MicrobesOnline Operon Predictions for Escherichia coli IAI39

For each pair of adjacent genes on the same strand, we report whether they are predicted to be in the same operon, and the two most important features. Small plasmids and, in draft genomes, small scaffolds, are excluded.

Also see:

Column Description
Gene1 VIMSS id of 1st gene in pair
SysName1 Systematic name of 1st gene in pair
Name1 Ordinary name of 1st gene in pair
Gene2 VIMSS id of 2nd gene in pair
SysName2 Systematic name of 2nd gene in pair
Name2 Ordinary name of 2nd gene in pair
bOp Whether the pair is predicted to lie in the same operon or not
pOp Estimated probability that the pair is in the same operon. Values near 1 or 0 are confident predictions of being in the same operon or not, while values near 0.5 are low-confidence predictions.
Sep Distance between the two genes, in base pairs
MOGScore Conservation, ranging from 0 (not conserved) to 1 (100% conserved)
GOScore Smallest shared GO category, as a fraction of the genome, or missing if one of the genes is not characterized
COGSim Whether the genes share a COG category or not
ExprSim Correlation of expression patterns (not available for most genomes)

 Gene1 Gene2 SysName1 SysName2 Name1 Name2 bOp pOp Sep MOGScore GOScore COGSim ExprSim
 5888418 5888419 ECIAI39_misc_RNA_1 ECIAI39_4936   thrL TRUE 0.712 -71.000 0.000 NA   NA
 5888419 5888420 ECIAI39_4936 ECIAI39_0001 thrL thrA FALSE 0.268 81.000 0.043 1.000   NA
 5888420 5888421 ECIAI39_0001 ECIAI39_0002 thrA thrB TRUE 0.989 2.000 0.133 1.000 Y NA
 5888421 5888422 ECIAI39_0002 ECIAI39_0003 thrB thrC TRUE 0.994 1.000 0.233 1.000 Y NA
 5888422 5888423 ECIAI39_0003 ECIAI39_0004 thrC yaaX FALSE 0.016 214.000 0.003 NA   NA
 5888424 5888425 ECIAI39_0005 ECIAI39_0006 yaaA yaaJ FALSE 0.227 70.000 0.028 NA   NA
 5888426 5888427 ECIAI39_0008 ECIAI39_0009 talB mogA FALSE 0.098 115.000 0.042 1.000 N NA
 5888428 5888429 ECIAI39_0010 ECIAI39_0011 yaaH htpY FALSE 0.090 149.000 0.043 NA   NA
 5888429 5888430 ECIAI39_0011 ECIAI39_0012 htpY yaaI TRUE 0.946 26.000 0.500 NA   NA
 5888431 5888432 ECIAI39_0013 ECIAI39_misc_RNA_2 dnaK tpke11 TRUE 0.906 1.000 0.000 NA   NA
 5888432 5888433 ECIAI39_misc_RNA_2 ECIAI39_0014 tpke11 dnaJ TRUE 0.923 0.000 0.000 NA   NA
 5888433 5888434 ECIAI39_0014 ECIAI39_misc_RNA_3 dnaJ sokC FALSE 0.010 305.000 0.000 NA   NA
 5888434 5888435 ECIAI39_misc_RNA_3 ECIAI39_0015 sokC   FALSE 0.005 509.000 0.000 NA   NA
 5888435 5888436 ECIAI39_0015 ECIAI39_0016     TRUE 0.984 -16.000 0.571 NA   NA
 5888436 5888437 ECIAI39_0016 ECIAI39_0017     FALSE 0.232 94.000 0.000 NA   NA
 5888437 5888438 ECIAI39_0017 ECIAI39_0018   nhaA FALSE 0.019 252.000 0.000 NA   NA
 5888438 5888439 ECIAI39_0018 ECIAI39_0019 nhaA nhaR TRUE 0.670 60.000 0.292 1.000 N NA
 5888440 5888441 ECIAI39_0020 ECIAI39_0021     TRUE 0.783 13.000 0.000 1.000   NA
 5888441 5888442 ECIAI39_0021 ECIAI39_0022     TRUE 0.955 13.000 0.000 1.000 Y NA
 5888442 5888443 ECIAI39_0022 ECIAI39_0023     TRUE 0.945 50.000 0.333 1.000 Y NA
 5888443 5888444 ECIAI39_0023 ECIAI39_0024     FALSE 0.011 301.000 0.000 NA   NA
 5888444 5888445 ECIAI39_0024 ECIAI39_0025   rpsT FALSE 0.005 484.000 0.000 NA   NA
 5888446 5888447 ECIAI39_0026 ECIAI39_0027 ribF ileS TRUE 0.742 43.000 0.254 1.000 N NA
 5888447 5888448 ECIAI39_0027 ECIAI39_0028 ileS lspA TRUE 0.855 0.000 0.045 1.000 N NA
 5888448 5888449 ECIAI39_0028 ECIAI39_0029 lspA fkpB FALSE 0.350 88.000 0.154 1.000 N NA
 5888449 5888450 ECIAI39_0029 ECIAI39_0030 fkpB ispH TRUE 0.991 2.000 0.626 1.000 N NA
 5888450 5888451 ECIAI39_0030 ECIAI39_0031 ispH rihC FALSE 0.093 66.000 0.028 NA N NA
 5888451 5888452 ECIAI39_0031 ECIAI39_0032 rihC dapB FALSE 0.008 167.000 0.003 NA N NA
 5888452 5888453 ECIAI39_0032 ECIAI39_0033 dapB carA FALSE 0.029 456.000 0.034 1.000 Y NA
 5888453 5888454 ECIAI39_0033 ECIAI39_0034 carA carB TRUE 0.993 18.000 0.345 0.001 Y NA
 5888454 5888455 ECIAI39_0034 ECIAI39_0035 carB caiF FALSE 0.017 261.000 0.000 NA   NA
 5888456 5888457 ECIAI39_0036 ECIAI39_0037 caiE caiD TRUE 0.871 6.000 0.000 1.000   NA
 5888457 5888458 ECIAI39_0037 ECIAI39_0038 caiD caiC TRUE 0.770 109.000 0.000 0.022 Y NA
 5888458 5888459 ECIAI39_0038 ECIAI39_0039 caiC caiB TRUE 0.683 58.000 0.154 0.022 N NA
 5888459 5888460 ECIAI39_0039 ECIAI39_0040 caiB caiA TRUE 0.620 129.000 0.529 1.000 N NA
 5888460 5888461 ECIAI39_0040 ECIAI39_0041 caiA caiT TRUE 0.620 31.000 0.118 1.000 N NA
 5888462 5888463 ECIAI39_0042 ECIAI39_0043 fixA fixB TRUE 0.989 15.000 0.231 0.013 Y NA
 5888463 5888464 ECIAI39_0043 ECIAI39_0044 fixB fixC TRUE 0.893 51.000 0.000 0.052 Y NA
 5888464 5888465 ECIAI39_0044 ECIAI39_0045 fixC fixX TRUE 0.997 -3.000 0.167 0.052 Y NA
 5888465 5888466 ECIAI39_0045 ECIAI39_0046 fixX yaaU FALSE 0.243 58.000 0.000 1.000 N NA
 5888466 5888467 ECIAI39_0046 ECIAI39_0047 yaaU kefF FALSE 0.232 108.000 0.000 1.000   NA
 5888467 5888468 ECIAI39_0047 ECIAI39_0048 kefF kefC TRUE 0.991 -7.000 0.560 1.000   NA
 5888468 5888469 ECIAI39_0048 ECIAI39_0049 kefC folA FALSE 0.012 192.000 0.012 1.000 N NA
 5888469 5888470 ECIAI39_0049 ECIAI39_0050 folA   FALSE 0.286 86.000 0.000 1.000   NA
 5888470 5888471 ECIAI39_0050 ECIAI39_0051     TRUE 0.905 3.000 0.000 1.000   NA
 5888472 5888473 ECIAI39_0052 ECIAI39_0053 apaH apaG TRUE 0.945 7.000 0.267 NA N NA
 5888473 5888474 ECIAI39_0053 ECIAI39_0054 apaG ksgA TRUE 0.844 3.000 0.078 NA N NA
 5888474 5888475 ECIAI39_0054 ECIAI39_0055 ksgA pdxA TRUE 0.969 -3.000 0.197 1.000 N NA
 5888475 5888476 ECIAI39_0055 ECIAI39_0056 pdxA surA TRUE 0.992 0.000 0.561 1.000 N NA
 5888476 5888477 ECIAI39_0056 ECIAI39_0057 surA imp TRUE 0.565 53.000 0.182 1.000 N NA
 5888478 5888479 ECIAI39_0058 ECIAI39_0059 djlA   FALSE 0.315 74.000 0.000 1.000   NA
 5888479 5888480 ECIAI39_0059 ECIAI39_0060     FALSE 0.423 105.000 0.167 1.000   NA
 5888481 5888482 ECIAI39_0061 ECIAI39_0062 rluA hepA TRUE 0.930 12.000 0.294 1.000 N NA
 5888482 5888483 ECIAI39_0062 ECIAI39_0063 hepA polB FALSE 0.426 164.000 0.098 1.000 Y NA
 5888483 5888484 ECIAI39_0063 ECIAI39_0064 polB araD FALSE 0.095 75.000 0.018 1.000 N NA
 5888484 5888485 ECIAI39_0064 ECIAI39_0065 araD araA TRUE 0.563 115.000 0.017 1.000 Y NA
 5888485 5888486 ECIAI39_0065 ECIAI39_0066 araA araB TRUE 0.846 11.000 0.138 1.000 N NA
 5888487 5888488 ECIAI39_0067 ECIAI39_0068 araC   FALSE 0.004 511.000 0.000 NA   NA
 5888488 5888489 ECIAI39_0068 ECIAI39_0069     TRUE 0.844 7.000 0.000 NA   NA
 5888489 5888490 ECIAI39_0069 ECIAI39_0070   yabI FALSE 0.088 155.000 0.000 NA   NA
 5888491 5888492 ECIAI39_0071 ECIAI39_0072 thiQ thiP TRUE 0.988 -16.000 0.522 0.018 N NA
 5888492 5888493 ECIAI39_0072 ECIAI39_0073 thiP tbpA TRUE 0.990 -24.000 0.697 0.073 N NA
 5888493 5888494 ECIAI39_0073 ECIAI39_misc_RNA_4 tbpA   TRUE 0.569 31.000 0.000 NA   NA
 5888498 5888499 ECIAI39_0076 ECIAI39_0077 leuD leuC TRUE 0.995 11.000 0.309 0.001 Y NA
 5888499 5888500 ECIAI39_0077 ECIAI39_0078 leuC leuB TRUE 0.997 3.000 0.275 0.002 Y NA
 5888500 5888501 ECIAI39_0078 ECIAI39_0079 leuB leuA TRUE 0.996 0.000 0.126 0.002 Y NA
 5888501 5888502 ECIAI39_0079 ECIAI39_misc_RNA_6 leuA   FALSE 0.456 44.000 0.000 NA   NA
 5888502 5888503 ECIAI39_misc_RNA_6 ECIAI39_4937   leuL TRUE 0.673 -100.000 0.000 NA   NA
 5888504 5888505 ECIAI39_0080 ECIAI39_0081 leuO ilvI FALSE 0.006 316.000 0.000 1.000 N NA
 5888505 5888506 ECIAI39_0081 ECIAI39_0082 ilvI ilvH TRUE 0.998 3.000 0.371 0.002 Y NA
 5888506 5888507 ECIAI39_0082 ECIAI39_0083 ilvH fruR FALSE 0.040 180.000 0.063 1.000 N NA
 5888507 5888508 ECIAI39_0083 ECIAI39_0084 fruR mraZ FALSE 0.004 602.000 0.000 NA   NA
 5888508 5888509 ECIAI39_0084 ECIAI39_0085 mraZ mraW TRUE 0.993 2.000 0.635 NA   NA
 5888509 5888510 ECIAI39_0085 ECIAI39_0086 mraW ftsL TRUE 0.975 -3.000 0.227 1.000 N NA
 5888510 5888511 ECIAI39_0086 ECIAI39_0087 ftsL ftsI TRUE 0.775 16.000 0.124 1.000 N NA
 5888511 5888512 ECIAI39_0087 ECIAI39_0088 ftsI murE TRUE 0.974 -13.000 0.059 1.000 Y NA
 5888512 5888513 ECIAI39_0088 ECIAI39_0089 murE murF TRUE 0.999 -3.000 0.569 0.002 Y NA
 5888513 5888514 ECIAI39_0089 ECIAI39_0090 murF mraY TRUE 0.998 -6.000 0.309 0.004 Y NA
 5888514 5888515 ECIAI39_0090 ECIAI39_0091 mraY murD TRUE 0.999 3.000 0.647 0.004 Y NA
 5888515 5888516 ECIAI39_0091 ECIAI39_0092 murD ftsW TRUE 0.991 0.000 0.297 0.003 N NA
 5888516 5888517 ECIAI39_0092 ECIAI39_0093 ftsW murG TRUE 0.995 -3.000 0.647 1.000 N NA
 5888517 5888518 ECIAI39_0093 ECIAI39_0094 murG murC TRUE 0.923 54.000 0.283 1.000 Y NA
 5888518 5888519 ECIAI39_0094 ECIAI39_0095 murC ddlB TRUE 0.995 -7.000 0.153 0.004 Y NA
 5888519 5888520 ECIAI39_0095 ECIAI39_0096 ddlB ftsQ TRUE 0.996 2.000 0.372 NA Y NA
 5888520 5888521 ECIAI39_0096 ECIAI39_0097 ftsQ ftsA TRUE 0.987 -3.000 0.389 NA N NA
 5888521 5888522 ECIAI39_0097 ECIAI39_0098 ftsA ftsZ TRUE 0.947 62.000 0.460 1.000 Y NA
 5888522 5888523 ECIAI39_0098 ECIAI39_0099 ftsZ lpxC FALSE 0.279 101.000 0.134 1.000 N NA
 5888523 5888524 ECIAI39_0099 ECIAI39_0100 lpxC secM FALSE 0.027 231.000 0.000 1.000   NA
 5888524 5888525 ECIAI39_0100 ECIAI39_0101 secM secA FALSE 0.393 62.000 0.065 1.000   NA
 5888525 5888526 ECIAI39_0101 ECIAI39_0102 secA mutT TRUE 0.492 60.000 0.168 1.000 N NA
 5888527 5888528 ECIAI39_0103 ECIAI39_0104 yacF coaE TRUE 0.953 0.000 0.110 NA   NA
 5888530 5888531 ECIAI39_0106 ECIAI39_0107 hofC hofB TRUE 0.997 -10.000 0.571 1.000 Y NA
 5888531 5888532 ECIAI39_0107 ECIAI39_0108 hofB ppdD TRUE 0.995 10.000 0.556 NA Y NA
 5888532 5888533 ECIAI39_0108 ECIAI39_0109 ppdD nadC FALSE 0.006 203.000 0.015 NA N NA
 5888534 5888535 ECIAI39_0110 ECIAI39_0111 ampD ampE TRUE 0.996 -3.000 0.249 1.000 Y NA
 5888539 5888540 ECIAI39_0114 ECIAI39_0115 aceE aceF TRUE 0.977 15.000 0.220 1.000 Y NA
 5888540 5888541 ECIAI39_0115 ECIAI39_0116 aceF lpd TRUE 0.558 208.000 0.463 1.000 Y NA
 5888543 5888544 ECIAI39_0118 ECIAI39_0119 acnB yacL FALSE 0.073 175.000 0.068 NA   NA
 5888545 5888546 ECIAI39_0120 ECIAI39_0121 speD speE TRUE 0.968 16.000 0.162 1.000 Y NA
 5888546 5888547 ECIAI39_0121 ECIAI39_0122 speE yacC TRUE 0.637 106.000 0.354 NA   NA
 5888552 5888553 ECIAI39_0127 ECIAI39_0128 yadG yadH TRUE 0.999 -3.000 0.688 0.094 Y NA
 5888553 5888554 ECIAI39_0128 ECIAI39_0129 yadH yadI FALSE 0.098 105.000 0.037 1.000 N NA
 5888554 5888555 ECIAI39_0129 ECIAI39_0130 yadI yadE TRUE 0.883 64.000 0.222 1.000 Y NA
 5888558 5888559 ECIAI39_0134 ECIAI39_0135 panC panB TRUE 0.996 12.000 0.395 0.001 Y NA
 5888559 5888560 ECIAI39_0135 ECIAI39_0136 panB yadC FALSE 0.194 112.000 0.000 NA   NA
 5888561 5888562 ECIAI39_0137 ECIAI39_0138     TRUE 0.990 -3.000 0.000 1.000 Y NA
 5888563 5888564 ECIAI39_0139 ECIAI39_0140 yadC yadK TRUE 0.811 -19.000 0.000 NA   NA
 5888564 5888565 ECIAI39_0140 ECIAI39_0141 yadK yadL TRUE 0.977 27.000 0.571 0.012   NA
 5888565 5888566 ECIAI39_0141 ECIAI39_0142 yadL yadM TRUE 0.989 12.000 0.571 0.012   NA
 5888566 5888567 ECIAI39_0142 ECIAI39_0143 yadM htrE TRUE 0.858 147.000 0.571 1.000 Y NA
 5888567 5888568 ECIAI39_0143 ECIAI39_0144 htrE ecpD TRUE 0.992 35.000 1.000 1.000 Y NA
 5888568 5888569 ECIAI39_0144 ECIAI39_0145 ecpD yadN TRUE 0.914 105.000 0.500 1.000 Y NA
 5888569 5888570 ECIAI39_0145 ECIAI39_0146 yadN folK FALSE 0.004 371.000 0.000 1.000 N NA
 5888570 5888571 ECIAI39_0146 ECIAI39_0147 folK pcnB TRUE 0.976 -3.000 0.234 1.000 N NA
 5888571 5888572 ECIAI39_0147 ECIAI39_0148 pcnB yadB TRUE 0.910 39.000 0.131 1.000 Y NA
 5888572 5888573 ECIAI39_0148 ECIAI39_0149 yadB dksA TRUE 0.760 37.000 0.231 1.000 N NA
 5888573 5888574 ECIAI39_0149 ECIAI39_0150 dksA sfsA FALSE 0.124 178.000 0.151 NA   NA
 5888574 5888575 ECIAI39_0150 ECIAI39_0151 sfsA ligT TRUE 0.709 15.000 0.045 NA   NA
 5888576 5888577 ECIAI39_0152 ECIAI39_0153 hrpB mrcB FALSE 0.335 94.000 0.158 1.000 N NA
 5888577 5888578 ECIAI39_0153 ECIAI39_0154 mrcB fhuA FALSE 0.016 220.000 0.000 1.000 N NA
 5888578 5888579 ECIAI39_0154 ECIAI39_0155 fhuA fhuC TRUE 0.884 51.000 0.156 1.000 Y NA
 5888579 5888580 ECIAI39_0155 ECIAI39_0156 fhuC fhuD TRUE 0.986 0.000 0.031 1.000 Y NA
 5888580 5888581 ECIAI39_0156 ECIAI39_0157 fhuD fhuB TRUE 0.990 -3.000 0.000 1.000 Y NA
 5888583 5888584 ECIAI39_0159 ECIAI39_0160 clcA yadR FALSE 0.205 82.000 0.031 NA   NA
 5888585 5888586 ECIAI39_0161 ECIAI39_0162 yadS btuF TRUE 0.776 38.000 0.213 NA   NA
 5888586 5888587 ECIAI39_0162 ECIAI39_0163 btuF pfs TRUE 0.860 -7.000 0.073 1.000 N NA
 5888588 5888589 ECIAI39_0164 ECIAI39_0165 dgt degP FALSE 0.156 130.000 0.101 1.000 N NA
 5888589 5888590 ECIAI39_0165 ECIAI39_0166 degP cdaR FALSE 0.062 155.000 0.080 NA N NA
 5888591 5888592 ECIAI39_0167 ECIAI39_0168 yaeH dapD FALSE 0.008 315.000 0.035 NA   NA
 5888592 5888593 ECIAI39_0168 ECIAI39_0169 dapD glnD TRUE 0.579 31.000 0.097 1.000 N NA
 5888593 5888594 ECIAI39_0169 ECIAI39_0170 glnD map TRUE 0.604 62.000 0.243 1.000 N NA
 5888595 5888596 ECIAI39_misc_RNA_8 ECIAI39_0171 t44 rpsB TRUE 0.608 27.000 0.000 NA   NA
 5888596 5888597 ECIAI39_0171 ECIAI39_0172 rpsB tsf TRUE 0.918 135.000 0.748 1.000 Y NA
 5888597 5888598 ECIAI39_0172 ECIAI39_0173 tsf pyrH FALSE 0.448 147.000 0.416 1.000 N NA
 5888600 5888601 ECIAI39_0175 ECIAI39_0176 frr dxr FALSE 0.104 92.000 0.032 1.000 N NA
 5888601 5888602 ECIAI39_0176 ECIAI39_0177 dxr ispU FALSE 0.235 186.000 0.025 1.000 Y NA
 5888602 5888603 ECIAI39_0177 ECIAI39_0178 ispU cdsA TRUE 0.990 13.000 0.400 1.000 Y NA
 5888603 5888604 ECIAI39_0178 ECIAI39_0179 cdsA yaeL TRUE 0.737 12.000 0.080 1.000 N NA
 5888604 5888605 ECIAI39_0179 ECIAI39_0180 yaeL yaeT TRUE 0.952 30.000 0.204 1.000 Y NA
 5888605 5888606 ECIAI39_0180 ECIAI39_0181 yaeT hlpA TRUE 0.845 122.000 0.354 1.000 Y NA
 5888606 5888607 ECIAI39_0181 ECIAI39_0182 hlpA lpxD TRUE 0.998 4.000 0.814 1.000 Y NA
 5888607 5888608 ECIAI39_0182 ECIAI39_0183 lpxD fabZ TRUE 0.823 105.000 0.796 1.000 N NA
 5888608 5888609 ECIAI39_0183 ECIAI39_0184 fabZ lpxA TRUE 0.993 4.000 0.850 1.000 N NA
 5888609 5888610 ECIAI39_0184 ECIAI39_0185 lpxA lpxB TRUE 0.996 0.000 0.289 1.000 Y NA
 5888610 5888611 ECIAI39_0185 ECIAI39_0186 lpxB rnhB TRUE 0.968 -3.000 0.186 1.000 N NA
 5888611 5888612 ECIAI39_0186 ECIAI39_0187 rnhB dnaE TRUE 0.907 37.000 0.104 1.000 Y NA
 5888612 5888613 ECIAI39_0187 ECIAI39_0188 dnaE accA TRUE 0.797 13.000 0.122 1.000 N NA
 5888613 5888614 ECIAI39_0188 ECIAI39_0189 accA ldcC FALSE 0.062 99.000 0.010 1.000 N NA
 5888614 5888615 ECIAI39_0189 ECIAI39_0190 ldcC yaeR TRUE 0.761 57.000 0.039 NA Y NA
 5888615 5888616 ECIAI39_0190 ECIAI39_0191 yaeR tilS FALSE 0.061 65.000 0.015 NA N NA
 5888617 5888618 ECIAI39_0192 ECIAI39_0193     FALSE 0.423 105.000 0.167 1.000   NA
 5888618 5888619 ECIAI39_0193 ECIAI39_0194   gsk FALSE 0.253 97.000 0.000 1.000   NA
 5888621 5888622 ECIAI39_0196 ECIAI39_0197 hemH adk FALSE 0.040 132.000 0.013 1.000 N NA
 5888622 5888623 ECIAI39_0197 ECIAI39_0198 adk htpG FALSE 0.037 219.000 0.035 0.094 N NA
 5888623 5888624 ECIAI39_0198 ECIAI39_0199 htpG recR FALSE 0.079 110.000 0.028 1.000 N NA
 5888624 5888625 ECIAI39_0199 ECIAI39_0200 recR ybaB TRUE 0.994 0.000 0.604 NA   NA
 5888625 5888626 ECIAI39_0200 ECIAI39_0201 ybaB dnaX TRUE 0.836 53.000 0.411 NA   NA
 5888626 5888627 ECIAI39_0201 ECIAI39_0202 dnaX apt FALSE 0.143 129.000 0.088 1.000 N NA
 5888627 5888628 ECIAI39_0202 ECIAI39_0203 apt ybaN FALSE 0.080 153.000 0.043 NA   NA
 5888629 5888630 ECIAI39_0204 ECIAI39_0205 priC ybaM TRUE 0.966 14.000 0.474 NA   NA
 5888631 5888632 ECIAI39_0206 ECIAI39_0207 kefA acrR FALSE 0.075 128.000 0.000 NA N NA
 5888633 5888634 ECIAI39_0208 ECIAI39_0209 acrA acrB TRUE 0.657 23.000 0.000 NA   NA
 5888635 5888636 ECIAI39_0210 ECIAI39_0211     TRUE 0.990 -3.000 0.000 1.000 Y NA
 5888637 5888638 ECIAI39_0212 ECIAI39_0213 acrB ybaJ FALSE 0.004 545.000 0.000 NA   NA
 5888638 5888639 ECIAI39_0213 ECIAI39_0214 ybaJ hha TRUE 0.683 26.000 0.080 NA   NA
 5888639 5888640 ECIAI39_0214 ECIAI39_0215 hha maa FALSE 0.083 172.000 0.076 NA   NA
 5888640 5888641 ECIAI39_0215 ECIAI39_0216 maa ylaC FALSE 0.294 116.000 0.101 1.000   NA
 5888641 5888642 ECIAI39_0216 ECIAI39_0217 ylaC ylaB FALSE 0.078 164.000 0.000 NA   NA
 5888643 5888644 ECIAI39_0218 ECIAI39_misc_RNA_9 ybaA ffs FALSE 0.199 110.000 0.000 NA   NA
 5888648 5888649 ECIAI39_0222 ECIAI39_0223 amtB glnK TRUE 0.694 30.000 0.156 1.000 N NA
 5888649 5888650 ECIAI39_0223 ECIAI39_0224 glnK mdlB FALSE 0.020 181.000 0.028 1.000 N NA
 5888650 5888651 ECIAI39_0224 ECIAI39_0225 mdlB mdlA TRUE 0.999 -7.000 0.911 0.006 Y NA
 5888651 5888652 ECIAI39_0225 ECIAI39_0226 mdlA ybaO TRUE 0.736 30.000 0.179 1.000 N NA
 5888652 5888653 ECIAI39_0226 ECIAI39_0227 ybaO cof FALSE 0.074 153.000 0.020 1.000   NA
 5888654 5888655 ECIAI39_0228 ECIAI39_0229 ybaE queC FALSE 0.266 65.000 0.019 1.000   NA
 5888656 5888657 ECIAI39_0230 ECIAI39_0231 ybaW ybaV FALSE 0.181 106.000 0.027 1.000   NA
 5888657 5888658 ECIAI39_0231 ECIAI39_0232 ybaV ppiD FALSE 0.040 151.000 0.033 1.000 N NA
 5888658 5888659 ECIAI39_0232 ECIAI39_0233 ppiD hupB FALSE 0.021 192.000 0.000 NA N NA
 5888659 5888660 ECIAI39_0233 ECIAI39_0234 hupB lon FALSE 0.015 209.000 0.000 NA N NA
 5888662 5888663 ECIAI39_0235 ECIAI39_0236 clpX clpP TRUE 0.834 126.000 0.352 1.000 Y NA
 5888663 5888664 ECIAI39_0236 ECIAI39_0237 clpP tig FALSE 0.350 246.000 0.351 1.000 Y NA
 5888664 5888665 ECIAI39_0237 ECIAI39_0238 tig bolA FALSE 0.004 344.000 0.000 NA N NA
 5888666 5888667 ECIAI39_0239 ECIAI39_0240 yajG ampG TRUE 0.782 44.000 0.256 NA   NA
 5888667 5888668 ECIAI39_0240 ECIAI39_0241 ampG cyoA FALSE 0.005 460.000 0.000 NA   NA
 5888668 5888669 ECIAI39_0241 ECIAI39_0242 cyoA cyoB TRUE 0.966 22.000 0.041 0.004 Y NA
 5888669 5888670 ECIAI39_0242 ECIAI39_0243 cyoB cyoC TRUE 0.999 -10.000 0.697 0.051 Y NA
 5888670 5888671 ECIAI39_0243 ECIAI39_0244 cyoC cyoD TRUE 0.999 0.000 0.485 0.051 Y NA
 5888671 5888672 ECIAI39_0244 ECIAI39_0245 cyoD cyoE TRUE 0.901 12.000 0.118 0.087 N NA
 5888672 5888673 ECIAI39_0245 ECIAI39_0246 cyoE   FALSE 0.201 119.000 0.000 1.000   NA
 5888673 5888674 ECIAI39_0246 ECIAI39_0247     TRUE 0.849 -16.000 0.000 1.000   NA
 5888678 5888679 ECIAI39_0251 ECIAI39_0252 panE yajL TRUE 0.874 -37.000 0.155 NA   NA
 5888681 5888682 ECIAI39_0254 ECIAI39_0255 xseB ispA TRUE 0.826 0.000 0.035 1.000 N NA
 5888682 5888683 ECIAI39_0255 ECIAI39_0256 ispA dxs TRUE 0.926 25.000 0.060 1.000 Y NA
 5888683 5888684 ECIAI39_0256 ECIAI39_0257 dxs yajO FALSE 0.120 55.000 0.009 1.000 N NA
 5888685 5888686 ECIAI39_0258 ECIAI39_0259 pgpA thiL TRUE 0.908 -22.000 0.206 1.000 N NA
 5888686 5888687 ECIAI39_0259 ECIAI39_0260 thiL nusB TRUE 0.506 78.000 0.225 1.000 N NA
 5888687 5888688 ECIAI39_0260 ECIAI39_0261 nusB ribE TRUE 0.921 20.000 0.347 1.000 N NA
 5888688 5888689 ECIAI39_0261 ECIAI39_0262 ribE ribD TRUE 0.838 89.000 0.034 0.001 Y NA
 5888689 5888690 ECIAI39_0262 ECIAI39_0263 ribD nrdR TRUE 0.958 4.000 0.277 NA N NA
 5888693 5888694 ECIAI39_0266 ECIAI39_0267   yajI FALSE 0.009 324.000 0.000 NA   NA
 5888694 5888695 ECIAI39_0267 ECIAI39_0268 yajI tsx FALSE 0.011 299.000 0.000 NA   NA
 5888696 5888697 ECIAI39_0269 ECIAI39_0270 yajD   FALSE 0.249 88.000 0.000 NA   NA
 5888697 5888698 ECIAI39_0270 ECIAI39_0271     TRUE 0.939 -40.000 0.300 NA   NA
 5888698 5888699 ECIAI39_0271 ECIAI39_0272   secF FALSE 0.058 152.000 0.000 1.000 N NA
 5888699 5888700 ECIAI39_0272 ECIAI39_0273 secF secD TRUE 0.993 11.000 0.206 0.001 Y NA
 5888700 5888701 ECIAI39_0273 ECIAI39_0274 secD yajC TRUE 0.896 28.000 0.045 NA Y NA
 5888701 5888702 ECIAI39_0274 ECIAI39_0275 yajC tgt TRUE 0.888 23.000 0.325 NA N NA
 5888702 5888703 ECIAI39_0275 ECIAI39_0276 tgt queA TRUE 0.974 55.000 0.360 0.001 Y NA
 5888705 5888706 ECIAI39_0278 ECIAI39_0279   malZ FALSE 0.051 186.000 0.000 NA   NA
 5888706 5888707 ECIAI39_0279 ECIAI39_0280 malZ proY FALSE 0.109 156.000 0.123 1.000 N NA
 5888707 5888708 ECIAI39_0280 ECIAI39_0281 proY brnQ TRUE 0.940 76.000 0.348 0.087 Y NA
 5888708 5888709 ECIAI39_0281 ECIAI39_0282 brnQ phoR FALSE 0.003 407.000 0.000 1.000 N NA
 5888709 5888710 ECIAI39_0282 ECIAI39_0283 phoR phoB TRUE 0.968 58.000 0.453 0.086 Y NA
 5888711 5888712 ECIAI39_0284 ECIAI39_0285 sbcD sbcC TRUE 0.995 -3.000 0.021 0.001 Y NA
 5888712 5888713 ECIAI39_0285 ECIAI39_0286 sbcC araJ FALSE 0.043 126.000 0.030 NA N NA
 5888716 5888717 ECIAI39_0289 ECIAI39_0290 ykiA yaiE FALSE 0.034 208.000 0.000 NA   NA
 5888717 5888718 ECIAI39_0290 ECIAI39_0291 yaiE aroM FALSE 0.270 72.000 0.049 NA   NA
 5888718 5888719 ECIAI39_0291 ECIAI39_0292 aroM yaiA FALSE 0.018 258.000 0.000 NA   NA
 5888719 5888720 ECIAI39_0292 ECIAI39_0293 yaiA aroL FALSE 0.379 50.000 0.044 NA   NA
 5888720 5888721 ECIAI39_0293 ECIAI39_0294 aroL yaiI FALSE 0.031 183.000 0.007 NA   NA
 5888723 5888724 ECIAI39_0296 ECIAI39_0297 yaiC psiF TRUE 0.533 102.000 0.250 NA   NA
 5888724 5888725 ECIAI39_0297 ECIAI39_0298 psiF phoA FALSE 0.136 119.000 0.032 NA   NA
 5888725 5888726 ECIAI39_0298 ECIAI39_0299 phoA yaiB FALSE 0.170 100.000 0.032 NA   NA
 5888726 5888727 ECIAI39_0299 ECIAI39_0300 yaiB   FALSE 0.055 182.000 0.000 NA   NA
 5888731 5888732 ECIAI39_0304 ECIAI39_0305 yaiW sbmA TRUE 0.783 13.000 0.000 1.000   NA
 5888732 5888733 ECIAI39_0305 ECIAI39_0306 sbmA   TRUE 0.691 20.000 0.000 NA   NA
 5888735 5888736 ECIAI39_0308 ECIAI39_0309 yaiV   TRUE 0.941 41.000 0.667 NA   NA
 5888737 5888738 ECIAI39_0310 ECIAI39_0311 hemB   FALSE 0.051 159.000 0.000 1.000 N NA
 5888738 5888739 ECIAI39_0311 ECIAI39_0312     TRUE 0.990 -3.000 0.000 1.000 Y NA
 5888740 5888741 ECIAI39_0313 ECIAI39_0314 tauD tauC FALSE 0.420 49.000 0.000 NA   NA
 5888741 5888742 ECIAI39_0314 ECIAI39_0315 tauC tauB TRUE 0.932 -3.000 0.000 NA   NA
 5888742 5888743 ECIAI39_0315 ECIAI39_0316 tauB tauA TRUE 0.952 13.000 0.047 1.000 Y NA
 5888744 5888745 ECIAI39_0317 ECIAI39_0318 yaiS yaiP TRUE 0.938 10.000 0.214 NA   NA
 5888745 5888746 ECIAI39_0318 ECIAI39_0319 yaiP yaiX TRUE 0.932 -22.000 0.214 NA   NA
 5888746 5888747 ECIAI39_0319 ECIAI39_0320 yaiX yaiO TRUE 0.900 2.000 0.000 NA   NA
 5888747 5888748 ECIAI39_0320 ECIAI39_0321 yaiO frmR FALSE 0.052 185.000 0.000 NA   NA
 5888748 5888749 ECIAI39_0321 ECIAI39_0322 frmR frmA TRUE 0.932 35.000 0.531 NA   NA
 5888749 5888750 ECIAI39_0322 ECIAI39_0323 frmA frmB TRUE 0.668 92.000 0.327 1.000   NA
 5888751 5888752 ECIAI39_0324 ECIAI39_0325 yaiL mhpT FALSE 0.215 102.000 0.000 NA   NA
 5888752 5888753 ECIAI39_0325 ECIAI39_0326 mhpT mhpE FALSE 0.205 236.000 0.600 1.000 N NA
 5888753 5888754 ECIAI39_0326 ECIAI39_0327 mhpE mhpF TRUE 0.996 -3.000 0.750 1.000 N NA
 5888754 5888755 ECIAI39_0327 ECIAI39_0328 mhpF mhpD TRUE 0.998 -3.000 0.444 1.000 Y NA
 5888755 5888756 ECIAI39_0328 ECIAI39_0329 mhpD mhpC TRUE 0.962 10.000 0.300 1.000   NA
 5888756 5888757 ECIAI39_0329 ECIAI39_0330 mhpC mhpB TRUE 0.979 3.000 0.300 1.000   NA
 5888757 5888758 ECIAI39_0330 ECIAI39_0331 mhpB mhpA TRUE 0.993 2.000 0.333 0.005   NA
 5888759 5888760 ECIAI39_0332 ECIAI39_0333 mhpR lacI TRUE 0.822 77.000 0.000 0.051 Y NA
 5888760 5888761 ECIAI39_0333 ECIAI39_0334 lacI lacZ FALSE 0.284 123.000 0.174 1.000 N NA
 5888761 5888762 ECIAI39_0334 ECIAI39_0335 lacZ lacY TRUE 0.757 52.000 0.261 1.000   NA
 5888762 5888763 ECIAI39_0335 ECIAI39_0336 lacY lacA TRUE 0.642 66.000 0.222 1.000   NA
 5888764 5888765 ECIAI39_0337 ECIAI39_0338 cynX cynS TRUE 0.895 33.000 0.000 1.000 Y NA
 5888765 5888766 ECIAI39_0338 ECIAI39_0339 cynS cynT TRUE 0.910 31.000 0.075 1.000 Y NA
 5888767 5888768 ECIAI39_0340 ECIAI39_0341 cynR   FALSE 0.189 124.000 0.000 1.000   NA
 5888768 5888769 ECIAI39_0341 ECIAI39_0342     FALSE 0.423 105.000 0.167 1.000   NA
 5888770 5888771 ECIAI39_0343 ECIAI39_0344 codA codB TRUE 0.991 -10.000 0.250 1.000 Y NA
 5888771 5888772 ECIAI39_0344 ECIAI39_0345 codB prpE FALSE 0.013 238.000 0.000 1.000 N NA
 5888772 5888773 ECIAI39_0345 ECIAI39_0346 prpE prpD TRUE 0.796 40.000 0.038 0.001   NA
 5888773 5888774 ECIAI39_0346 ECIAI39_0347 prpD prpC TRUE 0.822 34.000 0.216 1.000   NA
 5888774 5888775 ECIAI39_0347 ECIAI39_0348 prpC prpB FALSE 0.444 160.000 0.502 1.000 N NA
 5888779 5888780 ECIAI39_0352 ECIAI39_tRNA88 yahM   TRUE 0.860 -10.000 0.000 NA   NA
 5888780 5888781 ECIAI39_tRNA88 ECIAI39_0354   yahL FALSE 0.008 344.000 0.000 NA   NA
 5888781 5888782 ECIAI39_0354 ECIAI39_0355 yahL yahK FALSE 0.021 243.000 0.000 NA   NA
 5888782 5888783 ECIAI39_0355 ECIAI39_0356 yahK yahK TRUE 0.660 -126.000 0.000 NA   NA
 5888783 5888784 ECIAI39_0356 ECIAI39_0357 yahK   FALSE 0.251 87.000 0.000 NA   NA
 5888784 5888785 ECIAI39_0357 ECIAI39_0358     TRUE 0.998 -33.000 1.000 0.057 Y NA
 5888785 5888786 ECIAI39_0358 ECIAI39_0359     TRUE 0.996 -22.000 0.667 1.000 Y NA
 5888786 5888787 ECIAI39_0359 ECIAI39_0360     TRUE 0.982 34.000 0.571 NA Y NA
 5888787 5888788 ECIAI39_0360 ECIAI39_0361     FALSE 0.221 98.000 0.000 NA   NA
 5888788 5888789 ECIAI39_0361 ECIAI39_0362     FALSE 0.273 76.000 0.000 NA   NA
 5888789 5888790 ECIAI39_0362 ECIAI39_0363   yahJ FALSE 0.016 268.000 0.000 NA   NA
 5888790 5888791 ECIAI39_0363 ECIAI39_0364 yahJ yahI TRUE 0.942 10.000 0.278 1.000 N NA
 5888791 5888792 ECIAI39_0364 ECIAI39_0365 yahI yahG FALSE 0.354 95.000 0.125 NA   NA
 5888792 5888793 ECIAI39_0365 ECIAI39_0366 yahG yahF TRUE 0.996 0.000 0.714 NA   NA
 5888793 5888794 ECIAI39_0366 ECIAI39_0367 yahF yahE TRUE 0.982 -10.000 0.429 NA   NA
 5888794 5888795 ECIAI39_0367 ECIAI39_0368 yahE yahD TRUE 0.943 40.000 0.667 NA   NA
 5888796 5888797 ECIAI39_0369 ECIAI39_0370 yahC yahB FALSE 0.240 92.000 0.000 NA   NA
 5888798 5888799 ECIAI39_0371 ECIAI39_0372 yahA betT FALSE 0.002 871.000 0.000 1.000 N NA
 5888800 5888801 ECIAI39_0373 ECIAI39_0374 betI betB TRUE 0.957 14.000 0.459 1.000 N NA
 5888801 5888802 ECIAI39_0374 ECIAI39_0375 betB betA TRUE 0.977 -31.000 0.634 1.000 N NA
 5888802 5888803 ECIAI39_0375 ECIAI39_0376 betA   FALSE 0.044 194.000 0.000 NA   NA
 5888804 5888805 ECIAI39_0377 ECIAI39_0378 ykgG ykgF TRUE 0.991 -7.000 0.286 0.001   NA
 5888805 5888806 ECIAI39_0378 ECIAI39_0379 ykgF ykgE TRUE 0.986 11.000 0.286 NA Y NA
 5888806 5888807 ECIAI39_0379 ECIAI39_0380 ykgE ykgD FALSE 0.002 528.000 0.000 NA N NA
 5888808 5888809 ECIAI39_0381 ECIAI39_0382 ykgC ykgI TRUE 0.812 109.000 0.667 NA   NA
 5888809 5888810 ECIAI39_0382 ECIAI39_0383 ykgI ykgB TRUE 0.745 12.000 0.043 NA   NA
 5888813 5888814 ECIAI39_0386 ECIAI39_0387 eaeH eaeH TRUE 0.754 13.000 0.000 NA   NA
 5888815 5888816 ECIAI39_0388 ECIAI39_0389     TRUE 0.938 27.000 0.438 1.000   NA
 5888817 5888818 ECIAI39_0390 ECIAI39_0391     TRUE 0.701 125.000 0.000 0.062 Y NA
 5888819 5888820 ECIAI39_0392 ECIAI39_0393     FALSE 0.024 245.000 0.000 1.000   NA
 5888820 5888821 ECIAI39_0393 ECIAI39_0394   ykgM FALSE 0.002 940.000 0.000 1.000 N NA
 5888821 5888822 ECIAI39_0394 ECIAI39_0395 ykgM   TRUE 0.967 0.000 0.004 0.012   NA
 5888822 5888823 ECIAI39_0395 ECIAI39_0396   insA FALSE 0.004 694.000 0.000 1.000   NA
 5888823 5888824 ECIAI39_0396 ECIAI39_0397 insA insB TRUE 0.967 -81.000 0.000 0.029 Y NA
 5888824 5888825 ECIAI39_0397 ECIAI39_0398 insB ykgK FALSE 0.154 93.000 0.000 1.000 N NA
 5888825 5888826 ECIAI39_0398 ECIAI39_0399 ykgK ecpA FALSE 0.031 212.000 0.000 NA   NA
 5888826 5888827 ECIAI39_0399 ECIAI39_0400 ecpA yagY FALSE 0.353 58.000 0.000 NA   NA
 5888827 5888828 ECIAI39_0400 ECIAI39_0401 yagY yagX TRUE 0.899 26.000 0.308 NA   NA
 5888828 5888829 ECIAI39_0401 ECIAI39_0402 yagX yagW TRUE 0.982 -10.000 0.429 NA   NA
 5888829 5888830 ECIAI39_0402 ECIAI39_0403 yagW yagV TRUE 0.978 -31.000 0.571 NA   NA
 5888831 5888832 ECIAI39_0406 ECIAI39_0407 yagU   FALSE 0.029 215.000 0.000 NA   NA
 5888832 5888833 ECIAI39_0407 ECIAI39_tRNA87     FALSE 0.032 210.000 0.000 NA   NA
 5888833 5888834 ECIAI39_tRNA87 ECIAI39_0408   proA FALSE 0.189 115.000 0.000 NA   NA
 5888834 5888835 ECIAI39_0408 ECIAI39_0409 proA proB TRUE 0.981 12.000 0.026 0.001 Y NA
 5888837 5888838 ECIAI39_0411 ECIAI39_0412 crl frsA FALSE 0.331 58.000 0.048 NA   NA
 5888838 5888839 ECIAI39_0412 ECIAI39_0413 frsA gpt FALSE 0.206 92.000 0.040 NA   NA
 5888841 5888842 ECIAI39_0415 ECIAI39_0416 prfH   TRUE 0.562 111.000 0.303 NA   NA
 5888842 5888843 ECIAI39_0416 ECIAI39_0417   yafP FALSE 0.059 179.000 0.000 NA   NA
 5888843 5888844 ECIAI39_0417 ECIAI39_0418 yafP dinB TRUE 0.909 -3.000 0.011 1.000   NA
 5888844 5888845 ECIAI39_0418 ECIAI39_0419 dinB mbhA FALSE 0.195 71.000 0.000 1.000 N NA
 5888847 5888848 ECIAI39_0422 ECIAI39_0423 yafM yafL FALSE 0.029 176.000 0.000 NA N NA
 5888849 5888850 ECIAI39_0424 ECIAI39_0425 dinJ yafQ TRUE 0.952 3.000 0.167 NA   NA
 5888850 5888851 ECIAI39_0425 ECIAI39_0426 yafQ insM FALSE 0.331 62.000 0.000 NA   NA
 5888851 5888852 ECIAI39_0426 ECIAI39_0427 insM   TRUE 0.937 36.000 0.182 1.000 Y NA
 5888852 5888853 ECIAI39_0427 ECIAI39_0428   yafK FALSE 0.022 235.000 0.000 NA   NA
 5888854 5888855 ECIAI39_0429 ECIAI39_0430 yafJ lpcA TRUE 0.523 105.000 0.229 1.000   NA
 5888859 5888860 ECIAI39_tRNA86 ECIAI39_0434   dnaQ FALSE 0.140 133.000 0.000 NA   NA
 5888863 5888864 ECIAI39_0437 ECIAI39_0438 gloB mltD TRUE 0.632 72.000 0.233 1.000   NA
 5888865 5888866 ECIAI39_0439 ECIAI39_0440 yafE yafD FALSE 0.296 77.000 0.066 NA   NA
 5888868 5888869 ECIAI39_0442 ECIAI39_tRNA85 dkgB   FALSE 0.080 163.000 0.000 NA   NA
 5888869 5888870 ECIAI39_tRNA85 ECIAI39_5S_6     FALSE 0.385 53.000 0.000 NA   NA
 5888870 5888871 ECIAI39_5S_6 ECIAI39_23S_5     FALSE 0.232 94.000 0.000 NA   NA
 5888871 5888872 ECIAI39_23S_5 ECIAI39_tRNA84     FALSE 0.064 175.000 0.000 NA   NA
 5888872 5888873 ECIAI39_tRNA84 ECIAI39_tRNA83     FALSE 0.466 43.000 0.000 NA   NA
 5888873 5888874 ECIAI39_tRNA83 ECIAI39_16S_5     FALSE 0.297 69.000 0.000 NA   NA
 5888874 5888875 ECIAI39_16S_5 ECIAI39_0443   gmhB FALSE 0.007 366.000 0.000 NA   NA
 5888876 5888877 ECIAI39_0444 ECIAI39_0445 metN metI TRUE 0.998 -7.000 0.584 1.000 Y NA
 5888877 5888878 ECIAI39_0445 ECIAI39_0446 metI metQ TRUE 0.981 40.000 0.411 0.057 Y NA
 5888878 5888879 ECIAI39_0446 ECIAI39_0447 metQ rcsF TRUE 0.699 118.000 0.500 NA   NA
 5888879 5888880 ECIAI39_0447 ECIAI39_0448 rcsF yaeB TRUE 0.982 -3.000 0.247 NA   NA
 5888880 5888881 ECIAI39_0448 ECIAI39_0449 yaeB proS FALSE 0.183 111.000 0.048 NA   NA
 5888882 5888883 ECIAI39_0450 ECIAI39_misc_RNA_11     TRUE 0.501 39.000 0.000 NA   NA
 5888883 5888884 ECIAI39_misc_RNA_11 ECIAI39_0451     TRUE 0.874 4.000 0.000 NA   NA
 5888884 5888885 ECIAI39_0451 ECIAI39_0452     FALSE 0.004 592.000 0.000 NA   NA
 5888885 5888886 ECIAI39_0452 ECIAI39_0453     FALSE 0.173 120.000 0.000 NA   NA
 5888888 5888889 ECIAI39_0455 ECIAI39_0456 nlpE yaeJ TRUE 0.668 14.000 0.027 NA   NA
 5888889 5888890 ECIAI39_0456 ECIAI39_0457 yaeJ yaeQ TRUE 0.912 -3.000 0.034 NA   NA
 5888891 5888892 ECIAI39_0458 ECIAI39_0459 yaeP rof TRUE 0.956 -7.000 0.179 NA   NA
 5888892 5888893 ECIAI39_0459 ECIAI39_0460 rof   FALSE 0.293 70.000 0.000 NA   NA
 5888893 5888894 ECIAI39_0460 ECIAI39_0461     FALSE 0.423 105.000 0.167 1.000   NA
 5888895 5888896 ECIAI39_0462 ECIAI39_0463 ybbM ybbL TRUE 0.756 -13.000 0.012 NA   NA
 5888897 5888898 ECIAI39_0464 ECIAI39_0465 ybbK ybbJ TRUE 0.996 0.000 0.313 NA Y NA
 5888900 5888901 ECIAI39_0467 ECIAI39_0468     FALSE 0.378 54.000 0.000 NA   NA
 5888901 5888902 ECIAI39_0468 ECIAI39_0469     TRUE 0.932 -3.000 0.000 NA   NA
 5888902 5888903 ECIAI39_0469 ECIAI39_0470   insG FALSE 0.176 119.000 0.000 NA   NA
 5888904 5888905 ECIAI39_0471 ECIAI39_0472 cueR siiDA TRUE 0.932 -3.000 0.000 NA   NA
 5888905 5888906 ECIAI39_0472 ECIAI39_0473 siiDA insB FALSE 0.311 66.000 0.000 NA   NA
 5888906 5888907 ECIAI39_0473 ECIAI39_0474 insB insA TRUE 0.967 -81.000 0.000 0.029 Y NA
 5888908 5888909 ECIAI39_0475 ECIAI39_0476 allB ybbY TRUE 0.866 57.000 0.161 1.000 Y NA
 5888909 5888910 ECIAI39_0476 ECIAI39_0477 ybbY glxK TRUE 0.737 22.000 0.133 1.000 N NA
 5888911 5888912 ECIAI39_0478 ECIAI39_0479 ylbA allC TRUE 0.803 11.000 0.059 NA   NA
 5888912 5888913 ECIAI39_0479 ECIAI39_0480 allC allD TRUE 0.799 22.000 0.174 1.000 N NA
 5888914 5888915 ECIAI39_0481 ECIAI39_0482 fdrA ylbE TRUE 0.973 10.000 0.412 NA   NA
 5888915 5888916 ECIAI39_0482 ECIAI39_0483 ylbE ylbF TRUE 0.945 11.000 0.265 NA   NA
 5888916 5888917 ECIAI39_0483 ECIAI39_0484 ylbF ybcF TRUE 0.990 -3.000 0.375 NA   NA
 5888918 5888919 ECIAI39_0485 ECIAI39_0486 purK purE TRUE 0.997 -3.000 0.136 0.001 Y NA
 5888919 5888920 ECIAI39_0486 ECIAI39_0487 purE lpxH FALSE 0.143 118.000 0.016 1.000   NA
 5888920 5888921 ECIAI39_0487 ECIAI39_0488 lpxH ppiB TRUE 0.973 3.000 0.237 1.000   NA
 5888922 5888923 ECIAI39_0489 ECIAI39_0490     TRUE 0.994 -3.000 0.000 0.100 Y NA
 5888923 5888924 ECIAI39_0490 ECIAI39_0491   cysS FALSE 0.340 43.000 0.000 1.000 N NA
 5888925 5888926 ECIAI39_0492 ECIAI39_0493 ybcI ybcJ FALSE 0.128 108.000 0.011 NA   NA
 5888926 5888927 ECIAI39_0493 ECIAI39_0494 ybcJ folD TRUE 0.915 2.000 0.055 1.000   NA
 5888928 5888929 ECIAI39_0495 ECIAI39_0496 sfmA sfmC FALSE 0.164 219.000 0.000 1.000 Y NA
 5888929 5888930 ECIAI39_0496 ECIAI39_0497 sfmC sfmD TRUE 0.992 31.000 0.875 1.000 Y NA
 5888930 5888931 ECIAI39_0497 ECIAI39_0498 sfmD sfmH TRUE 0.987 43.000 0.875 NA Y NA
 5888931 5888932 ECIAI39_0498 ECIAI39_0499 sfmH sfmF TRUE 0.959 102.000 0.875 NA Y NA
 5888935 5888936 ECIAI39_0501 ECIAI39_0502 intD   FALSE 0.132 136.000 0.000 NA   NA
 5888936 5888937 ECIAI39_0502 ECIAI39_0503     TRUE 0.994 -3.000 0.000 0.100 Y NA
 5888938 5888939 ECIAI39_0504 ECIAI39_0505     TRUE 0.888 -7.000 0.000 NA   NA
 5888939 5888940 ECIAI39_0505 ECIAI39_0507     FALSE 0.003 919.000 0.000 NA   NA
 5888940 5888941 ECIAI39_0507 ECIAI39_0508     TRUE 0.888 -7.000 0.000 NA   NA
 5888941 5888942 ECIAI39_0508 ECIAI39_0509     TRUE 0.890 3.000 0.000 NA   NA
 5888942 5888943 ECIAI39_0509 ECIAI39_0510     FALSE 0.058 180.000 0.000 NA   NA
 5888943 5888944 ECIAI39_0510 ECIAI39_0511     FALSE 0.013 288.000 0.000 NA   NA
 5888944 5888945 ECIAI39_0511 ECIAI39_0512     TRUE 0.932 -3.000 0.000 NA   NA
 5888945 5888946 ECIAI39_0512 ECIAI39_0513     FALSE 0.456 44.000 0.000 NA   NA
 5888946 5888947 ECIAI39_0513 ECIAI39_0514     TRUE 0.817 10.000 0.000 NA   NA
 5888947 5888948 ECIAI39_0514 ECIAI39_0515     TRUE 0.799 12.000 0.000 1.000   NA
 5888950 5888951 ECIAI39_0517 ECIAI39_0518 E fI TRUE 0.890 3.000 0.000 NA   NA
 5888951 5888952 ECIAI39_0518 ECIAI39_0519 fI fII TRUE 0.771 12.000 0.000 NA   NA
 5888952 5888953 ECIAI39_0519 ECIAI39_0520 fII   TRUE 0.771 12.000 0.000 NA   NA
 5888953 5888954 ECIAI39_0520 ECIAI39_0521     TRUE 0.932 -3.000 0.000 NA   NA
 5888954 5888955 ECIAI39_0521 ECIAI39_0522     TRUE 0.802 -22.000 0.000 NA   NA
 5888955 5888956 ECIAI39_0522 ECIAI39_0523     TRUE 0.725 16.000 0.000 NA   NA
 5888956 5888957 ECIAI39_0523 ECIAI39_0524     TRUE 0.987 -18.000 0.667 NA   NA
 5888957 5888958 ECIAI39_0524 ECIAI39_0525     TRUE 0.769 -31.000 0.000 NA   NA
 5888958 5888959 ECIAI39_0525 ECIAI39_0526     TRUE 0.932 -3.000 0.000 NA   NA
 5888959 5888960 ECIAI39_0526 ECIAI39_0527     TRUE 0.923 0.000 0.000 NA   NA
 5888960 5888961 ECIAI39_0527 ECIAI39_0528     TRUE 0.851 6.000 0.000 NA   NA
 5888961 5888962 ECIAI39_0528 ECIAI39_0529     TRUE 0.670 -102.000 0.000 NA   NA
 5888962 5888963 ECIAI39_0529 ECIAI39_0530     FALSE 0.336 61.000 0.000 NA   NA
 5888963 5888964 ECIAI39_0530 ECIAI39_0531     FALSE 0.302 68.000 0.000 NA   NA
 5888964 5888965 ECIAI39_0531 ECIAI39_0532     TRUE 0.784 59.000 0.000 1.000 Y NA
 5888965 5888966 ECIAI39_0532 ECIAI39_0533     TRUE 0.932 -3.000 0.000 NA   NA
 5888966 5888967 ECIAI39_0533 ECIAI39_0534     TRUE 0.817 10.000 0.000 NA   NA
 5888967 5888968 ECIAI39_0534 ECIAI39_0535     TRUE 0.793 11.000 0.000 NA   NA
 5888971 5888972 ECIAI39_0538 ECIAI39_0539   ompT FALSE 0.049 187.000 0.000 NA   NA
 5888972 5888973 ECIAI39_0539 ECIAI39_0540 ompT envY FALSE 0.003 512.000 0.000 1.000 N NA
 5888973 5888974 ECIAI39_0540 ECIAI39_0541 envY ybcH FALSE 0.054 183.000 0.000 NA   NA
 5888974 5888975 ECIAI39_0541 ECIAI39_0542 ybcH nfrA TRUE 0.990 1.000 0.500 NA   NA
 5888975 5888976 ECIAI39_0542 ECIAI39_0543 nfrA nfrB TRUE 0.841 -13.000 0.000 NA   NA
 5888976 5888977 ECIAI39_0543 ECIAI39_0544 nfrB nfrB TRUE 0.636 25.000 0.000 NA   NA
 5888977 5888978 ECIAI39_0544 ECIAI39_0545 nfrB cusS FALSE 0.100 150.000 0.000 NA   NA
 5888978 5888979 ECIAI39_0545 ECIAI39_0546 cusS cusR TRUE 0.999 -10.000 0.600 0.001 Y NA
 5888980 5888981 ECIAI39_0547 ECIAI39_0548 cusC cusF TRUE 0.951 24.000 0.500 NA   NA
 5888981 5888982 ECIAI39_0548 ECIAI39_0549 cusF cusB TRUE 0.725 16.000 0.000 NA   NA
 5888982 5888983 ECIAI39_0549 ECIAI39_0550 cusB cusA TRUE 0.967 12.000 0.500 1.000 N NA
 5888983 5888984 ECIAI39_0550 ECIAI39_0551 cusA pheP FALSE 0.319 102.000 0.000 0.084 N NA
 5888985 5888986 ECIAI39_0552 ECIAI39_0553 ybdG nfnB FALSE 0.032 108.000 0.012 NA N NA
 5888986 5888987 ECIAI39_0553 ECIAI39_0554 nfnB ybdF TRUE 0.794 79.000 0.500 NA   NA
 5888987 5888988 ECIAI39_0554 ECIAI39_0555 ybdF ybdJ FALSE 0.264 80.000 0.000 NA   NA
 5888988 5888989 ECIAI39_0555 ECIAI39_0556 ybdJ ybdK FALSE 0.311 66.000 0.000 NA   NA
 5888989 5888990 ECIAI39_0556 ECIAI39_0557 ybdK entD FALSE 0.004 726.000 0.000 1.000   NA
 5888991 5888992 ECIAI39_0558 ECIAI39_0559     FALSE 0.423 105.000 0.167 1.000   NA
 5888994 5888995 ECIAI39_0561 ECIAI39_0562 fes ybdZ TRUE 0.979 3.000 0.320 NA   NA
 5888995 5888996 ECIAI39_0562 ECIAI39_0563 ybdZ entF TRUE 0.947 -3.000 0.080 NA   NA
 5888996 5888997 ECIAI39_0563 ECIAI39_0564 entF fepE FALSE 0.018 215.000 0.000 1.000 N NA
 5888998 5888999 ECIAI39_0565 ECIAI39_0566 fepC fepG TRUE 0.988 -3.000 0.038 1.000 Y NA
 5888999 5889000 ECIAI39_0566 ECIAI39_0567 fepG fepD TRUE 0.994 -3.000 0.000 0.056 Y NA
 5889003 5889004 ECIAI39_0570 ECIAI39_0571 entC entE TRUE 0.996 10.000 0.667 1.000 Y NA
 5889004 5889005 ECIAI39_0571 ECIAI39_0572 entE entB TRUE 0.995 14.000 0.667 1.000 Y NA
 5889005 5889006 ECIAI39_0572 ECIAI39_0573 entB entA TRUE 0.992 0.000 0.024 0.057 Y NA
 5889006 5889007 ECIAI39_0573 ECIAI39_0574 entA ybdB TRUE 0.982 3.000 0.065 NA Y NA
 5889007 5889008 ECIAI39_0574 ECIAI39_0575 ybdB cstA FALSE 0.128 181.000 0.222 NA N NA
 5889008 5889009 ECIAI39_0575 ECIAI39_0576 cstA ybdD TRUE 0.593 113.000 0.333 NA   NA
 5889012 5889013 ECIAI39_0579 ECIAI39_0580 ibrB ibrA TRUE 0.811 -27.000 0.000 1.000   NA
 5889013 5889014 ECIAI39_0580 ECIAI39_0581 ibrA ybdO FALSE 0.451 147.000 0.333 1.000   NA
 5889014 5889015 ECIAI39_0581 ECIAI39_0582 ybdO dsbG FALSE 0.051 169.000 0.067 1.000 N NA
 5889016 5889017 ECIAI39_0583 ECIAI39_0584 ahpC ahpF TRUE 0.950 129.000 0.551 0.001 Y NA
 5889018 5889019 ECIAI39_0585 ECIAI39_0586 uspG rnk FALSE 0.004 356.000 0.000 1.000 N NA
 5889019 5889020 ECIAI39_0586 ECIAI39_0587 rnk rna FALSE 0.006 230.000 0.018 1.000 N NA
 5889020 5889021 ECIAI39_0587 ECIAI39_0588 rna citT FALSE 0.068 114.000 0.024 1.000 N NA
 5889021 5889022 ECIAI39_0588 ECIAI39_0589 citT citG TRUE 0.612 50.000 0.194 1.000 N NA
 5889022 5889023 ECIAI39_0589 ECIAI39_0590 citG citX TRUE 0.991 -25.000 0.400 1.000 Y NA
 5889023 5889024 ECIAI39_0590 ECIAI39_0591 citX citF TRUE 0.803 4.000 0.000 1.000 N NA
 5889024 5889025 ECIAI39_0591 ECIAI39_0592 citF citE TRUE 0.924 11.000 0.000 0.001 N NA
 5889025 5889026 ECIAI39_0592 ECIAI39_0593 citE citD TRUE 0.997 -3.000 0.537 0.001 N NA
 5889026 5889027 ECIAI39_0593 ECIAI39_0594 citD citC TRUE 0.950 15.000 0.000 1.000 Y NA
 5889028 5889029 ECIAI39_0595 ECIAI39_0596 citA citB TRUE 0.958 -31.000 0.000 1.000 Y NA
 5889031 5889032 ECIAI39_0598 ECIAI39_0599 crcA cspE FALSE 0.312 175.000 0.333 1.000   NA
 5889034 5889035 ECIAI39_0601 ECIAI39_0602 ybeM tatE FALSE 0.372 129.000 0.196 1.000   NA
 5889036 5889037 ECIAI39_0603 ECIAI39_0604 lipA ybeF FALSE 0.007 209.000 0.005 1.000 N NA
 5889037 5889038 ECIAI39_0604 ECIAI39_0605 ybeF lipB FALSE 0.010 259.000 0.000 1.000 N NA
 5889038 5889039 ECIAI39_0605 ECIAI39_0606 lipB ybeD FALSE 0.491 101.000 0.219 NA   NA
 5889039 5889040 ECIAI39_0606 ECIAI39_0607 ybeD dacA FALSE 0.249 110.000 0.081 NA   NA
 5889040 5889041 ECIAI39_0607 ECIAI39_0608 dacA rlpA TRUE 0.829 140.000 0.475 NA Y NA
 5889041 5889042 ECIAI39_0608 ECIAI39_0609 rlpA mrdB TRUE 0.512 11.000 0.035 NA N NA
 5889042 5889043 ECIAI39_0609 ECIAI39_0610 mrdB mrdA TRUE 0.803 3.000 0.046 1.000 N NA
 5889043 5889044 ECIAI39_0610 ECIAI39_0611 mrdA ybeA FALSE 0.489 31.000 0.031 NA   NA
 5889044 5889045 ECIAI39_0611 ECIAI39_0612 ybeA ybeB TRUE 0.974 4.000 0.307 NA   NA
 5889045 5889046 ECIAI39_0612 ECIAI39_0613 ybeB phpB FALSE 0.017 260.000 0.000 NA   NA
 5889046 5889047 ECIAI39_0613 ECIAI39_0614 phpB nadD TRUE 0.533 24.000 0.057 1.000 N NA
 5889047 5889048 ECIAI39_0614 ECIAI39_0615 nadD holA TRUE 0.816 2.000 0.045 1.000 N NA
 5889048 5889049 ECIAI39_0615 ECIAI39_0616 holA rlpB TRUE 0.961 0.000 0.199 NA N NA
 5889049 5889050 ECIAI39_0616 ECIAI39_0617 rlpB leuS TRUE 0.839 15.000 0.182 NA N NA
 5889052 5889053 ECIAI39_0619 ECIAI39_0620 rihA gltL FALSE 0.306 118.000 0.195 NA N NA
 5889053 5889054 ECIAI39_0620 ECIAI39_0621 gltL gltK TRUE 0.997 0.000 0.379 1.000 Y NA
 5889054 5889055 ECIAI39_0621 ECIAI39_0622 gltK gltJ TRUE 1.000 0.000 0.933 0.017 Y NA
 5889055 5889056 ECIAI39_0622 ECIAI39_misc_RNA_12 gltJ   TRUE 0.771 12.000 0.000 NA   NA
 5889056 5889057 ECIAI39_misc_RNA_12 ECIAI39_0623   gltI TRUE 0.906 1.000 0.000 NA   NA
 5889057 5889058 ECIAI39_0623 ECIAI39_0624 gltI lnt FALSE 0.003 397.000 0.000 1.000 N NA
 5889058 5889059 ECIAI39_0624 ECIAI39_0625 lnt ybeX TRUE 0.947 25.000 0.557 1.000 N NA
 5889059 5889060 ECIAI39_0625 ECIAI39_0626 ybeX ybeY FALSE 0.414 90.000 0.150 NA   NA
 5889060 5889061 ECIAI39_0626 ECIAI39_0627 ybeY ybeZ TRUE 0.992 -3.000 0.457 NA   NA
 5889061 5889062 ECIAI39_0627 ECIAI39_0628 ybeZ miaB FALSE 0.387 114.000 0.220 1.000 N NA
 5889064 5889065 ECIAI39_tRNA82 ECIAI39_tRNA81     TRUE 0.509 38.000 0.000 NA   NA
 5889065 5889066 ECIAI39_tRNA81 ECIAI39_tRNA80     FALSE 0.420 49.000 0.000 NA   NA
 5889066 5889067 ECIAI39_tRNA80 ECIAI39_tRNA79     TRUE 0.725 16.000 0.000 NA   NA
 5889067 5889068 ECIAI39_tRNA79 ECIAI39_tRNA78     TRUE 0.540 35.000 0.000 NA   NA
 5889068 5889069 ECIAI39_tRNA78 ECIAI39_tRNA77     TRUE 0.649 24.000 0.000 NA   NA
 5889069 5889070 ECIAI39_tRNA77 ECIAI39_tRNA76     TRUE 0.832 9.000 0.000 NA   NA
 5889072 5889073 ECIAI39_0631 ECIAI39_0632 asnB nagD FALSE 0.011 257.000 0.000 1.000 N NA
 5889073 5889074 ECIAI39_0632 ECIAI39_0633 nagD nagC TRUE 0.849 48.000 0.070 1.000 Y NA
 5889074 5889075 ECIAI39_0633 ECIAI39_0634 nagC nagA TRUE 0.996 9.000 0.571 1.000 Y NA
 5889075 5889076 ECIAI39_0634 ECIAI39_0635 nagA nagB TRUE 0.983 60.000 0.557 0.001 Y NA
 5889077 5889078 ECIAI39_0636 ECIAI39_0637 nagE glnS FALSE 0.008 203.000 0.006 1.000 N NA
 5889078 5889079 ECIAI39_0637 ECIAI39_0638 glnS ybfM FALSE 0.006 442.000 0.000 1.000   NA
 5889079 5889080 ECIAI39_0638 ECIAI39_0639 ybfM ybfN TRUE 0.938 50.000 0.800 NA   NA
 5889083 5889084 ECIAI39_0642 ECIAI39_0643 fldA ybfE TRUE 0.598 140.000 0.473 1.000   NA
 5889084 5889085 ECIAI39_0643 ECIAI39_0644 ybfE ybfF FALSE 0.392 140.000 0.276 NA   NA
 5889086 5889087 ECIAI39_0645 ECIAI39_0646 seqA pgm TRUE 0.724 26.000 0.151 1.000 N NA
 5889087 5889088 ECIAI39_0646 ECIAI39_0647 pgm ybfP FALSE 0.036 205.000 0.000 NA   NA
 5889089 5889090 ECIAI39_0648 ECIAI39_0649     TRUE 0.775 -30.000 0.000 NA   NA
 5889090 5889091 ECIAI39_0649 ECIAI39_0650   potE FALSE 0.170 122.000 0.000 NA   NA
 5889091 5889092 ECIAI39_0650 ECIAI39_0651 potE speF TRUE 0.991 -3.000 0.087 1.000 Y NA
 5889094 5889095 ECIAI39_0653 ECIAI39_0654 kdpE kdpD TRUE 0.998 -3.000 0.385 1.000 Y NA
 5889095 5889096 ECIAI39_0654 ECIAI39_0655 kdpD kdpC TRUE 0.895 -7.000 0.100 1.000 N NA
 5889096 5889097 ECIAI39_0655 ECIAI39_0656 kdpC kdpB TRUE 0.999 9.000 0.877 0.001 Y NA
 5889097 5889098 ECIAI39_0656 ECIAI39_0657 kdpB kdpA TRUE 0.985 23.000 0.201 0.001 Y NA
 5889099 5889100 ECIAI39_0658 ECIAI39_0659 ybfA ybgA TRUE 0.513 101.000 0.231 NA   NA
 5889100 5889101 ECIAI39_0659 ECIAI39_0660 ybgA phr TRUE 0.897 -3.000 0.019 NA   NA
 5889103 5889104 ECIAI39_0662 ECIAI39_0663 ybgI ybgJ TRUE 0.643 23.000 0.050 NA   NA
 5889104 5889105 ECIAI39_0663 ECIAI39_0664 ybgJ ybgK TRUE 0.996 -6.000 0.379 NA Y NA
 5889105 5889106 ECIAI39_0664 ECIAI39_0665 ybgK ybgL TRUE 0.953 -10.000 0.211 NA   NA
 5889106 5889107 ECIAI39_0665 ECIAI39_0666 ybgL nei TRUE 0.517 36.000 0.037 1.000   NA
 5889108 5889109 ECIAI39_0667 ECIAI39_0668 abrB   FALSE 0.058 180.000 0.000 NA   NA
 5889110 5889111 ECIAI39_0669 ECIAI39_0670     TRUE 0.580 13.000 0.000 NA N NA
 5889111 5889112 ECIAI39_0670 ECIAI39_0671     TRUE 0.904 12.000 0.091 0.028 N NA
 5889112 5889113 ECIAI39_0671 ECIAI39_0672     TRUE 0.766 15.000 0.000 1.000   NA
 5889113 5889114 ECIAI39_0672 ECIAI39_0673     TRUE 0.982 0.000 0.000 0.001   NA
 5889114 5889115 ECIAI39_0673 ECIAI39_0674     TRUE 0.902 28.000 0.000 NA Y NA
 5889115 5889116 ECIAI39_0674 ECIAI39_0675     TRUE 0.979 24.000 0.364 NA Y NA
 5889116 5889117 ECIAI39_0675 ECIAI39_0676     TRUE 0.998 0.000 0.571 NA Y NA
 5889118 5889119 ECIAI39_0677 ECIAI39_0678 gltA   FALSE 0.035 206.000 0.000 NA   NA
 5889120 5889121 ECIAI39_0679 ECIAI39_0680 sdhC sdhD TRUE 0.999 -6.000 0.453 0.001 Y NA
 5889121 5889122 ECIAI39_0680 ECIAI39_0681 sdhD sdhA TRUE 0.999 0.000 0.705 0.002 Y NA
 5889122 5889123 ECIAI39_0681 ECIAI39_0682 sdhA sdhB TRUE 0.997 16.000 0.604 0.002 Y NA
 5889123 5889124 ECIAI39_0682 ECIAI39_0683 sdhB sucA FALSE 0.231 201.000 0.067 1.000 Y NA
 5889124 5889125 ECIAI39_0683 ECIAI39_0684 sucA sucB TRUE 0.994 15.000 0.667 1.000 Y NA
 5889125 5889126 ECIAI39_0684 ECIAI39_0685 sucB sucC TRUE 0.757 94.000 0.136 1.000 Y NA
 5889126 5889127 ECIAI39_0685 ECIAI39_0686 sucC sucD TRUE 1.000 0.000 0.806 0.001 Y NA
 5889127 5889128 ECIAI39_0686 ECIAI39_misc_RNA_13 sucD rybD TRUE 0.906 1.000 0.000 NA   NA
 5889130 5889131 ECIAI39_0688 ECIAI39_0689 hutU   FALSE 0.062 119.000 0.024 1.000 N NA
 5889131 5889132 ECIAI39_0689 ECIAI39_0690     TRUE 0.864 2.000 0.028 NA   NA
 5889132 5889133 ECIAI39_0690 ECIAI39_0691   hutI TRUE 0.678 -36.000 0.026 NA   NA
 5889133 5889134 ECIAI39_0691 ECIAI39_0692 hutI hutG TRUE 0.854 -39.000 0.171 1.000 N NA
 5889136 5889137 ECIAI39_0694 ECIAI39_0695 hutH   FALSE 0.009 271.000 0.000 1.000 N NA
 5889138 5889139 ECIAI39_0696 ECIAI39_0697     TRUE 0.522 10.000 0.012 1.000 N NA
 5889139 5889140 ECIAI39_0697 ECIAI39_0698     TRUE 0.895 108.000 0.429 1.000 Y NA
 5889140 5889141 ECIAI39_0698 ECIAI39_0699     FALSE 0.202 140.000 0.121 NA   NA
 5889141 5889142 ECIAI39_0699 ECIAI39_0700     TRUE 0.996 -3.000 0.689 NA   NA
 5889142 5889143 ECIAI39_0700 ECIAI39_0701     TRUE 0.977 4.000 0.333 NA   NA
 5889143 5889144 ECIAI39_0701 ECIAI39_0702     TRUE 0.999 0.000 0.651 1.000 Y NA
 5889144 5889145 ECIAI39_0702 ECIAI39_0703   glmL TRUE 0.982 19.000 0.429 0.001   NA
 5889145 5889146 ECIAI39_0703 ECIAI39_0704 glmL   TRUE 0.996 0.000 0.367 0.001   NA
 5889146 5889147 ECIAI39_0704 ECIAI39_0705     FALSE 0.165 124.000 0.000 NA   NA
 5889147 5889148 ECIAI39_0705 ECIAI39_0706     FALSE 0.045 193.000 0.000 NA   NA
 5889148 5889149 ECIAI39_0706 ECIAI39_0707     FALSE 0.262 81.000 0.000 NA   NA
 5889150 5889151 ECIAI39_0708 ECIAI39_0709 cydA cydB TRUE 0.971 16.000 0.000 0.049 Y NA
 5889151 5889152 ECIAI39_0709 ECIAI39_0710 cydB ybgE FALSE 0.222 128.000 0.100 NA   NA
 5889152 5889153 ECIAI39_0710 ECIAI39_0711 ybgE ybgC FALSE 0.144 150.000 0.095 NA   NA
 5889153 5889154 ECIAI39_0711 ECIAI39_0712 ybgC tolQ TRUE 0.995 -3.000 0.593 1.000   NA
 5889154 5889155 ECIAI39_0712 ECIAI39_0713 tolQ tolR TRUE 0.998 4.000 0.556 0.069 Y NA
 5889155 5889156 ECIAI39_0713 ECIAI39_0714 tolR tolA FALSE 0.321 65.000 0.114 NA N NA
 5889156 5889157 ECIAI39_0714 ECIAI39_0715 tolA tolB FALSE 0.063 133.000 0.051 NA N NA
 5889157 5889158 ECIAI39_0715 ECIAI39_0716 tolB pal TRUE 0.930 35.000 0.592 1.000 N NA
 5889158 5889159 ECIAI39_0716 ECIAI39_0717 pal ybgF TRUE 0.881 10.000 0.088 1.000   NA
 5889159 5889160 ECIAI39_0717 ECIAI39_tRNA2 ybgF   FALSE 0.076 165.000 0.000 NA   NA
 5889160 5889161 ECIAI39_tRNA2 ECIAI39_tRNA3     TRUE 0.531 36.000 0.000 NA   NA
 5889161 5889162 ECIAI39_tRNA3 ECIAI39_tRNA4     TRUE 0.890 3.000 0.000 NA   NA
 5889162 5889163 ECIAI39_tRNA4 ECIAI39_tRNA5     FALSE 0.394 52.000 0.000 NA   NA
 5889163 5889164 ECIAI39_tRNA5 ECIAI39_tRNA6     TRUE 0.874 4.000 0.000 NA   NA
 5889164 5889165 ECIAI39_tRNA6 ECIAI39_tRNA7     FALSE 0.420 49.000 0.000 NA   NA
 5889165 5889166 ECIAI39_tRNA7 ECIAI39_tRNA8     TRUE 0.549 34.000 0.000 NA   NA
 5889166 5889167 ECIAI39_tRNA8 ECIAI39_0718   nadA FALSE 0.019 248.000 0.000 NA   NA
 5889167 5889168 ECIAI39_0718 ECIAI39_0719 nadA pnuC TRUE 0.855 38.000 0.023 1.000 Y NA
 5889169 5889170 ECIAI39_0720 ECIAI39_0721 zitB ybgS FALSE 0.199 114.000 0.057 NA   NA
 5889172 5889173 ECIAI39_0723 ECIAI39_0724 gpmA galM FALSE 0.174 203.000 0.009 1.000 Y NA
 5889173 5889174 ECIAI39_0724 ECIAI39_0725 galM galK TRUE 0.995 -6.000 0.083 0.001 Y NA
 5889174 5889175 ECIAI39_0725 ECIAI39_0726 galK galT TRUE 0.990 4.000 0.370 0.001 N NA
 5889175 5889176 ECIAI39_0726 ECIAI39_0727 galT galE TRUE 0.933 10.000 0.053 0.001 N NA
 5889176 5889177 ECIAI39_0727 ECIAI39_0728 galE modF FALSE 0.014 262.000 0.023 1.000   NA
 5889177 5889178 ECIAI39_0728 ECIAI39_0729 modF modE FALSE 0.445 68.000 0.009 0.089   NA
 5889179 5889180 ECIAI39_0730 ECIAI39_0731 ybhT modA FALSE 0.087 167.000 0.072 NA   NA
 5889180 5889181 ECIAI39_0731 ECIAI39_0732 modA modB TRUE 0.999 0.000 0.627 0.001 Y NA
 5889181 5889182 ECIAI39_0732 ECIAI39_0733 modB modC TRUE 0.999 3.000 0.537 0.001 Y NA
 5889186 5889187 ECIAI39_0737 ECIAI39_0738 insA insB TRUE 0.967 -81.000 0.000 0.028 Y NA
 5889187 5889188 ECIAI39_0738 ECIAI39_0739 insB ybhJ FALSE 0.200 69.000 0.000 1.000 N NA
 5889189 5889190 ECIAI39_0740 ECIAI39_0741 ybhC   FALSE 0.265 135.000 0.200 1.000 N NA
 5889190 5889191 ECIAI39_0741 ECIAI39_0742     FALSE 0.116 199.000 0.000 0.028   NA
 5889191 5889192 ECIAI39_0742 ECIAI39_misc_RNA_14     TRUE 0.608 27.000 0.000 NA   NA
 5889192 5889193 ECIAI39_misc_RNA_14 ECIAI39_0743     TRUE 0.874 4.000 0.000 NA   NA
 5889193 5889194 ECIAI39_0743 ECIAI39_0744     FALSE 0.004 592.000 0.000 NA   NA
 5889194 5889195 ECIAI39_0744 ECIAI39_0745     TRUE 0.932 -3.000 0.000 NA   NA
 5889199 5889200 ECIAI39_0749 ECIAI39_0750 ybhB bioA FALSE 0.221 59.000 0.003 NA   NA
 5889201 5889202 ECIAI39_0751 ECIAI39_0752 bioB bioF TRUE 0.997 -3.000 0.168 0.002 Y NA
 5889202 5889203 ECIAI39_0752 ECIAI39_0753 bioF bioC TRUE 0.992 -13.000 0.133 0.002 Y NA
 5889203 5889204 ECIAI39_0753 ECIAI39_0754 bioC bioD TRUE 0.992 -7.000 0.054 0.002 Y NA
 5889204 5889205 ECIAI39_0754 ECIAI39_0755 bioD uvrB FALSE 0.007 579.000 0.000 0.088 N NA
 5889207 5889208 ECIAI39_0757 ECIAI39_0758 moaA moaB TRUE 0.976 22.000 0.108 0.003 Y NA
 5889208 5889209 ECIAI39_0758 ECIAI39_0759 moaB moaC TRUE 0.994 3.000 0.109 0.003 Y NA
 5889209 5889210 ECIAI39_0759 ECIAI39_0760 moaC moaD TRUE 0.995 -7.000 0.175 0.003 Y NA
 5889210 5889211 ECIAI39_0760 ECIAI39_0761 moaD moaE TRUE 0.999 2.000 0.501 0.003 Y NA
 5889211 5889212 ECIAI39_0761 ECIAI39_0762 moaE ybhL FALSE 0.091 137.000 0.025 NA   NA
 5889212 5889213 ECIAI39_0762 ECIAI39_0763 ybhL ybhM FALSE 0.027 207.000 0.037 NA   NA
 5889214 5889215 ECIAI39_0764 ECIAI39_0765 ybhN ybhO TRUE 0.935 0.000 0.071 NA   NA
 5889215 5889216 ECIAI39_0765 ECIAI39_0766 ybhO ybhP TRUE 0.988 -3.000 0.333 NA   NA
 5889218 5889219 ECIAI39_0768 ECIAI39_0769 ybhR ybhS TRUE 0.998 11.000 0.609 0.006 Y NA
 5889219 5889220 ECIAI39_0769 ECIAI39_0770 ybhS ybhF TRUE 0.994 -7.000 0.547 0.088   NA
 5889220 5889221 ECIAI39_0770 ECIAI39_0771 ybhF ybhG TRUE 0.990 -7.000 0.545 1.000   NA
 5889221 5889222 ECIAI39_0771 ECIAI39_0772 ybhG ybiH TRUE 0.973 0.000 0.236 1.000 N NA
 5889223 5889224 ECIAI39_0773 ECIAI39_0774 rhlE   FALSE 0.095 152.000 0.000 NA   NA
 5889224 5889225 ECIAI39_0774 ECIAI39_0775     FALSE 0.010 312.000 0.000 NA   NA
 5889225 5889226 ECIAI39_0775 ECIAI39_0776   dinG FALSE 0.014 282.000 0.000 NA   NA
 5889226 5889227 ECIAI39_0776 ECIAI39_0777 dinG ybiB FALSE 0.398 28.000 0.041 1.000 N NA
 5889227 5889228 ECIAI39_0777 ECIAI39_0778 ybiB ybiC FALSE 0.204 141.000 0.000 0.056 N NA
 5889229 5889230 ECIAI39_0779 ECIAI39_0780 ybiJ ybiI FALSE 0.011 265.000 0.027 NA   NA
 5889230 5889231 ECIAI39_0780 ECIAI39_0781 ybiI ybiX FALSE 0.315 74.000 0.000 1.000   NA
 5889231 5889232 ECIAI39_0781 ECIAI39_0782 ybiX fiu TRUE 0.726 42.000 0.171 1.000   NA
 5889232 5889233 ECIAI39_0782 ECIAI39_0783 fiu   TRUE 0.702 19.000 0.000 NA   NA
 5889233 5889234 ECIAI39_0783 ECIAI39_0784   ybiM FALSE 0.080 163.000 0.000 NA   NA
 5889236 5889237 ECIAI39_0786 ECIAI39_0787 ybiO glnQ FALSE 0.092 117.000 0.000 NA N NA
 5889237 5889238 ECIAI39_0787 ECIAI39_0788 glnQ glnP TRUE 0.988 -3.000 0.038 1.000 Y NA
 5889238 5889239 ECIAI39_0788 ECIAI39_0789 glnP glnH TRUE 0.624 139.000 0.051 0.068 Y NA
 5889239 5889240 ECIAI39_0789 ECIAI39_0790 glnH dps FALSE 0.003 404.000 0.000 1.000 N NA
 5889240 5889241 ECIAI39_0790 ECIAI39_0791 dps rhtA FALSE 0.010 300.000 0.044 NA   NA
 5889243 5889244 ECIAI39_0793 ECIAI39_misc_RNA_15 ybiP rybA FALSE 0.007 355.000 0.000 NA   NA
 5889245 5889246 ECIAI39_0794 ECIAI39_0795 mntR ybiR TRUE 0.779 -3.000 0.014 1.000 N NA
 5889249 5889250 ECIAI39_0798 ECIAI39_0799 ybiU ybiV FALSE 0.095 152.000 0.000 NA   NA
 5889250 5889251 ECIAI39_0799 ECIAI39_0800 ybiV ybiW FALSE 0.130 146.000 0.000 1.000   NA
 5889251 5889252 ECIAI39_0800 ECIAI39_0801 ybiW ybiY TRUE 0.984 6.000 0.316 0.003 N NA
 5889254 5889255 ECIAI39_0803 ECIAI39_0804 moeB moeA TRUE 0.998 0.000 0.323 0.003 Y NA
 5889256 5889257 ECIAI39_0805 ECIAI39_0806 iaaA yliA TRUE 0.806 20.000 0.104 1.000   NA
 5889257 5889258 ECIAI39_0806 ECIAI39_0807 yliA yliB TRUE 0.779 20.000 0.083 1.000   NA
 5889258 5889259 ECIAI39_0807 ECIAI39_0808 yliB yliC TRUE 0.997 18.000 0.803 0.055 Y NA
 5889259 5889260 ECIAI39_0808 ECIAI39_0809 yliC yliD TRUE 0.999 3.000 0.689 0.055 Y NA
 5889260 5889261 ECIAI39_0809 ECIAI39_0810 yliD yliE FALSE 0.028 178.000 0.000 NA N NA
 5889261 5889262 ECIAI39_0810 ECIAI39_0811 yliE yliF TRUE 0.970 8.000 0.000 NA Y NA
 5889263 5889264 ECIAI39_0812 ECIAI39_0813     TRUE 0.969 -10.000 0.300 NA   NA
 5889264 5889265 ECIAI39_0813 ECIAI39_0814   yliG FALSE 0.026 226.000 0.000 NA   NA
 5889266 5889267 ECIAI39_0815 ECIAI39_0816 bssR yliI FALSE 0.181 111.000 0.047 NA   NA
 5889270 5889271 ECIAI39_0819 ECIAI39_0820 deoR ybjG TRUE 0.702 58.000 0.235 1.000   NA
 5889273 5889274 ECIAI39_0822 ECIAI39_0823 ybjH ybjI FALSE 0.256 85.000 0.000 NA   NA
 5889274 5889275 ECIAI39_0823 ECIAI39_0824 ybjI ybjJ TRUE 0.923 0.000 0.000 NA   NA
 5889277 5889278 ECIAI39_misc_RNA_16 ECIAI39_0826 rybB ybjL FALSE 0.271 77.000 0.000 NA   NA
 5889281 5889282 ECIAI39_0829 ECIAI39_0830 ybjC nfsA TRUE 0.918 -16.000 0.159 NA   NA
 5889282 5889283 ECIAI39_0830 ECIAI39_0831 nfsA rimK FALSE 0.230 61.000 0.000 1.000 N NA
 5889283 5889284 ECIAI39_0831 ECIAI39_0832 rimK ybjN FALSE 0.270 88.000 0.065 NA   NA
 5889284 5889285 ECIAI39_0832 ECIAI39_0833 ybjN   FALSE 0.035 206.000 0.000 NA   NA
 5889285 5889286 ECIAI39_0833 ECIAI39_0834   potF TRUE 0.827 -16.000 0.000 NA   NA
 5889286 5889287 ECIAI39_0834 ECIAI39_0835 potF potG TRUE 0.950 95.000 0.679 1.000 Y NA
 5889287 5889288 ECIAI39_0835 ECIAI39_0836 potG potH TRUE 0.997 10.000 0.857 1.000 Y NA
 5889288 5889289 ECIAI39_0836 ECIAI39_0837 potH potI TRUE 0.999 -3.000 0.528 0.054 Y NA
 5889289 5889290 ECIAI39_0837 ECIAI39_0838 potI ybjO TRUE 0.696 60.000 0.264 NA   NA
 5889290 5889291 ECIAI39_0838 ECIAI39_0839 ybjO rumB TRUE 0.776 41.000 0.226 NA   NA
 5889292 5889293 ECIAI39_0840 ECIAI39_0841 artJ artM FALSE 0.181 292.000 0.143 0.068 Y NA
 5889293 5889294 ECIAI39_0841 ECIAI39_0842 artM artQ TRUE 0.999 0.000 0.714 0.017 Y NA
 5889294 5889295 ECIAI39_0842 ECIAI39_0843 artQ artI TRUE 0.994 7.000 0.260 0.054 Y NA
 5889295 5889296 ECIAI39_0843 ECIAI39_0844 artI artP TRUE 0.983 18.000 0.323 1.000 Y NA
 5889296 5889297 ECIAI39_0844 ECIAI39_0845 artP ybjP FALSE 0.028 218.000 0.000 NA   NA
 5889298 5889299 ECIAI39_0846 ECIAI39_0847   ybjQ FALSE 0.031 211.000 0.000 NA   NA
 5889299 5889300 ECIAI39_0847 ECIAI39_0848 ybjQ ybjR TRUE 0.932 -3.000 0.000 NA   NA
 5889301 5889302 ECIAI39_0849 ECIAI39_0850 ybjS ybjT TRUE 0.779 99.000 0.022 0.007 Y NA
 5889302 5889303 ECIAI39_0850 ECIAI39_0851 ybjT ltaE TRUE 0.749 11.000 0.074 1.000 N NA
 5889303 5889304 ECIAI39_0851 ECIAI39_0852 ltaE poxB TRUE 0.872 37.000 0.041 1.000 Y NA
 5889304 5889305 ECIAI39_0852 ECIAI39_0853 poxB hcr FALSE 0.050 133.000 0.025 1.000 N NA
 5889305 5889306 ECIAI39_0853 ECIAI39_0854 hcr hcp TRUE 0.979 12.000 0.000 0.015 Y NA
 5889306 5889307 ECIAI39_0854 ECIAI39_0855 hcp ybjE FALSE 0.115 144.000 0.000 NA   NA
 5889308 5889309 ECIAI39_0856 ECIAI39_0857     FALSE 0.025 227.000 0.000 NA   NA
 5889309 5889310 ECIAI39_0857 ECIAI39_0858   yohG FALSE 0.002 1157.000 0.000 1.000 N NA
 5889310 5889311 ECIAI39_0858 ECIAI39_0859 yohG yohF FALSE 0.413 53.000 0.105 1.000 N NA
 5889313 5889314 ECIAI39_0861 ECIAI39_0862 yohC pbpG FALSE 0.130 174.000 0.145 NA   NA
 5889316 5889317 ECIAI39_0864 ECIAI39_0865 bglX yehZ FALSE 0.020 252.000 0.099 1.000 N NA
 5889317 5889318 ECIAI39_0865 ECIAI39_0866 yehZ yehY TRUE 0.989 7.000 0.521 0.054 N NA
 5889318 5889319 ECIAI39_0866 ECIAI39_0867 yehY yehX TRUE 0.997 -7.000 0.489 1.000 Y NA
 5889319 5889320 ECIAI39_0867 ECIAI39_0868 yehX yehW TRUE 0.996 5.000 0.542 1.000 Y NA
 5889321 5889322 ECIAI39_0869 ECIAI39_0870 yohO mlrA TRUE 0.898 60.000 0.667 NA   NA
 5889322 5889323 ECIAI39_0870 ECIAI39_0871 mlrA   FALSE 0.311 75.000 0.000 1.000   NA
 5889323 5889324 ECIAI39_0871 ECIAI39_0872     TRUE 0.514 87.000 0.000 0.027   NA
 5889324 5889325 ECIAI39_0872 ECIAI39_misc_RNA_17     TRUE 0.608 27.000 0.000 NA   NA
 5889325 5889326 ECIAI39_misc_RNA_17 ECIAI39_0873     TRUE 0.874 4.000 0.000 NA   NA
 5889326 5889327 ECIAI39_0873 ECIAI39_0874     FALSE 0.004 592.000 0.000 NA   NA
 5889327 5889328 ECIAI39_0874 ECIAI39_0875     TRUE 0.932 -3.000 0.000 NA   NA
 5889329 5889330 ECIAI39_0876 ECIAI39_0877     TRUE 0.888 -7.000 0.000 NA   NA
 5889330 5889331 ECIAI39_0877 ECIAI39_0878     TRUE 0.923 0.000 0.000 NA   NA
 5889331 5889332 ECIAI39_0878 ECIAI39_0879     TRUE 0.793 11.000 0.000 NA   NA
 5889332 5889333 ECIAI39_0879 ECIAI39_0880     TRUE 0.983 -102.000 1.000 NA   NA
 5889333 5889334 ECIAI39_0880 ECIAI39_0881     FALSE 0.008 344.000 0.000 NA   NA
 5889334 5889335 ECIAI39_0881 ECIAI39_0882     FALSE 0.297 69.000 0.000 NA   NA
 5889335 5889336 ECIAI39_0882 ECIAI39_0883     FALSE 0.110 152.000 0.000 1.000   NA
 5889336 5889337 ECIAI39_0883 ECIAI39_0884     TRUE 0.932 -3.000 0.000 NA   NA
 5889337 5889338 ECIAI39_0884 ECIAI39_0885     TRUE 0.817 10.000 0.000 NA   NA
 5889340 5889341 ECIAI39_0887 ECIAI39_0888 yehU yehT TRUE 1.000 -3.000 0.877 0.014 Y NA
 5889341 5889342 ECIAI39_0888 ECIAI39_0889 yehT yehS FALSE 0.421 47.000 0.051 NA   NA
 5889343 5889344 ECIAI39_0890 ECIAI39_0891 yehR yehQ FALSE 0.163 125.000 0.000 NA   NA
 5889344 5889345 ECIAI39_0891 ECIAI39_0892 yehQ yehP TRUE 0.970 -3.000 0.160 NA   NA
 5889345 5889346 ECIAI39_0892 ECIAI39_0893 yehP yehM TRUE 0.935 -7.000 0.120 NA   NA
 5889346 5889347 ECIAI39_0893 ECIAI39_0894 yehM yehL TRUE 0.859 11.000 0.100 NA   NA
 5889347 5889348 ECIAI39_0894 ECIAI39_0895 yehL yehK FALSE 0.003 704.000 0.000 NA   NA
 5889348 5889349 ECIAI39_0895 ECIAI39_0896 yehK yehI FALSE 0.336 61.000 0.000 NA   NA
 5889350 5889351 ECIAI39_0897 ECIAI39_0898 insA insB TRUE 0.967 -81.000 0.000 0.028 Y NA
 5889352 5889353 ECIAI39_0899 ECIAI39_0900     TRUE 0.775 -30.000 0.000 NA   NA
 5889353 5889354 ECIAI39_0900 ECIAI39_0901     TRUE 0.754 13.000 0.000 NA   NA
 5889354 5889355 ECIAI39_0901 ECIAI39_0902   metG FALSE 0.119 141.000 0.000 NA   NA
 5889356 5889357 ECIAI39_0903 ECIAI39_0904 mrp yehE FALSE 0.016 263.000 0.000 NA   NA
 5889359 5889360 ECIAI39_0906 ECIAI39_0907 yehD yehC TRUE 0.849 81.000 0.222 1.000 Y NA
 5889360 5889361 ECIAI39_0907 ECIAI39_0908 yehC yehB TRUE 0.996 16.000 1.000 1.000 Y NA
 5889361 5889362 ECIAI39_0908 ECIAI39_0909 yehB yehA TRUE 0.757 16.000 0.000 1.000   NA
 5889363 5889364 ECIAI39_0910 ECIAI39_0911 yohN rncA TRUE 0.501 39.000 0.000 NA   NA
 5889365 5889366 ECIAI39_0912 ECIAI39_misc_RNA_18 yohL   FALSE 0.240 92.000 0.000 NA   NA
 5889366 5889367 ECIAI39_misc_RNA_18 ECIAI39_0913   thiM TRUE 0.540 35.000 0.000 NA   NA
 5889367 5889368 ECIAI39_0913 ECIAI39_0914 thiM thiD TRUE 0.995 -3.000 0.037 0.004 Y NA
 5889368 5889369 ECIAI39_0914 ECIAI39_0915 thiD yegX FALSE 0.215 65.000 0.000 1.000 N NA
 5889369 5889370 ECIAI39_0915 ECIAI39_0916 yegX yegW FALSE 0.277 52.000 0.000 1.000 N NA
 5889371 5889372 ECIAI39_0917 ECIAI39_0918 yegV yegU TRUE 0.993 -3.000 0.600 NA N NA
 5889372 5889373 ECIAI39_0918 ECIAI39_0919 yegU yegT TRUE 0.990 -3.000 0.364 NA   NA
 5889374 5889375 ECIAI39_0920 ECIAI39_0921 fbaB gatY FALSE 0.285 229.000 0.000 0.002 Y NA
 5889375 5889376 ECIAI39_0921 ECIAI39_0922 gatY gatZ TRUE 0.961 29.000 0.000 0.001 Y NA
 5889376 5889377 ECIAI39_0922 ECIAI39_0923 gatZ gatA TRUE 0.968 10.000 0.000 1.000 Y NA
 5889377 5889378 ECIAI39_0923 ECIAI39_0924 gatA gatB TRUE 0.948 31.000 0.000 0.013 Y NA
 5889378 5889379 ECIAI39_0924 ECIAI39_0925 gatB gatC TRUE 0.989 4.000 0.000 0.019 Y NA
 5889379 5889380 ECIAI39_0925 ECIAI39_0926 gatC gatD FALSE 0.307 48.000 0.000 1.000 N NA
 5889380 5889381 ECIAI39_0926 ECIAI39_0927 gatD gatR FALSE 0.141 100.000 0.000 1.000 N NA
 5889384 5889385 ECIAI39_misc_RNA_19 ECIAI39_0930 ryeE yegQ FALSE 0.259 83.000 0.000 NA   NA
 5889385 5889386 ECIAI39_0930 ECIAI39_0931 yegQ   FALSE 0.214 103.000 0.000 NA   NA
 5889386 5889387 ECIAI39_0931 ECIAI39_0932     TRUE 0.900 2.000 0.000 NA   NA
 5889387 5889388 ECIAI39_0932 ECIAI39_0933   yegP FALSE 0.033 209.000 0.000 NA   NA
 5889388 5889389 ECIAI39_0933 ECIAI39_0934 yegP   FALSE 0.492 40.000 0.000 NA   NA
 5889389 5889390 ECIAI39_0934 ECIAI39_0935   baeR TRUE 0.738 -43.000 0.000 NA   NA
 5889390 5889391 ECIAI39_0935 ECIAI39_0936 baeR baeS TRUE 0.999 -3.000 0.591 1.000 Y NA
 5889391 5889392 ECIAI39_0936 ECIAI39_0937 baeS mdtD TRUE 0.952 -3.000 0.139 1.000 N NA
 5889392 5889393 ECIAI39_0937 ECIAI39_0938 mdtD mdtC TRUE 0.986 1.000 0.438 1.000 N NA
 5889393 5889394 ECIAI39_0938 ECIAI39_0939 mdtC mdtB TRUE 0.985 1.000 0.062 NA Y NA
 5889394 5889395 ECIAI39_0939 ECIAI39_0940 mdtB mdtA TRUE 0.843 0.000 0.000 NA N NA
 5889395 5889396 ECIAI39_0940 ECIAI39_misc_RNA_20 mdtA   FALSE 0.016 264.000 0.000 NA   NA
 5889396 5889397 ECIAI39_misc_RNA_20 ECIAI39_misc_RNA_21   ryeD FALSE 0.051 186.000 0.000 NA   NA
 5889397 5889398 ECIAI39_misc_RNA_21 ECIAI39_misc_RNA_22 ryeD ryeC FALSE 0.049 187.000 0.000 NA   NA
 5889399 5889400 ECIAI39_0941 ECIAI39_0942 yegL yegK TRUE 0.932 -3.000 0.000 NA   NA
 5889400 5889401 ECIAI39_0942 ECIAI39_0943 yegK yegI TRUE 0.983 -12.000 0.455 1.000   NA
 5889405 5889406 ECIAI39_0947 ECIAI39_0948 udk dcd TRUE 0.734 92.000 0.098 1.000 Y NA
 5889406 5889407 ECIAI39_0948 ECIAI39_0949 dcd asmA TRUE 0.497 22.000 0.057 NA N NA
 5889408 5889409 ECIAI39_0950 ECIAI39_0951     TRUE 0.945 -28.000 0.286 NA   NA
 5889409 5889410 ECIAI39_0951 ECIAI39_0952   yegH FALSE 0.277 75.000 0.000 NA   NA
 5889411 5889412 ECIAI39_0953 ECIAI39_0954 wza wzb TRUE 0.956 6.000 0.286 1.000 N NA
 5889412 5889413 ECIAI39_0954 ECIAI39_0955 wzb wzc TRUE 0.827 3.000 0.000 1.000 N NA
 5889413 5889414 ECIAI39_0955 ECIAI39_0956 wzc wcaA TRUE 0.660 93.000 0.000 NA Y NA
 5889414 5889415 ECIAI39_0956 ECIAI39_0957 wcaA wcaB TRUE 0.961 3.000 0.259 NA N NA
 5889415 5889416 ECIAI39_0957 ECIAI39_0958 wcaB wcaC TRUE 0.979 -3.000 0.259 1.000 N NA
 5889416 5889417 ECIAI39_0958 ECIAI39_0959 wcaC wcaD TRUE 0.967 -25.000 0.400 NA   NA
 5889417 5889418 ECIAI39_0959 ECIAI39_0960 wcaD wcaE TRUE 0.959 11.000 0.333 NA   NA
 5889418 5889419 ECIAI39_0960 ECIAI39_0961 wcaE wcaF TRUE 0.770 16.000 0.077 NA   NA
 5889419 5889420 ECIAI39_0961 ECIAI39_0962 wcaF gmd TRUE 0.555 27.000 0.022 1.000   NA
 5889420 5889421 ECIAI39_0962 ECIAI39_0963 gmd fcl TRUE 0.992 3.000 0.000 0.007 Y NA
 5889421 5889422 ECIAI39_0963 ECIAI39_0964 fcl nudD TRUE 0.984 3.000 0.217 0.001 N NA
 5889422 5889423 ECIAI39_0964 ECIAI39_0965 nudD wcaI TRUE 0.941 -3.000 0.108 1.000 N NA
 5889423 5889424 ECIAI39_0965 ECIAI39_0966 wcaI cpsB TRUE 0.988 3.000 0.123 1.000 Y NA
 5889424 5889425 ECIAI39_0966 ECIAI39_0967 cpsB cpsG TRUE 0.868 102.000 1.000 1.000 N NA
 5889425 5889426 ECIAI39_0967 ECIAI39_0968 cpsG wcaJ TRUE 0.839 55.000 0.538 NA N NA
 5889426 5889427 ECIAI39_0968 ECIAI39_0969 wcaJ wzxC TRUE 0.979 2.000 0.304 NA   NA
 5889427 5889428 ECIAI39_0969 ECIAI39_0970 wzxC wcaK FALSE 0.376 73.000 0.095 NA   NA
 5889428 5889429 ECIAI39_0970 ECIAI39_0971 wcaK wcaL TRUE 0.955 -3.000 0.095 NA   NA
 5889429 5889430 ECIAI39_0971 ECIAI39_0972 wcaL wcaM TRUE 0.950 11.000 0.292 NA   NA
 5889430 5889431 ECIAI39_0972 ECIAI39_0973 wcaM galF FALSE 0.228 175.000 0.259 NA   NA
 5889431 5889432 ECIAI39_0973 ECIAI39_0974 galF rmlB FALSE 0.044 373.000 0.000 1.000 Y NA
 5889432 5889433 ECIAI39_0974 ECIAI39_0975 rmlB rmlD TRUE 0.996 0.000 0.084 0.002 Y NA
 5889433 5889434 ECIAI39_0975 ECIAI39_0976 rmlD rmlA TRUE 0.895 59.000 0.053 0.002 Y NA
 5889434 5889435 ECIAI39_0976 ECIAI39_0977 rmlA rmlC TRUE 0.989 5.000 0.211 1.000 Y NA
 5889435 5889436 ECIAI39_0977 ECIAI39_0978 rmlC wzx TRUE 0.919 1.000 0.054 1.000   NA
 5889436 5889437 ECIAI39_0978 ECIAI39_0979 wzx vioA TRUE 0.937 3.000 0.103 1.000   NA
 5889437 5889438 ECIAI39_0979 ECIAI39_0980 vioA vioB TRUE 0.956 2.000 0.144 1.000   NA
 5889438 5889439 ECIAI39_0980 ECIAI39_0981 vioB wbbA TRUE 0.932 -3.000 0.000 NA   NA
 5889439 5889440 ECIAI39_0981 ECIAI39_0982 wbbA wbbB TRUE 0.923 0.000 0.000 NA   NA
 5889440 5889441 ECIAI39_0982 ECIAI39_0983 wbbB wzy TRUE 0.932 -3.000 0.000 NA   NA
 5889441 5889442 ECIAI39_0983 ECIAI39_0984 wzy wbbC TRUE 0.932 -3.000 0.000 NA   NA
 5889442 5889443 ECIAI39_0984 ECIAI39_0985 wbbC wbbD TRUE 0.975 -10.000 0.000 NA Y NA
 5889445 5889446 ECIAI39_0987 ECIAI39_0988 manC cpsG FALSE 0.418 34.000 0.000 1.000 N NA
 5889446 5889447 ECIAI39_0988 ECIAI39_0989 cpsG gnd FALSE 0.309 164.000 0.005 1.000 Y NA
 5889447 5889448 ECIAI39_0989 ECIAI39_0990 gnd ugd FALSE 0.012 248.000 0.000 1.000 N NA
 5889448 5889449 ECIAI39_0990 ECIAI39_0991 ugd cld FALSE 0.465 146.000 0.000 1.000 Y NA
 5889450 5889451 ECIAI39_0992 ECIAI39_0993 hisI hisF TRUE 0.998 -6.000 0.430 0.003 Y NA
 5889451 5889452 ECIAI39_0993 ECIAI39_0994 hisF hisA TRUE 0.986 -18.000 0.000 0.003 Y NA
 5889452 5889453 ECIAI39_0994 ECIAI39_0995 hisA hisH TRUE 0.995 0.000 0.000 0.003 Y NA
 5889453 5889454 ECIAI39_0995 ECIAI39_0996 hisH hisB TRUE 0.996 0.000 0.128 0.003 Y NA
 5889454 5889455 ECIAI39_0996 ECIAI39_0997 hisB hisC TRUE 0.998 0.000 0.341 0.003 Y NA
 5889455 5889456 ECIAI39_0997 ECIAI39_0998 hisC hisD TRUE 0.998 -3.000 0.294 0.003 Y NA
 5889456 5889457 ECIAI39_0998 ECIAI39_0999 hisD hisG TRUE 0.994 6.000 0.171 0.003 Y NA
 5889457 5889458 ECIAI39_0999 ECIAI39_misc_RNA_23 hisG   FALSE 0.435 47.000 0.000 NA   NA
 5889458 5889459 ECIAI39_misc_RNA_23 ECIAI39_4938   hisL TRUE 0.795 -24.000 0.000 NA   NA
 5889460 5889461 ECIAI39_1000 ECIAI39_1001 yeeZ yeeY FALSE 0.170 46.000 0.015 1.000 N NA
 5889461 5889462 ECIAI39_1001 ECIAI39_1002 yeeY yeeF FALSE 0.009 267.000 0.000 1.000 N NA
 5889462 5889463 ECIAI39_1002 ECIAI39_1003 yeeF yeeE FALSE 0.059 179.000 0.000 NA   NA
 5889463 5889464 ECIAI39_1003 ECIAI39_1004 yeeE yeeD TRUE 0.960 14.000 0.419 NA   NA
 5889467 5889468 ECIAI39_1007 ECIAI39_1008     TRUE 0.702 19.000 0.000 NA   NA
 5889469 5889470 ECIAI39_1009 ECIAI39_1010 sbmC yeeA FALSE 0.062 198.000 0.096 NA   NA
 5889470 5889471 ECIAI39_1010 ECIAI39_1011 yeeA yeeX FALSE 0.420 106.000 0.180 NA   NA
 5889472 5889473 ECIAI39_1012 ECIAI39_1013 yeeW yeeV FALSE 0.205 107.000 0.000 NA   NA
 5889473 5889474 ECIAI39_1013 ECIAI39_1014 yeeV yeeU FALSE 0.248 89.000 0.000 NA   NA
 5889474 5889475 ECIAI39_1014 ECIAI39_1015 yeeU yeeT FALSE 0.104 149.000 0.000 NA   NA
 5889475 5889476 ECIAI39_1015 ECIAI39_1016 yeeT yeeS FALSE 0.327 63.000 0.000 NA   NA
 5889476 5889477 ECIAI39_1016 ECIAI39_1017 yeeS   TRUE 0.735 15.000 0.000 NA   NA
 5889477 5889478 ECIAI39_1017 ECIAI39_1018     FALSE 0.260 82.000 0.000 NA   NA
 5889478 5889479 ECIAI39_1018 ECIAI39_1019     FALSE 0.006 394.000 0.000 NA   NA
 5889479 5889480 ECIAI39_1019 ECIAI39_1020     FALSE 0.118 142.000 0.000 NA   NA
 5889480 5889481 ECIAI39_1020 ECIAI39_1021     FALSE 0.049 187.000 0.000 NA   NA
 5889481 5889482 ECIAI39_1021 ECIAI39_1022     TRUE 0.860 -10.000 0.000 NA   NA
 5889482 5889483 ECIAI39_1022 ECIAI39_1023     FALSE 0.251 87.000 0.000 NA   NA
 5889483 5889484 ECIAI39_1023 ECIAI39_1024     TRUE 0.997 -3.000 0.800 NA   NA
 5889484 5889485 ECIAI39_1024 ECIAI39_1025     TRUE 0.636 25.000 0.000 NA   NA
 5889485 5889486 ECIAI39_1025 ECIAI39_1026     TRUE 0.995 -3.000 0.600 NA   NA
 5889486 5889487 ECIAI39_1026 ECIAI39_1027     FALSE 0.095 218.000 0.000 0.009   NA
 5889487 5889488 ECIAI39_1027 ECIAI39_1028     TRUE 0.668 22.000 0.000 NA   NA
 5889490 5889491 ECIAI39_1030 ECIAI39_misc_RNA_24     TRUE 0.501 39.000 0.000 NA   NA
 5889491 5889492 ECIAI39_misc_RNA_24 ECIAI39_1031     TRUE 0.874 4.000 0.000 NA   NA
 5889492 5889493 ECIAI39_1031 ECIAI39_1032     FALSE 0.004 592.000 0.000 NA   NA
 5889493 5889494 ECIAI39_1032 ECIAI39_1033     FALSE 0.173 120.000 0.000 NA   NA
 5889494 5889495 ECIAI39_1033 ECIAI39_1034     FALSE 0.378 54.000 0.000 NA   NA
 5889495 5889496 ECIAI39_1034 ECIAI39_1035     TRUE 0.725 16.000 0.000 NA   NA
 5889496 5889497 ECIAI39_1035 ECIAI39_1036   insM TRUE 0.959 36.000 0.182 0.094 Y NA
 5889497 5889498 ECIAI39_1036 ECIAI39_1037 insM   FALSE 0.359 57.000 0.000 NA   NA
 5889498 5889499 ECIAI39_1037 ECIAI39_1038     TRUE 0.890 3.000 0.000 NA   NA
 5889499 5889500 ECIAI39_1038 ECIAI39_1039     FALSE 0.378 54.000 0.000 NA   NA
 5889500 5889501 ECIAI39_1039 ECIAI39_1040     TRUE 0.744 14.000 0.000 NA   NA
 5889501 5889502 ECIAI39_1040 ECIAI39_1041     FALSE 0.051 186.000 0.000 NA   NA
 5889502 5889503 ECIAI39_1041 ECIAI39_1042   yaiO FALSE 0.005 479.000 0.000 NA   NA
 5889503 5889504 ECIAI39_1042 ECIAI39_1043 yaiO yaiX FALSE 0.466 43.000 0.000 NA   NA
 5889504 5889505 ECIAI39_1043 ECIAI39_1044 yaiX yaiP TRUE 0.540 35.000 0.000 NA   NA
 5889505 5889506 ECIAI39_1044 ECIAI39_1045 yaiP yaiS TRUE 0.907 14.000 0.214 NA   NA
 5889507 5889508 ECIAI39_1046 ECIAI39_1047 ibrA   FALSE 0.062 184.000 0.000 1.000   NA
 5889508 5889509 ECIAI39_1047 ECIAI39_1048     TRUE 0.994 -3.000 0.000 0.094 Y NA
 5889509 5889510 ECIAI39_1048 ECIAI39_1049   ibrB FALSE 0.394 52.000 0.000 NA   NA
 5889512 5889513 ECIAI39_1051 ECIAI39_1052     FALSE 0.006 393.000 0.000 NA   NA
 5889513 5889514 ECIAI39_1052 ECIAI39_1054   cobU FALSE 0.005 465.000 0.000 NA   NA
 5889514 5889515 ECIAI39_1054 ECIAI39_1055 cobU cobS TRUE 0.990 -3.000 0.000 1.000 Y NA
 5889515 5889516 ECIAI39_1055 ECIAI39_1056 cobS cobT TRUE 0.981 12.000 0.056 0.004 Y NA
 5889516 5889517 ECIAI39_1056 ECIAI39_1058 cobT erfK FALSE 0.218 65.000 0.015 NA   NA
 5889519 5889520 ECIAI39_1059 ECIAI39_1060 nac cbl TRUE 0.881 102.000 0.222 0.058 Y NA
 5889522 5889523 ECIAI39_1061 ECIAI39_tRNA9 yeeO   FALSE 0.217 101.000 0.000 NA   NA
 5889524 5889525 ECIAI39_1062 ECIAI39_1063 yeeN amn FALSE 0.008 343.000 0.000 NA   NA
 5889525 5889526 ECIAI39_1063 ECIAI39_1064 amn shiA FALSE 0.074 102.000 0.021 1.000 N NA
 5889528 5889529 ECIAI39_1066 ECIAI39_1067 yeeJ yeeJ TRUE 0.754 13.000 0.000 NA   NA
 5889529 5889530 ECIAI39_1067 ECIAI39_1068 yeeJ   TRUE 0.531 36.000 0.000 NA   NA
 5889530 5889531 ECIAI39_1068 ECIAI39_1069     TRUE 0.709 -73.000 0.000 NA   NA
 5889531 5889532 ECIAI39_1069 ECIAI39_1070   fyuA FALSE 0.004 594.000 0.000 NA   NA
 5889532 5889533 ECIAI39_1070 ECIAI39_1071 fyuA irp FALSE 0.181 131.000 0.125 1.000 N NA
 5889533 5889534 ECIAI39_1071 ECIAI39_1072 irp irp TRUE 0.983 4.000 0.094 1.000 Y NA
 5889534 5889535 ECIAI39_1072 ECIAI39_1073 irp irp TRUE 0.998 -3.000 0.406 1.000 Y NA
 5889535 5889536 ECIAI39_1073 ECIAI39_1074 irp irp TRUE 0.991 -63.000 0.333 0.027 Y NA
 5889536 5889537 ECIAI39_1074 ECIAI39_1075 irp irp TRUE 0.883 88.000 0.105 0.001 Y NA
 5889537 5889538 ECIAI39_1075 ECIAI39_1076 irp ybtA FALSE 0.040 173.000 0.000 1.000 N NA
 5889539 5889540 ECIAI39_1077 ECIAI39_1078 irp irp TRUE 0.998 -40.000 0.913 0.006 Y NA
 5889540 5889541 ECIAI39_1078 ECIAI39_1079 irp irp TRUE 0.903 -7.000 0.130 NA N NA
 5889541 5889542 ECIAI39_1079 ECIAI39_1080 irp irp TRUE 0.721 28.000 0.176 NA N NA
 5889543 5889544 ECIAI39_1081 ECIAI39_tRNA73 int   FALSE 0.081 162.000 0.000 NA   NA
 5889544 5889545 ECIAI39_tRNA73 ECIAI39_1082   yeeI FALSE 0.217 101.000 0.000 NA   NA
 5889547 5889548 ECIAI39_1084 ECIAI39_1085 yodA yedZ FALSE 0.021 258.000 0.000 1.000   NA
 5889548 5889549 ECIAI39_1085 ECIAI39_1086 yedZ yedY TRUE 0.997 1.000 0.790 0.047   NA
 5889549 5889550 ECIAI39_1086 ECIAI39_1087 yedY yedX FALSE 0.229 109.000 0.000 1.000   NA
 5889551 5889552 ECIAI39_1088 ECIAI39_1089 yedW yedV TRUE 1.000 0.000 0.857 0.001 Y NA
 5889553 5889554 ECIAI39_1090 ECIAI39_1091 hchA   FALSE 0.004 596.000 0.000 NA   NA
 5889554 5889555 ECIAI39_1091 ECIAI39_1092     TRUE 0.638 -550.000 0.000 NA   NA
 5889555 5889556 ECIAI39_1092 ECIAI39_misc_RNA_25   rseX FALSE 0.003 819.000 0.000 NA   NA
 5889557 5889558 ECIAI39_1093 ECIAI39_1094 yedR yedJ TRUE 0.513 40.000 0.062 NA   NA
 5889558 5889559 ECIAI39_1094 ECIAI39_1095 yedJ dcm FALSE 0.342 67.000 0.000 1.000   NA
 5889559 5889560 ECIAI39_1095 ECIAI39_1096 dcm vsr TRUE 0.980 -19.000 0.000 0.094 Y NA
 5889562 5889563 ECIAI39_1098 ECIAI39_1099 yedI yodC FALSE 0.196 79.000 0.025 NA   NA
 5889563 5889564 ECIAI39_1099 ECIAI39_1100 yodC   FALSE 0.331 62.000 0.000 NA   NA
 5889564 5889565 ECIAI39_1100 ECIAI39_1101   yedQ TRUE 0.701 -79.000 0.000 NA   NA
 5889569 5889570 ECIAI39_misc_RNA_27 ECIAI39_1104 dsrB dsrB TRUE 0.645 -186.000 0.000 NA   NA
 5889571 5889572 ECIAI39_1105 ECIAI39_1106 rcsA fliR FALSE 0.007 290.000 0.000 1.000 N NA
 5889572 5889573 ECIAI39_1106 ECIAI39_1107 fliR fliQ TRUE 0.862 75.000 0.000 0.002 Y NA
 5889573 5889574 ECIAI39_1107 ECIAI39_1108 fliQ fliP TRUE 0.999 10.000 0.827 0.008 Y NA
 5889574 5889575 ECIAI39_1108 ECIAI39_1109 fliP fliO TRUE 0.994 0.000 0.203 1.000 Y NA
 5889575 5889576 ECIAI39_1109 ECIAI39_1110 fliO fliN TRUE 0.996 3.000 0.443 1.000 Y NA
 5889576 5889577 ECIAI39_1110 ECIAI39_1111 fliN fliM TRUE 0.997 -3.000 0.137 0.001 Y NA
 5889577 5889578 ECIAI39_1111 ECIAI39_1112 fliM fliL TRUE 0.999 5.000 0.957 0.001 Y NA
 5889578 5889579 ECIAI39_1112 ECIAI39_1113 fliL fliK TRUE 0.719 105.000 0.119 1.000 Y NA
 5889579 5889580 ECIAI39_1113 ECIAI39_1114 fliK fliJ TRUE 0.998 -3.000 0.317 0.005 Y NA
 5889580 5889581 ECIAI39_1114 ECIAI39_1115 fliJ fliI TRUE 0.926 19.000 0.006 1.000 Y NA
 5889581 5889582 ECIAI39_1115 ECIAI39_1116 fliI fliH TRUE 0.988 0.000 0.000 1.000 Y NA
 5889582 5889583 ECIAI39_1116 ECIAI39_1117 fliH fliG TRUE 0.888 -7.000 0.000 NA   NA
 5889584 5889585 ECIAI39_1118 ECIAI39_1119     TRUE 0.994 -3.000 0.000 0.093 Y NA
 5889586 5889587 ECIAI39_1120 ECIAI39_1121 fliG fliF TRUE 0.888 -7.000 0.000 NA   NA
 5889589 5889590 ECIAI39_1123 ECIAI39_1124 yedL yedK FALSE 0.197 111.000 0.000 NA   NA
 5889590 5889591 ECIAI39_1124 ECIAI39_1125 yedK yedF FALSE 0.201 109.000 0.000 NA   NA
 5889591 5889592 ECIAI39_1125 ECIAI39_1126 yedF yedE TRUE 0.997 -3.000 0.844 NA   NA
 5889594 5889595 ECIAI39_1128 ECIAI39_1129 amyA fliT FALSE 0.422 78.000 0.115 1.000   NA
 5889595 5889596 ECIAI39_1129 ECIAI39_1130 fliT fliS TRUE 0.987 0.000 0.324 1.000   NA
 5889596 5889597 ECIAI39_1130 ECIAI39_1131 fliS fliD TRUE 0.987 25.000 0.284 0.002 Y NA
 5889598 5889599 ECIAI39_1132 ECIAI39_1133 fliC fliA FALSE 0.019 166.000 0.012 1.000 N NA
 5889599 5889600 ECIAI39_1133 ECIAI39_1134 fliA fliZ TRUE 0.601 46.000 0.108 1.000   NA
 5889600 5889601 ECIAI39_1134 ECIAI39_1135 fliZ fliY TRUE 0.632 88.000 0.280 1.000   NA
 5889601 5889602 ECIAI39_1135 ECIAI39_1136 fliY yedO TRUE 0.907 105.000 0.469 1.000 Y NA
 5889602 5889603 ECIAI39_1136 ECIAI39_1137 yedO yecS TRUE 0.949 15.000 0.050 1.000 Y NA
 5889603 5889604 ECIAI39_1137 ECIAI39_1138 yecS yecC TRUE 0.993 -3.000 0.150 1.000 Y NA
 5889604 5889605 ECIAI39_1138 ECIAI39_1139 yecC sdiA FALSE 0.018 230.000 0.071 1.000 N NA
 5889607 5889608 ECIAI39_1141 ECIAI39_1142 uvrY uvrC TRUE 0.974 -3.000 0.086 0.027 N NA
 5889608 5889609 ECIAI39_1142 ECIAI39_1143 uvrC pgsA TRUE 0.614 57.000 0.227 1.000 N NA
 5889609 5889610 ECIAI39_1143 ECIAI39_tRNA11 pgsA   FALSE 0.095 152.000 0.000 NA   NA
 5889610 5889611 ECIAI39_tRNA11 ECIAI39_tRNA12     FALSE 0.371 55.000 0.000 NA   NA
 5889611 5889612 ECIAI39_tRNA12 ECIAI39_tRNA13     TRUE 0.754 13.000 0.000 NA   NA
 5889612 5889613 ECIAI39_tRNA13 ECIAI39_1144   yecA FALSE 0.043 196.000 0.000 NA   NA
 5889616 5889617 ECIAI39_1147 ECIAI39_1148 ftn yecR FALSE 0.068 172.000 0.000 NA   NA
 5889617 5889618 ECIAI39_1148 ECIAI39_1149 yecR   FALSE 0.035 207.000 0.000 NA   NA
 5889619 5889620 ECIAI39_misc_RNA_28 ECIAI39_1150 isrB yecJ FALSE 0.262 81.000 0.000 NA   NA
 5889622 5889623 ECIAI39_1152 ECIAI39_1153 araF araG TRUE 0.974 70.000 0.917 NA Y NA
 5889623 5889624 ECIAI39_1153 ECIAI39_1154 araG araH TRUE 0.992 12.000 0.451 1.000 Y NA
 5889624 5889625 ECIAI39_1154 ECIAI39_1155 araH otsB FALSE 0.325 167.000 0.037 1.000 Y NA
 5889625 5889626 ECIAI39_1155 ECIAI39_1156 otsB otsA TRUE 0.986 -25.000 0.068 0.001 Y NA
 5889628 5889629 ECIAI39_1158 ECIAI39_1159 flhD flhC TRUE 0.890 3.000 0.000 NA   NA
 5889629 5889630 ECIAI39_1159 ECIAI39_1160 flhC flhC TRUE 0.668 22.000 0.000 NA   NA
 5889630 5889631 ECIAI39_1160 ECIAI39_1161 flhC motA FALSE 0.156 127.000 0.000 NA   NA
 5889631 5889632 ECIAI39_1161 ECIAI39_1162 motA motB TRUE 0.998 -3.000 0.429 1.000 Y NA
 5889632 5889633 ECIAI39_1162 ECIAI39_1163 motB cheA TRUE 0.998 5.000 0.913 1.000 Y NA
 5889633 5889634 ECIAI39_1163 ECIAI39_1164 cheA cheW TRUE 0.994 21.000 0.447 0.003 Y NA
 5889636 5889637 ECIAI39_1165 ECIAI39_1166 tar cheR FALSE 0.072 291.000 0.037 1.000 Y NA
 5889637 5889638 ECIAI39_1166 ECIAI39_1167 cheR cheB TRUE 0.982 3.000 0.000 1.000 Y NA
 5889638 5889639 ECIAI39_1167 ECIAI39_1168 cheB cheY TRUE 0.975 15.000 0.000 0.011 Y NA
 5889639 5889640 ECIAI39_1168 ECIAI39_1169 cheY cheZ TRUE 0.963 11.000 0.000 1.000 Y NA
 5889640 5889641 ECIAI39_1169 ECIAI39_1170 cheZ flhB FALSE 0.189 209.000 0.000 1.000 Y NA
 5889641 5889642 ECIAI39_1170 ECIAI39_1171 flhB flhA TRUE 0.997 -7.000 0.287 0.008 Y NA
 5889642 5889643 ECIAI39_1171 ECIAI39_1172 flhA flhE TRUE 0.988 0.000 0.158 0.002   NA
 5889645 5889646 ECIAI39_1174 ECIAI39_1175 yecM cutC TRUE 0.750 14.000 0.057 NA   NA
 5889646 5889647 ECIAI39_1175 ECIAI39_1176 cutC torY FALSE 0.004 387.000 0.000 1.000 N NA
 5889647 5889648 ECIAI39_1176 ECIAI39_1177 torY torZ TRUE 0.991 25.000 0.481 0.046 Y NA
 5889649 5889650 ECIAI39_1178 ECIAI39_1179 yecP yecO TRUE 0.987 -3.000 0.315 NA   NA
 5889650 5889651 ECIAI39_1179 ECIAI39_1180 yecO yecN TRUE 0.576 41.000 0.089 NA   NA
 5889651 5889652 ECIAI39_1180 ECIAI39_1181 yecN yecE TRUE 0.541 53.000 0.126 NA   NA
 5889652 5889653 ECIAI39_1181 ECIAI39_1182 yecE yecD TRUE 0.952 -3.000 0.089 NA   NA
 5889654 5889655 ECIAI39_1183 ECIAI39_1184 aspS nudB TRUE 0.831 2.000 0.050 1.000 N NA
 5889655 5889656 ECIAI39_1184 ECIAI39_1185 nudB yebC TRUE 0.519 29.000 0.035 NA   NA
 5889656 5889657 ECIAI39_1185 ECIAI39_1186 yebC ruvC TRUE 0.846 35.000 0.277 NA   NA
 5889659 5889660 ECIAI39_1188 ECIAI39_1189 ruvA ruvB TRUE 0.998 9.000 0.549 0.001 Y NA
 5889661 5889662 ECIAI39_1190 ECIAI39_1191 znuB znuC TRUE 0.999 -3.000 0.755 0.084 Y NA
 5889663 5889664 ECIAI39_1192 ECIAI39_1193 znuA yebA TRUE 0.783 16.000 0.131 1.000 N NA
 5889664 5889665 ECIAI39_1193 ECIAI39_1194 yebA lpxM TRUE 0.818 119.000 0.299 1.000 Y NA
 5889666 5889667 ECIAI39_1195 ECIAI39_1196 pykA yebK FALSE 0.120 128.000 0.071 1.000 N NA
 5889668 5889669 ECIAI39_1197 ECIAI39_1198   zwf TRUE 0.725 16.000 0.000 NA   NA
 5889669 5889670 ECIAI39_1198 ECIAI39_1199 zwf edd FALSE 0.126 235.000 0.041 1.000 Y NA
 5889670 5889671 ECIAI39_1199 ECIAI39_1200 edd eda TRUE 0.979 37.000 0.523 1.000 Y NA
 5889673 5889674 ECIAI39_1202 ECIAI39_1203 yebG yebF FALSE 0.288 55.000 0.027 NA   NA
 5889674 5889675 ECIAI39_1203 ECIAI39_1204 yebF yebE FALSE 0.006 326.000 0.028 NA   NA
 5889675 5889676 ECIAI39_1204 ECIAI39_1205 yebE ptrB FALSE 0.051 207.000 0.092 NA   NA
 5889677 5889678 ECIAI39_1206 ECIAI39_1207 exoX yobB TRUE 0.955 24.000 0.500 1.000   NA
 5889678 5889679 ECIAI39_1207 ECIAI39_1208 yobB holE TRUE 0.521 102.000 0.222 1.000   NA
 5889680 5889681 ECIAI39_1209 ECIAI39_1210 yobA yebZ TRUE 0.991 4.000 0.613 1.000   NA
 5889681 5889682 ECIAI39_1210 ECIAI39_1211 yebZ yebY TRUE 0.983 13.000 0.704 NA   NA
 5889684 5889685 ECIAI39_misc_RNA_31 ECIAI39_1212 ryeB pphA FALSE 0.044 195.000 0.000 NA   NA
 5889686 5889687 ECIAI39_1213 ECIAI39_1214 yebW yebV TRUE 0.935 21.000 0.353 NA   NA
 5889687 5889688 ECIAI39_1214 ECIAI39_1215 yebV yebU FALSE 0.285 118.000 0.121 NA   NA
 5889688 5889689 ECIAI39_1215 ECIAI39_1216 yebU yebT TRUE 0.750 80.000 0.420 NA   NA
 5889689 5889690 ECIAI39_1216 ECIAI39_1217 yebT yebS TRUE 0.988 -31.000 0.840 NA   NA
 5889691 5889692 ECIAI39_1218 ECIAI39_1219 yebR proQ TRUE 0.678 97.000 0.081 NA Y NA
 5889692 5889693 ECIAI39_1219 ECIAI39_1220 proQ prc TRUE 0.893 20.000 0.304 NA N NA
 5889693 5889694 ECIAI39_1220 ECIAI39_1221 prc htpX FALSE 0.085 192.000 0.042 0.020 N NA
 5889702 5889703 ECIAI39_1229 ECIAI39_1230 cspC rrmA FALSE 0.072 166.000 0.038 1.000   NA
 5889704 5889705 ECIAI39_1231 ECIAI39_misc_RNA_32 yebN   FALSE 0.201 109.000 0.000 NA   NA
 5889705 5889706 ECIAI39_misc_RNA_32 ECIAI39_1232   yobD FALSE 0.041 198.000 0.000 NA   NA
 5889706 5889707 ECIAI39_1232 ECIAI39_1233 yobD manZ TRUE 0.923 55.000 0.755 NA   NA
 5889707 5889708 ECIAI39_1233 ECIAI39_1234 manZ manY TRUE 0.999 4.000 0.939 0.018 Y NA
 5889708 5889709 ECIAI39_1234 ECIAI39_1235 manY manX TRUE 0.867 63.000 0.000 0.018 Y NA
 5889711 5889712 ECIAI39_1237 ECIAI39_1238 adrB sdaA FALSE 0.482 131.000 0.389 NA N NA
 5889712 5889713 ECIAI39_1238 ECIAI39_1239 sdaA yeaB FALSE 0.331 184.000 0.409 1.000   NA
 5889713 5889714 ECIAI39_1239 ECIAI39_1240 yeaB pabB TRUE 0.932 4.000 0.116 1.000   NA
 5889719 5889720 ECIAI39_1245 ECIAI39_1246 yoaA yeaZ FALSE 0.324 58.000 0.082 1.000 N NA
 5889720 5889721 ECIAI39_1246 ECIAI39_1247 yeaZ yeaY FALSE 0.237 39.000 0.024 1.000 N NA
 5889721 5889722 ECIAI39_1247 ECIAI39_1248 yeaY fadD FALSE 0.067 205.000 0.169 1.000 N NA
 5889722 5889723 ECIAI39_1248 ECIAI39_1249 fadD rnd FALSE 0.335 70.000 0.115 1.000 N NA
 5889724 5889725 ECIAI39_1250 ECIAI39_1251 yeaX yeaW TRUE 0.506 56.000 0.043 0.046 N NA
 5889725 5889726 ECIAI39_1251 ECIAI39_1252 yeaW yeaV FALSE 0.429 32.000 0.000 1.000 N NA
 5889726 5889727 ECIAI39_1252 ECIAI39_1253 yeaV yeaU FALSE 0.026 416.000 0.333 1.000 N NA
 5889728 5889729 ECIAI39_1254 ECIAI39_1255 yeaT yeaS FALSE 0.098 127.000 0.000 1.000 N NA
 5889729 5889730 ECIAI39_1255 ECIAI39_1256 yeaS yeaR FALSE 0.031 173.000 0.000 NA N NA
 5889730 5889731 ECIAI39_1256 ECIAI39_1257 yeaR yoaG TRUE 0.874 4.000 0.000 NA   NA
 5889731 5889732 ECIAI39_1257 ECIAI39_1258 yoaG yeaQ FALSE 0.107 148.000 0.000 NA   NA
 5889735 5889736 ECIAI39_1261 ECIAI39_1262 yeaO yeaN FALSE 0.246 55.000 0.007 NA   NA
 5889740 5889741 ECIAI39_1266 ECIAI39_1267 yeaK yeaJ TRUE 0.544 43.000 0.083 NA   NA
 5889741 5889742 ECIAI39_1267 ECIAI39_1268 yeaJ yeaI FALSE 0.477 181.000 0.000 0.005 Y NA
 5889742 5889743 ECIAI39_1268 ECIAI39_1269 yeaI yeaH FALSE 0.110 147.000 0.000 NA   NA
 5889743 5889744 ECIAI39_1269 ECIAI39_1270 yeaH yeaG TRUE 0.812 113.000 0.683 NA   NA
 5889745 5889746 ECIAI39_1271 ECIAI39_1272 mipA yeaE FALSE 0.272 90.000 0.067 NA   NA
 5889747 5889748 ECIAI39_1273 ECIAI39_1274 yeaD gapA TRUE 0.795 84.000 0.154 1.000 Y NA
 5889749 5889750 ECIAI39_1275 ECIAI39_1276 msrB yeaC TRUE 0.756 42.000 0.216 NA   NA
 5889750 5889751 ECIAI39_1276 ECIAI39_1277 yeaC ydjL FALSE 0.007 370.000 0.000 NA   NA
 5889751 5889752 ECIAI39_1277 ECIAI39_1278 ydjL ydjK TRUE 0.833 27.000 0.250 1.000 N NA
 5889752 5889753 ECIAI39_1278 ECIAI39_1279 ydjK ydjJ TRUE 0.821 17.000 0.167 1.000 N NA
 5889753 5889754 ECIAI39_1279 ECIAI39_1280 ydjJ ydjI TRUE 0.917 21.000 0.194 0.015 N NA
 5889754 5889755 ECIAI39_1280 ECIAI39_1281 ydjI ydjH TRUE 0.994 5.000 0.368 NA Y NA
 5889755 5889756 ECIAI39_1281 ECIAI39_1282 ydjH ydjG TRUE 0.934 10.000 0.269 NA N NA
 5889756 5889757 ECIAI39_1282 ECIAI39_1283 ydjG ydjF FALSE 0.344 137.000 0.269 1.000 N NA
 5889758 5889759 ECIAI39_1284 ECIAI39_1285 insB insA TRUE 0.967 -81.000 0.000 0.027 Y NA
 5889761 5889762 ECIAI39_1287 ECIAI39_1288 pncA ansA TRUE 0.627 11.000 0.040 1.000 N NA
 5889762 5889763 ECIAI39_1288 ECIAI39_1289 ansA sppA FALSE 0.086 167.000 0.113 1.000 N NA
 5889764 5889765 ECIAI39_1290 ECIAI39_1291 ydjA   TRUE 0.623 26.000 0.000 NA   NA
 5889765 5889766 ECIAI39_1291 ECIAI39_1292   selD TRUE 0.722 -58.000 0.000 NA   NA
 5889766 5889767 ECIAI39_1292 ECIAI39_1293 selD topB TRUE 0.552 -52.000 0.041 1.000 N NA
 5889768 5889769 ECIAI39_1294 ECIAI39_1295 gdhA nudG FALSE 0.003 474.000 0.000 1.000 N NA
 5889771 5889772 ECIAI39_1297 ECIAI39_1298 ynjE ynjD FALSE 0.462 67.000 0.111 1.000   NA
 5889772 5889773 ECIAI39_1298 ECIAI39_1299 ynjD ynjC TRUE 0.995 0.000 0.602 1.000   NA
 5889773 5889774 ECIAI39_1299 ECIAI39_1300 ynjC ynjB TRUE 0.986 18.000 0.627 0.052   NA
 5889774 5889775 ECIAI39_1300 ECIAI39_1301 ynjB ynjA TRUE 0.766 10.000 0.032 NA   NA
 5889775 5889776 ECIAI39_1301 ECIAI39_1302 ynjA ydjZ TRUE 0.944 0.000 0.087 NA   NA
 5889776 5889777 ECIAI39_1302 ECIAI39_1303 ydjZ ydjY TRUE 0.881 15.000 0.174 NA   NA
 5889777 5889778 ECIAI39_1303 ECIAI39_1304 ydjY ydjX TRUE 0.893 5.000 0.083 NA   NA
 5889778 5889779 ECIAI39_1304 ECIAI39_1305 ydjX xthA FALSE 0.045 167.000 0.016 NA   NA
 5889780 5889781 ECIAI39_1306 ECIAI39_1307 astC astA TRUE 0.999 -3.000 0.625 1.000 Y NA
 5889781 5889782 ECIAI39_1307 ECIAI39_1308 astA astD TRUE 0.966 -3.000 0.179 1.000 N NA
 5889782 5889783 ECIAI39_1308 ECIAI39_1309 astD astB TRUE 0.983 -3.000 0.306 1.000 N NA
 5889783 5889784 ECIAI39_1309 ECIAI39_1310 astB astE TRUE 0.987 -7.000 0.126 1.000 Y NA
 5889784 5889785 ECIAI39_1310 ECIAI39_1311 astE spy FALSE 0.004 330.000 0.000 NA N NA
 5889785 5889786 ECIAI39_1311 ECIAI39_1312 spy ydjR FALSE 0.027 203.000 0.028 NA   NA
 5889787 5889788 ECIAI39_1313 ECIAI39_1314 ydjQ nadE FALSE 0.006 230.000 0.010 1.000 N NA
 5889789 5889790 ECIAI39_1315 ECIAI39_1316 osmE chbB FALSE 0.013 299.000 0.000 1.000   NA
 5889790 5889791 ECIAI39_1316 ECIAI39_1317 chbB chbC TRUE 0.962 85.000 0.500 0.013 Y NA
 5889791 5889792 ECIAI39_1317 ECIAI39_1318 chbC chbA TRUE 0.991 51.000 0.833 0.013 Y NA
 5889792 5889793 ECIAI39_1318 ECIAI39_1319 chbA chbR TRUE 0.988 8.000 0.727 1.000 N NA
 5889793 5889794 ECIAI39_1319 ECIAI39_1320 chbR chbF TRUE 0.772 104.000 0.625 1.000 N NA
 5889794 5889795 ECIAI39_1320 ECIAI39_1321 chbF chbG TRUE 0.982 13.000 0.429 0.019   NA
 5889797 5889798 ECIAI39_1323 ECIAI39_1324 cedA ydjO FALSE 0.014 277.000 0.000 NA   NA
 5889799 5889800 ECIAI39_1325 ECIAI39_1326 ydjN ydjM FALSE 0.208 133.000 0.102 NA   NA
 5889800 5889801 ECIAI39_1326 ECIAI39_1327 ydjM yniC FALSE 0.091 163.000 0.068 NA   NA
 5889803 5889804 ECIAI39_1329 ECIAI39_1330 yniA ydiZ FALSE 0.207 106.000 0.000 NA   NA
 5889804 5889805 ECIAI39_1330 ECIAI39_1331 ydiZ pfkB FALSE 0.217 101.000 0.000 NA   NA
 5889807 5889808 ECIAI39_1333 ECIAI39_1334     FALSE 0.364 56.000 0.000 NA   NA
 5889809 5889810 ECIAI39_1335 ECIAI39_1336 thrS infC FALSE 0.194 112.000 0.000 NA   NA
 5889810 5889811 ECIAI39_1336 ECIAI39_1337 infC rpmI FALSE 0.223 97.000 0.000 NA   NA
 5889811 5889812 ECIAI39_1337 ECIAI39_1338 rpmI rplT TRUE 0.991 54.000 0.928 0.011 Y NA
 5889812 5889813 ECIAI39_1338 ECIAI39_4939 rplT pheM FALSE 0.167 123.000 0.000 NA   NA
 5889813 5889814 ECIAI39_4939 ECIAI39_1339 pheM pheS FALSE 0.125 139.000 0.000 NA   NA
 5889814 5889815 ECIAI39_1339 ECIAI39_1340 pheS pheT TRUE 0.997 15.000 0.574 0.001 Y NA
 5889815 5889816 ECIAI39_1340 ECIAI39_1341 pheT ihfA TRUE 0.937 5.000 0.208 1.000 N NA
 5889816 5889817 ECIAI39_1341 ECIAI39_1342 ihfA btuC FALSE 0.079 101.000 0.023 1.000 N NA
 5889817 5889818 ECIAI39_1342 ECIAI39_1343 btuC btuE FALSE 0.307 63.000 0.084 1.000 N NA
 5889818 5889819 ECIAI39_1343 ECIAI39_1344 btuE btuD TRUE 0.876 0.000 0.000 1.000 N NA
 5889819 5889820 ECIAI39_1344 ECIAI39_1345 btuD nlpC FALSE 0.142 78.000 0.000 NA N NA
 5889820 5889821 ECIAI39_1345 ECIAI39_1346 nlpC ydiV FALSE 0.009 247.000 0.000 NA N NA
 5889821 5889822 ECIAI39_1346 ECIAI39_1347 ydiV ydiU FALSE 0.261 63.000 0.031 NA   NA
 5889823 5889824 ECIAI39_1348 ECIAI39_1349 ydiE aroH FALSE 0.068 132.000 0.054 NA N NA
 5889824 5889825 ECIAI39_1349 ECIAI39_1350 aroH ydiA FALSE 0.199 157.000 0.165 1.000   NA
 5889826 5889827 ECIAI39_1351 ECIAI39_1352 pps   FALSE 0.003 483.000 0.000 1.000 N NA
 5889827 5889828 ECIAI39_1352 ECIAI39_1353     FALSE 0.401 36.000 0.000 1.000 N NA
 5889828 5889829 ECIAI39_1353 ECIAI39_1354     TRUE 0.634 11.000 0.000 NA N NA
 5889829 5889830 ECIAI39_1354 ECIAI39_1355     TRUE 0.754 13.000 0.000 NA   NA
 5889831 5889832 ECIAI39_1356 ECIAI39_1357 ydiD ydiT TRUE 0.872 3.000 0.080 1.000 N NA
 5889832 5889833 ECIAI39_1357 ECIAI39_1358 ydiT ydiS TRUE 0.999 -3.000 0.400 0.046 Y NA
 5889833 5889834 ECIAI39_1358 ECIAI39_1359 ydiS ydiR TRUE 0.991 55.000 1.000 0.046 Y NA
 5889834 5889835 ECIAI39_1359 ECIAI39_1360 ydiR ydiQ TRUE 0.998 20.000 1.000 0.011 Y NA
 5889837 5889838 ECIAI39_1362 ECIAI39_1363 ydiO ydiO TRUE 0.841 -13.000 0.000 NA   NA
 5889838 5889839 ECIAI39_1363 ECIAI39_1364 ydiO ydiF TRUE 0.747 -40.000 0.000 NA   NA
 5889839 5889840 ECIAI39_1364 ECIAI39_1365 ydiF aroD FALSE 0.034 146.000 0.019 1.000 N NA
 5889840 5889841 ECIAI39_1365 ECIAI39_1366 aroD ydiB TRUE 0.925 31.000 0.113 1.000 Y NA
 5889841 5889842 ECIAI39_1366 ECIAI39_1367 ydiB ydiN TRUE 0.707 12.000 0.082 NA N NA
 5889842 5889843 ECIAI39_1367 ECIAI39_1368 ydiN ydiM FALSE 0.025 227.000 0.000 NA   NA
 5889843 5889844 ECIAI39_1368 ECIAI39_1369 ydiM ydiL FALSE 0.328 100.000 0.095 1.000   NA
 5889844 5889845 ECIAI39_1369 ECIAI39_misc_RNA_33 ydiL rprA FALSE 0.116 143.000 0.000 NA   NA
 5889845 5889846 ECIAI39_misc_RNA_33 ECIAI39_1370 rprA ydiK FALSE 0.051 186.000 0.000 NA   NA
 5889847 5889848 ECIAI39_1371 ECIAI39_1372 ydiJ ydiI TRUE 0.941 -3.000 0.129 NA N NA
 5889848 5889849 ECIAI39_1372 ECIAI39_1373 ydiI ydiH TRUE 0.635 19.000 0.032 NA   NA
 5889851 5889852 ECIAI39_1374 ECIAI39_1375 sufA sufB TRUE 0.806 9.000 0.041 NA   NA
 5889852 5889853 ECIAI39_1375 ECIAI39_1376 sufB sufC TRUE 0.994 10.000 0.466 1.000 Y NA
 5889853 5889854 ECIAI39_1376 ECIAI39_1377 sufC sufD TRUE 0.993 -25.000 0.482 1.000 Y NA
 5889854 5889855 ECIAI39_1377 ECIAI39_1378 sufD sufS TRUE 0.969 -3.000 0.193 1.000 N NA
 5889855 5889856 ECIAI39_1378 ECIAI39_1379 sufS sufE TRUE 0.897 13.000 0.183 NA   NA
 5889856 5889857 ECIAI39_1379 ECIAI39_1380 sufE ynhG FALSE 0.119 149.000 0.069 NA   NA
 5889858 5889859 ECIAI39_1381 ECIAI39_1382 lpp pykF FALSE 0.006 311.000 0.000 1.000 N NA
 5889860 5889861 ECIAI39_1383 ECIAI39_1384 ydhZ ydhY FALSE 0.005 457.000 0.000 NA   NA
 5889861 5889862 ECIAI39_1384 ECIAI39_1385 ydhY ydhV TRUE 0.995 21.000 0.600 0.014 Y NA
 5889862 5889863 ECIAI39_1385 ECIAI39_1386 ydhV ydhW TRUE 0.985 4.000 0.458 NA   NA
 5889863 5889864 ECIAI39_1386 ECIAI39_1387 ydhW ydhU FALSE 0.003 729.000 0.000 NA   NA
 5889864 5889865 ECIAI39_1387 ECIAI39_1388 ydhU ydhT TRUE 0.961 4.000 0.222 NA   NA
 5889866 5889867 ECIAI39_1389 ECIAI39_1390 ydhS ydhR FALSE 0.159 126.000 0.000 NA   NA
 5889867 5889868 ECIAI39_1390 ECIAI39_tRNA72 ydhR   FALSE 0.201 109.000 0.000 NA   NA
 5889868 5889869 ECIAI39_tRNA72 ECIAI39_tRNA71     TRUE 0.859 5.000 0.000 NA   NA
 5889873 5889874 ECIAI39_1395 ECIAI39_1396 cfa ydhC FALSE 0.007 291.000 0.000 1.000 N NA
 5889878 5889879 ECIAI39_1400 ECIAI39_1401 sodB ydhO FALSE 0.045 128.000 0.015 1.000 N NA
 5889881 5889882 ECIAI39_1403 ECIAI39_1404 lhr rnt TRUE 0.520 93.000 0.000 0.010   NA
 5889882 5889883 ECIAI39_1404 ECIAI39_1405 rnt gloA FALSE 0.278 103.000 0.136 1.000 N NA
 5889883 5889884 ECIAI39_1405 ECIAI39_1406 gloA nemA FALSE 0.180 81.000 0.057 1.000 N NA
 5889884 5889885 ECIAI39_1406 ECIAI39_1407 nemA ydhM TRUE 0.856 37.000 0.362 1.000 N NA
 5889886 5889887 ECIAI39_1408 ECIAI39_1409 ydhF sodC FALSE 0.246 80.000 0.033 1.000   NA
 5889888 5889889 ECIAI39_1410 ECIAI39_1411 ydhK ydhJ TRUE 0.923 0.000 0.000 NA   NA
 5889889 5889890 ECIAI39_1411 ECIAI39_1412 ydhJ ydhI TRUE 0.985 3.000 0.412 NA   NA
 5889893 5889894 ECIAI39_1415 ECIAI39_1416 anmK ydhA FALSE 0.178 98.000 0.034 NA   NA
 5889894 5889895 ECIAI39_1416 ECIAI39_1417 ydhA pdxH FALSE 0.284 59.000 0.034 NA   NA
 5889895 5889896 ECIAI39_1417 ECIAI39_1418 pdxH tyrS FALSE 0.092 129.000 0.054 1.000 N NA
 5889896 5889897 ECIAI39_1418 ECIAI39_1419 tyrS pdxY FALSE 0.195 59.000 0.041 1.000 N NA
 5889898 5889899 ECIAI39_1420 ECIAI39_1421 gst ydgR TRUE 0.571 106.000 0.344 1.000 N NA
 5889899 5889900 ECIAI39_1421 ECIAI39_1422 ydgR   FALSE 0.014 283.000 0.000 NA   NA
 5889900 5889901 ECIAI39_1422 ECIAI39_1423   nth FALSE 0.153 128.000 0.000 NA   NA
 5889901 5889902 ECIAI39_1423 ECIAI39_1424 nth rsxE TRUE 0.933 0.000 0.109 1.000 N NA
 5889902 5889903 ECIAI39_1424 ECIAI39_1425 rsxE rsxG TRUE 0.999 4.000 0.908 0.045 Y NA
 5889903 5889904 ECIAI39_1425 ECIAI39_1426 rsxG rsxD TRUE 0.999 4.000 0.924 0.045 Y NA
 5889904 5889905 ECIAI39_1426 ECIAI39_1427 rsxD rsxC TRUE 0.999 1.000 0.814 0.045 Y NA
 5889905 5889906 ECIAI39_1427 ECIAI39_1428 rsxC rsxB TRUE 0.998 -7.000 0.537 0.045 Y NA
 5889906 5889907 ECIAI39_1428 ECIAI39_1429 rsxB rsxA TRUE 0.999 0.000 0.564 0.045 Y NA
 5889907 5889908 ECIAI39_1429 ECIAI39_1430 rsxA ydgK FALSE 0.447 77.000 0.148 NA   NA
 5889908 5889909 ECIAI39_1430 ECIAI39_1431 ydgK ydgT FALSE 0.380 86.000 0.120 NA   NA
 5889909 5889910 ECIAI39_1431 ECIAI39_1432 ydgT blr FALSE 0.015 273.000 0.000 NA   NA
 5889912 5889913 ECIAI39_1434 ECIAI39_1435 add malY FALSE 0.271 104.000 0.132 1.000 N NA
 5889913 5889914 ECIAI39_1435 ECIAI39_1436 malY malX TRUE 0.977 10.000 0.531 1.000 N NA
 5889915 5889916 ECIAI39_1437 ECIAI39_1438 malI insG FALSE 0.073 142.000 0.000 1.000 N NA
 5889916 5889917 ECIAI39_1438 ECIAI39_1439 insG hdhA FALSE 0.226 62.000 0.000 1.000 N NA
 5889917 5889918 ECIAI39_1439 ECIAI39_1440 hdhA uidR FALSE 0.016 221.000 0.000 1.000 N NA
 5889918 5889919 ECIAI39_1440 ECIAI39_1441 uidR uidA FALSE 0.004 392.000 0.000 1.000 N NA
 5889919 5889920 ECIAI39_1441 ECIAI39_1442 uidA uidB TRUE 0.996 -3.000 0.235 1.000 Y NA
 5889920 5889921 ECIAI39_1442 ECIAI39_1443 uidB uidC TRUE 0.888 39.000 0.375 1.000   NA
 5889922 5889923 ECIAI39_1444 ECIAI39_1445 ydgA manA TRUE 0.851 101.000 0.778 NA   NA
 5889924 5889925 ECIAI39_1446 ECIAI39_1447 fumA fumC TRUE 0.697 143.000 0.000 0.001 Y NA
 5889926 5889927 ECIAI39_1448 ECIAI39_1449 tus rstB TRUE 0.564 76.000 0.200 1.000   NA
 5889927 5889928 ECIAI39_1449 ECIAI39_1450 rstB rstA TRUE 0.989 4.000 0.181 1.000 Y NA
 5889930 5889931 ECIAI39_1452 ECIAI39_1453 folM ydgI TRUE 0.610 37.000 0.140 1.000 N NA
 5889931 5889932 ECIAI39_1453 ECIAI39_1454 ydgI ydgH FALSE 0.101 186.000 0.143 NA   NA
 5889933 5889934 ECIAI39_1455 ECIAI39_1456 pntA pntB TRUE 0.998 11.000 0.745 0.001 Y NA
 5889936 5889937 ECIAI39_1458 ECIAI39_1459 mdtJ mdtI TRUE 0.999 -13.000 0.869 0.077 Y NA
 5889938 5889939 ECIAI39_1460 ECIAI39_1461 ydgD asr FALSE 0.014 276.000 0.000 NA   NA
 5889939 5889940 ECIAI39_1461 ECIAI39_1462 asr ynfM FALSE 0.005 424.000 0.000 NA   NA
 5889941 5889942 ECIAI39_1463 ECIAI39_1464 ynfL dgsA TRUE 0.818 135.000 0.408 NA Y NA
 5889942 5889943 ECIAI39_1464 ECIAI39_1465 dgsA ynfK TRUE 0.572 125.000 0.455 NA N NA
 5889944 5889945 ECIAI39_1466 ECIAI39_1467 clcB dmsD FALSE 0.065 194.000 0.079 1.000   NA
 5889945 5889946 ECIAI39_1467 ECIAI39_1468 dmsD ynfH TRUE 0.648 43.000 0.125 1.000   NA
 5889946 5889947 ECIAI39_1468 ECIAI39_1469 ynfH ynfG TRUE 0.984 2.000 0.333 1.000   NA
 5889947 5889948 ECIAI39_1469 ECIAI39_1470 ynfG ynfF TRUE 0.998 11.000 0.667 0.045 Y NA
 5889948 5889949 ECIAI39_1470 ECIAI39_1471 ynfF ynfE TRUE 0.953 61.000 0.231 0.001 Y NA
 5889949 5889950 ECIAI39_1471 ECIAI39_1472 ynfE ynfD FALSE 0.181 199.000 0.304 NA   NA
 5889952 5889953 ECIAI39_1474 ECIAI39_1475 speG ynfB TRUE 0.541 35.000 0.055 NA   NA
 5889954 5889955 ECIAI39_1476 ECIAI39_1477 ynfA rspA FALSE 0.028 206.000 0.020 1.000   NA
 5889955 5889956 ECIAI39_1477 ECIAI39_1478 rspA rspB TRUE 0.640 12.000 0.049 1.000 N NA
 5889957 5889958 ECIAI39_1479 ECIAI39_1480 intQ xis TRUE 0.691 20.000 0.000 NA   NA
 5889958 5889959 ECIAI39_1480 ECIAI39_1481 xis   FALSE 0.203 108.000 0.000 NA   NA
 5889960 5889961 ECIAI39_1482 ECIAI39_1483     TRUE 0.932 -3.000 0.000 NA   NA
 5889961 5889962 ECIAI39_1483 ECIAI39_1484     FALSE 0.004 592.000 0.000 NA   NA
 5889962 5889963 ECIAI39_1484 ECIAI39_misc_RNA_35     TRUE 0.874 4.000 0.000 NA   NA
 5889963 5889964 ECIAI39_misc_RNA_35 ECIAI39_1485     TRUE 0.608 27.000 0.000 NA   NA
 5889964 5889965 ECIAI39_1485 ECIAI39_1486   ydfX FALSE 0.340 60.000 0.000 NA   NA
 5889965 5889966 ECIAI39_1486 ECIAI39_1487 ydfX   TRUE 0.709 -73.000 0.000 NA   NA
 5889966 5889967 ECIAI39_1487 ECIAI39_1488     FALSE 0.484 41.000 0.000 NA   NA
 5889967 5889968 ECIAI39_1488 ECIAI39_1489     TRUE 0.932 -3.000 0.000 NA   NA
 5889968 5889969 ECIAI39_1489 ECIAI39_1490     FALSE 0.005 423.000 0.000 NA   NA
 5889971 5889972 ECIAI39_1492 ECIAI39_1493   insM TRUE 0.560 62.000 0.000 0.090   NA
 5889972 5889973 ECIAI39_1493 ECIAI39_1494 insM   TRUE 0.960 36.000 0.182 0.090 Y NA
 5889973 5889974 ECIAI39_1494 ECIAI39_1495     TRUE 0.842 -94.000 0.000 0.090   NA
 5889975 5889976 ECIAI39_1496 ECIAI39_1497     TRUE 0.990 -3.000 0.000 1.000 Y NA
 5889979 5889980 ECIAI39_1500 ECIAI39_1501 cspB essQ FALSE 0.003 754.000 0.000 NA   NA
 5889980 5889981 ECIAI39_1501 ECIAI39_1502 essQ ydfR TRUE 0.859 5.000 0.000 NA   NA
 5889981 5889982 ECIAI39_1502 ECIAI39_1503 ydfR ydfQ TRUE 0.932 -3.000 0.000 NA   NA
 5889982 5889983 ECIAI39_1503 ECIAI39_1504 ydfQ ydfP TRUE 0.932 -3.000 0.000 NA   NA
 5889983 5889984 ECIAI39_1504 ECIAI39_1505 ydfP cspI FALSE 0.007 363.000 0.000 NA   NA
 5889984 5889985 ECIAI39_1505 ECIAI39_1506 cspI gnsB FALSE 0.003 674.000 0.000 NA   NA
 5889987 5889988 ECIAI39_1508 ECIAI39_1509 nohB A TRUE 0.789 -25.000 0.000 NA   NA
 5889988 5889989 ECIAI39_1509 ECIAI39_1510 A W TRUE 0.932 -3.000 0.000 NA   NA
 5889989 5889990 ECIAI39_1510 ECIAI39_1511 W B TRUE 0.961 -3.000 0.100 1.000   NA
 5889990 5889991 ECIAI39_1511 ECIAI39_1512 B C TRUE 0.686 -154.000 0.000 1.000   NA
 5889991 5889992 ECIAI39_1512 ECIAI39_1513 C D TRUE 0.840 10.000 0.000 1.000   NA
 5889992 5889993 ECIAI39_1513 ECIAI39_1514 D   FALSE 0.364 56.000 0.000 NA   NA
 5889993 5889994 ECIAI39_1514 ECIAI39_1515   fI TRUE 0.890 3.000 0.000 NA   NA
 5889995 5889996 ECIAI39_1516 ECIAI39_misc_RNA_36     TRUE 0.501 39.000 0.000 NA   NA
 5889996 5889997 ECIAI39_misc_RNA_36 ECIAI39_1517     TRUE 0.874 4.000 0.000 NA   NA
 5889997 5889998 ECIAI39_1517 ECIAI39_1518     FALSE 0.004 592.000 0.000 NA   NA
 5889998 5889999 ECIAI39_1518 ECIAI39_1519     TRUE 0.932 -3.000 0.000 NA   NA
 5889999 5890000 ECIAI39_1519 ECIAI39_1520   ipaH FALSE 0.394 52.000 0.000 NA   NA
 5890000 5890001 ECIAI39_1520 ECIAI39_1522 ipaH cvrA FALSE 0.003 620.000 0.000 NA   NA
 5890001 5890002 ECIAI39_1522 ECIAI39_1523 cvrA ldcA FALSE 0.215 95.000 0.103 NA N NA
 5890006 5890007 ECIAI39_1527 ECIAI39_1528 prrA modD TRUE 0.704 5.000 0.034 1.000 N NA
 5890007 5890008 ECIAI39_1528 ECIAI39_1529 modD   TRUE 0.913 -3.000 0.034 NA   NA
 5890008 5890009 ECIAI39_1529 ECIAI39_1530     TRUE 0.892 10.000 0.123 NA   NA
 5890009 5890010 ECIAI39_1530 ECIAI39_1531     TRUE 0.999 -3.000 0.862 1.000 Y NA
 5890010 5890011 ECIAI39_1531 ECIAI39_1532     TRUE 0.997 0.000 0.422 1.000 Y NA
 5890011 5890012 ECIAI39_1532 ECIAI39_1533   treA FALSE 0.008 288.000 0.000 1.000 N NA
 5890012 5890013 ECIAI39_1533 ECIAI39_1534 treA dhaH FALSE 0.011 320.000 0.000 1.000   NA
 5890013 5890014 ECIAI39_1534 ECIAI39_1535 dhaH dhaL TRUE 0.886 11.000 0.118 1.000   NA
 5890014 5890015 ECIAI39_1535 ECIAI39_1536 dhaL dhaK TRUE 0.993 11.000 0.226 0.001 Y NA
 5890017 5890018 ECIAI39_1538 ECIAI39_1539   ychF FALSE 0.127 138.000 0.000 NA   NA
 5890018 5890019 ECIAI39_1539 ECIAI39_1540 ychF pth TRUE 0.749 117.000 0.184 1.000 Y NA
 5890021 5890022 ECIAI39_1542 ECIAI39_1543 ychM prsA FALSE 0.061 125.000 0.027 1.000 N NA
 5890022 5890023 ECIAI39_1543 ECIAI39_1544 prsA ispE FALSE 0.058 151.000 0.053 1.000 N NA
 5890023 5890024 ECIAI39_1544 ECIAI39_1545 ispE lolB TRUE 0.952 0.000 0.157 1.000 N NA
 5890025 5890026 ECIAI39_1546 ECIAI39_1547 hemA prfA TRUE 0.798 42.000 0.171 0.042 N NA
 5890026 5890027 ECIAI39_1547 ECIAI39_1548 prfA prmC TRUE 0.997 0.000 0.229 0.042 Y NA
 5890027 5890028 ECIAI39_1548 ECIAI39_1549 prmC ychQ TRUE 0.959 -3.000 0.109 NA   NA
 5890028 5890029 ECIAI39_1549 ECIAI39_1550 ychQ ychA TRUE 0.954 4.000 0.195 NA   NA
 5890029 5890030 ECIAI39_1550 ECIAI39_1551 ychA kdsA TRUE 0.653 36.000 0.089 1.000   NA
 5890036 5890037 ECIAI39_1555 ECIAI39_1556 chaB chaC FALSE 0.231 137.000 0.140 NA   NA
 5890040 5890041 ECIAI39_1559 ECIAI39_1560 narL narX TRUE 0.998 -7.000 0.521 0.014 Y NA
 5890042 5890043 ECIAI39_1561 ECIAI39_1562   narK FALSE 0.227 95.000 0.000 NA   NA
 5890043 5890044 ECIAI39_1562 ECIAI39_1563 narK narG FALSE 0.004 394.000 0.000 1.000 N NA
 5890044 5890045 ECIAI39_1563 ECIAI39_1564 narG narH TRUE 0.999 -3.000 0.471 0.001 Y NA
 5890045 5890046 ECIAI39_1564 ECIAI39_1565 narH narJ TRUE 0.999 -3.000 0.588 0.003 Y NA
 5890046 5890047 ECIAI39_1565 ECIAI39_1566 narJ narI TRUE 0.999 0.000 0.500 0.003 Y NA
 5890048 5890049 ECIAI39_tRNA70 ECIAI39_tRNA69     TRUE 0.540 35.000 0.000 NA   NA
 5890049 5890050 ECIAI39_tRNA69 ECIAI39_1567   purU FALSE 0.084 159.000 0.000 NA   NA
 5890050 5890051 ECIAI39_1567 ECIAI39_1568 purU ychJ TRUE 0.684 50.000 0.200 NA   NA
 5890052 5890053 ECIAI39_1569 ECIAI39_1570 rssA rssB FALSE 0.254 92.000 0.048 1.000   NA
 5890053 5890054 ECIAI39_1570 ECIAI39_1571 rssB galU FALSE 0.109 202.000 0.235 1.000 N NA
 5890057 5890058 ECIAI39_1574 ECIAI39_1575 insG adhE FALSE 0.131 108.000 0.000 1.000 N NA
 5890061 5890062 ECIAI39_1578 ECIAI39_1579 oppA oppB TRUE 0.869 86.000 0.151 0.050 Y NA
 5890062 5890063 ECIAI39_1579 ECIAI39_1580 oppB oppC TRUE 0.998 15.000 0.870 0.050 Y NA
 5890063 5890064 ECIAI39_1580 ECIAI39_1581 oppC oppD TRUE 0.994 12.000 0.554 1.000 Y NA
 5890064 5890065 ECIAI39_1581 ECIAI39_1582 oppD oppF TRUE 0.999 -3.000 0.420 0.002 Y NA
 5890066 5890067 ECIAI39_1583 ECIAI39_1584 yciU cls TRUE 0.817 35.000 0.231 NA   NA
 5890069 5890070 ECIAI39_1586 ECIAI39_1588 kch yciI FALSE 0.011 300.000 0.000 NA   NA
 5890072 5890073 ECIAI39_1590 ECIAI39_1591 yciA yciB FALSE 0.296 105.000 0.167 NA N NA
 5890073 5890074 ECIAI39_1591 ECIAI39_1592 yciB yciC TRUE 0.597 30.000 0.061 NA   NA
 5890076 5890077 ECIAI39_1594 ECIAI39_1595 yciE yciF TRUE 0.657 94.000 0.115 0.001   NA
 5890077 5890078 ECIAI39_1595 ECIAI39_1596 yciF yciG FALSE 0.254 86.000 0.000 NA   NA
 5890078 5890079 ECIAI39_1596 ECIAI39_1597 yciG trpA FALSE 0.006 381.000 0.000 NA   NA
 5890079 5890080 ECIAI39_1597 ECIAI39_1598 trpA trpB TRUE 1.000 0.000 0.947 0.001 Y NA
 5890080 5890081 ECIAI39_1598 ECIAI39_1599 trpB trpC TRUE 0.992 12.000 0.221 0.001 Y NA
 5890081 5890082 ECIAI39_1599 ECIAI39_1600 trpC trpD TRUE 0.993 4.000 0.293 1.000 Y NA
 5890082 5890083 ECIAI39_1600 ECIAI39_1601 trpD trpE TRUE 0.994 0.000 0.010 0.001 Y NA
 5890083 5890084 ECIAI39_1601 ECIAI39_misc_RNA_39 trpE   TRUE 0.668 22.000 0.000 NA   NA
 5890084 5890085 ECIAI39_misc_RNA_39 ECIAI39_4940   trpL TRUE 0.797 -23.000 0.000 NA   NA
 5890086 5890087 ECIAI39_1602 ECIAI39_1603 yciV yciO TRUE 0.985 -3.000 0.281 NA   NA
 5890087 5890088 ECIAI39_1603 ECIAI39_1604 yciO yciQ TRUE 0.593 28.000 0.000 NA   NA
 5890088 5890089 ECIAI39_1604 ECIAI39_1605 yciQ rluB FALSE 0.031 211.000 0.000 NA   NA
 5890089 5890090 ECIAI39_1605 ECIAI39_1606 rluB   FALSE 0.069 170.000 0.000 NA   NA
 5890090 5890091 ECIAI39_1606 ECIAI39_1607     FALSE 0.218 100.000 0.000 NA   NA
 5890092 5890093 ECIAI39_1608 ECIAI39_1609 btuR yciK TRUE 0.881 -3.000 0.050 1.000 N NA
 5890093 5890094 ECIAI39_1609 ECIAI39_1610 yciK   FALSE 0.456 44.000 0.000 NA   NA
 5890097 5890098 ECIAI39_1613 ECIAI39_1614 topA cysB FALSE 0.007 210.000 0.008 1.000 N NA
 5890098 5890099 ECIAI39_1614 ECIAI39_1615 cysB   FALSE 0.011 295.000 0.000 NA   NA
 5890099 5890100 ECIAI39_1615 ECIAI39_1616     TRUE 0.982 -18.000 0.556 NA   NA
 5890100 5890101 ECIAI39_1616 ECIAI39_1617   acnA FALSE 0.007 374.000 0.000 NA   NA
 5890103 5890104 ECIAI39_1619 ECIAI39_1620 pgpB yciS FALSE 0.194 149.000 0.143 NA   NA
 5890104 5890105 ECIAI39_1620 ECIAI39_1621 yciS yciM TRUE 0.986 7.000 0.576 NA   NA
 5890105 5890106 ECIAI39_1621 ECIAI39_1622 yciM pyrF FALSE 0.060 192.000 0.125 1.000 N NA
 5890106 5890107 ECIAI39_1622 ECIAI39_1623 pyrF yciH TRUE 0.855 0.000 0.045 1.000 N NA
 5890108 5890109 ECIAI39_1624 ECIAI39_1625 osmB deoT FALSE 0.016 269.000 0.000 NA   NA
 5890109 5890110 ECIAI39_1625 ECIAI39_1626 deoT   FALSE 0.410 90.000 0.146 NA   NA
 5890110 5890111 ECIAI39_1626 ECIAI39_1627   gmr FALSE 0.267 105.000 0.083 NA   NA
 5890111 5890112 ECIAI39_1627 ECIAI39_1628 gmr rnb FALSE 0.013 235.000 0.000 1.000 N NA
 5890112 5890113 ECIAI39_1628 ECIAI39_1629 rnb yciW FALSE 0.416 68.000 0.105 NA   NA
 5890113 5890114 ECIAI39_1629 ECIAI39_1630 yciW fabI FALSE 0.118 144.000 0.057 NA   NA
 5890115 5890116 ECIAI39_1631 ECIAI39_1632     FALSE 0.086 156.000 0.000 NA   NA
 5890116 5890117 ECIAI39_1632 ECIAI39_1633     FALSE 0.464 116.000 0.286 1.000 N NA
 5890117 5890118 ECIAI39_1633 ECIAI39_1634     FALSE 0.277 52.000 0.000 1.000 N NA
 5890118 5890119 ECIAI39_1634 ECIAI39_1635     TRUE 0.932 -3.000 0.000 NA   NA
 5890119 5890120 ECIAI39_1635 ECIAI39_1636     FALSE 0.004 592.000 0.000 NA   NA
 5890120 5890121 ECIAI39_1636 ECIAI39_misc_RNA_40     TRUE 0.874 4.000 0.000 NA   NA
 5890121 5890122 ECIAI39_misc_RNA_40 ECIAI39_1637     TRUE 0.608 27.000 0.000 NA   NA
 5890122 5890123 ECIAI39_1637 ECIAI39_1638     FALSE 0.443 51.000 0.000 1.000   NA
 5890123 5890124 ECIAI39_1638 ECIAI39_1639     TRUE 0.986 4.000 0.367 0.050 N NA
 5890124 5890125 ECIAI39_1639 ECIAI39_1640     TRUE 0.945 9.000 0.143 0.050 N NA
 5890126 5890127 ECIAI39_1641 ECIAI39_1642 sapF sapD TRUE 0.999 2.000 0.684 0.014 Y NA
 5890127 5890128 ECIAI39_1642 ECIAI39_1643 sapD sapC TRUE 0.999 0.000 0.667 1.000 Y NA
 5890128 5890129 ECIAI39_1643 ECIAI39_1644 sapC sapB TRUE 0.995 -13.000 0.284 0.050 Y NA
 5890129 5890130 ECIAI39_1644 ECIAI39_1645 sapB sapA TRUE 0.989 -3.000 0.264 0.050 N NA
 5890130 5890131 ECIAI39_1645 ECIAI39_1646 sapA ymjA FALSE 0.010 313.000 0.000 NA   NA
 5890131 5890132 ECIAI39_1646 ECIAI39_1647 ymjA puuP FALSE 0.137 134.000 0.000 NA   NA
 5890132 5890133 ECIAI39_1647 ECIAI39_1648 puuP puuA FALSE 0.068 303.000 0.000 1.000 Y NA
 5890134 5890135 ECIAI39_1649 ECIAI39_1650 puuD puuR TRUE 0.622 27.000 0.046 1.000   NA
 5890135 5890136 ECIAI39_1650 ECIAI39_1651 puuR puuC FALSE 0.047 150.000 0.040 1.000 N NA
 5890136 5890137 ECIAI39_1651 ECIAI39_1652 puuC puuB TRUE 0.993 2.000 0.500 0.026 N NA
 5890137 5890138 ECIAI39_1652 ECIAI39_1653 puuB puuE TRUE 0.902 38.000 0.100 1.000 Y NA
 5890140 5890141 ECIAI39_1655 ECIAI39_1656 pspA pspB TRUE 0.923 54.000 0.739 NA   NA
 5890141 5890142 ECIAI39_1656 ECIAI39_1657 pspB pspC TRUE 0.997 0.000 0.913 NA   NA
 5890142 5890143 ECIAI39_1657 ECIAI39_1658 pspC pspD TRUE 0.924 9.000 0.167 NA   NA
 5890143 5890144 ECIAI39_1658 ECIAI39_1659 pspD pspE FALSE 0.429 75.000 0.133 NA   NA
 5890144 5890145 ECIAI39_1659 ECIAI39_1660 pspE ycjM FALSE 0.018 214.000 0.000 1.000 N NA
 5890147 5890148 ECIAI39_1662 ECIAI39_1663 ycjN ycjO TRUE 0.995 21.000 0.620 0.050 Y NA
 5890148 5890149 ECIAI39_1663 ECIAI39_1664 ycjO ycjP TRUE 0.999 -13.000 0.805 0.050 Y NA
 5890149 5890150 ECIAI39_1664 ECIAI39_1665 ycjP ycjQ TRUE 0.760 31.000 0.205 1.000 N NA
 5890150 5890151 ECIAI39_1665 ECIAI39_1666 ycjQ ycjR TRUE 0.878 19.000 0.261 NA N NA
 5890151 5890152 ECIAI39_1666 ECIAI39_1667 ycjR ycjS TRUE 0.967 10.000 0.347 NA   NA
 5890152 5890153 ECIAI39_1667 ECIAI39_1668 ycjS ycjT TRUE 0.942 -3.000 0.000 1.000   NA
 5890153 5890154 ECIAI39_1668 ECIAI39_1669 ycjT ycjU TRUE 0.942 -3.000 0.000 1.000   NA
 5890154 5890155 ECIAI39_1669 ECIAI39_1670 ycjU ycjV TRUE 0.842 14.000 0.103 1.000   NA
 5890155 5890156 ECIAI39_1670 ECIAI39_1671 ycjV ompG TRUE 0.861 45.000 0.222 0.050   NA
 5890158 5890159 ECIAI39_1673 ECIAI39_1674 ycjX ycjF TRUE 0.997 -3.000 0.791 NA   NA
 5890159 5890160 ECIAI39_1674 ECIAI39_1675 ycjF tyrR FALSE 0.194 148.000 0.137 NA   NA
 5890167 5890168 ECIAI39_1682 ECIAI39_1683 uspE fnr TRUE 0.853 152.000 0.619 1.000 Y NA
 5890168 5890169 ECIAI39_1683 ECIAI39_1684 fnr ogt FALSE 0.026 195.000 0.000 1.000 N NA
 5890169 5890170 ECIAI39_1684 ECIAI39_1685 ogt abgT TRUE 0.634 11.000 0.000 NA N NA
 5890170 5890171 ECIAI39_1685 ECIAI39_1686 abgT abgB TRUE 0.519 37.000 0.000 NA   NA
 5890171 5890172 ECIAI39_1686 ECIAI39_1687 abgB abgB TRUE 0.733 -49.000 0.000 NA   NA
 5890172 5890173 ECIAI39_1687 ECIAI39_1688 abgB abgA TRUE 0.923 0.000 0.000 NA   NA
 5890174 5890175 ECIAI39_1689 ECIAI39_misc_RNA_41 abgR isrA TRUE 0.890 3.000 0.000 NA   NA
 5890175 5890176 ECIAI39_misc_RNA_41 ECIAI39_1690 isrA ydaL FALSE 0.069 170.000 0.000 NA   NA
 5890178 5890179 ECIAI39_1692 ECIAI39_1693 ydaN   FALSE 0.014 275.000 0.000 NA   NA
 5890179 5890180 ECIAI39_1693 ECIAI39_misc_RNA_42   c0343 TRUE 0.663 -118.000 0.000 NA   NA
 5890180 5890181 ECIAI39_misc_RNA_42 ECIAI39_1694 c0343 dbpA FALSE 0.280 74.000 0.000 NA   NA
 5890182 5890183 ECIAI39_1695 ECIAI39_1696 ydaO uspF FALSE 0.029 176.000 0.000 NA N NA
 5890183 5890184 ECIAI39_1696 ECIAI39_1697 uspF ompN FALSE 0.074 141.000 0.000 1.000 N NA
 5890189 5890190 ECIAI39_1701 ECIAI39_1702     TRUE 0.932 -3.000 0.000 NA   NA
 5890190 5890191 ECIAI39_1702 ECIAI39_1703     FALSE 0.004 592.000 0.000 NA   NA
 5890191 5890192 ECIAI39_1703 ECIAI39_misc_RNA_44     TRUE 0.874 4.000 0.000 NA   NA
 5890192 5890193 ECIAI39_misc_RNA_44 ECIAI39_1704     TRUE 0.608 27.000 0.000 NA   NA
 5890195 5890196 ECIAI39_1706 ECIAI39_1707 ydbH ynbE TRUE 0.932 -3.000 0.000 NA   NA
 5890196 5890197 ECIAI39_1707 ECIAI39_1708 ynbE ydbL TRUE 0.992 5.000 0.726 NA   NA
 5890197 5890198 ECIAI39_1708 ECIAI39_1709 ydbL ydbA FALSE 0.005 453.000 0.000 NA   NA
 5890198 5890199 ECIAI39_1709 ECIAI39_1710 ydbA ydbC FALSE 0.034 208.000 0.000 NA   NA
 5890199 5890200 ECIAI39_1710 ECIAI39_1711 ydbC ydbD FALSE 0.322 64.000 0.000 NA   NA
 5890200 5890201 ECIAI39_1711 ECIAI39_1712 ydbD ynbA FALSE 0.078 164.000 0.000 NA   NA
 5890201 5890202 ECIAI39_1712 ECIAI39_1713 ynbA ynbB TRUE 0.990 0.000 0.179 0.002   NA
 5890202 5890203 ECIAI39_1713 ECIAI39_1714 ynbB ynbC TRUE 0.725 16.000 0.000 NA   NA
 5890203 5890204 ECIAI39_1714 ECIAI39_1715 ynbC ynbD TRUE 0.982 14.000 0.285 NA Y NA
 5890206 5890207 ECIAI39_1717 ECIAI39_1718   hrpA FALSE 0.256 85.000 0.000 NA   NA
 5890207 5890208 ECIAI39_1718 ECIAI39_1719 hrpA ydcF FALSE 0.007 369.000 0.000 NA   NA
 5890208 5890209 ECIAI39_1719 ECIAI39_1720 ydcF aldA FALSE 0.042 197.000 0.000 NA   NA
 5890209 5890210 ECIAI39_1720 ECIAI39_1721 aldA   TRUE 0.623 26.000 0.000 NA   NA
 5890210 5890211 ECIAI39_1721 ECIAI39_1722     TRUE 0.973 -3.000 0.000 0.088   NA
 5890211 5890212 ECIAI39_1722 ECIAI39_1723   ydcE FALSE 0.004 630.000 0.000 1.000   NA
 5890215 5890216 ECIAI39_1726 ECIAI39_1727 yddE narV FALSE 0.298 80.000 0.000 1.000   NA
 5890216 5890217 ECIAI39_1727 ECIAI39_1728 narV narW TRUE 0.999 -3.000 0.714 0.003 Y NA
 5890217 5890218 ECIAI39_1728 ECIAI39_1729 narW narY TRUE 0.999 0.000 0.714 0.003 Y NA
 5890218 5890219 ECIAI39_1729 ECIAI39_1730 narY narZ TRUE 1.000 -3.000 0.833 0.001 Y NA
 5890219 5890220 ECIAI39_1730 ECIAI39_1731 narZ narU TRUE 0.748 95.000 0.556 1.000 N NA
 5890220 5890221 ECIAI39_1731 ECIAI39_1732 narU   FALSE 0.012 310.000 0.000 1.000   NA
 5890221 5890222 ECIAI39_1732 ECIAI39_1733     TRUE 0.626 63.000 0.000 0.011   NA
 5890222 5890223 ECIAI39_1733 ECIAI39_1734     FALSE 0.091 164.000 0.000 1.000   NA
 5890223 5890224 ECIAI39_1734 ECIAI39_1735   yddG FALSE 0.044 258.000 0.000 0.092   NA
 5890225 5890226 ECIAI39_1736 ECIAI39_1738 fdnG fdnH TRUE 0.996 13.000 0.429 0.002 Y NA
 5890226 5890227 ECIAI39_1738 ECIAI39_1739 fdnH fdnI TRUE 0.998 -7.000 0.333 0.002 Y NA
 5890228 5890229 ECIAI39_1740 ECIAI39_1741 yddM   TRUE 0.923 0.000 0.000 NA   NA
 5890229 5890230 ECIAI39_1741 ECIAI39_1742   adhP FALSE 0.051 186.000 0.000 NA   NA
 5890230 5890231 ECIAI39_1742 ECIAI39_1743 adhP sfcA FALSE 0.158 134.000 0.000 1.000   NA
 5890235 5890236 ECIAI39_1747 ECIAI39_1748 ddpF ddpD TRUE 0.996 -7.000 0.219 0.002 Y NA
 5890236 5890237 ECIAI39_1748 ECIAI39_1749 ddpD ddpC TRUE 0.997 -3.000 0.333 1.000 Y NA
 5890237 5890238 ECIAI39_1749 ECIAI39_1750 ddpC ddpB TRUE 0.996 -3.000 0.143 0.050 Y NA
 5890238 5890239 ECIAI39_1750 ECIAI39_1751 ddpB ddpA TRUE 0.993 2.000 0.091 0.050 Y NA
 5890239 5890240 ECIAI39_1751 ECIAI39_1752 ddpA ddpX TRUE 0.740 14.000 0.091 1.000 N NA
 5890240 5890241 ECIAI39_1752 ECIAI39_1753 ddpX dos FALSE 0.018 258.000 0.000 NA   NA
 5890241 5890242 ECIAI39_1753 ECIAI39_1754 dos dos FALSE 0.236 93.000 0.000 NA   NA
 5890242 5890243 ECIAI39_1754 ECIAI39_1755 dos yddV TRUE 0.906 1.000 0.000 NA   NA
 5890243 5890244 ECIAI39_1755 ECIAI39_1756 yddV yddW FALSE 0.008 376.000 0.000 1.000   NA
 5890244 5890245 ECIAI39_1756 ECIAI39_1757 yddW gadC FALSE 0.166 131.000 0.000 1.000   NA
 5890245 5890246 ECIAI39_1757 ECIAI39_1758 gadC gadB FALSE 0.459 156.000 0.103 1.000 Y NA
 5890246 5890247 ECIAI39_1758 ECIAI39_1759 gadB pqqL FALSE 0.008 363.000 0.000 1.000   NA
 5890247 5890248 ECIAI39_1759 ECIAI39_1760 pqqL yddB TRUE 0.691 45.000 0.167 1.000   NA
 5890248 5890249 ECIAI39_1760 ECIAI39_1761 yddB yddA TRUE 0.744 38.000 0.000 0.062   NA
 5890249 5890250 ECIAI39_1761 ECIAI39_1762 yddA ydeM FALSE 0.014 292.000 0.000 1.000   NA
 5890250 5890251 ECIAI39_1762 ECIAI39_1763 ydeM ydeN TRUE 0.909 52.000 0.600 1.000   NA
 5890251 5890252 ECIAI39_1763 ECIAI39_1764 ydeN ydeO FALSE 0.003 403.000 0.000 1.000 N NA
 5890252 5890253 ECIAI39_1764 ECIAI39_1765 ydeO   FALSE 0.277 75.000 0.000 NA   NA
 5890253 5890254 ECIAI39_1765 ECIAI39_1766   ydeP FALSE 0.019 248.000 0.000 NA   NA
 5890254 5890255 ECIAI39_1766 ECIAI39_1767 ydeP ydeQ FALSE 0.010 339.000 0.000 1.000   NA
 5890255 5890256 ECIAI39_1767 ECIAI39_1768 ydeQ   FALSE 0.011 321.000 0.000 1.000   NA
 5890256 5890257 ECIAI39_1768 ECIAI39_1769     TRUE 0.994 -3.000 0.000 0.088 Y NA
 5890257 5890258 ECIAI39_1769 ECIAI39_1770   ydeT FALSE 0.394 52.000 0.000 NA   NA
 5890258 5890259 ECIAI39_1770 ECIAI39_1771 ydeT   TRUE 0.735 15.000 0.000 NA   NA
 5890260 5890261 ECIAI39_1772 ECIAI39_1773 insC insD TRUE 0.742 -42.000 0.000 NA   NA
 5890262 5890263 ECIAI39_1774 ECIAI39_1775     FALSE 0.007 354.000 0.000 NA   NA
 5890263 5890264 ECIAI39_1775 ECIAI39_1776   hipA FALSE 0.006 394.000 0.000 NA   NA
 5890264 5890265 ECIAI39_1776 ECIAI39_1777 hipA ydeK FALSE 0.011 301.000 0.000 NA   NA
 5890266 5890267 ECIAI39_1778 ECIAI39_1779 lsrD lsrB TRUE 0.771 12.000 0.000 NA   NA
 5890267 5890268 ECIAI39_1779 ECIAI39_1780 lsrB lsrF TRUE 0.907 27.000 0.000 NA Y NA
 5890268 5890269 ECIAI39_1780 ECIAI39_1781 lsrF lsrG TRUE 0.685 24.000 0.000 1.000   NA
 5890269 5890270 ECIAI39_1781 ECIAI39_1782 lsrG tam FALSE 0.399 57.000 0.000 1.000   NA
 5890273 5890274 ECIAI39_1785 ECIAI39_1786 uxaB yneF FALSE 0.015 228.000 0.000 1.000 N NA
 5890274 5890275 ECIAI39_1786 ECIAI39_1787 yneF yneG FALSE 0.182 139.000 0.098 NA   NA
 5890275 5890276 ECIAI39_1787 ECIAI39_1788 yneG yneH TRUE 0.904 0.000 0.037 NA   NA
 5890276 5890277 ECIAI39_1788 ECIAI39_1789 yneH yneI FALSE 0.219 64.000 0.000 1.000 N NA
 5890279 5890280 ECIAI39_1791 ECIAI39_1792 D U TRUE 0.998 -3.000 1.000 NA   NA
 5890280 5890281 ECIAI39_1792 ECIAI39_1793 U   TRUE 0.988 -3.000 0.333 NA   NA
 5890281 5890282 ECIAI39_1793 ECIAI39_1794     FALSE 0.156 127.000 0.000 NA   NA
 5890282 5890283 ECIAI39_1794 ECIAI39_1795   fII FALSE 0.371 55.000 0.000 NA   NA
 5890283 5890284 ECIAI39_1795 ECIAI39_1796 fII fI TRUE 0.817 10.000 0.000 NA   NA
 5890284 5890285 ECIAI39_1796 ECIAI39_1797 fI   FALSE 0.030 214.000 0.000 NA   NA
 5890285 5890286 ECIAI39_1797 ECIAI39_1798     TRUE 0.702 19.000 0.000 NA   NA
 5890286 5890287 ECIAI39_1798 ECIAI39_1799   I TRUE 0.932 -3.000 0.000 NA   NA
 5890287 5890288 ECIAI39_1799 ECIAI39_1800 I J TRUE 0.996 -7.000 1.000 NA   NA
 5890288 5890289 ECIAI39_1800 ECIAI39_1801 J W TRUE 0.730 -52.000 0.000 NA   NA
 5890289 5890290 ECIAI39_1801 ECIAI39_1802 W V TRUE 0.932 -3.000 0.000 NA   NA
 5890290 5890291 ECIAI39_1802 ECIAI39_1803 V   TRUE 0.925 69.000 1.000 NA   NA
 5890291 5890292 ECIAI39_1803 ECIAI39_1804   R TRUE 0.996 -7.000 1.000 NA   NA
 5890292 5890293 ECIAI39_1804 ECIAI39_1805 R   TRUE 0.987 -58.000 1.000 NA   NA
 5890293 5890294 ECIAI39_1805 ECIAI39_1806     TRUE 0.982 -157.000 1.000 NA   NA
 5890294 5890295 ECIAI39_1806 ECIAI39_1807     TRUE 0.998 -3.000 1.000 NA   NA
 5890295 5890296 ECIAI39_1807 ECIAI39_1808   R TRUE 0.977 -70.000 0.667 NA   NA
 5890296 5890297 ECIAI39_1808 ECIAI39_1809 R   TRUE 0.979 -19.000 0.500 NA   NA
 5890297 5890298 ECIAI39_1809 ECIAI39_1810   X TRUE 0.874 4.000 0.000 NA   NA
 5890298 5890299 ECIAI39_1810 ECIAI39_1811 X L TRUE 0.997 0.000 1.000 NA   NA
 5890299 5890300 ECIAI39_1811 ECIAI39_1812 L M TRUE 0.989 33.000 1.000 0.001   NA
 5890300 5890301 ECIAI39_1812 ECIAI39_1813 M N TRUE 0.891 4.000 0.000 1.000   NA
 5890301 5890302 ECIAI39_1813 ECIAI39_1814 N O TRUE 0.750 17.000 0.000 1.000   NA
 5890303 5890304 ECIAI39_1815 ECIAI39_1816 P   TRUE 0.702 19.000 0.000 NA   NA
 5890304 5890305 ECIAI39_1816 ECIAI39_1817   P FALSE 0.492 40.000 0.000 NA   NA
 5890305 5890306 ECIAI39_1817 ECIAI39_1818 P   TRUE 0.932 -3.000 0.000 NA   NA
 5890306 5890307 ECIAI39_1818 ECIAI39_1819     FALSE 0.146 130.000 0.000 NA   NA
 5890307 5890308 ECIAI39_1819 ECIAI39_1820     TRUE 0.994 -3.000 0.000 0.087 Y NA
 5890308 5890309 ECIAI39_1820 ECIAI39_1821     TRUE 0.656 -142.000 0.000 NA   NA
 5890309 5890310 ECIAI39_1821 ECIAI39_1822   yneJ FALSE 0.062 176.000 0.000 NA   NA
 5890310 5890311 ECIAI39_1822 ECIAI39_1823 yneJ yneK FALSE 0.258 84.000 0.000 NA   NA
 5890311 5890312 ECIAI39_1823 ECIAI39_1824 yneK ydeA FALSE 0.100 150.000 0.000 NA   NA
 5890314 5890315 ECIAI39_1826 ECIAI39_1827 marR marA TRUE 0.996 21.000 0.667 0.043 Y NA
 5890315 5890316 ECIAI39_1827 ECIAI39_1828 marA marB TRUE 0.560 32.000 0.000 NA   NA
 5890317 5890318 ECIAI39_1829 ECIAI39_1830     TRUE 0.942 19.000 0.000 1.000 Y NA
 5890318 5890319 ECIAI39_1830 ECIAI39_1831     TRUE 0.951 56.000 0.250 0.013 Y NA
 5890319 5890320 ECIAI39_1831 ECIAI39_1832     TRUE 0.973 22.000 0.105 0.012 Y NA
 5890320 5890321 ECIAI39_1832 ECIAI39_1833     TRUE 0.971 114.000 0.789 0.012 Y NA
 5890327 5890328 ECIAI39_1839 ECIAI39_1840 ydeH ydeI FALSE 0.018 255.000 0.000 NA   NA
 5890328 5890329 ECIAI39_1840 ECIAI39_1841 ydeI dcp FALSE 0.007 366.000 0.000 NA   NA
 5890330 5890331 ECIAI39_1842 ECIAI39_1843 ydfG ydfH FALSE 0.280 89.000 0.000 1.000   NA
 5890331 5890332 ECIAI39_1843 ECIAI39_1844 ydfH ydfZ FALSE 0.060 178.000 0.000 NA   NA
 5890333 5890334 ECIAI39_1845 ECIAI39_1846 ydfI ydfJ TRUE 0.691 90.000 0.000 1.000 Y NA
 5890335 5890336 ECIAI39_1847 ECIAI39_1848 ydfK pinR FALSE 0.010 317.000 0.000 NA   NA
 5890337 5890338 ECIAI39_1849 ECIAI39_1850     TRUE 0.994 -3.000 0.000 0.087 Y NA
 5890338 5890339 ECIAI39_1850 ECIAI39_1851     TRUE 0.851 6.000 0.000 NA   NA
 5890339 5890340 ECIAI39_1851 ECIAI39_1852     TRUE 0.817 10.000 0.000 NA   NA
 5890340 5890341 ECIAI39_1852 ECIAI39_1853     TRUE 0.932 -3.000 0.000 NA   NA
 5890341 5890342 ECIAI39_1853 ECIAI39_1854     TRUE 0.784 59.000 0.000 1.000 Y NA
 5890342 5890343 ECIAI39_1854 ECIAI39_1855     FALSE 0.302 68.000 0.000 NA   NA
 5890343 5890344 ECIAI39_1855 ECIAI39_1856     FALSE 0.008 344.000 0.000 NA   NA
 5890344 5890345 ECIAI39_1856 ECIAI39_1857   K TRUE 0.983 -102.000 1.000 NA   NA
 5890345 5890346 ECIAI39_1857 ECIAI39_1858 K   TRUE 0.851 6.000 0.000 NA   NA
 5890346 5890347 ECIAI39_1858 ECIAI39_1859     TRUE 0.923 0.000 0.000 NA   NA
 5890347 5890348 ECIAI39_1859 ECIAI39_1860     TRUE 0.932 -3.000 0.000 NA   NA
 5890348 5890349 ECIAI39_1860 ECIAI39_1861     TRUE 0.811 -19.000 0.000 NA   NA
 5890349 5890350 ECIAI39_1861 ECIAI39_1862     TRUE 0.964 27.000 0.667 NA   NA
 5890350 5890351 ECIAI39_1862 ECIAI39_1863     TRUE 0.702 19.000 0.000 NA   NA
 5890351 5890352 ECIAI39_1863 ECIAI39_1864     TRUE 0.838 8.000 0.000 NA   NA
 5890352 5890353 ECIAI39_1864 ECIAI39_1865     TRUE 0.932 -3.000 0.000 NA   NA
 5890353 5890354 ECIAI39_1865 ECIAI39_1866     TRUE 0.725 16.000 0.000 NA   NA
 5890354 5890355 ECIAI39_1866 ECIAI39_1867     TRUE 0.888 -7.000 0.000 NA   NA
 5890355 5890356 ECIAI39_1867 ECIAI39_1868     TRUE 0.874 4.000 0.000 NA   NA
 5890356 5890357 ECIAI39_1868 ECIAI39_1869     FALSE 0.353 58.000 0.000 NA   NA
 5890357 5890358 ECIAI39_1869 ECIAI39_1870     TRUE 0.560 37.000 0.000 1.000   NA
 5890358 5890359 ECIAI39_1870 ECIAI39_1871     TRUE 0.938 -10.000 0.150 1.000   NA
 5890359 5890360 ECIAI39_1871 ECIAI39_1872     TRUE 0.942 -3.000 0.000 1.000   NA
 5890360 5890361 ECIAI39_1872 ECIAI39_1873     TRUE 0.827 -16.000 0.000 NA   NA
 5890361 5890362 ECIAI39_1873 ECIAI39_1874     TRUE 0.780 -28.000 0.000 NA   NA
 5890363 5890364 ECIAI39_1875 ECIAI39_1876     TRUE 0.932 -3.000 0.000 NA   NA
 5890364 5890365 ECIAI39_1876 ECIAI39_1877     FALSE 0.004 592.000 0.000 NA   NA
 5890365 5890366 ECIAI39_1877 ECIAI39_misc_RNA_45     TRUE 0.874 4.000 0.000 NA   NA
 5890366 5890367 ECIAI39_misc_RNA_45 ECIAI39_1878     FALSE 0.251 87.000 0.000 NA   NA
 5890367 5890368 ECIAI39_1878 ECIAI39_1879     FALSE 0.232 94.000 0.000 NA   NA
 5890369 5890370 ECIAI39_1880 ECIAI39_1881 dadX dadA TRUE 0.894 10.000 0.168 1.000 N NA
 5890373 5890374 ECIAI39_1884 ECIAI39_1885 nhaB dsbB TRUE 0.665 146.000 0.723 1.000 N NA
 5890375 5890376 ECIAI39_1886 ECIAI39_1887 umuC umuD TRUE 0.876 0.000 0.000 1.000 N NA
 5890377 5890378 ECIAI39_1889 ECIAI39_1890     TRUE 0.702 19.000 0.000 NA   NA
 5890381 5890382 ECIAI39_1892 ECIAI39_1893 ycgN ycgM FALSE 0.311 92.000 0.088 NA   NA
 5890382 5890383 ECIAI39_1893 ECIAI39_1894 ycgM ycgL FALSE 0.292 72.000 0.056 NA   NA
 5890386 5890387 ECIAI39_1897 ECIAI39_1898 minC minD TRUE 0.985 24.000 0.466 1.000 Y NA
 5890387 5890388 ECIAI39_1898 ECIAI39_1899 minD minE TRUE 0.997 4.000 0.618 NA Y NA
 5890390 5890391 ECIAI39_1901 ECIAI39_1902   ymgG FALSE 0.290 71.000 0.000 NA   NA
 5890391 5890392 ECIAI39_1902 ECIAI39_1903 ymgG ymgD TRUE 0.817 10.000 0.000 NA   NA
 5890393 5890394 ECIAI39_1904 ECIAI39_1906   ycgG FALSE 0.001 750.000 0.000 NA N NA
 5890395 5890396 ECIAI39_1907 ECIAI39_1908     TRUE 0.994 -3.000 0.000 0.086 Y NA
 5890397 5890398 ECIAI39_1909 ECIAI39_1910 ymgC ymgB FALSE 0.193 113.000 0.000 NA   NA
 5890398 5890399 ECIAI39_1910 ECIAI39_1911 ymgB ymgA TRUE 0.585 29.000 0.000 NA   NA
 5890399 5890400 ECIAI39_1911 ECIAI39_1912 ymgA ycgZ FALSE 0.466 43.000 0.000 NA   NA
 5890401 5890402 ECIAI39_1913 ECIAI39_1914 ycgF ycgE FALSE 0.154 205.000 0.333 1.000 N NA
 5890402 5890403 ECIAI39_1914 ECIAI39_1915 ycgE ycgX FALSE 0.027 221.000 0.000 NA   NA
 5890403 5890404 ECIAI39_1915 ECIAI39_1916 ycgX elbA FALSE 0.003 705.000 0.000 NA   NA
 5890405 5890406 ECIAI39_1917 ECIAI39_1918 icd   FALSE 0.005 472.000 0.000 NA   NA
 5890407 5890408 ECIAI39_1919 ECIAI39_1920 sitA sitB TRUE 0.999 0.000 0.894 1.000 Y NA
 5890408 5890409 ECIAI39_1920 ECIAI39_1921 sitB sitC TRUE 0.999 -3.000 0.857 0.078 Y NA
 5890409 5890410 ECIAI39_1921 ECIAI39_1922 sitC sitD TRUE 0.999 -3.000 0.525 0.005 Y NA
 5890411 5890412 ECIAI39_1923 ECIAI39_1924     TRUE 0.793 11.000 0.000 NA   NA
 5890412 5890413 ECIAI39_1924 ECIAI39_1925     TRUE 0.817 10.000 0.000 NA   NA
 5890413 5890414 ECIAI39_1925 ECIAI39_1926     TRUE 0.932 -3.000 0.000 NA   NA
 5890414 5890415 ECIAI39_1926 ECIAI39_1927     FALSE 0.345 59.000 0.000 NA   NA
 5890415 5890416 ECIAI39_1927 ECIAI39_1928     FALSE 0.078 164.000 0.000 NA   NA
 5890416 5890417 ECIAI39_1928 ECIAI39_1929     TRUE 0.923 -28.000 0.214 NA   NA
 5890417 5890418 ECIAI39_1929 ECIAI39_1930     FALSE 0.103 156.000 0.071 NA   NA
 5890418 5890419 ECIAI39_1930 ECIAI39_1931     TRUE 0.932 -3.000 0.000 NA   NA
 5890419 5890420 ECIAI39_1931 ECIAI39_1932     TRUE 0.751 -39.000 0.000 NA   NA
 5890420 5890421 ECIAI39_1932 ECIAI39_1933     TRUE 0.735 15.000 0.000 NA   NA
 5890421 5890422 ECIAI39_1933 ECIAI39_1934     TRUE 0.987 10.000 0.667 NA   NA
 5890422 5890423 ECIAI39_1934 ECIAI39_1935   gam FALSE 0.013 289.000 0.000 NA   NA
 5890423 5890424 ECIAI39_1935 ECIAI39_1936 gam   FALSE 0.013 300.000 0.000 1.000   NA
 5890424 5890425 ECIAI39_1936 ECIAI39_1937     TRUE 0.991 -16.000 0.571 0.086   NA
 5890425 5890426 ECIAI39_1937 ECIAI39_1938     TRUE 0.900 4.000 0.080 NA   NA
 5890426 5890427 ECIAI39_1938 ECIAI39_1939     TRUE 0.793 11.000 0.000 NA   NA
 5890427 5890428 ECIAI39_1939 ECIAI39_1940     FALSE 0.425 53.000 0.000 1.000   NA
 5890429 5890430 ECIAI39_1941 ECIAI39_1942     TRUE 0.944 -3.000 0.074 NA   NA
 5890430 5890431 ECIAI39_1942 ECIAI39_1943     FALSE 0.260 82.000 0.000 NA   NA
 5890433 5890434 ECIAI39_1945 ECIAI39_1946     TRUE 0.890 3.000 0.000 NA   NA
 5890434 5890435 ECIAI39_1946 ECIAI39_1947     TRUE 0.827 -16.000 0.000 NA   NA
 5890435 5890436 ECIAI39_1947 ECIAI39_1948     TRUE 0.932 -3.000 0.000 NA   NA
 5890436 5890437 ECIAI39_1948 ECIAI39_1949     TRUE 0.996 0.000 0.800 NA   NA
 5890437 5890438 ECIAI39_1949 ECIAI39_1950     TRUE 0.996 0.000 0.800 NA   NA
 5890438 5890439 ECIAI39_1950 ECIAI39_1951     FALSE 0.236 93.000 0.000 NA   NA
 5890439 5890440 ECIAI39_1951 ECIAI39_1952     TRUE 0.923 0.000 0.000 NA   NA
 5890440 5890441 ECIAI39_1952 ECIAI39_1953     TRUE 0.811 -19.000 0.000 NA   NA
 5890441 5890442 ECIAI39_1953 ECIAI39_1954     TRUE 0.995 3.000 0.818 NA   NA
 5890442 5890443 ECIAI39_1954 ECIAI39_1955     FALSE 0.029 215.000 0.000 NA   NA
 5890443 5890444 ECIAI39_1955 ECIAI39_1956     TRUE 0.735 15.000 0.000 NA   NA
 5890444 5890445 ECIAI39_1956 ECIAI39_1957     TRUE 0.817 10.000 0.000 NA   NA
 5890445 5890446 ECIAI39_1957 ECIAI39_1958     TRUE 0.969 2.000 0.220 NA   NA
 5890446 5890447 ECIAI39_1958 ECIAI39_1959     TRUE 0.917 0.000 0.049 NA   NA
 5890447 5890448 ECIAI39_1959 ECIAI39_1960     TRUE 0.988 -3.000 0.333 NA   NA
 5890448 5890449 ECIAI39_1960 ECIAI39_1961     TRUE 0.993 -10.000 0.833 NA   NA
 5890449 5890450 ECIAI39_1961 ECIAI39_1962     TRUE 0.967 0.000 0.167 NA   NA
 5890450 5890451 ECIAI39_1962 ECIAI39_1963     FALSE 0.403 51.000 0.000 NA   NA
 5890451 5890452 ECIAI39_1963 ECIAI39_1964     FALSE 0.042 197.000 0.000 NA   NA
 5890452 5890453 ECIAI39_1964 ECIAI39_1965     TRUE 0.614 158.000 0.667 NA   NA
 5890453 5890454 ECIAI39_1965 ECIAI39_1966     TRUE 0.994 0.000 0.600 NA   NA
 5890454 5890455 ECIAI39_1966 ECIAI39_1967     TRUE 0.981 -3.000 0.231 NA   NA
 5890455 5890456 ECIAI39_1967 ECIAI39_1968     TRUE 0.926 -12.000 0.154 NA   NA
 5890456 5890457 ECIAI39_1968 ECIAI39_1969     TRUE 0.998 -3.000 1.000 NA   NA
 5890457 5890458 ECIAI39_1969 ECIAI39_1970     FALSE 0.371 55.000 0.000 NA   NA
 5890458 5890459 ECIAI39_1970 ECIAI39_1971     FALSE 0.069 171.000 0.000 NA   NA
 5890459 5890460 ECIAI39_1971 ECIAI39_1972     TRUE 0.966 -7.000 0.222 NA   NA
 5890460 5890461 ECIAI39_1972 ECIAI39_1973     TRUE 0.890 3.000 0.000 NA   NA
 5890462 5890463 ECIAI39_1974 ECIAI39_1975     TRUE 0.923 0.000 0.000 NA   NA
 5890465 5890466 ECIAI39_1977 ECIAI39_1978     TRUE 0.890 3.000 0.000 NA   NA
 5890466 5890467 ECIAI39_1978 ECIAI39_1979     TRUE 0.714 -70.000 0.000 NA   NA
 5890467 5890468 ECIAI39_1979 ECIAI39_1980     FALSE 0.260 82.000 0.000 NA   NA
 5890470 5890471 ECIAI39_1982 ECIAI39_1983     FALSE 0.035 207.000 0.000 NA   NA
 5890473 5890474 ECIAI39_1985 ECIAI39_1986     TRUE 0.994 -3.000 0.000 0.085 Y NA
 5890475 5890476 ECIAI39_1987 ECIAI39_1988   kil FALSE 0.264 80.000 0.000 NA   NA
 5890476 5890477 ECIAI39_1988 ECIAI39_1989 kil   FALSE 0.273 76.000 0.000 NA   NA
 5890477 5890478 ECIAI39_1989 ECIAI39_1990     TRUE 0.824 6.000 0.040 NA   NA
 5890478 5890479 ECIAI39_1990 ECIAI39_1991     TRUE 0.932 -3.000 0.000 NA   NA
 5890479 5890480 ECIAI39_1991 ECIAI39_1992     FALSE 0.095 152.000 0.000 NA   NA
 5890480 5890481 ECIAI39_1992 ECIAI39_1993     TRUE 0.838 8.000 0.000 NA   NA
 5890481 5890482 ECIAI39_1993 ECIAI39_1994   ymfG FALSE 0.003 744.000 0.000 NA   NA
 5890483 5890484 ECIAI39_1995 ECIAI39_1996 icd   FALSE 0.009 334.000 0.000 NA   NA
 5890486 5890487 ECIAI39_1998 ECIAI39_1999     TRUE 0.994 -3.000 0.000 0.085 Y NA
 5890488 5890489 ECIAI39_2000 ECIAI39_2002   ymfC FALSE 0.009 321.000 0.000 NA   NA
 5890489 5890490 ECIAI39_2002 ECIAI39_2003 ymfC ymfB TRUE 0.904 10.000 0.182 1.000 N NA
 5890490 5890491 ECIAI39_2003 ECIAI39_2004 ymfB trmU TRUE 0.507 54.000 0.158 1.000 N NA
 5890491 5890492 ECIAI39_2004 ECIAI39_2005 trmU hflD TRUE 0.757 36.000 0.180 NA   NA
 5890492 5890493 ECIAI39_2005 ECIAI39_2006 hflD purB TRUE 0.912 4.000 0.093 NA   NA
 5890493 5890494 ECIAI39_2006 ECIAI39_2007 purB phoP FALSE 0.018 169.000 0.011 1.000 N NA
 5890494 5890495 ECIAI39_2007 ECIAI39_2008 phoP phoQ TRUE 0.999 0.000 0.940 1.000 Y NA
 5890496 5890497 ECIAI39_2009 ECIAI39_2010     TRUE 0.744 14.000 0.000 NA   NA
 5890497 5890498 ECIAI39_2010 ECIAI39_2011     TRUE 0.977 -16.000 0.444 NA   NA
 5890498 5890499 ECIAI39_2011 ECIAI39_2012     FALSE 0.006 289.000 0.000 NA N NA
 5890499 5890500 ECIAI39_2012 ECIAI39_2013     TRUE 0.957 0.000 0.125 NA   NA
 5890500 5890501 ECIAI39_2013 ECIAI39_2014     TRUE 0.932 -3.000 0.000 NA   NA
 5890501 5890502 ECIAI39_2014 ECIAI39_2015     TRUE 0.932 -3.000 0.000 NA   NA
 5890502 5890503 ECIAI39_2015 ECIAI39_2016     TRUE 0.916 2.000 0.071 NA   NA
 5890503 5890504 ECIAI39_2016 ECIAI39_2017     TRUE 0.506 36.000 0.048 NA   NA
 5890504 5890505 ECIAI39_2017 ECIAI39_2018     FALSE 0.004 570.000 0.000 NA   NA
 5890505 5890506 ECIAI39_2018 ECIAI39_2019     TRUE 0.932 -3.000 0.000 NA   NA
 5890506 5890507 ECIAI39_2019 ECIAI39_2020     FALSE 0.013 289.000 0.000 NA   NA
 5890507 5890508 ECIAI39_2020 ECIAI39_2021     TRUE 0.932 -3.000 0.000 NA   NA
 5890508 5890509 ECIAI39_2021 ECIAI39_2023     FALSE 0.026 226.000 0.000 NA   NA
 5890509 5890510 ECIAI39_2023 ECIAI39_misc_RNA_47   c4 TRUE 0.640 -239.000 0.000 NA   NA
 5890510 5890511 ECIAI39_misc_RNA_47 ECIAI39_2024 c4   FALSE 0.090 154.000 0.000 NA   NA
 5890511 5890512 ECIAI39_2024 ECIAI39_2026     FALSE 0.353 58.000 0.000 NA   NA
 5890512 5890513 ECIAI39_2026 ECIAI39_2027   int FALSE 0.008 375.000 0.000 1.000   NA
 5890516 5890517 ECIAI39_2030 ECIAI39_2031     TRUE 0.932 -3.000 0.000 NA   NA
 5890517 5890518 ECIAI39_2031 ECIAI39_2032     FALSE 0.004 592.000 0.000 NA   NA
 5890518 5890519 ECIAI39_2032 ECIAI39_misc_RNA_48     TRUE 0.874 4.000 0.000 NA   NA
 5890519 5890520 ECIAI39_misc_RNA_48 ECIAI39_2033     TRUE 0.608 27.000 0.000 NA   NA
 5890520 5890521 ECIAI39_2033 ECIAI39_2034   potA FALSE 0.006 440.000 0.000 1.000   NA
 5890521 5890522 ECIAI39_2034 ECIAI39_2035 potA potB TRUE 0.995 14.000 0.789 1.000 Y NA
 5890522 5890523 ECIAI39_2035 ECIAI39_2036 potB potC TRUE 0.998 -3.000 0.286 0.048 Y NA
 5890523 5890524 ECIAI39_2036 ECIAI39_2037 potC potD TRUE 0.994 -3.000 0.000 0.048 Y NA
 5890524 5890525 ECIAI39_2037 ECIAI39_2038 potD ymfA FALSE 0.353 58.000 0.000 NA   NA
 5890525 5890526 ECIAI39_2038 ECIAI39_2039 ymfA ycfZ TRUE 0.932 -3.000 0.000 NA   NA
 5890527 5890528 ECIAI39_2040 ECIAI39_2041 cobB ycfX TRUE 0.962 16.000 0.119 1.000 Y NA
 5890528 5890529 ECIAI39_2041 ECIAI39_2042 ycfX lolE TRUE 0.797 29.000 0.225 1.000 N NA
 5890529 5890530 ECIAI39_2042 ECIAI39_2043 lolE lolD TRUE 0.973 0.000 0.125 0.060 N NA
 5890530 5890531 ECIAI39_2043 ECIAI39_2044 lolD lolC TRUE 0.971 -7.000 0.175 0.060 N NA
 5890532 5890533 ECIAI39_2045 ECIAI39_2046 ycfT mfd FALSE 0.110 128.000 0.003 1.000   NA
 5890533 5890534 ECIAI39_2046 ECIAI39_2047 mfd ycfS FALSE 0.084 143.000 0.006 1.000   NA
 5890537 5890538 ECIAI39_2050 ECIAI39_2051 ycfJ ndh FALSE 0.035 227.000 0.071 1.000   NA
 5890538 5890539 ECIAI39_2051 ECIAI39_2052 ndh ycfP FALSE 0.006 400.000 0.057 NA   NA
 5890539 5890540 ECIAI39_2052 ECIAI39_2053 ycfP nagZ TRUE 0.739 23.000 0.091 NA   NA
 5890540 5890541 ECIAI39_2053 ECIAI39_2054 nagZ ycfN TRUE 0.737 11.000 0.069 1.000 N NA
 5890541 5890542 ECIAI39_2054 ECIAI39_2055 ycfN ycfM TRUE 0.959 -19.000 0.310 NA   NA
 5890542 5890543 ECIAI39_2055 ECIAI39_2056 ycfM ycfL TRUE 0.970 14.000 0.516 NA   NA
 5890543 5890544 ECIAI39_2056 ECIAI39_2057 ycfL hinT TRUE 0.886 3.000 0.051 NA   NA
 5890545 5890546 ECIAI39_2058 ECIAI39_2059 fhuE fhuE FALSE 0.256 85.000 0.000 NA   NA
 5890547 5890548 ECIAI39_2060 ECIAI39_2061 ptsG ycfH FALSE 0.001 295.000 0.004 NA N NA
 5890548 5890549 ECIAI39_2061 ECIAI39_2062 ycfH holB TRUE 0.970 11.000 0.110 NA Y NA
 5890549 5890550 ECIAI39_2062 ECIAI39_2063 holB tmk TRUE 0.972 -3.000 0.211 1.000 N NA
 5890550 5890551 ECIAI39_2063 ECIAI39_2064 tmk yceG TRUE 0.952 -10.000 0.209 NA   NA
 5890551 5890552 ECIAI39_2064 ECIAI39_2065 yceG pabC TRUE 0.963 3.000 0.204 NA   NA
 5890552 5890553 ECIAI39_2065 ECIAI39_2066 pabC fabF FALSE 0.313 120.000 0.187 1.000 N NA
 5890553 5890554 ECIAI39_2066 ECIAI39_2067 fabF acpP TRUE 0.896 88.000 0.346 1.000 Y NA
 5890554 5890555 ECIAI39_2067 ECIAI39_2068 acpP fabG TRUE 0.615 211.000 0.321 0.003 Y NA
 5890555 5890556 ECIAI39_2068 ECIAI39_2069 fabG fabD TRUE 0.995 13.000 0.432 0.003