MicrobesOnline Operon Predictions for Acetobacter pasteurianus IFO 3283-01

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column Description
Gene1 VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1 Systematic name of 1st gene in pair
Name1 Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2 VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2 Systematic name of 2nd gene in pair
Name2 Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim Whether the genes share a COG category or not
ExprSim Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

 Gene1 Gene2 SysName1 SysName2 Name1 Name2 bOp pOp Sep MOGScore GOScore COGSim ExprSim
 7730285 7730286 APA01_00010 APA01_00020 rusA   FALSE 0.046 393.000 0.000 0.026 Y NA
 7730286 7730287 APA01_00020 APA01_00030     FALSE 0.011 261.000 0.000 NA   NA
 7730288 7730289 APA01_00040 APA01_00050   bcr/cflA FALSE 0.143 137.000 0.000 NA N NA
 7730290 7730291 APA01_00060 APA01_00070     FALSE 0.234 31.000 0.000 NA   NA
 7730291 7730292 APA01_00070 APA01_00080     TRUE 0.889 27.000 0.148 NA   NA
 7730292 7730293 APA01_00080 APA01_00090     TRUE 0.955 15.000 0.222 1.000   NA
 7730293 7730294 APA01_00090 APA01_00100     FALSE 0.127 63.000 0.000 NA   NA
 7730295 7730296 APA01_00110 APA01_00120 uvrA   TRUE 0.626 0.000 0.000 NA   NA
 7730296 7730297 APA01_00120 APA01_00130     TRUE 0.853 108.000 0.455 NA   NA
 7730297 7730298 APA01_00130 APA01_00140     FALSE 0.116 80.000 0.000 NA   NA
 7730298 7730299 APA01_00140 APA01_00150   nifU FALSE 0.019 228.000 0.000 1.000   NA
 7730299 7730300 APA01_00150 APA01_00160 nifU   TRUE 0.566 67.000 0.015 1.000 N NA
 7730300 7730301 APA01_00160 APA01_00170     TRUE 0.864 -3.000 0.004 1.000 N NA
 7730301 7730302 APA01_00170 APA01_00180     TRUE 0.979 3.000 0.209 1.000   NA
 7730304 7730305 APA01_00200 APA01_00210     FALSE 0.313 99.000 0.004 NA   NA
 7730305 7730306 APA01_00210 APA01_00220     FALSE 0.133 56.000 0.000 NA   NA
 7730306 7730307 APA01_00220 APA01_00230     FALSE 0.223 32.000 0.000 NA   NA
 7730308 7730309 APA01_00240 APA01_00250     TRUE 0.607 40.000 0.018 1.000   NA
 7730309 7730310 APA01_00250 APA01_00260     TRUE 0.522 76.000 0.024 1.000   NA
 7730310 7730311 APA01_00260 APA01_00270     TRUE 0.987 1.000 0.321 0.002   NA
 7730311 7730312 APA01_00270 APA01_00280     TRUE 0.991 -3.000 0.829 0.002   NA
 7730312 7730313 APA01_00280 APA01_00290     FALSE 0.043 163.000 0.000 NA   NA
 7730314 7730315 APA01_00300 APA01_00310     FALSE 0.347 137.000 0.008 1.000 N NA
 7730315 7730316 APA01_00310 APA01_00320     TRUE 0.994 2.000 0.291 0.001 Y NA
 7730316 7730317 APA01_00320 APA01_00330     TRUE 0.956 118.000 0.705 0.002 Y NA
 7730317 7730318 APA01_00330 APA01_00340     TRUE 0.977 37.000 0.604 0.002 Y NA
 7730318 7730319 APA01_00340 APA01_00350     FALSE 0.188 178.000 0.006 NA N NA
 7730319 7730320 APA01_00350 APA01_00360     FALSE 0.256 60.000 0.000 NA N NA
 7730321 7730322 APA01_00370 APA01_00380     TRUE 0.967 0.000 0.004 0.004 Y NA
 7730322 7730323 APA01_00380 APA01_00390     TRUE 0.924 53.000 0.222 1.000 Y NA
 7730324 7730325 APA01_00400 APA01_00410     TRUE 0.895 61.000 0.500 NA   NA
 7730327 7730328 APA01_00430 APA01_00440   recA FALSE 0.402 89.000 0.002 1.000 N NA
 7730330 7730331 APA01_00460 APA01_00470 modE/mopA mdoG TRUE 0.767 67.000 0.167 1.000   NA
 7730331 7730332 APA01_00470 APA01_00480 mdoG mdoH TRUE 0.980 3.000 0.169 NA N NA
 7730333 7730334 APA01_00490 APA01_00500     TRUE 0.978 6.000 0.047 1.000 Y NA
 7730334 7730335 APA01_00500 APA01_00510     FALSE 0.202 34.000 0.000 NA   NA
 7730336 7730337 APA01_00520 APA01_00530     TRUE 0.851 100.000 0.411 NA   NA
 7730337 7730338 APA01_00530 APA01_00540   recR TRUE 0.952 32.000 0.604 NA   NA
 7730338 7730339 APA01_00540 APA01_00550 recR   TRUE 0.737 21.000 0.003 1.000 N NA
 7730339 7730340 APA01_00550 APA01_00560     TRUE 0.962 4.000 0.055 1.000 N NA
 7730342 7730343 APA01_00580 APA01_00590     TRUE 0.973 -3.000 0.209 1.000 N NA
 7730343 7730344 APA01_00590 APA01_00600     FALSE 0.302 285.000 0.281 1.000 N NA
 7730344 7730345 APA01_00600 APA01_00610     FALSE 0.095 114.000 0.000 NA   NA
 7730346 7730347 APA01_00620 APA01_00630     TRUE 0.977 -3.000 0.262 1.000 N NA
 7730348 7730349 APA01_00640 APA01_00650 hrcA   FALSE 0.409 96.000 0.003 1.000 N NA
 7730349 7730350 APA01_00650 APA01_00660     FALSE 0.212 218.000 0.041 1.000 N NA
 7730350 7730351 APA01_00660 APA01_00670     FALSE 0.016 343.000 0.000 1.000 N NA
 7730351 7730352 APA01_00670 APA01_00680   exbB/tolQ TRUE 0.954 70.000 1.000 0.015 N NA
 7730352 7730353 APA01_00680 APA01_00690 exbB/tolQ exbD/tolR TRUE 0.944 34.000 0.176 0.066 Y NA
 7730353 7730354 APA01_00690 APA01_00700 exbD/tolR exbD/tolR TRUE 0.929 55.000 0.235 0.051 Y NA
 7730354 7730355 APA01_00700 APA01_00710 exbD/tolR   TRUE 0.961 13.000 0.222 1.000   NA
 7730356 7730357 APA01_00720 APA01_00730 rodA ftsI TRUE 0.955 -3.000 0.094 1.000 N NA
 7730357 7730358 APA01_00730 APA01_00740 ftsI mreD TRUE 0.922 20.000 0.169 NA   NA
 7730358 7730359 APA01_00740 APA01_00750 mreD mreC TRUE 0.905 6.000 0.016 NA   NA
 7730359 7730360 APA01_00750 APA01_00760 mreC mreB TRUE 0.926 96.000 0.689 1.000 N NA
 7730360 7730361 APA01_00760 APA01_00770 mreB   FALSE 0.131 205.000 0.005 1.000 N NA
 7730361 7730362 APA01_00770 APA01_00780     FALSE 0.033 242.000 0.000 1.000 N NA
 7730363 7730364 APA01_00790 APA01_00800   bcr/cflA FALSE 0.447 162.000 0.111 NA   NA
 7730364 7730365 APA01_00800 APA01_00810 bcr/cflA   FALSE 0.215 104.000 0.000 1.000 N NA
 7730365 7730366 APA01_00810 APA01_00820     FALSE 0.312 45.000 0.000 1.000 N NA
 7730366 7730367 APA01_00820 APA01_00830   fusB FALSE 0.173 145.000 0.002 NA   NA
 7730367 7730368 APA01_00830 APA01_00840 fusB   FALSE 0.127 64.000 0.000 NA   NA
 7730369 7730370 APA01_00850 APA01_00860     FALSE 0.156 131.000 0.000 NA N NA
 7730370 7730371 APA01_00860 APA01_00870     TRUE 0.848 53.000 0.188 0.012 N NA
 7730371 7730372 APA01_00870 APA01_00880     FALSE 0.021 209.000 0.000 NA   NA
 7730373 7730374 APA01_00890 APA01_00900     FALSE 0.003 612.000 0.000 NA   NA
 7730374 7730375 APA01_00900 APA01_00910     TRUE 0.997 6.000 0.750 0.012 Y NA
 7730375 7730376 APA01_00910 APA01_00920     TRUE 0.997 2.000 0.750 0.065 Y NA
 7730376 7730377 APA01_00920 APA01_00930     TRUE 0.990 -81.000 0.750 0.065 Y NA
 7730377 7730378 APA01_00930 APA01_00940     FALSE 0.253 29.000 0.000 NA   NA
 7730379 7730380 APA01_00950 APA01_00960     FALSE 0.041 171.000 0.000 1.000   NA
 7730381 7730382 APA01_00970 APA01_00980   marR TRUE 0.764 99.000 0.130 0.027 N NA
 7730382 7730383 APA01_00980 APA01_00990 marR   FALSE 0.062 141.000 0.000 NA   NA
 7730385 7730386 APA01_01000 APA01_01020   degT TRUE 0.957 -3.000 0.015 1.000 Y NA
 7730386 7730387 APA01_01020 APA01_01030 degT   TRUE 0.766 17.000 0.009 NA   NA
 7730388 7730389 APA01_01040 APA01_01050     TRUE 0.759 7.000 0.000 1.000 N NA
 7730389 7730390 APA01_01050 APA01_01060     TRUE 0.742 61.000 0.010 1.000 Y NA
 7730392 7730393 APA01_01080 APA01_01090     TRUE 0.967 -3.000 0.222 NA   NA
 7730395 7730396 APA01_01110 APA01_01120   nusG FALSE 0.122 148.000 0.000 1.000 N NA
 7730396 7730397 APA01_01120 APA01_01130 nusG secE TRUE 0.995 5.000 0.843 1.000 N NA
 7730397 7730398 APA01_01130 APA01_01140 secE   FALSE 0.059 144.000 0.000 NA   NA
 7730399 7730400 APA01_01150 APA01_01160     FALSE 0.140 52.000 0.000 NA   NA
 7730400 7730401 APA01_01160 APA01_01170     FALSE 0.159 44.000 0.000 NA   NA
 7730401 7730402 APA01_01170 APA01_01180     TRUE 0.998 0.000 0.864 0.005 Y NA
 7730402 7730403 APA01_01180 APA01_01190     TRUE 0.993 18.000 0.846 0.005 Y NA
 7730403 7730404 APA01_01190 APA01_01200     TRUE 0.984 32.000 0.724 0.005 Y NA
 7730404 7730405 APA01_01200 APA01_01210     TRUE 0.989 28.000 0.837 0.005 Y NA
 7730410 7730411 APA01_01260 APA01_01270     FALSE 0.054 148.000 0.000 NA   NA
 7730411 7730412 APA01_01270 APA01_01280   cysA FALSE 0.088 171.000 0.000 1.000 N NA
 7730412 7730413 APA01_01280 APA01_01290 cysA cysW TRUE 0.960 -3.000 0.020 1.000 Y NA
 7730413 7730414 APA01_01290 APA01_01300 cysW cysT TRUE 0.993 -3.000 0.935 0.001 N NA
 7730415 7730416 APA01_01310 APA01_01320     FALSE 0.032 179.000 0.000 NA   NA
 7730418 7730419 APA01_01340 APA01_01350     TRUE 0.947 27.000 0.400 NA   NA
 7730421 7730422 APA01_01370 APA01_01380     TRUE 0.996 -3.000 0.859 0.001 Y NA
 7730422 7730423 APA01_01380 APA01_01390     TRUE 0.927 33.000 0.109 1.000 Y NA
 7730423 7730424 APA01_01390 APA01_01400   acrB FALSE 0.008 500.000 0.000 1.000 N NA
 7730424 7730425 APA01_01400 APA01_01410 acrB acrB TRUE 0.990 6.000 0.500 1.000 N NA
 7730425 7730426 APA01_01410 APA01_01420 acrB nodT TRUE 0.992 5.000 0.500 0.051 N NA
 7730427 7730428 APA01_01430 APA01_01440     FALSE 0.009 294.000 0.000 NA   NA
 7730428 7730429 APA01_01440 APA01_01450     FALSE 0.033 178.000 0.000 NA   NA
 7730429 7730430 APA01_01450 APA01_01460     FALSE 0.022 207.000 0.000 NA   NA
 7730432 7730433 APA01_01480 APA01_01490     FALSE 0.159 44.000 0.000 NA   NA
 7730433 7730434 APA01_01490 APA01_01500     FALSE 0.007 325.000 0.000 NA   NA
 7730434 7730435 APA01_01500 APA01_01510     TRUE 0.586 6.000 0.000 NA   NA
 7730435 7730436 APA01_01510 APA01_01520     FALSE 0.004 445.000 0.000 NA   NA
 7730436 7730437 APA01_01520 APA01_01530     TRUE 0.626 0.000 0.000 NA   NA
 7730438 7730439 APA01_01540 APA01_01550     FALSE 0.032 179.000 0.000 NA   NA
 7730440 7730441 APA01_01560 APA01_01570 luxR   TRUE 0.942 -3.000 0.048 0.011 N NA
 7730442 7730443 APA01_01580 APA01_01590     TRUE 0.945 55.000 0.367 NA Y NA
 7730443 7730444 APA01_01590 APA01_01600     TRUE 0.996 12.000 0.888 0.051 Y NA
 7730444 7730445 APA01_01600 APA01_01610     TRUE 0.985 12.000 0.639 1.000   NA
 7730445 7730446 APA01_01610 APA01_01620     TRUE 0.978 17.000 0.600 0.019   NA
 7730449 7730450 APA01_01650 APA01_01660     FALSE 0.043 164.000 0.000 NA   NA
 7730452 7730453 APA01_01680 APA01_01690     FALSE 0.012 253.000 0.000 NA   NA
 7730455 7730456 APA01_01710 APA01_01720     FALSE 0.306 23.000 0.000 NA   NA
 7730456 7730457 APA01_01720 APA01_01730     FALSE 0.037 172.000 0.000 NA   NA
 7730458 7730459 APA01_01740 APA01_01750     TRUE 0.968 36.000 0.429 1.000 Y NA
 7730459 7730460 APA01_01750 APA01_01760     TRUE 0.994 -3.000 0.500 0.001 Y NA
 7730461 7730462 APA01_01770 APA01_01780     FALSE 0.031 180.000 0.000 NA   NA
 7730462 7730463 APA01_01780 APA01_01790     TRUE 0.954 64.000 0.500 NA Y NA
 7730463 7730464 APA01_01790 APA01_01800     TRUE 0.963 -3.000 0.200 NA   NA
 7730464 7730465 APA01_01800 APA01_01810     FALSE 0.126 65.000 0.000 NA   NA
 7730465 7730466 APA01_01810 APA01_01820     FALSE 0.173 41.000 0.000 NA   NA
 7730466 7730467 APA01_01820 APA01_01830     FALSE 0.119 72.000 0.000 NA   NA
 7730467 7730468 APA01_01830 APA01_01840     TRUE 0.589 66.000 0.042 NA   NA
 7730468 7730469 APA01_01840 APA01_01850     FALSE 0.503 -3.000 0.000 NA   NA
 7730469 7730470 APA01_01850 APA01_01860     FALSE 0.331 -18.000 0.000 NA   NA
 7730470 7730471 APA01_01860 APA01_01870     TRUE 0.756 36.000 0.029 0.050 N NA
 7730472 7730473 APA01_01880 APA01_01890     TRUE 0.960 40.000 1.000 NA   NA
 7730473 7730474 APA01_01890 APA01_01900   marR FALSE 0.070 134.000 0.000 NA   NA
 7730474 7730475 APA01_01900 APA01_01910 marR hlyD/fusE FALSE 0.032 244.000 0.000 1.000 N NA
 7730475 7730476 APA01_01910 APA01_01920 hlyD/fusE nodT TRUE 0.975 10.000 0.222 1.000 N NA
 7730476 7730477 APA01_01920 APA01_01930 nodT   FALSE 0.126 65.000 0.000 NA   NA
 7730478 7730479 APA01_01940 APA01_01950     TRUE 0.991 5.000 0.633 1.000   NA
 7730479 7730480 APA01_01950 APA01_01960     TRUE 0.831 66.000 0.269 1.000   NA
 7730480 7730481 APA01_01960 APA01_01970     TRUE 0.948 22.000 0.315 1.000   NA
 7730481 7730482 APA01_01970 APA01_01980     TRUE 0.915 99.000 0.255 0.001 Y NA
 7730482 7730483 APA01_01980 APA01_01990     TRUE 0.677 114.000 0.088 NA N NA
 7730483 7730484 APA01_01990 APA01_02000     TRUE 0.980 11.000 0.128 NA Y NA
 7730485 7730486 APA01_02010 APA01_02020     TRUE 0.837 8.000 0.005 NA   NA
 7730487 7730488 APA01_02030 APA01_02040   lysR FALSE 0.016 239.000 0.000 1.000   NA
 7730489 7730490 APA01_02050 APA01_02060     FALSE 0.262 208.000 0.095 1.000   NA
 7730491 7730492 APA01_02070 APA01_02080     FALSE 0.053 150.000 0.000 NA   NA
 7730492 7730493 APA01_02080 APA01_02090   ligB TRUE 0.508 81.000 0.024 NA   NA
 7730493 7730494 APA01_02090 APA01_02100 ligB   FALSE 0.048 161.000 0.000 1.000   NA
 7730495 7730496 APA01_02110 APA01_02120     FALSE 0.116 80.000 0.000 NA   NA
 7730496 7730497 APA01_02120 APA01_02130     FALSE 0.311 123.000 0.007 1.000   NA
 7730498 7730499 APA01_02140 APA01_02150 ttg2D   TRUE 0.863 28.000 0.070 NA N NA
 7730499 7730500 APA01_02150 APA01_02160   djlA FALSE 0.030 245.000 0.000 NA N NA
 7730500 7730501 APA01_02160 APA01_02170 djlA   FALSE 0.390 79.000 0.007 NA   NA
 7730501 7730502 APA01_02170 APA01_02180     TRUE 0.855 -3.000 0.011 NA   NA
 7730502 7730503 APA01_02180 APA01_02190     TRUE 0.835 13.000 0.004 1.000 N NA
 7730503 7730504 APA01_02190 APA01_02200   queA TRUE 0.992 -3.000 0.360 0.001 Y NA
 7730505 7730506 APA01_02210 APA01_02220     TRUE 0.961 20.000 0.400 NA   NA
 7730507 7730508 APA01_02230 APA01_02240     FALSE 0.138 61.000 0.000 1.000   NA
 7730508 7730509 APA01_02240 APA01_02250     TRUE 0.966 -3.000 0.150 1.000 N NA
 7730509 7730510 APA01_02250 APA01_02260     FALSE 0.089 119.000 0.000 NA   NA
 7730510 7730511 APA01_02260 APA01_02270   yjgF TRUE 0.844 20.000 0.047 NA   NA
 7730511 7730512 APA01_02270 APA01_02280 yjgF   TRUE 0.507 77.000 0.023 NA   NA
 7730513 7730514 APA01_02290 APA01_02300   ttg2C TRUE 0.814 49.000 0.199 NA   NA
 7730514 7730515 APA01_02300 APA01_02310 ttg2C   TRUE 0.504 52.000 0.014 NA   NA
 7730515 7730516 APA01_02310 APA01_02320     TRUE 0.897 -3.000 0.028 NA   NA
 7730516 7730517 APA01_02320 APA01_02330     FALSE 0.185 177.000 0.016 NA   NA
 7730517 7730518 APA01_02330 APA01_02340     TRUE 0.977 4.000 0.021 0.001 Y NA
 7730518 7730519 APA01_02340 APA01_02350     TRUE 0.904 -3.000 0.015 1.000 N NA
 7730519 7730520 APA01_02350 APA01_02360     FALSE 0.212 107.000 0.000 1.000 N NA
 7730522 7730523 APA01_02380 APA01_02390     FALSE 0.104 112.000 0.000 1.000   NA
 7730523 7730524 APA01_02390 APA01_02400   uvrB FALSE 0.130 70.000 0.000 1.000   NA
 7730524 7730525 APA01_02400 APA01_02410 uvrB   FALSE 0.064 144.000 0.000 1.000   NA
 7730525 7730526 APA01_02410 APA01_02420     FALSE 0.180 42.000 0.000 1.000   NA
 7730526 7730527 APA01_02420 APA01_02430     FALSE 0.016 231.000 0.000 NA   NA
 7730529 7730530 APA01_02450 APA01_02460     FALSE 0.503 -3.000 0.000 NA   NA
 7730531 7730532 APA01_02470 APA01_02480     FALSE 0.503 -3.000 0.000 NA   NA
 7730532 7730533 APA01_02480 APA01_02490   impB FALSE 0.028 259.000 0.000 1.000 N NA
 7730533 7730534 APA01_02490 APA01_02500 impB   FALSE 0.229 96.000 0.000 1.000 N NA
 7730534 7730535 APA01_02500 APA01_02510     FALSE 0.042 165.000 0.000 NA   NA
 7730536 7730537 APA01_02520 APA01_02530     TRUE 0.891 -3.000 0.009 1.000 N NA
 7730537 7730538 APA01_02530 APA01_02540     TRUE 0.636 -6.000 0.000 0.014 N NA
 7730539 7730540 APA01_02550 APA01_02560     TRUE 0.848 25.000 0.077 NA   NA
 7730540 7730541 APA01_02560 APA01_02570     FALSE 0.458 122.000 0.034 NA   NA
 7730541 7730542 APA01_02570 APA01_02580     TRUE 0.565 7.000 0.000 NA   NA
 7730543 7730544 APA01_02590 APA01_02600     TRUE 0.904 -3.000 0.036 NA   NA
 7730544 7730545 APA01_02600 APA01_02610     FALSE 0.312 45.000 0.000 1.000 N NA
 7730546 7730547 APA01_02620 APA01_02630     FALSE 0.136 54.000 0.000 NA   NA
 7730547 7730548 APA01_02630 APA01_02640     FALSE 0.503 -3.000 0.000 NA   NA
 7730548 7730549 APA01_02640 APA01_02650     FALSE 0.503 -3.000 0.000 NA   NA
 7730550 7730551 APA01_02660 APA01_02670     TRUE 0.898 29.000 0.200 NA   NA
 7730555 7730556 APA01_02710 APA01_02720     FALSE 0.155 46.000 0.000 NA   NA
 7730557 7730558 APA01_02732 APA01_02740     FALSE 0.138 53.000 0.000 NA   NA
 7730558 7730559 APA01_02740 APA01_02750     FALSE 0.431 92.000 0.013 NA   NA
 7730561 7730562 APA01_02770 APA01_02780     TRUE 0.936 7.000 0.024 1.000 N NA
 7730562 7730563 APA01_02780 APA01_02790     FALSE 0.469 126.000 0.016 0.020 N NA
 7730564 7730565 APA01_02800 APA01_02810 clpS clpA TRUE 0.738 167.000 0.596 NA   NA
 7730566 7730567 APA01_02820 APA01_02830     TRUE 0.870 7.000 0.008 NA   NA
 7730571 7730572 APA01_02870 APA01_02880 chvG chvI TRUE 0.996 10.000 0.829 1.000 Y NA
 7730573 7730574 APA01_02890 APA01_02900 grpE dnaK FALSE 0.301 206.000 0.007 0.009 Y NA
 7730574 7730575 APA01_02900 APA01_02910 dnaK dnaJ TRUE 0.815 156.000 0.236 0.005 Y NA
 7730575 7730576 APA01_02910 APA01_02920 dnaJ   TRUE 0.759 7.000 0.000 1.000 N NA
 7730576 7730577 APA01_02920 APA01_02930     TRUE 0.803 0.000 0.000 1.000 N NA
 7730577 7730578 APA01_02930 APA01_02940     TRUE 0.908 19.000 0.112 1.000   NA
 7730578 7730579 APA01_02940 APA01_02950     FALSE 0.226 33.000 0.000 1.000   NA
 7730579 7730580 APA01_02950 APA01_02960     FALSE 0.237 122.000 0.002 NA   NA
 7730580 7730581 APA01_02960 APA01_02970     FALSE 0.072 133.000 0.000 NA   NA
 7730584 7730585 APA01_03000 APA01_03010     TRUE 0.997 5.000 0.651 0.001 Y NA
 7730587 7730588 APA01_03030 APA01_03040     FALSE 0.045 165.000 0.000 1.000   NA
 7730588 7730589 APA01_03040 APA01_03050     TRUE 0.577 65.000 0.037 NA   NA
 7730589 7730590 APA01_03050 APA01_03060   fur TRUE 0.941 -3.000 0.094 NA   NA
 7730592 7730593 APA01_03080 APA01_03090 rho   FALSE 0.016 235.000 0.000 NA   NA
 7730593 7730594 APA01_03090 APA01_03100   corA TRUE 0.632 2.000 0.000 NA   NA
 7730595 7730596 APA01_03110 APA01_03120     TRUE 0.992 -3.000 0.344 0.001 Y NA
 7730596 7730597 APA01_03120 APA01_03130     FALSE 0.215 34.000 0.000 1.000   NA
 7730597 7730598 APA01_03130 APA01_03140     TRUE 0.876 -3.000 0.017 1.000   NA
 7730598 7730599 APA01_03140 APA01_03150     FALSE 0.148 53.000 0.000 1.000   NA
 7730599 7730600 APA01_03150 APA01_03160     TRUE 0.805 68.000 0.161 1.000 N NA
 7730600 7730601 APA01_03160 APA01_03170   phoB FALSE 0.045 223.000 0.000 1.000 N NA
 7730601 7730602 APA01_03170 APA01_03180 phoB phoR TRUE 0.903 20.000 0.008 1.000 Y NA
 7730602 7730603 APA01_03180 APA01_03190 phoR   FALSE 0.246 74.000 0.000 1.000 N NA
 7730603 7730604 APA01_03190 APA01_03200   oprO FALSE 0.266 166.000 0.000 NA Y NA
 7730607 7730608 APA01_03230 APA01_03240   corC/hlyC FALSE 0.503 -3.000 0.000 NA   NA
 7730610 7730611 APA01_03260 APA01_03270   eamA TRUE 0.997 0.000 0.714 1.000 Y NA
 7730611 7730612 APA01_03270 APA01_03280 eamA   FALSE 0.109 95.000 0.000 NA   NA
 7730614 7730615 APA01_03300 APA01_03310     FALSE 0.322 43.000 0.000 1.000 N NA
 7730617 7730618 APA01_03330 APA01_03340   htpG FALSE 0.012 259.000 0.000 NA   NA
 7730618 7730619 APA01_03340 APA01_03350 htpG   FALSE 0.213 106.000 0.000 1.000 N NA
 7730622 7730623 APA01_03380 APA01_03390     TRUE 0.565 7.000 0.000 NA   NA
 7730625 7730626 APA01_03410 APA01_03420     TRUE 0.626 0.000 0.000 NA   NA
 7730626 7730627 APA01_03420 APA01_03430     FALSE 0.080 124.000 0.000 NA   NA
 7730627 7730628 APA01_03430 APA01_03440     FALSE 0.142 51.000 0.000 NA   NA
 7730628 7730629 APA01_03440 APA01_03450     FALSE 0.503 -3.000 0.000 NA   NA
 7730629 7730630 APA01_03450 APA01_03460     FALSE 0.036 173.000 0.000 NA   NA
 7730630 7730631 APA01_03460 APA01_03470     FALSE 0.503 -3.000 0.000 NA   NA
 7730631 7730632 APA01_03470 APA01_03480     TRUE 0.632 2.000 0.000 NA   NA
 7730634 7730635 APA01_03500 APA01_03510     FALSE 0.061 142.000 0.000 NA   NA
 7730636 7730637 APA01_03520 APA01_03530     FALSE 0.009 292.000 0.000 NA   NA
 7730638 7730639 APA01_03540 APA01_03550     FALSE 0.503 -3.000 0.000 NA   NA
 7730643 7730644 APA01_03590 APA01_03600     TRUE 0.886 33.000 0.216 1.000   NA
 7730644 7730645 APA01_03600 APA01_03610     TRUE 0.987 -3.000 0.502 1.000 N NA
 7730645 7730646 APA01_03610 APA01_03620     FALSE 0.299 56.000 0.000 0.058 N NA
 7730646 7730647 APA01_03620 APA01_03630     FALSE 0.043 226.000 0.000 1.000 N NA
 7730647 7730648 APA01_03630 APA01_03640     FALSE 0.119 72.000 0.000 NA   NA
 7730648 7730649 APA01_03640 APA01_03650     FALSE 0.106 98.000 0.000 NA   NA
 7730649 7730650 APA01_03650 APA01_03660     FALSE 0.052 151.000 0.000 NA   NA
 7730650 7730651 APA01_03660 APA01_03670     TRUE 0.922 -3.000 0.055 NA   NA
 7730652 7730653 APA01_03680 APA01_03690     FALSE 0.299 97.000 0.003 NA   NA
 7730653 7730654 APA01_03690 APA01_03700     FALSE 0.179 123.000 0.000 1.000 N NA
 7730655 7730656 APA01_03710 APA01_03720     TRUE 0.947 97.000 0.496 0.030 Y NA
 7730656 7730657 APA01_03720 APA01_03730     TRUE 0.991 0.000 0.184 1.000 Y NA
 7730657 7730658 APA01_03730 APA01_03740     FALSE 0.405 85.000 0.002 1.000 N NA
 7730658 7730659 APA01_03740 APA01_03750     TRUE 0.964 12.000 0.170 1.000 N NA
 7730659 7730660 APA01_03750 APA01_03760   iojap TRUE 0.778 96.000 0.221 NA   NA
 7730660 7730661 APA01_03760 APA01_03770 iojap   TRUE 0.854 56.000 0.307 NA   NA
 7730661 7730662 APA01_03770 APA01_03780     FALSE 0.097 112.000 0.000 NA   NA
 7730664 7730665 APA01_03800 APA01_03810 aldC   TRUE 0.870 82.000 0.323 1.000 N NA
 7730665 7730666 APA01_03810 APA01_03820     FALSE 0.186 37.000 0.000 NA   NA
 7730666 7730667 APA01_03820 APA01_03830     FALSE 0.451 13.000 0.000 NA   NA
 7730667 7730668 APA01_03830 APA01_03840     FALSE 0.400 32.000 0.000 NA N NA
 7730668 7730669 APA01_03840 APA01_03850     TRUE 0.993 -3.000 0.508 NA Y NA
 7730669 7730670 APA01_03850 APA01_03860     TRUE 0.986 -3.000 0.508 0.001   NA
 7730670 7730671 APA01_03860 APA01_03870     FALSE 0.028 191.000 0.000 NA   NA
 7730672 7730673 APA01_03880 APA01_03890     TRUE 0.916 9.000 0.017 1.000 N NA
 7730673 7730674 APA01_03890 APA01_03900     FALSE 0.350 -9.000 0.000 NA   NA
 7730674 7730675 APA01_03900 APA01_03910   oprB FALSE 0.100 107.000 0.000 NA   NA
 7730675 7730676 APA01_03910 APA01_03920 oprB   FALSE 0.163 43.000 0.000 NA   NA
 7730676 7730677 APA01_03920 APA01_03930     FALSE 0.072 133.000 0.000 NA   NA
 7730677 7730678 APA01_03930 APA01_03940     TRUE 0.880 100.000 0.527 1.000   NA
 7730678 7730679 APA01_03940 APA01_03950     TRUE 0.766 133.000 0.257 1.000 N NA
 7730679 7730680 APA01_03950 APA01_03960   ttg1D TRUE 0.883 81.000 0.379 NA N NA
 7730680 7730681 APA01_03960 APA01_03970 ttg1D   TRUE 0.978 4.000 0.154 NA N NA
 7730682 7730683 APA01_03980 APA01_03990 nifB/moaA corC/hlyC FALSE 0.273 161.000 0.024 NA   NA
 7730684 7730685 APA01_04000 APA01_04010     FALSE 0.223 225.000 0.051 1.000 N NA
 7730686 7730687 APA01_04020 APA01_04030     TRUE 0.711 -3.000 0.000 1.000 N NA
 7730687 7730688 APA01_04030 APA01_04040     FALSE 0.143 50.000 0.000 NA   NA
 7730688 7730689 APA01_04040 APA01_04050     FALSE 0.180 39.000 0.000 NA   NA
 7730690 7730691 APA01_04060 APA01_04070   dedA FALSE 0.324 135.000 0.015 NA   NA
 7730691 7730692 APA01_04070 APA01_04080 dedA   FALSE 0.436 14.000 0.000 NA   NA
 7730692 7730693 APA01_04080 APA01_04090   matE TRUE 0.909 -7.000 0.111 NA   NA
 7730693 7730694 APA01_04090 APA01_04100 matE   FALSE 0.130 145.000 0.000 1.000 N NA
 7730694 7730695 APA01_04100 APA01_04110     TRUE 0.923 6.000 0.000 NA Y NA
 7730696 7730697 APA01_04120 APA01_04130     TRUE 0.919 12.000 0.036 1.000 N NA
 7730698 7730699 APA01_04140 APA01_04150     FALSE 0.059 144.000 0.000 NA   NA
 7730699 7730700 APA01_04150 APA01_04160     FALSE 0.026 195.000 0.000 NA   NA
 7730702 7730703 APA01_04180 APA01_04190     FALSE 0.074 130.000 0.000 NA   NA
 7730703 7730704 APA01_04190 APA01_04200     FALSE 0.047 218.000 0.000 1.000 N NA
 7730705 7730706 APA01_04210 APA01_04220 lysR nhaAP FALSE 0.258 66.000 0.000 1.000 N NA
 7730706 7730707 APA01_04220 APA01_04230 nhaAP   FALSE 0.011 420.000 0.000 1.000 N NA
 7730707 7730708 APA01_04230 APA01_04240     TRUE 0.994 0.000 0.667 1.000 N NA
 7730708 7730709 APA01_04240 APA01_04250   fecCD TRUE 0.995 -3.000 0.667 1.000 Y NA
 7730709 7730710 APA01_04250 APA01_04260 fecCD   TRUE 0.994 -6.000 1.000 1.000 Y NA
 7730711 7730712 APA01_04270 APA01_04280     TRUE 0.896 -3.000 0.000 NA Y NA
 7730712 7730713 APA01_04280 APA01_04290     TRUE 0.626 0.000 0.000 NA   NA
 7730713 7730714 APA01_04290 APA01_04300   sss FALSE 0.344 21.000 0.000 1.000   NA
 7730715 7730716 APA01_04310 APA01_04320     TRUE 0.626 0.000 0.000 NA   NA
 7730716 7730717 APA01_04320 APA01_04330     FALSE 0.021 214.000 0.000 NA   NA
 7730722 7730723 APA01_04380 APA01_04390     TRUE 0.681 -174.000 0.004 0.015   NA
 7730724 7730725 APA01_04400 APA01_04410     FALSE 0.212 33.000 0.000 NA   NA
 7730725 7730726 APA01_04410 APA01_04420     FALSE 0.025 196.000 0.000 NA   NA
 7730726 7730727 APA01_04420 APA01_04430     FALSE 0.093 116.000 0.000 NA   NA
 7730727 7730728 APA01_04430 APA01_04440     FALSE 0.233 92.000 0.000 1.000 N NA
 7730729 7730730 APA01_04450 APA01_04460     TRUE 0.633 42.000 0.000 NA Y NA
 7730730 7730731 APA01_04460 APA01_04470     FALSE 0.033 177.000 0.000 NA   NA
 7730731 7730732 APA01_04470 APA01_04480     FALSE 0.005 413.000 0.000 NA   NA
 7730732 7730733 APA01_04480 APA01_04490     FALSE 0.109 157.000 0.000 1.000 N NA
 7730733 7730734 APA01_04490 APA01_04500     FALSE 0.125 66.000 0.000 NA   NA
 7730737 7730738 APA01_04530 APA01_04540 lysR   FALSE 0.051 158.000 0.000 1.000   NA
 7730738 7730739 APA01_04540 APA01_04550   mauE TRUE 0.615 -3.000 0.000 0.001   NA
 7730739 7730740 APA01_04550 APA01_04560 mauE   TRUE 0.992 0.000 0.667 1.000   NA
 7730740 7730741 APA01_04560 APA01_04570     FALSE 0.357 -13.000 0.000 1.000   NA
 7730741 7730742 APA01_04570 APA01_04580     TRUE 0.696 3.000 0.000 0.061   NA
 7730742 7730743 APA01_04580 APA01_04590     FALSE 0.098 110.000 0.000 NA   NA
 7730743 7730744 APA01_04590 APA01_04600     FALSE 0.145 49.000 0.000 NA   NA
 7730744 7730745 APA01_04600 APA01_04610     FALSE 0.075 129.000 0.000 NA   NA
 7730745 7730746 APA01_04610 APA01_04620     FALSE 0.114 85.000 0.000 NA   NA
 7730746 7730747 APA01_04620 APA01_04630   lysR TRUE 0.585 7.000 0.000 1.000   NA
 7730747 7730748 APA01_04630 APA01_04640 lysR   TRUE 0.872 106.000 0.400 1.000 N NA
 7730749 7730750 APA01_04650 APA01_04660     TRUE 0.934 5.000 0.000 0.061 Y NA
 7730750 7730751 APA01_04660 APA01_04670     TRUE 0.990 -3.000 0.286 0.001 Y NA
 7730751 7730752 APA01_04670 APA01_04680     FALSE 0.207 105.000 0.000 NA N NA
 7730754 7730755 APA01_04700 APA01_04710     FALSE 0.059 144.000 0.000 NA   NA
 7730758 7730759 APA01_04740 APA01_04750     FALSE 0.006 359.000 0.000 NA   NA
 7730759 7730760 APA01_04750 APA01_04760     FALSE 0.003 524.000 0.000 NA   NA
 7730760 7730761 APA01_04760 APA01_04770     FALSE 0.006 369.000 0.000 NA   NA
 7730763 7730764 APA01_04790 APA01_04800     TRUE 0.565 7.000 0.000 NA   NA
 7730767 7730768 APA01_04830 APA01_04840     FALSE 0.223 32.000 0.000 NA   NA
 7730769 7730770 APA01_04850 APA01_04860     FALSE 0.110 94.000 0.000 NA   NA
 7730770 7730771 APA01_04860 APA01_04870     FALSE 0.098 111.000 0.000 NA   NA
 7730772 7730773 APA01_04880 APA01_04890     FALSE 0.019 221.000 0.000 NA   NA
 7730774 7730775 APA01_04900 APA01_04910     FALSE 0.151 47.000 0.000 NA   NA
 7730775 7730776 APA01_04910 APA01_04920     FALSE 0.029 188.000 0.000 NA   NA
 7730776 7730777 APA01_04920 APA01_04930     TRUE 0.565 7.000 0.000 NA   NA
 7730777 7730778 APA01_04930 APA01_04940     FALSE 0.127 63.000 0.000 NA   NA
 7730778 7730779 APA01_04940 APA01_04950     FALSE 0.004 427.000 0.000 NA   NA
 7730780 7730781 APA01_04960 APA01_04970     TRUE 0.620 5.000 0.000 1.000   NA
 7730781 7730782 APA01_04970 APA01_04980     FALSE 0.112 91.000 0.000 NA   NA
 7730783 7730784 APA01_04990 APA01_05000     FALSE 0.316 24.000 0.000 1.000   NA
 7730785 7730786 APA01_05010 APA01_05020     FALSE 0.022 207.000 0.000 NA   NA
 7730786 7730787 APA01_05020 APA01_05030     FALSE 0.005 379.000 0.000 NA   NA
 7730788 7730789 APA01_05040 APA01_05050 lysE   FALSE 0.082 123.000 0.000 NA   NA
 7730790 7730791 APA01_05060 APA01_05070     FALSE 0.039 169.000 0.000 NA   NA
 7730792 7730793 APA01_05080 APA01_05090     TRUE 0.626 0.000 0.000 NA   NA
 7730793 7730794 APA01_05090 APA01_05100     TRUE 0.633 1.000 0.000 NA   NA
 7730794 7730795 APA01_05100 APA01_05110     FALSE 0.159 44.000 0.000 NA   NA
 7730798 7730799 APA01_05140 APA01_05150     FALSE 0.004 488.000 0.000 NA   NA
 7730802 7730803 APA01_05180 APA01_05190     FALSE 0.023 202.000 0.000 NA   NA
 7730805 7730806 APA01_05210 APA01_05220     FALSE 0.503 -3.000 0.000 NA   NA
 7730806 7730807 APA01_05220 APA01_05230     TRUE 0.894 38.000 0.304 NA   NA
 7730807 7730808 APA01_05230 APA01_05240     TRUE 0.988 0.000 0.429 NA   NA
 7730808 7730809 APA01_05240 APA01_05250     TRUE 0.887 44.000 0.333 NA   NA
 7730809 7730810 APA01_05250 APA01_05260     TRUE 0.958 37.000 0.857 NA   NA
 7730810 7730811 APA01_05260 APA01_05270     FALSE 0.350 -9.000 0.000 NA   NA
 7730811 7730812 APA01_05270 APA01_05280     FALSE 0.503 -3.000 0.000 NA   NA
 7730812 7730813 APA01_05280 APA01_05290     TRUE 0.972 19.000 0.538 NA   NA
 7730813 7730814 APA01_05290 APA01_05300     TRUE 0.992 3.000 0.615 NA   NA
 7730814 7730815 APA01_05300 APA01_05310     TRUE 0.950 40.000 0.778 NA   NA
 7730815 7730816 APA01_05310 APA01_05320     FALSE 0.299 24.000 0.000 NA   NA
 7730818 7730819 APA01_05340 APA01_05350     FALSE 0.192 36.000 0.000 NA   NA
 7730819 7730820 APA01_05350 APA01_05360     TRUE 0.991 -3.000 0.889 NA   NA
 7730820 7730821 APA01_05360 APA01_05370     TRUE 0.970 -3.000 0.250 NA   NA
 7730821 7730822 APA01_05370 APA01_05380     TRUE 0.981 -3.000 0.429 NA   NA
 7730822 7730823 APA01_05380 APA01_05390     TRUE 0.978 12.000 0.429 NA   NA
 7730823 7730824 APA01_05390 APA01_05400     TRUE 0.924 29.000 0.286 NA   NA
 7730824 7730825 APA01_05400 APA01_05410     TRUE 0.976 0.000 0.182 NA   NA
 7730825 7730826 APA01_05410 APA01_05420     TRUE 0.543 8.000 0.000 NA   NA
 7730826 7730827 APA01_05420 APA01_05430     TRUE 0.565 7.000 0.000 NA   NA
 7730827 7730828 APA01_05430 APA01_05440     FALSE 0.082 123.000 0.000 NA   NA
 7730828 7730829 APA01_05440 APA01_05450   nhaAP FALSE 0.119 73.000 0.000 NA   NA
 7730829 7730830 APA01_05450 APA01_05460 nhaAP   TRUE 0.919 7.000 0.000 1.000 Y NA
 7730830 7730831 APA01_05460 APA01_05470     TRUE 0.927 3.000 0.021 NA   NA
 7730831 7730832 APA01_05470 APA01_05480   pnuC TRUE 0.949 0.000 0.050 NA   NA
 7730835 7730836 APA01_05510 APA01_05520     FALSE 0.009 305.000 0.000 NA   NA
 7730837 7730838 APA01_05530 APA01_05540 badM/rrf2   FALSE 0.119 72.000 0.000 NA   NA
 7730838 7730839 APA01_05540 APA01_05550   crcB TRUE 0.508 11.000 0.000 1.000   NA
 7730840 7730841 APA01_05560 APA01_05570     FALSE 0.121 70.000 0.000 NA   NA
 7730841 7730842 APA01_05570 APA01_05590     FALSE 0.016 233.000 0.000 NA   NA
 7730843 7730844 APA01_05580 APA01_05600     FALSE 0.087 121.000 0.000 NA   NA
 7730845 7730846 APA01_05610 APA01_05620     FALSE 0.192 125.000 0.000 0.093 N NA
 7730849 7730850 APA01_05650 APA01_05660     TRUE 0.615 4.000 0.000 NA   NA
 7730850 7730851 APA01_05660 APA01_05670     TRUE 0.780 58.000 0.174 NA   NA
 7730851 7730852 APA01_05670 APA01_05680     FALSE 0.217 263.000 0.174 0.071   NA
 7730852 7730853 APA01_05680 APA01_05690     FALSE 0.023 209.000 0.000 1.000   NA
 7730853 7730854 APA01_05690 APA01_05700     FALSE 0.175 43.000 0.000 1.000   NA
 7730854 7730855 APA01_05700 APA01_05710     FALSE 0.151 136.000 0.000 1.000 N NA
 7730855 7730856 APA01_05710 APA01_05720     TRUE 0.994 -3.000 0.545 1.000 Y NA
 7730856 7730857 APA01_05720 APA01_05730     TRUE 0.978 3.000 0.175 0.055   NA
 7730857 7730858 APA01_05730 APA01_05740     TRUE 0.989 0.000 0.476 NA   NA
 7730858 7730859 APA01_05740 APA01_05750     TRUE 0.605 16.000 0.000 NA N NA
 7730860 7730861 APA01_05760 APA01_05770     FALSE 0.013 248.000 0.000 NA   NA
 7730861 7730862 APA01_05770 APA01_05780     FALSE 0.217 263.000 0.174 0.071   NA
 7730862 7730863 APA01_05780 APA01_05790     TRUE 0.615 4.000 0.000 NA   NA
 7730864 7730865 APA01_05800 APA01_05810     FALSE 0.084 270.000 0.000 1.000 Y NA
 7730865 7730866 APA01_05810 APA01_05820     TRUE 0.986 0.000 0.267 1.000 N NA
 7730866 7730867 APA01_05820 APA01_05830     FALSE 0.232 93.000 0.000 1.000 N NA
 7730867 7730868 APA01_05830 APA01_05840     FALSE 0.148 48.000 0.000 NA   NA
 7730868 7730869 APA01_05840 APA01_05850   oprB FALSE 0.503 -3.000 0.000 NA   NA
 7730869 7730870 APA01_05850 APA01_05860 oprB   FALSE 0.013 245.000 0.000 NA   NA
 7730872 7730873 APA01_05880 APA01_05890     FALSE 0.130 58.000 0.000 NA   NA
 7730873 7730874 APA01_05890 APA01_05900     FALSE 0.010 322.000 0.000 0.071   NA
 7730875 7730876 APA01_05910 APA01_05920     TRUE 0.654 56.000 0.059 1.000   NA
 7730876 7730877 APA01_05920 APA01_05930     FALSE 0.120 71.000 0.000 NA   NA
 7730878 7730879 APA01_05940 APA01_05950     TRUE 0.977 48.000 0.804 0.002 Y NA
 7730879 7730880 APA01_05950 APA01_05960     TRUE 0.987 4.000 0.375 1.000   NA
 7730880 7730881 APA01_05960 APA01_05970   hspA FALSE 0.027 193.000 0.000 NA   NA
 7730881 7730882 APA01_05970 APA01_05980 hspA   FALSE 0.253 29.000 0.000 NA   NA
 7730883 7730884 APA01_05990 APA01_06000     FALSE 0.069 135.000 0.000 NA   NA
 7730884 7730885 APA01_06000 APA01_06010   cobW TRUE 0.967 -3.000 0.222 NA   NA
 7730885 7730886 APA01_06010 APA01_06020 cobW   FALSE 0.113 88.000 0.000 NA   NA
 7730886 7730887 APA01_06020 APA01_06030     TRUE 0.743 53.000 0.006 0.093 Y NA
 7730887 7730888 APA01_06030 APA01_06040     TRUE 0.751 61.000 0.009 0.002 Y NA
 7730891 7730892 APA01_06070 APA01_06080 uspA   FALSE 0.128 61.000 0.000 NA   NA
 7730893 7730894 APA01_06090 APA01_06100     FALSE 0.036 173.000 0.000 NA   NA
 7730894 7730895 APA01_06100 APA01_06110     FALSE 0.013 247.000 0.000 NA   NA
 7730898 7730899 APA01_06140 APA01_06150     FALSE 0.010 278.000 0.000 NA   NA
 7730899 7730900 APA01_06150 APA01_06160     TRUE 0.661 33.000 0.020 NA   NA
 7730900 7730901 APA01_06160 APA01_06170     FALSE 0.343 145.000 0.000 NA Y NA
 7730902 7730903 APA01_06180 APA01_06190     FALSE 0.126 65.000 0.000 NA   NA
 7730904 7730905 APA01_06200 APA01_06210 bipA   FALSE 0.006 356.000 0.000 NA   NA
 7730906 7730907 APA01_06220 APA01_06230     FALSE 0.078 126.000 0.000 NA   NA
 7730907 7730908 APA01_06230 APA01_06240     FALSE 0.044 224.000 0.000 1.000 N NA
 7730908 7730909 APA01_06240 APA01_06250     FALSE 0.096 165.000 0.000 1.000 N NA
 7730910 7730911 APA01_06260 APA01_06270     TRUE 0.543 8.000 0.000 NA   NA
 7730912 7730913 APA01_06280 APA01_06290     FALSE 0.116 79.000 0.000 NA   NA
 7730914 7730915 APA01_06300 APA01_06310 glnBK   TRUE 0.863 106.000 0.145 1.000 Y NA
 7730915 7730916 APA01_06310 APA01_06320     FALSE 0.123 83.000 0.000 1.000   NA
 7730916 7730917 APA01_06320 APA01_06330     FALSE 0.033 205.000 0.000 0.011   NA
 7730917 7730918 APA01_06330 APA01_06340     FALSE 0.097 112.000 0.000 NA   NA
 7730918 7730919 APA01_06340 APA01_06350     TRUE 0.914 -3.000 0.046 NA   NA
 7730919 7730920 APA01_06350 APA01_06360   lepA FALSE 0.165 126.000 0.000 NA N NA
 7730920 7730921 APA01_06360 APA01_06370 lepA   FALSE 0.169 127.000 0.000 1.000 N NA
 7730921 7730922 APA01_06370 APA01_06380   metW TRUE 0.990 0.000 0.509 NA   NA
 7730922 7730923 APA01_06380 APA01_06390 metW rhlE FALSE 0.004 457.000 0.000 NA   NA
 7730924 7730925 APA01_06400 APA01_06410     TRUE 0.955 -67.000 0.375 NA   NA
 7730925 7730926 APA01_06410 APA01_06420     FALSE 0.047 158.000 0.000 NA   NA
 7730927 7730928 APA01_06430 APA01_06440 hppK rpoK TRUE 0.652 91.000 0.049 1.000 N NA
 7730928 7730929 APA01_06440 APA01_06450 rpoK   TRUE 0.992 6.000 0.291 1.000 Y NA
 7730929 7730930 APA01_06450 APA01_06460     TRUE 0.893 -3.000 0.010 1.000 N NA
 7730930 7730931 APA01_06460 APA01_06470     TRUE 0.693 89.000 0.070 1.000 N NA
 7730931 7730932 APA01_06470 APA01_06480     TRUE 0.923 15.000 0.062 1.000 N NA
 7730932 7730933 APA01_06480 APA01_06490   era TRUE 0.958 7.000 0.098 0.024   NA
 7730933 7730934 APA01_06490 APA01_06500 era   FALSE 0.339 75.000 0.003 1.000   NA
 7730934 7730935 APA01_06500 APA01_06510     TRUE 0.909 107.000 0.626 1.000 N NA
 7730935 7730936 APA01_06510 APA01_06520     TRUE 0.902 63.000 0.409 1.000 N NA
 7730936 7730937 APA01_06520 APA01_06530     TRUE 0.992 -3.000 0.400 1.000 Y NA
 7730937 7730938 APA01_06530 APA01_06540     TRUE 0.991 10.000 0.372 1.000 Y NA
 7730938 7730939 APA01_06540 APA01_06550     TRUE 0.960 32.000 0.568 1.000 N NA
 7730939 7730940 APA01_06550 APA01_06560     TRUE 0.900 86.000 0.204 1.000 Y NA
 7730940 7730941 APA01_06560 APA01_06570   ompH TRUE 0.987 5.000 0.123 1.000 Y NA
 7730941 7730942 APA01_06570 APA01_06580 ompH   TRUE 0.983 3.000 0.060 1.000 Y NA
 7730942 7730943 APA01_06580 APA01_06590   fabZ TRUE 0.792 114.000 0.212 1.000 N NA
 7730943 7730944 APA01_06590 APA01_06600 fabZ   TRUE 0.766 134.000 0.264 1.000 N NA
 7730944 7730945 APA01_06600 APA01_06610     TRUE 0.985 -3.000 0.552 NA   NA
 7730945 7730946 APA01_06610 APA01_06620     TRUE 0.760 25.000 0.024 NA   NA
 7730948 7730949 APA01_06640 APA01_06650     TRUE 0.975 24.000 0.787 1.000   NA
 7730949 7730950 APA01_06650 APA01_06660   yidC TRUE 0.665 123.000 0.105 1.000 N NA
 7730950 7730951 APA01_06660 APA01_06670 yidC   TRUE 0.938 -3.000 0.082 1.000   NA
 7730951 7730952 APA01_06670 APA01_06680     TRUE 0.753 32.000 0.046 1.000   NA
 7730952 7730953 APA01_06680 APA01_06690     TRUE 0.510 137.000 0.003 1.000 Y NA
 7730953 7730954 APA01_06690 APA01_06700     TRUE 0.919 39.000 0.109 0.002 Y NA
 7730954 7730955 APA01_06700 APA01_06710     TRUE 0.859 -3.000 0.013 NA   NA
 7730956 7730957 APA01_06720 APA01_06730 truA   TRUE 0.974 -3.000 0.069 1.000 Y NA
 7730957 7730958 APA01_06730 APA01_06740     TRUE 0.947 20.000 0.050 0.029 Y NA
 7730959 7730960 APA01_06750 APA01_06760 hspA   TRUE 0.983 19.000 0.955 NA   NA
 7730962 7730963 APA01_06780 APA01_06790     FALSE 0.212 33.000 0.000 NA   NA
 7730964 7730965 APA01_06800 APA01_06810     TRUE 0.991 3.000 0.543 NA   NA
 7730965 7730966 APA01_06810 APA01_06820     TRUE 0.973 2.000 0.144 NA   NA
 7730966 7730967 APA01_06820 APA01_06830   kpsF/gutQ TRUE 0.949 -3.000 0.115 NA   NA
 7730967 7730968 APA01_06830 APA01_06840 kpsF/gutQ   TRUE 0.752 48.000 0.108 1.000   NA
 7730970 7730971 APA01_06860 APA01_06870     TRUE 0.631 49.000 0.042 1.000   NA
 7730972 7730973 APA01_06880 APA01_06890     TRUE 0.884 6.000 0.002 1.000 N NA
 7730973 7730974 APA01_06890 APA01_06900     TRUE 0.874 -3.000 0.006 1.000 N NA
 7730974 7730975 APA01_06900 APA01_06910   dnaB TRUE 0.821 19.000 0.011 1.000 N NA
 7730975 7730976 APA01_06910 APA01_06920 dnaB   FALSE 0.032 179.000 0.000 NA   NA
 7730977 7730978 APA01_06930 APA01_06940 mscS   FALSE 0.016 232.000 0.000 NA   NA
 7730978 7730979 APA01_06940 APA01_06950     FALSE 0.112 89.000 0.000 NA   NA
 7730979 7730980 APA01_06950 APA01_06960     TRUE 0.985 -3.000 0.178 NA Y NA
 7730981 7730982 APA01_06970 APA01_06980   radA FALSE 0.114 86.000 0.000 NA   NA
 7730982 7730983 APA01_06980 APA01_06990 radA   FALSE 0.145 49.000 0.000 NA   NA
 7730983 7730984 APA01_06990 APA01_07000     FALSE 0.102 102.000 0.000 NA   NA
 7730984 7730985 APA01_07000 APA01_07010     FALSE 0.132 57.000 0.000 NA   NA
 7730985 7730986 APA01_07010 APA01_07020     FALSE 0.003 749.000 0.000 NA   NA
 7730986 7730987 APA01_07020 APA01_07030     FALSE 0.121 70.000 0.000 NA   NA
 7730988 7730989 APA01_07040 APA01_07050     FALSE 0.047 158.000 0.000 NA   NA
 7730989 7730990 APA01_07050 APA01_07060   gntR TRUE 0.678 110.000 0.080 1.000 N NA
 7730991 7730992 APA01_07070 APA01_07080     FALSE 0.020 218.000 0.000 NA   NA
 7730994 7730995 APA01_07100 APA01_07110     TRUE 0.508 10.000 0.000 NA   NA
 7730996 7730997 APA01_07120 APA01_07130     TRUE 0.955 -3.000 0.144 NA   NA
 7730998 7730999 APA01_07140 APA01_07150     FALSE 0.010 276.000 0.000 NA   NA
 7730999 7731000 APA01_07150 APA01_07160     TRUE 0.936 34.000 0.500 NA   NA
 7731001 7731002 APA01_07170 APA01_07180     TRUE 0.974 16.000 0.500 NA   NA
 7731002 7731003 APA01_07180 APA01_07190   sua5 TRUE 0.875 -3.000 0.018 NA   NA
 7731003 7731004 APA01_07190 APA01_07200 sua5   TRUE 0.600 90.000 0.029 NA N NA
 7731008 7731009 APA01_07240 APA01_07250 degP hrpB FALSE 0.370 139.000 0.012 1.000 N NA
 7731009 7731010 APA01_07250 APA01_07260 hrpB   FALSE 0.104 100.000 0.000 NA   NA
 7731010 7731011 APA01_07260 APA01_07270   hsp33 FALSE 0.367 122.000 0.014 NA   NA
 7731011 7731012 APA01_07270 APA01_07280 hsp33   FALSE 0.248 124.000 0.003 NA   NA
 7731012 7731013 APA01_07280 APA01_07290     TRUE 0.841 5.000 0.003 NA   NA
 7731013 7731014 APA01_07290 APA01_07300     TRUE 0.955 12.000 0.021 1.000 Y NA
 7731015 7731016 APA01_07310 APA01_07320 recX   TRUE 0.807 -3.000 0.004 NA   NA
 7731016 7731017 APA01_07320 APA01_07330   tatAE FALSE 0.420 129.000 0.032 NA   NA
 7731017 7731018 APA01_07330 APA01_07340 tatAE   TRUE 0.714 34.000 0.040 1.000   NA
 7731018 7731019 APA01_07340 APA01_07350     TRUE 0.957 -3.000 0.148 1.000   NA
 7731019 7731020 APA01_07350 APA01_07360     TRUE 0.965 12.000 0.231 1.000   NA
 7731020 7731021 APA01_07360 APA01_07370   ribF TRUE 0.914 4.000 0.005 1.000 N NA
 7731021 7731022 APA01_07370 APA01_07380 ribF   FALSE 0.306 174.000 0.029 1.000 N NA
 7731022 7731023 APA01_07380 APA01_07390     TRUE 0.935 -3.000 0.045 1.000 N NA
 7731023 7731024 APA01_07390 APA01_07400     TRUE 0.922 47.000 0.588 NA   NA
 7731024 7731025 APA01_07400 APA01_07410   mutL TRUE 0.738 18.000 0.007 NA   NA
 7731025 7731026 APA01_07410 APA01_07420 mutL   FALSE 0.349 119.000 0.002 1.000 N NA
 7731027 7731028 APA01_07430 APA01_07440 eamA   FALSE 0.437 70.000 0.009 1.000   NA
 7731028 7731029 APA01_07440 APA01_07450     FALSE 0.377 107.000 0.009 NA   NA
 7731033 7731034 APA01_07490 APA01_07500 ompA   FALSE 0.375 130.000 0.020 NA   NA
 7731034 7731035 APA01_07500 APA01_07510     TRUE 0.894 11.000 0.031 NA   NA
 7731035 7731036 APA01_07510 APA01_07520     FALSE 0.302 47.000 0.000 1.000 N NA
 7731036 7731037 APA01_07520 APA01_07530     TRUE 0.759 7.000 0.000 1.000 N NA
 7731037 7731038 APA01_07530 APA01_07540     TRUE 0.911 30.000 0.238 1.000   NA
 7731042 7731043 APA01_07580 APA01_07590     TRUE 0.806 31.000 0.070 1.000   NA
 7731043 7731044 APA01_07590 APA01_07600     TRUE 0.967 0.000 0.108 1.000   NA
 7731044 7731045 APA01_07600 APA01_07610     TRUE 0.993 -3.000 0.452 1.000 Y NA
 7731045 7731046 APA01_07610 APA01_07620     TRUE 0.765 -7.000 0.003 1.000 N NA
 7731049 7731050 APA01_07650 APA01_07660     FALSE 0.123 69.000 0.000 NA   NA
 7731050 7731051 APA01_07660 APA01_07670     TRUE 0.954 110.000 0.667 1.000 Y NA
 7731051 7731052 APA01_07670 APA01_07680     TRUE 0.916 81.000 0.253 1.000 Y NA
 7731052 7731053 APA01_07680 APA01_07690     FALSE 0.125 66.000 0.000 NA   NA
 7731054 7731055 APA01_07700 APA01_07710     FALSE 0.107 177.000 0.003 NA   NA
 7731056 7731057 APA01_07720 APA01_07730     FALSE 0.007 340.000 0.000 NA   NA
 7731059 7731060 APA01_07750 APA01_07760     FALSE 0.287 25.000 0.000 NA   NA
 7731060 7731061 APA01_07760 APA01_07770     FALSE 0.503 -3.000 0.000 NA   NA
 7731061 7731062 APA01_07770 APA01_07780     FALSE 0.503 -3.000 0.000 NA   NA
 7731062 7731063 APA01_07780 APA01_07790     FALSE 0.503 -3.000 0.000 NA   NA
 7731063 7731064 APA01_07790 APA01_07800     TRUE 0.632 2.000 0.000 NA   NA
 7731064 7731065 APA01_07800 APA01_07810     TRUE 0.878 36.000 0.043 1.000 Y NA
 7731066 7731067 APA01_07820 APA01_07830     TRUE 0.992 13.000 0.466 0.002 Y NA
 7731067 7731068 APA01_07830 APA01_07840     FALSE 0.239 83.000 0.000 1.000 N NA
 7731068 7731069 APA01_07840 APA01_07850     FALSE 0.039 173.000 0.000 1.000   NA
 7731069 7731070 APA01_07850 APA01_07860   ompA FALSE 0.138 100.000 0.000 0.053   NA
 7731070 7731071 APA01_07860 APA01_07870 ompA   FALSE 0.016 345.000 0.000 1.000 N NA
 7731072 7731073 APA01_07880 APA01_07890   xerD TRUE 0.615 4.000 0.000 NA   NA
 7731073 7731074 APA01_07890 APA01_07900 xerD   TRUE 0.684 75.000 0.058 1.000 N NA
 7731076 7731077 APA01_07920 APA01_07930     TRUE 0.765 21.000 0.017 NA   NA
 7731077 7731078 APA01_07930 APA01_07940     TRUE 0.508 58.000 0.018 NA   NA
 7731079 7731080 APA01_07950 APA01_07960     TRUE 0.800 -3.000 0.004 NA   NA
 7731081 7731082 APA01_07970 APA01_07980     TRUE 0.975 10.000 0.056 0.002 Y NA
 7731083 7731084 APA01_07990 APA01_08010 secB   FALSE 0.352 127.000 0.005 NA N NA
 7731085 7731086 APA01_08000 APA01_08020 tim44   TRUE 0.524 -3.000 0.000 1.000   NA
 7731086 7731087 APA01_08020 APA01_08030     TRUE 0.890 135.000 0.750 1.000 N NA
 7731087 7731088 APA01_08030 APA01_08040   mutS2 FALSE 0.343 136.000 0.019 NA   NA
 7731089 7731090 APA01_08050 APA01_08060     TRUE 0.814 11.000 0.006 NA   NA
 7731091 7731092 APA01_08070 APA01_08080     TRUE 0.995 -3.000 0.630 0.057 Y NA
 7731092 7731093 APA01_08080 APA01_08090     TRUE 0.860 -13.000 0.028 1.000 N NA
 7731093 7731094 APA01_08090 APA01_08100     FALSE 0.163 43.000 0.000 NA   NA
 7731094 7731095 APA01_08100 APA01_08110   lysE FALSE 0.060 143.000 0.000 NA   NA
 7731096 7731097 APA01_08120 APA01_08130     FALSE 0.014 243.000 0.000 NA   NA
 7731097 7731098 APA01_08130 APA01_08140     FALSE 0.198 117.000 0.000 1.000 N NA
 7731098 7731099 APA01_08140 APA01_08150     FALSE 0.102 161.000 0.000 1.000 N NA
 7731100 7731101 APA01_08160 APA01_08170 tetR   FALSE 0.012 264.000 0.000 1.000   NA
 7731101 7731102 APA01_08170 APA01_08180     TRUE 0.524 -3.000 0.000 1.000   NA
 7731103 7731104 APA01_08190 APA01_08200     FALSE 0.003 612.000 0.000 NA   NA
 7731104 7731105 APA01_08200 APA01_08210     FALSE 0.005 396.000 0.000 NA   NA
 7731105 7731106 APA01_08210 APA01_08220     FALSE 0.436 14.000 0.000 NA   NA
 7731107 7731108 APA01_08230 APA01_08240     FALSE 0.024 199.000 0.000 NA   NA
 7731109 7731110 APA01_08250 APA01_08260     FALSE 0.004 460.000 0.000 NA   NA
 7731111 7731112 APA01_08270 APA01_08280   hicA FALSE 0.014 240.000 0.000 NA   NA
 7731112 7731113 APA01_08280 APA01_08290 hicA hicB TRUE 0.934 -3.000 0.077 NA   NA
 7731115 7731116 APA01_08310 APA01_08320 rusA   FALSE 0.002 905.000 0.000 NA   NA
 7731116 7731117 APA01_08320 APA01_08330     FALSE 0.006 363.000 0.000 NA   NA
 7731118 7731119 APA01_08340 APA01_08350     TRUE 0.980 -3.000 0.400 NA   NA
 7731120 7731121 APA01_08360 APA01_08370     FALSE 0.009 310.000 0.000 1.000   NA
 7731121 7731122 APA01_08370 APA01_08380     TRUE 0.963 -3.000 0.200 NA   NA
 7731122 7731123 APA01_08380 APA01_08390     TRUE 0.954 64.000 0.500 NA Y NA
 7731124 7731125 APA01_08400 APA01_08410     TRUE 0.524 -3.000 0.000 1.000   NA
 7731125 7731126 APA01_08410 APA01_08420   xre FALSE 0.082 128.000 0.000 1.000   NA
 7731127 7731128 APA01_08430 APA01_08440     FALSE 0.503 -3.000 0.000 NA   NA
 7731128 7731129 APA01_08440 APA01_08450     TRUE 0.626 0.000 0.000 NA   NA
 7731129 7731130 APA01_08450 APA01_08460     FALSE 0.091 118.000 0.000 NA   NA
 7731130 7731131 APA01_08460 APA01_08470     FALSE 0.503 -3.000 0.000 NA   NA
 7731131 7731132 APA01_08470 APA01_08480     FALSE 0.503 -3.000 0.000 NA   NA
 7731132 7731133 APA01_08480 APA01_08490     FALSE 0.503 -3.000 0.000 NA   NA
 7731133 7731134 APA01_08490 APA01_08500     FALSE 0.503 -3.000 0.000 NA   NA
 7731134 7731135 APA01_08500 APA01_08510     FALSE 0.002 1151.000 0.000 NA   NA
 7731135 7731136 APA01_08510 APA01_08520     FALSE 0.007 325.000 0.000 NA   NA
 7731136 7731137 APA01_08520 APA01_08530     TRUE 0.970 -3.000 0.250 NA   NA
 7731137 7731138 APA01_08530 APA01_08540     FALSE 0.050 155.000 0.000 NA   NA
 7731143 7731144 APA01_08590 APA01_08600   hap FALSE 0.103 113.000 0.000 1.000   NA
 7731144 7731145 APA01_08600 APA01_08610 hap   TRUE 0.597 17.000 0.000 1.000 N NA
 7731145 7731146 APA01_08610 APA01_08620     FALSE 0.112 89.000 0.000 NA   NA
 7731146 7731147 APA01_08620 APA01_08630     TRUE 0.926 -3.000 0.062 NA   NA
 7731147 7731148 APA01_08630 APA01_08640     FALSE 0.097 112.000 0.000 NA   NA
 7731148 7731149 APA01_08640 APA01_08650     TRUE 0.834 5.000 0.002 NA   NA
 7731149 7731150 APA01_08650 APA01_08660     TRUE 0.527 9.000 0.000 NA   NA
 7731151 7731152 APA01_08670 APA01_08680     FALSE 0.102 102.000 0.000 NA   NA
 7731152 7731153 APA01_08680 APA01_08690     TRUE 0.947 -3.000 0.007 1.000 Y NA
 7731153 7731154 APA01_08690 APA01_08700     TRUE 0.920 17.000 0.078 1.000 N NA
 7731154 7731155 APA01_08700 APA01_08710     TRUE 0.955 -3.000 0.092 1.000 N NA
 7731155 7731156 APA01_08710 APA01_08720     FALSE 0.046 160.000 0.000 NA   NA
 7731157 7731158 APA01_08730 APA01_08740     TRUE 0.908 10.000 0.039 NA   NA
 7731158 7731159 APA01_08740 APA01_08750     TRUE 0.531 101.000 0.042 NA   NA
 7731159 7731160 APA01_08750 APA01_08760   nol1/nop2 TRUE 0.570 74.000 0.018 1.000 N NA
 7731160 7731161 APA01_08760 APA01_08770 nol1/nop2   FALSE 0.308 46.000 0.000 1.000 N NA
 7731161 7731162 APA01_08770 APA01_08780     TRUE 0.988 -3.000 0.230 0.003 Y NA
 7731163 7731164 APA01_08790 APA01_08800 dnaA   TRUE 0.545 162.000 0.134 1.000 N NA
 7731164 7731165 APA01_08800 APA01_08810     TRUE 0.871 98.000 0.149 NA Y NA
 7731165 7731166 APA01_08810 APA01_08820     FALSE 0.038 171.000 0.000 NA   NA
 7731166 7731167 APA01_08820 APA01_08830     TRUE 0.989 -3.000 0.800 NA   NA
 7731167 7731168 APA01_08830 APA01_08840     TRUE 0.800 2.000 0.000 NA N NA
 7731168 7731169 APA01_08840 APA01_08850     TRUE 0.795 0.000 0.000 NA N NA
 7731169 7731170 APA01_08850 APA01_08860     TRUE 0.987 -3.000 0.667 NA   NA
 7731170 7731171 APA01_08860 APA01_08870     FALSE 0.268 29.000 0.000 1.000   NA
 7731171 7731172 APA01_08870 APA01_08880     FALSE 0.089 123.000 0.000 1.000   NA
 7731173 7731174 APA01_08890 APA01_08900 fusB fusB FALSE 0.097 112.000 0.000 NA   NA
 7731175 7731176 APA01_08910 APA01_08920     FALSE 0.118 74.000 0.000 NA   NA
 7731177 7731178 APA01_08930 APA01_08940 cycH cycL TRUE 0.996 -3.000 1.000 NA Y NA
 7731178 7731179 APA01_08940 APA01_08950 cycL dsbE TRUE 0.984 -3.000 0.167 NA Y NA
 7731179 7731180 APA01_08950 APA01_08960 dsbE cysK TRUE 0.980 -3.000 0.102 0.003 Y NA
 7731180 7731181 APA01_08960 APA01_08970 cysK cycJ TRUE 0.926 38.000 0.125 0.003 Y NA
 7731181 7731182 APA01_08970 APA01_08980 cycJ   TRUE 0.817 -3.000 0.005 NA   NA
 7731182 7731183 APA01_08980 APA01_08990   ccmC TRUE 0.816 -3.000 0.005 NA   NA
 7731184 7731185 APA01_09000 APA01_09010     TRUE 0.969 3.000 0.122 NA   NA
 7731186 7731187 APA01_09020 APA01_09030     FALSE 0.092 117.000 0.000 NA   NA
 7731189 7731190 APA01_09050 APA01_09060     FALSE 0.397 16.000 0.000 NA   NA
 7731191 7731192 APA01_09070 APA01_09080     FALSE 0.392 94.000 0.009 NA   NA
 7731192 7731193 APA01_09080 APA01_09090     TRUE 0.988 2.000 0.400 NA   NA
 7731193 7731194 APA01_09090 APA01_09100     FALSE 0.148 48.000 0.000 NA   NA
 7731196 7731197 APA01_09120 APA01_09130     TRUE 0.757 81.000 0.020 1.000 Y NA
 7731198 7731199 APA01_09140 APA01_09150     FALSE 0.023 202.000 0.000 NA   NA
 7731199 7731200 APA01_09150 APA01_09160     FALSE 0.125 66.000 0.000 NA   NA
 7731201 7731202 APA01_09170 APA01_09180 rmuC kdpE TRUE 0.882 4.000 0.006 NA   NA
 7731202 7731203 APA01_09180 APA01_09190 kdpE   TRUE 0.992 -13.000 0.818 1.000 Y NA
 7731203 7731204 APA01_09190 APA01_09200   acrB TRUE 0.838 98.000 0.273 NA N NA
 7731204 7731205 APA01_09200 APA01_09210 acrB acrB TRUE 0.993 -3.000 1.000 NA N NA
 7731205 7731206 APA01_09210 APA01_09220 acrB nodT TRUE 0.995 -3.000 0.667 0.088 Y NA
 7731206 7731207 APA01_09220 APA01_09230 nodT   FALSE 0.371 105.000 0.002 1.000 N NA
 7731207 7731208 APA01_09230 APA01_09240     TRUE 0.997 7.000 0.838 0.022 Y NA
 7731208 7731209 APA01_09240 APA01_09250     FALSE 0.503 280.000 0.302 0.022 Y NA
 7731209 7731210 APA01_09250 APA01_09260     TRUE 0.969 101.000 0.884 0.016 Y NA
 7731210 7731211 APA01_09260 APA01_09270   rpoB FALSE 0.425 200.000 0.223 1.000   NA
 7731211 7731212 APA01_09270 APA01_09280 rpoB rpoC TRUE 0.932 94.000 0.851 0.001   NA
 7731212 7731213 APA01_09280 APA01_09290 rpoC   FALSE 0.147 340.000 0.122 1.000 N NA
 7731213 7731214 APA01_09290 APA01_09300     TRUE 0.993 15.000 0.620 0.003 Y NA
 7731214 7731215 APA01_09300 APA01_09310     TRUE 0.690 91.000 0.007 1.000 Y NA
 7731215 7731216 APA01_09310 APA01_09315     TRUE 0.917 109.000 0.318 1.000 Y NA
 7731216 7731217 APA01_09315 APA01_09320     TRUE 0.990 11.000 0.307 0.022 Y NA
 7731217 7731218 APA01_09320 APA01_09330     TRUE 0.995 5.000 0.486 0.016 Y NA
 7731218 7731219 APA01_09330 APA01_09340     TRUE 0.994 -3.000 0.513 1.000 Y NA
 7731219 7731220 APA01_09340 APA01_09350     TRUE 0.993 17.000 0.849 1.000 Y NA
 7731220 7731221 APA01_09350 APA01_09355     TRUE 0.995 14.000 0.820 0.022 Y NA
 7731221 7731222 APA01_09355 APA01_09360     TRUE 0.986 7.000 0.119 0.022 Y NA
 7731222 7731223 APA01_09360 APA01_09370     TRUE 0.988 4.000 0.109 0.022 Y NA
 7731223 7731224 APA01_09370 APA01_09380     TRUE 0.993 19.000 0.828 0.022 Y NA
 7731224 7731225 APA01_09380 APA01_09390     TRUE 0.998 2.000 0.802 0.016 Y NA
 7731225 7731226 APA01_09390 APA01_09400     TRUE 0.995 14.000 0.828 0.016 Y NA
 7731226 7731227 APA01_09400 APA01_09410     TRUE 0.992 19.000 0.791 0.022 Y NA
 7731227 7731228 APA01_09410 APA01_09420     TRUE 0.998 0.000 0.810 0.022 Y NA
 7731228 7731229 APA01_09420 APA01_09430     TRUE 0.995 11.000 0.758 0.016 Y NA
 7731229 7731230 APA01_09430 APA01_09440     TRUE 0.932 80.000 0.309 0.016 Y NA
 7731230 7731231 APA01_09440 APA01_09450     TRUE 0.990 10.000 0.295 0.016 Y NA
 7731231 7731232 APA01_09450 APA01_09460     TRUE 0.996 11.000 0.808 0.016 Y NA
 7731232 7731233 APA01_09460 APA01_09470     TRUE 0.998 0.000 0.815 0.016 Y NA
 7731233 7731234 APA01_09470 APA01_09480     TRUE 0.994 16.000 0.814 0.022 Y NA
 7731234 7731235 APA01_09480 APA01_09490     TRUE 0.993 -7.000 0.789 0.022 Y NA
 7731235 7731236 APA01_09490 APA01_09500     TRUE 0.997 2.000 0.653 0.003 Y NA
 7731236 7731237 APA01_09500 APA01_09510   secY TRUE 0.886 136.000 0.730 1.000 N NA
 7731237 7731238 APA01_09510 APA01_09520 secY   TRUE 0.912 -3.000 0.019 1.000 N NA
 7731238 7731239 APA01_09520 APA01_09530     FALSE 0.356 114.000 0.002 1.000 N NA
 7731239 7731240 APA01_09530 APA01_09540     TRUE 0.971 67.000 0.810 0.016 Y NA
 7731240 7731241 APA01_09540 APA01_09550   rpoA TRUE 0.843 110.000 0.308 1.000 N NA
 7731241 7731242 APA01_09550 APA01_09560 rpoA   TRUE 0.969 35.000 0.873 1.000 N NA
 7731242 7731243 APA01_09560 APA01_09570     FALSE 0.079 176.000 0.000 1.000 N NA
 7731243 7731244 APA01_09570 APA01_09580     TRUE 0.989 -3.000 0.250 0.043 Y NA
 7731244 7731245 APA01_09580 APA01_09590     TRUE 0.993 -12.000 1.000 1.000 Y NA
 7731245 7731246 APA01_09590 APA01_09600     FALSE 0.114 84.000 0.000 NA   NA
 7731246 7731247 APA01_09600 APA01_09610     FALSE 0.126 65.000 0.000 NA   NA
 7731248 7731249 APA01_09620 APA01_09630 nodT acrB TRUE 0.996 0.000 1.000 NA N NA
 7731249 7731250 APA01_09630 APA01_09640 acrB acrB TRUE 0.993 -3.000 0.500 NA Y NA
 7731250 7731251 APA01_09640 APA01_09650 acrB acrB TRUE 0.983 -3.000 0.375 NA N NA
 7731251 7731252 APA01_09650 APA01_09660 acrB   FALSE 0.037 176.000 0.000 1.000   NA
 7731253 7731254 APA01_09670 APA01_09680     FALSE 0.267 111.000 0.002 NA   NA
 7731254 7731255 APA01_09680 APA01_09690     TRUE 0.970 -3.000 0.048 1.000 Y NA
 7731256 7731257 APA01_09700 APA01_09710     TRUE 0.791 24.000 0.031 NA   NA
 7731257 7731258 APA01_09710 APA01_09720     TRUE 0.990 -3.000 0.876 NA   NA
 7731258 7731259 APA01_09720 APA01_09730     TRUE 0.990 -3.000 0.816 NA   NA
 7731259 7731260 APA01_09730 APA01_09740   moxR TRUE 0.991 6.000 0.697 NA   NA
 7731261 7731262 APA01_09750 APA01_09760     TRUE 0.856 -3.000 0.011 NA   NA
 7731262 7731263 APA01_09760 APA01_09770     TRUE 0.524 58.000 0.007 1.000 N NA
 7731263 7731264 APA01_09770 APA01_09780   hlyD/fusE FALSE 0.247 173.000 0.000 1.000 Y NA
 7731264 7731265 APA01_09780 APA01_09790 hlyD/fusE emrB/qacA TRUE 0.981 -3.000 0.415 1.000   NA
 7731266 7731267 APA01_09800 APA01_09810     TRUE 0.947 -3.000 0.109 1.000   NA
 7731267 7731268 APA01_09810 APA01_09820     TRUE 0.932 21.000 0.210 1.000   NA
 7731268 7731269 APA01_09820 APA01_09830     TRUE 0.689 179.000 0.408 0.018 N NA
 7731269 7731270 APA01_09830 APA01_09840     TRUE 0.981 1.000 0.170 1.000 N NA
 7731270 7731271 APA01_09840 APA01_09850     FALSE 0.104 160.000 0.000 1.000 N NA
 7731271 7731272 APA01_09850 APA01_09860   greA TRUE 0.925 2.000 0.007 1.000 N NA
 7731272 7731273 APA01_09860 APA01_09870 greA   TRUE 0.690 152.000 0.241 1.000 N NA
 7731273 7731274 APA01_09870 APA01_09880     TRUE 0.986 17.000 0.345 0.001 Y NA
 7731275 7731276 APA01_09890 APA01_09900 gatB   TRUE 0.718 96.000 0.137 1.000   NA
 7731276 7731277 APA01_09900 APA01_09910   rpoD TRUE 0.825 119.000 0.299 1.000 N NA
 7731277 7731278 APA01_09910 APA01_09920 rpoD   TRUE 0.757 -10.000 0.011 1.000   NA
 7731278 7731279 APA01_09920 APA01_09930     FALSE 0.133 167.000 0.003 1.000   NA
 7731279 7731280 APA01_09930 APA01_09940     TRUE 0.993 7.000 0.319 0.016 Y NA
 7731280 7731281 APA01_09940 APA01_09950     TRUE 0.992 12.000 0.499 0.016 Y NA
 7731281 7731282 APA01_09950 APA01_09960     FALSE 0.418 101.000 0.004 1.000 N NA
 7731283 7731284 APA01_09970 APA01_09980     FALSE 0.253 191.000 0.028 1.000 N NA
 7731284 7731285 APA01_09980 APA01_09990     TRUE 0.754 82.000 0.112 1.000 N NA
 7731285 7731286 APA01_09990 APA01_10000   yjgPQ TRUE 0.966 7.000 0.153 1.000   NA
 7731286 7731287 APA01_10000 APA01_10010 yjgPQ yjgPQ TRUE 0.979 17.000 0.631 0.052   NA
 7731287 7731288 APA01_10010 APA01_10020 yjgPQ   FALSE 0.097 112.000 0.000 NA   NA
 7731289 7731290 APA01_10030 APA01_10040   gntR TRUE 0.986 0.000 0.250 1.000 N NA
 7731291 7731292 APA01_10050 APA01_10060 minE minD TRUE 0.994 -3.000 0.618 NA Y NA
 7731292 7731293 APA01_10060 APA01_10070 minD minC TRUE 0.899 141.000 0.466 1.000 Y NA
 7731294 7731295 APA01_10080 APA01_10090     TRUE 0.876 5.000 0.007 NA   NA
 7731298 7731299 APA01_10120 APA01_10130   carD FALSE 0.069 139.000 0.000 1.000   NA
 7731299 7731300 APA01_10130 APA01_10140 carD   FALSE 0.501 66.000 0.018 NA   NA
 7731302 7731303 APA01_10160 APA01_10170   ftsX TRUE 0.903 45.000 0.417 NA   NA
 7731303 7731304 APA01_10170 APA01_10180 ftsX ftsE TRUE 0.983 -3.000 0.139 1.000 Y NA
 7731307 7731308 APA01_10210 APA01_10220     TRUE 0.828 -16.000 0.000 0.007 Y NA
 7731308 7731309 APA01_10220 APA01_10230   hslV FALSE 0.302 47.000 0.000 1.000 N NA
 7731309 7731310 APA01_10230 APA01_10240 hslV hslU TRUE 0.997 0.000 0.752 1.000 Y NA
 7731310 7731311 APA01_10240 APA01_10250 hslU sufE TRUE 0.878 0.000 0.005 NA   NA
 7731312 7731313 APA01_10260 APA01_10270     TRUE 0.993 -7.000 0.920 0.055 Y NA
 7731313 7731314 APA01_10270 APA01_10280     TRUE 0.946 21.000 0.261 0.015   NA
 7731314 7731315 APA01_10280 APA01_10290     FALSE 0.005 400.000 0.000 1.000   NA
 7731316 7731317 APA01_10300 APA01_10310     TRUE 0.995 15.000 0.928 0.016 Y NA
 7731317 7731318 APA01_10310 APA01_10320     TRUE 0.754 165.000 0.202 1.000 Y NA
 7731318 7731319 APA01_10320 APA01_10330     TRUE 0.996 4.000 0.574 0.001 Y NA
 7731319 7731320 APA01_10330 APA01_10340     TRUE 0.540 21.000 0.000 1.000 N NA
 7731321 7731322 APA01_10350 APA01_10360     FALSE 0.082 123.000 0.000 NA   NA
 7731325 7731326 APA01_10390 APA01_10400     TRUE 0.661 100.000 0.004 0.027 Y NA
 7731327 7731328 APA01_10410 APA01_10420     FALSE 0.114 98.000 0.000 1.000   NA
 7731328 7731329 APA01_10420 APA01_10430     TRUE 0.509 98.000 0.000 1.000 Y NA
 7731329 7731330 APA01_10430 APA01_10440   prmA TRUE 0.706 41.000 0.027 1.000 N NA
 7731330 7731331 APA01_10440 APA01_10450 prmA uvrD/rep TRUE 0.933 0.000 0.010 1.000 N NA
 7731332 7731333 APA01_10460 APA01_10470 radC radC TRUE 0.994 12.000 0.667 0.014 Y NA
 7731334 7731335 APA01_10480 APA01_10490     TRUE 0.987 -3.000 0.201 0.001 Y NA
 7731335 7731336 APA01_10490 APA01_10500     TRUE 0.656 45.000 0.044 NA   NA
 7731338 7731339 APA01_10520 APA01_10530   hspA FALSE 0.013 244.000 0.000 NA   NA
 7731339 7731340 APA01_10530 APA01_10540 hspA   FALSE 0.175 183.000 0.006 NA N NA
 7731341 7731342 APA01_10550 APA01_10560     FALSE 0.346 68.000 0.003 NA   NA
 7731343 7731344 APA01_10570 APA01_10580 secF secD TRUE 0.981 13.000 0.154 0.001 Y NA
 7731345 7731346 APA01_10590 APA01_10600     FALSE 0.026 199.000 0.000 1.000   NA
 7731346 7731347 APA01_10600 APA01_10610     TRUE 0.898 74.000 0.161 0.001 Y NA
 7731350 7731351 APA01_10640 APA01_10650     TRUE 0.900 5.000 0.004 1.000 N NA
 7731353 7731354 APA01_10670 APA01_10680     FALSE 0.287 153.000 0.008 NA N NA
 7731354 7731355 APA01_10680 APA01_10690     TRUE 0.923 10.000 0.028 NA N NA
 7731355 7731356 APA01_10690 APA01_10700     TRUE 0.553 67.000 0.028 1.000   NA
 7731358 7731359 APA01_10720 APA01_10730   smc FALSE 0.338 20.000 0.000 NA   NA
 7731359 7731360 APA01_10730 APA01_10740 smc   TRUE 0.734 40.000 0.039 NA N NA
 7731360 7731361 APA01_10740 APA01_10750   corC/hlyC FALSE 0.119 73.000 0.000 NA   NA
 7731361 7731362 APA01_10750 APA01_10760 corC/hlyC   TRUE 0.967 -3.000 0.222 NA   NA
 7731362 7731363 APA01_10760 APA01_10770   phoH TRUE 0.970 17.000 0.457 NA   NA
 7731363 7731364 APA01_10770 APA01_10780 phoH miaB TRUE 0.949 -15.000 0.220 1.000 N NA
 7731364 7731365 APA01_10780 APA01_10790 miaB   FALSE 0.336 172.000 0.030 0.051 N NA
 7731366 7731367 APA01_10800 APA01_10810     FALSE 0.180 39.000 0.000 NA   NA
 7731367 7731368 APA01_10810 APA01_10820     TRUE 0.979 0.000 0.212 NA   NA
 7731370 7731371 APA01_10840 APA01_10850   uvrC FALSE 0.028 258.000 0.000 1.000 N NA
 7731371 7731372 APA01_10850 APA01_10860 uvrC   TRUE 0.815 103.000 0.227 1.000 N NA
 7731372 7731373 APA01_10860 APA01_10870     FALSE 0.104 186.000 0.003 NA   NA
 7731373 7731374 APA01_10870 APA01_10880   MoeD FALSE 0.370 64.000 0.004 NA   NA
 7731374 7731375 APA01_10880 APA01_10890 MoeD MoeE TRUE 0.996 6.000 0.501 0.004 Y NA
 7731377 7731378 APA01_10910 APA01_10920     TRUE 0.970 0.000 0.128 NA   NA
 7731378 7731379 APA01_10920 APA01_10930     FALSE 0.503 -3.000 0.000 NA   NA
 7731380 7731381 APA01_10940 APA01_10950 lexA moeA TRUE 0.835 87.000 0.232 1.000 N NA
 7731383 7731384 APA01_10970 APA01_10980 maf   FALSE 0.251 171.000 0.027 1.000   NA
 7731385 7731386 APA01_10990 APA01_11000   thiO FALSE 0.102 102.000 0.000 NA   NA
 7731386 7731387 APA01_11000 APA01_11010 thiO thiS TRUE 0.962 14.000 0.192 1.000 N NA
 7731387 7731388 APA01_11010 APA01_11020 thiS   TRUE 0.985 5.000 0.095 1.000 Y NA
 7731388 7731389 APA01_11020 APA01_11030     TRUE 0.982 -3.000 0.118 0.004 Y NA
 7731391 7731392 APA01_11050 APA01_11060     TRUE 0.650 79.000 0.078 NA   NA
 7731394 7731395 APA01_11080 APA01_11090     FALSE 0.304 25.000 0.000 1.000   NA
 7731396 7731397 APA01_11100 APA01_11110 cobT cobS TRUE 0.978 14.000 0.433 0.001   NA
 7731397 7731398 APA01_11110 APA01_11120 cobS dnaJ TRUE 0.734 89.000 0.148 1.000   NA
 7731399 7731400 APA01_11130 APA01_11140 bolA   TRUE 0.925 0.000 0.008 NA N NA
 7731402 7731403 APA01_11160 APA01_11170     FALSE 0.007 344.000 0.000 NA   NA
 7731403 7731404 APA01_11170 APA01_11180     TRUE 0.937 0.000 0.013 1.000 N NA
 7731404 7731405 APA01_11180 APA01_11190     FALSE 0.142 139.000 0.000 1.000 N NA
 7731407 7731408 APA01_11210 APA01_11220     FALSE 0.434 50.000 0.005 1.000   NA
 7731408 7731409 APA01_11220 APA01_11230     TRUE 0.769 24.000 0.023 NA   NA
 7731409 7731410 APA01_11230 APA01_11240     FALSE 0.335 133.000 0.015 NA   NA
 7731410 7731411 APA01_11240 APA01_11250     TRUE 0.835 32.000 0.111 NA   NA
 7731413 7731414 APA01_11270 APA01_11280     TRUE 0.818 -7.000 0.023 1.000   NA
 7731414 7731415 APA01_11280 APA01_11290     TRUE 0.758 -7.000 0.009 1.000   NA
 7731415 7731416 APA01_11290 APA01_11300     TRUE 0.691 137.000 0.233 1.000   NA
 7731416 7731417 APA01_11300 APA01_11310     TRUE 0.816 92.000 0.207 1.000 N NA
 7731417 7731418 APA01_11310 APA01_11320     TRUE 0.959 -3.000 0.014 0.036 Y NA
 7731420 7731421 APA01_11340 APA01_11350 hemK   FALSE 0.079 260.000 0.021 NA   NA
 7731422 7731423 APA01_11360 APA01_11370   ttg2C FALSE 0.100 106.000 0.000 NA   NA
 7731424 7731425 APA01_11380 APA01_11390     TRUE 0.910 16.000 0.047 0.086 N NA
 7731426 7731427 APA01_11400 APA01_11410     TRUE 0.981 -3.000 0.421 NA   NA
 7731428 7731429 APA01_11420 APA01_11430     TRUE 0.981 -3.000 0.125 NA Y NA
 7731429 7731430 APA01_11430 APA01_11440     TRUE 0.976 7.000 0.046 NA Y NA
 7731430 7731431 APA01_11440 APA01_11450     TRUE 0.972 4.000 0.099 1.000 N NA
 7731431 7731432 APA01_11450 APA01_11460   dnaC TRUE 0.985 5.000 0.254 0.088 N NA
 7731432 7731433 APA01_11460 APA01_11470 dnaC   TRUE 0.952 -3.000 0.075 0.088 N NA
 7731433 7731434 APA01_11470 APA01_11480   tatD TRUE 0.984 0.000 0.221 NA N NA
 7731434 7731435 APA01_11480 APA01_11490 tatD   TRUE 0.856 32.000 0.139 NA   NA
 7731436 7731437 APA01_11500 APA01_11510 uspA   FALSE 0.393 56.000 0.004 1.000   NA
 7731438 7731439 APA01_11520 APA01_11530     TRUE 0.898 10.000 0.011 1.000 N NA
 7731442 7731443 APA01_11560 APA01_11570   exsB/queC TRUE 0.794 -7.000 0.016 1.000   NA
 7731443 7731444 APA01_11570 APA01_11580 exsB/queC   TRUE 0.983 3.000 0.270 NA   NA
 7731444 7731445 APA01_11580 APA01_11590     TRUE 0.896 4.000 0.003 NA N NA
 7731446 7731447 APA01_11600 APA01_11610     FALSE 0.008 323.000 0.000 NA   NA
 7731447 7731448 APA01_11610 APA01_11620     TRUE 0.784 65.000 0.024 1.000 Y NA
 7731448 7731449 APA01_11620 APA01_11630     TRUE 0.978 29.000 0.830 0.001 N NA
 7731449 7731450 APA01_11630 APA01_11640     FALSE 0.179 193.000 0.024 NA   NA
 7731450 7731451 APA01_11640 APA01_11650     TRUE 0.964 34.000 0.919 NA   NA
 7731451 7731452 APA01_11650 APA01_11660     TRUE 0.952 -13.000 0.309 NA   NA
 7731452 7731453 APA01_11660 APA01_11670     TRUE 0.807 16.000 0.014 NA   NA
 7731453 7731454 APA01_11670 APA01_11680     TRUE 0.937 -6.000 0.022 1.000 Y NA
 7731454 7731455 APA01_11680 APA01_11690     TRUE 0.969 -3.000 0.044 1.000 Y NA
 7731455 7731456 APA01_11690 APA01_11700     FALSE 0.232 93.000 0.000 1.000 N NA
 7731456 7731457 APA01_11700 APA01_11710     TRUE 0.740 92.000 0.167 NA   NA
 7731458 7731459 APA01_11720 APA01_11730     TRUE 0.914 -10.000 0.134 NA   NA
 7731459 7731460 APA01_11730 APA01_11740     TRUE 0.870 65.000 0.106 1.000 Y NA
 7731460 7731461 APA01_11740 APA01_11750     FALSE 0.484 305.000 0.321 0.005 Y NA
 7731461 7731462 APA01_11750 APA01_11760     TRUE 0.984 23.000 0.432 0.005 Y NA
 7731462 7731463 APA01_11760 APA01_11770     FALSE 0.110 175.000 0.003 NA   NA
 7731463 7731464 APA01_11770 APA01_11780     FALSE 0.243 30.000 0.000 NA   NA
 7731464 7731465 APA01_11780 APA01_11790     TRUE 0.583 18.000 0.000 1.000 N NA
 7731465 7731466 APA01_11790 APA01_11800     FALSE 0.019 320.000 0.000 1.000 N NA
 7731468 7731469 APA01_11820 APA01_11830     FALSE 0.020 215.000 0.000 NA   NA
 7731471 7731472 APA01_11850 APA01_11860 smpB   TRUE 0.965 0.000 0.058 1.000 N NA
 7731472 7731473 APA01_11860 APA01_11870     TRUE 0.939 11.000 0.005 1.000 Y NA
 7731473 7731474 APA01_11870 APA01_11880     TRUE 0.959 8.000 0.083 1.000 N NA
 7731475 7731476 APA01_11890 APA01_11900     TRUE 0.907 -3.000 0.017 1.000 N NA
 7731476 7731477 APA01_11900 APA01_11910     FALSE 0.446 104.000 0.007 1.000 N NA
 7731477 7731478 APA01_11910 APA01_11920     TRUE 0.914 3.000 0.004 1.000 N NA
 7731479 7731480 APA01_11930 APA01_11940     TRUE 0.702 -3.000 0.000 NA N NA
 7731481 7731482 APA01_11950 APA01_11960     TRUE 0.886 -3.000 0.022 NA   NA
 7731485 7731486 APA01_11990 APA01_12000     TRUE 0.533 73.000 0.028 NA   NA
 7731486 7731487 APA01_12000 APA01_12010   bolA TRUE 0.931 27.000 0.216 NA N NA
 7731487 7731488 APA01_12010 APA01_12020 bolA   TRUE 0.880 28.000 0.093 NA N NA
 7731488 7731489 APA01_12020 APA01_12030     TRUE 0.992 -3.000 0.346 0.001 Y NA
 7731489 7731490 APA01_12030 APA01_12040     TRUE 0.828 -3.000 0.007 NA   NA
 7731490 7731491 APA01_12040 APA01_12050   purS TRUE 0.837 -3.000 0.008 NA   NA
 7731491 7731492 APA01_12050 APA01_12060 purS   TRUE 0.978 29.000 0.460 1.000 Y NA
 7731492 7731493 APA01_12060 APA01_12070     TRUE 0.675 154.000 0.072 1.000 Y NA
 7731494 7731495 APA01_12080 APA01_12090 terC   FALSE 0.265 59.000 0.000 1.000 N NA
 7731495 7731496 APA01_12090 APA01_12100     TRUE 0.935 2.000 0.010 1.000 N NA
 7731496 7731497 APA01_12100 APA01_12110     TRUE 0.905 17.000 0.091 NA   NA
 7731498 7731499 APA01_12120 APA01_12130     FALSE 0.053 150.000 0.000 NA   NA
 7731499 7731500 APA01_12130 APA01_12140     TRUE 0.970 0.000 0.081 NA N NA
 7731500 7731501 APA01_12140 APA01_12150     FALSE 0.501 122.000 0.022 1.000 N NA
 7731501 7731502 APA01_12150 APA01_12160     TRUE 0.940 31.000 0.121 1.000 Y NA
 7731502 7731503 APA01_12160 APA01_12170     TRUE 0.945 12.000 0.010 1.000 Y NA
 7731503 7731504 APA01_12170 APA01_12180     TRUE 0.982 9.000 0.101 0.002 Y NA
 7731504 7731505 APA01_12180 APA01_12190   moaC FALSE 0.317 128.000 0.003 1.000 N NA
 7731505 7731506 APA01_12190 APA01_12200 moaC   TRUE 0.976 2.000 0.113 1.000 N NA
 7731506 7731507 APA01_12200 APA01_12210     TRUE 0.982 18.000 0.293 1.000 Y NA
 7731507 7731508 APA01_12210 APA01_12220     TRUE 0.975 0.000 0.019 1.000 Y NA
 7731508 7731509 APA01_12220 APA01_12230     TRUE 0.808 59.000 0.026 0.001 Y NA
 7731509 7731510 APA01_12230 APA01_12240     TRUE 0.946 -3.000 0.106 1.000   NA
 7731511 7731512 APA01_12250 APA01_12260   secG TRUE 0.923 27.000 0.184 1.000 N NA
 7731512 7731513 APA01_12260 APA01_12270 secG   TRUE 0.566 142.000 0.083 1.000 N NA
 7731513 7731514 APA01_12270 APA01_12280     TRUE 0.965 -3.000 0.138 1.000 N NA
 7731515 7731516 APA01_12290 APA01_12300   recF TRUE 0.915 91.000 0.249 0.087 Y NA
 7731516 7731517 APA01_12300 APA01_12310 recF   TRUE 0.948 46.000 0.318 1.000 Y NA
 7731517 7731518 APA01_12310 APA01_12320   dnaA TRUE 0.913 116.000 0.328 1.000 Y NA
 7731518 7731519 APA01_12320 APA01_12330 dnaA   FALSE 0.016 341.000 0.000 1.000 N NA
 7731519 7731520 APA01_12330 APA01_12340     FALSE 0.396 138.000 0.016 1.000 N NA
 7731521 7731522 APA01_12350 APA01_12360     TRUE 0.933 12.000 0.004 1.000 Y NA
 7731522 7731523 APA01_12360 APA01_12370     TRUE 0.892 36.000 0.201 1.000 N NA
 7731523 7731524 APA01_12370 APA01_12380     TRUE 0.858 -3.000 0.004 1.000 N NA
 7731524 7731525 APA01_12380 APA01_12390     TRUE 0.977 16.000 0.190 1.000 Y NA
 7731526 7731527 APA01_12400 APA01_12410     FALSE 0.412 79.000 0.002 1.000 N NA
 7731527 7731528 APA01_12410 APA01_12420     FALSE 0.371 142.000 0.033 NA   NA
 7731528 7731529 APA01_12420 APA01_12430   tolC TRUE 0.648 37.000 0.024 NA   NA
 7731529 7731530 APA01_12430 APA01_12440 tolC   FALSE 0.433 121.000 0.009 1.000 N NA
 7731531 7731532 APA01_12450 APA01_12460     FALSE 0.004 425.000 0.000 NA   NA
 7731532 7731533 APA01_12460 APA01_12470     FALSE 0.055 147.000 0.000 NA   NA
 7731533 7731534 APA01_12470 APA01_12480     FALSE 0.234 31.000 0.000 NA   NA
 7731537 7731538 APA01_12510 APA01_12520   nusB TRUE 0.949 -31.000 0.225 1.000 N NA
 7731538 7731539 APA01_12520 APA01_12530 nusB   TRUE 0.742 66.000 0.012 NA Y NA
 7731541 7731542 APA01_12552 APA01_12560     TRUE 0.709 28.000 0.006 1.000 N NA
 7731542 7731543 APA01_12560 APA01_12570     TRUE 0.947 46.000 0.667 1.000 N NA
 7731543 7731544 APA01_12570 APA01_12580   deoR FALSE 0.386 141.000 0.016 1.000 N NA
 7731544 7731545 APA01_12580 APA01_12590 deoR recQ TRUE 0.883 -3.000 0.005 0.022 N NA
 7731545 7731546 APA01_12590 APA01_12600 recQ   TRUE 0.900 5.000 0.011 1.000   NA
 7731546 7731547 APA01_12600 APA01_12610     FALSE 0.443 79.000 0.012 1.000   NA
 7731547 7731548 APA01_12610 APA01_12620     TRUE 0.997 3.000 0.631 0.006 Y NA
 7731548 7731549 APA01_12620 APA01_12630     TRUE 0.529 93.000 0.011 0.087 N NA
 7731549 7731550 APA01_12630 APA01_12640     TRUE 0.739 102.000 0.188 NA   NA
 7731550 7731551 APA01_12640 APA01_12650   rpoE TRUE 0.992 6.000 0.750 NA   NA
 7731551 7731552 APA01_12650 APA01_12660 rpoE rpoE TRUE 0.970 107.000 1.000 0.003 Y NA
 7731553 7731554 APA01_12670 APA01_12680     FALSE 0.140 58.000 0.000 1.000   NA
 7731554 7731555 APA01_12680 APA01_12690     FALSE 0.134 66.000 0.000 1.000   NA
 7731559 7731560 APA01_12730 APA01_12740 apbA phzCF TRUE 0.563 8.000 0.000 1.000   NA
 7731561 7731562 APA01_12750 APA01_12760     TRUE 0.965 -3.000 0.143 NA N NA
 7731563 7731564 APA01_12770 APA01_12780     FALSE 0.186 37.000 0.000 NA   NA
 7731564 7731565 APA01_12780 APA01_12790     TRUE 0.994 4.000 0.357 1.000 Y NA
 7731565 7731566 APA01_12790 APA01_12800     FALSE 0.096 113.000 0.000 NA   NA
 7731567 7731568 APA01_12810 APA01_12820     FALSE 0.262 63.000 0.000 1.000 N NA
 7731569 7731570 APA01_12830 APA01_12840     TRUE 0.983 3.000 0.060 1.000 Y NA
 7731570 7731571 APA01_12840 APA01_12850     FALSE 0.365 18.000 0.000 NA   NA
 7731571 7731572 APA01_12850 APA01_12860     FALSE 0.451 13.000 0.000 NA   NA
 7731572 7731573 APA01_12860 APA01_12870     TRUE 0.894 -3.000 0.027 NA   NA
 7731574 7731575 APA01_12880 APA01_12890 xdh C xdhB TRUE 0.950 14.000 0.125 NA N NA
 7731575 7731576 APA01_12890 APA01_12900 xdhB xdhA TRUE 0.992 -7.000 0.750 0.001 Y NA
 7731576 7731577 APA01_12900 APA01_12910 xdhA   TRUE 0.666 37.000 0.000 1.000 Y NA
 7731577 7731578 APA01_12910 APA01_12920     TRUE 0.955 4.000 0.061 0.054   NA
 7731578 7731579 APA01_12920 APA01_12930     TRUE 0.930 -3.000 0.069 NA   NA
 7731579 7731580 APA01_12930 APA01_12940     TRUE 0.920 -3.000 0.052 NA   NA
 7731580 7731581 APA01_12940 APA01_12950     TRUE 0.781 28.000 0.019 NA N NA
 7731582 7731583 APA01_12960 APA01_12970 lysR   TRUE 0.785 5.000 0.000 1.000 N NA
 7731584 7731585 APA01_12980 APA01_12990   exbD/tolR FALSE 0.237 87.000 0.000 1.000 N NA
 7731585 7731586 APA01_12990 APA01_13000 exbD/tolR exbD/tolR TRUE 0.929 55.000 0.235 0.042 Y NA
 7731586 7731587 APA01_13000 APA01_13010 exbD/tolR exbB/tolQ TRUE 0.945 34.000 0.176 0.054 Y NA
 7731587 7731588 APA01_13010 APA01_13020 exbB/tolQ   TRUE 0.954 70.000 1.000 0.012 N NA
 7731589 7731590 APA01_13030 APA01_13040     TRUE 0.989 0.000 0.417 0.085   NA
 7731590 7731591 APA01_13040 APA01_13050     TRUE 0.973 0.000 0.125 0.006   NA
 7731591 7731592 APA01_13050 APA01_13060   nodT TRUE 0.983 1.000 0.231 0.054   NA
 7731594 7731595 APA01_13080 APA01_13090     FALSE 0.253 29.000 0.000 NA   NA
 7731596 7731597 APA01_13100 APA01_13110   tetR TRUE 0.659 56.000 0.034 1.000 N NA
 7731597 7731598 APA01_13110 APA01_13120 tetR tetR FALSE 0.056 171.000 0.000 0.006   NA
 7731599 7731600 APA01_13130 APA01_13140     FALSE 0.103 101.000 0.000 NA   NA
 7731601 7731602 APA01_13150 APA01_13160     TRUE 0.905 -3.000 0.000 0.050 Y NA
 7731605 7731606 APA01_13190 APA01_13200     FALSE 0.014 241.000 0.000 NA   NA
 7731606 7731607 APA01_13200 APA01_13210     FALSE 0.140 52.000 0.000 NA   NA
 7731607 7731608 APA01_13210 APA01_13220     TRUE 0.678 30.000 0.016 NA   NA
 7731608 7731609 APA01_13220 APA01_13230     FALSE 0.258 66.000 0.000 1.000 N NA
 7731613 7731614 APA01_13270 APA01_13280     FALSE 0.129 60.000 0.000 NA   NA
 7731614 7731615 APA01_13280 APA01_13290     FALSE 0.412 -34.000 0.000 0.011   NA
 7731615 7731616 APA01_13290 APA01_13300     TRUE 0.846 -70.000 0.048 0.054   NA
 7731616 7731617 APA01_13300 APA01_13310     FALSE 0.243 30.000 0.000 NA   NA
 7731617 7731618 APA01_13310 APA01_13320     FALSE 0.326 21.000 0.000 NA   NA
 7731618 7731619 APA01_13320 APA01_13330   dnaK FALSE 0.155 46.000 0.000 NA   NA
 7731620 7731621 APA01_13340 APA01_13350 nodT czcA TRUE 0.795 0.000 0.000 NA N NA
 7731621 7731622 APA01_13350 APA01_13360 czcA hlyD TRUE 0.702 -3.000 0.000 NA N NA
 7731622 7731623 APA01_13360 APA01_13370 hlyD emrE FALSE 0.297 48.000 0.000 1.000 N NA
 7731623 7731624 APA01_13370 APA01_13380 emrE tetR TRUE 0.711 -3.000 0.000 1.000 N NA
 7731624 7731625 APA01_13380 APA01_13390 tetR   FALSE 0.035 174.000 0.000 NA   NA
 7731627 7731628 APA01_13410 APA01_13420   gntR TRUE 0.507 217.000 0.417 1.000   NA
 7731634 7731635 APA01_13480 APA01_13490 fur   FALSE 0.302 47.000 0.000 1.000 N NA
 7731635 7731636 APA01_13490 APA01_13500   exbD/tolR TRUE 0.736 -3.000 0.000 0.084 N NA
 7731636 7731637 APA01_13500 APA01_13510 exbD/tolR exbB/tolQ TRUE 0.981 6.000 0.054 0.054 Y NA
 7731637 7731638 APA01_13510 APA01_13520 exbB/tolQ   FALSE 0.503 -3.000 0.000 NA   NA
 7731638 7731639 APA01_13520 APA01_13530     FALSE 0.503 -3.000 0.000 NA   NA
 7731640 7731641 APA01_13540 APA01_13550     TRUE 0.633 42.000 0.000 NA Y NA
 7731642 7731643 APA01_13560 APA01_13570     FALSE 0.005 402.000 0.000 NA   NA
 7731645 7731646 APA01_13590 APA01_13600   fecR/pupR FALSE 0.042 165.000 0.000 NA   NA
 7731646 7731647 APA01_13600 APA01_13610 fecR/pupR rpoE FALSE 0.243 70.000 0.000 NA N NA
 7731647 7731648 APA01_13610 APA01_13620 rpoE   FALSE 0.060 196.000 0.000 1.000 N NA
 7731648 7731649 APA01_13620 APA01_13630   fecR/pupR FALSE 0.416 127.000 0.000 NA Y NA
 7731650 7731651 APA01_13640 APA01_13650     TRUE 0.920 -21.000 0.174 NA   NA
 7731652 7731653 APA01_13660 APA01_13670 rpoE   FALSE 0.011 284.000 0.000 1.000   NA
 7731653 7731654 APA01_13670 APA01_13680     TRUE 0.587 52.000 0.000 1.000 Y NA
 7731654 7731655 APA01_13680 APA01_13690     TRUE 0.992 -3.000 0.429 1.000 Y NA
 7731655 7731656 APA01_13690 APA01_13700     FALSE 0.234 31.000 0.000 NA   NA
 7731656 7731657 APA01_13700 APA01_13710     FALSE 0.314 22.000 0.000 NA   NA
 7731657 7731658 APA01_13710 APA01_13720     FALSE 0.017 235.000 0.000 1.000   NA
 7731658 7731659 APA01_13720 APA01_13730     FALSE 0.045 165.000 0.000 1.000   NA
 7731659 7731660 APA01_13730 APA01_13740     TRUE 0.582 59.000 0.000 0.064 Y NA
 7731660 7731661 APA01_13740 APA01_13750     TRUE 0.633 42.000 0.000 NA Y NA
 7731661 7731662 APA01_13750 APA01_13760     FALSE 0.118 74.000 0.000 NA   NA
 7731668 7731669 APA01_13820 APA01_13830   lysR FALSE 0.050 155.000 0.000 NA   NA
 7731670 7731671 APA01_13840 APA01_13850     TRUE 0.583 53.000 0.000 1.000 Y NA
 7731671 7731672 APA01_13850 APA01_13860     FALSE 0.018 230.000 0.000 1.000   NA
 7731672 7731673 APA01_13860 APA01_13870     FALSE 0.209 35.000 0.000 1.000   NA
 7731673 7731674 APA01_13870 APA01_13880     FALSE 0.338 -66.000 0.000 1.000   NA
 7731676 7731677 APA01_13900 APA01_13910     FALSE 0.308 46.000 0.000 1.000 N NA
 7731677 7731678 APA01_13910 APA01_13920     FALSE 0.475 27.000 0.000 1.000 N NA
 7731678 7731679 APA01_13920 APA01_13930     FALSE 0.021 305.000 0.000 1.000 N NA
 7731679 7731680 APA01_13930 APA01_13940     TRUE 0.975 21.000 0.224 0.041 Y NA
 7731680 7731681 APA01_13940 APA01_13950     TRUE 0.996 0.000 0.486 1.000 Y NA
 7731681 7731682 APA01_13950 APA01_13960   copG TRUE 0.879 12.000 0.010 1.000 N NA
 7731682 7731683 APA01_13960 APA01_13970 copG   TRUE 0.679 42.000 0.046 NA   NA
 7731683 7731684 APA01_13970 APA01_13980     TRUE 0.985 17.000 0.931 NA   NA
 7731684 7731685 APA01_13980 APA01_13990     TRUE 0.981 19.000 0.835 NA   NA
 7731685 7731686 APA01_13990 APA01_14000     TRUE 0.989 6.000 0.437 1.000 N NA
 7731686 7731687 APA01_14000 APA01_14010     FALSE 0.036 236.000 0.000 1.000 N NA
 7731687 7731688 APA01_14010 APA01_14020     FALSE 0.009 305.000 0.000 1.000   NA
 7731688 7731689 APA01_14020 APA01_14030     FALSE 0.008 339.000 0.000 1.000   NA
 7731690 7731691 APA01_14040 APA01_14050     FALSE 0.012 261.000 0.000 1.000   NA
 7731691 7731692 APA01_14050 APA01_14060     FALSE 0.398 17.000 0.000 1.000   NA
 7731693 7731694 APA01_14070 APA01_14080     FALSE 0.418 15.000 0.000 NA   NA
 7731694 7731695 APA01_14080 APA01_14090     FALSE 0.216 180.000 0.000 NA Y NA
 7731696 7731697 APA01_14100 APA01_14110     FALSE 0.009 450.000 0.000 NA N NA
 7731697 7731698 APA01_14110 APA01_14120     FALSE 0.385 33.000 0.000 NA N NA
 7731698 7731699 APA01_14120 APA01_14130     FALSE 0.089 123.000 0.000 1.000   NA
 7731699 7731700 APA01_14130 APA01_14140     TRUE 0.585 7.000 0.000 1.000   NA
 7731700 7731701 APA01_14140 APA01_14150     TRUE 0.605 6.000 0.000 1.000   NA
 7731701 7731702 APA01_14150 APA01_14160     TRUE 0.939 8.000 0.065 1.000   NA
 7731702 7731703 APA01_14160 APA01_14170     TRUE 0.934 3.000 0.000 NA Y NA
 7731703 7731704 APA01_14170 APA01_14180     TRUE 0.970 -3.000 0.190 NA N NA
 7731705 7731706 APA01_14190 APA01_14200     TRUE 0.583 -3.000 0.000 0.053   NA
 7731707 7731708 APA01_14210 APA01_14220     TRUE 0.920 -21.000 0.174 NA   NA
 7731711 7731712 APA01_14250 APA01_14260     FALSE 0.328 30.000 0.000 0.003   NA
 7731714 7731715 APA01_14280 APA01_14290     TRUE 0.992 3.000 0.644 NA   NA
 7731715 7731716 APA01_14290 APA01_14300     FALSE 0.025 196.000 0.000 NA   NA
 7731716 7731717 APA01_14300 APA01_14310     FALSE 0.168 42.000 0.000 NA   NA
 7731717 7731718 APA01_14310 APA01_14320     FALSE 0.503 -3.000 0.000 NA   NA
 7731718 7731719 APA01_14320 APA01_14330     TRUE 0.549 66.000 0.000 NA Y NA
 7731719 7731720 APA01_14330 APA01_14340     TRUE 0.615 4.000 0.000 NA   NA
 7731721 7731722 APA01_14350 APA01_14360     TRUE 0.524 -3.000 0.000 1.000   NA
 7731722 7731723 APA01_14360 APA01_14370     FALSE 0.050 155.000 0.000 NA   NA
 7731723 7731724 APA01_14370 APA01_14380   rrf5 FALSE 0.002 1469.000 0.000 NA   NA
 7731724 7731725 APA01_14380 APA01_14390 rrf5 rrl5 FALSE 0.018 228.000 0.000 NA   NA
 7731725 7731726 APA01_14390 APA01_14400 rrl5   FALSE 0.310 -1070.000 0.000 NA   NA
 7731726 7731727 APA01_14400 APA01_14410     FALSE 0.287 25.000 0.000 NA   NA
 7731727 7731728 APA01_14410 APA01_14420   rrs5 FALSE 0.002 1652.000 0.000 NA   NA
 7731728 7731729 APA01_14420 APA01_14430 rrs5 uvrA FALSE 0.312 -1019.000 0.000 NA   NA
 7731729 7731730 APA01_14430 APA01_14440 uvrA   FALSE 0.185 122.000 0.000 1.000 N NA
 7731730 7731731 APA01_14440 APA01_14450     FALSE 0.039 173.000 0.000 1.000   NA
 7731732 7731733 APA01_14460 APA01_14470     FALSE 0.008 518.000 0.000 NA N NA
 7731733 7731734 APA01_14470 APA01_14480   cbiD FALSE 0.210 102.000 0.000 NA N NA
 7731735 7731736 APA01_14490 APA01_14500   cbiG TRUE 0.989 1.000 0.397 0.010   NA
 7731736 7731737 APA01_14500 APA01_14510 cbiG   TRUE 0.959 -3.000 0.139 0.010   NA
 7731739 7731740 APA01_14530 APA01_14540     TRUE 0.984 -3.000 0.138 0.010 Y NA
 7731740 7731741 APA01_14540 APA01_14550   cobH TRUE 0.992 1.000 0.191 0.010 Y NA
 7731741 7731742 APA01_14550 APA01_14560 cobH cobG TRUE 0.956 -13.000 0.255 1.000 N NA
 7731746 7731747 APA01_14600 APA01_14610 fis   FALSE 0.483 126.000 0.048 1.000   NA
 7731747 7731748 APA01_14610 APA01_14620     TRUE 0.855 88.000 0.375 1.000   NA
 7731748 7731749 APA01_14620 APA01_14630     FALSE 0.007 341.000 0.000 NA   NA
 7731751 7731752 APA01_14650 APA01_14660     TRUE 0.988 -3.000 0.706 NA   NA
 7731754 7731755 APA01_14680 APA01_14690     TRUE 0.626 0.000 0.000 NA   NA
 7731755 7731756 APA01_14690 APA01_14700     FALSE 0.213 100.000 0.000 NA N NA
 7731756 7731757 APA01_14700 APA01_14710     TRUE 0.727 31.000 0.000 1.000 Y NA
 7731757 7731758 APA01_14710 APA01_14720     TRUE 0.731 9.000 0.000 1.000 N NA
 7731758 7731759 APA01_14720 APA01_14730     TRUE 0.964 18.000 0.286 1.000 N NA
 7731759 7731760 APA01_14730 APA01_14740     TRUE 0.985 2.000 0.219 0.052 N NA
 7731761 7731762 APA01_14750 APA01_14760   tetR FALSE 0.021 219.000 0.000 1.000   NA
 7731765 7731766 APA01_14790 APA01_14800 fdhD   TRUE 0.935 0.000 0.012 1.000 N NA
 7731768 7731769 APA01_14820 APA01_14830 moeA   TRUE 0.734 8.000 0.000 NA N NA
 7731769 7731770 APA01_14830 APA01_14840     TRUE 0.959 0.000 0.045 NA N NA
 7731770 7731771 APA01_14840 APA01_14850     TRUE 0.998 0.000 1.000 0.001 Y NA
 7731771 7731772 APA01_14850 APA01_14860     TRUE 0.992 10.000 0.333 0.001 Y NA
 7731772 7731773 APA01_14860 APA01_14870     FALSE 0.005 378.000 0.000 NA   NA
 7731774 7731775 APA01_14880 APA01_14890   ftsJ TRUE 0.981 -3.000 0.316 NA N NA
 7731777 7731778 APA01_14910 APA01_14920 sirA   FALSE 0.468 72.000 0.005 1.000 N NA
 7731778 7731779 APA01_14920 APA01_14930     TRUE 0.966 2.000 0.062 1.000 N NA
 7731779 7731780 APA01_14930 APA01_14940     TRUE 0.980 5.000 0.049 1.000 Y NA
 7731780 7731781 APA01_14940 APA01_14950   hlyA TRUE 0.913 7.000 0.010 1.000 N NA
 7731781 7731782 APA01_14950 APA01_14960 hlyA   FALSE 0.065 138.000 0.000 NA   NA
 7731782 7731783 APA01_14960 APA01_14970     FALSE 0.085 122.000 0.000 NA   NA
 7731783 7731784 APA01_14970 APA01_14980     FALSE 0.326 111.000 0.005 1.000   NA
 7731784 7731785 APA01_14980 APA01_14990     TRUE 0.512 46.000 0.003 1.000 N NA
 7731785 7731786 APA01_14990 APA01_15000     FALSE 0.138 61.000 0.000 1.000   NA
 7731786 7731787 APA01_15000 APA01_15010     FALSE 0.502 34.000 0.004 1.000   NA
 7731792 7731793 APA01_15060 APA01_15070   nol1/nop2 FALSE 0.475 96.000 0.008 NA N NA
 7731793 7731794 APA01_15070 APA01_15080 nol1/nop2   TRUE 0.930 10.000 0.039 NA N NA
 7731795 7731796 APA01_15090 APA01_15100   oppC TRUE 0.906 -3.000 0.000 0.041 Y NA
 7731796 7731797 APA01_15100 APA01_15110 oppC oppB TRUE 0.996 13.000 1.000 0.041 Y NA
 7731797 7731798 APA01_15110 APA01_15120 oppB oppD TRUE 0.997 2.000 0.636 1.000 Y NA
 7731798 7731799 APA01_15120 APA01_15130 oppD oppF TRUE 0.994 -3.000 0.500 0.001 Y NA
 7731801 7731802 APA01_15150 APA01_15160     FALSE 0.199 37.000 0.000 1.000   NA
 7731802 7731803 APA01_15160 APA01_15170     TRUE 0.800 2.000 0.000 NA N NA
 7731803 7731804 APA01_15170 APA01_15180     FALSE 0.234 31.000 0.000 NA   NA
 7731804 7731805 APA01_15180 APA01_15190     FALSE 0.011 268.000 0.000 1.000   NA
 7731806 7731807 APA01_15200 APA01_15210     TRUE 0.973 24.000 0.750 NA   NA
 7731809 7731810 APA01_15230 APA01_15240 emrB/qacA   FALSE 0.117 152.000 0.000 1.000 N NA
 7731810 7731811 APA01_15240 APA01_15250     TRUE 0.737 31.000 0.032 1.000   NA
 7731811 7731812 APA01_15250 APA01_15260   padR TRUE 0.646 32.000 0.014 NA   NA
 7731813 7731814 APA01_15270 APA01_15280   hlyD FALSE 0.008 548.000 0.000 0.082 N NA
 7731814 7731815 APA01_15280 APA01_15290 hlyD   TRUE 0.981 -19.000 0.889 NA   NA
 7731815 7731816 APA01_15290 APA01_15300     TRUE 0.989 -3.000 0.750 NA   NA
 7731817 7731818 APA01_15310 APA01_15320     FALSE 0.006 347.000 0.000 NA   NA
 7731818 7731819 APA01_15320 APA01_15330   fcuA FALSE 0.009 287.000 0.000 NA   NA
 7731819 7731820 APA01_15330 APA01_15340 fcuA   FALSE 0.061 202.000 0.000 0.082 N NA
 7731820 7731821 APA01_15340 APA01_15350     FALSE 0.018 325.000 0.000 1.000 N NA
 7731821 7731822 APA01_15350 APA01_15360     TRUE 0.596 58.000 0.042 NA   NA
 7731822 7731823 APA01_15360 APA01_15370     FALSE 0.006 346.000 0.000 NA   NA
 7731823 7731824 APA01_15370 APA01_15380     TRUE 0.978 14.000 0.500 NA   NA
 7731824 7731825 APA01_15380 APA01_15390     TRUE 0.992 15.000 0.600 0.052 Y NA
 7731825 7731826 APA01_15390 APA01_15400   cydC TRUE 0.726 65.000 0.008 1.000 Y NA
 7731826 7731827 APA01_15400 APA01_15410 cydC cydD TRUE 0.977 -3.000 0.075 0.006 Y NA
 7731829 7731830 APA01_15430 APA01_15440     TRUE 0.899 103.000 0.667 1.000   NA
 7731830 7731831 APA01_15440 APA01_15450     FALSE 0.412 151.000 0.062 1.000   NA
 7731833 7731834 APA01_15470 APA01_15480     FALSE 0.223 32.000 0.000 NA   NA
 7731834 7731835 APA01_15480 APA01_15490     TRUE 0.700 117.000 0.018 1.000 Y NA
 7731835 7731836 APA01_15490 APA01_15500     TRUE 0.937 26.000 0.300 1.000   NA
 7731838 7731839 APA01_15520 APA01_15530     TRUE 0.967 -3.000 0.220 NA   NA
 7731839 7731840 APA01_15530 APA01_15540     FALSE 0.004 519.000 0.000 1.000   NA
 7731842 7731843 APA01_15560 APA01_15570   lysR FALSE 0.043 167.000 0.000 1.000   NA
 7731846 7731847 APA01_15600 APA01_15610     FALSE 0.004 478.000 0.000 NA   NA
 7731849 7731850 APA01_15630 APA01_15640     FALSE 0.004 450.000 0.000 NA   NA
 7731853 7731854 APA01_15670 APA01_15680 mgtC   FALSE 0.003 498.000 0.000 NA   NA
 7731854 7731855 APA01_15680 APA01_15690     FALSE 0.503 -3.000 0.000 NA   NA
 7731855 7731856 APA01_15690 APA01_15700     TRUE 0.565 7.000 0.000 NA   NA
 7731858 7731859 APA01_15720 APA01_15730     TRUE 0.743 109.000 0.134 1.000 N NA
 7731860 7731861 APA01_15740 APA01_15750     FALSE 0.089 119.000 0.000 NA   NA
 7731861 7731862 APA01_15750 APA01_15760   tetR FALSE 0.262 63.000 0.000 1.000 N NA
 7731862 7731863 APA01_15760 APA01_15770 tetR   FALSE 0.104 160.000 0.000 1.000 N NA
 7731863 7731864 APA01_15770 APA01_15780     FALSE 0.243 30.000 0.000 NA   NA
 7731864 7731865 APA01_15780 APA01_15790     FALSE 0.106 98.000 0.000 NA   NA
 7731865 7731866 APA01_15790 APA01_15800     FALSE 0.023 204.000 0.000 NA   NA
 7731866 7731867 APA01_15800 APA01_15810     FALSE 0.211 183.000 0.000 NA Y NA
 7731868 7731869 APA01_15820 APA01_15830     FALSE 0.503 -3.000 0.000 NA   NA
 7731869 7731870 APA01_15830 APA01_15840     FALSE 0.006 369.000 0.000 NA   NA
 7731870 7731871 APA01_15840 APA01_15850     FALSE 0.037 172.000 0.000 NA   NA
 7731871 7731872 APA01_15850 APA01_15860     TRUE 0.524 -3.000 0.000 1.000   NA
 7731872 7731873 APA01_15860 APA01_15870   fecR/pupR FALSE 0.006 346.000 0.000 NA   NA
 7731873 7731874 APA01_15870 APA01_15880 fecR/pupR rpoE FALSE 0.050 155.000 0.000 NA   NA
 7731874 7731875 APA01_15880 APA01_15890 rpoE   FALSE 0.003 704.000 0.000 NA   NA
 7731875 7731876 APA01_15890 APA01_15900     FALSE 0.024 199.000 0.000 NA   NA
 7731876 7731877 APA01_15900 APA01_15910     FALSE 0.070 134.000 0.000 NA   NA
 7731877 7731878 APA01_15910 APA01_15920   kdpE TRUE 0.980 -3.000 0.114 1.000 Y NA
 7731878 7731879 APA01_15920 APA01_15930 kdpE czcA TRUE 0.971 0.000 0.086 1.000 N NA
 7731879 7731880 APA01_15930 APA01_15940 czcA czcB/hlyD TRUE 0.993 0.000 0.529 1.000 N NA
 7731880 7731881 APA01_15940 APA01_15950 czcB/hlyD czcC TRUE 0.898 -3.000 0.000 1.000 Y NA
 7731881 7731882 APA01_15950 APA01_15960 czcC   FALSE 0.351 19.000 0.000 NA   NA
 7731882 7731883 APA01_15960 APA01_15970     FALSE 0.002 1803.000 0.000 NA   NA
 7731883 7731884 APA01_15970 APA01_15980   rrf4 FALSE 0.002 1469.000 0.000 NA   NA
 7731884 7731885 APA01_15980 APA01_15990 rrf4 rrl4 FALSE 0.018 228.000 0.000 NA   NA
 7731885 7731886 APA01_15990 APA01_16000 rrl4   FALSE 0.310 -1070.000 0.000 NA   NA
 7731886 7731887 APA01_16000 APA01_16010     FALSE 0.287 25.000 0.000 NA   NA
 7731887 7731888 APA01_16010 APA01_16020   rrs4 FALSE 0.002 1652.000 0.000 NA   NA
 7731889 7731890 APA01_16030 APA01_16040     TRUE 0.964 0.000 0.097 NA   NA
 7731890 7731891 APA01_16040 APA01_16050     TRUE 0.607 132.000 0.129 1.000   NA
 7731891 7731892 APA01_16050 APA01_16060     TRUE 0.971 7.000 0.191 1.000   NA
 7731893 7731894 APA01_16070 APA01_16080     TRUE 0.970 25.000 0.694 NA   NA
 7731895 7731896 APA01_16090 APA01_16100   yjgPQ TRUE 0.823 -3.000 0.005 1.000   NA
 7731896 7731897 APA01_16100 APA01_16110 yjgPQ yjgPQ TRUE 0.987 -3.000 0.631 0.048   NA
 7731897 7731898 APA01_16110 APA01_16120 yjgPQ   FALSE 0.503 -3.000 0.000 NA   NA
 7731898 7731899 APA01_16120 APA01_16130     FALSE 0.503 -3.000 0.000 NA   NA
 7731901 7731902 APA01_16150 APA01_16160     TRUE 0.986 0.000 0.083 1.000 Y NA
 7731907 7731908 APA01_16210 APA01_16220     FALSE 0.010 272.000 0.000 NA   NA
 7731908 7731909 APA01_16220 APA01_16230   iclR FALSE 0.314 22.000 0.000 NA   NA
 7731911 7731912 APA01_16250 APA01_16260 lolD lolCE TRUE 0.580 -7.000 0.000 1.000 N NA
 7731912 7731913 APA01_16260 APA01_16270 lolCE   TRUE 0.963 6.000 0.076 1.000 N NA
 7731913 7731914 APA01_16270 APA01_16280     FALSE 0.209 146.000 0.005 1.000   NA
 7731914 7731915 APA01_16280 APA01_16290   baf TRUE 0.938 10.000 0.080 1.000   NA
 7731915 7731916 APA01_16290 APA01_16300 baf   TRUE 0.967 4.000 0.071 1.000 N NA
 7731916 7731917 APA01_16300 APA01_16310     TRUE 0.983 -3.000 0.372 1.000 N NA
 7731917 7731918 APA01_16310 APA01_16320     TRUE 0.706 73.000 0.004 0.002 Y NA
 7731918 7731919 APA01_16320 APA01_16330     TRUE 0.995 7.000 0.451 0.006 Y NA
 7731919 7731920 APA01_16330 APA01_16340     TRUE 0.993 -3.000 0.484 0.003 Y NA
 7731920 7731921 APA01_16340 APA01_16350     TRUE 0.987 19.000 0.442 0.006 Y NA
 7731921 7731922 APA01_16350 APA01_16360     TRUE 0.996 0.000 0.500 0.006 Y NA
 7731922 7731923 APA01_16360 APA01_16370     TRUE 0.996 6.000 0.515 0.006 Y NA
 7731923 7731924 APA01_16370 APA01_16380     TRUE 0.994 6.000 0.395 0.006 Y NA
 7731924 7731925 APA01_16380 APA01_16390     TRUE 0.990 12.000 0.343 0.006 Y NA
 7731925 7731926 APA01_16390 APA01_16400     TRUE 0.992 -3.000 0.355 0.006 Y NA
 7731926 7731927 APA01_16400 APA01_16410     TRUE 0.996 0.000 0.483 0.006 Y NA
 7731927 7731928 APA01_16410 APA01_16420     TRUE 0.984 -7.000 0.328 0.003 Y NA
 7731928 7731929 APA01_16420 APA01_16430     TRUE 0.989 19.000 0.507 0.003 Y NA
 7731929 7731930 APA01_16430 APA01_16440     FALSE 0.018 228.000 0.000 NA   NA
 7731930 7731931 APA01_16440 APA01_16450     FALSE 0.011 262.000 0.000 NA   NA
 7731931 7731932 APA01_16450 APA01_16460   hu FALSE 0.110 94.000 0.000 NA   NA
 7731932 7731933 APA01_16460 APA01_16470 hu lon FALSE 0.300 146.000 0.008 NA N NA
 7731933 7731934 APA01_16470 APA01_16480 lon clpX TRUE 0.645 199.000 0.201 0.083 Y NA
 7731934 7731935 APA01_16480 APA01_16490 clpX clpP TRUE 0.912 121.000 0.352 1.000 Y NA
 7731935 7731936 APA01_16490 APA01_16500 clpP   TRUE 0.797 175.000 0.351 1.000 Y NA
 7731936 7731937 APA01_16500 APA01_16510     FALSE 0.114 84.000 0.000 NA   NA
 7731937 7731938 APA01_16510 APA01_16520     FALSE 0.151 47.000 0.000 NA   NA
 7731939 7731940 APA01_16530 APA01_16540     FALSE 0.188 180.000 0.019 NA   NA
 7731940 7731941 APA01_16540 APA01_16550     TRUE 0.951 9.000 0.007 NA Y NA
 7731942 7731943 APA01_16560 APA01_16570 hesB   TRUE 0.921 27.000 0.240 NA   NA
 7731943 7731944 APA01_16570 APA01_16580   nifU TRUE 0.837 -13.000 0.042 NA   NA
 7731944 7731945 APA01_16580 APA01_16590 nifU sufS TRUE 0.907 -3.000 0.017 1.000 N NA
 7731945 7731946 APA01_16590 APA01_16600 sufS sufD TRUE 0.982 0.000 0.193 1.000 N NA
 7731946 7731947 APA01_16600 APA01_16610 sufD sufC TRUE 0.987 18.000 0.482 1.000 Y NA
 7731947 7731948 APA01_16610 APA01_16620 sufC sufB TRUE 0.991 14.000 0.466 1.000 Y NA
 7731948 7731949 APA01_16620 APA01_16630 sufB   TRUE 0.967 4.000 0.078 NA N NA
 7731949 7731950 APA01_16630 APA01_16640     FALSE 0.348 124.000 0.013 NA   NA
 7731952 7731953 APA01_16660 APA01_16670     FALSE 0.067 137.000 0.000 NA   NA
 7731953 7731954 APA01_16670 APA01_16680     FALSE 0.129 230.000 0.000 1.000 Y NA
 7731954 7731955 APA01_16680 APA01_16690     FALSE 0.269 118.000 0.003 NA   NA
 7731955 7731956 APA01_16690 APA01_16700   hlyB/msbA TRUE 0.538 97.000 0.040 NA   NA
 7731958 7731959 APA01_16720 APA01_16730   mutS TRUE 0.897 6.000 0.004 1.000 N NA
 7731959 7731960 APA01_16730 APA01_16740 mutS   FALSE 0.185 41.000 0.000 1.000   NA
 7731961 7731962 APA01_16750 APA01_16760     FALSE 0.055 147.000 0.000 NA   NA
 7731962 7731963 APA01_16760 APA01_16770     FALSE 0.373 68.000 0.005 NA   NA
 7731963 7731964 APA01_16770 APA01_16780     TRUE 0.737 67.000 0.129 1.000   NA
 7731964 7731965 APA01_16780 APA01_16790   pmbA/tldD TRUE 0.860 -3.000 0.013 NA   NA
 7731965 7731966 APA01_16790 APA01_16800 pmbA/tldD tim44 TRUE 0.677 27.000 0.010 NA   NA
 7731966 7731967 APA01_16800 APA01_16810 tim44   FALSE 0.113 87.000 0.000 NA   NA
 7731968 7731969 APA01_16820 APA01_16830     TRUE 0.969 -3.000 0.153 0.048 N NA
 7731969 7731970 APA01_16830 APA01_16840     FALSE 0.304 157.000 0.012 1.000 N NA
 7731972 7731973 APA01_16860 APA01_16870     FALSE 0.213 100.000 0.000 NA N NA
 7731973 7731974 APA01_16870 APA01_16880     TRUE 0.983 -3.000 0.153 NA Y NA
 7731974 7731975 APA01_16880 APA01_16890   asnC TRUE 0.951 0.000 0.027 1.000 N NA
 7731976 7731977 APA01_16900 APA01_16910   lysR TRUE 0.636 117.000 0.065 1.000 N NA
 7731977 7731978 APA01_16910 APA01_16920 lysR mucR FALSE 0.032 460.000 0.000 1.000 Y NA
 7731978 7731979 APA01_16920 APA01_16930 mucR   FALSE 0.121 149.000 0.000 1.000 N NA
 7731980 7731981 APA01_16940 APA01_16950   mviN FALSE 0.268 29.000 0.000 1.000   NA
 7731983 7731984 APA01_16970 APA01_16988     FALSE 0.120 71.000 0.000 NA   NA
 7731984 7731985 APA01_16988 APA01_16990     TRUE 0.979 -7.000 0.535 1.000 N NA
 7731985 7731986 APA01_16990 APA01_17000     TRUE 0.828 73.000 0.207 1.000 N NA
 7731986 7731987 APA01_17000 APA01_17010   plsX TRUE 0.948 65.000 0.380 0.004 Y NA
 7731987 7731988 APA01_17010 APA01_17020 plsX   TRUE 0.891 88.000 0.418 1.000 N NA
 7731988 7731989 APA01_17020 APA01_17030     TRUE 0.742 166.000 0.599 NA   NA
 7731991 7731992 APA01_17050 APA01_17060 envZ ompR TRUE 0.994 11.000 0.592 1.000 Y NA
 7731992 7731993 APA01_17060 APA01_17070 ompR marR TRUE 0.985 -10.000 0.392 0.044 Y NA
 7731993 7731994 APA01_17070 APA01_17080 marR   TRUE 0.761 19.000 0.011 1.000   NA
 7731994 7731995 APA01_17080 APA01_17090     TRUE 0.947 4.000 0.050 1.000   NA
 7731997 7731998 APA01_17110 APA01_17120     TRUE 0.972 16.000 0.114 0.002 Y NA
 7731998 7731999 APA01_17120 APA01_17130     TRUE 0.994 0.000 0.269 0.001 Y NA
 7731999 7732000 APA01_17130 APA01_17140     FALSE 0.283 155.000 0.008 1.000 N NA
 7732000 7732001 APA01_17140 APA01_17150     TRUE 0.991 15.000 0.567 1.000 Y NA
 7732001 7732002 APA01_17150 APA01_17160   rimM TRUE 0.995 -3.000 0.672 1.000 Y NA
 7732002 7732003 APA01_17160 APA01_17170 rimM   TRUE 0.988 15.000 0.342 0.015 Y NA
 7732003 7732004 APA01_17170 APA01_17180   ffh/srp54 TRUE 0.892 63.000 0.361 1.000 N NA
 7732004 7732005 APA01_17180 APA01_17190 ffh/srp54   FALSE 0.092 117.000 0.000 NA   NA
 7732005 7732006 APA01_17190 APA01_17200   atp12 FALSE 0.101 104.000 0.000 NA   NA
 7732006 7732007 APA01_17200 APA01_17210 atp12 asmA TRUE 0.857 -3.000 0.012 NA   NA
 7732007 7732008 APA01_17210 APA01_17220 asmA   TRUE 0.534 33.000 0.005 NA   NA
 7732008 7732009 APA01_17220 APA01_17230     TRUE 0.830 17.000 0.009 1.000 N NA
 7732009 7732010 APA01_17230 APA01_17240     TRUE 0.771 105.000 0.167 1.000 N NA
 7732010 7732011 APA01_17240 APA01_17250     TRUE 0.759 7.000 0.000 1.000 N NA
 7732012 7732013 APA01_17260 APA01_17270     TRUE 0.681 69.000 0.087 NA   NA
 7732014 7732015 APA01_17280 APA01_17290     FALSE 0.234 31.000 0.000 NA   NA
 7732015 7732016 APA01_17290 APA01_17300   engA FALSE 0.069 135.000 0.000 NA   NA
 7732016 7732017 APA01_17300 APA01_17310 engA   TRUE 0.955 14.000 0.203 1.000   NA
 7732017 7732018 APA01_17310 APA01_17320     TRUE 0.971 5.000 0.154 NA   NA
 7732018 7732019 APA01_17320 APA01_17330     FALSE 0.263 157.000 0.019 NA   NA
 7732020 7732021 APA01_17340 APA01_17350     TRUE 0.984 -3.000 0.160 1.000 Y NA
 7732021 7732022 APA01_17350 APA01_17360     TRUE 0.995 1.000 0.778 1.000 N NA
 7732022 7732023 APA01_17360 APA01_17370     FALSE 0.123 84.000 0.000 1.000   NA
 7732023 7732024 APA01_17370 APA01_17380     TRUE 0.798 -3.000 0.003 1.000   NA
 7732030 7732031 APA01_17440 APA01_17450 sod clpB FALSE 0.029 257.000 0.000 1.000 N NA
 7732031 7732032 APA01_17450 APA01_17460 clpB   FALSE 0.235 90.000 0.000 1.000 N NA
 7732033 7732034 APA01_17470 APA01_17480 hflX hfq TRUE 0.898 -46.000 0.115 1.000   NA
 7732034 7732035 APA01_17480 APA01_17490 hfq ntrX TRUE 0.634 77.000 0.058 0.044   NA
 7732035 7732036 APA01_17490 APA01_17500 ntrX ntrY TRUE 0.989 -10.000 0.533 0.082 Y NA
 7732036 7732037 APA01_17500 APA01_17510 ntrY ntrC TRUE 0.987 10.000 0.205 0.082 Y NA
 7732037 7732038 APA01_17510 APA01_17520 ntrC ntrB TRUE 0.937 57.000 0.297 0.082 Y NA
 7732038 7732039 APA01_17520 APA01_17530 ntrB nifR3 TRUE 0.955 -3.000 0.094 1.000 N NA
 7732039 7732040 APA01_17530 APA01_17540 nifR3 ispDF TRUE 0.675 85.000 0.057 1.000 N NA
 7732040 7732041 APA01_17540 APA01_17550 ispDF   FALSE 0.254 62.000 0.000 NA N NA
 7732043 7732044 APA01_17570 APA01_17580     TRUE 0.632 2.000 0.000 NA   NA
 7732044 7732045 APA01_17580 APA01_17590     FALSE 0.202 34.000 0.000 NA   NA
 7732045 7732046 APA01_17590 APA01_17600     FALSE 0.257 139.000 0.008 NA   NA
 7732046 7732047 APA01_17600 APA01_17610     FALSE 0.115 82.000 0.000 NA   NA
 7732047 7732048 APA01_17610 APA01_17620     FALSE 0.163 43.000 0.000 NA   NA
 7732048 7732049 APA01_17620 APA01_17630     FALSE 0.365 18.000 0.000 NA   NA
 7732049 7732050 APA01_17630 APA01_17640     FALSE 0.123 69.000 0.000 NA   NA
 7732050 7732051 APA01_17640 APA01_17650     FALSE 0.264 60.000 0.000 1.000 N NA
 7732052 7732053 APA01_17660 APA01_17670     FALSE 0.176 40.000 0.000 NA   NA
 7732054 7732055 APA01_17680 APA01_17690     FALSE 0.064 139.000 0.000 NA   NA
 7732056 7732057 APA01_17700 APA01_17710     FALSE 0.156 131.000 0.000 NA N NA
 7732058 7732059 APA01_17720 APA01_17730   ubiHF TRUE 0.950 3.000 0.024 1.000 N NA
 7732060 7732061 APA01_17740 APA01_17750     FALSE 0.093 116.000 0.000 NA   NA
 7732061 7732062 APA01_17750 APA01_17760     FALSE 0.027 193.000 0.000 NA   NA
 7732064 7732065 APA01_17780 APA01_17790     FALSE 0.002 2279.000 0.000 NA   NA
 7732067 7732068 APA01_17810 APA01_17820     TRUE 0.726 46.000 0.047 1.000 N NA
 7732068 7732069 APA01_17820 APA01_17830     FALSE 0.207 112.000 0.000 1.000 N NA
 7732070 7732071 APA01_17840 APA01_17850     FALSE 0.133 144.000 0.000 1.000 N NA
 7732072 7732073 APA01_17860 APA01_17870 groES groEL TRUE 0.965 54.000 0.600 0.081 Y NA
 7732073 7732074 APA01_17870 APA01_17880 groEL fkbH FALSE 0.009 295.000 0.000 NA   NA
 7732074 7732075 APA01_17880 APA01_17890 fkbH   FALSE 0.014 242.000 0.000 NA   NA
 7732075 7732076 APA01_17890 APA01_17900     TRUE 0.963 -3.000 0.200 NA   NA
 7732076 7732077 APA01_17900 APA01_17910     TRUE 0.954 64.000 0.500 NA Y NA
 7732080 7732081 APA01_17940 APA01_17950     TRUE 0.524 -3.000 0.000 1.000   NA
 7732083 7732084 APA01_17970 APA01_17980     FALSE 0.009 299.000 0.000 NA   NA
 7732084 7732085 APA01_17980 APA01_17990     TRUE 0.967 15.000 0.333 NA   NA
 7732085 7732086 APA01_17990 APA01_18000     FALSE 0.397 16.000 0.000 NA   NA
 7732087 7732088 APA01_18010 APA01_18020     FALSE 0.503 -3.000 0.000 NA   NA
 7732088 7732089 APA01_18020 APA01_18030     FALSE 0.030 206.000 0.000 0.060   NA
 7732092 7732093 APA01_18060 APA01_18070     FALSE 0.271 27.000 0.000 NA   NA
 7732093 7732094 APA01_18070 APA01_18080     TRUE 0.944 27.000 0.085 0.004 Y NA
 7732095 7732096 APA01_18090 APA01_18100     FALSE 0.503 -3.000 0.000 NA   NA
 7732097 7732098 APA01_18110 APA01_18120     TRUE 0.920 -21.000 0.174 NA   NA
 7732100 7732101 APA01_18140 APA01_18150     FALSE 0.010 269.000 0.000 NA   NA
 7732101 7732102 APA01_18150 APA01_18160     FALSE 0.302 230.000 0.174 0.060   NA
 7732102 7732103 APA01_18160 APA01_18170     FALSE 0.066 142.000 0.000 1.000   NA
 7732104 7732105 APA01_18180 APA01_18190     FALSE 0.018 226.000 0.000 NA   NA
 7732108 7732109 APA01_18220 APA01_18230     TRUE 0.954 64.000 0.500 NA Y NA
 7732109 7732110 APA01_18230 APA01_18240     TRUE 0.963 -3.000 0.200 NA   NA
 7732112 7732113 APA01_18260 APA01_18270     FALSE 0.133 67.000 0.000 1.000   NA
 7732114 7732115 APA01_18280 APA01_18290 amtB   FALSE 0.416 136.000 0.041 NA   NA
 7732116 7732117 APA01_18300 APA01_18310     TRUE 0.912 -3.000 0.034 0.016   NA
 7732117 7732118 APA01_18310 APA01_18320   xerC TRUE 0.842 8.000 0.005 1.000   NA
 7732121 7732122 APA01_18350 APA01_18360     FALSE 0.092 117.000 0.000 NA   NA
 7732122 7732123 APA01_18360 APA01_18370     TRUE 0.887 -7.000 0.044 NA N NA
 7732125 7732126 APA01_18390 APA01_18400   apaG TRUE 0.618 121.000 0.066 NA N NA
 7732126 7732127 APA01_18400 APA01_18410 apaG   TRUE 0.600 44.000 0.009 NA N NA
 7732128 7732129 APA01_18420 APA01_18430 pfpI   TRUE 0.728 -7.000 0.006 1.000   NA
 7732131 7732132 APA01_18450 APA01_18460     TRUE 0.990 -3.000 0.312 NA Y NA
 7732133 7732134 APA01_18470 APA01_18480 fusB   TRUE 0.984 2.000 0.296 NA   NA
 7732134 7732135 APA01_18480 APA01_18490   hlyD/fusE TRUE 0.921 16.000 0.111 NA   NA
 7732135 7732136 APA01_18490 APA01_18500 hlyD/fusE   FALSE 0.163 43.000 0.000 NA   NA
 7732136 7732137 APA01_18500 APA01_18510     FALSE 0.102 102.000 0.000 NA   NA
 7732137 7732138 APA01_18510 APA01_18520     FALSE 0.450 102.000 0.019 NA   NA
 7732139 7732140 APA01_18530 APA01_18540     FALSE 0.116 79.000 0.000 NA   NA
 7732140 7732141 APA01_18540 APA01_18550     FALSE 0.313 70.000 0.002 NA   NA
 7732141 7732142 APA01_18550 APA01_18560     TRUE 0.823 37.000 0.008 0.002 Y NA
 7732142 7732143 APA01_18560 APA01_18570     TRUE 0.931 15.000 0.009 1.000 Y NA
 7732143 7732144 APA01_18570 APA01_18580   ribD TRUE 0.990 15.000 0.456 1.000 Y NA
 7732145 7732146 APA01_18590 APA01_18600     TRUE 0.997 0.000 0.630 0.002 Y NA
 7732146 7732147 APA01_18600 APA01_18610     TRUE 0.841 19.000 0.000 0.002 Y NA
 7732147 7732148 APA01_18610 APA01_18620     FALSE 0.041 185.000 0.000 0.050   NA
 7732148 7732149 APA01_18620 APA01_18630     FALSE 0.163 43.000 0.000 NA   NA
 7732149 7732150 APA01_18630 APA01_18640     FALSE 0.074 130.000 0.000 NA   NA
 7732152 7732153 APA01_18660 APA01_18670     FALSE 0.102 102.000 0.000 NA   NA
 7732154 7732155 APA01_18680 APA01_18690     FALSE 0.006 354.000 0.000 NA   NA
 7732156 7732157 APA01_18700 APA01_18710     FALSE 0.002 883.000 0.000 NA   NA
 7732157 7732158 APA01_18710 APA01_18720     TRUE 0.615 4.000 0.000 NA   NA
 7732161 7732162 APA01_18750 APA01_18760     FALSE 0.003 690.000 0.000 NA   NA
 7732162 7732163 APA01_18760 APA01_18770     FALSE 0.053 150.000 0.000 NA   NA
 7732163 7732164 APA01_18770 APA01_18780     TRUE 0.524 -3.000 0.000 1.000   NA
 7732167 7732168 APA01_18810 APA01_18820     TRUE 0.974 47.000 0.667 0.014 Y NA
 7732168 7732169 APA01_18820 APA01_18830   obgE/cgtA TRUE 0.824 109.000 0.335 1.000   NA
 7732169 7732170 APA01_18830 APA01_18840 obgE/cgtA   TRUE 0.708 55.000 0.087 1.000   NA
 7732171 7732172 APA01_18850 APA01_18860     TRUE 0.967 24.000 0.600 NA   NA
 7732173 7732174 APA01_18870 APA01_18880     TRUE 0.991 -3.000 1.000 NA   NA
 7732176 7732177 APA01_18900 APA01_18910 mraZ mraW TRUE 0.987 -3.000 0.635 NA   NA
 7732177 7732178 APA01_18910 APA01_18920 mraW   TRUE 0.959 5.000 0.089 NA   NA
 7732178 7732179 APA01_18920 APA01_18930   ftsI TRUE 0.757 33.000 0.054 NA   NA
 7732179 7732180 APA01_18930 APA01_18940 ftsI   TRUE 0.958 -3.000 0.018 1.000 Y NA
 7732180 7732181 APA01_18940 APA01_18950     TRUE 0.994 -3.000 0.569 0.002 Y NA
 7732181 7732182 APA01_18950 APA01_18960     TRUE 0.994 0.000 0.309 0.004 Y NA
 7732182 7732183 APA01_18960 APA01_18970     TRUE 0.995 -3.000 0.647 0.004 Y NA
 7732183 7732184 APA01_18970 APA01_18980   ftsW TRUE 0.938 8.000 0.035 1.000 N NA
 7732184 7732185 APA01_18980 APA01_18990 ftsW   TRUE 0.961 -3.000 0.115 1.000 N NA
 7732185 7732186 APA01_18990 APA01_19000     TRUE 0.989 -3.000 0.283 1.000 Y NA
 7732186 7732187 APA01_19000 APA01_19010     TRUE 0.981 -3.000 0.108 0.004 Y NA
 7732187 7732188 APA01_19010 APA01_19020     TRUE 0.983 -3.000 0.135 0.004 Y NA
 7732188 7732189 APA01_19020 APA01_19030   ftsQ TRUE 0.991 -3.000 0.372 NA Y NA
 7732189 7732190 APA01_19030 APA01_19040 ftsQ ftsA TRUE 0.937 -7.000 0.137 NA N NA
 7732190 7732191 APA01_19040 APA01_19050 ftsA ftsZ TRUE 0.863 87.000 0.114 1.000 Y NA
 7732191 7732192 APA01_19050 APA01_19060 ftsZ   TRUE 0.584 154.000 0.134 1.000 N NA
 7732192 7732193 APA01_19060 APA01_19070     TRUE 0.607 97.000 0.064 1.000   NA
 7732193 7732194 APA01_19070 APA01_19080   recN TRUE 0.676 107.000 0.117 1.000   NA
 7732194 7732195 APA01_19080 APA01_19090 recN   TRUE 0.932 23.000 0.039 0.012 Y NA
 7732195 7732196 APA01_19090 APA01_19100     FALSE 0.044 224.000 0.000 1.000 N NA
 7732196 7732197 APA01_19100 APA01_19110     FALSE 0.412 51.000 0.005 NA   NA
 7732201 7732202 APA01_19150 APA01_19160     TRUE 0.627 81.000 0.037 1.000 N NA
 7732202 7732203 APA01_19160 APA01_19170     TRUE 0.882 -3.000 0.020 NA   NA
 7732203 7732204 APA01_19170 APA01_19180     FALSE 0.444 57.000 0.009 NA   NA
 7732204 7732205 APA01_19180 APA01_19190     TRUE 0.666 13.000 0.000 1.000 N NA
 7732205 7732206 APA01_19190 APA01_19200     FALSE 0.195 35.000 0.000 NA   NA
 7732207 7732208 APA01_19210 APA01_19220     FALSE 0.016 231.000 0.000 NA   NA
 7732209 7732210 APA01_19230 APA01_19240 copA copB TRUE 0.994 -3.000 1.000 0.001 N NA
 7732211 7732212 APA01_19250 APA01_19260     TRUE 0.817 54.000 0.026 0.002 Y NA
 7732212 7732213 APA01_19260 APA01_19270     TRUE 0.897 69.000 0.146 0.001 Y NA
 7732213 7732214 APA01_19270 APA01_19280     TRUE 0.904 15.000 0.038 1.000 N NA
 7732215 7732216 APA01_19290 APA01_19300     FALSE 0.186 37.000 0.000 NA   NA
 7732219 7732220 APA01_19330 APA01_19340     TRUE 0.952 16.000 0.034 0.016 Y NA
 7732223 7732224 APA01_19370 APA01_19380     FALSE 0.424 117.000 0.007 1.000 N NA
 7732224 7732225 APA01_19380 APA01_19390     FALSE 0.245 75.000 0.000 1.000 N NA
 7732226 7732227 APA01_19400 APA01_19410   recO TRUE 0.789 54.000 0.020 1.000 Y NA
 7732227 7732228 APA01_19410 APA01_19420 recO   TRUE 0.777 16.000 0.002 1.000 N NA
 7732228 7732229 APA01_19420 APA01_19430     TRUE 0.939 135.000 0.748 1.000 Y NA
 7732229 7732230 APA01_19430 APA01_19440     FALSE 0.088 167.000 0.000 NA N NA
 7732230 7732231 APA01_19440 APA01_19450     FALSE 0.008 310.000 0.000 NA   NA
 7732231 7732232 APA01_19450 APA01_19460     FALSE 0.138 53.000 0.000 NA   NA
 7732232 7732233 APA01_19460 APA01_19470     TRUE 0.991 3.000 0.180 1.000 Y NA
 7732233 7732234 APA01_19470 APA01_19490     TRUE 0.802 3.000 0.000 1.000 N NA
 7732235 7732236 APA01_19480 APA01_19500   yjgF FALSE 0.280 50.000 0.000 NA N NA
 7732239 7732240 APA01_19530 APA01_19540     TRUE 0.980 4.000 0.036 0.001 Y NA
 7732240 7732241 APA01_19540 APA01_19550     TRUE 0.548 9.000 0.000 1.000   NA
 7732243 7732244 APA01_19570 APA01_19580   copZ FALSE 0.035 174.000 0.000 NA   NA
 7732246 7732247 APA01_19600 APA01_19610     FALSE 0.027 261.000 0.000 1.000 N NA
 7732248 7732249 APA01_19620 APA01_19630     FALSE 0.046 160.000 0.000 NA   NA
 7732249 7732250 APA01_19630 APA01_19640     FALSE 0.117 76.000 0.000 NA   NA
 7732250 7732251 APA01_19640 APA01_19650     TRUE 0.969 56.000 0.733 1.000 Y NA
 7732251 7732252 APA01_19650 APA01_19660     FALSE 0.117 77.000 0.000 NA   NA
 7732253 7732254 APA01_19670 APA01_19680     TRUE 0.599 205.000 0.186 1.000 Y NA
 7732254 7732255 APA01_19680 APA01_19690     TRUE 0.675 40.000 0.017 1.000 N NA
 7732255 7732256 APA01_19690 APA01_19700     TRUE 0.524 -3.000 0.000 1.000   NA
 7732257 7732258 APA01_19710 APA01_19720     FALSE 0.289 50.000 0.000 1.000 N NA
 7732258 7732259 APA01_19720 APA01_19730     TRUE 0.524 -3.000 0.000 1.000   NA
 7732260 7732261 APA01_19740 APA01_19750     FALSE 0.223 32.000 0.000 NA   NA
 7732261 7732262 APA01_19750 APA01_19760     TRUE 0.894 -16.000 0.104 1.000   NA
 7732262 7732263 APA01_19760 APA01_19770   lytB TRUE 0.971 10.000 0.251 1.000   NA
 7732265 7732266 APA01_19790 APA01_19800     TRUE 0.949 3.000 0.050 NA   NA
 7732266 7732267 APA01_19800 APA01_19810     TRUE 0.737 62.000 0.009 1.000 Y NA
 7732267 7732268 APA01_19810 APA01_19820     TRUE 0.992 0.000 0.188 0.001 Y NA
 7732268 7732269 APA01_19820 APA01_19830     FALSE 0.178 195.000 0.009 1.000 N NA
 7732270 7732271 APA01_19840 APA01_19850     FALSE 0.055 147.000 0.000 NA   NA
 7732273 7732274 APA01_19870 APA01_19880     FALSE 0.126 146.000 0.000 1.000 N NA
 7732274 7732275 APA01_19880 APA01_19890     TRUE 0.985 15.000 0.254 0.003 Y NA
 7732275 7732276 APA01_19890 APA01_19900     TRUE 0.512 75.000 0.009 1.000 N NA
 7732276 7732277 APA01_19900 APA01_19910   maf TRUE 0.981 5.000 0.207 NA N NA
 7732277 7732278 APA01_19910 APA01_19920 maf   TRUE 0.952 -3.000 0.133 NA   NA
 7732278 7732279 APA01_19920 APA01_19930     TRUE 0.958 -3.000 0.154 1.000   NA
 7732279 7732280 APA01_19930 APA01_19940     FALSE 0.143 50.000 0.000 NA   NA
 7732281 7732282 APA01_19950 APA01_19960     FALSE 0.117 77.000 0.000 NA   NA
 7732282 7732283 APA01_19960 APA01_19970     FALSE 0.126 65.000 0.000 NA   NA
 7732283 7732284 APA01_19970 APA01_19980     FALSE 0.186 37.000 0.000 NA   NA
 7732284 7732285 APA01_19980 APA01_19990     FALSE 0.003 587.000 0.000 NA   NA
 7732285 7732286 APA01_19990 APA01_20000     FALSE 0.125 66.000 0.000 NA   NA
 7732286 7732287 APA01_20000 APA01_20010     FALSE 0.503 -3.000 0.000 NA   NA
 7732287 7732288 APA01_20010 APA01_20020     TRUE 0.626 0.000 0.000 NA   NA
 7732288 7732289 APA01_20020 APA01_20030     TRUE 0.632 2.000 0.000 NA   NA
 7732289 7732290 APA01_20030 APA01_20040     FALSE 0.503 -3.000 0.000 NA   NA
 7732290 7732291 APA01_20040 APA01_20050     FALSE 0.362 -7.000 0.000 NA   NA
 7732291 7732292 APA01_20050 APA01_20060     TRUE 0.615 4.000 0.000 NA   NA
 7732292 7732293 APA01_20060 APA01_20070     FALSE 0.299 24.000 0.000 NA   NA
 7732293 7732294 APA01_20070 APA01_20080     FALSE 0.111 93.000 0.000 NA   NA
 7732294 7732295 APA01_20080 APA01_20090     FALSE 0.168 42.000 0.000 NA   NA
 7732295 7732296 APA01_20090 APA01_20100     FALSE 0.503 -3.000 0.000 NA   NA
 7732296 7732297 APA01_20100 APA01_20110     TRUE 0.626 0.000 0.000 NA   NA
 7732297 7732298 APA01_20110 APA01_20120     FALSE 0.503 -3.000 0.000 NA   NA
 7732298 7732299 APA01_20120 APA01_20130     FALSE 0.469 12.000 0.000 NA   NA
 7732299 7732300 APA01_20130 APA01_20140     FALSE 0.121 70.000 0.000 NA   NA
 7732300 7732301 APA01_20140 APA01_20150     TRUE 0.881 -7.000 0.069 NA   NA
 7732301 7732302 APA01_20150 APA01_20160     TRUE 0.965 -3.000 0.207 NA   NA
 7732302 7732303 APA01_20160 APA01_20170     TRUE 0.892 -10.000 0.091 NA   NA
 7732303 7732304 APA01_20170 APA01_20180     FALSE 0.024 200.000 0.000 NA   NA
 7732304 7732305 APA01_20180 APA01_20190     FALSE 0.503 -3.000 0.000 NA   NA
 7732305 7732306 APA01_20190 APA01_20200     FALSE 0.182 38.000 0.000 NA   NA
 7732306 7732307 APA01_20200 APA01_20210     FALSE 0.053 150.000 0.000 NA   NA
 7732307 7732308 APA01_20210 APA01_20220     FALSE 0.007 328.000 0.000 NA   NA
 7732309 7732310 APA01_20230 APA01_20240     FALSE 0.503 -3.000 0.000 NA   NA
 7732311 7732312 APA01_20250 APA01_20260     FALSE 0.326 21.000 0.000 NA   NA
 7732312 7732313 APA01_20260 APA01_20270     FALSE 0.503 -3.000 0.000 NA   NA
 7732313 7732314 APA01_20270 APA01_20280     FALSE 0.362 -7.000 0.000 NA   NA
 7732315 7732316 APA01_20290 APA01_20300     FALSE 0.003 511.000 0.000 NA   NA
 7732316 7732317 APA01_20300 APA01_20312     TRUE 0.625 15.000 0.000 NA N NA
 7732317 7732318 APA01_20312 APA01_20320     FALSE 0.117 75.000 0.000 NA   NA
 7732320 7732321 APA01_20340 APA01_20350     FALSE 0.503 -3.000 0.000 NA   NA
 7732321 7732322 APA01_20350 APA01_20360     FALSE 0.503 -3.000 0.000 NA   NA
 7732322 7732323 APA01_20360 APA01_20370   xre FALSE 0.006 349.000 0.000 NA   NA
 7732323 7732324 APA01_20370 APA01_20380 xre   FALSE 0.006 378.000 0.000 1.000   NA
 7732327 7732328 APA01_20410 APA01_20420     FALSE 0.168 42.000 0.000 NA   NA
 7732328 7732329 APA01_20420 APA01_20430     FALSE 0.075 192.000 0.000 0.030 N NA
 7732331 7732332 APA01_20450 APA01_20460     TRUE 0.862 -3.000 0.014 NA   NA
 7732333 7732334 APA01_20470 APA01_20480     TRUE 0.930 0.000 0.024 NA   NA
 7732335 7732336 APA01_20490 APA01_20500     TRUE 0.966 26.000 0.198 0.002 Y NA
 7732336 7732337 APA01_20500 APA01_20510     TRUE 0.556 81.000 0.037 1.000   NA
 7732339 7732340 APA01_20530 APA01_20540     FALSE 0.217 181.000 0.000 1.000 Y NA
 7732340 7732341 APA01_20540 APA01_20550     FALSE 0.013 372.000 0.000 NA N NA
 7732341 7732342 APA01_20550 APA01_20560     FALSE 0.279 26.000 0.000 NA   NA
 7732342 7732343 APA01_20560 APA01_20570     FALSE 0.047 158.000 0.000 NA   NA
 7732343 7732344 APA01_20570 APA01_20580   pirin FALSE 0.128 62.000 0.000 NA   NA
 7732345 7732346 APA01_20590 APA01_20600 lysR   FALSE 0.116 79.000 0.000 NA   NA
 7732347 7732348 APA01_20610 APA01_20620 exbD/tolR exbD/tolR TRUE 0.929 55.000 0.235 0.038 Y NA
 7732348 7732349 APA01_20620 APA01_20630 exbD/tolR exbB/tolQ TRUE 0.945 34.000 0.176 0.049 Y NA
 7732349 7732350 APA01_20630 APA01_20640 exbB/tolQ   TRUE 0.954 70.000 1.000 0.011 N NA
 7732350 7732351 APA01_20640 APA01_20650     FALSE 0.237 105.000 0.000 0.076 N NA
 7732351 7732352 APA01_20650 APA01_20660     FALSE 0.028 251.000 0.000 NA N NA
 7732352 7732353 APA01_20660 APA01_20670     FALSE 0.403 131.000 0.000 NA Y NA
 7732353 7732354 APA01_20670 APA01_20680     FALSE 0.117 96.000 0.000 1.000   NA
 7732354 7732355 APA01_20680 APA01_20690     TRUE 0.982 -3.000 0.464 NA   NA
 7732355 7732356 APA01_20690 APA01_20700     TRUE 0.995 -3.000 0.750 NA Y NA
 7732357 7732358 APA01_20710 APA01_20720     TRUE 0.914 13.000 0.065 1.000   NA
 7732358 7732359 APA01_20720 APA01_20730     TRUE 0.974 -3.000 0.066 1.000 Y NA
 7732359 7732360 APA01_20730 APA01_20740     TRUE 0.890 26.000 0.014 NA Y NA
 7732362 7732363 APA01_20760 APA01_20770 lysR   FALSE 0.113 155.000 0.000 1.000 N NA
 7732364 7732365 APA01_20780 APA01_20790     FALSE 0.213 106.000 0.000 1.000 N NA
 7732365 7732366 APA01_20790 APA01_20800     TRUE 0.908 -3.000 0.000 0.002 Y NA
 7732366 7732367 APA01_20800 APA01_20810     TRUE 0.726 33.000 0.000 0.001 Y NA
 7732367 7732368 APA01_20810 APA01_20820     TRUE 0.859 50.000 0.065 1.000 Y NA
 7732369 7732370 APA01_20830 APA01_20840 glgX   FALSE 0.105 99.000 0.000 NA   NA
 7732370 7732371 APA01_20840 APA01_20850     FALSE 0.088 120.000 0.000 NA   NA
 7732372 7732373 APA01_20860 APA01_20870     FALSE 0.111 92.000 0.000 NA   NA
 7732374 7732375 APA01_20880 APA01_20890     TRUE 0.524 -3.000 0.000 1.000   NA
 7732378 7732379 APA01_20920 APA01_20930     FALSE 0.287 25.000 0.000 NA   NA
 7732379 7732380 APA01_20930 APA01_20940     FALSE 0.118 74.000 0.000 NA   NA
 7732380 7732381 APA01_20940 APA01_20950     FALSE 0.128 62.000 0.000 NA   NA
 7732381 7732382 APA01_20950 APA01_20960     TRUE 0.524 -3.000 0.000 1.000   NA
 7732382 7732383 APA01_20960 APA01_20970     FALSE 0.073 132.000 0.000 NA   NA
 7732383 7732384 APA01_20970 APA01_20980   rrf3 FALSE 0.002 1469.000 0.000 NA   NA
 7732384 7732385 APA01_20980 APA01_20990 rrf3 rrl3 FALSE 0.018 228.000 0.000 NA   NA
 7732385 7732386 APA01_20990 APA01_21000 rrl3   FALSE 0.310 -1070.000 0.000 NA   NA
 7732386 7732387 APA01_21000 APA01_21010     FALSE 0.287 25.000 0.000 NA   NA
 7732387 7732388 APA01_21010 APA01_21020   rrs3 FALSE 0.002 1652.000 0.000 NA   NA
 7732389 7732390 APA01_21030 APA01_21040   lysR FALSE 0.475 27.000 0.000 1.000 N NA
 7732390 7732391 APA01_21040 APA01_21050 lysR   TRUE 0.878 122.000 0.667 NA   NA
 7732391 7732392 APA01_21050 APA01_21060     FALSE 0.127 64.000 0.000 NA   NA
 7732393 7732394 APA01_21070 APA01_21080     FALSE 0.077 127.000 0.000 NA   NA
 7732395 7732396 APA01_21090 APA01_21100   dsbD FALSE 0.110 94.000 0.000 NA   NA
 7732397 7732398 APA01_21110 APA01_21120 emrE   TRUE 0.554 20.000 0.000 1.000 N NA
 7732398 7732399 APA01_21120 APA01_21130   tatC TRUE 0.901 19.000 0.065 NA N NA
 7732399 7732400 APA01_21130 APA01_21140 tatC tatB TRUE 0.955 -3.000 0.014 NA Y NA
 7732400 7732401 APA01_21140 APA01_21150 tatB scpB TRUE 0.773 19.000 0.005 NA N NA
 7732401 7732402 APA01_21150 APA01_21160 scpB scpA TRUE 0.985 -3.000 0.570 NA   NA
 7732402 7732403 APA01_21160 APA01_21170 scpA   TRUE 0.657 21.000 0.004 NA   NA
 7732403 7732404 APA01_21170 APA01_21180     TRUE 0.858 0.000 0.003 NA   NA
 7732404 7732405 APA01_21180 APA01_21190     TRUE 0.743 48.000 0.062 1.000 N NA
 7732406 7732407 APA01_21200 APA01_21210 hesB   TRUE 0.829 -3.000 0.007 NA   NA
 7732408 7732409 APA01_21220 APA01_21230     FALSE 0.397 16.000 0.000 NA   NA
 7732409 7732410 APA01_21230 APA01_21240     FALSE 0.362 -7.000 0.000 NA   NA
 7732411 7732412 APA01_21250 APA01_21260 pqqA pqqB TRUE 0.692 41.000 0.037 0.002   NA
 7732412 7732413 APA01_21260 APA01_21270 pqqB pqqC TRUE 0.991 -3.000 0.825 0.002   NA
 7732413 7732414 APA01_21270 APA01_21280 pqqC pqqD TRUE 0.963 21.000 0.404 0.002   NA
 7732414 7732415 APA01_21280 APA01_21290 pqqD pqqE TRUE 0.980 -3.000 0.361 0.002   NA
 7732416 7732417 APA01_21300 APA01_21310   clpP FALSE 0.380 139.000 0.030 1.000   NA
 7732418 7732419 APA01_21320 APA01_21330   aatC FALSE 0.318 140.000 0.018 NA   NA
 7732419 7732420 APA01_21330 APA01_21340 aatC   TRUE 0.986 -3.000 0.202 1.000 Y NA
 7732420 7732421 APA01_21340 APA01_21350     TRUE 0.788 54.000 0.112 1.000 N NA
 7732421 7732422 APA01_21350 APA01_21360   recJ TRUE 0.906 17.000 0.055 1.000 N NA
 7732423 7732424 APA01_21370 APA01_21380 rpoH   FALSE 0.153 250.000 0.046 1.000 N NA
 7732425 7732426 APA01_21390 APA01_21400 fecCD fecE TRUE 0.996 -3.000 0.833 1.000 Y NA
 7732428 7732429 APA01_21420 APA01_21430     FALSE 0.066 189.000 0.000 1.000 N NA
 7732429 7732430 APA01_21430 APA01_21440   sco1/senC TRUE 0.849 5.000 0.003 1.000   NA
 7732430 7732431 APA01_21440 APA01_21450 sco1/senC   FALSE 0.116 97.000 0.000 1.000   NA
 7732434 7732435 APA01_21480 APA01_21490     FALSE 0.028 189.000 0.000 NA   NA
 7732435 7732436 APA01_21490 APA01_21500     TRUE 0.988 6.000 0.135 0.047 Y NA
 7732437 7732438 APA01_21510 APA01_21520     TRUE 0.983 2.000 0.267 NA   NA
 7732438 7732439 APA01_21520 APA01_21530     FALSE 0.015 238.000 0.000 NA   NA
 7732439 7732440 APA01_21530 APA01_21540     TRUE 0.626 0.000 0.000 NA   NA
 7732441 7732442 APA01_21550 APA01_21560     FALSE 0.003 655.000 0.000 NA   NA
 7732442 7732443 APA01_21560 APA01_21570     FALSE 0.005 379.000 0.000 NA   NA
 7732443 7732444 APA01_21570 APA01_21580     FALSE 0.185 41.000 0.000 1.000   NA
 7732446 7732447 APA01_21600 APA01_21610     FALSE 0.358 37.000 0.000 1.000 N NA
 7732447 7732448 APA01_21610 APA01_21620     TRUE 0.970 16.000 0.301 1.000 N NA
 7732448 7732449 APA01_21620 APA01_21630     FALSE 0.125 145.000 0.000 NA N NA
 7732449 7732450 APA01_21630 APA01_21640     TRUE 0.954 64.000 0.500 NA Y NA
 7732450 7732451 APA01_21640 APA01_21650     TRUE 0.963 -3.000 0.200 NA   NA
 7732451 7732452 APA01_21650 APA01_21660     FALSE 0.110 102.000 0.000 1.000   NA
 7732455 7732456 APA01_21690 APA01_21700     FALSE 0.176 72.000 0.000 0.001   NA
 7732457 7732458 APA01_21710 APA01_21720 tetR   FALSE 0.011 260.000 0.000 NA   NA
 7732458 7732459 APA01_21720 APA01_21730     FALSE 0.116 78.000 0.000 NA   NA
 7732459 7732460 APA01_21730 APA01_21740     TRUE 0.778 29.000 0.020 1.000 N NA
 7732460 7732461 APA01_21740 APA01_21750     TRUE 0.737 -7.000 0.008 NA   NA
 7732464 7732465 APA01_21766 APA01_21770 secB-2   FALSE 0.134 55.000 0.000 NA   NA
 7732465 7732466 APA01_21770 APA01_21780     FALSE 0.134 55.000 0.000 NA   NA
 7732466 7732467 APA01_21780 APA01_21790   pdxJ TRUE 0.950 -3.000 0.006 0.001 Y NA
 7732467 7732468 APA01_21790 APA01_21800 pdxJ   TRUE 0.632 2.000 0.000 NA   NA
 7732468 7732469 APA01_21800 APA01_21810     TRUE 0.601 5.000 0.000 NA   NA
 7732469 7732470 APA01_21810 APA01_21820     FALSE 0.223 32.000 0.000 NA   NA
 7732470 7732471 APA01_21820 APA01_21830     FALSE 0.047 158.000 0.000 NA   NA
 7732471 7732472 APA01_21830 APA01_21840     TRUE 0.991 -3.000 0.947 NA   NA
 7732474 7732475 APA01_21860 APA01_21870     FALSE 0.370 34.000 0.000 NA N NA
 7732478 7732479 APA01_21900 APA01_21910     TRUE 0.944 -19.000 0.056 1.000 Y NA
 7732479 7732480 APA01_21910 APA01_21920     TRUE 0.994 -3.000 0.560 NA Y NA
 7732480 7732481 APA01_21920 APA01_21930     FALSE 0.215 99.000 0.000 NA N NA
 7732481 7732482 APA01_21930 APA01_21940     FALSE 0.236 89.000 0.000 1.000 N NA
 7732486 7732487 APA01_21980 APA01_21990     FALSE 0.171 44.000 0.000 1.000   NA
 7732487 7732488 APA01_21990 APA01_22000     TRUE 0.524 -3.000 0.000 1.000   NA
 7732488 7732489 APA01_22000 APA01_22010   apbA TRUE 0.967 21.000 0.400 1.000 N NA
 7732489 7732490 APA01_22010 APA01_22020 apbA   TRUE 0.775 6.000 0.000 1.000 N NA
 7732490 7732491 APA01_22020 APA01_22030     TRUE 0.983 -3.000 0.375 1.000 N NA
 7732491 7732492 APA01_22030 APA01_22040     TRUE 0.996 0.000 0.542 1.000 Y NA
 7732492 7732493 APA01_22040 APA01_22050     TRUE 0.991 -3.000 0.840 0.004   NA
 7732493 7732494 APA01_22050 APA01_22060     TRUE 0.822 100.000 0.320 NA   NA
 7732494 7732495 APA01_22060 APA01_22070     TRUE 0.964 20.000 0.458 NA   NA
 7732495 7732496 APA01_22070 APA01_22080   oprB FALSE 0.040 230.000 0.000 1.000 N NA
 7732497 7732498 APA01_22090 APA01_22100     TRUE 0.775 6.000 0.000 1.000 N NA
 7732498 7732499 APA01_22100 APA01_22110     TRUE 0.670 36.000 0.000 NA Y NA
 7732499 7732500 APA01_22110 APA01_22120     FALSE 0.186 37.000 0.000 NA   NA
 7732501 7732502 APA01_22130 APA01_22140 lysR   TRUE 0.583 18.000 0.000 1.000 N NA
 7732502 7732503 APA01_22140 APA01_22150     TRUE 0.990 -3.000 0.821 0.037   NA
 7732503 7732504 APA01_22150 APA01_22160     FALSE 0.189 40.000 0.000 1.000   NA
 7732504 7732505 APA01_22160 APA01_22170