MicrobesOnline Operon Predictions for Lactobacillus plantarum JDM1

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column Description
Gene1 VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1 Systematic name of 1st gene in pair
Name1 Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2 VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2 Systematic name of 2nd gene in pair
Name2 Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim Whether the genes share a COG category or not
ExprSim Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

 Gene1 Gene2 SysName1 SysName2 Name1 Name2 bOp pOp Sep MOGScore GOScore COGSim ExprSim
 7743200 7743201 JDM1_0001 JDM1_0002 dnaA dnaN TRUE 0.789 178.000 0.328 1.000 Y NA
 7743201 7743202 JDM1_0002 JDM1_0003 dnaN   FALSE 0.086 525.000 0.103 1.000   NA
 7743202 7743203 JDM1_0003 JDM1_0004   recF TRUE 0.977 1.000 0.209 1.000   NA
 7743203 7743204 JDM1_0004 JDM1_0005 recF gyrB TRUE 0.996 -3.000 0.249 0.004 Y NA
 7743204 7743205 JDM1_0005 JDM1_0006 gyrB gyrA TRUE 0.853 165.000 0.306 0.002 Y NA
 7743205 7743206 JDM1_0006 JDM1_0007 gyrA rpsF FALSE 0.047 622.000 0.003 1.000 N NA
 7743206 7743207 JDM1_0007 JDM1_0008 rpsF ssb TRUE 0.827 37.000 0.003 1.000 N NA
 7743207 7743208 JDM1_0008 JDM1_0009 ssb rpsR TRUE 0.817 39.000 0.003 1.000 N NA
 7743208 7743209 JDM1_0009 JDM1_0010 rpsR   FALSE 0.320 181.000 0.016 1.000 N NA
 7743209 7743210 JDM1_0010 JDM1_0011   rplI TRUE 0.951 13.000 0.119 1.000 N NA
 7743210 7743211 JDM1_0011 JDM1_0013 rplI dnaC TRUE 0.950 16.000 0.100 1.000 N NA
 7743213 7743214 JDM1_0014 JDM1_0015   proB TRUE 0.710 13.000 0.000 NA N NA
 7743214 7743215 JDM1_0015 JDM1_0016 proB proA TRUE 0.988 19.000 0.281 0.002 Y NA
 7743215 7743216 JDM1_0016 JDM1_0017 proA   FALSE 0.058 461.000 0.000 1.000 Y NA
 7743216 7743217 JDM1_0017 JDM1_0018   glgB FALSE 0.038 331.000 0.000 1.000 N NA
 7743217 7743218 JDM1_0018 JDM1_0019 glgB glgC TRUE 0.998 -10.000 0.317 0.002 Y NA
 7743218 7743219 JDM1_0019 JDM1_0020 glgC glgD TRUE 0.999 -3.000 0.810 0.001 Y NA
 7743219 7743220 JDM1_0020 JDM1_0021 glgD glgA TRUE 0.998 -7.000 0.395 1.000 Y NA
 7743220 7743221 JDM1_0021 JDM1_0022 glgA glgP TRUE 0.980 20.000 0.171 1.000 Y NA
 7743221 7743222 JDM1_0022 JDM1_0023 glgP amy1 TRUE 0.983 18.000 0.186 0.033 Y NA
 7743222 7743223 JDM1_0023 JDM1_0024 amy1   FALSE 0.015 333.000 0.000 1.000   NA
 7743224 7743225 JDM1_0025 JDM1_0026 pgmB1 map1 TRUE 0.893 18.000 0.038 1.000   NA
 7743225 7743226 JDM1_0026 JDM1_0027 map1   FALSE 0.012 388.000 0.000 1.000   NA
 7743227 7743228 JDM1_0028 JDM1_0029 cspL   FALSE 0.124 92.000 0.000 NA   NA
 7743229 7743230 JDM1_0030 JDM1_0031     FALSE 0.352 79.000 0.000 1.000 N NA
 7743231 7743232 JDM1_0032 JDM1_0033     FALSE 0.316 43.000 0.000 NA   NA
 7743232 7743233 JDM1_0033 JDM1_0034     FALSE 0.097 118.000 0.000 NA   NA
 7743233 7743234 JDM1_0034 JDM1_0035     FALSE 0.475 14.000 0.000 NA   NA
 7743234 7743235 JDM1_0035 JDM1_0036     TRUE 0.692 0.000 0.000 NA   NA
 7743235 7743236 JDM1_0036 JDM1_0037     FALSE 0.078 144.000 0.000 NA   NA
 7743236 7743237 JDM1_0037 JDM1_0038     TRUE 0.495 25.000 0.000 NA   NA
 7743237 7743238 JDM1_0038 JDM1_0039     TRUE 0.502 10.000 0.000 NA   NA
 7743238 7743239 JDM1_0039 JDM1_0040     TRUE 0.841 -7.000 0.000 NA   NA
 7743241 7743242 JDM1_0042 JDM1_0043     TRUE 0.996 -3.000 0.750 NA   NA
 7743242 7743243 JDM1_0043 JDM1_0044     TRUE 0.512 23.000 0.000 NA   NA
 7743243 7743244 JDM1_0044 JDM1_0045     TRUE 0.772 155.000 0.500 NA   NA
 7743244 7743245 JDM1_0045 JDM1_0046     TRUE 0.996 -3.000 0.750 NA   NA
 7743247 7743248 JDM1_0047 JDM1_0048     FALSE 0.078 144.000 0.000 NA   NA
 7743248 7743249 JDM1_0048 JDM1_0049   cspL FALSE 0.094 123.000 0.000 NA   NA
 7743249 7743250 JDM1_0049 JDM1_0050 cspL   FALSE 0.133 87.000 0.000 NA   NA
 7743252 7743253 JDM1_0051 JDM1_0052 rrp1 hpk1 TRUE 0.991 14.000 0.597 1.000 Y NA
 7743253 7743254 JDM1_0052 JDM1_0053 hpk1   TRUE 0.998 -19.000 0.575 NA   NA
 7743254 7743255 JDM1_0053 JDM1_0054     TRUE 0.987 12.000 0.890 NA   NA
 7743255 7743256 JDM1_0054 JDM1_0055     FALSE 0.180 359.000 0.176 NA   NA
 7743256 7743257 JDM1_0055 JDM1_0056   htrA FALSE 0.483 111.000 0.030 1.000   NA
 7743257 7743258 JDM1_0056 JDM1_0057 htrA   FALSE 0.006 555.000 0.000 NA   NA
 7743260 7743261 JDM1_0059 JDM1_0060     FALSE 0.005 814.000 0.000 NA   NA
 7743261 7743262 JDM1_0060 JDM1_0061   pnb FALSE 0.066 243.000 0.000 NA N NA
 7743262 7743263 JDM1_0061 JDM1_0062 pnb   FALSE 0.250 116.000 0.000 1.000 N NA
 7743263 7743264 JDM1_0062 JDM1_0063     TRUE 0.913 -43.000 0.000 NA   NA
 7743265 7743266 JDM1_0064 JDM1_0065     FALSE 0.058 167.000 0.000 NA   NA
 7743267 7743268 JDM1_0066 JDM1_0067     FALSE 0.260 111.000 0.000 1.000 N NA
 7743270 7743271 JDM1_0069 JDM1_0070     FALSE 0.014 320.000 0.000 NA   NA
 7743271 7743272 JDM1_0070 JDM1_0071     TRUE 0.950 32.000 0.273 1.000   NA
 7743272 7743273 JDM1_0071 JDM1_0072     TRUE 0.959 28.000 0.273 1.000   NA
 7743273 7743274 JDM1_0072 JDM1_0074     FALSE 0.138 169.000 0.000 NA N NA
 7743278 7743279 JDM1_0077 JDM1_0078   ptp1 FALSE 0.074 149.000 0.000 NA   NA
 7743280 7743281 JDM1_0079 JDM1_0080     FALSE 0.020 272.000 0.000 NA   NA
 7743284 7743285 JDM1_0083 JDM1_0084   fusA1 FALSE 0.063 262.000 0.000 1.000 N NA
 7743285 7743286 JDM1_0084 JDM1_0085 fusA1   FALSE 0.484 18.000 0.000 NA   NA
 7743286 7743287 JDM1_0085 JDM1_0086     TRUE 0.540 6.000 0.000 NA   NA
 7743287 7743288 JDM1_0086 JDM1_0087     FALSE 0.035 199.000 0.000 NA   NA
 7743288 7743289 JDM1_0087 JDM1_0088     FALSE 0.177 72.000 0.000 NA   NA
 7743290 7743291 JDM1_0089 JDM1_0090     FALSE 0.351 38.000 0.000 NA   NA
 7743294 7743295 JDM1_0093 JDM1_0094     FALSE 0.174 73.000 0.000 NA   NA
 7743299 7743300 JDM1_0098 JDM1_0099     FALSE 0.023 258.000 0.000 NA   NA
 7743301 7743302 JDM1_0100 JDM1_0101     TRUE 0.508 21.000 0.000 NA   NA
 7743302 7743303 JDM1_0101 JDM1_0102     TRUE 0.996 2.000 0.682 1.000 Y NA
 7743303 7743304 JDM1_0102 JDM1_0103     TRUE 0.998 -25.000 0.115 0.006 Y NA
 7743304 7743305 JDM1_0103 JDM1_0104     TRUE 0.898 15.000 0.010 1.000 N NA
 7743306 7743307 JDM1_0105 JDM1_0106     TRUE 0.924 2.000 0.026 NA   NA
 7743307 7743308 JDM1_0106 JDM1_0107     TRUE 0.804 31.000 0.011 NA   NA
 7743308 7743309 JDM1_0107 JDM1_0108     TRUE 0.746 39.000 0.010 NA   NA
 7743309 7743310 JDM1_0108 JDM1_0109   glpF1 TRUE 0.899 5.000 0.026 NA   NA
 7743310 7743311 JDM1_0109 JDM1_0110 glpF1   TRUE 0.868 25.000 0.017 1.000   NA
 7743312 7743313 JDM1_0111 JDM1_0112     FALSE 0.092 125.000 0.000 NA   NA
 7743314 7743315 JDM1_0113 JDM1_0114 thiM thiD TRUE 0.960 26.000 0.020 0.004 Y NA
 7743315 7743316 JDM1_0114 JDM1_0115 thiD thiE TRUE 0.996 -10.000 0.063 0.004 Y NA
 7743316 7743317 JDM1_0115 JDM1_0116 thiE   TRUE 0.958 0.000 0.016 1.000 N NA
 7743317 7743318 JDM1_0116 JDM1_0117     FALSE 0.169 82.000 0.000 1.000   NA
 7743318 7743319 JDM1_0117 JDM1_0118     FALSE 0.025 244.000 0.000 NA   NA
 7743321 7743322 JDM1_0120 JDM1_0121     TRUE 0.965 28.000 0.333 NA   NA
 7743322 7743323 JDM1_0121 JDM1_0122   hpo TRUE 0.495 25.000 0.000 NA   NA
 7743324 7743325 JDM1_0123 JDM1_0124 pacL1   FALSE 0.026 399.000 0.000 NA N NA
 7743325 7743326 JDM1_0124 JDM1_0125     FALSE 0.207 66.000 0.000 NA   NA
 7743327 7743328 JDM1_0126 JDM1_0127   hsp1 FALSE 0.077 146.000 0.000 NA   NA
 7743329 7743330 JDM1_0128 JDM1_0129     TRUE 0.992 -3.000 0.392 NA   NA
 7743331 7743332 JDM1_0130 JDM1_0131     TRUE 0.729 25.000 0.000 NA N NA
 7743332 7743333 JDM1_0131 JDM1_0132     TRUE 0.838 65.000 0.100 NA N NA
 7743333 7743334 JDM1_0132 JDM1_0133     FALSE 0.025 244.000 0.000 NA   NA
 7743334 7743335 JDM1_0133 JDM1_0134     FALSE 0.285 77.000 0.000 0.044   NA
 7743335 7743336 JDM1_0134 JDM1_0135     FALSE 0.262 100.000 0.000 NA N NA
 7743336 7743337 JDM1_0135 JDM1_0136     FALSE 0.016 305.000 0.000 NA   NA
 7743340 7743341 JDM1_0139 JDM1_0140     FALSE 0.076 233.000 0.000 1.000 N NA
 7743341 7743342 JDM1_0140 JDM1_0141     TRUE 0.988 2.000 0.530 1.000   NA
 7743342 7743343 JDM1_0141 JDM1_0142     TRUE 0.981 5.000 0.435 NA   NA
 7743343 7743344 JDM1_0142 JDM1_0143     FALSE 0.153 79.000 0.000 NA   NA
 7743345 7743346 JDM1_0144 JDM1_0145     FALSE 0.078 145.000 0.000 NA   NA
 7743346 7743347 JDM1_0145 JDM1_0146     FALSE 0.441 29.000 0.000 NA   NA
 7743347 7743348 JDM1_0146 JDM1_0147     TRUE 0.502 10.000 0.000 NA   NA
 7743348 7743349 JDM1_0147 JDM1_0148     FALSE 0.014 324.000 0.000 NA   NA
 7743349 7743350 JDM1_0148 JDM1_0149     FALSE 0.055 169.000 0.000 NA   NA
 7743350 7743351 JDM1_0149 JDM1_0150     FALSE 0.063 263.000 0.000 1.000 N NA
 7743351 7743352 JDM1_0150 JDM1_0151     TRUE 0.992 6.000 0.821 NA N NA
 7743352 7743353 JDM1_0151 JDM1_0152     TRUE 0.961 19.000 0.160 NA N NA
 7743353 7743354 JDM1_0152 JDM1_0153     FALSE 0.156 167.000 0.000 1.000 N NA
 7743358 7743359 JDM1_0157 JDM1_0158 dak1B dak2 TRUE 0.988 14.000 0.316 0.002 Y NA
 7743359 7743360 JDM1_0158 JDM1_0159 dak2   TRUE 0.985 -3.000 0.169 1.000   NA
 7743360 7743361 JDM1_0159 JDM1_0160   gplF2 TRUE 0.942 15.000 0.143 1.000   NA
 7743361 7743362 JDM1_0160 JDM1_0161 gplF2   FALSE 0.188 151.000 0.000 1.000 N NA
 7743362 7743363 JDM1_0161 JDM1_0162     TRUE 0.974 24.000 0.074 0.058 Y NA
 7743363 7743364 JDM1_0162 JDM1_0163   agl1 TRUE 0.945 17.000 0.082 1.000 N NA
 7743364 7743365 JDM1_0163 JDM1_0164 agl1 malE FALSE 0.158 256.000 0.000 1.000 Y NA
 7743365 7743366 JDM1_0164 JDM1_0165 malE malF TRUE 0.948 110.000 0.621 0.041 Y NA
 7743366 7743367 JDM1_0165 JDM1_0166 malF malG TRUE 0.996 5.000 0.714 0.041 Y NA
 7743367 7743368 JDM1_0166 JDM1_0167 malG malA FALSE 0.456 28.000 0.000 NA   NA
 7743368 7743369 JDM1_0167 JDM1_0168 malA amy2 FALSE 0.386 34.000 0.000 NA   NA
 7743369 7743370 JDM1_0168 JDM1_0169 amy2 msmK1 TRUE 0.502 102.000 0.000 1.000 Y NA
 7743370 7743371 JDM1_0169 JDM1_0170 msmK1 map2 TRUE 0.876 27.000 0.000 1.000 Y NA
 7743374 7743375 JDM1_0173 JDM1_0174 sacK1 melA TRUE 0.890 80.000 0.154 1.000 Y NA
 7743375 7743376 JDM1_0174 JDM1_0175 melA pts1BCA TRUE 0.959 20.000 0.031 1.000 Y NA
 7743377 7743378 JDM1_0176 JDM1_0177 sacA sacR TRUE 0.997 -19.000 0.222 1.000 N NA
 7743378 7743379 JDM1_0177 JDM1_0178 sacR agl2 TRUE 0.971 21.000 0.222 1.000 N NA
 7743380 7743381 JDM1_0179 JDM1_0180   nha1 FALSE 0.192 221.000 0.000 1.000 Y NA
 7743385 7743386 JDM1_0184 JDM1_0185     FALSE 0.048 188.000 0.000 1.000   NA
 7743386 7743387 JDM1_0185 JDM1_0186     FALSE 0.253 206.000 0.000 0.041 Y NA
 7743387 7743388 JDM1_0186 JDM1_0187     FALSE 0.083 153.000 0.000 1.000   NA
 7743388 7743389 JDM1_0187 JDM1_0188   serA1 TRUE 0.872 -3.000 0.000 0.070   NA
 7743389 7743390 JDM1_0188 JDM1_0189 serA1 serC TRUE 0.983 15.000 0.238 1.000 Y NA
 7743391 7743392 JDM1_0190 JDM1_0191 pgm1   FALSE 0.065 258.000 0.000 1.000 N NA
 7743392 7743393 JDM1_0191 JDM1_0192     FALSE 0.007 502.000 0.000 NA   NA
 7743394 7743395 JDM1_0193 JDM1_0194     FALSE 0.111 103.000 0.000 NA   NA
 7743399 7743400 JDM1_0198 JDM1_0199     TRUE 0.992 0.000 0.160 0.094 Y NA
 7743402 7743403 JDM1_0201 JDM1_0202     TRUE 0.944 9.000 0.122 1.000   NA
 7743403 7743404 JDM1_0202 JDM1_0203     TRUE 0.951 30.000 0.250 NA   NA
 7743405 7743406 JDM1_0204 JDM1_0205 gpo   FALSE 0.314 51.000 0.000 1.000   NA
 7743407 7743408 JDM1_0206 JDM1_0207 greA   FALSE 0.135 86.000 0.000 NA   NA
 7743408 7743409 JDM1_0207 JDM1_0208     FALSE 0.471 13.000 0.000 NA   NA
 7743411 7743412 JDM1_0210 JDM1_0211     FALSE 0.334 46.000 0.000 1.000   NA
 7743415 7743416 JDM1_0214 JDM1_0215 pts2CB mtlR TRUE 0.969 37.000 0.336 0.030 N NA
 7743416 7743417 JDM1_0215 JDM1_0216 mtlR pts2A TRUE 0.947 15.000 0.066 0.030 N NA
 7743417 7743418 JDM1_0216 JDM1_0217 pts2A mtlD TRUE 0.975 2.000 0.031 1.000 Y NA
 7743423 7743424 JDM1_0222 JDM1_0223   ndk FALSE 0.025 242.000 0.000 NA   NA
 7743425 7743426 JDM1_0224 JDM1_0225     FALSE 0.038 192.000 0.000 NA   NA
 7743427 7743428 JDM1_0226 JDM1_0227 cysE metC1 TRUE 0.976 5.000 0.076 1.000 Y NA
 7743428 7743429 JDM1_0227 JDM1_0228 metC1 cysK TRUE 0.994 12.000 0.690 0.015 Y NA
 7743429 7743430 JDM1_0228 JDM1_0229 cysK pepM FALSE 0.017 613.000 0.000 1.000 N NA
 7743430 7743431 JDM1_0229 JDM1_0230 pepM   FALSE 0.366 36.000 0.000 NA   NA
 7743432 7743433 JDM1_0231 JDM1_0232     FALSE 0.035 199.000 0.000 NA   NA
 7743433 7743434 JDM1_0232 JDM1_0233     TRUE 0.982 -7.000 0.065 NA   NA
 7743434 7743435 JDM1_0233 JDM1_0234   treR FALSE 0.015 316.000 0.000 NA   NA
 7743435 7743436 JDM1_0234 JDM1_0235 treR treA TRUE 0.979 25.000 0.336 1.000 N NA
 7743436 7743437 JDM1_0235 JDM1_0236 treA pts4ABC TRUE 0.960 17.000 0.042 1.000 Y NA
 7743437 7743438 JDM1_0236 JDM1_0237 pts4ABC pts5ABC TRUE 0.654 220.000 0.188 0.027 Y NA
 7743440 7743441 JDM1_0239 JDM1_0240 vdcB   TRUE 0.986 3.000 0.500 NA   NA
 7743443 7743444 JDM1_0242 JDM1_0243   mntH1 FALSE 0.142 171.000 0.000 1.000 N NA
 7743445 7743446 JDM1_0244 JDM1_0245     FALSE 0.249 56.000 0.000 NA   NA
 7743446 7743447 JDM1_0245 JDM1_0246     FALSE 0.329 41.000 0.000 NA   NA
 7743447 7743448 JDM1_0246 JDM1_0247     FALSE 0.016 301.000 0.000 NA   NA
 7743450 7743451 JDM1_0249 JDM1_0250 hpk2 rrp2 TRUE 0.999 -13.000 0.450 1.000 Y NA
 7743452 7743453 JDM1_0251 JDM1_0252     FALSE 0.147 81.000 0.000 NA   NA
 7743453 7743454 JDM1_0252 JDM1_0253   pts6C FALSE 0.046 302.000 0.000 1.000 N NA
 7743458 7743459 JDM1_0257 JDM1_0258     FALSE 0.076 147.000 0.000 NA   NA
 7743459 7743460 JDM1_0258 JDM1_0259     FALSE 0.300 45.000 0.000 NA   NA
 7743462 7743463 JDM1_0261 JDM1_0262   tag1 FALSE 0.053 180.000 0.000 1.000   NA
 7743463 7743464 JDM1_0262 JDM1_0263 tag1   FALSE 0.026 241.000 0.000 NA   NA
 7743464 7743465 JDM1_0263 JDM1_0264     FALSE 0.014 323.000 0.000 NA   NA
 7743465 7743466 JDM1_0264 JDM1_0265     TRUE 0.992 12.000 0.667 1.000 Y NA
 7743467 7743468 JDM1_0266 JDM1_0267     FALSE 0.118 96.000 0.000 NA   NA
 7743468 7743469 JDM1_0267 JDM1_0268     FALSE 0.094 123.000 0.000 NA   NA
 7743469 7743470 JDM1_0268 JDM1_0269     FALSE 0.012 1051.000 0.000 0.007   NA
 7743470 7743471 JDM1_0269 JDM1_0270   gcsH1 FALSE 0.011 405.000 0.000 1.000   NA
 7743471 7743472 JDM1_0270 JDM1_0271 gcsH1   FALSE 0.137 85.000 0.000 NA   NA
 7743472 7743473 JDM1_0271 JDM1_0272     TRUE 0.988 -3.000 0.238 NA   NA
 7743473 7743474 JDM1_0272 JDM1_0273     TRUE 0.947 0.000 0.033 NA   NA
 7743474 7743475 JDM1_0273 JDM1_0274     FALSE 0.009 420.000 0.000 NA   NA
 7743478 7743479 JDM1_0277 JDM1_0278   ndh1 FALSE 0.111 189.000 0.000 1.000 N NA
 7743479 7743480 JDM1_0278 JDM1_0279 ndh1   FALSE 0.087 132.000 0.000 NA   NA
 7743481 7743482 JDM1_0280 JDM1_0281 potD potC TRUE 0.996 -3.000 0.253 0.041 Y NA
 7743482 7743483 JDM1_0281 JDM1_0282 potC potB TRUE 0.996 0.000 0.492 0.041 Y NA
 7743483 7743484 JDM1_0282 JDM1_0283 potB potA TRUE 0.995 12.000 0.928 0.041 Y NA
 7743484 7743485 JDM1_0283 JDM1_0284 potA   TRUE 0.910 71.000 0.326 1.000 N NA
 7743485 7743486 JDM1_0284 JDM1_0285     FALSE 0.007 468.000 0.000 NA   NA
 7743487 7743488 JDM1_0286 JDM1_0287     TRUE 0.762 4.000 0.000 0.012   NA
 7743488 7743489 JDM1_0287 JDM1_0288     FALSE 0.120 94.000 0.000 NA   NA
 7743489 7743490 JDM1_0288 JDM1_0289     FALSE 0.022 261.000 0.000 NA   NA
 7743490 7743491 JDM1_0289 JDM1_0290     TRUE 0.871 0.000 0.000 1.000 N NA
 7743491 7743492 JDM1_0290 JDM1_0291     FALSE 0.471 13.000 0.000 NA   NA
 7743495 7743496 JDM1_0294 JDM1_0295     FALSE 0.186 170.000 0.000 0.093 N NA
 7743496 7743497 JDM1_0295 JDM1_0296     FALSE 0.471 13.000 0.000 NA   NA
 7743498 7743499 JDM1_0297 JDM1_0298 pepD2   FALSE 0.207 66.000 0.000 NA   NA
 7743499 7743500 JDM1_0298 JDM1_0299     FALSE 0.089 129.000 0.000 NA   NA
 7743500 7743501 JDM1_0299 JDM1_0301   birA1 TRUE 0.773 38.000 0.017 NA   NA
 7743503 7743504 JDM1_0302 JDM1_0303     TRUE 0.968 13.000 0.087 1.000 Y NA
 7743504 7743505 JDM1_0303 JDM1_0304     TRUE 0.999 -7.000 0.957 1.000 Y NA
 7743505 7743506 JDM1_0304 JDM1_0305   panE2 TRUE 0.757 21.000 0.000 1.000 N NA
 7743506 7743507 JDM1_0305 JDM1_0306 panE2   TRUE 0.966 3.000 0.086 1.000 N NA
 7743509 7743510 JDM1_0308 JDM1_0309 tagG tagH TRUE 0.993 13.000 0.808 1.000 Y NA
 7743510 7743511 JDM1_0309 JDM1_0310 tagH   FALSE 0.010 379.000 0.000 NA   NA
 7743511 7743512 JDM1_0310 JDM1_0311     FALSE 0.028 227.000 0.000 NA   NA
 7743512 7743513 JDM1_0311 JDM1_0312     TRUE 0.961 -3.000 0.027 NA   NA
 7743515 7743516 JDM1_0314 JDM1_0315 hicD1   FALSE 0.111 103.000 0.000 NA   NA
 7743518 7743519 JDM1_0317 JDM1_0318 rpiA2 sufI FALSE 0.191 150.000 0.000 1.000 N NA
 7743519 7743520 JDM1_0318 JDM1_0319 sufI   FALSE 0.021 265.000 0.000 NA   NA
 7743521 7743522 JDM1_0320 JDM1_0321     FALSE 0.415 31.000 0.000 NA   NA
 7743523 7743524 JDM1_0322 JDM1_0323     TRUE 0.492 19.000 0.000 NA   NA
 7743524 7743525 JDM1_0323 JDM1_0324   accB3 FALSE 0.110 104.000 0.000 NA   NA
 7743527 7743528 JDM1_0326 JDM1_0327     FALSE 0.008 440.000 0.000 NA   NA
 7743530 7743531 JDM1_0329 JDM1_0330 choS choQ TRUE 0.990 1.000 0.382 1.000 N NA
 7743531 7743532 JDM1_0330 JDM1_0331 choQ gshR1 TRUE 0.805 78.000 0.123 1.000 N NA
 7743532 7743533 JDM1_0331 JDM1_0332 gshR1 glpK FALSE 0.057 466.000 0.000 1.000 Y NA
 7743533 7743534 JDM1_0332 JDM1_0333 glpK glpD TRUE 0.978 15.000 0.100 0.001 Y NA
 7743534 7743535 JDM1_0333 JDM1_0334 glpD glpF3 TRUE 0.978 15.000 0.350 1.000 N NA
 7743535 7743536 JDM1_0334 JDM1_0335 glpF3   FALSE 0.007 587.000 0.000 1.000   NA
 7743536 7743537 JDM1_0335 JDM1_0336     TRUE 0.631 2.000 0.000 NA   NA
 7743537 7743538 JDM1_0336 JDM1_0337     TRUE 0.540 6.000 0.000 NA   NA
 7743538 7743539 JDM1_0337 JDM1_0338     FALSE 0.482 15.000 0.000 NA   NA
 7743539 7743540 JDM1_0338 JDM1_0339     FALSE 0.104 112.000 0.000 NA   NA
 7743541 7743542 JDM1_0340 JDM1_0341 thgA1   TRUE 0.577 4.000 0.000 NA   NA
 7743542 7743543 JDM1_0341 JDM1_0342     TRUE 0.577 4.000 0.000 NA   NA
 7743543 7743544 JDM1_0342 JDM1_0343     FALSE 0.215 71.000 0.000 1.000   NA
 7743545 7743546 JDM1_0344 JDM1_0345   brnQ1 FALSE 0.008 526.000 0.000 1.000   NA
 7743546 7743547 JDM1_0345 JDM1_0346 brnQ1 napA1 TRUE 0.635 45.000 0.000 0.080 N NA
 7743547 7743548 JDM1_0346 JDM1_0347 napA1   FALSE 0.010 388.000 0.000 NA   NA
 7743550 7743551 JDM1_0349 JDM1_0350 plnB plnD TRUE 0.993 1.000 0.333 NA Y NA
 7743552 7743553 JDM1_0351 JDM1_0352 plnI plnF FALSE 0.115 99.000 0.000 NA   NA
 7743553 7743554 JDM1_0352 JDM1_0353 plnF plnE TRUE 0.495 25.000 0.000 NA   NA
 7743555 7743556 JDM1_0354 JDM1_0355 plnG plnH TRUE 0.660 16.000 0.000 0.057   NA
 7743556 7743557 JDM1_0355 JDM1_0356 plnH plnT FALSE 0.127 90.000 0.000 NA   NA
 7743557 7743558 JDM1_0356 JDM1_0357 plnT plnU FALSE 0.019 281.000 0.000 NA   NA
 7743558 7743559 JDM1_0357 JDM1_0358 plnU plnV FALSE 0.133 87.000 0.000 NA   NA
 7743559 7743560 JDM1_0358 JDM1_0359 plnV plnW FALSE 0.120 94.000 0.000 NA   NA
 7743560 7743561 JDM1_0359 JDM1_0360 plnW plnX FALSE 0.032 211.000 0.000 NA   NA
 7743561 7743562 JDM1_0360 JDM1_0361 plnX plnY TRUE 0.925 12.000 0.098 NA   NA
 7743564 7743565 JDM1_0363 JDM1_0364   trpS FALSE 0.010 439.000 0.000 1.000   NA
 7743565 7743566 JDM1_0364 JDM1_0365 trpS   FALSE 0.028 406.000 0.000 1.000 N NA
 7743566 7743567 JDM1_0365 JDM1_0366   pts7C FALSE 0.388 73.000 0.000 1.000 N NA
 7743567 7743568 JDM1_0366 JDM1_0367 pts7C   TRUE 0.529 7.000 0.000 NA   NA
 7743568 7743569 JDM1_0367 JDM1_0368     TRUE 0.869 -10.000 0.000 NA   NA
 7743569 7743570 JDM1_0368 JDM1_0369   pts8C FALSE 0.028 223.000 0.000 NA   NA
 7743570 7743571 JDM1_0369 JDM1_0370 pts8C pbg1 TRUE 0.882 18.000 0.000 1.000 Y NA
 7743571 7743572 JDM1_0370 JDM1_0371 pbg1   FALSE 0.440 121.000 0.000 NA Y NA
 7743572 7743573 JDM1_0371 JDM1_0372     FALSE 0.368 150.000 0.000 NA Y NA
 7743573 7743574 JDM1_0372 JDM1_0373     FALSE 0.257 113.000 0.000 1.000 N NA
 7743574 7743575 JDM1_0373 JDM1_0374   ppx1 FALSE 0.024 442.000 0.000 1.000 N NA
 7743575 7743576 JDM1_0374 JDM1_0375 ppx1 mvaA TRUE 0.864 46.000 0.059 1.000 N NA
 7743576 7743577 JDM1_0375 JDM1_0376 mvaA   TRUE 0.982 -7.000 0.065 NA   NA
 7743577 7743578 JDM1_0376 JDM1_0377     TRUE 0.963 22.000 0.242 NA   NA
 7743578 7743579 JDM1_0377 JDM1_0378     TRUE 0.692 0.000 0.000 NA   NA
 7743579 7743580 JDM1_0378 JDM1_0379     FALSE 0.006 598.000 0.000 NA   NA
 7743580 7743581 JDM1_0379 JDM1_0380   metS FALSE 0.017 322.000 0.000 1.000   NA
 7743581 7743582 JDM1_0380 JDM1_0381 metS   FALSE 0.070 233.000 0.000 NA N NA
 7743582 7743583 JDM1_0381 JDM1_0382     TRUE 0.942 0.000 0.027 NA   NA
 7743585 7743586 JDM1_0384 JDM1_0385     FALSE 0.024 252.000 0.000 NA   NA
 7743586 7743587 JDM1_0385 JDM1_0386     TRUE 0.995 -13.000 0.058 NA Y NA
 7743587 7743588 JDM1_0386 JDM1_0387   ksgA TRUE 0.985 -3.000 0.093 1.000 N NA
 7743588 7743589 JDM1_0387 JDM1_0388 ksgA   TRUE 0.498 105.000 0.035 NA   NA
 7743589 7743590 JDM1_0388 JDM1_0389   ispE FALSE 0.460 133.000 0.046 NA   NA
 7743592 7743593 JDM1_0391 JDM1_0392     FALSE 0.025 268.000 0.000 1.000   NA
 7743593 7743594 JDM1_0392 JDM1_0393     TRUE 0.999 -13.000 0.379 1.000 Y NA
 7743594 7743595 JDM1_0393 JDM1_0394   purR FALSE 0.108 356.000 0.017 1.000 N NA
 7743595 7743596 JDM1_0394 JDM1_0395 purR glmU TRUE 0.723 69.000 0.021 1.000 N NA
 7743596 7743597 JDM1_0395 JDM1_0396 glmU bla1 FALSE 0.075 236.000 0.000 1.000 N NA
 7743597 7743598 JDM1_0396 JDM1_0397 bla1 prs1 FALSE 0.032 366.000 0.000 1.000 N NA
 7743598 7743599 JDM1_0397 JDM1_0398 prs1   FALSE 0.017 289.000 0.000 NA   NA
 7743599 7743600 JDM1_0398 JDM1_0399     FALSE 0.141 83.000 0.000 NA   NA
 7743601 7743602 JDM1_0400 JDM1_0401     TRUE 0.859 20.000 0.011 1.000   NA
 7743602 7743603 JDM1_0401 JDM1_0402     TRUE 0.935 15.000 0.082 0.027   NA
 7743604 7743605 JDM1_0403 JDM1_0404   rpoE TRUE 0.865 45.000 0.122 NA   NA
 7743605 7743606 JDM1_0404 JDM1_0405 rpoE pyrG FALSE 0.384 173.000 0.029 1.000 N NA
 7743606 7743607 JDM1_0405 JDM1_0406 pyrG serS1 FALSE 0.022 467.000 0.000 1.000 N NA
 7743607 7743608 JDM1_0406 JDM1_0407 serS1 sdaC FALSE 0.031 352.000 0.000 NA N NA
 7743608 7743609 JDM1_0407 JDM1_0408 sdaC sdhB FALSE 0.011 370.000 0.000 NA   NA
 7743609 7743610 JDM1_0408 JDM1_0409 sdhB sdhA TRUE 0.976 19.000 0.324 0.001   NA
 7743610 7743611 JDM1_0409 JDM1_0410 sdhA   FALSE 0.071 151.000 0.000 NA   NA
 7743611 7743612 JDM1_0410 JDM1_0411     FALSE 0.006 582.000 0.000 NA   NA
 7743612 7743613 JDM1_0411 JDM1_0412   murA1 FALSE 0.006 541.000 0.000 NA   NA
 7743613 7743614 JDM1_0412 JDM1_0413 murA1 rho TRUE 0.892 30.000 0.022 1.000 N NA
 7743614 7743615 JDM1_0413 JDM1_0414 rho rpmE TRUE 0.588 127.000 0.049 1.000 N NA
 7743617 7743618 JDM1_0416 JDM1_0417 srtA   FALSE 0.393 109.000 0.008 NA   NA
 7743618 7743619 JDM1_0417 JDM1_0418   htpX TRUE 0.953 12.000 0.222 NA   NA
 7743619 7743620 JDM1_0418 JDM1_0419 htpX   TRUE 0.731 61.000 0.049 NA   NA
 7743620 7743621 JDM1_0419 JDM1_0420   murF FALSE 0.255 222.000 0.078 NA   NA
 7743621 7743622 JDM1_0420 JDM1_0421 murF rhe1 FALSE 0.205 255.000 0.021 1.000 N NA
 7743622 7743623 JDM1_0421 JDM1_0422 rhe1 acpS FALSE 0.055 976.000 0.025 1.000 N NA
 7743623 7743624 JDM1_0422 JDM1_0423 acpS alr TRUE 0.978 0.000 0.093 1.000 N NA
 7743624 7743625 JDM1_0423 JDM1_0424 alr   FALSE 0.124 401.000 0.052 1.000 N NA
 7743625 7743626 JDM1_0424 JDM1_0425   kup1 FALSE 0.049 293.000 0.000 1.000 N NA
 7743627 7743628 JDM1_0426 JDM1_0427 carB carA TRUE 0.993 -7.000 0.017 0.003 Y NA
 7743629 7743630 JDM1_0428 JDM1_0429 argC2 argJ TRUE 0.989 25.000 0.303 0.003 Y NA
 7743630 7743631 JDM1_0429 JDM1_0430 argJ argB TRUE 0.973 16.000 0.067 0.003 Y NA
 7743631 7743632 JDM1_0430 JDM1_0431 argB argD TRUE 0.996 -3.000 0.322 1.000 Y NA
 7743632 7743633 JDM1_0431 JDM1_0432 argD argF TRUE 0.977 -7.000 0.000 1.000 Y NA
 7743633 7743634 JDM1_0432 JDM1_0433 argF   FALSE 0.106 109.000 0.000 NA   NA
 7743635 7743636 JDM1_0434 JDM1_0435     FALSE 0.423 155.000 0.059 NA   NA
 7743636 7743637 JDM1_0435 JDM1_0436   ldhL1 FALSE 0.030 219.000 0.000 NA   NA
 7743638 7743639 JDM1_0437 JDM1_0438 pth mfd TRUE 0.960 20.000 0.137 1.000 N NA
 7743639 7743640 JDM1_0438 JDM1_0439 mfd   FALSE 0.297 175.000 0.033 1.000   NA
 7743640 7743641 JDM1_0439 JDM1_0440     TRUE 0.966 -3.000 0.034 1.000   NA
 7743641 7743642 JDM1_0440 JDM1_0441     TRUE 0.611 121.000 0.053 1.000 N NA
 7743642 7743643 JDM1_0441 JDM1_0442     TRUE 0.704 125.000 0.134 1.000 N NA
 7743643 7743644 JDM1_0442 JDM1_0443   mesJ FALSE 0.184 284.000 0.031 1.000 N NA
 7743644 7743645 JDM1_0443 JDM1_0444 mesJ hprT TRUE 0.806 20.000 0.000 0.051 N NA
 7743645 7743646 JDM1_0444 JDM1_0445 hprT ftsH FALSE 0.347 80.000 0.000 1.000 N NA
 7743646 7743647 JDM1_0445 JDM1_0446 ftsH hsp33 TRUE 0.669 149.000 0.041 1.000 Y NA
 7743647 7743648 JDM1_0446 JDM1_0447 hsp33   TRUE 0.966 0.000 0.034 1.000 N NA
 7743648 7743649 JDM1_0447 JDM1_0448   lysS TRUE 0.742 104.000 0.032 1.000 Y NA
 7743649 7743650 JDM1_0448 JDM1_0449 lysS isp2 FALSE 0.163 164.000 0.000 1.000 N NA
 7743650 7743651 JDM1_0449 JDM1_rRNA01 isp2   FALSE 0.006 526.000 0.000 NA   NA
 7743651 7743652 JDM1_rRNA01 JDM1_rRNA02     FALSE 0.033 206.000 0.000 NA   NA
 7743652 7743653 JDM1_rRNA02 JDM1_rRNA03     FALSE 0.184 71.000 0.000 NA   NA
 7743653 7743654 JDM1_rRNA03 JDM1_tRNA03     TRUE 0.556 5.000 0.000 NA   NA
 7743654 7743655 JDM1_tRNA03 JDM1_tRNA04     FALSE 0.293 46.000 0.000 NA   NA
 7743655 7743656 JDM1_tRNA04 JDM1_0450   dtpT FALSE 0.006 643.000 0.000 NA   NA
 7743656 7743657 JDM1_0450 JDM1_0451 dtpT   TRUE 0.902 55.000 0.250 1.000   NA
 7743657 7743658 JDM1_0451 JDM1_tRNA05     FALSE 0.165 76.000 0.000 NA   NA
 7743658 7743659 JDM1_tRNA05 JDM1_tRNA06     TRUE 0.502 10.000 0.000 NA   NA
 7743659 7743660 JDM1_tRNA06 JDM1_0452     FALSE 0.014 323.000 0.000 NA   NA
 7743660 7743661 JDM1_0452 JDM1_0453     FALSE 0.045 180.000 0.000 NA   NA
 7743661 7743662 JDM1_0453 JDM1_0454     FALSE 0.415 31.000 0.000 NA   NA
 7743662 7743663 JDM1_0454 JDM1_0455     FALSE 0.373 35.000 0.000 NA   NA
 7743664 7743665 JDM1_0456 JDM1_0457     FALSE 0.281 193.000 0.014 1.000 N NA
 7743666 7743667 JDM1_0458 JDM1_0459 proC nagA TRUE 0.670 79.000 0.026 1.000 N NA
 7743667 7743668 JDM1_0459 JDM1_0460 nagA   TRUE 0.955 15.000 0.125 1.000 N NA
 7743670 7743671 JDM1_0462 JDM1_0463 nadC1 nadE TRUE 0.993 0.000 0.194 0.003 Y NA
 7743671 7743672 JDM1_0463 JDM1_0464 nadE pacL2 FALSE 0.072 456.000 0.013 1.000 N NA
 7743672 7743673 JDM1_0464 JDM1_0465 pacL2   TRUE 0.861 55.000 0.159 NA   NA
 7743673 7743674 JDM1_0465 JDM1_0466   tex FALSE 0.086 294.000 0.009 NA   NA
 7743674 7743675 JDM1_0466 JDM1_0467 tex   TRUE 0.980 0.000 0.215 NA   NA
 7743675 7743676 JDM1_0467 JDM1_0468   hom2 FALSE 0.207 66.000 0.000 NA   NA
 7743676 7743677 JDM1_0468 JDM1_0469 hom2 thrB TRUE 0.963 9.000 0.036 1.000 Y NA
 7743677 7743678 JDM1_0469 JDM1_tRNA07 thrB   FALSE 0.249 56.000 0.000 NA   NA
 7743679 7743680 JDM1_0470 JDM1_0471     FALSE 0.064 170.000 0.000 1.000   NA
 7743680 7743681 JDM1_0471 JDM1_0472     FALSE 0.122 113.000 0.000 1.000   NA
 7743681 7743682 JDM1_0472 JDM1_0473     FALSE 0.005 825.000 0.000 NA   NA
 7743682 7743683 JDM1_0473 JDM1_0474     FALSE 0.124 92.000 0.000 NA   NA
 7743683 7743684 JDM1_0474 JDM1_0475     TRUE 0.502 10.000 0.000 NA   NA
 7743685 7743686 JDM1_0476 JDM1_0477     TRUE 0.577 4.000 0.000 NA   NA
 7743686 7743687 JDM1_0477 JDM1_0478     FALSE 0.024 251.000 0.000 NA   NA
 7743687 7743688 JDM1_0478 JDM1_0479     FALSE 0.082 139.000 0.000 NA   NA
 7743688 7743689 JDM1_0479 JDM1_0480     FALSE 0.067 156.000 0.000 NA   NA
 7743689 7743690 JDM1_0480 JDM1_0481     FALSE 0.161 77.000 0.000 NA   NA
 7743690 7743691 JDM1_0481 JDM1_0482     FALSE 0.014 321.000 0.000 NA   NA
 7743691 7743692 JDM1_0482 JDM1_0483     TRUE 0.772 -3.000 0.000 NA   NA
 7743692 7743693 JDM1_0483 JDM1_0484     TRUE 0.506 152.000 0.100 NA   NA
 7743693 7743694 JDM1_0484 JDM1_0485     TRUE 0.978 -3.000 0.094 NA   NA
 7743694 7743695 JDM1_0485 JDM1_0486     TRUE 0.959 3.000 0.125 NA   NA
 7743695 7743696 JDM1_0486 JDM1_0487     FALSE 0.475 14.000 0.000 NA   NA
 7743696 7743697 JDM1_0487 JDM1_0488     FALSE 0.171 74.000 0.000 NA   NA
 7743697 7743698 JDM1_0488 JDM1_0489     TRUE 0.994 -3.000 0.500 NA   NA
 7743698 7743699 JDM1_0489 JDM1_0490     FALSE 0.023 258.000 0.000 NA   NA
 7743699 7743700 JDM1_0490 JDM1_0491     TRUE 0.500 20.000 0.000 NA   NA
 7743700 7743701 JDM1_0491 JDM1_0492     FALSE 0.481 26.000 0.000 NA   NA
 7743701 7743702 JDM1_0492 JDM1_0493     TRUE 0.772 -3.000 0.000 NA   NA
 7743702 7743703 JDM1_0493 JDM1_0494     FALSE 0.091 127.000 0.000 NA   NA
 7743703 7743704 JDM1_0494 JDM1_0495     FALSE 0.480 12.000 0.000 NA   NA
 7743704 7743705 JDM1_0495 JDM1_0496     FALSE 0.045 179.000 0.000 NA   NA
 7743705 7743706 JDM1_0496 JDM1_0497     FALSE 0.195 69.000 0.000 NA   NA
 7743706 7743707 JDM1_0497 JDM1_0498     FALSE 0.008 463.000 0.000 NA   NA
 7743707 7743708 JDM1_0498 JDM1_0499     FALSE 0.386 34.000 0.000 NA   NA
 7743708 7743709 JDM1_0499 JDM1_0500     FALSE 0.105 111.000 0.000 NA   NA
 7743709 7743710 JDM1_0500 JDM1_0501     TRUE 0.984 -3.000 0.154 NA   NA
 7743710 7743711 JDM1_0501 JDM1_0502     TRUE 0.492 19.000 0.000 NA   NA
 7743711 7743712 JDM1_0502 JDM1_0503     TRUE 0.884 -13.000 0.000 NA   NA
 7743712 7743713 JDM1_0503 JDM1_0504   cps TRUE 0.977 21.000 0.444 NA   NA
 7743713 7743714 JDM1_0504 JDM1_0505 cps   TRUE 0.636 140.000 0.182 NA   NA
 7743714 7743715 JDM1_0505 JDM1_0506     TRUE 0.901 -19.000 0.000 NA   NA
 7743715 7743716 JDM1_0506 JDM1_0507     TRUE 0.772 -3.000 0.000 NA   NA
 7743716 7743717 JDM1_0507 JDM1_0508     TRUE 0.993 -3.000 0.444 NA   NA
 7743717 7743718 JDM1_0508 JDM1_0509     TRUE 0.981 15.000 0.615 NA   NA
 7743718 7743719 JDM1_0509 JDM1_0510     FALSE 0.122 93.000 0.000 NA   NA
 7743719 7743720 JDM1_0510 JDM1_0511     FALSE 0.040 187.000 0.000 NA   NA
 7743720 7743721 JDM1_0511 JDM1_0512     FALSE 0.109 105.000 0.000 NA   NA
 7743721 7743722 JDM1_0512 JDM1_0513     TRUE 0.577 4.000 0.000 NA   NA
 7743722 7743723 JDM1_0513 JDM1_0514     TRUE 0.982 20.000 0.600 NA   NA
 7743723 7743724 JDM1_0514 JDM1_0515     FALSE 0.471 27.000 0.000 NA   NA
 7743724 7743725 JDM1_0515 JDM1_0516     TRUE 0.631 2.000 0.000 NA   NA
 7743725 7743726 JDM1_0516 JDM1_0517     FALSE 0.430 30.000 0.000 NA   NA
 7743726 7743727 JDM1_0517 JDM1_0518     TRUE 0.692 0.000 0.000 NA   NA
 7743727 7743728 JDM1_0518 JDM1_0519     TRUE 0.692 0.000 0.000 NA   NA
 7743728 7743729 JDM1_0519 JDM1_0520     TRUE 0.692 0.000 0.000 NA   NA
 7743729 7743730 JDM1_0520 JDM1_0521     FALSE 0.276 83.000 0.000 0.015   NA
 7743730 7743731 JDM1_0521 JDM1_0522     FALSE 0.009 426.000 0.000 NA   NA
 7743731 7743732 JDM1_0522 JDM1_0523   pts9AB FALSE 0.017 291.000 0.000 NA   NA
 7743732 7743733 JDM1_0523 JDM1_0524 pts9AB pts9C TRUE 0.993 36.000 0.943 0.037 Y NA
 7743733 7743734 JDM1_0524 JDM1_0525 pts9C pts9D TRUE 0.995 19.000 0.812 0.037 Y NA
 7743734 7743735 JDM1_0525 JDM1_0526 pts9D   TRUE 0.836 129.000 0.583 NA   NA
 7743735 7743736 JDM1_0526 JDM1_0527     FALSE 0.016 305.000 0.000 NA   NA
 7743736 7743737 JDM1_0527 JDM1_0528   pts10A FALSE 0.487 71.000 0.000 0.037 N NA
 7743737 7743738 JDM1_0528 JDM1_0529 pts10A pts10B TRUE 0.972 -3.000 0.000 0.025 Y NA
 7743738 7743739 JDM1_0529 JDM1_0530 pts10B fabH1 FALSE 0.163 164.000 0.000 1.000 N NA
 7743739 7743740 JDM1_0530 JDM1_0531 fabH1 accB1 TRUE 0.878 11.000 0.000 NA Y NA
 7743740 7743741 JDM1_0531 JDM1_0532 accB1 accC1 TRUE 0.919 3.000 0.000 NA Y NA
 7743741 7743742 JDM1_0532 JDM1_0533 accC1 accD1 TRUE 0.964 -3.000 0.000 1.000 Y NA
 7743742 7743743 JDM1_0533 JDM1_0534 accD1 accA1 TRUE 0.997 -7.000 0.234 0.003 Y NA
 7743745 7743746 JDM1_0536 JDM1_0537 mleP1   FALSE 0.010 433.000 0.000 1.000   NA
 7743746 7743747 JDM1_0537 JDM1_0538   pgm2 FALSE 0.086 150.000 0.000 1.000   NA
 7743747 7743748 JDM1_0538 JDM1_0539 pgm2 zmp2 FALSE 0.011 420.000 0.000 1.000   NA
 7743749 7743750 JDM1_0540 JDM1_0541 pepC1 rpiA1 TRUE 0.643 76.000 0.008 1.000 N NA
 7743750 7743751 JDM1_0541 JDM1_0542 rpiA1   TRUE 0.563 9.000 0.000 1.000   NA
 7743752 7743753 JDM1_0543 JDM1_0544 dut radA FALSE 0.056 1126.000 0.028 1.000 N NA
 7743753 7743754 JDM1_0544 JDM1_0545 radA   FALSE 0.313 180.000 0.056 NA   NA
 7743754 7743755 JDM1_0545 JDM1_0546   gltX FALSE 0.085 324.000 0.021 NA   NA
 7743755 7743756 JDM1_0546 JDM1_0547 gltX cysS FALSE 0.274 278.000 0.013 1.000 Y NA
 7743756 7743757 JDM1_0547 JDM1_0548 cysS   TRUE 0.965 2.000 0.129 1.000   NA
 7743757 7743758 JDM1_0548 JDM1_0549   trmH TRUE 0.993 -10.000 0.150 0.004   NA
 7743758 7743759 JDM1_0549 JDM1_0550 trmH   TRUE 0.960 2.000 0.109 NA   NA
 7743759 7743760 JDM1_0550 JDM1_0551   sigH FALSE 0.043 507.000 0.021 NA   NA
 7743760 7743761 JDM1_0551 JDM1_0552 sigH rpmG TRUE 0.805 62.000 0.049 1.000 N NA
 7743761 7743762 JDM1_0552 JDM1_0553 rpmG secE TRUE 0.943 12.000 0.080 1.000 N NA
 7743762 7743763 JDM1_0553 JDM1_0554 secE nusG TRUE 0.929 105.000 0.843 1.000 N NA
 7743763 7743764 JDM1_0554 JDM1_0555 nusG   FALSE 0.456 28.000 0.000 NA   NA
 7743764 7743765 JDM1_0555 JDM1_0556   rplK FALSE 0.113 102.000 0.000 NA   NA
 7743765 7743766 JDM1_0556 JDM1_0557 rplK rplA TRUE 0.965 101.000 0.838 0.025 Y NA
 7743766 7743767 JDM1_0557 JDM1_0558 rplA rplJ TRUE 0.760 199.000 0.302 0.025 Y NA
 7743767 7743768 JDM1_0558 JDM1_0559 rplJ rplL TRUE 0.985 62.000 0.884 0.018 Y NA
 7743769 7743770 JDM1_0560 JDM1_0561     TRUE 0.519 13.000 0.000 1.000   NA
 7743771 7743772 JDM1_0562 JDM1_0563     FALSE 0.018 287.000 0.000 NA   NA
 7743773 7743774 JDM1_0564 JDM1_0565   nrdF FALSE 0.144 82.000 0.000 NA   NA
 7743774 7743775 JDM1_0565 JDM1_0566 nrdF nrdE TRUE 0.992 28.000 0.500 0.001 Y NA
 7743775 7743776 JDM1_0566 JDM1_0567 nrdE nrdH TRUE 0.863 139.000 0.562 1.000 N NA
 7743777 7743778 JDM1_0568 JDM1_0569 rsmc   TRUE 0.968 3.000 0.015 1.000 Y NA
 7743778 7743779 JDM1_0569 JDM1_0570   dnaX FALSE 0.064 526.000 0.018 1.000 N NA
 7743779 7743780 JDM1_0570 JDM1_0571 dnaX   TRUE 0.934 22.000 0.100 NA   NA
 7743780 7743781 JDM1_0571 JDM1_0572   recR TRUE 0.981 16.000 0.604 NA   NA
 7743781 7743782 JDM1_0572 JDM1_0573 recR   TRUE 0.911 15.000 0.071 NA   NA
 7743784 7743785 JDM1_0575 JDM1_0576     TRUE 0.937 52.000 0.333 0.025   NA
 7743785 7743786 JDM1_0576 JDM1_0577   ulaA TRUE 0.983 11.000 0.545 0.037   NA
 7743786 7743787 JDM1_0577 JDM1_0578 ulaA   TRUE 0.529 15.000 0.000 1.000   NA
 7743787 7743788 JDM1_0578 JDM1_0579   tmk FALSE 0.020 504.000 0.000 1.000 N NA
 7743788 7743789 JDM1_0579 JDM1_0580 tmk   TRUE 0.964 -3.000 0.033 NA   NA
 7743789 7743790 JDM1_0580 JDM1_0581   holB TRUE 0.890 17.000 0.040 NA   NA
 7743790 7743791 JDM1_0581 JDM1_0582 holB   TRUE 0.892 25.000 0.038 NA   NA
 7743791 7743792 JDM1_0582 JDM1_0583     TRUE 0.533 99.000 0.043 NA   NA
 7743792 7743793 JDM1_0583 JDM1_0584   fat TRUE 0.906 4.000 0.021 1.000   NA
 7743793 7743794 JDM1_0584 JDM1_0585 fat galE1 FALSE 0.213 139.000 0.000 1.000 N NA
 7743795 7743796 JDM1_0586 JDM1_0587 phnW phnX TRUE 0.975 22.000 0.315 0.065   NA
 7743796 7743797 JDM1_0587 JDM1_0588 phnX phnE1 TRUE 0.860 25.000 0.012 1.000   NA
 7743797 7743798 JDM1_0588 JDM1_0589 phnE1 phnE2 TRUE 0.998 -3.000 0.800 1.000 Y NA
 7743798 7743799 JDM1_0589 JDM1_0590 phnE2 phnC TRUE 0.989 5.000 0.217 0.001 Y NA
 7743799 7743800 JDM1_0590 JDM1_0591 phnC phnD TRUE 0.964 38.000 0.117 0.001 Y NA
 7743801 7743802 JDM1_0592 JDM1_0593 gpp rimI1 TRUE 0.572 80.000 0.026 1.000   NA
 7743802 7743803 JDM1_0593 JDM1_0594 rimI1 rimI2 TRUE 0.980 -7.000 0.013 0.001   NA
 7743803 7743804 JDM1_0594 JDM1_0595 rimI2 gcp TRUE 0.909 5.000 0.030 1.000   NA
 7743806 7743807 JDM1_0597 JDM1_0598   isp2 FALSE 0.048 189.000 0.000 1.000   NA
 7743809 7743810 JDM1_0600 JDM1_0601 groES groEL TRUE 0.940 56.000 0.160 1.000 Y NA
 7743810 7743811 JDM1_0601 JDM1_0602 groEL   FALSE 0.069 250.000 0.000 1.000 N NA
 7743811 7743812 JDM1_0602 JDM1_0603   tagO FALSE 0.251 216.000 0.019 1.000 N NA
 7743812 7743813 JDM1_0603 JDM1_0604 tagO pstF FALSE 0.040 325.000 0.000 1.000 N NA
 7743815 7743816 JDM1_0606 JDM1_0607 comFA   TRUE 0.994 -40.000 0.130 1.000   NA
 7743816 7743817 JDM1_0607 JDM1_0608     TRUE 0.523 134.000 0.080 NA   NA
 7743817 7743818 JDM1_0608 JDM1_0609   secA FALSE 0.115 387.000 0.041 NA N NA
 7743818 7743819 JDM1_0609 JDM1_0610 secA prfB-N FALSE 0.108 106.000 0.000 NA   NA
 7743819 7743820 JDM1_0610 JDM1_0611 prfB-N prfB TRUE 0.909 -31.000 0.000 NA   NA
 7743820 7743821 JDM1_0611 JDM1_0612 prfB   FALSE 0.190 184.000 0.002 1.000   NA
 7743821 7743822 JDM1_0612 JDM1_0613   rrp3 TRUE 0.980 0.000 0.188 1.000   NA
 7743822 7743823 JDM1_0613 JDM1_0614 rrp3 hpk3 TRUE 0.996 -7.000 0.164 1.000 Y NA
 7743823 7743824 JDM1_0614 JDM1_0615 hpk3 pstE FALSE 0.278 345.000 0.217 1.000 N NA
 7743824 7743825 JDM1_0615 JDM1_0616 pstE pstD TRUE 0.981 11.000 0.206 1.000 Y NA
 7743825 7743826 JDM1_0616 JDM1_0617 pstD pstC TRUE 0.999 -10.000 0.907 0.002 Y NA
 7743826 7743827 JDM1_0617 JDM1_0618 pstC pstB TRUE 0.992 15.000 0.490 0.002 Y NA
 7743827 7743828 JDM1_0618 JDM1_0619 pstB pstA TRUE 0.993 12.000 0.542 0.001 Y NA
 7743828 7743829 JDM1_0619 JDM1_0620 pstA phoU TRUE 0.988 13.000 0.413 NA Y NA
 7743829 7743830 JDM1_0620 JDM1_0621 phoU   TRUE 0.586 100.000 0.027 NA N NA
 7743830 7743831 JDM1_0621 JDM1_0622     TRUE 0.936 22.000 0.103 NA   NA
 7743831 7743832 JDM1_0622 JDM1_0623   hprK TRUE 0.648 146.000 0.215 NA   NA
 7743832 7743833 JDM1_0623 JDM1_0624 hprK lgt TRUE 0.984 19.000 0.494 1.000 N NA
 7743833 7743834 JDM1_0624 JDM1_0625 lgt gpsA TRUE 0.938 18.000 0.067 1.000 N NA
 7743834 7743835 JDM1_0625 JDM1_0626 gpsA galU TRUE 0.850 44.000 0.035 1.000 N NA
 7743837 7743838 JDM1_0628 JDM1_0629     TRUE 0.782 2.000 0.000 0.041   NA
 7743838 7743839 JDM1_0629 JDM1_0630   trxB1 FALSE 0.075 193.000 0.000 0.049   NA
 7743840 7743841 JDM1_0631 JDM1_0632     TRUE 0.958 1.000 0.083 NA   NA
 7743846 7743847 JDM1_0637 JDM1_0638     FALSE 0.128 106.000 0.000 1.000   NA
 7743847 7743848 JDM1_0638 JDM1_0639   uvrB FALSE 0.295 149.000 0.002 1.000   NA
 7743848 7743849 JDM1_0639 JDM1_0640 uvrB uvrA1 TRUE 0.972 35.000 0.154 0.001 Y NA
 7743849 7743850 JDM1_0640 JDM1_0641 uvrA1 luxS TRUE 0.711 61.000 0.002 1.000 N NA
 7743850 7743851 JDM1_0641 JDM1_0642 luxS argG FALSE 0.036 337.000 0.000 1.000 N NA
 7743851 7743852 JDM1_0642 JDM1_0643 argG argH TRUE 0.994 0.000 0.278 1.000 Y NA
 7743852 7743853 JDM1_0643 JDM1_0644 argH   FALSE 0.034 202.000 0.000 NA   NA
 7743853 7743854 JDM1_0644 JDM1_0645     FALSE 0.308 197.000 0.081 NA   NA
 7743854 7743855 JDM1_0645 JDM1_0646     TRUE 0.987 -3.000 0.214 NA   NA
 7743855 7743856 JDM1_0646 JDM1_0647     TRUE 0.975 13.000 0.470 NA   NA
 7743856 7743857 JDM1_0647 JDM1_0648     FALSE 0.009 425.000 0.000 NA   NA
 7743858 7743859 JDM1_0649 JDM1_0650 serA2 clpP FALSE 0.171 159.000 0.000 1.000 N NA
 7743859 7743860 JDM1_0650 JDM1_tRNA08 clpP   FALSE 0.005 817.000 0.000 NA   NA
 7743861 7743862 JDM1_0651 JDM1_0652 rpoN cggR FALSE 0.458 217.000 0.050 1.000 Y NA
 7743862 7743863 JDM1_0652 JDM1_0653 cggR gapB TRUE 0.841 67.000 0.109 1.000 N NA
 7743863 7743864 JDM1_0653 JDM1_0654 gapB pgk TRUE 0.718 121.000 0.013 0.007 Y NA
 7743864 7743865 JDM1_0654 JDM1_0655 pgk tpiA TRUE 0.975 27.000 0.141 1.000 Y NA
 7743865 7743866 JDM1_0655 JDM1_0656 tpiA enoA1 TRUE 0.774 82.000 0.018 1.000 Y NA
 7743866 7743867 JDM1_0656 JDM1_0657 enoA1   FALSE 0.017 292.000 0.000 NA   NA
 7743867 7743868 JDM1_0657 JDM1_0658   eriC FALSE 0.486 17.000 0.000 NA   NA
 7743868 7743869 JDM1_0658 JDM1_0659 eriC secG TRUE 0.520 100.000 0.002 1.000 N NA
 7743869 7743870 JDM1_0659 JDM1_0660 secG   TRUE 0.699 49.000 0.007 1.000   NA
 7743870 7743871 JDM1_0660 JDM1_0661     TRUE 0.875 9.000 0.015 1.000   NA
 7743871 7743872 JDM1_0661 JDM1_0662   smpB TRUE 0.965 26.000 0.143 0.022 N NA
 7743872 7743873 JDM1_0662 JDM1_0663 smpB   FALSE 0.008 460.000 0.000 NA   NA
 7743873 7743874 JDM1_0663 JDM1_0664     TRUE 0.772 -3.000 0.000 NA   NA
 7743874 7743875 JDM1_0664 JDM1_0665   isp2 FALSE 0.038 211.000 0.000 1.000   NA
 7743875 7743876 JDM1_0665 JDM1_0666 isp2 glnPH1 FALSE 0.047 298.000 0.000 1.000 N NA
 7743876 7743877 JDM1_0666 JDM1_0667 glnPH1 glnQ1 TRUE 0.924 3.000 0.000 1.000 Y NA
 7743878 7743879 JDM1_0668 JDM1_0669     TRUE 0.953 24.000 0.182 NA   NA
 7743880 7743881 JDM1_0670 JDM1_0671 ung eutD TRUE 0.952 24.000 0.092 1.000 N NA
 7743881 7743882 JDM1_0671 JDM1_0672 eutD   FALSE 0.106 110.000 0.000 NA   NA
 7743882 7743883 JDM1_0672 JDM1_0673     TRUE 0.540 6.000 0.000 NA   NA
 7743884 7743885 JDM1_0674 JDM1_0675   exoA TRUE 0.806 78.000 0.011 0.046 Y NA
 7743886 7743887 JDM1_0676 JDM1_0677   murB FALSE 0.242 172.000 0.009 1.000   NA
 7743887 7743888 JDM1_0677 JDM1_0678 murB   TRUE 0.862 34.000 0.014 1.000 N NA
 7743888 7743889 JDM1_0678 JDM1_0679     FALSE 0.213 139.000 0.000 1.000 N NA
 7743891 7743892 JDM1_0681 JDM1_0682     TRUE 0.994 -3.000 0.502 NA   NA
 7743892 7743893 JDM1_0682 JDM1_0683   glmM TRUE 0.920 32.000 0.150 NA   NA
 7743893 7743894 JDM1_0683 JDM1_0684 glmM glmS1 FALSE 0.073 519.000 0.030 1.000 N NA
 7743894 7743895 JDM1_0684 JDM1_0685 glmS1   FALSE 0.096 194.000 0.000 NA N NA
 7743895 7743896 JDM1_0685 JDM1_0686     FALSE 0.088 131.000 0.000 NA   NA
 7743896 7743897 JDM1_0686 JDM1_0688   isp2 FALSE 0.058 175.000 0.000 1.000   NA
 7743898 7743899 JDM1_0687 JDM1_0689   galM1 FALSE 0.015 335.000 0.000 1.000   NA
 7743900 7743901 JDM1_0690 JDM1_0691     FALSE 0.025 246.000 0.000 NA   NA
 7743901 7743902 JDM1_0691 JDM1_0692     TRUE 0.653 1.000 0.000 NA   NA
 7743902 7743903 JDM1_0692 JDM1_0693     FALSE 0.017 294.000 0.000 NA   NA
 7743905 7743906 JDM1_0695 JDM1_tRNA09     FALSE 0.116 98.000 0.000 NA   NA
 7743906 7743907 JDM1_tRNA09 JDM1_0696   nrpR1 FALSE 0.028 225.000 0.000 NA   NA
 7743907 7743908 JDM1_0696 JDM1_0697 nrpR1   FALSE 0.021 268.000 0.000 NA   NA
 7743909 7743910 JDM1_0698 JDM1_0699     FALSE 0.099 116.000 0.000 NA   NA
 7743910 7743911 JDM1_0699 JDM1_0700   ppx2 FALSE 0.088 149.000 0.000 1.000   NA
 7743911 7743912 JDM1_0700 JDM1_0701 ppx2 ppk TRUE 0.968 3.000 0.015 1.000 Y NA
 7743912 7743913 JDM1_0701 JDM1_0702 ppk ppx3 TRUE 0.985 1.000 0.093 1.000 Y NA
 7743913 7743914 JDM1_0702 JDM1_0703 ppx3 licD FALSE 0.038 321.000 0.000 NA N NA
 7743917 7743918 JDM1_0706 JDM1_0707   pox1 FALSE 0.007 617.000 0.000 1.000   NA
 7743918 7743919 JDM1_0707 JDM1_0708 pox1 ribC1 FALSE 0.409 141.000 0.000 1.000 Y NA
 7743919 7743920 JDM1_0708 JDM1_0709 ribC1   FALSE 0.015 332.000 0.000 1.000   NA
 7743920 7743921 JDM1_0709 JDM1_0710     TRUE 0.787 3.000 0.000 0.004   NA
 7743923 7743924 JDM1_0712 JDM1_0713 birA2   FALSE 0.026 422.000 0.000 1.000 N NA
 7743927 7743928 JDM1_0716 JDM1_0717     FALSE 0.071 151.000 0.000 NA   NA
 7743929 7743930 JDM1_0718 JDM1_0719   pdx FALSE 0.013 364.000 0.000 1.000   NA
 7743930 7743931 JDM1_0719 JDM1_0720 pdx   TRUE 0.515 54.000 0.000 1.000 N NA
 7743933 7743934 JDM1_0722 JDM1_0723 gmk2   TRUE 0.502 111.000 0.003 1.000 N NA
 7743934 7743935 JDM1_0723 JDM1_0724     TRUE 0.513 133.000 0.071 NA   NA
 7743935 7743936 JDM1_0724 JDM1_0725     TRUE 0.988 4.000 0.667 NA   NA
 7743938 7743939 JDM1_0727 JDM1_0728     TRUE 0.987 3.000 0.364 1.000 N NA
 7743941 7743942 JDM1_0730 JDM1_0731   glnQ2 FALSE 0.081 140.000 0.000 NA   NA
 7743942 7743943 JDM1_0731 JDM1_0732 glnQ2 glnH1 TRUE 0.975 21.000 0.111 1.000 Y NA
 7743943 7743944 JDM1_0732 JDM1_0733 glnH1 glnM TRUE 0.988 0.000 0.080 0.054 Y NA
 7743944 7743945 JDM1_0733 JDM1_0734 glnM glnP TRUE 0.996 17.000 0.947 0.007 Y NA
 7743945 7743946 JDM1_0734 JDM1_0735 glnP pts11A FALSE 0.063 262.000 0.000 1.000 N NA
 7743946 7743947 JDM1_0735 JDM1_0736 pts11A bglG1 TRUE 0.961 26.000 0.250 1.000   NA
 7743947 7743948 JDM1_0736 JDM1_0737 bglG1 pts11BC TRUE 0.969 28.000 0.375 1.000   NA
 7743948 7743949 JDM1_0737 JDM1_0738 pts11BC   TRUE 0.982 7.000 0.500 1.000   NA
 7743950 7743951 JDM1_0739 JDM1_0740     FALSE 0.058 271.000 0.000 1.000 N NA
 7743952 7743953 JDM1_0741 JDM1_0742     FALSE 0.100 137.000 0.000 1.000   NA
 7743953 7743954 JDM1_0742 JDM1_0743     TRUE 0.903 -3.000 0.000 NA N NA
 7743958 7743959 JDM1_0747 JDM1_0748   sugE FALSE 0.207 142.000 0.000 1.000 N NA
 7743959 7743960 JDM1_0748 JDM1_0749 sugE   FALSE 0.015 306.000 0.000 NA   NA
 7743961 7743962 JDM1_0750 JDM1_0751 pgm3 pgm4 TRUE 0.908 15.000 0.000 0.004 Y NA
 7743962 7743963 JDM1_0751 JDM1_0752 pgm4 napA2 FALSE 0.405 71.000 0.000 1.000 N NA
 7743963 7743964 JDM1_0752 JDM1_0753 napA2   TRUE 0.561 22.000 0.000 1.000   NA
 7743965 7743966 JDM1_0754 JDM1_0755 bglG2 pts12BCA TRUE 0.974 12.000 0.409 1.000   NA
 7743966 7743967 JDM1_0755 JDM1_0756 pts12BCA pbg2 TRUE 0.979 15.000 0.182 1.000 Y NA
 7743969 7743970 JDM1_0758 JDM1_0759     FALSE 0.020 295.000 0.000 1.000   NA
 7743970 7743971 JDM1_0759 JDM1_0760   coaA FALSE 0.066 169.000 0.000 1.000   NA
 7743971 7743972 JDM1_0760 JDM1_0761 coaA guaA TRUE 0.550 94.000 0.006 1.000 N NA
 7743973 7743974 JDM1_0762 JDM1_0763     FALSE 0.032 234.000 0.000 1.000   NA
 7743975 7743976 JDM1_0764 JDM1_0765     FALSE 0.016 302.000 0.000 NA   NA
 7743976 7743977 JDM1_0765 JDM1_0766     FALSE 0.030 220.000 0.000 NA   NA
 7743979 7743980 JDM1_0768 JDM1_0769     FALSE 0.007 485.000 0.000 NA   NA
 7743980 7743981 JDM1_0769 JDM1_0770     TRUE 0.996 -10.000 0.351 NA   NA
 7743981 7743982 JDM1_0770 JDM1_0771     FALSE 0.031 241.000 0.000 1.000   NA
 7743982 7743983 JDM1_0771 JDM1_0772     FALSE 0.480 12.000 0.000 NA   NA
 7743983 7743984 JDM1_0772 JDM1_0773     FALSE 0.471 13.000 0.000 NA   NA
 7743984 7743985 JDM1_0773 JDM1_0774   asp1 FALSE 0.482 15.000 0.000 NA   NA
 7743985 7743986 JDM1_0774 JDM1_0775 asp1 asp2 TRUE 0.985 22.000 0.667 NA   NA
 7743986 7743987 JDM1_0775 JDM1_0776 asp2 hpaG FALSE 0.049 174.000 0.000 NA   NA
 7743987 7743988 JDM1_0776 JDM1_0777 hpaG   FALSE 0.088 131.000 0.000 NA   NA
 7743988 7743989 JDM1_0777 JDM1_0778     FALSE 0.015 317.000 0.000 NA   NA
 7743989 7743990 JDM1_0778 JDM1_0779     FALSE 0.108 106.000 0.000 NA   NA
 7743990 7743991 JDM1_0779 JDM1_0780   pepN FALSE 0.043 182.000 0.000 NA   NA
 7743991 7743992 JDM1_0780 JDM1_0781 pepN   FALSE 0.095 142.000 0.000 1.000   NA
 7743992 7743993 JDM1_0781 JDM1_0782     TRUE 0.906 6.000 0.036 NA   NA
 7743994 7743995 JDM1_0783 JDM1_0784     FALSE 0.101 115.000 0.000 NA   NA
 7743996 7743997 JDM1_0785 JDM1_0786     FALSE 0.130 89.000 0.000 NA   NA
 7743997 7743998 JDM1_0786 JDM1_0787     FALSE 0.227 69.000 0.000 1.000   NA
 7743998 7743999 JDM1_0787 JDM1_0788     TRUE 0.569 100.000 0.000 0.020 Y NA
 7744002 7744003 JDM1_0791 JDM1_0792     TRUE 0.555 109.000 0.058 1.000   NA
 7744003 7744004 JDM1_0792 JDM1_0793   asnC FALSE 0.146 170.000 0.000 1.000 N NA
 7744004 7744005 JDM1_0793 JDM1_0794 asnC asnA TRUE 0.872 39.000 0.021 0.048 N NA
 7744005 7744006 JDM1_0794 JDM1_0795 asnA pepD3 FALSE 0.059 453.000 0.000 1.000 Y NA
 7744006 7744007 JDM1_0795 JDM1_0796 pepD3   FALSE 0.411 36.000 0.000 1.000   NA
 7744008 7744009 JDM1_0797 JDM1_0798   recQ1 FALSE 0.027 258.000 0.000 1.000   NA
 7744009 7744010 JDM1_0798 JDM1_0799 recQ1 rluE TRUE 0.583 43.000 0.000 1.000 N NA
 7744012 7744013 JDM1_0801 JDM1_0802     FALSE 0.009 420.000 0.000 NA   NA
 7744013 7744014 JDM1_0802 JDM1_0803     TRUE 0.911 -36.000 0.000 NA   NA
 7744014 7744015 JDM1_0803 JDM1_0804     TRUE 0.997 -3.000 0.957 NA   NA
 7744015 7744016 JDM1_0804 JDM1_0805     TRUE 0.772 -3.000 0.000 NA   NA
 7744016 7744017 JDM1_0805 JDM1_0806     FALSE 0.104 132.000 0.000 1.000   NA
 7744018 7744019 JDM1_0807 JDM1_0808     FALSE 0.078 144.000 0.000 NA   NA
 7744019 7744020 JDM1_0808 JDM1_0809     TRUE 0.984 -13.000 0.033 NA   NA
 7744020 7744021 JDM1_0809 JDM1_0810     FALSE 0.456 28.000 0.000 NA   NA
 7744021 7744022 JDM1_0810 JDM1_0811   murE1 FALSE 0.012 338.000 0.000 NA   NA
 7744022 7744023 JDM1_0811 JDM1_0812 murE1 thrA1 FALSE 0.103 195.000 0.000 1.000 N NA
 7744023 7744024 JDM1_0812 JDM1_0813 thrA1 asnB1 TRUE 0.909 5.000 0.000 1.000 Y NA
 7744024 7744025 JDM1_0813 JDM1_0814 asnB1   FALSE 0.007 471.000 0.000 NA   NA
 7744025 7744026 JDM1_0814 JDM1_0815     TRUE 0.991 -3.000 0.338 NA   NA
 7744027 7744028 JDM1_0816 JDM1_0817     FALSE 0.006 984.000 0.000 1.000   NA
 7744028 7744029 JDM1_0817 JDM1_0818     TRUE 0.904 -22.000 0.000 NA   NA
 7744030 7744031 JDM1_0819 JDM1_0820     FALSE 0.013 330.000 0.000 NA   NA
 7744031 7744032 JDM1_0820 JDM1_0821     TRUE 0.992 0.000 0.600 NA   NA
 7744034 7744035 JDM1_0823 JDM1_0824     FALSE 0.101 115.000 0.000 NA   NA
 7744036 7744037 JDM1_0825 JDM1_0826   cspC FALSE 0.189 252.000 0.000 0.088 Y NA
 7744037 7744038 JDM1_0826 JDM1_0827 cspC   FALSE 0.055 169.000 0.000 NA   NA
 7744038 7744039 JDM1_0827 JDM1_0828     TRUE 0.869 34.000 0.067 NA   NA
 7744043 7744044 JDM1_0832 JDM1_0833     TRUE 0.716 12.000 0.000 NA N NA
 7744044 7744045 JDM1_0833 JDM1_0834   als FALSE 0.105 186.000 0.000 NA N NA
 7744045 7744046 JDM1_0834 JDM1_0835 als lysP FALSE 0.075 384.000 0.000 1.000 Y NA
 7744046 7744047 JDM1_0835 JDM1_0836 lysP dacB FALSE 0.035 347.000 0.000 1.000 N NA
 7744047 7744048 JDM1_0836 JDM1_0837 dacB dgk1 FALSE 0.125 383.000 0.043 1.000 N NA
 7744048 7744049 JDM1_0837 JDM1_0838 dgk1 serS2 FALSE 0.054 283.000 0.000 1.000 N NA
 7744049 7744050 JDM1_0838 JDM1_tRNA10 serS2   FALSE 0.009 418.000 0.000 NA   NA
 7744050 7744051 JDM1_tRNA10 JDM1_tRNA11     TRUE 0.577 4.000 0.000 NA   NA
 7744051 7744052 JDM1_tRNA11 JDM1_tRNA12     TRUE 0.495 25.000 0.000 NA   NA
 7744052 7744053 JDM1_tRNA12 JDM1_tRNA13     TRUE 0.515 9.000 0.000 NA   NA
 7744053 7744054 JDM1_tRNA13 JDM1_tRNA14     TRUE 0.491 11.000 0.000 NA   NA
 7744054 7744055 JDM1_tRNA14 JDM1_tRNA15     TRUE 0.522 8.000 0.000 NA   NA
 7744055 7744056 JDM1_tRNA15 JDM1_tRNA16     FALSE 0.274 51.000 0.000 NA   NA
 7744056 7744057 JDM1_tRNA16 JDM1_0839   ctsR FALSE 0.007 491.000 0.000 NA   NA
 7744057 7744058 JDM1_0839 JDM1_0840 ctsR clpC TRUE 0.965 19.000 0.188 NA N NA
 7744058 7744059 JDM1_0840 JDM1_0841 clpC   FALSE 0.125 179.000 0.000 1.000 N NA
 7744059 7744060 JDM1_0841 JDM1_0842   rpoB FALSE 0.166 247.000 0.000 1.000 Y NA
 7744060 7744061 JDM1_0842 JDM1_0843 rpoB rpoC TRUE 0.995 18.000 0.851 0.001 Y NA
 7744063 7744064 JDM1_0845 JDM1_0846 rpsL rpsG TRUE 0.986 17.000 0.224 0.004 Y NA
 7744064 7744065 JDM1_0846 JDM1_0847 rpsG fusA2 TRUE 0.914 142.000 0.579 1.000 Y NA
 7744067 7744068 JDM1_0849 JDM1_0850 rpsJ rplC TRUE 0.985 38.000 0.467 0.024 Y NA
 7744068 7744069 JDM1_0850 JDM1_0851 rplC rplD TRUE 0.993 19.000 0.544 0.018 Y NA
 7744069 7744070 JDM1_0851 JDM1_0852 rplD rplW TRUE 0.995 0.000 0.307 0.018 Y NA
 7744070 7744071 JDM1_0852 JDM1_0853 rplW rplB TRUE 0.996 24.000 0.849 0.022 Y NA
 7744071 7744072 JDM1_0853 JDM1_0854 rplB rpsS TRUE 0.990 43.000 0.820 0.024 Y NA
 7744072 7744073 JDM1_0854 JDM1_0855 rpsS rplV TRUE 0.995 21.000 0.769 0.024 Y NA
 7744073 7744074 JDM1_0855 JDM1_0856 rplV rpsC TRUE 0.994 13.000 0.719 0.024 Y NA
 7744074 7744075 JDM1_0856 JDM1_0857 rpsC rplP TRUE 0.997 3.000 0.828 0.024 Y NA
 7744075 7744076 JDM1_0857 JDM1_0858 rplP rpmC TRUE 0.999 -10.000 0.802 0.018 Y NA
 7744076 7744077 JDM1_0858 JDM1_0859 rpmC rpsQ TRUE 0.996 23.000 0.828 0.018 Y NA
 7744077 7744078 JDM1_0859 JDM1_0860 rpsQ rplN TRUE 0.989 43.000 0.791 0.024 Y NA
 7744078 7744079 JDM1_0860 JDM1_0861 rplN rplX TRUE 0.992 34.000 0.810 0.024 Y NA
 7744079 7744080 JDM1_0861 JDM1_0862 rplX rplE TRUE 0.994 29.000 0.758 0.018 Y NA
 7744080 7744081 JDM1_0862 JDM1_0863 rplE rpsN TRUE 0.993 21.000 0.496 0.018 Y NA
 7744081 7744082 JDM1_0863 JDM1_0864 rpsN rpsH TRUE 0.988 34.000 0.473 0.018 Y NA
 7744082 7744083 JDM1_0864 JDM1_0865 rpsH rplF TRUE 0.993 30.000 0.808 0.018 Y NA
 7744083 7744084 JDM1_0865 JDM1_0866 rplF rplR TRUE 0.992 35.000 0.815 0.018 Y NA
 7744084 7744085 JDM1_0866 JDM1_0867 rplR rpsE TRUE 0.995 21.000 0.814 0.024 Y NA
 7744085 7744086 JDM1_0867 JDM1_0868 rpsE rpmD TRUE 0.995 15.000 0.789 0.024 Y NA
 7744086 7744087 JDM1_0868 JDM1_0869 rpmD rplO TRUE 0.991 32.000 0.653 0.003 Y NA
 7744087 7744088 JDM1_0869 JDM1_0870 rplO secY TRUE 0.994 2.000 0.730 1.000 N NA
 7744088 7744089 JDM1_0870 JDM1_0871 secY adk TRUE 0.907 64.000 0.241 1.000 N NA
 7744089 7744090 JDM1_0871 JDM1_0872 adk infA FALSE 0.440 175.000 0.059 1.000 N NA
 7744090 7744091 JDM1_0872 JDM1_0873 infA rpmJ TRUE 0.944 37.000 0.067 1.000 Y NA
 7744091 7744092 JDM1_0873 JDM1_0874 rpmJ rpsM TRUE 0.972 28.000 0.086 0.018 Y NA
 7744092 7744093 JDM1_0874 JDM1_0875 rpsM rpsK TRUE 0.995 25.000 0.810 0.018 Y NA
 7744093 7744094 JDM1_0875 JDM1_0876 rpsK rpoA TRUE 0.867 87.000 0.308 1.000 N NA
 7744094 7744095 JDM1_0876 JDM1_0877 rpoA rplQ TRUE 0.992 22.000 0.873 1.000 N NA
 7744096 7744097 JDM1_0878 JDM1_0879 hepB1   TRUE 0.945 6.000 0.118 NA   NA
 7744097 7744098 JDM1_0879 JDM1_0880     TRUE 0.907 4.000 0.026 NA   NA
 7744098 7744099 JDM1_0880 JDM1_0881   ndh2 TRUE 0.562 94.000 0.052 NA   NA
 7744100 7744101 JDM1_0882 JDM1_0883   apbE1 FALSE 0.015 340.000 0.000 1.000   NA
 7744101 7744102 JDM1_0883 JDM1_0884 apbE1   FALSE 0.331 83.000 0.000 1.000 N NA
 7744102 7744103 JDM1_0884 JDM1_0885     TRUE 0.999 -24.000 0.713 0.029 Y NA
 7744103 7744104 JDM1_0885 JDM1_0886     TRUE 0.996 -10.000 0.136 1.000 Y NA
 7744104 7744105 JDM1_0886 JDM1_0887   truA TRUE 0.832 65.000 0.085 1.000 N NA
 7744105 7744106 JDM1_0887 JDM1_0888 truA rplM TRUE 0.765 109.000 0.052 1.000 Y NA
 7744106 7744107 JDM1_0888 JDM1_0889 rplM rpsI TRUE 0.993 14.000 0.601 0.018 Y NA
 7744108 7744109 JDM1_0890 JDM1_0891     FALSE 0.018 285.000 0.000 NA   NA
 7744110 7744111 JDM1_0892 JDM1_0893   tkt2 FALSE 0.021 878.000 0.000 0.063 N NA
 7744111 7744112 JDM1_0893 JDM1_0894 tkt2 aroD1 TRUE 0.751 20.000 0.000 1.000 N NA
 7744112 7744113 JDM1_0894 JDM1_0895 aroD1 aroA TRUE 0.951 41.000 0.121 1.000 Y NA
 7744113 7744114 JDM1_0895 JDM1_0896 aroA aroB TRUE 0.969 4.000 0.007 0.003 Y NA
 7744114 7744115 JDM1_0896 JDM1_0897 aroB   FALSE 0.029 221.000 0.000 NA   NA
 7744116 7744117 JDM1_0898 JDM1_0899     FALSE 0.110 104.000 0.000 NA   NA
 7744117 7744118 JDM1_0899 JDM1_0900   ttdB FALSE 0.215 64.000 0.000 NA   NA
 7744118 7744119 JDM1_0900 JDM1_0901 ttdB ttdA TRUE 0.998 -3.000 0.667 0.001 Y NA
 7744119 7744120 JDM1_0901 JDM1_0902 ttdA   FALSE 0.062 265.000 0.000 1.000 N NA
 7744121 7744122 JDM1_0903 JDM1_0904 citG mtsC FALSE 0.044 313.000 0.000 1.000 N NA
 7744122 7744123 JDM1_0904 JDM1_0905 mtsC mtsB TRUE 0.994 -3.000 0.152 1.000 Y NA
 7744123 7744124 JDM1_0905 JDM1_0906 mtsB mtsA TRUE 0.993 -3.000 0.135 1.000 Y NA
 7744126 7744127 JDM1_0908 JDM1_0909 ldh   TRUE 0.671 32.000 0.000 1.000 N NA
 7744129 7744130 JDM1_0911 JDM1_0912 mae citC TRUE 0.959 18.000 0.038 1.000 Y NA
 7744130 7744131 JDM1_0912 JDM1_0913 citC citD TRUE 0.997 -10.000 0.231 1.000 Y NA
 7744131 7744132 JDM1_0913 JDM1_0914 citD citE TRUE 0.991 0.000 0.284 0.001 N NA
 7744132 7744133 JDM1_0914 JDM1_0915 citE citF TRUE 0.995 -10.000 0.119 0.001 N NA
 7744133 7744134 JDM1_0915 JDM1_0916 citF   FALSE 0.035 200.000 0.000 NA   NA
 7744134 7744135 JDM1_0916 JDM1_0917   fumC FALSE 0.005 715.000 0.000 NA   NA
 7744135 7744136 JDM1_0917 JDM1_0918 fumC   TRUE 0.516 173.000 0.017 1.000 Y NA
 7744136 7744137 JDM1_0918 JDM1_0919   citX FALSE 0.178 156.000 0.000 1.000 N NA
 7744137 7744138 JDM1_0919 JDM1_0920 citX mleR2 TRUE 0.911 -3.000 0.000 1.000 N NA
 7744140 7744141 JDM1_0922 JDM1_0923 mleS mleP2 TRUE 0.936 42.000 0.302 1.000   NA
 7744141 7744142 JDM1_0923 JDM1_0924 mleP2   FALSE 0.014 502.000 0.000 0.073   NA
 7744142 7744143 JDM1_0924 JDM1_0925     FALSE 0.097 118.000 0.000 NA   NA
 7744145 7744146 JDM1_0927 JDM1_0928 cydA cydB TRUE 0.999 -7.000 0.950 0.022 Y NA
 7744146 7744147 JDM1_0928 JDM1_0929 cydB cydC TRUE 0.739 129.000 0.061 1.000 Y NA
 7744147 7744148 JDM1_0929 JDM1_0930 cydC cydD TRUE 0.993 0.000 0.168 0.008 Y NA
 7744149 7744150 JDM1_0931 JDM1_0932   hepB2 FALSE 0.039 190.000 0.000 NA   NA
 7744153 7744154 JDM1_0935 JDM1_0936 acm1 xpt TRUE 0.806 51.000 0.023 1.000 N NA
 7744154 7744155 JDM1_0936 JDM1_0937 xpt   TRUE 0.855 22.000 0.009 NA   NA
 7744155 7744156 JDM1_0937 JDM1_0938   purK2 FALSE 0.103 113.000 0.000 NA   NA
 7744156 7744157 JDM1_0938 JDM1_0939 purK2 pcrA FALSE 0.073 441.000 0.012 1.000 N NA
 7744157 7744158 JDM1_0939 JDM1_0940 pcrA ligA TRUE 0.977 17.000 0.103 0.014 Y NA
 7744158 7744159 JDM1_0940 JDM1_0941 ligA   TRUE 0.962 -3.000 0.030 NA   NA
 7744159 7744160 JDM1_0941 JDM1_0942   gatC TRUE 0.758 41.000 0.017 NA   NA
 7744160 7744161 JDM1_0942 JDM1_0943 gatC gatA TRUE 0.997 0.000 0.643 0.001 Y NA
 7744161 7744162 JDM1_0943 JDM1_0944 gatA gatB TRUE 0.997 0.000 0.492 0.001 Y NA
 7744162 7744163 JDM1_0944 JDM1_0945 gatB   TRUE 0.606 105.000 0.034 1.000 N NA
 7744163 7744164 JDM1_0945 JDM1_0946     FALSE 0.343 334.000 0.299 1.000 N NA
 7744164 7744165 JDM1_0946 JDM1_0947     FALSE 0.023 454.000 0.000 1.000 N NA
 7744165 7744166 JDM1_0947 JDM1_0948     FALSE 0.061 267.000 0.000 1.000 N NA
 7744166 7744167 JDM1_0948 JDM1_0949   pts13C FALSE 0.069 250.000 0.000 1.000 N NA
 7744167 7744168 JDM1_0949 JDM1_0950 pts13C   TRUE 0.992 -7.000 0.231 NA   NA
 7744168 7744169 JDM1_0950 JDM1_0951     FALSE 0.092 125.000 0.000 NA   NA
 7744169 7744170 JDM1_0951 JDM1_0952   lys TRUE 0.948 25.000 0.087 1.000 N NA
 7744172 7744173 JDM1_0954 JDM1_0955 cspP   FALSE 0.049 187.000 0.000 1.000   NA
 7744173 7744174 JDM1_0955 JDM1_0956   rhe2 TRUE 0.951 13.000 0.200 1.000   NA
 7744174 7744175 JDM1_0956 JDM1_tRNA17 rhe2   FALSE 0.288 48.000 0.000 NA   NA
 7744176 7744177 JDM1_0957 JDM1_0958     FALSE 0.057 168.000 0.000 NA   NA
 7744177 7744178 JDM1_0958 JDM1_tRNA18     FALSE 0.019 277.000 0.000 NA   NA
 7744178 7744179 JDM1_tRNA18 JDM1_0959     FALSE 0.039 190.000 0.000 NA   NA
 7744179 7744180 JDM1_0959 JDM1_0960     FALSE 0.480 12.000 0.000 NA   NA
 7744180 7744181 JDM1_0960 JDM1_0961     FALSE 0.212 65.000 0.000 NA   NA
 7744181 7744182 JDM1_0961 JDM1_0962     FALSE 0.051 172.000 0.000 NA   NA
 7744183 7744184 JDM1_0963 JDM1_0964     FALSE 0.141 83.000 0.000 NA   NA
 7744184 7744185 JDM1_0964 JDM1_0965     FALSE 0.480 12.000 0.000 NA   NA
 7744185 7744186 JDM1_0965 JDM1_0967     FALSE 0.471 13.000 0.000 NA   NA
 7744187 7744188 JDM1_0966 JDM1_0968     FALSE 0.055 169.000 0.000 NA   NA
 7744189 7744190 JDM1_0969 JDM1_0970     FALSE 0.079 143.000 0.000 NA   NA
 7744190 7744191 JDM1_0970 JDM1_0971     FALSE 0.386 34.000 0.000 NA   NA
 7744191 7744192 JDM1_0971 JDM1_0972     TRUE 0.604 3.000 0.000 NA   NA
 7744192 7744193 JDM1_0972 JDM1_0973     FALSE 0.013 325.000 0.000 NA   NA
 7744193 7744194 JDM1_0973 JDM1_0974     TRUE 0.964 0.000 0.083 NA   NA
 7744194 7744195 JDM1_0974 JDM1_0975     TRUE 0.772 -3.000 0.000 NA   NA
 7744195 7744196 JDM1_0975 JDM1_0976     TRUE 0.536 16.000 0.000 1.000   NA
 7744196 7744197 JDM1_0976 JDM1_0977     TRUE 0.540 6.000 0.000 NA   NA
 7744197 7744198 JDM1_0977 JDM1_0978     FALSE 0.281 50.000 0.000 NA   NA
 7744198 7744199 JDM1_0978 JDM1_0979     TRUE 0.692 0.000 0.000 NA   NA
 7744199 7744200 JDM1_0979 JDM1_0980     FALSE 0.085 136.000 0.000 NA   NA
 7744200 7744201 JDM1_0980 JDM1_0981     FALSE 0.020 275.000 0.000 NA   NA
 7744201 7744202 JDM1_0981 JDM1_0982     FALSE 0.013 328.000 0.000 NA   NA
 7744202 7744203 JDM1_0982 JDM1_0983     TRUE 0.514 22.000 0.000 NA   NA
 7744203 7744204 JDM1_0983 JDM1_0984     FALSE 0.354 273.000 0.278 NA   NA
 7744204 7744205 JDM1_0984 JDM1_0985     TRUE 0.997 -13.000 0.500 NA   NA
 7744205 7744206 JDM1_0985 JDM1_0986     FALSE 0.030 220.000 0.000 NA   NA
 7744206 7744207 JDM1_0986 JDM1_0987     TRUE 0.998 -28.000 0.667 NA   NA
 7744207 7744208 JDM1_0987 JDM1_0988     TRUE 0.985 7.000 0.667 NA   NA
 7744208 7744209 JDM1_0988 JDM1_0989     TRUE 0.869 91.000 0.500 NA   NA
 7744209 7744210 JDM1_0989 JDM1_0990     FALSE 0.019 280.000 0.000 NA   NA
 7744210 7744211 JDM1_0990 JDM1_0991     TRUE 0.604 3.000 0.000 NA   NA
 7744211 7744212 JDM1_0991 JDM1_0992     TRUE 0.985 0.000 0.300 NA   NA
 7744212 7744213 JDM1_0992 JDM1_0993     TRUE 0.986 15.000 0.833 NA   NA
 7744213 7744214 JDM1_0993 JDM1_0994     TRUE 0.928 77.000 0.750 NA   NA
 7744214 7744215 JDM1_0994 JDM1_0995     TRUE 0.907 45.000 0.222 NA   NA
 7744215 7744216 JDM1_0995 JDM1_0996     TRUE 0.984 32.000 1.000 NA   NA
 7744216 7744217 JDM1_0996 JDM1_0997     TRUE 0.862 77.000 0.333 NA   NA
 7744217 7744218 JDM1_0997 JDM1_0998     FALSE 0.202 67.000 0.000 NA   NA
 7744218 7744219 JDM1_0998 JDM1_0999     FALSE 0.486 17.000 0.000 NA   NA
 7744219 7744220 JDM1_0999 JDM1_1000     TRUE 0.841 -7.000 0.000 NA   NA
 7744220 7744221 JDM1_1000 JDM1_1001     FALSE 0.074 149.000 0.000 NA   NA
 7744221 7744222 JDM1_1001 JDM1_1002     FALSE 0.025 267.000 0.000 1.000   NA
 7744222 7744223 JDM1_1002 JDM1_1003     TRUE 0.692 0.000 0.000 NA   NA
 7744223 7744224 JDM1_1003 JDM1_1004     FALSE 0.480 12.000 0.000 NA   NA
 7744226 7744227 JDM1_1006 JDM1_1007 pts14C   TRUE 0.998 -7.000 1.000 NA   NA
 7744227 7744228 JDM1_1007 JDM1_1008     FALSE 0.007 494.000 0.000 NA   NA
 7744228 7744229 JDM1_1008 JDM1_1009     FALSE 0.008 433.000 0.000 NA   NA
 7744231 7744232 JDM1_1011 JDM1_1012     TRUE 0.983 9.000 0.600 1.000   NA
 7744234 7744235 JDM1_1014 JDM1_1015 pbpX1   FALSE 0.109 190.000 0.000 1.000 N NA
 7744235 7744236 JDM1_1015 JDM1_1016     FALSE 0.012 388.000 0.000 1.000   NA
 7744236 7744237 JDM1_1016 JDM1_1017   glpF4 FALSE 0.047 190.000 0.000 1.000   NA
 7744237 7744238 JDM1_1017 JDM1_1018 glpF4   FALSE 0.068 252.000 0.000 1.000 N NA
 7744238 7744239 JDM1_1018 JDM1_1019     FALSE 0.136 99.000 0.000 1.000   NA
 7744239 7744240 JDM1_1019 JDM1_1020     FALSE 0.007 569.000 0.000 1.000   NA
 7744242 7744243 JDM1_1022 JDM1_1023 welF cps2G FALSE 0.207 66.000 0.000 NA   NA
 7744243 7744244 JDM1_1023 JDM1_1024 cps2G   TRUE 0.604 3.000 0.000 NA   NA
 7744244 7744245 JDM1_1024 JDM1_1025     FALSE 0.329 41.000 0.000 NA   NA
 7744245 7744246 JDM1_1025 JDM1_1026   cps1B TRUE 0.884 -13.000 0.000 NA   NA
 7744248 7744249 JDM1_1028 JDM1_1029     TRUE 0.903 -3.000 0.000 NA N NA
 7744249 7744250 JDM1_1029 JDM1_1030   pbpX2 TRUE 0.821 3.000 0.000 1.000 N NA
 7744250 7744251 JDM1_1030 JDM1_1031 pbpX2 cps2I FALSE 0.350 44.000 0.000 1.000   NA
 7744251 7744252 JDM1_1031 JDM1_1032 cps2I rfbA TRUE 0.870 16.000 0.020 1.000   NA
 7744252 7744253 JDM1_1032 JDM1_1033 rfbA rfbC TRUE 0.983 4.000 0.135 1.000 Y NA
 7744253 7744254 JDM1_1033 JDM1_1034 rfbC rfbB TRUE 0.889 10.000 0.000 1.000 Y NA
 7744254 7744255 JDM1_1034 JDM1_1035 rfbB rfbD TRUE 0.720 70.000 0.000 0.002 Y NA
 7744256 7744257 JDM1_1036 JDM1_1037 cps2I   FALSE 0.253 63.000 0.000 1.000   NA
 7744258 7744259 JDM1_1038 JDM1_1039     TRUE 0.528 12.000 0.000 1.000   NA
 7744260 7744261 JDM1_1040 JDM1_1041     FALSE 0.008 438.000 0.000 NA   NA
 7744263 7744264 JDM1_1043 JDM1_1044     FALSE 0.430 30.000 0.000 NA   NA
 7744264 7744265 JDM1_1044 JDM1_1045     FALSE 0.101 115.000 0.000 NA   NA
 7744265 7744266 JDM1_1045 JDM1_1046     FALSE 0.366 36.000 0.000 NA   NA
 7744267 7744268 JDM1_1047 JDM1_1048   recX FALSE 0.471 27.000 0.000 NA   NA
 7744268 7744269 JDM1_1048 JDM1_1049 recX   FALSE 0.478 98.000 0.025 NA   NA
 7744271 7744272 JDM1_1051 JDM1_1052     FALSE 0.111 103.000 0.000 NA   NA
 7744273 7744274 JDM1_1053 JDM1_1054   hicD2 FALSE 0.081 224.000 0.000 1.000 N NA
 7744275 7744276 JDM1_1055 JDM1_1056   tagD2 TRUE 0.780 53.000 0.057 NA   NA
 7744277 7744278 JDM1_1057 JDM1_1058 gntP gntK TRUE 0.880 12.000 0.000 1.000 Y NA
 7744278 7744279 JDM1_1058 JDM1_1059 gntK gnd1 TRUE 0.883 16.000 0.000 1.000 Y NA
 7744279 7744280 JDM1_1059 JDM1_1060 gnd1 gshR2 FALSE 0.142 171.000 0.000 1.000 N NA
 7744281 7744282 JDM1_1061 JDM1_1062 prfC   FALSE 0.006 626.000 0.000 NA   NA
 7744284 7744285 JDM1_1064 JDM1_1065     FALSE 0.033 229.000 0.000 1.000   NA
 7744285 7744286 JDM1_1065 JDM1_1066     TRUE 0.995 0.000 0.903 NA   NA
 7744286 7744287 JDM1_1066 JDM1_1067   oppA FALSE 0.006 547.000 0.000 NA   NA
 7744287 7744288 JDM1_1067 JDM1_1068 oppA oppB TRUE 0.657 158.000 0.031 0.036 Y NA
 7744288 7744289 JDM1_1068 JDM1_1069 oppB oppC TRUE 0.991 4.000 0.299 0.036 Y NA
 7744289 7744290 JDM1_1069 JDM1_1070 oppC oppD TRUE 0.992 16.000 0.595 1.000 Y NA
 7744290 7744291 JDM1_1070 JDM1_1071 oppD oppF TRUE 0.995 7.000 0.619 0.001 Y NA
 7744291 7744292 JDM1_1071 JDM1_1072 oppF   FALSE 0.019 541.000 0.000 1.000 N NA
 7744292 7744293 JDM1_1072 JDM1_1073     FALSE 0.050 185.000 0.000 1.000   NA
 7744295 7744296 JDM1_1075 JDM1_1076   hpr FALSE 0.400 150.000 0.039 NA   NA
 7744296 7744297 JDM1_1076 JDM1_1077 hpr ptsI TRUE 0.994 0.000 0.240 0.026 Y NA
 7744297 7744298 JDM1_1077 JDM1_1078 ptsI   FALSE 0.061 539.000 0.016 1.000 N NA
 7744298 7744299 JDM1_1078 JDM1_1079     TRUE 0.958 76.000 0.413 0.017 Y NA
 7744299 7744300 JDM1_1079 JDM1_1080     TRUE 0.979 4.000 0.336 NA   NA
 7744300 7744301 JDM1_1080 JDM1_1081   dacA2 FALSE 0.215 64.000 0.000 NA   NA
 7744303 7744304 JDM1_1083 JDM1_1084     TRUE 0.497 156.000 0.103 NA   NA
 7744306 7744307 JDM1_rRNA04 JDM1_rRNA05     FALSE 0.033 206.000 0.000 NA   NA
 7744307 7744308 JDM1_rRNA05 JDM1_rRNA06     FALSE 0.184 71.000 0.000 NA   NA
 7744308 7744309 JDM1_rRNA06 JDM1_tRNA19     TRUE 0.556 5.000 0.000 NA   NA
 7744309 7744310 JDM1_tRNA19 JDM1_tRNA20     TRUE 0.492 19.000 0.000 NA   NA
 7744310 7744311 JDM1_tRNA20 JDM1_tRNA21     TRUE 0.514 22.000 0.000 NA   NA
 7744311 7744312 JDM1_tRNA21 JDM1_tRNA22     TRUE 0.556 5.000 0.000 NA   NA
 7744312 7744313 JDM1_tRNA22 JDM1_tRNA23     FALSE 0.249 56.000 0.000 NA   NA
 7744313 7744314 JDM1_tRNA23 JDM1_tRNA24     TRUE 0.540 6.000 0.000 NA   NA
 7744314 7744315 JDM1_tRNA24 JDM1_tRNA25     TRUE 0.515 9.000 0.000 NA   NA
 7744315 7744316 JDM1_tRNA25 JDM1_tRNA26     TRUE 0.540 6.000 0.000 NA   NA
 7744316 7744317 JDM1_tRNA26 JDM1_tRNA27     TRUE 0.522 8.000 0.000 NA   NA
 7744317 7744318 JDM1_tRNA27 JDM1_tRNA28     TRUE 0.512 23.000 0.000 NA   NA
 7744318 7744319 JDM1_tRNA28 JDM1_tRNA29     FALSE 0.249 56.000 0.000 NA   NA
 7744320 7744321 JDM1_1086 JDM1_1087     TRUE 0.968 3.000 0.182 NA   NA
 7744323 7744324 JDM1_1089 JDM1_1090     FALSE 0.120 115.000 0.000 1.000   NA
 7744325 7744326 JDM1_1091 JDM1_1092     TRUE 0.807 118.000 0.273 1.000 N NA
 7744326 7744327 JDM1_1092 JDM1_1093     TRUE 0.973 19.000 0.273 NA N NA
 7744327 7744328 JDM1_1093 JDM1_1094     TRUE 0.975 -7.000 0.000 NA Y NA
 7744329 7744330 JDM1_1095 JDM1_1096 mntH3 hemH TRUE 0.989 -28.000 0.007 1.000 N NA
 7744330 7744331 JDM1_1096 JDM1_1097 hemH   FALSE 0.037 332.000 0.000 1.000 N NA
 7744332 7744333 JDM1_1098 JDM1_1099 mmuM tagE1 FALSE 0.028 401.000 0.000 1.000 N NA
 7744335 7744336 JDM1_1101 JDM1_1102     TRUE 0.600 138.000 0.069 1.000 N NA
 7744336 7744337 JDM1_1102 JDM1_1103     FALSE 0.005 1180.000 0.000 NA   NA
 7744337 7744338 JDM1_1103 JDM1_1104     FALSE 0.113 102.000 0.000 NA   NA
 7744338 7744339 JDM1_1104 JDM1_1105     FALSE 0.091 127.000 0.000 NA   NA
 7744339 7744340 JDM1_1105 JDM1_1106   tagE2 TRUE 0.519 27.000 0.000 1.000   NA
 7744340 7744341 JDM1_1106 JDM1_1107 tagE2 tagE3 TRUE 0.983 11.000 0.500 0.003   NA
 7744341 7744342 JDM1_1107 JDM1_1108 tagE3   TRUE 0.946 -13.000 0.000 0.017   NA
 7744342 7744343 JDM1_1108 JDM1_1109     FALSE 0.430 30.000 0.000 NA   NA
 7744344 7744345 JDM1_1110 JDM1_1111     TRUE 0.600 69.000 0.015 NA   NA
 7744346 7744347 JDM1_1112 JDM1_1113 leuS   FALSE 0.032 596.000 0.006 1.000   NA
 7744347 7744348 JDM1_1113 JDM1_1114   rsuA TRUE 0.947 8.000 0.128 1.000   NA
 7744350 7744351 JDM1_1116 JDM1_1117 pepV   TRUE 0.959 27.000 0.154 1.000 N NA
 7744351 7744352 JDM1_1117 JDM1_1118   isp2 FALSE 0.049 294.000 0.000 1.000 N NA
 7744352 7744353 JDM1_1118 JDM1_1119 isp2   TRUE 0.564 45.000 0.000 1.000 N NA
 7744353 7744354 JDM1_1119 JDM1_1120     TRUE 0.977 50.000 0.391 0.035 Y NA
 7744354 7744355 JDM1_1120 JDM1_1121     TRUE 0.995 12.000 0.848 0.035 Y NA
 7744355 7744356 JDM1_1121 JDM1_1122     TRUE 0.998 -3.000 0.708 0.035 Y NA
 7744356 7744357 JDM1_1122 JDM1_1123   glpQ1 TRUE 0.933 21.000 0.042 1.000 N NA
 7744358 7744359 JDM1_1124 JDM1_1125 dgk2 mscL TRUE 0.523 105.000 0.007 1.000 N NA
 7744359 7744360 JDM1_1125 JDM1_1126 mscL   FALSE 0.007 504.000 0.000 NA   NA
 7744360 7744361 JDM1_1126 JDM1_1127     FALSE 0.010 399.000 0.000 NA   NA
 7744361 7744362 JDM1_1127 JDM1_1128     TRUE 0.508 21.000 0.000 NA   NA
 7744362 7744363 JDM1_1128 JDM1_1129     TRUE 0.997 -3.000 1.000 NA   NA
 7744363 7744364 JDM1_1129 JDM1_1130     FALSE 0.248 151.000 0.000 0.028 N NA
 7744364 7744365 JDM1_1130 JDM1_1131     FALSE 0.025 246.000 0.000 NA   NA
 7744365 7744366 JDM1_1131 JDM1_1132   mrsA1 FALSE 0.111 103.000 0.000 NA   NA
 7744367 7744368 JDM1_1133 JDM1_1134     TRUE 0.772 -3.000 0.000 NA   NA
 7744368 7744369 JDM1_1134 JDM1_1135     FALSE 0.488 16.000 0.000 NA   NA
 7744369 7744370 JDM1_1135 JDM1_1136     FALSE 0.011 414.000 0.000 1.000   NA
 7744370 7744371 JDM1_1136 JDM1_1137     FALSE 0.088 130.000 0.000 NA   NA
 7744371 7744372 JDM1_1137 JDM1_1138   pltA FALSE 0.081 140.000 0.000 NA   NA
 7744372 7744373 JDM1_1138 JDM1_1139 pltA pltK FALSE 0.169 75.000 0.000 NA   NA
 7744373 7744374 JDM1_1139 JDM1_1140 pltK pltR TRUE 0.978 6.000 0.400 NA   NA
 7744374 7744375 JDM1_1140 JDM1_1141 pltR   FALSE 0.057 168.000 0.000 NA   NA
 7744375 7744376 JDM1_1141 JDM1_1142     FALSE 0.064 160.000 0.000 NA   NA
 7744377 7744378 JDM1_1143 JDM1_1144     FALSE 0.019 277.000 0.000 NA   NA
 7744378 7744379 JDM1_1144 JDM1_1145     FALSE 0.005 672.000 0.000 NA   NA
 7744379 7744380 JDM1_1145 JDM1_1146     FALSE 0.102 114.000 0.000 NA   NA
 7744381 7744382 JDM1_1147 JDM1_1148   uvrA2 FALSE 0.224 62.000 0.000 NA   NA
 7744383 7744384 JDM1_tRNA30 JDM1_tRNA31     FALSE 0.010 389.000 0.000 NA   NA
 7744384 7744385 JDM1_tRNA31 JDM1_1149     FALSE 0.024 249.000 0.000 NA   NA
 7744385 7744386 JDM1_1149 JDM1_1150     FALSE 0.059 165.000 0.000 NA   NA
 7744388 7744389 JDM1_1152 JDM1_1153   metH FALSE 0.174 73.000 0.000 NA   NA
 7744389 7744390 JDM1_1153 JDM1_1154 metH metE TRUE 0.954 14.000 0.030 1.000 Y NA
 7744391 7744392 JDM1_1155 JDM1_1156   sat TRUE 0.904 -22.000 0.000 NA   NA
 7744392 7744393 JDM1_1156 JDM1_1157 sat cysC TRUE 0.944 3.000 0.000 0.001 Y NA
 7744393 7744394 JDM1_1157 JDM1_1158 cysC   TRUE 0.889 -10.000 0.000 1.000   NA
 7744394 7744395 JDM1_1158 JDM1_1159   astA FALSE 0.035 221.000 0.000 1.000   NA
 7744395 7744396 JDM1_1159 JDM1_1160 astA   FALSE 0.010 433.000 0.000 1.000   NA
 7744396 7744397 JDM1_1160 JDM1_1161     FALSE 0.024 275.000 0.000 1.000   NA
 7744397 7744398 JDM1_1161 JDM1_1162     FALSE 0.091 127.000 0.000 NA   NA
 7744398 7744399 JDM1_1162 JDM1_tRNA32     FALSE 0.219 63.000 0.000 NA   NA
 7744399 7744400 JDM1_tRNA32 JDM1_tRNA33     FALSE 0.243 57.000 0.000 NA   NA
 7744400 7744401 JDM1_tRNA33 JDM1_1163     FALSE 0.095 122.000 0.000 NA   NA
 7744401 7744402 JDM1_1163 JDM1_1164   argS FALSE 0.024 272.000 0.000 1.000   NA
 7744404 7744405 JDM1_1166 JDM1_1167     FALSE 0.005 684.000 0.000 NA   NA
 7744405 7744406 JDM1_1167 JDM1_1168     FALSE 0.086 135.000 0.000 NA   NA
 7744408 7744409 JDM1_1170 JDM1_1171 pts15A pts15B TRUE 0.998 -3.000 0.500 0.023 Y NA
 7744409 7744410 JDM1_1171 JDM1_1172 pts15B pts15C TRUE 0.994 34.000 1.000 0.026 Y NA
 7744410 7744411 JDM1_1172 JDM1_1173 pts15C pbg3 TRUE 0.924 3.000 0.000 1.000 Y NA
 7744412 7744413 JDM1_1174 JDM1_1175     TRUE 0.692 0.000 0.000 NA   NA
 7744413 7744414 JDM1_1175 JDM1_1176   dltC2 FALSE 0.020 271.000 0.000 NA   NA
 7744414 7744415 JDM1_1176 JDM1_1177 dltC2   FALSE 0.132 103.000 0.000 1.000   NA
 7744416 7744417 JDM1_1178 JDM1_1179   arcT FALSE 0.240 66.000 0.000 1.000   NA
 7744417 7744418 JDM1_1179 JDM1_1180 arcT argR1 FALSE 0.329 178.000 0.015 1.000 N NA
 7744418 7744419 JDM1_1180 JDM1_1181 argR1   FALSE 0.156 78.000 0.000 NA   NA
 7744419 7744420 JDM1_1181 JDM1_1182   pbp2A FALSE 0.017 294.000 0.000 NA   NA
 7744420 7744421 JDM1_1182 JDM1_1183 pbp2A   TRUE 0.730 91.000 0.168 NA   NA
 7744421 7744422 JDM1_1183 JDM1_1184     TRUE 0.753 70.000 0.093 NA   NA
 7744422 7744423 JDM1_1184 JDM1_1185     TRUE 0.998 -13.000 0.330 NA Y NA
 7744423 7744424 JDM1_1185 JDM1_1186     TRUE 0.965 11.000 0.291 NA   NA
 7744424 7744425 JDM1_1186 JDM1_1187     FALSE 0.014 318.000 0.000 NA   NA
 7744426 7744427 JDM1_1188 JDM1_1189 nsr   FALSE 0.049 186.000 0.000 1.000   NA
 7744428 7744429 JDM1_1190 JDM1_1191     TRUE 0.979 3.000 0.312 NA   NA
 7744429 7744430 JDM1_1191 JDM1_1192     FALSE 0.131 88.000 0.000 NA   NA
 7744432 7744433 JDM1_1194 JDM1_1195     FALSE 0.006 627.000 0.000 NA   NA
 7744433 7744434 JDM1_1195 JDM1_1196     TRUE 0.963 -3.000 0.031 NA   NA
 7744436 7744437 JDM1_1198 JDM1_1199     TRUE 0.995 1.000 0.456 1.000 Y NA
 7744437 7744438 JDM1_1199 JDM1_1200   ribA TRUE 0.970 2.000 0.011 1.000 Y NA
 7744438 7744439 JDM1_1200 JDM1_1201 ribA ribH TRUE 0.988 -3.000 0.010 0.002 Y NA
 7744440 7744441 JDM1_1202 JDM1_1203     FALSE 0.047 177.000 0.000 NA   NA
 7744445 7744446 JDM1_1207 JDM1_1208     TRUE 0.540 6.000 0.000 NA   NA
 7744446 7744447 JDM1_1208 JDM1_1209     FALSE 0.231 60.000 0.000 NA   NA
 7744447 7744448 JDM1_1209 JDM1_1210     TRUE 0.502 10.000 0.000 NA   NA
 7744448 7744449 JDM1_1210 JDM1_1211     FALSE 0.484 18.000 0.000 NA   NA
 7744449 7744450 JDM1_1211 JDM1_1212   prsA FALSE 0.007 475.000 0.000 NA   NA
 7744450 7744451 JDM1_1212 JDM1_1213 prsA   FALSE 0.027 233.000 0.000 NA   NA
 7744451 7744452 JDM1_1213 JDM1_1214     TRUE 0.849 11.000 0.011 NA   NA
 7744453 7744454 JDM1_1215 JDM1_1216 ecsA ecsB TRUE 0.992 -7.000 0.135 NA N NA
 7744454 7744455 JDM1_1216 JDM1_1217 ecsB   TRUE 0.591 119.000 0.049 NA N NA
 7744455 7744456 JDM1_1217 JDM1_1218     TRUE 0.733 86.000 0.154 NA   NA
 7744458 7744459 JDM1_1220 JDM1_1221   ftsK1 TRUE 0.919 33.000 0.143 1.000   NA
 7744459 7744460 JDM1_1221 JDM1_1222 ftsK1 murC TRUE 0.792 63.000 0.017 0.004 N NA
 7744461 7744462 JDM1_1223 JDM1_1224 feoB   TRUE 0.944 2.000 0.052 1.000   NA
 7744463 7744464 JDM1_1225 JDM1_1226     TRUE 0.974 13.000 0.139 1.000 Y NA
 7744464 7744465 JDM1_1226 JDM1_1227   csd1 TRUE 0.998 -16.000 0.606 1.000 N NA
 7744465 7744466 JDM1_1227 JDM1_1228 csd1 nifU TRUE 0.997 -13.000 0.292 1.000 N NA
 7744466 7744467 JDM1_1228 JDM1_1229 nifU   TRUE 0.991 -3.000 0.152 0.001 N NA
 7744467 7744468 JDM1_1229 JDM1_1230   fecB FALSE 0.386 155.000 0.003 1.000 N NA
 7744469 7744470 JDM1_1231 JDM1_1232 fecE fecD TRUE 0.997 -3.000 0.400 1.000 Y NA
 7744470 7744471 JDM1_1232 JDM1_1233 fecD   TRUE 0.805 4.000 0.000 1.000 N NA
 7744472 7744473 JDM1_1234 JDM1_1235 moaE moaD TRUE 0.994 3.000 0.501 1.000 Y NA
 7744473 7744474 JDM1_1235 JDM1_1236 moaD moaA TRUE 0.888 44.000 0.006 1.000 Y NA
 7744474 7744475 JDM1_1236 JDM1_1237 moaA narK TRUE 0.918 5.000 0.011 NA N NA
 7744475 7744476 JDM1_1237 JDM1_1238 narK   FALSE 0.478 104.000 0.029 NA   NA
 7744476 7744477 JDM1_1238 JDM1_1239     FALSE 0.430 30.000 0.000 NA   NA
 7744478 7744479 JDM1_1240 JDM1_1241     TRUE 0.977 15.000 0.500 NA   NA
 7744479 7744480 JDM1_1241 JDM1_1242     TRUE 0.989 10.000 1.000 NA   NA
 7744480 7744481 JDM1_1242 JDM1_1243   rrp4 TRUE 0.496 318.000 0.750 NA   NA
 7744481 7744482 JDM1_1243 JDM1_1244 rrp4 hpk4 TRUE 0.987 33.000 0.400 0.007 Y NA
 7744482 7744483 JDM1_1244 JDM1_1245 hpk4   TRUE 0.956 24.000 0.200 NA   NA
 7744483 7744484 JDM1_1245 JDM1_1246     TRUE 0.782 93.000 0.250 NA   NA
 7744484 7744485 JDM1_1246 JDM1_1247   mobA TRUE 0.974 -10.000 0.009 NA   NA
 7744485 7744486 JDM1_1247 JDM1_1248 mobA moaC TRUE 0.949 17.000 0.020 NA Y NA
 7744486 7744487 JDM1_1248 JDM1_1249 moaC mobB TRUE 0.983 -7.000 0.000 0.003 Y NA
 7744487 7744488 JDM1_1249 JDM1_1250 mobB moeA TRUE 0.997 -21.000 0.075 0.003 Y NA
 7744488 7744489 JDM1_1250 JDM1_1251 moeA moaB TRUE 0.958 15.000 0.012 0.003 Y NA
 7744489 7744490 JDM1_1251 JDM1_1252 moaB moeB TRUE 0.989 -3.000 0.044 1.000 Y NA
 7744491 7744492 JDM1_1253 JDM1_1254 narG narH TRUE 0.999 -10.000 0.429 0.001 Y NA
 7744492 7744493 JDM1_1254 JDM1_1255 narH narJ TRUE 0.999 -7.000 0.933 0.002 Y NA
 7744493 7744494 JDM1_1255 JDM1_1256 narJ narI TRUE 0.996 -3.000 0.206 0.002 Y NA
 7744494 7744495 JDM1_1256 JDM1_1257 narI   FALSE 0.031 213.000 0.000 NA   NA
 7744495 7744496 JDM1_1257 JDM1_1258     TRUE 0.995 -3.000 0.714 NA   NA
 7744496 7744497 JDM1_1258 JDM1_1259     FALSE 0.038 192.000 0.000 NA   NA
 7744497 7744498 JDM1_1259 JDM1_1260     TRUE 0.988 18.000 1.000 NA   NA
 7744498 7744499 JDM1_1260 JDM1_1261     FALSE 0.023 256.000 0.000 NA   NA
 7744499 7744500 JDM1_1261 JDM1_1262   polA FALSE 0.022 263.000 0.000 NA   NA
 7744500 7744501 JDM1_1262 JDM1_1263 polA fpg TRUE 0.971 12.000 0.101 1.000 Y NA
 7744501 7744502 JDM1_1263 JDM1_1264 fpg coaE TRUE 0.968 1.000 0.066 1.000 N NA
 7744502 7744503 JDM1_1264 JDM1_1265 coaE nrdR TRUE 0.835 42.000 0.024 NA N NA
 7744503 7744504 JDM1_1265 JDM1_1266 nrdR dnaB TRUE 0.955 22.000 0.109 NA N NA
 7744504 7744505 JDM1_1266 JDM1_1267 dnaB dnaI TRUE 0.996 4.000 0.817 NA Y NA
 7744505 7744506 JDM1_1267 JDM1_1268 dnaI thrS FALSE 0.034 333.000 0.000 NA N NA
 7744506 7744507 JDM1_1268 JDM1_1269 thrS infC FALSE 0.190 222.000 0.000 1.000 Y NA
 7744507 7744508 JDM1_1269 JDM1_1270 infC rpmI TRUE 0.993 22.000 0.652 1.000 Y NA
 7744508 7744509 JDM1_1270 JDM1_1271 rpmI rplT TRUE 0.993 37.000 0.928 0.016 Y NA
 7744509 7744510 JDM1_1271 JDM1_1272 rplT   FALSE 0.025 244.000 0.000 NA   NA
 7744511 7744512 JDM1_1273 JDM1_1274 cshA1   FALSE 0.027 408.000 0.000 1.000 N NA
 7744513 7744514 JDM1_1275 JDM1_1276     FALSE 0.011 376.000 0.000 NA   NA
 7744514 7744515 JDM1_1276 JDM1_1277     FALSE 0.127 156.000 0.000 0.058   NA
 7744516 7744517 JDM1_1278 JDM1_1279 ica1   FALSE 0.471 13.000 0.000 NA   NA
 7744518 7744519 JDM1_1280 JDM1_1281     TRUE 0.994 -3.000 0.555 1.000   NA
 7744519 7744520 JDM1_1281 JDM1_1282     TRUE 0.707 71.000 0.068 NA   NA
 7744520 7744521 JDM1_1282 JDM1_1283   nadD TRUE 0.956 13.000 0.150 NA N NA
 7744521 7744522 JDM1_1283 JDM1_1284 nadD   TRUE 0.998 -16.000 0.199 1.000 Y NA
 7744522 7744523 JDM1_1284 JDM1_1285     TRUE 0.941 18.000 0.149 NA   NA
 7744523 7744524 JDM1_1285 JDM1_1286     TRUE 0.977 -3.000 0.085 NA   NA
 7744524 7744525 JDM1_1286 JDM1_1287     TRUE 0.924 15.000 0.094 NA   NA
 7744525 7744526 JDM1_1287 JDM1_1288     TRUE 0.526 125.000 0.070 NA   NA
 7744526 7744527 JDM1_1288 JDM1_1289   rpmF TRUE 0.941 60.000 0.599 NA   NA
 7744527 7744528 JDM1_1289 JDM1_1290 rpmF   FALSE 0.021 290.000 0.000 1.000   NA
 7744530 7744531 JDM1_1292 JDM1_1293 gnd2 cshA2 FALSE 0.150 169.000 0.000 1.000 N NA
 7744531 7744532 JDM1_1293 JDM1_1294 cshA2 rrp5 FALSE 0.143 191.000 0.000 0.041 N NA
 7744532 7744533 JDM1_1294 JDM1_1295 rrp5 hpk5 TRUE 0.996 0.000 0.438 1.000 Y NA
 7744533 7744534 JDM1_1295 JDM1_1296 hpk5   FALSE 0.032 371.000 0.000 1.000 N NA
 7744535 7744536 JDM1_1297 JDM1_1298 sbcC sbcD TRUE 0.995 3.000 0.669 NA Y NA
 7744538 7744539 JDM1_1300 JDM1_1301     FALSE 0.452 64.000 0.000 1.000 N NA
 7744540 7744541 JDM1_1302 JDM1_1303     FALSE 0.401 101.000 0.005 NA   NA
 7744541 7744542 JDM1_1303 JDM1_1304     TRUE 0.612 62.000 0.009 NA   NA
 7744542 7744543 JDM1_1304 JDM1_1305   pheS FALSE 0.035 328.000 0.000 NA N NA
 7744543 7744544 JDM1_1305 JDM1_1306 pheS pheT TRUE 0.994 9.000 0.574 0.001 Y NA
 7744544 7744545 JDM1_1306 JDM1_1307 pheT   FALSE 0.309 147.000 0.007 NA   NA
 7744545 7744546 JDM1_1307 JDM1_1308   udk TRUE 0.860 19.000 0.017 NA   NA
 7744546 7744547 JDM1_1308 JDM1_1309 udk greA2 TRUE 0.697 111.000 0.095 1.000 N NA
 7744548 7744549 JDM1_1310 JDM1_1311     TRUE 0.992 1.000 0.714 NA   NA
 7744552 7744553 JDM1_1314 JDM1_1315 pbp2B1 fthC FALSE 0.026 423.000 0.000 1.000 N NA
 7744553 7744554 JDM1_1315 JDM1_1316 fthC   TRUE 0.985 -13.000 0.037 1.000   NA
 7744554 7744555 JDM1_1316 JDM1_1317     TRUE 0.971 19.000 0.347 NA   NA
 7744555 7744556 JDM1_1317 JDM1_1318   glk TRUE 0.977 18.000 0.496 NA   NA
 7744556 7744557 JDM1_1318 JDM1_1319 glk   FALSE 0.052 286.000 0.000 1.000 N NA
 7744557 7744558 JDM1_1319 JDM1_1320     FALSE 0.072 228.000 0.000 NA N NA
 7744560 7744561 JDM1_1322 JDM1_1323 glpQ2 miaA TRUE 0.929 5.000 0.018 1.000 N NA
 7744561 7744562 JDM1_1323 JDM1_1324 miaA glnR TRUE 0.501 112.000 0.004 1.000 N NA
 7744562 7744563 JDM1_1324 JDM1_1325 glnR glnA TRUE 0.894 44.000 0.090 1.000 N NA
 7744563 7744564 JDM1_1325 JDM1_1326 glnA   TRUE 0.579 135.000 0.118 NA   NA
 7744564 7744565 JDM1_1326 JDM1_1327     TRUE 0.998 -10.000 0.786 NA   NA
 7744565 7744566 JDM1_1327 JDM1_1328     TRUE 0.948 17.000 0.176 NA   NA
 7744567 7744568 JDM1_1329 JDM1_1330     FALSE 0.239 58.000 0.000 NA   NA
 7744568 7744569 JDM1_1330 JDM1_tRNA34     FALSE 0.009 431.000 0.000 NA   NA
 7744570 7744571 JDM1_1331 JDM1_1332     FALSE 0.010 379.000 0.000 NA   NA
 7744571 7744572 JDM1_1332 JDM1_1333   rplU FALSE 0.381 158.000 0.005 1.000 N NA
 7744572 7744573 JDM1_1333 JDM1_1334 rplU   TRUE 0.982 22.000 0.208 NA Y NA
 7744573 7744574 JDM1_1334 JDM1_1335   rpmA TRUE 0.981 25.000 0.203 NA Y NA
 7744574 7744575 JDM1_1335 JDM1_1336 rpmA pepP FALSE 0.275 195.000 0.013 1.000 N NA
 7744575 7744576 JDM1_1336 JDM1_1337 pepP efp TRUE 0.857 71.000 0.160 1.000 N NA
 7744576 7744577 JDM1_1337 JDM1_1338 efp asp3 TRUE 0.750 50.000 0.031 NA   NA
 7744577 7744578 JDM1_1338 JDM1_1339 asp3 nusB TRUE 0.989 -3.000 0.265 NA   NA
 7744578 7744579 JDM1_1339 JDM1_1340 nusB folD TRUE 0.622 137.000 0.082 1.000 N NA
 7744579 7744580 JDM1_1340 JDM1_1341 folD xseA TRUE 0.987 -7.000 0.045 1.000 N NA
 7744580 7744581 JDM1_1341 JDM1_1342 xseA xseB TRUE 0.996 0.000 0.412 0.001 Y NA
 7744581 7744582 JDM1_1342 JDM1_1343 xseB ispA TRUE 0.991 -7.000 0.100 1.000 N NA
 7744582 7744583 JDM1_1343 JDM1_1344 ispA   TRUE 0.934 15.000 0.058 1.000 N NA
 7744583 7744584 JDM1_1344 JDM1_1345   argR2 TRUE 0.697 84.000 0.048 1.000 N NA
 7744584 7744585 JDM1_1345 JDM1_1346 argR2 recN TRUE 0.616 104.000 0.037 1.000 N NA
 7744585 7744586 JDM1_1346 JDM1_1347 recN opuA FALSE 0.032 366.000 0.000 1.000 N NA
 7744586 7744587 JDM1_1347 JDM1_1348 opuA opuB TRUE 0.997 -3.000 0.450 0.077 Y NA
 7744587 7744588 JDM1_1348 JDM1_1349 opuB opuC TRUE 0.988 13.000 0.650 0.034 N NA
 7744588 7744589 JDM1_1349 JDM1_1350 opuC opuD TRUE 0.995 0.000 0.619 0.034 N NA
 7744591 7744592 JDM1_1352 JDM1_1353 gmk1 rpoZ TRUE 0.995 -3.000 0.471 1.000 N NA
 7744592 7744593 JDM1_1353 JDM1_1354 rpoZ dfp TRUE 0.659 164.000 0.192 1.000 N NA
 7744593 7744594 JDM1_1354 JDM1_1355 dfp priA TRUE 0.955 23.000 0.099 1.000 N NA
 7744594 7744595 JDM1_1355 JDM1_1356 priA fmt TRUE 0.938 24.000 0.052 1.000 N NA
 7744595 7744596 JDM1_1356 JDM1_1357 fmt sunL TRUE 0.996 -3.000 0.305 1.000 Y NA
 7744596 7744597 JDM1_1357 JDM1_1358 sunL pppL TRUE 0.941 18.000 0.074 1.000 N NA
 7744597 7744598 JDM1_1358 JDM1_1359 pppL pkn1 TRUE 0.998 -3.000 0.704 1.000 Y NA
 7744598 7744599 JDM1_1359 JDM1_1360 pkn1   FALSE 0.198 68.000 0.000 NA   NA
 7744599 7744600 JDM1_1360 JDM1_1361     FALSE 0.137 85.000 0.000 NA   NA
 7744600 7744601 JDM1_1361 JDM1_1362   rpe TRUE 0.958 10.000 0.213 1.000   NA
 7744601 7744602 JDM1_1362 JDM1_1363 rpe   TRUE 0.984 0.000 0.166 1.000 N NA
 7744604 7744605 JDM1_1365 JDM1_1366     TRUE 0.966 37.000 0.567 NA   NA
 7744605 7744606 JDM1_1366 JDM1_1367   recG TRUE 0.503 143.000 0.074 1.000   NA
 7744606 7744607 JDM1_1367 JDM1_1368 recG plsX TRUE 0.856 42.000 0.033 1.000 N NA
 7744607 7744608 JDM1_1368 JDM1_1369 plsX acpA1 TRUE 0.936 39.000 0.029 0.006 Y NA
 7744608 7744609 JDM1_1369 JDM1_1370 acpA1 rnc FALSE 0.077 417.000 0.009 1.000 N NA
 7744609 7744610 JDM1_1370 JDM1_1371 rnc smc TRUE 0.940 31.000 0.120 1.000 N NA
 7744610 7744611 JDM1_1371 JDM1_1372 smc ftsY TRUE 0.971 10.000 0.165 0.013 N NA
 7744611 7744612 JDM1_1372 JDM1_1373 ftsY   FALSE 0.375 178.000 0.081 1.000   NA
 7744612 7744613 JDM1_1373 JDM1_1374   ffh TRUE 0.950 23.000 0.151 1.000   NA
 7744613 7744614 JDM1_1374 JDM1_1375 ffh rpsP TRUE 0.868 97.000 0.361 1.000 N NA
 7744614 7744615 JDM1_1375 JDM1_1376 rpsP   TRUE 0.973 18.000 0.385 1.000   NA
 7744615 7744616 JDM1_1376 JDM1_1377   rimM TRUE 0.686 161.000 0.324 1.000   NA
 7744616 7744617 JDM1_1377 JDM1_1378 rimM trmD TRUE 0.997 0.000 0.672 1.000 Y NA
 7744617 7744618 JDM1_1378 JDM1_1379 trmD rplS TRUE 0.894 158.000 0.567 1.000 Y NA
 7744618 7744619 JDM1_1379 JDM1_1380 rplS   FALSE 0.008 435.000 0.000 NA   NA
 7744619 7744620 JDM1_1380 JDM1_1381     FALSE 0.006 628.000 0.000 NA   NA
 7744620 7744621 JDM1_1381 JDM1_1382     TRUE 0.561 22.000 0.000 1.000   NA
 7744621 7744622 JDM1_1382 JDM1_1383     FALSE 0.008 498.000 0.000 1.000   NA
 7744622 7744623 JDM1_1383 JDM1_1384     TRUE 0.996 -10.000 0.341 NA   NA
 7744625 7744626 JDM1_1386 JDM1_1387 trpE   TRUE 0.960 -43.000 0.000 0.017   NA
 7744626 7744627 JDM1_1387 JDM1_1388   trpG TRUE 0.995 -16.000 0.152 0.017   NA
 7744627 7744628 JDM1_1388 JDM1_1389 trpG trpD TRUE 0.964 25.000 0.053 1.000 Y NA
 7744628 7744629 JDM1_1389 JDM1_1390 trpD trpC TRUE 0.986 -3.000 0.022 1.000 Y NA
 7744629 7744630 JDM1_1390 JDM1_1391 trpC trpF TRUE 0.989 -3.000 0.020 0.002 Y NA
 7744630 7744631 JDM1_1391 JDM1_1392 trpF trpA TRUE 0.995 2.000 0.375 0.002 Y NA
 7744631 7744632 JDM1_1392 JDM1_1393 trpA trpB TRUE 0.993 -10.000 0.002 0.001 Y NA
 7744632 7744633 JDM1_1393 JDM1_1394 trpB   FALSE 0.168 161.000 0.000 1.000 N NA
 7744633 7744634 JDM1_1394 JDM1_1395     TRUE 0.850 1.000 0.000 1.000 N NA
 7744634 7744635 JDM1_1395 JDM1_1396     FALSE 0.039 209.000 0.000 1.000   NA
 7744635 7744636 JDM1_1396 JDM1_1397     FALSE 0.032 209.000 0.000 NA   NA
 7744636 7744637 JDM1_1397 JDM1_1398     FALSE 0.471 13.000 0.000 NA   NA
 7744637 7744638 JDM1_1398 JDM1_1399   adh1 FALSE 0.021 289.000 0.000 1.000   NA
 7744638 7744639 JDM1_1399 JDM1_1400 adh1   FALSE 0.008 457.000 0.000 NA   NA
 7744639 7744640 JDM1_1400 JDM1_1401     FALSE 0.017 289.000 0.000 NA   NA
 7744640 7744641 JDM1_1401 JDM1_1402     TRUE 0.529 15.000 0.000 1.000   NA
 7744641 7744642 JDM1_1402 JDM1_1403   fabZ1 FALSE 0.023 463.000 0.000 1.000 N NA
 7744642 7744643 JDM1_1403 JDM1_1404 fabZ1 fabH2 TRUE 0.821 75.000 0.007 0.006 Y NA
 7744643 7744644 JDM1_1404 JDM1_1405 fabH2 acpA2 TRUE 0.892 57.000 0.019 0.006 Y NA
 7744644 7744645 JDM1_1405 JDM1_1406 acpA2 fabD TRUE 0.960 4.000 0.005 1.000 Y NA
 7744645 7744646 JDM1_1406 JDM1_1407 fabD fabG1 TRUE 0.999 -13.000 0.432 0.057 Y NA
 7744646 7744647 JDM1_1407 JDM1_1408 fabG1 fabF TRUE 0.964 19.000 0.056 1.000 Y NA
 7744647 7744648 JDM1_1408 JDM1_1409 fabF accB2 TRUE 0.991 -3.000 0.074 1.000 Y NA
 7744648 7744649 JDM1_1409 JDM1_1410 accB2 fabZ2 TRUE 0.944 0.000 0.000 NA Y NA
 7744649 7744650 JDM1_1410 JDM1_1411 fabZ2 accC2 TRUE 0.953 15.000 0.031 NA Y NA
 7744650 7744651 JDM1_1411 JDM1_1412 accC2 accD2 TRUE 0.997 -34.000 0.090 1.000 Y NA
 7744651 7744652 JDM1_1412 JDM1_1413 accD2 accA2 TRUE 0.998 -7.000 0.234 0.002 Y NA
 7744652 7744653 JDM1_1413 JDM1_1414 accA2 fabI TRUE 0.953 21.000 0.015 1.000 Y NA
 7744653 7744654 JDM1_1414 JDM1_1415 fabI   TRUE 0.871 0.000 0.000 1.000 N NA
 7744654 7744655 JDM1_1415 JDM1_1417     TRUE 0.502 10.000 0.000 NA   NA
 7744657 7744658 JDM1_1418 JDM1_1419     FALSE 0.086 206.000 0.000 NA N NA
 7744658 7744659 JDM1_1419 JDM1_1420     FALSE 0.021 265.000 0.000 NA   NA
 7744661 7744662 JDM1_1422 JDM1_1423     FALSE 0.078 158.000 0.000 1.000   NA
 7744663 7744664 JDM1_1424 JDM1_1425     FALSE 0.005 1557.000 0.000 NA   NA
 7744664 7744665 JDM1_1425 JDM1_1426     FALSE 0.089 129.000 0.000 NA   NA
 7744666 7744667 JDM1_1427 JDM1_1428 cfa1   FALSE 0.029 248.000 0.000 1.000   NA
 7744670 7744671 JDM1_1431 JDM1_1432 tspO   TRUE 0.869 28.000 0.000 1.000 Y NA
 7744671 7744672 JDM1_1432 JDM1_1433     FALSE 0.078 158.000 0.000 1.000   NA
 7744672 7744673 JDM1_1433 JDM1_1434     FALSE 0.091 147.000 0.000 1.000   NA
 7744674 7744675 JDM1_1435 JDM1_1436     FALSE 0.177 72.000 0.000 NA   NA
 7744675 7744676 JDM1_1436 JDM1_1437     FALSE 0.488 16.000 0.000 NA   NA
 7744677 7744678 JDM1_1438 JDM1_1439     FALSE 0.156 78.000 0.000 NA   NA
 7744678 7744679 JDM1_1439 JDM1_1440   pepD4 FALSE 0.042 184.000 0.000 NA   NA
 7744680 7744681 JDM1_1441 JDM1_1442 xylH lysA TRUE 0.528 73.000 0.002 1.000   NA
 7744681 7744682 JDM1_1442 JDM1_1443 lysA   FALSE 0.028 406.000 0.000 1.000 N NA
 7744682 7744683 JDM1_1443 JDM1_1444     FALSE 0.115 99.000 0.000 NA   NA
 7744683 7744684 JDM1_1444 JDM1_1445     FALSE 0.122 93.000 0.000 NA   NA
 7744684 7744685 JDM1_1445 JDM1_1446     FALSE 0.081 140.000 0.000 NA   NA
 7744685 7744686 JDM1_1446 JDM1_1447     FALSE 0.008 439.000 0.000 NA   NA
 7744686 7744687 JDM1_1447 JDM1_1448     TRUE 0.990 17.000 0.462 1.000 Y NA
 7744689 7744690 JDM1_1450 JDM1_1451     FALSE 0.055 169.000 0.000 NA   NA
 7744690 7744691 JDM1_1451 JDM1_1452     FALSE 0.007 494.000 0.000 NA   NA
 7744691 7744692 JDM1_1452 JDM1_1453   map3 TRUE 0.871 14.000 0.000 NA Y NA
 7744692 7744693 JDM1_1453 JDM1_1454 map3 galM2 TRUE 0.911 25.000 0.000 0.007 Y NA
 7744694 7744695 JDM1_1455 JDM1_1456 idi1 mvaK2 TRUE 0.844 72.000 0.097 0.004 N NA
 7744695 7744696 JDM1_1456 JDM1_1457 mvaK2 mvaD TRUE 0.972 51.000 0.312 0.004 Y NA
 7744696 7744697 JDM1_1457 JDM1_1458 mvaD mvaK1 TRUE 0.987 26.000 0.281 0.004 Y NA
 7744698 7744699 JDM1_1459 JDM1_1460 dinG   TRUE 0.883 66.000 0.296 NA   NA
 7744699 7744700 JDM1_1460 JDM1_1461   aspB TRUE 0.953 17.000 0.205 NA   NA
 7744700 7744701 JDM1_1461 JDM1_1462 aspB asnC TRUE 0.939 18.000 0.068 1.000 N NA
 7744701 7744702 JDM1_1462 JDM1_1463 asnC dnaD TRUE 0.859 78.000 0.234 NA N NA
 7744702 7744703 JDM1_1463 JDM1_1465 dnaD   FALSE 0.249 56.000 0.000 NA   NA
 7744705 7744706 JDM1_1466 JDM1_1467     TRUE 0.998 0.000 0.938 1.000 Y NA
 7744706 7744707 JDM1_1467 JDM1_1468     TRUE 0.959 19.000 0.042 NA Y NA
 7744707 7744708 JDM1_1468 JDM1_1469     FALSE 0.282 91.000 0.000 NA N NA
 7744709 7744710 JDM1_1470 JDM1_1471     TRUE 0.935 -3.000 0.000 0.034 N NA
 7744710 7744711 JDM1_1471 JDM1_1472     TRUE 0.791 13.000 0.000 0.034 N NA
 7744711 7744712 JDM1_1472 JDM1_1473     FALSE 0.116 185.000 0.000 1.000 N NA
 7744712 7744713 JDM1_1473 JDM1_1474   recU TRUE 0.967 12.000 0.319 1.000   NA
 7744714 7744715 JDM1_1475 JDM1_1476     TRUE 0.913 75.000 0.579 NA   NA
 7744715 7744716 JDM1_1476 JDM1_1477     FALSE 0.006 560.000 0.000 NA   NA
 7744716 7744717 JDM1_1477 JDM1_1478     TRUE 0.597 38.000 0.000 NA N NA
 7744717 7744718 JDM1_1478 JDM1_1479     FALSE 0.062 265.000 0.000 1.000 N NA
 7744720 7744721 JDM1_1481 JDM1_1482     FALSE 0.055 169.000 0.000 NA   NA
 7744721 7744722 JDM1_1482 JDM1_1483     FALSE 0.069 154.000 0.000 NA   NA
 7744722 7744723 JDM1_1483 JDM1_1484     TRUE 0.870 12.000 0.027 NA   NA
 7744723 7744724 JDM1_1484 JDM1_1485     FALSE 0.010 386.000 0.000 NA   NA
 7744724 7744725 JDM1_1485 JDM1_1486     FALSE 0.075 148.000 0.000 NA   NA
 7744725 7744726 JDM1_1486 JDM1_1487     FALSE 0.315 82.000 0.000 NA N NA
 7744726 7744727 JDM1_1487 JDM1_1488     FALSE 0.078 145.000 0.000 NA   NA
 7744727 7744728 JDM1_1488 JDM1_1489     TRUE 0.692 0.000 0.000 NA   NA
 7744730 7744731 JDM1_1491 JDM1_1493     FALSE 0.065 158.000 0.000 NA   NA
 7744733 7744734 JDM1_1494 JDM1_1495 esbA fhs TRUE 0.816 94.000 0.333 NA   NA
 7744734 7744735 JDM1_1495 JDM1_1496 fhs lspA FALSE 0.131 333.000 0.030 1.000 N NA
 7744735 7744736 JDM1_1496 JDM1_1497 lspA rluD1 TRUE 0.948 20.000 0.082 1.000 N NA
 7744736 7744737 JDM1_1497 JDM1_1498 rluD1 pyrR2 TRUE 0.493 159.000 0.048 1.000 N NA
 7744737 7744738 JDM1_1498 JDM1_1499 pyrR2 pyrAA2 TRUE 0.914 35.000 0.007 1.000 Y NA
 7744738 7744739 JDM1_1499 JDM1_1500 pyrAA2   TRUE 0.988 -3.000 0.013 0.002 Y NA
 7744739 7744740 JDM1_1500 JDM1_1501     FALSE 0.013 325.000 0.000 NA   NA
 7744740 7744741 JDM1_1501 JDM1_1502   pgm5 FALSE 0.070 152.000 0.000 NA   NA
 7744742 7744743 JDM1_1503 JDM1_1504     TRUE 0.989 -37.000 0.048 NA   NA
 7744743 7744744 JDM1_1504 JDM1_1505   cat FALSE 0.006 581.000 0.000 NA   NA
 7744744 7744745 JDM1_1505 JDM1_1506 cat   TRUE 0.943 1.000 0.037 1.000   NA
 7744745 7744746 JDM1_1506 JDM1_1507     TRUE 0.559 115.000 0.074 NA   NA
 7744747 7744748 JDM1_1508 JDM1_1509     FALSE 0.029 394.000 0.000 1.000 N NA
 7744748 7744749 JDM1_1509 JDM1_1510     FALSE 0.353 310.000 0.368 NA   NA
 7744751 7744752 JDM1_1512 JDM1_1513     TRUE 0.754 85.000 0.176 NA   NA
 7744752 7744753 JDM1_1513 JDM1_1514     FALSE 0.021 268.000 0.000 NA   NA
 7744753 7744754 JDM1_1514 JDM1_1515     FALSE 0.101 115.000 0.000 NA   NA
 7744754 7744755 JDM1_1515 JDM1_1516     FALSE 0.099 116.000 0.000 NA   NA
 7744755 7744756 JDM1_1516 JDM1_1517     FALSE 0.124 92.000 0.000 NA   NA
 7744756 7744757 JDM1_1517 JDM1_1518     FALSE 0.144 82.000 0.000 NA   NA
 7744759 7744760 JDM1_1520 JDM1_1521     TRUE 0.529 7.000 0.000 NA   NA
 7744760 7744761 JDM1_1521 JDM1_1522     FALSE 0.030 220.000 0.000 NA   NA
 7744763 7744764 JDM1_1524 JDM1_1525     FALSE 0.038 193.000 0.000 NA   NA
 7744765 7744766 JDM1_1526 JDM1_1527     FALSE 0.101 115.000 0.000 NA   NA
 7744766 7744767 JDM1_1527 JDM1_1528     FALSE 0.471 27.000 0.000 NA   NA
 7744768 7744769 JDM1_1529 JDM1_1530 ispD   TRUE 0.988 2.000 0.367 1.000 N NA
 7744769 7744770 JDM1_1530 JDM1_1531     FALSE 0.278 102.000 0.000 1.000 N NA
 7744770 7744771 JDM1_1531 JDM1_1532   tagB2 TRUE 0.987 26.000 0.250 0.001 Y NA
 7744771 7744772 JDM1_1532 JDM1_1533 tagB2   FALSE 0.115 99.000 0.000 NA   NA
 7744772 7744773 JDM1_1533 JDM1_1534     FALSE 0.028 227.000 0.000 NA   NA
 7744773 7744774 JDM1_1534 JDM1_1535   gshR3 TRUE 0.934 66.000 0.400 1.000 N NA
 7744776 7744777 JDM1_1537 JDM1_1538     FALSE 0.484 18.000 0.000 NA   NA
 7744777 7744778 JDM1_1538 JDM1_1539     TRUE 0.869 -10.000 0.000 NA   NA
 7744780 7744781 JDM1_1541 JDM1_1542     FALSE 0.031 213.000 0.000 NA   NA
 7744782 7744783 JDM1_1543 JDM1_1544 msrA2 msrA3 TRUE 0.966 28.000 0.048 0.002 Y NA
 7744783 7744784 JDM1_1544 JDM1_1545 msrA3   FALSE 0.230 128.000 0.000 1.000 N NA
 7744784 7744785 JDM1_1545 JDM1_1546     TRUE 0.925 23.000 0.028 1.000 N NA
 7744785 7744786 JDM1_1546 JDM1_1547   parC FALSE 0.396 184.000 0.053 1.000 N NA
 7744786 7744787 JDM1_1547 JDM1_1548 parC parE TRUE 0.993 14.000 0.552 0.002 Y NA
 7744789 7744790 JDM1_1550 JDM1_1551   hslU TRUE 0.905 27.000 0.020 1.000 N NA
 7744790 7744791 JDM1_1551 JDM1_1552 hslU hslV TRUE 0.993 18.000 0.752 1.000 Y NA
 7744791 7744792 JDM1_1552 JDM1_1553 hslV codV TRUE 0.994 -16.000 0.113 1.000 N NA
 7744792 7744793 JDM1_1553 JDM1_1554 codV gidC TRUE 0.784 80.000 0.105 1.000 N NA
 7744793 7744794 JDM1_1554 JDM1_1555 gidC topA FALSE 0.316 279.000 0.137 1.000 N NA
 7744794 7744795 JDM1_1555 JDM1_1556 topA dprA TRUE 0.900 89.000 0.238 1.000 Y NA
 7744795 7744796 JDM1_1556 JDM1_1557 dprA rnhB TRUE 0.816 79.000 0.037 1.000 Y NA
 7744796 7744797 JDM1_1557 JDM1_1558 rnhB   TRUE 0.989 -7.000 0.148 1.000   NA
 7744797 7744798 JDM1_1558 JDM1_1559     FALSE 0.052 171.000 0.000 NA   NA
 7744798 7744799 JDM1_1559 JDM1_1560     FALSE 0.062 163.000 0.000 NA   NA
 7744801 7744802 JDM1_1562 JDM1_1563 mrr   FALSE 0.049 187.000 0.000 1.000   NA
 7744802 7744803 JDM1_1563 JDM1_1564     TRUE 0.989 -3.000 0.258 NA   NA
 7744803 7744804 JDM1_1564 JDM1_1565     FALSE 0.018 285.000 0.000 NA   NA
 7744804 7744805 JDM1_1565 JDM1_1566   ctpA FALSE 0.011 368.000 0.000 NA   NA
 7744805 7744806 JDM1_1566 JDM1_1567 ctpA   TRUE 0.897 30.000 0.080 NA   NA
 7744806 7744807 JDM1_1567 JDM1_1568     TRUE 0.937 12.000 0.136 NA   NA
 7744807 7744808 JDM1_1568 JDM1_1569     TRUE 0.985 13.000 0.828 NA   NA
 7744808 7744809 JDM1_1569 JDM1_1570     TRUE 0.556 150.000 0.136 NA   NA
 7744809 7744810 JDM1_1570 JDM1_1571   dfrA FALSE 0.415 107.000 0.012 NA   NA
 7744810 7744811 JDM1_1571 JDM1_1572 dfrA thyA TRUE 0.976 10.000 0.295 1.000 N NA
 7744811 7744812 JDM1_1572 JDM1_1573 thyA   TRUE 0.885 13.000 0.036 1.000   NA
 7744812 7744813 JDM1_1573 JDM1_1574     FALSE 0.201 185.000 0.011 NA   NA
 7744813 7744814 JDM1_1574 JDM1_1575   papL TRUE 0.660 57.000 0.014 NA   NA
 7744814 7744815 JDM1_1575 JDM1_1576 papL dapB TRUE 0.972 -3.000 0.015 1.000 N NA
 7744815 7744816 JDM1_1576 JDM1_1577 dapB   FALSE 0.022 286.000 0.000 1.000   NA
 7744816 7744817 JDM1_1577 JDM1_1578     FALSE 0.124 111.000 0.000 1.000   NA
 7744817 7744818 JDM1_1578 JDM1_1579   hbsU FALSE 0.364 212.000 0.146 1.000   NA
 7744818 7744819 JDM1_1579 JDM1_1580 hbsU   FALSE 0.293 46.000 0.000 NA   NA
 7744819 7744820 JDM1_1580 JDM1_1581   engA FALSE 0.116 98.000 0.000 NA   NA
 7744820 7744821 JDM1_1581 JDM1_1582 engA rpsA FALSE 0.435 135.000 0.032 1.000   NA
 7744821 7744822 JDM1_1582 JDM1_1583 rpsA cmk TRUE 0.671 90.000 0.047 1.000 N NA
 7744822 7744823 JDM1_1583 JDM1_1584 cmk   TRUE 0.767 35.000 0.005 1.000   NA
 7744823 7744824 JDM1_1584 JDM1_1585   recQ2 TRUE 0.758 62.000 0.063 1.000   NA
 7744824 7744825 JDM1_1585 JDM1_1586 recQ2   TRUE 0.994 -13.000 0.222 NA   NA
 7744825 7744826 JDM1_1586 JDM1_1587     FALSE 0.088 336.000 0.033 NA   NA
 7744826 7744827 JDM1_1587 JDM1_1588   rluB FALSE 0.016 300.000 0.000 NA   NA
 7744827 7744828 JDM1_1588 JDM1_1589 rluB   TRUE 0.986 0.000 0.224 NA N NA
 7744828 7744829 JDM1_1589 JDM1_1590     TRUE 0.997 -13.000 0.570 NA   NA
 7744829 7744830 JDM1_1590 JDM1_1591     TRUE 0.964 -4.000 0.013 NA   NA
 7744830 7744831 JDM1_1591 JDM1_1592     TRUE 0.754 39.000 0.013 NA   NA
 7744831 7744832 JDM1_1592 JDM1_1593     TRUE 0.883 8.000 0.024 NA   NA
 7744832 7744833 JDM1_1593 JDM1_1594     TRUE 0.683 56.000 0.019 NA   NA
 7744833 7744834 JDM1_1594 JDM1_1595   pyk FALSE 0.036 983.000 0.027 NA   NA
 7744834 7744835 JDM1_1595 JDM1_1596 pyk pfkA TRUE 0.926 86.000 0.261 0.006 Y NA
 7744835 7744836 JDM1_1596 JDM1_1597 pfkA dnaE TRUE 0.694 114.000 0.098 1.000 N NA
 7744838 7744839 JDM1_1599 JDM1_1600 clpB pepT FALSE 0.481 117.000 0.003 1.000 N NA
 7744839 7744840 JDM1_1600 JDM1_1601 pepT   TRUE 0.828 39.000 0.051 NA   NA
 7744840 7744841 JDM1_1601 JDM1_1602     TRUE 0.995 -13.000 0.283 NA   NA
 7744843 7744844 JDM1_1604 JDM1_1605 drrB drrA TRUE 0.991 15.000 0.920 1.000 N NA
 7744846 7744847 JDM1_1607 JDM1_1608 pps   FALSE 0.023 430.000 0.000 NA N NA
 7744847 7744848 JDM1_1608 JDM1_1609     TRUE 0.992 -7.000 0.154 NA N NA
 7744850 7744851 JDM1_1611 JDM1_1612     FALSE 0.013 331.000 0.000 NA   NA
 7744851 7744852 JDM1_1612 JDM1_1613   mntA FALSE 0.124 111.000 0.000 1.000   NA
 7744852 7744853 JDM1_1613 JDM1_1614 mntA eno TRUE 0.687 68.000 0.006 1.000 N NA
 7744853 7744854 JDM1_1614 JDM1_1615 eno   FALSE 0.059 174.000 0.000 1.000   NA
 7744856 7744857 JDM1_1617 JDM1_1618 dapE1   FALSE 0.224 121.000 0.000 NA N NA
 7744857 7744858 JDM1_1618 JDM1_1619     TRUE 0.990 -18.000 0.070 NA   NA
 7744859 7744860 JDM1_1620 JDM1_1621   mutT TRUE 0.742 16.000 0.000 1.000 N NA
 7744861 7744862 JDM1_1622 JDM1_1623 nrpR2   FALSE 0.058 167.000 0.000 NA   NA
 7744862 7744863 JDM1_1623 JDM1_1624     FALSE 0.027 230.000 0.000 NA   NA
 7744863 7744864 JDM1_1624 JDM1_1625     FALSE 0.008 436.000 0.000 NA   NA
 7744864 7744865 JDM1_1625 JDM1_1626     FALSE 0.482 15.000 0.000 NA   NA
 7744865 7744866 JDM1_1626 JDM1_1627   gph2 FALSE 0.076 160.000 0.000 1.000   NA
 7744866 7744867 JDM1_1627 JDM1_1628 gph2 thgA2 TRUE 0.865 -7.000 0.000 1.000   NA
 7744869 7744870 JDM1_1629 JDM1_1631     FALSE 0.013 332.000 0.000 NA   NA
 7744870 7744871 JDM1_1631 JDM1_1632     FALSE 0.083 138.000 0.000 NA   NA
 7744871 7744872 JDM1_1632 JDM1_1633     TRUE 0.604 3.000 0.000 NA   NA
 7744873 7744874 JDM1_1634 JDM1_1635     FALSE 0.163 164.000 0.000 1.000 N NA
 7744875 7744876 JDM1_1636 JDM1_1637   nox4 FALSE 0.012 342.000 0.000 NA   NA
 7744876 7744877 JDM1_1637 JDM1_1638 nox4 rrp6 FALSE 0.082 155.000 0.000 1.000   NA
 7744877 7744878 JDM1_1638 JDM1_1639 rrp6 hpk6 TRUE 0.996 10.000 0.857 0.007 Y NA
 7744878 7744879 JDM1_1639 JDM1_1640 hpk6   TRUE 0.994 -16.000 0.167 NA   NA
 7744879 7744880 JDM1_1640 JDM1_1641     TRUE 0.975 -3.000 0.080 NA   NA
 7744880 7744881 JDM1_1641 JDM1_1642     FALSE 0.034 204.000 0.000 NA   NA
 7744882 7744883 JDM1_1643 JDM1_1644     TRUE 0.503 28.000 0.000 1.000   NA
 7744883 7744884 JDM1_1644 JDM1_1645     TRUE 0.991 -3.000 0.333 NA   NA
 7744884 7744885 JDM1_1645 JDM1_1646     FALSE 0.006 544.000 0.000 NA   NA
 7744885 7744886 JDM1_1646 JDM1_1647     TRUE 0.970 14.000 0.368 NA   NA
 7744887 7744888 JDM1_1648 JDM1_1649     TRUE 0.772 -3.000 0.000 NA   NA
 7744888 7744889 JDM1_1649 JDM1_1650     TRUE 0.631 2.000 0.000 NA   NA
 7744889 7744890 JDM1_1650 JDM1_1651     TRUE 0.990 -16.000 0.027 1.000 N NA
 7744892 7744893 JDM1_1653 JDM1_1654 rpoD dnaG TRUE 0.840 82.000 0.209 1.000 N NA
 7744893 7744894 JDM1_1654 JDM1_1655 dnaG glyS FALSE 0.195 257.000 0.017 1.000 N NA
 7744894 7744895 JDM1_1655 JDM1_1656 glyS glyQ TRUE 0.997 0.000 0.651 0.001 Y NA
 7744895 7744896 JDM1_1656 JDM1_1657 glyQ recO FALSE 0.153 323.000 0.036 1.000 N NA
 7744896 7744897 JDM1_1657 JDM1_1658 recO era TRUE 0.913 31.000 0.108 1.000   NA
 7744897 7744898 JDM1_1658 JDM1_1659 era   TRUE 0.842 41.000 0.063 1.000   NA
 7744898 7744899 JDM1_1659 JDM1_1660     TRUE 0.985 -16.000 0.035 NA   NA
 7744899 7744900 JDM1_1660 JDM1_1661   phoH TRUE 0.977 10.000 0.457 NA   NA
 7744900 7744901 JDM1_1661 JDM1_1662 phoH   FALSE 0.103 314.000 0.027 1.000   NA
 7744901 7744902 JDM1_1662 JDM1_1663   rpsU TRUE 0.912 42.000 0.150 0.025   NA
 7744904 7744905 JDM1_1665 JDM1_1666   nfo FALSE 0.486 58.000 0.000 1.000 N NA
 7744905 7744906 JDM1_1666 JDM1_1667 nfo tagB3 FALSE 0.257 113.000 0.000 1.000 N NA
 7744906 7744907 JDM1_1667 JDM1_1668 tagB3   FALSE 0.011 374.000 0.000 NA   NA
 7744907 7744908 JDM1_1668 JDM1_1669   msrA4 FALSE 0.266 203.000 0.062 NA   NA
 7744908 7744909 JDM1_1669 JDM1_1670 msrA4 aspS FALSE 0.342 81.000 0.000 1.000 N NA
 7744909 7744910 JDM1_1670 JDM1_1671 aspS hisS TRUE 0.964 42.000 0.161 0.042 Y NA
 7744911 7744912 JDM1_1672 JDM1_1673 lytH   FALSE 0.207 269.000 0.038 NA N NA
 7744913 7744914 JDM1_1674 JDM1_1675     TRUE 0.554 73.000 0.009 1.000   NA
 7744914 7744915 JDM1_1675 JDM1_1676   relA TRUE 0.966 10.000 0.177 1.000 N NA
 7744915 7744916 JDM1_1676 JDM1_1677 relA   TRUE 0.519 81.000 0.016 NA   NA
 7744916 7744917 JDM1_1677 JDM1_1678     TRUE 0.545 71.000 0.006 NA   NA
 7744917 7744918 JDM1_1678 JDM1_1679     TRUE 0.954 13.000 0.227 NA   NA
 7744918 7744919 JDM1_1679 JDM1_1680     FALSE 0.264 109.000 0.000 1.000 N NA
 7744919 7744920 JDM1_1680 JDM1_1681     FALSE 0.202 67.000 0.000 NA   NA
 7744922 7744923 JDM1_1683 JDM1_1684 lepA1 dltD TRUE 0.508 164.000 0.002 NA Y NA
 7744923 7744924 JDM1_1684 JDM1_1685 dltD dltC1 TRUE 0.993 -3.000 0.409 NA   NA
 7744924 7744925 JDM1_1685 JDM1_1686 dltC1 dltB TRUE 0.975 24.000 0.387 NA   NA
 7744925 7744926 JDM1_1686 JDM1_1687 dltB dltA TRUE 0.995 -3.000 0.435 NA N NA
 7744926 7744927 JDM1_1687 JDM1_1688 dltA dltX TRUE 0.958 43.000 0.549 NA   NA
 7744927 7744928 JDM1_1688 JDM1_1689 dltX pbpX2 FALSE 0.403 32.000 0.000 NA   NA
 7744928 7744929 JDM1_1689 JDM1_1690 pbpX2 dnaJ FALSE 0.027 416.000 0.000 1.000 N NA
 7744929 7744930 JDM1_1690 JDM1_1691 dnaJ dnaK TRUE 0.895 102.000 0.196 0.002 Y NA
 7744930 7744931 JDM1_1691 JDM1_1692 dnaK   TRUE 0.924 44.000 0.026 0.006 Y NA
 7744931 7744932 JDM1_1692 JDM1_1693   hrcA TRUE 0.937 21.000 0.051 1.000 N NA
 7744932 7744933 JDM1_1693 JDM1_1694 hrcA aldB FALSE 0.029 391.000 0.000 1.000 N NA
 7744933 7744934 JDM1_1694 JDM1_1695 aldB ribC2 TRUE 0.850 1.000 0.000 1.000 N NA
 7744934 7744935 JDM1_1695 JDM1_1696 ribC2 truB TRUE 0.974 13.000 0.308 1.000 N NA
 7744935 7744936 JDM1_1696 JDM1_1697 truB aroI FALSE 0.022 472.000 0.000 1.000 N NA
 7744936 7744937 JDM1_1697 JDM1_1698 aroI tyrA TRUE 0.924 3.000 0.000 1.000 Y NA
 7744937 7744938 JDM1_1698 JDM1_1699 tyrA aroA TRUE 0.979 3.000 0.069 1.000 Y NA
 7744938 7744939 JDM1_1699 JDM1_1700 aroA   TRUE 0.819 14.000 0.003 NA   NA
 7744939 7744940 JDM1_1700 JDM1_1701   aroF TRUE 0.841 9.000 0.003 NA   NA
 7744940 7744941 JDM1_1701 JDM1_1702 aroF   TRUE 0.962 -7.000 0.000 0.002 N NA
 7744941 7744942 JDM1_1702 JDM1_1703   rbfA FALSE 0.016 649.000 0.000 1.000 N NA
 7744942 7744943 JDM1_1703 JDM1_1704 rbfA infB TRUE 0.992 23.000 0.530 1.000 Y NA
 7744943 7744944 JDM1_1704 JDM1_1705 infB   TRUE 0.981 15.000 0.223 NA Y NA
 7744944 7744945 JDM1_1705 JDM1_1706     TRUE 0.997 -10.000 0.408 NA N NA
 7744945 7744946 JDM1_1706 JDM1_1707   nusA TRUE 0.969 45.000 0.323 NA Y NA
 7744946 7744947 JDM1_1707 JDM1_1708 nusA   TRUE 0.986 21.000 0.759 NA   NA
 7744947 7744948 JDM1_1708 JDM1_1709   polC FALSE 0.143 296.000 0.059 NA   NA
 7744948 7744949 JDM1_1709 JDM1_1710 polC proS FALSE 0.124 494.000 0.070 0.041 N NA
 7744949 7744950 JDM1_1710 JDM1_1711 proS   TRUE 0.908 40.000 0.095 1.000 N NA
 7744950 7744951 JDM1_1711 JDM1_1712   cdsA TRUE 0.879 38.000 0.040 1.000 N NA
 7744951 7744952 JDM1_1712 JDM1_1713 cdsA uppS TRUE 0.974 16.000 0.113 1.000 Y NA
 7744952 7744953 JDM1_1713 JDM1_1714 uppS frr TRUE 0.855 120.000 0.409 1.000 N NA
 7744953 7744954 JDM1_1714 JDM1_1715 frr pyrH TRUE 0.993 2.000 0.626 1.000 N NA
 7744954 7744955 JDM1_1715 JDM1_1716 pyrH tsf TRUE 0.671 200.000 0.416 1.000 N NA
 7744955 7744956 JDM1_1716 JDM1_1717 tsf rpsB TRUE 0.952 103.000 0.748 1.000 Y NA
 7744958 7744959 JDM1_1719 JDM1_1720 ldhD   TRUE 0.687 85.000 0.044 1.000 N NA
 7744959 7744960 JDM1_1720 JDM1_1721     TRUE 0.852 67.000 0.209 1.000   NA
 7744962 7744963 JDM1_1723 JDM1_1724     TRUE 0.688 98.000 0.145 NA   NA
 7744964 7744965 JDM1_1725 JDM1_1726 lexA   FALSE 0.006 556.000 0.000 NA   NA
 7744966 7744967 JDM1_1727 JDM1_1728 mvaS   FALSE 0.366 36.000 0.000 NA   NA
 7744968 7744969 JDM1_1729 JDM1_1730     FALSE 0.008 446.000 0.000 NA   NA
 7744969 7744970 JDM1_1730 JDM1_1731     FALSE 0.007 524.000 0.000 NA   NA
 7744970 7744971 JDM1_1731 JDM1_1732     FALSE 0.016 300.000 0.000 NA   NA
 7744971 7744972 JDM1_1732 JDM1_1733     FALSE 0.030 220.000 0.000 NA   NA
 7744972 7744973 JDM1_1733 JDM1_1734     FALSE 0.009 427.000 0.000 NA   NA
 7744974 7744975 JDM1_1735 JDM1_1736     FALSE 0.123 168.000 0.000 0.013   NA
 7744975 7744976 JDM1_1736 JDM1_1737     FALSE 0.231 60.000 0.000 NA   NA
 7744978 7744979 JDM1_tRNA35 JDM1_1739     FALSE 0.111 103.000 0.000 NA   NA
 7744979 7744980 JDM1_1739 JDM1_1740     FALSE 0.111 103.000 0.000 NA   NA
 7744980 7744981 JDM1_1740 JDM1_1741     FALSE 0.471 13.000 0.000 NA   NA
 7744985 7744986 JDM1_1745 JDM1_1746 apt recJ TRUE 0.957 19.000 0.128 1.000 N NA
 7744986 7744987 JDM1_1746 JDM1_1747 recJ   TRUE 0.881 22.000 0.026 NA   NA
 7744987 7744988 JDM1_1747 JDM1_1748     TRUE 0.890 13.000 0.048 NA   NA
 7744988 7744989 JDM1_1748 JDM1_1749     TRUE 0.924 10.000 0.074 1.000   NA
 7744992 7744993 JDM1_1752 JDM1_1753 fruR fruK TRUE 0.998 -3.000 0.721 1.000 Y NA
 7744993 7744994 JDM1_1753 JDM1_1754 fruK pts16ABC TRUE 0.995 22.000 0.816 1.000 Y NA
 7744994 7744995 JDM1_1754 JDM1_1755 pts16ABC   FALSE 0.097 140.000 0.000 1.000   NA
 7744996 7744997 JDM1_1756 JDM1_1757 cps4J cps4I FALSE 0.150 80.000 0.000 NA   NA
 7744997 7744998 JDM1_1757 JDM1_1758 cps4I cps4H TRUE 0.890 -15.000 0.000 NA   NA
 7744998 7744999 JDM1_1758 JDM1_1759 cps4H cps4G TRUE 0.772 -3.000 0.000 NA   NA
 7744999 7745000 JDM1_1759 JDM1_1760 cps4G cps4F TRUE 0.908 16.000 0.000 0.016 Y NA
 7745000 7745001 JDM1_1760 JDM1_1761 cps4F cps4E TRUE 0.982 0.000 0.047 NA Y NA
 7745001 7745002 JDM1_1761 JDM1_1762 cps4E   TRUE 0.901 -19.000 0.000 NA   NA
 7745002 7745003 JDM1_1762 JDM1_1763     FALSE 0.182 134.000 0.000 0.007   NA
 7745003 7745004 JDM1_1763 JDM1_1764   cps4C TRUE 0.536 16.000 0.000 1.000   NA
 7745004 7745005 JDM1_1764 JDM1_1765 cps4C cps4B TRUE 0.994 -19.000 0.080 1.000 N NA
 7745005 7745006 JDM1_1765 JDM1_1766 cps4B cps4A TRUE 0.987 19.000 0.615 1.000 N NA
 7745006 7745007 JDM1_1766 JDM1_1767 cps4A uvrC FALSE 0.026 423.000 0.000 1.000 N NA
 7745007 7745008 JDM1_1767 JDM1_1768 uvrC glnQ3 FALSE 0.279 183.000 0.004 1.000 N NA
 7745008 7745009 JDM1_1768 JDM1_1769 glnQ3 glnPH2 TRUE 0.998 -7.000 0.410 1.000 Y NA
 7745011 7745012 JDM1_1771 JDM1_1772     FALSE 0.024 247.000 0.000 NA   NA
 7745012 7745013 JDM1_1772 JDM1_1773     TRUE 0.908 2.000 0.011 NA   NA
 7745013 7745014 JDM1_1773 JDM1_1774   clpX FALSE 0.388 159.000 0.043 1.000   NA
 7745014 7745015 JDM1_1774 JDM1_1775 clpX tig FALSE 0.338 295.000 0.033 0.002 Y NA
 7745015 7745016 JDM1_1775 JDM1_1776 tig tuf FALSE 0.251 204.000 0.011 1.000 N NA
 7745016 7745017 JDM1_1776 JDM1_1777 tuf   FALSE 0.144 215.000 0.006 NA   NA
 7745017 7745018 JDM1_1777 JDM1_1778     TRUE 0.848 63.000 0.182 NA   NA
 7745018 7745019 JDM1_1778 JDM1_1779   dapA1 TRUE 0.896 20.000 0.035 1.000   NA
 7745019 7745020 JDM1_1779 JDM1_1780 dapA1   FALSE 0.228 118.000 0.000 NA N NA
 7745020 7745021 JDM1_1780 JDM1_1781   rpsO FALSE 0.201 137.000 0.000 NA N NA
 7745023 7745024 JDM1_1783 JDM1_1784 holA comEC TRUE 0.995 -49.000 0.163 1.000   NA
 7745024 7745025 JDM1_1784 JDM1_1785 comEC comEB TRUE 0.951 1.000 0.055 1.000   NA
 7745025 7745026 JDM1_1785 JDM1_1786 comEB   TRUE 0.835 52.000 0.095 1.000   NA
 7745026 7745027 JDM1_1786 JDM1_1787     FALSE 0.471 13.000 0.000 NA   NA
 7745027 7745028 JDM1_1787 JDM1_1788   lon FALSE 0.111 103.000 0.000 NA   NA
 7745028 7745029 JDM1_1788 JDM1_1789 lon kdtB TRUE 0.987 -7.000 0.052 1.000 N NA
 7745029 7745030 JDM1_1789 JDM1_1790 kdtB   TRUE 0.986 4.000 0.367 1.000 N NA
 7745030 7745031 JDM1_1790 JDM1_1791     TRUE 0.897 16.000 0.048 NA   NA
 7745031 7745032 JDM1_1791 JDM1_1792   pycA FALSE 0.288 161.000 0.014 NA   NA
 7745032 7745033 JDM1_1792 JDM1_1793 pycA ftsW TRUE 0.915 28.000 0.035 1.000 N NA
 7745033 7745034 JDM1_1793 JDM1_1794 ftsW   FALSE 0.008 463.000 0.000 NA   NA
 7745034 7745035 JDM1_1794 JDM1_1795   ica2 FALSE 0.113 102.000 0.000 NA   NA
 7745035 7745036 JDM1_1795 JDM1_1796 ica2   TRUE 0.992 -3.000 0.400 NA   NA
 7745036 7745037 JDM1_1796 JDM1_1797     FALSE 0.163 1046.000 0.400 NA   NA
 7745037 7745038 JDM1_1797 JDM1_1798   typA FALSE 0.025 268.000 0.000 1.000   NA
 7745038 7745039 JDM1_1798 JDM1_1799 typA suhB FALSE 0.310 190.000 0.024 1.000 N NA
 7745039 7745040 JDM1_1799 JDM1_1800 suhB   TRUE 0.970 11.000 0.337 NA   NA
 7745040 7745041 JDM1_1800 JDM1_1801   ldhL1 TRUE 0.987 -13.000 0.060 NA   NA
 7745041 7745042 JDM1_1801 JDM1_1802 ldhL1 pdhD FALSE 0.070 405.000 0.000 1.000 Y NA
 7745042 7745043 JDM1_1802 JDM1_1803 pdhD pdhC TRUE 0.996 8.000 0.948 1.000 Y NA
 7745043 7745044 JDM1_1803 JDM1_1804 pdhC pdhB TRUE 0.986 58.000 0.883 0.054 Y NA
 7745044 7745045 JDM1_1804 JDM1_1805 pdhB pdhA TRUE 0.996 2.000 0.484 0.001 Y NA
 7745048 7745049 JDM1_1808 JDM1_1809     TRUE 0.994 -3.000 0.576 NA   NA
 7745049 7745050 JDM1_1809 JDM1_1810     FALSE 0.253 63.000 0.000 1.000   NA
 7745050 7745051 JDM1_1810 JDM1_1811     TRUE 0.739 76.000 0.111 NA   NA
 7745052 7745053 JDM1_1812 JDM1_1813     TRUE 0.651 174.000 0.375 NA   NA
 7745053 7745054 JDM1_1813 JDM1_1814   prs2 FALSE 0.033 359.000 0.000 1.000 N NA
 7745054 7745055 JDM1_1814 JDM1_1815 prs2 recD TRUE 0.541 155.000 0.066 1.000 N NA
 7745055 7745056 JDM1_1815 JDM1_1816 recD   TRUE 0.965 16.000 0.281 1.000   NA
 7745056 7745057 JDM1_1816 JDM1_1817   pgm6 TRUE 0.956 21.000 0.183 1.000   NA
 7745057 7745058 JDM1_1817 JDM1_1818 pgm6   FALSE 0.007 524.000 0.000 NA   NA
 7745058 7745059 JDM1_1818 JDM1_1819     TRUE 0.529 7.000 0.000 NA   NA
 7745059 7745060 JDM1_1819 JDM1_1820     FALSE 0.308 44.000 0.000 NA   NA
 7745060 7745061 JDM1_1820 JDM1_1821   ktrA FALSE 0.019 282.000 0.000 NA   NA
 7745061 7745062 JDM1_1821 JDM1_1822 ktrA ntpJ TRUE 0.984 10.000 0.176 0.003 Y NA
 7745062 7745063 JDM1_1822 JDM1_1823 ntpJ trmU FALSE 0.109 190.000 0.000 1.000 N NA
 7745063 7745064 JDM1_1823 JDM1_1824 trmU   FALSE 0.423 117.000 0.021 NA   NA
 7745064 7745065 JDM1_1824 JDM1_1825   csd2 TRUE 0.966 3.000 0.166 NA   NA
 7745065 7745066 JDM1_1825 JDM1_1826 csd2 mtn TRUE 0.783 59.000 0.029 1.000 N NA
 7745066 7745067 JDM1_1826 JDM1_1827 mtn   TRUE 0.866 21.000 0.016 NA   NA
 7745067 7745068 JDM1_1827 JDM1_1828     TRUE 0.926 0.000 0.010 NA   NA
 7745068 7745069 JDM1_1828 JDM1_1829   dapF FALSE 0.243 195.000 0.002 1.000 N NA
 7745069 7745070 JDM1_1829 JDM1_1830 dapF ileS FALSE 0.105 334.000 0.010 1.000 N NA
 7745070 7745071 JDM1_1830 JDM1_1831 ileS divIVA FALSE 0.122 314.000 0.012 NA N NA
 7745071 7745072 JDM1_1831 JDM1_1832 divIVA   TRUE 0.980 18.000 0.579 NA   NA
 7745072 7745073 JDM1_1832 JDM1_1833     TRUE 0.968 24.000 0.287 1.000   NA
 7745073 7745074 JDM1_1833 JDM1_1834     TRUE 0.970 13.000 0.370 NA   NA
 7745074 7745075 JDM1_1834 JDM1_1835   ftsZ TRUE 0.872 24.000 0.020 NA   NA
 7745075 7745076 JDM1_1835 JDM1_1836 ftsZ ftsA TRUE 0.987 30.000 0.460 1.000 Y NA
 7745076 7745077 JDM1_1836 JDM1_1837 ftsA ftsQ TRUE 0.847 117.000 0.389 NA N NA
 7745077 7745078 JDM1_1837 JDM1_1838 ftsQ murG TRUE 0.969 22.000 0.072 NA Y NA
 7745078 7745079 JDM1_1838 JDM1_1839 murG murD TRUE 0.985 0.000 0.060 1.000 Y NA
 7745079 7745080 JDM1_1839 JDM1_1840 murD mraY TRUE 0.760 281.000 0.647 0.004 Y NA
 7745080 7745081 JDM1_1840 JDM1_1841 mraY pbp2B2 TRUE 0.952 29.000 0.038 1.000 Y NA
 7745081 7745082 JDM1_1841 JDM1_1842 pbp2B2 ftsL TRUE 0.989 -3.000 0.167 1.000 N NA
 7745082 7745083 JDM1_1842 JDM1_1843 ftsL mraW TRUE 0.907 22.000 0.009 1.000 N NA
 7745083 7745084 JDM1_1843 JDM1_1844 mraW mraZ TRUE 0.973 34.000 0.635 NA   NA
 7745084 7745085 JDM1_1844 JDM1_1845 mraZ   FALSE 0.241 169.000 0.008 NA   NA
 7745087 7745088 JDM1_1847 JDM1_1848 ftsK2 cspR TRUE 0.567 92.000 0.009 1.000 N NA
 7745089 7745090 JDM1_1849 JDM1_1850   brnQ2 FALSE 0.015 335.000 0.000 1.000   NA
 7745090 7745091 JDM1_1850 JDM1_1852 brnQ2   FALSE 0.019 279.000 0.000 NA   NA
 7745094 7745095 JDM1_1854 JDM1_1855   pts17A TRUE 0.967 15.000 0.324 NA   NA
 7745096 7745097 JDM1_1856 JDM1_1857   cutC TRUE 0.742 16.000 0.000 1.000 N NA
 7745098 7745099 JDM1_1858 JDM1_1859 rluD2 ppnK TRUE 0.984 -3.000 0.080 1.000 N NA
 7745099 7745100 JDM1_1859 JDM1_1860 ppnK   TRUE 0.996 -3.000 0.725 1.000   NA
 7745102 7745103 JDM1_1862 JDM1_1863 pepF1 coiA TRUE 0.797 78.000 0.204 NA   NA
 7745103 7745104 JDM1_1863 JDM1_1864 coiA mecA FALSE 0.459 185.000 0.178 NA   NA
 7745104 7745105 JDM1_1864 JDM1_1865 mecA nrpR3 FALSE 0.203 136.000 0.000 NA N NA
 7745105 7745106 JDM1_1865 JDM1_1866 nrpR3   FALSE 0.021 287.000 0.000 1.000   NA
 7745108 7745109 JDM1_tRNA36 JDM1_tRNA37     TRUE 0.604 3.000 0.000 NA   NA
 7745109 7745110 JDM1_tRNA37 JDM1_tRNA38     TRUE 0.502 10.000 0.000 NA   NA
 7745110 7745111 JDM1_tRNA38 JDM1_tRNA39     TRUE 0.500 20.000 0.000 NA   NA
 7745111 7745112 JDM1_tRNA39 JDM1_tRNA40     TRUE 0.556 5.000 0.000 NA   NA
 7745112 7745113 JDM1_tRNA40 JDM1_tRNA41     TRUE 0.529 7.000 0.000 NA   NA
 7745113 7745114 JDM1_tRNA41 JDM1_tRNA42     FALSE 0.471 13.000 0.000 NA   NA
 7745114 7745115 JDM1_tRNA42 JDM1_tRNA43     FALSE 0.441 29.000 0.000 NA   NA
 7745115 7745116 JDM1_tRNA43 JDM1_tRNA44     TRUE 0.577 4.000 0.000 NA   NA
 7745116 7745117 JDM1_tRNA44 JDM1_tRNA45     TRUE 0.529 7.000 0.000 NA   NA
 7745117 7745118 JDM1_tRNA45 JDM1_tRNA46     FALSE 0.335 40.000 0.000 NA   NA
 7745118 7745119 JDM1_tRNA46 JDM1_tRNA47     FALSE 0.488 16.000 0.000 NA   NA
 7745119 7745120 JDM1_tRNA47 JDM1_tRNA48     FALSE 0.403 32.000 0.000 NA   NA
 7745120 7745121 JDM1_tRNA48 JDM1_tRNA49     TRUE 0.540 6.000 0.000 NA   NA
 7745121 7745122 JDM1_tRNA49 JDM1_tRNA50     TRUE 0.491 11.000 0.000 NA   NA
 7745122 7745123 JDM1_tRNA50 JDM1_tRNA51     FALSE 0.488 16.000 0.000 NA   NA
 7745123 7745124 JDM1_tRNA51 JDM1_tRNA52     FALSE 0.486 17.000 0.000 NA   NA
 7745124 7745125 JDM1_tRNA52 JDM1_tRNA53     FALSE 0.119 95.000 0.000 NA   NA
 7745125 7745126 JDM1_tRNA53 JDM1_tRNA54     TRUE 0.631 2.000 0.000 NA   NA
 7745126 7745127 JDM1_tRNA54 JDM1_tRNA55     TRUE 0.915 -72.000 0.000 NA   NA
 7745127 7745128 JDM1_tRNA55 JDM1_rRNA07     TRUE 0.556 5.000 0.000 NA   NA
 7745128 7745129 JDM1_rRNA07 JDM1_tRNA56     FALSE 0.255 55.000 0.000 NA   NA
 7745129 7745130 JDM1_tRNA56 JDM1_tRNA57     TRUE 0.631 2.000 0.000 NA   NA
 7745130 7745131 JDM1_tRNA57 JDM1_tRNA58     TRUE 0.915 -72.000 0.000 NA   NA
 7745131 7745132 JDM1_tRNA58 JDM1_rRNA08     TRUE 0.556 5.000 0.000 NA   NA
 7745132 7745133 JDM1_rRNA08 JDM1_rRNA09     FALSE 0.184 71.000 0.000 NA   NA
 7745133 7745134 JDM1_rRNA09 JDM1_rRNA10     FALSE 0.033 206.000 0.000 NA   NA
 7745134 7745135 JDM1_rRNA10 JDM1_1868     FALSE 0.007 498.000 0.000 NA   NA
 7745135 7745136 JDM1_1868 JDM1_1869     TRUE 0.951 0.000 0.041 NA   NA
 7745136 7745137 JDM1_1869 JDM1_1870   ppiB TRUE 0.671 130.000 0.110 1.000 N NA
 7745139 7745140 JDM1_1872 JDM1_1873     TRUE 0.996 -16.000 0.330 NA   NA
 7745140 7745141 JDM1_1873 JDM1_1874     TRUE 0.970 22.000 0.320 NA   NA
 7745141 7745142 JDM1_1874 JDM1_1875     TRUE 0.971 19.000 0.347 NA   NA
 7745142 7745143 JDM1_1875 JDM1_1876     TRUE 0.729 70.000 0.069 1.000   NA
 7745145 7745146 JDM1_1878 JDM1_1879   ack3 FALSE 0.042 320.000 0.000 1.000 N NA
 7745146 7745147 JDM1_1879 JDM1_1880 ack3   TRUE 0.931 12.000 0.052 1.000 N NA
 7745147 7745148 JDM1_1880 JDM1_1881     FALSE 0.031 212.000 0.000 NA   NA
 7745148 7745149 JDM1_1881 JDM1_1882     FALSE 0.169 75.000 0.000 NA   NA
 7745149 7745150 JDM1_1882 JDM1_1883   comGC TRUE 0.995 -10.000 0.320 NA   NA
 7745150 7745151 JDM1_1883 JDM1_1884 comGC comGB TRUE 0.998 -3.000 0.861 NA Y NA
 7745151 7745152 JDM1_1884 JDM1_1885 comGB comGA TRUE 0.998 -64.000 0.639 1.000   NA
 7745152 7745153 JDM1_1885 JDM1_1886 comGA rbsK2 FALSE 0.192 200.000 0.015 1.000   NA
 7745153 7745154 JDM1_1886 JDM1_1887 rbsK2   FALSE 0.313 137.000 0.002 NA   NA
 7745154 7745155 JDM1_1887 JDM1_1888     FALSE 0.030 218.000 0.000 NA   NA
 7745155 7745156 JDM1_1888 JDM1_1889     TRUE 0.841 -7.000 0.000 NA   NA
 7745156 7745157 JDM1_1889 JDM1_1890   ccpA FALSE 0.221 123.000 0.000 NA N NA
 7745159 7745160 JDM1_1892 JDM1_1893     FALSE 0.191 70.000 0.000 NA   NA
 7745160 7745161 JDM1_1893 JDM1_1894     TRUE 0.604 3.000 0.000 NA   NA
 7745163 7745164 JDM1_1896 JDM1_1897   dapD TRUE 0.972 18.000 0.372 1.000   NA
 7745164 7745165 JDM1_1897 JDM1_1898 dapD   TRUE 0.492 19.000 0.000 NA   NA
 7745165 7745166 JDM1_1898 JDM1_1899     FALSE 0.131 88.000 0.000 NA   NA
 7745166 7745167 JDM1_1899 JDM1_1900   xtp1 TRUE 0.976 -3.000 0.085 NA   NA
 7745167 7745168 JDM1_1900 JDM1_1901 xtp1 murI TRUE 0.985 -7.000 0.034 1.000 N NA
 7745170 7745171 JDM1_1903 JDM1_1904 trxA2 mutS FALSE 0.388 156.000 0.005 1.000 N NA
 7745171 7745172 JDM1_1904 JDM1_1905 mutS   TRUE 0.610 60.000 0.005 NA   NA
 7745172 7745173 JDM1_1905 JDM1_1906     FALSE 0.394 105.000 0.007 NA   NA
 7745173 7745174 JDM1_1906 JDM1_1907     TRUE 0.981 13.000 0.651 NA   NA
 7745174 7745175 JDM1_1907 JDM1_1908     TRUE 0.994 -3.000 0.537 NA   NA
 7745175 7745176 JDM1_1908 JDM1_1909   alaS FALSE 0.125 387.000 0.110 NA   NA
 7745176 7745177 JDM1_1909 JDM1_1910 alaS rhe3 FALSE 0.122 328.000 0.000 0.012 Y NA
 7745177 7745178 JDM1_1910 JDM1_1911 rhe3   TRUE 0.975 3.000 0.182 0.012   NA
 7745178 7745179 JDM1_1911 JDM1_1912   dinP TRUE 0.587 93.000 0.054 1.000   NA
 7745179 7745180 JDM1_1912 JDM1_1913 dinP   FALSE 0.344 163.000 0.002 NA N NA
 7745180 7745181 JDM1_1913 JDM1_1914   tgt TRUE 0.888 78.000 0.325 NA N NA
 7745181 7745182 JDM1_1914 JDM1_1915 tgt queA TRUE 0.622 310.000 0.360 0.001 Y NA
 7745182 7745183 JDM1_1915 JDM1_1916 queA ruvB TRUE 0.939 18.000 0.069 1.000 N NA
 7745183 7745184 JDM1_1916 JDM1_1917 ruvB ruvA TRUE 0.993 18.000 0.549 0.003 Y NA
 7745186 7745187 JDM1_1919 JDM1_1920     FALSE 0.069 154.000 0.000 NA   NA
 7745187 7745188 JDM1_1920 JDM1_1921   mutL FALSE 0.005 1039.000 0.000 NA   NA
 7745188 7745189 JDM1_1921 JDM1_1922 mutL hexA TRUE 0.812 168.000 0.220 0.001 Y NA
 7745189 7745190 JDM1_1922 JDM1_1923 hexA   TRUE 0.825 28.000 0.005 1.000   NA
 7745190 7745191 JDM1_1923 JDM1_1924     TRUE 0.727 125.000 0.245 1.000   NA
 7745191 7745192 JDM1_1924 JDM1_1925   recA FALSE 0.160 231.000 0.018 1.000   NA
 7745192 7745193 JDM1_1925 JDM1_1926 recA cinA TRUE 0.641 92.000 0.083 1.000   NA
 7745193 7745194 JDM1_1926 JDM1_1927 cinA pgsA FALSE 0.278 268.000 0.151 1.000   NA
 7745194 7745195 JDM1_1927 JDM1_1928 pgsA   TRUE 0.927 23.000 0.077 1.000   NA
 7745195 7745196 JDM1_1928 JDM1_1929     TRUE 0.737 89.000 0.156 1.000   NA
 7745196 7745197 JDM1_1929 JDM1_1930     TRUE 0.997 -3.000 0.872 0.004   NA
 7745199 7745200 JDM1_1932 JDM1_1933 glnH2 glnQ4 TRUE 0.974 13.000 0.131 1.000 Y NA
 7745200 7745201 JDM1_1933 JDM1_1934 glnQ4 glnP2 TRUE 0.974 13.000 0.136 1.000 Y NA
 7745201 7745202 JDM1_1934 JDM1_1935 glnP2 minD FALSE 0.021 480.000 0.000 1.000 N NA
 7745202 7745203 JDM1_1935 JDM1_1936 minD minC TRUE 0.995 0.000 0.368 1.000 Y NA
 7745203 7745204 JDM1_1936 JDM1_1937 minC mreD TRUE 0.939 22.000 0.106 1.000   NA
 7745204 7745205 JDM1_1937 JDM1_1938 mreD mreC TRUE 0.983 13.000 0.550 0.002   NA
 7745205 7745206 JDM1_1938 JDM1_1939 mreC mreB1 TRUE 0.715 71.000 0.024 1.000 N NA
 7745206 7745207 JDM1_1939 JDM1_1940 mreB1   FALSE 0.321 226.000 0.130 1.000   NA
 7745207 7745208 JDM1_1940 JDM1_1941   folC1 FALSE 0.390 172.000 0.074 1.000   NA
 7745208 7745209 JDM1_1941 JDM1_1942 folC1 valS FALSE 0.360 174.000 0.007 0.098 N NA
 7745209 7745210 JDM1_1942 JDM1_1943 valS tpx FALSE 0.040 324.000 0.000 1.000 N NA
 7745210 7745211 JDM1_1943 JDM1_1944 tpx gshA FALSE 0.074 240.000 0.000 1.000 N NA
 7745211 7745212 JDM1_1944 JDM1_1945 gshA thiI FALSE 0.217 205.000 0.000 1.000 Y NA
 7745212 7745213 JDM1_1945 JDM1_1946 thiI csd3 TRUE 0.979 18.000 0.349 1.000 N NA
 7745213 7745214 JDM1_1946 JDM1_1947 csd3 ezrA FALSE 0.317 312.000 0.201 1.000 N NA
 7745215 7745216 JDM1_1948 JDM1_1949   rpsD FALSE 0.227 202.000 0.005 NA N NA
 7745219 7745220 JDM1_1952 JDM1_1953     TRUE 0.692 0.000 0.000 NA   NA
 7745220 7745221 JDM1_1953 JDM1_1954     FALSE 0.156 167.000 0.000 1.000 N NA
 7745222 7745223 JDM1_1955 JDM1_1956 cshA3   FALSE 0.006 631.000 0.000 NA   NA
 7745223 7745224 JDM1_1956 JDM1_1957     TRUE 0.753 67.000 0.083 NA   NA
 7745225 7745226 JDM1_1958 JDM1_1959 bla2   FALSE 0.246 118.000 0.000 1.000 N NA
 7745226 7745227 JDM1_1959 JDM1_1960   glpQ3 FALSE 0.023 450.000 0.000 1.000 N NA
 7745227 7745228 JDM1_1960 JDM1_1961 glpQ3 ddl FALSE 0.374 76.000 0.000 1.000 N NA
 7745228 7745229 JDM1_1961 JDM1_1962 ddl   FALSE 0.278 102.000 0.000 1.000 N NA
 7745229 7745230 JDM1_1962 JDM1_1963     TRUE 0.514 22.000 0.000 NA   NA
 7745230 7745231 JDM1_1963 JDM1_1964   hicD3 FALSE 0.035 199.000 0.000 NA   NA
 7745231 7745232 JDM1_1964 JDM1_1965 hicD3   FALSE 0.066 243.000 0.000 NA N NA
 7745232 7745233 JDM1_1965 JDM1_1966     TRUE 0.978 26.000 0.181 NA Y NA
 7745233 7745234 JDM1_1966 JDM1_1967     TRUE 0.999 -7.000 0.642 1.000 Y NA
 7745234