MicrobesOnline Operon Predictions for Yersinia pestis Z176003

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column Description
Gene1 VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1 Systematic name of 1st gene in pair
Name1 Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2 VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2 Systematic name of 2nd gene in pair
Name2 Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim Whether the genes share a COG category or not
ExprSim Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

 Gene1 Gene2 SysName1 SysName2 Name1 Name2 bOp pOp Sep MOGScore GOScore COGSim ExprSim
 10386470 10386471 YPZ3_0001 YPZ3_0002   asnC TRUE 0.564 93.000 0.165 1.000 N NA
 10386473 10386474 YPZ3_0004 YPZ3_0005     TRUE 0.991 4.000 0.443 NA   NA
 10386475 10386476 YPZ3_0006 YPZ3_0007 kup   FALSE 0.010 205.000 0.010 1.000 N NA
 10386476 10386477 YPZ3_0007 YPZ3_0008   rbsK TRUE 0.880 51.000 0.010 1.000 Y NA
 10386478 10386479 YPZ3_0009 YPZ3_0010     TRUE 0.590 128.000 0.133 1.000   NA
 10386480 10386481 YPZ3_r1 YPZ3_t1     FALSE 0.281 181.000 0.000 NA   NA
 10386481 10386482 YPZ3_t1 YPZ3_r2     FALSE 0.149 253.000 0.000 NA   NA
 10386482 10386483 YPZ3_r2 YPZ3_r3     FALSE 0.425 110.000 0.000 NA   NA
 10386483 10386484 YPZ3_r3 YPZ3_0011   y1062 FALSE 0.017 503.000 0.000 NA   NA
 10386485 10386486 YPZ3_0012 YPZ3_0013 mobB   TRUE 0.997 -27.000 0.064 0.003 Y NA
 10386487 10386488 YPZ3_0014 YPZ3_0015   dsbA TRUE 0.891 28.000 0.111 NA   NA
 10386488 10386489 YPZ3_0015 YPZ3_0016 dsbA polA FALSE 0.015 492.000 0.000 1.000   NA
 10386489 10386490 YPZ3_0016 YPZ3_0017 polA   FALSE 0.274 358.000 0.000 0.088 Y NA
 10386492 10386493 YPZ3_0019 YPZ3_0020   hemN TRUE 0.441 183.000 0.107 NA   NA
 10386494 10386495 YPZ3_0021 YPZ3_0022 ntrC ntrB TRUE 0.998 8.000 0.587 0.084 Y NA
 10386495 10386496 YPZ3_0022 YPZ3_0023 ntrB glnA FALSE 0.042 253.000 0.053 1.000 N NA
 10386497 10386498 YPZ3_0024 YPZ3_0025 bipA   FALSE 0.045 322.000 0.007 1.000   NA
 10386498 10386499 YPZ3_0025 YPZ3_0026   rbn TRUE 0.718 37.000 0.031 1.000   NA
 10386499 10386500 YPZ3_0026 YPZ3_0027 rbn   TRUE 0.922 7.000 0.069 1.000   NA
 10386501 10386502 YPZ3_0028 YPZ3_0029     TRUE 0.982 0.000 0.000 1.000 Y NA
 10386504 10386505 YPZ3_0031 YPZ3_0032     TRUE 0.743 148.000 0.257 NA   NA
 10386507 10386508 YPZ3_0034 YPZ3_0035 recG   TRUE 0.858 1.000 0.076 1.000 N NA
 10386508 10386509 YPZ3_0035 YPZ3_0036   spoT TRUE 0.665 39.000 0.095 1.000 N NA
 10386509 10386510 YPZ3_0036 YPZ3_0037 spoT gmk FALSE 0.006 350.000 0.000 1.000 N NA
 10386512 10386513 YPZ3_0039 YPZ3_0040     FALSE 0.032 403.000 0.000 NA   NA
 10386514 10386515 YPZ3_0041 YPZ3_0042 rph pyrE FALSE 0.261 167.000 0.108 1.000 N NA
 10386516 10386517 YPZ3_0043 YPZ3_0044   dut FALSE 0.349 167.000 0.060 1.000   NA
 10386517 10386518 YPZ3_0044 YPZ3_0045 dut dfp TRUE 0.976 -19.000 0.201 1.000 N NA
 10386519 10386520 YPZ3_0046 YPZ3_0047 radC mutM FALSE 0.023 761.000 0.000 1.000 Y NA
 10386521 10386522 YPZ3_0048 YPZ3_0049 coaD kdtX TRUE 0.655 -3.000 0.023 NA N NA
 10386522 10386523 YPZ3_0049 YPZ3_0050 kdtX kdtA TRUE 0.986 1.000 0.083 NA Y NA
 10386523 10386524 YPZ3_0050 YPZ3_0051 kdtA rfaC FALSE 0.089 420.000 0.028 1.000 Y NA
 10386524 10386525 YPZ3_0051 YPZ3_0052 rfaC rfaF TRUE 0.998 0.000 0.205 0.001 Y NA
 10386525 10386526 YPZ3_0052 YPZ3_0053 rfaF rfaD TRUE 0.964 31.000 0.146 1.000 Y NA
 10386527 10386528 YPZ3_0054 YPZ3_0055 kbl tdh TRUE 0.986 10.000 0.547 1.000 N NA
 10386529 10386530 YPZ3_0056 YPZ3_0057     TRUE 0.987 -3.000 0.000 0.004   NA
 10386530 10386531 YPZ3_0057 YPZ3_0058     TRUE 0.878 24.000 0.088 1.000   NA
 10386531 10386532 YPZ3_0058 YPZ3_0059     TRUE 0.925 10.000 0.170 1.000 N NA
 10386533 10386534 YPZ3_0060 YPZ3_0061   secB FALSE 0.034 455.000 0.158 NA N NA
 10386534 10386535 YPZ3_0061 YPZ3_0062 secB gpsA TRUE 0.967 0.000 0.206 1.000 N NA
 10386535 10386536 YPZ3_0062 YPZ3_0063 gpsA cysE TRUE 0.474 263.000 0.429 1.000 N NA
 10386539 10386540 YPZ3_0066 YPZ3_0067 cpxA cpxR TRUE 0.999 -3.000 0.791 1.000 Y NA
 10386541 10386542 YPZ3_0068 YPZ3_0069 cpxP   FALSE 0.008 678.000 0.000 NA   NA
 10386542 10386543 YPZ3_0069 YPZ3_0070   fieF FALSE 0.013 562.000 0.000 NA   NA
 10386543 10386544 YPZ3_0070 YPZ3_0071 fieF pfkA FALSE 0.036 218.000 0.040 1.000 N NA
 10386544 10386545 YPZ3_0071 YPZ3_0072 pfkA sbp1 FALSE 0.052 221.000 0.049 1.000 N NA
 10386546 10386547 YPZ3_0073 YPZ3_0074     FALSE 0.230 322.000 0.000 NA Y NA
 10386547 10386548 YPZ3_0074 YPZ3_0075     FALSE 0.164 66.000 0.000 1.000 N NA
 10386548 10386549 YPZ3_0075 YPZ3_0076     TRUE 0.993 -3.000 0.353 NA   NA
 10386551 10386552 YPZ3_0078 YPZ3_0079     FALSE 0.340 180.000 0.058 NA   NA
 10386554 10386555 YPZ3_0081 YPZ3_0082 fpr glpX FALSE 0.304 155.000 0.117 1.000 N NA
 10386555 10386556 YPZ3_0082 YPZ3_0083 glpX glpK FALSE 0.014 192.000 0.025 1.000 N NA
 10386556 10386557 YPZ3_0083 YPZ3_0084 glpK glpF FALSE 0.013 177.000 0.013 1.000 N NA
 10386557 10386558 YPZ3_0084 YPZ3_0085 glpF   FALSE 0.001 1075.000 0.000 1.000 N NA
 10386558 10386559 YPZ3_0085 YPZ3_0086     FALSE 0.008 334.000 0.000 1.000 N NA
 10386559 10386560 YPZ3_0086 YPZ3_0087     TRUE 0.996 -7.000 0.250 1.000 Y NA
 10386562 10386563 YPZ3_0089 YPZ3_0090   menA TRUE 0.747 193.000 0.158 NA Y NA
 10386563 10386564 YPZ3_0090 YPZ3_0091 menA hslU FALSE 0.048 236.000 0.051 1.000 N NA
 10386564 10386565 YPZ3_0091 YPZ3_0092 hslU hslV TRUE 0.988 71.000 0.752 1.000 Y NA
 10386565 10386566 YPZ3_0092 YPZ3_0093 hslV ftsN TRUE 0.465 100.000 0.122 NA N NA
 10386566 10386567 YPZ3_0093 YPZ3_0094 ftsN cytR TRUE 0.824 66.000 0.245 NA N NA
 10386567 10386568 YPZ3_0094 YPZ3_0095 cytR priA FALSE 0.002 353.000 0.013 1.000 N NA
 10386568 10386569 YPZ3_0095 YPZ3_0096 priA   FALSE 0.005 1001.000 0.000 NA   NA
 10386569 10386570 YPZ3_0096 YPZ3_0097   metJ FALSE 0.053 349.000 0.000 NA   NA
 10386571 10386572 YPZ3_0098 YPZ3_0099   metL TRUE 0.909 173.000 0.428 1.000 Y NA
 10386572 10386573 YPZ3_0099 YPZ3_0100 metL metF FALSE 0.415 233.000 0.017 1.000 Y NA
 10386574 10386575 YPZ3_0101 YPZ3_0102     TRUE 0.948 54.000 0.167 1.000 Y NA
 10386575 10386576 YPZ3_0102 YPZ3_0103   glpR FALSE 0.169 64.000 0.000 1.000 N NA
 10386576 10386577 YPZ3_0103 YPZ3_0104 glpR   TRUE 0.917 35.000 0.190 1.000   NA
 10386577 10386578 YPZ3_0104 YPZ3_0105     TRUE 0.924 75.000 0.405 1.000   NA
 10386578 10386579 YPZ3_0105 YPZ3_0106   malT FALSE 0.005 375.000 0.000 1.000 N NA
 10386580 10386581 YPZ3_0107 YPZ3_0108     TRUE 0.986 -18.000 0.000 0.023   NA
 10386581 10386582 YPZ3_0108 YPZ3_0109   malQ TRUE 0.992 13.000 0.137 0.023 Y NA
 10386583 10386584 YPZ3_0110 YPZ3_0111     TRUE 0.704 60.000 0.066 1.000   NA
 10386586 10386587 YPZ3_0113 YPZ3_0114 feoB   FALSE 0.001 843.000 0.000 1.000 N NA
 10386588 10386589 YPZ3_0115 YPZ3_0116 greB ompR TRUE 0.843 136.000 0.067 0.083 Y NA
 10386589 10386590 YPZ3_0116 YPZ3_0117 ompR envZ TRUE 0.999 -3.000 0.584 1.000 Y NA
 10386591 10386592 YPZ3_0118 YPZ3_0119 pckA hslO FALSE 0.064 197.000 0.048 1.000 N NA
 10386592 10386593 YPZ3_0119 YPZ3_0120 hslO hslR FALSE 0.351 163.000 0.140 1.000 N NA
 10386593 10386594 YPZ3_0120 YPZ3_0121 hslR   TRUE 0.813 29.000 0.056 1.000   NA
 10386594 10386595 YPZ3_0121 YPZ3_0122     TRUE 0.538 144.000 0.122 1.000   NA
 10386598 10386599 YPZ3_0125 YPZ3_0126     TRUE 0.998 0.000 0.870 NA   NA
 10386599 10386600 YPZ3_0126 YPZ3_0127     TRUE 0.639 149.000 0.174 NA   NA
 10386602 10386603 YPZ3_0129 YPZ3_0130   aroK FALSE 0.271 349.000 0.319 1.000   NA
 10386603 10386604 YPZ3_0130 YPZ3_0131 aroK aroB TRUE 0.954 57.000 0.208 1.000 Y NA
 10386604 10386605 YPZ3_0131 YPZ3_0132 aroB   FALSE 0.125 254.000 0.022 NA   NA
 10386605 10386606 YPZ3_0132 YPZ3_0133   dam TRUE 0.842 84.000 0.234 NA   NA
 10386606 10386607 YPZ3_0133 YPZ3_0134 dam rpe FALSE 0.022 303.000 0.053 1.000 N NA
 10386607 10386608 YPZ3_0134 YPZ3_0135 rpe gph TRUE 0.955 -7.000 0.050 1.000   NA
 10386608 10386609 YPZ3_0135 YPZ3_0136 gph trpS TRUE 0.961 2.000 0.118 1.000   NA
 10386610 10386611 YPZ3_0137 YPZ3_0138 cysG nirC FALSE 0.268 88.000 0.065 1.000 N NA
 10386611 10386612 YPZ3_0138 YPZ3_0139 nirC nirD TRUE 0.816 203.000 0.283 1.000 Y NA
 10386612 10386613 YPZ3_0139 YPZ3_0140 nirD nirB TRUE 0.999 -3.000 0.829 0.001 N NA
 10386617 10386618 YPZ3_0144 YPZ3_0145     FALSE 0.353 249.000 0.267 1.000 N NA
 10386619 10386620 YPZ3_0146 YPZ3_0147 ppiA   FALSE 0.060 326.000 0.000 1.000   NA
 10386620 10386621 YPZ3_0147 YPZ3_0148   pabA FALSE 0.110 243.000 0.007 1.000   NA
 10386621 10386622 YPZ3_0148 YPZ3_0149 pabA   TRUE 0.753 133.000 0.088 1.000 Y NA
 10386623 10386624 YPZ3_0150 YPZ3_0151   crp TRUE 0.692 86.000 0.111 NA   NA
 10386625 10386626 YPZ3_0152 YPZ3_0153     FALSE 0.436 105.000 0.000 NA   NA
 10386627 10386628 YPZ3_0154 YPZ3_0155 prk   FALSE 0.038 382.000 0.000 NA   NA
 10386629 10386630 YPZ3_0156 YPZ3_0157   tauA FALSE 0.035 203.000 0.000 1.000 N NA
 10386630 10386631 YPZ3_0157 YPZ3_0158 tauA tauB TRUE 0.966 9.000 0.023 1.000 Y NA
 10386631 10386632 YPZ3_0158 YPZ3_0159 tauB tauC TRUE 0.999 -3.000 0.728 1.000 Y NA
 10386632 10386633 YPZ3_0159 YPZ3_0160 tauC tauD TRUE 0.975 -3.000 0.214 1.000 N NA
 10386634 10386635 YPZ3_0161 YPZ3_0162     TRUE 0.528 93.000 0.053 NA   NA
 10386635 10386636 YPZ3_0162 YPZ3_0163     FALSE 0.323 135.000 0.020 NA   NA
 10386636 10386637 YPZ3_0163 YPZ3_0164     TRUE 0.985 -33.000 0.029 0.027   NA
 10386638 10386639 YPZ3_0165 YPZ3_0166   kefB TRUE 0.997 4.000 0.927 1.000   NA
 10386639 10386640 YPZ3_0166 YPZ3_0167 kefB slyD FALSE 0.008 332.000 0.000 1.000 N NA
 10386640 10386641 YPZ3_0167 YPZ3_0168 slyD fkpA FALSE 0.070 754.000 0.000 0.003 Y NA
 10386641 10386642 YPZ3_0168 YPZ3_0169 fkpA   TRUE 0.538 254.000 0.310 NA   NA
 10386642 10386643 YPZ3_0169 YPZ3_0170     TRUE 0.985 0.000 0.220 NA   NA
 10386643 10386644 YPZ3_0170 YPZ3_0171     TRUE 0.999 0.000 0.790 NA Y NA
 10386644 10386645 YPZ3_0171 YPZ3_0172   rpsl FALSE 0.005 445.000 0.000 NA N NA
 10386645 10386646 YPZ3_0172 YPZ3_0173 rpsl rpsG TRUE 0.990 97.000 0.620 0.003 Y NA
 10386646 10386647 YPZ3_0173 YPZ3_0174 rpsG fusA TRUE 0.971 94.000 0.579 1.000 Y NA
 10386647 10386648 YPZ3_0174 YPZ3_0175 fusA tuf TRUE 0.943 73.000 0.005 0.001 Y NA
 10386648 10386649 YPZ3_0175 YPZ3_0176 tuf   FALSE 0.058 152.000 0.000 1.000 N NA
 10386649 10386650 YPZ3_0176 YPZ3_0177   bfr FALSE 0.003 461.000 0.000 1.000 N NA
 10386650 10386651 YPZ3_0177 YPZ3_0178 bfr rpsJ FALSE 0.004 414.000 0.000 1.000 N NA
 10386651 10386652 YPZ3_0178 YPZ3_0179 rpsJ rplC TRUE 0.992 33.000 0.307 0.014 Y NA
 10386652 10386653 YPZ3_0179 YPZ3_0180 rplC rplD TRUE 0.997 17.000 0.486 0.010 Y NA
 10386653 10386654 YPZ3_0180 YPZ3_0181 rplD rplW TRUE 0.999 -3.000 0.513 0.010 Y NA
 10386654 10386655 YPZ3_0181 YPZ3_0182 rplW rplB TRUE 0.999 17.000 0.849 0.014 Y NA
 10386655 10840160 YPZ3_0182 YPZ3_0182a rplB   TRUE 0.999 15.000 0.820 0.014 Y NA
 10840160 10386656 YPZ3_0182a YPZ3_0183   rplV TRUE 0.999 15.000 0.769 0.014 Y NA
 10386656 10386657 YPZ3_0183 YPZ3_0184 rplV rpsC TRUE 0.998 18.000 0.719 0.014 Y NA
 10386657 10386658 YPZ3_0184 YPZ3_0185 rpsC rplP TRUE 0.999 13.000 0.828 0.014 Y NA
 10386658 10840161 YPZ3_0185 YPZ3_0185a rplP   TRUE 1.000 0.000 0.802 0.010 Y NA
 10840161 10386659 YPZ3_0185a YPZ3_0186   rplN FALSE 0.201 435.000 0.000 0.014 Y NA
 10386659 10386660 YPZ3_0186 YPZ3_0187 rplN rplX TRUE 0.999 11.000 0.810 0.014 Y NA
 10386660 10386661 YPZ3_0187 YPZ3_0188 rplX rplE TRUE 0.999 15.000 0.758 0.010 Y NA
 10386661 10386662 YPZ3_0188 YPZ3_0189 rplE rpsN TRUE 0.998 14.000 0.496 0.010 Y NA
 10386662 10386663 YPZ3_0189 YPZ3_0190 rpsN rpsH TRUE 0.995 34.000 0.473 0.010 Y NA
 10386663 10386664 YPZ3_0190 YPZ3_0191 rpsH rplF TRUE 0.999 15.000 0.808 0.010 Y NA
 10386664 10386665 YPZ3_0191 YPZ3_0192 rplF rplR TRUE 0.999 10.000 0.815 0.010 Y NA
 10386665 10386666 YPZ3_0192 YPZ3_0193 rplR rpsE TRUE 0.999 15.000 0.814 0.014 Y NA
 10386666 10386667 YPZ3_0193 YPZ3_0194 rpsE rplO TRUE 0.872 186.000 0.148 0.014 Y NA
 10386667 10386668 YPZ3_0194 YPZ3_0195 rplO secY TRUE 0.992 8.000 0.730 1.000 N NA
 10386668 10386669 YPZ3_0195 YPZ3_0196 secY rpsM FALSE 0.003 298.000 0.011 1.000 N NA
 10386669 10386670 YPZ3_0196 YPZ3_0197 rpsM rpsK TRUE 0.999 17.000 0.810 0.010 Y NA
 10386670 10386671 YPZ3_0197 YPZ3_0198 rpsK rpsD TRUE 0.996 31.000 0.509 0.014 Y NA
 10386671 10386672 YPZ3_0198 YPZ3_0199 rpsD rpoA TRUE 0.973 26.000 0.549 1.000 N NA
 10386672 10386673 YPZ3_0199 YPZ3_0200 rpoA rplQ TRUE 0.984 41.000 0.873 1.000 N NA
 10386673 10386674 YPZ3_0200 YPZ3_0201 rplQ zntR FALSE 0.001 438.000 0.005 1.000 N NA
 10386675 10386676 YPZ3_0202 YPZ3_0203 mscL trkA FALSE 0.018 139.000 0.007 1.000 N NA
 10386676 10386677 YPZ3_0203 YPZ3_0204 trkA   FALSE 0.064 56.000 0.007 1.000 N NA
 10386677 10386678 YPZ3_0204 YPZ3_0205   fmt TRUE 0.941 88.000 0.305 1.000 Y NA
 10386678 10386679 YPZ3_0205 YPZ3_0206 fmt def TRUE 0.979 25.000 0.058 0.017 Y NA
 10386680 10386681 YPZ3_0207 YPZ3_0208   smg TRUE 0.980 -28.000 0.124 NA   NA
 10386681 10386682 YPZ3_0208 YPZ3_0209 smg   TRUE 0.858 101.000 0.331 NA   NA
 10386682 10386683 YPZ3_0209 YPZ3_0210     TRUE 0.939 2.000 0.137 NA N NA
 10386683 10386684 YPZ3_0210 YPZ3_0211   aroE TRUE 0.851 9.000 0.087 NA N NA
 10386685 10386686 YPZ3_0212 YPZ3_0213     TRUE 0.840 16.000 0.000 1.000   NA
 10386686 10386687 YPZ3_0213 YPZ3_0214     TRUE 0.982 0.000 0.000 1.000 Y NA
 10386689 10386690 YPZ3_0216 YPZ3_0217 actP   TRUE 0.998 -3.000 0.733 NA   NA
 10386690 10386691 YPZ3_0217 YPZ3_0218   acs TRUE 0.849 57.000 0.147 NA   NA
 10386693 10386694 YPZ3_0220 YPZ3_0221     TRUE 0.999 13.000 0.688 0.012 Y NA
 10386695 10386696 YPZ3_0222 YPZ3_0223     TRUE 0.986 2.000 0.268 NA   NA
 10386696 10386697 YPZ3_0223 YPZ3_0224     FALSE 0.029 414.000 0.000 NA   NA
 10386697 10386698 YPZ3_0224 YPZ3_0225     FALSE 0.001 816.000 0.000 1.000 N NA
 10386698 10386699 YPZ3_0225 YPZ3_0226     TRUE 0.919 175.000 0.786 NA   NA
 10386699 10386700 YPZ3_0226 YPZ3_0227     TRUE 0.977 39.000 0.538 NA   NA
 10386700 10386701 YPZ3_0227 YPZ3_0228     TRUE 0.953 -7.000 0.000 NA   NA
 10386701 10386702 YPZ3_0228 YPZ3_0229     TRUE 1.000 -13.000 0.647 0.009 Y NA
 10386702 10386703 YPZ3_0229 YPZ3_0230     TRUE 0.984 -3.000 0.176 NA   NA
 10386703 10386704 YPZ3_0230 YPZ3_0231     TRUE 0.999 -19.000 1.000 NA   NA
 10386704 10386705 YPZ3_0231 YPZ3_0232     TRUE 0.990 -22.000 0.231 NA   NA
 10386705 10386706 YPZ3_0232 YPZ3_0233     TRUE 0.828 127.000 0.154 1.000 Y NA
 10386706 10386707 YPZ3_0233 YPZ3_0234     TRUE 0.458 292.000 0.000 0.080 Y NA
 10386707 10386708 YPZ3_0234 YPZ3_0235     TRUE 0.999 -10.000 0.406 0.080 Y NA
 10386708 10386709 YPZ3_0235 YPZ3_0236     FALSE 0.041 383.000 0.045 NA   NA
 10386711 10386712 YPZ3_0238 YPZ3_0239   metC TRUE 0.917 46.000 0.043 NA Y NA
 10386713 10386714 YPZ3_0240 YPZ3_0241 hmuV hmuU TRUE 0.996 -7.000 0.220 1.000 Y NA
 10386714 10386715 YPZ3_0241 YPZ3_0242 hmuU hmuT TRUE 0.999 -3.000 0.852 1.000 Y NA
 10386715 10386716 YPZ3_0242 YPZ3_0243 hmuT hmuS TRUE 0.997 -3.000 0.384 1.000 Y NA
 10386716 10386717 YPZ3_0243 YPZ3_0244 hmuS hmuR TRUE 0.751 119.000 0.064 1.000 Y NA
 10386717 10386718 YPZ3_0244 YPZ3_0245 hmuR   FALSE 0.004 415.000 0.000 1.000 N NA
 10386718 10386719 YPZ3_0245 YPZ3_0246     TRUE 0.468 34.000 0.054 1.000 N NA
 10386719 10386720 YPZ3_0246 YPZ3_0247     TRUE 0.791 33.000 0.135 1.000 N NA
 10386720 10386721 YPZ3_0247 YPZ3_0248     FALSE 0.007 341.000 0.000 1.000 N NA
 10386721 10386722 YPZ3_0248 YPZ3_0249     FALSE 0.073 315.000 0.000 NA   NA
 10386722 10386723 YPZ3_0249 YPZ3_0250     FALSE 0.033 397.000 0.000 NA   NA
 10386723 10386724 YPZ3_0250 YPZ3_0251     TRUE 0.993 0.000 0.420 NA   NA
 10386724 10386725 YPZ3_0251 YPZ3_0252     TRUE 0.993 -7.000 0.296 NA   NA
 10386725 10386726 YPZ3_0252 YPZ3_0253     TRUE 0.980 -7.000 0.126 NA   NA
 10386726 10386727 YPZ3_0253 YPZ3_0254     TRUE 0.967 12.000 0.217 1.000   NA
 10386728 10386729 YPZ3_0255 YPZ3_0256 terZ terA TRUE 0.986 0.000 0.054 0.004   NA
 10386729 10386730 YPZ3_0256 YPZ3_0257 terA terB TRUE 0.929 33.000 0.200 NA   NA
 10386730 10386731 YPZ3_0257 YPZ3_0258 terB terC TRUE 0.950 22.000 0.000 NA Y NA
 10386731 10386732 YPZ3_0258 YPZ3_0259 terC terD FALSE 0.169 64.000 0.000 1.000 N NA
 10386732 10386733 YPZ3_0259 YPZ3_0260 terD terE TRUE 0.942 184.000 0.310 0.004 Y NA
 10386733 10386734 YPZ3_0260 YPZ3_0261 terE   FALSE 0.007 713.000 0.000 NA   NA
 10386734 10386735 YPZ3_0261 YPZ3_0262     FALSE 0.152 251.000 0.000 NA   NA
 10386735 10386736 YPZ3_0262 YPZ3_0263     TRUE 0.982 72.000 0.571 NA Y NA
 10386736 10386737 YPZ3_0263 YPZ3_0264     FALSE 0.003 1458.000 0.000 NA   NA
 10386737 10386738 YPZ3_0264 YPZ3_0265     FALSE 0.004 1009.000 0.000 1.000   NA
 10386740 10386741 YPZ3_0267 YPZ3_0268 ubiC ubiA TRUE 0.859 166.000 0.248 NA Y NA
 10386743 10386744 YPZ3_0270 YPZ3_0271 dgkA lexA FALSE 0.422 125.000 0.141 1.000 N NA
 10386748 10386749 YPZ3_0275 YPZ3_0276 dnaB alr TRUE 0.768 97.000 0.317 1.000 N NA
 10386749 10386750 YPZ3_0276 YPZ3_0277 alr tyrB FALSE 0.378 186.000 0.181 1.000 N NA
 10386750 10386751 YPZ3_0277 YPZ3_0278 tyrB   FALSE 0.016 527.000 0.000 NA   NA
 10386754 10386755 YPZ3_0281 YPZ3_0282     TRUE 0.901 14.000 0.063 NA   NA
 10386755 10386756 YPZ3_0282 YPZ3_0283   rhaD TRUE 0.782 67.000 0.041 0.007 N NA
 10386756 10386757 YPZ3_0283 YPZ3_0284 rhaD rhaA TRUE 0.989 13.000 0.247 1.000 Y NA
 10386757 10386758 YPZ3_0284 YPZ3_0285 rhaA rhaB TRUE 0.997 -3.000 0.387 1.000 Y NA
 10386759 10386760 YPZ3_0286 YPZ3_0287 rhaS rhaR TRUE 0.988 133.000 0.800 0.031 Y NA
 10386761 10386762 YPZ3_0288 YPZ3_0289 rhaT   FALSE 0.005 856.000 0.000 1.000   NA
 10386763 10386764 YPZ3_0290 YPZ3_0291     FALSE 0.008 634.000 0.000 1.000   NA
 10386764 10386765 YPZ3_0291 YPZ3_0292     TRUE 0.928 -3.000 0.100 1.000 N NA
 10386765 10386766 YPZ3_0292 YPZ3_0293     TRUE 0.979 3.000 0.100 0.086   NA
 10386766 10386767 YPZ3_0293 YPZ3_0294     TRUE 0.998 0.000 1.000 NA   NA
 10386767 10386768 YPZ3_0294 YPZ3_0295     TRUE 0.998 5.000 1.000 NA   NA
 10386768 10386769 YPZ3_0295 YPZ3_0296     FALSE 0.034 394.000 0.000 NA   NA
 10386769 10386770 YPZ3_0296 YPZ3_0297     FALSE 0.039 378.000 0.000 NA   NA
 10386770 10386771 YPZ3_0297 YPZ3_0298     TRUE 0.948 -3.000 0.000 NA   NA
 10386771 10386772 YPZ3_0298 YPZ3_0299     TRUE 0.864 15.000 0.000 NA   NA
 10386772 10386773 YPZ3_0299 YPZ3_0300     FALSE 0.008 669.000 0.000 NA   NA
 10386773 10386774 YPZ3_0300 YPZ3_0301     TRUE 0.597 144.000 0.143 NA   NA
 10386774 10386775 YPZ3_0301 YPZ3_0302     TRUE 0.551 79.000 0.000 NA   NA
 10386775 10386776 YPZ3_0302 YPZ3_0303     FALSE 0.361 137.000 0.000 NA   NA
 10386776 10386777 YPZ3_0303 YPZ3_0304     TRUE 0.948 -3.000 0.000 NA   NA
 10386777 10386778 YPZ3_0304 YPZ3_0305     TRUE 0.884 11.000 0.000 NA   NA
 10386778 10386779 YPZ3_0305 YPZ3_0306     TRUE 0.999 -21.000 1.000 NA   NA
 10386779 10386780 YPZ3_0306 YPZ3_0307     TRUE 0.998 3.000 1.000 NA   NA
 10386780 10386781 YPZ3_0307 YPZ3_0308     TRUE 0.980 -3.000 0.143 NA   NA
 10386781 10386782 YPZ3_0308 YPZ3_0309     TRUE 0.955 -16.000 0.000 NA   NA
 10386782 10386783 YPZ3_0309 YPZ3_0310     TRUE 0.953 -7.000 0.000 NA   NA
 10386783 10386784 YPZ3_0310 YPZ3_0311     TRUE 0.530 83.000 0.000 NA   NA
 10386784 10386785 YPZ3_0311 YPZ3_0312     FALSE 0.178 235.000 0.000 NA   NA
 10386785 10386786 YPZ3_0312 YPZ3_0313     FALSE 0.078 311.000 0.000 NA   NA
 10386786 10386787 YPZ3_0313 YPZ3_0314     TRUE 0.880 12.000 0.000 NA   NA
 10386787 10386788 YPZ3_0314 YPZ3_0315     TRUE 0.948 -3.000 0.000 NA   NA
 10386788 10386789 YPZ3_0315 YPZ3_0316     TRUE 0.974 -3.000 0.105 NA   NA
 10386789 10386790 YPZ3_0316 YPZ3_0317     TRUE 0.991 -7.000 0.263 NA   NA
 10386790 10386791 YPZ3_0317 YPZ3_0318     TRUE 0.989 25.000 0.667 NA   NA
 10386791 10386792 YPZ3_0318 YPZ3_0319     TRUE 0.990 0.000 0.312 NA   NA
 10386792 10386793 YPZ3_0319 YPZ3_0320     FALSE 0.004 1291.000 0.000 NA   NA
 10386793 10386794 YPZ3_0320 YPZ3_0321     FALSE 0.278 183.000 0.000 NA   NA
 10386794 10386795 YPZ3_0321 YPZ3_0322     TRUE 0.973 2.000 0.154 NA   NA
 10386795 10386796 YPZ3_0322 YPZ3_0323     TRUE 0.993 11.000 0.611 NA   NA
 10386796 10386797 YPZ3_0323 YPZ3_0324     FALSE 0.036 385.000 0.000 NA   NA
 10386799 10386800 YPZ3_0326 YPZ3_0327     TRUE 0.857 16.000 0.000 NA   NA
 10386800 10386801 YPZ3_0327 YPZ3_0328     FALSE 0.004 1196.000 0.000 NA   NA
 10386801 10386802 YPZ3_0328 YPZ3_0329     FALSE 0.015 533.000 0.000 NA   NA
 10386802 10386803 YPZ3_0329 YPZ3_0330     TRUE 0.490 91.000 0.000 NA   NA
 10386803 10386804 YPZ3_0330 YPZ3_0331     FALSE 0.409 117.000 0.000 NA   NA
 10386804 10386805 YPZ3_0331 YPZ3_0332     TRUE 0.499 89.000 0.000 NA   NA
 10386805 10386806 YPZ3_0332 YPZ3_0333     TRUE 0.858 75.000 0.222 NA   NA
 10386806 10386807 YPZ3_0333 YPZ3_0334     FALSE 0.008 671.000 0.000 NA   NA
 10386807 10386808 YPZ3_0334 YPZ3_0335     FALSE 0.016 508.000 0.000 NA   NA
 10386808 10386809 YPZ3_0335 YPZ3_0336     TRUE 0.999 -7.000 1.000 NA   NA
 10386809 10386810 YPZ3_0336 YPZ3_0337     TRUE 0.995 25.000 0.667 NA Y NA
 10386810 10386811 YPZ3_0337 YPZ3_0338     FALSE 0.001 1193.000 0.000 NA N NA
 10386811 10386812 YPZ3_0338 YPZ3_0339     TRUE 0.570 69.000 0.000 1.000   NA
 10386812 10386813 YPZ3_0339 YPZ3_0340     FALSE 0.029 398.000 0.000 1.000   NA
 10386813 10386814 YPZ3_0340 YPZ3_0341     TRUE 0.953 -6.000 0.000 NA   NA
 10386814 10386815 YPZ3_0341 YPZ3_0342     TRUE 0.970 68.000 0.667 NA   NA
 10386816 10386817 YPZ3_t2 YPZ3_0343     FALSE 0.351 145.000 0.000 NA   NA
 10386818 10386819 YPZ3_0344 YPZ3_0345   hydN TRUE 0.971 23.000 0.222 0.010 N NA
 10386819 10386820 YPZ3_0345 YPZ3_0346 hydN fdhF TRUE 0.980 23.000 0.231 0.039   NA
 10386821 10386822 YPZ3_0347 YPZ3_0348 dsbD   TRUE 0.928 -24.000 0.092 1.000 N NA
 10386822 10386823 YPZ3_0348 YPZ3_0349   dcuA FALSE 0.188 185.000 0.007 1.000   NA
 10386823 10386824 YPZ3_0349 YPZ3_0350 dcuA aspA FALSE 0.330 120.000 0.023 1.000   NA
 10386825 10386826 YPZ3_0351 YPZ3_0352   groEL FALSE 0.011 595.000 0.000 NA   NA
 10386826 10386827 YPZ3_0352 YPZ3_0353 groEL   FALSE 0.010 624.000 0.000 NA   NA
 10386829 10386830 YPZ3_0355 YPZ3_0356 efp sugE FALSE 0.090 100.000 0.000 1.000 N NA
 10386831 10386832 YPZ3_0357 YPZ3_0358 frdD frdC TRUE 0.999 17.000 0.787 0.002 Y NA
 10386832 10386833 YPZ3_0358 YPZ3_0359 frdC frdB TRUE 0.998 17.000 0.454 0.002 Y NA
 10386833 10386834 YPZ3_0359 YPZ3_0360 frdB frdA TRUE 0.999 -7.000 0.470 0.002 Y NA
 10386836 10386837 YPZ3_0362 YPZ3_0363   psd TRUE 0.797 42.000 0.148 NA N NA
 10386837 10386838 YPZ3_0363 YPZ3_0364 psd   FALSE 0.110 325.000 0.095 1.000   NA
 10386839 10386840 YPZ3_0365 YPZ3_t3 orn   FALSE 0.013 558.000 0.000 NA   NA
 10386842 10386843 YPZ3_0367 YPZ3_0368     TRUE 0.945 11.000 0.118 NA   NA
 10386843 10386844 YPZ3_0368 YPZ3_0369     TRUE 0.537 140.000 0.109 NA   NA
 10386844 10386845 YPZ3_0369 YPZ3_0370   mutL TRUE 0.785 16.000 0.092 1.000 N NA
 10386845 10386846 YPZ3_0370 YPZ3_0371 mutL miaA TRUE 0.973 -7.000 0.188 1.000 N NA
 10386846 10386847 YPZ3_0371 YPZ3_0372 miaA ymr TRUE 0.903 116.000 0.531 1.000   NA
 10386847 10386848 YPZ3_0372 YPZ3_0373 ymr hflX TRUE 0.673 99.000 0.141 1.000   NA
 10386848 10386849 YPZ3_0373 YPZ3_0374 hflX hflK TRUE 0.596 241.000 0.184 0.078   NA
 10386849 10386850 YPZ3_0374 YPZ3_0375 hflK hflC TRUE 1.000 4.000 0.947 0.014 Y NA
 10386850 10386851 YPZ3_0375 YPZ3_0376 hflC purA FALSE 0.001 472.000 0.019 1.000 N NA
 10386851 10386852 YPZ3_0376 YPZ3_0377 purA   FALSE 0.003 330.000 0.010 NA N NA
 10386852 10386853 YPZ3_0377 YPZ3_0378   rnr TRUE 0.452 241.000 0.038 NA Y NA
 10386853 10386854 YPZ3_0378 YPZ3_0379 rnr   TRUE 0.740 119.000 0.147 0.018 N NA
 10386854 10386855 YPZ3_0379 YPZ3_0380   aidB FALSE 0.001 408.000 0.005 1.000 N NA
 10386856 10386857 YPZ3_0381 YPZ3_0382     FALSE 0.059 340.000 0.000 NA   NA
 10386857 10386858 YPZ3_0382 YPZ3_0383     TRUE 0.982 0.000 0.000 1.000 Y NA
 10386859 10386860 YPZ3_0384 YPZ3_0385     TRUE 0.999 -3.000 0.759 NA Y NA
 10386860 10386861 YPZ3_0385 YPZ3_0386     FALSE 0.001 1024.000 0.000 NA N NA
 10386861 10386862 YPZ3_0386 YPZ3_0387     TRUE 0.708 50.000 0.000 NA   NA
 10386862 10386863 YPZ3_0387 YPZ3_0388     TRUE 0.955 -28.000 0.000 NA   NA
 10386863 10386864 YPZ3_0388 YPZ3_0389     FALSE 0.004 1272.000 0.000 NA   NA
 10386864 10386865 YPZ3_0389 YPZ3_0390     TRUE 0.964 -3.000 0.068 NA   NA
 10386866 10386867 YPZ3_0391 YPZ3_0392     TRUE 0.993 11.000 0.637 NA   NA
 10386868 10386869 YPZ3_0393 YPZ3_0394     TRUE 0.914 2.000 0.000 1.000   NA
 10386870 10386871 YPZ3_0395 YPZ3_0396     TRUE 0.908 93.000 0.000 0.007 Y NA
 10386871 10386872 YPZ3_0396 YPZ3_0397     TRUE 0.769 341.000 0.400 0.008 Y NA
 10386874 10386875 YPZ3_0399 YPZ3_0400     FALSE 0.009 655.000 0.000 NA   NA
 10386875 10386876 YPZ3_0400 YPZ3_0401     TRUE 0.907 56.000 0.062 NA Y NA
 10386876 10386877 YPZ3_0401 YPZ3_0402     TRUE 0.993 59.000 0.844 NA Y NA
 10386877 10386878 YPZ3_0402 YPZ3_0403     TRUE 1.000 -3.000 0.788 0.067 Y NA
 10386878 10386879 YPZ3_0403 YPZ3_0404     TRUE 0.999 -6.000 0.818 1.000 Y NA
 10386879 10386880 YPZ3_0404 YPZ3_0405     FALSE 0.425 110.000 0.000 NA   NA
 10386881 10386882 YPZ3_0406 YPZ3_0407     TRUE 0.448 171.000 0.200 1.000 N NA
 10386882 10386883 YPZ3_0407 YPZ3_0408     FALSE 0.007 346.000 0.000 1.000 N NA
 10386883 10386884 YPZ3_0408 YPZ3_0409     TRUE 0.941 48.000 0.105 NA Y NA
 10386884 10386885 YPZ3_0409 YPZ3_0410     FALSE 0.015 1200.000 0.000 NA Y NA
 10386885 10386886 YPZ3_0410 YPZ3_0411     TRUE 0.965 0.000 0.185 NA N NA
 10386886 10386887 YPZ3_0411 YPZ3_0412     FALSE 0.001 1496.000 0.000 NA N NA
 10386890 10386891 YPZ3_t4 YPZ3_0415   rsmC FALSE 0.140 257.000 0.000 NA   NA
 10386892 10386893 YPZ3_0416 YPZ3_0417 holD rimI TRUE 0.732 77.000 0.121 1.000   NA
 10386893 10386894 YPZ3_0417 YPZ3_0418 rimI prfC FALSE 0.235 179.000 0.026 1.000   NA
 10386894 10386895 YPZ3_0418 YPZ3_0419 prfC osmY FALSE 0.067 327.000 0.000 NA   NA
 10386895 10386896 YPZ3_0419 YPZ3_0420 osmY   FALSE 0.031 405.000 0.000 NA   NA
 10386896 10386897 YPZ3_0420 YPZ3_0421     TRUE 0.885 16.000 0.057 NA   NA
 10386897 10386898 YPZ3_0421 YPZ3_0422     FALSE 0.002 535.000 0.027 NA N NA
 10386898 10386899 YPZ3_0422 YPZ3_0423   deoC FALSE 0.043 576.000 0.000 1.000 Y NA
 10386899 10386900 YPZ3_0423 YPZ3_0424 deoC   TRUE 0.752 28.000 0.028 1.000   NA
 10386900 10386901 YPZ3_0424 YPZ3_0425     TRUE 0.998 -3.000 0.385 0.001   NA
 10386901 10386902 YPZ3_0425 YPZ3_0426   deoB FALSE 0.371 132.000 0.047 1.000   NA
 10386902 10386903 YPZ3_0426 YPZ3_0427 deoB deoD TRUE 0.782 125.000 0.414 1.000 N NA
 10386905 10386906 YPZ3_0429 YPZ3_0430 serB radA FALSE 0.036 88.000 0.024 1.000 N NA
 10386906 10386907 YPZ3_0430 YPZ3_0431 radA nadR FALSE 0.016 159.000 0.021 1.000 N NA
 10386907 10386908 YPZ3_0431 YPZ3_0432 nadR   FALSE 0.305 157.000 0.000 1.000   NA
 10386909 10386910 YPZ3_0433 YPZ3_0434     TRUE 0.976 0.000 0.007 0.026   NA
 10386910 10386911 YPZ3_0434 YPZ3_0435     FALSE 0.190 183.000 0.005 1.000   NA
 10386911 10386912 YPZ3_0435 YPZ3_0436     TRUE 0.955 15.000 0.290 1.000 N NA
 10386912 10386913 YPZ3_0436 YPZ3_0437     TRUE 0.990 -3.000 0.259 NA   NA
 10386913 10386914 YPZ3_0437 YPZ3_0438     FALSE 0.041 375.000 0.000 NA   NA
 10386915 10386916 YPZ3_0439 YPZ3_0440     FALSE 0.240 236.000 0.167 1.000 N NA
 10386922 10386923 YPZ3_0446 YPZ3_0447 thrA thrB TRUE 0.987 3.000 0.133 1.000 Y NA
 10386923 10386924 YPZ3_0447 YPZ3_0448 thrB thrC TRUE 0.992 4.000 0.233 1.000 Y NA
 10386926 10386927 YPZ3_0450 YPZ3_0451 talB mogA FALSE 0.018 288.000 0.042 1.000 N NA
 10386927 10386928 YPZ3_0451 YPZ3_0452 mogA   FALSE 0.077 128.000 0.039 1.000 N NA
 10386929 10386930 YPZ3_0453 YPZ3_0454     FALSE 0.102 289.000 0.000 NA   NA
 10386931 10386932 YPZ3_0455 YPZ3_0456 dnaK dnaJ TRUE 0.961 112.000 0.236 0.003 Y NA
 10386932 10386933 YPZ3_0456 YPZ3_0457 dnaJ nhaA FALSE 0.007 243.000 0.022 1.000 N NA
 10386933 10386934 YPZ3_0457 YPZ3_0458 nhaA nhaR TRUE 0.671 130.000 0.292 1.000 N NA
 10386934 10386935 YPZ3_0458 YPZ3_0459 nhaR   FALSE 0.005 860.000 0.000 1.000   NA
 10386935 10386936 YPZ3_0459 YPZ3_0460     TRUE 0.926 47.000 0.014 0.001   NA
 10386936 10386937 YPZ3_0460 YPZ3_0461   ileS TRUE 0.946 32.000 0.254 1.000   NA
 10386937 10386938 YPZ3_0461 YPZ3_0462 ileS lspA TRUE 0.730 0.000 0.045 1.000 N NA
 10386938 10386939 YPZ3_0462 YPZ3_0463 lspA slpA TRUE 0.964 -7.000 0.154 1.000 N NA
 10386939 10386940 YPZ3_0463 YPZ3_0464 slpA lytB TRUE 0.996 -19.000 0.626 1.000 N NA
 10386940 10386941 YPZ3_0464 YPZ3_0465 lytB   FALSE 0.008 331.000 0.000 1.000 N NA
 10386941 10386942 YPZ3_0465 YPZ3_0466   dapB FALSE 0.003 453.000 0.000 1.000 N NA
 10386942 10386943 YPZ3_0466 YPZ3_0467 dapB carA FALSE 0.068 473.000 0.034 1.000 Y NA
 10386943 10386944 YPZ3_0467 YPZ3_0468 carA carB TRUE 0.997 16.000 0.345 0.001 Y NA
 10386946 10386947 YPZ3_0470 YPZ3_0471     TRUE 0.998 -3.000 0.704 NA   NA
 10386947 10386948 YPZ3_0471 YPZ3_0472   folA TRUE 0.514 150.000 0.104 NA   NA
 10386948 10386949 YPZ3_0472 YPZ3_0473 folA   FALSE 0.054 161.000 0.000 1.000 N NA
 10386949 10386950 YPZ3_0473 YPZ3_0474     FALSE 0.005 883.000 0.000 NA   NA
 10386951 10386952 YPZ3_0475 YPZ3_0476 apaH apaG TRUE 0.949 17.000 0.267 NA N NA
 10386952 10386953 YPZ3_0476 YPZ3_0477 apaG ksgA TRUE 0.797 14.000 0.078 NA N NA
 10386953 10386954 YPZ3_0477 YPZ3_0478 ksgA pdxA TRUE 0.974 -7.000 0.197 1.000 N NA
 10386954 10386955 YPZ3_0478 YPZ3_0479 pdxA surA TRUE 0.995 -16.000 0.561 1.000 N NA
 10386955 10386956 YPZ3_0479 YPZ3_0480 surA imp TRUE 0.722 68.000 0.182 1.000 N NA
 10386958 10386959 YPZ3_0482 YPZ3_0483 rluA   FALSE 0.004 1223.000 0.000 NA   NA
 10386960 10386961 YPZ3_0484 YPZ3_0485     TRUE 0.997 11.000 1.000 NA   NA
 10386961 10386962 YPZ3_0485 YPZ3_0486     TRUE 0.995 9.000 0.700 NA   NA
 10386962 10386963 YPZ3_0486 YPZ3_0487     TRUE 0.858 163.000 0.500 NA   NA
 10386963 10386964 YPZ3_0487 YPZ3_0488     TRUE 0.970 74.000 0.714 NA   NA
 10386964 10386965 YPZ3_0488 YPZ3_0489     TRUE 0.980 33.000 0.533 NA   NA
 10386965 10386966 YPZ3_0489 YPZ3_0490     TRUE 0.962 62.000 0.533 NA   NA
 10386966 10386967 YPZ3_0490 YPZ3_0491     TRUE 0.981 18.000 0.400 NA   NA
 10386967 10386968 YPZ3_0491 YPZ3_0492     TRUE 0.439 104.000 0.000 NA   NA
 10386968 10386969 YPZ3_0492 YPZ3_0493     TRUE 0.875 13.000 0.000 NA   NA
 10386969 10386970 YPZ3_0493 YPZ3_0494     TRUE 0.813 25.000 0.000 NA   NA
 10386970 10386971 YPZ3_0494 YPZ3_0495     TRUE 0.804 26.000 0.000 NA   NA
 10386971 10386972 YPZ3_0495 YPZ3_0496     TRUE 0.953 -7.000 0.000 NA   NA
 10386972 10386973 YPZ3_0496 YPZ3_0497     FALSE 0.038 382.000 0.000 NA   NA
 10386973 10386974 YPZ3_0497 YPZ3_0498     FALSE 0.401 120.000 0.000 NA   NA
 10386974 10386975 YPZ3_0498 YPZ3_0499     TRUE 0.948 -3.000 0.000 NA   NA
 10386975 10386976 YPZ3_0499 YPZ3_0500     TRUE 0.970 62.000 0.615 NA   NA
 10386976 10386977 YPZ3_0500 YPZ3_0501     TRUE 0.995 22.000 1.000 NA   NA
 10386978 10386979 YPZ3_0502 YPZ3_0503     FALSE 0.200 461.000 0.098 0.084 Y NA
 10386981 10386982 YPZ3_0505 YPZ3_0506   cysU TRUE 0.997 -13.000 0.522 0.020 N NA
 10386982 10386983 YPZ3_0506 YPZ3_0507 cysU   TRUE 0.998 -24.000 0.697 0.085 N NA
 10386983 10386984 YPZ3_0507 YPZ3_0508     FALSE 0.012 886.000 0.014 0.085   NA
 10386986 10386987 YPZ3_0510 YPZ3_0511     TRUE 0.982 0.000 0.000 1.000 Y NA
 10386987 10386988 YPZ3_0511 YPZ3_0512   leuD FALSE 0.001 580.000 0.000 1.000 N NA
 10386988 10386989 YPZ3_0512 YPZ3_0513 leuD leuC TRUE 0.997 15.000 0.309 0.001 Y NA
 10386989 10386990 YPZ3_0513 YPZ3_0514 leuC   TRUE 0.998 2.000 0.275 0.001 Y NA
 10386990 10386991 YPZ3_0514 YPZ3_0515   leuA TRUE 0.996 3.000 0.126 0.001 Y NA
 10386991 10386992 YPZ3_0515 YPZ3_0516 leuA   FALSE 0.060 147.000 0.000 1.000 N NA
 10386993 10386994 YPZ3_0517 YPZ3_0518 leuO   FALSE 0.003 576.000 0.050 1.000 N NA
 10386994 10386995 YPZ3_0518 YPZ3_0519     FALSE 0.002 484.000 0.000 1.000 N NA
 10386995 10386996 YPZ3_0519 YPZ3_0520   ilvH TRUE 0.998 3.000 0.371 0.002 Y NA
 10386996 10386997 YPZ3_0520 YPZ3_0521 ilvH   FALSE 0.060 148.000 0.000 1.000 N NA
 10386997 10386998 YPZ3_0521 YPZ3_0522   fruR FALSE 0.002 505.000 0.000 1.000 N NA
 10387000 10387001 YPZ3_0524 YPZ3_0525   mraW TRUE 0.995 3.000 0.635 NA   NA
 10387001 10387002 YPZ3_0525 YPZ3_0526 mraW ftsL TRUE 0.978 -3.000 0.227 1.000 N NA
 10387002 10387003 YPZ3_0526 YPZ3_0527 ftsL ftsI TRUE 0.612 66.000 0.124 1.000 N NA
 10387003 10387004 YPZ3_0527 YPZ3_0528 ftsI murE TRUE 0.989 -13.000 0.059 1.000 Y NA
 10387004 10387005 YPZ3_0528 YPZ3_0529 murE murF TRUE 0.999 -3.000 0.569 0.002 Y NA
 10387005 10387006 YPZ3_0529 YPZ3_0530 murF mraY TRUE 0.999 -6.000 0.309 0.005 Y NA
 10387006 10387007 YPZ3_0530 YPZ3_0531 mraY murD TRUE 0.999 3.000 0.647 0.005 Y NA
 10387007 10387008 YPZ3_0531 YPZ3_0532 murD ftsW TRUE 0.994 0.000 0.297 0.003 N NA
 10387008 10387009 YPZ3_0532 YPZ3_0533 ftsW murG TRUE 0.995 -3.000 0.647 1.000 N NA
 10387009 10387010 YPZ3_0533 YPZ3_0534 murG   TRUE 0.914 111.000 0.283 1.000 Y NA
 10387010 10387011 YPZ3_0534 YPZ3_0535   ddl TRUE 0.998 -7.000 0.153 0.005 Y NA
 10387011 10387012 YPZ3_0535 YPZ3_0536 ddl ftsQ TRUE 0.996 2.000 0.372 NA Y NA
 10387012 10387013 YPZ3_0536 YPZ3_0537 ftsQ   TRUE 0.836 93.000 0.389 NA N NA
 10387013 10387014 YPZ3_0537 YPZ3_0538   ftsZ TRUE 0.973 73.000 0.460 1.000 Y NA
 10387014 10387015 YPZ3_0538 YPZ3_0539 ftsZ lpxC TRUE 0.541 85.000 0.134 1.000 N NA
 10387017 10387018 YPZ3_0541 YPZ3_0542   secA TRUE 0.613 78.000 0.065 1.000   NA
 10387018 10387019 YPZ3_0542 YPZ3_0543 secA   FALSE 0.003 295.000 0.003 1.000 N NA
 10387020 10387021 YPZ3_0544 YPZ3_0545     TRUE 0.982 0.000 0.000 1.000 Y NA
 10387021 10387022 YPZ3_0545 YPZ3_0546     FALSE 0.112 279.000 0.000 NA   NA
 10387022 10387023 YPZ3_0546 YPZ3_0547     FALSE 0.012 585.000 0.000 NA   NA
 10387023 10387024 YPZ3_0547 YPZ3_0548     TRUE 0.976 3.000 0.185 NA   NA
 10387024 10387025 YPZ3_0548 YPZ3_0549     TRUE 0.899 155.000 0.609 NA   NA
 10387025 10387026 YPZ3_0549 YPZ3_0550     TRUE 0.841 226.000 0.684 NA   NA
 10387026 10387027 YPZ3_0550 YPZ3_0551     TRUE 0.976 -3.000 0.118 NA   NA
 10387027 10387028 YPZ3_0551 YPZ3_0552     FALSE 0.113 278.000 0.000 NA   NA
 10387028 10387029 YPZ3_0552 YPZ3_0553   exuR FALSE 0.241 201.000 0.000 NA   NA
 10387029 10387030 YPZ3_0553 YPZ3_0554 exuR exuT TRUE 0.482 263.000 0.433 1.000 N NA
 10387031 10387032 YPZ3_0555 YPZ3_0556 uxaC uxaB TRUE 0.642 199.000 0.095 1.000 Y NA
 10387032 10387033 YPZ3_0556 YPZ3_0557 uxaB uxaA TRUE 0.981 11.000 0.126 1.000 Y NA
 10387033 10387034 YPZ3_0557 YPZ3_0558 uxaA   TRUE 0.558 153.000 0.126 NA   NA
 10387035 10387036 YPZ3_0559 YPZ3_0560   sstT FALSE 0.059 150.000 0.000 1.000 N NA
 10387036 10387037 YPZ3_0560 YPZ3_0561 sstT   FALSE 0.010 586.000 0.000 1.000   NA
 10387037 10387038 YPZ3_0561 YPZ3_0562     FALSE 0.315 203.000 0.072 NA   NA
 10387038 10387039 YPZ3_0562 YPZ3_0563     FALSE 0.174 239.000 0.000 NA   NA
 10387041 10387042 YPZ3_0565 YPZ3_0566 fadH   FALSE 0.194 213.000 0.000 1.000   NA
 10387042 10387043 YPZ3_0566 YPZ3_0567     FALSE 0.030 391.000 0.000 1.000   NA
 10387043 10387044 YPZ3_0567 YPZ3_0568     TRUE 0.974 32.000 0.452 1.000   NA
 10387044 10387045 YPZ3_0568 YPZ3_0569     TRUE 0.983 56.000 0.789 NA   NA
 10387045 10387046 YPZ3_0569 YPZ3_0570     TRUE 0.954 102.000 0.750 NA   NA
 10387046 10387047 YPZ3_0570 YPZ3_0571   terX TRUE 0.934 23.000 0.164 NA   NA
 10387047 10387048 YPZ3_0571 YPZ3_0572 terX terY TRUE 0.929 33.000 0.200 NA   NA
 10387049 10387050 YPZ3_0573 YPZ3_0574     TRUE 0.915 45.000 0.000 NA Y NA
 10387050 10387051 YPZ3_0574 YPZ3_0575     FALSE 0.004 1268.000 0.000 NA   NA
 10387052 10387053 YPZ3_0576 YPZ3_0577 yapF   TRUE 0.653 60.000 0.000 NA   NA
 10387053 10387054 YPZ3_0577 YPZ3_0578     TRUE 0.955 -31.000 0.000 NA   NA
 10387054 10387055 YPZ3_0578 YPZ3_0579     FALSE 0.389 102.000 0.016 NA   NA
 10387056 10387057 YPZ3_0580 YPZ3_0581     TRUE 0.649 149.000 0.030 1.000 Y NA
 10387057 10387058 YPZ3_0581 YPZ3_0582     FALSE 0.249 109.000 0.073 1.000 N NA
 10387058 10387059 YPZ3_0582 YPZ3_0583     FALSE 0.239 149.000 0.089 1.000 N NA
 10387059 10387060 YPZ3_0583 YPZ3_0584     TRUE 0.996 54.000 0.733 0.066 Y NA
 10387060 10387061 YPZ3_0584 YPZ3_0585     TRUE 0.994 0.000 0.105 0.066 Y NA
 10387061 10387062 YPZ3_0585 YPZ3_0586     TRUE 0.994 -3.000 0.375 NA   NA
 10387062 10387063 YPZ3_0586 YPZ3_0587     TRUE 0.954 51.000 0.375 NA   NA
 10387064 10387065 YPZ3_0588 YPZ3_0589     TRUE 0.919 170.000 0.750 NA   NA
 10387065 10387066 YPZ3_0589 YPZ3_0590     TRUE 0.999 -16.000 0.889 NA   NA
 10387067 10387068 YPZ3_0591 YPZ3_0592     FALSE 0.246 276.000 0.222 NA N NA
 10387068 10387069 YPZ3_0592 YPZ3_0593     TRUE 0.875 13.000 0.000 NA   NA
 10387069 10387070 YPZ3_0593 YPZ3_0594     FALSE 0.368 134.000 0.000 NA   NA
 10387070 10387071 YPZ3_0594 YPZ3_0595     TRUE 0.857 16.000 0.000 NA   NA
 10387071 10387072 YPZ3_0595 YPZ3_0596     FALSE 0.318 285.000 0.000 NA Y NA
 10387073 10387074 YPZ3_0597 YPZ3_0598     FALSE 0.136 260.000 0.000 NA   NA
 10387075 10387076 YPZ3_0599 YPZ3_0600     FALSE 0.003 2036.000 0.000 NA   NA
 10387076 10387077 YPZ3_0600 YPZ3_0601     TRUE 0.895 9.000 0.000 NA   NA
 10387077 10387078 YPZ3_0601 YPZ3_0602     TRUE 0.799 27.000 0.000 NA   NA
 10387078 10387079 YPZ3_0602 YPZ3_0603     FALSE 0.106 285.000 0.000 NA   NA
 10387080 10387081 YPZ3_t5 YPZ3_0604     FALSE 0.249 196.000 0.000 NA   NA
 10387081 10387082 YPZ3_0604 YPZ3_0605     TRUE 0.637 158.000 0.299 1.000 N NA
 10387085 10387086 YPZ3_0608 YPZ3_0609 folB uppP FALSE 0.122 274.000 0.128 1.000 N NA
 10387087 10387088 YPZ3_0610 YPZ3_0611 cca   FALSE 0.298 160.000 0.106 NA N NA
 10387089 10387090 YPZ3_0612 YPZ3_0613   glnE FALSE 0.318 171.000 0.053 1.000   NA
 10387090 10387091 YPZ3_0613 YPZ3_0614 glnE rfaE FALSE 0.233 135.000 0.083 1.000 N NA
 10387091 10387092 YPZ3_0614 YPZ3_0615 rfaE asoB FALSE 0.093 37.000 0.012 1.000 N NA
 10387092 10387093 YPZ3_0615 YPZ3_0616 asoB ribB FALSE 0.000 1175.000 0.000 1.000 N NA
 10387093 10387094 YPZ3_0616 YPZ3_0617 ribB   FALSE 0.022 459.000 0.048 1.000   NA
 10387095 10387096 YPZ3_0618 YPZ3_0619     TRUE 0.994 10.000 0.632 NA   NA
 10387096 10387097 YPZ3_0619 YPZ3_0620     TRUE 0.530 301.000 0.480 NA   NA
 10387098 10387099 YPZ3_0621 YPZ3_0622     TRUE 0.973 34.000 0.443 NA   NA
 10387099 10387100 YPZ3_0622 YPZ3_0623   icc TRUE 0.924 82.000 0.433 NA   NA
 10387100 10387101 YPZ3_0623 YPZ3_0624 icc   TRUE 0.993 0.000 0.427 NA   NA
 10387101 10387102 YPZ3_0624 YPZ3_0625   parE TRUE 0.776 102.000 0.217 NA   NA
 10387102 10387103 YPZ3_0625 YPZ3_0626 parE   FALSE 0.254 4.000 0.022 1.000 N NA
 10387105 10387106 YPZ3_0628 YPZ3_0629 parC   FALSE 0.005 427.000 0.043 1.000 N NA
 10387106 10387107 YPZ3_0629 YPZ3_0630   sufI FALSE 0.344 179.000 0.154 1.000 N NA
 10387107 10387108 YPZ3_0630 YPZ3_0631 sufI   FALSE 0.061 308.000 0.025 1.000   NA
 10387108 10387109 YPZ3_0631 YPZ3_0632     TRUE 0.934 -3.000 0.012 NA   NA
 10387110 10387111 YPZ3_0633 YPZ3_0634     FALSE 0.024 419.000 0.000 1.000   NA
 10387113 10387114 YPZ3_0636 YPZ3_0637   metC TRUE 0.592 193.000 0.212 NA   NA
 10387115 10387116 YPZ3_0638 YPZ3_0639     TRUE 0.999 4.000 0.810 0.084 Y NA
 10387117 10387118 YPZ3_0640 YPZ3_0641     TRUE 0.982 25.000 0.500 NA   NA
 10387118 10387119 YPZ3_0641 YPZ3_0642     TRUE 0.955 -16.000 0.000 NA   NA
 10387119 10387120 YPZ3_0642 YPZ3_0643     TRUE 0.983 0.000 0.000 NA Y NA
 10387120 10387121 YPZ3_0643 YPZ3_0644     TRUE 0.997 -16.000 0.273 NA Y NA
 10387121 10387122 YPZ3_0644 YPZ3_0645     TRUE 0.999 -3.000 0.909 NA Y NA
 10387122 10387123 YPZ3_0645 YPZ3_0646     TRUE 0.999 -3.000 0.800 NA Y NA
 10387123 10387124 YPZ3_0646 YPZ3_0647     TRUE 0.992 54.000 0.727 NA Y NA
 10387124 10387125 YPZ3_0647 YPZ3_0648     FALSE 0.258 298.000 0.182 NA   NA
 10387125 10387126 YPZ3_0648 YPZ3_0649     TRUE 0.864 15.000 0.000 NA   NA
 10387126 10387127 YPZ3_0649 YPZ3_0650     TRUE 0.999 -3.000 0.889 NA   NA
 10387127 10387128 YPZ3_0650 YPZ3_0651     TRUE 0.913 52.000 0.222 NA   NA
 10387129 10387130 YPZ3_0652 YPZ3_0653     TRUE 0.738 202.000 0.000 0.033 Y NA
 10387130 10387131 YPZ3_0653 YPZ3_0654     FALSE 0.006 353.000 0.000 1.000 N NA
 10387131 10387132 YPZ3_0654 YPZ3_0655     TRUE 0.952 18.000 0.000 1.000 Y NA
 10387132 10387133 YPZ3_0655 YPZ3_0656     TRUE 0.940 25.000 0.000 1.000 Y NA
 10387136 10387137 YPZ3_0659 YPZ3_0660     TRUE 0.969 8.000 0.000 0.014   NA
 10387137 10387138 YPZ3_0660 YPZ3_0661   flhB TRUE 0.997 -10.000 0.333 0.014   NA
 10387138 10387139 YPZ3_0661 YPZ3_0662 flhB fliR TRUE 0.999 0.000 1.000 1.000 Y NA
 10387139 10387140 YPZ3_0662 YPZ3_0663 fliR fliP FALSE 0.325 275.000 0.000 1.000 Y NA
 10387140 10387141 YPZ3_0663 YPZ3_0664 fliP fliN TRUE 0.997 -3.000 0.368 1.000 Y NA
 10387141 10387142 YPZ3_0664 YPZ3_0665 fliN   TRUE 0.980 -7.000 0.123 NA   NA
 10387143 10387144 YPZ3_0666 YPZ3_0667   fliE TRUE 0.982 17.000 0.576 1.000 N NA
 10387144 10387145 YPZ3_0667 YPZ3_0668 fliE fliF TRUE 0.999 10.000 1.000 0.012 Y NA
 10387145 10387146 YPZ3_0668 YPZ3_0669 fliF   TRUE 1.000 -28.000 0.970 0.012 Y NA
 10387146 10387147 YPZ3_0669 YPZ3_0670   fliH TRUE 0.999 2.000 0.789 NA Y NA
 10387147 10387148 YPZ3_0670 YPZ3_0671 fliH fliI TRUE 0.999 -7.000 0.816 NA Y NA
 10387148 10387149 YPZ3_0671 YPZ3_0672 fliI   TRUE 0.898 4.000 0.035 1.000   NA
 10387150 10387151 YPZ3_0673 YPZ3_0674     FALSE 0.013 502.000 0.014 NA   NA
 10387152 10387153 YPZ3_0675 YPZ3_0676 flgB flgC TRUE 1.000 3.000 0.972 0.007 Y NA
 10387153 10387154 YPZ3_0676 YPZ3_0677 flgC flgD TRUE 0.999 3.000 0.914 NA Y NA
 10387154 10387155 YPZ3_0677 YPZ3_0678 flgD flgE TRUE 0.995 55.000 0.970 NA Y NA
 10387157 10387158 YPZ3_0680 YPZ3_0681   flgG TRUE 0.993 68.000 0.971 1.000 Y NA
 10387158 10387159 YPZ3_0681 YPZ3_0682 flgG flgH TRUE 0.998 35.000 0.941 0.012 Y NA
 10387159 10387160 YPZ3_0682 YPZ3_0683 flgH flgI TRUE 0.988 170.000 0.912 0.014 Y NA
 10387160 10387161 YPZ3_0683 YPZ3_0684 flgI flgK FALSE 0.042 594.000 0.000 0.008   NA
 10387161 10387162 YPZ3_0684 YPZ3_0685 flgK flgL TRUE 0.994 29.000 0.576 0.002   NA
 10387162 10387163 YPZ3_0685 YPZ3_0686 flgL   TRUE 0.993 12.000 0.667 NA   NA
 10387164 10387165 YPZ3_0687 YPZ3_0688     TRUE 0.998 -19.000 0.714 NA   NA
 10387166 10387167 YPZ3_0689 YPZ3_0690 flaA1 flaA2 FALSE 0.170 515.000 0.000 0.002 Y NA
 10387167 10387168 YPZ3_0690 YPZ3_0691 flaA2 flaA3 TRUE 0.605 283.000 0.000 0.002 Y NA
 10387168 10387169 YPZ3_0691 YPZ3_0692 flaA3 fliD TRUE 0.482 220.000 0.000 1.000 Y NA
 10387169 10387170 YPZ3_0692 YPZ3_0693 fliD fliS TRUE 0.999 10.000 0.865 0.004 Y NA
 10387170 10387171 YPZ3_0693 YPZ3_0694 fliS   TRUE 0.938 2.000 0.054 NA   NA
 10387171 10387172 YPZ3_0694 YPZ3_0695     TRUE 0.943 2.000 0.062 NA   NA
 10387172 10387173 YPZ3_0695 YPZ3_0696     TRUE 0.948 39.000 0.296 1.000   NA
 10387173 10387174 YPZ3_0696 YPZ3_0697   fliA TRUE 0.985 6.000 0.333 1.000   NA
 10387174 10387175 YPZ3_0697 YPZ3_0698 fliA motA TRUE 0.978 16.000 0.500 1.000 N NA
 10387175 10387176 YPZ3_0698 YPZ3_0699 motA motB TRUE 0.999 0.000 0.846 1.000 Y NA
 10387176 10387177 YPZ3_0699 YPZ3_0700 motB   FALSE 0.022 460.000 0.000 NA   NA
 10387177 10387178 YPZ3_0700 YPZ3_0701     TRUE 0.948 -3.000 0.000 NA   NA
 10387178 10387179 YPZ3_0701 YPZ3_0702     FALSE 0.003 2129.000 0.000 NA   NA
 10387179 10387180 YPZ3_0702 YPZ3_0703     TRUE 0.948 54.000 0.167 1.000 Y NA
 10387182 10387183 YPZ3_0705 YPZ3_0706     TRUE 0.993 13.000 0.842 1.000 N NA
 10387185 10387186 YPZ3_0708 YPZ3_0709   yapH FALSE 0.005 854.000 0.000 NA   NA
 10387187 10387188 YPZ3_0710 YPZ3_0711     FALSE 0.038 596.000 0.000 0.013   NA
 10387188 10387189 YPZ3_0711 YPZ3_0712     TRUE 0.512 208.000 0.000 0.013   NA
 10387190 10387191 YPZ3_0713 YPZ3_0714     TRUE 0.468 78.000 0.089 NA N NA
 10387191 10387192 YPZ3_0714 YPZ3_0715     FALSE 0.004 388.000 0.000 1.000 N NA
 10387192 10387193 YPZ3_0715 YPZ3_0716     FALSE 0.059 151.000 0.000 1.000 N NA
 10387193 10387194 YPZ3_0716 YPZ3_0717     TRUE 0.985 -3.000 0.000 0.014   NA
 10387194 10387195 YPZ3_0717 YPZ3_0718     TRUE 0.854 14.000 0.000 1.000   NA
 10387195 10387196 YPZ3_0718 YPZ3_0719     TRUE 0.982 0.000 0.000 1.000 Y NA
 10387196 10387197 YPZ3_0719 YPZ3_0720   irp2 FALSE 0.033 208.000 0.000 1.000 N NA
 10387197 10387198 YPZ3_0720 YPZ3_0721 irp2   TRUE 0.979 8.000 0.000 0.001   NA
 10387198 10387199 YPZ3_0721 YPZ3_0722     TRUE 0.974 13.000 0.000 0.001   NA
 10387199 10387200 YPZ3_0722 YPZ3_0723     TRUE 0.948 -3.000 0.000 NA   NA
 10387200 10387201 YPZ3_0723 YPZ3_0724     TRUE 0.948 -3.000 0.000 NA   NA
 10387201 10387202 YPZ3_0724 YPZ3_0725     TRUE 0.990 -7.000 0.074 1.000 Y NA
 10387202 10387203 YPZ3_0725 YPZ3_0726     TRUE 0.954 -10.000 0.000 NA   NA
 10387203 10387204 YPZ3_0726 YPZ3_0727     TRUE 0.936 0.000 0.000 NA   NA
 10387204 10387205 YPZ3_0727 YPZ3_0728     TRUE 0.995 -7.000 0.000 0.007 Y NA
 10387206 10387207 YPZ3_0729 YPZ3_0730     FALSE 0.025 436.000 0.000 NA   NA
 10387208 10387209 YPZ3_0731 YPZ3_0732 gntP   FALSE 0.004 1226.000 0.000 NA   NA
 10387209 10387210 YPZ3_0732 YPZ3_0733     FALSE 0.409 117.000 0.000 NA   NA
 10387210 10387211 YPZ3_0733 YPZ3_0734     FALSE 0.083 656.000 0.000 0.010 Y NA
 10387211 10387212 YPZ3_0734 YPZ3_0735     FALSE 0.011 586.000 0.000 NA   NA
 10387212 10387213 YPZ3_0735 YPZ3_0736     TRUE 0.804 26.000 0.000 NA   NA
 10387213 10387214 YPZ3_0736 YPZ3_0737     TRUE 0.870 14.000 0.000 NA   NA
 10387214 10387215 YPZ3_0737 YPZ3_0738     FALSE 0.004 1061.000 0.000 NA   NA
 10387216 10387217 YPZ3_0739 YPZ3_0740   cytR FALSE 0.014 282.000 0.000 1.000 N NA
 10387217 10387218 YPZ3_0740 YPZ3_0741 cytR   FALSE 0.000 1347.000 0.000 1.000 N NA
 10387218 10387219 YPZ3_0741 YPZ3_0742     TRUE 0.948 54.000 0.167 1.000 Y NA
 10387221 10387222 YPZ3_0744 YPZ3_0745 iutA iucD TRUE 0.499 72.000 0.100 1.000 N NA
 10387222 10387223 YPZ3_0745 YPZ3_0746 iucD iucC TRUE 0.998 -3.000 0.417 1.000 Y NA
 10387223 10387224 YPZ3_0746 YPZ3_0747 iucC iucB TRUE 0.989 -3.000 0.250 1.000   NA
 10387224 10387225 YPZ3_0747 YPZ3_0748 iucB iucA2 TRUE 0.997 -16.000 0.609 1.000   NA
 10387225 10387226 YPZ3_0748 YPZ3_0749 iucA2 iucA1 TRUE 0.833 93.000 0.000 0.001   NA
 10387228 10387229 YPZ3_0751 YPZ3_0752     FALSE 0.035 377.000 0.000 1.000   NA
 10387232 10387233 YPZ3_0755 YPZ3_0756     FALSE 0.003 3122.000 0.000 NA   NA
 10387233 10387234 YPZ3_0756 YPZ3_0757     TRUE 0.714 49.000 0.000 NA   NA
 10387234 10387235 YPZ3_0757 YPZ3_0758     FALSE 0.409 117.000 0.000 NA   NA
 10387235 10387236 YPZ3_0758 YPZ3_0759     TRUE 0.998 -3.000 0.750 NA   NA
 10387236 10387237 YPZ3_0759 YPZ3_0760     TRUE 0.936 0.000 0.000 NA   NA
 10387237 10387238 YPZ3_0760 YPZ3_0761     TRUE 0.911 4.000 0.000 NA   NA
 10387238 10387239 YPZ3_0761 YPZ3_0762     FALSE 0.058 388.000 0.083 NA   NA
 10387239 10387240 YPZ3_0762 YPZ3_0763     TRUE 0.964 3.000 0.125 NA   NA
 10387240 10387241 YPZ3_0763 YPZ3_0764     TRUE 0.983 16.000 0.400 NA   NA
 10387241 10387242 YPZ3_0764 YPZ3_0765     TRUE 0.954 -13.000 0.000 NA   NA
 10387242 10387243 YPZ3_0765 YPZ3_0766   insB FALSE 0.025 437.000 0.000 NA   NA
 10387243 10387244 YPZ3_0766 YPZ3_0767 insB   FALSE 0.010 608.000 0.000 NA   NA
 10387246 10387247 YPZ3_0768 YPZ3_0769 speC   FALSE 0.003 556.000 0.000 NA N NA
 10387247 10387248 YPZ3_0769 YPZ3_0770   mglA TRUE 0.990 46.000 0.545 NA Y NA
 10387248 10387249 YPZ3_0770 YPZ3_0771 mglA   TRUE 0.995 33.000 0.727 1.000 Y NA
 10387250 10387251 YPZ3_0772 YPZ3_0773     TRUE 0.842 104.000 0.128 1.000 Y NA
 10387251 10387252 YPZ3_0773 YPZ3_0774     FALSE 0.018 300.000 0.000 NA N NA
 10387252 10387253 YPZ3_0774 YPZ3_0775     FALSE 0.002 633.000 0.000 NA N NA
 10387254 10387255 YPZ3_0776 YPZ3_0777     TRUE 0.963 0.000 0.092 NA   NA
 10387255 10387256 YPZ3_0777 YPZ3_0778     TRUE 0.631 111.000 0.123 NA   NA
 10387256 10387257 YPZ3_0778 YPZ3_0779     TRUE 0.486 112.000 0.059 NA   NA
 10387257 10387258 YPZ3_0779 YPZ3_0780     FALSE 0.007 703.000 0.000 NA   NA
 10387259 10387260 YPZ3_0781 YPZ3_0782     TRUE 0.978 -7.000 0.218 1.000 N NA
 10387260 10387261 YPZ3_0782 YPZ3_0783     TRUE 0.791 22.000 0.016 NA   NA
 10387261 10387262 YPZ3_0783 YPZ3_0784     TRUE 0.972 -15.000 0.081 NA   NA
 10387262 10387263 YPZ3_0784 YPZ3_0785   proC FALSE 0.203 288.000 0.117 NA   NA
 10387263 10387264 YPZ3_0785 YPZ3_0786 proC   TRUE 0.583 133.000 0.125 NA   NA
 10387266 10387267 YPZ3_0788 YPZ3_0789     TRUE 0.945 4.000 0.095 1.000   NA
 10387267 10387268 YPZ3_0789 YPZ3_0790     FALSE 0.194 180.000 0.004 1.000   NA
 10387268 10387269 YPZ3_0790 YPZ3_0791     TRUE 0.979 0.000 0.263 NA N NA
 10387269 10387270 YPZ3_0791 YPZ3_0792   gshB FALSE 0.417 116.000 0.120 NA N NA
 10387270 10387271 YPZ3_0792 YPZ3_0793 gshB   TRUE 0.932 26.000 0.173 NA   NA
 10387271 10387272 YPZ3_0793 YPZ3_0794   endA FALSE 0.410 252.000 0.201 NA   NA
 10387272 10387273 YPZ3_0794 YPZ3_0795 endA sprT TRUE 0.777 98.000 0.210 NA   NA
 10387273 10387274 YPZ3_0795 YPZ3_0796 sprT metK FALSE 0.338 142.000 0.030 NA   NA
 10387275 10387276 YPZ3_0797 YPZ3_0798 speA   FALSE 0.016 160.000 0.006 NA N NA
 10387278 10387279 YPZ3_0800 YPZ3_0801 tktA   FALSE 0.019 257.000 0.000 1.000 N NA
 10387279 10387280 YPZ3_0801 YPZ3_0802   epd FALSE 0.007 341.000 0.000 1.000 N NA
 10387280 10387281 YPZ3_0802 YPZ3_0803 epd pgk TRUE 0.915 103.000 0.070 0.006 Y NA
 10387281 10387282 YPZ3_0803 YPZ3_0804 pgk fbaA TRUE 0.893 120.000 0.056 0.006 Y NA
 10387282 10387283 YPZ3_0804 YPZ3_0805 fbaA   FALSE 0.005 438.000 0.038 NA N NA
 10387283 10387284 YPZ3_0805 YPZ3_0806     FALSE 0.150 263.000 0.049 NA   NA
 10387284 10387285 YPZ3_0806 YPZ3_0807     FALSE 0.361 190.000 0.075 NA   NA
 10387287 10387288 YPZ3_0809 YPZ3_0810 rpiA serA FALSE 0.006 307.000 0.029 1.000 N NA
 10387289 10387290 YPZ3_0811 YPZ3_0812     FALSE 0.044 364.000 0.034 NA   NA
 10387291 10387292 YPZ3_0813 YPZ3_0814   pepP TRUE 0.605 88.000 0.073 NA   NA
 10387292 10387293 YPZ3_0814 YPZ3_0815 pepP ubiH FALSE 0.233 69.000 0.047 1.000 N NA
 10387293 10387294 YPZ3_0815 YPZ3_0816 ubiH visC TRUE 0.973 173.000 0.474 0.001 Y NA
 10387294 10387295 YPZ3_0816 YPZ3_0817 visC gcvT FALSE 0.000 721.000 0.004 1.000 N NA
 10387295 10387296 YPZ3_0817 YPZ3_0818 gcvT gcsH TRUE 0.988 69.000 0.317 0.001 Y NA
 10387296 10387297 YPZ3_0818 YPZ3_0819 gcsH gcvP TRUE 0.778 212.000 0.249 1.000 Y NA
 10387297 10387298 YPZ3_0819 YPZ3_0820 gcvP   FALSE 0.039 378.000 0.000 NA   NA
 10387298 10387299 YPZ3_0820 YPZ3_0821     FALSE 0.004 1210.000 0.000 NA   NA
 10387299 10387300 YPZ3_0821 YPZ3_0822     TRUE 0.439 104.000 0.000 NA   NA
 10387300 10387301 YPZ3_0822 YPZ3_0823     FALSE 0.238 202.000 0.000 NA   NA
 10387301 10387302 YPZ3_0823 YPZ3_0824     FALSE 0.138 258.000 0.000 NA   NA
 10387304 10387305 YPZ3_0826 YPZ3_0827     TRUE 0.945 0.000 0.051 NA   NA
 10387305 10387306 YPZ3_0827 YPZ3_0828   creC TRUE 0.996 25.000 0.776 1.000 Y NA
 10387306 10387307 YPZ3_0828 YPZ3_0829 creC   TRUE 0.727 121.000 0.311 NA N NA
 10387309 10387310 YPZ3_0831 YPZ3_0832 xerD dsbC TRUE 0.639 31.000 0.079 1.000 N NA
 10387310 10387311 YPZ3_0832 YPZ3_0833 dsbC recJ TRUE 0.823 7.000 0.082 1.000 N NA
 10387311 10387312 YPZ3_0833 YPZ3_0834 recJ prfB FALSE 0.003 345.000 0.028 1.000 N NA
 10387312 10387313 YPZ3_0834 YPZ3_0835 prfB lysS TRUE 0.993 10.000 0.162 0.048 Y NA
 10387313 10387314 YPZ3_0835 YPZ3_t7 lysS   FALSE 0.256 194.000 0.000 NA   NA
 10387314 10387315 YPZ3_t7 YPZ3_0836   int FALSE 0.314 166.000 0.000 NA   NA
 10387315 10387316 YPZ3_0836 YPZ3_0837 int   FALSE 0.003 1188.000 0.000 1.000   NA
 10387316 10387317 YPZ3_0837 YPZ3_0838     FALSE 0.069 460.000 0.000 0.029   NA
 10387320 10387321 YPZ3_0841 YPZ3_0842     FALSE 0.143 255.000 0.000 NA   NA
 10387322 10387323 YPZ3_0843 YPZ3_0844     FALSE 0.015 507.000 0.000 1.000   NA
 10387323 10387324 YPZ3_0844 YPZ3_0845     FALSE 0.003 1508.000 0.000 NA   NA
 10387324 10387325 YPZ3_0845 YPZ3_0846     TRUE 0.995 -30.000 0.429 NA   NA
 10387325 10387326 YPZ3_0846 YPZ3_0847     FALSE 0.010 605.000 0.000 NA   NA
 10387326 10387327 YPZ3_0847 YPZ3_0848     FALSE 0.209 217.000 0.000 NA   NA
 10387328 10387329 YPZ3_0849 YPZ3_0850     TRUE 0.953 0.000 0.065 NA   NA
 10387329 10387330 YPZ3_0850 YPZ3_0851     FALSE 0.027 424.000 0.000 NA   NA
 10387330 10387331 YPZ3_0851 YPZ3_0852     FALSE 0.040 376.000 0.000 NA   NA
 10387331 10387332 YPZ3_0852 YPZ3_0853     FALSE 0.006 779.000 0.000 NA   NA
 10387332 10387333 YPZ3_0853 YPZ3_0854     FALSE 0.229 435.000 0.217 NA Y NA
 10387333 10387334 YPZ3_0854 YPZ3_0855     TRUE 0.933 72.000 0.200 1.000 Y NA
 10387334 10387335 YPZ3_0855 YPZ3_0856     FALSE 0.048 549.000 0.000 1.000 Y NA
 10387336 10387337 YPZ3_0857 YPZ3_0858     TRUE 0.970 160.000 0.815 1.000 Y NA
 10387337 10387338 YPZ3_0858 YPZ3_0859     TRUE 0.999 12.000 0.885 0.064 Y NA
 10387338 10387339 YPZ3_0859 YPZ3_0860     TRUE 0.994 5.000 0.308 1.000 Y NA
 10387339 10387340 YPZ3_0860 YPZ3_0861   bgaB TRUE 0.984 51.000 0.190 0.004 Y NA
 10387340 10387341 YPZ3_0861 YPZ3_0862 bgaB   TRUE 0.841 112.000 0.143 1.000 Y NA
 10387344 10387345 YPZ3_0865 YPZ3_0866     TRUE 0.911 151.000 0.341 NA Y NA
 10387347 10387348 YPZ3_0868 YPZ3_0869   agaY TRUE 0.927 24.000 0.148 NA   NA
 10387348 10387349 YPZ3_0869 YPZ3_0870 agaY   TRUE 0.805 109.000 0.261 NA   NA
 10387349 10387350 YPZ3_0870 YPZ3_0871     TRUE 0.942 123.000 0.727 NA   NA
 10387350 10387351 YPZ3_0871 YPZ3_0872     TRUE 0.988 21.000 0.615 1.000   NA
 10387351 10387352 YPZ3_0872 YPZ3_0873     FALSE 0.399 244.000 0.000 0.020   NA
 10387352 10387353 YPZ3_0873 YPZ3_0874   kduD2 TRUE 0.985 16.000 0.462 1.000   NA
 10387353 10387354 YPZ3_0874 YPZ3_0875 kduD2   FALSE 0.038 196.000 0.000 1.000 N NA
 10387354 10387355 YPZ3_0875 YPZ3_0876     TRUE 0.985 3.000 0.104 1.000 Y NA
 10387355 10387356 YPZ3_0876 YPZ3_0877     TRUE 0.994 86.000 0.833 0.009 Y NA
 10387356 10387357 YPZ3_0877 YPZ3_0878     TRUE 1.000 -10.000 0.917 0.009 Y NA
 10387357 10387358 YPZ3_0878 YPZ3_0879   manX TRUE 0.998 47.000 0.909 0.009 Y NA
 10387358 10387359 YPZ3_0879 YPZ3_0880 manX   TRUE 0.873 18.000 0.150 1.000 N NA
 10387359 10387360 YPZ3_0880 YPZ3_0881   agaZ TRUE 0.979 -3.000 0.240 1.000 N NA
 10387360 10387361 YPZ3_0881 YPZ3_0882 agaZ   TRUE 0.981 50.000 0.400 1.000 Y NA
 10387364 10387365 YPZ3_0885 YPZ3_0886     TRUE 0.982 0.000 0.000 1.000 Y NA
 10387366 10387367 YPZ3_0887 YPZ3_0888     TRUE 0.886 109.000 0.444 1.000   NA
 10387367 10387368 YPZ3_0888 YPZ3_0889     TRUE 0.802 115.000 0.286 1.000   NA
 10387369 10387370 YPZ3_0890 YPZ3_0891     FALSE 0.007 743.000 0.000 NA   NA
 10387370 10387371 YPZ3_0891 YPZ3_0892     TRUE 0.900 170.000 0.667 NA   NA
 10387371 10387372 YPZ3_0892 YPZ3_0893     TRUE 0.961 81.000 0.667 NA   NA
 10387372 10387373 YPZ3_0893 YPZ3_0894     TRUE 0.995 -3.000 0.012 0.002 Y NA
 10387373 10387374 YPZ3_0894 YPZ3_0895   hofF TRUE 0.986 142.000 0.653 0.002 Y NA
 10387374 10387375 YPZ3_0895 YPZ3_0896 hofF   TRUE 0.998 20.000 0.599 0.002 Y NA
 10387375 10387376 YPZ3_0896 YPZ3_0897   gspJ FALSE 0.016 1123.000 0.000 NA Y NA
 10387376 10387377 YPZ3_0897 YPZ3_0898 gspJ   TRUE 0.977 69.000 0.461 NA Y NA
 10387377 10387378 YPZ3_0898 YPZ3_0899     TRUE 0.999 -16.000 0.537 0.074 Y NA
 10387378 10387379 YPZ3_0899 YPZ3_0900     FALSE 0.062 487.000 0.000 1.000 Y NA
 10387381 10387382 YPZ3_0902 YPZ3_0903     FALSE 0.002 553.000 0.000 1.000 N NA
 10387383 10387384 YPZ3_0904 YPZ3_0905     TRUE 0.664 113.000 0.157 1.000   NA
 10387385 10387386 YPZ3_0906 YPZ3_0907     FALSE 0.009 369.000 0.000 NA N NA
 10387390 10387391 YPZ3_0911 YPZ3_0912 bisC aas FALSE 0.003 449.000 0.000 1.000 N NA
 10387391 10387392 YPZ3_0912 YPZ3_0913 aas   TRUE 0.977 -3.000 0.124 NA   NA
 10387393 10387394 YPZ3_0914 YPZ3_0915 tas mutH FALSE 0.001 389.000 0.015 1.000 N NA
 10387395 10387396 YPZ3_0916 YPZ3_0917     FALSE 0.149 19.000 0.012 1.000 N NA
 10387396 10387397 YPZ3_0917 YPZ3_0918   lgt FALSE 0.006 251.000 0.003 1.000 N NA
 10387397 10387398 YPZ3_0918 YPZ3_0919 lgt thyA TRUE 0.926 7.000 0.164 1.000 N NA
 10387398 10387399 YPZ3_0919 YPZ3_0920 thyA   FALSE 0.001 719.000 0.000 1.000 N NA
 10387399 10387400 YPZ3_0920 YPZ3_0921     TRUE 0.986 -10.000 0.000 0.020   NA
 10387400 10387401 YPZ3_0921 YPZ3_0922     TRUE 0.996 0.000 0.667 1.000   NA
 10387401 10387402 YPZ3_0922 YPZ3_0923     FALSE 0.042 235.000 0.000 NA N NA
 10387402 10387403 YPZ3_0923 YPZ3_0924     TRUE 0.994 -3.000 0.373 NA   NA
 10387403 10387404 YPZ3_0924 YPZ3_0925     TRUE 0.980 33.000 0.538 NA   NA
 10387404 10387405 YPZ3_0925 YPZ3_0926   recC FALSE 0.249 135.000 0.076 NA N NA
 10387405 10387406 YPZ3_0926 YPZ3_0927 recC ptrA FALSE 0.413 82.000 0.092 1.000 N NA
 10387406 10387407 YPZ3_0927 YPZ3_0928 ptrA   FALSE 0.196 180.000 0.092 1.000 N NA
 10387407 10387408 YPZ3_0928 YPZ3_0929     TRUE 1.000 0.000 0.688 0.001 Y NA
 10387411 10387412 YPZ3_t8 YPZ3_t9     FALSE 0.393 124.000 0.000 NA   NA
 10387413 10387414 YPZ3_0932 YPZ3_0933     FALSE 0.018 143.000 0.021 1.000 N NA
 10387415 10387416 YPZ3_0934 YPZ3_0935     TRUE 0.824 138.000 0.122 0.002   NA
 10387417 10387418 YPZ3_0936 YPZ3_0937 gcvA   FALSE 0.428 166.000 0.081 NA   NA
 10387418 10387419 YPZ3_0937 YPZ3_0938     TRUE 0.983 -7.000 0.144 NA   NA
 10387420 10387421 YPZ3_0939 YPZ3_0940 xni   FALSE 0.351 260.000 0.178 NA   NA
 10387421 10387422 YPZ3_0940 YPZ3_0941     TRUE 0.451 153.000 0.079 NA   NA
 10387423 10387424 YPZ3_0942 YPZ3_0943 syd   FALSE 0.009 639.000 0.000 NA   NA
 10387424 10387425 YPZ3_0943 YPZ3_0944     FALSE 0.146 254.000 0.000 NA   NA
 10387425 10387426 YPZ3_0944 YPZ3_0945     TRUE 0.995 0.000 0.518 NA   NA
 10387426 10387427 YPZ3_0945 YPZ3_0946     TRUE 0.887 28.000 0.209 1.000 N NA
 10387428 10387429 YPZ3_0947 YPZ3_0948   dapD FALSE 0.391 124.000 0.035 NA   NA
 10387429 10387430 YPZ3_0948 YPZ3_0949 dapD   FALSE 0.219 175.000 0.097 1.000 N NA
 10387430 10387431 YPZ3_0949 YPZ3_0950   ampM TRUE 0.832 60.000 0.243 1.000 N NA
 10387432 10387433 YPZ3_0951 YPZ3_0952   tsf TRUE 0.972 128.000 0.748 1.000 Y NA
 10387433 10387434 YPZ3_0952 YPZ3_0953 tsf pyrH TRUE 0.617 209.000 0.416 1.000 N NA
 10387434 10387435 YPZ3_0953 YPZ3_0954 pyrH frr TRUE 0.862 136.000 0.626 1.000 N NA
 10387435 10387436 YPZ3_0954 YPZ3_0955 frr dxr FALSE 0.022 214.000 0.032 1.000 N NA
 10387436 10387437 YPZ3_0955 YPZ3_0956 dxr   FALSE 0.275 290.000 0.025 1.000 Y NA
 10387437 10387438 YPZ3_0956 YPZ3_0957     TRUE 0.984 43.000 0.400 1.000 Y NA
 10387438 10387439 YPZ3_0957 YPZ3_0958     TRUE 0.652 29.000 0.080 1.000 N NA
 10387439 10387440 YPZ3_0958 YPZ3_0959     TRUE 0.969 37.000 0.204 1.000 Y NA
 10387440 10387441 YPZ3_0959 YPZ3_0960   ompH TRUE 0.905 158.000 0.354 1.000 Y NA
 10387441 10387442 YPZ3_0960 YPZ3_0961 ompH lpxD TRUE 0.999 4.000 0.814 1.000 Y NA
 10387442 10387443 YPZ3_0961 YPZ3_0962 lpxD fabZ TRUE 0.895 158.000 0.796 1.000 N NA
 10387443 10387444 YPZ3_0962 YPZ3_0963 fabZ lpxA TRUE 0.995 4.000 0.850 1.000 N NA
 10387444 10387445 YPZ3_0963 YPZ3_0964 lpxA lpxB TRUE 0.994 4.000 0.289 1.000 Y NA
 10387445 10387446 YPZ3_0964 YPZ3_0965 lpxB rnhB TRUE 0.970 -3.000 0.186 1.000 N NA
 10387446 10387447 YPZ3_0965 YPZ3_0966 rnhB dnaE TRUE 0.775 130.000 0.104 1.000 Y NA
 10387447 10387448 YPZ3_0966 YPZ3_0967 dnaE accA TRUE 0.868 13.000 0.122 1.000 N NA
 10387448 10387449 YPZ3_0967 YPZ3_0968 accA   FALSE 0.012 184.000 0.008 1.000 N NA
 10387449 10387450 YPZ3_0968 YPZ3_0969     FALSE 0.287 2.000 0.015 1.000 N NA
 10387450 10387451 YPZ3_0969 YPZ3_0970     FALSE 0.007 237.000 0.005 1.000 N NA
 10387451 10387452 YPZ3_0970 YPZ3_0971     FALSE 0.004 954.000 0.000 1.000   NA
 10387452 10387453 YPZ3_0971 YPZ3_0972     TRUE 0.947 -21.000 0.034 1.000   NA
 10387453 10387454 YPZ3_0972 YPZ3_0973     TRUE 0.488 85.000 0.027 NA   NA
 10387455 10387456 YPZ3_0974 YPZ3_0975 proS   TRUE 0.474 104.000 0.048 NA   NA
 10387456 10387457 YPZ3_0975 YPZ3_0976   rcsF TRUE 0.989 -3.000 0.247 NA   NA
 10387457 10387458 YPZ3_0976 YPZ3_0977 rcsF   TRUE 0.898 118.000 0.500 NA   NA
 10387458 10387459 YPZ3_0977 YPZ3_0978     TRUE 0.976 64.000 0.411 NA Y NA
 10387459 10387460 YPZ3_0978 YPZ3_0979   abc TRUE 0.990 47.000 0.584 1.000 Y NA
 10387461 10387462 YPZ3_0980 YPZ3_r4     FALSE 0.021 469.000 0.000 NA   NA
 10387462 10387463 YPZ3_r4 YPZ3_t10     FALSE 0.281 181.000 0.000 NA   NA
 10387463 10387464 YPZ3_t10 YPZ3_r5     FALSE 0.149 253.000 0.000 NA   NA
 10387464 10387465 YPZ3_r5 YPZ3_r6     FALSE 0.425 110.000 0.000 NA   NA
 10387465 10387466 YPZ3_r6 YPZ3_t11     FALSE 0.384 126.000 0.000 NA   NA
 10387466 10387467 YPZ3_t11 YPZ3_0981     FALSE 0.046 359.000 0.000 NA   NA
 10387467 10387468 YPZ3_0981 YPZ3_0982     TRUE 0.695 53.000 0.000 NA   NA
 10387468 10387469 YPZ3_0982 YPZ3_0983     FALSE 0.038 382.000 0.000 NA   NA
 10387470 10387471 YPZ3_0984 YPZ3_0985 mltD gloB TRUE 0.666 168.000 0.233 1.000   NA
 10387474 10387475 YPZ3_0988 YPZ3_t12 dnaQ   FALSE 0.417 113.000 0.000 NA   NA
 10387476 10387477 YPZ3_0989 YPZ3_0990     FALSE 0.001 659.000 0.000 1.000 N NA
 10387477 10387478 YPZ3_0990 YPZ3_0991     TRUE 0.982 0.000 0.000 1.000 Y NA
 10387480 10387481 YPZ3_0993 YPZ3_0994     TRUE 0.948 -3.000 0.000 NA   NA
 10387481 10387482 YPZ3_0994 YPZ3_0995     FALSE 0.005 932.000 0.000 NA   NA
 10387482 10387483 YPZ3_0995 YPZ3_0996     FALSE 0.004 1197.000 0.000 NA   NA
 10387483 10387484 YPZ3_0996 YPZ3_0997     TRUE 0.926 51.000 0.250 NA   NA
 10387484 10387485 YPZ3_0997 YPZ3_0998     TRUE 0.551 79.000 0.000 NA   NA
 10387485 10387486 YPZ3_0998 YPZ3_0999     TRUE 0.653 224.000 0.000 0.079 Y NA
 10387486 10387487 YPZ3_0999 YPZ3_1000   smpB FALSE 0.001 584.000 0.000 1.000 N NA
 10387489 10387490 YPZ3_1002 YPZ3_1003     FALSE 0.133 114.000 0.049 1.000 N NA
 10387490 10387491 YPZ3_1003 YPZ3_1004   ppnK TRUE 0.610 87.000 0.170 1.000 N NA
 10387494 10387495 YPZ3_1007 YPZ3_1008 sdhD sdhA TRUE 0.999 1.000 0.705 0.002 Y NA
 10387495 10387496 YPZ3_1008 YPZ3_1009 sdhA sdhB TRUE 0.996 50.000 0.604 0.002 Y NA
 10387496 10387497 YPZ3_1009 YPZ3_1010 sdhB sucA FALSE 0.188 356.000 0.067 1.000 Y NA
 10387497 10387498 YPZ3_1010 YPZ3_1011 sucA sucB TRUE 0.994 30.000 0.667 1.000 Y NA
 10387498 10387499 YPZ3_1011 YPZ3_1012 sucB sucC TRUE 0.836 113.000 0.136 1.000 Y NA
 10387499 10387500 YPZ3_1012 YPZ3_1013 sucC sucD TRUE 1.000 0.000 0.806 0.001 Y NA
 10387500 10387501 YPZ3_1013 YPZ3_1014 sucD cydA FALSE 0.022 767.000 0.000 1.000 Y NA
 10387501 10387502 YPZ3_1014 YPZ3_1015 cydA cydB TRUE 0.996 15.000 0.348 0.036 Y NA
 10387502 10387503 YPZ3_1015 YPZ3_1016 cydB tolQ FALSE 0.001 957.000 0.000 1.000 N NA
 10387503 10387504 YPZ3_1016 YPZ3_1017 tolQ tolR TRUE 0.998 13.000 0.556 0.081 Y NA
 10387504 10387505 YPZ3_1017 YPZ3_1018 tolR tolA FALSE 0.408 112.000 0.114 NA N NA
 10387505 10387506 YPZ3_1018 YPZ3_1019 tolA tolB FALSE 0.176 120.000 0.051 NA N NA
 10387506 10387507 YPZ3_1019 YPZ3_1020 tolB pal TRUE 0.959 51.000 0.592 1.000 N NA
 10387507 10387508 YPZ3_1020 YPZ3_1021 pal   TRUE 0.928 10.000 0.088 1.000   NA
 10387508 10387509 YPZ3_1021 YPZ3_t13     FALSE 0.263 191.000 0.000 NA   NA
 10387509 10387510 YPZ3_t13 YPZ3_t14     TRUE 0.795 28.000 0.000 NA   NA
 10387510 10387511 YPZ3_t14 YPZ3_r7     TRUE 0.792 29.000 0.000 NA   NA
 10387511 10387512 YPZ3_r7 YPZ3_1022   nadA FALSE 0.043 369.000 0.000 NA   NA
 10387512 10387513 YPZ3_1022 YPZ3_1023 nadA pnuC TRUE 0.687 122.000 0.023 1.000 Y NA
 10387516 10387517 YPZ3_1026 YPZ3_1027     TRUE 0.982 0.000 0.000 1.000 Y NA
 10387517 10387518 YPZ3_1027 YPZ3_1028   gpmA FALSE 0.005 366.000 0.000 1.000 N NA
 10387518 10387519 YPZ3_1028 YPZ3_1029 gpmA psiF FALSE 0.054 347.000 0.000 NA   NA
 10387519 10387520 YPZ3_1029 YPZ3_1030 psiF   FALSE 0.097 293.000 0.000 NA   NA
 10387520 10387521 YPZ3_1030 YPZ3_1031   galK TRUE 0.891 167.000 0.083 0.001 Y NA
 10387521 10387522 YPZ3_1031 YPZ3_1032 galK galT TRUE 0.997 -3.000 0.370 0.001 N NA
 10387522 10387523 YPZ3_1032 YPZ3_1033 galT galE TRUE 0.966 10.000 0.053 0.001 N NA
 10387523 10387524 YPZ3_1033 YPZ3_1034 galE   FALSE 0.046 360.000 0.000 NA   NA
 10387524 10387525 YPZ3_1034 YPZ3_1035   modF FALSE 0.164 217.000 0.009 NA   NA
 10387525 10387526 YPZ3_1035 YPZ3_1036 modF modE FALSE 0.366 110.000 0.028 1.000   NA
 10387527 10387528 YPZ3_1037 YPZ3_1038 modA modB TRUE 0.999 0.000 0.627 0.001 Y NA
 10387528 10387529 YPZ3_1038 YPZ3_1039 modB modC TRUE 1.000 -6.000 0.537 0.001 Y NA
 10387533 10387534 YPZ3_1043 YPZ3_1044 bioB bioF TRUE 0.997 0.000 0.168 0.003 Y NA
 10387534 10387535 YPZ3_1044 YPZ3_1045 bioF bioC TRUE 0.998 -16.000 0.133 0.003 Y NA
 10387535 10387536 YPZ3_1045 YPZ3_1046 bioC bioD TRUE 0.996 -7.000 0.054 0.003 Y NA
 10387540 10387541 YPZ3_1050 YPZ3_1051 moaA moaC TRUE 0.906 101.000 0.039 0.003 Y NA
 10387541 10387542 YPZ3_1051 YPZ3_1052 moaC   TRUE 0.682 245.000 0.025 0.003 Y NA
 10387542 10387543 YPZ3_1052 YPZ3_1053     FALSE 0.323 144.000 0.025 NA   NA
 10387543 10387544 YPZ3_1053 YPZ3_1054     FALSE 0.274 184.000 0.000 NA   NA
 10387545 10387546 YPZ3_1055 YPZ3_1056 betA betB TRUE 0.981 23.000 0.634 1.000 N NA
 10387546 10387547 YPZ3_1056 YPZ3_1057 betB betI TRUE 0.928 58.000 0.459 1.000 N NA
 10387548 10387549 YPZ3_1058 YPZ3_1059     FALSE 0.016 271.000 0.000 1.000 N NA
 10387551 10387552 YPZ3_1061 YPZ3_1062 xapA   TRUE 0.521 139.000 0.111 1.000   NA
 10387552 10387553 YPZ3_1062 YPZ3_1063   tnp TRUE 0.948 -10.000 0.000 1.000   NA
 10387553 10387554 YPZ3_1063 YPZ3_1064 tnp   FALSE 0.385 113.000 0.000 1.000   NA
 10387556 10387557 YPZ3_1066 YPZ3_1067   hydG TRUE 0.995 -13.000 0.000 0.013 Y NA
 10387557 10387558 YPZ3_1067 YPZ3_1068 hydG nemA1 FALSE 0.007 348.000 0.000 1.000 N NA
 10387561 10387562 YPZ3_1071 YPZ3_1072     TRUE 0.995 13.000 0.609 0.007 N NA
 10387562 10387563 YPZ3_1072 YPZ3_1073   ccmA2 TRUE 0.993 5.000 0.547 1.000   NA
 10387563 10387564 YPZ3_1073 YPZ3_1074 ccmA2 acrA4 TRUE 0.989 14.000 0.545 1.000   NA
 10387564 10387565 YPZ3_1074 YPZ3_1075 acrA4 acrR3 TRUE 0.855 52.000 0.236 1.000 N NA
 10387566 10387567 YPZ3_1076 YPZ3_1077     FALSE 0.003 1581.000 0.000 NA   NA
 10387567 10387568 YPZ3_1077 YPZ3_1078     FALSE 0.010 607.000 0.000 NA   NA
 10387568 10387569 YPZ3_1078 YPZ3_1079     TRUE 0.755 92.000 0.000 0.031   NA
 10387569 10387570 YPZ3_1079 YPZ3_1080   rhlE TRUE 0.914 2.000 0.000 1.000   NA
 10387570 10387571 YPZ3_1080 YPZ3_1081 rhlE   TRUE 0.639 160.000 0.000 1.000 Y NA
 10387571 10387572 YPZ3_1081 YPZ3_1082     FALSE 0.029 415.000 0.000 NA   NA
 10387572 10387573 YPZ3_1082 YPZ3_1083     FALSE 0.096 294.000 0.000 NA   NA
 10387573 10387574 YPZ3_1083 YPZ3_1084   pbpG FALSE 0.001 592.000 0.000 1.000 N NA
 10387578 10387579 YPZ3_1088 YPZ3_1089     FALSE 0.009 641.000 0.000 NA   NA
 10387579 10387580 YPZ3_1089 YPZ3_1090     TRUE 0.997 37.000 0.589 0.002 Y NA
 10387580 10387581 YPZ3_1090 YPZ3_1091     TRUE 0.989 103.000 0.568 0.001 Y NA
 10387581 10387582 YPZ3_1091 YPZ3_1092     TRUE 0.999 3.000 0.491 0.001 Y NA
 10387582 10387583 YPZ3_1092 YPZ3_1093     FALSE 0.160 246.000 0.000 NA   NA
 10387583 10387584 YPZ3_1093 YPZ3_1094     FALSE 0.025 435.000 0.000 NA   NA
 10387584 10387585 YPZ3_1094 YPZ3_1095     TRUE 0.966 124.000 0.654 1.000 Y NA
 10387585 10387586 YPZ3_1095 YPZ3_1096     TRUE 0.999 0.000 0.758 0.063 Y NA
 10387586 10387587 YPZ3_1096 YPZ3_1097     TRUE 0.998 -3.000 0.823 1.000   NA
 10387587 10387588 YPZ3_1097 YPZ3_1098   livF TRUE 0.995 31.000 0.731 0.024   NA
 10387588 10387589 YPZ3_1098 YPZ3_1099 livF   FALSE 0.413 115.000 0.000 NA   NA
 10387589 10387590 YPZ3_1099 YPZ3_1100     TRUE 0.819 24.000 0.000 NA   NA
 10387592 10387593 YPZ3_1102 YPZ3_1103 yehZ1   TRUE 0.652 145.000 0.028 0.012   NA
 10387593 10387594 YPZ3_1103 YPZ3_1104     TRUE 0.668 261.000 0.521 1.000   NA
 10387594 10387595 YPZ3_1104 YPZ3_1105     TRUE 0.998 -3.000 0.489 1.000 Y NA
 10387595 10387596 YPZ3_1105 YPZ3_1106     TRUE 0.998 -3.000 0.542 1.000 Y NA
 10387596 10387597 YPZ3_1106 YPZ3_1107     FALSE 0.051 541.000 0.000 1.000 Y NA
 10387597 10387598 YPZ3_1107 YPZ3_1108     TRUE 0.956 70.000 0.286 1.000 Y NA
 10387599 10387600 YPZ3_1109 YPZ3_1110   ompC2 FALSE 0.030 412.000 0.000 NA   NA
 10387606 10387607 YPZ3_1116 YPZ3_1117 eco nrdB FALSE 0.093 296.000 0.000 NA   NA
 10387607 10387608 YPZ3_1117 YPZ3_1118 nrdB nrdA TRUE 0.993 163.000 1.000 0.001 Y NA
 10387608 10387609 YPZ3_1118 YPZ3_1119 nrdA ubiG FALSE 0.002 494.000 0.000 1.000 N NA
 10387610 10387611 YPZ3_1120 YPZ3_1121 gyrA   FALSE 0.004 281.000 0.013 1.000 N NA
 10387612 10387613 YPZ3_1122 YPZ3_1123 rcsB   TRUE 0.994 3.000 0.558 1.000   NA
 10387613 10387614 YPZ3_1123 YPZ3_1124     TRUE 0.751 168.000 0.070 0.001   NA
 10387614 10387615 YPZ3_1124 YPZ3_1125     FALSE 0.379 99.000 0.093 NA N NA
 10387616 10387617 YPZ3_1126 YPZ3_1127 ompC   FALSE 0.059 151.000 0.000 1.000 N NA
 10387617 10387618 YPZ3_1127 YPZ3_t15     FALSE 0.026 434.000 0.000 NA   NA
 10387618 10387619 YPZ3_t15 YPZ3_t16     TRUE 0.904 6.000 0.000 NA   NA
 10387620 10387621 YPZ3_1128 YPZ3_1129     FALSE 0.023 287.000 0.000 NA N NA
 10387623 10387624 YPZ3_1131 YPZ3_1132 tsr2 pla2 FALSE 0.003 422.000 0.000 1.000 N NA
 10387624 10387625 YPZ3_1132 YPZ3_1133 pla2   FALSE 0.001 620.000 0.000 1.000 N NA
 10387626 10387627 YPZ3_1134 YPZ3_1135     FALSE 0.220 211.000 0.000 NA   NA
 10387627 10387628 YPZ3_1135 YPZ3_1136     TRUE 0.952 -3.000 0.044 NA   NA
 10387628 10387629 YPZ3_1136 YPZ3_1137     TRUE 0.782 83.000 0.015 1.000 Y NA
 10387629 10387630 YPZ3_1137 YPZ3_1138     TRUE 0.998 -24.000 0.400 1.000 Y NA
 10387630 10387631 YPZ3_1138 YPZ3_1139     FALSE 0.005 967.000 0.000 NA   NA
 10387631 10387632 YPZ3_1139 YPZ3_1140     FALSE 0.249 196.000 0.000 NA   NA
 10387632 10387633 YPZ3_1140 YPZ3_1141     TRUE 0.995 22.000 1.000 NA   NA
 10387633 10387634 YPZ3_1141 YPZ3_1142     FALSE 0.027 422.000 0.000 NA   NA
 10387634 10387635 YPZ3_1142 YPZ3_1143     FALSE 0.182 267.000 0.074 NA   NA
 10387635 10387636 YPZ3_1143 YPZ3_1144     TRUE 0.966 -3.000 0.074 NA   NA
 10387636 10387637 YPZ3_1144 YPZ3_1145     TRUE 0.996 16.000 1.000 NA   NA
 10387637 10387638 YPZ3_1145 YPZ3_1146     TRUE 0.999 -3.000 1.000 NA   NA
 10387638 10387639 YPZ3_1146 YPZ3_1147     TRUE 0.998 4.000 1.000 NA   NA
 10387639 10387640 YPZ3_1147 YPZ3_1148     TRUE 0.687 254.000 0.500 NA   NA
 10387640 10387641 YPZ3_1148 YPZ3_1149   stf TRUE 0.463 97.000 0.000 NA   NA
 10387641 10387642 YPZ3_1149 YPZ3_1150 stf   FALSE 0.090 298.000 0.000 NA   NA
 10387642 10387643 YPZ3_1150 YPZ3_1151   bglA FALSE 0.161 291.000 0.000 0.021 N NA
 10387644 10387645 YPZ3_1152 YPZ3_1153     FALSE 0.007 700.000 0.000 NA   NA
 10387645 10387646 YPZ3_1153 YPZ3_1154     TRUE 0.875 13.000 0.000 NA   NA
 10387646 10387647 YPZ3_1154 YPZ3_1155     FALSE 0.048 357.000 0.000 NA   NA
 10387647 10387648 YPZ3_1155 YPZ3_t17     TRUE 0.708 50.000 0.000 NA   NA
 10387648 10387649 YPZ3_t17 YPZ3_1156     FALSE 0.436 105.000 0.000 NA   NA
 10387650 10387651 YPZ3_1157 YPZ3_1158     FALSE 0.345 150.000 0.000 NA   NA
 10387653 10387654 YPZ3_1160 YPZ3_1161 rsuA bcr TRUE 0.451 119.000 0.145 1.000 N NA
 10387654 10387655 YPZ3_1161 YPZ3_1162 bcr   FALSE 0.005 967.000 0.000 NA   NA
 10387656 10387657 YPZ3_1163 YPZ3_1164     TRUE 0.997 2.000 0.758 1.000   NA
 10387657 10387658 YPZ3_1164 YPZ3_1165     TRUE 0.999 0.000 0.833 0.062   NA
 10387658 10387659 YPZ3_1165 YPZ3_1166     TRUE 0.998 10.000 0.848 0.062   NA
 10387659 10387660 YPZ3_1166 YPZ3_1167   rtn1 TRUE 0.864 82.000 0.394 NA N NA
 10387660 10387661 YPZ3_1167 YPZ3_1168 rtn1 spr FALSE 0.018 696.000 0.219 NA N NA
 10387661 10387662 YPZ3_1168 YPZ3_1169 spr   FALSE 0.024 442.000 0.000 NA   NA
 10387662 10387663 YPZ3_1169 YPZ3_1170     TRUE 0.918 59.000 0.275 NA   NA
 10387667 10387668 YPZ3_1174 YPZ3_1175 efp2 mtr TRUE 0.695 62.000 0.153 1.000 N NA
 10387668 10387669 YPZ3_1175 YPZ3_1176 mtr   FALSE 0.001 698.000 0.000 1.000 N NA
 10387669 10387670 YPZ3_1176 YPZ3_1177     TRUE 0.478 11.000 0.000 1.000 N NA
 10387670 10387671 YPZ3_1177 YPZ3_1178     TRUE 0.953 12.000 0.017 0.048   NA
 10387672 10387673 YPZ3_1179 YPZ3_1180     TRUE 0.788 4.000 0.065 1.000 N NA
 10387673 10387674 YPZ3_1180 YPZ3_1181   rpiA TRUE 0.949 20.000 0.000 1.000 Y NA
 10387674 10387675 YPZ3_1181 YPZ3_1182 rpiA   TRUE 0.717 124.000 0.000 NA Y NA
 10387675 10387676 YPZ3_1182 YPZ3_1183     TRUE 0.941 109.000 0.375 NA Y NA
 10387676 10387677 YPZ3_1183 YPZ3_1184     TRUE 0.985 36.000 0.375 1.000 Y NA
 10387679 10387680 YPZ3_1186 YPZ3_1187 fruB fruK TRUE 0.991 -3.000 0.112 1.000 Y NA
 10387680 10387681 YPZ3_1187 YPZ3_1188 fruK fruA TRUE 0.996 15.000 0.562 1.000 Y NA
 10387681 10387682 YPZ3_1188 YPZ3_1189 fruA psaE FALSE 0.009 325.000 0.000 1.000 N NA
 10387682 10387683 YPZ3_1189 YPZ3_1190 psaE   TRUE 0.993 36.000 1.000 NA   NA
 10387683 10387684 YPZ3_1190 YPZ3_1191   psaA FALSE 0.014 545.000 0.000 NA   NA
 10387684 10387685 YPZ3_1191 YPZ3_1192 psaA psaB TRUE 0.853 127.000 0.400 NA   NA
 10387685 10387686 YPZ3_1192 YPZ3_1193 psaB   TRUE 0.800 84.000 0.000 1.000 Y NA
 10387687 10387688 YPZ3_1194 YPZ3_1195 nfo   FALSE 0.328 164.000 0.040 NA   NA
 10387689 10387690 YPZ3_1196 YPZ3_1197   lysP FALSE 0.268 258.000 0.222 1.000 N NA
 10387690 10387691 YPZ3_1197 YPZ3_1198 lysP   FALSE 0.014 286.000 0.000 1.000 N NA
 10387691 10387692 YPZ3_1198 YPZ3_1199     TRUE 0.699 216.000 0.175 1.000 Y NA
 10387692 10387693 YPZ3_1199 YPZ3_1200     TRUE 0.999 -3.000 0.833 1.000 Y NA
 10387693 10387694 YPZ3_1200 YPZ3_1201     FALSE 0.365 260.000 0.000 1.000 Y NA
 10387695 10387696 YPZ3_1202 YPZ3_1203     FALSE 0.126 154.000 0.056 1.000 N NA
 10387697 10387698 YPZ3_1204 YPZ3_1205     FALSE 0.437 228.000 0.174 NA   NA
 10387698 10387699 YPZ3_1205 YPZ3_1206     TRUE 0.997 -3.000 0.323 NA Y NA
 10387699 10387700 YPZ3_1206 YPZ3_1207     TRUE 0.990 -3.000 0.096 1.000 Y NA
 10387700 10387701 YPZ3_1207 YPZ3_1208     FALSE 0.008 338.000 0.000 1.000 N NA
 10387702 10387703 YPZ3_1209 YPZ3_1210   deoR FALSE 0.000 1181.000 0.000 1.000 N NA
 10387703 10387704 YPZ3_1210 YPZ3_1211 deoR   FALSE 0.016 230.000 0.030 1.000 N NA
 10387704 10387705 YPZ3_1211 YPZ3_1212     FALSE 0.123 258.000 0.000 1.000   NA
 10387705 10387706 YPZ3_1212 YPZ3_1213     TRUE 0.641 91.000 0.106 1.000   NA
 10387706 10387707 YPZ3_1213 YPZ3_1214     FALSE 0.017 477.000 0.000 1.000   NA
 10387708 10387709 YPZ3_1215 YPZ3_1216   potF FALSE 0.016 518.000 0.000 NA   NA
 10387709 10387710 YPZ3_1216 YPZ3_1217 potF potG TRUE 0.954 171.000 0.679 1.000 Y NA
 10387710 10387711 YPZ3_1217 YPZ3_1218 potG potH TRUE 0.997 25.000 0.857 1.000 Y NA
 10387711 10387712 YPZ3_1218 YPZ3_1219 potH potI TRUE 0.999 -3.000 0.528 0.062 Y NA
 10387712 10387713 YPZ3_1219 YPZ3_1220 potI   TRUE 0.781 125.000 0.264 NA   NA
 10387713 10387714 YPZ3_1220 YPZ3_1221     TRUE 0.712 84.000 0.119 NA   NA
 10387716 10387717 YPZ3_1223 YPZ3_1224     FALSE 0.006 412.000 0.000 NA N NA
 10387717 10387718 YPZ3_1224 YPZ3_1225     FALSE 0.162 233.000 0.000 1.000   NA
 10387718 10387719 YPZ3_1225 YPZ3_1226   btuC1 TRUE 0.984 -39.000 0.000 0.062   NA
 10387719 10387720 YPZ3_1226 YPZ3_1227 btuC1   TRUE 0.942 -3.000 0.000 1.000   NA
 10387720 10387721 YPZ3_1227 YPZ3_1228     TRUE 0.948 -12.000 0.000 1.000   NA
 10387721 10387722 YPZ3_1228 YPZ3_1229     TRUE 0.993 -7.000 0.312 NA   NA
 10387722 10387723 YPZ3_1229 YPZ3_1230     TRUE 0.978 -3.000 0.125 NA   NA
 10387724 10387725 YPZ3_1231 YPZ3_1232 artM artQ TRUE 0.999 0.000 0.714 0.019 Y NA
 10387725 10387726 YPZ3_1232 YPZ3_1233 artQ artI TRUE 0.995 12.000 0.260 0.079 Y NA
 10387726 10387727 YPZ3_1233 YPZ3_1234 artI artP TRUE 0.988 21.000 0.323 1.000 Y NA
 10387727 10387728 YPZ3_1234 YPZ3_1235 artP   FALSE 0.417 244.000 0.000 1.000 Y NA
 10387728 10387729 YPZ3_1235 YPZ3_1236     FALSE 0.261 170.000 0.018 NA   NA
 10387729 10387730 YPZ3_1236 YPZ3_1237     TRUE 0.730 97.000 0.167 NA   NA
 10387730 10387731 YPZ3_1237 YPZ3_1238     TRUE 0.888 100.000 0.022 0.009 Y NA
 10387731 10387732 YPZ3_1238 YPZ3_1239   ltaA TRUE 0.892 -3.000 0.074 1.000 N NA
 10387732 10387733 YPZ3_1239 YPZ3_1240 ltaA poxB FALSE 0.163 349.000 0.031 1.000 Y NA
 10387733 10387734 YPZ3_1240 YPZ3_1241 poxB hcr FALSE 0.018 144.000 0.017 1.000 N NA
 10387734 10387735 YPZ3_1241 YPZ3_1242 hcr hcp TRUE 0.905 114.000 0.085 0.011 Y NA
 10387735 10387736 YPZ3_1242 YPZ3_1243 hcp   FALSE 0.221 202.000 0.028 NA   NA
 10387739 10387740 YPZ3_1246 YPZ3_1247 acrA5   TRUE 0.996 0.000 0.789 1.000 N NA
 10387740 10387741 YPZ3_1247 YPZ3_1248   clpS FALSE 0.005 905.000 0.000 NA   NA
 10387741 10387742 YPZ3_1248 YPZ3_1249 clpS clpA TRUE 0.986 26.000 0.596 NA   NA
 10387742 10387743 YPZ3_1249 YPZ3_1250 clpA   FALSE 0.024 242.000 0.000 1.000 N NA
 10387744 10387745 YPZ3_1251 YPZ3_1252   cydC TRUE 0.509 219.000 0.049 1.000 Y NA
 10387745 10387746 YPZ3_1252 YPZ3_1253 cydC   TRUE 0.999 3.000 0.631 0.007 Y NA
 10387746 10387747 YPZ3_1253 YPZ3_1254   trxB FALSE 0.068 483.000 0.049 1.000 Y NA
 10387748 10387749 YPZ3_1255 YPZ3_1256 lrp ftsK TRUE 0.745 123.000 0.345 1.000 N NA
 10387749 10387750 YPZ3_1256 YPZ3_1257 ftsK lolA TRUE 0.557 193.000 0.305 1.000 N NA
 10387750 10387751 YPZ3_1257 YPZ3_1258 lolA rarA TRUE 0.882 20.000 0.167 1.000 N NA
 10387751 10387752 YPZ3_1258 YPZ3_1259 rarA serS FALSE 0.090 242.000 0.078 1.000 N NA
 10387752 10387753 YPZ3_1259 YPZ3_1260 serS   FALSE 0.032 255.000 0.000 NA N NA
 10387756 10387757 YPZ3_1263 YPZ3_1264 pflB focA TRUE 0.760 56.000 0.172 1.000 N NA
 10387757 10387758 YPZ3_1264 YPZ3_1265 focA   FALSE 0.007 697.000 0.000 NA   NA
 10387759 10387760 YPZ3_1266 YPZ3_1267 ansB   FALSE 0.109 269.000 0.000 1.000   NA
 10387760 10387761 YPZ3_1267 YPZ3_1268     TRUE 0.832 21.000 0.000 NA   NA
 10387761 10387762 YPZ3_1268 YPZ3_1269     FALSE 0.032 403.000 0.000 NA   NA
 10387762 10387763 YPZ3_1269 YPZ3_1270   aroA TRUE 0.625 163.000 0.033 1.000 Y NA
 10387763 10387764 YPZ3_1270 YPZ3_1271 aroA cmk FALSE 0.143 313.000 0.209 1.000 N NA
 10387764 10387765 YPZ3_1271 YPZ3_1272 cmk rpsA TRUE 0.571 174.000 0.281 1.000 N NA
 10387765 10387766 YPZ3_1272 YPZ3_1273 rpsA   FALSE 0.004 892.000 0.000 1.000   NA
 10387766 10387767 YPZ3_1273 YPZ3_1274   msbA TRUE 0.922 36.000 0.075 0.072   NA
 10387767 10387768 YPZ3_1274 YPZ3_1275 msbA lpxK TRUE 0.973 -3.000 0.205 1.000 N NA
 10387770 10387771 YPZ3_1277 YPZ3_1278 kdsB   FALSE 0.039 363.000 0.023 NA   NA
 10387771 10387772 YPZ3_1278 YPZ3_1279   smtA FALSE 0.006 773.000 0.000 NA   NA
 10387772 10387773 YPZ3_1279 YPZ3_1280 smtA mukF TRUE 0.988 -3.000 0.325 NA N NA
 10387773 10387774 YPZ3_1280 YPZ3_1281 mukF   TRUE 0.995 -19.000 0.196 NA Y NA
 10387774 10387775 YPZ3_1281 YPZ3_1282   mukB TRUE 1.000 -3.000 0.786 0.002 Y NA
 10387775 10387776 YPZ3_1282 YPZ3_1283 mukB   FALSE 0.376 165.000 0.000 0.078 N NA
 10387776 10387777 YPZ3_1283 YPZ3_1284     FALSE 0.023 431.000 0.000 1.000   NA
 10387777 10387778 YPZ3_1284 YPZ3_1285     TRUE 0.675 224.000 0.372 NA   NA
 10387778 10387779 YPZ3_1285 YPZ3_1286     TRUE 0.764 61.000 0.089 NA   NA
 10387780 10387781 YPZ3_1287 YPZ3_1288 aspC   FALSE 0.019 257.000 0.000 1.000 N NA
 10387781 10387782 YPZ3_1288 YPZ3_1289   asnS FALSE 0.012 298.000 0.000 1.000 N NA
 10387782 10387783 YPZ3_1289 YPZ3_1290 asnS pncB FALSE 0.002 499.000 0.034 1.000 N NA
 10387784 10387785 YPZ3_1291 YPZ3_1292 pepN pyrD FALSE 0.000 654.000 0.014 1.000 N NA
 10387785 10387786 YPZ3_1292 YPZ3_1293 pyrD   FALSE 0.386 183.000 0.081 NA   NA
 10387788 10387789 YPZ3_1295 YPZ3_1296   uup TRUE 0.918 6.000 0.061 1.000   NA
 10387789 10387790 YPZ3_1296 YPZ3_1297 uup pqiA FALSE 0.429 129.000 0.054 NA   NA
 10387790 10387791 YPZ3_1297 YPZ3_1298 pqiA pqiB TRUE 0.998 -13.000 0.819 NA   NA
 10387791 10387792 YPZ3_1298 YPZ3_1299 pqiB   TRUE 0.996 -3.000 0.531 NA   NA
 10387792 10387793 YPZ3_1299 YPZ3_1300     FALSE 0.012 584.000 0.000 NA   NA
 10387794 10387795 YPZ3_1301 YPZ3_1302 fabF   FALSE 0.417 16.000 0.000 1.000 N NA
 10387795 10387796 YPZ3_1302 YPZ3_1303     TRUE 0.982 0.000 0.000 1.000 Y NA
 10387796 10387797 YPZ3_1303 YPZ3_1304     TRUE 0.854 14.000 0.000 1.000   NA
 10387797 10387798 YPZ3_1304 YPZ3_1305   fabA FALSE 0.006 700.000 0.000 1.000   NA
 10387798 10387799 YPZ3_1305 YPZ3_1306 fabA   TRUE 0.836 69.000 0.290 1.000 N NA
 10387801 10387802 YPZ3_1308 YPZ3_1309   ompA FALSE 0.062 139.000 0.000 1.000 N NA
 10387802 10387803 YPZ3_1309 YPZ3_1310 ompA sulA FALSE 0.006 358.000 0.000 1.000 N NA
 10387805 10387806 YPZ3_1312 YPZ3_1313     TRUE 0.869 30.000 0.090 NA   NA
 10387808 10387809 YPZ3_1315 YPZ3_1316 mgsA   FALSE 0.335 179.000 0.055 NA   NA
 10387811 10387812 YPZ3_1318 YPZ3_1319     TRUE 0.771 61.000 0.094 NA   NA
 10387812 10387813 YPZ3_1319 YPZ3_1320     FALSE 0.024 424.000 0.000 1.000   NA
 10387814 10387815 YPZ3_t18 YPZ3_1321     FALSE 0.004 1077.000 0.000 NA   NA
 10387815 10387816 YPZ3_1321 YPZ3_1322     FALSE 0.086 300.000 0.000 NA   NA
 10387817 10387818 YPZ3_1323 YPZ3_1324     TRUE 0.472 154.000 0.000 0.020 N NA
 10387819 10387820 YPZ3_1325 YPZ3_1326 fabZ   TRUE 0.991 -10.000 0.083 NA Y NA
 10387820 10387821 YPZ3_1326 YPZ3_1327     TRUE 0.981 2.000 0.056 1.000 Y NA
 10387821 10387822 YPZ3_1327 YPZ3_1328     TRUE 0.991 16.000 0.333 1.000 Y NA
 10387822 10387823 YPZ3_1328 YPZ3_1329     TRUE 0.992 -7.000 0.120 1.000 Y NA
 10387823 10387824 YPZ3_1329 YPZ3_1330     TRUE 0.995 2.000 0.120 0.020 Y NA
 10387824 10387825 YPZ3_1330 YPZ3_1331     TRUE 0.991 3.000 0.051 0.047 Y NA
 10387825 10387826 YPZ3_1331 YPZ3_1332     FALSE 0.253 195.000 0.000 NA   NA
 10387826 10387827 YPZ3_1332 YPZ3_1333     FALSE 0.036 385.000 0.000 NA   NA
 10387827 10387828 YPZ3_1333 YPZ3_1334     FALSE 0.005 989.000 0.000 NA   NA
 10387828 10387829 YPZ3_1334 YPZ3_1335     TRUE 0.714 49.000 0.000 NA   NA
 10387829 10387830 YPZ3_1335 YPZ3_1336     FALSE 0.409 117.000 0.000 NA   NA
 10387830 10387831 YPZ3_1336 YPZ3_1337     TRUE 0.998 -3.000 0.750 NA   NA
 10387831 10387832 YPZ3_1337 YPZ3_1338     TRUE 0.936 0.000 0.000 NA   NA
 10387832 10387833 YPZ3_1338 YPZ3_1339     TRUE 0.911 4.000 0.000 NA   NA
 10387833 10387834 YPZ3_1339 YPZ3_1340   clpB3 FALSE 0.046 418.000 0.083 NA   NA
 10387834 10387835 YPZ3_1340 YPZ3_1341 clpB3   TRUE 0.978 -3.000 0.125 NA   NA
 10387835 10387836 YPZ3_1341 YPZ3_1342     TRUE 0.864 15.000 0.000 NA   NA
 10387836 10387837 YPZ3_1342 YPZ3_1343     FALSE 0.003 2093.000 0.000 NA   NA
 10387837 10387838 YPZ3_1343 YPZ3_1344     TRUE 0.857 16.000 0.000 NA   NA
 10387838 10387839 YPZ3_1344 YPZ3_1345     TRUE 0.948 -3.000 0.000 NA   NA
 10387839 10387840 YPZ3_1345 YPZ3_1346     FALSE 0.026 430.000 0.000 NA   NA
 10387842 10387843 YPZ3_1348 YPZ3_1349     TRUE 0.997 -3.000 0.625 NA   NA
 10387843 10387844 YPZ3_1349 YPZ3_1350     TRUE 0.864 44.000 0.120 NA   NA
 10387844 10387845 YPZ3_1350 YPZ3_1351     TRUE 0.850 18.000 0.040 NA   NA
 10387845 10387846 YPZ3_1351 YPZ3_1352     TRUE 0.975 15.000 0.286 NA   NA
 10387846 10387847 YPZ3_1352 YPZ3_1353     FALSE 0.201 221.000 0.000 NA   NA
 10387847 10387848 YPZ3_1353 YPZ3_1354     TRUE 0.998 -36.000 0.750 NA   NA
 10387848 10387849 YPZ3_1354 YPZ3_1355     TRUE 0.998 -25.000 0.750 NA   NA
 10387849 10387850 YPZ3_1355 YPZ3_1356     TRUE 0.936 0.000 0.000 NA   NA
 10387850 10387851 YPZ3_1356 YPZ3_1357     TRUE 0.813 25.000 0.000 NA   NA
 10387853 10387854 YPZ3_1359 YPZ3_1360     FALSE 0.189 228.000 0.000 NA   NA
 10387855 10387856 YPZ3_1361 YPZ3_1362     FALSE 0.064 136.000 0.000 1.000 N NA
 10387856 10387857 YPZ3_1362 YPZ3_1363   moeA TRUE 0.998 2.000 0.323 0.003 Y NA
 10387857 10387858 YPZ3_1363 YPZ3_1364 moeA   FALSE 0.013 535.000 0.000 1.000   NA
 10387858 10387859 YPZ3_1364 YPZ3_1365     TRUE 0.931 10.000 0.094 1.000   NA
 10387859 10387860 YPZ3_1365 YPZ3_1366     TRUE 0.884 2.000 0.094 1.000 N NA
 10387860 10387861 YPZ3_1366 YPZ3_1367     TRUE 0.994 2.000 0.500 NA   NA
 10387861 10387862 YPZ3_1367 YPZ3_1368     FALSE 0.011 595.000 0.000 NA   NA
 10387862 10387863 YPZ3_1368 YPZ3_1369   adhC TRUE 0.964 21.000 0.273 1.000   NA
 10387863 10387864 YPZ3_1369 YPZ3_1370 adhC   TRUE 0.603 274.000 0.636 1.000 N NA
 10387865 10387866 YPZ3_1371 YPZ3_1372   folE TRUE 0.665 184.000 0.250 NA   NA
 10387866 10387867 YPZ3_1372 YPZ3_1373 folE   TRUE 0.981 55.000 0.719 NA   NA
 10387867 10387868 YPZ3_1373 YPZ3_1374     FALSE 0.006 748.000 0.000 NA   NA
 10387868 10387869 YPZ3_1374 YPZ3_1375   mglA TRUE 0.755 230.000 0.250 NA Y NA
 10387869 10387870 YPZ3_1375 YPZ3_1376 mglA mglC TRUE 0.998 21.000 0.905 1.000 Y NA
 10387871 10387872 YPZ3_1377 YPZ3_1378   sfcA FALSE 0.121 281.000 0.045 NA   NA
 10387872 10387873 YPZ3_1378 YPZ3_1379 sfcA cdd FALSE 0.002 356.000 0.022 1.000 N NA
 10387873 10387874 YPZ3_1379 YPZ3_1380 cdd   FALSE 0.129 326.000 0.198 NA N NA
 10387874 10387875 YPZ3_1380 YPZ3_1381     TRUE 0.993 -3.000 0.340 NA   NA
 10387875 10387876 YPZ3_1381 YPZ3_1382     FALSE 0.144 242.000 0.021 NA   NA
 10387876 10387877 YPZ3_1382 YPZ3_1383     FALSE 0.062 333.000 0.000 NA   NA
 10387877 10387878 YPZ3_1383 YPZ3_1384     TRUE 0.949 18.000 0.177 NA   NA
 10387879 10387880 YPZ3_1385 YPZ3_1386     FALSE 0.311 167.000 0.000 NA   NA
 10387882 10387883 YPZ3_1388 YPZ3_1389   udk FALSE 0.079 245.000 0.073 1.000 N NA
 10387883 10387884 YPZ3_1389 YPZ3_1390 udk dcd TRUE 0.812 105.000 0.098 1.000 Y NA
 10387884 10387885 YPZ3_1390 YPZ3_1391 dcd   FALSE 0.104 205.000 0.057 NA N NA
 10387887 10387888 YPZ3_1393 YPZ3_1394     FALSE 0.341 152.000 0.000 NA   NA
 10387888 10387889 YPZ3_1394 YPZ3_1395   alcA TRUE 0.975 35.000 0.667 1.000 N NA
 10387889 10387890 YPZ3_1395 YPZ3_1396 alcA   TRUE 0.744 0.000 0.000 NA N NA
 10387890 10387891 YPZ3_1396 YPZ3_1397     TRUE 0.786 -3.000 0.000 NA N NA
 10387892 10387893 YPZ3_1398 YPZ3_1399 fepC   TRUE 0.993 27.000 0.583 1.000 Y NA
 10387893 10387894 YPZ3_1399 YPZ3_1400     TRUE 1.000 -13.000 0.818 0.061 Y NA
 10387894 10387895 YPZ3_1400 YPZ3_1401     TRUE 0.998 -3.000 0.455 1.000 Y NA
 10387895 10387896 YPZ3_1401 YPZ3_1402   ysuR TRUE 0.950 90.000 0.364 1.000 Y NA
 10387896 10387897 YPZ3_1402 YPZ3_1403 ysuR   TRUE 0.841 213.000 0.455 0.003 N NA
 10387898 10387899 YPZ3_1404 YPZ3_1405 galU galF TRUE 0.959 84.000 0.111 0.001 Y NA
 10387899 10387900 YPZ3_1405 YPZ3_1406 galF gnd FALSE 0.004 386.000 0.000 1.000 N NA
 10387901 10387902 YPZ3_1407 YPZ3_1408 hisI hisF TRUE 0.999 -6.000 0.430 0.003 Y NA
 10387902 10387903 YPZ3_1408 YPZ3_1409 hisF hisA TRUE 0.999 -18.000 0.433 0.003 Y NA
 10387903 10387904 YPZ3_1409 YPZ3_1410 hisA hisH TRUE 0.996 6.000 0.210 0.003 Y NA
 10387904 10387905 YPZ3_1410 YPZ3_1411 hisH hisB TRUE 0.997 0.000 0.128 0.003 Y NA
 10387905 10387906 YPZ3_1411 YPZ3_1412 hisB hisC TRUE 0.999 -3.000 0.341 0.003 Y NA
 10387906 10387907 YPZ3_1412 YPZ3_1413 hisC hisD TRUE 0.998 3.000 0.294 0.003 Y NA
 10387907 10387908 YPZ3_1413 YPZ3_1414 hisD hisG TRUE 0.996 4.000 0.171 0.003 Y NA
 10387910 10387911 YPZ3_1416 YPZ3_1417     FALSE 0.123 269.000 0.000 NA   NA
 10387911 10387912 YPZ3_1417 YPZ3_1418     TRUE 0.999 -3.000 0.952 1.000   NA
 10387912 10387913 YPZ3_1418 YPZ3_1419     TRUE 0.989 -42.000 0.000 0.006   NA
 10387914 10387915 YPZ3_1420 YPZ3_1421     FALSE 0.003 460.000 0.000 1.000 N NA
 10387917 10387918 YPZ3_1423 YPZ3_1424     FALSE 0.026 434.000 0.000 NA   NA
 10387918 10387919 YPZ3_1424 YPZ3_1425     FALSE 0.042 371.000 0.000 NA   NA
 10387923 10387924 YPZ3_1429 YPZ3_1430     TRUE 0.990 48.000 0.333 0.046 Y NA
 10387924 10387925 YPZ3_1430 YPZ3_1431     TRUE 0.969 32.000 0.290 0.019 N NA
 10387925 10387926 YPZ3_1431 YPZ3_1432   lldD FALSE 0.012 297.000 0.000 1.000 N NA
 10387929 10387930 YPZ3_1435 YPZ3_1436     TRUE 0.781 36.000 0.136 1.000 N NA
 10387931 10387932 YPZ3_1437 YPZ3_1438     TRUE 0.495 90.000 0.000 NA   NA
 10387933 10387934 YPZ3_t19 YPZ3_1439     FALSE 0.023 446.000 0.000 NA   NA
 10387934 10387935 YPZ3_1439 YPZ3_1440     FALSE 0.019 258.000 0.000 1.000 N NA
 10387935 10387936 YPZ3_1440 YPZ3_1441     TRUE 0.998 20.000 0.905 NA Y NA
 10387936 10387937 YPZ3_1441 YPZ3_1442     TRUE 0.983 124.000 0.947 NA Y NA
 10387939 10387940 YPZ3_1444 YPZ3_1445     TRUE 0.526 78.000 0.000 1.000   NA
 10387944 10387945 YPZ3_1449 YPZ3_1450   yfeD FALSE 0.015 305.000 0.033 NA N NA
 10387945 10387946 YPZ3_1450 YPZ3_1451 yfeD yfeC TRUE 0.999 -3.000 0.525 0.007 Y NA
 10387946 10387947 YPZ3_1451 YPZ3_1452 yfeC yfeB TRUE 0.999 0.000 0.857 1.000 Y NA
 10387947 10387948 YPZ3_1452 YPZ3_1453 yfeB   TRUE 0.999 -3.000 0.894 1.000 Y NA
 10387951 10387952 YPZ3_1456 YPZ3_1457 thrS infC TRUE 0.733 205.000 0.186 1.000 Y NA
 10387952 10387953 YPZ3_1457 YPZ3_1458 infC rplT FALSE 0.195 332.000 0.000 1.000 Y NA
 10387953 10387954 YPZ3_1458 YPZ3_1459 rplT pheS FALSE 0.147 499.000 0.202 1.000 Y NA
 10387954 10387955 YPZ3_1459 YPZ3_1460 pheS pheT TRUE 0.999 14.000 0.574 0.001 Y NA
 10387955 10387956 YPZ3_1460 YPZ3_1461 pheT   FALSE 0.009 635.000 0.000 NA   NA
 10387956 10387957 YPZ3_1461 YPZ3_1462   btuC2 FALSE 0.317 173.000 0.044 NA   NA
 10387957 10387958 YPZ3_1462 YPZ3_1463 btuC2 btuE TRUE 0.442 70.000 0.084 1.000 N NA
 10387958 10387959 YPZ3_1463 YPZ3_1464 btuE   FALSE 0.341 25.000 0.036 1.000 N NA
 10387959 10387960 YPZ3_1464 YPZ3_1465     FALSE 0.054 350.000 0.129 1.000 N NA
 10387960 10387961 YPZ3_1465 YPZ3_1466   pmrF TRUE 0.998 -13.000 0.378 NA Y NA
 10387961 10387962 YPZ3_1466 YPZ3_1467 pmrF   TRUE 0.995 -3.000 0.220 NA Y NA
 10387962 10387963 YPZ3_1467 YPZ3_1468     TRUE 0.998 -3.000 0.447 1.000 Y NA
 10387963 10387964 YPZ3_1468 YPZ3_1469     TRUE 0.858 -3.000 0.061 1.000 N NA
 10387964 10387965 YPZ3_1469 YPZ3_1470     TRUE 0.988 -3.000 0.227 1.000   NA
 10387965 10387966 YPZ3_1470 YPZ3_1471     TRUE 0.997 -3.000 0.613 NA   NA
 10387966 10387967 YPZ3_1471 YPZ3_1472   nlpC FALSE 0.199 313.000 0.161 NA   NA
 10387967 10387968 YPZ3_1472 YPZ3_1473 nlpC lplA FALSE 0.311 125.000 0.091 NA N NA
 10387968 10387969 YPZ3_1473 YPZ3_1474 lplA   TRUE 0.552 64.000 0.006 NA   NA
 10387969 10387970 YPZ3_1474 YPZ3_1475     TRUE 0.767 25.000 0.011 NA   NA
 10387971 10387972 YPZ3_1476 YPZ3_1477 aroH   TRUE 0.586 157.000 0.165 1.000   NA
 10387975 10387976 YPZ3_1480 YPZ3_1481     FALSE 0.438 122.000 0.129 NA N NA
 10387976 10387977 YPZ3_1481 YPZ3_1482   sufA FALSE 0.011 595.000 0.000 NA   NA
 10387977 10387978 YPZ3_1482 YPZ3_1483 sufA   TRUE 0.469 99.000 0.041 NA   NA
 10387978 10387979 YPZ3_1483 YPZ3_1484     TRUE 0.908 186.000 0.466 1.000 Y NA
 10387979 10387980 YPZ3_1484 YPZ3_1485     TRUE 0.998 -25.000 0.482 1.000 Y NA
 10387980 10387981 YPZ3_1485 YPZ3_1486     TRUE 0.971 -3.000 0.193 1.000 N NA
 10387981 10387982 YPZ3_1486 YPZ3_1487     TRUE 0.779 89.000 0.183 NA   NA
 10387982 10387983 YPZ3_1487 YPZ3_1488     FALSE 0.215 271.000 0.103 NA   NA
 10387984 10387985 YPZ3_1489 YPZ3_1490     TRUE 0.982 0.000 0.000 1.000 Y NA
 10387985 10387986 YPZ3_1490 YPZ3_1491     FALSE 0.042 582.000 0.000 1.000 Y NA
 10387986 10387987 YPZ3_1491 YPZ3_1492   pykF FALSE 0.001 697.000 0.000 1.000 N NA
 10387987 10387988 YPZ3_1492 YPZ3_t20 pykF   FALSE 0.012 576.000 0.000 NA   NA
 10387988 10387989 YPZ3_t20 YPZ3_t21     TRUE 0.653 60.000 0.000 NA   NA
 10387989 10387990 YPZ3_t21 YPZ3_1493     FALSE 0.166 243.000 0.000 NA   NA
 10387992 10387993 YPZ3_1495 YPZ3_1496 cfa   FALSE 0.002 480.000 0.000 1.000 N NA
 10387995 10387996 YPZ3_1498 YPZ3_1499 purR sodB FALSE 0.002 527.000 0.000 1.000 N NA
 10387996 10387997 YPZ3_1499 YPZ3_1500 sodB   FALSE 0.001 378.000 0.015 1.000 N NA
 10387999 10388000 YPZ3_1502 YPZ3_1503   gloA TRUE 0.577 79.000 0.136 1.000 N NA
 10388002 10388003 YPZ3_1505 YPZ3_1506     TRUE 0.825 88.000 0.362 1.000 N NA
 10388003 10388004 YPZ3_1506 YPZ3_1507     FALSE 0.358 223.000 0.128 1.000   NA
 10388005 10388006 YPZ3_1508 YPZ3_1509   slyA FALSE 0.005 798.000 0.000 1.000   NA
 10388008 10388009 YPZ3_1511 YPZ3_1512     TRUE 0.674 55.000 0.034 NA   NA
 10388009 10388010 YPZ3_1512 YPZ3_1513   pdxH TRUE 0.481 91.000 0.034 NA   NA
 10388010 10388011 YPZ3_1513 YPZ3_1514 pdxH tyrS FALSE 0.092 182.000 0.054 1.000 N NA
 10388011 10388012 YPZ3_1514 YPZ3_1515 tyrS   FALSE 0.035 227.000 0.041 1.000 N NA
 10388013 10388014 YPZ3_1516 YPZ3_1517 gst   FALSE 0.006 754.000 0.000 NA   NA
 10388014 10388015 YPZ3_1517 YPZ3_1518     FALSE 0.143 255.000 0.000 NA   NA
 10388015 10388016 YPZ3_1518 YPZ3_1519     FALSE 0.008 682.000 0.000 NA   NA
 10388016 10388017 YPZ3_1519 YPZ3_1520   sapF FALSE 0.035 390.000 0.000 NA   NA
 10388017 10388018 YPZ3_1520 YPZ3_1521 sapF sapD TRUE 0.999 0.000 0.684 0.023 Y NA
 10388018 10388019 YPZ3_1521 YPZ3_1522 sapD sapC TRUE 0.999 0.000 0.667 1.000 Y NA
 10388019 10388020 YPZ3_1522 YPZ3_1523 sapC sapB TRUE 0.998 -13.000 0.284 0.060 Y NA
 10388020 10388021 YPZ3_1523 YPZ3_1524 sapB sapA TRUE 0.992 -3.000 0.264 0.060 N NA
 10388024 10388025 YPZ3_1527 YPZ3_1528 pspA pspC FALSE 0.125 389.000 0.000 NA Y NA
 10388025 10388026 YPZ3_1528 YPZ3_1529 pspC   FALSE 0.242 308.000 0.190 NA   NA
 10388026 10388027 YPZ3_1529 YPZ3_1530     TRUE 0.998 -3.000 0.791 NA   NA
 10388028 10388029 YPZ3_1531 YPZ3_1532     TRUE 0.918 83.000 0.412 NA   NA
 10388031 10388032 YPZ3_1534 YPZ3_1535   tpx FALSE 0.036 202.000 0.000 1.000 N NA
 10388035 10388036 YPZ3_1538 YPZ3_1539 mppA   FALSE 0.009 213.000 0.019 1.000 N NA
 10388037 10388038 YPZ3_1540 YPZ3_1541     FALSE 0.010 312.000 0.000 1.000 N NA
 10388038 10388039 YPZ3_1541 YPZ3_1542     FALSE 0.017 307.000 0.000 NA N NA
 10388039 10388040 YPZ3_1542 YPZ3_1543   nifJ FALSE 0.026 275.000 0.000 NA N NA
 10388044 10388045 YPZ3_1547 YPZ3_1548 hslJ ldhA FALSE 0.144 70.000 0.024 NA N NA
 10388046 10388047 YPZ3_1549 YPZ3_1550     FALSE 0.241 201.000 0.000 NA   NA
 10388051 10388052 YPZ3_1554 YPZ3_1555 hrpA   FALSE 0.001 665.000 0.000 1.000 N NA
 10388054 10388055 YPZ3_1557 YPZ3_1558     TRUE 0.989 26.000 0.676 NA   NA
 10388056 10388057 YPZ3_1559 YPZ3_1560     TRUE 0.864 15.000 0.000 NA   NA
 10388059 10388060 YPZ3_1562 YPZ3_1563     TRUE 0.764 94.000 0.300 1.000 N NA
 10388060 10388061 YPZ3_1563 YPZ3_1564   rstA TRUE 0.957 49.000 0.181 1.000 Y NA
 10388063 10388064 YPZ3_1566 YPZ3_1567     FALSE 0.274 270.000 0.143 NA   NA
 10388065 10388066 YPZ3_1568 YPZ3_1569 pntA   TRUE 0.985 184.000 0.745 0.001 Y NA
 10388067 10388068 YPZ3_1570 YPZ3_1571   fnr TRUE 0.959 135.000 0.619 1.000 Y NA
 10388068 10388069 YPZ3_1571 YPZ3_1572 fnr ogt FALSE 0.152 73.000 0.038 1.000 N NA
 10388070 10388071 YPZ3_1573 YPZ3_1574 phoA   FALSE 0.014 546.000 0.000 NA   NA
 10388071 10388072 YPZ3_1574 YPZ3_1575     TRUE 0.936 0.000 0.000 NA   NA
 10388072 10388073 YPZ3_1575 YPZ3_1576     FALSE 0.362 131.000 0.033 NA   NA
 10388074 10388075 YPZ3_1577 YPZ3_1578 ilvN   TRUE 0.998 2.000 0.649 0.002   NA
 10388077 10388078 YPZ3_1580 YPZ3_1581     TRUE 0.993 -3.000 0.333 NA   NA
 10388078 10388079 YPZ3_1581 YPZ3_1582     TRUE 0.735 44.000 0.000 NA   NA
 10388079 10388080 YPZ3_1582 YPZ3_1583     TRUE 0.954 5.000 0.111 NA   NA
 10388081 10388082 YPZ3_1584 YPZ3_1585 amn   FALSE 0.010 610.000 0.000 NA   NA
 10388082 10388083 YPZ3_1585 YPZ3_1586     FALSE 0.352 144.000 0.000 NA   NA
 10388083 10388084 YPZ3_1586 YPZ3_1587     TRUE 0.631 64.000 0.000 NA   NA
 10388084 10388085 YPZ3_1587 YPZ3_1588     FALSE 0.001 600.000 0.000 1.000 N NA
 10388086 10388087 YPZ3_1589 YPZ3_1590 bioD mlc TRUE 0.612 224.000 0.455 1.000 N NA
 10388087 10388088 YPZ3_1590 YPZ3_1591 mlc   TRUE 0.860 214.000 0.408 1.000 Y NA
 10388089 10388090 YPZ3_1592 YPZ3_1593   tus FALSE 0.040 346.000 0.018 1.000   NA
 10388092 10388093 YPZ3_1595 YPZ3_1596 manA   TRUE 0.851 240.000 0.778 NA   NA
 10388094 10388095 YPZ3_1597 YPZ3_1598     FALSE 0.227 206.000 0.000 NA   NA
 10388095 10388096 YPZ3_1598 YPZ3_1599     FALSE 0.256 194.000 0.000 NA   NA
 10388096 10388097 YPZ3_1599 YPZ3_1600   araC TRUE 0.769 128.000 0.276 1.000   NA
 10388097 10388098 YPZ3_1600 YPZ3_1601 araC araH FALSE 0.315 221.000 0.196 1.000 N NA
 10388098 10388099 YPZ3_1601 YPZ3_1602 araH araG TRUE 0.997 18.000 0.451 0.006 Y NA
 10388099 10388100 YPZ3_1602 YPZ3_1603 araG araF TRUE 0.994 98.000 0.917 0.006 Y NA
 10388101 10388102 YPZ3_1604 YPZ3_1605 araB araA FALSE 0.175 84.000 0.046 1.000 N NA
 10388103 10388104 YPZ3_1606 YPZ3_1607     TRUE 0.994 2.000 0.255 0.010   NA
 10388104 10388105 YPZ3_1607 YPZ3_1608     TRUE 0.982 0.000 0.000 0.010   NA
 10388105 10388106 YPZ3_1608 YPZ3_1609     TRUE 0.449 299.000 0.170 1.000 Y NA
 10388107 10388108 YPZ3_1610 YPZ3_1611     TRUE 0.632 128.000 0.148 NA   NA
 10388108 10388109 YPZ3_1611 YPZ3_1612     TRUE 0.999 0.000 0.564 0.034 Y NA
 10388109 10388110 YPZ3_1612 YPZ3_1613   tolA TRUE 0.994 50.000 0.537 0.034 Y NA
 10388112 10388113 YPZ3_1615 YPZ3_1616     TRUE 0.999 10.000 0.924 0.034 Y NA
 10388113 10388114 YPZ3_1616 YPZ3_1617     TRUE 1.000 -3.000 0.908 0.034 Y NA
 10388114 10388115 YPZ3_1617 YPZ3_1618   nth TRUE 0.936 -3.000 0.109 1.000 N NA
 10388116 10388117 YPZ3_1619 YPZ3_1620     TRUE 0.949 38.000 0.103 NA Y NA
 10388118 10388119 YPZ3_1621 YPZ3_1622 rnb cstA FALSE 0.006 350.000 0.000 1.000 N NA
 10388119 10388120 YPZ3_1622 YPZ3_1623 cstA   TRUE 0.982 -7.000 0.143 NA   NA
 10388121 10388122 YPZ3_1624 YPZ3_1625   araD FALSE 0.049 548.000 0.000 1.000 Y NA
 10388122 10388123 YPZ3_1625 YPZ3_1626 araD   FALSE 0.001 825.000 0.000 1.000 N NA
 10388123 10388124 YPZ3_1626 YPZ3_1627   pyrF TRUE 0.732 0.000 0.045 1.000 N NA
 10388124 10388125 YPZ3_1627 YPZ3_1628 pyrF   FALSE 0.005 891.000 0.125 1.000 N NA
 10388125 10388126 YPZ3_1628 YPZ3_1629     TRUE 0.993 7.000 0.576 NA   NA
 10388126 10388127 YPZ3_1629 YPZ3_1630   pgpB TRUE 0.546 169.000 0.143 NA   NA
 10388129 10388130 YPZ3_1632 YPZ3_1633 acnA   FALSE 0.034 391.000 0.000 NA   NA
 10388130 10388131 YPZ3_1633 YPZ3_1634   cysB FALSE 0.061 336.000 0.000 NA   NA
 10388131 10388132 YPZ3_1634 YPZ3_1635 cysB topA FALSE 0.001 397.000 0.008 1.000 N NA
 10388132 10388133 YPZ3_1635 YPZ3_1636 topA sohB FALSE 0.000 789.000 0.006 1.000 N NA
 10388134 10388135 YPZ3_1637 YPZ3_1638   btuR TRUE 0.561 17.000 0.050 1.000 N NA
 10388136 10388137 YPZ3_1639 YPZ3_1640     FALSE 0.230 347.000 0.075 NA Y NA
 10388137 10388138 YPZ3_1640 YPZ3_1641     TRUE 0.971 17.000 0.281 NA   NA
 10388139 10388140 YPZ3_1642 YPZ3_1643 trpE trpG TRUE 1.000 0.000 0.703 0.001 Y NA
 10388140 10388141 YPZ3_1643 YPZ3_1644 trpG   TRUE 0.970 15.000 0.083 1.000 Y NA
 10388141 10388142 YPZ3_1644 YPZ3_1645   trpC TRUE 0.994 4.000 0.293 1.000 Y NA
 10388142 10388143 YPZ3_1645 YPZ3_1646 trpC trpB TRUE 0.948 157.000 0.221 0.001 Y NA
 10388143 10388144 YPZ3_1646 YPZ3_1647 trpB trpA TRUE 1.000 0.000 0.947 0.001 Y NA
 10388144 10388145 YPZ3_1647 YPZ3_1648 trpA   FALSE 0.046 343.000 0.018 NA   NA
 10388148 10388149 YPZ3_1651 YPZ3_1652     TRUE 0.779 32.000 0.000 NA   NA
 10388150 10388151 YPZ3_1653 YPZ3_1654 ispZ   TRUE 0.657 80.000 0.167 NA N NA
 10388151 10388152 YPZ3_1654 YPZ3_1655     FALSE 0.097 148.000 0.000 NA N NA
 10388153 10388154 YPZ3_1656 YPZ3_1657 tonB ail FALSE 0.012 1665.000 0.000 1.000 Y NA
 10388155 10388156 YPZ3_1658 YPZ3_1659 cls   TRUE 0.687 165.000 0.231 NA   NA
 10388157 10388158 YPZ3_1660 YPZ3_1661 oppF oppD TRUE 0.999 -3.000 0.420 0.002 Y NA
 10388158 10388159 YPZ3_1661 YPZ3_1662 oppD oppC TRUE 0.996 12.000 0.554 1.000 Y NA
 10388159 10388160 YPZ3_1662 YPZ3_1663 oppC oppB TRUE 0.999 19.000 0.870 0.059 Y NA
 10388160 10388161 YPZ3_1663 YPZ3_1664 oppB oppA TRUE 0.943 87.000 0.151 0.059 Y NA
 10388161 10388162 YPZ3_1664 YPZ3_1665 oppA   FALSE 0.001 898.000 0.000 NA N NA
 10388163 10388164 YPZ3_1666 YPZ3_1667 adhE   FALSE 0.002 540.000 0.000 1.000 N NA
 10388164 10388165 YPZ3_1667 YPZ3_1668     TRUE 0.982 0.000 0.000 1.000 Y NA
 10388168 10388169 YPZ3_1671 YPZ3_1672     FALSE 0.010 307.000 0.000 1.000 N NA
 10388170 10388171 YPZ3_1673 YPZ3_1674     TRUE 0.810 84.000 0.200 NA   NA
 10388175 10388176 YPZ3_1677 YPZ3_1678 xthA nudG FALSE 0.196 98.000 0.056 1.000 N NA
 10388177 10388178 YPZ3_1679 YPZ3_1680 topB selD FALSE 0.213 62.000 0.041 1.000 N NA
 10388178 10388179 YPZ3_1680 YPZ3_1681 selD   FALSE 0.022 225.000 0.033 1.000 N NA
 10388180 10388181 YPZ3_1682 YPZ3_1683 sppA ansA FALSE 0.364 117.000 0.113 1.000 N NA
 10388181 10388182 YPZ3_1683 YPZ3_1684 ansA pncA TRUE 0.475 15.000 0.040 1.000 N NA
 10388183 10388184 YPZ3_1685 YPZ3_1686     TRUE 0.989 -22.000 0.216 NA   NA
 10388185 10388186 YPZ3_1687 YPZ3_1688     FALSE 0.387 314.000 0.154 1.000 Y NA
 10388188 10388189 YPZ3_1690 YPZ3_1691     TRUE 0.882 195.000 0.683 NA   NA
 10388189 10388190 YPZ3_1691 YPZ3_1692     FALSE 0.357 108.000 0.007 NA   NA
 10388192 10388193 YPZ3_1694 YPZ3_1695     FALSE 0.128 265.000 0.000 NA   NA
 10388197 10388198 YPZ3_1699 YPZ3_1700 nhaB   TRUE 0.785 221.000 0.723 1.000 N NA
 10388200 10388201 YPZ3_1702 YPZ3_1703     TRUE 0.824 17.000 0.019 NA   NA
 10388201 10388202 YPZ3_1703 YPZ3_1704     TRUE 0.894 4.000 0.019 NA   NA
 10388202 10388203 YPZ3_1704 YPZ3_1705     FALSE 0.083 305.000 0.000 NA   NA
 10388204 10388205 YPZ3_1706 YPZ3_1707     TRUE 0.884 11.000 0.000 NA   NA
 10388205 10388206 YPZ3_1707 YPZ3_1708     TRUE 0.850 17.000 0.000 NA   NA
 10388206 10388207 YPZ3_1708 YPZ3_1709     TRUE 0.991 0.000 0.333 NA   NA
 10388207 10388208 YPZ3_1709 YPZ3_1710     FALSE 0.012 572.000 0.000 NA   NA
 10388208 10388209 YPZ3_1710 YPZ3_1711     FALSE 0.004 1064.000 0.000 NA   NA
 10388209 10388210 YPZ3_1711 YPZ3_1712     FALSE 0.005 875.000 0.000 NA   NA
 10388210 10388211 YPZ3_1712 YPZ3_1713     FALSE 0.135 261.000 0.000 NA   NA
 10388211 10388212 YPZ3_1713 YPZ3_1714     TRUE 0.996 3.000 0.714 NA   NA
 10388212 10388213 YPZ3_1714 YPZ3_1715     FALSE 0.399 121.000 0.000 NA   NA
 10388213 10388214 YPZ3_1715 YPZ3_1716     FALSE 0.146 254.000 0.000 NA   NA
 10388214 10388215 YPZ3_1716 YPZ3_1717     TRUE 0.962 3.000 0.120 NA   NA
 10388215 10388216 YPZ3_1717 YPZ3_1718     FALSE 0.079 309.000 0.000 NA   NA
 10388216 10388217 YPZ3_1718 YPZ3_1719     TRUE 0.937 13.000 0.111 NA   NA
 10388217 10388218 YPZ3_1719 YPZ3_1720     TRUE 0.939 66.000 0.400 NA   NA
 10388218 10388219 YPZ3_1720 YPZ3_1721     TRUE 0.992 -3.000 0.294 NA   NA
 10388219 10388220 YPZ3_1721 YPZ3_1722     TRUE 0.983 2.000 0.235 NA   NA
 10388220 10388221 YPZ3_1722 YPZ3_1723     TRUE 0.571 253.000 0.333 NA   NA
 10388221 10388222 YPZ3_1723 YPZ3_1724     TRUE 0.921 48.000 0.222 NA   NA
 10388222 10388223 YPZ3_1724 YPZ3_1725     TRUE 0.997 14.000 1.000 NA   NA
 10388223 10388224 YPZ3_1725 YPZ3_1726     TRUE 0.967 122.000 1.000 NA   NA
 10388224 10388225 YPZ3_1726 YPZ3_1727     TRUE 0.927 1.000 0.000 NA   NA
 10388225 10388226 YPZ3_1727 YPZ3_1728     TRUE 0.841 19.000 0.000 NA   NA
 10388226 10388227 YPZ3_1728 YPZ3_1729     TRUE 0.936 0.000 0.000 NA   NA
 10388227 10388228 YPZ3_1729 YPZ3_1730     TRUE 0.907 5.000 0.000 NA   NA
 10388228 10388229 YPZ3_1730 YPZ3_1731     TRUE 0.720 48.000 0.000 NA   NA
 10388229 10388230 YPZ3_1731 YPZ3_1732     FALSE 0.153 250.000 0.000 NA   NA
 10388230 10388231 YPZ3_1732 YPZ3_1733     TRUE 0.987 31.000 0.667 NA   NA
 10388231 10388232 YPZ3_1733 YPZ3_1734     FALSE 0.022 457.000 0.000 NA   NA
 10388232 10388233 YPZ3_1734 YPZ3_1735   rzpR FALSE 0.012 546.000 0.000 1.000   NA
 10388233 10388234 YPZ3_1735 YPZ3_1736 rzpR   TRUE 0.949 -15.000 0.000 1.000   NA
 10388234 10388235 YPZ3_1736 YPZ3_1737     FALSE 0.003 1379.000 0.000 NA   NA
 10388235 10388236 YPZ3_1737 YPZ3_1738     FALSE 0.008 661.000 0.000 NA   NA
 10388236 10388237 YPZ3_1738 YPZ3_1739     TRUE 0.577 74.000 0.000 NA   NA
 10388239 10388240 YPZ3_1741 YPZ3_1742     TRUE 0.982 0.000 0.000 1.000 Y NA
 10388242 10388243 YPZ3_1744 YPZ3_1745     TRUE 0.580 103.000 0.088 NA   NA
 10388243 10388244 YPZ3_1745 YPZ3_1746     FALSE 0.285 71.000 0.046 NA N NA
 10388245 10388246 YPZ3_1747 YPZ3_1748 minC minD TRUE 0.991 25.000 0.466 1.000 Y NA
 10388247 10388248 YPZ3_1749 YPZ3_1750 rnd fadD FALSE 0.292 160.000 0.115 1.000 N NA
 10388248 10388249 YPZ3_1750 YPZ3_1751 fadD   FALSE 0.014 643.000 0.169 1.000 N NA
 10388249 10388250 YPZ3_1751 YPZ3_1752     FALSE 0.020 137.000 0.024 1.000 N NA
 10388250 10388251 YPZ3_1752 YPZ3_1753     FALSE 0.423 72.000 0.082 1.000 N NA
 10388253 10388254 YPZ3_1755 YPZ3_1756     TRUE 1.000 -13.000 0.869 0.068 Y NA
 10388254 10388255 YPZ3_1756 YPZ3_1757   eda FALSE 0.001 715.000 0.000 1.000 N NA
 10388255 10388256 YPZ3_1757 YPZ3_1758 eda zwf FALSE 0.421 242.000 0.034 1.000 Y NA
 10388257 10388258 YPZ3_1759 YPZ3_1760   pykA FALSE 0.008 330.000 0.000 1.000 N NA
 10388259 10388260 YPZ3_1761 YPZ3_1762 msbB   FALSE 0.338 267.000 0.299 1.000 N NA
 10388260 10388261 YPZ3_1762 YPZ3_1763   znuA TRUE 0.451 105.000 0.131 1.000 N NA
 10388262 10388263 YPZ3_1764 YPZ3_1765 znuC znuB TRUE 0.999 -3.000 0.755 1.000 Y NA
 10388264 10388265 YPZ3_1766 YPZ3_1767 ruvB ruvA TRUE 0.979 162.000 0.549 0.002 Y NA
 10388265 10388266 YPZ3_1767 YPZ3_1768 ruvA ruvC TRUE 0.874 283.000 0.451 0.018 Y NA
 10388266 10388267 YPZ3_1768 YPZ3_1769 ruvC   TRUE 0.627 209.000 0.277 NA   NA
 10388267 10388268 YPZ3_1769 YPZ3_1770   ntpA TRUE 0.659 58.000 0.035 NA   NA
 10388268 10388269 YPZ3_1770 YPZ3_1771 ntpA aspS TRUE 0.770 0.000 0.050 1.000 N NA
 10388270 10388271 YPZ3_1772 YPZ3_1773     TRUE 0.492 180.000 0.126 NA   NA
 10388271 10388272 YPZ3_1773 YPZ3_1774     FALSE 0.385 191.000 0.089 NA   NA
 10388272 10388273 YPZ3_1774 YPZ3_1775     TRUE 0.992 -3.000 0.315 NA   NA
 10388274 10388275 YPZ3_1776 YPZ3_1777 cutC   FALSE 0.222 232.000 0.057 NA   NA
 10388277 10388278 YPZ3_1779 YPZ3_1780   fhaC1 TRUE 0.982 150.000 1.000 NA Y NA
 10388278 10388279 YPZ3_1780 YPZ3_1781 fhaC1 mviN FALSE 0.019 480.000 0.000 NA   NA
 10388279 10388280 YPZ3_1781 YPZ3_1782 mviN   FALSE 0.095 267.000 0.022 1.000   NA
 10388280 10388281 YPZ3_1782 YPZ3_1783   rimJ TRUE 0.884 8.000 0.000 1.000   NA
 10388282 10388283 YPZ3_1784 YPZ3_1785     FALSE 0.117 395.000 0.196 NA   NA
 10388284 10388285 YPZ3_1786 YPZ3_1787     TRUE 0.967 37.000 0.417 1.000   NA
 10388287 10388288 YPZ3_1788 YPZ3_1789     TRUE 0.972 14.000 0.375 NA N NA
 10388291 10388292 YPZ3_1792 YPZ3_1793     TRUE 0.999 -3.000 0.400 0.058 Y NA
 10388292 10388293 YPZ3_1793 YPZ3_1794     TRUE 0.999 -3.000 0.440 0.058 Y NA
 10388293 10388294 YPZ3_1794 YPZ3_1795     TRUE 0.992 20.000 0.480 0.058   NA
 10388294 10388295 YPZ3_1795 YPZ3_1796     FALSE 0.076 301.000 0.000 1.000   NA
 10388295 10388296 YPZ3_1796 YPZ3_t24     FALSE 0.355 142.000 0.000 NA   NA
 10388296 10388297 YPZ3_t24 YPZ3_1797   sUL1 FALSE 0.006 836.000 0.000 NA   NA
 10388298 10388299 YPZ3_1798 YPZ3_1799 kdsA   TRUE 0.585 96.000 0.089 1.000   NA
 10388299 10388300 YPZ3_1799 YPZ3_1800     TRUE 0.986 -3.000 0.195 NA   NA
 10388300 10388301 YPZ3_1800 YPZ3_1801     TRUE 0.782 64.000 0.109 NA   NA
 10388301 10388302 YPZ3_1801 YPZ3_1802   prfA TRUE 0.997 0.000 0.229 0.044 Y NA
 10388302 10388303 YPZ3_1802 YPZ3_1803 prfA hemA TRUE 0.939 33.000 0.171 0.044 N NA
 10388304 10388305 YPZ3_1804 YPZ3_1805 lolB   TRUE 0.678 68.000 0.157 1.000 N NA
 10388305 10388306 YPZ3_1805 YPZ3_1806   prsA FALSE 0.015 341.000 0.053 1.000 N NA
 10388306 10388307 YPZ3_1806 YPZ3_1807 prsA pth FALSE 0.000 806.000 0.011 1.000 N NA
 10388307 10388308 YPZ3_1807 YPZ3_1808 pth   TRUE 0.810 164.000 0.184 1.000 Y NA
 10388308 10388309 YPZ3_1808 YPZ3_1809     FALSE 0.005 773.000 0.000 1.000   NA
 10388310 10388311 YPZ3_1810 YPZ3_1811     TRUE 0.613 8.000 0.034 NA N NA
 10388311 10388312 YPZ3_1811 YPZ3_1812     TRUE 0.978 -3.000 0.125 NA   NA
 10388314 10388315 YPZ3_1814 YPZ3_1815     TRUE 0.942 15.000 0.133 NA   NA
 10388315 10388316 YPZ3_1815 YPZ3_1816     FALSE 0.263 191.000 0.000 NA   NA
 10388317 10388318 YPZ3_1817 YPZ3_1818 copR   TRUE 0.999 12.000 0.793 0.001 Y NA
 10388318 10388319 YPZ3_1818 YPZ3_1819     FALSE 0.102 277.000 0.000 1.000   NA
 10388319 10388320 YPZ3_1819 YPZ3_1820     TRUE 0.851 55.000 0.154 1.000   NA
 10388320 10388321 YPZ3_1820 YPZ3_1821     FALSE 0.215 213.000 0.000 NA   NA
 10388321 10388322 YPZ3_1821 YPZ3_1822     FALSE 0.006 791.000 0.000 NA   NA
 10388322 10388323 YPZ3_1822 YPZ3_1823     TRUE 0.904 6.000 0.000 NA   NA
 10388323 10388324 YPZ3_1823 YPZ3_1824     TRUE 0.954 -13.000 0.000 NA   NA
 10388324 10388325 YPZ3_1824 YPZ3_1825     FALSE 0.058 341.000 0.000 NA   NA
 10388325 10388326 YPZ3_1825 YPZ3_1826     TRUE 0.710 105.000 0.000 0.045   NA
 10388327 10388328 YPZ3_1827 YPZ3_1828     FALSE 0.141 247.000 0.000 1.000   NA
 10388331 10388332 YPZ3_1831 YPZ3_1832     FALSE 0.304 170.000 0.000 NA   NA
 10388333 10388334 YPZ3_1833 YPZ3_1834     TRUE 0.983 -3.000 0.167 NA   NA
 10388334 10388335 YPZ3_1834 YPZ3_1835     TRUE 0.948 -3.000 0.000 NA   NA
 10388335 10388336 YPZ3_1835 YPZ3_1836     TRUE 0.927 0.000 0.000 1.000   NA
 10388336 10388337 YPZ3_1836 YPZ3_1837     FALSE 0.171 134.000 0.054 NA N NA
 10388337 10388338 YPZ3_1837 YPZ3_1838     TRUE 0.996 -3.000 0.550 NA   NA
 10388338 10388339 YPZ3_1838 YPZ3_1839     TRUE 0.668 98.000 0.133 1.000   NA
 10388339 10388340 YPZ3_1839 YPZ3_1840     TRUE 0.963 14.000 0.200 NA   NA
 10388340 10388341 YPZ3_1840 YPZ3_1841     TRUE 0.445 137.000 0.067 NA   NA
 10388343 10388344 YPZ3_1843 YPZ3_1844     TRUE 0.954 0.000 0.067 NA   NA
 10388345 10388346 YPZ3_1845 YPZ3_1846 hutC hutI FALSE 0.010 204.000 0.010 1.000 N NA
 10388346 10388347 YPZ3_1846 YPZ3_1847 hutI hutG TRUE 0.586 -3.000 0.031 1.000 N NA
 10388348 10388349 YPZ3_1848 YPZ3_1849     TRUE 0.982 0.000 0.000 1.000 Y NA
 10388349 10388350 YPZ3_1849 YPZ3_1850     FALSE 0.000 1140.000 0.000 1.000 N NA
 10388350 10388351 YPZ3_1850 YPZ3_1851     TRUE 0.940 25.000 0.000 1.000 Y NA
 10388351 10388352 YPZ3_1851 YPZ3_1852     TRUE 0.994 -7.000 0.000 0.058 Y NA
 10388352 10388353 YPZ3_1852 YPZ3_1853     TRUE 0.930 67.000 0.000 0.058 Y NA
 10388353 10388354 YPZ3_1853 YPZ3_1854     TRUE 0.766 30.000 0.000 1.000   NA
 10388354 10388355 YPZ3_1854 YPZ3_1855     FALSE 0.007 668.000 0.000 1.000   NA
 10388356 10388357 YPZ3_1856 YPZ3_1857     TRUE 0.880 12.000 0.000 NA   NA
 10388358 10388359 YPZ3_1858 YPZ3_1859     TRUE 0.980 0.000 0.000 0.029   NA
 10388359 10388360 YPZ3_1859 YPZ3_1860     TRUE 0.692 48.000 0.000 1.000   NA
 10388361 10388362 YPZ3_1861 YPZ3_1862     FALSE 0.008 675.000 0.000 NA   NA
 10388362 10388363 YPZ3_1862 YPZ3_1863     TRUE 0.905 183.000 0.521 0.073   NA
 10388363 10388364 YPZ3_1863 YPZ3_1864     FALSE 0.203 220.000 0.000 NA   NA
 10388365 10388366 YPZ3_t25 YPZ3_t26     TRUE 0.884 11.000 0.000 NA   NA
 10388366 10388367 YPZ3_t26 YPZ3_t27     TRUE 0.695 53.000 0.000 NA   NA
 10388367 10388368 YPZ3_t27 YPZ3_1865   pgsA FALSE 0.351 145.000 0.000 NA   NA
 10388368 10388369 YPZ3_1865 YPZ3_1866 pgsA uvrC TRUE 0.821 59.000 0.227 1.000 N NA
 10388369 10388370 YPZ3_1866 YPZ3_1867 uvrC uvrY TRUE 0.836 59.000 0.086 0.026 N NA
 10388372 10388373 YPZ3_1869 YPZ3_t28     FALSE 0.008 687.000 0.000 NA   NA
 10388377 10388378 YPZ3_1873 YPZ3_1874     TRUE 0.994 11.000 0.378 NA Y NA
 10388378 10388379 YPZ3_1874 YPZ3_1875     TRUE 0.987 30.000 0.356 NA Y NA
 10388379 10388380 YPZ3_1875 YPZ3_1876   putP FALSE 0.013 333.000 0.000 NA N NA
 10388381 10388382 YPZ3_1877 YPZ3_1878 putA   FALSE 0.006 833.000 0.000 NA   NA
 10388383 10388384 YPZ3_1879 YPZ3_1880     TRUE 0.988 3.000 0.150 1.000 Y NA
 10388384 10388385 YPZ3_1880 YPZ3_1881   fliY TRUE 0.994 0.000 0.100 0.074 Y NA
 10388385 10388386 YPZ3_1881 YPZ3_1882 fliY   TRUE 0.946 124.000 0.469 1.000 Y NA
 10388386 10388387 YPZ3_1882 YPZ3_1883   fliZ FALSE 0.158 262.000 0.062 1.000   NA
 10388387 10388388 YPZ3_1883 YPZ3_1884 fliZ fliA FALSE 0.322 222.000 0.108 1.000   NA
 10388388 10388389 YPZ3_1884 YPZ3_1885 fliA fliC FALSE 0.007 347.000 0.000 1.000 N NA
 10388390 10388391 YPZ3_1886 YPZ3_1887 fliD   TRUE 0.984 68.000 0.284 0.004 Y NA
 10388391 10388392 YPZ3_1887 YPZ3_1888     FALSE 0.001 674.000 0.000 1.000 N NA
 10388392 10388393 YPZ3_1888 YPZ3_1889     FALSE 0.043 354.000 0.000 1.000   NA
 10388393 10388394 YPZ3_1889 YPZ3_1890     TRUE 0.673 149.000 0.200 NA   NA
 10388394 10388395 YPZ3_1890 YPZ3_1891     FALSE 0.258 161.000 0.006 NA   NA
 10388397 10388398 YPZ3_1893 YPZ3_1894 fliF fliG TRUE 0.998 -3.000 0.220 0.011 Y NA
 10388398 10388399 YPZ3_1894 YPZ3_1895 fliG fliH TRUE 0.995 -7.000 0.007 0.006 Y NA
 10388399 10388400 YPZ3_1895 YPZ3_1896 fliH fliI TRUE 0.992 -37.000 0.115 1.000 Y NA
 10388400 10388401 YPZ3_1896 YPZ3_1897 fliI fliJ TRUE 0.797 100.000 0.073 1.000 Y NA
 10388401 10388402 YPZ3_1897 YPZ3_1898 fliJ fliK TRUE 0.999 -3.000 0.317 0.011 Y NA
 10388402 10388403 YPZ3_1898 YPZ3_1899 fliK   TRUE 0.727 174.000 0.119 1.000 Y NA
 10388403 10388404 YPZ3_1899 YPZ3_1900   fliM TRUE 1.000 6.000 0.957 0.002 Y NA
 10388404 10388405 YPZ3_1900 YPZ3_1901 fliM   TRUE 0.985 39.000 0.137 0.002 Y NA
 10388405 10388406 YPZ3_1901 YPZ3_1902   fliO TRUE 0.997 0.000 0.443 1.000 Y NA
 10388406 10388407 YPZ3_1902 YPZ3_1903 fliO fliP TRUE 0.995 -3.000 0.203 1.000 Y NA
 10388407 10388408 YPZ3_1903 YPZ3_1904 fliP fliR FALSE 0.128 379.000 0.000 1.000 Y NA
 10388408 10388409 YPZ3_1904 YPZ3_1905 fliR   FALSE 0.023 434.000 0.000 1.000   NA
 10388410 10388411 YPZ3_1906 YPZ3_1907     TRUE 0.907 49.000 0.000 NA Y NA
 10388411 10388412 YPZ3_1907 YPZ3_1908     TRUE 0.994 3.000 0.286 1.000 Y NA
 10388412 10388413 YPZ3_1908 YPZ3_1909     TRUE 0.866 66.000 0.000 NA Y NA
 10388413 10388414 YPZ3_1909 YPZ3_1910     TRUE 0.997 43.000 1.000 NA Y NA
 10388414 10388415 YPZ3_1910 YPZ3_1911     FALSE 0.343 130.000 0.000 1.000   NA
 10388417 10388418 YPZ3_1913 YPZ3_1914 flgL flgK TRUE 0.927 139.000 0.142 0.002 Y NA
 10388418 10388419 YPZ3_1914 YPZ3_1915 flgK flgJ FALSE 0.415 871.000 0.705 0.004 Y NA
 10388419 10388420 YPZ3_1915 YPZ3_1916 flgJ flgI TRUE 0.994 0.000 0.048 0.013 Y NA
 10388420 10388421 YPZ3_1916 YPZ3_1917 flgI flgH TRUE 0.988 15.000 0.085 0.013 Y NA
 10388421 10388422 YPZ3_1917 YPZ3_1918 flgH flgG TRUE 0.882 144.000 0.268 1.000 Y NA
 10388422 10388423 YPZ3_1918 YPZ3_1919 flgG flgF TRUE 0.998 -19.000 0.420 1.000 Y NA
 10388423 10388424 YPZ3_1919 YPZ3_1920 flgF flgE TRUE 0.987 22.000 0.095 0.007 Y NA
 10388424 10388425 YPZ3_1920 YPZ3_1921 flgE flgD TRUE 0.550 202.000 0.000 NA Y NA
 10388425 10388426 YPZ3_1921 YPZ3_1922 flgD flgC TRUE 0.984 15.000 0.186 NA Y NA
 10388426 10388427 YPZ3_1922 YPZ3_1923 flgC flgB TRUE 0.999 6.000 0.824 0.006 Y NA
 10388428 10388429 YPZ3_1924 YPZ3_1925 flgA flgM TRUE 0.906 151.000 0.330 NA Y NA
 10388429 10388430 YPZ3_1925 YPZ3_1926 flgM flgN TRUE 0.996 19.000 0.361 0.003 Y NA
 10388431 10388432 YPZ3_1927 YPZ3_1928     TRUE 0.495 90.000 0.000 NA   NA
 10388432 10388433 YPZ3_1928 YPZ3_1929   flhE FALSE 0.003 1607.000 0.000 1.000   NA
 10388433 10388434 YPZ3_1929 YPZ3_1930 flhE flhA TRUE 0.986 0.000 0.053 0.003   NA
 10388434 10388435 YPZ3_1930 YPZ3_1931 flhA flhB TRUE 0.998 0.000 0.287 0.012 Y NA
 10388436 10388437 YPZ3_1932 YPZ3_1933     TRUE 0.998 -6.000 0.800 NA   NA
 10388438 10388439 YPZ3_1934 YPZ3_1935     TRUE 0.952 97.000 0.704 NA   NA
 10388439 10388440 YPZ3_1935 YPZ3_1936     TRUE 0.995 3.000 0.613 1.000   NA
 10388440 10388441 YPZ3_1936 YPZ3_1937   ftnA FALSE 0.027 397.000 0.029 1.000   NA
 10388441 10388442 YPZ3_1937 YPZ3_1938 ftnA pip FALSE 0.007 691.000 0.000 1.000   NA
 10388442 10388443 YPZ3_1938 YPZ3_1939 pip ptrB FALSE 0.022 722.000 0.000 0.020   NA
 10388443 10388444 YPZ3_1939 YPZ3_1940 ptrB   FALSE 0.079 310.000 0.000 NA   NA
 10388444 10388445 YPZ3_1940 YPZ3_1941     TRUE 0.521 92.000 0.048 NA   NA
 10388445 10388446 YPZ3_1941 YPZ3_1942     TRUE 0.782 40.000 0.053 NA   NA
 10388446 10388447 YPZ3_1942 YPZ3_1943   dbpA FALSE 0.414 94.000 0.014 NA   NA
 10388448 10388449 YPZ3_1944 YPZ3_1945 purT   FALSE 0.002 548.000 0.000 1.000 N NA
 10388449 10388450 YPZ3_1945 YPZ3_1946     TRUE 0.974 -3.000 0.116 1.000   NA
 10388450 10388451 YPZ3_1946 YPZ3_1947     FALSE 0.061 708.000 0.409 1.000   NA
 10388452 10388453 YPZ3_1948 YPZ3_1949 hpaC hpaB TRUE 0.987 21.000 0.226 0.001   NA
 10388453 10388454 YPZ3_1949 YPZ3_1950 hpaB hpaX FALSE 0.158 68.000 0.000 1.000 N NA
 10388454 10388455 YPZ3_1950 YPZ3_1951 hpaX hpaI TRUE 0.973 26.000 0.175 1.000 Y NA
 10388455 10388456 YPZ3_1951 YPZ3_1952 hpaI hpaH TRUE 0.979 11.000 0.439 1.000 N NA
 10388456 10388457 YPZ3_1952 YPZ3_1953 hpaH hpaF TRUE 0.985 -6.000 0.282 1.000 N NA
 10388457 10388458 YPZ3_1953 YPZ3_1954 hpaF hpaD TRUE 0.968 25.000 0.330 1.000   NA
 10388458 10388459 YPZ3_1954 YPZ3_1955 hpaD hpaE TRUE 0.848 119.000 0.378 1.000   NA
 10388459 10388460 YPZ3_1955 YPZ3_1956 hpaE   TRUE 0.997 -3.000 0.510 0.044 N NA
 10388460 10388461 YPZ3_1956 YPZ3_1957     TRUE 1.000 -3.000 0.618 0.001 Y NA
 10388464 10388465 YPZ3_1960 YPZ3_1961 manX manY TRUE 0.924 92.000 0.064 0.006 Y NA
 10388465 10388466 YPZ3_1961 YPZ3_1962 manY   TRUE 0.991 151.000 0.939 0.006 Y NA
 10388466 10388467 YPZ3_1962 YPZ3_1963     TRUE 0.895 200.000 0.755 NA   NA
 10388467 10388468 YPZ3_1963 YPZ3_1964     FALSE 0.027 429.000 0.000 NA   NA
 10388472 10388473 YPZ3_1968 YPZ3_1969     FALSE 0.003 1461.000 0.000 NA   NA
 10388475 10388476 YPZ3_1971 YPZ3_1972     FALSE 0.001 902.000 0.000 1.000 N NA
 10388476 10388477 YPZ3_1972 YPZ3_1973     FALSE 0.026 103.000 0.021 1.000 N NA
 10388477 10388478 YPZ3_1973 YPZ3_1974     FALSE 0.005 911.000 0.000 NA   NA
 10388478 10388479 YPZ3_1974 YPZ3_t29     FALSE 0.289 178.000 0.000 NA   NA
 10388480 10388481 YPZ3_1975 YPZ3_1976     TRUE 0.982 0.000 0.000 1.000 Y NA
 10388481 10388482 YPZ3_1976 YPZ3_1977     TRUE 0.915 14.000 0.000 0.046 N NA
 10388482 10388483 YPZ3_1977 YPZ3_1978     FALSE 0.002 475.000 0.000 1.000 N NA
 10388483 10388484 YPZ3_1978 YPZ3_1979   kdgF TRUE 0.720 48.000 0.000 NA   NA
 10388485 10388486 YPZ3_1980 YPZ3_1981 kduI kduD1 TRUE 0.631 92.000 0.192 1.000 N NA
 10388486 10388487 YPZ3_1981 YPZ3_1982 kduD1 pelW FALSE 0.054 336.000 0.000 1.000   NA
 10388487 10388488 YPZ3_1982 YPZ3_1983 pelW   TRUE 0.658 161.000 0.217 1.000   NA
 10388488 10388489 YPZ3_1983 YPZ3_1984     TRUE 1.000 -7.000 0.917 0.057 Y NA
 10388489 10388490 YPZ3_1984 YPZ3_1985     TRUE 0.990 14.000 0.131 0.057 Y NA
 10388490 10388491 YPZ3_1985 YPZ3_1986     TRUE 0.987 16.000 0.101 0.057 Y NA
 10388491 10388492 YPZ3_1986 YPZ3_1987     FALSE 0.226 298.000 0.000 0.057   NA
 10388492 10388493 YPZ3_1987 YPZ3_1988     FALSE 0.019 480.000 0.000 NA   NA
 10388493 10388494 YPZ3_1988 YPZ3_1989     FALSE 0.374 204.000 0.102 NA   NA
 10388495 10388496 YPZ3_1990 YPZ3_1991   kdgR FALSE 0.004 385.000 0.000 1.000 N NA
 10388496 10388497 YPZ3_1991 YPZ3_1992 kdgR ogl FALSE 0.102 187.000 0.059 1.000 N NA
 10388499 10388500 YPZ3_1994 YPZ3_1995     TRUE 0.993 -3.000 0.167 1.000 Y NA
 10388500 10388501 YPZ3_1995 YPZ3_1996     TRUE 0.993 -3.000 0.167 1.000 Y NA
 10388501 10388502 YPZ3_1996 YPZ3_1997     TRUE 0.985 82.000 0.750 1.000 Y NA
 10388502 10388503 YPZ3_1997 YPZ3_1998     TRUE 0.951 195.000 0.750 1.000 Y NA
 10388503 10388504 YPZ3_1998 YPZ3_1999     FALSE 0.001 658.000 0.000 1.000 N NA
 10388504 10388505 YPZ3_1999 YPZ3_2000     FALSE 0.035 474.000 0.042 0.020 N NA
 10388505 10388506 YPZ3_2000 YPZ3_2001     TRUE 0.952 20.000 0.304 NA N NA
 10388506 10388507 YPZ3_2001 YPZ3_2002     TRUE 0.825 96.000 0.081 NA Y NA
 10388508 10388509 YPZ3_2003 YPZ3_2004     TRUE 0.999 -31.000 0.840 NA   NA
 10388509 10388510 YPZ3_2004 YPZ3_2005     FALSE 0.019 479.000 0.000 NA   NA
 10388510 10388511 YPZ3_2005 YPZ3_2006     TRUE 0.911 45.000 0.192 NA   NA
 10388511 10388512 YPZ3_2006 YPZ3_2007     FALSE 0.010 609.000 0.000 NA   NA
 10388512 10388513 YPZ3_2007 YPZ3_2008     TRUE 0.973 171.000 0.879 NA Y NA
 10388513 10388514 YPZ3_2008 YPZ3_2009     TRUE 0.907 206.000 0.848 NA   NA
 10388516 10388517 YPZ3_2011 YPZ3_2012     TRUE 0.982 0.000 0.000 1.000 Y NA
 10388520 10388521 YPZ3_2015 YPZ3_2016     TRUE 0.452 100.000 0.000 NA   NA
 10388521 10388522 YPZ3_2016 YPZ3_2017     TRUE 0.823 23.000 0.000 NA   NA
 10388522 10388523 YPZ3_2017 YPZ3_2018     FALSE 0.002 474.000 0.000 1.000 N NA
 10388523 10388524 YPZ3_2018 YPZ3_2019   cheZ FALSE 0.001 571.000 0.000 1.000 N NA
 10388524 10388525 YPZ3_2019 YPZ3_2020 cheZ cheY TRUE 0.993 10.000 0.333 1.000 Y NA
 10388525 10388526 YPZ3_2020 YPZ3_2021 cheY cheB TRUE 0.967 101.000 0.286 0.010 Y NA
 10388526 10388527 YPZ3_2021 YPZ3_2022 cheB cheR TRUE 0.987 0.000 0.087 1.000 Y NA
 10388527 10388528 YPZ3_2022 YPZ3_2023 cheR tap TRUE 0.688 227.000 0.188 1.000 Y NA
 10388528 10388529 YPZ3_2023 YPZ3_2024 tap cheD TRUE 0.963 184.000 0.429 0.002 Y NA
 10388529 10388530 YPZ3_2024 YPZ3_2025 cheD   FALSE 0.172 241.000 0.000 NA   NA
 10388530 10388531 YPZ3_2025 YPZ3_2026     TRUE 0.602 69.000 0.000 NA   NA
 10388531 10388532 YPZ3_2026 YPZ3_2027     FALSE 0.015 528.000 0.000 NA   NA
 10388532 10388533 YPZ3_2027 YPZ3_2028     FALSE 0.019 475.000 0.000 NA   NA
 10388534 10388535 YPZ3_2029 YPZ3_2030     TRUE 0.991 -3.000 0.400 NA N NA
 10388535 10388536 YPZ3_2030 YPZ3_2031     TRUE 0.976 13.000 0.400 NA N NA
 10388537 10388538 YPZ3_2032 YPZ3_2033 cheW   TRUE 0.969 163.000 0.447 0.004 Y NA
 10388538 10388539 YPZ3_2033 YPZ3_2034   motB TRUE 0.998 17.000 0.913 1.000 Y NA
 10388539 10388540 YPZ3_2034 YPZ3_2035 motB motA TRUE 0.998 -3.000 0.429 1.000 Y NA
 10388540 10388541 YPZ3_2035 YPZ3_2036 motA   TRUE 0.733 205.000 0.408 1.000   NA
 10388541 10388542 YPZ3_2036 YPZ3_2037   mgtB FALSE 0.003 1543.000 0.000 1.000   NA
 10388542 10388543 YPZ3_2037 YPZ3_2038 mgtB   FALSE 0.044 401.000 0.065 NA   NA
 10388544 10388545 YPZ3_2039 YPZ3_2040     TRUE 0.999 -46.000 0.667 0.008   NA
 10388545 10388546 YPZ3_2040 YPZ3_2041   lacZ FALSE 0.003 1372.000 0.000 1.000   NA
 10388546 10388547 YPZ3_2041 YPZ3_2042 lacZ   FALSE 0.004 408.000 0.000 1.000 N NA
 10388547 10388548 YPZ3_2042 YPZ3_2043     FALSE 0.109 283.000 0.000 NA   NA
 10388548 10388549 YPZ3_2043 YPZ3_2044     FALSE 0.017 506.000 0.000 NA   NA
 10388549 10388550 YPZ3_2044 YPZ3_2045     TRUE 0.513 92.000 0.045 NA   NA
 10388551 10388552 YPZ3_2046 YPZ3_2047     FALSE 0.015 532.000 0.000 NA   NA
 10388553 10388554 YPZ3_2048 YPZ3_2049     FALSE 0.001 920.000 0.000 1.000 N NA
 10388554 10388555 YPZ3_2049 YPZ3_2050     FALSE 0.012 656.000 0.000 0.068 N NA
 10388557 10388558 YPZ3_2052 YPZ3_2053     TRUE 0.972 -7.000 0.182 1.000 N NA
 10388558 10388559 YPZ3_2053 YPZ3_2054     FALSE 0.333 187.000 0.158 1.000 N NA
 10388559 10388560 YPZ3_2054 YPZ3_2055     TRUE 0.872 58.000 0.180 NA   NA
 10388560 10388561 YPZ3_2055 YPZ3_2056   purB TRUE 0.769 61.000 0.093 NA   NA
 10388561 10388562 YPZ3_2056 YPZ3_2057 purB   FALSE 0.177 188.000 0.002 1.000   NA
 10388562 10388563 YPZ3_2057 YPZ3_2058   phoP FALSE 0.198 211.000 0.000 1.000   NA
 10388563 10388564 YPZ3_2058 YPZ3_2059 phoP phoQ TRUE 0.995 54.000 0.940 1.000 Y NA
 10388564 10388565 YPZ3_2059 YPZ3_2060 phoQ   TRUE 0.915 84.000 0.408 NA   NA
 10388566 10388567 YPZ3_2061 YPZ3_2062     FALSE 0.002 330.000 0.019 1.000 N NA
 10388567 10388568 YPZ3_2062 YPZ3_2063     TRUE 0.686 194.000 0.119 1.000 Y NA
 10388568 10388569 YPZ3_2063 YPZ3_2064     TRUE 0.925 19.000 0.225 1.000 N NA
 10388569 10388570 YPZ3_2064 YPZ3_2065     TRUE 0.977 0.000 0.125 0.073 N NA
 10388570 10388571 YPZ3_2065 YPZ3_2066     TRUE 0.988 -7.000 0.175 0.073 N NA
 10388573 10388574 YPZ3_2068 YPZ3_2069     FALSE 0.057 330.000 0.000 1.000   NA
 10388574 10388575 YPZ3_2069 YPZ3_2070     TRUE 0.468 96.000 0.000 NA   NA
 10388575 10388576 YPZ3_2070 YPZ3_2071     TRUE 0.897 8.000 0.000 NA   NA
 10388576 10388577 YPZ3_2071 YPZ3_2072     FALSE 0.007 742.000 0.000 NA   NA
 10388577 10388578 YPZ3_2072 YPZ3_2073     FALSE 0.052 375.000 0.057 NA   NA
 10388578 10388579 YPZ3_2073 YPZ3_2074   nagZ TRUE 0.520 128.000 0.091 NA   NA
 10388579 10388580 YPZ3_2074 YPZ3_2075 nagZ cotS FALSE 0.328 80.000 0.069 1.000 N NA
 10388580 10388581 YPZ3_2075 YPZ3_2076 cotS   TRUE 0.993 -19.000 0.310 NA   NA
 10388581 10388582 YPZ3_2076 YPZ3_2077     TRUE 0.975 41.000 0.516 NA   NA
 10388582 10388583 YPZ3_2077 YPZ3_2078     TRUE 0.795 35.000 0.051 NA   NA
 10388583 10388584 YPZ3_2078 YPZ3_2079     FALSE 0.014 174.000 0.003 1.000 N NA
 10388584 10388585 YPZ3_2079 YPZ3_2080     FALSE 0.002 473.000 0.000 1.000 N NA
 10388585 10388586 YPZ3_2080 YPZ3_2081   ptsG FALSE 0.062 139.000 0.000 1.000 N NA
 10388586 10388587 YPZ3_2081 YPZ3_2082 ptsG   FALSE 0.003 306.000 0.004 NA N NA
 10388587 10388588 YPZ3_2082 YPZ3_2083   holB TRUE 0.976 15.000 0.110 NA Y NA
 10388588 10388589 YPZ3_2083 YPZ3_2084 holB tmk TRUE 0.968 0.000 0.211 1.000 N NA
 10388589 10388590 YPZ3_2084 YPZ3_2085 tmk   TRUE 0.997 -10.000 0.209 0.001   NA
 10388590 10388591 YPZ3_2085 YPZ3_2086     TRUE 0.476 223.000 0.204 1.000   NA
 10388591 10388592 YPZ3_2086 YPZ3_2087     FALSE 0.004 416.000 0.000 1.000 N NA
 10388592 10388593 YPZ3_2087 YPZ3_2088     FALSE 0.060 149.000 0.000 1.000 N NA
 10388593 10388594 YPZ3_2088 YPZ3_2089   fabG FALSE 0.055 521.000 0.000 1.000 Y NA
 10388594 10388595 YPZ3_2089 YPZ3_2090 fabG fabD TRUE 0.998 14.000 0.432 0.003 Y NA
 10388595 10388596 YPZ3_2090 YPZ3_2091 fabD fabH TRUE 0.988 38.000 0.182 0.003 Y NA
 10388596 10388597 YPZ3_2091 YPZ3_2092 fabH   TRUE 0.998 7.000 0.380 0.003 Y NA
 10388597 10388598 YPZ3_2092 YPZ3_2093     FALSE 0.128 274.000 0.044 NA   NA
 10388600 10388601 YPZ3_2095 YPZ3_2096     FALSE 0.050 169.000 0.000 1.000 N NA
 10388602 10388603 YPZ3_2097 YPZ3_2098     FALSE 0.095 96.000 0.000 1.000 N NA
 10388603 10388604 YPZ3_2098 YPZ3_2099   pyrC FALSE 0.001 799.000 0.000 1.000 N NA
 10388606 10388607 YPZ3_2101 YPZ3_2102 solA   FALSE 0.017 267.000 0.000 1.000 N NA
 10388608 10388609 YPZ3_2103 YPZ3_2104     FALSE 0.336 149.000 0.033 NA   NA
 10388609 10388610 YPZ3_2104 YPZ3_2105     FALSE 0.004 1051.000 0.000 NA   NA
 10388612 10388613 YPZ3_2107 YPZ3_2108 ypeR   FALSE 0.133 487.000 0.000 0.053 Y NA
 10388614 10388615 YPZ3_2109 YPZ3_2110     TRUE 0.938 47.000 0.286 1.000   NA
 10388615 10388616 YPZ3_2110 YPZ3_2111     TRUE 0.994 11.000 0.714 1.000   NA
 10388617 10388618 YPZ3_2112 YPZ3_2113     TRUE 0.989 11.000 0.468 NA   NA
 10388618 10388619 YPZ3_2113 YPZ3_2114     TRUE 0.993 18.000 0.787 NA   NA
 10388619 10388620 YPZ3_2114 YPZ3_2115     TRUE 0.999 -3.000 0.895 NA   NA
 10388620 10388621 YPZ3_2115 YPZ3_2116     FALSE 0.306 408.000 0.528 NA   NA
 10388621 10388622 YPZ3_2116 YPZ3_2117     TRUE 0.998 -3.000 0.707 NA   NA
 11483851 10388622   YPZ3_2117     FALSE NA 360.000 0.000 NA   NA
 11626214 10388622   YPZ3_2117     FALSE NA 360.000 0.000 NA   NA
 11768606 10388622   YPZ3_2117     FALSE NA 360.000 0.000 NA   NA
 11483852 10388622   YPZ3_2117     FALSE NA 388.000 0.000 NA   NA
 11626215 10388622   YPZ3_2117     FALSE NA 388.000 0.000 NA   NA
 11768607 10388622   YPZ3_2117     FALSE NA 388.000 0.000 NA   NA
 11483853 10388622   YPZ3_2117     FALSE NA 420.000 0.000 NA   NA
 11626216 10388622   YPZ3_2117     FALSE NA 420.000 0.000 NA   NA
 11768608 10388622   YPZ3_2117     FALSE NA 420.000 0.000 NA   NA
 11483854 10388622   YPZ3_2117     FALSE NA 448.000 0.000 NA   NA
 11626217 10388622   YPZ3_2117     FALSE NA 448.000 0.000 NA   NA
 11768609 10388622   YPZ3_2117     FALSE NA 448.000 0.000 NA   NA
 11483855 10388622   YPZ3_2117     FALSE NA 480.000 0.000 NA   NA
 11626218 10388622   YPZ3_2117     FALSE NA 480.000 0.000 NA   NA
 11768610 10388622   YPZ3_2117     FALSE NA 480.000 0.000 NA   NA
 11483856 10388622   YPZ3_2117     FALSE NA 508.000 0.000 NA   NA
 11626219 10388622   YPZ3_2117     FALSE NA 508.000 0.000 NA   NA
 11768611 10388622   YPZ3_2117     FALSE NA 508.000 0.000 NA   NA
 11483857 10388622   YPZ3_2117     FALSE NA 540.000 0.000 NA   NA
 11626220 10388622   YPZ3_2117     FALSE NA 540.000 0.000 NA   NA
 11768612 10388622   YPZ3_2117     FALSE NA 540.000 0.000 NA   NA
 11483858 10388622   YPZ3_2117     FALSE NA 568.000 0.000 NA   NA
 11626221 10388622   YPZ3_2117     FALSE NA 568.000 0.000 NA   NA
 11768613 10388622   YPZ3_2117     FALSE NA 568.000 0.000 NA   NA
 11483859 10388622   YPZ3_2117     FALSE NA 600.000 0.000 NA   NA
 11626222 10388622   YPZ3_2117     FALSE NA 600.000 0.000 NA   NA
 11768614 10388622   YPZ3_2117     FALSE NA 600.000 0.000 NA   NA
 11483860 10388622   YPZ3_2117     FALSE NA 628.000 0.000 NA   NA
 11626223 10388622   YPZ3_2117     FALSE NA 628.000 0.000 NA   NA
 11768615 10388622   YPZ3_2117     FALSE NA 628.000 0.000 NA   NA
 11483861 10388622   YPZ3_2117     FALSE NA 660.000 0.000 NA   NA
 11626224 10388622   YPZ3_2117     FALSE NA 660.000 0.000 NA   NA
 11768616 10388622   YPZ3_2117     FALSE NA 660.000 0.000 NA   NA
 11483862 10388622   YPZ3_2117     FALSE NA 688.000 0.000 NA   NA
 11626225 10388622   YPZ3_2117     FALSE NA 688.000 0.000 NA   NA
 11768617 10388622   YPZ3_2117     FALSE NA 688.000 0.000 NA   NA
 11483863 10388622   YPZ3_2117     FALSE NA 720.000 0.000 NA   NA
 11626226 10388622   YPZ3_2117     FALSE NA 720.000 0.000 NA   NA
 11768618 10388622   YPZ3_2117     FALSE NA 720.000 0.000 NA   NA
 11483864 10388622   YPZ3_2117     FALSE NA 748.000 0.000 NA   NA
 11626227 10388622   YPZ3_2117     FALSE NA 748.000 0.000 NA   NA
 11768619 10388622   YPZ3_2117     FALSE NA 748.000 0.000 NA   NA
 11483865 10388622   YPZ3_2117     FALSE NA 780.000 0.000 NA   NA
 11626228 10388622   YPZ3_2117     FALSE NA 780.000 0.000 NA   NA
 11768620 10388622   YPZ3_2117     FALSE NA 780.000 0.000 NA   NA
 10388624 10388625 YPZ3_2119 YPZ3_2120     TRUE 0.750 39.000 0.000 NA   NA
 10388625 10388626 YPZ3_2120 YPZ3_2121     FALSE 0.396 123.000 0.000 NA   NA
 10388626 10388627 YPZ3_2121 YPZ3_2122     TRUE 0.788 30.000 0.000 NA   NA
 10388627 10388628 YPZ3_2122 YPZ3_2123     TRUE 0.678 147.000 0.000 NA Y NA
 10388628 10388629 YPZ3_2123 YPZ3_2124     TRUE 0.999 1.000 0.711 0.056 Y NA
 10388629 10388630 YPZ3_2124 YPZ3_2125     TRUE 0.988 109.000 0.733 0.056 Y NA
 10388631 10388632 YPZ3_2126 YPZ3_2127   manB FALSE 0.405 17.000 0.000 1.000 N NA
 10388632 10388633 YPZ3_2127 YPZ3_2128 manB mtlK TRUE 0.750 100.000 0.000 1.000 Y NA
 10388634 10388635 YPZ3_2129 YPZ3_2130     FALSE 0.051 351.000 0.000 NA   NA
 10388635 10388636 YPZ3_2130 YPZ3_2131     FALSE 0.004 1283.000 0.000 NA   NA
 10388636 10388637 YPZ3_2131 YPZ3_2132     FALSE 0.004 1160.000 0.000 NA   NA
 10388637 10388638 YPZ3_2132 YPZ3_2133     TRUE 0.924 2.000 0.000 NA   NA
 10388638 10388639 YPZ3_2133 YPZ3_2134     TRUE 0.537 201.000 0.000 1.000 Y NA
 10388639 10388640 YPZ3_2134 YPZ3_2135     FALSE 0.001 653.000 0.000 1.000 N NA
 10388640 10388641 YPZ3_2135 YPZ3_2136     TRUE 0.548 111.000 0.000 0.032 N NA
 10388641 10388642 YPZ3_2136 YPZ3_2137     TRUE 0.498 117.000 0.167 1.000 N NA
 10388642 10388643 YPZ3_2137 YPZ3_2138     FALSE 0.040 617.000 0.333 1.000 N NA
 10388644 10388645 YPZ3_2139 YPZ3_2140     TRUE 0.617 247.000 0.000 0.052 Y NA
 10388646 10388647 YPZ3_2141 YPZ3_2142 rbsC rbsA TRUE 0.997 -3.000 0.111 0.005 Y NA
 10388647 10388648 YPZ3_2142 YPZ3_2143 rbsA rbsB TRUE 0.954 40.000 0.125 NA Y NA
 10388648 10388649 YPZ3_2143 YPZ3_2144 rbsB   FALSE 0.315 175.000 0.125 NA N NA
 10388649 10388650 YPZ3_2144 YPZ3_2145     FALSE 0.007 742.000 0.000 NA   NA
 10388650 10388651 YPZ3_2145 YPZ3_2146     FALSE 0.249 196.000 0.000 NA   NA
 10388651 10388652 YPZ3_2146 YPZ3_2147     FALSE 0.175 238.000 0.000 NA   NA
 10388652 10388653 YPZ3_2147 YPZ3_2148   ompX FALSE 0.009 316.000 0.000 1.000 N NA
 10388654 10388655 YPZ3_2149 YPZ3_2150     TRUE 0.804 16.000 0.016 1.000   NA
 10388655 10388656 YPZ3_2150 YPZ3_2151   tam TRUE 0.937 23.000 0.000 0.043   NA
 10388656 10388657 YPZ3_2151 YPZ3_2152 tam dps FALSE 0.125 257.000 0.000 1.000   NA
 10388657 10388658 YPZ3_2152 YPZ3_2153 dps   FALSE 0.064 320.000 0.000 1.000   NA
 10388658 10388659 YPZ3_2153 YPZ3_2154   glnH FALSE 0.011 570.000 0.000 1.000   NA
 10388659 10388660 YPZ3_2154 YPZ3_2155 glnH glnP TRUE 0.974 35.000 0.103 0.071 Y NA
 10388660 10388661 YPZ3_2155 YPZ3_2156 glnP glnQ TRUE 0.987 -3.000 0.051 1.000 Y NA
 10388663 10388664 YPZ3_2158 YPZ3_2159     TRUE 0.982 0.000 0.000 1.000 Y NA
 10388664 10388665 YPZ3_2159 YPZ3_2160     TRUE 0.440 95.000 0.000 1.000   NA
 10388665 10388666 YPZ3_2160 YPZ3_2161     TRUE 0.986 95.000 1.000 0.065   NA
 10388666 10388667 YPZ3_2161 YPZ3_t30     FALSE 0.409 117.000 0.000 NA   NA
 10388667 10388668 YPZ3_t30 YPZ3_2162     FALSE 0.076 313.000 0.000 NA   NA
 10388668 10388669 YPZ3_2162 YPZ3_2163     TRUE 0.682 193.000 0.286 NA   NA
 10388669 10388670 YPZ3_2163 YPZ3_2164   dppA FALSE 0.002 669.000 0.000 NA N NA
 10388670 10388671 YPZ3_2164 YPZ3_2165 dppA   TRUE 0.501 307.000 0.087 0.056 Y NA
 10388671 10388672 YPZ3_2165 YPZ3_2166   dppC TRUE 0.993 82.000 0.779 0.056 Y NA
 10388672 10388673 YPZ3_2166 YPZ3_2167 dppC dppD TRUE 0.996 14.000 0.560 1.000 Y NA
 10388673 10388674 YPZ3_2167 YPZ3_2168 dppD dppF TRUE 0.999 -3.000 0.500 0.001 Y NA
 10388674 10388675 YPZ3_2168 YPZ3_2169 dppF   FALSE 0.009 319.000 0.000 1.000 N NA
 10388675 10388676 YPZ3_2169 YPZ3_2170     FALSE 0.010 314.000 0.000 1.000 N NA
 10388676 10388677 YPZ3_2170 YPZ3_2171     FALSE 0.024 640.000 0.000 0.099   NA
 10388677 10388678 YPZ3_2171 YPZ3_2172   pelY TRUE 0.483 246.000 0.250 1.000   NA
 10388678 10388679 YPZ3_2172 YPZ3_2173 pelY   TRUE 0.756 125.000 0.250 1.000   NA
 10388679 10388680 YPZ3_2173 YPZ3_2174   dctA FALSE 0.020 455.000 0.000 1.000   NA
 10388680 10388681 YPZ3_2174 YPZ3_2175 dctA   FALSE 0.068 365.000 0.088 1.000   NA
 10388683 10388684 YPZ3_2177 YPZ3_2178     FALSE 0.018 305.000 0.000 NA N NA
 10388685 10388686 YPZ3_2179 YPZ3_2180 cdh   TRUE 0.895 4.000 0.033 1.000   NA
 10388687 10388688 YPZ3_2181 YPZ3_2182 yapE   FALSE 0.289 178.000 0.000 NA   NA
 10388688 10388689 YPZ3_2182 YPZ3_2183     TRUE 0.924 2.000 0.000 NA   NA
 10388689 10388690 YPZ3_2183 YPZ3_2184     TRUE 0.611 68.000 0.000 NA   NA
 10388691 10388692 YPZ3_2185 YPZ3_2186 glxK   TRUE 0.992 11.000 0.295 1.000 Y NA
 10388692 10388693 YPZ3_2186 YPZ3_2187     TRUE 0.595 178.000 0.290 NA N NA
 10388693 10388694 YPZ3_2187 YPZ3_2188   gor FALSE 0.066 192.000 0.000 NA N NA
 10388694 10388695 YPZ3_2188 YPZ3_2189 gor   TRUE 0.472 156.000 0.100 1.000   NA
 10388696 10388697 YPZ3_2190 YPZ3_2191 opdA   TRUE 0.952 4.000 0.098 NA   NA
 10388698 10388699 YPZ3_2192 YPZ3_2193   gdhA FALSE 0.022 248.000 0.000 1.000 N NA
 10388699 10388700 YPZ3_2193 YPZ3_2194 gdhA uspA FALSE 0.022 247.000 0.000 1.000 N NA
 10388702 10388703 YPZ3_2196 YPZ3_2197     FALSE 0.031 215.000 0.000 1.000 N NA
 10388706 10388707 YPZ3_2200 YPZ3_2201     TRUE 0.947 -7.000 0.000 1.000   NA
 10388707 10388708 YPZ3_2201 YPZ3_2202     TRUE 0.947 31.000 0.238 NA   NA
 10388708 10388709 YPZ3_2202 YPZ3_2203     TRUE 0.712 75.000 0.095 NA   NA
 10388709 10388710 YPZ3_2203 YPZ3_2204     TRUE 0.921 26.000 0.149 NA   NA
 10388710 10388711 YPZ3_2204 YPZ3_2205     TRUE 0.987 10.000 0.180 NA Y NA
 10388713 10388714 YPZ3_2207 YPZ3_2208   gntR TRUE 0.518 129.000 0.091 NA   NA
 10388716 10388717 YPZ3_2210 YPZ3_2211     FALSE 0.006 801.000 0.000 NA   NA
 10388719 10388720 YPZ3_2213 YPZ3_2214 asd   FALSE 0.003 3335.000 0.000 1.000   NA
 10388722 10388723 YPZ3_2216 YPZ3_2217   glgX TRUE 0.995 2.000 0.069 0.002 Y NA
 10388723 10388724 YPZ3_2217 YPZ3_2218 glgX glgC TRUE 0.989 10.000 0.228 1.000 Y NA
 10388724 10388725 YPZ3_2218 YPZ3_2219 glgC glgA TRUE 0.962 68.000 0.307 1.000 Y NA
 10388725 10388726 YPZ3_2219 YPZ3_2220 glgA   TRUE 0.856 153.000 0.228 1.000 Y NA
 10388729 10388730 YPZ3_2223 YPZ3_2224     TRUE 0.874 54.000 0.167 NA   NA
 10388731 10388732 YPZ3_2225 YPZ3_2226     TRUE 0.982 0.000 0.000 1.000 Y NA
 10388733 10388734 YPZ3_2227 YPZ3_2228     FALSE 0.004 930.000 0.000 1.000   NA
 10388734 10388735 YPZ3_2228 YPZ3_2229   menE FALSE 0.164 66.000 0.000 1.000 N NA
 10388735 10388736 YPZ3_2229 YPZ3_2230 menE menC TRUE 0.996 -12.000 0.283 0.001 N NA
 10388736 10388737 YPZ3_2230 YPZ3_2231 menC menB TRUE 0.998 0.000 0.171 0.001 Y NA
 10388737 10388738 YPZ3_2231 YPZ3_2232 menB   TRUE 0.975 14.000 0.280 NA   NA
 10388738 10388739 YPZ3_2232 YPZ3_2233   menD TRUE 0.993 -3.000 0.355 NA   NA
 10388739 10388740 YPZ3_2233 YPZ3_2234 menD menF TRUE 0.770 228.000 0.281 1.000 Y NA
 10388740 10388741 YPZ3_2234 YPZ3_2235 menF   FALSE 0.015 528.000 0.000 NA   NA
 10388741 10388742 YPZ3_2235 YPZ3_2236   elaB FALSE 0.013 555.000 0.000 NA   NA
 10388742 10388743 YPZ3_2236 YPZ3_2237 elaB edd FALSE 0.005 926.000 0.000 NA   NA
 10388743 10388744 YPZ3_2237 YPZ3_2238 edd   TRUE 0.857 10.000 0.008 NA   NA
 10388744 10388745 YPZ3_2238 YPZ3_2239     TRUE 0.789 30.000 0.036 NA   NA
 10388745 10388746 YPZ3_2239 YPZ3_2240     FALSE 0.157 546.000 0.667 NA N NA
 10388746 10388747 YPZ3_2240 YPZ3_2241     FALSE 0.003 466.000 0.000 1.000 N NA
 10388748 10388749 YPZ3_2242 YPZ3_2243   idnO FALSE 0.006 759.000 0.000 1.000   NA
 10388749 10388750 YPZ3_2243 YPZ3_2244 idnO idnK TRUE 0.619 49.000 0.095 1.000 N NA
 10388750 10388751 YPZ3_2244 YPZ3_2245 idnK   TRUE 0.882 78.000 0.095 NA Y NA
 10388752 10388753 YPZ3_2246 YPZ3_2247   nuoN FALSE 0.140 236.000 0.011 NA   NA
 10388753 10388754 YPZ3_2247 YPZ3_2248 nuoN nuoM TRUE 0.999 7.000 0.437 0.001 Y NA
 10388754 10388755 YPZ3_2248 YPZ3_2249 nuoM nuoL TRUE 0.998 40.000 0.713 0.001 Y NA
 10388755 10388756 YPZ3_2249 YPZ3_2250 nuoL nuoK TRUE 0.998 -3.000 0.211 0.004 Y NA
 10388756 10388757 YPZ3_2250 YPZ3_2251 nuoK nuoJ TRUE 0.999 -3.000 0.269 0.002 Y NA
 10388757 10388758 YPZ3_2251 YPZ3_2252 nuoJ nuoI TRUE 0.998 13.000 0.428 0.004 Y NA
 10388758 10388759 YPZ3_2252 YPZ3_2253 nuoI nuoH TRUE 0.997 15.000 0.423 0.004 Y NA
 10388759 10388760 YPZ3_2253 YPZ3_2254 nuoH nuoG TRUE 1.000 -3.000 0.664 0.004 Y NA
 10388760 10388761 YPZ3_2254 YPZ3_2255 nuoG nuoF TRUE 0.962 87.000 0.180 0.004 Y NA
 10388761 10388762 YPZ3_2255 YPZ3_2256 nuoF nuoE TRUE 0.998 -3.000 0.186 0.004 Y NA
 10388762 10388763 YPZ3_2256 YPZ3_2257 nuoE nuoD TRUE 0.998 3.000 0.407 0.004 Y NA
 10388763 10388764 YPZ3_2257 YPZ3_2258 nuoD nuoB TRUE 0.987 141.000 0.691 0.002 Y NA
 10388764 10388765 YPZ3_2258 YPZ3_2259 nuoB nuoA TRUE 0.980 102.000 0.377 0.002 Y NA
 10388765 10388766 YPZ3_2259 YPZ3_2260 nuoA lrhA FALSE 0.001 684.000 0.000 1.000 N NA
 10388767 10388768 YPZ3_2261 YPZ3_2262 aat   TRUE 0.488 151.000 0.104 1.000   NA
 10388769 10388770 YPZ3_2263 YPZ3_2264     FALSE 0.350 232.000 0.136 1.000   NA
 10388770 10388771 YPZ3_2264 YPZ3_2265     TRUE 0.800 165.000 0.375 NA   NA
 10388771 10388772 YPZ3_2265 YPZ3_2266     FALSE 0.258 316.000 0.221 NA   NA
 10388773 10388774 YPZ3_2267 YPZ3_2268 ackA pta TRUE 0.634 378.000 0.634 1.000 Y NA
 10388777 10388778 YPZ3_2271 YPZ3_2272     TRUE 0.743 34.000 0.000 1.000   NA
 10388778 10388779 YPZ3_2272 YPZ3_2273     TRUE 0.714 57.000 0.065 1.000   NA
 10388779 10388780 YPZ3_2273 YPZ3_2274     FALSE 0.031 407.000 0.000 NA   NA
 10388780 10388781 YPZ3_2274 YPZ3_2275     FALSE 0.010 634.000 0.000 NA   NA
 10388782 10388783 YPZ3_2276 YPZ3_2277     TRUE 0.806 14.000 0.093 1.000 N NA
 10388783 10388784 YPZ3_2277 YPZ3_2278     FALSE 0.085 294.000 0.000 1.000   NA
 10388784 10388785 YPZ3_2278 YPZ3_2279     TRUE 0.991 -33.000 0.000 0.001   NA
 10388785 10388786 YPZ3_2279 YPZ3_2280     TRUE 0.889 126.000 0.500 NA   NA
 10388786 10388787 YPZ3_2280 YPZ3_2281   rbsA TRUE 0.992 49.000 0.667 NA Y NA
 10388787 10388788 YPZ3_2281 YPZ3_2282 rbsA   TRUE 0.995 12.000 0.444 1.000 Y NA
 10388788 10388789 YPZ3_2282 YPZ3_2283     TRUE 0.934 24.000 0.176 1.000   NA
 10388789 10388790 YPZ3_2283 YPZ3_2284   rbsK2 TRUE 0.439 125.000 0.064 1.000   NA
 10388790 10388791 YPZ3_2284 YPZ3_2285 rbsK2   TRUE 0.970 15.000 0.086 1.000 Y NA
 10388791 10388792 YPZ3_2285 YPZ3_2286     TRUE 0.987 10.000 0.199 1.000 Y NA
 10388797 10388798 YPZ3_2291 YPZ3_2292   ccrB FALSE 0.004 1018.000 0.000 NA   NA
 10388798 10388799 YPZ3_2292 YPZ3_2293 ccrB lipA FALSE 0.000 1005.000 0.004 1.000 N NA
 10388799 10388800 YPZ3_2293 YPZ3_2294 lipA   TRUE 0.950 193.000 0.319 0.001 Y NA
 10388800 10388801 YPZ3_2294 YPZ3_2295   dacA FALSE 0.001 676.000 0.000 1.000 N NA
 10388801 10388802 YPZ3_2295 YPZ3_2296 dacA   TRUE 0.487 403.000 0.475 NA Y NA
 10388802 10388803 YPZ3_2296 YPZ3_2297   rodA FALSE 0.346 44.000 0.035 NA N NA
 10388803 10388804 YPZ3_2297 YPZ3_2298 rodA pbpA FALSE 0.068 185.000 0.046 1.000 N NA
 10388804 10388805 YPZ3_2298 YPZ3_2299 pbpA   TRUE 0.517 82.000 0.031 NA   NA
 10388805 10388806 YPZ3_2299 YPZ3_2300     TRUE 0.986 4.000 0.307 NA   NA
 10388806 10388807 YPZ3_2300 YPZ3_2301   nadD FALSE 0.186 224.000 0.032 NA   NA
 10388807 10388808 YPZ3_2301 YPZ3_2302 nadD holA TRUE 0.792 -10.000 0.045 1.000 N NA
 10388808 10388809 YPZ3_2302 YPZ3_2303 holA rlpB TRUE 0.974 -3.000 0.199 NA N NA
 10388809 10388810 YPZ3_2303 YPZ3_2304 rlpB leuS TRUE 0.921 15.000 0.182 NA N NA
 10388812 10388813 YPZ3_2306 YPZ3_2307   gltK TRUE 0.997 0.000 0.379 1.000 Y NA
 10388813 10388814 YPZ3_2307 YPZ3_2308 gltK   TRUE 1.000 0.000 0.933 0.016 Y NA
 10388814 10388815 YPZ3_2308 YPZ3_2309   glnH TRUE 0.872 174.000 0.150 0.055 Y NA
 10388815 10388816 YPZ3_2309 YPZ3_2310 glnH cutE FALSE 0.001 765.000 0.000 1.000 N NA
 10388816 10388817 YPZ3_2310 YPZ3_2311 cutE   TRUE 0.987 8.000 0.557 1.000 N NA
 10388817 10388818 YPZ3_2311 YPZ3_2312     TRUE 0.659 118.000 0.150 NA   NA
 10388818 10388819 YPZ3_2312 YPZ3_2313     TRUE 0.995 -3.000 0.457 NA   NA
 10388819 10388820 YPZ3_2313 YPZ3_2314     FALSE 0.136 327.000 0.220 1.000 N NA
 10388822 10388823 YPZ3_t31 YPZ3_t32     TRUE 0.904 6.000 0.000 NA   NA
 10388823 10388824 YPZ3_t32 YPZ3_t33     TRUE 0.773 33.000 0.000 NA   NA
 10388824 10388825 YPZ3_t33 YPZ3_t34     TRUE 0.788 30.000 0.000 NA   NA
 10388825 10388826 YPZ3_t34 YPZ3_t35     TRUE 0.897 8.000 0.000 NA   NA
 10388826 10388827 YPZ3_t35 YPZ3_2316   asnB FALSE 0.022 458.000 0.000 NA   NA
 10388827 10388828 YPZ3_2316 YPZ3_2317 asnB nagD FALSE 0.006 355.000 0.000 1.000 N NA
 10388828 10388829 YPZ3_2317 YPZ3_2318 nagD nagC TRUE 0.866 73.000 0.070 1.000 Y NA
 10388829 10388830 YPZ3_2318 YPZ3_2319 nagC nagA TRUE 0.995 17.000 0.571 1.000 Y NA
 10388830 10388831 YPZ3_2319 YPZ3_2320 nagA nagB TRUE 0.998 20.000 0.557 0.001 Y NA
 10388832 10388833 YPZ3_2321 YPZ3_2322     FALSE 0.031 214.000 0.000 1.000 N NA
 10388833 10388834 YPZ3_2322 YPZ3_2323   glnS FALSE 0.036 202.000 0.000 1.000 N NA
 10388834 10388835 YPZ3_2323 YPZ3_2324 glnS   FALSE 0.006 706.000 0.000 1.000   NA
 10388835 10388836 YPZ3_2324 YPZ3_2325     FALSE 0.058 328.000 0.000 1.000   NA
 10388836 10388837 YPZ3_2325 YPZ3_2326     TRUE 0.959 -22.000 0.054 1.000   NA
 10388838 10388839 YPZ3_2327 YPZ3_2328 fur fldA FALSE 0.057 367.000 0.156 1.000 N NA
 10388839 10388840 YPZ3_2328 YPZ3_2329 fldA   FALSE 0.001 1036.000 0.000 NA N NA
 10388840 10388841 YPZ3_2329 YPZ3_2330     FALSE 0.003 1705.000 0.000 NA   NA
 10388841 10388842 YPZ3_2330 YPZ3_2331     TRUE 0.840 16.000 0.000 1.000   NA
 10388842 10388843 YPZ3_2331 YPZ3_2332     TRUE 0.982 0.000 0.000 1.000 Y NA
 10388845 10388846 YPZ3_2334 YPZ3_2335 proX proW TRUE 0.996 48.000 0.695 0.055 Y NA
 10388846 10388847 YPZ3_2335 YPZ3_2336 proW proV TRUE 0.999 -7.000 0.630 0.097 Y NA
 10388847 10388848 YPZ3_2336 YPZ3_2337 proV nrdF FALSE 0.001 676.000 0.000 1.000 N NA
 10388848 10388849 YPZ3_2337 YPZ3_2338 nrdF nrdE TRUE 0.960 107.000 0.190 0.001 Y NA
 10388849 10388850 YPZ3_2338 YPZ3_2339 nrdE nrdI TRUE 0.996 -18.000 0.216 NA Y NA
 10388851 10388852 YPZ3_2340 YPZ3_2341 asr   FALSE 0.019 478.000 0.000 NA   NA
 10388853 10388854 YPZ3_2342 YPZ3_2343     TRUE 0.592 165.000 0.167 NA   NA
 10388855 10388856 YPZ3_2344 YPZ3_2345 yntA dppB3 TRUE 1.000 0.000 1.000 0.055 Y NA
 10388856 10388857 YPZ3_2345 YPZ3_2346 dppB3   TRUE 1.000 -3.000 1.000 0.055 Y NA
 10388857 10388858 YPZ3_2346 YPZ3_2347     TRUE 0.998 0.000 1.000 1.000   NA
 10388858 10388859 YPZ3_2347 YPZ3_2348     TRUE 0.998 -7.000 0.500 0.021   NA
 10388859 10388860 YPZ3_2348 YPZ3_2349   ureA FALSE 0.014 1199.000 0.000 1.000 Y NA
 10388860 10388861 YPZ3_2349 YPZ3_2350 ureA ureB TRUE 0.997 11.000 0.267 0.001 Y NA
 10388861 10388862 YPZ3_2350 YPZ3_2351 ureB ureC TRUE 0.978 90.000 0.267 0.001 Y NA
 10388862 10388863 YPZ3_2351 YPZ3_2352 ureC ureE FALSE 0.286 296.000 0.067 0.001 N NA
 10388863 10388864 YPZ3_2352 YPZ3_2353 ureE ureF TRUE 0.997 22.000 0.460 0.002 Y NA
 10388864 10388865 YPZ3_2353 YPZ3_2354 ureF ureG TRUE 0.902 127.000 0.064 0.002 Y NA
 10388865 10388866 YPZ3_2354 YPZ3_2355 ureG   TRUE 0.997 -3.000 0.095 0.002 Y NA
 10388866 10388867 YPZ3_2355 YPZ3_2356     FALSE 0.026 325.000 0.065 1.000 N NA
 10388867 10388868 YPZ3_2356 YPZ3_2357     TRUE 0.558 149.000 0.095 0.063 N NA
 10388871 10388872 YPZ3_2360 YPZ3_2361 ccrB   TRUE 0.993 16.000 0.233 0.097 Y NA
 10388873 10388874 YPZ3_2362 YPZ3_2363 celA celB TRUE 0.996 11.000 0.250 0.006 Y NA
 10388874 10388875 YPZ3_2363 YPZ3_2364 celB celC TRUE 0.988 167.000 0.833 0.006 Y NA
 10388875 10388876 YPZ3_2364 YPZ3_2365 celC   TRUE 0.973 49.000 0.727 1.000 N NA
 10388876 10388877 YPZ3_2365 YPZ3_2366     TRUE 0.907 52.000 0.222 1.000   NA
 10388877 10388878 YPZ3_2366 YPZ3_2367   seqA FALSE 0.004 1158.000 0.000 1.000   NA
 10388878 10388879 YPZ3_2367 YPZ3_2368 seqA pgm TRUE 0.639 73.000 0.151 1.000 N NA
 10388880 10388881 YPZ3_2369 YPZ3_2370   kdpE TRUE 0.673 95.000 0.129 1.000   NA
 10388881 10388882 YPZ3_2370 YPZ3_2371 kdpE kdpD TRUE 0.694 293.000 0.385 1.000 Y NA
 10388882 10388883 YPZ3_2371 YPZ3_2372 kdpD kdpC TRUE 0.949 10.000 0.100 0.097 N NA
 10388883 10388884 YPZ3_2372 YPZ3_2373 kdpC   TRUE 0.985 212.000 0.877 0.001 Y NA
 10388884 10388885 YPZ3_2373 YPZ3_2374   kdpA TRUE 0.915 199.000 0.201 0.001 Y NA
 10388886 10388887 YPZ3_2375 YPZ3_2376   phrB FALSE 0.329 130.000 0.019 NA   NA
 10388887 10388888 YPZ3_2376 YPZ3_2377 phrB   FALSE 0.407 -9.000 0.008 1.000 N NA
 10388888 10388889 YPZ3_2377 YPZ3_2378     FALSE 0.300 140.000 0.013 NA   NA
 10388889 10388890 YPZ3_2378 YPZ3_2379     FALSE 0.010 658.000 0.050 NA   NA
 10388890 10388891 YPZ3_2379 YPZ3_2380     TRUE 0.944 105.000 0.379 NA Y NA
 10388891 10388892 YPZ3_2380 YPZ3_2381     TRUE 0.668 160.000 0.211 NA   NA
 10388892 10388893 YPZ3_2381 YPZ3_2382     TRUE 0.779 85.000 0.173 NA   NA
 10388893 10388894 YPZ3_2382 YPZ3_2383     TRUE 0.999 -3.000 0.939 NA   NA
 10388894 10388895 YPZ3_2383 YPZ3_2384   pcp TRUE 0.982 10.000 0.300 NA   NA
 10388897 10388898 YPZ3_2386 YPZ3_2387   yplA FALSE 0.261 179.000 0.000 1.000   NA
 10388898 10388899 YPZ3_2387 YPZ3_2388 yplA yplB TRUE 0.916 78.000 0.375 NA   NA
 10388903 10388904 YPZ3_2392 YPZ3_2393 rpoE rseA TRUE 0.984 26.000 0.705 NA N NA
 10388904 10388905 YPZ3_2393 YPZ3_2394 rseA rseB TRUE 0.999 0.000 0.856 NA Y NA
 10388905 10388906 YPZ3_2394 YPZ3_2395 rseB rseC TRUE 0.999 -3.000 0.609 NA Y NA
 10388908 10388909 YPZ3_2397 YPZ3_2398 lepA lepB TRUE 0.965 10.000 0.187 1.000   NA
 10388909 10388910 YPZ3_2398 YPZ3_2399 lepB   FALSE 0.055 418.000 0.117 1.000   NA
 10388910 10388911 YPZ3_2399 YPZ3_2400   era TRUE 0.991 -3.000 0.127 0.044   NA
 10388911 10388912 YPZ3_2400 YPZ3_2401 era recO TRUE 0.939 10.000 0.109 1.000   NA
 10388912 10388913 YPZ3_2401 YPZ3_2402 recO   TRUE 0.854 127.000 0.000 0.017 Y NA
 10388913 10388914 YPZ3_2402 YPZ3_2403     TRUE 0.982 0.000 0.000 1.000 Y NA
 10388914 10388915 YPZ3_2403 YPZ3_2404   pdxJ FALSE 0.041 190.000 0.000 1.000 N NA
 10388915 10388916 YPZ3_2404 YPZ3_2405 pdxJ acpS TRUE 0.983 0.000 0.326 1.000 N NA
 10388916 10388917 YPZ3_2405 YPZ3_2406 acpS   FALSE 0.059 151.000 0.000 1.000 N NA
 10388919 10388920 YPZ3_2408 YPZ3_2409   yfhB TRUE 0.572 246.000 0.316 NA   NA
 10388920 10388921 YPZ3_2409 YPZ3_2410 yfhB   FALSE 0.380 71.000 0.062 NA N NA
 10388924 10388925 YPZ3_2413 YPZ3_2414     FALSE 0.023 452.000 0.000 NA   NA
 10388926 10388927 YPZ3_2415 YPZ3_2416     FALSE 0.026 230.000 0.000 1.000 N NA
 10388927 10388928 YPZ3_2416 YPZ3_2417     TRUE 0.771 76.000 0.132 NA   NA
 10388928 10388929 YPZ3_2417 YPZ3_2418     TRUE 0.982 -37.000 0.130 NA   NA
 10388929 10388930 YPZ3_2418 YPZ3_2419   nadE FALSE 0.147 160.000 0.065 1.000 N NA
 10388930 10388931 YPZ3_2419 YPZ3_2420 nadE glnB TRUE 0.890 15.000 0.151 1.000 N NA
 10388932 10388933 YPZ3_2421 YPZ3_2422     TRUE 0.955 -34.000 0.000 NA   NA
 10388933 10388934 YPZ3_2422 YPZ3_2423   hmp FALSE 0.016 509.000 0.000 NA   NA
 10388935 10388936 YPZ3_2424 YPZ3_2425 glyA ail FALSE 0.003 453.000 0.000 1.000 N NA
 10388936 10388937 YPZ3_2425 YPZ3_2426 ail hcaT FALSE 0.044 352.000 0.000 1.000   NA
 10388939 10388940 YPZ3_2428 YPZ3_2429     TRUE 0.983 -9.000 0.150 NA   NA
 10388941 10388942 YPZ3_2430 YPZ3_2431     FALSE 0.058 153.000 0.000 1.000 N NA
 10388943 10388944 YPZ3_2432 YPZ3_2433     FALSE 0.335 156.000 0.126 1.000 N NA
 10388944 10388945 YPZ3_2433 YPZ3_2434     TRUE 0.928 54.000 0.424 1.000 N NA
 10388945 10388946 YPZ3_2434 YPZ3_2435   nifU TRUE 0.958 31.000 0.448 1.000 N NA
 10388946 10388947 YPZ3_2435 YPZ3_2436 nifU hscB FALSE 0.000 704.000 0.010 1.000 N NA
 10388947 10388948 YPZ3_2436 YPZ3_2437 hscB hscA TRUE 0.894 243.000 0.634 1.000 Y NA
 10388948 10388949 YPZ3_2437 YPZ3_2438 hscA fdx TRUE 0.995 3.000 0.794 1.000 N NA
 10388949 10388950 YPZ3_2438 YPZ3_2439 fdx pepB FALSE 0.001 370.000 0.010 1.000 N NA
 10388950 10388951 YPZ3_2439 YPZ3_2440 pepB   TRUE 0.868 79.000 0.253 NA   NA
 10388952 10388953 YPZ3_2441 YPZ3_2442     TRUE 0.949 -34.000 0.000 1.000   NA
 10388953 10388954 YPZ3_2442 YPZ3_2443   yapA FALSE 0.049 558.000 0.000 0.008   NA
 10388955 10388956 YPZ3_2444 YPZ3_2445   ndk FALSE 0.067 327.000 0.000 NA   NA
 10388956 10388957 YPZ3_2445 YPZ3_2446 ndk   FALSE 0.298 262.000 0.156 1.000   NA
 10388957 10388958 YPZ3_2446 YPZ3_2447     FALSE 0.395 154.000 0.067 1.000   NA
 10388958 10388959 YPZ3_2447 YPZ3_2448     TRUE 0.982 -10.000 0.153 1.000   NA
 10388959 10388960 YPZ3_2448 YPZ3_2449   aarC TRUE 0.888 62.000 0.233 1.000   NA
 10388960 10388961 YPZ3_2449 YPZ3_2450 aarC hisS FALSE 0.363 209.000 0.207 1.000 N NA
 10388961 10388962 YPZ3_2450 YPZ3_2451 hisS   TRUE 0.971 14.000 0.259 1.000   NA
 10388962 10388963 YPZ3_2451 YPZ3_2452     TRUE 0.988 12.000 0.492 1.000   NA
 10388963 10388964 YPZ3_2452 YPZ3_2453     TRUE 0.662 148.000 0.203 1.000   NA
 10388964 10388965 YPZ3_2453 YPZ3_2454     FALSE 0.116 347.000 0.003 0.063   NA
 10388967 10388968 YPZ3_2456 YPZ3_2457 guaB guaA TRUE 0.841 180.000 0.190 0.001   NA
 10388968 10388969 YPZ3_2457 YPZ3_2458 guaA   FALSE 0.009 324.000 0.000 1.000 N NA
 10388970 10388971 YPZ3_2459 YPZ3_2460     TRUE 0.819 24.000 0.000 NA   NA
 10388971 10388972 YPZ3_2460 YPZ3_2461     FALSE 0.005 980.000 0.000 NA   NA
 10388972 10388973 YPZ3_2461 YPZ3_2462     TRUE 0.948 -3.000 0.000 NA   NA
 10388979 10388980 YPZ3_2468 YPZ3_2469     FALSE 0.001 636.000 0.000 1.000 N NA
 10388980 10388981 YPZ3_2469 YPZ3_2470     FALSE 0.038 350.000 0.008 NA   NA
 10388981 10388982 YPZ3_2470 YPZ3_2471   baeR FALSE 0.433 137.000 0.062 NA   NA
 10388982 10388983 YPZ3_2471 YPZ3_2472 baeR   TRUE 0.825 279.000 0.591 1.000 Y NA
 10388983 10388984 YPZ3_2472 YPZ3_2473   yegB TRUE 0.898 31.000 0.139 1.000   NA
 10388984 10388985 YPZ3_2473 YPZ3_2474 yegB   TRUE 0.971 34.000 0.438 1.000   NA
 10388985 10388986 YPZ3_2474 YPZ3_2475     TRUE 0.991 -3.000 0.094 NA Y NA
 10388986 10388987 YPZ3_2475 YPZ3_2476     TRUE 0.998 0.000 1.000 NA N NA
 10388987 10388988 YPZ3_2476 YPZ3_2477     FALSE 0.006 364.000 0.000 1.000 N NA
 10388988 10388989 YPZ3_2477 YPZ3_2478     FALSE 0.123 383.000 0.000 1.000 Y NA
 10388990 10388991 YPZ3_2479 YPZ3_2480 goaG   TRUE 0.893 53.000 0.000 1.000 Y NA
 10388991 10388992 YPZ3_2480 YPZ3_2481     TRUE 0.957 47.000 0.000 0.054 Y NA
 10388992 10388993 YPZ3_2481 YPZ3_2482     TRUE 0.950 62.000 0.072 0.054 Y NA
 10388994 10388995 YPZ3_2483 YPZ3_2484   mgtE FALSE 0.100 140.000 0.000 NA N NA
 10388995 10388996 YPZ3_2484 YPZ3_2485 mgtE ppx FALSE 0.120 376.000 0.018 1.000 Y NA
 10388996 10388997 YPZ3_2485 YPZ3_2486 ppx ppk TRUE 0.995 11.000 0.486 1.000 Y NA
 10388998 10388999 YPZ3_2487 YPZ3_2488   pstA TRUE 0.997 0.000 0.489 0.096   NA
 10388999 10389000 YPZ3_2488 YPZ3_2489 pstA pstb TRUE 0.997 28.000 0.511 0.002 Y NA
 10389000 10389001 YPZ3_2489 YPZ3_2490 pstb   FALSE 0.189 228.000 0.000 NA   NA
 10389001 10389002 YPZ3_2490 YPZ3_2491     TRUE 0.509 87.000 0.000 NA   NA
 10389003 10389004 YPZ3_2492 YPZ3_2493 speG purN FALSE 0.008 229.000 0.017 1.000 N NA
 10389004 10389005 YPZ3_2493 YPZ3_2494 purN purI TRUE 0.961 115.000 0.230 0.002 Y NA
 10389006 10389007 YPZ3_2495 YPZ3_2496 upp   FALSE 0.070 125.000 0.000 1.000 N NA
 10389011 10389012 YPZ3_2499 YPZ3_2500     TRUE 0.996 -7.000 0.179 0.002   NA
 10389012 10389013 YPZ3_2500 YPZ3_2501     TRUE 0.974 10.000 0.238 1.000   NA
 10389013 10389014 YPZ3_2501 YPZ3_2502     TRUE 0.988 -3.000 0.054 NA Y NA
 10389014 10389015 YPZ3_2502 YPZ3_2503     TRUE 0.898 137.000 0.285 NA Y NA
 10389015 10389016 YPZ3_2503 YPZ3_2504     TRUE 0.966 -18.000 0.063 NA   NA
 10389016 10389017 YPZ3_2504 YPZ3_2505     TRUE 0.463 97.000 0.000 NA   NA
 10389018 10389019 YPZ3_2506 YPZ3_2507     TRUE 0.982 0.000 0.000 1.000 Y NA
 10389021 10389022 YPZ3_2509 YPZ3_2510     TRUE 0.976 26.000 0.438 1.000   NA
 10389024 10389025 YPZ3_2512 YPZ3_2513 bglB   FALSE 0.329 159.000 0.000 NA   NA
 10389025 10389026 YPZ3_2513 YPZ3_2514     TRUE 0.967 -7.000 0.068 NA   NA
 10389027 10389028 YPZ3_2515 YPZ3_2516     TRUE 0.551 79.000 0.000 NA   NA
 10389029 10389030 YPZ3_2517 YPZ3_2518   yapC FALSE 0.015 535.000 0.000 NA   NA
 10389032 10389033 YPZ3_2520 YPZ3_2521     FALSE 0.004 1131.000 0.000 NA   NA
 10389033 10389034 YPZ3_2521 YPZ3_2522     FALSE 0.305 157.000 0.000 1.000   NA
 10389036 10389037 YPZ3_2524 YPZ3_2525     TRUE 0.659 222.000 0.143 0.009   NA
 10389037 10389038 YPZ3_2525 YPZ3_2526   rtn2 FALSE 0.266 188.000 0.000 NA   NA
 10389040 10389041 YPZ3_2528 YPZ3_2529 hisP hisM TRUE 0.997 14.000 0.643 1.000 Y NA
 10389041 10389042 YPZ3_2529 YPZ3_2530 hisM hisQ TRUE 1.000 -3.000 0.900 0.016 Y NA
 10389042 10389043 YPZ3_2530 YPZ3_2531 hisQ hisJ TRUE 0.991 103.000 0.833 0.054 Y NA
 10389043 10389044 YPZ3_2531 YPZ3_2532 hisJ ubiX FALSE 0.004 399.000 0.000 1.000 N NA
 10389044 10389045 YPZ3_2532 YPZ3_2533 ubiX purF FALSE 0.051 247.000 0.056 1.000 N NA
 10389045 10389046 YPZ3_2533 YPZ3_2534 purF cvpA TRUE 0.973 13.000 0.262 1.000   NA
 10389046 10389047 YPZ3_2534 YPZ3_2535 cvpA dedD FALSE 0.154 312.000 0.116 NA   NA
 10389047 10389048 YPZ3_2535 YPZ3_2536 dedD folC TRUE 0.740 120.000 0.216 NA   NA
 10389048 10389049 YPZ3_2536 YPZ3_2537 folC accD TRUE 0.480 249.000 0.383 1.000 N NA
 10389049 10389050 YPZ3_2537 YPZ3_2538 accD dedA FALSE 0.157 231.000 0.020 NA   NA
 10389050 10389051 YPZ3_2538 YPZ3_2539 dedA truA FALSE 0.336 157.000 0.038 NA   NA
 10389051 10389052 YPZ3_2539 YPZ3_2540 truA   TRUE 0.678 0.000 0.040 1.000 N NA
 10389052 10389053 YPZ3_2540 YPZ3_2541   pdxB TRUE 0.868 170.000 0.097 0.009 Y NA
 10389053 10389054 YPZ3_2541 YPZ3_2542 pdxB   FALSE 0.310 47.000 0.043 1.000 N NA
 10389055 10389056 YPZ3_2543 YPZ3_2544   flk FALSE 0.210 285.000 0.118 NA   NA
 10389061 10389062 YPZ3_2549 YPZ3_2550     TRUE 0.705 100.000 0.153 NA   NA
 10389062 10389063 YPZ3_2550 YPZ3_2551   mepA TRUE 0.966 4.000 0.160 1.000   NA
 10389063 10389064 YPZ3_2551 YPZ3_2552 mepA aroC FALSE 0.268 6.000 0.025 1.000 N NA
 10389064 10389065 YPZ3_2552 YPZ3_2553 aroC   FALSE 0.397 77.000 0.081 1.000 N NA
 10389067 10389068 YPZ3_2555 YPZ3_2556 sixA faoA FALSE 0.002 569.000 0.000 1.000 N NA
 10389068 10389069 YPZ3_2556 YPZ3_2557 faoA   TRUE 0.997 0.000 0.430 1.000 Y NA
 10389071 10389072 YPZ3_2559 YPZ3_2560 vacJ   TRUE 0.892 36.000 0.239 1.000 N NA
 10389072 10389073 YPZ3_2560 YPZ3_2561   ccmH TRUE 0.999 0.000 0.727 NA Y NA
 10389073 10389074 YPZ3_2561 YPZ3_2562 ccmH ccmG TRUE 0.999 -3.000 0.578 NA Y NA
 10389074 10389075 YPZ3_2562 YPZ3_2563 ccmG ccmF TRUE 1.000 -3.000 0.804 0.002 Y NA
 10389075 10389076 YPZ3_2563 YPZ3_2564 ccmF ccmE TRUE 0.998 -3.000 0.211 0.002 Y NA
 10389076 10389077 YPZ3_2564 YPZ3_2565 ccmE ccmD TRUE 0.988 -3.000 0.344 1.000 N NA
 10389077 10389078 YPZ3_2565 YPZ3_2566 ccmD ccmC TRUE 0.993 -3.000 0.501 1.000 N NA
 10389078 10389079 YPZ3_2566 YPZ3_2567 ccmC ccmB TRUE 0.994 63.000 0.501 0.001 Y NA
 10389079 10389080 YPZ3_2567 YPZ3_2568 ccmB ccmA TRUE 0.999 -30.000 0.503 0.002 Y NA
 10389080 10389081 YPZ3_2568 YPZ3_2569 ccmA   FALSE 0.024 445.000 0.000 NA   NA
 10389081 10389082 YPZ3_2569 YPZ3_t37     FALSE 0.143 255.000 0.000 NA   NA
 10389083 10389084 YPZ3_2570 YPZ3_2571 lemA   TRUE 0.937 5.000 0.074 NA   NA
 10389084 10389085 YPZ3_2571 YPZ3_2572     FALSE 0.040 376.000 0.000 NA   NA
 10389086 10389087 YPZ3_2573 YPZ3_2574     TRUE 0.813 25.000 0.000 NA   NA
 10389087 10389088 YPZ3_2574 YPZ3_2575     TRUE 0.974 97.000 1.000 NA   NA
 10389088 10389089 YPZ3_2575 YPZ3_2576     TRUE 0.994 20.000 0.833 NA   NA
 10389089 10389090 YPZ3_2576 YPZ3_2577     FALSE 0.046 359.000 0.000 NA   NA
 10389090 10389091 YPZ3_2577 YPZ3_2578     FALSE 0.067 327.000 0.000 NA   NA
 10389091 10389092 YPZ3_2578 YPZ3_2579     TRUE 0.895 9.000 0.000 NA   NA
 10389092 10389093 YPZ3_2579 YPZ3_2580     FALSE 0.087 292.000 0.000 1.000   NA
 10389093 10389094 YPZ3_2580 YPZ3_2581     TRUE 0.982 0.000 0.000 1.000 Y NA
 10389094 10389095 YPZ3_2581 YPZ3_2582     TRUE 0.870 14.000 0.000 NA   NA
 10389095 10389096 YPZ3_2582 YPZ3_2583     TRUE 0.924 60.000 0.294 NA   NA
 10389096 10389097 YPZ3_2583 YPZ3_2584     TRUE 0.997 4.000 0.833 NA   NA
 10389097 10389098 YPZ3_2584 YPZ3_2585     TRUE 0.505 274.000 0.333 NA   NA
 10389098 10389099 YPZ3_2585 YPZ3_2586     TRUE 0.484 326.000 0.500 NA   NA
 10389099 10389100 YPZ3_2586 YPZ3_2587     TRUE 0.992 24.000 0.800 NA   NA
 10389100 10389101 YPZ3_2587 YPZ3_2588     TRUE 0.941 105.000 0.667 NA   NA
 10389101 10389102 YPZ3_2588 YPZ3_2589     TRUE 0.998 -15.000 0.833 1.000   NA
 10389104 10389105 YPZ3_2591 YPZ3_2592     TRUE 0.799 299.000 1.000 1.000   NA
 10389105 10389106 YPZ3_2592 YPZ3_2593     TRUE 0.980 157.000 1.000 1.000 Y NA
 10389106 10389107 YPZ3_2593 YPZ3_2594   clpB TRUE 0.894 201.000 1.000 1.000 N NA
 10389108 10389109 YPZ3_2595 YPZ3_2596     TRUE 0.998 0.000 0.833 NA   NA
 10389109 10389110 YPZ3_2596 YPZ3_2597     TRUE 0.973 99.000 1.000 NA   NA
 10389110 10389111 YPZ3_2597 YPZ3_2598     TRUE 0.944 115.000 0.714 NA   NA
 10389111 10389112 YPZ3_2598 YPZ3_2599     TRUE 0.986 40.000 0.714 NA   NA
 10389112 10389113 YPZ3_2599 YPZ3_2600     TRUE 0.997 -3.000 0.600 NA   NA
 10389113 10389114 YPZ3_2600 YPZ3_2601     TRUE 0.992 1.000 0.400 NA   NA
 10389114 10389115 YPZ3_2601 YPZ3_2602     TRUE 0.980 84.000 1.000 NA   NA
 10389116 10389117 YPZ3_2603 YPZ3_2604     FALSE 0.001 1255.000 0.000 NA N NA
 10389118 10389119 YPZ3_2605 YPZ3_2606 sfuA sfuB TRUE 0.996 56.000 0.824 0.053 Y NA
 10389119 10389120 YPZ3_2606 YPZ3_2607 sfuB sfuC TRUE 0.993 -3.000 0.275 0.053 N NA
 10389121 10389122 YPZ3_2608 YPZ3_2609     FALSE 0.004 1176.000 0.000 NA   NA
 10389123 10389124 YPZ3_2610 YPZ3_2611 dmsA dmsB TRUE 0.998 12.000 0.500 0.031 Y NA
 10389124 10389125 YPZ3_2611 YPZ3_2612 dmsB dmsC TRUE 0.996 2.000 0.667 1.000   NA
 10389125 10389126 YPZ3_2612 YPZ3_2613 dmsC   FALSE 0.028 404.000 0.000 1.000   NA
 10389126 10389127 YPZ3_2613 YPZ3_2614     TRUE 0.993 -3.000 0.333 NA   NA
 10389128 10389129 YPZ3_2615 YPZ3_2616     TRUE 0.998 -3.000 0.740 NA   NA
 10389129 10389130 YPZ3_2616 YPZ3_2617     TRUE 0.986 27.000 0.625 NA   NA
 10389132 10389133 YPZ3_2619 YPZ3_2620     FALSE 0.005 264.000 0.009 1.000 N NA
 10389135 10389136 YPZ3_2622 YPZ3_2623 glk   FALSE 0.308 181.000 0.048 NA   NA
 10389137 10389138 YPZ3_2624 YPZ3_2625     FALSE 0.115 136.000 0.050 1.000 N NA
 10389138 10389139 YPZ3_2625 YPZ3_2626     FALSE 0.391 171.000 0.071 NA   NA
 10389142 10389143 YPZ3_t38 YPZ3_t39     FALSE 0.244 200.000 0.000 NA   NA
 10389143 10389144 YPZ3_t39 YPZ3_t40     TRUE 0.732 45.000 0.000 NA   NA
 10389144 10389145 YPZ3_t40 YPZ3_t41     TRUE 0.756 37.000 0.000 NA   NA
 10389146 10389147 YPZ3_2629 YPZ3_2630 gltX   FALSE 0.062 142.000 0.000 1.000 N NA
 10389147 10389148 YPZ3_2630 YPZ3_t42     FALSE 0.100 291.000 0.000 NA   NA
 10389148 10389149 YPZ3_t42 YPZ3_t43     TRUE 0.558 78.000 0.000 NA   NA
 10389149 10389150 YPZ3_t43 YPZ3_2631     FALSE 0.253 195.000 0.000 NA   NA
 10389150 10389151 YPZ3_2631 YPZ3_2632     FALSE 0.344 132.000 0.027 NA   NA
 10389152 10389153 YPZ3_2633 YPZ3_2634     FALSE 0.019 133.000 0.013 1.000 N NA
 10389154 10389155 YPZ3_2635 YPZ3_2636   cysK TRUE 0.764 157.000 0.122 1.000 Y NA
 10389155 10389156 YPZ3_2636 YPZ3_2637 cysK ptsI FALSE 0.001 805.000 0.000 1.000 N NA
 10389156 10389157 YPZ3_2637 YPZ3_2638 ptsI crr TRUE 0.965 49.000 0.038 0.006 Y NA
 10389158 10389159 YPZ3_2639 YPZ3_2640     FALSE 0.030 219.000 0.000 1.000 N NA
 10389159 10389160 YPZ3_2640 YPZ3_2641     TRUE 0.978 26.000 0.216 1.000 Y NA
 10389161 10389162 YPZ3_2642 YPZ3_2643     TRUE 0.992 4.000 0.439 0.094 N NA
 10389163 10389164 YPZ3_2644 YPZ3_2645     TRUE 0.623 60.000 0.000 1.000   NA
 10389164 10389165 YPZ3_2645 YPZ3_2646     FALSE 0.189 337.000 0.000 1.000 Y NA
 10389165 10389166 YPZ3_2646 YPZ3_2647     FALSE 0.410 246.000 0.000 1.000 Y NA
 10389167 10389168 YPZ3_2648 YPZ3_2649     FALSE 0.181 233.000 0.000 NA   NA
 10389168 10389169 YPZ3_2649 YPZ3_2650     TRUE 0.985 -3.000 0.000 1.000 Y NA
 10389170 10389171 YPZ3_2651 YPZ3_2652   cysM FALSE 0.162 245.000 0.000 NA   NA
 10389171 10389172 YPZ3_2652 YPZ3_2653 cysM cysA FALSE 0.084 171.000 0.049 1.000 N NA
 10389172 10389173 YPZ3_2653 YPZ3_2654 cysA cysW TRUE 0.995 -10.000 0.180 1.000 Y NA
 10389173 10389174 YPZ3_2654 YPZ3_2655 cysW cysT TRUE 0.998 0.000 0.583 0.001 N NA
 10389174 10389175 YPZ3_2655 YPZ3_2656 cysT cysP TRUE 0.997 0.000 0.479 0.002 N NA
 10389175 10389176 YPZ3_2656 YPZ3_2657 cysP   FALSE 0.009 315.000 0.000 1.000 N NA
 10389176 10389177 YPZ3_2657 YPZ3_2658     FALSE 0.001 605.000 0.000 1.000 N NA
 10389177 10389178 YPZ3_2658 YPZ3_2659     FALSE 0.345 189.000 0.154 NA N NA
 10389178 10389179 YPZ3_2659 YPZ3_2660     TRUE 0.905 82.000 0.154 NA Y NA
 10389180 10389181 YPZ3_2661 YPZ3_2662     TRUE 0.695 53.000 0.000 NA   NA
 10389181 10389182 YPZ3_2662 YPZ3_2663     FALSE 0.108 284.000 0.000 NA   NA
 10389182 10389183 YPZ3_2663 YPZ3_2664     TRUE 0.494 63.000 0.087 1.000 N NA
 10389184 10389185 YPZ3_2665 YPZ3_2666     TRUE 0.755 178.000 0.333 NA   NA
 10389186 10389187 YPZ3_2667 YPZ3_2668     FALSE 0.018 487.000 0.000 NA   NA
 10389188 10389189 YPZ3_2669 YPZ3_2670     FALSE 0.020 473.000 0.000 NA   NA
 10389190 10389191 YPZ3_2671 YPZ3_2672 hemF   TRUE 0.921 0.000 0.016 NA   NA
 10389192 10389193 YPZ3_2673 YPZ3_2674     TRUE 0.449 196.000 0.047 0.005 N NA
 10389193 10389194 YPZ3_2674 YPZ3_2675   napC FALSE 0.136 184.000 0.070 1.000 N NA
 10389194 10389195 YPZ3_2675 YPZ3_2676 napC napB TRUE 0.992 25.000 0.490 1.000 Y NA
 10389195 10389196 YPZ3_2676 YPZ3_2677 napB napA TRUE 0.874 152.000 0.031 0.001 Y NA
 10389196 10389197 YPZ3_2677 YPZ3_2678 napA napF FALSE 0.364 253.000 0.000 0.030   NA
 10389198 10389199 YPZ3_2679 YPZ3_2680 narP   FALSE 0.001 706.000 0.034 1.000 N NA
 10389199 10389200 YPZ3_2680 YPZ3_2681     FALSE 0.184 231.000 0.000 NA   NA
 10389200 10389201 YPZ3_2681 YPZ3_2682     FALSE 0.102 289.000 0.000 NA   NA
 10389202 10389203 YPZ3_2683 YPZ3_2684     TRUE 0.969 58.000 0.600 1.000   NA
 10389203 10389204 YPZ3_2684 YPZ3_2685     FALSE 0.002 547.000 0.000 1.000 N NA
 10389204 10389205 YPZ3_2685 YPZ3_2686     TRUE 0.998 -7.000 0.585 0.053 N NA
 10389205 10389206 YPZ3_2686 YPZ3_2687     TRUE 0.989 95.000 0.688 0.053 Y NA
 10389207 10389208 YPZ3_2688 YPZ3_2689     FALSE 0.229 160.000 0.006 1.000   NA
 10389208 10389209 YPZ3_2689 YPZ3_2690   dapE TRUE 0.977 2.000 0.292 1.000 N NA
 10389209 10389210 YPZ3_2690 YPZ3_2691 dapE   TRUE 0.988 -3.000 0.163 0.019 N NA
 10389211 10389212 YPZ3_2692 YPZ3_2693     TRUE 0.959 2.000 0.100 NA   NA
 10389212 10389213 YPZ3_2693 YPZ3_2694     FALSE 0.424 94.000 0.018 NA   NA
 10389213 10389214 YPZ3_2694 YPZ3_2695   purC FALSE 0.155 219.000 0.004 NA   NA
 10389214 10389215 YPZ3_2695 YPZ3_2696 purC   FALSE 0.060 148.000 0.000 1.000 N NA
 10389215 10389216 YPZ3_2696 YPZ3_2697   dapX FALSE 0.114 124.000 0.000 NA N NA
 10389216 10389217 YPZ3_2697 YPZ3_2698 dapX dapA TRUE 0.954 18.000 0.032 NA Y NA
 10389218 10389219 YPZ3_2699 YPZ3_2700     TRUE 0.889 3.000 0.102 1.000 N NA
 10389220 10389221 YPZ3_2701 YPZ3_2702     FALSE 0.011 600.000 0.000 NA   NA
 10389222 10389223 YPZ3_2703 YPZ3_2704     TRUE 0.795 107.000 0.259 1.000   NA
 10389224 10389225 YPZ3_2705 YPZ3_2706     TRUE 0.618 176.000 0.000 NA Y NA
 10389225 10389226 YPZ3_2706 YPZ3_2707   cysS FALSE 0.012 296.000 0.000 1.000 N NA
 10389227 10389228 YPZ3_2708 YPZ3_2709 ppiB   TRUE 0.972 11.000 0.237 1.000   NA
 10389228 10389229 YPZ3_2709 YPZ3_2710   purE FALSE 0.066 296.000 0.016 1.000   NA
 10389229 10389230 YPZ3_2710 YPZ3_2711 purE purK TRUE 0.998 -3.000 0.136 0.001 Y NA
 10389231 10389232 YPZ3_2712 YPZ3_2713     TRUE 0.998 -3.000 0.535 1.000 Y NA
 10389233 10389234 YPZ3_2714 YPZ3_2715     FALSE 0.048 387.000 0.072 1.000   NA
 10389234 10389235 YPZ3_2715 YPZ3_2716     TRUE 0.728 77.000 0.118 1.000   NA
 10389235 10389236 YPZ3_2716 YPZ3_2717     TRUE 0.622 195.000 0.075 1.000 Y NA
 10389236 10389237 YPZ3_2717 YPZ3_2718     TRUE 0.995 3.000 0.313 NA Y NA
 10389239 10389240 YPZ3_2720 YPZ3_2721     FALSE 0.013 521.000 0.018 NA   NA
 10389240 10389241 YPZ3_2721 YPZ3_2722     FALSE 0.111 264.000 0.022 NA   NA
 10389242 10389243 YPZ3_2723 YPZ3_2724     TRUE 0.991 -6.000 0.039 0.001   NA
 10389244 10389245 YPZ3_2725 YPZ3_2726 rosA rosB TRUE 0.460 235.000 0.000 NA Y NA
 10389246 10389247 YPZ3_2727 YPZ3_2728     FALSE 0.026 276.000 0.000 NA N NA
 10389247 10389248 YPZ3_2728 YPZ3_2729   manB FALSE 0.011 348.000 0.000 NA N NA
 10389248 10389249 YPZ3_2729 YPZ3_2730 manB wbyL TRUE 0.746 5.000 0.049 NA N NA
 10389249 10389250 YPZ3_2730 YPZ3_2731 wbyL   TRUE 0.983 3.000 0.073 NA Y NA
 10389250 10389251 YPZ3_2731 YPZ3_2732   wcaG TRUE 0.542 194.000 0.028 1.000 Y NA
 10389251 10389252 YPZ3_2732 YPZ3_2733 wcaG   TRUE 0.974 6.000 0.000 0.008   NA
 10389252 10389253 YPZ3_2733 YPZ3_2734     TRUE 0.976 11.000 0.000 0.001   NA
 10389253 10389254 YPZ3_2734 YPZ3_2735   wbyK TRUE 0.840 16.000 0.000 1.000   NA
 10389254 10389255 YPZ3_2735 YPZ3_2736 wbyK   FALSE 0.154 249.000 0.000 NA   NA
 10389255 10389256 YPZ3_2736 YPZ3_2737   wbyJ FALSE 0.071 322.000 0.000 NA   NA
 10389256 10389257 YPZ3_2737 YPZ3_2738 wbyJ   FALSE 0.038 380.000 0.000 NA   NA
 10389257 10389258 YPZ3_2738 YPZ3_2739   wzx TRUE 0.884 11.000 0.000 NA   NA
 10389258 10389259 YPZ3_2739 YPZ3_2740 wzx wbyH TRUE 0.577 74.000 0.000 NA   NA
 10389259 10389260 YPZ3_2740 YPZ3_2741 wbyH prt TRUE 0.718 1.000 0.000 NA N NA
 10389260 10389261 YPZ3_2741 YPZ3_2742 prt ddhC TRUE 0.919 37.000 0.000 1.000 Y NA
 10389261 10389262 YPZ3_2742 YPZ3_2743 ddhC   TRUE 0.986 18.000 0.247 1.000 Y NA
 10389262 10389263 YPZ3_2743 YPZ3_2744   ddhA TRUE 0.974 180.000 0.624 0.011 Y NA
 10389263 10389264 YPZ3_2744 YPZ3_2745 ddhA ddhD FALSE 0.278 38.000 0.038 1.000 N NA
 10389264 10389265 YPZ3_2745 YPZ3_2746 ddhD hemH FALSE 0.001 598.000 0.000 1.000 N NA
 10389265 10389266 YPZ3_2746 YPZ3_2747 hemH adk FALSE 0.031 90.000 0.008 1.000 N NA
 10389266 10389267 YPZ3_2747 YPZ3_2748 adk htpG FALSE 0.224 227.000 0.035 0.099 N NA
 10389267 10389268 YPZ3_2748 YPZ3_2749 htpG   FALSE 0.021 192.000 0.028 1.000 N NA
 10389268 10389269 YPZ3_2749 YPZ3_2750     TRUE 0.985 30.000 0.604 NA   NA
 10389269 10389270 YPZ3_2750 YPZ3_2751   dnaX TRUE 0.953 56.000 0.411 NA   NA
 10389270 10389271 YPZ3_2751 YPZ3_2752 dnaX apt FALSE 0.005 656.000 0.088 1.000 N NA
 10389273 10389274 YPZ3_2754 YPZ3_2755 kefA   FALSE 0.035 296.000 0.054 NA N NA
 10389274 10389275 YPZ3_2755 YPZ3_2756   acrR TRUE 0.799 13.000 0.075 NA N NA
 10389276 10389277 YPZ3_2757 YPZ3_2758 acrA acrB TRUE 0.977 17.000 0.500 1.000 N NA
 10389277 10389278 YPZ3_2758 YPZ3_2759 acrB   FALSE 0.003 1479.000 0.000 NA   NA
 10389278 10389279 YPZ3_2759 YPZ3_2760     TRUE 0.822 159.000 0.400 NA   NA
 10389279 10389280 YPZ3_2760 YPZ3_2761     FALSE 0.004 1140.000 0.000 NA   NA
 10389283 10389284 YPZ3_2764 YPZ3_2765 amt glnK TRUE 0.806 37.000 0.156 1.000 N NA
 10389284 10389285 YPZ3_2765 YPZ3_2766 glnK mdlB FALSE 0.002 410.000 0.028 1.000 N NA
 10389285 10389286 YPZ3_2766 YPZ3_2767 mdlB mdlA TRUE 1.000 -7.000 0.911 0.006 Y NA
 10389286 10389287 YPZ3_2767 YPZ3_2768 mdlA   TRUE 0.565 102.000 0.179 1.000 N NA
 10389290 10389291 YPZ3_2771 YPZ3_2772     FALSE 0.095 265.000 0.019 1.000   NA
 10389292 10389293 YPZ3_2773 YPZ3_2774     FALSE 0.043 354.000 0.000 1.000   NA
 10389293 10389294 YPZ3_2774 YPZ3_2775   ppiD FALSE 0.062 140.000 0.000 1.000 N NA
 10389294 10389295 YPZ3_2775 YPZ3_2776 ppiD lon FALSE 0.019 791.000 0.015 1.000 Y NA
 10389295 10389296 YPZ3_2776 YPZ3_2777 lon clpX TRUE 0.864 195.000 0.201 0.099 Y NA
 10389296 10389297 YPZ3_2777 YPZ3_2778 clpX clpP TRUE 0.848 206.000 0.352 1.000 Y NA
 10389297 10389298 YPZ3_2778 YPZ3_2779 clpP tig FALSE 0.294 462.000 0.351 1.000 Y NA
 10389298 10389299 YPZ3_2779 YPZ3_2780 tig bolA FALSE 0.006 417.000 0.000 NA N NA
 10389300 10389301 YPZ3_2781 YPZ3_2782   ampG TRUE 0.677 118.000 0.256 NA N NA
 10389301 10389302 YPZ3_2782 YPZ3_2783 ampG   FALSE 0.098 292.000 0.000 NA   NA
 10389302 10389303 YPZ3_2783 YPZ3_2784   cyoA FALSE 0.043 370.000 0.000 NA   NA
 10389303 10389304 YPZ3_2784 YPZ3_2785 cyoA cyoB TRUE 0.996 5.000 0.204 0.003 Y NA
 10389304 10389305 YPZ3_2785 YPZ3_2786 cyoB   TRUE 0.976 185.000 0.697 0.030 Y NA
 10389305 10389306 YPZ3_2786 YPZ3_2787   cyoD TRUE 0.999 0.000 0.485 0.030 Y NA
 10389306 10389307 YPZ3_2787 YPZ3_2788 cyoD   TRUE 0.951 14.000 0.118 0.061 N NA
 10389307 10389308 YPZ3_2788 YPZ3_2789     FALSE 0.006 556.000 0.061 NA N NA
 10389310 10389311 YPZ3_2791 YPZ3_2792   thiJ TRUE 0.984 -37.000 0.155 NA   NA
 10389313 10389314 YPZ3_2794 YPZ3_2795 ispA dxs TRUE 0.686 156.000 0.060 1.000 Y NA
 10389315 10389316 YPZ3_2796 YPZ3_2797   pgpA FALSE 0.053 163.000 0.000 1.000 N NA
 10389316 10389317 YPZ3_2797 YPZ3_2798 pgpA   TRUE 0.976 -7.000 0.206 1.000 N NA
 10389317 10389318 YPZ3_2798 YPZ3_2799   nusB FALSE 0.120 346.000 0.225 1.000 N NA
 10389318 10389319 YPZ3_2799 YPZ3_2800 nusB ribH TRUE 0.957 21.000 0.347 1.000 N NA
 10389319 10389320 YPZ3_2800 YPZ3_2801 ribH ribD TRUE 0.877 136.000 0.034 0.002 Y NA
 10389320 10389321 YPZ3_2801 YPZ3_2802 ribD   TRUE 0.641 150.000 0.277 NA N NA
 10389321 10389322 YPZ3_2802 YPZ3_2803     TRUE 0.591 71.000 0.000 NA   NA
 10389322 10389323 YPZ3_2803 YPZ3_2804     TRUE 0.773 33.000 0.000 NA   NA
 10389323 10389324 YPZ3_2804 YPZ3_2805     FALSE 0.090 298.000 0.000 NA   NA
 10389324 10389325 YPZ3_2805 YPZ3_2806   secF FALSE 0.057 156.000 0.000 1.000 N NA
 10389325 10389326 YPZ3_2806 YPZ3_2807 secF   TRUE 0.996 11.000 0.206 0.001 Y NA
 10389326 10389327 YPZ3_2807 YPZ3_2808   yajC TRUE 0.884 61.000 0.045 NA Y NA
 10389327 10389328 YPZ3_2808 YPZ3_2809 yajC tgt TRUE 0.756 112.000 0.325 NA N NA
 10389328 10389329 YPZ3_2809 YPZ3_2810 tgt queA TRUE 0.983 93.000 0.360 0.001 Y NA
 10389330 10389331 YPZ3_2811 YPZ3_2812   ahpC FALSE 0.060 299.000 0.014 1.000   NA
 10389331 10389332 YPZ3_2812 YPZ3_2813 ahpC   FALSE 0.053 164.000 0.000 1.000 N NA
 10389332 10389333 YPZ3_2813 YPZ3_2814   ggt FALSE 0.001 679.000 0.000 1.000 N NA
 10389334 10389335 YPZ3_2815 YPZ3_2816   malZ FALSE 0.292 155.000 0.031 1.000   NA
 10389335 10389336 YPZ3_2816 YPZ3_2817 malZ proY FALSE 0.012 561.000 0.123 1.000 N NA
 10389336 10389337 YPZ3_2817 YPZ3_2818 proY brnQ TRUE 0.972 76.000 0.261 0.061 Y NA
 10389337 10389338 YPZ3_2818 YPZ3_2819 brnQ   FALSE 0.002 474.000 0.000 1.000 N NA
 10389338 10389339 YPZ3_2819 YPZ3_2820   phoR FALSE 0.299 208.000 0.168 1.000 N NA
 10389339 10389340 YPZ3_2820 YPZ3_2821 phoR phoB TRUE 0.995 25.000 0.453 0.063 Y NA
 10389341 10389342 YPZ3_2822 YPZ3_2823 sbcD   TRUE 0.999 -3.000 0.669 1.000 Y NA
 10389345 10389346 YPZ3_2826 YPZ3_2827 aroL   FALSE 0.022 247.000 0.000 1.000 N NA
 10389346 10389347 YPZ3_2827 YPZ3_2828     FALSE 0.006 730.000 0.000 1.000   NA
 10389347 10389348 YPZ3_2828 YPZ3_2829     FALSE 0.007 698.000 0.000 NA   NA
 10389348 10389349 YPZ3_2829 YPZ3_2830   proA FALSE 0.014 328.000 0.000 NA N NA
 10389349 10389350 YPZ3_2830 YPZ3_2831 proA proB TRUE 0.991 10.000 0.026 0.001 Y NA
 10389350 10389351 YPZ3_2831 YPZ3_2832 proB crl TRUE 0.694 177.000 0.262 NA   NA
 10389351 10389352 YPZ3_2832 YPZ3_2833 crl   TRUE 0.779 60.000 0.095 NA   NA
 10389352 10389353 YPZ3_2833 YPZ3_2834   gpt TRUE 0.584 127.000 0.120 NA   NA
 10389359 10389360 YPZ3_2840 YPZ3_2841   nqrF TRUE 0.925 68.000 0.519 1.000 N NA
 10389360 10389361 YPZ3_2841 YPZ3_2842 nqrF nqrE TRUE 0.998 16.000 0.551 0.002 Y NA
 10389361 10389362 YPZ3_2842 YPZ3_2843 nqrE nqrD TRUE 0.996 7.000 0.188 0.002 Y NA
 10389362 10389363 YPZ3_2843 YPZ3_2844 nqrD nqrC TRUE 0.999 -7.000 0.312 0.002 Y NA
 10389363 10389364 YPZ3_2844 YPZ3_2845 nqrC nqrB TRUE 1.000 -10.000 0.603 0.002 Y NA
 10389364 10389365 YPZ3_2845 YPZ3_2846 nqrB nqrA TRUE 1.000 4.000 0.854 0.002 Y NA
 10389367 10389368 YPZ3_2848 YPZ3_2849   gmhA TRUE 0.572 203.000 0.229 1.000   NA
 10389370 10389371 YPZ3_2851 YPZ3_2852   hmwC TRUE 0.924 2.000 0.000 NA   NA
 10389371 10389372 YPZ3_2852 YPZ3_2853 hmwC hmwA TRUE 0.548 155.000 0.125 NA   NA
 10389372 10389373 YPZ3_2853 YPZ3_2854 hmwA hxuB TRUE 0.913 41.000 0.188 NA   NA
 10389373 10389374 YPZ3_2854 YPZ3_2855 hxuB   FALSE 0.001 1089.000 0.000 NA N NA
 10389374 10389375 YPZ3_2855 YPZ3_2856     TRUE 0.965 0.000 0.108 1.000   NA
 10389376 10389377 YPZ3_2857 YPZ3_2858     TRUE 0.982 0.000 0.000 1.000 Y NA
 10389378 10389379 YPZ3_2859 YPZ3_2860     TRUE 0.936 32.000 0.054 1.000 Y NA
 10389379 10389380 YPZ3_2860 YPZ3_2861     TRUE 0.999 -19.000 0.532 1.000 Y NA
 10389380 10389381 YPZ3_2861 YPZ3_2862     TRUE 0.999 -3.000 0.433 0.016 Y NA
 10389381 10389382 YPZ3_2862 YPZ3_2863     TRUE 0.999 13.000 0.765 0.052 Y NA
 10389382 10389383 YPZ3_2863 YPZ3_2864     FALSE 0.008 328.000 0.000 1.000 N NA
 10389384 10389385 YPZ3_2865 YPZ3_2866     TRUE 0.891 56.000 0.203 NA   NA
 10389385 10389386 YPZ3_2866 YPZ3_2867     FALSE 0.189 228.000 0.000 NA   NA
 10389386 10389387 YPZ3_2867 YPZ3_2868     FALSE 0.167 160.000 0.060 NA N NA
 10389387 10389388 YPZ3_2868 YPZ3_2869     TRUE 0.999 -3.000 0.915 NA   NA
 10389388 10389389 YPZ3_2869 YPZ3_2870   emrR FALSE 0.374 172.000 0.065 NA   NA
 10389389 10389390 YPZ3_2870 YPZ3_2871 emrR emrA FALSE 0.028 384.000 0.107 1.000 N NA
 10389390 10389391 YPZ3_2871 YPZ3_2872 emrA emrB TRUE 0.985 39.000 0.875 1.000 N NA
 10389393 10389394 YPZ3_2874 YPZ3_2875 trxC   FALSE 0.423 170.000 0.084 NA   NA
 10389394 10389395 YPZ3_2875 YPZ3_2876     TRUE 0.927 43.000 0.222 NA   NA
 10389395 10389396 YPZ3_2876 YPZ3_2877     TRUE 0.575 176.000 0.121 0.040 N NA
 10389396 10389397 YPZ3_2877 YPZ3_2878     TRUE 0.759 62.000 0.089 NA   NA
 10389398 10389399 YPZ3_r8 YPZ3_r9     FALSE 0.425 110.000 0.000 NA   NA
 10389399 10389400 YPZ3_r9 YPZ3_t44     FALSE 0.149 253.000 0.000 NA   NA
 10389400 10389401 YPZ3_t44 YPZ3_r10     FALSE 0.281 181.000 0.000 NA   NA
 10389401 10389402 YPZ3_r10 YPZ3_2880     FALSE 0.014 544.000 0.000 NA   NA
 10389402 10389403 YPZ3_2880 YPZ3_2881     TRUE 0.552 130.000 0.108 NA   NA
 10389403 10389404 YPZ3_2881 YPZ3_2882   rluD TRUE 0.975 2.000 0.168 NA   NA
 10389405 10389406 YPZ3_2883 YPZ3_2884     FALSE 0.035 355.000 0.004 NA   NA
 10389408 10389409 YPZ3_2886 YPZ3_2887     TRUE 0.444 14.000 0.000 1.000 N NA
 10389409 10389410 YPZ3_2887 YPZ3_2888     TRUE 0.982 0.000 0.000 1.000 Y NA
 10389410 10389411 YPZ3_2888 YPZ3_2889     TRUE 0.840 16.000 0.000 1.000   NA
 10389412 10389413 YPZ3_2890 YPZ3_2891 tyrA aroF TRUE 0.959 13.000 0.023 1.000 Y NA
 10389414 10389415 YPZ3_2892 YPZ3_2893     FALSE 0.015 492.000 0.000 1.000   NA
 10389415 10389416 YPZ3_2893 YPZ3_2894     TRUE 0.888 69.000 0.033 0.001   NA
 10389416 10389417 YPZ3_2894 YPZ3_2895     FALSE 0.010 607.000 0.000 NA   NA
 10389418 10389419 YPZ3_2896 YPZ3_2897   rplS FALSE 0.054 161.000 0.000 1.000 N NA
 10389419 10389420 YPZ3_2897 YPZ3_2898 rplS   TRUE 0.977 81.000 0.567 1.000 Y NA
 10389420 10389421 YPZ3_2898 YPZ3_2899   rimM TRUE 0.927 216.000 0.672 1.000 Y NA
 10389421 10389422 YPZ3_2899 YPZ3_2900 rimM ffh FALSE 0.002 498.000 0.000 1.000 N NA
 10389423 10389424 YPZ3_2901 YPZ3_2902     TRUE 0.925 69.000 0.349 NA   NA
 10389425 10389426 YPZ3_2903 YPZ3_2904   luxS FALSE 0.058 153.000 0.000 1.000 N NA
 10389426 10389427 YPZ3_2904 YPZ3_2905 luxS gshA FALSE 0.199 168.000 0.087 1.000 N NA
 10389427 10389428 YPZ3_2905 YPZ3_2906 gshA   TRUE 0.805 44.000 0.071 NA   NA
 10389428 10389429 YPZ3_2906 YPZ3_2907     TRUE 0.626 81.000 0.067 NA   NA
 10389429 10389430 YPZ3_2907 YPZ3_t45     FALSE 0.011 595.000 0.000 NA   NA
 10389430 10389431 YPZ3_t45 YPZ3_t46     TRUE 0.547 80.000 0.000 NA   NA
 10389431 10389432 YPZ3_t46 YPZ3_t47     TRUE 0.664 58.000 0.000 NA   NA
 10389432 10389433 YPZ3_t47 YPZ3_t48     TRUE 0.895 9.000 0.000 NA   NA
 10389433 10389434 YPZ3_t48 YPZ3_2908   alaS FALSE 0.006 798.000 0.000 NA   NA
 10389434 10389435 YPZ3_2908 YPZ3_2909 alaS recX FALSE 0.271 224.000 0.085 1.000   NA
 10389435 10389436 YPZ3_2909 YPZ3_2910 recX recA TRUE 0.773 138.000 0.296 1.000   NA
 10389436 10389437 YPZ3_2910 YPZ3_2911 recA   TRUE 0.536 115.000 0.082 NA   NA
 10389438 10389439 YPZ3_2912 YPZ3_2913     FALSE 0.156 248.000 0.000 NA   NA
 10389440 10389441 YPZ3_2914 YPZ3_2915     TRUE 0.835 21.000 0.127 1.000 N NA
 10389441 10389442 YPZ3_2915 YPZ3_2916     TRUE 0.991 3.000 0.596 1.000 N NA
 10389442 10389443 YPZ3_2916 YPZ3_2917     TRUE 1.000 -7.000 0.860 0.001 Y NA
 10389443 10389444 YPZ3_2917 YPZ3_2918     TRUE 0.446 256.000 0.075 1.000 Y NA
 10389444 10389445 YPZ3_2918 YPZ3_2919     TRUE 0.999 -3.000 0.793 1.000 Y NA
 10389445 10389446 YPZ3_2919 YPZ3_2920     TRUE 0.989 0.000 0.292 NA   NA
 10389446 10389447 YPZ3_2920 YPZ3_2921     TRUE 0.846 93.000 0.280 NA   NA
 10389448 10389449 YPZ3_2922 YPZ3_2923 katY cybC TRUE 0.547 158.000 0.000 0.003 N NA
 10389450 10389451 YPZ3_2924 YPZ3_2925   dmsC TRUE 0.542 146.000 0.125 1.000   NA
 10389451 10389452 YPZ3_2925 YPZ3_2926 dmsC dmsB TRUE 0.993 2.000 0.500 1.000   NA
 10389452 10389453 YPZ3_2926 YPZ3_2927 dmsB dmsA TRUE 0.990 12.000 0.103 0.030 Y NA
 10389453 10389454 YPZ3_2927 YPZ3_2928 dmsA araD FALSE 0.003 463.000 0.000 1.000 N NA
 10389455 10389456 YPZ3_2929 YPZ3_2930     TRUE 0.958 62.000 0.235 NA Y NA
 10389456 10389457 YPZ3_2930 YPZ3_2931     FALSE 0.061 200.000 0.000 NA N NA
 10389457 10389458 YPZ3_2931 YPZ3_2932     FALSE 0.059 151.000 0.000 1.000 N NA
 10389458 10389459 YPZ3_2932 YPZ3_2933     TRUE 0.999 -7.000 0.941 1.000 Y NA
 10389459 10389460 YPZ3_2933 YPZ3_2934     TRUE 0.999 13.000 0.938 0.052 Y NA
 10389460 10389461 YPZ3_2934 YPZ3_2935   sgbU TRUE 0.790 206.000 0.250 1.000 Y NA
 10389461 10389462 YPZ3_2935 YPZ3_2936 sgbU sgbK TRUE 0.999 11.000 1.000 0.018 Y NA
 10389462 10389463 YPZ3_2936 YPZ3_2937 sgbK fumA FALSE 0.004 398.000 0.000 1.000 N NA
 10389463 10389464 YPZ3_2937 YPZ3_2938 fumA map FALSE 0.003 431.000 0.000 1.000 N NA
 10389465 10389466 YPZ3_2939 YPZ3_2940     FALSE 0.026 433.000 0.000 NA   NA
 10389466 10389467 YPZ3_2940 YPZ3_2941     TRUE 0.919 46.000 0.000 0.004   NA
 10389468 10389469 YPZ3_2942 YPZ3_2943     FALSE 0.147 71.000 0.000 1.000 N NA
 10389469 10389470 YPZ3_2943 YPZ3_2944   arsR FALSE 0.000 1348.000 0.000 1.000 N NA
 10389470 10389471 YPZ3_2944 YPZ3_2945 arsR arsB FALSE 0.113 85.000 0.000 1.000 N NA
 10389471 10389472 YPZ3_2945 YPZ3_2946 arsB   FALSE 0.012 555.000 0.000 1.000   NA
 10389472 10389473 YPZ3_2946 YPZ3_2947     TRUE 0.989 -19.000 0.000 0.004   NA
 10389474 10389475 YPZ3_2948 YPZ3_2949     TRUE 0.997 7.000 0.211 0.001 Y NA
 10389475 10389476 YPZ3_2949 YPZ3_2950     TRUE 0.816 0.000 0.058 1.000 N NA
 10389476 10389477 YPZ3_2950 YPZ3_2951     TRUE 0.755 64.000 0.000 0.017 N NA
 10389478 10389479 YPZ3_2952 YPZ3_2953 rpiB   FALSE 0.001 890.000 0.000 1.000 N NA
 10389480 10389481 YPZ3_2954 YPZ3_2955 rpoS nlpD TRUE 0.712 55.000 0.142 1.000 N NA
 10389481 10389482 YPZ3_2955 YPZ3_2956 nlpD pcm FALSE 0.045 122.000 0.030 1.000 N NA
 10389482 10389483 YPZ3_2956 YPZ3_2957 pcm   TRUE 0.994 -6.000 0.353 1.000   NA
 10389483 10389484 YPZ3_2957 YPZ3_2958     TRUE 0.989 -7.000 0.235 1.000   NA
 10389484 10389485 YPZ3_2958 YPZ3_2959   ispF TRUE 0.959 11.000 0.173 1.000   NA
 10389485 10389486 YPZ3_2959 YPZ3_2960 ispF ispD TRUE 0.929 139.000 0.419 1.000 Y NA
 10389486 10389487 YPZ3_2960 YPZ3_2961 ispD ftsB TRUE 0.946 4.000 0.185 1.000 N NA
 10389487 10389488 YPZ3_2961 YPZ3_2962 ftsB   FALSE 0.068 314.000 0.028 NA   NA
 10389488 10389489 YPZ3_2962 YPZ3_2963   cysC TRUE 0.576 191.000 0.198 NA   NA
 10389489 10389490 YPZ3_2963 YPZ3_2964 cysC cysN TRUE 0.996 2.000 0.340 1.000 Y NA
 10389490 10389491 YPZ3_2964 YPZ3_2965 cysN cysD TRUE 0.996 12.000 0.574 0.001 N NA
 10389491 10389492 YPZ3_2965 YPZ3_2966 cysD cysG TRUE 0.994 11.000 0.417 1.000 Y NA
 10389494 10389495 YPZ3_2968 YPZ3_2969   cysI TRUE 0.974 -3.000 0.116 1.000   NA
 10389495 10389496 YPZ3_2969 YPZ3_2970 cysI cysJ TRUE 1.000 0.000 0.791 0.001 Y NA
 10389498 10389499 YPZ3_2972 YPZ3_2973   sodC FALSE 0.025 104.000 0.004 1.000 N NA
 10389499 10389500 YPZ3_2973 YPZ3_2974 sodC eno FALSE 0.006 363.000 0.000 1.000 N NA
 10389500 10389501 YPZ3_2974 YPZ3_2975 eno pyrG FALSE 0.318 81.000 0.068 1.000 N NA
 10389501 10389502 YPZ3_2975 YPZ3_2976 pyrG   FALSE 0.174 212.000 0.025 1.000   NA
 10389502 10389503 YPZ3_2976 YPZ3_2977   relA FALSE 0.222 202.000 0.040 1.000   NA
 10389505 10389506 YPZ3_2979 YPZ3_2980 gsrA dgt FALSE 0.190 198.000 0.101 1.000 N NA
 10389507 10389508 YPZ3_2981 YPZ3_2982 mtn   TRUE 0.865 0.000 0.073 1.000 N NA
 10389508 10389509 YPZ3_2982 YPZ3_2983     TRUE 0.984 0.000 0.213 NA   NA
 10389510 10389511 YPZ3_2984 YPZ3_2985   eriC1 FALSE 0.349 136.000 0.031 NA   NA
 10389513 10389514 YPZ3_2987 YPZ3_2988 fhuB fhuD TRUE 0.998 -3.000 0.500 1.000 Y NA
 10389514 10389515 YPZ3_2988 YPZ3_2989 fhuD fhuC TRUE 0.689 177.000 0.094 1.000 Y NA
 10389515 10389516 YPZ3_2989 YPZ3_2990 fhuC mrcB FALSE 0.009 322.000 0.000 1.000 N NA
 10389516 10389517 YPZ3_2990 YPZ3_2991 mrcB hrpB TRUE 0.783 109.000 0.158 0.011 N NA
 10389518 10389519 YPZ3_2992 YPZ3_2993 ligT   TRUE 0.958 -10.000 0.045 NA   NA
 10389519 10389520 YPZ3_2993 YPZ3_2994     FALSE 0.304 263.000 0.151 NA   NA
 10389520 10389521 YPZ3_2994 YPZ3_2995     TRUE 0.701 91.000 0.231 1.000 N NA
 10389521 10389522 YPZ3_2995 YPZ3_2996   pcnB TRUE 0.586 242.000 0.131 1.000 Y NA
 10389522 10389523 YPZ3_2996 YPZ3_2997 pcnB folK TRUE 0.956 8.000 0.234 1.000 N NA
 10389523 10389524 YPZ3_2997 YPZ3_2998 folK panB TRUE 0.466 269.000 0.117 1.000 Y NA
 10389524 10389525 YPZ3_2998 YPZ3_2999 panB panC TRUE 0.986 88.000 0.395 0.001 Y NA
 10389525 10389526 YPZ3_2999 YPZ3_3000 panC panD FALSE 0.366 411.000 0.342 1.000 Y NA
 10389527 10389528 YPZ3_3001 YPZ3_3002     FALSE 0.001 574.000 0.000 1.000 N NA
 10389528 10389529 YPZ3_3002 YPZ3_3003     TRUE 0.999 -3.000 0.688 0.098 Y NA
 10389531 10389532 YPZ3_3005 YPZ3_3006 hpt   FALSE 0.007 241.000 0.010 1.000 N NA
 10389533 10389534 YPZ3_3007 YPZ3_3008   speE TRUE 0.850 117.000 0.354 NA   NA
 10389534 10389535 YPZ3_3008 YPZ3_3009 speE speD TRUE 0.910 78.000 0.162 1.000 Y NA
 10389535 10389536 YPZ3_3009 YPZ3_3010 speD   FALSE 0.021 438.000 0.000 1.000   NA
 10389537 10389538 YPZ3_3011 YPZ3_3012   acnB FALSE 0.122 299.000 0.068 NA   NA
 10389538 10389539 YPZ3_3012 YPZ3_3013 acnB   FALSE 0.002 570.000 0.000 1.000 N NA
 10389539 10389540 YPZ3_3013 YPZ3_3014   lpdA FALSE 0.040 192.000 0.000 1.000 N NA
 10389540 10389541 YPZ3_3014 YPZ3_3015 lpdA aceF TRUE 0.708 303.000 0.463 1.000 Y NA
 10389541 10389542 YPZ3_3015 YPZ3_3016 aceF aceE TRUE 0.987 14.000 0.220 1.000 Y NA
 10389542 10389543 YPZ3_3016 YPZ3_3017 aceE   TRUE 0.509 196.000 0.276 1.000 N NA
 10389545 10389546 YPZ3_3019 YPZ3_3020 ampE ampD TRUE 0.585 290.000 0.249 1.000 Y NA
 10389547 10389548 YPZ3_3021 YPZ3_3022 nadC ppdD FALSE 0.018 203.000 0.015 NA N NA
 10389548 10389549 YPZ3_3022 YPZ3_3023 ppdD hofB TRUE 0.983 68.000 0.556 NA Y NA
 10389549 10389550 YPZ3_3023 YPZ3_3024 hofB   TRUE 0.985 60.000 0.571 1.000 Y NA
 10389552 10389553 YPZ3_3026 YPZ3_3027 coaE   TRUE 0.975 -3.000 0.110 NA   NA
 10389555 10389556 YPZ3_3029 YPZ3_3030     TRUE 0.982 0.000 0.000 1.000 Y NA
 10389557 10389558 YPZ3_3031 YPZ3_3032     TRUE 0.953 -7.000 0.000 NA   NA
 10389558 10389559 YPZ3_3032 YPZ3_3033   intB FALSE 0.338 154.000 0.000 NA   NA
 10389559 10389560 YPZ3_3033 YPZ3_t49 intB   FALSE 0.246 199.000 0.000 NA   NA
 10389560 10389561 YPZ3_t49 YPZ3_3034     FALSE 0.436 105.000 0.000 NA   NA
 10389561 10389562 YPZ3_3034 YPZ3_3035     TRUE 0.998 0.000 0.631 0.060   NA
 10389563 10389564 YPZ3_3036 YPZ3_3037 pepA holC TRUE 0.789 151.000 0.494 1.000 N NA
 10389564 10389565 YPZ3_3037 YPZ3_3038 holC valS TRUE 0.805 13.000 0.089 1.000 N NA
 10389565 10389566 YPZ3_3038 YPZ3_3039 valS   TRUE 0.628 143.000 0.008 1.000 Y NA
 10389570 10389571 YPZ3_3043 YPZ3_3044     TRUE 0.948 -3.000 0.000 NA   NA
 10389571 10389572 YPZ3_3044 YPZ3_3045     TRUE 0.892 96.000 0.400 NA   NA
 10389572 10389573 YPZ3_3045 YPZ3_3046     TRUE 0.996 19.000 0.441 0.052 Y NA
 10389573 10389574 YPZ3_3046 YPZ3_3047     TRUE 0.997 -7.000 0.324 1.000 Y NA
 10389574 10389575 YPZ3_3047 YPZ3_3048     TRUE 0.999 -13.000 0.550 0.020 Y NA
 10389575 10389576 YPZ3_3048 YPZ3_3049   nrdD FALSE 0.003 434.000 0.000 1.000 N NA
 10389576 10389577 YPZ3_3049 YPZ3_3050 nrdD   FALSE 0.438 327.000 0.464 1.000   NA
 10389577 10389578 YPZ3_3050 YPZ3_3051   phnF FALSE 0.058 328.000 0.000 1.000   NA
 10389578 10389579 YPZ3_3051 YPZ3_3052 phnF phnG TRUE 0.994 1.000 0.691 1.000 N NA
 10389579 10389580 YPZ3_3052 YPZ3_3053 phnG phnH TRUE 1.000 0.000 0.967 0.002 Y NA
 10389580 10389581 YPZ3_3053 YPZ3_3054 phnH phnI TRUE 1.000 0.000 0.960 0.002 Y NA
 10389581 10389582 YPZ3_3054 YPZ3_3055 phnI phnJ TRUE 0.999 -7.000 0.880 1.000 Y NA
 10389582 10389583 YPZ3_3055 YPZ3_3056 phnJ phnK TRUE 0.999 0.000 0.883 1.000 Y NA
 10389583 10389584 YPZ3_3056 YPZ3_3057 phnK phnL TRUE 0.855 389.000 0.859 0.020 Y NA
 10389584 10389585 YPZ3_3057 YPZ3_3058 phnL phnM TRUE 0.997 -3.000 0.320 1.000 Y NA
 10389585 10389586 YPZ3_3058 YPZ3_3059 phnM phnN TRUE 0.995 0.000 0.235 NA Y NA
 10389586 10389587 YPZ3_3059 YPZ3_3060 phnN phnP TRUE 0.989 -9.000 0.214 NA   NA
 10389588 10389589 YPZ3_3061 YPZ3_3062     FALSE 0.370 152.000 0.056 1.000   NA
 10389589 10389590 YPZ3_3062 YPZ3_3063     FALSE 0.408 99.000 0.032 1.000   NA
 10389590 10389591 YPZ3_3063 YPZ3_3064     TRUE 0.972 15.000 0.273 1.000   NA
 10389591 10389592 YPZ3_3064 YPZ3_3065     TRUE 0.997 12.000 0.364 0.052 Y NA
 10389592 10389593 YPZ3_3065 YPZ3_3066     TRUE 0.998 19.000 0.611 0.052 Y NA
 10389593 10389594 YPZ3_3066 YPZ3_3067     TRUE 0.999 8.000 0.611 0.052 Y NA
 10389595 10389596 YPZ3_3068 YPZ3_3069     TRUE 0.993 24.000 0.400 0.001   NA
 10389597 10389598 YPZ3_3070 YPZ3_3071     TRUE 0.992 -6.000 0.295 1.000   NA
 10389599 10389600 YPZ3_3072 YPZ3_3073     TRUE 0.999 12.000 0.948 0.003 Y NA
 10389601 10389602 YPZ3_3074 YPZ3_3075     TRUE 0.992 2.000 0.367 0.052 N NA
 10389602 10389603 YPZ3_3075 YPZ3_3076     TRUE 0.918 4.000 0.133 1.000 N NA
 10389605 10389606 YPZ3_3078 YPZ3_3079   deaD FALSE 0.009 628.000 0.000 1.000   NA
 10389606 10389607 YPZ3_3079 YPZ3_3080 deaD nlpI FALSE 0.281 187.000 0.053 1.000   NA
 10389607 10389608 YPZ3_3080 YPZ3_3081 nlpI pnp TRUE 0.459 125.000 0.071 1.000   NA
 10389608 10389609 YPZ3_3081 YPZ3_3082 pnp   FALSE 0.017 267.000 0.000 1.000 N NA
 10389609 10389610 YPZ3_3082 YPZ3_3083     TRUE 0.948 54.000 0.167 1.000 Y NA
 10389611 10389612 YPZ3_3084 YPZ3_3085     TRUE 0.999 -36.000 0.863 NA   NA
 10389612 10389613 YPZ3_3085 YPZ3_3086     TRUE 0.893 126.000 0.510 NA   NA
 10389613 10389614 YPZ3_3086 YPZ3_3087     TRUE 0.998 0.000 0.862 NA   NA
 10389614 10389615 YPZ3_3087 YPZ3_3088     TRUE 0.997 3.000 0.765 NA   NA
 10389615 10389616 YPZ3_3088 YPZ3_3089     TRUE 0.997 0.000 0.673 NA   NA
 10389616 10389617 YPZ3_3089 YPZ3_3090   clpB2 TRUE 0.989 11.000 0.471 NA   NA
 10389617 10389618 YPZ3_3090 YPZ3_3091 clpB2   TRUE 0.943 -3.000 0.039 1.000   NA
 10389618 10389619 YPZ3_3091 YPZ3_3092     TRUE 0.957 -3.000 0.053 NA   NA
 10389619 10389620 YPZ3_3092 YPZ3_3093     TRUE 0.995 6.000 0.711 NA   NA
 10389620 10389621 YPZ3_3093 YPZ3_3094     TRUE 0.989 32.000 0.750 NA   NA
 10389621 10389622 YPZ3_3094 YPZ3_3095     TRUE 0.814 125.000 0.312 NA   NA
 10389622 10389623 YPZ3_3095 YPZ3_3096     TRUE 0.948 -3.000 0.000 NA   NA
 10389623 10389624 YPZ3_3096 YPZ3_3097     TRUE 0.828 22.000 0.000 NA   NA
 10389624 10389625 YPZ3_3097 YPZ3_3098     TRUE 0.904 6.000 0.000 NA   NA
 10389625 10389626 YPZ3_3098 YPZ3_3099     TRUE 0.982 -7.000 0.143 NA   NA
 10389626 10389627 YPZ3_3099 YPZ3_3100     TRUE 0.795 28.000 0.000 NA   NA
 10389627 10389628 YPZ3_3100 YPZ3_3101     TRUE 0.991 2.000 0.400 NA   NA
 10389630 10389631 YPZ3_3103 YPZ3_3104 vgrG6   TRUE 0.918 3.000 0.000 NA   NA
 10389631 10389632 YPZ3_3104 YPZ3_3105     TRUE 0.732 45.000 0.000 NA   NA
 10389632 10389633 YPZ3_3105 YPZ3_3106     TRUE 0.895 9.000 0.000 NA   NA
 10389634 10389635 YPZ3_3107 YPZ3_3108     TRUE 0.995 -3.000 0.455 NA   NA
 10389637 10389638 YPZ3_3110 YPZ3_3111     TRUE 0.972 6.000 0.000 1.000 Y NA
 10389638 10389639 YPZ3_3111 YPZ3_3112     FALSE 0.056 157.000 0.000 1.000 N NA
 10389640 10389641 YPZ3_3113 YPZ3_3114 ssuE ssuA TRUE 0.950 15.000 0.169 1.000   NA
 10389641 10389642 YPZ3_3114 YPZ3_3115 ssuA ssuD TRUE 0.958 19.000 0.341 1.000 N NA
 10389642 10389643 YPZ3_3115 YPZ3_3116 ssuD ssuC TRUE 0.952 9.000 0.226 1.000 N NA
 10389643 10389644 YPZ3_3116 YPZ3_3117 ssuC tauB TRUE 0.998 -3.000 0.472 1.000 Y NA
 10389644 10389645 YPZ3_3117 YPZ3_3118 tauB   FALSE 0.003 1276.000 0.000 1.000   NA
 10389645 10389646 YPZ3_3118 YPZ3_3119     FALSE 0.047 349.000 0.000 1.000   NA
 10389647 10389648 YPZ3_3120 YPZ3_3121     FALSE 0.341 152.000 0.000 NA   NA
 10389649 10389650 YPZ3_3122 YPZ3_3123     TRUE 0.944 204.000 0.714 NA Y NA
 10389650 10389651 YPZ3_3123 YPZ3_3124     TRUE 0.999 -7.000 0.667 1.000 Y NA
 10389651 10389652 YPZ3_3124 YPZ3_3125     TRUE 0.999 2.000 0.900 0.052 Y NA
 10389652 10389653 YPZ3_3125 YPZ3_3126     TRUE 0.899 19.000 0.184 1.000 N NA
 10389653 10389654 YPZ3_3126 YPZ3_3127     TRUE 0.983 -3.000 0.102 0.017 N NA
 10389660 10389661 YPZ3_3133 YPZ3_3134     TRUE 0.595 65.000 0.000 1.000   NA
 10389661 10389662 YPZ3_3134 YPZ3_3135     FALSE 0.434 175.000 0.105 1.000   NA
 10389662 10389663 YPZ3_3135 YPZ3_3136     TRUE 0.486 154.000 0.105 1.000   NA
 10389663 10389664 YPZ3_3136 YPZ3_3137     TRUE 0.462 90.000 0.000 1.000   NA
 10389664 10389665 YPZ3_3137 YPZ3_3138     TRUE 0.622 66.000 0.000 NA   NA
 10389666 10389667 YPZ3_3139 YPZ3_3140   prmA FALSE 0.042 589.000 0.042 1.000 Y NA
 10389667 10389668 YPZ3_3140 YPZ3_3141 prmA panF FALSE 0.071 157.000 0.041 1.000 N NA
 10389668 10389669 YPZ3_3141 YPZ3_3142 panF accC FALSE 0.000 1590.000 0.000 1.000 N NA
 10389669 10389670 YPZ3_3142 YPZ3_3143 accC accB TRUE 0.997 12.000 0.275 0.001 Y NA
 10389670 10389671 YPZ3_3143 YPZ3_3144 accB aroQ TRUE 0.581 158.000 0.254 1.000 N NA
 10389671 10389672 YPZ3_3144 YPZ3_3145 aroQ   FALSE 0.086 263.000 0.006 1.000   NA
 10389672 10389673 YPZ3_3145 YPZ3_3146     TRUE 0.999 0.000 0.790 0.030   NA
 10389673 10389674 YPZ3_3146 YPZ3_3147     FALSE 0.224 223.000 0.059 1.000   NA
 10389675 10389676 YPZ3_3148 YPZ3_3149   mreB FALSE 0.008 337.000 0.000 1.000 N NA
 10389676 10389677 YPZ3_3149 YPZ3_3150 mreB mreC TRUE 0.802 204.000 0.689 1.000 N NA
 10389677 10389678 YPZ3_3150 YPZ3_3151 mreC mreD TRUE 0.999 -3.000 0.550 0.002 Y NA
 10389678 10389679 YPZ3_3151 YPZ3_3152 mreD maf TRUE 0.935 14.000 0.206 NA N NA
 10389679 10389680 YPZ3_3152 YPZ3_3153 maf cafA TRUE 0.992 -10.000 0.417 NA N NA
 10389680 10389681 YPZ3_3153 YPZ3_3154 cafA   TRUE 0.821 115.000 0.296 NA   NA
 10389681 10389682 YPZ3_3154 YPZ3_3155     TRUE 0.994 -3.000 0.358 NA   NA
 10389682 10389683 YPZ3_3155 YPZ3_3156   tldD TRUE 0.975 12.000 0.259 NA   NA
 10389684 10389685 YPZ3_3157 YPZ3_3158   tccC1 TRUE 0.940 25.000 0.000 1.000 Y NA
 10389685 10389686 YPZ3_3158 YPZ3_3159 tccC1   TRUE 0.933 201.000 1.000 NA   NA
 10389686 10389687 YPZ3_3159 YPZ3_3160     TRUE 0.995 -12.000 0.400 NA   NA
 10389687 10389688 YPZ3_3160 YPZ3_3161     TRUE 0.875 13.000 0.000 NA   NA
 10389688 10389689 YPZ3_3161 YPZ3_3162     FALSE 0.368 134.000 0.000 NA   NA
 10389689 10389690 YPZ3_3162 YPZ3_3163     TRUE 0.963 57.000 0.500 NA   NA
 10389690 10389691 YPZ3_3163 YPZ3_3164     TRUE 0.602 69.000 0.000 NA   NA
 10389691 10389692 YPZ3_3164 YPZ3_3165     TRUE 0.742 41.000 0.000 NA   NA
 10389692 10389693 YPZ3_3165 YPZ3_3166     FALSE 0.177 236.000 0.000 NA   NA
 10389693 10389694 YPZ3_3166 YPZ3_3167     FALSE 0.305 357.000 0.000 0.048 Y NA
 10389695 10389696 YPZ3_3168 YPZ3_3169     TRUE 0.998 2.000 1.000 NA   NA
 10389696 10389697 YPZ3_3169 YPZ3_3170   gabD FALSE 0.126 267.000 0.000 NA   NA
 10389697 10389698 YPZ3_3170 YPZ3_3171 gabD   TRUE 0.999 -3.000 0.667 0.039   NA
 10389698 10389699 YPZ3_3171 YPZ3_3172     FALSE 0.229 195.000 0.000 1.000   NA
 10389701 10389702 YPZ3_3174 YPZ3_3175 pmbA   FALSE 0.079 285.000 0.005 NA   NA
 10389702 10389703 YPZ3_3175 YPZ3_3176     FALSE 0.224 208.000 0.000 NA   NA
 10389704 10389705 YPZ3_3177 YPZ3_3178 rnk treC FALSE 0.006 353.000 0.000 1.000 N NA
 10389705 10389706 YPZ3_3178 YPZ3_3179 treC   TRUE 0.975 95.000 0.650 1.000 Y NA
 10389706 10389707 YPZ3_3179 YPZ3_3180   treR FALSE 0.004 411.000 0.000 1.000 N NA
 10389707 10389708 YPZ3_3180 YPZ3_3181 treR   FALSE 0.180 234.000 0.000 NA   NA
 10389708 10389709 YPZ3_3181 YPZ3_3182     FALSE 0.088 299.000 0.000 NA   NA
 10389709 10389710 YPZ3_3182 YPZ3_3183   pyrI FALSE 0.266 138.000 0.084 NA N NA
 10389710 10389711 YPZ3_3183 YPZ3_3184 pyrI pyrB TRUE 0.996 12.000 0.197 0.001 Y NA
 10389711 10389712 YPZ3_3184 YPZ3_3185 pyrB   FALSE 0.007 607.000 0.002 NA   NA
 10389712 10389713 YPZ3_3185 YPZ3_3186   ptsN FALSE 0.244 306.000 0.186 NA   NA
 10389713 10389714 YPZ3_3186 YPZ3_3187 ptsN rpoN FALSE 0.002 417.000 0.029 1.000 N NA
 10389714 10389715 YPZ3_3187 YPZ3_3188 rpoN   TRUE 0.834 62.000 0.163 1.000   NA
 10389715 10389716 YPZ3_3188 YPZ3_3189     TRUE 0.993 7.000 0.543 NA   NA
 10389716 10389717 YPZ3_3189 YPZ3_3190     TRUE 0.996 -16.000 0.459 NA   NA
 10389717 10389718 YPZ3_3190 YPZ3_3191   kdsC TRUE 0.997 -3.000 0.617 NA   NA
 10389718 10389719 YPZ3_3191 YPZ3_3192 kdsC   TRUE 0.648 288.000 0.598 1.000   NA
 10389719 10389720 YPZ3_3192 YPZ3_3193     TRUE 0.631 111.000 0.226 1.000 N NA
 10389721 10389722 YPZ3_3194 YPZ3_3195     TRUE 0.898 218.000 0.530 NA Y NA
 10389722 10389723 YPZ3_3195 YPZ3_3196     TRUE 0.993 5.000 0.562 NA   NA
 10389723 10389724 YPZ3_3196 YPZ3_3197     TRUE 0.963 13.000 0.188 NA   NA
 10389724 10389725 YPZ3_3197 YPZ3_3198     TRUE 0.956 36.000 0.308 NA   NA
 10389725 10389726 YPZ3_3198 YPZ3_3199   murA FALSE 0.010 555.000 0.011 NA   NA
 10389729 10389730 YPZ3_3202 YPZ3_3203     FALSE 0.155 340.000 0.154 NA   NA
 10389731 10389732 YPZ3_3204 YPZ3_3205   rplM FALSE 0.054 314.000 0.003 NA   NA
 10389732 10389733 YPZ3_3205 YPZ3_3206 rplM rpsI TRUE 0.998 15.000 0.601 0.007 Y NA
 10389733 10389734 YPZ3_3206 YPZ3_3207 rpsI sspA FALSE 0.002 374.000 0.014 NA N NA
 10389734 10389735 YPZ3_3207 YPZ3_3208 sspA sspB TRUE 0.994 21.000 0.831 NA   NA
 10389736 10389737 YPZ3_3209 YPZ3_3210   gltD FALSE 0.024 441.000 0.000 NA   NA
 10389737 10389738 YPZ3_3210 YPZ3_3211 gltD   TRUE 0.994 10.000 0.096 0.001 Y NA
 10389739 10389740 YPZ3_3212 YPZ3_3213   arcB FALSE 0.227 264.000 0.113 1.000   NA
 10389740 10389741 YPZ3_3213 YPZ3_3214 arcB elbB FALSE 0.039 242.000 0.000 NA N NA
 10389741 10389742 YPZ3_3214 YPZ3_3215 elbB mtgA TRUE 0.963 -3.000 0.066 NA   NA
 10389743 10389744 YPZ3_3216 YPZ3_3217     TRUE 0.993 11.000 0.613 NA   NA
 10389744 10389745 YPZ3_3217 YPZ3_3218     FALSE 0.193 271.000 0.187 1.000 N NA
 10389745 10389746 YPZ3_3218 YPZ3_3219     TRUE 0.783 84.000 0.172 NA   NA
 11483875 10389740   YPZ3_3213   arcB FALSE NA 7080.000 0.000 NA   NA
 11626238 10389740   YPZ3_3213   arcB FALSE NA 7080.000 0.000 NA   NA
 11768630 10389740   YPZ3_3213   arcB FALSE NA 7080.000 0.000 NA   NA
 11483876 10389740   YPZ3_3213   arcB FALSE NA 7142.000 0.000 NA   NA
 11626239 10389740   YPZ3_3213   arcB FALSE NA 7142.000 0.000 NA   NA
 11768631 10389740   YPZ3_3213   arcB FALSE NA 7142.000 0.000 NA   NA
 11483877 10389740   YPZ3_3213   arcB FALSE NA 7193.000 0.000 NA   NA
 11626240 10389740   YPZ3_3213   arcB FALSE NA 7193.000 0.000 NA   NA
 11768632 10389740   YPZ3_3213   arcB FALSE NA 7193.000 0.000 NA   NA
 11483878 10389740   YPZ3_3213   arcB FALSE NA 7255.000 0.000 NA   NA
 11626241 10389740   YPZ3_3213   arcB FALSE NA 7255.000 0.000 NA   NA
 11768633 10389740   YPZ3_3213   arcB FALSE NA 7255.000 0.000 NA   NA
 11483879 10389740   YPZ3_3213   arcB FALSE NA 7306.000 0.000 NA   NA
 11626242 10389740   YPZ3_3213   arcB FALSE NA 7306.000 0.000 NA   NA
 11768634 10389740   YPZ3_3213   arcB FALSE NA 7306.000 0.000 NA   NA
 10389750 10389751 YPZ3_3223 YPZ3_3224     TRUE 0.544 16.000 0.000 NA N NA
 10389751 10389752 YPZ3_3224 YPZ3_3225     TRUE 0.982 0.000 0.000 1.000 Y NA
 10389753 10389754 YPZ3_3226 YPZ3_3227   rpsF FALSE 0.027 367.000 0.005 1.000   NA
 10389754 10389755 YPZ3_3227 YPZ3_3228 rpsF rplI FALSE 0.104 598.000 0.000 0.007 Y NA
 10389755 10389756 YPZ3_3228 YPZ3_3229 rplI   FALSE 0.061 145.000 0.000 1.000 N NA
 10389757 10389758 YPZ3_3230 YPZ3_3231     FALSE 0.384 140.000 0.047 NA   NA
 10389760 10389761 YPZ3_3233 YPZ3_3234   cpdB FALSE 0.070 155.000 0.030 NA N NA
 10389763 10389764 YPZ3_3236 YPZ3_3237     FALSE 0.009 656.000 0.000 NA   NA
 10389764 10389765 YPZ3_3237 YPZ3_3238   msrA FALSE 0.119 278.000 0.042 NA   NA
 10389766 10389767 YPZ3_3239 YPZ3_3240     TRUE 0.997 -3.000 0.575 NA   NA
 10389767 10389768 YPZ3_3240 YPZ3_3241     TRUE 0.863 57.000 0.167 NA   NA
 10389769 10389770 YPZ3_3242 YPZ3_3243 ppa fbp FALSE 0.051 200.000 0.043 1.000 N NA
 10389773 10389774 YPZ3_3246 YPZ3_3247 mdh   FALSE 0.004 893.000 0.000 1.000   NA
 10389776 10389777 YPZ3_3249 YPZ3_3250 rplU   FALSE 0.039 365.000 0.000 1.000   NA
 10389777 10389778 YPZ3_3250 YPZ3_3251     TRUE 0.895 1.000 0.015 1.000   NA
 10389779 10389780 YPZ3_3252 YPZ3_3253 basS basR TRUE 0.997 -3.000 0.381 1.000 Y NA
 10389780 10389781 YPZ3_3253 YPZ3_3254 basR dacB TRUE 0.871 6.000 0.101 1.000 N NA
 10389782 10389783 YPZ3_3255 YPZ3_3256   ftsJ FALSE 0.000 556.000 0.009 1.000 N NA
 10389783 10389784 YPZ3_3256 YPZ3_3257 ftsJ   FALSE 0.363 168.000 0.152 1.000 N NA
 10389784 10389785 YPZ3_3257 YPZ3_3258   folP TRUE 0.729 120.000 0.325 1.000 N NA
 10389785 10389786 YPZ3_3258 YPZ3_3259 folP mrsA TRUE 0.959 10.000 0.260 1.000 N NA
 10389786 10389787 YPZ3_3259 YPZ3_t50 mrsA   FALSE 0.009 651.000 0.000 NA   NA
 10389787 10389788 YPZ3_t50 YPZ3_t51     TRUE 0.647 61.000 0.000 NA   NA
 10389788 10389789 YPZ3_t51 YPZ3_3260     FALSE 0.210 216.000 0.000 NA   NA
 10389789 10389790 YPZ3_3260 YPZ3_3261   nusA TRUE 0.992 22.000 0.759 NA   NA
 10389790 10389791 YPZ3_3261 YPZ3_3262 nusA infB TRUE 0.950 25.000 0.342 1.000 N NA
 10389791 10389792 YPZ3_3262 YPZ3_3263 infB rbfA TRUE 0.981 66.000 0.530 1.000 Y NA
 10389792 10389793 YPZ3_3263 YPZ3_3264 rbfA truB TRUE 0.996 0.000 0.318 1.000 Y NA
 10389793 10389794 YPZ3_3264 YPZ3_3265 truB   FALSE 0.002 478.000 0.000 1.000 N NA
 10389794 10389795 YPZ3_3265 YPZ3_3266     TRUE 0.948 54.000 0.167 1.000 Y NA
 10389796 10389797 YPZ3_3267 YPZ3_3268     TRUE 0.994 7.000 0.627 NA   NA
 10389797 10389798 YPZ3_3268 YPZ3_3269     TRUE 0.980 68.000 0.821 NA   NA
 10389800 10389801 YPZ3_3271 YPZ3_3272   lamB FALSE 0.154 241.000 0.000 1.000   NA
 10389801 10389802 YPZ3_3272 YPZ3_3273 lamB malK TRUE 0.920 71.000 0.000 0.065 Y NA
 10389803 10389804 YPZ3_3274 YPZ3_3275 malE malF TRUE 0.614 187.000 0.060 1.000 Y NA
 10389804 10389805 YPZ3_3275 YPZ3_3276 malF malG TRUE 0.999 14.000 0.814 0.051 Y NA
 10389806 10389807 YPZ3_3277 YPZ3_3278   pgi FALSE 0.280 135.000 0.015 1.000   NA
 10389808 10389809 YPZ3_3279 YPZ3_3280 lysC   FALSE 0.018 481.000 0.000 NA   NA
 10389809 10389810 YPZ3_3280 YPZ3_3281     TRUE 0.955 -34.000 0.000 NA   NA
 10389810 10389811 YPZ3_3281 YPZ3_3282     TRUE 0.962 70.000 0.600 NA   NA
 10389813 10389814 YPZ3_3284 YPZ3_3285     TRUE 0.955 -15.000 0.000 NA   NA
 10389815 10389816 YPZ3_3286 YPZ3_3287 aceK aceA FALSE 0.336 256.000 0.273 1.000 N NA
 10389816 10389817 YPZ3_3287 YPZ3_3288 aceA aceB TRUE 0.943 47.000 0.118 1.000 Y NA
 10389817 10389818 YPZ3_3288 YPZ3_3289 aceB metA FALSE 0.003 421.000 0.000 1.000 N NA
 10389818 10389819 YPZ3_3289 YPZ3_r11 metA   FALSE 0.007 740.000 0.000 NA   NA
 10389819 10389820 YPZ3_r11 YPZ3_t52     TRUE 0.742 41.000 0.000 NA   NA
 10389820 10389821 YPZ3_t52 YPZ3_r12     TRUE 0.857 16.000 0.000 NA   NA
 10389821 10389822 YPZ3_r12 YPZ3_r13     FALSE 0.425 110.000 0.000 NA   NA
 10389822 10389823 YPZ3_r13 YPZ3_t53     FALSE 0.205 219.000 0.000 NA   NA
 10389823 10389824 YPZ3_t53 YPZ3_t54     TRUE 0.699 52.000 0.000 NA   NA
 10389824 10389825 YPZ3_t54 YPZ3_r14     FALSE 0.350 147.000 0.000 NA   NA
 10389826 10389827 YPZ3_3290 YPZ3_3291 purH purD TRUE 0.958 60.000 0.238 1.000 Y NA
 10389828 10389829 YPZ3_3292 YPZ3_3293     FALSE 0.016 508.000 0.000 NA   NA
 10389829 10389830 YPZ3_3293 YPZ3_3294     TRUE 0.472 150.000 0.086 NA   NA
 10389830 10389831 YPZ3_3294 YPZ3_3295   hemE FALSE 0.181 30.000 0.028 1.000 N NA
 10389831 10389832 YPZ3_3295 YPZ3_3296 hemE   FALSE 0.404 119.000 0.000 NA   NA
 10389832 10389833 YPZ3_3296 YPZ3_3297   nudC TRUE 0.480 93.000 0.000 NA   NA
 10389834 10389835 YPZ3_3298 YPZ3_3299 rsd thiC FALSE 0.005 376.000 0.000 1.000 N NA
 10389835 10389836 YPZ3_3299 YPZ3_3300 thiC   TRUE 0.997 -13.000 0.063 0.002 Y NA
 10389836 10389837 YPZ3_3300 YPZ3_3301   thiF TRUE 0.996 -10.000 0.242 1.000 Y NA
 10389837 10389838 YPZ3_3301 YPZ3_3302 thiF   TRUE 0.690 214.000 0.005 0.016 Y NA
 10389838 10389839 YPZ3_3302 YPZ3_3303   thiH TRUE 0.999 -7.000 0.277 0.002 Y NA
 10389839 10389840 YPZ3_3303 YPZ3_3304 thiH   FALSE 0.005 381.000 0.000 1.000 N NA
 10389841 10389842 YPZ3_3305 YPZ3_3306 rpoC rpoB TRUE 0.984 129.000 0.851 0.001   NA
 10389842 10389843 YPZ3_3306 YPZ3_3307 rpoB rplL FALSE 0.204 343.000 0.223 1.000   NA
 10389843 10389844 YPZ3_3307 YPZ3_3308 rplL rplJ TRUE 0.997 67.000 0.884 0.007 Y NA
 10389844 10389845 YPZ3_3308 YPZ3_3309 rplJ rplA TRUE 0.642 365.000 0.302 0.010 Y NA
 10389845 10389846 YPZ3_3309 YPZ3_3310 rplA rplK TRUE 0.999 4.000 0.838 0.010 Y NA
 10389846 10389847 YPZ3_3310 YPZ3_3311 rplK nusG TRUE 0.823 191.000 0.681 1.000 N NA
 10389847 10389848 YPZ3_3311 YPZ3_3312 nusG secE TRUE 0.996 2.000 0.843 1.000 N NA
 10389848 10389849 YPZ3_3312 YPZ3_3313 secE tuf FALSE 0.006 251.000 0.009 1.000 N NA
 10389849 10389850 YPZ3_3313 YPZ3_t55 tuf   FALSE 0.429 109.000 0.000 NA   NA
 10389850 10389851 YPZ3_t55 YPZ3_t56     TRUE 0.900 7.000 0.000 NA   NA
 10389851 10389852 YPZ3_t56 YPZ3_t57     FALSE 0.345 150.000 0.000 NA   NA
 10389852 10389853 YPZ3_t57 YPZ3_t58     TRUE 0.841 19.000 0.000 NA   NA
 10389853 10389854 YPZ3_t58 YPZ3_3314     FALSE 0.021 464.000 0.000 NA   NA
 10389854 10389855 YPZ3_3314 YPZ3_3315     TRUE 0.982 0.000 0.000 1.000 Y NA
 10389856 10389857 YPZ3_3316 YPZ3_3317   coaA FALSE 0.198 211.000 0.000 1.000   NA
 10389858 10389859 YPZ3_3318 YPZ3_3319 birA murB TRUE 0.974 -3.000 0.211 1.000 N NA
 10389859 10389860 YPZ3_3319 YPZ3_r15 murB   FALSE 0.021 464.000 0.000 NA   NA
 10389860 10389861 YPZ3_r15 YPZ3_r16     FALSE 0.425 110.000 0.000 NA   NA
 10389861 10389862 YPZ3_r16 YPZ3_t59     FALSE 0.205 219.000 0.000 NA   NA
 10389862 10389863 YPZ3_t59 YPZ3_t60     TRUE 0.699 52.000 0.000 NA   NA
 10389863 10389864 YPZ3_t60 YPZ3_r17     FALSE 0.350 147.000 0.000 NA   NA
 10389864 10389865 YPZ3_r17 YPZ3_3320   trkH FALSE 0.004 1070.000 0.000 NA   NA
 10389865 10389866 YPZ3_3320 YPZ3_3321 trkH   TRUE 0.646 40.000 0.007 1.000   NA
 10389866 10389867 YPZ3_3321 YPZ3_3322     TRUE 0.549 73.000 0.000 1.000   NA
 10389867 10389868 YPZ3_3322 YPZ3_3323   pepQ FALSE 0.018 263.000 0.000 1.000 N NA
 10389869 10389870 YPZ3_3324 YPZ3_3325 fadB fadA TRUE 0.997 12.000 0.607 1.000 Y NA
 10389871 10389872 YPZ3_3326 YPZ3_3327 fadI   TRUE 0.923 55.000 0.090 NA Y NA
 10389874 10389875 YPZ3_3329 YPZ3_3330 hemB   TRUE 0.856 15.000 0.031 NA   NA
 10389875 10389876 YPZ3_3330 YPZ3_3331     TRUE 0.750 39.000 0.000 NA   NA
 10389876 10389877 YPZ3_3331 YPZ3_3332     TRUE 0.982 0.000 0.000 1.000 Y NA
 10389877 10389878 YPZ3_3332 YPZ3_3333     TRUE 0.940 27.000 0.000 NA Y NA
 10389878 10389879 YPZ3_3333 YPZ3_3334   tatC TRUE 0.684 56.000 0.121 NA N NA
 10389879 10389880 YPZ3_3334 YPZ3_3335 tatC tatB TRUE 0.995 3.000 0.333 NA Y NA
 10389880 10389881 YPZ3_3335 YPZ3_3336 tatB aarF FALSE 0.020 450.000 0.000 1.000   NA
 10389881 10389882 YPZ3_3336 YPZ3_3337 aarF   TRUE 0.993 0.000 0.432 1.000   NA
 10389882 10389883 YPZ3_3337 YPZ3_3338   ubiE TRUE 0.944 14.000 0.145 1.000   NA
 10389883 10389884 YPZ3_3338 YPZ3_3339 ubiE   TRUE 0.518 92.000 0.047 NA   NA
 10389884 10389885 YPZ3_3339 YPZ3_3340     FALSE 0.408 208.000 0.125 NA   NA
 10389885 10389886 YPZ3_3340 YPZ3_3341     FALSE 0.125 272.000 0.041 NA   NA
 10389886 10389887 YPZ3_3341 YPZ3_3342     FALSE 0.147 364.000 0.000 1.000 Y NA
 10389887 10389888 YPZ3_3342 YPZ3_3343   udp FALSE 0.043 127.000 0.030 1.000 N NA
 10389892 10389893 YPZ3_3347 YPZ3_3348   ugpQ FALSE 0.376 101.000 0.023 1.000   NA
 10389893 10389894 YPZ3_3348 YPZ3_3349 ugpQ ugpC FALSE 0.395 -3.000 0.024 1.000 N NA
 10389894 10389895 YPZ3_3349 YPZ3_3350 ugpC ugpE TRUE 0.996 7.000 0.272 0.050 Y NA
 10389895 10389896 YPZ3_3350 YPZ3_3351 ugpE ugpA TRUE 0.998 -3.000 0.306 0.050 Y NA
 10389896 10389897 YPZ3_3351 YPZ3_3352 ugpA ugpB TRUE 0.927 298.000 0.793 0.050 Y NA
 10389898 10389899 YPZ3_3353 YPZ3_3354     FALSE 0.126 267.000 0.000 NA   NA
 10389899 10389900 YPZ3_3354 YPZ3_3355     TRUE 0.971 18.000 0.286 NA   NA
 10389900 10389901 YPZ3_3355 YPZ3_3356     TRUE 0.997 -28.000 0.600 NA   NA
 10389901 10389902 YPZ3_3356 YPZ3_3357     TRUE 0.968 62.000 0.600 NA   NA
 10389902 10389903 YPZ3_3357 YPZ3_3358     TRUE 0.948 176.000 1.000 NA   NA
 10389904 10389905 YPZ3_3359 YPZ3_3360   livF FALSE 0.189 228.000 0.000 NA   NA
 10389905 10389906 YPZ3_3360 YPZ3_3361 livF livG TRUE 0.998 45.000 0.967 0.019 Y NA
 10389906 10389907 YPZ3_3361 YPZ3_3362 livG livM TRUE 0.998 -3.000 0.574 1.000 Y NA
 10389907 10389908 YPZ3_3362 YPZ3_3363 livM livH TRUE 0.999 -3.000 0.574 0.050 Y NA
 10389908 10389909 YPZ3_3363 YPZ3_3364 livH livK TRUE 0.808 181.000 0.217 1.000 Y NA
 10389911 10389912 YPZ3_3366 YPZ3_3367   rpoH FALSE 0.053 163.000 0.000 1.000 N NA
 10389912 10389913 YPZ3_3367 YPZ3_3368 rpoH ftsX FALSE 0.020 311.000 0.051 1.000 N NA
 10389913 10389914 YPZ3_3368 YPZ3_3369 ftsX ftsE TRUE 0.993 -10.000 0.121 1.000 Y NA
 10389914 10389915 YPZ3_3369 YPZ3_3370 ftsE ftsY TRUE 0.961 6.000 0.117 0.094 N NA
 10389917 10389918 YPZ3_3372 YPZ3_3373     FALSE 0.266 212.000 0.058 NA   NA
 10389919 10389920 YPZ3_3374 YPZ3_3375     FALSE 0.304 414.000 0.325 0.058   NA
 10389922 10389923 YPZ3_3377 YPZ3_3378     TRUE 0.455 130.000 0.066 NA   NA
 10389924 10389925 YPZ3_3379 YPZ3_3380 glpC glpB TRUE 0.948 126.000 0.547 0.001 N NA
 10389925 10389926 YPZ3_3380 YPZ3_3381 glpB glpA TRUE 0.999 -10.000 0.650 0.001 N NA
 10389928 10389929 YPZ3_3383 YPZ3_3384     FALSE 0.102 277.000 0.000 1.000   NA
 10389929 10389930 YPZ3_3384 YPZ3_3385   pldB TRUE 0.977 35.000 0.524 1.000   NA
 10389932 10389933 YPZ3_3387 YPZ3_3388 rhtC recQ FALSE 0.113 107.000 0.043 1.000 N NA
 10389933 10389934 YPZ3_3388 YPZ3_3389 recQ pldA FALSE 0.271 78.000 0.057 1.000 N NA
 10389935 10389936 YPZ3_3390 YPZ3_3391     TRUE 0.666 87.000 0.099 NA   NA
 10389937 10389938 YPZ3_3392 YPZ3_3393 corA   FALSE 0.008 649.000 0.000 1.000   NA
 10389938 10389939 YPZ3_3393 YPZ3_3394     TRUE 0.814 26.000 0.042 NA   NA
 10389941 10389942 YPZ3_3396 YPZ3_3397 uvrD   TRUE 0.648 102.000 0.128 1.000   NA
 10389942 10389943 YPZ3_3397 YPZ3_3398   xerC TRUE 0.991 0.000 0.367 1.000   NA
 10389943 10389944 YPZ3_3398 YPZ3_3399 xerC   TRUE 0.998 -3.000 0.714 NA   NA
 10389944 10389945 YPZ3_3399 YPZ3_3400   dapF TRUE 0.849 65.000 0.175 NA   NA
 10389948 10389949 YPZ3_3403 YPZ3_3404 hemC hemD TRUE 0.998 -3.000 0.205 0.001 Y NA
 10389949 10389950 YPZ3_3404 YPZ3_3405 hemD hemX TRUE 0.993 31.000 0.600 1.000 Y NA
 10389950 10389951 YPZ3_3405 YPZ3_3406 hemX hemY TRUE 0.988 3.000 0.144 1.000 Y NA
 10389952 10389953 YPZ3_3407 YPZ3_t61     FALSE 0.006 816.000 0.000 NA   NA
 10389953 10389954 YPZ3_t61 YPZ3_t62     TRUE 0.568 76.000 0.000 NA   NA
 10389954 10389955 YPZ3_t62 YPZ3_t63     TRUE 0.850 17.000 0.000 NA   NA
 10389955 10389956 YPZ3_t63 YPZ3_t64     TRUE 0.523 84.000 0.000 NA   NA
 10389956 10389957 YPZ3_t64 YPZ3_3408   proY FALSE 0.347 149.000 0.000 NA   NA
 10389957 10389958 YPZ3_3408 YPZ3_3409 proY wecG FALSE 0.002 524.000 0.000 1.000 N NA
 10389958 10389959 YPZ3_3409 YPZ3_3410 wecG wecF TRUE 0.950 9.000 0.126 1.000   NA
 10389959 10389960 YPZ3_3410 YPZ3_3411 wecF   TRUE 0.997 -3.000 0.684 1.000   NA
 10389960 10389961 YPZ3_3411 YPZ3_3412   wzxE TRUE 0.987 23.000 0.605 1.000   NA
 10389961 10389962 YPZ3_3412 YPZ3_3413 wzxE rffA TRUE 0.980 2.000 0.218 1.000   NA
 10389962 10389963 YPZ3_3413 YPZ3_3414 rffA wecD TRUE 0.983 2.000 0.248 1.000   NA
 10389963 10389964 YPZ3_3414 YPZ3_3415 wecD rffH TRUE 0.982 -22.000 0.145 1.000   NA
 10389964 10389965 YPZ3_3415 YPZ3_3416 rffH rffG TRUE 0.940 295.000 0.739 0.003 Y NA
 10389965 10389966 YPZ3_3416 YPZ3_3417 rffG rffD TRUE 0.996 -3.000 0.273 1.000 Y NA
 10389966 10389967 YPZ3_3417 YPZ3_3418 rffD rffE TRUE 0.997 -3.000 0.348 1.000 Y NA
 10389967 10389968 YPZ3_3418 YPZ3_3419 rffE   TRUE 0.942 281.000 0.677 0.003 Y NA
 10389968 10389969 YPZ3_3419 YPZ3_3420   rfe TRUE 0.995 78.000 0.735 0.003 Y NA
 10389969 10389970 YPZ3_3420 YPZ3_3421 rfe rho FALSE 0.002 535.000 0.000 1.000 N NA
 10389970 10389971 YPZ3_3421 YPZ3_3422 rho trxA FALSE 0.010 480.000 0.087 1.000 N NA
 10389972 10389973 YPZ3_3423 YPZ3_3424 rhlB   FALSE 0.101 473.000 0.406 1.000 N NA
 10389975 10389976 YPZ3_3426 YPZ3_3427     FALSE 0.094 97.000 0.000 1.000 N NA
 10389976 10389977 YPZ3_3427 YPZ3_3428     FALSE 0.001 810.000 0.000 1.000 N NA
 10389977 10389978 YPZ3_3428 YPZ3_3429     TRUE 0.994 64.000 1.000 1.000 Y NA
 10389978 10389979 YPZ3_3429 YPZ3_3430     TRUE 0.991 28.000 0.500 1.000 Y NA
 10389979 10389980 YPZ3_3430 YPZ3_3431     TRUE 0.986 17.000 0.500 1.000   NA
 10389980 10389981 YPZ3_3431 YPZ3_3432     TRUE 0.990 50.000 1.000 1.000   NA
 10389982 10389983 YPZ3_3433 YPZ3_3434   ilvC FALSE 0.010 589.000 0.000 1.000   NA
 10389984 10389985 YPZ3_3435 YPZ3_3436 ilvY   FALSE 0.004 1160.000 0.000 NA   NA
 10389985 10389986 YPZ3_3436 YPZ3_3437     TRUE 0.998 -16.000 0.667 NA   NA
 10389986 10389987 YPZ3_3437 YPZ3_3438     TRUE 0.660 59.000 0.000 NA   NA
 10389988 10389989 YPZ3_3439 YPZ3_3440 ilvA ilvD TRUE 0.982 6.000 0.106 1.000 Y NA
 10389989 10389990 YPZ3_3440 YPZ3_3441 ilvD ilvE FALSE 0.290 311.000 0.075 1.000 Y NA
 10389990 10389991 YPZ3_3441 YPZ3_3442 ilvE ilvG FALSE 0.320 277.000 0.000 1.000 Y NA
 10389995 10389996 YPZ3_3446 YPZ3_3447     TRUE 1.000 0.000 0.865 0.050 Y NA
 10389996 10389997 YPZ3_3447 YPZ3_3448     TRUE 0.990 33.000 0.506 1.000 Y NA
 10389997 10389998 YPZ3_3448 YPZ3_3449     TRUE 0.986 86.000 0.804 NA Y NA
 10389998 10389999 YPZ3_3449 YPZ3_t65     FALSE 0.005 979.000 0.000 NA   NA
 10389999 10390000 YPZ3_t65 YPZ3_t66     TRUE 0.895 9.000 0.000 NA   NA
 10390000 10390001 YPZ3_t66 YPZ3_r18     FALSE 0.384 126.000 0.000 NA   NA
 10390001 10390002 YPZ3_r18 YPZ3_r19     FALSE 0.425 110.000 0.000 NA   NA
 10390002 10390003 YPZ3_r19 YPZ3_t67     FALSE 0.149 253.000 0.000 NA   NA
 10390003 10390004 YPZ3_t67 YPZ3_r20     FALSE 0.281 181.000 0.000 NA   NA
 10390004 10390005 YPZ3_r20 YPZ3_3450   murI FALSE 0.018 484.000 0.000 NA   NA
 10390005 10390006 YPZ3_3450 YPZ3_3451 murI   FALSE 0.041 86.000 0.025 1.000 N NA
 10390008 10390009 YPZ3_3453 YPZ3_3454     TRUE 0.989 13.000 0.508 NA   NA
 10390012 10390013 YPZ3_3457 YPZ3_3458     TRUE 0.867 95.000 0.204 0.003 N NA
 10390014 10390015 YPZ3_3459 YPZ3_3460     TRUE 0.982 65.000 0.667 0.007 N NA
 10390015 10390016 YPZ3_3460 YPZ3_3461     TRUE 0.993 76.000 1.000 0.007   NA
 10390016 10390017 YPZ3_3461 YPZ3_3462     FALSE 0.314 166.000 0.000 NA   NA
 10390017 10390018 YPZ3_3462 YPZ3_3463     FALSE 0.199 222.000 0.000 NA   NA
 10390018 10390019 YPZ3_3463 YPZ3_3464   argH FALSE 0.001 599.000 0.000 1.000 N NA
 10390019 10390020 YPZ3_3464 YPZ3_3465 argH argB TRUE 0.591 167.000 0.017 1.000 Y NA
 10390020 10390021 YPZ3_3465 YPZ3_3466 argB argC TRUE 0.892 166.000 0.097 0.002 Y NA
 10390022 10390023 YPZ3_3467 YPZ3_3468   ppc FALSE 0.011 374.000 0.053 1.000 N NA
 10390023 10390024 YPZ3_3468 YPZ3_3469 ppc   FALSE 0.001 743.000 0.000 1.000 N NA
 10390024 10390025 YPZ3_3469 YPZ3_3470     TRUE 0.948 54.000 0.167 1.000 Y NA
 10390025 10390026 YPZ3_3470 YPZ3_3471   mdfA FALSE 0.003 542.000 0.000 NA N NA
 10390026 10390027 YPZ3_3471 YPZ3_3472 mdfA   FALSE 0.007 743.000 0.000 NA   NA
 10390030 10390031 YPZ3_3475 YPZ3_3476 selB selA TRUE 0.998 -3.000 0.569 0.001 N NA
 10390031 10390032 YPZ3_3476 YPZ3_3477 selA fdhE FALSE 0.193 184.000 0.083 NA N NA
 10390032 10390033 YPZ3_3477 YPZ3_3478 fdhE fdoI TRUE 0.964 0.000 0.182 NA N NA
 10390033 10390034 YPZ3_3478 YPZ3_3479 fdoI fdoH TRUE 1.000 -3.000 0.944 0.001 Y NA
 10390034 10390035 YPZ3_3479 YPZ3_3480 fdoH   TRUE 0.999 13.000 0.833 0.001   NA
 10390035 10390036 YPZ3_3480 YPZ3_3481     TRUE 0.955 49.000 0.125 0.002   NA
 10390037 10390038 YPZ3_3482 YPZ3_3483   sodA FALSE 0.002 436.000 0.029 1.000 N NA
 10390038 10390039 YPZ3_3483 YPZ3_3484 sodA tar FALSE 0.007 344.000 0.000 1.000 N NA
 10390039 10390040 YPZ3_3484 YPZ3_3485 tar   FALSE 0.265 190.000 0.000 NA   NA
 10390040 10390041 YPZ3_3485 YPZ3_3486     FALSE 0.013 556.000 0.000 NA   NA
 10390042 10390043 YPZ3_3487 YPZ3_3488   mtlR FALSE 0.205 249.000 0.067 NA   NA
 10390043 10390044 YPZ3_3488 YPZ3_3489 mtlR mtlD FALSE 0.433 207.000 0.230 NA N NA
 10390044 10390045 YPZ3_3489 YPZ3_3490 mtlD mtlA TRUE 0.895 137.000 0.292 1.000 Y NA
 10390045 10390046 YPZ3_3490 YPZ3_3491 mtlA   FALSE 0.009 650.000 0.000 NA   NA
 10390046 10390047 YPZ3_3491 YPZ3_3492   glyS FALSE 0.014 473.000 0.003 NA   NA
 10390047 10390048 YPZ3_3492 YPZ3_3493 glyS glyQ TRUE 0.999 10.000 0.651 0.001 Y NA
 10390049 10390050 YPZ3_3494 YPZ3_3495 tag   TRUE 0.936 -3.000 0.028 1.000   NA
 10390050 10390051 YPZ3_3495 YPZ3_3496     FALSE 0.041 358.000 0.000 1.000   NA
 10390053 10390054 YPZ3_3498 YPZ3_3499   malS FALSE 0.013 289.000 0.000 1.000 N NA
 10390054 10390055 YPZ3_3499 YPZ3_3500 malS   FALSE 0.029 415.000 0.000 NA   NA
 10390055 10390056 YPZ3_3500 YPZ3_3501     FALSE 0.016 512.000 0.000 NA   NA
 10390057 10390058 YPZ3_3502 YPZ3_3503   ibpB FALSE 0.060 373.000 0.069 NA   NA
 10390058 10390059 YPZ3_3503 YPZ3_3504 ibpB ibpA FALSE 0.429 281.000 0.099 NA Y NA
 10390061 10390062 YPZ3_3506 YPZ3_3507     TRUE 0.963 -10.000 0.054 NA   NA
 10390063 10390064 YPZ3_3508 YPZ3_3509     TRUE 0.997 -6.000 0.316 1.000 Y NA
 10390064 10390065 YPZ3_3509 YPZ3_3510     FALSE 0.208 54.000 0.000 1.000 N NA
 10390065 10390066 YPZ3_3510 YPZ3_3511     TRUE 0.948 54.000 0.167 1.000 Y NA
 10390067 10390068 YPZ3_3512 YPZ3_3513   gyrB FALSE 0.361 216.000 0.003 0.093   NA
 10390068 10390069 YPZ3_3513 YPZ3_3514 gyrB recF TRUE 0.995 20.000 0.249 0.003 Y NA
 10390069 10390070 YPZ3_3514 YPZ3_3515 recF dnaN TRUE 0.876 173.000 0.318 1.000 Y NA
 10390070 10390071 YPZ3_3515 YPZ3_3516 dnaN dnaA TRUE 0.994 5.000 0.328 1.000 Y NA
 10390072 10390073 YPZ3_3517 YPZ3_3518   thdF TRUE 0.835 143.000 0.221 0.058   NA
 10390073 10390074 YPZ3_3518 YPZ3_3519 thdF   FALSE 0.206 186.000 0.003 NA   NA
 10390075 10390076 YPZ3_3520 YPZ3_3521     FALSE 0.014 545.000 0.000 NA   NA
 10390078 10390079 YPZ3_3523 YPZ3_3524     TRUE 0.998 2.000 0.282 0.015 Y NA
 10390079 10390080 YPZ3_3524 YPZ3_3525     TRUE 0.917 183.000 0.263 0.050 Y NA
 10390080 10390081 YPZ3_3525 YPZ3_3526     FALSE 0.048 220.000 0.000 NA N NA
 10390081 10390082 YPZ3_3526 YPZ3_3527   phoU FALSE 0.013 335.000 0.000 NA N NA
 10390082 10390083 YPZ3_3527 YPZ3_3528 phoU pstB TRUE 0.947 88.000 0.317 NA Y NA
 10390083 10390084 YPZ3_3528 YPZ3_3529 pstB pstA TRUE 0.991 81.000 0.526 0.002 Y NA
 10390084 10390085 YPZ3_3529 YPZ3_3530 pstA pstC TRUE 0.999 2.000 0.537 0.002 Y NA
 10390085 10390086 YPZ3_3530 YPZ3_3531 pstC pstS TRUE 0.842 229.000 0.145 0.002 Y NA
 10390086 10390087 YPZ3_3531 YPZ3_3532 pstS glmS FALSE 0.002 483.000 0.000 1.000 N NA
 10390087 10390088 YPZ3_3532 YPZ3_3533 glmS   TRUE 0.572 201.000 0.055 1.000 Y NA
 10390088 10390089 YPZ3_3533 YPZ3_3534   atpC FALSE 0.003 708.000 0.067 1.000 N NA
 10390089 10390090 YPZ3_3534 YPZ3_3535 atpC   TRUE 0.999 22.000 0.837 0.003 Y NA
 10390090 10390091 YPZ3_3535 YPZ3_3536   atpG TRUE 0.980 195.000 0.724 0.003 Y NA
 10390091 10390092 YPZ3_3536 YPZ3_3537 atpG atpA TRUE 0.997 62.000 0.846 0.003 Y NA
 10390092 10390093 YPZ3_3537 YPZ3_3538 atpA atpH TRUE 0.999 15.000 0.864 0.003 Y NA
 10390093 10390094 YPZ3_3538 YPZ3_3539 atpH atpF TRUE 0.995 15.000 0.242 0.003 Y NA
 10390094 10390095 YPZ3_3539 YPZ3_3540 atpF atpB FALSE 0.386 351.000 0.000 0.003 Y NA
 10390095 10390096 YPZ3_3540 YPZ3_3541 atpB atpI TRUE 0.920 106.000 0.291 1.000 Y NA
 10390096 10390097 YPZ3_3541 YPZ3_3542 atpI gidB FALSE 0.000 667.000 0.005 1.000 N NA
 10390097 10390098 YPZ3_3542 YPZ3_3543 gidB gidA TRUE 0.783 146.000 0.466 1.000 N NA
 10390098 10386470 YPZ3_3543 YPZ3_0001 gidA   FALSE 0.005 381.000 0.000 1.000 N NA
 10386330 10386331 YPZ3_pCD0003 YPZ3_pCD0004 yopE   FALSE 0.003 1509.000 0.000 NA   NA
 10386332 10386333 YPZ3_pCD0005 YPZ3_pCD0006   sopA TRUE 0.990 -3.000 0.400 1.000 N NA
 10386333 10386334 YPZ3_pCD0006 YPZ3_pCD0007 sopA   FALSE 0.004 1106.000 0.000 1.000   NA
 10386334 10386335 YPZ3_pCD0007 YPZ3_pCD0008     TRUE 0.973 33.000 0.250 0.062   NA
 10386335 10386336 YPZ3_pCD0008 YPZ3_pCD0009     FALSE 0.400 107.000 0.000 1.000   NA
 10386336 10386337 YPZ3_pCD0009 YPZ3_pCD0010   yopQ FALSE 0.010 610.000 0.000 NA   NA
 10386338 10386339 YPZ3_pCD0011 YPZ3_pCD0012 yopT sycT TRUE 0.998 0.000 0.500 0.007   NA
 10386344 10386345 YPZ3_pCD0017 YPZ3_pCD0018 yopD yopB TRUE 0.987 19.000 0.526 NA   NA
 10386345 10386346 YPZ3_pCD0018 YPZ3_pCD0019 yopB sycD TRUE 0.904 149.000 0.632 1.000   NA
 10386346 10386347 YPZ3_pCD0019 YPZ3_pCD0020 sycD lcrV TRUE 0.970 13.000 0.235 1.000   NA
 10386347 10386348 YPZ3_pCD0020 YPZ3_pCD0021 lcrV lcrR FALSE 0.063 331.000 0.000 NA   NA
 10386348 10386349 YPZ3_pCD0021 YPZ3_pCD0022 lcrR yscV TRUE 0.991 -3.000 0.281 NA   NA
 10386349 10386350 YPZ3_pCD0022 YPZ3_pCD0023 yscV yscY TRUE 0.962 -13.000 0.062 1.000   NA
 10386350 10386351 YPZ3_pCD0023 YPZ3_pCD0024 yscY yscX TRUE 0.948 -3.000 0.000 NA   NA
 10386351 10386352 YPZ3_pCD0024 YPZ3_pCD0025 yscX sycN TRUE 0.948 -3.000 0.000 NA   NA
 10386352 10386353 YPZ3_pCD0025 YPZ3_pCD0026 sycN lcrE FALSE 0.419 246.000 0.208 1.000   NA
 10386354 10386355 YPZ3_pCD0027 YPZ3_pCD0028 yscN yscO TRUE 0.992 -3.000 0.300 NA   NA
 10386355 10386356 YPZ3_pCD0028 YPZ3_pCD0029 yscO yscP TRUE 0.976 0.000 0.150 NA   NA
 10386356 10386357 YPZ3_pCD0029 YPZ3_pCD0030 yscP yscQ TRUE 0.993 3.000 0.235 0.009   NA
 10386357 10386358 YPZ3_pCD0030 YPZ3_pCD0031 yscQ yscR TRUE 0.998 -3.000 0.529 1.000 Y NA
 10386358 10386359 YPZ3_pCD0031 YPZ3_pCD0032 yscR yscT TRUE 0.551 265.000 0.000 0.057 Y NA
 10386359 10386360 YPZ3_pCD0032 YPZ3_pCD0033 yscT yscU TRUE 0.999 0.000 0.548 0.057 Y NA
 10386360 10386361 YPZ3_pCD0033 YPZ3_pCD0034 yscU virG FALSE 0.012 576.000 0.000 NA   NA
 10386361 10386362 YPZ3_pCD0034 YPZ3_pCD0035 virG virF TRUE 0.654 124.000 0.154 NA   NA
 10386362 10386363 YPZ3_pCD0035 YPZ3_pCD0036 virF yscB FALSE 0.028 403.000 0.000 1.000   NA
 10386363 10386364 YPZ3_pCD0036 YPZ3_pCD0037 yscB yscC TRUE 0.998 -9.000 0.750 1.000   NA
 10386366 10386367 YPZ3_pCD0039 YPZ3_pCD0040 yscD yscG FALSE 0.021 463.000 0.000 NA   NA
 10386367 10386368 YPZ3_pCD0040 YPZ3_pCD0041 yscG yopR TRUE 0.999 -3.000 0.900 0.007   NA
 10386368 10386369 YPZ3_pCD0041 YPZ3_pCD0042 yopR lcrO TRUE 0.996 1.000 0.333 0.007   NA
 10386369 10386370 YPZ3_pCD0042 YPZ3_pCD0043 lcrO ylpB TRUE 0.994 7.000 0.333 0.011   NA
 10386370 10386371 YPZ3_pCD0043 YPZ3_pCD0044 ylpB yscK TRUE 0.998 0.000 0.800 1.000   NA
 10386371 10386372 YPZ3_pCD0044 YPZ3_pCD0045 yscK yscL TRUE 0.998 -21.000 0.727 1.000   NA
 10386372 10386373 YPZ3_pCD0045 YPZ3_pCD0046 yscL lcrQ FALSE 0.174 225.000 0.000 1.000   NA
 10386373 10386374 YPZ3_pCD0046 YPZ3_pCD0047 lcrQ   FALSE 0.005 850.000 0.000 1.000   NA
 10386374 10386375 YPZ3_pCD0047 YPZ3_pCD0048     TRUE 0.986 -3.000 0.000 0.010   NA
 10386378 10386379 YPZ3_pCD0051 YPZ3_pCD0052 yopJ ypkA FALSE 0.034 396.000 0.000 NA   NA
 10386379 10386380 YPZ3_pCD0052 YPZ3_pCD0053 ypkA   TRUE 0.982 8.000 0.308 1.000   NA
 10386380 10386381 YPZ3_pCD0053 YPZ3_pCD0054   repA1 FALSE 0.003 2158.000 0.000 1.000   NA
 10386381 10386382 YPZ3_pCD0054 YPZ3_pCD0055 repA1   FALSE 0.003 1366.000 0.000 1.000   NA
 10386382 10386383 YPZ3_pCD0055 YPZ3_pCD0056     TRUE 0.943 33.000 0.250 1.000   NA
 10386383 10386384 YPZ3_pCD0056 YPZ3_pCD0057     FALSE 0.299 172.000 0.000 NA   NA
 10386384 10386385 YPZ3_pCD0057 YPZ3_pCD0058     FALSE 0.008 664.000 0.000 NA   NA
 10386388 10386389 YPZ3_pCD0061 YPZ3_pCD0062 tnpR   TRUE 0.841 19.000 0.000 NA   NA
 10386389 10386390 YPZ3_pCD0062 YPZ3_pCD0063     FALSE 0.358 139.000 0.000 NA   NA
 10386390 10386391 YPZ3_pCD0063 YPZ3_pCD0064     FALSE 0.024 444.000 0.000 NA   NA
 10386392 10386393 YPZ3_pCD0065 YPZ3_pCD0066 sycH   FALSE 0.050 343.000 0.000 1.000   NA
 10386393 10386327 YPZ3_pCD0066 YPZ3_pCD0067     TRUE 0.998 0.000 1.000 1.000   NA
 10386394 10386395 YPZ3_pMT0001 YPZ3_pMT0002     TRUE 0.982 0.000 0.000 1.000 Y NA
 10386396 10386397 YPZ3_pMT0003 YPZ3_pMT0004     FALSE 0.085 302.000 0.000 NA   NA
 10386397 10386398 YPZ3_pMT0004 YPZ3_pMT0005     TRUE 0.542 81.000 0.000 NA   NA
 10386398 10386399 YPZ3_pMT0005 YPZ3_pMT0006     TRUE 0.918 3.000 0.000 NA   NA
 10386399 10386400 YPZ3_pMT0006 YPZ3_pMT0007     TRUE 0.973 22.000 0.333 NA   NA
 10386400 10386401 YPZ3_pMT0007 YPZ3_pMT0008     TRUE 0.998 -12.000 0.800 NA   NA
 10386401 10386402 YPZ3_pMT0008 YPZ3_pMT0009     TRUE 0.996 -7.000 0.444 NA   NA
 10386402 10386403 YPZ3_pMT0009 YPZ3_pMT0010     TRUE 0.495 90.000 0.000 NA   NA
 10386403 10386404 YPZ3_pMT0010 YPZ3_pMT0011     TRUE 0.740 42.000 0.000 NA   NA
 10386404 10386405 YPZ3_pMT0011 YPZ3_pMT0012     FALSE 0.047 358.000 0.000 NA   NA
 10386405 10386406 YPZ3_pMT0012 YPZ3_pMT0013     TRUE 0.653 60.000 0.000 NA   NA
 10386406 10386407 YPZ3_pMT0013 YPZ3_pMT0014     TRUE 0.911 75.000 0.333 NA   NA
 10386407 10386408 YPZ3_pMT0014 YPZ3_pMT0015     TRUE 0.996 2.000 0.667 NA   NA
 10386408 10386409 YPZ3_pMT0015 YPZ3_pMT0016     TRUE 0.998 -9.000 0.667 NA   NA
 10386409 10386410 YPZ3_pMT0016 YPZ3_pMT0017     TRUE 0.946 98.000 0.667 NA   NA
 10386410 10386411 YPZ3_pMT0017 YPZ3_pMT0018     TRUE 0.998 0.000 1.000 NA   NA
 10386411 10386412 YPZ3_pMT0018 YPZ3_pMT0019     TRUE 0.983 44.000 0.667 NA   NA
 10386412 10386413 YPZ3_pMT0019 YPZ3_pMT0020     TRUE 0.723 75.000 0.100 NA   NA
 10386413 10386414 YPZ3_pMT0020 YPZ3_pMT0021     TRUE 0.886 27.000 0.100 NA   NA
 10386414 10386415 YPZ3_pMT0021 YPZ3_pMT0022     TRUE 0.961 23.000 0.250 NA   NA
 10386415 10386416 YPZ3_pMT0022 YPZ3_pMT0023     TRUE 0.966 34.000 0.375 NA   NA
 10386416 10386417 YPZ3_pMT0023 YPZ3_pMT0024     TRUE 0.995 3.000 0.667 1.000   NA
 10386417 10386418 YPZ3_pMT0024 YPZ3_pMT0025     FALSE 0.020 472.000 0.000 NA   NA
 10386418 10386419 YPZ3_pMT0025 YPZ3_pMT0026     FALSE 0.164 244.000 0.000 NA   NA
 10386419 10386420 YPZ3_pMT0026 YPZ3_pMT0027     TRUE 0.960 -3.000 0.068 1.000   NA
 10386420 10386421 YPZ3_pMT0027 YPZ3_pMT0028     TRUE 0.997 0.000 0.222 0.062 Y NA
 10386422 10386423 YPZ3_pMT0029 YPZ3_pMT0030     FALSE 0.058 341.000 0.000 NA   NA
 10386423 10386424 YPZ3_pMT0030 YPZ3_pMT0031     TRUE 0.964 5.000 0.143 NA   NA
 10386424 10386425 YPZ3_pMT0031 YPZ3_pMT0032     FALSE 0.070 323.000 0.000 NA   NA
 10386426 10386427 YPZ3_pMT0033 YPZ3_pMT0034     FALSE 0.008 687.000 0.000 NA   NA
 10386427 10386428 YPZ3_pMT0034 YPZ3_pMT0035     FALSE 0.090 290.000 0.000 1.000   NA
 10386428 10386429 YPZ3_pMT0035 YPZ3_pMT0036     TRUE 0.831 13.000 0.002 NA   NA
 10386429 10386430 YPZ3_pMT0036 YPZ3_pMT0037     TRUE 0.995 -10.000 0.400 NA   NA
 10386430 10386431 YPZ3_pMT0037 YPZ3_pMT0038     FALSE 0.166 230.000 0.000 1.000   NA
 10386435 10386436 YPZ3_pMT0042 YPZ3_pMT0043     FALSE 0.013 560.000 0.000 NA   NA
 10386436 10386437 YPZ3_pMT0043 YPZ3_pMT0044     TRUE 0.998 -16.000 0.667 NA   NA
 10386437 10386438 YPZ3_pMT0044 YPZ3_pMT0045     TRUE 0.913 154.000 0.667 NA   NA
 10386438 10386439 YPZ3_pMT0045 YPZ3_pMT0046     FALSE 0.012 295.000 0.000 1.000 N NA
 10386439 10386440 YPZ3_pMT0046 YPZ3_pMT0047     TRUE 0.532 269.000 0.000 0.062 Y NA
 10386440 10386441 YPZ3_pMT0047 YPZ3_pMT0048     TRUE 0.637 61.000 0.033 NA   NA
 10386441 10386442 YPZ3_pMT0048 YPZ3_pMT0049     TRUE 0.967 120.000 1.000 NA   NA
 10386444 10386445 YPZ3_pMT0051 YPZ3_pMT0052     TRUE 0.936 -3.000 0.016 NA   NA
 10386445 10386446 YPZ3_pMT0052 YPZ3_pMT0053   cobS FALSE 0.210 181.000 0.016 1.000   NA
 10386446 10386447 YPZ3_pMT0053 YPZ3_pMT0054 cobS cobT TRUE 0.947 97.000 0.667 NA   NA
 10386449 10386450 YPZ3_pMT0056 YPZ3_pMT0057     FALSE 0.007 703.000 0.000 NA   NA
 10386450 10386451 YPZ3_pMT0057 YPZ3_pMT0058   caf1A TRUE 0.981 81.000 1.000 NA   NA
 10386451 10386452 YPZ3_pMT0058 YPZ3_pMT0059 caf1A caf1M TRUE 0.971 112.000 0.667 1.000 Y NA
 10386453 10386454 YPZ3_pMT0060 YPZ3_pMT0061     FALSE 0.072 349.000 0.000 0.062 N NA
 10386454 10386455 YPZ3_pMT0061 YPZ3_pMT0062     FALSE 0.163 469.000 0.000 0.024 Y NA
 10386458 10386459 YPZ3_pMT0065 YPZ3_pMT0066     TRUE 0.815 78.000 0.000 0.016   NA
 10386459 10386460 YPZ3_pMT0066 YPZ3_pMT0067     FALSE 0.004 1037.000 0.000 NA   NA
 10386460 10386461 YPZ3_pMT0067 YPZ3_pMT0068     TRUE 0.799 27.000 0.000 NA   NA
 10386462 10386463 YPZ3_pMT0069 YPZ3_pMT0070 parA parB TRUE 0.996 -3.000 0.667 1.000 N NA
 10386463 10386464 YPZ3_pMT0070 YPZ3_pMT0071 parB   FALSE 0.034 379.000 0.000 1.000   NA
 10386464 10386465 YPZ3_pMT0071 YPZ3_pMT0072     FALSE 0.005 863.000 0.000 1.000   NA
 10386465 10386466 YPZ3_pMT0072 YPZ3_pMT0073     FALSE 0.182 232.000 0.000 NA   NA
 10386466 10386467 YPZ3_pMT0073 YPZ3_pMT0074     TRUE 0.979 54.000 0.667 NA   NA
 10386467 10386468 YPZ3_pMT0074 YPZ3_pMT0075     FALSE 0.033 399.000 0.000 NA   NA
 10386468 10386469 YPZ3_pMT0075 YPZ3_pMT0076     FALSE 0.005 1016.000 0.000 NA   NA
 10386469 10386394 YPZ3_pMT0076 YPZ3_pMT0001     FALSE 0.072 124.000 0.000 1.000 N NA
 10390099 10390100 YPZ3_pPCP0001 YPZ3_pPCP0002     TRUE 0.982 0.000 0.000 1.000 Y NA
 10390100 10390101 YPZ3_pPCP0002 YPZ3_pPCP0003     FALSE 0.003 1598.000 0.000 NA   NA
 10390101 10390102 YPZ3_pPCP0003 YPZ3_pPCP0004   pim FALSE 0.012 585.000 0.000 NA   NA
 10390104 10390105 YPZ3_pPCP0006 YPZ3_pPCP0007   pla FALSE 0.166 243.000 0.000 NA   NA