MicrobesOnline Operon Predictions for Shewanella violacea DSS12

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column Description
Gene1 VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1 Systematic name of 1st gene in pair
Name1 Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2 VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2 Systematic name of 2nd gene in pair
Name2 Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim Whether the genes share a COG category or not
ExprSim Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

 Gene1 Gene2 SysName1 SysName2 Name1 Name2 bOp pOp Sep MOGScore GOScore COGSim ExprSim
 10390108 10390109 SVI_0002 SVI_0003     FALSE 0.233 106.000 0.000 NA   NA
 10390109 10390110 SVI_0003 SVI_0004     FALSE 0.073 196.000 0.022 NA   NA
 10390110 10390111 SVI_0004 SVI_0005   coxN TRUE 0.999 -3.000 0.344 0.004 Y NA
 10390111 10390112 SVI_0005 SVI_0006 coxN   TRUE 0.999 -3.000 0.786 0.004 Y NA
 10390112 10390113 SVI_0006 SVI_0007     TRUE 0.981 71.000 0.440 0.004 Y NA
 10390113 10390114 SVI_0007 SVI_0008     TRUE 0.759 156.000 0.488 NA   NA
 10390114 10390115 SVI_0008 SVI_0009     TRUE 0.551 78.000 0.070 NA   NA
 10390115 10390116 SVI_0009 SVI_0010     FALSE 0.154 137.000 0.000 NA   NA
 10390118 10390119 SVI_0012 SVI_0013     FALSE 0.005 442.000 0.000 NA   NA
 10390120 10390121 SVI_0014 SVI_0015     TRUE 0.963 0.000 0.100 NA   NA
 10390123 10390124 SVI_0017 SVI_0018     FALSE 0.007 495.000 0.000 1.000   NA
 10390125 10390126 SVI_0019 SVI_0020     FALSE 0.003 642.000 0.000 NA   NA
 10390126 10390127 SVI_0020 SVI_0021     TRUE 0.874 -3.000 0.000 NA   NA
 10390127 10390128 SVI_0021 SVI_0022     FALSE 0.009 327.000 0.000 NA   NA
 10390128 10390129 SVI_0022 SVI_0023     TRUE 0.966 16.000 0.375 NA   NA
 10390129 10390130 SVI_0023 SVI_0024     FALSE 0.005 456.000 0.000 NA   NA
 10390131 10390132 SVI_0025 SVI_0026   trmE FALSE 0.002 941.000 0.000 NA   NA
 10390132 10390133 SVI_0026 SVI_0027 trmE oxaA TRUE 0.727 123.000 0.221 1.000   NA
 10390133 10390134 SVI_0027 SVI_0028 oxaA   TRUE 0.990 4.000 0.461 NA   NA
 10390134 10390135 SVI_0028 SVI_0029   rnpA TRUE 0.995 -33.000 0.540 NA   NA
 10390135 10390136 SVI_0029 SVI_0030 rnpA rpmH TRUE 0.988 15.000 0.787 1.000   NA
 10390137 10390138 SVI_0031 SVI_0032 dnaA dnaN TRUE 0.986 20.000 0.328 1.000 Y NA
 10390138 10390139 SVI_0032 SVI_0033 dnaN recF FALSE 0.273 398.000 0.318 1.000 Y NA
 10390139 10390140 SVI_0033 SVI_0034 recF gyrB TRUE 0.998 2.000 0.249 0.005 Y NA
 10390143 10390144 SVI_0037 SVI_0038     TRUE 0.727 121.000 0.211 1.000   NA
 10390144 10390145 SVI_0038 SVI_0039     TRUE 0.999 -3.000 0.379 0.007 Y NA
 10390147 10390148 SVI_0041 SVI_0042 glyS glyQ TRUE 0.998 12.000 0.651 0.001 Y NA
 10390150 10390151 SVI_0044 SVI_0045     FALSE 0.017 265.000 0.000 NA   NA
 10390151 10390152 SVI_0045 SVI_0046     TRUE 0.527 20.000 0.000 NA   NA
 10390152 10390153 SVI_0046 SVI_0047   sirA TRUE 0.578 35.000 0.043 1.000   NA
 10390153 10390154 SVI_0047 SVI_0048 sirA   FALSE 0.154 167.000 0.012 1.000   NA
 10390154 10390155 SVI_0048 SVI_0049     TRUE 0.921 -3.000 0.012 1.000   NA
 10390157 10390158 SVI_0051 SVI_0052 fadA-1 fadB-1 TRUE 0.993 19.000 0.607 1.000 Y NA
 10390159 10390160 SVI_0053 SVI_0054 pepQ   TRUE 0.707 94.000 0.127 1.000   NA
 10390160 10390161 SVI_0054 SVI_0055   trkH-1 TRUE 0.596 155.000 0.202 1.000   NA
 10390161 10390162 SVI_0055 SVI_0056 trkH-1   TRUE 0.645 113.000 0.118 1.000 N NA
 10390162 10390163 SVI_0056 SVI_0057     FALSE 0.145 142.000 0.000 NA   NA
 10390164 10390165 SVI_0058 SVI_0059   trkH-2 FALSE 0.004 1376.000 0.000 1.000 N NA
 10390165 10390166 SVI_0059 SVI_0060 trkH-2 trkA TRUE 0.950 78.000 0.126 0.005 Y NA
 10390166 10390167 SVI_0060 SVI_0061 trkA rsmB TRUE 0.955 10.000 0.122 1.000 N NA
 10390167 10390168 SVI_0061 SVI_0062 rsmB fmt TRUE 0.997 0.000 0.305 1.000 Y NA
 10390168 10390169 SVI_0062 SVI_0063 fmt def-1 TRUE 0.993 8.000 0.105 0.025 Y NA
 10390170 10390171 SVI_0064 SVI_0065     FALSE 0.149 195.000 0.043 1.000   NA
 10390171 10390172 SVI_0065 SVI_0066   smg TRUE 0.963 3.000 0.124 NA   NA
 10390174 10390175 SVI_0068 SVI_0069     TRUE 0.698 102.000 0.151 NA N NA
 10390175 10390176 SVI_0069 SVI_0070   hemF TRUE 0.513 105.000 0.066 NA N NA
 10390176 10390177 SVI_0070 SVI_0071 hemF   TRUE 0.855 22.000 0.004 0.002   NA
 10390177 10390178 SVI_0071 SVI_0072     TRUE 0.838 24.000 0.004 0.002   NA
 10390178 10390179 SVI_0072 SVI_0073   aroE FALSE 0.128 233.000 0.093 1.000   NA
 10390179 10390180 SVI_0073 SVI_0074 aroE   TRUE 0.961 -3.000 0.078 NA   NA
 10390182 10390183 SVI_r001 SVI_r002 rrsA rrlA FALSE 0.009 325.000 0.000 NA   NA
 10390183 10390184 SVI_r002 SVI_r003 rrlA rrfA FALSE 0.115 156.000 0.000 NA   NA
 10390184 10390185 SVI_r003 SVI_0076 rrfA   FALSE 0.002 995.000 0.000 NA   NA
 10390186 10390187 SVI_0077 SVI_0078     FALSE 0.002 999.000 0.000 NA   NA
 10390188 10390189 SVI_r004 SVI_r005 rrsB rrlB FALSE 0.011 307.000 0.000 NA   NA
 10390189 10390190 SVI_r005 SVI_r006 rrlB rrfB FALSE 0.115 156.000 0.000 NA   NA
 10390191 10390192 SVI_0079 SVI_0080   pldB FALSE 0.003 587.000 0.000 NA   NA
 10390192 10390193 SVI_0080 SVI_0081 pldB   TRUE 0.765 114.000 0.262 NA   NA
 10390193 10390194 SVI_0081 SVI_0082   hemN FALSE 0.146 170.000 0.031 NA   NA
 10390194 10390195 SVI_0082 SVI_0083 hemN   FALSE 0.225 241.000 0.244 NA   NA
 10390195 10390196 SVI_0083 SVI_0084     TRUE 0.931 74.000 0.679 NA   NA
 10390196 10390197 SVI_0084 SVI_0085     TRUE 0.857 49.000 0.333 NA   NA
 10390197 10390198 SVI_0085 SVI_0086   cytcB FALSE 0.010 740.000 0.069 1.000   NA
 10390202 10390203 SVI_0090 SVI_0091 glpG glpE TRUE 0.941 28.000 0.405 1.000   NA
 10390203 10390204 SVI_0091 SVI_0092 glpE tdh TRUE 0.660 86.000 0.089 1.000 N NA
 10390204 10390205 SVI_0092 SVI_0093 tdh kbl TRUE 0.650 198.000 0.547 1.000 N NA
 10390205 10390206 SVI_0093 SVI_0094 kbl   FALSE 0.027 286.000 0.011 1.000 N NA
 10390206 10390207 SVI_0094 SVI_0095     TRUE 0.499 22.000 0.000 NA   NA
 10390209 10390210 SVI_0097 SVI_0098 kdkA rfbD FALSE 0.355 122.000 0.025 1.000 N NA
 10390210 10390211 SVI_0098 SVI_0099 rfbD rfbC FALSE 0.089 364.000 0.000 1.000 Y NA
 10390211 10390212 SVI_0099 SVI_0100 rfbC   TRUE 0.847 40.000 0.000 1.000 Y NA
 10390213 10390214 SVI_0101 SVI_0102     TRUE 0.792 108.000 0.029 NA Y NA
 10390215 10390216 SVI_0103 SVI_0104     FALSE 0.375 52.000 0.000 1.000   NA
 10390216 10390217 SVI_0104 SVI_0105   egsA TRUE 0.859 18.000 0.014 0.068 N NA
 10390217 10390218 SVI_0105 SVI_0106 egsA   TRUE 0.932 1.000 0.028 1.000 N NA
 10390220 10390221 SVI_0108 SVI_0109 rfaD   TRUE 0.837 71.000 0.016 1.000 Y NA
 10390222 10390223 SVI_0110 SVI_0111 hldE coaD FALSE 0.296 115.000 0.002 1.000 N NA
 10390223 10390224 SVI_0111 SVI_0112 coaD   TRUE 0.800 7.000 0.015 NA   NA
 10390225 10390226 SVI_0113 SVI_0114 mutM   FALSE 0.342 38.000 0.018 NA   NA
 10390226 10390227 SVI_0114 SVI_0115     FALSE 0.192 182.000 0.061 NA   NA
 10390227 10390228 SVI_0115 SVI_0116   mobA TRUE 0.985 15.000 0.073 0.004 Y NA
 10390228 10390229 SVI_0116 SVI_0117 mobA   FALSE 0.192 118.000 0.000 NA   NA
 10390229 10390230 SVI_0117 SVI_0118     FALSE 0.002 1504.000 0.000 NA   NA
 10390233 10390234 SVI_0121 SVI_0122     TRUE 0.538 93.000 0.073 NA   NA
 10390234 10390235 SVI_0122 SVI_0123     FALSE 0.428 27.000 0.000 NA   NA
 10390236 10390237 SVI_0124 SVI_0125     FALSE 0.021 248.000 0.000 NA   NA
 10390237 10390238 SVI_0125 SVI_0126     FALSE 0.164 132.000 0.000 NA   NA
 10390238 10390239 SVI_0126 SVI_0127   bcsZ FALSE 0.301 189.000 0.105 1.000 N NA
 10390239 10390240 SVI_0127 SVI_0128 bcsZ bcsB TRUE 0.997 -3.000 0.778 1.000   NA
 10390240 10390241 SVI_0128 SVI_0129 bcsB bcsA TRUE 0.993 -67.000 0.205 0.002   NA
 10390241 10390242 SVI_0129 SVI_0130 bcsA   TRUE 0.992 4.000 0.545 NA N NA
 10390242 10390243 SVI_0130 SVI_0131     FALSE 0.142 239.000 0.143 NA   NA
 10390244 10390245 SVI_0132 SVI_0133     TRUE 0.984 -3.000 0.190 NA   NA
 10390245 10390246 SVI_0133 SVI_0134     TRUE 0.932 17.000 0.211 NA   NA
 10390246 10390247 SVI_0134 SVI_0135     FALSE 0.190 119.000 0.000 NA   NA
 10390248 10390249 SVI_0136 SVI_0137 gor   FALSE 0.233 135.000 0.029 NA   NA
 10390249 10390250 SVI_0137 SVI_0138     FALSE 0.454 239.000 0.625 NA   NA
 10390251 10390252 SVI_0139 SVI_0140 prlC   FALSE 0.053 218.000 0.024 NA   NA
 10390253 10390254 SVI_0141 SVI_0142 gst   FALSE 0.368 157.000 0.071 1.000 N NA
 10390257 10390258 SVI_0145 SVI_0146     TRUE 0.897 16.000 0.095 1.000 N NA
 10390258 10390259 SVI_0146 SVI_0147     FALSE 0.121 153.000 0.000 NA   NA
 10390260 10390261 SVI_0148 SVI_0149     FALSE 0.050 214.000 0.000 NA N NA
 10390264 10390265 SVI_0152 SVI_0153     FALSE 0.133 234.000 0.121 NA   NA
 10390269 10390270 SVI_0157 SVI_0158     FALSE 0.007 364.000 0.013 NA   NA
 10390271 10390272 SVI_0159 SVI_0160   envZ FALSE 0.360 270.000 0.075 0.022 Y NA
 10390272 10390273 SVI_0160 SVI_0161 envZ ompR TRUE 0.973 64.000 0.584 1.000 Y NA
 10390274 10390275 SVI_0162 SVI_0163   greB FALSE 0.118 159.000 0.014 NA   NA
 10390275 10390276 SVI_0163 SVI_0164 greB   TRUE 0.931 -7.000 0.010 1.000 N NA
 10390276 10390277 SVI_0164 SVI_0165     FALSE 0.057 228.000 0.000 1.000 N NA
 10390277 10390278 SVI_0165 SVI_0166     FALSE 0.017 321.000 0.007 1.000 N NA
 10390279 10390280 SVI_0167 SVI_0168   bioH FALSE 0.429 80.000 0.039 NA   NA
 10390286 10390287 SVI_0174 SVI_0175 cheB-1 cheR-1 TRUE 0.968 73.000 0.439 1.000 Y NA
 10390287 10390288 SVI_0175 SVI_0176 cheR-1   TRUE 0.871 122.000 0.141 1.000 Y NA
 10390288 10390289 SVI_0176 SVI_0177   cheW-1 TRUE 0.836 207.000 0.348 0.015 Y NA
 10390289 10390290 SVI_0177 SVI_0178 cheW-1 cheA TRUE 0.927 183.000 0.560 0.015 Y NA
 10390290 10390291 SVI_0178 SVI_0179 cheA cheY-1 TRUE 0.977 41.000 0.595 1.000 Y NA
 10390291 10390292 SVI_0179 SVI_0180 cheY-1   TRUE 0.995 -3.000 0.514 NA   NA
 10390292 10390293 SVI_0180 SVI_0181     FALSE 0.024 396.000 0.088 NA   NA
 10390293 10390294 SVI_0181 SVI_0182   cyoE-1 TRUE 0.661 68.000 0.099 1.000   NA
 10390294 10390295 SVI_0182 SVI_0183 cyoE-1   TRUE 0.956 69.000 0.321 1.000 Y NA
 10390295 10390296 SVI_0183 SVI_0184     TRUE 0.986 0.000 0.255 NA   NA
 10390296 10390297 SVI_0184 SVI_0185     TRUE 0.850 150.000 0.722 NA   NA
 10390298 10390299 SVI_0186 SVI_0187     FALSE 0.028 231.000 0.000 NA   NA
 10390300 10390301 SVI_0188 SVI_0189   coxG TRUE 0.996 -3.000 0.536 1.000 N NA
 10390301 10390302 SVI_0189 SVI_0190 coxG   TRUE 0.987 3.000 0.268 1.000 N NA
 10390302 10390303 SVI_0190 SVI_0191     TRUE 0.989 43.000 0.741 0.004 Y NA
 10390303 10390304 SVI_0191 SVI_0192     FALSE 0.009 432.000 0.000 1.000   NA
 10390304 10390305 SVI_0192 SVI_0193   lexA TRUE 0.722 30.000 0.071 1.000   NA
 10390306 10390307 SVI_0194 SVI_0195 plsB mtr TRUE 0.936 12.000 0.103 1.000 N NA
 10390307 10390308 SVI_0195 SVI_0196 mtr   FALSE 0.240 144.000 0.000 1.000 N NA
 10390310 10390311 SVI_0198 SVI_0199     TRUE 0.899 143.000 1.000 NA   NA
 10390312 10390313 SVI_0200 SVI_0201     TRUE 0.706 161.000 0.333 1.000 N NA
 10390319 10390320 SVI_0207 SVI_0208     FALSE 0.003 668.000 0.000 NA   NA
 10390320 10390321 SVI_0208 SVI_0209     FALSE 0.013 292.000 0.000 NA   NA
 10390321 10390322 SVI_0209 SVI_0210     FALSE 0.310 214.000 0.222 NA   NA
 10390322 10390323 SVI_0210 SVI_0211     TRUE 0.676 173.000 0.429 NA   NA
 10390323 10390324 SVI_0211 SVI_0212     FALSE 0.028 232.000 0.000 NA   NA
 10390325 10390326 SVI_0213 SVI_0214 ftsY ftsE TRUE 0.543 124.000 0.000 0.012 N NA
 10390326 10390327 SVI_0214 SVI_0215 ftsE ftsX TRUE 0.916 36.000 0.121 NA Y NA
 10390327 10390328 SVI_0215 SVI_0216 ftsX rpoH FALSE 0.014 446.000 0.051 NA N NA
 10390329 10390330 SVI_0217 SVI_0218 menE menC TRUE 0.982 15.000 0.283 0.002 N NA
 10390330 10390331 SVI_0218 SVI_0219 menC   TRUE 0.951 -42.000 0.042 1.000   NA
 10390331 10390332 SVI_0219 SVI_0220   menD TRUE 0.992 0.000 0.355 1.000   NA
 10390332 10390333 SVI_0220 SVI_0221 menD   FALSE 0.265 131.000 0.008 1.000 N NA
 10390334 10390335 SVI_0222 SVI_0223     FALSE 0.301 111.000 0.022 NA N NA
 10390336 10390337 SVI_0224 SVI_0225     TRUE 0.571 128.000 0.145 NA   NA
 10390338 10390339 SVI_0226 SVI_0227     FALSE 0.007 363.000 0.000 NA   NA
 10390340 10390341 SVI_0228 SVI_0229     FALSE 0.065 215.000 0.000 1.000   NA
 10390342 10390343 SVI_0230 SVI_0231     FALSE 0.021 354.000 0.061 NA   NA
 10390343 10390344 SVI_0231 SVI_0232     FALSE 0.006 409.000 0.000 NA   NA
 10390344 10390345 SVI_0232 SVI_0233     TRUE 0.975 1.000 0.167 NA   NA
 10390345 10390346 SVI_0233 SVI_0234     FALSE 0.153 138.000 0.000 NA   NA
 10390348 10390349 SVI_0236 SVI_0237     TRUE 0.998 -3.000 0.909 0.009   NA
 10390349 10390350 SVI_0237 SVI_0238     TRUE 0.675 115.000 0.182 NA   NA
 10390350 10390351 SVI_0238 SVI_0239     TRUE 0.993 -19.000 0.417 NA   NA
 10390354 10390355 SVI_0242 SVI_0243   cpxA FALSE 0.422 79.000 0.000 1.000 N NA
 10390355 10390356 SVI_0243 SVI_0244 cpxA cpxR TRUE 0.999 0.000 0.791 1.000 Y NA
 10390357 10390358 SVI_0245 SVI_0246     TRUE 0.781 107.000 0.017 NA Y NA
 10390358 10390359 SVI_0246 SVI_r007   rrsC FALSE 0.003 631.000 0.000 NA   NA
 10390359 10390360 SVI_r007 SVI_r008 rrsC rrlC FALSE 0.011 307.000 0.000 NA   NA
 10390360 10390361 SVI_r008 SVI_r009 rrlC rrfC FALSE 0.115 156.000 0.000 NA   NA
 10390363 10390364 SVI_0248 SVI_0249 pqiA pqiB TRUE 0.990 13.000 0.819 NA   NA
 10390364 10390365 SVI_0249 SVI_0250 pqiB   TRUE 0.995 -3.000 0.531 NA   NA
 10390366 10390367 SVI_0251 SVI_0252 mutT   TRUE 0.967 6.000 0.148 1.000   NA
 10390367 10390368 SVI_0252 SVI_0253     TRUE 0.857 98.000 0.356 NA   NA
 10390368 10390369 SVI_0253 SVI_0254   coaE TRUE 0.940 9.000 0.110 NA   NA
 10390369 10390370 SVI_0254 SVI_0255 coaE pilD TRUE 0.787 33.000 0.122 1.000 N NA
 10390370 10390371 SVI_0255 SVI_0256 pilD pilC TRUE 0.966 61.000 0.454 1.000 Y NA
 10390371 10390372 SVI_0256 SVI_0257 pilC pilB TRUE 0.985 30.000 0.362 0.022 Y NA
 10390372 10390373 SVI_0257 SVI_0258 pilB   TRUE 0.715 99.000 0.169 NA   NA
 10390373 10390374 SVI_0258 SVI_0259   nadC FALSE 0.002 1027.000 0.000 NA   NA
 10390375 10390376 SVI_0260 SVI_0261   ampD FALSE 0.253 58.000 0.000 NA   NA
 10390376 10390377 SVI_0261 SVI_0262 ampD ampE TRUE 0.941 99.000 0.249 1.000 Y NA
 10390377 10390378 SVI_0262 SVI_0263 ampE pdhR FALSE 0.022 336.000 0.029 1.000 N NA
 10390378 10390379 SVI_0263 SVI_0264 pdhR aceE FALSE 0.466 115.000 0.048 1.000 N NA
 10390379 10390380 SVI_0264 SVI_0265 aceE aceF TRUE 0.965 14.000 0.022 1.000 Y NA
 10390380 10390381 SVI_0265 SVI_0266 aceF lpdA TRUE 0.912 161.000 0.463 1.000 Y NA
 10390381 10390382 SVI_0266 SVI_0267 lpdA   FALSE 0.185 190.000 0.046 1.000 N NA
 10390382 10390383 SVI_0267 SVI_0268     TRUE 0.740 121.000 0.212 1.000 N NA
 10390383 10390384 SVI_0268 SVI_0269     TRUE 0.754 143.000 0.312 1.000 N NA
 10390387 10390388 SVI_0272 SVI_0273   hslU FALSE 0.400 129.000 0.070 NA   NA
 10390388 10390389 SVI_0273 SVI_0274 hslU hslV TRUE 0.982 78.000 0.752 1.000 Y NA
 10390389 10390390 SVI_0274 SVI_0275 hslV   FALSE 0.182 216.000 0.122 NA   NA
 10390390 10390391 SVI_0275 SVI_0276   argS TRUE 0.724 21.000 0.052 NA   NA
 10390391 10390392 SVI_0276 SVI_0277 argS priA FALSE 0.360 134.000 0.036 1.000 N NA
 10390393 10390394 SVI_0278 SVI_0279   rpmE FALSE 0.035 222.000 0.000 NA   NA
 10390394 10390395 SVI_0279 SVI_0280 rpmE   FALSE 0.005 651.000 0.009 1.000 N NA
 10390395 10390396 SVI_0280 SVI_0281   mshH FALSE 0.013 558.000 0.051 1.000 N NA
 10390396 10390397 SVI_0281 SVI_0282 mshH   FALSE 0.018 333.000 0.040 NA   NA
 10390397 10390398 SVI_0282 SVI_0283     TRUE 0.993 -3.000 0.433 NA   NA
 10390398 10390399 SVI_0283 SVI_0284   mshJ TRUE 0.994 -3.000 0.475 NA   NA
 10390399 10390400 SVI_0284 SVI_0285 mshJ mshK TRUE 0.889 20.000 0.164 NA   NA
 10390400 10390401 SVI_0285 SVI_0286 mshK mshL TRUE 0.966 6.000 0.169 NA   NA
 10390401 10390402 SVI_0286 SVI_0287 mshL mshM TRUE 0.999 4.000 0.846 1.000 Y NA
 10390402 10390403 SVI_0287 SVI_0288 mshM   TRUE 0.986 -3.000 0.185 1.000   NA
 10390403 10390404 SVI_0288 SVI_0289   mshE TRUE 0.987 -3.000 0.197 1.000   NA
 10390404 10390405 SVI_0289 SVI_0290 mshE mshG TRUE 0.980 92.000 0.740 1.000 Y NA
 10390405 10390406 SVI_0290 SVI_0291 mshG   FALSE 0.004 518.000 0.000 NA   NA
 10390406 10390407 SVI_0291 SVI_0292     FALSE 0.233 106.000 0.000 NA   NA
 10390407 10390408 SVI_0292 SVI_0293   mshB TRUE 0.890 134.000 0.789 NA   NA
 10390408 10390409 SVI_0293 SVI_0294 mshB mshA-1 FALSE 0.254 97.000 0.000 NA   NA
 10390409 10390410 SVI_0294 SVI_0295 mshA-1 mshA-2 TRUE 0.629 15.000 0.000 NA   NA
 10390410 10390411 SVI_0295 SVI_0296 mshA-2 mshA-3 FALSE 0.050 203.000 0.000 NA   NA
 10390411 10390412 SVI_0296 SVI_0297 mshA-3 mshC FALSE 0.055 196.000 0.000 NA   NA
 10390412 10390413 SVI_0297 SVI_0298 mshC mshD TRUE 0.994 -10.000 0.433 NA   NA
 10390413 10390414 SVI_0298 SVI_0299 mshD mshO TRUE 0.996 0.000 0.871 NA   NA
 10390414 10390415 SVI_0299 SVI_0300 mshO mshP TRUE 0.993 2.000 0.548 NA   NA
 10390415 10390416 SVI_0300 SVI_0301 mshP   TRUE 0.985 -7.000 0.200 NA   NA
 10390416 10390417 SVI_0301 SVI_0302     FALSE 0.005 461.000 0.000 NA   NA
 10390417 10390418 SVI_0302 SVI_0303   mreB FALSE 0.006 384.000 0.000 NA   NA
 10390418 10390419 SVI_0303 SVI_0304 mreB mreC TRUE 0.889 136.000 0.689 1.000 N NA
 10390419 10390420 SVI_0304 SVI_0305 mreC mreD TRUE 0.999 -3.000 0.550 0.003 Y NA
 10390420 10390421 SVI_0305 SVI_0306 mreD maf TRUE 0.979 3.000 0.206 NA N NA
 10390421 10390422 SVI_0306 SVI_0307 maf cafA TRUE 0.882 57.000 0.417 NA N NA
 10390422 10390423 SVI_0307 SVI_0308 cafA   TRUE 0.988 0.000 0.296 NA   NA
 10390423 10390424 SVI_0308 SVI_0309     TRUE 0.964 16.000 0.358 NA   NA
 10390424 10390425 SVI_0309 SVI_0310   tldD TRUE 0.817 52.000 0.259 NA   NA
 10390425 10390426 SVI_0310 SVI_0311 tldD   FALSE 0.145 156.000 0.021 NA   NA
 10390426 10390427 SVI_0311 SVI_0312     TRUE 0.923 38.000 0.464 1.000 N NA
 10390427 10390428 SVI_0312 SVI_0313     TRUE 0.980 18.000 0.729 NA   NA
 10390428 10390429 SVI_0313 SVI_0314     TRUE 0.996 -3.000 0.743 NA   NA
 10390430 10390431 SVI_0315 SVI_0316     TRUE 0.509 80.000 0.058 NA   NA
 10390432 10390433 SVI_0317 SVI_0318 pmbA arsR FALSE 0.004 528.000 0.000 NA   NA
 10390433 10390434 SVI_0318 SVI_0319 arsR   TRUE 0.604 26.000 0.000 1.000 N NA
 10390434 10390435 SVI_0319 SVI_0320   gapA-1 TRUE 0.609 118.000 0.114 1.000 N NA
 10390435 10390436 SVI_0320 SVI_0321 gapA-1   TRUE 0.661 202.000 0.689 NA   NA
 10390436 10390437 SVI_0321 SVI_0322     FALSE 0.007 375.000 0.000 NA   NA
 10390440 10390441 SVI_0325 SVI_0326     FALSE 0.018 258.000 0.000 NA   NA
 10390441 10390442 SVI_0326 SVI_0327     FALSE 0.281 240.000 0.259 1.000 N NA
 10390442 10390443 SVI_0327 SVI_0328     TRUE 0.857 84.000 0.333 NA   NA
 10390444 10390445 SVI_0329 SVI_0330     TRUE 0.823 3.000 0.000 NA   NA
 10390449 10390450 SVI_0334 SVI_0335   cheD FALSE 0.167 167.000 0.036 NA   NA
 10390450 10390451 SVI_0335 SVI_0336 cheD   FALSE 0.014 364.000 0.000 1.000 N NA
 10390451 10390452 SVI_0336 SVI_0337   fhs FALSE 0.036 255.000 0.000 1.000 N NA
 10390455 10390456 SVI_0340 SVI_0341     FALSE 0.007 382.000 0.000 NA   NA
 10390457 10390458 SVI_0342 SVI_0343     TRUE 0.964 32.000 0.887 NA   NA
 10390458 10390459 SVI_0343 SVI_0344     TRUE 0.706 139.000 0.000 1.000 Y NA
 10390459 10390460 SVI_0344 SVI_0345   plsC FALSE 0.411 69.000 0.000 1.000 N NA
 10390460 10390461 SVI_0345 SVI_0346 plsC   FALSE 0.310 182.000 0.121 NA   NA
 10390462 10390463 SVI_0347 SVI_0348     TRUE 0.987 36.000 0.902 1.000 Y NA
 10390464 10390465 SVI_0349 SVI_0350     FALSE 0.252 63.000 0.000 NA   NA
 10390466 10390467 SVI_0351 SVI_0352   hepA FALSE 0.348 148.000 0.077 NA   NA
 10390468 10390469 SVI_0353 SVI_0354     FALSE 0.248 271.000 0.000 0.099 Y NA
 10390469 10390470 SVI_0354 SVI_0355     FALSE 0.043 212.000 0.000 NA   NA
 10390470 10390471 SVI_0355 SVI_0356     FALSE 0.044 211.000 0.000 NA   NA
 10390471 10390472 SVI_0356 SVI_0357     FALSE 0.027 235.000 0.000 NA   NA
 10390473 10390474 SVI_0358 SVI_0359     TRUE 0.985 0.000 0.238 NA   NA
 10390474 10390475 SVI_0359 SVI_0360     FALSE 0.002 1058.000 0.000 NA   NA
 10390475 10390476 SVI_0360 SVI_0361     TRUE 0.555 62.000 0.074 NA N NA
 10390478 10390479 SVI_0363 SVI_0364     FALSE 0.009 668.000 0.070 NA   NA
 10390480 10390481 SVI_0365 SVI_0366 groES groEL TRUE 0.982 65.000 0.631 0.099 Y NA
 10390482 10390483 SVI_0367 SVI_0368     TRUE 0.680 13.000 0.000 NA   NA
 10390483 10390484 SVI_0368 SVI_0369     FALSE 0.008 341.000 0.000 NA   NA
 10390484 10390485 SVI_0369 SVI_0370     TRUE 0.748 10.000 0.000 NA   NA
 10390485 10390486 SVI_0370 SVI_0371     FALSE 0.125 152.000 0.000 NA   NA
 10390486 10390487 SVI_0371 SVI_0372     FALSE 0.026 236.000 0.000 NA   NA
 10390489 10390490 SVI_0374 SVI_0375   ktrB FALSE 0.099 166.000 0.000 NA   NA
 10390490 10390491 SVI_0375 SVI_0376 ktrB   TRUE 0.994 -3.000 0.000 0.005 Y NA
 10390493 10390494 SVI_0378 SVI_0379     FALSE 0.182 122.000 0.000 NA   NA
 10390495 10390496 SVI_0380 SVI_0381 ppiB-1   FALSE 0.235 246.000 0.000 1.000 Y NA
 10390498 10390499 SVI_0383 SVI_0384     FALSE 0.013 294.000 0.000 NA   NA
 10390499 10390500 SVI_0384 SVI_0385     FALSE 0.258 93.000 0.000 NA   NA
 10390502 10390503 SVI_0387 SVI_0388     FALSE 0.028 233.000 0.000 NA   NA
 10390505 10390506 SVI_0390 SVI_0391     TRUE 0.867 13.000 0.046 1.000   NA
 10390506 10390507 SVI_0391 SVI_0392     FALSE 0.178 156.000 0.000 1.000   NA
 10390507 10390508 SVI_0392 SVI_0393     FALSE 0.047 231.000 0.000 1.000   NA
 10390508 10390509 SVI_0393 SVI_0394     FALSE 0.273 73.000 0.000 NA   NA
 10390509 10390510 SVI_0394 SVI_0395   fumC TRUE 0.541 38.000 0.058 NA   NA
 10390515 10390516 SVI_0400 SVI_0401     TRUE 0.874 -3.000 0.000 NA   NA
 10390517 10390518 SVI_0402 SVI_0403     FALSE 0.271 47.000 0.000 NA   NA
 10390521 10390522 SVI_0406 SVI_0407     TRUE 0.998 -13.000 0.500 1.000 Y NA
 10390524 10390525 SVI_0409 SVI_0410 mgtE ptsO TRUE 0.685 111.000 0.140 1.000 N NA
 10390525 10390526 SVI_0410 SVI_0411 ptsO   TRUE 0.984 -7.000 0.182 NA   NA
 10390526 10390527 SVI_0411 SVI_0412   ptsN TRUE 0.984 -3.000 0.186 NA   NA
 10390527 10390528 SVI_0412 SVI_0413 ptsN yfiA-1 TRUE 0.994 4.000 0.728 NA N NA
 10390528 10390529 SVI_0413 SVI_0414 yfiA-1 rpoN TRUE 0.607 226.000 0.820 NA N NA
 10390529 10390530 SVI_0414 SVI_0415 rpoN   TRUE 0.550 152.000 0.163 1.000   NA
 10390530 10390531 SVI_0415 SVI_0416     TRUE 0.990 6.000 0.543 NA   NA
 10390531 10390532 SVI_0416 SVI_0417     TRUE 0.890 92.000 0.459 NA   NA
 10390532 10390533 SVI_0417 SVI_0418     TRUE 0.995 -3.000 0.617 NA   NA
 10390533 10390534 SVI_0418 SVI_0419     TRUE 0.994 2.000 0.598 1.000   NA
 10390534 10390535 SVI_0419 SVI_0420     TRUE 0.848 39.000 0.226 1.000 N NA
 10390536 10390537 SVI_0421 SVI_0422     TRUE 0.874 -3.000 0.000 NA   NA
 10390537 10390538 SVI_0422 SVI_0423     TRUE 0.967 65.000 0.530 NA Y NA
 10390538 10390539 SVI_0423 SVI_0424     TRUE 0.909 56.000 0.562 NA   NA
 10390539 10390540 SVI_0424 SVI_0425     FALSE 0.437 93.000 0.045 NA   NA
 10390540 10390541 SVI_0425 SVI_0426     TRUE 0.948 1.000 0.076 NA   NA
 10390541 10390542 SVI_0426 SVI_0427     TRUE 0.989 5.000 0.453 NA   NA
 10390542 10390543 SVI_0427 SVI_0428   murA TRUE 0.961 14.000 0.258 NA N NA
 10390544 10390545 SVI_0429 SVI_0430 degS   TRUE 0.911 174.000 0.310 0.002 Y NA
 10390545 10390546 SVI_0430 SVI_0431     TRUE 0.571 146.000 0.183 NA   NA
 10390547 10390548 SVI_0432 SVI_0433   rplM FALSE 0.016 251.000 0.002 NA   NA
 10390548 10390549 SVI_0433 SVI_0434 rplM rpsI TRUE 0.997 15.000 0.601 0.014 Y NA
 10390549 10390550 SVI_0434 SVI_0435 rpsI   FALSE 0.151 140.000 0.012 NA   NA
 10390550 10390551 SVI_0435 SVI_0436   purA FALSE 0.463 67.000 0.051 NA   NA
 10390551 10390552 SVI_0436 SVI_0437 purA motX FALSE 0.028 265.000 0.000 1.000   NA
 10390552 10390553 SVI_0437 SVI_0438 motX vacB FALSE 0.376 69.000 0.000 1.000   NA
 10390553 10390554 SVI_0438 SVI_0439 vacB rlmB TRUE 0.957 16.000 0.147 0.023 N NA
 10390554 10390555 SVI_0439 SVI_0440 rlmB   FALSE 0.002 822.000 0.000 NA   NA
 10390556 10390557 SVI_0441 SVI_0442     TRUE 0.581 17.000 0.000 NA   NA
 10390558 10390559 SVI_0443 SVI_0444 rpsF priB TRUE 0.959 9.000 0.122 1.000 N NA
 10390559 10390560 SVI_0444 SVI_0445 priB rpsR TRUE 0.947 12.000 0.128 1.000 N NA
 10390560 10390561 SVI_0445 SVI_0446 rpsR rplI TRUE 0.990 28.000 0.499 0.014 Y NA
 10390562 10390563 SVI_0447 SVI_0448     FALSE 0.004 689.000 0.000 1.000   NA
 10390564 10390565 SVI_0449 SVI_0450 dnaB alr TRUE 0.598 183.000 0.317 1.000 N NA
 10390565 10390566 SVI_0450 SVI_0451 alr   TRUE 0.523 165.000 0.208 NA   NA
 10390568 10390569 SVI_0453 SVI_0454   dusA FALSE 0.036 221.000 0.000 NA   NA
 10390569 10390570 SVI_0454 SVI_0455 dusA   FALSE 0.014 285.000 0.000 NA   NA
 10390570 10390571 SVI_0455 SVI_0456     TRUE 0.645 147.000 0.243 NA   NA
 10390571 10390572 SVI_0456 SVI_0457     TRUE 0.565 111.000 0.108 NA   NA
 10390574 10390575 SVI_0459 SVI_0460     TRUE 0.973 7.000 0.213 NA   NA
 10390575 10390576 SVI_0460 SVI_0461     TRUE 0.975 8.000 0.236 NA   NA
 10390578 10390579 SVI_0463 SVI_0464 nudF   TRUE 0.638 183.000 0.443 NA   NA
 10390579 10390580 SVI_0464 SVI_0465   icc TRUE 0.979 13.000 0.433 NA   NA
 10390580 10390581 SVI_0465 SVI_0466 icc   TRUE 0.515 206.000 0.427 NA   NA
 10390581 10390582 SVI_0466 SVI_0467   parE TRUE 0.781 56.000 0.217 NA   NA
 10390582 10390583 SVI_0467 SVI_0468 parE   TRUE 0.516 88.000 0.037 1.000 N NA
 10390583 10390584 SVI_0468 SVI_0469   parC TRUE 0.943 -3.000 0.023 1.000 N NA
 10390589 10390590 SVI_0474 SVI_0475     FALSE 0.381 30.000 0.000 NA   NA
 10390590 10390591 SVI_0475 SVI_0476     FALSE 0.321 182.000 0.118 NA N NA
 10390591 10390592 SVI_0476 SVI_0477   psd TRUE 0.593 39.000 0.068 NA N NA
 10390592 10390593 SVI_0477 SVI_0478 psd engC FALSE 0.429 36.000 0.011 1.000   NA
 10390594 10390595 SVI_0479 SVI_t001 orn   FALSE 0.063 190.000 0.000 NA   NA
 10390595 10390596 SVI_t001 SVI_t002     FALSE 0.172 128.000 0.000 NA   NA
 10390596 10390597 SVI_t002 SVI_t003     FALSE 0.023 245.000 0.000 NA   NA
 10390597 10390598 SVI_t003 SVI_t004     FALSE 0.023 245.000 0.000 NA   NA
 10390598 10390599 SVI_t004 SVI_0480     FALSE 0.004 537.000 0.000 NA   NA
 10390599 10390600 SVI_0480 SVI_0481     FALSE 0.003 519.000 0.003 NA   NA
 10390600 10390601 SVI_0481 SVI_0482   amiB TRUE 0.957 3.000 0.109 NA   NA
 10390601 10390602 SVI_0482 SVI_0483 amiB mutL TRUE 0.772 30.000 0.092 1.000 N NA
 10390602 10390603 SVI_0483 SVI_0484 mutL miaA TRUE 0.874 40.000 0.188 0.097 N NA
 10390603 10390604 SVI_0484 SVI_0485 miaA hfq TRUE 0.913 96.000 0.531 1.000   NA
 10390604 10390605 SVI_0485 SVI_0486 hfq hflX TRUE 0.893 20.000 0.141 1.000   NA
 10390605 10390606 SVI_0486 SVI_0487 hflX hflK TRUE 0.862 42.000 0.184 0.069   NA
 10390606 10390607 SVI_0487 SVI_0488 hflK hflC TRUE 0.999 3.000 0.947 0.012 Y NA
 10390607 10390608 SVI_0488 SVI_0489 hflC petA FALSE 0.018 325.000 0.000 1.000 N NA
 10390608 10390609 SVI_0489 SVI_0490 petA petB TRUE 0.998 0.000 0.233 0.001 Y NA
 10390609 10390610 SVI_0490 SVI_0491 petB petC TRUE 0.999 0.000 0.630 0.001 Y NA
 10390610 10390611 SVI_0491 SVI_0492 petC sspA TRUE 0.851 107.000 0.370 NA N NA
 10390611 10390612 SVI_0492 SVI_0493 sspA sspB TRUE 0.996 0.000 0.831 NA   NA
 10390612 10390613 SVI_0493 SVI_0494 sspB pabA FALSE 0.323 107.000 0.029 NA   NA
 10390613 10390614 SVI_0494 SVI_0495 pabA   FALSE 0.150 316.000 0.038 1.000 Y NA
 10390614 10390615 SVI_0495 SVI_0496     FALSE 0.120 248.000 0.141 NA   NA
 10390615 10390616 SVI_0496 SVI_0497   argD FALSE 0.005 453.000 0.000 NA   NA
 10390616 10390617 SVI_0497 SVI_0498 argD astA TRUE 0.961 149.000 0.867 1.000 Y NA
 10390617 10390618 SVI_0498 SVI_0499 astA astD TRUE 0.994 10.000 0.867 1.000 N NA
 10390618 10390619 SVI_0499 SVI_0500 astD   FALSE 0.380 171.000 0.135 NA   NA
 10390620 10390621 SVI_0501 SVI_0502     TRUE 0.999 -3.000 0.846 1.000 Y NA
 10390621 10390622 SVI_0502 SVI_0503     TRUE 0.962 32.000 0.846 NA   NA
 10390622 10390623 SVI_0503 SVI_0504   crp TRUE 0.592 81.000 0.087 NA   NA
 10390624 10390625 SVI_0505 SVI_0506     FALSE 0.010 321.000 0.000 NA   NA
 10390626 10390627 SVI_0507 SVI_0508 prkB   TRUE 0.585 175.000 0.303 NA   NA
 10390627 10390628 SVI_0508 SVI_0509     TRUE 0.980 3.000 0.222 NA   NA
 10390629 10390630 SVI_0510 SVI_0511     TRUE 0.947 85.000 0.886 NA   NA
 10390630 10390631 SVI_0511 SVI_0512     FALSE 0.019 254.000 0.000 NA   NA
 10390632 10390633 SVI_0513 SVI_0514     TRUE 0.854 90.000 0.333 NA   NA
 10390636 10390637 SVI_0517 SVI_r010   rrsD FALSE 0.002 786.000 0.000 NA   NA
 10390637 10390638 SVI_r010 SVI_r011 rrsD rrlD FALSE 0.011 307.000 0.000 NA   NA
 10390638 10390639 SVI_r011 SVI_r012 rrlD rrfD FALSE 0.112 157.000 0.000 NA   NA
 10390639 10390640 SVI_r012 SVI_r013 rrfD rrsE FALSE 0.002 1600.000 0.000 NA   NA
 10390640 10390641 SVI_r013 SVI_r014 rrsE rrlE FALSE 0.004 496.000 0.000 NA   NA
 10390641 10390642 SVI_r014 SVI_r015 rrlE rrfE FALSE 0.112 157.000 0.000 NA   NA
 10390642 10390643 SVI_r015 SVI_r016 rrfE rrsF FALSE 0.002 1769.000 0.000 NA   NA
 10390643 10390644 SVI_r016 SVI_r017 rrsF rrlF FALSE 0.010 320.000 0.000 NA   NA
 10390644 10390645 SVI_r017 SVI_r018 rrlF rrfF FALSE 0.112 157.000 0.000 NA   NA
 10390645 10390646 SVI_r018 SVI_r019 rrfF rrsG FALSE 0.002 1926.000 0.000 NA   NA
 10390646 10390647 SVI_r019 SVI_r020 rrsG rrlG FALSE 0.010 320.000 0.000 NA   NA
 10390647 10390648 SVI_r020 SVI_r021 rrlG rrfG FALSE 0.127 151.000 0.000 NA   NA
 10390649 10390650 SVI_0518 SVI_0519     FALSE 0.003 603.000 0.000 NA   NA
 10390655 10390656 SVI_0524 SVI_0525     TRUE 0.651 81.000 0.114 NA   NA
 10390656 10390657 SVI_0525 SVI_0526   cydD FALSE 0.004 500.000 0.000 NA   NA
 10390657 10390658 SVI_0526 SVI_0527 cydD cydC TRUE 0.999 -3.000 0.631 0.006 Y NA
 10390659 10390660 SVI_0528 SVI_0529     FALSE 0.395 186.000 0.167 1.000   NA
 10390660 10390661 SVI_0529 SVI_0530     FALSE 0.014 306.000 0.000 NA N NA
 10390661 10390662 SVI_0530 SVI_0531     FALSE 0.134 290.000 0.233 NA   NA
 10390662 10390663 SVI_0531 SVI_0532     TRUE 0.977 25.000 0.937 NA   NA
 10390665 10390666 SVI_0534 SVI_0535     TRUE 0.796 74.000 0.218 NA   NA
 10390666 10390667 SVI_0535 SVI_0536     TRUE 0.944 89.000 0.864 NA   NA
 10390669 10390670 SVI_0538 SVI_0539     TRUE 0.948 84.000 0.911 NA   NA
 10390670 10390671 SVI_0539 SVI_0540   speE TRUE 0.648 41.000 0.104 NA   NA
 10390671 10390672 SVI_0540 SVI_0541 speE   TRUE 0.647 74.000 0.110 NA   NA
 10390672 10390673 SVI_0541 SVI_0542     TRUE 0.987 14.000 0.760 NA   NA
 10390674 10390675 SVI_0543 SVI_0544 glnE   FALSE 0.130 179.000 0.000 1.000   NA
 10390675 10390676 SVI_0544 SVI_0545     FALSE 0.050 203.000 0.000 NA   NA
 10390680 10390681 SVI_0549 SVI_0550     TRUE 0.688 86.000 0.136 NA   NA
 10390684 10390685 SVI_0553 SVI_0554     FALSE 0.004 555.000 0.000 NA   NA
 10390685 10390686 SVI_0554 SVI_0555     FALSE 0.002 797.000 0.000 NA   NA
 10390686 10390687 SVI_0555 SVI_0556     TRUE 0.707 141.000 0.250 1.000   NA
 10390687 10390688 SVI_0556 SVI_0557     TRUE 0.830 93.000 0.250 1.000   NA
 10390688 10390689 SVI_0557 SVI_0558     FALSE 0.003 667.000 0.000 NA   NA
 10390689 10390690 SVI_0558 SVI_0559     FALSE 0.046 208.000 0.000 NA   NA
 10390690 10390691 SVI_0559 SVI_0560     FALSE 0.079 181.000 0.000 NA   NA
 10390691 10390692 SVI_0560 SVI_0561     FALSE 0.019 256.000 0.000 NA   NA
 10390692 10390693 SVI_0561 SVI_0562     FALSE 0.209 113.000 0.000 NA   NA
 10390693 10390694 SVI_0562 SVI_0563     FALSE 0.013 294.000 0.000 NA   NA
 10390694 10390695 SVI_0563 SVI_0564     FALSE 0.033 224.000 0.000 NA   NA
 10390695 10390696 SVI_0564 SVI_0565     FALSE 0.442 26.000 0.000 NA   NA
 10390696 10390697 SVI_0565 SVI_0566     FALSE 0.013 346.000 0.000 1.000   NA
 10390697 10390698 SVI_0566 SVI_0567     TRUE 0.925 93.000 0.360 0.009   NA
 10390698 10390699 SVI_0567 SVI_0568   htrB FALSE 0.135 177.000 0.000 1.000   NA
 10390700 10390701 SVI_0569 SVI_0570     FALSE 0.090 380.000 0.308 NA   NA
 10390703 10390704 SVI_0572 SVI_0573     FALSE 0.385 241.000 0.500 NA   NA
 10390704 10390705 SVI_0573 SVI_0574     FALSE 0.055 224.000 0.000 1.000   NA
 10390707 10390708 SVI_0576 SVI_0577 cysJ cysI TRUE 0.985 116.000 0.791 0.001 Y NA
 10390708 10390709 SVI_0577 SVI_0578 cysI cysH TRUE 0.861 23.000 0.116 1.000 N NA
 10390709 10390710 SVI_0578 SVI_0579 cysH   FALSE 0.004 1083.000 0.000 1.000   NA
 10390710 10390711 SVI_0579 SVI_0580     FALSE 0.022 247.000 0.000 NA   NA
 10390711 10390712 SVI_0580 SVI_0581     TRUE 0.662 117.000 0.179 NA   NA
 10390712 10390713 SVI_0581 SVI_0582     FALSE 0.270 139.000 0.042 NA   NA
 10390714 10390715 SVI_0583 SVI_0584 bcp-1   FALSE 0.014 290.000 0.000 NA   NA
 10390715 10390716 SVI_0584 SVI_0585     TRUE 0.626 121.000 0.167 NA   NA
 10390716 10390717 SVI_0585 SVI_0586     FALSE 0.019 466.000 0.069 1.000   NA
 10390717 10390718 SVI_0586 SVI_0587     FALSE 0.263 90.000 0.000 NA   NA
 10390720 10390721 SVI_0589 SVI_0590     FALSE 0.339 169.000 0.112 NA   NA
 10390722 10390723 SVI_0591 SVI_0592     FALSE 0.099 269.000 0.150 NA   NA
 10390723 10390724 SVI_0592 SVI_0593     FALSE 0.483 146.000 0.121 NA N NA
 10390724 10390725 SVI_0593 SVI_0594     FALSE 0.005 805.000 0.000 1.000 N NA
 10390725 10390726 SVI_0594 SVI_0595     FALSE 0.411 229.000 0.000 0.014 Y NA
 10390728 10390729 SVI_0597 SVI_0598     FALSE 0.003 727.000 0.000 NA   NA
 10390729 10390730 SVI_0598 SVI_0599     TRUE 0.935 11.000 0.120 NA   NA
 10390730 10390731 SVI_0599 SVI_0600     TRUE 0.973 0.000 0.140 NA   NA
 10390731 10390732 SVI_0600 SVI_0601     TRUE 0.935 26.000 0.364 NA   NA
 10390732 10390733 SVI_0601 SVI_0602     TRUE 0.994 -7.000 0.375 1.000   NA
 10390733 10390734 SVI_0602 SVI_0603     TRUE 0.936 20.000 0.273 NA   NA
 10390734 10390735 SVI_0603 SVI_0604     FALSE 0.017 267.000 0.000 NA   NA
 10390735 10390736 SVI_0604 SVI_0605     FALSE 0.009 325.000 0.000 NA   NA
 10390736 10390737 SVI_0605 SVI_0606     FALSE 0.006 420.000 0.000 NA   NA
 10390737 10390738 SVI_0606 SVI_0607     TRUE 0.949 27.000 0.500 NA   NA
 10390739 10390740 SVI_0608 SVI_0609     FALSE 0.005 470.000 0.000 NA   NA
 10390740 10390741 SVI_0609 SVI_0610     FALSE 0.021 249.000 0.000 NA   NA
 10390741 10390742 SVI_0610 SVI_0611     FALSE 0.266 51.000 0.000 NA   NA
 10390743 10390744 SVI_0612 SVI_0613   kpsM FALSE 0.002 868.000 0.000 NA   NA
 10390744 10390745 SVI_0613 SVI_0614 kpsM kpsT TRUE 0.996 -3.000 0.111 0.094 Y NA
 10390745 10390746 SVI_0614 SVI_0615 kpsT   FALSE 0.425 212.000 0.057 NA Y NA
 10390746 10390747 SVI_0615 SVI_0616   kpsD TRUE 0.993 -3.000 0.086 NA Y NA
 10390747 10390748 SVI_0616 SVI_0617 kpsD   TRUE 0.995 1.000 0.667 NA   NA
 10390748 10390749 SVI_0617 SVI_0618   wecB TRUE 0.987 17.000 1.000 NA   NA
 10390749 10390750 SVI_0618 SVI_0619 wecB wecC TRUE 0.853 82.000 0.030 1.000 Y NA
 10390752 10390753 SVI_0621 SVI_0622     FALSE 0.275 74.000 0.000 NA   NA
 10390753 10390754 SVI_0622 SVI_0623   glmM-1 FALSE 0.005 460.000 0.000 NA   NA
 10390754 10390755 SVI_0623 SVI_0624 glmM-1   FALSE 0.162 147.000 0.000 NA N NA
 10390755 10390756 SVI_0624 SVI_0625   kdsB-1 TRUE 0.765 109.000 0.000 NA Y NA
 10390756 10390757 SVI_0625 SVI_0626 kdsB-1   TRUE 0.879 -7.000 0.000 NA   NA
 10390757 10390758 SVI_0626 SVI_0627   kpsC TRUE 0.545 19.000 0.000 NA   NA
 10390758 10390759 SVI_0627 SVI_0628 kpsC kpsS TRUE 0.919 61.000 0.037 0.001 Y NA
 10390759 10390760 SVI_0628 SVI_0629 kpsS   FALSE 0.481 23.000 0.000 NA   NA
 10390760 10390761 SVI_0629 SVI_0630     FALSE 0.264 52.000 0.000 NA   NA
 10390761 10390762 SVI_0630 SVI_0631     FALSE 0.008 465.000 0.000 1.000   NA
 10390762 10390763 SVI_0631 SVI_0632   rbsA TRUE 0.998 -3.000 0.337 1.000 Y NA
 10390763 10390764 SVI_0632 SVI_0633 rbsA rbsC TRUE 0.992 17.000 0.504 1.000 Y NA
 10390764 10390765 SVI_0633 SVI_0634 rbsC rbsB TRUE 0.988 32.000 0.847 NA Y NA
 10390765 10390766 SVI_0634 SVI_0635 rbsB rbsK TRUE 0.787 193.000 0.347 NA Y NA
 10390766 10390767 SVI_0635 SVI_0636 rbsK rbsR FALSE 0.185 182.000 0.031 1.000 N NA
 10390768 10390769 SVI_0637 SVI_0638     FALSE 0.018 261.000 0.000 NA   NA
 10390769 10390770 SVI_0638 SVI_0639     FALSE 0.271 72.000 0.000 NA   NA
 10390770 10390771 SVI_0639 SVI_0640     FALSE 0.011 311.000 0.000 NA   NA
 10390772 10390773 SVI_0641 SVI_0642     FALSE 0.004 512.000 0.000 NA   NA
 10390773 10390774 SVI_0642 SVI_0643     FALSE 0.002 1567.000 0.000 NA   NA
 10390774 10390775 SVI_0643 SVI_0644     FALSE 0.015 281.000 0.000 NA   NA
 10390775 10390776 SVI_0644 SVI_0645   glnD-1 FALSE 0.043 212.000 0.000 NA   NA
 10390777 10390778 SVI_0646 SVI_0647     FALSE 0.051 857.000 0.000 0.014 Y NA
 10390778 10390779 SVI_0647 SVI_0648     FALSE 0.007 572.000 0.000 1.000 N NA
 10390779 10390780 SVI_0648 SVI_0649     FALSE 0.003 653.000 0.000 NA   NA
 10390780 10390781 SVI_0649 SVI_0650   metH FALSE 0.003 637.000 0.000 NA   NA
 10390782 10390783 SVI_0651 SVI_0652     FALSE 0.003 630.000 0.000 NA   NA
 10390783 10390784 SVI_0652 SVI_0653     TRUE 0.678 137.000 0.200 1.000 N NA
 10390784 10390785 SVI_0653 SVI_0654     FALSE 0.009 484.000 0.000 1.000 N NA
 10390785 10390786 SVI_0654 SVI_0655     TRUE 0.948 161.000 0.800 1.000 Y NA
 10390786 10390787 SVI_0655 SVI_0656   cobT TRUE 0.853 56.000 0.281 1.000 N NA
 10390787 10390788 SVI_0656 SVI_0657 cobT cobS TRUE 0.785 164.000 0.049 0.006 Y NA
 10390788 10390789 SVI_0657 SVI_0658 cobS cobU TRUE 0.861 86.000 0.043 1.000 Y NA
 10390789 10390790 SVI_0658 SVI_0659 cobU cobQ TRUE 0.814 130.000 0.079 1.000 Y NA
 10390790 10390791 SVI_0659 SVI_0660 cobQ cobO TRUE 0.844 152.000 0.078 0.006 Y NA
 10390793 10390794 SVI_0661 SVI_0662     FALSE 0.101 200.000 0.041 NA   NA
 10390794 10390795 SVI_0662 SVI_0663     FALSE 0.004 535.000 0.000 NA   NA
 10390795 10390796 SVI_0663 SVI_0664     TRUE 0.901 69.000 0.500 NA   NA
 10390796 10390797 SVI_0664 SVI_0665     FALSE 0.009 331.000 0.000 NA   NA
 10390797 10390798 SVI_0665 SVI_0666     TRUE 0.952 11.000 0.167 NA   NA
 10390798 10390799 SVI_0666 SVI_0667     FALSE 0.275 78.000 0.000 NA   NA
 10390799 10390800 SVI_0667 SVI_0668     TRUE 0.977 6.000 0.000 NA Y NA
 10390800 10390801 SVI_0668 SVI_0669     TRUE 0.985 33.000 0.765 NA Y NA
 10390801 10390802 SVI_0669 SVI_0670     FALSE 0.280 276.000 0.478 NA N NA
 10390802 10390803 SVI_0670 SVI_0671     TRUE 0.969 72.000 0.957 0.093   NA
 10390803 10390804 SVI_0671 SVI_0672     FALSE 0.003 611.000 0.000 NA   NA
 10390804 10390805 SVI_0672 SVI_0673     FALSE 0.007 375.000 0.000 NA   NA
 10390805 10390806 SVI_0673 SVI_0674     TRUE 0.798 45.000 0.182 1.000 N NA
 10390809 10390810 SVI_0677 SVI_0678     TRUE 0.585 31.000 0.050 NA   NA
 10390810 10390811 SVI_0678 SVI_0679     TRUE 0.961 2.000 0.108 NA   NA
 10390813 10390814 SVI_0681 SVI_0682 hmp   FALSE 0.088 175.000 0.000 NA   NA
 10390815 10390816 SVI_0683 SVI_0684 norR-1   FALSE 0.358 35.000 0.017 NA   NA
 10390816 10390817 SVI_0684 SVI_0685     FALSE 0.023 243.000 0.000 NA   NA
 10390817 10390818 SVI_0685 SVI_0686     FALSE 0.086 182.000 0.015 NA   NA
 10390820 10390821 SVI_0688 SVI_0689     FALSE 0.445 164.000 0.159 NA   NA
 10390821 10390822 SVI_0689 SVI_0690     FALSE 0.159 135.000 0.000 NA   NA
 10390823 10390824 SVI_0691 SVI_0692     FALSE 0.129 150.000 0.000 NA   NA
 10390826 10390827 SVI_0694 SVI_0695     FALSE 0.005 486.000 0.000 NA   NA
 10390827 10390828 SVI_0695 SVI_0696     TRUE 0.607 124.000 0.164 NA   NA
 10390828 10390829 SVI_0696 SVI_0697     FALSE 0.262 53.000 0.000 NA   NA
 10390831 10390832 SVI_0699 SVI_0700     FALSE 0.248 156.000 0.027 1.000 N NA
 10390832 10390833 SVI_0700 SVI_0701     FALSE 0.043 267.000 0.056 NA   NA
 10390834 10390835 SVI_0702 SVI_0703   sdaA-1 TRUE 0.912 106.000 0.167 1.000 Y NA
 10390835 10390836 SVI_0703 SVI_0704 sdaA-1   FALSE 0.370 31.000 0.000 NA   NA
 10390841 10390842 SVI_0709 SVI_0710     TRUE 0.617 285.000 0.375 0.013 Y NA
 10390843 10390844 SVI_0711 SVI_0712     TRUE 0.964 5.000 0.154 NA   NA
 10390846 10390847 SVI_0714 SVI_0715 tkt epd FALSE 0.435 289.000 0.285 1.000 Y NA
 10390847 10390848 SVI_0715 SVI_0716 epd pgk TRUE 0.830 155.000 0.070 0.005 Y NA
 10390848 10390849 SVI_0716 SVI_0717 pgk fba FALSE 0.435 231.000 0.019 0.005 Y NA
 10390849 10390850 SVI_0717 SVI_0718 fba   TRUE 0.516 108.000 0.074 NA N NA
 10390850 10390851 SVI_0718 SVI_0719     FALSE 0.023 243.000 0.000 NA   NA
 10390851 10390852 SVI_0719 SVI_0720     TRUE 0.994 -13.000 0.444 NA   NA
 10390852 10390853 SVI_0720 SVI_0721     FALSE 0.019 254.000 0.000 NA   NA
 10390856 10390857 SVI_0724 SVI_0725     TRUE 0.997 0.000 1.000 NA N NA
 10390857 10390858 SVI_0725 SVI_0726   srmB FALSE 0.018 353.000 0.024 1.000 N NA
 10390858 10390859 SVI_0726 SVI_0727 srmB   TRUE 0.883 117.000 0.333 0.014   NA
 10390860 10390861 SVI_0728 SVI_0729 brnQ-1 xerD FALSE 0.155 177.000 0.013 1.000 N NA
 10390861 10390862 SVI_0729 SVI_0730 xerD dsbC FALSE 0.018 544.000 0.079 1.000 N NA
 10390862 10390863 SVI_0730 SVI_0731 dsbC   FALSE 0.266 51.000 0.000 NA   NA
 10390863 10390864 SVI_0731 SVI_0732   recJ FALSE 0.295 39.000 0.000 NA   NA
 10390865 10390866 SVI_0733 SVI_0734     FALSE 0.131 149.000 0.000 NA   NA
 10390868 10390869 SVI_0736 SVI_0737     TRUE 0.991 4.000 0.004 0.003 Y NA
 10390869 10390870 SVI_0737 SVI_0738     TRUE 0.608 23.000 0.000 1.000   NA
 10390874 10390875 SVI_0742 SVI_0743     TRUE 0.874 -3.000 0.000 NA   NA
 10390875 10390876 SVI_0743 SVI_0744     FALSE 0.244 102.000 0.000 NA   NA
 10390876 10390877 SVI_0744 SVI_0745   rpiA FALSE 0.002 925.000 0.000 NA   NA
 10390878 10390879 SVI_0746 SVI_0747     FALSE 0.009 327.000 0.000 NA   NA
 10390880 10390881 SVI_0748 SVI_0749     TRUE 0.545 19.000 0.000 NA   NA
 10390882 10390883 SVI_0750 SVI_0751     TRUE 0.995 4.000 0.840 NA   NA
 10390883 10390884 SVI_0751 SVI_0752   hpt-1 FALSE 0.010 321.000 0.000 NA   NA
 10390885 10390886 SVI_0753 SVI_0754   pepN-1 FALSE 0.023 245.000 0.000 NA   NA
 10390886 10390887 SVI_0754 SVI_0755 pepN-1   FALSE 0.225 166.000 0.056 NA   NA
 10390887 10390888 SVI_0755 SVI_0756     TRUE 0.931 23.000 0.302 NA   NA
 10390888 10390889 SVI_0756 SVI_0757   slyX FALSE 0.154 137.000 0.000 NA   NA
 10390889 10390890 SVI_0757 SVI_0758 slyX   TRUE 0.890 9.000 0.052 NA   NA
 10390891 10390892 SVI_0759 SVI_0760 fkpA-1   FALSE 0.176 152.000 0.026 NA   NA
 10390893 10390894 SVI_0761 SVI_0762   narQ TRUE 0.968 43.000 0.254 0.025 Y NA
 10390895 10390896 SVI_0763 SVI_0764 glnB-1 amt TRUE 0.984 10.000 0.339 1.000 N NA
 10390896 10390897 SVI_0764 SVI_0765 amt   FALSE 0.382 140.000 0.078 NA   NA
 10390898 10390899 SVI_0766 SVI_0767     TRUE 0.993 10.000 0.846 NA   NA
 10390902 10390903 SVI_0770 SVI_0771     TRUE 0.503 177.000 0.227 NA   NA
 10390904 10390905 SVI_0772 SVI_0773     TRUE 0.564 18.000 0.000 NA   NA
 10390905 10390906 SVI_0773 SVI_0774     FALSE 0.012 298.000 0.000 NA   NA
 10390907 10390908 SVI_0775 SVI_0776   fpr FALSE 0.473 128.000 0.097 NA   NA
 10390908 10390909 SVI_0776 SVI_0777 fpr   TRUE 0.564 61.000 0.078 NA N NA
 10390909 10390910 SVI_0777 SVI_0778     FALSE 0.023 257.000 0.000 NA N NA
 10390910 10390911 SVI_0778 SVI_0779     TRUE 0.937 152.000 0.374 0.038 Y NA
 10390911 10390912 SVI_0779 SVI_0780     TRUE 0.907 66.000 0.303 0.038 N NA
 10390912 10390913 SVI_0780 SVI_0781     FALSE 0.314 148.000 0.056 NA N NA
 10390914 10390915 SVI_0782 SVI_0783   argR FALSE 0.062 211.000 0.025 NA   NA
 10390918 10390919 SVI_0786 SVI_0787   rplU FALSE 0.192 118.000 0.000 NA   NA
 10390919 10390920 SVI_0787 SVI_0788 rplU rpmA TRUE 0.997 16.000 0.667 0.014 Y NA
 10390920 10390921 SVI_0788 SVI_0789 rpmA   TRUE 0.774 139.000 0.335 1.000   NA
 10390921 10390922 SVI_0789 SVI_0790     FALSE 0.344 63.000 0.027 NA   NA
 10390922 10390923 SVI_0790 SVI_0791     TRUE 0.996 -3.000 0.704 NA   NA
 10390923 10390924 SVI_0791 SVI_0792   folA TRUE 0.612 57.000 0.104 NA   NA
 10390924 10390925 SVI_0792 SVI_0793 folA   FALSE 0.421 51.000 0.040 NA   NA
 10390926 10390927 SVI_0794 SVI_0795   apaH FALSE 0.346 145.000 0.050 1.000   NA
 10390927 10390928 SVI_0795 SVI_0796 apaH apaG TRUE 0.935 20.000 0.267 NA   NA
 10390928 10390929 SVI_0796 SVI_0797 apaG ksgA TRUE 0.561 99.000 0.078 NA N NA
 10390929 10390930 SVI_0797 SVI_0798 ksgA pdxA TRUE 0.965 12.000 0.197 1.000 N NA
 10390930 10390931 SVI_0798 SVI_0799 pdxA surA TRUE 0.992 6.000 0.561 1.000 N NA
 10390931 10390932 SVI_0799 SVI_0800 surA imp TRUE 0.686 125.000 0.182 1.000 N NA
 10390933 10390934 SVI_0801 SVI_0802     TRUE 0.996 -3.000 0.642 NA   NA
 10390934 10390935 SVI_0802 SVI_0803     TRUE 0.653 65.000 0.091 1.000 N NA
 10390935 10390936 SVI_0803 SVI_0804   hprA FALSE 0.040 245.000 0.007 1.000 N NA
 10390939 10390940 SVI_0807 SVI_0808     TRUE 0.973 18.000 0.120 1.000 Y NA
 10390940 10390941 SVI_0808 SVI_0809     TRUE 0.969 0.000 0.120 NA   NA
 10390941 10390942 SVI_0809 SVI_0810     TRUE 0.994 0.000 0.588 NA   NA
 10390942 10390943 SVI_0810 SVI_0811     FALSE 0.132 219.000 0.080 NA N NA
 10390944 10390945 SVI_0812 SVI_0813 gcdH   TRUE 0.746 83.000 0.140 1.000 N NA
 10390945 10390946 SVI_0813 SVI_0814     TRUE 0.662 203.000 0.419 0.061 N NA
 10390946 10390947 SVI_0814 SVI_0815     TRUE 0.708 117.000 0.095 0.061 N NA
 10390949 10390950 SVI_0817 SVI_0818     TRUE 0.555 167.000 0.000 NA Y NA
 10390950 10390951 SVI_0818 SVI_0819     FALSE 0.121 153.000 0.000 NA   NA
 10390953 10390954 SVI_0821 SVI_0822   rsuA-1 TRUE 0.934 1.000 0.049 NA N NA
 10390954 10390955 SVI_0822 SVI_0823 rsuA-1   FALSE 0.004 550.000 0.000 NA   NA
 10390956 10390957 SVI_0824 SVI_0825     FALSE 0.131 149.000 0.000 NA   NA
 10390957 10390958 SVI_0825 SVI_0826     FALSE 0.173 127.000 0.000 NA   NA
 10390958 10390959 SVI_0826 SVI_0827     TRUE 0.979 -22.000 0.154 NA   NA
 10390961 10390962 SVI_0829 SVI_0830 valS holC TRUE 0.890 16.000 0.089 1.000 N NA
 10390962 10390963 SVI_0830 SVI_0831 holC   FALSE 0.151 139.000 0.000 NA   NA
 10390963 10390964 SVI_0831 SVI_0832     FALSE 0.061 191.000 0.000 NA   NA
 10390964 10390965 SVI_0832 SVI_0833     FALSE 0.005 466.000 0.000 NA   NA
 10390965 10390966 SVI_0833 SVI_0834     FALSE 0.121 153.000 0.000 NA   NA
 10390967 10390968 SVI_0835 SVI_0836     FALSE 0.063 190.000 0.000 NA   NA
 10390969 10390970 SVI_0837 SVI_0838   pepA-1 TRUE 0.642 155.000 0.000 1.000 Y NA
 10390971 10390972 SVI_0839 SVI_0840     TRUE 0.997 -3.000 0.631 0.065   NA
 10390973 10390974 SVI_0841 SVI_0842     TRUE 0.688 66.000 0.143 NA   NA
 10390974 10390975 SVI_0842 SVI_0843     TRUE 0.679 85.000 0.128 NA   NA
 10390975 10390976 SVI_0843 SVI_0844     TRUE 0.612 38.000 0.059 1.000   NA
 10390977 10390978 SVI_0845 SVI_0846     TRUE 0.873 -25.000 0.000 NA   NA
 10390979 10390980 SVI_0847 SVI_0848     TRUE 0.867 19.000 0.121 NA   NA
 10390980 10390981 SVI_0848 SVI_0849     FALSE 0.410 28.000 0.000 NA   NA
 10390984 10390985 SVI_0852 SVI_0853     TRUE 0.895 72.000 0.114 NA Y NA
 10390985 10390986 SVI_0853 SVI_0854     FALSE 0.006 475.000 0.000 NA N NA
 10390988 10390989 SVI_0856 SVI_0857 chiA   TRUE 0.703 155.000 0.158 0.002   NA
 10390992 10390993 SVI_0860 SVI_0861     TRUE 0.853 -79.000 0.007 NA   NA
 10390993 10390994 SVI_0861 SVI_0862     FALSE 0.131 149.000 0.000 NA   NA
 10390994 10390995 SVI_0862 SVI_0863     FALSE 0.273 80.000 0.000 NA   NA
 10390995 10390996 SVI_0863 SVI_0864     FALSE 0.269 49.000 0.000 NA   NA
 10390997 10390998 SVI_0865 SVI_0866     TRUE 0.867 5.000 0.030 NA   NA
 10391000 10391001 SVI_0868 SVI_0869     FALSE 0.005 442.000 0.000 NA   NA
 10391001 10391002 SVI_0869 SVI_0870     FALSE 0.287 41.000 0.000 NA   NA
 10391003 10391004 SVI_0871 SVI_0872     FALSE 0.223 150.000 0.000 1.000 N NA
 10391004 10391005 SVI_0872 SVI_0873     FALSE 0.295 64.000 0.000 NA N NA
 10391005 10391006 SVI_0873 SVI_0874     FALSE 0.048 206.000 0.000 NA   NA
 10391006 10391007 SVI_0874 SVI_0875     FALSE 0.325 185.000 0.000 0.002   NA
 10391007 10391008 SVI_0875 SVI_0876     TRUE 0.767 159.000 0.000 0.002 Y NA
 10391010 10391011 SVI_t006 SVI_0878   rpoD FALSE 0.004 510.000 0.000 NA   NA
 10391011 10391012 SVI_0878 SVI_0879 rpoD dnaG TRUE 0.783 129.000 0.299 1.000 N NA
 10391012 10391013 SVI_0879 SVI_0880 dnaG   TRUE 0.700 104.000 0.137 1.000   NA
 10391013 10391014 SVI_0880 SVI_0881   rpsU TRUE 0.983 7.000 0.173 0.022   NA
 10391017 10391018 SVI_0884 SVI_0885 folB folK-1 TRUE 0.998 1.000 0.500 1.000 Y NA
 10391018 10391019 SVI_0885 SVI_0886 folK-1 uppP TRUE 0.727 69.000 0.125 1.000 N NA
 10391019 10391020 SVI_0886 SVI_0887 uppP   FALSE 0.485 64.000 0.039 1.000   NA
 10391020 10391021 SVI_0887 SVI_0888     FALSE 0.117 219.000 0.055 1.000   NA
 10391022 10391023 SVI_0889 SVI_0890   cca FALSE 0.035 222.000 0.000 NA   NA
 10391024 10391025 SVI_0891 SVI_0892 gspA gspB TRUE 0.995 0.000 0.605 NA   NA
 10391028 10391029 SVI_0895 SVI_0896 hemL-1 pyrB TRUE 0.615 28.000 0.021 1.000 N NA
 10391032 10391033 SVI_0899 SVI_0900     FALSE 0.048 206.000 0.000 NA   NA
 10391034 10391035 SVI_0901 SVI_0902     TRUE 0.912 27.000 0.286 NA   NA
 10391035 10391036 SVI_0902 SVI_0903   aqpZ FALSE 0.139 173.000 0.030 NA   NA
 10391036 10391037 SVI_0903 SVI_0904 aqpZ   FALSE 0.012 324.000 0.000 NA N NA
 10391037 10391038 SVI_0904 SVI_0905     TRUE 0.744 102.000 0.184 NA N NA
 10391040 10391041 SVI_0907 SVI_0908     FALSE 0.018 258.000 0.000 NA   NA
 10391041 10391042 SVI_0908 SVI_0909     TRUE 0.973 3.000 0.173 NA   NA
 10391042 10391043 SVI_0909 SVI_0910     TRUE 0.977 -3.000 0.135 NA   NA
 10391043 10391044 SVI_0910 SVI_0911     TRUE 0.849 22.000 0.125 NA   NA
 10391044 10391045 SVI_0911 SVI_0912   pfs TRUE 0.631 115.000 0.117 1.000 N NA
 10391045 10391046 SVI_0912 SVI_0913 pfs   FALSE 0.269 83.000 0.000 NA   NA
 10391046 10391047 SVI_0913 SVI_0914   gltD FALSE 0.017 262.000 0.000 NA   NA
 10391047 10391048 SVI_0914 SVI_0915 gltD gltB TRUE 0.931 101.000 0.070 0.001 Y NA
 10391049 10391050 SVI_0916 SVI_0917     FALSE 0.428 149.000 0.113 NA   NA
 10391053 10391054 SVI_0920 SVI_0921   mutH FALSE 0.279 181.000 0.069 1.000 N NA
 10391055 10391056 SVI_0922 SVI_0923 nudH ptsP TRUE 0.498 69.000 0.032 1.000 N NA
 10391056 10391057 SVI_0923 SVI_0924 ptsP   TRUE 0.918 132.000 0.923 1.000   NA
 10391057 10391058 SVI_0924 SVI_0925   thyA FALSE 0.360 100.000 0.013 1.000   NA
 10391058 10391059 SVI_0925 SVI_0926 thyA nhaA FALSE 0.017 321.000 0.007 1.000 N NA
 10391059 10391060 SVI_0926 SVI_0927 nhaA   TRUE 0.857 29.000 0.200 NA   NA
 10391060 10391061 SVI_0927 SVI_0928   nhaR TRUE 0.793 53.000 0.226 NA   NA
 10391061 10391062 SVI_0928 SVI_0929 nhaR   FALSE 0.184 150.000 0.027 NA   NA
 10391062 10391063 SVI_0929 SVI_0930     TRUE 0.918 -25.000 0.029 NA   NA
 10391065 10391066 SVI_0932 SVI_0933 rpoE rseA TRUE 0.933 52.000 0.705 NA N NA
 10391066 10391067 SVI_0933 SVI_0934 rseA rseB TRUE 0.988 32.000 0.856 NA Y NA
 10391067 10391068 SVI_0934 SVI_0935 rseB rseC TRUE 0.972 55.000 0.609 NA Y NA
 10391068 10391069 SVI_0935 SVI_0936 rseC lepA FALSE 0.283 147.000 0.045 NA N NA
 10391069 10391070 SVI_0936 SVI_0937 lepA lepB-1 TRUE 0.585 156.000 0.187 1.000 N NA
 10391070 10391071 SVI_0937 SVI_0938 lepB-1 rnc TRUE 0.973 1.000 0.117 1.000 N NA
 10391071 10391072 SVI_0938 SVI_0939 rnc era TRUE 0.988 -3.000 0.127 0.044   NA
 10391072 10391073 SVI_0939 SVI_0940 era recO FALSE 0.237 203.000 0.109 1.000   NA
 10391073 10391074 SVI_0940 SVI_0941 recO pdxJ FALSE 0.089 318.000 0.166 1.000 N NA
 10391074 10391075 SVI_0941 SVI_0942 pdxJ acpS TRUE 0.763 143.000 0.326 1.000 N NA
 10391077 10391078 SVI_0944 SVI_0945     TRUE 1.000 -3.000 1.000 0.010 Y NA
 10391078 10391079 SVI_0945 SVI_0946     FALSE 0.442 40.000 0.000 1.000 N NA
 10391079 10391080 SVI_0946 SVI_0947     FALSE 0.003 678.000 0.000 NA   NA
 10391082 10391083 SVI_0949 SVI_0950     FALSE 0.356 32.000 0.000 NA   NA
 10391084 10391085 SVI_0951 SVI_0952     FALSE 0.003 1110.000 0.000 NA N NA
 10391088 10391089 SVI_0955 SVI_0956 ffh rpsP FALSE 0.213 299.000 0.361 1.000 N NA
 10391089 10391090 SVI_0956 SVI_0957 rpsP rimM TRUE 0.993 18.000 0.342 0.013 Y NA
 10391090 10391091 SVI_0957 SVI_0958 rimM trmD TRUE 0.995 16.000 0.672 1.000 Y NA
 10391091 10391092 SVI_0958 SVI_0959 trmD rplS TRUE 0.979 36.000 0.567 1.000 Y NA
 10391092 10391093 SVI_0959 SVI_0960 rplS aroF FALSE 0.005 748.000 0.000 1.000 N NA
 10391093 10391094 SVI_0960 SVI_0961 aroF tyrA TRUE 0.903 75.000 0.098 1.000 Y NA
 10391094 10391095 SVI_0961 SVI_0962 tyrA hcp FALSE 0.037 350.000 0.000 0.043 N NA
 10391095 10391096 SVI_0962 SVI_0963 hcp   TRUE 0.993 33.000 0.885 0.011 Y NA
 10391096 10391097 SVI_0963 SVI_0964     TRUE 0.693 153.000 0.333 NA   NA
 10391100 10391101 SVI_0967 SVI_0968   yfiA-2 FALSE 0.003 729.000 0.000 NA   NA
 10391105 10391106 SVI_0972 SVI_0973   slyD FALSE 0.346 160.000 0.097 NA   NA
 10391106 10391107 SVI_0973 SVI_0974 slyD   FALSE 0.015 275.000 0.000 NA   NA
 10391108 10391109 SVI_0975 SVI_0976 thrA thrB TRUE 0.682 187.000 0.133 1.000 Y NA
 10391109 10391110 SVI_0976 SVI_0977 thrB thrC TRUE 0.950 40.000 0.233 1.000 Y NA
 10391112 10391113 SVI_0979 SVI_0980     FALSE 0.233 106.000 0.000 NA   NA
 10391113 10391114 SVI_0980 SVI_0981     FALSE 0.274 46.000 0.000 NA   NA
 10391114 10391115 SVI_0981 SVI_0982     TRUE 0.855 0.000 0.000 NA   NA
 10391115 10391116 SVI_0982 SVI_0983     TRUE 0.574 122.000 0.135 NA   NA
 10391117 10391118 SVI_0984 SVI_0985   pgi FALSE 0.121 236.000 0.116 NA   NA
 10391118 10391119 SVI_0985 SVI_0986 pgi tal TRUE 0.991 14.000 0.317 1.000 Y NA
 10391121 10391122 SVI_0988 SVI_0989   xfp FALSE 0.027 269.000 0.000 1.000   NA
 10391123 10391124 SVI_0990 SVI_0991     FALSE 0.252 124.000 0.028 NA   NA
 10391126 10391127 SVI_0993 SVI_0994     FALSE 0.007 372.000 0.000 NA   NA
 10391128 10391129 SVI_0995 SVI_0996     FALSE 0.007 356.000 0.000 NA   NA
 10391129 10391130 SVI_0996 SVI_0997     FALSE 0.004 1158.000 0.000 1.000   NA
 10391133 10391134 SVI_1000 SVI_1001 mviN ribF FALSE 0.028 615.000 0.169 1.000   NA
 10391134 10391135 SVI_1001 SVI_1002 ribF ileS TRUE 0.893 32.000 0.254 1.000 N NA
 10391135 10391136 SVI_1002 SVI_1003 ileS lspA FALSE 0.490 164.000 0.147 1.000 N NA
 10391136 10391137 SVI_1003 SVI_1004 lspA fkbP-1 TRUE 0.989 6.000 0.417 1.000 N NA
 10391137 10391138 SVI_1004 SVI_1005 fkbP-1 ispH TRUE 0.994 4.000 0.626 1.000 N NA
 10391138 10391139 SVI_1005 SVI_1006 ispH   FALSE 0.045 216.000 0.009 NA N NA
 10391139 10391140 SVI_1006 SVI_1007     TRUE 0.984 14.000 0.630 NA   NA
 10391140 10391141 SVI_1007 SVI_1008     TRUE 0.981 10.000 0.348 NA   NA
 10391141 10391142 SVI_1008 SVI_1009     TRUE 0.990 3.000 0.438 NA   NA
 10391142 10391143 SVI_1009 SVI_1010   pilE TRUE 0.991 10.000 0.200 NA Y NA
 10391143 10391144 SVI_1010 SVI_1011 pilE   TRUE 0.964 -3.000 0.086 NA   NA
 10391145 10391146 SVI_1012 SVI_1013     TRUE 0.941 165.000 0.846 NA Y NA
 10391149 10391150 SVI_1016 SVI_1017     FALSE 0.095 168.000 0.000 NA   NA
 10391150 10391151 SVI_1017 SVI_1018     TRUE 0.876 -13.000 0.000 NA   NA
 10391151 10391152 SVI_1018 SVI_1019     FALSE 0.164 132.000 0.000 NA   NA
 10391153 10391154 SVI_1020 SVI_1021     FALSE 0.268 84.000 0.000 NA   NA
 10391155 10391156 SVI_1022 SVI_1023 hex   FALSE 0.183 255.000 0.000 NA Y NA
 10391156 10391157 SVI_1023 SVI_1024   nagA TRUE 0.994 -3.000 0.108 NA Y NA
 10391157 10391158 SVI_1024 SVI_1025 nagA   TRUE 0.654 110.000 0.154 NA   NA
 10391159 10391160 SVI_1026 SVI_t007     FALSE 0.145 142.000 0.000 NA   NA
 10391160 10391161 SVI_t007 SVI_t008     FALSE 0.304 37.000 0.000 NA   NA
 10391161 10391162 SVI_t008 SVI_t009     FALSE 0.002 803.000 0.000 NA   NA
 10391162 10391163 SVI_t009 SVI_t010     FALSE 0.266 86.000 0.000 NA   NA
 10391164 10391165 SVI_1027 SVI_1028     TRUE 0.930 73.000 0.676 NA   NA
 10391166 10391167 SVI_1029 SVI_1030   mutY TRUE 0.975 3.000 0.150 1.000 N NA
 10391168 10391169 SVI_1031 SVI_1032 trmB   TRUE 0.608 78.000 0.092 NA   NA
 10391169 10391170 SVI_1032 SVI_1033   glsA TRUE 0.975 -12.000 0.123 NA   NA
 10391170 10391171 SVI_1033 SVI_1034 glsA   FALSE 0.020 277.000 0.021 NA   NA
 10391171 10391172 SVI_1034 SVI_1035     FALSE 0.006 403.000 0.000 NA   NA
 10391173 10391174 SVI_1036 SVI_1037     FALSE 0.016 287.000 0.016 NA   NA
 10391174 10391175 SVI_1037 SVI_1038     TRUE 0.987 0.000 0.218 1.000 N NA
 10391175 10391176 SVI_1038 SVI_1039     FALSE 0.263 151.000 0.050 NA   NA
 10391176 10391177 SVI_1039 SVI_1040     FALSE 0.334 151.000 0.076 NA   NA
 10391177 10391178 SVI_1040 SVI_1041     TRUE 0.973 7.000 0.220 NA   NA
 10391178 10391179 SVI_1041 SVI_1042   proC TRUE 0.720 76.000 0.152 NA   NA
 10391179 10391180 SVI_1042 SVI_1043 proC   FALSE 0.416 140.000 0.092 NA   NA
 10391181 10391182 SVI_1044 SVI_1045 pilT pilU TRUE 0.991 24.000 0.436 0.016 Y NA
 10391182 10391183 SVI_1045 SVI_1046 pilU   FALSE 0.085 177.000 0.000 NA   NA
 10391184 10391185 SVI_1047 SVI_1048     TRUE 0.834 47.000 0.263 NA N NA
 10391185 10391186 SVI_1048 SVI_1049     FALSE 0.387 82.000 0.025 NA N NA
 10391186 10391187 SVI_1049 SVI_1050     FALSE 0.104 179.000 0.020 NA   NA
 10391188 10391189 SVI_1051 SVI_1052     FALSE 0.032 226.000 0.000 NA   NA
 10391191 10391192 SVI_1054 SVI_1055     TRUE 0.884 75.000 0.088 NA Y NA
 10391195 10391196 SVI_1058 SVI_1059     TRUE 0.889 80.000 0.429 NA   NA
 10391196 10391197 SVI_1059 SVI_1060     TRUE 0.995 28.000 0.778 0.001 Y NA
 10391199 10391200 SVI_1062 SVI_1063     FALSE 0.275 74.000 0.000 NA   NA
 10391200 10391201 SVI_1063 SVI_1064     FALSE 0.367 197.000 0.214 NA   NA
 10391202 10391203 SVI_1065 SVI_1066   mexF TRUE 0.992 10.000 0.667 1.000 N NA
 10391203 10391204 SVI_1066 SVI_1067 mexF   FALSE 0.420 147.000 0.000 0.063 N NA
 10391204 10391205 SVI_1067 SVI_1068     FALSE 0.007 356.000 0.000 NA   NA
 10391209 10391210 SVI_1072 SVI_1073   malQ FALSE 0.002 843.000 0.000 NA   NA
 10391210 10391211 SVI_1073 SVI_1074 malQ glgB TRUE 0.983 124.000 0.846 0.004 Y NA
 10391211 10391212 SVI_1074 SVI_1075 glgB glgX TRUE 0.997 -22.000 0.118 0.003 Y NA
 10391212 10391213 SVI_1075 SVI_1076 glgX   TRUE 0.995 -10.000 0.118 1.000 Y NA
 10391213 10391214 SVI_1076 SVI_1077     FALSE 0.267 85.000 0.000 NA   NA
 10391214 10391215 SVI_1077 SVI_1078   glgC TRUE 0.879 -7.000 0.000 NA   NA
 10391215 10391216 SVI_1078 SVI_1079 glgC glgA TRUE 0.908 52.000 0.481 1.000   NA
 10391217 10391218 SVI_1080 SVI_1081     FALSE 0.164 132.000 0.000 NA   NA
 10391219 10391220 SVI_1082 SVI_1083     FALSE 0.003 669.000 0.000 NA   NA
 10391222 10391223 SVI_1085 SVI_1086     FALSE 0.005 443.000 0.000 NA   NA
 10391224 10391225 SVI_1087 SVI_1088     FALSE 0.007 367.000 0.000 NA   NA
 10391225 10391226 SVI_1088 SVI_1089     FALSE 0.041 214.000 0.000 NA   NA
 10391227 10391228 SVI_1090 SVI_1091     FALSE 0.008 338.000 0.000 NA   NA
 10391228 10391229 SVI_1091 SVI_1092   gluP-1 FALSE 0.004 493.000 0.000 NA   NA
 10391230 10391231 SVI_1093 SVI_1094     FALSE 0.008 351.000 0.000 NA   NA
 10391231 10391232 SVI_1094 SVI_1095     FALSE 0.004 518.000 0.000 NA   NA
 10391233 10391234 SVI_1096 SVI_1097     TRUE 0.911 55.000 0.571 NA   NA
 10391234 10391235 SVI_1097 SVI_1098     TRUE 0.870 57.000 0.400 NA   NA
 10391235 10391236 SVI_1098 SVI_1099     TRUE 0.932 65.000 0.225 NA Y NA
 10391236 10391237 SVI_1099 SVI_1100     TRUE 0.978 9.000 0.275 NA N NA
 10391237 10391238 SVI_1100 SVI_1101     FALSE 0.244 225.000 0.194 NA N NA
 10391238 10391239 SVI_1101 SVI_1102     TRUE 0.996 -18.000 0.167 1.000 Y NA
 10391239 10391240 SVI_1102 SVI_1103     TRUE 0.998 -3.000 0.571 NA Y NA
 10391240 10391241 SVI_1103 SVI_1104     TRUE 0.995 -3.000 0.160 NA Y NA
 10391241 10391242 SVI_1104 SVI_1105     TRUE 0.971 95.000 0.607 NA Y NA
 10391242 10391243 SVI_1105 SVI_1106     TRUE 0.874 -3.000 0.000 NA   NA
 10391243 10391244 SVI_1106 SVI_1107     TRUE 0.797 5.000 0.000 NA   NA
 10391244 10391245 SVI_1107 SVI_1108     TRUE 0.997 -7.000 0.750 NA   NA
 10391245 10391246 SVI_1108 SVI_1109     TRUE 0.943 74.000 0.800 NA   NA
 10391246 10391247 SVI_1109 SVI_1110     FALSE 0.328 273.000 0.600 NA   NA
 10391247 10391248 SVI_1110 SVI_1111     TRUE 0.957 33.000 0.800 NA   NA
 10391248 10391249 SVI_1111 SVI_1112     TRUE 0.951 -22.000 0.059 NA   NA
 10391249 10391250 SVI_1112 SVI_1113     TRUE 0.951 -3.000 0.059 NA   NA
 10391251 10391252 SVI_1114 SVI_1115     TRUE 0.836 92.000 0.298 NA   NA
 10391256 10391257 SVI_1119 SVI_1120 dxs ispA TRUE 0.980 22.000 0.246 1.000 Y NA
 10391257 10391258 SVI_1120 SVI_1121 ispA xseB TRUE 0.982 1.000 0.177 1.000 N NA
 10391258 10391259 SVI_1121 SVI_1122 xseB   FALSE 0.256 95.000 0.000 NA   NA
 10391260 10391261 SVI_1123 SVI_1124 pomA pomB TRUE 0.998 5.000 0.566 1.000 Y NA
 10391261 10391262 SVI_1124 SVI_1125 pomB thiI FALSE 0.031 301.000 0.029 1.000 N NA
 10391263 10391264 SVI_1126 SVI_1127     FALSE 0.021 248.000 0.000 NA   NA
 10391265 10391266 SVI_1128 SVI_1129 gcvA   TRUE 0.729 80.000 0.131 1.000   NA
 10391266 10391267 SVI_1129 SVI_1130     TRUE 0.921 -7.000 0.029 NA   NA
 10391267 10391268 SVI_1130 SVI_1131     FALSE 0.277 195.000 0.144 NA   NA
 10391270 10391271 SVI_1133 SVI_1134     FALSE 0.314 82.000 0.000 NA N NA
 10391271 10391272 SVI_1134 SVI_1135     FALSE 0.319 78.000 0.000 NA N NA
 10391272 10391273 SVI_1135 SVI_1136     FALSE 0.305 122.000 0.032 NA N NA
 10391273 10391274 SVI_1136 SVI_1137     FALSE 0.366 94.000 0.000 1.000   NA
 10391274 10391275 SVI_1137 SVI_1138     TRUE 0.631 86.000 0.000 0.027   NA
 10391275 10391276 SVI_1138 SVI_1139   rimJ TRUE 0.661 39.000 0.000 0.058 N NA
 10391276 10391277 SVI_1139 SVI_1140 rimJ   FALSE 0.084 178.000 0.000 NA   NA
 10391278 10391279 SVI_1141 SVI_1142   xni FALSE 0.415 175.000 0.167 NA   NA
 10391279 10391280 SVI_1142 SVI_1143 xni   TRUE 0.717 104.000 0.178 NA   NA
 10391280 10391281 SVI_1143 SVI_1144     TRUE 0.542 103.000 0.082 NA   NA
 10391281 10391282 SVI_1144 SVI_1145     TRUE 0.684 148.000 0.250 1.000   NA
 10391285 10391286 SVI_1148 SVI_1149     FALSE 0.264 87.000 0.000 NA   NA
 10391286 10391287 SVI_1149 SVI_1150   phoB FALSE 0.131 193.000 0.023 1.000 N NA
 10391287 10391288 SVI_1150 SVI_1151 phoB phoR TRUE 0.979 83.000 0.453 0.023 Y NA
 10391288 10391289 SVI_1151 SVI_1152 phoR   FALSE 0.037 505.000 0.168 1.000 N NA
 10391289 10391290 SVI_1152 SVI_1153     FALSE 0.012 298.000 0.000 NA   NA
 10391290 10391291 SVI_1153 SVI_1154     FALSE 0.005 440.000 0.000 NA   NA
 10391291 10391292 SVI_1154 SVI_1155     FALSE 0.253 58.000 0.000 NA   NA
 10391293 10391294 SVI_1156 SVI_1157     TRUE 0.972 22.000 0.667 NA   NA
 10391300 10391301 SVI_1163 SVI_1164     FALSE 0.244 102.000 0.000 NA   NA
 10391302 10391303 SVI_1165 SVI_1166     FALSE 0.278 44.000 0.000 NA   NA
 10391303 10391304 SVI_1166 SVI_1167     FALSE 0.467 24.000 0.000 NA   NA
 10391304 10391305 SVI_1167 SVI_1168     FALSE 0.252 62.000 0.000 NA   NA
 10391307 10391308 SVI_1170 SVI_1171     TRUE 0.970 0.000 0.117 NA N NA
 10391308 10391309 SVI_1171 SVI_1172     FALSE 0.012 304.000 0.000 NA   NA
 10391309 10391310 SVI_1172 SVI_1173     TRUE 0.911 62.000 0.600 NA   NA
 10391311 10391312 SVI_1174 SVI_1175     TRUE 0.998 -10.000 0.476 1.000 Y NA
 10391312 10391313 SVI_1175 SVI_1176     TRUE 0.915 47.000 0.500 1.000   NA
 10391314 10391315 SVI_1177 SVI_1178     FALSE 0.291 40.000 0.000 NA   NA
 10391315 10391316 SVI_1178 SVI_1179     FALSE 0.073 184.000 0.000 NA   NA
 10391316 10391317 SVI_1179 SVI_1180     FALSE 0.056 223.000 0.000 1.000   NA
 10391319 10391320 SVI_1182 SVI_1183     FALSE 0.267 123.000 0.000 1.000   NA
 10391320 10391321 SVI_1183 SVI_1184     FALSE 0.320 35.000 0.000 NA   NA
 10391321 10391322 SVI_1184 SVI_1185     FALSE 0.164 132.000 0.000 NA   NA
 10391322 10391323 SVI_1185 SVI_1186     FALSE 0.378 140.000 0.077 NA   NA
 10391323 10391324 SVI_1186 SVI_1187     FALSE 0.007 381.000 0.000 NA   NA
 10391324 10391325 SVI_1187 SVI_1188     FALSE 0.009 332.000 0.000 NA   NA
 10391325 10391326 SVI_1188 SVI_1189     FALSE 0.172 128.000 0.000 NA   NA
 10391328 10391329 SVI_1191 SVI_1192 cspD-1   FALSE 0.031 363.000 0.000 0.048   NA
 10391330 10391331 SVI_1193 SVI_1194     FALSE 0.154 137.000 0.000 NA   NA
 10391332 10391333 SVI_1195 SVI_1196     TRUE 0.975 -46.000 0.000 0.004   NA
 10391333 10391334 SVI_1196 SVI_1197     TRUE 0.752 28.000 0.000 0.048   NA
 10391335 10391336 SVI_1198 SVI_1199   pfaD FALSE 0.006 530.000 0.000 1.000   NA
 10391336 10391337 SVI_1199 SVI_1200 pfaD pfaC FALSE 0.409 225.000 0.357 1.000   NA
 10391337 10391338 SVI_1200 SVI_1201 pfaC pfaB TRUE 0.995 0.000 0.333 0.018   NA
 10391338 10391339 SVI_1201 SVI_1202 pfaB pfaA TRUE 0.998 0.000 0.667 0.004   NA
 10391339 10391340 SVI_1202 SVI_1203 pfaA   TRUE 0.996 0.000 0.714 NA   NA
 10391341 10391342 SVI_1204 SVI_1205 fusA-1   FALSE 0.004 549.000 0.000 NA   NA
 10391342 10391343 SVI_1205 SVI_1206     FALSE 0.183 136.000 0.017 NA   NA
 10391344 10391345 SVI_1207 SVI_1208     FALSE 0.015 282.000 0.000 NA   NA
 10391346 10391347 SVI_1209 SVI_1210     FALSE 0.257 94.000 0.000 NA   NA
 10391350 10391351 SVI_1213 SVI_1214     TRUE 0.989 0.000 0.322 NA   NA
 10391354 10391355 SVI_1217 SVI_1218     FALSE 0.004 534.000 0.000 NA   NA
 10391355 10391356 SVI_1218 SVI_1219     FALSE 0.006 403.000 0.000 NA   NA
 10391357 10391358 SVI_1220 SVI_1221     FALSE 0.252 98.000 0.000 NA   NA
 10391358 10391359 SVI_1221 SVI_1222     TRUE 0.992 0.000 0.402 NA   NA
 10391360 10391361 SVI_1223 SVI_1224   truC TRUE 0.994 -37.000 0.518 NA   NA
 10391361 10391362 SVI_1224 SVI_1225 truC   FALSE 0.153 283.000 0.209 1.000 N NA
 10391362 10391363 SVI_1225 SVI_1226   purU FALSE 0.108 193.000 0.000 1.000 N NA
 10391364 10391365 SVI_1227 SVI_1228     FALSE 0.006 383.000 0.000 NA   NA
 10391365 10391366 SVI_1228 SVI_1229   dapD FALSE 0.024 242.000 0.000 NA   NA
 10391366 10391367 SVI_1229 SVI_1230 dapD glnD-2 TRUE 0.674 68.000 0.097 1.000 N NA
 10391367 10391368 SVI_1230 SVI_1231 glnD-2 map-1 TRUE 0.834 92.000 0.243 1.000 N NA
 10391369 10391370 SVI_1232 SVI_1233 rpsB tsf TRUE 0.971 117.000 0.748 1.000 Y NA
 10391370 10391371 SVI_1233 SVI_1234 tsf pyrH TRUE 0.898 89.000 0.416 1.000 N NA
 10391371 10391372 SVI_1234 SVI_1235 pyrH frr TRUE 0.927 99.000 0.626 1.000 N NA
 10391372 10391373 SVI_1235 SVI_1236 frr uppS TRUE 0.901 80.000 0.409 1.000 N NA
 10391373 10391374 SVI_1236 SVI_1237 uppS cdsA TRUE 0.962 20.000 0.400 1.000   NA
 10391374 10391375 SVI_1237 SVI_1238 cdsA dxr TRUE 0.988 5.000 0.372 1.000   NA
 10391375 10391376 SVI_1238 SVI_1239 dxr   TRUE 0.975 19.000 0.568 1.000   NA
 10391376 10391377 SVI_1239 SVI_1240     TRUE 0.638 98.000 0.009 0.008   NA
 10391377 10391378 SVI_1240 SVI_1241     TRUE 0.893 32.000 0.026 1.000 Y NA
 10391378 10391379 SVI_1241 SVI_1242   ompH TRUE 0.895 58.000 0.104 1.000 Y NA
 10391379 10391380 SVI_1242 SVI_1243 ompH lpxD TRUE 0.994 20.000 0.814 1.000 Y NA
 10391380 10391381 SVI_1243 SVI_1244 lpxD fabZ TRUE 0.971 29.000 0.796 1.000 N NA
 10391381 10391382 SVI_1244 SVI_1245 fabZ lpxA TRUE 0.997 -3.000 0.850 1.000 N NA
 10391382 10391383 SVI_1245 SVI_1246 lpxA lpxB TRUE 0.955 75.000 0.289 1.000 Y NA
 10391383 10391384 SVI_1246 SVI_1247 lpxB rnhB TRUE 0.811 42.000 0.186 1.000 N NA
 10391384 10391385 SVI_1247 SVI_1248 rnhB dnaE TRUE 0.847 122.000 0.104 1.000 Y NA
 10391385 10391386 SVI_1248 SVI_1249 dnaE tilS TRUE 0.964 1.000 0.015 0.042 N NA
 10391386 10391387 SVI_1249 SVI_1250 tilS   TRUE 0.629 15.000 0.000 NA   NA
 10391389 10391390 SVI_1252 SVI_1253     TRUE 0.529 83.000 0.038 1.000 N NA
 10391390 10391391 SVI_1253 SVI_1254     FALSE 0.037 228.000 0.000 NA N NA
 10391392 10391393 SVI_1255 SVI_1256   proS FALSE 0.126 173.000 0.005 1.000   NA
 10391394 10391395 SVI_1257 SVI_1258     FALSE 0.263 68.000 0.000 NA   NA
 10391395 10391396 SVI_1258 SVI_1259     FALSE 0.043 245.000 0.000 1.000 N NA
 10391397 10391398 SVI_1260 SVI_1261     TRUE 0.888 13.000 0.082 NA   NA
 10391398 10391399 SVI_1261 SVI_1262     TRUE 0.826 41.000 0.247 NA   NA
 10391401 10391402 SVI_1264 SVI_1265     FALSE 0.069 186.000 0.000 NA   NA
 10391402 10391403 SVI_1265 SVI_1266     FALSE 0.254 64.000 0.000 NA   NA
 10391403 10391404 SVI_1266 SVI_1267     FALSE 0.127 151.000 0.000 NA   NA
 10391405 10391406 SVI_1268 SVI_1269 etfB etfA TRUE 0.999 0.000 0.929 0.013 Y NA
 10391406 10391407 SVI_1269 SVI_1270 etfA   FALSE 0.047 499.000 0.000 NA Y NA
 10391407 10391408 SVI_1270 SVI_1271   tdk FALSE 0.052 211.000 0.010 NA N NA
 10391411 10391412 SVI_1274 SVI_1275 scoB scoA TRUE 0.994 18.000 0.352 0.001 Y NA
 10391412 10391413 SVI_1275 SVI_1276 scoA mvaB TRUE 0.642 149.000 0.120 0.057 N NA
 10391413 10391414 SVI_1276 SVI_1277 mvaB   TRUE 0.982 2.000 0.229 NA   NA
 10391414 10391415 SVI_1277 SVI_1278     TRUE 0.806 3.000 0.008 NA   NA
 10391415 10391416 SVI_1278 SVI_1279     TRUE 0.806 3.000 0.008 NA   NA
 10391416 10391417 SVI_1279 SVI_1280     TRUE 0.826 3.000 0.012 NA   NA
 10391417 10391418 SVI_1280 SVI_1281     TRUE 0.997 0.000 0.205 0.057 Y NA
 10391418 10391419 SVI_1281 SVI_1282   pccB TRUE 0.929 58.000 0.189 1.000 Y NA
 10391419 10391420 SVI_1282 SVI_1283 pccB ivd TRUE 0.957 80.000 0.316 1.000 Y NA
 10391420 10391421 SVI_1283 SVI_1284 ivd   TRUE 0.598 145.000 0.166 1.000 N NA
 10391421 10391422 SVI_1284 SVI_1285     TRUE 0.575 192.000 0.000 0.049 Y NA
 10391424 10391425 SVI_1287 SVI_1288     FALSE 0.198 116.000 0.000 NA   NA
 10391427 10391428 SVI_1290 SVI_1291 kefC   TRUE 0.971 22.000 0.590 1.000   NA
 10391429 10391430 SVI_1292 SVI_1293     FALSE 0.031 255.000 0.000 1.000   NA
 10391430 10391431 SVI_1293 SVI_1294   phnA FALSE 0.033 251.000 0.000 1.000   NA
 10391431 10391432 SVI_1294 SVI_1295 phnA   FALSE 0.020 240.000 0.004 NA   NA
 10391434 10391435 SVI_1297 SVI_1298     TRUE 0.879 -7.000 0.000 NA   NA
 10391435 10391436 SVI_1298 SVI_1299     FALSE 0.033 224.000 0.000 NA   NA
 10391436 10391437 SVI_1299 SVI_1300     FALSE 0.154 137.000 0.000 NA   NA
 10391439 10391440 SVI_1302 SVI_1303     TRUE 0.914 15.000 0.000 0.002   NA
 10391440 10391441 SVI_1303 SVI_1304     TRUE 0.874 -3.000 0.000 NA   NA
 10391441 10391442 SVI_1304 SVI_1305     FALSE 0.454 25.000 0.000 NA   NA
 10391442 10391443 SVI_1305 SVI_1306     TRUE 0.840 25.000 0.000 0.002   NA
 10391444 10391445 SVI_1307 SVI_1308     FALSE 0.392 40.000 0.028 NA   NA
 10391445 10391446 SVI_1308 SVI_1309     FALSE 0.120 149.000 0.008 NA   NA
 10391447 10391448 SVI_1310 SVI_1311     FALSE 0.059 193.000 0.000 NA   NA
 10391449 10391450 SVI_1312 SVI_1313     TRUE 0.739 131.000 0.280 NA N NA
 10391451 10391452 SVI_1314 SVI_1315     FALSE 0.008 379.000 0.000 NA N NA
 10391453 10391454 SVI_1316 SVI_1317     TRUE 0.527 20.000 0.000 NA   NA
 10391454 10391455 SVI_1317 SVI_1318     FALSE 0.256 95.000 0.000 NA   NA
 10391455 10391456 SVI_1318 SVI_1319     FALSE 0.039 249.000 0.000 1.000 N NA
 10391456 10391457 SVI_1319 SVI_1320     FALSE 0.074 272.000 0.000 0.036 N NA
 10391458 10391459 SVI_1321 SVI_1322     FALSE 0.011 307.000 0.000 NA   NA
 10391460 10391461 SVI_1323 SVI_1324     TRUE 0.994 -31.000 0.500 NA   NA
 10391461 10391462 SVI_1324 SVI_1325     TRUE 0.994 -36.000 0.500 NA   NA
 10391462 10391463 SVI_1325 SVI_1326     FALSE 0.135 147.000 0.000 NA   NA
 10391463 10391464 SVI_1326 SVI_1327     FALSE 0.276 45.000 0.000 NA   NA
 10391465 10391466 SVI_1328 SVI_1329     TRUE 0.862 2.000 0.000 NA N NA
 10391466 10391467 SVI_1329 SVI_1330     TRUE 0.994 -7.000 0.000 0.019 Y NA
 10391467 10391468 SVI_1330 SVI_1331     TRUE 0.969 17.000 0.000 0.019 Y NA
 10391469 10391470 SVI_1332 SVI_1333     FALSE 0.026 236.000 0.000 NA   NA
 10391471 10391472 SVI_1334 SVI_1335 ohr   FALSE 0.259 133.000 0.034 NA   NA
 10391473 10391474 SVI_1336 SVI_1337     FALSE 0.004 715.000 0.000 1.000   NA
 10391474 10391475 SVI_1337 SVI_1338     FALSE 0.417 213.000 0.333 NA   NA
 10391475 10391476 SVI_1338 SVI_1339     FALSE 0.112 157.000 0.000 NA   NA
 10391478 10391479 SVI_1341 SVI_1342 ftsZ-1   FALSE 0.262 54.000 0.000 NA   NA
 10391480 10391481 SVI_1343 SVI_1344     TRUE 0.577 91.000 0.006 0.085   NA
 10391481 10391482 SVI_1344 SVI_1345     FALSE 0.249 92.000 0.010 NA   NA
 10391482 10391483 SVI_1345 SVI_1346     TRUE 0.967 17.000 0.429 NA   NA
 10391483 10391484 SVI_1346 SVI_1347     FALSE 0.039 216.000 0.000 NA   NA
 10391484 10391485 SVI_1347 SVI_1348     TRUE 0.874 -3.000 0.000 NA   NA
 10391485 10391486 SVI_1348 SVI_1349     FALSE 0.273 73.000 0.000 NA   NA
 10391486 10391487 SVI_1349 SVI_1350     TRUE 0.649 57.000 0.000 0.008   NA
 10391487 10391488 SVI_1350 SVI_1351     TRUE 0.649 57.000 0.000 0.008   NA
 10391488 10391489 SVI_1351 SVI_1352     FALSE 0.013 293.000 0.000 NA   NA
 11503573 10391487   SVI_1350     FALSE NA 1279.000 0.000 NA   NA
 11645936 10391487   SVI_1350     FALSE NA 1279.000 0.000 NA   NA
 11788328 10391487   SVI_1350     FALSE NA 1279.000 0.000 NA   NA
 11503574 10391487   SVI_1350     FALSE NA 1307.000 0.000 NA   NA
 11645937 10391487   SVI_1350     FALSE NA 1307.000 0.000 NA   NA
 11788329 10391487   SVI_1350     FALSE NA 1307.000 0.000 NA   NA
 11503575 10391487   SVI_1350     FALSE NA 1339.000 0.000 NA   NA
 11645938 10391487   SVI_1350     FALSE NA 1339.000 0.000 NA   NA
 11788330 10391487   SVI_1350     FALSE NA 1339.000 0.000 NA   NA
 11503576 10391487   SVI_1350     FALSE NA 1367.000 0.000 NA   NA
 11645939 10391487   SVI_1350     FALSE NA 1367.000 0.000 NA   NA
 11788331 10391487   SVI_1350     FALSE NA 1367.000 0.000 NA   NA
 11503577 10391487   SVI_1350     FALSE NA 1399.000 0.000 NA   NA
 11645940 10391487   SVI_1350     FALSE NA 1399.000 0.000 NA   NA
 11788332 10391487   SVI_1350     FALSE NA 1399.000 0.000 NA   NA
 11503578 10391487   SVI_1350     FALSE NA 1427.000 0.000 NA   NA
 11645941 10391487   SVI_1350     FALSE NA 1427.000 0.000 NA   NA
 11788333 10391487   SVI_1350     FALSE NA 1427.000 0.000 NA   NA
 11503579 10391487   SVI_1350     FALSE NA 1459.000 0.000 NA   NA
 11645942 10391487   SVI_1350     FALSE NA 1459.000 0.000 NA   NA
 11788334 10391487   SVI_1350     FALSE NA 1459.000 0.000 NA   NA
 10391491 10391492 SVI_1354 SVI_1355     TRUE 0.763 9.000 0.000 NA   NA
 10391492 10391493 SVI_1355 SVI_1356     TRUE 0.593 75.000 0.086 NA   NA
 10391494 10391495 SVI_1357 SVI_1358 smpA   FALSE 0.077 182.000 0.000 NA   NA
 10391496 10391497 SVI_1359 SVI_1360     FALSE 0.167 122.000 0.008 NA   NA
 10391497 10391498 SVI_1360 SVI_1361     FALSE 0.024 718.000 0.200 NA   NA
 10391498 10391499 SVI_1361 SVI_1362     FALSE 0.023 1388.000 0.000 NA Y NA
 10391500 10391501 SVI_1363 SVI_1364     FALSE 0.285 149.000 0.056 NA   NA
 10391501 10391502 SVI_1364 SVI_1365     FALSE 0.065 189.000 0.000 NA   NA
 10391502 10391503 SVI_1365 SVI_1366     TRUE 0.996 -40.000 0.667 NA   NA
 10391504 10391505 SVI_1367 SVI_1368     FALSE 0.204 151.000 0.034 NA   NA
 10391505 10391506 SVI_1368 SVI_1369     TRUE 0.777 141.000 0.412 NA   NA
 10391507 10391508 SVI_1370 SVI_1371     FALSE 0.432 94.000 0.045 NA   NA
 10391509 10391510 SVI_1372 SVI_1373     TRUE 0.572 99.000 0.067 1.000   NA
 10391510 10391511 SVI_1373 SVI_1374     TRUE 0.976 0.000 0.153 NA   NA
 10391511 10391512 SVI_1374 SVI_1375   ispG TRUE 0.711 122.000 0.233 NA   NA
 10391512 10391513 SVI_1375 SVI_1376 ispG hisS FALSE 0.063 431.000 0.207 1.000 N NA
 10391513 10391514 SVI_1376 SVI_1377 hisS   TRUE 0.965 14.000 0.259 1.000   NA
 10391514 10391515 SVI_1377 SVI_1378     TRUE 0.985 11.000 0.492 NA   NA
 10391515 10391516 SVI_1378 SVI_1379   engA FALSE 0.259 221.000 0.203 NA   NA
 10391516 10391517 SVI_1379 SVI_1380 engA   FALSE 0.002 754.000 0.000 NA   NA
 10391518 10391519 SVI_1381 SVI_1382   xseA TRUE 0.867 -166.000 0.011 NA   NA
 10391520 10391521 SVI_1383 SVI_1384 guaB guaA TRUE 0.923 146.000 0.190 0.001 Y NA
 10391521 10391522 SVI_1384 SVI_1385 guaA   TRUE 0.701 144.000 0.019 1.000 Y NA
 10391524 10391525 SVI_1387 SVI_1388 purL cydA FALSE 0.004 1233.000 0.000 1.000 N NA
 10391525 10391526 SVI_1388 SVI_1389 cydA cydB TRUE 0.997 15.000 0.750 0.040 Y NA
 10391526 10391527 SVI_1389 SVI_1390 cydB   TRUE 0.927 16.000 0.184 NA   NA
 10391528 10391529 SVI_1391 SVI_1392     TRUE 0.993 6.000 0.723 NA N NA
 10391531 10391532 SVI_1394 SVI_1395     TRUE 0.757 62.000 0.200 NA   NA
 10391533 10391534 SVI_1396 SVI_1397     FALSE 0.003 735.000 0.000 NA   NA
 10391534 10391535 SVI_1397 SVI_1398     FALSE 0.010 321.000 0.000 NA   NA
 10391535 10391536 SVI_1398 SVI_1399     FALSE 0.276 75.000 0.000 NA   NA
 10391537 10391538 SVI_1400 SVI_t011     FALSE 0.005 436.000 0.000 NA   NA
 10391538 10391539 SVI_t011 SVI_1401     FALSE 0.217 110.000 0.000 NA   NA
 10391540 10391541 SVI_1402 SVI_1403     FALSE 0.394 29.000 0.000 NA   NA
 10391541 10391542 SVI_1403 SVI_1404     TRUE 0.965 -3.000 0.091 NA   NA
 10391543 10391544 SVI_1405 SVI_1406 flgN flgM TRUE 0.993 7.000 0.361 0.002   NA
 10391544 10391545 SVI_1406 SVI_1407 flgM   TRUE 0.871 70.000 0.371 NA   NA
 10391546 10391547 SVI_1408 SVI_1409 cheV-1 cheR-2 TRUE 0.964 141.000 0.838 1.000 Y NA
 10391547 10391548 SVI_1409 SVI_1410 cheR-2 flgB FALSE 0.365 322.000 0.309 1.000 Y NA
 10391548 10391549 SVI_1410 SVI_1411 flgB flgC TRUE 0.999 3.000 0.889 0.003 Y NA
 10391549 10391550 SVI_1411 SVI_1412 flgC flgD TRUE 0.963 98.000 0.478 NA Y NA
 10391550 10391551 SVI_1412 SVI_1413 flgD flgE-1 TRUE 0.611 317.000 0.875 NA Y NA
 10391551 10391552 SVI_1413 SVI_1414 flgE-1 flgE-2 TRUE 0.512 221.000 0.000 0.001 Y NA
 10391552 10391553 SVI_1414 SVI_1415 flgE-2 flgF TRUE 0.930 186.000 0.594 0.004 Y NA
 10391553 10391554 SVI_1415 SVI_1416 flgF flgG TRUE 0.998 11.000 0.446 0.001 Y NA
 10391554 10391555 SVI_1416 SVI_1417 flgG flgH TRUE 0.999 11.000 0.909 0.006 Y NA
 10391555 10391556 SVI_1417 SVI_1418 flgH flgI TRUE 0.982 41.000 0.457 0.008 Y NA
 10391556 10391557 SVI_1418 SVI_1419 flgI flgJ TRUE 0.596 301.000 0.405 0.008 Y NA
 10391557 10391558 SVI_1419 SVI_1420 flgJ   TRUE 0.988 89.000 0.705 0.002 Y NA
 10391558 10391559 SVI_1420 SVI_1421   flgL TRUE 0.994 12.000 0.182 0.001 Y NA
 10391559 10391560 SVI_1421 SVI_1422 flgL   TRUE 0.896 137.000 0.094 0.001 Y NA
 10391560 10391561 SVI_1422 SVI_1423     FALSE 0.152 394.000 0.000 0.001 Y NA
 10391561 10391562 SVI_1423 SVI_1424   flaG FALSE 0.258 228.000 0.007 NA Y NA
 10391562 10391563 SVI_1424 SVI_1425 flaG fliD TRUE 0.898 73.000 0.117 NA Y NA
 10391563 10391564 SVI_1425 SVI_1426 fliD   TRUE 0.834 58.000 0.306 NA   NA
 10391564 10391565 SVI_1426 SVI_1427   fliS TRUE 0.986 7.000 0.400 NA   NA
 10391565 10391566 SVI_1427 SVI_1428 fliS flrA FALSE 0.032 289.000 0.022 1.000 N NA
 10391566 10391567 SVI_1428 SVI_1429 flrA flrB TRUE 0.862 194.000 0.377 0.071 Y NA
 10391567 10391568 SVI_1429 SVI_1430 flrB flrC TRUE 0.999 4.000 0.679 0.071 Y NA
 10391568 10391569 SVI_1430 SVI_1431 flrC fliE TRUE 0.503 220.000 0.446 1.000 N NA
 10391569 10391570 SVI_1431 SVI_1432 fliE fliF TRUE 0.990 56.000 0.910 0.006 Y NA
 10391570 10391571 SVI_1432 SVI_1433 fliF fliG TRUE 0.998 -10.000 0.189 0.006 Y NA
 10391571 10391572 SVI_1433 SVI_1434 fliG fliH TRUE 0.998 0.000 0.320 0.003 Y NA
 10391572 10391573 SVI_1434 SVI_1435 fliH fliI TRUE 0.997 -31.000 0.248 1.000 Y NA
 10391573 10391574 SVI_1435 SVI_1436 fliI fliJ TRUE 0.909 66.000 0.127 1.000 Y NA
 10391574 10391575 SVI_1436 SVI_1437 fliJ fliK TRUE 0.703 176.000 0.013 0.006 Y NA
 10391575 10391576 SVI_1437 SVI_1438 fliK fliL TRUE 0.880 104.000 0.091 1.000 Y NA
 10391576 10391577 SVI_1438 SVI_1439 fliL fliM TRUE 0.959 114.000 0.241 0.001 Y NA
 10391577 10391578 SVI_1439 SVI_1440 fliM fliN TRUE 0.989 69.000 0.741 0.001 Y NA
 10391578 10391579 SVI_1440 SVI_1441 fliN fliO TRUE 0.996 8.000 0.443 1.000 Y NA
 10391579 10391580 SVI_1441 SVI_1442 fliO fliP TRUE 0.992 3.000 0.122 1.000 Y NA
 10391580 10391581 SVI_1442 SVI_1443 fliP fliQ TRUE 0.998 9.000 0.702 0.014 Y NA
 10391581 10391582 SVI_1443 SVI_1444 fliQ fliR TRUE 0.988 55.000 0.719 0.002 Y NA
 10391582 10391583 SVI_1444 SVI_1445 fliR flhB TRUE 0.945 49.000 0.240 1.000 Y NA
 10391583 10391584 SVI_1445 SVI_1446 flhB flhA FALSE 0.457 297.000 0.205 0.014 Y NA
 10391584 10391585 SVI_1446 SVI_1447 flhA flhF TRUE 0.989 12.000 0.178 1.000 Y NA
 10391585 10391586 SVI_1447 SVI_1448 flhF flhG TRUE 0.994 -37.000 0.241 0.015 N NA
 10391586 10391587 SVI_1448 SVI_1449 flhG fliA TRUE 0.995 -7.000 0.482 1.000 N NA
 10391587 10391588 SVI_1449 SVI_1450 fliA cheY-2 TRUE 0.841 42.000 0.145 0.071 N NA
 10391588 10391589 SVI_1450 SVI_1451 cheY-2 cheZ TRUE 0.984 20.000 0.284 1.000 Y NA
 10391589 10391590 SVI_1451 SVI_1452 cheZ   TRUE 0.990 16.000 0.341 1.000 Y NA
 10391590 10391591 SVI_1452 SVI_1453   cheB-2 TRUE 0.987 27.000 0.327 0.012 Y NA
 10391591 10391592 SVI_1453 SVI_1454 cheB-2   TRUE 0.975 -7.000 0.119 NA   NA
 10391592 10391593 SVI_1454 SVI_1455     TRUE 0.614 39.000 0.085 NA   NA
 10391593 10391594 SVI_1455 SVI_1456     TRUE 0.995 -16.000 0.454 1.000 N NA
 10391594 10391595 SVI_1456 SVI_1457   cheW-2 TRUE 0.999 -7.000 0.886 0.012 Y NA
 10391595 10391596 SVI_1457 SVI_1458 cheW-2   TRUE 0.936 71.000 0.743 NA   NA
 10391597 10391598 SVI_1459 SVI_1460     TRUE 0.834 35.000 0.224 NA   NA
 10391599 10391600 SVI_1461 SVI_1462     TRUE 0.552 57.000 0.070 NA N NA
 10391602 10391603 SVI_1464 SVI_1465     FALSE 0.002 877.000 0.000 NA   NA
 10391603 10391604 SVI_1465 SVI_1466     FALSE 0.214 111.000 0.000 NA   NA
 10391604 10391605 SVI_1466 SVI_1467     FALSE 0.115 638.000 0.219 1.000 Y NA
 10391605 10391606 SVI_1467 SVI_1468   nudD TRUE 0.512 87.000 0.036 1.000 N NA
 10391606 10391607 SVI_1468 SVI_1469 nudD manC-1 TRUE 0.919 3.000 0.024 1.000 N NA
 10391607 10391608 SVI_1469 SVI_1470 manC-1 manB-1 TRUE 0.981 10.000 0.286 1.000 N NA
 10391608 10391609 SVI_1470 SVI_1471 manB-1 gmd-1 TRUE 0.893 82.000 0.375 1.000 N NA
 10391610 10391611 SVI_1472 SVI_1473     FALSE 0.073 184.000 0.000 NA   NA
 10391612 10391613 SVI_1474 SVI_1475     FALSE 0.274 46.000 0.000 NA   NA
 10391613 10391614 SVI_1475 SVI_1476     TRUE 0.724 121.000 0.000 NA Y NA
 10391614 10391615 SVI_1476 SVI_1477   gmd-2 TRUE 0.990 -7.000 0.000 1.000 Y NA
 10391615 10391616 SVI_1477 SVI_1478 gmd-2 gmd-3 FALSE 0.127 451.000 0.000 0.001 Y NA
 10391616 10391617 SVI_1478 SVI_1479 gmd-3 fcl TRUE 0.994 3.000 0.070 0.003 Y NA
 10391617 10391618 SVI_1479 SVI_1480 fcl rfbB TRUE 0.990 5.000 0.000 0.003 Y NA
 10391618 10391619 SVI_1480 SVI_1481 rfbB rfbA TRUE 0.998 3.000 0.250 0.003 Y NA
 10391619 10391620 SVI_1481 SVI_1482 rfbA   TRUE 0.984 -3.000 0.194 NA   NA
 10391620 10391621 SVI_1482 SVI_1483     TRUE 0.884 -10.000 0.014 NA   NA
 10391621 10391622 SVI_1483 SVI_1484     TRUE 0.990 -3.000 0.014 1.000 Y NA
 10391622 10391623 SVI_1484 SVI_1485     FALSE 0.268 236.000 0.000 1.000 Y NA
 10391623 10391624 SVI_1485 SVI_1486     FALSE 0.233 106.000 0.000 NA   NA
 10391624 10391625 SVI_1486 SVI_1487     FALSE 0.020 250.000 0.000 NA   NA
 10391625 10391626 SVI_1487 SVI_1488     FALSE 0.271 72.000 0.000 NA   NA
 10391626 10391627 SVI_1488 SVI_1489     FALSE 0.260 55.000 0.000 NA   NA
 10391627 10391628 SVI_1489 SVI_1490     TRUE 0.896 -3.000 0.019 NA   NA
 10391628 10391629 SVI_1490 SVI_1491     TRUE 0.994 7.000 0.297 NA Y NA
 10391629 10391630 SVI_1491 SVI_1492     FALSE 0.003 559.000 0.000 NA   NA
 10391630 10391631 SVI_1492 SVI_1493     FALSE 0.021 497.000 0.000 0.017   NA
 10391631 10391632 SVI_1493 SVI_1494     FALSE 0.174 157.000 0.000 1.000   NA
 10391632 10391633 SVI_1494 SVI_1495   ugd TRUE 0.991 10.000 0.182 1.000 Y NA
 10391633 10391634 SVI_1495 SVI_1496 ugd   FALSE 0.053 504.000 0.000 1.000 Y NA
 10391634 10391635 SVI_1496 SVI_1497   galU-1 TRUE 0.895 80.000 0.000 0.017 Y NA
 10391635 10391636 SVI_1497 SVI_1498 galU-1 cysD FALSE 0.007 546.000 0.000 1.000 N NA
 10391636 10391637 SVI_1498 SVI_1499 cysD   FALSE 0.284 112.000 0.026 NA   NA
 10391637 10391638 SVI_1499 SVI_1500   cysN TRUE 0.730 112.000 0.214 NA   NA
 10391638 10391639 SVI_1500 SVI_1501 cysN   TRUE 0.902 143.000 0.286 1.000 Y NA
 10391639 10391640 SVI_1501 SVI_1502   cysC TRUE 0.755 134.000 0.035 1.000 Y NA
 10391640 10391641 SVI_1502 SVI_1503 cysC   FALSE 0.459 129.000 0.070 1.000   NA
 10391642 10391643 SVI_1504 SVI_1505     TRUE 0.826 67.000 0.000 1.000 Y NA
 10391643 10391644 SVI_1505 SVI_1506     TRUE 0.886 143.000 0.130 0.017 Y NA
 10391644 10391645 SVI_1506 SVI_1507     FALSE 0.003 736.000 0.000 NA   NA
 10391645 10391646 SVI_1507 SVI_1508     TRUE 0.974 -10.000 0.118 NA   NA
 10391646 10391647 SVI_1508 SVI_1509     FALSE 0.007 382.000 0.000 NA   NA
 10391647 10391648 SVI_1509 SVI_1510     FALSE 0.264 88.000 0.000 NA   NA
 10391648 10391649 SVI_1510 SVI_1511     FALSE 0.074 409.000 0.000 1.000 Y NA
 10391649 10391650 SVI_1511 SVI_1512     TRUE 0.954 121.000 0.500 1.000 Y NA
 10391651 10391652 SVI_1513 SVI_1514     FALSE 0.428 27.000 0.000 NA   NA
 10391652 10391653 SVI_1514 SVI_1515     TRUE 0.683 28.000 0.059 NA N NA
 10391653 10391654 SVI_1515 SVI_1516   luxO TRUE 0.867 135.000 0.077 0.019 Y NA
 10391655 10391656 SVI_1517 SVI_1518     FALSE 0.020 251.000 0.000 NA   NA
 10391656 10391657 SVI_1518 SVI_1519     TRUE 0.930 16.000 0.188 NA   NA
 10391657 10391658 SVI_1519 SVI_1520     TRUE 0.851 152.000 0.750 NA   NA
 10391658 10391659 SVI_1520 SVI_1521     FALSE 0.008 459.000 0.000 1.000   NA
 10391659 10391660 SVI_1521 SVI_1522     FALSE 0.195 157.000 0.000 1.000 N NA
 10391660 10391661 SVI_1522 SVI_1523   bgl-1 TRUE 0.983 13.000 0.120 1.000 Y NA
 10391662 10391663 SVI_1524 SVI_1525 gluP-2   FALSE 0.038 652.000 0.000 1.000 Y NA
 10391663 10391664 SVI_1525 SVI_1526     TRUE 0.521 74.000 0.060 NA   NA
 10391664 10391665 SVI_1526 SVI_1527     FALSE 0.489 139.000 0.120 NA   NA
 10391666 10391667 SVI_1528 SVI_1529   napF FALSE 0.301 135.000 0.047 NA   NA
 10391667 10391668 SVI_1529 SVI_1530 napF galE TRUE 0.652 86.000 0.093 1.000   NA
 10391668 10391669 SVI_1530 SVI_1531 galE galU-2 TRUE 0.995 -3.000 0.136 1.000 Y NA
 10391670 10391671 SVI_1532 SVI_1533 phhA phhB TRUE 0.818 74.000 0.203 1.000 N NA
 10391671 10391672 SVI_1533 SVI_1534 phhB tyrR FALSE 0.055 230.000 0.012 1.000 N NA
 10391672 10391673 SVI_1534 SVI_1535 tyrR   FALSE 0.038 252.000 0.000 1.000 N NA
 10391673 10391674 SVI_1535 SVI_1536   maiA TRUE 0.911 92.000 0.495 1.000 N NA
 10391675 10391676 SVI_1537 SVI_1538 fkbP-2   FALSE 0.330 107.000 0.000 1.000   NA
 10391678 10391679 SVI_1540 SVI_1541     TRUE 0.600 99.000 0.103 NA   NA
 10391679 10391680 SVI_1541 SVI_t012     FALSE 0.036 221.000 0.000 NA   NA
 10391680 10391681 SVI_t012 SVI_t013     FALSE 0.254 64.000 0.000 NA   NA
 10391681 10391682 SVI_t013 SVI_t014     FALSE 0.254 64.000 0.000 NA   NA
 10391682 10391683 SVI_t014 SVI_t015     FALSE 0.254 64.000 0.000 NA   NA
 10391683 10391684 SVI_t015 SVI_t016     FALSE 0.254 64.000 0.000 NA   NA
 10391684 10391685 SVI_t016 SVI_t017     FALSE 0.252 63.000 0.000 NA   NA
 10391685 10391686 SVI_t017 SVI_t018     FALSE 0.252 63.000 0.000 NA   NA
 10391686 10391687 SVI_t018 SVI_t019     FALSE 0.274 46.000 0.000 NA   NA
 10391688 10391689 SVI_1542 SVI_t020 gltX   FALSE 0.214 111.000 0.000 NA   NA
 10391689 10391690 SVI_t020 SVI_t021     FALSE 0.011 314.000 0.000 NA   NA
 10391690 10391691 SVI_t021 SVI_t022     FALSE 0.119 154.000 0.000 NA   NA
 10391691 10391692 SVI_t022 SVI_t023     FALSE 0.012 304.000 0.000 NA   NA
 10391692 10391693 SVI_t023 SVI_t024     FALSE 0.121 153.000 0.000 NA   NA
 10391693 10391694 SVI_t024 SVI_t025     FALSE 0.011 305.000 0.000 NA   NA
 10391694 10391695 SVI_t025 SVI_t026     FALSE 0.143 143.000 0.000 NA   NA
 10391695 10391696 SVI_t026 SVI_t027     FALSE 0.121 153.000 0.000 NA   NA
 10391696 10391697 SVI_t027 SVI_t028     FALSE 0.121 153.000 0.000 NA   NA
 10391697 10391698 SVI_t028 SVI_t029     FALSE 0.287 41.000 0.000 NA   NA
 10391700 10391701 SVI_1544 SVI_1545   ogt TRUE 0.951 69.000 0.275 1.000 Y NA
 10391701 10391702 SVI_1545 SVI_1546 ogt   TRUE 0.814 164.000 0.186 1.000 Y NA
 10391702 10391703 SVI_1546 SVI_1547     TRUE 0.676 114.000 0.153 1.000   NA
 10391703 10391704 SVI_1547 SVI_1548   cheV-2 FALSE 0.009 1261.000 0.079 1.000   NA
 10391704 10391705 SVI_1548 SVI_1549 cheV-2   FALSE 0.205 189.000 0.053 1.000 N NA
 10391706 10391707 SVI_1550 SVI_1551     TRUE 0.998 -3.000 0.500 1.000 Y NA
 10391707 10391708 SVI_1551 SVI_1552     TRUE 0.633 86.000 0.083 1.000   NA
 10391708 10391709 SVI_1552 SVI_1553     FALSE 0.010 411.000 0.000 1.000   NA
 10391709 10391710 SVI_1553 SVI_1554     TRUE 0.855 0.000 0.000 NA   NA
 10391710 10391711 SVI_1554 SVI_1555     TRUE 0.872 -28.000 0.000 NA   NA
 10391711 10391712 SVI_1555 SVI_1556     TRUE 0.874 -3.000 0.000 NA   NA
 10391712 10391713 SVI_1556 SVI_1557     TRUE 0.706 12.000 0.000 NA   NA
 10391713 10391714 SVI_1557 SVI_1558     TRUE 0.870 -46.000 0.000 NA   NA
 10391714 10391715 SVI_1558 SVI_1559     FALSE 0.147 141.000 0.000 NA   NA
 10391715 10391716 SVI_1559 SVI_1560     TRUE 0.928 -16.000 0.016 1.000   NA
 10391716 10391717 SVI_1560 SVI_1561     TRUE 0.926 -34.000 0.016 1.000   NA
 10391717 10391718 SVI_1561 SVI_1562     TRUE 0.968 43.000 0.250 0.017 Y NA
 10391718 10391719 SVI_1562 SVI_1563     TRUE 0.948 62.000 0.167 0.017 Y NA
 10391719 10391720 SVI_1563 SVI_1564     TRUE 0.729 133.000 0.035 NA Y NA
 10391720 10391721 SVI_1564 SVI_1565     TRUE 0.910 -7.000 0.023 NA   NA
 10391721 10391722 SVI_1565 SVI_1566     TRUE 0.993 -3.000 0.400 NA   NA
 10391722 10391723 SVI_1566 SVI_1567     TRUE 0.985 -13.000 0.200 NA   NA
 10391723 10391724 SVI_1567 SVI_1568     FALSE 0.390 99.000 0.000 1.000 N NA
 10391726 10391727 SVI_1570 SVI_1571 rluA-1   FALSE 0.292 143.000 0.032 1.000   NA
 10391728 10391729 SVI_1572 SVI_1573   queA FALSE 0.238 65.000 0.008 NA   NA
 10391729 10391730 SVI_1573 SVI_1574 queA tgt TRUE 0.887 194.000 0.360 0.001 Y NA
 10391730 10391731 SVI_1574 SVI_1575 tgt yajC TRUE 0.920 28.000 0.325 NA N NA
 10391731 10391732 SVI_1575 SVI_1576 yajC secD-1 TRUE 0.941 18.000 0.021 NA Y NA
 10391732 10391733 SVI_1576 SVI_1577 secD-1 secF-1 TRUE 0.990 13.000 0.090 0.001 Y NA
 10391735 10391736 SVI_1579 SVI_1580     FALSE 0.042 325.000 0.081 1.000   NA
 10391736 10391737 SVI_1580 SVI_1581     TRUE 0.560 103.000 0.066 1.000   NA
 10391737 10391738 SVI_1581 SVI_1582     FALSE 0.010 318.000 0.000 NA   NA
 10391739 10391740 SVI_1583 SVI_1584     TRUE 0.997 -13.000 0.800 NA   NA
 10391740 10391741 SVI_1584 SVI_1585     TRUE 0.934 94.000 0.769 NA   NA
 10391744 10391745 SVI_1588 SVI_1589   cysE-1 TRUE 0.935 19.000 0.208 1.000 N NA
 10391745 10391746 SVI_1589 SVI_1590 cysE-1   TRUE 0.682 154.000 0.271 1.000 N NA
 10391746 10391747 SVI_1590 SVI_1591   iscS TRUE 0.904 72.000 0.424 1.000 N NA
 10391747 10391748 SVI_1591 SVI_1592 iscS   TRUE 0.920 38.000 0.448 1.000 N NA
 10391748 10391749 SVI_1592 SVI_1593     TRUE 0.985 15.000 0.359 0.002   NA
 10391749 10391750 SVI_1593 SVI_1594   hscB TRUE 0.968 21.000 0.500 1.000   NA
 10391750 10391751 SVI_1594 SVI_1595 hscB hscA TRUE 0.976 66.000 0.634 1.000 Y NA
 10391751 10391752 SVI_1595 SVI_1596 hscA   TRUE 0.952 43.000 0.794 1.000 N NA
 10391752 10391753 SVI_1596 SVI_1597     TRUE 0.893 120.000 0.625 1.000   NA
 10391753 10391754 SVI_1597 SVI_1598   ndk FALSE 0.123 186.000 0.017 1.000   NA
 10391756 10391757 SVI_1600 SVI_1601     FALSE 0.032 264.000 0.000 1.000 N NA
 10391758 10391759 SVI_1602 SVI_1603     TRUE 0.927 114.000 0.900 NA   NA
 10391761 10391762 SVI_1605 SVI_1606     FALSE 0.233 106.000 0.000 NA   NA
 10391762 10391763 SVI_1606 SVI_1607     FALSE 0.068 192.000 0.016 NA   NA
 10391764 10391765 SVI_1608 SVI_1609     TRUE 0.998 0.000 0.535 NA Y NA
 10391765 10391766 SVI_1609 SVI_1610     FALSE 0.046 208.000 0.000 NA   NA
 10391767 10391768 SVI_1611 SVI_1612     FALSE 0.175 125.000 0.000 NA   NA
 10391768 10391769 SVI_1612 SVI_1613   folX FALSE 0.160 134.000 0.000 NA   NA
 10391770 10391771 SVI_1614 SVI_1615     TRUE 0.825 81.000 0.262 NA   NA
 10391774 10391775 SVI_1618 SVI_1619     TRUE 0.564 18.000 0.000 NA   NA
 10391775 10391776 SVI_1619 SVI_1620   pta FALSE 0.007 367.000 0.000 NA   NA
 10391776 10391777 SVI_1620 SVI_1621 pta ackA TRUE 0.652 129.000 0.171 1.000   NA
 10391777 10391778 SVI_1621 SVI_1622 ackA   FALSE 0.277 76.000 0.000 NA   NA
 10391780 10391781 SVI_1624 SVI_1625 pflA pflB TRUE 0.633 105.000 0.092 1.000 N NA
 10391781 10391782 SVI_1625 SVI_1626 pflB focA TRUE 0.943 26.000 0.345 1.000 N NA
 10391782 10391783 SVI_1626 SVI_1627 focA   FALSE 0.063 628.000 0.000 0.034 Y NA
 10391784 10391785 SVI_1628 SVI_1629     TRUE 0.772 8.000 0.000 NA   NA
 10391786 10391787 SVI_1630 SVI_1631     TRUE 0.551 129.000 0.111 1.000   NA
 10391787 10391788 SVI_1631 SVI_1632   nuoN FALSE 0.233 144.000 0.016 1.000   NA
 10391788 10391789 SVI_1632 SVI_1633 nuoN nuoM TRUE 0.984 42.000 0.437 0.001 Y NA
 10391789 10391790 SVI_1633 SVI_1634 nuoM nuoL TRUE 0.999 9.000 0.713 0.001 Y NA
 10391790 10391791 SVI_1634 SVI_1635 nuoL nuoK TRUE 0.997 5.000 0.211 0.004 Y NA
 10391791 10391792 SVI_1635 SVI_1636 nuoK nuoJ TRUE 0.998 -3.000 0.269 0.002 Y NA
 10391792 10391793 SVI_1636 SVI_1637 nuoJ nuoI TRUE 0.999 -3.000 0.428 0.004 Y NA
 10391793 10391794 SVI_1637 SVI_1638 nuoI nuoH TRUE 0.999 -24.000 0.423 0.004 Y NA
 10391794 10391795 SVI_1638 SVI_1639 nuoH nuoG TRUE 0.999 -16.000 0.664 0.004 Y NA
 10391795 10391796 SVI_1639 SVI_1640 nuoG nuoF TRUE 0.979 27.000 0.180 0.004 Y NA
 10391796 10391797 SVI_1640 SVI_1641 nuoF nuoE TRUE 0.998 -3.000 0.186 0.004 Y NA
 10391797 10391798 SVI_1641 SVI_1642 nuoE nuoCD TRUE 0.978 56.000 0.407 0.004 Y NA
 10391798 10391799 SVI_1642 SVI_1643 nuoCD nuoB TRUE 0.999 3.000 0.691 0.002 Y NA
 10391799 10391800 SVI_1643 SVI_1644 nuoB nuoA TRUE 0.999 -3.000 0.377 0.002 Y NA
 10391800 10391801 SVI_1644 SVI_1645 nuoA   FALSE 0.033 261.000 0.000 1.000 N NA
 10391803 10391804 SVI_1647 SVI_1648 cysK   FALSE 0.074 183.000 0.000 NA   NA
 10391805 10391806 SVI_1649 SVI_1650     FALSE 0.063 308.000 0.136 NA   NA
 10391807 10391808 SVI_1651 SVI_1652     FALSE 0.331 128.000 0.049 NA   NA
 10391808 10391809 SVI_1652 SVI_1653     TRUE 0.985 11.000 0.500 NA   NA
 10391809 10391810 SVI_1653 SVI_1654   betA FALSE 0.045 242.000 0.000 1.000 N NA
 10391810 10391811 SVI_1654 SVI_1655 betA betB TRUE 0.994 4.000 0.634 1.000 N NA
 10391811 10391812 SVI_1655 SVI_1656 betB betI TRUE 0.995 -9.000 0.459 1.000 N NA
 10391812 10391813 SVI_1656 SVI_1657 betI   FALSE 0.006 543.000 0.000 1.000   NA
 10391814 10391815 SVI_1658 SVI_1659     FALSE 0.253 58.000 0.000 NA   NA
 10391817 10391818 SVI_1661 SVI_1662   zipA TRUE 0.976 23.000 0.115 0.010 Y NA
 10391818 10391819 SVI_1662 SVI_1663 zipA ligA TRUE 0.705 75.000 0.106 1.000 N NA
 10391819 10391820 SVI_1663 SVI_1664 ligA   FALSE 0.149 139.000 0.011 NA   NA
 10391820 10391821 SVI_1664 SVI_1665     FALSE 0.005 721.000 0.037 NA   NA
 10391821 10391822 SVI_1665 SVI_1666     FALSE 0.465 94.000 0.026 1.000 N NA
 10391822 10391823 SVI_1666 SVI_1667   dsbA-1 FALSE 0.177 167.000 0.020 1.000   NA
 10391823 10391824 SVI_1667 SVI_1668 dsbA-1   FALSE 0.003 676.000 0.000 NA   NA
 10391825 10391826 SVI_1669 SVI_1670     FALSE 0.254 64.000 0.000 NA   NA
 10391827 10391828 SVI_1671 SVI_1672     FALSE 0.242 103.000 0.000 NA   NA
 10391829 10391830 SVI_1673 SVI_1674     FALSE 0.268 70.000 0.000 NA   NA
 10391830 10391831 SVI_1674 SVI_1675     FALSE 0.135 147.000 0.000 NA   NA
 10391832 10391833 SVI_1676 SVI_1677     TRUE 0.901 88.000 0.444 1.000   NA
 10391834 10391835 SVI_1678 SVI_1679     FALSE 0.320 35.000 0.000 NA   NA
 10391835 10391836 SVI_1679 SVI_1680     FALSE 0.258 93.000 0.000 NA   NA
 10391837 10391838 SVI_1681 SVI_1682     TRUE 0.620 47.000 0.000 0.045   NA
 10391838 10391839 SVI_1682 SVI_1683     FALSE 0.004 515.000 0.000 NA   NA
 10391839 10391840 SVI_1683 SVI_1684     FALSE 0.356 32.000 0.000 NA   NA
 10391840 10391841 SVI_1684 SVI_1685     FALSE 0.220 109.000 0.000 NA   NA
 10391842 10391843 SVI_1686 SVI_1687     FALSE 0.097 167.000 0.000 NA   NA
 10391844 10391845 SVI_1688 SVI_1689     TRUE 0.952 42.000 0.916 NA   NA
 10391845 10391846 SVI_1689 SVI_1690     FALSE 0.010 405.000 0.000 1.000   NA
 10391846 10391847 SVI_1690 SVI_1691     FALSE 0.035 248.000 0.000 1.000   NA
 10391847 10391848 SVI_1691 SVI_1692     FALSE 0.360 62.000 0.000 1.000   NA
 10391848 10391849 SVI_1692 SVI_1693     FALSE 0.247 132.000 0.000 1.000   NA
 10391849 10391850 SVI_1693 SVI_1694     TRUE 0.909 81.000 0.447 1.000 N NA
 10391851 10391852 SVI_1695 SVI_1696     TRUE 0.874 -3.000 0.000 NA   NA
 10391853 10391854 SVI_1697 SVI_1698 pntA pntB TRUE 0.998 15.000 0.745 0.001 Y NA
 10391854 10391855 SVI_1698 SVI_1699 pntB   FALSE 0.026 412.000 0.000 0.038   NA
 10391855 10391856 SVI_1699 SVI_1700     TRUE 0.994 -3.000 0.250 0.038   NA
 10391856 10391857 SVI_1700 SVI_1701     TRUE 0.998 -3.000 0.250 0.013 Y NA
 10391857 10391858 SVI_1701 SVI_1702     TRUE 0.980 -13.000 0.150 NA N NA
 10391858 10391859 SVI_1702 SVI_1703     FALSE 0.047 207.000 0.000 NA   NA
 10391862 10391863 SVI_1706 SVI_1707     TRUE 0.877 47.000 0.324 1.000 N NA
 10391863 10391864 SVI_1707 SVI_1708     TRUE 0.865 120.000 0.462 1.000 N NA
 10391864 10391865 SVI_1708 SVI_1709     TRUE 0.789 66.000 0.186 1.000 N NA
 10391865 10391866 SVI_1709 SVI_1710   dapA-1 TRUE 0.822 149.000 0.142 1.000 Y NA
 10391867 10391868 SVI_1711 SVI_1712   dadA TRUE 0.947 42.000 0.229 1.000 Y NA
 10391868 10391869 SVI_1712 SVI_1713 dadA   FALSE 0.003 632.000 0.000 NA   NA
 10391869 10391870 SVI_1713 SVI_1714     FALSE 0.087 176.000 0.000 NA   NA
 10391870 10391871 SVI_1714 SVI_1715   fosA FALSE 0.185 121.000 0.000 NA   NA
 10391871 10391872 SVI_1715 SVI_1716 fosA   FALSE 0.044 211.000 0.000 NA   NA
 10391872 10391873 SVI_1716 SVI_1717     FALSE 0.005 482.000 0.000 NA   NA
 10391873 10391874 SVI_1717 SVI_1718     FALSE 0.003 625.000 0.000 NA   NA
 10391876 10391877 SVI_1720 SVI_1721   qacE FALSE 0.166 131.000 0.000 NA   NA
 10391877 10391878 SVI_1721 SVI_1722 qacE   FALSE 0.263 90.000 0.000 NA   NA
 10391882 10391883 SVI_1726 SVI_1727     TRUE 0.608 126.000 0.167 NA   NA
 10391883 10391884 SVI_1727 SVI_1728     TRUE 0.923 13.000 0.125 NA   NA
 10391884 10391885 SVI_1728 SVI_r022   rrsH FALSE 0.004 527.000 0.000 NA   NA
 10391885 10391886 SVI_r022 SVI_t030 rrsH   FALSE 0.125 152.000 0.000 NA   NA
 10391886 10391887 SVI_t030 SVI_t031     FALSE 0.119 154.000 0.000 NA   NA
 10391887 10391888 SVI_t031 SVI_r023   rrlH FALSE 0.003 579.000 0.000 NA   NA
 10391888 10391889 SVI_r023 SVI_r024 rrlH rrfH FALSE 0.115 156.000 0.000 NA   NA
 10391893 10391894 SVI_1732 SVI_1733   corA TRUE 0.495 127.000 0.106 NA   NA
 10391895 10391896 SVI_1734 SVI_1735     FALSE 0.232 213.000 0.158 NA   NA
 10391898 10391899 SVI_1737 SVI_1738 phoQ phoP TRUE 0.999 -9.000 0.940 1.000 Y NA
 10391900 10391901 SVI_1739 SVI_1740     TRUE 0.979 12.000 0.060 1.000 Y NA
 10391901 10391902 SVI_1740 SVI_1741     TRUE 0.993 -7.000 0.069 1.000 Y NA
 10391903 10391904 SVI_1742 SVI_1743     FALSE 0.012 298.000 0.000 NA   NA
 10391904 10391905 SVI_1743 SVI_1744     TRUE 0.919 96.000 0.545 1.000 N NA
 10391909 10391910 SVI_1748 SVI_t032 yeiP   FALSE 0.021 249.000 0.000 NA   NA
 10391910 10391911 SVI_t032 SVI_1749     FALSE 0.031 227.000 0.000 NA   NA
 10391911 10391912 SVI_1749 SVI_1750     TRUE 0.740 122.000 0.267 NA   NA
 10391915 10391916 SVI_1753 SVI_1754     FALSE 0.190 212.000 0.094 1.000   NA
 10391916 10391917 SVI_1754 SVI_1755     FALSE 0.006 394.000 0.000 NA   NA
 10391917 10391918 SVI_1755 SVI_1756     FALSE 0.003 623.000 0.000 NA   NA
 10391921 10391922 SVI_1759 SVI_1760     TRUE 0.806 33.000 0.179 NA   NA
 10391923 10391924 SVI_1761 SVI_1762     FALSE 0.124 212.000 0.048 1.000   NA
 10391925 10391926 SVI_1763 SVI_1764     FALSE 0.190 231.000 0.176 NA   NA
 10391926 10391927 SVI_1764 SVI_1765     FALSE 0.013 292.000 0.000 NA   NA
 10391927 10391928 SVI_1765 SVI_1766     TRUE 0.601 70.000 0.069 1.000   NA
 10391931 10391932 SVI_1769 SVI_1770     FALSE 0.477 164.000 0.175 NA   NA
 10391932 10391933 SVI_1770 SVI_1771     FALSE 0.190 119.000 0.000 NA   NA
 10391933 10391934 SVI_1771 SVI_1772     TRUE 0.871 -42.000 0.000 NA   NA
 10391934 10391935 SVI_1772 SVI_1773     FALSE 0.014 284.000 0.000 NA   NA
 10391935 10391936 SVI_1773 SVI_1774     FALSE 0.185 121.000 0.000 NA   NA
 10391937 10391938 SVI_1775 SVI_1776 asnB   FALSE 0.009 435.000 0.000 1.000   NA
 10391938 10391939 SVI_1776 SVI_1777   nagD FALSE 0.415 168.000 0.122 1.000   NA
 10391939 10391940 SVI_1777 SVI_1778 nagD purN FALSE 0.007 562.000 0.000 1.000 N NA
 10391940 10391941 SVI_1778 SVI_1779 purN purM TRUE 0.998 0.000 0.230 0.001 Y NA
 10391946 10391947 SVI_1784 SVI_1785 motY   FALSE 0.005 646.000 0.000 1.000   NA
 10391947 10391948 SVI_1785 SVI_1786     FALSE 0.201 169.000 0.031 1.000   NA
 10391948 10391949 SVI_1786 SVI_1787     TRUE 0.996 -10.000 0.593 1.000   NA
 10391949 10391950 SVI_1787 SVI_1788   tolR TRUE 0.999 0.000 0.556 0.043 Y NA
 10391950 10391951 SVI_1788 SVI_1789 tolR tolA TRUE 0.974 4.000 0.183 NA N NA
 10391951 10391952 SVI_1789 SVI_1790 tolA tolB TRUE 0.921 11.000 0.089 NA N NA
 10391952 10391953 SVI_1790 SVI_1791 tolB pal TRUE 0.944 35.000 0.592 1.000 N NA
 10391953 10391954 SVI_1791 SVI_1792 pal   TRUE 0.984 5.000 0.278 1.000   NA
 10391954 10391955 SVI_1792 SVI_1793     FALSE 0.287 41.000 0.000 NA   NA
 10391955 10391956 SVI_1793 SVI_t033     FALSE 0.214 111.000 0.000 NA   NA
 10391956 10391957 SVI_t033 SVI_t034     FALSE 0.039 216.000 0.000 NA   NA
 10391957 10391958 SVI_t034 SVI_t035     FALSE 0.071 185.000 0.000 NA   NA
 10391958 10391959 SVI_t035 SVI_t036     FALSE 0.071 185.000 0.000 NA   NA
 10391959 10391960 SVI_t036 SVI_t037     FALSE 0.020 252.000 0.000 NA   NA
 10391960 10391961 SVI_t037 SVI_t038     FALSE 0.055 196.000 0.000 NA   NA
 10391961 10391962 SVI_t038 SVI_t039     FALSE 0.071 185.000 0.000 NA   NA
 10391962 10391963 SVI_t039 SVI_t040     FALSE 0.260 55.000 0.000 NA   NA
 10391963 10391964 SVI_t040 SVI_t041     FALSE 0.258 66.000 0.000 NA   NA
 10391964 10391965 SVI_t041 SVI_1794     FALSE 0.002 860.000 0.000 NA   NA
 10391968 10391969 SVI_1797 SVI_1798   acsA FALSE 0.395 163.000 0.092 1.000 N NA
 10391970 10391971 SVI_1799 SVI_1800     TRUE 0.639 41.000 0.000 0.099 N NA
 10391971 10391972 SVI_1800 SVI_1801     FALSE 0.393 98.000 0.000 1.000 N NA
 10391972 10391973 SVI_1801 SVI_1802     FALSE 0.252 61.000 0.000 NA   NA
 10391974 10391975 SVI_1803 SVI_1804     FALSE 0.053 223.000 0.022 NA N NA
 10391976 10391977 SVI_1805 SVI_1806     TRUE 0.685 185.000 0.000 0.001 Y NA
 10391977 10391978 SVI_1806 SVI_1807     FALSE 0.264 124.000 0.000 1.000   NA
 10391978 10391979 SVI_1807 SVI_1808     FALSE 0.353 101.000 0.000 1.000   NA
 10391980 10391981 SVI_1809 SVI_1810 aroH   FALSE 0.444 166.000 0.165 NA   NA
 10391982 10391983 SVI_1811 SVI_1812 ppsA   FALSE 0.418 135.000 0.055 1.000 N NA
 10391983 10391984 SVI_1812 SVI_1813     FALSE 0.406 135.000 0.080 NA   NA
 10391984 10391985 SVI_1813 SVI_1814     FALSE 0.382 132.000 0.068 NA   NA
 10391986 10391987 SVI_1815 SVI_1816   ldh FALSE 0.142 207.000 0.074 NA   NA
 10391989 10391990 SVI_1818 SVI_1819   purB FALSE 0.263 86.000 0.011 NA   NA
 10391990 10391991 SVI_1819 SVI_1820 purB   TRUE 0.744 28.000 0.093 NA   NA
 10391991 10391992 SVI_1820 SVI_1821   trmU TRUE 0.972 4.000 0.180 NA   NA
 10391992 10391993 SVI_1821 SVI_1822 trmU   FALSE 0.154 137.000 0.000 NA   NA
 10391993 10391994 SVI_1822 SVI_1823   rluE FALSE 0.012 302.000 0.000 NA   NA
 10391997 10391998 SVI_1826 SVI_1827 clpS clpA TRUE 0.929 37.000 0.596 NA   NA
 10391999 10392000 SVI_1828 SVI_1829 infA ate FALSE 0.456 141.000 0.078 1.000 N NA
 10392000 10392001 SVI_1829 SVI_1830 ate aat TRUE 0.997 -10.000 0.285 1.000 Y NA
 10392007 10392008 SVI_1836 SVI_1837 metC   FALSE 0.461 153.000 0.106 1.000 N NA
 10392008 10392009 SVI_1837 SVI_1838     TRUE 0.544 344.000 0.778 1.000 Y NA
 10392010 10392011 SVI_1839 SVI_1840     TRUE 0.882 29.000 0.241 NA   NA
 10392011 10392012 SVI_1840 SVI_1841     TRUE 0.996 -3.000 0.741 NA   NA
 10392013 10392014 SVI_1842 SVI_1843     FALSE 0.298 139.000 0.049 NA   NA
 10392014 10392015 SVI_1843 SVI_1844     TRUE 0.997 -13.000 0.840 NA   NA
 10392015 10392016 SVI_1844 SVI_1845     TRUE 0.986 -7.000 0.203 NA   NA
 10392017 10392018 SVI_1846 SVI_1847     TRUE 0.670 17.000 0.025 NA   NA
 10392018 10392019 SVI_1847 SVI_1848     FALSE 0.149 140.000 0.000 NA   NA
 10392019 10392020 SVI_1848 SVI_1849   proQ FALSE 0.311 36.000 0.000 NA   NA
 10392020 10392021 SVI_1849 SVI_1850 proQ   TRUE 0.935 23.000 0.304 NA N NA
 10392021 10392022 SVI_1850 SVI_1851   pepN-2 TRUE 0.704 100.000 0.050 0.038 N NA
 10392022 10392023 SVI_1851 SVI_1852 pepN-2   TRUE 0.619 83.000 0.099 NA   NA
 10392023 10392024 SVI_1852 SVI_1853     FALSE 0.009 326.000 0.000 NA   NA
 10392024 10392025 SVI_1853 SVI_1854     TRUE 0.978 19.000 0.710 NA   NA
 10392025 10392026 SVI_1854 SVI_1855     TRUE 0.899 54.000 0.500 NA   NA
 10392026 10392027 SVI_1855 SVI_1856     TRUE 0.984 11.000 0.455 NA   NA
 10392027 10392028 SVI_1856 SVI_1857   gdh FALSE 0.027 267.000 0.000 1.000   NA
 10392028 10392029 SVI_1857 SVI_1858 gdh pyrD-1 TRUE 0.531 62.000 0.045 1.000 N NA
 10392029 10392030 SVI_1858 SVI_1859 pyrD-1   FALSE 0.247 179.000 0.081 NA   NA
 10392030 10392031 SVI_1859 SVI_1860     FALSE 0.004 525.000 0.000 NA   NA
 10392031 10392032 SVI_1860 SVI_1861     TRUE 0.939 -10.000 0.043 NA   NA
 10392032 10392033 SVI_1861 SVI_1862     TRUE 0.954 2.000 0.092 NA   NA
 10392033 10392034 SVI_1862 SVI_1863     TRUE 0.778 25.000 0.094 NA   NA
 10392034 10392035 SVI_1863 SVI_1864   rmf FALSE 0.255 240.000 0.278 NA   NA
 10392036 10392037 SVI_1865 SVI_1866 fabA   TRUE 0.861 69.000 0.290 1.000 N NA
 10392038 10392039 SVI_t042 SVI_1867     FALSE 0.002 1174.000 0.000 NA   NA
 10392039 10392040 SVI_1867 SVI_1868   uvrC TRUE 0.623 104.000 0.086 1.000 N NA
 10392040 10392041 SVI_1868 SVI_1869 uvrC   FALSE 0.004 551.000 0.000 NA   NA
 10392041 10392042 SVI_1869 SVI_1870     FALSE 0.428 27.000 0.000 NA   NA
 10392042 10392043 SVI_1870 SVI_1871     FALSE 0.137 146.000 0.000 NA   NA
 10392043 10392044 SVI_1871 SVI_1872     FALSE 0.005 436.000 0.000 NA   NA
 10392044 10392045 SVI_1872 SVI_1873     FALSE 0.260 67.000 0.000 NA   NA
 10392045 10392046 SVI_1873 SVI_1874     FALSE 0.260 67.000 0.000 NA   NA
 10392048 10392049 SVI_1876 SVI_t043 pgsA   FALSE 0.121 153.000 0.000 NA   NA
 10392049 10392050 SVI_t043 SVI_t044     FALSE 0.249 99.000 0.000 NA   NA
 10392050 10392051 SVI_t044 SVI_t045     FALSE 0.266 86.000 0.000 NA   NA
 10392051 10392052 SVI_t045 SVI_1877     FALSE 0.002 968.000 0.000 NA   NA
 10392052 10392053 SVI_1877 SVI_1878     FALSE 0.312 146.000 0.060 NA   NA
 10392053 10392054 SVI_1878 SVI_1879     TRUE 0.842 108.000 0.372 NA   NA
 10392054 10392055 SVI_1879 SVI_1880   rplY FALSE 0.124 144.000 0.007 NA   NA
 10392056 10392057 SVI_1881 SVI_1882     TRUE 0.992 9.000 0.761 NA   NA
 10392057 10392058 SVI_1882 SVI_1883     TRUE 0.928 52.000 0.683 NA   NA
 10392058 10392059 SVI_1883 SVI_1884   sodB FALSE 0.021 261.000 0.000 NA N NA
 10392060 10392061 SVI_1885 SVI_1886     TRUE 0.729 11.000 0.000 NA   NA
 10392062 10392063 SVI_1887 SVI_1888   uraA FALSE 0.081 180.000 0.000 NA   NA
 10392064 10392065 SVI_1889 SVI_1890     TRUE 0.750 77.000 0.174 NA   NA
 10392066 10392067 SVI_1891 SVI_1892   arsC TRUE 0.944 10.000 0.127 NA   NA
 10392067 10392068 SVI_1892 SVI_1893 arsC   TRUE 0.509 188.000 0.259 1.000   NA
 10392068 10392069 SVI_1893 SVI_1894     FALSE 0.255 57.000 0.000 NA   NA
 10392070 10392071 SVI_1895 SVI_1896     TRUE 0.751 60.000 0.190 NA   NA
 10392074 10392075 SVI_1899 SVI_1900     FALSE 0.257 94.000 0.000 NA   NA
 10392076 10392077 SVI_1901 SVI_1902     FALSE 0.287 41.000 0.000 NA   NA
 10392077 10392078 SVI_1902 SVI_1903     FALSE 0.044 211.000 0.000 NA   NA
 10392078 10392079 SVI_1903 SVI_1904     FALSE 0.239 104.000 0.000 NA   NA
 10392079 10392080 SVI_1904 SVI_1905     TRUE 0.513 21.000 0.000 NA   NA
 10392080 10392081 SVI_1905 SVI_1906     TRUE 0.654 14.000 0.000 NA   NA
 10392081 10392082 SVI_1906 SVI_1907     FALSE 0.481 23.000 0.000 NA   NA
 10392082 10392083 SVI_1907 SVI_1908     TRUE 0.564 18.000 0.000 NA   NA
 10392083 10392084 SVI_1908 SVI_1909     FALSE 0.267 85.000 0.000 NA   NA
 10392086 10392087 SVI_1911 SVI_1912     FALSE 0.217 110.000 0.000 NA   NA
 10392090 10392091 SVI_1915 SVI_1916 bcp-2   TRUE 0.597 116.000 0.102 1.000 N NA
 10392092 10392093 SVI_1917 SVI_1918 dapA-2 nlpB TRUE 0.995 4.000 0.267 NA Y NA
 10392093 10392094 SVI_1918 SVI_1919 nlpB   FALSE 0.144 299.000 0.031 NA Y NA
 10392094 10392095 SVI_1919 SVI_1920     TRUE 0.998 -3.000 0.680 0.097 N NA
 10392098 10392099 SVI_1923 SVI_1924     FALSE 0.050 297.000 0.093 NA   NA
 10392099 10392100 SVI_1924 SVI_1925   cysM TRUE 0.543 65.000 0.076 NA   NA
 10392100 10392101 SVI_1925 SVI_1926 cysM   FALSE 0.015 280.000 0.000 NA   NA
 10392101 10392102 SVI_1926 SVI_1927   kdsB-2 TRUE 0.790 57.000 0.231 NA   NA
 10392102 10392103 SVI_1927 SVI_1928 kdsB-2   FALSE 0.361 216.000 0.235 1.000 N NA
 10392103 10392104 SVI_1928 SVI_1929     TRUE 0.935 33.000 0.466 1.000 N NA
 10392104 10392105 SVI_1929 SVI_1930     FALSE 0.125 198.000 0.027 1.000 N NA
 10392105 10392106 SVI_1930 SVI_1931     FALSE 0.018 374.000 0.038 1.000   NA
 10392106 10392107 SVI_1931 SVI_1932     TRUE 0.581 104.000 0.076 1.000   NA
 10392107 10392108 SVI_1932 SVI_1933   dapE TRUE 0.991 -6.000 0.163 0.037 N NA
 10392108 10392109 SVI_1933 SVI_1934 dapE   TRUE 0.992 -3.000 0.292 1.000 N NA
 10392111 10392112 SVI_1936 SVI_1937 crr ptsI TRUE 0.959 73.000 0.165 0.002 Y NA
 10392112 10392113 SVI_1937 SVI_1938 ptsI ptsH TRUE 0.953 47.000 0.132 0.002 Y NA
 10392113 10392114 SVI_1938 SVI_1939 ptsH   TRUE 0.618 48.000 0.099 NA   NA
 10392115 10392116 SVI_1940 SVI_1941     FALSE 0.254 97.000 0.000 NA   NA
 10392117 10392118 SVI_1942 SVI_1943 dnaQ-1 fusA-2 FALSE 0.391 156.000 0.013 0.038 N NA
 10392119 10392120 SVI_1944 SVI_1945     TRUE 0.538 128.000 0.125 NA   NA
 10392120 10392121 SVI_1945 SVI_1946     FALSE 0.470 102.000 0.058 NA   NA
 10392121 10392122 SVI_1946 SVI_1947     FALSE 0.005 675.000 0.000 1.000   NA
 10392123 10392124 SVI_1948 SVI_1949     TRUE 0.990 -13.000 0.000 1.000 Y NA
 10392131 10392132 SVI_1956 SVI_1957     FALSE 0.057 207.000 0.000 NA N NA
 10392132 10392133 SVI_1957 SVI_1958     FALSE 0.004 981.000 0.000 1.000   NA
 10392133 10392134 SVI_1958 SVI_1959     FALSE 0.005 481.000 0.000 NA   NA
 10392136 10392137 SVI_1961 SVI_1962     FALSE 0.264 52.000 0.000 NA   NA
 10392139 10392140 SVI_1964 SVI_1965     FALSE 0.091 172.000 0.000 NA   NA
 10392140 10392141 SVI_1965 SVI_1966     FALSE 0.003 618.000 0.000 NA   NA
 10392141 10392142 SVI_1966 SVI_1967     FALSE 0.260 55.000 0.000 NA   NA
 10392142 10392143 SVI_1967 SVI_1968     FALSE 0.061 191.000 0.000 NA   NA
 10392145 10392146 SVI_1970 SVI_1971     FALSE 0.048 206.000 0.000 NA   NA
 10392146 10392147 SVI_1971 SVI_1972     FALSE 0.010 322.000 0.000 NA   NA
 10392147 10392148 SVI_1972 SVI_1973     FALSE 0.022 247.000 0.000 NA   NA
 10392148 10392149 SVI_1973 SVI_1974     FALSE 0.043 212.000 0.000 NA   NA
 10392150 10392151 SVI_1975 SVI_1976     FALSE 0.160 134.000 0.000 NA   NA
 10392151 10392152 SVI_1976 SVI_1977     FALSE 0.256 65.000 0.000 NA   NA
 10392155 10392156 SVI_1980 SVI_1981 gluP-3   FALSE 0.023 257.000 0.000 NA N NA
 10392161 10392162 SVI_1986 SVI_1987     FALSE 0.147 141.000 0.000 NA   NA
 10392162 10392163 SVI_1987 SVI_1988     FALSE 0.002 790.000 0.000 NA   NA
 10392164 10392165 SVI_1989 SVI_1990     TRUE 0.994 0.000 0.541 NA   NA
 10392165 10392166 SVI_1990 SVI_1991     TRUE 0.995 -13.000 0.568 NA   NA
 10392166 10392167 SVI_1991 SVI_1992     TRUE 0.862 121.000 0.543 NA   NA
 10392167 10392168 SVI_1992 SVI_1993     FALSE 0.261 91.000 0.000 NA   NA
 10392168 10392169 SVI_1993 SVI_1994     FALSE 0.162 133.000 0.000 NA   NA
 10392170 10392171 SVI_1995 SVI_1996     FALSE 0.276 75.000 0.000 NA   NA
 10392172 10392173 SVI_1997 SVI_1998     TRUE 0.994 5.000 0.714 1.000   NA
 10392173 10392174 SVI_1998 SVI_1999     FALSE 0.003 646.000 0.000 NA   NA
 10392174 10392175 SVI_1999 SVI_2000     TRUE 0.582 50.000 0.086 NA   NA
 10392175 10392176 SVI_2000 SVI_2001     FALSE 0.404 120.000 0.043 1.000   NA
 10392176 10392177 SVI_2001 SVI_2002     TRUE 0.526 33.000 0.044 NA   NA
 10392177 10392178 SVI_2002 SVI_2003     TRUE 0.982 40.000 0.794 NA Y NA
 10392178 10392179 SVI_2003 SVI_2004     TRUE 0.818 19.000 0.083 NA   NA
 10392179 10392180 SVI_2004 SVI_2005     FALSE 0.056 260.000 0.071 NA   NA
 10392180 10392181 SVI_2005 SVI_2006     TRUE 0.989 10.000 0.595 NA   NA
 10392181 10392182 SVI_2006 SVI_2007     TRUE 0.971 -3.000 0.111 NA   NA
 10392182 10392183 SVI_2007 SVI_2008     TRUE 0.996 -46.000 0.643 NA   NA
 10392183 10392184 SVI_2008 SVI_2009     TRUE 0.997 -30.000 0.212 1.000 Y NA
 10392184 10392185 SVI_2009 SVI_2010     TRUE 0.992 9.000 0.212 NA Y NA
 10392185 10392186 SVI_2010 SVI_2011     TRUE 0.994 3.000 0.205 NA Y NA
 10392186 10392187 SVI_2011 SVI_2012     TRUE 0.948 57.000 0.315 NA Y NA
 10392190 10392191 SVI_2015 SVI_2016   pabB TRUE 0.862 29.000 0.169 1.000 N NA
 10392192 10392193 SVI_2017 SVI_2018     FALSE 0.046 251.000 0.021 1.000 N NA
 10392193 10392194 SVI_2018 SVI_2019     FALSE 0.338 120.000 0.045 NA   NA
 10392194 10392195 SVI_2019 SVI_2020     TRUE 0.995 -10.000 0.589 NA   NA
 10392197 10392198 SVI_2022 SVI_2023   glcB FALSE 0.331 188.000 0.119 1.000 N NA
 10392200 10392201 SVI_2025 SVI_2026     FALSE 0.233 106.000 0.000 NA   NA
 10392202 10392203 SVI_2027 SVI_2028     TRUE 0.733 48.000 0.137 1.000   NA
 10392203 10392204 SVI_2028 SVI_2029     TRUE 0.571 119.000 0.104 1.000   NA
 10392204 10392205 SVI_2029 SVI_2030   efp FALSE 0.012 398.000 0.000 1.000 N NA
 10392205 10392206 SVI_2030 SVI_2031 efp   TRUE 0.556 48.000 0.074 NA   NA
 10392206 10392207 SVI_2031 SVI_2032     TRUE 0.902 -27.000 0.022 NA   NA
 10392207 10392208 SVI_2032 SVI_2033   fldA FALSE 0.036 324.000 0.086 NA   NA
 10392208 10392209 SVI_2033 SVI_2034 fldA   TRUE 0.908 50.000 0.473 1.000   NA
 10392209 10392210 SVI_2034 SVI_2035     TRUE 0.973 11.000 0.282 NA   NA
 10392210 10392211 SVI_2035 SVI_2036     TRUE 0.650 83.000 0.115 NA   NA
 10392212 10392213 SVI_2037 SVI_2038 seqA pgm TRUE 0.729 104.000 0.151 1.000 N NA
 10392215 10392216 SVI_2040 SVI_2041   astE FALSE 0.145 142.000 0.000 NA   NA
 10392216 10392217 SVI_2041 SVI_2042 astE   TRUE 0.666 131.000 0.094 0.051 N NA
 10392217 10392218 SVI_2042 SVI_2043     TRUE 0.999 4.000 0.558 0.001 Y NA
 10392218 10392219 SVI_2043 SVI_2044     TRUE 0.994 10.000 0.188 0.051 Y NA
 10392219 10392220 SVI_2044 SVI_2045   nadA FALSE 0.268 136.000 0.013 1.000 N NA
 10392220 10392221 SVI_2045 SVI_2046 nadA   FALSE 0.134 181.000 0.008 1.000 N NA
 10392221 10392222 SVI_2046 SVI_2047     FALSE 0.048 230.000 0.000 1.000   NA
 10392222 10392223 SVI_2047 SVI_2048     FALSE 0.040 215.000 0.000 NA   NA
 10392224 10392225 SVI_t046 SVI_2049   cls FALSE 0.008 352.000 0.000 NA   NA
 10392228 10392229 SVI_2052 SVI_2053     FALSE 0.235 164.000 0.056 NA   NA
 10392229 10392230 SVI_2053 SVI_2054     FALSE 0.012 301.000 0.000 NA   NA
 10392230 10392231 SVI_2054 SVI_2055     TRUE 0.714 33.000 0.000 0.017   NA
 10392231 10392232 SVI_2055 SVI_2056     FALSE 0.390 155.000 0.077 1.000 N NA
 10392232 10392233 SVI_2056 SVI_2057     FALSE 0.397 151.000 0.103 NA   NA
 10392233 10392234 SVI_2057 SVI_2058     TRUE 0.981 -3.000 0.167 NA   NA
 10392235 10392236 SVI_2059 SVI_2060 ansA sppA FALSE 0.237 209.000 0.113 1.000 N NA
 10392238 10392239 SVI_2062 SVI_2063   nrdB TRUE 0.721 47.000 0.126 1.000   NA
 10392239 10392240 SVI_2063 SVI_2064 nrdB nrdA TRUE 0.988 113.000 0.917 0.001 Y NA
 10392240 10392241 SVI_2064 SVI_2065 nrdA   FALSE 0.149 140.000 0.000 NA   NA
 10392241 10392242 SVI_2065 SVI_2066     FALSE 0.249 99.000 0.000 NA   NA
 10392242 10392243 SVI_2066 SVI_2067   ubiG TRUE 0.988 0.000 0.259 1.000   NA
 10392244 10392245 SVI_2068 SVI_2069 gyrA serC FALSE 0.222 152.000 0.014 1.000 N NA
 10392246 10392247 SVI_2070 SVI_2071 aspC-1   TRUE 0.564 18.000 0.000 NA   NA
 10392248 10392249 SVI_2072 SVI_2073 aroA cmk FALSE 0.223 245.000 0.209 1.000 N NA
 10392249 10392250 SVI_2073 SVI_2074 cmk rpsA TRUE 0.841 103.000 0.281 1.000 N NA
 10392250 10392251 SVI_2074 SVI_2075 rpsA ihfB TRUE 0.868 74.000 0.292 1.000 N NA
 10392251 10392252 SVI_2075 SVI_2076 ihfB   TRUE 0.680 123.000 0.208 NA   NA
 10392252 10392253 SVI_2076 SVI_2077     TRUE 0.993 2.000 0.576 NA   NA
 10392253 10392254 SVI_2077 SVI_2078   pyrF TRUE 0.667 111.000 0.125 1.000 N NA
 10392254 10392255 SVI_2078 SVI_2079 pyrF   FALSE 0.418 60.000 0.017 1.000 N NA
 10392255 10392256 SVI_2079 SVI_2080     TRUE 0.667 58.000 0.132 NA   NA
 10392256 10392257 SVI_2080 SVI_2081     FALSE 0.013 331.000 0.026 NA   NA
 10392258 10392259 SVI_2082 SVI_2083 dacB   TRUE 0.623 81.000 0.101 NA   NA
 10392260 10392261 SVI_2084 SVI_2085   pssA TRUE 0.903 6.000 0.053 NA   NA
 10392262 10392263 SVI_2086 SVI_2087 emrD   FALSE 0.151 139.000 0.000 NA   NA
 10392264 10392265 SVI_2088 SVI_2089     FALSE 0.006 495.000 0.022 NA   NA
 10392266 10392267 SVI_2090 SVI_2091     TRUE 0.995 -25.000 0.526 1.000   NA
 10392267 10392268 SVI_2091 SVI_2092   hmgA FALSE 0.005 644.000 0.000 1.000   NA
 10392270 10392271 SVI_2094 SVI_2095     FALSE 0.084 178.000 0.000 NA   NA
 10392272 10392273 SVI_2096 SVI_2097     FALSE 0.003 722.000 0.000 NA   NA
 10392273 10392274 SVI_2097 SVI_2098     TRUE 0.996 3.000 0.917 NA   NA
 10392274 10392275 SVI_2098 SVI_2099     TRUE 0.997 -19.000 0.957 NA   NA
 10392277 10392278 SVI_2101 SVI_2102     FALSE 0.034 223.000 0.000 NA   NA
 10392278 10392279 SVI_2102 SVI_2103     TRUE 0.970 -7.000 0.000 0.042   NA
 10392279 10392280 SVI_2103 SVI_2104     FALSE 0.002 836.000 0.000 NA   NA
 10392280 10392281 SVI_2104 SVI_2105     FALSE 0.103 164.000 0.000 NA   NA
 10392282 10392283 SVI_2106 SVI_2107     TRUE 0.995 0.000 0.623 NA   NA
 10392283 10392284 SVI_2107 SVI_2108     TRUE 0.989 2.000 0.365 NA   NA
 10392284 10392285 SVI_2108 SVI_2109     TRUE 0.992 -7.000 0.344 NA   NA
 10392285 10392286 SVI_2109 SVI_2110     FALSE 0.089 173.000 0.000 NA   NA
 10392286 10392287 SVI_2110 SVI_2111     FALSE 0.381 30.000 0.000 NA   NA
 10392287 10392288 SVI_2111 SVI_2112     TRUE 0.729 11.000 0.000 NA   NA
 10392290 10392291 SVI_2114 SVI_2115     TRUE 0.997 -3.000 1.000 NA   NA
 10392293 10392294 SVI_2117 SVI_2118     FALSE 0.002 841.000 0.000 NA   NA
 10392296 10392297 SVI_2120 SVI_2121     FALSE 0.005 453.000 0.000 NA   NA
 10392302 10392303 SVI_2126 SVI_2127     FALSE 0.005 438.000 0.000 NA   NA
 10392305 10392306 SVI_2129 SVI_2130     FALSE 0.008 340.000 0.000 NA   NA
 10392306 10392307 SVI_2130 SVI_2131     FALSE 0.003 594.000 0.000 NA   NA
 10392307 10392308 SVI_2131 SVI_2132   rluA-2 FALSE 0.101 196.000 0.000 1.000 N NA
 10392308 10392309 SVI_2132 SVI_2133 rluA-2   FALSE 0.111 191.000 0.000 1.000 N NA
 10392312 10392313 SVI_2136 SVI_2137     FALSE 0.008 338.000 0.000 NA   NA
 10392313 10392314 SVI_2137 SVI_2138     TRUE 0.706 12.000 0.000 NA   NA
 10392314 10392315 SVI_2138 SVI_2139     FALSE 0.006 401.000 0.000 NA   NA
 10392316 10392317 SVI_2140 SVI_2141     FALSE 0.477 107.000 0.067 NA   NA
 10392318 10392319 SVI_2142 SVI_2143     FALSE 0.025 240.000 0.000 NA   NA
 10392325 10392326 SVI_2149 SVI_2150 bfr1 bfr2 TRUE 0.999 2.000 0.396 0.001 Y NA
 10392326 10392327 SVI_2150 SVI_2151 bfr2   FALSE 0.016 344.000 0.000 1.000 N NA
 10392328 10392329 SVI_2152 SVI_2153     TRUE 0.558 37.000 0.061 NA   NA
 10392330 10392331 SVI_2154 SVI_2155 gapA-2   FALSE 0.024 241.000 0.000 NA   NA
 10392332 10392333 SVI_2156 SVI_t047 gapA-3   FALSE 0.016 274.000 0.000 NA   NA
 10392333 10392334 SVI_t047 SVI_t048     FALSE 0.276 77.000 0.000 NA   NA
 10392334 10392335 SVI_t048 SVI_t049     FALSE 0.270 82.000 0.000 NA   NA
 10392335 10392336 SVI_t049 SVI_2157   aspC-2 FALSE 0.003 664.000 0.000 NA