 10429011 LLO_0086 LLO_0087     FALSE 0.008 331.000 0.000 NA   NA
 10429012 10429013 LLO_0088 LLO_0089 greB   FALSE 0.096 144.000 0.000 NA   NA
 10429013 10429014 LLO_0089 LLO_0090     FALSE 0.054 181.000 0.000 NA   NA
 10429014 10429015 LLO_0090 LLO_0091     FALSE 0.067 169.000 0.000 NA   NA
 10429017 10429018 LLO_0093 LLO_0094     FALSE 0.016 261.000 0.000 NA   NA
 10429019 10429020 LLO_0095 LLO_0096     FALSE 0.003 542.000 0.000 NA   NA
 10429022 10429023 LLO_0098 LLO_0099   cspE FALSE 0.004 656.000 0.000 1.000   NA
 10429024 10429025 LLO_0100 LLO_0101 yqfA ybcJ FALSE 0.031 236.000 0.000 1.000   NA
 10429025 10429026 LLO_0101 LLO_0102 ybcJ   FALSE 0.417 21.000 0.000 NA   NA
 10429026 10429027 LLO_0102 LLO_0103     FALSE 0.005 380.000 0.000 NA   NA
 10429027 10429028 LLO_0103 LLO_4001     FALSE 0.118 98.000 0.000 NA   NA
 10429028 10429029 LLO_4001 LLO_0104     TRUE 0.738 -10.000 0.000 NA   NA
 10429030 10429031 LLO_0105 LLO_0106     FALSE 0.002 860.000 0.000 NA   NA
 10429033 10429034 LLO_0108 LLO_0109     FALSE 0.102 210.000 0.000 0.056 N NA
 10429034 10429035 LLO_0109 LLO_0110     FALSE 0.115 88.000 0.000 NA   NA
 10429035 10429036 LLO_0110 LLO_0111     FALSE 0.002 869.000 0.000 NA   NA
 10429038 10429039 LLO_0113 LLO_0114     FALSE 0.058 177.000 0.000 NA   NA
 10429040 10429041 LLO_0115 LLO_4002     FALSE 0.006 366.000 0.000 NA   NA
 10429041 10429042 LLO_4002 LLO_0116     FALSE 0.004 461.000 0.000 NA   NA
 10429042 10429043 LLO_0116 LLO_0117     FALSE 0.121 116.000 0.000 NA   NA
 10429045 10429046 LLO_0119 LLO_0120     FALSE 0.218 101.000 0.000 NA N NA
 10429046 10429047 LLO_0120 LLO_0121     TRUE 0.877 2.000 0.000 NA   NA
 10429047 10429048 LLO_0121 LLO_0122     FALSE 0.005 405.000 0.000 NA   NA
 10429048 10429049 LLO_0122 LLO_0123     FALSE 0.101 139.000 0.000 NA   NA
 10429049 10429050 LLO_0123 LLO_0124   tatC FALSE 0.003 534.000 0.000 NA   NA
 10429050 10429051 LLO_0124 LLO_0125 tatC panD TRUE 0.568 83.000 0.004 NA N NA
 10429052 10429053 LLO_0126 LLO_0127 ksgA   TRUE 0.511 55.000 0.002 NA   NA
 10429053 10429054 LLO_0127 LLO_0128   apaH TRUE 0.978 -7.000 0.008 NA   NA
 10429054 10429055 LLO_0128 LLO_0129 apaH   TRUE 0.818 -75.000 0.006 1.000   NA
 10429055 10429056 LLO_0129 LLO_0130     TRUE 0.999 -3.000 0.667 1.000 Y NA
 10429056 10429057 LLO_0130 LLO_0131     TRUE 0.740 83.000 0.029 1.000 N NA
 10429057 10429058 LLO_0131 LLO_0132     TRUE 0.997 0.000 0.044 NA Y NA
 10429060 10429061 LLO_0134 LLO_0135   hsc FALSE 0.243 89.000 0.000 1.000 N NA
 10429061 10429062 LLO_0135 LLO_0136 hsc mltB FALSE 0.014 342.000 0.000 NA N NA
 10429062 10429063 LLO_0136 LLO_0137 mltB msrA TRUE 0.879 7.000 0.000 NA N NA
 10429063 10429064 LLO_0137 LLO_0138 msrA   FALSE 0.370 31.000 0.000 1.000   NA
 10429064 10429065 LLO_0138 LLO_0139     FALSE 0.071 165.000 0.000 NA   NA
 10429065 10429066 LLO_0139 LLO_0140     FALSE 0.259 37.000 0.000 NA   NA
 10429067 10429068 LLO_0141 LLO_0142 tatB tatA TRUE 0.951 -3.000 0.000 0.008   NA
 10429068 10429069 LLO_0142 LLO_0143 tatA ubiB TRUE 0.984 3.000 0.005 1.000   NA
 10429069 10429070 LLO_0143 LLO_0144 ubiB   TRUE 0.990 -13.000 0.432 1.000   NA
 10429070 10429071 LLO_0144 LLO_0145   ubiE TRUE 0.990 8.000 0.145 1.000   NA
 10429072 10429073 LLO_0146 LLO_0147     TRUE 0.985 12.000 0.209 NA   NA
 10429074 10429075 LLO_0148 LLO_0149     FALSE 0.032 213.000 0.000 NA   NA
 10429076 10429077 LLO_0150 LLO_0151 cycA coxB FALSE 0.210 207.000 0.000 0.007 Y NA
 10429077 10429078 LLO_0151 LLO_0152 coxB coxA TRUE 0.999 -3.000 0.741 0.001 Y NA
 10429078 10429079 LLO_0152 LLO_0153 coxA ctaG TRUE 0.991 11.000 0.268 1.000 N NA
 10429079 10429080 LLO_0153 LLO_0154 ctaG coxC TRUE 0.968 27.000 0.536 1.000 N NA
 10429080 10429081 LLO_0154 LLO_4003 coxC   FALSE 0.146 57.000 0.000 NA   NA
 10429081 10429082 LLO_4003 LLO_0155     FALSE 0.089 153.000 0.000 NA   NA
 10429082 10429083 LLO_0155 LLO_0156     FALSE 0.412 26.000 0.000 1.000   NA
 10429084 10429085 LLO_0157 LLO_0158 parB parA TRUE 0.994 11.000 0.827 1.000 N NA
 10429085 10429086 LLO_0158 LLO_0159 parA gidB TRUE 0.996 4.000 0.339 1.000 N NA
 10429086 10429087 LLO_0159 LLO_0160 gidB gidA TRUE 0.998 -3.000 0.466 1.000 N NA
 10429089 10429090 LLO_0162 LLO_0163     TRUE 0.707 -12.000 0.000 NA   NA
 10429090 10429091 LLO_0163 LLO_0164     TRUE 0.994 -3.000 0.065 NA   NA
 10429091 10429092 LLO_0164 LLO_0165     TRUE 0.997 -3.000 0.233 NA   NA
 10429092 10429093 LLO_0165 LLO_0166     TRUE 0.980 -12.000 0.068 NA   NA
 10429093 10429094 LLO_0166 LLO_0167     TRUE 0.993 -7.000 0.235 NA   NA
 10429094 10429095 LLO_0167 LLO_0168     TRUE 0.529 203.000 0.179 NA   NA
 10429095 10429096 LLO_0168 LLO_0169     FALSE 0.005 404.000 0.000 NA   NA
 10429097 10429098 LLO_0170 LLO_0171     TRUE 0.730 15.000 0.000 0.045   NA
 10429100 10429101 LLO_0173 LLO_0174     TRUE 0.987 -3.000 0.005 NA   NA
 10429101 10429102 LLO_0174 LLO_0175   priA TRUE 0.749 32.000 0.002 1.000   NA
 10429102 10429103 LLO_0175 LLO_0176 priA   TRUE 0.802 24.000 0.002 1.000   NA
 10429104 10429105 LLO_0177 LLO_0178     FALSE 0.007 348.000 0.000 NA   NA
 10429105 10429106 LLO_0178 LLO_0179     FALSE 0.438 -31.000 0.000 NA   NA
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 10430056 10430057 LLO_1081 LLO_1082 pyrD   TRUE 0.525 79.000 0.003 1.000   NA
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 10430059 10430060 LLO_1084 LLO_1085 msbA lpxK TRUE 0.997 0.000 0.205 1.000 N NA
 10430060 10430061 LLO_1085 LLO_1086 lpxK   TRUE 0.507 117.000 0.004 NA   NA
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 10431046 10431047 LLO_2021 LLO_2022 yrbE yrbF TRUE 0.997 -7.000 0.530 NA Y NA
 10431048 10431049 LLO_2023 LLO_2024 kdsD kdsC TRUE 0.998 0.000 0.598 1.000   NA
 10431049 10431050 LLO_2024 LLO_2025 kdsC   TRUE 0.998 -3.000 0.617 NA   NA
 10431050 10431051 LLO_2025 LLO_2026     TRUE 0.982 -19.000 0.459 NA   NA
 10431051 10431052 LLO_2026 LLO_2027   lptB TRUE 0.998 -3.000 0.543 NA   NA
 10431052 10431053 LLO_2027 LLO_2028 lptB trpG FALSE 0.040 220.000 0.000 1.000   NA
 10431053 10431054 LLO_2028 LLO_2029 trpG trpD TRUE 0.993 -10.000 0.105 1.000 Y NA
 10431054 10431055 LLO_2029 LLO_2030 trpD trpC TRUE 0.997 -7.000 0.293 1.000 Y NA
 10431055 10431056 LLO_2030 LLO_2031 trpC   FALSE 0.022 238.000 0.000 NA   NA
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 10431063 10431064 LLO_2037 LLO_2038   thiD TRUE 0.802 6.000 0.000 NA   NA
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 10431231 10431232 LLO_2186